DE3628658A1 - Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor - Google Patents
Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding thereforInfo
- Publication number
- DE3628658A1 DE3628658A1 DE19863628658 DE3628658A DE3628658A1 DE 3628658 A1 DE3628658 A1 DE 3628658A1 DE 19863628658 DE19863628658 DE 19863628658 DE 3628658 A DE3628658 A DE 3628658A DE 3628658 A1 DE3628658 A1 DE 3628658A1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- viral
- dna molecule
- hrv
- polypeptide
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 37
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title claims abstract description 37
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 title claims description 33
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 title claims description 32
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract description 100
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims abstract description 30
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 claims abstract description 16
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims abstract description 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 51
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 39
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 31
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 23
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 17
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 17
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 15
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 claims description 12
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 11
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 claims description 9
- 101710081079 Minor spike protein H Proteins 0.000 claims description 9
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 9
- 101710118046 RNA-directed RNA polymerase Proteins 0.000 claims description 8
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 claims description 7
- 101800001641 NTPase Proteins 0.000 claims description 5
- 101800001064 Protein 2C Proteins 0.000 claims description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 5
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 4
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 11
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 claims 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 claims 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 claims 1
- 229940126601 medicinal product Drugs 0.000 claims 1
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 claims 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims 1
- 241000430519 Human rhinovirus sp. Species 0.000 abstract description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 48
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 39
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 34
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 29
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 26
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 25
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 20
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 20
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 19
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 19
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 17
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 17
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 16
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 15
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 13
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 13
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 12
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 12
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 12
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 11
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 11
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 11
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 11
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 11
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 11
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 10
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 10
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 9
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 8
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 8
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 8
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 8
- 238000011160 research Methods 0.000 description 8
- 241000991587 Enterovirus C Species 0.000 description 7
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 7
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 7
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 7
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 7
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 7
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 7
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 7
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 7
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 6
- OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid;boric acid Chemical compound OB(O)O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O OSBLTNPMIGYQGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- OPIFSICVWOWJMJ-AEOCFKNESA-N 5-bromo-4-chloro-3-indolyl beta-D-galactoside Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1=CNC2=CC=C(Br)C(Cl)=C12 OPIFSICVWOWJMJ-AEOCFKNESA-N 0.000 description 5
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 5
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 5
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 5
- 102100034349 Integrase Human genes 0.000 description 5
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 5
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 5
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 5
- 239000008051 TBE buffer Substances 0.000 description 5
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 5
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 5
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 5
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 5
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 5
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 5
- OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N Hydrazine Chemical compound NN OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 4
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 description 4
- 241000709664 Picornaviridae Species 0.000 description 4
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 4
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 4
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 4
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 4
- 230000013011 mating Effects 0.000 description 4
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 4
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 4
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 3
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 3
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 3
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 3
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 239000008118 PEG 6000 Substances 0.000 description 3
- 229920002584 Polyethylene Glycol 6000 Polymers 0.000 description 3
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 3
- 206010061494 Rhinovirus infection Diseases 0.000 description 3
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 3
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 3
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 3
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 3
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- VHJLVAABSRFDPM-ZXZARUISSA-N dithioerythritol Chemical compound SC[C@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-ZXZARUISSA-N 0.000 description 3
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 238000013492 plasmid preparation Methods 0.000 description 3
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 3
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 3
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- 239000012137 tryptone Substances 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 description 2
- CXRFDZFCGOPDTD-UHFFFAOYSA-M Cetrimide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C CXRFDZFCGOPDTD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 108010008286 DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 102100029764 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu Human genes 0.000 description 2
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000709701 Human poliovirus 1 Species 0.000 description 2
- 239000006142 Luria-Bertani Agar Substances 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 2
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 2
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 2
- 101150006914 TRP1 gene Proteins 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010003533 Viral Envelope Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108700010756 Viral Polyproteins Proteins 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 2
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 2
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M coomassie brilliant blue Chemical compound [Na+].C1=CC(OCC)=CC=C1NC1=CC=C(C(=C2C=CC(C=C2)=[N+](CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=2C=CC(=CC=2)N(CC)CC=2C=C(C=CC=2)S([O-])(=O)=O)C=C1 NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 2
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethyl mercaptane Natural products CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 2
- 238000007169 ligase reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 2
- ZIUHHBKFKCYYJD-UHFFFAOYSA-N n,n'-methylenebisacrylamide Chemical compound C=CC(=O)NCNC(=O)C=C ZIUHHBKFKCYYJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002985 plastic film Substances 0.000 description 2
- 229920006255 plastic film Polymers 0.000 description 2
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 2
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N puromycin Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C[C@H](N)C(=O)N[C@H]1[C@@H](O)[C@H](N2C3=NC=NC(=C3N=C2)N(C)C)O[C@@H]1CO RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 2
- 238000004114 suspension culture Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 2
- 238000012982 x-ray structure analysis Methods 0.000 description 2
- NLIVDORGVGAOOJ-MAHBNPEESA-M xylene cyanol Chemical compound [Na+].C1=C(C)C(NCC)=CC=C1C(\C=1C(=CC(OS([O-])=O)=CC=1)OS([O-])=O)=C\1C=C(C)\C(=[NH+]/CC)\C=C/1 NLIVDORGVGAOOJ-MAHBNPEESA-M 0.000 description 2
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 1-prop-2-ynoxypropan-2-ol Chemical compound CC(O)COCC#C GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 2,2'-piperazine-1,4-diylbisethanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCN1CCN(CCS(O)(=O)=O)CC1 IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- MPVDXIMFBOLMNW-ISLYRVAYSA-N 7-hydroxy-8-[(E)-phenyldiazenyl]naphthalene-1,3-disulfonic acid Chemical compound OC1=CC=C2C=C(S(O)(=O)=O)C=C(S(O)(=O)=O)C2=C1\N=N\C1=CC=CC=C1 MPVDXIMFBOLMNW-ISLYRVAYSA-N 0.000 description 1
- 102000013563 Acid Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108010051457 Acid Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710187578 Alcohol dehydrogenase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101710187573 Alcohol dehydrogenase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101710133776 Alcohol dehydrogenase class-3 Proteins 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N Borate Chemical compound [O-]B([O-])[O-] BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OOVDSMKUZOTCAM-UHFFFAOYSA-N BrC1=C(C=CC=C1)O.N#CC#N Chemical compound BrC1=C(C=CC=C1)O.N#CC#N OOVDSMKUZOTCAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001440741 CHER virus Species 0.000 description 1
- 108010072454 CTGCAG-specific type II deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 101710094648 Coat protein Proteins 0.000 description 1
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 1
- 108010073254 Colicins Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- 206010011224 Cough Diseases 0.000 description 1
- 241000709677 Coxsackievirus B1 Species 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- MNQZXJOMYWMBOU-VKHMYHEASA-N D-glyceraldehyde Chemical compound OC[C@@H](O)C=O MNQZXJOMYWMBOU-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010013952 Dysphonia Diseases 0.000 description 1
- 102100021587 Embryonic testis differentiation protein homolog A Human genes 0.000 description 1
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 1
- 241001131785 Escherichia coli HB101 Species 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 241000710198 Foot-and-mouth disease virus Species 0.000 description 1
- 102000020897 Formins Human genes 0.000 description 1
- 108091022623 Formins Proteins 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 102000030595 Glucokinase Human genes 0.000 description 1
- 108010021582 Glucokinase Proteins 0.000 description 1
- 108010070600 Glucose-6-phosphate isomerase Proteins 0.000 description 1
- 102000005731 Glucose-6-phosphate isomerase Human genes 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 102100021181 Golgi phosphoprotein 3 Human genes 0.000 description 1
- 102000005548 Hexokinase Human genes 0.000 description 1
- 108700040460 Hexokinases Proteins 0.000 description 1
- 208000010473 Hoarseness Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000898120 Homo sapiens Embryonic testis differentiation protein homolog A Proteins 0.000 description 1
- 241000701109 Human adenovirus 2 Species 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 241000829100 Macaca mulatta polyomavirus 1 Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 1
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007990 PIPES buffer Substances 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 108010087702 Penicillinase Proteins 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 102000001105 Phosphofructokinases Human genes 0.000 description 1
- 108010069341 Phosphofructokinases Proteins 0.000 description 1
- 102000012288 Phosphopyruvate Hydratase Human genes 0.000 description 1
- 108010022181 Phosphopyruvate Hydratase Proteins 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 229920002594 Polyethylene Glycol 8000 Polymers 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710083689 Probable capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010011939 Pyruvate Decarboxylase Proteins 0.000 description 1
- 108020005067 RNA Splice Sites Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 208000036071 Rhinorrhea Diseases 0.000 description 1
- 206010039101 Rhinorrhoea Diseases 0.000 description 1
- 101710141795 Ribonuclease inhibitor Proteins 0.000 description 1
- 229940122208 Ribonuclease inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 102100037968 Ribonuclease inhibitor Human genes 0.000 description 1
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 1
- 241000293869 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Species 0.000 description 1
- 239000012506 Sephacryl® Substances 0.000 description 1
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 1
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000607715 Serratia marcescens Species 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 1
- 108020005038 Terminator Codon Proteins 0.000 description 1
- 241000656145 Thyrsites atun Species 0.000 description 1
- LVTKHGUGBGNBPL-UHFFFAOYSA-N Trp-P-1 Chemical compound N1C2=CC=CC=C2C2=C1C(C)=C(N)N=C2C LVTKHGUGBGNBPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-MVKANHKCSA-N [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxy(32P)phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO[32P](O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-MVKANHKCSA-N 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-KNYAHOBESA-N [[(2r,3s,4r,5r)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] dihydroxyphosphoryl hydrogen phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)O[32P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KNYAHOBESA-N 0.000 description 1
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 238000000211 autoradiogram Methods 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000010307 cell transformation Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000013375 chromatographic separation Methods 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000037029 cross reaction Effects 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 1
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 1
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 150000008195 galaktosides Chemical class 0.000 description 1
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 230000002414 glycolytic effect Effects 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N hydrazine hydrate Chemical compound O.NN IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000521 hyperimmunizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000005457 ice water Substances 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- -1 isocytochrome C Proteins 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 229950009506 penicillinase Drugs 0.000 description 1
- 108010083127 phage repressor proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000005191 phase separation Methods 0.000 description 1
- 239000003016 pheromone Substances 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229940093429 polyethylene glycol 6000 Drugs 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 229950010131 puromycin Drugs 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000000284 resting effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 1
- 239000012047 saturated solution Substances 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 235000020046 sherry Nutrition 0.000 description 1
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 239000012089 stop solution Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 1
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 1
- 238000005820 transferase reaction Methods 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N tris acetate Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO PIEPQKCYPFFYMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000007160 ty medium Substances 0.000 description 1
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 1
- 210000000605 viral structure Anatomy 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003313 weakening effect Effects 0.000 description 1
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/08—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses
- C07K16/10—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses from RNA viruses
- C07K16/1009—Picornaviridae, e.g. hepatitis A virus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56983—Viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/32011—Picornaviridae
- C12N2770/32711—Rhinovirus
- C12N2770/32722—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Virology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Abstract
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft Peptide, die ganz oder teilweise denen der viralen Proteine des humanen Rhinovirus Stamm 89 (HRV 89) entsprechen, die für diese Peptide codierenden Deoxyribonukleinsäuremoleküle, sowie die Herstellung und Verwendung dieser Substanzen.The present invention relates to peptides which are entirely or partly those of the viral proteins of human Rhinovirus strain 89 (HRV 89) correspond to this Deoxyribonucleic acid molecules encoding peptides, as well the production and use of these substances.
Rhinoviren sind RNA-Viren und stellen nach der herkömmlichen Einteilung der Viren eine Gattung innerhalb der Familie der Picornaviren dar (Cooper, P. D., Agol, H. L., Bachrach, H. L., Brown, F., Ghendon, Y., Gibbs, A. J., Gillespie, J. H., Lonberg-Holm, K. Mandel, B. Melnick, J. L., Mohanty, S. B. Povey, R. C., Rueckert, R. R., Schaffer, F. L. und Tyrrell, D. A. J., 1978, Intervirology, 10, 165-180; MacNaughton, 1982, Current Top. Microbiol. Immunol. 97, 1-26).Rhinoviruses are RNA viruses and make after the conventional division of viruses into a genus within the Picornavirus family (Cooper, P. D., Agol, H.L., Bachrach, H.L., Brown, F., Ghendon, Y., Gibbs, A.J. Gillespie, J.H., Lonberg-Holm, K. Mandel, B. Melnick, J.L., Mohanty, S.B. Povey, R.C., Rueckert, R.R., Schaffer, F.L. and Tyrrell, D.A.J., 1978, Intervirology, 10, 165-180; MacNaughton, 1982, Current Top. Microbiol. Immunol. 97, 1-26).
Sie sind weit verbreitet, befallen den oberen respiratorischen Trakt des Menschen und verursachen akute Infektionen, die zu Schnupfen, Husten, Heiserkeit etc. führen und allgemein als Erkältungen bezeichnet werden (Stott, E. J. und Killington, R. A., 1972, Ann. Rev. Microbiol. 26, 503-524). Infektionen durch Rhinoviren zählen zu den häufigsten Erkrankungen des Menschen. Obwohl der Verlauf dieser Erkrankungen meist harmloser Natur ist, führen Erkältungen doch zu einer vorübergehenden Schwächung des Organismus. Dadurch kann es zu Sekundärinfektionen durch andere Viren oder Bakterien kommen, die dann unter Umständen schwere Erkrankungen zur Folge haben. Außerdem ist der durch Rhinoviren verursachte volkswirtschaftliche Schaden beträchtlich. Es ist berechnet worden, daß in den U. S. A. durch Rhinovirusinfektionen jährlich mehr als 200 Millionen Arbeitstage bzw. Schultage verloren gehen (Davis, B. D., Dulbecco, R., Eisen, H. N. und Ginsberg H. S., 1980, Microbiology, Third Edition, Harper Row, Publ., New York, S. 1114). They are common, affecting the upper one respiratory tract of humans and cause acute Infections causing runny nose, cough, hoarseness etc. lead and are commonly referred to as colds (Stott, E.J. and Killington, R.A., 1972, Ann. Rev. Microbiol. 26, 503-524). Rhinovirus infections are among the most common human diseases. Even though the course of these diseases is mostly harmless, colds lead to a temporary one Weakening of the organism. This can cause it to Secondary infections from other viruses or bacteria come, which may lead to serious illnesses Have consequence. It is also caused by rhinoviruses economic damage considerable. It is has been calculated that in the U.S.A. by Rhinovirus infections annually more than 200 million Working days or school days are lost (Davis, B.D., Dulbecco, R., Eisen, H.N. and Ginsberg H.S., 1980, Microbiology, Third Edition, Harper Row, Publ., New York, p. 1114).
In den letzten Jahren ist zusätzlich eine beträchtliche Zunahme an Rhinovirusinfektionen in Ballungszentren festgestellt worden. Während es bei den meisten anderen Infektionskrankheiten zu einer langdauernden oder bleibenden Immunität gegen den betreffenden Krankheitserreger kommt, können Infektionen durch Rhinoviren immer wieder auftreten. Der Grund für das Fehlen einer bleibenden Immunität ist die große Vielfalt an Rhinovirusstämmen. Bis jetzt wurden über 100 Rhinovirusstämme isoliert, die untereinander keine oder nur wenig immunologische Kreuzreaktion zeigen (Fox, J. P. 1976, American J. Epidemiol. 103, 345-354; Melnick, J. L., 1980, Proc. Med. Virol. 26, 214-232). Nach erfolgter Infektion lassen sich zwar Antikörper gegen den betreffenden Virusstamm nachweisen, doch gewähren diese keinen Schutz gegen andere Rhinovirusstämme. Auf Grund der großen Anzahl von Stämmen, die in der Bevölkerung zirkulieren, sind wiederholte Infektionen durch Rhinoviren möglich.In addition, in recent years there has been a considerable one Increase in rhinovirus infections in metropolitan areas been found. While it is with most others Infectious diseases to a long-term or permanent immunity to the concerned Pathogens can come through infections Rhinoviruses occur again and again. The reason for that The lack of permanent immunity is the great variety on strains of rhinovirus. So far, over 100 Strains of rhinovirus isolated, none or between each other show little immunological cross-reaction (Fox, J.P. 1976, American J. Epidemiol. 103, 345-354; Melnick, J.L., 1980, Proc. Virol. 26, 214-232). To If the infection is successful, antibodies against the detect the virus strain in question, but grant it no protection against other strains of rhinovirus. Due to the large number of tribes in the population circulate are repeated infections caused by rhinoviruses possible.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung war es daher, Mittel bereitzustellen, die einen Schutz gegen Infektionen durch Rhinoviren ermöglichen.The object of the present invention was therefore to provide funds to provide protection against infection by Enable rhinoviruses.
Unter Verwendung von Hyperimmunseren ist es möglich gewesen, 50 von insgesamt 90 Rhinovirus Serotypen in 16 Gruppen einzuteilen (Conney, M. K., Fox, J. P. und Kenny, G. E., 1982, Infect. Immun. 37, 642-647). Eine andere Form der Einteilung ergibt sich aufgrund der Bindung an zelluläre Rezeptoren. Trotz der ausgeprägten Heterogenität in den immunologischen Eigenschaften verhalten sich nämlich die Rhinoviren in bezug auf die Bindung an Zell oberflächen-Rezeptoren untereinander ähnlich. It is possible using hyperimmune sera 50 of a total of 90 rhinovirus serotypes in 16 To divide groups (Conney, M.K., Fox, J.P. and Kenny, G.E., 1982, Infect. Immune. 37, 642-647). Another The form of the division results from the binding to cellular receptors. Despite the pronounced heterogeneity behave in immunological properties namely the rhinoviruses in terms of binding to cells surface receptors similar to each other.
Mit Hilfe von Kompetitionsexperimenten konnte festgestellt werden, daß es für 88 untersuchte Rhinovirusstämme auf HeLa-Zellen (Klon R-19) nur zwei verschiedene Rezeptoren gibt (Abraham, G. und Colonno, R. J., 1984, J. Virol. 51, 340-344; Colonno, R. J., Callahan, P. L. und Wong, W. J., 1986, J. Virol. 57, 7-12). Einschränkend muß dazu allerdings gesagt werden, daß diese Ergebnisse mit HeLa-Zellen erhalten worden sind und nicht notwendigerweise auch für die Rezeptoren an den natürlichen Wirtszellen im oberen respiratorischen Trakt des Menschen Gültigkeit haben.With the help of competition experiments it was possible to determine that there are 88 rhinovirus strains studied HeLa cells (clone R-19) only have two different receptors (Abraham, G. and Colonno, R.J., 1984, J. Virol. 51, 340-344; Colonno, R.J., Callahan, P.L. and Wong, W.J., 1986, J. Virol. 57, 7-12). This must be restrictive however, it can be said that these results come with HeLa cells have been obtained and not necessarily also for the receptors on the natural host cells in the upper respiratory tract of man are valid.
Eine weitere Aufgabe der Erfindung bestand darin, Oligopeptide bereitzustellen, die ganz oder teilweise den viralen Proteinen entsprechen, die entweder zur Anregung einer gegen intakte Viren gerichteten Immunantwort verwendet oder zur Bildung und Blockierung von zellulären Rezeptoren eingesetzt werden können.Another object of the invention was To provide oligopeptides, all or part of the viral proteins correspond to either excitation an immune response against intact viruses used or for the formation and blocking of cellular Receptors can be used.
