EA045370B1

EA045370B1 - Комбинированная терапия для лечения в-клеточных злокачественных новообразований

Info

Publication number: EA045370B1
Application number: EA202192256
Authority: EA
Inventors: Срирам Баласубраманиан
Original assignee: Янссен Байотек, Инк.
Priority date: 2019-02-15
Filing date: 2020-02-14
Publication date: 2023-11-21

Description

Перекрестная ссылка на родственные заявки

Настоящая заявка испрашивает приоритет по предварительной заявке на патент США № 62/806

148, поданной 15 февраля 2019 г., описание которой включено в настоящий документ путем ссылки.

Область техники

В данном документе предложены способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований и определения мутаций генов, которые можно применять для выявления субъектов, которые будут поддаваться лечению В-клеточных злокачественных новообразований посредством комбинации ибрутиниба и антител к PD-1.

Предпосылки создания изобретения

Новые виды таргетной терапии и иммуноонкологических средств произвели переворот в лечении гематологических В-клеточных злокачественных новообразований, в частности у пациентов с трудноизлечимыми рецидивирующими/рефрактерными (R/R) заболеваниями. Однако у многих пациентов с фолликулярной лимфомой (ФЛ), диффузной В-крупноклеточной лимфомой (DLBCL) и трансформацией Рихтера (ТР) развивается рецидив или заболевание становится невосприимчивым к стандартным способам лечения. А в случае пациентов, не демонстрирующих адекватный ответ на консервативное лечение или не соответствующих требованиям для проведения трансплантации стволовых клеток, прогноз неутешительный. Соматические мутации не только приводят к развитию В-клеточных злокачественных новообразований, но также могут привести к рецидиву/рефрактерности этих видов рака. У пациентов, уже прошедших обширное лечение, отсутствуют альтернативные варианты.

Изложение сущности изобретения

В данном документе раскрыты способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, включающие введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPTF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта имеется ода или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Также в данном документе предложены способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, включающие введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Дополнительно предложены способы прогнозирования вероятности восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, a способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

- 1 045370

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2,

CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPFI, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14;

причем одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Также описаны способы прогнозирования вероятности невосприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14;

причем одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Краткое описание графических материалов

Изложение сущности изобретения, а также последующее подробное описание будут более понятными при рассмотрении вместе с прилагаемыми рисунками. С целью иллюстрации раскрываемых способов в графических материалах представлены иллюстративные варианты осуществления способов; при этом такие способы не ограничиваются конкретными описанными вариантами осуществления. В графических материалах показано следующее.

На фиг. 1 показана схема дозирования в исследовании LYM1002, описанном в настоящем документе.

На фиг. 2 представлен график выживаемости без прогрессирования заболевания (PFS) по экспрессии PD-L1 на основании результатов ИГХ у пациентов с DLBCL (N=26).

На фиг. 3 представлен график выживаемости без прогрессирования заболевания (PFS) по экспрессии PD-L1 на основании результатов ИГХ у пациентов с DLBCL с фенотипом В-клеток зародышевого центра (GCB) (N=17).

На фиг. 4А, 4В, 4С, 4D и 4Е показан процент выживаемости без прогрессирования (PFS) с течением времени у субъектов с DLBCL и синдромом Рихтера. Фиг. 4A: PFS у субъектов с DLBCL с мутацией в гене ТР53 (ТР53 М) по сравнению с ТР53 дикого типа (ТР53 WT) (Р=0,002); фиг. 4В: PFS у субъектов с DLBCL после 2 курсов ибрутиниба плюс ниволумаб (молекулярная ремиссия, МР +) по сравнению с отсутствием молекулярной ремиссии (МР-); фиг. 4С: PFS у субъектов с рецидивирующей/рефрактерной DLBCL с ТР53 WT MR+, ТР53 WT Mr-, TP53 М МР+и ТР53 М МР-; фиг. 4D: PFS у субъектов с синдромом Рихтера с ТР53 WT по сравнению с ТР53 М и фиг. 4Е: PFS у субъектов с синдромом Рихтера с МЗ+ по сравнению с МР-.

Подробное описание иллюстративных вариантов осуществления

Раскрываемые способы будут более понятны со ссылкой на приведенное ниже подробное описание в сочетании с прилагаемыми чертежами, которые являются частью настоящего раскрытия. Следует понимать, что описанные способы не ограничены конкретными способами, описанными и/или приведенными в настоящем документе, и что терминология, используемая в настоящем документе, имеет своей целью описание определенных вариантов осуществления исключительно в качестве примера и не призвана носить ограничивающий характер в отношении заявленных способов.

Если конкретно не указано иное, любое описание, относящееся к возможному механизму, или способу действия, или причине улучшения, понимают лишь как иллюстративное, и не предусмотрено ограничение раскрываемых способов корректностью или некорректностью любого такого предполагаемого механизма, или способа действия, или причины улучшения.

Следует понимать, что определенные характеристики раскрываемых способов, которые для ясности

- 2 045370 описаны в настоящем документе в контексте отдельных вариантов осуществления, также можно использовать в комбинации в одном варианте осуществления. В противоположность этому, можно также использовать определенные характеристики раскрываемых способов, описанные для краткости в контексте одного варианта осуществления, по отдельности или в любой подкомбинации.

Используемые в настоящем документе формы единственного числа включают в себя и множественное число.

В настоящем описании и формуле изобретения используют различные термины, относящиеся к аспектам настоящего описания. Такие термины должны иметь обычное для них значение в данной области техники, если не указано иное. Другие конкретно определенные термины следует толковать согласно приведенным в настоящем документе определениям.

Предполагается, что термин содержащий включает в себя примеры, которые охватываются терминами состоящий по существу из и состоящий из; аналогичным образом предполагается, что термин состоящий по существу из включает в себя примеры, которые охватываются термином состоящий из.

Ибрутиниб, первый в своей группе, пероральный, ковалентный ингибитор тирозинкиназы Брутона (BTK), одобренный для лечения нескольких В-клеточных злокачественных опухолей в Соединенных Штатах Америки и других странах, нарушает сигнальные пути, необходимые для адгезии, пролиферации, хоуминга и выживания злокачественных В-клеток.

Термины лечить, лечение и подобные термины включают как терапевтическое лечение, так и профилактические или превентивные меры и включают уменьшение тяжести и/или частоты симптомов, устранение симптомов и/или первопричины симптомов, снижение частоты или вероятности симптомов и/или их первопричины, а также нормализацию или устранение повреждений, прямо или косвенно вызванных В-клеточным злокачественным новообразованием. Лечение включает полный ответ и частичный ответ на комбинированную терапию (ибрутиниб и антитела к PD-1). Лечение также включает продление выживаемости по сравнению с ожидаемой выживаемостью субъекта, не получающего лечения. Подлежащие лечению субъекты включают тех, которые имеют состояние или расстройство, а также тех, которые имеют предрасположенность к развитию состояния или расстройства, или тех, у которых такое состояние или расстройство необходимо предотвратить.

Используемая в настоящем документе фраза терапевтически эффективное количество относится к количеству комбинации ибрутиниба и антител к PD-1, как описано в настоящем документе, эффективному для достижения определенного биологического или терапевтического результата, такого как, без ограничений, биологические или терапевтические результаты, раскрываемые, описанные или представленные в виде примеров в настоящем документе. Терапевтически эффективное количество может варьироваться в зависимости от таких факторов, как патологическое состояние, возраст, пол и масса тела индивидуума, а также способность композиции вызывать желаемый ответ у субъекта. Примеры показателей терапевтически эффективного количества включают, например, улучшение самочувствия пациента, снижение опухолевой нагрузки, остановку или замедление роста В-клеточного злокачественного новообразования и/или отсутствие метастазирования клеток В-клеточного злокачественного новообразования в другие участки тела.

Термин субъект, используемый в настоящем документе, означает любое животное, в частности млекопитающих. Таким образом, описанные способы применимы к человеку и к не относящимся к человеку животным, хотя наиболее предпочтительно к человеку. Термины субъект и пациент используются в настоящем документе взаимозаменяемо.

Используемая здесь комбинация ибрутиниба и антител к PD-1 относится к схеме лечения, в которой ибрутиниб и антитела к PD-1 вводят по существу одновременно, параллельно или последовательно. Таким образом, ибрутиниб и антитела к PD-1 могут быть включены в отдельные композиции для введения субъекту.

В настоящем документе используются следующие сокращения: рецидивирующий или рефрактерный (R/R); общая частота ответа (ОЧО); общая выживаемость (ОВ); выживаемость без прогрессирования (PFS); фолликулярная лимфома (ФЛ); диффузная В-крупноклеточная лимфома (DLBCL); трансформация Рихтера (ТР); хронический лимфоцитарный лейкоз/мелкоклеточная лимфоцитарная лимфома (ХЛЛ/МЛЛ); определение профиля экспрессии генов (ПЭГ); полный ответ (ПО); и частичный ответ (ЧО): активированные В-лимфоциты (ABC); В-лимфоциты зародышевого центра (GCB); частичный ответ с лимфоцитозом (ЧО-Л); прогрессирующее заболевание (ПЗ); и устойчивое заболевание (УЗ).

Способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований.

В данном документе предлагаются способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, причем В-клеточные злокачественные новообразования представляют собой диффузную В-крупноклеточную лимфому (DLBCL), фолликулярную лимфому (ФЛ) или трансформацию Рихтера (ТР). Способы включают введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем субъект имеет одну или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B, CREBP, KMT2D, MUC17, CITA, FES, NCO2, TPR, IRF2BP2, KLHL6, SETX, SF3B1 или

- 3 045370 их комбинации. В некоторых вариантах осуществления способы включают введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом

В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

В настоящем документе также предложены способы лечения В-клеточного злокачественного новообразования у субъекта, имеющего одну или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR, IRF2BP2, KLHL6, SETX, SF3BJ или их комбинации, причем способы включают введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточного злокачественного новообразования, причем:

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6. В некоторых аспектах у субъекта имеется одна или более мутаций в KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6. Способы могут применяться для субъектов, имеющих одну или более мутаций, перечисленных в табл. 4 или 6, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1 и LRP1B и их различных комбинациях.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта имеется ода или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16. Способы могут применяться для субъектов, имеющих одну или более мутаций, перечисленных в табл. 16, в одном или обоих из генов RNF213 и NBPT1.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10. В некоторых аспектах у субъекта имеется одна или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10. Способы могут применяться для субъектов, имеющих одну или более мутаций, перечисленных в табл. 8 или 10, в 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или всех 8 из генов BCL2, CREBAP, KMT2D, MUC17, ЦИТА, FES, NCOA2 или TPR и их различных комбинациях.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14. Способы могут применяться для субъектов, имеющих одну или более мутаций, перечисленных в табл. 12 или 14, в 1, 2, 3, 4 или всех 5 из генов IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX или SF3B1 и их различных комбинациях.

