具体实施方式
材料及试剂:
1、菌株和质粒
大肠杆菌DH5α及载体pGEM-T vector。pGEM-T vector载体为Promega公司生产的克隆PCR产物的载体,其具有Amp筛选抗性及lac Z筛选标记,在与宿主菌DH5α配合使用下,方便筛选阳性质粒。
表达载体与目的基因的连接:
A、将构建的表达载体pGEM-A5f3f用Sna B1进行酶切,而后补平。进而利用SalI对其进行酶切。
B、利用Sal I对合成的GHRH片段酶切。
C、连接A、B酶切的结果,形成表达克隆。
2、试剂及其它材料
克隆载体pGEM-T vector、连接酶、琼脂糖和蛋白分子量标准购自Promega公司;限制性内切酶购自Biolab公司及Promega公司,DNA回收试剂盒为上海生工SK 13I产品。
质粒提取的溶液I、II、III和pH8.0的TE、STE、Tris、EDTA缓冲液等各种缓冲液都是按照科学出版社出版的《分子克隆实验指南》(第二版)中的配方配制。
3、途径和方法:
质粒的碱裂解法制备是利用质粒DNA在通过碱环境后比基因组DNA更易复性,并可同时去除大量蛋白的原理进行的。经过变性与复性后,质粒可通过乙醇或异丙醇沉淀下来。
(1)质粒DNA的大量制备及纯化(碱裂解法):
将一单菌落接入含Amp的200mlLB液体培养基中,37℃遥床培养过夜。
↓
将细菌培养液移入50ml的离心管,于4℃8000rpm离心5分钟回收细菌。
↓
倒掉上清,将细菌沉淀重悬于10ml冰预冷的STE中,充分振荡洗涤。
↓
4℃,8000rpm离心5分钟重新回收细菌。
↓
加入1ml冰预冷的溶液,剧烈振荡。
↓
加入2ml新配制的溶液II,缓缓地颠倒离心管数次,以充分混匀内容物,于室
温放置6分钟。
↓
加入1.5ml冰预冷的溶液III,用混合液缓缓自下而上浸润离心管全部管壁,尽量
避免菌体散落在管壁上,冰上放置10分钟,管内出现白色絮状沉淀。
↓
4℃度12000rpm离心15分钟。
↓
用4层滤纸将上清过滤到另一50ml的离心管中,加0.6倍体积的异丙醇,充分混
匀,于室温放置10分钟。
↓
室温,12000rpm离心15分钟,沉淀核酸。
↓
吸弃上清,于室温用70%乙醇洗涤沉淀及管壁数分钟。倒出乙醇,用真空装置吸
取管壁及管底液体。
↓
用350ul灭菌双蒸水溶解核酸沉淀。
↓
将DNA溶液转入1.5ml离心管,再加入等体积的5Mol/L氯化锂溶液,充分混匀,于
室温以12000rpm离心10分钟。
↓
将上清转移到另一1.5ml离心管中,加等量的异丙醇,充分混匀,于室温以12000rpm
离心10分钟,以回收核酸沉淀。
↓
吸弃上清,于室温用70%乙醇洗涤沉淀及管壁数分钟,倒出乙醇,用真空装置吸
去管壁及底部液体。
↓
用100ul灭菌双蒸水溶解沉淀,加入10ul 10mg/ml无DNase的Rnase,于37℃放
置1小时。
↓
补加400ul灭菌双蒸水,用等体积的酚,酚∶氯仿,氯仿各抽提一遍。
↓
将水相转移到另一离心管,加入1/4体积的NaAc(3M,pH5.2),充分混匀,加入2倍体积的乙醇,于室温放置10分钟,于4℃以12000rpm离心15分钟,回收质粒DNA。
↓
吸弃上清,加入1ml70%的乙醇,洗涤沉淀5分钟。
↓
用真空装置吸干沉淀,并溶于50ul灭菌双蒸水。
↓
取1ul上样电泳,检查提取效果。
(2)质粒的纯化
大规模的纯化主要依赖柱层析法,依靠柱床在不同条件下对质粒的亲合度差异,使质粒与其他杂质分离。
(3)质粒DNA浓度及纯度的检测好。此时的值可反映出样本的浓度,与浓度之间的关系是10D260=50ug/ml。实际应用中,0D260/0D280的比值不一定必须为1.8,但是越接近表示纯度越好。
实施例1、表达克隆的构建
一、表达克隆的构建元件
1、5’侧翼核苷酸序列
5’侧翼核苷酸序列是由牛骨骼肌肌动蛋白启动子改造而来
引物设计如下:
up: CTGGGGAGGAGGGTTTCGTATGT
LENGTH:23nt ΔG=-3.6kcal/mol (G+C)%=56.5% Tm=72
Low:
TCTGGTTTCTGCAAGGACAGG
Sna BI
LENGTH:28nt
ΔG=-6.9kcal/mol
(G+C)%=50.0%
Tm=72
以下为通过以上引物PCR获得的5’侧翼核苷酸序列与报道的牛骨骼肌肌动蛋白启动子序列(GENEBANK序列号为U02285)对比,同源性为99%。
Upper line:通过以上引物PCR获得的5’侧翼核苷酸序列
from 1 to 2445
Lower line:报道的牛骨骼肌肌动蛋白启动子
from 1 to 2441
1 CTGGGGAGGAGGGTTTCGTATGTGCTTTTATATCCCTCTTCGAGGACCCGCACCTGTCCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
1 CTGGGGAGGAGGGTTTCGTATGTGCTTTTATATCCCTCTTCGAGGACCCACACCTGTCCC