Als typische Picornaviren enthalten Rhinoviren eine einzelsträngige RNA, die von einem Kapsid umgeben ist, das aus 4 Polypeptiden besteht, die als VP1 (P1D), VP2 (P1B), VP3 (P1C) und VP4 (P1A) bezeichnet werden (Medappa, K. C., McLean, C. und Rueckert, R. R., 1971, Virology 44, 259- 270; die Ausdrücke in Klammer sind die neuen Bezeichnungen entsprechend dem Nomenklaturvorschlag von Rueckert, R. R. und Wimmer, E., 1984, J. Virol. 50, 957-959). Ein einzelnes Viruspartikel enthält 60 Kopien von jedem dieser Polypeptide. Die relativen Molekülmassen betragen bei verschiedenen Rhinoviren für VP1 34-36 000, für VP2 27-30 000, für VP3 24-28 000 und für VP4 7-8000 (MacNaughton, M. R., 1982, loc. cit). Darüber hinaus ist für Rhinoviren charakteristisch, daß sie bei pH-Werten unter 5 rasch inaktiviert werden und empfindlich gegen Salzlösungen hoher Konzentration sind. Weiter zeigen die meisten Rhinoviren ein optimales Wachstum bei 33-34°C (Luria, S. E., Darnell, Jr., J. E., Baltimore, D. und Campbell, A., 1978, General Virology, Third Edition, John Wiley & Sons, New York, 308 ff.).Rhinoviruses contain a typical Picornavirus single-stranded RNA surrounded by a capsid that consists of 4 polypeptides called VP1 (P1D), VP2 (P1B), VP3 (P1C) and VP4 (P1A) are referred to (Medappa, K.C., McLean, C. and Rueckert, R. R., 1971, Virology 44, 259- 270; the terms in parentheses are the new names according to the nomenclature proposed by Rueckert, R. R. and Wimmer, E., 1984, J. Virol. 50, 957-959). A a single virus particle contains 60 copies of each of these Polypeptides. The relative molecular masses are at different rhinoviruses for VP1 34-36 000, for VP2 27-30,000, for VP3 24-28,000 and for VP4 7-8000 (MacNaughton, M.R., 1982, loc. Cit). It is also for Rhinoviruses characteristic that they are at pH values below 5 are quickly inactivated and sensitive to Salt solutions are high concentration. The show further most rhinoviruses have optimal growth at 33-34 ° C (Luria, S.E., Darnell, Jr., J.E., Baltimore, D. and Campbell, A., 1978, General Virology, Third Edition, John Wiley & Sons, New York, 308 ff.).
Die einzelstängige RNA mit einer Länge von ca. 7100 Nukleotiden stellt das Genom des Virus dar und kann gleichzeitig auch als Matrize für die Synthese der viralen Proteine dienen. Dabei wird ein Großteil der Nukleotidsequenz zunächst in ein langes Polyprotein übersetzt, aus dem durch proteolytische Spaltung die fertigen viralen Proteine entstehen (Butterworth, B. E., 1973, Virology 56, 439-453; McLean, C. und Rueckert, R. R., 1973, J. Virol. 11, 341-344, Mc Lean, C., Matthews, T. J. und Rueckert, R. R., 1976, J. Virol. 19, 903- 914). Als Produkte dieser Prozessierung werden neben den viralen Hüllenproteinen VP1, VP2, VP3 und VP4 noch eine Reihe von Proteinen gebildet, wie P2A, P2C, P3B, P3C und P3D. P3B (meist als VPg bezeichnet) ist kovalent an das 5′-termiale-Nukleotid der viralen RNA gebunden. In Analogie zu Poliovirus kann angenommen werden, daß P2A und P3C Proteasen sind, die teilweise für die Prozessierung des viralen Polyproteins verantwortlich sind (MacNaughton, M. R., 1982, loc. cit; Toyoda, H., Nicklin, M. J. H., Murray, M. G., Anderson, C. W., Dunn, J. J., Studier, F. W. und Wimmer, E. 1986, Cell 45, 761-770). The single-stranded RNA with a length of approx. 7100 Nucleotides represent the genome of the virus and can at the same time as a template for the synthesis of viral Serve proteins. Most of the Nucleotide sequence first into a long polyprotein translated, from which by proteolytic cleavage finished viral proteins are formed (Butterworth, B.E., 1973, Virology 56, 439-453; McLean, C. and Rueckert, R. R., 1973, J. Virol. 11, 341-344, Mc Lean, C., Matthews, T.J. and Rueckert, R.R., 1976, J. Virol. 19, 903- 914). In addition to the viral envelope proteins VP1, VP2, VP3 and VP4 another one Series of proteins formed, such as P2A, P2C, P3B, and P3C P3D. P3B (mostly referred to as VPg) is covalent to that 5′-terminal nucleotide of the viral RNA bound. In Analogy to poliovirus, it can be assumed that P2A and P3C proteases are partially used for processing of the viral polyprotein are responsible (MacNaughton, M.R., 1982, loc. cit; Toyoda, H., Nicklin, M.J.H. Murray, M.G., Anderson, C.W., Dunn, J.J., Studier, F.W. and Wimmer, E. 1986, Cell 45, 761-770).
Dementsprechend ist P3D die Polymerase für die Replikation der viralen RNA. Über die Funktion des Proteins P2C ist bisher nur wenig bekannt.Accordingly, P3D is the polymerase for replication the viral RNA. About the function of the P2C protein is little known so far.
Beim Prozessieren des viralen Polyproteins werden Teile der Aminosäuresequenz abgespalten und anschließend abgebaut (McLean, Matthew, T. J. und Rueckert, R. R., 1976, loc. cit.) Zur Zeit kann keine Aussage darüber gemacht werden, ob diesen Peptiden nicht doch eine bis jetzt noch unentdeckte Funktion zukommt.When processing the viral polyprotein, parts become cleaved the amino acid sequence and then degraded (McLean, Matthew, T.J. and Rueckert, R.R., 1976, loc. cit.) Currently no statement can be made about it whether these peptides are not one yet undiscovered function.
Kenntnisse über Rhinoviren haben in der letzten Zeit dadurch eine starke Ausweitung erfahren, daß es gelungen ist, die Nukleotidsequenzen von zwei humanen Rhinovirus Serotypen zu bestimmen, und zwar HRV 2 (deutsche Patentanmeldung P 35 05 148.5; Skern, T., Sommergruber, W. Blaas, D. Gruendler, P. Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. und Kuechler, E., 1985, Nucleic Acids Res. 13, 2111- 2126) und HRV 14 (Stanway, G., Hughes, P. J., Mountford, R, C., Minor, P. D. und Almond, J. W., 1984, Nucleic Acids Res. 12, 7859-7875; Callahan, P. L., Mizutani, S. und Colonno, R. J., 1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 732- 736; europäische Patentanmeldung 8 54 01 465.1). Weiter wurde die Struktur von HRV14 mit Hilfe der Röntgenstrukturanalyse mit einer Auflösung von 3 Å aufgeklärt (Rossmann, M. G., Arnold, E., Erickson, J. W., Frankenberger, E. A., Griffith, J. P., Hecht, H. J. Johnson, J. E., Kramer, G., Luo, M., Mosser, A. G., Rueckert, R. R., Sherry, B. und Vriend, G., 1985, Nature (London) 317, 145- 153) und die Position von 4 Epitopen in HRV 14, die für die Neutralisation verantwortlich sind, mit Hilfe von HRV 14 Mutanten, die gegen monoklonale Antikörper resistent sind, identifiziert (Sherry, B. Mosser, A. G., Colonno, R. J. and Rueckert, R. R., 1985, J. Virol. 57, 246-257). All diese Befunde weisen auf eine große Ähnlichkeit zu Poliovirus hin. Knowledge of rhinoviruses have been around recently experienced a strong expansion that succeeded is the nucleotide sequence of two human rhinovirus To determine serotypes, namely HRV 2 (German Patent application P 35 05 148.5; Skern, T., Sommergruber, W. Blaas, D. Gruendler, P. Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. and Kuechler, E., 1985, Nucleic Acids Res. 13, 2111- 2126) and HRV 14 (Stanway, G., Hughes, P.J., Mountford, R, C., Minor, P.D. and Almond, J.W., 1984, Nucleic Acids Res. 12, 7859-7875; Callahan, P.L., Mizutani, S. and Colonno, R.J., 1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 732- 736; European patent application 8 54 01 465.1). Continue was the structure of HRV14 with the help of X-ray structure analysis with a resolution of 3 Å enlightened (Rossmann, M.G., Arnold, E., Erickson, J.W., Frankenberger, E.A., Griffith, J.P., Hecht, H.J. Johnson, J.E., Kramer, G., Luo, M., Mosser, A.G., Rueckert, R.R., Sherry, B. and Vriend, G., 1985, Nature (London) 317, 145- 153) and the position of 4 epitopes in HRV 14 required for who are responsible for neutralization, with the help of HRV 14 mutants resistant to monoclonal antibodies are identified (Sherry, B. Mosser, A.G., Colonno, R. J. and Rueckert, R. R., 1985, J. Virol. 57, 246-257). All of these findings point to great similarity Poliovirus.
Dies betrifft sowohl die Sequenzen der Nukleinsäuren, bzw. der Proteine als auch die Virusstruktur, wie aus dem Vergleich mit der Röntgenstrukturanalyse von Poliovirus (Hogle, J. M., Chow, M. und Filman, D. J., 1985, Science 229, 1358-1365) ersichtlich ist. Dies läßt auf eine nahe Beziehung der Rhinoviren zu den Enteroviren schließen. Trotzdem hätte man erwartet, daß die beiden humanen Rhinoviren zueinander mehr Ähnlichkeit aufweisen als zu Poliovirus. Tatsache ist aber, daß die Homologie zwischen HRV 2 und HRV 14 in einigen Genen nicht größer ist, als die zu Poliovirus. Eine mögliche Erklärung für den vergleichsweise niedrigen Grad der Verwandschaft zwischen den beiden Rhinoviren wäre die Tatsachen, daß HRV 2 und HRV 14 sich an verschiedene zelluläre Rezeptoren binden und somit Prototypen für die jeweilige Gruppe darstellen. Demnach sollten andere Rhinoviren, die sich an denselben Rezeptoren binden wie HRV 14 mit diesem auch in der Sequenz stark homolog sind. Aus diesem Grund wurde für die Sequenzierungsarbeiten der humane Rhinovirusstamm 89 (HRV 89) gewählt, der zur selben Rezeptorgruppe gehört wie HRV 14 (Abraham, G. und Colonno, R. J., 1984, loc. cit.). This affects both the sequences of the nucleic acids and of the proteins as well as the virus structure as from the Comparison with the X-ray structure analysis of poliovirus (Hogle, J.M., Chow, M. and Filman, D.J., 1985, Science 229, 1358-1365). This leaves a near Close relationship of rhinoviruses to enteroviruses. Still, one would have expected the two to be humane Rhinoviruses are more similar to each other than to Poliovirus. The fact is that the homology between HRV 2 and HRV 14 is not larger than that in some genes to poliovirus. A possible explanation for the comparatively low degree of kinship between the two rhinoviruses would be the facts that HRV 2 and HRV 14 bind to various cellular receptors and thus represent prototypes for the respective group. Accordingly, other rhinoviruses that target the same should Like HRV 14, receptors also bind with this in sequence are strongly homologous. For this reason, the Sequencing work of the human rhinovirus strain 89 (HRV 89) that belongs to the same receptor group as HRV 14 (Abraham, G. and Colonno, R.J., 1984, loc. Cit.).
Zur Gewinnung des viralen Ausgangsmaterials wurden HeLa-Zellen in einem geeigneten Infektionsmedium mit HRV 89 infiziert und mehrere Stunden unter optimalen Wachstums bedingungen inkubiert.To obtain the viral starting material HeLa cells in a suitable infection medium with HRV 89 infected and several hours with optimal growth incubated conditions.
Virus konnte sowohl aus den Zellen als auch aus dem Medium gewonnen werden.Virus could come from both the cells and the medium be won.
Verschiedene Reinigungsschritte erbrachten eine Viruspräparation, deren Proteinmuster sich typischerweise wie in Fig. 1 gezeigt, darstellt.Various purification steps resulted in a virus preparation, the protein pattern of which is typically shown in FIG. 1.
Die virale RNA wurde aus der Viruspräparation beispielsweise durch Phenolextraktion gewonnen und gereinigt; sie wurde anschließend mit Hilfe reverser Transkriptase und Oligo dT als Primer in cDNA transkribiert. Die erhaltenen RNA/cDNA-Hybride wurden homopolymer verlängert und in ein geeignetes Plasmid beispielsweise das pBR 322 eingebaut.The viral RNA was made from the virus preparation obtained for example by phenol extraction and cleaned; it was subsequently reversed Transcriptase and oligo dT as primers in cDNA transcribed. The RNA / cDNA hybrids obtained were extended homopolymer and into a suitable plasmid for example the pBR 322 installed.
Die Verwendung von Methoden zur reversen Transkription von RNA, zur Integration von RNA-cDNA Hybriden in Plasmide und zur Transformation von Bakterien sind in der Literatur ausreichend beschrieben worden (Kitamura, N. und Wimmer, E., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 3196-3200; Nelson, T. und Brutlag, D., 1979, Methods in Enzymology 68, 41-50, Zain, S., Sambrook, J., Roberts, J. J., Keller, W., Fried, M. und Dunn, A., 1979, Cell 16, 851- 861; Roychoudhury, R. und Wu, R., 1980, Methods in Enzymology 65, 42-62; Kitamura, N., Semler, B. L., Rothberg P. G., Larsen, G. R., Adler, C. J., Dorner, A. J., Emini, E. A., Hanecak, R., Lee, J. L., van der Werf, S., Anderson, C. W. und Wimmer, E., 1981, Nature (London) 291, 547-553; van der Werf, S., Bregegere, F., Kopecka, H., Kitamura, N. Rothberg, P. G., Kourilsky, P., Wimmer, E. und Girad., M., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 5983-5987; Namoto, A., Omata, T., Toyoda, H., Kuge, S., Hosie, H., Kataoka, Y., Genba, A., Nakano, Y. und Imura, N., 1982, Proc. Natl. Acad. Sci USA 79, 5793-5797; Stanway, G., Cann, A. J., Hauptmann, R., Hughes, P., Clarke, L. D., Mountford, R. C., Minor, P. D., Schild, G. C. und Almond, J. W., 1983, Nucleic Acids Res. 11, 5629-5643; Skern, T., Sommergruber, W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. und Kuechler, E., 1985, loc. cit.)The use of reverse transcription methods from RNA, for the integration of RNA-cDNA hybrids in plasmids and to transform bacteria are in the literature have been adequately described (Kitamura, N. and Wimmer, E., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 3196-3200; Nelson, T. and Brutlag, D., 1979, Methods in Enzymology 68, 41-50, Zain, S., Sambrook, J., Roberts, J.J. Keller, W., Fried, M. and Dunn, A., 1979, Cell 16, 851- 861; Roychoudhury, R. and Wu, R., 1980, Methods in Enzymology 65, 42-62; Kitamura, N., Semler, B.L., Rothberg P.G., Larsen, G.R., Adler, C.J., Dorner, A.J., Emini, E.A., Hanecak, R., Lee, J.L., van der Werf, S., Anderson, C. W. and Wimmer, E., 1981, Nature (London) 291, 547-553; van der Werf, S., Bregegere, F., Kopecka, H., Kitamura, N. Rothberg, P.G., Kourilsky, P., Wimmer, E. and Girad., M., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 5983-5987; Namoto, A., Omata, T., Toyoda, H., Kuge, S., Hosie, H., Kataoka, Y., Genba, A., Nakano, Y. and Imura, N., 1982, Proc. Natl. Acad. Sci USA 79, 5793-5797; Stanway, G., Cann, A.J. Hauptmann, R., Hughes, P., Clarke, L.D., Mountford, R.C., Minor, P.D., Schild, G.C. and Almond, J.W., 1983, Nucleic Acids Res. 11, 5629-5643; Skern, T., Sommergruber, W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. and Kuechler, E., 1985, loc. cit.)
Nach erfolgter Transformation eines geeigneten Wirtsorganismus, beispielsweise E.coli. HB 101 wurde die Plasmid-DNA nach der "Mini-Plasmid-Präparationstechnik" isoliert und die Größe der rekombinanten DNA ermittelt. Hierzu wurden die rekombinanten Plasmide mit Hilfe der Restriktionsendonuclease PstI geschnitten, die Bruchstücke elektrophoretisch aufgetrennt und mit bekannter Lambda-HindIII Marker DNA verglichen.After the transformation of a suitable one Host organism, for example E. coli. HB 101 became the Plasmid DNA using the "mini plasmid preparation technique" isolated and the size of the recombinant DNA determined. For this purpose, the recombinant plasmids were analyzed using the Restriction endonuclease PstI cut the fragments electrophoretically separated and with known Lambda-HindIII marker DNA compared.
Zur Subklonierung der DNA wurden die durch PstI Verdau der rekombinanten pBR 322 Klone erhaltenen und gereinigten DNA-Fragmente in einem geeigneten Vektor, beispielsweise in das Plasmid pUC 9 eingebaut und die rekombinanten Vektoren in einen geeigneten Wirt, beispielsweise E.coli. JM 101 transformiert. Die Subklone, die mit rekombinanten Vektoren erfolgreich transformiert worden waren, wurden hochgezüchtet und deren Plasmid-DNA isoliert und gereinigt.To subclone the DNA, the PstI digestion of the recombinant pBR 322 clones obtained and purified DNA fragments in a suitable vector, for example incorporated into the plasmid pUC 9 and the recombinant Vectors into a suitable host, for example E. coli. JM 101 transformed. The subclones with recombinant Vectors had been successfully transformed grown up and their plasmid DNA isolated and purified.
Aus drei Subklonen wurden drei verschieden lange Primer-Fragmente [54 Nukleotide (Fragment A), 122 Nukleotide (Fragment B) und 139 Nukleotide (Fragment C) ] isoliert und gereinigt. Zusätzlich wurde noch ein 20 Nukleotide langer synthetischer Primer (D) verwendet. Mit Hilfe dieser komplementären Einzelstrang DNA wurde ein mit 32P markiertes reverses Transkript von HRV 89-RNA hergestellt. Three different lengths of primer fragments [54 nucleotides (fragment A), 122 nucleotides (fragment B) and 139 nucleotides (fragment C)] were isolated and purified from three subclones. In addition, a 20 nucleotide synthetic primer (D) was used. Using this complementary single-stranded DNA, a reverse transcript of HRV 89-RNA labeled with 32 P was produced.
Zum Nachweis von HRV 89-Sequenzen in rekombinanter DNA wurde die Plasmid DNA mit PstI verdaut, elektrophoterisch analysiert und die DNA Fragmente vom Gel auf Nitrozellulosefilter transferiert und fixiert. Diese DNA-tragenden Filter wurden mit der radioaktiv markierten HRV 89-cDNA hybridisiert, die Filter anschließend expondiert. Von den so ermittelten, der HRV 89-RNA entsprechenden, rekombinanten DNA-Fragmenten wurden die Restriktionsstellen kartiert und die DNA sequenziert. Man erhielt Klone, die das Genom von HRV 89 repräsentieren.For the detection of HRV 89 sequences in recombinant DNA the plasmid DNA was digested with PstI, electrophoterically analyzed and the DNA fragments from the gel Nitrocellulose filter transferred and fixed. These DNA-carrying filters were labeled with the radioactive HRV 89 cDNA hybridizes, the filters subsequently exposed. Of the HRV 89-RNA determined in this way corresponding, recombinant DNA fragments were the Restriction sites were mapped and the DNA sequenced. Man received clones that represent the genome of HRV 89.
Die Sequenz des HRV 89 Genoms ist in Fig. 4 gezeigt. Sie ist in Form der DNA dargestellt, wie sie aus der Sequenzierung der Rekombinaten-DNA erhalten worden ist. Zur Bestimmung der Sequenz wurden 21 Klone, die in Fig. 3 gezeigt sind, und zusätzlich 5 weitere Klone verwendet. Die Sequenz umfaßt 7152 Nukleotide, wobei das 3′-terminale Poly-A nicht mitgezählt ist. Sie enthält einen offenen Leserahmen, der für ein Polyprotein einer Länge von 2164 Aminosäuren kodiert. Der Leserahmen beginnt mit einem AUG in Position 619 und endet mit einem UAA Stop Codon 42 Nukleotide vor dem Beginn des Poly-A.The sequence of the HRV 89 genome is shown in Fig. 4. It is shown in the form of the DNA as obtained from the sequencing of the recombinant DNA. To determine the sequence, 21 clones shown in FIG. 3 and an additional 5 clones were used. The sequence comprises 7152 nucleotides, whereby the 3'-terminal poly-A is not counted. It contains an open reading frame which codes for a polyprotein with a length of 2164 amino acids. The reading frame begins with an AUG in position 619 and ends with a UAA stop codon 42 nucleotides before the start of Poly-A.
