CN1606625A - Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物 - Google Patents

Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物 Download PDF

Info

Publication number
CN1606625A
CN1606625A CNA028257111A CN02825711A CN1606625A CN 1606625 A CN1606625 A CN 1606625A CN A028257111 A CNA028257111 A CN A028257111A CN 02825711 A CN02825711 A CN 02825711A CN 1606625 A CN1606625 A CN 1606625A
Authority
CN
China
Prior art keywords
sequence
lys
gly
ala
glu
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CNA028257111A
Other languages
English (en)
Inventor
卡罗琳·威廉森
乔安妮·海迪·范哈梅伦
克莱夫·莫里斯·格雷
威廉·博恩
萨利姆·阿卜杜勒·卡里姆
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
University of Cape Town
Medical Research Council of South Africa
Original Assignee
University of Cape Town
Medical Research Council of South Africa
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by University of Cape Town, Medical Research Council of South Africa filed Critical University of Cape Town
Publication of CN1606625A publication Critical patent/CN1606625A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
    • C12N2740/00011—Details
    • C12N2740/10011—Retroviridae
    • C12N2740/16011—Human Immunodeficiency Virus, HIV
    • C12N2740/16211—Human Immunodeficiency Virus, HIV concerning HIV gagpol
    • C12N2740/16222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2740/00—Reverse transcribing RNA viruses
    • C12N2740/00011—Details
    • C12N2740/10011—Retroviridae
    • C12N2740/16011—Human Immunodeficiency Virus, HIV
    • C12N2740/16311—Human Immunodeficiency Virus, HIV concerning HIV regulatory proteins
    • C12N2740/16322—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

本发明描述HIV－1亚型分离调节/附加基因及其修饰物和衍生物。所描述的基因有tat、nef和rev基因。并公开了共有氨基酸系列。本发明还涉及包括两个或多个核苷酸序列的疫苗以及来自HIV－1的pol和/或gag基因的核苷酸序列。

