DE10123041A1 - New single-chain human antibody fragment, useful for treating or diagnosing hepatitis C virus infection, has affinity for an essential viral protein - Google Patents
New single-chain human antibody fragment, useful for treating or diagnosing hepatitis C virus infection, has affinity for an essential viral proteinInfo
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Abstract
Description
Die vorliegende Anmeldung betrifft humane Antikörperfragmente, die die Vermehrung von Hepatitis-C-Virus hemmen und die die variablen Bereiche der leichten Kette (VL) und der schweren Kette (VH) von Antikörpern gegen ein oder mehrere essentielle Proteine von Hepatitis-C-Virus umfassen. Die Erfindung betrifft weiterhin die Verwendung der Antikörperfragmente zur Behandlung und Diagnose von Hepatitis C, DNA-Sequenzen, die für diese Antikörperfragmente kodieren sowie die Verwendung dieser DNA-Sequenzen in Vektorkonstrukten zur Gentherapie von Hepatitis C.The present application relates to human antibody fragments which inhibit the proliferation of hepatitis C virus and which control the variable regions of the light chain (V L ) and heavy chain (V H ) of antibodies against one or more essential proteins of hepatitis C virus. Virus include. The invention further relates to the use of the antibody fragments for the treatment and diagnosis of hepatitis C, DNA sequences which code for these antibody fragments and the use of these DNA sequences in vector constructs for gene therapy for hepatitis C.
Die Behandlung von Hepatitis C ist eine der momentan größten Herausforderun gen der pharmazeutischen Forschung. Zwar sind Antikörper bekannt, die an Hepatitis-C-Virus(HCV)-Antigene binden (so z. B. aus WO 93/04084 und WO 00/05266), diese Antikörper besitzen jedoch keine hinreichend große Bindungs affinität, um die Vermehrung der HCV in vivo zu hemmen. Darüber hinaus handelt es sich um murine, d. h. nicht-humane Antikörper, und es sind vollstän dige, intakte Antikörper, die aufgrund ihrer Disulfidbrücken instabil bei den im Zytoplasma herrschenden reduzierenden Bedingungen sind. Diese Antikörper sind daher für gentherapeutische Zwecke am Menschen ungeeignet.The treatment of hepatitis C is one of the greatest challenges at the moment gene pharmaceutical research. Antibodies are known to attack the Bind hepatitis C virus (HCV) antigens (e.g. from WO 93/04084 and WO 00/05266), but these antibodies do not have a sufficiently large binding affinity to inhibit the proliferation of HCV in vivo. Furthermore is murine, d. H. non-human antibodies and they are complete dige, intact antibodies, which are unstable due to their disulfide bridges in the Cytoplasmic reducing conditions prevail. These antibodies are therefore unsuitable for gene therapy purposes in humans.
HCV hat ein (+)-strängiges RNA-Genom, das für ein einziges Polyprotein mit etwa 3000 Aminosäuren codiert. Dieses einzige Polyprotein wird durch Proteasen des Wirtes oder des Virus co- oder posttranslational in funktionelle virale Proteine gespalten (Grakoui A. et al., J. Virol., 67: 1385-95 (1993); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Hijikata M. et al. Proc. Natl. Acad. Sci., 90: 10773-7 (1993)). Zu den vermuteten strukturellen Proteinen gehören das Kernprotein (C) und zwei Hüllproteine (E1 und E2), während die nichtstrukturel len Proteine (NS2, NS3, NS4, NS5) vermutlich Komponenten eines Komplexes sind, der für die virale RNA-Replikation verantwortlich ist (Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Suzich J. A. et al., J. Virol., 67: 6152-8 (1993); HCV has a (+) - stranded RNA genome that is unique to a single polyprotein encoded about 3000 amino acids. This single polyprotein is made by proteases of the host or of the virus co- or post-translationally into functional viral proteins cleaved (Grakoui A. et al., J. Virol., 67: 1385-95 (1993); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Hijikata M. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. 90: 10773-7 (1993)). This is one of the suspected structural proteins Core protein (C) and two coat proteins (E1 and E2), while the nonstructured len proteins (NS2, NS3, NS4, NS5) presumably components of a complex are responsible for viral RNA replication (Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Suzich J.A. et al., J. Virol., 67: 6152-8 (1993);
Steinkuhler C. et al., J. Virol., 70: 6694-700 (1996); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)).Steinkuhler, C. et al., J. Virol., 70: 6694-700 (1996); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)).
Das HCV-NS3-Protein (s. SEQ ID NO: 18) ist ein bifunktionelles Enzym, das Protease-Aktivität im N-terminalen Drittel und RNA-Helicase-Aktivität in der C- terminalen Position aufweist (Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)). Es wurde berichtet, dass HCV-NS3 wahrscheinlich durch zelluläre Proteasen prozessiert wird (Shoji I. et al., Virology, 254: 315-23 (1999)). Die Protease- und die Helicase-Domäne von NS3 sind in vitro in Abwesenheit der jeweils anderen Domäne aktiv (Wardell A. D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Kim D. W. et al., J. Virol., 71: 9400-9 (1997); Kolykhalov A. A. et al., J. Virol., 68: 7525-33 (1994)). NS3-Protease gehört zur Serin-Protease-Familie und ist für die Prozessierung des HCV-Poly proteins an den Verknüpfungsstellen NS3/NS4A (cis-Spaltung), NS4A/NS4B, NS4B/NS5A und NS5A/NS5B (trans-Spaltung) verantwortlich (Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993); Hahm B. et al., J. Virol., 69: 2534-9 (1995); Bar tenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 67: 3835-44 (1993); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)). Die enzymatische Aktivität der NS3-Protease hängt zum Teil von der Komplexbildung mit NS4A ab (Hahm B. et al., J. Virol., 69: 2534-9 (1995); Failla C. et al., J. Virol., 68: 3753-60 (1994); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 69: 7519-28 (1995); Koch J. O. et al., Virology, 221: 54-66 (1996); Lin C., Rice C. M., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 7622-6 (1995)).The HCV-NS3 protein (see SEQ ID NO: 18) is a bifunctional enzyme that Protease activity in the N-terminal third and RNA helicase activity in the C- terminal position (Bartenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)). It has been reported that HCV-NS3 is probably processed by cellular proteases (Shoji I. et al., Virology, 254: 315-23 (1999)). The protease and helicase domains of NS3 are active in vitro in the absence of the other domain (Wardell A. D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Kim D.W. et al., J. Virol., 71: 9400-9 (1997); Kolykhalov A.A. et al., J. Virol., 68: 7525-33 (1994)). NS3 protease belongs to the serine protease family and is for the processing of the HCV poly proteins at the junctions NS3 / NS4A (cis-cleavage), NS4A / NS4B, NS4B / NS5A and NS5A / NS5B (trans-cleavage) responsible (Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993); Hahm B. et al., J. Virol., 69: 2534-9 (1995); bar tenschlager R. et al., J. Virol., 68: 5045-55 (1994); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 67: 3835-44 (1993); Tomei L. et al., J. Virol., 67: 4017-26 (1993)). The Enzymatic activity of the NS3 protease depends in part on complex formation with NS4A (Hahm B. et al., J. Virol., 69: 2534-9 (1995); Failla C. et al., J. Virol., 68: 3753-60 (1994); Bartenschlager R. et al., J. Virol., 69: 7519-28 (1995); Koch J. O. et al., Virology, 221: 54-66 (1996); Lin C., Rice C. M., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 7622-6 (1995)).
Die Struktur der NS3-Protease zeigt eine flache Substratbindungstasche, was es schwierig macht, effektive Protease-Inhibitoren zu entwerfen (Kim J. L. et al., Cell, 87: 343-55 (1996); Yan Y. et al., Protein Sci. 7: 837-47 (1998)). Die Helicase-Aktivität besteht aus einer Polynucleotid-stimulierten NTPase-Aktivität, einer 3'→5'-Entspiralisierungsaktivität und einer Bindungsaktivität für einzel strängige Nucleotide (Wardell A. D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Gwack Y. et al., Eur. J. Biochem., 250: 47-54 (1997); Preugschat F. et al., J. Biol. Chem., 271: 24449-57 (1996)). Die Kristallstruktur von NS3-Helicase wurde beschrieben (Yao N. et al., Nat. Struct. Biol., 4: 463-7 (1997); Cho H. S. et al., J. Biol. Chem., 273: 15045-52 (1998); Kim J. L. et al., Structure, 6: 89-100 (1998)). The structure of the NS3 protease shows what a flat substrate binding pocket it is makes it difficult to design effective protease inhibitors (Kim J.L. et al., Cell, 87: 343-55 (1996); Yan Y. et al., Protein Sci. 7: 837-47 (1998)). The Helicase activity consists of a polynucleotide-stimulated NTPase activity, a 3 '→ 5' relaxation activity and a binding activity for single stranded nucleotides (Wardell A.D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Gwack Y. et al., Eur. J. Biochem., 250: 47-54 (1997); Preugschat F. et al., J. Biol. Chem., 271: 24449-57 (1996)). The crystal structure of NS3 helicase was (Yao N. et al., Nat. Struct. Biol., 4: 463-7 (1997); Cho H. S. et al., J. Biol. Chem., 273: 15045-52 (1998); Kim J.L. et al., Structure, 6: 89-100 (1998)).
Die Helicase-Aktivität scheint notwendig zu sein, um die einzelsträngige RNA während der Duplikation des viralen Genoms zu entspiralisieren (Wardell A. D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Gwack Y. et al., Eur. J. Biochem., 250: 47-54 (1997)). Daher ist HCV-NS3-Helicase ein vielversprechender antivi raler Angriffspunkt, der für die virale Replikation essentiell ist.Helicase activity appears to be necessary to single-stranded Unwinding RNA during duplication of the viral genome (Wardell A. D. et al., J. Gen. Virol., 80: 701-9 (1999); Gwack Y. et al., Eur. J. Biochem., 250: 47-54 (1997)). HCV-NS3 helicase is therefore a promising antivi ral target that is essential for viral replication.
Einzelkettige variable Fragmente (sFv) von Antikörpern enthalten variable Do mänen der schweren (VH) und der leichten Kette (VL), die durch einen Polypep tidlinker miteinander verbunden sind, der sie zu einer voll funktionellen antigen spezifischen Bindungseinheit macht (Marasco W. A., Gene Ther., 4: 11-5 (1997; Chen S. Y. et al., Hum. Gene Ther., 5: 595-601 (1994)). Beide variablen Domä nen werden auf einer Proteinkette exprimiert, was die sFv-Fragmente stabil gegenüber der reduzierenden Umgebung macht, die man im Cytoplasma findet. Die intrazellulären sFv können direkt innerhalb von Zellen exprimiert werden, wodurch ein aktives Molekül für die Gentherapie auf Proteinbasis entsteht. Die Expression von Human-sFv sollte die Immunreaktion gegen das fremde Transgen minimieren (Marasco W. A., Gene Ther., 4: 11-5 (1997; Chen S. Y. et al., Hum. Gene Ther., 5: 595-601 (1994); Rader C., Barbas Cr., Curr. Opin. Biotechnol., 8: 503-8 (1997)).Single chain variable fragments (sFv) of antibodies contain variable domains of heavy (V H ) and light chain (V L ), which are linked by a polypeptide linker, which makes them a fully functional antigen-specific binding unit (Marasco WA, Gene Ther., 4: 11-5 (1997; Chen SY et al., Hum. Gene Ther., 5: 595-601 (1994)). Both variable domains are expressed on a protein chain, which makes the sFv fragments stable compared to the reducing environment found in the cytoplasm. The intracellular sFv can be expressed directly within cells, creating an active molecule for protein-based gene therapy. The expression of human sFv should minimize the immune response against the foreign transgene (Marasco WA, Gene Ther., 4: 11-5 (1997; Chen SY et al., Hum. Gene Ther., 5: 595-601 (1994); Rader C., Barbas Cr., Curr. Opin. Biotechnol., 8: 503-8 (1997)).
