Es
ist eine Aufgabe der. Erfindung, isolierte insektische Nukleinsäuremoleküle und Proteine,
welche Targets für
Pestizide sind, bereitzustellen. Die isolierten Insekten-Nukleinsäüremoleküle, wie
hier bereitgestellt, sind verwendbar zur Produktion von Insekten-Proteinen,
die von ihnen kodiert werden. Insekten-Proteine sind verwendbar
in Assays, um Verbindungen zu identifizieren, welche eine biologische Aktivität der Proteine
modulieren, wobei die Assays Verbindungen identifizieren, welche
nützlich
als Pestizide sein können.
Es ist eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung, Gene von wirbellosen
Tieren zur Verfügung
zustellen, die für
Enzyme kodieren, welche in genetischen Screening-Verfahren verwendet
werden können,
um mechanistische Pfade zu charakterisieren, in welche solche Gene
involviert sein können, wie
auch andere wechselwirkende genetische mechanistische Pfade. Es
ist des weiteren eine Aufgabe der Erfindung, Verfahren zur Verfügung zu
stellen zum Screenen von Verbindungen, die mit dem zentralen Enzym
eines wirbellosen Tieres wechselwirken. Verbindungen, die mit einem
zentralen Enzym eines wirbellosen Tieres interagieren, können Verwendbarkeit
als Therapeutika oder Pestizide aufweisen.
Kurze Beschreibung
der Zeichnungen
1A und 1B stellen
die Nucleotidsequenz von Heliothis SERCA-artiger CaATPase cDNA (SEQ
ID NO:01) dar.
2 stellt
die translatierte Aminosäuresequenz
von einer Heliothis SERCA-ähnlichen
CaATPase (SEQ ID NO:02) dar.
3 zeigt
ein Schema des Luciferin/Luciferase-Nachweises für ATP.
DEFINITIONEN
Wie
hier verwendet bedeutet der Begriff "isoliert", dass ein Polynukleotid, ein Polypeptid,
ein Antikörper
oder eine Wirtszelle beschrieben werden, die in einer Umgebung sind,
welche verschieden von derjenigen ist, in welcher das Polynukleotid,
das Polypeptid, der Antikörper
oder die Wirtszelle natürlicherweise
vorkommen. Wie hier verwendet bezieht sich der Begriff "substanziell gereinigt" auf eine Verbindung
(beispielsweise entweder ein Polynukleotid oder ein Polypeptid oder
ein Antikörper)
die aus ihrer natürlichen
Umgebung entfernt wurde und zu zumindestens 60 % frei, 75 % frei
oder 90 % frei von anderen Komponenten ist, mit denen sie natürlicherweise assoziiert
ist.
Die
Bezeichnung "Polynukleotid" und "Nukleinsäuremolekül", die hier austauschbar
verwendet werden, beziehen sich auf polymere Formen von Nukleotiden
in irgendeiner Länge,
entweder Ribonukleotide oder Desoxynukleotide. Folglich schließt diese Bezeichnung
ein, sind jedoch nicht limitiert auf einfach-, doppel- oder vielsträngige DNA
oder RNA, genomische DNA, cDNA, DNA-RNA-Hybride, oder ein Polymer
umfassend Purin- und Pyrimidinbasen oder andere natürliche,
chemisch oder biochemisch modifizierte, nicht-natürliche oder
derivatisierte Nukleotidbasen. Das Rückgrat (backbone) des Polynukleotids kann
Zucker und Phosphatgruppen umfassen (wie sie typischerweise in RNA
oder DNA gefunden werden), oder modifizierte oder substituierte
Zucker- oder Phosphatgruppen. Alternativ kann das Rückgrat des
Polynukleotids ein Polymer von synthetischen Subeinheiten umfassen,
wie z.B. Phosphoramidite, und kann daher ein Oligodesoxynukleosidphosphoramidat
oder ein gemischtes Phosphoramidat-Phosphodiester-Oligomer sein. Peyrottes
et al. (1996) Nucl. Acids Res. 24:1841-1848; Chaturvedi et al. (1996) Nucl.
Acids Res. 24:2318-2323. Ein Polynukleotid kann modifizierte Nukleotide
umfassen, wie z.B. methylierte Nukleotide und Nukleotid-Analoga,
Uracyl oder Zucker und verknüpfende
Gruppen wie z.B. Fluororibose und Thioat und Nukleotid-Verzweigungen umfassen.
Die Sequenz der Nukleotide kann durch Nichtnukleotidkomponenten
unterbrochen sein. Ein Polynukleotid kann des Weiteren nach Polymerisation
modifiziert sein, wie z.B. durch Konjugation mit einer gelabelten
Komponente. Andere Typen von Modifizierungen eingeschlossen in dieser
Definition sind Caps, Substitutionen von einer oder mehreren der natürlich vorkommenden
Nukleotiden mit einem Analog und das Einbringen von Mitteln zum
Anheften von Polynukleotiden an Proteine, Metallionen, Labeling-Komponenten,
andere Polynukleotide oder eine feste Unterlage.
Für Hybridisierungssonden
kann es wünschenswert
sein, Nukleinsäureanaloga
zu verwenden, um die Stabilität
und die Bindungsaffinität
zu verbessern. Eine Reihe von Modifikationen wurde beschrieben,
die die Chemie des Phosphodiesterrückgrates, der Zucker oder der
heterocyclischen Basen verhindert.
Unter
den vollen Veränderungen
in der Rückgratchemie
sind Phosphorthioate; Phosphorodithioate, wo beide der nicht-verbrückenden
Sauerstoffe mit Schwefel substituiert Sind; Phosphoramidite; Alkylphosphotriester
und Boranophosphate. Achirale Phosphatderivate schließen 3'-O-5'-S-Phosphorthioat,
3'-S-5'-O-Phosphorthioat,
3'-CH2-5'-O-Phosphonat und 3'-NH-5'-O-Phosphoramidat
ein. Peptidnukleinsäuren
ersetzen das gesamte Phosphodiesterrückgrat mit einer Peptidverknüpfung.
Zuckermodifizierungen
werden auch verwendet, um die Stabilität oder Affinität zu verbessern. Das α-Anomer der
Desoxyribose kann verwendet werden, wo die Base invertiert ist im
Hinblick auf das natürliche β-Anomer.
Das 2'-OH des Ribosezuckers kann
verändert
werden, um 2'-O-Methyl-
oder 2'-O-Allylzucker
auszubilden, was Resistenz gegen den Abbau verleiht, ohne die Affinität zu beeinträchtigen.
Die Modifikation der heterocyclischen Basen muss die richtige Basenpaarbildung
aufrechterhalten. Einige bedeutsame Substitutionen schließen Desoxyuridin
für Desoxythymidin;
5-Methyl-2'-Desoxycytidin und
5-Bromo-2'-Desoxycytidin
für Desoxycytidin
ein. 5-Propinyl-2'-Desoxyuridin und
5-Propinyl-2'-Desoxycytidin
konnten als die Affinität
und die biologi sche Aktivität
verbessernd gezeigt werden, wenn sie Desoxythymidin bzw. Desoxycytidin
substituierten.
Die
Bezeichnung "Polypeptid" und "Protein" wie hier austauschbar
verwendet betrifft eine polymerische Form von Aminosäuren jeglicher
Länge,
welche kodierte und nicht-kodierte
Aminosäuren
einschließen,
chemisch oder biochemisch modifizierte oder derivatisierte Aminosäuren und
Polypeptide, die modifizierte Peptidrückgrate (backbones) aufweisen. Die
Bezeichnung schließt
Fusionsproteine ein, einschließend,
jedoch nicht limitiert auf Fusionsproteine mit einer heterologen
Aminosäuresequenz,
Fusionen mit heterologen oder homologen Leadersequenzen, mit oder
ohne N-terminale Methioninreste; immunologisch getagte Proteine
und dergleichen ein.
Eine "Wirtszelle" wie hier verwendet
bezeichnet Mikroorganismen oder eukaryontische Zellen oder Zelllinien
kultiviert als unizelluläre
Entitäten, welche
verwendet werden können
als Empfänger
für rekombinante
Vektoren oder andere Transferpolynukleotide oder entsprechend verwendet
worden sind und schließend
die Nachkommen der originalen Zelle, welche transfiziert wurde,
ein. Es versteht sich, dass die Nachkommen einer einzelnen Zelle
nicht notwendigerweise vollständig
identisch in ihrer Morphologie oder in genomischem oder gesamtem DNA-Komplement
mit der originalen Elternzelle sein müssen, und zwar auf Grund von
natürlicher,
zufälliger
oder gewünschter
Mutation. Eine "rekombinante Wirtszelle" ist eine Wirtszelle,
in welche ein gewünschtes
Nukleinsäuremolekül oder ein
gewünschter
rekombinanter Vektor eingebracht worden ist.
Durch "Transformation" ist eine permanente oder
vorübergehende
genetische Veränderung
induziert in einer Zelle gefolgt vom Einbringen einer neuen DNA
(d.h. DNA-exogen zu der Zelle) gemeint. Genetische Veränderung
kann entweder durch Einbringen der neuen DNA in das Genom der Wirtszelle oder
durch vorübergehende
oder stabiler Erhaltung der neuen DNA als ein episomales Element
realisiert werden. Wenn die Zelle eine eukaryontische Zelle ist wird
eine permanente genetische Veränderung
im Allgemeinen durch Einbringen der DNA in das Genom der Zelle erreicht.
Bevor
die vorliegende Erfindung weiter beschrieben wird, sollte es sich
verstehen, dass diese Erfindung nicht limitiert auf besondere Ausführungsformen,
wie sie beschrieben werden, ist, da diese selbstverständlich variieren
können.
Es sollte sich auch verstehen, dass die hier verwendete Terminologie
nur zum Zwecke der Beschreibung spezieller Ausführungsformen dient und nicht
limitierend gedacht ist, da der Umfang der Erfindung nur durch die angefügten Ansprüche limitiert
sein wird.
Wo
ein Bereich von Werten bereitgestellt wird, versteht es sich, dass
jeder dazwischenliegende Wert, auf das Zehntel der Einheit der unteren Grenze,
solange der Kontext nicht klar etwas anderes vorschreibt, zwischen
der oberen und unteren Grenze des Bereichs, sowie jeder angegebene
oder dazwischenliegende Wert im angegebenen Bereich innerhalb der
Erfindung eingeschlossen ist. Die oberen und unteren Grenzen dieser
kleineren Bereiche können
unabhängig
voneinander in den kleineren Bereichen eingeschlossen sein und sind
auch innerhalb der Erfindung umfasst, unter Vorbehalt irgendwelcher
speziell ausgeschlossener Grenzen im genannten Bereich. Wo der genannte
Bereich eine oder beide der Grenzen einschließt, sind Bereiche die eine von
beiden dieser eingeschlossenen Grenzen ausschließen, auch in der Erfindung
eingeschlossen.
Solang
nicht anderweitig definiert ist, haben alle technischen und wissenschaftlichen
Begriffe, die hier verwendet werden, die gleiche Bedeutung, die üblicherweise
vom Fachmann auf dem Gebiet, zu welchem die Erfindung gehört, verstanden
wird. Obwohl jegliche Verfahren und Materialien, die ähnlich oder
gleichwertig zu denjenigen wie hier beschrieben sind, auch in der
Praxis oder zum Test der vorliegenden Erfindung verwendet werden
können,
werden die bevorzugten Verfahren und Materialien nun beschrieben.
Alle Publikationen, die hier erwähnt
werden, sind durch Verweis hierin eingeschlossen, um die Verfahren
und/oder Materialien zu beschreiben in deren Zusammenhang die Publikationen
zitiert werden.
Es
sollte festgehalten werden, dass wie hier verwendet in den beigefügten Ansprüchen die
Singularformen "ein", "und" und "der/die" plurale Bezüge einschließen, solange
der Kontext nicht klar das Gegenteil angibt. Folglich schließt die Bezeichnung "ein pestizidales
Agens" eine Vielzahl
solcher Agenzien ein, und der Verweis auf "die SERCA-ähnliche
ATPase" schließt den Verweis
auf eines oder mehrere solcher Enzyme und Äquivalente davon, die dem Fachmann
auf dem Gebiet bekannt sind, ein usw.
Die
hier diskutierten Publikationen werden alleine hinsichtlich ihrer
Offenbarung vor dem Anmeldetag der vorliegenden Anmeldung bereitgestellt. Nichts
hier soll als Zugeständnis
konstruiert werden, dass die vorliegende Erfindung nicht berechtigt
ist, einer solchen Publikation Kraft der früheren Erfindung vorauszugehen.
Des Weiteren können
die Daten der bereitgestellten Publikation verschieden von den aktuellen
Publikationsdaten sein, welche der unabhängigen Bestätigung bedürfen können.
DETAILLIERTE
BESCHREIBUNG DER ERFINDUNG
Eine
cDNA kodierend für
einen Volllängen- offenen-
Leserahmen einer SERCA-ähnlichen
CaATPase wurde aus einer Heliothis virescens cDNA-Bibliothek amplifiziert,
und zur Gänze
sequenziert.
Die
vorliegende Erfindung stellt die insektischen Nukleinsäure- und
Proteinzusammensetzungen der SERCA-ähnlichen CaATPase bereit, wie auch
Verfahren zum Identifizieren von Agenzien, welche den Spiegel der
insektischen SERCA-ähnlichen CaATPase
mRNA, des Proteins oder den Grad der Enzym-Aktivität modulieren.
ISOLIERTE
NUKLEINSÄUREMOLEKÜLE DER ERFINDUNG
Die
Erfindung stellt isolierte insektische Nukleinsäuremoleküle zur Verfügung umfassend Nukleotidsequenzen
der Insekten-Sarcoplasmatischen-Endoplasmatischen-Retikulumähnlichen-Calcium-Transportierenden-Adenosintriphosphatase (SERCA-ähnliche
CaAT-Pase), insbesondere
Nukleinsäuresequenzen
von Lepidoptera SERCA-ähnlicher
CaAT-Pase und mehr
speziell Nukleinsäuresequenzen
von Heliothis virescens SERCA-ähnlicher CaATPase
und Nukleinsäuresequenzen
von Spodoptera frugiperda, sowie Verfahren zur Verwendung dieser
Nukleinsäuremoleküle.
Die
vorliegende Erfindung stellt isolierte Nukleinsäuremoleküle zur Verfügung, welche Nukleotidsequenzen
umfassen, die insektische Proteine, welche potentielle Pestizidtargets
darstellen, kodieren. Die isolierten Nukleinsäuremoleküle weisen eine Vielzahl von
Verwendungen auf, beispielsweise als Hybridisierungssonden, beispielsweise
zur Identifizierung von Nukleinsäuremolekülen, welche
Nukleotidsequenzidentität
teilen; in Ex pressionsvektoren, um die Polypeptide, welche durch
die Nukleinsäuremoleküle kodiert
werden, herzustellen; und um eine Wirtszelle oder ein Tier zur Anwendung
in Assays, wie hier unten beschrieben, zu modifizieren.
Die
Bezeichnung "isolierte
Nukleinsäuresequenz" wie hier verwendet
schließt
das reverse Komplement, das RNA-Äquivalent,
einzel- oder doppelsträngige
DNA- oder RNA-Sequenzen
und DNA/RNA-Hybride der Sequenzen, die beschrieben werden, ein,
solange nichts anderes angegeben wird.
1 und 2 stellen
die Nukleotid- (SEQ ID NO:01) und Aminosäure- (SEQ ID NO:02) Sequenzen
jeweils einer SERCA-ähnlichen
CaATPase von Heliothis virescens dar.
In
einigen Ausführungsformen
umfasst ein insektisches SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz,
die zumindest ungefähr
50 %, zumindest ungefähr
60 %, zumindest ungefähr
65 %, zumindest ungefähr
70 %, zumindest ungefähr
75 %, zumindest ungefähr
80 %, zumindest ungefähr
85 %, zumindest ungefähr
90 %, zumindest ungefähr
95 %, zumindest ungefähr
97 %, zumindest ungefähr
98 %, zumindest ungefähr
99 % oder mehr Nukleotidsequenz-Identität mit der Sequenz wie in SEQ
ID NO:01 dargestellt aufweist. In anderen Ausführungsformen umfasst ein insektisches
SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz
mit der Sequenz wie in SEQ ID NO:01 dargestellt.
