EP1281072A2 - Method and device for separating marked biopolymers - Google Patents

Method and device for separating marked biopolymers

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Publication number
EP1281072A2
EP1281072A2 EP01945120A EP01945120A EP1281072A2 EP 1281072 A2 EP1281072 A2 EP 1281072A2 EP 01945120 A EP01945120 A EP 01945120A EP 01945120 A EP01945120 A EP 01945120A EP 1281072 A2 EP1281072 A2 EP 1281072A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
microcapillaries
takes place
biopolymers
separation
gel matrix
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP01945120A
Other languages
German (de)
French (fr)
Inventor
Rudolf Rigler
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Gnothis Holding SA
Original Assignee
Gnothis Holding SA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Gnothis Holding SA filed Critical Gnothis Holding SA
Publication of EP1281072A2 publication Critical patent/EP1281072A2/en
Withdrawn legal-status Critical Current

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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
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    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing

Definitions

  • the invention relates to a method and a device for the detection of labeled biopolymers, in particular nucleic acid fragments in a gel matrix, a parallel separation taking place in a multiplicity of microcapillaries filled with a gel matrix.
  • labeled DNA molecules are modified chemically in a base-specific manner, partial strand termination is effected, the fragments thus obtained are separated according to size and the sequence is determined on the basis of the label.
  • the object underlying the present invention was to provide a method for the separation of labeled biopolymers and in particular labeled nucleic acid fragments, in which the disadvantages of the prior art are at least partially eliminated, and which in particular enables parallel separation and detection of a large number of traces.
  • This object is achieved by a method for the separation of labeled biopolymers in a gel matrix, the method being characterized in that a parallel separation takes place in a multiplicity of microcapillaries filled with a gel matrix.
  • the method according to the invention enables the separation of labeled biopolymers, for example nucleic acid fragments, in particular DNA or RNA molecules, but also other biopolymers such as peptides, proteins, saccharides.
  • the method is particularly preferably used for the separation of nucleic acid fragment mixtures of different lengths, as they arise in a sequencing reaction.
  • the gel matrix is preferably separated according to the size and / or charge of the biopolymers.
  • non-radioactive labeling groups and particularly preferably labeling groups detectable by optical methods are suitable as labels for the biopolymers.
  • suitable fluorescent labeling groups are rhodamine, Texas red, phycoerythrin, fluorescein or other fluorescent dyes customary in sequencing technology.
  • the labeled biopolymers are separated in parallel in a large number of microcapillaries, it being possible for the microcapillaries to be integrated in a compact body, for example a plate or a block. At least 10 3 microcapillaries and particularly preferably at least 10 5 microcapillaries, for example about 10 6 microcapillaries, are preferably used.
  • the microcapillaries preferably have an essentially identical diameter, which can be in the range from preferably 0.5 ⁇ m to 10 ⁇ m and particularly preferably from 1 ⁇ m to 5 ⁇ m. Furthermore, the microcapillaries preferably have an essentially identical length, which can be in the range from 5 mm or longer, preferably from 5 mm to 200 mm and particularly preferably from 5 mm to 100 mm, and is therefore considerably smaller than in conventional sequencing gels.
  • microcapillaries Suitable arrangements which contain a sufficient number of microcapillaries are, for example, microchannel plates made of glass, such as are used as photomultipliers in night vision detectors. These microchannel plates can be filled with a solution forming the gel matrix by capillary forces. Gel formation can take place within the capillaries after filling.
  • the gel matrix is particularly preferably a denaturing polyacrylamide gel, e.g. Polyacrylamide urea gel.
  • the biopolymers are separated in the microcapillaries of the gel matrix by electrophoretic and / or electroosmotic methods, an electric field being applied, for example, between both ends of the microchannel plate. Due to the short length of the microcapillaries, the separation in the gel matrix can be carried out using a considerably lower voltage than with conventional sequencing gels, e.g. are in the range from 10 to 100 V.
  • the separation method according to the invention takes place in combination with automatic sample application with position addressing of the individual samples.
  • corresponding inkjet or micropipetting devices can be used, with which the approaches to be separated in the respective microcapillaries, e.g. B.
