EP4684397A1 - Procédé et dispositif d'anatomopathologie avec identification et suivi d'objets - Google Patents

Procédé et dispositif d'anatomopathologie avec identification et suivi d'objets

Info

Publication number
EP4684397A1
EP4684397A1 EP24714874.5A EP24714874A EP4684397A1 EP 4684397 A1 EP4684397 A1 EP 4684397A1 EP 24714874 A EP24714874 A EP 24714874A EP 4684397 A1 EP4684397 A1 EP 4684397A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
container
analysis
video stream
tracking
histopathological examination
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
EP24714874.5A
Other languages
German (de)
English (en)
Inventor
Soufiane Zakaria AZDAD
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Algoscope
Original Assignee
Algoscope
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Algoscope filed Critical Algoscope
Publication of EP4684397A1 publication Critical patent/EP4684397A1/fr
Pending legal-status Critical Current

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Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H10/00—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data
    • G16H10/40—ICT specially adapted for the handling or processing of patient-related medical or healthcare data for data related to laboratory analysis, e.g. patient specimen analysis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/30—Staining; Impregnating ; Fixation; Dehydration; Multistep processes for preparing samples of tissue, cell or nucleic acid material and the like for analysis
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/54—Labware with identification means
    • B01L3/545—Labware with identification means for laboratory containers
    • B01L3/5453—Labware with identification means for laboratory containers for test tubes

Definitions

  • the invention relates to pathological anatomy and cytology.
  • Pathological anatomy and cytology refers to the medical specialty that studies tissues, cells and their abnormalities, in order to contribute to the diagnosis of diseases, for example tumor diseases, or diseases of inflammatory, degenerative, vascular, metabolic or infectious cause.
  • Anatomic-cytopathology also refers to autopsy and fetopathology procedures.
  • Anatomical cytopathology is a medical specialty that is at the crossroads of clinical, imaging and biology. It can only be practiced in France by doctors qualified in ACP, or by medical laboratory technicians, under the responsibility of a medical biologist or a doctor qualified in ACP (article L4352-1 of the public health code).
  • Pathological anatomy and cytology involves a macroscopic study, as well as various methods of microscopy and molecular biology for histological and cytological analysis.
  • ACP diagnosis is based on the presence or absence of tissue or cellular abnormalities, macroscopic or microscopic, compared to normal. ACP diagnosis is essential for the diagnosis of tumors and the personalized therapeutic management and targeted treatment of cancers.
  • the pathologist analyzes samples for histopathological examination: these are biopsies, curettage products, endoscopic resections and aspirations, expulsion materials spontaneous, samples of surgical or amputation parts, organ samples.
  • the examination can be carried out in a pathology laboratory, or during surgical intervention (extemporaneous examination).
  • biopsy refers to a small piece of tissue taken transcutaneously or endoscopically, for example a tumor sample.
  • operative specimen we mean partial or complete excisions of one or more organs, removed in the operating room during a surgical procedure.
  • the examination of surgical specimens includes a macroscopic examination allowing their measurement, weighing and description.
  • the surgical specimens must be fixed, dissected, described, measured and sampled according to specific protocols.
  • Fixation must occur within a short time: otherwise, desiccation or autolysis of the tissue may make the study difficult or even impossible.
  • hollow organs must be opened and, if necessary, washed of their contents, in order to prevent autolysis of the mucous membranes.
  • Solid organs such as the liver and spleen must be cut into slices, to facilitate the homogeneous and rapid penetration of the fixative.
  • Macroscopy allows us to observe the appearance, colour, size and consistency of an organ or mucous membrane, which are suggestive of a pathology, for example hepatic steatosis, cholestasis, ulcerative colitis.
  • Digital images can be acquired during macroscopy or subsequent microscopy steps, to be indexed and saved in a laboratory management system (LMS). Images of the surgical specimen, fresh or fixed, which will be dissected, are preserved digitally, and attached to the patient's file.
  • Grossing laboratory workstations typically consist of a stainless steel table on which a dissection board is placed. In some cases, the workstation is equipped with an imaging device to enable images to be taken and annotated during grossing.
  • the technician In the macroscopy phase, the technician usually has one or more vials labeled with a sample-specific file number, and linked to the patient in the laboratory management system. The technician extracts the contents of the vial and places it in a cassette (or cassettes) also labeled.
  • cassettes are presented in US1 1 774320 (Biopath, 2023), EP231 601 0B1 (The Univ of Miami, 2022), US8877146 (Biopath, 2014), US7771992 (Leica Biosystems, 201 0), DE4306233 (Guenter, 1 994), GB2278441 (Cellpath, 1994).
  • An identification error can occur at any of these stages, and can have serious consequences for the patient, such as than a delay in diagnosing a disease (in the case of a false negative), or the performance of unnecessary surgical operations (in the case of a false positive).
  • containers such as bottles or jars containing tissue samples submitted to the pathology laboratory bear two different identifiers, namely the patient's first and last name on the one hand, and a patient-specific identification number on the other. Each container may also bear the date of collection.
  • ISO 1 51 89-12 requires that all samples received are entered into an admission register in a computer system, with the date and time of receipt of the samples being recorded. During this registration, an identification number is assigned to each sample received, and this identification number is retained throughout the sample processing process in the pathology laboratory.
  • the 2022 version of ISO 151 89 states that each PCR examination request must be considered a contract, and must ensure the traceability of the patient, the request and the prescriber. By traceability, ISO 9000:2005 means the ability to find the history, implementation or location of what is examined.
  • Anatomical cytopathology is a specialty practiced by a small number of professionals. In France, according to the union of pathologists, 1,471 practitioners were practicing in 2018. According to the AFAQAP (French Association for Quality Assurance in Pathological Anatomy and Cytology), there were approximately 270 structures and ACP laboratories, including 130 private structures and 135 hospital structures.
  • AFAQAP Quality Assurance in Pathological Anatomy and Cytology
  • the workflow of a PCR laboratory includes, for tissue samples, specific steps of fixing the samples, macroscopy, placing in cassettes, inclusion (usually in paraffin), cutting with a cryostat or microtome. Each of these steps can lead to errors and a loss of traceability.
  • thermal printing systems for alphanumeric characters and two-dimensional barcodes on cassettes or slides are marketed.
  • documents IT20190001 2333 Logibiotech, 2021
  • US201 9324048 Sakura Finetek, 2019
  • WO20140181 14 Aperio technologies, 2014
  • W02007/078842 Ventana Medical Systems, 2007
  • Such systems reduce the risks associated with manual entry, but do not eliminate data entry errors in a computer system and handling errors.
  • Norgan et al. Radio-frequency identification specimen tracking to improve quality in anatomic pathology, Arch Pathol Lab Med- Vol 144, February 2020, DOI: 10.5858/arpa.2019-001 1 -OA
  • RFI D tags 902-928 MHz
  • the RFI D tags placed on a support bearing a one-way barcode (encoding the patient identification number), and a two-way barcode (encoding the RFI D tag identifier).
  • a 6-month observation period on a total of 56,000 samples the authors concluded that there was a reduction in identification errors compared with the use of barcodes alone.
  • the use of RFI D labels has many disadvantages. The cost of RFI D labels is high. The risk of interference during reading cannot be eliminated.
  • WO2022/266459 (Bioptek, 2022) describes a system and method for automated processing of biopsy samples, and discusses analysis of still images.
  • One of the objectives of the invention is to reduce the risk of error during pathological anatomy and cytology work.
  • One of the objects of the invention is to propose a method and a device ensuring the traceability of a sample in anatomopathology, from the operating room to the cutting and spreading on slides and to the archiving of the slides and paraffin blocks.
  • the invention aims to ensure traceability over all stages of the ACP, whether it is the pre-analytical phase or the analytical phase, and advantageously the post-analytical phase.
  • the analytical phase refers to all the stages in chronological order of work on biological material (human or animal), the collection or sample, from the analysis itself to its technical and/or medical validation.
  • the pre-analytical phase refers to all the steps in chronological order starting with the formulation of the analysis request by the prescriber, the identification of the patient, the collection of the biological material, its transport to the ACP laboratory, its reception at the ACP laboratory, its recording or encoding and any other operation or handling of this material before the start of the analytical phase.
  • the post-analytical phase refers to all the steps in chronological order from the end of the analytical phase, including review of the results, authorization of release, preparation of the report, transmission of validated results to their recipients, storage, archiving and/or elimination of the biological material.
  • Paraffin blocks must be preserved: they may be useful or necessary later, in order to refine or complete the diagnosis of the patient from whom they come, for example in the case of additional immunohistochemical or molecular examination.
  • Histological sections and stained cytology slides, whether analog or digital, may be subject to subsequent interpretation and must also be preserved.
  • the legal minimum retention periods for biological materials vary from one State to another, and may be, for example, ten years for paraffin blocks, and twenty years from the date of collection for histological sections and stained cytology slides.
  • the invention also aims to ensure traceability in the conservation of biological materials.
  • a method for histopathological examination of biological tissues comprising an identification and tracking of an object by analysis of a video stream during a pre-analytical step and/or an analytical step of the biological tissues.
  • object identification and tracking by analysis of a video stream we mean here in particular computer vision techniques implementing segmentation of video images or segmentation or detection of objects, for example active contour methods using statistical criteria.
  • object detection we mean here the detection and classification in images of objects belonging to sets of predefined categories.
  • Object detection is for example carried out in still images, by deep learning such as R-CNN.
  • Object detection is advantageously carried out by analysis of a video stream, object detection and tracking being for example carried out using YOLO.
  • the video stream comes from at least one digital camera recording in the wavelengths perceptible to the human eye.
  • the camera records wavelengths in the infrared range.
  • the camera can thus provide information on the surface temperature of identified objects.
  • the camera records wavelengths in the ultraviolet range.
  • the camera can thus provide information on the presence of markers for biological tissue, for example on the margins of a surgical specimen.
  • At least one camera is said to be proximity camera, and is placed as close as possible to the area in which the work carried out on a pre-analytical workstation and/or an analytical workstation and/or a post-analytical workstation takes place.
  • At least one camera is positioned so as to film an entire analytical or pre-analytical workstation, this camera being for example fixed to the ceiling of a room.
  • the video streams from this camera are analyzed in parallel and simultaneously with the analysis of the video streams from the proximity camera (or proximity cameras).
  • Object tracking is advantageously carried out in real time, that is to say at a speed adapted to the progress of each pre-analytical step and/or each analytical step.
  • An error message is thus advantageously generated, in the event of a discrepancy or difference between the state of an object and a reference state for this object.
  • state of an object we mean here for example the open or closed situation of a container, a quantity of liquid in a container, information present on a support.
  • the pre-analytical step is selected from the group consisting of collecting biological tissues from the surgical field, orienting the biological tissues, labeling the collected biological tissues, placing the tissues in a fresh container, immersing the collected biological tissues in a preservation liquid such as a fixative, preparing a histopathological examination request form, transporting the sample to a recording station, recording the sample in a laboratory management system.
  • an identification and tracking of an object by analysis of a video stream is carried out during at least one of these pre-analytical steps, the object identified and tracked being for example a sampled biological tissue, a container (bucket, bottle) in which a biological tissue must be placed, an examination request form, a label bearing a bar code intended to be attached to a container.
  • the object identified and tracked being for example a sampled biological tissue, a container (bucket, bottle) in which a biological tissue must be placed, an examination request form, a label bearing a bar code intended to be attached to a container.
  • the method comprises a step of labeling biological tissues with generation of a first patient identity, in alphanumeric form or in coded form, in particular by bar code, the identification and tracking of the object by analysis of a video stream comprising a step of reading this first patient identity, including barcode reading, or character recognition (OCR).
  • a first patient identity in alphanumeric form or in coded form, in particular by bar code
  • OCR character recognition
  • the barcode can be one-dimensional or two-dimensional, for example QR Code or Data Matrix.
  • the method comprises a step of preparing a histopathological examination request form, advantageously digital, generating a second patient identity, the identification and tracking of an object by analysis of a video stream comprising a step of reading this examination request form and the second patient identity, an alert message being generated in the event of a discrepancy between the first and second patient identities.
  • the method comprises a step of interrogating the computerized patient record and a step of collecting information elements contained in the computerized patient record, for copying into a histopathological examination request form generated in digital form.
  • the method comprises an identification and tracking of an object by analysis of a video stream during the immersion of biological tissues such as an operating part in a preservative liquid, such as a fixative, an alert message being generated when the volume of preservative liquid is not adapted to the volume of biological tissues.
  • the method comprises a control step carried out in a buffer zone in which a plurality of samples of biological tissue are collected, in particular from different operating rooms of an operating theatre, the method comprising an identification and tracking of an object by analysis of a video stream for counting the containers placed in the buffer zone.
  • the method comprises an identification and tracking of an object by analysis of a video stream during the recording of a sample in a laboratory management system, for a counting containers and/or checking the adequacy of the fixative volume for the sample placed in a container.
  • the method comprises an identification and tracking of an object by analysis of a video stream during a step of preparation of biological tissues chosen from the group comprising dehydration, inclusion in a material, in particular paraffin, cutting in particular with a cryostat or microtome to form ribbons, spreading of the ribbons on supports such as glass slides, distribution.
  • the method comprises a reading of all the cassette identifiers, these identifiers being alphanumeric or coded, in particular in a bar code.
  • these identifiers being alphanumeric or coded, in particular in a bar code.
  • 50 bar codes are for example read for each still image.
  • At least one interface screen of a dehydration machine is filmed, an analysis of a video stream making it possible to generate information including for example the duration of the dehydration cycle, the time remaining until the end of dehydration, the type of cycle, the presence of an alarm.
  • the method comprises a step of generating an alert message, when an operating alarm has been detected for the dehydration machine, during the analysis of the video stream coming from the camera filming the interface screen of the dehydration machine.
  • the method comprises an identification and tracking of an object by analysis of a video stream during a step of inclusion of biological tissues in an inclusion material such as paraffin, the analysis of the video stream being capable of ensuring a count of the biological tissues transferred to the inclusion mold.
  • the analytical step is chosen from the group comprising the different macroscopic study steps, in particular the inking of the margins of lesions, the production of samples, for example sections in a sample of human tissue, or by re-cutting in a sample of animal tissue.
  • the method comprises an analysis of the video streams allowing a count of the samples present on the stained slides, from a cassette, and a step of verifying the correlation of this number with the number of samples present in the cassette, or a step of verifying the size of the samples (for example biopsy cores) and/or the surface area of the samples, in particular to verify that no loss of material has occurred.
  • an anatomopathology method comprising a step of introducing a tissue into a first container provided with a closing means, a step of closing the first container after introducing the tissue, a step of placing on the first container an identifier of the tissue introduced into the first container, a step of opening the first container and extracting the tissue from the first container, a step of moving at least a portion of the tissue extracted from the first container into a second container, the second container bearing an identifier of the portion of tissue, the method comprising an identification and tracking of objects by analysis of a video stream, the opening of the first container being detected during this identification and tracking of objects, the method comprising a step of detecting and reading the identifier placed on the first container and the identifier placed on the second container, an error message being generated in the event of a discrepancy between the identifier of the first container and the identifier of the second container.
  • the process makes it possible to alert the technician of a loss of concordance during a step of moving the biological tissue from a first container such as a bottle or a pot, to a second container such as a cassette.
  • the method comprises a step of recording the moment at which the opening of the first container is detected.
  • This Recording improves the traceability of the process, as the time of detection of the opening of the first container can be compared with the time at which the sample was taken, for example by excision or biopsy. If fixation is to be carried out for biological tissue, it can thus be verified that fixation occurs within a short time, avoiding desiccation or autolysis of the tissue.
  • the second container being a cassette
  • the closing of the cassette and the closing of the first container are detected by the identification and tracking of objects during the analysis of the video stream. It is thus possible to generate an error message if a new container is opened before the first container is closed.
  • a display of the objects identified during the analysis of the video stream is carried out, the shape of the identified objects being represented for example by an enclosing window.
  • the operator can thus verify that the identification of the objects corresponds to the operations carried out.
  • the operator can, if necessary, add comments by voice command, or using a keyboard or mouse or even a touch screen.
  • a device for implementing a method as presented above, the device comprising means for identifying and tracking objects by analyzing a video stream coming from at least one camera.
  • an anatomopathology device for implementing a method as presented above, the device comprising a workstation comprising a dissection board (cutting board) intended to support a first container provided with a closing means and a second container, the device comprising means for identifying and tracking objects by analyzing a video stream, these means being capable of detecting the opening of the first container, the device comprising means for detecting and reading an identifier placed on the first container and an identifier placed on the second container, the device comprising means for generating an error message in the event of a mismatch between the identifier of the first container and the identifier of the second container.
  • the cutting board comprises a reservation capable of accommodating a first or a second container, the first container being for example a bottle, the second container being for example a cassette.
  • the detection and reading means comprise a one-dimensional or two-dimensional barcode reader, for example of the QR or Data Matrix type, or even Aztec code.
  • a character recognition (OCR) is performed.
  • the decoding of the barcode is performed directly via an image captured by a camera.
  • Data Matrix here refers to a data coding in a matrix of cells, the code being presented in the form of a square or rectangular symbol.
  • the Data Matrix code is described in the ISO/I EC16022 standard.
  • An encoding algorithm combines the useful data with error correction codes.
  • the coding format is advantageously ECC200 (Error Checking and Correcting).
  • the QR code is defined by the ISO/IEC 18004 standard. It also has a multi-level error correction system, allowing to reconstruct missing data, when part of the code cannot be read.
  • the QR code is static and advantageously integrates a URL (Uniform Resource Locator).
  • the QR code is dynamic, and integrates a short URL, redirecting the user to another URL.
  • the Aztec code is described in the ISO/IEC 24778 standard.
  • the placement of the identifier on the containers can be done by sticking a label, thermal transfer, or even by engraving, in particular laser engraving.
  • the workstation includes weighing means. It is thus possible to compare the weight of the biological tissue, measured during the biopsy or surgical excision, with the weight of the tissue arriving at the pathology laboratory. It is also possible to check that the quantity of formalin (or other preservation product used) is suitable for the sample to be analyzed.
  • the workstation includes means of measurement along several axes.
  • the device comprises a station for including biological tissue to form a block, for example of paraffin, a station for cutting the block into thin slices by microtome, the slices having for example a thickness of the order of 3 to 5 microns, and a station for spreading the slices on slides, the device comprising means for printing on the block and on the slides an identifier of the biological tissue.
  • the inclusion station includes one or more cameras and object identification and tracking is performed by analyzing a video stream, for operations performed at the inclusion station.
