JP2000503529A - Components of the Staphylococcus signal transduction system - Google Patents

Components of the Staphylococcus signal transduction system

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JP2000503529A
JP2000503529A JP9523424A JP52342497A JP2000503529A JP 2000503529 A JP2000503529 A JP 2000503529A JP 9523424 A JP9523424 A JP 9523424A JP 52342497 A JP52342497 A JP 52342497A JP 2000503529 A JP2000503529 A JP 2000503529A
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ウォリス，ニコラ
ホッジソン，ジョン・エドワード
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スミスクライン・ビーチャム・パブリック・リミテッド・カンパニー
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Abstract

(57)【要約】 バシラス・サチリスｄｅｇ産物に相同性を有するスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９由来の新規応答レギュレーターポリペプチドおよびかかるポリペプチドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を開示する。また、感染、詳細には、細菌感染の治療のためのかかるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの使用方法も開示する。また、本発明のポリペプチドに対するアンタゴニストおよびそれらの感染、詳細には、細菌感染の治療のための使用も開示する。本発明の核酸配列およびそのポリペプチドの宿主における存在に関連した疾病の検出のための診断アッセイも開示する。また、宿主における応答レギュレーターをコードしているポリヌクレオチドの検出ならびに該ポリペプチドの検出のための診断アッセイも開示する。 (57) Abstract: Novel response regulator polypeptides derived from Staphylococcus aureus WCUH29 having homology to the Bacillus subtilis deg product and DNA (RNA) encoding such polypeptides and recombinant polypeptides of such polypeptides A manufacturing method is disclosed. Also disclosed are methods of using such polynucleotides and polypeptides for the treatment of infections, particularly bacterial infections. Also disclosed are antagonists to the polypeptides of the invention and their use in treating infections, particularly bacterial infections. Also disclosed are diagnostic assays for the detection of a disease associated with the presence of a nucleic acid sequence of the invention and its polypeptide in a host. Also disclosed is the detection of a polynucleotide encoding a response regulator in a host, as well as diagnostic assays for the detection of the polypeptide.

Description

【発明の詳細な説明】 スタフィロコッカスシグナルトランスダクションシステムの成分 技術分野 本発明は、一般に、バシラス・サチリス（Bacillus subtilis）由来のＤｅｇ Ｕ応答調節タンパク質のファミリーにおいて新たに同定されたポリヌクレオチド およびポリペプチドに関する。 背景技術 多くの２成分シグナルトランスダクションシステム（ＴＣＳＴＳ）が細菌にお いて同定されている（Stock，J．B.ら、（1989）Microbiol．Rev．53，450-490) 。これらは、その周囲を監視し、その環境の変化に適応する細菌の能力に関連し ている。これらの細菌のＴＣＳＴＳのいくつかは、宿主内での毒性および細菌性 病原性に関連する。応答レギュレーターは、ＴＣＳＴＳの成分である。これらの タンパク質は、ヒスチジンキナーゼによりリン酸化され、一度リン酸化されると 、しばしばＤＮＡ結合ドメインの活性化を介して、応答に作用する。応答レギュ レーターは、約１００アミノ酸残基の保存Ｎ−末端ドメインにより特徴付けられ る。応答レギュレーターのＮ−末端ドメインならびにＣｈｅＹ中の残基Ｄ１２、 Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ８７、Ｋ１０９（Matsumura，P．ら、(1984)J．Bacteriol． 160，36-41）に対応する、保持された５個の機能的に重要な残基は、保存された 構造特性を有する（Volz,K．（1993）Biochemistry 32，11741-11753)。サルモ ネラ・チフィムリウム（Salmonella typhimurium)（Stock,A.M.,ら、（1989）Na ture,337,745-749）およびエシェリシア・コリ（Escherichia coli）（Volz,K.& Matsumura,P．（1991）J．Biol．Chem．266，15511-15519）由来のＣｈｅＹの３ 次元構造およびエス・チフィムリウム由来の窒素調節タンパク質ＣのＮ−末端ド メイン（Volkman，B．F．ら、（1995）Biochemistry，34 1413-1424）は、バシ ラス・サチリス由来のＳｐｏＯＦの２次元構造（Feher,V.A．ら、（1995）Prote in Science, 4，1801-1814）と同様、利用可能である。これらの構造は、（ａ／ｂ）5の折り たたみ（fold）を有する。いくつかの構造残基は、異なる応答レギュレーター配 列間、特に、β−シート疎水性コアおよびα−ヘリックス由来の部位中の疎水性 残基で保存されている。この応答レギュレーターのファミリーには、ＤｅｇＵを 含む。ＤｅｇＵは、細胞外プロテアーゼの産生に関与するＤｅｇＴＣＳＴＳの応 答レギュレーターである（Henner,D.J.ら、（1988）J.Bacteriol.，170,5102-51 09)。 ヒスチジンキナーゼは、ヒスチジン残基で自動リン酸化するＴＣＳＴＳの成分 である。ついで、リン酸基は関連する応答レギュレーターに移される。ヒスチジ ンキナーゼは、５個の短い保存されたアミノ酸配列を有する（Stock.J.B．ら、 （1989）Microbiol.Rev.53,450-490,Swanson,R.V.ら、（1994）TIBS 19 485-491 )。これらは、リン酸化される、保存アスパラギン残基が約１００残基後に続く 、ヒスチジン残基である。さらに１５ないし４５残基後に、ＤＸＧＸＧモチーフ が見られ、さらに１０−２０残基後にＦＸＸＦモチーフが続く。さらに１０−２ ０残基には、他のグリシンモチーフ、ＧＸＧが見られる。２個のグリシンモチー フは、ヌクレオチド結合に関与するものと考えられている。 ＴＣＳＴＳにより調節されるプロセスには、毒性因子の生成、運動性、抗生物 質耐性および細胞複製がある。ＴＣＳＴＳタンパク質の阻害剤は、病因に必要な 因子の生成を妨げることにより、細菌が宿主の感染を確立し維持することを妨げ 、それにより、抗細菌治療において有用性がある。 明らかに、抗生物質活性を有する化合物をスクリーンするのに使用でき、感染 、機能障害および疾患の病因におけるそれらの役割を決定するのにも用いること のできる因子が必要とされている。それゆえ、感染、機能障害または疾患を妨げ 、改善しまたは調整する役割を担うことのできる該因子の同定および解析が必要 とされている。 発明の要約 これらの目的、およびその他に対し、本発明は、ポリペプチド、なかでも、図 ２に示されるアミノ酸配列およびＤｅｇＵタンパク質などの他のタンパク質の知 られたアミノ酸配列間の比較により、新規なペプチドであると同定されたポリペ プチドを提供することを目的とする。 さらに、本発明の新規なポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供す ることを目的とする。 本発明のこの態様の好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、図１（配 列番号１）に示される配列、またはそのフラグメント、アナログまたは誘導体に おいて、新規なポリペプチドをコードする領域を含む。 他の本発明の特に好ましい具体例において、図２（配列番号２）のアミノ酸配 列、またはそのフラグメント、アナログまたは誘導体を含む、スタフィロコッカ ス・アウレウス（Staphylococcus aureus）由来の新規なタンパク質がある。 本発明のこの態様によれば、National Collection of Industrial and Marine Bacteria Ltd．(NCIMB)，Aberdeen，Scotland に、受託番号ＮＣＩＭＢ40711 と して、１９９５年９月１１日に寄託されている、スタフィロコッカス・アウレウ スＤＮＡにより発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離された核酸分子が 提供される。 本発明のこの態様によれば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含む、新規 ポリペブチドをコードする単離核酸分子が提供され、さらに本発明のこの態様の 具体例には、生物学的に、診断的に、予防的に、臨床的にまたは治療的に有用な それらの変種、アナログまたは誘導体、または、変種、アナログおよび誘導体の フラグメントを含むフラグメント、および、同じ物を含む組成物が含まれる。 本発明の他の態様によれば、本発明のポリヌクレオチドの治療的または予防的 目的、特に、遺伝学的免疫化における使用が提供される。 本発明のこの態様の特に好ましい具体例は、新規核酸配列の自然に生じる対立 遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチドである。 本発明のこの態様によれば、配列番号２のアミノ酸配列により特徴付けられる 新規ポリペプチド、ならびに、生物学的に、診断的に、予防的に、臨床的にまた は治療的に有用なそれらのフラグメント、変種および誘導体、フラグメントの変 種および誘導体、前記のアナログ、同じ物を含む組成物が提供される。 本発明のこの態様の特に好ましい具体例は、配列番号１の核酸配列により特徴 付けられる本発明の遺伝子の自然に生じる対立遺伝予によりコードされるポリペ プチドの変種である。 本発明のこの態様の好ましい具体例において、上述したポリペプチドを製造す る方法が提供される。 本発明のさらに別の態様によれば、たとえば抗生物質を含む抗細菌剤として有 用な該ポリペプチドに対する阻害剤が提供される。 本発明のこの態様の特定の好ましい具体例によれば、生成物、組成物および方 法、なかでも：発現の評価;細菌感染の治療および防御；遺伝学的変化のアッセ イ；および、細菌、特にスタフィロコッカスに対する免疫学的応答を引き起こす ための生物への本発明の新規なポリペプチドまたはポリヌクレオチドの投与、が 提供される。 本発明のこの態様および他の態様の特定の好ましい具体例によれば、配列番号 １を含む本発明の新規なポリヌクレオチド配列とハイブリダイズするポリヌクレ オチドが提供される。 本発明のこの態様のさらなる好ましい具体例によれば、本発明のポリペプチド に対する抗体が提供される。 本発明の他の態様によれば、好ましくは、静菌性または殺菌性でもある、本発 明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドに対するアゴニストが提供さ れる。 本発明のさらに別の態様によれば、好ましくは、静菌性または殺菌性でもある 、本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドに対するアンタゴニス トが提供される。 本発明のさらなる態様によれば、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチ ドを含む、細胞または多細胞生物に投与するための、組成物が提供される。 以下の記載を読むことおよび本発明の開示の他の部分を読むことにより、開示 される発明の精神および範囲内の様々な変更および修飾が当業者に明らかとなる であろう。 一般的には、本発明は、新たに同定された応答レギュレーターのポリヌクレオ チドおよびポリヌクレオチド、特に、ＤｅｇＵファミリーに関する。また、本発 明は、これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドの変種および誘導体；これ らのポリヌクレオチドおよびこれらのポリペプチド、ならびそれらの変種および 誘導体の製造方法；ポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニスト；これらの ポリヌクレオチド、ポリペプチド、変種、誘導体、アゴニストおよびアンタゴニ ストの使用を包含する。 特に、本発明は、配列番号２に示されるアミノ酸配列またはそれらのフラグメ ント、アナログまたは誘導体を含むと解析された、エス・アウレウスＷＣＵＨ２ ９由来の新規な応答レギュレータータンパク質に関する。 本発明の別の態様によれば、該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（ ＤＮＡまたはＲＮＡ）が提供される。 図面の簡単な説明 以下に、本発明の特定の具体例を示す。これらは単に例示であり、本明細書に 開示される発明を何ら限定するものではない。 図１は、本発明の遺伝子の核酸配列（配列番号１）を示す。 図２は、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列（配列番号２）を示す。 定義 以下の例示的な説明は、本明細書、特に実施例において汎用される特定の用語 の理解を容易にするために提供される。説明は、便宜上示すものであり、本発明 を限定するものではない。 本明細書で用いる「結合分子」は、例えば酵素基質、細胞膜成分および古典的 なレセプターを含め、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと特異的に 結合または相互作用する分子またはイオンをいう。結合または相互作用分子を含 め、本発明のポリペプチドと、そのような分子間の結合は、本発明のポリペプチ ドに対して独占的であることが好ましく、またはその結合は本発明のポリペプチ ドに高度に特異的であることもまた好ましく、またはその結合は本発明のポリペ プチドを包含するタンパク質群に高度に特異的であることも好ましく、または少 なくともその一つが本発明のポリペプチドを含む、数種のタンパク質群に特異的 であってもよい。結合分子はまた、本発明のポリペプチドに特異的に結合する抗 体および抗体由来の物質をも包含する。 「遺伝学的エレメント」は、一般に、ポリペプチドをコードする領域、もしく は複製、転写もしくは翻訳、もしくは宿主細胞においてポリペプチドを発現する のに重要なその他の過程を制御するポリヌクレオチド領域を含むポリヌクレオチ ド、またはポリペプチドをコードする領域およびそれらに機能的に連結した発現 を制御する領域の両方を含むポリヌクレオチドを意味する。遺伝学的エレメント は、エピソームエレメント、すなわち、宿主細胞ゲノムと物理的に独立した分子 として、複製するベクター内に含まれていてもよい。それらはプラスミド内に含 まれていてもよい。遺伝学的エレメントはまた、自然の状態ではなく、むしろ単 離、クローニングおよび宿主細胞への導入のような操作の後に、精製ＤＮＡの形 態で宿主細胞ゲノム内またはとりわけベクター内にも含まれていてもよい。 外来ＤＮＡが細胞膜中に導入されている時、細胞は外来ＤＮＡにより「トラン スフォーム」されている。外来ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ中に組み込まれ（共有結 合して）細胞のゲノムを構成していてもよく、していないくてもよい。たとえば 、原核細胞および酵母では、外来ＤＮＡは、プラスミドなどのエピソームエレメ ントとして保持され得る。真核細胞についてみると、安定にトランスフォームま たはトランスフェクトされた細胞は、染色体複製により娘細胞に遺伝するように 、外来ＤＮＡが染色体中に組み込まれているものである。この安定性は、細胞系 、または、外来ＤＮＡを含む娘細胞の集団からなるクローンを確立する、真核細 胞の能力により示される。 「宿主細胞」は外来ポリヌクレオチド配列によりトランスダクション、トラン スフォーメーションまたはトランスフェクションされた細胞であるか、またはト ランスダクション、トランスフォーメーションまたはトランスフェクションする ことのできる細胞である。 「クローン」は、単一細胞または有糸分裂による共通の祖先由来の細胞の集団 である。「細胞系」は、多世代にわたりインビトロで安定に生育できる一次細胞 のクローンである。 「レプリコン」は、インビボでのＤＮＡ複製の自律的単位として機能する、す なわち、その自らの制御下で複製することのできる、遺伝的エレメント（たとえ ば、プラスミド、染色体、ウイルス）である。 「ベクター」は、プラスミド、ファージ、またはコスミドなどのレプリコンで あり、連結したセグメントの複製ができるように、これらに他のＤＮＡセグメン トを連結させることができる。 「二本鎖ＤＮＡ分子」は、弛緩型および超らせん型の両方の二本鎖ヘリックス におけるデオキシリボヌクレオチド（塩基アデニン、グアニン、チミン、または シトシン）のポリマー形態を意味する。この用語は、分子の一次元および二次元 構造を意味するのみであり、特定の三次元構造を限定するものではない。それゆ え、この用語は、とりわけ、直鎖状ＤＮＡ分子（たとえば、制限フラグメント） 、ウイルス、プラスミドおよび染色体に見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二 本鎖ＤＮＡ分子の構造を議論する場合、配列は、ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、 ｍＲＮＡと相同性のある配列を有する鎖）にそって５’から３’方向にある配列 のみを記載する慣例にしたがって明細書中に記載されるものである。 特定のタンパク質の「コーディング配列」または特定のタンパク質を「コード するヌクレオチド配列」のＤＮＡは、適当な調節配列の制御下に置かれると、転 写され、タンパク質に翻訳されるＤＮＡ配列である。 「プロモーター配列」は、細胞中でＲＮＡポリメラーゼと結合でき、下流（３ ’方向）コーディング配列の転写を開始できるＤＮＡ調節領域である。本発明を 定義する目的では、プロモーター配列は、コーディング配列の翻訳開始コドン（ たとえば、ＡＴＧ）により３’末端で境界が引かれ、上流（５’方向）にのび、 バックグラウンドよりも上の検出可能なレベルで転写を開始するのに必要な塩基 またはエレメントの最小数を含む。プロモーター配列中に、転写開始部位（通常 、ヌクレアーゼＳ１でマッピングにより定義される)、ならびにＲＮＡポリメラ ーゼ の結合に関与するタンパク質結合ドメイン（コンセンス配列）が見出される。真 核プロモーターは、しばしば、いつもでなないが、「ＴＡＴＡ」ボックスおよび 「ＣＡＴ」ボックスを含む。原核プロモーターは、−１０および−３５コンセン サス配列に加え、シャイン−ダルガノ配列を含む。 「ＤＮＡ制御配列」は、プロモーター配列、リボソーム結合部位、ポリアデニ レーションシグナル、転写終結配列、上流調節ドメイン、エンハンサー、および 宿主細胞中でコーディング配列の発現（すなわち、転写および翻訳）を提供する ようなものを、ひとまとめにして意味する。制御配列は、ＲＮＡポリメラーゼが プロモーター配列に結合し、コーディング配列をｍＲＮＡに転写し、ついでコー ディング配列にコードされるポリペプチドに翻訳する時、細胞中でコーディング 配列の発現を制御する。 「ＤＮＡの消化」とは、ＤＮＡのある配列にのみ作用する制限酵素によるＤＮ Ａの触媒的切断をいう。本明細書で用いられる種々の制限酵素は商業上入手可能 であり、それらの反応条件、補因子およびその他の必要事項は、当業者において 知られるものを用いた。分析の目的では、典型的には、１μｇのプラスミドある いはＤＮＡフラグメントを約２単位の酵素とともに約２０μｌの緩衝液中で用い る。プラスミド構築のためのＤＮＡフラグメントを単離する目的では、典型的に は、５ないし５０μｇのＤＮＡが、大容量にて２０ないし２５０単位の酵素で消 化される。特定の制限酵素に対する適当な緩衝液および基質濃度は製造者によっ て特定される。３７℃で約１時間のインキュベーション時間が通常使用されるが 、供給者の指導にしたがって変更してもよい。消化後、反応物をポリアクリルア ミドゲル上で直接電気泳動に付し、所望のフラグメントを単離する。切断フラグ メントのサイズ分離を、Goeddel,D.ら、Nucleic Acids Res.,8:4057(1980)に記 載される、８パーセントポリアクリルアミドゲルを用いて行う。 ＤＮＡ構築物の「異種」領域は、天然の他の分子と関連して見出されない、他 のＤＮＡ分子中または他のＤＮＡ分子に結合する、ＤＮＡの同定可能なセグメン トである。 当該分野にて周知であるように「同一性」または「類似性」は、配列を比較し て測定される、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つまたはそれ 以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該分野において、同一性とはま た、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるようなポリペプ チドまたはポリヌクレオチド配列間の配列の関連性の程度をも意味する。同一性 および類似性は共に容易に算出できる（Computational Molecular Biology,Lesk ,A.M.編、Oxford University Press、New York、1988 年；Biocomputing：Infor matics and Genome Projects,Smith,D.W.編、Academic Press、New York、1993 年 ；Computer Analysis of Sequence Data，PART I，Griffin,A.M.およびGriffin, H.G.編、Humana Press、New Jerse、1994 年；Sequence Analysis inMolecular Biology，von Heinje,G.、Academic Press、1987 年；およびSequenceAnalysis Primer,Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍ Stockton Press、New York、199 1 年)。２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類 似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両方の用語は当業者に周知 である(Sequence Analysis in MolecularBiology，von Heinje，G.,AcademicPre ss,1987;Squence AnalysisPrimer,Gribskov,M.およびDevereux,J.,編、M Stockt on Press，New York，1991;およびCarillo，H.,およびLipman，D.,SIAM J.,Appl iedMath.,48:1073(1988))。配列間で同一性または類似性を測定するのに通常用 いられる方法は、Carillo,H.およびLipman,D.，SIAM J．AppliedMath.，48:1073 (1988)に開示されている方法を包含するが、これらに限定されるものではない。 同一性を決定するための好ましい方法は、試験する配列間で最も良く適合するよ うに設計される。同一性および類似性を測定する方法は、コンピュータープログ ラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ましい コンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ(Devereux,J.ら、 Nucleic Acids Research 12(1):387(1984)、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atsch ul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215:403(1990))）を包含するが、これらに限定される ものではない。 「単離」とは、「人工的に」天然の状態から変化させられた、すなわち、天然 物の場合、その本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行われたこと を 意味する。例えば、生体に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチド は、「単離」されていないが、その天然状態で共存する物質から分離された同じ ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用いる用語としての「単離 」がなされている。単離の一部として、または単離の後に、かかるポリヌクレオ チドは、例えば、突然変異誘発のために、ＤＮＡなどの他のポリヌクレオチドに 結合し、宿主における伸長および発現のために、融合タンパク質を形成したりす ることができる。単離ポリヌクレオチドは単独で、またはベクターなどの他のポ リヌクレオチドと結合して、培養物中または全生物中の宿主細胞に導入できる。 培養物中または全生物中の宿主細胞に導入されたかかるＤＮＡも本明細書に用い る用語である、単離されたといえる。というのはこれらは天然の形態または環境 にはないからである。同様に、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、組成物 、例えば、培地処方、例えば細胞にポリヌクレオチドまたはポリペプチドを導入 するための溶液、化学的または酵素的反応のための組成物または溶液中に生じさ せてもよく、これらは自然には存在しない組成物であり、本明細書に用いる用語 の単離されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドの意味の範囲内である。 「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、修飾されていないＲＮＡも しくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであつてよい、いずれの ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドをも意味する。した がって、例えば、本明細書で用いるポリヌクレオチドは、とりわけ一本鎖および 二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖および三 本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖お よび二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖も しくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物であつてもよいＤＮＡお ＩよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を意味する。加えて、本明細書で用いるポ リヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三 本鎖領域を意味する。かかる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来 のものでよい。この領域はこれらの分子のーつまたはそれ以上の全てを含んでい てもよいが、より典型的にはいくつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領 域の 分子の一つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。本明細書で用 いる場合、ポリヌクレオチドなる用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を 含有する、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安定性または 他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語を本明細書が 意図するろところの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン等の普通で ない塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つ の例だけを示す）も、かかる用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドで ある。当業者に既知の多くの有用な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常 に多くの修飾がなされていることは、明らかであろう。ポリヌクレオチドなる用 語は、本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドのこのような化学的、酵素的ま たは代謝的に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑 型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。ポ リヌクレオチドは、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称される短 鎖ポリヌクレオチドを包含する。 「連結」とは、二つの二本鎖核酸フラグメント間でリン酸ジエステル結合を形 成する過程をいう(Maniatis,T.ら，Id.,p．146)。特記しない限り、連結は既知 の緩衝液および条件を用い、連結させるべきほぼ等モル量のＤＮＡフラグメント ０．５μｇ当たり、１０単位のＴ４ＤＮＡリガーゼ（「リガーゼ」）を用いて行 ってもよい。 本明細書で用いる「ポリペプチド」は、以下に記載する全てのポリペプチドを 包含する。ポリペプチドの基本的な構造は周知であり、非常に多くのテキストお よび当該分野の他の発行物に記載されている。これに関連して、この用語は、本 明細書において、ペプチド結合により直鎖で互いに結合している２個またはそれ 以上のアミノ酸を含むいずれかのペプチドまたはタンパク質をいうのに用いる。 本明細書で用いる場合、この用語は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペ プチドおよびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があり、当該分野で 一般的にタンパク質と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、しばしば 、一般に２０種の天然アミノ酸と称される２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含 有 し、末端アミノ酸を含め、多くのアミノ酸は、プロセッシングおよび他の翻訳後 修飾のような自然の工程により所定のポリペプチドで修飾されたものが含まれる が、当業者に周知の化学的修飾技術によっても修飾できることは理解されよう。 ポリペプチドに自然に起こる一般的な修飾でさえ余り多すぎて、余すところなく 列挙することはできないが、基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに 多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当業者に周知である。本発 明のポリペプチドに施すことができる既知の修飾には、例を挙げると、アセチル 化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分 の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂 質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、 ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピログ ルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩ アンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、 タンパク質加水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノ イル化、硫酸化、アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介のタンパク質へのアミノ酸 付加、およびユビキチネーションがある。かかる修飾は当業者に周知であり、科 学文献に非常に詳細に記載されている。いくつかの特に一般的な修飾、例えば糖 鎖形成、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシル化、ヒド ロキシル化およびＡＤＰリボシル化は最も基礎的なテキスト、例えばProteins-S tructure and Molecular Properties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman an dcompany、New York(1993)に記載されている。例えば、Posttranslational Coval entModification of Proteins、B.C.Johnson編、Academic Press,New York（198 3）の Wold,F.,Posttranslational ProteinModifications ：Perspective andP rospects、1〜12頁;Seifter ら、Meth.Enzymol.182:626-646(1990)およびRattan ら、Protein Synthesis：Posttranslational Modifications and Aging,Ann-N.Y ．Acad.Sci.663:48-62（1992)で提供される論文などの多くの詳細な論文が、本 主題に利用できる。ポリペプチドはいつも完全に直鎖であるとは限らないという ことは周知であり、前記した通りであると理解されよう。例えばポリペプチド はユビキチン化の結果分岐していてもよく、一般には、天然のプロセッシング事 象を含む翻訳後の事象、および天然では起こらない人為的操作によりもたらされ る事象の結果、分岐のある、または分岐のない環状にできる。環状、分岐および 分岐した環状ポリペプチドは、非翻訳天然のプロセッシングにより、および同様 に全く合成的な方法で合成できる。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびア ミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチドのどこででも起こり得る。実 際、共有結合の修飾による、ポリペプチドのアミノまたはカルボキシル基または その両方のブロックは、天然および合成ポリペプチドに共通し、かかる修飾は同 様に本発明のポリペプチドにも存在し得る。例えば、イー・コリ（E.coli）また は他の細胞で作られるポリペプチドのアミノ末端残基は、タンパク質溶解のプロ セッシングの前にほとんど必ずＮ−ホルミルメチオニンになるであろう。ペプチ ドの翻訳後の修飾の間に、ＮＨ2末端においてメチオニン残基を除去できる。し たがって、本発明は、本発明タンパク質のメチオニン含有およびメチオニン不含 の両方のアミノ末端変種の使用を意図する。ポリペプチドに起こる修飾はしばし ばそれの作り方に影響される。例えば、宿主にクローン化遺伝子を発現すること により作られるポリペプチドでは、修飾の特性および程度は、大部分、宿主細胞 の翻訳後修飾能力およびポリペプチドアミノ酸配列に存在する修飾シグナルによ り決定される。例えば、周知のように、糖鎖形成はイー・コリのような細菌宿主 では起こらないことがはしばしばである。したがって、糖鎖形成が望ましい場合 、ポリペプチドを、糖鎖形成宿主、一般に、真核細胞にて発現させるべきである 。昆虫細胞は、しばしば、哺乳動物細胞と同じ翻訳後糖鎖形成を行い、この理由 で昆虫細胞発現系が、とりわけ、糖鎖形成の本来のパターンを有する哺乳動物タ ンパク質を効率よく発現するように開発されている。同様の考察が他の修飾にも 適用される。修飾の同一の型が、所定のポリペプチドのいくつかの部位で、同じ または異なる程度で存在し得ることは理解されよう。また、所定のポリペプチド は多くの型の修飾を有していてもよい。一般に、本明細書で用いる場合、ポリペ プチドなる用語は、全てのこのような修飾、特に宿主細胞においてポリヌクレオ チドを発現することにより合成したポリペプチドに存在する修飾を包含する。 本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの「変種（複数 でも可)」なる用語は、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各 々異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。この意味の変種は、本明 細書の以下およびその他の部分でより詳細に記載する。(１)ヌクレオチド配列に て他の対照標準のポリヌクレオチドと異なるポリヌクレオチド。一般に、違いは 対照標準と変種のヌクレオチド配列が、全体的に非常に類似しており、多くの領 域で同一であるものに限られる。以下に記すように、変種におけるヌクレオチド の配列の変化はサイレントであってもよい。すなわち、その変化がポリヌクレオ チドによりコードされるアミノ酸を変えなくてもよい。変化がこの型のサイレン ト変化に限定される場合、変種は、対照標準と同一のアミノ酸配列を有するポリ ペプチドをコードする。また以下に記すように、変種のヌクレオチド配列におけ る変化が、対照標準のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミ ノ酸配列を変化させてもよい。このようなヌクレオチドの変化は、以下に論じる ように、対照標準配列によりコードされるポリペプチドにおけるアミノ酸置換、 付加、欠失、融合および末端切断をもたらす。(２)アミノ酸配列にて他の対照標 準のポリペプチドと異なるポリペプチド。一般に、違いは対照標準と変種の配列 が全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一であるものに限られる。変種 および対照標準のポリペプチドは、１またはそれ以上の置換、付加、欠失、融合 および末端切断（いずれかの組み合わせで生じていてもよい）により、アミノ酸 配列にて異なっていてもよい。 発明の詳説 本発明は、配列番号２に示されるアミノ酸配列、またはそのフラグメント、ア ナログまたは誘導体を含むことで特徴付けられる、スタフィロコッカス・アウレ ウス由来の新規な応答レギュレーターに関する。以下、ポリペプチド（複数でも 可）なる用語は応答レギュレータータンパク質、そのフラグメント、アナログま たは誘導体ならびにポリペプチドフラグメントまたはその誘導体を意味するのに 用いる。 本発明は、本質的に、各々、図１および図２に示すヌクレオチドおよびアミノ 酸配列を有する遺伝子、１９９５年９月１１日にＮＣＩＭＢ受託番号４０７７１ として、National Collection of Industrial and Marine Bacteria Ltd.(NCIMB ),Aberdeen,Scotlandに寄託されているエス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡ のヌクレオチドおよびアミノ酸配列に関する。本明細書において、これを「寄託 ＤＮＡ」と称する。図１（配列番号１）および図２（配列番号２）に示されるヌ クレオチドおよびアミノ酸配列は、寄託菌のＤＮＡを配列決定することにより得 られたことは理解されよう。それゆえ、寄託菌の配列は、その配列（およびそれ をコードする配列）と図１（配列番号１）および図２（配列番号２）の配列の間 のいずれの不一致についても支配的である。 特に、実験室条件および宿主感染条件下での生存性に適用すると、その技法は 細菌における一時的な遺伝子発現を評価するのに利用できる。それ自体生存に必 須であるかまたは感染の確立および／もしくは維持に必須である遺伝子を同定す るために、多くの方法を用いることができる。これらの方法の一つにより配列の 発現を同定することにより、その機能についてのさらなる情報が得られ、かかる 配列をスクリーニングの標的としてさらに開発するための選別が可能となる。簡 単には、これらの研究には、例えば以下のものがある： １）シグナチャータグ化突然変異法（Signature Tagged Mutagenesis：STM） この技法は、Henselら、Science 269:400-403（1995）に記載されており、背 景技術とする目的でその内容を出典明示により本明細書の一部とする。シグナチ ャータグ化突然変異誘発は、所定感染モデルにおける感染の確立／維持に必要な 遺伝子を同定する。 この技法は、種々の手段（例えばトランスポゾン）により、標的生物にランダ ムに突然変異を誘発し、独特なＤＮＡ配列タグを突然変異部位に非常に近接して 挿入することに基づく。細菌性突然変異体および感染宿主から回収した細菌の混 合集団由来のタグは、増幅、放射性標識化およびハイブリダイゼーション分析に より検出される。毒性を減じた突然変異体は、感染宿主から回収した細菌のプー ル由来のタグの欠如により表される。 ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）においては 、トランスポゾンシステムはあまりよく開発されていないので、タグ化突然変異 体を作るためのより有効な方法として、その内容を背景技術とする目的で出典明 示により本明細書の一部とする、Morrison ら、J．Bacteriol．159:870（1984） に記載される挿入-複製突然変異法を用いる。 ２）インビボ発現法（In Vivo Expression Technology：IVET） この技術はCamilli ら、Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA．91，2634-2638（1994）に 記載されており、各々の内容を背景技術とする目的で出典明示により本明細書の 一部とする。IVETは、実験培養と比較した場合、感染において重要な役割を有す る、感染中にアップレギュレーションする遺伝子を同定する。この技法により同 定される配列は感染の確立/維持に重要な役割を有する。 この技法では、標的生物のランダムな染色体フラグメントは、プラスミドベク ターのプロモーター不含リポーター遺伝子の上流でクローン化される。プールを 宿主に導入し、感染後の種々の時間に細菌を回収し、リポーター遺伝子発現の存 在を評価できる。発現したリポーター遺伝子の上流に担持される染色体フラグメ ントは、感染中に正常なアップレギュレーションをうけるプロモーターまたは遺 伝子部分を担持するはずである。組換え酵素遺伝子の上流を配列決定により、ア ップレギュレーションされた遺伝子を同定できる。 ３）引き算ディスプレイ この技法は、その内容を背景技術とする目的で出典明示により本明細書の一部 とする、Chuang ら、J.Bacteriol．175,2026-2036（1993）に記載されている。 この方法はランダムプライムＲＴ−ＰＣＲを用いてｍＲＮＡの存在を同定するこ とにより、生体において発現する遺伝子を同定する。感染前および感染後のプロ フィールを比較することにより、感染中にアップレギュレーションおよびダウン レギュレーションされる遺伝子を同定でき、ＲＴ−ＰＣＲ生成物を配列決定し、 ライブラリー配列に適合させることができる。 ４）トランスポゾン突然変異誘発による条件致死変異体の発生 この技法は、その内容を背景技術とする目的で出典明示により本明細書の一部 とする、de Lorenzo，V.ら、Gene 123,17-24（1993）；Neuwald，A．F．ら、Gen e125,69-73（1993）およびTakiff,H.E.ら、J.Bacteriol.174,1544-1553（1992） に記載されており、発現が細胞の生存に必須である遺伝子を同定する。 この技法では、一方向または両方向でトランスポゾンから外側へ転写する、調 節可能なプロモーターを担持するトランスポゾンを生じる。これらのトランスポ ゾンを標的生物にランダムに挿入し、続いてプロモーター活性のインデューサー の存在下で挿入突然変異体を単離すると、発現が細胞の生存に必須である遺伝子 のコーディング領域とプロモーターとを分離するインサートが回収されることが 確認される。このインサートは生存できないので、引き続いてインデューサー不 含のレプリカ平板法でかかるインサートを同定する。トランスポゾンに隣接する 領域の配列決定により挿入部位を同定し、分断された遺伝子を同定する。インデ ューサー不存在下での成長中の細胞の過程/形態の変化を精密にモニターし、遺 伝子の可能な機能に関する情報を得る。このようなモニター観察には、フローサ イトメトリー（細胞分割、溶解、酸化還元能、ＤＮＡ複製）、ＤＮＡ、ＲＮＡ、 タンパク質、脂質、ペプチドグリカンへの放射性化学的標識前駆体の取り込み、 既知の細胞性ストレスに応答するリポーター酵素遺伝子融合物のモニター等があ る。 ５）化学的突然変異法による条件致死突然変異体の発生 この技法は、出典明示により背景技術目的でその内容を本明細書の一部とする 、 Beckwith，J．Methods in Enzymology 204，3-18（1991）に記載されている。こ の技法では、標的生物のランダム化学的突然変異を誘発し、生理学的温度（許容 温度）とは異なる温度で増殖させ、続いてレプリカ平板法を行い、異なる温度（ 例えばｔｓ同定のためには４２℃、ｃｓ同定のためには２５℃）で成長させ、そ の時成長できなかった単離物（条件付き突然変異体）を同定する。前記のように 、非許容温度での増殖における変化を精密にモニターし、突然変異遺伝子の機能 に関する情報を得る。標的生物からのライブラリーにより条件致死突然変異を相 補し、および相補遺伝子を配列決定することにより、ライブラリー配列と適合さ せることができる。 これらの技法の各々は、特定の適用に応じて有利であったり、不利であったり する。当業者は意図する特定の使用目的に最も関連する研究法を選択する。例え ば、いくつかの遺伝子は感染に必須であると認識されているが、実際には感染の 開始にのみ必要であり、そのためそれらの産物は、確立された慢性の感染の治療 のために開発された抗細菌物質にとってはそれほど魅力的な標的ではない。 ６）ＲＴ−ＰＣＲ 細菌のメッセンジャーＲＮＡ、好ましくはスタフィロコッカスのものを、細菌 感染した組織、例えば４８時間ネズミ・肺感染の組織から単離し、ランダムヘキ サヌクレオチドでプライムしたＲＮＡサンプルの逆転写により、続いて遺伝子特 異的プライマー対でのＰＣＲにより、ｍＲＮＡ種の各々の量を評価する。得られ たＰＣＲ生成物の定量化により特定のｍＲＮＡ種の存在および量を決定し、感染 した組織に転写された細菌遺伝子に関する情報を得る。遺伝子転写の分析は、感 染の種々の時間で実施でき、細菌による発病における遺伝子制御に関する詳細な 知識を得ることができ、遺伝子産物が新規な抗菌物質をスクリーニングする標的 に相当することが明快に理解できるようになる。用いたＰＣＲプライマーの遺伝 子特異的特性のために、細菌性ｍＲＮＡ調製物は遊離の哺乳動物ＲＮＡである必 要はないことが理解されるべきである。これにより研究者は、感染組織から簡単 かつ迅速にＲＮＡを調製して、細菌中で非常に短時間しか生育できない（半減期 ２分程度）細菌性ｍＲＮＡ種を得ることができる。最適には、ＴＲＩゾール（ギ ブコ−ＢＲＬ）を非常に短時問存在させ、機械的に破壊することにより、細菌性 ｍＲＮＡを感染ネズミ肺組織から調製し、続いてＴＲＩゾール試薬の製造者の指 示にしたがってプロセッシングし、ＤＮＡａｓｅ処理して夾雑ＤＮＡを除去する 。好ましくは、適宜標識した配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノ ーザンをプロービングすることにより検出されるような細菌性の１６Ｓリボソー ムＲＮＡ、好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスのものの最大量を得る条 件を見出すことによりプロセッシングが最適化される。典型的には、最適には８ から２５サイクルで終了するＰＣＲ反応における各ＰＣＲプライマー対には５’ 色素標識プライマーを用いる。ＰＣＲ生成物は6％ポリアクリルアミドゲルで分 離し、GeneScanner（ＡＢＩ製）を用いて検出および定量する。 本発明の配列に適用する場合、これらの技法を用いると、感染中に発現する細 菌性タンパク質、抗細菌治療において利用できる阻害剤の同定が可能になる。 ポリヌクレオチド 本発明の一つの態様によれば、図２（配列番号２）の推定アミノ酸配列を有す るポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドが提供される。本明細書中で 用いる「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用語には、本発明の ポリペプチド、特に細菌性、さらに詳細には、図２（配列番号２）に示されるア ミノ酸配列を有する本発明のポリペプチドをコードする配列を含む、ポリヌクレ オチドが包含される。該用語には、コーディングおよび／または非コーディング 配列をも含む付加領域と共に、ポリペプチドをコードする単一の連続する領域ま たは非連続領域（たとえば、組み込まれたファージまたは挿入配列または修正に より中断されたもの）を含む、ポリヌクレオチドが包含される。 