DE102007041656A1 - Use of marker sequences for the diagnosis of rheumatoid arthritis, where the marker sequences of a complementary DNA (cDNA) from the specific sequence is determined in a patient - Google Patents
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Abstract
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft neue Markersequenzen für rheumatoide Arthritis und deren diagnostische Verwendung samt einem Verfahren zum Screenen von potentiellen Wirkstoffen für rheumatoide Arthritis mittels dieser Markersequenzen. Ferner betrifft die Erfindung eine diagnostische Vorrichtung enthaltend solche Markersequenzen für rheumatoide Arthritis, insbesondere ein Proteinbiochip und dessen Verwendung.The The present invention relates to novel marker sequences for Rheumatoid arthritis and its diagnostic use, including one Method of screening for potential drugs for Rheumatoid arthritis using these marker sequences. Further concerns the invention provides a diagnostic device containing such marker sequences for rheumatoid arthritis, especially a protein biochip and its use.
Proteinbiochips gewinnen eine zunehmende industrielle Bedeutung in der Analytik und Diagnostik sowie in der Pharmaentwicklung. Proteinbiochips haben sich als Screeninginstrumente etabliert.protein biochips gain an increasing industrial importance in analytics and diagnostics as well as in pharmaceutical development. Have protein biochips established as screening tools.
Hierbei
wird die schnelle und hochparallele Detektion einer Vielzahl spezifisch
bindender Analysemoleküle in einem einzigen Experiment
ermöglicht. Zur Herstellung von Proteinbiochips ist es
erforderlich, die benötigten Proteine zur Verfügung
zu haben. Hierzu haben sich insbesondere Protein-Expressionsbibliotheken etabliert.
Die Hochdurchsatz-Klonierung von definierten offenen Leserahmen
ist eine Möglichkeit (
Beispielsweise
wurden die Genprodukte einer cDNA-Expressionsbibliothek aus humanem
fötalem Hirngewebe in dem bakteriellen Expressionssystem
Escherichia coli im Hochdichte-Format auf einer Membran angeordnet
und konnten erfolgreich mit unterschiedlichen Antikörpern
gescreent werden. Es konnte gezeigt werden, dass der Anteil an Volllänge-Proteinen
bei mindestens 66% liegt. Die rekombinanten Proteine aus Expressionsbibliothek
konnten darüber hinaus im Hochdurchsatz exprimiert und
aufgereinigt werden (
Ferner
sind neben Antigen-präsentierenden Proteinbiochips ebenfalls
Antikörper-präsentierende Anordnungen beschrieben
(
Es besteht jedoch ein hohes Bedürfnis indikationsspezifische diagnostische Vorrichtungen, wie einen Proteinbiochip, bereitzustellen.It however, there is a high need for indication-specific provide diagnostic devices such as a protein biochip.
Markersequenzen und deren diagnostischen Verwendung für die rheumatoide Arthritis, insbesondere in der Ausführungsform eines Proteinbiochips sowie diesbezügliche Tests für das Screening von Wirkstoffen sind im Stand der Technik nicht beschrieben.marker sequences and their diagnostic use for the rheumatoid Arthritis, especially in the embodiment of a protein biochip as well as related tests for the screening of Active ingredients are not described in the prior art.
Die Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist daher die Bereitstellung von Markersequenzen und deren diagnostischen Verwendung.The The object of the present invention is therefore the provision of marker sequences and their diagnostic use.
Die Bereitstellung von spezifischen Markersequenzen erlaubt eine sichere Diagnose und Stratifizierung von Patienten mit rheumatoide Arthritis, insbesondere mittels eines Proteinbiochips.The Provision of specific marker sequences allows a safe Diagnosis and stratification of patients with rheumatoid arthritis, in particular by means of a protein biochip.
Daher betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen zur Diagnose von rheumatoide Arthritis, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon (nachstehend: erfindungsgemäße Markersequenzen) an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.Therefore For example, the invention relates to the use of marker sequences for diagnosis of rheumatoid arthritis, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-391 or in each case one protein coding for this or one each Partial sequence or fragment thereof (hereinafter: inventive Marker sequences) is determined on a patient to be examined.
Die erfindungsgemäßen Markersequenzen konnten mittels differentiellem Screenen von Proben von gesunden Probanden mit Patientenproben mit rheumatoider Arthritis identifiziert werden.The Marker sequences of the invention could by means of differential screening of samples from healthy volunteers with patient samples be identified with rheumatoid arthritis.
