DE10023893A1

DE10023893A1 - Neues Elongasegen und Verfahren zur Herstellung mehrfach ungesättigter Fettsäuren

Info

Publication number: DE10023893A1
Application number: DE10023893A
Authority: DE
Inventors: Ernst Heinz; Thorsten Zank; Andreas Renz; Jens Lerchl
Original assignee: BASF SE
Current assignee: BASF SE
Priority date: 2000-05-17
Filing date: 2000-05-17
Publication date: 2001-11-22

Abstract

Die Erfindung betrifft neue Elongasegene mit den in Sequenz SEQ IN NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ IN NO: 7 genannten Sequenzen oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga, ein Genkonstrukt, das diese Gene oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga enthält, sowie seine Verwendung. Die Erfindung betrifft zudem Vektoren oder transgene Organismen, die ein Elongasegen mit der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder seine Homologen, Derivate oder Analoga enthalten. Weiterhin betrifft die Erfindung die Verwendung der Elongasegensequenzen allein oder in Kombination mit weiteren Elongasen und/oder weiteren Fettsäure-Biosynthesegenen. Diese Erfindung betrifft ein neues Elongasegen mit der Sequenz SEQ ID NR: 1 oder seine Homologa, Derivate oder Analoga. DOLLAR A Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Herstellung mehrfach ungesättigter Fettsäuren sowie ein Verfahren zum Einbringen von DNA in Organismen, die große Mengen an Ölen und insbesondere Ölen mit hohem Gehalt an ungesättigten Fettsäuren produzieren. Außerdem betrifft die Erfindung ein Öl und/oder eine Fettsäure-Zubereitung mit höherem Gehalt an mehrfach ungesättigten Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen und/oder eine Triacylglycerin-Zubereitung mit höherem Gehalt an mehrfach ungesättigten Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen.

Description

Gebiet der Erfindung

Die Erfindung betrifft ein neue Elongasegene mit den in Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 ge nannten Sequenzen oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga, ein Genkonstrukt, das diese Gene oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga enthält, sowie seine Verwendung. Die Erfindung betrifft zu dem Vektoren oder transgene Organismen, die ein Elongasegen mit der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder seine Homologen, Derivate oder Analoga ent halten. Weiterhin betrifft die Erfindung die Verwendung der Elongasegensequenzen allein oder in Kombination mit weiteren Elongasen und/oder weiteren Fettsäure-Biosynthesegenen. Diese Erfindung betrifft ein neues Elongasegen mit der Sequenz SEQ ID NR: 1 oder seine Homologa, Derivate oder Analoga.

Ferner betrifft die Erfindung ein Verfahren zur Herstellung mehr fach ungesättigter Fettsäuren sowie ein Verfahren zum Einbringen von DNA in Organismen, die große Mengen an Ölen und insbesondere Ölen mit hohem Gehalt an ungesättigten Fettsäuren produzieren. Außerdem betrifft die Erfindung ein Öl und/oder eine Fettsäure- Zubereitung mit höherem Gehalt an mehrfach ungesättigten Fett säuren mit mindestens zwei Doppelbindungen und/oder eine Triacyl glycerin-Zubereitung mit höherem Gehalt an mehrfach ungesättigten Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen.

Hintergrund der Erfindung

Bestimmte Produkte und Nebenprodukte natürlich vorkommender Stoffwechselprozesse in Zellen sind für ein breites Spektrum an Industrien, einschließlich der Futtermittel-, Nahrungsmittel-, Kosmetik- und pharmazeutischen Industrie, nützlich. Zu diesen gemeinsam als "Feinchemikalien" bezeichneten Molekülen gehören auch Lipide und Fettsäuren, unter denen eine beispielhafte Klasse die mehrfach ungesättigten Fettsäuren sind. Mehrfach ungesättigte Fettsäuren (golyunsaturated fatty acids, PUFAs) werden beispiels weise zu Nahrungsformulierungen für Kinder gegeben, um einen höheren Nährwert dieser Formulierungen zu erzeugen. PUFAs haben zum Beispiel einen positiven Einfluß auf den Cholesterinspiegel im Blut von Menschen und eignen sich daher zum Schutz gegen Herz krankheiten. Feinchemikalien und mehrfach ungesättigte Fettsäuren (polyunsaturated fatty acids, PUFAs) lassen sich aus tierischen Quellen, wie beispielsweise Fisch oder Mikroorganismen, iso lieren. Durch Anzucht dieser Mikroorganismen lassen sich große Mengen eines oder mehrerer gewünschter Moleküle produzieren und isolieren.

Besonders geeignete Mikroorganismen zur Herstellung von PUFAs sind Mikroorganismen wie Thraustochytrien oder Schizochytrien- Stämme, Algen wie Phaeodactylum tricornutum oder Crypthecodinium- Arten, Ciliaten, wie Stylonychia oder Colpidium, Pilze, wie Mortierella, Entomophthora oder Mucor. Durch Stammselektion ist eine Anzahl von Mutantenstämmen der entsprechenden Mikro organismen entwickelt worden, die eine Reihe wünschenswerter Ver bindungen, einschließlich PUFAs, produzieren. Die Selektion von Stämmen mit verbesserter Produktion eines bestimmten Moleküls ist jedoch ein zeitraubendes und schwieriges Verfahren. Von Nachteil ist außerdem, daß sich mit einem definierten Mikroorganismus nur bestimmte ungesättigte Fettsäuren bzw. nur ein bestimmtes Fett säurespektrum herstellbar ist.

Alternativ kann die Produktion von Feinchemikalien geeigneter weise über die Produktion von Pflanzen, die so entwickelt sind, daß sie die vorstehend genannten PUFAs herstellen, im großen Maßstab durchgeführt werden. Besonders gut für diesen Zweck geeignete Pflanzen sind Ölfruchtpflanzen, die große Mengen an Lipidverbindungen enthalten wie Raps, Canola, Lein, Soja, Sonnen blumen, Borretsch und Nachtkerze. Aber auch andere Nutzpflanzen, die Öle oder Lipide und Fettsäuren enthalten, sind gut geeignet, wie in der eingehenden Beschreibung dieser Erfindung erwähnt. Mittels herkömmlicher Züchtung sind eine Reihe von Mutanten pflanzen entwickelt worden, die ein Spektrum an wünschenswerten Lipiden und Fettsäuren, Cofaktoren und Enzymen produzieren. Die Selektion neuer Pflanzensorten mit verbesserter Produktion eines bestimmten Moleküls ist jedoch ein zeitaufwendiges und schwieriges Verfahren oder sogar unmöglich, wenn die Verbindung in der entsprechenden Pflanze nicht natürlich vorkommen, wie im Fall von mehrfach ungesättigten C₂₀-Fettsäuren und C₂₂-Fettsäuren und solchen mit längeren Kohlenstoffketten.

Zusammenfassung der Erfindung

Die Erfindung stellt neue Nukleinsäuremoleküle bereit, die zur Identifizierung und Isolierung von Elongasegenen der PUFA-Bio synthese geeignet sind und zur Modifikation von Ölen, Fettsäuren, Lipiden, von Lipiden stammenden Verbindungen und am stärksten bevorzugt zur Herstellung mehrfach ungesättigter Fettsäuren ver wendet werden können, danach wie vor ein großer Bedarf an neuen Genen, die für Enzyme codieren, die an der Biosynthese unge sättigter Fettsäuren beteiligt sind und es ermöglichen, diese in einem technischen Maßstab herzustellen, besteht. Insbesondere besteht ein Bedarf an Fettsäurebiosyntheseenzymen, die die Elongation von mehrfach ungesättigten Fettsäuren bevorzugt mit zwei oder mehr Doppelbindungen im Molekül ermöglichen. Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure codieren für Enzyme, die diese Fähigkeit besitzen.

Mikroorganismen, wie Phaeodactylum, Colpidium, Mortierella, Ent omophthora, Mucor, Crypthecodinium sowie andere Algen und Pilze und Pflanzen, insbesondere Ölfruchtpflanzen, werden gemeinhin in der Industrie zur Produktion einer Vielzahl von Feinchemikalien im großen Maßstab verwendet.

Unter der Voraussetzung der Verfügbarkeit von Klonierungs vektoren und Techniken zur genetischen Manipulation der oben genannten Mikroorganismen und Ciliaten, wie in WO 98/01572 und WO 00/23604 offenbart, oder Algen und verwandten Organismen, wie Phaeodactylum tricornutum, beschrieben in Falciatore et al. [1999, Marine Biotechnology 1(3): 239-251]; sowie Dunahay et al. [1995, Genetic transformation of diatoms, J. Phycol. 31: 10004-1012] und den Zitaten darin, können die erfindungs gemäßen Nukleinsäuremoleküle zur gentechnologischen Veränderung dieser Organismen verwendet werden, so daß sie bessere oder effizientere Produzenten einer oder mehrerer Feinchemikalien speziell ungesättigter Fettsäuren werden. Diese verbesserte Produktion oder Effizienz der Produktion einer Feinchemikalie kann durch eine direkte Wirkung der Manipulation eines erfindungsgemäßen Gens oder durch eine indirekte Wirkung dieser Manipulation hervorgerufen werden.

Moose und Algen sind die einzigen bekannten Pflanzensysteme, die erhebliche Mengen an mehrfach ungesättigten Fettsäuren, wie Arachidonsäure (= ARA) und/oder Eicosapentaensäure (= EPA) und/oder Docosahexaensäure (= DHA) herstellen. Moose enthalten PUFAs in Membranlipiden während Algen, algenverwandte Organismen und einige Pilze auch nennenswerte Mengen an PUFAs in der Triacylglycerolfraktion akkumulieren. Daher eignen sich Nuklein säuremoleküle, die aus solchen Stämmen isoliert werden, die PUFAs auch in der Triacylglycerolfraktion akkumulieren, besonders zur Modifikation des Lipid- und PUFA-Produktionssystems in einem Wirt, insbesondere in Mikroorganismen, wie den vorstehend erwähnten Mikroorganismen, und Pflanzen, wie Ölfruchtpflanzen, beispielsweise Raps, Canola, Lein, Soja, Sonnenblume, Borretsch, Rizinus, Ölpalme, Färbersaflor (Carthamus tinctorius), Kokosnuß, Erdnuß oder Kakaobohne. Ferner können Nukleinsäuren aus Triacylglycerol-akkumulierenden Mikroorganismen zur Identifikation solcher DNA-Sequenzen und Enzyme in anderen Arten, die sich zur Modifikation der Biosynthese von Vorläufermolekülen von PUFAs in den entsprechenden Organismen eignen, verwendet werden. Insbesondere Mikroorganismen wie Crypthecodinium cohnii und Thraustochytrium species sind Mikrooganismen, die PUFAs wie ARA, EPA oder DHA in Triacylglycerolen akkumulieren. Thraustochytrien sind phylogenetisch auch eng verwandt mit den Schizochytrien Stämmen. Obwohl diese Organismen nicht eng mit Moosen wie Physcomitrella verwandt sind, sind auf DNA-Sequenz- und ins besondere Polypeptid-Ebene Sequenzähnlichkeiten in einem solchen Maße feststellbar, daß DNA-Moleküle in heterologen Hybridi sierungsexperimenten, Sequenzvergleichen und Experimenten unter Verwendung der Polymerasekettenreaktion auch aus evolutiv weit entfernten Organismen identifizierbar und isolierbar und funktionell charakterisierbar sind. Insbesondere lassen sich Konsensussequenzen ableiten, die sich zum heterologen Sichten oder zur funktionellen Komplementierung und Vorhersage von Genfunktionen in dritten Arten eignet. Die Fähigkeit, diese Funktionen zu identifizieren, z. B. die Vorhersage der Substrat spezifität von Enzymen, kann daher von signifikanter Bedeutung sein. Ferner können diese Nukleinsäuremoleküle als Bezugs sequenzen zur Kartierung verwandter Genome oder zur Ableitung von PCR-Primern dienen.

Die neuen Nukleinsäuremoleküle codieren für Proteine, die hier als PUFA-spezifische Elongasen (= PSEs oder im Singular PSE) bezeichnet werden. Diese PSEs können beispielsweise eine Funktion ausüben, die am Stoffwechsel (z. B. an der Biosynthese oder am Abbau) von Verbindungen, die zur Lipid- oder Fettsäuresynthese notwendig sind, wie PUFAs, beteiligt sind oder am Transmembran transport einer oder mehrerer Lipid-/Fettsäureverbindungen ent weder in die oder aus der Zelle teilnehmen.

In dieser neuen Anmeldung wird die Isolierung solcher neuen Elongasegene eingehender dargestellt. Wir haben zum ersten Mal Elongasegene isoliert, die zur Produktion langkettiger mehrfach ungesättigter Fettsäuren, vorzugsweise mit mehr als achtzehn oder zwanzig Kohlenstoffatomen im Kohlenstoffgrundgerüst der Fettsäure und/oder mindestens zwei Doppelbindungen in der Kohlenstoffkette, geeignet sind und dabei aus typischen Organismen stammen, die hohe Mengen an PUFAs in der Triacylgycerolfraktion enthalten. Daher ist hierin im Singular von einem PSE-Gen oder -Protein die Rede bzw im Plural von PSE-Genen oder -Proteinen. Andere bekannte Patentanmeldungen und Publikationen offenbaren oder zeigen kein funktionell aktives PSE-Gen, obgleich es verschiedene bekannte Patentanmeldungen gibt, welche die Verlängerung gesättigter Fettsäuren mit kurzer oder mittlerer Kette (WO 98/46776 und US 5,475,099) oder die Verlängerung oder Produktion langkettiger Fettsäuren, die dann aber nicht mehr als eine Doppelbindung haben oder zu langkettigen Fettsäure-Wachsestern führen (siehe: WO 98/54954, WO 96/13582, WO 95/15387) zeigen. Die hier vor liegende Erfindung beschreibt die Isolierung neuartiger Elongasen mit neuen Eigenschaften. Ausgehend von der in SEQ ID NO: 1 genannten Sequenz konnten, weitere Nukleinsäuren, die für Elongasen codieren, die ungesättigte Fettsäuren verlängern, gefunden werden.

WO 99/64616, WO 98/46763, WO 98/46764, WO 98/46765 beschreiben die Herstellung von PUFAs in transgenen Pflanzen und zeigen die Klonierung und funktionelle Expression entsprechender Desaturase- Aktivitäten, insbesondere aus Pilzen, zeigen aber kein PSE codierendes Gen und keine funktionelle PSE-Aktivität. Die Expression der Desaturase-Aktivitäten führt zu einer Verschiebung der Fettsäurezusammensetzung in den transgenen Pflanzen eine Erhöhung des Gehalts an ungesättigten Fettsäuren wurde nicht beobachtet. Die Herstellung einer Triensäure mit C₁₈-Kohlenstoff kette ist gezeigt und anhand von gamma-Linolensäure beansprucht worden, es wurde jedoch bisher nicht die Herstellung sehr lang kettiger mehrfach ungesättigter Fettsäuren (mit C₂₀- und längerer Kohlenstoffkette sowie von Triensäuren und höher ungesättigten Typen) gezeigt.

Zur Herstellung langkettiger PUFAs müssen die mehrfach unge sättigten C₁₆ oder C₁₈-Fettsäuren durch die enzymatische Aktivität einer Elongase um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängert werden. Die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz SEQ ID NO: 1 codiert die erste Pflanzenelongase, die C₁₆ oder C₁₈-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängern kann. Nach einer Elongationsrunde führt diese Enzymaktivität zu C₂₀-Fettsäuren, und nach zwei, drei und vier Elongationsrunden zu C₂₂-, C₂₄- oder C₂₆-Fettsäuren. Mit Hilfe der weiteren offenbarten Elongasen (SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7) können ebenfalls längerkettige PUFAs synthetisiert werden. Diese können sowohl einzeln als auch additiv zur PUFA Elongase aus dem Moos Physcomitrella patens (SEQ ID NO: 1) zur Erhöhung des PUFA Gehaltes in einem neuen Verfahren zur Produktion von PUFAs ein gesetzt werden. Die Aktivität der erfindungsgemäßen Elongasen führt vorzugsweise zu C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppel bindungen im Fettsäuremolekül, vorzugsweise mit drei oder vier Doppelbindungen, besonders bevorzugt drei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül und/oder C₂₂-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül, vorzugsweise mit vier, fünf oder sechs Doppelbindungen, besonders bevorzugt mit fünf oder sechs Doppelbindungen im Molekül. Nachdem die Verlängerung mit dem erfindungsgemäßen Enzym stattgefunden hat, können weitere Desaturierungsschritte erfolgen, um die hoch desaturierten Fett säuren zu erhalten. Daher führen die Produkte der Elongase aktivitäten und der möglichen weiteren Desaturierung zu bevor zugten PUFAs mit einem höheren Desaturierungsgrad, wie Docosa diensäure, Arachidonsäure, ω6-Eicosatriendihomo-γ-linolensäure, Eicosapentensäure, ω3-Eicosatriensäure, ω3-Eicosatetraensäure, Docosapentaensäure oder Docosahexaensäure. Substrate der erfindungsgemäßen Enzymaktivität sind zum Beispiel Taxolsäure; 7,10,13-Hexadecatriensäure, 6,9-Octadecadiensäure, Linolsäure, Pinolensäure, α-oder γ±Linolensäure oder Stearidonsäure sowie Arachidonsäure, Eicosatetraensäure, Docosapentaensäure, Eicosa pentaensäure. Bevorzugte Substrate sind Linolsäure, γ-Linolen säure und/oder α-Linolensäure sowie Arachidonsäure, Eicosa tetraensäure, Docosapentaensäure, Eicosapentaensäure. Besonders bevorzugt sind Arachidonsäure, Docosapentaensäure, Eicosapentaen säure. Die C₁₆ oder C₁₈-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppel bindungen in der Fettsäure können durch die erfindungsgemäße enzymatische Aktivität in Form der freien Fettsäure oder in Form der Ester, wie Phospholipide, Glycolipide, Sphingolipide, Phosphoglyceride, Monoacylglycerin, Diacylglycerin oder Triacyl glycerin, verlängert werden.

Für die menschliche Ernährung ist konjugierte Linolsäure "CLA" von besonderer Bedeutung. Unter CLA versteht man insbesondere Fettsäuren wie C18 : 2 ^{9 Cis, 11trans} oder das Isomer C18 : 2 ^{10trans, 12 cis}, die aufgrund menschlicher Enzymsysteme nach Aufnahme im Körper desaturiert bzw. elongiert werden können und zu gesundheits fördernden Effekten beitragen können. Mit erfindungsgemäßen Elongasen können auch solche konjugierten Fettsäuren mit wenigstens zwei Doppelbindungen im Molekül elongiert werden und damit solche gesundheitsfördernden Fettsäuren der menschlichen Ernährung zugeführt werden. Weitere Beispiel für konjugierte Fettsäuren sind alpha-Parinarsäure, Eleostearinsäure und Calendulasäure.

Unter der Voraussetzung von Klonierungsvektoren zur Verwendung in Pflanzen und bei der Pflanzentransformation, wie denjenigen, die veröffentlicht sind in und dort zitiert sind: Plant Molecular Biology and Biotechnology (CRC Press, Boca Raton, Florida), Kapitel 6/7, S. 71-119 (1993); F. F. White, Vectors for Gene Transfer in Higher Plants; in: Transgenic Plants, Bd. 1, Engineering and Utilization, Hrsgb.: Kung und R. Wu, Academic Press, 1993, 15-38; B. Jenes et al., Techniques for Gene Trans fer, in: Transgenic Plants, Bd. 1, Engineering and Utilization, Hrsgb.: Kung und R. Wu, Academic Press (1993), 128-143;

Potrykus, Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Molec. Biol. 42 (1991), 205-225)), lassen sich die erfindungsgemäßen Nukleinsäuren zur gentechnologischen Veränderung eines breiten Spektrums an Pflanzen verwenden, so daß diese ein besserer, effizienterer oder veränderter Produzent eines oder mehrerer von Lipiden herge leiteter Produkte, wie PUFAs, wird. Diese verbesserte Produktion oder Effizienz der Produktion eines von Lipiden hergeleiteten Produktes, wie PUFAs, kann durch direkte Wirkung der Manipulation oder eine indirekte Wirkung dieser Manipulation hervorgerufen werden.

Es gibt eine Reihe von Mechanismen, durch die die Veränderung eines erfindungsgemäßen PSE-Proteins die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer Feinchemikalie aus einer Ölfruchtpflanze oder einem Mikroorganismus aufgrund eines ver änderten Proteins direkt beeinflussen kann. Die Anzahl oder Aktivität des PSE-Proteins oder -Gens kann erhöht sein, so daß größere Mengen dieser Verbindungen de novo hergestellt werden, weil den Organismen diese Aktivität und Fähigkeit zur Biosynthese vor dem Einbringen des entsprechenden Gens fehlte. Auch die Verwendung verschiedener divergenter, d. h. auf DNA-Sequenzebene unterschiedlicher Sequenzen kann dabei vorteilhaft sein.

Das Einbringen eines PSE-Gens oder mehrerer PSE-Gene in einen Organismus oder eine Zelle kann nicht nur den Biosynthesefluß zum Endprodukt erhöhen, sondern auch die entsprechende Triacyl glycerin-Zusammensetzung erhöhen oder de novo schaffen. Ebenso kann die Anzahl oder Aktivität anderer Gene, die am Import von Nährstoffen, die zur Biosynthese einer oder mehrerer Feinche mikalien (z. B. Fettsäuren, polaren und neutralen Lipiden) nötig sind, erhöht sein, so daß die Konzentration dieser Vorläufer, Cofaktoren oder Zwischenverbindungen innerhalb der Zellen oder innerhalb des Speicherkompartiments erhöht ist, wodurch die Fähigkeit der Zellen zur Produktion von PUFAs, wie im folgenden beschrieben, weiter gesteigert wird. Fettsäuren und Lipide sind selbst als Feinchemikalien wünschenswert; durch Optimierung der Aktivität oder Erhöhung der Anzahl einer oder mehrerer PSEs, die an der Biosynthese dieser Verbindungen beteiligt sind, oder durch Zerstören der Aktivität einer oder mehrerer PSEs, die am Abbau dieser Verbindungen beteiligt sind, kann es möglich sein, die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion von Fett säure- und Lipidmolekülen aus Pflanzen oder Mikroorganismen zu steigern.

Die Mutagenese des erfindungsgemäßen PSE-Gens kann auch zu einem PSE-Protein mit geänderten Aktivitäten führen, welche die Produktion einer oder mehrerer gewünschter Feinchemikalien direkt oder indirekt beeinflussen. Beispielsweise kann die Anzahl oder Aktivität des erfindungsgemäßen PSE-Gene gesteigert werden, so daß die normalen Stoffwechselabfälle oder -nebenprodukte der Zelle (deren Menge möglicherweise aufgrund der Überproduktion der gewünschten Feinchemikalie erhöht ist) effizient exportiert werden, bevor sie andere Moleküle oder Prozesse innerhalb der Zelle (welche die Lebensfähigkeit der Zelle senken würden) zer stören oder die Biosynthesewege der Feinchemikalie stören würden (wodurch die Ausbeute, Produktion oder Effizienz der Produktion der gewünschten Feinchemikalie verringert wird). Ferner können die relativ großen intrazellulären Mengen der gewünschten Fein chemikalie selbst toxisch für die Zelle sein oder Enzym-Rück kopplungsmechanismen, wie die allosterische Regulation, stören, beispielsweise könnte sie durch Steigerung der Aktivität oder An zahl anderer stromabwärts folgender Enzyme oder Entgiftungsenzyme des PUFA-Wegs die Allokation der PUFA in die Triacylgylcerin- Fraktion steigern, man könnte die Lebensfähigkeit von Saatzellen erhöhen, was wiederum zu besserer Entwicklung von Zellen in Kultur oder zu Saaten führt, die die gewünschte Feinchemikalie produzieren. Das erfindungsgemäße PSE-Gen kann auch so mani puliert werden, daß die entsprechenden Mengen der verschiedenen Lipid- und Fettsäuremoleküle hergestellt werden. Dies kann eine einschneidende Wirkung auf die Lipidzusammensetzung der Membran der Zelle haben und erzeugt neue Öle zusätzlich zum Auftreten neusynthetisierter PUFAs. Da jeder Lipidtyp unterschiedliche physikalische Eigenschaften hat, kann eine Veränderung der Lipid zusammensetzung einer Membran die Membranfluidität erheblich verändern. Änderungen der Membranfluidität können sich auf den Transport von Molekülen über die Membran sowie auf die Unver sehrtheit der Zelle auswirken, die beide eine entscheidende Wirkung auf die Produktion von Feinchemikalien besitzen. In Pflanzen können diese Änderungen überdies auch andere Merk male, wie Toleranz gegenüber abiotischen und biotischen Streß situationen, beeinflussen.

Biotische und abiotische Streßtoleranz ist ein allgemeines Merk mal, das man an ein breites Spektrum von Pflanzen, wie Mais, Weizen, Roggen, Hafer, Triticale, Reis, Gerste, Sojabohne, Erd nuß, Baumwolle, Raps und Canola, Maniok, Pfeffer, Sonnenblume und Tagetes, Solanaceen-Pflanzen, wie Kartoffel, Tabak, Aubergine und Tomate, Vicia-Arten, Erbse, Alfalfa, Buschpflanzen (Kaffee, Kakao, Tee), Salix-Arten, Bäume (Ölpalme, Kokosnuß) und aus dauernde Gräser und Futterfeldfrüchte, vererben möchte. Diese Feldfrüchte sind als weitere erfindungsgemäße Ausführungsform auch bevorzugte Zielpflanzen für die Gentechnologie. Besonders bevorzugte erfindungsgemäße Pflanzen sind Ölfruchtpflanzen, wie Sojabohne, Erdnuß, Raps, Canola, Sonnenblume, Safflor, Bäume (Ölpalme, Kokosnuß) oder Feldfrüchte, wie Mais, Weizen, Roggen, Hafer, Triticale, Reis, Gerste, Alfalfa, oder Buschpflanzen (Kaffee, Kakao, Tee).

Folglich betrifft ein Aspekt der Erfindung isolierte Nuklein säuremoleküle (z. B. cDNAs), umfassend Nukleotidsequenzen, die eine PSE oder mehrere PSEs oder biologisch aktive Teile davon codieren, oder Nukleinsäurefragmente, die sich als Primer oder Hybridisierungssonden zum Nachweis oder zur Amplifikation PSE-codierender Nukleinsäuren (z. B. DNA oder mRNA) eignen. Bei besonders bevorzugten Ausführungsformen umfaßt das Nukleinsäure molekül eine der in Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3. SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 dargestellten Nukleotidsequenzen oder die codierende Region oder ein Komplement einer dieser Nukleotid sequenzen. Bei anderen besonders bevorzugten Ausführungsformen umfaßt das erfindungsgemäße isolierte Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz, die an eine Nukleotidsequenz, wie in der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellt, oder einen Teil davon hybridisiert oder zu min destens etwa 50%, vorzugsweise mindestens etwa 60%, stärker bevorzugt mindestens etwa 70%, 80% oder 90% und noch stärker bevorzugt mindestens etwa 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr dazu ist. Bei anderen bevorzugten Ausführungsformen codiert das isolierte Nukleinsäuremolekül eine der in der Sequenz SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 8 dar gestellten Aminosäuresequenzen. Das bevorzugte erfindungsgemäße PSE-Gen besitzt vorzugsweise auch mindestens eine der hier beschriebenen PSE-Aktivitäten.

Bei einer weiteren Ausführungsform codiert das isolierte Nukleinsäuremolekül ein Protein oder einen Teil davon, wobei das Protein oder der Teil davon eine Aminosäuresequenz enthält, die ausreichend homolog zu einer Aminosäuresequenz der Sequenz SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist, daß das Protein oder der Teil davon eine PSE-Aktivität beibehält. Vorzugsweise behält das Protein oder der Teil davon, das/der von dem Nukleinsäuremolekül codiert wird, die Fähigkeit, am Stoff wechsel von zum Aufbau von Zellmembranen von Pflanzen notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilzunehmen. Bei einer Ausführungsform ist das von dem Nuklein säuremolekül codierte Protein zu mindestens etwa 50%, vorzugs weise mindestens etwa 60% und stärker bevorzugt mindestens etwa 70%, 80% oder 90% und am stärksten bevorzugt mindestens etwa 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr homolog zu einer Amino säuresequenz der Sequenz SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4 SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist das Protein ein Vollängen-Protein, das im wesentlichen in Teilen homolog zu einer gesamten Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 (die von dem in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten offenen Leserahmen herrührt) ist und in Vollänge mit dem Fachmann geläufigen Methoden und Experimenten isolierbar ist.

Bei einer anderen bevorzugten Ausführungsform rührt das isolierte Nukleinsäuremolekül von, Physcomitrella patens, Crypthecodinium cohnii oder Thraustochytrium her und codiert ein Protein (z. B. ein PSE-Fusionsprotein), das eine biologisch aktive Domäne enthält, die zu mindestens etwa 50% oder mehr homolog zu einer Aminosäuresequenz der Sequenz SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist und die Fähigkeit, am Stoff wechsel von zum Aufbau von Zellmembranen von Pflanzen notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilzunehmen, beibehält oder zumindest eine der Elongations aktivitäten resultierend in PUFAs wie ARA, EPA oder DHA oder deren Vorläufermoleküle oder eine der in der Tabelle 1 aufge führten Aktivitäten besitzt, und umfaßt auch heterologe Nuklein säuresequenzen, die ein heterologes Polypeptid oder regula torische Proteine codieren.

Tabelle 1

Fettsäuremuster von fünf transgenen Hefestämmen in Mol.-%. Die Anteile der zugeführten und aufgenommenen g-Linolensäure sind durch fettgedruckte Zahlen her vorgehoben, die der verlängerten Produkte sind unter strichen und die der verlängerten γ-Linolensäure durch fettgedruckte Zahlen (letzte Zeile)

Bei einer anderen Ausführungsform ist das isolierte Nukleinsäure molekül mindestens 15 Nukleotide lang und hybridisiert unter stringenten Bedingungen an ein Nukleinsäuremolekül, das eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1,SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 enthält. Vorzugsweise entspricht das isolierte Nukleinsäuremolekül einem natürlich vorkommenden Nukleinsäure molekül. Stärker bevorzugt codiert das isolierte Nukleinsäuremolekül natürlich vorkommende Crypthecodiniun- oder Thrausto chytrium-PSE oder einen biologisch aktiven Teil davon.

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft Vektoren, z. B. rekombinante Expressionsvektoren, die mindestens ein erfindungs gemäßes Nukleinsäuremolekül enthalten, und Wirtszellen, in die diese Vektoren eingebracht worden sind, insbesondere Mikro organismen, Pflanzenzellen, Pflanzengewebe, -organe oder ganze Pflanzen. Bei einer Ausführungsform kann eine solche Wirtszelle Feinchemikalien-Verbindungen, insbesondere PUFAs, speichern; zur Isolation der gewünschten Verbindung werden die Zellen geerntet. Die Verbindung (Öle, Lipide, Triacylglyceride, Fettsäuren) oder die PSE können dann aus dem Medium oder der Wirtszelle, welche bei Pflanzen Zellen sind, die Feinchemikalien enthalten oder speichern, am stärksten bevorzugt Zellen von Speichergeweben, wie Samenhüllen, Knollen, Epidermis- und Samenzellen, isoliert werden.

Noch ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft eine genetisch veränderte Pflanze, bevorzugt ein Ölfruchtpflanze, wie vor stehend erwähnt, besonders bevorzugt eine Raps-, Lein- oder Physcomitrella patens-Pflanze, in die ein PSE-Gen eingebracht worden ist. Bei einer Ausführungsform ist das Genom von Raps, Lein oder Physcomitrella patens durch Einbringen eines erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküls, das eine Wildtyp- oder mutierte PSE-Sequenz codiert, als Transgen verändert worden. Bei einer anderen Ausführungsform ist ein endogenes PSE-Gen im Genom der Spenderorganismen Physcomitrella patens, Crypthecodinium oder Thraustochytrium beispielsweise durch homologe Rekombination mit einem veränderten PSE-Gen oder Mutagenese und Detektion mittels DNA-Sequenzen verändert, das heißt funktionell zerstört worden. Bei einer bevorzugten Ausführungsform gehört der Pflanzen organismus zur Gattung Physcomitrella, Ceratodon, Funaria, Raps oder Lein, wobei Physcomitrella, Raps oder Lein bevorzugt ist. Bei einer bevorzugten Ausführungsform wird Physcomitrella, Raps oder Lein auch zur Produktion einer gewünschten Verbindung, wie Lipiden und Fettsäuren, wobei PUFAs besonders bevorzugt sind, verwendet.

