FI120100B

FI120100B - Recombinant mersacidine and a preparation process

Info

Publication number: FI120100B
Application number: FI954220A
Authority: FI
Inventors: Klaus-Peter Koller; Hans Georg Sahl; Gabriele Bierbaum
Original assignee: Hoechst Ag
Priority date: 1994-09-12
Filing date: 1995-09-08
Publication date: 2009-06-30
Also published as: IL115242A0; JPH0898695A; DE69433357T2; HUT73800A; DK0700998T3; AU3055495A; SI9500270A; ES2207636T3; CA2157975A1; ATE255165T1; KR960010863A; AU696450B2; NZ272960A; KR100394289B1; EP0700998A1; CZ285741B6; DE69433357D1; HU9502643D0; RU2198924C2; CZ231895A3

Abstract

The present invention refers in particular to the structural gene sequence of the peptide antibiotic mersacidin. Sequencing revealed that premersacidin consists of an unusually long 48 amino acid leader sequence and a 20 amino acid propeptide part which is modified during biosynthesis to the mature lantibiotic. <MATH>

Description

Yhdistelraä-mersasidiini ja sen valmistusmenetelmä Tämä keksintö liittyy erityisesti mersasidiini-peptidiantibiootin rakennegeenin sekvenssiin. Sekvensoin-5 nilla on saatu selville, että premersasidiini koostuu epätavallisen pitkästä 48 aminohapon johtosekvenssistä ja 20 aminohapon propeptidiosasta, joka biosynteesin aikana muokkautuu kypsäksi lantibiootiksi.The present invention relates specifically to the structural gene sequence of a mersacidin peptide antibiotic. By sequencing-5, it has been found that premersacine consists of an unusually long 48 amino acid leader sequence and a 20 amino acid propeptide moiety, which during biosynthesis is converted into a mature lantibiotic.

Mersasidiini kuuluu bakterisidisten peptidien ryh-10 mään, jolle on annettu nimitys lantibiootit, millä halutaan painottaa sitä, että nämä peptidit sisältävät harvinaisia aminohappoja lantioniinia ja/tai 3-metyylilantio-niinia. Näissä peptideissä esiintyy säännönmukaisesti myös muita muunnettuja aminohappoja, kuten dehydroalaniinia ja 15 dehydrobutyriinia, kun taas S-aminovinyylikysteiiniä ja lysinoalaniinia esiintyy vain muutamissa lantibiooteissa [Jung, G., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 30 (1991) 1051 -1068]. Lantibiootit ovat grampositiivisten bakteerien tuottamia ja ne ovat muodostuneet ribosomeissa syntetoitu-20 neista prepeptideistä. Lantibioottien rakennegeenejä on löydetty joko bakteerien kromosomista (esimerkiksi subtiilini ja kinnamysiini) tai liittyneenä siirtymiskykyisiin elementteihin, kuten transposoneihin (esimerkiksi nisiini) tai suuriin plasmideihin (esimerkiksi epidermiini ja 25 Pep5). Prepeptidit koostuvat N-terminaalisesta johtosekvenssistä, joka pilkkoutuu pois, kun prepeptidiä tuottava solu on kuljettanut prepeptidin ulos solusta, sekä C-ter-minaalisesta propeptidistä, joka muokkautuu translaation jälkeen kypsäksi lantibiootiksi [Jung, G., (1991), edel- 30 lä]. Muokkautumisen ensimmäisessä vaiheessa seriiniryhmä dehydroituu dehydroalaniiniksi (Dha) ja treoniiniryhmä dehydrobutyriiniksi (Dhb) [Weil, H.-P., et ai., Eur. J. Biochem. 194 (1990) 217 - 223]. Kysteiiniryhmien SH-ryhmät reagoivat sitten Dha:n tai Dhb:n kaksoissidosten kanssa, 2 mistä muodostuu Dha:n yhteydessä lantioniineja tai Dhb:n yhteydessä metyylilantioniineja.Mersacidin belongs to a group of bactericidal peptides called lantibiotics, which is intended to emphasize that these peptides contain the rare amino acids lanthionine and / or 3-methylanthionine. Other modified amino acids such as dehydroalanine and dehydrobutyrin are also regularly present in these peptides, while S-aminovinyl cysteine and lysinoalanine are only found in a few lantibiotics [Jung, G., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 30: 1051-1068 (1991)]. Lantibiotics are produced by gram-positive bacteria and are composed of prepeptides synthesized in ribosomes. Structural genes for lantibiotics have been found either on the bacterial chromosome (eg, subtilin and cinnamycin) or linked to transposable elements such as transposons (eg nisin) or large plasmids (eg epidermin and Pep5). Prepeptides consist of an N-terminal leader sequence that is cleaved off when a prepeptide-producing cell has transported the prepeptide out of the cell, and a C-terminal propeptide that is translated into a mature lantibiotic [Jung, G., (1991), supra]. . In the first step of conversion, the serine group is dehydrated to dehydroalanine (Dha) and the threonine group to dehydrobutyrin (Dhb) [Weil, H.-P., et al., Eur. J. Biochem. 194: 217-223 (1990)]. The SH groups of the cysteine groups then react with Dha or Dhb double bonds, 2 to form lanthionines in the case of Dha or methyl lanthionines in the case of Dhb.