61 AGTTGCTGAGTTCCACCACCGAGTTCCTATTCTGGGAACACTTGAGCACATCAGAAAAAT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
61 AGTTGCTGAGTTCCACCACCGAGTTCCTATTCTGGGAACACTTGAGCACATCAGAAAAAT
121 GAGTGGTTCCATTCTGGCTCACATCACATCACTGATGCACCCCTTAAAGCATGTCCCTGA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
121 GAGTGGTTCCATTCTGGCTCACATCACATCACTGATGCACCCCTTAAAGCATGTCCCTGA
181 GTTCATTGCAGAAAATTGTTCCTCCTTGTACCTTCCACAGCAAGGTTAGAACTGTTCCCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
181 GTTCATTGCAGAAAATTGTTCCTCCTTGTACCTTCCACAGCAAGGTTAGAACTGTTCCCC
241 TCAGGGGAAAAAACAGTGAGAAGCACCAACTTAATAACCTCCTCTGACCCCTACTCCACC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
241 TCAGGGGAAAAAACAGTGAGAAGCACCAACTTAATAACCTCCTTTGACCCCTACTCCACC
301 TTTACCATAAGTAGATCCAAATCCTTCTAGAAAATCAGAAAGACATATCCCCGTGTATCA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
301 TTTACCATAAGTAGATCCAAATCCTTCTAGAAAATCAGAAAGACAGATCCCCATGTATCA
361 GCGGTATAAATAGAACCGCTCTGCAGACTCTGGTGGACGGTGACTCTCCAAGGTGGATTG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
361 GCGGTATAAATAGAACCGCTCTGCAGACTCTGGTGGACGGTGACTCTCCAAGGTGGATTG
421 GGAGTCAGCCGGCCTTGGCTGGGCATCACCCTCTAAATATAACGATGAGTTTGTTCAGCC
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
421 GGAATCAGCTGGCCTTGGCTGGGCATCACCCTCTAAATATAACGATGAGTTTGTTCAGCC
481 TTTGCAGAAGGGAAAGGTTTTGCCCATCCTAGAGCGCGATGCCCTTGTCCTCCTTACAGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
481 TTTGCAGAAGGGAAAGGTTTTGCCCATCCTAGAGCGCGATGCCCTTGTCCTCCTTACAGG
541 GAGGAGAGACGGTTGAGGCTTCATCTAGTAAGAGCACTTCTCAGTTCCCATCCTAGGGAT
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
541 GAGGAGAGACGGTTGAGGCTTCATCTAGTAAGAGCACCTCTCAGTTCCCACCCTAGGGCT
601 ATGACACTTGCCTTTCCTCCCCAGGACTGGGAAGTCGGTGAGCCCCGCCAAGGATGCGGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
601 ATGACACTTGCCTTTCCTCCCCAGGACTGGGAAGTCGGTGAGCCCCGCCAAGGATGCGGG
661 AGTAGGGTGCTCAGCTCGGCCTGCCATACTCCAGAGCCGGCCAGTTAGTCACTCAACTTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
661 AGTAGGGTGCTCAGCTCGGCCTGCCATACTCCAGAGCCGGCCAGTTAGTCACTCAACTTC
721 ACTCCCTTCATGAGCTCCCGAGCCCACAACACGTCCCCGAGACGGGCAGCTCTGGGTGTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
721 ACTCCCTTCATGAGCTCCCGAGCCCACAACACGTCCCCGAGACGGGCAGCTCTGGGTGTC
781 CTGGCTCAGTGCCAGAGGCTGCGAGAGCCGCTGCGGGGCCTGTGCCGGGAGCCCAGCGCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
