ES2637292A1 - MÉTODO DE DETECCIÓN DEL MARCADOR NCAPG_c.1754C>T PARA LA EVALUACIÓN DEL MÉRITO GENÉTICO PARA EL CARÁCTER ANCHURA DE LA GRUPA EN OVINOS - Google Patents
MÉTODO DE DETECCIÓN DEL MARCADOR NCAPG_c.1754C>T PARA LA EVALUACIÓN DEL MÉRITO GENÉTICO PARA EL CARÁCTER ANCHURA DE LA GRUPA EN OVINOS Download PDFInfo
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Abstract
Método de detección del marcador NCAPG_c.1754C>T para la evaluación del mérito genético para el carácter de anchura de la grupa en ovinos. La presente invención se refiere a un método de detección del marcador NCAPG_c.1754C>T del gen ovino NCAPG para el que se ha identificado una asociación significativa con un carácter de morfología corporal, en concreto para el carácter anchura de la grupa. Dicho método puede ser utilizado en mejora genética del ganado ovino.
Description
MÉTODO DE DETECCiÓN DEL MARCADOR NCAPG c.1754Cgt;TPARA LA
EVALUACiÓN DEL MERITO GENETICO PARA EL CARÁCTER ANCHURA DE LA
GRUPA EN OVINOS
CAMPO DE LA INVENCiÓN
La presente invención se encuadra en el campo de la mejora genética animal, en concreto de
10 la mejora genética del ganado ovino. Dentro de este campo, la presente invención se relaciona con la aplicación de información molecular, utilizando marcadores genéticos de DNA para determinar el mérito genético del ganado ovino en factores de conformación corporal.
ANTECEDENTES DE LA INVENCiÓN
15 Técnicamente el mérito genético es la suma de los efectos promedio de todos los genes que posee un individuo. Esta definición se basa en que los progenitores pasan a sus hijos los genes y no los fenotipos. El mérito genético es sinónimo de valor de cría y de valor reproductivo.
20 La evaluación del mérito genético o la capacidad genética de los animales dentro de una población permitirá detectar cuáles de ellos son portadores de mejores composiciones genéticas para una determinada característica productiva o reproductiva, por lo tanto, se facilitaría el establecimiento de un programa científico de selección de vientres o sementales
25 que garanticen el mejoramiento progresivo de la producción dentro de la población donde se aplique dicho programa.
En las especies domésticas los distintos caracteres que determinan la conformación corporal, como por ejemplo, la estatura, o la anchura de la grupa, se consideran rasgos cuantitativos 30 afectados por una pluralidad de genes. Específicamente, el carácter anchura de la grupa (parte posterior y superior del cuarto trasero del ganado), es un carácter de interés productivo en el ganado ovino, tanto en poblaciones de ganado ovino, de aptitud lechera como cárnica. En ganado ovino lechero el carácter anchura de la grupa se correlaciona con la conformación corporal global y la estatura, y es importante porque está asociado a la anchura del resto del 35 cuerpo incluido del canal pélvico. Así una anchura de la grupa mayor se relaciona con mayor facilidad al parto. En ganado ovino de carne, la anchura de la grupa en corderos se relaciona
con el peso corporal y en base a lo observado en cabritos se relaciona posiblemente de forma positiva con la conformación de la canal y el perímetro de la pierna.
Si se pueden identificar genes o regiones genómicas, que afectan de manera relativamente importante a la conformación corporal, la producción y calidad de la carne o al crecimiento, y se pueden seleccionar genotipos superiores, dichos datos podrían utilizarse para mejorar el ganado.
La importancia que adquiere el uso de herramientas genéticas en los programas de mejora genética en producción animal es cada vez mayor. Tradicionalmente, las asociaciones de criadores centraban sus esfuerzos en la selección de aquellos animales con mejores índices productivos en función del control de rendimientos de la descendencia de esos animales, lo que se llaman las pruebas de progenie.