図１（配列番号１）に示すポリヌクレオチド配列などの本明細書にて提供され る情報を用いて、配列番号２をコードする本発明のポリヌクレオチドまたはその フラグメントを、標準的なクローニングおよびスクリーニングの手法、例えば、 出発物質としてスタフィロコッカス・アウレウス細胞由来の染色体ＤＮＡフラグ メントをクローニングおよび配列決定し、つづいて完全長のクローンを得るため の手法を用いて得ることができる。例えば、図１（配列番号１）に示す配列など の本発明の配列のポリヌクレオチドを得るためには、典型的には、イー・コリま たはいくつかの他の適当な宿主中のスタフィロコッカス・アウレウスの染色体Ｄ ＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列に由来する、好ましくは１７量体ま たはそれ以上の長さの、放射標識したオリゴヌクレオチドでプローブする。つい で、該プローブと同一のＤＮＡを有するクローンは、非常にストリンジェントな 洗浄により区別できる。元の配列から設計された配列決定プライマーで同定され た個々のクローンを配列決定することにより、該配列を両方向に伸長し、完全遺 伝子配列を決定することが可能である。便利には、かかる配列決定をプラスミド クローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適当な技術につい は、Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およびSambrook ら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual,2ndEd.；ColdSpring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor，New York(1989)に記載されている。（Screening By Hybridization l.9 0and Sequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）本発 明の例として、図１（配列番号１）に示されるポリヌクレオチドは、スタフィロ コッカス・アウレウスに由来するＤＮＡライブラリー中で見出したものである。 寄託されたエス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡにより特徴付けられた遺伝 子の配列決定の結果に示されるように、本発明の遺伝子は（配列番号１）、構造 的に他の応答レギュレーターに関連する。こうして得られたＤＮＡ配列を図１（ 配列番号１）に示す。これは、当該分野に周知のアミノ酸残基の分子量を用いて 計算することのできる推定分子量を有する、図２（配列番号２）に示すおよその 数のアミノ酸残基を有するタンパク質をコードする読み枠を有する。図２（配列 番号２）のポリペプチドは、バシラス・サチリス由来のＤｅｇＵ調節タンパク質 に対し約２８％の同一性を有する。 本発明のポリヌクレオチドは、クローニングにより得るか、もしくは化学合成 技術により得るか、またはそれらを組み合わせて得た、ｍＲＮＡ等のＲＮＡの形 態、または例えばｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含むＤＮＡの形態であってもよ い。ＤＮＡは二本鎖または一本鎖のいずれであってもよい。一本鎖ＤＮＡはセン ス鎖としても知られているコーディング鎖であってもよく、またはアンチセンス 鎖とも称される非コーディング鎖であってもよい。 ポリペプチドをコードする配列は、図１（配列番号１）に示されるポリヌクレ オチドのコーディング配列と同一であってもよい。また、それは、遺伝暗号の重 複性（縮重性）の結果、図２（配列番号２）のポリペプチドをコードする異なる 配列を有するポリヌクレオチドであってもよい。 図２（配列番号２）のポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチドは 、成熟ポリペプチドのコーディング配列自体；成熟ポリペプチドのコーディング 配列および付加コーディング配列、例えばプレ、プロ、プレプロタンパク質配列 等のリーダーまたは分泌配列をコードするコーディング配列；付加非コーディン グ配列と一緒に、前記した付加コーディング配列と共にまたはなしで、例えば、 限 定するものではないが、転写にて役割を果たす転写された非翻訳配列（例えば、 終止シグナルを含む）などの非コーディング５’および３’配列、リボソーム結 合部位、ｍＲＮＡ安定性エレメント、付加機能を供給する配列などの付加アミノ 酸をコードする付加コーディング配列を有する成熟ポリペプチドのコーディング 配列を包含するが、これらに限定されるものではない。かくして、例えば、ポリ ペプチドは、融合ポリペプチドの精製を促す、ペプチドなどのマーカー配列に融 合していてもよい。本発明のこの態様のある具体例において、マーカー配列はへ キサ−ヒスチジンペプチド、例えば、とりわけｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.） 中に提供されるタグであり、多くが市販により入手可能である。例えば、Gentz ら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，86:821-824（1989）に記載されるように、へキ サ−ヒスチジンは融合タンパク質の通常の精製法を提供する。ＨＡタグもまた融 合タンパク質の生成に使用でき、インフルエンザ・ヘマググルチニン・タンパク 質由来のエピトープに対応する（これについては例えばWilson ら、Cell,37,767 （1984）に記載されている。)。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子 およびその天然において関連している遺伝学的エレメントを含むポリヌクレオチ ドを包含するが、これに限定されるものではない。 本発明はさらに、図２（配列番号２）の推定アミノ酸配列を有するポリペプチ ドのフラグメント、アナログおよび誘導体をコードする、本明細書で前記したポ リヌクレオチドの変種に関する。ポリヌクレオチドの変種は、自然に生じる対立 遺伝子変種などの自然に生じる変種であってもよく、または自然に発生すること が知られていない変種であってもよい。このようなポリヌクレオチドの非天然変 種は、ポリヌクレオチド、細胞または生物に適用される方法を含め、突然変異誘 発技術により作ることができる。 この点における変種には、ヌクレオチド置換、欠失または付加により前記のポ リヌクレオチドとは異なる変種がある。置換、欠失または付加は１またはそれ以 上のヌクレオチドに起こる。変種はコーディングもしくは非コーディング領域ま たはその両方において変化していてもよい。コーディング領域における変化が保 存的または非保存的アミノ酸置換、欠損または付加を生成するかもしれない。 この点に関する本発明の特に好ましい具体例には、図２（配列番号２）に示す アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；それらの変 種、アナログ、誘導体およびフラグメントならびに変種、アナログおよび誘導体 のフラグメントがある。 この点において、さらに特に好ましくは、図２（配列番号２）のポリペプチド で、そのうち、数個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１または０個 のアミノ酸残基がいずれかの組み合わせで置換、欠失または付加されているアミ ノ酸配列を有する、配列番号１の変種、アナログ、誘導体およびフラグメント、 ならびにそのフラグメントの変種、アナログおよび誘導体をコードするポリヌク レオチドである。中でもとりわけ好ましいものは、サイレント置換、付加および 欠失であり、配列番号１の遺伝子の特性および活性を変えないものである。また 、この点に関してとりわけ好ましいものは、保存的置換である。最も好ましいも のは、置換されていない、図２（配列番号２）のアミノ酸配列を有するポリペプ チドをコードするポリヌクレオチドである。 本発明のさらに好ましい態様は、図２（配列番号２）に示すアミノ酸配列を有 するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して全長にわたって少なく とも７０％同一のポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに相補的な ポリヌクレオチドである。また、寄託エス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡの ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して全長にわたって少なくとも ８０％同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれらに相補的なポリヌ クレオチドが最も好ましい。この点において、その同じものに対して全長にわた って少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、 中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ましい。さらには、少な くとも９５％の同一性を有するものの中でも少なくとも９７％であるのがより好 ましく、その中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特に好 ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。好ましい具体例にお いて、本明細書において前記したポリヌクレオチドに対しハイブリダイズするポ リヌクレオチドは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペ プチドと本質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチドをコード する。 この点に関して好ましい具体例は、さらには、図１（配列番号１）のＤＮＡに よりコードされる成熟ポリペプチドと実質的に同一の生物学的機能または活性を 保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。本発明はさらに本 明細書で前記した配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点 において、本発明は、特に、ストリンジェントな条件下で本明細書で前記したポ リヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用 いる「ストリンジェントな条件」なる用語は、ハイブリダイゼーションが配列間 で少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合にのみ起 こることを意味する。 本発明のポリヌクレオチドアッセイについて本明細書でさらに説明するように 、例えば、前記したように本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよ びゲノムＤＮＡのハイブリダイゼーションプローブとして用い、配列番号１の配 列をコードする完全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ならびに配列番 号１に対して高度な配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡびゲノムクローン を単離することができる。かかるプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含 む。好ましくは、かかるプローブは少なくとも３０塩基を含み、少なくとも５０ 塩基を含んでいてもよい。特に好ましいプローブは少なくとも３０塩基を含み、 ５０以下の塩基を含む。例えば、本発明の遺伝子のコーディング領域は、既知Ｄ ＮＡ配列を用いてスクリーニングして単離し、オリゴヌクレオチドプローブを 合成することができる。ついで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する 標識化オリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡの ライブラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブとハ イブリダイズするかを決定する。 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、さらにポリヌクレオチドア ッセイに関連して本明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒト疾患の治療 法および診断法の発見のための研究試薬および材料として使用できる。 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、さらにはポリヌクレオチド アッセイに関連して本明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒト疾患の治 療法および診断法の発見のための研究試薬および材料として使用できる。 配列番号１の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチド は、本明細書にて記載した方法、好ましくはＰＣＲにて使用でき、本明細書にお いて同定された配列が、全体としてまたは部分的に、感染組織にて転写されるか どうかを決定できる。かかる配列はまた、病原体が達成した感染の段階および型 の診断にも有用であると認識される。 ポリヌクレオチドは、成熟タンパク質に、さらなるアミノもしくはカルボキシ ル末端アミノ酸が加わるか、または成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わっ た（例えば成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペプチドを コードできる。かかる配列は前駆体から成熟形態へのタンパク質のプロセッシン グにおいて役割を有し、タンパク質を輸送し、タンパク質の半減期を長くしたり 短くしたり、またはとりわけアッセイもしくは製造のためのタンパク質の取り扱 いを容易にすることができる。インビボで一般的なように、付加アミノ酸は、細 胞酵素により成熟タンパク質からプロセッシングで取り除かれる。 １またはそれ以上のプロ配列と融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆 体タンパク質は、ポリペプチドの不活性形態であってもよい。プロ配列が除去さ れると、このような不活性前駆体は一般に活性化される。プロ配列のいくつかま たは全てを、活性化の前に除去してもよい。一般に、このような前駆体はプロタ ンパク質と称される。 総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟タンパク質、リーダー配列を加えた 成熟タンパク質(プレタンパク質と称することもできる)、プレタンパク質のリー ダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有する成熟タンパク質の前駆体 、またはリーダー配列および１またはそれ以上のポリペプチドの活性および成熟 形態を生じるプロセッシング工程で除去されるプロ配列を有するプロタンパク質 の前駆体であるプレプロタンパク質をコードしていてもよい。 寄託材料 寄託は、特許手続きの目的で微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の 条件下で行われている。特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終 的には株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ．Ｓ ．Ｃ．１１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承 認するものではない。エス・アウレウスＷＨＵＨ２９は、National Collection ofIndustria1 and Marine Bacteria Ltd．(NCIMB),23St.Machar Drive，Aberdee n,AB2 1RY Aberdeen，Scotland に、受託番号ＮＣＩＭＢ40711 として、１９９ ５年9月１１日に寄託されている。、 寄託材料に含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれによりコードされ るポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列の記載と矛盾する事象におい て支配的である。 寄託材料を製造、使用または販売するためにはライセンスが必要であるが、そ のようなライセンスはここで付与されるものではない。 ポリペプチド 本発明はさらには、図２（配列番号２）に示されるような２００アミノ酸の長 さの推定アミノ酸配列を有する新規なスタフィロコッカス・アウレウス応答レギ ュレータータンパク質に関する。本発明のポリペプチドは、組換えポリペプチド 、天然ポリペプチドまたは合成ポリペプチドであってもよく、好ましくは、組換 えポリペプチドである。 また、本発明は、これらのポリペプチドのフラグメント、アナログおよび誘導 体にも関する。「フラグメント」、「誘導体」および「アナログ」なる用語は、 図２（配列番号２）のポリペプチドをいう場合、かかるポリペプチドと本質的に 同一の生物学的機能または活性を保持するポリペプチドを意味する。それゆえ、 アナログには、プロタンパク質部分を切断して活性成熟ポリペプチドを生成して 活性化できるプロタンパク質が包含される。 図２（配列番号２）のポリペプチドのフラグメント、誘導体もしくはアナログ は、(ｉ)１またはそれ以上のアミノ酸残基が保存的または非保存的アミノ酸残基 （好ましくは保存的アミノ酸残基）により置換されたもので、かかる置換アミノ 酸残基は遺伝暗号によりコードされたものであってもなくてもよい、または（ｉ ｉ）１またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、または（ｉｉｉ）成 熟ポリペプチドが別の化合物、例えばポリペプチドの半減期を長くする化合物（ 例えばポリエチレングリコール）と融合したもの、または（ｉｖ）付加アミノ酸 がリーダーもしくは分泌配列、または成熟ポリペプチドもしくはプロタンパク質 配列の精製に用いられる配列などの成熟ポリペプチドと融合したものであっても よい。かかるフラグメント、誘導体およびアナログは、本明細書の教示より当業 者に明らかであると考えられる。 この点において、本発明の特に好ましい具体例には、図２（配列番号２）に示 される新規応答レギュレータータンパク質のアミノ酸配列を有するポリペプチド 、その変種、アナログ、誘導体およびフラグメント、およびそのフラグメントの 変種、アナログおよび誘導体がある。また、この点において、本発明の特に好ま しい具体例は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変種、ア ナログ、誘導体およびフラグメント、およびそのフラグメントの変種、アナログ および誘導体である。 好ましい変種には、保存的アミノ酸置換により対照標準と異なる変種がある。 かかる置換は、ポリペプチドの所定のアミノ酸を特性の類似した別のアミノ酸で 置換したものである。典型的には、保存的置換として認められるのは、脂肪族ア ミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌe間での相互の置換；ヒドロキシル残 基ＳｅｒおよびＴｈｒの交換、酸性残基ＡｓｐよびＧｌｕの交換、アミド残基Ａ ｓｎおよびＧｌｎ間での置換、塩基性残基ＬｙｓおよびＡｒｇの交換および芳香 族残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒ間での置換である。 この点においてさらに好ましいのは、数個、わずかな、５〜１０、１〜５、１ 〜３、２、１または０個のアミノ酸残基をいずれか組み合わせて置換、欠失また は付加した、図２（配列番号２）のポリペプチドのアミノ酸配列を有する、変種 、アナログ、誘導体およびフラグメント、ならびにそのフラグメントの変種、ア ナログおよび誘導体である。これらの中でもとりわけ好ましいのは、本発明のポ リ ペプチドの特性および活性を変化させないサイレント置換、付加および欠失であ る。またこの点において特に好ましいのは、保存的置換である。最も好ましいの は、置換していない図２（配列番号２）のアミノ酸配列を有するポリペプチドで ある。好ましくは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特徴付けられるポリペ プチドのフラグメント、誘導体またはアナログは、該ポリペプチドと本質的に同 じ生物学的機能または活性を保持する。それゆえ、アナログには、プロタンパク 質部分を切断して活性成熟ポリペプチドを生成して活性化できるプロタンパク質 が包含される。 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは単離形態で提供されるのが好 ましく、均質になるまで精製するのが好ましい。 本発明のポリペプチドは、図２（配列番号２）のポリペプチド（特に成熟ポリ ペプチド）ならびに図２（配列番号２）のポリペプチドに対して少なくとも７０ ％の同一性を有するポリペプチド、好ましくは図２（配列番号２）のポリペプチ ドに対して少なくとも８０％の同一性、さらに好ましくは図２（配列番号２）の ポリペブチドに対して少なくとも９０％の類似性（さらに好ましくは少なくとも ９０％の同一性)、その上さらに好ましくは図２（配列番号２）のポリペプチド に対して少なくとも９５％の類似性（そのうえさらに好ましくは９５％の同一性 ）を有するポリペプチドを包含し、また一般に少なくとも３０個のアミノ酸、さ らに好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸を含むポリペプチドのそのような部 分を有する、かかるポリペプチドの部分も包含する。 本発明のポリペプチドのフラグメントまたは部分は、ペプチド合成による対応 完全長ポリペプチドの製造に用いることができる；したがって、フラグメントを 完全長のポリペプチドを製造するための中間体として用いることができる。本発 明のポリヌクレオチドのフラグメントまたは部分を用いて本発明の完全長のポリ ヌクレオチドを合成することができる。 フラグメント また本発明のこの態様の好ましい具体例には、配列番号２（図２）のフラグメ ント、および図２（配列番号２）のポリペプチドの変種および誘導体のフラグメ ントを含むポリペプチドがある。 この点において、フラグメントは前記のポリペプチドおよびその変種または誘 導体のアミノ酸配列が、全てではなく一部に対して全く同一であるアミノ酸配列 を有するポリペプチドである。 かかるフラグメントは、「独立している」ものであってもよく、すなわち他の アミノ酸またはポリペプチドの一部ではないか、もしくはそれに融合しておらず 、または一部もしくは領域を形成するより大きなポリペプチド内に含まれていて もよい。より大きなポリペプチド内に含まれる場合、本明細書で説明するフラグ メントは単一の連続した領域を形成するのが最も好ましい。しかしながら、数個 のフラグメントが単一の、より大きなポリペプチド内に含まれてもよい。例えば 、ある好ましい具体例は、フラグメントのアミノ末端に融合した異型のプレおよ びプロポリペプチド領域、および該フラグメントのカルボキシル末端に融合した 付加領域を有し、宿主中に発現するように設計された前駆体ポリペプチド内に含 まれる本発明のポリペプチドのフラグメントに関する。したがって、本明細書の 意図するところの一の態様におけるフラグメントは、配列番号２由来の融合ポリ ペプチドまたは融合タンパク質の一つのまたは複数の部分を意味する。 本発明のポリペプチドフラグメントの代表例は、例えば、アミノ酸番号約１な いし約２０、約２１ないし約４０、約４１ないし約６０、約６１ないし約８０、 約８１ないし約１００、および約１０１ないし約２００のフラグメント、ならび にこれらの２０個のアミノ酸からなるフラグメントの組み合わせを包含する。 この意味からすると、本明細書で用いる「約」は、詳細には、いずれかの末端 または両末端において数個、少し、５個、４個、３個、２個または１個のアミノ 酸だけ長いまたは短いことを包含する。 本発明の好ましいフラグメントは、例えば、配列番号２の末端切断ポリペプチ ドを包含する。末端切断ポリペプチドは、アミノ末端を含む一連の残基（すなわ ち、連続領域、一部または部分）もしくはカルボキシル末端を含む一連の残基の 欠失、または二重末端切断突然変異体のように一つはアミノ末端を含み、一つは カルボキシル末端を含む二つの連続した一連の残基の欠失を除けば、図２のアミ ノ酸配列を有するポリペプチド、またはその変種もしくは誘導体を包含する。前 記した大きさの範囲のフラグメントもまた末端切断フラグメントの好ましい具体 例であり、一般に、フラグメントの中でも特に好ましい。宿主細胞、特にスタフ ィロコッカスにおける本発明のポリヌクレオチドの縮重形態もまた好ましい。 また本発明のこの態様にて、配列番号２の配列により特徴付けられるポリペプ チドの構造的または機能的属性により特徴づけられるフラグメントも好ましい。 この点において本発明の好ましい具体例は、本発明のポリペプチドのアルファー へリックスおよびアルファーへリックス形成領域、ベータシートおよびベータシ ート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親 水領域、疎水領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、 界面形成領域、基質結合領域および高抗原指数領域を含むフラグメントおよびか かるフラグメントの組み合わせを包含する。好ましい領域は、本発明のポリペプ チドの活性を媒介する領域である。この点において、類似活性もしくは改善され た活性を有するもの、または望ましくない活性を減じたものを含め、本発明の応 答レギュレーターポリペプチドの化学的、生物学的またはその他の活性を有する フラグメントが最も好ましい。さらに好ましいポリヌクレオチドフラグメントは 、動物特にヒトにおいて抗原的または免疫原的であるフラグメントである。 本発明はまた、とりわけ、前記のフラグメントをコードするポリヌクレオチド 、そのフラグメントをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌ クレオチド、特にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオ チド、およびそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを増幅するための ＰＣＲプライマーなどのポリヌクレオチドに関することが理解されよう。この点 において、好ましいポリヌクレオチドは、前記するような、好ましいフラグメン トに対応するポリヌクレオチドである。 ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含 むベクター、本発明のベクターで遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術に よる本発明のポリペプチドの製造にも関する。 宿主細胞（本明細書中に定義するような）は、遺伝子操作して、本発明のポリ ヌクレオチドを組み込み、本発明のポリペプチドを発現させることができる。ポ リヌクレオチドの宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション 、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マ イクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロ ポレーション、トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道導入、感 染または他の方法により行うことができる。かかる方法は多くの標準的実験室マ ニュアル、例えば、Davis ら、Basic Methods in Molecular Biology，（1986） およびSambrookら、Molecular Cloning；ALaboratory Manual,2ndEd.,Cold Spri ng Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,New York(1989)に記載されて いる。操作された宿主細胞を、プロモーターの活性化、トランスフォーマントの 選択または遺伝子の増幅に適当なように修飾された通常の栄養培地中で培養でき る。温度、pH などのような培養条件は、発現の選択された宿主細胞においてす でに用いられたものであり、当業者に明らかなものであろう。 宿主細胞内のポリヌクレオチド構築物を通常の方法に用いて、組換え配列によ りコードされる遺伝子産物を製造することができる。また、本発明のポリペプチ ドは通常のペプチド合成により合成的に製造できる。 成熟タンパク質は、哺乳動物細胞、酵母、細菌または他の細胞中、適当なプロ モーターの制御下で発現させることができる。無細胞翻訳系を用いて、本発明の ＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用いてかかるタンパク質を製造することもでき る。原核および真核生物宿主で用いる適当なクローニングおよび発現ベクターは 、Sambrook ら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，New York(1989)に記載されて いる。 本発明のこの態様によれば、ベクターは、例えば、プラスミドベクター、一本 鎖または二本鎖ファージベクター、一本鎖または二本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡウイ ルスベクターであってもよい。プラスミドは、一般に、当業者に馴染みの標準的 命名法にしたがって、小文字ｐ前に、および／または大文字および／または数 字が続くようにデザインされている。本明細書に開示される出発プラスミドは、 市販されているか、汎用されているか、または周知の公知操作を汎用することに より利用可能なプラスミドより構築することができる。本発明にしたがって用い ることのできる、多くのプラスミドおよび他のクローニングおよび発現ベクター が周知であり、当業者であれば容易に利用することもできる。 ある点において、とりわけ好ましいベクターは、本発明のポリヌクレオチドお よびポリペプチの発現のためのベクターである。一般に、かかるベクターは、発 現させるべきポリヌクレオチドに機能的に連結した、宿主における発現に有効な シス作用調節領域を含む。適当なトランス作用性因子は宿主により供給されるか 、補足ベクターにより供給されるか、または宿主への導入時にベクター自身によ り供給されるかのいずれかである。 この点におけるある好ましい具体例では、ベクターは特異的発現を提供する。 かかる特異的発現は、誘導可能な発現であるか、もしくはある型の細胞でのみ発 現するか、または誘導可能かつ細胞特異性の両方での発現であってもよい。誘導 可能なベクターのうち、特に好ましいベクターは、温度および栄養添加物などの 操作が容易である環境因子により発現を誘導できるベクターである。本発明のこ の態様に適当な種々のベクターは、原核および真核宿主で用いられる構成および 誘導可能な発現ベクターを含め、当業者に周知であり、かつ慣用されている。 非常に多くの種類の発現ベクターを用いて、本発明のポリペプチドを発現でき る。かかるベクターには、とりわけ染色体、エピソームおよびウイルス由来のベ クター、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン 由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、 例えばバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポバウイルス、ワクシニアウイルス 、アデノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロ ウイルス等のウイルス由来のベクター、ならびにコスミドおよびファージミド(p hagemids)などのプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝的エレメント由来の ベクターのごとき、その組み合わせに由来するベクターがあり、全て本発明のこ の態様にしたがって発現に用いることができる。一般に、宿主にてポリペプチ ドを発現するためにポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに適したい ずれのベクターも、この点における発現に使用できる。適当なベクターの選択は 、当業者のレベルにおいてよく行うことができる。 適当なＤＮＡ配列は、例えば、Sambrook ら、Molecular Cloning,A Laborator yManual,2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, New York(1989)に記載されている方法などの種々の周知かつ慣用的技法によりベ クターに正方向または逆方向に挿入できる。 発現ベクター中のＤＮＡ配列は、例えば、ｍＲＮＡ転写を指令するプロモータ ー、リボソーム結合部位（細菌発現のため）および所望によりオペレーター（本 明細書において、「制御（control）エレメント」としてまとめて称する）を含 む、適当な発現制御配列（複数でも可）に作動するように連結され、発現を可能 とする。かかるプロモーターの代表例としては、これに限定されるものではない が、ファージラムダＰＬプロモーター、イー・コリ・ｌａｃ、ｔｒｐおよびｔａ ｃプロモーター、ＳＶ４０初期および後期プロモーターならびにレトロウイルス ＬＴＲのプロモーター、プロテインＡ遺伝子（ｓｐａ）遺伝子プロモーターおよ びシグナル配列、および他の真核または原核細胞またはそれらのウイルスにおい て遺伝子の発現を制御することが知られる他のプロモーターが含まれる。 一般に、発現構築物は転写開始および終止部位を含み、転写された領域では翻 訳のためのリボソーム結合部位を含む。構築物により発現される成熟転写物のコ ーディング部分は、開始部分に翻訳開始ＡＵＧ、そして翻訳されるべきポリペプ チドの終末部分に適当に位置する終止コドンを含む。 制御配列に加えて、宿主細胞の生育に関連するタンパク質配列の発現の制御を 可能にする調節配列を添加することが望ましい。調節配列は、当業者に知られる ものであり、例には、調節化合物の存在を含む化学的または物理的刺激に応答し てスイツチオンまたはオフにされる遺伝子の発現を引き起こすものが含まれる。 調節エレメントの他の種類は、ベクター中、たとえば、エンハンサー配列中に存 在していてもよい。一般に、多くの常套手段によれば、かかる領域は、転写、例 えばとりわけ転写因子、レプレッサー結合部位および終止部位を調節することに より機能するであろう。伸長および発現のためのベクターは、一般に、選択可能 なマーカーおよび増幅領域、例えば、上記に引用したSambrook らに示される領 域を有するであろう。 発現ベクターは、制御配列に関してコーディング配列の位置および方向がコー ディング配列が制御配列の「制御」下に転写されるよう（すなわち、制御配列で ＤＮＡ分子に結合するＲＮＡポリメラーゼがコーディング配列を転写する）に、 特定のコーディング配列が適当な調節配列とともにベクター中に位置するように 、構築される。コーディング配列の修飾がこの目的を達成するために所望される 。たとえば、いくつかの場合において、適当な方向で制御配列に結合できるよう に；すなわち、読み枠を維持するように、配列を修飾する必要があるであろう。 制御配列および他の調節配列を、前記したクローニングベクターなどのベクター 中に挿入する前に、コーディング配列に連結することができる。別法として、コ ーディング配列をすでに制御配列および適当な制限部位を有する発現ベクター中 に直接クローニングすることができる。コーディング配列は、シグナルペプチド またはリーダー配列を含んでいてもよい。リーダー配列は、細菌宿主により翻訳 後プロセシングにおいて除去できる。たとえば、米国特許第4,431,739;4,452,43 7;4,338,397号参照。 一般的に、組換え発現べクターは、複製開始点および宿主細胞のトランスフォ ーメーションを可能にする選択マーカー（たとえば、イー・コリのアンピシリン 耐性遺伝子およびエス・セレビシアエ（S．cerevisiae）ＴＲＰ１遺伝子)、およ び下流構造配列の転写を調節するための高度に発現される遺伝子由来のプロモー ターを含む。異種構造配列は、翻訳開始および終止配列、および好ましくは、ペ リプラスム間隙または細胞外培地中に翻訳されたタンパク質を直接分泌できるよ うにするリーダー配列とともに適当な配置として組み込まれる。所望により、異 種配列は、たとえば、安定性または発現組換え産物の簡単な精製などの所望の特 徴を与えるＮ−末端同定ペプチドを含む、融合タンパク質をコードすることがで きる。 適当な宿主の代表例は、細菌細胞、例えばストレプトコッカス（連鎖球菌）、 ス タフィロコッカス（ブドウ球菌）、イー・コリ（大腸菌）、ストレプトマイセス およびバシラス・サチリス細胞;真菌細胞、例えば酵母細胞およびアスペルギル ス細胞;昆虫細胞、例えばドロソフィラＳ２およびスポドプテラＳf９細胞;動物 細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨeＬa、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およ びボーウェス（Bows）黒色腫細胞;ならびに植物細胞を包含する。 市販されている以下のベクターを例示として示す。細菌中で使用するのに好ま しいベクターには、キアゲン（Qiagen）より入手可能なｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０ およびｐＱＥ−９；ストラタジン（Stratagene）より入手可能なｐＥＴ−３ベク ター(Stratagene)、ｐＤ１０、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢＳベクター、ファージェス クリプト（Phagescript）ベクター、ブルースクリプト（Bluescript）ベクター 、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８ＡおよびpＮＨ４６Ａ;ならびにファル マシア（Pharmacia）より入手可能なｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２２３−３、ｐＫ Ｋ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５;およびｐＢＲ３２２（ＡＴＣＣ３７ ０１７）がある。好ましい真核生物ベクターには、ストラタジンより入手可能な ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１およびｐＳＧ；ならびに ファルマシアより入手可能なｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧおよびｐＳＶＬが ある。クローニング用の組換えＤＮＡベクターおよびそれらでトランスフォーム される宿主細胞の例には、バクテリオファージ(イー・コリ)、ｐＢＲ３２２(イ ー・コリ)、ｐＡＣＹＣ１７７(イー・コリ)、ｐＫＴ２３0（グラム−陰性細菌） 、ｐＧＶ１１０６(グラム−陰性細菌）、ｐＬＡＦＲ１（グラム−陰性細菌)、ｐ ＭＥ２９０(非イー・コリグラム−陰性細菌)、ｐＨＶ１４(イー・コリおよびバ シラス・サチリス)、ｐＢＤ９(バシラス)、ｐＩＪ６１(ストレプトマイセス)、 ｐＵＣ６(ストレプトマイヤス)、ＹＩｐ５(サッカロマイセス)、バキュロウイル ス昆虫細胞系、ＹＣｐ１９(サッカロマイセス)。一般には、″DNA Cloning″: Vols.I&II,Glover et al.ed.IRL Press 0xford（1985）（1987）および;T.Mania tisetal.″Molecular Cloning″Cold Spring Harbor Laboratory(1982)を参照の こと。これらのベクターは単に多くの市販されている周知のベクターを例示する ために列挙してあるにすぎず、本発明のこの態様にしたがって使用するのに、当 業 者に入手可能なベクターである。宿主にて本発明のポリヌクレオチドまたはポリ ペプチドを、例えば、導入、保持、伸長または発現するのに適した他のプラスミ ドまたはベクターが、本発明のこの態様において使用できることは理解されよう 。 制限部位または候補プロモーターフラグメント、すなわちプロモーターを有す るかもしれないフラグメントを導入するための部位の下流に、プロモーター領域 を欠いたリポーター転写ユニット、例えばクロラムフェニコールアセチルトラン スフェラーゼ（「ＣＡＴＪ」）写ユニットを含有するベクターを用いて、いずれ か望ましい遺伝子からプロモーター領域を選択することができる。周知のように 、プロモーター含有フラグメントをｃａｔ遺伝子の上流の制限部位でベクターに 導入すると、ＣＡＴ活性の産生を引き起こし、その活性は標準的なＣＡＴアッセ イにより検出できる。ｐＫＫ２３２−８およびｐＣＭ７などのこの目的に適する ベクターが周知であり、容易に入手可能である。本発明のポリヌクレオチドを発 現するためのプロモーターには、周知の容易に入手できるプロモーターみならず 、リポーター遺伝子を用いて前記の技術により容易に得ることができるプロモー ターもある。 本発明によるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの発現に適した公知の原核 生物プロモーターには、イー・コリのｌａｃＩおよびｌａｃＺプロモーター、Ｔ ３およびＴ７プロモーター、ｇｐｔプロモーター、ラムダＰＲ、ＰＬプロモータ ーおよびｔｒｐプロモーターがある。 この点において適当な公知の真核生物プロモーターには、ＣＭＶ即時型プロモ ーター、ＨＳＶチミジンキナーゼプロモーター、初期および後期ＳＶ４０プロモ ーター、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、例えばラウス肉腫ウイルス（「 ＲＳＶＪ）のプロモーターならびにマウス・メタロチオネイン−Ｉプロモーター などのメタロチオネインプロモーター例えばがある。 組換え発現ベクターは、例えば、複製開始点、好ましくは、高発現遺伝子に由 来し、下流の構造配列の転写を指令するプロモーターおよびベクターに暴露した 後のベクター含有細胞の単離を可能とする選択可能なマーカーを含む。たとえば 、選択可能なマーカーは、真核細胞培養のためのジヒドロフオレートレダクター ゼ またはネオマイシン耐性など、または、イー・コリにおけるテトラサイクリンま たはアンピシリン耐性などの、トランスフォームされた宿主細胞選択のための表 現型の特性を提供する。 本発明のポリペプチドの異種構造配列をコードする本発明のポリヌクレオチド を、一般に、標準法を用いてベクターに挿入し、発現用プロモーターに機能的に 連結させる。ポリヌクレオチドを、転写開始部位がリボソーム結合部位に対して 適宜５’にあるように位置させる。リボソーム結合部位は、発現させるべきポリ ペプチドの翻訳を開始するＡＵＧの５’にある。一般に、開始コドン、通常ＡＵ Ｇで始まり、リボソーム結合部位および開始ＡＵＧの間にある、読み枠は他にな い。また、一般に、ポリペプチドの末端に翻訳停止コドンがあり、真核生物宿主 で用いられる構築物中に、ポリアデニル化シグナルがあるであろう。転写領域の ３’末端に適宜配置される転写終止シグナルはまた、ポリヌクレオチド構築物に 含まれていてもよい。 翻訳タンパク質を、小胞体内腔、ペリブラスム間隙または細胞外環境へ分泌す るために、適当な分泌シグナルが発現するポリペプチドに組み込まれていてもよ い。これらのシグナルはポリペプチドに対する本来のものであってもよく、また は異種シグナルであってもよい。 ポペプチドは、修飾された形態、例えば融合タンパク質の形態で発現してもよ く、分泌シグナルのみならず付加的な異種機能性領域を有していてもよい。この ように、例えば付加アミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域を、ポリペプチドのＮ− 末端に付加し、精製中またはその後の操作および貯蔵中の、宿主細胞内での安定 性および持続性を改善する。また、精製を容易にするために、ポリペプチドに領 域を付加することもできる。かかる領域はポリペプチドの最終的な調製の前に除 去できる。ペプチド部分をポリペプチドに付加し、とりわけ、分泌または放出を 誘起し、安定性を改善するかまたは精製を容易にするのは、当該分野でよくある ことであり、慣用される技術である。好ましい融合タンパク質は、ポリペプチド を可溶化または精製するのに有用な免疫グロブリンに由来する異種領域を含む。 例えばＥＰ−Ａ−０４６４５３３（カナダ国の対応特許２０４５８６９）は、免 疫グロブリン分子の定常領域の種々の部分と、別のタンパク質またはその一部と からなる融合タンパク質を開示する。薬物の開発において、例えば、タンパク質 を、高処理能カスクリーニングアッセイの目的で抗体のＦｃ部分と融合させ、ア ンタゴニストを同定することができる。D.Bennettら、Journal of MolecularRec ognition,8,52-58（1995）およびK.Johansonら、The Journal of Bio1ogicalChe mistry，270(16)，9459-9471（1995）を参照のこと。 選択した発現系および宿主に応じ、前記した発現ベクターでトランスフォーム された宿主細胞を対象のポリペプチドが発現される条件下で生育させることによ り、本発明のポリペプチドを製造できる。成熟タンパク質がきわめて疎水性な領 域を有しており過剰発現の産物を不溶性とする場合、疎水性領域が削除された末 端切断されたタンパク質を発現することが所望される。適当な生育条件および回 収方法の選択は、当業者の技術の範囲内である。 組換え製造方法において用いた宿主に応じ、本発明のポリペプチドはグリコシ ル化されてもよく、グリコシル化されなくてもよい。本発明のポリペプチドは、 開始メチオニンアミノ酸残基を含んでいてもよい。ついで、ポリペプチドは宿主 細胞から単離され、精製される。発現系がポリペプチドを生育培地中に分泌する 場合、ポリペプチドを培地から直接精製することができる。ポリペプチドが分泌 されない場合、細胞溶解物から単離するかまたは細胞膜フラクションから回収す る。ポリペプチドが細胞表面上に位置する場合、細胞全体または単離膜を所望の 遺伝子産物の解析可能源として用いることができる。 ついで、典型的には、細胞を遠心分離により収穫し、物理的または化学的手段 により破壊し、得られた粗抽出物をさらに精製するために保持する。タンパク質 の発現に用いた微生物細胞は、凍結−融解サイクル、ソニケーション、機械的破 壊または細胞溶解剤の使用を含め、常法により破壊でき、かかる方法は当業者に 周知である。 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、 アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグ ラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィ ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフ ィーを包含する周知の方法によって、組換え細胞培養物から回収および精製でき る。最も好ましくは、高性能液体クロマトグラフィーを精製に用いる。ポリペプ チドが単離および／または精製中に変性する場合、再び活性なコンホーメーショ ンを得るために、タンパク質を再生するための周知の技術を用いてもよい。 ポリヌクレオチドアッセイ 本発明はまた、例えば診断用試薬として相補的ポリヌクレオチドを検出するた めの本発明のポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物、特に哺乳動物、特 にヒトにおいて配列番号１の配列により特徴付けられる遺伝子を検出することに より、疾患の診断方法が得られるであろう。本発明の遺伝子を有する生物に感染 した真核生物（本明細書において「個体」とも称する）、特に哺乳動物、特にヒ トを、種々の技術により、ＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は感染した 個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚から入手できる 。ゲノムＤＮＡは検出に直接使用してもよく、または分析前にＰＣＲを用いて酵 素的に増幅させてもよい(Saiki ら、Nature，324，163-166(1986))。ＲＮＡまた はｃＤＮＡもまた同様に用いることができる。一例として、配列番号１の核酸に 相補的なＰＣＲプライマーを用いて、遺伝子の存在および／または発現を同定お よび分析できる。ＰＣＲを用いて、真核生物、特に哺乳動物、特にヒトに存在す る原核生物の株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけできる。例 えば、対照標準の配列の遺伝子型と比較し、増幅産物の大きさの変化により欠失 および挿入を検出できる。点突然変異は増幅したＤＮＡを放射性標識したＲＮＡ に、また別法として放射性標識したアンチセンスＤＮＡにハイブリダイゼーショ ンさせることにより同定できる。完全に対合する配列は、ＲＮaseＡ消化により 、または融解温度の差異により、誤対合二重らせんと区別できる。 対照標準の遺伝子および突然変異を有する遺伝子間の配列の違いはまた、直接 的ＤＮＡ配列決定により明らかにすることもできる。加えて、クローン化ＤＮＡ セグメントを特異的ＤＮＡセグメントを検出するためのプローブとして用いるこ とができる。かかる方法の感度は、ＰＣＲまたは別の増幅法を適宜使用すること により、非常に増強させることができる。例えば、配列決定プライマーを二本鎖 ＰＣＲ生成物または修飾ＰＣＲにより生じた一本鎖鋳型分子と共に用いる。配列 決定は、放射標識したヌクレオチドを用いる従来の方法により、または蛍光タグ を用いる自動配列決定法により行うことができる。 ＤＮＡ配列の差異に基づく遺伝的特徴付けは、変性剤を含むまたは含まないゲ ル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動度の変化を検出することにより達成できる 。小さな配列の欠失および挿入は高分解ゲル電気泳動により可視化できる。異な る配列のＤＮＡフラグメントは、その個々の融解または部分的融解温度によって 、異なるＤＮＡフラグメントの移動がゲル中の異なる位置で遅くなる、変性ホル ムアミド勾配ゲル上にて区別できる(例えばMeyers ら、Science,230:1242（1985 ）参照)。 特異的な位置での配列の変化はまた、ＲＮaseおよびＳ１保護などのヌクレア ーゼ保護アッセイまたは化学的切断法によって明らかにすることができる(例え ば、Cotton ら、Proc．