  • the microtome thin-slicing station includes one or more cameras and object identification and tracking is performed by analyzing a video stream, for operations performed at the cutting station.
  • FIG. 1 is a view of a macroscopy laboratory workstation, a closed vial, an open cassette, a cassette closed and a clamp being placed on the workstation tray;
  • figure 2 is a view similar to figure 1, after opening the bottle, a technician taking a fragment of tissue from the bottle, for example a biopsy, using forceps;
  • figure 3 is a view similar to figure 2, the technician placing the tissue fragment from the bottle in the open cassette;
  • figure 4 is a view similar to figure 3, after closing the cassette containing the tissue fragment.
  • Figures 1 to 4 show a macroscopy laboratory workstation.
  • the workstation includes a board made of a polymeric material, such as polyamide, polyoxymethylene (POM), or high-density polyethylene (HDPE).
  • a polymeric material such as polyamide, polyoxymethylene (POM), or high-density polyethylene (HDPE).
  • the dissection board (cutting board) is made of polyethylene, colored throughout, the color used corresponding to a predetermined use.
  • the polymer material board includes a measuring rod, for example made of stainless steel.
  • the board comprises at least one reservation, the dimensions and shape of which are such that an object such as a cassette or a bottle, placed in the reservation, is held in position.
  • the board is made of hard, washable and long-lasting material. In some uses, the board is single-use and disposable.
  • the board is made of polymer material and is placed on a stainless steel plate, which serves as its support.
  • Cameras film the cutting board and the items placed on the board.
  • the cameras are of the RGB (Red-Green-Blue) digital camera type.
  • the cameras are connected to a central unit or server with means to analyze and process the video streams coming from the cameras.
  • a screen allows you to view all the stages of the treatment.
  • An image processing algorithm detects the presence of objects on the cutting board and identifies these objects, as they appear in the figures.
  • the shape of the identified object is advantageously represented by an enclosing window, as shown in the figures.
  • the shape of the object is represented by a point, located at the center of the object, or in the form of an outline, a silhouette.
  • Detection of objects can be achieved by interest point detection, or by background subtraction, or image segmentation or even by supervised classification.
  • the detection of points of interest is for example ensured by a Moravec algorithm, or a Harris detector, a Kanade-Lucas-Tomasi detector, a SIFT (Scale Invariant Feature Transform) detector.
  • a Moravec algorithm or a Harris detector, a Kanade-Lucas-Tomasi detector, a SIFT (Scale Invariant Feature Transform) detector.
  • Detection by image segmentation is for example obtained by a Mean shift algorithm.
  • Tracking of identified objects is achieved for example by point tracking, by a probabilistic method or by kernel tracking.
  • Object tracking methods by video stream analysis are presented by Maggio et al. Video tracking, theory and practice, 978-0470749647, 201 1).
  • the processing of the video stream is thus advantageously carried out by an artificial vision system (or computer vision), that is to say an artificial intelligence system making it possible to analyze and process the video streams obtained by an image acquisition means such as a camera, and to ensure object tracking.
  • an artificial vision system or computer vision
  • an artificial intelligence system making it possible to analyze and process the video streams obtained by an image acquisition means such as a camera, and to ensure object tracking.
  • the technician creates a new file for the sample.
  • This creation of a new file is advantageously linked to an identifier, for example a bar code, in particular a two-dimensional bar code, in particular of the Data Matrix or QR code type, or even an Aztec code.
  • an identifier for example a bar code, in particular a two-dimensional bar code, in particular of the Data Matrix or QR code type, or even an Aztec code.
  • the identifier is advantageously a unique identifier associated with a single individual.
  • a unique identifier is associated with a sampling.
  • a patient who has been operated on several times is associated with a different identifier for each surgical procedure.
  • the workstation includes a barcode reader connected to the server. Such readers are sometimes referred to as a barcode scanner or barcode gun.
  • the workstation includes a camera connected to the server, an application, for example stored on the server, enabling the reading of barcodes scanned by the camera.
  • Communication between the barcode reader and the server can be wired or wireless, in particular by protocols known under the brands Wifi, Bluetooth, Sigfox, Zigbee, Lorawan, Z-Wave, or even by near field communication NFC (Near Field Communication).
  • the workstation is, for example, as shown in Figure 1.
  • a bottle bearing the bar code used to open the file is placed, closed, on the cutting board.
  • Also placed on the board are pliers, an open cassette and a closed cassette.
  • the technician opens the bottle placed on the cutting board, the bottle containing the sample to be analyzed.
  • the application detects that the bottle is open, via the image processing algorithm.
  • the technician is notified by the application of the opening of the bottle, as shown in figure 2.
  • the date the bottle was opened is conveniently recorded in a database.
  • the technician places the cork on the cutting board.
  • the algorithm identifies on the video stream replacement of the cap and reads the associated barcode (e.g. Data Matrix type).
  • a photo is automatically taken by the device to trace the opening of the bottle and the file number. This photograph is advantageously also recorded in a database.
  • the technician places a cassette in the intended location on the cutting board.
  • the cassette is made of polymer material, such as acetate polymer.
  • the cassette includes perforations, facilitating the circulation of liquids and drainage during impregnation steps.
  • the cassette includes a cover, attached or hinged.
  • the cassette is closed by a metal mesh.
  • the cassette is colored, the color being associated with a type of sample.
  • the application automatically detects the presence of the cassette and its number readable via barcode (for example Data Matrix type).
  • barcode for example Data Matrix type
  • a photo is automatically taken by the device, to trace the number of the cassette.
  • the photograph is also recorded in a database.
  • the station working state is in a state such as for example represented in figure 3.
  • a photo of the contents of the cassette is advantageously taken.
  • the photography command can be performed by the technician by clicking on a computer mouse, or by voice command or foot command.
  • the photograph is saved in a database.
  • an automatic count of the biopsies contained in the cassette is carried out.
  • an automatic measurement of the biopsy fragments or cores contained in the cassette is carried out.
  • the technician closes the cassette.
  • the workstation is then in a state as shown in Figure 4.
  • a new cassette is placed on the cutting board, a bottle corresponding to several cassettes.
  • this new cassette is automatically detected with its number, via its barcode (for example of the Data Matrix type).
  • barcode for example of the Data Matrix type.
  • the technician must close the bottle.
  • the application automatically detects the closing of the bottle.
  • the time the bottle is closed is recorded in a database.
  • any further bottle opening will not be effective until the bottle closure has been performed in the appropriate area.
  • the user can ignore errors reported by the application, particularly in the event of an application bug. Any ignored error is advantageously logged in the application.
  • Changes/deletions can be made manually by the user, particularly in the event of incorrect information provided by the application. This may concern, for example, the presence of one too many vial opening lines, an incorrect file number or an incorrect count carried out by the automatic cassette analysis processing.
  • Video stream processing can be performed by an application present on a workstation computer or server. Alternatively, the video stream processing and image processing algorithms are executed on a remote server.
  • Error handling can be performed by the technician present at the macroscopy station.
  • error handling can be performed remotely, by another technician or a supervisor.
  • the macroscopy station includes means of weighing and measuring along several axes (in particular the three main axes of an operating part).
  • the macroscopy station includes means for surface reconstruction of an operating part placed on the board.
  • a central unit controls all the electronic cards of the macroscopy station.
  • the central unit can be a computer or a server.
  • the data produced by the macroscopy station can thus be communicated to a mobile or fixed communication terminal, belonging in particular to a laboratory management system (LMS).
  • LMS laboratory management system
  • the data produced by the macroscopy station can also be accessible via an internet platform.
  • the data produced by the station including photographs, videos, surface reconstructions can be shared in real time or not, for remote assistance, tele-pathology, or for training purposes.
  • tutorial videos showing the macroscopic examination step by step, can advantageously be distributed.
  • measurements, photographs and scans can be viewed on a touch screen connected to a central unit.
  • a software application allows to annotate the photographic views taken, or the scans made.
  • the annotated images, scans and videos, as well as the reports can be stored in a database.
  • the station allows telepathology and extemporaneous telediagnostic examinations, with a technician present on site and sending digital photographs and videos to the pathologist.
  • the pathologist can advantageously take remote control of the station, in particular to view the macroscopic image and indicate to the technician the area to be sampled.
  • the data produced by the station can serve as a basis for laboratory reports.
  • Archiving the data produced by the station makes medical data and material available for medical, scientific or forensic purposes.
  • the precise morphometry of the surgical part is preserved, as well as the trace of the pre-analytical steps.
  • the data provided by the macroscopy station are advantageously coupled with digital slides or virtual slides.
  • a software application allows macroscopic images or those from digital slides to be placed in the volume delimited by the surface reconstruction.
  • digital slides are produced by a slide scanner.
  • Slide scanners are marketed for example under the name Panoramic 1000 by the company 3D Histech. Handling of physical slides and the loss of time searching for these slides can thus be avoided.
  • the method and the macroscopy station according to the invention advantageously allow the tracking of all the steps by which the surgical samples pass, from surgical excision to microscopy slides, and their archiving, tracking thus allows the identification of operations carried out at the slide archiving station (or paraffin blocks), making it possible to identify and date the deposits and withdrawals carried out.
  • the method according to the invention makes it possible to ensure the traceability of samples (for example an operating specimen or a biopsy), from the operating table to the end of processing in the anatomic pathology laboratory.
  • samples for example an operating specimen or a biopsy
  • the operating table is placed in an operating room of an operating theatre, the removal being in principle carried out by a surgeon.
  • the operating table is placed in an interventional radiology room, with the sample (e.g. a breast biopsy) being taken by a radiologist or surgeon.
  • the sample e.g. a breast biopsy
  • the operating table is placed in an interventional room equipped with imaging equipment (hybrid interventional room in the S I BO operating theatre), the sample being in principle carried out by a surgeon, for example a vascular surgeon.
  • the medical team working in the operating room or in a hybrid SI BO room most often includes a surgeon, an anesthesiologist, an operating room nurse (I BODE).
  • the surgeon may be accompanied by assistant surgeons.
  • the anesthesiologist is assigned to the operating room and is in charge of several patients located in the different rooms of the operating room.
  • the same applies to the operating room nurse who may be an instrument nurse, operating assistant, surgical or circulating assistant, or still an anesthesia-resuscitation nurse.
  • the operating room nurse ensures the traceability of activities in the operating room and in associated sectors (article R431 1 - 1 1 of the Health Code).
  • the sample When the practitioner performs a sample by excision, the sample is often placed in a bowl, such as a bean, given by the surgeon to a circulating I BODE. During this step, an anatomopathological examination form is filled out by the nurse, the elements being dictated by the surgeon.
  • Each sample forms a biological material that can be sent as is to the pathology laboratory, or divided into samples before being sent to the pathology laboratory.
  • each sample (or each sample) is placed in a transport container (e.g. bag, bottle, bucket).
  • the transport container is sterile before use.
  • samples from different operating rooms are collected in a common area, most often non-sterile, in the operating room or near the operating room.
  • Surgical specimens containing a tumor are preferably sent to the pathology laboratory in a fresh state.
  • Direct transfer of surgical specimens from the operating room at room temperature is sometimes implemented. Such direct transfer is implemented when the pathology laboratory is located near the operating room, the correct storage time of a surgical specimen at room temperature being limited to 40 minutes. In some organizations, samples taken in the operating room are vacuum-sealed in a polymer bag and cooled to approximately 4°C for transfer to the laboratory. This technique allows the integrity of the sample to be maintained for a limited period of approximately 72 hours.
  • Surgical specimens are most often sent to the ACP laboratory after immersion in a preservation liquid (fixative).
  • the specimen or anatomical specimen must be immersed in the fixative as soon as possible.
  • a ratio of 20 to 50 times the volume of the specimen must be respected.
  • the fixation time depends on the size of the specimen, and is most often between two hours for a biopsy and 12 to 24 hours for a surgical specimen.
  • fixation is obtained by immediate immersion in the fixative (for small specimens from biopsy or curettage), or after opening the anatomical specimen (digestive tract, gallbladder, liver).
  • the fixative is previously injected into the anatomical specimen, before its immersion in the fixative solution, for example for the bronchi or lungs.
  • Fixation must occur within a short time: otherwise, desiccation or autolysis of the tissue can make the study difficult or even impossible.
  • hollow organs Before fixation, hollow organs must be opened and, if necessary, washed of their contents, in order to prevent autolysis of the mucous membranes. Solid organs such as the liver and spleen must be cut into slices, to facilitate the homogeneous and rapid penetration of the fixative.
  • Many pathology laboratories recommend not sending tissue samples in a fresh state, in order to ensure that the time between surgical resection and fixation by immersion in the fixative (most often formalin) does not exceed one hour for surgical specimens, and ten minutes for biopsies.
  • Chemical fixation should block endogenous enzymes responsible for the destruction of cellular organelles. Chemical fixation should also maintain cellular, tissue and molecular structures in a state as close as possible to the natural state physiological. Chemical fixation must also allow immunohistochemical studies and prepare the inclusion of the sample in an inclusion medium, in particular paraffin.
  • Fixation develops from the surfaces in contact with the fixative, so the fixative should be placed in the container first, to prevent the specimen, for example the anatomical part, from sticking to the wall of the container.
  • the size of the container should be adapted to the part to be fixed.
  • the container can be a bottle, a box, or a bucket.
  • Formalin is widely used for the preservation of samples, particularly for morphological analysis and immunohistochemistry.
  • Formalin here refers to an aqueous solution of formic aldehyde, or formaldehyde, (CAS 50-00-0).
  • Formaldehyde is also called methanal, oxomethane, and formalin is sometimes called formalin.
  • fixatives than formalin have been proposed, for example glyoxal or ethanedial.
  • Formaldehyde in particular buffered formalin diluted to 4%) remains the reference in anatomopathology, despite its drawbacks. Standardized immunohistochemistry and in situ hybridization tests are validated for samples fixed in buffered formalin and embedded in paraffin, the participation of patients in most international trials being conditioned by the formalin fixation of the tumor sample.
  • aqueous solutions may contain a formaldehyde polymerization inhibitor, such as methanol, at a mass concentration of 0.5 to 15%.
  • Chemical fixatives based on formaldehyde, in aqueous solution are marketed in three main forms: neutral formaldehyde to be diluted in demineralized water, the pH being adjusted with for example soda; buffered formalin to be diluted in a buffer solution; neutral buffered formalin to be diluted in a buffer solution and neutralized with for example calcium carbonate.
  • the bottles, pots and buckets are sold pre-filled with formalin.
  • the bottles are for example made of polypropylene, with a polyethylene cap, and a capacity of up to, for example, 150 ml.
  • the pots are in particular made of high-density polyethylene, with a capacity of half a liter to one liter.
  • the buckets are in particular made of polypropylene with a capacity of several liters.
  • identification errors can be made, particularly when samples are taken from two paired organs such as lungs, kidneys, ovaries, breast or testicles.
  • An inversion of identification between left and right organs can be very damaging, when only one of the two organs is carrying a tumor, or when only one of the two organs is carrying a malignant tumor.
  • An examination request form includes the patient's identity data, the name of the prescribing physician, the name of the sampler (if different from that of the prescribing physician), the date and time of the sample, the state of the sample (fresh or fixed), the time of fixation, the fixative used, the type of sample (biopsy, surgical specimen), the organ to be sampled, the location and topography, information for diagnosis (including patient history, ongoing medical treatments), the number of slides desired, and the existence of an infectious risk.
  • samples from several patients may be on the same trolley or the same workbench, to be identified one after the other, leading to risks of identity vigilance errors.
  • a mastectomy specimen is oriented by the surgeon using wires or clips during sampling.
  • the specimen is oriented in the three planes of space, allowing differential anchoring of the edges. Information relating to the orientation of the specimen is not systematically transmitted to the ACP laboratory, or is incomplete.
  • an analysis of the video stream is carried out with identification and tracking of objects, for the works carried out from sampling to containerization before sending to the ACP laboratory.
  • a workstation is placed near the operating table, this workstation comprising a board forming a tray and means of identifying and tracking objects by analyzing a video stream, the samples and the containers for these samples being manipulated on the tray of the workstation. At least one camera films the manipulations carried out. Computer vision algorithms analyze the video stream and ensure identification and tracking of objects.
  • placed nearby we mean here that the workstation is placed in the operating room or the interventional radiology room or the hybrid SI BO room, the person taking the sample preferably placing the sample directly on the workstation tray.
  • placed nearby we also mean the case where the workstation is located in a separate but adjacent room (advantageously contiguous) to the operating room, or the interventional radiology room or the hybrid SI BO room.
  • placed nearby is meant here a fixed location for the workstation or a mobile location.
  • the workstation is mounted on a mobile cart, for example a four-wheel cart.
  • the analysis of the video stream with identification and tracking of objects advantageously concerns at least one of the following steps: labeling of the samples, immersion of the samples in the fixer.
  • a patient label is issued, this label including the identity of the patient (last name, first name, date of birth, sex), as well as the date and time of collection.
  • this label includes the patient number, in alphanumeric form and/or in coded form (e.g. QR code or Data Matrix).
  • the label is preferably edited by the person who took the sample.
  • the label is placed on the tube, jar or bottle that is to contain the sample.
  • Analysis of the video stream with object identification and tracking, during labeling, allows the operator to be alerted of a discrepancy between the patient’s identity and the data on the ACP order form.
  • Alphanumeric character recognition or reading of a one-way or two-way barcode (QR code, Data Matrix, Aztec, PDF417) provides access to the patient’s identity, during analysis of the video stream.
  • the ACP analysis request form is placed on the workstation tray, and character recognition is performed.
  • an alarm is generated.
  • the alarm is a sound and/or a visual alarm and/or a vibration alarm.
  • the alarm includes opening a pop-up window.
  • the computer vision and video stream analysis algorithms are interfaced with the computerized patient record.
  • DP I computerized patient file
  • the computerized patient file DP I contains, for example, hospital discharge liaison letters, surgical reports, discharge prescriptions, biological reports and imaging reports.
  • the computerized patient file contains the various documents to feed the shared medical record (DMP), or the personal digital space “My health space”, launched in February 2022, to replace and improve the DM P.
  • DMP shared medical record
  • My health space the personal digital space
  • human-machine interface means allow rapid navigation in the functionalities of the software, for example touch screen, optical pens, automatic speech recognition, voice synthesis, three-dimensional information visualization, virtual reality headset or glasses, in particular augmented reality.
  • the workstation is provided with stereoscopic, infrared or laser depth cameras, allowing three-dimensional modeling of the surface of operating parts, the resulting model being able to be saved, oriented, and advantageously digitally annotated.
  • the workstation is equipped with means for digitally annotating the 2D images of the samples and saving them.
