EP1425391A1 - Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes - Google Patents

Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes

Info

Publication number
EP1425391A1
EP1425391A1 EP01969902A EP01969902A EP1425391A1 EP 1425391 A1 EP1425391 A1 EP 1425391A1 EP 01969902 A EP01969902 A EP 01969902A EP 01969902 A EP01969902 A EP 01969902A EP 1425391 A1 EP1425391 A1 EP 1425391A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
mutated
peptide
sequence
mutation
sequences
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP01969902A
Other languages
German (de)
French (fr)
Inventor
Brigitte Autran
Assia Samri
Patrice Debre
Vincent Calvez
Christine Katlama
Gaby Haas
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Universite Pierre et Marie Curie Paris 6
Original Assignee
Universite Pierre et Marie Curie Paris 6
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Universite Pierre et Marie Curie Paris 6 filed Critical Universite Pierre et Marie Curie Paris 6
Publication of EP1425391A1 publication Critical patent/EP1425391A1/en
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10Transferases (2.)
    • C12N9/12Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1276RNA-directed DNA polymerase (2.7.7.49), i.e. reverse transcriptase or telomerase
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12Antivirals
    • A61P31/14Antivirals for RNA viruses
    • A61P31/18Antivirals for RNA viruses for HIV
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2799/00Uses of viruses
    • C12N2799/02Uses of viruses as vector
    • C12N2799/021Uses of viruses as vector for the expression of a heterologous nucleic acid

Definitions

  • Therapeutic vaccination methods mutated HIV reverse transcriptase peptides and their use for vaccination and diagnostic purposes
  • the subject of the present invention is a treatment of infectious and tumor pathologies comprising a phase of treatment by anti-infectious and / or anti-tumor chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations and to the agents used. as part of this processing.
  • a more particular subject of the present invention is peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence and comprising at least one mutation relative to the wild-type sequence of this enzyme, mutation induced in response to treatments with nucleoside or non-nucleoside analogs of HIV reverse transcriptase.
  • the present invention also relates to a pharmaceutical composition or vaccine based on these peptides, in order to induce a specific immune response of these mutated sequences and to reinforce or prolong the effectiveness of the treatments with nucleoside or non-nucleoside analogues of the HIV reverse transcriptase. .
  • the present invention also relates to epitopes derived from these peptide sequences in order to evaluate the specific immune response following the injection of a vaccine.
  • cytotoxic T lymphocytes are responsible for controlling the initial peak of viremia, low-noise viral replication during the asymptomatic phase of the disease, and the elimination of most viral variants .
  • the recognition of an infectious agent as a foreign supposes that the immune system recognizes certain specific foreign structures, the antigens, constituting the non-self, distinguishing them from the structures which belong to it, constituting the self.
  • the immune response actors involve:
  • lymphocytes which are the effector cells of the immune reaction. They include B and T lymphocytes subdivided into two subpopulations: CD4 + helper T cells (Th), coordinators of specific immune responses, and CD8 + cytotoxic T lymphocytes (CTLs). These CTLs are capable of recognizing and killing cells infected with viruses, in particular, before the virus buds on the surface of the cell and is released into the extracellular medium.
  • CTLs cytotoxic T lymphocytes
  • These CTLs are capable of recognizing and killing cells infected with viruses, in particular, before the virus buds on the surface of the cell and is released into the extracellular medium.
  • the antigen presenting cells which capture the antigens, condition them and present them in immunogenic form to the T lymphocytes.
  • MHC molecules major histocompatibility complex which are expressed on the surface of cells and participate in the presentation of the antigen to lymphocytes.
  • MHC is called HLA (human leukocyte antigen).
  • class I molecules which are present on the surface of all nucleated cells in the body
  • class II molecules which are only expressed on the surface of cells presenting antigens.
  • Antigenic peptides of 8 to 10 amino acids bind in a niche of MHC class I molecules
  • peptides of 14-15 amino acids bind to MHC class I
  • Their binding is determined by the interaction forces established between the amino acids (essentially in the two terminal parts) of the antigenic peptide and those of the walls of the niche of HLA molecules.
  • HLA class I alleles More than 200 HLA class I alleles have now been defined within the three families of HLA class IA genes, B and C. Each HLA class I allele is significantly different in terms of the peptide niche, so the peptides that can s 'fix it are also different. There is therefore a strict specificity in the interaction between peptide and HLA class I molecule. This specificity explains why even a minor change in the sequence of the peptide presented as target may be sufficient to make this peptide incapable of binding to the HLA molecule class I. * receptors for the antigen which are fixed in the membrane of T lymphocytes
  • T lymphocyte specifically recognizes an antigen presented on the MHC.
  • the receptor for T lymphocytes is called TCR (T Cell Receptor). This receptor must recognize at the same time on the cell surface the antigenic peptide and the MHC molecule. It is said that recognition is restricted by the CMH.
  • CD markers (differentiation cluster) which are molecules whose presence on the cell membrane identifies a cell.
  • the Th carry the CD4 marker and are also called CD4 + and the CTLs which carry the marker
  • CD8 are called CD8 +.
  • CD8 + lymphocytes recognize their antigen on MHC class I; CD4 + lymphocytes on MHC class IL
  • the presentation of the antigenic sequences by the antigen presenting cells is one of the determining factors of the effectiveness of a vaccine. It can be amplified by certain natural or synthetic compounds, adjuvants, such as lipids (fatty acids, phospholipids, Freund's adjuvant), anionic copolymers, CpG units ... Other molecules such as cytokines (interleukins , interferons, TNF (tumor necrosis factors), TGF (transforming growth factors %) and chemokines are involved in the regulation of maturation, activation, proliferation and differentiation of cells of the immune system, and play a major role in the molecule of vaccine efficacy.
  • adjuvants such as lipids (fatty acids, phospholipids, Freund's adjuvant), anionic copolymers, CpG units ...
  • Other molecules such as cytokines (interleukins , interferons, TNF (tumor necrosis factors), TGF (transforming growth factors %) and chemokines are involved in the
  • HIV infection is an infection of the immune system in the sense that this virus electively infects CD4 + lymphocytes and antigen-presenting cells and gradually destroys the immune system, usually over 10 years.
  • the intensity and diversity of these CTL responses to HIV could be correlated with the control of viral replication, suggesting the crucial role played by these CTLs in these immune defenses.
  • CTL target HIV peptide sequences have been defined for the majority of HIV proteins. These targets differ depending on the individual, depending on the HLA class I molecules expressed on the surface of the cells of a given individual.
  • the escape of the virus from the control exerted by the immune system is the main cause of the ineffectiveness of these responses.
  • Viral variation in CTL epitopes may play a key role in the immune system's failure to contain the virus.
  • a single mutation in a defined epitope recognized by a CTL may indeed be sufficient to suppress CTL recognition, or to block the binding of the peptide to the class I molecule, or by altering residues essential for interactions with the TCR.
  • the sequence of the HIV Reverse Transcriptase enzyme being highly conserved between the different virus subtypes, it is a prime target for CTL-type immune responses: 80% of the patients tested exhibit a CTL response directed against reverse transcriptase corresponding to HIV-1.
  • HIV vaccines include recombinant VLH proteins, synthetic peptides, recombinant viral or bacterial vectors, naked DNA vaccines. More than 60 phase I clinical trials on thirty candidate specific type B vaccines for HIV, which is the most common subtype in the United States and Europe, have been carried out or are underway. Most of these trials have focused on the HIV envelope protein. However, the recombinant proteins tested rarely induce CD8 + CTLs which recognize and kill cells infected with HIV. In addition, type I HIV isolates exhibit a degree of intense genetic diversity in the viral envelope that can affect aspects of the life cycle such as infectivity, transmissibility or immunogenicity.
  • AIDS treatments use molecules capable of blocking one or more stages of the virus cycle without altering the proper functioning of the host cells.
  • the other structural proteins (the viral capsid and reverse transcriptase, in particular) as well as the regulatory proteins, which are more conserved than the viral envelope, are today the preferred targets of preventive vaccination strategies.
  • RT Reverse transcriptase
  • NRTI Non-hydrolyzable nucleoside analogs
  • AZT zidovudine
  • DDI didanosine
  • DDC zalcitabine
  • 3TC lamivudine
  • ABC abacavir
  • D4T stavudine
  • NRTI non-nucleoside inhibitors of the enzyme
  • HIV protease is the other main target of anti-retroviral treatments that use enzyme inhibitors such as Ritonavir,
  • NNRTI within one to twelve months of processing.
  • the accumulation of these mutations over time in patients treated with these drugs leads to the selection of multidrug-resistant viruses and leads to therapeutic failures.
  • HIV treated with at least one reverse transcriptase inhibitor in Western countries 50% of them maintain a detectable viremia and are considered to be in therapeutic failure. This is associated with the existence of at least one resistance mutation to these inhibitors and results in an increase in the viral load and a decrease in CD4 + T lymphocytes.
  • 10% of patients recently infected, but not yet treated are infected with new viral strains carrying mutations in resistance to antiretroviral treatment. Numerous studies have shown that subsequent antiviral therapies with molecules of the same class then have less effectiveness on these resistant viruses.
  • An alternative therapeutic strategy is now proposed in order to limit the toxicity and the cost of these long-term treatments.
  • the aim is to stimulate the immune responses to HIV in treated patients by combining these treatments with anti-HIV immunization by the available vaccine candidates in order to discontinue the treatments in the long term.
  • the Applicant has discovered a treatment for infectious and tumor pathologies comprising a phase of treatment with anti-infectious and / or anti-tumor chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations.
  • This immune response can therefore take place during these treatments, but seems incapable of ensuring the elimination of specific variants on its own. Amplification of the immunity directed against these mutations will make it possible to control the emergence of these variants of HIV and to maintain a lasting viral suppression under these treatments.
  • the administration of vaccines containing these mutated reverse transcriptase viral sequences, before or during the administration of NRTI or NNRTI treatments should make it possible to prevent, delay or reduce the appearance of mutated viruses capable of resisting these treatments.
  • This new type of therapeutic immunization thus aims to strengthen or prolong the effectiveness of antiretroviral treatments with NRTIs and / or NNRTIs. This can be secondarily applied to other mutations induced by other classes of antiretrovirals and can also be used in preventive vaccination.
  • the invention therefore consists in a treatment of infectious and / or tumor pathologies.
  • the invention also consists of the treatment agents used in the context of this treatment.
  • the subject of the invention is also the preparation of immunogens containing the mutations of resistance to NRTI and / or NNRTI.
  • the invention consists in the preparation of immunogens containing the resistance mutations to one or more NNRTIs used alone or in conjunction with one or more NRTIs.
  • the subject of the invention is also the peptides which are elements of immunogens.
  • Another subject of the invention is a pharmaceutical composition characterized in that it comprises at least one peptide as defined, dispersed in pharmaceutically acceptable excipients, this composition being used as a vaccine.
  • Another object of the invention is the determination of epitopes recognized by the
  • the method for treating infectious and / or tumor pathologies comprises a phase of treatment by anti-infectious and / or antitumour chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations.
  • the vaccination phase follows the chemotherapy treatment phase.
  • the present invention also relates to an agent for treating infectious and / or tumor pathologies which comprises at least two components:
  • the first component comprising a medicament intended for the treatment of infectious and or anti-tumor pathologies inducing resistance mutations
  • the second component comprising a vaccine directed against these resistance mutations, the two components being intended for simultaneous, separate or sequential use over time.
  • the present invention also relates to peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence comprising at least one mutation by substitution and / or by single or multiple insertion with respect to established reverse transcriptase sequences, in the absence of any treatment, mutation observed following treatment with NRTI and / or NNRTI, the peptides being characterized by the fact that they are capable of inducing a response mediated by T lymphocytes specific for this mutated sequence of HIV reverse transcriptase, with the exception of peptides of sequence Z r YVDDZ 2 , Z r YIDDZ 2 and Z r
  • YLDD-Z2 with Z x and Z 2 being at least any amino acid, these peptides having been observed following treatment with lamivudine alone (NRTI).
  • the subject of the invention is preferably peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence comprising at least one mutation by substitution and / or by single or multiple insertion with respect to the established sequences of the reverse transcriptase, in the absence of any treatment, mutation observed following treatment with NNRTI alone or following treatment combining NNRTI and NRTI, the peptides being characterized by the fact that they are capable of induce a response mediated by T lymphocytes specific for this mutated sequence of VLH reverse transcriptase.
  • the peptides according to the invention contain from 15 to 50 amino acids.
  • sequences of the peptides according to the invention can be preceded or followed by neutral amino acids which can dissolve or stabilize the peptides.
  • the peptides according to the invention are characterized by the sequences or parts of sequence comprising at least one of the following Mp mutation with Xn being an amino acid corresponding to that described in the Los Alamos database at the same position of the peptide sequence of HIV-1 reverse transcriptase, and n being the position of an amino acid described in the Los Alamos database in the sequence of HIV-1 reverse transcriptase, and with Mp being a mutated amino acid and p being the number of the mutation observed.
  • Ml (aa 6) can be mutated into K, G or S
  • M2 (aa 39) can be X39 or be mutated into A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M2 (aa 39) can be mutated to A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L;
  • Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
  • M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of Ml, M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
  • Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
  • M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; with Ml or M2 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated into V;
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4 to Ml 2 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
  • M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
  • Mil (aa 75) can be X75 or mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4, M7 or M12 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated into V;
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
  • M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
  • Mil (aa 75) can be X75 or mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L;
  • M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C;
  • M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G;
  • M15 (aa 90) can be X90 or be mutated to I;
  • M16 (aa 98) can be X98 or be mutated into G or S;
  • M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
  • M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P;
  • M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S;
  • M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L;
  • M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I;
  • M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
  • M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y;
  • M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4 to M24 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V;
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
  • M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
  • Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L;
  • M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C;
  • M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G;
  • Ml 5 (aa 90) can be X90 or be mutated to I;
  • Ml 6 (aa 98) can be X98 or be mutated to G or S;
  • M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
  • M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P;
  • M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S;
  • M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L;
  • M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I;
  • M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
  • M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y;
  • M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4, M7, M12 to M21, M23 or M24 representing an amino acid carrying a mutation.
  • Sequence F aa 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143
  • M25 (aa 138) can be XI 38 or be mutated into A, G, K or Q;
  • M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K;
  • M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E;
  • M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M;
  • M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M29 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M25 (aa 138) can be X138 or be mutated to A, G, K or Q;
  • M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K;
  • M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E;
  • M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M;
  • M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M28 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F M32 (aa 179) can be X179 or be mutated to I, L, D or E;
  • M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be X184 or be mutated to V, I or T;
  • M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
  • M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
  • M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F
  • M32 (aa 179) can be X179 or be mutated to I, L, D or E;
  • M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T;
  • M35 (aa 188) can be XI 88 or be mutated into L, C or H;
  • M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
  • M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30, M33, M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M30 (aa 172) may be X172 or be mutated to K;
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F;
  • M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
  • M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be X184 or be mutated to V, I or T; at least one of M30 to M34 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F;
  • M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
  • M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; at least one of M30; M32 or M33 representing an amino acid carrying a mutation. Sequence I
  • M34 (aal84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated in L, C or H; M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
  • M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M34 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M34 (aal 84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
  • M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
  • M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M38 (aa 208) may be X208 or be mutated to Y;
  • M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
  • M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q;
  • M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
  • M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
  • M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
  • M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
  • M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H;
  • M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L;
  • M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
  • M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
  • M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
  • M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
  • M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S;
  • M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M38 (aa 208) can be X208 or be mutated to Y;
  • M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
  • M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q;
  • M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
  • M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
  • M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
  • M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
  • M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H;
  • M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L;
  • M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
  • M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
  • M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
  • M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
  • M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S;
  • M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38, M40, M44 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
  • the peptides according to the invention are characterized by the following sequences or parts of sequence comprising at least one of the following Mp mutations:
  • G K 1 S K I in which M2 (aa 39- wt T) can be X39 or be mutated mainly in A, or in K, or N, or P, or M or S;
  • M2 (aa 39) can be mutated to A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L;
  • Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
  • M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; with Ml or M2 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4, M7 or M12 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V
  • M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R
  • M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
  • M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
  • M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
  • M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
  • M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
  • Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
  • M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C; M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G; Ml 5 (aa 90) can be X90 or be mutated to I; M16 (aa 98) can be X98 or be mutated into G or S; M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
  • M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P;
  • M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S;
  • M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L;
  • M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I;
  • M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
  • M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y; M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4, M7, M12 to M21, M23 or M24 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M25 (aa 138) can be XI 38 or be mutated into A, G, K or Q;
  • M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K;
  • M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E;
  • M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M;
  • M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M28 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M31 (aa 178- wt ⁇ I) can be X178 or be transferred mainly to M, L or F;
  • M33 (aa 181- wt ⁇ Y) can be XI 81 or be mainly transferred to C or to I;
  • M34 (aa 184- wt ⁇ M) can be XI 84 or be mainly transferred to V, or to I or
  • T; M35 (aa 188- wt ⁇ Y) can be X188 or be mainly transferred to L, or to C or
  • M37 (aa 190- wt ⁇ G) can be X190 or be transferred mainly to A, or to S, or
  • M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F
  • M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
  • M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T;
  • M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
  • M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
  • M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30, M33, M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M33 (aa 181-wt ⁇ Y) can be X181 or be mutated mainly in C or in I;
  • T at least one of M30 to M34 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
  • M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F;
  • M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E; M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
  • M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; at least one of M30; M32 or M33 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M36 (aa 189- wt ⁇ V) can be XI 89 or be transferred mainly to I M37 (aa 190- wt ⁇ G) can be X190 or be transferred mainly to A, or S, or E, or Q or T; at least one of M34 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M34 (aal84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
  • M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I; M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
  • M38 (aa 208- wt ⁇ H) can be X208 or be transferred mainly in
  • M40 (aa 211- wt ⁇ R) can be X211 or be mutated mainly in K, or in A, or E, or N, or D, or G or Q;
  • M41 (aa 214- wt ⁇ F or L) can be X214 or be transferred mainly to L or
  • M42 (aa 215- wt ⁇ T) can be X215 or be mutated mainly in Y, or in F or C;
  • M43 (aa 219- wt ⁇ K) can be X219 or be transferred mainly to Q, or to E, or
  • M44 (aa 223- wt ⁇ K) can be X223 or be mainly transferred to Q;
  • M45 (aa 225- wt ⁇ P) can be X225 or be transferred mainly to H;
  • M46 (aa 227- wt ⁇ F) can be X227 or be mainly transferred to L;
  • M47 (aa 228- wt ⁇ L) can be X228 or be mutated mainly in R, or in H or F;
  • M48 (aa 233- wt ⁇ E) can be X233 or be mainly transferred to V, or in N M49 (aa 234- wt ⁇ L) can be X234 or be mainly transferred to I, or in H or
  • M50 (aa 236- wt ⁇ P) can be X236 or be transferred mainly to M, or to S or L;
  • M51 (aa 238- wt ⁇ K) can be X238 or be mainly transferred to T or S;
  • M52 (aa 240- wt ⁇ T) can be X240 or be transferred mainly to A, or to D or
  • M38 (aa 208) can be X208 or be mutated to Y;
  • M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
  • M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q; M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
  • M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
  • M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
  • M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
  • M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H; M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L;
  • M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
  • M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
  • M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
  • M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
  • M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S;
  • M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38, M40, M44 to M52 representing an amino acid carrying a mutation. * K bis sequence:
  • the invention also relates to a pharmaceutical composition based on at least one peptide, dispersed in pharmaceutically acceptable excipients, for their use as a vaccine.
  • the pharmaceutical composition according to the invention may also comprise, in addition, immunomodulators such as cytokines or chemokines.
  • adjuvants such as lipids (fatty acids, phospholipids, incomplete adjuvant of
  • At least one peptide according to the invention is included in the composition of a lipopeptide or a lipoprotein.
  • a peptide according to the invention is included in the composition of a lipopeptide or a lipoprotein.
  • the peptide (s) according to the invention can be coupled to micro or nanoparticles made up of a polysaccharide nucleus and / or covered in particular with a lipid bilayer. They can also be coupled to one or more liposomes or one or more niosomes.
  • the peptide (s) according to the invention can be expressed in a recombinant virus, or a recombinant viral vector, or in an attenuated or inactivated virus.
  • the peptide (s) according to the invention can be expressed in a recombinant bacterium or in a recombinant bacterial vector.
  • the peptide (s) according to the invention can be expressed in an antigen presenting cell.
  • Another subject of the invention is a vaccine comprising at least one naked DNA or a naked RNA encoding at least one peptide according to the invention.
  • the agent for treating patients infected with HIV comprises at least two compositions, the first composition comprising at least one medicament from the NRTI and / or NNRTI family, and the second composition comprising at least one peptide according to the invention. These compositions are intended for a sequential application, separate or not in time or simultaneous.
  • the agent for treating patients infected with HIV comprises at least two compositions, the first composition comprising at least one medicament from the NNRTI family, and the second composition comprising at least one peptide according to the invention.
  • Another object of the invention is a method of preventing or treating an infection with the HIV virus.
  • This method consists in inducing a specific type T immune response in response to the administration of a vaccine according to the invention.
  • the mutation or mutations of the VTH virus are located in the reverse transcriptase enzyme.
  • Another subject of the invention is peptide sequences of 8 to 20 amino acids, recognized as epitopic sequences by T cells specific for the peptide sequences corresponding prior to vaccination, introduced to vaccination.
  • the epitopic sequences according to the invention are peptide sequences of 8 to 20 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
  • these peptide sequences consist of 8 to 10 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
  • the epitopic sequences according to the invention consist of 9 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
  • the epitopic sequences possessing the stated characteristics can be used for the determination and the quantification of the T cells specific for these epitopic sequences.
  • the subject of the invention is also a diagnostic composition for determining the T cells specific for these epitopic sequences, characterized in that it comprises, inter alia, at least one epitopic sequence according to the invention.
  • the vaccines obtained according to the methods of the invention can be formulated as pharmaceutical compositions for subcutaneous, intramuscular, intra-dermal or intravenous administration. The techniques for administering this type of vaccine are abundantly described in the literature and are well known to those skilled in the art.
  • compositions according to the invention can be sterilized by conventional and known sterilization methods.
  • compositions according to the invention can be presented in all the forms usually used in diagnosis.
  • compositions according to the invention can in particular contain pharmaceutically acceptable substances such as pH stabilizers, buffering agents or for example sodium acetate, sodium chloride, potassium, calcium, lactate sodium or others in order to be in physiological conditions.
  • pharmaceutically acceptable substances such as pH stabilizers, buffering agents or for example sodium acetate, sodium chloride, potassium, calcium, lactate sodium or others in order to be in physiological conditions.
  • HIV-specific lines were generated by co-culture of PBMC (peripheral blood mononuclear cells) of patients and of autologous PHA-blasts.
  • PBMC peripheral blood mononuclear cells
  • PHA phytohemagglutinin
  • CTLs lines are cultured for at least 3 weeks in the presence of Interleukin 2 at 20 U / ml, added on the third day of culture and then every 3 days. These lines are tested for their cytotoxic activity after at least 3 weeks of culture against autologous B-EBV lines (B lymphocytes transformed by EBV) serving as targets.
  • Interleukin 2 at 20 U / ml
  • the target cells are autologous B-EBV lines infected with the various recombinant vaccinia viras expressing the pol gene or fragments of the pol gene of HIV-1, at a multiplicity of infection of 5 PFU (Plaque Forming Unit) / cell , 18h before the CTL test.
  • the non-recombinant wild vaccinia virus (Vac-WT) serves as a control.
  • the target cells are incubated in a pellet in the presence of Na2 ⁇ Cr ⁇ 4 (specific activity 2 mci / ml), at the concentration of 70 ⁇ ci / xlO ⁇ cells, for 2 h at 37 ° C.
  • the CTL responses are considered positive when more than 10% lysis is obtained. specific, this at least 2 successive effector / target ratios.
  • RT-1 1-143 and RT-2: 143-293 regions
  • Cytotoxic T responses were assessed using a chromium 51 release test.
  • the target cells were autologous B-EBV-lines infected with vaccinia viruses expressing different fragments of rt genes (RT-1: 1- 143 and RT-2: 143-293).
  • Resistance mutations were detected in proviral DNA using a LiPA HIV-1 RT test (Murex. Diagnostics SA, Châtillon, France). This test allows the simultaneous detection of “wild” type sequences and resistance mutations (41, 69, 70, 74, 184, 214 and 215) induced by nucleoside RT inhibitors (NRTI). From the DNA isolated from PBMCs, an amplification of the rt gene is carried out using biotinylated primers, the biotinylated DNA is then hybridized with specific oligonucleotide probes immobilized in parallel lines on a strip.
  • LiPA HIV-1 RT test Murex. Diagnostics SA, Châtillon, France. This test allows the simultaneous detection of “wild” type sequences and resistance mutations (41, 69, 70, 74, 184, 214 and 215) induced by nucleoside RT inhibitors (NRTI). From the DNA isolated from PBMCs, an amplification of the rt gene is carried out using
  • an ELISpot-IFN ⁇ test in which the PBMCs were incubated, without prior stimulation, with the peptide of interest was used.
  • the 96 wells of a Immobilon p type plate (Millipore, Molsheim, France) are covered for 18 h at 4 ° C with a monoclonal anti-IFN ⁇ (interferon ⁇ ) capture antibody (IgGl B-Bl at 1 ⁇ g / ml Diaclone, Besanarme, France). After 3 washes, the
  • PBMCs are added in triplicate at the concentration of 1x10 ⁇ and 5x10 ⁇ cells per well in the presence of 5 ⁇ g / ml of peptide or 0.5 ⁇ g / ml of PHA, used as a positive control or of medium alone used as a negative control.
  • the plates are then incubated for 40 h at 37 ° C. in a humid atmosphere at 5% CO 2, then washed, the biotinylated monoclonal anti-IFN ⁇ detection antibody (B-Gl at 0.2 ⁇ g / ml Diaclone,
  • Example No. 5 Cutting the sequence B (aa 30-50) into different peptides of length varying between 8 and 21 amino acids.
  • the peptide sequences are cut into peptides of 8 to 80 amino acids (aa) involving any part of the sequence covering at least one mutation, this for therapeutic or diagnostic applications.
  • Example No. 6 Detection of resistance mutations on pro viral PNA isolated from blood mononuclear cells (CMNS) of patient 201 # 5.
  • CMNS blood mononuclear cells
  • the resistance mutations were detected in the proviral DNA using a LiPA HIV-1-RT test (see example 3).
  • the LiPA test allows the definition of mutated amino acids from time to time within of a given sequence and not that of nucleic acid sequences.
  • the method for detecting resistance mutations in DNA is summarized in Figure 1.
  • the RT sequence of patient 201 # 5 is as follows:
  • the recognition of the mutation 41 (M> L) of RT by the CD8 cells producing IFN-gamma is studied in patient 201 # 5 treated with NRTI.
  • the mutation 41 had been detected on the proviral DNA isolated from these same CMNS (see example 6).
  • the recognition of wild-type and mutated peptides 33-41 was evaluated by
  • the recognition frequency of the mutated 33-41 peptide is 95 SFC / 10 6 CMNS and 3 SFC / 10 6 CMNS for the wild type 33-41 peptide.
  • a lipopeptide consists of a palmitic acid of formula C 16 H 32 O 2 or described in the text as C 15 H 3r COOH, of a lysine residue (amino acid basic added to the N-terminus of the peptide) and a peptide whose structure is chosen from the sequences described.
  • a lysine residue amino acid basic added to the N-terminus of the peptide
  • M2 (aa 39) can be X39 or be mutated into A, K, N, P, M or S;
  • M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
  • amino acid 50 which is an isoleucine (I).
  • the amino function of the lysine side chain is modified by a palmitic acid and the terminal amino acid C is amidated according to the following reactions: aa30-aa50-NH2 + lysine - »aa30-aa50-NH-CO-Lysine aa30- aa50 -NH-CO-Lysine + COOH-C 15 H 31 CONH2-aàa30-aa50 -NH-CO-Lysine-NH-CO-C 15 H 31
  • lysine can be added to the C-terminus of the peptide.
  • This structure is then purified and conditioned according to industrial processes meeting the conditions necessary for obtaining clinical batches before use for immunization in humans.