Также описаны способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, включающие введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBFI, ADAMTS20, AKAP9,

- 4 045370

SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B, KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, SGK1, STAT6, NBPT1, EZH2,

ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации. В некоторых вариантах осуществления способы включают введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных изТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

Описаны способы лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, не имеющего одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B, KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, SGK1, STAT6, NBPF1, EZH2, ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем способы включают введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6. Способы могут применяться для субъектов, не имеющих одной или более мутаций, перечисленных в табл. 4 или 6, в 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или всех 8 из генов ТР53, ЕВР1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88 или NFKB1B и их различных комбинациях.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16. Способы могут применяться для субъектов, не имеющих одной или более мутаций, перечисленных в табл. 16, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1 или SGK1 и их различных комбинациях.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10. Способы могут применяться для субъектов, не имеющих одной или более мутаций, перечисленных в табл. 8 или 10, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов CREBAP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPT F1 или EZH2 и их различных комбинациях.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14. В некоторых аспектах у субъекта имеется одна или более мутаций в гене ROS1, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14. Способы могут применяться для субъектов, не имеющих одной или более мутаций, перечисленных в табл. 12 или 14, в 1, 2 или всех 3 из генов ROS1, IGLL5 или PASK и их различных комбинациях.

Способы могут дополнительно включать анализ образца, взятого у субъекта, на наличие или отсут- 5 045370 ствие одной или более мутаций, перечисленных в табл. 4, 6, 8, 10, 12, 14 или 16, перед лечением. Способы также могут включать выделение образца у субъекта перед анализом и лечением. Например, в некоторых вариантах осуществления способы включают выделение образца у субъекта, анализ образца, взятого у субъекта, на наличие или отсутствие одной или более мутаций, перечисленных в табл. 4, 6, 8, 10,

12, 14 или 16, и лечение субъекта.

Приемлемые образцы, взятые у субъекта, включают в себя, например, образцы крови или опухоли. В некоторых аспектах способы могут включать выделение и/или анализ образца крови субъекта на наличие или отсутствие одной или более мутаций, перечисленных в табл. 4, 6, 8, 10, 12, 14 или 16, перед лечением. В некоторых аспектах способы могут включать выделение и/или анализ образца опухоли у субъекта на наличие или отсутствие одной или более мутаций, перечисленных в табл. 4, 6, 8, 10, 12, 14 или 16, перед лечением.

В некоторых вариантах осуществления антитела к PD-1 включают ниволумаб (зарегистрированное патентованное название OPDIVO®).

Приемлемые количества ибрутиниба для применения в описанных способах включают в себя от приблизительно 140 мг до приблизительно 840 мг. В некоторых вариантах осуществления количество ибрутиниба составляет 140 мг, 190 мг, 240 мг, 290 мг, 340 мг, 390 мг, 420 мг, 440 мг, 490 мг, 540 мг, 590 мг, 640 мг, 690 мг, 740 мг, 790 мг или 840 мг.

Приемлемые количества антител к PD-1 включают от около 1 мг/кг до около 5 мг/кг. В некоторых вариантах осуществления количество антител к PD-1 составляет 1 мг/кг, 1,5 мг/кг, 2 мг/кг, 2,5 мг/кг, 3 мг/кг, 3,5 мг/кг, 4 мг/кг, 4,5 мг/кг или 5 мг/кг. В некоторых аспектах терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 составляет 560 мг ибрутиниба и 3 мг/кг антител к PD-1.

Антитела к PD-1 можно вводить внутривенно, а ибрутиниб можно давать перорально. Пример схемы дозирования включает, например, антитела к PD-1, вводимые в рамках 14-суточного цикла, и ибрутиниб, который дают один раз в день.

В некоторых вариантах осуществления лечение приводит к полному ответу (ПО) или частичному ответу (ЧО) у субъекта.

Субъекты, соответствующие критериям для лечения описанными способами, включают субъектов:

a) имеющих DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из ХЛЛ/МЛЛ);

b) прошедших > 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения;

c) демонстрирующих общее состояние < 2 по шкале Восточной объединенной онкологической группы (ECOG);

d) демонстрирующих измеряемые проявления болезни; и

e) ранее не получавших лечение ибрутинибом или антителами к PD-1.

В данном документе также предложена комбинация ибрутиниба и антител к PD-1 для применения в лечении В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, причем:

Также предложено применение ибрутиниба при производстве лекарственного средства для лечения В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта в комбинации с антителами к PD-1, причем:

а) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPTF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации,

- 6 045370 причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Описана комбинация ибрутиниба и антител к PD-1 для применения в лечении В-клеточных злокачественных новообразований у субъекта, причем:

Также описано применение ибрутиниба при производстве лекарственного средства для лечения Вклеточных злокачественных новообразований у субъекта в комбинации с антителами к PD-1, причем:

Способы прогнозирования вероятности наличия или отсутствия восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования

Также предложены способы прогнозирования вероятности восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, включающие анализ образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B, CREBAP, KMT2D, MUC17, SITA, FES, NCOA2, TPR, IRF2BP2, KLHL6, SETX или SF3B1 или их комбинации, причем мутация в одном или более генах указывает на восприимчивость к комбинированной терапии. В некоторых вариантах осуществления:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14;

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии. В некоторых аспектах В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъек- 7 045370 та, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 4 или 6, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, и LRP1B и их различных комбинациях могут указывать на восприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 16, в одном или обоих из генов RNF213 и NBPTF1 могут указывать на восприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии. В некоторых аспектах способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 8 или 10, в 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или всех 8 из генов BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2 или TPR и их различных комбинациях могут указывать на восприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14. Одна или более мутаций в 1, 2, 3, 4 или всех 5 из генов IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX или SF3B1 и их различных комбинациях могут указывать на восприимчивость к комбинированной терапии.

Также предложены способы прогнозирования вероятности невосприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, в котором:

а) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, a способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 4 или 6, в 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или всех 8 из генов ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88 или NFKB1B и их различных комбинациях могут указывать на невосприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 16, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1 или SGK1 и их различных комбинациях могут указывать на невосприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представля- 8 045370 ет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 8 или 10, в 1, 2, 3, 4, 5 или всех 6 из генов CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1 или EZH2 и их различных комбинациях могут указывать на невосприимчивость к комбинированной терапии.

В некоторых вариантах осуществления В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии. В некоторых аспектах В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене ROS1, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14. Одна или более мутаций, перечисленных в табл. 12 или 14 в 1, 2 или всех 3 из генов ROS1, IGLL5 или PASK и их различных комбинациях могут указывать на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Приемлемые образцы, взятые у субъекта, включают в себя, например, образцы крови или опухоли.

Описанные способы можно применять для прогнозирования вероятности наличия или отсутствия восприимчивости к комбинированной терапии у субъектов, которые:

a) имеют DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из ХЛЛ/МЛЛ);

b) проходили > 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения;

c) демонстрировали общее состояние < 2 по шкале ECOG;

d) демонстрируют измеряемые проявления болезни и

e) ранее не проходили лечение ибрутинибом или антителами к PD-1.

В некоторых вариантах осуществления способы прогнозирования вероятности наличия или отсутствия восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 дополнительно включают введение терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 субъекту для лечения таким образом В-клеточного злокачественного новообразования, если у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, которые указывают на восприимчивость к комбинированной терапии и/или отсутствует одна или более мутаций в генах, которые свидетельствуют о невосприимчивости к комбинированной терапии. Одна или более мутаций перечислены в табл. 4, 6, 8, 10, 12, 14 и 16. В некоторых аспектах антитела к PD-1 включают ниволумаб (зарегистрированное патентованное название OPDIVO®).

Приемлемые количества ибрутиниба, количества антител к PD-1 и схемы дозирования включают в себя количества, описанные выше применительно к способам лечения.

Примеры

Представленные ниже примеры приведены для дополнительного описания некоторых из вариантов осуществления, раскрываемых в настоящем документе. Примеры призваны проиллюстрировать, но не ограничить, раскрываемые варианты осуществления.

Результаты генетических анализов у субъектов, имеющих рецидивирующую диффузную Вкрупноклеточную лимфому (DLBCL), фолликулярную лимфому (ФЛ) или трансформацию Рихтера (ТР), которым вводили ибрутиниб+ниволумаб.

Было проведено исследование фазы I/IIa (называемое LYM1002) для изучения применения ибрутиниба в комбинации с антителами к PD-1 в виде ниволумаба у пациентов с рецидивирующими или рефрактерными (R/R) В-клеточными злокачественными новообразованиями и для выявления генов, коррелирующих с ответом по предрасположенности и механизму.

Способы

Популяция пациентов и план исследования.

Это нерандомизированное открытое исследование включало пациентов с неходжкинской лимфомой (НХЛ), которые получали ниволумаб, вводимый внутривенно (в/в) (3 мг/кг) в рамках 14-суточного цикла, в комбинации с ибрутинибом, принимаемым перорально (560 мг) один раз в сутки, (фиг. 1). Ключевыми критериями включения в исследовании были:

DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из ХЛЛ/МЛЛ);

> 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения; общее состояние < 2 по шкале ECOG;

измеряемые проявления болезни и отсутствие предшествующего лечения ибрутинибом или антителами к PD-1.

Исключали пациентов с серьезными хирургическими вмешательствами в течение 4 недель до введения первой дозы ибрутиниба, диагнозом или лечением злокачественных новообразований, не изучаемых в исследовании в качестве показания, а также нуждающихся в лечении варфарином или эквивалентными антагонистами витамина K или сильными ингибиторами CYP3A. Пациентам с DLBCL, ФЛ и ТР проводили анализы биомаркеров.

- 9 045370

Оценки.

Определение подтипов DLBCL - определение профиля экспрессии генов (ПЭГ) проводили с использованием матриц AffyMetrix HG-U133+2 (Thermo Fisher Scientific, г. Карлсбад, штат Калифорния) и РНК из архивных образцов биопсии перед обработкой. Определение подтипов DLBCL проводили посредством анализа нормализованных по MAS5 данных ПЭГ с использованием алгоритма классификации, описанного в Wright G, Tan В, Rosenwald A, Hurt EH, Wiestner A, Staudt LM. A gene expression-based method to diagnose clinically distinct subgroups of diffuse large В cell lymphoma. Proc Natl Acad Sci USA 2003; 100(17): 9991-6, или с использованием системы HTG (HTG Molecular Diagnostics, Inc., г. Тусон, штат Аризона).

Ответ на лечение и результаты оценки выживаемости. Предварительную оценку активности и клинического ответа на лечение проводили с помощью радиологических обследований каждые пять циклов (14-суточных циклов) в течение первых 15 месяцев и каждые 12 циклов после этого до прогрессирования заболевания, в конце лечения и каждые шесть месяцев в течение периода последующего наблюдения. Для расчета общей частоты ответа (ОЧО) пациентов с ответом определяли как пациентов, которые достигли полного ответа (ПО) или частичного ответа (40) по оценке исследователя. Выживаемость без прогрессирования заболевания (PFS) и общую выживаемость (ОВ) оценивали с помощью способа Каплана Майера и логрангового критерия.

Анализы клинических результатов по биомаркеру.

