JP2001155009A - エキソンイントロンジャンクション決定装置および遺伝子領域決定装置並びにそれらの決定方法 - Google Patents

エキソンイントロンジャンクション決定装置および遺伝子領域決定装置並びにそれらの決定方法

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JP2001155009A JP33856099A JP33856099A JP2001155009A JP 2001155009 A JP2001155009 A JP 2001155009A JP 33856099 A JP33856099 A JP 33856099A JP 33856099 A JP33856099 A JP 33856099A JP 2001155009 A JP2001155009 A JP 2001155009A
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 エキソンイントロンジャンクションを効率よ
く、かつ高精度で決定する装置およびその決定方法の提
供。 【解決手段】 ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソ
ンイントロンジャンクションを決定する装置であって、
生物１のｃＤＮＡと、それに対応する生物２の遺伝子領
域とを入力する入力部と、生物２の遺伝子領域において
重複しない塩基数１０以上の２つの配列ｉおよびｊを抽
出するジャンクション候補抽出部と、抽出された配列ｉ
および配列ｊについてs(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-
(B-A)}2 を計算する演算部と、ｓ（ｉ，ｊ）が最大とな
るように配列ｉおよび配列ｊの組合せを選択するジャン
クション決定部と、決定されたエキソンイントロンジャ
ンクションの位置を出力する出力部とを含んでなる装
置。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の背景】発明の分野 本発明はエキソンイントロンジャンクションを決定する
装置およびゲノム上の遺伝子配列、具体的にはｃＤＮＡ
領域、を決定する装置並びにこれらの決定方法に関す
る。
【０００２】関連技術 ＤＮＡの塩基配列の中からエキソンを予測するプログラ
ムとして、Ｇｒａｉｌ、Ｇｒａｉｌ２、Ｇｅｎｓｃａｎ
が知られている。これらの予測プログラムによるとある
遺伝子配列の一部のヌクレオチド配列を予測することが
できるが、遺伝子全体のヌクレオチド配列あるいはアミ
ノ酸配列を予測することは困難であった。更にこれらの
プログラムは計算機による学習方法を利用しており、ヌ
クレオチド配列のデータ量が多くなれば予測に要する時
間も増加する。また、エキソンの予測率は７０％程度、
特に遺伝子の中のタンパク質の生成に関わる開始コドン
の予測率は４０％程度と低いのが現状であった。
【０００３】一方、ヒトゲノムプロジェクトが進行する
につれヒトゲノムからヒト遺伝子、具体的にはｃＤＮＡ
配列、を効率的かつ高精度で同定する方法が求められて
いる。
【０００４】
【発明の概要】本発明者らは、今般、ゲノム上の遺伝子
領域においてエキソンイントロンジャンクションを効率
的かつ高精度で同定する方法を見いだした。本発明者ら
は、また、ある生物の完全長ｃＤＮＡのヌクレオチド情
報に基づいて、遺伝子領域が不明な生物のＤＮＡ配列中
において相同性領域を決定する方法を見いだした。
【０００５】本発明は、ゲノム上の遺伝子領域内におい
て効率よく、かつ高精度でエキソンイントロンジャンク
ションを予測し、同定し、または決定する装置の提供を
その目的とする。
【０００６】本発明は、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率
よく、かつ高精度で予測し、同定し、および決定する装
置の提供をその目的とする。
【０００７】本発明は、ゲノム上の遺伝子領域内におい
て効率よく、かつ高精度でエキソンイントロンジャンク
ションを予測し、同定し、または決定するプログラムを
実行させるコンピュータ読み取り可能な記録媒体の提供
をその目的とする。
【０００８】本発明は、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率
よく、かつ高精度で予測し、同定し、および決定するプ
ログラムを実行させるコンピュータ読み取り可能な記録
媒体の提供をその目的とする。
【０００９】本発明は、ゲノム上の遺伝子領域内におい
て効率よく、かつ高精度でエキソンイントロンジャンク
ションを予測し、同定し、または決定する方法の提供を
その目的とする。
【００１０】本発明は、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率
よく、かつ高精度で予測し、同定し、および決定する方
法の提供をその目的とする。
【００１１】本発明の第一の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクショ
ンを予測し、同定し、または決定する装置であって、生
物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片ＡＢ）
と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断
片ａｂ）とを入力する入力部と、入力された断片ａｂに
おいて重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出す
るジャンクション候補抽出部（ここで、断片ａｂ中にお
いて５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に
存在する配列をｊとする）と、抽出された配列ｉおよび
配列ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算す
る演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
５’末端までの塩基数を表し、ｉ−ａは、生物２の遺伝
子領域の５’末端から配列ｉの３’末端までの塩基数を
表し、Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、Ｃ
は、比例係数であり、０〜１０であり、ｖ（ｋ）は、ｘ
およびｙｉｊのオーバーラップスコアを表し、ここで、
ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉｊは配列ｉおよ
びｊを連続してなる断片であり、ｋは１〜ｍｙｉｊの整
数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、こ
こで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じ
ときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基が
ｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝
０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０で
あり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であ
り、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧
２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と決定
されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力
する出力部とを含んでなる装置が提供される。
【００１２】本発明の第二の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソン−イントロンジャンクシ
ョンを予測し、同定し、または決定する装置であって、
生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
（断片ａｂ）とを入力する入力部と（ここで、生物１の
ｃＤＮＡ配列またはその一部分と、それに対応する生物
２のゲノム上の遺伝子領域とが、それぞれ対応する二つ
の相同性領域に挟まれており、生物１のｃＤＮＡ配列に
おける相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２
のゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、
Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ
相同性を有する）、生物２の遺伝子領域内のａ１ａ２と
ｂ１ｂ２とに挟まれる領域内において、重複しない塩基
数１０以上の２つの配列を抽出するジャンクション候補
抽出部と（ここで、断片ａｂ中において５’末端側に存
在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列をｊと
する）、抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式
で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と決定
されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力
する出力部とを含んでなる装置が提供される。
【００１３】本発明の第三の態様によれば、ゲノム上の
ｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定する装置で
あって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一
部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の
配列データと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２のゲ
ノム配列上における相同性領域の位置リストとを入力す
る入力部（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一
部分および生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それ
ぞれ対応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相
同性領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列にお
ける相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２の
ゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ
１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相
同性を有する）と、隣り合う相同性領域に挟まれた領域
それぞれにおいて、重複しない塩基数１０以上の２つの
配列を抽出するジャンクション候補抽出部（ここで、隣
り合う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにおいて
５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在
する配列をｊとする）と、隣り合う相同性領域に挟まれ
た領域それぞれについて、抽出された配列ｉおよび配列
ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する演
算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と隣り
合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決定さ
れたエキソンイントロンジャンクションの位置に従って
生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出し、残
った配列を連結してｃＤＮＡ配列として出力する出力部
とを含んでなる装置が提供される。
【００１４】本発明の第四の態様によれば、ゲノム上の
ｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定する装置で
あって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一
部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の
配列データとを入力する入力部と、生物１の全長ｃＤＮ
Ａまたはその一部に相同な生物２のゲノム上の領域を相
同性検索する相同検索部と、得られた生物２のゲノム上
の相同性領域について組合せを作成する組合せ候補作成
部と、得られた組合せからｃＤＮＡ配列として存在し得
ない組合せを除く組合せ絞り込み部と、得られた組合せ
のうち組合せがカバーするゲノム上の範囲が最大のもの
を選択し、相同性領域の位置リストを作成する組合せ選
定部（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分
および生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ
対応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性
領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における
相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノ
ム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ
２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性
を有する）と、隣り合う相同性領域に挟まれた領域それ
ぞれにおいて、重複しない塩基数１０以上の２つの配列
を抽出するジャンクション候補抽出部（ここで、隣り合
う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにおいて５’末
端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配
列をｊとする）と、隣り合う相同性領域に挟まれた領域
それぞれについて、抽出された配列ｉおよび配列ｊにつ
いて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部
と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と隣り
合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決定さ
れたエキソンイントロンジャンクションの位置に従って
生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出し、残
った配列を連結してｃＤＮＡ配列として出力する出力部
とを含んでなる装置が提供される。
【００１５】本発明の第五の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクショ
ンを予測し、同定し、または決定するプログラムを記録
したコンピュータ読みとり可能な記録媒体であって、生
物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片ＡＢ）
に対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断片ａｂ）
において、重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽
出する手順と（ここで、断片ａｂ中において５’末端側
に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列を
ｊとする）、抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下
記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
５’末端までの塩基数を表し、ｉ−ａは、生物２の遺伝
子領域の５’末端から配列ｉの３’末端までの塩基数を
表し、Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、Ｃ
は、比例係数であり、０〜１０であり、ｖ（ｋ）は、ｘ
およびｙｉｊのオーバーラップスコアを表し、ここで、
ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉｊは配列ｉおよ
びｊを連続してなる断片であり、ｋは１〜ｍｙｉｊの整
数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、こ
こで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じ
ときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基が
ｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝
０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０で
あり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であ
り、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧
２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
ションの位置を決定する手順とを実行させるプログラム
を記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体が提供
される。
【００１６】本発明の第六の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクショ
ンを予測し、同定し、または決定するプログラムを記録
したコンピュータ読みとり可能な記録媒体であって、生
物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片ＡＢ）
に対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断片ａｂ）
（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分と、
それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域とが、そ
れぞれ対応する二つの相同性領域に挟まれており、生物
１のｃＤＮＡ配列における相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１
Ｂ２であり、生物２のゲノム上の相同性領域がａ１ａ
２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２
はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有する）内のａ１ａ２と
ｂ１ｂ２とに挟まれる領域内において、重複しない塩基
数１０以上の２つの配列を抽出する手順と（ここで、断
片ａｂ中において５’末端側に存在する配列をｉとし、
３’末端側に存在する配列をｊとする）、抽出された配
列ｉおよび配列ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，
ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
ションの位置を決定する手順とを実行させるプログラム
を記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体が提供
される。
【００１７】本発明の第七の態様によれば、ゲノム上の
ｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定するプログ
ラムを記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体で
あって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一
部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の
配列データと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２のゲ
ノム配列上における相同性領域の位置リストとに基づい
て（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分お
よび生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ対
応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性領
域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における相
同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム
上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２
はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を
有する）、生物２のゲノム上において隣り合う相同性領