  • a nucleic acid sequencing reaction can be applied to individual openings of the microchannel plate.
  • a sample volume of 10 "12 to 10 " 6 I is applied per microchannel.
  • the method according to the invention preferably further comprises an automatic position-specific detection of the nucleic acid fragments separated in the microchannels.
  • This position-specific detection can include confocal and / or time-resolved detection.
  • the fluorescent markers can be excited via an optical dot matrix, for example a dot matrix of laser dots generated by diffractive optics or a quantum well laser.
  • a confocal detector matrix can be used, which can be an arrangement of fiber-coupled avalanche photodiodes or an avalanche photodiode matrix.
  • an electronic detector matrix for example a CCD camera, can be used, with which a time-resolved detection is made possible.
  • the method according to the invention enables the parallel evaluation of up to more than 1 0 6 , for example 10 7 individual channels.
  • the detection can be carried out according to the method of fluorescence correlation spectroscopy (FCS) described in European Patent 0 679 251.
  • FCS fluorescence correlation spectroscopy
  • This method preferably comprises the measurement of one or a few sample molecules in a measurement volume, the concentration of the molecules to be determined being ⁇ 1 0 '6 mol / l and the measurement volume preferably being ⁇ 1 0 "14 I.
  • the measurement volume preferably is made to the disclosure of European patent 0 679 251. O 01/85990
  • the detection can also be carried out by a time-resolved decay measurement, a so-called time gating, as described, for example, by Rigler et al: Picosecond Single Photon Fluorescence Spectroscopy of Nucleic Acids, in: "Ultrafast Phenomena", D.H. Auston, ed. Springer 1 984.
  • the fluorescence molecules are excited within a measurement volume and then - preferably at a time interval of> 100 ps - the detection interval is opened at the photodetector. In this way, background signals generated by Raman effects can be kept sufficiently low to enable essentially interference-free detection.
  • Another object of the invention is a device for separating labeled nucleic acid fragments by size, comprising (a) a plurality of microcapillaries filled with a gel matrix, (b) means for automatic sample application into the microcapillaries
  • the device can furthermore comprise automatic manipulation devices for positioning microchannel plates in automatic sequencing devices, heating or cooling devices such as Peltier elements in order to maintain a substantially constant temperature, reservoirs and optionally supply lines for sample liquids and reagents as well as electronic evaluation devices.
  • automatic manipulation devices for positioning microchannel plates in automatic sequencing devices, heating or cooling devices such as Peltier elements in order to maintain a substantially constant temperature, reservoirs and optionally supply lines for sample liquids and reagents as well as electronic evaluation devices.
  • the method according to the invention and the device according to the invention can be used for all electrophoretic or electroosmotic methods, for example for the resolution of products of a nucleic acid sequencing reaction, for the analysis of protein fragments or for genome, transcriptome or proteome analysis.
  • the present invention is further to be illustrated by the following figures and examples. Show it:
  • Figure 1 is a schematic representation of a device suitable for performing the method according to the invention.
  • the device contains a microchannel plate (2) with approximately 10 6 microchannels (4) for the separation of nucleic acid fragments.
  • the device also contains an inkjet device (6) for automatic sample application into individual microcapillaries with position addressing and an automatic position-specific detector (8) with which labeled nucleic acids which have passed through the microcapillaries can be detected. The migration of the nucleic acids takes place in an electrical field (from minus to plus).
  • Figure 2 shows a cross section through a microchannel plate.
  • Microchannels (4) are provided with a gel matrix, e.g. filled with a polyacrylamide / 6 M urea gel.

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Abstract

The invention relates to a method and a device for detecting marked biopolymers, especially nucleic acid fragments in a gel matrix. A parallel separation takes place in a number of microcapillaries that are filled with a gel matrix.

Description

Verfahren und Vorrichtung zur Auftrennung von markierten BiopolymerenMethod and device for the separation of labeled biopolymers
Beschreibungdescription
Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine Vorrichtung zum Nachweis von markierten Biopolymeren, insbesondere Nukleinsaurefragmenten in einer Gelmatrix, wobei eine parallele Auftrennung in einer Vielzahl von mit einer Gelmatrix gefüllten Mikrokapillaren erfolgt.The invention relates to a method and a device for the detection of labeled biopolymers, in particular nucleic acid fragments in a gel matrix, a parallel separation taking place in a multiplicity of microcapillaries filled with a gel matrix.