Экспрессия PD-L1. Экспрессию PD-L1 оценивали в качестве прогностического биомаркера клинических результатов. Уровни PD-L1 определяли с использованием ПЭГ, а также в виде процентного содержания опухолевых клеток, демонстрирующих PD-L1-специфическое окрашивание плазматической мембраны не менее 100 оцениваемых опухолевых клеток любой интенсивности с использованием анализа Dako PD-L1 IHC 28-8 pharmDx (Agilent Technologies, г. Глоструп, Дания). Определение ПЭГ проводили с использованием матриц AffyMetrix HG-U133+2 и РНК из архивных биоптатов до лечения.

Вероятность выживания по способу Каплана - Майера с конечными точками ответа или выживаемости рассчитывали у пациентов подгрупп с повышенным или неповышенным уровнем PD-L1, имеющих DLBCL, ФЛ и ТР, используя порог НС иммуногистохимического (ИГХ) анализа, составляющий > 5% экспрессии PD-L1 в опухолевых клетках (повышенный уровень в сравнении с неповышенным). Взаимосвязь PD-L1 с клиническим ответом оценивали с помощью точного критерия Фишера. Определение подтипов DLBCL проводили либо путем анализа нормализованных по MAS5 данных ПЭГ с применением способа определения восприимчивости, либо с применением системы HTG EdgeSeq. Уровни PD-L1 измеряли посредством ИГХ-окрашивания с использованием антител Dako 28-8 (повышение уровня PDL1=экспрессия в > 5% опухолевых клеток).

Пациентов с ответом определяли как пациентов, которые достигли полного ответа (ПО) или частичного ответа (ЧО). Выживаемость без прогрессирования заболевания (PFS) и общую выживаемость (ОВ) оценивали с помощью способа Каплана - Майера и логрангового критерия.

Анализы экзома. Данные экзома получали из 72 зафиксированных формалином залитых в парафин образцов лимфомы, каждый из которых был получен у разных пациентов. Проводили собственную серию анализов экзома с помощью DNAnexus, используя файлы необработанных данных последовательности FASTQ. Вероятные соматические варианты были определены на основе аннотаций, сделанных с помощью программного обеспечения SnpEff и GEMINI. Для снижения вероятности включения артефактов секвенирования и вариантов зародышевой линии в ассоциативный анализ был установлен ряд вариантных фильтров.

Оценивали частоту мутаций в конкретных интересующих генах, включая гены из расширенной раковой панели Personalis АСЕ, DLBCL-ассоциированных генов (т.е. генов различения ABC/GCB, генов, используемых для различения четырех вновь определенных подтипов, генов, определенных в прогнозе как гипермутированные в DLBCL), и Janssen-специфической панели на 97 генов.

Любые различия между пациентами с ответом на лечение (ПО+ЧО+ЧО-Л) и пациентами без ответа (без ответа или УЗ+УЗ+ПЗ), а также между пациентами с продолжающимся ответом (PFS > 24 месяцев) и без него исследовали на предмет мутационных вариантов, набора экспрессируемых генов и нагрузки соматических мутаций. В ходе однофакторного генного анализа анализировали значимость частот вариантов у пациентов с ответом в сравнении с пациентами без ответа и у пациентов с PFS, продолжающейся > 24 месяцев, в сравнении с пациентами с более короткой PFS с использованием точного критерия Фишера. Дифференциальный анализ экспрессии генов у пациентов с ответом в сравнении с пациентами без ответа и у пациентов с PFS, продолжающейся > 24 месяцев, в сравнении с пациентами с более короткой PFS проводили с использованием пакета limma R. Общие различия в количестве соматических мутаций у пациентов с ответом в сравнении с пациентами без ответа и у пациентов с PFS, продолжающейся > 24 месяцев, в сравнении с пациентами с более короткой PFS оценивали с помощью критерия знаковых рангов Уилкоксона.

Пациенты и клинические ответы.

Из 144 включенных в исследование субъектов 141 получал лечение. Среди этих пациентов медианный возраст составлял 65 лет (диапазон 20-89 лет), 87 (61,7%) были мужчинами, у 130 (92,2%) общее

- 10 045370 состояние по шкале ECOG оценивали как 0-1, медианное количество предшествующих линий терапии составляло 3, и 68 (48,2%) имели массивное поражение (> 5 см).

В целом в исследование включили 45 пациентов с DLBCL (9 с трансформированным DLBCL и 36 с

DLBCL de novo), 40 с ФЛ и 20 с ТР. Из них с помощью ПЭГ-анализа гены оценивали у 28 пациентов с

DLBCL (4 с трансформированным заболеванием), 25 с ФЛ и 17 с ТР.

Общий медианный период последующего наблюдения на момент закрытия базы данных составлял 19,4 месяца (диапазон 0,4-28,8 месяца).

У пациентов с данными ПЭГ общая частота ответа составила 29,6% при DLBCL, 43,5% при ФЛ и 81,3% при ТР (табл. 1).

Таблица 1

Ответ у пациентов, имеющих DLBCL, ФЛ и ТР, с данными ПЭГ

	DLBCL	ФЛ	ТР
Всего	АВС	GCB
Популяция, η	28	5	19	25	17
Общая частота ответа (О/О+БО), %	8 (29,6)	2 (40)	6 (33,3)	10 (43,5)	13 (81,3)
Пациенты с ответом, η (% от общего числа)	8 (29,6)	2 (40)	6 (33,3)	10 (43,5)	13 (81,3)
ПО, η (% от общего числа)	4 (14,8)	2 (40)	2 (11,1)	3 (13,1)	2 (12,5)
ЧО, η (% от общего числа)	4 (14,8)	0	4 (22,2)	7 (30,4)	И (68,8)
Пациенты без ответа, η (% от общего числа)	19 (70,4)	3 (50)	12 (66,7)	13 (56,5)	3 (18,8)
Отсутствие ответа или УЗ, η (% от общего числа)	4 (14,8)	0	2 (11,1)	6 (26,1)	0
ПЗ, η (% от общего числа)	15 (55,6)	3 (50)	10 (55,6)	7 (30,4)	3 (18,8)
Нет данных, η	1	0	1	2	1

АВС=активированные В-лимфоциты;

GCB=B-лимфоциты зародышевого центра.

Определение подтипов.

Подтипы пациентов определяли с помощью микроматрицы ПЭГ и способа анализа клетокпредшественниц HTG EdgeSeq DLBCL Cell of Origin (COO) (HTG). С помощью способа с применением микроматрицы ПЭГ удалось определить подтипы у 28 пациентов с DLBCL: 5 пациентов имели подтип активированных В-лимфоцитов (ABC), 19 имели подтип В-лимфоцитов зародышевого центра (GCB), и 4 не были классифицированы (табл. 1). С помощью способа HTG удалось оценить 13 пациентов с DLBCL: 6 пациентов имели подтип ABC, 6 имели подтип GCB, и 1 не был классифицирован. Согласованность между способами ПЭГ и HTG была высокой: только 1 пациент с DLBCL, классифицированный посредством ПЭГ в подтип GCB, посредством HTG был отнесен к подтипу ABC.

Анализ PD-L1.

Экспрессия PD-L1 и клинические результаты у пациентов с DLBCL.

Повышение уровня PD-L1 (> 5% опухолевых клеток) наблюдали у 8 (30,8%) пациентов с DLBCL (3 с ПО, 2 с ЧО), 1 (4,0%) пациента с ФЛ и 3 (20,0%) пациентов с ТР (все с ЧО) (табл. 2). Среди пациентов с DLBCL, у которых было возможно проведение как PD-LI-ИГХ, так и ПЭГ, 4/17 из подтипа GCB (1 с ПО, 2 с ЧО, 1 с УЗ), 1/3 из подтипа ABC (ПЗ) и 1/3 из промежуточного подтипа (ПЗ) имели повышение уровня PD-L1.

При DLBCL повышенный уровень PD-L1 наблюдали чаще у пациентов с ответом по сравнению с пациентами без ответа, хотя в целом это не было статистически значимым (62,5% по сравнению с 18,8%,

- 11 045370 р=0,06); повышенный уровень PD-L1 также был в значительной степени связан с ПО (37,5% по сравнению с 0; р=0,03 [точный критерий Фишера]).

Тенденция к улучшению PFS наблюдалась у пациентов с DLBCL (n=26) (фиг. 2), а также у пациентов с подтипом GCB-DLBCL (n=17) (фиг. 3) с повышенным уровнем PD-L1 по сравнению с пациентами без повышения уровня экспрессии.

Таблица 2

Уровень экспрессии PD-L1 по ИГХ и типу опухоли*

	DLBCL	ФЛ	ТР
Всего	АВС	GCB
Уровень экспрессии PD-L1 по ИГХ повышен (> 5%)	8	1	4	1	3
Уровень экспрессии PD-L1 по ИГХ не повышен (< 5%)	18	2	13	24	12

* Число пациентов немного варьировалось между разными результатами в зависимости от рассматриваемого анализа.

Ответ по уровню PD-L1 и выживаемость у пациентов с ФЛ и ТР.

Тенденцию к повышению PFS невозможно было оценить у пациентов с ФЛ, поскольку только у 1 пациента с ФЛ результаты ИГХ PD-L1 были положительными. При ТР 13/16 оцениваемых пациентов демонстрировали ответ, но только 3/15 пациентов с данными ИГХ имели повышенные уровни PD-L1; все пациенты с повышенным уровнем PD-L1 достигали ЧО. Все 3 пациента имели длительные PFS и ОВ и были живы в момент завершения сбора клинических данных, но невозможно было установить значимые корреляции из-за низкого объема выборки.

Выводы.

В этом исследовании пациенты с DLBCL с повышенной экспрессией PD-L1 показали тенденцию к лучшему ответу и выживанию при лечении ибрутинибом и ниволумабом, хотя число пациентов было небольшим и значимость была достигнута только для ПО.

Профиль безопасности лечения ибрутинибом и ниволумабом был сопоставим с профилем безопасности монотерапии ибрутинибом, а общая частота ответа (ОЧО) составила 32,5% при фолликулярной лимфоме (ФЛ), 35,6% при диффузной В-крупноклеточной лимфоме (DLBCL) и 65,0% при трансформации Рихтера (ТР).

Из 27 пациентов с DLBCL, которые имели подходящие для оценки ПЭГ-данные и статус наличия/отсутствия ответа, ОЧО составляла 29,6%, но большая часть из них представляла собой подтип GCB (ОЧО 33,3%), при котором ОЧО на монотерапию ибрутинибом, по предыдущим данным, составляла всего 5%. Число пациентов с подтипом ABC было слишком малым для достоверного анализа.

Клинический ответ у пациентов с ТР (у которых прошлые результаты монотерапии ибрутинибом или химиотерапии были неудовлетворительными) превышал ожидания: ОЧО составляла 65,0% у пациентов, прошедших скрининг и лечение, и 81,3% у пациентов с данными ПЭГ; хотя по результатам ИГХ только 3 пациента имели повышенный уровень PD-L1, все 3 имели устойчивый 40.