Es ist im Stand der Technik bekannt, dass die intrazelluläre Expression von sFv- Fragmenten als "Intrakörper" verschiedene intrazelluläre Proteine wirksam hemmen kann. So zeigt die intrazelluläre Expression von Anti-tat-Intrakörpern nach der retroviralen Transduktion eine Hemmung der HIV-Replikation (Marasco W. A. et al., J. Immunol. Methods, 231: 223-38 (1999); Mhashilkar A. M. et al., Hum. Gene Ther., 10: 1453-67 (1999); Poznansky M. C. et al., Hum Gene Ther., 9: 487-96 (1998)). Die Hemmung der HIV-Integrase durch sFv-Intrakörper führte zur Resistenz kultivierter Zellen gegen HIV-Infektion (Kitamura Y. et al., 20: 105- 14 (1999)). Diese konnte auch nach der retroviralen Transduktion von Zellen mit einem sFv-exprimierenden Vektor beobachtet werden (Bouhamdan M. et al., Gene Ther., 6: 660-6 (1999)). Der phänotypische Knockout von Interleukin-2- Rezeptoren wurde durch Transduktion primärer T-Zellen mit einem lentiviralen Vektor erreicht, der IL-2-Rezeptor-bindende sFv-Fragmente im ER exprimierte (Richardson J. H. et al., Gene Ther., 5: 635-44 (1998)). Die Hemmung von CREB und des aktivierenden Transcriptionsfaktors 1 (ATF-1) reduzierte das Malignität spotential von Melanomzellen erheblich (Jean D. et al., Oncogene, 19: 2721-30 (2000)). Die Hemmung des Oncogens erB-2 durch adenovirale Vektoren, die Anti-erB-2-sFv exprimieren, führte zur Rückbildung des malignen Phänotyps von Eierstocktumorzellen (Deshane J. et al., J. Clin. Invest., 96: 2980- 9 (1995)).It is known in the art that the intracellular expression of sFv- Fragments act as "intra-bodies" of various intracellular proteins can inhibit. Thus shows the intracellular expression of anti-tat intra-bodies inhibition of HIV replication after retroviral transduction (Marasco W.A. et al., J. Immunol. Methods, 231: 223-38 (1999); Mhashilkar A.M. et al., Hum. Gene Ther., 10: 1453-67 (1999); Poznansky M.C. et al., Hum Gene Ther., 9: 487-96 (1998)). Inhibition of HIV integrase by sFv intra-bodies resulted on the resistance of cultured cells to HIV infection (Kitamura Y. et al., 20: 105- 14 (1999)). This was also possible after the retroviral transduction of cells an sFv-expressing vector can be observed (Bouhamdan M. et al., Gene Ther., 6: 660-6 (1999)). The phenotypic knockout of interleukin-2 Receptors were developed by transducing primary T cells with a lentiviral Reached vector expressing IL-2 receptor binding sFv fragments in the ER (Richardson J.H. et al., Gene Ther., 5: 635-44 (1998)). Inhibition of CREB and the activating transcription factor 1 (ATF-1) reduced the malignancy potential of melanoma cells significantly (Jean D. et al., Oncogene, 19: 2721-30 (2000)). Inhibition of the oncogene erB-2 by adenoviral Vectors expressing anti-erB-2 sFv led to the regression of the malignant Phenotype of ovarian tumor cells (Deshane J. et al., J. Clin. Invest., 96: 2980- 9 (1995)).
Darüber hinaus werden klinischen Studien mit Patientinnen, die unter Eierstock krebs leiden, durchgeführt. Dabei werden adenovirale Vektoren verwendet, um Anti-erB-2-Intrakörper zu exprimieren (Deshane J. et al., J. Clin. Invest., 96: 2980-9 (1995)). Andere Gruppen verwenden einen retroviralen MuLV-Vektor, um Anti-gp120-Intrakörper in T-Helferzellen bei HIV-infizierten Patienten zu exprimieren (Marasco W. A. et al., J. Immunol. Methods, 231: 223-38 (1999); Chen S. Y. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91: 5932-6 (1994)).In addition, clinical trials will be conducted with patients who are under ovary cancer suffered. Adenoviral vectors are used to Express anti-erB-2 intrabodies (Deshane J. et al., J. Clin. Invest., 96: 2980-9 (1995)). Other groups use a retroviral MuLV vector, anti-gp120 intra-bodies in helper T cells in HIV-infected patients express (Marasco W.A. et al., J. Immunol. Methods, 231: 223-38 (1999); Chen S.Y. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91: 5932-6 (1994)).
Die Aufgabe der vorliegenden Erfindung bestand darin, spezielle Antikörperderi vate bereitzustellen, die die Vermehrung von Hepatitis C wirksam hemmen und die intrazellulär eingesetzt werden können, sodass sie für gentherapeutische Anwendungen geeignet sind. Es wurde gefunden, dass spezielle einzelkettige Antikörperfragmente gegen essentielle Proteine von Hepatitis-C-Virus (HCV), insbesondere hochaffine humane einzelkettige (sFv) Antikörperfragmente gegen HCV-NS3, die aus einer großen Bibliothek von rekombinanten Antikörperfrag mente selektiert wurden, diese Anforderungen erfüllen.The object of the present invention was to develop special antibody derivatives to provide vate that effectively inhibit the proliferation of hepatitis C and which can be used intracellularly, making them suitable for gene therapy Applications are suitable. It has been found that special single chain Antibody fragments against hepatitis C virus (HCV) essential proteins, especially high affinity human single chain (sFv) antibody fragments against HCV-NS3, which is from a large library of recombinant antibodies elements have been selected that meet these requirements.
Die vorliegende Erfindung betrifft somit
The present invention thus relates
- 1. ein einzelkettiges Fragment von einem humanen Antikörper, das die Ver mehrung von Hepatitis-C-Virus (nachfolgend auch kurz "HCV") hemmt und das die variablen Bereiche der leichten Kette (VL) und der schweren Kette (VH) eines Antikörpers gegen ein oder mehrere essentielle Proteine von HCV umfasst;1. a single-chain fragment of a human antibody that inhibits the multiplication of hepatitis C virus (hereinafter also referred to as "HCV") and which the variable regions of the light chain (V L ) and the heavy chain (V H ) one Antibody to one or more HCV essential proteins;
- 2. in einer bevorzugten Ausführungsform von (1) hemmt das einzelkettige Fragment ein HCV-NS3-Protein, insbesondere NS3-Protease und/oder NS3- Helicase, besonders bevorzugt NS3-Helicase;2. in a preferred embodiment of (1) inhibits the single-chain Fragment of an HCV NS3 protein, in particular NS3 protease and / or NS3 Helicase, particularly preferably NS3 helicase;
- 3. eine DNA-Sequenz, die für ein Antikörperfragment gemäß (1) oder (2) kodiert; 3. a DNA sequence which is suitable for an antibody fragment according to (1) or (2) encoding;
- 4. einen Vektor oder Gentransfervektor, umfassend eine DNA-Sequenz gemäß (3);4. a vector or gene transfer vector comprising a DNA sequence according to (3);
-
5. ein Verfahren zur Identifizierung von Antikörperfragmenten, die die Ver
mehrung von HCV hemmen, gemäß (1) oder (2), umfassend
- a) Klonierung einer DNA-Bibliothek, die Antikörperfragmente gegen ein oder mehrere essentielle Proteine von HCV kodiert;
- b) Expression genannter Antikörperfragmente auf der Oberfläche von Bakterio phagen mit anschließender Anreicherung der Phagen, die Antikörperfragmente mit hoher Affinität für das essentielle Protein tragen, durch mehrere Zyklen der Selektion und Reamplifikation (Panning); und gegebenenfalls weiterhin
- c) Vermehrung genannter Antikörperfragmente mit hoher Affinität durch lösliche Expression in Bakterienzellen und Isolierung der Antikörperfragmente aus dem Periplasma dieser Zellen;
- a) Cloning of a DNA library encoding antibody fragments against one or more essential proteins of HCV;
- b) Expression of said antibody fragments on the surface of bacteri phages with subsequent enrichment of the phages which carry antibody fragments with high affinity for the essential protein by means of several cycles of selection and reamplification (panning); and continue if necessary
- c) multiplication of said antibody fragments with high affinity by soluble expression in bacterial cells and isolation of the antibody fragments from the periplasm of these cells;
- 6. eine Wirtszelle, insbesondere eine prokaryontische Wirtszelle, die mit einem Vektor gemäß (4) transformiert ist und/oder eine DNA-Sequenz gemäß (3) enthält;6. a host cell, in particular a prokaryotic host cell, with a Vector is transformed according to (4) and / or a DNA sequence according to (3) contains;
- 7. ein Verfahren zur Herstellung eines Antikörperfragments gemäß (1) oder (2), umfassend das Kultivieren einer Wirtszelle gemäß (6);7. a method for producing an antibody fragment according to (1) or (2), comprising culturing a host cell according to (6);
- 8. eine pharmazeutische oder diagnostische Zusammensetzung, die einen oder mehrere Antikörperfragmente gemäß (1) oder (2) enthält;8. a pharmaceutical or diagnostic composition containing one or contains several antibody fragments according to (1) or (2);
- 9. die Verwendung der Antikörperfragmente gemäß (1) oder (2) als Vakzine insbesondere zur passiven Immunisierung;9. the use of the antibody fragments according to (1) or (2) as a vaccine in particular for passive immunization;
- 10. eine pharmazeutische Zusammensetzung, enthaltend einen oder mehrere Gentransfervektoren gemäß (4);10. a pharmaceutical composition containing one or more Gene transfer vectors according to (4);
- 11. die Verwendung des Gentransfervektors gemäß (4) zur Gentherapie, insbesondere zur Gentherapie von HCV-Infektionen beim Menschen; und11. the use of the gene transfer vector according to (4) for gene therapy, especially for gene therapy of HCV infections in humans; and
- 12. ein Gentherapieverfahren, insbesondere ein Verfahren zur Behandlung von HCV-Infektionen, umfassend das Verabreichen des Gentransfervektors gemäß (4) an einen Patienten.12. a gene therapy method, in particular a method for the treatment of HCV infections comprising administering the gene transfer vector according to (4) to a patient.
Fig. 1 zeigt die Serumantikörpertiter von 4 Patienten mit chronischer HCV- Infektion gegen rekombinantes NS3-Protein, die durch EIA bestimmt wurden. Fig. 1 shows the serum antibody titers of 4 patients with chronic HCV infection against recombinant NS3 protein, which were determined by EIA.
Fig. 2 zeigt die Ergebnisse einer Gel-Elektrophorese von sFv-cDNA-Fragmenten, die durch immunglobulinspezifische PCR erzeugt wurden. Figure 2 shows the results of gel electrophoresis of sFv cDNA fragments generated by immunoglobulin specific PCR.
Fig. 3 zeigt die Anreicherung von Phagen mit sFv-Fragmenten, die Bindungsaffinität gegen rekombinantes NS3 zeigen, während verschiedener Durchgänge der Affinitätsselektion (Panning). Figure 3 shows the enrichment of phages with sFv fragments that show binding affinity for recombinant NS3 during various passes of affinity selection (panning).
Fig. 4 zeigt die Identifikation von monoklonalen Phagen, die sFv mit Bindungs aktivität gegen NS3-Protein tragen, durch Phagen-EIA. Figure 4 shows the identification of monoclonal phages carrying sFv with binding activity against NS3 protein by phage EIA.
Fig. 5 zeigt EIA von gereinigten löslichen sFv-Fragmenten gegen NS3. Figure 5 shows EIA of purified soluble sFv fragments against NS3.
Fig. 6 zeigt die Immunoblot-Analyse von bakteriell exprimierten rekombinanten sFv-Fragmenten. Fig. 6 shows the immunoblot analysis of bacterially expressed recombinant sFv fragments.
Fig. 7 zeigt die Aminosäuresequenz der variablen Bereiche der H- und L-Kette von selektierten humanen sFv. Figure 7 shows the amino acid sequence of the variable regions of the H and L chain of selected human sFv.
Fig. 8 zeigt die Aktivität bakteriell exprimierter sFv, die durch Ni-NTA-Säulen bis zur Homogenität gereinigt wurden, im Kompetitions-EIA. Fig. 8 shows the activity of bacterially expressed sFv, which were purified to homogeneity by Ni-NTA columns, in the competition EIA.
Das einzelkettige Fragment von einem humanem Antikörper gemäß Ausfüh rungsform (1) der Erfindung (nachfolgend auch kurz "Antikörperfragment") hemmt vorzugsweise wenigstens ein essentielles Protein des HCV, kann jedoch auch mehrere hemmen. Vorzugsweise weist das Antikörperfragment eine Affinität KD ≦ 10-6 M und besonders bevorzugt ≦ 10-7 M (bestimmt durch ein Kompetitions-ELISA wie z. B. unter "Materialien und Methoden" beschrieben) für wenigstens ein essentielles Virusprotein auf. "Essentielle Virusproteine" im Sinne der vorliegenden Erfindung umfassen dabei Oberflächenproteine (Envelope), Strukturproteine (Core) und Nichtstrukturproteine (NS) und sind vorzugsweise ausgewählt aus Envelope 1 (E1), Envelope 2 (E2), Core, NS3-Protease, NS3- Helicase, NS4A-Kofaktor, NS5B-RNA-Polymerase usw.The single-chain fragment of a human antibody according to embodiment (1) of the invention (hereinafter also referred to as "antibody fragment") preferably inhibits at least one essential protein of HCV, but can also inhibit several. The antibody fragment preferably has an affinity K D ≦ 10 -6 M and particularly preferably ≦ 10 -7 M (determined by a competition ELISA as described, for example, under "Materials and Methods") for at least one essential virus protein. "Essential virus proteins" in the sense of the present invention include surface proteins (envelope), structural proteins (core) and non-structural proteins (NS) and are preferably selected from envelope 1 (E1), envelope 2 (E2), core, NS3 protease, NS3- Helicase, NS4A cofactor, NS5B RNA polymerase, etc.