In
anderen Ausführungsformen
umfasst ein insektisches SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül ein Fragment
von zumindest ungefähr 18,
zumindest ungefähr
25, zumindest ungefähr
30, zumindest ungefähr
35, zumindest ungefähr
40, zumindest ungefähr
50, zumindest ungefähr
75, zumindest ungefähr
100, zumindest ungefähr
125, zumindest ungefähr
150, zumindest ungefähr
200, zumindest ungefähr
250, zumindest ungefähr
275, zumindest ungefähr
300, zumindest ungefähr
350, zumindest ungefähr
400, zumindest ungefähr
450, zumindest ungefähr
500, zumindest ungefähr
550, zumindest ungefähr
600, zumindest ungefähr
650, zumindest ungefähr
700, zumindest ungefähr
750, zumindest ungefähr
800, zumindest ungefähr
850, zumindest ungefähr
900, zumindest ungefähr
1000, zumindest ungefähr
1100, zumindest ungefähr
1200, zumindest ungefähr
1300, zumindest ungefähr
1400, zumindest ungefähr
1500, zumindest ungefähr
1600, oder zumindest ungefähr
1700, zumindest ungefähr 1800,
zumin dest ungefähr
1900, zumindest ungefähr 2000,
zumindest ungefähr
2250, zumindest ungefähr 2500,
zumindest ungefähr
2750, oder zumindest ungefähr
2900 zusammenhängenden
Nukleotiden von Nukleotiden der Sequenz wie in SEQ ID NO:01 dargestellt.
In
anderen Ausführungsformen
umfasst ein insektisches SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz
kodierend für ein
Polypeptid, das eine Aminosäuresequenz
umfasst, die zumindest ungefähr
60 %, zumindest ungefähr
65 %, zumindest ungefähr
70 %, zumindest ungefähr
75 %, zumindest ungefähr
80 %, zumindest ungefähr
85 %, zumindest ungefähr
90 % oder zumindest ungefähr
95 % Aminosäuresequenz-Identität mit der
Aminosäuresequenz
wie in SEQ ID NO:02 dargestellt aufweist. In einigen Ausführungsformen umfasst
ein insektisches SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz,
die für
ein Polypeptid kodiert, das die Sequenz in SEQ ID NO:02 dargestellt
umfasst. In vielen dieser Ausführungsformen
weist das kodierte Polypeptid SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivität auf.
In
anderen Ausführungsformen
umfasst ein insektisches SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz,
die für
ein Polypeptid kodiert, das ein Fragment von zumindest ungefähr 6, zumindest
ungefähr
10, zumindest ungefähr
15, zumindest ungefähr
20, zumindest ungefähr 25,
zumindest ungefähr
30, zumindest ungefähr
40, zumindest ungefähr
50, zumindest ungefähr
75, zumindest ungefähr
100, zumindest ungefähr
125, zumindest ungefähr
150, zumindest ungefähr
175, zumindest ungefähr
200, zumindest ungefähr
225, zumindest ungefähr
250, zumindest ungefähr
275, zumindest ungefähr
300, zumindest ungefähr
400, zumindest ungefähr
500, zumindest ungefähr
600, zumindest ungefähr
700, zumindest ungefähr
800, zumindest ungefähr
900, oder zumindest ungefähr
950 zusammenhängenden
Aminosäuren
der Sequenz wie in SEQ ID NO:02, bis zur gesamten Länge der Aminosäuresequenz,
wie sie in SEQ ID NO:02 dargestellt ist. In vielen dieser Ausführungsformen
weist das kodierte Polypeptid SERCA-ähnliches CaATPase-Aktivität auf.
Fragmente
der zentralen Nukleinsäuremoleküle können für eine Reihe
von Zwecken verwendet werden. Die interferierenden RNA (RNAi) Fragmente,
insbesondere doppelsträngige
(ds) RNAi, können verwendet
werden, um Phänotypen
mit Verlust der Funktion zu erzeugen oder, um Biopestizide zu formulieren
(wie unten weiter diskutiert). Die zentralen Nukleinsäurefragmente
sind auch verwendbar als Nukleinsäure- Hybridisierungssonden und Replikations/Amplifikationsprimer.
Bestimmte "antisense" Fragmente, d.h.
solche die reverse Komplemente von Teilen der kodierenden Sequenz
von SEQ ID NO:01 oder SEQ ID NO:03 sind, sind einsetzbar zur Inhibierung
der Funktion eines zentralen Proteins. Die Fragmente sind von einer
Länge,
welche hinreichend ist, um spezifisch mit einem Nukleinsäuremolekül zu hybridisieren,
das die Sequenz wie in SEQ ID NO:01 oder SEQ ID NO:03 dargestellt,
aufweist. Die Fragmente bestehen aus oder umfassen zumindest 12,
zumindest 24, zumindest 36 oder zumindest 96 zusammenhängenden
Nukleotiden von SEQ ID NO:01 oder SEQ ID NO:03. Wenn die Fragmente
von anderen Nukleinsäuresequenzen
flankiert werden, ist die gesamte Länge der kombinierten Nukleinsäuresequenz
weniger als 15 kb, weniger als 10 kb, weniger als 5 kb oder weniger
als 2 kb.
Die
zentralen Nukleinsäuresequenzen
können
einzig aus SEQ ID NO:01 oder aus Fragmenten davon bestehen. Alternativ
können
die zentralen Nukleinsäuresequenzen
und Fragmente davon mit anderen Komponenten verknüpft sein,
wie z.B. Labeln, Peptiden, Agenzien, welche den Transport über Zellmembranen
hinweg ermöglichen,
hybridisierungs-getriggerten Spaltungsagenzien oder interkalierenden
Agenzien. Die zentralen Nukleinsäuresequenzen
und Fragmente davon können
auch an andere Nukleinsäuresequenzen
geknüpft
sein (d.h. sie können
Teil von größeren Sequenzen
sein) und bestehen aus synthetischen/nicht-natürlichen Sequenzen und/oder
sind isoliert und/oder sind aufgereinigt, d.h. nicht mehr in Begleitung
von zumindest einigen der Materialien, mit welchen sie in ihrer
natürlichen Umgebung
assoziiert sind. Im Allgemeinen konstituieren die isolierten Nukleinsäuren zumindest
ungefähr
0,5 % oder zumindest ungefähr
5 % bezogen auf das Gewicht der gesamten Nukleinsäure, die
in einer gegebenen Fraktion vorliegt und sind üblicherweise rekombinant, d.h.
dass sie eine nicht-natürliche
Sequenz oder eine natürliche
Sequenz gebunden an Nukleotid(e) umfassen, welche verschieden sind
zu denjenigen, welche daran auf einem natürlichen Chromosom gebunden
sind.
Derivate
von Nukleinsäuremolekülen der zentralen
Nukleinsäuremoleküle schließen Sequenzen
ein, welche an die Nukleinsäuresequenz
von SEQ ID NO:01, oder an Nukleinsäuremoleküle, die den offenen Leserahmen
von SEQ ID NO:01 (z.B. die Nukleotide 1-3003 von SEQ ID No:01) enthalten, und zwar
unter stringenten Bedingungen, so dass das Nukleinsäure-Hybridisierungsderivat
mit der zentralen Nukleinsäure
durch einen be stimmten Grad an Sequenzidentität in Beziehung steht. Ein Nukleinsäuremolekül ist "hybridisierbar" an ein anderes Nukleinsäuremolekül, wie z.B.
eine cDNA, eine genomische DNA, oder RNA, wenn eine einzelsträngige Form
des Nukleinsäuremoleküls an das
andere Nukleinsäuremolekül annelieren
kann. Die Stringenz der Hybridisierung bezieht sich auf die Bedingungen,
unter welchen Nukleinsäuren
hybridisierbar sind. Der Grad der Stringenz kann durch Temperatur,
Ionenstärke,
pH und die Gegenwart von denaturierenden Agenzien, wie z.B. Formamid,
während
der Hybridisierung und des Waschens kontrolliert werden. Wie hier
verwendet stehen unter der Bezeichnung "stringente Hybridisierungsbedingungen" diejenigen, die
normalerweise vom Fachmann auf dem Gebiet verwendet werden, um zumindest
90 % Sequenzidentität
zwischen den komplementären
Stücken
von DNA oder DNA und RNA zu erzielen. "Moderat stringente Hybridisierungsbedingungen" werden verwendet,
um Derivate zu finden, die zumindest 70 % Sequenzidentität aufweisen.
Schließlich
werden "niedrig-stringente Hybridisierungsbedingungen" verwendet, um Derivate
von Nukleinsäuremolekülen zu isolieren,
die zumindest ungefähr
50 % Identität
mit der zentralen Nukleinsäuresequenz
teilen.
Die
ultimative Hybridisierungsstringenz reflektiert sowohl die aktuellen
Hybridisierungsbedingungen wie auch die Waschbedingungen, die auf
die Hybridisierung folgen, und es ist im Stand der Technik wohlbekannt,
wie die Bedingungen variiert werden müssen, um die gewünschten
Resultate zu erhalten. Bedingungen, die üblicherweise verwendet werden,
sind in fertig verfügbaren
Prozedurtexten dargestellt (beispielsweise Current Protocol in Molecular
Biology, Vol. 1, Chap. 2.10, John Wiley & Sons, Publishers (1994); Sambrook
et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor (1989)). In einigen
Ausführungsformen
ist ein Nukleinsäuremolekül der Erfindung
in der Lage an ein Nukleinsäuremolekül zu hybridisieren,
das eine Nukleotidsequenz wie in SEQ ID NO:01 enthält oder
in SEQ ID NO:03 dargestellt und zwar unter stringenten Bedingungen,
welche folgendes umfassen: Prähybridisierung
von Filtern enthaltend Nukleinsäure
für 8 Stunden
bis über
Nacht bei 65°C
in einer Lösung
umfassend 6X einfach starkes Citrat (SSC, single strength citrate)
(1X SSC ist 0,15 M NaCl, 0,015 M Na Citrat; pH 7,0), 5X Denhardts Lösung, 0,05
% Natriumpyrophosphat und 100 μg/ml Herringsspermien
DNA; Hybridisierung für
18-20 Stunden bei 65°C
in einer Lösung
enthaltend 6X SSC, 1X Denhardt's
Lösung,
100 μg/ml
Hefe tRNA und 0,05 % Natriumpyrophosphat; und Waschen der Filter
bei 65°C
für 1 h
in einer Lösung
enthaltend 0,2X SSC und 0,1 % SDS (sodium dodecyl sulfat, Natriumdodecylsulfat).
Nukleinsäurederivatsequenzen,
die zumindest ungefähr
70 % Identität
mit SEQ ID NO:01 aufweisen, sind in der Lage, mit einem Nukleinsäuremolekül zu hybridisieren,
das eine Nukleinsäuresequenz wie
in SEQ ID NO:01 dargestellt enthält,
zu hybridisieren und zwar unter moderat-stringenten Bedingungen
die folgendes umfassen: Vorbehandlung der Filter enthaltend Nukleinsäure für 6 h bei
40°C in
einer Lösung
enthaltend 35 % Formamid, 5X SSC, 50 mM Tris-HCl (pH 7,5), 5 mM
EDTA, 0,1 % PVP, 0,1 % Ficoll, 1 % BSA und 500 μg/ml denaturierte Lachsspermien
DNA; Hybridisierung für
18-20 h bei 40°C
in einer Lösung
enthaltend 35 % Formamid, 5X SSC, 50 mM Tris-HCl (pH 7,5), 5 mM EDTA, 0,02 % PVP, 0,02
% Ficoll, 0,2 % BSA, 100 μg/ml
Lachsspermien DNA und 10 % (Gewicht/Volumen) Dextransulfat; gefolgt
von zweimaligem Waschen für
1 Stunde bei 55°C
in einer Lösung
enthaltend 2X SSC und 0,1 % SDS.
Andere
exemplarische Derivatnukleinsäuresequenzen
sind in der Lage, an SEQ ID NO:01 unter niedrigstringenten Bedingungen
zu hybridisieren, welche folgendes umfassen: Inkubierung für 8 Stunden
bis über
Nacht bei 37°C
in einer Lösung
umfassend 20 % Formamid, 5 × SSC,
50 mM Natriumphosphat (pH 7,6), 5X Denhardt's Lösung,
10 % Dextransulfat und 20 μg/ml
gescherte Lachsspermien DNA; Hybridisierung in dem gleichen Puffer
für 18
bis 20 Stunden; Waschen der Filter in 1 × SSC bei ungefähr 37°C für 1 Stunde.
Wie
hier verwendet ist die "prozentuale
(%) Nukleinsäuresequenz-Identität" im Hinblick auf
eine zentrale Sequenz oder einen speziellen Teil einer zentralen
Sequenz definiert als die Prozentzahl der Nukleotide der in Frage
kommenden Nukleinsäurederivat-Sequenz, die identisch
mit den Nukleotiden der zentralen Sequenz (oder eines speziellen
Teils davon) ist, und zwar nach Abgleich der beiden Sequenzen und
der Einführung
von Lücken,
falls notwendig, um die maximale prozentuale Sequenzidentität zu erzielen
wie sie durch das Programm WU-BLAST-2.0al9 (Altschul et al., J.
Mol. Biol. (1997) 215:403-410; http://blast.wustl.edu/blast/README.html;
hier im Allgemeinen als "BLAST" bezeichnet) erzeugt
werden, mit all den variablen Parametern gesetzt auf Default-Werte.
Die HSP S- und HSP S2-Parameter sind dynamische Werte und werden durch
das Programm selbst je nach der der Zusammensetzung der speziellen
Sequenz und der Zusammensetzung der speziellen Datenbank, gegen
welche die Sequenz von Interesse gesucht wird, etabliert. Ein prozentualer
(%) Wert für
die Nukleinsäuresequenzidentität wird durch
die Zahl der übereinstimmenden
identischen Nukleotide dividiert durch die Sequenzlänge, für welche
die prozentuale Identität festgehalten
wird, bestimmt.
In
einer exemplarischen Ausführungsform kodiert
das Derivat der Nukleinsäure
für ein
Polypeptid, das eine Aminosäuresequenz
dargestellt in SEQ ID NO:02 umfasst oder für ein Fragment oder Derivat davon,
wie es des weiteren unten beschrieben wird. Ein Derivat eines zentralen
Nukleinsäuremoleküls oder
Fragments davon kann 100 % Sequenzidentität mit SEQ ID NO:01 umfassen,
kann aber ein Derivat in dem Sinn sein, dass es eine oder mehrere
Modifizierungen an der Basen- oder Zuckergruppe oder dem Phosphatrückgrat aufweist.
Beispiele von Modifikationen sind im Stand der Technik wohlbekannt (Bailey,
Ullmann's Encyclopedia
of Industrial Chemistry (1998), 6th ed. Wiley and Sons). Solche
Derivate können
verwendet werden, um modifizierte Stabilität oder irgendeine andere gewünschte Eigenschaft
zu verleihen.
Wie
hier verwendet schließt
eine "Derivat" einer Nukleinsäure- oder
Aminosäuresequenz
orthologe Sequenzen von SEQ ID NO:01 und SEQ ID NO:02 ein, die von
anderen Spezies erhalten wurden. In einigen Ausführungsformen ist das Ortholog aus
einer Heliothin-Spezies, beispielsweise von Heliocoverpa armigera
und Heliothis zea, welche zusammen mit Heliothis virescens drei
der hauptsächlichen weltweiten
Getreideschädlinge
sind. Orthologe Gene von diesen drei Spezies sind extrem ähnlich.