Allgemein sind für die DNA-Sequenzierung zwei Methoden bekannt, nämlich das chemische Abbauverfahren nach Maxam und Gilbert (Proc. Natl. Acad. Sei. USA 74 ( 1 977), 560; Meth. Enzymol. 65 ( 1 980), 499) und die enyzmatische Kettenabbruchmethode nach Sanger et al. (Proc. Natl. Acad. Sei. USA 74 (1 977), 5463).Two methods are generally known for DNA sequencing, namely the chemical degradation method according to Maxam and Gilbert (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74 (1 977), 560; Meth. Enzymol. 65 (1 980), 499) and the enzymatic chain termination method according to Sanger et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74 (1 977), 5463).
Bei der Maxam-Gilbert-Methode werden markierte DNA-Moleküle chemisch in basenspezifischer Weise modifiziert, ein partieller Strangabbruch bewirkt, die so erhaltenen Fragmente nach Größe aufgetrennt und die Sequenz anhand der Markierung bestimmt.In the Maxam-Gilbert method, labeled DNA molecules are modified chemically in a base-specific manner, partial strand termination is effected, the fragments thus obtained are separated according to size and the sequence is determined on the basis of the label.
Bei der Methode nach Sanger werden, ausgehend von einer DNA-Matrize, viele verschieden lange markierte Nukleinsäurefragmente durch enzymatische Elongation bzw. Extension eines synthetischen Oligonukleotidprimers mit Hilfe von Polymerase und einer Mischung von Deoxyribonukleosidtriphosphaten und Kettenabbruchmolekülen, insbesondere Dideoxyribonukleosidtriphosphaten, hergestellt.In the Sanger method, starting from a DNA template, many differently long labeled nucleic acid fragments are produced by enzymatic elongation or extension of a synthetic oligonucleotide primer with the help of polymerase and a mixture of deoxyribonucleoside triphosphates and chain termination molecules, especially dideoxyribonucleoside triphosphates.
Die Auftrennung der nach diesen und anderen Techniken erzeugten markierten Nukleinsäurefragmente erfolgt üblicherweise durchThe labeled nucleic acid fragments generated by these and other techniques are usually separated by
Polyacrylamid-Gelelektrophorese unter Verwendung automatischerPolyacrylamide gel electrophoresis using automatic
Sequenziergeräte in Plattengelen oder einzelnen Kapillaren. Dabei besteht O 01/85990Sequencing devices in plate gels or individual capillaries. There is O 01/85990
- 2 - jedoch das Problem, dass nur eine beschränkte Anzahl von Sequenzieransätzen parallel nebeneinander analysiert werden kann.- 2 - however, the problem that only a limited number of sequencing approaches can be analyzed in parallel.
Die der vorliegenden Erfindung zugrundeliegende Aufgabe bestand darin, ein Verfahren zur Auftrennung von markierten Biopolymeren und insbesondere von markierten Nukleinsaurefragmenten bereitzustellen, bei dem die Nachteile des Standes der Technik mindestens teilweise beseitigt sind, und das insbesondere eine parallele Auftrennung und Detektion einer Vielzahl von Spuren ermöglicht.The object underlying the present invention was to provide a method for the separation of labeled biopolymers and in particular labeled nucleic acid fragments, in which the disadvantages of the prior art are at least partially eliminated, and which in particular enables parallel separation and detection of a large number of traces.
Diese Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren zur Auftrennung von markierten Biopolymeren in einer Gelmatrix, wobei das Verfahren dadurch gekennzeichnet ist, dass eine parallele Auftrennung in einer Vielzahl von mit einer Gelmatrix gefüllten Mikrokapillaren erfolgt.This object is achieved by a method for the separation of labeled biopolymers in a gel matrix, the method being characterized in that a parallel separation takes place in a multiplicity of microcapillaries filled with a gel matrix.