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Abstract

The invention concerns treatment of infectious and tumoral pathologies comprising a anti-infective and/or anti-tumoral chemotherapeutic treatment phase inducing resistance mutations and a therapeutic vaccination phase directed against said resistance mutations and the agents used in said treatment. More particularly, the invention concerns peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence and comprising at least a mutation with respect to said wild sequence of said enzyme, mutation induced in response to treatments by nucleoside and non-nucleoside analogues of the HIV reverse transcriptase. The invention also concerns a pharmaceutical composition or vaccine based on said peptides, for inducing an immune response specific of said mutated sequences and for enhancing or prolonging the efficiency of treatments with nucleoside or non-nucleoside analogues of the HIV reverse transcriptase. The invention further concerns epitopes derived from said peptide sequences to evaluate the specific immune response following the vaccine injection.

Description

Procédés de vaccination thérapeutique, peptides mutés de la transcriptase inverse de VIH et leur utilisation à des fins de vaccination et en diagnostic Therapeutic vaccination methods, mutated HIV reverse transcriptase peptides and their use for vaccination and diagnostic purposes
La présente invention a pour objet un traitement des pathologies infectieuses et tumorales comprenant une phase de traitement par chimiothérapie anti-infectieuse et/ou anti-tumorale inductrice de mutations de résistance et une phase de vaccination thérapeutique dirigée contre ces mutations de résistance et aux agents utilisés dans le cadre de ce traitement.The subject of the present invention is a treatment of infectious and tumor pathologies comprising a phase of treatment by anti-infectious and / or anti-tumor chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations and to the agents used. as part of this processing.
La présente invention a plus particulièrement pour objet des peptides de 8 à 80 acides aminés de la séquence de la transcriptase inverse du VIH et comportant au moins une mutation par rapport à la séquence sauvage de cette enzyme, mutation induite en réponse à des traitements par des analogues nucléosidiques ou non- nucléosidiques de la transcriptase inverse du VIH.A more particular subject of the present invention is peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence and comprising at least one mutation relative to the wild-type sequence of this enzyme, mutation induced in response to treatments with nucleoside or non-nucleoside analogs of HIV reverse transcriptase.
La présente invention a également pour objet une composition pharmaceutique ou vaccin à base de ces peptides, afin d'induire une réponse immunitaire spécifique de ces séquences mutées et de renforcer ou prolonger l'efficacité des traitements par des analogues nucléosidiques ou non-nucléosidiques de la transcriptase inverse du VIH. .The present invention also relates to a pharmaceutical composition or vaccine based on these peptides, in order to induce a specific immune response of these mutated sequences and to reinforce or prolong the effectiveness of the treatments with nucleoside or non-nucleoside analogues of the HIV reverse transcriptase. .
La présente invention a également pour objet des epitopes issus de ces séquences peptidiques afin d'évaluer la réponse immunitaire spécifique suite à l'injection d'un vaccin.The present invention also relates to epitopes derived from these peptide sequences in order to evaluate the specific immune response following the injection of a vaccine.
L'identification d'un vaccin efficace contre le VIH est capitale. Une immunisation effective serait efficace, abordable au niveau pécuniaire et constituerait une approche à long terme de cette infection. Cependant, l'obstacle le plus grand au développement de vaccins efficaces est la variabilité du VIH. Les données actuelles suggèrent que les lymphocytes T cytotoxiques (CTLs) sont responsables du contrôle du pic initial de la virémie, de la réplication virale à bas bruit lors de la phase asymptomatique de la maladie, et de l'élimination de la plupart des variants viraux.Identifying an effective HIV vaccine is critical. Effective immunization would be effective, affordable at a monetary level, and would be a long-term approach to this infection. However, the biggest obstacle to developing effective vaccines is the variability of HIV. Current data suggest that cytotoxic T lymphocytes (CTLs) are responsible for controlling the initial peak of viremia, low-noise viral replication during the asymptomatic phase of the disease, and the elimination of most viral variants .
La reconnaissance d'un agent infectieux comme étranger suppose que le système immunitaire reconnaisse certaines structures spécifiques étrangères, les antigènes, constituant le non-soi, en les distinguant des structures qui lui appartiennent, constituant le soi. Les acteurs de la réaction immunitaire impliquent :The recognition of an infectious agent as a foreign supposes that the immune system recognizes certain specific foreign structures, the antigens, constituting the non-self, distinguishing them from the structures which belong to it, constituting the self. The immune response actors involve:
* les lymphocytes qui sont les cellules effectrices de la réaction immunitaire. Ils comprennent les lymphocytes B et T subdivisés en deux sous-populations : les lymphocytes T CD4+ auxiliaires (Th), coordinateurs des réponses immunes spécifiques, et les lymphocytes T CD8+ cytotoxiques (CTLs). Ces CTLs sont capables de reconnaître et tuer des cellules infectées par des virus, notamment, avant que le virus ne bourgeonne à la surface de la cellule et ne soit libéré dans le milieu extracellulaire. * les cellules présentatrices d'antigènes qui capturent les antigènes, les conditionnent et les présentent sous forme immunogène aux lymphocytes T.* the lymphocytes which are the effector cells of the immune reaction. They include B and T lymphocytes subdivided into two subpopulations: CD4 + helper T cells (Th), coordinators of specific immune responses, and CD8 + cytotoxic T lymphocytes (CTLs). These CTLs are capable of recognizing and killing cells infected with viruses, in particular, before the virus buds on the surface of the cell and is released into the extracellular medium. * the antigen presenting cells which capture the antigens, condition them and present them in immunogenic form to the T lymphocytes.
* les molécules du CMH (complexe majeur d'histocompatibilité) qui s'expriment à la surface des cellules et participent à la présentation de l'antigène aux lymphocytes. Chez l'homme, le CMH est appelé HLA (human leucocyte antigen). Il existe deux classes de molécules du CMH : les molécules de classe I qui sont présentes à la surface de toutes les cellules nucléées de l'organisme et les molécules de classe II qui ne s'expriment qu'à la surface des cellules présentatrices d'antigènes. Des peptides antigéniques de 8 à 10 acides aminés se fixent dans une niche des molécules du CMH de classe I, des peptides de 14-15 acides aminés se fixent au CMH de classe IL Leur fixation est déterminée par les forces d'interaction s'établissant entre les acides aminés (essentiellement dans les deux parties terminales) du peptide antigénique et ceux des parois de la niche des molécules HLA. Plus de 200 allèles HLA de classe I ont à présent été définis au sein des trois familles de gènes HLA de classe I A, B et C. Chaque allèle HLA de classe I est sensiblement différent au niveau de la niche peptidique, aussi les peptides pouvant s'y fixer sont également différents. Il existe donc une stricte spécificité dans l'interaction entre peptide et molécule HLA de classe I. Cette spécificité explique pourquoi même un changement mineur dans la séquence du peptide présenté comme cible peut être suffisant pour rendre ce peptide incapable de se fixer à la molécule HLA de classe I. * les récepteurs pour l'antigène qui sont fixés dans la membrane des lymphocytes T.* MHC molecules (major histocompatibility complex) which are expressed on the surface of cells and participate in the presentation of the antigen to lymphocytes. In humans, MHC is called HLA (human leukocyte antigen). There are two classes of MHC molecules: class I molecules which are present on the surface of all nucleated cells in the body and class II molecules which are only expressed on the surface of cells presenting antigens. Antigenic peptides of 8 to 10 amino acids bind in a niche of MHC class I molecules, peptides of 14-15 amino acids bind to MHC class I Their binding is determined by the interaction forces established between the amino acids (essentially in the two terminal parts) of the antigenic peptide and those of the walls of the niche of HLA molecules. More than 200 HLA class I alleles have now been defined within the three families of HLA class IA genes, B and C. Each HLA class I allele is significantly different in terms of the peptide niche, so the peptides that can s 'fix it are also different. There is therefore a strict specificity in the interaction between peptide and HLA class I molecule. This specificity explains why even a minor change in the sequence of the peptide presented as target may be sufficient to make this peptide incapable of binding to the HLA molecule class I. * receptors for the antigen which are fixed in the membrane of T lymphocytes
Grâce à ce récepteur, chaque lymphocyte T reconnaît spécifiquement un antigène présenté sur le CMH. Le récepteur pour les lymphocytes T est appelé TCR (T Cell Receptor). Ce récepteur doit reconnaître en même temps à la surface cellulaire le peptide antigénique et la molécule du CMH. On dit que la reconnaissance est restreinte par le CMH.Thanks to this receptor, each T lymphocyte specifically recognizes an antigen presented on the MHC. The receptor for T lymphocytes is called TCR (T Cell Receptor). This receptor must recognize at the same time on the cell surface the antigenic peptide and the MHC molecule. It is said that recognition is restricted by the CMH.
* les marqueurs CD (cluster de différentiation) qui sont des molécules dont la présence sur la membrane cellulaire identifie une cellule. Ainsi, les Th portent le marqueur CD4 et sont encore appelés CD4+ et les CTLs qui portent le marqueur* CD markers (differentiation cluster) which are molecules whose presence on the cell membrane identifies a cell. Thus, the Th carry the CD4 marker and are also called CD4 + and the CTLs which carry the marker
CD8 sont appelés CD8+. Les lymphocytes CD8+ reconnaissent leur antigène sur le CMH de classe I ; les lymphocytes CD4+ sur le CMH de classe ILCD8 are called CD8 +. CD8 + lymphocytes recognize their antigen on MHC class I; CD4 + lymphocytes on MHC class IL
* La présentation des séquences antigéniques par les cellules présentatrices d'antigènes est un des facteurs déterminants de l'efficacité d'un vaccin. Elle peut être amplifiée par certains composés naturels ou de synthèse, les adjuvants, tels que des lipides (acides gras, phospholipides, adjuvant de Freund), des copolymères anioniques, des motifs CpG... D'autres molécules telles que les cytokines (interleukines, interférons, TNF (tumor necrosis factors), TGF (transforming growth factors...) et chimiokines sont impliquées dans la régulation de la maturation, l'activation, la prolifération et la différentiation des cellules du système immunitaire, et jouent un rôle majeur dans la moléculation de l'efficacité vaccinale.* The presentation of the antigenic sequences by the antigen presenting cells is one of the determining factors of the effectiveness of a vaccine. It can be amplified by certain natural or synthetic compounds, adjuvants, such as lipids (fatty acids, phospholipids, Freund's adjuvant), anionic copolymers, CpG units ... Other molecules such as cytokines (interleukins , interferons, TNF (tumor necrosis factors), TGF (transforming growth factors ...) and chemokines are involved in the regulation of maturation, activation, proliferation and differentiation of cells of the immune system, and play a major role in the molecule of vaccine efficacy.
L'infection par le VIH est une infection du système immunitaire en ce sens que ce virus infecte électivement les lymphocytes CD4+ et les cellules présentatrices d'antigènes et détruit progressivement le système immunitaire, généralement en 10 ans. Certaines personnes infectées depuis plus de 20 ans et qui n'ont jamais été traitées par des thérapies antirétrovirales ont pourtant une charge virale très basse (ou sous la limite de détection) et présentent des réponses CTLs spécifiques du virus très importantes, dirigées contre des epitopes restreints aux molécules HLA de classe I. L'intensité et la diversité de ces réponses CTL au VIH ont pu être corrélées au contrôle de la réplication virale, suggérant le rôle capital joué par ces CTLs dans ces défenses immunes .HIV infection is an infection of the immune system in the sense that this virus electively infects CD4 + lymphocytes and antigen-presenting cells and gradually destroys the immune system, usually over 10 years. Some people who have been infected for more than 20 years and who have never been treated with antiretroviral therapies, however, have a very low viral load (or below the detection limit) and present very important virus-specific CTLs responses, directed against epitopes. restricted to HLA class I molecules. The intensity and diversity of these CTL responses to HIV could be correlated with the control of viral replication, suggesting the crucial role played by these CTLs in these immune defenses.
Les séquences peptidiques du VIH cibles des CTLs ont été définies pour la majorité des protéines du VIH. Ces cibles diffèrent selon les individus, en fonction des molécules HLA de classe I exprimées à la surface des cellules d'un individu donné.CTL target HIV peptide sequences have been defined for the majority of HIV proteins. These targets differ depending on the individual, depending on the HLA class I molecules expressed on the surface of the cells of a given individual.
L'échappement du virus au contrôle exercé par le système immunitaire est la cause principale de l'inefficacité de ces réponses. La variation virale dans les epitopes des CTLs pourrait jouer un rôle primordial dans l'échec du système immunitaire à contenir le virus. Une mutation unique dans un épitope défini reconnu par un CTL peut en effet suffire pour supprimer la reconnaissance CTL, ou pour bloquer la fixation du peptide sur la molécule de classe I, ou en altérant des résidus essentiels aux interactions avec le TCR. La séquence de l'enzyme Transcriptase Inverse du VIH étant hautement conservée entre les différents sous-types de virus, celle-ci est une cible privilégiée des réponses immunitaires de type CTL : 80 % des patients testés présentent une réponse CTL dirigée contre la transcriptase inverse correspondant à VIH-1.The escape of the virus from the control exerted by the immune system is the main cause of the ineffectiveness of these responses. Viral variation in CTL epitopes may play a key role in the immune system's failure to contain the virus. A single mutation in a defined epitope recognized by a CTL may indeed be sufficient to suppress CTL recognition, or to block the binding of the peptide to the class I molecule, or by altering residues essential for interactions with the TCR. The sequence of the HIV Reverse Transcriptase enzyme being highly conserved between the different virus subtypes, it is a prime target for CTL-type immune responses: 80% of the patients tested exhibit a CTL response directed against reverse transcriptase corresponding to HIV-1.
Un grand nombre de vaccins contre le VIH ont été élaborés et testés. Ces vaccins incluent des protéines recombinantes du VLH, des peptides synthétiques, des vecteurs recombinants viraux ou bactériens, des vaccins de type ADN nu. Plus de 60 essais cliniques de phase I sur une trentaine de candidats vaccins spécifiques du type B du VIH qui est le sous-type le plus fréquent aux Etats-Unis et en Europe ont été réalisés ou sont en cours. La plupart de ces essais se sont focalisés sur la protéine d'enveloppe du VIH. Cependant, les protéines recombinantes testées induisent rarement des CTLs CD8+ qui reconnaissent et tuent les cellules infectées par VIH. De plus, les isolats du VIH de type I présentent un degré de diversité génétique intense au niveau de l'enveloppe virale qui peut influer sur certains aspects du cycle biologique comme l'infectivité, la transmissibilité ou l'immunogénicité. Les traitements du sida utilisent des molécules capables de bloquer une ou plusieurs étapes du cycle du virus sans altérer pour autant le bon fonctionnement des cellules de l'hôte. Les autres protéines structurales (la capside virale et la transcriptase inverse, notamment) ainsi que les protéines régulatrices, plus conservées que l'enveloppe virale, constituent aujourd'hui les cibles privilégiées des stratégies de vaccination préventive.A large number of HIV vaccines have been developed and tested. These vaccines include recombinant VLH proteins, synthetic peptides, recombinant viral or bacterial vectors, naked DNA vaccines. More than 60 phase I clinical trials on thirty candidate specific type B vaccines for HIV, which is the most common subtype in the United States and Europe, have been carried out or are underway. Most of these trials have focused on the HIV envelope protein. However, the recombinant proteins tested rarely induce CD8 + CTLs which recognize and kill cells infected with HIV. In addition, type I HIV isolates exhibit a degree of intense genetic diversity in the viral envelope that can affect aspects of the life cycle such as infectivity, transmissibility or immunogenicity. AIDS treatments use molecules capable of blocking one or more stages of the virus cycle without altering the proper functioning of the host cells. The other structural proteins (the viral capsid and reverse transcriptase, in particular) as well as the regulatory proteins, which are more conserved than the viral envelope, are today the preferred targets of preventive vaccination strategies.
* La transcriptase inverse (RT pour reverse transcriptase), polymérase virale qui catalyse la synthèse d'ADN viral à partir du génome ARN est une cible de choix des traitements antirétro viraux. Des analogues non hydrolysables de nucléosides (NRTI) comme notamment l'AZT (zidovudine), DDI (didanosine), DDC (zalcitabine), 3TC (lamivudine), ABC (abacavir), D4T (stavudine) ... constituent la famille des inhibiteurs de la RT les plus utilisés à ce jour. Sous forme triphosphorylee, ils entrent en compétition avec les nucléosides naturels lors de la synthèse de l'ADN et entraînent la terminaison de son élongation. Une autre famille d'inhibiteurs de l'étape de transcription inverse, les inhibiteurs non nucléosidiques de l'enzyme (NNRTI), ne nécessite pas de phosphorylation pour être active et agit vraisemblablement par inhibition allostérique. Les plus connus sont la Névirapine, la Delavirdine ou l'Efavirenz.* Reverse transcriptase (RT), a viral polymerase that catalyzes the synthesis of viral DNA from the RNA genome and is a prime target for antiretroviral treatments. Non-hydrolyzable nucleoside analogs (NRTI) such as AZT (zidovudine), DDI (didanosine), DDC (zalcitabine), 3TC (lamivudine), ABC (abacavir), D4T (stavudine) ... constitute the family of inhibitors of the most used RT to date. In triphosphorylee form, they compete with natural nucleosides during DNA synthesis and cause the termination of its elongation. Another family of reverse transcription stage inhibitors, non-nucleoside inhibitors of the enzyme (NNRTI), does not require phosphorylation to be active and probably acts by allosteric inhibition. The best known are Nevirapine, Delavirdine or Efavirenz.
* La protéase du VIH constitue l'autre cible principale des traitements anti- retroviraux qui utilisent des inhibiteurs de l'enzyme tels que le Ritonavir, le* The HIV protease is the other main target of anti-retroviral treatments that use enzyme inhibitors such as Ritonavir,
Saquinavir, l'Indinavir...Saquinavir, Indinavir ...
Les thérapies antirétrovirales actuelles combinent généralement plusieurs classes et incluent un ou plusieurs inhibiteurs de transcriptase inverse. Cependant, ces traitements ne peuvent éradiquer le virus et la réplication résiduelle qui persiste au cours de ces traitements, même les plus actifs, permet la sélection au cours du temps de mutations dans le gène de la transcriptase inverse. Certaines de ces mutations confèrent au viras muté la capacité de résister à l'action inhibitrice de ces médicaments. Ainsi de nombreuses mutations affectent en particulier la séquence de la transcriptase inverse (incluant des changements dans le site actif de l'enzyme), favorisant ainsi l'émergence de virus variants résistants aux familles des NRTI ou desCurrent antiretroviral therapies generally combine several classes and include one or more reverse transcriptase inhibitors. However, these treatments cannot eradicate the virus and the residual replication which persists during these treatments, even the most active, allows the selection over time of mutations in the reverse transcriptase gene. Some of these mutations give the mutated viras the ability to resist the inhibitory action of these drugs. Thus many mutations affect in particular the reverse transcriptase sequence (including changes in the active site of the enzyme), thus favoring the emergence of variant viruses resistant to the families of NRTIs or
NNRTI dans un délai de un à douze mois de traitement. L'accumulation de ces mutations au cours du temps chez des patients traités par ces médicaments aboutit à la sélection de virus multirésistants et conduit à des échecs thérapeutiques.NNRTI within one to twelve months of processing. The accumulation of these mutations over time in patients treated with these drugs leads to the selection of multidrug-resistant viruses and leads to therapeutic failures.
Il a été montré dans la demande de brevet WO99/51750 qu'un traitement à la Lamivudine induit des mutations ponctuelles dans le site catalytique de la transcriptase inverse de VIH. Cette mutation ponctuelle est située dans le site de reconnaissance du peptide par le TCR. En conséquence, les CTLs du patient traité qui reconnaissaient un épitope sauvage n'étaient plus capables de reconnaître un épitope muté. Les dernières estimations montrent que, sur les 85 % de patients atteints deIt has been shown in patent application WO99 / 51750 that treatment with Lamivudine induces point mutations in the catalytic site of HIV reverse transcriptase. This point mutation is located in the site of recognition of the peptide by the TCR. As a result, the CTLs of the treated patient who recognized a wild type epitope were no longer able to recognize a mutated epitope. The latest estimates show that, of the 85% of patients with
VIH traités par au moins un inhibiteur de transcriptase inverse dans les pays occidentaux, 50 % d'entre eux conservent une virémie détectable et sont considérés comme étant en échec thérapeutique. Ceci est associé à l'existence d'au moins une mutation de résistance à ces inhibiteurs et se traduit par une augmentation de la charge virale et une diminution des lymphocytes T CD4+. De plus, 10 % des patients récemment contaminés, mais non encore traités, le sont par de nouvelles souches virales porteuses des mutations de résistance aux traitements antirétro viraux. De nombreuses études ont montré que les thérapies antivirales ultérieures par des molécules de la même classe ont alors une efficacité moindre sur ces virus résistants. Une stratégie thérapeutique alternative est aujourd'hui proposée afin de limiter la toxicité et le coût de ces traitements au long cours. Il s'agit de stimuler les réponses immunitaires au VIH chez les patients traités en associant à ces traitements une immunisation anti-VIH par les candidats vaccins disponibles afin d'interrompre à terme les traitements. Des essais cliniques de phase I et II, utilisant des composés vaccinaux dirigés contre les séquences consensus de référence des virus non mutés, sont en cours.HIV treated with at least one reverse transcriptase inhibitor in Western countries, 50% of them maintain a detectable viremia and are considered to be in therapeutic failure. This is associated with the existence of at least one resistance mutation to these inhibitors and results in an increase in the viral load and a decrease in CD4 + T lymphocytes. In addition, 10% of patients recently infected, but not yet treated, are infected with new viral strains carrying mutations in resistance to antiretroviral treatment. Numerous studies have shown that subsequent antiviral therapies with molecules of the same class then have less effectiveness on these resistant viruses. An alternative therapeutic strategy is now proposed in order to limit the toxicity and the cost of these long-term treatments. The aim is to stimulate the immune responses to HIV in treated patients by combining these treatments with anti-HIV immunization by the available vaccine candidates in order to discontinue the treatments in the long term. Phase I and II clinical trials, using vaccine compounds directed against the consensus consensus sequences of non-mutated viruses, are in progress.