域に挟まれた領域それぞれにおいて、重複しない塩基数
１０以上の２つの配列を抽出する手順と（ここで、隣り
合う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにおいて５’
末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する
配列をｊとする）、隣り合う相同性領域に挟まれた領域
それぞれについて、抽出された配列ｉおよび配列ｊにつ
いて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択する手順と、隣り合う相同性領域
に挟まれた領域それぞれについて決定されたエキソンイ
ントロンジャンクションの位置に従って生物２のゲノム
配列からイントロン配列を切り出し、残った配列を連結
することによりｃＤＮＡ配列を決定する手順とを実行さ
せるプログラムを記録したコンピュータ読みとり可能な
記録媒体が提供される。
【００１８】本発明の第八の態様によれば、ゲノム上の
ｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定するプログ
ラムを記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体で
あって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一
部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の
配列データとに基づいて、生物１の全長ｃＤＮＡまたは
その一部に相同な生物２のゲノム上の領域を相同性検索
する手順と、得られた生物２のゲノム上の相同性領域に
ついて組合せを作成する手順と、得られた組合せからｃ
ＤＮＡ配列として存在し得ない組合せを除く手順と、得
られた組合せのうち組合せがカバーするゲノム上の範囲
が最大のものを選択し、相同性領域の位置リストを作成
する手順と（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその
一部分および生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、そ
れぞれ対応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う
相同性領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列に
おける相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２
のゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、
Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ
相同性を有する）、生物２のゲノム上において隣り合う
相同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、重複しな
い塩基数１０以上の２つの配列を抽出する手順と（ここ
で、隣り合う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにお
いて５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に
存在する配列をｊとする）、隣り合う相同性領域に挟ま
れた領域それぞれについて、抽出された配列ｉおよび配
列ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算する
手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択する手順と、隣り合う相同性領域
に挟まれた領域それぞれについて決定されたエキソンイ
ントロンジャンクションの位置に従って生物２のゲノム
配列からイントロン配列を切り出し、残った配列を連結
することによりｃＤＮＡ配列を決定する手順とを実行さ
せるプログラムを記録したコンピュータ読みとり可能な
記録媒体が提供される。
【００１９】本発明の第九の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソンイントロンジャンクショ
ンを予測し、同定し、または決定する方法であって、生
物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片ＡＢ）
と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断
片ａｂ）とを準備し、断片ａｂにおいて重複しない塩基
数１０以上の２つの配列を抽出し（ここで、断片ａｂ中
において５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端
側に存在する配列をｊとする）、抽出された配列ｉおよ
び配列ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算
し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
５’末端までの塩基数を表し、ｉ−ａは、生物２の遺伝
子領域の５’末端から配列ｉの３’末端までの塩基数を
表し、Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、Ｃ
は、比例係数であり、０〜１０であり、ｖ（ｋ）は、ｘ
およびｙｉｊのオーバーラップスコアを表し、ここで、
ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉｊは配列ｉおよ
びｊを連続してなる断片であり、ｋは１〜ｍｙｉｊの整
数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、こ
こで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じ
ときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基が
ｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝
０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０で
あり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であ
り、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧
２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
ションの位置を決定する工程を含んでなる方法が提供さ
れる。
【００２０】本発明の第十の態様によれば、ゲノム上の
遺伝子領域内においてエキソン−イントロンジャンクシ
ョンを予測し、同定し、または決定する方法であって、
生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
（断片ａｂ）とを準備し（ここで、生物１のｃＤＮＡ配
列またはその一部分と、それに対応する生物２のゲノム
上の遺伝子領域とが、それぞれ対応する二つの相同性領
域に挟まれており、生物１のｃＤＮＡ配列における相同
性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上
の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２は
ａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有
する）、生物２の遺伝子領域内のａ１ａ２とｂ１ｂ２と
に挟まれる領域内において、重複しない塩基数１０以上
の２つの配列を抽出し（ここで、断片ａｂ中において
５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在
する配列をｊとする）、抽出された配列ｉおよび配列ｊ
について下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
ションの位置を決定する工程を含んでなる方法が提供さ
れる。
【００２１】本発明の第十一の態様によれば、ゲノム上
のｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定する方法
であって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその
一部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部
の配列データと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２の
ゲノム配列上における相同性領域の位置リストと準備し
（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分およ
び生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ対応
する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性領域
それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における相同
性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上
の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２は
ａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有
する）、隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれに
おいて、重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出
し（ここで、隣り合う相同性領域に挟まれた領域中それ
ぞれにおいて５’末端側に存在する配列をｉとし、３’
末端側に存在する配列をｊとする）、隣り合う相同性領
域に挟まれた領域それぞれについて、抽出された配列ｉ
および配列ｊについて下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を
計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、隣り合う相同性領域に挟まれ
た領域それぞれについて決定されたエキソンイントロン
ジャンクションの位置に従って生物２のゲノム配列から
イントロン配列を切り出し、残った配列を連結すること
によりｃＤＮＡ配列を決定する工程を含んでなる方法が
提供される。
【００２２】本発明の第十二の態様によれば、ゲノム上
のｃＤＮＡ領域を予測し、同定し、または決定する装置