Die 5′-terminale Sequenz wurde aus den Klonen Nr. 5 und 10 erhalten, wobei Fragment D als Primer verwendet wurde (siehe Fig. 3). Spaltung mit PstI ergab ein Fragment konstanter Länge. Durch Sequenzierung wurde festgestellt, daß beide Klone die Sequenz TTAAAAC unmittelbar anschließend an Oligo-G enthielten, das von der Integrationsstelle im Plasmid stammt. Daraus wurde der Schluß gezogen, daß diese Klone den 5′-Terminus des HRV 89-Genoms darstellen. Diese Sequenz entspricht den ersten 7 Nukleotiden von den drei Poliovirus-Typen, Coxsackie-Virus B 1 (Hewlett, M. J. und Florkiewicz, R. Z., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci, USA 77, 303-307; Stanway, G., Cann, A. J., Hauptmann, R., Hughes, P., Clarke, L. D., Mountford, R. C., Minor, P. D., Schild, G. C. und Almont, J. W., 1983, loc. cit.) HRV 2 (Skern, T., Sommergruber, W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. und Kuechler, E., 1985, loc. cit.) und HRV-14 (Stanway, G., Hughes, P. J., Mountford, R. C., Minor, P. D. und Almond, J. W., 1984, loc. cit.).The 5'-terminal sequence was obtained from clones Nos. 5 and 10, fragment D being used as a primer (see FIG. 3). Cleavage with PstI gave a fragment of constant length. It was determined by sequencing that both clones contained the sequence TTAAAAC immediately subsequent to oligo-G, which comes from the integration site in the plasmid. From this it was concluded that these clones represent the 5'-terminus of the HRV 89 genome. This sequence corresponds to the first 7 nucleotides of the three poliovirus types, Coxsackie virus B1 (Hewlett, MJ and Florkiewicz, RZ, 1980, Proc. Natl. Acad. Sci, USA 77, 303-307; Stanway, G., Cann, AJ, Hauptmann, R., Hughes, P., Clarke, LD, Mountford, RC, Minor, PD, Schild, GC and Almont, JW, 1983, loc.cit.) HRV 2 (Skern, T., Sommergruber , W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. and Kuechler, E., 1985, loc. Cit.) And HRV-14 (Stanway, G. , Hughes, PJ, Mountford, RC, Minor, PD and Almond, JW, 1984, loc. Cit.).
Analyse der 618 Nukleotide zwischen dem 5′-Terminus und dem Beginn des langen offenen Leserahmens zeigt das Vorhandensein mehrerer kurzer Leserahmen. Ein Vergleich der Nukleotidsequenz der 5′-terminalen Region des HRV 89 mit dem des HRV 2 zeigt - unter Berücksichtigung von Insertionen - einen auffällig hohen Grad an Homologie von 79%, während die Homologie zu HRV 14 67% und zu Poliovirus Typ 1 62% beträgt. Dabei ist die Homologie in einigen Bereichen besonders groß. Insgesamt sind 9 verschiedene Blöcke von 17 oder mehr hintereinander liegenden identischen Nukleotiden im 5′-terminalen Bereich des HRV 89- und HRV 2-Genoms vorhanden.Analysis of the 618 nucleotides between the 5'-terminus and the beginning of the long open reading frame shows that The presence of several short reading frames. A comparison the nucleotide sequence of the 5'-terminal region of HRV 89 with that of the HRV 2 shows - taking into account Insertions - a strikingly high degree of homology of 79%, while homology to HRV 14 67% and to poliovirus Type 1 is 62%. The homology is in some Areas particularly large. There are a total of 9 different ones Blocks of 17 or more in a row identical nucleotides in the 5'-terminal region of the HRV 89 and HRV 2 genome present.
Der Vergleich der Aminosäure-Sequenzen zeigte, daß sich die Bereiche der Homologie auch in der für das Polyprotein codierenden Region fortsetzen (Fig. 5). Besonders auffällig ist die ausgeprägte Homologie zwischen HRV 89 und HRV 2 während überraschenderweise - entgegen den Erwartungen - die Homologie zu HRV 14 viel geringer ist. Die stark konservierten Abschnitte umfassen sowohl die Hüllenproteine als auch den Bereich der nicht-strukturellen Proteine (P2A-P3D). Dies bedeutet offenbar, daß trotz der Zugehörigkeit von HRV 89 zur selben Rezeptorgruppe wie HRV 14 die Verwandtschaft zu HRV 2 größer ist. Aufgrund der Sequenz bilden also HRV 2 und HRV 89 eine gemeinsame Gruppe, die sich deutlich von HRV 14 und Poliovirus absetzt. Dies könnte möglicherweise bedeuten, daß humane Rhinoviren untereinander doch größere Ähnlichkeit besitzen, als bisher aufgrund des Homologievergleiches von HRV 2 und HRV 14 angenommen war. Damit scheint auch der Vorschlag, Rhinoviren und Enteroviren gemeinsam als eine Gattung innerhalb der Familie der Picornaviren zusammenzufassen (Stanway, G., Hughes, P. J., Mountford, R. C., Minor, P. D. und Almond, J. W., 1984, loc. cit.) in Frage gestellt.The comparison of the amino acid sequences showed that the regions of homology also continue in the region coding for the polyprotein ( FIG. 5). The pronounced homology between HRV 89 and HRV 2 is particularly striking, while surprisingly - contrary to expectations - the homology to HRV 14 is much lower. The highly conserved sections encompass both the envelope proteins and the area of non-structural proteins (P2A-P3D). This obviously means that despite the fact that HRV 89 belongs to the same receptor group as HRV 14, the relationship to HRV 2 is greater. Due to the sequence, HRV 2 and HRV 89 form a common group that clearly distinguishes itself from HRV 14 and poliovirus. This could possibly mean that human rhinoviruses are more similar to each other than was previously assumed based on the homology comparison of HRV 2 and HRV 14. Thus, the proposal to group rhinoviruses and enteroviruses together as one genus within the family of picornaviruses (Stanway, G., Hughes, PJ, Mountford, RC, Minor, PD and Almond, JW, 1984, loc. Cit.) Seems to be in question posed.
Die viralen Proteine werden aus dem Polyprotein durch proteolytische Spaltung erhalten. Zur Ermittlung der Spaltstellen wurden die viralen Hüllenproteine isoliert und die N-terminale Aminosäuresequenz bestimmt (s. Fig. 6). Hierdurch wurden nicht nur die Spaltstellen in den viralen Hüllenproteinen eindeutig identifiziert, sondern auch das Leseraster, das aus der Nukleotidsequenz abgeleitet worden war, wurde bestätigt. Aus dem Vergleich mit der aus der Nukleotidsequenz abgeleiteten Aminosäuresequenz ergibt sich, daß die VP4/VP2 Spaltung zwischen Glutamin und Serin, die VP2/VP3-Spaltung zwischen Glutamin und Glycin und die VP3/VP1-Spaltung zwischen Glutamin und Asparagin erfolgt. Diese Spaltstellen sind mit denen von HRV 2 identisch, unterscheiden sich aber von denen in HRV 14 (Stanway, G., Hughes, P. J., Mountford, R. C., Minor, P. D. und Almond, J. W., 1984 loc. cit.)The viral proteins are obtained from the polyprotein by proteolytic cleavage. To determine the cleavage sites, the viral coat proteins were isolated and the N-terminal amino acid sequence was determined (see FIG. 6). This not only unambiguously identified the cleavage sites in the viral envelope proteins, but also the reading frame which had been derived from the nucleotide sequence was confirmed. A comparison with the amino acid sequence derived from the nucleotide sequence shows that the VP4 / VP2 cleavage between glutamine and serine, the VP2 / VP3 cleavage between glutamine and glycine and the VP3 / VP1 cleavage between glutamine and asparagine. These cleavage sites are identical to those of HRV 2, but differ from those in HRV 14 (Stanway, G., Hughes, PJ, Mountford, RC, Minor, PD and Almond, JW, 1984 loc. Cit.)
Die vorliegende Erfindung ermöglicht es, eine DNA zu erzeugen, die die Information für die virale RNA des HRV 89 enthält.The present invention enables DNA to be obtained generate the information for the viral RNA of HRV 89 contains.
Gegenstand der Erfindung sind jedoch nicht nur die Gen- Sequenzen, die spezifisch für die viralen Proteine codieren, sondern auch die Modifikationen, die beispielsweise durch Mutation, Abbau, Transposition oder Addition erhalten werden können. Jede Sequenz, die im Vergleich mit den gezeigten degeneriert ist, ist eingeschlossen. Auch die Sequenzen, die unter stringenten Bedingungen, beispielsweise unter Bedingungen, die für mehr als 85%, bevorzugt mehr als 90% Homologie selektieren, mit den gezeigten Sequenzen oder Teilen davon hybridisieren und für die Proteine mit dem viralen Aktivitätsspektrum codieren, sind eingeschlossen. Die Hybridisierungen werden in 6 × SSC/5 × Denhardt's-Lösung/ 0,1% SDS bei 65°C durchgeführt. Der Grad der Stringenz wird im Waschschritt festgelegt. So sind die Bedingungen, die für eine Selektionierung auf DNA-Sequenz mit ca. 85% oder mehr Homologie geeignet sind, wie folgt: 0,2 × SSC/0,1% SDS/65°C, für die Selektionierung auf DNA-Sequenzen mit ca. 90% oder mehr Homologie: 0,1 × SSC/0,01% SDS/65°C.However, the subject of the invention is not only the genetic Sequences specific to the viral proteins code, but also the modifications that for example by mutation, degradation, transposition or Addition can be obtained. Each sequence that is in the Comparison with those shown is degenerate locked in. Even the sequences that are under stringent Conditions, for example, under conditions that are for more than 85%, preferably more than 90% homology select, with the sequences shown or parts thereof hybridize and for the proteins with the viral Encode activity spectrum are included. The Hybridizations are carried out in 6 × SSC / 5 × Denhardt's solution / 0.1% SDS performed at 65 ° C. The degree of stringency is determined in the washing step. So are the conditions for selection on DNA sequence with approx. 85% or more homology are suitable, as follows: 0.2 × SSC / 0.1% SDS / 65 ° C, for selection on DNA sequences with approximately 90% or more homology: 0.1 × SSC / 0.01% SDS / 65 ° C.
Diese DNA kann, wie gezeigt, sowohl vollständig als auch in Fragmenten in geeignete Plasmidvektoren eingebaut werden, um nach der Transformation von geeigneten Wirtsorganismen entweder die DNA zu vervielfältigen oder die Expression der Proteine selbst zu erreichen. Geeignete Wirte, Vektoren und die Bedingungen für diese Operationen sind dem Fachmann bestens bekannt. Ebenso sind viele Arbeiten publiziert, in denen die Synthese fremder Proteine in Bakterien mit Hilfe gentechnologischer Methoden beschrieben ist (Übersichtsartikel, sieheHarris, T. J. R. in "Genetic Engineering", Williamson, R., Hrsg., 1983, Vol. 4. Academic Press, London, 127 ff.). Zu diesem Zweck wird die fremde DNA in die Nähe geeigneter bakterieller Kontrollregionen (Promotoren, Ribosomenbindungsstellen) von Plasmiden eingeführt, die es möglich machen, diese Information - meist in Form von Fusionsproteinen - in hohen Ausbeuten zu exprimieren und so die entsprechenden Proteine zu gewinnen. Auch auf dem Gebiet der Picornaviren gibt es bereits eine Reihe von Publikationen, in denen die Expression viraler Gene in Bakterien beschrieben ist (Küpper, H., Keller, W., Kurz, C., Forss, S., Schaller, H., Franzel, R., Strohmaier, K., Marquardt, O., Zaslavsky, V. G. und Hofschneider, P. H., 1981, Nature (London) 289, 555-559; Kleid, D. G., Yansura, D., Small, B., Darbenko, D., Moore, D. M., Grubman, M. J., McKercher, P. D., Morgan, D. O., Robertson, B. H. und Bachrach, H. L., 1981, Science 214, 1125-1129; Wychowski, C., van der Werf, S., Siffert, O., Crainic, R., Bruneau, P. und Girard, M., 1983, EMBO J. 11, 2019-2024; Klump, W., Marquardt, O. und Hofschneider, P. H., 1984, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 81, 3351-3355; Hanecak, R., Semler, B. L., Ariga, H. Anderson, C. W. und Wimmer, E., 1984, Cell 37, 1063-1073; (Skern, T., Sommergruber, W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. und Kuechler, E., 1985, loc. cit.).As shown, this DNA can be both complete and incorporated into suitable plasmid vectors in fragments to be suitable after the transformation Host organisms either reproduce the DNA or to achieve the expression of the proteins themselves. Suitable Hosts, vectors and the conditions for these operations are well known to the expert. So are many Published works in which the synthesis of strangers Proteins in bacteria with the help of genetic engineering Methods (review article, see Harris, T. J. R. in "Genetic Engineering", Williamson, R., ed., 1983, Vol. 4. Academic Press, London, 127 ff.). To this For this purpose, the foreign DNA becomes more suitable in the vicinity bacterial control regions (promoters, Ribosome binding sites) of plasmids introduced it make this information possible - mostly in the form of Fusion proteins - to express in high yields and such to win the corresponding proteins. Also on the The Picornavirus area already has a number of Publications in which the expression of viral genes in Bacteria (Küpper, H., Keller, W., Kurz, C., Forss, S., Schaller, H., Franzel, R., Strohmaier, K., Marquardt, O., Zaslavsky, V. G. and Hofschneider, P. H., 1981, Nature (London) 289, 555-559; Kleid, D.G., Yansura, D., Small, B., Darbenko, D., Moore, D.M., Grubman, M.J., McKercher, P.D., Morgan, D.O., Robertson, B. H. and Bachrach, H. L., 1981, Science 214, 1125-1129; Wychowski, C., van der Werf, S., Siffert, O., Crainic, R., Bruneau, P. and Girard, M., 1983, EMBO J. 11, 2019-2024; Klump, W., Marquardt, O. and Hofschneider, P.H., 1984, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 81, 3351-3355; Hanecak, R., Semler, B.L., Ariga, H. Anderson, C.W. and Wimmer, E., 1984, Cell 37, 1063-1073; (Skern, T., Sommergruber, W., Blaas, D., Gruendler, P., Fraundorfer, F., Pieler, C., Fogy, I. and Kuechler, E., 1985, loc. cit.).
Für die Expression bevorzugt sind Prokaryoten, beispielsweise E.coli. K 12, Stamm 294 (ATCC No. 31 446). Andere Stämme, die geeignet sind, beinhalten E.coli. X 1 1776 (ATCC Nr. 31 537). Ebenso wie die vorerwähnten Stämme können auch E.coli. W 3110 F-, Lambda-, Prototroph, ATCC Nr. 27 325), Bazillen wie Bacillus subtilis, und andere Enterobacteriaceae, wie Salmonella typhimurium oder Serratia marcescens und verschiedene Pseudomonaden verwendet werden.Prokaryotes, for example E. coli, are preferred for expression. K 12, strain 294 (ATCC No. 31 446). Other strains that are suitable include E. coli. X 1 1776 (ATCC No. 31 537). Like the strains mentioned above, E. coli. W 3110 F - , Lambda - , Prototroph, ATCC No. 27 325), bacilli such as Bacillus subtilis, and other Enterobacteriaceae such as Salmonella typhimurium or Serratia marcescens and various Pseudomonads can be used.
Im allgemeinen können Plasmid-Vektoren, die Replikon und Kontrollsequenzen, die aus Spezies stammen, die kompatibel mit den Wirtszellen sind, enthalten, in Verbindung mit diesen Wirten verwendet werden. Der Vektor trägt üblicherweise neben einer Replikationsstelle Erkennungssequenzen, die es ermöglichen, in transformierten Zellen phenotypisch zu selektionieren. Zum Beispiel wird E. coli. üblicherweise mit pBR 322 transformiert, ein Plasmid, das aus E. coli. Spezies stammt (Bolivar, et al., Gene 2, 95 (1977)). In general, plasmid vectors, the replicon and Control sequences derived from species that are compatible with the host cells are included, in conjunction with these hosts are used. The vector bears usually next to a replication site Recognition sequences that allow in to selectively transform transformed cells. To the Example is E. coli. usually with pBR 322 transformed, a plasmid derived from E. coli. Species originates (Bolivar, et al., Gene 2, 95 (1977)).
pBR 322 enthält Gene für Ampicillin- und Tetracyclin- Resistenz und liefert damit einfache Mittel, transformierte Zellen zu identifizieren. Das pBR 322-Plasmid oder auch andere Plasmide müssen außerdem von sich aus Promotoren enthalten oder müssen dahingehend modifiziert sein, daß sie Promotoren enthalten, die vom mikrobiellen Organismus zur Expression ihrer eigenen Proteine verwendet werden können. Die Promotoren, die am häufigsten bei der Herstellung rekombinanter DNA verwendet werden, beinhalten die Beta-Lactamase (Penicillinase) und Lactose-Promotor-Systeme (Chang et al., Nature 275, 615 (1978); Itakura et al., Science 198, 1056 (1977); Goeddel et al., Nature 281, 544 (1979) und Tryptophan (trp) Promotor-Systeme (Goeddel et al., Nucleic Acids Res. 8, 4057 (1980); Europa-Anmeldung, Offenlegung 00 36 776). Während die erwähnten die gebräuchlichsten Promotoren sind, sind darüber hinaus auch andere mikrobielle Promotoren entwickelt und benutzt worden. Die erfindungsgemäße Gen-Sequenz kann beispielsweise unter der Kontrolle des Leftward-Promotors des Bakteriophagen Lambda (P L ) eingesetzt werden. Dieser Promotor ist einer der als besonders stark bekannten Promotoren, der steuerbar ist. Die Steuerung wird möglich durch den Lambda- Repressor, von dem benachbarte Restriktionsschnittstellen bekannt sind.pBR 322 contains genes for ampicillin and tetracycline resistance and thus provides simple means to identify transformed cells. The pBR 322 plasmid or other plasmids must also contain promoters on their own or must be modified in such a way that they contain promoters which can be used by the microbial organism to express their own proteins. The promoters most commonly used in the production of recombinant DNA include beta-lactamase (penicillinase) and lactose promoter systems (Chang et al., Nature 275, 615 (1978); Itakura et al., Science 198, 1056 (1977); Goeddel et al., Nature 281, 544 (1979) and tryptophan (trp) promoter systems (Goeddel et al., Nucleic Acids Res. 8, 4057 (1980); European application, disclosure 00 36 776 While the mentioned promoters are the most common, other microbial promoters have also been developed and used, for example, the gene sequence according to the invention can be used under the control of the leftward promoter of the bacteriophage lambda (P L ) the promoter which is known to be particularly strong and which can be controlled. The control is made possible by the lambda repressor, from which neighboring restriction interfaces are known.
Ein temperaturempfindliches Allel dieses Gens kann in einem Vektor, der eine virale DNA-Sequenz enthält, eingefügt werden. Wird die Temperatur auf 42°C erhöht, wird der Repressor inaktiviert und der Promotor bis zu seiner maximalen Konzentration exprimiert. Die Summe der mRNA, die unter diesen Bedingungen produziert wird, sollte ausreichend sein, um eine Zelle zu erhalten, die unter ihren neuen synthetischen Ribonukleinsäuren ungefähr 10% enthält, die von dem P L -Promotor stammt. A temperature sensitive allele of this gene can be inserted into a vector containing a viral DNA sequence. If the temperature is increased to 42 ° C, the repressor is deactivated and the promoter is expressed up to its maximum concentration. The sum of the mRNA produced under these conditions should be sufficient to obtain a cell that contains approximately 10% of its new synthetic ribonucleic acids derived from the P L promoter.
Auf diese Weise ist es möglich, eine Clon-Bank zu etablieren, in der eine funktionelle virale DNA-Sequenz in Nachbarschaft zu einer Ribosom-Bindungsstelle plaziert wird in varierenden Abständen zu dem Lambda-P L -Promotor. Diese Klone können dann überprüft und der mit der höchsten Ausbeute selektiert werden.In this way it is possible to establish a clone bank in which a functional viral DNA sequence is placed in the vicinity of a ribosome binding site at varying distances from the lambda P L promoter. These clones can then be checked and selected with the highest yield.
Die Expression und Translation einer viralen DNA-Sequenz kann auch unter Kontrolle anderer Regulationssysteme, die als "homolog" zu dem Organismus in seiner untransformierten Form gelten können, ablaufen. So enthält z. B. chromosomale DNA von einem Lactose-abhängigen E. coli. ein Lactose oder Lac-Operon, das durch Ausschüttung des Enzyms Beta-Galactosidase den Lactose-Abbau ermöglicht.Expression and translation of a viral DNA sequence can also be under the control of other regulatory systems as "homologous" to the organism in its untransformed form can expire. So contains e.g. B. chromosomal DNA from a lactose-dependent E. coli. a lactose or lac operon by Release of the enzyme beta-galactosidase Lactose breakdown enables.
