FR3023614A1

FR3023614A1 - Systeme de collecte d'echantillons de matiere fecale

Info

Publication number: FR3023614A1
Application number: FR1456674A
Authority: FR
Inventors: Joel Dore; Pierre Roy; Rodolphe Clerval; Vincent Thomas
Original assignee: Institut National de la Recherche Agronomique INRA; Enterome SA
Current assignee: Institut National de Recherche pour lAgriculture lAlimentation et lEnvironnement; Enterome SA
Priority date: 2014-07-10
Filing date: 2014-07-10
Publication date: 2016-01-15
Anticipated expiration: 2034-07-10
Also published as: FR3023614B1

Abstract

L'invention concerne un système de collecte (1) d'échantillons de matière fécale comprenant : - un récipient (10) adapté pour recevoir un fluide de conservation (2), ledit récipient (10) présentant un orifice d'entrée (12), - une cuillère de prélèvement (20), configurée pour être fixée de manière étanche sur le récipient (10), et - un manchon (40), fixé sur le récipient (10) de manière à entourer l'orifice d'entrée (12), la cuillère de prélèvement (20) étant configurée pour être introduite dans le récipient (10) à travers le manchon (40) et l'orifice d'entrée (12).

Description

DOMAINE DE L'INVENTION La présente invention concerne le domaine général de la conservation des échantillons de matière fécale humaine ou animale en vue de leur analyse par des techniques de biologie moléculaire, y compris PCR quantitative et séquençage à haut débit. ARRIERE-PLAN TECHNOLOGIQUE Les exigences de l'homme du métier dans ce domaine sont aujourd'hui précisément identifiées.

D'une part, ce type d'analyses moléculaires nécessite que les échantillons soient conservés dans des liquides de conservation toxiques. Ces liquides de conservation contiennent en effet des réactifs permettant de perméabiliser les tissus et de pénétrer dans les cellules afin de stabiliser et de protéger les acides nucléiques cellulaires (ADN et ARN). Par exemple, dans le cadre d'une analyse métagénomique des gènes exprimés et/ou présents dans un échantillon de matière fécale, il est recommandé d'utiliser des tampons tels que le RNA later® RNA stabilization Reagent (Ambion) ou le Stool DNA Stabilizer (Invitek) qui permettent de stabiliser le matériel génétique présent dans l'échantillon. Or de tels tampons contiennent des sels d'ammonium et des citrates qui sont toxiques lorsqu'ils sont mis en contact de certaines muqueuses ou des yeux. Les échantillons, une fois prélevés, doivent parvenir aux laboratoires d'analyse dans les plus brefs délais. Pour simplifier le processus de collecte des échantillons et diminuer les coûts y afférents, il a été envisagé de permettre aux patients d'effectuer ces prélèvements à leur domicile. Il est alors primordial d'empêcher tout contact entre le tampon de conservation dans lequel l'échantillon doit être suspendu et le patient. Les systèmes existants actuellement pour collecter des échantillons de selles à domicile consistent en des récipients (par exemple des tubes) qui doivent être congelés (à environ -20°C) puis doivent être transportés jusqu'aux laboratoires dans de la carboglace (à environ -70°C) (cf. Qin et al., 2010). Alternativement, il est proposé d'utiliser des récipients contenant un générateur de gaz anaérobique, qu'il faut conserver dans le réfrigérateur (à environ +4°c), et faire parvenir au laboratoire dans les 24 heures après le prélèvement.

Ces opérations sont toutefois complexes à mettre en oeuvre pour le patient et limitent la quantité d'échantillons analysables lorsque la chaîne du froid est interrompue (les acides nucléiques étant alors détériorés). D'autre part, ce type d'analyses moléculaires très précises requiert que l'échantillon subisse le moins possible de modifications, une fois l'échantillon prélevé et jusqu'à l'extraction des acides nucléiques. Pour des prélèvements importants en nombre ou en quantité, la reprise de volumes appropriés et l'aliquotage conduisent parfois à des manipulations complexes, voire des décongélations. Or de telles opérations induisent nécessairement une perte de matériel génétique et favorisent des biais de représentation ou la contamination de l'échantillon avec des acides nucléiques exogènes parasites, qui faussent les analyses. Il a été proposé dans le document WO 201 0/1 30055 un système de collecte d'échantillons de matière fécale comprenant un tube fileté rempli d'une solution de conservation et équipé d'un manchon comprenant deux extrémités opposées filetées susceptibles de coopérer avec les filets du tube. Le manchon comprend en outre un connecteur tubulaire borgne, présentant une première extrémité ouverte adaptée pour recevoir un bâtonnet de prélèvement et une deuxième extrémité fermée formant une butée pour le bâtonnet. Ce système de collecte permet de simplifier le prélèvement des échantillons de matière fécale en mettant en oeuvre une solution de conservation. Toutefois, des étapes de purification/concentration intermédiaires restent nécessaires afin de garantir que la matière fécale soit suffisamment concentrée pour réaliser les analyses moléculaires. Par ailleurs, la solution de conservation est généralement toxique, de sorte que la manipulation du système peut présenter un risque pour le patient.