Bei noch einer weiteren bevorzugten Ausführungsform kann das Moos Physcomitrella patens zur Demonstration der Funktion eines Elongasegens unter Verwendung homologer Rekombination auf der Basis der in dieser Erfindung beschriebenen Nukleinsäuren ver wendet werden.

Noch ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft ein isoliertes PSE-Gen oder einen Teil, z. B. einen biologisch aktiven Teil, davon. Bei einer bevorzugten Ausführungsform kann die isolierte PSE oder ein Teil davon am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in einem Mikroorganismus oder einer Pflanzenzelle notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über dessen/deren Membranen teilnehmen. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist die isolierte PSE oder der Teil davon aus reichend homolog zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 das dieses Protein oder der Teil davon die Fähigkeit, am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikroorganismen oder Pflanzenzellen notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilzunehmen, beibehält.

Die Erfindung stellt auch eine isolierte Präparation einer PSE bereit. Bei bevorzugten Ausführungsformen umfaßt das PSE-Gen eine Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform betrifft die Erfindung ein isoliertes Vollängenprotein, das im wesentlichen homolog zu einer gesamten Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 (die von den in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 gezeigten offenen Leserahmen codiert werden) ist. Bei einer weiteren Ausführungsform ist das Protein zu mindestens etwa 50%, vorzugsweise mindestens etwa 60% und stärker bevorzugt minde stens etwa 70%, 80% oder 90% und am stärksten bevorzugt min destens etwa 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr homolog zu einer Aminosäuresequenz der Sequenz SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8. Bei anderen Ausführungsformen umfaßt die isolierte PSE eine Aminosäuresequenz, die zu mindestens etwa 50% homolog zu einer der Aminosäuresequenzen der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist und am Stoffwechsel von zum Aufbau von Fettsäuren in einem Mikroorganismus oder einer Pflanzenzelle notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann oder eine oder mehrere der PUFA-verlängernden Aktivitäten hat, wobei die Ver längerung vorteilhaft von desaturierten C₁₆ oder C₁₈- oder C₂₀-Kohlenstoffketten mit Doppelbindungen an mindestens zwei Stellen erfolgt.

Alternativ kann die isolierte PSE eine Aminosäuresequenz um fassen, die von einer Nukleotidsequenz codiert wird, die an eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 hybridisiert, z. B. unter stringenten Bedingungen hybridisiert, oder zu mindestens etwa 50%, vorzugsweise min destens etwa 60%, stärker bevorzugt mindestens etwa 70%, 80% oder 90% und noch stärker bevorzugt mindestens etwa 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr homolog dazu ist. Es ist ebenfalls bevorzugt, daß die bevorzugten PSE-Formen ebenfalls eine der hier beschriebenen PSE-Aktivitäten besitzen.

Das PSE-Polypeptid oder ein biologisch aktiver Teil davon kann funktionsfähig mit einem nicht-PSE-Polypeptid verbunden werden, so daß ein Fusionsprotein gebildet wird. Bei bevorzugten Aus führungsformen hat dieses Fusionsprotein eine Aktivität, die sich von derjenigen der PSE allein unterscheidet. Bei anderen bevorzugten Ausführungsform nimmt dieses Fusionsprotein am Stoff wechsel von Verbindungen, die zur Synthese von Lipiden und Fett säuren, Cofaktoren und Enzymen in Mikroorganismen oder Pflanzen notwendig sind, oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teil. Bei besonders bevorzugten Ausführungsformen moduliert das Einbringen dieses Fusionsproteins in eine Wirts zelle die Produktion einer gewünschten Verbindung durch die Zelle. Bei einer bevorzugten Ausführungsform enthalten diese Fusionsproteine auch Δ4-, Δ5- oder Δ6-, Δ8-, Δ15-, Δ17- oder Δ19-Desaturase-Aktivitäten allein oder in Kombination.

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft ein Verfahren zur Herstellung einer Feinchemikalie. Dieses Verfahren beinhaltet entweder die Züchtung eines geeigneten Mikroorganismus oder die Züchtung von Pflanzenzellen, -geweben, -organen oder ganzen Pflanzen, umfassend die erfindungsgemäßen Nukleotidsequenzen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga oder ein Genkonstrukt, das die SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 oder ihre Homologen, Derivate oder Analoga umfaßt, oder einen Vektor, der diese Sequenzen oder das Genkonstrukt umfaßt, welches die Expression eines erfindungsgemäßen PSE-Nukleinsäuremoleküls her beiführt, so daß eine Feinchemikalie produziert wird. Bei einer bevorzugten Ausführungsform umfaßt das Verfahren ferner den Schritt des Gewinnens einer Zelle, die eine solche erfindungs gemäße Elongase-Nukleinsäuresequenz enthält, wobei eine Zelle mit einer Elongase-Nukleinsäuresequenz, einem Genkonstrukt oder einem Vektor, welche die Expression einer erfindungsgemäßen PSE- Nukleinsäure herbeiführen, transformiert wird. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfaßt dieses Verfahren ferner den Schritt des Gewinnens der Feinchemikalie aus der Kultur. Bei einer besonders bevorzugten Ausführungsform gehört die Zelle zur Ordnung der Ciliaten, zu Mikroorganismen, wie Pilzen, oder zum Pflanzenreich, insbesondere zu Ölfruchtpflanzen, besonders bevor zugt sind Mikroorganismen oder Ölfruchtpflanzen.

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft Verfahren zur Modulation der Produktion eines Moleküls durch einen Mikro organismus. Diese Verfahren umfassen das Zusammenbringen der Zelle mit einer Substanz, welche die PSE-Aktivität oder die PSE-Nukleinsäureexpression moduliert, so daß eine zellassoziierte Aktivität relativ zu der gleichen Aktivität in Abwesenheit der Substanz verändert wird. Bei einer bevorzugten Ausführungsform wird/werden ein oder zwei Stoffwechselweg(e) der Zelle für Lipide und Fettsäuren, Cofaktoren und Enzyme moduliert oder der Trans port von Verbindungen über diese Membranen moduliert, so daß die Ausbeute oder die Rate der Produktion einer gewünschten Fein chemikalie durch diesen Mikroorganismus verbessert ist. Die Substanz, welche die PSE-Aktivität moduliert, kann eine Substanz sein, welche die PSE-Aktivität oder PSE-Nukleinsäureexpression stimuliert oder die als Zwischenprodukt bei der Fettsäurebio synthese verwendet werden kann. Beispiele für Substanzen, welche die PSE-Aktivität oder PSE-Nukleinsäureexpression stimulieren, sind u. a. kleine Moleküle, aktive PSEs sowie PSEs-codierende Nukleinsäuren, die in die Zelle eingebracht worden sind. Bei spiele für Substanzen, welche die PSE-Aktivität oder -Expression hemmen, sind u. a. kleine Moleküle und/oder Antisense-PSE-Nuklein säuremoleküle.

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft Verfahren zur Modulation der Ausbeuten einer gewünschten Verbindung aus einer Zelle, umfassend das Einbringen eines Wildtyp- oder Mutanten-PSE- Gens, das entweder auf einem separaten Plasmid gehalten oder in das Genom der Wirtszelle integriert wird, in eine Zelle. Bei Integration in das Genom kann die Integration zufallsgemäß sein oder durch derartige Rekombination erfolgen, daß das native Gen durch die eingebrachte Kopie ersetzt wird, wodurch die Produktion der gewünschten Verbindung durch die Zelle moduliert wird, oder durch Verwendung eines Gens in trans, so daß das Gen mit einer funktionellen Expressionseinheit, welche mindestens eine die Expression eines Gens gewährleistende Sequenz und mindestens eine die Polyadenylierung eines funktionell transkribierten Gens gewährleistende Sequenz enthält, funktionell verbunden ist.

Bei einer bevorzugten Ausführungsform sind die Ausbeuten modifiziert. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird die gewünschte Chemikalie vermehrt, wobei unerwünschte störende Verbindungen vermindert werden können. Bei einer besonders bevor zugten Ausführungsform ist die gewünschte Feinchemikalie ein Lipid oder eine Fettsäure, ein Cofaktor oder ein Enzym. Bei besonders bevorzugten Ausführungsform ist diese Chemikalie eine mehrfach ungesättigte Fettsäure. Stärker bevorzugt ist sie ausgewählt aus Arachidonsäure (= ARA), Eicosapentaensäure (= EPA) oder Docosahexaensäure (= DHA).

Eingehende Beschreibung der Erfindung

Die vorliegende Erfindung stellt PSE-Nukleinsäuren und -Protein moleküle bereit, die am Stoffwechsel von Lipiden und Fettsäuren, PUFA-Cofaktoren und Enzymen in dem Moos Physcomitrella patens, Crypthecodinium oder Traustochytrium oder am Transport lipophiler Verbindungen über Membranen beteiligt sind. Die erfindungsgemäßen Verbindungen lassen sich zur Modulation der Produktion von Fein chemikalien aus Organismen, beispielsweise Mikroorganismen, wie Ciliaten, Pilzen, Hefen, Bakterien, Algen, und/oder Pflanzen, wie Mais, Weizen, Roggen, Hafer, Triticale, Reis, Gerste, Soja bohne, Erdnuß, Baumwolle, Brassica-Arten, wie Raps, Canola und Rübsen, Pfeffer, Sonnenblume, Borretsch, Nachtkerze und Tagetes, Solanaceen-Pflanzen, wie Kartoffel, Tabak, Aubergine und Tomate, Vicia-Arten, Erbse, Maniok, Alfalfa, Buschpflanzen (Kaffee, Kakao, Tee), Salix-Arten, Bäume (Ölpalme, Kokosnuß) und aus dauernden Gräsern und Futterfeldfrüchten, entweder direkt (z. B. wenn die Überexpression oder Optimierung eines Fettsäurebio synthese-Proteins einen direkten Einfluß auf die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion der Fettsäure aus modifizierten Organismen hat) verwenden oder können eine indirekt Auswirkung haben, die dennoch zu einer Steigerung der Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer gewünschten Verbindung oder einer Abnahme unerwünschter Verbindungen führt (z. B. wenn die Modulation des Stoffwechsels von Lipiden und Fettsäuren, Cofaktoren und Enzymen zu Veränderungen der Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion oder der Zusammen setzung der gewünschten Verbindungen innerhalb der Zellen führt, was wiederum die Produktion einer oder mehrerer Feinchemikalien beeinflussen kann). Aspekte der Erfindung sind nachstehend weiter erläutert.

I. Feinchemikalien und PUFAs

Der Begriff "Feinchemikalie" ist im Fachgebiet bekannt und umfaßt Moleküle, die durch einen Organismus produziert worden sind und Anwendungen in verschiedenen Industrien finden, wie, aber nicht beschränkt auf, die pharmazeutische, Landwirt schafts-, Nahrungsmittel- und Kosmetik-Industrie. Diese Ver bindungen umfassen Lipide, Fettsäuren, Cofaktoren und Enzyme usw. (wie z. B. beschrieben in Kuninaka, A. (1996) Nucleotides and related compounds, S. 561-612, in Biotechnology Bd. 6, Rehm et al., Hrsgb., VCH: Weinheim und darin enthaltenen Literatur stellen), Lipide, gesättigte und ungesättigte Fettsäuren (z. B. Arachidonsäure), Vitamine und Cofaktoren (wie beschrieben in Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, Bd. A27, Vitamins, S. 443-613 (1996) VCH: Weinheim und darin enthaltenen Literaturstellen; und Ong, A. S., Niki, E., & Packer, L. (1995) Nutrition, Lipids, Health and Disease Proceedings of the UNESCO/ Confederation of Scientific and Technological Associations in Malaysia and the Society for Free Radical Research - Asien, abgehalten am 1.-3. Sept. 1994 in Penang, Malaysia, AOCS Press (1995)), Enzyme und sämtliche anderen von Gutcho (1983) in Chemicals by Fermentation, Noyes Data Corporation, ISBN: 0818805086, und darin angegebenen Literaturstellen beschriebenen Chemikalien. Der Stoffwechsel und die Verwendungen bestimmter Feinchemikalien sind nachstehend weiter erläutert.

Die Kombination verschiedener Vorläufermoleküle und Biosynthese enzyme führt zur Herstellung verschiedener Fettsäuremoleküle, was eine entscheidende Auswirkung auf die Zusammensetzung der Membran hat. Es kann angenommen werden, daß PUFAs nicht nur einfach in Triacylglycerin, sondern auch in Membranlipide eingebaut werden.

Die Synthese von Membranen ist ein gut charakterisierter Prozeß, an dem eine Anzahl von Komponenten, einschließlich Lipiden als Teil der Bilayer-Membran, beteiligt sind. Die Produktion neuer Fettsäuren, wie PUFAs, kann daher neue Eigenschaften von Membran funktionen innerhalb einer Zelle oder eines Organismus erzeugen.

Zellmembranen dienen einer Vielzahl von Funktionen in einer Zelle. Zuerst und in erster Linie grenzt eine Membran den Inhalt einer Zelle von der Umgebung ab, wodurch sie der Zelle Integrität verleiht. Membranen können auch als Schranken gegenüber dem Einstrom gefährlicher oder unerwünschter Verbindungen und auch gegenüber dem Ausstrom gewünschter Verbindungen dienen.

Detailliertere Beschreibungen und Beteiligungen von Membranen und die beteiligten Mechanismen siehe in: Bamberg, E., et al. (1993) Charge transport of ion pumps on lipid bilayer membranes, Q. Rev. Biophys. 26: 1-25; Gennis, R. B. (1989) Pores, Channels and Transporters, in: Biomembranes, Molecular Structure and Function, Springer: Heidelberg, S. 270-322; und Nikaido, H., und Saier, H. (1992) Transport proteins in bacteria: common themes in their design, Science 258: 936-942, und den in jeder dieser Literaturstellen enthaltenen Zitaten.

Die Lipidsynthese läßt sich in zwei Abschnitte unterteilen: die Synthese von Fettsäuren und ihre Bindung an sn-Glycerin-3- Phosphat sowie die Addition oder Modifikation einer polaren Kopfgruppe. Übliche Lipide, die in Membranen verwendet werden, umfassen Phospholipide, Glycolipide, Sphingolipide und Phospho glyceride. Die Fettsäuresynthese beginnt mit der Umwandlung von Acetyl-CoA entweder in Malonyl-CoA durch die Acetyl-CoA-Carboxy lase oder in Acetyl-ACP durch die Acetyltransacylase. Nach einer Kondensationsreaktion bilden diese beiden Produktmoleküle zusammen Acetoacetyl-ACP, das über eine Reihe von Kondensations-, Reduktions- und Dehydratisierungsreaktionen umgewandelt wird, so daß ein gesättigtes Fettsäuremolekül mit der gewünschten Ketten länge erhalten wird. Die Produktion der ungesättigten Fettsäuren aus diesen Molekülen wird durch spezifische Desaturasen kataly siert, und zwar entweder aerob mittels molekularem Sauerstoff oder anaerob (bezüglich der Fettsäuresynthese in Mikroorganismen siehe F. C. Neidhardt et al. (1996) E. coli und Salmonella. ASM Press: Washington, D. C., S. 612-636 und darin enthaltene Literaturstellen; Lengeler et al. (Hrsgb.) (1999) Biology of Procaryotes. Thieme: Stuttgart, New York, und die enthaltene Literaturstellen, sowie Magnuson, K., et al. (1993) Micro biological Reviews 57: 522-542 und die enthaltenen Literatur stellen).

Vorläufer für die PUFA-Biosynthese sind beispielsweise Linol- und Linolensäure. Diese C₁₈-Kohlenstoff-Fettsäuren müssen auf C₂₀ oder C₂₂ verlängert werden, damit Fettsäuren vom Eicosa- und Docosa-Kettentyp erhalten werden. Mit Hilfe verschiedener Desaturasen, wie Enzymen, welche Δ6-Desaturase-, Δ5- und Δ4-Desaturaseaktivität aufweisen, können Arachidonsäure, Eicosapentensäure und Docosahexaensäure sowie verschiedene andere langkettige PUFAs erhalten, extrahiert und für ver schiedene Zwecke bei Nahrungsmittel-, Futter-, Kosmetik- oder pharmazeutischen Anwendungen verwendet werden.

Zur Herstellung langkettiger PUFAs müssen, wie oben erwähnt, die mehrfach ungesättigten C₁₆ oder C₁₈- bzw C₂₀-Fettsäuren um mindestens zwei Kohlenstoffatome durch die Enzymaktivität einer Elongase verlängert werden. Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure sequenzen codieren erste mikrobielle Elongasen aus typischen PUFA in der Triacylglycerolfraktion enthaltenden Produzenten, die C₁₆ oder C₁₈- bzw C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängern können oder dies z. B. sequentiell nacheinander durch Überführen einer C₁₆ oder C₁₈-Fettsäure in eine C₂₀-Fettsäure und dann eine C₂₀- in eine C₂₂ oder höhere geradzahlinge 2C-Atomeinheiten ent haltende Fettsäure überführt. Nach einer Elongationsrunde führt diese Enzymaktivität zu C₂₀-Fettsäuren, und nach zwei, drei und vier Elongationsrunden zu C₂₂-, C₂₄- oder C₂₆-Fettsäuren. Mit der erfindungsgemäßen Elongase können auch längere PUFAs syntheti siert werden. Die Aktivität der erfindungsgemäßen Elongasen führt vorzugsweise zu C₂₀- und/oder C₂₂-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül, C₂₀-Fettsäuren vorzugsweise mit drei, vier oder fünf Doppelbindungen, besonders bevorzugt drei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül, C₂₂-Fettsäuren vorzugs weise mit drei, vier fünf oder sechs Doppelbindungen, besonders bevorzugt fünf oder sechs Doppelbindungen im Fettsäuremolekül. Nach der Elongation mit dem erfindungsgemäßen Enzym können weitere Desaturierungsschritte erfolgen. Daher führen die Produkte der Elongaseaktivitäten und der möglichen weiteren Desaturierung zu bevorzugten PUFAs mit höherem Desaturierungs grad, wie Docosadiensäure, Arachidonsäure, ω6-Eicosatriendi homo-γ-linolensäure, Eicosapentaensäure, ω3-Eicosatriensäure, ω3-Eicosatetraensäure, Docosapentaensäure oder Docosahexaensäure. Substrate dieser erfindungsgemäßen Enzymaktivität sind zum Beispiel Taxolsäure, 7,10,13-Hexadecatriensäure, 6,9-Octadeca diensäure, Linolsäure, γ-Linolensäure, Pinolensäure, α-Linolen säure, Arachidonsäure, Eicosapentaensäure oder Stearidonsäure. Bevorzugte Substrate sind Linolsäure, γ-Linolensäure und/oder α-Linolensäure bzw Arachidonsäure, Eicosatetraensäure oder Eicosapentaensäure. Die C₁₆ oder C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure können durch die erfindungsgemäße Enzymaktivität in Form der freien Fettsäure oder in Form der Ester, wie Phospholipide, Glykolipide, Sphingolipide, Phosphoglyceride, Monoacylglycerin, Diacylglycerin oder Triacyl glycerin, verlängert werden.

Ferner müssen Fettsäuren anschließend an verschiedene Modifikationen transportiert und in das Triacylglycerin- Speicherlipid eingebaut werden. Ein weiterer wichtiger Schritt bei der Lipidsynthese ist der Transfer von Fettsäuren auf die polaren Kopfgruppen, beispielsweise durch Glycerin-Fettsäure- Acyltransferase (siehe Frentzen, 1998, Lipid, 100(4-5): 161-166).

Veröffentlichungen über die Pflanzen-Fettsäurebiosynthese, Desaturierung, den Lipidstoffwechsel und Membrantransport von fetthaltigen Verbindungen, die Betaoxidation, Fettsäure modifikation und Cofaktoren, Triacylglycerin-Speicherung und -Assemblierung einschließlich der Literaturstellen darin siehe in den folgenden Artikeln: Kinney, 1997, Genetic Engeneering, Hrsgb.: JK Setlow, 19: 149-166; Ohlrogge und Browse, 1995, Plant Cell 7: 957-970; Shanklin und Cahoon, 1998, Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 49: 611-641; Voelker, 1996, Genetic Engeneering, Hrsgb.: JK Setlow, 18: 111-13; Gerhardt, 1992, Prog. Lipid R. 31: 397-417; Gühnemann-Schäfer & Kindl, 1995, Biochim. Biophys Acta 1256: 181-186; Kunau et al., 1995, Prog. Lipid Res. 34: 267-342; Stymne et al., 1993, in: Biochemistry and Molecular Biology of Membrane and Storage Lipids of Plants, Hrsgb.: Murata und Somerville, Rockville, American Society of Plant Physiologists, 150-158, Murphy & Ross 1998, Plant Journal. 13(1): 1-16.

Vitamine, Cofaktoren und Nutrazeutical, wie PUFAs, umfassen eine Gruppe von Molekülen, die höhere Tiere nicht mehr synthetisieren können und somit aufnehmen müssen oder die höhere Tiere nicht mehr ausreichend selbst herstellen können und somit zusätzlich aufnehmen müssen, obwohl sie leicht von anderen Organismen, wie Bakterien, synthetisiert werden. Die Biosynthese dieser Moleküle in Organismen, die sie produzieren können, wie in Bakterien, ist im großen und ganzen charakterisiert worden (Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, "Vitamins", Bd. A27, S. 443-613, VCH: Weinheim, 1996; Michal, G. (1999) Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology, John Wiley & Sons; Ong, A. S., Niki, E., & Packer, L. (1995) "Nutrition, Lipids, Health and Disease" Proceedings of the UNESCO/Confederation of Scientific and Technological Associations in Malaysia and the Society for Free Radical Research Asia, abgehalten am 1.-3. Sept. 1994 in Penang, Malaysia, AOCS Press, Champaign, IL X, 374 S).

Die oben erwähnten Moleküle sind entweder selbst biologisch aktive Moleküle oder Vorstufen biologisch aktiver Substanzen, die entweder als Elektronenüberträger oder Zwischenprodukte bei einer Vielzahl von Stoffwechselwegen dienen. Diese Verbindungen haben neben ihrem Nährwert auch einen signifikanten industriellen Wert als Farbstoffe, Antioxidantien und Katalysatoren oder andere Ver arbeitungshilfsstoffe. (Einen Überblick über Struktur, Aktivität und industrielle Anwendungen dieser Verbindungen siehe z. B. in Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, "Vitamins", Bd. A27, S. 443-613, VCH: Weinheim, 1996). Mehrfach ungesättigte Fettsäuren haben verschiedene Funktionen und gesundheitsfördernde Wirkungen, beispielsweise bei koronarer Herzerkrankung, Ent zündungsmechanismen, Kinderernährung usw. Veröffentlichungen und Literaturstellen, einschließlich darin zitierter Literatur stellen, siehe in: Simopoulos, 1999, Am. J. Clin. Nutr. 70 (3. Suppl.): 560-569, Takahata et al., Biosc. Biotechnol. Biochem. 1998, 62(11): 2079-2085, Willich und Winther, 1995, Deutsche Medizinische Wochenschrift 120(7): 229ff.

II. Elemente und Verfahren der Erfindung

Die vorliegende Erfindung beruht zumindest teilweise auf der Entdeckung neuer Moleküle, die hier als PSE-Nukleinsäure- und -Proteinmoleküle bezeichnet werden, welche eine Wirkung auf die Produktion von Zellmembranen in Physcomitrella patens, Crypthecodinium cohnii, Thraustochytrium und/oder Ceratodon purpureus ausüben und beispielsweise die Bewegung von Molekülen über diese Membranen beeinflussen. Bei einer Ausführungsform nehmen die PSE-Moleküle am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Organismen, wie Mikroorganismen und Pflanzen, notwendigen Verbindungen teil oder beeinflussen indirekt den Transport von Molekülen über diese Membranen. Bei einer bevor zugten Ausführungsform hat die Aktivität der erfindungsgemäßen PSE-Moleküle zur Regulation der Produktion von Membrankomponenten und des Membrantransports eine Auswirkung auf die Produktion der gewünschten Feinchemikalie durch diesen Organismus. Bei einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist die Aktivität der erfindungsgemäßen PSE-Moleküle moduliert, so daß die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion der Stoffwechselwege von Mikroorganismen oder Pflanzen, welche die erfindungsgemäßen PSEs regulieren, moduliert sind und die Effizienz des Transport von Verbindungen durch die Membranen verändert ist, was entweder direkt oder indirekt die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer gewünschten Feinchemikalie durch Mikro organismen und Pflanzen moduliert.

Der Begriff PSE oder PSE-Polypeptid umfaßt Proteine, die am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Organismen, wie Mikroorganismen und Pflanzen, notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen. Bei spiele für PSEs sind in der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder ihren Homologen, Derivaten oder Analoga offenbart. Die Begriffe PSE oder PSE-Nukleinsäuresequenz(en) um fassen Nukleinsäuresequenzen, die eine PSE codieren und bei denen ein Teil eine codierende Region und ebenfalls entsprechende 5'- und 3'-untranslatierte Sequenzbereiche sein können. Beispiele für PSE-Gene sind die in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenzen. Die Begriffe Produktion oder Produktivität sind im Fachgebiet bekannt und beinhalten die Konzentration des Fermentationsproduktes (zum Beispiel der gewünschten Feinchemikalie), das in einer bestimmten Zeitspanne und einem bestimmten Fermentationsvolumen gebildet wird (z. B. kg Produkt pro Stunde pro Liter). Der Begriff Effizienz der Produktion umfaßt die Zeit, die zur Erzielung einer bestimmten Produktionsmenge nötig ist (z. B. wie lange die Zelle zur Auf richtung einer bestimmten Durchsatzrate einer Feinchemikalie benötigt). Der Begriff Ausbeute oder Produkt/Kohlenstoff-Ausbeute ist im Fachgebiet bekannt und umfaßt die Effizienz der Umwandlung der Kohlenstoffquelle in das Produkt (d. h. die Feinchemikalie). Dies wird gewöhnlich beispielsweise ausgedrückt als kg Produkt pro kg Kohlenstoffquelle. Durch Erhöhen der Ausbeute oder Produktion der Verbindung wird die Menge der gewonnenen Moleküle oder der geeigneten gewonnenen Moleküle dieser Verbindung in einer bestimmten Kulturmenge über einen festgelegten Zeitraum erhöht. Die Begriffe Biosynthese oder Biosyntheseweg sind im Fachgebiet bekannt und umfassen die Synthese einer Verbindung, vorzugsweise einer organischen Verbindung, durch eine Zelle aus Zwischenverbindungen, beispielsweise in einem Mehrschritt- und stark regulierten Prozeß. Die Begriffe Abbau oder Abbauweg sind im Fachgebiet bekannt und umfassen die Spaltung einer Verbindung, vorzugsweise einer organischen Verbindung, durch eine Zelle in Abbauprodukte (allgemeiner gesagt, kleinere oder weniger komplexe Moleküle) beispielsweise in einem Mehrschritt- und stark regulierten Prozeß. Der Begriff Stoffwechsel ist im Fachgebiet bekannt und umfaßt die Gesamtheit der biochemischen Reaktionen, die in einem Organismus stattfinden. Der Stoffwechsel einer bestimmten Verbindung (z. B. der Stoffwechsel einer Fettsäure) umfaßt dann die Gesamtheit der Biosynthese-, Modifikations- und Abbauwege dieser Verbindung in der Zelle, die diese Verbindung betreffen.

Bei einer anderen Ausführungsform können die erfindungsgemäßen PSE-Moleküle die Produktion eines gewünschten Moleküls, wie einer Feinchemikalie, in einem Mikroorganismus oder in Pflanzen modulieren. Es gibt eine Reihe von Mechanismen, durch die die Veränderung einer erfindungsgemäßen PSR die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer Feinchemikalie aus einem Mikroorganismus- oder Pflanzenstamm, die dieses veränderte Protein enthalten, direkt beeinflussen kann. Die Anzahl oder Aktivität von PSEs, die am Transport von Feinchemikalienmolekülen innerhalb oder aus der Zelle beteiligt sind, kann erhöht werden, so daß größere Mengen dieser Verbindungen über Membranen trans portiert werden, aus denen sie leichter gewonnen und ineinander umgewandelt werden. Ferner sind Fettsäuren, Triacylglycerine und/oder Lipide selbst wünschenswerte Feinchemikalien; durch Optimierung der Aktivität oder Steigern der Anzahl einer oder mehrerer erfindungsgemäßer PSEs, die an der Biosynthese dieser Verbindungen beteiligt sind, oder durch Stören der Aktivität einer oder mehrerer PSEs, die am Abbau dieser Verbindungen beteiligt sind, kann es möglich sein, die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion von Fettsäure- und Lipid molekülen aus Organismen, wie Mikroorganismen oder Pflanzen, zu erhöhen.

Die Mutagenese des erfindungsgemäßen PSE-Gens kann auch PSEs mit veränderten Aktivitäten hervorbringen, welche die Produktion einer oder mehrerer gewünschter Feinchemikalien aus Mikro organismen oder Pflanzen indirekt beeinflussen. Beispielsweise können erfindungsgemäße PSEs, die am Export von Abfallprodukten beteiligt sind, eine größere Anzahl oder höhere Aktivität auf weisen, so daß die normalen Stoffwechselabfälle der Zelle (deren Menge möglicherweise aufgrund der Überproduktion der gewünschten Feinchemikalie erhöht ist) effizient exportiert werden, bevor sie die Moleküle in der Zelle schädigen können (was die Lebens fähigkeit der Zelle herabsetzen würde) oder die Feinchemikalien- Biosynthesewege stören können (was die Ausbeute, Produktion oder Effizienz der Produktion einer gewünschten Feinchemikalie senken würde). Die relativ großen intrazellulären Mengen der gewünschten Feinchemikalie selbst können ferner für die Zelle toxisch sein, so daß man durch Steigern der Aktivität oder Anzahl von Trans portern, die diese Verbindungen aus der Zelle exportieren können, die Lebensfähigkeit der Zelle in Kultur steigern kann, was wiederum zu einer größeren Anzahl an Zellen in der Kultur führt, welche die gewünschte Feinchemikalie produzieren. Die erfindungs gemäßen PSEs können auch so manipuliert werden, daß die ent sprechenden Mengen unterschiedlicher Lipid- und Fettsäuremoleküle produziert werden. Dies kann eine erhebliche Auswirkung auf die Lipidzusammensetzung der Zellmembran haben. Da jeder Lipidtyp unterschiedliche physikalische Eigenschaften aufweist, kann eine Veränderung der Lipidzusammensetzung einer Membran die Membran fluidität signifikant verändern. Änderungen der Membranfluidität können den Transport von Molekülen über die Membran sowie die Integrität der Zelle beeinflussen, was jeweils eine erhebliche Auswirkung auf die Produktion von Feinchemikalien aus Mikro organismen und Pflanzen in Fermentationskultur im großen Maß stab hat. Pflanzenmembranen verleihen spezifische Eigenschaften, wie Toleranz gegenüber Wärme, Kälte, Salz, Trockenheit sowie Toleranz gegen Pathogene, wie Bakterien und Pilze. Daher kann die Modulation der Membrankomponenten eine grundlegende Wirkung auf die Überlebensfähgikeit der Pflanzen unter den oben genannten Streßparametern haben. Dies kann über Änderungen in Signal kaskaden oder direkt über die veränderte Membranzusammensetzung erfolgen (siehe zum Beispiel: Chapman, 1998, Trends in Plant Science, 3(11): 419-426) und Signalkaskaden (siehe Wang 1999, Plant Physiology, 120: 645-651) oder die Kältetoleranz, wie offenbart in WO 95/18222, beeinflussen.