Mersasidiini eristettiin Bacillus-lajin HIL Y-85,54728:n viljelmän supernatantista ja se herätti huo-5 miota, koska se on erittäin tehokas metisilliiniresistent-tiä Staphylococcus aureusta (MRSA) vastaan in vivo -olosuhteissa [Chatterjee, S., et ai., J. Antibiotics 45 (1992) 839 - 845]. Mersasidiini on pienikokoisin (1 825 Da) tähän mennessä eristetty lantibiootti, joka syntetoituu 20 amino-10 hapon propeptidistä ja sisältää 3 metyylilantioniiniryhmää, yhden dehydroalaniiniryhmän ja yhden S-aminovinyyli-2-metyylikysteiiniryhmän (kuvio IA) [Chatterjee, S., et ai., J. Antibiotics 45 (1992) 832 - 838]. Mersasidiinissa ei ole lainkaan nettovarausta ja se on ominaisuuksiltaan kokonaan 15 hydrofobinen. Viimeaikaiset koetulokset ovat osoittaneet, että mersasidiini estää peptidoglykaanien biosynteesiä. Tämä tapahtuu todennäköisimmin transglykosylaatiotasolla mekanismilla, joka poikkeaa nykyisin käytössä olevien MRSA:ta vastaan suunnattujen antibioottien mekanismeista.Mersacidin was isolated from the culture supernatant of Bacillus HIL Y-85,54728 and caused attention because it is highly effective against methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) under in vivo conditions [Chatterjee, S., et al. , J. Antibiotics 45: 839-845 (1992)]. Mersacidin is the smallest (1825 Da) isolated lantibiotic synthesized from the 20 amino-10 acid propeptide and contains 3 methylanthionine groups, one dehydroalanine group and one S-aminovinyl-2-methylcysteine group (Fig. 1A), et al., Chatterjee. , J. Antibiotics 45: 832-838 (1992)]. Mersacidin has no net charge and is completely hydrophobic. Recent experimental results have shown that mersacidin inhibits the biosynthesis of peptidoglycans. This is most likely to occur at the level of transglycosylation by a mechanism different from that of the currently used anti-MRSA antibiotics.

20 Näistä syistä tämä keksintö liittyy premersasidii- niin, jonka aminohapposekvenssi on kuviossa 2 esitetyn sekvenssin mukainen ja joka sisältää aminohapot nro 1-68.For these reasons, the present invention relates to premersacidine having an amino acid sequence as set forth in Figure 2 and comprising amino acids # 1-68.

Tämän keksinnön toisena sovellutusmuotona ovat pre-mersasidiinia tai promersasidiinia koodaavat DNA-mole-25 kyylit, erityisesti DNA-molekyylit, joiden nukleotidise-kvenssi on kuviossa 2 esitetyn sekvenssin mukainen ja jotka sisältävät premersasidiinia koodaavat nukleotidit nro 22 - 225 tai promersasidiinia koodaavat nukleotidit nro 166 - 225; mainittua DNA:ta sisältävä vektori ja mainittua 30 vektoria sisältävä isäntäsolu.Another embodiment of the present invention are DNA-Mole-25 carbons encoding pre-mercersacin or promersacasin, in particular DNA molecules having the nucleotide sequence according to the sequence shown in Figure 2 and containing the nucleotides 22 to 225 encoding premersacidin or the 16-nucleotides encoding 225; a vector containing said DNA and a host cell containing said 30 vectors.

33

Toisena sovellutusmuotona on premersasidiinin, pro-mersasidiini tai kypsän mersasidiinin valmistusmenetelmä, jossa käytetään tämän alan ammattikokemuksen perusteella tunnettuja geeniteknisiä menetelmiä, toisin sanottuna pre-5 mersasidiinia tai promersasidiinia koodaavia mainittuja DNA-molekyylejä sisältävää sopivaa isäntäsolua viljellään sopivissa olosuhteissa, minkä jälkeen eristetään mainitun isäntäsolun, edullisesti grampositiivisen bakteerin, kuten Bacillus-, Streptomyces- tai Streptococcus-bakteerin, il-10 mentämä premersasidiini, promersasidiini tai kypsä mersa-sidiini.Another embodiment is a process for the preparation of premersacidine, promoteracin or mature mersacasin, which utilizes genetic engineering techniques known to those of skill in the art, i.e., encodes said DNA molecules containing premersacid, promersacin or mature Mersa-cidine, supplied by a gram-positive bacterium such as Bacillus, Streptomyces or Streptococcus.

Lopuksi on mainittava, että tämän keksinnön mukaista premersasidiini- tai promersasidiinipeptidiä tai niiden geenejä voidaan käyttää kypsän mersasidiinin valmistukses-15 sa esimerkiksi julkaisussa WO-90/00 558 kuvatulla tavalla.Finally, it should be noted that the premersacidine or promersacidine peptide of the present invention or their genes can be used in the preparation of mature mersacasin, for example as described in WO-90/00558.

Kypsä mersasidiini on käyttökelpoista esimerkiksi peptidiantibioottina elintarvikkeiden säilönnässä erityisesti metisilliiniresistenttiä Staphylococcus aureusta vastaan tai antibioottina ihmisten tai eläinten Staphylo-20 coccus aureus -infektioiden hoitoon. Keksintöä voidaan lisäksi käyttää sellaisten entistä laajakirjoisempien tai tehokkuudeltaan poikkeavien mersasidiinijohdannaisten aikaansaamiseksi, joiden aminohapposekvenssiä on muokattu. Lisäksi tämä keksintö avaa uusia tapoja mersasidiinin tai 25 sen johdannaisten ilmentämiseksi geenitekniikalla normaalitasoa voimakkaammin.Ripe mersacidin is useful, for example, as a peptide antibiotic for food preservation, particularly against methicillin-resistant Staphylococcus aureus, or as an antibiotic for the treatment of Staphylo-20 coccus aureus infections in humans or animals. In addition, the invention can be used to provide more wide-ranging or differently effective mersacidin derivatives having modified amino acid sequences. In addition, the present invention provides new ways of expressing mersacidine or its derivatives by genetic engineering at a higher level than normal.