Das erfindungsgemäße Verfahren ermöglicht die Auftrennung von markierten Biopolymeren, beispielsweise Nukleinsaurefragmenten, insbesondere DNA- oder RNA-Molekülen, aber auch anderen Biopolymeren wie Peptiden, Proteinen, Sacchariden. Besonders bevorzugt wird das Verfahren zur Auftrennung von Nukleinsäurefragmentgemischen unterschiedlicher Länge, wie sie bei einer Sequenzierungsreaktion entstehen, eingesetzt. Die Auftrennung in der Gelmatrix erfolgt vorzugsweise nach Größe oder/und Ladung der Biopolymere.The method according to the invention enables the separation of labeled biopolymers, for example nucleic acid fragments, in particular DNA or RNA molecules, but also other biopolymers such as peptides, proteins, saccharides. The method is particularly preferably used for the separation of nucleic acid fragment mixtures of different lengths, as they arise in a sequencing reaction. The gel matrix is preferably separated according to the size and / or charge of the biopolymers.
Als Markierungen der Biopolymere kommen insbesondere nichtradioaktive Markierungsgruppen und besonders bevorzugt durch optische Methoden nachweisbare Markierungsgruppen, wie etwa Farbstoffe und insbesondere Fluoreszenzmarkierungsgruppen, in Betracht. Beispiele für geeignete Fluoreszenzmarkierungsgruppen sind Rhodamin, Texasrot, Phycoerythrin, Fluorescein oder andere in der Sequenzieruπgstechnik übliche Fluoreszenzfarbstoffe. Die markierten Biopolymere werden in einer Vielzahl von Mikrokapillaren parallel aufgetrennt, wobei die Mikrokapillaren in einem kompakten Körper, z.B. einer Platte oder einem Block, integriert sein können. Dabei werden vorzugsweise mindestens 103 Mikrokapillaren und besonders bevorzugt mindestens 105 Mikrokapillaren, z.B. etwa 1 06 Mikrokapillaren eingesetzt. Die Mikrokapillaren weisen vorzugsweise einen im wesentlichen gleichen Durchmesser auf, der im Bereich von vorzugsweise 0,5 μm bis 10 μm und besonders bevorzugt von 1 μm bis 5 μm liegen kann. Weiterhin besitzen die Mikrokapillaren vorzugsweise eine im wesentlichen gleiche Länge, die im Bereich von 5 mm oder länger, vorzugsweise von 5 mm bis 200 mm und besonders bevorzugt von 5 mm bis 100 mm liegen kann, und somit erheblich kleiner als bei konventionellen Sequenziergelen ist.In particular, non-radioactive labeling groups and particularly preferably labeling groups detectable by optical methods, such as dyes and in particular fluorescent labeling groups, are suitable as labels for the biopolymers. Examples of suitable fluorescent labeling groups are rhodamine, Texas red, phycoerythrin, fluorescein or other fluorescent dyes customary in sequencing technology. The labeled biopolymers are separated in parallel in a large number of microcapillaries, it being possible for the microcapillaries to be integrated in a compact body, for example a plate or a block. At least 10 3 microcapillaries and particularly preferably at least 10 5 microcapillaries, for example about 10 6 microcapillaries, are preferably used. The microcapillaries preferably have an essentially identical diameter, which can be in the range from preferably 0.5 μm to 10 μm and particularly preferably from 1 μm to 5 μm. Furthermore, the microcapillaries preferably have an essentially identical length, which can be in the range from 5 mm or longer, preferably from 5 mm to 200 mm and particularly preferably from 5 mm to 100 mm, and is therefore considerably smaller than in conventional sequencing gels.
Geeignete Anordnungen, die eine ausreichende Zahl von Mikrokapillaren enthalten, sind beispielsweise Mikrokanalplatten aus Glas, wie sie als Fotomultiplikatoren in Nachtsicht-Detektoren eingesetzt werden. Diese Mikrokanalplatten können durch Kapillarkräfte mit einer die Gelmatrix bildenden Lösung gefüllt werden. Die Gelbildung kann nach dem Befüllen innerhalb der Kapillaren erfolgen. Besonders bevorzugt ist die Gelmatrix ein denaturierendes Polyacrylamidgel, z.B. Polyacrylamid-Harnstoffgel.Suitable arrangements which contain a sufficient number of microcapillaries are, for example, microchannel plates made of glass, such as are used as photomultipliers in night vision detectors. These microchannel plates can be filled with a solution forming the gel matrix by capillary forces. Gel formation can take place within the capillaries after filling. The gel matrix is particularly preferably a denaturing polyacrylamide gel, e.g. Polyacrylamide urea gel.