781 CTGGCTCAGTGCCAGAGGCTGCGAGAGCCGCTGCGGGGCCTGTGCCGGGAGCCCAGCGCC
841 TCCTCCCCGGACTCTCCACAGTTGTCCTCGCGACAGGTGCGCGCCCGCCGGCCTCCGGTG
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
841 TCCTCCCCGGACTCTCCACAGTTGTCCTCGCGACAGCTGCGCGCCCGCCGGCCGCCGGTG
901 ACCCTCTCCGGTGGGGGTGGGGGCCGACGGTGTCAGCCCTCTGGATTGGGGAGCTCGGGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
901 ACCCTCTCCGGTGGGGGTGGGGGCCGACGGTGTCAGCCCTCTGGATTGGGGAGCTCGGGG
961 TTGGGGGAGAGACCGAGTTCGCTGGGAGTCTGGGGGGAGGGATCGCCTGCCTCCCTGCCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
961 TTGGGGGAGAGACCGAGTTCGCTGGGAGTCTGGGGGGAGGGATCGCCTGCCTCCCTGCCC
1021 GGGACTCCGGGAGTGACTCCATCTCCGGTCCTCTTGGCCCCACCACTAGGATATAGAGTC
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
1021 GGGACTCCGGGAGTGACTCCATCTCCGGTCCTCTTGTCCCCACCACTAGGATATAGAGTC
1081 CTCCTCGGTGGAGTCACACTTAAGGAGTTGGAGGTGGGGGGTAAGGGTGAACAACCCGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
1081 CTCCTCGGTGGAGTCACACTTAAGGAGTTGGAGGTGGGGGGTAGGGGTGAAGAACCCGAA
1141 GAAGAGGTGAAATGTGGGCGCACCTTCCCGAGGCTCGGAGAACACCGAATGGCCGGGGGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1141 GAAGAGGTGAAATGTGGGCGCACCTTCCCGAGGCTCGGAGAACACCGAATGGCCGGGGGC
1201 GGGGCGGCTGCGGACAGGTGCAGCCCGGGCGCAGGCTCACTGGCGCACCCCGAACACTCG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1201 GGGGCGGCTGCGGACAGGTGCAGCCCGGGCGCAGGCTCACTGGCGCACCCCGAACACTCG
1261 GTGACCCTCGCCGCACCCCAGCCCCTCCGCCAGGCAACCGGGCGGGGTCGGGAGGGGCCG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1261 GTGACCCTCGCCGCACCCCAGCCCCTCCGCCAGGCAACCGGGCGGGGTCGGGAGGGGCCG
1321 ACCAGCGGGCAGACACTCCATATACGGCCCGGCCCGTGTTACCTGGGCTCAGGCCAGGCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1321 ACCAGCGGGCAGACACTCCATATACGGCCCGGCCCGTGTTACCTGGGCTCAGGCCAGGCC
1381 TCTCCTTCTTTGGTCAGCGCAGGGGACCCGGGCGGGGACCCAGGCCTTGAACTGGTCGGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1381 TCTCCTTCTTTGGTCAGCGCAGGGGACCCGGGCGGGGACCCAGGCCTTGAACTGGTCGGG
1441 GGAGGGGGCTCTAGTGCCCAACACCCAAATATGGCTCGAGAAGGGGAGCGACATTCCTGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
1441 GGAGGGGGCTCTAGTGCCCAACACCCAAATATGGCTCGAGAAGGGGAGCGACA.TCCTGC