(The International Meeting on Genomics of Lepidoptera, Lyon, France
August 16-17, 2001; "International
Lepidopteran Genome Project Proposal", Rev. September 10, 2001; available
at world wide web site ab.a.u-tokyo.ac.jp/lep-genome/.)
In
einem anderen Beispiel kann es gewünscht sein, ein pestizidales
Agens zu entwickeln, welches spezifisch eine nicht-Heliothin-Insekten-Spezies
zum Ziel hat. In solch einem Fall kann es am effizientesten sein,
biochemische Screening-Assays entwickeln (d.h. Assays konzipiert,
um Moleküle zu
identifizieren, welche das Proteintarget wie hier im Folgenden weiter
beschrieben, zu inhibieren) welche das orthologe Protein von diesem
Insekt verwenden. Während
die Orthologen in zwei Spezies die essentiell gleichen Funktionen
aufweisen können,
können Unterschiede
in ihrer Proteinstruktur Eigenschaften, wie z.B. Interaktion mit
anderen Proteinen, Verbindungs-Bindung und Stabilität be einflussen.
Daher sind die Ergebnisse von biochemischen Assays am bedeutendsten
für das
spezifische Protein, das im Assay verwendet wird. Wie hier verwendet
schließen Orthologe
Nukleinsäuren-
und Polypeptidsequenzen ein.
Verfahren
zum Identifizieren der Orthologen in anderen Spezies sind im Stand
der Technik bekannt. Üblicherweise
bewahren Orthologen in verschiedenen Spezies die gleiche Funktion
aufgrund der Gegenwart von einem oder mehr Proteinmotiven und/oder
dreidimensionalen Strukturen. In der Evolution, wenn ein Genverdoppelungsereignis
auf eine Speziation folgt, kann ein einzelnes Gen in einer Spezies,
wie z.B. Heliothis zu mehren Genen (Paralogen) in einer anderen
korrespondieren. Wie hier verwendet schließt die Bezeichnung "orthologe" Paraloge mit ein.
Wenn Sequenzdaten für
eine spezielle Spezies verfügbar
sind, werden orthologe allgemein durch Sequenzhomologieanalyse identifiziert,
wie z.B. durch BLAST-Analyse, unter Verwendung von Proteinködersequenzen.
Sequenzen werden als ein potenzielles Ortholog bestätigt, wenn
die am besten passende Sequenz vom vorwärtsgerichteten BLAST-Ergebnis
die Originalsequenz im rückwärtsgerichteten
BLAST wiederfindet (Huynen MA and Bork P, Proc Natl Acad Sci (1998)
95:5849-5856; Huynen MA et al., Genome Research (2000) 10:1204-1210).
Programme für
multiplen Sequenzabgleich wie z.B. CLUSTAL-W (Thompson JD et al., 1994,
Nucleic Acids Res 22:4673-4680) können verwendet werden, um konservierte
Regionen und/oder Reste von orthologen Proteinen hervorzuheben,
und um phylogenetische Stammbäume
zu erzeugen. In einem phylogenetischen Stammbaum, welcher viele homologe
Sequenzen von verschiedenen Spezies repräsentiert (beispielsweise wiedergefunden
durch BLAST-Analyse), erscheinen orthologe Sequenzen von zwei Spezies
generell am nächsten
zueinander auf dem Stammbaum im Hinblick auf alle anderen Sequenzen
von diesen zwei Spezies.
Strukturelle
Windungen oder andere Analysen der Proteinfaltung (z.B. unter Verwendung
von Software von ProCeryon, Biosciences, Salzburg, Austria) können auch
potenzielle orthologe identifizieren. Nukleinsäure-Hybridisierungsverfahren
können
auch verwendet werden, um orthologe Gene aufzufinden, beispielsweise
wenn Sequenzdaten nicht verfügbar
sind. Degenerierte PCR und Screening von cDNA- oder genomischen
DNA-Bibliotheken sind allgemeine Verfahren zum Auffinden verwandter Gensequenzen
und sind im Stand der Technik wohlbekannt (siehe beispielsweise
Sambrook et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Second Edition), Cold
Spring Harbor Press, Plainview, N.Y., 1989; Dieffenbach C und Dveksler
G (Eds.) PCR Primer: A Laboratory Manual, Gold Spring Harbor Laboratory Press,
NY, 1989). Beispielsweise werden Verfahren zum Erzeugen einer cDNA-Bibliothek
aus einer Insektenspezies von Interesse und das Absuchen der Bibliothek
mit partiell homologen Gensonden in Sambrook et al. beschrieben.
Ein hoch konservierter Teil der Heliothis SERCA-ähnlichen CaATPase-kodierenden Sequenz
kann als eine Sonde verwendet werden. SERCA-ähnliche CaAT-Pase orthologe Nukleinsäuren können an
die Nukleinsäure
von SEQ ID NO:01 oder SEQ ID NO:03 unter hoch, moderat oder niedrig
stringenten Bedingungen hybridisieren.
Nach
Amplifikation oder Isolierung eines Segments eines putativen Orthologen
kann das Segment durch Standardtechniken kloniert und sequenziert
werden und als eine Sonde verwendet werden, um einen vollständigen cDNA-
oder genomischen Klon zu isolieren. Alternativ ist es möglich, ein EST-Projekt
zu initiieren, um eine Datenbank von Sequenzinformation für die Spezies
von Interesse zu erzeugen. In anderen Ansätzen werden Antikörper, welche
spezifisch bekannte SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptide binden, zur Isolierung von Orthologen verwendet
(Harlow E and Lane D, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring
Harbor Laboratory Press, 1988, New York; Harlow E and Lane D, Using Antibodies:
A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999,
New York).
Western
Blot-Analysen können
bestimmen, dass ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Ortholog
(d.h. ein orthologes Protein) in einem Rohextrakt eines Gewebes
einer speziellen Spezies vorliegt. Wenn die Reaktivität untersucht
wird, kann die Sequenz, welche das in Frage kommende Ortholog kodiert,
durch Screening von Expressionsbibliotheken, welche die spezielle
Spezies repräsentieren,
isoliert werden. Expressionsbibliotheken können in einer Vielzahl von kommerziell
verfügbaren
Vektoren konstruiert werden, einschließlich Lambda gt11, wie beschrieben
in Sambrook et al. Sobald das/die in Frage kommende(n) Orthologe(n)
durch irgendeines dieser Mittel identifiziert worden ist/sind, wird
die in Frage kommende Orthologsequenz als Köder (die "Abfrage") für die
rückwärtsgerichtete
BLAST verwendet gegen die Sequenz von Heliothis oder einer anderen
Spezies, in welcher SERCA-ähnliche
CaATPase-Nukleinsäure-
und/oder Polypeptidsequenzen identifiziert wurden.
Isolierung, Produktion
und Expression der zentralen Nukleinsäuremoleküle
Die
zentralen Nukleinsäuremoleküle, Fragmente
oder Derivate davon können
aus einer geeigneten cDNA-Bibliothek erhalten werden, die von irgendeiner
geeigneten Insektenspezies präpariert wurde
(einschließlich,
jedoch nicht limitiert auf Drosophila, Heliothis und Spodoptera).
In vielen Ausführungsformen
wird eine Lepidoptera-Spezies verwendet, z.B. eine Heliothin-Spezies.
Wo das zentrale Nukleinsäuremolekül aus einer
Heliothin-Spezies isoliert wird, kann irgendeiner einer Vielzahl
von Feld- und Laborsträngen
der verschiedenen Heliothis-Spezies verwendet werden, einschließlich, jedoch
nicht limitiert auf einer Heliothis virescens, Heliothis maritima,
Heliothis ononis, Heliothis peltigera, Heliothis phloxiphaga, Helicoverpa
punctigera, Heliothis subflexa, Helicoverpa armigera und Helicoverpa
zea.
Eine
Expressionsbibliothek kann unter Verwendung bekannter Verfahren
konstruiert werden. Beispielsweise kann mRNA isoliert werden, um
cDNA, welche in einen geeigneten Expressionsvektor ligiert ist,
zur Expression in einer Wirtszelle, in welche sie eingebracht werden
soll, zu erzeugen. Verschiedene Screening-Assays können verwendet
werden, um das Gen oder Genprodukt auszuwählen (beispielsweise Oligonukleotide
von zumindest ungefähr 20
bis 80 Basen konzipiert, um das gewünschte Gen zu identifizieren
oder gelabelte Antikörper,
welche spezifisch an das Genprodukt binden). Das Gen und/oder Genprodukt
kann dann aus der Wirtszelle unter Verwendung bekannter Techniken
wiedergewonnen werden.
Eine
polymerase Kettenreaktion (PCR) kann auch verwendet werden, um ein
zentrales Nukleinsäuremolekül zu isolieren,
wo Oligonukleotidprimer, die fragmentarische Sequenzen von Interesse
repräsentieren,
RNA- oder DNA-Sequenzen aus einer Quelle, beispielsweise einer genomischen
oder cDNA-Bibliothek amplifizieren (wie beschrieben in Sambrook
et al., supra). Darüber
hinaus können
degenerierte Primer zum Amplifizieren von Homologen von irgendeiner
Spezies von Interesse verwendet werden. Sobald ein PCR-Produkt einer
geeigneten Größe und Sequenz
erhalten wurde, kann es durch Standardtechniken kloniert und sequenziert
werden und als eine Sonde verwendet werden, um eine komplette cDNA
oder einen genomischen Klon zu isolieren.
Fragmentarische
Sequenzen der zentralen Nukleinsäuremoleküle und Derivate
davon können unter
Verwendung bekannter Verfahren synthetisiert werden. Beispielsweise
können
Oligonukleotide unter Verwendung eines automatisierten DNA-Syntheseautomaten
verfügbar
von kommerziellen Betreibern (beispielsweise Biosearch, Novato,
CA; Perkin-Elmer Applied Biosystems, Foster City, CA) synthetisiert
werden. Antisense-RNA-Sequenzen können intrazellulär durch
Transkription einer exogenen Sequenz produziert werden, beispielsweise
aus Vektoren, die gewünschte
Antisense-Nukleinsäuresequenzen
enthalten. Neu erzeugte Sequenzen können unter Verwendung von Standardverfahren
identifiziert und isoliert werden.
Ein
isoliertes zentrales Nukleinsäuremolekül kann in
irgendeinen geeigneten Klonierungsvektor eingebracht werden, beispielsweise
in Bakteriophage, z.B. Lambda-Derivate,
oder Plasmide wie z.B. pBR322, pUC-Plasmidderivate und den Bluescript-Vektor (Stratagene,
San Diego, CA). Rekombinante Moleküle können in Wirtszellen via Transformation,
Transfektion, Infektion, Elektroporation, etc. eingebracht werden
oder in transgene Tiere, wie z.B. eine Fliege. Die transformierten
Zellen können
kultiviert werden, um große
Mengen der gewünschten Nukleinsäure zu erzeugen.
Geeignete Verfahren zum Isolieren und Produzieren der gewünschten
Nukleinsäuresequenzen
sind im Stand der Technik wohlbekannt (Sambrook et al., supra; DNA
Cloning: A Practical Approach, Vol. 1, 2, 3, 4 (1995) Glover, ed., MRL
Press, Ltd., Oxford, U.K.).
Die
Nukleotidsequenz, die ein gewünschtes Protein
oder Fragment oder Derivat davon kodiert, kann in irgendeinen Expressionsvektor
geeignet für die
Transkription und Translation der eingebrachten Protein-kodierenden
Sequenz eingebracht werden. Alternativ können die notwendigen transkriptionellen und
translatorischen Signale durch das natürliche zentrale Gen und/oder
dessen flankierende Regionen zugeführt werden. Eine Vielzahl von
Wirtsvektorsystemen kann verwendet werden, um die Proteinkodierende
Sequenz zu exprimieren (beispielsweise Säugetierzellensysteme infiziert
mit Virus (beispielsweise Vakzinavirus, Adenovirus, etc.); Insektenzellensysteme
infiziert mit Virus (beispielsweise Baculovirus); Mikroorganismen,
wie z.B. Hefe enthaltend Hefevektoren, oder Bakterien transformiert
mit Bakteriophagen-DNA, Plasmid-DNA oder Cosmid-DNA. Die Expression
eines zentralen Proteins kann durch ein geeignetes Promotor/Enhancer-Element
gesteuert werden. Darüber
hinaus kann ein Wirtszellstrang ausgewählt werden, der die Expression
der eingefügten
Sequenz moduliert, oder modifiziert und das Genprodukt in der speziell
gewünschten
Art und Weise prozessiert. produkt in der speziell gewünschten
Art und Weise prozessiert. Exemplarische Wirtszellen schließen E. coli,
Lepidoptera Sf-9- oder S-21-Zellen und Drosophila S2-Zellen ein.
Um
die Expression eines gewünschten
Genproduktes zu detektieren, kann der Expressionsvektor einen Promotor
umfassen, der operativ in ein gewünschtes Nukleinsäuremofekül geknüpft ist,
einen oder mehrere Replikationsursprünge und einen oder mehrere
selektierbare Marker (beispielsweise Thymidin-Kinase-Aktivität, Resistenz
gegen Antibiotika etc.). Alternativ können rekombinante Expressionsvektoren
durch Prüfen
auf die Expression eines zentralen Genproduktes basierend auf den
physikalischen oder funktionellen Eigenschaften eines zentralen
Proteins in in vitro-Assaysystemen (beispielsweise Immunoassays)
identifiziert werden.
Ein
zentrales Protein, Fragment oder Derivat kann optional als ein Fusions-
oder chimäres
Proteinprodukt exprimiert werden (d.h. es ist verknüpft über eine
Peptidbindung an eine heterologe Proteinsequenz oder ein anderes,
d.h. nicht-SERCA-ähnliches CaAT-Pase Protein). In
einer Ausführungsform
ist das zentrale Protein exprimiert als ein Fusionsprotein mit einem "tag", welches die Aufreinigung
ermöglicht, wie
z.B. Glutathion-S-Transferase
oder (His)6. Ein chimäres Produkt kann durch Ligation
der geeigneten Nukleinsäuresequenzen,
die für
gewünschte Aminosäuresequenzen
kodieren, aneinander hergestellt werden und zwar in dem geeigneten
Kodierungsrahmen unter Verwendung von Standardverfahren und durch
Expression des chimären
Produktes. Ein chimäres
Produkt kann auch durch Proteinsynthesetechniken erzeugt werden,
beispielsweise durch die Verwendung eines Peptidsyntheseautomaten.
Sobald
ein rekombinanter Vektor, der ein zentrales Nukleinsäuremolekül exprimiert
identifiziert ist, kann das kodierte zentrale Polypeptid isoliert
werden und unter Verwendung von Standardverfahren (beispielsweise
Ionenaustausch, Affinitäts-
und Gel-Ausschluss-Chromatografie;
Zentrifugation; differenzielle Löslichkeit;
Elektrophorese) aufgereinigt werden. Die Aminosäuresequenz des Proteins kann von
der Nukleinsäuresequenz
des rekombinanten Nukleinsäuremoleküls abgeleitet
werden, das in dem rekombinanten Vektor enthaften ist und kann folglich durch
standardchemische Verfahren (Hunkapiller et al., Nature (1984) 310:105-111)
synthetisiert werden. Alternativ können native gewünschte Proteine
aus natürlichen
Quellen aufgereinigt werden durch Standardverfahren (beispielsweise
Immunoaffinitätsaufreinigung).
REKOMBINANTE
VEKTOREN UND WIRTSZELLEN
Auch
bereitgestellt werden Konstrukte ("rekombinante Vektoren"), die die zentralen Nukleinsäuren eingebracht
in einen Vektor enthalten, sowie Wirtszellen umfassend diese Konstrukte.
Die zentralen Konstrukte werden für eine Anzahl von verschiedenen
Anwendungen, einschließend Vervielfältigung,
Proteinproduktion, etc. verwendet. Virale und nicht-virale Vektoren
können
hergestellt werden und verwendet werden, einschließend Plasmide.