Los grandes avances que se han producido en los últimos años en el campo de la genómica, la disponibilidad pública de la secuencia del genoma para la mayoría de las especies de interés ganadero, y el relativo abaratamiento de las modernas tecnologías de secuenciación que permiten la secuenciación de un genoma o transcriptoma completo en un tiempo reducido, abren nuevas expectativas al uso del conocimiento que se genere a través de estudios genéticos sobre la arquitectura genética de los caracteres de interés productivo, así como de la resistencia a enfermedades, en las especies ganaderas.
En los últimos años, se han llevado a cabo numerosos estudios de cribado del genoma basados en paneles de polimorfismos de un solo nucleótido conocidos como SNPs (del inglés Single Nucleotide Polymorphism) de alta densidad y genoma en todo el genoma (es decir, chips de SNP) con el objetivo de detectar huellas de selección en especies de ganado. Más recientemente, la re-secuenciación de todo el genoma ha surgido como una herramienta económicamente viable para evaluar la variación genómica dentro y entre las poblaciones, y la información a gran escala derivada de las nuevas tecnologías de secuenciación se puede explotar para identificar mutaciones responsables de huellas de selección previamente identificadas.
En el proyecto quot;Sheep HapMapquot; se generaron genotipos de un total de 3.004 ovejas de 71 razas utilizando a plataforma de genotipado masivo lIIumina OvineSNP50K BeadChip. Este proyecto generó información valiosa para realizar análisis de huellas de selección en ovinos. El análisis global de la diferenciación genética en los datos obtenidos del proyecto permitió
identificar varias regiones genómicas que contenían genes con influencia sobre la pigmentación del pelo, la morfologia esquelética, el tamaño del cuerpo, el crecimiento y la reproducción.
Además, los métodos de selección genómica en los que la información genómica de miles de marcadores tipo SNPs se usa directamente para la estimación del valor genético (genómico) de los animales han dado grandes resultados en ganado vacuno de raza Holstein caracterizada por un reducido número efectivo de animales (TAYLOR, J. F. et al. Holsteins are the genomic selection poster cows. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016, p. 201608144). Sin embargo, estos métodos parecen mucho menos eficaces en otras poblaciones con mayor número efectivo de animales como son las poblaciones de ganado vacuno de carne y las poblaciones de ganado ovino en general. Es por ello que la identificación de mutaciones causales de efectos fenotípicos en estas oblaciones y su aplicación a los modelos de selección genómica podría ser una aproximación adecuada para mejorar la eficiencia de los mismos en este tipo de poblaciones ganaderas.
Entre los diversos genes que han demostrado portar una mutación causal en diversas especies domésticas se encuentra el gen NCAPG (Non-SMC Condensin I Complex Subunit G), codificante para la subunidad G del complejo condensina I que es responsable de la condensación y estabilización de los cromosomas durante la mitosis y meiosis. En ganado vacuno, una mutación en el gen NCAPG, c.1326 Tgt;G, determinante del cambio proteico p.lle442Met, ha sido identificada como responsable directa de variaciones en el crecimiento fetal (EBERLEIN, A. et al. Dissection of genetic factors modulating fetal growth in cattle indicates a substantial role of the non-SMC canden sin I complex, subunit G (NCAPG) gene. Genetics, 2009, vol. 183, no 3, p. 951-964) Y el peso de la canal (SETOGUCHI, K., et al. The SNP c. 1326Tgt; G in the non-SMC condensin I complex, subunit G (NCAPG) gene encoding a p. lIe442Met variant is associated with an increase in body frame size at puberty in caUle. Animal genetics, 201 1, vol. 42, no 6, p. 650-655).
Diversos estudios han demostrado asociaciones del gen NCAPG_con la estatura humana (ALLEN, H. L. et al. Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature, 2010,467(7317), 832) Y el tamaño corporal en mamiferos (EBERLEIN, A. et al. Dissection of genetic factors modulating fetal growth in caUle indicates a substantial role of the non-SMC condensin I complex, subunit G (NCAPG) gene. Genetics, 2009, vol. 183, no 3, p. 951-964). El gen NCAPG también está relacionado con huellas de selección en cerdos (RUBIN, C.J., et al. Strong signatures of selection in the domestic pig
genome. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, vol. 109, no 48, p. 1952919536) Y perros (VAYSSE, A., et al. Identilication 01 genomic regions associated with phenotypic variation between dog breeds using selection mapping. PLoS genetics, 2011 , vol. 7, no la, p. el002316).
