DE10307801A1 - Analyzing binding between macromolecules, useful for detecting nucleic acids by hybridization, where a labeled detector molecule is immobilized and becomes fluorescent only after specific binding - Google Patents
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Abstract
Description
Die Erfindung betrifft ein Analyseverfahren zur Untersuchung von spezifischen Bindungsereignissen zwischen ersten und zweiten Makromolekülen unter Einsatz von fluoreszenzmarkierten Makromolekülen und ein Analysedevice zur Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens.The invention relates to an analysis method to examine specific binding events between the first and second macromolecules using fluorescence-labeled macromolecules and a Analysis device for implementation of the method according to the invention.
Zur Untersuchung von spezifischen Bindungsreaktionen werden heutzutage sogenannte Arrays eingesetzt, die regelmäßig auf Oberflächen angeordnete Makromoleküle zum Zwecke der Analyse aufweisen. Zum Beispiel kann ein solches Array unterschiedliche Spots in regelmäßiger Anordnung aufweisen, so daß sich die einzelnen Spots durch Art bzw. spezifische Eigenschaften der Makromoleküle unterscheiden. Die Spots können Proteine oder DNA umfassen, die mit in einer Lösung befindlichen Molekülen (Probenlösung) spezifische Wechselwirkungen eingehen. Die Probenlösung wird auf die Oberfläche aufgebracht und kann dann mit den auf der Oberfläche vorhandenen Molekülen reagieren. Anschließend wird bei bekannten Verfahren die Probenlösung zumindest zum Teil wieder von der Oberfläche abgewaschen. An denjenigen Orten, an denen eine spezifische Bindung zwischen den Probenmolekülen und den Molekülen an der Oberfläche stattfand, sind die Probenmoleküle nach diesem Waschvorgang noch vorhanden. Durch Fluoreszenzmarkierung, radioaktive Markierung oder Änderung der Masse oder der elektrischen Eigenschaften kann die Position bestimmt werden, an der Probenmoleküle nach dem Waschvorgang noch vorhanden sind, so daß diese identifiziert werden können. Hieraus lassen sich entweder bei bekannten Probenmolekülen Informationen über die Eigenschaften der an der Oberfläche gebundenen Molekülen, oder bei bekannter Anordnung von Molekülen an der Oberfläche Informationen über das Vorhandensein oder die Eigenschaften von Probenmolekülen in der Lösung erhalten.To study specific Binding reactions are used today so-called arrays, who regularly on surfaces arranged macromolecules have for the purpose of analysis. For example, such Arrays of different spots in a regular arrangement, so that the individual spots by type or specific properties of the macromolecules differ. The spots can Include proteins or DNA that are specific to molecules in solution (sample solution) Enter into interactions. The sample solution is applied to the surface and can then react with the molecules on the surface. Subsequently with known methods, the sample solution is at least partially restored from the surface washed. In those places where there is a specific bond between the sample molecules and the molecules on the surface took place, are the sample molecules still present after this washing process. By fluorescent labeling, radioactive Mark or change the mass or the electrical properties can position be determined on the sample molecules after the washing process are present, so this can be identified. This can be used to obtain information about the properties of known sample molecules the one on the surface bound molecules, or with known arrangement of molecules on the surface information about the Presence or properties of sample molecules preserved in the solution.
So werden bei der Untersuchung von DNA-Sequenzen sogenannte DNA-Microarrays eingesetzt („DNA-Microarrays", herausgegeben von M. Schena, Oxford University Press, 1999). Bei solchen DNA-Microarrays und ähnlichen Hybridisierungsexperimenten werden fluoreszenzmarkierte oder radioaktiv markierte Makromoleküle unbekannter Sequenz zu deren Identifizierung auf unmarkierte Makromoleküle bekannter Sequenz hybridisiert. Eine Untersuchung von unmarkierten DNA-Makromolekülen in biologischen Proben ist so nicht möglich.So when examining So-called DNA microarrays ("DNA microarrays", published by M. Schena, Oxford University Press, 1999). With such DNA microarrays and the like Hybridization experiments are fluorescence-labeled or radioactive labeled macromolecules unknown sequence for their identification on unlabelled macromolecules Sequence hybridizes. An investigation of unlabeled DNA macromolecules in biological So rehearsals are not possible.
