EP4605417A1 - Nouveaux peptides et leur utilisation pour moduler l'accumulation d'une proteine - Google Patents

Nouveaux peptides et leur utilisation pour moduler l'accumulation d'une proteine

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Publication number
EP4605417A1
EP4605417A1 EP23790692.0A EP23790692A EP4605417A1 EP 4605417 A1 EP4605417 A1 EP 4605417A1 EP 23790692 A EP23790692 A EP 23790692A EP 4605417 A1 EP4605417 A1 EP 4605417A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
protein
cpep
nucleic acid
accumulation
fragment
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
EP23790692.0A
Other languages
German (de)
English (en)
Inventor
Jean-Philippe COMBIER
Bruno Guillotin
Dominique LAURESSERGUES
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Universite de Toulouse
Original Assignee
Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Universite Toulouse III Paul Sabatier
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Centre National de la Recherche Scientifique CNRS, Universite Toulouse III Paul Sabatier filed Critical Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Publication of EP4605417A1 publication Critical patent/EP4605417A1/fr
Pending legal-status Critical Current

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Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/415—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from plants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/82—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for plant cells, e.g. plant artificial chromosomes (PACs)
    • C12N15/8241—Phenotypically and genetically modified plants via recombinant DNA technology

Definitions

  • the present invention relates to novel peptides (cPEPs), their preparation method and their use to modulate the accumulation of specific proteins.
  • peptides are short sequences of 2 to approximately 100 amino acids. These are often very active molecules, such as hormones or venom compounds.
  • peptides In plants, peptides perform many biological functions, such as development or defense mechanisms. As peptide detection is relatively difficult, only a limited number of peptides have been identified, likely underestimating the quantity and role of peptides in these organisms.
  • miPEPs small open reading frames encoding regulatory peptides.
  • the miPEPs are produced in the same place as the miRs from which they come and help improve the transcription of the corresponding pri-miRs.
  • the activity of a miPEP is very specific to the corresponding mi R, making it possible to upregulate the chosen mi R without affecting the expression of other miRs.
  • the use of miPEPs can make it possible to modulate the expression of a gene, if it is regulated by a miR, itself regulated by a miPEP (WO 2015/063431).
  • the present invention offers a universal, and easily exploitable, means for specifically modulating the accumulation of a chosen protein in a plant using an unnatural peptide, that is to say a peptide which is not naturally produced by the plant.
  • One aspect of the invention is to propose a method for preparing and determining a “cPEP” peptide capable of modulating the accumulation (expression) of a specific protein in a plant cell.
  • a second aspect of the invention is to propose a method of modulating the accumulation of a protein in a plant using a cPEP.
  • a third aspect of the invention is to propose the use of a cPEP to modulate the accumulation of a protein in a plant.
  • a fourth aspect of the invention is to propose a method for promoting, slowing down or preventing the development of a plant.
  • a fifth aspect of the invention is to provide cPEP peptides making it possible to modulate the accumulation of a protein in a plant.
  • Other complementary aspects of the invention relate to a nucleic acid encoding a cPEP, compositions comprising a cPEP and modified or transgenic plants comprising a cPEP.
  • the invention relates to a method for preparing and determining a cPEP, said cPEP: having a size of from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids; being capable of modulating the accumulation of a protein in a plant cell; and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, said method comprising: a. a step of determining the nucleic acid sequence of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein; b. a step of determining within this pre-mRNA one of the nucleic acid sequences deemed to be non-coding; vs.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • a difference in the phenotype in the presence of said peptide compared to the phenotype in the absence of said peptide indicates that said peptide is a cPEP capable of modulating the accumulation of said protein in a plant cell.
  • the present invention is based on the unexpected observation made by the Inventors that it is possible to specifically modulate the accumulation of a protein using a particular peptide not produced naturally, the sequence of which corresponds to (artificial) translation of a fragment of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein, said fragment being chosen from one of the nucleic acid sequences deemed non-coding of said pre-mRNA.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • cPEP complementary peptide designates a peptide capable of specifically modulating the accumulation of a protein once introduced into a plant cell.
  • a cPEP is not naturally present in a plant cell. This means that the plant cell contains the cPEP information but does not contain the nucleic sequence capable of allowing its expression. Only the peptide sequence of cPEP can be deduced from the sequence of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein whose accumulation we want to modulate.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • a cPEP is only present in a plant cell once it has been introduced there in the form of a peptide or in the form of a nucleic acid encoding said peptide.
  • the specificity of cPEP towards a target protein (target gene) is determined by its amino acid sequence.
  • the sequence of a cPEP corresponds to the in silico (artificial) translation into amino acids of a fragment of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein, said fragment being chosen from one of the sequences of nucleic acids deemed non-coding of said pre-mRNA.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • said fragment has a size smaller than that of the naturally translated nucleic acid sequence.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • the fragment of the pre-mRNA used to determine the cPEP sequence can be chosen from the three existing reading frames on the pre-mRNA sequence.
  • a fragment can be selected in reading frames +1, +2 or +3.
  • the three reading frames contain the information of a cPEP as it is possible that only one of the three reading frames (the +1, the +2 or the +3) or two of the three reading frames (+1 and +2, +1 and +3, or +2 and +3) contain the information of a cPEP.
  • reading frame designates the grouping of nucleotides constituting a nucleic acid sequence into consecutive triplets (or codons), which follow one another without interruption or overlap.
  • cPEPs have a size of 4 to 70 amino acids, in particular of 4 to 41 amino acids, in particular a size of 5 to 40 amino acids, of 7 to 20 amino acids or more particularly a size of comprised of 8 to 15 amino acids. Consequently, the sequence of a cPEP corresponds to the translation of a fragment comprised of 4 to 70 nucleotide triplets, in particular comprised of 4 to 41 nucleotide triplets, in particular of a fragment comprised of 5 to 40 nucleotide triplets , from 7 to 20 nucleotide triplets or more particularly from a fragment comprising 8 to 15 nucleotide triplets.
  • the sequence of a cPEP corresponds to the translation into amino acids of a fragment of “3n” nucleotides of the pre-mRNA of the target protein, n being comprised from 4 to 70, in particular n being comprised from 4 to 70, in particular from 4 to 41, in particular from 5 to 40, from 7 to 20 or more particularly from 8 to 15.
  • the cPEPs have a size of 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 or 70 amino acids, and correspond respectively to the translation of fragments 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, 39, 42, 45, 48, 51, 54, 57, 60, 63, 66, 69, 72, 75, 78, 81, 84 , 87, 90, 93, 96, 99, 102, 105, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126, 129, 132, 138, 141, 144, 147, 150, 153, 156,
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment has a size of 3n nucleotides, n being included: from 4 to 41; from 5 to 40; from 7 to 20; or from 8 to 15.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said peptide has a size chosen from: 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 and 70 amino acids.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said cPEP has a size smaller than that of said protein (/e. that of which the cPEP modulates the 'accumulation).
  • cPEPs have the capacity to specifically modulate the accumulation of a protein without the accumulation of the corresponding mRNA being impacted.
  • the addition of a cPEP in a plant cell does not modify the quantity of mRNA allowing the expression of the protein that it has the capacity to regulate, but only the quantity of said protein.
  • the term “protein” designates a sequence of amino acids whose information is encoded by a gene present on the genome of a plant cell.
  • gene we therefore designate, in particular, the nucleic acid sequence necessary for the synthesis of said protein.
  • a gene includes more than the nucleotides encoding the amino acid sequence of the protein.
  • a gene includes the DNA sequences necessary for the synthesis of a pre-messenger (pre-mRNA), which is then processed by the cellular machinery into messenger RNA (mRNA). The latter can then be translated, via ribosomes, into a protein.
  • pre-mRNA pre-messenger
  • mRNA messenger RNA
  • pre-messenger RNA has not undergone splicing and is likely to contain introns
  • mature messenger RNA may have undergone a splice and contains only exons.
  • a cPEP capable of modulating the accumulation of a protein
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • the “modulation” of the accumulation of a protein designates either an increase in the accumulation of said protein (/e. an increase in the quantity of protein in the plant cell), or a decrease in the accumulation of said protein (/e. a decrease in the quantity of protein in the plant cell).
  • one embodiment of the invention relates to the method of preparing and determining a cPEP as described above, in which said modulation of the accumulation of said protein induced by said cPEP is: a reduction of the accumulation of said protein; or an increase in the accumulation of said protein.
  • the increase and decrease in the accumulation of said protein can be measured and monitored using methods well known to those skilled in the art, such as the coupling of the protein to a marker via the use of cassettes. particular expression, or a Western blot.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which in step e., the quantity of protein in the presence of said peptide is greater than the quantity of protein in the absence of said peptide.
  • the quantity of protein in the presence of said peptide is greater than the quantity of protein in the absence of said peptide.
  • the translation of the corresponding mRNA is increased, which leads to greater production of the protein without modifying the quantity of said mRNA.
  • the fragment of the pre-mRNA encoding said cPEP is located within one of the nucleic acid sequences of the pre-mRNA reputed to be non-coding, this means on the one hand that these reputed nucleic acid sequences non-coding are not naturally translated in said plant cell. On the other hand, this also means that the fragment of the pre-mRNA encoding said cPEP is not naturally translated in said plant cell.
  • the existence of a cPEP within said plant cell is therefore artificial and originates from human action. For this, it is possible either to artificially introduce said cPEP as such, or to introduce an expression cassette comprising the nucleic acid sequence encoding said cPEP and the means of expressing it in said plant cell.
  • a region of the pre-mRNA which is not naturally translated corresponds to a region of the pre-mRNA which does not encode any part of the functional protein of the gene, it is that is to say the protein encoded by the main open reading frame whose accumulation we wish to modulate.
  • open reading frame and “ORF” (open reading frame) are equivalent and can be used interchangeably. They correspond to a sequence of nucleotides (nucleic acids) in a DNA or RNA molecule that can potentially encode a peptide or a protein: said open reading frame begins with a START codon (the START codon generally encoding a methionine), followed by a series of codons (each codon encoding an amino acid), and ends with a STOP codon (the STOP codon not being translated).
  • START codon the START codon generally encoding a methionine
  • a series of codons each codon encoding an amino acid
  • STOP codon the STOP codon not being translated
  • a non-coding region of a pre-mRNA corresponds to: the 5'IITR region, ie the untranslated region located upstream of the main ORF ; the 3'IITR region, ie the untranslated region located downstream of the main ORF; or an intron, ie a region of the pre-mRNA deleted by splicing and absent from the mature mRNA.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, one of said nucleic acid sequences deemed non-coding being: the 5'IITR region; the 3’IITR region; or an intron.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, one of said nucleic acid sequences deemed non-coding being the 5'IITR region or the 3' region. IITR. In another embodiment, the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, one of said nucleic acid sequences deemed non-coding being the 5'IITR region. In another embodiment, the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, one of said nucleic acid sequences deemed non-coding being the 3'IITR region. In another embodiment, the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, one of said nucleic acid sequences deemed non-coding being an intron.
  • the sequence of a cPEP is determined by carrying out an (artificial) translation of a fragment of the pre-mRNA of the protein whose accumulation we want to modulate, said fragment being chosen from the non-coding sequence of nucleic acids.
  • the same non-coding nucleic acid sequence in said plant cell can give different cPEPs depending on the fragment of the pre-mRNA chosen.
  • this same fragment of the pre-mRNA can also give different cPEPs depending on the reading frame used to translate it (artificially), ie according to the grouping of the nucleotides of the sequence into consecutive triplets. Indeed and as previously mentioned, a translation can be carried out in the three different reading frames thus potentially leading to three different cPEPs.
  • the “+1” reading frame corresponds to the reading frame determined by the initiation codon of the protein, ie the START codon of the open reading frame used naturally for the translation of the mRNA, which serves reference to identify the +1 reading frame of the pre-mRNA.
  • the latter corresponds to that allowing the translation of the mRNA.
  • the “+2” and “+3” reading frames correspond to offset reading frames.
  • the “+2” reading frame corresponds to the reading frame shifted by one nucleotide in 3' (or two nucleotides in 5') relative to the open reading frame +1.
  • the “+3” reading frame corresponds to the reading frame shifted by two nucleotides in 3' (or by one nucleotide in 5') relative to the open reading frame +1.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • a cPEP comprises either an AUG codon (and no STOP codon), or a STOP codon (and no AUG codon), or neither of these two elements.
  • the invention relates to the process for preparing and determining a cPEP as described above, said cPEP: having a size of 4 to 70 amino acids , in particular from 4 to 41 amino acids; being capable of modulating the accumulation of a protein in a plant cell; and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, said method comprising: a. a step of determining the nucleic acid sequence of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein; b. a step of determining within this pre-mRNA one of the nucleic acid sequences known to be non-coding; vs.
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • a difference in the phenotype in the presence of said peptide compared to the phenotype in the absence of said peptide indicates that said peptide is a cPEP capable of modulating the accumulation of said protein in a plant cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention also relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment is devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • a cPEP comprises an AUG codon and/or a STOP codon
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame. of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open frame. reading of said protein.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide in 3' (or of two nucleotides 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in 3' (or of a nucleotide at 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides in 5 ') or two nucleotides 3' (or one nucleotide 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said cPEP is a hydrophobic peptide or a hydrophilic peptide.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said cPEP is a hydrophobic peptide.
  • hydrophobic peptide is meant a peptide whose amino acid sequence comprises more than 50% hydrophobic amino acids.
  • more than 50% we mean that the amino acid sequence comprises more than 55%, more than 60%, more than 65%, more than 70%, more than 75% or more than 80% of amino acids. hydrophobic.
  • the acid sequence amino acids comprises at least 51%, at least 56%, at least 61%, at least 66%, at least 71%, at least 76% or at least 81% hydrophobic amino acids.
  • hydrophobic amino acids is meant the amino acids chosen from: alanine (Ala/A), isoleucine (Ile/I), leucine (Leu/L), methionine (Met/M), phenylalanine (Phe/F), tryptophan (Trp/W), tyrosine (Tyr/Y) and valine (Val/V).
  • the invention also relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said cPEP is a hydrophilic peptide.
  • hydrophilic peptide is meant a peptide whose amino acid sequence comprises more than 50% hydrophilic amino acids.
  • more than 50% we mean that the amino acid sequence comprises more than 55%, more than 60%, more than 65%, more than 70%, more than 75% or more than 80% of amino acids. hydrophilic.
  • more than 50% we also mean that the amino acid sequence comprises at least 51%, at least 56%, at least 61%, at least 66%, at least 71%, at least 76% or at least 81% hydrophilic amino acids.
  • hydrophilic amino acids we mean the amino acids chosen from: aspartic acid (Asp / D), glutamic acid (Glu / E), arginine (Arg /
  • a cPEP whose sequence corresponds to the translation of a fragment located in a non-coding region of the pre-mRNA has a sequence different from that of a fragment of the protein naturally encoded by said pre-mRNA.
  • the sequence of a cPEP is determined by translating a fragment of the pre-mRNA.
  • the same fragment of this pre-mRNA can therefore give different cPEPs depending on the reading frame used for translation (+1, +2 or +3), /.e. according to the grouping of the nucleotides of the sequence into consecutive triplets.
  • the invention relates to a method for preparing and determining a cPEP, said cPEP: having a size of 4 to 70 amino acids, in particular of 4 to 71 amino acids; being capable of modulating the accumulation of a protein in a plant cell; and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, said method comprising: has. a step of determining the nucleic acid sequence of the pre-messenger RNA (pre-mRNA) encoding said protein; b. a step of determining within this pre-mRNA one of the nucleic acid sequences comprising two contiguous parts:
  • pre-mRNA pre-messenger RNA
  • a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon); vs. a determination step within this nucleic acid sequence comprising two contiguous parts of a fragment thereof, said fragment having a size of 3n nucleotides capable of being translated via the genetic code into a peptide, n being included from 4 to 70, in particular n being included from 4 to 41; d. a step of producing said peptide; summer. a comparison step:
  • a difference in the phenotype in the presence of said peptide compared to the phenotype in the absence of said peptide indicates that said peptide is a cPEP capable of modulating the accumulation of said protein in a plant cell.
  • a cPEP can be produced by any type of means accessible to those skilled in the art.
  • a cPEP can be produced both by synthesis and by recombinant expression in homologous or heterologous systems.
  • the cPEP thus produced can then be introduced into a cell to modulate the accumulation of a target protein.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step d., the production of said peptide is carried out by peptide synthesis or by recombinant expression.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step d., the production of said peptide is carried out using an acid nucleic acid encoding said peptide introduced into a cell.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step e., the production of said peptide is carried out using an acid nucleic acid encoding said peptide introduced into said plant cell or into said plant.
  • the invention relates to a method for preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step e., said peptide is brought into contact with said plant cell or in said plant .
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step e., said peptide is present in said plant cell or in said plant following the expression of a nucleic acid encoding said peptide in said plant cell or in said plant.
  • another embodiment of the invention relates to the method of preparing and determining a cPEP as described above, in which, in step e., the presence of said peptide in said plant cell or in said plant results:
  • a cPEP can be used to modulate the accumulation of a protein present naturally (/e. endogenous) or not (/e. exogenous) in said plant cell or in said plant.
  • a “protein naturally present in a plant cell or in a plant” corresponds to an endogenous protein encoded by a gene present on the genome of the plant cell or the plant without the need for direct or indirect intervention by 'a human.
  • a “protein which is not naturally present in a plant cell or in a plant” corresponds to an exogenous protein encoded by a nucleic acid sequence present on the genome of the plant cell or plant which required the intervention of a human being and the use of means known to those skilled in the art.
  • a nucleic acid sequence may come from the same plant species or from a different plant species.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is of endogenous origin in said plant cells or said plants used in step e.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is of exogenous origin in said plant cells or said plants used in step e., said plant cells or said plants used in step e. then comprising a nucleic acid sequence allowing the expression of said protein.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a technique chosen from: Western blot, measurement of enzyme activity, mass spectrometry and translational fusion.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a Western blot.
  • cPEPs makes it possible to modify the phenotypes of a plant visible on a macroscopic scale. It is therefore entirely possible to use the latter to affirm (or refute) that the peptide determined in steps a., b. and c., and optionally produced in step d. is a cPEP (or not). This is also what the so-called phenotypic comparison alternative implemented in step e allows.