Die Wahl des Plasmids wird von dem Typ der Zelle abhängen, in
welcher die Vervielfältigung
gewünscht
wird und dem Zweck der Vervielfältigung. Bestimmte
Vektoren sind bedeutsam für
die Amplifikation und zum Erzeugen großer Mengen der gewünschten
DNA-Sequenz. Andere Vektoren sind geeignet für die Expression in Zellen
in Kultur. Noch andere Vektoren sind geeignet zum Transfer und zur Expression
in Zellen in einem ganzen Tier. Die Wahl des geeigneten Vektors
liegt gut innerhalb des Fachwissens. Viele solcher Vektoren sind
kommerziell verfügbar.
Um
die Konstrukte herzustellen, wird das partielle oder Volllängen-Polynukleotid
in einen Vektor eingeführt,
typischerweise mit Hilfe von DNA-Ligaseanbindung an eine Restriktionsenzymschnittstelle
in dem Vektor. Alternativ kann die gewünschte Nukleotidsequenz durch
homologe Rekombination in vivo eingebracht werden. Typischerweise
wird diese durch Anbinden homologer Regionen an den Vektor an den
Flanken der gewünschten
Nukleotidsequenzen erzielt. Regionen der Homologie werden durch Ligation
von Oligonukleotiden hinzugefügt
oder durch Polymerasekettenreaktion unter Verwendung von Primern,
die beispielsweise sowohl die Region der Homologie als auch einen
Abschnitt der gewünschten
Nukleotidsequenz umfassen.
Ebenfalls
bereitgestellt werden Expressionskassetten oder Systeme, die – neben
anderen Anwendungen – Anwendung
in der Synthese der zentralen Proteine finden. Zur Expression wird
das Genprodukt kodiert durch ein Polynukleotid der Erfindung in
irgendeinem geeigneten Expressionssystem exprimiert, einschließend beispielsweise
bakterielle, Hefe-, Insekten-, Amphibien- und Säugetiersysteme. Geeignete Vektoren
und Wirtszellen sind in US-Patent Nr. 5,654,173 beschrieben. In
dem Expressionsvektor wird ein SERCA-ähnliches CaATPase-kodierendes
Polynukleotid, beispielsweise wie in SEQ ID NO:01 dargestellt,
operativ mit einer regulatorischen Sequenz verknüpft, die geeignet ist, die
gewünschten
Expressionseigenschaften zu erhalten. Diese können Promotoren (angebunden
entweder an dem 5'-Ende
des Sense-Stranges oder an dem 3'-Ende des
Antisense-Stranges), Enhancer, Terminatoren, Operatoren, Repressoren
und Induktoren einschließen.
Die Promotoren können
reguliert oder konstitutiv sein. In einigen Situationen kann es
wünschenswert
sein, konditioniert aktive Promotoren, wie z.B. gewebsspezifische
oder Entwicklungsstadien-spezifische Promotoren zu verwenden. Diese
werden an die gewünschte
Nukleotidsequenz geknüpft
unter Verwendung der Techniken beschrieben oben für die Verknüpfung an
Vektoren. Irgendwelche Techniken, die im Stand der Technik bekannt
sind, können
verwendet werden. Mit anderen Worten wird der Expressionsvektor
eine transkriptionelle und translatorische Initiationsregion, welche
induzierbar oder konstitutiv sein kann, wo die kodierende Region
operativ verknüpft
unter der transkriptorischen Steuerung der transkriptorischen Initiationsregion
ist, und eine transkriptionelle und translatorische Terminationsregion bereitstellen.
Diese Steuerungsregionen können
natürlich
für das
zentrale SERCA-ähnliche
CaATPase-Gen sein, oder können
aus exogenen Quellen abgeleitet sein.
Expressionsvektoren
haben üblicherweise geeignete
Restriktionsschnittstellen lokalisiert in der Nähe der Promotorsequenz, um
die Insertion von Nukleinsäuresequenzen,
die heterologe Proteine kodieren, zu ermöglichen. Ein selektierbarer
Marker, der operativ in dem Expressionswirt ist, kann zur Detektion
von Wirtszellen vorliegen, die den rekombinanten Vektor umfassen.
Eine Vielzahl von Markern sind bekannt und können in dem Vektor vorliegen,
wobei solche Marker diejenigen einschließen, die antibiotische Resistenz
verleihen, beispielsweise Resistenz gegen Ampicillin, Tetracyclin,
Chloramphenicol, Kanamycin, Neomycin; sowie Marker welche histochemische
Detektion ermöglichen,
etc. Expressionsvektoren können
u.a. für
die Produktion der zentralen Proteine, der zentralen Fusionsproteine,
wie oben beschrieben, und in Screening-Assays, wie oben beschrieben,
verwendet werden.
Expressionskassetten
können
hergestellt werden, die eine Transkriptionsinitiationsregion umfassen,
das Gen oder Fragment davon und eine transkriptionelle Terminationsregion.
Von speziellem Interesse ist die Verwendung von Sequenzen, welche die
Expression von funktionalen Epitopen oder Domänen ermöglichen, üblicherweise zumindest ungefähr 8 Aminosäuren lang,
mehr üblicherweise
zumindest ungefähr
15 Aminosäuren lang,
bis ungefähr
25 Aminosäuren
und bis zum vollständigen
offenen Leserahmen des Gens. Nach dem Einbringen der DNA können die
Zellen, die das Konstrukt enthalten, mit Hilfe eines selektierbaren
Markers ausgewählt
werden; die Zellen werden expandiert und dann zur Expression verwendet.
Die
oben beschriebenen Expressionssysteme können eingesetzt werden mit
Prokaryonten oder mit Eukaryonten in Übereinstimmung mit herkömmlichen
Wegen, abhängig
vom Zweck der Expression. Für
die Produktion im großen
Maßstab
von Proteinen oder zur Verwendung in Screening-Assays, wie hier beschrieben,
können
ein unizellulärer
Organismus, wie z.B. E. coli, B. subtilis, S. cerevisiae, Insektenzellen
in Kombination mit Baculovirusvektoren oder Zellen von höheren Organismen,
wie z.B. Wirbeltieren, beispielsweise COS 7-Zellen, HEK 293, CHO,
Xenopus-Oocyten, Lepidoptera Sf-9- oder S-21-Zellen, Drosophila S2-Zellen, als
Wirtszellen für
die Expression verwendet werden. In einigen Situationen ist es wünschenswert
das Gen in eukaryontischen Zellen zu exprimieren, wobei das Expressionsprotein
von der natürlichen
Faltung und posttranslatorischen Modifikationen profitieren wird.
Kleine Peptide können auch
im Labor synthetisiert werden. Polypeptide, welche Untergruppen
der kompletten Proteinsequenz darstellen, können verwendet werden, um Teile
des Proteins, die wichtig für
die Funktion sind, zu identifizieren und zu untersuchen.
Spezielle
Expressionssysteme von Interesse schließen von Bakterien, Hefen, Insektenzellen
und Säugetierzellen
abgeleitete Systeme ein. Repräsentative
Systeme von jeder dieser Kategorien werden unten bereitgestellt:
Bakterien.
Expressionssysteme in Bakterien schließen diejenigen ein wie beschrieben
in: Chang et al., Nature (1978) 275:615; Goeddel et al., Nature
(1979) 281:544; Goeddel et al., Nucleic Acids Res. (1980) 8:4057;
EP 0 036,776 ; US-Patent
Nr. 4,551,433; De-Boer
et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1983) 80:21-25; und Siebenlist
et al., Cell (1980) 20:269.
Hefen.
Expressionssysteme in Hefen schließen diejenigen ein wie beschrieben
in: Hinnen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1978) 75:1929;
Ito et al., J. Bacteriol. (1983) 153:163; Kurtz et al., Mol. Cell.
Biol. (1986) 6:142; Kunze et al., J. Basic Microbiol. (1985) 25:141;
Gleeson et al., J. Gen. Microbiol. (1986) 132:3459; Roggenkamp et
al., Mol. Gen. Genet. (1986) 202:302; Das et al., J. Bacteriol.
(1984) 158:1165; De Louvencourt et al., J. Bacteriol. (1983) 154:737;
Van den Berg et al., Bio/Technology (1990) 8:135; Kunze et al.,
J. Basic Microbiol. (1985) 25:141; Cregg et al., Mol. Cell. Biol.
(1985) 5:3376; US-Patent Nrn. 4,837,148 und 4,929,555; Beach and
Nurse, Nature (1981) 300:706; Davidow et al., Curr. Genet. (1985)
10:380; Gaillardin et al., Curr. Genet. (1985) 10:49; Ballance et
al., Biochem. Biophys. Res. Commun. (1983) 112:284-289; Tilburn et al.,
Gene (1983) 26:205-221; Yelton et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1984)
81:1470-1474; Kelly and Hynes, EMBO J. (1985) 4:475479;
EP 0 244,234 und WO 91/00357.
Insektenzellen.
Expression von heterologen Genen in Insekten wird erreicht wie beschrieben
in: US-Patent Nr. 4,745,051; Friesen et al., "The Regulation of Baculovirus Gene Expression", in: The Molecular
Biology Of Baculoviruses (1986) (W. Doerfler, ed.);
EP 0 127,839 ;
EP 0 155,476 ; and Vlak et al., J. Gen.
Virol. (1988) 69:765-776; Miller et al., Ann. Rev. Microbiol. (1988)
42:177; Carbonell et al., Gene (1988) 73:409; Maeda et al., Nature
(1985) 315:592-594; Lebacq-Verheyden et al., Mol. Cell. Biol. (1988)
8:3129; Smith et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1985) 82:8844;
Miyajima et al., Gene (1987) 58:273; und Martin et al., DNA (1988)
7:99. Verschiedene baculovirale Stränge und Varianten und korrespondierende
permissive Insektenwirtszellen von Wirten sind beschrieben in: Luckow
et al., Bio/Technology (1988) 6:47-55, Miller et al., Generic Engineering (1986)
8:277-279 und Maeda et al., Nature (1985) 315:592-594. Verschiedene
Insektenzellen, einschließend
Lepidoptera Sf-9-Zellen und S-21-Zellen sowie Drosophila S2-Zellen, wurden ausführlich im Stand
der Technik beschrieben. Siehe beispielsweise "Insect Cell Culture Engineering", Goosen, Daugulis und
Faulkner, eds. (1993) Marcel Dekker.
Säugerzellen.
Säugerexpression
wird erreicht wie beschrieben in Dijkema et al., EMBO J. (1985)
4:761, Gorman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) (1982) 79:6777,
Boshart et al., Cell (1985) 41:521 und US-Patent Nr. 4,399,216.
Andere Merkmale von Säugerexpression
werden realisiert wie beschrieben in Ham and Wallace, Meth. Enz.
(1979) 58:44, Barnes and Sato, Anal. Biochem. (1980) 102:255, US-Patent
Nrn. 4,767,704, 4,657,866, 4,927,762, 4,560,655, WO 90/103430, WO
87/00195 und US RE 30,985.
Pflanzenzellen.
Pflanzenzellkultur wurde klar beschrieben in verschiedenen Publikationen
einschließlich
beispielsweise Plant Cell Culture: A Practical Approach, (1995)
R.A. Dixon und R. A. Gonzales, ed., IRL Press; und US-Patent Nr. 6,069,009.
Nach
der Herstellung des Expressionsvektors wird der Expressionsvektor
in eine geeignete Wirtszelle zur Produktion des zentralen Polypeptides eingebracht,
d.h. eine Wirtszelle wird transformiert mit dem Expressionsvektor.
Das Einbringen des rekombinanten Vektors in eine Wirtszelle wird
in irgendeiner günstigen
Weise erzielt einschließend,
jedoch nicht limitiert auf Calciumphosphatpräzipitation, Elektroporation,
Mikroinjektion, die Verwendung von Lipiden (beispielsweise Lipofectin),
Infektion und dergleichen.
Wenn
irgendeine der obengenannten Wirtszellen oder andere geeignete Wirtszellen
oder Organismen verwendet werden, um die Polynukleotide oder Nukleinsäuren der
Erfindung zu replizieren und/oder exprimieren, liegt die resultierende
und replizierte Nukleinsäure,
RNA, das exprimierte Protein oder Polypeptid als ein Produkt der
Wirtszelle oder des Organismus innerhalb des Umfangs der Erfindung.
Das Produkt wird durch irgendein geeignetes Mittel, das im Stand
der Technik bekannt ist, wiedergewonnen.
Die
Erfindung stellt des Weiteren rekombinante Wirtszellen, wie oben
beschrieben, zur Verfügung,
welche einen zentralen rekombinanten Vektor umfassend ein zentrales
SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül enthalten,
beispielsweise als Teil eines rekombinanten Vektors, entweder extrachromosomal
oder integriert in das Genom der Wirtszelle. Rekombinante Wirtszellen
werden im Allgemeinen isoliert, jedoch können sie auch Teil eines multizellulären Organismus
sein, beispielsweise eines transgenen Tiers. Folglich stellt die
Erfindung weiter des Weiteren transgene, nicht-menschliche Tiere,
speziell Insekten bereit, welche ein zentrales SERCA-ähnliches
CaATPase-Nukleinsäuremolekül umfassen.
Die
zentralen Nukleinsäuremoleküle können verwendet
werden, um transgene, nicht-menschliche Tiere
oder Pflanzen zu erzeugen, oder ortsspezifische Genmodifikationen
in Zelllinien. Transgene Tiere und Pflanzen können durch homologe Rekombination
hergestellt werden, wo die endogene Stelle verändert wird. Alternativ wird
ein Nukleinsäurekonstrukt
zufällig
ins Genom integriert. Vektoren zur stabilen Integration schließen Plasmide,
Retroviren und andere Tierviren, YACs und dergleichen ein. Transgene
In sekten sind bedeutsam für
Screening-Assays, wie unten beschrieben wird. Die Transgenese von
Insekten wurde beispielsweise beschrieben in "Insect Transgenesis: Methods and Applications" Handler and James,
eds. (2000) CRC Press.
ISOLIERTE
POLYPEPTIDE DER ERFINDUNG
Die
Erfindung stellt des Weiteren isolierte Polypeptide bereit, die
eine Aminosäuresequenz
von SEQ ID NO:02 oder Fragmente, Varianten oder Derivate (beispielsweise
Orthologe) davon umfassen bzw. daraus bestehen. Zusammensetzungen
umfassend irgendeines dieser Proteine können essentiell aus einem zentralen
Protein, Fragmenten oder Derivaten bestehen oder können weitere
Komponenten umfassen (beispielsweise pharmazeutisch akzeptable Carrier
oder Arzneistoffträger,
Kulturmedien, Carrier verwendet in Pestizidformulierungen, etc.).
Ein
Derivat eines zentralen Proteins teilt typischerweise einen speziellen
Grad der Sequenzidentität
oder Sequenzähnlichkeit
mit SEQ ID NO:02 oder einem Fragment davon. Wie hier verwendet ist
die "Prozent (%)
Aminosäure-Sequenz-Identität" im Hinblick auf
eine zentrale Sequenz, oder einen speziellen Abschnitt einer zentralen
Sequenz, definiert als die Prozentzahl von Aminosäuren in
der Kandidaten-Derivat-Aminosäuresequenz,
die identisch mit den Aminosäuren
in der zentralen Sequenz (oder einem speziellen Abschnitt davon)
ist, und zwar nach Abgleich der Sequenzen und Einfügen von
Lücken, falls
notwendig, um die maximale prozentuale Sequenzidentität zu erreichen,
wie dies durch BLAST (Altschul et al., supra) unter Verwendung der
gleichen Parameter wie oben diskutiert für Derivate von Nukleinsäuresequenzen
erzeugt wird. Ein %-Wert für die
Aminosäure-Sequenz-Identität wird bestimmt durch
die Zahl der passenden identischen Aminosäuresequenzen dividiert durch
die Sequenzlänge,
für welche
die prozentuale Identität
angegeben wird.
