DK2901415T3 - Fremgangsmåde til identifikation af celler i et biologisk væv - Google Patents

Claims (11)

1. Fremgangsmåde til identifikation af celler i et biologisk væv, idet hver celle indeholder et cytoplasma afgrænset af en cellemembran, hvilken fremgangsmåde omfatter: • et indledende trin til mærkning af cellemembranerne med en fluorescerende markør eller et lysdannende stof, • a) registrering (10) af et digitalt råbillede af et snit af det biologiske væv, der indeholder cellerne, som skal identificeres, hvilket råbillede omfatter en flerhed af pixels med forskellige intensitetsværdier; • b) automatisk generering (30, 60, 80) af mindst ét tærskelværdibillede ved at erstatte på den ene side hvert pixel i råbilledet, hvis intensitetsværdi er lavere end en forudbestemt intensitetstærskel, med et pixel med en første intensitetsværdi, og på den anden side hvert pixel, hvis intensitetsværdi er højere end denne forudbestemte tærskelværdi, med et pixel med en anden intensitetsværdi, idet intensitetstærsklen er forudbestemt, så den svarer til en mellemliggende intensitetsværdi mellem intensitetsværdierne af cytoplasmaet og membranen i råbilledet; • c) automatisk søgning (40, 70, 90) i tærskelværdibilledet efter overflader, som hver er dannet af en flerhed af nabopixels med den samme foruddefinerede intensitetsværdi, idet hver således fundne overflade udgør en cellekandidat; • d) selektiv transformation (120) af en cellekandidat til en identificeret celle, når et eller flere af denne kandidats morfologiske karakteristika opfylder nogle foruddefinerede morfologiske kriterier, og, i modsat fald, ikke-transformation af kandidatcellen til en identificeret celle; • idet den foruddefinerede intensitetsværdi er den blandt den første og den anden intensitetsværdi, der svarer til cytoplasmaet.

2. Identifikationsfremgangsmåde ifølge krav 1, hvor trin d) omfatter, for hver kandidatcelle: registrering (122) af kandidatcellens morfologiske karakteristika, herunder: • måling af arealet af overfladen, der udgør kandidatcellen; • beregning af kandidatcellens rundhed; sammenligning (124) af de registrerede morfologiske karakteristika med de foruddefinerede morfologiske kriterier og, såfremt kriterierne er opfyldt, transformation (126) af kandidatcellen til en identificeret celle og, i modsat fald, ikke-transformation (128) af kandidatcellen til en identificeret celle.

3. Identifikationsfremgangsmåde ifølge krav 1 eller 2, hvor den automatiske generering b) af et tærskelværdibillede omfatter: - opdeling af råbilledet i en flerhed af analysevinduer; for hvert analysevindue, bestemmelse af en intensitetstærskel udelukkende ud fra intensitetsværdierne af de pixels, der er indeholdt i dette analysevindue, hvilken intensitetstærskel gør det muligt at skelne et cytoplasmapixel fra et membranpixel; idet den automatiske generering af tærskelværdibilledet finder sted separat for hver del af råbilledet, der er omfattet af hvert analysevindue, under anvendelse af den respektive intensitetstærskel, der er bestemt for hvert første analysevindue.

4. Identifikationsfremgangsmåde ifølge krav 3, hvor fremgangsmåden omfatter: - en første iværksættelse af trin b) for at generere et første tærskelværdibillede under anvendelse af de første analysevinduer; - en anden iværksættelse af trin b) for at generere et andet tærskelværdibillede under anvendelse af de andre analysevinduer, idet hvert af disse andre vinduer er således disponeret, at det overlapper to første naboanalysevinduer; iværksættelse af trin c) på det første og andet tærskelværdibillede.