であって、生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその
一部の配列データと、生物２の全ゲノムまたはその一部
の配列データとを準備し、生物１の全長ｃＤＮＡまたは
その一部に相同な生物２のゲノム上の領域を相同性検索
し、得られた生物２のゲノム上の相同性領域について組
合せを作成し、得られた組合せからｃＤＮＡ配列として
存在し得ない組合せを除き、得られた組合せのうち組合
せがカバーするゲノム上の範囲が最大のものを選択し、
相同性領域の位置リストを作成し（ここで、生物１のｃ
ＤＮＡ配列またはその一部分および生物２のゲノム上の
遺伝子領域上には、それぞれ対応する二以上の相同性領
域が存在し、隣り合う相同性領域それぞれにおいて、生
物１のｃＤＮＡ配列における相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ
１Ｂ２であり、生物２のゲノム上の相同性領域がａ１ａ
２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２
はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有する）、隣り合う相同
性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、重複しない塩
基数１０以上の２つの配列を抽出し（ここで、隣り合う
相同性領域に挟まれた領域中それぞれにおいて５’末端
側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列
をｊとする）、隣り合う相同性領域に挟まれた領域それ
ぞれについて、抽出された配列ｉおよび配列ｊについて
下記式で表されるｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
までの塩基数を表し、ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端
から配列ｉの３’末端までの塩基数を表し、Ｂ１−Ａ２
は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’末端までの
塩基数を表し、Ｃは、比例係数であり、０〜１０であ
り、ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコ
アを表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、
ｙｉｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋ
は１〜ｍｙｉｊの整数を表し、Ｍはｘとｙｉｊとのマト
リックスを表し、ここで、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊの
ｂ番目の塩基と同じときにはＭ（ａ，ｂ）＝１であり、
ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と異なるとき
にはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、ｍｉは配列ｉの塩基数を
表し、ｍｉ≧１０であり、ｍｊは配列ｊの塩基数を表
し、ｍｊ≧１０であり、ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数
を表し、ｍｙｉｊ≧２０である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
配列ｊの組合せを選択し、隣り合う相同性領域に挟まれ
た領域それぞれについて決定されたエキソンイントロン
ジャンクションの位置に従って生物２のゲノム配列から
イントロン配列を切り出し、残った配列を連結すること
によりｃＤＮＡ配列を決定する工程を含んでなる方法が
提供される。
【００２３】本発明の第一および第二の態様の装置によ
れば、ゲノム上の遺伝子領域内において効率よく、かつ
高精度でエキソンイントロンジャンクションを予測し、
同定し、または決定することができる。
【００２４】本発明の第三および第四の態様の装置によ
れば、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率よく、かつ高精度
で予測し、同定し、および決定することができ、特に遺
伝子の一部ではなく、遺伝子領域全体を正確に決定でき
る点で有利である。
【００２５】本発明の第五および第六の態様の記録媒体
によれば、ゲノム上の遺伝子領域内において効率よく、
かつ高精度でエキソンイントロンジャンクションを予測
し、同定し、または決定することができる。
【００２６】本発明の第七および第八の態様の記録媒体
によれば、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率よく、かつ高
精度で予測し、同定し、および決定することができ、特
に遺伝子の一部ではなく、遺伝子領域全体を正確に決定
できる点で有利である。
【００２７】本発明の第九および第十の態様の方法によ
れば、ゲノム上の遺伝子領域内において効率よく、かつ
高精度でエキソンイントロンジャンクションを予測し、
同定し、または決定することができる。
【００２８】本発明の第十一および第十二の態様の方法
によれば、ゲノム上のｃＤＮＡ領域を効率よく、かつ高
精度で予測し、同定し、および決定することができ、特
に遺伝子の一部ではなく、遺伝子領域全体を正確に決定
できる点で有利である。
【００２９】
【発明の具体的説明】第一の態様および第二の態様 本発明の第一の態様および第二の態様によれば、エキソ
ンイントロンジャンクションを同定する装置が提供され
る。本発明による装置の第一の態様および第二の態様は
図１に示される通りである。これらの装置は、具体的に
は、コンピュータに基づく装置、すなわちコンピュータ
システム、であることができる。
【００３０】まず、入力部においては、生物１の全長ｃ
ＤＮＡ配列またはその一部分（断片ＡＢ）と、それに対
応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断片ａｂ）を入
力する。この点で第一の態様と第二の態様は共通する
が、第二の態様においては、入力される生物１のｃＤＮ
Ａ配列またはその一部分と、それに対応する生物２のゲ
ノム上の遺伝子領域とが、それぞれ対応する二つの相同
性領域に挟まれており、生物１のｃＤＮＡ配列における
相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノ
ム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ
２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性
を有する点で、第一の態様と異なる。それぞれの態様に
ついて、入力される生物１のｃＤＮＡ配列と生物２のゲ
ノム配列との関係を示すと図２および図３の通りであ
る。
【００３１】生物１および生物２は、遺伝子の存在およ
び／または相同性に関して高度な相関関係にあるものか
ら選択でき、生物１および生物２が真核生物（具体的に
は、哺乳動物）である場合が挙げられる。より具体的に
は、生物１がマウスであり、生物２がハエである場合、
生物１がハエであり、生物２がヒトである場合が挙げら
れる。生物１および生物２がほ乳類同士の場合には、生
物１がマウスであり、生物２がヒトである場合、生物１
がヒトであり、生物２がマウスである場合が挙げられ
る。
【００３２】第二の態様の場合、断片ａｂは生物１に対
応する相同性領域に挟まれているが、これらの相同性領
域は隣り合っていることが好ましい。隣り合っている生
物１に対応する相同性領域に挟まれている場合には、そ
の間にイントロンが一つ存在する可能性が高い。図３は
相同性領域が隣り合っており、その間に他の相同性領域
が介在しない場合を示している。
【００３３】次にジャンクション候補抽出部において
は、生物２のゲノム上において（第一の態様においては
断片ａｂにおいて、第二の態様においてはａ１ａ２とｂ
１ｂ２とに挟まれる領域において）、重複しない塩基数
１０以上（例えば、塩基数１０〜３０）、好ましくは塩
基数２０以上、の２つの配列を選択する。ここで、生物
２のゲノム上において、５’末端側に存在する配列をｉ
とし、３’末端側に存在する配列をｊとする（図１およ
び図２参照）。好ましくは、それぞれ２０塩基対の配列
を選択することができる。
【００３４】配列ｉおよび配列ｊはＧＴ−ＡＧルール
（Mount, S.M., Nucleic Acid Res. 10:459-472(198
2)）に従って選択できる。
【００３５】演算部においては、配列ｉおよび配列ｊに
ついての関数であるｓ（ｉ，ｊ）を計算する。
【００３６】式（Ｉ）中に存在するｓ（ｘ，ｙｉｊ）
は、s(x,yij)=max(v(k)) （II）で算出され、ｖ（ｋ）
は で算出される。
【００３７】以下、ｘがaagctggagactctctであり、ｙｉ
ｊがggagaである場合を例にしてs(x,yij)の算出を説明
する。この場合、得られるマトリックスは下記の通りで
ある。
【００３８】 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
（ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０である。
【００３９】例えば、ｋ＝２の場合には下記の●印で表
される部分のスコアを計算する。
【００４０】 ｖ（ｋ）の値は次の通りである。
【００４１】ｖ（１）＝０、ｖ（２）＝１、ｖ（３）＝
２、ｖ（４）＝２、ｖ（５）＝１、ｖ（６）＝５、ｖ
（７）＝１、ｖ（８）＝２、ｖ（９）＝１、ｖ（１０）
＝０、ｖ（１１）＝０、ｖ（１２）＝０。
【００４２】よって、ｓ（ｘ，ｙｉｊ）＝ｍａｘ｛０，
１，２，２，１，５，１，２，１，０，０，０｝であ
り、ｓ（ｘ，ｙｉｊ）＝５となる。
【００４３】ｖ（ｋ）は好ましくは式（IV）であること
ができる。
【００４４】 修正項「max(ΣM(k-n+p,p)×0.5;n=-6〜6)」を式（II
I）に挿入することにより、ｖ（ｋ）の値をなめらかに
して、配列ｘあるいはｙｉｊに塩基の欠失あるいは挿入
が生じた場合でも真の最大値を検出することができる。
ｎは重複領域のギャップの数を表し、好ましくは−１〜
１であることができる。この場合、ｖ’（ｋ）はｖ
（ｋ）に両隣の項の値のうち大きい方の値の半分を足し
た値となる。
【００４５】式（Ｉ）において、Ｃは比例係数である。
生物１および生物２の同一種の全長配列が既知であるｃ
ＤＮＡの組合せおよびそのｃＤＮＡを含む生物２のゲノ
ムがはっきりしている組合せを複数準備し、本発明によ
る方法による予測精度が最大となるようにＣを決定でき
る。具体的には、Ｃは、０〜１０、好ましくは、０．５
であることができる。
【００４６】式（Ｉ）において、ｍｙｉｊはｍｉとｍｊ
とを足した値である。ｍｙｉｊは、２０以上（例えば、
２０〜６０）、好ましくは４０以上、の整数である。
【００４７】ジャンクション決定部においては、式