Der
Begriff
In einer weiteren Ausführungsform werden mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt.In In another embodiment, at least 2 to 5 or 10, preferably 30 to 50 marker sequences or 50 to 100 or more marker sequences on a patient to be examined.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können die erfindungsgemäßen Markersequenzen ebenfalls mit bekannten Biomarker für diese Indikation kombiniert, ergänzt oder erweitert werden.In a further embodiment of the invention the marker sequences of the invention also combined with known biomarkers for this indication, be supplemented or extended.
In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Bestimmung der Markersequenzen außerhalb des menschlichen Körpers und die Bestimmung erfolgt in einer ex vivo/in vitro Diagnose.In In a preferred embodiment, the determination is made the marker sequences outside the human body and the determination is made in an ex vivo / in vitro diagnosis.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung betrifft die Erfindung die Verwendung von Markersequenzen als Diagnostika, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon ist.In Another embodiment of the invention relates to Invention the use of marker sequences as diagnostic agents, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-391 or each one coding for it Protein or in each case a partial sequence or fragment thereof.
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von rheumatoider Arthritis, wobei a.) mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon auf einem festen Träger aufgebracht wird und b.) mit Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug eines Patienten in Kontakt gebracht wird und c.) der Nachweis einer Wechselwirkung der Körperflüssigkeit oder Gewebeauszug mit den Markersequenzen aus a.) erfolgt.Further The invention relates to a method for the diagnosis of rheumatoid Arthritis, wherein a.) At least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-391 or one each for it coding protein or in each case a partial sequence or fragment of which is applied to a solid support and b.) with body fluid or tissue extract one Patient is brought into contact and c.) The evidence of an interaction the body fluid or tissue extract with the Marker sequences from a.) Is done.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls Diagnostika zur Diagnose von rheumatoider Arthritis jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils einer Teilsequenz oder Fragment davon.Therefore The invention also relates to diagnostic agents for the diagnosis of rheumatoid Arthritis in each case selected from the group SEQ 1-391 or in each case a protein coding for it or in each case a partial sequence or fragment thereof.
Der Nachweis einer solchen Wechselwirkung kann beispielsweise durch eine Sonde, insbesondere durch einen Antikörper erfolgen.Of the Evidence of such interaction can be, for example, by a probe, in particular by an antibody.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Aufgabe eine diagnostische Vorrichtung oder einen Assay, insbesondere einen Proteinbiochip, bereitzustellen, der für die rheumatoide Arthritis eine Diagnose oder Untersuchung erlaubt.Therefore The invention also relates to the task of a diagnostic Device or an assay, in particular a protein biochip, which is used for rheumatoid arthritis Diagnosis or examination allowed.
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Stratifizieren, insbesondere zur Risikostratifizierung und/oder Therapiesteuerung eines Patienten mit rheumatoider Arthritis, wobei mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein an einem zu untersuchenden Patienten bestimmt wird.Furthermore, the invention relates to a method for stratifying, in particular for risk stratification and / or therapy control of a patient with rheumatoid arthritis, wherein at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-391 or in each case a protein coding for this egg in the patient to be examined.
Ferner umfasst ist die Stratifizierung der Patienten mit rheumatoider Arthritis in neue oder etablierte Subgruppen der rheumatoiden Arthritis, sowie die sinnvolle Auswahl von Patientengruppen für die klinische Entwicklung von neuen Therapeutika. Der Begriff Therapiesteuerung umfasst ebenfalls die Einteilung von Patienten in Responder und Nicht-Responder bezüglich einer Therapie oder dessen Therapieverlauf.Further includes stratification of patients with rheumatoid arthritis in new or established subgroups of rheumatoid arthritis, as well the sensible selection of patient groups for clinical development of new therapeutics. The term therapy control also includes the classification of patients into responders and non-responders a therapy or its course of therapy.