Zur markierungsfreien Untersuchung
von DNA-Molekülen
werden sogenannte „Molecular
Beacons" verwendet,
wie es in „Molecular
Beacons: Probes that fluoresce upon hybridization", S. Tyagi und F.R.
Kramer, Nature Biotechnology, Vol. 14, März 1996, Seiten 303ff. oder
Bei den zuletzt geschilderten Verfahren müssen die „Molecular Beacons" also mit einem fluoreszenzunterdrückenden Bestandteil an einem Ende versehen werden.With the last described procedures have to the “Molecular Beacons "with a fluorescence suppressant Component to be provided at one end.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, ein Analyseverfahren und ein Analysedevice bereitzustellen, die es ermöglichen, einfacher herzustellende bzw. zu synthetisierende „Molecular Beacons"-Strukturen zu verwenden.The object of the present invention is to provide an analysis method and an analysis device len, which make it possible to use “molecular beacons” structures that are easier to produce or synthesize.
Diese Aufgabe wird mit einem Analyseverfahren mit den Merkmalen des Anspruches 1 und einem Analysedevice mit den Merkmalen des Anspruches 9 gelöst. Die Unteransprüche sind auf vorteilhafte Ausgestaltungen gerichtet.This task is done using an analytical method with the features of claim 1 and an analysis device with the Features of claim 9 solved. The subclaims are directed to advantageous embodiments.
Bei dem erfindungsgemäßen Analyseverfahren wird eine Oberfläche bereitgestellt, auf der sich zumindest ein Meßbereich mit daran gebundenen fluoreszenzmarkierten ersten Makromolekülen befindet. Die Oberfläche ist weiterhin zumindest teilweise mit einer fluoreszenzunterdrückenden Schicht versehen. Die gebundenen Makromoleküle weisen eine Sekundärstruktur auf, die derart ausgebildet ist, daß ihre Fluoreszenz von der fluoreszenzunterdrückenden Schicht unterdrückt wird, wenn die fluoreszenzmarkierten ersten Makromoleküle keine spezifische Bindung mit anderen Makromolekülen eingegangen sind. Die Fluoreszenz wird nicht unterdrückt, wenn die ersten Makromoleküle eine spezifische Bindung mit zweiten Makromolekülen eingegangen sind. Eine Probenflüssigkeit mit zweiten Makromolekülen wird auf den Meßbereich aufgebracht und die Fluoreszenz gemessen. Der Meßbereich bzw. die Meßbereiche können sich auf der fluoreszenzunterdrückenden Schicht befinden. Die fluoreszenzunterdrückende Schicht muß nicht auf der ganzen Oberfläche vorhanden sein, sondern nur im Bereich des Meßbereiches bzw. der Meßbereiche und muß nicht zusammenhängend sein.In the analysis method according to the invention becomes a surface provided on which there is at least one measuring range with bound fluorescence-labeled first macromolecules. The surface is still at least partially with a fluorescence suppressing Layer. The bound macromolecules have a secondary structure on, which is designed such that its fluorescence from the fluorescence suppressing Layer suppressed if the fluorescence-labeled first macromolecules are none specific binding with other macromolecules. The fluorescence is not suppressed when the first macromolecules a specific bond with second macromolecules has been entered. A sample liquid with second macromolecules is on the measuring range applied and the fluorescence measured. The measuring range or ranges can on the fluorescence-suppressing layer are located. The fluorescence suppressant Shift does not have to all over the surface be present, but only in the area of the measuring range or measuring ranges and does not have to be coherent.