Description

HIV-1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物
发明背景
本发明涉及筛选HIV-1 C亚型(分化体)分离株调节/附加基因的方法，和被选的HIV-1 C亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物用于预防性和治疗性疫苗中以产生蛋白质和多肽而达到预防HIV感染或疾病的目的。
获得性免疫缺陷综合症(AIDS)是由人类免疫缺陷病毒(HIV)引起的。全世界超过三千四百万的人口携带HIV/AIDS，且95％以上的感染者生活在发展中国家(UNAIDS，1999)。据估计，二千四百五十万感染人口居住在撒哈拉以南的非洲国家，南非现在已经成为世界上HIV-1流行病蔓延最快的地区之一。到2000年末，南非的政府妇产诊所里超过24％的孕妇呈HIV阳性(卫生部，2001)。从长远角度看，预防性疫苗被认为是控制这种流行病的唯一可行的手段。
HIV表现出显著的遗传多样性，这给疫苗的研制造成很大困难。变异的分子基础在于病毒逆转录酶，它不仅会在每一轮复制中引入错误，还会促使病毒RNA之间发生重组。根据对序列的系统发育学分析，将HIV划分为下列几种类型：M(主要类型)、O(异常型)和N(非M、非O型)，其中M类型包括A-H和K亚型。近来，重组体病毒已被更为频繁地鉴别，且许多已经严重传播和形成蔓延(循环重组体形式或CRF)，例如西非的A/G亚型重组体，泰国的CRF A/E重组体(Robertson等人，2000)。
亚型C在南非地区，包括博茨瓦纳、津巴布韦、赞比亚、马拉维、莫桑比克和南非，占有主导地位。而且，在坦桑尼亚的南部地区检测到感染C亚型的人数在增加。这种亚型还主要分布于埃塞俄比亚和印度，并且正在中国变得日益重要。
研制疫苗可能遇到的另一个障碍是，HIV病毒的生物学特性随病情而发生变化。HIV需要两个受体来感染细胞，CD4和共受体，其中CCR5和CXCR4是HIV-1株使用的主要共受体。最常见的传播表型是非合胞体诱导株(NSI)，巨噬细胞嗜性病毒，该病毒利用共受体CCR5作为入口(R5病毒)。粘膜中的朗格汉斯细胞选择入口处的R5变体并将它们转移到淋巴结，在那里R5变体被复制和扩增。当感染加重时，病毒进化，在T细胞系中的复制和生长能力增强。这些合胞体诱导株(SI)T-嗜性病毒联合使用CXCR4和CCR5，或优选使用CCR5，在有些情况下也使用其他次要的共受体(Conner等人，1997；Richman和Bozzette，1994)。但是，HIV-1 C亚型病毒似乎并不常见，表现在它们不容易发生这种表型转换，因为R5病毒在患有严重的AIDS病人体内同样占主导地位(Bjorndal等人，1999；Peeters等人，1999；Tscherning等人，1998；Scarlatti等人，1997)。
HIV疫苗的目的是诱导CD8+细胞毒T淋巴细胞(CTL)免疫反应和中和抗体反应。许多目前使用的疫苗手段主要是针对诱导CTL反应。人们认为CTL反应可能更加重要，因为它与感染后病毒复制的最初控制和发病期复制的控制有关，且与病情的发展呈负相关(Koup等人，1994；Ogg等人，1999；Schmitz等人，1999)。CTL保护人体不受感染的重要性表现在，CTL存在于高度暴露的血清阴性个体中，例如肯尼亚的某些性服务者(Rowland-Jones等人，1998)。
对基因多样性的了解与以诱导引起细胞毒素T淋巴细胞(CTL)反应为目的的疫苗设计密切相关。病毒之间存在许多共同的CTL表位(HIV分子免疫数据库，1998)。而且，研究表明，存在可交叉反应的CTL反应：以B亚型为基础的疫苗接种的个体能够裂解用多种类型的分离株感染的自体目标(Ferrari等人，1997)；来自非B亚型感染个体的CTL能够裂解B亚型诱导的目标(Betts等人，1997；Durali等人，1998)。对比HIV-1序列数据库中的CTL表位发现，同一个亚型中的细胞毒素T表位比各亚型之间的细胞毒素T表位更保守，且如果攻击病毒是与疫苗株相同的亚型，发生CTL反应的机会将会更大。
HIV的调节基因对于产生免疫反应非常重要。Tat、Rev和Nef在感染循环的初期被表达，从而在感染初期为细胞毒素T淋巴细胞(CTL)提供靶子，这可能导致在病毒传播之前感染病毒的细胞被破坏(Klotman等人，1991；Addo等人，2001)。而且，具有说服力的数据表明，Tat蛋白在感染HIV的无症状的人体中产生有效的免疫反应(Calarota等人，1999；Calarota等人，2001)。近来报道，Tat蛋白是第一种从感染的短尾猿的CTL中逃逸的蛋白之一(Allen等人，2000)。这表明tat有免疫压力，且对Tat蛋白有早期反应。
用于疫苗设计的病毒株必须通过遗传型分析证实是典型的循环型菌株，而不是罕见或异常株。而且，重要的是，疫苗株还具有近来传播病毒的表型，所述病毒是NSI，其使用的共受体是CCR5。
定义
在下面的说明书中，特定的术语具有以下含义：
“野生型”是指自然产生的病毒分离株的HIV密码子变体；
“密码子优化”是指利用人类密码子变体取代HIV密码子变体而重新合成基因；
“截取”是指将前十个氨基酸从Nef蛋白中截去，从而使其功能灭活但仍保持免疫原性；
“改排”是指Tat蛋白的重排，从而使其功能灭活但仍保持免疫原性。
发明概述
根据本发明的第一方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)；
(II)图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)所相应的RNA序列；
(III)一种与图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)相比具有至少97％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与SEQ I.D.No.1给出的核苷酸序列同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图9和10任一所示的序列，图中所示的序列是Du422和Du151的共有序列(SEQ I.D.Nos.9和10)。
根据本发明的另一方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)；
(II)图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)所相应的RNA序列；
(III)一种与图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)相比具有至少97％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图9和10任一所示的序列，图中所示的序列是Du422和Du151的共有序列(SEQ I.D.Nos.9和10)。
根据本发明的第三方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)；
(II)图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)所相应的RNA序列；
(III)一种与图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)相比具有至少98％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图12和13(SEQ I.D.Nos.11和13)任一所示的序列。
根据本发明的第四方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)；
(II)图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)所相应的RNA序列；
(III)一种与图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)相比具有至少96％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选具有与图12和13(SEQ I.D.Nos.12和13)任一所示的分离株Du151的nef基因相似或相同的修饰。
根据本发明的第五方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)；
(II)图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)所相应的RNA序列；
(III)一种与图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)相比具有至少90％或者更高的DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
根据本发明的第六方面，提供一种分子，该分子具有：
(I)如图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)；
(II)图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)所相应的RNA序列；
(III)一种与图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)相比具有至少90％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一个与图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)或与该核苷酸序列相应的RNA序列同源的序列；或者
(V)一种序列，其为(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
根据本发明的第七方面，提供一种多肽，该多肽具有：
(I)如图2所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.2)；
(II)一种与图2所示的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其为图2所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.2)的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图11所示，它是Du422和Du151的共有序列(SEQI.D.No.11)。
根据本发明的第八方面，提供一种多肽，该多肽具有：
(I)如图4所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.4)；
(II)一种与图4所示的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其为图4所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.4)的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图11所示，它是Du422和Du151的共有序列(SEQI.D.No.11)。
根据本发明的第九方面，提供一种多肽，该多肽具有：
(I)如图6所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.6)；
(II)一种与图6所示的序列相比具有至少92％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其为图6所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.6)的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选如图14所示(SEQ I.D.No.14)。
根据本发明的第十方面，提供一种多肽，该多肽具有：
(I)如图8所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.8)；
(II)一种与图8所示的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其为图8所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.8)的修饰物或衍生物。
所述修饰序列优选具有与图14(SEQ I.D.No.14)所示的分离株Du151的nef基因相似或相同的修饰。
根据本发明的第十一方面，提供一种多肽，该多肽具有：
(I)如图16所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.16)；
(II)一种与图16所示的序列相比具有至少90％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其为图16所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.16)的修饰物或衍生物。
根据本发明的第十二方面，HIV-1 C亚型的tat基因的共有氨基酸序列如下：
MEPVDPNLEPWNHPGSQPKTACNKCYCKHCSYHCLVCFQTKGLGISYGRKKRRQRRSAPP60
SSEDHQNLISKQPLPQTRGDPTGSEESKKKVESKTETDPFD101    (SEQ ID NO：18)
根据本发明的第十三方面，HIV-1 C亚型的部分nef基因的共有氨基酸序列如下：
MGGKWSKSSIVGWPAVRERIRRTEPAAEGVGAASQDLDKHGALTSSNTAHNNADCAWLQA60
QEEEEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGAFDLSFFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQG120
FFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCFKLVPVDPREVEEANEGENNCLIHPMSQHGMEDEDRE180
VLKWKFDSSLARRHMARELHPEYYKDC207    (SEQ ID NO：19)
根据本发明的第十四方面，HIV-1 C亚型的部分rev基因的共有氨基酸序列如下：
MAGRSGDSDEALIQAVRIIKILYQSNPYPKPEGTRQARKNRRRRWRARQRQIHSISERIL60
STCLGRPAEPVPLQLPPIERLHIDCSESSGTSGTQQSQQTTEGVGSP107  (SEQ ID NO：20)
根据本发明的第十五方面，提供了上述至少一种序列在生产用于治疗或预防HIV感染的疫苗中的应用。优选在疫苗中使用至少两种序列。
根据本发明的第十六方面，提供了一种含有至少两种上述序列的疫苗。
根据本发明的第十七方面，提供了一种疫苗，该疫苗含有至少部分的gag基因序列、逆转录酶(pol)基因序列、改排tat基因序列和截取的nef基因序列，这些基因序列结合在一起形成框内多基因，以grttnC表示(SEQI.D.No：30)。
该疫苗可用于治疗或预防HIV。
附图说明
图1(SEQ I.D.No 1)表示分离株Du422的测序tat基因的核酸序列(cDNA)；
图2(SEQ I.D.No 2)表示分离株Du422的测序tat基因的氨基酸序列，它是从核酸序列衍生得到的；
图3(SEQ I.D.No 3)表示分离株Du151的测序tat基因的核酸序列(cDNA)；
图4(SEQ I.D.No 4)表示分离株Du151的测序tat基因的氨基酸序列，它是从核酸序列衍生得到的；
图5(SEQ I.D.No 5)表示分离株Du151的测序nef基因的核酸序列(cDNA)；
图6(SEQ I.D.No 6)表示分离株Du151的测序nef基因的氨基酸序列，它是从核酸序列衍生得到的；
图7(SEQ I.D.No 7)表示分离株Du422的测序rev基因的核酸序列，它是从核酸序列衍生得到的；
图8(SEQ I.D.No 8)表示分离株Du422的测序rev基因的氨基酸序列，它是从核酸序列衍生得到的；
图9(SEQ I.D.No 9)表示分离株Du422和Du151的共有序列的野生型、改排和测序tat基因的核酸序列(DNA)；
图10(SEQ I.D.No 10)表示分离株Du422和Du151的共有序列的密码子优化、改排和测序tat基因的核酸序列(DNA)，它用于增强表达；
图11(SEQ I.D.No 11)表示分离株Du422和Du151的共有序列的改排和测序Tat蛋白的氨基酸序列；
图12(SEQ I.D.No 12)表示分离株Du151的野生型、截取和测序nef基因的核酸序列(DNA)；
图13(SEQ I.D.No 13)表示分离株Du151的密码子优化、截取和测序nef基因的核酸序列(DNA)，它用于增强表达；
图14(SEQ I.D.No 14)表示分离株Du151的截取和测序Nef蛋白的氨基酸序列；
图15(SEQ I.D.No 15)表示由分离株Du422和Du151的改排tat(SEQI.D.No 10)-截取Nef(SEQ I.D.No 11)基因组成的野生型多基因的核酸序列(DNA)；
图16(SEQ I.D.No 16)表示分离株Du422和Du151的测序的改排Tat(SEQ I.D.No 10)-截取Nef(SEQ I.D.No 12)多蛋白的氨基酸序列；
图17(SEQ I.D.No 17)表示由分离株Du422和Du151的改排tat-截取Nef基因组成的测序多基因的核酸序列(DNA)，该序列被修饰以反映人类密码子在表达增加中的应用；
图18示意性地表示HIV-1的基因组，并且图示了由逆转录酶产生的测序重叠片断的位置，重叠片断是聚合酶链反应之后产生的，其目的是生成南非共有序列；
图19表示基于各种分离株的tat基因序列的各种HIV-1 C亚型分离株的核酸序列的系统发育树，包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du422和Du151；
图20表示基于各种分离株的nef基因序列的各种HIV-1 C亚型分离株的核酸序列的系统发育树，包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du151；
图21表示基于各种分离株的rev基因序列的各种HIV-1 C亚型分离株的核酸序列的系统发育树，包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du422；
图22表示多种分离株的每一种的Tat蛋白序列与根据本发明制备的tat基因的南非共有序列如何不同；
图23表示多种分离株的每一种的Nef蛋白序列与根据本发明制备的nef基因的南非共有序列如何不同；
图24表示多种分离株的每一种的Rev蛋白序列与根据本发明制备的rev基因的南非共有序列如何不同；
图25表示基于各种分离株的Tat蛋白序列的各种HIV-1 C亚型分离株的氨基酸序列的系统发育树，包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du422和Du151；
图26表示基于各种分离株的Nef蛋白序列的各种HIV-1 C亚型分离株的氨基酸序列的系统发育树，它包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du422和Du151；
图27表示基于各种分离株的Tat蛋白序列的各种HIV-1 C亚型分离株的氨基酸序列的系统发育树，它包括大量的共有序列和本发明的南非共有序列以及本发明的筛选分离株Du422和Du151；
图28表示各种分离株的测序的Tat蛋白彼此之间相对于筛选的Du422和Du151Tat克隆体以及相对于Tat蛋白的南非共有序列的氨基酸序列同源性百分比，它是基于分离株的Tat蛋白的两两对比；
图29表示各种分离株的测序的Nef蛋白彼此之间相对于筛选的Du151Nef克隆体以及相对于Nef蛋白的南非共有序列的氨基酸序列同源性百分比，它是基于分离株的Nef蛋白的两两对比；
图30表示各种分离株的测序的Rev蛋白彼此之间相对于筛选的Du422Rev克隆体以及相对于Rev蛋白的南非共有序列的氨基酸序列同源性百分比，它是基于分离株的Rev蛋白的两两对比；
图31示意性地表示改排Tat蛋白，其包括用于保持CTL表位的重叠片断；
图32a表示由gag(Du422)、RT(Du151)、改排tat(SEQ I.D.No.10)和截取nef(SEQ I.D.No.13)(SEQ I.D.No.29)组成的GrttnC的核酸序列；
图32b表示由gag(Du422)、RT(Du151)、改排tat和截取nef(SEQ I.D.No.16)(SEQ I.D.No.30)组成的GrttnC的氨基酸序列；
图33表示pTHgrttnC的质粒图，表达GrttnC用于预防或治疗HIV感染的DNA疫苗载体；
图34表示形成部分grttnC的Du422gag核苷酸序列(SEQ I.D.No.31)；
图35表示形成部分grttnC的Du422Gag氨基酸序列(SEQ I.D.No.32)；
图36表示形成部分grttnC的Du151逆转录酶(RT)核苷酸序列(SEQI.D.No.33)；以及
图37表示形成部分grttnC的Du151逆转录酶(RT)氨基酸序列(SEQI.D.No.34)。
发明详述
本发明涉及HIV-1 C亚型分离株调节和附加基因的筛选，以及这些基因及其修饰物和衍生物在制备抵抗HIV-1 C亚型的预防性和治疗性药物组合物和制剂，特别是疫苗中的应用。因此所述组合物能够用于预防性地防止感染或者治疗性地预防或改善疾病。在研制HIV疫苗时要考虑许多因素，本发明的一个方面涉及筛选合适的HIV分离株附加和调节基因的方法，所述基因可用于研制疫苗。
申请人设想，根据上述方法研制的疫苗可用于抵抗一种或多种HIV亚型和HIV-1 C亚型。
提出了一种鉴定用于研制抗HIV-1 C亚型的疫苗的合适菌株的方法。收集来自急性感染个体的病毒株。对所述分离株的tat、rev和nef区进行测序，并且比较了从这些分离株上得到的tat、rev和nef基因的氨基酸序列。通过筛选在每个位点最常出现的氨基酸，形成了一种共有序列，即南非共有序列。HIV-1 C亚型的tat、rev和nef基因中任一种的共有序列还构成了本发明的一个方面。通过将菌株与共有序列对比并利用表型手段表征，筛选适合疫苗开发的菌株。这些分离株也构成了本发明的一个方面。
为了筛选使用CCR5共受体的NSI菌株，用一群确定的性服务者来鉴定合适的菌株。通过比较菌株和已经形成的共有序列，从急性感染的个体体内鉴定合适的菌株。对来自12个急性感染的人体的病毒株的tat、rev和/或nef区进行测序并进行表型表征。将该序列与来自另一地区的、具有超过500个CD4细胞的15个无症状的人体的病毒株以及来自Gauteng的TB传染病医院的9个AIDS患者和2个患有AIDS的儿童的11个病毒株进行对比。还包括其他存放在Los Alamos数据库中的已公开的C亚型序列( http：//ww.hjv-web.lanl.gov/)。
筛选了2个标记为Du422和Du151的潜在疫苗株。这样筛选是基于tat、rev和nef三个基因区的共有序列的氨基酸同源性、CCR5嗜性以及在组织培养物中生长和复制的能力。三个分离株及其修饰物和衍生物的三个基因区的核酸序列和氨基酸序列也构成了本发明的几个方面。
分离和筛选病毒株以设计疫苗
使用下面的标准来筛选合适的菌株，以引入南非HIV-1疫苗中：
该菌株是循环型菌株的遗传性代表；
该菌株不是奇异株；
该菌株在HIV-1 C亚型的tat、rev和nef基因方面尽可能地与根据本发明得到的共有氨基酸序列相似；
该菌株具有一个R5表型，即与选择性传播有关的表型；以及
所述疫苗能够在组织培养物中生长。
按照下述步骤筛选病毒株，用于设计疫苗。用南非夸祖鲁那塔的一群确定的性服务者来鉴定用于HIV疫苗的合适菌株。来自12个急性感染者的病毒株的tat、rev和nef区被测序、分离并采用表型手段表征。将该序列与来自南非Gauteng地区和西开普的开普敦地区的无症状AIDS感染(nef区)个体的相似收集以及其他被公开的C亚型序列进行了对比。
患者
来自南非的4个地区的HIV感染者被征集在一起。获得来自夸祖鲁那塔的近期感染的性服务者的血样(n＝12)。将近期感染定义为早先血清反应阴性而在之前一年内变为血清反应阳性的人。还收集了来自开普敦的门诊诊所的患者(n＝2)、来自约翰内斯堡的产前检查诊所的妇女(n＝6)和来自约翰内斯堡外的一个金矿上的STD诊所的男性患者(n＝7)的血样。后面两组在临床上是稳定的，被划分为无症状感染。另外，为了比较nef基因，获得了来自Gauteng的AIDS患者的11个分离株、来自TB传染病医院的患者的9个分离株和来自感染AIDS的儿童的2个分离株。将血样收集在EDTA中，用于确定CD4 T细胞计数和进行病毒基因分析。对于近期感染，为测定血浆病毒量，进行了支链(bDNA)分析(Chiron)，并分离病毒。使用免疫检测法(ELISA)测定HIV-1的血清状态。得到了针对性服务者的CD4 T细胞计数和病毒载量结果，有关血清转化日的临床状态信息、CD4和共受体使用数据如表1所示。
病毒分离
采用标准的共培养技术，利用有丝分裂素活化的供体外周血单核细胞(PBMC)，从PBMC中分离HIV。2×106个的患者PBMC与2×106个供体PBMC共培养于具有2mL RPMI1640、20％的FCS、抗生素和5％的IL-2(Boehringer)的12孔培养平板中。每周向培养物中补充两次含有IL-2的新鲜介质，每次使用5×105/mL的供体PBMC。使用商业化的p24抗原分析法(Coulter)每周一次地监控病毒的生长。抗原阳性培养物增大，再培养2周，得到40mL含有病毒的上清液，将其存放在-70℃待用。从商业化的性服务者体内得到的病毒的分离结果如表1所示。
病毒表型
使用含病毒上清液，评估MT-2和共受体转染细胞系上的病毒分离株的生物表型。为了进行MT-2分析，使用5×104个MT-2细胞在PRMI、10％FCS和抗生素中培养500μL上清液。为了形成syncitia，每天监控培养物为期6天以上。表达CCR5或CXCR4共受体的U87.CD4细胞在含有10％FCS、抗生素、500μg/mL G418和1μg/mL的嘌呤霉素的DMEM中生长。表达少数共受体的GHOST细胞在含有10％FCS、500μg/mL G418、1μg/mL的嘌呤霉素和100μg/mL的潮霉素的DMEM中生长。通过胰蛋白酶化每周两次将细胞系传代。在12孔的培养平板上进行共受体分析；在每个孔里固定5×104个细胞，使其附着过夜。第二天加入含病毒的500μL上清液，培养过夜，使病毒附着并感染，第三天洗三次。为了形成syncitia和产生p24抗原，在第4、8和12天监控培养物。有syncitia和p24抗原产生浓度增长迹象的培养物被认为对于病毒生长是有利的。来自商业化的性服务者的病毒的共受体处理结果如表1所示。
表1用于筛选候选疫苗的急性感染人群
 样品编号  血清转化日期 取样日期 感染时间 CD4计数  病毒载量  共培养物p24阳性 MT-2化验 生物类型
 Du123  98年8月17日 98年11月17日 3个月 841  19331  d6(50pg) NSI  R5
 Du151  98年10月12日 98年11月24日 1.5个月 367  ＞500000  d6(＞1ng) NSI  R5
 Du156  98年11月16日 98年11月17日 ＜1个月 404  22122  d6(＞1ng) NSI  R5
 Du179  97年8月13日 99年5月20日 21个月 394*  1359*  d7(＜50pg) SI  R5×4
 Du204  98年5月20日 99年5月20日 1年 633*  8734*  d7(＜50pg) NSI  R5
 Du258  98年6月3日 99年6月22日 1年 433*  9114*  - 无分离株  -
 Du281  98年7月24日 98年11月17日 4个月 594  24689  d6(1ng) NSI  R5
 Du285  98年10月2日 - - 560*  161*  - 无分离株  -
 Du368  98年4月8日 98年11月24日 7.5个月 670  13993  d6(300pg) NSI  R5
 Du422  98年10月2日 99年1月28日 4个月 397  17118*  d6(600pg) NSI  R5
 Du457  98年8月17日 98年11月17日 3个月 665  6658  - 无分离株  -
 Du467  98年8月26日 - - 671  19268  - 无分离株  -
*来自98年11月的数据
测序
从血浆分离RNA，用逆转录酶从RNA扩增基因片断，接着通过聚合酶链反应(PCR)生成扩增的DNA片断。PCR引物的位置如下，(用HIV-1HXBr序列编码)：tat向外向前引物(5’GGC CGC AGA GGG AAC CATAC3’(SEQ ID NO：21)5584-5703bp)，或者rev向外逆引物(5’GCC CTG TCTTAT TCT TCT AGG3’(SEQ ID NO：22)8753-8774bp)。余下的用于巢式PCR的引物是：tat向外逆引物(5’CCT CAA TAT CCC CAT CAC TCT C3’(SEQ IDNO：23)6226-6248bp)、tat向内向前引物(5’TGC CAG CAT AGC AGA ATAGG3’(SEQ ID NO：24)5785-5804bp)和tat向内逆引物(5’CTA TCA ATG CTCCTA CTC CTA ATC3’(SEQ ID NO：25)6078-6101bp)，以及rev向外向前引物(5’GAT AGT AGG AGG CTT GAT AGG3’(SEQ ID NO：26)8285-8302bp)、rev向内向前引物(5’GGT GTA CTC GCT ATA GTG3’(SEQ IDNO：27)8321-8339bp)和rev向内逆引物(5’CCT TCA GCT ACT GCT ATTGC3’(SEQ ID NO：28)8689-8698bp)。
用QIAQUICK PCR纯化设备(Qiagen，德国)对扩增的DNA片断进行纯化。然后，使用上游PCR引物作为测序引物对DNA片断测序。采用Sanger双脱氧终止剂法，用附着在双脱氧核苷酸的荧光染料进行测序。通过电泳，用ABI377测序仪测定序列。表示进行上述测序的tat、rev和nef基因的HIV-1前病毒基因组的示意图见图18。
遗传型特征
为了筛选疫苗分离株，对包括tat(101个密码子，306个碱基)、rev(107个相邻密码子，324个碱基)和nef(207个密码子，618个碱基)的三个HIV基因进行了测试(图18)。图18表示5’长终端重覆区域，结构和功能基因(gag、pol和env)以及调节和附加蛋白(vif、tat、rev、nef、vpr和vpu)。gag开放式阅读框表示编码p17基质蛋白、p24核蛋白以及p7和p6核衣壳蛋白的区域。pol开放式阅读框表示蛋白酶(PR)p15、逆转录酶(RT)p66和核糖核酸酶H整合酶p51。env开放式阅读框表示编码gp120和gp41的区域。
在所有的38个分离株中，有12个来自德班群(DU)、24个来自约翰内斯堡(GG、RB、COT和SW)、2个来自开普敦(CT)。其中有17个的tat基因被测序，有17个的rev基因被测序，有32个的nef基因被测序。被测序的分离株如表2所示。
表2分离株和被测序的基因区域列表
分离株 Tat序列 Rev序列 Nef序列
CTSC1 √ - -
CTSC2 √ √ √
Du123 √ √ √
Du151 √ √ √
Du156 √ √ -
Du179 √ √ √
Du204 √ √ -
Du258 - - √
Du281 √ √ -
Du368 √ √ √
Du422 √ √ √
Du457 - - √
Du467 - - √
GG10 √ √ √
GG2 √ - √
GG3 - - √
GG4 √ - √
GG5 - √ √
GG6 - - √
RB12 √ √ √
RB13 √ √ √
RB15 - - √
RB18 - √ √
RB21 - √ √
RB27 - √ -
RB28 √ √ √
SW10 - - √
SW7 - - √
SW15 - - √
SW5 - - √
SW20 - - √
SW9 - - √
SW2 - - √
SW8 - - √
SW23 - - √
COT2 - - √
COT6 - - √
将来自德班(Du)、约翰内斯堡(GG、RB、SW和COT)和开普敦(CT)的核酸序列与大量可得的已公开的C亚型序列(来自Los Alamos HIV序列数据库)进行系统发育学对比，后者包括来自其他南非国家的序列和来自Los Alamos HIV序列数据库的所有C亚型共有序列。对比的目的是保证被选的疫苗分离株与南非序列相比，不是系统发育学上的异常株，对比结果如图19、图20和图21所示。图19-21表示南非序列是不同的，印度序列通常会形成与非洲序列不同的分离簇。南非序列并非独一无二的，一般来说，它们相互之间是有联系的，就像它们与来自南非的其他序列有关一样。这表明印度序列与南非C亚型序列不同，在南非没有无性传染病，但是南非病毒反映出南非地区的C亚型病毒具有多样性。
共有序列的测定
氨基酸序列来自如表2所示的序列，这些序列被用来测定南非共有序列。选择在每个位置出现最频繁的氨基酸作为该位置处的共有氨基酸。这样，沿着每个被测序基因(tat、rev和nef基因)的线性长度测定共有序列。使用DNAMAN程序(DNAMAN2输出)进行排列，产生共有序列。这样会在每个基因区域产生共有序列。氨基酸序列和产生的共有序列的排列如图22、23和24所示。氨基酸相似性如图25-27所示。
最终选用哪个分离株是根据一个特定分离株的tat、rev和nef基因序列与上面得到的南非共有序列的相似性，以及表1所示的具有好的复制动力学的R5分离株的可获得性来确定的。
疫苗分离株的筛选
基于上述考虑和方法，从急性感染的人群筛选两个菌株作为疫苗株。第一个菌株是用于tat和nef基因的Du151，第二个菌株是用于tat和rev基因的Du422。筛选这三个菌株的原因如下：
1.当获得样品时，Du151已被感染长达6周，CD4计数达到367个细胞每μL血液，病毒载量大于500000个拷贝每mL血浆。考虑到高的病毒载量和从感染开始的记录时间，患者可能还处于免疫系统控制HIV复制之前的病毒血症初期。
2.当获得样品时，Du422已被感染长达4个月，CD4计数达到397个细胞每μL血浆，病毒载量达到17118个拷贝每mL血浆。与Du151相比，该患者体内的病毒复制已经得到了一定程度的控制。
这两个分离株能够在细胞培养物中生长，而且对它们的整个基因组进行了序列分析。
根据图28所示的Du151和Du422Tat蛋白序列以及其他分离株的氨基酸两两对比分析，所示的Du151和Du422tat序列与图19和22所示的南非共有序列非常相似。它们与共有序列具有89.4％(Du151)和91.6％(Du422)的氨基酸序列一致性。因此Du151和Du422用于生成野生型(非密码子优化)或人化(密码子优化)的、再合成的改排Tat。它们是在与南非共有序列略微相关的病毒株中筛选出来的，原因是它们能够在组织培养物中生长，两分离株的整个基因组都已被测序和表征。
Nef基因表现出最大的序列不同性。根据如图29所示的与SA共有序列的Nef氨基酸两两同一的分数(93.4％)的分析结果，选用Du151分离株作为nef基因源。当与其他近期血清转换体相比时，与任一种Du151分离株序列的所有两两同一分数都在80.2％以上，如图29所示。该结果中的其他贡献性因素是，这是为env和pol基因源筛选的相同分离株，且其在生物体内具有优异的生长性能。
Rev基因是三个之中最保守的。根据与SA共有序列的氨基酸两两同一分数(95.2％)，筛选Du422 rev基因。另外，当与其他近期血清转换体相比时，与Du422分离株序列的所有两两同一的分数都在83％以上，如图29所示。这些两两分数使得Du422与该序列库中的最佳分数相似，该两两分数将与R5病毒的相似水平与好的细胞培养物复制动力学结合起来。
基因的再合成
多蛋白基因Tat-nef是通过合成寡核苷酸片断制备的，GeneArt(geneart股份有限公司，雷根斯堡(Regensburg))将所述寡核苷酸片断连接起来组成整个基因。合成了密码子优化和非密码子优化的基因，并将其克隆到pPCR-Script(Stratagene)载体。通过将插入物的两股测序，并将其与原始序列对比，从而鉴定插入物。Du422/Du151和单独的Du151的tat和nef基因序列以及Tat-nef多蛋白基因序列的修饰物如SEQ I.D.Nos.9-17所示。
将Tat蛋白分成三个重叠片断并改排(如图31所示)，使蛋白失活从而更加安全，但不会失去潜在的CTL表位。Nef蛋白被截去10个氨基酸，去掉了允许Nef蛋白离开细胞的N终端十四烷基化部位(SEQ I.D.No.12)。除了使蛋白更安全外，还希望当蛋白陷落到细胞中时会产生更有效的CTL反应。
疫苗的研制
本发明的疫苗可以使用多种不同的载体用多种不同的方法制备。所述疫苗包括来自多种不同载体的病毒的胶囊式RNA或转录的DNA序列。这些疫苗可以含有至少部分的来自Du422分离株的tat和rev基因以及至少部分的来自本发明的Du151分离株或其衍生物或修饰物的tat和nef基因。
用于DNA疫苗中的基因被再合成以反映人密码子的用途。Tat Du422基因被分为三个具有重叠端的片断，使得没有潜在的CTL表位被丢失和重新改排以提高Tat蛋白的安全性。鉴于安全原因，Du151nef基因的前10个氨基酸被截去，以除去十四烷基化部位。将改排tat和截短的nef合成在同一个阅读框中，以构成Tat-Nef多蛋白。合成人型和非人型Tat-nef多蛋白用于其他替代性疫苗。相似的密码子优化的rev基因可以由DNA疫苗表达。
其他疫苗含有从来自Du422和Du151分离株的tat基因的RNA转录的DNA、从来自Du151分离株的nef基因的RNA转录的DNA和从来自Du422分离株的rev基因的RNA转录的DNA。这些基因也可以被表达为寡聚包膜糖蛋白复合物(Progenics，USA)，其公开见J Virol 2000 Jan；74(2)：627-43(Binley，J.L.等人)，或在腺相关病毒(AAV)(Target Genetics)、委内瑞拉马脑炎病毒(美国专利申请USSN 60/216,995，引为本文参考)、变性牛痘病毒安卡拉(MVA)(Amara等人，2002)、BCG以及其他正在开普敦大学研发的疫苗中表达。
含有框内多基因、GrttnC(图32a和32b；SEQ I.D.Nos.29和30)和重组tat-截取nef(SEQ I.D.No.17)的疫苗构造已被研制，并将被引入多个候选疫苗中，包括DNA疫苗、用pTH DNA疫苗载体(Hanke等人，2000)的pTHgrttnC(图33)，以及MVA疫苗(Amara等人，2002)，所述GrttnC包括密码子优化的Du422gag(图34和35；SEQ I.D.Nos.31和32)和Du151RT(逆转录酶)(图36和37；SEQ I.D.Nos.33和34)(WO 02/04494，其内容引为本文参考)。从Du422和Du151分离出来的gag和pol基因的核苷酸和氨基酸序列分别如SEQ I.D.Nos.35-38所示。
本发明并不仅限于所描述的具体实施方式。
保藏
下述材料已经保藏在欧洲细胞培养物中心(ECACC)，它是应用微生物学与研究中心，位于英国威尔特郡SP4OJG索尔兹伯里。
        材料             ECACC保藏号           保藏日
HIV-1病毒分离株Du151    保藏号00072724        2000年7月27日
HIV-1病毒分离株Du422    临时保藏号00072726    2000年7月27日
                        临时保藏号01032114    2001年3月22日
保藏是根据用于专利程序微生物保藏的国际公约布达佩斯条约的有关规定及其细则而做出的。
参考文献
UNAIDS.AIDS epidemic update.December 1999.
www.unaids.org/hibaidsinfo/documents.html
Addo，M.M.，Altfeld，M.，Rosenburg，E.S.，Eldridge，R.L.，Philips，M.N.，Habeeb，K.，Khatri，A.，Brander，C.，Robbins，G.K.，Mazzara，G.P.，Goulder，P.J.R.，Walker，B.D.，and the HIV Controller Study Collaboration.(2001).TheHIV-1 regulatory proteins Tat and Rev are frequently targeted by cytotoxic Tlymphocytes derived from HIV-1-infected individuals.Proc Natl Acad Sci U SA 98(4)：1781-1786.
Allen，T.M.，O’Connor，D.H.，Jing，P.，Dzuris，J.L.，Mothe，B.R.，Vogel，T.U.，Dunphy，E.，Liebl，M.E.，Emerson，C.，Wilson，N.，Kunstman，K.J.，Wang，X.，Allison，D.B.，Hughes，A.L.，Desrosiers，R.C.，Altman，J.D.，Wolinsky，S.M.，Sette，A.and Watkins，D.I.(2000).Tat-specific cytotoxic T lymphocytes selectfor SIV escape variants during resolution of primary viraemia. Nature407(6802)：386-90.