RESUME DE L'INVENTION Un objectif de l'invention est donc de proposer un système d'échantillonnage facile à utiliser, qui simplifie la conservation des acides nucléiques afin de permettre aux patients d'effectuer eux-mêmes les prélèvements à domicile sans risquer de limiter la quantité d'échantillons analysables, et qui permette en outre de simplifier le protocole de biologie moléculaire. Pour cela, l'invention propose un système de collecte d'échantillons 10 de matière fécale comprenant : - un récipient adapté pour recevoir un fluide de conservation, ledit récipient présentant un orifice d'entrée, - une cuillère de prélèvement, configurée pour être fixée de manière étanche sur le récipient, et 15 - un manchon, fixé sur le récipient de manière à entourer l'orifice d'entrée. La cuillère de prélèvement est par ailleurs configurée pour être introduite dans le récipient à travers le manchon et l'orifice d'entrée. Le système de l'invention permet ainsi de collecter des échantillons 20 de matière fécale de façon pérenne et sécurisée, en vue de les utiliser ultérieurement dans des analyses moléculaires à haut débit, par exemple par PCR ou par métagénomique quantitative. Le système de l'invention permet en particulier de conserver ces échantillons dans un liquide de conservation potentiellement toxique, sans 25 que l'utilisateur ne risque d'être en contact avec ce liquide. Dans le système de collecte de l'invention, le volume du fluide de conservation peut par ailleurs être optimisé pour permettre l'analyse directe des échantillons par des techniques classiques de métagénomique quantitative, sans avoir recours à des étapes de centrifugation. L'ensemble 30 du matériel génétique présent dans les échantillons est donc intact et entièrement disponible pour une analyse ultérieure.

Cette forme de réalisation permet en outre de garantir que les échantillons de matière fécale restent immergés dans le fluide de conservation jusqu'à leur analyse. Certaines caractéristiques préférées mais non limitatives du système de collecte décrit ci-dessus sont les suivantes : - il comprend un outre un système de verrouillage configuré pour verrouiller de façon étanche la cuillère de prélèvement sur le récipient, le système de verrouillage comprenant un bouchon, monté sur la cuillère de prélèvement, et configuré pour coopérer avec le manchon, - le récipient comprend un tube de forme globalement cylindrique de révolution et le bouchon et le manchon comprennent respectivement des filets associés ou des picots et des rainures coudées d'un système à baïonnette, - il comprend en outre un opercule configuré pour sceller l'orifice d'entrée de manière étanche et susceptible d'être perforé par la cuillère de prélèvement afin de permettre l'introduction de la cuillère de prélèvement dans le récipient à travers l'orifice d'entrée, - la cuillère de prélèvement présente une cavité configurée pour recevoir l'échantillon de matière fécale, le volume de la cavité étant déterminé en fonction du volume de fluide de conservation, - la cavité est configurée pour recevoir un échantillon de matière fécale compris entre 500 mg et 2 g, et le récipient est configuré pour recevoir un volume compris entre 1 m L et 10 m L de fluide de conservation, typiquement environ 1 g de matière fécale et environ 3 m L de fluide de conservation, - le récipient et le manchon comprennent des organes d'encliquetage associés formés respectivement sur une paroi externe du récipient, à proximité de l'orifice d'entrée, et sur une paroi interne du manchon, lesdits organes d'encliquetage étant configurés pour venir en prise et maintenir le manchon en position sur le récipient, - le manchon comprend en outre un dispositif d'ouverture, comprenant un anneau s'étendant dans la zone du manchon comprenant l'un des éléments d'encliquetage, ledit anneau étant délimité par une ligne de faiblesse susceptible d'être rompue afin de permettre la séparation de l'anneau et du reste du manchon, - l'anneau est pourvu d'une bande d'ouverture, s'étendant sur une hauteur de l'anneau, ladite bande d'ouverture étant délimitée par une ligne 5 de faiblesse supplémentaire s'étendant depuis un bord inférieur du manchon jusqu'à la ligne de faiblesse de l'anneau, - le manchon présente une paroi centrale, configurée pour recouvrir l'orifice d'entrée du récipient, ladite paroi centrale présentant une ouverture de calibration dont la forme et les dimensions sont sensiblement égales à la 10 forme et aux dimensions d'une section transversale de la cuillère de prélèvement, - la cuillère de prélèvement comprend une tige principale, adaptée pour recevoir l'échantillon de matière fécale, ladite tige principale présentant une section en forme de demi-cercle, et dans lequel l'ouverture de 15 calibration présente une forme de demi-cercle complémentaire, - la tige principale est localement élargie pour bloquer la cuillère de prélèvement dans l'ouverture une fois la tige principale introduite dans le récipient, - il comprend en outre un organe anti-retour configuré pour empêcher 20 l'extraction de la cuillère de prélèvement du récipient, - la cuillère de prélèvement comprend une tige principale, adaptée pour recevoir l'échantillon de matière fécale et être introduite dans le récipient, et dans lequel l'organe anti-retour comprend une languette faisant saillie d'un renfoncement formé dans la tige principale de la cuillère de 25 prélèvement, ladite languette étant élastiquement déformable entre une position d'introduction, dans laquelle la languette est appliquée contre le renfoncement et permet l'introduction de la cuillère de prélèvement à travers l'ouverture de calibration, et une position de repos dans laquelle la languette est à distance du renfoncement et vient en butée contre le manchon, 30 - l'organe anti-retour est formé sur la tige de la cuillère de prélèvement, le système de collecte comprenant en outre une paroi de blocage faisant saillie depuis des bords de l'ouverture de calibration de la paroi centrale en direction d'un fond du récipient, ladite paroi de blocage étant configurée pour coopérer avec l'organe anti-retour pour empêcher l'extraction de la cuillère de prélèvement du récipient, et - il comprend un fluide de conservation.