Durch die Sekundärstruktur der ersten Makromoleküle, die an der Oberfläche gebunden sind, ist gewährleistet, daß keine Fluoreszenz auftritt, solange keine Bindung mit zweiten Makromolekülen stattgefunden hat, da die Fluoreszenz des fluoreszenzmarkierten Bestandteiles durch die fluoreszenzunterdrückende Schicht auf der Oberfläche unterdrückt wird. Bringt man nun andere Makromoleküle in einer Probenflüssigkeit mit den ersten Makromolekülen in Verbindung, so können diese eine spezifische Bindung bzw. Hybridisierung eingehen, wenn sie zu den ersten Makromolekülen komplementäre Bestandteile aufweisen. Durch diese spezifische Bindung wird die Sekundärstruktur der ersten Makromoleküle aufgelöst und der fluoreszenzmarkierte Teil des ersten Makromoleküles wird von der fluoreszenzunterdrückenden Schicht entfernt. Die Fluoreszenz wird nicht mehr unterdrückt und kann gemessen werden. Bei dem erfindungsgemäßen Analyseverfahren ist es nicht notwendig, daß ein „Quencher" an dem DNA-Molekül gebunden sein muß. Die Synthetisierung und Bereitstellung ist also stark vereinfacht.Due to the secondary structure of the first macromolecules, the on the surface are bound is guaranteed that no Fluorescence occurs as long as no binding with second macromolecules has occurred, because the fluorescence of the fluorescently labeled component by the fluorescence-suppressing layer on the surface repressed becomes. If you now bring other macromolecules in a sample liquid the first macromolecules in connection, so can they enter into a specific binding or hybridization if them to the first macromolecules complementary Have components. Through this specific bond the secondary structure of the first macromolecules disbanded and the fluorescence-labeled part of the first macromolecule becomes from the fluorescence suppressant Layer removed. The fluorescence is no longer suppressed and can be measured. It is with the analysis method according to the invention no need for a "quencher" to be bound to the DNA molecule have to be. The synthesis and provision is therefore greatly simplified.
Bei einer vorteilhaften Ausgestaltung wird die Sekundärstruktur der ersten Makromoleküle derart ausgewählt, daß die Fluoreszenzmarkierung an einem Ende des ersten Makromoleküles vorgesehen ist und die Bindung an der Oberfläche an dem anderen Ende des ersten Makromoleküles stattfindet. Die Sekundärstruktur wird bei dieser Ausführungsform derart ausgewählt, daß ohne spezifische Bindung der ersten Makromoleküle an zweite Makromoleküle das erste Makromolekül schleifenförmig bzw. haarnadelförmig ist.In an advantageous embodiment becomes the secondary structure of the first macromolecules selected so that the Fluorescent labeling is provided at one end of the first macromolecule and the surface bond at the other end of the first macromolecule takes place. The secondary structure in this embodiment selected so that without specific binding of the first macromolecules to the second macromolecules the first macromolecule looped or hairpin-shaped is.
Eine solche Haarnadelstruktur wirkt wie folgt. Ein Ende des ersten Makromoleküles ist fluoreszenzmarkiert. Am anderen Ende ist das erste Makromolekül an der fluoreszenzunterdrückenden Schicht gebunden. Durch die haarnadel- bzw. schleifenförmige Bindung ist – wenn keine spezifische Bindung an andere Makromoleküle vorliegt – gewährleistet, daß das fluoreszenzmarkierte Ende des ersten Makromoleküles sich in direkter Nähe der fluoreszenzunterdrückenden Schicht befindet. Die Fluoreszenz wird also unterdrückt. Ein komplementäres Gegenstrangmolekül, das in dem Schleifenbereich der Haarnadel an dem ersten Makromolekül hybridisiert, öffnet die Schleife und entfernt so den fluoreszenzmarkierten Teil des ersten Makromoleküles von der fluoreszenzunterdrückenden Schicht. Dadurch steigt die Fluoreszenzintensität an und die Hybridisierung kann nachgewiesen werden. Besonders vorteilhaft ist es, wenn die Bindung des ersten Makromoleküles an der Oberfläche über das dem fluoreszenzfarbstoffmarkierten Ende entfernte Ende des ersten Makromoleküles geschieht, da dann die Entfernung zwischen dem Fluoreszenzfarbstoff und der fluoreszenzunterdrückenden Schicht im Falle der Hybridisierung mit dem zweiten Makromolekül maximal werden kann.Such a hairpin structure works as follows. One end of the first macromolecule is fluorescence-labeled. At the other end, the first macromolecule is at the fluorescence-suppressing one Layer bound. Through the hairpin or loop-shaped binding is - if there is no specific binding to other macromolecules - guaranteed that this fluorescence-marked end of the first macromolecule in the immediate vicinity of the fluorescence-suppressing Layer. The fluorescence is therefore suppressed. On complementary Strand molecule that hybridizes to the first macromolecule in the loop area of the hairpin opens the Loop and so removes the fluorescence-marked part of the first macromolecule from the fluorescence suppressant Layer. This increases the fluorescence intensity and the hybridization can be detected. It is particularly advantageous if the binding of the first macromolecule on the surface about that end of the fluorescent dye labeled end of the first Macromolecule happens since then the distance between the fluorescent dye and the fluorescence suppressing layer maximum in the case of hybridization with the second macromolecule can be.