  • the workstation is provided with means for printing barcodes (one-dimensional or two-dimensional, for example QR code or Data Matrix), the barcode being placed on a container in which the sample is placed, an analysis of the video stream being carried out during the printing of the barcode, as well as during the placement of the label on the container.
  • barcodes one-dimensional or two-dimensional, for example QR code or Data Matrix
  • the ACP examination request form is digital and the identification label placed on the container encrypts the patient's identity and guarantees their anonymity by pseudonymization.
  • pseudonymization here we mean measures guaranteeing the protection of personal data, access to this personal data requiring the use of additional information.
  • the analysis of the video stream allows the control of the volume of fixative such as formalin, and the verification that the volume of fixative is adapted to the volume of the surgical part to be fixed.
  • the volume of fixative such as formalin
  • the workstation has weight sensors, and an amount of fixative to use is communicated to the operator, either by text message or voice message.
  • the placement of the sample in the fixer is filmed and analysis of the video stream makes it possible to verify compliance with an appropriate quantity of fixer.
  • An alarm for example an audible alarm and/or the display of a message, occurs when the fixer has been omitted or when the quantity of fixer is not appropriate.
  • the operator using the workstation is identified by authentication means, for example with a login and a password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFI D or NFC.
  • buffer zone we mean a room which may be sterile and is most often non-sterile, preferably placed near the operating theatre, and in which samples from the operating rooms are collected before their transfer to the PCR laboratory.
  • checks of the ACP examination request forms are carried out, as well as checks on the number of containers (bottles, buckets, bags). Traceability is carried out by handwritten transcription on a paper notebook.
  • the checks carried out in the buffer zone are repetitive and tedious. This results in risks of human error, due to a temporary drop in vigilance or concentration of an operator. These errors may concern in particular the identity of the patient, the nature of the sample, the number of containers. When a discrepancy is detected by the operator during checks in the buffer zone, the loss of time caused, for example, by searching for a missing container is a source of irritation, increasing fatigue and the risk of subsequent errors.
  • an analysis of the video stream and computer vision algorithms for example by image segmentation, are implemented during the work carried out in the buffer zone.
  • the analysis of the video stream ensures an automatic count of the containers and/or a check of the adequacy of the volume of fixer for each sample placed in a container (for example by the ratio of sample volume/fixer volume, the sample being placed in a transparent container).
  • the absence of fixative in a container or the presence of an insufficient quantity of fixative results in the creation of an alarm, for example a text message on a screen and/or an audible alarm.
  • ACP application forms there are means to digitize ACP application forms, for example by automatic OCR character analysis.
  • the label data e.g. barcode, QR code or Data Matrix placed on each container are read, the identity of each patient being encrypted, allowing anonymity to be preserved by pseudonymization.
  • the identity of the operator working in the buffer zone is controlled by authentication means, for example with a login and password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFID or NFC.
  • authentication means for example with a login and password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFID or NFC.
  • registration station here refers to the workstation receiving the samples, delivered for example by a person (such as a courier or the patient himself), or arriving by automatic means of transport (for example by pneumatic transport).
  • Samples come to the registration station from various sources (operating theatres, hospital departments, private clinics), in variable and unpredictable quantities.
  • the registration station receives all samples from the various prescribers using the ACP laboratory.
  • the registration station is a critical station in the ACP laboratory. In case of high activity, this station can become a bottleneck, that is, a station receiving more work requests than its maximum processing capacity can support.
  • the registration includes the identity of the patient and the inventory of samples received.
  • the registration is carried out by administrative staff or by a laboratory technician.
  • the sample When registering, the sample is identified by the ACP examination request form.
  • a large amount of information must be checked during registration: the patient's identity, the information administrative, number of containers, description and appearance of samples, clinical information.
  • an examination number is assigned to each sample received in the SGL laboratory's computerized management system, and a label bearing this number is often placed on the container.
  • the verification work to be carried out at the check-in station is repetitive, tedious and a source of human error, particularly in the event of high traffic, which is a source of stress. Traceability essentially relies on the concentration, rigour and vigilance of the staff working at the check-in station.
  • an analysis of the video stream and computer vision algorithms for example by image segmentation, are implemented during the work carried out at the recording station, allowing identification and tracking of objects.
  • a workstation is placed at the recording station, this workstation comprising a tray on which the containers and the samples are handled, the tray being equipped with one or more cameras.
  • one or more cameras placed on the ceiling of the recording station operate in concert with the workstation cameras.
  • the analysis of the video stream ensures an automatic count of the containers and/or a check of the adequacy of the volume of fixer for each sample placed in a container (for example by the ratio of sample volume/fixer volume, the sample being placed in a transparent container).
  • the absence of fixative in a container or the presence of an insufficient quantity of fixative results in the creation of an alarm, for example a text message on a screen and/or an audible or vibrating alarm.
  • ACP application forms there are means to digitize ACP application forms, for example by automatic OCR character analysis.
  • the data on the label e.g. barcode, QR code or Data Matrix placed on each container are read, the identity of each patient being encrypted, allowing anonymity to be preserved, by pseudonymization.
  • the data on the label advantageously contain administrative information, the description of the samples, the number of containers and clinical information.
  • the reading of the barcode is filmed and is the subject of an analysis of the video stream.
  • the workstation of the recording station comprises means for printing a barcode (one-dimensional or two-dimensional, for example QR code, Data Matrix), for printing a barcode on each container, encoding an identification number generated by the SGL laboratory management system.
  • a barcode one-dimensional or two-dimensional, for example QR code, Data Matrix
  • the operations of printing the barcode and fixing this barcode on the container are filmed and are the subject of a video stream analysis.
  • the identity of the operator working at the registration station is checked by authentication means, for example with a login and a password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFI D or NFC.
  • cameras placed above the macroscopy station for example cameras placed on the ceiling of the room, film the work carried out, and an analysis of the video stream coming from these cameras is carried out.
  • the analysis of the video stream ensures an automatic count of the containers and/or a check of the adequacy of the volume of fixer for each sample placed in a container (for example by the ratio of sample volume/fixer volume, the sample being placed in a transparent container).
  • the absence of fixative in a container or the presence of an insufficient quantity of fixative results in the creation of an alarm, for example a text message on a screen and/or an audible alarm.
  • the identity of the operator working at the macroscopy station is controlled by authentication means, for example with a login and a password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFI D or NFC.
  • authentication means for example with a login and a password and/or facial recognition means, and/or the reading of a badge, for example RFI D or NFC.
  • the cassettes from the macroscopic examination are collected in racks, which can hold up to 150 cassettes, for example.
  • cassettes are collected in racks of a machine marketed under the brand name Tissue-Tek VI P, by the Sakura company.
  • the workstation is a gray area in the workflow of the ACP laboratory: it is in fact impossible to quickly find a sample in a set of cassettes placed at the dehydration station, since all the numbers of the cassettes constituting a batch placed at the dehydration station are unknown.
  • one or more cameras film all of the cassettes, and the analysis of the video stream allows the reading of all of the cassette numbers, whether this number is alphanumeric or coded for example in an OCR code or a Data Matrix.
  • each cassette bears a number, for example printed on an adhesive support attached to the cassette, or else printed on the cassette.
  • a cassette identifier is also printed, for example 24H00000, and right next to it, a bar code (for example Data Matrix) which encodes this identifier.
  • an algorithm first attempts to decode the barcode, and if decoding fails (e.g. due to poor camera focus), an open character recognition (OCR) algorithm attempts to decrypt the cassette identifier placed next to the barcode.
  • OCR open character recognition
  • one or more cameras are placed on a mobile, motorized support, allowing a tracking shot to be performed.
  • the cassettes are illuminated, in particular by LEDs.
  • At least one screen of the dehydration machine is filmed by one or more cameras, and an analysis of the video stream is performed, for example for OCR character recognition.
  • the information obtained is saved in a database, this information advantageously comprising for example the following elements: duration of the dehydration cycle, time remaining until the end of the dehydration cycle, type of cycle.
  • the alarms appearing on the screen of the machine are notified in real time to the operator, for example a notification sent by email, by SMS, by a pop-up window of a dashboard application.
  • the video stream analysis can be carried out on each dehydration machine in the ACP laboratory, these machines being marketed by different suppliers where appropriate.
  • the invention thus proposes an agnostic device, indifferent to the models of marketed automatons, the operator using a single human-machine interface for a set of dehydration automatons of different types.
  • a single human-machine interface allows the operator to know in real time the operating status of each machine.
  • the operator can be present in the ACP laboratory, or be remote from the ACP laboratory.
  • the operator can receive notifications from automatons placed in different dehydration stations, located in separate locations.
  • the inclusion station determines the appearance of the block of inclusion material, most often paraffin.
  • the inclusion position is a sensitive position for the ACP laboratory for several reasons.
  • the work carried out at the inclusion station requires manual skill and attention to detail.
  • Some samples are difficult to orient and their orientation can condition the diagnosis, for example skin excision, Mohs, pseudo Mohs.
  • Mohs we mean here a piece resulting from excision by Mohs micrographic surgery (MMS).
  • MMS Mohs micrographic surgery
  • the Mohs technique of excision and anatomopathological examination allows an exhaustive analysis of the edges associated with a reduction in the sacrifice of healthy tissues.
  • pseudo Mohs or slow Mohs we mean here a sample similar to MMS, followed by inclusion in paraffin, for a deferred ACP analysis.
  • Khaddaj (medical thesis, University of Lille, 2021).
  • the inclusion machine is provided with a workstation comprising a barcode scanner, one or more cameras, and a display screen.
  • one or more endoscopic cameras are placed close to the work surface.
  • one or more cameras are placed above the inclusion station, for example on the ceiling or on a wall of the ACP laboratory.
  • a reading of its number e.g. alphanumeric or bar code
  • this reading is obtained by means of a scanner (handheld scanner) or a camera.
  • a software interface opens the patient file and displays the macroscopy images. This data facilitates the determination of the direction of inclusion.
  • an analysis of the video stream and computer vision algorithms allow a count of the samples transferred into the inclusion mold, and check the absence of superposition of samples (for example biopsy cores) inside the molds, or a comparison of the size and surface area, in order to verify that no loss of material has occurred.
  • an alarm is advantageously generated, this alarm being for example a text or an audible alarm.
  • the cutting station and the spreading station are sometimes one and the same station, for work carried out by a single technician.
  • the cutting station is separate from the spreading station, and the work is carried out on these two stations by the same technician or by two different technicians.
  • the block of embedding material is cut using a microtome into ribbons a few microns thick. This ribbon is then spread on a glass slide, with or without the aid of a water bath, and the slides are then placed on a hot plate.
  • the cutting and spreading station is a sensitive position in an ACP laboratory. This workstation requires dexterity and consistency in movements.
  • a ribbon from a block may be spread on the wrong blade.
  • the cutting begins with a stage of roughing out the block, during which the block may be over-cut, part of the sample then being lost unnecessarily.
  • the block may be insufficiently started, the spread ribbons not allowing a diagnosis when observed under the microscope.
  • the microtome is provided with a workstation comprising a barcode scanner (one-dimensional or two-dimensional, for example QR code or Data Matrix), one or more cameras and a display screen.
  • a barcode scanner one-dimensional or two-dimensional, for example QR code or Data Matrix
  • one or more cameras one or more cameras and a display screen.
  • a camera or cameras are focused on the block inserted into the jaws of the microtome. In some implementations, a camera or cameras are aimed at the ribbons.
  • the screen conveniently displays the instructions to be followed by the operator, for example in the form of a text message.
  • an analysis of the video stream and computer vision algorithms in particular image detection and segmentation, allow tracking of the ribbons towards the spreading blades.
  • the correct position of the ribbon on the blade is detected, in particular the absence of folds or streaks.
  • the trays of slides are prepared in a specific order, with the trays accompanied by examination vouchers filed in the same order.
  • an analysis of the video stream and computer vision algorithms allow a count of the samples present on the stained slides, a verification of the correlation of this count with that of the samples present in the cassette at the macroscopy station.
  • an alarm signal is generated, for example a text message and/or an audible signal.
  • the paraffin blocks and glass slides are stored and archived in archive cabinets, in the order of their number assigned to the laboratory, for example 24H00000, and right next to it, a bar code (for example Data Matrix) which encodes this identifier.
  • a bar code for example Data Matrix
  • the blades and blocks are classified in chronological order in drawers, according to a storage system by line or by column in the cabinets, for periods ranging from 10 to 30 years in France.
  • a station comprising a central unit (PC), a touch screen, for example suspended in the immediate vicinity of the archiving cabinets, and a bar code reader makes it possible to identify:
  • the operator for example via a username and password, or a near-field scanning device (NFC), or facial recognition means, or a fingerprint reader;
  • NFC near-field scanning device
  • facial recognition means or a fingerprint reader
  • the block or blade to be archived/unarchived - the block or blade to be archived/unarchived; - the location (e.g. coordinates) of the replacement object to be archived (such as a drawer, a cabinet).
  • An analysis of the video stream and computer vision algorithms including image detection and segmentation, enable a count of the de-archived objects and a verification of the correlation of this count with that of the objects identified in the software.
  • an alarm signal is generated, for example a text message and/or an audible signal.
  • Samples taken in the operating theatre follow a complex circuit, involving a large number of stages, with a multiplicity of locations (operating theatre, buffer zone, recording station and successive work stations in the ACP laboratory) and actors (prescriber, sampler, transporter, laboratory technicians).
  • Any failure in this circuit can lead to loss of sample, identity errors, or errors in sample orientation, unsuitable transport conditions and deterioration of samples. These failures can delay or distort a diagnosis, or require a new sample.
  • the installations and methods according to the invention improve the traceability of samples and reduce the risks of error, at each of the stages and work stations, from the operating field (for example in the operating room) to the analysis of thin sections by microscopy in the PCR laboratory.
  • a camera advantageously films the placement in a jar or bottle of the sample, and an algorithm detects the surgical part and follows its movement into the jar or bottle.
  • the algorithm allows the control of whether the quantity of formalin contained in the pot is sufficient to ensure good preservation of the tissues.
  • the surgical specimen is weighed and this weighing is compared to that carried out during surgical removal.
  • the macroscopy station implements at least one identification and tracking algorithm and advantageously at least one character recognition algorithm, ensuring that the bottle or pot placed on the board (associated with a patient, by a unique identifier) corresponds to an operating sample placed in one or more cassettes.
  • the method thus makes it possible to detect possible human errors in the analysis of an operating sample for a patient P.
  • the method makes it possible to detect the erroneous placement of a sample in a cassette
  • cassette inversion either by depositing the sample contained in a bottle corresponding to patient P in a cassette not corresponding to patient P, this error being able to be called cassette inversion.
  • the method further makes it possible to detect the erroneous placement of a sample in a bottle or a pot, by depositing a sample from a patient P in a bottle or a pot labeled (for example by Data Matrix) for a patient other than patient P, this error being able to be called a patient error.
  • the method also makes it possible to detect the incorrect assignment of a thin section to a patient.
  • the placement of the sample in a cassette is subject to video stream analysis, object identification and tracking, as well as recognition of an identifier (for example a Data Matrix type barcode).
  • an identifier for example a Data Matrix type barcode
  • the cassette is then included in an embedding medium, notably paraffin.
  • the block obtained is cut with a microtome, the slices obtained, a few microns thick, then being spread on slides.
  • the slides are fixed then stained to be sent to pathologists for analysis.
  • the slides are deparaffinized before staining, using a solvent, for example toluene or xylene. If necessary, immunostaining is carried out in addition to the staining, to highlight certain tissue antigens, using labeled antibodies.
  • the opening and closing of the bottles, the opening and closing of the cassettes are advantageously subject to detection and dating (time stamping), in connection with recognition of the identifier of the biological tissue.
  • the process alerts the technician of a loss of concordance between the biological tissue at the end of a processing step (in particular placement in a cassette, placement on a thin slide).
  • the method can advantageously be implemented for small surgical parts, such as skin excisions or biopsies.
  • the operator when implementing the method, the operator can remain focused on the operating part to be analyzed, and does not have to be careful to press a control with his hand or foot. Possible visual distraction and repeated interruption of work linked to the use of manual controls or foot controls is a source of errors, which the method makes it possible to avoid.
  • the devices and methods according to the invention can be implemented for existing installations and equipment, and this in an agnostic manner, indifferent to the models of marketed automatons (in particular dehydration automatons, microtomes, cryostats), the operator advantageously using a single human-machine interface for a set of automatons of different types.
  • automatons in particular dehydration automatons, microtomes, cryostats
  • the devices and methods according to the invention do not require a replacement of existing machines in ACP laboratories, with the costs that would result.
  • the devices and methods according to the invention can be implemented in fully robotic ACP installations.
  • the invention can be implemented while retaining manual operations, thus preserving the expertise and experience of medical laboratory technicians and physicians. qualified in ACP, and reducing the risks of error at each stage and station of biological tissue processing.

Landscapes

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Abstract

Procédé d'examen histopathologique de tissus biologiques, notamment pièce opératoire ou biopsie, en particulier pour l'anatomo- cytopathologie ACP, le procédé comprenant une identification et suivi d'objet par analyse d'un flux vidéo au cours d'une étape pré-analytique et/ou d'une étape analytique des tissus biologiques.

Description

Procédé et dispositif d’anatomopathologie avec identification et suivi d’objets
Domaine technique
L’invention a trait à l’anatomie et cytologie pathologiques.
Etat de la technique
L’anatomie et cytologie pathologiques, ou anatomo-cytopathologie (ACP) désigne la spécialité médicale qui étudie les tissus, les cellules et leurs anomalies, afin de contribuer au diagnostic des maladies, par exemples les maladies tumorales, ou des maladies de cause inflammatoire, dégénérative, vasculaire, métabolique ou infectieuse. L’anatomo-cytopathologie désigne également l’autopsie et les actes de fœtopathologie.
L’anatomo-cytopathologie (ACP) est une spécialité médicale qui est au croisement de la clinique, de l’imagerie et de la biologie. Elle ne peut être exercée en France que par des médecins qualifiés en ACP, ou par des techniciens de laboratoire médical, sous la responsabilité d’un biologiste médical ou d’un médecin qualifié en ACP (article L4352- 1 du code de la santé publique).
L’anatomie et cytologie pathologiques met en oeuvre une étude macroscopique, ainsi que diverses méthodes de microscopie, de biologie moléculaire pour l’analyse histologique et cytologique.
