JP2000500326A - Fibronectin binding protein B compound - Google Patents

Fibronectin binding protein B compound

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JP2000500326A JP9515603A JP51560397A JP2000500326A JP 2000500326 A JP2000500326 A JP 2000500326A JP 9515603 A JP9515603 A JP 9515603A JP 51560397 A JP51560397 A JP 51560397A JP 2000500326 A JP2000500326 A JP 2000500326A
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バーナム，マーティン・カール・ラッセル
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スミスクライン・ビーチャム・パブリック・リミテッド・カンパニー
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Abstract

(57)【要約】 新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂポリペプチドおよびかかる新規フィブロネクチン結合タンパク質ＢをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を開示する。また、感染、詳細には、細菌感染に治療のためのかかる新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂの使用方法も開示する。また、新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂの核酸およびそのポリペプチドの宿主における存在に関連した疾病の検出のための診断アッセイも開示する。また、宿主における新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂファミリーをコードしているポリヌクレオチドの検出ならびに該ポリペプチドの検出のための診断アッセイも開示する。   (57) [Summary] Disclosed are novel fibronectin binding protein B polypeptides and DNA (RNA) encoding such novel fibronectin binding protein B and methods for producing such polypeptides by recombinant methods. Also disclosed is the use of such novel fibronectin binding protein B for the treatment of infections, in particular bacterial infections. Also disclosed are diagnostic assays for the detection of diseases related to the presence of the novel fibronectin binding protein B nucleic acid and its polypeptide in a host. Also disclosed is the detection of a polynucleotide encoding a novel fibronectin binding protein B family in a host, as well as diagnostic assays for the detection of the polypeptide.

Description

【発明の詳細な説明】 フィブロネクチン結合タンパク質Ｂ化合物 本発明は、新たに同定されたポリヌクレオチド、かかるポリヌクレオチドによ りコードされるポリペプチド、このようなポリヌクレオチドおよびポリペプチド の使用、ならびにかかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドおよび該ポリヌク レオチドで形質転換される組換え宿主細胞の生成に関する。 発明の背景 微生物の種々の宿主組織への付着に関与し、細菌病原性の重要な因子であると 考えられるスタフィロコッカスおよびストレプトコッカスの数種の細胞表面結合 タンパク質が、過去１０年で同定された(Ｐatti,Ｊ.Ｍ.、Ａllen，Ｂ.Ｌ.、Ｍc Ｇavin，Ｍ.Ｊ.およびＨook，Ｍ.、ＭＳＣＲＡＭＭ-Ｍediated Ａdherence of Ｍicroorganisms to Ｈost Ｔissues[１９９４]Ａnnu．Ｒev．Ｍicrobiol．４８ ，５８５−６１７を参照のこと）。 スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓtaphylococcus aureus）の細胞表面タン パク質、すなわち、フィブロネクチン結合タンパク質、フィブリノーゲン結合タ ンパク質、コラーゲン結合タンパク質およびタンパク質Ａはすべて、グラム陽性 菌の表面タンパク質に特徴的なＰＬＸＴＧモチーフのＮ−末端で、プロリンおよ びグリシン残基に富むペプチドグリカン拡張領域を有すると同定された（Ｓurfa ce−associated proteins of Ｓtaphylococcus aureus：Ｔheir possible roles in virulence.Ｆoster,Ｔ.Ｊ.およびＭcＤevitt,Ｄ．[１９９４]ＦＥＭＳ Ｍic robiology Ｌetters １１８，１９９−２０６を参照のこと） スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓtaphylococcus aureus）からのタンパク 質、例えば、フィブロネクチン結合タンパク質(ＥＰ0294349、ＥＰ0397633、Ｗ Ｏ94/18327)、フィブリノーゲン結合タンパク質(ＷＯ94/06830)、コラーゲン結 合タンパク質（ＷＯ92/07002）および骨シャロ蛋白結合タンパク質（ＷＯ94/133 10）を抗菌標的として取り扱う、種々の方法が提唱されてきた。結 合タンパク質またはその結合フラグメントは、宿主動物中で生物に対する抗体を 産生するワクチンとして、または宿主組織への生物の結合を遮断するのに用いる ことのできる治療用抗体を産生するための抗原として、該生物の宿主組織への結 合を遮断するための抗菌剤として用いられる。 発明の要約 本発明はスタフィロコッカス・アウレウス（Ｓ．aureus）ＷＣＵＨ29からの新 規な細胞表面タンパク質であって、配列番号１に示されるアミノ酸配列を有する 細胞表面タンパク質またはそのフラグメント、アナログまたは誘導体に関する。 本発明はまた、配列番号１に示されるアミノ酸配列を有する細胞表面タンパク 質のポリペプチドフラグメントまたはその誘導体に関する。 本発明のもう一つの態様によれば、かかるポリペプチドをコードするポリヌク レオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が提供される。 特に、本発明は配列番号２に示されるＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドを 提供する。 本発明はまた、配列番号２に示されるＤＮＡ配列からなることを特徴とする遺 伝子の発現により得られるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29からの新 規なタンパク質、またはそのフラグメント、アナログまたは誘導体を提供する。 本発明は、配列番号１の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペプチド のフラグメント、アナログおよび変種をコードする、前記したポリヌクレオチド の変種を包含する。 さらには、配列番号１のポリペプチドに結合し、その活性を阻害する化合物の 同定方法であって、その細胞表面に該ポリペプチドのための結合手段（該結合手 段は、化合物とその結合手段の結合に応じて検出可能なシグナルを供給する能力 を有する第２成分に関与している）を発現する細胞を、該結合手段との結合を可 能とする条件下、スクリーニングすべき化合物と接触させ；化合物と結合手段と の相互作用より生じるシグナルの有無を検出することによって、該化合物が結合 し、その結合を活性化するか、阻害するかどうかを決定することからなる方法が 提供される。 配列番号１のポリペプチドに対する抗体も提供される。さらには配列番号１の ポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニストも提供される。 さらに、配列番号１のポリペプチドを阻害することを必要とする個体を治療す るための方法であって、本発明のポリペプチドに対するアンタゴニストを治療上 有効量該個体に投与することからなる方法も提供される。 本発明のポリペプチドの発現に関連付けられる疾患の診断方法であって、配列 番号１のポリペプチドをコードする核酸配列を測定することからなる方法が提供 される。 宿主から由来のサンプル中の配列番号１のポリペプチドの存在について分析す ることからなる診断方法が提供される。 配列番号１のポリペプチドに対する抗体も提供される。さらには配列番号１の ポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニストも提供される。 さらに、本発明のポリペプチドの結合を阻害することを必要とする個体を治療 するための方法であって、本発明のポリペプチドに対するアンタゴニストを治療 上有効量該個体に投与することからなる方法も提供される。 本発明のポリペプチドの発現に関連付けられる疾患の診断方法であって、配列 番号１のポリペプチドをコードする核酸配列を測定することからなる方法が提供 される。 宿主から由来のサンプル中の配列番号１のポリペプチドの存在について分析す ることからなる診断方法が提供される。 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクター で遺伝子操作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリペプチドの製 法に関する。 本発明のさらにもう一つの態様によれば、治療または予防を目的として、例え ば抗菌剤またはワクチンとして、本発明のポリペプチドの使用が提供される。 本発明のもう一つ別の態様によれば、治療または予防を目的として、特に遺伝 的免疫処理を目的として、本発明のポリヌクレオチドの使用が提供される。 本発明のもう一つ別の態様によれば、抗菌剤として有用な、そのようなポリペ プチドに対する阻害剤が提供される。 本発明のもう一つ別の態様は、前記した本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ チドまたは阻害剤と、医薬上許容される担体とからなる医薬組成物を提供するこ とである。 個々の態様において、本発明は、病原体と感染の後遺症に関与する哺乳動物宿 主の間の即時的物理的相互作用（immediate physical interaction）を妨げるた めの、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻害剤の使用を提供する 。 本発明はさらには、そのような使用における医薬の製造に関する。 本発明は、細胞表面タンパク質または活性フラグメントの哺乳動物細胞に対す る相互作用を妨げる薬物を同定するための薬物のスクリーニング法を提供する。 図面の簡単な記載 以下の図面は本発明の特定の具体例を示すものである。それは単なる例示にす ぎず、明細書中に別途開示されている発明を限定するものではない。 図１は新規なフィブロネクチン結合タンパク質Ｂのポリペプチド配列（配列番 号１）を示す。 図２は図１のポリヌクレオチド配列より推定される新規なフィブロネクチン結 合タンパク質Ｂのポリヌクレオチド配列（配列番号２）を示す。 発明の詳細な記載 本発明はスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29からの新規な細胞表面タ ンパク質であって、配列番号１に示されるアミノ酸配列を有する細胞表面タンパ ク質またはそのフラグメント、アナログまたは誘導体に関する。 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29は、１９９５年９月１１日付けで 、受入れ番号ＮＣＩＭＢ40771の下、スコットランド、アバディーン、Ｎational Ｃollection of Ｉndustrial and Ｍarine Ｂacteria Ｌtd．(ＮＣＩＭＢ)に寄 託された。 本発明はまた、配列番号１に示されるアミノ酸配列を有する細胞表面タンパク 質のポリペプチドフラグメントまたはその誘導体に関する。配列番号１のアミノ 酸配列は、ペプチドグリカン拡張領域を含め、スタフィロコッカス・アウレウス のフィブロネクチン結合タンパク質Ｂと、８７％の同一性を示す。 以下、ポリペプチドなる語は、細胞表面タンパク質、そのフラグメント、アナ ログまたは誘導体、ならびにポリペプチドフラグメントまたはその誘導体をいう のに用いる。 本発明の他の態様によれば、かかるポリペプチドをコードするポリヌクレオチ ド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が提供される。 特に、本発明は配列番号２に示されるＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドを 提供する。本発明は、さらには、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29か らの細胞表面タンパク質をコードし、配列番号２に示されるＤＮＡ配列からなる ことを特徴とするポリヌクレオチドを提供する。 配列番号２に示されるＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドが、エシェリキア ・コリ（Ｅ．coli）中のスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29の染色体Ｄ ＮＡのクローンのライブラリーより得られた。 配列番号２に示されるＤＮＡ配列を用いて、細胞表面をコードするポリヌクレ オチドを得るには、典型的には、エシェリキア・コリまたは他の適当な宿主中の スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ29の染色体ＤＮＡのクローンのライブ ラリーを、該部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましく は１７倍量以上の長さのオリゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該プロー ブと同じＤＮＡを有するクローンを高ストリンジェント洗浄を使用して区別でき る。こうして原型の配列から設計された配列決定プライマーで同定された個々の クローンを配列決定することにより、該配列を両方の方向に伸長し、完全な遺伝 子配列を決定することが可能である。都合よくは、プラスミド・クローンから調 製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、Ｍan iatis,Ｔ.，Ｆritsch,Ｅ.Ｆ.およびＳambrookら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮ ＩＮＧ：Ａ Ｌaboratory Ｍanual［第２版（１９８９）Ｃold Ｓpring Ｈarbor Ｌaboratory．(ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.９０および変 性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０を参照のこと)により記載されている。 本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡの形態であっても、またはＤＮＡの形態 であってもよく、そのＤＮＡはcＤＮＡ、ゲノムＤＮＡおよび合成ＤＮＡを包含 す る。ＤＮＡは二本鎖または一本鎖であってもよく、一本鎖であるならば、コード 鎖または非コード（アンチセンス）鎖であってもよい。ポリペプチドをコードす るコード配列は、配列番号２に示されるコード配列と同一であってもよく、ある いは遺伝暗号の重複性および縮重性の結果として、同じポリペプチドをコードす る異なるコード配列であってもよい。 本発明は、配列番号１の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペプチド のフラグメント、アナログおよび誘導体をコードする前記したポリヌクレオチド の変種を包含する。ポリヌクレオチドの変種はポリヌクレオチドの天然の対立遺 伝子変種またはポリヌクレオチドの天然に存在しない変種であってもよい。 したがって、本発明は、配列番号１の推定アミノ酸配列により特徴付けられる のと同じポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに該ポリペプチド のフラグメント、誘導体またはアナログをコードするそのようなポリヌクレオチ ドの変種を包含する。かかるヌクレオチド変種として、欠失変種、置換変種およ び付加または挿入変種が挙げられる。 ポリヌクレオチドは配列番号２のＤＮＡ配列により特徴付けられるコード配列 の天然に存する対立遺伝子変種であるコード配列を有していてもよい。当該分野 にて知られているように、対立遺伝子は、コードされるポリペプチドの機能を実 質的に変えることなく、１またはそれ以上のヌクレオチドが置換、欠失または付 加されていてもよいポリヌクレオチド配列の対立形である。 成熟ポリペプチド、すなわち、天然の細胞膜タンパク質をコードするポリヌク レオチドは、成熟ポリペプチドのためのコード配列だけを、または成熟ポリペプ チドのためのコード配列およびリーダーまたは分泌配列あるいはプロタンパク質 配列などの付加的なコード配列を含んでいてもよい。 かくして、「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」は、ポリペプチド のためのコード配列だけを有するポリヌクレオチドならびに付加的なコードおよ び／または非コード配列を含むポリヌクレオチドを包含する。 したがって、本発明は、成熟ポリペプチドのためのコード配列が、同じ読み枠 中で宿主細胞からのポリペプチドの発現および分泌を促進するポリヌクレオチド 配列、例えば、細胞からのポリペプチドの移動を調節する分泌配列として機能す るリーダー配列と融合していてもよい、ポリヌクレオチドを包含する。リーダー 配列を有するポリペプチドはプレタンパク質であり、成熟形のポリペプチドを形 成するために宿主細胞により切断されるリーダー配列を有していてもよい。該ポ リヌクレオチドはまた、成熟タンパク質に加えて付加的な５’−アミノ酸残基と からなるプロタンパク質をコードしてもよい。プロ配列を有する成熟タンパク質 はプロタンパク質であり、タンパク質の不活性な形態である。プロ配列が切断さ れると、活性な成熟タンパク質が残る。 かくして、例えば、本発明のポリヌクレオチドは、成熟タンパク質を、または プロ配列を有するタンパク質を、またはプロ配列およびプレ配列(リーダー配列) の両方を有するタンパク質をコードすることができる。 本発明のポリヌクレオチドはまた、本発明のポリペプチドの精製を可能とする 、遺伝子の５’または３’末端のいずれかでマーカー配列にフレームにて融合し たコード配列を有していてもよい。マーカー配列は、細菌宿主の場合に、マーカ ーに融合したポリペプチドの精製を提供するための、ｐＱＥシリーズのベクター （Ｑuiagen Ｉnc.より商業的に入手可能）により付与されるヘキサ−ヒスチジン ・タグであってもよい。 本発明はさらには、配列の間に少なくとも５０％、好ましくは少なくとも７０ ％の同一性がある場合に、前記した配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド に関する。本発明は、特に、ストリンジェントな条件下で前記したポリヌクレオ チドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書にて用いる場合 、「ストリンジェントな条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列間 に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合にのみ起 こることを意味する。好ましい具体例において、前記したポリヌクレオチドとハ イブリダイズするポリヌクレオチドは、配列番号１の推定アミノ酸配列により特 徴付けられるポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持してい るポリペプチドをコードする。本発明はまた、（a）配列番号１のアミノ酸を有 してなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも７０％の同一 性 を有するポリヌクレオチド；（b）（a）のポリヌクレオチドと相補性であるポリ ヌクレオチド；および（c）（a）または（b）のポリヌクレオチドの少なくとも １５個の連続した塩基を有してなるポリヌクレオチド；からなる群より選択され るポリヌクレオチドからなる単離ポリヌクレオチドを提供する。 本明細書でいう寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブタペ スト条約の条件下で行われている。これらの寄託株は当業者の便宜のためにのみ 提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要 件であることを承認するものではない。寄託材料に含まれるポリヌクレオチドの 配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、出典明示 により本明細書の一部とされ、本明細書の配列の記載と不一致であるいずれの事 象も調節するものである。寄託材料を製造、使用または販売するには、ライセン スが必要であるが、そのようなライセンスはここで付与されるものではない。 配列番号１の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペプチドに言及する 場合の、「フラグメント」、「誘導体」および「アナログ」なる語は、かかるポリ ペプチドと本質的に同一の生物学的機能または活性を保持するポリペプチドを意 味する。従って、アナログにはプロタンパク質部分を切断して活性成熟ポリペプ チドを生成して活性化できるプロタンパク質を包含する。 本発明のポリペプチドは組換えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成ポ リペプチドであってもよく、好ましくは、組換えポリペプチドである。 配列番号１の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペプチドのフラグメ ント、誘導体もしくはアナログは、（i）１またはそれ以上のアミノ酸残基が保 存または非保存アミノ酸残基（好ましくは保存アミノ酸残基）により置換された もので、かかる置換アミノ酸残基は遺伝暗号によりコードされたものであっても 、なくてもよい、または（ii）１またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含む もの、または（iii）ポリペプチドが別の化合物、例えばポリペプチドの半減期 を伸ばす化合物（例えばポリエチレングリコール）と融合したもの、または（iv ）付加的なアミノ酸がリーダーもしくは分泌配列、またはポリペプチドもしくは プロタンパク質配列の精製に用いられる配列のごとき、ポリペプチドと融合した もの であってもよい。かかるフラグメント、誘導体およびアナログは本明細書の教示 より当業者の範疇であると考えられる。 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、好ましくは、単離された形 態、好ましくは均質にまで精製されている。 