„Diagnose" im Sinne dieser Erfindung bedeutet die positive Feststellung der rheumatoiden Arthritis mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen sowie die Zuordnung der Patienten zu der rheumatoiden Arthritis. Der Begriff der Diagnose umfasst die medizinische Diagnostik und diesbezügliche Untersuchungen, insbesondere die in-vitro Diagnostik und Labordiagnostik, ebenfalls Proteomics und Nukleinsäureblots. Weitere Untersuchungen können zur Absicherung und zum Ausschluss anderen Krankheiten vonnöten sein. Daher umfasst der Begriff Diagnose ebenfalls die Differentialdiagnose der rheumatoiden Arthritis mittels der erfindungsgemäßen Markersequenzen sowie die Prognose der rheumatoiden Arthritis."Diagnosis" For the purposes of this invention means the positive finding of rheumatoid arthritis by means of the invention Marker sequences and the assignment of patients to the rheumatoid Arthritis. The term diagnosis includes medical diagnostics and related studies, especially in vitro Diagnostics and laboratory diagnostics, also proteomics and nucleic acid blots. Further investigations can be made for protection and exclusion other diseases are needed. Therefore, the term includes Diagnosis also the differential diagnosis of rheumatoid arthritis by means of the marker sequences according to the invention as well as the prognosis of rheumatoid arthritis.
„Stratifizieren (auch: Stratifikation) oder Therapiesteuerung" im Sinne dieser Erfindung bedeutet, dass das erfindungsgemäße Verfahren Entscheidungen zur Behandlung und Therapie des Patienten erlaubt, sei es Hospitalisierung des Patienten, Einsatz, Wirkung und/oder Dosierung eines oder mehrerer Arzneimittel, eine therapeutische Maßnahme oder die Überwachung eines Krankheitsverlaufes sowie Therapieverlauf bzw. Ätiologie oder Klassifizierung einer Erkrankung, z. B. in einen neuen oder bestehenden Subtyp oder die Differenzierung von Krankheiten und dessen Patienten."Stratify (also: stratification) or therapy control "in the sense of this invention means that the inventive method Decisions to treat and treat the patient, be it hospitalization of the patient, use, effect and / or Dosage of one or more drugs, a therapeutic Measure or monitor disease progression as well as treatment course or etiology or classification a disease, eg. In a new or existing subtype or the differentiation of diseases and their patients.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst der Begriff „Stratifizierung" insbesondere die Risikostratifizierung mit der Prognose eines „outcome" eines nachteiligen gesundheitlichen Ereignisses.In Another embodiment of the invention comprises Term "stratification" in particular the risk stratification with the prognosis of an "outcome" of an adverse health Event.
Im Rahmen dieser Erfindung wird unter „Patient" ein beliebiger Proband – Mensch oder Säugetier – verstanden, mit der Maßgabe, dass der Proband auf rheumatoide Arthritis untersucht wird.in the For purposes of this invention, "patient" is any Subject - human or mammal - understood, with the proviso that the subject on rheumatoid arthritis is examined.
Der
Begriff „Markersequenzen" im Sinne dieser Erfindung bedeutet,
dass die cDNA oder das jeweils daraus erhältliche Polypeptid
oder Protein signifikant für rheumatoide Arthritis sind.
Beispielsweise können die cDNA oder das jeweils daraus
erhältliche Polypeptid oder Protein eine Wechselwirkung
mit Substanzen aus der Körperflüssigkeit oder
Gewebeauszug eines Patienten mit rheumatoider Arthritis aufweisen
(z. B. Antigen (Epitop)/Antikörper (Paratop) Wechselwirkung).
Im Sinne der Erfindung bedeutet „wobei mindestens eine Markersequenz
einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391
oder jeweils ein dafür kodierendes Protein oder jeweils
einer Teilsequenz oder Fragment davon an einem zu untersuchenden
Patienten bestimmt wird", dass eine Wechselwirkung zwischen der
Körperflüssigkeit oder Gewebeauszuges eines Patienten
und den erfindungsgemäßen Markersequenzen nachgewiesen
wird. Eine solche Wechselwirkung ist z. B. eine Bindung, insbesondere
eine bindende Substanz an mindestens einer erfindungsgemäßen
Markersequenz oder im Fall einer cDNA die Hybridisierung mit einer
geeigneten Substanz unter gewählten Bedingungen, insbesondere stringenten
Bedingungen (
Solche Substanzen sind erfindungsgemäß Bestandteil einer Körperflüssigkeit, insbesondere Blut, Vollblut, Blutplasma, Blutserum, Patientenserum, Urin, Cerebrospinalflüssigkeit, Synovialflüssigkeit oder eines Gewebeauszuges des Patienten.Such According to the invention, substances are part of a Body fluid, especially blood, whole blood, Blood plasma, blood serum, patient serum, urine, cerebrospinal fluid, Synovial fluid or a tissue extract of the patient.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung können jedoch die erfindungsgemäßen Markersequenzen in einer signifikant höheren oder niedrigeren Expressionsrate oder Konzentration vorliegen, dass auf die rheumatoide Arthritis hinweist. Hierbei wird mittels Proteomics oder Nukleinsäureblots die relativen Expressionsraten krank/gesund der erfindungsgemäßen Markersequenzen für rheumatoide Arthritis bestimmt.In a further embodiment of the invention however, the marker sequences according to the invention in a significantly higher or lower expression rate or concentration that is present on rheumatoid arthritis points. This is done by means of proteomics or nucleic acid blots the relative expression rates ill / healthy of the invention Marker sequences for rheumatoid arthritis determined.