Selon un deuxième aspect, l'invention propose également un procédé d'analyse d'échantillons de matière fécale, comprenant les étapes suivantes : - obtention d'un échantillon de matière fécale collecté à l'aide s'un 10 système de collecte comme décrit ci-dessus rempli d'un fluide de conservation, - homogénéisation de l'échantillon de matière fécale, - extraction et purification d'acide nucléique de l'échantillon de matière fécale suspendu dans le fluide de conservation, et 15 - analyses moléculaires sur l'échantillon d'acide nucléique ainsi extrait et purifié. Certaines caractéristiques préférées mais non limitatives du procédé d'analyse décrit ci-dessus sont les suivantes : - les analyses moléculaires comprennent l'une au moins des analyses 20 suivantes : analyse quantitative haut débit par PCR, analyse quantitative métagénomique des gènes exprimés par des bactéries présentes dans l'échantillon de matière fécale, analyses quantitatives métatranscriptomiques des transcrits de gènes présents dans l'échantillon de matière fécale, et 25 - l'étape d'homogénéisation est réalisée par mixage énergique, par exemple à l'aide d'un vortex. BREVE DESCRIPTION DES DESSINS D'autres caractéristiques, buts et avantages de la présente invention 30 apparaîtront mieux à la lecture de la description détaillée qui va suivre, et au regard des dessins annexés donnés à titre d'exemples non limitatifs et sur lesquels : La figure la est une vue en perspective d'un exemple de réalisation d'un système de de collecte d'échantillons de matière fécale conforme à l'invention, La figure lb est une vue en coupe du système de collecte d'échantillons de matière fécale de la figure la, La figure 2a est une vue en perspective de la cuillère de prélèvement du système de collecte d'échantillons de matière fécale de la figure 1 a, La figure 2b est une vue en coupe de la cuillère de prélèvement de la figure 2a, La figure 2c est une vue en coupe du bouchon du système de collecte d'échantillons de matière fécale de la figure 1 a, La figure 3a est une vue de face du manchon du système de collecte d'échantillons de matière fécale de la figure la, La figure 3b est une vue en coupe du manchon suivant l'axe A-A de la figure 3a, La figure 3c est une vue de dessous du manchon de la figure 3a, et La figure 4 est un organigramme représentant différentes étapes d'un exemple de réalisation du procédé d'analyse d'échantillons de matière fécale conforme à l'invention.

DESCRIPTION DETAILLEE D'UN MODE DE REALISATION La figure 1 illustre un exemple de réalisation d'un système de collecte 1 d'échantillons de matière fécale, pouvant notamment être utilisé pour la collecte de matière fécale. Ce système de collecte 1 permet de conserver ces échantillons à température ambiante, pendant au moins quelques jours, le temps qu'un patient les amène ou les expédie aux laboratoires d'analyse. Le système de collecte 1 comprend à cet effet : - un récipient 10 adapté pour recevoir un fluide de conservation et comprenant un orifice d'entrée 12, - une cuillère de prélèvement 20, configurée pour être introduite dans le récipient 10 à travers l'orifice d'entrée 12, et - un manchon 40, fixé sur le récipient 10 de manière à entourer l'orifice d'entrée 12. La cuillère de prélèvement 20 est par ailleurs configurée pour être introduite dans le récipient 10 à travers le manchon 40 et l'orifice d'entrée (12). Le récipient 10 peut notamment comprendre un tube 10, de forme globalement cylindrique de révolution autour d'un axe principal X d'extension et présentant un fond 14 arrondi afin de permettre la réalisation ultérieure des analyses moléculaires à l'aide de matériel conventionnel. Le tube 10 peut ainsi présenter la forme générale d'un tube à essai. Par ailleurs, le tube 10 peut être réalisé dans une matière transparente afin de permettre de visualiser son contenu et contrôler la qualité de l'échantillon avant son analyse.

Dans ce qui suit, l'invention sera plus particulièrement décrite en référence au mode de réalisation dans lequel le récipient 10 a la forme d'un tube 10 à essai. Ceci n'est cependant pas limitatif, dans la mesure où toute autre forme de récipient 10 peut également être utilisée, typiquement un récipient 10 de section sensiblement parallélépipédique ou sphérique.

Le fluide de conservation 2 peut comprendre tout type de fluide habituellement utilisé pour stabiliser et protéger de manière fiable l'intégrité des acides nucléiques. Le fluide de conservation 2 peut par exemple comprendre une solution RNAlater®, commercialisée par la société Ambion.

Le système de collecte 1 de l'invention permet ainsi d'introduire facilement et de manière sécurisée un échantillon de matière fécale à analyser, l'échantillon étant conservé pendant un temps suffisamment long grâce au fluide de conservation 2 qu'il contient pour permettre une analyse ultérieure fiable et reproductible. L'échantillon peut en outre être utilisé tel quel, c'est-à-dire (comme nous le verrons par la suite) sans étapes de centrifugation / resuspension.

La cuillère de prélèvement 20 comprend une tige principale 22, configurée pour être introduite dans le récipient 10 à travers l'orifice d'entrée 12, sur laquelle est fixé un bouchon 30.