Piirrosten kuvausDescription of the drawings

Kuvio 1: A) Mersasidiini-lantibiootin rakenne. B) Oletettu prepeptidisekvenssi ja parhaan arvauksen mu-30 kainen 51 emäksen pituinen sekvenssi (guessmer), jota käytettiin rakennegeenin tunnistukseen.Figure 1: A) Structure of the mersacidine lantibiotic. B) The putative prepeptide sequence and the best guess 51 base sequence (guessmer) used to identify the structural gene.

Kuvio 2: Mersasidiini-lantibiootinmrsA-rakennegee-nin nukleotidisekvenssi ja prepeptidin päätelty aminohapposekvenssi. ATG-aloituskodonin edellä oleva ribosomia 35 sitova kohta on ympäröity suorakaiteella ja muokkautumis- 4 kohta on merkitty nuolella. Oletettu rho:sta riippumaton terminaattorisekvenssi on alleviivattu.Figure 2: Nucleotide sequence and deduced amino acid sequence of the mSA structural gene for mersacidine lantibiotic. The upstream ribosome 35 binding site of the ATG initiation codon is surrounded by a rectangle and the modification 4 position is indicated by an arrow. The putative rho-independent terminator sequence is underlined.

Kuvio 3: Useiden lantibioottien johtosekvenssien vertailu. Säilyneet sekvenssit on merkitty lihavoinnilla.Figure 3: Comparison of leader sequences of several pelvic biots. The surviving sequences are marked in bold.

5 Esimerkki 1. Mersasidiinin rakennegeenin kloonaus Mersasidiinin oletettu propeptidisekvenssi (kuvio IB) pääteltiin mersasidiinin rakenteen perusteella ja se perustuu yleisiin tietoihin lantibioottien biosynteesistä. 10 Kuvattu koetin syntetoitiin PCR-MateR-laitteella (Applied Biosystems, Weiterstadt, Saksa) parhaan arvauksen mukaisena 51 emäksen sekvenssinä, joka perustuu Bacilluksen kodo-nipreferenssiin, ja se varustettiin digoksigeniinileimalla (Boehringer-Mannheim, Mannheim, Saksa) (kuvio IB). Amino-15 butyryyliryhmät (metyylilantioniinin Abus-puoli) ovat peräisin treoniiniryhmistä kun taas alaniiniryhmät (metyylilantioniinin Alas-puoli) on propeptidissä koodattu kysteii-niryhminä. Terminaalisen rengasrakenteen muodostava S-ami-novinyyli-2-metyylikysteiini muodostuu luultavasti oksida-20 tiivisesti dekarboksyloituneesta metyylilantioniinista, kuten C-terminaalisen S-aminovinyylikysteiinin sisältävän epidermiinin osalta on osoitettu [Kupke, T., et ai., J. Bacteriol. 174 (1992) 5354 - 5361].EXAMPLE 1. Cloning of the Mersacasidine Structural Gene The putative propeptide sequence of mersacadine (Figure IB) was deduced from the structure of mersacadine and is based on general information on lantibiotic biosynthesis. The described probe was synthesized on a PCR-MateR instrument (Applied Biosystems, Weiterstadt, Germany) as a best-guess 51 base sequence based on Bacillus codon preference and labeled with digoxigenin (Boehringer-Mannheim, Mannheim, Germany) (Figure IB). The butyryl groups of amino-15 (Abus side of methylanthionine) are derived from threonine groups, while the alanine groups (Lower side of methylanthionine) are encoded as cysteine groups in the propeptide. The S-amino novinyl-2-methylcysteine forming the terminal ring structure is probably composed of oxidatively-decarboxylated methylanthionine, as demonstrated for C-terminal S-aminovinylcysteine-containing epidermin [Kupke, T., et al., J. Bacteriol. 174: 5354-5361 (1992)].

Koska tuottajakannasta ei pystytty havaitsemaan 25 plasmideja, niin kromosomaalinen DNA valmistettiin Marmu-rin [Marmur, J., J. Mol. Biol. 3 (1961) 208 - 218] kuvaamalla menetelmällä sillä poikkeuksella, että tehtiin vain yksi uuttaminen ja saostus kloroformilla ja että sen jälkeen DNA liuotettiin tasapainotuspuskuriliuokseen ja puh-30 distettiin QiagentipR 100 -kolonnissa (Diagen, Hilden,Because no plasmids could be detected in the producer strain, chromosomal DNA was prepared by Marmur [Marmur, J., J. Mol. Biol. 3, 208-218 (1961)] with the exception that only one extraction and precipitation with chloroform was performed and then the DNA was dissolved in equilibration buffer and purified on a QiagentipR 100 column (Diagen, Hilden,