DESCRIPCiÓN DE LA INVENCiÓN
La presente invención se basa en un método de detección del mérito genético del carácter anchura de la grupa en ovinos mediante la detección del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T del gen ovino NCAPG (identificado por la SEO ID NO:-l ), determinante del cambio aminoacidico de la proteína codificante NCAPG_Ser585Phe, que ha sido identificada como una mutación causal o mutación en desequilibrio de ligamiento de una huella de selección identificada en ganado ovino.
Se ha encontrado una asociación entre la mutación NCAPG_c.1754Cgt;T y el valor genético de machos valorados mediante prueba de descendencia para caracteres de morfología corporal y mamaria en el ganado ovino, presentando una asociación significativa con el carácter anchura de la grupa.
El nucleótido en la posición c.1754 del gen ovino NCAPG está incluido en el codón 585 de cONA que codifica para la proteína NCAPG, siendo Serina el residuo 585 de la proteína salvaje cuando el nucleótido de la posición c.1754 es C (como se muestra en las secuencias SEO ID NO:1 y SEO ID NO:2), y mientras que el gen ovino NCAPG en el que el nucleótido
c. 1754 es T codifica una proteína NCAPG en la que el aminoácido de la posición 585 es una Fenilalanina (como se muestra en las secuencias SEO ID NO:6 y SEO ID NO:7) . Así pues, en base al nucleótido c.1754 del gen NCAPG ovino se puede determinar el aminoácido de la posición 585 de la proteína NCAPG ovina. El residuo 585 se usa aquí para referirse al amino ácido en posición 585 de la proteína NCAPG ovina, mostrada en la secuencia SEO ID NO:2 yen la secuencia SEO ID NO:7.
Por tanto, el método de la invención permite determinar el genotipo de la muestra analizada, asociada a un individuo concreto, para la variante de interés, NCAPG_c.1754Cgt;T. El genotipo para esa variante puede ser CC, CT o TI, aunque en poblaciones en las que el alelo T no ha sido fijado por la selección la presencia del genotipo TI será muy poco frecuente. De esta manera, en las poblaciones donde tiene interés el estudio de la presente mutación los genotipos posibles son principalmente CT o CC, presentando los individuos de genotipo CT un mérito genético superior para el carácter anchura de la grupa a la edad adulta que los de genotipo CC. El uso de la información derivada de esta mutación permite asistir en la toma decisiones de selección en relación al carácter anchura de la grupa y en relación a caracteres que presentan
5 correlaciones genéticas positivas con ese carácter, como son la conformación corporal
general, la conformación de la canal, el perímetro de la pierna y la facilidad de parto.
En un primer aspecto, el método de detección del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T para la evaluación del mérito genético para el carácter anchura de la grupa en ovinos de la presenten
10 invención comprende las siguientes etapas: a) extraer el ADN genómico de una muestra biológica obtenida del ovino: b) amplificar por PCR un fragmento de ADN de la muestra biológica utilizando
cebadores con una identidad de al menos 80% respecto a las secuencias SEO ID NO:3 y SEQ ID NO:4;
15 c) secuenciar el fragmento de ADN resultante de la amplificación, representado por la SEQ ID NO:5, y delectar un SNP del gen ovino NCAPG (SEQ ID NO:1) que se corresponde con una sustitución de la base C con T en la posición del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T en la SEQ ID NO:5;
d) determinar para el individuo analizado el genotipo para ese SNP entre los tres
20 posibles, TI, el y ce, con el fin de evaluar el mérito genético para el carácter anchura de la grupa, determinándose que el ovino que muestra un genotipo Clo TI para dicha mutación tiene un mayor mérito genético del carácter anchura de la grupa que aquellos que presentan el genotipo ec.