（Ｉ）で表されるｓ（ｉ，ｊ）が最大になるように配列
ｉおよび配列ｊの組合せを選択する。出力部において
は、選択された配列ｉおよび配列ｊの組合せに基づいて
エキソンイントロンジャンクションの位置を出力する。
【００４８】第三の態様 本発明の第三の態様によれば、ゲノム上のｃＤＮＡ領域
を同定する装置が提供される。本発明による装置の第三
の態様は図４に示される通りである。この装置は、具体
的には、コンピュータに基づく装置、すなわちコンピュ
ータシステム、であることができる。
【００４９】まず入力部において生物１から得られた全
長ｃＤＮＡまたはその一部の配列データと、生物２の全
ゲノムまたはその一部の配列データと、生物１のｃＤＮ
Ａ配列および生物２のゲノム配列上における相同性領域
の位置リストとが入力される。相同性領域の位置リスト
は後述するように相同性検索を実施することにより作成
することができる。生物１および生物２は前記と同様に
して選択できる。
【００５０】ジャンクション候補抽出部においては、入
力された相同性領域の位置リストに基づき、隣り合う相
同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、重複しない
塩基数１０以上の２つの配列を抽出する。隣り合う相同
性領域に挟まれた領域が２以上ある場合には、それぞれ
の領域についてジャンクション候補を抽出する。第三の
態様においては、ジャンクション候補抽出部において抽
出されたジャンクション候補を一時的に保存する記憶部
を備えていてもよい。ある領域におけるジャンクション
候補それぞれについてｓ（ｉ，ｊ）が演算部において計
算され、計算されたｓ（ｉ，ｊ）に基づいてジャンクシ
ョン決定部において好ましいジャンクションが選択され
る。ある領域についてジャンクションが特定されると、
他の領域について同様にジャンクション候補が抽出さ
れ、ｓ（ｉ，ｊ）が計算され、ジャンクションが決定さ
れるステップが繰り返される。
【００５１】エキソンイントロンジャンクションを決定
した後、必要であれば、末端部分決定部において５’側
の一番上流に位置する相同性領域（例えば、図５の領域
Ｉ）の更に５’側上流にある遺伝子領域や、３’側の一
番下流に位置する相同性領域（例えば、図５の領域IV）
の更に３’側下流にある遺伝子領域を決定することによ
りｃＤＮＡの５’末端および３’末端を決定する。ｃＤ
ＮＡの５’末端および３’末端は、それぞれ生物１の
５’側の最上流および３’側の最下流のｃＤＮＡ上の相
同性領域（例えば、図５の領域Ｉと領域IV）と同じ長さ
を取り、ベースコールエラー等を除いて生物１のｃＤＮ
Ａ長と生物２のｃＤＮＡ長とが異ならないようにするこ
とで決定できる。
【００５２】第三の態様による装置におけるデータ処理
をＮＳチャートにより更に詳しく説明すると図６および
図７の通りである。
【００５３】本発明によるｃＤＮＡの同定法によれば、
ある生物由来の全長ｃＤＮＡをもとにして、別の生物の
全長ｃＤＮＡ配列を決定できる。
【００５４】第四の態様 本発明の第四の態様によれば、ゲノム上のｃＤＮＡ領域
を同定する装置が提供される。本発明による装置の第四
の態様は図８に示される通りである。この装置は、具体
的には、コンピュータに基づく装置、すなわちコンピュ
ータシステム、であることができる。
【００５５】第四の態様は、第三の態様の入力部が、入
力部、相同性検索部、組合せ候補作成部、組合せ候補絞
り込み部、および組合せ選定部に置き換わっていること
を特徴とする。
【００５６】まず入力部においては、生物１から得られ
た全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列データと生物２の
全ゲノムまたはその一部の配列データが入力される。生
物１および生物２は前記と同様にして選択できる。
【００５７】次に相同性検索部においては、生物１の全
長ｃＤＮＡまたはその一部に相同な生物２のゲノム上の
領域を相同性検索する。相同性検索の確率は１０−５０
以下、好ましくは、１０−１００以下 、更に好ましく
は、１０−２００以下、で行うことができる。
【００５８】相同性検索部は、ＢＬＡＳＴ、ＬＡＬＩＧ
Ｎ、ＡＬＩＧＮ、またはＦＡＳＴＡから選択される検索
システムそのものであっても、これらの検索システムと
通信回線等により接続された装置であってもよい。
【００５９】組合せ候補作成部においては、生物１の全
長ｃＤＮＡまたはその一部に相同な生物２のゲノム上の
領域を相同性検索して得られた生物２のゲノム上の相同
性領域について組合せが作成される。具体的には、それ
ぞれの相同性領域につき存在する場合としない場合を想
定して組合せが作成される。相同性領域がｑ個存在する
場合には組合せが２ｑ個作成される。
【００６０】ここで、生物１のｃＤＮＡ配列と生物２の
ゲノム配列との間で二つの相同性領域が見いだされたと
仮定して、組合せの作成について説明する。図９にある
ように、生物２において四種類の相同性領域が見いださ
れた場合、以下のような１６通りの組合せが作成でき
る。
【００６１】 組合せ 領域１ 領域２ 領域３ 領域４ カバー範囲（ｂｐ） （１） １ ０ ０ ０ ３００ （２） ０ １ ０ ０ ９００ （３） １ １ ０ ０ １２００ （４） ０ ０ １ ０ ６００ （５） １ ０ １ ０ ＮＧ （６） ０ １ １ ０ ＮＧ （７） １ １ １ ０ ＮＧ （８） ０ ０ ０ １ ９００ （９） １ ０ ０ １ ＮＧ （10） ０ １ ０ １ ＮＧ （11） １ １ ０ １ ＮＧ （12） ０ ０ １ １ ＮＧ （13） １ ０ １ １ ＮＧ （14） ０ １ １ １ ＮＧ （15） １ １ １ １ ＮＧ （16） ０ ０ ０ ０ ＮＧ ＮＧ：存在し得ない組合せ 組合せ候補絞り込み部においては、作成された組合せか
らｃＤＮＡ配列として存在し得ない組合せが除かれる。
ｃＤＮＡ配列として存在し得ない組合せとしては下記の
ものが挙げられる。
【００６２】・２以上の生物２の相同性領域が対応する
生物１の相同性領域が同一である組合せ（例えば、上記
組合せ（５）および（７））、 ・生物２の２以上の相同性領域の順序が生物１の相同性
領域のそれと逆になっている組合せ（例えば、上記組合
せ（６）および（７））、および ・生物２の２以上の相同性領域の向きが逆になっている
組合せ（例えば、上記組合せ（９）〜（１５））。
【００６３】ＤＮＡ配列として存在し得ない組合せとし
ては、更にまた、複数の相同性領域の間が３０ｂｐ〜３
０ｋｂｐ（高等生物では、例えば、５ｋｂｐ〜３０ｋｂ
ｐ）離れている組合せが挙げられる。具体的な塩基数
は、生物２のゲノム上の遺伝子密度から見積もられる遺
伝子間の平均的な間隔より短く（高等生物では３０ｋｂ
ｐあたり１遺伝子）、イントロンの最短長よりも長くな
るように決定できる。
【００６４】組合せ選定部においては、得られた組合せ
のうち組合せがカバーするゲノム上の範囲が最大のもの
が選択され、選択された相同性領域の位置リストが作成
される。上記例では組合せ（３）が好ましい相同性領域
の組合せとして選択できる。
【００６５】ジャンクション候補選定部においては、組
合せ選定部において作成された相同性領域の位置リスト
が入力され、既に入力されている生物１のｃＤＮＡ配列
および生物２のゲノム配列に基づいてジャンクションの
候補が抽出される。
【００６６】ジャンクション候補抽出部、演算部、ジャ
ンクション決定部、および出力部における処理は第三の
態様と同様である。
【００６７】第五の態様ないし第八の態様 上述した第一の態様ないし第三の態様における入力部、
ジャンクション候補抽出部、演算部、ジャンクション決
定部、出力部、および場合によっては記憶部、並びに第
四の態様の入力部、相同性検索部、組合せ候補作成部、
組合せ候補絞り込み部、組合せ選定部、ジャンクション
候補抽出部、演算部、ジャンクション決定部、出力部、
および場合によっては記憶部はいずれも図１０に示すよ
うなコンピュータシステム２０上で稼働するプログラム
モジュールとして実現することができる。このようなプ
ログラムモジュールを含むエキソンイントロンジャンク
ション決定プログラムあるいはゲノム上のｃＤＮＡ領域
決定プログラムは、記録媒体であるフロッピーディスク
またはＣＤ−ＲＯＭ（Compact Disk-Read Only Memor
y）等に記録され、コンピュータシステム２０により読
み出されて上述したようなエキソンイントロンジャンク
ションの決定あるいはゲノム上のｃＤＮＡ領域の決定が
行われる。
【００６８】コンピュータシステム２０は、図１０に示
すようにミニタワー等の筐体に収納されたコンピュータ
本体２１と、ＣＲＴ（Cathode Ray Tube−陰極線管−）
等の表示装置２２と、記録出力装置としてのプリンタ２
３と、入力装置としてのキーボード２４ａおよびマウス
２４ｂと、記録媒体としてのフロッピーディスク３１内
の情報を読み出すためのフロッピーディスクドライブ装
置２６と、記録媒体としてのＣＤ−ＲＯＭ３２内の情報
を読み出すためのＣＤ−ＲＯＭドライブ装置２７とを備
えている。
【００６９】これらの構成をブロック図として示すと、
図１１に示すように、コンピュータ本体２１が収納され
た筐体内には、ＲＡＭ（Random Access Memory）等から
なる内部メモリ２５と、ハードディスクユニット２８等
の外部記憶装置がさらに設けられている。なお、エキソ
ンイントロンジャンクション決定プログラムあるいはゲ
ノム上のｃＤＮＡ領域決定プログラムを記録したフロッ
ピーディスク（記録媒体）３１は、図１０に示すよう
に、フロッピーディスクドライブ装置２６のスロットに
挿入されて所定の手順によりコンピュータ本体２１にイ
ンストールされる。本発明によるプログラムを記録する
記録媒体は、フロッピーディスク３１に限られず、ＣＤ
−ＲＯＭ３２や内部メモリ２５、ハードディスクユニッ
ト２８等の他、図示されていないＭＯ（Magnet Optica
l）ディスクや光ディスク、ＤＶＤ（Digital Versatile
Disk）等であってもよい。
【００７０】例 以下、本発明によりマウスｃＤＮＡからヒトゲノム上の
ｃＤＮＡ領域を決定した例を示す。
【００７１】２０のマウスｃＤＮＡをマウスの脳、腎臓
細胞、およびＣ５７ＢＬ／６マウス１８日齢胎児から調
製し、配列決定した。
【００７２】相同性検索はＢＬＡＳＴを用いた。相同性
検索の確率は１０−５０に設定した。
【００７３】相同性領域の組合せのうちあり得ない組合
せとして下記の組合せを除外した。
【００７４】２以上の生物２の相同性領域が対応する生
物１の相同性領域が同一である組合せ、生物２の２以上
の相同性領域の順序が生物１の相同性領域のそれと逆に
なっている組合せ、生物２の２以上の相同性領域の向き
が逆になっている組合せ、複数の相同性領域の間が５ｋ
ｂｐ以上離れている組合せ。
【００７５】エキソンイントロンジャンクションの検出
は下記式に従って行った。
【００７６】 s(i,j)=s(x,yij)-0.5×{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v'(k)) （II）であり、 ｍｉ＝２０、ｍｊ＝２０、ｍｙｉｊ＝４０であった。） 配列ｉおよび配列ｊはＧＴ−ＡＧルールによって選択し