Le bouchon 30 permet à un patient de manipuler facilement la cuillère de prélèvement 20, en évitant que le patient ne touche les zones de la cuillère 20 susceptibles de venir en contact avec le fluide de conservation 2. La tige 22 comprend, de préférence au niveau d'une première extrémité 23 libre, une cavité configurée pour recevoir l'échantillon de matière fécale. Le bouchon 30 est alors fixé au niveau de la deuxième extrémité 24 libre de la tige 22, à l'opposé de la première extrémité 23. La tige 22 peut présenter toute forme adaptée pour recueillir l'échantillon de matière fécale. Elle est de préférence de forme globalement allongée et présente une direction principale s'étendant selon un axe longitudinal Y principal, afin de garantir que la cavité 25 susceptible de loger l'échantillon soit bien immergée dans le fluide de conservation 2 à tout instant suite au verrouillage de la cuillère de prélèvement 20 sur le tube 10. Par ailleurs, afin de permettre la collecte de tout type de matière fécale la tige principale 22 peut être réalisée dans un matériau rigide n'étant pas susceptible de se déformer dans les conditions normales d'utilisation (en température et manipulation) du système de collecte 1. Par exemple, la tige 22 peut être réalisée en matière plastique. Dans l'exemple de réalisation illustré sur les figures, la tige 22 est globalement allongée suivant l'axe longitudinal Y et présente une section transversale (dans un plan perpendiculaire à la direction d'extension de la tige 22) en forme de demi-cercle. La cavité 25 est formée dans la masse de la tige 22 de prélèvement, dans la partie arrondie 22a de la tige 22, et débouche dans la partie plane 22b de celle-ci. De préférence, la cavité 25 s'étend en partie seulement suivant la longueur de la tige 22, à proximité de sa première extrémité 23, afin de garantir que la cavité 25 susceptible de loger l'échantillon soit bien immergée dans le fluide de conservation 2 à tout instant. Le manchon 40 est configuré pour calibrer l'échantillon de matière fécale lors de l'introduction de la cuillère de prélèvement 20 dans le tube 10, en ajustant la quantité d'échantillon introduite dans le tube 10 au volume de fluide de conservation 2 contenu dans le tube 10. Typiquement, dans le cas d'un échantillon de matière fécale et d'un tube 10 présentant les dimensions habituelles d'un tube à essai, le volume de la cavité 25 de la cuillère de prélèvement 20, défini par la paroi arrondie 22a et la surface plane 22b de la tige 22, peut être dimensionné de sorte que l'échantillon collecté pèse entre environ 500 mg et environ 2g, pour un volume de fluide de conservation 2 contenu dans le tube 10 (ou introduit dans celui-ci lors du prélèvement de l'échantillon) compris entre environ 1 15 mL et 10 mL, de préférence entre 3 mL et 10 mL. Par exemple, le volume de la cavité 25 de la cuillère de prélèvement 20 est dimensionné de sorte que l'échantillon collecté pèse environ 500 mg, le volume de fluide de conservation 2 introduit dans le tube 10 étant alors de l'ordre de 10 mL. Lorsque la quantité de matière fécale est suffisamment importante 20 par rapport au volume de fluide de conservation 2, il est alors possible d'effectuer une analyse directe des acides nucléiques présents dans le système de collecte 1, sans étape de purification / concentration intermédiaire, la matière fécale étant déjà suffisamment concentrée. C'est notamment le cas par exemple lorsque le volume de la cavité 25 de la 25 cuillère de prélèvement 20 est dimensionné de sorte que l'échantillon collecté pèse environ 1g, le volume de fluide de conservation 2 introduit dans le tube 10 étant alors de l'ordre de 3 à 4 mL. Ceci n'est cependant pas limitatif, dans la mesure où la forme et les dimensions du récipient 10 ne sont pas limitées à celle d'un tube à essai. 30 Le manchon 40 présente une partie inférieure comprenant une embase 42 fixée autour de l'orifice d'entrée 12 du tube 10, une partie supérieure 44 formant une bague destinée à coopérer avec la cuillère de prélèvement 20 afin de fixer la cuillère de prélèvement 20 sur le tube 10, et une partie 46 de calibration, s'étendant entre l'embase 42 et la bague 44 et configurée pour venir en appui contre un bord 16 du tube 10 définissant l'orifice d'entrée 12. Le tube 10 étant de forme globalement cylindrique de révolution, le manchon 40 peut être de forme globalement annulaire et coaxial avec le tube 10. On comprendra bien entendu que, dans le cas où le récipient 10 présente une forme différente, l'embase 42 du manchon 40 et la paroi centrale 47 présentent alors une forme globalement complémentaire de la forme du récipient 10. La partie 46 de calibration comprend une paroi centrale 47 s'étendant transversalement à une paroi interne 18a du manchon 40 et présentant une ouverture de calibration 45 traversante et débouchant dans l'orifice d'entrée 12 du tube 10. Ici, la paroi centrale 47 s'étend perpendiculairement à l'axe principal X du tube 10 et du manchon 40. Par ailleurs, l'ouverture de calibration 45 et l'orifice d'entrée 12 sont coaxiaux. L'ouverture de calibration 45 est configurée pour calibrer la quantité zo de l'échantillon de matière fécale à collecter. La forme et les dimensions de l'ouverture de calibration 45 sont choisies de manière à racler les surfaces externes de la cuillère de prélèvement 20 afin de retirer la matière fécale pouvant éventuellement dépasser de la cavité 25 de la cuillère de prélèvement 20. 25 Ainsi, dans le cas d'une tige 22 de section globalement semi- circulaire, l'ouverture de calibration 45 présente également une section globalement semi-circulaire de même dimension. Cette forme particulière de la section de la tige 22 et de l'ouverture permet ainsi de retirer plus facilement et plus efficacement la partie de l'échantillon faisant saillie de la 30 cavité 25, en raclant la face plane de la tige 22 dans laquelle débouche ladite cavité 25.