Die Markersequenzen verfügen in einer weiteren Ausführungsform der Erfindung über ein Erkennungssignal, welches an die zu bindende Substanz adressiert ist (z. B. Antikörper, Nukleinsäure). Erfindungsgemäß bevorzugt ist für ein Protein das Erkennungssignal ein Epitop und/oder Paratop und/oder Hapten und für eine cDNA eine Hybridisierungs- oder Bindungsregion.The Marker sequences have a further embodiment the invention via a detection signal, which to the the substance to be bound is addressed (eg antibody, nucleic acid). According to the invention is preferred for a Protein the recognition signal an epitope and / or paratope and / or Hapten and for a cDNA a hybridization or binding region.
Die
erfindungsgemäßen Markersequenzen sind Gegenstand
der Tabelle A und können durch den jeweilig zitierten Datenbankeintrag
(auch mittels Internet:
Erfindungsgemäß umfassen die Markersequenzen auch solche Modifikationen der cDNA-Sequenz und der entsprechenden Aminosäuresequenz, wie chemische Modifikation, wie Citrullinierung, Acetylierung, Phosphorylierung, Glykosilierung oder polyA-Strang und weiteren dem Fachmann einschlägig bekannte Modifikationen.According to the invention the marker sequences also include such modifications of the cDNA sequence and the corresponding amino acid sequence, such as chemical modification, such as citrullination, acetylation, phosphorylation, glycosylation or polyA strand and others relevant to the person skilled in the art known modifications.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung sind ebenfalls Teilsequenzen oder Fragmente der erfindungsgemäßen Markersequenzen umfasst. Insbesondere solche Teilsequenzen, die eine Identität von 95%, 90%, insbesondere 80% oder 70% mit den erfindungsgemäßen Markersequenzen aufweisen.In Another embodiment of the invention are also Partial sequences or fragments of the invention Includes marker sequences. In particular, those subsequences, the an identity of 95%, 90%, especially 80% or 70% having the marker sequences according to the invention.
In einer weiteren Ausführungsform kann die jeweilige Markersequenz in unterschiedlichen Mengen in einen oder mehreren Bereichen auf einem festen Träger repräsentiert sein. Dies erlaubt eine Variation der Sensitivität. Die Bereiche können jeweils eine Gesamtheit von Markersequenzen aufweisen, d. h. eine genügende Zahl an verschiedenen Markersequenzen, insbesondere 2 bis 5 oder 10 oder mehr und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Bevorzugt sind jedoch mindestens 96 bis 25.000 (numerisch) oder mehr aus verschiedenen oder gleichen Markersequenzen und weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker. Weiterhin bevorzugt sind mehr als 2.500, besonders bevorzugt 10.000 oder mehr verschiedene oder gleiche Markersequenzen und ggfs. weiteren Nukleinsäuren und/oder Proteinen, insbesondere Biomarker.In In another embodiment, the respective marker sequence in different amounts in one or more areas be represented a solid carrier. This allows a variation of sensitivity. The areas can each comprise a total of marker sequences, d. H. a sufficient number of different marker sequences, in particular 2 to 5 or 10 or more and optionally further nucleic acids and / or proteins, especially biomarkers. However, preferred are at least 96 to 25,000 (numerically) or more from different or the same marker sequences and other nucleic acids and / or proteins, especially biomarkers. Further preferred are more than 2,500, more preferably 10,000 or more different or the same marker sequences and, if necessary, further nucleic acids and / or proteins, especially biomarkers.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft eine Anordnung von Markersequenzen enthaltend mindestens eine Markersequenz einer cDNA ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1–391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein. Vorzugsweise enthält die Anordnung mindestens 2 bis 5 oder 10, vorzugsweise 30 bis 50 Markersequenzen oder 50 bis 100 oder mehr Markersequenzen.One Another object of the invention relates to an arrangement of marker sequences containing at least one marker sequence of a cDNA selected from the group SEQ 1-391 or one each for it coding protein. Preferably, the arrangement contains at least 2 to 5 or 10, preferably 30 to 50 marker sequences or 50 to 100 or more marker sequences.