"Prozent (%) Aminosäure-Sequenz-Ähnlichkeit" wird bestimmt durch
Durchführung
der gleichen Kalkulation wie für
die Bestimmung der % Aminosäure-Sequenz-Identität, wobei
aber konservative Aminosäuresubstitutionen
zusätzlich
zu den identischen Aminosäuren
in der Berechnung eingeschlossen sind. Eine konservative Aminosäuresequenz
ist eine, in welcher eine Aminosäuresequenz
anstelle einer anderen Aminosäuresequenz
substituiert wird, die ähnliche
Eigenschaften aufweist, so dass das Falten oder die Aktivität des Proteins
nicht signifikant verändert
werden. Aromatische Aminosäuren,
die einander substituieren können,
sind Phenylalanin, Tryptophan und Tyrosin; austauschbare hydrophobe
Aminosäuren
sind Leucin, Isoleucin, Methionin und Valin; austauschbare polare
Aminosäuren
sind Glutamin und Asparagin; austauschbare basische Aminosäuren sind
Arginin, Lysin und Histidin; austauschbare saure Aminosäuren sind
Asparaginsäure
und Glutaminsäure;
und austauschbare kleine Aminosäuren sind
Alanin, Serin, Threonin, Cystein und Glycin.
In
einigen Ausführungsformen
teilt eine zentrale Proteinvariante oder ein Derivat zumindest ungefähr 70 %,
zumindest ungefähr
75 %, zumindest 80 % der Sequenzidentität oder Ähnlichkeit, zumindest 85 %,
zumindest 90 %, zumindest ungefähr
95 %, zumindest ungefähr
97 %, zumindest ungefähr
98 % oder zumindest ungefähr
99 % Sequenzidentität
oder Ähnlichkeit
mit einem zusammenhängenden
Abschnitt von zumindest 25 Aminosäuren, zumindest 50 Aminosäuren, zumindest
100 Aminosäuren,
zumindest 200 Aminosäuren,
zumindest 300 Aminosäuren,
zumindest 400 Aminosäuren,
zumindest 500 Aminosäuren,
zumindest 600 Aminosäuren,
zumindest 700 Aminosäuren,
zumindest 800 Aminosäuren, zumindest
900 Aminosäuren,
oder zumindest 950 Aminosäuren
und in einigen Fällen
mit der gesamten Länge
von SEQ ID NO:02. In einigen Ausführungsformen umfasst ein Polypeptid
der Erfindung eine Aminosäuresequenz
wie in SEQ ID NO:02 dargestellt.
In
einigen Ausführungsformen
umfasst ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Polypeptid der Erfindung ein Fragment von zumindest ungefähr 6, zumindest
ungefähr
10, zumindest ungefähr
15, zumindest ungefähr
20, zumindest ungefähr
25, zumindest ungefähr
30, zumindest ungefähr
40, zumindest ungefähr
50, zumindest ungefähr
75, zumindest ungefähr 100,
zumindest ungefähr
125, zumindest ungefähr 150,
zumindest ungefähr
175, zumindest ungefähr 200,
zumindest ungefähr
225, zumindest ungefähr 250,
zumindest ungefähr
275, zumindest ungefähr 300,
zumindest ungefähr
400, zumindest ungefähr 500,
zumindest ungefähr
600, zumindest ungefähr 700,
zumindest ungefähr
800, zumindest ungefähr 900,
oder zumindest ungefähr
950, zusammenhängenden
Aminosäuren
der Sequenz dargestellt in SEQ ID NO:02, bis hin zur gesamten Länge der
Sequenz dargestellt in SEQ ID NO:02. In vielen Ausführungsformen
weist das SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptid SERCA-ähnliche
CaATPase-Enzym-Aktivität
auf.
Das
Fragment oder Derivat eines zentralen Proteins ist vorzugsweise "funktionell aktiv", was bedeutet, dass
das zentrale Proteinderivat oder Fragment eine oder mehrere funktionelle
Aktivitäten
assoziiert mit einem zentralen Volllängen-, Wildtyp-Protein zeigt,
umfassend die Aminosäuresequenz
von SEQ ID NO:02. Als ein Beispiel kann ein Fragment oder Derivat
Antigenizität
aufweisen, so dass es in Immunoassays, zur Immunisierung, zur Inhibition
der Aktivität
eines zentralen Proteins, etc. verwendet werden kann, wie weiter
unten in Bezug auf die Erzeugung von Antikörpern gegen zentrale Proteine beschrieben
wird. In vielen Ausführungsformen
ist ein funktionell aktives Fragment oder Derivat eines zentralen
Proteins eines, das eine oder mehrere biologische Aktivitäten assoziiert
mit einem zentralen Protein aufzeigt, wie z.B. katalytische Aktivität. Für die hier
vorliegenden Zwecke schließen
funktionell aktive Fragmente auch diejenigen Fragmente ein, die eine
oder mehrere strukturelle Merkmale eines zentralen Proteins zeigen,
wie z.B. Transmembran- oder Calciumionenkanaldomänen. Proteindomänen können identifiziert
werden unter Verwendung des PFAM-Programms (siehe beispielsweise
Bateman A., et al., Nucleic Acids Res, 1999, 27:260-2; and the world
wide web at pham.wustl.edu).
Die
funktionelle Aktivität
der zentralen Proteine, Derivate und Fragmente kann durch verschiedene
Verfahren, die im Stand der Technik bekannt sind, geprüft werden
(Current Protocols in Protein Science (1998) Coligan et al., eds.
John Wiley & Sons,
Inc., Somerset, New Jersey). Enzymatische Assays, wie die Assays
beschrieben in den Beispielen oder Varianten davon, sind zur Anwendung
geeignet. In dem Assay beschrieben in den Beispielen misst der Assay die
Verarmung an ATP, die auf die Hydrolyse von ATP durch die Calcium
CaATPase folgt. Das ATP, das übrig
bleibt, wird biochemisch mit einem zweiten Enzym, Firefly Luciferase,
gemessen, welches ATP verbraucht und Licht emittiert. Die Menge
des emittierten Lichts ist proportional zur Konzentration des verbleibenden
ATPs in der Reaktionsmischung.
Ein
nicht limitierendes Beispiel eines geeigneten Assays ist ein Assay,
der die Menge von ATP misst, die in den Reaktionsmischungen vorliegt.
Das Enzym Firefly Luciferase emittiert Licht in einer ATP-abhängigen Weise,
und die Menge an Licht die emittiert wird, wird durch ein Luminometer
detektiert. Lichtemission ist proportional zur Konzentration von ATP
in der Reaktionsmischung. Die CaATPase verbraucht ATP in der Gegenwart
von mikromolarem Calcium und millimolarem Mg2+.
Der Umsatz wird durch Thapsigargin blockiert. Die Spiegel von ATP verringern
sich mit zunehmender Zeit in Reaktionsmischungen, die die CaATPase
und Calcium enthalten, und wenig Licht wird während der Auslösephase
von diesen Mischungen als ein Ergebnis emittiert. Inhibierte Reaktionsmischungen
werden einen Anstieg in der Lichtemission im Vergleich zu nicht
inhibierten Kontrollreaktionen ergeben. Die Chelatbildung von freiem
Ca2+ durch EGTA blockiert die Reaktion und die
negativen Kontrollwells des Assays enthalten 1 mMol EGTA, was im
Nichtvorliegen von signifikant freiem Ca2+ resultiert.
Als
ein nicht limitierendes Beispiel eines solchen Assays werden die
folgenden Komponenten in der folgenden Reihenfolge zugegeben: a)
5 μl einer Lösung enthaltend
10 x eine Verbindung in 5 % (v/v) Dimethylsulfoxid DMSO in dH2O; b) 20 μl
einer Lösung
enthaltend 50,0 mMol 3-[N-Morpholino]propansulfonsäure (MOPS),
pH 7,5, 12,5 mMol MgSO4, 2,5 mMol KCl, 1,0
mMol Ethylenglycol-O,O'-bis(2-aminoethyl)-N,N,N',N',-tetraessigsäure (EGTA), 1,025 mMol CaCl2, 0,0125 mMol ATP, 0,025 % (w/v) Tween 20,
0,04 % (v/v) DMSO, 0,004 mMol A23187; und c) 25 μl einer Lösung enthaltend 50,0 mMol MOPS,
pH 7,5, 10 % (w/v) Glycerin, 0,1 mg/ml Bovinserumalbumin (BSA),
0,8 μg/ml
SERCA-ähnliche
CaATPase. Die resultierende Reaktionsmischung wird bei Raumtemperatur
für 60
Minuten gehalten, und dann wird die folgende Lösung zugegeben: 35 μl einer Lösung enthaltend
20,0 mMol Tricin, pH 7,8, 2,5 mMol Dithiothreitol (DTT), 2,7 mMol
MgSO4, 0,1 mMol EDTA, 0,47 mMol Luciferin,
0,27 mMol CoA, 0,5 % (w/v) Tween 20, 1,0 mg/ml BSA, 93 ng/ml Luciferase.
Das verbleibende ATP wird dann mit einem Luminometer gemessen.
Die
zentralen Proteine und Polypeptide können aus natürlich vorkommenden
Quellen erhalten werden oder synthetisch produziert werden. Beispielsweise
können
Wildtypproteine aus biologischen Quellen erhalten werden, welche
die Proteine exprimieren, beispielsweise aus Heliothis. Die zentralen
Proteine können
auch aus synthetischen Mitteln gewonnen werden, beispielsweise durch
Exprimieren eines rekombinanten Genes, das das Protein von Interesse
in einem geeigneten Wirt wie oben beschrieben exprimiert. Jegliche
geeignete Proteinaufreinigungsprozeduren können eingesetzt werden, wo geeignete
Proteinaufreinigungsmethoden in den Richtlinien zur Proteinaufreinigung
beschrieben werden (Deuthser ed.) (Academic Press, 1990). Beispielsweise
kann ein Lysat aus der ursprünglichen Quelle
präpariert
werden und unter HPLC-Verwendung auf gereinigt werden, unter Ausschluss-Chromatographie,
Gelelektrophorese, Affinitätschromatographie
und dergleichen.
Ein
Derivat eines zentralen Proteins kann durch verschiedene Verfahren,
die im Stand der Technik bekannt sind, produziert werden. Die Manipulationen,
welche in ihrer Produktion resultieren, können auf der Ebene des Gens
oder des Proteins erscheinen. Beispielsweise kann eine klonierte
zentrale Gensequenz an geeigneten Stellen mit Restriktionsendonuklease(n)
geschnitten werden (Wells et al., Philos. Trans. R. Soc. London
SerA (1986) 317:415), gefolgt von weiterer enzymatischer Modifizierung,
falls gewünscht,
kann isoliert und in vitro ligiert werden, und exprimiert werden,
um das gewünschte
Derivat zu produzieren. Alternativ kann ein zentrales Gen in vitro
oder in vivo mutiert werden, um Translations-, Initiations- und/oder
Terminationssequenzen zu erzeugen und/oder zu zerstören, oder Variationen
in kodierenden Regionen zu erzeugen und/oder neue Endonuklease-Restriktionsschnittstellen
auszubilden oder vorher existierende zu zerstören, um weitere in vitro-Modifizierungen
zu ermöglichen.
Eine Vielzahl von Mutagenesetechniken sind im Stand der Technik
bekannt, wie z.B. chemische Mutagenese, in vitro ortsgerichtete
Mutagenese (Carter et al., Nucl. Acids Res. (1986) 13:4331), die Verwendung
von TAB® Linkern
(verfügbar
von Pharmacia und Upjohn, Kalamazoo, MI), etc.
Auf
der Proteinebene schließen
Manipulationen posttranslatorische Modifizierung, beispielsweise
Glycosylierung, Acetylierung, Phosphorylierung, Amidierung, Derivatisierung
durch bekannte Schutz-/Blockierungs-Gruppen, proteolytisches Schneiden,
Verknüpfung
an Antikörpermoleküle oder andere
zelluläre
Liganden etc. ein. Irgendeine der vielen chemischen Modifizierungen
kann durch bekannte Techniken durchgeführt werden (beispielsweise
spezifisch chemisches Schneiden durch Cyanogenbromid, Trypsin, Chymotrypsin,
Papain, V8 Protease, NaBH4, Acetylierung,
Formylation, Oxidation, Reduktion, metabolische Synthese in der
Gegenwart von Tunicamycin, etc.). Derivatproteine können auch
chemisch unter Verwendung eines Peptid-Syntheseautomaten synthetisiert
werden, um beispielsweise nichtklassische Aminosäuren- oder chemische Aminosäurenanaloga
als Substitutionen oder Additionen in die zentrale Proteinsequenz
einzubringen.
Chimäre oder
Fusionsproteine können
hergestellt werden, die ein zentrales Protein oder ein Fragment
davon (vorzugsweise umfassend eine oder mehrere strukturelle oder
funktionelle Domänen
des zentralen Proteins), gebunden an ihrem Amino- oder Carboxylterminus über eine
Peptidbindung an eine Aminosequenz eines unterschiedlichen Proteins, umfassen.
Chimäre
Proteine können
hergestellt werden durch irgendein bekanntes Verfahren einschließend: rekombinante
Expression einer Nukleinsäure kodierend
für das
Protein (umfassend eine Aminosäuresequenz
kodierend ein zentrales Protein verknüpft im Rahmen mit einer kodierenden
Sequenz eines anderen Proteins); Ligieren der geeigneten Nukleinsäuresequenzen
kodierend die gewünschten Aminosäuresequenzen
aneinander in einen geeigneten kodierenden Rahmen, und Exprimieren
des chimären
Produktes; und Proteinsynthesetechniken, beispielsweise durch Verwendung
eines Peptid-Synthese-Automaten.
GENREGULATORISCHE
ELEMENTE DER ZENTRALEN NUKLEINSÄUREMOLEKÜLE
Die
Erfindung umfasst des Weiteren genregulatorische DNA-Elemente, wie
z.B. Enhancer oder Promotoren, welche die Transkription der zentralen Nukleinsäuremoleküle steuern.
Solche regulatorische Elemente können
verwendet werden, um Gewebe, Zellen, Gene und Faktoren, die spezifisch
die Produktion eines zentralen Proteins steuern, zu identifizieren.
Das Analysieren der Komponenten, die spezifisch für eine spezielle
Proteinfunktion sind, kann zum Verständnis führen, wie diese regulatorischen
Prozesse zu manipulieren sind, speziell für Pestizide und therapeutische
Anwendung, wie auch zum Verständnis,
wie Dysfunktion in diesen Verfahren zu diagnostizieren sind.
Genfusionen
mit zentralen regulatorischen Elementen können realisiert werden. Für kompakte Gene,
die relativ wenige und kleine dazwischenliegende Sequenzen aufweisen,
wie z.B. die hier für Heliothis
und Spodoptera beschriebenen, ist es typischerweise der Fall, dass
die regulatorischen Elemente, welche räumliche und zeitliche Expressionsmuster
steuern, in der DNA unmittelbar strangaufwärts zur kodierenden Region
gefunden werden und sich in die äußerste Nähe des benachbarten
Genes erstrecken. Regulatorische Regionen können verwendet werden, um Genfusionen
zu konstruieren, wo die regulatorischen DNAs operativ an eine kodierende
Region eines Reporterproteins fusioniert sind, dessen Expression
einfach zu detektieren ist, und diese fusioniert sind, dessen Expression
einfach zu detektieren ist, und diese Konstrukte werden als Transgene
in das Tier der Wahl eingebracht.