Die erfindungsgemäßen isolierten Nukleinsäuresequenzen sind beispielsweise im Genom eines Thraustochytrium-Stamms enthalten, der über die American Type Culture Collection (ATCC-Samnlung) mit der Stammnummer ATCC26185 (Thraustochytrium) verfügbar ist, bzw im Fall von Crypthecodinium beispielsweise vom Provasoli-Guillard National Center for Culture of Marine Phytoplancton ((CCMP) West Boothbay Harbour, ME, USA)mit der Stammkultur-Nr. CCMP316 zugäng lich ist.

Die Nukleotidsequenz der isolierten Physcomitrella, Crypthe codinium- oder Thraustochytrium -cDNA und die abgeleiteten Aminosäuresequenzen der Physcomitrella patens-PSEs sind in den SEQ ID NO: 1 bis SEQ ID NO: 8 gezeigt. Es wurden Computeranalysen durchgeführt, die diese Nukleotidsequenzen als Sequenzen klassi fizieren und/oder identifizieren, die am Stoffwechsel von Zell membrankomponenten beteiligte Proteine oder am Transport von Verbindungen über Zellmembranen beteiligte Proteine bzw. der PUFA Biosynthese codieren. ESTs mit der Datenbankeingabe-Nr. PP001019019F, CC001042041R sowie TC002034029R und TC002014093R in der Datenbank des Erfinders stellen die erfindungsgemäßen Sequenzen in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dar. Auf analoge Weise wurden die partiellen Polypeptide als PP001019019F, CC001042041R sowie TC002034029R und TC002014093R bezeichnet und stellen die erfindungsgemäßen Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 gemäß Tabelle 2 dar. Das vollständige Fragment- Insert des ESTs TC002034029R wurde sequenziert und ergab die SEQ ID NO: 3, welche die vollständige Sequenz von TC002034029R ist. Die Namensgebung der übrigen Klone ist analog. Zudem wurde den verschiedenen Klonen Gennamen entsprechend zugewiesen. Abkürzungen: Tc = Thraustochytrium, Cc = Crypthecodinium, Pp = Physcomitrella patens.

Tabelle 2

Die vorliegende Erfindung betrifft auch Proteine mit einer Amino säuresequenz, die im wesentlichen homolog zu einer Aminosäure sequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist. Wie hier verwendet, ist ein Protein mit einer Aminosäure sequenz, die im wesentlichen homolog zu einer ausgewählten Amino säuresequenz ist, zu mindestens etwa 50% homolog zu der aus gewählten Aminosäuresequenz, z. B. der gesamten ausgewählten Aminosäuresequenz. Ein Protein mit einer Aminosäuresequenz, die im wesentlichen homolog zu einer ausgewählten Aminosäuresequenz ist, kann auch zu mindestens etwa 50 bis 60%, vorzugsweise mindestens etwa 60 bis 70% und stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90% oder 90 bis 95% und am stärksten bevorzugt mindestens etwa 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr homo log zu einer ausgewählten Aminosäuresequenz sein.

Die erfindungsgemäße PSE oder der biologisch aktive Teil oder das Fragment davon kann am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikroorganismen oder Pflanzen notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen oder eine oder mehrere der zur Elongation von C₁₆ oder C₁₈- bzw C₂₀-PUFAs benötigten Aktivitäten besitzen, so daß C₂₀-, C₂₂- oder C₂₄-PUFAs sowie verwandte PUFAs erhalten werden.

Verschiedene Aspekte der Erfindung sind eingehender in den folgenden Unterabschnitten beschrieben.

A. Isolierte Nukleinsäuremoleküle

Eine Ausführungsform der Erfindung sind isolierte Nukleinsäuren, die von PUFA produzierenden Mikroorganismen stammen und für Poly peptide codieren, die C₁₆ oder C₁₈-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoff atome verlängern oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppel bindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängern.

Eine weitere erfindungsgemäße Ausführungsform sind isolierte Nukleinsäuren, umfassend Nukleotidsequenzen, die für Polypeptide codieren, die C₁₆, C₂₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure verlängern und ausgewählt ist aus der Gruppe, bestehend aus

a) den in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellten Nukleinsäuresequenzen,
b) einer Nukleinsäuresequenz, die gemäß dem degenerierten genetischen Code von einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenzen stammt, oder
c) Derivate der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenz, die für Polypeptide der in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8 dargestellten Aminosäuresequenz codieren und mindestens 50% Homologie auf Aminosäureebene aufweisen, ohne daß die enzymatische Wirkung der Polypeptide wesentlich reduziert ist.

Die oben genannten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren, die als C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Elongase wirken, stammen von Organismen, wie Ciliaten, Pilzen, Algen, Pflanzen oder Dinoflagellaten, die PUFAs synthetisieren können, vorzugsweise von Pflanzen oder Algen, besonders bevorzugt aus der Gattung Physcomitrella, Crypthecodinium, Thraustochytrium oder Schizochytrium und am stärksten bevorzugt von Physcomitrella patens, Crypthecodinium cohnii oder Thraustochytrium sp., Schizochytrium sp. oder nah verwandten Organismen.

Ein Aspekt der Erfindung betrifft isolierte Nukleinsäure moleküle, die PSE-Polypeptide oder biologisch aktive Teile davon codieren, sowie Nukleinsäurefragmente, die zur Verwendung als Hybridisierungssonden oder Primer zur Identifizierung oder Ampli fizierung einer PSE-codierenden Nukleinsäure (z. B. PSE-DNA) aus reichen. Der Begriff "Nukleinsäuremolekül", wie hier verwendet, soll DNA-Moleküle (z. B. cDNA oder genomische DNA) und RNA-Mole küle (z. B. mRNA) sowie DNA- oder RNA-Analoga, die mittels Nukleo tidanaloga erzeugt werden, umfassen. Dieser Begriff umfaßt zudem die am 3'- und am 5'-Ende des codierenden Genbereichs gelegene untranslatierte Sequenz: mindestens etwa 100 Nukleotide der Sequenz stromaufwärts des 5'-Endes des codierenden Bereichs und mindestens etwa 20 Nukleotide der Sequenz stromabwärts des 3'-Endes des codierenden Genbereichs. Das Nukleinsäuremolekül kann einzelsträngig oder doppelsträngig sein, ist aber vorzugs weise doppelsträngige DNA. Ein "isoliertes" Nukleinsäuremolekül wird von anderen Nukleinsäuremolekülen abgetrennt, die in der natürlichen Quelle der Nukleinsäure vorliegen. Eine "isolierte" Nukleinsäure hat vorzugsweise keine Sequenzen, welche die Nukleinsäure in der genomischen DNA des Organismus, aus dem die Nukleinsäure stammt, natürlicherweise flankieren (z. B. Sequenzen, die sich an den 5'- und 3'-Enden der Nukleinsäure befinden). Bei verschiedenen Ausführungsformen kann das isolierte PSE-Nuklein säuremolekül zum Beispiel weniger als etwa 5 kb, 4 kb, 3 kb, 2 kb, 1 kb, 0,5 kb oder 0,1 kb an Nukleotidsequenzen enthalten, die natürlicherweise das Nukleinsäuremolekül in der genomischen DNA der Zelle, aus der die Nukleinsäure stammt (z. B. eine Physcomitrella patens-Zelle) flankieren. Ein "isoliertes" Nukleinsäuremolekül, wie ein cDNA-Molekül, kann überdies im wesentlichen frei von anderem zellulären Material oder Kultur medium sein, wenn es durch rekombinante Techniken hergestellt wird, oder frei von chemischen Vorstufen oder anderen Chemikalien sein, wenn es chemisch synthetisiert wird.

Ein erfindungsgemäßes Nukleinsäuremolekül, z. B. ein Nukleinsäure molekül mit einer Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 oder eines Teils davon, kann unter Verwendung molekularbiologischer Standardtechniken und der hier bereitgestellten Sequenzinformation isoliert werden. Auch kann mit Hilfe von Vergleichsalgorithmen beispielsweise eine homologe Sequenz oder homologe, konservierte Sequenzbereiche auf DNA oder Aminosäureebene identifiziert werden. Beispielsweise kann eine Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochtrium-cDNA aus einer Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochtrium-Bank isoliert werden, indem die vollständige SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und/oder SEQ ID NO: 7 oder ein Teil davon als Hybridi sierungssonde sowie Standard-Hybridisierungstechniken (wie z. B. beschrieben in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2. Aufl., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989) verwendet werden. Überdies läßt sich ein Nukleinsäuremolekül, umfassend eine vollständige Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder einen Teil davon, durch Poly merasekettenreaktion isolieren, wobei Oligonukleotidprimer, die auf der Basis dieser Sequenz oder von Teilen davon, insbesondere Regionen um His-Box-Motive der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 erstellt werden oder Modifikationen ebensolcher in einzelnen definierten Aminosäuren, verwendet werden (z. B. kann ein Nukleinsäuremolekül, umfassend die voll ständigen Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder einen Teil davon, durch Polymerasekettenreaktion unter Verwendung von Oligonukleotidprimern isoliert werden, die auf der Basis dieser gleichen Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 erstellt worden sind). Weiterhin sind hierfür besonders geeignet solche Teilsequenzen, wie sie in Fi r 10 dar estellt sind. Zum Beis iel läßt sich Extraktionsverfahren von Chirgwin et al. (1979) Biochemistry 18: 5294-5299) und cDNA mittels Reverser Transkriptase (z. B. Moloney-MLV-Reverse-Transkriptase, erhältlich von Gibco/BRL, Bethesda, MD, oder AMV-Reverse-Transkriptase, erhältlich von Seikagaku America, Inc., St. Petersburg, FL) herstellen. Synthetische Oligonukleotidprimer zur Amplifizierung mittels Polymerasekettenreaktion lassen sich auf der Basis einer der in SEQ ID NR: 1, 3 und 5 gezeigten Nukleotidsequenzen oder mit Hilfe der in Fig. 10 dargestellten Aminosäuresequenzen erstellen. Eine erfindungsgemäße Nukleinsäure kann unter Verwendung von cDNA oder alternativ von genomischer DNA als Matrize und geeigneten Oligonukleotidprimern gemäß Standard-PCR-Amplifikationstechniken amplifiziert werden. Die so amplifizierte Nukleinsäure kann in einen geeigneten Vektor kloniert werden und mittels DNA-Sequenz analyse charakterisiert werden. Oligonukleotide, die einer PSE- Nukleotidsequenz entsprechen, können durch Standard-Synthese verfahren, beispielsweise mit einem automatischen DNA-Synthese gerät, hergestellt werden.

Die in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigte cDNA umfaßt Sequenzen, die PSEs codieren, (d. h. den "co dierenden Bereich") sowie 5'-untranslatierte Sequenzen und 3'-un translatierte Sequenzen. Alternativ kann das Nukleinsäuremolekül nur den codierenden Bereich einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und 7 umfassen oder kann ganze genomi sche Fragmente, die aus genomischer DNA isoliert sind, enthalten.

Die SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 wird durch die gleiche EST-Eingabenummer-Bezeichnung identifiziert, wie SEQ ID N = : 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7, so daß sie leicht korreliert werden können.

Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfaßt ein erfindungsgemäßes isoliertes Nukleinsäuremolekül ein Nuklein säuremolekül, das ein Komplement einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten Nukleotid sequenzen oder eines Teils davon ist. Ein Nukleinsäuremolekül, das zu einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten Nukleotidsequenzen komplementär ist, ist dann ausreichend komplementär, wenn es mit einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 angegebenen Sequenzen hybridisieren kann, wodurch ein stabiler Duplex ent steht.

Homologe der neuen Elongase-Nukleinsäuresequenzen mit der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 bedeutet beispielsweise allelische Varianten mit mindestens etwa 50 bis 60%, vorzugsweise mindestens etwa 60 bis 70%, stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90% oder 90 bis 95% und noch stärker bevorzugt mindestens etwa 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr Homologie zu einer in SEQ ID NR: 1, 3 und 5 gezeigten Nukleotidsequenzen oder ihren Homologen, Derivaten oder Analoga oder Teilen davon. Bei einer weiteren bevor zugten Ausführungsform umfaßt ein isoliertes erfindungsgemäßes Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz, die an eine der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten Nukleotidsequenzen oder einen Teil davon hybridisiert, z. B. unter stringenten Bedingungen hybridisiert. Allelische Varianten umfassen insbesondere funktionelle Varianten, die sich durch Deletion, Insertion oder Substitution von Nukleotiden aus/in der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dar gestellten Sequenz erhalten lassen, wobei aber die Absicht ist, daß die Enzymaktivität der davon herrührenden synthetisierten Proteine für die Insertion eines oder mehrerer Gene vorteil hafterweise beibehalten wird. Proteine, die noch die enzymatische Aktivität der Elongase besitzen, bedeutet Proteine mit mindestens 10%, vorzugsweise 20%, besonders bevorzugt 30%, ganz besonders bevorzugt 40% der ursprünglichen Enzymaktivität, verglichen mit dem durch SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 codierten Protein. Elongasen, noch die vorgenannten Aktivitäten aufweisen, sind Elongasen deren enzymatische Aktivität nicht wesentlich reduziert sind.

Homologen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 bedeutet beispielsweise auch bakterielle, Pilz- und Pflanzenhomologen, verkürzte Sequenzen, einzelsträngige DNA oder RNA der codierenden und nicht-codierenden DNA-Sequenz.

Homologen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 bedeutet auch Derivate, wie beispielsweise Promotorvarianten. Die Promotoren stromaufwärts der angegebenen Nukleotidsequenzen können durch einen oder mehrere Nukleotid austausche, durch Insertion(en) und/oder Deletion(en) modifiziert werden, ohne daß jedoch die Funktionalität oder Aktivität der Promotoren gestört wird. Es ist weiterhin möglich, daß die Aktivität der Promotoren durch Modifikation ihrer Sequenz erhöht ist oder daß sie vollständig durch aktivere Promotoren, sogar aus heterologen Organismen, ersetzt werden.

Überdies kann das erfindungsgemäße Nukleinsäuremolekül nur einen Teil des codierenden Bereichs einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 umfassen, zum Beispiel ein Fragment, das als Sonde oder Primer verwendet werden kann, oder ein Fragment, welches einen biologisch aktiven Abschnitt einer PSE codiert. Die aus der Klonierung des PSE-Gens von Physcomitrella patens, Thraustochytrium und Crypthecodinium er mittelten Nukleotidsequenzen ermöglichen die Erzeugung von Sonden und Primern, die zur Identifizierung und/oder Klonierung von PSE- Homologen in anderen Zelltypen und Organismen sowie PSE-Homologen aus anderen Moosen oder verwandten Arten gestaltet sind. Die Sonde/der Primer umfaßt gewöhnlich im wesentlichen gereinigtes Oligonukleotid. Das Oligonukleotid umfaßt gewöhnlich einen Nukleotidsequenzbereich, der unter stringenten Bedingungen an mindestens etwa 12, vorzugsweise etwa 16, stärker bevorzugt etwa 25, 40, 50 oder 75 aufeinanderfolgende Nukleotide eines Sense- Stranges einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 angegebenen Sequenzen, eines Antisense-Stranges einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 angegebenen Sequenzen oder seiner Homologen, Derivate oder Analoga oder natürlich vorkommender Mutanten davon hybridisiert. Primer auf der Basis einer Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 können in PCR-Reaktionen zur Klonierung von PSE-Homologen verwendet werden. Sonden auf der Basis der PSE-Nukleotidsequenzen können zum Nachweis von Trans kripten oder genomischen Sequenzen, die das gleiche oder homologe Proteine codieren, verwendet werden. Bei bevorzugten Ausführungs formen umfaßt die Sonde zudem eine daran gebundene Markierungs gruppe, z. B. ein Radioisotop, eine fluoreszierende Verbindung, ein Enzym oder einen Enzym-Cofaktor. Diese Sonden können als Teil eines Test-Kits für genomische Marker zur Identifizierung von Zellen, die eine PSE misexprimieren, beispielsweise durch Messen einer Menge einer PSE-codierenden Nukleinsäure in einer Zellen probe, z. B. Messen der PSE-mRNA-Spiegel, oder zur Bestimmung, ob ein genomisches PSE-Gen mutiert oder deletiert ist, verwendet werden.

Bei einer Ausführungsform codiert das erfindungsgemäße Nuklein säuremolekül ein Protein oder einen Teil davon, das/der eine Aminosäuresequenz umfaßt, die ausreichend homolog zu einer Amino säuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist, daß das Protein oder der Teil davon die Fähig keit, am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikro organismen oder Pflanzen notwendigen Verbindungen oder am Trans port von Molekülen über diese Membranen teilzunehmen, beibehält. Wie hier verwendet, betrifft der Begriff "ausreichend homolog" Proteine oder Teile davon, deren Aminosäuresequenzen eine mini male Anzahl identischer oder äquivalenter Aminosäurereste (z. B. einen Aminosäurerest mit einer ähnlichen Seitenkette, wie ein Aminosäurerest in einer der Sequenzen der SEQ ID NO: 2 bis 8) zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 aufweisen, so daß das Protein oder der Teil davon am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikro organismen oder Pflanzen notwendigen Verbindungen oder am Trans port von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann. Protein bestandteile dieser Stoffwechselwege für Membrankomponenten oder Membrantransportsysteme können, wie hier beschrieben, eine Rolle bei der Produktion und Sekretion einer oder mehrerer Fein chemikalien spielen. Beispiele für diese Aktivitäten sind hier ebenfalls beschrieben. Somit trägt die "Funktion einer PSE" ent weder direkt oder indirekt zur Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer oder mehrerer Feinchemikalien bei. Beispiele für PSE-Substratspezifitäten der katalytischen Aktivi tät sind in Tabelle 1 angegeben.

Bei einer weiteren Ausführungsform codieren Derivate des erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküls Proteine mit mindestens etwa 50 bis 60%, vorzugsweise mindestens etwa 60 bis 70% und stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90%, 90 bis 95% und am stärksten bevorzugt mindestens etwa 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr Homologie zu einer vollständigen Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8. Die Homologie der Aminosäuresequenz wurde über den gesamten Sequenzbereich mit dem Programm PileUp (J. Mol. Evolution., 25, 351-360, 1987, Higgins et al., CABIOS, 5, 1989: 151-153) oder BESTFIT oder GAP bestimmt (Henikoff, S. and Henikoff, J. G. (1992). Amino acid substitution matrices from protein blocks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-10919.) Teile von Proteinen, die von den erfindungsgemäßen PSE-Nuklein säuremolekülen codiert werden, sind vorzugsweise biologisch aktive Teile einer der PSEs. Wie hier verwendet, soll der Begriff "biologisch aktiver Teil einer PSE", einen Abschnitt, z. B. eine Domäne/ein Motiv, einer PSE umfassen, der am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikroorganismen oder Pflanzen not wendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann oder eine in Tabelle 1 angegebene Aktivität aufweist. Zur Bestimmung, ob eine PSE oder ein bio logisch aktiver Teil davon am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Mikroorganismen oder Pflanzen notwendigen Ver bindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann, kann ein Test der enzymatischen Aktivität durch geführt werden. Diese Testverfahren, wie eingehend in Beispiel 8 des Beispielteils beschrieben, sind dem Fachmann geläufig.

Zusätzliche Nukleinsäurefragmente, die biologisch aktive Abschnitte einer PSE codieren, lassen sich durch Isolierung eines Teils einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8, Exprimieren des codierten Abschnitt der PSE oder des Peptids (z. B. durch rekombinante Expression in vitro) und Bestimmen der Aktivität des codierten Teils der PSE oder des Peptids herstellen.

Die Erfindung umfaßt zudem Nukleinsäuremoleküle, die sich von einer der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten Nukleotidsequenzen (und Teilen davon) aufgrund des degenerierten genetischen Codes unterscheiden und somit die gleiche PSE codieren wie diejenige, die von den in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten Nukleotidsequenzen codiert wird. Bei einer anderen Ausführungs form hat ein erfindungsgemäßes isoliertes Nukleinsäuremolekül eine Nukleotidsequenz, die ein Protein mit einer in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 gezeigten Aminosäure sequenz codiert. Bei einer weiteren Ausführungsform codiert das erfindungsgemäße Nukleinsäuremolekül ein Vollängen-PSE-Protein, das zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 (die von einem in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten offenen Leseraster codiert wird) im wesentlichen homolog ist und durch gängige Methoden identifizierbar und isolierbar ist.

Zusätzlich zu den in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 gezeigten PSE-Nukleotidsequenzen erkennt der Fach mann, daß DNA-Sequenzpolymorphismen, die zu Änderungen in den Aminosäuresequenzen der PSEs führen, innerhalb einer Population (z. B. der Physcomitrella, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium- Population) existieren können. Diese genetischen Polymorphismen im PSE-Gen können zwischen Individuen innerhalb einer Population aufgrund von natürlicher Variation existieren. Wie hier ver wendet, bedeuten die Begriffe "Gen" und "rekombinantes Gen" Nukleinsäureinoleküle mit einem offenen Leserahmen, der eine PSE, vorzugsweise eine Physcomitrella, Crypthecodinium- oder Thrausto chytrium -PSE, codiert. Diese natürlichen Varianten bewirken üblicherweise eine Varianz von 1 bis 5% in der Nukleotidsequenz des PSE-Gens. Sämtliche und alle dieser Nukleotidvariationen und daraus resultierende Aminosäurepolymorphismen in PSE, die das Ergebnis natürlicher Variation sind und die funktionelle Aktivität von PSEs nicht verändern, sollen im Umfang der Erfindung enthalten sein.

Nukleinsäuremoleküle, die den natürlichen Varianten entsprechen, und nicht - Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium -Homologen, -Derivate und -Analoga der Physcomitrella-, Crypthe codinium- oder Thraustochytrium -cDNA können auf der Grundlage ihrer Homologie zu der hier offenbarten Physcomitrella-, Crypthe codinium- oder Thraustochytrium -PSE-Nukleinsäure unter Verwen dung der Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium cDNA oder eines Teils davon als Hybridisierungssonde gemäß Standard-Hybridisierungstechniken unter stringenten Hybridi sierungsbedingungen isoliert werden. Bei einer anderen Aus führungsform ist ein erfindungsgemäßes isoliertes Nukleinsäure molekül mindestens 15 Nukleotide lang und hybridisiert unter stringenten Bedingungen mit dem Nukleinsäuremolekül, das eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 umfaßt. Bei anderen Ausführungsformen ist die Nukleinsäure mindestens 25, 50, 100, 250 oder mehr Nukleotide lang. Der Begriff "hybridisiert unter stringenten Bedingungen", wie hier verwendet, soll Hybridisierungs- und Waschbedingungen beschreiben, unter denen Nukleotidsequenzen, die mindestens 60% homolog zueinander sind, gewöhnlich aneinander hybridisiert bleiben. Die Bedingungen sind vorzugsweise derart, daß Sequenzen, die mindestens etwa 65%, stärker bevorzugt mindestens etwa 70% und noch stärker bevorzugt mindestens etwa 75% oder stärker zueinander homolog sind, gewöhnlich aneinander hybridisiert bleiben. Diese stringenten Bedingungen sind dem Fachmann bekannt und lassen sich in Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989), 6.3.1-6.3.6., finden. Ein bevor zugtes, nicht einschränkendes Beispiel für stringente Hybridi sierungsbedingungen sind Hybridisierungen in 6 × Natriumchlorid/ Natriumcitrat (sodium chloridetaodiumcitrate = SSC) bei etwa 45°C, gefolgt von einem oder mehreren Waschschritten in 0,2 × SSC, 0,1% SDS bei 50 bis 65°C. Dem Fachmann ist bekannt, daß diese Hybridisierungsbedingungen sich je nach dem Typ der Nukleinsäure und, wenn beispielsweise organische Lösungsmittel vorliegen, hinsichtlich der Temperatur und der Konzentration des Puffers unterscheiden. Die Temperatur unterscheidet sich beispielsweise unter "Standard-Hybridisierungsbedingungen" je nach dem Typ der Nukleinsäure zwischen 42°C und 58°C in wäßrigem Puffer mit einer Konzentration von 0,1 bis 5 × SSC (pH 7,2). Falls organisches Lösungsmittel im obengenannten Puffer vorliegt, zum Beispiel 50% Formamid, ist die Temperatur unter Standardbedingungen etwa 42°C. Vorzugsweise sind die Hybridisierungsbedingungen für DNA : DNA- Hybride zum Beispiel 0,1 × SSC und 20°C bis 45°C, vorzugsweise zwischen 30°C und 45°C. Vorzugsweise sind die Hybridisierungs bedingungen für DNA : RNA-Hybride zum Beispiel 0,1 × SSC und 30°C bis 5500 vorzugsweise zwischen 45°C und 55°C. Die vorstehend genannten Hybridisierungstemperaturen sind beispielsweise für eine Nukleinsäure mit etwa 100 bp (= Basenpaare) Länge und einem G + C-Gehalt von 50% in Abwesenheit von Formamid bestimmt. Der Fachmann weiß, wie die erforderlichen Hybridisierungsbedingungen anhand von Lehrbüchern, wie dem vorstehend erwähnten oder aus den folgenden Lehrbüchern Sambrook et al., "Molecular Cloning", Cold Spring Harbor Laboratory, 1989; Hames und Higgins (Hrsgb.) 1985, "Nucleic Acids Hybridization: A Practical Approach", IRL Press at Oxford University Press, Oxford; Brown (Hrsgb.) 1991, "Essential Molecular Biology: A Practical Approach", IRL Press at Oxford University Press, Oxford, bestimmt werden können.

Vorzugsweise entspricht ein erfindungsgemäßes isoliertes Nuklein säuremolekül, das unter stringenten Bedingungen an eine Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 hybridisiert, einem natürlich vorkommenden Nukleinsäuremolekül. Wie hier verwendet, betrifft ein "natürlich vorkommendes" Nukleinsäuremolekül ein RNA- oder DNA-Molekül mit einer Nukleotidsequenz, die in der Natur vorkommt (z. B. ein natür liches Protein codiert). Bei einer Ausführungsform codiert die Nukleinsäure eine natürliche vorkommende Physcomitrella patens- PSE, Crypthecodinium cohnii-PSE oder Thraustochytrium-PSE.

Zusätzlich zu natürlich vorkommenden Varianten der PSE-Sequenz, die in der Population existieren können, erkennt der Fachmann ferner, daß auch Änderungen durch Mutation in eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 eingebracht werden können, was zu Änderungen der Aminosäure sequenz der codierten PSE führt, ohne daß die Funktionsfähigkeit des PSE-Proteins beeinträchtigt wird. Beispielsweise lassen sich Nukleotidsusbtitutionen, die an "nicht-essentiellen" Aminosäure resten zu Aminosäuresubstitutionen führen, in einer Sequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 herstellen. Ein "nicht-essentieller" Aminosäurerest ist ein Rest, der sich in einer Wildtypsequenz einer der PSEs (SEQ ID N: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8) verändern läßt, ohne daß die Aktivi tät der PSE verändert wird, wohingegen ein "essentieller" Amino säurerest für die PSE-Aktivität erforderlich ist. Andere Amino säurereste (z. B. diejenigen, die in der Domäne mit PSE-Aktivität nicht konserviert oder lediglich semikonserviert sind) können jedoch für die Aktivität nicht essentiell sein und lassen sich somit wahrscheinlich verändern, ohne daß die PSE-Aktivität ver ändert wird.

Folglich betrifft ein weiterer Aspekt der Erfindung Nukleinsäure moleküle, die PSEs codieren, die veränderte Aminosäurereste ent halten, die für die PSE-Aktivität nicht essentiell sind. Diese PSEs unterscheiden sich in der Aminosäuresequenz von einer Sequenz in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 und behalten dennoch zumindest eine der hier beschriebenen PSE- Aktivitäten. Das isolierte Nukleinsäuremolekül umfaßt bei einer Ausführungsform eine Nukleotidsequenz, die ein Protein codiert, wobei das Protein eine Aminosäuresequenz mit mindestens etwa 50% Homologie zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ TD NO: 8 umfaßt und am Stoff wechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Physcomitrella, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann. Das von dem Nukleinsäuremolekül codierte Protein ist vorzugsweise mindestens etwa 50 bis 60% homolog zu einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8 stärker bevorzugt mindestens etwa 60 bis 70% homolog zu einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8 noch stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90%, 90 bis 95% homolog zu einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8 und am stärksten bevorzugt mindestens etwa 96%, 97%, 98% oder 99% homolog zu einer der Sequenzen in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8.

Zur Bestimmung der prozentualen Homologie von zwei Aminosäure sequenzen (z. B. einer der Sequenzen der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 und einer mutierten Form davon) oder von zwei Nukleinsäuren werden die Sequenzen zum Zweck des optimalen Vergleichs untereinander geschrieben (z. B. können Lücken in die Sequenz eines Proteins oder einer Nukleinsäure eingefügt werden, um ein optimales Alignment mit dem anderen Protein oder der anderen Nukleinsäure zu erzeugen). Die Amino säurereste oder Nukleotide an den entsprechenden Aminosäure positionen oder Nukleotidpositionen werden dann verglichen. Wenn eine Position in einer Sequenz (z. B. einer der Sequenzen der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8) durch den gleichen Aminosäurerest oder das gleiche Nukleotid wie die entsprechende Stelle in der anderen Sequenz (z. B. einer mutierten Form der aus SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ausgewählten Sequenz) belegt wird, dann sind die Moleküle an dieser Position homolog (d. h. Aminosäure- oder Nukleinsäure-"Homologie", wie hier verwendet, entspricht Amino säure- oder Nukleinsäure-"Identität"). Die prozentuale Homologie zwischen den beiden Sequenzen ist eine Funktion der Anzahl an identischen Positionen, die den Sequenzen gemeinsam sind (d. h. % Homologie = Anzahl der identischen Positionen/Gesamtanzahl der Positionen × 100).

Ein isoliertes Nukleinsäuremolekül, das eine PSE codiert, die zu einer Proteinsequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 homolog ist, kann durch Einbringen einer oder mehrerer Nukleotidsubstitutionen, -additionen oder -deletionen in eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 erzeugt werden, so daß eine oder mehrere Amino säuresubstitutionen, -additionen oder -deletionen in das codierte Protein eingebracht werden. Mutationen können in eine der Sequen zen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 durch Standardtechniken, wie stellenspezifische Mutagenese und PCR-vermittelte Mutagenese, eingebracht werden. Vorzugsweise werden konservative Aminosäuresubstitutionen an einer oder mehreren der vorhergesagten nicht-essentiellen Aminosäureresten hergestellt. Bei einer "konservativen Aminosäuresubstitution" wird der Aminosäurerest gegen einen Aminosäurerest mit einer ähnlichen Seitenkette ausgetauscht. Im Fachgebiet sind Familien von Aminosäureresten mit ähnlichen Seitenketten definiert worden. Diese Familien umfassen Aminosäuren mit basischen Seitenketten (z. B. Lysin, Arginin, Histidin), sauren Seitenketten (z. B. Asparaginsäure, Glutaminsäure), ungeladenen polaren Seitenketten (z. B. Glycin, Asparagin, Glutamin, Serin, Threonin, Tyrosin, Cystein), unpolaren Seitenketten, (z. B. Alanin, Valin, Leucin, Isoleucin, Prolin, Phenylalanin, Methionin, Tryptophan), beta- verzweigten Seitenketten (z. B. Threonin, Valin, Isoleucin) und aromatischen Seitenketten (z. B. Tyrosin, Phenylalanin, Trypto phan, Histidin). Ein vorhergesagter nicht-essentieller Aminosäurerest in einer PSE wird somit vorzugsweise durch einen anderen Aminosäurerest aus der gleichen Seitenkettenfamilie aus getauscht. Alternativ können bei einer anderen Ausführungsform die Mutationen zufallsgemäß über die gesamte oder einen Teil der PSE-codierenden Sequenz eingebracht werden, z. B. durch Sättigungsmutagenese, und die resultierenden Mutanten können nach der hier beschriebenen PSE-Aktivität durchmustert werden, um Mutanten zu identifizieren, die PSE-Aktivität beibehalten. Nach der Mutagenese einer der Sequenzen der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 kann das codierte Protein rekombinant exprimiert werden, und die Aktivität des Proteins kann z. B. unter Verwendung der hier beschriebenen Tests (siehe Beispielteil) bestimmt werden.

