DK2240608T3 - Fremgangsmåde til fremstilling af enkeltstrenget dna - Google Patents
Fremgangsmåde til fremstilling af enkeltstrenget dna Download PDFInfo
- Publication number
- DK2240608T3 DK2240608T3 DK09702857.5T DK09702857T DK2240608T3 DK 2240608 T3 DK2240608 T3 DK 2240608T3 DK 09702857 T DK09702857 T DK 09702857T DK 2240608 T3 DK2240608 T3 DK 2240608T3
- Authority
- DK
- Denmark
- Prior art keywords
- primer
- primers
- hybridization
- dna
- pcr
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (16)
1. Fremgangsmade til fremstilling af et enkeltstrenget DNA ved symmetrisk amplifikation af et onsket DNA under anvendelse af mindst et specifikt primerpar 5 af en umaerket fprste og umaerket anden primer, hvilken amplifikation omfatter trinnene: a) at udfore en fprste PCR-fase, der omfatter at gentage trinnene af denaturering, hybridisering af bade den forste og anden primer, og forlaengelse deraf, 10 b) at udfore en anden PCR-fase, der bestar af at gentage denaturerings-, hybridisering- og forlaengelses-trinnene, hvor hybridisering og forlaengelse kombineres og udfores ved en temperatur, hvor kun den anden primer hybridiserer og forlaenger mal-DNA, hvor den forste primer har en smeltetemperatur TmA og den anden primer har en 15 smeltetemperatur TmB, og hvor hybridiserings-temperaturomrader af den forste primer og den anden primer delvist overlapper, og hvor definitionen "umaerket" henviser til primere, der ikke omfatter nogen yderligere nukleotidsekvenser ved deres 5'- eller 3'-ende.
2. Fremgangsmaden ifolge krav 1, hvor TmA er omkring 8 °C til omkring 20 °C lavere end TmB.
3. Fremgangsmaden ifolge krav 1, hvor hybridiseringen i trin a) udfores ved en temperatur TmA ± 8 °C. 25
4. Fremgangsmaden ifolge krav 1, hvor hybridiseringen i trin b) udfores ved en temperatur TmB ±14 °C.
5. Fremgangsmaden if0lge et hvilket som heist af de foregaende krav, hvor bade den f0rste og den anden primer bestar af en blanding af degenererede primere.
6. Fremgangsmaden ifplge et hvilket som heist af de foregaende krav, hvor den 5 forste og anden primer hybridiserer med konserverede regioner af gener, der koder for gyrB- og parE-topoisomeraser.
7. Fremgangsmaden ifolge krav 6, hvor den forste primer omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 1 og den anden primer omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 10 2; eller den fprste primer omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 3 og den anden primer omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 4.
8. Fremgangsmaden ifolge et hvilket som heist af de foregaende krav, hvor primerne er maerkede. 15
9. Kit til fremstilling af et enkeltstrenget DNA med fremgangsmaden ifplge krav 1, omfattende mindst et specifikt primerpar af en umaerket fprste primer, der har en smeltetemperatur TmA og en umaerket anden primer, der har en smeltetemperatur TmB, og 20 hvor hybridiserings-temperaturomrader af den fprste primer og den anden primer delvist overlapper, og hvor bade den forste og anden primer hybridiserer og forlaenger et mal ved en hybridiserings-temperatur af en fprste PCR-fase, mens kun den anden primer hybridiserer og forlaenger malet ved en hybridiserings-temperatur af en anden PCR-fase, og 25 hvor definitionen "umaerket" henviser til primere, der ikke omfatter nogen yderligere nukleotidsekvenser ved deres 5'- eller 3'-ende, og hvor den fprste primer af det mindst ene primerpar omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 1 og den anden primer af det mindst ene primerpar omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 2; eller 30 den fprste primer af det mindst ene primerpar omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 3 og den anden primer af det mindst ene primerpar omfatter en sekvens vist i SEQ ID NO: 4.
10. Kittet if0lge krav 9, hvor TmA er omkring 8 °C til omkring 20 °C lavere end TmB.
11. Kittet ifdlge krav 9, hvor TmA er omkring 8 °C til omkring 10 °C lavere end 5 TmB.
12. Kittet ifolge et hvilket som heist af kravene 9 til 11, hvor bade den forste og den anden primer bestar af en blanding af primere.
13. Kittet ifolge et hvilket som heist af kravene 9 til 12, hvor den forste og anden primer hybridiserer med konserverede regioner af gener, der koder for gyrB- og parE- topoisomeraser.
14. Kittet ifolge et hvilket som heist af kravene 9 til 13, hvor primerne er 15 indeholdt i et separat rum af en biochip.