La demanderesse a découvert un traitement des pathologies infectieuses et tumorales comprenant une phase de traitement par chimiothérapie anti-infectieuse et/ou anti-tumorale inductrice de mutations de résistance et une phase de vaccination thérapeutique dirigée contre ces mutations de résistance.The Applicant has discovered a treatment for infectious and tumor pathologies comprising a phase of treatment with anti-infectious and / or anti-tumor chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations.
La demanderesse a découvert plus particulièrement que certaines séquences de la transcriptase inverse sites de mutations ponctuelles et standardisées survenant au cours de divers traitements par des NRTI et/ou NNRTI, sont en fait capables de provoquer l'induction de CTLs spécifiques capables de reconnaître ces mutations. On a démontré ex vivo, par des méthodes de type ELISPOT, l'existence de cellules CD8+ (de l'ordre de 50 à 500 cellules spécifiques par million de cellules mononucléées sanguines) dirigées contre plusieurs mutations de la transcriptase inverse induites par les NRTI, telles que la mutation 41, 74, 184.... au sein des cellules mononucléées sanguines du sang périphérique de patients infectés, traités et porteurs de ces mutations. Cette réponse immune peut donc se mettre en place au cours de ces traitements mais semble incapable d'assurer à elle seule l'élimination des variants spécifiques. L'amplification de l'immunité dirigée contre ces mutations permettra de contrôler l'émergence de ces variants de VIH et de maintenir une suppression virale durable sous ces traitements. L'administration de vaccins contenant ces séquences virales mutées de la transcriptase inverse, avant ou au cours de l'administration de traitements par NRTI ou NNRTI devrait permettre de prévenir, retarder ou diminuer l'apparition de virus mutés capables de résister à ces traitements. Ce nouveau type d'immunisation thérapeutique vise ainsi à renforcer ou à prolonger l'efficacité des traitements antirétroviraux par les NRTI et/ou NNRTI. Ceci peut être secondairement appliqué à d'autres mutations induites par les autres classes d'antirétroviraux et peut également être utilisé en vaccination préventive. L'invention consiste donc en un traitement des pathologies infectieuses et/ou tumorales.The Applicant has discovered more particularly that certain sequences of reverse transcriptase sites of point and standardized mutations occurring during various treatments with NRTI and / or NNRTI, are in fact capable of causing the induction of specific CTLs capable of recognizing these mutations . It has been demonstrated ex vivo, by ELISPOT type methods, the existence of CD8 + cells (of the order of 50 to 500 specific cells per million blood mononuclear cells) directed against several mutations of the reverse transcriptase induced by NRTIs, such as the mutation 41, 74, 184 .... within the mononuclear blood cells of the peripheral blood of infected, treated and carriers of these mutations. This immune response can therefore take place during these treatments, but seems incapable of ensuring the elimination of specific variants on its own. Amplification of the immunity directed against these mutations will make it possible to control the emergence of these variants of HIV and to maintain a lasting viral suppression under these treatments. The administration of vaccines containing these mutated reverse transcriptase viral sequences, before or during the administration of NRTI or NNRTI treatments should make it possible to prevent, delay or reduce the appearance of mutated viruses capable of resisting these treatments. This new type of therapeutic immunization thus aims to strengthen or prolong the effectiveness of antiretroviral treatments with NRTIs and / or NNRTIs. This can be secondarily applied to other mutations induced by other classes of antiretrovirals and can also be used in preventive vaccination. The invention therefore consists in a treatment of infectious and / or tumor pathologies.
L'invention consiste également en les agents de traitement utilisés dans le cadre de ce traitement. L'invention a également pour objet la préparation d'immunogènes contenant les mutations de résistance aux NRTI et/ou NNRTI.The invention also consists of the treatment agents used in the context of this treatment. The subject of the invention is also the preparation of immunogens containing the mutations of resistance to NRTI and / or NNRTI.
Plus particulièrement, l'invention consiste en la préparation d'immunogènes contenant les mutations de résistance à un ou des NNRTI utilisés seuls ou conjointement avec un ou des NRTI. L'invention a également pour objet les peptides éléments des immunogènes.More particularly, the invention consists in the preparation of immunogens containing the resistance mutations to one or more NNRTIs used alone or in conjunction with one or more NRTIs. The subject of the invention is also the peptides which are elements of immunogens.
Un autre objet de l'invention est une composition pharmaceutique caractérisée par le fait qu'elle comprend au moins un peptide tel que défini, dispersé dans des excipients pharmaceutiquement acceptables, cette composition étant utilisée à titre de vaccin. Un autre objet de l'invention est la détermination d'épitopes reconnus par lesAnother subject of the invention is a pharmaceutical composition characterized in that it comprises at least one peptide as defined, dispersed in pharmaceutically acceptable excipients, this composition being used as a vaccine. Another object of the invention is the determination of epitopes recognized by the
CTLs spécifiques des séquences peptidiques vaccinales introduites à la vaccination, utilisables à visée diagnostique.CTLs specific for vaccine peptide sequences introduced for vaccination, usable for diagnostic purposes.
Le procédé de traitement des pathologies infectieuses et/ou tumorales comporte une phase de traitement par chimiothérapie anti-infectieuse et/ou antitumorale inductrice de mutations de résistance et une phase de vaccination thérapeutique dirigée contre ces mutations de résistance. De préférence la phase de vaccination suit la phase de traitement par chimiothérapie.The method for treating infectious and / or tumor pathologies comprises a phase of treatment by anti-infectious and / or antitumour chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations. Preferably, the vaccination phase follows the chemotherapy treatment phase.
La présente invention concerne également un agent de traitement des pathologies infectieuses et/ou tumorales qui comprend au moins deux composants :The present invention also relates to an agent for treating infectious and / or tumor pathologies which comprises at least two components:
- le premier composant comprenant un médicament destiné au traitement des pathologies infectieuses et ou anti-tumorales inducteur de mutations de résistance,the first component comprising a medicament intended for the treatment of infectious and or anti-tumor pathologies inducing resistance mutations,
- le second composant comportant un vaccin dirigé contre ces mutations de résistance, les deux composants étant destinés à une utilisation simultanée, séparée ou séquentielle dans le temps.- the second component comprising a vaccine directed against these resistance mutations, the two components being intended for simultaneous, separate or sequential use over time.
La présente invention a également pour objet des peptides de 8 à 80 acides aminés de la séquence de la transcriptase inverse de VIH comportant au moins une mutation par substitution et/ou par insertion simple ou multiple par rapport aux séquences établies de la transcriptase inverse, en l'absence de tout traitement, mutation observée à la suite d'un traitement aux NRTI et/ou NNRTI, les peptides étant caractérisés par le fait qu'ils sont capables d'induire une réponse médiée par les lymphocytes T spécifiques de cette séquence mutée de la transcriptase inverse de VIH, à l'exception des peptides de séquence ZrY-V-D-D-Z2, ZrY-I-D-D-Z2 et Zr The present invention also relates to peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence comprising at least one mutation by substitution and / or by single or multiple insertion with respect to established reverse transcriptase sequences, in the absence of any treatment, mutation observed following treatment with NRTI and / or NNRTI, the peptides being characterized by the fact that they are capable of inducing a response mediated by T lymphocytes specific for this mutated sequence of HIV reverse transcriptase, with the exception of peptides of sequence Z r YVDDZ 2 , Z r YIDDZ 2 and Z r
Y-L-D-D-Z2 avec Zx et Z2 étant au moins un acide aminé quelconque, ces peptides ayant été observés à la suite d'un traitement à la lamivudine seule (NRTI).YLDD-Z2 with Z x and Z 2 being at least any amino acid, these peptides having been observed following treatment with lamivudine alone (NRTI).
En particulier, l'invention a pour objet de préférence des peptides de 8 à 80 acides aminés de la séquence de la transcriptase inverse de VIH comportant au moins une mutation par substitution et/ou par insertion simple ou multiple par rapport aux séquences établies de la transcriptase inverse, en l'absence de tout traitement, mutation observée à la suite d'un traitement aux NNRTI seuls ou à la suite d'un traitement combinant NNRTI et NRTI, les peptides étant caractérisés par le fait qu'ils sont capables d'induire une réponse médiée par les lymphocytes T spécifiques de cette séquence mutée de la transcriptase inverse de VLH.In particular, the subject of the invention is preferably peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence comprising at least one mutation by substitution and / or by single or multiple insertion with respect to the established sequences of the reverse transcriptase, in the absence of any treatment, mutation observed following treatment with NNRTI alone or following treatment combining NNRTI and NRTI, the peptides being characterized by the fact that they are capable of induce a response mediated by T lymphocytes specific for this mutated sequence of VLH reverse transcriptase.
De préférence, les peptides selon l'invention comportent de 15 à 50 acides aminés.Preferably, the peptides according to the invention contain from 15 to 50 amino acids.
Les séquences des peptides selon l'invention peuvent être précédées ou suivies d'acides aminés neutres pouvant solubiliser ou stabiliser les peptides. Les peptides selon l'invention sont caractérisés par les séquences ou parties de séquence comportant au moins une des mutation Mp suivantes avec Xn étant un acide aminé correspondant à celui décrit dans la banque de données de Los Alamos à la même position de la séquence peptidique de la transcriptase inverse de VIH-1, et n étant la position d'un acide aminé décrit dans la banque de données de Los Alamos dans la séquence de la transcriptase inverse de VIH-1, et avec Mp étant un acide aminé muté et p étant le numéro de la mutation observée.The sequences of the peptides according to the invention can be preceded or followed by neutral amino acids which can dissolve or stabilize the peptides. The peptides according to the invention are characterized by the sequences or parts of sequence comprising at least one of the following Mp mutation with Xn being an amino acid corresponding to that described in the Los Alamos database at the same position of the peptide sequence of HIV-1 reverse transcriptase, and n being the position of an amino acid described in the Los Alamos database in the sequence of HIV-1 reverse transcriptase, and with Mp being a mutated amino acid and p being the number of the mutation observed.
* Séquence A : aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15* Sequence A: aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
X X X X X Ml X X X X X X X X X dans laquelle Ml (aa 6) peut être muté en K, G ou SX X X X X Ml X X X X X X X X X in which Ml (aa 6) can be mutated into K, G or S
* Séquence B : aa 30 3 1 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44* Sequence B: aa 30 3 1 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
X X X X X X X X X M2 X M3 X X X 45 46 47 48 49 50 X X X X X X dans laquelle M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S;XXXXXXXXX M2 X M3 XXX 45 46 47 48 49 50 XXXXXX in which M2 (aa 39) can be X39 or be mutated into A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41 ou être muté en L; l'un au moins de M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M2 (aa 39) peut être muté en A, K, N, P, M ou S;In a preferred embodiment of the invention, M2 (aa 39) can be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41 ou être muté en L;M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L;
* Séquence C aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15* Sequence C aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
X X X X X Ml X X X X X X X X XX X X X X Ml X X X X X X X X X X
16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 3016 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
X X X X X X X X X X X X X X XX X X X X X X X X X X X X X X
31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 4531 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
X X X X X X X X M2 X M3 X X X XX X X X X X X X M2 X M3 X X X X
46 47 48 49 50 5146 47 48 49 50 51
X X X X X X dans laquelle Ml (aa 6) peut être X6 ou être muté en K, G ou S ;X X X X X X in which Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S ;M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41ou être muté en L ; l'un au moins de Ml, M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of Ml, M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, Ml (aa 6) peut être X6 ou être muté en K, G ou S ;In a preferred embodiment of the invention, Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S ;M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41ou être muté en L ; avec Ml ou M2 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; with Ml or M2 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence D* Sequence D
53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 aa53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 aa
X X X X X X X X X M4 X X M5 X M6 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82XXXXXXXXX M4 XX M5 X M6 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82
M7 M8 M9 X X X M10 Mi l X M12 X X X X XM7 M8 M9 X X X M10 Mi l X M12 X X X X X
83 84 85 86 X X X X dans laquelle M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V; M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R; M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G; M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ; M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;83 84 85 86 X X X X in which M4 (aa 62) can be X62 or be mutated into V; M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R; M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G; M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N; M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S; M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I; Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; l'un au moins de M4 à Ml 2 représentant un acide aminé portant une mutation.M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4 to Ml 2 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V; M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R;In a preferred embodiment of the invention, M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V; M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G;M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ;M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I;M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
Mil (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;Mil (aa 75) can be X75 or mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; l'un au moins de M4, M7 ou M12 représentant un acide aminé portant une mutation.M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4, M7 or M12 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence ESequence E
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 aa51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 aa
X X X X X X X X X X X M4 X X M5 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 X M6 M7 M8 M9 X X X M10 Mil X M12 X X XXXXXXXXXXXX M4 XX M5 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 X M6 M7 M8 M9 XXX M10 Mil X M12 XXX
81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 X X X X X X X M13 M14 M15 X X X X X81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 X X X X X X X M13 M14 M15 X X X X X
96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 1 10 X X M16 X M17 M18 X M19 X X M20 X M21 X X96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 1 10 X X M16 X M17 M18 X M19 X X M20 X M21 X X
1 1 1 1 12 1 13 1 14 115 116 1 17 1 18 119 120 121 122 123 124 125 X X X X M22 M23 X X M24 X X X X1 1 1 1 12 1 13 1 14 115 116 1 17 1 18 119 120 121 122 123 124 125 X X X X M22 M23 X X M24 X X X X
126 127 128 X X X dans laquelle M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V;126 127 128 X X X in which M4 (aa 62) can be X62 or be mutated into V;
M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R;M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G;M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ;M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I;M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
Mil (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;Mil (aa 75) can be X75 or mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L;M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L;
M13 (aa 88) peut être X88 ou être muté en C;M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C;
M14 (aa 89) peut être X89 ou être muté en G ;M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G;
M15 (aa 90) peut être X90 ou être muté en I;M15 (aa 90) can be X90 or be mutated to I;
M16 (aa 98) peut être X98 ou être muté en G ou S;M16 (aa 98) can be X98 or be mutated into G or S;
M17 (aa 100) peut être X100 ou être muté en I;M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
M18 (aa 101) peut être X101 ou être muté en E, Q, R, I ou P;M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P;
M19 (aa 103) peut être X103 ou être muté en N, Q, R, T ou S;M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S;
M20 (aa 106) peut être X106 ou être muté en A, I ou L;M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L;
M21 (aa 108) peut être X108 ou être muté en I;M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I;
M22 (aa 115) peut être XI 15 ou être muté en F;M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
M23 (aa 116) peut être XI 16 ou être muté en Y;M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y;
M24 (aa 119) peut être XI 19 ou être muté en S; l'un au moins de M4 à M24 représentant un acide aminé portant une mutation.M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4 to M24 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V;In a preferred embodiment of the invention, M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V;
M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R;M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G;M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ;M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I;M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L;M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L;
M13 (aa 88) peut être X88 ou être muté en C;M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C;
M14 (aa 89) peut être X89 ou être muté en G ;M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G;
Ml 5 (aa 90) peut être X90 ou être muté en I;Ml 5 (aa 90) can be X90 or be mutated to I;
Ml 6 (aa 98) peut être X98 ou être muté en G ou S;Ml 6 (aa 98) can be X98 or be mutated to G or S;
M17 (aa 100) peut être X100 ou être muté en I;M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
M18 (aa 101) peut être X101 ou être muté en E, Q, R, I ou P;M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P;
M19 (aa 103) peut être X103 ou être muté en N, Q, R, T ou S;M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S;
M20 (aa 106) peut être X106 ou être muté en A, I ou L;M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L;
M21 (aa 108) peut être X108 ou être muté en I;M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I;
M22 (aa 115) peut être XI 15 ou être muté en F;M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
M23 (aa 116) peut être XI 16 ou être muté en Y;M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y;
M24 (aa 119) peut être XI 19 ou être muté en S; l'un au moins de M4, M7, M12 à M21, M23 ou M24 représentant un acide aminé portant une mutation.M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4, M7, M12 to M21, M23 or M24 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence F aa 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143Sequence F aa 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143
X X X X X X X X X M25 M26 X M27 X XX X X X X X X X X M25 M26 X M27 X X
144 145 ι 6 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158144 145 ι 6 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158
X X X X X X X M28 X X X X X M29 X 159 160 161 162 163 164 165 166 X X X X X X X X dans laquelle M25 (aa 138) peut être XI 38 ou être muté en A, G, K ou Q; M26 (aa 139) peut être X139 ou être muté en I, M ou K; M27 (aa 141) peut être X141 ou être muté en E ; M28 (aa 151) peut être X151 ou être muté en M; M29 (aa 157) peut être X157 ou être muté en S ; l'un au moins de M25 à M29 représentant un acide aminé portant une mutation.XXXXXXX M28 XXXXX M29 X 159 160 161 162 163 164 165 166 XXXXXXXX in which M25 (aa 138) can be XI 38 or be mutated into A, G, K or Q; M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K; M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E; M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M; M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M29 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M25 (aa 138) peut être X138 ou être muté en A, G, K ou Q; M26 (aa 139) peut être X139 ou être muté en I, M ou K;M25 (aa 138) can be X138 or be mutated to A, G, K or Q; M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K;
M27 (aa 141) peut être X141 ou être muté en E ;M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E;
M28 (aa 151) peut être X151 ou être muté en M;M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M;
M29 (aa 157) peut être X157 ou être muté en S ; l'un au moins de M25 à M28 représentant un acide aminé portant une mutation.M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M28 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence GSequence G
1 63 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 aa1 63 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 aa
X X X X X X X X X M30 X X X X XX X X X X X X X X M30 X X X X X
178 179 180 181 182 183 184 185 1 86 187 188 189 190 191 192 M31 M32 X M33 X X M34 X X X M35 M36 M37 X X178 179 180 181 182 183 184 185 1 86 187 188 189 190 191 192 M31 M32 X M33 X X M34 X X X M35 M36 M37 X X
193 194 195 196 197 198 199 X X X X X X X dans laquelle M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;193 194 195 196 197 198 199 X X X X X X X in which M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M , L, ou F M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F M32 (aa 179) can be X179 or be mutated to I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être X181 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être X184 ou être muté en V, I ou T;M34 (aa 184) can be X184 or be mutated to V, I or T;
M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ;M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I; M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M30 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation. Dans un mode préféré de l'invention, M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K; M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M , L, ou F M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E; M33 (aa 181) peut être XI 81 ou être muté en C ou I;M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I; M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30 to M37 representing an amino acid carrying a mutation. In a preferred embodiment of the invention, M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K; M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F M32 (aa 179) can be X179 or be mutated to I, L, D or E; M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T; M35 (aa 188) peut être XI 88 ou être muté en L, C ou H ; M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I; M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M30, M33, M35 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; M35 (aa 188) can be XI 88 or be mutated into L, C or H; M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I; M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30, M33, M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence H* H sequence