Die Auftrennung der Biopolymere in den Mikrokapillaren der Gelmatrix erfolgt durch elektrophoretische und/oder elektroosmotische Methoden, wobei beispielsweise ein elektrisches Feld zwischen beiden Enden der Mikrokanalplatte angelegt wird. Aufgrund der geringen Länge der Mikrokapillaren kann die Auftrennung in der Gelmatrix unter Verwendung einer erheblich geringeren Spannung als bei konventionellen Sequenziergelen, z.B. im Bereich von 10 bis 100 V, liegen.The biopolymers are separated in the microcapillaries of the gel matrix by electrophoretic and / or electroosmotic methods, an electric field being applied, for example, between both ends of the microchannel plate. Due to the short length of the microcapillaries, the separation in the gel matrix can be carried out using a considerably lower voltage than with conventional sequencing gels, e.g. are in the range from 10 to 100 V.
In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt das erfindungsgemäße Auftrennungsverfahren in Kombination mit automatischem Probenauftrag mit Positionsadressierung der einzelnen Proben. Hierzu können beispielsweise entsprechende InkJet- oder Mikropipettier-Vorrichtungen eingesetzt werden, mit denen die in den jeweiligen Mikrokapillaren a u f z u t r e n n e n d e n A n s ä t z e , z . B . A n s ä t z e a u s e i n e r Nukleinsäuresequenzierreaktion, auf einzelne Öffnungen der Mikrokanalplatte aufgebracht werden. Typischerweise werden pro Mikrokanal ein Probenvolumen von 1 0"12 bis 10'6 I aufgebracht.In a preferred embodiment, the separation method according to the invention takes place in combination with automatic sample application with position addressing of the individual samples. You can do this For example, corresponding inkjet or micropipetting devices can be used, with which the approaches to be separated in the respective microcapillaries, e.g. B. A nucleic acid sequencing reaction can be applied to individual openings of the microchannel plate. Typically, a sample volume of 10 "12 to 10 " 6 I is applied per microchannel.
Das erfindungsgemäße Verfahren umfasst vorzugsweise weiterhin eine automatische positionsspezifische Detektion der in den Mikrokanälen aufgetrennten Nukleinsäurefragmente. Diese positionsspezifische Detektion kann eine konfokale oder/und zeitaufgelöste Detektion umfassen. Im Falle der bevorzugten Fluoreszenzmarkierungsgruppen kann eine Anregung der Fluoreszenzmarkierungen über eine optische Punktmatrix, z.B. eine Punktmatrix von Laserpunkten erzeugt durch eine Diffraktionsoptik oder einen Quanten-Well-Laser erfolgen. Zur Detektion der angeregten Fluoreszenzgruppen kann eine konfokale Detektormatrix verwendet werden, bei der es sich um eine Anordnung fasergekoppelter Avalanche-Fotodioden oder eine Avalanche-Fotodiodenmatrix handeln kann. Alternativ kann auch eine elektronische Detektormatrix, z.B. eine CCD-Kamera, eingesetzt werden, mit der eine zeitaufgelöste Detektion ermöglicht wird. Das erfindungsgemäße Verfahren ermöglicht die parallele Auswertung von bis zu mehr als 1 06, z.B. 107 einzelnen Kanälen.The method according to the invention preferably further comprises an automatic position-specific detection of the nucleic acid fragments separated in the microchannels. This position-specific detection can include confocal and / or time-resolved detection. In the case of the preferred fluorescent marker groups, the fluorescent markers can be excited via an optical dot matrix, for example a dot matrix of laser dots generated by diffractive optics or a quantum well laser. For the detection of the excited fluorescence groups, a confocal detector matrix can be used, which can be an arrangement of fiber-coupled avalanche photodiodes or an avalanche photodiode matrix. Alternatively, an electronic detector matrix, for example a CCD camera, can be used, with which a time-resolved detection is made possible. The method according to the invention enables the parallel evaluation of up to more than 1 0 6 , for example 10 7 individual channels.