Im
Rahmen dieser Erfindung bedeutet „Anordnung" synonym „Array"
und sofern dieser „Array" zur Identifizierung von zu Substanzen
an Markersequenzen verwendet wird, ist hierunter ein „Assay"
oder diagnostische Vorrichtung zu verstehen. In einer bevorzugten
Ausführungsform ist die Anordnung derart gestaltet, dass
die auf der Anordnung repräsentierten Markersequenzen in
Form eines Gitters auf einem festen Träger vorliegen. Ferner
sind solche Anordnungen bevorzugt, die eine hochdichte (high-density)
Anordnung von Proteinbindern erlauben und die Markersequenzen gespottet
werden. Solche hochdichte gespotteten Anordnungen sind beispielsweise
in der
Im Rahmen dieser Erfindung umfasst jedoch der Begriff „Assay" oder diagnostische Vorrichtung ebenfalls solche Ausführungsformen einer Vorrichtung, wie ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western Blot, immunchromatographische Verfahren (z. B. so genannte Lateral Flow Immunoassays) oder ähnliche immunologische Single- oder Multiplex-Nachweisverfahren. Ein Proteinbiochip im Sinne dieser Erfindung ist die systematische Anordnung von Proteinen auf einem festen Träger.in the However, within the scope of this invention, the term "assay" includes or diagnostic device also such embodiments a device such as ELISA, Bead-based Assay, Line Assay, Western Blot, immunochromatographic methods (eg so-called lateral Flow immunoassays) or similar immunological single or multiplex detection method. A protein biochip in the sense of this Invention is the systematic arrangement of proteins on one solid carrier.
Die Markersequenzen der Anordnung sind auf einen festen Träger fixiert, vorzugsweise jedoch gespottet oder immobilisiert gar aufgedruckt, d. h. reproduzierbar aufgebracht. Ein oder mehrere Markersequenzen können mehrfach in der Gesamtheit aller Markersequenzen präsent sein und in unterschiedlichen Mengen bezogen auf einen Spot vorliegen. Ferner können die Markersequenzen auf dem festen Träger standardisiert sein (z. B. mittels serieller Verdünnungsreihen von z. B. Humanglobulinen als interne Kalibratoren zur Datennormalisierung und quantitativen Auswertung).The Marker sequences of the assembly are on a solid support fixed, but preferably spotted or immobilized even printed, d. H. applied reproducibly. One or more marker sequences can multiply in the totality of all marker sequences be present and in different quantities based on have a spot. Furthermore, the marker sequences be standardized on the solid support (eg Serial dilution series of z. B. human globulins as internal calibrators for data normalization and quantitative evaluation).
Daher betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip bestehend aus einer Anordnung enthaltend erfindungsgemäße Markersequenzen.Therefore For example, the invention relates to an assay or protein biochip from an arrangement containing inventive Marker sequences.
In
einer weiteren Ausführungsform liegen die Markersequenzen
als Clone vor. Solche Clone können beispielsweise mittels
einer erfindungsgemäßen cDNA-Expressionsbibliothek
erhalten werden (
Expressionsbibliotheken
sind dem Fachmann bekannt, diese können nach Standardwerken,
wie
Weiterhin
bevorzugt sind Proteinbiochips oder entsprechende Expressionsbibliotheken,
die keine Redundanz aufweisen (so genannte: Uniclone®-Bibliothek)
und nach den Lehren der
Im Rahmen dieser Erfindung können die Clone ebenfalls nicht abschließend solche sein, wie transformierte Bakterien, rekombinante Phagen oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen.in the Also within the scope of this invention, the clones can not finally, such as transformed bacteria, recombinant phage or transformed mammalian cells, Insects, fungi, yeasts or plants.
Die Clone werden auf einen festen Träger fixiert, gespottet oder immobilisiert.The Clones are fixed on a solid support, spotted or immobilized.
Daher betrifft die Erfindung eine Anordnung, wobei die Markersequenzen als Clone vorliegen.Therefore The invention relates to an arrangement wherein the marker sequences exist as clones.