25 Otro aspecto de la invención, los cebadores empleados en la etapa b, tienen una identidad de secuencia del 80,81 ,82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94 o 95% respeclo a las secuencias de los cebadores upstream (SEO ID NO:3) y downstream (SEO ID NO:4) de la PCR.
30 Otro aspecto de la invención se refiere a cuando la determinación de genotipos de la etapa c) se realiza con un biosensor o microarray.
Otro aspecto de la invención se refiere a un microarray para detectar diversas alteraciones del ADN , concrelamenle la delección de un SNP del gen ovino NCAPG (SEQ ID NO: 1) de 35 acuerdo con una sustitución de la base e con T correspondiente a la posición del marcador NCAPG_c.1754Cgt; T en la SEO ID NO:5. Este microarray se caracteriza porque comprende
polinucleótidos con una secuencia complementaria a secuencias con al menos un 80% de identidad respecto al gen identificado por la SEO ID NO:6.
Otro aspecto de la invención, es un kit de detección de un SNP del gen ovino NCAPG (SEO
5 ID NO: 1) de acuerdo con una sustitución de la base e con T correspondiente a la posición del marcador NCAPG_c. 1754Cgt;T en la SEO ID NO:5. Este kit de detección se caracteriza porque comprende cebadores con una identidad de al menos 80% respecto a las secuencias SEO ID NO:3 y SEO ID NO:4.
10 El término quot;muestraquot; o quot;muestra biológicaquot; según la presente invención se refiere a cualquier material que contiene células nucleadas del ovino que se va analizar/genotipar.
En una forma de realización preferida la muestra biológica que se va a usar en los métodos de la presente invención se selecciona del grupo que consiste en sangre, semen, raíces 15 capilares, leche, líquidos corporales, así como tejidos que incluyan células nucleadas.
DESCRIPCiÓN DE MODOS DE REALIZACiÓN Habiendo descrito la presente invención, se ilustra adicionalmente mediante los siguientes ejemplos.
20 Ejemplo 1. Identificación de mutaciones y estimación del mérito genético de los individuos para el carácter anchura de la grupa
Identificación de regiones candidatas a huellas de selección
Se procedió a realizar cuatro tipos de análisis para la detección de huellas de selección en base a genotipos obtenidos, dentro del proyecto Sheep HapMap, con el lIIumina OvineSNP50K BeadChipassay para 332 muestras de oNA de diferentes de ovejas merinas y churras: Merino Australiano (Australian Industry Merino (n = 88), Australian Merino (n = 50),
30 Australian Poli Merino (n = 98) Y Churra Española (n=96). Se analizaron, además, 285 muestras adicionales de muestras de raza Churra Española.
Los análisis realizados se basaron en el contraste de los genotipos de Merino Australiano con los de Churra e incluyeron un análisis de divergencia genética mediante estimación del 35 parámetro FST de Weir and Cockerham (WEIR, B. S.; COCKERHAM, C. C. Estimating Fstatistics for the analysis of population structure. evolution, 1984, vol. 38, no 6, p. 1358-1370)
(FST), la identificación de regiones de heterocigosis reducida (ObsHtz), y dos métodos basados en la estructura haplotípica del genoma, mediante la aplicación de los programas de análisis hapFLK (FARIELLO, M.I., et al. Detecting signatures 01 selection through haplotype differentiation among hierarchically structured populations. Genetics, 2013, vol. 193, no 3, p.
5 929-941) Y XPEHH (SABETI, P.C., et al. Genome-wide detection and characterization 01 positive selection in human populations. Nature, 2007, vol. 449, no 7164, p. 913).
Los métodos individuales identificaron a lo largo de todo el genoma señales de huellas de selección, que fueron agrupadas según criterios basados en un estudio de la estructura de
10 desequilibrio de ligamiento de los genomas de las razas estudiadas, para definir regiones candidatas a huellas de selección identificadas por métodos individuales. En base al solapamiento de la identificación de regiones candidatas por métodos individuales se definieron regiones candidatas de convergencia (RCC).