Gemäß Ausführungsform (2) hemmt das erfindungsgemäße Fragment NS3- Protease oder -Helicase, insbesondere NS3-Helicase. Dabei sind insbesondere solche Antikörperfragmente bevorzugt, in denen der variable Bereich der leichten Kette (VL) eine oder mehrere der in Fig. 7A gezeigten Sequenzen der komple mentaritätsbestimmenden Regionen (CDR), nämlich eine oder mehrere der Sequenzen CDR-L1, CDR-L2 oder CDR-L3, aufweist und besonders bevorzugt eines der in SEQ ID NOs: 1 bis 8 gezeigten Peptide oder ein Derivat desselben umfasst, und/oder in denen der variable Bereich der schweren Kette (VH) eine oder mehrere der in Fig. 7B gezeigten CDR-Sequenzen, nämlich eine oder mehrere der Sequenzen CDR-H1, CDR-H2 oder CDR-H3, aufweist und besonders bevorzugt eines der in SEQ ID NOs: 9 bis 16 gezeigten Peptide oder ein Derivat desselben umfasst. Sinne der vorliegenden Erfindung umfassen dabei trunkierte Formen des Ausgangspeptids (C- und/oder N-terminal trunkiert), deletierte Formen des Ausgangspeptids (einzelne Aminosäurereste oder Se quenzabschnitte im Ausgangspeptid sind deletiert), substituierte Formen des Ausgangspeptids (einzelne Aminosäurereste oder Sequenzabschnitte im Aus gangspeptid sind durch andere Aminosäurereste oder Sequenzabschnitte ersetzt) und Kombinationen hiervon.According to embodiment (2), the fragment of the invention inhibits NS3 protease or helicase, in particular NS3 helicase. Antibody fragments are particularly preferred in which the variable region of the light chain (V L ) contains one or more of the sequences of the complementarity-determining regions (CDR) shown in FIG. 7A, namely one or more of the sequences CDR-L1, CDR-L2 or CDR-L3, and particularly preferably comprises one of the peptides shown in SEQ ID NOs: 1 to 8 or a derivative thereof, and / or in which the variable region of the heavy chain (V H ) one or more of those in FIG. 7B CDR sequences shown, namely one or more of the sequences CDR-H1, CDR-H2 or CDR-H3, and particularly preferably comprises one of the peptides shown in SEQ ID NOs: 9 to 16 or a derivative thereof. For the purposes of the present invention, include truncated forms of the starting peptide (C- and / or N-terminally truncated), deleted forms of the starting peptide (individual amino acid residues or sequence segments in the starting peptide are deleted), substituted forms of the starting peptide (individual amino acid residues or sequence segments in the starting peptide) are replaced by other amino acid residues or sequence sections) and combinations thereof.
In dem Antikörperfragment gemäß Ausführungsform (1) und (2) der Erfindung ist es bevorzugt, dass die Fragmente VL und VH durch eine kovalente Bindung oder durch ein Linkermolekül, insbesondere durch ein Linkerpeptid miteinander verknüpft sind. Daneben ist auch eine Verknüpfung mittels non-proteinogener polymerer Verbindungen (wie z. B. Polycarbonate, Polyamide, Polyethylenglykol derivate, Polyaminderivate usw.) und niedermolekularer Verbindungen (wie Diamine usw.) möglich. Für einige Anwendungen des erfindungsgemäßen Antikörperfragments, in denen die Stabilität unter reduktiven Bedingungen nicht kritisch ist (so z. B. in der Diagnostik) können VL und VH auch durch eine Disulfid brüche verknüpft sein. Besonders bevorzugt im Sinne der vorliegenden Erfindung ist es jedoch, dass VL und VH über ein Linkerpeptid, vorzugsweise über ein hydrophiles und flexibles Linkerpeptid, besonders bevorzugt über ein Peptid mit der Aminosäuresequenz (GlyaSerb)x (wobei a eine ganze Zahl von 1 bis 7, vorzugsweise von 2 bis 5 ist, b eine ganze Zahl von 1 bis 4, vorzugsweise 1 oder 2 ist und x eine ganze Zahl von 1 bis 10, vorzugsweise von 2 bis 7 ist) miteinan der verknüpft sind. Dabei ist insbesondere ein Linkerpeptid mit der Aminosäure sequenz (Gly4Ser)x, wobei x die vorstehend angegebenen Werte aufweisen kann.In the antibody fragment according to embodiment (1) and (2) of the invention, it is preferred that the fragments V L and V H are linked to one another by a covalent bond or by a linker molecule, in particular by a linker peptide. In addition, a linkage by means of non-proteinogenic polymeric compounds (such as, for example, polycarbonates, polyamides, polyethylene glycol derivatives, polyamine derivatives, etc.) and low molecular weight compounds (such as diamines, etc.) is also possible. For some applications of the antibody fragment according to the invention in which the stability under reductive conditions is not critical (for example in diagnostics), V L and V H can also be linked by a disulfide break. For the purposes of the present invention, however, it is particularly preferred that V L and V H are via a linker peptide, preferably via a hydrophilic and flexible linker peptide, particularly preferably via a peptide with the amino acid sequence (Gly a Ser b ) x (where a is an integer from 1 to 7, preferably from 2 to 5, b is an integer from 1 to 4, preferably 1 or 2 and x is an integer from 1 to 10, preferably from 2 to 7) which are linked to one another. In particular, there is a linker peptide with the amino acid sequence (Gly 4 Ser) x , where x can have the values given above.
Die am meisten bevorzugten Antikörperfragmente im Sinne der vorliegenden
Erfindung weisen eine der folgenden Peptidsequenzen oder ein Derivat derselben
auf (wobei "Derivate" die vorstehend angegebene Bedutung hat):
Peptid (SEQ ID NO: 1)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 9)
Peptid (SEQ ID NO: 2)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 10)
Peptid (SEQ ID NO: 3)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 11)
Peptid (SEQ ID NO: 4)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 12)
Peptid (SEQ ID NO: 5)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 13)
Peptid (SEQ ID NO: 6)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 14)
Peptid (SEQ ID NO: 7)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 15)
Peptid (SEQ ID NO: 8)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 16),
wobei x 3, 4 oder 5 ist und insbesondere 4 ist.The most preferred antibody fragments for the purposes of the present invention have one of the following peptide sequences or a derivative thereof (where "derivatives" has the meaning given above):
Peptide (SEQ ID NO: 1) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 9)
Peptide (SEQ ID NO: 2) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 10)
Peptide (SEQ ID NO: 3) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 11)
Peptide (SEQ ID NO: 4) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 12)
Peptide (SEQ ID NO: 5) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 13)
Peptide (SEQ ID NO: 6) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 14)
Peptide (SEQ ID NO: 7) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 15)
Peptide (SEQ ID NO: 8) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 16),
where x is 3, 4 or 5 and in particular is 4.
Die vorstehend definierten Antikörperfragmente sind auf verschiedene Wege zugänglich. Da eine klassische chemische Synthese aufgrund der Größe der Antikörperfragmente nicht das Verfahren der Wahl ist, ist es bevorzugt, dass rekombinante Techniken (z. B. die Expression in Prokaryonten, insbesondere Expression in E. coli) zur Herstellung dieser Antikörperfragmente eingesetzt werden. Hierdurch wird eine hohe Homogenität des Antikörperproduktes erzielt. Für die Synthese von Verbindungen, die eine Verknüpfung mittels non-proteino gener polymerer Verbindungen oder niedermolekularer Verbindungen aufweisen, sind jedoch zusätzliche chemische Reaktionsschritte unumgänglich.The antibody fragments defined above are in different ways accessible. Because a classic chemical synthesis due to the size of the Antibody fragments is not the method of choice, it is preferred that recombinant techniques (e.g. expression in prokaryotes, in particular Expression in E. coli) used to produce these antibody fragments become. This ensures a high degree of homogeneity of the antibody product. For the synthesis of compounds that are linked by means of non-proteino have generally polymeric compounds or low molecular weight compounds, however, additional chemical reaction steps are unavoidable.
Das Herstellungsverfahren der erfindungsgemäßen Fragmente ist nachfolgend anhand der Fragmente gegen NS3-Helikase und -Protease näher erläutert.The production process of the fragments according to the invention is as follows based on the fragments against NS3 helicase and protease explained.
Das nichtstrukturelle Protein 3 (NS3) von Hepatitis-C-Virus (HCV) (s. SEQ ID NO: 18) zeigt Protease- und Helicase-Aktivität, die für den Lebenscyclus des HCV essentiell sind. Für die Isolation von Antikörperfragmenten, die NS3 auf der Proteinebene hemmen, wurde zunächst eine Klonierung von Antikörperfragmen ten, die an NS3 binden, für eine stabile intrazelluläre Expression durchgeführt. Um eine Immunreaktion nach der intrazellulären Expression (intrazelluläre Immunisierung) zu verhindern, wurden Antikörperfragmente menschlicher Herkunft gewählt. Zum Isolieren von Human-sFv-Fragmenten gegen NS3 wurde ein Phagen-Display-System eingesetzt, das auf der Expression von sFv-Frag menten auf der Oberfläche von filamentösen Phagen beruhte. Eine große Phagemid-Bibliothek mit 2 × 106 Vertretern wurde aus Plasmazellen von 5 Patienten kloniert, die mit HCV infiziert waren. Phagen, die Human-sFv-Frag mente mit Bindungsaktivität gegen NS3 exprimierten, wurden während der Affinitätsselektion in hohem Maße angereichert. Selektierte lösliche sFv-Anti körperfragmente, die in E. coli exprimiert wurden, zeigten eine hohe Affinität zu NS3-Protein, was durch Immunoblot nachgewiesen und in einem EIA gemessen wurde. KD-Werte, die die Affinität von sFv zu NS3 beschreiben, wurden durch kompetitiven EIA gemessen und auf zwischen 10-6 und 10-7 M geschätzt. Antikörperfragmente konnten als vollständige Human-IgG-Antikörper umkloniert werden, wodurch 5 coli als unbedenkliche und billige Quelle für rekombinante humane hochaffine Antikörper für diagnostische und therapeutische Zwecke verwendet werden kann.The non-structural protein 3 (NS3) of hepatitis C virus (HCV) (see SEQ ID NO: 18) shows protease and helicase activity which are essential for the life cycle of HCV. For the isolation of antibody fragments that inhibit NS3 at the protein level, cloning of antibody fragments that bind to NS3 was first carried out for stable intracellular expression. Antibody fragments of human origin were chosen to prevent an immune reaction after intracellular expression (intracellular immunization). A phage display system was used to isolate human sFv fragments against NS3, which was based on the expression of sFv fragments on the surface of filamentous phages. A large phagemid library with 2 × 10 6 representatives was cloned from plasma cells from 5 patients who were infected with HCV. Phages expressing human sFv fragments with binding activity against NS3 were highly enriched during affinity selection. Selected soluble sFv antibody fragments that were expressed in E. coli showed a high affinity for NS3 protein, which was detected by immunoblot and measured in an EIA. K D values describing the affinity of sFv for NS3 were measured by competitive EIA and estimated to be between 10 -6 and 10 -7 M. Antibody fragments could be cloned as complete human IgG antibodies, which means that 5 coli can be used as a safe and inexpensive source of recombinant human high-affinity antibodies for diagnostic and therapeutic purposes.
KD-Werte zwischen 10-6 und 10-7 M (d. h. ≦ 10-6 M) oder kleiner als 10-7 M bezüglich der Affinität von sFv zu NS3 im kompetitiven EIA bedeuten, dass die Antikörperfragmente Inhibitoraktivität gegen NS3-Protease/Helicase aufweisen. Der Einsatz von Vektoren, die eine für diese inhibierenden Antikörperfragmente codierenden cDNA enthalten, für die Transduktion in infizierte Zellen eröffnet eine neue gentherapeutische Strategie für die intrazelluläre Immunisierung gegen chronische HCV-Infektion.K D values between 10 -6 and 10 -7 M (ie ≦ 10 -6 M) or less than 10 -7 M with respect to the affinity of sFv for NS3 in the competitive EIA mean that the antibody fragments inhibitor activity against NS3 protease / helicase exhibit. The use of vectors which contain a cDNA coding for these inhibiting antibody fragments for transduction into infected cells opens up a new gene therapy strategy for intracellular immunization against chronic HCV infection.
Die Phagen-Display-Technik ermöglicht eine Affinitätsselektion von Proteinen in mehreren Größenordnungen aus kombinatorischen Bibliotheken (Rader C., Barbas Cr., Curr. Opin. Biotechnol., 8: 503-8 (1997); Gram H. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89: 3576-80 (1992); Hoogenboom H. R., Winter G. J. Mol. Biol., 227: 381-8 (1992); Winter G. et al., Annu. Rev. Immunol., 12: 433-55 (1994)). Eine Bibliothek von Human-Antikörper-Fragmenten wurde durch Immunglobulin spezifische PCR aus Plasmazellen von mit HCV infizierten Patienten kloniert. Antikörperfragmente werden durch Fusion mit einem kleineren Hüllprotein (Gen- III-Protein; gIIIp) an der Spitze der Phagen auf der Oberfläche von filamentösen Bakteriophagen exprimiert (Phagen-Display) (Marks J. D. et al., J. Mol. Biol., 222: 581-97 (1991); Pope A. R. et al., New York: IRL Press, 1-40 (1996); McCafferty J. et al., Nature, 348: 552-4 (1990)).The phage display technique enables an affinity selection of proteins in several orders of magnitude from combinatorial libraries (Rader C., Barbas Cr., Curr. Opin. Biotechnol., 8: 503-8 (1997); Gram H. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89: 3576-80 (1992); Hoogenboom H.R., Winter G.J. Mol. Biol., 227: 381-8 (1992); Winter G. et al., Annu. Rev. Immunol., 12: 433-55 (1994)). A library of human antibody fragments was generated by immunoglobulin specific PCR cloned from plasma cells from HCV infected patients. Antibody fragments are generated by fusion with a smaller coat protein (gene III protein; gIIIp) at the top of the phage on the surface of filamentous Bacteriophage expressed (phage display) (Marks J.D. et al., J. Mol. Biol., 222: 581-97 (1991); Pope A.R. et al., New York: IRL Press, 1-40 (1996); McCafferty J. et al., Nature, 348: 552-4 (1990)).