  • the peptide determined on the pre-mRNA of a protein involved in the size of the stem of a plant causes an increase, or a decrease, in the size of the stem of a plant treated with the latter by compared to an untreated plant, this means that said peptide is a cPEP capable of modulating the accumulation of said protein in the size of the rod.
  • the term "plant” refers generally: to a set of plant cells organized in all or part of a plant whatever its stage of development (including the plant in the form of seed or young grows); to one or more organs of the plant (such as leaves, roots, stem, flowers); to one or more cells of the plant; or to a cluster of plant cells (e.g. a callus).
  • the term "phenotype" designates in a non-limiting manner the characters visible on a macroscopic scale such as the number of lateral roots, the number of leaves, the size of the stem, the duration of flowering and the resistance to stress.
  • the invention therefore relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is involved in at least one plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume, mass and number of leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (or floral transition); germinal vigor and duration of juvenile phase; the duration of flowering; resistance to biotic stress; resistance to abiotic stress; and the number of cells.
  • a protein is “involved in a phenotype” if a modification of the accumulation thereof is associated with a modification of said phenotype.
  • a protein is involved in a phenotype if it intervenes in the character(s) corresponding to said phenotype.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, said cPEP: having a size of from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids; being capable of modulating the accumulation of a protein in a plant cell; and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, and in which said plant cell (/e.
  • Alopecurus myosuroides Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora , Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said plant cells or said plants used in step e. belong to: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed) , Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said plant cell (/e. that in which it is desired to modulate the accumulation of a protein) is a cell of an algae.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said plant cells or said plants used in step e belong to an alga.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from: Aae15 (Acyl-activating enzyme 15), Aae16 (AMP -dependent synthetase and ligase family protein), Abcg11 (White-brown complex-like protein), Abdcg34 (ABC transporter G family member 34), Acc1 (Acetyl-CoA Carboxylase), Agb1 (GTP binding protein beta 1), Als (Acetolactate synthase (chloroplastic)), Anac076 (NAC domaincontaining protein 76), Apg9 (Autophagy 9), Arlbl (GTP-binding protein 1), Arr1 (Two-component response regulator ARR1), Arr5 (Two-component response regulator ARR5), Arr6 (Two-component response regulator ARR6), At59 (Pedate lyase family protein), Bak1 (Brass) (A
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from: Cpk3, Dell and Nsp1.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Cpk3 gene.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Dell gene.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Nsp1 gene.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity. , preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NO: 1 (ORF of the Aae15 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 2 (ORF of the Aae16 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 3 (ORF of the abcg11 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 4 (ORF of the Abdcg34 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 5 (ORF of the Acc1 protein, A .
  • SEQ ID NO: 14 ORF of the At59 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 15 (ORF of the Bak1 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 16 (ORF of the Bccpl protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 17 (ORF of the Bccp2 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 18 (ORF of the Bril protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 19 (ORF of the Bzo2h3 protein, A. thaliana), SEQ ID NO: 20 (ORF of the Cesa6 protein, A. thaliana) , SEQ ID NO: 21 (ORF of the Cipk3 protein, A.
  • SEQ ID NO: 22 ORF of the Cks1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 23 ORF of the Cobl8 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 24 ORF of the Coil protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 25 ORF of the Coil protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 26 ORF of the Cpk3 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 27 ORF of the Cpk3 protein, A. hypochondriacus
  • SEQ ID NO: 28 ORF of the Cpk3 protein, B. distachyon
  • SEQ ID NO: 29 ORF of the Cpk3 protein, B .
  • SEQ ID NO: 30 ORF of the Cpk3 protein, G. max
  • SEQ ID NO: 31 ORF of the Cpk3 protein, G. max
  • SEQ ID NO: 32 ORF of the Cpk3 protein, G. max
  • SEQ ID NO: 33 ORF of the Cpk3 protein, G. max
  • SEQ ID NO: 34 ORF of the Cpk3 protein, O. sativa
  • SEQ ID NO: 35 ORF of the Cpk3 protein , O. sativa
  • SEQ ID NO: 36 ORF of the Cpk3 protein, S. lycopersicum
  • SEQ ID NO: 37 ORF of the Cpk3 protein, Z.
  • SEQ ID NO: 38 ORF of the protein Cpk3, Z. mays
  • SEQ ID NO: 39 ORF of the Cpk3 protein, Z. mays
  • SEQ ID NO: 40 ORF of the Cpk3 protein, B. rapa
  • SEQ ID NO: 41 ORF of the Cpk3 protein, B. rapa
  • SEQ ID NO: 42 ORF of the Cpk3 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 43 ORF of the Cpk3 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 44 ORF of the Cpk3 protein, S. tuberosum
  • SEQ ID NO: 45 ORF of the Cpk3 protein, A.
  • SEQ ID NO: 46 ORF of the Cpk3 protein, M. truncatula
  • SEQ ID NO: 47 ORF of the Cpk3 protein, M. truncatula
  • SEQ ID NO: 48 ORF of the Cpk3 protein, T. aestivum
  • SEQ ID NO: 49 ORF of the Cpk3 protein, T. aestivum
  • SEQ ID NO: 50 ORF of the Cpk3 protein, T. aestivum
  • SEQ ID NO: 51 ORF of the Cpk3 protein, T. aestivum
  • SEQ ID NO: 52 ORF of the Cpk3 protein, L.
  • SEQ ID NO: 53 ORF of the Cpk3 protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 54 ORF of the Cpk3 protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 55 ORF of the Cpk3 protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 56 ORF of the Crk34 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 57 ORF of the Cyp705a18 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 58 ORF of the Cyp71b26 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 59 ORF of the Cyp78a8 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 60 ORF of the Cyp97b3 protein, A.
  • SEQ ID NO: 61 ORF of the Dell protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 62 ORF of Dell protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 63 ORF of Dell protein, A. hypochondriacus
  • SEQ ID NO: 64 ORF of Dell protein, B. distachyon
  • SEQ ID NO: 65 ORF of the Dell protein, G. max
  • SEQ ID NO: 66 ORF of the Dell protein, G. max
  • SEQ ID NO: 67 ORF of the Dell protein, O. sativa
  • SEQ ID NO: 68 ORF of the Dell protein, S. lycopersicum
  • SEQ ID NO: 69 ORF of the Dell protein, Z.
  • SEQ ID NO: 70 (ORF of the Dell protein, B. rapa), SEQ ID NO: 71 (ORF of the Dell protein, H. vulgare), SEQ ID NO: 72 (ORF of the Dell protein, S. tuberosum), SEQ ID NO: 73 (ORF of the Dell protein, M. truncatula), SEQ ID NO: 74 (ORF of the Dell protein, T. aestivum), SEQ ID NO: 75 (ORF of the Dell protein, T. aestivum), SEQ ID NO: 76 (ORF of the Dell protein, T. aestivum), SEQ ID NO: 77 (ORF of the Dell protein, T.
  • SEQ ID NO: 78 ORF of the Dell protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 79 ORF of the Dell protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 80 ORF of the Dur3 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 81 ORF of the Ein2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 82 ORF of the Emb175 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 83 ORF of the Emb2726 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 84 ORF of the Emb9 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 85 ORF of the Epsps protein, A.
  • SEQ ID NO: 86 ORF of the Fnr1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 87 ORF of the Fve protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 88 ORF of the Ga2ox7 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 89 ORF of the Gape protein, N. benthamiana
  • SEQ ID NO: 90 ORF of the Gcn2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 91 ORF of the Gdi2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 92 ORF of the Gln2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 93 ORF of the Gsl3 protein, A.
  • SEQ ID NO: 102 ORF of the Jar1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 103 ORF of the Kp1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 104 ORF of the Lrx2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 105 ORF of the Mapkkk3 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 106 ORF of the Mapkkkô protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 107 ORF of the Mfp2 protein, A . thaliana
  • SEQ ID NO: 108 ORF of the Mrb1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 109 ORF of the Nsp1 protein, M.
  • SEQ ID NO: 110 ORF of the Nsp1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 111 ORF of the Nsp1 protein, B. distachyon
  • SEQ ID NO: 112 ORF of the Nsp1 protein, G. max
  • SEQ ID NO: 113 ORF of the Nsp1 protein , G. max
  • SEQ ID NO: 114 ORF of the Nsp1 protein, O. sativa
  • SEQ ID NO: 115 ORF of the Nsp1 protein, S. lycopersicum
  • SEQ ID NO: 116 ORF of the protein Nsp1, S.
  • SEQ ID NO: 117 ORF of the Nsp1 protein, Z. mays
  • SEQ ID NO: 118 ORF of the Nsp1 protein, Z. mays
  • SEQ ID NO: 119 ORF of the Nsp1 protein, Z. mays
  • SEQ ID NO: 120 ORF of the Nsp1 protein, Z. mays
  • SEQ ID NO: 121 ORF of the Nsp1 protein, B. rapa
  • SEQ ID NO: 122 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 123 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 124 ORF of the Nsp1 protein, H.
  • SEQ ID NO: 125 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 126 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 127 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 128 ORF of the Nsp1 protein, H. vulgare
  • SEQ ID NO: 129 ORF of the Nsp1 protein, S. tuberosum
  • SEQ ID NO: 130 ORF of the Nsp1 protein, S. tuberosum
  • SEQ ID NO: 131 ORF of the Nsp1 protein, T. aestivum
  • SEQ ID NO: 132 ORF of the Nsp1 protein, T.
  • SEQ ID NO: 133 ORF of the Nsp1 protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 134 ORF of the Nsp1 protein, L. perenne
  • SEQ ID NO: 135 ORF of the Pds protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 136 ORF of the Pen3 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 137 ORF of the Phyb protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 138 ORF of the Pif3 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 139 ORF of the Pizza protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 140 ORF of the Ppoxl protein, A.
  • SEQ ID NO: 141 ORF of the Ppox2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 142 ORF of the Prp39 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 143 ORF of the PsbA protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 144 ORF of the Pskrl protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 145 ORF of the Rd21 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 146 ORF of the Ringl protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 147 ORF of the Rosi protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 148 ORF of the Rpt4a protein, A.
  • SEQ ID NO: 149 ORF of the Sfr6 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 150 ORF of the Shr protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 151 ORF of the Shy2 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 152 ORF of the Ski protein, M. truncatula
  • SEQ ID NO: 153 ORF of the Sps1 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 154 ORF of the Spt protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 155 ORF of the Stn8 protein, A. thaliana
  • SEQ ID NO: 156 ORF of the Tap46 protein, A.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity. , preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1 ).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably At less than 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • percentage of identity between two nucleic acid (or amino acid) sequences, we mean a percentage of nucleotides (or amino acid residues) identical between the two sequences to be compared, obtained after the best alignment. . This percentage is purely statistical and the differences between the two sequences are randomly distributed over the entire length of the sequences.
  • the best alignment is the alignment for which the percentage of identity between the two sequences to be compared, as calculated below, is the highest.
  • Sequence comparisons between two nucleic acid (or amino acid) sequences are traditionally carried out by comparing these sequences after having aligned them optimally, said comparison being carried out per segment or per comparison window to identify and compare the regions local sequence similarity.
  • the optimal alignment of sequences for comparison can be carried out manually or by means of algorithms and software available to those skilled in the art, for example, the BLAST platform or the MatGat program (Campanella, Bitincka and Smalley , 2003).
  • the percentage identity between two sequences is determined by comparing these two optimally aligned sequences by comparison window in which the region of the sequence to be compared may include additions or deletions relative to the reference sequence for optimal alignment between these two sequences. Percent identity is calculated by determining the number of identical positions for which the nucleotide (or amino acid) is identical between the two sequences, dividing this number of identical positions by the total number of positions in the comparison window and multiplying the result obtained by 100.
  • sequences presenting “at least 80% identity” with a reference sequence may in particular present at minus 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96 %, 97%, 98%, 99% or 100% with said reference sequence.
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs : 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention also relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a sequence of nucleic acids chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method for preparing and determining a cPEP as described above, in which the sequence of said peptide is chosen from the sequences: SEQ ID NO: 162 (NSP1-5'UTR -11), SEQ ID NO: 163 (NSP1-5'UTR-5) and SEQ ID NO: 164 (NSP1-3'UTR).
  • the invention relates to a cPEP as obtained by implementing the method as described above.
  • the invention also relates to a cPEP, of 4 to 70 amino acids, in particular of 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence deemed non-coding present on a pre-mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in a plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to cPEP as previously described, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being included: from 4 to 41; from 5 to 40; from 7 to 20; or from 8 to 15.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP comprising s, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 , 22, 23, 24, 25, 26, 27,
  • the invention relates to cPEP as described previously, said cPEP comprising from 5 to 40 amino acids.
  • the invention relates to cPEP as described previously, said cPEP comprising from 7 to 20 amino acids.
  • the invention also relates to cPEP as described previously, said cPEP comprising from 8 to 15 amino acids
  • the invention relates to cPEP as described above, in which the size of said cPEP is less than that of said protein.
  • the nucleic acid sequence carrying the peptide information of the cPEP is chosen in a region which is not naturally translated in said plant cell. In a non-limiting manner, it corresponds to: the 5'IITR region, i.e. the untranslated region located upstream of the main ORF; the 3’IITR region, i.e. the untranslated region located downstream of the main ORF; or an intron, i.e. a region of the pre-mRNA deleted by splicing and absent from the mature mRNA.
  • the invention relates to cPEP as described above, said nucleic acid sequence deemed non-coding being: the 5'IITR region; the 3’IITR region; or an intron.
  • the invention relates to cPEP as described above, said fragment lacking: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to cPEP as described above, said fragment lacking: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to cPEP as described above, said fragment comprising: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to cPEP as described above, said fragment comprising an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and being devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention also relates to cPEP as described above, said fragment being devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprising a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to cPEP as described above, said fragment comprising: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the naturally translated nucleic acid sequence. in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide in 3' (or two nucleotides in 5') relative to to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides at 3' (or by one nucleotide at 5') by relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides in 5') or two nucleotides in 3' (or one nucleotide in 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the subject of the invention is a cPEP, of 4 to 70 amino acids, in particular of 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a nucleic acid sequence deemed non-coding (/.e . not translated naturally, e.g. intron); and a part located within a nucleic acid sequence deemed to be coding (/e. naturally translated, e.g.
  • said fragment having a size of 3n nucleotides, n being included from 4 to 70, in particular n being included from 4 to 41, and said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in a plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said cPEP is capable of increasing the accumulation of said protein in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said cPEP is capable of reducing the accumulation of said protein in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said cPEP is a synthetic peptide.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said cPEP is an isolated peptide.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said cPEP is a recombinant peptide.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being a hydrophobic peptide or a hydrophilic peptide. In one embodiment, the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is not naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a transgene artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a vector artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the cPEP as described above, in which said plant cell belongs to: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said plant cell is a cell of an alga.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from the genes: Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl , Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726 , Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1,
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from the genes: Cpk3, Dell and Nsp1.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Cpk3 gene.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Dell gene.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by the Nsp1 gene.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity. identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention relates to the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity. identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention also relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention also relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention also relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention relates in particular to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to cPEP as described above, in which the sequence of said peptide is chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 162 to 164.
  • the invention relates to cPEP as described above, in which said protein is involved in at least one plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume, mass and number leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (or floral transition); germinal vigor and duration of juvenile phase; the duration of flowering; resistance to biotic stress; resistance to abiotic stress; and the number of cells.
  • plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume, mass and number leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (or floral transition); germinal vigor and duration
  • a cPEP may be fused or linked to one or more molecules facilitating entry of the cPEP into the cell.
  • penetrating peptides Numata, K., et al. Library screening of cell-penetrating peptide for BY-2 cells, leaves of Arabidopsis, tobacco, tomato, poplar, and rice callus. Sci Rep 8 , 10966 (2016).
  • palmitic acid By “penetrating peptide” (hereinafter CPP), we mean small peptides that penetrate cellular lipid bilayers or destabilize membranes. cellular. CPPs can be classified into three groups: cationic, amphipathic and hydrophobic.
  • cationic CPPs contain many positively charged amino acids, such as lysine (Lys) and arginine (Arg); amphipathic CPPs are generally composed of an alternating sequence of polar and nonpolar amino acids; and hydrophobic CPPs consist of nonpolar amino acids with relatively low net charges.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being fused to a peptide facilitating its entry into the plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being fused to a penetrating peptide.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being fused at the N-terminal end or at the C-terminal end with said peptide facilitating its entry into the plant cell.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being fused at the N-terminus or at the C-terminus with said penetrating peptide.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being fused with: the TAT peptide (SEQ ID NO: 170); penetratin; a polyhistidine peptide (in particular a peptide of at least 4 histidine residues); or a polyarginine peptide (in particular a peptide of 4 arginine residues).
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being linked to one or more palmitic acid molecules.
  • the invention relates to cPEP as described above, said cPEP being linked at the N-terminus or at the C-terminus to one or more palmitic acid molecules.
  • the invention relates to a nucleic acid encoding a cPEP as described above. According to this same aspect, the invention also relates to a nucleic acid of 3n nucleotides, which nucleic acid corresponds to a fragment of a nucleic acid sequence deemed to be non-coding present on a pre-mRNA of a protein.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, said fragment lacking: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, said fragment lacking: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, said fragment comprising: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the nucleic acid as described above, said fragment comprising an AUG initiator codon encoding a methionine initiator and being devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention also relates to the nucleic acid as described above, said fragment being devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprising a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, said fragment comprising: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the acid sequence. nucleic acids naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence. naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide in the 3' (or two nucleotides in the 5' ) relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in 3' (or by one nucleotide in 5). ') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the cPEP nucleic acid as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two 5' nucleotides) or two 3' nucleotides (or one 5' nucleotide) relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a nucleic acid of 3n nucleotides, which nucleic acid corresponds to a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a nucleic acid sequence known to be non-coding (/e. not naturally translated, e.g. intron); and a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon).
  • the invention relates to the nucleic acid as described above, where n is comprised: from 4 to 70; from 4 to 41; from 5 to 40; from 7 to 20; or from 8 to 15.