Amara RR，Vilinger F，Staprans SI，Altman JD，Montefiori DC，Kozyr NL，XuY，Wyatt LS，Earl PL，Herndon JG，McClure HM，Moss B，Robinson HL.(2002). Different patterns of immune responses but similar control of asimian-human immunodeficiency virus 89.6P mucosal challenge by modifiedvaccinia virus Ankara(MVA) and DNA/MVA vaccines.J Virol Aug；76(15)：7625-31.
Betts，M.R.，Krowka，J.，Santamaria，C.，Balsamo，K.，Gao，F.，Mulundu，G，Luo，C.，N’Gandu，N.，Sheppard，H.，Hahn，B.H.，Alen，S.and Frelinger，J.A.(1997). Cross-clade human immunodeficiency virus(HIV)-specific cytotoxicT-lymphocyte responses in HIV-infected Zambians.J Virol，71(11)：8908-11.
Binley JM，Sanders RW，Clas B，Schuelke N，Master A，Guo Y，Kajumo F，Anselma DJ，Maddon PJ，Olson WC，Moore JP.，(2002).J Virol Jan；74(2)：627-43.
Bjorndal，A.，Sonnerborg，A.，Tscherning，C.，Albert，J. & Fenyo，E.M.(1999).Phenotypic characteristics of human immunodeficiency virus type 1 subtype Cisolates of Ethiopian AIDS patients.AIDS Res Hum Retroviruses.15(7)：647-53.
Calarota，S.A.，Kjerrstrom，A.，Islam，K.B.，and Wahren，B.(2001).Genecombination raises broad human immunodeficiency virus-specific cytotoxicity.Hum Gene Ther 12(13)：1623-37.
Calarota，S.A.，Leandersson，A.C.，Bratt，G.，Hinkula，J.，Klinman，D.M.，Weinhold，K.J.，Sandstrom，E.and Wahren，B.(1999).Immune responses inasymptomatic HIV-1-infected patients after HIV -DNA immunizationfollowed by highly active antiretroviral treatment.J.Immunol 163(4)：2330-8.Connor，R.，Sheridan，K.，Ceraldini，D.，Choe，S. & Landau，N.(1997).Changes in co-receptor use correlates with disease progression in HIV-1-infected individuals.J Exp Med 185，621-628.
Durali D，Morvan J，Letourneur F，Schmitt D，Guegan N，Dalod M，SaragostiS，Sicard D，Levy JP & Gomard E(1998).Cross-reactions between thecytotoxic T-lymphocyte responses of human immunodeficiency virus-infectedAfrican and European patients.J Virol 72：3547-53.
Ferrari G，Humphrey W，McElrath MJ，Excler JL，Duliege AM，Clements ML，Corey LC，Bolognesi DP & Weinhold KJ(1997).Clade B-based HIV-1vaccines elicit cross-clade cytotoxic T lymphocyte reactivities in uninfectedvolunteers.Proc Natl Acad Sci USA 94(4)：1396-401.
Hanke T，McMichael AJ.(2000).Design and construction of an experimentalHIV-l vaccines for a year-2000 clinical trial in Kenya.Nat Med Sep；6(9)：951-5.
HIV Molecular Immunology Database 1998：Korber B，Brander C，Koup R，Walker B，Haynes B，& Moore J，Eds. Theoretical Biology and BiophysicsGroup，Los Alamos National Laboratory，Los Alamos，NM.
Klotman，M.E.，Kim，S.，Buchbinder，A.，DeRossi，A.，Baltimore，D.，andWong-Staal，F.(1991).Kinetics of expression of multiply spliced RNA in earlyhuman immunodeficiency virus type 1 infection of lymphocytes andmonocytes.Proc Natl Acad Sci USA 88(11)：5011-5.
Kostrikis，LG，Cao，Y.，Ngai，H.，Moore，J.P. & Ho.D.D(1996).Quantitativeanalysis of serum neutralization of human immunodeficiency virus type 1 fromsubtypes，A，B，C，D，E，F，and I：lack of direct correlation betweenneutralization serotypes and genetic subtypes and evidence for prevalentserum-dependent infectivity enhancement.J.Virol.70，445-458.
Koup RA，Safrit JT，Cao Y，Andrews CA，McLeod G，Borkowsky W，FarthingC，Ho DD(1994).Temporal association of cellular immune responses withinitial control of viremia in primary human immunodeficiency virus type 1syndrome.J Virol.68(7)：4650-5.
Moore JP，Cao Y，Leu J，Qin L，Korber B & Ho DD(1996).Inter-andintraclade neutralization of human immunodeficiency virus type 1：geneticclades do not correspond to neutralization serotypes but partially correspond togp 120 antigenic serotypes.J.Virol.70，427-444.
Ogg GS，Kostense K，Klein MR，Jurriaans S，Hamann D，McMichael AJ &Miedema F (1999). Longitudinal phenotypic analysis of humanimmunodeficiency virus type 1-specific cytotoxic T lymphocytes：correlationwith disease progression.J Virol；73(11)：9153-60.
Peeters，M，m Vincent，R.，Perret，J.L.，Lasky，M.，Patrel，D.，Liegeois，F.，Courgnaud，V.，Seng，R.，Matton，T.，Molinier.S. & Delaporte，E.(1999).Evidence for differences in MT 2 cell tropism according to genetic subtypes ofHIV-1 viruses.J Acquir Imm Def Synd 20，115-121.
Richman，D. & Bozzette，S.(1994).The impact of the syncytium-inducingphenotype of human immunodeficiency virus on disease progression.J Inf Dis169.968-974.
Robertson DL，Anderson JP，Bradac JA，Carr JK，Foley B，Funkhouser RK，Gao R，Hahn BH，Kalish ML，Kuiken C，Learn GH Leitner T，McCutchan F，Osmanov S，Peeters M，Pieniazek D，Salminen M，Sharp PM，Wolinsky S，Korber B(2000).HIV nomenclature proposal.Science 7；288(5463)：55-6.
Rowland-Jones SL，Dong T，Fowke KR，Kimani J，Krausa P，Newell H，Blanchard T，Ariyoshi K，Oyugi J，Ngugi E，Bwayo J，MacDonald KS，McMichael AJ & Plummer FA(1998).Cytotoxic T-cell responses to multipleconserved epitopes in HIV-resistant prostitutes in Nairobi.J.Clin.Invest.102(9)：1758-1765.
Scarlatti，G.，Tresoldi，E.，Bjorndal，A.，Fredriksson，R.，Colognesi，C.，Deng，H.，Malnati，M.，Plebani，A.，Littman，D.，Fenyo，E. & Lusso，P.(1997).Invivo evolution of HIV-1 co-receptor usage and sensitivity tochemokine-mediated suppression.Nat Med 3，1259-1265.
Schmitz JE，Kuroda MJ，Santra S，Sasseville VG，Simon MA.Lifton MA，Racz P，Tenner-Racz K，Dalesandro M，Scallon BJ，Ghrayeb J，Forman MA，Montefiori DC，Rieber EP，Letvin NL，Reimann KA(1999).Control ofviremia in simian immunodeficiency virus infection by CD8+lymphocytes.Science 5；283(5403)：857-60.
Summary Report：National HIV sero-prevalence survey of women attendingpublic antenatal clinics in South African，2000(2001).Department of Health，Directorate：Health Systems Research & Epidemiology，April 2001.Tschernign，C.，Alaeus，A.，Fredriksson，R.，Bjorndal，A.，Deng，H.，Littman，D.，Fenyo，E.M. & Alberts，J.(1998).Differences in chemokine co-receptorusage between genetic subtypes of HIV-1 Virology 241，181-188.
                                序列表
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
                         SEQUENCE LISTING
<110>  South African Medical Research Council and University of Cape Town
<120>  HIV-1 Subtype Isolate Regulatory/Accessory Genes，and Modifications and
Derivatives Thereof
<130>  PA134027/PCT
<140>  ZA 2001/8978
<141>  2001-10-31
<160>  38
<170>  PatentIn version 3.1
<210>  1
<211>  306
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  1
Ala Thr Gly Gly Ala Gly Cys Cys Ala Ala Thr Ala Gly Ala Thr Cys
1               5                   10                  15
Cys Thr Ala Ala Cys Cys Thr Ala Gly Ala Gly Cys Cys Cys Thr Gly
            20                  25                  30
Gly Ala Ala Cys Cys Ala Thr Cys Cys Ala Gly Gly Ala Ala Gly Thr
        35                  40                  45
Cys Ala Gly Cys Cys Thr Ala Ala Thr Ala Cys Thr Cys Cys Thr Thr
    50                  55                  60
Gly Thr Ala Ala Thr Ala Ala Cys Thr Gly Cys Thr Ala Thr Thr Gly
65                  70                  75                  80
Thr Ala Ala Ala Cys Ala Cys Thr Gly Thr Ala Gly Cys Thr Ala Cys
                85                  90                  95
Cys Ala Thr Thr Gly Thr Cys Thr Ala Gly Thr Thr Thr Gly Cys Thr
            100                 105                 110
Thr Thr Cys Ala Gly Ala Cys Ala Ala Ala Ala Gly Gly Cys Thr Thr
        115                 120                 125
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Ala Gly Gly Cys Ala Thr Thr Thr Cys Cys Thr Ala Thr Gly Gly Cys
    130                 135                 140
Ala Gly Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly Cys Gly Gly Ala Gly Ala Cys
145                 150                 155                 160
Ala Gly Cys Gly Ala Cys Gly Ala Ala Gly Cys Ala Cys Thr Cys Cys
                165                 170                 175
Thr Cys Cys Ala Ala Gly Cys Ala Gly Thr Gly Ala Ala Gly Ala Thr
            180                 185                 190
Cys Ala Thr Cys Ala Ala Ala Ala Thr Cys Cys Thr Ala Thr Ala Thr
        195                 200                 205
Cys Ala Ala Ala Gly Cys Ala Ala Cys Cys Cys Thr Thr Ala Thr Cys
    210                 215                 220
Cys Cys Gly Ala Cys Ala Gly Gly Cys Thr Cys Gly Gly Ala Ala Gly
                245                 250                 255
Ala Ala Thr Cys Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly Gly Thr
            260                 265                 270
Gly Gly Ala Gly Ala Gly Cys Ala Ala Gly Ala Cys Ala Ala Ala Gly
        275                 280                 285
Ala Cys Ala Gly Ala Thr Cys Cys Ala Thr Thr Cys Gly Ala Thr Thr
    290                 295                 300
Ala Gly
305
<210>  2
<211>  101
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  2
Met Glu Pro Ile Asp Pro Asn Leu Glu Pro Trp Asn His Pro Gly Ser
1               5                   10                  15
Gln Pro Asn Thr Pro Cys Asn Asn Cys Tyr Cys Lys His Cys Ser Tyr
            20                  25                  30
His Cys Leu Val Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser Tyr Gly
        35                  40                  45
Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser Thr Pro Pro Ser Ser Glu Asp
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
    50                  55                  60
His Gln Asn Pro Ile Ser Lys Gln Pro Leu Ser Gln Thr Arg Gly Asp
65                  70                  75                  80
Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys Lys Val Glu Ser Lys Thr Lys
                85                  90                  95
Thr Asp Pro Phe Asp
            100
<210>  3
<211>  306
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  3
atggagccaa tagatcctaa cctagagccc tggaaccatc caggaagtca acctaacact    60
ccttgtacta aatgctattg taaatactgc agctatcatt gtctagtttg ctttcagaca   120
aaaggcttag gcatttccta tggcaggaag aagcggagac agcgacgaag cactcctcca   180
agcagtgagg atcatcaaaa tcttatatca gagcagccct taccccaagc ccgaggggtc   240
ccgacaggct cggaagaatc gaagaagaag gtggagagca agacaaaaac agatccattc   300
gattag                                                              306
<210>  4
<211>  101
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  4
Met Glu Pro Ile Asp Pro Asn Leu Glu Pro Trp Asn His Pro Gly Ser
1               5                   10                  15
Gln Pro Asn Thr Pro Cys Thr Lys Cys Tyr Cys Lys Tyr Cys Ser Tyr
            20                  25                  30
His Cys Leu Val Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser Tyr Gly
        35                  40                  45
Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser Thr Pro Pro Ser Ser Glu Asp
    50                  55                  60
His Gln Asn Leu Ile Ser Glu Gln Pro Leu Pro Gln Ala Arg Gly Val
65                  70                  75                  80
Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys Lys Val Glu Ser Lys Thr Lys
                85                  90                  95
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Thr Asp Pro Phe Asp
            100
<210>  5
<211>  618
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  5
atggggggca agtggtcaaa aagcagcata gtgggatggc ctgctgtaag agaaagaata    60
agaagaactg agccagcagc agagggagta ggaccagcat ctcaagactt agataaacat   120
ggagcgctta caagcagcaa cacagcccac aataatcctg actgtgcctg gctacaagca   180
caagaggagg aagaagacgt aggttttcca gtcagacctc aggtgcctct aagaccaatg   240
acttataagg cagcattcga tctcagcttc tttttaaaag aaaagggggg actggaaggg   300
ttaattcact ctaagagaag acaagacatt cttgatttgt gggtctatca cacacaaggc   360
tacttccctg attggcaaaa ctacacgccg ggaccaggag tcagataccc actgaccttt   420
ggatggtgct tcaagctagt gccagttgat ccaagggaag tagaagaggc caacaaagga   480
gaaaacaact gtttgctaca ccctatgagc cagcatggaa tggaggatgc agacagagaa   540
gtattaagat gggtgtttga cagcagtcta gcacgcagac acctggcccg cgagaaacat   600
ccggagtatt acaaagac                                                 618
<210>  6
<211>  207
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  6
Met Gly Gly Lys Trp Ser Lys Ser Ser Ile Val Gly Trp Pro Ala Val
1               5                   10                  15
Arg Glu Arg Ile Arg Arg Thr Glu Pro Ala Ala Glu Gly Val Gly Ala
            20                  25                  30
Ala Ser Gln Asp Leu Asp Lys His Gly Ala Leu Thr Ser Ser Asn Thr
        35                  40                  45
Ala His Asn Asn Pro Asp Cys Ala Trp Leu Gln Ala Gln Glu Glu Glu
    50                  55                  60
Pro Glu Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln Val Pro Leu Arg Pro Met
65                  70                  75                  80
Thr Tyr Lys Ala Ala Phe Asp Leu Ser Phe Phe Leu Lys Glu Lys Gly
                85                  90                  95
Gly Leu Glu Gly Leu Ile Tyr Ser Lys Lys Arg Gln Asp Ile Leu Asp
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
            100                 105                 110
Leu Trp Val Tyr His Thr Gln Gly Tyr Phe Pro Asp Trp Gln Asn Tyr
        115                 120                 125
Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Leu Pro Leu Thr Phe Gly Trp Cys Phe
    130                 135                 140
Lys Leu Val Pro Val Asp Pro Glu Glu Val Glu Glu Ala Asn Lys Gly
145                 150                 155                 160
Glu Asn Asn Cys Leu Leu His Pro Leu Ser Gln His Gly Met Glu Asp
                165                 170                 175
Ala Asp Arg Glu Val Leu Lys Trp Val Phe Asp Ser Ser Leu Ala Arg
            180                 185                 190
Arg His Leu Ala Arg Glu Lys His Pro Glu Tyr Tyr Lys Asp Cys
        195                 200                 205
<210>  7
<211>  324
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  7
atggcaggaa gaagcggaga cagcgacgaa gcactcctcc aagcagtgaa gatcatcaaa    60
atcctatatc aaagcaaccc ttatcccaaa cccgagggga cccgacaggc tcggaagaat   120
cgaagaagaa ggtggagagc aagacaaaga cagatccatt cgattagtga gcggattctt   180
agcacttgcc tgggacgatc tgcggagcct gtgcctcttc agctaccacc aattgagaga   240
cttcatattg actgcagcga gagcagcgga acttctggga cgcagcagtc tcaggggact   300
gcagagaggg tgggaagtcc ttaa                                          324
<210>  8
<211>  107
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  8
Met Ala Gly Arg Ser Gly Asp Ser Asp Glu Ala Leu Leu Gln Ala Val
1               5                   10                  15
Lys Ile Ile Lys Ile Leu Tyr Gln Ser Asn Pro Tyr Pro Lys Pro Glu
            20                  25                  30
Gly Thr Arg Gln Ala Arg Lys Asn Arg Arg Arg Arg Trp Arg Ala Arg
        35                  40                  45
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Gln Arg Gln Ile His Ser Ile Ser Glu Arg Ile Leu Ser Thr Cys Leu
    50                  55                  60
Gly Arg Ser Ala Glu Pro Val Pro Leu Gln Leu Pro Pro Ile Glu Arg
65                  70                  75                  80
Leu His Ile Asp Cys Ser Glu Ser Ser Gly Thr Ser Gly Thr Gln Gln
                85                  90                  95
Ser Gln Gly Thr Ala Glu Arg Val Gly Ser Pro
            100                 105
<210>  9
<211>  392
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  9
ggatccgcgg ccgcaagctt gccaccatgg taggcatttc ccatggcagg aagaagcgga    60
gacagcgacg aagcactcct ccaagcagtg aggatcatca aaatcctata tcaaagcagc   120
ccttacccca aacccgaggg gacccgacag gctcggaaga atcgaagaag aaggtggaga   180
gcaagacaaa aacagatcca ttcgattgta aatactgcag ctatcattgt ctagtttgct   240
ttcagacaaa aggcttaggt attagctatg gaaggaagaa acggatggag ccaatagatc   300
ctaacctaga gccctggaac catccaggaa gtcaacctaa cactccttgt aataaatgct   360
attgtaagta ctgttcatat cattgcctag tt                                 392
<210>  10
<211>  392
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  10
ggatccgcgg ccgcaagctt gccaccatgg tgggcatcag ctacggccgc aagaagcgcc    60
gccagcgccg cagcaccccg cccagcagcg aggaccacca gaaccccatc agcaagcagc   120
ccctgcccca gacccgcggc gaccccaccg gcagcgagga gagcaagaag aaggtggaga   180
gcaagaccaa gaccgacccc ttcgactgca agtactgcag ctaccactgt ctggtgtgct   240
tccagaccaa gggcctgggc atctcctacg ggcgcaagaa acggatggag cccatcgacc   300
ccaacctgga gccctggaac caccccggca gccagcccaa caccccctgc aacaagtgct   360
actgcaaata ctgctcctac cactgcctcg tg                                 392
<210>  11
<211>  122
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
<400>  11
Met Leu Gly Ile Ser Tyr Gly Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser
1               5                   10                  15
Thr Pro Pro Ser Ser Glu Asp His Gln Asn Pro Ile Ser Lys Gln Pro
            20                  25                  30
Leu Pro Gln Thr Arg Gly Asp Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys
        35                  40                  45
Lys Val Glu Ser Lys Thr Lys Thr Asp Pro Phe Asp Cys Lys Tyr Cys
    50                  55                  60
Ser Tyr His Cys Leu Val Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser
65                  70                  75                  80
Tyr Gly Arg Lys Lys Arg Met Glu Pro Ile Asp Pro Asn Leu Glu Pro
                85                  90                  95
Trp Asn His Pro Gly Ser Gln Pro Asn Thr Pro Cys Asn Lys Cys Tyr
            100                 105                 110
Cys Lys Tyr Cys Ser Tyr His Cys Leu Val
        115                 120
<210>  12
<211>  617
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  12
gtgggatggc ctgctgtaag agaaagaata agaagaactg agccagcagc agagggagta    60
ggaccagcat ctcaagactt agataaacat ggagcgctta caagcagcaa cacagcccac   120
aataatcctg actgtgcctg gctacaagca caagaggagg aagaagacgt aggttttcca   180
gtcagacctc aggtgcctct aagaccaatg acttataagg cagcattcga tctcagcttt   240
tttttaaaag aaaagggggg actggaaggg ttaattcact ctaagagaag acaagacatt   300
cttgatttgt gggtctatca cacacaaggc tactcccctg attggcaaaa ctacacgccg   360
ggaccaggag tcagataccc actgaccttt ggatggtgct tcaagctagt gccagttgat   420
ccaagggaag tagaagaggc caacaaagga gaaaacaact gtttgctaca ccctatgagc   480
cagcatggaa tggaggatgc agacagagaa gtattaagat gggtgtttga cagcagtcta   540
gcacgcagac acctggcccg cgagaaacat ccggagtatt acaaagacta ggaattctct   600
agagcggccg cgtcgac                                                  617
<210>  13
<211>  617
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  13
gtgggctggc ccgccgtgcg cgagcgcatc cgccgcaccg agcccgccgc cgagggcgtg    60
ggccccgcca gccaggacct ggacaagcac ggcgccctga ccagcagcaa caccgcccac   120
aacaaccccg actgcgcctg gctgcaggcc caggaggagg aggaggacgt gggcttcccc   180