Anschließend können Phagen, die Antikörper mit hoher Affinität gegen das Ziel- Antigen tragen, in mehreren Cyclen der Selektion und Reamplifikation (Panning) dramatisch angereichert werden.Then phages, the antibodies with high affinity against the target Carrying antigen in several cycles of selection and reamplification (panning) be dramatically enriched.
Eine intrazelluläre Expression von humanen monoklonalen Antikörperfragmenten in Patienten sollte nicht von einer Immunreaktion gegen das Transgen begleitet sein. Daher wurden humane monoklonale Antikörper gegen das essentielle HCV- Protein NS3 (s. SEQ ID NO: 18) für eine mögliche Verwendung als Intrakörper für die intrazelluläre Immunisierung kloniert. Knochenmarkaspirate von mit HCV infizierten Patienten wurden verwendet, um die codierenden Bereiche von variablen Immunglobulindomänen zu amplifizieren. Diese PCR- Produkte wurden verwendet, um eine große humane sFv-Phagemid-Bibliothek zu klonieren. Ein EIA gegen rekombinantes NS3 wurde verwendet, um hohe Serum- Antikörpertiter gegen NS3 zu gewährleisten. Unter Verwendung von Phagen- Display und mehreren Cyclen von Affinitätsselektion wurden Phagen selektiert, die hochaffine sFv-Fragmente gegen NS3 trugen. Monoklonale Phagen wurden isoliert und auf Bindungsaktivität gegen NS3 getestet. Die meisten Antikörper waren gegen NS3-Helicase und nicht gegen NS3-Protease gerichtet, wie es bereits beschrieben wurde (Chen M. et al., Hepatology, 28: 219-24 (1998)). Lösliche rekombinante sFv-Fragmente wurden exprimiert, gereinigt und wieder um auf ihre Fähigkeit zur Bindung an NS3-Protein getestet. Die codierende cDNA von bindenden sFv wurde isoliert und sequenziert. Die variablen Domänen von sechs sFv-Fragmenten wurden charakterisiert. Die Sequenz zeigte κ-leichte- Ketten und λ-leichte-Ketten. VDJ-Keimliniensegmente wurden identifiziert. Die Affinität von sFv-Fragmenten wurde durch kompetitiven EIA bestimmt. Die sFv- Fragmente zeigten die vorstehend beschriebene hohe Bindungsaffinitäten, die auf eine Hemmung der NS3-Protease/Helicase schließen lassen.An intracellular expression of human monoclonal antibody fragments in patients should not be accompanied by an immune response to the transgene his. Therefore human monoclonal antibodies against the essential HCV- Protein NS3 (see SEQ ID NO: 18) for possible use as Cloned intra-body for intracellular immunization. bone marrow aspirates of HCV infected patients were used to encode Amplify regions of variable immunoglobulin domains. This PCR Products were used to build a large human sFv phagemid library clone. An EIA against recombinant NS3 was used to measure high serum To ensure antibody titers against NS3. Using phage Display and several cycles of affinity selection, phages were selected, who carried high affinity sFv fragments against NS3. Monoclonal phages were isolated and tested for binding activity against NS3. Most antibodies were directed against NS3 helicase and not against NS3 protease as it was has already been described (Chen M. et al., Hepatology, 28: 219-24 (1998)). Soluble recombinant sFv fragments were expressed, purified and again to be tested for their ability to bind to NS3 protein. The coding cDNA binding sFv was isolated and sequenced. The variable domains of six sFv fragments were characterized. The sequence showed κ-light- Chains and λ light chains. VDJ germline segments were identified. The Affinity of sFv fragments was determined by competitive EIA. The sFv Fragments showed the high binding affinities described above that suggest inhibition of NS3 protease / helicase.
Nach der Klonierung der sFv-Fragmente, ist auch eine Klonierung von vollständi gen humanen IgG-, IgA- oder IgM-Antikörpern möglich (Boel E. et al., J. Immu nol. Methods, 239: 153-66 (2000)). Die rekombinante Expression von vollständi gen humanen Antikörpern ist einfach und billig im Vergleich zur Isolation von Antikörpern aus dem Serum von HCV infizierten Patienten. Überdies besteht bei der Verwendung rekombinanter hochaffiner Antikörper keine Gefahr einer Infektion mit HCV oder anderen humanen Pathogenen. Diese Antikörper sind für diagnostische und therapeutische Zwecke einsetzbar.After cloning the sFv fragments, cloning is also complete against human IgG, IgA or IgM antibodies possible (Boel E. et al., J. Immu nol. Methods, 239: 153-66 (2000)). The recombinant expression of complete gene antibodies is simple and cheap compared to the isolation of Antibodies from the serum of HCV infected patients. Moreover, there is at the use of recombinant high affinity antibodies no risk of Infection with HCV or other human pathogens. These antibodies are for diagnostic and therapeutic purposes can be used.
So können die Antikörperfragmente gemäß Ausführungsform (8) der Erfindung Bestandteil von pharmazeutischen Zusammensetzungen (wie z. B. Vakzine u. ä.) und von diagnostischen Zusammensetzungen (auch "diagnostische Kits" ge nannt) sein. Neben den Antikörperfragmenten enthalten diese Zusammensetzun gen noch übliche Zusatzstoffe, Hilfsmittel usw. In den diagnosti schen Kits können die erfindungsgemäßen Antikörperfragmente z. B. in einem Zellkultursystem zur Bewertung der NS3-Proteasefunktion (Heintges T. et al., J. Med. Virol., (2000)), in Assays zum Testen auf NS3-Helicasefunktion (Hsu C. C. et al., Biocem. Biophys. Res. Commun., 253: 594-9 (1998)) in einem Replikon system zur Bewertung der Funktion von nichtstrukturellen HCV-Proteinen (Lohmann V. et al., Science, 285: 110-3 (1999)) usw. eingesetzt werden.Thus, the antibody fragments according to embodiment (8) of the invention Part of pharmaceutical compositions (such as vaccines, etc.) and of diagnostic compositions (also "diagnostic kits" ge called). In addition to the antibody fragments, these contain compositions general additives, auxiliaries, etc. In the diagnosti The antibody fragments of the invention can be used, for example, in kits. B. in one Cell culture system for evaluating the NS3 protease function (Heintges T. et al., J. Med. Virol., (2000)), in assays for testing for NS3 helicase function (Hsu C. C. et al., Biocem. Biophys. Res. Commun., 253: 594-9 (1998)) in a replicon system for evaluating the function of non-structural HCV proteins (Lohmann V. et al., Science, 285: 110-3 (1999)) etc. can be used.
Gemäß Ausführungsform (4) betrifft die vorliegende Erfindung einen Gentrans fervektor, der eine DNA-Sequenz, die für ein erfindungsgemäßes Antikörper fragment kodiert, umfasst. Dieser Gentransfervektor kann neben der genannten DNA-Sequenz noch weitere funktionelle DNA-Sequenzen (wie z. B. Promotorse quenzen, Erkennungssequenzen, virale Sequenzen Spleißdonor und -akzeptorse quenzen, usw.) enthalten. So muss, um antivirale Wirkungen in Hepatocyten zu erreichen, die codierende cDNA für Antikörperfragmente, die die HCV-Replikation hemmen, durch Vektoren transduziert werden. Die zur Zeit vielversprechendsten Vektoren für die Gentherapie der Leber sind Lentiviren oder "entbeinte" Adeno viren (Richardson J. H. et al., Gene Ther., 5: 635-44 (1998); Naldini L. et al., Science, 272: 263-7 (1996); Zufferey R. et al., Nat. Biotechnol., 15: 871-5 (1997); Ferry N., Heard J. M., Hum. Gene Ther., 9: 1975-81 (1998)). Eine effiziente Expression von Human-Antikörper-Fragmenten in Hepatocyten ist Vorraussetzung für die intrazelluläre Immunisierung mit Intrakörpern, was als ein vielversprechender Ansatz für die Behandlung einer chronischen HCV- Infektion erachtet wird.According to embodiment (4), the present invention relates to a gene trans fervektor, which is a DNA sequence for an antibody according to the invention fragment encoded, includes. This gene transfer vector can in addition to the above DNA sequence and other functional DNA sequences (such as promoters sequences, recognition sequences, viral sequences, splice donor and acceptor sequences, etc.) included. So, in order to have antiviral effects in hepatocytes achieve the coding cDNA for antibody fragments that replicate the HCV inhibit, are transduced by vectors. The most promising at the moment Vectors for gene therapy of the liver are lentiviruses or "boned" adeno viruses (Richardson J.H. et al., Gene Ther., 5: 635-44 (1998); Naldini L. et al., Science, 272: 263-7 (1996); Zufferey R. et al., Nat. Biotechnol., 15: 871-5 (1997); Ferry N., Heard J.M., Hum. Gene Ther., 9: 1975-81 (1998)). A efficient expression of human antibody fragments in hepatocytes Prerequisite for intracellular immunization with intra-bodies, what as a promising approach to treating chronic HCV Infection is considered.
Die Sequenz und Struktur der erfindungsgemäßen Antikörperfragmente sind weiterhin hilfreich für das Design von Inhibitoren der NS3-Protease oder - Helicase in Form von kleinen Molekülen. Ausgehend von der Struktur der Antikörperfragmente werden niedermolekulare Verbindungen abgeleitet, die diese essentiellen viralen Proteine des HCV hemmen.The sequence and structure of the antibody fragments according to the invention are still helpful for the design of inhibitors of the NS3 protease or - Helicase in the form of small molecules. Based on the structure of the Antibody fragments are derived from low molecular weight compounds that inhibit these essential viral proteins of HCV.
Die vorliegende Erfindung wird anhand der nachfolgend beschriebenen Experi mente und der detaillierten Beschreibung der Figuren näher erläutert. The present invention is based on the Experi described below ment and the detailed description of the figures.
Von fünf Patienten mit chronischer Hepatitis C wurde Knochenmark aspirat gewonnen. Alle Patienten hatten eine serologisch dokumentierte HCV- Infektion (HCV-Antikörper positiv im enzyme-linked immunoassay der dritten Generation und Serum-HCV-RNA durch RT-PCR nachweisbar). Von allen Patien ten wurde Knochenmarkaspirat während Prozeduren gewonnen, die aus ver schiedenen medizinischen Gründen indiziert waren. Alle Patienten unterzeichne ten eine schriftliche Einverständniserklärung für die Entnahme von weiteren 5 ml Aspirat und 10 ml Serum gemäß einer Begutachtung durch das lokale Ethikko mitee. Von 4 der 5 Patienten war Serum verfügbar.Bone marrow was taken from five patients with chronic hepatitis C. won aspirate. All patients had serologically documented HCV Infection (HCV antibody positive in the enzyme-linked immunoassay of the third Generation and serum HCV-RNA detectable by RT-PCR). Of all patients Bone marrow aspirate was obtained during procedures based on ver were indicated for various medical reasons. Sign all patients a written declaration of consent for the removal of another 5 ml Aspirate and 10 ml serum according to an assessment by the local ethics expert Commit- tee. Serum was available from 4 of the 5 patients.
Eine ELISA-Platte (Nung, Gibco BRL, Karlsruhe) wurde über Nacht bei 4°C mit 0,5 µg NS3 in PBS beschichtet und dann 1 h lang bei RT mit 3% BSA/PBS blockiert. Patientenseren wurden 1 : 1000, 1 : 2000, 1 : 4000, 1 : 8000 bzw. 1 : 16 000 verdünnt und dann in die Näpfe gegeben. Nach 1 h Inkubation bei RT wurde die Platte zehnmal mit TBST/0,1% Tween®-20 gewaschen. Anschlie ßend wurde ein Konjugat von Alkalischer Phosphatase (AP) und Ziegen-Anti- Human-(Fab)2-IgG (Boehringer, Mannheim) in einer Verdünnung von 1 : 5000 in jeden Napf gegeben, und es wurde 1 h lang inkubiert. Nach zehnmal Waschen wurde p-Nitrophenylphosphat (Sigma, Aldrich, Taufkirchen) hinzugefügt, und es wurde 20 min lang inkubiert. Anschließend wurde die optische Dichte bei 405 nm unter Verwendung eines EIA Reader (Anthos Labtec, Salzburg, Österreich) gemessen. Ein Signal-Rausch-Verhältnis von über 2,4 wurde als positiv angese hen.An ELISA plate (Nung, Gibco BRL, Karlsruhe) was coated overnight at 4 ° C. with 0.5 μg NS3 in PBS and then blocked for 1 h at RT with 3% BSA / PBS. Patient sera were diluted 1: 1000, 1: 2000, 1: 4000, 1: 8000 and 1: 16000 and then added to the wells. After 1 h of incubation at RT, the plate was washed ten times with TBST / 0.1% Tween®-20. Subsequently, a conjugate of alkaline phosphatase (AP) and goat anti-human (Fab) 2 IgG (Boehringer, Mannheim) was added to each well at a dilution of 1: 5000 and incubation was carried out for 1 hour. After washing ten times, p-nitrophenyl phosphate (Sigma, Aldrich, Taufkirchen) was added and incubated for 20 minutes. The optical density at 405 nm was then measured using an EIA reader (Anthos Labtec, Salzburg, Austria). A signal-to-noise ratio of over 2.4 was seen as positive.