5. Identifikationsfremgangsmåde ifølge krav 3 eller 4, hvor fremgangsmåden omfatter: - detektering af et omrids (20) af det biologiske væv i det digitale råbillede, hvilket omrids afgrænser samtlige pixels, der udgør dele af det digitale råbillede, som forestiller det biologiske væv; iværksættelse af trin b) for at generere et tredje tærskelværdibillede, idet én og samme intensitetstærskel bestemmes for hele råbilledet udelukkende ud fra intensitetsværdierne af de pixels, som er indeholdt i råbilledet og beliggende inden i det detekterede omrids; iværksættelse af trin c) på dette tredje tærskelværdibillede.

6. Identifikationsfremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor trin d) yderligere omfatter, for hver kandidatcelle: - en operation til udvidelse af kandidatcellen ifølge en eller flere foruddefinerede parametre; iværksættelse af trin b) for at generere et fjerde tærskelværdibillede af kandidatcellen, idet en enkelt intensitetstærskel bestemmes for hele kandidatcellen udelukkende ud fra intensitetsværdierne af de pixels i råbilledet, som er beliggende inden i kandidatcellen, efter at den har været genstand for udvidelsen; iværksættelse af trin c) på det fjerde tærskelværdibillede af kandidatcellen og, når der identificeres nye kandidatceller inden i denne kandidatcelle, erstatning af kandidatcellen med de nye kandidatceller beliggende inden i den tidligere kandidatcelle.

7. Identifikationsfremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, hvor fremgangsmåden omfatter generering (130) af en samling korrigerede celler ud fra de identificerede celler, hvilken generering omfatter, for hver identificeret celle: beregning af en korrektionskoefficient (132), der afhænger af arealet af den identificerede celle; - udførelse af en operation til udvidelse (134) af den identificerede celle i alle dimensioner som funktion af den beregnede korrektionskoefficient.

8. Fremgangsmåde til opgørelse over cellerne i et biologisk væv, hvilken fremgangsmåde omfatter: - identifikation af hver celle i det biologiske væv; - automatisk tælling (140) af de identificerede celler; kendetegnet ved, at identifikationen af hver celle udføres ved hjælp af en fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav.

9. Medium (6) til registrering af informationer, kendetegnet ved, at det omfatter instruktioner til udførelse af en fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af de foregående krav, når disse instruktioner udføres af en elektronisk regnemaskine.

10. Elektronisk regnemaskine (4) til iværksættelse af en fremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 8, hvilken elektroniske regnemaskine er programmeret til: - at registrere et digitalt råbillede (12) af et snit af det biologiske væv (14), der indeholder cellerne, som skal identificeres, hvilket råbillede omfatter en flerhed af pixels med forskellige intensitetsværdier; - automatisk at generere mindst ét tærskelværdibillede ved at erstatte på den ene side hvert pixel i råbilledet, hvis intensitetsværdi er lavere end en forudbestemt intensitetstærskel, med et pixel med en første intensitetsværdi, og på den anden side hvert pixel, hvis intensitetsværdi er højere end denne forudbestemte tærskelværdi, med et pixel med en anden intensitetsværdi, idet intensitetstærsklen er forudbestemt, så den svarer til en mellemliggende intensitetsværdi mellem intensitetsværdierne af cytoplasmaet og membranen i råbilledet; automatisk at søge i tærskelværdibilledet efter overflader, som hver er dannet af en flerhed af nabopixels med den samme foruddefinerede intensitetsværdi, idet hver således fundne overflade udgør en cellekandidat; selektivt at transformere en cellekandidat til en identificeret celle, når et eller flere af denne kandidats morfologiske karakteristika opfylder nogle foruddefinerede morfologiske kriterier, og, i modsat fald, ikke-transformation af kandidatcellen til en identificeret celle; idet den foruddefinerede intensitetsværdi er den blandt den første og den anden intensitetsværdi, der svarer til cytoplasmaet.

11. Identifikationsfremgangsmåde ifølge et hvilket som helst af kravene 1 til 8, hvor den fluorescerende mærkning af cellemembranerne udføres: - ved påføring af et lysstof på det biologiske væv for at gøre det muligt at mærke cellemembranerne i vævet ved immunofluorescens, eller - ved anvendelse af et fluorescerende lectinprotein, der er egnet til at optages i cellemembranerne.