Saksa). Seoksesta, joka oli saatu kromosomin pilkkomisesta Hind III -restriktioentsyymillä, hybridisoitui Southern-blottauksessa [Southern, E.M., J. Mol. Biol. 98 (1975) 503 - 517] 51 °C:ssa koettimeen vain yksi 2 ke:n suurui-35 nen vyöhyke. 1,9 - 2,3 ke:n suuruiset fragmentit leikat- 5Germany). The mixture obtained by chromosomal digestion with Hind III restriction enzyme hybridized in Southern blotting [Southern, E.M., J. Mol. Biol. 98, 503-517 (1975)] At 51 ° C, only one 2 kb band was introduced into the probe. Fragments of 1.9-2.3 kb cut 5

tiin irti geelistä, eluoitiin BiotrapR-eluointiaineella (Schleicher ja Schull, Dassel, Saksa) ja jatkokloonattiin vektoriin pUC18 [Yanish-Perron, C. , et ai., Gene 33 (1985) 103 - 109] E. colissa. Useista yhdistelmä-pesäkkeistä pe-5 räisin olevat plasmidit valmistettiin Birnboimin ja Dolyn menetelmällä [Birnboim, H.C. ja Doly, J., Nucl. Acids Res. 7 (1979) 1513 - 1523], pilkottiin Hind III :11a ja käsiteltiin koettimella, jonka sekvenssi oli parhaan arvauksen mukainen. Yhtä positiivisen signaalin antanutta kloo-10 nia tutkittiin tarkemmin pilkkomalla sitä ensin monilla erilaisilla restriktioentsyymeillä ja tekemällä sitten Southern-blottaukset. Lopuksi 1,3 ke:n suuruinen EcoR I -Hind III -fragmentti jatkokloonattiin vektoreihin pEMBL 18 ja pEMBL 19 [Dente, L., et ai., Nucleic Acids Res. 11 15 (1983) 1645 - 1655] E. colissa. Lisäksi 0,6 ke:n EcoR Vwas removed from the gel, eluted with BiotrapR eluent (Schleicher and Schull, Dassel, Germany) and subcloned into vector pUC18 [Yanish-Perron, C., et al., Gene 33: 103-109 (1985)] in E. coli. Plasmid plasmids from multiple recombinant colonies were prepared by the method of Birnboim and Doly [Birnboim, H.C. and Doly, J., Nucl. Acids Res. 7, 1513-1523 (1979)], digested with Hind III and treated with a probe of the best guess. One positive signaling clone-10 was further studied by first cleaving it with a variety of restriction enzymes and then Southern blotting. Finally, a 1.3 kb EcoR I-Hind III fragment was subcloned into the vectors pEMBL 18 and pEMBL 19 [Dente, L., et al., Nucleic Acids Res. 11, 1545-1655 (1983)] in E. coli. In addition, 0.6 kb EcoR V

-fragmentti kloonattiin pCUl-vektoriin [Augustin, J. , et ai., Eur. J. Biochem. 204 (1992) 1149 - 1154] sen jälkeen, kun EcoR I -kohta oli muokattu kohdemutageneesillä EcoR V -kohdaksi käyttäen transformaatiokohdemutageneesipakkausta 20 (Clontech, Palo Aito, USA).fragment was cloned into the pCU1 vector [Augustin, J., et al., Eur. J. Biochem. 204: 1149-1154 (1992)] after conversion of the EcoR I site to the EcoR V site using the transformation site mutagenesis kit 20 (Clontech, Palo Alto, USA).

2. Mersasidiinin mrsA-rakennegeenin nukleotidisek- venssi Tämä 0,6 ke:n fragmentti sekvensoitiin kaksinauhai-sesta DNA:sta automaattisella A.L.F.-DNA-sekvensointilait-25 teella (Pharmacia, Bryssel, Belgia) käyttäen ketjun di-deoksiterminaatiomenetelmää [Sanger, F., et ai., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 74 (1977) 5463 - 5467]; alukkeina käytettiin AutoreadR-sekvensointipakkauksen (Pharmacia, Bryssel, Belgia) yleisaluketta ja käänteisaluketta (rever-30 sal primer) sekä kahta synteettistä oligonuklotidia 5'-(TCTCTTCCATTTTTTTG)3' ja 5'-(AAATCAAATTAACAAATAC)3'. Mersasidiinin mrsA-rakennegeenin nukleotidisekvenssi on esitetty kuviossa 2. Mahdollinen ribosomia sitova kohta (AGG GGG) löydettiin kahdeksan emäsparin päästä avoimen 35 lukukehyksen ATG-aloituskodonista vastasuuntaan. Sekvens- 6 sin C-terminaalinen osa sopii yhteen mersasidiinin julkaistun primaarirakenteen kanssa [Chatterjee, S., et ai., J. Antibiotics 45 (1992) 832 - 838] sekä sen ehdotetun propeptidisekvenssin kanssa. N-terminaalinen osa koostuu 5 48 aminohapon johtosekvenssistä (nuoli kuviossa 2). Pro- mersasidiini koostuu 20 aminohaposta. Prepetidin kokonaispituus on siis 68 aminohappoa ja sen laskennallinen suhteellinen moolimassa on 7 228 Da. Kahdeksan emäksen päästä TAA (okra)-lopetuskodonista myötäsuuntaan löydettiin sil-10 mukkarakenne, jonka vapaan energian arvoksi saatiin -86,7 kJ mol"1 ja kannan kooksi saatiin 14 emäsparia ja joka voisi toimia rho:sta riippumattomana terminaatiosekvenssinä transkription aikana sitä seuraavan TTTATT-sekvenssin johdosta (kuvio 2).2. Nucleotide sequence of the mrsA structural gene for mersacidin This 0.6 kb fragment was sequenced from double-stranded DNA on an automatic ALF DNA sequencer (Pharmacia, Brussels, Belgium) using the chain-deoxy-termination method [Sanger, F. , et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5463-5477 (1977); primers used were the primer of the Autoread R sequencing kit (Pharmacia, Brussels, Belgium) and the reverse primer (rever-30 sal primer) and two synthetic oligonucleotides 5 '- (TCTCTTCCATTTTTTTG) 3' and 5 '- (AAATCAAATTAACAAATAC) 3'. The nucleotide sequence of the mrsAs structural gene for mersacidin is shown in Figure 2. A potential ribosome binding site (AGG GGG) was found eight base pairs upstream of the open 35 reading frame ATG. The C-terminal portion of SEQ ID NO: 6 is compatible with the published primary structure of mersacidin (Chatterjee, S., et al., J. Antibiotics 45: 832-838 (1992)) and its proposed propeptide sequence. The N-terminal portion consists of a leader sequence of 5 to 48 amino acids (arrow in Figure 2). Promersacine consists of 20 amino acids. The prepetide thus has a total length of 68 amino acids and a calculated relative molecular weight of 7,228 Da. Eight bases downstream of the TAA (okra) termination codon, a sil-10 mucus was found with a free energy of -86.7 kJ mol "1 and a strain size of 14 base pairs, which could serve as a rho-independent termination sequence during subsequent TTTATT- sequence (Figure 2).