Knochenmarkaspirat wurde verwendet, um Gesamt-RNA zu präparieren. RNA wurde unter Verwen dung von Tri-reagent (Gibco BRL, Karlsruhe) extrahiert und unter Verwendung von Oligo(dT)-Primern (Gibco BRL, Karlsruhe) in cDNA transkribiert. Die VH- und VL-Gene wurden durch PCR getrennt mit VH- und VL-spezifischen Primern amplifiziert. Weiterhin wurde der reverse Primer von VL durch Einbau eines Flag tag am 5'-Ende modifiziert (Knappik, Plückthun, 1994). Der VH-Antisense-Primer und der VL-Sense-Primer enthalten Sequenzen, die einen flexiblen Aminosäure linker (Gly4Ser)4 codieren, der zwischen den variablen Domänen der schweren und der leichten Kette eingesetzt ist. Dies ermöglicht eine rekombi nante Hybridisierung zwischen VH- und VL-Produkten bei der folgenden Overlap- PCR-Reaktion. Die Cyclusparameter waren wie folgt: 30 Cyclen, 94°C 1 min, 57°C 2 min, 72°C 1 min. Für die Extension-Overlap-PCR wurden gelgereinigte VH- und VL-PCR-Fragmente (Größe ungefähr 300 bp) in äquimolaren Verhältnis sen miteinander gemischt und zur Bildung einer Matrize in Abwesenheit von Primern verwendet (2 ×: 92°C 1 min, 63°C 30 s, 58°C 50 s, 72°C 1 min). Anschließend wurden fünf Cyclen (92°C 1 min, 63°C 30 s, 58°C 50 s, 72°C 1 min) und 23 Cyclen (92°C 1 min, 63°C min, 72°C 1 min) in Anwesenheit von spezifischen äußeren sFv-Primern, die SfiI-Restriktionsstellen am 5'-Ende enthielten, durchgeführt. Die verwendeten Primer waren:Bone marrow aspirate was used to prepare total RNA. RNA was extracted using Tri-reagent (Gibco BRL, Karlsruhe) and transcribed into cDNA using oligo (dT) primers (Gibco BRL, Karlsruhe). The V H and V L genes were amplified by PCR separately with V H and V L -specific primers. Furthermore, the reverse primer of V L was modified by incorporating a flag tag at the 5 'end (Knappik, Plückthun, 1994). The V H antisense primer and the V L sense primer contain sequences which encode a flexible amino acid linker (Gly 4 Ser) 4 which is inserted between the variable domains of the heavy and the light chain. This enables a recombinant hybridization between V H and V L products in the following overlap PCR reaction. The cycle parameters were as follows: 30 cycles, 94 ° C 1 min, 57 ° C 2 min, 72 ° C 1 min. For extension overlap PCR, gel-purified V H and V L PCR fragments (approximately 300 bp in size) were mixed together in equimolar ratios and used to form a template in the absence of primers (2 ×: 92 ° C. for 1 min , 63 ° C 30 s, 58 ° C 50 s, 72 ° C 1 min). Then five cycles (92 ° C 1 min, 63 ° C 30 s, 58 ° C 50 s, 72 ° C 1 min) and 23 cycles (92 ° C 1 min, 63 ° C min, 72 ° C 1 min) in the presence of specific external sFv primers containing SfiI restriction sites at the 5 'end. The primers used were:
Unterstrichen sind Flag-tag-Sequenzen innerhalb jedes VL-back-Primers (Kappa; κ und Lambda; λ).Underlined are flag-tag sequences within each V L back primer (kappa; κ and lambda; λ).
Nach dem Abbau mit dem Restriktionsenzym SfiI wurden die sFv-Fragmente (ca. 750 bp) entweder gelgereinigt (Qiaquik; Gel Extraction Kit, Qiagen, Hilden) oder elektroeluiert (Schleicher & Schüll, Dassel) und dann in den Phagemid-Vektor pAK100 (Krebber, A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)) ligasiert. Dieser Vektor ermöglicht die Expression von sFv als Gen-III-Fusionsprotein auf der Oberfläche von Bakteriophagen (Phagen-Display) unter Einführung eines C- terminalen c-myc-Tags. After digestion with the restriction enzyme SfiI, the sFv fragments (approx. 750 bp) either gel cleaned (Qiaquik; Gel Extraction Kit, Qiagen, Hilden) or electroeluted (Schleicher & Schüll, Dassel) and then into the phagemid vector pAK100 (Krebber, A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)) ligated. This vector enables expression of sFv as a gene III fusion protein the surface of bacteriophages (phage display) with the introduction of a C- terminal c-myc tags.
Die resultierenden Plasmide aller 5 Patienten wurden verwendet, um elektrokompetente E. coli XL1-Blue (Stratagene, Amsterdam Zuidoost, Nieder lande) zu transformieren und so eine große Bibliothek von rekombinanten humanen sFv-Fragmenten im pAK100-Expressionsvektor zu schaffen (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)). Transformanten wurden in 2 × YT-Medium, das 25 µg/µl Chloramphenicol und 1% Glucose enthielt, bis zu einer OD550 von 0,5 hochgezogen. Zu diesem Zeitpunkt wurde die aufgebaute Phage mid-Bibliothek als koloniebildende Einheiten (cfu) titriert. Die Größe der Biblio thek von allen 5 Patienten betrug 2 × 106. Die Bibliothek wurde dann mit 1011-12 VCSM13-Helferphagen (Amersham Pharmacia, Freiburg) infiziert, um sFv- tragende Phagen zu erzielen. Die Expression wurde durch die Zugabe von 0,5 mM IPTG (Roth, Karlsruhe) induziert und 2 h lang bei 24°C durchgeführt. Nach 3-4 Stunden Inkubation wurde Kanamycin (30 µg/µl; Fluka, Neu-Ulm) hinzugefügt, und die rekombinante Phagenkultur wuchs über Nacht bei 24°C. Die Phagenpartikel wurden durch Fällung mit 20% PEG/15% NaCl (Sambrook et al., 1989) geerntet, in PBS gelöst und bei 4°C gelagert oder direkt für weitere Experimente verwendet.The resulting plasmids of all 5 patients were used to transform electrocompetent E. coli XL 1 blue (Stratagene, Amsterdam Zuidoost, Netherlands) and thus to create a large library of recombinant human sFv fragments in the pAK100 expression vector (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)). Transformants were raised in 2 × YT medium containing 25 μg / μl chloramphenicol and 1% glucose to an OD 550 of 0.5. At this point, the built-up phage mid library was titrated as colony forming units (cfu). The size of the library of all 5 patients was 2 × 10 6 . The library was then infected with 10 11-12 VCSM13 helper phages (Amersham Pharmacia, Freiburg) in order to obtain phages carrying sFv. Expression was induced by the addition of 0.5 mM IPTG (Roth, Karlsruhe) and carried out at 24 ° C. for 2 hours. After 3-4 hours of incubation, kanamycin (30 µg / µl; Fluka, Neu-Ulm) was added, and the recombinant phage culture grew overnight at 24 ° C. The phage particles were harvested by precipitation with 20% PEG / 15% NaCl (Sambrook et al., 1989), dissolved in PBS and stored at 4 ° C. or used directly for further experiments.
Rekombinante Phagen, die humane sFv-Fragmente trugen, wurden durch Panning anhand ihrer Affinität zur Bindung an NS3 selektiert. Eine Mikrotiterplatte (Nung, Gibco BRL, Karlsruhe) wurde über Nacht bei 4°C mit 1 µg rekombinantem NS3-Protein/Napf (Mikrogen, München) be schichtet. Nach Blockierung mit 3% BSA während 1 h bei RT wurde eine Phagen suspension (ungefähr 10% verdünnt in 3% BSA) hinzugefügt, und es wurde 2 h bei RT inkubiert. Die Mikrotiterplatte wurde gründlich (20 ×) mit PBS/0,1% Tween-20 gewaschen, um unspezifisch gebundene Phagen zu eliminieren. Anschließend wurden die mit hoher Affinität an NS3 gebundenen Phagen mit 0,1 M Glycin/HCl, pH 2,2, eluiert. Die Phagenlösung wurde mit 2 M Tris neutrali siert, und die Phagen (typischerweise 103-4) wurden zur Reinfektion von E. coli XL1-Blue verwendet, das sich im exponentiellen Wachstum befand. Dieser Panning-Vorgang wurde 4-mal wiederholt. Die selektierte Phagenpopulation wurde verdünnt und ausgestrichen, um einzelne monoklonale Kolonien zu erhalten. Recombinant phages carrying human sFv fragments were selected by panning based on their affinity for binding to NS3. A microtiter plate (Nung, Gibco BRL, Karlsruhe) was coated overnight at 4 ° C. with 1 μg recombinant NS3 protein / well (Mikrogen, Munich). After blocking with 3% BSA for 1 h at RT, a phage suspension (approximately 10% diluted in 3% BSA) was added and it was incubated for 2 h at RT. The microtiter plate was washed thoroughly (20 ×) with PBS / 0.1% Tween-20 to eliminate non-specifically bound phages. The phages bound to NS3 with high affinity were then eluted with 0.1 M glycine / HCl, pH 2.2. The phage solution was neutralized with 2 M Tris, and the phages (typically 10 3-4 ) were used to reinfect E. coli XL1-Blue, which was in exponential growth. This panning process was repeated 4 times. The selected phage population was diluted and streaked to obtain individual monoclonal colonies.
Ausgewählte Einzelkolonien wurden getrennt in 8 ml 2 × YT- Medium, das Chloramphenicol (25 µg/µl) und Glucose (1%) enthielt, bei 37°C unter Schütteln gezüchtet und dann mit 1011 VCSM13-Helferphagen infiziert. Die Expression von Human-sFv wurde mit 0,5 mM IPTG induziert. Nach Inkubation über Nacht wurden monoklonale Phagen mit 20% PEG/15% NaCl präzipitiert und in 200 µl PBS gelöst. Der Phagentiter wurde als cfu/ml abgeschätzt, und die Phagenlösung wurde wie folgt in einem EIA-Assay verwendet. Eine EIA-Platte wurde zunächst über Nacht bei 4°C mit 0,3 µg NS3 (Mikrogen) beschichtet und dann 1 h bei RT mit 3% BSA blockiert. Dann wurden 50 µl einer Phagenlösung (ungefähr 109 Phagen) hinzugefügt. Nach 1 h Inkubation bei RT und dreimaligem Waschen mit PBS/0,05% Tween-20 wurde in 3% BSA 1/5000 verdünnter HRP- konjugierter Anti-M13-Antikörper (Amersham Pharmacia, Freiburg) hinzugefügt und 1 h lang inkubiert. Zur Detektion erfolgte eine Inkubation mit ABTS-Substrat nach den Angaben des Herstellers (Boehringer, Mannheim). Nach 15 min Inkubation wurde die Extinktion bei 405 nm mit einem EIA Reader (Anthos Labtec, Salzburg, Österreich) gemessen. Alle Assays wurden vierfach in 3 unabhängigen Experimenten durchgeführt.Selected single colonies were grown separately in 8 ml of 2 × YT medium containing chloramphenicol (25 μg / μl) and glucose (1%) at 37 ° C. while shaking and then infected with 10 11 VCSM13 helper phages. Human sFv expression was induced with 0.5 mM IPTG. After overnight incubation, monoclonal phages were precipitated with 20% PEG / 15% NaCl and dissolved in 200 µl PBS. The phage titer was estimated as cfu / ml and the phage solution was used in an EIA assay as follows. An EIA plate was first coated overnight at 4.degree. C. with 0.3 μg NS3 (Mikrogen) and then blocked for 1 h at RT with 3% BSA. Then 50 µl of a phage solution (approximately 109 phages) was added. After 1 h incubation at RT and washing three times with PBS / 0.05% Tween-20, HRP-conjugated anti-M13 antibody (Amersham Pharmacia, Freiburg) diluted in 3% BSA was added and incubated for 1 h. For detection, an incubation with ABTS substrate was carried out according to the manufacturer's instructions (Boehringer, Mannheim). After 15 min incubation, the absorbance at 405 nm was measured with an EIA reader (Anthos Labtec, Salzburg, Austria). All assays were carried out four times in 3 independent experiments.
