ES2233219T1 - Nuevo metodo para la identificacion de compuestos antibacterianos. - Google Patents

Nuevo metodo para la identificacion de compuestos antibacterianos.

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ES2233219T1
ES2233219T1 ES00920677T ES00920677T ES2233219T1 ES 2233219 T1 ES2233219 T1 ES 2233219T1 ES 00920677 T ES00920677 T ES 00920677T ES 00920677 T ES00920677 T ES 00920677T ES 2233219 T1 ES2233219 T1 ES 2233219T1
Authority
ES
Spain
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antagonist
inhibitor
baselineskip
derivative
polypeptide
Prior art date
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ES00920677T
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Hannes Loferer
Alexander Jacobi
Andrei Grigoriev
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Agennix AG
Original Assignee
Agennix AG
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Publication date
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    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/24—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Enterobacteriaceae (F), e.g. Citrobacter, Serratia, Proteus, Providencia, Morganella, Yersinia
    • C07K14/245—Escherichia (G)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/18—Testing for antimicrobial activity of a material
    • A—HUMAN NECESSITIES
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Abstract

Un método para la identificación de un antagonista o inhibidor de la expresión de un gen que codifica un polipéptido esencial para el crecimiento o supervivencia bacteriano, en donde dicho gen se selecciona del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yia0, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando indicada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo del mismo, comprendiendo dicho método los pasos de: (a) análisis de un antagonista o inhibidor candidato, o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos para la inhibición o reducción de la transcripción de dicho gen o de un fragmento o un derivado del mismo; o (b) análisis de un antagonista o inhibidor candidato o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos para la inhibición o reducción de la traducción del ARNm transcrito de dicho gen o de un fragmento o un derivado del mismo; y (c) identificación de un antagonista o inhibidor o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos que dan resultados positivos en el paso (a) y/o (b).

Description

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<110> GPC Biotech AG
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<120> Método nuevo para la identificación de compuestos antibacterianos
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<210> 31
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<211> 699
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 31
19 
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<210> 32
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<211> 1344
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 32
20 
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<210> 33
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<211> 1911
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 33
21 
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<210> 34
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<211> 414
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 34
22 
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<210> 35
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<211> 1968
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 35
23 
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<210> 36
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<211> 717
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 36
24 
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<210> 37
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<211> 258
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 37
25 
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<210> 38
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<211> 1023
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 38
26 
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<210> 39
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<211> 873
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<212> DNA
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<213> Escherichia coli 
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<400> 39
27 
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<210> 40
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Escherichia coli 
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<400> 40
28 
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<210> 41
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<211> 158
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<212> PRT
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<213> Haemophilus influenzae 
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<400> 41
29 
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<210> 42
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<211> 158
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<212> PRT
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<213> Bacillus subtilis 
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<400> 42
30 
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<210> 43
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<211> 161
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<212> PRT
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<213> Synechocystis sp. 
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<400> 43
31 
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<210> 44
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<211> 399
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<212> PRT
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<213> Treponema pallidum 
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<400> 44
32
33 
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<210> 45
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<211> 406
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<212> PRT
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<213> Helicobacter pylori 
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<400> 45
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Claims (21)