Die fluoreszenzunterdrückende Schicht kann eine auf der Oberfläche verteilte molekulare Schicht aus Quenchermolekülen (z. B. DABCYL) sein. Besonders einfach läßt sich der fluoreszenzunterdrückende Effekt jedoch mit einer Goldschicht erreichen, die auf einfache Weise z. B. mit lithographischen Techniken auf der Oberfläche aufgebracht werden kann.The fluorescence-suppressing layer can be one on the surface distributed molecular layer of quencher molecules (e.g. DABCYL). Especially easy the fluorescence suppressant However, achieve effect with a gold layer that is simple Way z. B. applied to the surface using lithographic techniques can be.
Das Verfahren eignet sich z. B. zur Untersuchung von Nukleinsäuren, z. B. DNA oder RNA. Besonders geeignet ist das erfindungsgemäße Verfahren zur Untersuchung von DNA-Strängen, z. B. um zu untersuchen, ob in einer Flüssigkeit zu auf der Oberfläche komplementäre DNA-Stränge vorhanden sind oder umgekehrt.The method is suitable for. B. for Investigation of nucleic acids, z. B. DNA or RNA. The method according to the invention is particularly suitable for the investigation of DNA strands, z. B. to investigate whether DNA strands complementary to the surface are present in a liquid are or vice versa.
Um mehrere unterschiedliche Arten von ersten Makromolekülen zu untersuchen bzw. zur Untersuchung einzusetzen, werden bei einer bevorzugten Ausgestaltung mehrere Meßbereiche eingesetzt, die mit unterschiedlichen ersten Makromolekülen funktionalisiert sind. So kann z. B. untersucht werden, mit welcher Art von ersten Makromolekülen Makromoleküle in einer Probenflüssigkeit hybridisieren.To several different types of the first macromolecules to investigate or to use for the investigation are at a preferred embodiment used several measuring ranges with different first macromolecules are functionalized. So z. B. be examined with what kind of first macromolecules macromolecules in one sample liquid hybridize.
Bei einer solchen Ausgestaltung unter Verwendung von mehreren Meßbereichen kann eine Probenflüssigkeit mit Makromolekülen über alle Meßbereiche gleichzeitig gebracht werden. Gerade bei begrenzter Menge von Probenflüssigkeit ist eine Ausgestaltung vorteilhaft, bei der die Probenflüssigkeit als Tropfen von einem Meßbereich zum anderen bewegt wird. Dazu wird bei einer bevorzugten Ausgestaltung des erfindungsgemäßen Verfahrens der Impulsübertrag einer Oberflächenschallwelle verwendet, die auf der Oberfläche erzeugt wird. Ebenso kann der Impulsübertrag einer Oberflächenschallwelle zur Durchmischung bzw. Homogenisierung der Probenflüssigkeit verwendet werden, um die Reaktion zu beschleunigen bzw. gleichmäßig auszugestalten.In such an embodiment using several measuring ranges, a sample liquid with macromolecules can be brought over all measuring ranges simultaneously. Especially in the case of a limited amount of sample liquid, an embodiment is advantageous in which the sample liquid is moved as a drop from one measuring area to the other. In a preferred embodiment of the invention according to the method of pulse transmission of a surface sound wave that is generated on the surface. Likewise, the impulse transmission of a surface sound wave can be used to mix or homogenize the sample liquid in order to accelerate the reaction or to make it uniform.