Zusätzlich zu den Nukleinsäuremolekülen, welche die vorstehend beschriebenen PSEs codieren, betrifft ein weiterer Aspekt der Erfindung isolierte Nukleinsäuremoleküle, die "Antisense" dazu sind. Eine "Antisense"-Nukleinsäure umfaßt eine Nukleotidsequenz, die zu einer "Sense"-Nukleinsäure, welche ein Protein codiert, komplementär ist, z. B. komplementär zum codierenden Strang eines doppelsträngigen cDNA-Moleküls oder komplementär zu einer mRNA- Sequenz. Eine Antisense-Nukleinsäure kann folglich über Wasser stoffbrückenbindungen an eine Sense-Nukleinsäure b 99999 00070 552 001000280000000200012000285919988800040 0002010023893 00004 99880inden. Die Antisense-Nukleinsäure kann zu einem gesamten PSE-codierenden Strang oder nur zu einem Teil davon komplementär sein. Bei einer Ausführungsform ist ein Antisense-Nukleinsäuremolekül "Antisense" zu einem "codierenden Bereich" des codierenden Strangs einer Nukleotidsequenz, die eine PSE codiert. Der Begriff "codierender Bereich" betrifft den Bereich der Nukleotidseguenz, der Codons umfaßt, die in Aminosäurereste translatiert werden (z. B. den gesamten codierenden Bereich, der mit dem Stopcodon beginnt und endet, d. h. dem letzten Codon vor dem Stopcodon). Bei einer weiteren Ausführungsform ist das Antisense-Nukleinsäuremolekül "Antisense" zu einem "nicht-codierenden Bereich" des codierenden Strangs einer Nukleotidsequenz, die PSE codiert. Der Begriff "nicht-codierender Bereich" betrifft 5'- und 3'-Sequenzen, die den codierenden Bereich flankieren und nicht in Aminosäuren translatiert werden (d. h. die man auch als 5'- und 3'-untrans latierte Bereiche bezeichnet).

Unter Voraussetzung der hier offenbarten PSE-codierenden Sequenzen des codierenden Stranges (z. B. die in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenzen) können erfindungsgemäße Antisense-Nukleinsäuren gemäß den Regeln der Watson-Crick-Basenpaarung gestaltet werden. Das Antisense- Nukleinsäuremolekül kann komplementär zum gesamten codierenden Bereich von PSE-mRNA sein, ist aber stärker bevorzugt ein Oligonukleotid, das nur zu einem Teil des codierenden oder nicht codierenden Bereichs von PSE-mRNA "Antisense" ist. Das Antisense- Oligonukleotid kann z. B. zu dem Bereich, der die Translations startstelle von PSE-mRNA umgibt, komplementär sein. Ein Anti sense-Oligonukleotid kann z. B. etwa 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45 oder 50 und mehr Nukleotide lang sein. Vorteilhaft ist ein Antisense-Oligonukleotis 15 bis 25 Nukleotide lang. Eine erfindungsgemäße Antisense-Nukleinsäure kann unter Verwendung chemischer Synthese und enzymatischer Ligationsreaktionen mittels im Fachgebiet bekannter Verfahren konstruiert werden. Eine Anti sense-Nukleinsäure (z. B. ein Antisense-Oligonukleotid) kann z. B. chemisch synthetisiert werden, wobei natürlich vorkommende Nukleotide oder verschiedentlich modifizierte Nukleotide ver wendet werden, die so gestaltet sind, daß sie die biologische Stabilität der Moleküle erhöhen oder die physikalische Stabilität des zwischen der Antisense- und der Sense-Nukleinsäure gebildeten Duplexes erhöhen, beispielsweise können Phosphorthioat-Derivate und acridinsubstituierte Nukleotide verwendet werden. Beispiele für modifizierte Nukleotide, die zur Erzeugung der Antisense- Nukleinsäure verwendet werden können, sind u. a. 5-Fluoruracil, 5-Bromuracil, 5-Chloruracil, 5-Ioduracil, Hypoxanthin, Xanthin, 4-Acetylcytosin, 5-(Carboxyhydroxylmethyl)uracil, 5-Carboxy methylaminomethyl-2-thiouridin, 5-Carboxymethylaminomethyluracil, Dihydrouracil, Beta-D-Galactosylqueosin, Inosin, N6-Isopentenyl adenin, 1-Methylguanin, 1-Methylinosin, 2,2-Dimethylguanin, 2-Methyladenin, 2-Methylguanin, 3-Methylcytosin, 5-Methylcytosin, N6-Adenin, 7-Methylguanin, 5-Methylaminomethyluracil, 5-Methoxy aminomethyl-2-thiouracil, Beta-D-Mannosylqueosin, 5'-Methoxy carboxymethyluracil, 5-Methoxyuracil, 2-Methylthio-N6-isopentyl adenin, Uracil-5-oxyessigsäure (v), Wybutoxosin, Pseudouracil, Queosin, 2-Thiocytosin, 5-Methyl-2-thiouracil, 2-Thiouracil, 4-Thiouracil, 5-Methyluracil, Uracil-5-oxyessigsäuremethylester, Uracil-5-oxyessigsäure (v), 5-Methyl-2-thiouracil, 3-(3-Amino- 3-N-2-carboxypropyl)uracil, (acp3)w und 2,6-Diaminopurin. Die Antisense-Nukleinsäure kann alternativ biologisch unter Ver wendung eines Expressionsvektors hergestellt werden, in den eine Nukleinsäure in Antisense-Richtung subkloniert worden ist (d. h. RNA, die von der eingebrachten Nukleinsäure transkribiert wird, ist zu einer Zielnukleinsäure von Interesse in Antisense- Richtung orientiert, was im nachstehenden Unterabschnitt weiter beschrieben ist).

Die erfindungsgemäßen Antisense-Nukleinsäuremoleküle werden üblicherweise an eine Zelle verabreicht oder in situ erzeugt, so daß sie mit der zellulären mRNA und/oder der genomischen DNA, die eine PSE codiert, hybridisieren oder daran binden, um dadurch die Expression des Proteins, z. B. durch Hemmung der Transkription und/oder Translation, zu hemmen. Die Hybridisierung kann durch herkömmliche Nukleotidkomplementarität unter Bildung eines stabilen Duplexes oder z. B. im Fall eines Antisense- Nukleinsäuremoleküls, das DNA-Duplices bindet, durch spezifische Wechselwirkungen in der großen Furche der Doppelhelix erfolgen. Das Antisense-Molekül kann so modifiziert sein, daß es spezifisch an einen Rezeptor oder an ein auf einer ausgewählten Zellober fläche exprimiertes Antigen bindet, z. B. durch Binden des Anti sense-Nukleinsäuremoleküls an ein Peptid oder einen Antikörper, das/der an einen Zelloberflächenrezeptor oder ein Antigen bindet. Das Antisense-Nukleinsäuremolekül kann auch unter Verwendung der hier beschriebenen Vektoren den Zellen zugeführt werden. Zur Erzielung ausreichender intrazellulärer Konzentrationen der Antisense-Moleküle sind Vektorkonstrukte, in denen sich das Antisense-Nukleinsäuremolekül unter der Kontrolle eines starken prokaryotischen, viralen oder eukaryotischen, einschließlich pflanzlichen, Promotors befindet, bevorzugt.

Bei einer weiteren Ausführungsform ist das erfindungsgemäße Antisense-Nukleinsäuremolekül ein α-anomeres Nukleinsäuremolekül. Ein α-anomeres Nukleinsäuremolekül bildet spezifische doppel strängige Hybride mit komplementärer RNA, wobei die Stränge im Gegensatz zu gewöhnlichen β-Einheiten parallel zueinander ver laufen. [Gaultier et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15: 6625-6641]. Das Antisense-Nukleinsäuremolekül kann zudem ein 2'-o-Methylribo nukleotid [Inoue et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15: 6131-6148] oder ein chimäres RNA-DNA-Analogon [Inoue et al. (1987) FEBS Lett. 215: 327-330] umfassen.

Bei einer weiteren Ausführungsform ist eine erfindungsgemäße Antisense-Nukleinsäure ein Ribozym. Ribozyme sind katalytische RNA-Moleküle mit Ribonukleaseaktivität, die eine einzelsträngige Nukleinsäure, wie eine mRNA, spalten können, zu der sie einen komplementären Bereich haben. Somit können Ribozyme z. B. Hammer head-Ribozyme [beschrieben in Haselhoff und Gerlach (1988) Nature 334: 585-591] zur katalytischen Spaltung von PSE-mRNA-Transkripten verwendet werden, um dadurch die Translation von PSE-mRNA zu hemmen. Ein Ribozym mit Spezifität für eine PSE-codierende Nukleinsäure kann auf der Basis der Nukleotidsequenz einer hier offenbarten PSE-cDNA (d. h. 38_ck21_g07fwd in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7) oder auf der Basis einer gemäß den in dieser Erfindung gelehrten Verfahren zu isolierenden heterologen Sequenz gestaltet werden. Beispiels weise kann ein Derivat einer Tetrahymena-L-19-IVS-RNA konstruiert werden, wobei die Nukleotidsequenz der aktiven Stelle komple mentär zu der Nukleotidsequenz ist, die in einer PSE-codierenden mRNA gespalten werden soll. Siehe z. B. Cech et al., US 4,987,071 und Cech et al., US 5,116,742. Alternativ kann PSE-mRNA zur Selektion einer katalytischen RNA mit einer spezifischen Ribo nukleaseaktivität aus einem Pool von RNA-Molekülen verwendet werden [siehe z. B. Bartel, D., und Szostak, J. W. (1993) Science 261: 1411-1418].

Alternativ läßt sich die PSE-Gen-Expression hemmen, indem Nukleo tidsequenzen, die komplementär zum regulatorischen Bereich einer PSE-Nukleotidsequenz (z. B. einem PSE-Promotor und/oder -Enhancer) sind, so dirigiert werden, daß Dreifachhelix-Strukturen gebildet werden, welche die Transkription eines PSE-Gens in Zielzellen hemmen [siehe allgemein Helene, C. (1991) Anticancer Drug Res. 6(6) 569-84; Helene, C., et al. (1992) Ann. N. Y. Acad. Sci. 660: 27-36; und Maher. L. J. (1992) Bioassays 14(12): 807-815].

B. Genkonstrukt

Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist ein neues Gen konstrukt, was eine isolierte Nukleinsäure enthält, die von Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium stammt und ein Polypeptid codiert, das C₁₆, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängert, oder die Gensequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7, ihre Homologen, Derivate oder Analoga, die funktionsfähig mit einem oder mehreren Regulationssignalen, vorteilhafterweise zur Steigerung der Genexpression, verbunden sind, enthält. Beispiele für diese Regulationssequenzen sind Sequenzen, an die Induktoren oder Repressoren binden und so die Expression der Nukleinsäure regulieren. Zusätzlich zu diesen neuen Regulationssequenzen kann die natürliche Regulation dieser Sequenzen vor den eigentlichen Strukturgenen noch vorhanden sein und, wenn geeignet, genetisch modifiziert worden sein, so daß die natürliche Regulation ausge schaltet worden ist und die Expression der Gene gesteigert worden ist. Das Genkonstrukt kann jedoch auch eine einfachere Struktur haben, d. h. daß keine zusätzlichen Regulationssignale vor der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder ihren Homologen inseriert worden sind und der natürliche Promotor mit seiner Regulation nicht deletiert worden ist. Statt dessen ist die natürliche Regulationssequenz so mutiert worden, daß keine Regulation mehr stattfindet und die Genexpression ver stärkt ist. Das Genkonstrukt kann außerdem vorteilhafterweise eine oder mehrere sogenannte Enhancer-Sequenzen, die funktions fähig mit dem Promotor verbunden sind und die gesteigerte Expression der Nukleinsäuresequenz ermöglichen, umfassen. Es ist auch möglich, am 3'-Ende der DNA-Sequenzen zusätzlich vorteilhafte Sequenzen zu inserieren, beispielsweise weitere Regulationselemente oder Terminatoren. Die Elongasegene können im Genkonstrukt in einer oder mehreren Kopien vorliegen. Es ist vorteilhaft für die Insertion weiterer Gene in Organismen, wenn weitere Gene im Genkonstrukt vorliegen.

Vorteilhafte Regulationsseguenzen für das neue Verfahren liegen beispielsweise in Promotoren vor, wie dem cos-, tac-, trp-, tet-, trp-tet-, lpp-, lac-, lpp-lac-, lacI^q-, T7 -, T5-, T3-, gal-, trc-, ara-, SP6-, λ-P_R- oder λ-P_L-Promotor und werden vorteilhafterweise in Gram-negativen Bakterien angewendet. Weitere vorteilhafte Regulationssequenzen liegen beispielsweise in den Gram-positiven Promotoren amy und SP02, in den Hefe- oder Pilzpromotoren ADC1, MFα, AC, P-60, CYC1, GAPDH, TEF, rp28, ADH oder in den Pflanzen promotoren CaMV/355 [Franck et al., Cell 21 (1980) 285-294], PRP1 [Ward et al., Plant. Mol. Biol. 22 (1993)1, SSU, OCS, lib4, usp, STLS1, B33, nos oder im Ubiquitin- oder Phaseolin-Promotor vor. In diesem Zusammenhang vorteilhaft sind ebenfalls induzierbare Promotoren, wie die in EP-A-0 388 186 (Benzylsulfonamid-indu zierbar), Plant J. 2, 1992: 397-404 (Gatz et al., Tetracyclin induzierbar), EP-A-0 335 528 (Abzisinsäure-induzierbar) oder WO 93/21334 (Ethanol- oder Cyclohexenol -induzierbar) beschrie benen Promotoren. Weitere geeignete Pflanzenpromotoren sind der Promotor von cytosolischer FBPase oder der ST-LSI-Promotor der Kartoffel (Stockhaus et al., EMBO J. 8, 1989, 2445), der Phosphoribosylpyrophosphatamidotransferase-Promotor aus Glycine max (Genbank-Zugangsnr. U87999) oder der in EP-A-0 249 676 beschriebene nodienspezifische Promotor. Besonders vorteilhafte Promotoren sind Promotoren, welche die Expression in Geweben er möglichen, die an der Fettsäurebiosynthese beteiligt sind. Ganz besonders vorteilhaft sind samenspezifische Promotoren, wie der usp-, LEB4-, Phaseolin- oder Napin-Promotor. Weitere besonders vorteilhafte Promotoren sind samenspezifische Promotoren, die für monokotyle oder dikotyle Pflanzen verwendet werden können und in US 5,608,152 (Napin-Promotor aus Raps), WO 98/45461 (Phaseolin- Promotor aus Arobidopsis), US 5,504,200 (Phaseolin-Promotor aus Phaseolus vulgaris), WO 91/13980 (Bce4-Promotor aus Brassica), von Baeumlein et al., Plant J., 2, 2, 1992: 233-239 (LEB4- Promotor aus einer Leguminose) beschrieben sind, wobei sich diese Promotoren für Dikotyledonen eignen. Die folgenden Promotoren eignen sich beispielsweise für Monokotyledonen lpt-2- oder lpt-1-Promotor aus Gerste (WO 95/15389 und WO 95/23230), Hordein- Promotor aus Gerste und andere, in WO 99/16890 beschriebene geeignete Promotoren.

Es ist im Prinzip möglich, alle natürlichen Promotoren mit ihren Regulationssequenzen, wie die oben genannten, für das neue Ver fahren zu verwenden. Es ist ebenfalls möglich und vorteilhaft, zusätzlich synthetische Promotoren zu verwenden.

Das Genkonstrukt kann, wie oben beschrieben, auch weitere Gene umfassen, die in die Organismen eingebracht werden sollen. Es ist möglich und vorteilhaft, in die Wirtsorganismen Regulationsgene, wie Gene für Induktoren, Repressoren oder Enzyme, welche durch ihre Enzymaktivität in die Regulation eines oder mehrerer Gene eines Biosynthesewegs eingreifen, einzubringen und darin zu exprimieren. Diese Gene können heterologen oder homologen Ursprungs sein. Die inserierten Gene können ihren eigenen Promotor haben oder auch unter der Kontrolle des Promotors der Sequenz SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 oder seiner Homologen, Derivate oder Analoga stehen.

Das Genkonstrukt umfaßt vorteilhafterweise zur Expression der anderen vorliegenden Gene weitere 3'- und/oder 5'-terminale Regulationssequenzen zur Steigerung der Expression, die in Abhängigkeit vom gewählten Wirtsorganismus und dem Gen oder den Genen für die optimale Expression ausgewählt werden.

Diese Regulationssequenzen sollen, wie oben erwähnt, die spezifische Expression der Gene und die Proteinexpression ermöglichen. Dies kann je nach dem Wirtsorganismus beispiels weise bedeuten, daß das Gen nur nach Induktion exprimiert oder überexprimiert wird oder daß es sofort exprimiert und/oder überexprimiert wird.

Die Regulationssequenzen oder -faktoren können außerdem vorzugs weise eine vorteilhafte Wirkung auf die Expression der einge brachten Gene haben und diese somit steigern. Auf diese Weise ist es möglich, daß die Regulationselemente unter Verwendung starker Transkriptionssignale, wie Promotoren und/oder Enhancer, vorteil hafterweise auf Transkriptionsebene verstärkt werden. Es ist jedoch weiterhin auch möglich, die Translation zum Beispiel durch Verbesserung der mRNA-Stabilität zu verstärken. Vorteilhafterweise werden die erfindungsgemäßen Nukleinsäure sequenzen zusammen mit mindestens einem Reportergen in ein Genkonstrukt (= Expressionskassette, Nukleinsäurekonstrukt) kloniert, die in den Organismus über einen Vektor oder direkt in das Genom eingebracht wird. Dieses Reportergen sollte eine leichte Detektierbarkeit über einen Wachstums-, Fluoreszenz-, Chemo-, Biolumineszenz- oder Resistenzassay oder über eine photo metrische Messung ermöglichen. Beispielhaft seien als Reporter gene Antibiotika-oder Herbizidresistenzgene, Hydrolasegene, Fluoreszenzproteingene, Biolumineszenzgene, Zucker- oder Nukleotidstoffwechselgene oder Biosynthesegene wie das Ura3- Gen, das Ilv2-Gen, das Luciferasegen, das b-Galactosidasegen, das gfp-Gen, das 2-Desoxyglucose-6-phosphat-Phosphatasegen, das b-Glucuronidase-Gen, b-Lactamasegen, das Neomycinphospho transferasegen, das Hygromycinphosphotransferasegen oder das BASTA (= Gluphosinatresistenz)-Gen genannt. Diese Gene ermög lichen eine leichte Messbarkeit und Quantifizierbarkeit der Transcriptionsaktivität und damit der Expression der Gene. Damit lassen sich Genomstellen identifizieren, die eine unterschied liche Produktivität zeigen.

Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen mit SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7, die für Elongasen codieren können in einer oder mehreren Kopien in der Expressions kassette ( = Genkonstrukt) enthalten sein.

In der Expressionskassette (= Genkonstrukt, Nukleinsäure konstrukt) kann noch mindestens eine weitere Nukleinsäure, die für ein Gen bevorzugt aus der Fettsäurebiosynthese codiert, enthalten sein, die in die Wirtsorganismen eingebracht werden sollen. Diese Gene können unter getrennter Regulation oder unter der gleichen Regulationsregion wie die Gene erfindungsgemäßen Elongase liegen. Bei diesen Genen handelt es sich beispielsweise um weitere Biosynthesegene vorteilhaft der Fettsäurebiosynthese, die eine gesteigerte Synthese ermöglichen. Beispielsweise seien die Gene für die Δ19-, Δ17-, Δ15-, Δ12-, Δ9-, Δ8-, Δ6-, Δ5-, Δ4-Desaturase, die verschiedenen Hydroxylasen, die Δ12-Acetylenase, die Acyl-ACP-Thioesterasen, β-Ketoacyl-ACP- Synthasen oder β-Ketoacyl-ACP-Reductasen genannt. Vorteilhaft werden die Desaturasegene im Nukleinsäurekonstrukt verwendet. Auch diese Gene können in einer oder mehreren Kopien im Gen konstrukt enthalten sein.

C. Rekombinante Expressionsvektoren und Wirtszellen

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft Vektoren, vorzugs weise Expressionsvektoren, die eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein erfindungsgemäßes Genkonstrukt enthalten, die eine PSE (oder einen Teil davon) codieren. Wie hier verwendet, betrifft der Begriff "Vektor" ein Nukleinsäuremolekül, das eine andere Nukleinsäure transportieren kann, an welche es gebunden ist. Ein Vektortyp ist ein "Plasmid", was für eine zirkuläre doppel strängige DNA-Schleife steht, in die zusätzlichen DNA-Segmente ligiert werden können. Ein weiterer Vektortyp ist ein viraler Vektor, wobei zusätzliche DNA-Segmente in das virale Genom ligiert werden können. Bestimmte Vektoren können in einer Wirtszelle, in die sie eingebracht worden sind, autonom replizieren (z. B. Bakterienvektoren mit bakteriellem Replikationsursprung und episomale Säugervektoren). Andere Vektoren (z. B. nicht-episomale Säugervektoren) werden beim Einbringen in die Wirtszelle in das Genom einer Wirtszelle integriert und dadurch zusammen mit dem Wirtsgenom repliziert. Zudem können bestimmte Vektoren die Expression von Genen, mit denen sie funktionsfähig verbunden sind, steuern. Diese Vektoren werden hier als "Expressions vektoren" bezeichnet. Gewöhnlich haben Expressionsvektoren, die für DNA-Rekombinationstechniken geeignet sind, die Form von Plasmiden. In der vorliegenden Beschreibung können "Plasmid" und "Vektor" austauschbar verwendet werden, da das Plasmid die am häufigsten verwendete Vektorform ist. Die Erfindung soll jedoch diese anderen Expressionsvektorformen, wie virale Vektoren (z. B. replikationsdefiziente Retroviren, Adenoviren und adenoverwandte Viren), die ähnliche Funktionen ausüben, umfassen. Ferner soll der Begriff Vektor auch andere Vektoren, die dem Fachmann bekannt sind, wie Phagen, Viren, wie SV40, CMV, Baculovirus, Adenovirus, Transposons, IS-Elemente, Phasmide, Phagemide, Cosmide, lineare oder zirkuläre DNA sowie RNA umfassen.

Die erfindungsgemäßen rekombinanten Expressionsvektoren um fassen eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein erfindungs gemäßes Genkonstrukt in einer Form, die sich zur Expression der Nukleinsäure in einer Wirtszelle eignet, was bedeutet, daß die rekombinanten Expressionsvektoren eine oder mehrere Regulations sequenzen, ausgewählt auf der Basis der zur Expression zu ver wendenden Wirtszellen, die mit der zu exprimierenden Nuklein säuresequenz funktionsfähig verbunden ist, umfaßt. In einem rekombinanten Expressionsvektor bedeutet "funktionsfähig ver bunden", daß die Nukleotidsequenz von Interesse derart an die Regulationssequenz(en) gebunden ist, daß die Expression der Nukleotidsequenz möglich ist und sie aneinander gebunden sind, so daß beide Sequenzen die vorhergesagte, der Sequenz zugeschriebene Funktion erfüllen (z. B. in einem In-vitro-Transkriptions-/Trans lationssystem oder in einer Wirtszelle, wenn der Vektor in die Wirtszelle eingebracht wird). Der Begriff "Regulationssequenz" soll Promotoren, Enhancer und andere Expressionskontrollelemente (z. B. Polyadenylierungssignale) umfassen. Diese Regulations sequenzen sind z. B. beschrieben in Goeddel: Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, CA (1990), oder siehe: Gruber und Crosby, in: Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnolgy, CRC Press, Boca Raton, Florida, Hrsgb.: Glick und Thompson, Kapitel 7, 89-108, ein schließlich der Literaturstellen darin. Regulationssequenzen umfassen solche, welche die konstitutive Expression einer Nukleotidsequenz in vielen Wirtszelltypen steuern, und solche, welche die direkte Expression der Nukleotidsequenz nur in bestimmten Wirtszellen unter bestimmten Bedingungen steuern. Der Fachmann weiß, daß die Gestaltung des Expressionsvektors von Faktoren, wie der Auswahl der zu transformierenden Wirtszelle, dem Ausmaß der Expression des gewünschten Proteins usw., abhängen kann. Die erfindungsgemäßen Expressionsvektoren können in Wirts zellen eingebracht werden, um dadurch Proteine oder Peptide, einschließlich Fusionsproteinen oder -peptiden, herzustellen, die von den Nukleinsäuren, wie hier beschrieben, codiert werden (z. B. PSEs, mutante Formen von PSEs, Fusionsproteine usw.).

Die erfindungsgemäßen rekombinanten Expressionsvektoren können zur Expression von PSEs in prokaryotischen oder eukaryotischen Zellen gestaltet sein. Beispielsweise können PSE-Gene in bakteriellen Zellen, wie C. glutamicum, Insektenzellen (unter Verwendung von Baculovirus-Expressionsvektoren), Hefe- und anderen Pilzzellen [siehe Romanos, M. A., et al. (1992) "Foreign gene expression in yeast: a review", Yeast 8: 423-488; von den Hondel, C. A. M. J. J., et al. (1991) "Heterologous gene expression in filamentous fungi", in: More Gene Manipulations in Fungi, J. W. Bennet & L. L. Lasure, Hrsgb., S. 396-428: Academic Press: San Diego; und von den Hondel, C. A. M. J. J., & Punt, P. J. (1991) "Gene transfer systems and vector development for filamentous fungi, in: Applied Molecular Genetics of Fungi, Peberdy, J. F., et al., Hrsgb., S. 1-28, Cambridge University Press: Cambridge], Algen [Falciatore et al., 1999, Marine Biotechnology. 1, 3: 239-251)], Ciliaten der Typen: wie Holotrichia, Peritrichia, Spirotrichia, Suctoria, Tetrahymena, Paramecium, Colpidium, Glaucoma, Platyophrya, Potomacus, Pseudocohnilembus, Euplotes, Engelmaniella und Stylonychia, insbesondere der Gattung Stylonychia lemnae, mit Vektoren nach einem Transformations verfahren, wie beschrieben in WO 98/01572, sowie Zellen viel zelliger Pflanzen [siehe Schmidt, R. und Willmitzer, L. (1988) "High efficiency Agrobacterium tumefaciens-mediated trans formation of Arabidopsis thaliana leafand cotyledon explants" Plant Cell Rep.: 583-586; Plant Molecular Biology and Biotechno logy, C Press, Boca Raton, Florida, Kapitel 6/7, S. 71-119 (1993); F. F. White, B. Jenes et al., Techniques for Gene Transfer, in: Transgenic Plants, Bd. 1, Engineering and Utilization, Hrsgb.: Kung und R. Wu, Academic Press (1993), 128-43; Potrykus, Annu, Rev. Plant Physiol. Plant Molec. Biol. 42 (1991), 205-225 (und darin zitierte Literaturstellen)] oder Säugerzellen exprimiert werden. Geeignete Wirtszellen werden ferner erörtert in Goeddel, Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, CA (1990). Der rekombinante Expressionsvektor kann alternativ, zum Beispiel unter Verwendung von T7-Promotor- Regulationssequenzen und T7-Polymerase, in vitro transkribiert und translatiert werden.

Die Expression von Proteinen in Prokaryoten erfolgt meist mit Vektoren, die konstitutive oder induzierbare Promotoren enthalten, welche die Expression von Fusions- oder nicht- Fusionsproteinen steuern. Fusionsvektoren fügen eine Reihe von Aminosäuren an ein darin codiertes Protein an, gewöhnlich am Aminoterminus des rekombinanten Proteins, aber auch am C-Terminus oder fusioniert innerhalb geeigneter Bereiche in den Proteinen. Diese Fusionsvektoren haben gewöhnlich drei Aufgaben: 1) die Verstärkung der Expression von rekombinantem Protein; 2) die Erhöhung der Löslichkeit des rekombinanten Proteins und 3) die Unterstützung der Reinigung des rekombinanten Proteins durch Wirkung als Ligand bei der Affinitätsreinigung beispielsweise über sogenannte His-Tags. Bei Fusions-Expressionsvektoren wird oft eine proteolytische Spaltstelle an der Verbindungsstelle der Fusionseinheit und des rekombinanten Proteins eingebracht, so daß die Abtrennung des rekombinanten Proteins von der Fusionseinheit nach der Reinigung des Fusionsproteins möglich ist. Diese Enzyme und ihre entsprechenden Erkennungssequenzen umfassen Faktor Xa, Thrombin und Enterokinase.

Typische Fusions-Expressionsvektoren sind u. a. pGEX [Pharmacia Biotech Inc. Smith, D. B., und Johnson, K. S. (1988) Gene 67: 31-40], pMAL [New England Biolabs, Beverly, MA] und pRIT5 [Pharmacia, Piscataway, NJ], bei denen Glutathion-S-Transferase (GST), Maltose E-bindendes Protein bzw. Protein A an das rekombinante Zielprotein fusioniert wird. Bei einer Ausführungs form ist die PSE-codierende Sequenz in einen pGEX-Expressions vektor kloniert, so daß ein Vektor erzeugt wird, der ein Fusions protein codiert, das vom N-Terminus zum C-Terminus GST-Thrombin- Spaltstelle-X-Protein umfaßt. Das Fusionsprotein kann durch Affinitätschromatographie unter Verwendung von Glutathion- Agarose-Harz gereinigt werden. Rekombinante PSE, die nicht an GST fusioniert ist, kann durch Spaltung des Fusionsproteins mit Thrombin gewonnen werden.

Beispiele für geeignete induzierbare nicht-Fusions-E. coli- Expressionsvektoren sind u. a. pTrc (Amann et al. (1988) Gene 69: 301-315) und pET 11d (Studier et al., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Kalifornien (1990) 60-89). Die Zielgenexpression vom pTrc-Vektor beruht auf der Transkription durch Wirts-RNA-Polymerase von einem Hybrid-trp-lac-Fusionspromotor. Die Zielgenexpression aus dem pET 11d-Vektor beruht auf der Transkription von einem T7-gn10-lac- Fusions-Promotor, die von einer coexprimierten viralen RNA-Polymerase (T7 gn1) vermittelt wird. Diese virale Polymerase wird von den Wirtsstämmen BL21 (DE3) oder HMS174 (DE3) von einem residenten λ-Prophagen bereitgestellt, der ein T7 gn1-Gen unter der Transkriptionskontrolle des lacUV 5-Promotors birgt.

Andere in prokaryotischen Organismen geeignete Vektoren sind dem Fachmann bekannt, diese Vektoren sind beispielsweise in E. coli pLG338, pACYC184, die pBR-Reihe, wie pBR322, die pUC-Reihe, wie pUC18 oder pUC19, die M113mp-Reihe, pKC30, pRep4, pHS1, pHS2, pPLc236, pMBL24, pLG200, pUR290, pIN-III¹¹³-B1, pgt11 or pBdCI, in Streptomyces pIJ101, pIJ364, pIJ702 oder pIJ361, in Bacillus pUB110, pC194 oder pBD214, in Corynebacterium pSA77 oder pAJ667.

Eine Strategie zur Maximierung der Expression von rekombinantem Protein ist die Expression des Proteins in einem Wirtsbakterium, dessen Fähigkeit zur proteolytischen Spaltung des rekombinanten Proteins gestört ist [Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Kalifornien (1990) 119-128]. Eine weitere Strategie ist die Veränderung der Nukleinsäuresequenz der in einen Expressionsvektor zu inserieren den Nukleinsäure, so daß die einzelnen Codons für jede Amino säure diejenigen sind, die vorzugsweise in einem zur Expression ausgewählten Bakterium, wie C. glutamicum, verwendet werden [Wada et al. (1992) Nucleic Acids Res. 20: 2111-2118]. Diese Veränderung der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen erfolgt durch Standard-DNA-Synthesetechniken.

Bei einer weiteren Ausführungsform ist der PSE-Expressionsvektor ein Hefe-Expressionsvektor. Beispiele für Vektoren zur Expression in der Hefe S. cerevisiae umfassen pYepSecl [Baldari et al. (1987) Embo J. 6: 229-234], pMFa [Kurjan und Herskowitz (1982) Cell 30: 933-943], pJRY88 [Schultz et al. (1987) Gene 54: 113-123] sowie pYES2 [Invitrogen Corporation, San Diego, CA]. Vektoren und Verfahren zur Konstruktion von Vektoren, die sich zur Verwendung in anderen Pilzen, wie den filamentösen Pilzen, eignen, umfassen diejenigen, die eingehend beschrieben sind in: von den Hondel, C. A. M. J. J., & Punt, P. J. (1991) "Gene transfer systems and vector development for filamentous fungi, in: Applied Molecular Genetics of fungi, J. F. Peberdy et al., Hrsgb., S. 1-28, Cambridge University Press: Cambridge, oder in: More Gene Manipulations in Fungi [J. W. Bennet & L. L. Lasure, Hrsgb., S. 396-428: Academic Press: San Diego]. Weitere geeignete Hefevektoren sind beispiels weise pAG-1, YEp6, YEp13 oder pEMBLYe23.

Alternativ können die erfindungsgemäßen PSEs in Insektenzellen unter Verwendung von Baculovirus-Expressionsvektoren exprimiert werden. Baculovirus-Vektoren, die zur Expression von Proteinen in gezüchteten Insektenzellen (z. B. Sf9-Zellen) verfügbar sind, umfassen die pAc-Reihe [Smith et al. (1983) Mol. Cell Biol.. 3: 2156-2165] und die pVL-Reihe [Lucklow und Summers (1989) Virology 170: 31-39].

Die oben genannten Vektoren bieten nur einen kleinen Überblick über mögliche geeignete Vektoren. Weitere Plasmide sind dem Fachmann bekannt und sind zum Beispiel beschrieben in: Cloning Vectors (Hrsgb. Pouwels, P. H., et al., Elsevier, Amsterdam- New York-Oxford, 1985, ISBN 0 444 904018).

Bei noch einer weiteren Ausführungsform wird eine erfindungs gemäße Nukleinsäure in Säugerzellen unter Verwendung eines Säuger-Expressionsvektors exprimiert. Beispiele für Säuger- Expressionsvektoren umfassen pCDM8 [Seed, B. (1987) Nature 329: 840] und pMT2PC [Kaufman et al. (1987) EMBO J. 6: 187-195]. Bei der Verwendung in Säugerzellen werden die Kontrollfunktionen des Expressionsvektors oft von viralen Regulationselementen bereitgestellt. Üblicherweise verwendete Promotoren stammen z. B. aus Polyoma, Adenovirus2, Cytomegalievirus und Simian Virus 40. Weitere geeignete Expressionssysteme für prokaryotische und eukaryotische Zellen siehe in den Kapiteln 16 und 17 von Sambrook, J., Fritsch, E. F., und Maniatis, T., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2. Auflage, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989.

Bei einer anderen Ausführungsform kann der rekombinante Säuger- Expressionsvektor die Expression der Nukleinsäure vorzugsweise in einem bestimmten Zelltyp steuern (z. B. werden gewebespezifische Regulationselemente zur Expression der Nukleinsäure verwendet). Gewebespezifische Regulationselemente sind im Fachgebiet bekannt. Nicht beschränkende Beispiele für geeignete gewebespezifische Promotoren sind u. a. der Albuminpromotor [leberspezifisch; Pinkert et al. (1987) Genes Dev. 1: 268-277], lymphoidspezifische Promotoren [Calame und Eaton (1988) Adv. Immunol. 43: 235-275], insbesondere Promotoren von T-Zellrezeptoren [Winoto und Baltimore (1989) EMBO J. 8: 729-733] und Immunglobulinen (Banerji et al. (1983) Cell 33: 729-740; Queen und Baltimore (1983) Cell 33: 741-748], neuronspezifische Promotoren [z. B. Neurofilament- Promotor; Byrne und Ruddle (1989) PNAS 86: 5473-5477], pankreas spezifische Promotoren [Edlund et al., (1985) Science 230: 912-916] und milchdrüsenspezifische Promotoren [z. B. Milch serum-Promotor; US 4,873,316 und EP-A-0 264 166). Auch ent wicklungsregulierte Promotoren sind umfaßt, z. B. die hox- Promotoren der Maus [Kessel und Gruss (1990) Science 249: 374-379] und der Fetoprotein-Promotor [Campes und Tilghman (1989) Genes Dev. 3: 537-546].

Bei einer weiteren Ausführungsform können die erfindungsgemäßen PSEs in einzelligen Pflanzenzellen (wie Algen), siehe Falciatore et al., 1999, Marine Biotechnology 1 (3): 239-251 und darin zitierte Literaturangaben, und Pflanzenzellen aus höheren Pflanzen (z. B. Spermatophyten, wie Feldfrüchten) exprimiert werden. Beispiele für Pflanzen-Expressionsvektoren umfassen sol che, die eingehend beschrieben sind in: Becker, D., Kemper, E., Schell, J., und Masterson, R. (1992) "New plant binary vectors with selectable markers located proximal to the left border", Plant Mol. Biol. 20: 1195-1197; und Bevan, M. W. (1984) "Binary Agrobacterium vectors for plant transformation", Nucl. Acids Res. 12: 8711-8721; Vectors for Gene Transfer in Higher Plants; in: Transgenic Plants, Bd. 1, Engineering and Utilization, Hrsgb.: Kung und R. Wu, Academic Press, 1993, S. 15-38. Weitere geeignete pflanzliche Vektoren werden unter anderem in "Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnology" (CRC Press), Kap. 6/7, S. 71-119 beschrieben. Vorteilhafte Vektoren sind sog. shuttle- Vektoren oder binäre Vektoren, die in E. coli und Agrobacterium replizieren.

Eine Pflanzen-Expressionskassette enthält vorzugsweise Regulationssequenzen, welche die Genexpression in Pflanzen zellen steuern können und funktionsfähig verbunden sind, so daß jede Sequenz ihre Funktion, wie Termination der Transkription, erfüllen kann, beispielsweise Polyadenylierungssignale. Bevor zugte Polyadenylierungssignale sind diejenigen, die aus Agro bacterium tumefaciens-t-DNA stammen, wie das als Octopinsynthase bekannte Gen 3 des Ti-Plasmids pTiACH5 [Gielen et al., EMBO J. 3 (1984) 835ff.] oder funktionelle Äquivalente davon, aber auch alle anderen in Pflanzen funktionell aktiven Terminatoren sind geeignet.

Da die Pflanzengenexpression sehr oft nicht auf Transkriptions ebenen beschränkt ist, enthält eine Pflanzen-Expressionskassette vorzugsweise andere funktionsfähig verbunden Sequenzen, wie Translationsenhancer, beispielsweise die Overdrive-Sequenz, welche die 5'-untranslatierte Leader-Sequenz aus Tabakmosaik virus, die das Protein/RNA-Verhältnis erhöht, enthält [Gallie et al., 1987, Nucl. Acids Research 15: 8693-8711].

Die Pflanzengenexpression muss funktionsfähig mit einem geeigneten Promotor verbunden sein, der die Genexpression auf rechtzeitige, zell- oder gewebespezifische Weise durchführt. Bevorzugt sind Promotoren, welche die konstitutive Expression herbeiführen [Benfey et al., EMBO J. 8 (1989) 2195-2202], wie diejenigen, die von Pflanzenviren stammen, wie 355 CAMV [Franck et al., Cell 21 (1980) 285-294], 19S CaMV (siehe auch US 5,352,605 und WO 84/02913) oder Pflanzenpromotoren, wie der in US 4,962,028 beschriebene der kleinen Untereinheit der Rubisco.

Andere bevorzugte Sequenzen für die Verwendung zur funktions fähigen Verbindung in Pflanzengenexpressions-Kassetten sind Targeting-Sequenzen, die zur Steuerung des Genproduktes in sein entsprechendes Zellkompartiment notwendig sind [siehe eine Über sicht in Kermode, Crit. Rev. Plant Sci. 15, 4 (1996) 285-423 und darin zitierte Literaturstellen], beispielsweise in die Vakuole, den Zellkern, alle Arten von Plastiden, wie Amyloplasten, Chloro plasten, Chromoplasten, den extrazellulären Raum, die Mitochon drien, das Endoplasmatische Retikulum, Ölkörper, Peroxisomen und andere Kompartimente von Pflanzenzellen.

Die Pflanzengenexpression läßt sich auch über einen chemisch induzierbaren Promotor erleichtern [siehe eine Übersicht in Gatz 1997, Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol., 48: 89-108]. Chemisch induzierbare Promotoren eignen sich besonders, wenn gewünscht wird, daß die Genexpression auf zeitspezifische Weise erfolgt. Beispiele für solche Promotoren sind ein Salicylsäure induzierbarer Promotor (WO 95/19443), ein Tetracyclin-induzier barer Promotor [Gatz et al. (1992) Plant J. 2, 397-404] und ein Ethanol-induzierbarer Promotor.

Auch Promotoren, die auf biotische oder abiotische Streß bedingungen reagieren, sind geeignete Promotoren, beispielsweise der pathogeninduzierte PRP1-Gen-Promotor [Ward et al., Plant. Mol. Biol. 22 (1993) 361-366], der hitzeinduzierbare hsp80- Promotor aus Tomate (US 5,187,267), der kälteinduzierbare Alpha amylase-Promotor aus Kartoffel (WO 96/12814) oder der durch Wunden induzierbare pinII-Promotor (EP-A-0 375 091).

Es sind insbesondere solche Promotoren bevorzugt, welche die Genexpression in Geweben und Organen herbeiführen, in denen die Lipid- und Ölbiosynthese stattfindet, in Samenzellen, wie den Zellen des Endosperms und des sich entwickelnden Embryos. Geeignete Promotoren sind der Napingen-Promotor aus Raps (US 5,608,152), der USP-Promotor aus Vicia faba [Baeumlein et al., Mol Gen Genet, 1991, 225 (3): 459-67], der Oleosin- Promotor aus Arabidopsis (WO 98/45461), der Phaseolin-Promotor aus Phaseolus vulgaris (US 5,504,200), der Bce4-Promotor aus Brassica (WO 91/13980) oder der Legumin-B4-Promotor [LeB4; Baeumlein et al., 1992, Plant Journal, 2 (2): 233-9] sowie Promotoren, welche die samenspezifische Expression in Monokotyledonen-Pflanzen, wie Mais, Gerste, Weizen, Roggen, Reis usw. herbeiführen. Geeignete beachtenswerte Promotoren sind der lpt2- oder lpt1-Gen-Promotor aus Gerste (WO 95/15389 und WO 95/23230) oder die in WO 99/16890 beschriebenen (Promotoren aus dem Gersten-Hordein-Gen, dem Reis-Glutelin-Gen, dem Reis-Oryzin-Gen, dem Reis-Prolamin-Gen, dem Weizen-Gliadin-Gen, Weizen-Glutelin- Gen, dem Mais-Zein-Gen, dem Hafer-Glutelin-Gen, dem Sorghum- Kasirin-Gen, dem Roggen-Secalin-Gen).

Ebenfalls besonders geeignet sind Promotoren, welche die plastidenspezifische Expression herbeiführen, da Plastiden das Kompartiment sind, in dem die Vorläufer sowie einige End produkte der Lipidbiosynthese synthetisiert werden. Geeignete Promotoren, wie der virale RNA-Polymerase-Promotor, sind beschrieben in WO 95/16783 und WO 97/06250, und der clpP- Promotor aus Arabidopsis, beschrieben in WO 99/46394.

Die Erfindung stellt zudem einen rekombinanten Expressions vektor bereit, umfassend ein erfindungsgemäßes DNA Molekül, das in Antisense-Richtung in den Expressionsvektor kloniert ist. d. h. das DNA-Molekül ist derart mit einer regulatorischen Sequenz funktionsfähig verbunden, daß die Expression (durch Transkription des DNA-Moleküls) eines RNA-Moleküls, das zur PSE mRNA "Antisense" ist, ermöglicht wird. Es können Regulations sequenzen ausgewählt werden, die funktionsfähig mit einer in Antisense-Richtung klonierten Nukleinsäure verbunden sind und die kontinuierliche Expression des Antisense-RNA-Moleküls in einer Vielzahl von Zelltypen steuern, zum Beispiel können virale Promotoren und/oder Enhancer oder Regulationssequenzen ausgewählt werden, welche die konstitutive, gewebespezifische oder zelltyp spezifische Expression von Antisense-RNA steuern. Der Antisense- Expressionsvektor kann in Form eines rekombinanten Plasmids, Phagemids oder attenuierten Virus vorliegen, in dem Antisense- Nukleinsäuren unter der Kontrolle eines hochwirksamen regula torischen Bereichs produziert werden, dessen Aktivität durch den Zelltyp bestimmt werden kann, in den der Vektor eingebracht worden ist. Eine Erläuterung der Regulation der Genexpression mittels Antisense-Genen siehe in Weintraub, H., et al., Anti sense-RNA as a molecular tool for genetic analysis, Reviews- Trends in Genetics, Bd. 1(1) 1986.

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft Wirtszellen, in die ein erfindungsgemäßer rekombinanter Expressionsvektor eingebracht worden ist. Die Begriffe "Wirtszelle" und "rekombinante Wirts zelle" werden hier untereinander austauschbar verwendet. Selbst verständlich betreffen diese Begriffe nicht nur die bestimmte Zielzelle, sondern auch die Nachkommen oder potentiellen Nachkommen dieser Zelle. Da in aufeinanderfolgenden Generationen auf grund von Mutation oder Umwelteinflüssen bestimmte Modifikationen auftreten können, sind diese Nachkommen nicht unbedingt mit der Parentalzelle identisch, sind jedoch immer noch vom Umfang des Begriffs, wie hier verwendet, umfaßt.

Eine Wirtszelle kann eine prokaryotische oder eukaryotische Zelle sein. Zum Beispiel kann eine PSE in Bakterienzellen, wie C. glutamicum, Insektenzellen, Pilzzellen oder Säugerzellen (wie Chinesischer Hamster-Ovarzellen (CHO) oder COS-Zellen), Algen, Ciliaten, Pflanzenzellen, Pilzen oder anderen Mikroorganismen, wie C. glutamicum, exprimiert werden. Andere geeignete Wirts zellen sind dem Fachmann geläufig.

Vektor-DNA läßt sich in prokaryotische oder eukaryotische Zellen über herkömmliche Transformations- oder Transfektionstechniken einbringen. Die Begriffe "Transformation" und "Transfektion", Konjugation und Transduktion, wie hier verwendet, sollen eine Vielzahl von im Stand der Technik bekannten Verfahren zum Ein bringen fremder Nukleinsäure (z. B. DNA) in eine Wirtszelle, ein schließlich Calciumphosphat- oder Calciumchlorid-Copräzipitation, DEAE-Dextran-vermittelte Transfektion, Lipofektion, natürliche Kompetenz, chemisch vermittelter Transfer, Elektroporation oder Teilchenbeschuß, umfassen. Geeignete Verfahren zur Transformation oder Transfektion von Wirtszellen, einschließlich Pflanzen zellen, lassen sich finden in Sambrook et al. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual., 2. Aufl., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989) und anderen Labor-Handbüchern, wie Methods in Molecular Biology, 1995, Bd. 44, Agrobacterium protocols, Hrsgb: Gartland und Davey, Humana Press, Totowa, New Jersey.

Über die stabile Transfektion von Säugerzellen ist bekannt, daß je nach verwendetem Expressionsvektor und verwendeter Trans fektionstechnik nur ein kleiner Teil der Zellen die fremde DNA in ihr Genom integriert. Zur Identifikation und Selektion dieser Integranten wird gewöhnlich ein Gen, das einen selektierbaren Marker (z. B. Resistenz gegen Antibiotika) codiert, zusammen mit dem Gen von Interesse in die Wirtszellen eingebracht. Bevorzugte selektierbare Marker umfassen solche, welche Resistenz gegen Medikamente, wie G418, Hygromycin und Methotrexat, verleihen, oder in Pflanzen solche, welche Resistenz gegen ein Herbizid, wie Glyphosphat oder Glufosinat, verleihen. Weitere geeignete Marker sind beispielsweise Marker, welche Gene codieren, die an Bio synthesewegen von zum Beispiel Zuckern oder Aminosäuren beteiligt sind, wie β-Galactodsidase, ura3 oder ilv2. Marker, welche Gene, wie Luziferase, gfp oder andere Fluoreszenzgene codieren, sind ebenfalls geeignet. Diese Marker lassen sich in Mutanten ver wenden, in denen diese Gene nicht funktionell sind, da sie bei spielsweise mittels herkömmlicher Verfahren deletiert worden sind. Ferner können Marker, welche eine Nukleinsäure codieren, die einen selektierbaren Marker codiert, in eine Wirtszelle auf dem gleichen Vektor eingebracht werden, wie derjenige, der eine PSE codiert, oder können auf einem gesonderten Vektor ein gebracht werden. Zellen, die mit der eingebrachten Nukleinsäure stabil transfiziert worden sind, können zum Beispiel durch Medikamentenselektion identifiziert werden (z. B. überleben Zellen, die den selektierbaren Marker integriert haben, wohin gegen die anderen Zellen absterben).

Zur Erzeugung eines homolog rekombinierten Mikroorganismus wird ein Vektor hergestellt, der zumindest einen Abschnitt eines PSE- Gens enthält, in den eine Deletion, Addition oder Substitution eingebracht worden ist, um dadurch das PSE-Gen zu verändern, z. B. funktionell zu disrumpieren. Dieses PSE-Gen ist vorzugs weise ein Physcomitrella, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium PSE-Gen, es kann jedoch ein Homologon oder Analogon aus anderen Organismen, sogar aus einer Säuger- Pilz- oder Insektenquelle verwendet werden. Bei einer bevorzugten Ausführungsform ist der Vektor so gestaltet, daß das endogene PSE-Gen bei homologer Rekombination funktionell disruptiert wird (d. h. nicht länger ein funktionelles Protein codiert, auch als Knock-out-Vektor bezeichnet). Alternativ kann der Vektor so gestaltet sein, daß das endogene PSE-Gen bei homologer Rekombination mutiert oder anderweitig verändert wird, aber immer noch ein funktionelles Protein codiert (z. B. kann der stromaufwärts gelegene regulato rische Bereich so verändert sein, daß dadurch die Expression der endogenen PSE verändert wird). Zur Erzeugung einer Punktmutation über homologe Rekombination können auch als Chimeraplasty be kannte DNA-RNA-Hybride verwendet werden, die aus Cole-Strauss et al., 1999, Nucleic Acids Research 27(5): 1323-1330 und Kmiec, Gene therapy, 19999, American Scientist, 87(3): 240-247 bekannt sind.

Im Vektor für die homologe Rekombination ist der veränderte Ab schnitt des PSE-Gens an seinem 5'- und 3'-Ende von zusätzlicher Nukleinsäure des PSE-Gens flankiert, so daß homologe Rekombi nation zwischen dem exogenen PSE-Gen, das auf dem Vektor vor liegt, und einem endogenen PSE-Gen in einem Mikroorganismus oder einer Pflanze möglich ist. Die zusätzliche flankierende PSE- Nukleinsäure ist für eine erfolgreiche homologe Rekombination mit dem endogenen Gen hinreichend lang. Gewöhnlich sind im Vektor mehrere hundert Basenpaare bis zu Kilobasen flankierende DNA (so wohl am 5'- als auch am 3'-Ende) enthalten [eine Beschreibung von Vektoren zur homologen Rekombination siehe z. B. in Thomas, K. R., und Capecchi, M. R. (1987) Cell 51: 503 oder der Rekombination in Physcomitrella patens auf cDNA-Basis in Strepp et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (8): 4368-4373]. Der Vektor wird in einen Mikroorganismus oder eine Pflanzenzelle (z. B. mittels Poly ethylenglycol-vermittelter DNA) eingebracht, und Zellen, in denen das eingebrachte PSE-Gen mit dem endogenen PSE-Gen homolog rekombiniert ist, werden unter Verwendung im Fachgebiet bekannter Techniken selektiert.

Bei einer anderen Ausführungsform können rekombinante Organismen, wie Mikroorganismen, hergestellt werden, die ausgewählte Systeme enthalten, welche eine regulierte Expression des eingebrachten Gens ermöglichen. Der Einschluß eines PSE-Gens in einem Vektor, wobei es unter die Kontrolle des lac-Operons gebracht wird, ermöglicht z. B. die Expression des PSE-Gens nur in Gegenwart von IPTG. Diese Regulationssysteme sind im Fachgebiet bekannt.

Eine erfindungsgemäße Wirtszelle, wie eine prokaryotische oder eukaryotische Wirtszelle, in Kultur oder auf einem Feld wachsend, kann zur Produktion (d. h. Expression) einer PSE verwendet werden. In Pflanzen kann zusätzlich ein alternatives Verfahren durch direkten Transfer von DNA in sich entwickelnde Blüten über Elektroporation oder Gentransfer mittels Agrobacterium ange wendet werden. Die Erfindung stellt folglich ferner Verfahren zur Produktion von PSEs unter Verwendung der erfindungsgemäßen Wirtszellen bereit. Bei einer Ausführungsform umfaßt das Ver fahren die Anzucht der erfindungsgemäßen Wirtszelle (in die ein rekombinanter Expressionsvektor, der eine PSE codiert, ein gebracht worden ist, oder in deren Genom ein Gen eingebracht worden ist, das eine Wildtyp- oder veränderte PSE codiert) in einem geeigneten Medium, bis die PSE produziert worden ist. Das Verfahren umfaßt bei einer weiteren Ausführungsform das Isolieren der PSEs aus dem Medium oder der Wirtszelle.

Wirtszellen, die im Prinzip zum Aufnehmen der erfindungsgemäßen Nukleinsäure, des erfindungsgemäßen neuen Genproduktes oder des erfindungsgemäßen Vektors geeignet sind, sind alle pro karyotischen oder eukaryotischen Organismen. Die vorteilhafter weise verwendeten Wirtsorganismen sind Organismen, wie Bakterien, Pilze, Hefen, Tier- oder Pflanzenzellen. Weitere vorteilhafte Organismen sind Tiere oder vorzugsweise Pflanzen oder Teile da von. Pilze, Hefen oder Pflanzen werden vorzugsweise verwendet, besonders bevorzugt Pilze oder Pflanzen, ganz besonders bevor zugt Pflanzen, wie Ölfruchtpflanzen, die große Mengen an Lipid verbindungen enthalten, wie Raps, Nachtkerze, Rizinus, Canola, Erdnuß, Lein, Soja, Safflor, Sonnenblume, Borretsch, Ölpalme, Kokosnuß oder Pflanzen, wie Mais, Weizen, Roggen, Hafer, Triticale, Reis, Gerste, Baumwolle, Maniok, Pfeffer, Tagetes, Solanaceen-Pflanzen, wie Kartoffel, Tabak, Aubergine und Tomate, Vicia-Arten, Erbse, Alfalfa, Buschpflanzen (Kaffee, Kakao, Tee), Salix-Arten, Bäume (Ölplame, Kokosnuß) sowie ausdauernde Gräser und Futterfeldfrüchte. Besonders bevorzugte erfindungsgemäße Pflanzen sind Ölfruchtpflanzen, wie Soja, Erdnuß, Raps, Canola, Rizinus, Lein, Nachtkerze, Sonnenblume, Safflor, Bäume (Ölpalme, Kokosnuß).

D. Isolierte PSE

Ein weiterer Aspekt der Erfindung betrifft isolierte PSEs und biologisch aktive Teile davon. Ein "isoliertes" oder "gereinigtes" Protein oder ein biologisch aktiver Teil davon ist im wesentlichen frei von zellulärem Material, wenn es durch DNA- Rekombinationstechniken produziert wird, oder von chemischen Vor stufen oder andern Chemikalien, wenn es chemisch synthetisiert wird. Der Begriff "im wesentlichen frei von zellulärem Material" umfaßt PSE-Präparationen, in denen das Protein von zellulären Komponenten der Zellen, in denen es natürlich oder rekombinant produziert wird, getrennt ist. Bei einer Ausführungsform umfaßt der Ausdruck "im wesentlichen frei von zellulärem Material" PSE- Präparationen mit weniger als etwa 30% (bezogen auf das Trocken gewicht) nicht-PSE (hier auch als "verunreinigendes Protein" bezeichnet), stärker bevorzugt weniger als etwa 20% nicht-PSE, noch stärker bevorzugt weniger als etwa 10% nicht-PSE und am stärksten bevorzugt weniger als etwa 5% nicht-PSE. Wenn die PSE oder ein biologisch aktiver Teil davon rekombinant hergestellt worden ist, ist sie/er auch im wesentlichen frei von Kultur medium, d. h. das Kulturmedium macht weniger als etwa 20%, stärker bevorzugt weniger als etwa 10% und am stärksten bevor zugt weniger als etwa 5% des Volumens der Proteinpräparation aus. Der Begriff "im wesentlichen frei von chemischen Vorstufen oder anderen Chemikalien" umfaßt PSE-Präparationen, in denen das Protein von chemischen Vorstufen oder anderen Chemikalien getrennt ist, die an der Synthese des Proteins beteiligt sind. Bei einer Ausführungsform umfaßt der Begriff "im wesentlichen frei von chemischen Vorstufen oder anderen Chemikalien" PSE- Präparationen mit weniger als etwa 30% (bezogen auf das Trocken gewicht) chemischen Vorstufen oder nicht-PSE-Chemikalien, stärker bevorzugt weniger als etwa 20% chemischen Vorstufen oder nicht- PSE-Chemikalien, noch stärker bevorzugt weniger als etwa 10% chemischen Vorstufen oder nicht-PSE-Chemikalien und am stärksten bevorzugt weniger als etwa 5% chemischen Vorstufen oder nicht- PSE-Chemikalien. Bei bevorzugten Ausführungsformen weisen iso lierte Proteine oder biologisch aktive Teile davon keine verunreinigenden Proteine aus dem gleichen Organismus auf, aus dem die PSE stammt. Diese Proteine werden gewöhnlich durch rekombinante Expression zum Beispiel Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium-PSE in Pflanzen wie Physcomitrella patens bzw. o. g. oder Mikroorganismen, beispielsweise Bakterien, wie E. coli, Bacillus subtilis, C. glutamicum, Pilzen, wie Mortierella, Hefe, wie Saccharomyces, oder Ciliaten wie Colpidium oder Algen wie Phaeodactylum hergestellt.

Eine erfindungsgemäße isolierte PSE oder ein Teil davon kann auch am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen. Bei bevorzugten Ausführungsformen umfaßt das Protein oder der Teil davon eine Aminosäuresequenz, die ausreichend homo log zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist, daß das Protein oder der Teil davon die Fähigkeit, am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zell membranen in Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thrausto chytrium notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilzunehmen, beibehält. Der Teil des Proteins ist vorzugsweise ein biologisch aktiver Teil, wie hier beschrieben. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform hat eine erfindungsgemäße PSE eine der in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 gezeigten Aminosäuresequenzen. Bei einer weiteren bevorzugten Ausführungsform hat die PSE eine Aminosäuresequenz, die von einer Nukleotidsequenz codiert wird, die, zum Beispiel unter stringenten Bedingungen, an eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 hybridisiert. Bei noch einer weiteren bevorzugten Ausführungsform hat die PSE eine Aminosäuresequenz, die von einer Nukleotidsequenz codiert wird, die mindestens etwa 50 bis 60%, vorzugsweise mindestens etwa 60 bis 70%, stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90%, 90 bis 95% und noch stärker bevorzugt mindestens etwa 96%, 97%, 98%, 99% oder noch homologer zu einer der Aminosäuresequenzen der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist. Die erfindungs gemäße bevorzugte PSE besitzt vorzugsweise auch mindestens eine der hier beschriebenen PSE-Aktivitäten. Zum Beispiel umfaßt eine erfindungsgemäße bevorzugte PSE eine Aminosäuresequenz, die von einer Nukleotidsequenz codiert wird, die, zum Beispiel unter stringenten Bedingungen, an eine Nukleotidsequenz der SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 hybridi siert und am Stoffwechsel von zum Aufbau von Zellmembranen in Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium notwendigen Verbindungen oder am Transport von Molekülen über diese Membranen teilnehmen kann oder eine oder mehrere polyungesättigte Fettsäuren mit wenigstens zwei Doppelbindungen und einer Kettenlänge von C₁₆ oder C₁₈ verlängern kann.

Bei anderen Ausführungsformen ist die PSE im wesentlichen homo log zu einer Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 und behält die funktionelle Aktivität des Proteins einer der Sequenzen der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 bei, ihre Aminosäuresequenz unter scheidet sich jedoch aufgrund von natürlicher Variation oder Mutagenese, wie eingehend im obigen Unterabschnitt I beschrieben. Bei einer weiteren Ausführungsform ist die PSE folglich ein Protein, das eine Aminosäuresequenz umfaßt, die mindestens etwa 50 bis 60%, vorzugsweise mindestens etwa 60 bis 70% und stärker bevorzugt mindestens etwa 70 bis 80%, 80 bis 90%, 90 bis 95% und am stärksten bevorzugt mindestens etwa 96%, 97%, 98%, 99% oder noch homologer zu einer vollständigen Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist und zumindest eine der hier beschriebenen PSE-Aktivitäten aufweist. Bei einer anderen Ausführungsform betrifft die Erfindung ein vollständiges Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thrausto chytrium -Protein, das im wesentlichen homolog zu einer voll ständigen Aminosäuresequenz der SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 ist.

Biologisch aktive Teile einer PSE umfassen Peptide, umfassend Aminosäuresequenzen, die von der Aminosäuresequenz einer PSE her geleitet sind, z. B. eine in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 und SEQ ID NO: 8 gezeigte Aminosäuresequenz oder die Aminosäure sequenz eines Proteins, das zu einer PSE homolog ist, welche weniger Aminosäuren als die Vollängen-PSE oder das Vollängen protein aufweisen, das zu einer PSE homolog ist, und zumindest eine Aktivität einer PSE aufweisen. Gewöhnlich umfassen bio logisch aktive Teile (Peptide, z. B. Peptide, die zum Beispiel 5, 10, 15, 20, 30, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 50, 100 oder mehr Aminosäuren lang sind) eine Domäne oder ein Motiv mit mindestens einer Aktivität einer PSE. Überdies können andere biologisch aktive Teile, in denen andere Bereiche des Proteins deletiert sind, durch rekombinante Techniken hergestellt und bezüglich einer oder mehrerer der hier beschriebenen Aktivitäten untersucht werden. Die biologisch aktiven Teile einer PSE umfassen vorzugs weise ein/eine oder mehrere ausgewählte Domänen/Motive oder Teile davon mit biologischer Aktivität.

PSEs werden vorzugsweise durch DNA-Rekombinationstechniken hergestellt. Zum Beispiel wird ein das Protein codierendes Nukleinsäuremolekül in einen Expressionsvektor (wie vorstehend beschrieben) kloniert, der Expressionsvektor wird in eine Wirtszelle (wie vorstehend beschrieben) eingebracht, und die PSE wird in der Wirtszelle exprimiert. Die PSE kann dann durch ein geeignetes Reinigungsschema mittels Standard-Protein reinigungstechniken aus den Zellen isoliert werden. Alternativ zur rekombinanten Expression kann eine PSE, ein -Polypeptid, oder -Peptid mittels Standard-Peptidsynthesetechniken chemisch synthetisiert werden. Überdies kann native PSE aus Zellen (z. B. Endothelzellen) z. B. unter Verwendung eines Anti-PSE- Antikörpers isoliert werden, der durch Standardtechniken produziert werden kann, wobei eine erfindungsgemäße PSE oder ein Fragment davon verwendet wird.

Die Erfindung stellt auch chimäre PSE-Proteine oder PSE- Fusionsproteine bereit. Wie hier verwendet, umfaßt ein "chimäres PSE-Protein" oder "PSE-Fusionsprotein" ein PSE-Poly peptid, das funktionsfähig an ein nicht-PSE-Polypeptid gebunden ist. Ein "PSE-Polypeptid" betrifft ein Polypeptid mit einer Aminosäuresequenz, die einer PSE entspricht, wohingegen ein "nicht-PSE-Polypeptid" ein Polypeptid mit einer Aminosäuresequenz betrifft, die einem Protein entspricht, das im wesentlichen nicht homolog zu der PSE ist, z. B. ein Protein, das sich vom der PSE unterscheidet und aus dem gleichen oder einem anderen Organismus stammt. Innerhalb des Fusionsproteins soll der Begriff "funktionsfähig verbunden" bedeuten, daß das PSE-Polypeptid und das nicht-PSE-Polypeptid so miteinander fusioniert sind, daß beide Sequenzen die vorhergesagte, der verwendeten Sequenz zu geschriebene Funktion erfüllen. Das nicht-PSE-Polypeptid kann an den N-Terminus oder den C-Terminus des PSE-Polypeptids fusioniert sein. Bei einer Ausführungsform ist das Fusionsprotein zum Bei spiel ein GST-PSE-Fusionsprotein, bei dem die PSE-Sequenzen an den C-Terminus der GST-Sequenzen fusioniert sind. Diese Fusions proteine können die Reinigung der rekombinanten PSEs erleichtern. Bei einer weiteren Ausführungsform ist das Fusionsprotein eine PSE, die eine heterologe Signalsequenz an ihrem N-Terminus auf weist. In bestimmten Wirtszellen (z. B. Säuger-Wirtszellen) kann die Expression und/oder Sekretion einer PSE durch Verwendung einer heterologen Signalsequenz gesteigert werden.

Ein erfindungsgemäßes chimäres PSE-Protein oder PSE-Fusions protein wird durch Standard-DNA-Rekombinationstechniken herge stellt. Zum Beispiel werden DNA-Fragmente, die unterschiedliche Polypeptidsequenzen codieren, gemäß herkömmlicher Techniken im Leseraster aneinander ligiert, indem beispielsweise glatte oder überhängende Enden zur Ligation, Restriktionsenzymspaltung zur Bereitstellung geeigneter Enden, Auffüllen kohäsiver Enden, wie erforderlich, Behandlung mit alkalischer Phosphatase, um ungewollte Verknüpfungen zu vermeiden, und enzymatische Ligation eingesetzt werden. Bei einer weiteren Ausführungsform kann das Fusionsgen durch herkömmliche Techniken, einschließlich DNA- Syntheseautomaten, synthetisiert werden. Alternativ kann eine PCR-Amplifizierung von Genfragmenten unter Verwendung von Anker primern durchgeführt werden, die komplementäre Überhänge zwischen aufeinanderfolgenden Genfragmenten erzeugen, die anschließend miteinander hybridisiert und reamplifiziert werden können, so daß eine chimäre Gensequenz erzeugt wird (siehe zum Beispiel Current Protocols in Molecular Biology, Hrsgb. Ausubel et al., John Wiley & Sons: 1992). Überdies sind viele Expressionsvektoren kommerziell erhältlich, die bereits eine Fusionseinheit (z. B. ein GST-Polypeptid) codieren. Eine PSE-codierende Nukleinsäure kann in einen solchen Expressionsvektor kloniert werden, so daß die Fusionseinheit im Leseraster mit dem PSE-Protein verbunden ist.

Homologe der PSE können durch Mutagenese, z. B. durch spezifische Punktmutation oder Verkürzung der PSE, erzeugt werden. Der Begriff "Homologe", wie hier verwendet, betrifft eine variante Form der PSE, die als Agonist oder Antagonist der PSE-Aktivität wirkt. Ein Agonist der PSE kann im wesentlichen die gleiche Aktivität wie die oder einen Teil der biologischen Aktivitäten der PSE beibehalten. Ein Antagonist der PSE kann eine oder mehrere Aktivitäten der natürlich vorkommenden Form der PSE durch zum Beispiel kompetitive Bindung an ein stromabwärts oder -auf wärts gelegenes Element der Stoffwechselkaskade für Zellmembran komponenten, welche die PSE umfaßt, oder durch Bindung an eine PSE, welche den Transport von Verbindungen über Zellmembranen vermittelt, hemmen, wodurch die Translokation gehemmt wird.

Bei einer alternativen Ausführungsform können Homologe der PSE durch Sichten kombinatorischer Banken von Mutanten, z. B. Verkürzungsmutanten, der PSE hinsichtlich PSE-Agonisten- oder -Antagonisten-Aktivität identifiziert werden. Bei einer Aus führungsform wird eine variegierte Bank von PSE-Varianten durch kombinatorische Mutagenese auf Nukleinsäureebene erzeugt und durch eine variegierte Genbank codiert. Eine variegierte Bank von PSE-Varianten kann z. B. durch enzymatische Ligation eines Gemisches von synthetischen Oligonukleotiden in Gensequenzen her gestellt werden, so daß sich ein degenerierter Satz potentieller PSE-Sequenzen als individuelle Polypeptide oder alternativ als Satz größerer Fusionsproteine (z. B. für das Phage-Display), die diesen Satz von PSE-Sequenzen enthalten, exprimieren läßt. Es gibt eine Vielzahl von Verfahren, die zur Herstellung von Banken potentieller PSE-Homologen aus einer degenerierten Oligonukleotidsequenz verwendet werden können. Die chemische Synthese einer degenerierten Gensequenz kann in einem DNA- Syntheseautomaten durchgeführt und das synthetische Gen dann in einen geeigneten Expressionsvektor ligiert werden. Die Ver wendung eines degenerierten Satzes von Genen ermöglicht die Bereitstellung sämtlicher Sequenzen, die den gewünschten Satz an potentiellen PSE-Sequenzen codieren, in einem Gemisch, Verfahren zur Synthese degenerierter Oligonukleotide sind im Fachgebiet bekannt [siehe z. B. Narang, S. A. (1983) Tetrahedron 39: 3; Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53: 323; Itakura et al., (1984) Science 198: 1056; Ike et al. (1983) Nucleic Acids Res. 11: 477].

Zusätzlich können Banken von PSE-Fragmenten zur Herstellung einer variegierten Population von PSE-Fragmenten für das Sichten und für die anschließende Selektion von Homologen einer PSE verwendet werden. Bei einer Ausführungsform kann eine Bank von Fragmenten der codierenden Sequenz durch Behandeln eines doppelsträngigen PCR-Fragmentes einer codierenden PSE-Sequenz mit einer Nuklease unter Bedingungen, unter denen Doppelstrangbrüche nur etwa ein mal pro Molekül erfolgen, Denaturieren der doppelsträngigen DNA, Renaturieren der DNA unter Bildung doppelsträngiger DNA, welche Sense/Antisense-Paare von verschiedenen Produkten mit Doppelstrangbrüchen umfassen kann, Entfernen einzelsträngiger Abschnitte aus neu gebildeten Duplices durch Behandlung mit S1-Nuklease und Ligieren der resultierenden Fragmentbank in einen Expressionsvektor erzeugt werden. Mit diesem Verfahren kann eine Expressionsbank hergeleitet werden, die N-terminale, C-terminale und interne Fragmente der PSE verschiedener Größen codiert.

Im Fachgebiet sind mehrere Techniken für das Sichten von Gen produkten in kombinatorischen Banken, die durch Punktmutationen oder Verkürzung hergestellt worden sind, und für das Sichten von cDNA-Banken nach Genprodukten mit einer ausgewählten Eigenschaft bekannt. Diese Techniken lassen sich an das schnelle Sichtung der Genbanken anpassen, die durch kombinatorische Mutagenese von PSE- Homologen erzeugt worden sind. Die am häufigsten verwendeten Techniken zum Sichtung großer Genbanken, die einer Analyse mit hohem Durchsatz unterworfen werden können, umfassen gewöhnlich das Klonieren der Genbank in replizierbare Expressionsvektoren, Transformieren von geeigneten Zellen mit der resultierenden Vektorenbank und Exprimieren der kombinatorischen Gene unter Bedingungen, unter denen der Nachweis der gewünschten Aktivität die Isolation des Vektors, der das Gen codiert, dessen Produkt nachgewiesen wurde, erleichtert. Recursive-Ensemble-Mutagenese (REM), eine neue Technik, die die Häufigkeit funktioneller Mutanten in den Banken erhöht, kann in Kombination mit den Sichtungstests zur Identifikation von PSE-Homologen verwendet werden [Arkin und Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7811-7815; Delgrave et al. (1993) Protein Engineering 6(3): 327-331]. Es können auch vorteilhaft Kombinationen der oben genannten Methoden verwendet werden.

Eine weitere bekannte Technik zur Veränderung von katalytischen Eigenschaften von Enzymen bzw. deren codierenden Genen ist das sogenannte "Gen-Shuffling" (siehe z. B. WO 97/20078 oder WO 98/13487), das eine Kombination von Genfragmenten darstellt, wobei diese Neukombination zusätzlich noch durch fehlerhafte Polymerasekettenreaktionen variiert werden kann und somit eine hohe zu testende Sequenzdiversität schafft. Voraus setzung für den Einsatz eines solchen Ansatzes ist jedoch ein geeignetes Screeningsystem, um die erstellte Gendiversität auf Funktionalität zu überprüfen.

Insbesondere für die Sichtung von Elongaseaktivitäten ist ein Sichtungsverfahren Voraussetzung, das PUFA-abhängig Enzym aktivität(en) erfaßt. Bzgl. Elongaseaktivitäten mit Spezifität für PUFAs kann man in Mucor-Species, die durch bekannte Trans formationsverfahren mit gewünschten Genkonstrukten transformier bar sind, die Toxizität von Arachidonsäure in Anwesenheit eines toxischen Metaboliten (hier: Salicylsäure oder Salicylsäure derivate) nutzen (Eroshin et al., Mikrobiologiya, Vol. 65, No.1, 1996, Seiten 31-36), um eine wachstumsbasierte Erstsichtung durchzuführen. Resultierende Klone können dann einer Analyse ihrer Lipidinhaltstoffe mittels Gaschromatographie und Massen spektroskopie unterzogen werden, um Edukte und Produkte in Art und Menge zu erfassen.

Bei einer weiteren Ausführungsform können Tests auf Zellbasis zur Analyse einer variegierten PSE-Bank unter Verwendung von weiteren im Fachgebiet bekannten Verfahren ausgenutzt werden.

E. Erfindungsgemäße Verwendungen und Verfahren

Die hier beschriebenen Nukleinsäuremoleküle, Proteine, Protein homologen, Fusionsproteine, Primer, Vektoren und Wirtszellen können bei einem oder mehreren der nachstehenden Verfahren ver wendet werden: Identifikation Physcomitrella patens, Crypthe codinium oder Thraustochytrium und verwandten Organismen, Kartierung der Genome von Organismen, die mit Physcomitrella Crypthecodinium oder Thraustochytrium verwandt sind, Identi fikation und Lokalisierung von Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium -Sequenzen von Interesse, Evolutions studien, Bestimmung von PSE-Proteinbereichen, die für die Funktion notwendig sind, Modulation einer PSE-Aktivität; Modulation des Stoffwechsels einer oder mehrerer Zellmembran komponenten; Modulation des Transmembrantransports einer oder mehrerer Verbindungen sowie Modulation der zellulären Produktion einer gewünschten Verbindung, wie einer Feinchemikalie. Die erfindungsgemäßen PSE-Nukleinsäuremoleküle haben eine Vielzahl von Verwendungen. Sie können zunächst zur Identifikation eines Organismus als Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thrausto chytrium oder als naher Verwandter davon verwendet werden. Sie können auch zur Identifikation des Vorliegens von Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium oder eines Verwandten davon in einer Mischpopulation von Mikroorganismen verwendet werden. Die Erfindung stellt die Nukleinsäuresequenzen einer Reihe von Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium -Genen bereit; durch Sondieren der extrahierten genomischen DNA einer Kultur einer einheitlichen oder gemischten Population von Mikroorganismen unter stringenten Bedingungen mit einer Sonde, die einen Bereich eines Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium -Gens oder von Teilen davon überspannt, das für diesen Organismus einzigartig ist, kann man bestimmen, ob dieser Organismus vorliegt. Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium selbst werden zur kommerziellen Produktion mehrfach ungesättigter Säuren verwendet. Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuren eignen sich darüber hinaus zur PUFA-Produktion auch in anderen Organismen insbesondere wenn erreicht werden soll, daß resultierende PUFAs auch in die Triacylglycerolfraktion eingebaut werden sollen.

Ferner können die erfindungsgemäßen Nukleinsäure- und Protein moleküle als Marker für spezifische Bereiche des Genoms dienen. Diese sind nicht nur zur Kartierung des Genoms, sondern auch für funktionelle Studien von Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thraustochytrium -Proteinen geeignet. Zur Identifikation des Genombereichs, an den ein bestimmtes DNA-bindendes Protein von Physcomitrella, Crypthecodinium oder Thraustochytrium bindet, könnte das Physcomitrella-, Crypthecodinium- oder Thrausto chytrium -Genom zum Beispiel gespalten werden und die Fragmente mit dem DNA-bindenden Protein inkubiert werden. Diejenigen, die das Protein binden, können zusätzlich mit den erfindungsgemäßen Nukleinsäuremolekülen, vorzugsweise mit leicht nachweisbaren Markierungen, sondiert werden; die Bindung eines solchen Nuklein säuremoleküls an das Genomfragment ermöglicht die Lokalisierung des Fragments auf der Genomkarte von Physcomitrella, Crypthe codinium oder Thraustochytrium und erleichtert, wenn dies mehr mals mit unterschiedlichen Enzymen durchgeführt wird, eine rasche Bestimmung der Nukleinsäuresequenz, an die das Protein bindet. Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküle können zudem aus reichend homolog zu den Sequenzen verwandter Arten sein, daß diese Nukleinsäuremoleküle als Marker für die Konstruktion einer genomischen Karte bei verwandten Pilzen oder Algen dienen können.

Die erfindungsgemäßen PSE-Nukleinsäuremoleküle eignen sich auch für Evolutions- und Proteinstruktur-Untersuchungen. Die Stoffwechsel- und Transportprozesse, an denen die erfindungsge mäßen Moleküle beteiligt sind, werden von vielen prokaryotischen und eukaryotischen Zellen genutzt; durch Vergleich der Sequenzen der erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküle mit solchen, die ähnliche Enzyme aus anderen Organismen codieren, kann der Evolutions-Verwandschaftsgrad der Organismen bestimmt werden. Entsprechend ermöglicht ein solcher Vergleich die Bestimmung, welche Sequenzbereiche konserviert sind und welche nicht, was bei der Bestimmung von Bereichen des Proteins hilfreich sein kann, die für die Enzymfunktion essentiell sind. Dieser Typ der Bestimmung ist für Proteinengineering-Untersuchungen wertvoll und kann einen Hinweis darauf geben, wieviel Mutagenese das Protein tolerieren kann, ohne die Funktion zu verlieren.

Die Manipulation der erfindungsgemäßen PSE-Nukleinsäuremoleküle kann zur Produktion von PSEs mit funktionellen Unterschieden zu den Wildtyp-PSEs führen. Die Effizienz oder Aktivität dieser Proteine kann verbessert sein, sie können in größeren Anzahlen als gewöhnlich in der Zelle zugegen sein, oder ihre Effizienz oder Aktivität kann verringert sein. Verbesserte Effizienz oder Aktivität bedeutet beispielsweise, daß das Enzym eine höhere Selektivität und/oder Aktivität, vorzugsweise eine mindestens 10% höhere, besonders bevorzugt eine mindestens 20% höhere Aktivität, ganz besonders bevorzugt eine mindestens 30% höhere Aktivität als das ursprüngliche Enzym aufweist.

Es gibt eine Reihe von Mechanismen, durch die die Veränderung einer erfindungsgemäßen PSE die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer Feinchemikalie, welche ein solches verändertes Protein enthält, direkt beeinflussen kann. Die Gewinnung von Feinchemikalien-Verbindungen aus Kulturen von Ciliaten, Algen oder Pilzen im großen Maßstab ist signi fikant verbessert, wenn die Zelle die gewünschten Verbindungen sezerniert, da diese Verbindungen aus dem Kulturmedium (im Gegen satz zur Extraktion aus der Masse der gezüchteten Zellen) leicht gereinigt werden können. Ansonsten läßt sich die Reinigung ver bessern, wenn die Zelle in vivo Verbindungen in einem speziali sierten Kompartiment mit einer Art Konzentrationsmechanismus speichert. Bei Pflanzen, die PSEs exprimieren, kann ein ge steigerter Transport zu besserer Verteilung innerhalb des Pflanzengewebes und der -organe führen. Durch Vergrößern der Anzahl oder der Aktivität von Transportermolekülen, welche Fein chemikalien aus der Zelle exportieren, kann es möglich sein, die Menge der produzierten Feinchemikalie, die im extrazellulären Medium zugegen ist, zu steigern, wodurch Ernte und Reinigung oder bei Pflanzen eine effizientere Verteilung erleichtert werden. Zur effizienten Überproduktion einer oder mehrerer Feinchemikalien sind dagegen erhöhte Mengen an Cofaktoren, Vorläufermolekülen und Zwischenverbindungen für die geeigneten Biosynthesewege erforder lich. Durch Vergrößern der Anzahl und/oder der Aktivität von Transporterproteinen, die am Import von Nährstoffen, wie Kohlen stoffquellen (d. h. Zuckern), Stickstoffquellen (d. h. Aminosäuren, Ammoniumsalzen), Phosphat und Schwefel, beteiligt sind, kann man die Produktion einer Feinchemikalie aufgrund der Beseitigung aller Einschränkungen des Nährstoffangebots beim Biosynthese prozeß verbessern. Fettsäuren, wie PUFAs, und Lipide, die PUFAs enthalten, sind selbst wünschenswerte Feinchemikalien; durch Optimieren der Aktivität oder Erhöhen der Anzahl einer oder mehrerer erfindungsgemäßer PSEs, die an der Biosynthese dieser Verbindungen beteiligt sind, oder durch Stören der Aktivität einer oder mehrerer PSEs, die am Abbau dieser Verbindungen beteiligt sind, kann man somit die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion von Fettsäure- und Lipidmoleküle in Ciliaten, Algen, Pflanzen, Pilzen, Hefen oder anderen Mikro organismen steigern.

Die Manipulation eines oder mehrerer erfindungsgemäßer PSE-Gene kann ebenfalls zu PSEs mit veränderten Aktivitäten führen, welche die Produktion einer oder mehrerer gewünschter Feinchemikalien aus Algen, Pflanzen, Ciliaten oder Pilzen indirekt beeinflussen. Die normalen biochemischen Stoffwechselprozesse führen z. B. zur Produktion einer Vielzahl an Abfallprodukten (z. B. Wasserstoff peroxid und andere reaktive Sauerstoffspezies), die diese Stoff wechselprozesse aktiv stören können [z. B. nitriert Peroxynitrit bekanntlich Tyrosin-Seitenketten, wodurch einige Enzyme mit Tyrosin im aktiven Zentrum inaktiviert werden, Groves, J. T. (1999) Curr. Opin. Chem. Biol. 3(2); 226-235]. Diese Abfall produkte werden zwar üblicherweise ausgeschieden, aber die zur fermentativen Produktion im großen Maßstab verwendeten Zellen werden für die Überproduktion einer oder mehrerer Feinchemikalien optimiert und können somit mehr Abfallprodukte produzieren als für eine Wildtypzelle üblich. Durch Optimieren der Aktivität einer oder mehrerer erfindungsgemäßer PSEs, die am Export von Abfallmolekülen beteiligt sind, kann man die Lebensfähigkeit der Zelle verbessern und eine effiziente Stoffwechselaktivität auf rechterhalten. Auch das Vorliegen hoher intrazellulärer Mengen der gewünschten Feinchemikalie kann tatsächlich für die Zelle toxisch sein, so daß man durch Steigern der Fähigkeit der Zelle zur Sekretion dieser Verbindungen die Lebensfähigkeit der Zelle verbessern kann.

Die erfindungsgemäßen PSEs können ferner so manipuliert sein, daß die relativen Mengen verschiedener Lipid- und Fettsäuremoleküle verändert werden. Dies kann eine entscheidende Auswirkung auf die Lipidzusammensetzung der Zellmembran haben. Da jeder Lipid typ unterschiedliche physikalische Eigenschaften hat, kann die Veränderung der Lipidzusammensetzung einer Membran die Membran fluidität signifikant verändern. Änderungen der Membranfluidität können den Transport von Molekülen über die Membran beeinflussen, was, wie vorstehend erläutert, den Export von Abfallprodukten oder der produzierten Feinchemikalie oder den Import notwendiger Nährstoffe modifizieren kann. Diese Änderungen der Membran fluidität können auch die Integrität der Zelle entscheidend beeinflussen; Zellen mit vergleichsweise schwächeren Membranen sind anfälliger gegenüber abiotischen und biotischen Streß bedingungen, welche die Zelle beschädigen oder abtöten können. Durch Manipulieren von PSEs, die an der Produktion von Fettsäuren und Lipiden für den Membranaufbau beteiligt sind, so daß die resultierende Membran eine Membranzusammensetzung hat, die für die in den Kulturen, die zur Produktion von Feinchemikalien ver wendet werden, herrschenden Umweltbedingungen empfänglicher sind, sollte ein größerer Anteil der Zellen überleben und sich ver mehren. Größere Mengen an produzierenden Zellen sollten sich in größeren Ausbeuten, höherer Produktion oder Effizienz der Produktion der Feinchemikalie aus der Kultur manifestieren.

Die vorstehend genannten Mutagenesestrategien für PSEs, die zu erhöhten Ausbeuten einer Feinchemikalie führen sollen, sollen nicht beschränkend sein; Variationen dieser Strategien sind dem Fachmann leicht ersichtlich. Unter Verwendung dieser Mechanismen und mit Hilfe der hier offenbarten Mechanismen können die erfindungsgemäßen Nukleinsäure- und Proteinmoleküle zur Erzeugung von Algen, Ciliaten, Pflanzen, Tieren, Pilzen oder anderen Mikro organismen, wie C. glutamicum, verwendet werden, die mutierte PSE-Nukleinsäure- und Proteinmoleküle exprimieren, so daß die Ausbeute, Produktion und/oder Effizienz der Produktion einer ge wünschten Verbindung verbessert wird. Diese gewünschte Verbindung kann ein beliebiges natürliches Produkt von Algen, Ciliaten, Pflanzen, Tieren, Pilzen oder Bakterien sein, welches die End produkte von Biosynthesewegen und Zwischenprodukte natürlich vor kommender Stoffwechselwege umfaßt, sowie Moleküle, die im Stoff wechsel dieser Zellen nicht natürlich vorkommen, die jedoch von den erfindungsgemäßen Zellen produziert werden.

Eine weitere erfindungsgemäße Ausführungsform ist ein Verfahren zur Produktion von PUFAs, wobei das Verfahren das Züchten eines Organismus, der eine erfindungsgemäße Nukleinsäure, ein erfindungsgemäßes Genkonstrukt oder einen erfindungsgemäßen Vektor enthält, welche für ein Polypeptid codieren, das C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül um mindestens zwei Kohlenstoffatome unter Bedingungen, unter denen PUFAs in dem Organismus produziert werden, verlängert, umfaßt. Durch dieses Verfahren hergestellte PUFAs lassen sich durch Ernten der Organismen entweder aus der Kultur, in der sie wachsen, oder von dem Feld, Aufbrechen und/ oder Extrahieren des geernteten Materials mit einem organischen Lösungsmittel isolieren. Aus diesem Lösungsmittel kann das Öl, das Lipide, Phospholipide, Sphingolipide, Glycolipide, Triacyl glycerine und/oder freie Fettsäuren mit höherem Gehalt an PUFAs enthält, isoliert werden. Durch basische oder saure Hydrolyse der Lipide, Phospholipide, Sphingolipide, Glycolipide, Triacyl glycerine können die freien Fettsäuren mit höherem Gehalt an PUFAs isoliert werden. Ein höherer Gehalt an PUFAs bedeutet mindestens 5%, vorzugsweise 10%, besonders bevorzugt 20%, ganz besonders bevorzugt 40% mehr PUFAs als der ursprüngliche Organismus, der keine zusätzliche Nukleinsäure, die für die erfindungsgemäße Elongase codiert, besitzt.

Vorzugsweise sind die durch dieses Verfahren produzierten PUFAs C₁₈-, C₂₀- oder C₂₂-Fettsäuremoleküle mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül, vorzugsweise drei, vier, fünf oder sechs Doppelbindungen, besonders bevorzugt drei oder fünf Doppelbindungen. Diese C₁₈-, C₂₀- oder C₂₂-Fettsäuremoleküle lassen sich aus dem Organismus in Form eines Öls, Lipids oder einer freien Fettsäure isolieren. Geeignete Organismen sind beispielsweise die vorstehend erwähnten. Bevorzugte Organismen sind Mikroorganismen, Tiere oder Pflanzen, besonders bevorzugt Pflanzen oder Algen, ganz besonders bevorzugt transgene Pflanzen.

Eine erfindungsgemäße Ausführungsform sind Öle, Lipide oder Fett säuren oder Fraktionen davon, die durch das oben beschriebene Verfahren hergestellt worden sind, besonders bevorzugt Öl, Lipid oder eine Fettsäurezusammensetzung, die PUFAs umfassen und von transgenen Pflanzen herrühren.

Eine Ausführungsform der Erfindung sind Öle, Lipide oder Fett säuren, die durch das erfindungsgemäße Verfahren hergestellt wurden. Weitere Ausführungsformen der Erfindung sind Öl-, Lipid- oder Fettsäurezusammensetzungen, die PUFAs hergestellt nach dem erfindungsgemäßen Verfahren enthalten und von transgenen Pflanzen stammen, welche eine erfindungsgemäße Nukleinsäure, ein Gen konstrukt oder Vektor enthalten.

Eine weitere erfindungsgemäße Ausführungsform ist die Verwendung des Öls, Lipids oder der Fettsäurezusammensetzung in Futter mitteln, Nahrungsmitteln, Kosmetika oder Pharmazeutika.

Diese Erfindung wird durch die nachstehenden Beispiele weiter veranschaulicht, die nicht als beschränkend aufgefaßt werden sollten. Der Inhalt sämtlicher in dieser Patentanmeldung zitierten Literaturstellen, Patentanmeldungen, Patente und veröffentlichten Patentanmeldungen ist hier durch Bezugnahme aufgenommen.

Beispiele Beispiel 1 Allgemeine Verfahren a) Allgemeine Klonierungsverfahren

Klonierungsverfahren, wie beispielsweise Restriktionsspaltungen, Agarosegelelektrophorese, Reinigung von DNA-Fragmenten, Transfer von Nukleinsäuren auf Nitrocellulose- und Nylonmembranen, Ver bindung von DNA-Fragmenten, Transformation von Escherichia coli- und Hefe-Zellen, Anzucht von Bakterien und Sequenzanalyse rekombinanter DNA, wurden durchgeführt wie beschrieben in Sambrook et al. [(1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press: ISBN 0-87969-309-6] oder Kaiser, Michaelis und Mitchell [(1994), "Methods in Yeast Genetics", Cold Spring Harbor Laboratory Press: ISBN 0-87969-451-3]. Die Transformation und Anzucht von Algen, wie Chlorella oder Phaeodactylum werden durchge führt wie beschrieben von El-Sheekh [(1999), Biologia Plantarum 42: 209-216]oder Apt et al. [(1996) Molecular and General Genetics 252 (5): 872-9].

b) Chemikalien

Die verwendeten Chemikalien wurden, wenn im Text nicht anders angegeben, in p. A.-Qualität von den Firmen Fluka (Neu-Ulm), Merck (Darmstadt), Roth (Karlsruhe), Serva (Heidelberg) und Sigma (Deisenhofen) bezogen. Lösungen wurden unter Verwendung von reinem pyrogenfreiem Wasser, im nachstehenden Text als H₂O bezeichnet, aus einer Milli-Q-Wassersystem-Wasserreinigungsanlage (Millipore, Eschborn) hergestellt. Restriktionsendonukleasen, DNA-modifizierende Enzyme und molekularbiologische Kits wurden bezogen von den Firmen AGS (Heidelberg), Amersham (Braunschweig), Biometra (Göttingen), Boehringer (Mannheim), Genomed (Bad Oeynhausen), New England Biolabs (Schwalbach/Taunus), Novagen (Madison, Wisconsin, USA), Perkin-Elmer (Weiterstadt), Pharmacia (Freiburg), Qiagen (Hilden) und Stratagene (Amsterdam, Niederlande). Wenn nicht anders angegeben, wurden sie nach den Anweisungen des Herstellers verwendet.

c) Zellmaterial

Für diese Untersuchungen wurde eine Thraustochytrium-Stamm ver wendet, der über die American Type Culture Collection (ATCC-Samm lung) mit der Stammnummer ATCC26185 (Thraustochytrium) verfügbar ist, bzw im Fall von Crypthecodinium vom Provasoli-Guillard National Center for Culture of Marine Phytoplancton ((CCMP) West Boothbay Harbour, ME, USA) mit der Stammkultur-Nr. CCMP316 zugänglich ist. Die Algen wurden bei 25 Grad Celsius im Dunkeln kultiviert in Glasröhren, die von unten mit Luft begast wurden. Die Anzucht von Thraustochytrium erfolgte alternativ wie detailliert beschrieben bei Singh & Ward (1997, Advances in Microbiology, 45, 271-311).

Als Kulturmedium für Crypthecodinium wurde das f/2 Kulturmedium mit 10% organischen Medium nach Guillard, R. R. L. verwendet [1975; Culture of phytoplankton for feeding marine invertebrates. In: Smith, W. L. and Chanley, M. H. (Eds.) Culture of marine Invertebrate animals, NY Plenum Press, pp. 29-60.]: Es enthält
995,5 ml Seewasser (artifiziell) 1 ml NaNO₃ (75 g/l), 1 ml NaH₂PO₄ (5 g/l), 1 ml Trace metal solution, 1 ml Tris/Cl pH 8.0, 0.5 ml f/2 vitamin solution
Trace metal solution: Na₂EDTA (4,36 g/l), FeCl₃ (3,15 g/l), Primary Trace metals: CuSO₄ (10 g/l), ZnSO₄ (22 g/l), CoCl₂ (10 g/l), MnCl₂ (18 g/l), NaMoO₄ (6,3 g/l)
f/2 vitamin solution: Biotin: 10 mg/l, Thiamin 200 mg/l, Vit B12 0,1 mg/l
org-Medium: Na-Acetat (1 g/l), Glucose (6 g/l), Na-Succinat (3 g/l), Bacto-Trypton (4 g/l), Hefe-Extrakt (2 g/l)

d) Moosmaterial (= Pflanzenmaterial)

Für diese Untersuchung wurden Pflanzen der Art Physcomitrella patens (Hedw.) B. S. G. aus der Sammlung der Abteilung für Genetische Untersuchungen der Universität Hamburg verwendet. Sie stammen von dem Stamm 16/14, der von H. L. K. Whitehouse in Gransden Wood, Huntingdonshire (England) gesammelt und von Engel (1968, Am J Bot 55, 438-446) aus einer Spore subkultiviert wurde. Die Proliferation der Pflanzen erfolgte mittels Sporen und mittels Regeneration der Gametophyten. Das Protonema entwickelte sich aus der haploiden Spore zu chloroplastenreichem Chloronema und chloroplastenarmem Caulonema, woraus sich nach etwa 12 Tagen Knospen bildeten. Diese wuchsen zu Gametophoren mit Antheridien und Archegonien. Nach der Befruchtung entstand der diploide Sporophyt mit kurzer Seta und Sporenkapsel, in der die Meio sporen reifen.

e) Pflanzenzüchtunganzucht

Die Anzucht erfolgte in einer klimatisierten Kammer bei einer Lufttemperatur von 25°C und einer Lichtintensität von 55 Mikro mol-1m-2 (Weißlicht; Phillips TL 65 W/25 Fluoreszenzröhre) und einem Licht-Dunkel-Wechsel von 16/8 Stunden. Das Moos wurde ent weder in Flüssigkultur unter Verwendung von Knop-Medium nach Reski und Abel (1985, Planta 165, 354-358) modifiziert oder auf festem Knop-Medium unter Verwendung von 1% Oxoidagar (Unipath, Basingstoke, England) angezogen.

Die zur RNA- und DNA-Isolation verwendeten Protonemata wurden in belüfteten Flüssigkulturen gezüchtet. Die Protonemata wurden alle 9 Tage zerkleinert und in frisches Kulturmedium überführt.

Beispiel 2 Isolierung von Gesamt-DNA aus Pflanzen und Mikro organismen wie Thraustochytrium und Crypthecodinium für Hybridisierungsexperimente

Die Einzelheiten der Isolation von Gesamt-DNA betreffen die Auf arbeitung von Pflanzenmaterial mit einem Frischgewicht von einem Gramm.

CTAB-Puffer: 2% (Gew./Vol.) N-Acetyl-N,N,N-trimethylammonium bromid (CTAB); 100 mM Tris-HCl, pH 8,0; 1,4 M NaCl; 20 mM EDTA.

N-Laurylsarkosin-Puffer: 10% (Gew./Vol.) N-Laurylsarkosin; 100 mM Tris-HCl, pH 8,0; 20 mM EDTA.

Das Pflanzenmaterial oder Crypthecodinium- oder Thraustochytrium- Zellmaterial wurde unter flüssigem Stickstoff in einem Mörser verrieben, so daß ein feines Pulver erhalten wurde, und in 2-ml- Eppendorfgefäße überführt. Das gefrorene Pflanzenmaterial wurde dann mit einer Schicht von 1 ml Zersetzungspuffer (1 ml CTAB- Puffer, 100 ml N-Laurylsarkosin-Puffer, 20 ml β-Mercaptoethanol und 10 ml Proteinase K-Lösung, 10 mg/ml) überschichtet und eine Stunde unter kontinuierlichem Schütteln bei 60°C inkubiert. Das erhaltene Homogenat wurde in zwei Eppendorfgefäße (2 ml) auf geteilt und zweimal durch Schütteln mit dem gleichen Volumen Chloroform/Isoamylalkohol (24 : 1) extrahiert. Zur Phasentrennung wurde eine Zentrifugation bei 8000 × g und RT (= Raumtemperatur = ~ 23°C) jeweils 15 min lang durchgeführt. Die DNA wurde dann 30 min unter Verwendung von eiskaltem Isopropanol bei -70°C gefällt. Die gefällte DNA wurde bei 10000 g 30 min bei 4°C sedimentiert und in 180 ml TE-Puffer (Sambrook et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press: ISBN 0-87969-309-6) resuspendiert. Zur weiteren Reinigung wurde die DNA mit NaCl (1,2 M Endkonzentration) behandelt und erneut 30 min unter Ver wendung des zweifachen Volumens an absolutem Ethanol bei -70°C gefällt. Nach einem Waschschritt mit 70% Ethanol wurde die DNA getrocknet und anschließend in 50 ml H₂O + RNAse (50 mg/ml End konzentration) aufgenommen. Die DNA wurde über Nacht bei 4°C gelöst und die RNAse-Spaltung wurde anschließend 1 Std. bei 37°C durchgeführt. Die Aufbewahrung der DNA erfolgte bei 4°C.

Beispiel 3 Isolierung von Gesamt-RNA und poly(A)⁺-RNA aus Pflanzen und Mikroorganismen (Crypthecodinium und Thraustochytrium)

Die Isolierung von Gesamt-RNA aus Pflanzen wie Lein und Raps etc. erfolgt nach einer bei Logemann et al beschriebenen Methode (1987, Anal. Biochem. 163, 21) isoliert. Aus Moos kann die Gesamt-RNA Protonema-Gewebe nach dem GTC-Verfahren (Reski et al., 1994, Mol. Gen. Genet., 244: 352-359) gewonnen werden.

RNA Isolation aus Crypthecodinium und Thraustochytrium:

Tiefgefrorene Algenproben (-70°C) werden in einem eiskaltem Mörser unter Flüssigstickstoff zu feinem Pulver zerreiben. 2 Volumen Homogenisationsmedium (12,024 g Sorbitol, 40,0 ml 1 M Tris-HCl, pH 9 (0,2 M); 12,0 ml 5 M NaCl (0,3 M), 8,0 ml 250 mM EDTA, 761,0 mg EGTA, 40,0 ml 10% SDS werden auf 200 ml mit H₂O aufgefüllt und der pH auf 8,5 eingestellt)und 4 Volumen Phenol mit 0,2% Mercaptoethanol werden bei 40-50°C unter gutem Mischen zu gefrorenem Zellpulver gegeben. Danach werden 2 Volumen Chloro form hinzufügen und für 15 min kräftig gerührt. Es wird 10 min bei 10000 g zentrifugiert und die wässrige Phase mit Phenol/ Chloroform (2 Vol/2 Vol) und abschließend mit Chloroform extra hiert.

Das erhaltene Volumen der wässrigen Phase wird mit 1/20 Vol 4 M Na-Acetat (pH 6) und 1 Vol Isopropanol (eiskalt) versetzet und die Nukleinsäuren bei -20°C ÜN gefällt. Es wird 30 min bei 10000 g zentrifugiert und der Überstand abgesogen. Es folgt ein Wasch schritt mit 70% EtOH und erneute Zentrifugation. Das Sediment wird in Tris-Borat-Puffer (80 mM Tris-Borat-Puffer, 10 mM EDTA, pH 7,0). Dann wird der Überstand mit 1/3 Vol 8 M LiCl versetzt, gemischt 30 min bei 4°C inkubiert. Nach erneutem zentrifugieren wird das Sediment mit 70% Ethanol gewaschen, zentrifugiert und das Sediment in RNAse-freiem Wasser gelöst.

Die Isolierung von poly(A)⁺-RNA erfolgt unter Verwendung von Dyna Beads® (Dynal, Oslo, Finnland) nach den Anweisungen im Protokoll des Herstellers.

Nach der Bestimmung der RNA- oder poly(A)⁺-RNA-Konzentration wird die RNA durch Zugabe von 1/10 Volumina 3 M Natriumacetat, pH 4,6, und 2 Volumina Ethanol gefällt und bei -70°C aufbewahrt.

Für die Analyse werden jeweils 20 µg RNA in einem Formaldehyd haltigen 1,5%igen Agarosegel aufgetrennt und auf Nylon Membranen (Hybond, Amersham) überführt. Der Nachweis spezifischer Trans kripte wird wie bei Amasino beschrieben durchgeführt ((1986) Anal. Biochem. 152, 304)).

Beispiel 4 Konstruktion der cDNA-Bank

Zur Konstruktion der cDNA-Bank aus Physcomitrella, Crypthe codinium bzw. Thraustochytrium wurde die Erststrangsynthese unter Verwendung von Reverser Transkriptase aus Maus-Leukämie-Virus (Roche, Mannheim, Deutschland) und Oligo-d(T)-Primern, die Zweit strangsynthese durch Inkubation mit DNA-Polymerase I, Klenow- Enzym und RNAse H-Spaltung bei 12°C (2 Std.), 16°C (1 Std.) und 22°C (1 STd.) erzielt. Die Reaktion wurde durch Inkubation bei 65°C (10 min) gestoppt und anschließend auf Eis überführt. Doppelsträngige DNA-Moleküle wurde mit T4-DNA-Polymerase (Roche, Mannheim) bei 37°C (30 min) mit glatten Enden versehen. Die Nukleotide wurden durch Phenol/Chloroform-Extraktion und Sephadex-G50-Zentrifugiersäulen entfernt. EcoRI/XhoI-Adapter (Pharmacia, Freiburg, Deutschland) wurden mittels T4-DNA-Ligase (Roche, 12°C, über Nacht) an die cDNA-Enden ligiert, mit XhoI nachgeschnitten und durch Inkubation mit Polynukleotidkinase (Roche, 37°C, 30 min) phosphoryliert. Dieses Gemisch wurde der Trennung auf einem Low-Melting-Agarose-Gel unterworfen. DNA- Moleküle über 300 Basenpaaren wurden aus dem Gel eluiert, Phenol extrahiert, auf Elutip-D-Säulen (Schleicher und Schüll, Dassel, Deutschland) konzentriert und an Vektorarme ligiert und in lambda-ZAPII-Phagen oder lambda-ZAP-Express-Phagen unter Ver wendung des Gigapack Gold-Kits (Stratagene, Amsterdam, Nieder lande) verpackt, wobei Material des Herstellers verwendet und seine Anweisungen befolgt wurden.

Beispiel 5 DNA-Sequenzierung und Computeranalyse

cDNA-Banken, wie im Beispiel 4 beschrieben, wurden zur DNA- Sequenzierung nach Standardverfahren, insbesondere durch das Kettenterminationsverfahren unter Verwendung des ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction-Kit (Perkin-Elmer, Weiterstadt, Deutschland), verwendet. Die Sequenzierung zu fälliger, vereinzelter Klone wurde anschließend an die präpara tive Plasmidgewinnung aus cDNA-Banken über in vivo-Massenexcision und Retransformation von DH10B auf Agarplatten durchgeführt (Ein zelheiten zu Material und Protokoll von Stratagene, Amsterdam, Niederlande). Plasmid-DNA wurde aus über Nacht gezüchteten E. coli-Kulturen, die in Luria-Brühe mit Ampicillin (siehe Sambrook et al. (1989) (Cold Spring Harbor Laboratory Press: ISBN 0-87969-309-6)) gezüchtet worden waren, an einem Qiagen- DNA-Präparations-Roboter (Qiagen, Hilden) nach den Protokollen des Herstellers präpariert. Sequenzierprimer mit den folgenden Nukleotidsequenzen wurden verwendet:

Die Sequenzen wurden unter Verwendung des Standard-Softwarepa kets EST-MAX, das kommerziell von Bio-Max (München, Deutschland) geliefert wird, prozessiert und annotiert. Durch Nutzung von Ver gleichsalgorithmen und unter Verwendung einer Suchsequenz wurde mithilfe des BLAST-Programms nach homologen Genen gesucht (Alt schul et al. (1997) "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402.). Eine Sequenz aus Crypthecodinium und Thrausto chytrium mit Homologien zur Suchsequenz der Mooselongase aus Physcomitrella patens wurden eingehender charakterisiert.

Beispiel 6 Identifizierung des Tc_PSE1 und Tc_PSE2-Gens (Tc = Thraustochytrium) sowie des Cc_PSE1 und Cc_PSE2-Gens (Cc = Crypthecodinium cohnii) durch Vergleich mit dem Pp_PSE1-Gen aus Physcomitrella patens

Die Vollängensequenz der erfindungsgemäßen Mooselongase Pp_PSE1 (Bezeichnung siehe auch Tabelle 2) wurde für die Sequenz vergleiche im TBLASTN Suchalgorythmus eingesetzt:

Die vollständige Nukleotidsequenz der Mooselongase Pp_PSE1 cDNA besteht aus etwa 1200 bp. Sie enthält einen offenen Leserahmen von 873 bp, der 290 Aminosäure mit einer berechneten Molekülmasse von 33,4 Da codiert. Die Proteinsequenz besitzt nur 38,5% Identität und 48,3% Ähnlichkeit mit dem PSE1-Genprodukt von Saccharomyces cerevisiae, das zur Elongation von Fettsäuren mit mittlerer Kettenlänge in der Hefe erforderlich ist (Toke & Martin, 1996, Isolation and characterization of a gene affecting fatty acid elongation in Saccharomyces cerevisiae. Journal of Biological Chemistry 271, 18413-18422).

Die EST-Sequenz CC001042041R sowie TC002034029R und TC002014093R wurden zunächst aufgrund schwacher Homologien mit der Elongase aus Physcomitrella patens (siehe Tabelle 2), dem PSE1 Gen unter anderen Kandidatengenen als Zielgen in Betracht gezogen. In Fig. 5 ist das Ergebnis des Vergleiches der Pp_PSE1 Peptidsequenz mit der gefundenen Sequenz dargestellt. Sie ist Teil der erfindungs gemäßen Nukleinsäure aus Seq ID NO: 3. (Genname: Tc_PSE1, eigene Datenbank Nr. der Erfinder TC002034029R). Buchstaben zeigen identische Aminosäuren an, während das Pluszeichen eine chemisch ähnliche Aminosäure bedeutet. Die Identitäten bzw. Homologien aller erfindungsgemäß gefundener Sequenzen gehen aus Tabelle 3 zusammenfassend hervor.

Die Sequenzierung des vollständigen cDNA Fragmentes aus Klon TC002034029R ergab eine 693 Basenpaare lange Sequenz beginnend mit erster Base im offenen Leseraster. Die Sequenz codiert für ein Polypeptid von 195 Aminosäuren dargestellt in Seg ID NO: 42 mit einem Stopcodon in Basenpaarposition übersetzt aus SEQ ID NO: 3 in Basenpaarposition 586-588. Der Klon TC002014093R beinhaltet ein nahezu vollständiges Elongase-Polypeptid, wie aus dem Sequenzvergleich in Fig. 7 zu ersehen ist. Striche bedeuten identische Aminosäuren während Doppelpunkte und Einzelpunkte chemisch austauschbare, d. h. chemisch äquivalente Aminosäuren darstellen. Der Vergleich wurde mit der BLOSUM62 Austauschmatrix für Aminsoäuren nach Henikoff & Henikoff durchgeführt ((1992) Amino acid substitution matrices from protein blocks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915-10919). Verwendete Parameter: Gap Weight: 8; Average Match: 2.912, Length Weight: 2, Average Mismatch: -2.003.

Weiterhin wurde durch den Sequenzvergleich ein zweiter est identifiziert. Dargestellt in Fig. 6 ist der Vergleich der Pp_PSE1 Peptidsequenz mit der gefundenen Sequenz. Wenngleich sich die Homologie unter gewählten Parametern auf wenige Aminosäuren beschränkt, so bezieht sich dies auf einen stark konservierten Bereich der PUFA-spezifischen Elongasen. Es wurde daher die Sequenz des vollständigen klonierten Fragmentes ermittelt.

Die Sequenzierung des vollständigen cDNA Fragmentes aus Klon TC002014093R ergab eine 955 Basenpaare lange Sequenz beginnend mit erster Base im offenen Leseraster. Diese ist erfindungsgemäß mit SEQ ID NR: 5 angegeben. Die Sequenz codiert für ein Poly peptid von 297 Aminosäuren mit einem Stopcodon in Basenpaar position 892-894 erfindungsgemäß dargestellt in SEQ ID NR: 6.

Mithilfe der Sequenz PpPSEl wurde der est CC001042041R aus Crypthecodinium cohnii codierend für das Ge 41798 00070 552 001000280000000200012000285914168700040 0002010023893 00004 41679n Cc_PSE1 identifiziert. Der isolierte est CC001042041R, erfindungsgemäß dargestellt als SEQ ID NR: 7 ist 708 Basenpaaren lang mit einem offenen Leseraster ab erster Base von 642 Basenpaaren codierend für 214 Aminosäuren und mit einem Stopcodon in Position 643-645. Die Aminosäuresequenz bis zum Stopcodon ist erfindungsgemäß dar gestellt in SEQ ID NR: 8.

Neben der Ähnlichkeit mit dem PSE1-Genprodukt kann auch die Ähn lichkeit zur Elongase aus Saccharomyces cerevisiae (sce ab P) herangezogen werden, die zur Elongation von Fettsäuren mit mittlerer Kettenlänge in der Hefe erforderlich ist (Toke & Martin, 1996, Isolation and characterization of a gene affecting fatty acid elongation in Saccharomyces cerevisiae. Journal of Biological Chemistry 271, 18413-18422). In Tabelle 3 sind die Identitäten und Homologien erfindungsgemäßer Elongasen unter einander und mit den Elongasen aus Physcomitrella patens und aus Hefe dargestellt. Die Angaben wurden mithilfe des Programms GAP als Teilprogramm folgender Software erhalten: Wisconsin Package Version 10.0 (Genetics Computer Group (GCG), Madison, Wisc., USA).

Tabelle 3:

Insbesondere lassen sich aus Fig. 5 bis 10 die folgenden Sequenzmotive als Bereiche hoher Homologie und entsprechende daraus abgeleitete Consensussequenzen ableiten, die durch Rückübersetzung der Aminsoäuren in Drei-Basenpaar-Codons zu Oligonukleotiden führen, die zur Isolation neuer Elongasen mittels Polymerasekettenreaktion genutzt werden können. Dies sind insbesondere die in Fig. 10 dargestellten Sequenz motive. Aus diesen Motiven lassen sich Oligonukleotide ab leiten und in Kombination mit zwei Oligonukleotiden in PCR- Experimenten zur Isolation weiterer Elongasefragmente einsetzen. Dabei wird zweckmäßigerweise ein Oligonukleotid passend für den konventionell definierten 5'-3'Strang und ein zweites mit einem strangabwärts für den 3'-5'Strang passenden Oligo nukleotid konstruiert und synthetisiert. Dabei ergibt sich eine definierbare Anzahl an Primerkombinationen, die durch Permutation der möglichen Varianten begrenzt ist.

Dabei können auch Oligo-dT Primer und Varianten davon genutzt werden, z. B. indem die letzte Base Spezifität für einen Pool von Transkripten zuläßt wie z. B. Oligo dT (12-20) X, wobei X ein G, C oder T sein kann. Auch läßt sich eine zweite Base Oligo dT (12-20) XY nutzen, wobei X ein G, C oder A sein kann, während das Y ein A, G, C, oder T sein kann.

Aus oben definierten Sequenzen lassen sich 17- bis 20mere Oligonukleotide ableiten, die unter Variation der Primer kombinationen und Versuchsparameter wie Temperaturprogramm, Mg-Ionenkonzentration etc. zur Isolation von Genfragmenten genutzt werden können. Die so erhaltenen Fragmente können in geeignete Vektoren kloniert werden und die Sequenz erhaltener Klone zur Identifizierung neuer Elongasen nach gängigen ver fahren ermittelt werden.

Beispiel 7 Identifikation von Genen mittels Hybridisierung

Gensequenzen lassen sich zur Identifikation homologer oder heterologer Gene aus cDNA- oder genomischen Banken verwenden.

Homologe Gene (d. h. Volllängen-cDNA-Klone, die homolog sind, oder Homologen) lassen sich über Nukleinsäurehybridisierung unter Verwendung von beispielsweise cDNA-Banken isolieren: Ins besondere zur Isolation von funktionell aktiven Voll-Längengenen der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 und SEQ ID NO: 7 kann die Methode genutzt werden. Je nach der Häufigkeit des Gens von Interesse werden 100000 bis zu 1000000 rekombinante Bakteriophagen plattiert und auf eine Nylonmembran überführt. Nach der Denaturierung mit Alkali wird die DNA auf der Membran z. B. durch UV-Vernetzung immobilisiert. Die Hybridisierung erfolgt bei hoch-stringenten Bedingungen. In wäßriger Lösung werden die Hybridisierung und die Waschschritte bei einer Ionen stärke von 1 M NaCl und einer Temperatur von 68°C durchgeführt. Hybridisierungssonden wurden z. B. durch Markierung mittels radio aktiver (³²P-) Nicktranskription (High Prime, Roche, Mannheim, Deutschland) hergestellt. Die Signale werden mittels Autoradio graphie nachgewiesen.

Partiell homologe oder heterologe Gene, die verwandt, aber nicht identisch sind, lassen sich analog zum oben beschriebenen Ver fahren unter Verwendung niedrig-stringenter Hybridisierungs- und Waschbedingungen identifizieren. Für die wäßrige Hybridisierung wurde die Ionenstärke gewöhnlich bei 1 M NaCl gehalten, wobei die Temperatur nach und nach von 68 auf 42°C gesenkt wurde.

Die Isolation von Gensequenzen, die nur zu einer einzelnen Domäne von beispielsweise 10 bis 20 Aminosäuren Homologien auf weisen, läßt sich unter Verwendung synthetischer, radioaktiv markierter Oligonukleotidsonden durchführen. Radioaktiv markierte Oligonukleotide werden mittels Phosphorylierung des 5'-Endes zweier komplementärer Oligonukleotide mit T4-Polynukleotidkinase hergestellt. Die komplementären Oligonukleotide werden aneinander hybridisiert und ligiert, so daß Konkatemere entstehen. Die doppelsträngigen Konkatemere werden beispielsweise durch Nick transkription radioaktiv markiert. Die Hybridisierung erfolgt gewöhnlich bei niedrig-stringenten Bedingungen unter Verwendung hoher Oligonukleotidkonzentrationen.

Oligonukleotid-Hybridisierungslösung:
6 × SSC
0,01 M Natriumphosphat
1 mM EDTA (pH 8)
0,5% SDS
100 mikrog/ml denaturierte Lachssperma-DNA
0,1% fettarme Trockenmilch

Während der Hybridisierung wird die Temperatur schrittweise auf 5 bis 10°C unter die berechnete Oligonukleotid-Tm oder bis auf Raum temperatur (bedeutet RT = ~23°C in allen Experimenten, wenn nicht anders angegeben) gesenkt, gefolgt von Waschschritten und Auto radiographie. Das Waschen wird mit extrem niedriger Stringenz durchgeführt, zum Beispiel 3 Waschschritte unter Verwendung von 4 × SSC. Weitere Einzelheiten sind wie von Sambrook, J., et al. (1989), "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory Press, oder Ausubel, F. M., et al. (1994) "Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons, beschrieben.

Beispiel 8 Identifikation von Zielgenen durch Sichtung von Expressionsbanken mit Antikörpern

Es werden cDNA-Seguenzen zur Herstellung von rekombinantem Protein zum Beispiel in E. coli verwendet (z. B. Qiagen QIAexpress pQE-System). Die rekombinanten Proteine werden dann gewöhnlich über Ni-NTA-Affinitätschromatographie (Qiagen) affinitäts gereinigt. Die rekombinanten Proteine werden dann zur Her stellung spezifischer Antikörper beispielsweise unter Verwendung von Standardtechniken zur Immunisierung von Kaninchen verwendet. Die Antikörper werden dann unter Verwendung einer Ni-NTA-Säule, die mit rekombinantem Antigen vorgesättigt wird, affinitäts gereinigt, wie von Gu et al., (1994) BioTechniques 17: 257-262 beschrieben. Der Antikörper kann dann zur Durchmusterung von Expressions-cDNA-Banken mittels immunologischem Sichtung ver wendet werden (Sambrook, J., et al. (1989), "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory Press, oder Ausubel, F. M., et al. (1994) "Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley & Sons).

Beispiel 9 Plasmide für die Pflanzentransformation

Zur Pflanzentransformation können binäre Vektoren, wie pBinAR verwendet werden (Höfgen und Willmitzer, Plant Science 66 (1990) 221-230). Die Konstruktion der binären Vektoren kann durch Ligation der cDNA in Sense- oder Antisense-Orientierung in T-DNA erfolgen. 5' der cDNA aktiviert ein Pflanzenpromotor die Transkription der cDNA. Eine Polyadenylierungssequenz befindet sich 3' von der cDNA.

Die gewebespezifische Expression läßt sich unter Verwendung eines gewebespezifischen Promotors erzielen. Beispielsweise kann die samenspezifische Expression erreicht werden, indem der Napin- oder der LeB4- oder der USP-Promotor 5' der cDNA einkloniert wird. Auch jedes andere samenspezifische Promotorelement kann verwendet werden. Zur konstitutiven Expression in der ganzen Pflanzen läßt sich der CaMV-35S-Promotor verwenden.

Das exprimierte Protein kann unter Verwendung eines Signal peptids, beispielsweise für Plastiden, Mitochondrien oder das Endoplasmatische Retikulum, in ein zelluläres Kompartiment dirigiert werden (Kermode, Crit. Rev. Plant Sci. 15, 4 (1996) 285-423). Das Signalpeptid wird 5' im Leseraster mit der cDNA einkloniert, um die subzelluläre Lokalisierung des Fusionsprotein zu erreichen.

Beispiel 10 Transformation von Agrobacterium

Die Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation kann zum Beispiel unter Verwendung des GV3101- (pMP90-) (Koncz und Schell, Mol. Gen. Genet. 204 (1986) 383-396) oder LBA4404- (Clontech) Agrobacterium tumefaciens-Stamns durchgeführt werden. Die Transformation kann durch Standard-Transformationstechniken durchgeführt werden (Deblaere et al., Nucl. Acids. Tes. 13 (1984), 4777-4788).

Beispiel 11 Pflanzentransformation

Die Agrobacterium-vermittelte Pflanzentransformation kann unter Verwendung von Standard-Transformations- und Regenerations techniken durchgeführt werden (Gelvin, Stanton B., Schilperoort, Robert A., Plant Molecular Biology Manual, 2. Aufl., Dordrecht: Kluwer Academic Publ., 1995, in Sect., Ringbuc Zentrale Signatur: BT11-P ISBN 0-7923-2731-4; Glick, Bernard R., Thompson, John E., Methods in Plant Molecular Biology and Biotechnology, Boca Raton: CRC Press, 1993, 360 S., ISBN 0-8493-5164-2).

Beispielsweise kann Raps mittels Kotyledoneh- oder Hypokotyl transformation transformiert werden (Moloney et al., Plant Cell Report 8 (1989) 238-242; De Block et al., Plant Physiol. 91 (1989) 694-701). Die Verwendung von Antibiotika für die Agrobacterium- und Pflanzenselektion hängt von dem für die Transformation verwendeten binären Vektor und Agrobacterium- Stamm ab. Die Rapsselektion wird gewöhnlich unter Verwendung von Kanamycin als selektierbarem Pflanzenmarker durchgeführt.

Der Agrobacterium-vermittelte Gentransfer in Lein (Linum usitatissimum) läßt sich unter Verwendung von beispielsweise einer von Mlynarova et al. (1994) Plant Cell Report 13: 282-285 beschriebenen Technik durchführen.

Die Transformation von Soja kann unter Verwendung von beispiels weise einer in EP-A-0 0424 047 (Pioneer Hi-Bred International) oder in EP-A-0 0397 687, US 5,376,543, US 5,169,770 (University Toledo) beschriebenen Technik durchgeführt werden.

Die Pflanzentransformation unter Verwendung von Teilchen beschuß, Polyethylenglycol-vermittelter DNA-Aufnahme oder über die Siliziumcarbonatfaser-Technik ist beispielsweise beschrieben von Freeling und Walbot "The maize handbook" (1993) ISBN 3-540-97826-7, Springer Verlag New York).

Beispiel 12 Plasmide für die Pflanzentransformation

Die gewebespezifische Expression läßt sich unter Verwendung eines gewebespezifischen Promotors erzielen. Beispielsweise kann die samenspezifische Expression erreicht werden, indem der Napin- oder der LeB4- oder der USP-Promotor 5' der cDNA einkloniert wird. Auch jedes andere samenspezifische Promotorelement kann verwendet werden. Zur konstitutiven Expression in der ganzen Pflanzen läßt sich der CaMV-35S-Promotor verwenden. Insbesondere lassen sich Gene codierend für Elongasen und Desaturasen durch Konstruktion mehrerer Expressionskassetten hintereinander in einen binären Vektor klonieren, um den Stoff wechselweg in der Pflanzen nachzubilden.

Innerhalb einer Expressionskassette kann das zu exprimierende Protein unter Verwendung eines Signalpeptids, beispielsweise für Plastiden, Mitochondrien oder das Endoplasmatische Retikulum, in ein zelluläres Kompartiment dirigiert werden (Kermode, Crit. Rev. Plant Sci. 15, 4 (1996) 285-423). Das Signalpeptid wird 5' im Leseraster mit der cDNA einkloniert, um die subzelluläre Lokalisierung des Fusionsprotein zu erreichen.

Beispiel 13 In vivo-Mutagenese

Die in vivo-Mutagenese von Mikroorganismen kann mittels Passage der Plasmid- (oder einer anderen Vektor-) DNA durch E. coli oder andere Mikroorganismen (z. B. Bacillus spp. oder Hefen, wie Saccharomyces cerevisiae), bei denen die Fähigkeiten, die Unversehrtheit ihrer genetischen Information aufrechtzuerhalten, gestört ist, erfolgen. Übliche Mutator-Stämme haben Mutationen in den Genen für das DNA-Reparatursystem (z. B. mutHLS, mutD, mutT usw.; als Literaturstelle siehe Rupp, W. D. (1996) DNA repair mechanisms, in: Escherichia coli and Salmonella, S. 2277-2294, ASM: Washington). Diese Stämme sind dem Fachmann bekannt. Die Verwendung dieser Stämme ist beispielsweise in Greener, A., und Callahan, M. (1994) Strategies 7: 32-34, erläutert. Der Transfer mutierter DNA-Moleküle in Pflanzen erfolgt vorzugsweise nach Selektion und Test der Mikrooganismen. Transgene Pflanzen werden nach verschiedenen Beispielen im Beispielteil dieses Dokumentes erzeugt.

Beispiel 14 Untersuchung der Expression eines rekombinanten Genproduktes in einem transformierten Organismus

Die Aktivität eines rekombinanten Genproduktes im transformierten Wirtsorganismus wurde auf der Transkriptions- und/oder der Translationsebene gemessen.

Ein geeignetes Verfahren zur Bestimmung der Menge an Transkription des Gens (ein Hinweis auf die Menge an RNA, die für die Translation des Genproduktes zur Verfügung steht) ist die Durchführung eines Northern-Blots wie unten ausgeführt (als Bezugsstelle siehe Ausubel et al. (1988) Current Protocols in Molecular Biology, Wiley: New York, oder den oben erwähnten Beispielteil), wobei ein Primer, der so gestaltet ist, daß er an das Gen von Interesse bindet, mit einer nachweisbaren Markierung (gewöhnlich radioaktiv oder chemilumineszent) markiert wird, so daß, wenn die Gesamt-RNA einer Kultur des Organismus extrahiert, auf einem Gel aufgetrennt, auf eine stabile Matrix transferiert und mit dieser Sonde inkubiert wird, die Bindung und das Ausmaß der Bindung der Sonde das Vorliegen und auch die Menge der mRNA für dieses Gen anzeigt. Diese Information zeigt den Grad der Transkription des transformierten Gens an. Zelluläre Gesamt-RNA kann aus Zellen, Geweben oder Organen mit mehreren Verfahren, die alle im Fachgebiet bekannt sind, wie zum Beispiel das von Bormann, E. R., et al. (1992) Mol. Microbiol. 6: 317-326 beschriebene, präpariert werden.

Northern-Hybridisierung

Für die RNA-Hybridisierung wurden 20 ∝g Gesamt-RNA oder 1 ∝g poly(A)⁺-RNA mittels Gelelektrophorese in Agarosegelen mit einer Stärke von 1,25% unter Verwendung von Formaldehyd, wie beschrieben in Amasino (1986, Anal. Biochem. 152, 304) auf getrennt, mittels Kapillaranziehung unter Verwendung von 10 × SSC auf positiv geladene Nylonmembranen (Hybond N+, Amersham, Braunschweig) übertragen, mittels UV-Licht immobilisiert und 3 Stunden bei 68°C unter Verwendung von Hybridisierungspuffer (10% Dextransulfat Gew./Vol., 1 M NaCl, 1% SDS, 100 mg Herings sperma-DNA) vorhybridisiert. Die Markierung der DNA-Sonde mit dem Highprime DNA labeling-Kit (Roche, Mannheim, Deutschland) erfolgte während der Vorhybridisierung unter Verwendung von alpha-³²P-dCTP (Amersham, Braunschweig, Deutschland). Die Hybridisierung wurde nach Zugabe der markierten DNA-Sonde im gleichen Puffer bei 68°C über Nacht durchgeführt. Die Wasch schritte wurden zweimal für 15 min unter Verwendung von 2 × SSC und zweimal für 30 min unter Verwendung von 1 × SSC, 1% SDS, bei 68°C durchgeführt. Die Exposition der verschlossenen Filter wurde bei -70°C für einen Zeitraum von 1 bis 14 T durchgeführt.

Zur Untersuchung des Vorliegens oder der relativen Menge an von dieser mRNA translatiertem Protein können Standardtechniken, wie ein Western-Blot, eingesetzt werden (siehe beispielsweise Ausubel et al. (1988) Current Protocols in Molecular Biology, Wiley: New York). Bei diesem Verfahren werden die zellulären Gesamt- Proteine extrahiert, mittels Gelelektrophorese aufgetrennt, auf eine Matrix, wie Nitrozellulose, übertragen und mit einer Sonde, wie einem Antikörper, der spezifisch an das gewünschte Protein bindet, inkubiert. Diese Sonde ist gewöhnlich mit einer chemilumineszenten oder kolorimetrischen Markierung versehen, die sich leicht nachweisen läßt. Das Vorliegen und die Menge der beobachteten Markierung zeigt das Vorliegen und die Menge des gewünschten, in der Zelle vorliegenden mutierten Proteins an.

Beispiel 15 Analyse der Auswirkung der rekombinanten Proteine auf die Produktion des gewünschten Produktes

Die Auswirkung der genetischen Modifikation in Pflanzen, Pilzen, Algen, Ciliaten oder auf die Produktion einer gewünschten Ver bindung (wie einer Fettsäure) kann bestimmt werden, indem die modifizierten Mikroorganismen oder die modifizierte Pflanze unter geeigneten Bedingungen (wie den vorstehend beschriebenen) gezüchtet werden und das Medium und/oder die zellulären Kompo nenten auf die erhöhte Produktion des gewünschten Produktes (d. h. von Lipiden oder einer Fettsäure) untersucht wird. Diese Analyse techniken sind dem Fachmann bekannt und umfassen Spektroskopie, Dünnschichtchromatographie, Färbeverfahren verschiedener Art, enzymatische und mikrobiologische Verfahren sowie analytische Chromatographie, wie Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie (siehe beispielsweise Ullman, Encyclopedia of Industrial Chemis try, Bd. A2, S. 89-90 und S. 443-613, VCH: Weinheim (1985); Fallon, A., et al., (1987) "Applications of HPLC in Biochemistry" in: Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, Bd. 17; Rehm et al. (1993) Biotechnology, Bd. 3, Kapitel III: "Product recovery and purification", S. 469-714, VCH: Weinheim; Belter, P. A., et al. (1988) Bioseparations: downstream processing for Biotechnology, John Wiley and Sons; Kennedy, J. F., und Cabral, J. M. S. (1992) Recovery processes for biological Materi als, John Wiley and Sons; Shaeiwitz, J. A., und Henry, J. D. (1988), Biochemical Separations, in: Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, Bd. B3; Kapitel 11, S. 1-27, VCH: Weinheim; und Dechow, F. J. (1989) Separation and purification techniques in biotechnology, Noyes Publications).

Neben den oben erwähnten Verfahren werden Pflanzenlipide aus Pflanzenmaterial wie von Cahoon et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96 (22): 12935-12940, und Browse et al. (1986) Analytic Biochemistry 152: 141-145, beschrieben extrahiert. Die qualitative und quantitative Lipid- oder Fettsäureanalyse ist beschrieben bei Christie, William W., Advances in Lipid Methodology, Ayr/ Scotland: Oily Press (Oily Press Lipid Library; 2); Christie, William W., Gas Chromatography and Lipids. A Practical Guide - Ayr, Scotland: Oily Press, 1989, Repr. 1992, IX, 307 S. (Oily Press Lipid Library; 1); "Progress in Lipid Research, Oxford: Pergamon Press, 1 (1952) - 16 (1977) u. d. T.: Progress in the Chemistry of Fats and Other Lipids CODEN.

Zusätzlich zur Messung des Endproduktes der Fermentation ist es auch möglich, andere Komponenten der Stoffwechselwege zu analysieren, die zur Produktion der gewünschten Verbindung ver wendet werden, wie Zwischen- und Nebenprodukte, um die Gesamteffizienz der Produktion der Verbindung zu bestimmen. Die Analyseverfahren umfassen Messungen der Nährstoffmengen im Medium (z. B. Zucker, Kohlenwasserstoffe, Stickstoffquellen, Phosphat und andere Ionen), Messungen der Biomassezusammensetzung und des Wachstums, Analyse der Produktion üblicher Metabolite von Biosynthesewegen und Messungen von Gasen, die während der Fermentation erzeugt werden. Standardverfahren für diese Messungen sind in Applied Microbial Physiology; A Practical Approach, P. M. Rhodes und P. F. Stanbury, Hrsgb., IRL Press, S. 131-163 und 165-192 (ISBN: 0199635773) und darin angegebenen Literaturstellen beschrieben.

Ein Beispiel ist die Analyse von Fettsäuren (Abkürzungen: FAME, Fettsäuremethylester; GC-MS, Gas-Flüssigkeitschromatographie- Massenspektrometrie; TAG, Triacylglycerin; TLC, Dünnschicht chromatographie).

Der unzweideutige Nachweis für das Vorliegen von Fettsäure produkten kann mittels Analyse rekombinanter Organismen nach Standard-Analyseverfahren erhalten werden: GC, GC-MS oder TLC, wie verschiedentlich beschrieben von Christie und den Literatur stellen darin (1997, in: Advances on Lipid Methodology, Vierte Aufl.: Christie, Oily Press, Dundee, 119-169; 1998, Gaschromato graphie-Massenspektrometrie-Verfahren, Lipide 33: 343-353).

Das zu analysierende Material kann durch Ultraschallbehandlung, Mahlen in der Glasmühle, flüssigen Stickstoff und Mahlen oder über andere anwendbare Verfahren aufgebrochen werden. Das Material muss nach dem Aufbrechen zentrifugiert werden. Das Sediment wird in Aqua dest. resuspendiert, 10 min bei 100°C erhitzt, auf Eis abgekühlt und erneut zentrifugiert, gefolgt von Extraktion in 0,5 M Schwefelsäure in Methanol mit 2% Dimethoxy propan für 1 Std. bei 90°C, was zu hydrolysierten Öl- und Lipid verbindungen führt, die transmethylierte Lipide ergeben. Diese Fettsäuremethylester werden in Petrolether extrahiert und schließlich einer GC-Analyse unter Verwendung einer Kapillarsäule (Chrompack, WCOT Fused Silica, CP-Wax-52 CB, 25 mikrom, 0,32 mm) bei einem Temperaturgradienten zwischen 170°C und 240°C für 20 min und 5 min bei 240°C unterworfen. Die Identität der erhaltenen Fettsäuremethylester muss unter Verwendung von Standards, die aus kommerziellen Quellen erhältlich sind (d. h. Sigma), definiert werden.

Bei Fettsäuren, für die keine Standards verfügbar sind, muss die Identität über Derivatisierung und anschließende GC-MS-Analyse gezeigt werden. Beispielsweise muss die Lokalisierung von Fett säuren mit Dreifachbindung über GC-MS nach Derivatisierung mit 4,4-Dimethoxyoxazolin-Derivaten (Christie, 1998, siehe oben) gezeigt werden.

Beispiel 16 Expressionskonstrukte in heterologen mikrobiellen Systemen Stämme, Wachstumsbedingungen und Plasmide

Der Escherichia coli-Stamm XL1 Blue MRF' kan (Stratagene) wird zur Subklonierung der neuen Elongasen wie PpPSE1 aus Physcomitrella patens verwendet. Für die funktionelle Expression dieses Gens verwenden wir den Saccharomyces cerevisiae-Stamm INVSc 1 (Invitrogen Co.). E. coli wird in Luria-Bertini-Brühe (LB, Duchefa, Haarlem, Niederlande) bei 37°C kultiviert. Wenn nötig, wird Ampicillin (100 mg/Liter) zugegeben, und 1,5% Agar (Gew./Vol.) wird für feste LB-Medien hinzugefügt. S. cerevisiae wird bei 30°C entweder in YPG-Medium oder in komplettem Minimal medium ohne Uracil (CMdum; siehe in: Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R. E., Moore, D. D., Seidman, J. G., Smith, J. A., Struhl, K., Albright, L. B., Coen, D. M., und Varki, A. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York) mit entweder 2% (Gew./Vol.) Raffinose oder Glucose kultiviert. Für feste Medien werden 2% (Gew./Vol.) Bacto™-Agar (Difco) hin zugefügt. Die zur Klonierung und Expression verwendeten Plasmide sind pUC18 (Pharmacia) und pYES2 (Invitrogen Co.).

Beispiel 17 Klonierung und Expression PUFA-spezifischer Elongasen aus Physcomitrella, Crypthecodinium und Thrausto chytrium

Die Vollängengene erfindungsgemäßer Sequenzen können wie in Beispiel 7 beschrieben isoliert und wie nachfogend ausgeführt weiter bearbeitet werden. Ausführungsweise werden konkrete Expressionsbeispiele dargestellt.

A) Elongation von Fettsäuren durch die Mooselongase Pp_PSE1

Für die Expression in Hefe wurde der P. patens-cDNA-Klon PpPSE1 (früherer Datenbanksequenzname: 08_ck19_b07, neuer Name: pp001019019f), der das PUFA-spezifische Elongase-(PSE1-)Gen codiert, zuerst so modifiziert, daß eine BamHI-Restriktionsstelle und die Hefe-Konsensussequenz für hocheffiziente Translation (Kozak, M. (1986) Point mutations define a sequence flanking the AUG initiator codon that modulates translation by eukaryotic ribosomes, Cell 44, 283-292) neben dem Startcodon und eine BamHI-Restriktionsstelle, die das Stopcodon flankierte, erhalten wurden. Zur Amplifikation des offenen Leserahmens wurde ein Primerpaar, das komplementär zu dessen 5'- und 3'-Enden war, synthetisiert.

Das Gen erfindungsgemäßer Sequenz dargestellt in SEQ ID NO: 1 wurde mittels Polymerase-Kettenreaktion in pYES kloniert und das Plasmid pYPp_PSE1 erhalten:

Folgende Oligonukleotide wurden für das PCR-Experiment ein gesetzt:

Die PCR-Reaktion wurde mit Plasmid-DNA des Klones PP001019019F als Matrize in einem Thermocycler (Biometra) mit der Pfu-DNA- (Stratagene)Polymerase und dem folgenden Temperaturprogramm durchgeführt: 3 min bei 96°C, gefolgt von 25 Zyklen mit 30 s bei 96°C, 30 s bei 55°C und 1 min bei 72°C, 1 Zyklus mit 10 min bei 72°C.

Die korrekte Größe des amplifizierten DNA-Fragments wurde mittels Agarose-TBE-Gelelektrophorese bestätigt. Die amplifizierte DNA wurde aus dem Gel mit dem QIAquick-Gelextraktionskit (QIAGEN) extrahiert und unter Verwendung des Sure Clone Ligation Kit (Pharmacia)zunächst in pUC18 kloniert. Das so klonierte Fragment wurde mit BamHI geschnitten, in pYES ligiert, wobei pYPp_SE1 erhalten wurde. Die Fragmentorientierung wurde mittels HindIII überprüft. Nach der Transformation von E. coli XL1 Blue MRF' kan wurde eine DNA-Minipräparation (Riggs, M. G., & McLachlan, A. (1986) A simplified screening procedure for large numbers of plasmid mini-preparation. BioTechniques 4, 310-313) von Transformanten durchgeführt, und positive Klone mittels BamHI- Restriktionsanalyse identifiziert. Die Sequenz des klonierten PCR-Produktes wurde mittels Resequenzierung unter Verwendung des ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit (Perkin-Elmer, Weiterstadt) bestätigt.

Ein Klon wurde für die DNA-Maxipräparation mit dem Nucleobond® AX 500 Plasmid-DNA-Extraktionskit (Macherey-Nagel, Düringen) angezogen.

Saccharomyces INVSc1 wurde mit pYPp_PSE1 bzw. mit pYES2 als Kontrolle mittels eines modifizierten PEG/Lithiumacetat- Protokolls transformiert (Ausubel et al., 1995). Nach der Selektion auf CMdum-Agarplatten mit 2% Glucose wurden Transformanten und eine pYES2-Transformante zur weiteren Anzucht und funktionellen Expression wie bereits ausgeführt ausgewählt und mit verschiedenen Fettsäuren im Medium gefüttert.

a) Lipidmuster von Hefen, die mit dem pYES Plasmid ohne Fragmentinsertion transformiert sind oder das Pp-PSE1 Gen exprimieren (Angaben in mol%) nach Fütterung mit mit 250 mikrom Hexadekatriensäure (16 : 3^Δ7c,10c,13c).

Tabelle 4

a) Lipidmuster von Hefen, die mit dem pYES Plasmid ohne Fragmentinsertion transformiert sind oder das Pp-PSE1 Gen exprimieren (Angaben in mol%) nach Fütterung mit 500 mikrom Pinolensäure (18 : 3^Δ6c,9c,12c).

Tabelle 5

a) Lipidmuster von Hefen, die mit dem pYES Plasmid ohne Fragmentinsertion transformiert sind oder das Pp-PSE1 Gen exprimieren (Angaben in mol%) nach Fütterung mit 500 mikrom Stearidonsäure (18 : 4^{Δ6c,9c,12c,15c}).

Tabelle 6

a) Lipidmuster von Hefen, die mit dem pYES Plasmid ohne Fragmentinsertion transformiert sind oder das Pp-PSE1 Gen exprimieren (Angaben in mol%) nach Fütterung mit 500 mikrom Linolsäure (18 : 2^Δ9c,12c).

Tabelle 7

B) Elongation von Fettsäuren durch eine Elongase aus Thrausto chytrium

Für die Expression in Hefe wird der ThraustochytriumcDNA- Klon aus SEQ ID NR: 3 (Tc_PSE2), der ein PUFA-spezifisches Elongase-(PSE)-Gen codiert, zuerst so modifiziert, daß es ein funktionell aktives Polypeptid darstellt. Zu diesem Zweck wird der N-Terminus des Proteins auf DNA-Ebene durch die wenigen fehlenden Basen aus der Physcomitrella patens Elongase um 42 Basenpaare verlängert. Es kann aber auch lediglich ein Start codon im passenden Leseraster zur Sequenz hinzugefügt werden.

Folgende Oligonukleotide werden für das PCR-Experiment ein gesetzt:

Zusätzlich ist in beiden Oligonukleotiden eine BamHI- Restriktionsstelle und die Hefe-Konsensussequenz für hoch effiziente Translation enthalten (Kozak, M. (1986) Point mutations define a sequence flanking the AUG initiator codon that modulates translation by eukaryotic ribosomes, Cell 44, 283-292).

Die PCR-Reaktion wird mit Plasmid-DNA als Matrize in einem Thermocycler (Biometra) mit der Pfu-DNA-(Stratagene) Polymerase und dem folgenden Temperaturprogramm durchgeführt: 3 min bei 96°C, gefolgt von 25 Zyklen mit 30 s bei 96°C, 30 s bei 55°C und 3 min bei 72°C, 1 Zyklus mit 10 min bei 72°C und Stop bei 4°C.

Die korrekte Größe des amplifizierten DNA-Fragments wird mittels Agarose-TBE-Gelelektrophorese bestätigt. Die ampli fizierte DNA wird aus dem Gel mit dem QIAquick-Gelextraktions kit (QIAGEN) extrahiert und in die SmaI-Restriktionsstelle des dephosphorylierten Vektors pUC18 unter Verwendung des Sure Clone Ligation Kit (Pharmacia) ligiert, wobei pUC-hybrid-Tc_PSE2 erhalten wird. Nach der Transformation von E. coli XL1 Blue MRF' kan wurde eine DNA-Minipräparation (Riggs, M. G., & McLachlan, A. (1986) A simplified screening procedure for large numbers of plasmid mini-preparation. BioTechniques 4, 310-313) an 24 ampicillinresistenten Transformanten durchgeführt, und positive Klone wurden mittels BamHI-Restriktionsanalyse identifiziert. Die Sequenz des klonierten PCR-Produktes wurde mittels Resequenzierung unter Verwendung des ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit (Perkin-Elmer, Weiterstadt) bestätigt.

Die Plasmid-DNA von pUC-PSE1 sowie pUC-hybrid-Tc_PSE2 wurden zudem mit BamHI gespalten und die erhaltene Fragmente wurden in die BamHI-Restriktionsstelle des dephosphorylierten Hefe-E. coli- Shuttlevektors pYES2 ligiert, wobei pY2 hybrid-Tc_PSE2 erhalten wird. Nach der Transformation von E. coli und DNA-Minipräparation aus den Transformanten wurde die Orientierung des DNA-Fragments im Vektor durch HindIII-Spaltung überprüft. Ein Klon wurde jeweils für die DNA-Maxipräparation mit dem Nucleobond® AX 500 Plasmid-DNA-Extraktionskit (Macherey-Nagel, Düringen) angezogen.

Saccharomyces INVSc1 wird mit pY2PSE1, pYES2, pY2-hybrid-Tc_PSE2 und pYES2 mittels eines modifizierten PEG/Lithiumacetat- Protokolls transformiert (Ausubel et al., 1995). Nach der Selektion auf CMdum-Agarplatten mit 2% Glucose werden je vier pY2PSE1-Transformanten (pY2PSEla-d), pY2-hybrid-Tc_PSE2-Trans formanten (pY2-hybrid-Tc_PSE2 1a-d) und eine pYES2-Transformante zur weiteren Anzucht und funktionellen Expression ausgewählt.

Funktionelle Expression einer Elongaseaktivität in Hefe Vorkultur

20 ml CMdum-Flüssigmedium mit 2% (Gew./Vol.) Raffinose wurden mit den transgenen Hefeklonen (pY2- hybrid-Tc_PSE2 1a-d, pYES2) angeimpft und 3 T bei 30°C, 200 rpm gezüchtet, bis eine optische Dichte bei 600 nm (OD₆₀₀) von 1,5-2 erreicht wurde.

Hauptkultur

Für die Expression wurden 20 ml CMdum-Flüssigmedium mit 2% Raffinose und 1% (Vol./Vol.) Tergitol NP-40 mit Fettsäure substraten auf eine Endkonzentration von 0,003% (Gew./Vol.) angereichert. Die Medien werden mit den Vorkulturen auf eine OD₆₀₀ von 0,05 angeimpft. Die Expression wurde bei einer OD₆₀₀ von 0,2 mit 2% (Gew./Vol.) Galaktose für 16 Std. induziert, wonach die Kulturen eine OD₆₀₀ von 0,8-1,2 geerntet wurden.

Fettsäureanalyse

Die Gesamt-Fettsäuren wurden aus Hefekulturen extrahiert und mittels Gaschromatographie analysiert. Davon wurden Zellen von 5 ml Kultur mittels Zentrifugation (1000 × g, 10 min. 4°C) geerntet und einmal mit 100 mM NaHCO₃, pH 8,0, gewaschen, um restliches Medium und Fettsäuren zu entfernen. Zur Herstellung des Fettsäuremethylester (FAMES) wurden die Zellsedimente mit 1 M methanolischer H₂SO₄ und 2% (Vol./Vol.) Dimethoxypropan für 1 Std. bei 80°C behandelt. Die FAMES wurden zweimal mit 2 ml Petrolether extrahiert, einmal mit 100 mM NaHCO₃, pH 8,0, und ein mal mit destilliertem Wasser gewaschen und mit Na₂SO₄ getrocknet. Das organische Lösungsmittel wurde unter einem Argonstrom ver dampft, und die FAMES wurden in 50 mikrol Petrolether gelöst. Die Proben wurden auf einer ZEBRON-2B-Wax-Kapillarsäule (30 m, 0,32 mm, 0,25 mikro m; Phenomenex) in einem Hewlett Packard- 6850-Gaschromatograph mit einem Flammenionisationsdetektor auf getrennt. Die Ofentemperatur wurde von 70°C (1 min halten) bis 200°C mit einer Rate von 20°C/min, dann auf 250°C (5 min halten) mit einer Rate von 5°C/min und schließlich auf 260°C mit einer Rate von 5°C/min programmiert. Stickstoff wurde als Trägergas verwendet (4,5 ml/min bei 70°C). Die Fettsäuren wurden durch Vergleich mit Retentionszeiten von FAME-Standards (SIGMA) identifiziert.

Die Fettsäuremuster von fünf transgenen Hefestämmen in Mol.-% sind in Tabelle 1 gezeigt.

Die Verhältnisse der zugegebenen und aufgenommenen g-Linolen säure sind durch fettgedruckte Zahlen hervorgehoben, die der elongierten Produkte durch rote Zahlen und die der elongierten g-Linolensäure durch fettgefruckte Zahlen (letzte Zeile).

Die GC-Analyse von FAMES, die aus Gesamt-Lipiden der mit pYES2 (i/Kontrolle) und pY2PSE1 (ii-iv c + d/jeweils transformiert mit pY2PSE1A, pY2PSE1B, pY2PSE1C, pY2PSE1D) transformierten Hefen ist in Fig. 2a-e gezeigt. Für die Analyse wurden die transgenen Hefen in Anwesenheit von g-18 : 3 gezüchtet. Die Tab. 1 zeigt ihre Fettsäuremuster in Mol.-%. Die Aufnahme von g-18 : 3 ist durch fettgedruckte Zahlen hervorgehoben, das Elongationsprodukt Dihomo-g-linolensäure (20 : 3D8,11,14) ist unterstrichen und das Verhältnis g-18 : 3-Elongationsprodukt (ebenfalls in Mol.-%) durch fettgedruckte Zahlen (letzte Zeile). Die Struktur und die Massenspektren des DMOX-Derivates von cis-D6,9,12 C18 : 3 sind aus Fig. 3a + b ersichtlich. Die Struktur und die Massenspektren des DMOX-Derivates von D8, 11, 14 C20 : 3 sind aus Fig. 4a + b ersichtlich.

Die Ergebnisse zeigen, daß g-18 : 3 in großen Mengen in alle trans genen Hefen eingebaut worden ist. Alle vier transgenen Hefeklone, die mit pY2PSE1 transformiert wurden, zeigen einen zusätzlichen Peak im Gaschromatogramm, der durch Vergleich der Retentions zeiten als 20 : 3 D8,11,14 identifiziert wurde. Eine Gaschromato graphie/Massenspektroskopie kann zusätzliche Unterstützung zur Bestätigung dieser Identität liefern. Der Anteil an elongierter g-18 : 3 betrug, wie in Tabelle 1 gezeigt, 23,7 bis 40,5%. Ferner konnte keine signifikante Elongation von Palmitinsäure (16 : 0), Palmitoleinsäure (16 : 1), Stearinsäure (18 : 0) oder Ölsäure (18 : 1 D9) beobachtet werden.

Die identifizierten Produkte zeigen, daß die Nukleotidsequenz von PpPSE1 eine D6-selektive Fettsäure-Elongase aus dem Moos Physcomitrella patens codiert, die zur Bildung neuer Fettsäuren in transgenen Hefen führt.

Die Verhältnisse der zugegebenen und aufgenommenen Fettsäure substrate können wie vorstehend ermittelt werden und so Quantität und Qualität der Elongasereaktion erfaßt werden.

Die Struktur und die Massenspektren von DMOX-Derivaten ergeben auch die jeweilige Position einer Doppelbindung.

Weitere Fütterungsexperimente mit verschiedensten anderen Fett säuren (z. B. Arachidonsäure, Eicosapentaensäure etc.) können zur detaillierteren Bestätigung der Substratselektivität dieser Elongase durchgeführt werden.

Beispiel 18 Reinigung des gewünschten Produktes aus transformierten Organismen allgemein

Die Gewinnung des gewünschten Produktes aus Pflanzenmaterial oder Pilzen, Algen, Ciliaten, tierischen Zellen oder aus dem Überstand der vorstehend beschriebenen Kulturen kann durch verschiedene, im Fachgebiet bekannte Verfahren erfolgen. Wird das gewünschte Produkt nicht aus den Zellen sezerniert, können die Zellen aus der Kultur durch langsame Zentrifugation geerntet werden, die Zellen können durch Standardtechniken, wie mechanische Kraft oder Ultraschallbehandlung, lysiert werden. Organe von Pflanzen können mechanisch von anderem Gewebe oder anderen Organen getrennt werden. Nach der Homogenisation werden die Zelltrümmer durch Zentrifugation entfernt, und die Überstandsfraktion, welche die löslichen Proteine enthält, wird zur weiteren Reinigung der gewünschten Verbindung aufbewahrt. Wird das Produkt aus gewünschten Zellen sezerniert, werden die Zellen durch langsame Zentrifugation aus der Kultur entfernt, und die Überstands fraktion wird zur weiteren Reinigung aufbewahrt.

Die Überstandsfraktion aus jedem Reinigungsverfahren wird einer Chromatographie mit einem geeigneten Harz unterworfen, wobei das gewünschte Molekül entweder auf dem Chromatographieharz zurück gehalten wird, viele Verunreinigungen in der Probe jedoch nicht, oder die Verunreinigungen auf dem Harz zurückbleiben, die Probe hingegen nicht. Diese Chromatographieschritte können wenn nötig wiederholt werden, wobei die gleichen oder andere Chromato graphieharze verwendet werden. Der Fachmann ist in der Auswahl geeigneter Chromatographieharze und ihrer wirksamsten Anwendung für ein bestimmtes zu reinigendes Molekül bewandert. Das gereinigte Produkt kann durch Filtration oder Ultrafiltration konzentriert und bei einer Temperatur aufbewahrt werden, bei der die Stabilität des Produktes maximal ist.

Im Fachgebiet ist ein breites Spektrum an Reinigungsverfahren bekannt, und das vorstehende Reinigungsverfahren soll nicht beschränkend sein. Diese Reinigungsverfahren sind zum Bei spiel beschrieben in Bailey, J. E., & Ollis, D. F., Biochemical Engineering Fundamentals, McGraw-Hill: New York (1986).

Die Identität und Reinheit der isolierten Verbindungen kann durch Standardtechniken des Fachgebiets bestimmt werden. Dazu gehören Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie (HPLC) spektroskopische Verfahren, Färbeverfahren, Dünnschichtchromato graphie, NIRS, Enzymtest oder mikrobiologisch. Eine Übersicht über diese Analyseverfahren siehe in: Patek et al. (1994) Appl. Environ. Microbiol. 60: 133-140; Malakhova et al. (1996) Biotekhnologiya 11: 27-32; und Schmidt et al. (1998) Bioprocess Engineer. 19: 67-70; Ulmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry (1996) Bd. A27, VCH: Weinheim, S. 89-90, S. 521-540, S. 540-547, S. 559-566, 575-581 und S. 581-587; Michal, G (1999) Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology, John Wiley and Sons; Fallon, A., et al. (1987) Applications of HPLC in Biochemistry in: Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, Bd. 17.

Äquivalente

Der Fachmann erkennt oder kann viele Äquivalente der hier beschriebenen erfindungsgemäßen spezifischen Ausführungsformen feststellen, indem er lediglich Routineexperimente verwendet. Diese Äquivalente sollen von den Patentansprüchen umfaßt sein.

SEQUENZPROTOKOLL

Claims

1. Isolierte Nukleinsäure, die von einer Pflanze oder Alge stammt und ein Polypeptid codiert, das C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen in der Fettsäure um mindestens zwei Kohlenstoffatome verlängert.

2. Isolierte Nukleinsäure, umfassend eine Nukleotidsequenz, die ein Polypeptid codiert, das C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül verlängert, ausgewählt aus der Gruppe, bestehend aus

a) einer in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 dargestellten Nukleinsäuresequenz,
b) einer Nukleinsäuresequenz, die gemäß dem degenerierten genetischen Code von der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5 oder SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenz stammt,
c) Derivate der in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO:S oder SEQ ID NO: 7 dargestellten Sequenz, die für Poly peptide der in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 oder SEQ ID NO: 8 dargestellten Aminosäuresequenz codieren und mindestens 50% Homologie auf Aminosäureebene aufweisen, ohne daß die enzymatische Wirkung der Polypeptide wesent lich reduziert ist.

3. Isolierte Nukleinsäuresequenz nach Anspruch 2, wobei die Sequenz von einer Pflanze, Alge oder Pilz stammt.

4. Isolierte Nukleinsäuresequenz nach Anspruch 2 oder Anspruch 3, wobei die Sequenz von Physcomitrella, Thrausto chytrium oder Crythecodinium stammt.

5. Aminosäuresequenz, die durch eine isolierte Nukleinsäure sequenz nach den Ansprüchen 1 bis 4 codiert wird.

6. Genkonstrukt, umfassend eine isolierte Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei die Nukleinsäure funktionell mit einem oder mehreren Regulationssignalen verbunden ist.

7. Genkonstrukt nach Anspruch 6, dessen Genexpression durch die Regulationssignale verstärkt wird.

8. Genkonstrukt enthalten eine Nukleinsäuresequenz nach den Ansprüchen 1 bis 4 und mindestens eine weitere Nukleinsäure, die für ein Gen der Fettsäurebiosynthese codiert.

9. Genkonstrukt nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, daß die Nukleinsäure, die für ein Gen der Fettsäurebiosynthese codiert ausgewählt aus der Gruppe Δ19-, Δ17-, Δ15-, Δ12-, Δ9-, Δ8-, Δ6-, Δ5-, Δ4-Desaturase, die verschiedenen Hydroxylasen, die Δ12-Acetylenase, die Acyl-ACP-Thio esterasen, β-Ketoacyl-ACP-Synthasen oder β-Ketoacyl-ACP- Reductasen ist.

10. Vektor, umfassend eine Nukleinsäure nach Anspruch 1 oder ein Genkonstrukt nach Anspruch 6.

11. Organismus, umfassend mindestens eine Nukleinsäure nach Anspruch 1, ein Genkonstrukt nach Anspruch 6 oder einen Vektor nach Anspruch 10.

12. Organismus nach Anspruch 11, wobei der Organismus ein Mikro organismus, ein Tier oder eine Pflanze ist.

13. Organismus nach Anspruch 11 oder 12, wobei der Organismus eine transgene Pflanze ist.

14. Verfahren zur Herstellung von PUFAs, wobei das Verfahren das Züchten eines Organismus umfaßt, der eine Nukleinsäure nach Anspruch 1, ein Genkonstrukt nach Anspruch 6 oder einen Vektor nach Anspruch 10 umfaßt, codierend ein Polypeptid, das C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäuren mit mindestens zwei Doppel bindungen im Fettsäuremolekül um mindestens zwei Kohlen stoffatome unter Bedingungen verlängert, unter denen PUFAs in dem Organismus gebildet werden.

15. Verfahren nach Anspruch 14, wobei die durch das Verfahren hergestellten PUFAs C₁₈-, C₂₀- oder C₂₂-Fettsäuremoleküle mit mindestens zwei Doppelbindungen im Fettsäuremolekül sind.

16. Verfahren nach Anspruch 14, wobei die C₁₈-, C₂₀- oder C₂₂-Fettsäuremoleküle aus dem Organismus in Form eines Öls, Lipids oder einer freien Fettsäure isoliert werden.

17. Verfahren nach einem der Ansprüche 14 bis 16, wobei der Organismus ein Mikroorganismus, ein Tier oder eine Pflanze ist.

18. Verfahren nach einem der Ansprüche 14 bis 17, wobei der Organismus eine transgene Pflanze ist.

19. Verfahren nach einem der Ansprüche 14 bis 18, wobei die C₁₆-, C₁₈- oder C₂₀-Fettsäure eine Fettsäure mit drei Doppel bindungen im Molekül ist.

20. Öl, Lipide oder Fettsäuren oder eine Fraktion davon, her gestellt durch das Verfahren nach einem der Ansprüche 14 bis 19.

21. Öl-, Lipid- oder Fettsäurezusammensetzung, die PUFAs ent halten und von transgenen Pflanzen stammen.

22. Öl-, Lipid- oder Fettsäurezusammensetzung nach Anspruch 21, wobei die PUFAs von transgenen Pflanzen stammen, welche eine Nukleotidsequenz nach Anspruch 1 umfassen.

23. Verwendung der Öl-, Lipid- oder Fettsäurezusammensetzung in Futter, Nahrungsmitteln, Kosmetika oder Pharmazeutika.