Natl．Acad．Sci.，USA，85:4397-4401 (1985))。 このように、ハイブリダイゼーション、ＲＮase保護、化学的切断、直接的Ｄ ＮＡ配列決定または制限酵素の使用、例えば、制限フラグメント長多形性(restr iction fragment length polymorphism「ＲＦＬＰＪ」）およびゲノムＤＮＡのサ ザンブロッティングなどの方法により、特異的ＤＮＡ配列を検出できる。 従来のゲル電気泳動法およびＤＮＡ配列決定法に加えて、突然変異をまたイン サイチュー分析（in situ analysis）により検出することもできる。 本発明の遺伝子の突然変異または多形型を有する細胞をまた、例えば、抗原型 決定を可能とする種々の技法により、ＤＮＡレベルで検出することもできる。例 えば、ＲＴ−ＰＣＲを突然変異を検出するのに使用できる。ＲＴ−ＰＣＲを、例 えば、GeneScanなどの自動検出系と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮ ＡまたはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで きる。一例として、配列番号２をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを 変異を同定および分析するのに用いることができる。適当なプライマーは、配列 番号１のフラグメント、好ましくは少なくとも１５塩基対の長さのもの、ならび に、それらに相補的な配列を含む。該プライマーを用いて個体から単離した遺伝 子を増幅し、ついでその遺伝子をＤＮＡ配列を明らかにするための種々の技法に 供してもよい。このようにして、ＤＮＡ配列における突然変異を診断してもよい 。 本発明は、疾患、好ましくは細菌感染、さらに好ましくはスタフィロコッカス 感染を診断する方法であって、個体由来のサンプルより、図１（配列番号１）の 配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの増加を測定することからなる方法 を提供する。本発明のポリヌクレオチドの発現の増加は、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ −ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼー ションなどのポリヌクレオチドの定量について当該分野にて周知の方法を用いて 測定することができる。 ポリペプチドアッセイ 本発明はまた、正常および異常なレベルの測定を含め、細胞および組織中の本 発明のタンパク質およびポリペプチドのレベルを検出するための定量および診断 アッセイなどの診断アッセイに関する。このように、例えば、正常な対照標準の 組織サンプルと比較し、本発明のタンパク質の過剰発現を検出することについて 本発明による診断アッセイを用いて、感染の存在を検出することができる。宿主 由来のサンプル中の本発明のタンパク質のレベルを測定するために用いることが できるアッセイ技法は当業者に周知である。かかるアッセイ方法は、ラジオイム ノアッセイ、競争結合アッセイ、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッ セイを包含する。このうちＥＬＩＳＡが好ましい。ＥＬＩＳＡアッセイではまず 、本発明のポリペプチド、特に配列番号２のアミノ酸配列により特徴付けられる ポリペプチドまたはそれらの誘導体に特異的な抗体を調製する。好ましくは、抗 体はモノクローナル抗体である。加えて、一般に、モノクローナル抗体に結合す るリポーター抗体が調製される。リポーター体は放射活性、蛍光または酵素試薬 、たとえばセイヨウワサビ・ペルオキシダーゼなどの検出可能な試薬に結合する 。 抗体 ポリペプチド、そのフラグメントもしくは他の誘導体、またはそのアナログ、 またはそれらを発現する細胞は、それらに対する抗体を生成する免疫原として用 いることができる。本発明は、例えば、モノクローナルおよびポリクローナル抗 体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントまたはＦａ ｂ発現ライブラリーの産物を包含する。 発明の配列に対応するポリペプチドに対して得られる抗体は、ポリペプチドを 、動物に直接注射するかまたはポリペプチドを動物、好ましくはヒト以外の動物 に投与することにより得ることができる。このようにして得られた抗体はポリペ プチドそのものと結合する。この方法ではポリペプチドのフラグメントのみをコ ードする配列であっても元のポリペプチド全体に結合する抗体の生成に用いるこ とができる。かかる抗体を用いて、ポリペプチドを発現する組織から該ポリペプ チドを単離することができる。 モノクローナル抗体を調製するには、連続的細胞系培養により産生される抗体 を提供する当該分野において公知のいずれの技術をも用いることができる。例え ば、Kohler，G.およびMilstein,C.，Nature,256,495-497（1975）；Kozbor ら、 Immunology Today，４:72(1983)）;Cole ら、Monoclona1 Antibodies and Cance rTherapy，Alan R Liss,Inc.、77-96頁（1985）に記載の方法などの種々の方法 が挙げられる。 一本鎖抗体の生成のために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を 適用して、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対する一本鎖抗体を産生するこ とができる。また、トランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物などの他の生 物を用いて、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対するヒト化抗体を発現させ ることができる。 別法として、ファージディスプレイ技術を利用して、抗Ｆｂｐの保持に関して スクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増幅したｖ−遺伝子のレパート リー由来の、または未処理のライブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性 を有する抗体遺伝子を選択することができる(McCafferty，J.ら、Nature 348,55 2-554（1990）；Marks，J.ら、Biotechnology 10，779-783(1992))。これらの抗 体の親和性は、チェーンシャフリング（chain shuffling）（Clackson，T.ら、N ature 352，624-628(1991)）により改善することもできる。 ２つの抗原結合ドメインがあるならば、各ドメインを、「二特異的」抗体と称 される、異なるエピトープに向けることができる。 前記の抗体を用いて、本発明のポリペプチドを発現するクローンを単離もしく は同定し、該抗体を単離および／または精製するための固体支持体に結合させる ことで、アフィニティクロマトグラフィーにより、該ポリペプチドを精製するこ とができる。 したがって、とりわけ本発明のポリペプチドに対する抗体を用いて、感染、特 に細菌感染およびスタフィロコッカス感染を阻害および／または治療することが できる。 ポリペプチド誘導体は、本発明の特定の態様を形成する、抗原的に、エピトー プ的にまたは免疫学的に等価な誘導体を包含する。本明細書で用いる「抗原的に 等価な誘導体」なる用語は、本発明にしたがって、タンパク質またはポリペプチ ドに対して誘起された場合、病原体および哺乳動物宿主間での即時的身体的相互 作用を妨げるある種の抗体により特異的に認識されるであろうポリペプチドまた はそれの同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる 用語は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適した処方にて用いた場合、抗 体が病原体および哺乳動物宿主間での即時的身体的相互作用を妨げるように作用 するペプチドまたはその同等物を包含する。 ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学的に等価な誘導体またはその融合タ ンパク質は、マウスまたはその他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫 するための抗原として使用できる。融合タンパク質はポリペプチドに安定性を付 与できる。抗原は、例えば接合することにより、免疫原性キャリヤタンパク質、 例えばウシ・血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシ アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別 法として、タンパク質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは免疫学 的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫原生を 改良するために十分な抗原性を有しており、キャリヤーを使用しなくてよい。 好ましくは、抗体またはその誘導体を修飾して、個体における免疫原性を低下 させる。例えば、個体がヒトである場合、抗体は「ヒト化」されているのが最も 好ましく；その場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相補性決定領域（複数でも可 ）がヒト・モノクローナル抗体に移されており、例えば、Jones,P.ら、Nature 3 21,522-525（1986）またはTempest ら、Biotechnology 9,266-273（1991）に記 載されている。 本発明のポリヌクレオチドを遺伝的免疫に使用する場合、好ましくは、例えば プラスミドＤＮＡの筋肉への直接注射(Wolff ら、Hum Mol Genet,1:363（1992） ；Manthorpeら、Hum．Gene Ther.，4，419(1963))、特異的タンパク質キャリヤ を複合させたＤＮＡの送達(Wuら、J.Biol.Chem.，264，16985(1989))、リン酸カ ルシウムを用いるＤＮＡ共沈(Benvenisty&Reshef、Proc.Natl.Acad.Sci.,83,955 1(1986))、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入(Kanedaら、Science243,37 5(1989))、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356，152（1992）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.，12，91 (1993)）およびクローン化レトロウイルスを用いたインビ ボ感染（Seeger ら、Proc．Natl．Acad．Sci.，USA，81，5849(1984)）などの適 当な送達方法を用いる。 結合分子およびアッセイ 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに結合する結合 分子などの分子の同定方法をも提供する。該結合タンパク質をコードする遺伝子 は、当業者に公知の多くの方法、例えばリガンドパンニングおよびＦＡＣＳソー ティングより同定できる。かかる方法は多くの実験室マニュアル、例えば、Coli ganら、Current Protocols in Immunology、１（２）：Chapter ５（1991）に記 載されている。また、標識されたリガンドを細胞抽出物に光親和性結合させるこ ともできる。 また、本発明のポリペプチドを用いて、細胞中、または無細胞調製物中の、こ れらの結合分子の結合能力を評価することができる。 本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブ ラリー、および天然産物の混合物中における小型分子基質とリガンドとの結合を 評価することもできる。 アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセイおよび分子 本発明はまた、本発明の結合分子との相互作用などの、本発明のポリペプチド またはポリヌクレオチドの作用を亢進（アゴニスト）または遮断（アンタゴニス ト）する化合物を同定するための化合物のスクリーニング方法をも提供する。 例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、膜、 細胞エンベロープもしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそれら のいずれかの調製物を、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと結合す る分子を発現する細胞より調製することができる。該調製物を、アゴニストまた はアンタゴニストであるかもしれない候補分子の存在下または不在下で標識した 本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと一緒にインキュベーションする 。候補分子が結合分子に結合する能力は、標識リガンドの結合の低下に反映され る。結合しても影響を及ぼさない分子は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニス トであろう。よく結合し、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと同じ または密接に関連する効果を誘起する分子はアゴニストである。 たとえば、抗細菌効果などの潜在的アゴニストおよびアンタゴニストの効果は 、例えば、候補分子と細胞または適当な細胞調製物との相互反応の後の、リポー ターシステムの活性を測定し、本発明の組成物と同じ効果を惹起する本発明のポ リヌクレオチドおよびポリペプチドまたは分子の効果と比較することにより測定 される。この点に関して有用なリポーターシステムは、生成物に転換される比色 標識基質、活性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結 合アッセイを包含するが、これらに限定するものではない。 アンタゴニストのアッセイの別の例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、 本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび潜在的なアンタゴニストを 、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと結合する膜結合分子、組換え 結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド擬似物質と 組み合わせる、競合アッセイである。本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプ チドを例えば放射活性または比色化合物により標識し、結合分子に結合した、ま たは生成物に変換した本発明の分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニ ス トの効果を評価できる。 潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリペプチドに結合し、それによりその 活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を 包含する。潜在的アンタゴニストはまた、結合分子などの、本発明のポリペプチ ドまたはポリヌクレオチドの活性を誘導することなく、結合分子の同一部位に結 合し、それにより分子を結合より排除することにより分子の作用を妨げる、密接 に関連したタンパク質または抗体などの、小型有機分子、ペプチド、ポリペプチ ドであってもよい。 潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチドの結合部位に結合して占領し、それ により細胞性結合分子への結合を妨げ、正常な生物学的活性を妨げる小型分子を 包含する。小型分子の例は、小型有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含す るが、これらに限定するものではない。 その他の潜在的なアンタゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分 子についての記載に関しては、Okano，J．Neurochem.，56，560(1991);Oligodeo xynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene Expression,CRC Press,Boca Raton，FL(1988)を参照のこと)。 他の潜在的アンタゴニストは、本発明の遺伝子に関連する化合物およびその誘 導体を包含する。 特定の態様において、本発明は、感染の続発症に関与する、病因および哺乳動 物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害するための本発明のポリペプチド、ポリ ヌクレオチドまたは阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子を、ｉ）細菌、 特にグラム陽性細菌の内在装置上の哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質、ま たは創傷部の細胞外マトリックスタンパク質への付着の妨げ；ｉｉ）例えば、哺 乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、哺乳動物細胞侵入を媒介する 応答レギュレータータンパク質の遮断(Rosenshineら、Infect.Immun.60,2211(19 92))；ｉｉｉ)哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介する細 菌性応答レギュレータータンパク質との間の細菌付着の遮断；ｉｖ）内在装置の 埋め込みまたはその他の手術以外により開始した感染における病状の通常の進 行の遮断に使用することができる。 本明細書で提供される各々のＤＮＡ配列は抗細菌化合物の発見および開発に用 いることができる。発現された場合、コードされたタンパク質は、抗菌薬物のス クリーニングのための標的として用いることができる。加えて、コードされたタ ンパク質のアミノ末端領域をコードしているＤＮＡ配列または個々のｍＲＮＡの Shine-Delgarno もしくは他の翻訳促進配列を用いて、目的のコーディング配列 の発現を調節するアンチセンス配列を構築することができる。 アンタゴニストおよびアゴニストは、例えば、細菌感染、特にスタフィロコッ カス感染の抑制に用いることができる。 さらなる態様において、本発明は、薬剤をスクリーニングし、それらを同定す る方法であって、ｉ）応答レギュレーターとヒスチジンキナーゼとの相互作用を 妨害する薬剤について、応答レギュレーターとヒスチジンキナーゼを薬剤の存在 下でインキュベートし、この相互作用を遮断する薬剤の能力を測定することを含 む方法、ｉｉ）ヒスチジンキナーゼからそれ自身へのリン酸基の輸送を触媒する 応答レギュレーターの能力を妨害する薬剤について、応答レギュレーターと薬剤 をインキュベートし、リン酸化ヒスチジンキナーゼからのリン酸の除去を触媒す る応答レギュレーターの能力を測定することを含む方法、、および／またはｉｉ ｉ）リン酸がいったん輸送された場合に分子が自己脱リン酸化する能力を妨害す る薬剤について、リン酸化応答レギュレーターと薬剤をインキュベートし、自己 脱リン酸化を触媒する応答レギュレーターの能力を測定することを含む方法、を 提供する。 好ましくは、ヒスチジンキナーゼは、応答レギュレーターの同種のヒスチジン キナーゼであるか、または、応答レギュレーターの基質として作用できる他のヒ スチジンキナーゼであり、好ましくは、スタフィロコッカス・アウレウス由来で あるが、たとえば、バシラスなどの他の微生物由来であってもよい。一般に、ヒ スチジンキナーゼおよびその同種の応答レギュレーターの遺伝子は、染色体上の 近くで共に見られるので、適当なヒスチジンキナーゼは、染色体に沿ってさらに 配列決定することにより、簡便に同定できる。 本発明はそれにより同定された阻害剤にも関する。 ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘起する方 法であって、抗体を生成するのに適当な本発明の遺伝子、またはそのフラグメン トもしくは変種を個体に接種し、該個体を感染、特に細菌感染、とりわけスタフ ィロコッカス感染から保護することからなる方法に関する。本発明のまた別の態 様は、個体にて免疫学的応答を誘起する方法であって、遺伝子治療により、免疫 学的応答を誘発させるために、インビボで、遺伝子、またはそのフラグメントも しくは変種を発現させるため、配列番号１および２の配列により特徴付けられる 遺伝子またはそのフラグメントもしくは変種を送達し、抗体を生成し、該個体を 疾患から防御する方法に関する。 本発明のさらなる態様は、免疫学的応答を宿主内に誘起できる、または誘起し た宿主に導入した場合、そのような宿主中で本発明のポリヌクレオチド配列によ り特徴付けられる遺伝子またはそれによりコードされるタンパク質に対する免疫 学的応答を誘起する免疫学的組成物であって、該遺伝子の抗原をコードし、発現 するＤＮＡまたはそれによりコードされるタンパク質を含んでなる、組換え遺伝 子またはそれによりコードされるタンパク質を含んでなる組成物に関する。 遺伝子またはそのフラグメントは、それ自身は抗体を産生しないが、第１のタ ンパク質を安定化し、免疫原性があり防御特性を有する融合タンパク質を形成す ることができる補タンパク質（co-protein）と融合できる。このように融合した 組換えタンパク質は、好ましくはさらに抗原性補タンパク質、例えばグルタチオ ン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼ、タン パク質を可溶化し、その生成および精製を容易にする比較的大きな補タンパク質 を含む。さらには、補タンパク質は、免疫系の全身的刺激を提供するという意味 で、アジュバントとして作用し得る。補タンパク質は第１のタンパク質のアミノ 末端またはカルボキシル末端のいずれに結合してもよい。 本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび Sato,Y.ら、Science273 ,352(1996)に記載されるような免疫刺激性ＤＮＡ配列を含んでなる組成物、特に ワ クチン組成物、および方法が本発明により提供される。 また、本発明は、スタフィロコッカス・アウレウスに感染した動物モデルにお ける、このような遺伝的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌性細胞表面タ ンパク質の不変領域をコードすることが示されている前記のポリヌクレオチドま たはとりわけそのフラグメントを用いる方法であって、とりわけ予防的または治 療的免疫反応を生じることができるタンパク質エピトープを同定するのに有用な 方法を提供するものである。このアプローチは、哺乳動物、とりわけヒトにおけ るスタフィロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発のため に、感染に抵抗しまたは一掃するのに成功した動物の必須器官から特に価値ある モノクローナル抗体をうまく調製することを可能にすると考えられる。 ポリペプチドは、例えば細菌の損傷組織への付着を阻害することにより、細菌 の侵入に対して防御的な特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のための 抗原として使用することができる。組織損傷の例は、例えば機械的、化学的もし くは熱損傷により、または内在装置の埋め込みにより、引き起こされた皮膚また は結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷を包含する 。 本発明はまた、免疫原性組換えタンパク質および適当な担体を含んでなるワク チン処方を包含する。タンパク質は胃で分解するので、例えば、皮下、筋肉内、 静脈内または皮内投与を含め、非経口的に投与するのが好ましい。非経口投与に 適した処方は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤およびその処方を個体の体液、好まし くは血液と等張にする溶質を含有してもよい水性または非水性滅菌注射液；およ び懸濁化剤または増粘剤を含有していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液を包 含する。処方は１回投与または複数回投与用容器、例えば密封したアンプルおよ びバイアルに入れてよく、使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾 燥状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、処方の免疫原性を高める アジュバント系、例えば水中油系または当該分野で公知の他の系を含んでいても よい。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操作により容易に決定で きる。 本発明は配列番号１のポリヌクレオチド配列および配列番号２のアミノ酸配列 により特徴付けられる遺伝子に関して記載されているが、これは天然のタンパク 質および、実質的に組換えタンパク質の免疫原特性に影響しない付加、欠失また は置換を有する類似のタンパク質のフラグメントを包含することが理解されよう 。 組成物 また、本発明は前記のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニ ストもしくはアンタゴニストを含んでなる組成物にも関する。したがって、本発 明のポリペプチドは、対象に投与するのに適した医薬担体などの、細胞、組織ま たは生物で使用するための非滅菌もしくは滅菌した担体と組み合わせて用いるこ とができる。このような組成物は、例えば媒体添加物または治療上有効量の本発 明のポリペプチド、および医薬上許容できる担体または賦形剤からなる。このよ うな担体は、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノ ールおよびそれらの組み合わせを包含するが、これらに限定するものではない。 処方は投与法に適合させなければならない。 キット 本発明はさらに、前記した本発明の組成物の成分を１またはそれ以上を充填し た１またはそれ以上の容器からなる診断用および医薬用パックおよびキットに関 する。このような容器（複数でも可）に、医薬または生物学的生成物の製造、使 用または販売を規制する政府機関により規定された形態の、ヒトへの投与用の産 物の製品、使用または販売に関する該政府機関の承認を示す注意書きを添付する ことができる。 投与 本発明のポリペプチドおよび他の化合物は、単独でまたは治療用化合物などの 他の化合物と組み合わせて用いることができる。 医薬組成物は、例えば、とりわけ局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹膜腔 内、筋肉内、皮下、鼻腔内または皮内の経路を含め、効果的な、簡便な方法で投 与できる。 医薬組成物は、一般に、個々の適応症または複数の適応症の治療または予防に 有効な量にて投与される。一般に、この組成物は少なくとも約１０μｇ／ｋｇ体 重の量で投与される。大抵の場合、投与量は１日あたり約８ｍｇ／ｋｇ体重を越 えない量で投与される。好ましくは、大抵の場合、投与量は１日あたり約１０μ ｇ／ｋｇから約１ｍｇ／ｋｇ体重である。至適投与量は、適応症、その重篤度、 投与経路、合併症等を考慮に入れて、各々の治療様式および適応症についての標 準法により決定されることは理解されよう。 治療において、または予防用に、活性物質を注射用組成物として、例えば、好 ましくは等張の滅菌水性分散物として個体に投与できる。 また、組成物は、局所塗布用に、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏 、点眼液、点耳液、洗口剤、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態に処 方してもよく、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟膏および クリームにおける軟化剤を含め、適当な慣用的添加剤を含有してもよい。このよ うな局所用処方はまた、適合する慣用的な担体、例えばクリームまたは軟膏基剤 、およびローションの場合、エタノールまたはオレイルアルコールも含めること ができる。このような担体は処方の約１％から約９８重量％であってもよく；よ り一般的には、処方の約８０重量％までとする。 哺乳動物、特にヒトに投与する場合、有効成分の１日あたりの投与量は、０． ０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。 医者はいずれの場合も、個体に最も適した実際の投与量を決定し、個々の個体の 年齢、体重および応答に応じて変える。前記の投与量は、平均的なケースの一例 である。もちろん、高いおよび低い用量の範囲が適当な個体もあり、それらも本 発明の範囲内である。 内在装置には外科移植、補綴およびカテーテル、即ち個体の体内に導入され、 長時間その位置に止まる装置が包含される。このような装置には、例えば人工関 節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脊髄液シャント、 尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（ＣＡＰＤ）カテーテル等を包含する。 本発明の組成物を注射により投与し、内在装置の挿入の直前に、関連する細菌 に対する全身的効果を得ることができる。手術後、装置が体内に在る時間、治療 を続けてよい。加えて、手術用の手術周辺カバーを広げて、スタフィロコッカス 創傷感染を防御するために用いることができる。 多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒトは、菌血症が生じ得る歯の治療前 に、抗生物質による予防を考慮すべきであると考えている。後の重い感染は、重 篤な合併症であり、時には補綴関節を喪失し、著しい羅病率および死亡率を伴う 。従って、該活性物質をこの状況の予防的抗生物質の代替品として使用すること にまで拡張することが可能である。 前記の治療に加え、本発明の組成物は、一般に、創傷組織に露出したマトリッ クスタンパク質に細菌が付着するのを防ぐための創傷治療薬として使用でき、歯 科治療において抗生物質の予防法に代わって、またはそれと組み合わせて、予防 的に使用できる。また、本発明の組成物は、挿入直前に内在装置を浸すのに使用 できる。有効成分は、創傷または内在装置を浸す場合、１ｍｇ／ｍｌから１０ｍ ｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。 ワクチン組成物は、注射可能な形態であるのが都合がよい。慣用的なアジュバ ントは免疫応答を高めるために用いることができる。 ワクチン化に適した単位投与量は、抗原０.５〜５ｍｇ／ｋｇであり、このよ うな投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するのが好ましい。 提示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当な個体への投与を妨げるよ うな、不利な毒性効果は観察されない。 前記の抗体もまた、本発明の応答レギュレーターを含有する細菌の存在を検出 するための診断試薬として使用できる。 実施例 本発明を以下の実施例を用いてさらに詳しく説明する。これらの例示は本発明 の特定の具体的な態様を説明するものであり、本発明に開示する範囲を限定また は規定するものではない。 本明細書で用いる特定の用語は前記した定義で説明する。 全ての実施例は、別に詳細に記載するもの以外は、当業者に周知で慣用される 標準法を用いて実施した。以下の実施例の慣用的な分子生物学的技術は、例えば 上記に引用したSambrook らなどの標準的な実験室マニュアルに記載されるよう に実施できる。 実施例１ エス・アウレウスＷＣＵＨ２９由来の新規な応答レギュレータータンパク質を コードするＤＮＡの単離 配列番号１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドをエーコリにおけるエ ス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た 。ライブラリーは慣用的方法、例えば方法１および２により製造できる。 全細胞ＤＮＡは、スタフィロコッカス・アウレウス株ＷＣＵＨ２９（ＮＣＩＭ Ｂ４０７１１）から、標準的な方法にしたがって単離し、二つの方法のどちらか によりサイズ分画する。 方法１ 標準法によりサイズ分画するために、全細胞ＤＮＡを注射針に通して機械的に 剪断する。１１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントを、エクソヌクレアー ゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化し、ＥｃｏＲＩ リンカーを加える。フラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａ ｐＩＩに連結し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、およびパッケ ージングしたライブラリーでイー・コリを感染させる。ライブラリーは標準法に より増幅する。 方法２ 全細胞ＤＮＡを、四種の制限酵素（ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩおよびＢｓ ｈ１２３５Ｉ）を組み合わせたもので部分加水分解し、標準法によりサイズ分画 する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメントに連結し、次いでＥｃｏ ＲＩで切断したベクターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラリー をパッケージングし、そのパッケージングしたライブラリーでイー・コリを感染 させる。ライブラリーは標準法により増幅する。 新規化合物の配列を図１、配列番号１に示す。配列番号２のアミノ酸配列は、 配列番号１の読み枠を翻訳したものであり、バシラス・サチリス由来のＤｅｇＵ 調節タンパク質に対し相同性（２８％の同一性）を示す。 DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION Field of the Invention The present invention relates generally to newly identified polynucleotides and polynucleotides in the family of Deg U response regulatory proteins from Bacillus subtilis. For peptides. Background of the Invention Many binary signal transduction systems (TCSTS) have been identified in bacteria (Stock, JB et al. (1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490). These relate to the ability of bacteria to monitor their surroundings and adapt to changes in their environment. Some of these bacterial TCSTSs are associated with virulence and bacterial virulence in the host. The response regulator is a component of TCSTS. These proteins are phosphorylated by histidine kinase and, once phosphorylated, affect the response, often through activation of the DNA binding domain. Response regulators are characterized by a conserved N-terminal domain of about 100 amino acid residues. Retained 5 corresponding to the N-terminal domain of the response regulator as well as residues D12, D13, D57, T87, K109 in CheY (Matsumura, P. et al. (1984) J. Bacteriol. 160, 36-41). One functionally important residue has conserved structural properties (Volz, K. (1993) Biochemistry 32, 11741-11753). Salmonella typhimurium (Stock, AM, et al., (1989) Nature, 337, 745-749) and Escherichia coli (Volz, K. & Matsumura, P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519) and the N-terminal domain of the nitrogen regulatory protein C from S. typhimurium (Volkman, BF et al. (1995) Biochemistry, 34 1413-1424) It can be used as well as the two-dimensional structure of SpoOF derived from Bacillus subtilis (Feher, VA. Et al., (1995) Protein in Science, 4, 1801-1814). These structures are (a / b) Five Fold. Some structural residues are conserved between the different response regulator sequences, especially in the β-sheet hydrophobic core and in the sites from the α-helix. This family of response regulators includes DegU. DegU is a response regulator of DegTCSTS involved in the production of extracellular proteases (Henner, DJ et al., (1988) J. Bacteriol., 170, 5102-5109). Histidine kinase is a component of TCSTS that autophosphorylates at histidine residues. The phosphate group is then transferred to the relevant response regulator. Histidine kinase has five short conserved amino acid sequences (Stock. JB. Et al., (1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490, Swanson, RV et al., (1994) TIBS 19485-491). These are histidine residues that are phosphorylated, followed by about 100 conserved asparagine residues. After another 15 to 45 residues, the DXGXG motif is seen, followed by an additional 10-20 residues, followed by the FXXF motif. At residue 10-20, another glycine motif, GXG, is found. Two glycine motifs are thought to be involved in nucleotide binding. Processes regulated by TCSTS include toxic factor generation, motility, antibiotic resistance and cell replication. Inhibitors of the TCSTS protein prevent bacteria from establishing and maintaining infection of the host by preventing the production of factors necessary for pathogenesis, thereby having utility in antibacterial therapy. Clearly, there is a need for factors that can be used to screen compounds with antibiotic activity and that can also be used to determine their role in the pathogenesis of infection, dysfunction and disease. Therefore, there is a need for the identification and analysis of such factors that can play a role in preventing, ameliorating or regulating infection, dysfunction or disease. SUMMARY OF THE INVENTION For these purposes, and others, the present invention provides novel novel amino acid sequences by comparing the amino acid sequences shown in FIG. 2 and other proteins, such as the DegU protein, among others. It is an object to provide a polypeptide identified as a peptide. Another object is to provide a polynucleotide encoding the novel polypeptide of the present invention. In a preferred embodiment of this aspect of the invention, the polynucleotide comprises a region encoding the novel polypeptide in the sequence shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1), or a fragment, analog or derivative thereof. In another particularly preferred embodiment of the invention, there is a novel protein from Staphylococcus aureus comprising the amino acid sequence of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), or a fragment, analog or derivative thereof. According to this aspect of the invention, the National Collection of Industrial and Marine Bacteria Ltd. (NCIMB), Aberdeen, Scotland, provided an isolated nucleic acid molecule encoding a mature polypeptide expressible by Staphylococcus aureus DNA, deposited on September 11, 1995 under accession number NCIMB40711. Is done. According to this aspect of the invention there is provided an isolated nucleic acid molecule encoding a novel polypeptide, including mRNA, cDNA, genomic DNA, and further embodiments of this aspect of the invention include biologically and diagnostically Includes prophylactically, clinically or therapeutically useful variants, analogs or derivatives thereof, or fragments, including fragments of variants, analogs and derivatives, and compositions comprising the same. According to another aspect of the present invention there is provided the use of a polynucleotide of the present invention for therapeutic or prophylactic purposes, particularly in genetic immunization. Particularly preferred embodiments of this aspect of the invention are naturally occurring allelic variants of the novel nucleic acid sequences and the polypeptides encoded thereby. According to this aspect of the present invention, novel polypeptides characterized by the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, and biologically, diagnostically, prophylactically, clinically or therapeutically useful fragments thereof , Variants and derivatives, fragment variants and derivatives, analogs as described above, compositions comprising the same. A particularly preferred embodiment of this aspect of the invention is a variant of a naturally occurring allele-encoded polypeptide of a gene of the invention characterized by the nucleic acid sequence of SEQ ID NO: 1. In a preferred embodiment of this aspect of the invention, there is provided a method of producing the above-described polypeptide. According to yet another aspect of the present invention there is provided an inhibitor to the polypeptide useful as an antibacterial agent, including, for example, an antibiotic. According to certain preferred embodiments of this aspect of the invention, the products, compositions and methods include, among others: assessing expression; treating and preventing bacterial infection; assaying for genetic alterations; There is provided the administration of a novel polypeptide or polynucleotide of the invention to an organism to elicit an immunological response to Phylococcus. According to certain preferred embodiments of this and other aspects of the invention, there are provided polynucleotides that hybridize to the novel polynucleotide sequences of the invention, including SEQ ID NO: 1. According to a further preferred embodiment of this aspect of the invention there is provided an antibody against a polypeptide of the invention. According