PD-1, как правило, помогает концентрировать фолликулярные Т-хелперы (Тфх) в зародышевом центре, ограничивая экспрессию CXCR3 на клетках Тфх. Результаты, приведенные в настоящем документе, свидетельствуют о том, что может существовать отдельная подгруппа пациентов с GCB-DLBCL, у которых заболевание преимущественно вызвано активностью клеток Тфх; у этих пациентов терапия антителами к PD-1, вероятно, уменьшит пролиферацию и созревание злокачественных В-лимфоцитов в зародышевом центре посредством ингибирования взаимодействий PD-L1/PD-1 между Тфх и В-лимфоцитами.

Анализ экзома и последовательности.

Генетический анализ был выполнен с использованием архивных биоптатов, взятых у субъектов, получавших комбинацию ибрутиниба и ниволумаба. Данные экзома получали по 72 образцам, залитых в парафин и фиксированным формалином, и использовали анализ методом секвенирования для выявления мутаций в интересующих генах и оценки нагрузки соматических мутаций. Корреляции пропорций иммунных клеток и вариантов генов оценивали по оцененным исследователем ответам в каждом гистологическом образце и по продолжающимся ответам у пациентов с DLBCL (выживаемость без прогрессирования [PFS] > 24 месяцев, n=7 по сравнению с пациентами без текущих ответов, n=20). Оценивали общую частоту ответа (ОЧО).

Пациенты с ответом по сравнению с пациентами без ответа.

Данные по вариантам генов и ответу были доступны у 26 пациентов с DLBCL (10 пациентов с ответом на лечение (5 с ПО, 5 с ЧО), 16 пациентов без ответа), 16 пациентов с GCB DLBCL (6 пациентов с ответом (2 с ПО, 4 с ЧО), 10 пациентов без ответа), 26 пациентов с ФЛ (12 пациентов с ответом (3 с ПО,

- 12 045370 с ЧО), 14 пациентов без ответа) и 17 пациентов с ТР (13 пациентов с ответом (2 с ПО, 11 с ЧО), 4 пациента без ответа). Результаты представлены в табл. 3-16.

В приведенных ниже табл. 3 и 4 представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с DLBCL с ответом или без ответа, причем значимость оценивали с помощью точного критерия Фишера.

Таблица 3

Данные по ответу у пациентов с DLBCL по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа	Отношение шансов (95% ДИ)	Рзначение*
KLHL14	3/10 (30,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,730, беек.)	0,046
RNF213	4/10 (40,0%)	1/16 (6,2%)	9,053 (0,711, 522,371)	0,055
EBF1	0/10 (0,0%)	4/16 (25,0%)	0,000 (0,000, 2,304)	0,136
САМТА1	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138
DIDO1	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138
GIGYF2	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138
NACA	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138
SELF	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138
ZMYM4	2/10 (20,0%)	0/16 (0,0%)	Беек. (0,311, беек.)	0,138

* Результаты оценки с помощью точного критерия Фишера.

- 13 045370

Таблица 4

Варианты генов у пациентов с DLBCL по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Идентификатор транскрипта	Алл ел ь	Изменен не кодона	Изменение аминокислот ы	Группа по ответу
С АМТ А1	ENST00000303635	С/Т	gCg/gTg	A385V	Пациенты с ответом
С АМТ А1	ENST00000303635	G/A	Gac/Aac	D486N	Пациенты с ответом
DIDO1	ENST00000266070	С/А	caG/caT	Q1539H	Пациенты с ответом
DIDO1	ENST00000266070	G/A	Cga/Tga	R1835*	Пациенты с ответом
EBF1	ENST00000313708	G/A	Cgc/Tgc	R163C	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	Т/С	gAa/gGa	E17G	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	A/G	Tgt/Cgt	C164R	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	А/Т	aTg/aAg	M232K	Пациенты без ответа
GIGYF2	ENST00000421778	A/G	Atg/Gtg	M1V	Пациенты с ответом
GIGYF2	ENST00000452341	A/G	Aga/Gga	R851G	Пациенты с ответом
KLHL14	ENST00000583263	G/A	Cca/Tca	P20S	Пациенты с ответом
KLHL14	ENST00000359358	С/А	gaG/gaT	E140D	Пациенты с ответом
KLHL14	ENST00000359358	Т/С	Aac/Gac	N124D	Пациенты с ответом
KLHL14	ENST00000359358	С/А	aaG/aaT	K187N	Пациенты с ответом
KLHL14	ENST00000359358	С/Т	cGc/cAc	R452H	Пациенты с ответом
NACA	ENST00000454682	G/C	Cag/Gag	Q55E	Пациенты с ответом
NACA	ENST00000454682	С/А	aGg/aTg	R502M	Пациенты с ответом
RNF2I3	ENST00000508628	G/C	Gaa/Caa	E4942Q	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	С/Т	gCc/gTc	A2744V	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	С/А	Ctc/Ate	L4751I	Пациенты с ответомы
RNF213	ENST00000508628	G/A	cGt/cAt	R4252H	Пациенты с ответом
SELF	ENST00000263686	С/А	Gtg/Ttg	V758L	Пациенты с ответомы
SELP	ENST00000263686	G/A	tCg/tTg	S385L	Пациенты с ответом
ZMYM4	ENST00000314607	G/A	Gac/Aac	D1541N	Пациенты с ответом
7MYM4	ENST00000314607	A/G	Act/Gct	T313A	Пациенты с ответом

* Приобретенный стоп-кодон.

В табл. 5 и 6 ниже представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с DLBCL с ответом или без ответа.

- 14 045370

Таблица 5

Данные по ответу у пациентов с DLBCL с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа
RNF213	4/10 (40,0%)	1/16 (6,2%)
CSMD3	3/10 (30,0%)	7/16 (43,8%)
BCL2	3/10 (30,0%)	6/16 (37,5%)
NBPF1	3/10 (30,0%)	4/16 (25,0%)
LRP1B	3/10 (30,0%)	1/16 (6,2%)
ТР53	0/10 (0,0%)	3/16 (18,8%)
TNFRSF14	0/10 (0,0%)	3/16 (18,8%)
ADAMTS20	0/10 (0,0%)	3/16 (18,8%)
АКАР9	0/10 (0,0%)	3/16 (18,8%)
S0CS1	0/10 (0,0%)	3/16 (18,8%)
MYD88	0/10 (0,0%)	2/16 (12,5%)
NFKBIB	0/10 (0,0%)	2/16 (12,5%)

- 15 045370

Таблица 6

Варианты генов у пациентов с DLBCL с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Идентификатор транскрипта	Алл ел ь	Изменени е кодона	Изменение аминокисло ты	Группа по ответу
BCL2	ENST00000333681	C/G	gGc/gCc	G47A	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	Т/А	tAc/tTc	Y28F	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/T	gCc/gAc	A131D	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	gCc/gTc	A77V	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	аСс/аТс	T125I	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/C	gCc/gGc	A113G	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	Cac/Tac	H120Y	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	Т/С	Aca/Gca	T7A	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	С/Т	Gat/Aat	D34N	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000589955	С/Т	Gca/Aca	A198T	Пациенты с ответом
CSMD3	ENST00000297405	С/А	Gtt/Ttt	V382F	Пациенты с ответом
CSMD3	ENST00000297405	C/G	Gtt/Ctt	V3667L	Пациенты с ответом
CSMD3	ENST00000297405	G/T	gCt/gAt	A1975D	Пациенты с ответом
CSMD3	ENST00000297405	G/C	cCa/cGa	P1475R	Пациенты с ответом
LRP1B	ENST000003 89484	А/Т	Ttt/Att	F1575I	Пациенты с ответом
LRP1B	ENST000003 89484	А/Т	taT/taA	Y4562*	Пациенты с ответом
LRP1B	ENST000003 89484	Т/С	gAa/gGa	E4125G	Пациенты с ответом
MYD88	ENST00000417037	G/A	aGc/aAc	S251N	Пациенты без ответа
MYD88	ENST00000495303	Т/С	Tga/Cga	160R**	Пациенты без ответа
NBPF1	ENST00000430580	Т/С	aAa/aGa	K41R	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	Т/А	aAg/aTg	K623M	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	G/T	Ccc/Acc	P926T	Пациенты с ответомы

- 16 045370

NFKBIB	ENST00000313582	С/Т	Cgg/Tgg	R339W	Пациенты без ответа
NFKBIB	ENST00000313582	с/т	cCg/cTg	P236L	Пациенты без ответа
RNF213	ENST00000508628	G/C	Gaa/Caa	E4942Q	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	С/Т	gCc/gTc	A2744V	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	С/А	Ctc/Ate	L4751I	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	G/A	cGt/cAt	R4252H	Пациенты с ответом
TNFRSF14	ENST00000355716	Т/А	Tgc/Agc	C53S	Пациенты без ответа
TNFRSF14	ENST00000355716	G/A	tGc/tAc	C57Y	Пациенты без ответа
TNFRSF14	ENST00000355716	G/T	Gga/Tga	G5*	Пациенты без ответа
ТР53	ENST00000269305	С/А	tGc/tTc	C135F	Пациенты без ответа
ТР53	ENST00000269305	С/Т	cGt/cAt	R273H	Пациенты без ответа
ТР53	ENST00000269305	А/Т	Ttt/Att	F134I	Пациенты без ответа
ADAMTS20	ENST000003 89420	С/Т	cGc/cAc	R132H	Пациенты без ответа
ADAMTS20	ENST000003 89420	С/А	gGa/gTa	G1836V	Пациенты без ответа
ADAMTS20	ENST000003 89420	G/C	aaC/aaG	N1733K	Пациенты без ответа
ADAMTS20	ENST000003 89420	T/G	aaA/aaC	K1684N	Пациенты без ответа
АКАР9	ENST000003 59028	А/С	Agt/Cgt	S2451R	Пациенты без ответа
АКАР9	ENST000003 59028	А/С	gAg/gCg	E775A	Пациенты без ответа
АКАР9	ENST000003 59028	G/A	aGc/aAc	S2789N	Пациенты без ответа
S0CS1	ENST00000332029	G/A	Ccc/Tcc	P97S	Пациенты без ответа
S0CS1	ENST00000332029	G/C	agC/agG	S143R	Пациенты без ответа
S0CS1	ENST00000332029	Т/А	aAc/aTc	N5I	Пациенты без ответа
S0CS1	ENST00000332029	C/G	aGc/aCc	S116T	Пациенты без ответа
S0CS1	ENST00000332029	С/А	Gca/Tca	A3S	Пациенты без ответа

* Приобретенный стоп-кодон;

** утраченный стоп-кодон.

Пациенты с ответом по сравнению с пациентами без ответа. Среди пациентов с DLBCL наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов с ответом, включали KLHL14 (n=3), RNF213 (n=4), CSMD3 (n=3), BCL2 (n=3), NBPF1 (n=3), и LRP1B (n=3). И наоборот, наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов без ответа, включали ТР53 (n=3), EBF1 (n=4), ADAMTS20 (n=3), AKAP9 (n=3) и SOCS1 (n=3), а также гены на пути В-клеточных рецепторов TNFRSF14 (n=3), MYD55 (n=2) и NFKB1B (n=2). Наибольшие различия в частоте встречаемости вариантов генов между пациентами с ответом и без ответа наблюдались при мутациях в гене KLHL14 (3/10 (30,0%) в сравнении с 0/16; отношение шансов (ОШ) (95% доверительный интервал (ДИ)) беск. [0,730 - беск.]; Р=0,046) и мутациях в гене RNF213 (4/10 (40,0%) в сравнении с 1/16 (6,2%); ОШ (95% ДИ) 9,053 (0,711-522,371); Р=0,055). Таким образом, среди пациентов с DLBCL пациенты с мутациями в генах RNF213 и KLHL14 с большей вероятностью будут демонстрировать ответ на ибрутиниб+ниволумаб.