169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 aa X X X M30 X X X X X M31 M32 X M33 X X169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 aa X X X M30 X X X X X M31 M32 X M33 X X
184 185 M34 X dans laquelle M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;184 185 M34 X in which M30 (aa 172) may be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M, L, ou F;M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F;
M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être X181 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être X184 ou être muté en V, I ou T; l'un au moins de M30 à M34 représentant un acide aminé portant une mutation.M34 (aa 184) can be X184 or be mutated to V, I or T; at least one of M30 to M34 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M, L, ou F; M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F; M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être XI 81 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T; l'un au moins de M30; M32 ou M33 représentant un acide aminé portant une mutation. Séquence IM34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; at least one of M30; M32 or M33 representing an amino acid carrying a mutation. Sequence I
184 1 85 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 M34 X X X M35 M36 M37 X X X X X X X X X dans laquelle M34 (aal84) peut être XI 84 dans laquelle M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ; M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I;184 1 85 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 M34 XXX M35 M36 M37 XXXXXXXXX in which M34 (aal84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated in L, C or H; M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M34 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M34 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M34 (aal 84) peut être XI 84 dans laquelle M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ;In a preferred embodiment of the invention, M34 (aal 84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I;M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M35 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence JSequence J
aa 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 X X X X X X X X X M38 X M39 M40 X Xaa 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 X X X X X X X X X M38 X M39 M40 X X
214 215 216 217 21 8 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 X X X M43 X X X M44 X M45 X M46 M47214 215 216 217 21 8 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 X X X M43 X X X M44 X M45 X M46 M47
229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 X X X X M48 M49 X M50 X M51 X M52 X X X229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 X X X X M48 M49 X M50 X M51 X M52 X X X
244 245 246 247 248 249 X X X X X X dans laquelle M38 (aa 208) peut être X208 ou être muté en Y;244 245 246 247 248 249 X X X X X X in which M38 (aa 208) may be X208 or be mutated to Y;
M39 (aa 210) peut être X210 ou être muté en W; M40 (aa 211) peut être X211 ou être muté en K, A, E, N, D, G ou Q;M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W; M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q;
M41 (aa 214) peut être X214 ou être muté en L ou F;M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
M42 (aa 215) peut être X215 ou être muté en Y, F ou C;M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
M43 (aa 219) peut être X219 ou être muté en Q, E N, R, T ou W;M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
M44 (aa 223) peut être X223 ou être muté en Q; M45 (aa 225) peut être X225 ou être muté en H; M46 (aa 227) peut être X227 ou être muté en L; M47 (aa 228) peut être X228 ou être muté en R, H ou F; M48 (aa 233) peut être X233 ou être muté en V ou N; M49 (aa 234) peut être X234 ou être muté en I, H ou P; M50 (aa 236) peut être X236 ou être muté en M, S ou L;M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q; M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H; M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L; M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F; M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N; M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P; M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
M51 (aa 238) peut être X238 ou être muté en T ou S; M52 (aa 240) peut être X240 ou être muté en A, D ou I; l'un au moins de M38 à M52 représentant un acide aminé portant une mutation.M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S; M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M38 (aa 208) peut être X208 ou être muté en Y;M38 (aa 208) can be X208 or be mutated to Y;
M39 (aa 210) peut être X210 ou être muté en W;M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
M40 (aa 211) peut être X211 ou être muté en K, A, E, N, D, G ou Q;M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q;
M41 (aa 214) peut être X214 ou être muté en L ou F; M42 (aa 215) peut être X215 ou être muté en Y, F ou C;M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F; M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
M43 (aa 219) peut être X219 ou être muté en Q, E N, R, T ou W;M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
M44 (aa 223) peut être X223 ou être muté en Q;M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
M45 (aa 225) peut être X225 ou être muté en H;M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H;
M46 (aa 227) peut être X227 ou être muté en L; M47 (aa 228) peut être X228 ou être muté en R, H ou F;M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L; M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
M48 (aa 233) peut être X233 ou être muté en V ou N;M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
M49 (aa 234) peut être X234 ou être muté en I, H ou P;M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
M50 (aa 236) peut être X236 ou être muté en M, S ou L;M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
M51 (aa 238) peut être X238 ou être muté en T ou S; M52 (aa 240) peut être X240 ou être muté en A, D ou I; l'un au moins de M38, M40, M44 à M52 représentant un acide aminé portant une mutation.M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S; M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38, M40, M44 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence KSequence K
324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 335 X X X X X X X X X M53 X X X X X324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 335 X X X X X X X X X M53 X X X X X
339 340 341 342 X X X X dans laquelle M53 (aa 333) peut être muté en E ou D; De préférence les peptides selon l'invention sont caractérisés par les séquences ou parties de séquence suivantes comportant au moins une des mutations Mp suivantes:339 340 341 342 XXXX in which M53 (aa 333) can be mutated into E or D; Preferably, the peptides according to the invention are characterized by the following sequences or parts of sequence comprising at least one of the following Mp mutations:
* Séquence A bis:* Sequence A bis:
AA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 1 12 13 14 15 P I S P I M1 T V P V K L K P G dans laquelle Ml (aa 6 - wt=E) peut être muté majoritairement en K, ou en G ou S ;AA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 1 12 13 14 15 P I S P I M1 T V P V K L K P G in which Ml (aa 6 - wt = E) can be mainly transferred to K, or to G or S;
équιenoeB bis :equιenoeB bis:
AA 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44AA 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
K 1 K A L V E I C M2 E M3 E K EK 1 K A L V E I C M2 E M3 E K E
45 46 47 48 49 5045 46 47 48 49 50
G K 1 S K I dans laquelle M2 (aa 39- wt=T) peut être X39 ou être muté majoritairement en A, ou en K, ou N, ou P, ou M ou S;G K 1 S K I in which M2 (aa 39- wt = T) can be X39 or be mutated mainly in A, or in K, or N, or P, or M or S;
M3 (aa 41- wt=M) peut être X41 ou être muté majoritairement en L; l'un au moins de M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41- wt = M) can be X41 or be transferred mainly to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M2 (aa 39) peut être muté en A, K, N, P, M ou S;In a preferred embodiment of the invention, M2 (aa 39) can be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41 ou être muté en L;M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L;
* Séquence C bis :* Sequence C bis:
AA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15AA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
P 1 S P 1 Ml T V P v K L K P GP 1 S P 1 Ml T V P v K L K P G
16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 3016 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
M D G P K V K Q W P L T E E KM D G P K V K Q W P L T E E K
31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 4531 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
1 K A L V E 1 C M2 E M3 E K E G1 K A L V E 1 C M2 E M3 E K E G
46 47 48 49 50 5146 47 48 49 50 51
K 1 S K 1 G dans laquelle Ml (aa 6- wt=E) peut être muté majoritairement en K,ou en G ou S M2 (aa 39- wt=T) peut être X39 ou être muté majoritairement en A, ou en K, ou N, ou P, ou M ou S ;K 1 SK 1 G in which Ml (aa 6- wt = E) can be mainly transferred to K, or to G or S M2 (aa 39- wt = T) can be X39 or be transferred mainly to A, or to K, or N, or P, or M or S;
M3 (aa 41- wt=M) peut être X41ou être muté majoritairement en L ; l'un au moins de Ml, M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41- wt = M) can be X41 or be mainly transferred to L; at least one of Ml, M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, Ml (aa 6) peut être X6 ou être muté en K, G ou S ;In a preferred embodiment of the invention, Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S ; M3 (aa 41) peut être X41ou être muté en L ; avec Ml ou M2 représentant un acide aminé portant une mutation.M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S; M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; with Ml or M2 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence D bis :* Sequence DA:
AA 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67AA 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67
E N P Y N T P V F M4 1 K M5 K M6E N P Y N T P V F M4 1 K M5 K M6
68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 8268 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82
M7 M8 M9 W R K M10 Mil D M12 R E L N KM7 M8 M9 W R K M10 Mil D M12 R E L N K
83 84 85 8683 84 85 86
R T Q DR T Q D
dans laquelle M4 (aa 62- wt=A) peut être X62 ou être muté majoritairement en V;in which M4 (aa 62-wt = A) can be X62 or be mutated mainly in V;
M5 (aa 65- wt=K) peut être X65 ou être muté majoritairement en R;M5 (aa 65- wt = K) can be X65 or be mutated mainly in R;
M6 (aa 67- wt=D) peut être X67 ou être muté majoritairement en N ou G;M6 (aa 67- wt = D) can be X67 or be mutated mainly in N or G;
M7 (aa 68- wt=S) peut être X68 ou être muté majoritairement en G ou N ;M7 (aa 68- wt = S) can be X68 or be mutated mainly in G or N;
M8 (aa 69- wt=T) peut être X69 ou être muté majoritairement en D, ou en N, ou S, ou A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS,M8 (aa 69- wt = T) can be X69 or be mutated mainly in D, or in N, or S, or A, or combined with multiple insertions like SG, SX, SSA, SSG, SSS,
SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70- wt=K) peut être X70 ou être muté majoritairement en R, ou en N, ou E ou S;M9 (aa 70- wt = K) can be X70 or be mutated mainly in R, or in N, or E or S;
M10 (aa 74- wt=L) peut être X74 ou être muté majoritairement en V ou en I; Ml 1 (aa 75- wt=V) peut être X75 ou être muté majoritairement en M, ou en I, ou L ou T;M10 (aa 74- wt = L) can be X74 or be mutated mainly in V or in I; Ml 1 (aa 75- wt = V) can be X75 or be mutated mainly in M, or in I, or L or T;
M12 (aa 77- wt=F) peut être X77 ou être muté majoritairement en L; l'un au moins de M4 à M12 représentant un acide aminé portant une mutation Dans un mode préféré de l'invention, M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V; M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R; M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G; M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ; M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;M12 (aa 77- wt = F) can be X77 or be transferred mainly to L; at least one of M4 to M12 representing an amino acid carrying a mutation In a preferred embodiment of the invention, M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V; M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R; M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G; M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N; M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S; M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I; Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; l'un au moins de M4, M7 ou M12 représentant un acide aminé portant une mutation.M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4, M7 or M12 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence E bis :Sequence E bis:
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 6551 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65
G P E N P Y N T P V F M4 I K M5G P E N P Y N T P V F M4 I K M5
66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 8066 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80
K M6 M7 M8 M9 W R K M10 Mil D M12 R E LK M6 M7 M8 M9 W R K M10 Mil D M12 R E L
81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 9581 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
N K R T Q D F M13 M14 M15 Q L G 1 PN K R T Q D F M13 M14 M15 Q L G 1 P
96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 11096 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
H P M16 G M17 M18 K M19 K S M20 T M21 L DH P M16 G M17 M18 K M19 K S M20 T M21 L D
111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125
V G D A M22 M23 S V M24 L D E D F RV G D A M22 M23 S V M24 L D E D F R
126 127 128126 127 128
K Y T dans laquelle M4 (aa 62- wt=A) peut être X62 ou être muté majoritairement en V; M5 (aa 65- wt=K) peut être X65 ou être muté majoritairement en R; M6 (aa 67- wt=D) peut être X67 ou être muté majoritairement en N ou en G; M7 (aa 68- wt=S) peut être X68 ou être muté majoritairement en G ou en N ;K Y T in which M4 (aa 62- wt = A) can be X62 or be mutated mainly in V; M5 (aa 65- wt = K) can be X65 or be mutated mainly in R; M6 (aa 67- wt = D) can be X67 or be mainly mutated into N or G; M7 (aa 68- wt = S) can be X68 or be mutated mainly in G or in N;
M8 (aa 69- wt=T) peut être X69 ou être muté majoritairement en D, ou en N, ou S, ou A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ; M9 (aa 70- wt=K) peut être X70 ou être muté majoritairement en R, ou en N, ou E ou S;M8 (aa 69- wt = T) can be X69 or be mutated mainly in D, or in N, or S, or A, or combined with multiple insertions like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX; M9 (aa 70- wt = K) can be X70 or be mutated mainly in R, or in N, or E or S;
M10 (aa 74- wt=L) peut être X74 ou être muté majoritairement en V ou en I;M10 (aa 74- wt = L) can be X74 or be mutated mainly in V or in I;
Ml 1 (aa 75- wt=V) peut être X75 ou être muté majoritairement en M, ou en I, ou L ou T;Ml 1 (aa 75- wt = V) can be X75 or be mutated mainly in M, or in I, or L or T;
M12 (aa 77- wt=F) peut être X77 ou être muté majoritairement en L;M12 (aa 77- wt = F) can be X77 or be transferred mainly to L;
M13 (aa 88- wt=W) peut être X88 ou être muté majoritairement en C;M13 (aa 88- wt = W) can be X88 or be mutated mainly in C;
M14 (aa 89- wt=E) peut être X89 ou être muté majoritairement en G ;M14 (aa 89- wt = E) can be X89 or be mainly transferred to G;
M15 (aa 90- wt=V) peut être X90 ou être muté majoritairement en I; M16 (aa 98- wt=A) peut être X98 ou être muté majoritairement en S ou en G;M15 (aa 90- wt = V) can be X90 or be mainly transferred to I; M16 (aa 98- wt = A) can be X98 or be mainly transferred to S or G;
Ml 7 (aa 100- wt=L) peut être XI 00 ou être muté majoritairement en I;Ml 7 (aa 100-wt = L) can be XI 00 or be mainly transferred to I;
M18 (aa 101- wt=K) peut être X101 ou être muté majoritairement en E, ou en Q, ouM18 (aa 101- wt = K) can be X101 or be mainly transferred to E, or to Q, or
R, ou I ou P;R, or I or P;
M19 (aa 103- wt=K) peut être X103 ou être muté en N, majoritairement Q, ou en R, ou T ou S;M19 (aa 103- wt = K) can be X103 or be mutated into N, mainly Q, or into R, or T or S;
M20 (aa 106- wt=V) peut être X106 ou être muté majoritairement en A, ou en I ouM20 (aa 106- wt = V) can be X106 or be transferred mainly to A, or to I or
L;L;
M21 (aa 108- wt=V) peut être X108 ou être muté majoritairement en I;M21 (aa 108- wt = V) can be X108 or be mutated mainly in I;
M22 (aa 115- t=Y) peut être XI 15 ou être muté majoritairement en F; M23 (aa 116- wt=F) peut être XI 16 ou être muté majoritairement en Y;M22 (aa 115- t = Y) can be XI 15 or be mainly transferred to F; M23 (aa 116-wt = F) can be XI 16 or be mainly transferred to Y;
M24 (aa 119- t=P) peut être XI 19 ou être muté majoritairement en S; l'un au moins de M4 à M24 représentant un acide aminé portant une mutation.M24 (aa 119- t = P) can be XI 19 or be transferred mainly to S; at least one of M4 to M24 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V; M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R;In a preferred embodiment of the invention, M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V; M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G;M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ;M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ;M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX;
M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S;M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S;
M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I;M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I;
Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T;Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T;
M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; M13 (aa 88) peut être X88 ou être muté en C; M14 (aa 89) peut être X89 ou être muté en G ; Ml 5 (aa 90) peut être X90 ou être muté en I; M16 (aa 98) peut être X98 ou être muté en G ou S; M17 (aa 100) peut être X100 ou être muté en I;M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C; M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G; Ml 5 (aa 90) can be X90 or be mutated to I; M16 (aa 98) can be X98 or be mutated into G or S; M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I;
M18 (aa 101) peut être X101 ou être muté en E, Q, R, I ou P; M19 (aa 103) peut être X103 ou être muté en N, Q, R, T ou S; M20 (aa 106) peut être X106 ou être muté en A, I ou L; M21 (aa 108) peut être X108 ou être muté en I; M22 (aa 115) peut être XI 15 ou être muté en F;M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P; M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S; M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L; M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I; M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F;
M23 (aa 116) peut être XI 16 ou être muté en Y; M24 (aa 119) peut être XI 19 ou être muté en S; l'un au moins de M4, M7, M12 à M21, M23 ou M24 représentant un acide aminé portant une mutation.M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y; M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4, M7, M12 to M21, M23 or M24 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence F bis : ιA 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 A F T 1 P S I N N M25 M26 P M27 I R* Sequence F bis: ιA 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 A F T 1 P S I N N M25 M26 P M27 I R
144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 Y Q Y N V L P M28 G W K G S M29 A144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 Y Q Y N V L P M28 G W K G S M29 A
159 160 161 162 163 164 165 166 1 F Q S S M T K dans laquelle M25 (aa 138- wt=E) peut être X138 ou être muté majoritairement en159 160 161 162 163 164 165 166 1 F Q S S M T K in which M25 (aa 138- wt = E) can be X138 or be transferred mainly in
A, ou en G, ou K ou Q; M26 (aa 139- wt=T) peut être X139 ou être muté majoritairement en I, ou en M ouA, or G, or K or Q; M26 (aa 139- wt = T) can be X139 or be mainly transferred to I, or to M or
K;K;
M27 (aa 141- wt=G) peut être X141 ou être muté majoritairement en E ;M27 (aa 141-wt = G) can be X141 or be mainly transferred to E;
M28 (aa 151- wt=Q) peut être X151 ou être muté majoritairement en M;M28 (aa 151- wt = Q) can be X151 or be mainly transferred to M;
M29 (aa 157- wt=P) peut être X157 ou être muté majoritairement en S ; l'un au moins de M25 à M29 représentant un acide aminé portant une mutation.M29 (aa 157-wt = P) can be X157 or be mainly transferred to S; at least one of M25 to M29 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M25 (aa 138) peut être XI 38 ou être muté en A, G, K ou Q; M26 (aa 139) peut être X139 ou être muté en I, M ou K; M27 (aa 141) peut être X141 ou être muté en E ; M28 (aa 151) peut être X151 ou être muté en M; M29 (aa 157) peut être X157 ou être muté en S ; l'un au moins de M25 à M28 représentant un acide aminé portant une mutation.In a preferred embodiment of the invention, M25 (aa 138) can be XI 38 or be mutated into A, G, K or Q; M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K; M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E; M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M; M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M28 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence G bis :* Sequence G bis:
AA 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 S M T K I L E P F M30 K Q N P DAA 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 S M T K I L E P F M30 K Q N P D
178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 M31 M32 I M33 Q Y M34 D D L M35 M36 M37 S D178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 M31 M32 I M33 Q Y M34 D D L M35 M36 M37 S D
193 194 195 196 197 198 199 L E I G Q H R dans laquelle M30 (aa 172- wt=R) peut être X172 ou être muté majoritairement en193 194 195 196 197 198 199 L E I G Q H R in which M30 (aa 172- wt = R) can be X172 or be transferred mainly in
K;K;
M31 (aa 178- wt≈I) peut être X178 ou être muté majoritairement en M, L ou en F; M32 (aa 179- wt=V) peut être X179 ou être muté majoritairement en I, ou en L, ouM31 (aa 178- wt≈I) can be X178 or be transferred mainly to M, L or F; M32 (aa 179- wt = V) can be X179 or be mainly transferred to I, or to L, or
D ou E;D or E;
M33 (aa 181- wt≈Y) peut être XI 81 ou être muté majoritairement en C ou en I;M33 (aa 181- wt≈Y) can be XI 81 or be mainly transferred to C or to I;
M34 (aa 184- wt≈M) peut être XI 84 ou être muté majoritairement en V, ou en I ouM34 (aa 184- wt≈M) can be XI 84 or be mainly transferred to V, or to I or
T; M35 (aa 188- wt≈Y) peut être X188 ou être muté majoritairement en L, ou en C ouT; M35 (aa 188- wt≈Y) can be X188 or be mainly transferred to L, or to C or
H ;H;
M36 (aa 189- wt=V) peut être XI 89 ou être muté majoritairement en I;M36 (aa 189- wt = V) can be XI 89 or be transferred mainly to I;
M37 (aa 190- wt≈G) peut être X190 ou être muté majoritairement en A, ou en S, ouM37 (aa 190- wt≈G) can be X190 or be transferred mainly to A, or to S, or
E, ou Q ou T; l'un au moins de M30 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.E, or Q or T; at least one of M30 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M , L, ou FM31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F
M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être X181 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T;M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T;
M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ;M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I;M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M30, M33, M35 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30, M33, M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence H bis :* Sequence H bis:
AA 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 E P F M30 K Q N P D M31 M32 I M33 Q YAA 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 E P F M30 K Q N P D M31 M32 I M33 Q Y
184 185 M34 D dans laquelle M30 (aa 172- wt=R) peut être X172 ou être muté majoritairement en184 185 M34 D in which M30 (aa 172- wt = R) can be X172 or be transferred mainly in
K;K;
M31 (aa 178- wt=I) peut être X178 ou être muté majoritairement en M, ou en L ;M31 (aa 178-wt = I) can be X178 or be mutated mainly in M, or in L;
M32 (aa 179- wt=V) peut être X179 ou être muté majoritairement en I, ou en L, ou D ou E;M32 (aa 179- wt = V) can be X179 or be mutated mainly in I, or in L, or D or E;
M33 (aa 181- wt≈Y) peut être X181 ou être muté majoritairement en C ou en I;M33 (aa 181-wt≈Y) can be X181 or be mutated mainly in C or in I;
M34 (aa 184- wt=M) peut être XI 84 ou être muté majoritairement en V, ou en I ouM34 (aa 184- wt = M) can be XI 84 or be mainly transferred to V, or to I or