  • the invention relates to a composition
  • a composition comprising a cPEP as described above as an active substance.
  • the invention relates to a composition
  • a composition comprising a cPEP as active substance, said cPEP:
  • n having a size of 4 to 70 amino acids, in particular 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known not to be coding present on a pre-mRNA of a protein, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being between 4 and 70, in particular n being between 4 and 41;
  • the invention relates to the composition as described above, in which said fragment is devoid of: of the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the composition as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention also relates to the composition as described above, in which said fragment is devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; And a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the naturally translated nucleic acid sequence. in said plant cell.
  • the invention relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide at 3' (or two nucleotides at 5') relative to to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in the 3' (or by one nucleotide in the 5') by relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the composition as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides at 5') or two nucleotides at 3' ( or a nucleotide 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a composition
  • a composition comprising a cPEP as active substance, said cPEP:
  • nucleic acid sequence having a size of 4 to 70 amino acids, in particular 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the code genetics of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being between 4 and 70, in particular n being between 4 and 41 , and said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts:
  • ⁇ a part located within a nucleic acid sequence known to be non-coding (/e. not naturally translated, e.g. intron);
  • ⁇ a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon);
  • the invention relates to the composition as described above, in which said cPEP is at a concentration comprised from 10'9 M to 10'3 M.
  • said composition of the invention does not exist in the natural state and this is all the more true since such a concentration of cPEP cannot exist within a plant cell.
  • concentration comprised from 10' 9 M to 10' 3 M it is understood that the concentration of cPEP can be comprised from 10' 9 to 10' 4 M, from 10' 8 to 10' 4 M, from 10' 9 to 10' 5 M, from 10' 8 to 10' 5 M, as it can be comprised from 5 pM to 500 pM, from 30 pM to 70 pM, or even be 50 pM.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said cPEP is at a concentration comprised from 10' 9 to 10' 4 M, from 10' 8 to 10' 4 M, from 10' 9 to 10' 5 M or from 10'8 to 10'5 M.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said cPEP is at a concentration of from 5 pM to 500 pM or from 30 pM to 70 pM.
  • the invention relates to the composition as described above, in which said cPEP is at a concentration of 50 pM. In a non-limiting manner, this concentration can also be 10'9 M, 10'8 M, 10'7 M, 10'6 M, 10'5 M or 10'4 M.
  • the invention also relates to the composition as described above comprising a cPEP as active substance, said cPEP:
  • - having a size of 4 to 70 amino acids, in particular 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known not to be coding present on a pre-mRNA of a protein; - being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein;
  • composition comprising a cPEP comprises at least one cPEP. That is to say, a mixture of cPEPs is possible, said cPEPs being able to target the same protein or several proteins depending on the nucleic acid fragment from which they come.
  • concentrations concern either the mixture of cPEPs as such, or each of the cPEPs of said mixture, said cPEPs being able to be at the same concentration or being able to be at different concentrations among those cited above.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition being a phytopharmaceutical composition, a herbicidal composition or a coating composition, in particular said coating composition further comprising at least one fixing agent .
  • the invention relates to the composition as described above, said composition being a phytopharmaceutical composition.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition being a herbicidal composition.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition being a coating composition.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition being a coating composition further comprising at least one fixing agent.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition further comprising at least one solvent.
  • said solvent is chosen from: acetone, acetonitrile, acetic acid, formic acid, dimethyl adipate, benzyl acetate, bi-butyl carbonate, dimethyl sulfoxide (DMSO), water, dimethyl glutarate, ammonium hydroxide, iso-butanol, iso-propanol, diethyl hexyl lactate, light aromatic solvent naphtha, heavy aromatic solvent naphtha, diethyl succinate and their mixtures (eg mixture [water; acetic acid]; [acetonitrile; acetic acid], [water, acetonitrile; acetic acid], [water; DMSO], [water; acetonitrile] or [water; ammonium hydroxide]) .
  • solubility properties of cPEPs are determined in particular by their amino acid composition.
  • Hydrophilic cPEPs can be solubilized and packaged in aqueous solutions, such as water.
  • Hydrophobic cPEPs can be solubilized and packaged in solvents, such as organic solvents.
  • organic solvents are non-toxic solvents for plants in small quantities, that is to say they have no deleterious effect on the development of the plant.
  • the organic solvents may be those mentioned above and in particular chosen from acetonitrile and acetic acid.
  • cPEPs can also be solubilized and packaged in solvent mixtures, such as, for example, an organic solvent mixture [acetonitrile; acetic acid], a mixture [water; DMSO] in a volume:volume ratio of 99:1 to 1:99, a mixture [water; acetonitrile] in a volume:volume ratio of 99:1 to 1:99 or a mixture [water; ammonium hydroxide] in a volume:volume ratio of 99:1 to 99.9:0.1.
  • solvent mixtures such as, for example, an organic solvent mixture [acetonitrile; acetic acid], a mixture [water; DMSO] in a volume:volume ratio of 99:1 to 1:99, a mixture [water; acetonitrile] in a volume:volume ratio of 99:1 to 1:99 or a mixture [water; ammonium hydroxide] in a volume:volume ratio of 99:1 to 99.9:0.1.
  • the cPEPs can also be solubil
  • the invention relates to the composition as described above, said composition further comprising at least one diluent.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition further comprising at least one adjuvant.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition further comprising at least one fixing agent.
  • fixing agent is meant a chemical or natural agent which makes it possible to stick the composition of the invention to a plant seed so as to coat said plant seed.
  • a substance making it possible to apply and hold the active substance(s) on the grain.
  • fixing agents available, we find in particular carboxymethyl cellulose (CMC) and gum arabic.
  • a fixing agent may include organic solvents, water, dispersants, emulgators, surfactants, wetting agents and dyes.
  • the invention relates to the composition as described above, said composition further comprising at least one plant nutrient.
  • the invention relates to the composition as described previously, said composition further comprising at least one fixing agent and at least one plant nutrient.
  • plant nutrient we mean an element assimilated by the plant to enable its development.
  • a plant nutrient can be chosen from: nitrogen, phosphorus, potassium, calcium, magnesium, sulfur, manganese, iron, copper, boron, zinc, molybdenum and their mixtures.
  • a coated seed comprising a plant seed, said plant seed being coated with a coating composition as described above.
  • the coating can be carried out according to the processes conventionally used in the food industry and can be obtained by using a material capable of disintegrating in a solvent or in the earth, such as a binder or clay.
  • the coating can be used to confer particular properties to a seed in combination with a cPEP, such as improved growth or resistance to certain biotic or abiotic stresses.
  • the invention relates to the coated seed as described above, in which said plant seed belongs to: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana , Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to coated seed as described above, said seed being treated by soaking in a composition containing a cPEP. During soaking, the seed is then totally or partially immersed in a composition containing a cPEP.
  • the invention relates to a use of a cPEP as a phytosanitary agent for modulating the accumulation of a protein in a plant cell, said cPEP having a size of 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a pre-mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment lacks: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment lacks: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG , UGA and UAA.
  • the invention also relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment is devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the sequence d nucleic acids naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the sequence of nucleic acids naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide at 3' (or two nucleotides at 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the use of a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides at 3' (or one nucleotide at 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said cell plant.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides at 5') or two nucleotides at 3' (or a nucleotide at 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a use of a cPEP as a phytosanitary agent to modulate the accumulation of a protein in a plant cell, said cPEP having a size of 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being comprised from 4 to 70, in particular n being comprised from 4 to 41, and said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a nucleic acid sequence deemed not coding (/.e. not naturally translated, e.g.
  • intron a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon); said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above to increase the accumulation of said protein in the plant cell.
  • the presence of cPEP causes the quantity of said protein in the treated plant cell to be greater than that in an untreated plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above to reduce (inhibit) the accumulation of said protein in the plant cell.
  • the presence of cPEP causes the quantity of said protein in the treated plant cell to be lower than that in an untreated plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, said nucleic acid sequence deemed non-coding (/e. not naturally translated) being: the 5'UTR region; the 3'UTR region; or an intron.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is produced outside of said plant cell before being introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is a synthetic peptide.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is an isolated peptide.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is a recombinant peptide.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, wherein said cPEP being a hydrophobic peptide or a hydrophilic peptide.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is introduced into said plant cell in the form of a nucleic acid encoding said cPEP.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is introduced into said plant cell in the form of a nucleic acid encoding said cPEP and comprising the means of expressing it.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is not naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a transgene artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a vector artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a technique chosen from: Western blotting, measurement of enzymatic activity, mass spectrometry and translational fusion.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a Western blot.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP has a size comprised from 4 to 41 amino acids, from 5 to 40 amino acids, from 7 to 20 amino acids or more particularly a size comprised of 8 to 15 amino acids.
  • said cPEP has a size of 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13,
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said plant cell belongs to: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata , Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • Alopecurus myosuroides Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said plant cell is a cell of an alga.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from: Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp
  • the invention relates to the use of a cPEP as described previously, said cPEP having a size of 4 to 70 amino acids, in particular 4 with 41 amino acids, the amino acid sequence of which corresponds to the translation via the genetic code of a non-naturally translated fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a pre-mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, said protein being encoded by a gene chosen from: Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90%. identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described previously, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 ( Dell).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90%. identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention also relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said cPEP is chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 162 to 164.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, in which said protein is involved in at least one plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume , the mass and number of leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (or floral transition); germinal vigor and duration of juvenile phase; the duration of flowering; resistance to biotic stress; resistance to abiotic stress; and the number of cells.
  • plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume , the mass and number of leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, to modulate the accumulation of a recombinant protein whose nucleic acid sequence which encodes it corresponds to the fusion of the sequences of nucleic acids of two distinct genes.
  • the coding sequence of at least one of the two genes is that of a reporter gene, for example a gene encoding a fluorescent protein (such as GFP) or a protein allowing resistance of the plant to a compound.
  • a reporter gene for example a gene encoding a fluorescent protein (such as GFP) or a protein allowing resistance of the plant to a compound.
  • the invention relates to the use of a cPEP as described above, to modulate the accumulation of a recombinant protein whose nucleic acid sequence which encodes it corresponds to the fusion: of a nucleic acid sequence deemed non-coding of a first gene; and a coding nucleic acid sequence of a second gene, the sequence of said cPEP corresponding to the translation via the genetic code of a fragment of the nucleic acid sequence deemed non-coding of the first gene.
  • the invention in another aspect, relates to a method for modulating the accumulation of a protein in a plant cell comprising a step of introducing: a cPEP; or a nucleic acid encoding said cPEP and the means of expressing it, in said plant cell, the introduction of said cPEP leading to a modulation of the quantity of said protein in said plant cell, said cPEP having a size between 4 and 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, whose amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a pre-mRNA of 'a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the method as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the method as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the method as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the method as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention also relates to the method as described previously, in which said fragment is devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the method as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the naturally translated nucleic acid sequence. in said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide at 3' (or two nucleotides at 5') relative to to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in the 3' (or by one nucleotide in the 5') by relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides at 5') or two nucleotides at 3' ( or a nucleotide 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a method for modulating the accumulation of a protein in a plant cell comprising a step of introducing: a cPEP; or a nucleic acid encoding said cPEP and the means of expressing it, in said plant cell, the introduction of said cPEP leading to a modulation of the quantity of said protein in said plant cell, said cPEP having a size between 4 and 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, whose amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein , said fragment having a size of 3n nucleotides, n being comprised from 4 to 70, in particular n being comprised from 4 to 41, and said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a sequence d nucleic acids deemed non-coding (/e.
  • cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the method as described above, said method making it possible to: promote the development of a plant; or slow down or prevent the development of a plant.
  • the invention relates to the process as described above, said process making it possible to promote the development of a plant.
  • the invention relates to the process as described above, said process making it possible to slow down or prevent the development of a plant.
  • the invention relates to the method as described above for increasing the accumulation of said protein in the plant cell.
  • the presence of cPEP causes the quantity of said protein in the treated plant cell to be greater than that in an untreated plant cell.
  • the invention relates to the method as described above for reducing (inhibiting) the accumulation of said protein in the plant cell.
  • cPEP causes the quantity of said protein in the treated plant cell to be lower than that in an untreated plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, said nucleic acid sequence deemed non-coding (/e. not naturally translated) being: the 5'IITR region; the 3’IITR region; or an intron.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is produced outside of said plant cell before being introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is a synthetic peptide.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is an isolated peptide.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is a recombinant peptide.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP being a hydrophobic peptide or a hydrophilic peptide.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is introduced into said plant cell in the form of a nucleic acid encoding said cPEP.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is introduced into said plant cell in the form of a nucleic acid encoding said cPEP and comprising the means of expressing it.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is not naturally present in said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a transgene artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a vector artificially introduced into said plant cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a technique chosen from: Western blotting, measurement of enzymatic activity , mass spectrometry and translational fusion.
  • the invention relates to the method as described above, in which the accumulation of said protein is determined via the implementation of a Western blot.
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP has a size comprised from 4 to 41 amino acids, from 5 to 40 amino acids, from 7 to 20 amino acids or more particularly a size comprised of 8 to 15 amino acids.
  • said cPEP has a size of 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 , 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 , 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 or 70 amino acids.
  • the invention relates to the method as described above, in which said plant cell or said plant belongs to: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to the method as described above, in which said plant cell is an algae cell.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene chosen from: Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1 , Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gape, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag 5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28 , Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2,
  • the invention relates to the method as described above comprising a step of introducing: a cPEP; or a nucleic acid encoding said cPEP and the means of expressing it, in said plant cell, the introduction of said cPEP leading to a modulation of the quantity of said protein in said plant cell, said cPEP having a size between 4 and 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, whose amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a non-naturally translated fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a meadow -mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein, said protein being encoded by a chosen gene among: Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Ap
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity. identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by an ORF comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity. identify, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence having at least 80% identity, preferably at least 90% identity, with a sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 1 to 161 and 171 to 175. In one embodiment, the invention also relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising a nucleic acid sequence chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3), SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell) and SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 26 to 55 (Cpk3).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 61 to 79 (Dell).
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is encoded by a gene comprising one chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 109 to 134 (Nsp1).
  • the invention relates to the method as described above, in which said cPEP is chosen from the sequences: SEQ ID NOs: 162 to 164.
  • the invention relates to the method as described above, in which said protein is involved in at least one plant phenotype chosen from: size, shape, surface area, volume, mass and number of leaves; the size, shape, surface area, volume, mass and number of flowers; the size of the stem (or flower stalk); root biomass; the number, length and level of branching of roots; the precocity of germination; the precocity of budding; the precocity of floral induction (or floral transition); germinal vigor and duration of juvenile phase; the duration of flowering; resistance to biotic stress; resistance to abiotic stress; and the number of cells.
  • the invention relates to the method as described above, in which the introduction of said cPEP results in early bolting in said plant.
  • the invention relates to the method as described above, in which the introduction of said cPEP results in earlier flowering in said plant.
  • the invention relates to the method as described above, in which the introduction of said cPEP causes an increase in the size of the stem in said plant.
  • the invention relates to the method as described above, in which the introduction of said cPEP results in earlier growth of the stem in said plant.
  • the inventors have in fact unexpectedly observed that it is possible to directly apply a cPEP to the plant, eg via the use of the composition of the invention (see above) comprising a cPEP, to modulate the accumulation of a target protein in the plant, indicating that cPEP is taken up by the plant.
  • the invention relates to the process as described above, in which said cPEP is introduced into said plant: by watering, by spraying or by adding a fertilizer, a potting soil, a culture substrate or a support in contact with the plant, said cPEP being in particular administered to the plant in the form of a composition comprising from 10'9 M to 10'4 M of said cPEP; by watering, by soaking, by spraying or by adding a fertilizer, a potting soil, a growing substrate or a support in contact with the plant, said cPEP being in particular administered to a seed or a seed in the form of a composition comprising from 10'9 M to 10'4 M of said cPEP; or by means of a nucleic acid encoding said cPEP and comprising the means of expressing said cPEP, said nucleic acid being artificially introduced into the plant.
  • the invention relates to the method as defined above, in which said cPEP is artificially introduced externally into the plant, preferably by watering, by spraying or by the addition of a fertilizer, potting soil, a growing substrate or an inert support.
  • the invention relates to the method as defined above, in which said cPEP is introduced by watering.
  • the invention relates to the method as defined above, in which said cPEP is introduced by spraying.
  • the invention relates to the process as defined above, in which said cPEP is introduced by the addition of a fertilizer.
  • the invention relates to the process as defined above, in which the plant is treated with a composition comprising from 10' 9 M to 10' 4 M of said cPEP, or comprising in particular 10' 9 M, 10' 8 M, 10' 7 M, 10' 6 M, 10' 5 M or 10' 4 M of said cPEP.
  • the compositions have a concentration of 10'8 M to 10'5 M for application by watering or spraying on the plant.
  • more or less concentrated compositions can be considered to treat the plant with cPEP.
  • more concentrated compositions comprising from 10' 1 M to 10' 3 M, or comprising in particular 10'2 M of cPEP, can be used in the case where the cPEP artificially introduced externally is administered to the plant by spreading.
  • the invention relates to a modified plant containing a cPEP, which “modified plant” corresponds to a plant into which a cPEP has been artificially introduced, in particular by watering, by spraying or via a fertilizer.
  • the invention relates to the modified plant comprising a cPEP artificially introduced exogenously as described previously, said cPEP having a size comprised from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, of which the amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a pre-mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which said fragment is devoid of: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which said fragment lacks: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the modified plant as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA .
  • the invention also relates to the modified plant as described above, in which said fragment is devoid of an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the naturally occurring nucleic acid sequence. translated into said plant cell.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide at 3' (or two nucleotides at 5') by relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in the 3' (or by one nucleotide in the 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the modified plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides at 5') or two nucleotides at 3' (or a nucleotide at 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a modified plant comprising a cPEP artificially introduced exogenously, said cPEP having a size of from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, including the acid sequence amino corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being comprised from 4 to 70, in particular n being comprised from 4 to 41, and said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a nucleic acid sequence deemed non-coding (/e. not naturally translated, e.g.