Beispielsweise kann die Detektion nach dem im europäischen Patent 0 679 251 beschriebenen Verfahren der Fluoreszenz-Korrelationsspektroskopie (FCS) durchgeführt werden. Dieses Verfahren umfasst vorzugsweise die Messung von einem oder wenigen Probenmolekülen in einem Messvolumen, wobei die Konzentration der zu bestimmenden Moleküle < 1 0'6 Mol/I beträgt und das Messvolumen vorzugsweise < 1 0"14 I ist. Auf Einzelheiten zur Verfahrensdurchführung und apparative Details zu den für das Verfahren verwendeten Vorrichtungen wird auf die Offenbarung des europäischen Patents 0 679 251 verwiesen. O 01/85990For example, the detection can be carried out according to the method of fluorescence correlation spectroscopy (FCS) described in European Patent 0 679 251. This method preferably comprises the measurement of one or a few sample molecules in a measurement volume, the concentration of the molecules to be determined being <1 0 '6 mol / l and the measurement volume preferably being <1 0 "14 I. On details of the procedure and apparatus details for the devices used for the method, reference is made to the disclosure of European patent 0 679 251. O 01/85990
Alternativ kann die Detektion auch durch eine zeitaufgelöste Abklingmessung, ein sogenanntes Time Gating, erfolgen, wie beispielsweise von Rigler et al: Picosecond Single Photon Fluorescence Spectroscopy of Nucleic Acids, in: "Ultrafast Phenomena", D.H. Auston, ed. Springer 1 984, beschrieben. Dabei erfolgt die Anregung der Fluoreszenzmoleküle innerhalb eines Messvolumens und anschließend - vorzugsweise in einem zeitlichen Abstand von > 100 ps - das Öffnen eines Detektionsintervalls am Fotodetektor. Auf diese Weise können durch Raman-Effekte erzeugte Hintergrundsignale ausreichend gering gehalten werden, um eine im Wesentlichen störungsfreie Detektion zu ermöglichen.Alternatively, the detection can also be carried out by a time-resolved decay measurement, a so-called time gating, as described, for example, by Rigler et al: Picosecond Single Photon Fluorescence Spectroscopy of Nucleic Acids, in: "Ultrafast Phenomena", D.H. Auston, ed. Springer 1 984. The fluorescence molecules are excited within a measurement volume and then - preferably at a time interval of> 100 ps - the detection interval is opened at the photodetector. In this way, background signals generated by Raman effects can be kept sufficiently low to enable essentially interference-free detection.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine Vorrichtung zur Auftrennung von markierten Nukleinsaurefragmenten nach Größe, umfassend (a) eine Vielzahl von mit einer Gelmatrix gefüllten Mikrokapillaren, (b) Mittel zum automatischen Probenauftrag in die Mikrokapillaren mitAnother object of the invention is a device for separating labeled nucleic acid fragments by size, comprising (a) a plurality of microcapillaries filled with a gel matrix, (b) means for automatic sample application into the microcapillaries
Positionsadressierung und (c) Mittel zur automatischen positionsspezifischen Detektion vonPosition addressing and (c) means for automatic position-specific detection of
Nukleinsäuren in den Mikrokapillaren.Nucleic acids in the microcapillaries.
Die Vorrichtung kann weiterhin automatische Manipulationsvorrichtungen zur Positionierung von Mikrokanalplatten in Sequenzierautomaten, Heizoder Kühleinrichtungen wie Peltier-Elemente, um eine im Wesentlichen konstante Temperatur zu halten, Reservoirs und gegebenenfalls Zufuhrleitungen für Probenflüssigkeiten und Reagenzien sowie elektronische Auswertungsgeräte umfassen.The device can furthermore comprise automatic manipulation devices for positioning microchannel plates in automatic sequencing devices, heating or cooling devices such as Peltier elements in order to maintain a substantially constant temperature, reservoirs and optionally supply lines for sample liquids and reagents as well as electronic evaluation devices.