De manière optionnelle, la partie 46 de calibration du manchon 40 peut en outre être équipée d'une paroi de guidage 48 faisant saillie depuis les bords de l'ouverture de calibration 45 en direction de la bague 44, sensiblement parallèlement à l'axe du manchon 40. La forme de la paroi de guidage 48 est sensiblement égale à celle de l'ouverture 45, et permet de faciliter l'introduction de la cuillère de prélèvement 20 dans l'ouverture de calibration 45. Dans cette forme de réalisation, c'est donc la paroi de guidage 48 qui permet de racler les surfaces externes 22a, 22b de la cuillère de prélèvement 20 et donc de calibrer l'échantillon de matière fécale introduit dans le tube 10. La matière raclée à l'aide de la paroi de guidage 48 vient alors se déposer sur une surface supérieure de la paroi centrale 47. Dans une variante de réalisation, la paroi de guidage 48 pourrait également présenter des parois inclinées à la manière d'un entonnoir en 15 direction de l'ouverture de calibration 45, afin de guider la cuillère de prélèvement 20 en direction de ladite ouverture 45. La calibration est alors effectuée par les bords de l'ouverture de calibration 45. La partie 46 de calibration du manchon 40 peut également être équipée d'une paroi de blocage 49, faisant saillie depuis les bords de 20 l'ouverture de calibration 45 en direction de l'embase 42, dans le prolongement de la paroi de guidage 48. La paroi de blocage 49 permet de maintenir la tige 22 de la cuillère de prélèvement 20 sensiblement droite dans le tube 10. La paroi centrale 47, la paroi de guidage 48, l'ouverture de calibration 25 45 et, le cas échéant, la paroi de blocage 49 sont de préférence coaxiales. Afin de permettre la fixation du manchon 40 sur le tube 10, le tube 10 et le manchon 40 peuvent comprendre des moyens d'encliquetage 17, 18 associés. Ainsi, le tube 10 peut par exemple comprendre une collerette 17 30 faisant saillie d'une surface externe 17a du tube 10 à proximité de l'orifice d'entrée 12, tandis que le manchon 40 comprend une nervure 18, formée le long de la périphérie de sa paroi interne 18a. En variante, la collerette 17 peut être formée sur la paroi interne 18a du manchon, tandis que la nervure 18 peut être formée sur la paroi externe 17a du tube. Ici, la collerette 17 s'étend sur toute la périphérie du tube 10. La fixation du manchon 40 sur le tube 10 se fait alors en positionnant le manchon 40 sur l'embouchure du tube 10 de manière à placer la nervure 18 en contact avec la collerette 17, puis en emmanchant en force le manchon 40 sur le tube 10 afin de faire passer la nervure 18 de l'autre côté de la collerette 17. Afin d'éviter tout jeu du manchon 40 par rapport au tube 10, la distance entre la collerette 17 et le bord 16 du tube 10 peut être sensiblement égale, voire légèrement inférieure, à la distance entre la nervure 18 et la face inférieure 47a de la paroi centrale 47. Le manchon 40 est alors bloqué, suivant l'axe principal X du tube 10 et du manchon 40, entre la collerette 17 et le bord 16 du tube 10. 15 La fixation du manchon 40 sur le tube 10 est en outre étanche afin d'éviter toute fuite du fluide de conservation 2 en dehors du tube 10 lorsque la cuillère de prélèvement 20 est introduite dans le tube 10. Cette étanchéité peut notamment être obtenue grâce au contact entre le bord 16 du tube 10 et la paroi centrale 47 du manchon 40. Ce contact est notamment assuré à 20 tout instant grâce à la coopération de la nervure 18 et de la collerette 17, qui maintiennent le manchon 40 en appui continu contre le bord 16 du tube 10. Selon une autre variante encore, le manchon 40 et le tube 10 sont formés intégralement et en une seule pièce. 25 Le manchon 40 peut en outre comporter un dispositif d'ouverture 50 du système de collecte 1 adapté pour permettre l'ouverture du système de collecte 1 par séparation du manchon 40 et du tube 10 et, de manière optionnelle, former un témoin d'ouverture permettant de signaler visuellement l'ouverture du système 1. Le dispositif d'ouverture 50 peut par 30 exemple comprendre un anneau formé dans la zone du manchon 40 comprenant la nervure 18 et délimité d'un côté par un bord inférieur 43 de l'embase 42 du manchon 40, et d'un autre côté par une ligne de faiblesse 52 circonférentielle. Dans l'exemple de réalisation illustré sur les figures, l'anneau 50 est de forme globalement cylindrique de révolution et la ligne de faiblesse 52 comprend un amincissement local du manchon 40. En variante, la ligne de faiblesse 52 pourrait comprendre des ruptures de continuité de la matière (découpes, etc.). La rupture du manchon 40 le long de la ligne de faiblesse 52 entraine la séparation de l'anneau 50 du reste du manchon 40, permettant ainsi le retrait du manchon 40 par rapport au tube 10. Le manchon 40 n'est en effet plus bloqué sur le tube 10 par la coopération de la nervure 18 avec la collerette 17. Dans le cas où le manchon 40 est ensuite repositionné sur le tube 10, l'anneau 50 forme en outre un témoin d'ouverture permettant à un patient ou une personne souhaitant procéder à des analyses moléculaires d'identifier que le système de collecte 1 a déjà été utilisé et ouvert par un tiers. L'anneau 50 peut en outre comprendre une bande d'ouverture 54 agencée pour faciliter l'ouverture du système de collecte 1. La bande d'ouverture 54 est alors formée sur la hauteur de l'anneau 50 et est délimitée par une ligne de faiblesse supplémentaire 56 s'étendant parallèlement à l'axe du manchon 40, du bord inférieur 43 du manchon 40 à la ligne de faiblesse 52 de l'anneau 50. Le cas échéant, une encoche 57 peut en outre être formée à l'intersection de la ligne de faiblesse supplémentaire 56 et du bord 53 du manchon 40, afin de permettre une rupture aisée de la ligne de faiblesse supplémentaire 57. Ainsi, par simple traction sur la bande d'ouverture 54 suivant l'axe principal X du tube 10 et du manchon 40, la ligne de faiblesse supplémentaire 56 puis la ligne de faiblesse 52 sont rompues, permettant ainsi de désolidariser le manchon 40 du tube 10.

Ici encore, la ligne de faiblesse supplémentaire 56 peut comprendre un amincissement local du manchon 40 ou des ruptures de continuité de la matière.