T; l'un au moins de M30 à M34 représentant un acide aminé portant une mutation.T; at least one of M30 to M34 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M, L, ou F;M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L, or F;
M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E; M33 (aa 181) peut être XI 81 ou être muté en C ou I;M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E; M33 (aa 181) may be XI 81 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T; l'un au moins de M30; M32 ou M33 représentant un acide aminé portant une mutation.M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; at least one of M30; M32 or M33 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence I bis :* Sequence I bis:
AA 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 M34 D D L M35 M36 M37 S D L E I G Q HAA 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 M34 D D L M35 M36 M37 S D L E I G Q H
199 R dans laquelle M34 (aa 184- wt=M) peut être X184 ou être muté majoritairement en V, ou en I ou T; dans laquelle M35 (aa 188- wt≈Y) peut être X188 ou être muté majoritairement en L, ou en C ou H ;199 R in which M34 (aa 184-wt = M) can be X184 or be mutated mainly in V, or in I or T; in which M35 (aa 188-wt≈Y) can be X188 or be mutated mainly in L, or in C or H;
M36 (aa 189- wt≈V) peut être XI 89 ou être muté majoritairement en I M37 (aa 190- wt≈G) peut être X190 ou être muté majoritairement en A, ou en S, ou E, ou Q ou T; l'un au moins de M34 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M36 (aa 189- wt≈V) can be XI 89 or be transferred mainly to I M37 (aa 190- wt≈G) can be X190 or be transferred mainly to A, or S, or E, or Q or T; at least one of M34 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention, M34 (aal84) peut être XI 84 dans laquelle M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ;In a preferred embodiment of the invention, M34 (aal84) can be XI 84 in which M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I; M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M35 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I; M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M35 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
* Séquence J bis :* Sequence J bis:
AA 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 R T K I E E L R Q M38 L M39 M40 W GAA 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 R T K I E E L R Q M38 L M39 M40 W G
214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 T P D M43 K H Q M44 E M45 P M46 M47214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 T P D M43 K H Q M44 E M45 P M46 M47
229 230 23 1 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 W M G Y M48 M49 H M50 D M51 W M52 V Q P229 230 23 1 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 W M G Y M48 M49 H M50 D M51 W M52 V Q P
244 245 246 247 248 249 I V L P E K dans laquelle M38 (aa 208- wt≈H) peut être X208 ou être muté majoritairement en244 245 246 247 248 249 I V L P E K in which M38 (aa 208- wt≈H) can be X208 or be transferred mainly in
Y;Y;
M39 (aa 210- wt=L) peut être X210 ou être muté majoritairement en W; M40 (aa 211- wt≈R) peut être X211 ou être muté majoritairement en K, ou en A, ou E, ou N, ou D, ou G ou Q;M39 (aa 210- wt = L) can be X210 or be mainly transferred to W; M40 (aa 211- wt≈R) can be X211 or be mutated mainly in K, or in A, or E, or N, or D, or G or Q;
M41 (aa 214- wt≈F ou L) peut être X214 ou être muté majoritairement en L ou enM41 (aa 214- wt≈F or L) can be X214 or be transferred mainly to L or
F;F;
M42 (aa 215- wt≈T) peut être X215 ou être muté majoritairement en Y, ou en F ou C;M42 (aa 215- wt≈T) can be X215 or be mutated mainly in Y, or in F or C;
M43 (aa 219- wt≈K) peut être X219 ou être muté majoritairement en Q, ou en E, ouM43 (aa 219- wt≈K) can be X219 or be transferred mainly to Q, or to E, or
N, ou R, ouT ou W; M44 (aa 223- wt≈K) peut être X223 ou être muté majoritairement en Q; M45 (aa 225- wt≈P) peut être X225 ou être muté majoritairement en H; M46 (aa 227- wt≈F) peut être X227 ou être muté majoritairement en L; M47 (aa 228- wt≈L) peut être X228 ou être muté majoritairement en R, ou en H ou F;N, or R, orT or W; M44 (aa 223- wt≈K) can be X223 or be mainly transferred to Q; M45 (aa 225- wt≈P) can be X225 or be transferred mainly to H; M46 (aa 227- wt≈F) can be X227 or be mainly transferred to L; M47 (aa 228- wt≈L) can be X228 or be mutated mainly in R, or in H or F;
M48 (aa 233- wt≈E) peut être X233 ou être muté majoritairement en V, ou en N M49 (aa 234- wt≈L) peut être X234 ou être muté majoritairement en I, ou en H ouM48 (aa 233- wt≈E) can be X233 or be mainly transferred to V, or in N M49 (aa 234- wt≈L) can be X234 or be mainly transferred to I, or in H or
P;P;
M50 (aa 236- wt≈P) peut être X236 ou être muté majoritairement en M, ou en S ou L;M50 (aa 236- wt≈P) can be X236 or be transferred mainly to M, or to S or L;
M51 (aa 238- wt≈K) peut être X238 ou être muté majoritairement en T ou en S; M52 (aa 240- wt≈T) peut être X240 ou être muté majoritairement en A, ou en D ouM51 (aa 238- wt≈K) can be X238 or be mainly transferred to T or S; M52 (aa 240- wt≈T) can be X240 or be transferred mainly to A, or to D or
I; l'un au moins de M38 à M52 représentant un acide aminé portant une mutation.I; at least one of M38 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
Dans un mode préféré de l'invention,In a preferred embodiment of the invention,
M38 (aa 208) peut être X208 ou être muté en Y;M38 (aa 208) can be X208 or be mutated to Y;
M39 (aa 210) peut être X210 ou être muté en W;M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
M40 (aa 211) peut être X211 ou être muté en K, A, E, N, D, G ou Q; M41 (aa 214) peut être X214 ou être muté en L ou F;M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q; M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
M42 (aa 215) peut être X215 ou être muté en Y, F ou C;M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
M43 (aa 219) peut être X219 ou être muté en Q, E N, R, T ou W;M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
M44 (aa 223) peut être X223 ou être muté en Q;M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
M45 (aa 225) peut être X225 ou être muté en H; M46 (aa 227) peut être X227 ou être muté en L;M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H; M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L;
M47 (aa 228) peut être X228 ou être muté en R, H ou F;M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
M48 (aa 233) peut être X233 ou être muté en V ou N;M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
M49 (aa 234) peut être X234 ou être muté en I, H ou P;M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
M50 (aa 236) peut être X236 ou être muté en M, S ou L; M51 (aa 238) peut être X238 ou être muté en T ou S ;M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L; M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S;
M52 (aa 240) peut être X240 ou être muté en A, D ou I; l'un au moins de M38, M40, M44 à M52 représentant un acide aminé portant une mutation. * Séquence K bis :M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38, M40, M44 to M52 representing an amino acid carrying a mutation. * K bis sequence:
AA 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 D L I A E I Q K Q M53 Q G Q W TAA 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 D L I A E I Q K Q M53 Q G Q W T
339 340 341 342 Y Q I Y dans laquelle M53 (aa 333- wt≈G) peut être muté majoritairement en E ou en D.339 340 341 342 Y Q I Y in which M53 (aa 333- wt≈G) can be mainly transferred to E or D.
L'invention porte également sur une composition pharmaceutique à base d'au moins un peptide, dispersé dans des excipients pharmaceutiquement acceptables, pour leur utilisation à titre de vaccin.The invention also relates to a pharmaceutical composition based on at least one peptide, dispersed in pharmaceutically acceptable excipients, for their use as a vaccine.
La composition pharmaceutique selon l'invention peut également comporter en plus, des immunomodulateurs tels que des cytokines ou des chimiokines.The pharmaceutical composition according to the invention may also comprise, in addition, immunomodulators such as cytokines or chemokines.
On peut ajouter dans la composition pharmaceutique selon l'invention, des adjuvants tels que des lipides (acides gras, phospholipides, adjuvant incomplet deIt is possible to add into the pharmaceutical composition according to the invention, adjuvants such as lipids (fatty acids, phospholipids, incomplete adjuvant of
Freund notamment), des copolymères anioniques, des motifs CpGFreund in particular), anionic copolymers, CpG units
Dans un mode de réalisation de l'invention, au moins un peptide selon l'invention entre dans la composition d'un lipopeptide ou d'une lipoprotéine. En effet, l'association d'un peptide à une séquence d'acides gras ou de phospholipides permet d'observer une potentialisation de la réponse immunogene par rapport à celle entraînée par l'administration de l'antigène seul.In one embodiment of the invention, at least one peptide according to the invention is included in the composition of a lipopeptide or a lipoprotein. Indeed, the association of a peptide with a fatty acid or phospholipid sequence makes it possible to observe a potentiation of the immunogenic response compared to that brought about by the administration of the antigen alone.
Le ou les peptides selon l'invention peuvent être couplés à des micro ou nano particules constituées d'un noyau polysaccharidique et/ou recouverts notamment d'une bicouche lipidique. Ils peuvent également être couplés à un ou des liposomes ou un ou des niosomes.The peptide (s) according to the invention can be coupled to micro or nanoparticles made up of a polysaccharide nucleus and / or covered in particular with a lipid bilayer. They can also be coupled to one or more liposomes or one or more niosomes.
Le ou les peptides selon l'invention peuvent être exprimés dans un virus recombinant, ou un vecteur viral recombinant, ou dans un virus atténué ou inactivé. Le ou les peptides selon l'invention peuvent être exprimés dans une bactérie recombinante ou dans un vecteur bactérien recombinant.The peptide (s) according to the invention can be expressed in a recombinant virus, or a recombinant viral vector, or in an attenuated or inactivated virus. The peptide (s) according to the invention can be expressed in a recombinant bacterium or in a recombinant bacterial vector.
Le ou les peptides selon l'invention peuvent être exprimés dans une cellule présentatrice d'antigène.The peptide (s) according to the invention can be expressed in an antigen presenting cell.
Un autre objet de l'invention est un vaccin comportant au moins un ADN nu ou un ARN nu codant au moins un peptide selon l'invention. Un autre objet de l'invention est que l'agent de traitement des malades infectés par le VIH, comporte au moins deux compositions, la première composition comprenant au moins un médicament de la famille des NRTI et/ou NNRTI, et la seconde composition comportant au moins un peptide selon l'invention. Ces compositions sont destinées à une application séquentielle, séparée ou non dans le temps ou simultanée.Another subject of the invention is a vaccine comprising at least one naked DNA or a naked RNA encoding at least one peptide according to the invention. Another object of the invention is that the agent for treating patients infected with HIV comprises at least two compositions, the first composition comprising at least one medicament from the NRTI and / or NNRTI family, and the second composition comprising at least one peptide according to the invention. These compositions are intended for a sequential application, separate or not in time or simultaneous.
Préférentiellement, l'agent de traitement des malades infectés par le VIH, comporte au moins deux compositions, la première composition comprenant au moins un médicament de la famille des NNRTI, et la seconde composition comportant au moins un peptide selon l'invention.Preferably, the agent for treating patients infected with HIV comprises at least two compositions, the first composition comprising at least one medicament from the NNRTI family, and the second composition comprising at least one peptide according to the invention.
Un autre objet de l'invention est un procédé de prévention ou traitement d'une infection par le virus VIH. Ce procédé consiste en l'induction d'une réponse immunitaire de type T spécifique en réponse à l'administration d'un vaccin selon l'invention. De préférence, la ou les mutations du virus VTH se situent dans l'enzyme transcriptase inverse.Another object of the invention is a method of preventing or treating an infection with the HIV virus. This method consists in inducing a specific type T immune response in response to the administration of a vaccine according to the invention. Preferably, the mutation or mutations of the VTH virus are located in the reverse transcriptase enzyme.
Un autre objet de l'invention est des séquences peptidiques de 8 à 20 acides aminés, reconnues en tant que séquences épitopiques par les cellules T spécifiques des séquences peptidiques correspondant préalablement à la vaccination introduites à la vaccination. Les séquences épitopiques selon l'invention sont des séquences peptidiques de 8 à 20 acides aminés contigus choisies dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp. Préférentiellement, ces séquences peptidiques sont constituées de 8 à 10 acides aminés contigus choisis dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp. Plus préférentiellement, les séquences épitopiques selon l'invention sont constituées de 9 acides aminés contigus choisis dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp.Another subject of the invention is peptide sequences of 8 to 20 amino acids, recognized as epitopic sequences by T cells specific for the peptide sequences corresponding prior to vaccination, introduced to vaccination. The epitopic sequences according to the invention are peptide sequences of 8 to 20 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation. Preferably, these peptide sequences consist of 8 to 10 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation. More preferably, the epitopic sequences according to the invention consist of 9 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
Les séquences épitopiques possédant les caractéristiques énoncées, sont utilisables pour la détermination et la quantification des cellules T spécifiques de ces séquences épitopiques.The epitopic sequences possessing the stated characteristics can be used for the determination and the quantification of the T cells specific for these epitopic sequences.
L'invention a également pour objet une composition diagnostique de détermination des cellules T spécifiques de ces séquences épitopiques caractérisée par le fait qu'elle comprend, entre autres, au moins une séquence épitopique selon l'invention. Les vaccins obtenus selon les procédés de l'invention peuvent être formulés en tant que compositions pharmaceutiques pour une administration sous-cutanée, intramusculaire intra-dermale ou intra- veineuse. Les techniques d'administration de ce type de vaccins sont abondamment décrites dans la littérature et sont bien connues de l'homme du métier.The subject of the invention is also a diagnostic composition for determining the T cells specific for these epitopic sequences, characterized in that it comprises, inter alia, at least one epitopic sequence according to the invention. The vaccines obtained according to the methods of the invention can be formulated as pharmaceutical compositions for subcutaneous, intramuscular, intra-dermal or intravenous administration. The techniques for administering this type of vaccine are abundantly described in the literature and are well known to those skilled in the art.
Des excipients acceptables au niveau pharmaceutique peuvent être ajoutés en fonction de la technique d'administration utilisée. On pourra en particulier ajouter des excipients aqueux telle qu'une solution saline tampon. Ces solutions sont stériles et dépourvues de substances toxiques ou pyrogènes. Les compositions selon l'invention peuvent être stérilisées par des méthodes de stérilisation conventionnelles et connues.Pharmaceutically acceptable excipients can be added depending on the administration technique used. In particular, aqueous excipients such as a saline buffer solution can be added. These solutions are sterile and free from toxic or pyrogenic substances. The compositions according to the invention can be sterilized by conventional and known sterilization methods.
Selon le mode d'administration, les compositions selon l'invention peuvent se présenter sous toutes les formes habituellement utilisées en diagnostic.According to the mode of administration, the compositions according to the invention can be presented in all the forms usually used in diagnosis.
Les compositions selon l'invention peuvent en particulier contenir des substances acceptables au niveau pharmaceutique telles que des stabilisateurs de pH, des agents tampon ou par exemple de l'acétate de sodium, du chlorure de sodium, de potassium, de calcium, du lactate de sodium ou d'autres afin d'être dans des conditions physiologiques.The compositions according to the invention can in particular contain pharmaceutically acceptable substances such as pH stabilizers, buffering agents or for example sodium acetate, sodium chloride, potassium, calcium, lactate sodium or others in order to be in physiological conditions.
Les exemples suivants illustrent l'invention sans la limiter aucunement.The following examples illustrate the invention without limiting it in any way.
Exemple 1 : Génération des lignées CTLs :Example 1: Generation of CTLs lines:
Les conséquences de mutations induites sous NRTI sur les réponses CTL spécifiques de la RT ont été étudiées. Un total de 66 échantillons sanguins provenant deThe consequences of mutations induced under NRTI on specific CTL responses of RT have been studied. A total of 66 blood samples from
35 patients traités ou non en mono- ou bi -thérapie avec des NRTI, sans inhibiteur de protéase, a été collecté pendant 1 à 6 ans chaque année entre 1991 et 1996.35 patients treated or not treated in mono- or bi-therapy with NRTI, without protease inhibitor, were collected for 1 to 6 years each year between 1991 and 1996.
Pour analyser la reconnaissance des produits des gènes pol et rt du virus VLH- 1 , des lignées VIH-spécifiques ont été générées par co-culture des PBMC (peripheral blood mononuclear cells) de patients et de PHA-blastes autologues. Des PBMC stimulés avec de la PHA (phytohémagglutinine) à 2 μg/ml pendant 18h à 37 °C en atmosphère humide à 5 % de CO2 et irradiés à 5000 rads sont ajoutés à des PBMC autologues fraîchement décongelés à un ratio de 1 :5 et déposés dans des plaques de 24 puits à la concentration de 1x10^ /ml. Les lignées CTLs sont cultivées pendant au moins 3 semaines en présence dTnterleukine 2 à 20 U/ml, ajoutée au troisième jour de la culture et ensuite tous les 3 jours. Ces lignées sont testées pour leur activité cytotoxique après au moins 3 semaines de culture contre des lignées autologues B-EBV (Lymphocytes B transformés par l'EBV) servant de cibles.To analyze the recognition of the products of the pol and rt genes of the VLH-1 virus, HIV-specific lines were generated by co-culture of PBMC (peripheral blood mononuclear cells) of patients and of autologous PHA-blasts. PBMC stimulated with PHA (phytohemagglutinin) at 2 μg / ml for 18 h at 37 ° C in a humid atmosphere at 5% CO2 and irradiated at 5000 rads are added to autologous PBMC freshly thawed at a ratio of 1: 5 and deposited in plates of 24 well at the concentration of 1x10 ^ / ml. CTLs lines are cultured for at least 3 weeks in the presence of Interleukin 2 at 20 U / ml, added on the third day of culture and then every 3 days. These lines are tested for their cytotoxic activity after at least 3 weeks of culture against autologous B-EBV lines (B lymphocytes transformed by EBV) serving as targets.
On a mis en oeuvre le même procédé en ce qui concerne les mutations induites sous traitement aux NNRTI ou sous traitement conjoint aux NNRTI et NRTI.The same process was implemented with regard to the mutations induced under treatment with NNRTI or under joint treatment with NNRTI and NRTI.
Exemple 2 : Test CTLExample 2: CTL test
L'activité CTL a été mesurée en utilisant un test de relargage de ^lchrome. Les cellules cibles sont des lignées B-EBV autologues infectées par les différents viras recombinants de la vaccine exprimant le gène pol ou des fragments du gène pol du VIH-1, à une multiplicité d'infection de 5 PFU (Plaque Forming Unit) / cellule, 18h avant le test CTL. Le virus de la vaccine sauvage non recombiné (Vac-WT) sert de contrôle. Les cellules cibles sont incubées en culot en présence de Na2^Crθ4 (activité spécifique 2mci/ml), à la concentration de 70 μci/xlO^ cellules, pendant 2 h à 37°C. La radioactivité mesurée est calculée selon la formule suivante : (relargage expérimental - relargage spontané / (relargage total - relargage spontané) X 100 = % de lyse spécifique. Les réponses CTL sont considérées comme positives lorsque l'on obtient plus de 10% de lyse spécifique, ceci à au moins 2 rapports effecteurs/ cibles successifs.CTL activity was measured using a chromium release test. The target cells are autologous B-EBV lines infected with the various recombinant vaccinia viras expressing the pol gene or fragments of the pol gene of HIV-1, at a multiplicity of infection of 5 PFU (Plaque Forming Unit) / cell , 18h before the CTL test. The non-recombinant wild vaccinia virus (Vac-WT) serves as a control. The target cells are incubated in a pellet in the presence of Na2 ^ Crθ4 (specific activity 2 mci / ml), at the concentration of 70 μci / xlO ^ cells, for 2 h at 37 ° C. The radioactivity measured is calculated according to the following formula: (experimental salting out - spontaneous salting out / (total salting out - spontaneous salting out) X 100 =% specific lysis. The CTL responses are considered positive when more than 10% lysis is obtained. specific, this at least 2 successive effector / target ratios.
L'analyse de la reconnaissance des régions RT-1 : 1-143 et RT-2 : 143-293 s'est faite sur des lignées CTL spécifiques de Pol. Les réponses T cytotoxiques ont été évaluées en utilisant un test de relargage de chrome 51. Les cellules cibles étaient des lignées-B-EBV autologues infectées par des virus de la vaccine exprimant différents fragments de gènes de la rt (RT-1 : 1-143 et RT-2 : 143-293).The analysis of the recognition of the RT-1: 1-143 and RT-2: 143-293 regions was carried out on CTL lines specific for Pol. Cytotoxic T responses were assessed using a chromium 51 release test. The target cells were autologous B-EBV-lines infected with vaccinia viruses expressing different fragments of rt genes (RT-1: 1- 143 and RT-2: 143-293).
Exemple 3 : Détection des mutations de résistance :Example 3: Detection of resistance mutations:
Les mutations de résistance ont été détectées dans l'ADN proviral en utilisant un test LiPA VIH-1 RT (Murex. Diagnostics SA, Châtillon, France). Ce test permet la détection simultanée des séquences de type "sauvage" et des mutations de résistance (41, 69, 70, 74, 184, 214 et 215) induites par les inhibiteurs nucléosidiques de la RT (NRTI). À partir de l'ADN isolé des PBMC, une amplification du gène de la rt est réalisée en utilisant des amorces biotinylées, l'ADN biotinylé est ensuite hybride avec des sondes oligo-nucléotidiques spécifiques immobilisées en lignes parallèles sur une bandelette. L'addition de streptavidine marquée à la phosphatase alcaline entraîne une liaison de celle-ci avec les hybrides biotinylés formés qui conduit à la formation d'un précipité violet /brun. Les séquences sauvages et mutées de la rt localisées au niveau des différents codons peuvent être localisées au niveau de la même bandelette.Resistance mutations were detected in proviral DNA using a LiPA HIV-1 RT test (Murex. Diagnostics SA, Châtillon, France). This test allows the simultaneous detection of “wild” type sequences and resistance mutations (41, 69, 70, 74, 184, 214 and 215) induced by nucleoside RT inhibitors (NRTI). From the DNA isolated from PBMCs, an amplification of the rt gene is carried out using biotinylated primers, the biotinylated DNA is then hybridized with specific oligonucleotide probes immobilized in parallel lines on a strip. The addition of labeled streptavidin to alkaline phosphatase leads to its binding with the biotinylated hybrids formed which leads to the formation of a purple / brown precipitate. The wild-type and mutated sequences of rt located at the level of the different codons can be located at the level of the same strip.
Exemple 4 : Test ELISpotExample 4: ELISpot test