Das erfindungsgemäße Verfahren und die erfindungsgemäße Vorrichtung können für alle elektrophoretischen oder elektroosmotischen Verfahren b e i s p i e l s we ise z u r A uftre n n u n g vo n P ro d u kte n e i n e r Nukleinsäuresequenzierungsreaktion, zur Analyse von Proteinfragmenten oder zur Genom-, Transkriptom- oder Proteomanalyse eingesetzt werden. Weiterhin soll die vorliegende Erfindung durch die nachfolgenden Figuren und Beispiele erläutert werden. Es zeigen:The method according to the invention and the device according to the invention can be used for all electrophoretic or electroosmotic methods, for example for the resolution of products of a nucleic acid sequencing reaction, for the analysis of protein fragments or for genome, transcriptome or proteome analysis. The present invention is further to be illustrated by the following figures and examples. Show it:
Figur 1 die schematische Darstellung einer zur Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens geeigneten Vorrichtung. DieFigure 1 is a schematic representation of a device suitable for performing the method according to the invention. The
Vorrichtung enthält eine Mikrokanalplatte (2) mit etwa 106 Mikrokanälen (4) zur Auftrennung von Nukleinsaurefragmenten. Die Vorrichtung enthält weiterhin eine Inkjet-Vorrichtung (6) zum automatischen Probenauftrag in einzelne Mikrokapillaren mit Positionsadressierung und einen automatischen positionsspezifischen Detektor (8), mit dem markierte Nukleinsäuren, welche die Mikrokapillaren durchwandert haben, nachgewiesen werden können. Die Wanderung der Nukleinsäuren erfolgt in einem elektrischen Feld (von Minus nach Plus).The device contains a microchannel plate (2) with approximately 10 6 microchannels (4) for the separation of nucleic acid fragments. The device also contains an inkjet device (6) for automatic sample application into individual microcapillaries with position addressing and an automatic position-specific detector (8) with which labeled nucleic acids which have passed through the microcapillaries can be detected. The migration of the nucleic acids takes place in an electrical field (from minus to plus).
Figur 2 einen Querschnitt durch eine Mikrokanalplatte. DieFigure 2 shows a cross section through a microchannel plate. The
Mikrokanäle (4) sind mit einer Gelmatrix, z.B. einem Polyacrylamid/6 M Harnstoffgel gefüllt. Microchannels (4) are provided with a gel matrix, e.g. filled with a polyacrylamide / 6 M urea gel.

Claims

Patentansprüche claims
1 . Verfahren zur Auftrennung von markierten Biopolymeren in einer Gelmatrix, dadurch gekennzeichnet, dass eine parallele Auftrennung in einer Vielzahl von mit einer1 . Process for the separation of labeled biopolymers in a gel matrix, characterized in that a parallel separation in a plurality of with a
Gelmatrix gefüllten Mikrokapillaren erfolgt.Gel matrix filled microcapillaries takes place.
2. Verfahren nach Anspruch 1 , dadurch gekennzeichnet, dass die Biopolymere aus Nukleinsäuren, Peptiden, Proteinen und Sacchariden ausgewählt werden.2. The method according to claim 1, characterized in that the biopolymers are selected from nucleic acids, peptides, proteins and saccharides.
3. Verfahren nach Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass eine Auftrennung von Nukleinsaurefragmenten erfolgt.3. The method according to claim 2, characterized in that a separation of nucleic acid fragments takes place.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass die Biopolymere eine Fluoreszenzmarkierung tragen.4. The method according to any one of claims 1 to 3, characterized in that the biopolymers carry a fluorescent label.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass eine parallele Auftrennung in mindestens 103 Mikrokapillaren erfolgt.5. The method according to any one of claims 1 to 4, characterized in that a parallel separation takes place in at least 10 3 microcapillaries.