Le diagnostic ACP est fondé sur la présence ou l’absence d’anomalies tissulaires ou cellulaires, macroscopiques ou microscopiques, par rapport à la normale. Le diagnostic ACP est essentiel pour le diagnostic des tumeurs et la prise en charge thérapeutique personnalisée et le traitement ciblé des cancers.
L’anatomopathologiste analyse des prélèvements pour examen histopathologique : ce sont des biopsies, des produ its de curetage, résections endoscopiques et aspirations, des matériels d’expulsion spontanée, des échantillons de pièce opératoire ou d’amputation , des échantillons d’organes. L’examen peut se dérouler en laboratoire de pathologie, ou lors d’intervention chirurgicale (examen extemporané).
Par « biopsie » on désigne ici un petit fragment de tissu prélevé par voie transcutanée ou par voie endoscopique, par exemple un échantillon de tumeur.
Par « pièce opératoire » on désigne ici des exérèses partielles ou complètes d’un ou plusieurs organes, prélevées au bloc opératoire lors d’une intervention chirurgicale.
L’examen des pièces opératoires comprend un examen macroscopique permettant leur mesure, leur pesée et leur description . Les pièces opératoires doivent être fixées, disséquées, décrites, mesurées et échantillonnées selon des protocoles spécifiques.
La fixation doit intervenir dans un délai court : à défaut, la dessiccation ou l’autolyse du tissu peuvent rendre l’étude difficile, voire impossible. Avant fixation, les organes creux doivent être ouverts et si nécessaire lavés de leur contenu , afin de prévenir l’autolyse des muqueuses. Les organes pleins tels que foie et rate doivent être coupés en tranches, pour faciliter la pénétration homogène et rapide du fixateur.
La macroscopie permet notamment de constater l’aspect, la coloration, la taille et la consistance d’un organe ou d’une muqueuse, évocateurs d’une pathologie, par exemple stéatose hépatique, cholestase, rectocolite ulcéro-hémorragique.
Des images numériques peuvent être acquises lors de la macroscopie ou des étapes ultérieures de microscopie, pour être indexées et sauvegardées dans un système de gestion de laboratoire (SGL). Les images de la pièce opératoire, fraiche ou fixée, qui sera défaite par dissection , sont conservées numériquement, et annexées au dossier du patient. Les stations de travail de laboratoire de macroscopie comportent classiquement une table en acier inoxydable sur laquelle est placée une planche à dissection . Dans certains cas, la station de travail est pourvue d’un dispositif d’imagerie permettant la prise d’images et l’annotation de ces images lors de la macroscopie.
En phase de macroscopie, le technicien dispose habituellement d’un ou plusieurs flacons étiqueté(s) avec un numéro de dossier propre à l’échantillon , et relié au patient dans le système de gestion du laboratoire. Le technicien extrait le contenu du flacon et le place dans une (ou des) cassette(s) également étiquetée(s) .
Des exemples de cassettes sont présentés dans les documents US1 1 774320 (Biopath , 2023) , EP231 601 0B1 (The Univ of Miami, 2022), US8877146 (Biopath, 2014) , US7771992 (Leica Biosystems, 201 0) , DE4306233 (Guenter, 1 994) , GB2278441 (Cellpath , 1994) .
Pour le technicien de laboratoire médical, les opérations manuelles sont répétitives et réalisées en grand nombre, chaque jour. Il en résulte des risques d’erreur, les inversions de flacons et les oublis pouvant survenir.
Le risque d’erreur, d’inversion ou d’oubli est également possible lors des autres phases du pré-analytique, qui débute par le prélèvement sur le patient et se termine par la lecture de la lame par le médecin pathologiste, comme par exemple lors de la cryotomie, de la décalcification , de la déshydratation, de l’enrobage ou l’inclusion, de la microtomie, de l’étalement et la coloration .
Sagar et al. (Laboratory errors in pathology and troubleshooting methods, Journal of Pharmaceutical Negative Results, 2022 Special Issue 7, Vol. 13, p272-278. 7p. DOI: 10.47750/pnr.2022. 13.S07.037) présentent une liste d’erreurs humaines pouvant survenir lors d’étapes pré-analytique, analytiques et post-analytiques.
Dimenstein (Root cause analysis of specimen misidentification in surgical pathology accession and grossing, 2006, DOI: 10. 1309/B7KJB4QDM7YE35CV) présente différentes sources d’erreurs humaines, par exemple confusion entre droite et gauche, erreur d’écriture, choix erroné de flacon ou cassette, ces erreurs étant vues comme liées à la psychologie humaine, et donc inévitables.
Santana et al. (Errors in surgical pathology laboratory, 2018, DOI: 10.5772/intechopen.72919), à partir d’une synthèse d’une quarantaine d’articles, concluent au risque inévitable d’erreurs humaines lors des analyses en laboratoire d’anatomo-pathologie, ces erreurs pouvant avoir des conséquences sérieuses, en générant des faux positifs ou des faux négatifs.
On peut se référer également aux documents Simo Huang et al. (Errors encountered in the diagnostic pathway: A prospective single-institution study, Journal of Cutaneous Pathology, 2023, DOI/10. 1 1 1 1 /cup. 14474) , Steelman, Surgical Specimen Management: A Descriptive Study of 648 Adverse Events and Near Misses, Arch Pathol Lab Med, 2016, DOI 10.5858/arpa.2016-0021 -OA), Tang et al. (Patient safety issues in pathology: from mislabelled specimens to interpretation errors, 2018, doi.org/10.5772/intechopen. 796334), Van Moll et al. (The Nature, Causes, and Clinical Impact of Errors in the Clinical Laboratory Testing Process Leading to Diagnostic Error: A Voluntary Incident Report Analysis, Journal of Patient Safety, 2023, 19(8), 573-579).
Les laboratoires d’anatomopathologie sont exposés à des erreurs d’identification d’échantillons, en raison des nombreuses étapes de modifications des échantillons.
Plusieurs intervenants différents doivent veiller à préserver l’identification de l’échantillon , lors de différentes étapes de transformation de l’échantillon , notamment lors du prélèvement, de la description macroscopique, de la mise en cassette, de l’inclusion dans un bloc (le plus souvent en paraffine) , du transfert sur lame après découpe au microtome du bloc de paraffine.
Une erreur d’identification peut survenir à n’importe laquelle de ces étapes, et peut avoir des conséquences graves pour le patient, telles qu’un retard au diagnostic d’une maladie (en cas de faux négatif), ou la réalisation d’opérations chirurgicales non nécessaires (en cas de faux positif) .
Divers moyens empiriques sont mis en oeuvre pour tenter de prévenir les risques d’erreurs d’identité sur les échantillons. Il est par exemple recommandé d’éviter de procéder à l’enregistrement et à la description consécutive d’échantillons semblables. Il est également recommandé de réduire au minimum les distractions pendant les opérations de transcription ou de vérification de l’identité de l’échantillon .
Pour tenter de réduire les risques d’erreurs, les récipients tels que flacons ou pots contenant les échantillons de tissus remis au laboratoire d’anatomopathologie portent deux identifiants différents, à savoir le nom et prénom du patient d’une part, et un numéro d’identification propre au patient d’autre part. Sur chaque récipient peut figurer également la date du prélèvement.
La norme ISO 1 51 89- 12 prévoit que tous les échantillons reçus sont inscrits dans un registre d’admission, dans un système informatique, la date et l’heure de réception des échantillons devant être consignées. Lors de cet enregistrement, un numéro d’identification est attribué à chaque échantillon reçu, et ce numéro d’identification est conservé tout au long du processus de traitement de l’échantillon dans le laboratoire d’anatomopathologie. La version 2022 de la norme ISO 151 89 indique que chaque demande d’examen d’ACP doit être considérée comme un contrat, et doit permettre de garantir la traçabilité du patient, de la demande et du prescripteur. Par traçabilité, la norme ISO 9000 :2005 désigne l’aptitude à retrouver l’historique, la mise en oeuvre ou l’emplacement de ce qui est examiné.
L’anatomo-cytopathologie est une spécialité pratiquée par un nombre restreint de professionnels. En France, selon le syndicat des médecins pathologistes, 1 471 praticiens exerçaient en 201 8. Selon l’AFAQAP (Association Française d’Assurance Qualité en Anatomie et Cytologie Pathologiques), il existait en France en 2020 environ 270 structures et laboratoires d’ACP, dont 130 structures libérales et 135 structures hospitalières.
Les activités des professionnels de l’anatomo-pathologie sont distinctes, sur les plans techniques et règlementaires, ainsi que pour les machines utilisées, des activités des techniciens de laboratoire d’analyse médicale. En particulier, le flux de travaux (workflow) d’un laboratoire d’ACP comprend, pour les prélèvements de tissus, des étapes spécifiques de fixation des prélèvements, de macroscopie, de mise en cassettes, d’inclusion (habituellement dans la paraffine) , de découpe au cryostat ou au microtome. Chacune de ces étapes peut engendrer des erreurs, et une perte de traçabilité.
Pour tenter de réduire les risques d’erreur d’identification, et d’améliorer la traçabilité, sont commercialisés des systèmes d’impression thermique, sur les cassettes ou les lames, de caractères alphanumériques et de codes à barres bidimensionnels. On peut se référer, par exemple, aux documents IT20190001 2333 (Logibiotech , 2021 ), US201 9324048 (Sakura Finetek, 2019), WO20140181 14, (Aperio technologies, 2014) , W02007/078842 (Ventana Medical Systems, 2007). On peut se référer également aux documents Mei-Hua et al. (The Effect of Barcode Technology Use on Pathology Specimen Labeling Errors, 2019, doi 10. 1002/aorn. 12585), Pantanowitz et al. (Tracking in Anatomic Pathology, 2013, Arch Pathol Lab Med, DOI 10.5858. arpa.2013-0125-SA). De tels systèmes permettent de réduire les risques liés à l’inscription manuelle, mais ne permettent pas de supprimer les erreurs de saisie dans un système informatique, et les erreurs de manipulation.
Norgan et al. (Radio-frequency identification specimen tracking to improve quality in anatomic pathology, Arch Pathol Lab Med- Vol 144, February 2020, DOI: 10.5858/arpa.2019-001 1 -OA) décrivent l’utilisation d’étiquettes RFI D passives à hautes fréquences (902-928 M Hz) pour réduire les risques d’erreurs lors d’étapes pré-analytiques, les étiquettes RFI D étant placées sur un support portant un code à barres unidirectionnel (codant le numéro d’identification du patient), et un code à barres bidirectionnel (codant l’identifiant de l’étiquette RFI D). Au terme d’une période d’observation de 6 mois sur un total de 56 000 échantillons, les auteurs concluent à une diminution des erreurs d’identification, par comparaison avec un emploi de codes à barres seulement. L’emploi d’étiquettes RFI D présente de nombreux inconvénients. Le coût des étiquettes RFI D est élevé. Les risques d’interférence lors de la lecture ne peuvent être éliminés.
Le document WO2022/266459 (Bioptek, 2022) décrit un système et un procédé de traitement automatisé d’échantillons de biopsie, et évoque une analyse d’images fixes.
Présentation générale de l’invention
Un des objectifs de l’invention est de réduire les risques d’erreur lors des travaux d’anatomie et cytologie pathologiques.
Un des objets de l’invention est de proposer un procédé et un dispositif assurant la traçabilité d’un prélèvement en anatomopathologie, du bloc opératoire à la coupe et l’étalement sur lames et à l’archivage des lames et blocs de paraffine.
L’invention vise à assurer la traçabilité sur l’ensemble des étapes de l’ACP, qu’il s’agisse de la phase pré-analytique ou de la phase analytique, et avantageusement de la phase-post-analytique.
Par phase analytique, on désigne toutes les étapes dans l’ordre chronologique des travaux sur le matériel biologique (humain ou animal) , le prélèvement ou l’échantillon, de l’analyse proprement dite jusqu’à sa validation technique et/ou médicale.
Par phase pré-analytique, on désigne l’ensemble des étapes dans l’ordre chronologique commençant par la formulation de la demande d’analyse par le prescripteur, l’identification du patient, le prélèvement du matériel biologique, son acheminement jusqu'au laboratoire d’ACP, sa réception au laboratoire d’ACP, son enregistrement ou encodage et toute autre opération ou manipulation de ce matériel avant le début de la phase analytique. Par phase post-analytique, on désigne l’ensemble des étapes dans l’ordre chronologique à partir de la fin de la phase analytique, comprenant la revue des résultats, l’autorisation de libération , l’élaboration du compte rendu, la transmission des résultats validés à leurs destinataires, le stockage, l’archivage et/ou l’élimination du matériel biologique.
La conservation (notamment l’archivage et l’organisation de celui-ci) de matériel biologique, y compris des échantillons partiels et du matériel résiduel, relève de la responsabilité finale de l’exploitant du laboratoire d’ACP.
Les blocs de paraffine doivent être conservés : ils pourront être utiles ultérieurement ou nécessaires, afin d’affiner ou de compléter le diagnostic du patient dont ils proviennent, par exemple en cas d’examen immunohistochimique ou moléculaire complémentaire.
Les coupes histologiques et lames de cytologie colorées, analogiques ou numériques, peuvent faire l’objet d’interprétations ultérieures et doivent également être conservées.
Les durées légales de conservation minimale des matériels biologiques sont variables d’un Etat à un autre, et peuvent être par exemple de dix ans pour les blocs de paraffine, et de vingt ans à partir de la date de prélèvement pour les coupes histologiques et les lames de cytologies colorées.
L’invention vise également à assurer la traçabilité sur la conservation de matériels biologiques.
A ces fins, il est proposé, selon un premier aspect, un procédé d’examen histopathologique de tissus biologiques, notamment pièce opératoire ou biopsie, en particulier pour l’anatomo-cytopathologie ACP, le procédé comprenant une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape pré-analytique et/ou d’une étape analytique des tissus biologiques. Par identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo, on désigne ici notamment les techniques de vision par ordinateur mettant en oeuvre une segmentation d'images vidéo ou une segmentation ou détection d’objets, par exemple méthodes par contours actifs utilisant des critères statistiques. Par détection d’objets, on désigne ici la détection et la classification dans les images d’objets appartenant à des ensembles de catégories prédéfinies. La détection d’objets est par exemple effectuée dans des images fixes, par apprentissage profond tel que R-CNN. La détection d’objets est avantageusement effectuée par analyse d’un flux vidéo, une détection et suivi d’objets étant par exemple effectuée à l’aide de YOLO.
Avantageusement, le flux vidéo est issu d’au moins une caméra numérique enregistrant dans les longueurs d’onde perceptibles par l’œil humain .
En variante, la caméra enregistre des longueurs d’ondes dans le domaine de l’infrarouge. La caméra peut ainsi fournir des informations sur la température de surface d’objets identifiés.
En variante, la caméra enregistre des longueurs d’ondes dans le domaine des ultraviolets. La caméra peut ainsi fournir des informations sur la présence de marqueurs pour le tissu biologique, par exemple sur les marges d’une pièce opératoire.
Dans certaines mises en oeuvre, au moins une caméra est dite de proximité, et est placée au plus près de la zone dans laquelle interviennent les travaux effectués sur un poste de travail préanalytique et/ou un poste de travail analytique et/ou un poste de travail post-analytique.
En variante, au moins une caméra est placée de sorte à filmer l’ensemble d’un poste de travail analytique ou pré-analytique, cette caméra étant par exemple fixée au plafond d’un local. Avantageusement, les flux vidéo de cette caméra sont analysés parallèlement et simultanément à l’analyse des flux vidéo de la caméra de proximité (ou des caméras de proximité) .
Le suivi d’objet est avantageusement effectué en temps réel, c’est-à- dire à une vitesse adaptée à l’avancement de chaque étape préanalytique et/ou chaque étape analytique.
Un message d’erreur est ainsi avantageusement généré, en cas de discordance ou d’écart entre l’état d’un objet et un état de référence pour cet objet. Par état d’un objet, on désigne ici par exemple la situation ouverte ou fermée d’un contenant, une quantité de liquide dans un contenant, une information présente sur un support.
Dans diverses mises en oeuvre, l’étape pré-analytique est choisie parmi le groupe comprenant le prélèvement des tissus biologiques dans le champ opératoire, l’orientation des tissus biologiques, l’étiquetage des tissus biologiques prélevés, le placement des tissus dans un contenant à l’état frais, l’immersion des tissus biologiques prélevés dans un liquide de conservation tel qu’un fixateur, la préparation d’un bon de demande d’examen histopathologique, le transport du prélèvement vers un poste d’enregistrement, l’enregistrement du prélèvement dans un système de gestion de laboratoire.
Suivants diverses réalisations, une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo est effectuée durant au moins une de ces étapes pré-analytique, l’objet identifié et suivi étant par exemple un tissu biologique prélevé, un contenant (seau, flacon) dans lequel un tissu biologique doit être placé, un bon de demande d’examen, une étiquette portant un code à barres destinée à être fixée sur un contenant.
Avantageusement, le procédé comprend une étape d’étiquetage des tissus biologiques avec génération d’une première identité de patient, sous forme alphanumérique ou sous forme codée, notamment par code à barres, l’identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo comprenant une étape de lecture de cette première identité de patient, notamment une lecture de code à barres, ou une reconnaissance de caractères (OCR).
Le code à barres peut être unidimensionnel ou bidimensionnel, par exemple QR Code ou Data Matrix.
Avantageusement, le procédé comprend une étape de préparation d’un bon de demande d’examen histopathologique, avantageusement numérique, générant une deuxième identité de patient, l’dentification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo comprenant une étape de lecture de ce bon de demande d’examen et de la deuxième identité de patient, un message d’alerte étant généré en cas de discordance entre la première et la deuxième identité de patient.
Avantageusement, le procédé comprend une étape d’interrogation du dossier patient informatisé et une étape de collecte d’éléments d’informations contenus dans le dossier patient informatisé, pour copie dans un bon de demande d’examen histopathologique généré sous forme numérique.
Avantageusement, le procédé comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo lors de l’immersion des tissus biologiques tels qu’une pièce opératoire dans un liquide conservateur, tel qu’un fixateur, un message d’alerte étant généré lorsque le volume de liquide conservateur n’est pas adapté au volume des tissus biologiques.
Avantageusement, le procédé comprend une étape de contrôle effectuée dans une zone tampon dans laquelle sont rassemblés une pluralité de prélèvements de tissus biologiques, notamment issus de différentes salles opératoires d’un bloc opératoire, le procédé comprenant une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo pour le décompte des contenants placés dans la zone tampon .
Avantageusement, le procédé comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours de l’enregistrement d’un prélèvement dans un système de gestion de laboratoire, pour un décompte des contenants et/ou un contrôle de l’adéquation du volume de fixateur pour le prélèvement placé dans un contenant.