Die Lac-Kontrollelemente können aus dem Bacteriophagen Lambda-pLac 5, der infektiös für E. coli. ist, erhalten werden. Das Lac-Operon des Phagen kann durch Transduktion aus derselben Bakterien-Spezies stammen. Regulationssysteme, die bei dem erfindungsgemäßen Verfahren Verwendung finden können, können aus plasmidischer DNA stammen, die dem Organismus eigen ist. Das Lac-Promotor-Operator-System kann durch IPTG induziert werden.The Lac control elements can be from the bacteriophage Lambda pLac 5, the infectious for E. coli. is received will. The phage's lac operon can be by transduction come from the same bacterial species. Regulation systems in the inventive Processes can be used from plasmid DNA originate from the organism. The Lac promoter operator system can be induced by IPTG will.
Andere Promotor-Operator-Systeme oder Teile hiervon können genausogut verwendet werden: beispielsweise Arabinose-Operator, Colicine E1-Operator, Galactose- Operator, alkalischer Phosphatase-Operator, trp-Operator, Xylose A Operator, tac-Promotor u. ä.Other promoter-operator systems or parts thereof can be used just as well: for example arabinose operator, colicine E 1 operator, galactose operator, alkaline phosphatase operator, trp operator, xylose A operator, tac promoter and the like. Ä.
Die Gene können vorzugsweise in dem Expressions-Plasmid pER 103 (Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-248 (1983); vergleiche auch europäische Patentanmeldung 8 31 12 812.9, Hinterlegung DSM 2773, 20. Dezember 1983) exprimiert werden. The genes can preferably be in the expression plasmid pER 103 (Rastl-Dworkin et al., Gene 21, 237-248 (1983); see also European patent application 8 31 12 812.9, deposit DSM 2773, December 20 1983) can be expressed.
Diese Vektoren enthalten alle Regulationselemente, die zu einer hohen Expressionsrate der klonierten Gene führen.These vectors contain all regulatory elements related to that lead to a high expression rate of the cloned genes.
Zusätzlich zu Prokaryoten können auch eukaryotische Mikroorganismen, wie Hefekulturen verwendet werden. Saccharomyces cerevisiae ist der am meisten verwendete unter den eukaryotischen Mikroorganismen, obwohl eine Anzahl anderer Spezies allgemein erhältlich ist. Zur Expression in Saccharomyces wird beispielsweise das Plasmid YRp 7 (Stinchcomb, et al. Nature 282, 39 (1979); Kingsman et al., Gene 7, 141 (1979); Tschumper, et al., Gene 10, 157 (1980) und das Plasmid YEp 13 (Bwach et al., Gene 8, 121-133 (1979)) üblicherweise verwendet. Das Plasmid YRp 7 enthält das TRP 1-Gen, das eine Selektionierungsmarkierung für eine Hefemutante, die unfähig ist, in tryptophanhaltigem Medium zu wachsen, bereitstellt; beispielsweise ATCC Nr. 44076.In addition to prokaryotes, eukaryotic can also be used Microorganisms such as yeast cultures are used. Saccharomyces cerevisiae is the most widely used among the eukaryotic microorganisms, although one Number of other species is commonly available. To Expression in Saccharomyces will be, for example Plasmid YRp 7 (Stinchcomb, et al. Nature 282, 39 (1979); Kingsman et al., Gene 7, 141 (1979); Tschumper, et al., Gene 10, 157 (1980) and the plasmid YEp 13 (Bwach et al., Gene 8, 121-133 (1979)) commonly used. The Plasmid YRp 7 contains the TRP 1 gene, the one Selection marker for a mutant yeast, the is unable to grow in medium containing tryptophan, provides; for example ATCC No. 44076.
Das Vorhandensein des TRP 1 Schadens als Charakteristikum des Hefe-Wirts Genoms stellt dann ein wirksames Hilfsmittel dar, um die Transformation nachzuweisen, indem ohne Tryptophan kultiviert wird. Ganz ähnlich verhält es sich bei dem Plasmid YEp 13, daß das Hefe-Gen LEU 2, das zur Ergänzung einer LEU-2 Mutante verwendet werden kann, erhält. Geeignete Promotor-Sequenzen für Hefe Vektoren beinhalten die 5′-flankierende Region des ADH I (Ammerer, G., Methods of Enzymology 101, 192-201 (1983), 3-Phosphogylcerat-Kinase (Hitzeman, et al., J. Biol. Chem. 255, 2073 (1980) oder andere glykolytische Enzyme (Kawasaki und Fraenkel, BBRC (Biochem. Biophys. Res. Comm.) 108, 1107-1112 (1982), wie Enolase, Glycerinaldehyd- 3-phosphat-Dehydrogenase, Hexokinase, Pyruvat-Decarboxylase, Phosphofructokinase, Glucose-6- Phosphat-Isomerase und Glucokinase. The existence of TRP 1 damage as a characteristic of the yeast host genome then represents an effective one Tools to demonstrate the transformation by is cultivated without tryptophan. It is very similar the plasmid YEp 13 that the yeast gene LEU 2, the can be used to supplement a LEU-2 mutant, receives. Suitable promoter sequences for yeast vectors include the 5′-flanking region of ADH I (Ammerer, G., Methods of Enzymology 101, 192-201 (1983), 3-phosphogylcerate kinase (Hitzeman, et al., J. Biol. Chem. 255: 2073 (1980) or other glycolytic enzymes (Kawasaki and Fraenkel, BBRC (Biochem. Biophys. Res. Comm.) 108, 1107-1112 (1982), such as enolase, Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, hexokinase, Pyruvate decarboxylase, phosphofructokinase, glucose-6 Phosphate isomerase and glucokinase.
Bei der Konstruktion geeigneter Expressionsplasmide können die mit diesen Genen assoziierten Terminationssequenzen ebenfalls in den Expressions-Vektor am 3′-Ende der zu exprimierenden Sequenz eingesetzt werden, um Polyadenylierung und Termination der mRNA vorzusehen.In the construction of suitable expression plasmids the termination sequences associated with these genes also in the expression vector at the 3'-end of the expressing sequence can be used to To provide polyadenylation and termination of the mRNA.
Andere Promotoren, die zudem noch den Vorteil der durch Wachstumsbedingungen kontrollierten Transkription besitzen, sind die Promotor-Regionen der Alkohol-Dehydrogenase-2, Isocytochrom C, Saure Phosphatase, abbauende Enzyme, die mit dem Stickstoff-Metabolismus gekoppelt sind, die oben erwähnte Glyceraldehyd-3-Phosphat-Dehydrogenase und Enzyme, die für die Verarbeitung von Maltose und Galaktose verantwortlich sind. Promotoren, die durch den Hefe Mating Typ Locus reguliert werden, beispielsweise Promotoren der Gene BARI, MEα1, STE 2, STE 3, STE 5 können bei temperatur regulierten Systemen durch die Verwendung von temperatur abhängigen sir Mutationen eingesetzt werden. (Rhine, Ph. D. Thesis, University of Oregon, Eugene, Oregon (1979), Herskowitz and Oshima, The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces, part I, 181-209 (1981), Cold Spring Harbor Laboratory). Diese Mutationen beeinflussen die Expression der ruhenden Mating Typ Kassetten von Hefen und dadurch indirekt die Mating Typ abhängigen Promotoren. Generell ist jedoch jeder Plasmid- Vektor, der einen Hefe-kompatiblen Promotor, originäre Replikations- und Terminationssequenzen enthält, geeignet.Other promoters that also have the advantage of transcription controlled by growth conditions are the promoter regions of alcohol dehydrogenase-2, isocytochrome C, acid phosphatase, degrading enzymes that are coupled with nitrogen metabolism, the glyceraldehyde mentioned above. 3-phosphate dehydrogenase and enzymes that are responsible for the processing of maltose and galactose. Promoters that are regulated by the yeast mating type locus, for example promoters of the BARI, ME α 1, STE 2, STE 3, STE 5 genes, can be used in temperature-regulated systems by using temperature-dependent sir mutations. (Rhine, Ph. D. Thesis, University of Oregon, Eugene, Oregon (1979), Herskowitz and Oshima, The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces, part I, 181-209 (1981), Cold Spring Harbor Laboratory). These mutations influence the expression of the resting mating type cassettes of yeasts and thereby indirectly the mating type dependent promoters. In general, however, any plasmid vector which contains a yeast-compatible promoter, original replication and termination sequences is suitable.
Zusätzlich zu Mikroorganismen sind Kulturen multizellulärer Organismen ebenfalls geeignete Wirtsorganismen. Im Prinzip ist jede dieser Kulturen einsetzbar, ob von Wirbeltier- oder wirbellosen Tierkulturen. Größtes Interesse besteht jedoch an Wirbeltier-Zellen, so daß die Vermehrung von Wirbeltierzellen in Kultur (Gewebe-Kultur) in den letzten Jahren zu einer routinemäßigen Methode wurde. In addition to microorganisms are cultures multicellular organisms are also suitable Host organisms. In principle, each of these cultures usable, whether from vertebrate or invertebrate Animal cultures. However, there is greatest interest Vertebrate cells, so that the multiplication of Vertebrate cells in culture (tissue culture) in recent Years has become a routine method.
(Tissue Culture, Academic Press, Kruse and Patterson, Editors (1973)). Beispiele solcher nützlichen Wirtszellinien sind VERO- und HeLa-Zellen, Hamster- Eierstock (CHO)-Zellen und WI 38, BHK, COS-7 und MDCK-Zellinien. Expressionsvektoren für diese Zellen enthalten üblicherweise (wenn nötig) eine Replikations stelle, einen Promotor der vor dem zu exprimierenden Gen lokalisiert ist, gemeinsam mit jeder notwendigen Ribosomenbindungsstelle, RNA-Spleißstelle, Polyadenylierungsstelle und transkriptionelle Terminations-Sequenzen.(Tissue Culture, Academic Press, Kruse and Patterson, Editors (1973)). Examples of such useful ones Host cell lines are VERO and HeLa cells, hamster Ovary (CHO) cells and WI 38, BHK, COS-7 and MDCK cell lines. Expression vectors for these cells usually contain (if necessary) a replication place a promoter in front of the gene to be expressed is localized, together with any necessary Ribosome binding site, RNA splice site, Polyadenylation site and transcriptional Termination sequences.
Bei der Verwendung in Säugetierzellen werden die Kontrollfunktionen auf den Expressions-Vektoren oftmals aus viralem Material vorgesehen. Beispielsweise stammen die üblicherweise verwendeten Promotoren aus Polyoma, Adenovirus 2, und besonders häufig aus Simian Virus 40 (SV 40). Die Anfangs- und Endpromotoren des SV 40 sind besonders nützlich, da beide leicht aus dem Virus als Fragment zu erhalten sind, das auch noch die virale Replikationsstelle des SV 40 enthält (Fiers et al., Nature 273, 113 (1978). Auch können kleinere oder größere Fragmente des SV 40 verwendet werden, vorausgesetzt, sie enthalten die annähernd 250 bp lange Sequenz, die von der HindIII Schnittstelle bis zur BglI Schnittstelle in der viralen Replikationsstelle reicht. Außerdem ist es ebenfalls möglich und empfehlenswert, Promotor- oder Kontroll-Sequenzen zu verwenden, die normalerweise mit den gewünschten Gensequenzen verknüpft sind, vorausgesetzt, diese Kontroll-Sequenzen sind kompatibel zu den Wirtszellsystemen.When used in mammalian cells, the Control functions on the expression vectors often made of viral material. For example, come from the polyoma promoters commonly used, Adenovirus 2, and particularly often from Simian Virus 40 (SV 40). The start and end promoters of the SV 40 are particularly useful since both are easily identified as virus Preserve fragment that is also viral Replication site of SV 40 contains (Fiers et al., Nature 273, 113 (1978). Smaller or larger ones can also be used Fragments of SV 40 are used, provided they contain the approximately 250 bp long sequence derived from the HindIII interface to the BglI interface in the viral replication site is sufficient. Besides, it is also possible and recommended, promoter or Use control sequences normally associated with the desired gene sequences are linked, provided these control sequences are compatible with the Host cell systems.
Eine Replikationsstelle kann entweder durch entsprechende Vektorkonstruktion vorgesehen werden, um eine exogene Stelle einzubauen, beispielsweise aus SV 40 oder anderen viralen Quellen (z. B. Polyoma, Adeno, VSV, etc.) oder kann durch die chromosomenalen Replikations mechanismen der Wirtszelle vorgesehen werden. Wird der Vektor in das Wirtszellenchromosom integriert, reicht die zuletztgenannte Maßnahme meistens aus.A replication site can either by appropriate Vector construction can be provided to an exogenous Place to install, for example from SV 40 or others viral sources (e.g. Polyoma, Adeno, VSV, etc.) or may be due to chromosomal replication mechanisms of the host cell are provided. Will the Vector integrated into the host cell chromosome is enough the latter measure mostly.
Transformation der Zellen mit den Vehikeln kann durch eine Vielzahl an Verfahren erreicht werden. Beispielsweise kann sie durch Kalzium erfolgen, wobei entweder die Zellen in Magnesium gewaschen werden und die DNA den in Kalzium suspendierten Zellen zugegeben wird oder die Zellen einem Kopräzipitat von DNA und Kalziumphosphat ausgesetzt werden. Bei nachfolgender Genexpression werden die Zellen auf Medien übertragen, die für transformierte Zellen selektieren.Transformation of the cells with the vehicles can be done by a Variety of procedures can be achieved. For example they are done by calcium, with either the cells in Magnesium can be washed and the DNA in calcium suspended cells is added or the cells one Coprecipitate of DNA and calcium phosphate exposed will. With subsequent gene expression, the cells transferred to media used for transformed cells select.
Nach erfolgter Transformation des Wirtes, Expression des Gens und Fermentation oder Zellkultivierung unter Bedingungen, bei denen das Protein exprimiert wird, kann das Produkt üblicherweise durch bekannte chromatographische Trennmethoden extrahiert werden, um so ein Material zu erhalten, das das virale Protein mit oder ohne Leader und Tailing Sequenzen enthält. Das Protein kann mit einer Leader-Sequenz am N-Terminus exprimiert werden (Pre-Protein), die von einigen Wirtszellen entfernt werden kann. Wenn nicht, so ist eine Abspaltung des Leader-Polypeptids (wenn vorhanden) erforderlich, um reifes Protein zu erhalten. Alternativ kann das reife Protein im Mikroorganismus direkt produziert werden. Dazu kann die Precursor Sequenz des Hefe-Mating-Pheromons MF-alpha-1 verwendet werden, um eine korrekte "Reifung" des fusionierten Proteins und die Ausscheidung der Produkte in das Wachstumsmedium oder den periplasmischen Raum zu gewährleisten. Die DNA-Sequenz für funktionelles oder reifes Protein kann mit MF-alpha-1 an der vermuteten Schnittstelle verbunden sein. After transformation of the host, expression of the Gene and fermentation or cell cultivation under Conditions under which the protein is expressed can the product usually by known chromatographic separation methods are extracted so to obtain a material that contains the viral protein or contains no leader and tailing sequences. The protein can be expressed with a leader sequence at the N-terminus are (pre-protein) removed by some host cells can be. If not, it is a split off of the Leader polypeptide (if any) required to to get mature protein. Alternatively, the mature one Protein can be produced directly in the microorganism. To can the precursor sequence of the yeast mating pheromone MF-alpha-1 used to correct "maturation" of the fused protein and the excretion of the Products in the growth medium or the periplasmic To ensure space. The DNA sequence for functional or mature protein can be suspected with MF-alpha-1 Interface.
Neben der Verwendung der erfindungsgemäßen DNA zur Herstellung der betreffenden Proteine in Bakterien oder eukaryotischen Zellen kann sie auch dazu dienen, die aus der Nukleotidsequenz abgeleiteten Aminosäuresequenzen synthetisch, ganz oder in Teilen davon, herzustellen.In addition to using the DNA according to the invention for Production of the proteins in question in bacteria or eukaryotic cells can also serve them out the amino acid sequences derived from the nucleotide sequence synthetically, in whole or in part.
Diese Oligopeptide können dann, ebenso wie die gentechnologisch hergestellten Proteine entweder zur Anregung einer gegen intakte Viren gerichteten Immunantwort verwendet oder zur Bindung und Blockierung von zellulären Rezeptoren eingesetzt werden. Studien über die Verwendung von Oligopeptiden zur Anregung einer gegen Polioviren gerichteten Immunantwort sind publiziert worden (Emini, E. A., Jameson, B. A. und Wimmer, E., 1983, Nature (London) 30, 669-703); ähnliche Untersuchungen sind auch bei Maul- und Klauenseuchviren durchgeführt worden (Bittle, J. L., Houghton, R. A., Alexander, H., Shinnick, T. M., Sutcliffe, J. G., Lerner, R. A., Rowlands, D. J. und Brown, F., 1982, Nature (London), 298, 30-33; Pfaff, E., Mussgay, M., Böhm, H. O., Schulz, G. E. und Schaller, H., 1982, EMBO J. 1, 869-874). Diese Erfindung erstreckt sich auch auf die Oligo- und Polypeptidanteile von HRV 89-Proteinen, die als Folge der Synthese oder zum Zwecke der Applikation, z. B. als Vakzine, mit anderen Oligo- oder Polypeptiden verbunden sind.These oligopeptides can then, like the genetically engineered proteins either for Suggestion of one directed against intact viruses Immune response used or for binding and blocking of cellular receptors. Studies on the use of oligopeptides to stimulate an against Poliovirus-directed immune responses have been published (Emini, E.A., Jameson, B.A. and Wimmer, E., 1983, Nature (London) 30, 669-703); similar studies are also in foot-and-mouth disease viruses (Bittle, J.L., Houghton, R.A., Alexander, H., Shinnick, T.M., Sutcliffe, J.G., Lerner, R.A., Rowlands, D.J. and Brown, F., 1982, Nature (London), 298, 30-33; Pfaff, E., Mussgay, M., Böhm, H. O., Schulz, G. E. and Schaller, H., 1982, EMBO J. 1, 869-874). This invention extends also on the oligo- and polypeptide parts of HRV 89 proteins used as a result of synthesis or Application purposes, e.g. B. as a vaccine with others Oligo or polypeptides are linked.
Weitere Eigenschaften und Merkmale der vorliegenden Erfindung sind in den folgenden Beispielen beschrieben, die Ausführungsbeispiele der vorliegenden Erfindung betreffen und diese nicht einschränken.Other properties and characteristics of the present Invention are described in the following examples, the embodiments of the present invention concern and not restrict them.
Wird im Rahmen dieser Anmeldung von biologischer Aktivität im Zusammenhang mit Proteinen (Polypeptiden) gesprochen, so bedeutet dies, daß das betreffende Protein (Polypeptid) im biologischen Test eine Immunantwort stimulieren und/oder irgendeine Reaktion mit den zellulären Rezeptoren für die Rhinoviren eingeht. Used in the context of this notification of biological activity spoken in connection with proteins (polypeptides), this means that the protein (polypeptide) in question stimulate an immune response in a biological test and / or any reaction with the cellular receptors for the rhinoviruses.
Fig. 1 Elektrophoretische Trennung der Hüllenproteine von HRV 89 auf einem 12,5%igen Polyacrylamid-Gel in Gegenwart von Natriumdodecylsulfat. VP4 ist nicht sichtbar, da es mit der Front aus dem Gel herausgewandert ist. Fig. 1 Electrophoretic separation of the envelope proteins of HRV 89 on a 12.5% polyacrylamide gel in the presence of sodium dodecyl sulfate. VP4 is not visible because the front of it has migrated out of the gel.
Fig. 2 Elektrophorese von HRV 89-RNA auf einem 1,2%igen Agarose-Gel in Gegenwart von Natriumdodecyl sulfat. Rechts sind die Positionen der ribosomalen RNA Marker gezeigt. Fig. 2 electrophoresis of HRV 89-RNA on a 1.2% agarose gel in the presence of sodium dodecyl sulfate. The positions of the ribosomal RNA markers are shown on the right.
Fig. 3 Restriktionskarte des HRV 89 Genoms. 21 überlappende Klone, die zur Sequenzierung herangezogen wurden, sind gezeigt. Charakteristische Schnittstellen einiger Restriktionsenzyme sind angeführt. Die Pfeile (A-D) repräsentieren Fragmente, die als Primer für die reverse Transkription verwendet wurden. Fig. 3 restriction map of the HRV 89 genome. 21 overlapping clones used for sequencing are shown. Characteristic interfaces of some restriction enzymes are listed. The arrows (AD) represent fragments that were used as primers for reverse transcription.