1501 GGGGCGGCGCGAGGGGAGCGCCCGAGGGCTATATAAAACCTGAGCAGGGGGACGAGCGGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1500 GGGGCGGCGCGAGGGGAGCGCCCGAGGGCTATATAAAACCTGAGCAGGGGGACGAGCGGC
1561 CACCGCAGCGGATAGCGCCGAGAGAAGTCTCGCTTCCTTCCCACGGTGACCGGGACCGGA
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1560 CACCGCAGCGGACAGCGCCGAGAGAAGTCTCGCTTCCTTCCCACGGTGACCGGGACCGGA
1621 GCCGGAGAGCCGCAGGTGTAGCCACCCGCCCAGGTAGGCAGGGGCGGGGTGGGGACAGTA
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
1620 GCCGGAGAGCCGCAGGTGTAGCCACCCGCCCAGGTAGGCAGGGGCGGGGTGGGGACAGAA
1681 GGACGTGTCCCACCGCGGCAGCCTGGAGAACTCCAGGTAGAGCGCGGCCCCTCACTGCAT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1680 GGACGTGTCCCACCGCGGCAGCCTGGAGAACTCCAGGTAGAGCGCGGCCCCTCACTGCAT
1741 CAGCCCCAGCCCCGCGTCCTGTGAGCCGCGCCTCTGGCCCCAGAGTCACGTGTGCTTTAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1740 CAGCCCCAGCCCCGCGTCCTGTGAGCCGCGCCTCTGGCCCCAGAGTCACGTGTGCTTTAA
1801 AGAAGAGACAGGAAGCCGGGTCCTTTGGAAAGATCTCCAAATTTATTCCCAGCCCTTTGG
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
1800 AGAAGAGACAGGAAGCCGGGTCCTTTGGAAAGATCTCCAAATTTATTCCCAG.CCTTTGG
1861 GGCAGCTCTCCTTGACACTTCGTGCGTGCCGAGGTAGATGAAAGGTTTTGCTTTAGTCCT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1859 GGCAGCTCTCCTTGACACTTCGTGCGTGCCGAGGTAGATGAAAGGTTTTGCTTTAGTCCT
1921 CCCCAGGGCAGTTCCTTCCCAGCAGAACCAAAGGACAGTAGAAGGGACAATTTCCCCTGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1919 CCCCAGGGCAGTTCCTTCCCAGCAGAACCAAAGGACAGTAGAAGGGACAATTTCCCCTGG
1981 CTCGCCATCAGTTACAAGGGCGCTTCGGCTGAGTCTGAAGTGCCATGGAGGTCCAAAATA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1979 CTCGCCATCAGTTACAAGGGCGCTTCGGCTGAGTCTGAAGTGCCATGGAGGTCCAAAATA
2041 AGCCATTCGTGTCCTGGTGCAGTGCCCAAGCCCTTTCCACGGCGTCTCCTTCCACCCTCA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2039 AGCCATTCGTGTCCTGGTGCAGTGCCCAAGCCCTTTCCACGGCGTCTCCTTCCACCCTCA
2101 CAGTGGCCCAGAAATCAGGGTTCGCGGACCTTGACCCCCATGCGATGCCAGGGAGGGGCG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2099 CAGTGGCCCAGAAATCAGGGTTCGCGGACCTTGACCCCCATGCGATGCCAGGGAGGGGCG
2161 GAGAGGGCGGTGCCTGCAGCGAA.GCAGACAACTCTCGGGTCTGTGTGTCCTGAGTTCCC
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2159 GAGAGGGCGGTGCCTGCAGCGAAGGCAGACAACTCTCGGGTCTGTGTGTCCTGAGTTCCC