Avantageusement, le procédé comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape de préparation de tissus biologiques choisie parmi le groupe comprenant la déshydratation, l’inclusion dans un matériau , notamment la paraffine, la découpe notamment au cryostat ou au microtome pour former des rubans, l’étalement des rubans sur des supports tels que des lames de verre, la distribution .
Avantageusement, le procédé comprend une lecture de l’ensemble des identifiants de cassettes, ces identifiants étant alphanumériques ou codés, notamment dans un code à barres. Dans certaines mises en oeuvre, 50 codes à barres sont par exemple lus pour chaque image fixe.
Avantageusement, au moins un écran d’interface d’une machine de déshydratation est filmé, une analyse d’un flux vidéo permettant de générer les informations comprenant par exemple la durée du cycle de déshydratation, le temps restant jusqu’à la fin de la déshydratation, le type de cycle, la présence d’une alarme.
Avantageusement, le procédé comprend une étape de génération d’un message d’alerte, lorsqu’une alarme de fonctionnement a été détectée pour la machine de déshydratation, lors de l’analyse du flux vidéo provenant de la caméra filmant l’écran d’interface de la machine de déshydratation.
Avantageusement, le procédé comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape d’inclusion de tissus biologiques dans un matériau d’inclusion tel que la paraffine, l’analyse du flux vidéo étant apte à assurer un décompte des tissus biologiques transvasés vers le moule d’inclusion .
Avantageusement, l’étape analytique est choisie parmi le groupe comprenant les différentes étapes d’étude macroscopique, notamment l’encrage des marges de lésions, la réalisation d’échantillons, par sections dans un prélèvement de tissu humain, ou par recoupes dans un prélèvement de tissus animaux.
Avantageusement, le procédé comprend une analyse des flux vidéo permettant un décompte des prélèvements présents sur les lames colorées, issus d’une cassette, et une étape de vérification de la corrélation de ce nombre avec le nombre de prélèvements présents dans la cassette, ou une étape de vérification de la taille des prélèvements (par exemple des carottes biopsiques) et/ou de la surface des prélèvements, notamment pour vérifier qu’aucune perte de matériel n’est intervenue.
Il est proposé, selon un deuxième aspect, un procédé d’anatomopathologie comprenant une étape d’introduction d’un tissu dans un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture, une étape de fermeture du premier contenant après introduction du tissu , une étape de placement sur le premier contenant d’un identifiant du tissu introduit dans le premier contenant, une étape d’ouverture du premier contenant et d’extraction du tissu hors du premier contenant, une étape de déplacement d’au moins une partie du tissu extrait du premier contenant dans un deuxième contenant, le deuxième contenant portant un identifiant de la partie de tissu , le procédé comprenant une identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, l’ouverture du premier contenant étant détectée lors de cette identification et suivi d’objets, le procédé comprenant une étape de détection et lecture de l’identifiant placé sur le premier contenant et de l’identifiant placé sur le deuxième contenant, un message d’erreur étant généré en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
Le procédé permet d’alerter le technicien d’une perte de concordance lors d’une étape de déplacement du tissu biologique depuis un premier contenant tel qu’un flacon ou un pot, vers un deuxième contenant tel qu’une cassette.
Avantageusement, le procédé comprend une étape d’enregistrement de l’instant auquel est détectée l’ouverture du premier contenant. Cet enregistrement améliore la traçabilité du procédé, l’instant de détection de l’ouverture du premier contenant pouvant être comparé avec l’instant auquel le prélèvement a été effectué, par exemple par exérèse ou biopsie. Si une fixation doit être effectuée pour le tissu biologique, il peut ainsi être vérifié que la fixation intervient dans un délai court, évitant la dessiccation ou l’autolyse du tissu .
Avantageusement, le deuxième contenant étant une cassette, la fermeture de la cassette et la fermeture du premier contenant sont détectées par l’identification et suivi d’objets lors de l’analyse du flux vidéo. Il est ainsi possible de générer un message d’erreur si un nouveau contenant est ouvert avant que le premier contenant ne soit fermé.
Avantageusement, un affichage des objets identifiés lors de l’analyse du flux vidéo est réalisé, la forme des objets identifiés étant représentée par exemple par une fenêtre englobante. L’opérateur peut ainsi vérifier que l’identification des objets correspond aux opérations effectuées. L’opérateur peut, le cas échéant, ajouter des commentaires par commande vocale, ou à l’aide d’un clavier ou d’une souris ou bien encore d’un écran tactile.
Il est proposé, selon un troisième aspect, un dispositif pour la mise en oeuvre d’un procédé tel que présenté ci-dessus, le dispositif comprenant des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo provenant d’au moins une caméra.
Il est proposé, selon un autre aspect, un dispositif d’anatomopathologie pour la mise en oeuvre d’un procédé tel que présenté ci-dessus, le dispositif comportant une station de travail comprenant une planche à dissection (planche à découper) destinée à supporter un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture et un deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, ces moyens étant aptes à détecter l’ouverture du premier contenant, le dispositif comprenant des moyens de détection et lecture d’un identifiant placé sur le premier contenant et d’un l’identifiant placé sur le deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens de génération d’un message d’erreur en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
Avantageusement, dans certaines mises en oeuvre, la planche à découper comprend une réservation apte à loger un premier ou un deuxième contenant, le premier contenant étant par exemple un flacon, le deuxième contenant étant par exemple une cassette.
Avantageusement, les moyens de détection et lecture comprennent un lecteur de code à barres à une dimension ou deux dimensions, par exemple de type code QR ou Data Matrix, ou bien encore code Aztec. En variante ou en combinaison , une reconnaissance de caractères (OCR) est effectuée. Avantageusement, le décodage du code à barres est effectué directement via une image capturée par une caméra.
Par Data Matrix on désigne ici un codage de données dans une matrice de cellules, le code se présentant sous la forme d’un symbole carré ou rectangulaire. Le code Data Matrix est décrit dans la norme ISO/I EC16022. Un algorithme d’encodage combine les données utiles avec des codes de correction d’erreur. Le format de codage est avantageusement ECC200 (Error Checking and Correcting) .
Le code QR est défini par la norme ISO/I EC 1 8004. Il dispose également d’un système de correction d’erreurs à plusieurs niveaux, permettant de reconstruire les données manquantes, lorsqu’une partie du code ne peut être lue. Dans certaines mises en oeuvre, le code QR est statique et intègre avantageusement une URL (Uniform Ressource Locator, pour localisateur universel de ressources) . Dans d’autres mises en oeuvre, le code QR est dynamique, et intègre une URL courte, redirigeant l’utilisateur vers une autre URL.
Le code Aztec est décrit dans la norme ISO/I EC 24778.
La mise en place de l’identifiant sur les contenants peut être effectuée par collage d’étiquette, transfert thermique, ou bien encore par gravure, notamment gravure laser. Avantageusement, la station de travail comprend des moyens de pesée. Il est ainsi possible de comparer le poids du tissu biologique, mesuré lors de la biopsie ou de l’exérèse chirurgicale, avec le poids du tissu parvenant au laboratoire d’anatomopathologie. I l est également possible de vérifier que la quantité de formol (ou autre produit de conservation utilisé) est adaptée au prélèvement à analyser.
Avantageusement, la station de travail comprend des moyens de mesure suivant plusieurs axes.
Avantageusement, le dispositif comprend un poste d’inclusion de tissu biologique pour former un bloc, par exemple de paraffine, un poste de coupe du bloc en tranches minces par microtome, les tranches ayant par exemple une épaisseur de l’ordre de 3 à 5 microns, et un poste d’étalement des tranches sur des lames, le dispositif comprenant des moyens d’impression sur le bloc et sur les lames d’un identifiant du tissu biologique.
Dans certaines mises en œuvre, le poste d’inclusion comprend une ou des caméras et une identification et suivi d’objets est effectuée par analyse d’un flux vidéo, pour les opérations effectuées au poste d’inclusion.
Dans certaines mises en œuvre, le poste de coupe en tranches minces par microtome comprend une ou des caméras et une identification et suivi d’objets est effectuée par analyse d’un flux vidéo, pour les opérations effectuées au poste de découpe.
Descri ion de modes de réalisation
D’autres objets et avantages de l’invention apparaîtront à la lumière de la description de modes de réalisation, faite ci-après en référence aux dessins annexés dans lesquels :
- la figure 1 est une vue d’une station de travail de laboratoire de macroscopie, un flacon fermé, une cassette ouverte, une cassette fermée et une pince étant posés sur le plateau de la station de travail ;
- la figure 2 est une vue analogue à la figure 1 , après ouverture du flacon , un technicien venant prélever dans le flacon , à l’aide de la pince, un fragment de tissu , par exemple une biopsie;
- la figure 3 est une vue analogue à la figure 2, le technicien venant placer dans la cassette ouverte le fragment de tissu provenant du flacon ;
- la figure 4 est une vue analogue à la figure 3, après fermeture de la cassette contenant le fragment de tissu .
Sur les figures 1 à 4 est représentée une station de travail de laboratoire de macroscopie.
Dans certains modes de réalisation , la station de travail comprend une planche en matériau polymère, tel que polyamide, polyoxyméthylène (POM) , ou polyéthylène haute densité (PEHD) .
Par exemple, la planche à dissection (planche à découper) est en polyéthylène, coloré dans la masse, la couleur utilisée correspondant à un usage prédéterminé.
Dans certaines mises en oeuvre, la planche en matériau polymère comporte une toise, par exemple en acier inoxydable.
Avantageusement, la planche comporte au moins une réservation, dont les dimensions et la forme sont telles qu’un objet tel qu’une cassette ou un flacon , placé dans la réservation, est maintenu en position .
Avantageusement, la planche est en matériau dur, lavable et à usage prolongé. Dans certaines utilisations, la planche est à usage unique et jetable.
Avantageusement, la planche est en matériau polymère et est posée sur une plaque en acier inoxydable, qui lui sert de support. Des caméras filment la planche à découper et les éléments posés sur la planche. Dans certaines mises en oeuvre, les caméras sont de type caméra numérique RGB (Red-Green-Blue).
Les caméras sont reliées à une unité centrale ou un serveur pourvu de moyens permettant d’analyser et de traiter les flux vidéo provenant des caméras.
Avantageusement, un écran permet de visualiser toutes les étapes du traitement.
Un algorithme de traitement d’image détecte la présence des objets sur la planche à découper et identifie ces objets, ainsi qu’il apparait sur les figures.
La forme de l’objet identifié est avantageusement représentée par une fenêtre englobante, ainsi qu’il apparait sur les figures.
Dans d’autres mises en oeuvre, la forme de l’objet est représentée par un point, situé au centre de l’objet, ou sous la forme d’un contour, d’une silhouette.
La détection des objets, tels que des flacons, des cassettes, peut être assurée par une détection de points d’intérêt, ou par soustraction de fond, ou segmentation d’images ou bien encore par classification supervisée.
La détection de points d’intérêt est par exemple assurée par un algorithme de Moravec, ou un détecteur de Harris, un détecteur Kanade-Lucas-Tomasi, un détecteur S I FT (Scale Invariant Feature T ransform).
Une présentation du détecteur développé en 1 977 par Hans P Moravec, et du détecteur développé en 1 988 par Harris et Stephen , ainsi qu’une description de la méthode SI FT est donnée par Garcia (Suivi d’objets d’intérêt dans une séquence d’images : des points saillants aux mesures statistiques, thèse 2008) . La détection par soustraction de fond est obtenue par exemple en modélisant l’intensité de la couleur de chaque pixel par une distribution gaussienne.
La détection par segmentation d’images est par exemple obtenue par un algorithme Mean shift.
La détection par apprentissage supervisée est par exemple obtenue par boosting adaptatif (AdaBoost), ou par une machine à vecteurs supports.
Le suivi des objets identifiés est obtenu par exemple par suivi de points, par une méthode probabiliste ou par suivi de noyau . Des méthodes de suivi d’objet par analyse de flux vidéo sont présentées par Maggio et al. Video tracking, theory and practice, 978-0470749647, 201 1).
Le traitement du flux vidéo est ainsi avantageusement réalisé par un système de vision artificielle (ou de vision par ordinateur) , c’est-à-dire un système d’intelligence artificielle permettant d’analyser et traiter les flux vidéo obtenus par un moyen d’acquisition d’images tel qu’une caméra, et d’assurer un suivi d’objet.
Un exemple de traitement du flux vidéo va maintenant être décrit, certaines étapes de ce traitement correspondant aux figures 1 à 4 annexées.
Dans une première étape, le technicien crée un nouveau dossier pour le prélèvement.
Cette création de nouveau dossi er est avantageusement liée à un identifiant, par exemple un code à barres, en particulier un code à barres bidimensionnel, notamment de type Data Matrix ou code QR, ou bien encore un code Aztec.
L’identifiant est avantageusement un identifiant unique associé à un seul individu . De préférence, un identifiant unique est associé à un prélèvement. A un patient ayant été opéré plusieurs fois est associé un identifiant différent pour chacune des interventions chirurgicales.
Dans certaines mises en oeuvre, la station de travail comprend un lecteur de code à barres relié au serveur. De tels lecteurs sont parfois dénommés douchette ou pistolet. Dans d’autres mises en oeuvre, la station de travail comprend une caméra reliée au serveur, une application, par exemple stockée sur le serveur, permettant la lecture de code à barres scanné par la caméra.
La communication entre le lecteur de code à barres et le serveur peut être filaire ou sans fil, notamment par les protocoles connus sous la marques Wifi, Bluetooth, Sigfox, Zigbee, Lorawan, Z-Wave, ou bien encore par communication en champ proche NFC (Near Field Communication).
A l’issue de cette première étape, la station de travail est par exemple telle que représentée en figure 1 . Un flacon portant le code à barres utilisé pour l’ouverture du dossier est posé, fermé, sur la planche à découper. Sur la planche est également posée une pince, une cassette ouverte et une cassette fermée.
Dans une deuxième étape, le technicien ouvre le flacon posé sur la planche à découper, le flacon contenant le prélèvement à analyser.
L’application détecte que le flacon est ouvert, via l’algorithme de traitement de l’image.
Le technicien est notifié par l’application , de l’ouverture du flacon, ainsi qu’il apparait en figure 2.
La date d’ouverture du flacon est avantageusement enregistrée en base de données.
Dans une troisième étape, le technicien dépose le bouchon sur la planche à découper. L’algorithme identifie sur le flux vidéo remplacement du bouchon et lit le code à barres (par exemple de type Data Matrix) associé.
Si le bouchon est absent ou si le code à barres associé n’est pas concordant avec celui scanné, une erreur est remontée à l’utilisateur, qui peut alors changer le flacon et mettre le bon. L’utilisateur peut également ignorer l’erreur, dans le cas d’un bug de l’application.
Avantageusement, une photo est automatiquement prise par le dispositif pour tracer l’ouverture du flacon et le numéro du dossier. Cette photographie est avantageusement également enregistrée en base de données.
Dans une quatrième étape, le technicien dépose une cassette dans l’emplacement prévu de la planche à découper.
Dans certaines mises en oeuvre, la cassette est en matériau polymère, tel que polymère d’acétate. La cassette comprend des perforations, facilitant la circulation des liquides et le drainage lors d’étapes d’imprégnation. La cassette comprend un couvercle, rapporté ou articulé. Dans d’autres mises en oeuvre, notamment lorsque le prélèvement est issu d’une biopsie, la cassette est fermée par un grillage métallique. Avantageusement, la cassette est colorée, la couleur étant associé à un type de prélèvement.
Avantageusement, l’application automatiquement détecte la présence de la cassette et son numéro lisible via code à barres (par exemple de type Data Matrix).
Si le numéro de la cassette est différent de celui du flacon , une erreur est remontée à l’utilisateur. Il peut dans ce cas changer la cassette et mettre celle qui a le bon numéro.
Avantageusement, une photo est automatiquement prise par le dispositif, pour tracer le numéro de la cassette. Avantageusement, la photographie est également enregistrée en base de données. La station de travail se trouve dans un état tel que par exemple représenté en figure 3.
Dans une cinquième étape, lorsque le technicien termine de déverser le contenu du flacon dans la cassette, une photo du contenu de la cassette est avantageusement prise.
La commande de prise de photographie peut être effectuée par le technicien par un clic à l’aide d’une souris d’ordinateur, ou bien encore par une commande vocale ou une commande au pied.
Avantageusement, la photographie est enregistrée en base de données.
Avantageusement, un comptage automatique des biopsies contenues dans la cassette est effectué.
En variante ou en combinaison, une mesure automatique des fragments ou carottes biopsiques contenus dans la cassette est effectuée.
Dans une sixième étape, le technicien ferme la cassette. La station de travail se trouve alors dans un état tel que représenté en figure 4.
Avantageusement, si le technicien ne ferme pas la cassette, il ne peut pas créer un nouveau dossier.
Dans une septième étape éventuelle, une nouvelle cassette est déposée sur la planche à découper, un flacon correspondant à plusieurs cassettes. Avantageusement, cette nouvelle cassette est automatiquement détectée avec son numéro, via son code à barres (par exemple de type Data Matrix) . Avantageusement, les mêmes étapes que celles décrites ci-dessus sont mises en oeuvre.
Dans une huitième étape, le technicien doit fermer le flacon. Avantageusement, l’application détecte automatiquement la fermeture du flacon . Avantageusement, l’heure de fermeture du flacon est enregistrée en base de données.
Avantageusement, si un autre flacon est ouvert en même temps que le premier, une erreur est remontée à l’utilisateur qui est ainsi assuré qu’un seul flacon soit ouvert sur la planche, pour tout instant donné.
Dans une neuvième étape éventuelle, si un nouveau flacon associé au même dossier est ouvert par le technicien , les mêmes étapes que celles décrites ci-dessus sont mises en oeuvre.
Avantageusement, si le technicien essaie de traiter automatiquement une cassette, alors que l’ouverture de flacon n’a pas été détectée, une erreur est remontée à l’utilisateur, lui notifiant de bien effectuer l’ouverture du flacon dans la zone couverte par les caméras.
Avantageusement, si le flacon n’a pas été fermé dans le champ de vision des caméras, toute nouvelle ouverture de flacon ne sera pas effective tant que la fermeture de flacon n’a pas été effectuée dans la zone adéquate.
Dans certaines mises en oeuvre, l’utilisateur peut ignorer les erreurs remontées par l’application, notamment en cas de bug de l’application . Toute erreur ignorée est avantageusement loguée dans l’application .
L’ensemble des informations enregistrées est avantageusement disponible sur un écran de la station de travail.