15 3. Mersasidiinipeptidin karakterisointi15 3. Characterization of the mercersacin peptide

Lantibiootit on jaettu kahteen alaryhmään [Jung, G., (1991), edellä)]. A-tyypin lantibiootit ovat pitkän omaisia amfifiilisiä peptideitä, jotka muodostavat väliaikaisia reikiä niille herkkien bakteerien membraaneihin 20 [Sahl, H.-G., Pore formation in bacterial membranes by cationic lantibiotics, teoksessa Jung, G. ja Sahl, H.-G. (toim.), Nisin and novel lantibiotics (1991) 347 - 358, Escom, Leiden). B-tyypin lantibiootit ovat Streptomyces-bakteerin tuottamia globulaarisia peptidejä, joiden suh-25 teellinen moolimassa on alle 2 100 Da ja jotka ovat erittäin homologisia aminohapposekvenssin ja sellaisen rengas-rakenteen suhteen, joka sisältää alkupään kondensoitumisen loppupäähän [Jung, G., (1991), edellä]. Tähän mennessä mersasidiinia ei pystytty luokittelemaan kumpaankaan ryh-30 mään kuuluvaksi [Bierbaum, G. ja Sahl, H.G., Zbl. Bakt.Lantibiotics are divided into two subgroups (Jung, G., (1991), supra). Type A lantibiotics are long-lasting amphiphilic peptides that form temporary holes in the membranes of those susceptible bacteria [Jung, G. and Sahl, H.-G., Pore formation in bacterial membranes by cationic lantibiotics. (eds.), Nisin and novel lantibiotics (1991) 347-358, Escom, Leiden). Type B lantibiotics are globular peptides produced by Streptomyces with a relative molecular weight of less than 2,100 Da and which are highly homologous to the amino acid sequence and to the ring structure containing upstream condensation [Jung, G., (1991). , above]. To date, mersacidin has not been classified in either group [Bierbaum, G. and Sahl, H.G., Zbl. Bakt.

278 (1993) 1 - 22]. Tässä mielessä on erityisen mielenkiintoista verrata mersasidiinin prepeptidisekvenssiä A-ja B-tyypin lantibioottien prepeptidisekvensseihin.278: 1-22 (1993)]. In this regard, it is of particular interest to compare the prepeptide sequence of mersacidin with the prepeptide sequences of type A and B lantibiotics.

Mersasidiinissa on säilynyt kaksi lantibioottien 35 johtosekvensseille yhteistä ominaispiirrettä: i) johtosek- 7 venssissä ei ole kysteiiniä [Jung, G., (1991), edellä], ii) johtosekvenssin C-terminaalisessa osassa otaksutaan olevan taipumusta a--kierteen muodostumiseen. A-tyypin lan-tibioottien johtopeptidien kyseessä ollessa on tällaisten 5 rakenne-elementtien olemassaolo ennustettu ja osoitettu määrittämällä Sirkulaarinen dikroismi trifluorietanolin ja veden seoksissa (Beck-Sickinger, A.G. ja Jung, G., Synthesis and conformational analysis of lantibiotic leader-, pro- and prepeptides, teoksessa Jung, G. ja Sahl, H.-G. 10 (toim.), Nisin and novel lantibiotics (1991) 218 - 230,Mersacidin retains two characteristics common to the leader sequences of the lantibiotics: (i) the leader sequence does not contain cysteine [Jung, G., (1991), supra], (ii) the C-terminal portion of the leader sequence is believed to have a α-helix formation. For leader peptides of lan tibiotype A, the existence of such structural elements has been predicted and demonstrated by determining Circular Dichroism in Trifluoroethanol / Water Mixtures (Beck-Sickinger, AG and Jung, G., Synthesis and conformational analysis of lantibiotic leader-, pro- prepeptides, Jung, G. and Sahl, H.-G. 10 (eds.), Nisin and novel lantibiotics (1991) 218-230,