2220 AGATGGAGAAACGCTCTCTGTGGTCTCCTCGCAGTAGAGCTCGCAGCAGCGAAGCTCCGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2219 AGATGGAGAAACGCTCTCTGTGGTCTCCTCGCAGTAGAGCTCGCAGCAGCGAACGTCCGC
2280 CCGCGCGGCTTTGATTGCTTCCCCCGCAGGATGGCGCCGGGCTGCGGGCTGGAGGCTGGA
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
2279 CCGCGC.GCTTTGATTGCTTCCCCCGCA.GATGGCGCCGGGCTGCGGGCTGGAGGCTGGA
2340 GGTGTCCATAGGTCCCCGGGGAGGGAGGGCGCTCCAGCCAGCGGGGCCTCTTGCGTGAAA
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
2337 GGTGTCCATAGGTCCCCGGGGA.GGAGGGCGCTCCAGCCAGCGGGGCCTCTTGCCTGAAA
2400 CACTGAGCGTCTCCATGGCATTCCTGTCCTTGCAGAAACCAGATAC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2396 CACTGAGCGTCTCCATGGCATTCCTGTCCTTGCAGAAACCAGATAC
表1.蛋白结合位点对比结果
5’侧翼核苷酸序列 |
报道的牛骨骼肌肌动蛋白启动子 |
Name |
Position |
Site |
Name |
Position |
Site |
ICSBP |
12 |
ggtttc |
ICSBP |
12 |
ggtttc |
AR |
21 |
tgtgct |
AR |
21 |
tgtgct |
AR |
95 |
ggaaca |
NF-uE5 |
50 |
acacctg |
AR |
105 |
agcaca |
AR |
95 |
ggaaca |
AR |
113 |
agaaaa |
AR |
105 |
agcaca |
NFIII |
117 |
aaatga |
AR |
113 |
agaaaa |
AP-1 |
135 |
tggctca |
NFIII |
117 |
aaatga |
COUP |
180 |
agttca |
AP-1 |
135 |
tggctca |
AR |
190 |
agaaaa |
COUP |
180 |
agttca |
AR |
197 |
tgttcc |
AR |
190 |
agaaaa |
PU.1 |
199 |
ttcctc |
AR |
197 |
tgttcc |
AR |
228 |
agaact |
PU.1 |
199 |
ttcctc |
AR |
233 |
tgttcc |
AR |
228 |
agaact |
AR |
250 |
aaaaca |
AR |
233 |
tgttcc |
COUP |
285 |
tgaccc |
AR |
250 |
aaaaca |
AR |
329 |
agaaaa |
COUP |
285 |
tgaccc |
TFIID |
365 |
tataaa |
AR |
329 |
agaaaa |
AR |
372 |
agaacc |
TFIID |
365 |
tataaa |
AP-1 |
421 |
ggagtca |
AR |
372 |
agaacc |
AR |
472 |
tgttca |
GT-2B |
426 |
cagctg |
AR |
526 |
tgtcct |
AR |
472 |
tgttca |
AR |
571 |
agagca |
AR |
526 |
tgtcct |
PU.1 |
614 |
ttcctc |
AR |
571 |
agagca |
AP-1 |
705 |
ttagtca |
PU.1 |
614 |
ttcctc |
PEA1 |
705 |
ttagtca |
PEA1 |
705 |
ttagtca |
MLTF |
708 |
gtcact |
AP-1 |
705 |
ttagtca |
AP-1 |
709 |
tcactca |
MLTF |
708 |
gtcact |
AR |
746 |
acaaca |
AP-1 |
709 |
tcactca |
SIF |
761 |
gacggg |
AR |
746 |
acaaca |
AR |
777 |
tgtcct |
SIF |
761 |
gacggg |
AP-1 |
782 |
tggctca |
AR |
777 |
tgtcct |
AR |
863 |
tgtcct |
AP-1 |
782 |
tggctca |
COUP | 899 | tgaccc | AR | 863 | tgtcct |
BPV-E2 |
901 |
accctctccggt |
GT-2B |
874 |
cagctg |