Fig. 4 Sequenz des klonierten HRV 89 Genoms und die davon abgeleitete Aminosäuresequenz. Spaltstellen im Polyprotein sind durch Pfeile dargestellt. Ausgefüllte Pfeile (↓) zeigen experimentell ermittelte Spaltstellen an, offene Pfeile (↓) zeigen auf Grund der Homologie mit anderen Picornaviren vorhergesagte Spaltstellen im Polyprotein an. Fig. 4 Sequence of the cloned HRV 89 genome and the amino acid sequence derived therefrom. Cleavage points in the polyprotein are represented by arrows. Filled arrows (↓) indicate experimentally determined cleavage sites, open arrows (↓) indicate predicted cleavage sites in the polyprotein due to the homology with other Picornaviruses.
Fig. 5 Vergleich der Homologie in der Aminosäuresequenz (in %) einzelner Gene zwischen HRV 89, HRV 2, HRV 14 und Poliovirus Typ 1. Fig. 5 Comparison of homology in the amino acid sequence (in%) of individual genes between HRV 89, HRV 2, HRV 14 and poliovirus type 1.
Fig. 6 N-terminale Aminosäuresequenzen der Hüllenproteine von HRV 89. Fig. 6 N-terminal amino acid sequences of the envelope proteins of HRV 89th
HeLa-Zellen (Stamm HeLa-Ohio, 03-147, Flow Laboratories, England) wurden in Suspension bei 37°C gezüchtet. Das Suspensionsmedium (Thomas, D. C., Conant, R. M. und Hamparian, V. U., 1970, Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 133, 62-65; Stott, E. J. und Heath, G. F., 1970, J. gen. Virol, 6, 15-24) bestand aus einer Joklik-Modifikation von MEM für Suspension (Gibco 072-1300) und 7% Pferdeserum (Seromed 0135). Die Inokulationsdichte betrug 5-10 × 104 Zellen/ml, das Volumen 500 ml. Die Suspension wurde bei einer Zelldichte von 1 × 106 Zellen/ml unter sterilen Bedingungen bei 300 g 10 min zentrifugiert. Der Überstand wurde abgesaugt und die Zellen in 100 ml Infektionsmedium (Joklik-Modifikation von MEM für Suspensionskultur mit 2% Pferdeserum und 2 mM MgCl2) resuspendiert. Durch mehrmaliges vorsichtiges Aufsaugen in einer 20 ml Pipette wurden die Zellen homogen im Infektionsmedium verteilt. Danach wurde auf 500 ml aufgefüllt. Anschließend wurde die Zellsuspension auf 34°C gebracht und mit HRV 89 (zweimal Plaque - gereinigt) bei einer Multiplizität von 0,1 Viren/Zelle infiziert. Der HRV 89 Stamm wurde von der American Type Culture Collection (ATCC VR-1199) bezogen. Der verwendete Stamm wurde durch Antiserum gegen HRV 89 (American Type Culture Collection, Cat. No. ATCC VR-1199 AS/GP) neutralisiert. Als Kontrollserum diente ein Antiserum gegen HRV 2 (Cat. No. ATCC VR-1112 AS/GP), das keine Neutralisation zeigte. Nach 60 Stunden bei 34°C wurde das Virus geerntet. Virus wurde sowohl aus den Zellen bzw. Zellfragmenten als auch aus dem Medium gewonnen. HeLa cells (HeLa-Ohio strain, 03-147, Flow Laboratories, England) were grown in suspension at 37 ° C. The suspension medium (Thomas, DC, Conant, RM and Hamparian, VU, 1970, Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 133, 62-65; Stott, EJ and Heath, GF, 1970, J. Gen. Virol, 6 , 15-24) consisted of a Joklik modification of MEM for suspension (Gibco 072-1300) and 7% horse serum (Seromed 0135). The inoculation density was 5-10 × 10 4 cells / ml, the volume 500 ml. The suspension was centrifuged at a cell density of 1 × 10 6 cells / ml under sterile conditions at 300 g for 10 min. The supernatant was aspirated and the cells were resuspended in 100 ml of infection medium (Joklik modification of MEM for suspension culture with 2% horse serum and 2 mM MgCl 2 ). The cells were distributed homogeneously in the infection medium by repeated careful suction in a 20 ml pipette. It was then made up to 500 ml. The cell suspension was then brought to 34 ° C. and infected with HRV 89 (twice plaque-cleaned) at a multiplicity of 0.1 viruses / cell. The HRV 89 strain was obtained from the American Type Culture Collection (ATCC VR-1199). The strain used was neutralized by antiserum against HRV 89 (American Type Culture Collection, Cat. No. ATCC VR-1199 AS / GP). An antiserum against HRV 2 (Cat. No. ATCC VR-1112 AS / GP), which showed no neutralization, served as control serum. The virus was harvested after 60 hours at 34 ° C. Virus was obtained from the cells or cell fragments as well as from the medium.
Zu diesem Zweck wurde das Medium von infizierten Zellen und Zellfragmenten durch eine 10 min Zntrifugation bei 1500 g abgetrennt und abgesaugt. Der Niederschlag wurde bei -70°C eingefroren.For this purpose, the medium from infected cells and cell fragments by a 10 min centrifugation 1500 g separated and suction filtered. The precipitation was frozen at -70 ° C.
Die Zellniederschläge von 12 l Suspensionskultur wurden vereinigt, in 40 ml TM-Puffer (20 mM Tris/HCl, pH 7,5, 2 mM MgCl2) resuspendiert, 15 min auf Eis gestellt, anschließend im Dounce-Homogenisator aufgebrochen und das Gemisch 30 min bei 6000 g zentrifugiert. Der Niederschlag wurde anschließend noch einmal in 10 ml TM-Puffer gewaschen. Die beiden Überstände wurden vereinigt und 3 Stunden bei 110 000 g zentrifugiert, um das Virus zu pelletieren. Das Viruspellet wurde dann in 10 ml KTMP-Puffer (50 mM KCl, 50 mM Tris/HCl, pH 7,5, 5 mM MgCl2, 2 mM Mercaptoethanol, 1 mM Puromycin, 0,5 mM GTP) aufgenommen und nach Zugabe von 150 µg DNase I (Sigma, Ribonukleasefrei) 1 Stunde auf Eis inkubiert.The cell precipitates from 12 l suspension culture were combined, resuspended in 40 ml TM buffer (20 mM Tris / HCl, pH 7.5, 2 mM MgCl 2 ), placed on ice for 15 min, then broken up in a Dounce homogenizer and the mixture 30 centrifuged at 6000 g for min. The precipitate was then washed again in 10 ml of TM buffer. The two supernatants were combined and centrifuged at 110,000 g for 3 hours to pellet the virus. The virus pellet was then taken up in 10 ml of KTMP buffer (50 mM KCl, 50 mM Tris / HCl, pH 7.5, 5 mM MgCl 2 , 2 mM mercaptoethanol, 1 mM puromycin, 0.5 mM GTP) and after the addition of 150 µg DNase I (Sigma, ribonuclease free) incubated on ice for 1 hour.
Aus dem Infektionsmedium wurde das Virus unter Rühren bei 4°C mit Polyethylenglykol 6000 (PEG 6000; Merck) bei einer Konzentration von 7% und 450 mM NaCl gefällt (Korant, B. D., Lonberg-Holm, K., Noble, J. und Stasny, J. T., 1972, Virology 48, 71-86). Nach 4 Stunden in der Kälte wurde das Virus 30 min bei 1500 g abzentrifugiert, der Niederschlag in 10 ml KTMP-Puffer, der 75 µg DNase I enthielt, resuspendiert, das Gemisch 1 Stunde auf Eis inkubiert und anschließend bei -70°C eingefroren.The virus was stirred in from the infection medium 4 ° C with polyethylene glycol 6000 (PEG 6000; Merck) at one Concentration of 7% and 450 mM NaCl precipitated (Korant, B. D., Lonberg-Holm, K., Noble, J. and Stasny, J. T., 1972, Virology 48, 71-86). After 4 hours in the cold centrifuged the virus at 1500 g for 30 min, the Precipitation in 10 ml KTMP buffer containing 75 µg DNase I contained, resuspended, the mixture on ice for 1 hour incubated and then frozen at -70 ° C.
Die Virussuspension, die aus den Zellen und aus dem Medium gewonnen worden waren, wurden vereinigt, 5 min bei 37°C inkubiert, durch Zugabe von 60 ml kaltem TE-Puffer (10 mM Tris/HCl, pH 7,4, 1mM EDTA) abgekühlt und anschließend 5 min lang im Eisbad soniziert. The virus suspension coming from the cells and from the medium were pooled for 5 min at 37 ° C incubated by adding 60 ml of cold TE buffer (10 mM Tris / HCl, pH 7.4, 1mM EDTA) cooled and then sonicated in an ice bath for 5 minutes.
Danach wurde 30 min bei 6000 g zentrifugiert. Zum Überstand wurden 920 ml TE-Puffer, der 7% PEG 6000 und 450 mM NaCl enthielt, hinzugefügt, 4 Stunden vorsichtig bei 4°C gerührt und das entstandene Präzipitat 30 min bei 6000 g pelletiert. Der Niederschlag wurde abermals in 100 ml TM-Puffer aufgenommen, das Virus wie oben durch Zugabe von PEG 6000 und NaCl gefällt und pelletiert. Der Niederschlag wurde in 40 ml TM-Puffer resuspendiert, die Suspension 30 min bei 6000 g zentrifugiert, und das Virus 3 Stunden bei 110 000 g pelletiert. Das Präzipitat wurde in 1 ml TM-Puffer gelöst, nach Zugabe von 50 µg DNase I 1 Stunde bei 4°C inkubiert und anschließend 1 ml TE-Puffer hinzugefügt. Zur weiteren Reinigung wurde die Virussuspension auf Saccharosegradienten (10-30% w/w in TE-Puffer) 4 Stunden bei 4°C bei 110 000 g zentrifugiert. Aus der Extinktion bei 260 nm wurden die das Virus enthaltenden Fraktionen ermittelt und mit TM-Puffer verdünnt, so daß die Endkonzentration an Saccharose 10% betrug. Danach wurde 8 Stunden bei 85 000 g zentrifugiert. Das Viruspellet wurde in 1 ml TM-Puffer aufgenommen und bei -70°C aufbewahrt. Zur Überprüfung der Reinheit der Viruspräparation wurde eine Elektrophorese auf einem 12,5%igem Polyacrylamid-Gel in Gegenwart von 0,1% Natriumdodecylsulfat durchgeführt (Laemmli, U. K., 1970 Nature (London) 277, 680-685) und die Proteinbanden mit Coomassie-Brillant-Blau angefärbt. Ein typisches Bild des Proteinmusters einer Präparation von HRV 89 ist in Fig. 1 gezeigt. The mixture was then centrifuged at 6000 g for 30 min. 920 ml of TE buffer containing 7% PEG 6000 and 450 mM NaCl were added to the supernatant, the mixture was carefully stirred at 4 ° C. for 4 hours and the precipitate formed was pelleted at 6000 g for 30 minutes. The precipitate was again taken up in 100 ml of TM buffer, the virus was precipitated as above by adding PEG 6000 and NaCl and pelleted. The precipitate was resuspended in 40 ml of TM buffer, the suspension was centrifuged at 6000 g for 30 min, and the virus was pelleted at 110,000 g for 3 hours. The precipitate was dissolved in 1 ml of TM buffer, after the addition of 50 μg DNase I incubated at 4 ° C. for 1 hour and then 1 ml of TE buffer was added. For further purification, the virus suspension was centrifuged on sucrose gradients (10-30% w / w in TE buffer) for 4 hours at 4 ° C. at 110,000 g. The fractions containing the virus were determined from the absorbance at 260 nm and diluted with TM buffer so that the final concentration of sucrose was 10%. The mixture was then centrifuged at 85,000 g for 8 hours. The virus pellet was taken up in 1 ml of TM buffer and stored at -70 ° C. To check the purity of the virus preparation, electrophoresis was carried out on a 12.5% polyacrylamide gel in the presence of 0.1% sodium dodecyl sulfate (Laemmli, UK, 1970 Nature (London) 277, 680-685) and the protein bands with Coomassie Brilliant blue colored. A typical image of the protein pattern of a preparation of HRV 89 is shown in FIG. 1.
Das Virus wurde in 1 ml NTES-Puffer (100 mM NaCl, 10 mM Tris/HCl, pH 9, 1 mM EDTA, 0,1% Natriumdodecylsulfat) suspendiert und mit Phenol extrahiert. Zur besseren Phasentrennung wurde Chloroform zugesetzt. Zur wäßrigen Phase wurden 20 µl 5 M NaCl und 20 µl 3 M Natriumacetat (pH 5,6) zugegeben und die virale RNA mit dem zweifachen Volumen Ethanol gefällt.The virus was dissolved in 1 ml NTES buffer (100 mM NaCl, 10mM Tris / HCl, pH 9, 1mM EDTA, 0.1% Sodium dodecyl sulfate) suspended and with phenol extracted. Chloroform was used for better phase separation added. 20 μl of 5 M NaCl and 20 ul 3 M sodium acetate (pH 5.6) added and the viral RNA precipitated with twice the volume of ethanol.
Um das kovalent an das 5′-Ende der viralen RNA gebundene VPg zu entfernen, wurde die RNA anschließend in NTES-Puffer mit 1 mg/ml Proteinase K (Merck) 15 min bei 37°C verdaut. Um Kontaminationen von Ribonuklease zu entfernen, war die Proteinase K Stamm-Lösung (50 mg/ml) vor Gebrauch 15 min bei 37°C vorinkubiert worden. Nach Beendigung des Proteinase K-Verdaus wurde die Lösung, wie oben beschrieben, mit Phenol/Chloroform extrahiert und die RNA durch Zugabe von Ethanol gefällt. Ein kleiner Teil der RNA wurde anschließend auf einem 2%igen Agarose-Gel in TAE-Puffer 10 mM NaAcetat, 40 mM Tris/Acetat, pH 8,2, 2 mM EDTA) mit 0,1% Natriumdodecylsulfat elektrophoretisch aufgetrennt. Nach Anfärben mit Ethidiumbromid war die Bande der intakten HRV 89-RNA sichtbar (Fig. 2). Eine darunterliegende, schwache, diffuse Bande zeigte einen geringfügigen Abbau der HRV 89 an. In order to remove the VPg covalently bound to the 5'-end of the viral RNA, the RNA was then digested in NTES buffer with 1 mg / ml Proteinase K (Merck) for 15 min at 37 ° C. In order to remove contaminations from ribonuclease, the proteinase K stock solution (50 mg / ml) had been preincubated at 37 ° C. for 15 minutes before use. After proteinase K digestion was complete, the solution was extracted with phenol / chloroform as described above and the RNA was precipitated by adding ethanol. A small part of the RNA was then electrophoresed on a 2% agarose gel in TAE buffer (10 mM Na acetate, 40 mM Tris / acetate, pH 8.2, 2 mM EDTA) with 0.1% sodium dodecyl sulfate. After staining with ethidium bromide, the band of intact HRV 89 RNA was visible ( Fig. 2). A weak, diffuse band underneath indicated a slight degradation of HRV 89.
4 µg HRV 89-RNA wurden in 10 µl H2O gelöst, 5 µl
10 × RT-Puffer (1 × RT-Puffer = 100 mM KCl, 110 mM
MgCl2, 50 mM Tris/HCl, pH 8,3), 5 µg Oligo-dT (12-
18) (Pharmacia P-L Biochemicals), 10 µCi [α 32P]-dCTP
(3000 Ci/mmol Amersham International, England), 100 U
Reverse Transkriptase (Anglian Biotechnology Co,
Cambridge) und je 20 nmol von dATP, dGTP, dTTP, dCTP
hinzugefügt, und in einem Gesamtvolumen von 50 µl
2 Stunden bei 42°C inkubiert.
Nach Zugabe von 2 µl 250 mM EDTA (pH 8) wurde mit
Phenol/Chloroform extrahiert und die wäßrige Phase auf
eine Biogel P 30 (oder Sephadex G-25)-Säule in einer
Pasteur-Pipette aufgetragen. Zur Elution diente ein
TE-Puffer. Das gebildete cDNA-RNA-Hybrid wurde so von
überschüssigem [α 32 P]-dCTP abgetrennt und nach Zugabe
von 1/10 Volumenanteilen 3 M Natriumacetat (pH 5,6) und 2
Volumenanteilen Ethanol präzipitiert.4 µg HRV 89-RNA were dissolved in 10 µl H 2 O, 5 µl 10 × RT buffer (1 × RT buffer = 100 mM KCl, 110 mM MgCl 2 , 50 mM Tris / HCl, pH 8.3), 5 µg oligo-dT (12-18) (Pharmacia PL Biochemicals), 10 µCi [ α 32 P] -dCTP (3000 Ci / mmol Amersham International, England), 100 U reverse transcriptase (Anglian Biotechnology Co, Cambridge) and 20 each nmol of dATP, dGTP, dTTP, dCTP added, and incubated in a total volume of 50 μl for 2 hours at 42 ° C.
After adding 2 .mu.l 250 mM EDTA (pH 8) was extracted with phenol / chloroform and the aqueous phase applied to a Biogel P 30 (or Sephadex G-25) column in a Pasteur pipette. A TE buffer was used for elution. The formed cDNA-RNA hybrid was so excess [α 32 P] dCTP separated and precipitated (pH 5.6) and 2 parts by volume of ethanol after addition of 1 / 10th volume 3 M sodium acetate units.
Das Verlängern der HRV 89-RNA-cDNA-Hybride wurde nach der Methode von Roychoudhury und Wu (1980, loc. cit.) durchgeführt. Dazu wurde das HRV 89-RNA-cDNA-Hybrid in 50 µl TT-Puffer (200 mM Kaliumkakodylat, 25 mM Tris/HCl, pH 6,9, 2 mM MnCl2, 2 mM Dithiothreit, in Gegenwart von 2 nmol [α-32P]-dCTP (5 Ci/nmol) mit 25 U terminaler Transferase (Pharmacia P-L Biochemicals) 5 min bei 37°C inkubiert (Deng, G. R. und Wu, R., 1983, Methode Enzymol. Vol. 100, Part B, 96-116). Nach Zugabe von 2 µl 0,25 M EDTA (pH 8) wurde mit Phenol/Chloroform extrahiert, das Reaktionsgemisch anschließend an einer Biogel P 30-Säule, wie oben beschrieben, chromatograhiert und das Oligo-dC tragende RNA-cDNA-Hybrid mit Ethanol präzipitiert.The extension of the HRV 89-RNA-cDNA hybrids was carried out according to the method of Roychoudhury and Wu (1980, loc. Cit.). For this, the HRV 89-RNA-cDNA hybrid was dissolved in 50 µl TT buffer (200 mM potassium cocodylate, 25 mM Tris / HCl, pH 6.9, 2 mM MnCl 2 , 2 mM dithiothreitol, in the presence of 2 nmol [ α - 32 P] -dCTP (5 Ci / nmol) with 25 U terminal transferase (Pharmacia PL Biochemicals) incubated for 5 min at 37 ° C (Deng, GR and Wu, R., 1983, method Enzymol. Vol. 100, Part B, 96-116) After addition of 2 μl of 0.25 M EDTA (pH 8), the mixture was extracted with phenol / chloroform, the reaction mixture was then chromatographed on a Biogel P 30 column, as described above, and the oligo-dC-carrying RNA cDNA hybrid precipitated with ethanol.
Das Oligo-dC tragende RNA-cDNA-Hybrid wurde in 100 µl NTE-Puffer (100 mM NaCl, 10 mM Tris/HCl, pH 7,6, 1 mM EDTA) mit 0,3 pmol pBR 322-Plasmid (das mit PstI geschnitten war und an das Oligo-dG-Reste anpolymerisiert waren; Bethesda Research Laboratories) versetzt, erst 5 min bei 65°C, dann 2 Stunden bei 42°C erhitzt, über Nacht langsam auf Raumtemperatur abgekühlt und bei 4°C aufbewahrt.The oligo-dC-bearing RNA-cDNA hybrid was in 100 ul NTE buffer (100mM NaCl, 10mM Tris / HCl, pH 7.6, 1mM EDTA) with 0.3 pmol pBR 322 plasmid (that with PstI was cut and polymerized onto the oligo-dG residues were; Bethesda Research Laboratories), only 5 min at 65 ° C, then heated at 42 ° C for 2 hours, overnight slowly cooled to room temperature and at 4 ° C kept.