Escom, Leiden). Mersasidiinin johtosekvenssi on kaikissa muissa suhteissa tähän mennessä kuvatuista A-tyypin lanti-bioottien johtosekvensseistä poikkeva: kuvion 3 mukaisesti se muistuttaa pituudeltaan ja varausjakaumaltaan (48 ami-15 nohappoa ja 12 varausta) pikemminkin B-tyypin lantibioo-tin, kinnamysiinin, epätavallisen pitkää 59 aminohapon johtosekvenssiä (11 varausta) [Kaletta, C. et ai., Pep5, a new lantibiotic: structural gene isolation and prepetide sequence, Arch. Microbiol. 152 (1989) 16 - 19]. Sitä vas-20 toin tyypillisessä voimakkaasti varautuneessa A-tyypin lantibiootin johtosekvenssissä, esimerkiksi Pep5-johtosek-venssissä, on yhteensä vain 26 aminohappoa 10 varauksellista ryhmää kohti [Kaletta, C. (1989), edellä). A-tyypin lantibioottien säilyneitä sekvenssejä (esimerkiksi F D/N 25 L D/E -sekvenssimotiivi) ei esiinny mersasidiinin johto-peptidissä. Mersasidiinin johtosekvenssin proteaasilla pilkkoutuva kohta ("4M - "3E - '2A - _1A - +1C) poikkeaa A-tyypin lantibioottien säilyneestä kohdasta (kuvio 3). Tässä on havaittu joko nisiinityyppinen pilkkoutumiskohta 30 (-1, positiivisesti varautunut aminohappo; -2, proliini; -3, negatiivisesti varautunut tai polaarinen ja -4, hydrofobinen) tai hydrofobinen glysiini, joka sisältää lakti-siini 481 :n, Piard, J.-C., et ai., J. Biol. Chem 268 (1993) 16361 - 16368, tai streptokokkiini A-FF22:n [Hynes, 35 W.L., et ai., Appi. Env. Microbiol. 59 (1993) 1969 - 1971] 8 pilkkoutumiskohtia. Kinnamysiinin (_3A - ”2F - _1A) -pilkkou-tumiskohta [Kaletta, C., et al., (1989), edellä] on yhdenmukainen Sec-reaktiotien kautta erittyvien proteiinien ("3A - ~2X - _1Α) -säännön suhteen. Johtopäätöksenä voidaan 5 sanoa, että mersasidiinin prepeptidissä ei esiinny A-tyy-pin lantibioottien johtosekvenssien säilyneiden sekvenssien suhteen homologisia kohtia. Mersasidiinin prepeptidin pituus ja varausjakauma muistuttavat kinnamysiinin prepeptidin vastaavia ominaisuuksia, mutta aminohappotasolla ei 10 ole havaittavissa ilmiselvää sekvenssihomologiaa. Mersasi-diini on A-tyypin lantibiootteja pienempi, sillä ei ole positiivista varausta eikä se depolarisoi membraaneja vaan ennemminkin inhiboi peptidoglykaanien biosynteesiä. Tämä sekä johtopeptidin ominaisuudet osoittavat, että mersasi-15 diini muistuttaa enemmän B-tyypin lantibiootteja kuin A-tyypin lantibiootteja. Viime aikoina on saatu selville toisen, niin ikään soluseinän biosynteesiä inhiboivan lan-tibiootin, aktagardiinin, sekvenssi ja yhdyssiltojen muodostuminen [Somma, S., et ai., Antimicrob. Agents Che-20 mother. 11 (1977) 396 - 401]. Vertailu mersasidiiniin osoittaa, että yksi rengas on lähes täysin säilynyt kummassakin lantibiootissa. Tähän mennessä karakterisoitujen B-tyypin lantibioottien, duramysiini-A:n, -B:n, -C:n, an-koveniinin ja kinnamysiinin välisen suuren homologian huo-25 mioon ottaen myös näitä peptidejä voidaan pitää rakenteellisina variantteina, kuten on havaittu epidermiinin ja gallidermiinin tai nisiini A:n ja nisiini Z:n yhteydessä. Edellä mainituista syistä tässä keksinnössä tehdään ehdotus, jonka mukaan mersasidiini ja aktagardiini olisi luo-30 kiteltava B-tyypin lantibiooteiksi ja ettei B-tyypin lan-tibiooteilla tarkoitettaisi ainoastaan duramysiinin rakenteellisia variantteja vaan että niihin kuuluisivat myös pienet globulaariset pienivarauksiset lantibiootit, jotka inhiboivat entsyymiaktiivisuutta.Escom, Leiden). In all other respects, the leader sequence of mersacidine is different from the leader sequences of Type A lantern biota described so far: as shown in Figure 3, it resembles the 59 amino acids of the long-form 59 leader sequence (11 charges) [Kaletta, C. et al., Pep5, a novel lantibiotic: structural gene isolation and prepetide sequence, Arch. Microbiol. 152: 16-19 (1989). In contrast, the typical highly charged leader type A lantibiotic leader, e.g., the Pep5 leader, has a total of only 26 amino acids per 10 charged groups (Kaletta, C. (1989), supra). There are no conserved sequences of type A lantibiotics (e.g., the FD / N 25 L D / E sequence motif) in the mersacidin leader peptide. The protease cleavage site ("4M -" 3E - '2A - _1A - + 1C) of the mersacidin leader sequence differs from the conserved site of type A lumbar antibiotics (Figure 3). Either a nisin-type cleavage site 30 (-1, positively charged amino acid; -2, proline; -3, negatively charged or polar, and -4, hydrophobic) or a hydrophobic glycine containing lacticin 481, Piard, J., has been observed herein. -C., Et al., J. Biol. Chem. 268: 16361-16368 (1993), or Streptococcin A-FF22 [Hynes, 35 W.L., et al., Appl. Env. Microbiol. 59: 1969-1971 (1993)] 8 cleavage sites. Cinnamycin (? 3A -? 2F -? 1A) cleavage site (Kaletta, C., et al., (1989), supra) is consistent with the rule for proteins secreted via the Sec pathway ("3A - ~ 2X - ~ 1?)". In conclusion, there are no homologous sites for the residual sequences of the leader sequences of type A lantibiotics in the mersacazine prepeptide. smaller than lantibiotics, with no positive charge and depolarizing membranes, but rather inhibiting peptidoglycan biosynthesis, this and the properties of the leader peptide indicate that mersasi-15 resembles more type B lantibiotics than type A lantibiotics. a lan tibiotic which inhibits cell wall biosynthesis , actagardine, sequence, and linkage formation [Somma, S., et al., Antimicrob. Agents Che-20 mother. 11: 396-401 (1977)]. Comparison with mersacidine shows that one ring is almost completely preserved in both lobe biotics. Given the high homology between hitherto characterized B-type lantibiotics, duramycin A, -B, -C, anogenocin and cinnamycin, these peptides can also be considered as structural variants, as has been observed with epidermin and gallidermine or nisin A and nisin Z. For the above reasons, the present invention proposes that mersacidin and actagardine should be classified as type B lantibiotics, and that type B lantibiotics are not limited to structural variants of duramycin but also include small globular, low-charge lantibiotics, which are inhibitors.