  • intron a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon); said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the modified plant as described above, said plant being: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention in another aspect, relates to a transgenic plant comprising a nucleic acid encoding a cPEP and the means of expressing it, said cPEP having a size comprised from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, of which the amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence known to be non-coding present on a pre-mRNA of a protein, said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment lacks: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment lacks: the AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; or a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention therefore relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment comprises an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and is devoid of a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA .
  • the invention also relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment lacks an AUG initiator codon encoding an initiator methionine and comprises a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which said fragment comprises: an AUG initiator codon encoding an initiator methionine; and a STOP codon chosen from the codons: UAG, UGA and UAA, and in which said fragment is chosen: either in the same reading frame as the open reading frame encoding said protein; either in a reading frame shifted by one or two nucleotides relative to the open reading frame encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the same reading frame as the open reading frame of the naturally occurring nucleic acid sequence. translated into said plant cell.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in the reading frame determined by the initiation codon of the open reading frame of said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame different from the open reading frame of the naturally translated nucleic acid sequence. in said plant cell.
  • the invention relates to the transgenic plant as described previously, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one nucleotide in 3' (or two nucleotides in 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention also relates to the transgenic plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by two nucleotides in the 3' (or by one nucleotide in the 5') relative to the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which the translation of the pre-mRNA fragment is carried out in a reading frame shifted by one (or two nucleotides in the 5') or two nucleotides in the 3' (or a nucleotide at 5') relative to the initiation codon of the open reading frame of the nucleic acid sequence naturally translated in said plant cell.
  • the invention relates to a transgenic plant comprising a nucleic acid encoding a cPEP and the means for expressing it, said cPEP having a size of from 4 to 70 amino acids, in particular from 4 to 41 amino acids, whose amino acid sequence corresponds to the translation via the genetic code of a fragment of a nucleic acid sequence of a pre-mRNA of a protein, said fragment having a size of 3n nucleotides, n being included from 4 to 70, in particular n being comprised from 4 to 41, and said nucleic acid sequence comprising two contiguous parts: a part located within a nucleic acid sequence deemed non-coding (/e. not translated naturally, e.g.
  • intron a part located within a nucleic acid sequence known to be coding (/e. naturally translated, e.g. exon); said cPEP being capable of modulating the accumulation of said protein in the plant cell and not being capable of modulating the accumulation of the mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as defined above, in which the sequence encoding said cPEP is shorter than the sequence of the pre-mRNA encoding said protein.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, said plant being: Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (rapeseed), Brassica oleracea, Brassica rapa (rapeseed), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soybean), Gossypium raimondii, Gossypium spp.
  • the invention relates to the transgenic plant as described above, in which the expression of said cPEP is placed under the control of a strong promoter, preferably a strong constitutive promoter such as the 35S promoter.
  • Figure 1 is a schematic representation illustrating the first steps of the process for preparing and determining a cPEP. In particular, the steps making it possible to determine within a pre-mRNA of a protein one of the nucleic acid sequences known to be non-coding from which the peptide to be tested (/e. the potential cPEP) are illustrated. is identified.
  • sequences SEQ ID NOs: 165 to 168 are provided as an example only.
  • Figure 2 is a schematic representation of the A/SP7-GUS construct expressed in transformed Medicago truncatula root.
  • NSP1 promoter region The NSP1 promoter region, the NSP1 CDS, the p-glucuronidase gene (GUS), and the NSP1 3'UTR region are indicated on the construct sequence.
  • cPEPs peptides are positioned above the regions that were used to develop each of the cPEPs.
  • Figure 3 represents the effect of the NSP1-5'UTR-10 cPEP on the accumulation of the NSP1-GUS fusion protein in Medicago truncatula.
  • the y axis represents the quantification of GUS activity in the roots of an NSP1-GUS fusion in response to treatment for 5 days with 0.1 pM of a cPEP targeting the 5'UTR region of the NSP1 gene.
  • Figure 4 represents the effect of the NSP1-3'UTR-10 cPEP on the accumulation of the NSP1-GUS fusion protein in Medicago truncatula.
  • the y axis represents the quantification of GUS activity in the roots of an NSP1-GUS fusion in response to treatment for 5 days with 0.1 pM of a cPEP targeting the 5'UTR region of the NSP1 gene.
  • sequence SEQ ID NO: 163 of the NSP1-5'UTR-5 cPEP was obtained by translating a fragment of 15 nucleotides located in the 5'UTR part of the NSP1 pre-mRNA (SEQ ID NO: 169 ) in the +3 reading frame relative to the initiator codon of the nsp1 protein.
  • sequence SEQ ID NO: 162 of cPEP NSP1-5'UTR-11 was obtained by translating a fragment of 30 nucleotides located in the 5'UTR part of the NSP1 pre-mRNA (SEQ ID NO: 169 ) in the +3 reading frame relative to the initiator codon of the nsp1 protein.
  • sequence SEQ ID NO: 164 of the cPEP NSP1-3'UTR (10 amino acids) was obtained by translating a fragment of 30 nucleotides located in the 3'IITR part of the NSP1 pre-mRNA (SEQ ID NO: 169) into the +2 reading frame relative to the initiator codon of the nsp1 protein.
  • Each peptide was synthesized (Smartox Biotech) and diluted to 10 mM in water.
  • the NSP1::GUS fusion was carried out, using a modified pCambia vector (Lauressergues et al., Nature, 520: 90-3, 2015), by cloning 3 kb of NSP1 promoter, the coding sequence of the NSP1 gene, the sequence encoding the GUS protein and 3 kb of the sequence downstream of the NSP1 gene ( Figure 2).
  • Plants were treated by watering with a solution containing a low concentration of cPEPs (0.1 pM to 10 pM) or with water.
  • the accumulation of the protein targeted by cPEP was then measured in each plant by quantifying the GUS activity or by quantifying the protein activity by Western blot (Blàzquez M., Quantitative GUS activity assay in intact plant tissue, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2002).
  • the cPEPs targeting the non-coding regions 5'UTR (SEQ ID NO: 162) and 3'UTR (SEQ ID NO: 164) of the NSP1 gene induce an increase in the accumulation of the NSP1 protein in Medicago truncatula, whatever the reading frame used to develop the cPEP and whatever the position of the fragment used to develop the cPEP ( Figures 3 and 4).

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Abstract

La présente invention concerne de nouveaux peptides (cPEPs), leur procédé de préparation et leur utilisation pour moduler l'accumulation de protéines spécifiques.

Description

DESCRIPTION
TITRE : NOUVEAUX PEPTIDES ET LEUR UTILISATION POUR MODULER L’ACCUMULATION D’UNE PROTEINE
DOMAINE DE L’INVENTION
La présente invention concerne de nouveaux peptides (cPEPs), leur procédé de préparation et leur utilisation pour moduler l’accumulation de protéines spécifiques.
ART ANTERIEUR
De manière générale, les peptides sont de courtes séquences de 2 à environ 100 acides aminés. Il s’agit souvent de molécules très actives, comme par exemple des hormones ou des composés de venins.
Chez les plantes, les peptides remplissent de nombreuses fonctions biologiques, telles que le développement ou les mécanismes de défense. Dans la mesure où la détection des peptides est relativement difficile, seul un nombre limité de peptides a été identifié, sous- estimant probablement la quantité et le rôle des peptides chez ces organismes.
La plupart des peptides caractérisés chez les plantes résulte vraisemblablement de la dégradation de protéines fonctionnelles. Toutefois, il a été montré que les transcrits primaires de microARNs (miRs) des plantes contiennent en réalité de petits cadres ouverts de lecture (miORFs) codant des peptides régulateurs, appelés miPEPs (Lauressergues D et al. Primary transcripts of microRNAs encode regulatory peptides. Nature. 2015 Apr 2 ;520(7545):90-3.). Les miPEPs sont produits au même endroit que les miRs d’où ils proviennent et permettent d’améliorer la transcription des pri-miRs correspondants. L’activité d’un miPEP est très spécifique du mi R correspondant, permettant de sur-réguler le mi R choisi sans affecter l’expression des autres miRs. L’utilisation de miPEPs peut permettre de moduler l’expression d’un gène, si celui-ci est régulé par un miR, lui-même régulé par un miPEP (WO 2015/063431). BREF APERÇU
Dans ce contexte, la présente invention offre un moyen universel, et facilement exploitable, pour moduler spécifiquement l’accumulation d’une protéine choisie chez une plante à l’aide d’un peptide non naturel, c’est-à-dire un peptide qui n’est pas naturellement produit par la plante.
L’un des aspects de l’invention est de proposer un procédé de préparation et de détermination d’un peptide « cPEP » capable de moduler l’accumulation (l’expression) d’une protéine spécifique dans une cellule végétale. Un second aspect de l’invention est de proposer un procédé de modulation de l’accumulation d’une protéine chez une plante à l’aide d’un cPEP. Un troisième aspect de l’invention est de proposer l’utilisation d’un cPEP pour moduler l’accumulation d’une protéine chez une plante. Un quatrième aspect de l’invention est de proposer un procédé pour favoriser, ralentir ou empêcher le développement d’une plante. Un cinquième aspect de l’invention est de proposer des peptides cPEP permettant de moduler l’accumulation d’une protéine chez une plante. D’autres aspects complémentaires de l’invention concernent un acide nucléique codant un cPEP, des compositions comprenant un cPEP et des plantes modifiées ou transgéniques comprenant un cPEP.
DESCRIPTION DETAILLEE
Dans un premier aspect, l’invention concerne un procédé de préparation et de détermination d’un cPEP, ledit cPEP : ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés ; étant capable de moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale ; et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ledit procédé comprenant : a. une étape de détermination de la séquence d’acides nucléiques de l’ARN prémessager (pré-ARNm) codant ladite protéine ; b. une étape de détermination au sein de ce pré-ARNm d’une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes ; c. une étape de détermination au sein de cette séquence d’acides nucléiques réputée non codante d’un fragment de celle-ci, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 ; d. une étape de production du peptide codé par ledit fragment ; et e. une étape de comparaison :
- entre l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale en présence dudit peptide et l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale de même type en absence dudit peptide ; et/ou
- entre le phénotype d’une plante en présence dudit peptide et le phénotype d’une plante de même type en absence dudit peptide, dans laquelle :
- une différence de la quantité de ladite protéine en présence dudit peptide par rapport à la quantité de ladite protéine en absence dudit peptide ; et/ou
- une différence du phénotype en présence dudit peptide par rapport au phénotype en absence dudit peptide, indique que ledit peptide est un cPEP capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale.
La présente invention repose sur la constatation inattendue faite par les Inventeurs qu’il est possible de moduler spécifiquement l’accumulation d’une protéine à l’aide d’un peptide particulier non produit naturellement, dont la séquence correspond à la traduction (artificielle) d’un fragment de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) codant ladite protéine, ledit fragment étant choisi sur une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes dudit pré- ARNm.
Dans l’invention, le terme « cPEP » (complementary peptide) désigne un peptide capable de moduler spécifiquement l’accumulation d’une protéine une fois introduit dans une cellule végétale.
Selon l’invention, un cPEP n’est pas présent naturellement dans une cellule végétale. Cela signifie que la cellule végétale contient l’information du cPEP mais ne contient pas la séquence nucléique capable de permettre son expression. Seule la séquence peptidique du cPEP peut être déduite à partir de la séquence de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) codant ladite protéine dont on veut moduler l’accumulation.
Un cPEP n’est présent dans une cellule végétale qu’une fois que celui-ci y a été introduit sous la forme d’un peptide ou sous la forme d’un acide nucléique codant ledit peptide. La spécificité du cPEP vis-à-vis d’une protéine cible (d’un gène cible) est déterminée par sa séquence d’acides aminés. En effet, la séquence d’un cPEP correspond à la traduction in silico (artificielle) en acides aminés d’un fragment de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) codant ladite protéine, ledit fragment étant choisi sur une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes dudit pré-ARNm. En particulier, ledit fragment a une taille inférieure à celle de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite.
La séquence peptidique d’un cPEP peut donc être déterminée à partir d’un fragment de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) codant ladite protéine en appliquant, dès le premier nucléotide dudit fragment, le code génétique attribuant à chaque triplet de nucléotides un acide aminé spécifique (AUC = Isoleucine, ACA = Thréonine, etc.).
Dans l’invention, le fragment du pré-ARNm utilisé pour déterminer la séquence du cPEP peut être choisi dans les trois cadres de lecture existants sur la séquence du pré-ARNm. En d’autres termes, un fragment peut être sélectionné dans les cadres de lecture +1, +2 ou +3. Sur ce point, il est possible que les trois des cadres de lecture contiennent l’information d’un cPEP comme il est possible que seulement un des trois des cadres de lecture (le +1 , le +2 ou le +3) ou deux des trois des cadres de lecture (le +1 et le +2, le +1 et le +3, ou le +2 et le +3) contiennent l’information d’un cPEP.
Dans l’invention, le terme « cadre de lecture » désigne le regroupement des nucléotides constituant une séquence d’acides nucléiques en triplets (ou codons) consécutifs, qui se succèdent sans interruption ni recouvrement.
D’une manière générale, les cPEPs ont une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, notamment une taille comprise de 5 à 40 acides aminés, de 7 à 20 acides aminés ou plus particulièrement une taille comprise de 8 à 15 acides aminés. Par conséquent, la séquence d’un cPEP correspond à la traduction d’un fragment compris de 4 à 70 triplets de nucléotides, en particulier compris de 4 à 41 triplets de nucléotides, notamment d’un fragment compris de 5 à 40 triplets de nucléotides, de 7 à 20 triplets de nucléotides ou plus particulièrement d’un fragment compris de 8 à 15 triplets de nucléotides.
En d’autres termes, la séquence d’un cPEP correspond à la traduction en acides aminés d’un fragment de « 3n » nucléotides du pré-ARNm de la protéine cible, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 70, en particulier compris de 4 à 41, notamment compris de 5 à 40, de 7 à 20 ou plus particulièrement compris de 8 à 15. Par exemple, si n est égal à 5, le cPEP a une taille de 5 acides aminés et correspond à la traduction d’un fragment de 15 (= 3 x 5) nucléotides. Par exemple, si n est égal à 40, le cPEP a une taille de 40 acides aminés et correspond à la traduction d’un fragment de 120 (= 3 x 40) nucléotides. Par exemple, si n est égal à 70, le cPEP a une taille de 70 acides aminés et correspond à la traduction d’un fragment de 210 (= 3 x 70) nucléotides. Etc.
Les cPEPs ont une taille de 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 , 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 ou 70 acides aminés, et correspondent respectivement à la traduction de fragments de 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30, 33, 36, 39, 42, 45, 48, 51, 54, 57, 60, 63, 66, 69, 72, 75, 78, 81, 84, 87, 90, 93, 96, 99, 102, 105, 108, 111 , 114, 117, 120, 123, 126, 129, 132, 135, 138, 141 , 144, 147, 150, 153, 156, 159, 162, 165, 168, 171, 174, 177, 180, 183, 186, 189, 192, 195, 198, 201, 204, 207 ou 210 nucléotides.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment a une taille de 3n nucléotides, n étant compris : de 4 à 41 ; de 5 à 40 ; de 7 à 20 ; ou de 8 à 15.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit peptide a une taille choisie parmi : 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 , 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 et 70 acides aminés.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP a une taille inférieure à celle de ladite protéine (/.e. celle dont le cPEP module l’accumulation).
Comme indiqué plus haut, les cPEPs ont la capacité de moduler spécifiquement l’accumulation d’une protéine sans que l’accumulation de l’ARNm lui correspondant soit impacté. Autrement dit, l’ajout d’un cPEP dans une cellule végétale ne modifie pas la quantité d’ARNm permettant d’exprimer la protéine qu’il a la capacité de réguler, mais seulement la quantité de ladite protéine.
Selon l’invention, le terme « protéine » désigne une séquence d’acides aminés dont l’information est codée par un gène présent sur le génome d’une cellule végétale. Par « gène », on désigne donc, notamment, la séquence d’acide nucléique nécessaire à la synthèse de ladite protéine. Aussi, un gène comprend davantage que les nucléotides codant la séquence d’acides aminés de la protéine. Par exemple, un gène inclut les séquences d’ADN nécessaires à la synthèse d’un pré-messager (pré-ARNm), lequel est ensuite maturé par la machinerie cellulaire en un ARN messager (ARNm). Ce dernier peut alors être traduit, via les ribosomes, en une protéine.
Au vu de ce qui précède, on comprend que l’ARN pré-messager (pré-ARNm) n’a pas subi d’épissage et est susceptible de contenir des introns, tandis que l’ARN messager (ARNm) mature peut avoir subi un épissage et ne contient que des exons.
Pour préparer un cPEP capable de moduler l’accumulation d’une protéine, il convient de traduire un fragment de l’ARN pré-messager (pré-ARNm) codant ladite protéine afin obtenir la séquence dudit cPEP, lequel fragment est choisi dans une séquence d’acides nucléiques du pré-ARNm réputée non codante (e.g. introns, partie 5’-UTR ou partie 3’-UTR).
Dans l’invention, la « modulation » de l’accumulation d’une protéine désigne soit une augmentation de l’accumulation de ladite protéine (/.e. une augmentation de la quantité de protéine dans la cellule végétale), soit une diminution de l’accumulation de ladite protéine (/.e. une diminution de la quantité de protéine dans la cellule végétale). Autrement dit, un mode de réalisation de l’invention a pour objet le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite modulation de l’accumulation de ladite protéine induite par ledit cPEP est : une diminution de l’accumulation de ladite protéine ; ou une augmentation de l’accumulation de ladite protéine.
L’augmentation et la diminution de l’accumulation de ladite protéine peuvent être mesurées et suivies à l’aide de méthodes bien connues de l’homme du métier, telles que le couplage de la protéine à un marqueur via l’utilisation de cassettes d’expression particulières, ou un Western blot.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel à l’étape e., la quantité de protéine en présence dudit peptide est supérieure à la quantité de protéine en absence dudit peptide. En d’autres termes, en présence d’un cPEP favorisant l’augmentation de l’accumulation de la protéine, la traduction de l’ARNm correspondant est augmentée, ce qui conduit à une production plus importante de la protéine sans que soit modifiée la quantité dudit ARNm.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel à l’étape e., la quantité de protéine en présence dudit peptide est inférieure à la quantité de protéine en absence dudit peptide. En d’autres termes, en présence d’un cPEP favorisant la diminution de l’accumulation de la protéine, la traduction de l’ARNm correspondant est diminuée (inhibée), ce qui conduit à une production moins importante de la protéine sans que soit modifiée la quantité dudit ARNm.