Zusätzlich können die Markersequenzen in der jeweiligen Form in Form eines Fusionsproteins vorliegen, welches beispielsweise mindestens ein Affinitätsepiptop oder "Tag" enthält. Der Tag kann ein solcher sein wie wie c-myc, His-Tag, Arg-tag, FLAG, alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, HAT-tag, NusA, S-tag, SBP-tag, Thioredoxin, DsbA, ein Fusionsprotein, vorzugsweise eine Cellulose-bindende Domäne, grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein, calmodulin-bindendes Protein, Glutathione S-transferase oder lacZ enthalten.additionally The marker sequences can be in the appropriate form in the form a fusion protein, which, for example, at least contains an affinity epitope or "tag". Of the Day can be such as c-myc, His-tag, Arg-tag, FLAG, alkaline phosphatase, V5 tag, T7 tag or strep tag, HAT tag, NusA, S-tag, SBP-tag, thioredoxin, DsbA, a fusion protein, preferably a cellulose-binding domain, green fluorescent Protein, maltose binding protein, calmodulin binding protein, Glutathione S-transferase or lacZ included.
In sämtlichen Ausführungsformen umfasst der Begriff "fester Träger" Ausführungen wie einen Filter, eine Membran, ein magnetisches oder Fluorophor-markiertes Kügelchen, ein Silizium-Wafer, Glas, Metall, Kunststoff, ein Chip, ein massenspektrometrisches Target oder eine Matrix. Ein Filter ist jedoch erfindungsgemäß bevorzugt.In All embodiments include the term "solid support" designs such as a filter, a Membrane, a magnetic or fluorophore-labeled bead, a silicon wafer, glass, metal, plastic, a chip, a mass spectrometer Target or a matrix. However, a filter is preferred according to the invention.
Als Filter ist weiterhin PVDF, Nitrocellulose oder Nylon bevorzugt (z. B. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N+ Amersham).When Filter is further preferred PVDF, nitrocellulose or nylon (z. Immobilon P Millipore, Protran Whatman, Hybond N + Amersham).
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Anordnung entspricht diese einem Gitter, dass die Größenordnung einer Mikrotiterplatte (8–12 Wells Streifen, 96 Wells, 384 Wells oder mehr), eines Silizium-Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.In a further preferred embodiment of the invention Arrangement this corresponds to a grid that the order of magnitude a microtiter plate (8-12 wells strips, 96 wells, 384 wells or more), a silicon wafer, a chip, one mass spectrometric targets or a matrix.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung einen Assay oder Proteinbiochip zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für rheumatoide Arthritis, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.In In another embodiment, the invention relates to a Assay or protein biochip for identification and characterization a substance for rheumatoid arthritis, characterized that an arrangement or assay according to the invention with a.) At least one substance to be examined in contact and b.) a binding success is detected.
Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zum Identifizieren und Charakterisieren einer Substanz für rheumatoide Arthritis, dadurch gekennzeichnet, dass eine erfindungsgemäße Anordnung oder Assay mit a.) mindestens einer zu untersuchenden Substanz in Kontakt gebracht wird und b.) ein Bindungserfolg nachgewiesen wird.Further The invention relates to a method for identifying and characterizing a substance for rheumatoid arthritis, characterized that an arrangement or assay according to the invention with a.) At least one substance to be examined in contact and b.) a binding success is detected.
Die zu untersuchende Substanz kann ein beliebiges natives oder nicht-natives Biomolekül, ein synthetisches chemisches Molekül, eine Mischung oder eine Substanzbibliothek sein.The substance to be examined may be any native or non-native Biomolecule, a synthetic chemical molecule, a mixture or substance library.
Nachdem die zu untersuchende Substanz eine Markersequenz kontaktiert, erfolgt die Auswertung des Bindungserfolges, die beispielsweise unter Verwendung mit handelsüblicher Image-Analyse Software (GenePix Pro (Axon Laboratories), Aida (Ragtest), ScanArray (Packard Bioscience) erfolgt.After this the substance to be examined contacts a marker sequence the evaluation of binding success, for example, using with commercially available image analysis software (GenePix Pro (Axon Laboratories), Aida (Ragtest), ScanArray (Packard Bioscience) he follows.