99

SEQUENCE LISTINGSEQUENCE LISTING

(1) GENERAL INFORMATION:(1) GENERAL INFORMATION:

(i) APPLICANTS(i) APPLICANTS

(A) NAMES Hoechst Aktiengesellschaft (B) STREETS - (C) CITY: Frankfurt am Main (D) STATE: - (E) COUNTRY: Germany (F) POSTAL CODE (ZIP): 65926 (G) TELEPHONE: 069-305-6031 (H) TELEFAX: 069-35 7175 (I) TELEX: 41234700 hod (ii) TITLE OF INVENTION: Recombinant Mersacidin and a method for production (iii) NUMBER OF SEQUENCES: 4 (iv) COMPUTER READABLE FORM: (A) MEDIUM TYPE: Floppy disk (B) COMPUTER: IBM PC compatible(A) NAMES Hoechst Aktiengesellschaft (B) STREETS - (C) CITY: Frankfurt am Main (D) STATE: - (E) COUNTRY: Germany (F) POSTAL CODE (ZIP): 65926 (G) TELEPHONE: 069-305- 6031 (H) TELEFAX: 069-35 7175 (I) TELEX: 41234700 hod (ii) TITLE OF INVENTION: Recombinant Mersacidin and Method for Production (iii) NUMBER OF SEQUENCES: 4 (iv) COMPUTER READABLE FORM: (A) MEDIUM TYPE: Floppy disk (B) COMPUTER: IBM PC compatible

(C) OPERATING SYSTEM: PC-DOS/MS-DOS(C) OPERATING SYSTEM: PC-DOS / MS-DOS

(D) SOFTWARE: Patentin Release #1.0, Version #1.25 (EPO) (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 1: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 17 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)(D) SOFTWARE: Patent Release # 1.0, Version # 1.25 (EPO) (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 1: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 17 base pairs (B) TYPE: Nucleic acid (C) ) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (Genomic)

(iii) HYPOTHETICAL: YES(iii) HYPOTHETICAL: YES

(iii) ANTI-SENSE: YES(iii) ANTI-SENSE: YES

(vi) FEATURE: (A) NAME/KEY: exon (B) LOCATION: 1..17 (ix) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 1: TCTCTTCCAT TTTTTTG 17 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 2: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)(vi) FEATURE: (A) NAME / KEY: exon (B) LOCATION: 1..17 (ix) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 1: TCTCTTCCAT TTTTTTG 17 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 2: (i) ) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: Nucleic acid (C) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (Genomic)

(iii) HYPOTHETICAL: YES(iii) HYPOTHETICAL: YES

(iii) ANTI-SENSE: YES(iii) ANTI-SENSE: YES

(vi) FEATURE: (A) NAME/KEY: exon (B) LOCATION: 1..19 10 (ix) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 2: ÄAATCAAATT AACAAATAC 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 3: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 288 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)(vi) FEATURE: (A) NAME / KEY: exon (B) LOCATION: 1..19 10 (ix) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 2: ÄAATCAAATT AACAAATAC 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 3: ( i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 288 base pairs (B) TYPE: Nucleic acid (C) STRANDEDNESS: single (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: DNA (Genomic)

(iii) HYPOTHETICAL: NO(iii) HYPOTHETICAL: NO

(iii) ANTI-SENSE: YES(iii) ANTI-SENSE: YES

(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) SCIENTIFIC NAME: Mersacidin (B) STRAIN: Bacillus (C) INDIVIDUAL ISOLATE: HIL Y-85,54728 (ix) FEATURE:(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) SCIENTIFIC NAME: Mersacidin (B) STRAIN: Bacillus (C) INDIVIDUAL ISOLATE: HIL Y-85,54728 (ix) FEATURE:

(A) NAME/KEY: RBS(A) NAME / KEY: RBS

(B) LOCATION: 1..21 (ix) FEATURE:(B) LOCATION: 1..21 (ix) FEATURE:

(A) NAME/KEY: CDS(A) NAME / KEY: CDS

(B) LOCATION: 22..225 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: Terminator (B) LOCATION: 208..288 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 3: CTTAATAAGG GGGTGAATAC A ATG AGT CAA GAA GCT ATC ATT CGT TCA TGG 51(B) LOCATION: 22..225 (ix) FEATURE: (A) NAME / KEY: Terminator (B) LOCATION: 208..288 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 3: CTTAATAAGG GGGTGAATAC A ATG AGT CAA GAA GCT ATC ATT CGT TCA TGG 51

Met Ser Gin Glu Ala lie lie Arg Ser Trp 15 10 AAA GAT CCT TTT TCC CGT GAA AAT TCT ACA CAA AAT CCA GCT GGT AAC 99Met Ser Gin Glu Ala lie lie Arg Ser Trp 15 10 AAA GAT CCT TTT TCC CGT GAA AAT TCT ACA CAA AAT CCA GCT GGT AAC 99

Lys Asp Pro Phe Ser Arg Glu Asn Ser Thr Gin Asn Pro Ala Gly Asn 15 20 25 CCA TTC AGT GAG CTG AAA GAA GCA CAA ATG GAT AAG TTA GTA GGT GCG 147Lys Asp Pro Phe Ser Arg Glu Asn Ser Thr Gin Asn Pro Ala Gly Asn 15 20 25 CCA TTC AGT GAG CTG AAA GAA GCA CAA ATG GAT AAG TTA GTA GGT GCG 147

Pro Phe Ser Glu Leu Lys Glu Ala Gin Met Asp Lys Leu Val Gly Ala 30 35 40 GGA GAC ATG GAA GCA GCA TGT ACT TTT ACA TTG CCT GGT GGC GGC GGT 195Pro Phe Ser Glu Leu Lys Glu Ala Gin Met Asp Lys Leu Val Gly Ala 30 35 40 GGA GAC ATG GAA GCA GCA TGT ACT TTT ACA TTG CCT GGT GGC GGC GGT 195

Gly Asp Met Glu Ala Ala Cys Thr Phe Thr Leu Pro Gly Gly Gly Gly 45 50 55 GTT TGT ACT CTA ACT TCT GAA TGT ATT TGT TAATTTGATT TATATAGGCT 245Gly Asp Met Glu Ala Ala Cys Thr Phe Thr Leu Pro Gly Gly Gly Gly 45 50 55 GTT TGT ACT CTA ACT TCT GAA TGT ATT TGT TAATTTGATT TATATAGGCT 245

Val Cys Thr Leu Thr Ser Glu Cys lie Cys 60 65 GTTTCCCTTC AGAAGGAACA GCCTATATTT TATTATATAA ACT 288 1 INFORMATION FOR SEQ ID NO: 4: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 68 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 11 (ii) MOLECULE TYPE: protein (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 4:Val Cys Thr Leu Thr Ser Glu Cys lie Cys 60 65 GTTTCCCTTC AGAAGGAACA GCCTATATTT TATTATATAA ACT 288 1 INFORMATION FOR SEQ ID NO: 4: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 68 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) ) TOPOLOGY: linear 11 (ii) MOLECULE TYPE: protein (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 4:

Met Ser Gin Glu Ala lie lie Arg Ser Trp Lys Asp Pro Phe Ser Arg 15 10 15Met Ser Gin Glu Ala lie lie Arg Ser Trp Lys Asp Pro Phe Ser Arg 15 10 15

Glu Asn Ser Thr Gin Asn Pro Ala Gly Asn Pro Phe Ser Glu Leu Lys 20 25 30Glu Asn Ser Thr Gin Asn Pro Ala Gly Asn Pro Phe Ser Glu Leu Lys 20 25 30

Glu Ala Gin Met Asp Lys Leu Val Gly Ala Gly Asp Met Glu Ala Ala 35 40 45Glu Ala Gin Met Asp Lys Leu Val Gly Ala Gly Asp Met Glu Ala Ala 35 40 45

Cys Thr Phe Thr Leu Pro Gly Gly Gly Gly Val Cys Thr Leu Thr Ser 50 55 60Cys Thr Phe Thr Leu Pro Gly Gly Gly Gly Val Cys Thr Leu Thr Ser 50 55 60

Glu Cys lie Cys 65Glu Cys lie Cys 65

Claims

Premersacidine, characterized in that its amino acid sequence from amino acid number 1 to amino acid number 5 68 is as shown in Figure 2.

DNA, characterized in that it encodes the premersacin of claim 1.

3. DNA, characterized in that it encodes a premersacin having a nucleic acid sequence from nucleic acid number 22 to nucleic acid number 225 according to the sequence shown in Figure 2.

4. DNA, characterized in that it encodes a pro-meracidine having a nucleic acid sequence from nucleic acid number 166 to nucleic acid number 225 according to the sequence shown in Figure 2.

A vector, characterized in that it contains DNA which is a DNA according to any one of claims 2, 3 or 4.

6. A host cell, characterized in that it contains the vector of claim 5.

A process for the preparation of premersacid, promersacin or mature marcidine, characterized in that it comprises the steps of: (a) cultivating according to claims 2-4;

25 suitable host cells comprising the DNA sequence in appropriate proportions; and (b) isolating the premersacidine, promersacin or mature mersacasin.

Use of the premersacidin of claim 1 for the preparation of 30 mature mersacasin.