Sequenzierungsreaktionen wurden mit einem automatischen ABI-310-Sequencer (Perkin Elmer, Rodgau-Jügesheim) durchgeführt, wobei Standardsequenzierungsvorschriften und spezifische Vektoroligonucleotide verwendet wurden. Dann wurden die abgeleiteten Aminosäuresequenzen durch Computerrecherche mit BLAST (http:/ / www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast) und DNAPLOT (http:/ / www.genetik.uni-koeln.de/dnaplot) und der Kabat-Datenbank (http:/ / immuno.bme.nwu.edu) (Kabat E. A. et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A. C. R., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) analysiert.Sequencing reactions were carried out using an automatic ABI-310 sequencer (Perkin Elmer, Rodgau-Jügesheim) performed where Standard sequencing protocols and specific vector oligonucleotides were used. Then the deduced amino acid sequences were carried out Computer research with BLAST (http: / / www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast) and DNAPLOT (http: / / www.genetik.uni-koeln.de/dnaplot) and the Kabat database (http: // immuno.bme.nwu.edu) (Kabat E.A. et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A.C.R., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) analyzed.
Zur löslichen Expression wurden sFv-Fragmente zunächst in pQE-70 (Quiagen, Hilden) umkloniert. Dieser Vektor ermöglicht eine starke induzierbare Expression in E. coli und führt ein His-tag ein, das für die Proteinreinigung nützlich ist. Einzelne Kolonien wurden über Nacht bei 37°C in 30 ml 2 × YT-Medium (Chlorampheni col, 25 µg/µl, und Glucose, 1%) inkubiert. Bei einer OD550 = 0,8 wurde die Expression der humanen sFv-Fragmente mit 1 mM IPTG induziert und die Bakterien 4 h lang bei 24°C unter Schütteln gezüchtet. Nach dem Sedimentieren wurden Bakterienzellen 0,5 h lang bei 4°C in Spheroblasten- Puffer (200 mM Tris/HCl, pH 8,0, 0,5 M Saccharose) inkubiert. In das Periplasma sezernierte lösliche sFv-Fragmente wurden durch Lysozymbehandlung (0,8 mg/ml, wobei nur die äußere Membran von E. coli zerstört wurde) und milden osmotischen Schock gewonnen, wobei die Spheroblasten intakt blieben (Skerra, 1989). Das Zellsediment aus 10 ml Expressionskultur wurde in 200 µl eiskaltem Spheroblastenpuffer resuspendiert, und 790 µl eiskalter 50%iger (v/v) Spheroblastenpuffer wurde sofort hinzugefügt. Die Lyse wurde 30 min lang auf Eis zu Ende geführt. Es wurde ein Standardverfahren für die Reinigung von mit einem His-Tag ausgestattetem sFv gewählt, das aus einem Ni-NTA-Affinitäts reinigungsschritt (HisTrap-Säulen, Amersham Pharmacia, Freiburg) mit einem Elutionsschritt unter nativen Bedingungen unter Verwendung von Imidazol (100- 150 mM) bestand. Dieses Verfahren wurde unter Verwendung eines FPLC- Systems nach den Angaben des Herstellers (Amersham Pharmacia, Freiburg) durchgeführt.For soluble expression, sFv fragments were first cloned into pQE-70 (Quiagen, Hilden). This vector enables strong inducible expression in E. coli and introduces a His tag that is useful for protein purification. Individual colonies were incubated overnight at 37 ° C. in 30 ml of 2 × YT medium (Chlorampheni col, 25 μg / μl, and glucose, 1%). With an OD 550 = 0.8, expression of the human sFv fragments was induced with 1 mM IPTG and the bacteria were grown for 4 hours at 24 ° C. with shaking. After sedimentation, bacterial cells were incubated for 0.5 h at 4 ° C in spheroblast buffer (200 mM Tris / HCl, pH 8.0, 0.5 M sucrose). Soluble sFv fragments secreted into the periplasm were obtained by lysozyme treatment (0.8 mg / ml, only the outer membrane of E. coli being destroyed) and mild osmotic shock, with the spheroblasts remaining intact (Skerra, 1989). The cell sediment from 10 ml expression culture was resuspended in 200 ul ice-cold spheroblast buffer, and 790 ul ice-cold 50% (v / v) spheroblast buffer was immediately added. The lysis was completed on ice for 30 minutes. A standard procedure for the purification of His-tagged sFv was chosen, which consisted of a Ni-NTA affinity purification step (HisTrap columns, Amersham Pharmacia, Freiburg) with an elution step under native conditions using imidazole (100-150 mM) existed. This process was carried out using an FPLC system according to the manufacturer's instructions (Amersham Pharmacia, Freiburg).
Für eine weitere Immunoblot-Analyse wurde 1/100 gereinigte sFv-Fraktion verwendet. Im Einzelnen wurde ein 20-µl-Aliquot jeder Probe auf ein 0,1% SDS/12% PAGE geladen. Nach Transfer auf eine Nitrozellu losemembran (Protran, Schleicher & Schüll, Dassel) unter Verwendung von Standardvorschriften wurden die sFv-Fragmente durch Immunoblot nachgewie sen. Die Membran wurde zuerst 1 h lang bei RT mit 3% BSA in TBS blockiert, um eine unspezifische Adsorption zu verhindern, und dann zweimal mit TBS gewa schen. Anschließend erfolgte eine Inkubation entweder mit Anti-Flag-mAB M1 (Sigma Aldrich, Taufkirchen) oder mit Anti-Tetra-His-Antikörpern (1 : 2000 in 3% BSA/TBS) (Qiagen, Hilden) während 30 min unter Verwendung von 10 µg/ml in TBS/1 mM CaCl2. Nach Waschen mit TBST (2mal) für den Anti-His-Nachweis oder mit TBS + 1 mM CaCl2 für den Anti-Flag-Nachweis wurde in TBS auf 1 : 5000 verdünntes Konjugat von Meerrettich-Peroxidase (HRP) und Kaninchen-Anti- Maus-Ab (Biorad, München) hinzugefügt. Die Detektion erfolgte durch Chemilu mineszenz über das ECL™-System (Amersham Pharmacia, Freiburg).1/100 purified sFv fraction was used for a further immunoblot analysis. Specifically, a 20 µl aliquot of each sample was loaded onto 0.1% SDS / 12% PAGE. After transfer to a nitrocellulose membrane (Protran, Schleicher & Schüll, Dassel) using standard instructions, the sFv fragments were detected by immunoblot. The membrane was first blocked at RT with 3% BSA in TBS for 1 h to prevent non-specific adsorption, and then washed twice with TBS. This was followed by incubation either with anti-flag mAB M1 (Sigma Aldrich, Taufkirchen) or with anti-tetra-His antibodies (1: 2000 in 3% BSA / TBS) (Qiagen, Hilden) for 30 min using 10 µg / ml in TBS / 1 mM CaCl 2 . After washing with TBST (twice) for anti-His detection or with TBS + 1 mM CaCl 2 for anti-flag detection, conjugate of horseradish peroxidase (HRP) and rabbit anti Mouse down (Biorad, Munich) added. The detection was carried out by chemiluminescence via the ECL ™ system (Amersham Pharmacia, Freiburg).
Die Bindungsaktivität löslicher sFv-Fragmente wurde durch EIA getes tet. Die Näpfe wurden über Nacht bei 4°C mit 0,5 µg rekombinantem NS3- Protein in PBS beschichtet und anschließeßend 1 h lang bei RT mit 3% BSA blockiert. Dann wurde periplasmatischer Extrakt, der lösliche monoklonale sFv-Fragmente enthielt, zugegeben (1, 0,1 bzw. 0,01 µg in PBS/Napf) und 1 h lang bei Raumtemperatur inkubiert. Nach 5 Waschschritten mit TBST/0,5% Tween®-20 wurde der Anti-His-Ab (1 : 2000 in 3% BSA; Qiagen, Hilden) zugege ben, und es wurde 1 h lang bei RT inkubiert. Anschließend wurden die Näpfe gewaschen und 1 h lang mit HRP-konjugiertem Kaninchen-Anti-Maus-IgG-Ab (1 : 5000 in 10% Milchpulver) inkubiert. Zum Nachweis wurde ABTS-Substrat hinzugefügt, und A405 wurde gemessen, wie es oben beschrieben ist.The binding activity of soluble sFv fragments was tested by EIA. The wells were coated overnight at 4.degree. C. with 0.5 μg of recombinant NS3 protein in PBS and then blocked for 1 h at RT with 3% BSA. Then periplasmic extract containing soluble monoclonal sFv fragments was added (1, 0.1 or 0.01 µg in PBS / well) and incubated for 1 h at room temperature. After 5 washing steps with TBST / 0.5% Tween®-20, the anti-His-Ab (1: 2000 in 3% BSA; Qiagen, Hilden) was added and it was incubated for 1 h at RT. The wells were then washed and incubated for 1 hour with HRP-conjugated rabbit anti-mouse IgG-Ab (1: 5000 in 10% milk powder). ABTS substrate was added for detection and A 405 was measured as described above.
Die Bestimmung der Affinität der Antikörperfragmente erfolgte mit Hilfe eines kompetitiven EIA, der zuerst von Friguet et al. beschrie ben wurde (Friguet B. et al., J. Immunol. Methods, 77: 305-19 (1985)). Der zu testende Antikörper wurde mit verschiedenen Konzentrationen des Antigens inkubiert, bis ein Assoziations-Dissoziations-Gleichgewicht erreicht wurde. Dann wurde ein Festphasen-EIA mit immobilisiertem Antigen verwendet, um die Konzentration des freien Antikörpers zu bestimmen, der nicht an lösliches Antigen gebunden ist (Friguet B. et al., J. Immunol. Methods, 77: 305-19 (1985)). Die EIA-Bedingungen wurden so gewählt, dass nur ein kleiner Anteil des im Gleichgewicht befindlichen ungesättigten Antikörpers durch das immobilisierte Antigen abgefangen wird. Dadurch ist sichergestellt, dass das Gleichgewicht in Lösung durch die EIA Bedingungen nicht wesentlich beeinträchtigt wird (Goldberg M. E., Djavadi-Ohaniance L., Curr. Opin. Immunol., 5: 278-81 (1993)).Determination of the affinity of the antibody fragments was carried out with the help of a competitive EIA, which was first developed by Friguet et al. beschrie (Friguet B. et al., J. Immunol. Methods, 77: 305-19 (1985)). The too testing antibody was used with various concentrations of the antigen incubated until an association-dissociation equilibrium was reached. Then a solid phase EIA with immobilized antigen was used to control the Determine concentration of free antibody that is not soluble Antigen bound (Friguet B. et al., J. Immunol. Methods, 77: 305-19 (1985)). The EIA conditions were chosen so that only a small proportion of the unsaturated antibody in equilibrium by the immobilized Antigen is captured. This ensures that the balance in Solution is not significantly affected by the EIA conditions (Goldberg M.E., Djavadi-Ohaniance L., Curr. Opin. Immunol., 5: 278-81 (1993)).
Verschiedene Konzentrationen der humanen sFv Fragmente wurden getestet, um den linearen Bereich der Sättigungskurve zu bestimmen. Hierzu wurden serielle Verdünnungsreihen der Antikörper mit anschließender Bestimmung der OD durchgeführt. Die Verdünnung der sFv-Fragmente, die zu einem Abfall der OD um mindestens 40% führte, wurde für weitere kompetitive EIA-Experimente gewählt. sFv-Fragmente in dieser Konzentration wurden 2 h lang bei 4°C mit löslichem rekombinantem NS3-Protein inkubiert, um ein Gleichgewicht zu erreichen. Anschließend wurde die Konzentration der freien sFv-Fragmente in sFv-EIA bestimmt, wie es oben beschrieben ist, wobei mit 0,3 µg NS3 beschich tete Platten verwendet wurden, die zuvor mit 10% Milchpulver blockiert worden waren. Die Bestimmung der Affinität erfolgte für jedes einzelne Antikör perfragment in Korrelation zum linearen Teil der Kompetitionskurve.Different concentrations of the human sFv fragments were tested to to determine the linear range of the saturation curve. For this purpose, serial Dilution series of the antibodies with subsequent determination of the OD carried out. Dilution of the sFv fragments resulted in a decrease in OD by at least 40% was used for further competitive EIA experiments selected. sFv fragments in this concentration were mixed at 4 ° C for 2 h soluble recombinant NS3 protein incubated to balance to reach. Then the concentration of the free sFv fragments in sFv-EIA determines as described above, coating with 0.3 µg NS3 plates were used that were previously blocked with 10% milk powder were. The affinity was determined for each individual antibody perfragment in correlation to the linear part of the competition curve.
Seren von 4 Patienten wurden im Immunoassay auf die Anwesenheit von Antikörpern gegen NS3-Protein analysiert. Aus diesem Antikörper-Screening erhaltene Daten zeigten, dass 3 von 4 Patienten hohe Titer von 1 : 16 000 gegen NS3 aufwiesen. Der Titer von einem Patienten (Patient 3) war niedrig und ähnlich wie bei den negativen Kontrollen (kein erster Antikörper oder irrelevante rekom binante sFv-Fragmente). Die individuellen Titer der Patienten sind in Fig. 1 gezeigt.Sera from 4 patients were analyzed in the immunoassay for the presence of antibodies against NS3 protein. Data obtained from this antibody screening showed that 3 out of 4 patients had high titers of 1: 16,000 against NS3. The titer of one patient (patient 3) was low and similar to the negative controls (no first antibody or irrelevant recombinant sFv fragments). The individual titers of the patients are shown in Fig. 1.