「単離」された語は、材料がその本来の環境（例えば、天然に存する場合、自 然環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生体に天然に存在する ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されていないが、その天然系で共存 する物質の一部またはすべてから分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペ プチドは単離されている。かかるポリヌクレオチドはベクターの一部とすること ができ、および／またはかかるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは組成物の 一部とすることができ、そのようなベクターまたは組成物はその自然環境の一部 ではない点で単離されている。 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクター で遺伝子操作された宿主細胞、および組換え技法による本発明のポリペプチドの 産生に関する。 したがって、本発明のさらなる態様によれば、該ポリペプチドをコードするポ リヌクレオチドを宿主中で発現させ、発現産物を回収することによる、組換え技 法による本発明のポリペプチドの生成法が提供される。別法として、本発明のポ リペプチドは通常のペプチドシンセサイザーにより合成して産生することができ る。 宿主細胞を、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターであってもよ い、本発明のベクターで遺伝子操作（形質導入、形質転換またはトランスフェク ション）する。該ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ファージ等の形 態であってもよい。遺伝子操作された宿主細胞は、プロモーターを活性化するた めに、形質転換体を選択するために、または遺伝子を増幅するために、適宜修飾 された通常の栄養培地にて培養することができる。温度、ｐＨなどの培養条件は 、発現用に選択された宿主細胞で以前より使用されている条件であり、当業者に 自明である。 適当な発現ベクターは、染色体、非染色体および合成ＤＮＡ配列、例えば、細 菌性プラスミド；ファージＤＮＡ；バキュロウイルス；酵母プラスミド；プラス ミドとファージＤＮＡの組み合わせから由来のベクターを包含する。しかし、他 のいずれのベクターも、宿主中にて複製可能で、生存しうる限り、用いることが できる。 適当なＤＮＡ配列を種々の操作によりベクターに挿入することができる。一般 に、ＤＮＡ配列が、当該分野にて公知の操作により適当な制限エンドヌクレアー ゼ部位（複数でも可）に挿入される。 ｍＲＮＡ合成を指令するように、発現ベクター中のＤＮＡ配列を適当な発現制 御配列（複数でも可）（プロモーター）に作動可能に連結させる。このようなプ ロモーターの代表例として、ＬＴＲまたはＳＶ40プロモーター、エシェリキア・ コリlacまたはtrp、ファージラムダＰLプロモーターおよび真核生物または原核 生物細胞あるいはそのウイルス中で遺伝子の発現を制御することが知られている 他のプロモーターが挙げられる。発現ベクターはまた、翻訳開始のためのリボソ ーム結合部位および転写ターミネーターを含有する。ベクターにはまた、発現を 増幅するための適当な配列が含まれていてもよい。 加えて、発現ベクターは、１またはそれ以上の選択可能なマーカー遺伝子を含 有し、形質転換された宿主細胞を選択するための表現型特性、例えば、真核生物 細胞培養のためのジヒドロ葉酸レダクターゼまたはネオマイシン耐性、あるいは エシェリキア・コリにおけるテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性を付与す ることが好ましい。 望ましいタンパク質をコードするＤＮＡ配列が、この発現構築物を含有するベ クターにより形質転換された宿主細胞中のＲＮＡに転写されるように、遺伝子は 、プロモーター、リボソーム結合部位（細菌発現用）および、所望によりオペレ ーター（総称して、本明細書中、「制御」因子という）の制御下に置くことがで きる。コード配列はシグナルペプチドまたはリーダー配列を有していてもいなく てもよい。本発明のポリペプチドは、例えば、エシェリキア・コリtacプロモー ターまたはタンパク質Ａ遺伝子（spa）プロモーターおよびシグナル配列を用い て発 現させることができる。リーダー配列は翻訳後プロセッシングにて細菌性宿主よ り除去できる。例えば、米国特許第４４３１７３９号；第４４２５４３７号；第 ４３３８３９７号を参照のこと。プロモーター領域は、ＣＡＴ（クロラムフェニ コール・トランスフェラーゼ）ベクターまたは選択可能なマーカーを含む他のベ クターを用いていずれか所望の遺伝子より選択することができる。２種類の適当 なベクターはＰＫＫ232-8およびＰＣＭ7である。細菌性プロモーターとして、la cＩ、lacＺ、Ｔ3、Ｔ7、gpt、ラムダＰR、ＰLおよびtrpが挙げられる。真核生物 性プロモーターとして、ＣＭＶ前初期、ＨＳＶチミジンキナーゼ、初期および後 期ＳＶ40、レトロウイルス由来のＬＴＲおよびマウス・メタロチオネイン−Ｉが 挙げられる。適当なベクターおよびプロモータの選択は、当業者の範囲内である 。 制御配列に加えて、宿主細胞の増殖に比例してタンパク質配列の発現の調節を 可能にする調節配列を付加することが望ましい。調節配列は当業者に周知であり 、例えば、調節化合物の存在を含め、化学的または物理的刺激に応答して遺伝子 の発現を作動させるかまたはさせない配列が挙げられる。他のタイプの調節因子 、例えばエンハンサー配列もまた、ベクター中に存在し得る。 発現ベクターは、特定のコード配列が適当な調節配列と共にベクター中に配置 されるように構築され、該コード配列の位置決定および方向は、該コード配列が 制御配列の「制御」下で転写されるようになっている(すなわち、制御配列にて ＤＮＡ分子に結合するＲＮＡポリメラーゼは、コード配列を転写する)。コード 配列の修飾は、この目的を達成するために望ましい。例えば、いくつかの場合、 適当な方向を有する制御配列に結合するように、すなわち、読み枠を維持するた めに、配列を修飾する必要があり得る。制御配列および他の調節配列を、前記の クローニングベクターのごときベクター中に挿入する前に、コード配列に連結し てもよい。別法で、コード配列は、すでに制御配列および適当な制限部位を含有 する発現ベクター中で直接クローン化することができる。 一般に、組換え発現ベクターは、宿主細胞の形質転換を可能にする複製起点お よび選択マーカー、例えば、エシェリキア・コリ（E．coli）のアンピシリン耐 性遺伝子およびエス・セレビシエ（S．cerevisiae）ＴＲＰ１遺伝子、ならびに 下流構造配列の転写を指示する高−発現遺伝子由来のプロモーターを包含するで あろう。異種構造配列は、翻訳開始および終止配列、および好ましくは翻訳され たタンパク質の細胞周辺腔または細胞外培地中への分泌を指示することができる リーダー配列と共に適当な段階で組み立てられる。所望により、異種配列は、所 望の性質、例えば発現された組換え産物の安定化または単純化された精製を付加 するＮ末端同定ペプチドを包含する融合タンパク質をコードしてもよい。 前記のごとき適当なＤＮＡ配列ならびに適当なプロモーターまたは制御配列を 含有するベクターを用いて、適当な宿主にタンパク質を発現させるよう該宿主を 形質転換してもよい。 より詳細には、本発明はまた、広く前記のような１またはそれ以上の配列を含 む組換え構築物も包含する。該構築物は、その中に本発明の配列が順方向もしく は逆方向に挿入されているベクター、例えばプラスミドまたはウイルスベクター を含む。この具体例の好ましい態様において、該構築物は、さらに、例えば作動 可能に配列に連結されたプロモーターを包含する調節配列を含む。多数の適当な ベクターおよびプロモーターが当業者に知られており、商業的に入手可能である 。以下のベクターは、例として提供する。細菌性：ｐET-3ベクター(Stratagene) 、ｐQE70、ｐQE60、ｐQE-9(Qiagen)、pbs、ｐD10、phagescript、psiX174、pblu escript SK、pbsks、ｐNH8A、ｐNH16a、ｐNH18A、ｐNH46A(Stratagene);ｐtrc99 a、ｐKK223-3、ｐKK233-3、ｐDR540、ｐRIT5(Pharmacia)。真核生物：ｐBlueBac III(Invitrogen)、ｐWLNEO、ｐSV2CAT、ｐOG44、ｐXT1、ｐSG(Stratagene)、ｐS VK3、ｐBPV、ｐMSG、ｐSVL(Pharmacia)。しかしながら、宿主内で複製でき、生 存できる限り、いずれの他のプラスミドまたはベクターを用いてもよい。 クローニングのための組換えＤＮＡベクターおよびそれらが形質転換できる宿 主細胞の例は、バクテリオファージ１(イー・コリ)、ｐBR322(イー・コリ)、ｐACY C177(イー・コリ)、ｐKT230(グラム陰性細菌)、ｐGV1106(グラム陰性細菌)、ｐLA FR1(グラム陰性細菌)、ｐME290(イー・コリではないグラム陰性細菌)、ｐHV14(イ ー・コリおよびバチルス・ズブチリス(Bacillus subtilis))、ｐBD9(バチルス(Ba cillus))、pIJ61(ストレプトミセス(Streptomyces))、ｐUC6(ストレプト ミセス)、YIp5(サッカロミセス(Saccharomyces))、バキュロウイルス昆虫細胞系 、YCp19（サッカロミセス）を包含する。一般に、”DNA Cloning”:Vols.I & II ,Gloverら編、IRL Press Oxford(1985)(1987)および;T.Maniatisら（”Molecula r Cloning”Cold Spring Harbor Laboratory(1982)参照のこと。 いくつかの場合、宿主生物からのポリペプチドの分泌、分泌シグナルのその後 の開裂を引き起こす配列を付加することが望ましい。 ポリペプチドは、適当なプロモーターの制御下で宿主細胞中に発現され得る。 また、無細胞翻訳系を用いて、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用し、か かるタンパク質を生産することもできる。原核生物および真核生物宿主での使用 のための適当なクローニングおよび発現ベクターは、Sambrookら、Molecular Cl oning：A Laboratory Manual、第２版、Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)によ って記載されており、出典明示してこの開示を本明細書の一部とみなす。 適当な宿主株の形質転換および適当な細胞密度までの宿主株の増殖後、選択さ れたプロモーターを適当な手段（例えば、温度シフトまたは化学的誘導）によっ て誘導し、細胞をさらに一定時間培養する。 細胞は、典型的には、遠心分離によって回収し、物理的または化学的手段によ る破壊し、得られる粗抽出物をさらなる精製用に保持する。 タンパク質の発現において用いられる微生物細胞は、凍結−解凍サイクル、音 波処理、機械的破壊、または細胞溶解剤の使用を包含するいずれの慣用的方法に よっても破壊でき、かかる方法は当業者によく知られている。 選択された発現系および宿主に依存して、本発明のポリペプチドは、それによ り目的のポリペプチドが発現される条件下で、前記の発現ベクターによって形質 転換された宿主細胞の増殖により生産され得る。次いでポリペプチドを宿主細胞 から単離し、精製する。発現系が生育培地中にポリペプチドを分泌する場合、ポ リペプチドを直接、培地から精製することができる。ポリペプチドが分泌されな い場合、細胞ライゼートから単離、または細胞膜フラクションから回収する。ポ リペプチドが細胞表面に局在する場合、細胞全体または単離した膜を所望の遺伝 子産物のアッセイ可能な資源として使用できる。イー・コリのごとき細菌宿主中 に発現されたポリペプチドは、封入体からの単離および再生を必要とし得る。成 熟タンパク質が超発現の不溶性産物を導く非常に疎水性の領域を有する（通常Ｃ 末端にて）場合、疎水性領域を欠失した端切断されたタンパク質を発現すること が望ましい。適当な増殖条件および回収方法の選択は、当該分野内である。 ポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオン または陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー 、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒド ロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィーを含 む方法により、組換え細胞培養物から回収および精製できる。必要ならば、成熟 タンパク質の配置を完全なものとするのにタンパク質再生工程を用いることがで きる。最終的に高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を最終精製工程に用 いることができる。 組換え生成方法において用いられる宿主により、本発明のポリペプチドはグリ コシル化するかまたは非グリコシル化されうる。本発明のポリペプチドはまた開 始メチオニンアミノ酸残基を含み得る。 「レプリコン」は、インビボでのＤＮＡ複製の自律的単位として機能する、す なわち、その自らの制御下で複製することのできる、遺伝的エレメント（たとえ ば、プラスミド、染色体、ウイルス）である。 「ベクター」は、プラスミド、ファージ、またはコスミドなどのレプリコンで あり、連結したセグメントの複製ができるように、これらに他のＤＮＡセグメン トを連結させることができる。 「二本鎖ＤＮＡ分子」は、弛緩型および超らせん型の両方の二本鎖ヘリックス におけるデオキシリボヌクレオチド（塩基アデニン、グアニン、チミン、または シトシン）のポリマー形態を意味する。この用語は、分子の一次的および二次的 構造を意味するのみであり、特定の三次元構造を限定するものではない。それゆ え、この用語は、とりわけ、直鎖状ＤＮＡ分子(たとえば、制限フラグメント)、 ウイルス、プラスミドおよび染色体に見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二本 鎖ＤＮＡ分子の構造を議論する場合、配列は、ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、ｍ ＲＮＡと相同性のある配列を有する鎖）にそって５’から３’方向にある配列み のを記載する慣例に従って明細書中に記載される。 特定のタンパク質の「コーディング配列」または特定のタンパク質を「コード するヌクレオチド配列」のＤＮＡは、適当な調節配列の制御下に置かれると、転 写され、タンパク質に翻訳されるＤＮＡ配列である。 「プロモーター配列」は、細胞中でＲＮＡポリメラーゼと結合でき、下流（３ ’方向）コーディング配列の転写を開始できるＤＮＡ調節領域である。本発明を 定義する目的では、プロモーター配列は、コーディング配列の翻訳開始コドン（ たとえば、ＡＴＧ）により３’末端で境界をひき、上流（５’方向）にのび、バ ックグラウンドよりも上の検出可能なレベルで転写を開始するのに必要な塩基ま たはエレメントの最小数を含む。プロモーター配列中に、転写開始部位（通常、 ヌクレアーゼＳ１でマッピングにより定義される）、ならびにＲＮＡポリメラー ゼの結合に関与するタンパク質結合ドメイン（コンセンサス配列）が見出される 。真核プロモーターは、しばしば、いつもでなないが、「ＴＡＴＡ」ボックスお よび「ＣＡＴ」ボックスを含む。原核プロモーターは、−１０および−３５コン センサス配列に加え、シャイン−ダルガノ配列を含む。 ＤＮＡ「制御配列」は、プロモーター配列、リボソーム結合部位、ポリアデニ レーションシグナル、転写終結配列、上流調節ドメイン、エンハンサー、および 宿主細胞中でコーディング配列の発現（すなわち、転写および翻訳）を提供する ようなものを、ひとまとめにして意味する。 制御配列は、ＲＮＡポリメラーゼがプロモーター配列に結合し、コーディング 配列をｍＲＮＡに転写し、ついでｍＲＮＡをコーディング配列にコードされるポ リペプチドに翻訳する時、細胞中でコーディング配列の「発現を制御」する。 「宿主細胞」は、トランスフォームまたはトランスフェクトされた細胞である か、または、外来ＤＮＡ配列によりトランスフォーメーションまたはトランスフ ェクション可能な細胞である。 該外来ＤＮＡが細胞膜中に導入されている時、細胞は外来ＤＮＡにより「トラ ンスフォーム」されている。外来ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ中に組み込まれ（共有 結合して）細胞のゲノムを構成していてもよく、していないくてもよい。たとえ ば、原核細胞および酵母では、外来ＤＮＡは、プラスミドなどのエピソームエレ メントとして保持され得る。真核細胞についてみると、安定にトランスフォーム またはトランスフェクトされた細胞は、染色体複製により娘細胞に遺伝するよう に、外来ＤＮＡが染色体中に組み込まれているものである。この安定性は、細胞 系、または、外来ＤＮＡを含む娘細胞の集団からなるクローンを確立する、真核 細胞の能力により、示される。 「クローン」は、単一細胞または有糸分裂による共通の祖先由来の細胞の集団 である。「細胞系」は、多世代にわたりインビトロで安定に生育できる一次細胞 のクローンである。 ＤＮＡ構成の「異種」領域は、天然の他の分子と関連して見出されない、他の ＤＮＡ分子中または他のＤＮＡ分子に結合する、ＤＮＡの同定可能なセグメント である。 本発明のさらに別の態様によれば、たとえば、抗菌剤またはワクチンのような 治療的または予防的目的のための本発明のポリペプチドの使用が提供される。 本発明の他の態様によれば、治療的または予防的目的、特に遺伝的免疫感作の ための本発明のポリペプチドの使用が提供される。 本発明のさらに他の態様によれば、たとえば、抗菌剤として有用な該ポリペプ チドに対する阻害剤が提供される。特に、該ポリペプチドに対する抗体が提供さ れる。 本発明の他の態様は、上記の本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは 阻害剤および医薬上許容される担体を含む医薬組成物である。 本発明の特定の態様では、感染の余病に関与する病原体と哺乳類宿主間の即時 物理的相互作用を妨げるための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは 阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子は、： ｉ）細菌、特にグラム陽性細菌の内在装置上の哺乳類細胞外マトリックスタンパ ク質または創傷部の細胞外マトリックスタンパク質への付着の防止； ｉｉ）たとえば、哺乳類チロシンキナーゼのホスホリレーションの開始による、 細胞表面タンパク質媒介の哺乳類細胞侵入のブロック； iii）組織損傷を媒介する哺乳類細胞外マトリックスタンパク質と細菌細胞表面 タンパク質間の細菌的付着のブロック； ｉｖ）内在装置の埋め込みまたは他の外科的技術以外で開始される感染における 病原の通常の進行のブロック； に用いることができる。 本発明は、さらに、該使用のための医薬の製造に関する。 ポリペプチドは、宿主の予防接種のための抗原として、たとえば細菌の損傷組 織への付着をブロックすることにより、細菌の進入に対し保護する特異的抗体を 生成するのに、用いることができる。組織損傷の例には、たとえば、機械的、化 学的または熱的損傷によりまたは内在装置の埋め込みにより引き起こされる皮膚 または結合組織中の創傷、口腔、乳腺、尿道または膣などの粘膜における創傷が 含まれる。 ポリペプチドまたはそれらを発現する細胞をそのほかに抗体を生成するための 免疫原として用いることができる。これらの抗体は、たとえば、ポリクローナル またはモノクローナル抗体であり得る。抗体なる用語は、キメラ、１本鎖、およ びヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントまたはＦａｂ発現ライブラリーの産 物を包含する。 本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリペプチドを動物に直接注射 することによりまたはポリペプチドを動物、好ましくはヒト以外の動物に投与す ることにより得ることができる。このように得られた抗体は、ついで、ポリペプ チドそれ自体に結合する。このように、ポリペプチドのフラグメントのみをコー ドする配列でさえ、完全な天然のポリペプチドに結合する抗体を生成するのに用 いることができる。ついで、該抗体をそのポリペプチドを発現する組織からポリ ペプチドを単離するのに用いることができる。 ポリペプチド誘導体は、抗原的にまたは免疫的に等価な誘導体を包含し、本発 明の特定の態様を形成する。 本明細書において用いる「抗原的に等価な誘導体」なる用語は、本発明にした がうタンパク質またはポリペプチドに対して作られたとき、病原体および哺乳類 宿主間の即時的物理的相互作用を妨げる特定の抗体により、特異的に認識される ポリペプチドまたはその等価物を包含する。 本明細書において用いる「免疫的に等価な誘導体」なる用語は、ペプチドまた は、脊椎動物において抗体を作成するのに適した状態で用いられたとき、抗体が 病原と哺乳類宿主間の即時的物理的相互作用を妨げる、ポリペプチドまたはその 等価物を包含する。 特に、本発明の天然の細胞表面タンパク質またはポリペプチドフラグメントよ りもわずかに長いかまたはわずかに短い誘導体を用いることができる。加えて、 一つまたはそれ以上のアミノ酸残基が修飾されたポリペプチドを用いることがで きる。そのようなペプチドは、たとえば、アミノ酸の置換、付加、または転移、 またはそれらの化学的修飾により、調製できる。すべてのそのような置換および 修飾は、一般的にペプチド化学の分野において当業者に周知である。 タンパク質のＮ−末端フラグメント、すなわち、細胞質中でない、はタンパク 質の領域に対する抗体の調製にもっとも関係する(Ｂinding and activation of plasminogen at the surface of Ｓtrphlococus aureus,Ｋuusela,Ｐ.and Ｓaks ela.Ｏ.(1990)Ｅur.Ｊ.Ｂiochem 193:759-65参照)。 抗原的にまたは免疫的に等価な誘導体またはそれらの融合タンパク質などのポ リペプチドは、抗原として、マウスまたはラットまたはニワトリなどの他の動物 を免疫化するのに用いることができる。融合タンパク質は、ポリペプチドに安定 性を提供する。抗原は、たとえば接合により、免疫原性担体タンパク質、たとえ ば、ウシ血清アルブミン(ＢＳＡ)、キーホール・リンペット・ヘモシアニン（Ｋ ＬＨ）と結合できる。別に、タンパク質またはポリペプチド、またはそれらの抗 原的または免疫的等価ポリペプチドの多数のコピーを含む多数の抗原性タンパク 質は、十分抗原性であり、担体の使用を回避するように免疫原性を改良すること ができる。 モノクローナル抗体の調製には、連続的細胞系培養により得られる抗体を提供 するいずれの方法も用いることができる。例えば、ハイブリドーマ法(Ｋohler, Ｇ. およびＭilstein,Ｃ.、1975,Ｎature 256：495-497)、トリオーマ法、ヒトＢ-細 胞ハイブリドーマ法（Ｋozborら、1983,Ｉmmunology Ｔoday 4：72）およびヒト モノクローナル抗体を生成するためのＥＢＶ-ハイブリドーマ法(Ｃoleら、1985, Ｍonoclonal Ａntibodies and Ｃancer Ｔherapy，７７−９６頁、Ａlan Ｒ.Ｌi ss,Ｉnc.)が挙げられる。 一本鎖抗体を生成するのに記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を 適用して、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対する一本鎖抗体を産生できる 。 ＫohlerおよびＭilstein(1975,Ｎature,256,495.497)の方法を用いて、免疫化 哺乳類由来の抗体含有細胞をミエローマ細胞と融合させ、モノクローナル抗体を 分泌するハイブリドーマ細胞を作成する。 ハイブリドーマを一つまたはそれ以上のオリジナルポリペプチドおよび／また は融合タンパク質を用いて、スクリーンし、高結合親和性および他のスタフィロ コッカス族と好ましい交差反応を有する細胞系を選択する。 モノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマ細胞系は、本発明の他の態様で ある。 別法として、ファージディスプレイ技術を用い、抗Ｆｂｐの保持に関してスク リーニングされたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅ｖ遺伝子のレパートリー由来の、 あるいは未処理のライブラリー由来のポリペプチドに対して結合活性を有する抗 体遺伝子を選択ことができる。