15 En concreto, en el cromosoma OAR6, se identificaron dos RCCs, RCC-A, en el intervalo OAR6:36.461.468-36.914.376 pb, y RCC-B, en el intervalo 37.164.263-38.580.198 pb. La identificación de esas RCCs se hizo en el caso de la RCC-A en base a dos métodos, ObsHtz, y XPEHH, yen el caso de la CCR-B en base a tres de los métodos de análisis utilizados, FST, ObsHtz, y el análisis con XPEHH .
20 Posteriormente y con el fin de identificar posibles mutaciones candidatas a explicar los efectos de huella de selección detectados se realizó un análisis de secuenciación completa de 28 genomas completos, 13 de Merino Australiano disponibles en el repositorio Sequence Read Archive (SRA) y 15 genomas de Churra, dos de ellos también disponibles en el repositorio
25 SRA. El análisis bioinformático posterior que se llevó a cabo consistió en un flujo de trabajo o protocolo desarrollado para las 28 muestras que se divide en:
(i) evaluación del control de calidad de las lecturas con FastQC (ANDREWS S. FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. 2010. Available lrom: http://www.bioinformatics.babraham.ac. uk/projectsllastqc ),
30 (ii) alineación de las muestras con el genoma de referencia OAR_v3.1 con BurrowsWheeler (BWA) (LI, H; DURBIN, R. Fast and aceurate short read alignment with Burrows-Wheeler transformo Bioinformatics, 2009, vol. 25, no 14, p. 1754-1760),
(iii ) manipulación de datos, análisis estadísticos y generación de ficheros indexados
con SAMtools (L1 , H., et al. The sequence alignmenUmap format and 35 SAMtools. Bioinlormaties, 2009, vol. 25, no 16, p. 2078-2079) Y Picard (Institute Broad. Picard tool, version 1.128 Available from: http://broadinstitute . g ithu b . iolpieardl).
(iv) identificación de variantes siguiendo el flujo de trabajo recomendado por los programas GATK (MCKENNA. A. et al. The Genome Analysis Toolkit a
5 MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data. Genome research, 2010, vol. 20, no 9, p. 1297-1 303), uso de función HaplotypeCaller, y SAMtools (opción mpileup, con parámetros establecidos por defecto).
10 Identificación de mutaciones que explican los efectos de las huellas de selección
Se utilizó el programa snpSIFT (CINGOLANI , P. et al. Using Drosophila melanogaster as a model for genotoxic chemical mutational studies with a new program, SnpSift. Frontiers in genetics, 2012, vol. 3.) para realizar un filtrado de las variantes identificadas de forma independiente por cada uno de los análisis. Las variantes que no cumplían los parámetros de
15 filtrado (DP gt; 10 & QUAL gt; 30 & MQ gt; 30 & QD gt; 5 & FS lt; 60) se eliminaron. Los análisis posteriores se realizaron en aquellas variantes identificadas de forma común por GATK y Samtools.
El total de variantes detectadas por los programas GATK y Sammtools en el cromosoma 6 fue
20 de 19,822 y 19,221 , respectivamente. De ellas, 15,804 variantes, 302 Indels y 15,502 tipo SNP, fueron comunes a los dos análisis. De los 15,804 SNPs identificados en común por los dos softwares, 3.445 correspondían a la región RCC-A y 12.359 correspondían a la región RCC-B. Esos marcadores tipo SNP fueron analizados con el programa PLlNK (PURCELL, S. et al. PLlNK a tool set for whole-genome association and population-based linkage
25 analyses. The American Journal of Human Genetics, 2007, vol. 81, no 3, p. 559-575) para realizar un análisis de asociación con la identidad racial con el fin de identificar cuáles de los marcadores presentaban frecuencias más diferentes entre las dos razas comparadas.