Pour la reconnaissance de peptides épitopiques, un test ELISpot-IFNγ où les PBMC étaient incubés, sans stimulation préalable, avec le peptide d'intérêt a été utilisé. Les 96 puits d'une plaque de type Immobilon p (Millipore, Molsheim, France) sont recouverts pendant 18h à 4°C avec un anticorps de capture anti-IFNγ (interféron γ) monoclonal (IgGl B-Bl à lμg/ml Diaclone, Besançon, France). Après 3 lavages, lesFor the recognition of epitopic peptides, an ELISpot-IFNγ test in which the PBMCs were incubated, without prior stimulation, with the peptide of interest was used. The 96 wells of a Immobilon p type plate (Millipore, Molsheim, France) are covered for 18 h at 4 ° C with a monoclonal anti-IFNγ (interferon γ) capture antibody (IgGl B-Bl at 1 μg / ml Diaclone, Besançon, France). After 3 washes, the
PBMC sont ajoutés en triplicata à la concentration de 1x10^ et 5x10^ cellules par puits en présence de 5 μg/ml de peptide ou de 0,5 μg/ml de PHA, utilisé comme témoin positif ou de milieu seul utilisé comme témoin négatif. Les plaques sont ensuite incubées pendant 40h à 37°C en atmosphère humide à 5 % de CO2, puis lavées, l'anticorps de détection anti-IFNγ monoclonal biotinylé (B-Gl à 0,2 μ.g/ml Diaclone,PBMCs are added in triplicate at the concentration of 1x10 ^ and 5x10 ^ cells per well in the presence of 5 μg / ml of peptide or 0.5 μg / ml of PHA, used as a positive control or of medium alone used as a negative control. The plates are then incubated for 40 h at 37 ° C. in a humid atmosphere at 5% CO 2, then washed, the biotinylated monoclonal anti-IFNγ detection antibody (B-Gl at 0.2 μg / ml Diaclone,
Besançon, France) est ensuite ajouté et les plaques sont de nouveau incubées pendant 4h à 37°C. Après les lavages, la streptavidine marquée à la phosphatase alcaline (Amersham, Les Ulis, France) est ajoutée et la plaque est incubée pendant lh à 37°C. La plaque est ensuite lavée puis incubée avec du BCIP/NTP (Sigma, Aldrich, Saint Quentin, France), des spots violets apparaissent après 10 à 15 min. La plaque est lavée avec de l'eau pour arrêter la réaction. Les spots sont comptés à l'aide d'un lecteur ELISpot automatique. Le nombre de cellules T spécifiques répondeuses est calculé après soustraction des valeurs du contrôle négatif. La fréquence de cellules sécrétant de lTFNγ est rendue en SFC (Spot Forming Cells).Besançon, France) is then added and the plates are again incubated for 4 h at 37 ° C. After washing, the streptavidin labeled with alkaline phosphatase (Amersham, Les Ulis, France) is added and the plate is incubated for 1 h at 37 ° C. The plate is then washed and then incubated with BCIP / NTP (Sigma, Aldrich, Saint Quentin, France), purple spots appear after 10 to 15 min. The plate is washed with water to stop the reaction. The spots are counted using an automatic ELISpot reader. The number of specific responder T cells is calculated after subtracting the values of the negative control. The frequency of cells secreting lTFNγ is rendered in SFC (Spot Forming Cells).
Exemple N°5 : Découpage de la séquence B (aa 30-50) en différents peptides de longueur variant entre 8 et 21 acides aminés. Les séquences peptidiques sont découpées en peptides de 8 à 80 acides aminés (aa) impliquant n'importe quelle partie de la séquence recouvrant au moins une mutation , ceci pour des applications thérapeutiques ou diagnostiques.Example No. 5: Cutting the sequence B (aa 30-50) into different peptides of length varying between 8 and 21 amino acids. The peptide sequences are cut into peptides of 8 to 80 amino acids (aa) involving any part of the sequence covering at least one mutation, this for therapeutic or diagnostic applications.
Pour la séquence peptidique 30-50 où M2 correspond à l'aa 39 muté (A) et M3 correspond à l'aa 41 muté (L):For the peptide sequence 30-50 where M2 corresponds to the mutated aa 39 (A) and M3 corresponds to the mutated aa 41 (L):
aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S K Iaa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S K I
* Séquences de 8 aa: aa 32-39 32 33 34 35 36 37 38 39* Sequences of 8 aa: aa 32-39 32 33 34 35 36 37 38 39
K A L V E I C A aa 33-40 33 34 35 36 37 38 39 40K A L V E I C A aa 33-40 33 34 35 36 37 38 39 40
A L V E I C A E aa 34-41 34 35 36 37 38 39 40 41A L V E I C A E aa 34-41 34 35 36 37 38 39 40 41
L V E I C A E L aa 35-42 35 36 37 38 39 40 41 42L V E I C A E L aa 35-42 35 36 37 38 39 40 41 42
V E I C A E L E aa 36-43 36 37 38 39 40 41 42 43V E I C A E L E aa 36-43 36 37 38 39 40 41 42 43
E I C A E L E K aa 37-44 37 38 39 40 41 42 43 44E I C A E L E K aa 37-44 37 38 39 40 41 42 43 44
I C A E L E K E aa 38-45 38 39 40 41 42 43 44 45I C A E L E K E aa 38-45 38 39 40 41 42 43 44 45
C A E L E K E G aa 39-46 39 40 41 42 43 44 45 46C A E L E K E G aa 39-46 39 40 41 42 43 44 45 46
A E L E K E G K aa 40-47 40 41 42 43 44 45 46 47A E L E K E G K aa 40-47 40 41 42 43 44 45 46 47
E L E K E G K I aa 41-48 41 42 43 44 45 46 47 48E L E K E G K I aa 41-48 41 42 43 44 45 46 47 48
L E K E G K I SL E K E G K I S
* Séquences de 9 aa: aa 31-39 31 32 33 34 35 36 37 38 39 I K A L V E I C A aa 32-40 32 33 34 35 36 37 38 39 40* Sequences of 9 aa: aa 31-39 31 32 33 34 35 36 37 38 39 IKALVEICA aa 32-40 32 33 34 35 36 37 38 39 40
K A L V E I C A E aa 33-41 33 34 35 36 37 38 39 40 41K A L V E I C A E aa 33-41 33 34 35 36 37 38 39 40 41
A L V E I C A E L aa 34-42 34 35 36 37 38 39 40 41 42A L V E I C A E L aa 34-42 34 35 36 37 38 39 40 41 42
L V E l C A E L E aa 35-43 35 36 37 38 39 40 41 42 43L V E l C A E L E aa 35-43 35 36 37 38 39 40 41 42 43
V E I C A E L E K aa 36-44 36 37 38 39 40 41 42 43 44V E I C A E L E K aa 36-44 36 37 38 39 40 41 42 43 44
E I C A E L E K E aa 37-45 37 38 39 40 41 42 43 44 45E I C A E L E K E aa 37-45 37 38 39 40 41 42 43 44 45
I C A E L E K E G aa 38-46 38 39 40 41 42 43 44 45 46I C A E L E K E G aa 38-46 38 39 40 41 42 43 44 45 46
C A E L E K E G K aa 39-47 39 40 41 42 43 44 45 46 47C A E L E K E G K aa 39-47 39 40 41 42 43 44 45 46 47
A E L E K E G K I aa 40-48 40 41 42 43 44 45 46 47 48A E L E K E G K I aa 40-48 40 41 42 43 44 45 46 47 48
E L E K E G K I S aa 41-49 41 42 43 44 45 46 47 48 49E L E K E G K I S aa 41-49 41 42 43 44 45 46 47 48 49
L E K E G K I S KL E K E G K I S K
* Séquences de 10 aa: aa 30-39 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 K I K A L V E I C A aa 31-40 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 I K A L V E I C A E aa 32-41 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 K A L V E I C A E L aa 33-42 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 A L V E I C A E L E aa 34-43 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 L V E I C A E L E K aa 35-44 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 V E I C A E L E K E aa 36-45 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 E l C A E L E K E G aa 37-46 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 I C A E L E K E G K aa 38-47 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 C A E L E K E G K I* Sequences of 10 aa: aa 30-39 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 KIKALVEICA aa 31-40 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 IKALVEICAE aa 32-41 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 KALVEICAEL aa 33-42 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 ALVEICAELE aa 34-43 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 LVEICAELEK aa 35-44 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 VEICAELEKE aa 36-45 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 E l CAELEKEG aa 37-46 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 ICAELEKEGK aa 38-47 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 CAELEKEGKI
AA 39- 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 48AA 39- 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 48
A E L E K E G K I S aa 40-49 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 E L E K E G K I S K aa 41-50 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 L E K E G K I S K IA E L E K E G K I S aa 40-49 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 E L E K E G K I S K aa 41-50 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 L E K E G K I S K I
* Séquences de 11 aa: aa 30-40 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 K I K A L V E I C A E aa 31-41 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 I K A L V E I C A E L aa 32-42 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 K A L V E I C A E L E aa 33-43 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 A L V E I C A E L E K aa 34-44 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 L V E I C A E L E K E aa 35-45 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 V E I C A E L E K E G aa 36-46 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 E l C A E L E K E G K aa 37-47 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 I C A E L E K E G K I aa 38-48 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 C A E L E K E G K I S aa 39-49 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 A E L E K E G K I S K aa 40-50 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 E L E K E G K I S K I * Séquences de 12 aa: aa 30-41 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 K I K A L V E I C A E L aa 31-42 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 I K A L V E I C A E L E aa 32-43 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 K A L V E I C A E L E K aa 33-44 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 A L V E I C A E L E K E aa 34-45 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 L V E I C A E L E K E G aa 35-46 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 V E I C A E L E K E G K aa 36-47 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 E l C A E L E K E G K I aa 37-48 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 I C A E L E K E G K I S aa 38-49 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 C A E L E K E G K I S K aa 39-50 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 A E L E K E G K I S K I* Sequences of 11 aa: aa 30-40 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 KIKALVEICAE aa 31-41 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 IKALVEICAEL aa 32-42 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 KALVEICAELE aa 33-43 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 ALVEICAELEK aa 34-44 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 LVEICAELEKE aa 35-45 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 VEICAELEKEG aa 36-46 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 E l CAELEKEGK aa 37-47 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 ICAELEKEGKI aa 38-48 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 CAELEKEGKIS aa 39-49 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 AELEKEGKISK aa 40-50 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 ELEKEGKISKI * Sequences of 12 aa: aa 30-41 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 KIKALVEICAEL aa 31-42 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 IKALVEICAELE aa 32-43 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 KALVEICAELEK aa 33-44 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 ALVEICAELEKE aa 34-45 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 LVEICAELEKEG aa 35-46 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 VEICAELEKEGK aa 36-47 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 E l CAELEKEGKI aa 37-48 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 ICAELEKEGKIS aa 38-49 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 CAELEKEGKISK aa 39-50 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 AELEKEGKISKI
* Séquences de 13 aa: aa 30-42 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 K I K A L V E I C A E L E aa 31-43 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 I K A L V E I C A E L E K aa 32-44 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 K A L V E I C A E L E K E aa 33-45 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 A L V E I C A E L E K E G aa 34-46 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 L V E I C A E L E K E G K aa 35-47 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 V E I C A E L E K E G K I aa 36-48 36 37 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 E I A E L E K E G K I S aa 37-49 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 I C A E L E K E G K I S K aa 38-50 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 13 aa: aa 30-42 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 KIKALVEICAELE aa 31-43 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 IKALVEICAELEK aa 32-44 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 KALVEICAELEKE aa 33-45 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 ALVEICAELEKEG aa 34-46 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 LVEICAELEKEGK aa 35-47 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 VEICAELEKEGKI aa 36-48 36 37 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 EIAELEKEGKIS aa 37-49 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 ICAELEKEGKISK aa 38-50 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 CAELEKEGKISKI
* Séquences de 14 aa: aa 30-43 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 K I K A L V E I C A E L E K aa 31-44 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 I K A L V E I C A E L E K E aa 32-45 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 K A L V E I C A E L E K E G aa 33-46 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 A L V E I C A E L E K E G K aa 34-47 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 L V E I C A E L E K E G K I aa 35-48 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 V E I C A E L E K E G K I S aa 36-49 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 E I C A E L E K E G K I S K aa 37-50 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 14 aa: aa 30-43 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 KIKALVEICAELEK aa 31-44 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 IKALVEICAELEKE aa 32-45 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 KALVEICAELEKEG aa 33-46 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 ALVEICAELEKEGK aa 34-47 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 LVEICAELEKEGKI aa 35-48 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 VEICAELEKEGKIS aa 36-49 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 EICAELEKEGKISK aa 37-50 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 ICAELEKEGKISKI
* Séquences de 15 aa: aa 30-44 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 K I K A L V E I C A E L E K E aa 31-45 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 I K A L V E I C A E L E K E G aa 32-46 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 K A L V E I C A E L E K E G K aa 33-47 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 A L V E I C A E L E K E G K I aa 34-48 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 L V E I C A E L E K E G K I S aa 35-49 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 V E I C A E L E K E G K I S K aa 36-50 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 15 aa: aa 30-44 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 KIKALVEICAELEKE aa 31-45 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 IKALVEICAELEKEG aa 32-46 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 KALVEICAELEKEGK aa 33-47 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 ALVEICAELEKEGKI aa 34-48 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 LVEICAELEKEGKIS aa 35-49 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 VEICAELEKEGKISK aa 36-50 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 EICAELEKEGKISKI
* Séquences de 16 aa: aa 30-45 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 K I K A L V E I C A E L E K E G aa 31-46 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 I K A L V E I C A E L E K E G K aa 32-47 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 K A L V E I C A E L E K E G K I aa 33-48 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 A L V E I C A E L E K E G K I S aa 34-49 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 L V E I C A E L E K E G K I S K aa 35-50 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 V E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 16 aa: aa 30-45 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 KIKALVEICAELEKEG aa 31-46 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 IKALVEICAELEKEGK aa 32 -47 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 KALVEICAELEKEGKI aa 33-48 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 ALVEICAELEKEGKIS aa 34-49 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 LVEICAELEKEGKISK aa 35-50 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 VEICAELEKEGKISKI
* Séquences de 17 aa: aa 30-46 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 K I K A L V E I C A E L E K E G K aa 31-47 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 I K A L V E I C A E L E K E G K I aa 32-48 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 K A L V E I C A E L E K E G K I S aa33-49 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 A L V E I C A E L E K E G K I S K aa 34-50 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 L V E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 17 aa: aa 30-46 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 KIKALVEICAELEKEGK aa 31-47 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 IKALVEICAELEKEGKI aa 32-48 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 KALVEICAELEKEGKIS aa33-49 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 ALVEICAELEKEGKISK aa 34-50 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 LVEICAELEKEGKISKI
* Séquences de 18 aa: aa 30-47 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 K l K A L V E I C A E L E K E G K I aa 31-48 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 I K A L V E I C A E L E K E G K I S aa 32-49 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 K A L V E I C A E L E K E G K I S K aa 33-50 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 A L V E I C A E L E K E G K I S K I* 18 aa sequences: aa 30-47 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 K l KALVEICAELEKEGKI aa 31-48 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 IKALVEICAELEKEGKIS aa 32 -49 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 KALVEICAELEKEGKISK aa 33-50 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 ALVEICAELEKEGKISKI
* Séquences de 19 aa: aa 30-48 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S aa 31-49 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 I K A L V E I C A E L E K E G K I S K aa 32-50 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 K A L V E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 19 aa: aa 30-48 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 KIKALVEICAELEKEGKIS aa 31-49 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 IKALVEICAELEKEGKISK aa 32-50 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 KALVEICAELEKEGKISKI
* Séquences de 20 aa: aa 30-49 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S K aa 31-50 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 I K A L V E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 20 aa: aa 30-49 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 KIKALVEICAELEKEGKISK aa 31-50 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 IKALVEICAELEKEGKISKI
* Séquences de 21 aa: aa 30-50 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S K I* Sequences of 21 aa: aa 30-50 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 K I K A L V E I C A E L E K E G K I S K I
Exemple N°6 : Détection de mutations de résistance sur l'APN pro viral isolé des cellules mononucléées sanguines (CMNS) du patient 201#5.Example No. 6: Detection of resistance mutations on pro viral PNA isolated from blood mononuclear cells (CMNS) of patient 201 # 5.
Chez le patient 201#5 traité par NRTI, la détection des mutations de résistance s'est faite dans l'ADN proviral en utilisant un test LiPA VIH-l-RT (voir exemple 3). Le test LiPA permet la définition d'acides aminés mutés de façon ponctuelle au sein d'une séquence donnée et non celle de séquences d'acides nucléiques. La méthode de détection des mutations de résistance sur l'ADN est résumée dans la figure 1.In patient 201 # 5 treated with NRTI, the resistance mutations were detected in the proviral DNA using a LiPA HIV-1-RT test (see example 3). The LiPA test allows the definition of mutated amino acids from time to time within of a given sequence and not that of nucleic acid sequences. The method for detecting resistance mutations in DNA is summarized in Figure 1.
En utilisant ce test, nous avons détecté chez ce patient les mutations 41, 184 et 215. La séquence RT du prélèvement du patient 201#5 est ainsi :Using this test, we detected mutations 41, 184 and 215 in this patient. The RT sequence of patient 201 # 5 is as follows:
Xx41(L)Xxl84(V)Xx215(Y ou F)XxXx41 (L) Xxl84 (V) Xx215 (Y or F) Xx
Dans laquelle Xx représente une séquence de référence en acides aminés.In which Xx represents a reference amino acid sequence.
Exemple N°7 : Evaluation ex-vivo de l'immunogénicité de la mutation 41Example No. 7: Ex-vivo evaluation of the immunogenicity of the mutation 41
(M>L) sur les CMNS du Patient 201#5(M> L) on the CMNS of Patient 201 # 5
La reconnaissance de la mutation 41 (M>L) de la RT par les cellules CD8 productrices d'IFN-gamma est étudiée chez le patient 201#5 traité par NRTI. La mutation 41 avait été détectée sur l'ADN proviral isolé de ces mêmes CMNS( voir exemple 6). La reconnaissance des peptides 33-41 sauvage et muté a été évaluée parThe recognition of the mutation 41 (M> L) of RT by the CD8 cells producing IFN-gamma is studied in patient 201 # 5 treated with NRTI. The mutation 41 had been detected on the proviral DNA isolated from these same CMNS (see example 6). The recognition of wild-type and mutated peptides 33-41 was evaluated by
ELISpot.ELISpot.
La fréquence de reconnaissance du peptide 33-41 muté est de 95 SFC / 106 CMNS et de 3 SFC / 106 CMNS pour le peptide 33-41 sauvage.The recognition frequency of the mutated 33-41 peptide is 95 SFC / 10 6 CMNS and 3 SFC / 10 6 CMNS for the wild type 33-41 peptide.
Exemple N°8 : Structure d'un lipopeptideExample No. 8: Structure of a lipopeptide
La structure générale d'un lipopeptide est décrite dans la figure 2 Un lipopeptide se compose d'un acide palmitique de formule C16H32O2 ou décrit dans le texte comme C15H3rCOOH, d'un résidu lysine (acide aminé basique ajouté à l'extrémité N-terminale du peptide) et d'un peptide dont la structure est choisie au sein des séquences décrites. Pour le peptide 30-50 (séquence B) :The general structure of a lipopeptide is described in FIG. 2 A lipopeptide consists of a palmitic acid of formula C 16 H 32 O 2 or described in the text as C 15 H 3r COOH, of a lysine residue (amino acid basic added to the N-terminus of the peptide) and a peptide whose structure is chosen from the sequences described. For peptide 30-50 (sequence B):
aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
K l K A L V E I C M2 E M3 E K EK l K A L V E I C M2 E M3 E K E
45 46 47 48 49 50 G K I S K l dans lequel M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S; M3 (aa 41) peut être X41 ou être muté en L; l'un au moins de M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.45 46 47 48 49 50 G K I S K l in which M2 (aa 39) can be X39 or be mutated into A, K, N, P, M or S; M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
* Exemple de Lipopeptide construit avec la séquence 30-50 incluant les mutations de résistance 39 et 41 induites par les NRTI* Example of Lipopeptide constructed with the sequence 30-50 including the resistance mutations 39 and 41 induced by NRTIs
aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
K l K A L V E I C A E L E K EK l K A L V E I C A E L E K E
45 46 47 48 49 5045 46 47 48 49 50
G K I S K I Ce peptide est noté sous la forme aa30-aa50 (aa50=I)G K I S K I This peptide is noted in the form aa30-aa50 (aa50 = I)
Dans cet exemple, l'ajout de la lysine se fait sur l'acide aminé 50 qui est une isoleucine (I). La fonction aminé de la chaîne latérale de la lysine est modifiée par un acide palmitique et l'acide aminé C terminal est amidaté selon les réactions suivantes : aa30-aa50-NH2 + lysine -» aa30-aa50-NH-CO-Lysine aa30-aa50 -NH-CO-Lysine + COOH-C15H31 CONH2-aàa30-aa50 -NH-CO-Lysine-NH-CO-C15H31 In this example, the addition of lysine is done on amino acid 50 which is an isoleucine (I). The amino function of the lysine side chain is modified by a palmitic acid and the terminal amino acid C is amidated according to the following reactions: aa30-aa50-NH2 + lysine - »aa30-aa50-NH-CO-Lysine aa30- aa50 -NH-CO-Lysine + COOH-C 15 H 31 CONH2-aàa30-aa50 -NH-CO-Lysine-NH-CO-C 15 H 31
Cette structure varie selon les procédés industriels . Ainsi la lysine peut être ajoutée à l'extrémité C-terminale du peptide.This structure varies according to industrial processes. Thus lysine can be added to the C-terminus of the peptide.
Cette structure est ensuite purifiée et conditionnée selon des procédés industriels répondant aux conditions nécessaires à l'obtention de lots cliniques avant utilisation pour immunisation chez l'homme. This structure is then purified and conditioned according to industrial processes meeting the conditions necessary for obtaining clinical batches before use for immunization in humans.