Dans l’invention, comme le fragment du pré-ARNm codant ledit cPEP est situé au sein d’une des séquences d’acides nucléiques du pré-ARNm réputées non codantes, cela signifie d’une part que ces séquences d’acides nucléiques réputées non codantes ne sont pas traduites naturellement dans ladite cellule végétale. D’autre part, cela signifie également que le fragment du pré-ARNm codant ledit cPEP n’est pas traduit naturellement dans ladite cellule végétale. L’existence d’un cPEP au sein de ladite cellule végétale est donc artificielle et a pour origine une action de l’Homme. Pour cela, il est possible soit d’introduire artificiellement ledit cPEP en tant que tel, soit d’introduire une cassette d’expression comprenant la séquence d’acides nucléiques codant ledit cPEP et les moyens de l’exprimer dans ladite cellule végétale.
Dans l’invention, une région du pré-ARNm qui n’est pas traduite naturellement, également qualifiée de « non codante », correspond à une région du pré-ARNm qui ne code aucune partie de la protéine fonctionnelle du gène, c’est-à-dire la protéine codée par le cadre ouvert de lecture principal dont on souhaite moduler l’accumulation.
Dans l’invention, les termes « cadre ouvert de lecture » et « ORF » (open reading frame) sont équivalents et peuvent être utilisés l’un pour l’autre. Ils correspondent à une séquence de nucléotides (acides nucléiques) dans une molécule d’ADN ou d’ARN pouvant potentiellement coder un peptide ou une protéine : ledit cadre ouvert de lecture débute par un codon START (le codon START codant généralement une méthionine), suivi d’une série de codons (chaque codon codant un acide aminé), et se termine par un codon STOP (le codon STOP n’étant pas traduit). De manière non limitative, une région non codante d’un pré-ARNm, i.e. une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes, correspond à : la région 5’IITR, i.e. la région non traduite située en amont de l’ORF principal ; la région 3’IITR, i.e. la région non traduite située en aval de l’ORF principal ; ou un intron, i.e. une région du pré-ARNm supprimée par épissage et absente de l’ARNm mature.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant : la région 5’IITR ; la région 3’IITR ; ou un intron.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 5’IITR ou la région 3’IITR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 5’IITR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 3’IITR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant un intron.
Dans l’invention, la séquence d’un cPEP est déterminée en effectuant une traduction (artificielle) d’un fragment du pré-ARNm de la protéine dont on veut moduler l’accumulation, ledit fragment étant choisi sur la séquence non codante d’acides nucléiques. Aussi, une même séquence non codante d’acides nucléiques dans ladite cellule végétale peut donner des cPEPs différents selon le fragment du pré-ARNm choisi. Par ailleurs, ce même fragment du pré-ARNm peut lui aussi donner des cPEPs différents selon le cadre de lecture utilisé pour le traduire (artificiellement), i.e. selon le regroupement des nucléotides de la séquence en triplets consécutifs. En effet et comme précédemment mentionné, une traduction peut être réalisée dans les trois cadres de lecture différents conduisant ainsi à potentiellement trois cPEPs différents. Selon l’invention, le cadre de lecture “+1” correspond au cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation de la protéine, i.e. le codon START du cadre ouvert de lecture utilisé naturellement pour la traduction de l’ARNm, lequel sert de référence pour identifier le cadre de lecture +1 du pré-ARNm. En d’autres termes, dans le cas d’un fragment du pré-ARNm correspondant à une région non codante et traduit artificiellement selon le cadre de lecture +1 , ce dernier correspond à celui permettant la traduction de l’ARNm.
Les cadres de lecture “+2” et “+3” correspondent à des cadres de lecture décalés. Selon l’invention, le cadre de lecture “+2” correspond au cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture +1. Selon l’invention, le cadre de lecture “+3” correspond au cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture +1.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
On comprend donc qu’un cPEP, selon les modes de réalisation ci-dessus, comprend soit un codon AUG (et pas de codon STOP), soit un codon STOP (et pas de codon AUG), soit aucun de ces deux éléments. En l’espèce, c’est l’homme du métier qui ajoute si besoin l’élément manquant ou ces éléments manquants pour permettre, de manière non limitative, soit de produire in vitro un cPEP par le biais, par exemple, d’un microorganisme puis de l’utiliser (dans une composition par exemple), soit d’en introduire la séquence et les moyens de l’exprimer via un vecteur dans une cellule de plante ou une plante.
Au vu de ce qui précède, on comprend que dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP : ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés ; étant capable de moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale ; et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ledit procédé comprenant : a. une étape de détermination de la séquence d’acides nucléiques de l’ARN prémessager (pré-ARNm) codant ladite protéine ; b. une étape de détermination au sein de ce pré-ARNm d’une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes ; c. une étape de détermination au sein de cette séquence d’acides nucléiques réputée non codante d’un fragment non naturellement traduit de celle-ci, ledit fragment non naturellement traduit ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 ; d. une étape de production du peptide codé par ledit fragment ; et e. une étape de comparaison :
- entre l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale en présence dudit peptide et l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale de même type en absence dudit peptide ; et/ou
- entre le phénotype d’une plante en présence dudit peptide et le phénotype d’une plante de même type en absence dudit peptide, dans laquelle :
- une différence de la quantité de ladite protéine en présence dudit peptide par rapport à la quantité de ladite protéine en absence dudit peptide ; et/ou
- une différence du phénotype en présence dudit peptide par rapport au phénotype en absence dudit peptide, indique que ledit peptide est un cPEP capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Bien qu’un cPEP, selon les modes de réalisation ci-dessus, comprenne un codon AUG et/ou un codon STOP, il convient de rappeler que le peptide issu de la traduction in silico du fragment du pré-ARNm de la protéine dont on souhaite moduler l’accumulation n’existe pas naturellement dans une cellule de plante ou une plante. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide hydrophobe ou un peptide hydrophile. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide hydrophobe. Par « peptide hydrophobe », on entend un peptide dont la séquence en acides aminés comprend plus de 50 % d’acides aminés hydrophobes. Par « plus de 50 % », on entend que la séquence en acides aminés comprend plus de 55 %, plus de 60 %, plus de 65 %, plus de 70 %, plus de 75 % ou plus de 80 % d’acides aminés hydrophobes. Par « plus de 50 % », on entend également que la séquence en acides aminés comprend au moins 51 %, au moins 56 %, au moins 61 %, au moins 66 %, au moins 71 %, au moins 76 % ou au moins 81 % d’acides aminés hydrophobes. Par « acides aminés hydrophobes », on entend les acides aminés choisis parmi : alanine (Ala / A), isoleucine (Ile / I), leucine (Leu / L), méthionine (Met / M), phénylalanine (Phe / F), tryptophane (Trp / W), tyrosine (Tyr / Y) et valine (Val / V).
En particulier, l’invention concerne également le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide hydrophile. Par « peptide hydrophile », on entend un peptide dont la séquence en acides aminés comprend plus de 50 % d’acides aminés hydrophiles. Par « plus de 50 % », on entend que la séquence en acides aminés comprend plus de 55 %, plus de 60 %, plus de 65 %, plus de 70 %, plus de 75 % ou plus de 80 % d’acides aminés hydrophiles. Par « plus de 50 % », on entend également que la séquence en acides aminés comprend au moins 51 %, au moins 56 %, au moins 61 %, au moins 66 %, au moins 71 %, au moins 76 % ou au moins 81 % d’acides aminés hydrophiles. Par « acides aminés hydrophiles », on entend les acides aminés choisis parmi : acide aspartique (Asp / D), acide glutamique (Glu / E), arginine (Arg /
R), asparagine (Asn / N), glutamine (Gin / Q), histidine (His I H), lysine (Lys / K), sérine (Ser /
S) et thréonine (Thr / T).
Un cPEP dont la séquence correspond à la traduction d’un fragment situé dans une région non codante du pré-ARNm a une séquence différente de celle d’un fragment de la protéine naturellement codée par ledit pré-ARNm.
Selon l’invention, la séquence d’un cPEP est déterminée en effectuant une traduction d’un fragment du pré-ARNm. Un même fragment de ce pré-ARNm peut donc donner des cPEPs différents selon le cadre de lecture utilisé pour la traduction (+1, +2 ou +3), /.e. selon le regroupement des nucléotides de la séquence en triplets consécutifs.
Dans un mode de réalisation particulier, l’invention a pour objet un procédé de préparation et de détermination d’un cPEP, ledit cPEP : ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 71 acides aminés ; étant capable de moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale ; et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ledit procédé comprenant : a. une étape de détermination de la séquence d’acides nucléiques de l’ARN prémessager (pré-ARNm) codant ladite protéine ; b. une étape de détermination au sein de ce pré-ARNm d’une des séquences d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës :
- une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron), et
- une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; c. une étape de détermination au sein de cette séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës d’un fragment de celle-ci, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides susceptible d’être traduite via le code génétique en un peptide, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 ; d. une étape de production dudit peptide ; et e. une étape de comparaison :
- entre l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale en présence dudit peptide et l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale de même type en absence dudit peptide ; et/ou
- entre le phénotype d’une plante en présence dudit peptide et le phénotype d’une plante de même type en absence dudit peptide, dans laquelle :
- une différence de la quantité de ladite protéine en présence dudit peptide par rapport à la quantité de ladite protéine en absence dudit peptide ; et/ou
- une différence du phénotype en présence dudit peptide par rapport au phénotype en absence dudit peptide, indique que ledit peptide est un cPEP capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale.
Selon l’invention, un cPEP peut être produit par tout type de moyens accessibles à l’homme du métier.
De manière non limitative, un cPEP peut être produit aussi bien par synthèse, que par expression recombinante dans des systèmes homologues ou hétérologues. Le cPEP ainsi produit peut ensuite être introduit dans une cellule pour moduler l’accumulation d’une protéine cible. De manière non limitative, il est également possible de produire un cPEP directement dans la cellule végétale contenant la protéine cible, en introduisant artificiellement dans celle-ci un acide nucléique (tel qu’un vecteur d’expression) codant ledit cPEP.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape d., la production dudit peptide est réalisée par synthèse peptidique ou par expression recombinante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape d., la production dudit peptide est réalisée à l’aide d’un acide nucléique codant ledit peptide introduit dans une cellule.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape e., la production dudit peptide est réalisée à l’aide d’un acide nucléique codant ledit peptide introduit dans ladite cellule végétale ou dans ladite plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne un procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape e., ledit peptide est mis en contact avec ladite cellule végétale ou dans ladite plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape e., ledit peptide est présent dans ladite cellule végétale ou dans ladite plante suite à l’expression d’un acide nucléique codant ledit peptide dans ladite cellule végétale ou dans ladite plante.
Au vu de ce qui précède, on comprend qu’un autre mode de réalisation de l’invention a pour objet le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel, à l’étape e., la présence dudit peptide dans ladite cellule végétale ou dans ladite plante résulte :
- de l’introduction d’une séquence d’acides nucléiques codant ledit peptide et comprenant les moyens de l’exprimer ; ou
- de l’introduction d’une séquence d’acides aminés correspondant audit peptide.
Un cPEP peut être utilisé pour moduler l’accumulation d’une protéine présente naturellement (/.e. endogène) ou non (/.e. exogène) dans ladite cellule végétale ou dans ladite plante. Une « protéine naturellement présente dans une cellule végétale ou dans une plante » correspond à une protéine endogène codée par un gène présent sur le génome de la cellule végétale ou de la plante sans qu’il y ait eu nécessité d’intervention directe ou indirecte d’un être humain.
Une « protéine qui n’est pas naturellement présente dans une cellule végétale ou dans une plante » correspond à une protéine exogène codée par une séquence d’acides nucléiques présente sur le génome de la cellule végétale ou de la plante qui a nécessité l’intervention d’un être humain et l’emploi de moyens connus de l’homme du métier. Une telle séquence d’acides nucléiques peut provenir de la même espèce de plante ou d’une autre espèce de plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est d’origine endogène dans lesdites cellules végétales ou lesdites plantes utilisées à l’étape e.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est d’origine exogène dans lesdites cellules végétales ou lesdites plantes utilisées à l’étape e., lesdites cellules végétales ou lesdites plantes utilisées à l’étape e. comprenant alors une séquence d’acides nucléiques permettant l’expression de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’une technique choisie parmi : le Western blot, la mesure de l’activité enzymatique, la spectrométrie de masse et la fusion traductionnelle. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’un Western blot.
Les Inventeurs ont constaté de manière surprenante que l’utilisation des cPEPs permet de modifier les phénotypes d’une plante visibles à l’échelle macroscopique. Il est donc tout à fait possible d’utiliser ces derniers pour affirmer (ou infirmer) que le peptide déterminé aux étapes a., b. et c., et éventuellement produit à l’étape d. est un cPEP (ou non). C’est d’ailleurs ce que permet l’alternative dite de comparaison phénotypique mise en œuvre à l’étape e. Par exemple, si le peptide déterminé sur le pré-ARNm d’une protéine impliquée dans la taille de la tige d’une plante provoque une augmentation, ou une diminution, de la taille de la tige d’une plante traitée avec ce dernier par rapport à une plante non traitée, cela signifie que ledit peptide est un cPEP capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la taille de la tige.
Dans l’invention, le terme « plante » fait référence de manière générale : à un ensemble de cellules végétales organisé en tout ou partie d’une plante quel que soit son stade de développement (y compris la plante sous forme de graine ou de jeune pousse) ; à un ou plusieurs organes de la plante (comme par exemple les feuilles, les racines, la tige, les fleurs) ; à une ou plusieurs cellules de la plante ; ou encore à un amas de cellules de la plante (e.g. un cal).
Dans l’invention, le terme « phénotype » désigne de manière non limitative les caractères visibles à l’échelle macroscopique tel que le nombre de racines latérales, le nombre de feuilles, la taille de la tige, la durée de floraison et la résistance au stress. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne par conséquent le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est impliquée dans au moins un phénotype de plante choisi parmi : la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de feuilles ; la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de fleurs ; la taille de la tige (ou de la hampe florale) ; la biomasse racinaire ; le nombre, la longueur et le niveau de ramification des racines ; la précocité de la germination ; la précocité du bourgeonnement ; la précocité de l’induction florale (ou transition florale) ; la vigueur germinative et la durée de phase juvénile ; la durée de la floraison ; la résistance à un stress biotique ; la résistance à un stress abiotique ; et le nombre de cellules.
Selon l’invention, une protéine est « impliquée dans un phénotype » si une modification de l’accumulation de celle-ci est associée à une modification dudit phénotype. En d’autres termes, une protéine est impliquée dans un phénotype si elle intervient dans le(s) caractère(s) correspondant audit phénotype. Au vu de ce qui précède, on comprend qu’un objet de l’invention est le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel le phénotype observé à l’étape e. est choisi parmi : la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de feuilles ; la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de fleurs ; la taille de la tige (ou de la hampe florale) ; la biomasse racinaire ; le nombre, la longueur et le niveau de ramification des racines ; la précocité de la germination ; la précocité du bourgeonnement ; la précocité de l’induction florale (ou transition florale) ; la vigueur germinative et la durée de phase juvénile ; la durée de la floraison ; la résistance à un stress biotique ; la résistance à un stress abiotique ; et le nombre de cellules.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP : ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés ; étant capable de moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale ; et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, et dans lequel ladite cellule végétale (/.e. celle dans laquelle on souhaite moduler l’accumulation d’une protéine) appartient à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel lesdites cellules végétales ou lesdites plantes utilisées à l’étape e. appartiennent à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite cellule végétale (/.e. celle dans laquelle on souhaite moduler l’accumulation d’une protéine) est une cellule d’une algue.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel lesdites cellules végétales ou lesdites plantes utilisées à l’étape e appartiennent à une algue.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène choisi parmi : Aae15 (Acyl-activating enzyme 15), Aae16 (AMP-dependent synthetase and ligase family protein), Abcg11 (White-brown complex-like protein), Abdcg34 (ABC transporter G family member 34), Acc1 (Acetyl-CoA Carboxylase), Agb1 (GTP binding protein beta 1), Als (Acetolactate synthase (chloroplastic)), Anac076 (NAC domaincontaining protein 76), Apg9 (Autophagy 9), Arlbl (GTP-binding protein 1), Arr1 (Two- component response regulator ARR1), Arr5 (Two-component response regulator ARR5), Arr6 (Two-component response regulator ARR6), At59 (Pedate lyase family protein), Bak1 (Brassinosteroid insensitive 1 -associated receptor kinase 1), Bccpl (Acetyl-CoA Carboxylase (chloroplastic) subunit 1), Bccp2 (Acetyl-CoA Carboxylase (chloroplastic) subunit 2), Bril (Brassinosteroid insensitive 1), Bzo2h3 (bZIP transcription factor family protein), Cesa6 (Cellulose synthase A catalytic subunit 6), Cipk3 (CBL-interacting protein kinase 3), Cks1 (Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1), Cobl8 (COBRA-like protein 8 precursor), Coil (Coronatine-insensitive protein 1), Cpk3 (Calcium-dependent protein kinase 3), Crk34 (Cysteine-rich receptor-like protein kinase 34), Cyp705a18 (Cytochrome P450, family 705, subfamily A, polypeptide 18), Cyp71b26 (Cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 26), Cyp78a8 (Cytochrome P450, family 78, subfamily A, polypeptide 8), Cyp97b3 (Cytochrome P450, family 97, subfamily B, polypeptide 3), Dell (Endoribonuclease Dicer homolog 1), Dur3 (Urea-proton symporter DUR3), Ein2 (Ethylene-insensitive protein 2), Emb 175 (Pentatricopeptide repeat-containing protein), Emb2726 (Elongation factor Ts family protein), Emb9 (Dihydrofolate synthetase), Epsps (5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate (chloroplastic)), Fnr1 (Ferredoxin-NADP[+]-oxidoreductase 1), Fve (Transducin family protein / WD-40 repeat family protein), Ga2ox7 (Gibberellin 2-beta-dioxygenase 7), Gape (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), Gcn2 (ABC transporter family protein), Gdi2 (Guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor 2), Gln2 (Glutamine synthetase (chloroplastic)), Gsl3 (Callose synthase 2), Hag5 (Histone acetyltransferase of the MYST family 2), Hda18 (Histone deacetylase 18), Hexol (Beta-hexosaminidase 1), Hppd (4- hydroxyphenyl-pyruvate-dioxygenase), Hsl1 (B3 domain-containing transcription repressor VAL2), Iaa31 (lndole-3-acetic acid inducible 31), Iqd28 (IQ-domain 28), Jac1 (J-domain protein required for chloroplast accumulation response 1), Jar1 (Jasmonoyl-L-amino acid synthetase), Kp1 (Kinesin-like protein 1), Lrx2 (Leucine-rich repeat/extensin 2), Mapkkk3 (Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3), Mapkkk5 (Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5), Mfp2 (Multifunctional protein 2), Mrb1 (Transmembrane protein, putative (DUF3537)), Nsp1 (Nodulation signaling pathway 1), Pds (Phytoene desaturase (chloroplastic)), Pen3 (Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and protein- tyrosine-phosphatase), Phyb (Phytochrome B), Pif3 (Phytochrome interacting factor 3), Pizza (Brassinosteroid-related acyltransferase 1), Ppoxl (Protoporphyrinogen oxidase (chloroplastic) 1), Ppox2 (Protoporphyrinogen oxidase (chloroplastic) 2), Prp39 (Tetra tricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein), PsbA (Photosystem II D1 protein), Pskrl (Phytosulfokin receptor 1), Rd21 (Granulin repeat cysteine protease family protein), Ringl (RING/U-box superfamily protein), Rosi (DNA glycosylase/AP lyase ROS1), Rpt4a (26S proteasome regulatory subunit 10B homolog A), Sfr6 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16), Shr (Protein SHORT-ROOT), Shy2 (Auxin-responsive protein IAA3), Ski (EIN2-like protein, nramp transporter), Sps1 (Sucrose phosphate synthase 2F), Spt (Transcription factor SPATULA), Stn8 (Serine/threonine-protein kinase), Tap46 (PP2A regulatory subunit TAP46), Topp6 (Serine/threonine-protein phosphatase PP1 isozyme 7), TubB6 (Tubulin), TubB8 (Tubulin), Ubala (RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein), Vim3 (E3 ubiquitin-protein ligase), Sgr1 (Magnesium dechelatase), Abi5 (Abscisic acid (ABA)-insensitive 5), Hsp101 (Heat shock protein 101), Rh10 (ATP-dependent RNA helicase) et Wus (WUSCHEL).