to another aspect of the present invention there is provided an agonist for a polynucleotide and / or polypeptide of the present invention, preferably also being bacteriostatic or bactericidal. According to yet another aspect of the present invention there is provided an antagonist to a polynucleotide and / or polypeptide of the present invention, preferably also being bacteriostatic or bactericidal. According to a further aspect of the invention there is provided a composition comprising a polynucleotide or polypeptide of the invention for administration to a cell or multicellular organism. From reading the following description and from reading the other parts of the present disclosure, various changes and modifications within the spirit and scope of the disclosed invention will become apparent to those skilled in the art. In general, the present invention relates to newly identified polynucleotides and polynucleotides of response regulators, particularly the DegU family. Also, the present invention relates to variants and derivatives of these polynucleotides and polypeptides; methods for producing these polynucleotides and these polypeptides, and variants and derivatives thereof; agonists and antagonists of polypeptides; Includes the use of polypeptides, variants, derivatives, agonists and antagonists. In particular, the present invention relates to a novel response regulator protein derived from S. aureus WCUH29, which has been analyzed to include the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2 or a fragment, analog or derivative thereof. According to another aspect of the present invention, there is provided a polynucleotide (DNA or RNA) encoding the polypeptide. BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS In the following, specific embodiments of the present invention are shown. These are merely examples and do not limit the invention disclosed in this specification in any way. FIG. 1 shows the nucleic acid sequence of the gene of the present invention (SEQ ID NO: 1). FIG. 2 shows the amino acid sequence of the polypeptide of the present invention (SEQ ID NO: 2). Definitions The following illustrative description is provided to facilitate understanding of certain terms that are commonly used herein, particularly in the Examples. The description is provided for convenience and does not limit the invention. As used herein, "binding molecule" refers to a molecule or ion that specifically binds or interacts with a polypeptide or polynucleotide of the invention, including, for example, enzyme substrates, cell membrane components and classical receptors. Preferably, a polypeptide of the present invention, including a binding or interacting molecule, and the binding between such molecules is exclusive to the polypeptide of the present invention, or the binding is effected on the polypeptide of the present invention. It is also preferred that they are highly specific, or that their binding is also highly specific to a group of proteins comprising the polypeptides of the invention, or that at least one of them comprises a polypeptide of the invention. It may be specific to a species protein group. Binding molecules also include antibodies and antibody-derived substances that specifically bind to a polypeptide of the invention. "Genetic element" generally refers to a polynucleotide comprising a region that encodes a polypeptide or a polynucleotide region that controls replication, transcription or translation, or other processes important for expressing a polypeptide in a host cell. Or a polynucleotide comprising both a region encoding a polypeptide and a region that regulates expression operably linked thereto. The genetic element may be contained within a replicating vector as an episomal element, ie, a molecule that is physically independent of the host cell genome. They may be contained within a plasmid. The genetic element may also be contained in the host cell genome or especially in a vector in the form of purified DNA after manipulations such as isolation, cloning and introduction into the host cell, not in their natural state. Is also good. A cell has been "transformed" by exogenous DNA when the exogenous DNA has been introduced into the cell membrane. The foreign DNA may or may not be integrated (covalently linked) into the chromosomal DNA and make up the genome of the cell. For example, in prokaryotes and yeast, foreign DNA can be maintained as an episomal element, such as a plasmid. With respect to eukaryotic cells, a stably transformed or transfected cell is one in which foreign DNA has been integrated into the chromosome so that it is inherited by daughter cells by chromosomal replication. This stability is indicated by the ability of eukaryotic cells to establish cell lines or clones consisting of a population of daughter cells containing foreign DNA. A "host cell" is a cell that has been transduced, transformed, or transfected by a foreign polynucleotide sequence, or is capable of transduction, transformation, or transfection. A "clone" is a population of cells from a single cell or mitotic common ancestor. A "cell line" is a clone of a primary cell that can grow stably in vitro for many generations. A “replicon” is a genetic element (eg, a plasmid, chromosome, virus) that functions as an autonomous unit of DNA replication in vivo, ie, is capable of replicating under its own control. A "vector" is a replicon, such as a plasmid, phage, or cosmid, to which other DNA segments can be ligated so that the linked segments can replicate. "Double-stranded DNA molecule" means a polymeric form of deoxyribonucleotides (bases adenine, guanine, thymine, or cytosine) in both a relaxed and supercoiled double-stranded helix. The term only refers to the one- and two-dimensional structure of the molecule, and does not limit the particular three-dimensional structure. Thus, the term includes double-stranded DNA found, inter alia, in linear DNA molecules (eg, restriction fragments), viruses, plasmids, and chromosomes. When discussing the structure of a particular double-stranded DNA molecule, the sequence may include only those sequences that are in the 5 ′ to 3 ′ direction along the non-transcribed strand of DNA (ie, the strand having a sequence homologous to mRNA). It is as described herein in accordance with the conventions described. The DNA of a "coding sequence" of a particular protein or the "nucleotide sequence" of a particular protein is a DNA sequence that is transcribed and translated into a protein when placed under the control of appropriate regulatory sequences. A "promoter sequence" is a DNA regulatory region capable of binding RNA polymerase in a cell and initiating transcription of a downstream (3 'direction) coding sequence. For purposes of defining the present invention, a promoter sequence is bounded at the 3 'end by a translation initiation codon (eg, ATG) of the coding sequence, extends upstream (5' direction), and is detectable above background. The minimum number of bases or elements required to initiate transcription at any level. In the promoter sequence, a transcription start site (usually defined by mapping with nuclease S1), as well as a protein binding domain (consense sequence) involved in the binding of RNA polymerase is found. Eukaryotic promoters will often, but not always, contain "TATA" boxes and "CAT" boxes. Prokaryotic promoters contain Shine-Dalgarno sequences in addition to the -10 and -35 consensus sequences. "DNA control sequences" include promoter sequences, ribosome binding sites, polyadenylation signals, transcription termination sequences, upstream regulatory domains, enhancers, and those which provide for expression of the coding sequence (ie, transcription and translation) in the host cell. Means things collectively. The control sequence controls the expression of the coding sequence in cells when the RNA polymerase binds to the promoter sequence, transcribes the coding sequence into mRNA, and then translates the coding sequence into a polypeptide encoded by the coding sequence. "DNA digestion" refers to the catalytic cleavage of DNA by a restriction enzyme that acts only on certain sequences in the DNA. The various restriction enzymes used herein are commercially available and their reaction conditions, cofactors and other requirements used were known to those skilled in the art. For analytical purposes, typically 1 μg of plasmid or DNA fragment is used with about 2 units of enzyme in about 20 μl of buffer. For the purpose of isolating DNA fragments for plasmid construction, typically 5 to 50 μg of DNA are digested in large volumes with 20 to 250 units of enzyme. Appropriate buffers and substrate concentrations for particular restriction enzymes are specified by the manufacturer. Incubation times of about 1 hour at 37 ° C. are typically used, but may be varied according to the supplier's instructions. After digestion, the reaction is subjected to electrophoresis directly on a polyacrylamide gel to isolate the desired fragment. Size separation of the cleaved fragments is performed using an 8 percent polyacrylamide gel as described in Goeddel, D. et al., Nucleic Acids Res., 8: 4057 (1980). A "heterologous" region of a DNA construct is an identifiable segment of DNA that binds in or to another DNA molecule that is not found in association with other molecules in nature. As is well known in the art, “identity” or “similarity” is measured between two or more polypeptide sequences or between two or more polynucleotide sequences, as determined by comparing the sequences. The relationship is In the art, identity also sometimes means the degree of sequence relatedness between polypeptide or polynucleotide sequences, as determined by the match between the two strands of such sequences. Both identity and similarity can be easily calculated (Computational Molecular Biology, Lesk, eds., AM, Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, DW, eds., Academic Press, New York, 1988). 1993; Computer Analysis of Sequence Data, PART I, Griffin, AM and Griffin, HG, edited by Humana Press, New Jerse, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer Ed., Gribskov, M. and Devereux, J., M. Stockton Press, New York, 1991). While there are many methods for measuring identity and similarity between two polynucleotides or two polypeptides, both terms are well known to those skilled in the art (Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G. ., AcademicPress, 1987; Squence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., Ed., M Stockt on Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J., AppliedMath. ., 48: 1073 (1988)). Methods commonly used to determine identity or similarity between sequences are described in Carillo, H. and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988), including, but not limited to. Preferred methods for determining identity are designed to give the best match between the sequences tested. Methods for measuring identity and similarity are codified in computer programs. A preferred computer program method to determine identity and similarity between two sequences is the GCG program package (Devereux, J. et al., Nucleic Acids Research 12 (1): 387 (1984), BLASTP, BLASTN and FASTA (Atschul , SF et al., J. Molec. Biol. 215: 403 (1990))). “Isolated” means altered “artificially” from its natural state, ie, in the case of a natural product, changed or removed from its original environment, or both. For example, a polynucleotide or polypeptide naturally occurring in an organism is not `` isolated '', but the same polynucleotide or polypeptide separated from its coexisting material in its natural state is a term used herein. Has been "isolated". As part of or after isolation, such polynucleotides bind to other polynucleotides, such as DNA, for example, for mutagenesis, and form the fusion protein for elongation and expression in a host. Or can be formed. An isolated polynucleotide, alone or in combination with other polynucleotides, such as vectors, can be introduced into host cells in culture or in whole organisms. Such DNA introduced into host cells in culture or in whole organisms may also be said to be isolated, a term used herein. For they are not in their natural form or environment. Similarly, polynucleotides and polypeptides may be produced in compositions, e.g., media formulations, e.g., solutions for introducing a polynucleotide or polypeptide into cells, compositions or solutions for chemical or enzymatic reactions. And these are non-naturally occurring compositions and are within the meaning of the term isolated polynucleotide or polypeptide as used herein. "Polynucleotide (s)" generally means any polyribonucleotide or polydeoxyribonucleotide, which may be unmodified RNA or DNA, or modified RNA or DNA. Thus, for example, a polynucleotide as used herein is, inter alia, single- and double-stranded DNA, a mixture of single- and double-stranded regions or a mixture of single-, double- and triple-stranded regions. DNA, single stranded and double stranded RNA, and RNA that is a mixture of single stranded and double stranded regions, single stranded or more typically double stranded or triple stranded, or single stranded and double stranded A hybrid molecule comprising DNA and I and RNA, which may be a mixture of strand regions. In addition, polynucleotide as used herein refers to triple-stranded regions comprising RNA or DNA or both RNA and DNA. The chains in such regions may be from the same molecule or from different molecules. This region may include all one or more of these molecules, but more typically includes only one region of some of the molecules. One of the molecules of the triple helix region is often an oligonucleotide. As used herein, the term polynucleotide includes DNAs or RNAs as described above containing one or more modified bases. Thus, DNA or RNA having a backbone that has been modified for stability or for other reasons is also a "polynucleotide" as that term is intended herein. In addition, DNA or RNA containing unusual bases such as inosine or modified bases such as tritylated bases (only two examples are shown) are polynucleotides when such terms are used herein. It will be apparent that numerous modifications have been made to DNA and RNA that serve many useful purposes known to those of skill in the art. The term polynucleotide, as used herein, is characteristic of such chemically, enzymatically or metabolically modified forms of the polynucleotide and cells, including viruses, especially simple and complex cells. DNA and RNA chemical forms. Polynucleotides include short polynucleotides, often referred to as oligonucleotide (s). "Ligation" refers to the process of forming a phosphodiester bond between two double-stranded nucleic acid fragments (Maniatis, T. et al., Id., P. 146). Unless otherwise specified, ligation may be performed using known buffers and conditions, using 10 units of T4 DNA ligase (“ligase”) per 0.5 μg of approximately equimolar amount of DNA fragment to be ligated. As used herein, "polypeptide" includes all polypeptides described below. The basic structure of polypeptides is well known and has been described in numerous texts and other publications in the art. In this context, the term is used herein to refer to any peptide or protein that contains two or more amino acids linked together linearly by peptide bonds. As used herein, the term refers to both short chains, commonly referred to in the art, for example, peptides, oligopeptides and oligomers, and long chains, which are in many forms and commonly referred to in the art as proteins. means. Polypeptides often contain amino acids other than the twenty amino acids, commonly referred to as the twenty natural amino acids, and many amino acids, including terminal amino acids, are processed by natural processes such as processing and other post-translational modifications. Include those modified with a given polypeptide, but it will be understood that they can be modified by chemical modification techniques well known to those skilled in the art. Even the most common modifications that occur naturally in polypeptides are too numerous to enumerate exhaustively, but are well documented in basic texts and in more detailed articles and in numerous research literatures, Is well known to those skilled in the art. Known modifications that can be made to the polypeptides of the invention include, for example, acetylation, acylation, ADP-ribosylation, amidation, covalent attachment of flavin, covalent attachment of a heme moiety, nucleotides or nucleotide derivatives. Covalent bond, covalent bond of lipid or lipid derivative, covalent bond of phosphotidylinositol, cross-linking, cyclization, disulfide bond formation, demethylation, covalent cross-link formation, cystine formation, pyroglutamate formation, formylation, Gamma-carboxylation, sugar chain formation, GPI anchor formation, hydroxylation, iodination, methylation, myristoylation, oxidation, protein hydrolysis processing, phosphorylation, prenylation, racemization, selenoylation, sulfate, arginylation, etc. TRNA-mediated amino acid addition to proteins, and There is a bi-Eat-Nation. Such modifications are well known to those skilled in the art and have been described in great detail in the scientific literature. Some particularly common modifications, such as glycosylation, lipid binding, sulphation, gamma-carboxylation of glutamate residues, hydroxylation and ADP-ribosylation, are the most basic texts, such as Proteins-Structure and Molecular Properties, Second edition, TECreighton, WH Freeman and Company, New York (1993). For example, Posttranslational Cobalent Modification of Proteins, edited by BC Johnson, Academic Press, New York (1983), Wold, F., Posttranslational Protein Modifications: Perspective and Prospects, pp. 1-12; Seifter et al., Meth. Enzymol. 182: 626-646. (1990) and Rattan et al., Protein Synthesis: Posttranslational Modifications and Aging, Ann-NY. Many detailed articles are available for this subject, such as the article provided in Acad. Sci. 663: 48-62 (1992). It is well known that polypeptides are not always perfectly linear and will be understood as described above. For example, a polypeptide may be branched as a result of ubiquitination, and will generally be branched, or branched, as a result of post-translational events, including natural processing events, and events resulting from man-made manipulations that do not occur in nature. Can be annular without Cyclic, branched and branched cyclic polypeptides can be synthesized by non-translated natural processing and also by entirely synthetic methods. Modifications can occur anywhere in the polypeptide, including the peptide backbone, amino acid side chains and the amino or carboxyl terminus. Indeed, blocking of the amino or carboxyl group or both of the polypeptides by covalent modifications is common to natural and synthetic polypeptides, and such modifications may be present in polypeptides of the invention as well. For example, the amino-terminal residue of a polypeptide made in E. coli or other cells will almost always be N-formylmethionine prior to proteolytic processing. During post-translational modification of the peptide, NH Two Methionine residues can be removed at the termini. Thus, the present invention contemplates the use of both methionine-containing and methionine-free amino-terminal variants of the proteins of the invention. The modifications that occur in a polypeptide are often affected by how it is made. For example, in a polypeptide made by expressing a cloned gene in a host, the nature and extent of the modification will be determined in large part by the post-translational modification capacity of the host cell and the modification signals present in the polypeptide amino acid sequence. For example, as is well known, glycosylation often does not occur in bacterial hosts such as E. coli. Thus, where glycosylation is desired, the polypeptide should be expressed in a glycosylation host, generally a eukaryotic cell. Insect cells often carry out the same post-translational glycosylation as mammalian cells, and for this reason insect cell expression systems have been developed to efficiently express, among other things, mammalian proteins with the native pattern of glycosylation. Have been. Similar considerations apply to other modifications. It will be appreciated that the same type of modification may be present at the same or varying degrees at several sites in a given polypeptide. Also, a given polypeptide may have many types of modifications. In general, as used herein, the term polypeptide encompasses all such modifications, particularly those present in polypeptides synthesized by expressing the polynucleotide in a host cell. As used herein, the term "variant (s)" of a polynucleotide or polypeptide is a polynucleotide or polypeptide that differs from a reference polynucleotide or polypeptide, respectively. Variants in this sense are described in more detail below and elsewhere herein. (1) A polynucleotide that differs from another reference polynucleotide in nucleotide sequence. Generally, differences are limited so that the nucleotide sequences of the reference and the variant are closely similar overall and, in many regions, identical. As noted below, changes in nucleotide sequence in the variant may be silent. That is, the change may not change the amino acid encoded by the polynucleotide. If the change is limited to this type of silent change, the variant encodes a polypeptide having the same amino acid sequence as the control. Also, as described below, changes in the nucleotide sequence of the variant may change the amino acid sequence of the polypeptide encoded by the reference polynucleotide. Such nucleotide changes result in amino acid substitutions, additions, deletions, fusions and truncations in the polypeptide encoded by the reference sequence, as discussed below. (2) A polypeptide that differs in amino acid sequence from other reference polypeptides. Generally, differences are limited so that the sequences of the reference and the variant are closely similar overall and, in many regions, identical. Variant and reference polypeptides may differ in amino acid sequence by one or more substitutions, additions, deletions, fusions and truncations, which may occur in any combination. DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION The present invention relates to a novel response regulator from Staphylococcus aureus characterized by comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2, or a fragment, analog or derivative thereof. Hereinafter, the term polypeptide (s) is used to refer to response regulator protein, fragments, analogs or derivatives thereof, as well as polypeptide fragments or derivatives thereof. The present invention relates essentially to a gene having the nucleotide and amino acid sequences shown in FIG. 1 and FIG. 2, respectively, on Sep. 11, 1995, NCIMB Accession No. (NCIMB), the nucleotide and amino acid sequence of the DNA of S. aureus WCUH29 deposited at Aberdeen, Scotland. This is referred to herein as "deposited DNA." It will be appreciated that the nucleotide and amino acid sequences shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1) and FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) were obtained by sequencing the DNA of the deposited bacterium. Therefore, the sequence of the deposited bacterium is dominant for any discrepancy between the sequence (and the sequence encoding it) and the sequences of FIG. 1 (SEQ ID NO: 1) and FIG. 2 (SEQ ID NO: 2). In particular, as applied to viability under laboratory and host infection conditions, the technique can be used to assess transient gene expression in bacteria. Many methods can be used to identify genes that are themselves essential for survival or essential for the establishment and / or maintenance of an infection. Identifying the expression of a sequence by one of these methods provides additional information about its function and allows for selection for further development of such sequences as targets for screening. Briefly, these studies include, for example: 1) Signature Tagged Mutagenesis (STM) This technique is described in Hensel et al., Science 269: 400-403 (1995). It is described, and its contents are incorporated herein by reference for the purpose of the background art. Signature-tagged mutagenesis identifies the genes required to establish / maintain infection in a given infection model. This technique is based on randomly mutagenizing the target organism by various means (eg, transposons) and inserting a unique DNA sequence tag very close to the mutation site. Tags from a mixed population of bacterial mutants and bacteria recovered from infected hosts are detected by amplification, radiolabeling and hybridization analysis. Mutants with reduced toxicity are represented by the lack of a tag from a pool of bacteria recovered from the infected host. In the case of Streptococcus pneumoniae, the transposon system has not been well developed, so a more effective method for generating tagged mutants is provided herein by reference for the purpose of making its content a background art. Morrison et al., J. Amer. Bacteriol. 159: 870 (1984). 2) In Vivo Expression Technology (IVET) This technology is described in Camilli et al., Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA. 91, 2634-2638 (1994), each of which is incorporated herein by reference for the purpose of making it the background art. IVET identifies genes that are up-regulated during infection, which have an important role in infection when compared to experimental cultures. Sequences identified by this technique have an important role in establishing / maintaining the infection. In this technique, a random chromosomal fragment of the target organism is cloned upstream of a promoter-free reporter gene in a plasmid vector. The pool can be introduced into a host and the bacteria can be harvested at various times after infection to assess the presence of reporter gene expression. The chromosomal fragment carried upstream of the expressed reporter gene should carry a promoter or gene portion that is normally up-regulated during infection. Up-regulated genes can be identified by sequencing upstream of the recombinase gene. 3) Subtraction display. This technique is described in Chuang et al., J. Mol. Bacteriol. 175, 2026-2036 (1993). This method identifies the gene expressed in a living body by identifying the presence of mRNA using random prime RT-PCR. By comparing pre-infection and post-infection profiles, genes that are up- and down-regulated during infection can be identified, and the RT-PCR products can be sequenced and matched to library sequences. 4) Generation of Conditionally Lethal Mutants by Transposon Mutagenesis This technique is described in de Lorenzo, V. et al. Et al., Gene 123, 17-24 (1993); Neuwald, A .; F. Et al., Gen e125,69-73 (1993) and Takiff, H. E. J. Bacteriol. 174, 1544-1553 (1992), which identify genes whose expression is essential for cell survival. This technique results in a transposon carrying a regulatable promoter that transcribes outward from the transposon in one or both directions. Random insertion of these transposons into the target organism, followed by isolation of the insertion mutant in the presence of an inducer of promoter activity, separates the promoter from the coding region of genes whose expression is essential for cell survival. Is confirmed to be recovered. Since this insert is not viable, it is subsequently identified by an inducer-free replica plating method. The insertion site is identified by sequencing the region adjacent to the transposon, and the disrupted gene is identified. Precisely monitor changes in process / morphology of growing cells in the absence of inducers to gain information on possible functions of genes. Such monitor observations include flow cytometry (cell division, lysis, redox ability, DNA replication), incorporation of radiochemically labeled precursors into DNA, RNA, proteins, lipids, peptidoglycan, known cellular stress Monitoring of a reporter enzyme gene fusion product that responds to E. coli. 5) Generation of Conditionally Lethal Mutants by Chemical Mutagenesis This technique is described in Beckwith, J. et al., The contents of which are incorporated herein by reference for background art purposes. Methods in Enzymology 204, 3-18 (1991). In this technique, a random chemical mutation of the target organism is induced, grown at a temperature different from the physiological temperature (permissive temperature), followed by replica plating, and performed at a different temperature (eg, 42 ts for ts identification). C., 25.degree. C. for cs identification), and identify those isolates that failed to grow at that time (conditional mutants). As described above, changes in growth at non-permissive temperatures are closely monitored to gain information regarding the function of the mutated gene. Complementing the conditional lethal mutation with a library from the target organism and sequencing the complementary gene can be matched to the library sequence. Each of these techniques may be advantageous or disadvantageous depending on the particular application. One skilled in the art will select the research method most relevant to the particular intended use. For example, some genes have been recognized as essential for infection, but are actually only required to initiate infection, so their products are developed for the treatment of established chronic infections It is not a very attractive target for antibacterials. 6) RT-PCR Bacterial messenger RNA, preferably that of Staphylococcus, is isolated from bacterially infected tissues, eg, 48 hour murine / pulmonary infected tissues, by reverse transcription of RNA samples primed with random hexanucleotides. Subsequently, the amount of each of the mRNA species is assessed by PCR with a gene-specific primer pair. Quantification of the resulting PCR product determines the presence and amount of a particular mRNA species and provides information about bacterial genes transcribed into infected tissues. Analysis of gene transcription can be performed at various times of infection, gaining in-depth knowledge of gene regulation in bacterial pathogenesis, and clearly understanding that gene products represent targets for screening novel antimicrobial agents. become able to. It should be understood that the bacterial mRNA preparation need not be free mammalian RNA due to the gene-specific properties of the PCR primers used. This allows researchers to easily and quickly prepare RNA from infected tissue to obtain bacterial mRNA species that can only grow in bacteria for a very short time (half-life of about 2 minutes). Optimally, bacterial mRNA is prepared from infected murine lung tissue by the very short presence of TRIsol (Gibco-BRL) and mechanical disruption, followed by the manufacturer's instructions for TRIsol reagent. , And DNAase treatment to remove contaminating DNA. Preferably, finding conditions to obtain the maximum amount of bacterial 16S ribosomal RNA, preferably that of Staphylococcus aureus, as detected by probing Northern with an appropriately labeled sequence-specific oligonucleotide probe. Optimizes the processing. Typically, a 5 'dye-labeled primer is used for each PCR primer pair in a PCR reaction, optimally ending in 8 to 25 cycles. PCR products are separated on a 6% polyacrylamide gel and detected and quantified using GeneScanner (ABI). As applied to the sequences of the present invention, these techniques allow the identification of bacterial proteins expressed during infection, inhibitors that can be used in antibacterial therapy. Polynucleotides According to one aspect of the present invention, there is provided an isolated polynucleotide encoding a polypeptide having the deduced amino acid sequence of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2). As used herein, the term "polynucleotide encoding a polypeptide" refers to a polypeptide of the present invention, especially a bacterial strain, more particularly a book having the amino acid sequence shown in Figure 2 (SEQ ID NO: 2). Polynucleotides comprising sequences encoding the polypeptides of the invention are included. The term includes a single contiguous region or non-contiguous region encoding a polypeptide (e.g., interrupted by integrated phage or inserted sequences or modifications), with additional regions also including coding and / or non-coding sequences. ) Are encompassed. Using the information provided herein, such as the polynucleotide sequence shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1), a polynucleotide of the present invention encoding SEQ ID NO: 2, or a fragment thereof, can be used for standard cloning and screening. Techniques, for example, cloning and sequencing chromosomal DNA fragments from Staphylococcus aureus cells as starting materials, followed by techniques for obtaining full-length clones. For example, to obtain a polynucleotide of the sequence of the invention, such as the sequence shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1), one typically obtains a Staphylococcus e. Coli in E. coli or some other suitable host. A library of Aureus chromosomal DNA clones is probed with a radiolabeled oligonucleotide, preferably 17-mer or longer, derived from the partial sequence. The clones having the same DNA as the probe can then be distinguished by a very stringent wash. By sequencing individual clones identified with sequencing primers designed from the original sequence, it is possible to extend the sequence in both directions and determine the complete gene sequence. Conveniently, such sequencing is performed using denatured double-stranded DNA prepared from a plasmid clone. For a suitable technique, see Maniatis, T. , Fritsch, E. F. And Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). (Screening By Hybridization l. 9 0 and Sequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13. 70) As an example of the present invention, the polynucleotide shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1) was found in a DNA library derived from Staphylococcus aureus. As shown by the results of sequencing the gene characterized by the deposited S. aureus WCUH29 DNA, the gene of the invention (SEQ ID NO: 1) is structurally related to other response regulators. The DNA sequence thus obtained is shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1). This is an open reading frame encoding a protein having the approximate number of amino acid residues shown in FIG. Having. The polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) has about 28% identity to the DegU regulatory protein from Bacillus subtilis. The polynucleotide of the present invention may be obtained by cloning, obtained by chemical synthesis techniques, or obtained by combining them, in the form of RNA such as mRNA or in the form of DNA including, for example, cDNA and genomic DNA. Good. DNA may be double-stranded or single-stranded. Single-stranded DNA may be the coding strand, also known as the sense strand, or may be the non-coding strand, also called the antisense strand. The sequence encoding the polypeptide may be identical to the coding sequence of the polynucleotide shown in FIG. 1 (SEQ ID NO: 1). It may also be a polynucleotide having a different sequence encoding the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) as a result of the redundancy (degeneracy) of the genetic code. The polynucleotide of the invention encoding the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) is a mature polypeptide coding sequence itself; a coding sequence for a mature polypeptide and additional coding sequences, eg, leaders for pre, pro, prepro protein sequences, etc. Or a coding sequence that encodes a secretory sequence; with or without additional non-coding sequences, with or without additional coding sequences described above, such as, but not limited to, transcribed non-translated sequences that play a role in transcription (eg, Coding sequence of a mature polypeptide having additional coding sequences encoding additional amino acids such as non-coding 5 'and 3' sequences (including termination signals), ribosome binding sites, mRNA stability elements, sequences providing additional functions, etc. Includes It is not limited to these. Thus, for example, a polypeptide may be fused to a marker sequence, such as a peptide, that facilitates purification of the fusion polypeptide. In certain embodiments of this aspect of the invention, the marker sequence is a hex-histidine peptide, for example, especially a pQE vector (Qiagen, Inc. ) Tags provided in, many are commercially available. For example, Gentz et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Hexa-histidine provides a routine method for purifying fusion proteins, as described in U.S.A., USA, 86: 821-824 (1989). HA tags can also be used to generate fusion proteins and correspond to epitopes from the influenza hemagglutinin protein (described, for example, in Wilson et al., Cell, 37, 767 (1984)). Polynucleotides of the present invention also include, but are not limited to, polynucleotides comprising a structural gene and its naturally related genetic elements. The invention further relates to variants of the herein above-described polynucleotides that encode fragments, analogs and derivatives of the polypeptide having the deduced amino acid sequence of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2). The variant of the polynucleotide may be a naturally occurring variant, such as a naturally occurring allelic variant, or may be a variant that is not known to occur naturally. Such non-naturally occurring variants of the polynucleotide can be made by mutagenesis techniques, including methods applied to polynucleotides, cells or organisms. Variants in this regard include those that differ from the aforementioned polynucleotides by nucleotide substitutions, deletions, or additions. Substitutions, deletions or additions occur at one or more nucleotides. Variants may be altered in the coding or non-coding regions or both. Changes in the coding region may produce conservative or non-conservative amino acid substitutions, deletions or additions. Particularly preferred embodiments of the invention in this regard include polynucleotides encoding polypeptides having the amino acid sequence shown in FIG. 2 (SEQ ID NO: 2); variants, analogs, derivatives and fragments thereof and variants, analogs and derivatives thereof. There are fragments. In this regard, it is more particularly preferred that the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) comprises several, only a few, 5-10, 1-5, 1-3, 2, 1 or 0 amino acid residues. Variants, analogs, derivatives and fragments of SEQ ID NO: 1, and polynucleotides encoding variants, analogs and derivatives of the fragments, having amino acid sequences in which the groups have been substituted, deleted or added in any combination. Especially preferred among these are silent substitutions, additions and deletions, which do not alter the properties and activities of the gene of SEQ ID NO: 1. Also particularly preferred in this regard are conservative substitutions. Most preferred is a polynucleotide that encodes a polypeptide having the amino acid sequence of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) that has not been substituted. A further preferred embodiment of the present invention provides a polynucleotide which is at least 70% identical over its entire length to a polynucleotide encoding a polypeptide having the amino acid sequence shown in FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), and a polynucleotide complementary to such a polynucleotide. Nucleotides. Also most preferred are polynucleotides comprising a region that is at least 80% identical over its entire length to a polynucleotide encoding the polypeptide of the deposited S. aureus WCUH29 DNA, and polynucleotides complementary thereto. In this regard, polynucleotides having at least 90% identity over their entire length to the same are particularly preferred, and those with at least 95% identity are particularly preferred. Furthermore, among those having at least 95% identity, it is more preferably at least 97%, particularly preferably at least 98% and at least 99%, and even more preferably at least 99%. In a preferred embodiment, a polynucleotide that hybridizes to a polynucleotide described herein above is a polynucleotide that retains essentially the same biological function or activity as the polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 2. Encodes a peptide. A preferred embodiment in this regard is further a polynucleotide encoding a polypeptide that retains substantially the same biological function or activity as the mature polypeptide encoded by the DNA of FIG. 1 (SEQ ID NO: 1). is there. The present invention further relates to polynucleotides that hybridize to the sequences described herein above. In this regard, the invention particularly relates to polynucleotides that hybridize under stringent conditions to the herein above-described polynucleotides. As used herein, the term "stringent conditions" means that hybridization occurs only when there is at least 95%, preferably at least 97%, identity between the sequences. As further described herein for the polynucleotide assays of the invention, for example, as described above, the polynucleotides of the invention may be used as hybridization probes for RNA, cDNA and genomic DNA and encode the sequence of SEQ ID NO: 1. And genomic clones of other genes having a high degree of sequence similarity to SEQ ID NO: 1. Such probes generally contain at least 15 bases. Preferably, such a probe contains at least 30 bases and may contain at least 50 bases. Particularly preferred probes contain at least 30 bases and no more than 50 bases. For example, the coding region of the gene of the present invention can be isolated by screening using a known DNA sequence to synthesize an oligonucleotide probe. Then, using a labeled oligonucleotide having a sequence complementary to the sequence of the gene of the present invention, a library of cDNA, genomic DNA or mRNA is screened to determine which members of the library hybridize with the probe. I do. The polynucleotides and polypeptides of the present invention are used as research reagents and materials for the discovery of therapeutics and diagnostics for diseases, particularly human diseases, as further described herein in connection with polynucleotide assays. it can. The polynucleotides and polypeptides of the present invention also serve as research reagents and materials for the discovery of therapeutics and diagnostics for diseases, particularly human diseases, as further described herein in connection with polynucleotide assays. Can be used. The polynucleotide of the present invention, which is an oligonucleotide derived from the sequence of SEQ ID NO: 1, can be used in the method described herein, preferably in PCR, wherein the sequence identified herein is fully or partially Alternatively, it can be determined whether it is transcribed in infected tissues. Such sequences are also recognized as being useful in diagnosing the stage and type of infection achieved by the pathogen. A polynucleotide can encode a polypeptide with additional amino or carboxyl terminal amino acids added to the mature protein, or with additional amino acids inside the mature polypeptide (eg, where the mature form has more than one polypeptide chain). . Such sequences have a role in processing the protein from the precursor to the mature form, transport the protein, increase or decrease the protein's half-life, or facilitate handling of the protein, especially for assays or manufacturing. can do. As is common in vivo, additional amino acids are processed away from the mature protein by cellular enzymes. A precursor protein having a mature form of the polypeptide fused to one or more prosequences may be an inactive form of the polypeptide. When the prosequence is removed, such inactive precursors are generally activated. Some or all of the prosequence may be removed prior to activation. Generally, such precursors are called proproteins. In general, the polynucleotides of the present invention are mature proteins, mature proteins with the addition of a leader sequence (also referred to as preproteins), precursors of mature proteins with one or more prosequences that are not the leader sequence of the preprotein, Alternatively, it may encode a preproprotein that is a precursor of a proprotein having a leader sequence and a prosequence that is removed in a processing step that results in an active and mature form of the one or more polypeptides. Deposited Materials Deposits have been made under the terms of the Budapest Treaty on the International Recognition of Microbial Deposits for the purposes of patent procedures. After the patent is issued, there are no restrictions or conditions, and the shares will eventually be sold. Deposits are provided solely for the convenience of those skilled in the art and are subject to 35 U.S.C. S. C. It does not recognize that a deposit is a feasible requirement, as required under section 112. S. Aureus WHUH29 is a National Collection of Industria1 and Marine Bacteria Ltd. (NCIMB), 23St. Deposited with Machar Drive, Aberdeen, AB2 1RY Aberdeen, Scotland as Accession No. NCIMB40711 on September 11, 1995. The sequence of the polynucleotide contained in the deposited material, as well as the amino acid sequence of the polypeptide encoded thereby, will dominate in events that conflict with the description of the sequences herein. A license is required to make, use, or sell the deposited material, but such license is not granted here. Polypeptide The present