1. Un método para la identificación de un antagonista o inhibidor de la expresión de un gen que codifica un polipéptido esencial para el crecimiento o supervivencia bacteriano, en donde dicho gen se selecciona del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yia0, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando indicada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo del mismo, comprendiendo dicho método los pasos de:
(a) análisis de un antagonista o inhibidor candidato, o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos para la inhibición o reducción de la transcripción de dicho gen o de un fragmento o un derivado del mismo; o
(b) análisis de un antagonista o inhibidor candidato o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos para la inhibición o reducción de la traducción del ARNm transcrito de dicho gen o de un fragmento o un derivado del mismo; y
(c) identificación de un antagonista o inhibidor o de una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos que dan resultados positivos en el paso (a) y/o (b).
2. Un método para el análisis de un antagonista o inhibidor candidato de un polipéptido o ARNm esencial para el crecimiento o supervivencia bacteriano, codificado por un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yia0, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando indicada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo de los mismos, comprendiendo dicho método los pasos de:
(a) contacto de una célula bacteriana con un antagonista o inhibidor candidato o una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos, y
(b) análisis de si dicho contacto conduce a la inhibición del crecimiento de la célula y/o a su muerte.
3. Un método para el análisis de un antagonista o inhibidor candidato de la función de un gen esencial para el crecimiento o supervivencia bacteriano, en donde dicho gen se selecciona del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando indicada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo de los mismos, comprendiendo dicho método los pasos de:
(a) contacto de una célula bacteriana que comprende dicho gen con un antagonista o inhibidor candidato o una muestra que comprende una pluralidad de dichos antagonistas o inhibidores candidatos, y
(b) análisis de si dicho contacto conduce a la inhibición del crecimiento de la célula y/o a su muerte.
4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, que comprende además la identificación de un antagonista o inhibidor, opcionalmente de dicha muestra de antagonistas o inhibidores candidatos.
5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 en donde dicho inhibidor o antagonista está además mejorado mediante peptidomiméticos, o mediante la aplicación del (de los) paso(s) de presentación del fago o la técnica combinatoria de la genoteca.
6. Un método para diseñar un antagonista o inhibidor mejorado para el tratamiento de una infección bacteriana o transtorno o enfermedad relacionado con una infección bacteriana, el cual comprende los pasos de:
(a) identificación del sitio de unión de un antagonista o inhibidor al polipéptido ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1, u obtenida mediante, o identificada mediante, el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5 mediante mutagénesis dirigida al sitio y estudios del polipéptido quimérico;
(b) modelado molecular tanto del sitio de unión de dicho antagonista o inhibidor como de la estructura de dicho polipéptido; y
(c) modificación de dicho antagonista o inhibidor para mejorar la especificidad de la unión o afinidad para el polipéptido.
7. Un antagonista o inhibidor de la actividad de un polipéptido codificado por un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1 ó fragmento, derivado u ortólogo del mismo o de la expresión de un gen que codifica dicho polipéptido o dicho fragmento, derivado u ortólogo, u obtenido mediante, o identificado mediante, el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6.
8. Un método para la producción de un agente terapéutico que comprende la síntesis del antagonista o inhibidor identificado, analizado o diseñado de acuerdo con el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 ó el antagonista o inhibidor de la reivindicación 7 ó un análogo o derivado del mismo.
9. Un método para la producción de una composición que comprende los pasos del método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 ó la síntesis del antagonista o inhibidor de la reivindicación 7, y formulación de dicho inhibidor o antagonista en una forma farmacéuticamente aceptable.
10. Una composición que comprende un antagonista o inhibidor de la reivindicación 7, el agente terapéutico producido por el método de la reivindicación 8, ó el antagonista o inhibidor obtenido mediante, o identificado en, el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, ó producido de acuerdo con la reivindicación 9, y opcionalmente una carga farmacéuticamente aceptable.
11. La composición de la reivindicación 10, la cual es una composición farmacéutica.
12. La composición de la reivindicación 10, la cual es un kit.
13. La composición de una cualquiera de las reivindicaciones 10 a 12, que comprende además un antibiótico y/o una citocina.
14. Empleo de un polipéptido codificado por un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo del mismo o de uno cualquiera de dichos genes para la identificación de un antagonista o inhibidor de la actividad de dicho polipéptido o dicho fragmento, derivado u ortólogo o de la expresión de un gen que codifica dicho polipéptido o dicho fragmento, derivado u ortólogo.
15. Empleo de un antagonista o inhibidor de la reivindicación 7, el agente terapéutico producido por el método de la reivindicación 8, ó el antagonista o inhibidor obtenido mediante o identificado en, el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, ó producido de acuerdo con la reivindicación 9, ó identificado mediante el empleo de una cualquiera de las reivindicaciones, para la preparación de una composición farmacéutica para el tratamiento de (una)
infección(es) bacteriana(s), transtorno(s) y/o enfermedad(es), relacionada(s) con infecciones bacterianas.
16. Un método para el tratamiento o prevención de infecciones bacterianas o enfermedades o transtornos relacionados con infecciones bacterianas que comprenden el paso de administración a un sujeto en necesidad del mismo, del antagonista o inhibidor obtenido mediante, o identificado en, el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 ó producido de acuerdo con la reivindicación 9, opcionalmente comprendido en la composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 11.
17. Empleo de un polipéptido codificado por un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo del mismo o uno cualquiera de dichos genes para la exploración de los polipéptidos que interaccionan con dicho polipéptido empleando tecnologías de interacción proteína-proteína, y/o para la validación de que dicha interacción es efectivamente esencial para la supervivencia bacteriana y/o para la exploración de antagonistas e inhibidores de dicha interacción.
18. Empleo de un polipéptido codificado por un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo del mismo o uno cualquiera de dichos genes para la exploración de polipéptidos para detectar la unión de polipéptidos a dicho polipéptido, y/o para la validación de los péptidos que se unen a dicho polipéptido como prevención del crecimiento de bacterias o que son letales a las bacterias después de la expresión de dichos polipéptidos en dichas bacterias, y/o para la exploración de moléculas pequeñas que desplazan competitivamente dichos péptidos.
19. Empleo de mutantes condicionales en un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1, ó un fragmento, derivado u ortólogo de la misma o de ligandos suplentes contra dichos genes expresados en las bacterias para inducir un fenotipo letal en las bacterias y/o para el análisis de dichas bacterias para marcadores suplentes mediante la comparación de ARN ó perfiles de proteína en dichas bacterias con perfiles de ARN ó proteína en bacterias tipo salvaje, y/o el empleo de dichos marcadores suplentes para la identificación de antagonistas de la función esencial de dicho gen.
20. Un método para la identificación o aislamiento de un marcador suplente que comprende los pasos como se han descrito en la reivindicación 19.
21. Un método para la identificación o aislamiento de un marcador suplente que comprende los pasos de:
(a) inducción de un fenotipo letal en las bacterias que contiene un mutante condicional de un gen seleccionado del grupo formado por ygbB, yfhC, yacE, ychB, yejD, yrfl, yggJ, yjeE, yiaO, yrdC, yhbC, ygbP, ybeY, gcpE, kdtB, pfs, ycaJ, b1808, yeaA, yagF, b1983, yidD, yceG y/o yjbC, estando mostrada la secuencia de dichos genes en la figura 1; y
(b) análisis de dichas bacterias comparando el perfil de ARN ó de proteína de dichas bacterias con bacterias del tipo salvaje.
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Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6660507B2 (en) * 2000-09-01 2003-12-09 E. I. Du Pont De Nemours And Company Genes involved in isoprenoid compound production
GB0203358D0 (en) * 2002-02-13 2002-03-27 British Biotech Pharm YkuR polynucleotides and polypeptides
JPWO2007037300A1 (ja) * 2005-09-29 2009-04-09 協和発酵キリン株式会社 有用物質の製造法
US20100222410A1 (en) * 2008-07-18 2010-09-02 Massachusetts Institute Of Technology Nuclease compositions and methods