た。
【００７７】結果は表１および表２の通りであった。
【００７８】
【表１】 表１は、マウスタンパク質と決定されたヒトタンパク質
との比較を示した図である。ａはヒトタンパク質のアミ
ノ酸残基数を、ｂは予測されたヒトタンパク質のアミノ
酸残基数を、ｃはヒトタンパク質と予測されたヒトタン
パク質との間の整列したアミノ酸残基数を、ｄはマウス
タンパク質のアミノ酸残基数を、それぞれ表す。局所的
配列の同一性はＬＡＬＩＧＮ（Huang, X., Hardison,
R. C., and Miller, W., 1990, Comput. Appl. Biosci.
6, 373-381）により算出した。
【００７９】２０のタンパク質のうち５つのヒト全長タ
ンパク質が本発明による方法により正確に決定された。
一方、Ｇｅｎｓｃａｎは３つのヒト全長タンパク質を正
確に決定できただけであり、Ｇｒａｉｌ２は全長タンパ
ク質を正確に決定できなかった（データ省略）。
【００８０】
【表２】 表２は、本発明による方法による予測の正確性と、Ｇｅ
ｎｓｃａｎおよびＧｒａｉｌ２による予測の正確性とを
比較したものである。表中の正確性（％）は、正確に決
定されたアミノ酸残基数を決定された全アミノ酸残基数
で割った数であり、不正確性（％）は誤って決定された
アミノ酸残基数を決定された全アミノ酸残基数で割った
数である。
【００８１】また、本発明による方法の正確性は８３．
３％、不正確性は１６．７％であり、本発明の方法は、
ＧｅｎｓｃａｎおよびＧｒａｉｌ２と比較して高い正確
性および低い不正確性を有する。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の第一の態様および第二の態様（エキソ
ンイントロンジャンクションの決定）を示した図であ
る。
【図２】準備される生物１のｃＤＮＡ配列と生物２のゲ
ノム配列との関係を示した図である。
【図３】準備される生物１のｃＤＮＡ配列と生物２のゲ
ノム配列との関係を示した図である。Ａ１Ａ２とａ１ａ
２とは対応する相同性領域である。Ｂ１Ｂ２とｂ１ｂ２
とは対応する相同性領域である。ＧＴ−ＡＧルールに従
って配列ｉおよび配列ｊを選択している。
【図４】本発明の第三の態様（相同性領域のリストを入
力することを特徴とするｃＤＮＡ領域の決定）を示した
図である。
【図５】決定された相同性領域の組合せの例を示した図
である。生物２のゲノム上に４個の相同性領域が見いだ
されている。Ｉ〜IVは相同性領域を示す。
【図６】本発明の第三の態様の手順をより具体的に示し
たＮＳチャートである。各相同性領域（１〜Ｎ）のスプ
ライスサイトの候補、すなわちジャンクション候補、の
リストは、図７に記載の手順に用いられる。
【図７】本発明の第三の態様の手順をより具体的に示し
たＮＳチャートである。各相同性領域Ｉ（Ｉ＝１〜Ｎ）
の５’側のスプライスサイトの候補の数をｎ５（Ｉ）、
３’側のスプライスサイトの候補の数をｎ３（Ｉ）、
５’側のスプライスサイトの候補の位置をｍ５（Ｉ，
ｊ）（ｊ＝１〜ｎ５（Ｉ））、３’側のスプライスサイ
トの候補の位置をｎ３（Ｉ，ｉ）（ｉ＝１〜ｎ
３（Ｉ））とした。
【図８】本発明の第四の態様（相同性検索ステップを含
むことを特徴とするｃＤＮＡ領域の決定）を示した図で
ある。
【図９】生物１のｃＤＮＡ配列をもとに生物２のゲノム
配列を相同性検索した例を模式的に示した図である。相
同性領域は二種類であるが、生物２のゲノム上には４つ
の相同性領域が見いだされている。
【図１０】エキソンイントロンジャンクション決定プロ
グラムあるいはゲノム上のｃＤＮＡ領域決定プログラム
を記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体が用い
られるコンピュータシステムを示す斜視図である。
【図１１】図１０のコンピュータシステムのハードウェ
ア構成を示すブロック図である。
【符号の説明】
２０ コンピュータシステム ２１ コンピュータ本体 ２２ 表示装置 ２３ プリンタ ２４ａ 入力装置 ２４ｂ マウス ２５ 記録媒体（内部メモリ） ２６ フロッピーディスクドライブ装置 ２７ ＣＤ−ＲＯＭドライブ装置 ２８ 記録媒体（ハードディスクユニット） ３１ 記録媒体（フロッピーディスク） ３２ 記録媒体（ＣＤ−ＲＯＭ）

Claims (36)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソン
    イントロンジャンクションを予測し、同定し、または決
    定する装置であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
    （断片ａｂ）とを入力する入力部と、 入力された断片ａｂにおいて重複しない塩基数１０以上
    の２つの配列を抽出するジャンクション候補抽出部（こ
    こで、断片ａｂ中において５’末端側に存在する配列を
    ｉとし、３’末端側に存在する配列をｊとする）と、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
    ５’末端までの塩基数を表し、 ｉ−ａは、生物２の遺伝子領域の５’末端から配列ｉの
    ３’末端までの塩基数を表し、 Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と決定
    されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力
    する出力部とを含んでなる装置。
  2. 【請求項２】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソン
    −イントロンジャンクションを予測し、同定し、または
    決定する装置であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
    （断片ａｂ）とを入力する入力部と（ここで、生物１の
    ｃＤＮＡ配列またはその一部分と、それに対応する生物
    ２のゲノム上の遺伝子領域とが、それぞれ対応する二つ
    の相同性領域に挟まれており、生物１のｃＤＮＡ配列に
    おける相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２
    のゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、
    Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ
    相同性を有する）、 生物２の遺伝子領域内のａ１ａ２とｂ１ｂ２とに挟まれ
    る領域内において、重複しない塩基数１０以上の２つの
    配列を抽出するジャンクション候補抽出部と（ここで、
    断片ａｂ中において５’末端側に存在する配列をｉと
    し、３’末端側に存在する配列をｊとする）、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と決定
    されたエキソンイントロンジャンクションの位置を出力
    する出力部とを含んでなる装置。
  3. 【請求項３】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定する装置であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２のゲノム配列
    上における相同性領域の位置リストとを入力する入力部
    （ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分およ
    び生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ対応
    する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性領域
    それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における相同
    性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上
    の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２は
    ａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有
    する）と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、
    重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出するジャ
    ンクション候補抽出部（ここで、隣り合う相同性領域に
    挟まれた領域中それぞれにおいて５’末端側に存在する
    配列をｉとし、３’末端側に存在する配列をｊとする）
    と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と隣り
    合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決定さ
    れたエキソンイントロンジャンクションの位置に従って
    生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出し、残
    った配列を連結してｃＤＮＡ配列として出力する出力部
    とを含んでなる装置。
  4. 【請求項４】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定する装置であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タとを入力する入力部と、 生物１の全長ｃＤＮＡまたはその一部に相同な生物２の
    ゲノム上の領域を相同性検索する相同検索部と、 得られた生物２のゲノム上の相同性領域について組合せ
    を作成する組合せ候補作成部と、 得られた組合せからｃＤＮＡ配列として存在し得ない組
    合せを除く組合せ絞り込み部と、 得られた組合せのうち組合せがカバーするゲノム上の範
    囲が最大のものを選択し、相同性領域の位置リストを作
    成する組合せ選定部（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列ま
    たはその一部分および生物２のゲノム上の遺伝子領域上
    には、それぞれ対応する二以上の相同性領域が存在し、
    隣り合う相同性領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮ
    Ａ配列における相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であ
    り、生物２のゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ
    ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２
    とそれぞれ相同性を有する）と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、
    重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出するジャ
    ンクション候補抽出部（ここで、隣り合う相同性領域に
    挟まれた領域中それぞれにおいて５’末端側に存在する
    配列をｉとし、３’末端側に存在する配列をｊとする）