15. Kittet ifolge krav 14, hvor biochippen yderligere omfatter et separat rum til fastgjorte oligonukleotidprober.
16. Anvendelse af et kit til fremstilling af et enkeltstrenget DNA med fremgangsmaden ifolge et hvilket som heist af kravene 1 til 8, hvor kittet omfattei mindst et specifikt primerpar af en umaerket forste primer, der har en smeltetemperatur TmA og en umaerket anden primer, der har en smeltetemperatur TmB, og 25 hvor hybridiserings-temperaturomrader af den forste primer og den anden primer delvist overlapper, og hvor bade den forste og anden primer hybridiserer og forlaenger et mal ved en hybridiserings-temperatur af en forste PCR-fase, mens kun den anden primer hybridiserer og forlaenger malet ved en hybridiserings-temperatur af en anden PCR-fase, og 30 hvor definitionen "umaerket" henviser til primere, der ikke omfatter nogen yderligere nukleotidsekvenser ved deres 5'- eller 3'-ende.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FI20085040A FI121379B (fi) | 2008-01-17 | 2008-01-17 | Menetelmä yksijuosteisen DNA:n tuottamiseksi kaksivaiheisella symmetrisellä PCR:llä sekä menetelmään tarkoitettu reagenssipakkaus |
| US2803808P | 2008-02-12 | 2008-02-12 | |
| PCT/FI2009/050038 WO2009090312A2 (en) | 2008-01-17 | 2009-01-16 | Method of producing single-stranded dna |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| DK2240608T3 true DK2240608T3 (da) | 2017-08-28 |
Family
ID=39004340
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DK09702857.5T DK2240608T3 (da) | 2008-01-17 | 2009-01-16 | Fremgangsmåde til fremstilling af enkeltstrenget dna |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP2240608B1 (da) |
| DK (1) | DK2240608T3 (da) |
| ES (1) | ES2635514T3 (da) |
| FI (1) | FI121379B (da) |
| WO (1) | WO2009090312A2 (da) |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6887664B2 (en) * | 2000-06-06 | 2005-05-03 | Applera Corporation | Asynchronous primed PCR |
| FI113549B (fi) * | 2002-11-19 | 2004-05-14 | Mobidiag Oy | Diagnostinen menetelmä hengitystieinfektioita aiheuttavien bakteerien osoittamiseksi ja tunnistamiseksi ja menetelmässä käyttökelpoinen alukeseos |
| US20040235032A1 (en) * | 2003-05-19 | 2004-11-25 | Canon Kabushiki Kaisha | PCR amplification method, PCR primer set, PCR amplification product, and method for detection of nucleic acid using the amplification method |
-
2008
- 2008-01-17 FI FI20085040A patent/FI121379B/fi active IP Right Grant
-
2009
- 2009-01-16 DK DK09702857.5T patent/DK2240608T3/da active
- 2009-01-16 EP EP09702857.5A patent/EP2240608B1/en active Active
- 2009-01-16 WO PCT/FI2009/050038 patent/WO2009090312A2/en active Application Filing
- 2009-01-16 ES ES09702857.5T patent/ES2635514T3/es active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2240608B1 (en) | 2017-06-07 |
| FI20085040A (fi) | 2009-07-18 |
| WO2009090312A2 (en) | 2009-07-23 |
| WO2009090312A3 (en) | 2009-09-11 |
| ES2635514T3 (es) | 2017-10-04 |
| FI121379B (fi) | 2010-10-29 |
| EP2240608A2 (en) | 2010-10-20 |
| FI20085040A0 (fi) | 2008-01-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20220033891A1 (en) | Amplification with primers of limited nucleotide composition | |
| EP2906715B1 (en) | Compositions, methods, systems and kits for target nucleic acid enrichment | |
| JP4833981B2 (ja) | 非対称ｐｃｒ増幅法、その特別なプライマーおよび用途 | |
| AU2011319755B2 (en) | Compositions of toehold primer duplexes and methods of use | |
| US20100273159A1 (en) | Nested Multiplex Amplification Method for Identification of Multiple Biological Entities | |
| JP2009505651A (ja) | 微生物および抗生物質耐性マーカーの検出の方法およびそのための核酸オリゴヌクレオチド | |
| EP2606148A1 (en) | Helicase dependent isothermal amplification using nicking enzymes | |
| JP2011101652A5 (da) | ||
| EP2240605B1 (en) | Nucleic acid probes and broad-range primers for detecting infectious bacteria | |
| AU2012255042B2 (en) | Methods, systems, and compositions for detection of microbial DNA by PCR | |
| SenGupta et al. | SeqSharp: A general approach for improving cycle-sequencing that facilitates a robust one-step combined amplification and sequencing method | |
| CA2987414A1 (en) | Molecular detection of rna | |
| EP2240607B1 (en) | Method of detecting and identifying staphylococci | |
| JP2006509500A (ja) | トポイソメラーゼ遺伝子の領域からの核酸プローブ及びブロードレンジプライマー並びにそれらを使用する方法 | |
| DK2240608T3 (da) | Fremgangsmåde til fremstilling af enkeltstrenget dna | |
| AU2005267200B2 (en) | DNA sequences for the detection of and differentation amongst pathogenic E.coli | |
| US9074248B1 (en) | Primers for helicase dependent amplification and their methods of use | |
| US20220389497A1 (en) | Bivalent reverse primer | |
| EP3901286A1 (en) | Bivalent reverse primer | |
| EP1529848A1 (en) | Substances, sequences and methods for identifying epidemic methicillin resistant Staphylococcus aureus strains |