MLTF |
1032 |
agtgac |
COUP |
899 |
tgaccc |
AP-1 |
1034 |
tgactcc |
BPV-E2 |
901 |
accctctccggt |
AP-1 |
1090 |
ggagtca |
MLTF |
1032 |
agtgac |
AR |
1128 |
tgaaca |
AP-1 |
1034 |
tgactcc |
AR |
1140 |
agaaga |
AP-1 |
1090 |
ggagtca |
AP-2 |
1167 |
cccgaggc |
AR |
1131 |
agaacc |
AR |
1179 |
agaaca |
AR |
1140 |
agaaga |
Sp1 |
1197 |
gggcgg |
AP-2 |
1167 |
cccgaggc |
Sp1 |
1202 |
gggcgg |
AR |
1179 |
agaaca |
COUP |
1262 |
tgaccc |
Sp1 |
1197 |
gggcgg |
AP-2 |
1276 |
ccccagcc |
Sp1 |
1202 |
gggcgg |
BPV-E2 |
1297 |
accgggcggggt |
COUP |
1262 |
tgaccc |
Sp1 |
1300 |
gggcgg |
AP-2 |
1276 |
ccccagcc |
SRF |
1338 |
ccatatacgg |
BPV-E2 |
1297 |
accgggcggggt |
SRF |
1384 |
ccttctttgg |
Sp1 |
1300 |
gggcgg |
Sp1 |
1410 |
gggcgg |
SRF |
1338 |
ccatatacgg |
COUP |
1428 |
tgaact |
SRF |
1384 |
ccttctttgg |
SRF |
1465 |
ccaaatatgg |
Sp1 |
1410 |
gggcgg |
GT-IIC |
1491 |
acattcc |
COUP |
1428 |
tgaact |
Sp1 |
1502 |
gggcgg |
SRF |
1465 |
ccaaatatgg |
TFIID |
1532 |
tataaa |
Sp1 |
1501 |
gggcgg |
COUP |
1607 |
tgaccg |
TFIID |
1531 |
tataaa |
NF-uE5 |
1633 |
caggtgt |
COUP |
1606 |
tgaccg |
BPV-E2 |
1644 |
acccgcccaggt |
NF-uE5 |
1632 |
caggtgt |
Sp1 |
1646 |
ccgccc |
BPV-E2 |
1643 |
acccgcccaggt |
Sp1 |
1662 |
gggcgg |
Sp1 |
1645 |
ccgccc |
AP-2 |
1701 |
gcctggag |
Sp1 |
1661 |
gggcgg |
AR |
1707 |
agaact |
AP-2 |
1700 |
gcctggag |
AP-2 |
1744 |
ccccagcc |
AR |
1706 |
agaact |
MLTF |
1785 |
gtcacg |
AP-2 |
1748 |
ccccagcc |
AR |
1791 |
tgtgct |
MLTF |
1784 |
gtcacg |
AR |
1801 |
agaaga |
AR |
1790 |
tgtgct |
AR |
1944 |
agaacc |
AR |
1800 |
agaaga |
AR |
1952 |
aggaca |
AR |
1942 |
agaacc |
AP-2 |
1974 |
cccctggc |
AR |
1950 |
aggaca |
AR |
2050 |
tgtcct |
AP-2 |
1972 |
cccctggc |
COUP |
2132 |
tgaccc |
AR |
2048 |
tgtcct |
Sp1 |
2156 |
gggcgg |
COUP |
2130 |
tgaccc |
Sp1 |
2165 |
gggcgg |
Sp1 |
2154 |
gggcgg |
AR |
2206 |
tgtcct |
Sp1 |
2163 |
gggcgg |
Sp1 |
2276 |
ccgccc |
AR |
2205 |
tgtcct |
AR |
2424 |
tgtcct |
Sp1 |
2275 |
ccgccc |
ICSBP |
2434 |
gaaacc |
AR |
2420 |
tgtcct |
| | |
ICSBP |
2430 |
gaaacc |
由上述序列及表格的比较可以看出,本发明所使用的通过PCR方法所获得的5’侧翼核苷酸序列的一些碱基突变导致了转录因子结合位点的改变,其中在强启动区1491增加了一个GT-IIC结合位点。
2、3’侧翼核苷酸序列
3’侧翼核苷酸序列由牛骨骼肌肌动蛋白poly(A)加尾信号改造而成:
Nde I
LENGTH:28nt