    と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する演算部と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択するジャンクション決定部と隣り
    合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決定さ
    れたエキソンイントロンジャンクションの位置に従って
    生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出し、残
    った配列を連結してｃＤＮＡ配列として出力する出力部
    とを含んでなる装置。
  5. 【請求項５】組合せ絞り込み部においてｃＤＮＡ配列と
    して存在し得ない組合せが下記からなる、請求項４に記
    載の装置。 ・２以上の生物２の相同性領域が対応する生物１の相同
    性領域が同一である組合せ、 ・生物２の２以上の相同性領域の順序が生物１の相同性
    領域のそれと逆になっている組合せ、および ・生物２の２以上の相同性領域の向きが逆になっている
    組合せ
  6. 【請求項６】相同性検索部において相同性検索が確率１
    ０−５０以下で実施される、請求項４に記載の装置。
  7. 【請求項７】相同性検索部が、ＢＬＡＳＴ、ＬＡＬＩＧ
    Ｎ、ＡＬＩＧＮ、およびＦＡＳＴＡから選択される検索
    システムまたはその検索システムと通信回線により接続
    された検索部である、請求項４に記載の装置。
  8. 【請求項８】生物２のゲノム上において、５’側の一番
    上流に位置する相同性領域の更に５’側上流にある領域
    および３’側の一番下流に位置する相同性領域の更に
    ３’側下流にある領域を決定する末端部分決定部を更に
    含んでなる、請求項３または４に記載の装置。
  9. 【請求項９】演算部において、ｖ（ｋ）が下記式で表さ
    れる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の装置。
  10. 【請求項１０】ジャンクション候補抽出部において、配
    列ｉおよび配列ｊがＧＴ−ＡＧルールに従って抽出され
    る、請求項の１〜９のいずれか一項に記載の装置。
  11. 【請求項１１】ｍｉおよびｍｊがそれぞれ２０であり、
    ｍｙｉｊが４０である、請求項の１〜１０のいずれか一
    項に記載の装置。
  12. 【請求項１２】生物１および生物２が、遺伝子の存在お
    よび／または相同性に関して高度な相関関係にある、請
    求項１〜１１のいずれか一項に記載の装置。
  13. 【請求項１３】生物１および生物２が真核生物である、
    請求項１２に記載の装置。
  14. 【請求項１４】生物１および生物２が哺乳動物である、
    請求項１２に記載の装置。
  15. 【請求項１５】生物１がマウスであり、生物２がヒトで
    ある、請求項１４に記載の装置。
  16. 【請求項１６】生物１がヒトであり、生物２がマウスで
    ある、請求項１４に記載の装置。
  17. 【請求項１７】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソ
    ンイントロンジャンクションを予測し、同定し、または
    決定するプログラムを記録したコンピュータ読みとり可
    能な記録媒体であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）に対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断片ａ
    ｂ）において、重複しない塩基数１０以上の２つの配列
    を抽出する手順と（ここで、断片ａｂ中において５’末
    端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配
    列をｊとする）、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
    ５’末端までの塩基数を表し、 ｉ−ａは、生物２の遺伝子領域の５’末端から配列ｉの
    ３’末端までの塩基数を表し、 Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
    ションの位置を決定する手順とを実行させるプログラム
    を記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体。
  18. 【請求項１８】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソ
    ンイントロンジャンクションを予測し、同定し、または
    決定するプログラムを記録したコンピュータ読みとり可
    能な記録媒体であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）に対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域（断片ａ
    ｂ）（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分
    と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域と
    が、それぞれ対応する二つの相同性領域に挟まれてお
    り、生物１のｃＤＮＡ配列における相同性領域がＡ１Ａ
    ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上の相同性領域が
    ａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ
    １Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有する）内のａ１
    ａ２とｂ１ｂ２とに挟まれる領域内において、重複しな
    い塩基数１０以上の２つの配列を抽出する手順と（ここ
    で、断片ａｂ中において５’末端側に存在する配列をｉ
    とし、３’末端側に存在する配列をｊとする）、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
    ションの位置を決定する手順とを実行させるプログラム
    を記録したコンピュータ読みとり可能な記録媒体。
  19. 【請求項１９】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定するプログラムを記録したコンピュータ
    読みとり可能な記録媒体であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２のゲノム配列
    上における相同性領域の位置リストとに基づいて（ここ
    で、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分および生物
    ２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ対応する二
    以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性領域それぞ
    れにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における相同性領域
    がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上の相同
    性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ
    ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有す
    る）、生物２のゲノム上において隣り合う相同性領域に
    挟まれた領域それぞれにおいて、重複しない塩基数１０
    以上の２つの配列を抽出する手順と（ここで、隣り合う
    相同性領域に挟まれた領域中それぞれにおいて５’末端
    側に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列
    をｊとする）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択する手順と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決
    定されたエキソンイントロンジャンクションの位置に従
    って生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出
    し、残った配列を連結することによりｃＤＮＡ配列を決
    定する手順とを実行させるプログラムを記録したコンピ
    ュータ読みとり可能な記録媒体。
  20. 【請求項２０】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定するプログラムを記録したコンピュータ
    読みとり可能な記録媒体であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タとに基づいて、生物１の全長ｃＤＮＡまたはその一部
    に相同な生物２のゲノム上の領域を相同性検索する手順
    と、 得られた生物２のゲノム上の相同性領域について組合せ
    を作成する手順と、 得られた組合せからｃＤＮＡ配列として存在し得ない組
    合せを除く手順と、 得られた組合せのうち組合せがカバーするゲノム上の範
    囲が最大のものを選択し、相同性領域の位置リストを作
    成する手順と（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはそ
    の一部分および生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、
    それぞれ対応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合
    う相同性領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列
    における相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物
    ２のゲノム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であ
    り、Ａ１Ａ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれ
    ぞれ相同性を有する）、 生物２のゲノム上において隣り合う相同性領域に挟まれ
    た領域それぞれにおいて、重複しない塩基数１０以上の
    ２つの配列を抽出する手順と（ここで、隣り合う相同性
    領域に挟まれた領域中それぞれにおいて５’末端側に存
    在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列をｊと
    する）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算する手順と、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択する手順と、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決