Des modifications/suppressions peuvent être apportées manuellement par l’utilisateur, notamment en cas d’informations erronées fournies par l’application . Ceci peut concerner par exemple la présence d’une ligne en trop d’ouverture de flacon, un mauvais numéro de dossier ou encore un mauvais comptage réalisé par le traitement automatique d’analyse des cassettes.
Le traitement des flux vidéo peut être effectué par une application présente sur un ordinateur ou un serveur de la station de travail. En variante, le traitement des flux vidéo et les algorithmes de traitement de l’image sont exécutés sur un serveur distant.
La gestion des erreurs peut être effectuée par le technicien présent à la station de macroscopie.
En variante, la gestion des erreurs peut être effectuée à distance, par un autre technicien ou un superviseur.
Avantageusement, la station de macroscopie comprend des moyens de pesée, et de mesure suivant plusieurs axes (notamment les trois grands axes d’une pièce opératoire) .
Avantageusement, la station de macroscopie comprend des moyens de reconstitution surfacique d’une pièce opératoire posée sur la planche.
Avantageusement, une unité centrale pilote l’ensemble des cartes électroniques de la station de macroscopie.
L’unité centrale peut être celle d’un ordinateur ou d’un serveur. Les données produites par la station de macroscopie peuvent ainsi être communiquées à un terminal de communication mobile ou fixe, appartenant notamment à un système de gestion de laboratoire (SGL) . Les données produites par la station de macroscopie peuvent également être accessibles via une plateforme internet.
Les données produites par la station , notamment les photographies, les vidéos, les reconstitutions surfaciques peuvent être partagées en temps réel ou non, pour une assistance à distance, une télé-pathologie, ou pour des besoins de formation . A des fins de formation , des vidéos tutoriels, montrant l’examen macroscopique étape par étape, peuvent avantageusement être diffusées.
Dans certaines mises en oeuvre, les mesures, les photographies, les scans sont visualisables sur un écran tactile relié à une unité centrale. Avantageusement, une application logicielle permet d’annoter les vues photographiques prises, ou les scans effectués. Les images, scans et vidéos annotées, ainsi que les comptes rendus peuvent être stockés dans une base de données.
La station permet la télépathologie et des examens de télédiagnostic extemporané, un technicien étant présent sur site et envoyant au pathologiste des photographies numériques et des vidéos. Le pathologiste peut avantageusement prendre le contrôle à distance de la station, notamment pour visionner l’image macroscopique, indiquer au technicien la zone à prélever.
Les données produites par la station peuvent servir de base pour les comptes rendus de laboratoire.
L’archivage des données produites grâce à la station rend disponibles les données médicales et un matériel utilisable à des fins médicales, scientifiques ou médicolégales.
Avantageusement, la morphométrie précise de la pièce opératoire est conservée, ainsi que la trace des étapes pré analytique.
Les données fournies par la station de macroscopie sont avantageusement couplées aux lames numériques ou lames virtuelles.
Dans certaines mises en oeuvre, une application logicielle permet de placer des images macroscopiques ou issues de lames numériques dans le volume délimité par la reconstitution surfacique.
Dans certaines mises en oeuvre, les lames numériques sont produites par un scanner de lames. Des scanners de lames sont commercialisés par exemple sous la dénomination Panoramic 1 000 par la société 3D Histech. Les manipulations de lames physiques et la perte de temps de recherche de ces lames peuvent ainsi être évitées.
Le procédé et la station de macroscopie selon l’invention permettent avantageusement le suivi (tracking) de toutes les étapes par lesquelles passent les prélèvements opératoires, depuis l’exérèse chirurgicale jusqu’aux lames de microscopie , et leur archivage, le tracking permet ainsi l’identification des opérations effectuées au poste d’archivage des lames (ou des blocs de paraffine) , permettant d’identifier et dater les dépôts et retraits effectués.
Une présentation rapide de ces différentes étapes est donnée par exemple par Altaleb (Surgical Pathology, ISBN 978-3-030-53689-3, 2021, voir notamment page 41 ).
Le procédé selon l’invention permet d’assurer la traçabilité des prélèvements (par exemple une pièce opératoire ou une biopsie), depuis la table opératoire jusqu’à la fin du traitement du laboratoire d’anatomo-pathologie.
Dans certaines situations, la table opératoire est placée dans une salle d’opération d’un bloc opératoire, le prélèvement étant en principe effectué par un chirurgien .
Dans d’autres situations, la table opératoire est placée dans une salle de radiologie interventionnelle, le prélèvement (par exemple une biopsie mammaire) étant effectué par un radiologue ou un chirurgien.
Dans d’autres situations, la table opératoire est placée dans une salle interventionnelle pourvue de moyens d’imagerie (salle hybride interventionnelle au bloc opératoire S I BO), le prélèvement étant en principe effectué par un chirurgien , par exemple un chirurgien vasculaire.
L’équipe médicale travaillant dans la salle d’opération ou dans une salle hybride SI BO comprend le plus souvent un chirurgien, un anesthésiste, un infirmier de bloc opératoire ( I BODE) . Le chirurgien peut être accompagné de chirurgiens assistants. Le plus souvent, l’anesthésiste est affecté au bloc opératoire et est en charge de plusieurs patients se trouvant dans les différentes salles du bloc. Il en va de même de l’infirmier de bloc opératoire, qui peut être instrumentiste, aide-opératoire, assistant chirurgical ou circulant, ou encore infirmier en anesthésie-réanimation. En France, l’infirmier de bloc opératoire assure la traçabilité des activités au bloc opératoire et en secteurs associés (article R431 1 - 1 1 du code de la Santé) .
Travaux pré-analytiques depuis le prélèvement iusqu ’à la fixation
On décrit maintenant une première étape, pré-analytique, depuis le prélèvement dans le champ opératoire jusqu’au placement dans un contenant, à l’état frais ou dans un liquide de conservation (fixateur) .
Lorsque le praticien effectue un prélèvement par exérèse, le prélèvement est souvent placé dans une cuvette, tel qu’un haricot, donné par le chirurgien à une I BODE circulante. Lors de cette étape, un bon d’examen anatomopathologique est rempli par l’infirmier, les éléments étant dictés par le chirurgien.
Chaque prélèvement forme un matériel biologique qui peut être envoyé tel quel au laboratoire d’anatomopathologie, ou être réparti en échantillons avant son envoi au laboratoire d’anatomopathologie. Pour cet envoi, chaque prélèvement (ou chaque échantillon) est placé dans un contenant de transport (par exemple sachet, flacon, seau) . Le contenant de transport est stérile avant usage.
Dans certaines organisations, les prélèvements provenant des différentes salles d’opération sont rassemblés dans une zone commune, le plus souvent non stérile, dans le bloc opératoire ou à proximité du bloc opératoire.
Les pièces opératoires comportant une tumeur sont de préférence envoyées au laboratoire d’anatomopathologie à l’état frais.
Le transfert direct des pièces opératoire, en provenance du bloc opératoire, à température ambiante est parfois mis en oeuvre. Un tel transfert direct est mis en oeuvre lorsque le laboratoire d’anatomopathologie est situé à proximité du bloc opératoire, la durée de conservation correcte d’une pièce opératoire, à température ambiante, étant limitée à 40 minutes. Dans certaines organisations, les prélèvements effectués au bloc opératoire sont mis sous vide dans une poche en matériau polymère, et refroidis à environ 4°C, pour leur transfert vers le laboratoire. Cette technique permet le maintien de l’intégrité du prélèvement, pendant une durée limitée de 72 heures environ .
Les pièces opératoires sont le plus souvent envoyées au laboratoire d’ACP après immersion dans un liquide de conservation (fixateur). Le prélèvement ou la pièce anatomique doivent être immergés dans le fixateur dans un délai le plus bref possible. Un rapport de 20 à 50 fois le volume de la pièce doit être respecté. La durée de fixation dépend de la taille du prélèvement, et est le plus souvent comprise entre deux heures pour une biopsie et 1 2 à 24 heures pour une pièce chirurgicale. Suivant la nature du prélèvement, la fixation est obtenue par immersion immédiate dans le fixateur (pour les petites pièces issues de biopsie ou de curetage) , ou après ouverture de la pièce anatomique (tube digestif, vésicule biliaire, foie) . Dans certains cas, le fixateur est préalablement injecté dans la pièce anatomique, avant son immersion dans la solution fixatrice, par exemple pour les bronches ou les poumons.
La fixation doit intervenir dans un délai court : à défaut, la dessiccation ou l’autolyse du tissu peuvent rendre l’étude difficile, voire impossible. Avant fixation, les organes creux doivent être ouverts et si nécessaire lavés de leur contenu , afin de prévenir l’autolyse des muqueuses. Les organes pleins tels que foie et rate doivent être coupés en tranches, pour faciliter la pénétration homogène et rapide du fixateur. De nombreux laboratoires d’anatomopathologie recommandent de ne pas envoyer de prélèvements tissulaires à l’état frais, afin d’assurer que le temps entre la résection chirurgicale et la fixation par immersion dans le fixateur (le plus souvent du formol) ne dépasse pas une heure pour les pièces opératoires, et dix minutes pour les biopsies.
La fixation chimique doit permettre de bloquer les enzymes endogènes responsables de la destruction des organites cellulaires. La fixation chimique doit par ailleurs maintenir les structures cellulaires, tissulaires et moléculaires dans un état aussi proche que possible de l’état physiologique. La fixation chimique doit en outre permettre les études immuno-histochimiques et préparer l’inclusion du prélèvement dans un milieu d’inclusion , en particulier la paraffine.
La fixation se développe à partir des surfaces en contact avec le fixateur, de sorte que le fixateur doit être placé en premier dans le contenant, pour éviter que le prélèvement, par exemple la pièce anatomique, ne colle à la paroi du contenant. La taille du contenant doit être adaptée à la pièce à fixer. Le contenant peut être un flacon, une boite, ou un seau .
Le formol est largement employé pour la conservation des prélèvements, en particulier pour analyse morphologique, immunohistochimie. Par formol, on désigne ici une solution aqueuse d’aldéhyde formique, ou formaldéhyde, (CAS 50-00-0) . Le formaldéhyde est également appelé méthanal, oxométhane, et le formol est parfois dénommé formaline.
D’autres fixateurs que le formol ont été proposés, par exemple le glyoxal ou éthanedial. On peut se référer par exemple au document EP341 6482 (Addax Biosciences, 201 8) .
Le formaldéhyde (en particulier le formol tamponné dilué à 4%) reste cependant la référence en anatomopathologie, malgré ses inconvénients. Les tests standardisés d’immunohistochimie et d’hybridation in-situ sont validés pour des prélèvements fixés en formol tamponné et inclus en paraffine, la participation de patients à la plupart des essais internationaux étant conditionnée par la fixation formolée de l’échantillon tumoral.
Le formaldéhyde est commercialisé en solution aqueuse à des concentrations comprises le plus souvent entre 30% et 55% en poids, les solutions aqueuses pouvant contenir un inhibiteur de polymérisation de l’aldéhyde formique, tel que le méthanol, à une concentration massique de 0.5 à 15%. Les fixateurs chimiques à base de formaldéhyde, en solution aqueuse sont commercialisés sous trois formes principales : formol neutre à diluer dans de l’eau déminéralisée, le pH étant ajusté avec par exemple de la soude ; formol tamponné à diluer dans une solution tampon ; formol neutre tamponné à diluer dans une solution tampon et à neutraliser avec par exemple du carbonate de calcium .
Les flacons, pots et seaux sont commercialisés pré-remplis de formol. Les flacons sont par exemple en polypropylène, avec un bouchon en polyéthylène, et une contenance pouvant aller jusqu ’à par exemple 1 50 ml. Les pots sont notamment en polyéthylène haute densité, avec une contenance d’un demi-litre à un litre. Les seaux sont notamment en polypropylène avec une contenance de plusieurs litres. Lors de la fixation chimique au formol, il est important d’assurer une immersion totale et constante des pièces opératoires.
Lors de cette première étape, pré-analytique, de première manipulation des prélèvements et de mise en conteneur pour envoi vers le laboratoire d’ACP, de nombreuses erreurs peuvent être commises.
Lorsque plusieurs prélèvements sont effectués pour un même patient, des erreurs d’identification peuvent être commises, en particulier lorsque les prélèvements sont effectués sur deux organes pairs tels que poumons, reins, ovaires, sein ou testicules. Une inversion d’identification entre organe gauche et organe droit peut être fortement dommageable, lorsque seul un des deux organes est porteur d’une tumeur, ou lorsqu’un seul des deux organes est porteur d’une tumeur maligne.
Lorsque le praticien dicte à l’ I BODE les éléments pour remplir le bon d’examen anatomopathologique, le port du masque chirurgical et l’environnement sonore du bloc opératoire peuvent compliquer la compréhension . On peut se référer par exemple au document Magee et al. (Effects of face masks on acoustic analysis and speech perception: Implications for peri-pandemic protocols, J Acoust Soc Am, 2020) . Il en résulte des risques d’erreurs dans la demande qui sera envoyée au laboratoire d’ACP. Le bon de demande d’examen ACP courant est un formulaire qui doit être rempli à la main. Un très grand nombre d’informations doivent être inscrites manuellement. Un bon de demande d’examen comprend en effet les données d’identité du patient, le nom du médecin prescripteur, le nom du préleveur (s’il est différent de celui du médecin prescripteur), la date et l’heure du prélèvement, l’état de prélèvement (frais ou fixé) , l’heure de fixation, le fixateur utilisé, le type de prélèvement (biopsie, pièce opératoire), l’organe objet du prélèvement, le siège et la topographie, des renseignements pour le diagnostic (notamment antécédents du patient, traitements médicaux en cours), le nombre de lames souhaité, l’existence d’un risque infectieux.
Remplir des formulaires est une expérience souvent vécue comme fastidieuse et répétitive, entraînant fatigue et baisse d’attention , avec les risques d’oubli et d’informations confuses, fragmentaires ou erronées. En particulier, le manque de renseignements cliniques peut être dommageable lors de l’interprétation anatomopathologique. Par ailleurs, l’écriture manuscrite est plus ou moins lisible, avec des risques d’erreur en lecture au laboratoire d’ACP.
Dans certaines organisations, les prélèvements de plusieurs patients peuvent se trouver sur le même chariot ou la même paillasse, pour être identifiés à la suite les uns des autres, entraînant des risques d’erreurs d’identitovigilance.
Les pièces opératoires complexes doivent parfois être orientées. Par exemple, une pièce de mastectomie est orientée par le chirurgien à l’aide de fils ou de clips, lors du prélèvement. Par exemple, lors d’un traitement chirurgical de cancer du sein , pour une pièce d’exérèse partielle ou une tumorectomie pour laquelle il est demandé un bilan d’extension lésionnel, la pièce est orientée dans les trois plans de l’espace, permettant un encrage différentiel des bords. Les informations relatives à l’orientation du prélèvement ne sont pas systématiquement transmises au laboratoire d’ACP, ou sont incomplètes.
Afin de pallier ces inconvénients, selon l’invention, une analyse du flux vidéo est effectuée avec identification et suivi d’objets, pour les travaux effectués depuis le prélèvement jusqu’à la mise en conteneur avant envoi au laboratoire d’ACP.
Une station de travail est placée à proximité de la table d’opération , cette station de travail comprenant une planche formant plateau et des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, les prélèvements et les contenants pour ces prélèvements étant manipulés sur le plateau de la station de travail. Au moins u ne caméra filme les manipulations effectuées. Des algorithmes de vision par ordinateur analysent le flux vidéo et assurent une identification et un suivi d’objets.
Par « placée à proximité » on désigne ici le fait que la station de travail est placée dans la salle d’opération ou la salle de radiologie interventionnelle ou la salle hybride SI BO, la personne effectuant le prélèvement plaçant de préférence directement le prélèvement sur le plateau de la station de travail.
Par « placée à proximité » on désigne ici également le cas où la station de travail est située dans un local distinct mais voisin (avantageusement contigu) de la salle d’opération , ou de la salle de radiologie interventionnelle ou de la salle hybride SI BO.
Par « placée à proximité » on désigne ici un emplacement fixe pour la station de travail ou un emplacement mobile. Avantageusement, la station de travail est montée sur un chariot mobile, par exemple un chariot à quatre roues.
L’analyse du flux vidéo avec identification et suivi d’objets concerne avantageusement au moins une des étapes suivantes : étiquetage des prélèvements, immersion des prélèvements dans le fixateur.
Avantageusement, pour l’étiquetage de chaque prélèvement, après vérification de l’identité complète du patient, une étiquette-patient est éditée, cette étiquette comprenant l’identité du patient (nom, prénom , date de naissance, sexe), ainsi que la date et l’heure de prélèvement. Dans certaines mises en œuvre, cette étiquette comporte le numéro du patient, sous forme alphanumérique et/ou sous forme codée (par exemple code QR ou Data Matrix). L’édition de l’étiquette est de préférence effectuée par la personne ayant réalisé le prélèvement. L’étiquette est placée sur le tube, le pot ou le flacon devant contenir le prélèvement.
L’analyse du flux vidéo avec identification et suivi d’objets, lors de l’étiquetage, permet d’avertir l’opérateur d’une discordance entre l’identité du patient et les données du bon de commande ACP. Une reconnaissance de caractères alphanumériques ou une lecture d’un code à barres unidirectionnel ou bidirectionnel (QR code, Data Matrix, Aztec, PDF417) donne accès à l’identité du patient, lors de l’analyse du flux vidéo. Le bon de demande d’analyse ACP est placé sur le plateau de la station de travail, et une reconnaissance de caractères est effectuée.
Lorsque les données du bon de demande ACP ne sont pas concordantes avec l’identité du patient, une alarme est générée. Selon diverses réalisations, l’alarme est un son et/ou une alarme visuelle et/ou une alarme vibratoire.
Dans certaines mises en œuvre, l’alarme comprend l’ouverture d’une fenêtre pop-up.
Avantageusement, les algorithmes de vision par ordinateur et d’analyse de flux vidéo sont interfacés avec le dossier patient informatisé.
Par « dossier patient informatisé » ou DP I , on désigne ici l’ensemble des données de santé d’un patient pris en charge au sein d’un établissement de santé, ainsi que le logiciel employé pour organiser et mettre en lignes ces données.
Le dossier patient informatisé DP I contient par exemple des lettres de liaison de sortie d’hospitalisation, des comptes rendus opératoires, des ordonnances de sortie, des comptes rendus biologiques et des comptes rendus imagerie. Le dossier patient informatisé contient les différents documents devant alimenter le dossier médical partagé (DMP), ou l’espace numérique personnel « Mon espace santé » , lancé en février 2022, pour remplacer et améliorer le DM P.