ΔG=-10.3kcal/mol (G+C)%=60.7% Tm=70
Low:
TTCCCGCCTCCTCCCACCT
Nsi I
LENGTH:28nt
ΔG=-9.9kcal/mol (G+C)%=60.7% Tm=66
3、包括引导肽的GHRH成熟肽编码基因(山羊、绵羊)
人工合成序列1及序列3的连锁核苷酸序列,序列3位于序列1的5’端。
二、表达克隆的构建
1、载体(pGEM-A5f3f)的构建
如图1所示:
将PCR扩增的5’侧翼核苷酸序列插入到T-vector的多克隆位点之间,记为pGEM-A5F。将pGEM-A5F及3’侧翼核苷酸序列PCR产物均用Nde I及Nsi I酶切,连接构成真核表达载体pGEM-A5F3F。
如图3所示,为含有5’侧翼核苷酸序列(2442bp)的质粒pGEM-A5F及3’侧翼核苷酸序列(805bp)的质粒pGEM-A3F的分别鉴定,其中,1、为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F的Apa I+Sac I双切结果,切下的小带为800bp及一条3kb的载体带;2、为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F的Nde I+Nsi I双切结果,切下的小带为800bp及一条3kb的载体带;3、为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F的NsiI单切结果,切下的小带为800bp及一条3kb的载体带;4、为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F的Nde I单切结果,将质粒切为线形,大小为3.8kb,无切下的小带;5、为5’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A5F的Nde I+Nsi I双切结果将质粒切为线形,大小为5.5kb;6、为5’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A5F的Nsi I单切结果将质粒切为线形,大小为5.5kb;7、为5’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A5F的Nde I单切结果将质粒切为线形,大小为5.5kb;8、为5’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A5F的Sph I+SnaB I双切结果将质粒切为两条带,大小为2.5kb与3.0kb;9为1kb Marker;10、为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F;11、为5’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A5F;12、为空的质粒,大小为3.0kb;13、为空质粒单切,大小为3.0kb(作为对照)。
如图4所示,为3’侧翼核苷酸序列的质粒pGEM-A3F与5’侧翼核苷酸序列质粒pGEM-A5F经过Nde I+Nsi I双切后回收的结果,其中1、为含有3’-flanking的质粒pGEM-A3F经过Nde I+Nsi I双切后大小为800bp的带的回收电泳;2、为含有5’-flanking的质粒pGEM-A5F经过Nde I+Nsi I双切后的结果,大小为5.5bp;m、为1kbMarker。
如图5所示,为表达载体pGEM-A5F3F构建,其中,1、为插入5’-flanking(2.5kb)及3’-flanking(800bp)的表达载体质粒pGEM-A5F3F(6.3kb);2、为只插入5’-flanking(2.5kb)的质粒pGEM-A5F(5.5kb)(作为对照)。
如图6所示,为表达载体质粒pGEM-A5F3F的鉴定,其中,1、1kb Marker;2、为Nde I单切质粒pGEM-A5F3F,大小为6.3kb;3、为SnaB I单切质粒pGEM-A5F3F,大小为6.3kb;4、为Nde I+SnaB I双切质粒pGEM-A5F3F的结果,切下的带的大小为2.5kb+3.8kb;5、为Nde I+Nsi I双切质粒pGEM-A5F3F的结果,切下的带的大小为800bp+5.5kb;6、质粒pGEM-A5F3F,大小为6.3kb;7、1kb Marker;8、质粒pGEM-A5F,大小为5.5kb。
利用该载体提供的三个酶切位点Spe I、Not I、Sal I作为外源片段的插入位点。
为保证外源片段的表达及5-UTR完整,在ATG前需要加一碱基“C”(actine的5-UTR结尾)。
2、GHRH基因片段合成
片段是人工合成的,全长198bp。为便于连接,5’端设计为平端,3’端设计为带有Sal I的粘端。
其具体操作中鉴于合成片段的局限,采用分步合成。
全序列:
CATGGGTTCTGCTCTGCTCCTCGCCCTCGGGCTGCTTGCCCAGAGCCTTGGCCTGTCCTGGGCATACGCTGATGCTATCTTCACCAACTCCTA