gtgcgccccc aggtgcccct gcgccccatg acctacaagg ccgccttcga cctgagcttc   240
ttcctgaagg agaagggcgg cctggagggc ctgatccaca gcaagcgccg ccaggacatc   300
ctggacctgt gggtgtacca cacccagggc tacttccccg actggcagaa ctacaccccc   360
ggccccggcg tgcgctaccc cctgaccttc ggctggtgct tcaagctggt gcccgtggac   420
ccccgcgagg tggaggaggc caacaagggc gagaacaact gcctgctgca ccccatgagc   480
cagcacggca tggaggacgc cgaccgcgag gtgctgcgct gggtgttcga cagcagcctg   540
gcccgccgcc acctggcccg cgagaagcac cccgagtact acaaggactg agaattctct   600
agagcggccg cgtcgac                                                  617
<210>  14
<211>  196
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  14
Val Gly Trp Pro Ala Val Arg Glu Arg Ile Arg Arg Thr Glu Pro Ala
1               5                   10                  15
Ala Glu Gly Val Gly Pro Ala Ser Gln Asp Leu Asp Lys His Gly Ala
            20                  25                  30
Leu Thr Ser Ser Asn Thr Ala His Asn Asn Pro Asp Cys Ala Trp Leu
        35                  40                  45
Gln Ala Gln Glu Glu Glu Glu Asp Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln
    50                  55                  60
Val Pro Leu Arg Pro Met Thr Tyr Lys Ala Ala Phe Asp Leu Ser Phe
65                  70                  75                  80
Phe Leu Lys Glu Lys Gly Gly Leu Glu Gly Leu Ile His Ser Lys Arg
                85                  90                  95
Arg Gln Asp Ile Leu Asp Leu Trp Val Tyr His Thr Gln Gly Tyr Phe
            100                 105                 110
Pro Asp Trp Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Tyr Pro Leu
        115                 120                 125
Thr Phe Gly Trp Cys Phe Lys Leu Val Pro Val Asp Pro Arg Glu Val
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
    130                 135                 140
Glu Glu Ala Asn Lys Gly Glu Asn Asn Cys Leu Leu His Pro Met Ser
145                 150                 155                 160
Gln His Gly Met Glu Asp Ala Asp Arg Glu Val Leu Arg Trp Val Phe
                165                 170                 175
Asp Ser Ser Leu Ala Arg Arg His Leu Ala Arg Glu Lys His Pro Glu
            180                 185                 190
Tyr Tyr Lys Asp
        195
<210>  15
<211>  1009
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  15
ggatccgcgg ccgcaagctt gccaccatgg taggcatttc ctatggcagg aagaagcgga    60
gacagcgacg aagcactcct ccaagcagtg aggatcatca aaatcctata tcaaagcagc   120
ccttacccca aacccgaggg gacccgacag gctcggaaga atcgaagaag aaggtggaga   180
gcaagacaaa aacagatcca ttcgattgta aatactgcag ctatcattgt ctagtttgct   240
ttcagacaaa aggcttaggc atttcctatg gcaggaagaa gcggatggag ccaatagatc   300
ctaacctaga gccctggaac catccaggaa gtcaacctaa cactccttgt aataaatgct   360
attgtaaata ctgcagctat cattgtctag ttgtgggatg gcctgctgta agagaaagaa   420
taagaagaac tgagccagca gcagagggag taggaccagc atctcaagac ttagataaac   480
atggagcgct tacaagcagc aacacagccc acaataatcc tgactgtgcc tggctacaag   540
cacaagagga ggaagaagac gtaggttttc cagtcagacc tcaggtgcct ctaagaccaa   600
tgacttataa ggcagcattc gatctcagct tctttttaaa agaaaagggg ggactggaag   660
ggttaattca ctctaagaga agacaagaca ttcttgattt gtgggtctat cacacacaag   720
gctacttccc tgattggcaa aactacacgc cgggaccagg agtcagatac ccactgacct   780
ttggatggtg cttcaagcta gtgccagttg atccaaggga agtagaagag gccaacaaag   840
gagaaaacaa ctgtttgcta caccctatga gccagcatgg aatggaggat gcagacagag   900
aagtattaag atgggtgttt gacagcagtc tagcacgcag acacctggcc cgcgagaaac   960
atccggagta ttacaaagac taggaattct ctagagcggc cgcgtcgac               1009
<210>  15
<211>  318
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
<400>  16
Met Val Gly Ile Ser Tyr Gly Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser
1               5                   10                  15
Thr Pro Pro Ser Ser Glu Asp His Gln Asn Pro Ile Ser Lys Gln Pro
            20                  25                  30
Leu Pro Gln Thr Arg Gly Asp Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys
        35                  40                  45
Lys Val Glu Ser Lys Thr Lys Thr Asp Pro Phe Asp Cys Lys Tyr Cys
    50                  55                  60
Ser Tyr His Cys Leu Val Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser
65                  70                  75                  80
Tyr Gly Arg Lys Lys Arg Met Glu Pro Ile Asp Pro Asn Leu Glu Pro
                85                  90                  95
Trp Asn His Pro Gly Ser Gln Pro Asn Thr Pro Cys Asn Lys Cys Tyr
            100                 105                 110
Cys Lys Tyr Cys Ser Tyr His Cys Leu Val Val Gly Trp Pro Ala Val
        115                 120                 125
Arg Glu Arg Ile Arg Arg Thr Glu Pro Ala Ala Glu Gly Val Gly Pro
    130                 135                 140
Ala Sar Gln Asp Leu Asp Lys His Gly Ala Leu Thr Ser Ser Asn Thr
145                 150                 155                 160
Ala His Asn Asn Pro Asp Cys Ala Trp Leu Gln Ala Gln Glu Glu Glu
                165                 170                 175
Glu Asp Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln Val Pro Leu Arg Pro Met
            180                 185                 190
Thr Tyr Lys Ala Ala Phe Asp Leu Ser Phe Phe Leu Lys Glu Lys Gly
        195                 200                 205
Gly Leu Glu Gly Leu Ile His Ser Lys Arg Arg Gln Asp Ile Leu Asp
    2l0                 215                 220
Leu Trp Val Tyr His Thr Gln Gly Tyr Phe Pro Asp Trp Gln Asn Tyr
225                 230                 235                 240
Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Tyr Pro Leu Thr Phe Gly Trp Cys Phe
                245                 250                 255
Lys Leu Val Pro Val Asp Pro Arg Glu Val Glu Glu Ala Asn Lys Gly
            260                 265                 270
Glu Asn Asn Cys Leu Leu His Pro Met Ser Gln His Gly Met Glu Asp
        275                 280                 285
Ala Asp Arg Glu Val Leu Arg Trp Val Phe Asp Ser Ser Leu Ala Arg
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
    290                 295                 300
Arg His Leu Ala Arg Glu Lys His Pro Glu Tyr Tyr Lys Asp
305                 310                 315
<210>  17
<211>  1009
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  17
ggatccgcgg ccgcaagctt gccaccatgg tgggcatcag ctacggccgc aagaagcgcc    60
gccagcgccg cagcaccccg cccagcagcg aggaccacca gaaccccatc agcaagcagc   120
ccctgcccca gacccgcggc gaccccaccg gcagcgagga gagcaagaag aaggtggaga   180
gcaagaccaa gaccgacccc ttcgactgca agtactgcag ctaccactgt ctggtgtgct   240
tccagaccaa gggcctgggc atctcctacg ggcgcaagaa acggatggag cccatcgacc   300
ccaacctgga gccctggaac caccccggca gccagcccaa caccccctgc aacaagtgct   360
actgcaaata ctgctcctac cactgcctcg tggtgggctg gcccgccgtg cgcgagcgca   420
tccgccgcac cgagcccgcc gccgagggcg tgggccccgc cagccaggac ctggacaagc   480
acggcgccct gaccagcagc aacaccgccc acaacaaccc cgactgcgcc tggctgcagg   540
cccaggagga ggaggaggac gtgggcttcc ccgtgcgccc ccaggtgccc ctgcgcccca   600
tgacctacaa ggccgccttc gacctgagct tcttcctgaa ggagaagggc ggcctggagg   660
gcctgatcca cagcaagcgc cgccaggaca tcctggacct gtgggtgtac cacacccagg   720
gctacttccc cgactggcag aactacaccc ccggccccgg cgtgcgctac cccctgacct   780
tcggctggtg cttcaagctg gtgcccgtgg acccccgcga ggtggaggag gccaacaagg   840
gcgagaacaa ctgcctgctg caccccatga gccagcacgg catggaggac gccgaccgcg   900
aggtgctgcg ctgggtgttc gacagcagcc tggcccgccg ccacctggcc cgcgagaagc   960
accccgagta ctacaaggac tgagaattct ctagagcggc cgcgtcgac              1009
<210>  18
<211>  101
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  18
Met Glu Pro Val Asp Pro Asn Leu Glu Pro Trp Asn His Pro Gly Ser
1               5                   10                  15
Gln Pro Lys Thr Ala Cys Asn Lys Cys Tyr Cys Lys His Cys Ser Tyr
            20                  25                  30
His Cys Leu Val Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser Tyr Gly
        35                  40                  45
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser Ala Pro Pro Ser Ser Glu Asp
    50                  55                  60
His Gln Asn Leu Ile Ser Lys Gln Pro Leu Pro Gln Thr Arg Gly Asp
65                  70                  75                  80
Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys Lys Val Glu Ser Lys Thr Glu
                85                  90                  95
Thr Asp Pro Phe Asp
            100
<210>  19
<211>  207
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  19
Met Gly Gly Lys Trp Ser Lys Ser Ser Ile Val Gly Trp Pro Ala Val
1               5                   10                  15
Arg Glu Arg Ile Arg Arg Thr Glu Pro Ala Ala Glu Gly Val Gly Ala
            20                  25                  30
Ala Ser Gln Asp Leu Asp Lys His Gly Ala Leu Thr Ser Ser Asn Thr
        35                  40                  45
Ala His Asn Asn Ala Asp Cys Ala Trp Leu Gln Ala Gln Glu Glu Glu
    50                  55                  60
Glu Glu Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln Val Pro Leu Arg Pro Met
65                  70                  75                  80
Thr Tyr Lys Gly Ala Phe Asp Leu Ser Phe Phe Leu Lys Glu Lys Gly
                85                  90                  95
Gly Leu Glu Gly Leu Ile Tyr Ser Lys Lys Arg Gln Glu Ile Leu Asp
            100                 105                 110
Leu Trp Val Tyr His Thr Gln Gly Phe Phe Pro Asp Trp Gln Asn Tyr
        115                 120                 125
Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Tyr Pro Leu Thr Phe Gly Trp Cys Phe
    130                 135                 140
Lys Leu Val Pro Val Asp Pro Arg Glu Val Glu Glu Ala Asn Glu Gly
145                 150                 155                 160
Glu Asn Asn Cys Leu Leu His Pro Met Ser Gln His Gly Met Glu Asp
                165                 170                 175
Glu Asp Arg Glu Val Leu Lys Trp Lys Phe Asp Ser Ser Leu Ala Arg
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
            180                 185                 190
Arg His Met Ala Arg Glu Leu His Pro Glu Tyr Tyr Lys Asp Cys
        195                 200                 205
<210>  20
<211>  107
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  20
Met Ala Gly Arg Ser Gly Asp Ser Asp Glu Ala Leu Leu Gln Ala Val
1               5                   10                  15
Arg Ile Ile Lys Ile Leu Tyr Gln Ser Asn Pro Tyr Pro Lys Pro Glu
            20                  25                  30
Gly Thr Arg Gln Ala Arg Lys Asn Arg Arg Arg Arg Trp Arg Ala Arg
        35                  40                  45
Gln Arg Gln Ile His Ser Ile Ser Glu Arg Ile Leu Ser Thr Cys Leu
    50                  55                  60
Gly Arg Pro Ala Glu Pro Val Pro Leu Gln Leu Pro Pro Ile Glu Arg
65                  70                  75                  80
Leu His Ile Asp Cys Ser Glu Ser Ser Gly Thr Ser Gly Thr Gln Gln
                85                  90                  95
Ser Gln Gln Thr Thr Glu Gly Val Gly Ser Pro
            100                 105
<210>  21
<21l>  20
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  21
ggccgcagag ggaaccatac                                                20
<210>  22
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>   22
gccctgtctt attcttctag g                                              21
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
<210>  23
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  23
cctcaatatc cccatcactc t                                              21
<210>  24
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  24
tgccagcata gcagaatagg                                                20
<210>  25
<211>  24
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  25
ctatcaatgc tcctactcct aatc                                           24
<210>  26
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  26
gatagtagga ggcttgatag g                                              21
<210>  27
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  27
ggtgtactcg ctatagtg                                                  18
<210>  28
<211>  20
<212>  DNA
                                  PA134027-mrcuct2.ST25
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  28
ccttcagcta ctgctattgc                                                20
<210>  29
<211>  3687
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  29
aagcttgcca ccatggctgc tcgcgcatct atcctcagag gcgaaaagtt ggataagtgg    60
gaaaaaatca gactcaggcc aggaggtaaa aaacactaca tgctgaagca tatcgtgtgg   120
gcatctaggg agttggagag atttgcactg aaccccggac tgctggaaac ctcagagggc   180
tgtaagcaaa tcatgaaaca gctccaacca gccttgcaga ccggaacaga agagctgaag   240
tccctttaca ataccgtggc aaccctctat tgcgtccacg agaagatcga ggtgagagac   300
acaaaggagg ccctggacaa aatcgaggag gagcagaata agtgccagca gaagacccag   360
caggcaaagg ctgctgacgg aaaggtctct cagaactatc ctatcgttca gaaccttcag   420
gggcagatgg tgcaccaagc aatcagccct agaaccctga acgcatgggt gaaggtgatc   480
gaggagaaag ccttttctcc cgaggttatc cccatgttta ccgccctgag cgaaggcgcc   540
actcctcaag acctgaacac tatgctgaac acagtgggag gacaccaggc cgctatgcag   600
atgttgaagg ataccatcaa cgaggaggca gccgaatggg accgcctcca ccccgtgcac   660
gccggaccta tcgcccccgg acaaatgaga gaacctcgcg gaagtgatat tgccggtact   720
accagcaccc ttcaagagca gattgcttgg atgaccagca acccacccat cccagtgggc   780
gatatttaca aaaggtggat tattctgggg ctgaacaaaa ttgtgagaat gtactccccc   840
gtctccatcc tcgacatccg ccaaggaccc aaggagcctt ttagggatta cgtggacaga   900
ttcttcaaaa cccttagagc tgagcaagcc actcaggagg ttaagaactg gatgacagat   960
actctgctcg tgcaaaacgc taaccccgat tgcaaaacca tcttgagagc tctcggtcca  1020
ggtgccaccc ttgaggaaat gatgacagca tgtcaaggcg tgggaggacc tgggcacaag  1080
gccagagttc tcgctgaggc catgagccag acaaactcag gcaatatcat gatgcagagg  1140
agtaacttta agggtcccag gagaatcgtc aagtgcttca attgtggcaa ggagggtcac  1200
attgccagga actgccgcgc ccccaggaag aaaggctgct ggaagtgtgg caaagagggc  1260
caccagatga aggattgcac cgagcgccaa gcaaacttcc tgggaaagat ttggcccagt  1320
cataagggcc gccctggcga attctgcggc aagaaggcca tcggcaccgt gctggtgggc  1380
cccacccccg tgaacatcat cggccggaac atgctgaccc agctgggctg caccctgaac  1440
ttccccatca gccccatcga gaccgtgccc gtgaagctga agcccggcat ggacggcccc  1500
aaggtgaagc agtggcccct gaccgaggtg aagatcaagg ccctgaccgt catctgcgag  1560
gagatggaga aggagggcaa gatcaccaag atcggccccg agaaccccta caacaccccc  1620
atcttcgcca tcaagaagga ggacagcacc aagtggcgga agctggtgga cttccgggag  1680
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
ctgaacaagc ggacccagga cttctgggag gtgcagctgg gcatccccca ccccgccggc   1740
ctgaagaaga agaagagcgt gaccgtgctg gacgtgggcg acgcctactt cagcgtgccc   1800
ctggacgagg gcttccggaa gtacaccgcc ttcaccatcc ccagcatcaa caacgagacc   1860
cccggcatcc ggtaccagta caacgtgctg ccccagggct ggaagggcag ccccgccatc   1920
ttccaggcca gcatgaccaa gatcctggag cccttccggg ccaagaaccc cgagatcgtg   1980
atctaccagt acatggccgc cctgtacgtg ggcagcgacc tggagatcgg ccagcaccgg   2040
gccaagatcg aggagctgcg ggagcacctg ctgaagtggg gcttcaccac ccccgacaag   2100
aagcaccaga aggagccccc cttcctgtgg atgggctacg agctgcaccc cgacaagtgg   2160
accgtgcagc ccatccagct gcccgagaag gacagctgga ccgtgaacga catccagaag   2220
ctggtgggca agctgaactg gaccagccag atctaccccg gcatcaaggt gcggcagctg   2280
tgcaagctgc tgcggggcac caaggccctg accgacatcg tgcccctgac cgaggaggcc   2340
gagctggagc tggccgagaa ccgggagatc ctgaaggagc ccgtgcacgg cgtgtactac   2400
gaccccagca aggacctgat cgccgagatc cagaagcagg gcgacgacca gtggacctac   2460
cagatctacc aggagccctt caagaacctg aaaaccggca agtacgccaa gcggcggacc   2520
acccacacca acgacgtgaa gcagctgacc gaggccgtgc agaagatcag cctggagagc   2580
atcgtgacct ggggcaagac ccccaagttc cggctgccca tccagaagga gacctgggag   2640
atctggtgga ccgactactg gcaggccacc tggatccccg agtgggagtt cgtgaacagc   2700
ggccgcaagc ttgccaccat ggtgggcatc agctacggcc gcaagaagcg ccgccagcgc   2760
cgcagcaccc cgcccagcag cgaggaccac cagaacccca tcagcaagca gcccctgccc   2820
cagacccgcg gcgaccccac cggcagcgag gagagcaaga agaaggtgga gagcaagacc   2880
aagaccgacc ccttcgactg caagtactgc agctaccact gtctggtgtg cttccagacc   2940
aagggcctgg gcatctccta cgggcgcaag aaacggatgg agcccatcga ccccaacctg   3000
gagccctgga accaccccgg cagccagccc aacaccccct gcaacaagtg ctactgcaaa   3060
tactgctcct accactgcct cgtggtgggc tggcccgccg tgcgcgagcg catccgccgc   3120
accgagcccg ccgccgaggg cgtgggcccc gccagccagg acctggacaa gcacggcgcc   3180
ctgaccagca gcaacaccgc ccacaacaac cccgactgcg cctggctgca ggcccaggag   3240
gaggaggagg acgtgggctt ccccgtgcgc ccccaggtgc ccctgcgccc catgacctac   3300
aaggccgcct tcgacctgag cttcttcctg aaggagaagg gcggcctgga gggcctgatc   3360
cacagcaagc gccgccagga catcctggac ctgtgggtgt accacaccca gggctacttc   3420
cccgactggc agaactacac ccccggcccc ggcgtgcgct accccctgac cttcggctgg   3480
tgcttcaagc tggtgcccgt ggacccccgc gaggtggagg aggccaacaa gggcgagaac   3540
aactgcctgc tgcaccccat gagccagcac ggcatggagg acgccgaccg cgaggtgctg   3600
cgctgggtgt tcgacagcag cctggcccgc cgccacctgg cccgcgagaa gcaccccgag   3660
tactacaagg actgagaatt ctctaga                                       3687
<210>  30
<211>  1228
<212>  PRT
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
   <213>  Human immunodeficiency virus type 1
   <400>  30
Lys Leu Ala Thr Met Ala Ala Arg Ala Ser Ile Leu Arg Gly Glu Lys
1               5                   10                  15
Leu Asp Lys Trp Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys His
            20                  25                  30
Tyr Met Leu Lys His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe
        35                  40                  45
Ala Leu Asn Pro Gly Leu Leu Glu Thr Ser Glu Gly Cys Lys Gln Ile
    50                  55                  60
Met Lys Gln Leu Gln Pro Ala Leu Gln Thr Gly Thr Glu Glu Leu Lys
65                  70                  75                  80
Ser Leu Tyr Asn Thr Val Ala Thr Leu Tyr Cys Val His Glu Lys Ile
                85                  90                  95
Glu Val Arg Asp Thr Lys Glu Ala Leu Asp Lys Ile Glu Glu Glu Gln
            100                 105                 110
Asn Lys Cys Gln Gln Lys Thr Gln Gln Ala Lys Ala Ala Asp Gly Lys
        115                 120                 125
Val Ser Gln Asn Tyr Pro Ile Val Gln Asn Leu Gln Gly Gln Met Val
    130                 135                 140
His Gln Ala Ile Ser Pro Arg Thr Leu Asn Ala Trp Val Lys Val Ile
145                 150                 155                 160
Glu Glu Lys Ala Phe Ser Pro Glu Val Ile Pro Met Phe Thr Ala Leu