В приведенных ниже табл. 7 и 8 представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с ФЛ с ответом или без ответа, причем значимость оценивали с помощью точного критерия Фишера.

- 17 045370

Таблица 7

Данные по ответу у пациентов с ФЛ по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа	Отношение шансов (95% ДИ)	Рзначение*
BCL2	9/12 (75,0%)	4/14 (28,6%)	6,847 (1,019, 62,695)	0,047
СИТА	3/12 (25,0%)	0/14 (0,0%)	Беек. (0,515, беек.)	0,085
FES	3/12 (25,0%)	0/14 (0,0%)	Беек. (0,515, беек.)	0,085
NCOA2	3/12 (25,0%)	0/14 (0,0%)	Беек. (0,515, беек.)	0,085
TPR	3/12 (25,0%)	0/14 (0,0%)	Беек. (0,515, беек.)	0,085
NBPF1	0/12 (0,0%)	4/14 (28,6%)	0,000 (0,000, 1,615)	θ,ι

Таблица 8

Варианты генов у пациентов с ФЛ по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Идентификатор транскрипта	Аллель	Изменение кодона	Изменение аминокислот ы	Группа по ответу
BCL2	ENST00000589955	С/Т	aGt/aAt	S203N	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	Т/С	Agc/Ggc	S87G	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	A/G	gTg/gCg	V159A	Пациенты с ответом

- 18 045370

BCL2	ENST00000333681	G/A	Сса/Тса	P59S	Пациенты c ответом
BCL2	ENST00000333681	С/Т	Gcg/Acg	A2T	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	С/Т	Gcg/Acg	A85T	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	С/Т	cGc/cAc	R129H	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	C/G	Gct/Cct	A4P	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	Т/А	cAg/cTg	Q190L	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000589955	C/G	Ggt/Cgt	G197R	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	cCa/cTa	P59L	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	gCc/gTc	A60V	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	Ccg/Tcg	P46S	Пациенты с ответом
СИТА	ENST00000324288	С/Т	Cca/Tca	P292S	Пациенты с ответом
СИТА	ENST00000324288	С/Т	Ccc/Tcc	P16S	Пациенты с ответом
СИТА	ENST00000324288	С/А	C ct/Act	P952T	Пациенты с ответом
FES	ENST00000328850	G/A	cGg/cAg	R246Q	Пациенты с ответом
FES	ENST00000328850	А/Т	Atc/Ttc	143 IF	Пациенты с ответом
FES	ENST00000328850	С/Т	Cgg/Tgg	R191W	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	Т/А	aAg/aTg	K623M	Пациенты без ответа
NCOA2	ENST00000452400	G/C	cCt/cGt	P673R	Пациенты с ответом
NCOA2	ENST00000452400	Т/С	atA/atG	I427M	Пациенты с ответом
NCOA2	ENST00000452400	Т/С	Agt/Ggt	S420G	Пациенты с ответом
NCOA2	ENST00000452400	т/с	aAc/aGc	N401S	Пациенты с ответом
NCOA2	ENST00000452400	т/с	Acg/Gcg	T390A	Пациенты с ответом
NCOA2	ENST00000452400	С/А	aGt/aTt	S698I	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	G/C	Cag/Gag	Q2287E	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	Т/С	aAa/aGa	K315R	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	G/C	caC/caG	H2029Q	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	T/G	Aat/Cat	N2028H	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	С/Т	Ggt/Agt	G2027S	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	C/G	gGt/gCt	G2025A	Пациенты с ответом
TPR	ENST00000367478	C/G	aGt/aCt	S1042T	Пациенты с ответом

В табл. 9 и 10 ниже представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с ФЛ с ответом или без ответа.

- 19 045370

Таблица 9

Данные по ответу у пациентов с ФЛ с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа
BCL2	9/12 (75,0%)	4/14 (28,6%)
CREBBP	7/12 (58,3%)	9/14 (64,3%)
EZH2	1/12 (8,3%)	4/14 (28,6%)
KMT2D	6/12 (50,0%)	5/14 (35,7%)
MUC17	4/12 (33,3%)	3/14 (21,4%)
NBPF1	0/12 (0,0%)	4/14 (28,6%)
STAT6	1/12 (8,3%)	4/14 (28,6%)

Таблица 10

Варианты генов у пациентов с ФЛ с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Идентификатор транскрипта	Алл ел ь	Изменен ие кодона	Изменение аминокислот ы	Группа по ответу
BCL2	ENST00000333681	C/G	gGc/gCc	G36A	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/C	Ctg/Gtg	L119V	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000589955	С/Т	aGt/aAt	S203N	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	т/с	Agc/Ggc	S87G	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	A/G	gTg/gCg	V159A	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	Cca/Tca	P59S	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	с/т	Gcg/Acg	A2T	Пациенты с ответом

- 20 045370

BCL2	ENST00000333681	C/T	Gcg/Acg	A85T	Пациенты c ответом
BCL2	ENST00000589955	C/T	Ggt/Agt	G197S	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/A	Cac/Tac	H120Y	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	C/G	aGa/aCa	R6T	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000589955	C/G	aGt/aCt	S203T	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	T/C	Acc/Gcc	T187A	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/C	Cca/Gca	P59A	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	C/T	cGc/cAc	R129H	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	T/C	aAg/aGg	K239R	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	C/T	Gat/Aat	D191N	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/C	Cag/Gag	Q52E	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/A	aCa/aTa	T7I	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/A	Ccc/Tcc	P53S	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	C/G	Gct/Cct	A4P	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	T/A	cAg/cTg	Q190L	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000589955	C/G	Ggt/Cgt	G197R	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	cCa/cTa	P59L	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	gCc/gTc	A60V	Пациенты с ответом
BCL2	ENST00000333681	G/A	Ccg/Tcg	P46S	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	G/C	Cgc/Ggc	R1664G	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	G/A	Cga/Tga	R1498*	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	G/A	Cag/Tag	Q540*	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	T/A	Aaa/Taa	K1060*	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	T/A	gAt/gTt	D1543V	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	G/A	cCt/cTt	P1053L	Пациенты без ответа

- 21 045370

CREBBP	ENST00000262367	A/G	cTg/cCg	L1499P	Пациенты c ответом
CREBBP	ENST00000262367	C/G	caG/caC	Q1259H	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	C/A	cGc/cTc	R1446L	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	G/A	Cga/Tga	R1341*	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	A/C	Tac/Gac	Y1450D	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	A/T	tgT/tgA	C398*	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	A/T	Tac/Aac	Y1503N	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	G/T	tgC/tgA	C1408*	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	T/A	gAt/gTt	D1521V	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	C/G	cGg/cCg	R2151P	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	G/A	Caa/Taa	Q249*	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	C/T	Ggc/Agc	G52S	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	T/C	Acc/Gcc	T514A	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	T/G	cAa/cCa	Q513P	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	T/C	Aca/Gca	T462A	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	A/C	Tac/Gac	Y1503D	Пациенты с ответом
CREBBP	ENST00000262367	G/A	cCt/cTt	P1053L	Пациенты с ответом
EZH2	ENST00000320356	A/C	Ttt/Gtt	F670V	Пациенты без ответа
EZH2	ENST00000320356	A/T	Tac/Aac	Y646N	Пациенты без ответа
EZH2	ENST00000320356	G/A	gCa/gTa	A692V	Пациенты без ответа
EZH2	ENST00000320356	T/A	tAc/tTc	Y646F	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	A/T	tTa/tAa	L957*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q3720*	Пациенты с ответомы
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q2004*	Пациенты с ответомы
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q1703*	Пациенты с ответом

- 22 045370

KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cga/Tga	R2771*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	А/Т	tTa/tAa	L3897*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/T	taC/taA	Y1771*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/C	tCa/tGa	S2312*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q4590*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q764*	Пациенты с ответом
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q928*	Пациенты с ответом
KMT2D	ENST00000301067	С/А	gaG/gaT	E1649D	Пациенты с ответом
KMT2D	ENST00000301067	А/С	Ttg/Gtg	L1599V	Пациенты с ответом
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Caa/Taa	Q2796*	Пациенты без ответа
MUC17	ENST00000306151	А/С	Acc/Ccc	T1447P	Пациенты с ответом
MUC17	ENST00000306151	C/G	aCt/aGt	T2258S	Пациенты с ответом
MUC17	ENST00000306151	G/C	aGt/aCt	S546T	Пациенты с ответом
MUC17	ENST00000306151	C/G	cCc/cGc	P4014R	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	Т/А	aAg/aTg	K623M	Пациенты без ответа
STAT6	ENST00000300134	С/А	Gac/Tac	D419Y	Пациенты без ответа
STAT6	ENST00000300134	Т/С	gAc/gGc	D419G	Пациенты без ответа
STAT6	ENST00000300134	с/т	Gac/Aac	D419N	Пациенты без ответа
STAT6	ENST00000300134	C/G	Gat/Cat	D519H	Пациенты без ответа

* Приобретенный стоп-кодон.

Пациенты с ответом по сравнению с пациентами без ответа. Среди пациентов с ФЛ наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов с ответом, включали BCL2 (n=9), CREBBP (n=7), KMT2D (n=6), MUC17 (n=4), CIITA (n=3), FES (n=3), NCOA2 (n=3) и TPR (n=3). Наиболее частыми вариантами генов, наблюдаемыми у пациентов без ответа, были CREBBP (n=9), KMT2D (n=5), BCL2 (n=4), STAT6 (n=4), NBPF1 (n=4) и EZH2 (n=4). Разница в частоте встречаемости вариантов генов между пациентами с ответом и без ответа была значимой в отношении гена BCL2 (9/12 (75%) по сравнению с 4/14 (28,6%); ОШ (95% ДИ) 6,847 (1,019-62,695); Р=0,047).

В приведенных ниже табл. 11 и 12 представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с ТР с ответом или без ответа, причем значимость оценивали с помощью точного критерия Фишера.