En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène choisi parmi : Cpk3, Dell et Nsp1. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Cpk3. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Dell. En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Nsp1.
Les gènes Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkk5, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif 3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Rosi, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Topp6, TubB6, TubB8, Ubala, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, Rh10 et l/l/us font références aux protéines indiquées entre parenthèses. Bien entendu, l’invention concerne également des gènes homologues et/ou similaires susceptibles de porter des dénominations différentes. Par exemple, chez A. thaliana le gène Gsl3 codant pour la callose synthase 2 s’appelle également Cals2.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NO : 1 (ORF de la protéine Aae15, A. thaliana), SEQ ID NO : 2 (ORF de la protéine Aae16, A. thaliana), SEQ ID NO : 3 (ORF de la protéine abcg11 , A. thaliana), SEQ ID NO : 4 (ORF de la protéine Abdcg34, A. thaliana), SEQ ID NO : 5 (ORF de la protéine Acc1, A. thaliana), SEQ ID NO : 6 (ORF de la protéine Agb1, A. thaliana), SEQ ID NO : 7 (ORF de la protéine Als, A. thaliana), SEQ ID NO : 8 (ORF de la protéine Anac076, A. thaliana), SEQ ID NO : 9 (ORF de la protéine Apg9, A. thaliana), SEQ ID NO : 10 (ORF de la protéine Arlbl, A. thaliana), SEQ ID NO : 11 (ORF de la protéine Arr1 , A. thaliana), SEQ ID NO : 12 (ORF de la protéine Arr5, A. thaliana), SEQ ID NO : 13 (ORF de la protéine Arr6, A. thaliana), SEQ ID NO : 14 (ORF de la protéine At59, A. thaliana), SEQ ID NO : 15 (ORF de la protéine Bak1 , A. thaliana), SEQ ID NO : 16 (ORF de la protéine Bccpl , A. thaliana), SEQ ID NO : 17 (ORF de la protéine Bccp2, A. thaliana), SEQ ID NO : 18 (ORF de la protéine Bril , A. thaliana), SEQ ID NO : 19 (ORF de la protéine Bzo2h3, A. thaliana), SEQ ID NO : 20 (ORF de la protéine Cesa6, A. thaliana), SEQ ID NO : 21 (ORF de la protéine Cipk3, A. thaliana), SEQ ID NO : 22 (ORF de la protéine Cks1, A. thaliana), SEQ ID NO : 23 (ORF de la protéine Cobl8, A. thaliana), SEQ ID NO : 24 (ORF de la protéine Coil, A. thaliana), SEQ ID NO : 25 (ORF de la protéine Coil , A. thaliana), SEQ ID NO : 26 (ORF de la protéine Cpk3, A. thaliana), SEQ ID NO : 27 (ORF de la protéine Cpk3, A. hypochondriacus), SEQ ID NO : 28 (ORF de la protéine Cpk3, B. distachyon), SEQ ID NO : 29 (ORF de la protéine Cpk3, B. distachyon), SEQ ID NO : 30 (ORF de la protéine Cpk3, G. max), SEQ ID NO : 31 (ORF de la protéine Cpk3, G. max), SEQ ID NO : 32 (ORF de la protéine Cpk3, G. max), SEQ ID NO : 33 (ORF de la protéine Cpk3, G. max), SEQ ID NO : 34 (ORF de la protéine Cpk3, O. sativa), SEQ ID NO : 35 (ORF de la protéine Cpk3, O. sativa), SEQ ID NO : 36 (ORF de la protéine Cpk3, S. lycopersicum), SEQ ID NO : 37 (ORF de la protéine Cpk3, Z. mays), SEQ ID NO : 38 (ORF de la protéine Cpk3, Z. mays), SEQ ID NO : 39 (ORF de la protéine Cpk3, Z. mays), SEQ ID NO : 40 (ORF de la protéine Cpk3, B. rapa), SEQ ID NO : 41 (ORF de la protéine Cpk3, B. rapa), SEQ ID NO : 42 (ORF de la protéine Cpk3, H. vulgare), SEQ ID NO : 43 (ORF de la protéine Cpk3, H. vulgare), SEQ ID NO : 44 (ORF de la protéine Cpk3, S. tuberosum), SEQ ID NO : 45 (ORF de la protéine Cpk3, A. palmeri), SEQ ID NO : 46 (ORF de la protéine Cpk3, M. truncatula), SEQ ID NO : 47 (ORF de la protéine Cpk3, M. truncatula), SEQ ID NO : 48 (ORF de la protéine Cpk3, T. aestivum), SEQ ID NO : 49 (ORF de la protéine Cpk3, T. aestivum), SEQ ID NO : 50 (ORF de la protéine Cpk3, T. aestivum), SEQ ID NO : 51 (ORF de la protéine Cpk3, T. aestivum), SEQ ID NO : 52 (ORF de la protéine Cpk3, L. perenne), SEQ ID NO : 53 (ORF de la protéine Cpk3, L. perenne), SEQ ID NO : 54 (ORF de la protéine Cpk3, L. perenne), SEQ ID NO : 55 (ORF de la protéine Cpk3, L. perenne), SEQ ID NO : 56 (ORF de la protéine Crk34, A. thaliana), SEQ ID NO : 57 (ORF de la protéine Cyp705a18, A. thaliana), SEQ ID NO : 58 (ORF de la protéine Cyp71b26, A. thaliana), SEQ ID NO : 59 (ORF de la protéine Cyp78a8, A. thaliana), SEQ ID NO : 60 (ORF de la protéine Cyp97b3, A. thaliana), SEQ ID NO : 61 (ORF de la protéine Dell, A. thaliana), SEQ ID NO : 62 (ORF de la protéine Dell, A. thaliana), SEQ ID NO : 63 (ORF de la protéine Dell, A. hypochondriacus), SEQ ID NO : 64 (ORF de la protéine Dell, B. distachyon), SEQ ID NO : 65 (ORF de la protéine Dell, G. max), SEQ ID NO : 66 (ORF de la protéine Dell, G. max), SEQ ID NO : 67 (ORF de la protéine Dell, O. sativa), SEQ ID NO : 68 (ORF de la protéine Dell, S. lycopersicum), SEQ ID NO : 69 (ORF de la protéine Dell, Z. mays), SEQ ID NO : 70 (ORF de la protéine Dell, B. rapa), SEQ ID NO : 71 (ORF de la protéine Dell, H. vulgare), SEQ ID NO : 72 (ORF de la protéine Dell, S. tuberosum), SEQ ID NO : 73 (ORF de la protéine Dell, M. truncatula), SEQ ID NO : 74 (ORF de la protéine Dell, T. aestivum), SEQ ID NO : 75 (ORF de la protéine Dell, T. aestivum), SEQ ID NO : 76 (ORF de la protéine Dell, T. aestivum), SEQ ID NO : 77 (ORF de la protéine Dell, T. aestivum), SEQ ID NO : 78 (ORF de la protéine Dell, L. perenne), SEQ ID NO : 79 (ORF de la protéine Dell, L. perenne), SEQ ID NO : 80 (ORF de la protéine Dur3, A. thaliana), SEQ ID NO : 81 (ORF de la protéine Ein2, A. thaliana), SEQ ID NO : 82 (ORF de la protéine Emb175, A. thaliana), SEQ ID NO : 83 (ORF de la protéine Emb2726, A. thaliana), SEQ ID NO : 84 (ORF de la protéine Emb9, A. thaliana), SEQ ID NO : 85 (ORF de la protéine Epsps, A. thaliana), SEQ ID NO : 86 (ORF de la protéine Fnr1, A. thaliana), SEQ ID NO : 87 (ORF de la protéine Fve, A. thaliana), SEQ ID NO : 88 (ORF de la protéine Ga2ox7, A. thaliana), SEQ ID NO : 89 (ORF de la protéine Gape, N. benthamiana), SEQ ID NO : 90 (ORF de la protéine Gcn2, A. thaliana), SEQ ID NO : 91 (ORF de la protéine Gdi2, A. thaliana), SEQ ID NO : 92 (ORF de la protéine Gln2, A. thaliana), SEQ ID NO : 93 (ORF de la protéine Gsl3, A. thaliana), SEQ ID NO : 94 (ORF de la protéine Hag5, A. thaliana), SEQ ID NO : 95 (ORF de la protéine Hda18, A. thaliana), SEQ ID NO : 96 (ORF de la protéine Hexol , A. thaliana), SEQ ID NO : 97 (ORF de la protéine Hppd, A. thaliana), SEQ ID NO : 98 (ORF de la protéine Hsl1 , A. thaliana), SEQ ID NO : 99 (ORF de la protéine Iaa31, A. thaliana), SEQ ID NO : 100 (ORF de la protéine Iqd28, A. thaliana), SEQ ID NO : 101 (ORF de la protéine Jac1, A. thaliana), SEQ ID NO : 102 (ORF de la protéine Jar1, A. thaliana), SEQ ID NO : 103 (ORF de la protéine Kp1 , A. thaliana), SEQ ID NO : 104 (ORF de la protéine Lrx2, A. thaliana), SEQ ID NO : 105 (ORF de la protéine Mapkkk3, A. thaliana), SEQ ID NO : 106 (ORF de la protéine Mapkkkô, A. thaliana), SEQ ID NO : 107 (ORF de la protéine Mfp2, A. thaliana), SEQ ID NO : 108 (ORF de la protéine Mrb1, A. thaliana), SEQ ID NO : 109 (ORF de la protéine Nsp1, M. truncatula), SEQ ID NO : 110 (ORF de la protéine Nsp1, A. thaliana), SEQ ID NO : 111 (ORF de la protéine Nsp1 , B. distachyon), SEQ ID NO : 112 (ORF de la protéine Nsp1, G. max), SEQ ID NO : 113 (ORF de la protéine Nsp1, G. max), SEQ ID NO : 114 (ORF de la protéine Nsp1 , O. sativa), SEQ ID NO : 115 (ORF de la protéine Nsp1, S. lycopersicum), SEQ ID NO : 116 (ORF de la protéine Nsp1, S. lycopersicum), SEQ ID NO : 117 (ORF de la protéine Nsp1, Z. mays), SEQ ID NO : 118 (ORF de la protéine Nsp1, Z. mays), SEQ ID NO : 119 (ORF de la protéine Nsp1 , Z. mays), SEQ ID NO : 120 (ORF de la protéine Nsp1, Z. mays), SEQ ID NO : 121 (ORF de la protéine Nsp1 , B. rapa), SEQ ID NO : 122 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 123 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 124 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 125 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 126 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 127 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 128 (ORF de la protéine Nsp1, H. vulgare), SEQ ID NO : 129 (ORF de la protéine Nsp1, S. tuberosum), SEQ ID NO : 130 (ORF de la protéine Nsp1, S. tuberosum), SEQ ID NO : 131 (ORF de la protéine Nsp1, T. aestivum), SEQ ID NO : 132 (ORF de la protéine Nsp1, T. aestivum), SEQ ID NO : 133 (ORF de la protéine Nsp1 , L. perenne), SEQ ID NO : 134 (ORF de la protéine Nsp1, L. perenne), SEQ ID NO : 135 (ORF de la protéine Pds, A. thaliana), SEQ ID NO : 136 (ORF de la protéine Pen3, A. thaliana), SEQ ID NO : 137 (ORF de la protéine Phyb, A. thaliana), SEQ ID NO : 138 (ORF de la protéine Pif3, A. thaliana), SEQ ID NO : 139 (ORF de la protéine Pizza, A. thaliana), SEQ ID NO : 140 (ORF de la protéine Ppoxl , A. thaliana), SEQ ID NO : 141 (ORF de la protéine Ppox2, A. thaliana), SEQ ID NO : 142 (ORF de la protéine Prp39, A. thaliana), SEQ ID NO : 143 (ORF de la protéine PsbA, A. thaliana), SEQ ID NO : 144 (ORF de la protéine Pskrl, A. thaliana), SEQ ID NO : 145 (ORF de la protéine Rd21 , A. thaliana), SEQ ID NO : 146 (ORF de la protéine Ringl, A. thaliana), SEQ ID NO : 147 (ORF de la protéine Rosi, A. thaliana), SEQ ID NO : 148 (ORF de la protéine Rpt4a, A. thaliana), SEQ ID NO : 149 (ORF de la protéine Sfr6, A. thaliana), SEQ ID NO : 150 (ORF de la protéine Shr, A. thaliana), SEQ ID NO : 151 (ORF de la protéine Shy2, A. thaliana), SEQ ID NO : 152 (ORF de la protéine Ski, M. truncatula), SEQ ID NO : 153 (ORF de la protéine Sps1 , A. thaliana), SEQ ID NO : 154 (ORF de la protéine Spt, A. thaliana), SEQ ID NO : 155 (ORF de la protéine Stn8, A. thaliana), SEQ ID NO : 156 (ORF de la protéine Tap46, A. thaliana), SEQ ID NO : 157 (ORF de la protéine Topp6, A. thaliana), SEQ ID NO : 158 (ORF de la protéine TubB6, A. thaliana), SEQ ID NO : 159 (ORF de la protéine TubB8, A. thaliana), SEQ ID NO : 160 (ORF de la protéine llbala, A. thaliana), SEQ ID NO : 161 (ORF de la protéine Vim3, A. thaliana), SEQ ID NO : 171 (ORF de la protéine Sgr1, A. thaliana), SEQ ID NO : 172 (ORF de la protéine Abi5, A. thaliana), SEQ ID NO : 173 (ORF de la protéine Hsp101, A. thaliana), SEQ ID NO : 174 (ORF de la protéine Rh10, M. truncatula) et SEQ ID NO : 175 (ORF de la protéine Wus, A. thaliana).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Par « pourcentage d’identité » entre deux séquences d’acides nucléiques (ou d’acides aminés), on entend un pourcentage de nucléotides (ou de résidus d’acides aminés) identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement. Ce pourcentage est purement statistique et les différences entre les deux séquences sont réparties au hasard sur toute la longueur des séquences. Le meilleur alignement (ou alignement optimal) est l’alignement pour lequel le pourcentage d’identité entre les deux séquences à comparer, comme calculé ci- après, est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d’acides nucléiques (ou d’acides aminés) sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par fenêtre de comparaison pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L’alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé manuellement ou au moyen d’algorithmes et de logiciels à la disposition de l’homme de l’art, par exemple, la plateforme BLAST ou le programme MatGat (Campanella, Bitincka and Smalley, 2003).
Le pourcentage d’identité entre deux séquences est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale par fenêtre de comparaison dans laquelle la région de la séquence à comparer peut comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d’identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide (ou l’acide aminé) est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions dans la fenêtre de comparaison et en multipliant le résultat obtenu par 100.
Au sens de l’invention, il est entendu dans l’invention que des séquences présentant « au moins 80% d’identité » avec une séquence de référence peuvent notamment présenter au moins 80%, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % avec ladite séquence de référence.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne également le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé de préparation et de détermination d’un cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la séquence dudit peptide est choisie parmi les séquences : SEQ ID NO : 162 (NSP1-5’UTR-11), SEQ ID NO : 163 (NSP1-5’UTR-5) et SEQ ID NO : 164 (NSP1-3’UTR).
Dans un deuxième aspect, l’invention a pour objet un cPEP tel qu’obtenu par la mise en œuvre du procédé tel que décrit précédemment. Selon ce même aspect, l’invention a également pour objet un cPEP, de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré- ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que précédemment décrit, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris : de 4 à 41 ; de 5 à 40 ; de 7 à 20 ; ou de 8 à 15.