Für die Zelltransformation wurde der Stamm HB 101 (DSM
1607) in 50 ml LB-Medium (10 g Trypton, 5 g Hefeextrakt,
10 g NaCl in 1 l) gezüchtet (Mandel, M. und Higa, A.,
1979, J. Mol. Biol. 53, 159-162). Um für die
Transformation geeignete Zellen ("kompetente Zellen") zu
erhalten, wurden die Bakterien pelletiert und in 25 ml
TR-Puffer (150 mM KCl, 50 mM CaCl2, 1 mM Tris/HCl, pH 7,
3 mM MgCl2) aufgenommen, 30 min auf Eis gestellt,
abermals zentrifugiert, erneut in 2 ml TR-Puffer
resuspendiert und 1 Stunde auf Eis gestellt. Zu 200 µl
der Zellsuspension wurden 100 µl der Mischung, die
pBR 322 mit dem eingefügten HRV 89-RNA-cDNA-Hybrid enthielt,
und 5 µl 1 M CaCl2 zugegeben, 1 Stunde bei 0°C und
danach 90 sek bei 42°C inkubiert. Dann wurden 2 ml
LB-Medium zugesetzt und 1 Stunde bei 37°C inkubiert. Die
Zellsuspension wurde auf LB-Agar-Platten (1,5% Agar in
LB-Medium), die 10 µg/ml Tetracyclin (Sigma) enthielten,
aufgebracht und über Nacht inkubiert.
Tetracyclin-resistente Klone wurden anschließend auf
Ampicillin-Agar-Platten (100 µg Ampicillin/ml; Sigma)
auf Ampicillin-Sensitivität geprüft.
For cell transformation, strain HB 101 (DSM 1607) was grown in 50 ml LB medium (10 g tryptone, 5 g yeast extract, 10 g NaCl in 1 l) (Mandel, M. and Higa, A., 1979, J. Mol. Biol. 53, 159-162). In order to obtain cells ("competent cells") suitable for the transformation, the bacteria were pelleted and in 25 ml of TR buffer (150 mM KCl, 50 mM CaCl 2 , 1 mM Tris / HCl, pH 7, 3 mM MgCl 2 ) taken up, placed on ice for 30 min, centrifuged again, resuspended in 2 ml of TR buffer and placed on ice for 1 hour. 100 .mu.l of the mixture containing pBR 322 with the inserted HRV 89-RNA-cDNA hybrid and 5 .mu.l of 1 M CaCl 2 were added to 200 .mu.l of the cell suspension, at 0.degree. C. for 1 hour and then at 42.degree. C. for 90 seconds incubated. Then 2 ml LB medium was added and incubated for 1 hour at 37 ° C. The cell suspension was applied to LB agar plates (1.5% agar in LB medium) containing 10 μg / ml tetracycline (Sigma) and incubated overnight.
Tetracycline-resistant clones were then tested on ampicillin agar plates (100 µg ampicillin / ml; Sigma) for ampicillin sensitivity.
Klone von Tetracyclin-resistenten, Ampicillin-sensitiven Bakterien wurden in 6 ml LB-Medium (10 µg Tetracyclin/ml) über Nacht hochgezüchtet, Plasmid DNA nach der "Mini-Plasmid-Präparationstechnik" isoliert (Birnboim, H. C. und Doly, J., 1979, Nucleic Acids Res. 7, 1195- 1204) und die Größe der rekombinanten DNA durch Verdau mit dem Restriktionsenzym PstI ermittelt. Die Plasmid-DNA wurde in 25 µl RE-Puffer (6 mM MgCl2, 10 mM Tris/HCl, pH 7,5, 6 mM Mercaptoethanol) mit 50 mM NaCl in Gegenwart von 2 U des Restriktionsenzyms PstI (Bethesda Research Laboratories) und 5 µg Ribonuklease A 2 Stunden bei 37°C inkubiert. Anschließend wurden die Proben auf einem 1,4%igen Agarose-Gel elektrophoretisch aufgetrennt. Durch Anfärben mit Ethidiumbromid und Vergleich mit Lambda-HindIII-Marker DNA konnten die Größen der Inserte bestimmt werden. Diese lagen zwischen 300 und 3300 Basenpaaren.Clones of tetracycline-resistant, ampicillin-sensitive bacteria were grown up in 6 ml LB medium (10 μg tetracycline / ml) overnight, plasmid DNA was isolated using the "mini-plasmid preparation technique" (Birnboim, HC and Doly, J., 1979, Nucleic Acids Res. 7, 1195-1204) and the size of the recombinant DNA was determined by digestion with the restriction enzyme PstI. The plasmid DNA was in 25 ul RE buffer (6 mM MgCl 2 , 10 mM Tris / HCl, pH 7.5, 6 mM mercaptoethanol) with 50 mM NaCl in the presence of 2 U of the restriction enzyme PstI (Bethesda Research Laboratories) and 5 µg ribonuclease A incubated at 37 ° C for 2 hours. The samples were then electrophoresed on a 1.4% agarose gel. The sizes of the inserts could be determined by staining with ethidium bromide and comparison with Lambda HindIII marker DNA. These were between 300 and 3300 base pairs.
Um größere Mengen der DNA-Inserte zu isolieren, wurden Plasmide wie oben beschrieben aus 200 ml Kulturen von Tetracyclin-resistenten, Ampicillin-sensitiven Bakterienklone gewonnen und mit PstI verdaut. Die rekombinanten DNA-Fragmente wurden wie oben beschrieben, über ein präparatives Agarose-Gel aufgetrennt, die Banden herausgeschnitten, die DNA in 0,5 × TBE-Puffer (1 × TBE-Puffer = 100 mM Tris/Borat, pH 8,3, 2 mM EDTA) elektroeluiert und mit Ethanol ausgefällt. In order to isolate larger amounts of DNA inserts, Plasmids as described above from 200 ml cultures of Tetracycline-resistant, ampicillin-sensitive Bacterial clones obtained and digested with PstI. The recombinant DNA fragments were as described above, The bands separated on a preparative agarose gel cut out the DNA in 0.5 × TBE buffer (1 × TBE buffer = 100 mM Tris / borate, pH 8.3, 2 mM EDTA) electroeluted and precipitated with ethanol.
Das Plasmid pUC 9 (Vieisa, J. and Messing, J. G. 1982, Gene 19, 259-268) enthält ein Gen für die Ampicillin resistenz, eine Region für den Start der Replikation, die aus dem Plasmid pBR 322 stammen, und einen Teil des Lac-Z-Gens von E. coli. Ein kleiner DNA-Abschnitt, der eine Reihe von Restriktionsstellen enthält, befindet sich in dieser Lac-Z-Region, so daß die Klonierung von DNA in eine dieser Schnittstellen die Lac-Z-Gen-Region unterbricht. Kolonien, die DNA-Inserte enthalten, erscheinen daher auf X-Gal (X-Gal = 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactosid, Bethesda Research Laboratories)- Indikatorplatten weiß, diejenigen ohne Inserte erscheinen blau (Rüther, U., 1980, Mol. Gen. Genet. 178, 475-478). Um DNA-Inserte in pUC 9 zu subklonieren, wurden rekombinante pBR 322-Klone (ca. 7 µg) mit PstI verdaut und nach Auftrennung am Agarose-Gel (1,2%-1,4%) die DNA-Inserte von der Vektor-DNA abgetrennt. Die DNA wurde aus dem Gel, wie oben beschrieben, durch Elektroelution und Ethanolfällung wiedergewonnen. Das isolierte DNA-Insert wurde in 20 µl RE-Puffer mit 0,4 µg pUC 9-Vektor (mit PstI geschnitten und mit bakterieller alkalischer Phosphatase vorbehandelt), in Gegenwart von 1 mM ATP und 3 U T4-Ligase (Bethesda Research Laboratories) 1 Stunde bei 15°C inkubiert und bei 4°C aufbewahrt (Vieisa, J. und Messing, J. G., 1982, loc. cit). Gleichzeitig wurden E. coli. Stamm JM 101-Zellen, die für die Transformation kompetent waren, in der oben beschriebenen Weise hergestellt. 200 µl der kompetenten Zellsuspension wurden mit 20 µl Gemisch der pUC 9-Ligase-Reaktion vermischt und 1 Stunde bei 0°C inkubiert. The plasmid pUC 9 (Vieisa, J. and Messing, JG 1982, Gene 19, 259-268) contains a gene for ampicillin resistance, a region for the start of replication, which originate from the plasmid pBR 322, and part of the E. coli Lac-Z gene. A small section of DNA containing a number of restriction sites is in this Lac-Z region, so cloning DNA in one of these sites disrupts the Lac-Z gene region. Colonies containing DNA inserts therefore appear on X-Gal (X-Gal = 5-bromo-4-chloro-3-indolyl- β- D-galactoside, Bethesda Research Laboratories) - indicator plates white, those without inserts appear blue (Rüther, U., 1980, Mol. Gen. Genet. 178, 475-478). In order to subclone DNA inserts into pUC 9, recombinant pBR 322 clones (approx. 7 μg) were digested with PstI and, after separation on the agarose gel (1.2% -1.4%), the DNA inserts from the vector -DNA separated. The DNA was recovered from the gel by electroelution and ethanol precipitation as described above. The isolated DNA insert was in 20 ul RE buffer with 0.4 ug pUC 9 vector (cut with PstI and pretreated with bacterial alkaline phosphatase), in the presence of 1 mM ATP and 3 UT 4 ligase (Bethesda Research Laboratories) Incubated for 1 hour at 15 ° C and stored at 4 ° C (Vieisa, J. and Messing, JG, 1982, loc. Cit). At the same time, E. coli. Strain JM 101 cells that were competent for transformation were prepared in the manner described above. 200 µl of the competent cell suspension were mixed with 20 µl mixture of the pUC 9 ligase reaction and incubated for 1 hour at 0 ° C.
Nach einem Hitzeschock (90 sek, 42°C) wurden die Zellen mit 10 µl 200 mM Isopropylethiagalactosid (Sigma), 50 µl einer Lösung von 20 mg X-Gal in 1 ml Dimethylformamid und 1 ml LB-Medium versetzt und 1 Stunde bei 37°C inkubiert. Je 200 µl dieser Zellsuspension wurden anschließend auf je eine Ampicillin-LB-Agarplatte (100 µg/ml) transferiert und über Nacht bei 37°C im Brutschrank inkubiert. Positive Transformanten wurden als weiße Kolonne identifiziert, die mit Hilfe der "Mini-Plasmid-Präparationstechnik" auf DNA-Inserte hin untersucht wurden.After a heat shock (90 sec, 42 ° C) the cells with 10 µl 200 mM isopropylethia galactoside (Sigma), 50 µl of a solution of 20 mg X-Gal in 1 ml Dimethylformamide and 1 ml LB medium and 1 hour incubated at 37 ° C. 200 µl each of this cell suspension were then placed on an ampicillin LB agar plate (100 µg / ml) transferred and overnight at 37 ° C in Incubator incubated. Positive transformants were considered white column identified using the "Mini-plasmid preparation technique" for DNA inserts were examined.
Die gewonnenen Subklone von E. coli. JM 101, die mit pUC 9 transformiert waren und DNA-Inserte enthielten, wurden in 200 ml LB-Medium (mit 100 µg Ampicillin/ml) hochgezüchtet und die Plasmid-DNA isoliert (Birnboim, H. C. und Doly, J., 1979 loc. cit.) Die Plasmid-DNA wurde anschließend in 100 µl TE-Puffer gelöst und die Lösung über eine Sephacryl-1000-Säule (1 × 20 cm) mit TE-Puffer chromatographiert. Die Fraktionen, die das gereinigte Plasmid enthielten, wurden an Hand der Extinktion lokalisiert, vereinigt und lyophilisiert. Das Plasmid wurde in 500 µl TE-Puffer aufgenommen, 5 min bei 65°C inkubiert und nochmals mit Phenol/Chloroform extrahiert und mit Ethanol gefällt.The E. coli subclones obtained. JM 101 with pUC 9 were transformed and contained DNA inserts were in 200 ml LB medium (with 100 µg ampicillin / ml) grown up and the plasmid DNA isolated (Birnboim, H.C. and Doly, J., 1979 loc. cit.) The plasmid DNA was then dissolved in 100 µl TE buffer and the solution over a Sephacryl 1000 column (1 × 20 cm) with TE buffer chromatographed. The fractions that cleaned up Plasmid contained were based on the absorbance localized, pooled and lyophilized. The plasmid was taken up in 500 ul TE buffer, 5 min at 65 ° C. incubated and extracted again with phenol / chloroform and precipitated with ethanol.
Klone 100, 136 und 193, die entsprechende DNA-Inserte enthielten, wurden in pUC 9 subkloniert, in 200 ml LB-Medium (mit 100 µg Ampicillin/ml) hochgezüchtet und die Plasmide, wie oben beschrieben, isoliert. Das Primer-Fragment (54 Nukleotide) aus Klon 100 wurde durch Verdau mit den Restriktionsenzymen NcoI und PvuII erhalten (das Primer-Fragment ist in Fig. 3 als Fragment A bezeichnet). Zu diesem Zweck wurden 200 µg gereinigtes Plasmid aus Klon 100 in 200 µl RE-Puffer in Gegenwart von 50 mM NaCl mit 30 U NcoI (New England Biolabs.) 15 Stunden bei 37°C inkubiert. Nach Beendigung der Reaktion wurde mit Ethanol gefällt und das geschnittene Plasmid in 100 µl RE-Puffer in Gegenwart von 50 mM NaCl mit 20 U PvuII (New England Biolabs) 15 Stunden bei 37°C inkubiert. Der Verlauf des Verdaues mit Restriktionsenzymen wurde durch Elektrophorese auf 1,4%igen Agarose-Gelen überprüft. Das NcoI/PvuII-Fragment wurde in 100 µl OG-Lösung (1% Ficoll, 1 mM EDTA, 0,01% Orange G) aufgenommen und die DNA auf einem präparativen 15%igem Polyacrylamid-Gel (Acrylamid/Bisacrylamid = 19 : 1, Geldicke 1,2 mm) in 1 × TBE-Puffer aufgetrennt. Die Bande, die dem 54 Basen-NcoI/PvuII-Bruchstück entsprach, wurde nach Ethidiumbromid-Anfärbung herausgeschnitten, das Fragment in 0,5 × TBE-Puffer elektroeluiert und die DNA mit Ethanol präzipiert. Das DNA-Fragment wurde anschließend in 50 µl 100 mM Tris/HCl, pH 8, mit 200 U bakterieller alkalischer Phosphatase (Bethesda Research Laboratories) 1 Stunde bei 65°C inkubiert. Nach der Reaktion wurden 2,5 µl 0,5 mM EDTA, pH 8, zugesetzt, die wäßrige Phase 2 × mit Phenol/Chloroform extrahiert und die DNA durch Ethanolfällung präzipitiert. Die DNA wurde in Wasser gelöst und in 50 µl K-Puffer (10 mM MgCl2, 50 mM Tris/HCl, pH 8, 5 mM Dithioerythrit) mit 20 µCi γ-[32P]-ATP (spez. Aktivität 5000 Ci/mmol; Amersham International) und 5 U Polynukleotidkinase (Pharmacia-PL Laboratories) bei 37°C 30 min inkubiert. Clones 100, 136 and 193, which contained corresponding DNA inserts, were subcloned into pUC 9, grown up in 200 ml LB medium (with 100 μg ampicillin / ml) and the plasmids isolated as described above. The primer fragment (54 nucleotides) from clone 100 was obtained by digestion with the restriction enzymes NcoI and PvuII (the primer fragment is designated as fragment A in FIG. 3). For this purpose, 200 μg of purified plasmid from clone 100 in 200 μl of RE buffer in the presence of 50 mM NaCl with 30 U NcoI (New England Biolabs.) Were incubated at 37 ° C. for 15 hours. After the reaction had ended, ethanol was precipitated and the cut plasmid in 100 .mu.l RE buffer in the presence of 50 mM NaCl with 20 U PvuII (New England Biolabs) incubated at 37 ° C for 15 hours. The course of the digestion with restriction enzymes was checked by electrophoresis on 1.4% agarose gels. The NcoI / PvuII fragment was taken up in 100 ul OG solution (1% Ficoll, 1mM EDTA, 0.01% Orange G) and the DNA on a preparative 15% polyacrylamide gel (acrylamide / bisacrylamide = 19: 1 , Gel thickness 1.2 mm) in 1 × TBE buffer. The band corresponding to the 54 base NcoI / PvuII fragment was cut out after ethidium bromide staining, the fragment was electroeluted in 0.5 × TBE buffer and the DNA was precipitated with ethanol. The DNA fragment was then incubated in 50 μl of 100 mM Tris / HCl, pH 8, with 200 U of bacterial alkaline phosphatase (Bethesda Research Laboratories) at 65 ° C. for 1 hour. After the reaction, 2.5 μl of 0.5 mM EDTA, pH 8 were added, the aqueous phase was extracted twice with phenol / chloroform and the DNA was precipitated by ethanol precipitation. The DNA was dissolved in water and in 50 µl K buffer (10 mM MgCl 2 , 50 mM Tris / HCl, pH 8.5, 5 mM dithioerythritol) with 20 µCi γ - [ 32 P] -ATP (specific activity 5000 Ci / mmol; Amersham International) and 5 U polynucleotide kinase (Pharmacia-PL Laboratories) at 37 ° C for 30 min.
Das mit 32P markierte Fragment wurde anschließend ausgefällt und in 30 µl 30%igem Dimethylsulfoxid, das 1 mM EDTA und 0,01% Xylencyanol-Bromphenolblau enthielt, aufgenommen. Diese Lösung wurde 2 min bei 90°C inkubiert, in Eis abgekühlt, auf ein 15%iges Polyacrylamid-Gel (Acrylamid/Bisacrylamid = 59 : 1, Geldicke 1,2 mm) in TBE-Puffer aufgetragen und die beiden DNA-Stränge elektrophoretisch voneinander getrennt (15 Stunden bei 200 Volt). An Hand des Autoradiogramms wurden die beiden Stränge lokalisiert, herausgeschnitten und elektroeluiert. Der mit HRV 89-RNA hybridisierende Strang wurde durch ein "dot-blot"-Experiment ermittelt. Dazu wurden zwei 2 × 2 cm große Nitrozellulosestreifen (Schleicher & Schüll, BA 85, 0,45 µm) mit H2O befeuchtet, einmal mit 20 × SSC (1 × SSC = 150 mM NaCl, 15 mM Natriumcitrat, pH 7,4) gewaschen und an der Luft getrocknet. Auf jedem Streifen wurde punktförmig ca. 1 µg HRV 89-RNA aufgetragen, getrocknet und bei 80°C 2 Stunden inkubiert. Anschließend wurden die Streifen mit 2 × SSC befeuchtet und in einer Plastikfolie gemeinsam in 1 ml H-Puffer (400 mM NaCl, 40 mM PIPES, pH. 6,4, 1 mM EDTA, 80% Formamid) mit 4 µg denaturierter Lachsspermien-DNA (Sigma; 2 min bei 100°C inkubiert und auf 0°C abgekühlt) 1 Stunde bei 42°C inkubiert. Danach wurden die beiden Nitrozellulosestreifen mit je 0,5 ml H-Puffer, 4 µg denaturierter Lachsspermien-DNA und je einem Aliquot der isolierten Stränge (20 000 cpm) getrennt in Plastikfolien eingeschweißt und über Nacht bei 42°C hybridisiert. Nach dieser Inkubation wurden die Filter 2 mal mit 2 × SSC 10 min lang bei 50°C und 2 mal mit 0,1 × SSC, 0,1% Natriumdodecylsulfat 30 min bei 50°C gewaschen und die Radioaktivität bestimmt. The fragment labeled with 32 P was then precipitated and taken up in 30 μl of 30% dimethyl sulfoxide which contained 1 mM EDTA and 0.01% xylene cyanogen bromophenol blue. This solution was incubated at 90 ° C. for 2 min, cooled in ice, applied to a 15% polyacrylamide gel (acrylamide / bisacrylamide = 59: 1, Gelicke 1.2 mm) in TBE buffer and the two DNA strands were electrophoresed separated from each other (15 hours at 200 volts). The two strands were located, cut out and electroeluted using the autoradiogram. The strand hybridizing with HRV 89-RNA was determined by a "dot blot" experiment. Two 2 × 2 cm strips of nitrocellulose (Schleicher & Schüll, BA 85, 0.45 µm) were moistened with H 2 O, once with 20 × SSC (1 × SSC = 150 mM NaCl, 15 mM sodium citrate, pH 7.4) ) washed and air dried. Approximately 1 µg of HRV 89-RNA was applied in spots to each strip, dried and incubated at 80 ° C. for 2 hours. The strips were then moistened with 2 × SSC and in a plastic film together in 1 ml of H buffer (400 mM NaCl, 40 mM PIPES, pH 6.4, 1 mM EDTA, 80% formamide) with 4 μg denatured salmon sperm DNA (Sigma; incubated at 100 ° C for 2 min and cooled to 0 ° C) incubated at 42 ° C for 1 hour. The two nitrocellulose strips were then sealed separately in plastic films with 0.5 ml H buffer, 4 µg denatured salmon sperm DNA and an aliquot of the isolated strands (20,000 cpm) and hybridized overnight at 42 ° C. After this incubation, the filters were washed twice with 2 × SSC for 10 minutes at 50 ° C. and twice with 0.1 × SSC, 0.1% sodium dodecyl sulfate for 30 minutes at 50 ° C. and the radioactivity was determined.