Dans une forme de réalisation, et notamment lorsque le tube 10 est pré-rempli avec le fluide de conservation 2, le système de collecte 1 comprend en outre un opercule 41, fixé sur le bord 16 du tube 10 et/ou sur le manchon 40, adapté pour sceller de manière étanche le tube 10 avant introduction de la cuillère de prélèvement 20. L'opercule 41 permet en effet d'éviter que le fluide de conservation 2 ne s'échappe par l'orifice d'entrée 12. Par exemple, l'opercule 41 peut être fixé sur les bords inférieurs de la paroi de blocage 49, à distance de l'ouverture de calibration 45. Afin d'introduire la cuillère de prélèvement 20 dans le tube 10, il suffit alors de percer l'opercule 41 à travers l'orifice d'entrée 12, et le cas échéant l'ouverture de calibration 45. Cette perforation peut notamment être réalisée à l'aide de la première extrémité 23 de la cuillère 20 de perforation. A cet effet, la première extrémité 23 de la cuillère de prélèvement 20 peut être de forme sensiblement pointue afin de faciliter la perforation de l'opercule 41. De manière avantageuse, l'opercule 41 peut également servir de témoin d'étanchéité du système de collecte 1, et garantir que le fluide de conservation 2 éventuellement pré-rempli dans le tube 10 n'a pas été 20 contaminé lors du stockage du tube 10 ou n'a pas déjà servi pour conserver un autre échantillon. En variante, le système de collecte 1 pourrait comprendre un bouchon 30, fixé sur l'orifice d'entrée 12 ou l'ouverture de calibration 45. Selon une autre variante encore, le tube 10 pourrait ne pas être pré- 25 rempli à l'aide du fluide de conservation 2. Le fluide de conservation 2 est alors introduit dans le tube 10 au moment de l'utilisation du système de collecte 1. Le système de collecte 1 peut en outre comprendre un système de 30 verrouillage 44, 30, configuré pour verrouiller de façon étanche la cuillère de prélèvement 20 sur le tube 10, afin d'empêcher le retrait accidentel de la cuillère de prélèvement 20 une fois celle-ci introduite sur le tube 10. Le fluide de conservation 2 est en effet susceptible d'irriter le patient ou le personnel réalisant les analyses moléculaires sur la matière fécale contenue dans le système de collecte 1. Le système de verrouillage peut par exemple être en deux parties 44, 30 et comprendre un premier élément 44, fixé sur le tube 10, et un deuxième élément 30, fixé sur la cuillère de prélèvement 20, le premier élément 44 et le deuxième élément 30 étant configurés pour coopérer de manière à verrouiller la cuillère de prélèvement 20 sur le récipient 10. Par exemple, le premier élément peut être formé par la bague 44 du manchon 40, tandis que le deuxième élément peut être formé par le bouchon 30 de la cuillère de prélèvement 20. La bague 44 et le bouchon 30 comprennent alors des moyens de verrouillage associés 44a, 30a, typiquement des filets ou des moyens de verrouillage à baïonnette comprenant une ou plusieurs rainures coudées associées à autant de picots. Afin de permettre la rotation du bouchon 30 alors que la tige 22 est introduite et donc fixe en rotation dans l'ouverture de calibration 45 (notamment lorsque l'ouverture de calibration 45 n'est pas cylindrique de révolution), la tige 22 est montée libre à rotation sur le bouchon 30. Par exemple, la deuxième extrémité 24 de la tige 22 peut être de forme globalement circulaire et présenter une rainure circonférentielle 24a, adaptée pour pénétrer dans un trou central 32 du bouchon 30 et venir en prise par encliquetage avec une nervure circonférentielle 32a formée dans le trou central 32. Dans l'exemple de réalisation illustré sur les figures, les moyens de verrouillage associés comprennent des filets 30a formés sur une surface interne du bouchon 30 et filets 44a formés sur une paroi externe de la bague 44. Le bouchon 30 peut ainsi être vissé sur la bague 44 afin de verrouiller la cuillère de prélèvement 20 sur le manchon 40 et donc le tube 10. En variante, les filets 30a, 44a pourraient également être formés sur une surface externe du bouchon 30 et sur une paroi interne 18a de la bague 44.

De manière optionnelle, la partie de la tige 22 qui vient en regard de l'ouverture de calibration 45 lorsque le système de collecte est fermé peut être localement élargie afin de coopérer avec l'ouverture de calibration 45 et former un blocage supplémentaire de la tige 22 dans le tube 10. Par exemple, la deuxième extrémité 24 de la tige 22 peut être sensiblement élargie et venir se loger dans la paroi de blocage 49 de la partie centrale 46 du bouchon 30. La paroi de blocage 49 participe ainsi au verrouillage de la cuillère de prélèvement 20 dans le tube 10.

Le système de collecte 1 peut en outre comprendre un organe anti- retour 26 configuré pour empêcher l'extraction de la cuillère de prélèvement 20 du tube 10 une fois celle-ci introduite dans l'orifice d'entrée 12. Par exemple, l'organe anti-retour 26 peut comprendre une languette 27 faisant saillie d'un renfoncement 28 formé dans la tige principale 22 de la cuillère de prélèvement 20. La languette 27 est fixée sur la tige 22 de manière à s'étendre en direction de la deuxième extrémité 24 de la tige 22, et est en outre élastiquement deformable entre une position d'introduction, dans laquelle la languette 27 est appliquée contre le fond du renfoncement 28 par les bords (et le cas échéant la paroi de guidage 48 et/ou la paroi de blocage 49) de l'ouverture de calibration 45, et une position de repos, dans laquelle la languette 27 est à distance du renfoncement 28 et fait saillie par rapport à la tige 22. Par exemple, dans le cas où la tige 22 présente une section semi-circulaire, le renfoncement 28 peut être formé dans la partie plane 22b de la tige 22. En position de repos, la languette 27 fait alors saillie par rapport à la partie plane 22b de la tige 22. Dans le cas où un effort est appliqué sur la cuillère de prélèvement 20 de manière à l'extraire du tube 10, la languette 27 vient alors en butée contre le manchon 40. Le manchon 40 étant fixé sur le tube 10, la languette 27 empêche ainsi toute extraction de la cuillère de prélèvement 20. Dans le cas où le manchon 40 comprend une paroi de blocage 49, la languette 27 vient en butée contre ladite paroi de blocage 49, qui vient se loger entre la languette 27 et le renfoncement 28 de la tige 22. Le système de collecte 1 selon l'invention peut alors être utilisé pour la collecte et l'analyse d'échantillons de matière fécale. Pour cela, tout d'abord, un patient peut prélever un échantillon de matière fécale à l'aide de la cuillère de prélèvement 20, puis fixer cette cuillère 20 dans le récipient 10 préalablement rempli avec du fluide de conservation 2. Afin de limiter les risques d'irritation, le fluide est de préférence pré-rempli dans le récipient 10 et scellé par un opercule 41. Le patient peut alors apporter ou envoyer le système de collecte 1 à un laboratoire pour faire procéder aux analyses moléculaires requises Si. Ici, il n'est pas nécessaire de réfrigérer le système de collecte 1 pour conserver l'échantillon, cette fonction étant remplie par le fluide de conservation 2.