Eine
vollständige
regulatorische DNA-Region kann verwendet werden oder die regulatorische Region
kann in kleinere Segmente unterteilt werden, um Subelemente zu identifizieren,
die spezifisch zur Steuerung der Expression in einem gegebenen Zelltyp
oder Stadium der Entwicklung sind. Reporterproteine, die zur Konstruktion
dieser Genfusionen verwendet werden können, schließen E. coli
beta-Galactosidase und grünfluoreszierendes
Protein (GFP) ein. Diese können
einfach in situ detektiert werden und sind folglich bedeutsam für histologische
Untersuchungen und können
verwendet werden, um Zellen zu sortieren, welche ein zentrales Protein
exprimieren (O'Kane
and Gehring PNAS (1987) 84(24):9123-9127; Chalfie et al., Science
(1994) 263:802-805; and Cumberledge and Krasnow (1994) Methods in
Cell Biology 44:143-159). Rekombinase Proteine, wie z.B. FLP oder
CRE, können
bei der Steuerung der Genexpression durch ortsspezifische Rekombination
verwendet werden (Golic and Lindquist (1989) Cell 59(3):499-509;
White et al., Science (1996) 271:805-807). Toxische Proteine, wie
z.B. Reaper und Hid-Cell-Death Proteine, sind bedeutsam, um Zellen
zu verstümmeln,
die normalerweise ein zentrales Protein exprimieren, um die physiologische Funktion
der Zellen zu bewerten (Kingston, In Current Protocols in Molecular
Biology (1998) Ausubel et al., John Wiley & Sons, Inc. sections 12.0.3-12.10) oder
irgendein anderes Protein, wo es gewünscht wird, die Funktion dieses
speziellen Proteins speziell in Zellen, die ein zentrales Protein
synthetisieren, zu untersuchen.
Alternativ
kann ein binäres
Reportersystem verwendet werden, ähnlich zu demjenigen beschrieben
weiter unten, wo ein zentrales regulatorisches Element operativ
an die kodierende Region eines exogenen transkriptionellen Aktivatorproteins
fusioniert ist, wie z.B. die GAL4- oder tTA-Aktivatoren, die unten
beschrieben werden, um ein zentrales regulatorisches Element ("Drivergen") zu erzeugen. Für die andere
Hälfte
des binären
Systems steuert der exogene Aktivator ein separates "Targetgen", das eine kodierende
Region eines Reporterproteins operativ fusioniert an ein verwandtes
regulatorisches Element für
das exogene Aktivatorprotein enthält, wie z.B. ein UASG bzw. tTA-Antwortelement. Ein Vorteil eines binären Systems
ist, dass ein einzelnes Drivergen-Konstrukt verwendet werden kann, um
die Transkription von vorkonstruierten Targetge nen, die verschiedene
Reporterproteine kodieren, zu aktivieren, jedes mit seinen eigenen
Verwendungen wie oben erläutert.
Zentrale
regulatorische Element-Reportergen-Fusionierungen sind auch bedeutsam
beim Testen von genetischen Wechselwirkungen, wo die Aufgabe ist,
diejenigen Gene zu identifizieren, die eine spezielle Rolle in der
Steuerung der Expression der zentralen Gene aufweisen, oder das
Wachstum und die Differentiation der Gewebe, die ein zentrales Protein
exprimieren, zu promoten. Zentrale genregulatorische DNA-Elemente
sind auch bedeutsam in Protein-DNA-Bindungs-Assays, um genregulatorische Proteine
zu identifizieren, die die Expression von zentralen Genen steuern.
Die genregulatorischen Proteine können detektiert werden unter
Verwendung einer Vielzahl von Verfahren, welche spezielle Protein-DNA-Wechselwirkungen
untersuchen, die den Fachleuten auf dem Gebiet wohlbekannt sind (Kingston,
supra), einschließend
in vivo footprinting Assays, die auf dem Schutz von DNA-Sequenzen
vor chemischen und enzymatischen Modifizierungen basieren, innerhalb
lebender oder permeabilisierter Zellen; und in vitro footprinting
Assays, die auf dem Schutz von DNA-Sequenzen vor chemischen oder enzymatischen
Modifizierungen unter Verwendung von Proteinextrakten, Nitrocellulosefilterbindenden Assays
und Gel-Elektrophorese-Mobilitätshift-Assays
basieren unter Verwendung von radioaktiv gelabelten regulatorischen
DNA-Elementen vermischt mit Proteinextrakten. Kandidatengene für regulatorische Proteine
können
gereinigt werden unter Verwendung einer Kombination von konventionellen
und DNA-Affinitäts-Aufreinigungs-Techniken. Molekulare
Klonierungsstrategien können
auch verwendet werden, um die Proteine zu identifizieren, die spezifisch
zentrale genregulatorische DNA-Elemente binden. Beispielsweise kann
eine Drosophila cDNA-Bibliothek in einem Expressionsvektor auf cDNAs
gescreened werden, welche zentrale Genregulatorische-Element-DNA-bindende Aktivität kodieren.
In ähnlicher Art
und Weise kann das Hefe "Ein-Hybrid"-System verwendet werden (Li and Herskowitz,
Science (1993) 262:1870-1874; Luo et al., Biotechniques (1996) 20(4):564-568;
Vidal et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1996) 93(19):10315-10320).
ANTIKÖRPER SPEZIFISCH
FÜR ZENTRALE
PROTEINE
Die
vorliegende Erfindung stellt Antikörper bereit, die isolierte
Antikörper
sein können,
die spezifisch an ein zentrales Protein binden. Die zentralen Proteine,
Fragmente und Derivate davon können
als ein Immunogen verwendet werden, um monoklonale oder polyklonale
Antikörper
und Antikörperfragmente oder
Derivate zu erzeugen (beispielsweise chimäre, einsträngige, Fab-Fragmente). Wie
hier verwendet schließt
die Bezeichnung "Antikörper" Antikörper irgendeines
Isotyps ein, Fragmente von Antikörpern, welche
spezifische Bindung an Antigen aufrechterhalten, einschließend, jedoch
nicht limitiert auf Fab-, Fv-, scFv- und Fd-Fragmente, chimäre Antikörper, humanisierte
Antikörper,
einsträngige
Antikörper
und Fusionsproteine, die einen Antigen-bindenden Abschnitt eines
Antikörpers
und ein Nicht-Antikörper-Protein
umfassen. Auch bereitgestellt werden "künstliche" Antikörper, beispielsweise
Antikörper und
Antikörper-Fragmente
hergestellt und ausgewählt
in vitro. In einigen Ausführungsformen
werden solche Antikörper
auf der Oberfläche
eines Bakteriophagen oder anderer viraler Partikel dargeboten. In vielen
Ausführungsformen
sind solche künstlichen Antikörper als
Fusionsproteine mit einem viralen oder bakteriophagen Strukturprotein
vorhanden, einschließend,
jedoch nicht limitiert auf das M13-Gen III-Protein. Verfahren zum
Herstellen solcher künstlicher
Antikörper
sind im Stand der Technik wohlbekannt. Siehe beispielsweise US-Patent
Nrn. 5,516,637; 5,223,409; 5,658,727; 5,667,988; 5,498,538; 5,403,484;
5,571,698 und 5,625,033.
Die
Antikörper
können
detektierbar gelabelt sein, beispielsweise mit einem Radioisotop,
einem Enzym, welches ein detektierbares Produkt erzeugt, einem grün fluoreszierenden
Protein oder dergleichen. Die Antikörper können des Weiteren konjugiert sein
mit anderen Gruppen, beispielsweise Mitgliedern von speziellen Bindungspaaren,
beispielsweise Biotin (Mitglied des Biotin-Avidin-spezifischen Bindungspaares)
und dergleichen. Die Antikörper
können
auch gebunden sein an eine feste Unterlage, einschließend, jedoch
nicht limitiert auf Polystyrolplatten oder Beads und dergleichen.
Beispielsweise werden Fragmente eines zentralen Proteins, beispielsweise diejenigen,
die als hydrophil identifiziert wurden, als Immunogene zur Antikörperproduktion
unter Verwendung von im Fachbereich bekannten Verfahren verwendet,
wie z.B. durch Hybridomas; die Produktion von monoklonalen Antikörpern in
keimfreien Tieren (PCT/US90/02545); die Verwendung von menschlichen
Hybridomas (Cole et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1983) 80:2026-2030;
Cole et al., in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy (1985)
Alan R. Liss. Seiten 77-96), und die Produktion von humanisierten Antikörpern (Jones
et al., Nature (1986) 321:522-525; US-Patent 5,530,101). In einer
besonderen Ausführungsform
liefern zentrale Polypeptid-Fragmente spezifische Antigene und/oder
Immunogene, spe ziell wenn sie an Carrier-Proteine gekoppelt sind.
Beispielsweise werden Peptide kovalent an das Keyhole-Limpet-Antigen
(KLH) gebunden und das Konjugat wird in Freund's komplettem Adjuvans emulgiert. Labortiere,
beispielsweise Mäuse,
Ratten oder Kaninchen werden immunisiert gemäß herkömmlichem Protokoll und Blut
wird abgenommen. Das Vorliegen von spezifischen Antikörpern wird durch
Festphasen-Immuno-Sorbent-Assays
unter Verwendung von immobilisierten korrespondierenden Polypeptiden
geprüft.
Spezifische Aktivität
oder Funktion der produzierten Antikörper kann durch konventionelle
in vitro-, zellbasierte oder in vivo-Assays, beispielsweise in vitro-Bindungsassays, etc., bestimmt
werden. Die Bindungsaffinität
kann durch Bestimmung der Gleichgewichtskonstanten von Antigen-Antikörper-Assoziationen
geprüft
werden (üblicherweise
zumindest ungefähr
107 M–1, zumindest ungefähr 108 M–1 oder zumindest ungefähr 109 M–1).
SCREENINGVERFAHREN
Die
vorliegende Erfindung stellt des Weiteren Verfahren zum Identifizieren
von Agenzien bereit, welche eine Aktivität eines zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase-Polypeptids reduzieren, welche die Spiegel an SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA und/oder Polypeptidspiegel in einer Zelle, insbesondere
einer Insektenzelle reduzieren. Die Erfindung stellt des Weiteren
Verfahren zum Identifizieren von Molekülen bereit, die mit einer zentralen
SERCA-ähnlichen
CaATPase interagieren.
Verfahren zum Identifizieren
von Molekülen,
welche mit einem zentralen Protein wechselwirken
Eine
Vielzahl von Verfahren kann verwendet werden, um Moleküle zu identifizieren
oder zu screenen, wie z.B. Proteine oder andere Moleküle, die
mit einem zentralen Protein wechselwirken oder Derivate der Fragmente
davon. Die Assays können
aufgereinigtes Protein oder Zelllinien oder Modellorganismen wie
z.B. Heliothis, Drosophila und C. elegans einsetzen, welche genetisch
manipuliert wurden, um ein zentrales Protein zu exprimieren. Geeignete Screening-Methodologien
sind im Stand der Technik wohlbekannt, um Proteine oder andere Moleküle zu testen,
welche mit einem zentralen Gen und Protein wechselwirken (siehe
beispielsweise Internationale PCT Publikationsnr. WO 96/34099).
Die neu identifizierten wechselwirkenden Moleküle können neue Targets für pharmazeutische
oder pestizidale Agenzien bereitstellen. Irgendwelche der Vielzahl
der exogenen Moleküle,
die sowohl natürlich
auftreten und/oder synthetisch sind (beispielsweise Bibliotheken
von kleinen Molekülen
oder Peptiden, oder Phagendisplay-Bibliotheken) können gescreened werden hinsichtlich
der Bindungsaktivität.
In einem typischen Bindungsexperiment wird ein zentrales Protein oder
Fragment mit Kandidaten-Molekülen unter
Bedingungen, die günstig
für die
Bindung sind, vermischt, und hinreichend Zeit wird zugestanden,
damit jede Bindung auftreten kann, und Assays werden durchgeführt, um
die gebundenen Komplexe zu testen.
Assays,
um wechselwirkende Proteine zu finden, können durchgeführt werden
durch irgendwelche bekannten Verfahren, die im Stand der Technik
bekannt sind, beispielsweise Immunopräzipitation mit einem Antikörper, welcher
das Protein in einem Komplex bindet, gefolgt von Analyse durch Größenfraktionierung
der immunopräzipitierten
Proteine (beispielsweise denaturierende oder nichtdenaturierende
Polyacrylamidgelelektrophorese), Western-Blot-Analyse, nicht-denaturierende
Gelelektrophorese, Zwei-Hybridsysteme
(Fields and Song, Nature (1989) 340:245-246; US-Pat. Nr. 5,283,173;
for review see Brent and Finley, Annu. Rev. Genet. (1977) 31:663-704),
etc.
Immunoassays
Immunoassays
können
verwendet werden, um Proteine zu identifizieren, die mit einem zentralen Protein
wechselwirken oder an es binden. Verschiedene Assays sind verfügbar zum
Testen der Fähigkeit
eines Proteins, an ein zentrales Wildtyp-Protein zu binden oder
mit der Bindung zu konkurrieren oder zum Binden an einen gegen das
zentrale Protein gerichteten Antikörper. Geeignete Assays schließen Radioimmunoassays,
ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay), immunoradiometrische
Assays, Gel-Diffusions-Präzipitin-Reaktionen,
Immunodiffusionsassays, in situ-Immunoassays (beispielsweise unter
Verwendung von kolloidalem Gold, Enzym oder Radioisotoplabeln),
Western-Blots, Präzipitationsreaktionen,
Agglutinationsassays (beispielsweise Gelagglutinationsassays, Hämagglutinationsassays), Komplement-Fixierungsassays,
Immuno-Fluoreszenz-Assays,
Protein A-Assays, Immuno-Elektrophorese-Assays, etc. ein.
Eines
oder mehrere der Moleküle
in dem Immunoassay können
an ein Label gebunden sein, wobei das Label direkt oder indirekt
ein detektierbares Signal liefern kann. Verschiedene Label schließen Radioisotope,
fluoreszierende, chemilumineszierende Substanzen, Enzyme, spezifisch
bindende Moleküle,
Partikel, beispielsweise magnetische Partikel und dergleichen ein.
Spezifisch bindende Moleküle schließen Paare,
wie z.B. Biotin und Streptavidin, Digoxin und Antidigoxin etc. ein.
Für die
spezifisch bindenden Mitglieder würden die komplementären Mitglieder
normalerweise mit einem Molekül
gelabelt werden, welches die Detektion in Übereinstimmung mit bekannten
Prozeduren gewährleistet.
Identifizierung
von möglichen
Pestizid- oder Drug-Targets
Die
vorliegende Erfindung stellt des Weiteren Verfahren zum Identifizieren
von Agenzien bereit, welche eine Enzym-Aktivität eines zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase-Polypeptids
reduzieren, welche den Spiegel von SERCA-ähnlicher CaATPase mRNA und/oder
Polypeptid in einer Zelle reduzieren, speziell einer Insektenzelle.
Sobald
neue Targetgene oder mit einem Target wechselwirkende Gene identifiziert
werden, können
sie als potenzielle Pestizid- oder Wirkstofftargets oder als Biopestizide
bewertet werden. Des Weiteren können
transgene Pflanzen, welche zentrale Proteine exprimieren, hinsichtlich
ihrer Aktivität
gegen Insektenschädlinge
getestet werden (Estruch et al., Nat. Biotechnol (1997) 15(2):137-141).
Die
zentralen Proteine sind validierte Pestizidtargets, da die Zerstörung der
zentralen Gene in Drosophila tödlich
endet, wenn sie homozygot sind. Die Mutation zur Lethalität dieser
Gene deutet an, dass Wirkstoffe, welche als Agonisten oder Antagonisten
auf das Genprodukt wirken, effektive pestizidale Agenzien sein können.
Wie
hier verwendet bezieht sich der Begriff "Pestizid" allgemein auf chemische, biologische Agenzien
und andere Verbindungen, die in negativer Art und Weise die Insekten-Lebensfähigkeit
beeinflussen, sie beispielsweise killen, paralysieren, sterilisieren
oder anderweitig Schädlingsspezies
im Gebiet des landwirtschaftlichen Pflanzenschutz bzw. der menschlichen
und tierischen Gesundheit eindämmen.