Lorsque les algorithmes de vision par ordinateur et d’analyse de flux vidéo sont interfacés avec le dossier patient informatisé DP I , la collecte des renseignements clinique est automatisée, et la prescription du bon d’examen anatomopathologique est simplifiée. L’écriture manuscrite n’est plus nécessaire, réduisant les risques d’erreurs.
Avantageusement, des moyens d’interface homme-machine permettent une navigation rapide dans les fonctionnalités des logiciels, par exemple écran tactile, crayons optiques, reconnaissance automatique de la parole, synthèse vocale, visualisation d’informations en trois dimensions, casque ou lunettes de réalité virtuelle, notamment de réalité augmentée.
Dans certains modes de réalisation, la station de travail est pourvue de caméras de profondeur stéréoscopique, infrarouge ou laser, permettant la modélisation en trois dimensions de la surface de pièces opératoires, le modèle obtenu pouvant être sauvegardé, orienté, et avantageusement annoté numériquement.
Avantageusement, la station de travail est pourvue de moyens permettant d’annoter numériquement les images 2D des prélèvements, et de les sauvegarder.
La station de travail est pourvue de moyens d’impression de code à barres (unidimensionnel ou bidimensionnel, par exemple code QR ou Data Matrix), le code à barres étant rapporté sur un contenant dans lequel le prélèvement est placé, une analyse du flux vidéo étant effectuée lors de l’impression du code à barres, ainsi que lors de la mise en place de l’étiquette sur le contenant.
Avantageusement, le bon de demande d’examen ACP est numérique et l’étiquette d’identification placée sur le contenant chiffre l’identité du patient et garantit son anonymat par pseudonymisation . Par pseudonymisation, on désigne ici les mesures garantissant la protection des données personnelles, l’accès à ces données personnelles nécessitant le recours à des informations supplémentaires.
Avantageusement, l’analyse du flux vidéo permet le contrôle du volume de fixateur tel que du formol, et la vérification de ce que le volume de fixateur est adapté au volume de la pièce opératoire à fixer.
Dans certaines mises en oeuvre, la station de travail comporte des capteurs de poids, et une quantité de fixateur à utiliser est communiquée à l’opérateur, par un message texte ou un message vocal.
La mise en place du prélèvement dans le fixateur est filmée et l’analyse du flux vidéo permet de vérifier le respect d’une quantité de fixateur appropriée.
L’analyse du flux vidéo permet en outre de dater le début de fixation. Une alarme, par exemple une alarme sonore et/ou l’affichage d’un message intervient lorsque le fixateur a été omis ou lorsque la quantité de fixateur n’est pas appropriée.
Avantageusement, l’opérateur utilisant la station de travail est identifié par des moyens d’authentification, par exemple avec un login et un mot de passe et/ou des moyens de reconnaissance faciale, et/ou la lecture d’un badge, par exemple RFI D ou NFC.
Travaux optionnels pré-analvtiques dans une zone tampon
On décrit maintenant une deuxième étape, optionnelle, pré-analytique, de travaux effectués dans une zone tampon.
Par « zone tampon » , on désigne ici un local qui peut être stérile et est le plus souvent non stérile, placé de préférence à proximité du bloc opératoire, et dans lequel sont rassemblés les prélèvements issus des salles opératoires, avant leur transfert vers le laboratoire d’ACP. Dans cette zone tampon , des contrôles des bons de demandes d’examen ACP sont effectués, ainsi que des contrôles du nombre de contenants (flacons, seaux, sachets). La traçabilité est effectuée par la transcription manuscrite sur un carnet papier.
Les contrôles effectués dans la zone tampon sont répétitifs et fastidieux. Il en résulte des risques d’erreurs humaine, par une baisse momentanée de vigilance ou de concentration d’un opérateur. Ces erreurs peuvent notamment concerner l’identité du patient, la nature du prélèvement, le nombre de contenants. Lorsqu’une discordance est détectée par l’opérateur lors des contrôles dans la zone tampon, la perte de temps occasionnée par exemple par la recherche d’un contenant manquant est source d’énervement, augmentant la fatigue et le risque d’erreurs ultérieures.
Avantageusement, dans un procédé selon l’invention , une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, par exemple par segmentation d’images, sont mis en oeuvre lors des travaux effectués dans la zone tampon .
Selon différentes réalisations, l’analyse du flux vidéo assure un décompte automatique des contenants et/ou un contrôle de l’adéquation du volume de fixateur pour chaque prélèvement placé dans un contenant (par exemple par le ratio volume du prélèvement/volume de fixateur, le prélèvement étant placé dans un contenant transparent) .
Avantageusement, l’absence de fixateur dans un contenant ou la présence d’une quantité insuffisante de fixateur entraîne la création d’une alarme, par exemple un message texte sur un écran et/ou une alarme sonore.
Dans certaines mises en oeuvre, des moyens permettent de numériser les bons de demandes ACP, par exemple par analyse automatique de caractères OCR.
Avantageusement, les données de l’étiquette (par exemples code à barres, QR code ou Data Matrix) placée sur chaque contenant sont lues, l’identité de chaque patient étant chiffrée, permettant de préserver l’anonymat par pseudonymisation.
Avantageusement, l’identité de l’opérateur travaillant dans la zone tampon est contrôlée par des moyens d’authentification, par exemple avec un login et un mot de passe et/ou des moyens de reconnaissance faciale, et/ou la lecture d’un badge, par exemple RFI D ou NFC.
Travaux effectués au poste d’enreqistrement du laboratoire d’ACP
On décrit maintenant les travaux effectués au poste d’enregistrement, en entrée du laboratoire d’ACP.
Par « poste d’enregistrement » , on désigne ici le poste de travail recevant les prélèvements, livrés par exemple par une personne (tel qu’un coursier ou le patient lui-même), ou arrivant par des moyens de transport automatiques (par exemple par transport pneumatique) .
Les prélèvements proviennent au poste d’enregistrement de diverses sources (blocs opératoires, services hospitaliers, cliniques privées) , en quantités variables et imprévisibles. Le poste d’enregistrement reçoit tous les prélèvements issus des différents prescripteurs faisant appel au laboratoire d’ACP.
Le poste d’enregistrement est un poste critique du laboratoire d’ACP. En cas de forte activité, ce poste peut devenir un goulot d’étranglement, c’est-à-dire un poste recevant plus de demandes de travaux que sa capacité de traitement maximale ne peut supporter.
L’enregistrement concerne notamment l’identité du patient et l’inventaire des prélèvements reçus. L’enregistrement est effectué par un personnel administratif ou par un technicien du laboratoire.
Lors de l’enregistrement, le prélèvement est identifié par le bon de demande d’examen ACP. Un grand nombre d’informations sont à vérifier lors de l’enregistrement : l’identité du patient, les informations administratives, le nombre de contenants, la description et l’aspect des prélèvements, les renseignements cliniques.
Lors de l’enregistrement, un numéro d’examen est attribué à chaque prélèvement reçu , dans le système informatisé de gestion du laboratoire SGL, et une étiquette portant ce numéro est souvent placée sur le contenant.
Les travaux de vérification à effectuer au poste d’enregistrement sont répétitifs, fastidieux et sources d’erreurs humaines, en particulier en cas de fortes affluence, sources de stress. La traçabilité repose essentiellement sur la concentration, la rigueur et la vigilance du personnel travaillant au poste d’enregistrement.
Lorsqu’une erreur est détectée à ce poste d’enregistrement, par exemple une erreur d’étiquetage ou d’enregistrement dans le système de gestion du laboratoire SGL, les mesures correctives sont longues et fastidieuses, et ajoutent de la fatigue, augmentant les risques d’erreurs ultérieures.
Lorsque les bons de demandes d’examen sont incomplets, ou difficilement lisibles, le personnel du poste d’enregistrement doit tenter de joindre l’émetteur du bon , notamment le prescripteur, ce qui prend du temps et entraîne des risques d’erreurs supplémentaires.
Avantageusement, selon l’invention , une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, par exemple par segmentation d’images, sont mis en oeuvre lors des travaux effectués au poste d’enregistrement, permettant une identification et un suivi d’objets.
Dans certaines mises en oeuvre, une station de travail est placée au poste d’enregistrement, cette station de travail comprenant un plateau sur lequel sont manipulés les contenants et les prélèvements, le plateau étant équipé d’une ou plusieurs caméras. Dans certaines mises en œuvre, une ou des caméras placées au plafond du poste d’enregistrement fonctionnent de concert avec les caméras du poste de travail.
Selon différentes réalisations, l’analyse du flux vidéo assure un décompte automatique des contenants et/ou un contrôle de l’adéquation du volume de fixateur pour chaque prélèvement placé dans un contenant (par exemple par le ratio volume du prélèvement/volume de fixateur, le prélèvement étant placé dans un contenant transparent) .
Avantageusement, l’absence de fixateur dans un contenant ou la présence d’une quantité insuffisante de fixateur entraîne la création d’une alarme, par exemple un message texte sur un écran et/ou une alarme sonore ou vibratoire.
Dans certaines mises en œuvre, des moyens permettent de numériser les bons de demandes ACP, par exemple par analyse automatique de caractères OCR.
Avantageusement, les données de l’étiquette (par exemples code à barres, QR code ou Data Matrix) placée sur chaque contenant sont lues, l’identité de chaque patient étant chiffrée, permettant de préserver l’anonymat, par pseudonymisation . Les données de l’étiquette contiennent avantageusement les informations administratives, la description des prélèvements, le nombre de contenants et les renseignements cliniques. Avantageusement, la lecture du code à barres est filmée et fait l’objet d’une analyse du flux vidéo.
Avantageusement, la station du travail du poste d’enregistrement comprend des moyens d’impression d’un code à barres (unidimensionnel ou bidimensionnel, par exemple QR code, Data Matrix) , pour imprimer un code à barres sur chaque contenant, codant un numéro d’identification généré par le système de gestion du laboratoire SGL. Avantageusement, les opérations d’impression du code à barres et de fixation de ce code à barres sur le contenant sont filmées et font l’objet d’une analyse de flux vidéo. Avantageusement, l’identité de l’opérateur travaillant au poste d’enregistrement est contrôlée par des moyens d’authentification , par exemple avec un login et un mot de passe et/ou des moyens de reconnaissance faciale, et/ou la lecture d’un badge, par exemple RFI D ou NFC.
Travaux au poste de macroscopie
On décrit maintenant les travaux effectués au poste de macroscopie. En plus des travaux décrits précédemment en référence aux figures 1 à 4, les dispositions suivantes sont mises en oeuvre, dans diverses réalisations.
Avantageusement, des caméras placées au dessus du poste de macroscopie, par exemple des caméras placées au plafond du local filment les travaux effectués, et une analyse du flux vidéo provenant de ces caméras est effectuée.
Selon différentes réalisations, l’analyse du flux vidéo assure un décompte automatique des contenants et/ou un contrôle de l’adéquation du volume de fixateur pour chaque prélèvement placé dans un contenant (par exemple par le ratio volume du prélèvement/volume de fixateur, le prélèvement étant placé dans un contenant transparent) .
Avantageusement, l’absence de fixateur dans un contenant ou la présence d’une quantité insuffisante de fixateur entraîne la création d’une alarme, par exemple un message texte sur un écran et/ou une alarme sonore.
Avantageusement, l’identité de l’opérateur travaillant au poste de macroscopie est contrôlée par des moyens d’authentification, par exemple avec un login et un mot de passe et/ou des moyens de reconnaissance faciale, et/ou la lecture d’un badge, par exemple RFI D ou NFC.
Travaux au ion On décrit maintenant les travaux effectués au poste de déshydratation.
Au poste de déshydratation , les cassettes issues de l’examen macroscopique sont rassemblées dans des portoirs, pouvant contenir par exemple jusqu’à 1 50 cassettes.
Par exemple, les cassettes sont rassemblées dans des portoirs d’un automate commercialisé sous la marque Tissue-Tek VI P, par la société Sakura.
Le poste de travail est une zone d’ombre dans le flux de travail du laboratoire d’ACP : il est en effet impossible de retrouver rapidement un prélèvement dans un ensemble de cassettes placées au poste de déshydratation, l’ensemble des numéros des cassettes constituant un lot placé au poste de déshydrations étant inconnu.
Avantageusement, dans une installation selon l’invention , une ou plusieurs caméras filment l’ensemble des cassettes, et l’analyse du flux vidéo permet la lecture de l’ensemble des numéros des cassettes, que ce numéro soit alphanumérique ou codé par exemple dans un code OCR ou un Data Matrix.
Avantageusement, chaque cassette porte un numéro, par exemple imprimé sur un support adhésif rapporté sur la cassette, ou bien encore imprimé sur la cassette. Sur chaque cassette, est par ailleurs imprimé un identifiant de cassette, par exemple 24H00000, et juste à côté, un code à barres (par exemple Data Matrix) qui code cet identifiant.
Dans certaines mises en oeuvre, un algorithme tente d'abord de décoder le code à barres, et si le décodage échoue (par exemple en cas de mauvais focus de caméra), un algorithme de reconnaissance de caractères (OCR) tente de décrypter l'identifiant de cassette placé à côté du code à barres.
Dans certaines mises en oeuvre une ou plusieurs caméras sont placées sur un support mobile, motorisé, permettant d’effectuer un traveling . Avantageusement, un éclairage des cassettes, en particulier par des LED, est effectué.
Dans certaines mises, en oeuvre, au moins un écran de l’automate de déshydratation est filmé par une ou plusieurs caméras, et une analyse du flux vidéo est effectuée, par exemple pour une reconnaissance de caractère OCR. Les informations obtenues sont sauvegardées dans une base de données, ces informations comprenant par exemple avantageusement les éléments suivants : durée du cycle de déshydratation, temps restant jusqu’à la fin du cycle de déshydratation , type de cycle.
Avantageusement, les alarmes apparaissant sur l’écran de l’automate sont notifiées en temps réel à l’opérateur, par exemple une notification envoyée par courrier électronique, par sms, par une fenêtre pop-up d’une application tableau de bord.
Il est ainsi possible à un opérateur éloigné de l’automate d’être averti d’une anomalie de fonctionnement de l’automate de déshydratation , ou d’une anomalie lors de l’étape de déshydratation.
L’analyse du flux vidéo peut être effectuée sur chaque automate de déshydratation du laboratoire d’ACP, ces automates étant le cas échéant commercialisés par des fournisseurs différents.
L’invention propose ainsi un dispositif agnostique, indifférent aux modèles d’automates commercialisés, l’opérateur utilisant une seule interface homme-machine pour un ensemble d’automates de déshydratation de différents types.
Il n’est ainsi plus nécessaire à l’opérateur de connaître en détail le fonctionnement et les caractéristiques de chaque automate de déshydratation, une seule et même interface homme-machine permettant à l’opérateur de connaître en temps réel l’état de fonctionnement de chaque automate. L’opérateur peut être présent dans le laboratoire d’ACP, ou être à distance du laboratoire d’ACP. L’opérateur peut recevoir les notifications provenant d’automates placés dans différents postes de déshydratation, placés dans des lieux distincts.
Travaux au d’inclusion ou de découpe c
On décrit maintenant les travaux effectués au poste d’inclusion , étant entendu que ce qui va être décrit ci-dessous pour le poste d’inclusion s’applique également pour les postes de découpe cryostat.
Le poste d’inclusion détermine l’aspect du bloc de matériau d’inclusion, le plus souvent de la paraffine.
Le poste d’inclusion est un poste sensible, pour le laboratoire d’ACP, pour plusieurs raisons.
En premier lieu, les travaux effectués au poste d’inclusion nécessitent de l’adresse manuelle et de la minutie. Certains prélèvements sont en effet difficiles à orienter et leur orientation peut conditionner le diagnostic, par exemple exérèse cutanée, Mohs, pseudo Mohs.
Par « Mohs » on désigne ici une pièce issue d’excision par chirurgie micrographique de Mohs (CMM) . On peut se référer par exemple au document Harmon et al Mohs micrography surgery, 2022, ISBN 9783132420175. La technique de Mohs d’excision et d’examen anatomopathologique permet une analyse exhaustive des berges associée à une réduction du sacrifice des tissus sains. Par « pseudo Mohs » ou slow Mohs on désigne ici un prélèvement semblable à la CMM, suivie d’une inclusion dans la paraffine, pour une analyse ACP différée. On peut se référer par exemple au document Khaddaj, (thèse de médecine, Université de Lille, 2021).
En deuxième lieu, il existe des risques de perte de prélèvement lors du transvasement entre la cassette et le moule d’inclusion . Avantageusement, l’automate d’inclusion est pourvu d’un poste de travail comprenant un scanner de code à barres, une ou plusieurs caméras, et un écran d’affichage.
Dans certaines mises en œuvre, une ou des caméras endoscopiques sont placées à proximité du plan de travail.
Dans certaines mises en œuvre, une ou des caméras sont placées au dessus du poste d’inclusion, par exemple au plafond ou sur un mur du laboratoire d’ACP.
Lorsqu’un technicien saisit manuellement une cassette, une lecture de son numéro (par exemple alphanumérique ou code à barres) est effectuée. Par exemple, cette lecture est obtenue au moyen d’un scanner (douchette) ou d’une caméra.
Avantageusement, lorsque le numéro de la cassette est reconnu, une interface logicielle ouvre le dossier patient et affiche les images de macroscopie. Ces données facilitent la détermination du sens d’inclusion.
Avantageusement, une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, notamment détection et segmentation d’images, permettent un décompte des prélèvements transvasés dans le moule d’inclusion, et contrôlent l’absence de superposition de prélèvements (par exemples carotte biopsiques) à l’intérieur des moules, ou une comparaison de la taille et de la surface, afin de vérifier qu’aucune perte de matériel n’est intervenue.
En cas de discordances dans le nombre de biopsies, une alarme est avantageusement générée, cette alarme étant par exemple un texte ou une alarme sonore.
Travaux au poste de coupe et étalement
On décrit maintenant les travaux effectués au poste de coupe et étalement. Le poste de coupe et le poste d’étalement sont parfois un seul et même poste, pour des travaux effectués par un seul techn icien .
Dans d’autres mises en oeuvre, le poste de coupe est distinct du poste d’étalement, et les travaux sont effectués sur ces deux postes par un même technicien ou par deux techniciens différents.
Au poste de coupe, le bloc de matériau d’inclusion, en général de la paraffine, est coupé à l’aide d’un microtome, en rubans de quelques microns d’épaisseur. Ce ruban est ensuite étalé sur une lame de verre, avec ou sans l’aide d’un bain-marie, et les lames sont ensuite placées sur une plaque chauffante.