Таблица 11

Данные по ответу у пациентов с ТР по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа	Отношение шансов (95% ДИ)	Р-значение*
ROS1	0/13 (0,0%)	2/4 (50,0%)	0,000 (0,000, 1,431)	0,044
IGLL5	1/13 (7,7%)	2/4 (50,0%)	0,104 (0,001, 2,790)	0,121
PASK	1/13 (7,7%)	2/4 (50,0%)	0,104 (0,001, 2,790)	0,121

- 23 045370

Таблица 12

Варианты генов у пациентов с ТР по генам, выбранным на основании результатов оценки с помощью точного критерия Фишера

Ген	Идентификатор транскрипта	Алл ел ь	Изменен не кодона	Изменение аминокисло ты	Группа по ответу
IGLL5	ENST00000532223	С/Т	Ссс/Тсс	P75S	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	G/A	Gtt/Att	V56I	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	Т/А	gTg/gAg	V8E	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	С/А	Cct/Act	P93T	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	G/A	Gag/Aag	E15K	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	С/А	Ctg/Atg	L39M	Пациенты без ответа
IGLL5	ENST00000532223	С/А	gCc/gAc	АЗ 2D	Пациенты без ответа
PASK	ENST00000358649	С/Т	tgG/tgA	W621*	Пациенты без ответа
PASK	ENST00000358649	G/C	Cca/Gca	Р779А	Пациенты без ответа
ROS1	ENST00000368508	G/C	Ctt/Gtt	L138V	Пациенты без ответа
ROS1	ENST00000368508	G/T	cCa/cAa	P1614Q	Пациенты без ответа

* Приобретенный стоп-кодон.

В табл. 13 и 14 ниже представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с ТР с ответом или без ответа.

Таблица 13

Данные по ответу у пациентов с ТР с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа
KLHL6	3/13 (23,1%)	0/4 (0,0%)
SETX	3/13 (23,1%)	0/4 (0,0%)
SF3B1	3/13 (23,1%)	0/4 (0,0%)
IRF2BP2	3/13 (23,1%)	1/4 (25,0%)
NBPF1	3/13 (23,1%)	1/4 (25,0%)

- 24 045370

Таблица 14

Варианты генов у пациентов с ТР с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Идентификатор транскрипта	Аллель	Изменение кодона	Изменение аминокислоты	Группа по ответу
IRF2BP2	ENST00000366609	G/A	Ccg/Tcg	P150S	Пациенты с ответом
IRF2BP2	ENST00000366609	G/A	gCc/gTc	A214V	Пациенты с ответом
IRF2BP2	ENST00000366609	G/A	Ctc/Ttc	L86F	Пациенты с ответом
KLHL6	ENST00000341319	A/G	aTg/aCg	M67T	Пациенты с ответом
KLHL6	ENST00000341319	A/G	cTg/cCg	L65P	Пациенты с ответом
KLHL6	ENST00000341319	A/G	aTg/aCg	M157T	Пациенты с ответом
KLHL6	ENST00000341319	G/C	Ctt/Gtt	L90V	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	Т/А	aAg/aTg	K623M	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	С/Т	cGt/cAt	R938H	Пациенты с ответом
SETX	ENST00000372169	G/C	atC/atG	I787M	Пациенты с ответом
SETX	ENST00000372169	G/A	aCc/aTc	T246I	Пациенты с ответом
SETX	ENST00000372169	G/C	gCa/gGa	A1491G	Пациенты с ответом
SF3B1	ENST00000335508	Т/С	tAt/tGt	Y765C	Пациенты с ответом
SF3B1	ENST00000335508	G/A	aCt/aTt	T663I	Пациенты с ответом
SF3B1	ENST00000335508	С/А	Gtt/Ttt	V701F	Пациенты с ответом

Пациенты с ответом по сравнению с пациентами без ответа. Среди пациентов с ФЛ наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов с ответом, включали IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX и SF3B1 (по каждому n=3), в то время как наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов без ответа, включали ROS1, IGLL5 и PASK (по каждому n=2). Разница в частоте встречаемости вариантов генов между пациентами с ответом и без ответа была значимой в отношении гена ROS1 (0/13 по сравнению с 2/4 (50%); ОШ (95% ДИ) 0,000 (0,000-1,431); Р=0,044).

В табл. 15 и 16 ниже представлены частоты мутаций и специфические мутации генов, которые чаще мутировали у пациентов с GCB-DLBCL с ответом или без ответа.

Таблица 15

Данные по ответу у пациентов с GCB-DLBCL с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Пациенты с ответом	Пациенты без ответа
CSMD3	0/6 (0,0%)	5/10 (50,0%)
BCL2	1/6 (16,7%)	6/10 (60,0%)
KMT2D	1/6 (16,7%)	6/10 (60,0%)
CREBBP	0/6 (0,0%)	4/10 (40,0%)
EBF1	0/6 (0,0%)	4/10 (40,0%)
SGK1	0/6 (0,0%)	4/10 (40,0%)
RNF213	2/6 (33,3%)	1/10 (10,0%)
NBPF1	2/6 (33,3%)	1/10 (10,0%)

- 25 045370

Таблица 16

Варианты генов у пациентов с GCB-DLBCL с ответом или без ответа по генам, выбранным на основании высокой частоты вариантов

Ген	Идентификатор транскрипта	Аллель	Изменение кодона	Изменение аминокислот ы	Группа по ответу
BCL2	ENST00000333681	A/G	gTc/gCc	V156A	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/C	aCa/aGa	T7R	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	С/Т	Gat/Aat	D31N	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	Т/С	Atc/Gtc	I48V	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	с/т	Gag/Aag	E165K	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	т/с	aAc/aGc	N143S	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000589955	с/т	Gca/Aca	A198T	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000589955	G/A	gCa/gTa	A198V	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/C	aaC/aaG	N163K	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	T/G	gAg/gCg	E179A	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000333681	G/A	Ccc/Tcc	P53S	Пациенты без ответа
BCL2	ENST00000589955	C/G	Ggt/Cgt	G197R	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	А/С	tTt/tGt	F1185C	Пациенты без ответа

- 26 045370

CREBBP	ENST00000262367	A/C	cTt/cGt	L1181R	Пациенты без ответа
CREBBP	ENST00000262367	G/C	cCt/cGt	P227R	Пациенты без ответа
CSMD3	ENST00000297405	A/T	tTg/tAg	L3207*	Пациенты без ответа
CSMD3	ENST00000297405	A/G	aTg/aCg	M2445T	Пациенты без ответа
CSMD3	ENST00000297405	C/A	Ggg/Tgg	G2318W	Пациенты без ответа
CSMD3	ENST00000297405	G/T	aCa/aAa	T604K	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	G/A	Cgc/Tgc	R163C	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	T/C	gAa/gGa	E17G	Пациенты без ответа
EBF1	ENST00000313708	A/G	Tgt/Cgt	C164R	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cga/Tga	R2099*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	T/C	gAt/gGt	D5462G	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q3265*	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	C/A	cGg/cTg	R755L	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	gCc/gTc	A5212V	Пациенты без ответа
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Caa/Taa	Q4322*	Пациенты без ответа
NBPF1	ENST00000430580	T/C	aAa/aGa	K41R	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	T/A	aAg/aTg	K623M	Пациенты с ответом
NBPF1	ENST00000430580	G/T	Ccc/Acc	P926T	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	G/C	Gaa/Caa	E4942Q	Пациенты с ответом
RNF213	ENST00000508628	C/T	gCc/gTc	A2744V	Пациенты с ответом
SGK1	ENST00000237305	T/G	Atc/Ctc	I25L	Пациенты без ответа
SGK1	ENST00000367858	C/A	aGg/aTg	R127M	Пациенты без ответа
SGK1	ENST00000367857	G/A	Ccg/Tcg	P3S	Пациенты без ответа

Пациенты с ответом по сравнению с пациентами без ответа. Среди пациентов с GCB-DLBCL наиболее частые варианты генов, наблюдаемые у пациентов с ответом (n=6), включали RNF213 (n=2) и NBPF1 (n=2). У пациентов без ответа (n=10) они включали KMT2D (n=6), BCL2 (n=6), CSMD3 (n=5), CREBBP (n=4), EBF1 (n=4) и SGK1 (n=4). Значимых различий в частоте вариантов генов между пациентами с подтипом GCB с ответом и без ответа не было (данные не показаны).

Нагрузка соматических мутаций. Среди общего числа соматических мутаций между пациентами с DLBCL, ФЛ или ТР с ответом и без ответа не наблюдалось значительных различий, но среди пациентов с GCB-DLBCL число пациентов с ответом было значительно ниже, чем число пациентов без ответа (P=0,003) (данные не показаны). Количество вариантов соматической мутации было значительно ниже у пациентов с DLBCL и PFS, продолжающейся > 24 месяцев, в сравнении с пациентами с более короткой PFS (P=0,0288) (данные не показаны).

Выживаемость без прогрессирования заболевания (PFS), продолжающаяся в течение более чем (>) 24 месяцев.

Проводили анализ у пациентов с DLBCL с PFS, продолжающейся > 24 месяцев, в сравнении с пациентами с более короткой PFS Результаты представлены в табл. 17 и 18 ниже.

- 27 045370

Таблица 17

Данные по частоте мутаций PFS24 у пациентов с DLBCL в генах, выбранных на основании наличия высокой частоты вариантов либо в выборке пациентов с PFS, продолжающейся в течение > 24 месяцев, либо в выборке пациентов с более короткой PFS

Ген	PFS 24 мес.	Нет
BCL2	3/7 (42,9%)	6/20 (30,0%)
CSMD3	2/7 (28,6%)	8/20 (40,0%)
NBPF1	3/7 (42,9%)	4/20 (20,0%)
KMT2D	1/7 (14,3%)	8/20 (40,0%)
RNF213	3/7 (42,9%)	2/20 (10,0%)
CREBBP	0/7 (0,0%)	6/20 (30,0%)

Таблица 18

Варианты генов у пациентов с DLBCL по генам, выбранным на основании наличия высокой частоты вариантов либо в выборке пациентов с PFS, продолжающейся в течение > 24 месяцев, либо в выборке пациентов с более короткой PFS

Ген	Идентификатор транскрипта	Аллель	Изменени е кодона	Изменение аминокислот ы	Группа «PFS 24 мес.»
BCL2	ENST00000333681	G/T	ааС/ааА	N163K	Нет
BCL2	ENST00000333681	A/G	gTc/gCc	V156A	Нет
BCL2	ENST00000333681	G/C	aCa/aGa	T7R	Нет
BCL2	ENST00000589955	С/Т	Gca/Aca	А198Т	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	G/A	аСс/аТс	T125I	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	G/A	Сас/Тас	H120Y	PFS 24 мес.