Beispielhafte Schädlünsspe zies
schließen
Parasiten und Erkrankungsvektoren, wie z.B. Moskitos, Flöhe, Zecken,
parasitäre
Fadenwürmer,
Sandflöhe, Milben
etc., ein. Schädlingsspezies
schließen
auch diejenigen ein, die aus ästhetischen
oder hygienischen Gründen
ausgerottet werden (beispielsweise Ameisen, Schaben, Kleidungsmotten,
Mehltau, etc.), aus Gründen
der Heim- und Gartenanwendungen und zum Schutz von Strukturen (einschließend waldschädigende
Schädlinge,
wie z.B. Termiten, und oberflächenbewachsende
Meeres-Organismen).
Pestizidale
Verbindungen können
traditionell kleine organische Molekülpestizide einschließen (typifiziert
durch Verbindungsklassen, wie z.B. Organophosphate, Pyrethroide,
Carbamate, und Organochlorverbindungen, Benzoylharnstoffe, etc.).
Andere Pestizide schließen
proteinartige Toxine, wie z.B. Bacillus thuringiensis Crytoxine
(Gill et al., Annu Rev Entomol (1992) 37:615-636) und Photorabdus
luminescens Toxine (Bowden et al., Science (1998) 280:2129-2132);
und Nukleinsäuren,
wie z.B. zentrale dsRNA oder Antisense-Nukleinsäuren, die mit der Aktivität eines
zentralen Nukleinsäuremoleküls wechselwirken,
ein.
Die
Bezeichnungen "Kandidaten-Agens", "Agens", "Substanz" und "Verbindung" werden hier zueinander
austauschbar verwendet. Kandidaten-Agenzien umfassen verschiedene
chemische Klassen, typischerweise synthetische, semisynthetische
oder natürlich
vorkommende anorganische oder organische Moleküle. Kandidaten-Agenzien können kleine
organische Verbindungen sein, die ein Molekulargewicht von mehr
als 50 und weniger als ungefähr
2500 Dalton aufweisen. Kandidaten-Agenzien können funktionelle Gruppen umfassen,
die notwendig für
die strukturelle Wechselwirkung mit Proteinen sind, insbesondere
Wasserstoff-Bindungen und können
zumindest eine Amin-, Carbonyl-, Hydroxyl- oder Carboxylgruppe einschließen und
können
zumindest zwei der funktionellen chemischen Gruppen enthalten. Das
Kandidaten-Agens kann cyclische Kohlenwasserstoffe oder heterocyclische
Strukturen umfassen und/oder aromatische oder polyaromatische Strukturen
substituiert mit einer oder mehreren der oben genannten funktionellen
Gruppen. Kandidaten-Agenzien sind auch unter den Biomolekülen zu finden
einschließend
Peptide, Saccharide, Fettsäuren,
Steroide, Purine, Pyrimidine, Derivate, Strukturanaloga oder Kombinationen
davon.
Kandidaten-Agenzien
werden von einer großen
Vielzahl von Quellen erhalten, einschließend Bibliotheken von synthetischen
oder natürlichen
Verbindungen. Beispielsweise sind verschiedene Mittel verfügbar für zufällige oder
gerichtete Synthesen einer großen
Vielzahl von organischen Verbindungen und Biomolekülen einschließend die
Expression von randomisierten Oligonukleotiden und Oligopeptiden. Alternativ
sind Bibliotheken von natürlichen
Verbindungen in der Form von Bakterien-, Pilz-, Pflanzen- und tierischen
Extrakten verfügbar
oder werden leicht produziert. Zusätzlich werden natürliche oder synthetisch
produzierte Bibliotheken oder Verbindungen leicht modifiziert durch
konventionelle chemische, physikalische und biochemische Mittel
und können
verwendet werden, um kombinatorische Bibliotheken zu erzeugen. Bekannte
pharmakologische Agenzien können
gerichteten oder zufälligen
chemischen Modifikationen unterzogen werden, wie z.B. Acylierung,
Alkylierung, Veresterung, Amidierung, etc., um strukturelle Analoga
zu produzieren.
Kandidaten-Agenzien,
welche eine SERCA-ähnliche
CaATPase-Aktivität
eines zentralen Polypeptids reduzieren und/oder einen Spiegel von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA und/oder Polypeptid reduzieren und zwar um zumindest
ungefähr 10
%, zumindest ungefähr
15 %, zumindest ungefähr 20
%, zumindest ungefähr
25 %, zumindest ungefähr 30
%, zumindest ungefähr
35 %, zumindest ungefähr 40
%, zumindest ungefähr
45 %, zumindest ungefähr 50
%, zumindest ungefähr
55 %, zumindest ungefähr 60
%, zumindest ungefähr
65 %, zumindest ungefähr 70
%, zumindest ungefähr
75 %, zumindest ungefähr 80
%, zumindest ungefähr
85 %, zumindest ungefähr 90
%, zumindest ungefähr
95 % oder mehr, sind Kandidaten-Pestizide.
Kandidaten-Agenzien,
die eine Aktivität
einer zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase reduzieren und/oder einen Spiegel von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA und/oder Polypeptid reduzieren, werden darüber hinaus
hinsichtlich Toxizität
gegen Wirbeltierspezies getestet, wie z.B. Säugetierspezies, etc.; und hinsichtlich
Bioverfügbarkeit.
Eine
Vielzahl anderer Reagenzien kann in dem Screening-Assay eingeschlossen
sein. Diese schließen
Reagenzien, wie Salze, Neutralproteine, z.B. Albumin, Detergenzien
etc,. ein, die verwendet werden, um optimale Protein-Protein-Bindung
zu ermöglichen
und/oder nicht spezifische oder Hintergrund-Wechselwirkungen zu
verringern. Reagenzien, welche die Effizienz des Assays verbessern,
wie z.B. Proteaseinhibitoren, Nuklea seinhibitoren, antimikrobielle
Agenzien etc., können
verwendet werden. Die Komponenten werden in irgendeiner Reihenfolge
zugegeben, die die benötigte
Aktivität
bereitstellt. Inkubationen werden bei irgendeiner geeigneten Temperatur
durchgeführt,
typischerweise zwischen 4°C
und 40°C.
Inkubationsperioden werden ausgewählt hinsichtlich optimaler
Aktivität,
können aber
optimiert werden um schnelles High-Throughput Screening zu ermöglichen.
Typischerweise wird eine Zeitspanne zwischen 0,1 und 1 Stunde ausreichend sein.
Assays von
Verbindungengegen aufgereigte SERCA-ähnliche CaATPase
Die
Erfindung stellt Verfahren bereit zum Screenen nach Agenzien, die
die enzymatische Aktivität
eines zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase Polypeptids modulieren. Solche Agenzien sind als pestizidale
Agenzien bedeutsam. SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivität wird wie
unten beschrieben gemessen.
Die
vorliegende Erfindung stellt Verfahren zum Identifizieren von Agenzien
bereit, welche eine enzymatische Aktivität eines SERCA-ähnlichen CaATPase
Polypeptids der Erfindung modulieren. Die Bezeichnung „modulieren" schließt eine
Vergrößerung oder
eine Verringerung in der Messung der SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivität im Vergleich
zu einer geeigneten Kontrolle ein.
Das
Verfahren umfasst generell: a) Inkontaktbringen eines Testagens
mit einer Probe enthaltend ein SERCA-ähnliches CaATPase Polypeptid; und
b) Prüfen
auf eine SERCA-ähnliche
CaATPase Aktivität
des SERCA-ähnlichen
CaATPase Polypeptids in der Gegenwart des Testagens. Ein Anstieg oder
eine Verringerung in der S1PL Aktivität im Vergleich zur S1PL Aktivität in der
geeigneten Kontrolle (z.B. einer Probe umfassend ein SERCA-ähnliches CaATPase
Polypeptid in der Abwesenheit eines zu testenden Agens) zeigt an,
dass das Agens eine enzymatische Aktivität der SERCA-ähnlichen
CaATPase moduliert.
Ein „Agens,
das eine SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivität eines
SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptids moduliert",
wie es hier verwendet wird, bezeichnet irgendein Molekül, z.B.
eine synthetische oder natürliche
organische oder anorganische Verbindung, ein Protein oder ein Pharmazeutikum, die
die Fähigkeit
haben, die SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivität eines
SERCA-ähnlichen
CaATPase-Polypeptids, wie hier beschrieben, zu verändern. Im
allgmeinen wird eine Vielzahl von Mischungen parallel durchgesetzt,
mit verschiedenen Konzentrationen, um eine differenzierte Antwort
auf verschiedene Konzentrationen zu erhalten. Typischerweise dient eine
dieser Konzentrationen als eine Negativ-Kontrolle, d.h. sie liegt
bei einer Null-Konzentration oder unterhalb der Detektionsgrenze.
Assays von
Verbindungen gegen Insekten
Potenzielle
insektizidale Verbindungen können
den Insekten in einer Vielzahl von Wegen verabreicht werden, einschließend oral
(einschließlich
der Zugabe zu einer synthetischen Diät, der Anwendung auf Pflanzen
oder Beute, die von den Testorganismen konsumiert werden), topisch
(einschließlich Sprühen, direkte
Anwendung der Verbindung auf das Tier, Ermöglichen des Kontakts des Tiers
mit einer behandelten Oberfläche)
oder durch Injektion. Insektizide sind typischerweise sehr hydrophobe
Moleküle und
müssen
gemeinhin in organischen Lösungsmitteln
aufgelöst
werden, welche man in dem Falle von Methanol oder Aceton verdampfen
lässt,
oder welche in niedrigen Konzentrationen enthalten sein können, um
die Aufnahme zu erleichtern (Ethanol, Dimethylsulfoxid).
Der
erste Schritt in einem Insektenassay ist üblicherweise die Bestimmung
der minimalen lethalen Dosis (MLD, minimal lethal dose) des Insekts nach
der chronischen Exposition gegen die Verbindung. Die Verbindungen
werden üblicherweise
in DMSO verdünnt
und auf die Nahrungsoberfläche aufgebracht,
die 0-48 Stunden alte Embryonen und Larven trägt. Zusätzlich zur Bestimmung der MLD
erlaubt dieser Schritt die Bestimmung der Fraktion an sich entwickelnden
Eiern, des Verhaltens der Larven, beispielsweise wie sie sich bewegen,
fressen im Vergleich zu unbehandelten Larven, der Fraktion, die
bis zum Verpuppen überlebt,
und der Fraktion, die ausschlüpft
(Überleben
des erwachsenen Insektes aus dem Verpuppungsstadium). Basierend
auf diesen Ergebnissen können
detailliertere Assays mit kürzerer Expositionszeit
konzipiert werden, und die Larven können seziert werden, um nach
offensichtlichen morphologischen Defekten zu suchen. Sobald die MLD
bestimmt wird, können
spezifische akute und chronische Assays konzipiert werden.
In
einem typisch akuten Assay werden die Verbindungen auf die Nahrungsoberfläche für Embryos,
Larven oder Erwachsene appliziert, und die Tiere werden nach 2 Stunden
und nach Inkubation über
Nacht beobachtet. Für
die Anwendung auf Embryos werden Defekte in der Entwicklung und
der prozentuale Anteil, der bis zum Erwachsenwerden überlebt,
bestimmt. Für
Larven werden Defekte im Verhalten, der Beweglichkeit und dem Verpuppen
beobachtet. Zur Anwendung auf Erwachsene werden Defekte in Spiegeln
und/oder Enzym-Aktivität
beobachtet und die Effekte im Verhalten und/oder der Fertilität werden
aufgezeichnet.
Für einen
chronischen Expositions-Assay werden die Erwachsenen für 48 Stunden
auf Phiolen platziert, die die Verbindung enthalten, dann auf einen
sauberen Behälter überführt und
hinsichtlich Fertilität,
Defekte in Spiegeln und/oder Aktivität eines zentralen Polypeptids
und auf Ableben hin beobachtet.
Assays von
Verbindungen unter Verwendung von Zellkulturen
Verbindungen,
die die Aktivität
eines zentralen Proteins modulieren (z.B. blockieren oder verstärken) und/oder
einen Spiegel von SERCA-ähnlicher CaATPase
mRNA oder Polypeptid modulieren, können auch unter Verwendung
von Zellkulturen getestet werden. Exemplarische Zellen sind kultivierte
Insektenzellen wie z.B. Drosophila S2-Zellen. In einigen Ausführungsformen
wird ein rekombinanter Vektor, der eine Sequenz enthält, die
die gesamte oder einen Teil einer zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase einschließt,
in Zellen in einer in vitro-Kultur eingebracht und die resultierenden
rekombinanten Wirtszellen werden verwendet, um Testagenzien zu screenen.
Beispielsweise werden verschiedene Verbindungen zu Zellen zugegeben,
die ein zentrales Protein exprimieren, und können auf ihre Fähigkeit hin
gescreent werden, die Aktivität
der zentralen Gene zu modulieren, basierend auf der Messung der biologischen
Aktivität
eines zentralen Proteins. Beispielsweise können Verbindungen gescreent
werden auf ihre Fähigkeit,
die Aktivität
von SERCA-ähnlichen CaATPase-Genen
zu modulieren, basierend auf den Messungen der SERCA-ähnlichen
CaATPase-Aktivität,
SERCA-ähnlichen
CaATPase mRNA-Spiegeln oder SERCA-ähnlichen CaATPase-Polypeptid-Spiegeln.
Assays
zur Veränderung
in einer biologischen Aktivität
eines zentralen Proteins können
auf kultivierten Zellen durchgeführt
werden, welche das endogene normale oder mutierte zentrale Protein
exprimieren. Solche Studien können
auch durchgeführt werden
auf Zellen, die mit Vektoren transfiziert sind, die in der Lage
sind, das zentrale Protein zu exprimieren oder funktionelle Domänen eines
der zentralen Proteine in normaler oder mutierter Form. Darüber hinaus
können
Zellen, um das gemessene Signal in solchen Assays zu verstärken, co-transfiziert
werden mit Nukleinsäuremolekülen oder
einem zentralen rekombinanten Vektor, die ein zentrales Protein kodieren.
Alternativ
können
Zellen, die ein zentrales Protein exprimieren, lysiert werden; das
zentrale Protein kann aufgereinigt werden und in vitro unter Verwendung
von Verfahren, die im Stand der Technik bekannt sind, getestet werden
(Kanemaki M., et al., J Biol Chem, (1999) 27422437-22444).
Eine
große
Vielzahl von zellbasierten Assays kann verwendet werden, um Agenzien
zu identifizieren, welches den Spiegel von SERCA-ähnlicher CaATPase
mRNA modulieren, zur Identifizierung von Agenzien, die den Spiegel
von SERCA-ähnlichem CaATPase-Polypeptid modulieren
und zum Identifizieren von Agenzien, die den Grad der SERCA-ähnlichen CaATPase-Aktivität in einer
eukaryontischen Zelle modulieren, beispielsweise unter Verwendung einer
Insektenzelle (beispielsweise Drosophila S2-Zellen) transformiert
mit einem Konstrukt, das eine SERCA-ähnliche CaATPase-kodierende
cDNA umfasst, so dass die cDNA exprimiert wird oder, alternativ,
eines Konstrukts, das einen SERCA-ähnlichen CaATPase-Promotor
umfasst, der operativ an ein Reportergen gebunden ist.
Dementsprechend
stellt die vorliegende Erfindung ein Verfahren zum Identifizieren
eines Agens bereit, insbesondere eines biologisch aktiven Agens, welche
den Spiegel der SERCA-ähnlichen
CaATPase-Expression in einer Zelle moduliert, wobei das Verfahren
folgendes umfasst: Kombinieren eines Kandidaten-Agens, das getestet
werden soll, mit einer Zelle, die eine Nukleinsäure umfasst, welche ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Polypeptid
kodiert; und Bestimmen des Effekts vom besagten Agens auf die SERCA-ähnliche CaATPase-Expression
(beispielsweise Bestimmung des Effekts des Agens auf einen Spiegel
von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA, einen Spiegel von SERCA- ähnlichem
CaATPase-Polypeptid oder einen Grad der SERCA-ähnlichen CaATPase-Aktivität in der
Zelle).