Die Messung der Fluoreszenz kann nach Entfernen der Probenflüssigkeit geschehen. Die an den ersten Makromolekülen gebundenen zweiten Makromoleküle verbleiben nach dem Waschschritt an der Oberfläche und ermöglichen so die Vermessung der Fluoreszenz der ersten Makromoleküle. Besonders vorteilhaft läßt sich das erfindungsgemäße Verfahren jedoch einsetzen, wenn die Messung der Fluoreszenz während der Reaktion untersucht werden soll. Auf diese Weise ist die Analyse der Reaktionskinetik möglich. Da nur solche ersten Makromoleküle fluoreszieren, die mit zweiten Makromolekülen hybridisiert haben, gibt es nur ein sehr schwaches oder gar kein Hintergrundsignal, das durch Fluoreszenz ungebundener erster Makromoleküle hervorgerufen werden würde.The measurement of fluorescence can after removing the sample liquid happen. The second macromolecules bound to the first macromolecules remain after the washing step on the surface and thus enable the measurement of Fluorescence of the first macromolecules. Can be particularly advantageous the inventive method however, use when measuring fluorescence during the reaction to be examined. This is how the reaction kinetics analysis possible. Because only such first macromolecules fluoresce that have hybridized with second macromolecules there is only a very weak or no background signal passing through Fluorescence of unbound first macromolecules would be caused.
Ein erfindungsgemäßes Analysedevice eignet sich zum Einsatz mit dem erfindungsgemäßen Analyseverfahren. Es weist eine Oberfläche auf, die zumindest teilweise mit einer fluoreszenzunterdrückenden Schicht versehen ist. Weiterhin weist die Oberfläche zumindest einen Meßbereich auf, in dem fluoreszenzmarkierte erste Makromoleküle gebunden sind. Diese ersten Makromoleküle haben die Eigenschaften, wie sie oben bereits mit Bezug zum erfindungsgemäßen Analyseverfahren beschrieben sind. Ein solches Analysedevice kann an die spezifischen Gegebenheiten angepaßt sein oder in großer Anzahl vorgefertigt sein. Dabei ist das erfindungsgemäße Analysedevice mit einem Fluoreszenzscanner bzw. einem Fluoreszenzmikroskop auslesbar.An analysis device according to the invention is suitable for use with the analysis method according to the invention. It points a surface on that at least partially with a fluorescence-suppressing layer is provided. Furthermore, the surface has at least one measuring range on, in which fluorescence-labeled first macromolecules are bound are. These first macromolecules have the properties as already mentioned above with reference to the analysis method according to the invention are described. Such an analysis device can depend on the specific circumstances customized be or in large Number be prefabricated. Here is the analysis device according to the invention readable with a fluorescence scanner or a fluorescence microscope.
Die Fluoreszenz kann dabei entweder in Aufsicht oder aber unter Anregung von unten durch eine semitransparente oder nicht-vollflächige fluoreszenzunterdrückende Schicht gemessen werden.The fluorescence can either under supervision or under stimulation from below by a semi-transparent or non-full area fluorescence-suppressive Layer to be measured.
Eine vorteilhafte Ausgestaltung des Analysedevices umfaßt eine Goldschicht als fluoreszenzunterdrückende Schicht.An advantageous embodiment of the Analysis devices included a gold layer as a fluorescence-suppressing layer.
Besonders vorteilhaft ist ein Analysedevice, das mehrere Meßbereiche aufweist, die mit unterschiedlichen ersten Makromolekülen funktionalisiert sind, um eine Paralleluntersuchung möglich zu machen.An analysis device is particularly advantageous, that several measuring ranges which functionalizes with different first macromolecules to make a parallel investigation possible.