De manière optionnelle, le système de collecte 1 contenant l'échantillon de matière fécale peut être congelé afin de l'archiver temporairement en vue de son analyse ultérieure, par exemple dans un centre de collecte différent du laboratoire d'analyse. Dans le cas où une telle congélation est envisagée, le volume de fluide de conservation 2 et de matière fécale introduits dans le système de collecte 1 sont dimensionnés de manière à laisser un volume mort entre la surface du fluide de conservation 2 et le manchon 40 afin de permettre une expansion du fluide de conservation 2 lors de la congélation. Bien entendu, le dimensionnement du fluide de conservation 2 et de la cuillère de prélèvement 20 sont alors adaptés de manière à garantir que l'échantillon de matière fécale reste immergé dans le fluide de conservation 2 à tout instant, quelle que soit l'orientation du système de collecte 1. La Demanderesse s'est notamment aperçue que, pour un volume de fluide de conservation 2 de 3 à 4 mL et une quantité de matière fécale de l'ordre d'un gramme, il était possible de ménager un volume mort suffisant dans le système de collecte 1 pour permettre sa congélation temporaire, tout en garantissant l'immersion à tout instant de l'échantillon dans le fluide 2. Les analyses moléculaires peuvent alors être effectuées sur l'échantillon de matière fécale. A cet effet, au cours d'une première étape S2, l'échantillon peut être 10 homogénéisé, par exemple par mixage énergique (vigorous mixing en anglais). Le mixage énergique peut notamment être réalisé à l'aide d'un vortex. Le mixage énergique de l'échantillon est à distinguer d'une étape de centrifugation / resuspension, qui n'est ici pas nécessaire pour concentrer 15 les cellules / microorganismes en vue de pouvoir en analyser la nature et/ou la quantité de façon performante. Au cours d'une deuxième étape S3, l'acide nucléique de l'échantillon de matière fécale suspendu dans le fluide de conservation 2 peut être 20 extrait et purifié suivant les méthodes conventionnelles. On notera que, lorsque l'échantillon de matière fécale est suffisamment concentré dans le fluide de conservation 2, aucune étape supplémentaire de concentration n'est nécessaire. C'est par exemple le cas lorsque la quantité de matière fécale prélevée est de l'ordre d'un gramme, 25 pour un volume de fluide de conservation de l'ordre de 3 à 4 mL. En évitant la mise en oeuvre d'une étape de concentration, qui est habituellement réalisée par centrifugation, il est alors possible de prendre en compte les virus présents dans l'échantillon et de les analyser. En effet, la centrifugation de l'échantillon a pour effet de faire surnager les virus qui 30 ne peuvent alors plus être analysés.

Au cours d'une troisième étape S4, des analyses moléculaires peuvent être réalisées sur l'échantillon d'acide nucléique ainsi extrait et purifié. Dans le cas d'un échantillon de matière fécale, les analyses moléculaires peuvent notamment comprendre l'une au moins des analyses suivantes : analyse quantitative haut débit par PCR, analyse quantitative métagénom igue des gènes présents dans l'échantillon de matière fécale, pyroséquençage, analyses quantitatives métatranscriptom igues des transcrits de gènes présents dans l'échantillon de matière fécale.

On notera que le système de collecte 1 de l'invention peut être utilisé dans différentes applications, telle que : - la réalisation d'une analyse du microbiote, qui sera utilisée par les praticiens pour confirmer le diagnostic dans le cas de pathologies dont les symptômes peuvent être proches (maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, troubles fonctionnels de l'intestin, cancer colorectal), ou - l'assistance des praticiens et des diététiciens pour décider quel traitement est plus approprié pour un patient donné, avec la possibilité d'identifier des répondeurs/non-répondeurs, ou pour analyser l'effet du traitement sur le microbiote intestinal et la physiopathologie (Cotillard et al., 2013).