Claims

REVENDICATIONS
1 . Procédé de traitement de pathologies infectieuses et/ou tumorales comprenant une phase de traitement par chimiothérapie anti-infectieuse et/ou anti-tumorale inducteur de mutations de résistance et une phase de vaccination thérapeutique dirigée contre ces mutations de résistance.1. A method of treating infectious and / or tumor pathologies comprising a phase of treatment with anti-infectious and / or anti-tumor chemotherapy inducing resistance mutations and a phase of therapeutic vaccination directed against these resistance mutations.
2. Agent de traitement des pathologies infectieuses ou tumorales comprenant au moins deux composants :2. Agent for treating infectious or tumor pathologies comprising at least two components:
- le premier composant comprenant un médicament destiné au traitement des pathologies infectieuses et/ou anti-tumorale inducteur de mutations de résistance,the first component comprising a medicament intended for the treatment of infectious and / or anti-tumor pathologies inducing resistance mutations,
- le second composant comportant un vaccin dirigé contre ces mutations de résistance, les deux composants étant destinés à une utilisation simultanée, séparée ou séquentielle dans le temps.- the second component comprising a vaccine directed against these resistance mutations, the two components being intended for simultaneous, separate or sequential use over time.
3. Peptides de 8 à 80 acides aminés de la séquence de la transcriptase inverse de VIH comportant au moins une mutation par substitution et/ou par insertion simple ou multiple par rapport à des séquences de référence de la transcriptase inverse établies en l'absence de tout traitement, mutation observée à la suite d'un traitement aux NRTI et ou NNRTI dans des patients infectés par le VIH, les peptides étant capables d'induire une réponse médiée par les lymphocytes T spécifique de cette séquence mutée de la transcriptase inverse de VIH, à l'exception des peptides de séquence Zj-Y-V-D-D-Zj, ZrY- I-D-D-Z2 et ZrY-L-D-D-Z2 avec Zj et Z2 étant au moins un acide aminé quelconque.3. Peptides of 8 to 80 amino acids of the HIV reverse transcriptase sequence comprising at least one mutation by substitution and / or single or multiple insertion with respect to reference sequences of reverse transcriptase established in the absence of any treatment, mutation observed following treatment with NRTI and or NNRTI in patients infected with HIV, the peptides being capable of inducing a response mediated by T lymphocytes specific for this mutated sequence of HIV reverse transcriptase , with the exception of peptides of sequence Zj-YVDDZ j , Z r Y-IDDZ 2 and Z r YLDD-Z2 with Zj and Z 2 being at least any amino acid.
4. Peptides selon la revendication 3, caractérisés par le fait qu'ils comportent de préférence de 15 à 50 acides aminés.4. Peptides according to claim 3, characterized in that they preferably contain from 15 to 50 amino acids.
5. Peptides selon l'une des revendications 3 ou 4, caractérisés par le fait que leur séquence peptidique peut être précédée ou suivie par un ou des acides aminés neutres pour solubiliser ou stabiliser les peptides.5. Peptides according to one of claims 3 or 4, characterized in that their peptide sequence can be preceded or followed by one or more neutral amino acids to dissolve or stabilize the peptides.
6. Peptides selon l'une quelconque des revendications 3 à 5, de séquence ou partie de séquence suivante comportant au moins une mutation Mp : n6. Peptides according to any one of claims 3 to 5, of sequence or part of the following sequence comprising at least one Mp mutation: n
- avec X (qui sera écrit pour la commodité de ce qui suit : Xn) étant un acide aminé correspondant à celui décrit dans la banque de données de Los Alamos à la même position de la séquence peptidique de la transcriptase inverse de VLH-1 et n étant la position d'un acide aminé (aa) décrit dans la banque de données de Los Alamos dans la séquence de la transcriptase inverse de VIH-1.- with X (which will be written for the convenience of the following: Xn) being an amino acid corresponding to that described in the Los Alamos database at the same position of the peptide sequence of the VLH-1 reverse transcriptase and n being the position of an acid amino (aa) described in the Los Alamos database in the HIV-1 reverse transcriptase sequence.
- avec Mp étant un acide aminé muté et p étant le numéro de la mutation observée.- with Mp being a mutated amino acid and p being the number of the mutation observed.
* Séquence A : aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15* Sequence A: aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
X X X X X Ml X X X X X X X X X dans laquelle Ml (aa 6) peut être muté en K, G ou SX X X X X Ml X X X X X X X X X in which Ml (aa 6) can be mutated into K, G or S
* Séquence B: aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44* Sequence B: aa 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
X X X X X X X X X M2 X M3 X X XX X X X X X X X X M2 X M3 X X X
45 46 47 48 49 5045 46 47 48 49 50
X X X X X X dans laquelle M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S;X X X X X X in which M2 (aa 39) may be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41 ou être muté en L; l'un au moins de M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence C aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15Sequence C aa 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
X X X X X Ml X X X X X X X X XX X X X X Ml X X X X X X X X X X
16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 3016 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
X X X X X X X X X X X X X X XX X X X X X X X X X X X X X X
31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 4531 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45
X X X X X X X X M2 X M3 X X X XX X X X X X X X M2 X M3 X X X X
46 47 48 49 50 5146 47 48 49 50 51
X X X X X X dans laquelle Ml (aa 6) peut être X6 ou être muté en K, G ou S ;X X X X X X in which Ml (aa 6) can be X6 or be mutated into K, G or S;
M2 (aa 39) peut être X39 ou être muté en A, K, N, P, M ou S ;M2 (aa 39) can be X39 or be mutated to A, K, N, P, M or S;
M3 (aa 41) peut être X41ou être muté en L ; l'un au moins de Ml, M2 et M3 représentant un acide aminé portant une mutation.M3 (aa 41) can be X41 or be mutated to L; at least one of Ml, M2 and M3 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence DSequence D
53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 X X X X X X X X X M4 X X M5 X M6 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 8253 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 XXXXXXXXX M4 XX M5 X M6 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82
M7 M8 M9 X X X M10 Mil X M12 X X X X XM7 M8 M9 X X X M10 Mil X M12 X X X X X
83 84 85 8683 84 85 86
X X X X dans laquelle M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V;X X X X in which M4 (aa 62) may be X62 or be mutated to V;
M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R;M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R;
M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G;M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G;
M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ;M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N;
M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ; M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S; M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I; Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T; M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; l'un au moins de M4 à M12 représentant un acide aminé portant une mutation.M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX; M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T; M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; at least one of M4 to M12 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence ESequence E
51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 aa51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 aa
X X X X X X X X X X X M4 X X M5X X X X X X X X X X X M4 X X M5
66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 8066 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80
X M6 M7 M8 M9 X X X M10 Mil X M12 X X XX M6 M7 M8 M9 X X X M10 Mil X M12 X X X
81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 9581 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
X X X X X X X M13 M14 M15 X X X X XX X X X X X X M13 M14 M15 X X X X X
96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 11C96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 11C
X X M16 X M17 M18 X M19 X X M20 X M21 X XX X M16 X M17 M18 X M19 X X M20 X M21 X X
111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125
X X X X M22 M23 X X M24 X X X XX X X X M22 M23 X X M24 X X X X
126 127 128126 127 128
X X X dans laquelle M4 (aa 62) peut être X62 ou être muté en V; M5 (aa 65) peut être X65 ou être muté en R; M6 (aa 67) peut être X67 ou être muté en N ou G; M7 (aa 68) peut être X68 ou être muté en G ou N ; M8 (aa 69) peut être X69 ou être muté en D, N, S, A, ou combiné avec de multiples insertions comme SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, ou XXX ; M9 (aa 70) peut être X70 ou être muté en R, N, E ou S; M10 (aa 74) peut être X74 ou être muté en V ou I; Ml 1 (aa 75) peut être X75 ou être muté en M, I, L ou T; M12 (aa 77) peut être X77 ou être muté en L; M13 (aa 88) peut être X88 ou être muté en C; M14 (aa 89) peut être X89 ou être muté en G ; M15 (aa 90) peut être X90 ou être muté en I; M16 (aa 98) peut être X98 ou être muté en G ou S; M17 (aa 100) peut être X100 ou être muté en I; M18 (aa 101) peut être X101 ou être muté en E, Q, R, I ou P; M19 (aa 103) peut être X103 ou être muté en N, Q, R, T ou S; M20 (aa 106) peut être X106 ou être muté en A, I ou L; M21 (aa 108) peut être X108 ou être muté en I; M22 (aa 115) peut être XI 15 ou être muté en F; M23 (aa 116) peut être XI 16 ou être muté en Y; M24 (aa 119) peut être XI 19 ou être muté en S; l'un au moins de M4 à M24 représentant un acide aminé portant une mutation.XXX in which M4 (aa 62) can be X62 or be mutated to V; M5 (aa 65) can be X65 or be mutated to R; M6 (aa 67) can be X67 or be mutated to N or G; M7 (aa 68) can be X68 or be mutated to G or N; M8 (aa 69) can be X69 or be mutated to D, N, S, A, or combined with multiple inserts like SG, SX, SSA, SSG, SSS, SEA, STS, ASG, SXX, or XXX; M9 (aa 70) can be X70 or be mutated to R, N, E or S; M10 (aa 74) can be X74 or be mutated into V or I; Ml 1 (aa 75) can be X75 or be mutated to M, I, L or T; M12 (aa 77) can be X77 or be mutated to L; M13 (aa 88) can be X88 or be mutated to C; M14 (aa 89) can be X89 or be mutated to G; M15 (aa 90) can be X90 or be mutated to I; M16 (aa 98) can be X98 or be mutated into G or S; M17 (aa 100) can be X100 or be mutated to I; M18 (aa 101) can be X101 or be mutated to E, Q, R, I or P; M19 (aa 103) can be X103 or be mutated to N, Q, R, T or S; M20 (aa 106) can be X106 or be mutated to A, I or L; M21 (aa 108) can be X108 or be mutated to I; M22 (aa 115) can be XI 15 or be mutated to F; M23 (aa 116) can be XI 16 or be mutated to Y; M24 (aa 119) can be XI 19 or be mutated to S; at least one of M4 to M24 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence F aa 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 X X X X X X X X X M25 M26 X M27 X XSequence F aa 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 X X X X X X X X X M25 M26 X M27 X X
144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 X X X X X X X M28 X X X X X M29 X144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 X X X X X X X M28 X X X X X M29 X
159 160 161 162 163 164 165 166 X X X X X X X X dans laquelle M25 (aa 138) peut être X138 ou être muté en A, G, K ou Q;159 160 161 162 163 164 165 166 X X X X X X X X in which M25 (aa 138) can be X138 or be mutated into A, G, K or Q;
M26 (aa 139) peut être X139 ou être muté en I, M ou K;M26 (aa 139) can be X139 or be mutated to I, M or K;
M27 (aa 141) peut être X141 ou être muté en E ;M27 (aa 141) can be X141 or be mutated to E;
M28 (aa 151) peut être X151 ou être muté en M;M28 (aa 151) can be X151 or be mutated to M;
M29 (aa 157) peut être X157 ou être muté en S ; l'un au moins de M25 à M29 représentant un acide aminé portant une mutation.M29 (aa 157) can be X157 or be mutated to S; at least one of M25 to M29 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence G 1 63 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 aaSequence G 1 63 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 aa
X X X X X X X X X M30 X X X X XX X X X X X X X X M30 X X X X X
178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 M31 M32 X M33 X X M34 X X X M35 M35 M37 X X178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 M31 M32 X M33 X X M34 X X X M35 M35 M37 X X
193 194 195 196 197 198 199 X X X X X X X dans laquelle M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;193 194 195 196 197 198 199 X X X X X X X in which M30 (aa 172) can be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M, L ou F;M31 (aa 178) can be X178 or be mutated to M, L or F;
M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être X181 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T;M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T;
M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ;M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H;
M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I;M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M30 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M30 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence HH sequence
169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 aa169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 aa
X X X M30 X X X X X M31 M32 X M33 X XX X X M30 X X X X X M31 M32 X M33 X X
184 185 M34 X dans laquelle M30 (aa 172) peut être X172 ou être muté en K;184 185 M34 X in which M30 (aa 172) may be X172 or be mutated to K;
M31 (aa 178) peut être X178 ou être muté en M, L ou F;M31 (aa 178) may be X178 or be mutated to M, L or F;
M32 (aa 179) peut être X179 ou être muté en I, L, D ou E;M32 (aa 179) can be X179 or be mutated into I, L, D or E;
M33 (aa 181) peut être X181 ou être muté en C ou I;M33 (aa 181) can be X181 or be mutated to C or I;
M34 (aa 184) peut être XI 84 ou être muté en V, I ou T; l'un au moins de M30 à M34 représentant un acide aminé portant une mutation.M34 (aa 184) can be XI 84 or be mutated to V, I or T; at least one of M30 to M34 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence ISequence I
aa 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 M34 X X X M35 M36 M37 X X X X X X X X X dans laquelle M34 (aal84) peut être XI 84aa 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 M34 X X X M35 M36 M37 X X X X X X X X X in which M34 (aal84) can be XI 84
M35 (aa 188) peut être X188 ou être muté en L, C ou H ; M36 (aa 189) peut être XI 89 ou être muté en I;M35 (aa 188) can be X188 or be mutated into L, C or H; M36 (aa 189) can be XI 89 or be mutated to I;
M37 (aa 190) peut être X190 ou être muté en A, S, E, Q ou T; l'un au moins de M34 à M37 représentant un acide aminé portant une mutation.M37 (aa 190) can be X190 or be mutated to A, S, E, Q or T; at least one of M34 to M37 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence J aa 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 X X X X X X X X X M38 X M39 M40 X XSequence J aa 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 X X X X X X X X X M38 X M39 M40 X X
214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 X X X M43 X X X M44 X M45 X M46 M47214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 M41 M42 X X X M43 X X X M44 X M45 X M46 M47
229 230 23 1 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 X X X X M48 M49 X M50 X M51 X M52 X X X229 230 23 1 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 X X X X M48 M49 X M50 X M51 X M52 X X X
244 245 246 247 248 249 X X X X X X dans laquelle M38 (aa 208) peut être X208 ou être muté en Y;244 245 246 247 248 249 X X X X X X in which M38 (aa 208) may be X208 or be mutated to Y;
M39 (aa 210) peut être X210 ou être muté en W;M39 (aa 210) can be X210 or be mutated to W;
M40 (aa 211) peut être X211 ou être muté en K, A, E, N, D, G ou Q;M40 (aa 211) can be X211 or mutated to K, A, E, N, D, G or Q;
M41 (aa 214) peut être X214 ou être muté en L ou F;M41 (aa 214) can be X214 or be mutated into L or F;
M42 (aa 215) peut être X215 ou être muté en Y, F ou C;M42 (aa 215) can be X215 or be mutated to Y, F or C;
M43 (aa 219) peut être X219 ou être muté en Q, E N, R, T ou W;M43 (aa 219) can be X219 or be mutated to Q, E N, R, T or W;
M44 (aa 223) peut être X223 ou être muté en Q;M44 (aa 223) can be X223 or be mutated to Q;
M45 (aa 225) peut être X225 ou être muté en H;M45 (aa 225) can be X225 or be mutated to H;