Die Primer-Fragmente aus HRV 89-136 und HRV 89-193 wurden in gleicher Weise isoliert. Das Fragment aus pHRV 89-136 (in Fig. 3 als Fragment B bezeichnet) liegt zwischen einer DraI- und einer HindIII-Restriktionsstelle (122 Nukleotide) und wurde durch Verdau mit diesen Restriktionsenzymen erhalten. Fragment C wurde aus pHRV 89-193 isoliert, ist 139 Nukleotide lang und liegt zwischen zwei RsaI-Restriktionsstellen (Fig. 3). Strang-Trennung und Hybridisierung wurden, wie oben beschrieben, durchgeführt. Primer D wurde chemisch nach etablierten Methoden auf einem Applied Biosystems Gerät synthetisiert. The primer fragments from HRV 89-136 and HRV 89-193 were isolated in the same way. The fragment from pHRV 89-136 (designated as fragment B in FIG. 3) lies between a DraI and a HindIII restriction site (122 nucleotides) and was obtained by digestion with these restriction enzymes. Fragment C was isolated from pHRV 89-193, is 139 nucleotides long and lies between two RsaI restriction sites ( Fig. 3). Strand separation and hybridization were performed as described above. Primer D was chemically synthesized using established methods on an Applied Biosystems device.
5 pmol der zu HRV 89-RNA komplementären Einzelstrang-DNA die, wie oben beschrieben, aus den Klonen 100 (Fragment A), 136 (Fragment B) und 193 (Fragment C) isoliert oder chemisch synthetisiert waren, wurden jeweils gemeinsam mit 0,25 pmol der HRV 89-RNA aus einer wäßrigen Lösung mit Ethanol präzipitiert. Der Niederschlag wurde in 20 µl H-Puffer aufgenommen, in eine Kapillare eingeschweißt, 10 min bei 72°C inkubiert, auf 50°C transferiert, langsam auf 35°C abgekühlt und anschließend auf Eis gestellt. Die Lösung wurde dann in 100 µl RT-Puffer in Gegenwart von 140 U reverser Transkriptase (Anglian Biotechnology Co, Cambridge), 8 U Ribonuklease-Inhibitator (RNasin, Bethesda Research Laboratories), je 0,2 mM dATP, dCTP, dGTP und dTTP, 30 µCi [α 32P]-dCTP und 5 mM Dithioerythrit 2 Stunden bei 42°C inkubiert. Das entstandene reverse Transkript wurde, wie oben beschrieben, aufgearbeitet.5 pmol of the single-stranded DNA complementary to HRV 89-RNA, which, as described above, were isolated or chemically synthesized from clones 100 (fragment A), 136 (fragment B) and 193 (fragment C), were each together with 0, 25 pmol of the HRV 89-RNA precipitated from an aqueous solution with ethanol. The precipitate was taken up in 20 μl of H buffer, welded into a capillary, incubated at 72 ° C. for 10 min, transferred to 50 ° C., slowly cooled to 35 ° C. and then placed on ice. The solution was then in 100 ul RT buffer in the presence of 140 U reverse transcriptase (Anglian Biotechnology Co, Cambridge), 8 U ribonuclease inhibitor (RNasin, Bethesda Research Laboratories), each 0.2 mM dATP, dCTP, dGTP and dTTP , 30 µCi [ α 32 P] -dCTP and 5 mM dithioerythritol incubated at 42 ° C for 2 hours. The resulting reverse transcript was processed as described above.
Plasmid-DNA der Rekombinanten wurden von 3 ml Kulturen isoliert (Birnboim, H. C. und Doly, J. 1979, loc. cit.). Die DNA wurde dann mit dem Restriktionsenzym PstI inkubiert und die Proben durch Elektrophorese auf 1,4%igem Agarose-Gel analysiert. Die Gele wurden mit Ethidiumbromid angefärbt. Anschließend wurde die DNA vom Gel auf Nitrozellulosefilter transferiert. (Southern, E. M., 1975, J. Mol. Biol. 98, 503-517) und durch eine 2stündige Inkubation bei 80°C auf der Nitrozellulose fixiert. Die Filter wurden in 50% Formamid, 1 × Denhardts-Lösung (Denhardt, D. T., 1966, Biochem. Biophys. Res. Comm. 23, 641- 646), 900 mM NaCl, 50 mM Natriumphosphat, pH 7,4, 5 mM EDTA mit 80 µg/ml denaturierter Lachsspermien-DNA 2 Stunden bei 42°C in einer Plastikfolie präinkubiert. Radioaktive HRV 89-cDNA wurde, wie oben beschrieben, hergestellt, nur enthielt der Reaktionssatz 50 µCi [α-32P]dCTP. Das cDNA-HRV 89-RNA-Hybrid wurde bei 100°C 90 sek denaturiert. Zur Hybridisierung wurden die Filter mit radioaktiver HRV 89-cDNA, wie oben beschrieben, bei 42°C 18 Stunden inkubiert, anschließend 2 mal in 2 × SSC und 2 mal in 0,1% Natriumdodecylsulfat 30 min bei 50°C gewaschen, an der Luft getrocknet und bei -70°C exponiert (Kodak XAR-5, mit Verstärkerfolie 18-40 Stunden). Das Auftreten einer radioakitiven Bande zeigte das Vorhandensein von rekombinanter DNA an, die zur HRV 89-RNA komplementär war.Plasmid DNA from the recombinants was isolated from 3 ml cultures (Birnboim, HC and Doly, J. 1979, loc. Cit.). The DNA was then incubated with the restriction enzyme PstI and the samples were analyzed by electrophoresis on 1.4% agarose gel. The gels were stained with ethidium bromide. The DNA was then transferred from the gel to nitrocellulose filters. (Southern, EM, 1975, J. Mol. Biol. 98, 503-517) and fixed on the nitrocellulose by a 2 hour incubation at 80 ° C. The filters were washed in 50% formamide, 1x Denhardts solution (Denhardt, DT, 1966, Biochem. Biophys. Res. Comm. 23, 641-646), 900 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, pH 7.4, 5 mM EDTA pre-incubated with 80 µg / ml denatured salmon sperm DNA for 2 hours at 42 ° C in a plastic wrap. Radioactive HRV 89 cDNA was prepared as described above, only the reaction set contained 50 µCi [ α - 32 P] dCTP. The cDNA-HRV 89-RNA hybrid was denatured at 100 ° C for 90 seconds. For hybridization, the filters were incubated with radioactive HRV 89 cDNA, as described above, at 42 ° C. for 18 hours, then washed twice in 2 × SSC and twice in 0.1% sodium dodecyl sulfate at 50 ° C. for 30 minutes at which Air dried and exposed at -70 ° C (Kodak XAR-5, with intensifying screen 18-40 hours). The appearance of a radioactive band indicated the presence of recombinant DNA that was complementary to HRV 89 RNA.
Zur Kartierung wurden die DNA-Inserte unter Verwendung von Restriktionsenzymen (New England Biolabs und Bethesda Research Laboratories) verdaut, wobei die von den Herstellern angegebenen Inkubationsbedingungen verwendet wurden. Das Ergebnis der Restriktionskartierung ist in Fig. 3 gezeigt. Die Plasmide pHRV 89-80 und pHRV 89-82 enthielten unmittelbar anschließend an das Oligo-C, das auf die Kettenverlängerung durch die terminale Transferase-Reaktion zurückzuführen ist - eine längere Sequenz von A-Resten, die einen Teil des 3′-terminalen Poly-A der HRV 89-RNA darstellen. Die weiteren Plasmide wurden relativ zu pHRV 89-80 und pHRV 89-82 unter Zuhilfenahme charakteristischer Spaltstellen einzelner Restriktionsenzyme angeordnet. DNA-Inserte, die kleiner als 500 Basenpaare waren, wurden nicht durch Restriktionsenzymkartierung eingeordnet, sondern wurden sofort in pUC 9 subkloniert und sequenziert (siehe Beispiel 3). For mapping, the DNA inserts were digested using restriction enzymes (New England Biolabs and Bethesda Research Laboratories) using the incubation conditions specified by the manufacturers. The result of the restriction mapping is shown in Fig. 3. The plasmids pHRV 89-80 and pHRV 89-82 contained immediately after the oligo-C, which is due to the chain extension by the terminal transferase reaction - a longer sequence of A residues, which is a part of the 3'-terminal poly -A represent the HRV 89 RNA. The other plasmids were arranged relative to pHRV 89-80 and pHRV 89-82 with the aid of characteristic cleavage sites of individual restriction enzymes. DNA inserts that were smaller than 500 base pairs were not classified by restriction enzyme mapping, but were immediately subcloned into pUC 9 and sequenced (see Example 3).
Die Identifizierung der restlichen Klone erhält man durch Koloniehybridisierung unter Verwendung bereits kartierter DNA-Inserte als "Nick-Translations"-Proben nach der Methode von Grunstein und Hogness (Grunstein, M. und Hogness, D. S., 1975, Proc. Natl. Acad. Sci USA 72, 3961- 3965). 32P-markierte DNA-Proben erhält man mit Hilfe eines "Nick-Translation-Kit" der Firma Amersham International (England; Amersham Kit No. 5000) nach Vorschrift des Herstellers mit [α-32P]-dCTP (3000 Ci/mmol). Die markierte DNA wurde über eine Biogel-P-30-Säule in einer Pasteurpipette in TE-Puffer aufgetrennt. Fraktionen, die dem Exklusionsvolumen entsprachen, wurden vereinigt, 2 min bei 100°C erhitzt und schnell in Eiswasser gestellt. Die Hybridisierung wurde wie oben beschrieben durchgeführt. Von Kolonien, die ein positives Hybridisierungssignal zeigten, wurden 50 ml Kulturen (über Nacht in LB-Medium mit 10 µg Tetracyclin/ml) hergestellt und aus der Plasmid-DNA die DNA-Inserte mit PstI isoliert. Diese wurden anschließend durch Verdau mit verschiedenen Restriktionsenzymen und durch Sequenzierung charakterisiert. In dieser Weise wurden Klone erhalten, die das Genom von HRV 89 repräsentieren.The identification of the remaining clones is obtained by colony hybridization using already mapped DNA inserts as "nick translation" samples according to the method of Grunstein and Hogness (Grunstein, M. and Hogness, DS, 1975, Proc. Natl. Acad. Sci USA 72, 3961-3965). 32 P-labeled DNA samples are obtained using a "nick translation kit" from Amersham International (England; Amersham Kit No. 5000) according to the manufacturer's instructions with [ α - 32 P] -dCTP (3000 Ci / mmol ). The labeled DNA was separated on a Biogel P-30 column in a Pasteur pipette in TE buffer. Fractions corresponding to the exclusion volume were pooled, heated at 100 ° C for 2 min and quickly placed in ice water. The hybridization was carried out as described above. Colonies which showed a positive hybridization signal were prepared from 50 ml cultures (overnight in LB medium with 10 μg tetracycline / ml) and the DNA inserts were isolated from the plasmid DNA using PstI. These were then characterized by digestion with various restriction enzymes and by sequencing. In this way, clones were obtained that represent the genome of HRV 89.
cDNA-Klone von HRV 89 wurden nach einer Modifikation der Methode von Maxam und Gilbert (Maxam, A. und Gilbert, W., 1980, Methods Enzymol. 65, 499-560) bzw. nach der M 13-Kettenabbruchmethode nach Sanger et al. (Sanger, F., Nicklen, S. und Coulsen, A. R., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci USA 74, 5463-5467) sequenziert. HRV 89 cDNA clones were obtained after modification of the Maxam and Gilbert's method (Maxam, A. and Gilbert, W., 1980, Methods Enzymol. 65, 499-560) or after M 13 chain termination method according to Sanger et al. (Sanger, F., Nicklen, S. and Coulsen, A.R., 1977, Proc. Natl. Acad. Sci USA 74, 5463-5467).
Zur Sequenzierung nach Maxam und Gilbert wurden die DNA-Inserte, wie oben beschrieben, in pUC-9 subkloniert und damit kompetente E. coli. JM 101-Zellen transformiert. Positive Transformanten wurden als weiße Kolonien isoliert und im LB-Medium (mit 100 µg/ml Ampicillin) hochgezüchtet. 10-20Abb. µg DNA wurden in 100 µl über Nacht unter Standardreaktionsbedingungen mit Restriktionsenzymen verdaut, die eine Spaltstelle im Plasmid z. B. in der Polyklinik-Region von pUC 9 besitzen (z. B. BamHI, EcoRI, AccI, HindIII). Das restringierte Fragment wurde anschließend dephosphoryliert. Zum Restriktionsverdau wurden 5 µl 2 M Tris/HCl, pH 8, und 100 U bakterieller, alkalischer Phospatase (Bethesda Research Laboratories) zugesetzt und 3 Stunden bei 65°C inkubiert. Nach Zugabe von EDTA auf 20 mM wurde zweimal mit Phenol/Chloroform extrahiert und die DNA durch Ethanol gefällt. Die DNA wurde anschließend in 50 µl 50 mM Tris/HCl, pH 8, 10 mM MgCl2, 5 mM Dithioerythrit, mit 25 µCi [α-32P]-ATP (5000 Ci/mmol, Amersham International) und 4 U T4-Polynukleotidkinase (Pharmacia-P. L. Biochemicals) 30 min bei 37°C inkubiert und die markierte DNA mit Ethanol präzipitiert. Unter Zuhilfenahme eines weiteren Restriktionsenzyms, das in der Polylinker-Region von pUC 9 spaltet, wurde rekombinante DNA, die in einem Strang mit 32P markiert war, durch Elektrophorese im Agarose-Gel (1,2-1,4%) mit nachfolgender Elektroelution und Ethanolfällung wie oben beschrieben, erhalten.For Maxam and Gilbert sequencing, the DNA inserts were subcloned into pUC-9 as described above and thus competent E. coli. JM 101 cells transformed. Positive transformants were isolated as white colonies and grown up in LB medium (with 100 μg / ml ampicillin). 10-20 fig. Μg DNA were digested in 100 µl overnight under standard reaction conditions with restriction enzymes, which cleaved a site in the plasmid z. B. in the polyclinic region of pUC 9 (z. B. BamHI, EcoRI, AccI, HindIII). The restricted fragment was then dephosphorylated. For the restriction digestion, 5 μl of 2 M Tris / HCl, pH 8 and 100 U of bacterial, alkaline phosphatase (Bethesda Research Laboratories) were added and incubated at 65 ° C. for 3 hours. After adding EDTA to 20 mM, the mixture was extracted twice with phenol / chloroform and the DNA was precipitated by ethanol. The DNA was then in 50 µl 50 mM Tris / HCl, pH 8, 10 mM MgCl 2 , 5 mM dithioerythritol, with 25 µCi [ α - 32 P] -ATP (5000 Ci / mmol, Amersham International) and 4 UT 4 - Incubated polynucleotide kinase (Pharmacia-PL Biochemicals) at 37 ° C for 30 min and the labeled DNA was precipitated with ethanol. With the help of another restriction enzyme that cleaves in the polylinker region of pUC 9, recombinant DNA, which was labeled with 32 P in one strand, was electrophoresed in agarose gel (1.2-1.4%) with subsequent electroelution and ethanol precipitation as described above.
Die Sequenzierungsreaktion wurden mit folgenden Modifikationen nach Maxam und Gilbert (Maxam, A. und Gilbert, W., 1980, loc. cit.) durchgeführt: The sequencing reaction was carried out with the following Modifications according to Maxam and Gilbert (Maxam, A. and Gilbert, W., 1980, loc. cit.):
- - Es wurde keine Träger-DNA zugesetzt.- No carrier DNA was added.
- - Die DNA-Lösung wurde in Aliquote aufgeteilt: Guanin (G)-spezifische Reaktion 7,5 µl, Guanin und Adenin (G/A)-spezifische Reaktion 10 µl, Cytosin und Thymin (C/T)-spezifische Reaktion 10 µl, Cytosin (C)- spezifische Reaktion 6 µl.- The DNA solution was divided into aliquots: guanine (G) -specific reaction 7.5 µl, guanine and adenine (G / A) -specific reaction 10 µl, cytosine and thymine (C / T) -specific reaction 10 µl, cytosine (C) - specific reaction 6 µl.
- - Dem (G/A)-Reaktionsansatz wurden 25 µl 96% Ameisensäure zugesetzt und die Mischung 4,25 min bei 19°C inkubiert. Um die Reaktion abzustoppen, wurden 200 µl Hydrazin-Stop-Lösung und 750 µl 96% Ethanol zugesetzt. Die (G/A)-Reaktionen wurden dann gleich wie alle 3 anderen Reaktionen behandelt.- The (G / A) reaction mixture was 25 µl 96% Formic acid added and the mixture at 4.25 min Incubated at 19 ° C. To stop the reaction, were 200 µl hydrazine stop solution and 750 µl 96% ethanol added. The (G / A) reactions were then the same as treated all 3 other reactions.
- - Anstelle von Hydrazin wurde Hydraziniumhydroxid (Merck) bei den (C/T)- und C-Reaktionen verwendet. Die Reaktionszeiten betrugen 7,5 min.- Instead of hydrazine, hydrazine hydroxide (Merck) used in the (C / T) and C reactions. The Response times were 7.5 minutes.
- - Die Piperidinreaktionen wurden 30 min bei 95°C inkubiert. Nach Lyophilisierung wurden die Fragmente in 3-20 µl Puffer (80% entionisiertes Formamid, 1 × TBE, 0,05% Bromphenolblau und 0,05% Xylencyanol) 90 sec auf 95°C erhitzt und schnell auf 0°C gekühlt.- The piperidine reactions were at 95 ° C for 30 min incubated. After lyophilization, the fragments were in 3-20 µl buffer (80% deionized formamide, 1 × TBE, 0.05% bromophenol blue and 0.05% xylene cyanol) 90 sec heated to 95 ° C and quickly cooled to 0 ° C.
Zur Sequenzierung wurden 6%ige Polyacrylamid-Gele (40 cm × 20 cm × 0,4 mm) mit 8 M Harnstoff und 1 × TBE verwendet, die vor dem Auftragen der Proben 1 Stunde bei 50 Watt einer Elektrophorese unterworfen wurden. Zwischen 1 µl und 3 µl von jedem Reaktionsansatz wurden auf das Gel aufgetragen. Üblicherweise wurden zwei zeitlich verschobene Gelbeladungen durchgeführt. 6% polyacrylamide gels were used for sequencing (40 cm × 20 cm × 0.4 mm) with 8 M urea and 1 × TBE used at 1 hour before applying the samples 50 watts were subjected to electrophoresis. Between 1 µl and 3 µl of each reaction batch were applied to the Gel applied. Usually two were timed shifted gel loads carried out.
Der erste Gellauf eines Reaktionsansatzes dauerte solange bis der Bromphenolblau-Marker, der zweite bis der Xylencyanol-Marker das Gelende erreichte. Die Gele wurden anschließend 20 min in 10% Essigsäure und 10% Methanol (ca. 2 Liter) fixiert, auf 3 MM-Filterpapier transferiert und bei 80°C auf einem Geltrockner getrocknet. Dann wurden die Gele ohne Verstärkerfolie bei -70°C unter Verwendung eines XAR-5 Films (Kodak) exponiert (ca. 18 bis 36 Stunden).The first run of a reaction took so long until the bromophenol blue marker, the second to the Xylene cyanol marker reached the end of the gel. The gels were then 20 min in 10% acetic acid and 10% methanol (approx. 2 liters) fixed, transferred to 3 MM filter paper and dried at 80 ° C on a gel dryer. Then were using the gels without intensifying screen at -70 ° C of an XAR-5 film (Kodak) exposed (approx. 18 to 36 Hours).
DNA-Inserte mit einer Größe von mehr als 1000 bp wurden nach der "shotgun"-Methode sequenziert (Deininger, P. L. 1983, Anal. Biochem. 129, 216-223). Hierfür wurden rekombinante Klone mit geeigneten Restriktionsenzymen verdaut, die DNA-Inserte wie oben beschrieben, durch Auftrennung am präparativen Agarosegel (1,2-1,4%) mit anschließender Elektroelution und Ethanolfällung isoliert.DNA inserts with a size greater than 1000 bp were sequenced by the "shotgun" method (Deininger, P. L. 1983, Anal. Biochem. 129, 216-223). For that were recombinant clones with suitable restriction enzymes digested the DNA inserts as described above Separation on the preparative agarose gel (1.2-1.4%) with subsequent electroelution and ethanol precipitation isolated.