AAAATCCTGGGCCAGCTGTCCGCTCGGAAGCTGCTGCAGGATATCATGAACCGGCAGCAGGGCGAGCGGAACCAGGAGCAGGGCGCCAAGGTGCGGCTGTAG
利用片段内中部的一个特异序列-ccgg-构建酶切位点,进而连接合成片段。
合成第一条链:
GHRH的5’端为顿端,与载体的5-flanking的3’端Sna BI切点补平后连接。
CATGGGTTCTGCTCTGCTCCTCGCCCTCGGGCTGCTTGCCCAGAGCCTTGGCCTGTCCTGGGCATACGCTGATGCTATCTTCACCAACTCCT
ccg
A/CCGGT为Age I位点
补为双连的引物
5’CATGGGTTCTGCTCTGCTCC 3’
5’GGACCGGTAGGAGTTGGTGA 3’
合成第二条链:
tctT
AAAATCCTGGGCCAGCTGTCCGCTCGGAAGCTGCTGCAGGATATCATGAACCGGCAGCAGGGCGAGCGGAACCAGGAGCAGGGCGCCAAGGTGCGGCTGTAGtcgacttt
T/CCGGA为Acc III位点
G/TCGAC为Sal I位点,用于插入载体。
补为双连的引物
5’TCTTCCGGAAAATCCTGGG 3’
5’AAAGTCGACTAGAGCCGCA 3’
GHRH的3’端为Sal I\Not I\Spe I的粘端,与载体的3-flanking的5’端SalI\Not I\Spe I切点连接。
如图7所示,为人工合成的含有引导肽的GHRH序列的拼接鉴定,其中,1、Hae IIIMarker;2、扩增的片段II(F II):拼接M-cadherin引导肽及GHRH序列的,大小为118bp;3、扩增的片段I(F I):拼接M-cadherin引导肽及GHRH序列,大小为105bp。
如图8-A及8-B所示,均为表达质粒pGEM-A5F3F-M-GHRH的构建及鉴定,其中,图8-A中,1、1kb Marker;2、为SnaB I+Sal I双切载体质粒pGEM-A5F3F的结果,切下的带的大小为6.3kb;3、为引导肽及GHRH序列的片段I与II拼接克隆(F I-II)经由Nco I与Sal I双切的结果,大小为198bp;4、为Hae III Marker;5、为引导肽及GHRH序列的片段I与II拼接克隆(F I-II)PCR的结果,大小为213bp。图8-B中,1、拼接克隆(F I-II)PCR结果,大小为213bp;2、空白对照;3、阳性质粒PCR结果为213bp;4、阴性质粒对照;5、表达质粒pGEM-A5F3F-M-GHRH的PCR结果,213bp;6、载体质粒质粒pGEM-A5F3FPCR对照;7、Hae III Marker;8、1kb Marker;9、阴性质粒pGEM-A5F(5.5kb)的Nco I+Nde I双切对照;10、表达质粒pGEM-A5F3F-M-GHRH的Nco I+Nde I双切结果为2.4kb\3.8kb\256bp\387bp;11、载体质粒pGEM-A5F3F的Nco I+Nde I双切结果为2.4kb\3.8kb\387bp。
3、GHRH基因表达克隆说明:
如图2所示,
A、将构建的表达载体pGEM-A5f3f用Sna BI进行酶切,而后补平。进而利用SalI对其进行酶切。
B、利用Sal I对合成的GHRH基因片段酶切。
C、连接A、B酶切的结果,形成表达克隆。
实施例2、表达质粒在活体内促进绵羊生长
注射方式:一次性臀部两侧肌肉注入本发明的表达质粒1.2-1.5mg/头。注射后促生长效果如表2所示。
本实施例中具体操作方法参见科学出版社出版的《分子克隆实验指南》(第二版)中的相应部分。实验中,公羊、母羊各为半数,采用随机分组。饲养方式基本上为放牧,极少补充精料。
表2:表达质粒活体肌肉注射促生长效果表
品种性状 |
新疆哈萨克羊 |
蒙古乌珠穆沁羊 |
山东小尾寒羊 |
实验组 |
对照组 |
实验组 |
对照组 |
实验组 |
对照组 |
头数 |
15 |
20 |
12 |
22 |
20 |
25 |
实验前体重kg |
12.62 |
12.75 |
13.25 |
13.38 |
15.80 |
15.92 |
5月龄体重kg |
23.50 |
20.34 |
40.86 |
36.68 |
45.76 |
40.82 |
10月体龄重kg |
38.28 |
32.86 |
54.52 |
46.89 |
70.05 |
60.40 |
10月龄胴体重kg |
19.95 |
14.80 |
29.16 |
22.50 |
40.65 |
31.58 |
屠宰率 |
52% |
45% |
53.6% |
48% |
55.8% |
52.6% |
总提高率 |
25.49% |
21.27% |
22.34% |
其中,实验前重主要是断奶时体重,本发明注射液使用为羔羊断奶前5天注射;总提高率指总生产效率的提高,综合了日增重和产肉率的因素。
从表中的结果可以看出,本发明注射液对于不同种的羊在不同时期的体重增加均有显著的促进作用。