Eine vorteilhafte Weiterbildung sieht eine piezoelektrische Oberfläche oder die Oberfläche eines piezoelektrischen Festkörpers vor, auf dem zumindest ein Interdigitaltransducer zur Erzeugung von Oberflächenschallwellen vorgesehen ist. Der Impulsübertrag einer solchen Oberflächenschallwelle kann verwendet werden, um auf der Oberfläche befindliche Probenflüssigkeit zu durchmischen bzw. zu homogenisieren. Besonders vorteilhaft ist es, wenn der mindestens eine Interdigitaltransducer so angeordnet ist, daß die Ausbreitungsrichtung einer mit ihm erzeugten Oberflächenschallwelle entlang der Verbindung zwischen mindestens zwei Meßbereichen angeordnet ist. So kann durch den Impulsübertrag einer mit dem Interdigitaltransducer erzeugten Oberflächenschallwelle ein Probenflüssigkeitstropfen von einem Meßbereich zum nächsten Meßbereich transportiert werden. Selbstverständlich können mehrere Interdigitaltransducer vorgesehen sein, um ein Array von Meßbereichen auf diese Weise abzudecken.An advantageous training sees a piezoelectric surface or the surface of a piezoelectric solid before, on which at least one interdigital transducer for generation of surface sound waves is provided. The impulse transfer such a surface acoustic wave can be used to sample liquid on the surface to mix or homogenize. It is particularly advantageous it when the at least one interdigital transducer is arranged so is that the Direction of propagation of a surface sound wave generated with it along the connection between at least two measuring ranges is arranged. One can use the interdigital transducer to transmit impulses generated surface sound wave a drop of sample liquid from a measuring range to the next Measuring range be transported. Of course, several interdigital transducers can be used be provided to an array of measurement areas in this way cover.
Bei entsprechender Auswahl der Materialien
(z. B. Gold) können
die fluoreszenzunterdrückende Schicht
und die Interdigitaltransducer in einem lithographischen Herstellungsschritt
gefertigt werden. Schließlich
können
Netzwerkstrukturen reali siert werden, die aufgrund ihrer Benetzungseigenschaften
zusätzlich
eine Führung
der Flüssigkeit
gewährleisten.
Netzwerkstrukturen zur Führung
von Flüssigkeitstropfen
sind allgemein in
Besondere Ausgestaltungen der Erfindung werden anhand der anliegenden Figuren im Detail erläutert. Die Figuren sind schematischer Natur und nicht notwendigerweise maßstabsgetreu. Dabei zeigt:Special embodiments of the invention are explained in detail using the attached figures. The Figures are schematic in nature and not necessarily to scale. It shows:
Auf dem Goldfilm
Sind die Meßbereiche in Form eines Arrays
angeordnet, können
mehrere Interdigitaltransducer
Interdigitaltransducer lassen sich
z. B. mit lithographischen Techniken aus Gold auf der Oberfläche herstellen,
so daß die
als fluoreszenzunterdrückende
Schicht dienende Goldschicht
Die Verwendung des Impulsübertrages
von Oberflächenschallwellen
zur Bewegung von Flüssigkeitstropfen
auf Oberflächen
ist allgemein z. B. in
Alternativ zu den gezeigten Ausführungsformen
ist es auch möglich,
daß die
fluoreszenzunterdrückende
Schicht, hier Gold, nur im Bereich der Meßbereiche
Das erfindungsgemäße Verfahren wird mit den gezeigten
erfindungsgemäßen Devices
wie folgt durchgeführt.
Auf der Goldoberfläche
In den einzelnen Meßbereichen
Zusätzlich kann das Device temperiert werden, wenn ein Heizelement, z. B. ein Widerstandselement, oder ein Peltierelement vorgesehen ist.The device can also be tempered be when a heating element, e.g. B. a resistance element, or a Peltier element is provided.
Ist nur wenig Probenflüssigkeitsmaterial
vorhanden, können
mit einem Aufbau, der in der Draufsicht der
Insbesondere läßt sich das erfindungsgemäße Verfahren vorteilhaft für kinetische Messungen einsetzen, bei denen die Fluoreszenz während der Reaktion gemessen wird. Dadurch, daß die Fluoreszenz nur dann auftritt, wenn tatsächlich eine Hybridisierung stattgefunden hat, liegt nur ein schwaches bzw. überhaupt kein Hintergrundsignal vor.In particular, the method according to the invention can be beneficial for Use kinetic measurements in which the fluorescence during the Reaction is measured. Because the fluorescence only occurs if actually hybridization has occurred, is only weak or at all no background signal.
Wird z. B. ein einzelner Probenflüssigkeitstropfen
Um die Reaktionskinetik unabhängig von Diffusionsprozessen der Flüssigkeit auf der Oberfläche zu machen, kann es vorteilhaft sein, mit Hilfe des Impulsübertrages von Oberflächenschallwellen, die z. B. mit Interdigitaltransducern erzeugt werden, die Probenflüssigkeit zusätzlich zu homogenisieren bzw. durchzurühren.To make the reaction kinetics independent of Diffusion processes of the liquid on the surface to make, it can be advantageous with the help of the impulse transfer of surface sound waves, the z. B. generated with interdigital transducers, the sample liquid additionally to homogenize or stir.