Autrement dit, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP comprenant s, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 , 22, 23, 24, 25, 26, 27,
28, 29, 30, 31 , 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 40, 41 , 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 ou 70 acides aminés.
En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP comprenant de 5 à 40 acides aminés En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP comprenant de 7 à 20 acides aminés. En particulier, l’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP comprenant de 8 à 15 acides aminés
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la taille dudit cPEP est inférieure à celle de ladite protéine.
Dans l’invention, la séquence d’acides nucléiques portant l’information peptidique du cPEP est choisie dans une région qui n’est pas traduite naturellement dans ladite cellule végétale. De manière non limitative, elle correspond à : la région 5’IITR, i.e. la région non traduite située en amont de l’ORF principal ; la région 3’IITR, i.e. la région non traduite située en aval de l’ORF principal ; ou un intron, i.e. une région du pré-ARNm supprimée par épissage et absente de l’ARNm mature.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ladite séquence d’acides nucléiques réputées non codantes étant : la région 5’IITR ; la région 3’IITR ; ou un intron.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 5’UTR ou la région 3’UTR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 5’UTR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant la région 3’UTR. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, l’une desdites séquences d’acides nucléiques réputées non codantes étant un intron.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et étant dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprenant un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention a pour objet un cPEP, de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré- ARNm d’une protéine, ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon), ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est capable d’augmenter l’accumulation de ladite protéine dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est capable diminuer l’accumulation de ladite protéine dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide synthétique.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide isolé.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide recombinant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant un peptide hydrophobe ou un peptide hydrophile. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est naturellement présente dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine n’est pas présente naturellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un transgène introduit artificiellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un vecteur introduit artificiellement dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite cellule végétale appartient à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite cellule végétale est une cellule d’une algue.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène choisi parmi les gènes : Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkkô, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif 3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Rosi, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Toppô, TubB6, TubB8, Ubala, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, RhIO et l/l/us. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène choisi parmi les gènes : Cpk3, Dell et Nsp1. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Cpk3. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Dell. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par le gène Nsp1.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175.
En particulier, l’invention concerne l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1). En particulier, l’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne également le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175. L’invention concerne notamment le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la séquence dudit peptide est choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 162 à 164.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est impliquée dans au moins un phénotype de plante choisi parmi : la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de feuilles ; la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de fleurs ; la taille de la tige (ou de la hampe florale) ; la biomasse racinaire ; le nombre, la longueur et le niveau de ramification des racines ; la précocité de la germination ; la précocité du bourgeonnement ; la précocité de l’induction florale (ou transition florale) ; la vigueur germinative et la durée de phase juvénile ; la durée de la floraison ; la résistance à un stress biotique ; la résistance à un stress abiotique ; et le nombre de cellules.
Dans l’invention, un cPEP peut être fusionné ou lié à une ou plusieurs molécules facilitant l’entrée du cPEP dans la cellule. Parmi ces molécules, on peut notamment citer des peptides pénétrants (Numata, K., et al. Library screening of cell-penetrating peptide for BY-2 cells, leaves of Arabidopsis, tobacco, tomato, poplar, and rice callus. Sci Rep 8, 10966 (2018).) et l’acide palmitique. Par « peptide pénétrant » (ci-après CPP), on entend des peptides de petite taille pénétrant les bicouches lipidiques cellulaires ou déstabilisent les membranes cellulaires. Les CPP peuvent être classés en trois groupes : cationiques, amphipathiques et hydrophobes. En particulier : les CPP cationiques contiennent de nombreux acides aminés chargés positivement, tels que la lysine (Lys) et l'arginine (Arg) ; les CPP amphipathiques sont généralement composés d'une séquence alternée d'acides aminés polaires et non polaires ; et les CPP hydrophobes se composent d'acides aminés non polaires avec des charges nettes relativement faibles.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant fusionné à un peptide facilitant son entrée dans la cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant fusionné à un peptide pénétrant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant fusionné à l’extrémité N-terminale ou à l’extrémité C-terminale avec ledit peptide facilitant son entrée dans la cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant fusionné à l’extrémité N-terminale ou à l’extrémité C-terminale avec ledit peptide pénétrant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant fusionné avec : le peptide TAT (SEQ ID NO : 170) ; la pénétratine ; un peptide polyhistidine (notamment un peptide d’au moins 4 résidus histidine) ; ou un peptide polyarginine (notamment un peptide de 4 résidus arginine).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant lié à une ou plusieurs molécules d’acide palmitique.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le cPEP tel que décrit précédemment, ledit cPEP étant lié à l’extrémité N-terminale ou à l’extrémité C-terminale à une ou plusieurs molécules d’acide palmitique.
Sur ce point, il convient de noter que la quantité de cPEP nécessaire pour moduler l’accumulation d’une protéine peut varier selon que le cPEP soit ou non modifié avec l’une des molécules facilitant sa pénétration cellulaire. Dans un troisième aspect, l’invention a pour objet un acide nucléique codant un cPEP tel que décrit précédemment. Selon ce même aspect, l’invention a également pour objet un acide nucléique de 3n nucléotides, lequel acide nucléique correspond à un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc l’acide nucléique tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et étant dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également l’acide nucléique tel que décrit précédemment, ledit fragment étant dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprenant un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, ledit fragment comprenant : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré- ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré- ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne l’acide nucléique cPEP tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne un acide nucléique de 3n nucléotides, lequel acide nucléique correspond à un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon).
En particulier, l’invention concerne l’acide nucléique tel que décrit précédemment, où n est compris : de 4 à 70 ; de 4 à 41 ; de 5 à 40 ; de 7 à 20 ; ou de 8 à 15.
Dans un autre aspect, l’invention concerne une composition comprenant un cPEP tel que décrit ci-dessus en tant que substance active.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne une composition comprenant un cPEP en tant que substance active, ledit cPEP :
- ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 ; et
- étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré- ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré- ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne une composition comprenant un cPEP en tant que substance active, ledit cPEP :
- ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës :
■ une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et
■ une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; et
- étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est à une concentration comprise de 10'9 M à 10'3 M. Sur ce point, il convient de noter d’une part que la composition de l’invention n’existe pas à l’état naturel et ceci est d’autant plus vrai qu’une telle concentration en cPEP ne peut exister au sein d’une cellule végétale. De plus et par « concentration comprise de 10'9 M à 10'3 M », on entend que la concentration en cPEP peut être comprise de 10'9 à 10'4 M, de 10’ 8 à 10'4 M, de 10'9 à 10'5 M, de 10'8 à 10'5 M, comme elle peut être comprise de 5 pM à 500 pM, de 30 pM à 70 pM, ou encore être de 50 pM.
En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est à une concentration comprise de 10'9 à 10'4 M, de 10'8 à 10'4 M, de 10'9 à 10'5 M ou de 10'8 à 10'5 M. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est à une concentration comprise de 5 pM à 500 pM ou de 30 pM à 70 pM. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est à une concentration de 50 pM. De manière non limitative, cette concentration peut également être de 10'9 M, 10'8 M, 10'7 M, 10’ 6 M, 10'5 M ou 10'4 M.
Au vu de ce qui précède, on comprend que l’invention concerne également la composition telle que décrite précédemment comprenant un cPEP en tant que substance active, ledit cPEP :
- ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine ; - étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine ; et
- étant notamment à une concentration comprise de 5 pM à 500 pM ou de 30 pM à 70 pM, ou étant notamment à une concentration de 50 pM.
A noter que par « composition comprenant un cPEP », on entend que la composition de l’invention comprend au moins un cPEP. C’est-à-dire qu’un mélange de cPEPs est envisageable, lesdits cPEPs pouvant cibler une même protéine ou plusieurs protéines selon le fragment d’acides nucléiques dont ils sont issus. A cet égard, les concentrations susmentionnées concernent soit le mélange de cPEPs en tant que tel, soit chacun des cPEPs dudit mélange, lesdits cPEPs pouvant être à la même concentration ou pouvant être à des concentrations différentes parmi celles citées ci-dessus.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition étant une composition phytopharmaceutique, une composition herbicide ou une composition d’enrobage, en particulier ladite composition d’enrobage comprenant en outre au moins un agent de fixation.
En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition étant une composition phytopharmaceutique. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition étant une composition herbicide. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition étant une composition d’enrobage. De préférence, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition étant une composition d’enrobage comprenant en outre au moins un agent de fixation.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un solvant. De préférence, ledit solvant est choisi parmi : l’acétone, l’acétonitrile, l’acide acétique, l’acide formique, l’adipate de diméthyle, le benzyl acétate, le bi-butyl carbonate, le dimethyl sulfoxide (DMSO), l’eau, le glutarate de diméthyle, l’hydroxyde d’ammonium, l’iso-butanol, l’iso-propanol, le lactate de diéthyle héxyle, le solvant naphta aromatique léger, le solvant naphta aromatique lourd, le succinate de diéthyle et leurs mélanges (e.g. mélange [eau ; acide acétique] ; [acétonitrile ; acide acétique], [eau, acétonitrile ; acide acétique], [eau ; DMSO], [eau ; acétonitrile] ou [eau ; hydroxyde d’ammonium]). Les propriétés de solubilité des cPEPs sont déterminées notamment par leur composition en acides aminés. Les cPEPs hydrophiles peuvent être solubilisés et conditionnés dans des solutions aqueuses, telles que l’eau. Les cPEPs hydrophobes peuvent être solubilisés et conditionnés dans des solvants, tels que les solvants organiques.
Pour un traitement des plantes par les cPEPs, les solvants organiques sont des solvants non toxiques pour les plantes en faibles quantités, c’est-à-dire qu’ils n’ont pas d’effet délétère sur le développement de la plante. De manière non limitative, les solvants organiques peuvent être ceux cités ci-dessus et en particulier choisis parmi l’acétonitrile et l’acide acétique.
Comme indiqué ci-dessus, les cPEPs peuvent également être solubilisés et conditionnés dans des mélanges de solvants, comme par exemple, un mélange de solvant organique [acétonitrile ; acide acétique], un mélange [eau ; DMSO] dans un ratio volume:volume compris de 99:1 à 1 :99, un mélange [eau ; acétonitrile] dans un ratio volume:volume compris de 99:1 à 1 :99 ou un mélange [eau ; hydroxyde d’ammonium] dans un ratio volume:volume compris de 99: 1 à 99,9:0, 1. Les cPEPs peuvent également être solubilisés dans une solution comprenant 50 % d’acétonitrile, 10 % d’acide acétique et 40 % d’eau (volume/volume/volume).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un diluant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un adjuvant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un agent de fixation.
Par « agent de fixation », on entend un agent chimique ou naturel lequel permet de coller la composition de l’invention à une graine de végétal de manière à enrober ladite graine de végétal. On entend également une substance rendant possible l’application et la tenue de la ou des substances actives sur le grain. Parmi les agents de fixation disponibles, on retrouve notamment la carboxymethyl cellulose (CMC) et la gomme arabique. De plus et de manière non limitative, un agent de fixation peut comprendre des solvants organiques, de l’eau, des dispersants, des émulgateurs, des tensioactifs, des mouillants et des colorants.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un nutriment végétal. En particulier, l’invention concerne la composition telle que décrite précédemment, ladite composition comprenant en outre au moins un agent de fixation et au moins un nutriment végétal.
Par « nutriment végétal », on entend un élément assimilé par la plante pour permettre son développement. De manière non limitative, un nutriment végétal peut être choisi parmi : l’azote, le phosphore, le potassium, le calcium, le magnésium, le soufre, le manganèse, le fer, le cuivre, le bore, le zinc, le molybdène et leurs mélanges.
Au vu de ce qui précède, on comprend qu’un autre aspect de l’invention a pour objet une semence enrobée comprenant une graine de plante, ladite graine de plante étant enrobée par une composition d’enrobage telle que décrite précédemment.
L’enrobage peut être réalisé selon les procédés classiquement utilisés dans l’industrie agroalimentaire et peut être obtenu en utilisant un matériau apte à se désagréger dans un solvant ou dans la terre, tel qu’un liant ou de l’argile.
Selon l’invention, l’enrobage peut être utilisé pour conférer des propriétés particulières à une semence en combinaison avec un cPEP, telles qu’une croissance améliorée ou une résistance à certains stress biotiques ou abiotiques.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la semence enrobée telle que décrite précédemment, dans lequel ladite graine de plante appartient à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la semence enrobée telle que décrite précédemment, ladite semence étant traitée par trempage dans une composition contenant un cPEP. Lors d’un trempage, la semence est alors plongée totalement ou partiellement dans une composition contenant un cPEP. Dans un autre aspect, l’invention concerne une utilisation d’un cPEP en tant qu’agent phytosanitaire pour moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré- ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne une utilisation d’un cPEP en tant qu’agent phytosanitaire pour moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment pour augmenter l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale. La présence du cPEP fait que la quantité de ladite protéine dans la cellule végétale traitée est supérieure à celle dans une cellule végétale non traitée.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment pour diminuer (inhiber) l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale. La présence du cPEP fait que la quantité de ladite protéine dans la cellule végétale traitée est inférieure à celle dans une cellule végétale non traitée.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, ladite séquence d’acides nucléiques réputées non codantes (/.e. non traduite naturellement) étant : la région 5’UTR ; la région 3’UTR ; ou un intron.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est produit hors de ladite cellule végétale avant d’être introduit dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est un peptide synthétique.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est un peptide isolé.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est un peptide recombinant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP étant un peptide hydrophobe ou un peptide hydrophile.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est introduit dans ladite cellule végétale sous la forme d’un acide nucléique codant ledit cPEP. En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est introduit dans ladite cellule végétale sous la forme d’un acide nucléique codant ledit cPEP et comprenant les moyens de l’exprimer.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est naturellement présente dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine n’est pas présente naturellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un transgène introduit artificiellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un vecteur introduit artificiellement dans ladite cellule végétale. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’une technique choisie parmi : le Western blot, la mesure de l’activité enzymatique, la spectrométrie de masse et la fusion traductionnelle. En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’un Western blot.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP a une taille comprise de 4 à 41 acides aminés, de 5 à 40 acides aminés, de 7 à 20 acides aminés ou plus particulièrement une taille comprise de 8 à 15 acides aminés. En particulier, ledit cPEP a une taille de 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13,
14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37,
38, 39, 40, 41 , 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61,
62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 ou 70 acides aminés.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite cellule végétale appartient à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite cellule végétale est une cellule d’une algue.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène choisi parmi : Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkkô, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif 3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Ros1, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Topp6, TubB6, TubB8, Uba 1a, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, Rh10 et Wus.
Au vu de ce qui précède, on comprend que dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment non naturellement traduit d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ladite protéine étant codée par un gène choisi parmi : Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Eve, Ga2ox7, Gapc, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkkô, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif 3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Rosi, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Toppô, TubB6, TubB8, Ubala, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, RhIO et Wus.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne également l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit cPEP est choisi parmi les séquences : SEQ ID NOs : 162 à 164.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, dans laquelle ladite protéine est impliquée dans au moins un phénotype de plante choisi parmi : la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de feuilles ; la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de fleurs ; la taille de la tige (ou de la hampe florale) ; la biomasse racinaire ; le nombre, la longueur et le niveau de ramification des racines ; la précocité de la germination ; la précocité du bourgeonnement ; la précocité de l’induction florale (ou transition florale) ; la vigueur germinative et la durée de phase juvénile ; la durée de la floraison ; la résistance à un stress biotique ; la résistance à un stress abiotique ; et le nombre de cellules.
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, pour moduler l’accumulation d’une protéine recombinante dont la séquence d’acides nucléiques qui la code correspond à la fusion des séquences d’acides nucléiques de deux gènes distincts.
En particulier, la séquence codante d’au moins un des deux gènes est celle d’un gène rapporteur, par exemple un gène codant une protéine fluorescente (telle que la GFP) ou une protéine permettant la résistance de la plante à un composé.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne l’utilisation d’un cPEP telle que décrite précédemment, pour moduler l’accumulation d’une protéine recombinante dont la séquence d’acides nucléiques qui la code correspond à la fusion : d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante d’un premier gène ; et d’une séquence d’acides nucléiques codante d’un second gène, la séquence dudit cPEP correspondant à la traduction via le code génétique d’un fragment de la séquence d’acides nucléiques réputée non codante du premier gène.
Dans un autre aspect, l’invention concerne un procédé de modulation de l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale comprenant une étape d’introduction : d’un cPEP ; ou d’un acide nucléique codant ledit cPEP et les moyens de l’exprimer, dans ladite cellule végétale, l’introduction dudit cPEP entraînant une modulation de la quantité de ladite protéine dans ladite cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré- ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne un procédé de modulation de l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale comprenant une étape d’introduction : d’un cPEP ; ou d’un acide nucléique codant ledit cPEP et les moyens de l’exprimer, dans ladite cellule végétale, l’introduction dudit cPEP entraînant une modulation de la quantité de ladite protéine dans ladite cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, ledit procédé permettant : de favoriser le développement d’une plante ; ou de ralentir ou d’empêcher le développement d’une plante.
En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, ledit procédé permettant de favoriser le développement d’une plante. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, ledit procédé permettant de ralentir ou d’empêcher le développement d’une plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment pour augmenter l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale. La présence du cPEP fait que la quantité de ladite protéine dans la cellule végétale traitée est supérieure à celle dans une cellule végétale non traitée.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment pour diminuer (inhiber) l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale. La présence du cPEP fait que la quantité de ladite protéine dans la cellule végétale traitée est inférieure à celle dans une cellule végétale non traitée.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, ladite séquence d’acides nucléiques réputées non codantes (/.e. non traduite naturellement) étant : la région 5’IITR ; la région 3’IITR ; ou un intron.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est produit hors de ladite cellule végétale avant d’être introduit dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide synthétique.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide isolé.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est un peptide recombinant.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP étant un peptide hydrophobe ou un peptide hydrophile.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit dans ladite cellule végétale sous la forme d’un acide nucléique codant ledit cPEP. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit dans ladite cellule végétale sous la forme d’un acide nucléique codant ledit cPEP et comprenant les moyens de l’exprimer.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est naturellement présente dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine n’est pas présente naturellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un transgène introduit artificiellement dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un vecteur introduit artificiellement dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’une technique choisie parmi : le Western blot, la mesure de l’activité enzymatique, la spectrométrie de masse et la fusion traductionnelle. En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’accumulation de ladite protéine est déterminée via la mise en œuvre d’un Western blot.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP a une taille comprise de 4 à 41 acides aminés, de 5 à 40 acides aminés, de 7 à 20 acides aminés ou plus particulièrement une taille comprise de 8 à 15 acides aminés. En particulier, ledit cPEP a une taille de 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69 ou 70 acides aminés.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite cellule végétale ou ladite plante appartient à : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite cellule végétale est une cellule d’une algue.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène choisi parmi : Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gape, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag 5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkkô, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Ros1, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Topp6, TubB6, TubB8, Ubala, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, Rh10 et l/l/us.
