DE10337952A1 - DNA-mediated representation of chromosomal bands, useful e.g. for detecting chromosomal anomalies, using set of probes for fluorescent in situ hybridization that are matched for efficiency in a single test - Google Patents
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Abstract
Description
Die
Erfindung betrifft ein Verfahren zur DNA-vermittelten Darstellung
der Banden von Chromosomen. Es wird nachfolgend als M-MCB (multiplex
multicolor banding) bezeichnet. Dieses Verfahren kann zur differenzierten
molekularzytogenetischen Analyse der Struktur von Chromosomen eingesetzt werden.
Es basiert auf dem gemeinsamen Einsatz aller chromosomenspezifischer
multicolorbanding Sonden (MCB) für
die verschiedenen Chromosomen (Chudoba, I., Plesch, A., Lörch, T.,
Lemke, J., Claussen, U., Senger, G.: High resolution multicolor-banding:
a new technique for refined FISH analysis of human chromosomes.
Cytogenet Cell Genet 84, 1999, 156–160);
Die Verbindung aller MCB-Sonden zusammen mit den 24-Farben-Sonden kann dabei in zwei, oder idealer Weise in einer einzigen Hybridisierung zu diagnostischen Zwecken als M-MCB eingesetzt werden.The Connection of all MCB probes together with the 24-color probes can doing so in two, or ideally, in a single hybridization too diagnostic purposes as M-MCB.
Auf der Grundlage von 5 verschiedenen Fluorochromen können computergestützt für die Bänderung theoretisch bis zu 31 verschiedene chromosomen-regionspezifische Pseudofarben erzielt werden (2n – 1, wobei n die Zahl der eingesetzten Fluorochrome darstellt), mit denen dann auch feinere Chromosomenanomalien erkannt werden können.On the basis of 5 different fluorochromes, theoretically up to 31 different chromosome-region-specific pseudo-colors can be obtained for the banding (2 n - 1, where n represents the number of fluorochromes used), with which even finer chromosome anomalies can be detected.
Diese
DNA-vermittelte Darstellung und Auswertung der Banden von Chromosomen
ist in Wissenschaft und Technik vielfältig einsetzbar. So ist beispielsweise
die Verwendung zum Nachweis von Änderungen
in Biopolymeren (
Um bei der Vielzahl der erforderlichen Farbdarstellungen der Banden von allen Einzelchromosomen über die besagten chromosomen-regionspezifischen Pseudofarben eine eindeutige Farbauswertung und damit eine korrekte und unmissverständliche Erkennung der gebänderten Einzelchromosomen zu gewährleisten, ist es jedoch nach dem derzeitigen Stand der Technik erforderlich, für alle zu untersuchenden bzw. zu unterscheidenden Chromosomen einzeln das sog. multicolor banding (MCB) anzuwenden und jeweils eine separate Farbauswertung durchzuführen und auszuwerten. Dies bedeutet für die Analyse aller Chromosomen einer Person in der Praxis jedoch die verfahrensaufwendige und zeitraubende Durchführung einer Vielzahl von Hybridisierungsschritten (bis zu 24) mit Untersuchung der chromosomen-regionspezifischen Einzelprobensätze, was die Effizienz dieser Methode sehr wesentlich einschränkt.Around in the large number of required color representations of the bands from all single chromosomes via the said chromosomal region-specific pseudocolors a unique Color evaluation and thus a correct and unmistakable Detection of the banded To ensure single chromosomes However, it is necessary in the current state of the art, for all the chromosomes to be examined or distinguished individually so-called multicolor banding (MCB) and each one separate Perform color evaluation and evaluate. This means for the analysis of all the chromosomes of a person in practice, however the time-consuming and time-consuming implementation of a variety of hybridization steps (up to 24) with investigation of chromosomal region-specific Single sample sets which greatly limits the efficiency of this method.
Der Erfindung liegt die Aufgabe zu Grunde, den Aufwand für die Darstellung der Banden von Chromosomen zum Zweck deren Unterscheidung sowie zur Erkennung von Chromosomenanomalien wesentlich zu verringern und die Auswertung im Idealfall auf eine Hybridisierung zu reduzieren und damit so zu vereinfachen, dass einem routinemäßigen Einsatz in all den Fällen nichts mehr im Wege steht, in denen bisher eine Darstellung der Chromosomenbanden auf herkömmliche Art indiziert war.Of the Invention is the object of the effort for the presentation the bands of chromosomes for the purpose of distinguishing them as well to significantly reduce the detection of chromosomal abnormalities and ideally to reduce the evaluation to hybridization and thus to simplify that routine use in all cases nothing stands in the way, in which so far a representation of the Chromosome bands on conventional Art was indexed.