    定されたエキソンイントロンジャンクションの位置に従
    って生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出
    し、残った配列を連結することによりｃＤＮＡ配列を決
    定する手順とを実行させるプログラムを記録したコンピ
    ュータ読みとり可能な記録媒体。
  21. 【請求項２１】得られた組合せのうちｃＤＮＡ配列とし
    て存在し得ない組合せが下記からなる、請求項２０に記
    載の記録媒体。 ・２以上の生物２の相同性領域が対応する生物１の相同
    性領域が同一である組合せ、 ・生物２の２以上の相同性領域の順序が生物１の相同性
    領域のそれと逆になっている組合せ、および ・生物２の２以上の相同性領域の向きが逆になっている
    組合せ
  22. 【請求項２２】生物２のゲノム上の領域の相同性検索す
    る手順において、相同性検索が確率１０−５０以下で実
    施される、請求項２０に記載の記録媒体。
  23. 【請求項２３】生物２のゲノム上の領域の相同性検索す
    る手順が、ＢＬＡＳＴ、ＬＡＬＩＧＮ、ＡＬＩＧＮ、お
    よびＦＡＳＴＡから選択される検索システムにより相同
    性検索する手順を含んでなることを特徴とする、請求項
    ２０に記載の記録媒体。
  24. 【請求項２４】生物２のゲノム上において、５’側の一
    番上流に位置する相同性領域の更に５’側上流にある領
    域および３’側の一番下流に位置する相同性領域の更に
    ３’側下流にある領域を決定する手順を更に含んでな
    る、請求項１９または２０に記載の記録媒体。
  25. 【請求項２５】ｖ（ｋ）が下記式で表される、請求項１
    ７〜２４のいずれか一項に記載の記録媒体。
  26. 【請求項２６】配列ｉおよび配列ｊの抽出手順におい
    て、配列ｉおよび配列ｊがＧＴ−ＡＧルールに従って抽
    出される、請求項の１７〜２５のいずれか一項に記載の
    記録媒体。
  27. 【請求項２７】ｓ（ｉ，ｊ）の計算手順において、ｍｉ
    およびｍｊがそれぞれ２０であり、ｍｙｉｊが４０であ
    る、請求項の１７〜２６のいずれか一項に記載の記録媒
    体。
  28. 【請求項２８】生物１および生物２が、遺伝子の存在お
    よび／または相同性に関して高度な相関関係にある、請
    求項１７〜２７のいずれか一項に記載の記録媒体。
  29. 【請求項２９】生物１および生物２が真核生物である、
    請求項２８に記載の記録媒体。
  30. 【請求項３０】生物１および生物２が哺乳動物である、
    請求項２８に記載の記録媒体。
  31. 【請求項３１】生物１がマウスであり、生物２がヒトで
    ある、請求項３０に記載の記録媒体。
  32. 【請求項３２】生物１がヒトであり、生物２がマウスで
    ある、請求項３０に記載の記録媒体。
  33. 【請求項３３】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソ
    ンイントロンジャンクションを予測し、同定し、または
    決定する方法であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
    （断片ａｂ）とを準備し、 断片ａｂにおいて重複しない塩基数１０以上の２つの配
    列を抽出し（ここで、断片ａｂ中において５’末端側に
    存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列をｊ
    とする）、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b-j)+(i-a)-(B-A)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ−ｊは、生物２の遺伝子領域の３’末端から配列ｊの
    ５’末端までの塩基数を表し、 ｉ−ａは、生物２の遺伝子領域の５’末端から配列ｉの
    ３’末端までの塩基数を表し、 Ｂ−Ａは、生物１のｃＤＮＡの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
    ションの位置を決定する工程を含んでなる方法。
  34. 【請求項３４】ゲノム上の遺伝子領域内においてエキソ
    ン−イントロンジャンクションを予測し、同定し、また
    は決定する方法であって、 生物１の全長ｃＤＮＡ配列またはその一部分（断片Ａ
    Ｂ）と、それに対応する生物２のゲノム上の遺伝子領域
    （断片ａｂ）とを準備し（ここで、生物１のｃＤＮＡ配
    列またはその一部分と、それに対応する生物２のゲノム
    上の遺伝子領域とが、それぞれ対応する二つの相同性領
    域に挟まれており、生物１のｃＤＮＡ配列における相同
    性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上
    の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２は
    ａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有
    する）、 生物２の遺伝子領域内のａ１ａ２とｂ１ｂ２とに挟まれ
    る領域内において、重複しない塩基数１０以上の２つの
    配列を抽出し（ここで、断片ａｂ中において５’末端側
    に存在する配列をｉとし、３’末端側に存在する配列を
    ｊとする）、 抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、エキソンイントロンジャンク
    ションの位置を決定する工程を含んでなる方法。
  35. 【請求項３５】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定する方法であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タと、生物１のｃＤＮＡ配列および生物２のゲノム配列
    上における相同性領域の位置リストと準備し（ここで、
    生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分および生物２の
    ゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ対応する二以上
    の相同性領域が存在し、隣り合う相同性領域それぞれに
    おいて、生物１のｃＤＮＡ配列における相同性領域がＡ
    １Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノム上の相同性領
    域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ２はａ１ａ２
    と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性を有する）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、
    重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出し（ここ
    で、隣り合う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにお
    いて５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に
    存在する配列をｊとする）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決
    定されたエキソンイントロンジャンクションの位置に従
    って生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出
    し、残った配列を連結することによりｃＤＮＡ配列を決
    定する工程を含んでなる方法。
  36. 【請求項３６】ゲノム上のｃＤＮＡ領域を予測し、同定
    し、または決定する方法であって、 生物１から得られた全長ｃＤＮＡまたはその一部の配列
    データと、生物２の全ゲノムまたはその一部の配列デー
    タとを準備し、 生物１の全長ｃＤＮＡまたはその一部に相同な生物２の
    ゲノム上の領域を相同性検索し、 得られた生物２のゲノム上の相同性領域について組合せ
    を作成し、 得られた組合せからｃＤＮＡ配列として存在し得ない組
    合せを除き、 得られた組合せのうち組合せがカバーするゲノム上の範
    囲が最大のものを選択し、相同性領域の位置リストを作
    成し（ここで、生物１のｃＤＮＡ配列またはその一部分
    および生物２のゲノム上の遺伝子領域上には、それぞれ
    対応する二以上の相同性領域が存在し、隣り合う相同性
    領域それぞれにおいて、生物１のｃＤＮＡ配列における
    相同性領域がＡ１Ａ２、Ｂ１Ｂ２であり、生物２のゲノ
    ム上の相同性領域がａ１ａ２、ｂ１ｂ２であり、Ａ１Ａ
    ２はａ１ａ２と、Ｂ１Ｂ２はｂ１ｂ２とそれぞれ相同性
    を有する）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれにおいて、
    重複しない塩基数１０以上の２つの配列を抽出し（ここ
    で、隣り合う相同性領域に挟まれた領域中それぞれにお
    いて５’末端側に存在する配列をｉとし、３’末端側に
    存在する配列をｊとする）、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    抽出された配列ｉおよび配列ｊについて下記式で表され
    るｓ（ｉ，ｊ）を計算し、 s(i,j)=s(x,yij)-C{(b1-j)+(i-a2)-(B1-A2)}2 （Ｉ） （上記式中、s(x,yij)=max(v(k)) （II）であり、 ｂ１−ｊは、ｂ１ｂ２の５’末端から配列ｊの５’末端
    までの塩基数を表し、 ｉ−ａ２は、ａ１ａ２の５’末端から配列ｉの３’末端
    までの塩基数を表し、 Ｂ１−Ａ２は、Ａ１Ａ２の３’末端からＢ１Ｂ２の５’
    末端までの塩基数を表し、 Ｃは、比例係数であり、０〜１０であり、 ｖ（ｋ）は、ｘおよびｙｉｊのオーバーラップスコアを
    表し、ここで、ｘは生物１のｃＤＮＡ配列であり、ｙｉ
    ｊは配列ｉおよびｊを連続してなる断片であり、ｋは１
    〜ｍｙｉｊの整数を表し、 Ｍはｘとｙｉｊとのマトリックスを表し、ここで、ｘの
    ａ番目の塩基がｙｉｊのｂ番目の塩基と同じときにはＭ
    （ａ，ｂ）＝１であり、ｘのａ番目の塩基がｙｉｊのｂ
    番目の塩基と異なるときにはＭ（ａ，ｂ）＝０であり、 ｍｉは配列ｉの塩基数を表し、ｍｉ≧１０であり、 ｍｊは配列ｊの塩基数を表し、ｍｊ≧１０であり、 ｍｙｉｊは配列ｙｉｊの塩基数を表し、ｍｙｉｊ≧２０
    である。） 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて、
    得られたｓ（ｉ，ｊ）が最大となるように配列ｉおよび
    配列ｊの組合せを選択し、 隣り合う相同性領域に挟まれた領域それぞれについて決
    定されたエキソンイントロンジャンクションの位置に従
    って生物２のゲノム配列からイントロン配列を切り出
    し、残った配列を連結することによりｃＤＮＡ配列を決
    定する工程を含んでなる方法。
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