invention further relates to a novel Staphylococcus aureus response regulator protein having a deduced amino acid sequence of 200 amino acids in length as shown in FIG. 2 (SEQ ID NO: 2). The polypeptide of the present invention may be a recombinant polypeptide, a natural polypeptide or a synthetic polypeptide, and is preferably a recombinant polypeptide. The present invention also relates to fragments, analogs and derivatives of these polypeptides. The terms “fragment”, “derivative” and “analog” when referring to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) refer to a polypeptide that retains essentially the same biological function or activity as such polypeptide. means. Thus, analogs include proproteins that can cleave the proprotein portion to produce and activate an active mature polypeptide. The fragment, derivative or analog of the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) comprises (i) one or more amino acid residues replaced by conservative or non-conservative amino acid residues (preferably conservative amino acid residues) Wherein such replacement amino acid residues may or may not be those encoded by the genetic code, or (ii) one or more of the amino acid residues comprises a substituent, or (iii) A) the mature polypeptide is fused to another compound, eg, a compound that increases the half-life of the polypeptide (eg, polyethylene glycol); or (iv) the additional amino acid is a leader or secretory sequence, or a mature polypeptide or proprotein sequence. It may be a fusion with a mature polypeptide such as a sequence used for purification. Such fragments, derivatives and analogs will be apparent to those skilled in the art from the teachings herein. In this regard, particularly preferred embodiments of the invention include polypeptides having the amino acid sequence of the novel response regulator protein shown in FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), variants, analogs, derivatives and fragments thereof, and variants of the fragments thereof. , Analogs and derivatives. Also in this regard, particularly preferred embodiments of the invention are polypeptides having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, variants, analogs, derivatives and fragments thereof, and variants, analogs and derivatives of the fragments. Preferred variants include those that differ from a control by conservative amino acid substitutions. Such substitutions are those that substitute a given amino acid of a polypeptide with another amino acid of similar characteristics. Typically, conservative substitutions include mutual substitutions between the aliphatic amino acids Ala, Val, Leu and Ile; exchange of hydroxyl residues Ser and Thr, exchange of acidic residues Asp and Glu, amide Substitution between the residues Asn and Gln, exchange of the basic residues Lys and Arg and substitution between the aromatic residues Phe, Tyr. Even more preferred in this regard are several, few, 5-10, 1-5, 1-3, 2, 1 or 0 amino acid residues in any combination substituted, deleted or added. Variants, analogs, derivatives and fragments having the amino acid sequence of the polypeptide of SEQ ID NO: 2 (SEQ ID NO: 2), and variants, analogs and derivatives of the fragments thereof. Especially preferred among these are silent substitutions, additions and deletions, that do not alter the properties and activities of the polypeptide of the present invention. Also particularly preferred in this regard are conservative substitutions. Most preferred is a polypeptide having the amino acid sequence of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) without substitution. Preferably, a fragment, derivative or analog of a polypeptide characterized by the deduced amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 retains essentially the same biological function or activity as the polypeptide. Thus, analogs include proproteins that can cleave the proprotein portion to produce and activate an active mature polypeptide. The polypeptides and polynucleotides of the present invention are preferably provided in an isolated form, and preferably are purified to homogeneity. The polypeptides of the present invention can be polypeptides having at least 70% identity to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), especially the mature polypeptide, as well as the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), preferably At least 80% identity to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), more preferably at least 90% similarity (more preferably at least 90% identity) to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2) G.), And even more preferably encompasses polypeptides that have at least 95% similarity (and even more preferably 95% identity) to the polypeptide of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2), and generally have at least 30% similarity. Having such a portion of a polypeptide comprising at least 50 amino acids, more preferably at least 50 amino acids. Also encompasses part of the peptide. Fragments or portions of the polypeptides of the present invention can be used for the production of the corresponding full-length polypeptide by peptide synthesis; thus, the fragments can be used as intermediates for producing full-length polypeptides. The full length polynucleotide of the present invention can be synthesized using fragments or portions of the polynucleotide of the present invention. Fragments Also preferred embodiments of this aspect of the invention include polypeptides comprising fragments of SEQ ID NO: 2 (FIG. 2) and fragments and variants of the polypeptides of FIG. 2 (SEQ ID NO: 2). In this regard, a fragment is a polypeptide having an amino acid sequence in which the amino acid sequence of the aforementioned polypeptides and variants or derivatives thereof is entirely, but not entirely, partly identical. Such fragments may be "independent", i.e., they are not part of, or fused to, other amino acids or polypeptides, or are larger in size to form part or regions. It may be contained within the peptide. Most preferably, the fragments described herein form a single contiguous region when comprised within a larger polypeptide. However, several fragments may be contained within a single, larger polypeptide. For example, one preferred embodiment is a precursor designed to be expressed in a host having a variant pre- and pro-polypeptide region fused to the amino terminus of the fragment and an additional region fused to the carboxyl terminus of the fragment. It relates to fragments of the polypeptide of the present invention contained within the polypeptide. Thus, a fragment in one aspect contemplated herein refers to one or more portions of a fusion polypeptide or fusion protein from SEQ ID NO: 2. Representative examples of polypeptide fragments of the present invention include, for example, amino acid numbers from about 1 to about 20, about 21 to about 40, about 41 to about 60, about 61 to about 80, about 81 to about 100, and about 101 to about 100. Includes 200 fragments, as well as combinations of these 20 amino acid fragments. In this context, “about” as used herein, in particular, is a few, slightly 5, 4, 3, 2, or 1 amino acid longer at either or both termini. Or short. Preferred fragments of the invention include, for example, the truncated polypeptide of SEQ ID NO: 2. Truncated polypeptides can be a series of residues including the amino terminus (ie, a contiguous region, part or portion) or a series of residues including the carboxyl terminus, or one such as a double truncated mutant. One comprises the polypeptide having the amino acid sequence of FIG. 2, or a variant or derivative thereof, except for the deletion of two consecutive series of residues, one containing the amino terminus and one containing the carboxyl terminus. Fragments in the size ranges described above are also preferred embodiments of truncated fragments, and are generally particularly preferred among fragments. Also preferred are degenerate forms of the polynucleotides of the present invention in host cells, particularly Staphylococcus. Also preferred in this aspect of the invention are fragments characterized by structural or functional attributes of a polypeptide characterized by the sequence of SEQ ID NO: 2. In this regard, preferred embodiments of the present invention are alpha helix and alpha helix forming regions, beta sheets and beta sheet forming regions, turns and turn forming regions, coils and coil forming regions, hydrophilic regions, Fragments comprising hydrophobic regions, alpha-amphiphilic regions, beta-amphiphilic regions, variable regions, interface forming regions, substrate binding regions and high antigen index regions and combinations of such fragments are included. Preferred regions are those that mediate the activity of the polypeptide of the present invention. In this regard, most preferred are fragments having a chemical, biological or other activity of a response regulator polypeptide of the present invention, including those with a similar activity or an improved activity, or with a reduced undesirable activity. . Further preferred polynucleotide fragments are those that are antigenic or immunogenic in animals, especially humans. The invention also includes, inter alia, polynucleotides encoding the above fragments, polynucleotides that hybridize to the polynucleotides encoding the fragments, especially polynucleotides that hybridize under stringent conditions, and polynucleotides encoding the fragments. It will be appreciated that this relates to polynucleotides such as PCR primers for amplifying nucleotides. In this regard, preferred polynucleotides are those corresponding to the preferred fragments, as described above. Vectors, host cells, expressionThe present invention also relates to a vector comprising a polynucleotide or a plurality of polynucleotides of the present invention, host cells genetically engineered with a vector of the present invention, and production of a polypeptide of the present invention by recombinant techniques. Related. A host cell (as defined herein) can be genetically engineered to incorporate a polynucleotide of the invention and express a polypeptide of the invention. Introduction of the polynucleotide into the host cell can be by calcium phosphate transfection, DEAE-dextran mediated transfection, transfection, microinjection, cationic lipid mediated transfection, electroporation, transduction, scrape loading, ballistic transfer, infection or This can be done by other methods. Such methods are described in many standard laboratory manuals, such as Davis et al., Basic Methods in Molecular Biology, (1986) and Sambrook et al., Molecular Cloning; ALaboratory Manual, 2nd Ed. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). The engineered host cells can be cultured in conventional nutrient media modified as appropriate for promoter activation, transformant selection, or gene amplification. Culture conditions, such as temperature, pH, etc., are those already used in the host cell chosen for expression and will be apparent to those skilled in the art. The polynucleotide construct in the host cell can be used in a conventional manner to produce the gene product encoded by the recombinant sequence. The polypeptide of the present invention can be produced synthetically by ordinary peptide synthesis. Mature proteins can be expressed in mammalian cells, yeast, bacteria, or other cells under the control of appropriate promoters. Such a protein can also be produced using a cell-free translation system and RNA derived from the DNA construct of the present invention. Suitable cloning and expression vectors for use in prokaryotic and eukaryotic hosts are described in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). According to this aspect of the invention, the vector may be, for example, a plasmid vector, a single- or double-stranded phage vector, a single- or double-stranded RNA or DNA viral vector. Plasmids are generally designed according to standard nomenclature familiar to those skilled in the art, preceded by a lower case p and / or followed by capital letters and / or numbers. The starting plasmids disclosed herein are commercially available, commonly used, or can be constructed from available plasmids by versatile well-known procedures. Many plasmids and other cloning and expression vectors that can be used in accordance with the present invention are well known and readily available to those of skill in the art. In some respects, particularly preferred vectors are vectors for expression of the polynucleotides and polypeptides of the present invention. Generally, such vectors contain a cis-acting regulatory region effective for expression in a host operably linked to the polynucleotide to be expressed. Suitable trans-acting factors are either supplied by the host, supplied by a complementing vector, or supplied by the vector itself upon introduction into the host. In certain preferred embodiments in this regard, the vectors provide for specific expression. Such specific expression may be inducible expression, or may be expressed only in certain types of cells, or may be both inducible and cell-specific. Among the inducible vectors, a particularly preferred vector is a vector whose expression can be induced by environmental factors that are easily manipulated such as temperature and nutrient additives. A variety of vectors suitable for this aspect of the invention are well known and routine to those of skill in the art, including constructs and inducible expression vectors used in prokaryotic and eukaryotic hosts. Numerous types of expression vectors can be used to express the polypeptides of the present invention. Such vectors include, inter alia, chromosomal, episomal and viral derived vectors, such as bacterial plasmid derived, bacteriophage derived, transposon derived, yeast episomal derived, insertion element derived, yeast chromosomal derived, eg baculovirus, papovavirus such as SV40, vaccinia Derived from viruses, adenoviruses, chicken poxviruses, vectors derived from viruses such as pseudorabies virus and retroviruses, and combinations thereof, such as vectors derived from plasmids such as cosmids and phagemids and bacteriophage genetic elements. There are vectors, all of which can be used for expression according to this aspect of the invention. Generally, any vector suitable to retain, extend or express a polynucleotide to express a polypeptide in a host can be used for expression in this regard. Selection of an appropriate vector can be well determined by those skilled in the art. Suitable DNA sequences are described, for example, in Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed. It can be inserted forward or backward into the vector by various well-known and conventional techniques, such as those described in Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989). The DNA sequence in the expression vector includes, for example, a promoter that directs mRNA transcription, a ribosome binding site (for bacterial expression), and optionally an operator (collectively referred to herein as "control elements"). Operably linked to an appropriate expression control sequence (s) to allow expression. Representative examples of such promoters include, but are not limited to, the phage lambda PL promoter, E. coli lac, trp and lac promoters, the SV40 early and late promoters and the retroviral LTR promoter, the protein A gene. (Spa) gene promoters and signal sequences, and other promoters known to control expression of genes in eukaryotic or prokaryotic cells or their viruses. Generally, expression constructs will contain transcription initiation and termination sites, and, in the transcribed region, a ribosome binding site for translation. The coding portion of the mature transcript expressed by the construct contains a translation initiation AUG at the start and a stop codon appropriately located at the end of the polypeptide to be translated. In addition to the control sequences, it may be desirable to add regulatory sequences that allow for control of the expression of the protein sequences associated with the growth of the host cell. Regulatory sequences are known to those of skill in the art, and include those that cause the expression of a gene that is switched on or off in response to a chemical or physical stimulus, including the presence of a regulatory compound. Other types of regulatory elements may be present in the vector, for example, in an enhancer sequence. Generally, according to many conventional means, such regions will function by regulating transcription, for example, transcription factors, repressor binding sites and termination sites, among others. Vectors for extension and expression will generally have selectable markers and amplification regions, such as those shown in Sambrook et al., Cited above. The expression vector is such that the position and orientation of the coding sequence with respect to the control sequence is such that the coding sequence is transcribed “under control” of the control sequence (ie, the RNA polymerase that binds to the DNA molecule at the control sequence transcribes the coding sequence). The particular coding sequence is constructed such that it is located in the vector along with the appropriate regulatory sequences. Modification of the coding sequence is desired to achieve this purpose. For example, in some cases, it may be necessary to modify the sequence so that it can bind to the control sequence in the proper orientation; that is, maintain reading frame. Control sequences and other regulatory sequences can be ligated to the coding sequence prior to insertion into a vector, such as the cloning vectors described above. Alternatively, the coding sequence can be cloned directly into an expression vector which already has the control sequences and appropriate restriction sites. The coding sequence may include a signal peptide or leader sequence. The leader sequence can be removed in post-translational processing by the bacterial host. See, for example, U.S. Patents 4,431,739; 4,452,437; 4,338,397. In general, recombinant expression vectors contain origins of replication and selectable markers that allow transformation of the host cell (eg, the ampicillin resistance gene of E. coli and S. cerevisiae (S. cerevisiae) TRP1 gene), and promoters from highly expressed genes to regulate transcription of downstream structural sequences. The heterologous structural sequence is incorporated in a suitable arrangement with translation initiation and termination sequences, and preferably a leader sequence that allows for direct secretion of the translated protein into the periplasmic space or extracellular medium. If desired, the heterologous sequence can encode a fusion protein, including, for example, an N-terminal identifying peptide that provides the desired characteristics, such as stability or simple purification of the expressed recombinant product. Representative examples of suitable hosts include bacterial cells such as Streptococcus (staphylococcus), Staphylococcus (staphylococcus), E. coli (E. coli), Streptomyces and Bacillus subtilis cells; fungal cells such as yeast cells and Aspergillus Cells; insect cells such as Drosophila S2 and Spodoptera Sf9 cells; animal cells such as CHO, COS, HeLa, C127, 3T3, BHK, 293 and Bows melanoma cells; and plant cells. The following commercially available vectors are provided as examples. Preferred vectors for use in bacteria include pQE70, pQE60 and pQE-9 available from Qiagen; pET-3 vectors (Stratagene) available from Stratagene, pD10, psiX174, and pBS vectors. Phagescript vector, Bluescript vector, pNH8A, pNH16a, pNH18A and pNH46A; and ptrc99a, pKK223-3, pKK233-3, pDR540, pRIT5; and pBR322 available from Pharmacia. (ATCC 37 017). Preferred eukaryotic vectors include pWLNEO, pSV2CAT, pOG44, pXT1 and pSG available from Stratadine; and pSVK3, pBPV, pMSG and pSVL available from Pharmacia. Examples of recombinant DNA vectors for cloning and host cells transformed with them include bacteriophage (E. coli), pBR322 (E. coli), pACYC177 (E. coli), pKT230 (Gram-negative bacteria). PGV1106 (Gram-negative bacteria), pLAFR1 (Gram-negative bacteria), pME290 (Non-E. Coligram-negative bacteria), pHV14 (E. coli and Bacillus subtilis), pBD9 (Bacillus), pIJ61 (Streptomyces) ), PUC6 (Streptomyces), YIp5 (Saccharomyces), baculovirus insect cell line, YCp19 (Saccharomyces). Generally, "DNA Cloning": Vols. I & II, Glover et al. ed. IRL Press 0xford (1985) (1987); Mania tisetal. See "Molecular Cloning" Cold Spring Harbor Laboratory (1982). These vectors are listed merely to illustrate many commercially available, well-known vectors, and are vectors available to one of skill in the art for use in accordance with this aspect of the present invention. It will be appreciated that other plasmids or vectors suitable for introducing, retaining, extending or expressing a polynucleotide or polypeptide of the invention in a host can be used in this aspect of the invention. Contains a reporter transcription unit lacking the promoter region, such as a chloramphenicol acetyltransferase ("CATJ") transcription unit, downstream of a restriction site or site for introducing a candidate promoter fragment, ie, a fragment that may have a promoter. The promoter region can be selected from any desired gene by using a vector that performs the above. As is well known, introduction of a promoter-containing fragment into a vector at a restriction site upstream of the cat gene results in the production of CAT activity, which can be detected by standard CAT assays. Vectors suitable for this purpose, such as pKK232-8 and pCM7, are well known and readily available. Promoters for expressing the polynucleotide of the present invention include not only well-known and readily available promoters, but also promoters that can be easily obtained by the above-described technique using a reporter gene. Known prokaryotic promoters suitable for expressing polynucleotides and polypeptides according to the present invention include the E. coli lacI and lacZ promoters, the T3 and T7 promoters, the gpt promoter, the lambda PR, the PL promoter and the trp promoter. Known eukaryotic promoters suitable in this regard include the CMV immediate early promoter, the HSV thymidine kinase promoter, the early and late SV40 promoters, the promoter of the retroviral LTR, such as the Rous sarcoma virus ("RSVJ") promoter and the mouse metallothionein. The recombinant expression vector is, for example, an origin of replication, preferably derived from a highly expressed gene, and after exposure to a promoter and vector that directs transcription of downstream structural sequences. Includes a selectable marker that allows isolation of the vector-containing cells, such as dihydrofolate reductase or neomycin resistance for eukaryotic cell culture, or E. coli. Providing phenotypic properties for transformed host cell selection, such as resistance to tetracycline or ampicillin in E. coli.Polynucleotides of the invention encoding a heterologous structural sequence of a polypeptide of the invention can be obtained by standard methods. The polynucleotide is positioned such that the transcription initiation site is appropriately 5 'to the ribosome binding site. The ribosome binding site should be expressed. 