- 28 045370

BCL2	ENST00000333681	G/C	gCc/gGc	A113G	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	C/T	Gat/Aat	D34N	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	T/C	Aca/Gca	T7A	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	G/T	gCc/gAc	A131D	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	G/A	gCc/gTc	A77V	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	C/G	gGc/gCc	G47A	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	T/A	tAc/tTc	Y28F	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	G/A	Ccc/Tcc	P53S	Нет
BCL2	ENST00000333681	T/C	Atc/Gtc	I48V	Нет
BCL2	ENST00000333681	C/T	Gat/Aat	D31N	Нет
BCL2	ENST00000333681	C/T	Gag/Aag	E165K	PFS 24 мес.
BCL2	ENST00000333681	C/T	Get/Act	A76T	Нет
BCL2	ENST00000589955	G/A	gCa/gTa	A198V	Нет
BCL2	ENST00000589955	C/T	Gca/Aca	A198T	Нет
BCL2	ENST00000589955	C/G	Ggt/Cgt	G197R	Нет
BCL2	ENST00000333681	T/G	gAg/gCg	E179A	Нет
BCL2	ENST00000333681	G/C	aaC/aaG	N163K	Нет
BCL2	ENST00000333681	T/C	aAc/aGc	N143S	Нет
CREBBP	ENST00000262367	A/C	tTt/tGt	F1185C	Нет
CREBBP	ENST00000262367	A/C	cTt/cGt	L1181R	Нет
CREBBP	ENST00000262367	G/T	Caa/Aaa	Q1491K	Нет
CREBBP	ENST00000262367	G/C	cCt/cGt	P227R	Нет
CREBBP	ENST00000262367	T/A	Aaa/Taa	K1060*	Нет
CSMD3	ENST00000297405	C/G	Gtt/Ctt	V3667L	Нет
CSMD3	ENST00000297405	C/A	Gtt/Ttt	V382F	Нет
CSMD3	ENST00000297405	G/T	Cac/Aac	H350N	Нет
CSMD3	ENST00000297405	A/T	tTg/tAg	L3207*	Нет
CSMD3	ENST00000297405	A/G	aTg/aCg	M2445T	Нет
CSMD3	ENST00000297405	C/T	gGc/gAc	G609D	Нет
CSMD3	ENST00000297405	G/T	aCa/aAa	T604K	Нет
KMT2D	ENST00000301067	T/C	gAt/gGt	D5462G	Нет
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cga/Tga	R2099*	Нет
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q3265*	Нет
KMT2D	ENST00000301067	C/A	cGg/cTg	R755L	Нет
KMT2D	ENST00000301067	C/A	cGg/cTg	R1388L	Нет
KMT2D	ENST00000301067	G/A	gCc/gTc	A5212V	Нет
KMT2D	ENST00000301067	C/T	Ggg/Agg	G5295R	Нет
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Cag/Tag	Q2004*	Нет
KMT2D	ENST00000301067	G/A	Caa/Taa	Q4322*	Нет
NBPF1	ENST00000430580	T/A	aAg/aTg	K623M	PFS 24 мес.
NBPF1	ENST00000430580	T/C	aAa/aGa	K41R	PFS 24 мес.
NBPF1	ENST00000430580	C/A	Gaa/Taa	E688*	PFS 24 мес.
NBPF1	ENST00000430580	G/T	Ccc/Acc	P926T	PFS 24 мес.
RNF213	ENST00000508628	C/A	Ctc/Ate	L4751I	PFS 24 мес.
RNF213	ENST00000508628	G/C	Gaa/Caa	E4942Q	PFS 24 мес.
RNF213	ENST00000508628	C/T	gCc/gTc	A2744V	PFS 24 мес.

* Приобретенный стоп-кодон;

** утраченный стоп-кодон.

PFS, продолжающаяся > 24 месяцев, в сравнении с более короткой PFS у пациентов с DLBCL. Среди пациентов с DLBCL наиболее частые мутации были в генах RNF213, NBPTF1 и BCL2 у пациентов с PFS > 24 месяцев (по 3/7 [42,9%] каждый) и KMT2D (8/20 [40,0%]) и CSMD3 (8/20 [40,0%]) у пациентов с более короткой PFS. Нагрузка соматических мутаций была ниже у пациентов с ответом по сравнению с пациентами без ответа, особенно у пациентов с DLBCL с фенотипом В-лимфоцитов зародышевого центра, и у пациентов с PFS > 24 месяцев по сравнению с пациентами с DLBCL и более короткой PFS.

Вышеописанный анализ выявил вариации генов у пациентов с DLBCL, ФЛ и ТР, ассоциированные с ответом или устойчивой PFS при комбинированной терапии ибрутинибом и ниволумабом. Хотя ибру- 29 045370 тиниб ингибирует пути, зависимые от тирозинкиназы Брутона, были идентифицированы альтернативные варианты путей генов, которые могут повлиять на результаты лечения. Инфильтрация иммунных клеток в микросреду относится к дифференциальному лечебному ответу на эту иммунную комбинациею и зависит от гистологических результатов.

Мутации ТР53 на исходном уровне и молекулярная ремиссия по прогностическим биомаркерам пользы лечения ибрутинибом при рецидивирующей/рефрактерной DLBCL.

Мутации ТР53 на исходном уровне и снижение нагрузки цоДНК порядка 2-log1o после 2 курсов химиотерапии (молекулярная ремиссия, МР) являются прогностическими биомаркерами при не подвергавшейся лечению диффузной В-крупноклеточной лимфоме (DLBCL). Их прогностическая ценность в условиях рецидивирующей DLBCL, подвергнутой лечению таргетными препаратами, до сих пор плохо понятна. Исследование LYM1002 является проспективным исследованием фазы I/IIa, направленным на исследование безопасности и активности комбинации ибрутиниба плюс ниволумаба при рецидивирующих/рефрактерных В-клеточных злокачественных новообразованиях. В данном случае прогностическое влияние мутаций на исходном уровне и МР при DLBCL, подвергнутой лечению ибрутинибом плюс ниволумабом в рамках исследования LYM1002, было исследовано с использованием цоДНК.

Способы.

Критерием включения в это вспомогательное биологическое исследование было наличие крови, собранной на исходном уровне и на этапе C3D1. Также в анализ включали кровь, взятую во время прогрессирования/окончания лечения заболевания. Последовательность САРР применяли для генотипирования цоДНК и количественного определения цоДНК. Чувствительность анализа составляла 0,3%.

Результаты.

Из 37 пациентов с рецидивирующей/рефрактерной DLBCL, участвовавших в исследовании LYM1002, 27 соответствовали критериям включения. В соответствии с относительной представленностью пациентов с GCB-DLBCL в исследуемой когорте (GCB 78% по сравнению с ABC 5% по сравнению с промежуточным уровнем 17%) гены, в которых неоднократно появляются несинонимичные соматические мутации у > 10% пациентов, включали HIST1H1E, KMT2D,MEF2B TP53, BCL2, BTG1, ЕР300, ZNF292, MGA, HIST1H1C, ХРО1, BTG1, CARD11, CREBBP, EZH2, PIM1, CIITA, DDX3X, MYC, TNFRSF14. После учета генов, мутировавших в > 10% случаев, только мутация в гене ТР53 значимо ассоциировалась с более низкой выживаемостью без прогрессирования заболевания (12-месячная PFS - 0% в случаях с мутацией ТР53, 12-месячная PFS - 53,6% в случаях с наличием гена ТР53 дикого типа; Р=0,002) (фиг. 4А). Снижение нагрузки цоДНК порядка 2-log₁₀ после 2 курсов ибрутиниба плюс ниволумаба (МР) было связано с более продолжительной PFS (12-месячная PFS - 66,7% по сравнению с 21,4%; р=0,05) (фиг. 4В). Подгруппа рецидивирующей/рефрактерной DLBCL, характеризующаяся ТР53 дикого типа на исходном уровне и МР через 2 курса ибрутиниба плюс ниволумаба (19% случаев), показала многообещающую длительную ремиссию (12-месячная PFS: 80%; р=0,06) (фиг. 4С). Среди 10 пациентов, имеющих цоДНК, собранную при прогрессировании, ограниченная доля (2 случая; 20%) приобрела мутации в сигнальных генах В-клеточного рецептора, включая BTK и PLCG2 у одного пациента и FOXO1 у другого пациента. Мутации в гене ТР53, наблюдаемые в образцах цоДНК у субъектов с DLBCL, представлены в табл. 19.

Среди 20 пациентов с DLBCL, трансформированной из хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ) (также известного как синдром Рихтера), набранных в исследование LYM1002, 14 соответствовали критериям включения. Гены, неоднократно пораженные несинонимичными соматическими мутациями у > 10% пациентов, включали ТР53, NOTCH1, HIST1H1E, EGR2, SF3B1, ATM, ASXL1, CHEK2, MGA, NRAS. У пациентов с вариантом DLBCL de novo мутации в гене ТР53 на исходном уровне не оказывали существенного влияния на PFS при синдроме Рихтера, который лечили ибрутинибом плюс ниволумабом (фиг. 4D), что согласуется с тем, что ибрутиниб позволяет преодолевать, по меньшей мере частично, отрицательное влияние ТР53-аномалий при ХЛЛ. Кроме того, в соответствии с тем, что ибрутиниб не устраняет минимальное остаточное заболевание при ХЛЛ, только один пациент с синдромом Рихтера достиг МР после 2 курсов терапии (фиг. 4Е).

Выводы.

Мутации в гене ТР53 на исходном уровне и МР после 2 курсов являются прогностическими биомаркерами пользы лечения ибрутинибом при рецидивирующей/рефрактерной DLBCL, но не при синдроме Рихтера.

- 30 045370

Таблица 19

Мутации в гене ТР53, наблюдаемые в образцах цоДНК у субъектов с DLBCL

Образец	Цикл	Хром.	Положение	Исх.	Вар.	Экзон	Тип	С.	T.	Частота вариантных аллелей
ESI0002004	C1D1	chrl7	7577120	С	т	ЕХ8	миссенс	c.818G>A	p.R273H	12,37%
ESI0002004	C1D1	chrl7	7577556	С	т	ЕХ7	миссенс	c.725G>A	P.C242Y	12,24%
ESI0002004	C3D1	chrl7	7577120	С	т	ЕХ8	миссенс	c.818G>A	p.R273H	4,76%
ESI0002004	C3D1	chrl7	7577556	с	т	ЕХ7	миссенс	c.725G>A	p.C242Y	4,43%
ESI0002004	EOT	chrl7	7577120	с	т	ЕХ8	миссенс	c.818G>A	p.R273H	7,15%
ESI0002004	EOT	chrl7	7577556	с	т	ЕХ7	миссенс	c.725G>A	P.C242Y	4,61%
ES10003002	C1D1	chrl7	7577539	G	А	ЕХ7	миссенс	C.742OT	P.R248W	0,74%
ESI0003002	C1D1	chrl7	7577575	А	G	ЕХ7	миссенс	c.706T>C	p.Y236H	1,23%
ES10003002	C1D1	chrl7	7577100	т	С	ЕХ8	миссенс	c.838A>G	p.R280G	2,11%
ES10003002	C3D1	chrl7	7577539	G	А	ЕХ7	миссенс	C.742OT	p.R248W	2,46%
ES10003002	C3D1	chrl7	7577575	А	G	ЕХ7	миссенс	c.706T>C	p.Y236H	3,59%
ES10003002	C3D1	chrl7	7577100	т	С	ЕХ8	миссенс	c.838A>G	p.R280G	1,62%
ES10003002	EOT	chrl7	7577100	т	С	ЕХ8	миссенс	c.838A>G	P.R280G	13,03%
ES10003002	EOT	chrl7	7577539	G	А	ЕХ7	миссенс	C.742OT	p.R248W	4,05%
ES10003002	EOT	chrl7	7577575	А	G	ЕХ7	миссенс	c.706T>C	p.Y236H	2,96%
IL10001005	C1D1	chrl7	7577498	С	А	ЕХ7	донор сплайсинга	C.782+1G>T		1,31%
IL10001005	C3D1	chrl7	7577498	С	А	ЕХ7	донор сплайсинга	c.782+lG>T		4,96%
IL 10001009	C1D1	chrl7	7578406	С	т	ЕХ5	миссенс	c.524G>A	p.R175H	10,02%
IL 10001009	C3D1	chrl7	7578406	с	т	ЕХ5	миссенс	c.524G>A	p.R175H	3,73%
IL 10001009	EOT	chrl7	7578406	с	т	ЕХ5	миссенс	c.524G>A	p.R175H	4,89%
IL 10002008	C1D1	chrl7	7577538	с	А	ЕХ7	миссенс	c.743G>T	p.R248L	28,13%
IL 10002008	C3D1	chrl7	7577538	с	А	ЕХ7	миссенс	c.743G>T	p.R248L	14,06%
IL 10002008	EOT	chrl7	7577538	с	А	ЕХ7	миссенс	c.743G>T	p.R248L	6,30%
TRI0001007	C1D1	chrl7	7578551	А	-GTACT	ЕХ5	сдвиг рамки считывания	c.376-2_378Del5		34,86%
TRI0001007	C3D1	chrl7	7578551	А	-GTACT	ЕХ5	сдвиг рамки считывания	c.376-2_378Del5		2,27%
TRI0001007	EOT	chrl7	7578551	А	-GTACT	ЕХ5	сдвиг рамки считывания	c.376-2_378Del5		10,18%
US10001009	C1D1	chrl7	7577093	С	т	ЕХ8	миссенс	c.845G>A	p.R282Q	47,37%
US10001009	EOT	chrl7	7577093	с	т	ЕХ8	миссенс	c.845G>A	p.R282Q	16,06%