De los SNPs detectados por ambos software s en los dos intervalos identificados como
30 posibles huellas de selección en el cromosoma 6, tras el control de calidad de genotipos realizado, se seleccionaron para el posterior análisis un total de 3.258 marcadores para la región RCC-A, y de 11.774 marcadores para la región RCC-B. Tras un análisis de asociación realizado con el software PLlNK contrastando los genotipos con la identidad racial, y considerand o una corrección de Bonferroni para el número múltiple de tests realizados a nivel
35 de todo el genoma, un total de 138 SNPs de la región RCC-A y 447 SNPs de la región RCC
B mostraron una asociación significativa con la identidad racial por encima del valor umbral corregido. P-value lt; 0.000000370; log (1/P-value) gt; 6.43.
La anotación con el programa eVEP (ensembl Variant Effect Predictor) de esos 585 marcadores significativos determinó que 463 de ellos eran SNPs intragénicos (90 en RCC-A y 373 en RCC-B) y 122 eran variantes puntuales intragenicas (51 en RCC-Ay 83 en RCC-B). De las variantes intragénicas identificadas en la región RCC-A, 12 eran variantes downstream, 21 upstream, 17 eran variantes intrónicas y 1 fue identificada como una variante sinónima (no determinante de cambio de aminoácido). Las variantes identificadas en RCC-B se clasificaron como 8 variantes downstream, 21 upstream, 85 intrónicas, 2 sinónimas y 3 sin sentido o causantes de un cambio de aminoácido. El análisis con programas de evaluación de impacto sobre la funcionalidad de la proteína muestra una de esas mutaciones, la mutación NCAPG_c.1754Cgt;T, como deletérea en base a la sustitución de una Serina por una Fenilalanina en el residuo 585 de la proteína para la que este gen codifica.
En base a la predicción de NCAPG_c.1754Cgt;T como mutación deletérea, y por el efecto descrito en la especie humana y otras especies ganaderas para mutaciones en este gen sobre caracteres relacionados con el crecimiento, la estatura, y el peso del animal, esta mutación es propuesta como mutación causal o en desequilibrio de ligamiento con la mutación causal de la huella de selección identificada en la región genómica identificada como huella de selección ovina, y referida en la presente invención como RCC-B.
Genotipado del marcador NCAPG c. 1754Cgt;T Tras la identificación del marcador NCAPG_c1754Cgt;T como posible mutación causal o mutación en desequilibrio de ligamiento con la mutación causal de la huella de selección asociada a la región RCC-B descrita anteriormente (OAR6:37.164.263-38.580 .198 pb), se genotiparon un total de 104 machos de inseminación artificial de la raza Churra con valor genético estimado para caracteres de morfología corporal y mamaria en función de pruebas de descendencia.
La extracción de DNA se hizo por el método tradicional de fenol-cloroformo descrito en Sambrook, J et al. Molecular cloning: a laboratory manual. Cold spring harbor laboratory press, 1989). La región del genoma ovina portadora del marcador se amplificó por el método de PCR usando los cebadores representados por las SEO ID NO:3 y la SEO ID NO:4. El fragmento amplificado, representado por la SEO ID NO:5, tiene una longitud de 380 nucleótidos y la
posición 186 del mismo corresponde al marcador NCAPG_c1754Cgt;T, donde se puede dar la substitución de una e por una T.
El marcador en estudio fue detectado y genotipado por secuenciación directa del producto de PCR obtenido usando el Big DyeTerminator v3.1 CycleSequencing Kit (Applied Biosystems) y uno de los cebadores identificados como SEO ID NO:3 y SEO ID NO:4. El análisis de la secuencia resultante (identificada como SEO ID NO:5), realizado con el programa Sequencing Analysis (Applied Biosystems), permitió la determinación del genotipo del marcador NCAPG_c1754Cgt;T para cada individuo analizado como CC, CT o TT.