5 ′ of the AUG that initiates translation of the polypeptide, generally beginning with the start codon, usually AUG, and has no other reading frame between the ribosome binding site and the start AUG. There is a translation stop codon at the end and the polyadenylation signal is included in the construct used in eukaryotic hosts. A transcription termination signal, optionally located at the 3 'end of the transcribed region, may also be included in the polynucleotide construct.The translated protein can be transferred to the endoplasmic reticulum lumen, periplasmic space or extracellular environment. For secretion, appropriate secretion signals may be incorporated into the expressed polypeptide, these signals may be native to the polypeptide or they may be heterologous signals. It may be expressed in a modified form, for example in the form of a fusion protein, and may have not only secretion signals but also additional heterologous functional regions, such as additional amino acids, especially charged amino acids. A region is added to the N-terminus of the polypeptide to provide stability and persistence in the host cell during purification or subsequent manipulation and storage. Improvement to. Also, regions can be added to the polypeptide to facilitate purification. Such regions can be removed prior to final preparation of the polypeptide. It is a common and routine technique in the art to add a peptide moiety to a polypeptide, in particular to induce secretion or release, improve stability or facilitate purification. Preferred fusion proteins contain a heterologous region from an immunoglobulin useful for solubilizing or purifying the polypeptide. For example, EP-A-0464533 (Canadian counterpart 2045869) discloses a fusion protein consisting of various parts of the constant region of an immunoglobulin molecule and another protein or part thereof. In drug development, for example, proteins can be fused to the Fc portion of an antibody for the purpose of high throughput screening assays to identify antagonists. D. Bennett et al., Journal of Molecular Recognition, 8, 52-58 (1995) and K. See Johanson et al., The Journal of Bio-Iogical Chemistry, 270 (16), 9549-9471 (1995). Depending on the selected expression system and host, the polypeptide of the present invention can be produced by growing host cells transformed with the above-described expression vector under conditions under which the target polypeptide is expressed. If the mature protein has a very hydrophobic region and renders the over-expressed product insoluble, it is desirable to express a truncated protein with the hydrophobic region deleted. Selection of appropriate growth conditions and recovery methods are within the skill of the art. Depending on the host used in the recombinant production method, the polypeptide of the present invention may or may not be glycosylated. The polypeptide of the present invention may include an initial methionine amino acid residue. The polypeptide is then isolated from the host cell and purified. If the expression system secretes the polypeptide into the growth medium, the polypeptide can be purified directly from the medium. If the polypeptide is not secreted, it is isolated from cell lysates or recovered from cell membrane fractions. Where the polypeptide is located on the cell surface, whole cells or isolated membranes can be used as an analyzable source of the desired gene product. The cells are then typically harvested by centrifugation, disrupted by physical or chemical means, and the resulting crude extract is retained for further purification. The microbial cells used for protein expression can be disrupted by conventional methods, including freeze-thaw cycling, sonication, mechanical disruption, or use of cell lysing agents, and such methods are well known to those of skill in the art. The polypeptides of the present invention may be prepared by known methods including ammonium sulfate or ethanol precipitation, acid extraction, anion or cation exchange chromatography, phosphocellulose chromatography, hydrophobic interaction chromatography, affinity chromatography, hydroxylapatite chromatography and lectin chromatography. The method allows for recovery and purification from recombinant cell culture. Most preferably, high performance liquid chromatography is used for purification. If the polypeptide denatures during isolation and / or purification, well-known techniques for regenerating the protein may be used to obtain an active conformation again. Polynucleotide Assays The present invention also relates to the use of the polynucleotides of the present invention to detect complementary polynucleotides, for example, as diagnostic reagents. Detection of a gene characterized by the sequence of SEQ ID NO: 1 in a eukaryote, particularly a mammal, and particularly a human, will provide a method for diagnosing disease. Eukaryotes (also referred to herein as "individuals"), particularly mammals, and especially humans, infected with an organism having the gene of the present invention can be detected at the DNA level by various techniques. Diagnostic nucleic acids are available from cells and tissues of infected individuals, such as bone, blood, muscle, cartilage and skin. Genomic DNA may be used directly for detection or may be enzymatically amplified using PCR before analysis (Saiki et al., Nature, 324, 163-166 (1986)). RNA or cDNA can be used as well. As an example, PCR primers complementary to the nucleic acid of SEQ ID NO: 1 can be used to identify and analyze the presence and / or expression of a gene. Using PCR, prokaryotic strains present in eukaryotes, especially mammals, especially humans, can be characterized by genotyping prokaryotic genes. For example, deletions and insertions can be detected by changes in the size of the amplification product as compared to the genotype of a control sequence. Point mutations can be identified by hybridizing the amplified DNA to radiolabeled RNA and, alternatively, to radiolabeled antisense DNA. Perfectly matched sequences can be distinguished from mismatched duplexes by RNase A digestion or by differences in melting temperatures. Sequence differences between control genes and genes with mutations can also be revealed by direct DNA sequencing. In addition, cloned DNA segments can be used as probes to detect specific DNA segments. The sensitivity of such a method can be greatly enhanced by using PCR or another amplification method as appropriate. For example, a sequencing primer is used with a double-stranded PCR product or a single-stranded template molecule generated by a modified PCR. Sequencing can be performed by conventional methods using radiolabeled nucleotides, or by automated sequencing methods using fluorescent tags. Genetic characterization based on DNA sequence differences can be achieved by detecting changes in the electrophoretic mobility of DNA fragments in gels with or without denaturing agents. Small sequence deletions and insertions can be visualized by high resolution gel electrophoresis. DNA fragments of different sequences can be distinguished on denaturing formamide gradient gels, whose individual or partial melting temperatures slow the movement of the different DNA fragments at different locations in the gel (e.g. Meyers et al., Science, 230 : 1242 (1985)). Sequence changes at specific locations can also be revealed by nuclease protection assays such as RNase and S1 protection or chemical cleavage methods (see, eg, Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85: 4397-4401 (1985)). Thus, hybridization, RNase protection, chemical cleavage, direct DNA sequencing or the use of restriction enzymes, such as restriction fragment length polymorphism (RFLPJ) and Southern blotting of genomic DNA By such methods, a specific DNA sequence can be detected. In addition to conventional gel electrophoresis and DNA sequencing, mutations can also be detected by in situ analysis. Cells having a mutation or polymorphism in the gene of the present invention can also be detected at the DNA level, for example, by various techniques that allow serotyping. For example, RT-PCR can be used to detect mutations. It is particularly preferred to use RT-PCR in combination with, for example, an automatic detection system such as GeneScan. RNA or cDNA can also be used for PCR or RT-PCR for the same purpose. As an example, PCR primers complementary to the nucleic acid encoding SEQ ID NO: 2 can be used to identify and analyze mutations. Suitable primers include fragments of SEQ ID NO: 1, preferably at least 15 base pairs in length, as well as sequences complementary thereto. The primers may be used to amplify a gene isolated from an individual, and then subject the gene to various techniques for elucidating the DNA sequence. In this way, mutations in the DNA sequence may be diagnosed. The present invention relates to a method for diagnosing a disease, preferably a bacterial infection, more preferably a staphylococcal infection, wherein the expression level of a polynucleotide having the sequence of FIG. 1 (SEQ ID NO: 1) is increased from a sample derived from an individual. Providing a method comprising: Increased expression of a polynucleotide of the invention can be measured using methods well known in the art for quantification of a polynucleotide, such as, for example, PCR, RT-PCR, RNase protection, Northern blotting, and other hybridizations. it can. Polypeptide Assays The present invention also relates to diagnostic assays, such as quantitative and diagnostic assays for detecting levels of the proteins and polypeptides of the invention in cells and tissues, including measuring normal and abnormal levels. Thus, for example, the presence of an infection can be detected using a diagnostic assay according to the invention for detecting overexpression of a protein of the invention, as compared to a normal control tissue sample. Assay techniques that can be used to determine levels of a protein of the present invention, in a sample derived from a host are well-known to those of skill in the art. Such assay methods include radioimmunoassays, competitive binding assays, western blot analysis and ELISA assays. Of these, ELISA is preferred. In the ELISA assay, first, an antibody specific to the polypeptide of the present invention, particularly a polypeptide characterized by the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 or a derivative thereof, is prepared. Preferably, the antibodies are monoclonal antibodies. In addition, a reporter antibody generally is prepared which binds to the monoclonal antibody. The reporter body binds to a radioactive, fluorescent or enzymatic reagent, for example a detectable reagent such as horseradish peroxidase. Antibodies Polypeptides, fragments or other derivatives thereof, or analogs thereof, or cells expressing them can be used as immunogens to generate antibodies thereto. The invention includes, for example, monoclonal and polyclonal antibodies, chimeric, single-chain and humanized antibodies, as well as Fab fragments or the products of a Fab expression library. Antibodies obtained against a polypeptide corresponding to a sequence of the invention can be obtained by injecting the polypeptide directly into an animal or administering the polypeptide to an animal, preferably a non-human animal. The antibody thus obtained binds to the polypeptide itself. In this method, even a sequence encoding only a fragment of a polypeptide can be used to generate an antibody that binds to the whole original polypeptide. Using such an antibody, the polypeptide can be isolated from tissues expressing the polypeptide. For preparation of monoclonal antibodies, any technique known in the art that provides antibodies produced by continuous cell line cultures can be used. For example, Kohler, G. And Milstein, C. Kozbor et al., Immunology Today, 4:72 (1983)); Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cance r Therapy, Alan R Liss, Inc., Nature, 256, 495-497 (1975); , Pp. 77-96 (1985). Techniques described for the production of single chain antibodies (US Pat. No. 4,946,778) can be applied to produce single chain antibodies to the immunogenic polypeptide products of the invention. In addition, other organisms such as transgenic mice or other mammals can be used to express humanized antibodies to the immunogenic polypeptide products of the invention. Alternatively, using phage display technology, the binding activity of human-derived lymphocytes screened for retention of anti-Fbp to polypeptides derived from a repertoire of PCR-amplified v-genes or from an untreated library can be determined. Antibody genes can be selected (McCafferty, J .; Et al., Nature 348, 55 2-554 (1990); Marks, J. et al. Et al., Biotechnology 10, 779-783 (1992)). The affinity of these antibodies is determined by chain shuffling (Clackson, T .; Nature 352, 624-628 (1991)). If there are two antigen binding domains, each domain can be directed to a different epitope, referred to as a "bispecific" antibody. Using the antibody described above, a clone expressing the polypeptide of the present invention is isolated or identified, and the antibody is bound to a solid support for isolation and / or purification. The polypeptide can be purified. Thus, in particular, antibodies against the polypeptides of the invention can be used to inhibit and / or treat infections, especially bacterial and staphylococcal infections. Polypeptide derivatives include antigenically, epitopeically or immunologically equivalent derivatives that form a particular aspect of the invention. The term "antigenically equivalent derivative" as used herein, according to the present invention, when induced against a protein or polypeptide, prevents an immediate physical interaction between the pathogen and the mammalian host. Includes polypeptides or equivalents thereof that will be specifically recognized by certain antibodies. The term "immunologically equivalent derivative" as used herein, when used in a formulation suitable for inducing antibodies in vertebrates, results in the immediate physical interaction between the pathogen and the mammalian host. Includes peptides or equivalents that act to prevent the interaction. A polypeptide, such as an antigenically or immunologically equivalent derivative or a fusion protein thereof, can be used as an antigen to immunize a mouse or other animal, such as a rat or chicken. Fusion proteins can confer stability on a polypeptide. The antigen can be conjugated to an immunogenic carrier protein, such as bovine serum albumin (BSA) or keyhole limpet haemocyanin (KLH), for example, by conjugation. Alternatively, a multi-antigenic peptide comprising multiple copies of the protein or polypeptide, or an antigenically or immunologically equivalent polypeptide thereof, has sufficient antigenicity to improve immunogenicity; There is no need to use a carrier. Preferably, the antibody or derivative thereof is modified to reduce immunogenicity in the individual. For example, if the individual is a human, the antibody is most preferably "humanized"; in which case the complementarity determining region (s) of the antibody from the hybridoma has been transferred to a human monoclonal antibody. For example, Jones, P. Nature 3, 21,522-525 (1986) or Tempest et al., Biotechnology 9,266-273 (1991). When the polynucleotide of the present invention is used for genetic immunization, preferably, for example, direct injection of plasmid DNA into muscle (Wolff et al., Hum Mol Genet, 1: 363 (1992); Manthorpe et al., Hum. Gene Ther. , 4, 419 (1963)), delivery of DNA complexed with specific protein carriers (Wu et al., J. Am. Biol. Chem. 264, 16985 (1989)), DNA co-precipitation using calcium phosphate (Benvenisty & Reshef, Proc. Natl. Acad. Sci. , 83, 951 (1986)), encapsulation of DNA in liposomes of various forms (Kaneda et al., Science 243, 375 (1989)), bombardment of fine particles (Tang et al., Nature 356, 152 (1992); Eisenbraun et al., DNA Cell Biol. , 12, 91 (1993)) and in vivo infection with cloned retroviruses (Seeger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. , USA, 81, 5849 (1984)). Binding Molecules and Assays The invention also provides methods for identifying molecules, such as binding molecules, that bind to the polynucleotides and polypeptides of the invention. The gene encoding the binding protein can be identified by a number of methods known to those skilled in the art, for example, ligand panning and FACS sorting. Such methods are described in many laboratory manuals, for example, Colligan et al., Current Protocols in Immunology, 1 (2): Chapter 5 (1991). Also, the labeled ligand can be photoaffinity bound to the cell extract. In addition, the polypeptides of the present invention can be used to evaluate the binding ability of these binding molecules in cells or in cell-free preparations. The polypeptides of the invention can also be used to assess the binding of a small molecule substrate to a ligand, for example, in a mixture of cells, cell-free preparations, chemical libraries, and natural products. Antagonists and Agonists-Assays and Molecules The invention also provides for identifying compounds that enhance (agonist) or block (antagonist) the action of a polypeptide or polynucleotide of the invention, such as interaction with a binding molecule of the invention. And a method for screening a compound of the formula (1). For example, to screen for agonists or antagonists, a cell compartment, such as a membrane, cell envelope or cell wall, or any preparation thereof is prepared from cells that express a molecule that binds a polynucleotide or polypeptide of the invention. can do. The preparation is incubated with a labeled polypeptide or polynucleotide of the invention in the presence or absence of a candidate molecule that may be an agonist or antagonist. The ability of the candidate molecule to bind to the binding molecule is reflected in reduced binding of the labeled ligand. Molecules that have no effect when bound will most likely be good antagonists. Molecules that bind well and elicit the same or closely related effects as the polynucleotides or polypeptides of the invention are agonists. For example, the effects of potential agonists and antagonists, such as antibacterial effects, can be measured by measuring the activity of a reporter system, e.g., after the interaction of a candidate molecule with a cell or a suitable cell preparation, and comparing the composition of the invention with a composition of the invention. It is determined by comparing to the effect of the polynucleotides and polypeptides or molecules of the invention that elicit the same effect. Useful reporter systems in this regard include, but are not limited to, colorimetric labeled substrates that are converted to products, reporter genes that respond to changes in activity, and binding assays known in the art. Another example of an antagonist assay is a membrane-bound molecule that binds a polypeptide or polynucleotide of the invention and a potential antagonist to a polynucleotide or polypeptide of the invention under conditions suitable for a competitive inhibition assay. A competition assay that combines with a recombinant binding molecule, a natural substrate or ligand, or a substrate or ligand mimetic. The polynucleotides or polypeptides of the present invention can be labeled, e.g., with a radioactive or colorimetric compound, to accurately determine the number of molecules of the present invention that have bound to the binding molecule or converted to product to provide potential antagonists. The effect can be evaluated. Potential antagonists include small organic molecules, peptides, polypeptides and antibodies that bind to a polypeptide of the invention and thereby inhibit or abolish its activity. Potential antagonists also bind to the same site on a binding molecule without inducing the activity of a polypeptide or polynucleotide of the invention, such as a binding molecule, thereby effecting the action of the molecule by eliminating the molecule from binding. It may be a small organic molecule, peptide, polypeptide, such as an interfering, closely related protein or antibody. Potential antagonists include small molecules that bind and occupy the binding site of the polypeptide, thereby preventing binding to cellular binding molecules and preventing normal biological activity. Examples of small molecules include, but are not limited to, small organic molecules, peptides, peptide-like molecules. Other potential antagonists include antisense molecules (for a description of these molecules, see Okano, J. et al. Neurochem. , 56, 560 (1991); Oligodeo xynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene Expression, CRC Press, Boca Raton, FL (1988)). Other potential antagonists include compounds related to the genes of the invention and derivatives thereof. In certain embodiments, the present invention provides the use of a polypeptide, polynucleotide or inhibitor of the present invention to disrupt the pathogenesis and initial physical interaction between mammalian hosts involved in the sequelae of infection. I do. In particular, the molecules of the present invention may be used to: i) prevent the attachment of bacteria, especially Gram-positive bacteria, to mammalian extracellular matrix proteins on indwelling devices or to wound extracellular matrix proteins; ii) Initiation of phosphorylation blocks response regulator proteins that mediate mammalian cell entry (Rosenshine et al., Infect. Immun. Iii) Blocking bacterial adhesion between mammalian extracellular matrix proteins and bacterial response regulator proteins that mediate tissue damage; iv) Initiation by implantation of an indwelling device or other than surgery It can be used to block the normal progression of disease states in infected infections. Each of the DNA sequences provided herein can be used for the discovery and development of antibacterial compounds. When expressed, the encoded protein can be used as a target for antimicrobial drug screening. In addition, DNA sequences encoding the amino-terminal region of the encoded protein or Shine-Delgarno or other translation-enhancing sequences of individual mRNAs are used to construct antisense sequences that regulate expression of the coding sequence of interest. can do. Antagonists and agonists can be used, for example, to control bacterial infections, particularly Staphylococcus infections. In a further aspect, the present invention