                165                 170                 175
Ser Glu Gly Ala Thr Pro Gln Asp Leu Asn Thr Met Leu Asn Thr Val
            180                 185                 190
Gly Gly His Gln Ala Ala Met Gln Met Leu Lys Asp Thr Ile Asn Glu
        195                 200                 205
Glu Ala Ala Glu Trp Asp Arg Leu His Pro Val His Ala Gly Pro Ile
    210                 215                 220
Ala Pro Gly Gln Met Arg Glu Pro Arg Gly Ser Asp Ile Ala Gly Thr
225                 230                 235                 240
Thr Ser Thr Leu Gln Glu Gln Ile Ala Trp Met Thr Ser Asn Pro Pro
                245                 250                 255
Ile Pro Val Gly Asp Ile Tyr Lys Arg Trp Ile Ile Leu Gly Leu Asn
            260                 265                 270
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Lys Ile Val Arg Met Tyr Ser Pro Val Ser Ile Leu Asp Ile Arg Gln
        275                 280                 285
Gly Pro Lys Glu Pro Phe Arg Asp Tyr Val Asp Arg Phe Phe Lys Thr
    290                 295                 300
Leu Arg Ala Glu Gln Ala Thr Gln Glu Val Lys Asn Trp Met Thr Asp
305                 310                 315                 320
Thr Leu Leu Val Gln Asn Ala Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Arg
                325                 330                 335
Ala Leu Gly Pro Gly Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr Ala Cys Gln
            340                 345                 350
Gly Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met
        355                 360                 365
Ser Gln Thr Asn Ser Gly Asn Ile Met Met Gln Arg Ser Asn Phe Lys
    370                 375                 380
Gly Pro Arg Arg Ile Val Lys Cys Phe Asn Cys Gly Lys Glu Gly His
385                 390                 395                 400
Ile Ala Arg Asn Cys Arg Ala Pro Arg Lys Lys Gly Cys Trp Lys Cys
                405                 410                 415
Gly Lys Glu Gly His Gln Met Lys Asp Cys Thr Glu Arg Gln Ala Asn
            420                 425                 430
Phe Leu Gly Lys Ile Trp Pro Ser His Lys Gly Arg Pro Gly Glu Phe
        435                 440                 445
Cys Gly Lys Lys Ala Ile Gly Thr Val Leu Val Gly Pro Thr Pro Val
    450                 455                 460
Asn Ile Ile Gly Arg Asn Met Leu Thr Gln Leu Gly Cys Thr Leu Asn
465                 470                 475                 480
Phe Pro Ile Ser Pro Ile Glu Thr Val Pro Val Lys Leu Lys Pro Gly
                485                 490                 495
Met Asp Gly Pro Lys Val Lys Gln Trp Pro Leu Thr Glu Val Lys Ile
            500                 505                 510
Lys Ala Leu Thr Ala Ile Cys Glu Glu Met Glu Lys Glu Gly Lys Ile
        515                 520                 525
Thr Lys Ile Gly Pro Glu Asn Pro Tyr Asn Thr Pro Ile Phe Ala Ile
    530                 535                 540
Lys Lys Glu Asp Ser Thr Lys Trp Arg Lys Leu Val Asp Phe Arg Glu
545                 550                 555                 560
Leu Asn Lys Arg Thr Gln Asp Phe Trp Glu Val Gln Leu Gly Ile Pro
                565                 570                 575
                                  PA134027-mrcuct2.ST25
His Pro Ala Gly Leu Lys Lys Lys Lys Ser Val Thr Val Leu Asp Val
            580                 585                 590
Gly Asp Ala Tyr Phe Ser Val Pro Leu Asp Glu Gly Phe Arg Lys Tyr
        595                 600                 605
Thr Ala Phe Thr Ile Pro Ser Ile Asn Asn Glu Thr Pro Gly Ile Arg
    610                 615                 620
Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile
625                 630                 635                 640
Phe Gln Ala Ser Met Thr Lys Ile Leu Glu Pro Phe Arg Ala Lys Asn
                645                 650                 655
Pro Glu Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Met Ala Ala Leu Tyr Val Gly Ser
            660                 665                 670
Asp Leu Glu Ile Gly Gln His Arg Ala Lys Ile Glu Glu Leu Arg Glu
        675                 680                 685
His Leu Leu Lys Trp Gly Phe Thr Thr Pro Asp Lys Lys His Gln Lys
    690                 695                 700
Glu Pro Pro Phe Leu Trp Met Gly Tyr Glu Leu His Pro Asp Lys Trp
705                 710                 715                 720
Thr Val Gln Pro Ile Gln Leu Pro Glu Lys Asp Ser Trp Thr Val Asn
                725                 730                 735
Asp Ile Gln Lys Leu Val Gly Lys Leu Asn Trp Thr Ser Gln Ile Tyr
            740                 745                 750
Pro Gly Ile Lys Val Arg Gln Leu Cys Lys Leu Leu Arg Gly Thr Lys
        755                 760                 765
Ala Leu Thr Asp Ile Val Pro Leu Thr Glu Glu Ala Glu Leu Glu Leu
    770                 775                 780
Ala Glu Asn Arg Glu Ile Leu Lys Glu Pro Val His Gly Val Tyr Tyr
785                 790                 795                 800
Asp Pro Ser Lys Asp Leu Ile Ala Glu Ile Gln Lys Gln Gly Asp Asp
                805                 810                 815
Gln Trp Thr Tyr Gln Ile Tyr Gln Glu Pro Phe Lys Asn Leu Lys Thr
            820                 825                 830
Gly Lys Tyr Ala Lys Arg Arg Thr Thr His Thr Asn Asp Val Lys Gln
        835                 840                 845
Leu Thr Glu Ala Val Gln Lys Ile Ser Leu Glu Ser Ile Val Thr Trp
    850                 855                 860
Gly Lys Thr Pro Lys Phe Arg Leu Pro Ile Gln Lys Glu Thr Trp Glu
865                 870                 875                 880
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
Ile Trp Trp Thr Asp Tyr Trp Gln Ala Thr Trp Ile Pro Glu Trp Glu
                885                 890                 895
Phe Val Asn Ser Gly Arg Lys Leu Ala Thr Met Val Gly Ile Ser Tyr
            900                 905                 910
Gly Arg Lys Lys Arg Arg Gln Arg Arg Ser Thr Pro Pro Ser Ser Glu
        9l5                 920                 925
Asp His Gln Asn Pro Ile Ser Lys Gln Pro Leu Pro Gln Thr Arg Gly
   930                 935                 940
Asp Pro Thr Gly Ser Glu Glu Ser Lys Lys Lys Val Glu Ser Lys Thr
945                 950                 955                 960
Lys Thr Asp Pro Phe Asp Cys Lys Tyr Cys Ser Tyr His Cys Leu Val
                965                 970                 975
Cys Phe Gln Thr Lys Gly Leu Gly Ile Ser Tyr Gly Arg Lys Lys Arg
            980                 985                 990
Met Glu Pro Ile Asp Pro Asn Leu Glu Pro Trp Asn His Pro Gly Ser
        995                 1000                1005
Gln Pro Asn Thr Pro Cys Asn Lys Cys Tyr Cys Lys Tyr Cys Ser
    1010                1015                1020
Tyr His Cys Leu Val Val Gly Trp Pro Ala Val Arg Glu Arg Ile
    1025                1030                1035
Arg Arg Thr Glu Pro Ala Ala Glu Gly Val Gly Pro Ala Ser Gln
    1040                1045                1050
Asp Leu Asp Lys His Gly Ala Leu Thr Ser Ser Asn Thr Ala His
    1055                1060                1065
Asn Asn Pro Asp Cys Ala Trp Leu Gln Ala Gln Glu Glu Glu Glu
    1070                1075                1080
Asp Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln Val Pro Leu Arg Pro Met
    1085                1090                1095
Thr Tyr Lys Ala Ala Phe Asp Leu Ser Phe Phe Leu Lys Glu Lys
    1100                1105                1110
Gly Gly Leu Glu Gly Leu Ile His Ser Lys Arg Arg Gln Asp Ile
    1115                1120                1125
Leu Asp Leu Trp Val Tyr His Thr Gln Gly Tyr Phe Pro Asp Trp
    1130                1135                1140
Gln Asn Tyr Thr Pro Gly Pro Gly Val Arg Tyr Pro Leu Thr Phe
    1145                1150                1155
Gly Trp Cys Phe Lys Leu Val Pro Val Asp Pro Arg Glu Val Glu
                                  PA134027-mrcuct2.ST25
    1160                1165                1170
Glu Ala Asn Lys Gly Glu Asn Asn Cys Leu Leu His Pro Met Ser
    1175                1180                1185
Gln His Gly Met Glu Asp Ala Asp Arg Glu Val Leu Arg Trp Val
    1190                1195                1200
Phe Asp Ser Ser Leu Ala Arg Arg His Leu Ala Arg Glu Lys His
    1205                1210                1215
Pro Glu Tyr Tyr Lys Asp Glu Phe Ser Arg
    1220                1225
<210>  31
<211>  1326
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  31
atggctgctc gcgcatctat cctcagaggc gaaaagttgg ataagtggga aaaaatcaga    60
ctcaggccag gaggtaaaaa acactacatg ctgaagcata tcgtgtgggc atctagggag   120
ttggagagat ttgcactgaa ccccggactg ctggaaacct cagagggctg taagcaaatc   180
atgaaacagc tccaaccagc cttgcagacc ggaacagaag agctgaagtc cctttacaat   240
accgtggcaa ccctctattg cgtccacgag aagatcgagg tgagagacac aaaggaggcc   300
ctggacaaaa tcgaggagga gcagaataag tgccagcaga agacccagca ggcaaaggct   360
gctgacggaa aggtctctca gaactatcct atcgttcaga accttcaggg gcagatggtg   420
caccaagcaa tcagccctag aaccctgaac gcatgggtga aggtgatcga ggagaaagcc   480
ttttctcctg aggttatccc catgtttacc gccctgagcg aaggcgccac tcctcaagac   540
ctgaacacta tgctgaacac agtgggagga caccaggccg ctatgcagat gttgaaggat   600
accatcaacg aggaggcagc cgaatgggac cgcctccacc ccgtgcacgc cggacctatc   660
gcccccggac aaatgagaga acctcgcgga agtgatattg ccggtactac cagcaccctt   720
caagagcaga ttgcttggat gaccagcaac ccacccatcc cagtgggcga tatttacaaa   780
aggtggatta ttctggggct gaacaaaatt gtgagaatgt actcccccgt ctccatcctc   840
gacatccgcc aaggacccaa ggagcctttt agggattacg tggacagatt cttcaaaacc   900
cttagagctg agcaagccac tcaggaggtt aagaactgga tgacagatac tctgctcgtg   960
caaaacgcta accccgattg caaaaccatc ttgagagctc tcggtccagg tgccaccctt  1020
gaggaaatga tgacagcatg tcaaggcgtg ggaggacctg ggcacaaggc cagagttccc  1080
gctgaggcca tgagccagac aaactcaggc aatatcatga tgcagaggag taactttaag  1140
ggtcccagga gaatcgtcaa gtgcttcaat tgtggcaagg agggtcacat tgccaggaac  1200
tgccgcgccc ccaggaagaa aggctgctgg aagtgtggca aagagggcca ccagatgaag  1260
gattgcaccg agcgccaagc aaacttcctg ggaaagattt ggcccagtca taagggccgc  1320
cctggc                                                             1326
                                      PA134027-mrcuct2.ST25
<210>  32
<211>  442
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  32
Met Ala Ala Arg Ala Ser Ile Leu Arg Gly Glu Lys Leu Asp Lys Trp
1               5                   10                  15
Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys His Tyr Met Leu Lys
            20                  25                  30
His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Leu Asn Pro
        35                  40                  45
Gly Leu Leu Glu Thr Ser Glu Gly Cys Lys Gln Ile Met Lys Gln Leu
    50                  55                  60
Gln Pro Ala Leu Gln Thr Gly Thr Glu Glu Leu Lys Ser Leu Tyr Asn
65                  70                  75                  80
Thr Val Ala Thr Leu Tyr Cys Val His Glu Lys Ile Glu Val Arg Asp
                85                  90                  95
Thr Lys Glu Ala Leu Asp Lys Ile Glu Glu Glu Gln Asn Lys Cys Gln
            100                 105                 110
Gln Lys Thr Gln Gln Ala Lys Ala Ala Asp Gly Lys Val Ser Gln Asn
        115                 120                 125
Tyr Pro Ile Val Gln Asn Leu Gln Gly Gln Met Val His Gln Ala Ile
    130                 135                 140
Ser Pro Arg Thr Leu Asn Ala Trp Val Lys Val Ile Glu Glu Lys Ala
145                 150                 155                 160
Phe Ser Pro Glu Val Ile Pro Met Phe Thr Ala Leu Ser Glu Gly Ala
                165                 170                 175
Thr Pro Gln Asp Leu Asn Thr Met Leu Asn Thr Val Gly Gly His Gln
            180                 185                 190
Ala Ala Met Gln Met Leu Lys Asp Thr Ile Asn Glu Glu Ala Ala Glu
        195                 200                 205
Trp Asp Arg Leu His Pro Val His Ala Gly Pro Ile Ala Pro Gly Gln
    210                 215                 220
Met Arg Glu Pro Arg Gly Ser Asp Ile Ala Gly Thr Thr Ser Thr Leu
225                 230                 235                 240
Gln Glu Gln Ile Ala Trp Met Thr Ser Asn Pro Pro Ile Pro Val Gly
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
                245                 250                 255
Asp Ile Tyr Lys Arg Trp Ile Ile Leu Gly Leu Asn Lys Ile Val Arg
            260                 265                 270
Met Tyr Ser Pro Val Ser Ile Leu Asp Ile Arg Gln Gly Pro Lys Glu
        275                 280                 285
Pro Phe Arg Asp Tyr Val Asp Arg Phe Phe Lys Thr Leu Arg Ala Glu
    290                 295                 300
Gln Ala Thr Gln Glu Val Lys Asn Trp Met Thr Asp Thr Leu Leu Val
305                 310                 315                 320
Gln Asn Ala Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Arg Ala Leu Gly Pro
                325                 330                 335
Gly Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly
            340                 345                 350
Pro Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn
        355                 360                 365
Ser Gly Asn Ile Met Met Gln Arg Ser Asn Phe Lys Gly Pro Arg Arg
    370                 375                 380
Ile Val Lys Cys Phe Asn Cys Gly Lys Glu Gly His Ile Ala Arg Asn
385                 390                 395                 400
Cys Arg Ala Pro Arg Lys Lys Gly Cys Trp Lys Cys Gly Lys Glu Gly
                405                 410                 415
His Gln Met Lys Asp Cys Thr Glu Arg Gln Ala Asn Phe Leu Gly Lys
            420                 425                 430
Ile Trp Pro Ser His Lys Gly Arg Pro Gly
        435                     440
<210>  33
<211>  1397
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  33
gggaaagatt tggcccagtc ataagggccg ccctggcgaa ttctgcggca agaaggccat    60
cggcaccgtg ctggtgggcc ccacccccgt gaacatcatc ggccggaaca tgctgaccca   120
gctgggctgc accctgaact tccccatcag ccccatcgag accgtgcccg tgaagctgaa   180
gcccggcatg gacggcccca aggtgaagca gtggcccctg accgaggtga agatcaaggc   240
cctgaccgcc atctgcgagg agatggagaa ggagggcaag atcaccaaga tcggccccga   300
gaacccctac aacaccccca tcttcgccat caagaaggag gacagcatca agtggcggaa   360
gctggtggac ttccgggagc tgaacaagcg gacccaggac ttctgggagg tgcagctggg   420
                                        PA134027-mrcuct2.ST25
tatcccccac cccgccggcc tgaagaagaa gaagagcgtg accgtgctgg acgtgggcga   480
cgcctacttc agcgtgcccc tggacgaggg cttccggaag tacaccgcct tcaccatccc   540
cagcatcaac aacgagaccc ccggcatccg gtaccagtac aacgtgctgc cccagggctg   600
gaagggcagc cccgccatct tccaggccag catgaccaag atcctggagc ccttccgggc   660
caagaacccc gagatcgtga tctaccagta catggccgcc ctgtacgtgg gcagcgacct   720
ggagatcggc cagcaccggg ccaagatcga ggagctgcgg gagcacctgc tgaagtgggg   780
cttcaccacc cccgacaaga agcaccagaa ggagcccccc ttcctgtgga tgggctacga   840
gctgcacccc gacaagtgga ccgtgcagcc catccagctg cccgagaagg acagctggac   900
cgtgaacgac atccagaagc tggtgggcaa gctgaactgg accagccaga tctaccccgg   960
catcaaggtg cggcagctgt gcaagctgct gcggggcacc aaggccctga ccgacatcgt  1020
gcccctgacc gaggaggccg agctggagct ggccgagaac cgggagatcc tgaaggagcc  1080
cgtgcacggc gtgtactacg accccagcaa ggacctgatc gccgagatcc agaagcaggg  1140
cgacgaccag tggacctacc agatctacca ggagcccttc aagaacctga aaaccggcaa  1200
gtacgccaag cggcggacca cccacaccaa cgacgtgaag cagctgaccg aggccgtgca  1260
gaagatcagc ctggagagca tcgtgacctg gggcaagacc cccaagttcc ggctgcccat  1320
ccagaaggag acctgggaga tctggtggac cgactactgg caggccacct ggatccccga  1380
gtgggagttc gtgaaca                                                 1397
<210>  34
<211>  451
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  34
Cys Gly Lys Lys Ala Ile Gly Thr Val Leu Val Gly Pro Thr Pro Val
1               5                   10                  15
Asn Ile Ile Gly Arg Asn Met Leu Thr Gln Leu Gly Cys Thr Leu Asn
            20                  25                  30
Phe Pro Ile Ser Pro Ile Glu Thr Val Pro Val Lys Leu Lys Pro Gly
        35                  40                  45
Met Asp Gly Pro Lys Val Lys Gln Trp Pro Leu Thr Glu Val Lys Ile
    50                  55                  60
Lys Ala Leu Thr Ala Ile Cys Glu Glu Met Glu Lys Glu Gly Lys Ile
65                  70                  75                  80
Thr Lys Ile Gly Pro Glu Asn Pro Tyr Asn Thr Pro Ile Phe Ala Ile
                85                  90                  95
Lys Lys Glu Asp Ser Thr Lys Trp Arg Lys Leu Val Asp Phe Arg Glu
            100                 105                 110
                                      PA134027-mrcuct2.ST25
Leu Asn Lys Arg Thr Gln Asp Phe Trp Glu Val Gln Leu Gly Ile Pro
        115                 120                 125
His Pro Ala Gly Leu Lys Lys Lys Lys Ser Val Thr Val Leu Asp Val
    130                 135                 140
Gly Asp Ala Tyr Phe Ser Val Pro Leu Asp Glu Gly Phe Arg Lys Tyr
145                 150                 155                 160
Thr Ala Phe Thr Ile Pro Ser Ile Asn Asn Glu Thr Pro Gly Ile Arg
                165                 170                 175
Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile
            180                 185                 190
Phe Gln Ala Ser Met Thr Lys Ile Leu Glu Pro Phe Arg Ala Lys Asn
        195                 200                 205
Pro Glu Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Met Ala Ala Leu Tyr Val Gly Ser
    210                 215                 220
Asp Leu Glu Ile Gly Gln His Arg Ala Lys Ile Glu Glu Leu Arg Glu
225                 230                 235                 240
His Leu Leu Lys Trp Gly Phe Thr Thr Pro Asp Lys Lys His Gln Lys
                245                 250                 255
Glu Pro Pro Phe Leu Trp Met Gly Tyr Glu Leu His Pro Asp Lys Trp
            260                 265                 270
Thr Val Gln Pro Ile Gln Leu Pro Glu Lys Asp Ser Trp Thr Val Asn
        275                 280                 285
Asp Ile Gln Lys Leu Val Gly Lys Leu Asn Trp Thr Ser Gln Ile Tyr
    290                 295                 300
Pro Gly Ile Lys Val Arg Gln Leu Cys Lys Leu Leu Arg Gly Thr Lys
305                 310                 315                 320
Ala Leu Thr Asp Ile Val Pro Leu Thr Glu Glu Ala Glu Leu Glu Leu
                325                 330                 335
Ala Glu Asn Arg Glu Ile Leu Lys Glu Pro Val His Gly Val Tyr Tyr
            340                 345                 350
Asp Pro Ser Lys Asp Leu Ile Ala Glu Ile Gln Lys Gln Gly Asp Asp
        355                 360                 365