Um eine rekombinante humane Phagen-Display-Bibliothek zu schaffen, setzten wir den sFv-exprimierenden Phagemidvektor pAK100 ein. Anfangs entstanden durch Overlap-Extension-PCR einzelkettige Fragmente, die aus rekombinierten variablen Domänen der schweren (VH) und der leichten Kette (VL) mit einem eingeschobenen flexiblen Polypeptid-(Gly4Ser)4-Linker bestanden (Fig. 2).In order to create a recombinant human phage display library, we used the sFv-expressing phagemid vector pAK100. Initially, overlap extension PCR gave rise to single-chain fragments which consisted of recombined variable domains of the heavy (V H ) and light chain (V L ) with an inserted flexible polypeptide (Gly 4 Ser) 4 linker ( FIG. 2) ,
Anschließend wurden sFv-Fragmente in den pAK100-Expressionsvektor einklo niert (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)), der TH- Terminator, lacI-Gen und lac-Promotorbereich enthielt, wodurch optimale Wachstumsbedingungen für transformiertes E. coli XL1-Blue geschaffen wurden, das in 2 × TY-Medium inkubiert wird, dem 1% Glucose zugesetzt ist (siehe Abschnitt "Materialien und Methoden"). Unter diesen Bedingungen kann eine unerwünschte toxische Wirkung sowie eine Hintergrundexpression vollständig ausgeschlossen werden, bevor eine weitere Induktion mit IPTG erfolgt (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)). Eine optimale Produktion von gIII-fusioniertem sFv wurde durch 4 h Inkubation bei RT erzielt.Subsequently, sFv fragments were included in the pAK100 expression vector niert (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)), the TH- Terminator, lacI gene and lac promoter region included, making optimal Growth conditions for transformed E. coli XL1-Blue were created, which is incubated in 2 × TY medium to which 1% glucose has been added (see Section "Materials and Methods"). Under these conditions, a undesirable toxic effects as well as a background expression completely be excluded before further induction with IPTG takes place (Krebber A. et al., J. Immunol. Methods, 201: 35-55 (1997)). Optimal production of gIII-fused sFv was obtained by incubation at RT for 4 h.
Die auf der Oberfläche von filamentösen Phagen exprimierten rekombinanten sFv wurden in einer Panning-Reaktion mit an eine feste Phase gebundenem NS3 selektiert. Polyklonale Phagen wurden in 4 Cyclen Phagen-Panning verwendet, um funktionelle bindende Phagen anzureichern und nichtbindende Phagen zu eliminieren (siehe die nachfolgende Tabelle 1 und Fig. 3). The recombinant sFv expressed on the surface of filamentous phages were selected in a panning reaction with NS3 bound to a solid phase. Polyclonal phage were fixed in 4 cycles of phage panning used functional binding phage to enrich and to eliminate non-binding phage (see the following Table 1 and Fig. 3).
Tabelle 1 zeigt die relative Anreicherung von Phagen, die monoklonales sFv tragen, gegen NS3-Protein (SEQ ID NO: 18) vor der Verwendung beim Panning und nach dem ersten, zweiten, dritten und vierten Durchgang der Affinitätsse lektion. Der Phagentiter wurde als cfu/ml gemessen. Die Anzahl der sFv-tragen den Phagen während des Panning wurde durch Verdünnungsreihen als cfu/ml bestimmt. Vor jedem Durchgang des Panning wurde die Phagenpopulation auf 1010-12 amplifiziert und dann einer Affinitätsselektion gegen rekombinantes HCV- NS3 unterzogen. Nach dem Waschen wurden an NS3 gebundene Phagen mit 0,1 M Glycin/HCl, pH 2,2, eluiert, wie es im Abschnitt "Materialien und Methoden" beschrieben ist. Der Prozentsatz der nach dem Panning eluierten Phagen nimmt stetig zu, was darauf hindeutet, dass gegen HCV-NS3 bindende Phagen angerei chert werden.Table 1 shows the relative enrichment of phages carrying monoclonal sFv against NS3 protein (SEQ ID NO: 18) before use in panning and after the first, second, third and fourth round of affinity selection. The phage titer was measured as cfu / ml. The number of sFv-carrying phages during panning was determined as cfu / ml by series of dilutions. Before each round of panning, the phage population was amplified to 10 10-12 and then subjected to an affinity selection against recombinant HCV-NS3. After washing, phages bound to NS3 were eluted with 0.1 M glycine / HCl, pH 2.2, as described in the "Materials and Methods" section. The percentage of phages eluted after panning increases steadily, indicating that phages binding against HCV-NS3 are being enriched.
Nach der Neuinfektion von E. coli XL1-Blue mit sFv-tragenden Phagen gegen NS3 wurden Zellen ausgestrichen, um einzelne Kolonien zu bilden. Nur im Falle einer EIA-Reaktion (Signal-Rausch-Verhältnis) von wenigstens 2,4 oder darüber im Vergleich zur negativen Kontrolle (neg. Ctrl) wurden die sFv-Klone als spezifisch an HCV-NS3 bindend angesehen, wie es in Fig. 4 gezeigt ist. Monoklonale Kolonien wurden selektiert und sequenziert. Während der Sequenzierung er wiesen sich einige der selektierten Klone als mehrfach repräsentiert.After re-infection of E. coli XL 1 -blue with sFv-bearing phages against NS3, cells were streaked out to form individual colonies. Only in the case of an EIA reaction (signal-to-noise ratio) of at least 2.4 or above in comparison to the negative control (neg. Ctrl) were the sFv clones regarded as specifically binding to HCV-NS3, as is shown in FIG. 4 is shown. Monoclonal colonies were selected and sequenced. During the sequencing, some of the selected clones proved to be multiple represented.
Für eine Expression von löslichem sFv in E. coli auf hohem Niveau und Einfüh rung eines Hexa-His-Tags wurden alle sFv-Fragmente in pQE-70 (Qiagen, Hilden) umkloniert. Nach der Induktion mit IPTG und Inkubation bei RT während 4 h wurden lösliche sFv-Moleküle unter Verwendung der Methode des kalten osmo tischen Schocks aus dem periplasmatischen Raum geerntet. Ein Immunoblot- Verfahren wurde durchgeführt, um die korrekte Expression und Größe der in E. coli exprimierten klonierten sFv-Fragmente gegen NS3 zu bestimmen. Eine starke und deutliche Bande von 32 kDa wurde mit Anti-Flag sowie mit Anti- Tetra-His-Antikörpern sichtbar gemacht (Fig. 6).For high-level expression of soluble sFv in E. coli and introduction of a hexa-His tag, all sFv fragments were recloned into pQE-70 (Qiagen, Hilden). After induction with IPTG and incubation at RT for 4 h, soluble sFv molecules were harvested from the periplasmic space using the cold osmotic shock method. An immunoblot procedure was performed to determine the correct expression and size of the cloned sFv fragments expressed in E. coli against NS3. A strong and clear band of 32 kDa was made visible with anti-flag and with anti-tetra-His antibodies ( FIG. 6).
Die weitere Reinigung des rekombinanten sFv erfolgte unter Verwendung des Ni- NTA-Säulenreinigungssystems und FPLC, wie es im Abschnitt "Materialien und Methoden" beschrieben ist. Nach der Reinigung waren keine unspezifischen Banden zu sehen, wenn sFv auf 12% PAGE geladen, auf eine Nylonmembran übertragen und mit Ponceaus Rot oder Coomassie Brilliant Blue gefärbt wurde.The recombinant sFv was further purified using the Ni NTA column cleaning system and FPLC as described in the "Materials and Methods ". After cleaning, there were no non-specific ones Bands seen when sFv loaded on 12% PAGE, on a nylon membrane transferred and stained with Ponceau's Red or Coomassie Brilliant Blue.
Die Reaktivität löslicher gereinigter rekombinanter sFv-Fragmente gegen NS3 wurde durch EIA getestet (Fig. 6). Bei sechs verschiedenen Klonen wurden im Vergleich zu verschiedenen Kontrollen starke und spezifische Signale erhalten.The reactivity of soluble purified recombinant sFv fragments against NS3 was tested by EIA ( Fig. 6). Strong and specific signals were obtained from six different clones compared to different controls.
Die codierende Sequenz von Phagemid-DNA wurde bestimmt, und die Amino säuresequenz der variablen Domänen der Antikörperfragmente wurde abgeleitet (siehe Fig. 7). Die Positionen von Gerüstregionen (FR) und komplementaritäts bestimmenden Regionen (CDR) wurden gemäß dem Nummerierungssystem von Kabat et al. (Kabat E. A. et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991)) lokalisiert. Fig. 7 zeigt einen Vergleich der sFv-Sequenzen.The coding sequence of phagemid DNA was determined and the amino acid sequence of the variable domains of the antibody fragments was derived (see Fig. 7). The positions of scaffold regions (FR) and complementarity-determining regions (CDR) were determined according to the numbering system of Kabat et al. (Kabat EA et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991)). Fig. 7 shows a comparison of sFv sequences.
Fünf Antikörper weisen λ-leichte-Ketten auf, und ein Antikörper weist κ-leichte- Ketten auf (siehe Tabelle 2A (leichte Kette) und 2B (schwere Kette)). Eine weitere Analyse durch DNA-Plot (http:/ / www.genetik.uni-koeln.de/dnaplot) oder Blast (http:/ / www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast) enthüllte die Keimlinien-V(D)J- Segmente (Tabelle 2). Weitere Merkmale der Antikörper sind in Tabelle 2 gezeigt. V(D)J-Keimliniensegmente, die die größte Ähnlichkeit mit der Sequenz des Antikörpers zeigten, sind genannt.Five antibodies have λ light chains and one antibody has κ light chains Chains on (see Table 2A (light chain) and 2B (heavy chain)). A further analysis by DNA plot (http: / / www.genetik.uni-koeln.de/dnaplot) or Blast (http: / / www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast) revealed the germ line-V (D) J- Segments (Table 2). Further characteristics of the antibodies are in Table 2 shown. V (D) J germline segments that most closely resemble the sequence of the antibody showed are called.
Messungen der Affinität von Antikörperfragmenten erfolgten unter Verwendung von kompetitivem EIA. Alle Antikörper zeigten hohe Affinitäten gegen NS3. Die Affinitätskonstanten KD lagen in der Größenordnung von 10-6 bis 10-7 M (Fig. 8). Antibody fragment affinity measurements were made using competitive EIA. All antibodies showed high affinities against NS3. The affinity constants K D were of the order of 10 -6 to 10 -7 M ( Fig. 8).
In Tabellen 2A und B sind die Klassifikation und Keimliniensegmente variabler Domänen von klonierten Antikörperfragmenten zusammengefasst. Vλ-, Jλ-, Vκ-, Jκ-, VH-, D- und JH-Segmente werden gemäß der Nomenklatur der bei den Methoden genannten Autoren benannt. Die Bestimmung der Familie und der Untergruppe erfolgte nach Kabat et al. (Kabat E. A. et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A. et al., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) (n. k. = nicht klassifiziert).Tables 2A and B summarize the classification and germline segments of variable domains of cloned antibody fragments. V λ , J λ , V κ , J κ , V H , D and J H segments are named according to the nomenclature of the authors named in the methods. The family and the subgroup were determined according to Kabat et al. (Kabat EA et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A. et al., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) (nk = not classified).
Fig. 1 Serumantikörpertiter von 4 Patienten mit chronischer HCV-Infektion gegen rekombinantes NS3-Protein wurden durch EIA bestimmt. Eine Verdün nungsreihe von Seren wurde in Näpfen inkubiert, die mit rekombinantem NS3- O/N beschichtet waren, und mit Konjugaten von Alkalischer Phosphatase (AP) und Ziegen-Anti-Human-(Fab)2-IgG (verdünnt 1 : 5000, Boehringer Mannheim) detektiert. Die EIA-Reaktivität wurde in vier Parallelver suchen als OD bei 405 nm gemessen, nachdem p-Nitrophenylphosphat als Chromogen hinzugefügt worden war. Drei Patienten (Patient Nr. 1, 2 und 4) zeigen einen sehr hohen Ab-Titer von 1 : 16 000. Ein Patient zeigt keinen signifi kanten Titer gegenüber HCV-NS3. Fig. 1 Serum antibody titers from 4 patients with chronic HCV infection against recombinant NS3 protein were determined by EIA. A dilution series of sera was incubated in wells coated with recombinant NS3-O / N and with conjugates of alkaline phosphatase (AP) and goat anti-human (Fab) 2 IgG (diluted 1: 5000, Boehringer Mannheim) was detected. EIA reactivity was measured in four parallel experiments as OD at 405 nm after p-nitrophenyl phosphate was added as a chromogen. Three patients (patient Nos. 1, 2 and 4) show a very high Ab titer of 1: 16,000. One patient shows no significant titer compared to HCV-NS3.