Método para estimar el valor genético de los individuos para el carácter anchura de la grupa en el ganado ovino de raza Churra El método de estimación del valor genético se realizó mediante la valoración morfológica, basada en las escalas lineales descritas para morfología mamaria por de la Fuente et al., (1996) (DE LA FUENTE, L. F. et al. A linear evaluation system for udder traits of dairy ewes. Livestock Production Science, 1996, vol. 45, no 2, p. 171-178) Y para morfología corporal por de la Fuente et al., (2011) (DE LA FUENTE, L. F., et al. Genetic parameters of the linear body conformation traits and genetic correlations with udder traits, milk yield and composition, and somatic cell count in dairy ewes. Canadian Journal of Animal Science, 2011 , vol. 91 , no 4, p. 585-591) de las hijas de machos de inseminación del Núcleo de Selección de ANCHE (la asociación de criadores de ganado ovino selecto de Raza Churra) y la aplicación de un análisis tipo BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) realizado con el programa Statistical Analysis Software (SAS).
El procedimiento de la invención permite determinar el genotipo de la muestra analizada, asociada a un individuo concreto, para la variante de interés, NCAPG_c.1754Cgt;T.
Del total de 104 machos genotipados y con valor genético disponible para el carácter anchura de la grupa, el cuat varió entre -0.5130 y 0.3730 (media = -0.0215, Y desviación estándar = 0.2043), 87 presentaron genotipo CC para el marcador en estudio y 17 presentaron genotipo CT para dicho marcador. Un análisis de asociación utilizando un modelo GlM (General linear Model) realizado con el programa SAS entre el valor genético de los machos y su genotipo para el marcador NCAPG_c1.754 demostró una asociación significativa. Estos resultados indican que la variante genómica NCAPG_c.1754Cgt; T afecta al carácter anchura de la grupa y el alelo T en dicha posición está asociado a un incremento del valor genético para dicho carácter, siendo una mutación dominante o aditiva (Tabla 1 y 2). Mediante un análisis de componentes de varianza realizado con el procedimiento VARCOPM del programa SAS se estimó que, para la muestra analizada, la proporción de varianza del valor genético estimado de los machos analizado explicada por el genotipo de la mutación NCAPG_ c.1754Cgt;T es del 27.45% (Tabla 3).
Tabla 1. Estadísticas descriptivas de la variable valor genético para la anchura de grupa por grupos en función del genotipo para la mutación NCAPG_c.1754Cgt;T.
- Genotipo
- n Media Desviación estándar Mínimo Máximo
- CC
- 87 -0.0504483 0.1992285 -0.5130000 0.3600000
- CT
- 17 0.1263529 0.1661528 -0.2720000 0.3730000
Tabla 2. Resultados del análisis de asociación utilizando un modelo GLM realizado entre el genotipo de la mutación NCAPG_c.1754Cgt;T y el valor genético estimado en machos valorados según pruebas de descendencia
Procedimiento Grados de Suma de Cuadrado F-Valor
Prgt; F
GLM
libertad
cuadrados
dela media Modelo
0.44453436
0.44453436
11 .76
0.0009 Error
3.85521940 Total correcto
4.29975376
Tabla 3. Resultado del análisis de componentes de varianza realizado entre los genotipos para la mutación NCAPG_c.1754Cgt;Ty el valor genético estimado para el carácter anchura de la grupa en machos valorados según pruebas de descendencia
- Componente de
- Varianza del valor Porcentaje de
- varianza
- genético para varianza explicada
- anchura de la grupa
- Var (Genotipo)
- 0.01430 27.45 %
- Var (Residuo)
- 0.03780 72.55 %
TEXTO LIBRE DEL LISTADO DE SECUENCIAS A continuación, se aporta una traducción del texto libre en inglés que aparece en la lista de secuencias.
SEa ID NO:1
Secuencia génica de la variante de transcripción X1 del gen Complejo de condensina I no
SMC (Ovis aries); Subunidad G (NCAPG).
SEO ID NO:2
5 Secuencia proteica resultante de la SEO ID NO:1.
SEO ID NO:3
Cebador upstream de la PCR.
10 SEO ID NO:4 Cebador downstream de la PCR.
SEO ID NO:5
Secuencia génica del fragmento amplificado que contiene el nucleótido T en la posición del
15 marcador NCAPG c. 1754Cgt; T.