Au vu de ce qui précède, on comprend que dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment comprenant une étape d’introduction : d’un cPEP ; ou d’un acide nucléique codant ledit cPEP et les moyens de l’exprimer, dans ladite cellule végétale, l’introduction dudit cPEP entraînant une modulation de la quantité de ladite protéine dans ladite cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment non naturellement traduit d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ladite protéine étant codée par un gène choisi parmi : Aae15, Aae16, abcg11, Abdcg34, Acc1, Agb1, Als, Anac076, Apg9, Arlbl, Arr1, Arr5, Arr6, At59, Bak1, Bccpl, Bccp2, Bri1, Bzo2h3, Cesaô, Cipk3, Cks1, Cobl8, Coi1, Cpk3, Crk34, Cyp705a18, Cyp71b26, Cyp78a8, Cyp97b3, Dell, Dur3, Ein2, Emb175, Emb2726, Emb9, Epsps, Fnr1, Fve, Ga2ox7, Gape, Gcn2, Gdi2, Gln2, Gsl3, Hag5, Hda18, Hexol, Hppd, Hsl1, Iaa31, Iqd28, Jac1, Jar1, Kp1, Lrx2, Mapkkk3, Mapkkkô, Mfp2, Mrb1, Nsp1, Pds, Pen3, Phyb, Pif 3, Pizza, Ppoxl, Ppox2, Prp39, PsbA, Pskrl, Rd21, Ringl, Rosi, Rpt4a, Sfr6, Shr, Shy2, Ski, Sps1, Spt, Stn8, Tap46, Toppô, TubB6, TubB8, Ubala, Vim3, Sgr1, Abi5, Hsp101, RhIO et Wus.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un ORF comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques présentant au moins 80 % d’identité, de préférence au moins 90 % d’identité, avec une séquence choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 1 à 161 et 171 à 175. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne également le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une séquence d’acides nucléiques choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3), SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell) et SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 26 à 55 (Cpk3). En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 61 à 79 (Dell). En particulier, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est codée par un gène comprenant une choisie parmi les séquences : SEQ ID NOs : 109 à 134 (Nsp1).
Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est choisi parmi les séquences : SEQ ID NOs : 162 à 164. Dans un autre mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ladite protéine est impliquée dans au moins un phénotype de plante choisi parmi : la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de feuilles ; la taille, la forme, la surface, le volume, la masse et le nombre de fleurs ; la taille de la tige (ou de la hampe florale) ; la biomasse racinaire ; le nombre, la longueur et le niveau de ramification des racines ; la précocité de la germination ; la précocité du bourgeonnement ; la précocité de l’induction florale (ou transition florale) ; la vigueur germinative et la durée de phase juvénile ; la durée de la floraison ; la résistance à un stress biotique ; la résistance à un stress abiotique ; et le nombre de cellules.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’introduction dudit cPEP entraîne une précocité de la montaison chez ladite plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’introduction dudit cPEP entraîne une précocité de la floraison chez ladite plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’introduction dudit cPEP entraîne une augmentation de la taille de la tige chez ladite plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel l’introduction dudit cPEP entraîne une précocité de croissance de la tige chez ladite plante.
Les Inventeurs ont en effet constaté de manière inattendue qu’il est possible d’appliquer directement un cPEP sur la plante, e.g. via l’emploi de la composition de l’invention (cf. supra) comprenant un cPEP, pour moduler l’accumulation d’une protéine cible dans la plante, ce qui indique que le cPEP est capté par la plante. Par consequent, dans un mode de realisation, l’invention concerne le procédé tel que décrit précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit dans ladite plante : par arrosage, par pulvérisation ou par l’ajout d’un engrais, d’un terreau, d’un substrat de culture ou d’un support en contact avec la plante, ledit cPEP étant notamment administré à la plante sous la forme d’une composition comprenant de 10'9 M à 10'4 M dudit cPEP ; par arrosage, par trempage, par pulvérisation ou par l’ajout d’un engrais, d’un terreau, d’un substrat de culture ou d’un support en contact avec la plante, ledit cPEP étant notamment administré à une graine ou une semence sous la forme d’une composition comprenant de 10'9 M à 10'4 M dudit cPEP ; ou par le biais d’un acide nucléique codant ledit cPEP et comprenant les moyen d’exprimer ledit cPEP, ledit acide nucléique étant introduit artificiellement dans la plante.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que défini précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit artificiellement par voie externe dans la plante, de préférence par arrosage, par pulvérisation ou par l’ajout d’un engrais, d’un terreau, d’un substrat de culture ou d’un support inerte.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que défini précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit par arrosage.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que défini précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit par pulvérisation.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que défini précédemment, dans lequel ledit cPEP est introduit par l’ajout d’un engrais.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne le procédé tel que défini précédemment, dans lequel la plante est traitée avec une composition comprenant de 10'9 M à 10'4 M dudit cPEP, ou comprenant notamment 10'9 M, 10'8 M, 10'7 M, 10'6 M, 10'5 M ou 10'4 M dudit cPEP. De préférence, les compositions ont une concentration de 10'8 M à 10'5 M pour une application par arrosage ou par pulvérisation sur la plante.
De manière complémentaire, des compositions plus ou moins concentrées peuvent être envisagées pour traiter la plante avec le cPEP. Par exemple, et de manière non limitative, des compositions plus concentrées comprenant de 10'1 M à 10'3 M, ou comprenant notamment 10'2 M de cPEP, peuvent être utilisées dans le cas où le cPEP introduit artificiellement par voie externe est administré à la plante par épandage.
Dans un autre aspect, l’invention concerne une plante modifiée contenant un cPEP, laquelle « plante modifiée » correspond à une plante dans laquelle a été introduit artificiellement un cPEP, notamment par arrosage, par pulvérisation ou via un engrais.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée comprenant un cPEP introduit artificiellement par voie exogène telle que décrite précédemment, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine. Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne une plante modifiée comprenant un cPEP introduit artificiellement par voie exogène, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante modifiée telle que décrite précédemment, ladite plante étant : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un autre aspect, l’invention concerne une plante transgénique comprenant un acide nucléique codant un cPEP et les moyens de l’exprimer, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré- ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu : du codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; ou un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne donc la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et est dépourvu d’un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA. L’invention concerne également la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment est dépourvu d’un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice et comprend un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle ledit fragment comprend : un codon initiateur AUG codant une méthionine initiatrice ; et un codon STOP choisi parmi les codons : UAG, UGA et UAA, et dans lequel ledit fragment est choisi : soit dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture codant ladite protéine ; soit dans un cadre de lecture décalé d’un ou deux nucléotides par rapport au cadre ouvert de lecture codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le même cadre de lecture que le cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans le cadre de lecture déterminé par le codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture différent du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un nucléotide en 3’ (ou de deux nucléotides en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. En particulier, l’invention concerne également la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé de deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale. Autrement dit, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle la traduction du fragment du pré-ARNm est opérée dans un cadre de lecture décalé d’un (ou deux nucléotides en 5’) ou deux nucléotides en 3’ (ou d’un nucléotide en 5’) par rapport au codon d’initiation du cadre ouvert de lecture de la séquence d’acides nucléiques naturellement traduite dans ladite cellule végétale.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne une plante transgénique comprenant un acide nucléique codant un cPEP et les moyens de l’exprimer, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques d’un pré-ARNm d’une protéine, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 , et ladite séquence d’acides nucléiques comprenant deux parties contiguës : une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante (/.e. non traduite naturellement, e.g. intron) ; et une partie située au sein d’une séquence d’acides nucléiques réputée codante (/.e. traduite naturellement, e.g. exon) ; ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que définie précédemment, dans laquelle la séquence codant ledit cPEP est plus courte que la séquence du pré-ARNm codant ladite protéine.
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, ladite plante étant : Alopecurus myosuroides, Amaranthus hypochondriacus, Amaranthus palmeri, Amaranthus tuberculatus, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis lyrata, Arabidopsis thaliana, Barbarea vulgaris, Boechera stricta, Brachypodium distachyon, Brassica napus (colza), Brassica oleracea, Brassica rapa (colza), Camelina sativa, Capsella grandiflora, Capsella rubella, Carica papaya, Eutrema salsugineum, Glycine max (soja), Gossypium raimondii, Gossypium spp. (coton), Hordeum vulgare (orge), Lollium spp., Lotus japonicus (lotier), Medicago sativa (luzerne), Medicago truncatula (luzerne), Nicotiana benthamiana (tabac), Oryza sativa (riz), Pisum sativum (pois), Raphanus sativus, Solanum lycopersicum (tomate), Solanum melongena (aubergine), Solanum tuberosum (pomme de terre), Thellungiella halophila, Theobroma cacao, Triticum spp. (blé), Vitis vignifera (vigne) et Zea mays (maïs).
Dans un mode de réalisation, l’invention concerne la plante transgénique telle que décrite précédemment, dans laquelle l’expression dudit cPEP est placée sous le contrôle d’un promoteur fort, de préférence un promoteur fort constitutif tel que le promoteur 35S.
A tout égard, il convient de noter que les différents aspects de l’invention, tout comme les différents modes de réalisation de celle-ci sont interdépendants. Ces derniers peuvent donc être combinés entre eux pour obtenir des aspects et/ou des modes de réalisation préférés de l’invention non explicitement décrits. Ceci est également valable pour l’ensemble des définitions fourni dans la présente description, lequel s’applique à tous les aspects de l’invention et ses modes de réalisation.
En outre, la présente invention est illustrée, sans toutefois s’y limiter, par les Figures et Exemples suivants.
LISTE DES FIGURES
Figure 1
La figure 1 est une représentation schématique illustrant les premières étapes du procédé de préparation et de détermination d’un cPEP. En particulier sont illustrés les étapes permettant de déterminer au sein d’un pré-ARNm d’une protéine l’une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes à partir de laquelle le peptide à tester (/.e. le cPEP potentiel) est identifié.
Les séquences SEQ ID NOs : 165 à 168 sont uniquement fournies à titre d’exemple.
Figure 2
La figure 2 est une représentation schématique de la construction A/SP7-GUS exprimée dans la racine de Medicago truncatula transformée.
La région NSP1 du promoteur, le CDS de NSP1, le gène de la p-glucuronidase (GUS) et la région 3’UTR NSP1 sont indiquées sur la séquence de la construction. Les peptides cPEPs sont positionnés au-dessus des régions qui ont été utilisées pour élaborer chacun des cPEPs.
Figure 3
La figure 3 représente l’effet du cPEP NSP1-5’UTR-10 sur l’accumulation de la protéine de fusion NSP1-GUS chez Medicago truncatula.
L’axe des ordonnées représente la quantification de l’activité GUS dans les racines d’une fusion NSP1-GUS en réponse au traitement pendant 5 jours avec 0,1 pM d’un cPEP ciblant la région 5’UTR du gène NSP1. Les barres d’erreur représentent les SEM, les astérisques indiquent une différence significative entre la condition d’essai et le témoin selon le test t de Student (n = 30, p < 0,05).
Figure 4
La figure 4 représente l’effet du cPEP NSP1-3’UTR-10 sur l’accumulation de la protéine de fusion NSP1-GUS chez Medicago truncatula.
L’axe des ordonnées représente la quantification de l’activité GUS dans les racines d’une fusion NSP1-GUS en réponse au traitement pendant 5 jours avec 0,1 pM d’un cPEP ciblant la région 5’UTR du gène NSP1. Les barres d’erreur représentent les SEM, les astérisques indiquent une différence significative entre la condition d’essai et le témoin selon le test t de Student (n = 30, p < 0,05).
EXEMPLES
Matériels & Méthodes
1. Préparation des cPEPs
La séquence SEQ ID NO : 163 du cPEP NSP1-5’UTR-5 (5 acides aminés) a été obtenue en traduisant un fragment de 15 nucléotides situé dans la partie 5’UTR du pré-ARNm de NSP1 (SEQ ID NO : 169) dans le cadre de lecture +3 par rapport au codon initiateur de la protéine nsp1.
La séquence SEQ ID NO : 162 du cPEP NSP1-5’UTR-11 (11 acides aminés) a été obtenue en traduisant un fragment de 30 nucléotides situé dans la partie 5’UTR du pré-ARNm de NSP1 (SEQ ID NO : 169) dans le cadre de lecture +3 par rapport au codon initiateur de la protéine nsp1. La séquence SEQ ID NO : 164 du cPEP NSP1-3’UTR (10 acides aminés) a été obtenue en traduisant un fragment de 30 nucléotides situé dans la partie 3’IITR du pré-ARNm de NSP1 (SEQ ID NO : 169) dans le cadre de lecture +2 par rapport au codon initiateur de la protéine nsp1.
Chaque peptide a été synthétisé (Smartox Biotech) et dilué à 10 mM dans de l’eau.
2. Construction du plasmide
La fusion NSP1 ::GUS a été réalisée, en utilisant un vecteur pCambia modifié (Lauressergues et al., Nature, 520 : 90-3, 2015), en clonant 3 kb de promoteur de NSP1, la séquence codante du gène NSP1, la séquence codant la protéine GUS et 3 kb de la séquence en aval du gène NSP1 (Figure 2).
3. Transformation des plantes
La transformation racinaire de M. truncatula a été réalisée selon la méthode décrite dans Boisson-Dernier et al., Mol Plant Microbe Interact, 14(6) : 695-700, 2001.
4. Mesure de l’expression des gènes
Les plantes ont été traitées par arrosage avec une solution contenant une faible concentration de cPEPs (de 0,1 pM à 10 pM) ou avec de l’eau.
L’accumulation de la protéine ciblée par le cPEP a ensuite été mesurée dans chaque plante en quantifiant l’activité GUS ou en quantifiant l’activité protéine par Western blot (Blàzquez M., Quantitative GUS activity assay in intact plant tissue, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2002).
Résultats
Les cPEPs ciblant les régions non codantes 5’UTR (SEQ ID NO : 162) et 3’UTR (SEQ ID NO : 164) du gène NSP1 induisent une augmentation de l’accumulation de la protéine NSP1 chez Medicago truncatula, quel que soit le cadre de lecture utilisé pour élaborer le cPEP et quelle que soit la position du fragment utilisée pour élaborer le cPEP (Figures 3 et 4).

Claims

REVENDICATIONS Procédé de préparation et de détermination d’un cPEP, ledit cPEP : ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés ; étant capable de moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale ; et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine, ledit procédé comprenant : a. une étape de détermination de la séquence d’acides nucléiques de l’ARN prémessager (pré-ARNm) codant ladite protéine ; b. une étape de détermination au sein de ce pré-ARNm d’une des séquences d’acides nucléiques réputées non codantes ; c. une étape de détermination au sein de cette séquence d’acides nucléiques réputée non codante d’un fragment de celle-ci, ledit fragment ayant une taille de 3n nucléotides, n étant compris de 4 à 70, en particulier n étant compris de 4 à 41 ; d. une étape de production du peptide codé par ledit fragment ; et e. une étape de comparaison :
- entre l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale en présence dudit peptide et l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale de même type en absence dudit peptide ; et/ou
- entre le phénotype d’une plante en présence dudit peptide et le phénotype d’une plante de même type en absence dudit peptide, dans laquelle :
- une différence de la quantité de ladite protéine en présence dudit peptide par rapport à la quantité de ladite protéine en absence dudit peptide ; et/ou
- une différence du phénotype en présence dudit peptide par rapport au phénotype en absence dudit peptide, indique que ledit peptide est un cPEP capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale. cPEP, de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré- ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans une cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine. Acide nucléique codant un cPEP selon la revendication 2. Composition comprenant un cPEP en tant que substance active, ledit cPEP :
- ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine ;
- étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine ; et
- étant notamment à une concentration comprise de 5 pM à 500 pM ou de 30 pM à 70 pM, ou étant notamment à une concentration de 50 pM. Composition selon la revendication 4, ladite composition étant une composition phytopharmaceutique, une composition herbicide ou une composition d’enrobage, en particulier ladite composition d’enrobage comprenant en outre au moins un agent de fixation. Semence enrobée comprenant une graine de plante, ladite graine de plante étant enrobée par une composition d’enrobage selon la revendication 5. Utilisation d’un cPEP en tant qu’agent phytosanitaire pour moduler l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine. Procédé de modulation de l’accumulation d’une protéine dans une cellule végétale comprenant une étape d’introduction : d’un cPEP ; ou d’un acide nucléique codant ledit cPEP et les moyens de l’exprimer, dans ladite cellule végétale, l’introduction dudit cPEP entraînant une modulation de la quantité de ladite protéine dans ladite cellule végétale, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine. Procédé selon la revendication 8, ledit procédé permettant : de favoriser le développement d’une plante ; ou de ralentir ou d’empêcher le développement d’une plante. Plante modifiée comprenant un cPEP introduit artificiellement par voie exogène telle que décrite précédemment, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine. Plante transgénique comprenant un acide nucléique codant un cPEP et les moyens de l’exprimer, ledit cPEP ayant une taille comprise de 4 à 70 acides aminés, en particulier de 4 à 41 acides aminés, dont la séquence d’acides aminés correspond à la traduction via le code génétique d’un fragment d’une séquence d’acides nucléiques réputée non codante présente sur un pré-ARNm d’une protéine, ledit cPEP étant capable de moduler l’accumulation de ladite protéine dans la cellule végétale et n’étant pas capable de moduler l’accumulation de l’ARNm codant ladite protéine.
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