M46 (aa 227) peut être X227 ou être muté en L;M46 (aa 227) can be X227 or be mutated to L;
M47 (aa 228) peut être X228 ou être muté en R, H ou F;M47 (aa 228) can be X228 or be mutated to R, H or F;
M48 (aa 233) peut être X233 ou être muté en V ou N;M48 (aa 233) can be X233 or be mutated to V or N;
M49 (aa 234) peut être X234 ou être muté en I, H ou P;M49 (aa 234) can be X234 or be mutated into I, H or P;
M50 (aa 236) peut être X236 ou être muté en M, S ou L;M50 (aa 236) can be X236 or be mutated to M, S or L;
M51 (aa 238) peut être X238 ou être muté en T ou S;M51 (aa 238) can be X238 or be mutated to T or S;
M52 (aa 240) peut être X240 ou être muté en A, D ou I; l'un au moins de M38 à M52 représentant un acide aminé portant une mutation.M52 (aa 240) can be X240 or be mutated to A, D or I; at least one of M38 to M52 representing an amino acid carrying a mutation.
Séquence K aa 324 325 326 327 328 329 330 33 1 332 333 334 335 336 337 338Sequence K aa 324 325 326 327 328 329 330 33 1 332 333 334 335 336 337 338
X X X X X X X X X M53 X X X X XX X X X X X X X X M53 X X X X X
339 340 341 342 X X X X dans laquelle M53 (aa 333) peut être muté en E ou D;339 340 341 342 XXXX wherein M53 (aa 333) can be mutated to E or D;
7. Composition pharmaceutique, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins un peptide selon les revendications 3 à 6, dispersé dans des excipients pharmaceutiquement acceptables.7. Pharmaceutical composition, characterized in that it comprises at least one peptide according to claims 3 to 6, dispersed in pharmaceutically acceptable excipients.
8. Peptides selon l'une des revendications 3 à 6 ou composition selon la revendication 5, pour leur utilisation à titre de vaccin.8. Peptides according to one of claims 3 to 6 or composition according to claim 5, for their use as a vaccine.
9. Vaccin caractérisé par le fait qu'il contient au moins un peptide tel que défini dans l'une quelconque des revendications 3 à 6.9. Vaccine characterized in that it contains at least one peptide as defined in any one of claims 3 to 6.
10. Vaccin caractérisé par le fait qu'il contient au moins un peptide tel que défini dans l'une quelconque des revendications 3 à 6 auquel sont ajoutés des immunomodulateurs tels que des cytokines ou chimiokines.10. Vaccine characterized in that it contains at least one peptide as defined in any one of claims 3 to 6 to which are added immunomodulators such as cytokines or chemokines.
11. Vaccin caractérisé par le fait qu'il contient au moins un peptide tel que défini dans l'une quelconque des revendications 3 à 6 auquel sont ajoutés des adjuvants tels que des lipides (acides gras, phospholipides, adjuvant incomplet de Freund), des copolymères anioniques, des motifs CpG11. Vaccine characterized in that it contains at least one peptide as defined in any one of claims 3 to 6 to which are added adjuvants such as lipids (fatty acids, phospholipids, incomplete Freund's adjuvant), anionic copolymers, CpG units
12. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est couplé à un lipopeptide.12. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is coupled to a lipopeptide.
13. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est couplé à une lipoprotéine.13. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is coupled to a lipoprotein.
14. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est couplé à des micro ou nano particules (a définir).14. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is coupled to micro or nanoparticles (to be defined).
15. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est couplé à un ou des liposomes.15. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is coupled to one or more liposomes.
16. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est couplé à un ou des niosomes.16. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is coupled to one or more niosomes.
17. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans un virus recombinant.17. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in a recombinant virus.
18. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans un virus atténué ou inactivé.18. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in an attenuated or inactivated virus.
19. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans un vecteur viral recombinant. 19. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in a recombinant viral vector.
20. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans une bactérie recombinante.20. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in a recombinant bacterium.
21. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans un vecteur bactérien recombinant.21. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in a recombinant bacterial vector.
22. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'au moins un peptide selon les revendications 3 à 6 est exprimé dans une cellule présentatrice d'antigène.22. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that at least one peptide according to claims 3 to 6 is expressed in an antigen presenting cell.
23. Vaccin selon l'une des revendications 9 à 11, caractérisé par le fait qu'il comporte au moins un ADN nu codant au moins un peptide tel que décrit dans l'une quelconque des revendications 3 à 6.23. Vaccine according to one of claims 9 to 11, characterized in that it comprises at least one naked DNA coding for at least one peptide as described in any one of claims 3 to 6.
24. Agent de traitement des malades infectés par le VIH, comportant au moins deux compositions, la première composition comprenant au moins un médicament de la famille des NRTI et/ou NNRTI, et la seconde composition comportant au moins un peptide tel que défini dans l'une quelconque des revendications 3 à 6, ces compositions étant destinées à une application séquentielle, séparée ou non dans le temps ou simultanée.24. Agent for treating patients infected with HIV, comprising at least two compositions, the first composition comprising at least one medicament from the NRTI and / or NNRTI family, and the second composition comprising at least one peptide as defined in 'any one of claims 3 to 6, these compositions being intended for a sequential application, separate or not in time or simultaneous.
25. Procédé de prévention ou traitement d'une infection par le virus VIH consistant en l'induction d'une réponse immunitaire de type T spécifique en réponse à l'administration d'un vaccin tel que décrit dans l'une quelconque des revendications 9 à 23.25. A method of preventing or treating an infection with the HIV virus consisting in inducing a specific type T immune response in response to the administration of a vaccine as described in any one of claims 9 at 23.
26. Procédé selon la revendication 25, caractérisé par le fait que la ou les mutations du virus VLH se situent dans l'enzyme transcriptase inverse.26. The method of claim 25, characterized in that the mutation or mutations of the VLH virus are located in the enzyme reverse transcriptase.
27. Séquences peptidiques de 8 à 20 acides aminés, caractérisées par le fait qu'elles sont reconnues en tant que séquences épitopiques par les cellules T spécifiques des séquences peptidiques vaccinales introduites à la vaccination.27. Peptide sequences of 8 to 20 amino acids, characterized in that they are recognized as epitopic sequences by the T cells specific for the peptide vaccine sequences introduced for vaccination.
28. Séquences épitopiques selon la revendication 27, caractérisées par le fait qu'elles sont des séquences peptidiques de 8 à 20 acides aminés contigus choisies dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp.28. Epitopic sequences according to claim 27, characterized in that they are peptide sequences of 8 to 20 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
29. Séquences épitopiques selon la revendication 27, caractérisées par le fait qu'elles sont des séquences peptidiques de 8 à 10 acides aminés contigus choisies dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp.29. Epitopic sequences according to claim 27, characterized in that they are peptide sequences of 8 to 10 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation.
30. Séquences épitopiques selon la revendication 27, caractérisées par le fait qu'elles sont des séquences peptidiques de 9 acides aminés contigus choisies dans les séquences peptidiques de A à K possédant au moins une mutation Mp 30. Epitopic sequences according to claim 27, characterized in that they are peptide sequences of 9 contiguous amino acids chosen from the peptide sequences from A to K having at least one Mp mutation
3 1 . Utilisation des séquences épitopiques selon l'une quelconque des revendications 27 à 30, pour la détermination et la quantification des cellules T spécifiques de ces séquences épitopiques.3 1. Use of the epitopic sequences according to any one of claims 27 to 30, for the determination and quantification of the T cells specific for these epitopic sequences.
32. Composition diagnostique de détermination des cellules T spécifiques de ces séquences épitopiques caractérisée par le fait qu'elle comprend au moins une séquence épitopique telle que définie dans l'une quelconque des revendications 27 à 30. 32. A diagnostic composition for determining the T cells specific for these epitopic sequences, characterized in that it comprises at least one epitopic sequence as defined in any one of claims 27 to 30.
EP01969902A 2001-09-14 2001-09-14 Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes Withdrawn EP1425391A1 (en)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/FR2001/002872 WO2003025166A1 (en) 2001-09-14 2001-09-14 Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes

Publications (1)

Publication Number Publication Date
EP1425391A1 true EP1425391A1 (en) 2004-06-09

Family

ID=8860669

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EP01969902A Withdrawn EP1425391A1 (en) 2001-09-14 2001-09-14 Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20050074463A1 (en)
EP (1) EP1425391A1 (en)
JP (1) JP2005503418A (en)
CA (1) CA2460377A1 (en)
WO (1) WO2003025166A1 (en)

Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE102004052877B4 (en) * 2004-11-02 2008-06-19 Ebewe Pharma Ges.M.B.H. Nfg.Kg Stable aqueous formulations of a platinum derivative
WO2006091798A2 (en) * 2005-02-22 2006-08-31 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Vaccines and methods for prevention and treatment of drug-resistant hiv-1 and hepatitis b virus
EP2371381A3 (en) * 2005-07-11 2012-07-18 Globeimmune, Inc. Compositions and methods for eliciting an immune response to escape mutants of targeted therapies
RU2505313C2 (en) * 2007-03-19 2014-01-27 Глоубиммьюн, Инк. Compositions and methods for target elimination of mutation escape in target cancer therapy
US9597379B1 (en) 2010-02-09 2017-03-21 David Gordon Bermudes Protease inhibitor combination with therapeutic proteins including antibodies
US8771669B1 (en) 2010-02-09 2014-07-08 David Gordon Bermudes Immunization and/or treatment of parasites and infectious agents by live bacteria
US8524220B1 (en) 2010-02-09 2013-09-03 David Gordon Bermudes Protease inhibitor: protease sensitivity expression system composition and methods improving the therapeutic activity and specificity of proteins delivered by bacteria
US9737592B1 (en) 2014-02-14 2017-08-22 David Gordon Bermudes Topical and orally administered protease inhibitors and bacterial vectors for the treatment of disorders and methods of treatment
US11129906B1 (en) 2016-12-07 2021-09-28 David Gordon Bermudes Chimeric protein toxins for expression by therapeutic bacteria
US11180535B1 (en) 2016-12-07 2021-11-23 David Gordon Bermudes Saccharide binding, tumor penetration, and cytotoxic antitumor chimeric peptides from therapeutic bacteria

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2002538770A (en) * 1998-11-10 2002-11-19 ユニバーシティ オブ ノース カロライナ アット チャペル ヒル Viral vectors and methods for their production and administration

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HAAS ET AL: "Cytotoxic T-cell responses to HIV-1 reverse transcriptase, integrase and protease", AIDS, LONDON, GB, vol. 12, no. 12, 1998, pages 1427 - 1436, XP002117622, ISSN: 0269-9370 *
MASQUELIER B ET AL: "GENOTYPIC AND PHENOTYPIC RESISTANCE PATTERNS OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 VARIANTS WITH INSERTIONS OR DELETIONSIN THE REVERSE TRANSCRIPTASE (RT): MULTICENTER STUDY OF PATIENTS TREATED WITH RT INHIBITORS", ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, AMERICAN SOCIETY FOR MICROBIOLOGY, WASHINGTON, DC, US, vol. 45, no. 6, June 2001 (2001-06-01), pages 1836 - 1842, XP001016398, ISSN: 0066-4804 *
MELLORS J W ET AL: "MUTATIONS IN HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE AND PROTEASE ASSOCIATED WITH DRUG RESISTANCE", INTERNATIONAL ANTIVIRAL NEWS, CHURCHILL LIVINGSTONE, EDINBURGH, GB, vol. 3, 1995, pages 8 - 13, XP000614717, ISSN: 0965-2310 *
MILLER V ET AL: "MUTATIONAL PATTERNS IN THE HIV GENOME AND CROSS-RESISTANCE FOLLOWING NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE ANALOGUE DRUG EXPOSURE", ANTIVIRAL THERAPY, MTM PUBLICATIONS, LONDON, GB, vol. 6, no. SUPPL 3, 2001, pages 25 - 44, XP001146546, ISSN: 1359-6535 *
See also references of WO03025166A1 *

Also Published As

Publication number Publication date
JP2005503418A (en) 2005-02-03
CA2460377A1 (en) 2003-03-14
WO2003025166A1 (en) 2003-03-27
US20050074463A1 (en) 2005-04-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Takahashi et al. An immunodominant epitope of the human immunodeficiency virus envelope glycoprotein gp160 recognized by class I major histocompatibility complex molecule-restricted murine cytotoxic T lymphocytes.
Daniel et al. Protective effects of a live attenuated SIV vaccine with a deletion in the nef gene
US10335482B2 (en) Method of inducing an anti-HIV-1 immune response comprising administering a C5/TM-GP41 peptide dimer
JP3871708B2 (en) Antigenically labeled non-infectious retrovirus-like particles
BRPI0714714A2 (en) compositions of human endogenous retrovirus polypeptide and (herv) and their methods and uses
Ahmad The vertical transmission of human immunodeficiency virus type 1: molecular and biological properties of the virus
US5336758A (en) Peptides stimulating cytotoxic T cells immune to HIV RT
EP1425391A1 (en) Therapeutic vaccination method, mutated peptides of hiv reverse transcriptase and their use for vaccination and diagnostic purposes
US20040223977A1 (en) Fusion peptide HIV vaccines
Bachelez et al. Oligoclonal expansion of HIV-specific cytotoxic CD8 T lymphocytes in the skin of HIV-1-infected patients with cutaneous pseudolymphoma.
US5747526A (en) Anti-HIV /Aids Chemo(C)-, immuno(I)-, or ci-therapy using tur (or related compounds) and/or NVA (or EPV)
GARDNER Vaccination against SIV infection and disease
Nardelli et al. Cellular immune responses induced by in vivo priming with a lipid-conjugated multimeric antigen peptide.
JP6152944B2 (en) Bound immunogenic composition and uses thereof
EP0783038A1 (en) Recombinant viral pseudoparticles and their applications as vaccines or as antitumour agents
JP2010029217A (en) Hiv-specific ctl inducing peptide and medicament for preventing or treating aids comprising the peptide
Wainberg et al. Vaccine and antiviral strategies against infections caused by human immunodeficiency virus.
JP2014512353A (en) Antiviral composition
US9682137B2 (en) Mutant human and simian immunodeficiency virus ENV proteins with reduced immunosuppressive properties
JP2002501369A (en) FIV vaccine
US20210317192A9 (en) Hiv-1 specific immunogen compositions and methods of use
RU2600162C1 (en) Method of treating and preventing hiv infection of type 1 subtype a
Wang et al. Pattern of gp120 sequence divergence linked to a lack of clinical progression in human immunodeficiency virus type 1 infection.
EP2821082A1 (en) Method of producing an inactivated lentivirus, especially HIV, vaccine, kit and method of use
Tijhaar Lentivirus Vaccine Development: Antigen presentation by Salmonella and iscom

Legal Events

Date Code Title Description
PUAI Public reference made under article 153(3) epc to a published international application that has entered the european phase

Free format text: ORIGINAL CODE: 0009012

17P Request for examination filed

Effective date: 20040304

AK Designated contracting states

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): AT BE CH CY DE DK ES FI FR GB GR IE IT LI LU MC NL PT SE TR

AX Request for extension of the european patent

Extension state: AL LT LV MK RO SI

17Q First examination report despatched

Effective date: 20060816

STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: THE APPLICATION IS DEEMED TO BE WITHDRAWN

18D Application deemed to be withdrawn

Effective date: 20111018