［マキャファティー、ジェイ（ＭｃＣａｆｆｅｒ ｔｙ，Ｊ.）ら、(１９９０)，Ｎａｔｕｒｅ，３４８，５５２−５５４；マーク ス、ジェイ（Ｍａｒｋｓ，Ｊ.）ら、(１９９１)，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０，７７９−７８３］ これらの抗体の親和性は鎖再配列［クラクソン、テ ィー（Ｃｌａｃｋｓｏｎ，Ｔ.）ら、(１９９１)，Ｎａｔｕｒｅ ３５２，６２ ４−６２８］によって向上されうる。 抗体は、ポリペプチドおよび／または融合タンパク質に対する高親和性につい て再びスクリーニングされるべきである。 上述のごとく、最終的な抗体のフラグメントが調製されうる。 抗体はＭｒが約１５０、０００の無傷の抗体またはその誘導体、例えば、Ｆａ ｂフラグメントあるいはＦｖフラグメント［例えば、スケラ、エー（Ｓｋｅｒｒ ａ，Ａ.）およびプラクスン、エー（Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ａ.）(１９８８)，Ｓ ｃｉｅｎｃｅ ２４０，１０３８−１０４０．に記載］である。２つの抗原結合 ドメインが存在するならば、各ドメインを、「二特異的」抗体と称される、異な るエピトープに向けることができる。 本発明の抗体は従来の方法、例えば、確立されたモノクローナル抗体技術［コ ーラー、ジー（Ｋｏｈｌｅｒ，Ｇ.）およびマイルスタイン、シー（Ｍｉｌｓｔ ｅｉｎ，Ｃ.）(１９７５)，Ｎａｔｕｒｅ ２５６，４９５−４９７］あるいは 組み換え法、（例えば、コンビナトリアルライブラリー[例えば、フセ、ダブル ．ディー（Ｈｕｓｅ，Ｗ．Ｄ.）ら、(１９８９)，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６，１ ２７５−１２８１．に記載]）を用いて調製されてもよい。 好ましくは、抗体は、本発明の該ポリペプチドの発現について上述されたよう な適当な発現系において該抗体をコードするＤＮＡポリマーを発現することによ って生産される。その発現系のためのベクターの選択は、宿主によって一部決定 される。そのような宿主は、イー・コリ（好ましくは、Ｂ株）またはストレプト マイセス種の様な原核細胞、あるいはマウスＣ１２７、マウスミエローマ、ヒト ＨｅＬａ、チャイニーズハムスター卵巣、糸状あるいは単細胞菌、または昆虫細 胞のような真核細胞であってもよい。そのような宿主はまた、トランジェニック 動物あるいはトランジェニック植物［例えば、ハイアット，エー(Ｈｉａｔｔ， Ａ.)ら、(１９８９)，Ｎａｔｕｒｅ ３４，７６−７８．に記載］であってもよ い。適切なベクターは、プラスミド、バクテリオファージ、コスミドおよび、例 えば、バキュロウィルスおよび痘疹から誘導された組み換えウィルスを含む。 Ｆａｂフラクグメントはまた、酵素処理（例えば、パパインを用いてＦｃ部分 からＦａｂ部分を切断すること）によってその親モノクローナル抗体から生産す ることもできる。 好ましくは、抗体あるいはその誘導体を患者において免疫性が低減するように 修飾する。例えば、患者がヒトならば、該抗体は、最も好ましくは、「ヒト化」 されてよい。ここで、ハイブリドーマ誘導抗体の相補性決定部位はヒトモノクロ ーナル抗体に移植されている[例えば、ジョーンズ、ピー（Ｊｏｎｅｓ，Ｐ.）ら 、(１９８６)，Ｎａｔｕｒｅ，３２１，５２２−５２５；あるいはテンペスト（ Ｔｅｍｐｅｓｔ）ら、(１９９１)，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９，２６６− ２７３．に記載]。 修飾は「ヒト化」に限定される必要はなく、他の霊長類配列［例えば、ニュー マン、アール（Ｎｅｗｍａｎ，Ｒ.）ら、(１９２２)，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏ ｇｙ １０，１４５５−１４６０.］を用いてもよい。 ヒト化モノクローナル抗体、あるいは結合部位を有するそのフラグメントは本 発明の個々の態様を形成する。 本発明は、細胞表面タンパク質あるいは活性フラグメントと哺乳類細胞との相 互作用を妨害する薬剤を同定するため薬剤のスクリーニング方法であって、該薬 剤の存在下で、哺乳類細胞あるいは膜調製物を標識化したポリペプチドとインキ ュベートし、および薬剤のこの相互作用を遮断する能力を測定することからなる 方法を提供する。 遺伝的免疫化における本発明のポリヌクレオチドの使用は、好ましくは、筋肉 へのプラスミドＤＮＡの直接注射[ウォルフ(Ｗｏｌｆｆ)ら、Ｈｕｍ.Ｍｏｌ Ｇ ｅｎｅｔ １９９２，１：３６３，マントープ（Ｍａｎｔｈｏｒｐｅ）ら、Ｈｕ ｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１９６３：４、４１９]、特異的タンパク質担体と複 合させたＤＮＡのデリバリー[ウー（Ｗｕ）ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９ ８９：２６４，１６９８５]、リン酸カルシウムとのＤＮＡの共沈[ベンベニステ ィー アンド レシェフ(Ｂｅｎｖｅｎｉｓｔｙ ＆ Ｒｅｓｈｅｆ)、ＰＮＡＳ ，１９８６：８３，９５５１]、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡのカプセ ル化[カネダ（Ｋａｎｅｄａ）ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８９：２４３、３７５] 、粒子衝撃［タン（Ｔａｎｇ）ら、Ｎａｔｕｒｅ １９９２，３５６：１５２， アイゼンンブラウン(Ｅｉｓｅｎｂｒａｕｎ)、ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１ ９９３，１２：７９１］およびクローン化したレトロウィルスベクターを用いた インビボ感染[シーガー（Ｓｅｅｇｅｒ）ら、ＰＮＡＳ １９８４： ８１，５８４９]などの適切なデリバリー方法を利用するであろう。 筋肉トランスフェクションのための適切なプロモーターはＣＭＶ，ＲＳＶ，Ｓ Ｒａ，アクチン、ＭＣＫ，アルファグロビン、アデノウィルスおよびジヒドロ葉 酸レダクターゼを含む。 治療あるいは予防において、有効な薬剤は、注射組成物、例えば、滅菌水性分 散液、好ましくは等張液として患者に投与される。 別法として、該組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏剤、 点眼剤、点耳剤、洗口剤、含浸ガーゼおよび縫合糸、およびエアロゾルなどの局 所的塗布用に処方されてもよく、または従来の添加剤、例えば、保存剤、薬剤浸 透を助ける溶液、および軟膏ならびクリーム中の緩和剤を含有してもよい。その ような局所処方はまた、適合する従来の担体、例えば、クリームあるいは軟膏の 基剤、およびローションのためのエタノールならびにオレイルアルコールを含ん でもよい。そのような担体は、処方約１重量％から約９８重量％までを構成して もよい。より一般的には、それらは処方約８０重量％までを構成する。 ヒト患者に投与するために、該有効薬の日用量レベルは０．０１から１０ｍｇ ／ｋｇ、典型的には、約１ｍｇ／ｋｇである。医者はどんな場合でも、個々の患 者に最も適した、年齢、体重および個々の患者の応答によって変化する実際の用 量を決定する。上記の用量は平均的なケースの典型例である。もちろん、より多 いあるいはより少ない用量範囲が良い個々の事例があり、そのような事例も、本 発明の範疇である。 内在装置は、外科移植、補綴およびカテーテル（すなわち、患者の体内に導入 され、長い時間その位置に留まる装置）を含む。そのような装置は、例えば、人 工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳髄液シャン ト、尿道カテーテル、持続的歩行腹膜透析（ＣＡＰＤ）などを含む 本発明の組成物は、関連する細菌に対して全身的に効果が達成されるように内 在装置を挿入する直前に注射によって投与されてもよい。治療は手術後、装置が 体内にある間持続されてもよい。加えて、組成物を用いて、手術用の手術周辺カ バーを広げて、スタフィロコッカス創傷感染を防止することもできる。 多くの整形外科医は、人工関節を着けた患者は、菌血症を起こしうる歯科治療 の前に抗生物質による予防を考慮すべきだと考える。後の重い感染は、重篤な合 併症であり、時には、人工関節を喪失し、顕著な罹患率と死亡率を伴う。したが って、該活性物質を予防抗生物質の代用品として使用することにまで拡張するこ とが可能であろう。 上述の療法に加えて、本発明の組成物は一般的に、創傷組織に曝されているマ トリックスタンパク質に細菌が付着することを防止するための創傷治療薬として 使用されてもよいし、歯科治療において、抗生物質的予防に代わって、あるいは それと組み合わせて、予防的に使用できる。 また、本発明の組成物は、挿入直 前に内在装置を浸すために使用されてもよい。有効薬は、創傷あるいは内在装置 を浸すためには、０．１μｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌまでの濃度であるのが好 ましい。 ワクチン組成物は、簡便には、注射可能な形態である。従来のアジュバントは 免疫応答を高めるためにもちいられるであろう。 予防接種のための適切内在用量は、０．５から５μｇ／ｋｇ抗原であり、その ような用量は好ましくは、１から３週間の間隔で１から３回投与される。 示した用量の範囲において、本発明の化合物で、適当な患者への投与を妨げる ような不利な毒性効果は観察されないであろう。 上述の抗体はまた、細胞表面タンパク質を含む細菌の存在を検出する診断試薬 として使用してもよい。 以下の実施例の理解を容易にするために、特定のは汎用する方法および／ある いは用語を記載する。 「プラスミド」は、小文字ｐを前に、および／または大文字および／または数 字が続くように表される。本明細書の出発プラスミドは商業上入手可能であるか 汎用されているか、あるいは公表された手法でもって、入手可能なプラスミドか ら構築できるものである。加えて、記載されているプラスミドと等価なプラスミ ドは当該分野にて公知であり、当業者には自明である。 ＤＮＡの「消化」とは、ＤＮＡのある塩基配列にのみ作用する制限酵素による ＤＮＡの触媒的切断をいう。本明細書で用いられる種々の制限酵素は商業上入手 可能であり、当業者に知られているであろう、それらの反応条件、補因子および その他の必要事項を用いた。分析の目的では、典型的には、０．１μｇのプラス ミドあるいはＤＮＡフラグメントを約２単位の酵素とともに２０μｌの緩衝溶液 中で用いた。プラスミド構築のためのＤＮＡフラグメントを単離する目的では、 典型的には、５−５０μｇのＤＮＡが、大容量にて２０−２５０単位の酵素で消 化される。特定の制限酵素に対する適当な緩衝溶液および基質濃度は製造者によ って特定される。３７℃で約一時間のインキュベーション時間は通常使用される が、供給者の指導に従い変わってもよい。消化後、所望のフラグメントを単離す るため、反応物をポリアクリルアミドゲル上で直接電気泳動に付す。 切断フラグメントのサイズ分離を、ゲッデル、ディー（Ｇｏｅｄｄｅｌ，Ｄ. ）ら［Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ.，８：４０５７(１９８０)］によ って表せられるように、８パーセントのアクリルアミドゲルを用いて行う。 「オリゴヌクレオチド」は、化学的に合成される一本鎖ポリデオキシヌクレオ チドあるいは二つの相補性ポリデオキシヌクレオチド鎖のどちらかをいう。その ような合成ポリデオキシヌクレオチドは５’リン酸を持たず、したがって、リン 酸をＡＴＰとともに添加することなしにキナーゼ存在下で別のオリゴヌクレオチ ドと連結しないであろう。合成オリゴヌクレオチドは脱リン酸化されていないフ ラグメントと連結するであろう。 「連結」とは、二つの二本鎖核酸フラグメント［マニアティス、ティー（Ｍａ ｎｉａｔｉｓ，Ｔ）ら、Ｉｄ.，ｐ．１４６］間でリン酸ジエステル結合を形成 する過程のことをいう。特記しない限り、連結は既知の緩衝剤および条件を用い 、連結させるべき略等モル量のＤＮＡフラグメント０．５ｕｇ当たり、１０単位 のＴ４ＤＮＡリガーゼ（「リガーゼ」）で達成されてもよい。 実施例１ エス・アウレウスＷＣＵＨ２９由来の新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂを コードしているＤＮＡの単離 イー・コリ中のエス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのラ イブラリーから、配列番号：２に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドを得 た。常套的方法、例えば下記によりライブラリーを調製してもよい： 方法１および２ 標準的方法によりスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株（ＮＣＩＭ Ｂ４０７７１）から全細胞ＤＮＡを単離し、下記の２つの方法のいずれかにより サイズ分画する。 方法１ 注射針に通すことにより全細胞ＤＮＡを機械的に剪断して、標準的方法に従っ てサイズ分画する。１１ｋｂまでのサイズのＤＮＡフラグメントをエキソヌクレ アーゼおよびＤＮＡポリメラーゼでの処理により平滑末端化し、ＥｃｏＲＩリン カーを付加する。ＥｃｏＲＩで切断しておいたベクターラムダＺａｐII中にフラ グメントを連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケージングし、イー・ コリをパッケージングされたライブラリーに感染させる。標準的方法によりライ ブラリーを増幅する。 方法２ 全細胞ＤＮＡを４種の制限酵素の組み合わせ（ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｕｌＩ およびＢｓｈ１２３５Ｉ）を用いて部分加水分解し、標準的方法によりサイズ分 画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次いで、ＥｃｏＲＩで切断して おいたベクターラムダＺａｐII中にフラグメントを連結し、標準的方法によりラ イブラリーをパッケージングし、イー・コリをパッケージングされたライブラリ ーに感染させる。標準的方法によりライブラリーを増幅する。 DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION Fibronectin binding protein B compounds The present invention relates to newly identified polynucleotides, polypeptides encoded by such polynucleotides, the use of such polynucleotides and polypeptides, and the use of such polynucleotides and polypeptides. The present invention relates to the production of polypeptides and recombinant host cells transformed with the polynucleotides. BACKGROUND OF THE INVENTION Several cell surface binding proteins of staphylococcus and streptococcus, which are involved in the attachment of microorganisms to various host tissues and are considered to be important factors of bacterial virulence, have been identified in the last decade. (Patti, JM, Allen, BL, Mc Gavin, MJ, and Hook, M., MS CRAMM-Mediated Adherence of Microorganisms to Host Tissues [1994] Annu. Rev. Microbiol. 48, 585- 617). The cell surface proteins of Staphylococcus aureus, namely fibronectin binding protein, fibrinogen binding protein, collagen binding protein and protein A, are all located at the N-terminus of the PLXTG motif characteristic of Gram positive bacteria surface proteins. Have a peptidoglycan extended region rich in proline and glycine residues (Surface-associated proteins of Staphylococcus aureus: Their possible roles in virulence. Foster, TJ and McDevitt, D. [1994] FEMS Microbiology See Letters 118, 199-206.) Proteins from Staphylococcus aureus, such as fibronectin binding proteins (EP 0294349, EP 0397633, WO 94/18327), fibrinogene Various methods have been proposed to treat protein binding proteins (WO94 / 06830), collagen binding proteins (WO92 / 07002) and bone shaloprotein binding proteins (WO94 / 13310) as antibacterial targets. The binding protein or binding fragment thereof can be used as a vaccine to produce antibodies against an organism in a host animal or as an antigen to produce a therapeutic antibody that can be used to block the binding of the organism to host tissues. It is used as an antimicrobial agent to block the binding of organisms to host tissues. SUMMARY OF THE INVENTION The present invention relates to a novel cell surface protein from Staphylococcus aureus WCUH29, which has the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 or a fragment, analog or derivative thereof. The present invention also relates to a polypeptide fragment of a cell surface protein having the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 or a derivative thereof. According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide (DNA or RNA) encoding such a polypeptide. In particular, the present invention provides a polynucleotide having the DNA sequence shown in SEQ ID NO: 2. The present invention also provides a novel protein from Staphylococcus aureus WCUH29 obtained by expression of a gene characterized by consisting of the DNA sequence shown in SEQ ID NO: 2, or a fragment, analog or derivative thereof. The present invention includes variants of the above-described polynucleotides that encode fragments, analogs and variants of the polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. Furthermore, the present invention relates to a method for identifying a compound that binds to the polypeptide of SEQ ID NO: 1 and inhibits the activity of the compound, wherein the binding means for the polypeptide is attached to the cell surface (the binding means comprises a compound and a binding means Contacting the compound to be screened under conditions permitting binding to the binding means; involving a second component capable of providing a detectable signal upon binding. By detecting the presence or absence of a signal resulting from the interaction of a compound with a binding means, a method is provided which comprises determining whether the compound binds and activates or inhibits that binding. Antibodies to the polypeptide of SEQ ID NO: 1 are also provided. Further provided are antagonists that inhibit the activity of the polypeptide of SEQ ID NO: 1. Also provided is a method for treating an individual in need of inhibiting the polypeptide of SEQ ID NO: 1, comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of an antagonist to the polypeptide of the present invention. Is done. A method for diagnosing a disease associated with the expression of the polypeptide of the present invention, comprising measuring a nucleic acid sequence encoding the polypeptide of SEQ ID NO: 1 is provided. A diagnostic method is provided that comprises analyzing for the presence of the polypeptide of SEQ ID NO: 1 in a sample derived from a host. Antibodies to the polypeptide of SEQ ID NO: 1 are also provided. Further