Beispielhaft
für den
Menschen wurde entwickelt, dass eine Zusammenfassung aller Einzelchromosom-spezifischen
MCB-Sonden zu einer einzigen multicolor banding-Sonde (= multitude
multicolor banding = mMCB) für
alle vorhandenen Chromosome bzw. einer Verknüpfung dieses Sondenmixes mit einem
24 Farben FISH Sondenset (= multiplex multicolor banding; M-MCB)
möglich
und praktikabel ist. Damit wird in einem Zwei- oder sogar Einstufenverfahren eine
eindeutige Farbmustererkennung chromosomaler Banden aller Chromosomen
durchführbar,
ohne dass für
jedes Einzelchrorosom eine separate MCB-Darstellung durchgeführt werden
muss. Die DNA-Sonden aller zu untersuchenden bzw. zu unterscheidender
Chromosomen werden somit erfindungsgemäß zu einer einzigen Probe zusammengefasst
und mit einem an sich bekannten 24-Vielfarben-FISH zur Darstellung ganzer Chromosomen kombiniert
zur Hybridisierung und anschließend
zur gemeinsamen vergleichenden Farbauswertung gebracht. Basierend
auf beispielsweise 6 bis 7 eingesetzten Fluorochromen für den gesamten
menschlichen Karyotyp (siehe Tabellen in
Zeigt sich bei dieser Farbauswertung, dass sich jedes Chromosom einheitlich nur in seiner eigenen Farbe darstellt, also zwischen den verschiedenen Chromosomen kein Austausch von chromosomalem Material stattgefunden hat, können die auf den einzelnen Chromosomen entstandenen Pseudofarben nur zu den Chromosomen gehören, auf denen sie sichtbar geworden sind. Nur durch die kombinierte Anwendung der beiden Verfahren ist diese qualitative diagnostische Erweiterung möglich. Ist bekannt, zwischen welchen Chromosomen Austausche stattgefunden haben, so sind die entstandenen MCB Bandenmuster eindeutig zuzuordnen und genaue Bruchpunktfestlegungen unter zu Hilfenahme der Fluoreszenzprofile möglich. Einzelne Chromosomen aus diesem komplexen Ansatz können ebenso detailliert analysiert werden, wie solche in einzelnen MCB-Sondenmixen, d. h. auf einer flexiblen Bandenauflösung von 400–800 Banden pro haploiden Karyotyp.It turns out in this color evaluation that each chromosome is uniform only in its own If there is no exchange of chromosomal material between the different chromosomes, the pseudo-colors produced on the individual chromosomes can only belong to the chromosomes on which they have become visible. Only by the combined application of the two methods, this qualitative diagnostic extension is possible. If it is known between which chromosomes exchanges have taken place, then the resulting MCB band patterns can be clearly assigned and exact breakpoint definitions with the aid of fluorescence profiles possible. Single chromosomes from this complex approach can be analyzed in as much detail as those in single MCB probe mixes, ie at a flexible band resolution of 400-800 bands per haploid karyotype.
Damit können chromosomale Veränderungen molekularzytogenetisch auf hohem Niveau sowie vergleichsweise mit niedrigem Aufwand und in kürzester Zeit und im Idealfall nach nur einer einzigen Hybridisierung erkannt werden.In order to can chromosomal changes Molecular cytogenetic at a high level and comparatively with low effort and in the shortest possible time Time and, ideally, detected after only a single hybridization become.
Die Erfindung soll nachstehend anhand von in der Zeichnung dargestellten Ausführungsbeispielen näher erläutert werden.The Invention will be described below with reference to the drawing embodiments be explained in more detail.
Es zeigen:It demonstrate:
In
- MCB
- = chromosomen-spezifisches Multicolor banding Sondenset;
- M-FISH
- = Ganzchromosomensonde fürs entsprechende Chromosom;
- –
- = eine Sonde im entsprechenden Fluorochrom markiert;
- +
- = DAPI-Gegenfärbung.
- MCB
- = chromosome-specific multicolor banding probe set;
- M-FISH
- = Whole chromosome probe for the corresponding chromosome;
- -
- a probe is labeled in the corresponding fluorochrome;
- +
- = DAPI counterstain.
In
gleicher Weise zeigt
- MCB
- = chromosomen-spezifisches Multicolor banding Sondenset;
- M-FISH
- = Ganzchromosomensonde fürs entsprechende Chromosom;
- –
- = eine Sonde im entsprechenden Fluorochrom markiert;
- +
- = DAPI-Gegenfärbung.
- MCB
- = chromosome-specific multicolor banding probe set;
- M-FISH
- = Whole chromosome probe for the corresponding chromosome;
- -
- a probe is labeled in the corresponding fluorochrome;
- +
- = DAPI counterstain.
Die
Auswertung von mMCB kann entweder mittels der Falschfarben erfolgen
oder indem die Fluoreszenzprofile genutzt werden. Im oberen Teilbild 4C
von
Die Region, welche im letztgenannten Derivativchromosom invertiert ist, ist mit kleinen Pfeilspitzen markiert.The Region inverted in the latter derivative chromosome, is marked with small arrowheads.
Multitude
multicolor chromosome banding (mMCB) kann auch an nicht-humanen
Zellen erfolgreich angewendet werden. In
Claims (7)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10337952A DE10337952A1 (en) | 2003-08-13 | 2003-08-13 | DNA-mediated representation of chromosomal bands, useful e.g. for detecting chromosomal anomalies, using set of probes for fluorescent in situ hybridization that are matched for efficiency in a single test |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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DE10337952A DE10337952A1 (en) | 2003-08-13 | 2003-08-13 | DNA-mediated representation of chromosomal bands, useful e.g. for detecting chromosomal anomalies, using set of probes for fluorescent in situ hybridization that are matched for efficiency in a single test |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
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DE10337952A1 true DE10337952A1 (en) | 2005-03-31 |
Family
ID=34223091
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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DE10337952A Withdrawn DE10337952A1 (en) | 2003-08-13 | 2003-08-13 | DNA-mediated representation of chromosomal bands, useful e.g. for detecting chromosomal anomalies, using set of probes for fluorescent in situ hybridization that are matched for efficiency in a single test |
Country Status (1)
Country | Link |
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DE (1) | DE10337952A1 (en) |
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2003
- 2003-08-13 DE DE10337952A patent/DE10337952A1/en not_active Withdrawn
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