Le poste de coupe et étalement est un poste sensible, dans un laboratoire d’ACP. Ce poste de travail nécessite de la dextérité et de la constance dans les mouvements.
Le travail étant répétitif, il existe des risques d’erreurs humaine.
En particulier, un ruban provenant d’un bloc peut être étalé sur la mauvaise lame.
Par ailleurs, la coupe commence par une étape de dégrossissement du bloc, au cours de laquelle le bloc peut être sur-entamé, une partie du prélèvement étant alors perdu inutilement.
Inversement, le bloc peut être insuffisamment entamé, les rubans étalés ne permettant pas un diagnostic lors de l’observation au microscope.
Avantageusement, le microtome est pourvu d’un poste de travail comprenant un scanner de code à barres (unidimensionnel ou bidimensionnel, par exemple QR code ou Data Matrix) , une ou plusieurs caméras et un écran d’affichage.
Dans certaines mises en oeuvre, une caméra ou des caméras sont braquées sur le bloc inséré dans les mâchoires du microtome. Dans certaines mises en oeuvre, une caméra ou des caméras sont braquées sur les rubans.
L’écran affiche avantageusement les instructions à suivre pour l’opérateur, par exemple sous la forme de message texte.
Avantageusement, une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, notamment détection et segmentation d’images, permettent un suivi des rubans vers les lames d’étalement.
Avantageusement, une détection de la bonne position du ruban sur la lame est effectuée, en particulier l’absence de plis ou de stries.
Travaux au poste de distribution
On décrit maintenant les travaux effectués au poste de distribution.
Au poste de distribution, les plateaux de lames sont préparés dans un ordre précis, les plateaux étant accompagnés de bons d’examen classés dans le même ordre.
Avantageusement, dans une installation selon l’invention , une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, notamment détection et segmentation d’images, permettent un décompte des prélèvements présents sur les lames colorées, une vérification de la corrélation de ce décompte à celui des prélèvements présents dans la cassette au poste de macroscopie.
En cas de discordance dans les décomptes et/ou dans la taille des prélèvements, un signal d’alarme est généré, par exemple un message texte et/ou un signal sonore.
Par exemple, lorsque la carotte biopsique ne fait que 6 mm alors qu’elle en mesurait 1 5 mm en macroscopie, un message conseille le renvoi du prélèvement à l’étape de coupe-étalement, avec la mention « merci d’entamer davantage de bloc » . Avantageusement, une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, notamment détection et segmentation d’images, permettent
- une vérification de l’alignement des lamelles et films issus du microtome avec les lames de verre et/ou
- une vérification de la qualité de la coloration , par rapport à des standards de coloration et/ou
- une vérification du bon positionnement des étiquettes d’identification sur les lames.
Travaux au poste d’archivaqe
On décrit maintenant les travaux effectués au poste d’archivage.
Au poste d'archivage, les blocs de paraffine et les lames de verre sont rangés et archivés dans des armoires d’archives, dans l’ordre de leur numéro attribué au laboratoire, par exemple 24H00000, et juste à côté, un code à barres (par exemple Data Matrix) qui code cet identifiant.
Les lames et blocs sont classés dans l’ordre chronologique dans des tiroirs, selon un système de rangement par ligne ou par colonne dans les armoires, pour des périodes allant de 10 à 30 ans en France.
Le désarchivage des blocs et des lames est manuel et souvent non tracé, ce qui conduit à des situations où les blocs et lames désarchivés se retrouvent manquants ou perdus.
Avantageusement, dans une installation selon l’invention , un poste comprenant une unité centrale (PC), un écran tactile, par exemple suspendu aux alentours immédiats des armoires d’archivages, et un lecteur de code à barre permet d’identifier :
- l’opérateur, via par exemple un identifiant et mot de passe, ou un dispositif de lecture à champ proche (NFC) , ou des moyens de reconnaissance faciale, ou un lecteur d’empreinte digitale ;
- le bloc ou la lame à archiver / à désarchiver ; - la localisation (par exemple les coordonnées) de remplacement de l’objet à archiver (tel qu’un tiroir, une armoire) .
Une analyse du flux vidéo et des algorithmes de vision par ordinateur, notamment détection et segmentation d’images, permettent un décompte des objets désarchivés, une vérification de la corrélation de ce décompte à celui des objets identifiés sur le logiciel.
En cas de discordance dans les décomptes des objets désarchivés par rapport aux objets scannés, un signal d’alarme est généré, par exemple un message texte et/ou un signal sonore.
Avantages de l’invention
Les installations et procédés selon l’invention présentent de nombreux avantages.
Les prélèvements effectués au bloc opératoire suivent un circuit complexe, comportant un nombre élevé d’étapes, avec une multiplicité de lieux (bloc opératoire, zone tampon , poste d’enregistrement et postes de travaux successifs au laboratoire d’ACP) et d’acteurs (prescripteur, préleveur, transporteur, techniciens du laboratoire) .
Toute défaillance dans ce circuit peut conduire à une perte de prélèvement, à des erreurs d’identité, ou des erreurs d’orientation du prélèvement, à des conditions de transport inadaptées et une dégradation des prélèvements. Ces défaillances peuvent retarder ou fausser un diagnostic, ou nécessiter un nouveau prélèvement.
Les installations et procédés selon l’invention améliorent la traçabilité des prélèvements et réduisent les risques d’erreur, à chacune des étapes et postes de travail, depuis le champ opératoire (par exemple en salle d’opération) jusqu’à l’analyse des lames minces en microscopie au laboratoire d’ACP.
Lorsque la pièce opératoire est retirée par un chirurgien et déposée dans un flacon ou un pot, une caméra filme avantageusement la mise en pot ou en flacon du prélèvement, et un algorithme détecte la pièce chirurgicale et suit son mouvement jusque dans le pot ou le flacon.
Avantageusement, l’algorithme permet le contrôle de ce que la quantité de formol contenu dans le pot est suffisante pour assurer une bonne conservation des tissus.
Avantageusement, la pièce opératoire est pesée et cette pesée est comparée à celle effectuée lors du prélèvement chirurgical.
La station de macroscopie met en oeuvre au moins un algorithme d’identification et de suivi (tracking) et avantageusement au moins un algorithme de reconnaissance de caractère, permettant d’assurer qu’au flacon ou pot posé sur la planche (associé à un patient, par un identifiant unique) correspond un prélèvement opératoire déposé dans une ou plusieurs cassettes.
Le procédé permet ainsi de détecter d’éventuelles erreurs humaines dans l’analyse d’un prélèvement opératoire pour un patient P. En particulier, le procédé permet de détecter le placement erroné d’un prélèvement dans une cassette,
- soit par ouverture d’un flacon ne provenant pas du patient P et tentative de dépôt de ce prélèvement dans une cassette correspondant au patient P, cette erreur pouvant être dénommée inversion de flacon ;
- soit par dépôt du prélèvement contenu dans un flacon correspondant au patient P dans une cassette ne correspondant pas au patient P, cette erreur pouvant être dénommée inversion de cassette.
Le procédé permet en outre de détecter le placement erroné d’un prélèvement dans un flacon ou un pot, par dépôt d’un prélèvement provenant d’un patient P dans un flacon ou un pot étiqueté (par exemple par Data Matrix) pour un patient autre que la patient P, cette erreur pouvant être dénommée erreur de patient. Le procédé permet en outre de détecter l’affectation erronée d’une lame mince à un patient.
Ainsi qu’il a été décrit, la mise en place du prélèvement dans une cassette fait l’objet d’une analyse de flux vidéo, et d’une identification et suivi d’objet (tracking), ainsi que d’une reconnaissance d’un identifiant (par exemple un code à barres de type Data Matrix) .
La cassette est ensuite incluse dans un milieu d’inclusion, notamment paraffine.
Le bloc obtenu est découpé au microtome, les tranches obtenues, de quelques microns d’épaisseur, étant ensuite étalées sur des lames. Les lames sont fixées puis colorées pour être envoyées aux pathologistes pour analyses. Les lames sont déparaffinées avant coloration, à l’aide d’un solvant, par exemple du toluène ou du xylène. Le cas échéant, un immunomarquage est effectué en complément de la coloration , pour mettre en évidence certains antigènes tissulaires, à l’aide d’anticorps marqués.
Ces opérations sont avantageusement filmées et un algorithme de reconnaissance d’objets et de suivi d’objets, ainsi qu’un algorithme de reconnaissance d’un identifiant (par exemple un code à barres) , permet d’assurer que les lames produites portent l’identifiant présent sur la cassette.
Il est ainsi possible d’assurer que le même identifiant, avantageusement un identifiant unique affecté à un seul patient, se trouve présent sur le flacon ou le pot dans lequel le prélèvement opératoire est placé, lors de l’exérèse chirurgicale ou de la biopsie.
Il est ainsi également possible d’assurer une traçabilité du prélèvement effectué, depuis son placement dans un flacon ou un pot portant l’identifiant, jusqu’à la mise dans une ou plusieurs cassettes, la ou les cassettes portant le même identifiant, et depuis la ou les cassettes jusqu’aux lames minces, chaque lame mince portant le même identifiant. L’ouverture et la fermeture des flacons, l’ouverture et la fermeture des cassettes font avantageusement l’objet d’une détection et d’une datation (horodatage) , en lien avec une reconnaissance de l’identifiant du tissu biologique. Le procédé alerte le technicien d’une perte de concordance entre le tissu biologique à l’issue d’une étape de traitement (notamment placement dans une cassette, placement sur une lame mince) .
Le procédé peut avantageusement être mis en oeuvre pour les petites pièces opératoires, telles que les exérèses cutanées, ou les biopsies.
Avantageusement, lors de la mise en oeuvre du procédé, l’opérateur peut rester concentré sur la pièce opératoire à analyser, et n’a pas à prendre garde à appuyer avec la main ou le pied sur une commande. Une éventuelle distraction visuelle et l’interruption répétée du travail liée à l’emploi de commandes manuelles ou de commande au pied est source d’erreurs, que le procédé permet d’éviter.
Les dispositifs et procédés selon l’invention peuvent être mis en oeuvre pour des installations et équipements existants, et ce de manière agnostique, indifférent aux modèles d’automates commercialisés (notamment automates de déshydratation , microtomes, cryostats), l’opérateur utilisant avantageusement une seule interface homme- machine pour un ensemble d’automates de différents types.
Ainsi, les dispositifs et procédés selon l’invention n’imposent pas un remplacement des machines existantes dans les laboratoires d’ACP, avec les coûts qui en résulteraient.
Les dispositifs et procédés selon l’invention peuvent être mis en oeuvre dans des installations d’ACP entièrement robotisées.
Avantageusement toutefois, l’invention peut être mise en oeuvre en conservant des opérations manuelles, préservant ainsi l’expertise et l’expérience des techniciens de laboratoire médical et médecins qualifiés en ACP, et réduisant les risques d’erreur à chaque étape et poste de traitement de tissus biologiques.

Claims

Revendications
1 . Procédé d’examen histopathologique de tissus biologiques, notamment pièce opératoire ou biopsie, en particulier pour l’anatomo- cytopathologie ACP, caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape préanalytique et/ou d’une étape analytique des tissus biologiques.
2. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 1 , caractérisé en ce que l’étape pré-analytique est choisie parmi le groupe comprenant le prélèvement des tissus biologiques dans le champ opératoire, l’orientation des tissus biologiques, l’étiquetage des tissus biologiques prélevés, le placement des tissus dans un contenant à l’état frais, l’immersion des tissus biologiques prélevés dans un liquide de conservation tel qu’un fixateur, la préparation d’un bon de demande d’examen histopathologique, le transport du prélèvement vers un poste d’enregistrement, l’enregistrement du prélèvement dans un système de gestion de laboratoire.
3. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 2, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’étiquetage des tissus biologiques avec génération d’une première identité de patient, sous forme alphanumérique ou sous forme codée, notamment par code à barres, l’identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo comprenant une étape de lecture de cette première identité de patient, notamment une lecture de code à barres.
4. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 3, caractérisé en ce qu’il comprend une étape de préparation d’un bon de demande d’examen histopathologique générant une deuxième identité de patient, l’dentification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo comprenant une étape de lecture de ce bon de demande d’examen et de la deuxième identité de patient, un message d’alerte étant généré en cas de discordance entre la première et la deuxième identité de patient.
5. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 3 ou 4, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’interrogation du dossier patient informatisé et une étape de collecte d’éléments d’informations contenus dans le dossier patient informatisé, pour copie dans un bon de demande d’examen histopathologique généré sous forme numérique.
6. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisé en qu’il comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo lors de l’immersion des tissus biologiques tels qu’une pièce opératoire dans un liquide conservateur tel qu’un fixateur, un message d’alerte étant généré lorsque le volume de liquide conservateur n’est pas adapté au volume des tissus biologiques.
7. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 6, caractérisé en ce qu’il comprend une étape de contrôle effectuée dans une zone tampon dans laquelle sont rassemblés une pluralité de prélèvements de tissus biologiques, notamment issus de différentes salles opératoires d’un bloc opératoire, le procédé comprenant une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo pour le décompte des contenants placés dans la zone tampon.
8. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 7, caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours de l’enregistrement d’un prélèvement dans un système de gestion de laboratoire, pour un décompte des contenants et/ou un contrôle de l’adéquation du volume de fixateur pour le prélèvement placé dans un contenant.
9. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 8, caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape de préparation de tissus biologiques choisie parmi le groupe comprenant la déshydratation, l’inclusion dans un matériau , notamment la paraffine, la découpe notamment au cryostat ou au microtome pour former des rubans, l’étalement des rubans sur des supports tels que des lames de verre, la distribution .
10. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 9, caractérisé en ce qu’il comprend une lecture de l’ensemble des identifiants de cassettes, ces identifiants étant alphanumériques ou codés, notamment dans un code à barres.
1 1 . Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 9 ou 10, caractérisé en ce que au moins un écran d’interface d’une machine de déshydratation est filmé, une analyse d’un flux vidéo permettant de générer les informations comprenant la durée du cycle de déshydratation, le temps restant jusqu’à la fin de la déshydratation.
12. Procédé d’examen histopathologique selon la revendication 1 1 , caractérisé en ce qu’il comprend une étape de génération d’un message d’alerte, lorsqu’une alarme de fonctionnement a été détectée pour la machine de déshydratation , lors de l’analyse du flux vidéo provenant de la caméra filmant l’écran d’interface de la machine de déshydratation.
13. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 1 2, caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objet par analyse d’un flux vidéo au cours d’une étape d’inclusion de tissus biologiques dans un matériau d’inclusion tel que la paraffine, l’analyse du flux vidéo étant apte à assurer un décompte des tissus biologiques transvasés vers le moule d’inclusion.
14. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 13, caractérisé en ce que l’étape analytique est choisie parmi le groupe comprenant les étapes d’étude macroscopique.
15. Procédé d’examen histopathologique selon l’une quelconque des revendications 1 à 14, caractérisé en ce qu’il comprend une analyse des flux vidéos permettant un décompte des prélèvements présents sur les lames colorées, issus d’une cassette, et une étape de vérification de la corrélation de ce nombre avec le nombre de prélèvements présents dans la cassette.
16. Procédé d’examen histopathologique, notamment d’anatomopathologie, comprenant une étape d’introduction d’un tissu dans un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture, une étape de fermeture du premier contenant après introduction du tissu , une étape de placement sur le premier contenant d’un identifiant du tissu introduit dans le premier contenant, une étape d’ouverture du premier contenant et d’extraction du tissu hors du premier contenant, une étape de déplacement d’au moins une partie du tissu extrait du premier contenant dans un deuxième contenant, le deuxième contenant portant un identifiant de la partie de tissu, le procédé étant caractérisé en ce qu’il comprend une identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, l’ouverture du premier contenant étant détectée lors de cette identification et suivi d’objets, le procédé comprenant une étape de détection et lecture de l’identifiant placé sur le premier contenant et de l’identifiant placé sur le deuxième contenant, un message d’erreur étant généré en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
17. Procédé selon la revendication 16, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’enregistrement de l’instant auquel est détectée l’ouverture du premier contenant.
18. Procédé selon la revendication 1 6 ou 17, caractérisé en ce que le deuxième contenant est une cassette, la fermeture de la cassette et la fermeture du premier contenant étant détectées par l’identification et suivi d’objets lors de l’analyse du flux vidéo.
19. Procédé selon l’une quelconque des revendications 1 6 à 18, caractérisé en ce qu’un affichage des objets identifiés lors de l’analyse du flux vidéo est réalisé, la forme des objets identifiés étant représentée par une fenêtre englobante.
20. Dispositif pour la mise en oeuvre d’un procédé selon l’une quelconque des revendications 1 à 19, le dispositif étant caractérisé en ce qu’il comprend des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo provenant d’au moins une caméra.
21 . Dispositif d’anatomopathologie, pour la mise en oeuvre d’un procédé selon l’une quelconque des revendications 1 6 à 1 9, le dispositif comportant une station de travail comprenant une planche à découper destinée à supporter un premier contenant pourvu d’un moyen de fermeture et un deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens d’identification et suivi d’objets par analyse d’un flux vidéo, ces moyens étant aptes à détecter l’ouverture du premier contenant, le dispositif comprenant des moyens de détection et lecture d’un identifiant placé sur le premier contenant et d’un l’identifiant placé sur le deuxième contenant, le dispositif comprenant des moyens de génération d’un message d’erreur en cas de discordance entre l’identifiant du premier contenant et l’identifiant du deuxième contenant.
22. Dispositif selon la revendication 21 , caractérisé en ce que la planche à découper comprend une réservation apte à loger un premier ou un deuxième contenant, le premier contenant étant de préférence un flacon , le deuxième contenant étant de préférence une cassette.
23. Dispositif selon la revendication 21 ou 22, caractérisé en ce que les moyens de détection et lecture comprennent un lecteur de code à barres à une dimension ou deux dimensions.
24. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 21 à 23, caractérisé en ce que la station de travail comprend des moyens de pesée.
25. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 21 à 24, caractérisé en ce que la station de travail comprend des moyens de mesure suivant plusieurs axes.
26. Dispositif selon l’une quelconque des revendications 21 à 25, caractérisé en ce qu’il comprend un poste d’inclusion de tissu biologique pour former un bloc, un poste de découpe du bloc en tranches minces par microtome, et un poste d’étalement des tranches sur des lames, le dispositif comprenant des moyens d’impression sur le bloc et sur les lames d’un identifiant du tissu biologique.
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