provided are antagonists that inhibit the activity of the polypeptide of SEQ ID NO: 1. Further, a method for treating an individual in need of inhibiting the binding of the polypeptide of the present invention, which method comprises administering to the individual a therapeutically effective amount of an antagonist to the polypeptide of the present invention. Provided. A method for diagnosing a disease associated with the expression of the polypeptide of the present invention, comprising measuring a nucleic acid sequence encoding the polypeptide of SEQ ID NO: 1 is provided. A diagnostic method is provided that comprises analyzing for the presence of the polypeptide of SEQ ID NO: 1 in a sample derived from a host. The present invention also relates to vectors comprising the polynucleotides of the present invention, host cells genetically engineered with the vectors of the present invention and methods for producing the polypeptides of the present invention by recombinant techniques. According to yet another aspect of the present invention there is provided the use of a polypeptide of the present invention for therapeutic or prophylactic purposes, for example as an antimicrobial agent or vaccine. According to another aspect of the present invention there is provided the use of a polynucleotide of the present invention for therapeutic or prophylactic purposes, particularly for genetic immunization. According to another aspect of the present invention, there is provided an inhibitor to such a polypeptide, which is useful as an antibacterial agent. Another aspect of the present invention is to provide a pharmaceutical composition comprising the above-described polypeptide, polynucleotide or inhibitor of the present invention and a pharmaceutically acceptable carrier. In a specific embodiment, the present invention provides a polypeptide, polynucleotide or inhibitor of the present invention for preventing an immediate physical interaction between a pathogen and a mammalian host involved in the sequelae of the infection. Provides use of. The invention further relates to the manufacture of a medicament for such use. The present invention provides drug screening methods for identifying drugs that interfere with the interaction of cell surface proteins or active fragments on mammalian cells. BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS The following drawings illustrate certain embodiments of the present invention. It is merely an example and does not limit the invention otherwise disclosed in the specification. FIG. 1 shows the polypeptide sequence of the novel fibronectin binding protein B (SEQ ID NO: 1). FIG. 2 shows the polynucleotide sequence (SEQ ID NO: 2) of the novel fibronectin binding protein B deduced from the polynucleotide sequence of FIG. DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION The present invention relates to a novel cell surface protein from Staphylococcus aureus WCUH29, which has the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 or a fragment, analog or derivative thereof. Staphylococcus aureus WCUH29, dated September 11, 1995, under the accession number NCIMB 40771, Aberdeen, Scotland, National Collection of Industrial and Marine Bacteria Ltd. (NCIMB). The present invention also relates to a polypeptide fragment of a cell surface protein having the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1 or a derivative thereof. The amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 shows 87% identity with Staphylococcus aureus fibronectin binding protein B, including the peptidoglycan extension region. Hereinafter, the term polypeptide is used to refer to cell surface proteins, fragments, analogs or derivatives thereof, as well as polypeptide fragments or derivatives thereof. According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide (DNA or RNA) encoding such a polypeptide. In particular, the present invention provides a polynucleotide having the DNA sequence shown in SEQ ID NO: 2. The present invention further provides a polynucleotide encoding a cell surface protein from Staphylococcus aureus WCUH29 and comprising the DNA sequence shown in SEQ ID NO: 2. A polynucleotide having the DNA sequence set forth in SEQ ID NO: 2 was obtained from a library of chromosomal DNA clones of Staphylococcus aureus WCUH29 in Escherichia coli (E. coli). To obtain a polynucleotide encoding a cell surface using the DNA sequence set forth in SEQ ID NO: 2, typically the chromosomal DNA of Staphylococcus aureus WCUH29 in Escherichia coli or other suitable host is obtained. The library of clones is probed with a radiolabeled oligonucleotide derived from the subsequence, preferably an oligonucleotide 17 times or more in length. The clones having the same DNA as the probe can then be distinguished using high stringency washes. By sequencing individual clones thus identified with sequencing primers designed from the original sequence, it is possible to extend the sequence in both directions and determine the complete gene sequence. Conveniently, such sequencing is performed using denatured double-stranded DNA prepared from a plasmid clone. Suitable techniques are described in Maniatis, T., Fritsch, EF, and Sambrook et al., MOLECULAR CLON ING: A Laboratory Manual [2nd ed. (1989) Cold Spring Harbor Laboratory. (See Screening by Hybridization 1.90 and Sequencing of Denatured Double-stranded DNA Template 13.70). The polynucleotide of the present invention may be in the form of RNA or DNA, and the DNA includes cDNA, genomic DNA and synthetic DNA. The DNA may be double-stranded or single-stranded, and if single-stranded may be the coding strand or the non-coding (antisense) strand. The coding sequence encoding the polypeptide may be identical to the coding sequence shown in SEQ ID NO: 2, or may be a different coding sequence encoding the same polypeptide, as a result of the redundancy and degeneracy of the genetic code. You may. The invention includes variants of the above-described polynucleotides that encode fragments, analogs and derivatives of the polypeptides characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. The variant of the polynucleotide may be a naturally occurring allelic variant of the polynucleotide or a non-naturally occurring variant of the polynucleotide. Accordingly, the invention encompasses polynucleotides that encode the same polypeptide as characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, as well as variants of such polynucleotides that encode fragments, derivatives or analogs of the polypeptide. I do. Such nucleotide variants include deletion variants, substitution variants, and addition or insertion variants. The polynucleotide may have a coding sequence that is a naturally occurring allelic variant of the coding sequence characterized by the DNA sequence of SEQ ID NO: 2. As is known in the art, an allele is a polynucleotide in which one or more nucleotides may be substituted, deleted or added without substantially altering the function of the encoded polypeptide. It is an allelic form of the sequence. A mature polypeptide, i.e., a polynucleotide encoding a native cell membrane protein, comprises only the coding sequence for the mature polypeptide, or additional sequences such as the coding sequence for the mature polypeptide and a leader or secretory sequence or a proprotein sequence. It may include a simple code sequence. Thus, "polynucleotide encoding a polypeptide" includes a polynucleotide having only the coding sequence for the polypeptide, as well as a polynucleotide containing additional coding and / or non-coding sequences. Thus, the present invention provides a polynucleotide encoding a polynucleotide sequence that promotes expression and secretion of a polypeptide from a host cell in the same reading frame, e. Includes polynucleotides that may be fused to a leader sequence that functions as a secretory sequence. A polypeptide having a leader sequence is a preprotein and may have a leader sequence that is cleaved by a host cell to form a mature form of the polypeptide. The polynucleotide may also encode a proprotein consisting of the mature protein plus additional 5'-amino acid residues. A mature protein having a prosequence is a proprotein and is an inactive form of the protein. Cleavage of the prosequence leaves an active mature protein. Thus, for example, a polynucleotide of the invention can encode a mature protein, or a protein having a prosequence, or a protein having both a prosequence and a presequence (leader sequence). A polynucleotide of the invention may also have a coding sequence fused in frame to a marker sequence at either the 5 'or 3' end of the gene, which allows for purification of the polypeptide of the invention. The marker sequence is a hexa-histidine tag provided by the pQE series of vectors (commercially available from Quiagen Inc.) to provide for purification of the polypeptide fused to the marker in the case of a bacterial host. You may. The invention further relates to polynucleotides that hybridize to the aforementioned sequences when there is at least 50%, preferably at least 70%, identity between the sequences. The invention particularly relates to polynucleotides that hybridize under stringent conditions to the above-described polynucleotides. As used herein, the term "stringent conditions" means that hybridization occurs only when there is at least 95%, preferably at least 97%, identity between the sequences. In a preferred embodiment, the polynucleotide that hybridizes to the aforementioned polynucleotide encodes a polypeptide that retains substantially the same biological function or activity as the polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1. I do. The present invention also relates to (a) a polynucleotide having at least 70% identity to a polynucleotide encoding a polypeptide comprising the amino acid of SEQ ID NO: 1; (b) a polynucleotide complementary to the polynucleotide of (a). A polynucleotide comprising at least 15 contiguous bases of the polynucleotide of (c) (a) or (b); and a polynucleotide selected from the group consisting of: provide. Deposits as referred to herein are made under the terms of the Budapest Treaty on International Recognition of Microbial Deposits for Patent Procedure. These deposited strains are provided only for the convenience of those skilled in the art and do not acknowledge that the deposit is a feasible requirement, as required under 35 USC 112. The sequence of the polynucleotide contained in the deposited material, as well as the amino acid sequence of the polypeptide encoded thereby, is hereby incorporated by reference and regulates any event that is inconsistent with the sequence described herein. Is what you do. A license is required to make, use or sell the deposited material, but such license is not granted here. The terms "fragment,""derivative," and "analog" when referring to a polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1, exhibit essentially the same biological function or