Claims

REVENDICATIONS1. Système de collecte (1) d'échantillons de matière fécale 5 comprenant : - un récipient (10) adapté pour recevoir un fluide de conservation (2), ledit récipient (10) présentant un orifice d'entrée (12), - une cuillère de prélèvement (20), configurée pour être fixée de manière étanche sur le récipient (10), et 10 - un manchon (40), fixé sur le récipient (10) de manière à entourer l'orifice d'entrée (12), la cuillère de prélèvement (20) étant configurée pour être introduite dans le récipient (10) à travers le manchon (40) et l'orifice d'entrée (12). 15
2. Système de collecte (1) selon la revendication 1, comprenant un outre un système de verrouillage (30, 44) configuré pour verrouiller de façon étanche la cuillère de prélèvement (20) sur le récipient (10), le système de verrouillage (30, 44) comprenant un bouchon (30), monté sur la cuillère de prélèvement, et configuré pour coopérer avec le manchon (40). 20
3. Système de collecte (1) selon la revendication 2, dans lequel le récipient (10) comprend un tube de forme globalement cylindrique de révolution et le bouchon (30) et le manchon (40) comprennent respectivement des filets (30a, 44a) associés ou des picots et des rainures 25 coudées d'un système à baïonnette.
4. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 3, comprenant en outre un opercule (41) configuré pour sceller l'orifice d'entrée (12) de manière étanche et susceptible d'être perforé par la cuillère 30 de prélèvement (20) afin de permettre l'introduction de la cuillère de prélèvement (20) dans le récipient (10) à travers l'orifice d'entrée (12).
5. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel la cuillère de prélèvement (20) présente une cavité (25) configurée pour recevoir l'échantillon de matière fécale, le volume de la cavité (25) étant déterminé en fonction du volume de fluide de conservation (2).
6. Système de collecte (1) selon la revendication 5, dans lequel la cavité (25) est configurée pour recevoir un échantillon de matière fécale compris entre 500 mg et 2 g, et le récipient (10) est configuré pour recevoir un volume compris entre 1 mL et 10 mL de fluide de conservation (2), typiquement environ 1 g de matière fécale et environ 3 mL de fluide de conservation.
7. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 6, dans lequel le récipient (10) et le manchon (40) comprennent des organes 15 d'encliquetage associés formés respectivement sur une paroi externe du récipient (10), à proximité de l'orifice d'entrée (12), et sur une paroi interne (17a) du manchon (40), lesdits organes d'encliquetage (17, 18) étant configurés pour venir en prise et maintenir le manchon (40) en position sur le récipient (10). 20
8. Système de collecte (1) selon la revendication 7, dans lequel le manchon (40) comprend en outre un dispositif d'ouverture (50), comprenant un anneau s'étendant dans la zone du manchon (40) comprenant l'un des éléments d'encliquetage (18), ledit anneau (50) étant délimité par une ligne 25 de faiblesse (52) susceptible d'être rompue afin de permettre la séparation de l'anneau (50) et du reste du manchon (40).
9. Système de collecte (1) selon la revendication 8, dans lequel l'anneau (50) est pourvu d'une bande d'ouverture (54), s'étendant sur une 30 hauteur de l'anneau (50), ladite bande d'ouverture (54) étant délimitée par une ligne de faiblesse supplémentaire (56) s'étendant depuis un bordinférieur (43) du manchon (40) jusqu'à la ligne de faiblesse (52) de l'anneau (50).
10. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 9, dans lequel le manchon (40) présente une paroi centrale (47), configurée pour recouvrir l'orifice d'entrée (12) du récipient (10), ladite paroi centrale (47) présentant une ouverture de calibration (45) dont la forme et les dimensions sont sensiblement égales à la forme et aux dimensions d'une section transversale de la cuillère de prélèvement (20).
11. Système de collecte (1) selon la revendication 10, dans lequel la cuillère de prélèvement (20) comprend une tige principale (22), adaptée pour recevoir l'échantillon de matière fécale, ladite tige principale (22) présentant une section en forme de demi-cercle, et dans lequel l'ouverture de calibration (45) présente une forme de demi-cercle complémentaire.
12. Système de collecte (1) selon la revendication 11, dans lequel la tige principale (22) est localement élargie pour bloquer la cuillère de prélèvement (20) dans l'ouverture une fois la tige principale (22) introduite dans le récipient (10).
13. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 12, comprenant en outre un organe anti-retour (26) configuré pour empêcher l'extraction de la cuillère de prélèvement (20) du récipient (10).
14. Système de collecte (1) selon la revendication 13, dans lequel la cuillère de prélèvement (20) comprend une tige principale (22), adaptée pour recevoir l'échantillon de matière fécale et être introduite dans le récipient (10), et dans lequel l'organe anti-retour (26) comprend une languette (27) faisant saillie d'un renfoncement (28) formé dans la tige principale (22) de la cuillère de prélèvement (20), ladite languette (27) étant élastiquement deformable entre une position d'introduction, dans laquelle lalanguette (27) est appliquée contre le renfoncement (28) et permet l'introduction de la cuillère de prélèvement (20) à travers l'ouverture de calibration (45), et une position de repos dans laquelle la languette (27) est à distance du renfoncement (28) et vient en butée contre le manchon (40).
15. Système de collecte (1) selon les revendications 10 et 14 prises en combinaison, dans lequel l'organe anti-retour (26) est formé sur la tige (22) de la cuillère de prélèvement (20), le système de collecte (1) comprenant en outre une paroi de blocage (49) faisant saillie depuis des bords de l'ouverture de calibration (45) de la paroi centrale (47) en direction d'un fond (14) du récipient (10), ladite paroi de blocage (49) étant configurée pour coopérer avec l'organe anti-retour (26) pour empêcher l'extraction de la cuillère de prélèvement (20) du récipient (10).
16. Système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 15, comprenant un fluide de conservation (2).
17. Procédé d'analyse d'échantillons de matière fécale, comprenant les étapes suivantes : - obtention d'un échantillon de matière fécale collecté à l'aide s'un système de collecte (1) selon l'une des revendications 1 à 16 rempli d'un fluide de conservation (2), - homogénéisation (S2) de l'échantillon de matière fécale, - extraction et purification (S3) d'acide nucléique de l'échantillon de matière fécale suspendu dans le fluide de conservation, et - analyses moléculaires (S4) sur l'échantillon d'acide nucléique ainsi extrait et purifié.
18. Procédé selon la revendication 17, dans lequel les analyses moléculaires (S4) comprennent l'une au moins des analyses suivantes : analyse quantitative haut débit par PCR, analyse quantitative métagénom igue des gènes exprimés par des bactéries présentes dansl'échantillon de matière fécale, analyses quantitatives métatranscriptom igues des transcrits de gènes présents dans l'échantillon de matière fécale.
19. Procédé selon l'une des revendications 17 ou 18, dans lequel l'étape d'homogénéisation (S2) est réalisée par mixage énergique, par exemple à l'aide d'un vortex.10