Gln Trp Thr Tyr Gln Ile Tyr Gln Glu Pro Phe Lys Asn Leu Lys Thr
    370                 375                 380
Gly Lys Tyr Ala Lys Arg Arg Thr Thr His Thr Asn Asp Val Lys Gln
385                 390                 395                 400
Leu Thr Glu Ala Val Gln Lys Ile Ser Leu Glu Ser Ile Val Thr Trp
                405                 410                 415
                                         PA134027-mrcuct2.ST25
Gly Lys Thr Pro Lys Phe Arg Leu Pro Ile Gln Lys Glu Thr Trp Glu
            420                 425                 430
Ile Trp Trp Thr Asp Tyr Trp Gln Ala Thr Trp Ile Pro Glu Trp Glu
        435                 440                 445
Phe Val Asn
    450
<210>  35
<211>  1479
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  35
atgggtgcga gagcgtcaat attaagaggg gaaaaattag ataaatggga aaaaattagg    60
ttaaggccag ggggaaagaa acattatatg ttaaaacaca tagtatgggc aagcagggag   120
ctggaaagat ttgcacttaa ccctggcctt ttagaaacat cagaaggatg taaacaaata   180
atgaaacagc tacaaccagc tctccagaca ggaacagagg aacttaaatc attatacaac   240
acagtagcaa ctctctattg tgtacatgaa aagatagaag tacgagacac caaggaagcc   300
ttagataaga tagaggaaga acaaaacaaa tgtcagcaaa aaacgcagca ggcaaaagcg   360
gctgacggga aagtcagtca aaattatcct atagtgcaga atctccaagg gcaaatggta   420
catcaagcca tatcacctag aaccttgaat gcatgggtaa aagtaataga agaaaaggct   480
tttagcccag aggtaatacc catgtttaca gcattatcag aaggagccac cccacaagat   540
ttaaacacca tgttaaatac agtgggggga catcaagcag ccatgcaaat gttaaaagat   600
actattaatg aagaggctgc agaatgggat agagtacatc cagtccatgc ggggcctatt   660
gcaccaggcc agatgagaga accaagggga agtgacatag caggaactac tagtaccctt   720
caggaacaaa tagcatggat gacaagtaac ccacctattc cagtgggaga catctataaa   780
agatggataa ttctggggtt aaataaaata gtgagaatgt atagcccggt cagcattttg   840
gacataagac aagggccaaa ggaacccttt cgagactatg tagatcggtt ctttaaaact   900
ttaagagctg aacaagctac acaagaagta aaaaattgga tgacagacac cttgttagtc   960
caaaatgcga acccagattg taagaccatt ttgagagcat taggaccagg ggctacatta  1020
gaagaaatga tgacagcatg tcaaggggtg ggaggacctg gtcacaaagc aagagtattg  1080
gctgaggcaa tgagtcaagc aaacagtgga aacataatga tgcagagaag caattttaaa  1140
ggccctagaa gaattgttaa atgttttaac tgtggcaagg aagggcacat agccagaaat  1200
tgcagagccc ctaggaaaaa aggctgttgg aaatgtggaa aggaaggaca ccaaatgaaa  1260
gactgtactg aaaggcaggc taatttttta gggaaaattt ggccttccca caaggggagg  1320
ccagggaatt tccttcagaa cagaccagag ccaacagccc caccagcaga gagcttcagg  1380
ttcgaagaga caacccccgc tccgaaacag gagccgatag aaagggaacc cttaacttcc  1440
ctcaaatcac tctttggcag cgaccccttg tctcaataa                         1479
                                          PA134027-mrcuct2.ST25
<210>  36
<211>  492
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  36
Met Gly Ala Arg Ala Ser Ile Leu Arg Gly Glu Lys Leu Asp Lys Trp
1               5                   10                  15
Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys His Tyn Met Leu Lys
            20                  25                  30
His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Leu Asn Pro
        35                  40                  45
Gly Leu Leu Glu Thr Ser Glu Gly Cys Lys Gln Ile Met Lys Gln Leu
    50                  55                  60
Gln Pro Ala Leu Gln Thr Gly Thr Glu Glu Leu Lys Ser Leu Tyr Asn
65                  70                  75                  80
Thr Val Ala Thr Leu Tyr Cys Val His Glu Lys Ile Glu Val Arg Asp
                85                  90                  95
Thr Lys Glu Ala Leu Asp Lys Ile Glu Glu Glu Gln Asn Lys Cys Gln
            100                 105                 110
Gln Lys Thr Gln Gln Ala Lys Ala Ala Asp Gly Lys Val Ser Gln Asn
        115                 120                 125
Tyr Pro Ile Val Gln Asn Leu Gln Gly Gln Met Val His Gln Ala Ile
    130                 135                 140
Ser Pro Arg Thr Leu Asn Ala Trp Val Lys Val Ile Glu Glu Lys Ala
145                 150                 155                 160
Phe Ser Pro Glu Val Ile Pro Met Phe Thr Ala Leu Ser Glu Gly Ala
                165                 170                 175
Thr Pro Gln Asp Leu Asn Thr Met Leu Asn Thr Val Gly Gly His Gln
            180                 185                 190
Ala Ala Met Gln Met Leu Lys Asp Thr Ile Asn Glu Glu Ala Ala Glu
        195                 200                 205
Trp Asp Arg Val His Pro Val His Ala Gly Pro Ile Ala Pro Gly Gln
    210                 215                 220
Met Arg Glu Pro Arg Gly Ser Asp Ile Ala Gly Thr Thr Ser Thr Leu
225                 230                 235                 240
Gln Glu Gln Ile Ala Trp Met Thr Ser Asn Pro Pro Ile Pro Val Gly
                245                 250                 255
                                      PA134027-mrcuct2.ST25
Asp Ile Tyr Lys Arg Trp Ile Ile Leu Gly Leu Asn Lys Ile Val Arg
            260                 265                 270
Met Tyr Ser Pro Val Ser Ile Leu Asp Ile Arg Gln Gly Pro Lys Glu
        275                 280                 285
Pro Phe Arg Asp Tyr Val Asp Arg Phe Phe Lys Thr Leu Arg Ala Glu
    290                 295                 300
Gln Ala Thr Gln Glu Val Lys Asn Trp Met Thr Asp Thr Leu Leu Val
305                 310                 315                 320
Gln Asn Ala Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Arg Ala Leu Gly Pro
                325                 330                 335
Gly Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly
            340                 345                 350
Pro Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn
        355                 360                 365
Ser Gly Asn Ile Met Met Gln Arg Ser Asn Phe Lys Gly Pro Arg Arg
    370                 375                 380
Ile Val Lys Cys Phe Asn Cys Gly Lys Glu Gly His Ile Ala Arg Asn
385                 390                 395                 400
Cys Arg Ala Pro Arg Lys Lys Gly Cys Trp Lys Cys Gly Lys Glu Gly
                405                 410                 415
His Gln Met Lys Asp Cys Thr Glu Arg Gln Ala Asn Phe Leu Gly Lys
            420                 425                 430
Ile Trp Pro Ser His Lys Gly Arg Pro Gly Asn Phe Leu Gln Asn Arg
        435                 440                 445
Pro Glu Pro Thr Ala Pro Pro Ala Glu Ser Phe Arg Phe Glu Glu Thr
    450                 455                 460
Thr Pro Ala Pro Lys Gln Glu Pro Ile Glu Arg Glu Pro Leu Thr Ser
465                 470                 475                 480
Leu Lys Ser Leu Phe Gly Ser Asp Pro Leu Ser Gln
                485                 490
<210>  37
<211>  2997
<212>  DNA
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  37
tttagggaaa atttggcctt cccacaaggg gaggccaggg aatttccttc agaacagacc    60
                                    PA134027-mrcuct2.ST25
agagccaaca gccccaccag cagagagctt caggttcgaa gaaacaaccc ccgctccgaa     120
acaggagccg agagaaaggg aacccttaac ttccctcaaa tcactctttg gcagcgaccc     180
cttgtctcaa taaaaatagg gggccagaca agggaggctc tcttagacac aggagcagat     240
gatacagtat tagaagacat aaatttgcca ggaaaatgga aaccaaaaat gataggagga     300
attggaggtt ttatcaaagt aagacagtat gatcaaatac ttatagaaat ttgtggaaaa     360
aaggctatag gtacagtatt agtagggcct acacctgtca acataattgg cagaaacatg     420
ttgactcagc ttggatgcac actaaacttt ccaatcagtc ccattgaaac tgtaccagta     480
aaactgaagc caggaatgga tggcccaaag gttaaacaat ggccgttaac agaagagaaa     540
ataaaagcat taacagcaat ttgtgaagaa atggaaaagg aaggaaaaat tacaaaaatt     600
gggcctgaaa atccatataa cactccaata tttgccataa aaaagaaaga cagcactaag     660
tggagaaaat tagtagattt cagggaactc aataaaagaa ctcaagactt ttgggaggtt     720
caattaggaa taccacaccc agcagggtta aaaaagaaaa aatcagtgac agtactggat     780
gtgggagatg catatttttc agttccttta gatgaaggct tcaggaaata tactgcattc     840
accataccta gtataaacaa tgaaacacca gggattagat atcaatataa tgtgcttcca     900
caaggatgga aagggtcacc agcaatattc cagggtagca tgacaaaaat cttagagccc     960
tttagagctc aaaatccaga aatagtcatc tatcaatata tggatgactt gtatgtagga    1020
tctgacttag aaatagggca acatagagca aaaatagaag agttaagaga acatctatta    1080
aagtggggat ttaccacacc agacaaaaaa catcagaaag aacccccatt tctttggatg    1140
gggtatgaac tccatcctga caaatggaca gtacagccta tacagctgcc agaaaaggat    1200
agctggactg tcaatgatat acagaagtta gtgggaaaat taaactgggc aagtcagatt    1260
tacccaggga ttaaagtaag gcaactttgt aagctcctta gggggaccaa agcactaaca    1320
gacatagtac cactaactga agaagcagaa ttagaattgg cagagaacag ggaaattcta    1380
aaagaaccag tgcatggagt atattatgac ccatcaaaag acttgatagc tgaaatacag    1440
aaacaggggg atgaccaatg gacatatcaa atttaccaag aaccattcaa aaacctgaag    1500
acaggaaagt atgcaaaaag gaggactacc cacactaatg atgtaaaaca gttaacagag    1560
gcagtgcaaa aaatatcctt ggaaagcata gtaatatggg gaaagactcc taaatttaga    1620
ctacccatcc aaaaagaaac atgggaaata tggtggacag actattggca agccacatgg    1680
attcctgagt gggagtttgt taatacccct cccctagtaa aactatggta ccagctagaa    1740
aaagaaccca tagcaggagc agaaactttc tatgtagatg gagcagctaa tagggaaact    1800
aaaataggaa aagcggggta tgttactgac agaggaaggc agaaaattgt aactctaagt    1860
gaaacaacaa atcagaagac tgaattacaa gcaattcagc tagctttgca agattcagaa    1920
tcagaagtaa acataataac agactcacag tacgcattag gaatcattca agcacaacca    1980
gataggagtg aatcagagtt ggtcaatcaa ataatagaac aattaataaa aaaggaaagg    2040
gtctatctgt catgggtacc agcacacaac ggacttgcag gaaatgaaca tgtagataaa    2100
ttagtaagta ggggaatcag gaaagtgctg gttctagatg gaatagataa ggctcatgaa    2160
gagcatgaaa agtatcacag caattggaga gcaatggcta gtgagtttaa tctgccaccc    2220
gtagtagcaa gagaaatagt agccagctgt gataaatgtc agctaaaagg ggaagccata    2280
catggacaag tagattgtag tccggggata tggcaattag attgtacaca tttagaagga    2340
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
aaaatcatcc tggtagcagt ccatgtagcc agtggctaca tagaagcaga ggttatccca   2400
gcagaaacag gacaagaaac agcatactat atactaaaat tagcaggaag atggccagtc   2460
aaagtaatac atacagacaa tggcagtaat ttcaccagtg ctgcagttaa ggcagcctgt   2520
tggtgggcag gtatccaaca ggaatttggg attccctaca atccccaaag tcagggagta   2580
gtagaatcca tgaataaaga attaaagaaa atcatagggc aggtaagaga tcaagctgag   2640
caccttaaga cagcagtaca aatggcagta ttcattcaca attttaaaag aaaagggggg   2700
attggggggt acagtgcagg ggaaagaata atagacataa tagcaacaga catacaaact   2760
aaagaattac aaaaacaaat tataaaaatt caaaattttc gggtttatta cagagacagc   2820
agagatccta tttggaaagg accagccaag ctactctgga aaggtgaagg ggcagtagta   2880
atacaagaca acagtgacat aaaggtagta ccaaggagga aagtaaaaat cattagggac   2940
tatggaaaac agatggcagg tgctgattgt gtggcaggta gacaggatga agattag      2997
<210>  38
<211>  998
<212>  PRT
<213>  Human immunodeficiency virus type 1
<400>  38
Phe Arg Glu Asn Leu Ala Phe Pro Gln Gly Glu Ala Arg Glu Phe Pro
1               5                   10                  15
Ser Glu Gln Thr Arg Ala Asn Ser Pro Thr Ser Arg Glu Leu Gln Val
            20                  25                  30
Arg Arg Asn Asn Pro Arg Ser Glu Thr Gly Ala Glu Arg Lys Gly Thr
        35                  40                  45
Leu Asn Phe Pro Gln Ile Thr Leu Trp Gln Arg Pro Leu Val Ser Ile
    50                  55                  60
Lys Ile Gly Gly Gln Thr Arg Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp
65                  70                  75                  80
Asp Thr Val Leu Glu Asp Ile Asn Leu Pro Gly Lys Trp Lys Pro Lys
                85                  90                  95
Met Ile Gly Gly Ile Gly Gly Phe Ile Lys Val Arg Gln Tyr Asp Gln
            100                 105                 110
Ile Leu Ile Glu Ile Cys Gly Lys Lys Ala Ile Gly Thr Val Leu Val
        115                 120                 125
Gly Pro Thr Pro Val Asn Ile Ile Gly Arg Asn Met Leu Thr Gln Leu
    130                 135                 140
Gly Cys Thr Leu Asn Phe Pro Ile Ser Pro Ile Glu Thr Val Pro Val
145                 150                 155                 160
                                       PA134027-mrcuct2.ST25
Lys Leu Lys Pro Gly Met Asp Gly Pro Lys Val Lys Gln Trp Pro Leu
                165                 170                 175
Thr Glu Glu Lys Ile Lys Ala Leu Thr Ala Ile Cys Glu Glu Mer Glu
            180                 185                 190
Lys Glu Gly Lys Ile Thr Lys Ile Gly Pro Glu Asn Pro Tyr Asn Thr
        195                 200                 205
Pro Ile Phe Ala Ile Lys Lys Lys Asp Ser Thr Lys Trp Arg Lys Leu
    210             215                     220
Val Asp Phe Arg Glu Leu Asn Lys Arg Thr Gln Asp Phe Trp Glu Val
225                 230                 235                 240
Gln Leu Gly Ile Pro His Pro Ala Gly Leu Lys Lys Lys Lys Ser Val
                245                 250                 255
Thr Val Leu Asp Val Gly Asp Ala Tyr Phe Ser Val Pro Leu Asp Glu
            260                 265                 270
Gly Phe Arg Lys Tyr Thr Ala Phe Thr Ile Pro Ser Ile Asn Asn Glu
        275                 280                 285
Thr Pro Gly Ile Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly Trp Lys
    290                 295                 300
Gly Ser Pro Ala Ile Phe Gln Gly Ser Met Thr Lys Ile Leu Glu Pro
305                 310                 315                 320
Phe Arg Ala Gln Asn Pro Glu Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Mer Asp Asp
                325                 330                 335
Leu Tyr Val Gly Ser Asp Leu Glu Ile Gly Gln His Arg Ala Lys Ile
            340                 345                 350
Glu Glu Leu Arg Glu His Leu Leu Lys Trp Gly Phe Thr Thr Pro Asp
        355                 360                 365
Lys Lys His Gln Lys Glu Pro Pro Phe Leu Trp Met Gly Tyr Glu Leu
    370                 375                 380
His Pro Asp Lys Trp Thr Val Gln Pro Ile Gln Leu Pro Glu Lys Asp
385                 390                 395                 400
Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Val Gly Lys Leu Asn Trp
                405                 410                 415
Ala Ser Gln Ile Tyr Pro Gly Ile Lys Val Arg Gln Leu Cys Lys Leu
            420                 425                 430
Leu Arg Gly Thr Lys Ala Leu Thr Asp Ile Val Pro Leu Thr Glu Glu
        435                 440                 445
Ala Glu Leu Glu Leu Ala Glu Asn Arg Glu Ile Leu Lys Glu Pro Val
    450                 455                 460
                                       PA134027-mrcuct2.ST25
His Gly Val Tyr Tyr Asp Pro Ser Lys Asp Leu Ile Ala Glu Ile Gln
465                 470                 475                 480
Lys Gln Gly Asp Asp Gln Trp Thr Tyr Gln Ile Tyr Gln Glu Pro Phe
                485                 490                 495
Lys Asn Leu Lys Thr Gly Lys Tyr Ala Lys Arg Arg Thr Thr His Thr
            500                 505                 510
Asn Asp Val Lys Gln Leu Thr Glu Ala Val Gln Lys Ile Ser Leu Glu
        515                 520                 525
Ser Ile Val Ile Trp Gly Lys Thr Pro Lys Phe Arg Leu Pro Ile Gln
    530                 535                 540
Lys Glu Thr Trp Glu Ile Trp Trp Thr Asp Tyr Trp Gln Ala Thr Trp
545                 550                 555                 560
Ile Pro Glu Trp Glu Phe Val Asn Thr Pro Pro Leu Val Lys Leu Trp
                565                 570                 575
Tyr Gln Leu Glu Lys Glu Pro Ile Ala Gly Ala Glu Thr Phe Tyr Val
            580                 585                 590
Asp Gly Ala Ala Asn Arg Glu Thr Lys Ile Gly Lys Ala Gly Tyr Val
        595                 600                 605
Thr Asp Arg Gly Arg Gln Lys Ile Val Thr Leu Ser Glu Thr Thr Asn
    610                 615                 620
Gln Lys Thr Glu Leu Gln Ala Ile Gln Leu Ala Leu Gln Asp Ser Glu
625                 630                 635                 640
Ser Glu Val Asn Ile Ile Thr Asp Ser Gln Tyr Ala Leu Gly Ile Ile
                645                 650                 655
Gln Ala Gln Pro Asp Arg Ser Glu Ser Glu Leu Val Asn Gln Ile Ile
            660                 665                 670
Glu Gln Leu Ile Lys Lys Glu Arg Val Tyr Leu Ser Trp Val Pro Ala
        675                 680                 685
His Asn Gly Leu Ala Gly Asn Glu His Val Asp Lys Leu Val Ser Arg
    690                 695                 700
Gly Ile Arg Lys Val Leu Val Leu Asp Gly Ile Asp Lys Ala His Glu
705                 710                 715                 720
Glu His Glu Lys Tyr His Ser Asn Trp Arg Ala Met Ala Ser Glu Phe
                725                 730                 735
Asn Leu Pro Pro Val Val Ala Arg Glu Ile Val Ala Ser Cys Asp Lys
            740                 745                 750
Cys Gln Leu Lys Gly Glu Ala Ile His Gly Gln Val Asp Cys Ser Pro
                                         Page 32
                                   PA134027-mrcuct2.ST25
        755                 760                 765
Gly Ile Trp Gln Leu Asp Cys Thr His Leu Glu Gly Lys Ile Ile Leu
    770                 775                 780
Val Ala Val His Val Ala Ser Gly Tyr Ile Glu Ala Glu Val Ile Pro
785                 790                 795                 800
Ala Glu Thr Gly Gln Glu Thr Ala Tyr Tyr Ile Leu Lys Leu Ala Gly
                805                 810                 815
Arg Trp Pro Val Lys Val Ile His Thr Asp Asn Gly Ser Asn Phe Thr
            820                 825                 830
Ser Ala Ala Val Lys Ala Ala Cys Trp Trp Ala Gly Ile Gln Gln Glu
        835                 840                 845
Phe Gly Ile Pro Tyr Asr Pro Gln Ser Gln Gly Val Val Glu Ser Met
    850                 855                 860
Asn Lys Glu Leu Lys Lys Ile Ile Gly Gln Val Arg Asp Gln Ala Glu
865                 870                 875                 880
His Leu Lys Thr Ala Val Gln Met Ala Val Phe Ile His Asn Phe Lys
                885                 890                 895
Arg Lys Gly Gly Ile Gly Gly Tyr Ser Ala Gly Glu Arg Ile Ile Asp
            900                 905                 910
Ile Ile Ala Thr Asp Ile Gln Thr Lys Glu Leu Gln Lys Gln Ile Ile
        915                 920                 925
Lys Ile Gln Asn Phe Arg Val Tyr Tyr Arg Asp Ser Arg Asp Pro Ile
    930                 935                 940
Trp Lys Gly Pro Ala Lys Leu Leu Trp Lys Gly Glu Gly Ala Val Val
945                 950                 955                 960
Ile Gln Asp Asn Ser Asp Ile Lys Val Val Pro Arg Arg Lys Val Lys
                965                 970                 975
Ile Ile Arg Asp Tyr Gly Lys Gln Met Ala Gly Ala Asp Cys Val Ala
            980                 985                 990
Gly Arg Gln Asp Glu Asp
        995