activity as such polypeptide. A polypeptide that is retained. Thus, analogs include proproteins that can cleave the proprotein portion to produce and activate an active mature polypeptide. The polypeptide of the present invention may be a recombinant polypeptide, a natural polypeptide or a synthetic polypeptide, and is preferably a recombinant polypeptide. The fragment, derivative or analog of the polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 comprises (i) one or more amino acid residues substituted by a conserved or non-conserved amino acid residue (preferably a conserved amino acid residue). Wherein such substituted amino acid residues may or may not be those encoded by the genetic code, or (ii) one or more amino acid residues include a substituent, or (iii) A) fusion of the polypeptide with another compound, such as a compound that increases the half-life of the polypeptide (eg, polyethylene glycol), or (iv) purification of additional amino acids in the leader or secretory sequence, or of the polypeptide or proprotein sequence. It may be a sequence fused to a polypeptide such as the sequence used in the above. Such fragments, derivatives and analogs are considered to be within the skill of the art in light of the teachings herein. The polypeptides and polynucleotides of the present invention are preferably purified in isolated form, preferably to homogeneity. The term "isolated" means that the material has been removed from its original environment (eg, the natural environment if it occurs in nature). For example, a polynucleotide or polypeptide naturally occurring in a living organism has not been isolated, but the same polynucleotide or polypeptide isolated from some or all of the coexisting substances in its natural system has been isolated. Such a polynucleotide may be part of a vector, and / or such a polynucleotide or polypeptide may be part of a composition, and such a vector or composition may be part of its natural environment. Not isolated in any respect. The present invention also relates to vectors comprising the polynucleotides of the invention, host cells genetically engineered with the vectors of the invention, and the production of polypeptides of the invention by recombinant techniques. Therefore, according to a further aspect of the present invention, there is provided a method for producing a polypeptide of the present invention by recombinant techniques by expressing a polynucleotide encoding the polypeptide in a host and collecting the expression product. . Alternatively, the polypeptides of the present invention can be produced synthetically on a conventional peptide synthesizer. The host cell is genetically engineered (transduced, transformed or transfected) with a vector of the invention, which may be, for example, a cloning vector or an expression vector. The vector may be, for example, in the form of a plasmid, cosmid, phage, or the like. The genetically engineered host cells can be cultured in a suitably modified conventional nutrient medium to activate the promoter, to select transformants, or to amplify the gene. Culture conditions such as temperature, pH, etc. are those previously used in the host cells selected for expression and will be apparent to those skilled in the art. Suitable expression vectors include chromosomal, non-chromosomal and synthetic DNA sequences, such as bacterial plasmids; phage DNA; baculovirus; yeast plasmids; vectors derived from combinations of plasmid and phage DNA. However, any other vector can be used as long as it is replicable and viable in the host. An appropriate DNA sequence can be inserted into a vector by various operations. Generally, a DNA sequence is inserted into the appropriate restriction endonuclease site (s) by procedures known in the art. The DNA sequence in the expression vector is operably linked to an appropriate expression control sequence (s) (promoter) to direct mRNA synthesis. Representative examples of such promoters include the LTR or SV40 promoter, Escherichia coli lac or trp, phage lambda P L Promoters and other promoters known to control the expression of genes in eukaryotic or prokaryotic cells or their viruses are included. The expression vector also contains a ribosome binding site for translation initiation and a transcription terminator. Vectors may also contain appropriate sequences for amplifying expression. In addition, the expression vector may contain one or more selectable marker genes, and may have phenotypic characteristics to select transformed host cells, such as dihydrofolate reductase or eukaryotic cell culture. It is preferable to confer neomycin resistance or tetracycline or ampicillin resistance in Escherichia coli. The gene is composed of a promoter, a ribosome binding site (for bacterial expression) and, optionally, such that a DNA sequence encoding the desired protein is transcribed into RNA in host cells transformed by the vector containing the expression construct. It can be under the control of an operator (collectively referred to herein as "control" factors). A coding sequence may or may not have a signal peptide or leader sequence. The polypeptide of the present invention can be expressed using, for example, an Escherichia coli tac promoter or a protein A gene (spa) promoter and a signal sequence. The leader sequence can be removed from the bacterial host by post-translational processing. See, for example, U.S. Patent Nos. 4,431,739; 4,425,437; 4,338,397. The promoter region can be selected from any desired gene using a CAT (chloramphenicol transferase) vector or another vector containing a selectable marker. Two suitable vectors are PKK232-8 and PCM7. Bacterial promoters include lacI, lacZ, T3, T7, gpt, lambda P R , P L And trp. Eukaryotic promoters include CMV immediate early, HSV thymidine kinase, early and late SV40, LTRs from retrovirus and mouse metallothionein-I. Selection of the appropriate vector and promoter is within the skill of the art. In addition to control sequences, it may be desirable to add regulatory sequences, which allow for the regulation of expression of the protein sequence in proportion to the growth of the host cell. Regulatory sequences are well known to those of skill in the art and include, for example, sequences that either turn on or off gene expression in response to a chemical or physical stimulus, including the presence of a regulatory compound. Other types of regulatory elements, such as enhancer sequences, may also be present in the vector. The expression vector is constructed such that the particular coding sequence is located in the vector along with the appropriate regulatory sequences, and the location and orientation of the coding sequence is such that the coding sequence is transcribed under "control" of the control sequences. (Ie, RNA polymerase that binds to a DNA molecule at a regulatory sequence transcribes the coding sequence). Modification of the coding sequence is desirable to achieve this purpose. For example, in some cases, it may be necessary to modify the sequence to bind to a control sequence having the appropriate orientation, ie, to maintain the reading frame. Control sequences and other regulatory sequences may be ligated to the coding sequence prior to insertion into a vector such as the cloning vector described above. Alternatively, the coding sequence can be cloned directly into an expression vector that already contains the control sequences and an appropriate restriction site. In general, recombinant expression vectors contain an origin of replication and a selectable marker that allow for the transformation of host cells, such as the E. coli ampicillin resistance gene and the S. cerevisiae TRP1 gene, and It would include a promoter from a high-expressed gene that directs transcription of the downstream structural sequence. The heterologous structural sequence is assembled at an appropriate stage with translation initiation and termination sequences, and preferably a leader sequence capable of directing secretion of the translated protein into the periplasmic space or extracellular medium. If desired, the heterologous sequence may encode a fusion protein that includes an N-terminal identification peptide that adds the desired properties, such as stabilization or simplified purification of the expressed recombinant product. Using a vector containing the appropriate DNA sequence and an appropriate promoter or control sequence as described above, the host may be transformed to express the protein in the appropriate host. More particularly, the present invention also encompasses a recombinant construct comprising one or more sequences as broadly described above. The construct includes a vector, such as a plasmid or viral vector, into which the sequence of the invention has been inserted in a forward or reverse orientation. In a preferred embodiment of this embodiment, the construct further comprises regulatory sequences including, for example, a promoter operably linked to the sequence. Many suitable vectors and promoters are known to those of skill in the art and are commercially available. The following vectors are provided as examples. Bacterial: pET-3 vector (Stratagene), pQE70, pQE60, pQE-9 (Qiagen), pbs, pD10, phagescript, psiX174, pbluescript SK, pbsks, pNH8A, pNH16a, pNH18A, pNH46A (Stratagene); ptrc99a, pKK223-3, pKK233-3, pDR540, pRIT5 (Pharmacia). Eukaryote: pBlueBacIII (Invitrogen), pWLNEO, pSV2CAT, pOG44, pXT1, pSG (Stratagene), pSVK3, pBPV, pMSG, pSVL (Pharmacia). However, any other plasmid or vector may be used as long as it can replicate and survive in the host. Examples of recombinant DNA vectors for cloning and the host cells into which they can be transformed are bacteriophage 1 (E. coli), pBR322 (E. coli), pACY C177 (E. coli), pKT230 (Gram negative bacteria) PGV1106 (Gram negative bacteria), pLA FR1 (Gram negative bacteria), pME290 (Gram negative bacteria not E. coli), pHV14 (E. coli and Bacillus subtilis), pBD9 (Bacillus) ), PIJ61 (Streptomyces), pUC6 (Streptomyces), YIp5 (Saccharomyces), baculovirus insect cell line, YCp19 (Saccharomyces). See, generally, "DNA Cloning": Vols. I & II, edited by Glover et al., IRL Press Oxford (1985) (1987); and T. Maniatis et al. ("Molecular Cloning" Cold Spring Harbor Laboratory (1982). In such a case, it is desirable to add a sequence that causes secretion of the polypeptide from the host organism and subsequent cleavage of the secretion signal .. The polypeptide can be expressed in the host cell under the control of a suitable promoter. Cell-free translation systems can also be used to produce such proteins using RNA from the DNA constructs of the invention.Suitable cloning and expression vectors for use in prokaryotic and eukaryotic hosts are: See Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor, NY, (1989), the disclosure of which is hereby incorporated by reference. Transformation After growth of the host strain and to an appropriate cell density, the selected promoter is induced by appropriate means (eg, temperature shift or chemical induction) and the cells are cultured for a further period of time. Collected by centrifugation, disrupted by physical or chemical means, and the resulting crude extract retained for further purification.The microbial cells used in protein expression may be subjected to freeze-thaw cycles, sonication, mechanical Disruption, or disruption by any conventional method, including the use of cytolytic agents, such methods are well known to those skilled in the art.Depending on the expression system and host chosen, the polypeptides of the invention Is produced by growing a host cell transformed with the expression vector under conditions whereby the polypeptide of interest is expressed. The polypeptide can then be isolated from the host cell and purified.If the expression system secretes the polypeptide into the growth medium, the polypeptide can be purified directly from the medium. Isolated from lysate or recovered from cell membrane fractions.If the polypeptide is localized on the cell surface, whole cells or isolated membranes can be used as an assayable resource for the desired gene product. A polypeptide expressed in a host may require isolation and regeneration from inclusion bodies. If the mature protein has very hydrophobic regions leading to overexpressed insoluble products (usually at the C-terminus), it may be desirable to express truncated proteins lacking the hydrophobic region. Selection of appropriate growth conditions and recovery methods are within the skill of the art. The polypeptide can be assembled by methods including ammonium sulfate or ethanol precipitation, acid extraction, anion or cation exchange chromatography, phosphocellulose chromatography, hydrophobic interaction chromatography, affinity chromatography, hydroxylapatite chromatography and lectin chromatography. Can be recovered and purified from the recombinant cell culture. If necessary, a protein regeneration step can be used to complete the configuration of the mature protein. Finally, high performance liquid chromatography (HPLC) can be used for the final purification step. Depending on the host used in the recombinant production method, the polypeptide of the present invention may be glycosylated or non-glycosylated. The polypeptide of the present invention may also include an initial methionine amino acid residue. A “replicon” is a genetic element (eg, a plasmid, chromosome, virus) that functions as an autonomous unit of DNA replication in vivo, ie, is capable of replicating under its own control. A "vector" is a replicon, such as a plasmid, phage, or cosmid, to which other DNA segments can be ligated so that the linked segments can replicate. "Double-stranded DNA molecule" means a polymeric form of deoxyribonucleotides (bases adenine, guanine, thymine, or cytosine) in both a relaxed and supercoiled double-stranded helix. The term only refers to the primary and secondary structure of the molecule, and does not limit the particular three-dimensional structure. Thus, the term includes double-stranded DNA found, inter alia, in linear DNA molecules (eg, restriction fragments), viruses, plasmids, and chromosomes. When discussing the structure of a particular double-stranded DNA molecule, the sequence is defined as the sequence in the 5 'to 3' direction along the non-transcribed strand of DNA (ie, the strand having a sequence homologous to the mRNA). Are described in the specification according to the convention for describing The DNA of a "coding sequence" of a particular protein or the "nucleotide sequence" of a particular protein is a DNA sequence that is transcribed and translated into a protein when placed under the control of appropriate regulatory sequences. A "promoter sequence" is a DNA regulatory region capable of binding RNA polymerase in a cell and initiating transcription of a downstream (3 'direction) coding sequence. For purposes of defining the present invention, a promoter sequence is bounded at the 3 'end by a translation initiation codon (eg, ATG) of the coding sequence, extends upstream (5' direction), and is detectable above background. Contains the minimum number of bases or elements needed to initiate transcription at the level. In the promoter sequence, a transcription start site (usually defined by mapping with nuclease S1), as well as protein binding domains (consensus sequences) involved in the binding of RNA polymerase are found. Eukaryotic promoters will often, but not always, contain "TATA" boxes and "CAT" boxes. Prokaryotic promoters contain Shine-Dalgarno sequences in addition to the -10 and -35 consensus sequences. DNA "control sequences" include promoter sequences, ribosome binding sites, polyadenylation signals, transcription termination sequences, upstream regulatory domains, enhancers, and such that provide for expression of the coding sequence (ie, transcription and translation) in the host cell. Means things collectively. The control sequence "controls expression" of the coding sequence in a cell when the RNA polymerase binds to the promoter sequence, transcribes the coding sequence into mRNA, and then translates the mRNA into a polypeptide encoded by the coding sequence. A "host cell" is a cell that has been transformed or transfected, or that can be transformed or transfected with a foreign DNA sequence. When the foreign DNA has been introduced into the cell membrane, the cell has been "transformed" by the foreign DNA. The foreign DNA may or may not be integrated (covalently linked) into the chromosomal DNA and make up the genome of the cell. For example, in prokaryotes and yeast, foreign DNA can be maintained as an episomal element, such as a plasmid. With respect to eukaryotic cells, a stably transformed or transfected cell is one in which foreign DNA has been integrated into the chromosome so that it is inherited by daughter cells by chromosomal replication. This stability is indicated by the ability of eukaryotic cells to establish cell lines or clones consisting of a population of daughter cells containing foreign DNA. A "clone" is a population of cells from a single cell or mitotic common ancestor. A "cell line" is a clone of a primary cell that can grow stably in vitro for many generations. A "heterologous" region of DNA composition is an identifiable segment of DNA that is not found in association with other molecules in nature, binds to or binds to other DNA molecules. According to yet another aspect of the present invention there is provided the use of a polypeptide of the present invention for therapeutic or prophylactic purposes such as, for example, an antimicrobial agent or a vaccine. According to another aspect of the present invention there is provided the use of a polypeptide of the present invention for therapeutic or prophylactic purposes, particularly for genetic immunization. According to yet another aspect of the present invention, there is provided, for example, an inhibitor against the polypeptide useful as an antibacterial agent. In particular, antibodies to the polypeptides are provided. Another aspect of the present invention is a pharmaceutical composition comprising a polypeptide, polynucleotide or inhibitor of the present invention as described above and a pharmaceutically acceptable carrier. In a particular aspect of the present invention there is provided the use of a polypeptide, polynucleotide or inhibitor of the present invention for preventing an immediate physical interaction between a pathogen involved in a secondary disease of an infection and a mammalian host. In particular, the molecules of the present invention include: i) Preventing the attachment of bacteria, especially Gram-positive bacteria, to mammalian extracellular matrix proteins on indigenous devices or to wound extracellular matrix proteins; ii) Phosphorylation of, for example, mammalian tyrosine kinases Iii) blocking bacterial adhesion between mammalian extracellular matrix proteins and bacterial cell surface proteins that mediate tissue damage; iv) implantation of indwelling devices or other surgery Blocking the normal progression of pathogens in infections initiated by non-technical techniques. The invention further relates to the manufacture of a medicament for said use. The polypeptides can be used as antigens for host vaccination, for example, to generate specific antibodies that protect against bacterial invasion, for example by blocking bacterial attachment to damaged tissues. Examples of tissue damage include wounds in the skin or connective tissue, wounds in the mucous membranes such as the oral cavity, mammary gland, urethra or vagina, caused by, for example, mechanical, chemical or thermal damage or by implantation of indwelling devices. . Polypeptides or cells expressing them can also be used as immunogens to generate antibodies. These antibodies can be, for example, polyclonal or monoclonal antibodies. The term antibody encompasses chimeric, single chain, and humanized antibodies, as well as Fab fragments or the products of a Fab expression library. Antibodies raised against the polypeptides of the present invention can be obtained by direct injection of the polypeptides into animals or by administering the polypeptides to animals, preferably non-human animals. The antibody thus obtained then binds to the polypeptide itself. Thus, even sequences encoding only fragments of the polypeptide can be used to generate antibodies that bind to the fully native polypeptide. The antibody can then be used to isolate the polypeptide from a tissue that expresses the polypeptide. Polypeptide derivatives include antigenically or immunologically equivalent derivatives and form a particular aspect of the invention. As used herein, the term "antigenically equivalent derivative" refers to a specific antibody that, when made against a protein or polypeptide according to the present invention, prevents an immediate physical interaction between the pathogen and the mammalian host. Include polypeptides or their equivalents that are specifically recognized by As used herein, the term "immune-equivalent derivative" refers to a peptide or, when used in a state suitable for making antibodies in vertebrates, the immediate physical association between the pathogen and the mammalian host. Includes polypeptides or equivalents thereof that interfere with the interaction. In particular, derivatives that are slightly longer or slightly shorter than the native cell surface proteins or polypeptide fragments of the invention can be used. In addition, polypeptides in which one or more amino acid residues have been modified can be used. Such peptides can be prepared, for example, by amino acid substitutions, additions, or transpositions, or chemical modifications thereof. All such substitutions and modifications are generally well known to those skilled in the art of peptide chemistry. The N-terminal fragment of the protein, i.e., not in the cytoplasm, is most relevant to the preparation of antibodies to regions of the protein (Binding and activation of plasminogen at the surface of Strphlococus aureus, Kuusela, P. and Saks ela. O. (1990). ) Eur.J.Biochem 193 : 759-65). Polypeptides such as antigenically or immunologically equivalent derivatives or fusion proteins thereof can be used as an antigen to immunize mice or other animals such as rats or chickens. The fusion protein provides stability to the polypeptide. The antigen can bind to an immunogenic carrier protein such as bovine serum albumin (BSA), keyhole limpet hemocyanin (KLH), for example, by conjugation. Separately, multiple antigenic proteins, including multiple copies of the protein or polypeptide, or their antigenic or immunoequivalent polypeptides, are sufficiently antigenic to improve immunogenicity to avoid the use of carriers can do. For preparation of monoclonal antibodies, any technique which provides antibodies obtained by continuous cell line cultures can be used. For example, the hybridoma method (Kohler, G. and Milstein, C., 1975, Nature 256: 495-497), the trioma method, the human B-cell hybridoma method (Kozbor et al., 1983, Immunology Today 4:72) and human monoclonal antibodies (Cole et al., 1985, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, pages 77-96, Alan R.Liss, Inc.). The techniques described for generating single chain antibodies (US Pat. No. 4,946,778) can be applied to generate single chain antibodies against the immunogenic polypeptide products of the invention. Using the method of Kohler and Milstein (1975, Nature, 256, 495.497), antibody-containing cells from the immunized mammal are fused with myeloma cells to produce hybridoma cells that secrete monoclonal antibodies. Hybridomas are screened with one or more original polypeptides and / or fusion proteins to select for cell lines that have high binding affinity and favorable cross-reactivity with other Staphylococcus families. Hybridoma cell lines secreting monoclonal antibodies are another aspect of the present invention. Alternatively, antibodies that have binding activity to a polypeptide from a repertoire of PCR amplified v genes of human lymphocytes screened for retention of anti-Fbp using phage display technology, or from an untreated library Genes can be selected. [Mcafferty, J. et al., (1990), Nature, 348, 552-554; Marks, J., Marks, J. et al., (1991), Biotechnology 10, 779-783]. Antibody affinity can be improved by chain rearrangement [Clackson, T. et al., (1991), Nature 352, 624-628]. Antibodies should be screened again for high affinity for the polypeptide and / or fusion protein. As described above, the final antibody fragment can be prepared. The antibody may be an intact antibody having a Mr of about 150,000 or a derivative thereof, such as a Fab fragment or an Fv fragment [eg, Skerra, A. and Pluckthun, A. (1988). , Science 240, 1038-1040. Described in]. If there are two antigen binding domains, each domain can be directed to a different epitope, referred to as a "bispecific" antibody. The antibodies of the present invention may be prepared by conventional methods, for example, using established monoclonal antibody techniques [Kohler, G. and Milestein, C. (1975), Nature 256, 495-497]. Alternatively, it is prepared using a recombination method (for example, described in a combinatorial library [for example, described in Huse, WD, et al., (1989), Science 246, 1275-1281.]). Is also good. Preferably, the antibody is produced by expressing a DNA polymer encoding the antibody in a suitable expression system as described above for expression of the polypeptide of the invention. The choice of vector for the expression system will be determined in part by the host. Such hosts include prokaryotic cells such as E. coli (preferably strain B) or Streptomyces sp., Or mouse C127, mouse myeloma, human HeLa, Chinese hamster ovary, filamentous or unicellular bacteria, or insect cells. Such eukaryotic cells may be used. Such hosts are also transgenic animals or plants [see, for example, Hyatt, A. et al., (1989), Nature 34, 76-78. Described in]. Suitable vectors include plasmids, bacteriophages, cosmids, and recombinant viruses derived from, for example, baculovirus and variola. Fab fragments can also be produced from their parent monoclonal antibodies by enzymatic treatment (eg, cleavage of the Fab portion from the Fc portion with papain). Preferably, the antibody or derivative thereof is modified to reduce immunity in the patient. For example, if the patient is human, the antibodies may most preferably be "humanized." Here, the complementarity-determining site of the hybridoma-derived antibody has been transplanted into a human monoclonal antibody [eg, Jones, P., et al., (1986), Nature, 321, 522-525; or Tempest (Tempest). ) Et al., (1991), Biotechnology 9,266-273. Described in]. Modifications need not be limited to "humanization" and can be accomplished using other primate sequences [eg, Newman, R. et al., (1922), Biotechnology 10, 1455-1460.]. Good. Humanized monoclonal antibodies, or fragments thereof having a binding site, form an individual aspect of the invention. The present invention is a method for screening a drug to identify a drug that interferes with the interaction of a cell surface protein or active fragment with a mammalian cell, wherein the method comprises labeling a mammalian cell or a membrane preparation in the presence of the drug. A method comprising incubating with a polypeptide and measuring the ability of the agent to block this interaction is provided. The use of the polynucleotides of the present invention in genetic immunization is preferably performed by direct injection of plasmid DNA into muscle [Wolff et al., Hum. Mol Genet 1992, 1: 363, Manthorpe et al., Hu. m. Gene Ther. 1963: 4, 419], Delivery of DNA Complexed with Specific Protein Carriers [Wu et al. Biol. Chem. 1989: 264, 16985], co-precipitation of DNA with calcium phosphate [Benvenisty & Resheff, PNAS, 1986: 83, 9551], encapsulation of DNA in various forms of liposomes [Kaneda (Kaneda) et al., Science 1989: 243,375], particle bombardment [Tang et al., Nature 1992, 356: 152, Eisenbraun, DNA Cell Biol. 1993, 12: 791] and in vivo infection with the cloned retroviral vector [Seeeger et al., PNAS 1984: 81, 5849]. Suitable promoters for muscle transfection include CMV, RSV, SRa, actin, MCK, alpha globin, adenovirus and dihydrofolate reductase. For treatment or prevention, the effective drug is administered to the patient as an injectable composition, for example, a sterile aqueous dispersion, preferably an isotonic solution. Alternatively, the compositions are formulated for topical application, such as, for example, ointments, creams, lotions, eye ointments, eye drops, ear drops, mouth washes, impregnated gauze and sutures, and aerosols. Or it may contain conventional additives such as preservatives, solutions to aid drug penetration, and emollients in ointments and creams. Such topical formulations may also contain compatible conventional carriers, such as cream or ointment bases and ethanol and oleyl alcohol for lotions. Such carriers may constitute from about 1% to about 98% by weight of the formulation. More usually they will constitute up to about 80% by weight of the formulation. For administration to human patients, the daily dose level of the active agent will be from 0.01 to 10 mg / kg, typically about 1 mg / kg. The physician will in any case determine the actual dose which will be most suitable for the individual patient and will vary according to age, weight and individual patient response. The above doses are typical of the average case. Of course, there are individual cases where higher or lower dose ranges are better, and such cases are also within the scope of the invention. Indwelling devices include surgical implants, prostheses, and catheters (ie, devices that are introduced into a patient's body and remain there for an extended period of time). Such devices include, for example, artificial joints, heart valves, pacemakers, vascular grafts, vascular catheters, cerebrospinal fluid shunts, urethral catheters, continuous ambulatory peritoneal dialysis (CAPD), and the like. It may be administered by injection just before inserting the indwelling device so that a systemic effect is achieved against the bacteria. The treatment may be continued after the surgery and while the device is in the body. In addition, the composition can be used to spread the surgical perimeter cover to prevent staphylococcal wound infection. Many orthopedic surgeons consider that patients with artificial joints should consider antibiotic prophylaxis before dental treatments that can cause bacteremia. Later severe infections are serious complications, sometimes resulting in loss of prosthetic joints, with significant morbidity and mortality. Therefore, it would be possible to extend the use of the active substance as a substitute for a prophylactic antibiotic. In addition to the above-described therapies, the compositions of the present invention may generally be used as wound healing agents to prevent bacteria from attaching to matrix proteins that are exposed to wound tissue, , Can be used prophylactically in place of or in combination with antibiotic prophylaxis. The compositions of the present invention may also be used to bathe an indwelling device immediately prior to insertion. The active agent is preferably at a concentration of from 0.1 μg / ml to 10 mg / ml for immersing the wound or indwelling device. The vaccine composition is conveniently in injectable form. Conventional adjuvants will be used to enhance the immune response. A suitable endogenous dose for vaccination is 0.5 to 5 μg / kg antigen, and such doses are preferably administered one to three times at one to three week intervals. At the indicated dosage ranges, no adverse toxicological effects will be observed with the compounds of the present invention which will prevent administration to appropriate patients. The antibodies described above may also be used as diagnostic reagents to detect the presence of bacteria, including cell surface proteins. To facilitate understanding of the following examples, certain generic methods and / or terms are described. "Plasmids" are designated by a lower case p preceded and / or followed by capital letters and / or numbers. The starting plasmids herein are either commercially available or commonly used, or can be constructed from available plasmids by published procedures. In addition, plasmids equivalent to the described plasmids are known in the art and will be apparent to those skilled in the art. "Digestion" of DNA refers to catalytic cleavage of the DNA with a restriction enzyme that acts only on certain base sequences in the DNA. The various restriction enzymes used herein were commercially available and used their reaction conditions, cofactors and other requirements as would be known to one of skill in the art. For analytical purposes, typically 0.1 μg of plasmid or DNA fragment was used with about 2 units of enzyme in 20 μl of buffer solution. For