Die Visualisierung erfindungsgemäßer Protein-Protein-Wechselwirkungen (z. B. Protein an Markersequenz, wie Antigen/Antikörper) oder entsprechende „Mittel zum Nachweis des Bindungserfolges" kann beispielsweise mittels Fluoresenzmarkierung, Biotiniylierung, Radio-Isotopen-Markierung oder kolloidale Gold- oder Latex-Partikel-Markierung in üblicher Weise erfolgen. Ein Nachweis von gebundenen Antikörpern erfolgt mit Hilfe von sekundären Antikörpern, die mit handelsüblichen Reportermolekülen markiert sind (z. B. Cy-, Alexa-, Dyomics, FITC- oder ähnliche Fluoreszenzfarbstoffe, kolloidale Gold- oder Latex-Partikel), oder mit Reporter-Enzymen wie alkalischer Phosphatase, Meerrettichperoxidase, usw. und den entsprechenden colorimetrischen, fluoreszenten oder chemolumineszenten Substraten. Eine Auslesung erfolgt z. B. mittels eines Microarray-Laserscanners, einer CCD-Kamera oder visuell.The visualization of protein-protein interactions according to the invention (for example protein on marker sequence, such as antigen / antibody) or corresponding "means for detecting the binding success" can be carried out, for example, by means of fluorescence labeling, biotinization, radioisotope labeling or colloidal gold or latex Particle labeling is carried out in a conventional manner. Detection of bound antibodies takes place using secondary antibodies labeled with commercial reporter molecules (eg Cy, Alexa, Dyomics, FITC or similar fluorescent dyes, colloidal gold or latex particles), or with reporter enzymes such as alkaline phosphatase, horseradish peroxidase , etc. and the corresponding colorimetric, fluorescent or chemiluminescent substrates. A reading takes place z. Example by means of a microarray laser scanner, a CCD camera or visually.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ein Arzneimittel/Wirkstoff oder Prodrug für rheumatoide Arthritis entwickelt und erhältlich durch den Einsatz des erfindungsgemäßen Assays oder Proteinbiochip.In In another embodiment, the invention relates to a Drug / drug or prodrug for rheumatoid arthritis developed and available by the use of the invention Assays or protein biochip.
Daher betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung einer erfindungsgemäßen Anordnung oder einem Assay zum Screenen von Wirkstoffen für rheumatoide Arthritis.Therefore The invention also relates to the use of an inventive Arrangement or assay for screening drugs for Rheumatoid arthritis.
Daher betrifft die Erfindung in einer weiteren Ausführungsform ebenfalls ein Target zur Behandlung und Therapie von rheumatoider Arthritis jeweils ausgewählt aus der Gruppe SEQ 1– 391 oder jeweils ein dafür kodierendes Protein.Therefore relates to the invention in a further embodiment also a target for the treatment and therapy of rheumatoid Arthritis in each case selected from the group SEQ 1-391 or one protein coding for each.
In einer weiteren Ausführungsform betrifft die Erfindung ebenfalls die Verwendung der erfindungsgemäßen Markersequenzen, vorzugsweise in Form einer Anordnung, als Affinitätsmaterial zur Durchführung einer Apherese bzw. iwS. einer Blutwäsche, wobei Substanzen aus Körperflüssigkeiten eines Patienten mit rheumatoider Arthritis, wie Blut oder Plasma, an die erfindungsgemäßen Markersequenzen binden und folglich der Körperflüssigkeit selektiv entzogen werden können.In In another embodiment, the invention also relates the use of the marker sequences according to the invention, preferably in the form of an array, as an affinity material for performing an apheresis or iwS. a blood wash, being substances from body fluids of a Patients with rheumatoid arthritis, such as blood or plasma, to the bind marker sequences of the invention and thus the Body fluid can be selectively withdrawn.
Beispiele und Figuren:Examples and figures:
Zehn oder mehr Patientenproben wurden individuell gegen eine cDNA Expressionsbibliothek gescreent. Die rheumatoide Arthritis-spezifischen Expressionsklone wurden ermittelt durch einen Vergleich mit zehn oder mehr gesunden Proben. Die Identität der Markersequenzen wurde durch DNA-Sequenzierung ermittelt.ten or more patient samples were individually against a cDNA expression library screened. The rheumatoid arthritis-specific expression clones were determined by comparison with ten or more healthy ones Rehearse. The identity of the marker sequences was determined by DNA sequencing determined.
In
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Zitierte PatentliteraturCited patent literature
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