Fig. 2 Gel-Elektrophorese von sFv-cDNA-Fragmenten, die durch immunglobu
linspezifische PCR erzeugt wurden. Anfangs wurden VL und VH durch 6 bis 7
verschiedene Primerpaare getrennt amplifiziert (Einzelheiten siehe "Materialien
und Methoden"). PCR-Produkte der Kappa-Ketten κ1-κ6 (Bild A), der Lambda-
Ketten λ1-λ7 (Bild B) und der schweren Ketten H1-H6 (Bild C) sind gezeigt,
geladen auf ein 1,5% Agarose-Gel. Anschließend wurde eine Overlap-Extension-
PCR unter Verwendung von pull-through-Primern (äußeren Primern) eingesetzt,
die SfiI-Restriktionsstellen enthielten, so dass sFv-Fragmente entstanden, die
aus VL- und VH-Domänen bestanden, die durch einen flexiblen Aminosäurelinker
miteinander verbunden waren. Bild D zeigt sFv-PCR-Produkte einschließlich der
leichten Ketten VL κ (K + H, Bahn 2) oder VL λ (λ + H, Bahn 3), die getrennt amplifi
ziert wurden. Verschiedene Untergruppen von VL oder VH sind bei einzelnen
Patienten stärker als andere repräsentiert. Zum Beispiel zeigt der hier gezeigte
Patient stärkere Signale für λ2 und λ6 als für λ4 und λ5. Andere Patienten zeigten
andere Muster der Untergruppenrepräsentation (Daten nicht im Einzelnen
gezeigt).
St = Standard-kb-Marker (Gibco BRL, Karlsruhe). Fig. 2 gel electrophoresis of sFv cDNA fragments, which were generated by immunoglobulin-specific PCR. Initially, VL and VH were amplified separately by 6 to 7 different primer pairs (see "Materials and Methods" for details). PCR products of the kappa chains κ 1 -κ 6 (image A), the lambda chains λ 1 -λ 7 (image B) and the heavy chains H1-H6 (image C) are shown, loaded on a 1.5 % Agarose gel. An overlap extension PCR was then used using pull-through primers (outer primers) containing SfiI restriction sites, so that sFv fragments formed, which consisted of VL and VH domains, which were linked by a flexible amino acid linker were connected. Figure D shows sFv-PCR products including the light chains V L κ (K + H, lane 2) or V L λ (λ + H, lane 3), which were amplified separately. Different subgroups of V L or V H are more strongly represented than others in individual patients. For example, the patient shown here shows stronger signals for λ 2 and λ 6 than for λ 4 and λ 5 . Other patients showed different patterns of subgroup representation (data not shown in detail).
St = standard kb marker (Gibco BRL, Karlsruhe).
Fig. 3 Anreicherung von Phagen mit sFv-Fragmenten, die Bindungsaffinität gegen rekombinantes NS3 zeigen, während verschiedener Durchgänge der Affinitätsselektion (Panning). HRP-konjugierter Anti-M13-Antikörper wurde in einer Verdünnung von 1 : 5000 verwendet, und dann wurde ABTS-Substrat hinzugefügt, wie es im Abschnitt "Materialien und Methoden" beschrieben ist. Die OD wurde bei 405 nm gemessen. Die OD nimmt mit weiteren Durchgängen des Panning stetig zu, was darauf hinweist, dass der Prozentsatz von Phagen mit Bindungsaffinität gegen NS3 zunimmt. BSA: mit 3% BSA beschichtete Näpfe; neg. Ctrl: mit NS3-Protein beschichtete und mit nichtbindendem Helfer phagen inkubierte Näpfe. Fig. 3 Enrichment of phages with sFv fragments that show binding affinity for recombinant NS3 during various passes of affinity selection (panning). HRP-conjugated anti-M13 antibody was used at a 1: 5000 dilution and then ABTS substrate was added as described in the "Materials and Methods" section. The OD was measured at 405 nm. The OD increases steadily with further rounds of panning, indicating that the percentage of phages with binding affinity for NS3 increases. BSA: wells coated with 3% BSA; neg. Ctrl: wells coated with NS3 protein and incubated with non-binding helper phages.
Fig. 4 Identifikation von monoklonalen Phagen, die sFv mit Bindungsaktivität gegen NS3-Protein tragen, durch Phagen-EIA. Die Phagenpopulation nach 3 Panning-Durchgängen wurde verdünnt, und monoklonale Phagen wurden amplifiziert. Ungefähr 108 monoklonale Phagen wurden in einem Phagen-EIA gegen NS3 eingesetzt, um positiv bindende gegen NS3 zu selektieren. Nach Inkubation mit 1 : 5000 verdünntem HRP-konjugiertem Anti-M13-Antikörper und Zugabe von ABTS-Substrat wurde die OD bei 405 nm gemessen. Die Klone Nr. 3, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 15, 16 wurden aufgrund ihrer bindenden Eigenschaften gegen NS3 identifiziert und für die weitere Analyse selektiert. Figure 4 Identification of monoclonal phages carrying sFv with binding activity against NS3 protein by phage EIA. The phage population after 3 panning runs was diluted and monoclonal phages were amplified. Approximately 10 8 monoclonal phages were used in a phage EIA against NS3 to select positive binding to NS3. After incubation with 1: 5000 diluted HRP-conjugated anti-M13 antibody and addition of ABTS substrate, the OD was measured at 405 nm. Clones No. 3, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 15, 16 were identified on the basis of their binding properties against NS3 and selected for further analysis.
Fig. 5 EIA von gereinigten löslichen sFv-Fragmenten gegen NS3. sFv-Frag mente wurden aus periplasmatischen Extrakten von E. coli durch Ni-NTA-Säulen bis zur Homogenität gereinigt. Nach der Beschichtung von Näpfen mit NS3-O/N werden gereinigte sFv inkubiert. Anschließend wurden Anti-Tetra-His-Antikörper und anschließend HRP-konjugierter Kaninchen-Anti-Maus-Antikörper verwendet, und unter Verwendung des ECL-Substratsystems wurde eine Chemilumineszenz durchgeführt. Alle Klone zeigen eine starke Affinität zu NS3 im Vergleich zu BSA (negative Kontrolle). Figure 5 EIA of purified soluble sFv fragments against NS3. sFv fragments were purified from periplasmic extracts of E. coli through Ni-NTA columns to homogeneity. After coating wells with NS3-O / N, cleaned sFv are incubated. Then anti-tetra-His antibody and then HRP-conjugated rabbit anti-mouse antibody were used, and chemiluminescence was performed using the ECL substrate system. All clones show strong affinity for NS3 compared to BSA (negative control).
Fig. 6 Immunoblot-Analyse von bakteriell exprimierten rekombinanten sFv- Fragmenten. Um die Größe und Anwesenheit von bakteriell exprimierten sFv- Fragmenten zu demonstrieren wurden 50 µl Ganzzellfraktion von E. coli auf 12% SDS-PAGE-Gel geladen und mit Anti-Flag-(α-Flag-) und Anti-Tetra-His-(α-His)- Antikörpern nachgewiesen. Der Nachweis erfolgte unter Verwendung von HRP- konjugierten Kaninchen-Anti-Maus-Antikörpern und des ECL-Substratsystems. Wie erwartet, wurde eine deutliche Bande bei ungefähr 31 kDa nachgewiesen, die mit löslichen sFv-Fragmenten im Einklang stand. Fig. 6 Immunoblot analysis of bacterially expressed recombinant sFv fragments. To demonstrate the size and presence of bacterially expressed sFv fragments, 50 µl whole cell fraction of E. coli was loaded onto 12% SDS-PAGE gel and treated with anti-flag (α-flag) and anti-tetra-His ( α-His) - antibodies detected. The detection was carried out using HRP-conjugated rabbit anti-mouse antibodies and the ECL substrate system. As expected, a significant band was detected at around 31 kDa, which was consistent with soluble sFv fragments.
Fig. 7 Aminosäuresequenz der variablen Bereiche der L-Kette (Fig. 7A) und H- Kette (Fig. 7B) von selektierten humanen sFv. Die codierende cDNA von mono klonalem sFv, das in Phagen-EIA und sFv-EIA positiv gegen NS3 ist, wurde isoliert. Eine automatische Sequenzierung in beiden Richtungen wurde zweimal durchgeführt, um die Nucleotid- und Aminosäuresequenz von VL und VH zu bestimmen. Gerüstregionen (FR) und komplementaritätsbestimmende Regionen (CDR) gemäß der Nomenklatur von Kabat et al. (Kabat E. A. et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A. et al., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) sind angegeben. Zwei Cysteinreste in den variab len Bereichen von VL und VH, die an strukturell konservierten Disulfidbrücken zwischen den Ketten beteiligt sind, sind halbfett gedruckt. Sequenzen, die durch die eingesetzten Primer beeinflusst sind, sind kursiv gedruckt. FIG. 7 amino acid sequence of the variable regions of the L chain ( FIG. 7A) and H chain ( FIG. 7B) of selected human sFv. The coding cDNA of monoclonal sFv, which is positive for NS3 in phage EIA and sFv-EIA, was isolated. Automatic two-way sequencing was performed twice to determine the nucleotide and amino acid sequence of V L and V H. Framework regions (FR) and complementarity-determining regions (CDR) according to the nomenclature of Kabat et al. (Kabat EA et al., 5th ed. Bethesda, MD (1991); Martin A. et al., Proteins: Structure, Function and Genetics, 25: 130-133 (1996)) are given. Two cysteine residues in the variable regions of V L and V H , which are involved in structurally conserved disulfide bridges between the chains, are printed in bold. Sequences that are influenced by the primers used are printed in italics.
Fig. 8 Bakteriell exprimierte sFv wurden durch Ni-NTA-Säulen bis zur Homoge nität gereinigt. Bei der Färbung mit Ponceau-Rot und Coomassie Brilliant Blue nach der Reinigung wurden keine unspezifischen Banden nachgewiesen (Daten nicht gezeigt). Gereinigte sFv-Fragmente wurden für einen kompetitiven EIA verwendet, um die Antikörperaffinität zu bestimmen. Anfangs wurden sEv- Konzentrationen des linearen Bereichs der Dosis-Bindungs-Kurve gewählt (Daten nicht im Einzelnen gezeigt). sFv wurden 2 h lang bei 4°C mit unterschiedlichen Konzentrationen von löslichem NS3 inkubiert, um ein stabiles Assoziations- Dissoziations-Gleichgewicht zu erreichen. Anschließend erfolgte die Bestimmung der Konzentration an freiem sFv in Lösung mittels NS3-EIA. Die Figur zeigt eine abnehmende OD mit zunehmenden Konzentrationen an löslichem Antigen auf einer logarithmischen Skala. Die Affinitäten der gezeigten sFv liegen in der Größenordnung von 10-6 bis 10-7 M. Fig. 8 bacterially expressed sFv were purified to homogeneity by Ni-NTA columns. Non-specific bands were not detected when staining with Ponceau red and Coomassie Brilliant Blue after cleaning (data not shown). Purified sFv fragments were used for a competitive EIA to determine antibody affinity. Initially, sEv concentrations of the linear region of the dose-binding curve were chosen (data not shown in detail). sFv were incubated for 2 hours at 4 ° C with different concentrations of soluble NS3 to achieve a stable association-dissociation equilibrium. The concentration of free sFv in solution was then determined using NS3-EIA. The figure shows a decreasing OD with increasing concentrations of soluble antigen on a logarithmic scale. The affinities of the sFv shown are of the order of 10 -6 to 10 -7 M.
Claims (19)
Peptid (SEQ ID NO: 1)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 9)
Peptid (SEQ ID NO: 2)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 10)
Peptid (SEQ ID NO: 3)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 11)
Peptid (SEQ ID NO: 4)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 12)
Peptid (SEQ ID NO: 5)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 13)
Peptid (SEQ ID NO: 6)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 14)
Peptid (SEQ ID NO: 7)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 15)
Peptid (SEQ ID NO: 8)-(Gly4Ser)x-Peptid (SEQ ID NO: 16),
wobei x 3, 4 oder 5, vorzugsweise 4 ist.8. The antibody fragment according to claim 7, which has one of the following peptide sequences or a derivative thereof:
Peptide (SEQ ID NO: 1) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 9)
Peptide (SEQ ID NO: 2) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 10)
Peptide (SEQ ID NO: 3) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 11)
Peptide (SEQ ID NO: 4) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 12)
Peptide (SEQ ID NO: 5) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 13)
Peptide (SEQ ID NO: 6) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 14)
Peptide (SEQ ID NO: 7) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 15)
Peptide (SEQ ID NO: 8) - (Gly 4 Ser) x peptide (SEQ ID NO: 16),
where x is 3, 4 or 5, preferably 4.
- a) Klonierung einer DNA-Bibliothek, die Antikörperfragmente gegen ein oder mehrere essentielle Proteine von HCV kodiert;
- b) Expression genannter Antikörperfragmente auf der Oberfläche von Bakterio phagen mit anschließender Anreicherung der Phagen, die Antikörperfragmente mit hoher Affinität für das essentielle Protein tragen, durch mehrere Zyklen der Selektion und Reamplifikation (Panning); und gegebenenfalls weiterhin
- c) Vermehrung genannter Antikörperfragmente mit hoher Affinität durch lösliche Expression in Bakterienzellen und Isolierung der Antikörperfragmente aus dem Periplasma dieser Zellen.
- a) Cloning of a DNA library encoding antibody fragments against one or more essential proteins of HCV;
- b) Expression of said antibody fragments on the surface of bacteri phages with subsequent enrichment of the phages which carry antibody fragments with high affinity for the essential protein by means of several cycles of selection and reamplification (panning); and continue if necessary
- c) Multiplication of said antibody fragments with high affinity by soluble expression in bacterial cells and isolation of the antibody fragments from the periplasm of these cells.
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