Sitio de mutación: 186
SEO ID NO:6
Secuencia génica de la variante de transcripción X1 del gen Complejo de condensina I no20 SMC (Ovis aries); Subunidad G (NCAPG) con el alelo T en la posición c.1754. Sitio de mutación: 1769
SEO ID NO:?
Secuencia proteica resultante de la SEO ID NO:6. 25 Sitio de mutación: 585
Claims (5)
- REIVINDICACIONES1. Método de detección del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T para la evaluación del mérito genético para el carácter anchura de la grupa en ovinos, caracterizado porque comprende5 las siguientes etapas: a) extraer el ADN genómico de una muestra biológica obtenida del ovino; b) amplificar por PCR un fragmento de ADN de la muestra biológica utilizandocebadores con una identidad de al menos 80% respecto a las secuencias SEO ID NO:3 y SEO ID NO:4;10 c) secuenciar el fragmento de ADN resultante de la amplificación, representado por la SEO ID NO:5, y detectar un SNP del gen ovino NCAPG (SEO ID NO:1) que se corresponde con una sustitución de la base C con T en la posición del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T en la SEO ID NO:5; d) determinar para el individuo analizado el genotipo para ese SNP entre los tres15 posibles, TI, Cl y ce, con el fin de evaluar el mérito genético para el carácter anchura de la grupa, determinándose que el ovino que muestra un genotipo CT o TT para dicha mutación tiene un mayor mérito genético del carácter anchura de la grupa que aquellos que presenlan el genolipo CC.
- 2. Método según la reivindicación 1, caracterizado porque dicha detección de la etapa c) se realiza con un biosensor O microarray.
- 3. Método según las reivindicaciones 1 a 2, caracterizado porque los cebadores tienen una 25 identidad de al menos un 90% respecto a las secuencias SEO ID NO:3 y SEO ID NOA.
- 4. Método según las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado porque los cebadores tienen una identidad de al menos un 95% respecto a las secuencias SEO ID NO:3 y SEO ID NOA.30 5. Método según las reivindicaciones 1 a 4, caracterizado porque la muestra biológica se selecciona del grupo que consiste en sangre, semen, raices capilares, leche, liquidos corporales y/o tejidos que incluyen células nucleadas.6, Kit de delección de un SNP del gen ovino NCAPG (SEO ID NO:1) de acuerdo con una35 sustitución de la base C con T correspondiente a la posición del marcador NCAPG_c.1754Cgt;T en la SEO ID NO:5, caracterizado porque comprende cebadores con una identidad de al menos 80% respeclo a las secuencias SEO ID NO:3 y SEO ID NO:4.
- 7. Microarray de detección de un SNP del gen ovino NCAPG (SEO ID NO:1) de acuerdo con una sustitución de la base e con T correspondiente a la posición del marcador NCAPG_c.1754Cgt;Ten la SEQ ID NO:5, caracterizado porque comprende polinucleótidos con una secuencia complementaria a secuencias con al menos un 80% de identidad respecto al gen identificado por la SEO ID NO:6.
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|---|---|---|---|
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| ES (1) | ES2637292A1 (es) |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108893546A (zh) * | 2018-07-13 | 2018-11-27 | 西北农林科技大学 | 一种检测肉牛ncapg基因单核苷酸多态性的方法 |
| CN110923332A (zh) * | 2019-12-06 | 2020-03-27 | 江苏省农业科学院 | 一个影响绵羊早期生长的分子标记、检测方法及其应用 |
| CN110938705A (zh) * | 2019-12-12 | 2020-03-31 | 江苏省农业科学院 | 一个影响山羊早期体重的分子标记及其引物和应用 |
-
2017
- 2017-07-31 ES ES201730995A patent/ES2637292A1/es active Pending
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| CN110938705B (zh) * | 2019-12-12 | 2022-07-05 | 江苏省农业科学院 | 一个影响山羊早期体重的分子标记及其引物和应用 |
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