the purpose of isolating DNA fragments for plasmid construction, typically 5-50 μg of DNA is digested in large volumes with 20-250 units of enzyme. Appropriate buffer solutions and substrate concentrations for particular restriction enzymes are specified by the manufacturer. Incubation times of about one hour at 37 ° C. are typically used, but may vary according to the supplier's instructions. After digestion, the reaction is subjected to electrophoresis directly on a polyacrylamide gel to isolate the desired fragment. Size separation of the truncated fragments is performed using an 8 percent acrylamide gel, as described by Goeddel, D. et al. [Nucleic Acids Res., 8: 4057 (1980)]. "Oligonucleotide" refers to either a single stranded polydeoxynucleotide or two complementary polydeoxynucleotide chains that are chemically synthesized. Such synthetic polydeoxynucleotides do not have a 5 'phosphate and therefore will not ligate to another oligonucleotide in the presence of a kinase without adding the phosphate with ATP. The synthetic oligonucleotide will ligate to a fragment that has not been dephosphorylated. "Ligation" refers to two double-stranded nucleic acid fragments [Maniatis, T. et al., Id., P. 146] during the formation of a phosphodiester bond. Unless otherwise specified, ligation may be accomplished using known buffers and conditions, with 10 units of T4 DNA ligase ("ligase") per 0.5 ug of approximately equimolar amount of DNA fragment to be ligated. Example 1 Isolation of DNA Encoding a Novel Fibronectin-Binding Protein B from S. aureus WCUH29 The DNA sequence shown in SEQ ID NO: 2 from a library of chromosomal DNA clones of S. aureus WCUH29 in E. coli Was obtained. Libraries may be prepared by conventional methods, such as: Methods 1 and 2 Whole cell DNA is isolated from Staphylococcus aureus strain WCUH29 (NCIM B40771) by standard methods and used in either of the following two methods: Size fractionation according to Method 1 Whole cell DNA is mechanically sheared by passing through a syringe needle and size fractionated according to standard methods. DNA fragments up to 11 kb in size are blunt-ended by treatment with exonuclease and DNA polymerase, and an EcoRI linker is added. The fragments are ligated into the vector Lambda ZapII that has been cut with EcoRI, the library is packaged by standard methods, and E. coli is infected with the packaged library. Amplify the library by standard methods. Method 2 Total cellular DNA is partially hydrolyzed using a combination of four restriction enzymes (RsaI, PalI, AulI and Bsh1235I) and size fractionated by standard methods. An EcoRI linker is ligated to the DNA, then the fragment is ligated into the vector Lambda ZapII that has been cut with EcoRI, the library is packaged by standard methods, and E. coli is infected with the packaged library. Let it. Amplify the library by standard methods.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｋ 16/14 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｃ１２Ｐ 21/02 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｃ１２Ｐ 21/08 33/566 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ａ６１Ｋ 37/02 (72)発明者 バーナム，マーティン・カール・ラッセル イギリス、ケイティ18・５エックスキュ ー、サリー、エプソム、ユー・トゥリー・ ボトム・ロード、グレート・バーグ、スミ スクライン・ビーチャム・ファーマシュー ティカルズ──────────────────────────────────────────────────続 き Continued on the front page (51) Int.Cl. 7 Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) C07K 16/14 C12N 1/15 C12N 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 C12P 21 / 02 C 5/10 G01N 33/53 D C12P 21/02 33/566 G01N 33/53 C12P 21/08 33/566 C12N 5/00 B // C12P 21/08 A61K 37/02 (72) Inventor Burnham, Martin Carl Russell UK, Katy 18.5 XCue, Sally, Epsom, You Tree Bottom Road, Great Berg, Smithkline Beecham Pharmaceuticals

Claims (1)

【特許請求の範囲】 １．（a）配列番号：１のアミノ酸１から１８６までを含むポリペプチドをコ ードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリ ヌクレオチド、 （b）（a）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド、および （c）（a）または（b）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩 基を含むポリヌクレオチド からなる群より選択されるメンバーを含む単離ポリヌクレオチド。 ２．ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。 ３．ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチド。 ４．配列番号：２に示すヌクレオチド１から５５８までを含む請求項２のポリ ヌクレオチド。 ５．新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂポリペプチドをコードしている、 配列番号：２に示すヌクレオチドを含む請求項２のポリヌクレオチド。 ６．配列番号：１のアミノ酸１から１８６までを含むポリペプチドをコードし ている請求項２のポリヌクレオチド。 ７．（a）ＮＣＩＭＢ受託番号４０７９４に含まれるＤＮＡにより発現される のと同じ成熟ポリペプチドをコードしていて配列番号：２のポリヌクレオチド配 列を有するポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌ クレオチド、 （b）（a）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド、および （c）（a）または（b）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の塩基を含む ポリヌクレオチド からなる群より選択されるメンバーを含む単離ポリヌクレオチド。 ８．請求項２のＤＮＡを含むベクター。 ９．請求項８のベクターを含む宿主細胞。 １０．請求項９の宿主細胞から上記ＤＮＡによりコードされているポリペプチ ドを発現させることを含む、ポリペプチドの製造方法。 １１．請求項８のベクターで細胞を形質転換またはトランスフェクションして 、ベクター中に含まれるｃＤＮＡによりコードされているポリペプチドを細胞が 発現するようにすることを含む、ポリペプチドを発現する細胞の製造方法。 １２．配列番号：１のアミノ酸１から１０５までに対して少なくとも７０％同 一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。 １３．配列番号：１に示すアミノ酸配列を含むポリペプチド。 １４．請求項１２のポリペプチドに対する抗体。 １５．請求項１２のポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニスト。 １６．治療上有効量の請求項１２のポリペプチドを個体に投与することを含む 、新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂを必要とする個体の治療方法。 １７．該ポリペプチドをコードしていてインビボで該ポリペプチドを発現する ＤＮＡを個体に提供することにより該治療上有効量のポリペプチドが投与される 請求項１６の方法。 １８．治療上有効量の請求項１５のアンタゴニストを個体に投与することを含 む、新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂポリペプチドを阻害する必要のある 個体の治療方法。 １９．請求項１２のポリペプチドの発現に関連した疾病の診断方法であって、 該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定することを含む方法。 ２０．宿主由来の試料中の請求項１２のポリペプチドの存在について分析する ことを含む診断方法。 ２１．結合物質への結合を可能にする条件下にて請求項１２のポリペプチドに 対する結合手段を表面上に発現する細胞をスクリーニングすべき化合物と接触さ せ、次いで、化合物と結合手段との相互作用により生じるシグナルの存在または 不存在を検出することにより、化合物が結合物質に結合しこれを活性化または阻 害するかどうかを決定することを含む、請求項１２のポリペプチドに結合しその 活性を阻害する化合物の同定方法であって、該結合手段が、該結合手段への化合 物の結合に応答して検出可能シグナルを発しうる第２の成分に結合しているもの である方法。 ２２．哺乳動物を疾病から防御する抗体を産生させるに十分な新規フィブロネ クチン結合タンパク質Ｂ、またはそのフラグメントもしくは変種を哺乳動物に接 種することを含む、哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法。 ２３．遺伝子治療により、新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂ、またはそ のフラグメントもしくは変種をインビボで送達して哺乳動物を疾病から防御する 抗体を産生させる免疫学的応答を誘導することを含む、哺乳動物における免疫学 的応答を誘導する方法。 ２４．新規唾液結合ポリヌクレオチドをコードしていてこれを発現するＤＮＡ またはそれによりコードされているタンパク質を含んでなる免疫学的組成物であ って、哺乳動物中に導入された場合、新規フィブロネクチン結合タンパク質Ｂの ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされているタンパク質に対する免疫学 的応答を哺乳動物において誘導する組成物。[Claims]   1. (A) a polypeptide comprising amino acids 1 to 186 of SEQ ID NO: 1 Having at least 70% identity to the polynucleotide being loaded nucleotide,   (B) a polynucleotide complementary to the polynucleotide of (a), and   (C) at least 15 consecutive salts of the polynucleotide of (a) or (b) Polynucleotides containing groups An isolated polynucleotide comprising a member selected from the group consisting of:   2. The polynucleotide of claim 1, which is DNA.   3. 2. The polynucleotide of claim 1, which is an RNA.   4. 3. The poly according to claim 2, comprising nucleotides 1 to 558 of SEQ ID NO: 2. nucleotide.   5. Encoding a novel fibronectin binding protein B polypeptide, 3. The polynucleotide of claim 2 comprising the nucleotide set forth in SEQ ID NO: 2.   6. Encodes a polypeptide comprising amino acids 1 to 186 of SEQ ID NO: 1 3. The polynucleotide of claim 2, wherein   7. (A) expressed by DNA contained in NCIMB accession number 40794 A polynucleotide sequence encoding SEQ ID NO: 2 which encodes the same mature polypeptide as A polynucleotide having at least 70% identity to a polynucleotide having a sequence Creotide,   (B) a polynucleotide complementary to the polynucleotide of (a), and   (C) comprising at least 15 bases of the polynucleotide of (a) or (b) Polynucleotide An isolated polynucleotide comprising a member selected from the group consisting of:   8. A vector comprising the DNA of claim 2.   9. A host cell comprising the vector of claim 8.   10. A polypeptide encoded by the DNA from the host cell of claim 9. A method for producing a polypeptide, comprising expressing a polypeptide.   11. Transforming or transfecting cells with the vector of claim 8 The cell encodes the polypeptide encoded by the cDNA contained in the vector. A method for producing a cell that expresses a polypeptide, comprising causing the expression.   12. At least 70% for amino acids 1 to 105 of SEQ ID NO: 1 A polypeptide comprising an amino acid sequence.   13. A polypeptide comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 1.   14． An antibody against the polypeptide of claim 12.   15. An antagonist that inhibits the activity of the polypeptide of claim 12.   16. Administering to the individual a therapeutically effective amount of the polypeptide of claim 12. , A method for treating an individual in need of a novel fibronectin binding protein B.   17． Encodes the polypeptide and expresses the polypeptide in vivo By providing DNA to an individual, a therapeutically effective amount of the polypeptide is administered. The method of claim 16.   18. Administering to the individual a therapeutically effective amount of the antagonist of claim 15. Need to inhibit novel fibronectin binding protein B polypeptide How to treat the individual.   19. A method for diagnosing a disease associated with expression of the polypeptide of claim 12, comprising: Determining a nucleic acid sequence encoding said polypeptide.   20. Analyzing for the presence of the polypeptide of claim 12 in a sample derived from the host. A diagnostic method comprising:   21. The polypeptide of claim 12 under conditions that allow binding to the binding agent. Cells expressing the binding means on the surface are contacted with the compound to be screened. And then the presence of a signal resulting from the interaction of the compound with the binding means or By detecting the absence, the compound binds to the binding substance and activates or blocks it. Binding to the polypeptide of claim 12 comprising determining whether it is harmful. A method for identifying a compound that inhibits an activity, wherein the binding means binds to the binding means. Bound to a second moiety capable of producing a detectable signal in response to binding of the substance The way that is.   22. Novel fibrone sufficient to produce antibodies that protect mammals from disease Connecting the cutin binding protein B, or a fragment or variant thereof, to a mammal. A method of inducing an immunological response in a mammal, comprising seeding.   23. By gene therapy, the novel fibronectin binding protein B or its Fragments or variants in vivo to protect mammals from disease Immunology in mammals, including inducing an immunological response that produces antibodies To induce a physical response.   24. DNA encoding a novel salivary binding polynucleotide and expressing it Or an immunological composition comprising the protein encoded thereby. Thus, when introduced into a mammal, a novel fibronectin binding protein B Immunology to polynucleotides or proteins encoded by them A composition that elicits a physical response in a mammal.
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