Die "Modulation" von SERCA-ähnlichen CaATPase-Expressions-Spiegeln
schließt
den Anstieg des Spiegels und die Verminderung des Spiegels von SERCA-ähnlicher
CaAT-Pase mRNA und/oder
SERCA-ähnlichem
CaATPase-Polypeptid kodiert durch das SERCA-ähnliche CaATPase-Polynukleotid
und/oder des Grades der SERCA-ähnlichen
CaATPase-Aktivität
im Vergleich zu einer Kontrollprobe, die das Agens, das es zu testen
gilt, nicht aufweist, ein. Ein Anstieg oder eine Verminderung von
ungefähr
1,25-fach, üblicherweise
zumindest ungefähr
1,5-fach, üblicherweise
zumindest ungefähr 2-fach, üblicherweise
zumindest ungefähr
5-fach, üblicherweise
zumindest ungefähr
10-fach oder mehr in dem Spiegel (d.h. einer Menge) von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA und/oder Polypeptid und/oder SERCA-ähnlicher
CaATPase-Aktivität
in der Folge des Kontakts der Zelle mit einem zu testenden Kandidatenagens,
verglichen mit einer Kontrollprobe, zu der kein Agens hinzugefügt wird,
ist ein Hinweis darauf, dass das Agens den SERCA-ähnlichen
CaATPase mRNA Spiegel moduliert, den SERCA-ähnlichen CaATPase-Polypeptid-Spiegel
oder den Grad SERCA-ähnlichen
CaATPase-Aktivität
in der Zelle. Von speziellem Interesse in vielen Ausführungsformen sind
Kandidaten-Agenzien,
die einen Spiegel von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA reduzieren und/oder einen Spiegel von SERCA-ähnlichem CaATPase-Polypeptid
reduzieren und/oder einen Grad der SERCA-ähnlichen CaATPase-Aktivität in einer
Insektenzelle reduzieren.
SERCA-ähnliche
CaATPase mRNA und/oder Polypeptid, deren Spiegel oder Aktivität gemessen
werden, können
durch ein endogenes SERCA-ähnliches
CaATPase-Polynukleotid
kodiert werden, oder das SERCA-ähnliche
CaATPase-Polynukleotid kann eines sein, das in einem rekombinanten Vektor
umfasst ist und in die Zelle eingefügt ist, d.h. die SERCA-ähnliche
CaATPase mRNA und/oder das Polypeptid können kodiert sein durch ein
exogenes SERCA-ähnliches
CaATPase-Polynukleotid. Beispielsweise kann ein rekombinanter Vektor
eine isolierte SERCA-ähnliche
CaATPase-transkriptionelle regulatorische
Sequenz umfassen, wie z.B. eine Promotorsequenz, die operativ mit
einem Reportergen verknüpft
ist (beispielsweise β-Galaktosidase,
CAT, Luciferase oder ein anderes Gen, dessen Produkt leicht geprüft werden
kann). In diesen Ausführungsformen
umfasst das Verfahren zum Identifizieren eines Agens, das einen Spiegel
der SERCA-ähnlichen CaATPase-Expression
in einer Zelle moduliert, folgendes: Kombinieren eines Kandidaten-Agens,
das getestet werden soll mit einer Zelle umfassend eine Nukleinsäure, welche
ein transkriptionelles regulatorisches Element eines SERCA-ähnlichen
CaATPase-Gens umfasst, das an ein Reportergen operativ verknüpft ist;
und Bestimmen des Effekts von besagtem Agens auf die Reporter-Gen-Expression.
Ein
rekombinanter Vektor kann eine isolierte SERCA-ähnliche CaATPase-transkriptionelle
regulatorische Sequenz umfassen, wie z.B. eine Promotorsequenz,
operativ verknüpft
an Sequenzen kodierend für
ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Polypeptid;
oder die transkriptionellen Kontrollsequenzen können operativ verknüpft sein
mit kodierenden Sequenzen für
ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Fusionsprotein umfassend ein SERCA-ähnliches CaATPase-Polypeptid
fusioniert an ein Polypeptid, welches die Detektion ermöglicht.
In diesen Ausführungsformen
umfasst das Verfahren das Kombinieren eines Kandidaten-Agens, welches
getestet werden soll, mit einer Zelle, die eine Nukleinsäure umfasst,
welche ein transkriptionelles regulatorisches Element eines SERCA-ähnlichen
CaATPase-Gens umfasst, das operativ an die SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptid-kodierende Sequenz verknüpft ist; und das Bestimmen
des Effekts von besagtem Agens auf die SERCA-ähnliche CaATPase-Expression,
wobei die Bestimmung durchgeführt
werden kann durch Messen einer Menge von SERCA-ähnlicher
CaATPase mRNA, SERCA-ähnlichem
CaATPase-Polypeptid, SERCA-ähnlichem
CaATPase-Fusionspolypeptid oder SERCA-ähnlicher CaATPase-Aktivität erzeugt
durch die Zelle.
Zellbasierte
Assays umfassen im Allgemeinen die Schritte des Inkontaktbringens
der Zelle mit einem Agens, das getestet werden soll, dadurch das Ausbilden
einer Testprobe und nach geeigneter Zeit die Bewertung des Effekts
des Agens auf SERCA-ähnlichen
CaATPase mRNA-Spiegel, SERCA-ähnlichen
CaATPase-Polypeptid Spiegel und/oder Aktivitäts-Grad. Eine Kontrollprobe
umfasst die gleiche Zelle ohne das hinzugegebene Kandidatenagens.
SERCA-ähnliche
CaATPase-Expressions-Spiegel werden sowohl in der Testprobe als
auch in der Kontrollprobe gemessen. Ein Vergleich zwischen dem SERCA-ähnlichen
CaATPase-Expressions-Spiegel in der Testprobe und in der Kontrollprobe wird
durchgeführt.
SERCA-ähnliche
CaATPase-Expression kann unter Verwendung konventioneller Assays
geprüft
werden. Beispielsweise können,
wenn eine Zelllinie mit einem Konstrukt transformiert wird, das
in der Expression von SERCA- ähnlicher
CaATPase resultiert, SERCA-ähnliche
CaATPase mRNA-Spiegel detektiert und gemessen werden, wie auch SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptid-Spiegel und/oder SERCA-ähnliche CaATPase-Aktivitäts-Grade
können
detektiert und gemessen werden. Ein geeigneter Zeitraum zum Inkontaktbringen
des Agens kann empirisch bestimmt werden und ist im Allgemeinen
eine Zeit, die ausreichend ist, um den Eintritt des Agens in die
Zelle zu ermöglichen
und zu erlauben, dass das Agens einen messbaren Effekt auf SERCA-ähnlichen
CaATPase mRNA- und/oder Polypeptid-Spiegel aufweist und/oder auf
die Enzym-Aktivität.
Im Allgemeinen ist eine geeignete Zeit zwischen 10 Minuten und 24
Stunden, mehr typischerweise ungefähr 1-8 Stunden.
Verfahren
zum Messen von SERCA-ähnlichen
CaATPase mRNA-Spiegeln sind im Stand der Technik bekannt, einige
davon wurden oben beschrieben, und jegliche dieser Verfahren können in den
Verfahren der vorliegenden Erfindung verwendet werden, um ein Agens
zu identifizieren, welches SERCA-ähnliche CaATPase mRNA Spiegel
in einer Zelle moduliert, einschließend jedoch nicht limitiert auf
eine PCR, wie z.B. eine PCR, die nachweisbar gelabelte Oligonukleotidprimer
einsetzt, und irgendeinen der Vielzahl der Hybridisierungsassays.
In ähnlicher
Weise können
SERCA-ähnliche
CaATPase-Polypeptid-Spiegel
gemessen werden unter Verwendung irgendeines Standardverfahrens,
von denen hier einige beschrieben wurden, einschließend, jedoch
nicht limitiert auf einen Immunoassay, wie z.B. einen ELISA, der
einen nachweisbar gelabelten Antikörper, spezifisch für ein SERCA-ähnliches
CaATPase-Polypeptid einsetzt. SERCA-ähnliche
CaATPase-Aktivität
kann wie oben beschrieben oder wie in den Beispielen beschrieben
gemessen werden.
Verbindungen,
die selektiv einen Spiegel eines zentralen SERCA-ähnlichen
CaATPase-kodierenden
Nukleinsäuremoleküls modulieren,
oder die selektiv einen Spiegel eines zentralen Proteins modulieren
oder die selektiv einen Grad der SERCA-ähnlichen CaATPase-Aktivität modulieren,
werden als potenzielle Pestizid- und Wirkstoffkandidaten identifiziert,
die Spezifizität
für das
zentrale Protein aufweisen. Ob eine Kandidaten-Verbindung selektiv einen Spiegel eines
zentralen SERCA-ähnlichen CaATPase-kodierenden Nukleinsäuremoleküls moduliert
oder selektiv einen Spiegel eines zentralen Proteins moduliert oder
selektiv den Grad der SERCA-ähnlichen
CaATPase-Aktivität
moduliert, kann durch Messen des Spiegels einer mRNA oder eines Proteins,
beispielsweise von GAPDH oder anderer geeigneter Kontrollproteine
oder mRNAs bestimmt werden, wobei ein Kandidatenagens "selektiv" ist, wenn es nicht
substanziell die Produktion oder die Aktivität irgendeines Proteins oder
einer mRNA inhibiert, die verschieden von einem SERCA-ähnlichen CaATPase-Protein
oder einer SERCA-ähnlichen CaATPase-kodierenden
mRNA sind.
Die
Identifizierung von kleinen Molekülen und Verbindungen als potenzielle
Pestizide oder pharmazeutische Verbindungen von großen chemischen
Bibliotheken benötigen
High-Throughput Screening (HTS) Verfahren (Bolger, Drug Discovery Today
(1999) 4:251-253). Einige der Assays, die hier verwendet werden,
können
sich selbst für
solche Screening-Verfahren anbieten. Beispielsweise können Zellen
oder Zelllinien, die das zentrale Wildtyp- oder mutierte Protein
oder ein Fragment davon und ein Reportergen exprimieren, Verbindungen
von Interesse ausgesetzt werden, und abhängig von dem Reportergenen
können
Wechselwirkungen gemessen werden unter der Verwendung einer Vielzahl
von Verfahren, z.B. Farbnachweis, Fluoreszenzdetektion (beispielsweise
GFP), Autoradiografie, Szintillationsanalyse etc.
Verbindungen
identifiziert unter Verwendung der oben beschriebenen Verfahren
sind bedeutsam, um Schädlinge
zu einzudämmen,
und sind beispielsweise verwendbar als Pestizide. Solche Verbindungen
können
Schädliche
eindämmen,
beispielsweise durch Vermindern des Wachstums der Schädlinge und/oder
ihrer Fertilität
und/oder ihrer Überlebensfähigkeit.
ZENTRALE NUKLEINSÄUREN ALS
BIOPESTIZIDE
Zentrale
Nukleinsäuren
und Fragmente davon, wie z.B. Antisense-Sequenzen oder doppelsträngige RNA
(dsRNA) können
verwendet werden, um zentrale Nukleinsäuremoleküle in ihrer Funktion zu inhibieren
und können
folglich als Biopestizide verwendet werden. Verfahren zum Verwenden
von dsRNA-Interferenz werden in der veröffentlichten PCT-Anmeldung
WO 99/32619 beschrieben. Biopestizide können die Nukleinsäuremoleküle selbst,
ein Expressionskonstrukt, das in der Lage ist, die Nukleinsäure zu exprimieren,
oder Organismen transfiziert mit dem Expressionskonstrukt umfassen.
Die Biopestizide können
direkt auf Pflanzenteile angewandt werden oder auf das Erdreich,
das die Pflanzen umgibt (beispielsweise um Pflanzenteile zu erreichen, die
unterhalb des Erdbodenlevels wachsen), oder direkt auf die Schädlinge.
Ein
Ansatz, der im Stand der Technik wohlbekannt ist, ist short interfering
RNA (siRNA) vermitteltes Gensilencing, wobei die Expressionsprodukte eines
SERCA-ähnlichen
CaATPase-Gens durch spezifische doppelsträngige SERCA-ähnliche
CaATPase-abgeleitete
siRNA-Nukleotidsequenzen adressiert werden, die komplementär zu zumindest
einem 19-25 Nukleotid langen Segment (beispielsweise einer 20-21
Nukleotid langen Sequenz) des SERCA-ähnlichen CaATPase-Gentranskripts,
einschließend
die 5' nichttranslierte
(UT, untranslated) Region, den ORF oder die 3' UT-Region, sind. In einigen Ausführungsformen
sind short interfering RNAs ungefähr 19-25 Nukleotide lang. Siehe
beispielsweise PCT-Anmeldungen WO 0/44895, WO 99/32619, WO 01/75164,
WO 01/92513, WO 01/29058, WO 01/89304, WO 02/16620 und WO 02/29858
für Beschreibungen
der siRNA-Technologie.
Biopestizide
umfassend eine zentrale Nukleinsäure
können
hergestellt werden in irgendeinem geeigneten Vektor zur Einschleusung
in eine Pflanze oder ein Tier. Um Pflanzen zu erzeugen, die die
zentralen Nukleinsäuren
exprimieren, schließen
geeignete Vektoren Agrobacterium tumefaciens Ti Plasmid-basierte
Vektoren (Horsch et al., Science (1984) 233:496-89; Fraley et al.,
Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1983) 80:4803), und rekombinanten Cauliflower
Mosaik Virus (Hohn et al., 1982, In Molecular Biology of Plant Tumors,
Academic Press, New York, Seiten 549-560; US-Patent Nr. 4,407,956
to Howell) ein. Retrovirus-basierte Vektoren sind bedeutsam für das Einbringen
von Genen in Wirbeltiere (Burns et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA
(1993) 90:8033-37).
Transgene
Insekten können
erzeugt werden unter Verwendung eines Transgens umfassend ein zentrales
Gen operativ fusioniert an einen geeigneten induzierbaren Promotor.
Beispielsweise kann ein tTA-gesteuerter Promotor verwendet werden,
um die Expression eines zentralen Proteins zu einer geeigneten Zeit
in einem Lebenszyklus eines Insekts zu regulieren. Auf diese Weise
kann die Testeffizienz als ein Insektizid beispielsweise in der
Larvenphase des Lebenszyklusses getestet werden (d.h. wenn der Fraß den größten Schaden
für die
Ernte verursacht). Vektoren zum Einbringen von Genen in Insekten schließen P-Element
(Rubin and Spradling, Science (1982) 218:348-53; US-Patent Nr. 4,670,388), "hermes" (O'Brochta et al., Genetics
(1996) 142:907-914), "minos" (US-Patent Nr. 5,348,874), " mariner" (Robertson, Insect
Physiol. (1995) 41:99-105)
und "sleeping beauty" (Ivics et al., Cell (1997)
91(4):501-510), "piggyBac" (Thibault et al., Insect
Mol Biol (1999) 8(1):119-23) und "hobo" (Atkinson
et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA (1993) 90:9693-9697) ein. Rekombinante
Virussysteme zur Expression von toxischen Proteinen in infizierten
Insektenzellen sind wohlbekannt und schließen das Semliki Forest Virus
ein (DiCiommo and Brenner, J. Biol. Chem. (1998) 273:18060-66),
das rekombinante Sindbis Virus (Higgs et al., Insect Mol. Biol.
(1995) 4:97-103; Seabaugh et al., Virology (1998) 243:99-112), das
rekombinante Pantropic Retrovirus (Matsubara et al., Proc. Natl.
Acad. Sci. USA (1996) 93:6181-85; Jordan et al., Insect Mol. Biol.
(1998) 7:215-22) und das rekombinante Baculovirus (Cory and Bishop,
Mol. Biotechnol. (1997) 7(3):303-13; US-Patent Nr. 5,470,735; US-Patent
Nrn. 5,352,451; US-Patent
Nr. 5,770,192; US-Patent Nr. 5,759,809; US-Patent Nr. 5,665,349;
und US-Patent Nr. 5,554,592).