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5223409A (en) * 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
US5143854A (en) * 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5322933A (en) * 1992-05-07 1994-06-21 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Crystal structure of TGF-β-2
US5288514A (en) * 1992-09-14 1994-02-22 The Regents Of The University Of California Solid phase and combinatorial synthesis of benzodiazepine compounds on a solid support
US5324483B1 (en) * 1992-10-08 1996-09-24 Warner Lambert Co Apparatus for multiple simultaneous synthesis
GB9320562D0 (en) * 1993-10-06 1993-11-24 Zeneca Ltd Novel assay and applications
WO1996035804A1 (en) * 1995-05-08 1996-11-14 Merck & Co., Inc. A novel biochemical interaction in bacteria
WO1998035054A1 (en) * 1997-02-10 1998-08-13 Ribogene, Inc. Methods for screening for antibiotics
US5858367A (en) * 1997-03-27 1999-01-12 Case Western Reserve University Methods for screening for antimicrobials utilizing AarC and compositions thereof
EP1023434A4 (en) * 1997-09-18 2004-12-01 Smithkline Beecham Corp METHOD FOR SCREENING ANTIMICROBIAL COMPOUNDS
GB9805792D0 (en) * 1998-03-18 1998-05-13 Glaxo Group Ltd Bacterial polypeptide family

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