In 20 µl RE-Puffer wurden die DNA-Inserte in Gegenwart von 1 mM ATP und 3 U T 4-DNA-Ligase (New England Biolabs) 15 Stunden bei 14° inkubiert. Die zirkularisierte DNA wurde mit TE-Puffer (10 mM Tris/HCl, pH 7,5, 1 mM ETDA) auf ein Endvolumen von 500 µl verdünnt, unter Eiskühlung soniziert (4 mal 5 sek maximale Energie; MSE ultrasonic power unit) und mit Ethanol gefällt.The DNA inserts were present in 20 μl RE buffer of 1 mM ATP and 3 U T 4 DNA ligase (New England Biolabs) 15 Incubated at 14 ° for hours. The circularized DNA was with TE buffer (10 mM Tris / HCl, pH 7.5, 1 mM ETDA) Final volume of 500 µl diluted, with ice cooling sonicated (4 times 5 seconds maximum energy; MSE ultrasonic power unit) and precipitated with ethanol.
Die Enden der erhaltenen DNA-Fragmente wurden in 20 µl RE-Puffer, der je 50 µM dATP, dCTP, dGTP und dTTP und 2 U Klenow-Fragment (Boehringer Mannheim) enthielt, 2 Stunden bei 14°C inkubiert. Nach Auftrennung am Agarosegel (1,4%) wurden DNA-Fragmente mit einer Größe von 400-900 bp durch Elektroelution und Ethanolfällung wiedergewonnen. The ends of the DNA fragments obtained were in 20 ul RE buffer, each of 50 µM dATP, dCTP, dGTP and dTTP and 2 U Klenow fragment (Boehringer Mannheim) contained Incubated for 2 hours at 14 ° C. After separation on Agarose gels (1.4%) were DNA fragments with a size of 400-900 bp by electroelution and ethanol precipitation recovered.
Diese DNA-Fragmente wurden in den M 13 mp 9-Vektor, der mit dem Restriktionsenzym Sma I linearisiert und mit bakterieller alkalischer Phosphatase behandelt worden war (Insert: Vektor = 5 : 1), in Gegenwart von 1 mM ATP und 1 U T 4-DNA-Ligase inseriert (15 h bei 15°C).These DNA fragments were inserted into the M 13 mp 9 vector linearized the restriction enzyme Sma I and with bacterial alkaline phosphatase had been treated (Insert: vector = 5: 1), in the presence of 1 mM ATP and 1 U T 4 DNA ligase inserted (15 h at 15 ° C).
Für die Transformation kompetente E. coli. Stamm JM 101 Zellen wurden mit dem Gemisch der Ligase-Reaktion mindestens 2 Stunden bei 0°C inkubiert. Nach einem Hitzeschock (90 sek, 42°C) wurden die Zellen mit 40 µl 100 mM IPTG, 40 µl einer Lösung von 2% X-Gal in DMF und 3 ml Top-Agard (10 g Trypton, 8 g NaCl, 8 g Agar in 1 l), der aufgeschmolzen und auf 42°C temperiert worden war, vermischt und auf leicht vorgewärmte H-Platten (10 g Trypton, 8 g NaCl, 12 g Agar in 1 l) aufgetragen. Nach Erstarren des Top-Agars wurden die Platten bei 37°C über Nacht inkubiert.E. coli competent for transformation. Strain JM 101 Cells were mixed with the ligase reaction incubated at 0 ° C for at least 2 hours. After one Heat shock (90 sec, 42 ° C) was the cells with 40 ul 100 mM IPTG, 40 µl of a solution of 2% X-Gal in DMF and 3 ml top agard (10 g tryptone, 8 g NaCl, 8 g agar in 1 l), which had been melted and heated to 42 ° C, mixed and on slightly preheated H-plates (10 g Trypton, 8 g NaCl, 12 g agar in 1 l) applied. To The plates solidified at 37 ° C above the agar Incubated overnight.
Zur Isolierung der Einzelstrang-Phagen-DNA wurde je ein farbloses Plaque in ein Röhrchen mit 1,5 ml einer verdünnten E. coli. JM 101 Kultur (1 ml stationäre Kultur in 100 ml 2 × TY Medium verdünnt (16 g Trypton, 10 g Hefeextrakt, 5 g NaCl in 1 l)) transferiert. Nach 6 Stunden Inkubation bei 37°C wurden die Bakterien abzentrifugiert und die Phagen aus dem Überstand durch Zugabe von 200 µl einer Lösung von 20% PEG 8000, 2,5 M NaCl während 15 min bei Raumtemperatur ausgefällt. Das Präzipitat wurde pelletiert und der Überstand restlos entfernt. Das Pellet wurde in 100 µl TE-Puffer gelöst, mit Phenol/Chloroform - wie bereits beschrieben - extrahiert und die Einzelstrang-DNA aus der wäßrigen Phase mit Na-Acetat/Ethanol ausgefällt. Die Größe jeder Einzelstrang-DNA wurde durch Elektrophorese am 0,8% Agarosegel relativ zur Wildtyp-Phagen-DNA bestimmt. Die Sequenzierung wurde ohne Modifikationen nach der Kettenabbruchsmethode durchgeführt (Sanger, F., Nicklen, S. und Coulsen, A. S., 1977, loc. cit.) One was used to isolate the single-strand phage DNA colorless plaque in a tube with 1.5 ml one diluted E. coli. JM 101 culture (1 ml stationary culture in 100 ml 2 × TY medium diluted (16 g tryptone, 10 g Yeast extract, 5 g NaCl in 1 l)) transferred. After 6 The bacteria were incubated for hours at 37 ° C centrifuged and the phage from the supernatant Add 200 µl of a solution of 20% PEG 8000, 2.5 M NaCl precipitated for 15 min at room temperature. The Precipitate was pelleted and the supernatant was left completely away. The pellet was dissolved in 100 ul TE buffer, with phenol / chloroform - as already described - extracted and the single-stranded DNA from the aqueous Phase precipitated with Na acetate / ethanol. The size of everyone Single-stranded DNA was analyzed by 0.8% electrophoresis Agarose gel determined relative to the wild-type phage DNA. The Sequencing was carried out without modifications after the Chain termination method carried out (Sanger, F., Nicklen, S. and Coulsen, A. S., 1977, loc. cit.)
Die Sequenzierungsergebnisse wurden mit Hilfe eines Cyber 170 Computers analysiert. Dabei wurden die Programme von Staden (Staden, R. 1980, Nucleic Acids Res. 8, 3673-3694) und die modifizierten Programmformen von Isono (Isono, K. 1982, Nucleic Acids Res. 10, 85-89) verwendet.The sequencing results were done using a cyber 170 computers analyzed. The programs of Staden (Staden, R. 1980, Nucleic Acids Res. 8, 3673-3694) and the modified forms of Isono (Isono, K. 1982, Nucleic Acids Res. 10, 85-89).
Die viralen Proteine werden durch Proteolytische Spaltung aus dem Polyprotein erhalten. Um die Spaltstellen zu identifizieren, wurden die viralen Hüllenproteine isoliert und die N-terminale Aminosäuresequenz bestimmt. Zu diesem Zweck wurden die Proteine von 2 mg HRV 89 elektrophoretisch auf einem 12,5%igen Polyacrylamid-Gel aufgetrennt (Laemmli, U. K., 1970, loc. cit.). Die Gele wurden mit einer gesättigten Lösung von Coomassie- Brillant-Blau in 50 mM Tris/HCi, pH 7, 4 gefärbt und die Proteinbanden herausgeschnitten. Die einzelnen Proteine wurden in einer ISCO-Elutionsapparatur bei 50 V 16 Stunden elektroeluiert und mit Trichloressigsäure präzipitiert. Die N-terminalen Aminosäuren wurden mit Hilfe eines AB-470A Protein-Sequentors (Applied Biosystems, Inc. Foster City, CA, USA) bestimmt. Zur Sequenzierung wurden je 2 nmol VP1 und VP2 und 1 nmol VP3 verwendet. Die derivarisierten Aminosäuren wurden mittels HPLC analysiert. Die N-terminalen Sequenzen der einzelnen Proteine sind in Fig. 6 angegeben.The viral proteins are obtained from the polyprotein by proteolytic cleavage. In order to identify the cleavage sites, the viral coat proteins were isolated and the N-terminal amino acid sequence was determined. For this purpose, the proteins of 2 mg HRV 89 were separated electrophoretically on a 12.5% polyacrylamide gel (Laemmli, UK, 1970, loc. Cit.). The gels were stained with a saturated solution of Coomassie brilliant blue in 50 mM Tris / HCl, pH 7.4, and the protein bands were cut out. The individual proteins were electroeluted in an ISCO elution apparatus at 50 V for 16 hours and precipitated with trichloroacetic acid. The N-terminal amino acids were determined using an AB-470A protein sequencer (Applied Biosystems, Inc. Foster City, CA, USA). 2 nmol VP1 and VP2 and 1 nmol VP3 were used for sequencing. The derivatized amino acids were analyzed by HPLC. The N-terminal sequences of the individual proteins are given in FIG. 6.
Claims (50)
- a. die virale RNA des Rhinovirusstammes HRV 89 isoliert,
- b. eine zur viralen RNA komplementäre DNA hergestellt,
- c. das virale cDNA/RNA-Hybrid in einen geeigneten replizierbaren Vektor eingebaut und
- d. ein geeigneter Wirtsorganismus mit dem unter c hergestellten Vektor transformiert wird.
- a. the viral RNA of the rhinovirus strain HRV 89 is isolated,
- b. produced a DNA complementary to the viral RNA,
- c. the viral cDNA / RNA hybrid is inserted into a suitable replicable vector and
- d. a suitable host organism is transformed with the vector produced under c.
daß diese Information exprimiert wird um ein virales Polypeptid nach einem der Ansprüche 27 bis 41 in dem Wirtsorganismus zu produzieren und
daß das virale Polypeptid nach einem der Ansprüche 27 bis 41 isoliert wird.43. Process for the preparation of the polypeptide according to one of claims 27 to 41, characterized in that a suitable host organism is transformed with genetic information coding for a viral polypeptide according to one of claims 27 to 41,
that this information is expressed to produce a viral polypeptide according to any one of claims 27 to 41 in the host organism and
that the viral polypeptide is isolated according to one of claims 27 to 41.
Priority Applications (12)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19863628658 DE3628658A1 (en) | 1986-08-23 | 1986-08-23 | Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor |
EP87112104A EP0261403A3 (en) | 1986-08-23 | 1987-08-20 | Polypeptide of rhinovirus strain hrv89, and dna molecule encoding it |
IL83607A IL83607A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | Polypeptides of the rhinovirus strain hrv89 and the dna molecules coding therefor |
NZ221537A NZ221537A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | A recombinant dna molecule encoding hrv89 and polypeptide therefrom |
NO873535A NO873535L (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | POLYPEPTIDES FROM THE RHINOVIRUS STOCK HRV 89 AND DNA MOLECULES CODING THESE. |
JP62208076A JPS63219384A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | Polypeptide of rhinovirus hrv89 and dna molecule for encoding the same |
DK438187A DK438187A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | POLYPEPTIDES FROM THE RHINOVIRUS STOCK HRV 89 AND DNA MOLECULES CODING FOR SUCH |
PT85572A PT85572B (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | PROCESS FOR THE PREPARATION OF POLYPEPTIDES FROM THE RHINOVIRUS STRETCH HRV89 AS WELL AS OF DNA MOLECULES THAT CODE THEM AND PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS THAT CONTAIN THEM |
FI873615A FI873615A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | RHINOVIRUSSTAMMENS HRB89 POLYPEPTIDER OCH DESSA KODANDE DNA MOLEKYLER. |
AU77333/87A AU617982B2 (en) | 1986-08-23 | 1987-08-21 | Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor |
KR870009194A KR880003006A (en) | 1986-08-23 | 1987-08-22 | Polypeptide of rhinovirus strain HRV 89 and DNA molecule encoding the same |
ZA876248A ZA876248B (en) | 1986-08-23 | 1987-08-24 | Polypeptides of the rhinovirus strain hrv89 and the dna molecules coding therefor |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19863628658 DE3628658A1 (en) | 1986-08-23 | 1986-08-23 | Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE3628658A1 true DE3628658A1 (en) | 1988-03-03 |
Family
ID=6308029
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE19863628658 Withdrawn DE3628658A1 (en) | 1986-08-23 | 1986-08-23 | Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPS63219384A (en) |
DE (1) | DE3628658A1 (en) |
ZA (1) | ZA876248B (en) |
Cited By (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7894999B2 (en) | 2001-03-27 | 2011-02-22 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying Replikin Scaffolds and uses of said Replikin Scaffolds |
US8050871B2 (en) | 2006-10-24 | 2011-11-01 | Samuel Bogoch | Method of predicting influenza outbreaks by correlating an increase in replikin count in shrimp white spot syndrome virus and/or taura syndrome virus |
US8417462B2 (en) | 2001-10-26 | 2013-04-09 | Samuel Bogoch | System and method for identifying complex patterns of amino acids |
US8494781B2 (en) | 2003-06-06 | 2013-07-23 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying replikin scaffolds and uses of said replikin scaffolds |
WO2013113655A1 (en) | 2012-02-02 | 2013-08-08 | Guenther Claas | Towing kite |
US8563699B2 (en) | 2001-03-27 | 2013-10-22 | Samuel Bogoch | Anthrax and small Pox replikins and methods of use |
US9133247B2 (en) | 2001-03-27 | 2015-09-15 | Samuel Bogoch | Replikin peptides in rapid replication of glioma cells and in influenza epidemics |
US9233148B2 (en) | 2009-01-09 | 2016-01-12 | Samuel Bogoch | Replikin-based compounds for prevention and treatment of influenza and methods of differentiating infectivity and lethality in influenza |
US9254315B2 (en) | 2004-04-28 | 2016-02-09 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying replikin scaffolds and uses of said replikin scaffolds |
US9320784B2 (en) | 2009-08-07 | 2016-04-26 | Samuel Bogoch | Peptides shared among lethal cancers and therapeutic compositions comprising said peptides |
US9408902B2 (en) | 2007-05-30 | 2016-08-09 | Samuel Bogoch | Synthetic replikin peptides against pathogenic infection of invertebrates in aquaculture |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009127081A1 (en) * | 2008-04-17 | 2009-10-22 | Biomerieux | A newly identified human rhinovirus of hrv-c and methods and kits for detecting hrv-cs |
EP2316481A1 (en) * | 2009-10-30 | 2011-05-04 | Biomay Ag | Pharmaceutical composition for the treatment and prevention of a rhinovirus infection |
-
1986
- 1986-08-23 DE DE19863628658 patent/DE3628658A1/en not_active Withdrawn
-
1987
- 1987-08-21 JP JP62208076A patent/JPS63219384A/en active Pending
- 1987-08-24 ZA ZA876248A patent/ZA876248B/en unknown
Cited By (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8563699B2 (en) | 2001-03-27 | 2013-10-22 | Samuel Bogoch | Anthrax and small Pox replikins and methods of use |
US9273120B2 (en) | 2001-03-27 | 2016-03-01 | Samuel Bogoch | Anthrax and small pox replikins and methods of use |
US7894999B2 (en) | 2001-03-27 | 2011-02-22 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying Replikin Scaffolds and uses of said Replikin Scaffolds |
US9133247B2 (en) | 2001-03-27 | 2015-09-15 | Samuel Bogoch | Replikin peptides in rapid replication of glioma cells and in influenza epidemics |
US8417462B2 (en) | 2001-10-26 | 2013-04-09 | Samuel Bogoch | System and method for identifying complex patterns of amino acids |
US8494781B2 (en) | 2003-06-06 | 2013-07-23 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying replikin scaffolds and uses of said replikin scaffolds |
US9388234B2 (en) | 2003-06-06 | 2016-07-12 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying Replikin Scaffolds and uses of said Replikin Scaffolds |
US9254315B2 (en) | 2004-04-28 | 2016-02-09 | Samuel Bogoch | Systems and methods for identifying replikin scaffolds and uses of said replikin scaffolds |
US8050871B2 (en) | 2006-10-24 | 2011-11-01 | Samuel Bogoch | Method of predicting influenza outbreaks by correlating an increase in replikin count in shrimp white spot syndrome virus and/or taura syndrome virus |
US9408902B2 (en) | 2007-05-30 | 2016-08-09 | Samuel Bogoch | Synthetic replikin peptides against pathogenic infection of invertebrates in aquaculture |
US9233148B2 (en) | 2009-01-09 | 2016-01-12 | Samuel Bogoch | Replikin-based compounds for prevention and treatment of influenza and methods of differentiating infectivity and lethality in influenza |
US9320784B2 (en) | 2009-08-07 | 2016-04-26 | Samuel Bogoch | Peptides shared among lethal cancers and therapeutic compositions comprising said peptides |
DE102012100874A1 (en) | 2012-02-02 | 2013-08-08 | Christoph Günther | kites |
WO2013113655A1 (en) | 2012-02-02 | 2013-08-08 | Guenther Claas | Towing kite |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPS63219384A (en) | 1988-09-13 |
ZA876248B (en) | 1989-04-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE3051086C2 (en) | ||
US4959314A (en) | Cysteine-depleted muteins of biologically active proteins | |
US4853332A (en) | Structural genes, plasmids and transformed cells for producing cysteine depleted muteins of biologically active proteins | |
DE3750451T2 (en) | RECOMBINANT HUMAN ENDOTHEL CELL GROWTH FACTOR. | |
DE3177288T2 (en) | MATURE HUMAN LEUKOCYTE INTERFERON, METHOD FOR THEIR BACTERIAL PRODUCTION, INTERMEDIATE PRODUCTS THEREFOR, AND COMPOSITIONS CONTAINING THEM. | |
DD203071A5 (en) | METHOD FOR PRODUCING RECOMBINANT DNA MOLECULES | |
EP0076489B1 (en) | Deoxyribonucleic acids, recombinant deoxyribonucleic acids, hosts containing them, polypeptides and process for their production | |
EP0271824B1 (en) | Horse gamma interferon | |
DD160280A5 (en) | PROCESS FOR PREPARING AN IMMUNOLOGICAL OR BIOLOGICAL ACTIVITY OF HUMAN FIBROBLAST INTERFERONYPROOF POLYPEPTIDE | |
DE3628658A1 (en) | Polypeptides of the rhinovirus strain HRV89 and the DNA molecules coding therefor | |
EP0192175A2 (en) | Rhinovirus strain HRV2 polypeptides and DNA molecules encoding them | |
IE56026B1 (en) | Cysteine-depleted muteins of biologically active proteins | |
DD212748A5 (en) | METHOD FOR THE FORMATION OF DOUBLE-STRAIN, HYBRID HUMAN-LEUKOCYTE INTERFERONE ENCODING DNA | |
CH660743A5 (en) | HYBRID HUMAN LEUCOCYTE INTERFERON AND THEIR MICROBIAL PRODUCTION. | |
DD216044A5 (en) | METHOD FOR PRODUCING A RECOMBINANT DNA CLONING VECTOR | |
DD211359C4 (en) | METHOD FOR PRODUCING A MICROORGANISM | |
EP0170204B1 (en) | Genetic sequences, type i interferon peptide coded by them, and these organisms producing the same | |
DE3781217T2 (en) | PREPARATION OF RELATED POLYPEPTIDES OF THE BINDING FACTOR. | |
DD160279A5 (en) | PROCESS FOR PREPARING A POLYPEPTITE HAVING THE SPECIFICITY OF MKS VIRUS ANTIGENS | |
EP0261403A2 (en) | Polypeptide of rhinovirus strain HRV89, and DNA molecule encoding it | |
US4847081A (en) | Synthetic bovine parainfluenza viral proteins | |
DE3524736A1 (en) | SYNTHETIC GENES FOR THE BOVINE PARA INFLUENZA VIRUS | |
DD294500A5 (en) | METHOD FOR PRODUCING A LARGE NUMBER OF PEPTIDE ANALOGS | |
DE3103714A1 (en) | Recombinant DNA method for the preparation of a protein similar to human interferon | |
AT394209B (en) | METHOD FOR PRODUCING NEW MICROORGANISMS FOR PRODUCING HYBRID HUMAN LEUCOCYTE INTERFERON |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
8141 | Disposal/no request for examination |