Специалистам в данной области техники будет очевидно, что предпочтительные варианты осуществления настоящего изобретения допускают множество изменений и модификаций и что такие изменения и модификации могут быть сделаны без отклонения от сущности изобретения. Таким образом, предполагается, что прилагаемые пункты формулы изобретения включают все такие эквивалентные вариации, которые соответствуют истинной сущности и объему настоящего изобретения.

Описания каждого патента, патентной заявки и публикации, цитируемой или описанной в этом документе, включены в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме.

Варианты осуществления

Следующий список вариантов осуществления предназначен для дополнения, а не замены или аннулирования предшествующих описаний.

Вариант осуществления 1. Способ лечения В-клеточного злокачественного новообразования у субъекта, содержащий этапы, на которых субъекту вводят терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

Вариант осуществления 2. Способ по варианту осуществления 1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.

Вариант осуществления 3. Способ по варианту осуществления 2, в котором у субъекта имеется одна или более мутаций в генах KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.

- 31 045370

Вариант осуществления 4. Способ по варианту осуществления 1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта имеется ода или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16.

Вариант осуществления 5. Способ по варианту осуществления 1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.

Вариант осуществления 6. Способ по варианту осуществления 5, в котором у субъекта имеется одна или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.

Вариант осуществления 7. Способ по варианту осуществления 1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPFI, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Вариант осуществления 8. Способ лечения В-клеточного злокачественного новообразования у субъекта, содержащий этапы, на которых субъекту вводят терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

Вариант осуществления 9. Способ по варианту осуществления 8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, A4YD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.

Вариант осуществления 10. Способ по варианту осуществления 8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16.

Вариант осуществления 11. Способ по варианту осуществления 8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.

Вариант осуществления 12. Способ по варианту осуществления 8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Вариант осуществления 13. Способ по варианту осуществления 12, в котором у субъекта не имеется одной или более мутаций в гене ROS1, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.

Вариант осуществления 14. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, в котором терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 содержит 560 мг ибрутиниба и 3 мг/кг антител к PD-1.

Вариант осуществления 15. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, в котором антитела к PD-1 вводят внутривенно, а ибрутиниб дают перорально.

Вариант осуществления 16. Способ по варианту осуществления 15, где антитела к PD-1 вводят в рамках 14-дневного цикла, а ибрутиниб дают один раз в день.

Вариант осуществления 17. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, в котором антитело к PD-1 представляет собой ниволумаб.

Вариант осуществления 18. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, в котором лечение приводит к полному ответу (ПО) или частичному ответу (ЧО) у субъекта.

- 32 045370

Вариант осуществления 19. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, в котором субъект:

a) имеет DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из хронического лимфоцитарного лейкоза/мелкоклеточной лимфоцитарной лимфомы (ХЛЛ/МЛЛ));

b) проходил > 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения;

c) демонстрировал общее состояние < 2 по шкале ECOG;

d) демонстрирует измеряемые проявления болезни и

е) ранее не проходил лечение ибрутинибом или антителами к PD-1.

Вариант осуществления 20. Способ прогнозирования вероятности наличия восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, в котором:

Вариант осуществления 21. Способ по варианту осуществления 20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 22. Способ по варианту осуществления 21, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 23. Способ по варианту осуществления 20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 24. Способ по варианту осуществления 20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 25. Способ по варианту осуществления 24, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 26. Способ по варианту осуществления 20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 27. Способ прогнозирования вероятности невосприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, в котором:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53,

- 33 045370

EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB41B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

Вариант осуществления 28. Способ по варианту осуществления 27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 29. Способ по варианту осуществления 27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 30. Способ по варианту осуществления 27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 31. Способ по варианту осуществления 27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 32. Способ по варианту осуществления 31, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене ROSI, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 33. Способ по любому из вариантов осуществления 20-32, в котором субъект:

e) ранее не проходил лечение ибрутинибом или антителами к PD-1.

Вариант осуществления 34. Способ по любому из вариантов осуществления 20-33, дополнительно включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточного злокачественного новообразования, если у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, которые указывают на восприимчивость к комбинированной терапии и/или отсутствует одна или более мутаций в генах, которые свидетельствуют о невосприимчивости к комбинированной терапии.

Вариант осуществления 35. Способ по варианту осуществления 34, в котором терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 содержит 560 мг ибрутиниба и 3 мг/кг антител к PD-1.

Вариант осуществления 36. Способ по варианту осуществления 34 или 35, в котором антитела к PD1 вводят внутривенно, а ибрутиниб дают перорально.

Вариант осуществления 37. Способ по варианту осуществления 36, где антитела к PD-1 вводят в рамках 14-дневного цикла, а ибрутиниб дают один раз в день.

-

Claims

Вариант осуществления 38. Способ по любому из вариантов осуществления 34-37, в котором антитело к PD-1 представляет собой ниволумаб.

Вариант осуществления 39. Способ по любому из вариантов осуществления 34-38, в котором лечение приводит к полному ответу (ПО) или частичному ответу (ЧО) у субъекта.

ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ

1. Способ лечения В-клеточного злокачественного новообразования у субъекта, содержащий этапы, на которых субъекту вводят терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой диффузную Вкрупноклеточную лимфому (DLBCL) и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPTF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой диффузную Вкрупноклеточную лимфому с фенотипом В-лимфоцитов зародышевого центра (GCB-DLBCL) и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой фолликулярную лимфому (ФЛ) и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой трансформацию Рихтера (ТР) и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPFI, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.
2. Способ по п.1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.
3. Способ по п.2, в котором у субъекта имеется одна или более мутаций в генах KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.
4. Способ по п.1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL и у субъекта имеется ода или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16.
5. Способ по п.1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.
6. Способ по п.5, в котором у субъекта имеется одна или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.
7. Способ по п.1, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР и у субъекта имеется одна или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.
8. Способ лечения В-клеточного злокачественного новообразования у субъекта, содержащий этапы, на которых субъекту вводят терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 для лечения таким образом В-клеточных злокачественных новообразований, причем:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных изТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.
9. Способ по п.8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1,

- 35 045370

ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6.
10. Способ по п.8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16.
11. Способ по п.8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10.
12. Способ по п.8, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР и у субъекта не имеется одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.
13. Способ по п.12, в котором у субъекта не имеется одной или более мутаций в гене ROS1, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14.
14. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором терапевтически эффективное количество комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 содержит 560 мг ибрутиниба и 3 мг/кг антител к PD-1.
15. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором антитела к PD-1 вводят внутривенно, а ибрутиниб дают перорально.
16. Способ по п.15, где антитела к PD-1 вводят в рамках 14-суточного цикла, а ибрутиниб дают один раз в день.
17. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором антитело к PD-1 представляет собой ниволумаб.
18. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором лечение приводит к полному ответу (ПО) или частичному ответу (ЧО) у субъекта.
19. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором субъект:

a) имеет DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из хронического лимфоцитарного лейкоза/мелкоклеточной лимфоцитарной лимфомы (ХЛЛ/МЛЛ));

b) проходил > 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения;

c) демонстрировал общее состояние < 2 по шкале ECOG;

d) демонстрирует измеряемые проявления болезни и

e) ранее не проходил лечение ибрутинибом или антителами к PD-1.
20. Способ прогнозирования вероятности наличия восприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, в котором:

a) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, a способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14;

причем одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
21. Способ по п.20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KLHL14, RNF213, CSMD3, BCL2, NBPF1, LRP1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
22. Способ по п.21, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах KLHL14, RNF213 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
23. Способ по п.20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мута-

- 36 045370 ций в генах, выбранных из RNF213, NBPF1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
24. Способ по п.20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из BCL2, CREBBP, KMT2D, MUC17, CIITA, FES, NCOA2, TPR или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
25. Способ по п.24, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене BCL2, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
26. Способ по п.20, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из IRF2BP2, NBPF1, KLHL6, SETX, SF3B1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на восприимчивость к комбинированной терапии.
27. Способ прогнозирования вероятности невосприимчивости к комбинации ибрутиниба и антител к PD-1 у субъекта, имеющего В-клеточные злокачественные новообразования, в котором:

а) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, a способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6;

b) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16;

c) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10; или

d) В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14;

причем одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
28. Способ по п.27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ТР53, EBF1, ADAMTS20, AKAP9, SOCS1, TNFRSF14, MYD88, NFKB1B или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 4 или 6 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
29. Способ по п.27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой GCB-DLBCL, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из KMT2D, BCL2, CSMD3, CREBBP, EBF1, SGK1 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 16 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
30. Способ по п.27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ФЛ, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из CREBBP, KMT2D, BCL2, STAT6, NBPF1, EZH2 или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 8 или 10 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
31. Способ по п.27, в котором В-клеточное злокачественное новообразование представляет собой ТР, а способ состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в генах, выбранных из ROS1, IGLL5, PASK или их комбинации, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
32. Способ по п.31, который состоит в анализе образца, взятого у субъекта, на наличие одной или более мутаций в гене ROS1, причем одна или более мутаций перечислены в табл. 12 или 14 и одна или более мутаций в генах указывают на невосприимчивость к комбинированной терапии.
33. Способ по любому из пп.20-32, в котором субъект:

a) имеет DLBCL, ФЛ или ТР (трансформация только из хронического лимфоцитарного лейкоза/мелкоклеточной лимфоцитарной лимфомы (ХЛЛ/МЛЛ));

b) проходил > 1 предшествующего вида лечения (> 2 предшествующих видов лечения ФЛ), но не более 4 предшествующих линий лечения;

-