provides a method of screening for and identifying agents, comprising: i) for an agent that interferes with the interaction of a response regulator with histidine kinase in the presence of the agent. Incubating and measuring the ability of the agent to block this interaction; ii) for agents that interfere with the ability of the response regulator to catalyze the transport of phosphate groups from histidine kinase to itself, the response regulator and A method comprising incubating the agent and measuring the ability of a response regulator to catalyze the removal of phosphate from phosphorylated histidine kinase, and / or ii) self-deletion of the molecule once the phosphate has been transported. For drugs that interfere with the ability to phosphorylate, A method comprising incubating an agent with an oxidative response regulator and measuring the ability of the response regulator to catalyze autodephosphorylation. Preferably, the histidine kinase is a cognate histidine kinase of the response regulator, or another histidine kinase capable of acting as a substrate for the response regulator, preferably from Staphylococcus aureus, for example, Bacillus And other microorganisms. In general, the genes for histidine kinase and its cognate response regulator are found together on the chromosome, so that a suitable histidine kinase can be conveniently identified by further sequencing along the chromosome. The invention also relates to the inhibitors identified thereby. Vaccine Another aspect of the present invention is a method of eliciting an immunological response in an individual, particularly a mammal, comprising inoculating an individual with a gene of the present invention, or a fragment or variant thereof, suitable for producing antibodies. Protecting said individual against infections, especially bacterial infections, especially Staphylococcus infections. Yet another aspect of the invention is a method of eliciting an immunological response in an individual, wherein the gene or a fragment or variant thereof is expressed in vivo to elicit an immunological response by gene therapy. To deliver a gene characterized by the sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2, or fragments or variants thereof, generate antibodies and protect the individual from disease. A further aspect of the present invention is that a gene characterized by or encoded by a polynucleotide sequence of the present invention in such a host is capable of, or when introduced into, a host in which an immunological response has been induced. An immunological composition that elicits an immunological response to a protein, comprising a recombinant gene or encoded by the DNA encoding or expressing the antigen of the gene or the protein encoded thereby. A composition comprising a protein. The gene or fragment thereof does not itself produce antibodies, but can be fused with a co-protein that can stabilize the first protein and form a fusion protein that is immunogenic and has protective properties. . The recombinant protein so fused is preferably a relatively large coprotein which further solubilizes the antigenic coprotein, such as glutathione-S-transferase (GST) or beta-galactosidase, and facilitates its production and purification. including. Furthermore, coproteins can act as adjuvants in the sense of providing systemic stimulation of the immune system. The coprotein may be attached to either the amino or carboxyl terminus of the first protein. The polypeptide or polynucleotide of the present invention and Sato, Y. The invention provides compositions, particularly vaccine compositions, and methods comprising immunostimulatory DNA sequences as described in Science 273, 352 (1996). The present invention has also been shown to encode the constant region of the bacterial cell surface protein of the DNA construct used in such genetic immunization experiments in animal models infected with Staphylococcus aureus. And particularly fragments thereof, which are useful for identifying protein epitopes that are capable of producing, inter alia, a prophylactic or therapeutic immune response. This approach is particularly useful for the development of prophylactic or therapeutic treatments of Staphylococcus aureus infection in mammals, especially humans, for monoclonal antibodies that are particularly valuable from essential organs of animals that have successfully resisted or cleared the infection. Would be able to be successfully prepared. The polypeptide can be used as an antigen for vaccination of the host to produce specific antibodies that are protective against bacterial invasion, for example by inhibiting the attachment of bacteria to damaged tissue. Examples of tissue damage include wounds of the skin or connective tissue, or mucous membranes such as the mouth, mammary gland, urethra or vagina, caused by, for example, mechanical, chemical or thermal damage, or by implantation of an indwelling device. The invention also includes a vaccine formulation comprising the immunogenic recombinant protein and a suitable carrier. Since the protein is broken down in the stomach, it is preferably administered parenterally, including, for example, subcutaneous, intramuscular, intravenous or intradermal administration. Formulations suitable for parenteral administration include sterile aqueous or non-aqueous injections which may contain antioxidants, buffers, bacteriostats and solutes which render the formulation isotonic with the body fluid of the individual, preferably blood; And sterile aqueous or non-aqueous suspensions which may contain suspending agents or thickening agents. The formulations may be presented in single-dose or multi-dose containers, for example, sealed ampules and vials, and stored in a lyophilized condition which requires only the addition of a sterile liquid carrier immediately before use. Vaccine formulations may also include adjuvant systems that increase the immunogenicity of the formulation, such as an oil-in-water system or other systems known in the art. The dosage depends on the specific activity of the vaccine and can be readily determined by routine experimentation. Although the present invention has been described with reference to a gene characterized by the polynucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, it is intended that the natural protein and the addition be substantially free of the immunogenic properties of the recombinant protein. It will be understood to include fragments of similar proteins having deletions or substitutions. Compositions The present invention also relates to compositions comprising the polynucleotides or polypeptides described above, or agonists or antagonists. Thus, the polypeptides of the present invention can be used in combination with non-sterile or sterile carriers for use in cells, tissues or organisms, such as pharmaceutical carriers suitable for administering to a subject. Such compositions comprise, for example, a vehicle additive or a therapeutically effective amount of a polypeptide of the invention, and a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. Such carriers include, but are not limited to, saline, buffered saline, dextrose, water, glycerol, ethanol and combinations thereof. The formulation must suit the mode of administration. Kits The present invention further relates to diagnostic and pharmaceutical packs and kits comprising one or more containers filled with one or more of the components of the compositions of the invention described above. In such container (s), the product, use or sale of the product for human administration in a form prescribed by a governmental agency regulating the manufacture, use or sale of the pharmaceutical or biological product. A note indicating the agency's approval may be attached. Administration The polypeptides and other compounds of the present invention can be used alone or in combination with other compounds, such as therapeutic compounds. Pharmaceutical compositions can be administered in an effective and convenient manner, including, for example, topical, oral, anal, vaginal, intravenous, intraperitoneal, intramuscular, subcutaneous, intranasal or intradermal routes, among others. . Pharmaceutical compositions will generally be administered in an amount effective to treat or prevent the individual or multiple indications. Generally, the composition will be administered in an amount of at least about 10 μg / kg body weight. In most cases, the dosage will not exceed about 8 mg / kg body weight per day. Preferably, in most cases, doses will be from about 10 μg / kg to about 1 mg / kg body weight per day. It will be appreciated that the optimal dosage will be determined by standard methods for each treatment modality and indication, taking into account the indication, its severity, route of administration, complications, and the like. For treatment or for prophylaxis, the active substance can be administered to the individual as an injectable composition, for example as a sterile, preferably isotonic, aqueous dispersion. The compositions may also be formulated for topical application, for example, in the form of ointments, creams, lotions, eye ointments, eye drops, ear drops, mouthwashes, impregnated bandages and sutures, and aerosols, e.g., preservation It may contain suitable conventional additives, including agents, solvents to aid penetration of the drug, and emollients in ointments and creams. Such topical formulations may also contain compatible conventional carriers, such as cream or ointment bases and, in the case of lotions, ethanol or oleyl alcohol. Such carriers may range from about 1% to about 98% by weight of the formulation; more usually, up to about 80% by weight of the formulation. When administered to mammals, especially humans, the daily dose of the active ingredient should be between 0. It is from 01 mg / kg to 10 mg / kg, typically about 1 mg / kg. The physician will in each case determine the actual dosage which will be most suitable for the individual and will vary according to the age, weight and response of the individual individual. The above dosages are an example of the average case. Of course, for some individuals, high and low dose ranges are appropriate and are within the scope of the present invention. Indwelling devices include surgical implants, prostheses and catheters, ie, devices that are introduced into the body of an individual and remain in place for an extended period of time. Such devices include, for example, artificial joints, heart valves, pacemakers, vascular grafts, vascular catheters, spinal fluid shunts, urine catheters, continuous ambulatory peritoneal dialysis (CAPD) catheters, and the like. The compositions of the present invention can be administered by injection to achieve a systemic effect against relevant bacteria shortly before insertion of the indwelling device. After surgery, treatment may continue for as long as the device is in the body. In addition, the perioperative cover for surgery can be extended and used to protect against Staphylococcus wound infection. Many orthopedic surgeons believe that humans with prosthetic joints should consider antibiotic prophylaxis before treating teeth where bacteremia can occur. Later severe infection is a serious complication, sometimes with loss of prosthetic joints, with significant morbidity and mortality. Thus, it is possible to extend the active substance to use as a replacement for prophylactic antibiotics in this situation. In addition to the treatments described above, the compositions of the present invention can generally be used as wound healing agents to prevent bacteria from adhering to matrix proteins exposed to wound tissue, and replace antibiotic prophylaxis in dental care. , Or in combination therewith, can be used prophylactically. Also, the compositions of the present invention can be used to bathe an indwelling device immediately prior to insertion. The active ingredient is preferably at a concentration of 1 mg / ml to 10 mg / ml when bathing a wound or indwelling device. The vaccine composition is conveniently in injectable form. Conventional adjuvants can be used to enhance the immune response. A unit dose suitable for vaccination is the antigen 0.5. It is preferably 5 to 5 mg / kg, and such a dose is preferably administered 1 to 3 times at an interval of 1 to 3 weeks. At the stated dosage ranges, no adverse toxicological effects are observed with the compounds of the present invention which would prevent administration to appropriate individuals. The antibodies described above can also be used as diagnostic reagents for detecting the presence of bacteria containing the response regulator of the present invention. Examples The present invention will be described in more detail with reference to the following examples. These exemplifications illustrate certain specific embodiments of the invention and do not limit or define the scope of the invention. Certain terms used herein are explained in the preceding definitions. All examples were performed using standard methods well known and routine to those skilled in the art, except as otherwise described in detail. Conventional molecular biology techniques in the following examples can be performed as described in standard laboratory manuals such as, for example, Sambrook et al., Cited above. Example 1 Isolation of DNA Encoding a Novel Response Regulator Protein from S. aureus WCUH29 A polynucleotide having the DNA sequence set forth in SEQ ID NO: 1 was obtained from a library of chromosomal DNA clones of S. aureus WCUH29 in E. coli. . Libraries can be prepared by conventional methods, for example, methods 1 and 2. Total cellular DNA is isolated from Staphylococcus aureus strain WCUH29 (NCIM B40711) according to standard methods and size fractionated by one of two methods. Method 1 Whole cell DNA is mechanically sheared through an injection needle for size fractionation by standard methods. DNA fragments up to 11 kbp in size are blunt-ended by treatment with exonuclease and DNA polymerase, and an EcoRI linker is added. The fragment is ligated into the vector Lambda ZapII cut with EcoRI, the library is packaged by standard methods, and E. coli is infected with the packaged library. The library is amplified by standard methods. Method 2 Total cellular DNA is partially hydrolyzed with a combination of four restriction enzymes (RsaI, PalI, AluI and Bsh1235I) and size fractionated by standard methods. An EcoRI linker is ligated to the DNA and the fragment and then ligated to the EcoRI-cut vector lambda ZapII, the library is packaged by standard methods, and E. coli is infected with the packaged library. The library is amplified by standard methods. The sequence of the new compound is shown in FIG. The amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 is a translation of the reading frame of SEQ ID NO: 1 and shows homology (28% identity) to the DegU regulatory protein from Bacillus subtilis.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｎ 15/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｐ 21/02 21/08 21/08 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｃ１２Ｎ 15/00 Ｃ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:445） (72)発明者 ホッジソン，ジョン・エドワード アメリカ合衆国19426―0989ペンシルベニ ア州 カレッジビル、ポスト・オフィス・ ボックス5089、サウス・カレッジビル・ロ ード1250番、スミスクライン・ビーチャ ム・ファーマシューティカルズ──────────────────────────────────────────────────続 き Continued on the front page (51) Int.Cl. 7 Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) C12N 15/02 C12P 21/02 C C12P 21/02 21/08 21/08 G01N 33/53 D G01N 33 / 53 C12N 15/00 C // (C12N 15/09 ZNA C12R 1: 445) (72) Inventor Hodgson, John Edward United States 19426-0989 Collegeville, PA Post Office Box 5089, South College Bill Road No. 1250, SmithKline Beecham Pharmaceuticals

Claims (1)

【特許請求の範囲】 １．(ａ)配列番号２のアミノ酸１から２００までを含むポリペプチドをコード しているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌク レオチド、 （ｂ）（ａ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド、および、 （ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続した塩 基を含むポリヌクレオチド からなる群より選択されるメンバーを含む単離ポリヌクレオチド。 ２．ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項１記載のポリヌクレオチド。 ３．ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項１記載のポリヌクレオチド。 ４．配列番号１に示されるヌクレオチド１から９００までを含む、請求項２記 載のポリヌクレオチド。 ５．配列番号２のアミノ酸１から２００までを含むポリペプチドをコードして いる請求項２記載のポリヌクレオチド。 ６．(ａ)Nationa1 Col1ection of Industrial and Marine Bacteria Ltd．（ ＮＣＩＭＢ）受託番号４０７７１に含まれる遺伝子により発現されるのと同じ成 熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の 同一性を有するポリヌクレオチド、 （ｂ）（ａ）のポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド、および （ｃ）（ａ）または（ｂ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の塩基を含 むポリヌクレオチド からなる群より選択されるメンバーを含む単離ポリヌクレオチド。 ７．請求項２記載のＤＮＡを含むベクター。 ８．請求項７記載のベクターを含む宿主細胞。 ９．請求項８記載の宿主細胞から該ＤＮＡによりコードされているポリペプチ ドを発現させることを含む、ポリペプチドの製造方法。 １０．請求項７記載のベクターで細胞をトランスフォーメーションまたはトラ ンスフェクションして、ベクター中に含まれるｃＤＮＡによりコードされている ポリペプチドを細胞が発現するようにすることを含む、ポリペプチドを発現する 細胞の製造方法。 １１．配列番号２のアミノ酸１から２００までに対して少なくとも７０％同一 であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。 １２．配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。 １３．請求項１１記載のポリペプチドに対する抗体。 １４．請求項１１記載のポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニスト。 １５．治療上有効量の請求項１１記載のポリペプチドを個体に投与することを 含む、抗細菌剤を必要とする個体の治療方法。 １６．該ポリペプチドをコードしていてインビボで該ポリペプチドを発現する ＤＮＡを個体に提供することにより該治療上有効量のポリペプチドが投与される 請求項１５の方法。 １７．治療上有効量の請求項１４記載のアンタゴニストを個体に投与すること を含む、細菌感染を阻害する必要のある値体の治療方法。 １８．請求項１１記載のポリペプチドの発現に関連した疾病の診断方法であっ て、該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定することを含む方法。 １９．宿主由来の試料中の請求項１２記載のポリペプチドの存在について分析 することを含む診断方法。 ２０．結合手段への結合を可能にする条件下にて、ポリペプチドに対する結合 手段（該結合手段は、該結合手段への化合物の結合に応答して検出可能シグナル を発しうる第２の成分に結合しているものである）を表面上に発現する細胞をス リーニングすべき化合物と接触させ、 化合物と結合手段との相互作用により生じるシグナルの存在または不存在を検 出することにより、化合物が結合物質に結合し、これを活性化または阻害するか どうかを決定することを含む、請求項１１記載のポリペプチドに結合し、その活 性を阻害する化合物の同定方法。 ２１．哺乳動物を細菌感染から防御する抗体を産生させるに十分な請求項１１ または１２に記載のポリペプチド、またはそのフラグメントもしくは変種を哺乳 動物に接種することを含む、哺乳動物における免疫学的応答を誘導する方法。 ２２．遺伝子治療により、配列番号２により特徴付けられるポリペプチド、ま たはそのフラグメントまたは変種を発現させるために、配列番号１をコードする 遺伝子、そのフラグメントもしくは変種を、インビボで送達して、哺乳動物を疾 病から防御する抗体を産生させる免疫学的応答を誘導することを含む、哺乳動物 における免疫学的応答を誘導する方法。 ２３．配列番号１の配列により特徴付けられるポリヌクレオチドをコードして いてこれを発現するＤＮＡまたはそれによりコードされているタンパク質を含ん でなる免疫学的組成物であって、哺乳動物中に導入された場合、該ポリヌクレオ チドまたはそれによりコードされているタンパク質に対する免疫学的応答を哺乳 動物において誘導する組成物。[Claims]   1. (a) encodes a polypeptide comprising amino acids 1 to 200 of SEQ ID NO: 2 Having at least 70% identity to a polynucleotide that is Leotide, (B) a polynucleotide complementary to the polynucleotide of (a), and (C) at least 15 consecutive salts of the polynucleotide of (a) or (b) Polynucleotides containing groups An isolated polynucleotide comprising a member selected from the group consisting of:   2. The polynucleotide according to claim 1, wherein the polynucleotide is DNA.   3. The polynucleotide according to claim 1, wherein the polynucleotide is RNA.   4. 3. The method according to claim 2, comprising nucleotides 1 to 900 shown in SEQ ID NO: 1. Polynucleotides listed.   5. Encoding a polypeptide comprising amino acids 1 to 200 of SEQ ID NO: 2 The polynucleotide according to claim 2, wherein   6. (a) Nata1 Col1ection of Industrial and Marine Bacteria Ltd. ( NCIMB) having the same expression as that expressed by the gene contained in Accession No. 40771. At least 70% relative to the polynucleotide encoding the mature polypeptide A polynucleotide having identity,   (B) a polynucleotide complementary to the polynucleotide of (a), and   (C) containing at least 15 bases of the polynucleotide of (a) or (b); Polynucleotide An isolated polynucleotide comprising a member selected from the group consisting of:   7. A vector comprising the DNA according to claim 2.   8. A host cell comprising the vector of claim 7.   9. A polypeptide encoded by the DNA from the host cell according to claim 8. A method for producing a polypeptide, comprising expressing a polypeptide.   10. Transform or transform cells with the vector of claim 7. Transfected and encoded by the cDNA contained in the vector Expressing the polypeptide, including causing the cell to express the polypeptide Cell production method.   11. At least 70% identical to amino acids 1 to 200 of SEQ ID NO: 2 A polypeptide comprising the amino acid sequence   12. A polypeptide comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2.   13. An antibody against the polypeptide of claim 11.   14． An antagonist that inhibits the activity of the polypeptide according to claim 11.   15. Administering to the individual a therapeutically effective amount of the polypeptide of claim 11. A method of treating an individual in need of an antibacterial agent, including:   16. Encodes the polypeptide and expresses the polypeptide in vivo By providing DNA to an individual, a therapeutically effective amount of the polypeptide is administered. The method of claim 15.   17． Administering to the individual a therapeutically effective amount of the antagonist of claim 14. A method for treating a phytoform that is required to inhibit bacterial infection.   18. A method for diagnosing a disease associated with expression of the polypeptide according to claim 11. Determining the nucleic acid sequence encoding the polypeptide.   19. Analyzing the presence of the polypeptide according to claim 12 in a sample derived from a host. A diagnostic method comprising:   20. Binding to the polypeptide under conditions that allow binding to the binding means The means (the binding means comprising a detectable signal in response to binding of the compound to the binding means); Cells that express on the surface are bound to a second component capable of emitting Contact with the compound to be cleaned,   To detect the presence or absence of a signal resulting from the interaction of a compound with a binding means The binding of the compound to the binding substance and activates or inhibits it. 12. Bind to the polypeptide of claim 11 and determine its activity. A method for identifying a compound that inhibits sex.   21. Claim 11 sufficient to produce antibodies that protect the mammal from bacterial infection. Or the polypeptide according to 12, or a fragment or variant thereof, A method of inducing an immunological response in a mammal, comprising inoculating the animal.   22. By gene therapy, a polypeptide characterized by SEQ ID NO: 2, or Or encodes SEQ ID NO: 1 to express a fragment or variant thereof The gene, fragment or variant thereof, is delivered in vivo to disease-producing mammals. Mammals, including inducing an immunological response that produces antibodies that protect against the disease A method of inducing an immunological response in a subject.   23. Encoding a polynucleotide characterized by the sequence of SEQ ID NO: 1 And DNA expressing the same or the protein encoded thereby. An immunological composition comprising, when introduced into a mammal, said polynucleotide. Mammals an immunological response to the tide or the protein encoded thereby. Compositions that are induced in animals.
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