6. Verfahren nach Anspruch 5, dadurch gekennzeichnet, dass eine parallele Auftreinnung in mindestens 105 Mikrokapillaren erfolgt. 6. The method according to claim 5, characterized in that a parallel purification takes place in at least 10 5 microcapillaries.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass die Mikrokapillaren einen Durchmesser im Bereich von 1 μm bis 5 μm aufweisen.7. The method according to any one of claims 1 to 6, characterized in that the microcapillaries have a diameter in the range of 1 micron to 5 microns.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, dadurch gekennzeichnet, dass die Mikrokapillaren eine Länge im Bereich von 5 mm bis 200 mm aufweisen.8. The method according to any one of claims 1 to 7, characterized in that the microcapillaries have a length in the range from 5 mm to 200 mm.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass eine elektrophoretische und/oder elektroosmotische Auftrennung erfolgt.9. The method according to any one of claims 1 to 8, characterized in that an electrophoretic and / or electroosmotic separation takes place.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass ein automatischer Probenauftrag mit Positionsadressierung erfolgt.10. The method according to any one of claims 1 to 9, characterized in that an automatic sample application with position addressing takes place.
1 1 . Verfahren nach Anspruch 10, dadurch gekennzeichnet, dass der Probenauftrag durch eine InkJet-Vorrichtung erfolgt.1 1. A method according to claim 10, characterized in that the sample is applied by an inkjet device.
12. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass eine automatische positionsspezifische Detektion erfolgt.12. The method according to any one of claims 1 to 10, characterized in that an automatic position-specific detection takes place.
13. Verfahren nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass eine konfokale oder/und zeitaufgelöste Detektion erfolgt. 13. The method according to claim 12, characterized in that a confocal and / or time-resolved detection takes place.
4. Verfahren nach Anspruch 12 oder 13, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektion durch Anregung der Fluoreszenzmarkierungen über eine optische Punktmatrix und eine Detektormatrix erfolgt.4. The method according to claim 12 or 13, characterized in that the detection is carried out by excitation of the fluorescent markings via an optical dot matrix and a detector matrix.
5. Vorrichtungzur Auftrennung von markierten Nukleinsaurefragmenten nach Größe, umfassend5. A device for separating labeled nucleic acid fragments by size comprising
(a) eine Vielzahl von mit einer Gelmatrix gefüllten Mikrokapillaren,(a) a multiplicity of microcapillaries filled with a gel matrix,
(b) Mittel zum automatischen Probenauftrag in die Mikrokapillaren mit Positionsadressierung und(b) means for automatic sample application into the microcapillaries with position addressing and
(c) Mittel zur automatischen positionsspezifischen Detektion von Markierungen in den Mikrokapillaren.(c) Means for the automatic position-specific detection of markings in the microcapillaries.
6. Verwendung der Vorrichtung nach Anspruch 1 5 zur Durchführung des Verfahrens nach einem der Ansprüche 1 bis 14. 6. Use of the device according to claim 1 5 for performing the method according to one of claims 1 to 14.
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Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000008451A1 (en) * 1998-08-07 2000-02-17 The Regents Of The University Of California System and method for optically locating microchannel positions

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5122248A (en) * 1990-05-18 1992-06-16 Northeastern University Pulsed field capillary electrophoresis
US5080771A (en) * 1990-10-26 1992-01-14 Indiana University Foundation Capillary gels formed by spatially progressive polymerization using migrating initiator
DE4301005A1 (en) * 1993-01-18 1994-07-21 Diagen Inst Molekularbio Identifying molecules, esp. biopolymers, by fluorescent correlation spectroscopy
JP4000605B2 (en) * 1996-07-24 2007-10-31 株式会社日立製作所 DNA sample preparation device and electrophoretic analyzer using the same
EP0854362A3 (en) * 1997-01-16 2000-12-20 Japan Science and Technology Corporation Multi-capillary electrophoresis apparatus
CA2301557A1 (en) * 1997-09-19 1999-04-01 Aclara Biosciences, Inc. Apparatus and method for transferring liquids
DE19830989C1 (en) * 1998-07-10 2000-04-13 Lion Bioscience Ag Use of porous membrane materials as loading materials in gel electrophoresis

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000008451A1 (en) * 1998-08-07 2000-02-17 The Regents Of The University Of California System and method for optically locating microchannel positions

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