Beispielexperiment:Example Experiment:
Auf einer Goldoberfläche ist die unten angegebene Sequenz A gebunden. Eine Probenflüssigkeit mit der unten angegebenen Sequenz B (komplementär zu A) wurde auf die Goldoberfläche aufgebracht und die Fluoreszenz im Verlauf der Zeit beobachtet. Das gleiche Experiment wurde mit der unten angegebenen Sequenz C durchgeführt, die nicht komplementär zur A ist.
- A: 5'-Cy3-GCAGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGC-3'SH
- B: 5'-CTGGCGTAATAGCGAAGAGG-3'
- C: 5'-GAAAAAAACAAAAAAA-3'
- A: 5'-Cy3-GCAGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGC-3'SH
- B: 5'-CTGGCGTAATAGCGAAGAGG-3 '
- C: 5'-GAAAAAAACAAAAAAA-3 '
Die Sequenz A bildet eine Haarnadelstruktur
durch Bindung der ersten vier (GCAG) mit den letzten vier Bestandteilen
(CTGC). Dadurch befindet sich der hier verwendete Farbstoff Cy3
in der Nähe
der fluroreszenzunterdrückenden
Goldoberfläche.
Die dazwischen befindliche Sequenz ist komplementär zur Sequenz
B. Die Sequenz B kann also in diesem Bereich an die Sequenz A angreifen
und hybridisieren. Dabei wird die Schleifenstruktur aufgelöst und der
Fluoreszenzfarbstoff entfernt sich von der die Fluoreszenz unterdrückenden
Oberfläche
Tabelle 1: Table 1:
Claims (14)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE2003107801 DE10307801A1 (en) | 2003-02-24 | 2003-02-24 | Analyzing binding between macromolecules, useful for detecting nucleic acids by hybridization, where a labeled detector molecule is immobilized and becomes fluorescent only after specific binding |
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DE (1) | DE10307801A1 (en) |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE19947616A1 (en) * | 1999-10-01 | 2001-05-03 | Fraunhofer Ges Forschung | Method and device for determining substances, such as. B. DNA sequences in a sample |
US6312906B1 (en) * | 1999-01-15 | 2001-11-06 | Imperial College Innovations, Ltd. | Immobilized nucleic acid hybridization reagent and method |
DE10055318A1 (en) * | 2000-06-09 | 2001-12-20 | Advalytix Ag | Process for specific directed manipulation of small amounts of materials on solid body surfaces comprises producing an impulse along the solid body surface, and causing the impulse |
DE10062246C1 (en) * | 2000-12-14 | 2002-05-29 | Advalytix Ag | Device for manipulating small amounts of liquid on solid body surface used in microanalysis comprises solid body substrate having surface with contacting regions, and unit for producing external force |
DE10103954A1 (en) * | 2001-01-30 | 2002-12-05 | Advalytix Ag | Macromolecule analysis method |
-
2003
- 2003-02-24 DE DE2003107801 patent/DE10307801A1/en not_active Ceased
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6312906B1 (en) * | 1999-01-15 | 2001-11-06 | Imperial College Innovations, Ltd. | Immobilized nucleic acid hybridization reagent and method |
DE19947616A1 (en) * | 1999-10-01 | 2001-05-03 | Fraunhofer Ges Forschung | Method and device for determining substances, such as. B. DNA sequences in a sample |
DE10055318A1 (en) * | 2000-06-09 | 2001-12-20 | Advalytix Ag | Process for specific directed manipulation of small amounts of materials on solid body surfaces comprises producing an impulse along the solid body surface, and causing the impulse |
DE10062246C1 (en) * | 2000-12-14 | 2002-05-29 | Advalytix Ag | Device for manipulating small amounts of liquid on solid body surface used in microanalysis comprises solid body substrate having surface with contacting regions, and unit for producing external force |
DE10103954A1 (en) * | 2001-01-30 | 2002-12-05 | Advalytix Ag | Macromolecule analysis method |
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