Claims (29)

1.一种分子，该分子包含：
(I)如图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)；
(II)图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)所相应的RNA序列；
(III)一种与图1所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.1)相比至少具有97％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与SEQ I.D.No.1给出的核苷酸序列同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
2.如权利要求1的分子，其中修饰序列是图9和10任一所示的序列(SEQI.D.Nos.9和10)。
3.一种分子，该分子包含：
(I)如图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)；
(II)图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)所相应的RNA序列；
(III)一种与图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)相比至少具有97％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图3所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.3)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
4.如权利要求3的分子，其中修饰序列是图9和10任一所示的序列(SEQI.D.Nos.9和10)。
5.一种分子，该分子包含：
(I)如图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)；
(II)图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)所相应的RNA序列；
(III)一种与图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)相比至少具有98％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图5所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.5)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
6.如权利要求5的分子，其中修饰序列是图12和13任一所示的序列(SEQI.D.Nos.11和13)。
7.一种分子，该分子包含：
(I)如图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)；
(II)图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)所相应的RNA序列；
(III)一种与图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)相比至少具有96％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图7所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.7)同源的序列、或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
8.如权利要求7的分子，其中修饰序列是图12和13任一所示的序列(SEQI.D.Nos.12和13)。
9.一种分子，该分子包含：
(I)如图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)；
(II)图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)所相应的RNA序列；
(III)一种与图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)相比至少具有90％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图15所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.15)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
10.一种分子，该分子包含：
(I)如图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)；
(II)图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)所相应的RNA序列；
(III)一种与图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)相比至少具有90％DNA相似性的序列、或该序列所相应的RNA序列，且其显示基本相似的免疫原性；
(IV)一种与图17所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.17)同源的序列，或该序列所相应的RNA序列；或者
(V)一种序列，其是(I)-(IV)中任一序列的修饰物或衍生物。
11.一种多肽，该多肽包含：
(I)如图2所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.2)；
(II)一种与图2的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其是图2所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.2)的修饰物或衍生物。
12.如权利要求11的多肽，其中修饰序列是图11所示的序列(SEQ I.D.No.11)。
13.一种多肽，该多肽包含：
(I)如图4所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.4)；
(II)一种与图4的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其是图4所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.4)的修饰物或衍生物。
14.如权利要求13的多肽，其中修饰序列是图11所示的序列(SEQ I.D.No11)。
15.一种多肽，该多肽包含：
(I)如图6所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.6)；
(II)一种与图6的序列相比具有至少92％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其是图6所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.6)的修饰物或衍生物。
16.如权利要求15的多肽，其中修饰序列是图14所示的序列(SEQ I.D.No.14)。
17.一种多肽，该多肽包含：
(I)如图8所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.8)；
(II)一种与图8的序列相比具有至少95％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其是图8所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.8)的修饰物或衍生物。
18.如权利要求17的多肽，其中修饰序列是图14所示的序列(SEQ I.D.No.14)。
19.一种多肽，该多肽包含：
(I)如图16所示的核苷酸序列(SEQ I.D.No.16)；
(II)一种与图16的序列相比具有至少90％相似性的序列，且其具有基本相似的免疫原性；或者
(III)一种序列，其是图16所示的氨基酸序列(SEQ I.D.No.16)的修饰物或衍生物。
20.HIV-1C亚型的tat基因的共有氨基酸序列如下：
MEPVDPNLEPWNHPGSQPKTACNKCYCKHCSYHCLVCFQTKGLGISYGRKKRRQRRSAPP60
SSEDHQNLISKQPLPQTRGDPTGSEESKKKVESKTETDPFD101   (SEQ ID NO：18)
21.HIV-1C亚型的部分nef基因的共有氨基酸序列如下：
MGGKWSKSSIVGWPAVRERIRRTEPAAEGVGAASQDLDKHGALTSSNTAHNNADCAWLQA60
QEEEEEVGFPVRPQVPLRPMTYKGAFDLSFFLKEKGGLEGLIYSKKRQEILDLWVYHTQG120
FFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCFKLVPVDPREVEEANEGENNCLIHPMSQHGMEDEDRE180
VLKWKFDSSLARRHMARELHPEYYKDC207   (SEQ ID NO：19)
22.HIV-1C亚型的部分rev基因的共有氨基酸序列如下：
MAGRSGDSDEALIQAVRIIKILYQSNPYPKPEGTRQARKNRRRRWRARQRQIHSISERIL60
STCLGRPAEPVPLQLPPIERLHIDCSESSGTSGTQQSQQTTEGVGSP107   (SEQ ID NO：20)
23.权利要求1和2所述序列的至少一种、权利要求3和4所述序列的至少一种、权利要求5和6所述序列的至少一种以及权利要求7和8所述序列的至少一种在生产用于治疗或预防HIV感染的疫苗中的应用。
24.权利要求1至22所述的序列中至少两种序列在生产用于治疗或预防HIV感染的疫苗中的应用。
25.包含权利要求1和2所述序列的至少一种、权利要求3和4所述序列的至少一种、权利要求5和6所述序列的至少一种以及权利要求7和8所述序列的至少一种的疫苗。
26.包含权利要求1至22所述序列中至少两种序列的疫苗。
27.包含至少部分的gag基因序列、逆转录酶(pol)基因序列、改排tat基因序列和截取的nef基因序列的疫苗，这些基因序列结合在一起形成框内多基因，以grttnC表示(SEQ I.D.No：30)。
28.权利要求25至27任一所述的用于治疗或预防HIV的疫苗。
29.权利要求25至28任一所述的基本上如这里所述或举例说明的疫苗。
CNA028257111A 2001-10-31 2002-10-31 Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物 Pending CN1606625A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
ZA2001/8978 2001-10-31
ZA200108978 2001-10-31

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN1606625A true CN1606625A (zh) 2005-04-13

Family

ID=25589361

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CNA028257111A Pending CN1606625A (zh) 2001-10-31 2002-10-31 Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物

Country Status (7)

Country Link
US (2) US7479547B2 (zh)
EP (1) EP1444350B1 (zh)
CN (1) CN1606625A (zh)
AP (1) AP2696A (zh)
AU (1) AU2002363189A1 (zh)
WO (1) WO2003037919A2 (zh)
ZA (1) ZA200404205B (zh)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1606625A (zh) 2001-10-31 2005-04-13 南非医学研究会 Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物
EP1945777B1 (en) * 2005-11-08 2014-03-05 South African Medical Research Council Expression system incorporating a capsid promoter sequence as an enhancer of a cytomegalovirus promoter
EP2047861B1 (en) * 2007-10-12 2019-07-31 Institut Pasteur Lentiviral gene transfer vectors suitable for iterative administration and their medicinal applications
MX342449B (es) 2007-08-03 2016-09-29 Pasteur Institut Vectores de transferencia de gen lentiviral y sus aplicaciones medicinales.

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6492110B1 (en) 1998-11-02 2002-12-10 Uab Research Foundation Reference clones and sequences for non-subtype B isolates of human immunodeficiency virus type 1
US7935805B1 (en) * 1998-12-31 2011-05-03 Novartis Vaccines & Diagnostics, Inc Polynucleotides encoding antigenic HIV Type C polypeptides, polypeptides and uses thereof
AU2001278641A1 (en) 2000-07-07 2002-01-21 Alphavax, Inc. Process for the selection of hiv-1 subtype c isolates, selected hiv-1 subtype isolates, their genes and modifications and derivatives thereof
US6611377B1 (en) 2000-07-10 2003-08-26 Intel Corporation Micromechanical diffraction phase grating
WO2002022080A2 (en) 2000-09-15 2002-03-21 Merck & Co., Inc. Enhanced first generation adenovirus vaccines expressing codon optimized hiv1-gag, pol, nef and modifications
EP2292772A1 (en) 2001-07-05 2011-03-09 Novartis Vaccines and Diagnostics, Inc. HIV vaccination with a DNA encoding a HIV polypeptide and a HIV polypeptide
AU2002320314A1 (en) 2001-07-05 2003-01-21 Chiron, Corporation Polynucleotides encoding antigenic hiv type c polypeptides, polypeptides and uses thereof
CN1606625A (zh) 2001-10-31 2005-04-13 南非医学研究会 Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物

Also Published As

Publication number Publication date
AP2004003042A0 (en) 2004-06-30
ZA200404205B (en) 2005-08-31
US20050176929A1 (en) 2005-08-11
AP2696A (en) 2013-07-17
AU2002363189A1 (en) 2003-05-12
WO2003037919A2 (en) 2003-05-08
US7713530B2 (en) 2010-05-11
EP1444350A2 (en) 2004-08-11
WO2003037919A3 (en) 2004-01-22
US7479547B2 (en) 2009-01-20
US20090076245A1 (en) 2009-03-19
EP1444350B1 (en) 2013-06-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN1213068C (zh) 对hiv免疫应答的改进或与其相关的改进
CN1229501C (zh) Hiv多包膜蛋白疫苗的重组痘苗载体混合物
CN1230444C (zh) 含有hiv细胞毒t淋巴细胞表位的hiv多肽或肽或其多聚核苷酸表达构建体的用途
CN1254543C (zh) 方法
CN1446102A (zh) 模仿天然病毒感染并诱导对病原体的持久免疫力的遗传疫苗
CN1283121A (zh) 用于预防和治疗接种的hiv－1tat或其衍生物
CN1346367A (zh) Hiv肽,抗原,疫苗组合物,检测hiv所诱导的抗体的免疫测定试剂盒及方法
CN1460111A (zh) 来自gagp17和p24保守区域的HIV肽以及它们在例如疫苗中的应用
CN1606624A (zh) 疫苗
CN1183968C (zh) 改良疫苗
CN1602202A (zh) 鉴定和开发治疗剂的方法
CN1244896A (zh) 非－m、非－o、hiv－1毒株、片段及应用
CN1726285A (zh) 用于抗hiv免疫的方法和组合物
CN1812810A (zh) 针对fiv感染的免疫接种材料和方法
CN101057975A (zh) 一种抗免疫耐受性和免疫缺陷性病毒的鸡尾酒疫苗及其应用
CN1079509A (zh) 人体免疫缺陷病毒抗原
CN1930184A (zh) 新型tat复合物，及包含其的疫苗
CN1606625A (zh) Hiv－1亚型分离株调节/附加基因及其修饰物和衍生物
CN1118573C (zh) gp350/220的非剪接变异体
CN1570115A (zh) 优化的sars冠状病毒刺突蛋白基因
CN1531548A (zh) 编码可诱导抗病毒效应的蛋白质的嵌合链
CN1292069C (zh) Hiv－1病毒tat－蛋白突变体
CN1809381A (zh) 具有稀有二硫化物结构的hiv－1包膜糖蛋白
CN1612942A (zh) 病毒衣壳组装中间产物
CN1236818C (zh) 山羊关节炎－脑炎病毒提供抗hiv－1感染的免疫保护

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C12 Rejection of a patent application after its publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication