CN118103510A - 用于治疗多囊性肾病的方法和组合物 - Google Patents

用于治疗多囊性肾病的方法和组合物 Download PDF

Info

Publication number
CN118103510A
CN118103510A CN202280066728.7A CN202280066728A CN118103510A CN 118103510 A CN118103510 A CN 118103510A CN 202280066728 A CN202280066728 A CN 202280066728A CN 118103510 A CN118103510 A CN 118103510A
Authority
CN
China
Prior art keywords
subject
nucleobase
compound
modified oligonucleotide
certain embodiments
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202280066728.7A
Other languages
English (en)
Inventor
D·德林金
G·A·肯伯格
E·C·Y·李
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Regulus Therapeutics Inc
Original Assignee
Regulus Therapeutics Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Regulus Therapeutics Inc filed Critical Regulus Therapeutics Inc
Publication of CN118103510A publication Critical patent/CN118103510A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C12N2310/113—Antisense targeting other non-coding nucleic acids, e.g. antagomirs
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/322—2'-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/333—Modified A
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/336—Modified G

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本文提供了使用靶向miR‑17的经修饰的寡核苷酸治疗多囊性肾病、包括常染色体显性多囊性肾病的方法。

Description

用于治疗多囊性肾病的方法和组合物
相关申请的交叉引用
本申请要求2021年10月8日提交的美国临时申请第63/253,933号的优先权权益，所述临时申请出于任何目的通过引用整体并入本文。
技术领域
本文提供了用于治疗多囊性肾病的组合物和方法。
背景技术
多囊性肾病的特征在于肾脏中累积有大量充满流体的囊肿。这些囊肿内衬有单层的上皮细胞，称为囊肿上皮。随着时间推移，由于细胞增殖增多并且囊肿上皮主动分泌流体，囊肿的大小增加。增大的囊肿压迫周围的正常组织，导致肾功能下降。所述疾病最终进展成终末期肾病，需要透析或肾移植。在此阶段，囊肿可被含有萎缩小管的纤维化区域包围。多囊性肾病也可导致在肝脏和体内其他部位发生囊肿。
多种遗传病症可导致多囊性肾病(PKD)。各种PKD形式通过遗传方式区分，例如常染色体显性或常染色体隐性遗传；肾外器官受累和表型呈现；终末期肾病的发病年龄，例如出生时、儿童期或成年期；以及与所述疾病相关的潜在遗传突变。例如，参见Kurschat等人，2014,Nature Reviews Nephrology,10：687-699。
发明内容
实施方案1.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐。
实施方案2.如实施方案1所述的化合物，其中(N)r的结构为：
ASGSCMAFCFUFUMUS
其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷；
后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷；并且
后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷。
实施方案3.如实施方案1或实施方案2所述的化合物，其中至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案4.如实施方案1至3中任一项所述的化合物，其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案5.如实施方案1至4中任一项所述的化合物，其中q为1。
实施方案6.如实施方案1至4中任一项所述的化合物，其中q为0。
实施方案7.如实施方案1至6中任一项所述的化合物，其中p为0。
实施方案8.如实施方案1至6中任一项所述的化合物，其中p选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14。
实施方案9.如实施方案8所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ ID NO:1)具有不超过一个错配。
实施方案10.如实施方案8所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ ID NO:1)没有错配。
实施方案11.如实施方案8、9或10中任一项所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列选自CUACCUGCACUGUA(SEQ ID NO:7)、CUACCUGCACUGU(SEQ ID NO:8)、CUACCUGCACUG(SEQID NO:9)、CUACCUGCACU(SEQ ID NO:10)、CUACCUGCAC(SEQ ID NO:11)、CUACCUGCA、CUACCUGC、CUACCUG、CUACCU、CUACC、CUAC、CUA、CU和C。
实施方案12.如实施方案1至5或7至11中任一项所述的化合物，其中N'的核碱基为在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基。
实施方案13.如实施方案12所述的化合物，其中N'的核碱基选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
实施方案14.如实施方案1至13中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分不为2'-O-甲基糖。
实施方案15.如实施方案1至14中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分为2'-O-甲氧基乙基糖或S-cEt糖。
实施方案16.如实施方案2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSAS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案17.如实施方案2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案18.如实施方案2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSCS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案19.如实施方案2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案20.如实施方案1至19中任一项所述的化合物，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
实施方案21.如实施方案1至20中任一项所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案22.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；或其药学上可接受的盐。
实施方案23.如实施方案22所述的经修饰的寡核苷酸，其中B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
实施方案24.如实施方案22或实施方案23所述的经修饰的寡核苷酸，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案25.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。
实施方案26.如实施方案25所述的经修饰的寡核苷酸，其中B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
实施方案27.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
或其药学上可接受的盐。
实施方案28.如实施方案27所述的经修饰的寡核苷酸，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案29.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
实施方案30.一种药物组合物，所述药物组合物包含实施方案1至21中任一项所述的化合物或实施方案22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸以及药学上可接受的稀释剂。
实施方案31.如实施方案30所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为水溶液。
实施方案32.如实施方案31所述的药物组合物，其中所述水溶液为盐水溶液。
实施方案33.一种药物组合物，所述药物组合物包含实施方案1至21中任一项所述的化合物或实施方案22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸，其为冻干组合物。
实施方案34.一种药物组合物，所述药物组合物基本上由在盐水溶液中的实施方案1至21中任一项所述的化合物或实施方案22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸组成。
实施方案35.一种用于抑制细胞中miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与实施方案1至21中任一项所述的化合物或实施方案22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸接触。
实施方案36.一种用于抑制受试者体内miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括向所述受试者施用实施方案1至21中任一项所述的化合物、实施方案22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸或实施方案30至34中任一项所述的药物组合物。
实施方案37.如实施方案36所述的方法，其中所述受试者患有与miR-17相关的疾病。
实施方案38.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有H键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐。
实施方案39.如实施方案38所述的方法，其中(N)r的结构为：
ASGSCMAFCFUFUMUS
其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷；
后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷；并且后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷。
实施方案40.如实施方案38或实施方案39所述的方法，其中至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案41.如实施方案38至40中任一项所述的方法，其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
实施方案42.如实施方案38至41中任一项所述的方法，其中q为1。
实施方案43.如实施方案38至41中任一项所述的方法，其中q为0。
实施方案44.如实施方案38至43中任一项所述的方法，其中p为0。
实施方案45.如实施方案38至43中任一项所述的方法，其中p选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14。
实施方案46.如实施方案45所述的方法，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ ID NO:1)具有不超过一个错配。
实施方案47.如实施方案45所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ ID NO:1)没有错配。
实施方案48.如实施方案47所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列选自CUACCUGCACUGUA(SEQ ID NO:7)、CUACCUGCAC UGU(SEQ ID NO:8)、CUACCUGCACUG(SEQ IDNO:9)、CU ACCUGCACU(SEQ ID NO:10)、CUACCUGCAC(SEQ ID NO:11)、CUACCUGCA、CUACCUGC、CUACCUG、CUACCU、CUAC C、CUAC、CUA、CU和C。
实施方案49.如实施方案38至42或44至48中任一项所述的方法，其中N'的核碱基为在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基。
实施方案50.如实施方案49所述的方法，其中N'的核碱基选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
实施方案51.如实施方案38至50中任一项所述的方法，其中N'的所述糖部分不为2'-O-甲基糖。
实施方案52.如实施方案38至51中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分为2'-O-甲氧基乙基糖或S-cEt糖。
实施方案53.如实施方案39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSAS-3'，并且每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案54.如实施方案39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案55.如实施方案39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSCS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案56.如实施方案39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
实施方案57.如实施方案38至56中任一项所述的方法，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
实施方案58.如实施方案38至57中任一项所述的方法，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案59.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
或其药学上可接受的盐。
实施方案60.如实施方案59所述的方法，其中药学上可接受的盐为钠盐。
实施方案61.如实施方案60所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸存在于包含药学上可接受的稀释剂的药物组合物中。
实施方案62.如实施方案61所述的方法，其中所述药学上可接受的稀释剂为无菌水溶液。
实施方案63.如实施方案62所述的方法，其中所述无菌水溶液为盐水溶液。
实施方案64.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
实施方案65.如实施方案64所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸存在于包含药学上可接受的稀释剂的药物组合物中。
实施方案66.如实施方案65所述的方法，其中所述药学上可接受的稀释剂为无菌水溶液。
实施方案67.如实施方案66所述的方法，其中所述无菌水溶液为盐水溶液。
实施方案68.如实施方案38至67中任一项所述的方法，其中所述受试者患有多囊性肾病。
实施方案69.如实施方案38至67中任一项所述的方法，其中所述受试者疑似患有多囊性肾病。
实施方案70.如实施方案38至68中任一项所述的方法，其中使用临床、组织病理学和/或遗传标准，所述受试者已被诊断为患有多囊性肾病。
实施方案71.如实施方案38至70中任一项所述的方法，其中在施用所述化合物、所述经修饰的寡核苷酸或所述药物组合物之前，确定所述受试者在所述受试者的肾脏、尿液或血液中具有降低的多囊蛋白-1(PC1)和/或多囊蛋白-2(PC2)水平。
实施方案72.如实施方案38至71中任一项所述的方法，其中所述多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病。
实施方案73.如实施方案38至71中任一项所述的方法，其中所述多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病。
实施方案74.如实施方案38至73中任一项所述的方法，其中所述受试者具有选自PKD1基因突变或PKD2基因突变的突变。
实施方案75.如实施方案3838至74中任一项所述的方法，其中所述受试者具有增加的肾脏总体积。
实施方案76.如实施方案38至75中任一项所述的方法，其中所述受试者患有高血压。
实施方案77.如实施方案38至76中任一项所述的方法，其中所述受试者的肾功能受损。
实施方案78.如实施方案38至77中任一项所述的方法，其中所述施用减少所述受试者的肾脏总体积。
实施方案79.如实施方案38至78中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者中肾脏总体积的增加速率。
实施方案80.如实施方案78或实施方案79所述的方法，其中所述肾脏总体积是经高度调整的肾脏总体积。
实施方案81.如实施方案38至80中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者中肾小球滤过率的下降速率。
实施方案82.如实施方案38至81中任一项所述的方法，其中所述施用增加所述受试者中的肾小球滤过率。
实施方案83.如实施方案81或实施方案82所述的方法，其中所述肾小球滤过率是估计的肾小球滤过率。
实施方案84.如实施方案38至83中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者的肾脏和/或肝脏中囊肿生长的增加。
实施方案85.如实施方案38至84中任一项所述的方法，其中所述施用：
a)改善所述受试者的肾功能；
b)延迟所述受试者肾功能的恶化；
c)减少所述受试者的肾痛；
d)减缓所述受试者肾痛的增加；
e)延迟所述受试者肾痛的发作；
f)降低所述受试者的高血压；
g)减缓所述受试者高血压的恶化；
h)延迟所述受试者高血压的发作；
i)减少所述受试者肾脏的纤维化；
j)减缓所述受试者肾脏的纤维化的恶化；
k)延迟所述受试者的终末期肾病的发作；
l)延迟所述受试者的透析时间；
m)延迟所述受试者进行肾移植的时间；和/或
n)提高所述受试者的预期寿命。
实施方案86.如实施方案38至85中任一项所述的方法，其中所述施用：
a)减少所述受试者的白蛋白尿；
b)减缓所述受试者的白蛋白尿的恶化；
c)延迟所述受试者的白蛋白尿的发作；
d)减少所述受试者的血尿；
e)减缓所述受试者血尿的恶化；
f)延迟所述受试者血尿的发作；
g)降低所述受试者的血液尿素氮水平；
h)降低所述受试者的血清肌酸酐水平；
i)改善所述受试者的肌酸酐清除率；
j)降低所述受试者的白蛋白:肌酸酐比率；
k)增加所述受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)；
l)增加所述受试者尿液中的多囊蛋白-2(PC2)；
m)减少所述受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)；和/或
n)减少所述受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
实施方案87.如实施方案38至86中任一项所述的方法，所述方法包括：
a)测量所述受试者的肾脏总体积；
b)测量所述受试者的高血压；
c)测量所述受试者的肾痛；
d)测量所述受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)；
e)测量所述受试者尿液中的多囊蛋白-2(PC2)；
f)测量所述受试者肾脏的纤维化；
g)测量所述受试者的血液尿素氮水平；
h)测量所述受试者的血清肌酸酐水平；
i)测量所述受试者的肌酸酐清除率；
j)测量所述受试者的白蛋白尿；
k)测量所述受试者的白蛋白:肌酸酐比率；
l)测量所述受试者的肾小球滤过率；
m)测量所述受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)；和/或
n)测量所述受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
实施方案88.如实施方案38至87中任一项所述的方法，所述方法包括施用至少一种额外疗法，其中至少一种额外疗法为抗高血压剂。
实施方案89.如实施方案38至87中任一项所述的方法，所述方法包括施用至少一种选自以下的额外疗法：血管收缩素II转化酶(ACE)抑制剂、血管收缩素II受体阻断剂(ARB)、利尿剂、钙通道阻断剂、激酶抑制剂、肾上腺素能受体拮抗剂、血管舒张剂、苯并二氮杂卓、肾素抑制剂、醛固酮受体拮抗剂、内皮素受体阻断剂、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)抑制剂、激素类似物、血管加压素受体2拮抗剂、醛固酮受体拮抗剂、葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂、抗高血糖剂、透析和肾移植。
实施方案90.如实施方案89所述的方法，其中所述血管收缩素II转化酶(ACE)抑制剂选自卡托普利(captopril)、依那普利(enalapril)、赖诺普利(lisinopril)、贝那普利(benazepril)、喹那普利(quinapril)、福辛普利(fosinopril)和雷米普利(ramipril)。
实施方案91.如实施方案89所述的方法，其中所述血管收缩素II受体阻断剂(ARB)选自坎地沙坦(candesartan)、厄贝沙坦(irbesartan)、奥美沙坦(olmesartan)、氯沙坦(losartan)、缬沙坦(valsartan)、替米沙坦(telmisartan)和依普罗沙坦(eprosartan)。
实施方案92.如实施方案89所述的方法，其中所述血管加压素受体2拮抗剂为托伐普坦(tolvaptan)。
实施方案93.如实施方案89所述的方法，其中所述醛固酮受体拮抗剂为螺内酯。
实施方案94.如实施方案89所述的方法，其中所述激酶抑制剂选自伯舒替尼(bosutinib)和KD019。
实施方案95.如实施方案89所述的方法，其中所述mTOR抑制剂选自依维莫司(everolimus)、雷帕霉素和西罗莫司(sirolimus)。
实施方案96.如实施方案89所述的方法，其中所述激素类似物选自生长抑素和促肾上腺皮质激素。
实施方案97.如实施方案89所述的方法，其中所述葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂为文鲁司他(venglustat)。
实施方案98.如实施方案89所述的方法，其中所述抗高血糖剂为二甲双胍(metformin)。
实施方案99.如实施方案38至96中任一项所述的方法，所述方法包括施用治疗有效量的所述化合物。
实施方案100.如实施方案38至99中任一项所述的方法，其中所述受试者为人类受试者。
实施方案101.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有H键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐，其用于疗法中。
实施方案102.如实施方案101所述的化合物，其中所述疗法是多囊性肾病的治疗。
实施方案103.如实施方案102所述的化合物，其中所述多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)。
实施方案104.如实施方案102所述的化合物，其中所述多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病(ARPKD)。
实施方案105.如实施方案1至22中任一项所述的化合物、如实施方案23至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸或如实施方案30至33中任一项所述的药物组合物，其用于疗法中。
附图说明
图1.嘌呤核碱基结构。
图2A至图2C.RG-NG-1015在PKD的Pkd1-F/RC模型中的功效。治疗效应：(2A)肾脏/体重比率、(2B)血液尿素氮(BUN)水平和(2C)血液肌酸酐水平。
图3.RG-NG-1001、RGLS4326和RG-NG-1017的最大耐受剂量(MTD)研究和比较性剂量评估。以4μL体积向6-7周龄雄性C57BL/6J小鼠给与不同剂量水平的RG-NG-1001和RGLS4326(抑制AMPA-R的抗miR-17寡聚物)和RG-NG-1017(不抑制AMPA-R的抗miR-17寡聚物；RG-NG-1017)的单次脑室内(ICV)注射并监测7天。指示所述三种不同化合物在不同剂量下的小鼠死亡率。
图4A至图4F.阐述了RG-NG-1015和RGLS4326针对体外HeLa细胞中的miR-17(4A)、miR-20a(4B)、miR-93(4C)和miR106(a)(4D)荧光素酶传感器活性的活性的评估。阐述了RG-NG-1015和RGLS4326针对含有miR-17直接靶基因PKD1(4E)和PKD2(4F)的全长3'非翻译区(UTR)的荧光素酶传感器的活性的评估。
图5A至图5D.测量了RGLS4326和RG-NG-1015在C57BL6小鼠中单次皮下施用后的药物动力学和靶标接合(如通过miPSA所测量)。显示出血浆浓度(5A)、组织浓度(5B)、肾脏靶标接合(5C)和肝脏靶标接合(5D)。
图6A至图6E.测量了不同剂量和方案的RG-NG-1015以及与托伐普坦组合对PKDPcy/DBA小鼠模型的效应。给药时间表示于图6A中，并且图6C至图6E中各图表的图例示于图6B中。显示出肾脏重量/体重(6C)、囊性区(％)(6D)和尿液Ngal/Cr(6E)。误差条表示标准偏差。*p<0.05，**p<0.01，***p<0.001，****p<0.001，(ns)p>0.05，与Pcy媒介物治疗组相比；单因素ANOVA Bonferroni多重比较检验。#p<0.05，##p<0.01，###p<0.001，####p<0.001，(ns)p>0.05，与单独托伐普坦治疗组相比；单因素ANOVA Sadik多重比较检验。$p<0.05，$$p<0.01，$$$p<0.001，$$$$p<0.001，(ns)p>0.05，与剂量匹配的单独RG-NG-1015治疗组相比；单因素ANOVA Sadik多重比较检验。
具体实施方式
除非另有定义，否则本文中所用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的技术人员所通常理解相同的含义。除非提供具体定义，否则结合本文所阐述的分析化学、合成有机化学以及医学和医药化学所采用的命名法以及本文所阐述的分析化学、合成有机化学以及医学和医药化学的程序和技术是本领域中众所周知并且常用的那些。倘若本文术语存在复数种定义，则以此部分中的那些定义为准。可使用标准技术进行化学合成、化学分析、医药制备、配制和递送以及受试者治疗。某些此类技术和程序可见于例如“Carbohydrate Modificati ons in Antisense Research”，Sanghvi和Cook编辑，American Chem ical Society,Washington D.C.,1994；和“Remington's PharmaceuticalSciences,”Mack Publishing Co.,Easton,Pa.，第18版，1990；并且其出于任何目的通过引用并入本文。在允许的情况下，除非另有注明，否则在本文的整个公开中所通篇提及的所有专利、专利申请、公开申请和公开、GENBANK序列、网站和其他公开材料都通过引用整体并入。在提及URL或其他此标识符或地址的情况下，应理解，此类标识符可改变，并且因特网上的特定信息可改变，但可通过搜索因特网找到等效信息。对此的引用证明此信息的可用性和公开传播。
在公开并阐述本发明组合物和方法之前，应理解，本文所用的术语仅是出于阐述特定实施方案的目的，而不旨在具有限制性。必须注意，除非上下文另外明确地指示，否则如本说明书和所附权利要求中所用，单数形式“一(a/an)”和“所述(the)”包括复数个指示物。
定义
“多囊性肾病”或“PKD”是一种囊性肾病，其特征在于肾脏中累积有大量充满流体的囊肿。在至少一个肾脏中形成多个囊肿，此时常导致受影响肾脏的增大和进行性肾功能丧失。
“多囊性肾病的标志物”意指用于评估多囊性肾病的严重程度、肾功能和/或患有多囊性肾病的受试者对治疗的反应的医学参数。多囊性肾病的标志物的非限制性实例包括肾脏总体积、高血压、肾小球滤过率和肾痛。
“肾功能的标志物”意指用于评估受试者肾功能的医学参数。肾功能的标志物的非限制性实例包括肾小球滤过率、血液尿素氮水平和血清肌酸酐水平。
“常染色体显性多囊性肾病”或“ADPKD”是由PKD1和/或PKD2基因中的一个或多个遗传突变引起的多囊性肾病。85％的ADPKD是由位于染色体16上的PKD1突变引起的，其余大多数ADPKD病例是由位于染色体4上的PKD2突变引起的。
“常染色体隐性多囊性肾病”或“ARPKD”是由位于染色体6上的PKHD1基因中的一个或多个遗传突变引起的多囊性肾病。高达50％的患有ARPKD的新生儿死于子宫内肾病的并发症，并且那些存活者中约有三分之一在10年内发展成终末期肾病(ESRD)。
“肾消耗病”或“NPHP”意指特征在于皮质髓质囊肿、肾小管基底膜破裂和肾小管间质性肾病变的常染色体隐性囊性肾病。
“肾脏总体积”或“TKV”是肾脏总体积的量度。肾脏总体积可通过磁共振成像(MRI)、计算机断层摄影(CT)扫描或超声波(US)成像来测定，并且体积通过标准方法如椭圆体体积方程(对于超声波)，或通过定量体视学或边界跟踪(对于CT/MRI)来计算。
“经高度调整的肾脏总体积”或“HtTKV”是对每单位高度的肾脏总体积的量度。预计HtTKV值≥600ml/m的患者在8年内发展成3期慢性肾病。
“肾痛”意指临床上显著的肾痛，需要病假、药物治疗(麻醉剂或最后寻求的止痛剂)或侵入性干预。
“恶化的高血压”意指需要起始或增加高血压治疗的血压变化。
“纤维化”意指器官或组织中过量纤维性结缔组织的形成或发展。在某些实施方案中，纤维化作为修复性或反应性过程发生。在某些实施方案中，纤维化响应于损害或损伤而发生。术语“纤维化”应理解为器官或组织中作为修复性或反应性过程而形成或发展出过量纤维性结缔组织，这与作为器官或组织的正常组成部分的纤维性组织的形成相反。
“血尿”意指在尿液中存在红细胞。
“白蛋白尿”意指在尿液中存在过量白蛋白，并且包括(但不限于)正常白蛋白尿、高正常白蛋白尿、微量白蛋白尿和大量白蛋白尿。通常，由足细胞、肾小球基底膜和内皮细胞构成的肾小球滤过渗透性屏障防止血清蛋白质渗漏至尿液中。白蛋白尿可反映肾小球滤过渗透性屏障的损伤。白蛋白尿可从24小时尿液样品、过夜尿液样品或点尿液样品计算。
“高正常白蛋白尿”意指以如下为特征的升高的白蛋白尿：(i)每24小时向尿液中排泄15至<30mg白蛋白和/或(ii)男性中白蛋白/肌酸酐比率为1.25至<2.5mg/mmol(或10至<20mg/g)，或女性中为1.75至<3.5mg/mmol(或15至<30mg/g)。
“微量白蛋白尿”意指以如下为特征的升高的白蛋白尿：(i)每24小时向尿液中排泄30至300mg白蛋白和/或(ii)男性中白蛋白/肌酸酐比率为2.5至<25mg/mmol(或20至<200mg/g)，或女性中为3.5至<35mg/mmol(或30至<300mg/g)。
“大量白蛋白尿”意指以如下为特征的升高的白蛋白尿：每24小时向尿液中排泄超过300mg白蛋白和/或(ii)男性中白蛋白/肌酸酐比率>25mg/mmol(或>200mg/g)或女性中>35mg/mmol(或>300mg/g)。
“白蛋白/肌酸酐比率”意指尿液白蛋白(mg/dL)与尿液肌酸酐(g/dL)的比率，并且以mg/g表示。在某些实施方案中，白蛋白/肌酸酐比率可从点尿液样品计算，并且可用作24小时时期内白蛋白排泄的估计值。
“肾小球滤过率”或“GFR”意指滤过液通过肾脏的流速，并且用作受试者肾功能的指标。在某些实施方案中，通过计算估计的肾小球滤过率测定受试者的GFR。在某些实施方案中，使用菊粉法直接在受试者中测量受试者的GFR。
“估计的肾小球滤过率”或“eGFR”意指肾脏滤过肌酸酐的程度测量值，并且用于估算肾小球滤过率。由于GFR的直接测量较复杂，因此在临床实践中常使用eGFR。正常结果可在90-120mL/min/1.73m2范围内。水平低于60mL/min/1.73m2持续3个月或更长时间可能是慢性肾病的指标。水平低于15mL/min/1.73m2可能是肾衰竭的指标。
“蛋白尿”意指尿液中存在过量的血清蛋白质。蛋白尿的特征可在于每24小时向尿液中排泄>250mg的蛋白质和/或尿液蛋白质对肌酸酐比率≥0.20mg/mg。伴随蛋白尿的升高的血清蛋白质包括(但不限于)白蛋白。
“血液尿素氮水平”或“BUN水平”意指血液中呈尿素形式的氮的量的量度。肝脏在尿素循环中产生作为蛋白质消化废物的尿素，并且尿素通过肾脏从血液中去除。正常成人血液中可含有7至21mg的尿素氮/100ml血液(7-21mg/dL)。血液尿素氮水平的测量值用作肾健康的指标。如果肾脏无法正常去除血液中的尿素，则受试者的BUN水平升高。
“升高”意指医学参数视为临床相关的增大。健康专业人士可确定增大是否具有临床显著性。
“终末期肾病(ESRD)”意指肾功能完全或几乎完全衰竭。
“生活质量”意指受试者的身体、心理和社会功能因疾病和/或治疗疾病而受损的程度。患有多囊性肾病的受试者的生活质量可能降低。
“肾功能受损”意指相对于正常肾功能，肾功能降低。
“减缓......的恶化”和“减缓恶化”意指降低医学疾患进入晚期的速率。
“延迟透析时间”意指维持足够的肾功能，使得对透析治疗的需要得以延迟。
“延迟肾移植时间”意指维持足够的肾功能，使得对肾移植的需要得以延迟。
“提高预期寿命”意指通过治疗受试者疾病的一种或多种症状来延长受试者的寿命。
“受试者”意指选择进行治疗或疗法的人类或非人类动物。
“有需要的受试者”意指鉴定为需要疗法或治疗的受试者。
“疑似患有......的受试者”意指表现出疾病的一种或多种临床指标的受试者。
“与miR-17相关的疾病”意指受一个或多个miR-17家族成员的活性调节的疾病或疾患。
“施用”意指向受试者提供医药剂或组合物，并且包括(但不限于)由医学专业人士施用和自施用。
“肠胃外施用”意指经由注射或输注施用。肠胃外施用包括(但不限于)皮下施用、静脉内施用和肌内施用。
“皮下施用”意指略低于皮肤施用。
“静脉内施用”意指向静脉内施用。
“伴随施用”是指两种或更多种剂以任何方式共施用，其中两者的药理学效应在患者体内同时显现。伴随施用不要求两种剂以单一药物组合物、以相同剂型或按相同施用途径施用。两种剂的效应不需要同时显现。所述效应仅需要在一段时间内重叠，而无需同延。
“持续时间”意指活性或事件持续的时期。在某些实施方案中，治疗持续时间是施用一定剂量的医药剂或药物组合物的时期。
“疗法”意指疾病治疗方法。在某些实施方案中，疗法包括(但不限于)向患有疾病的受试者施用一种或多种医药剂。
“治疗”意指应用一种或多种用于改善疾病的至少一种指标的具体程序。在某些实施方案中，所述具体程序是施用一种或多种医药剂。在某些实施方案中，PKD的治疗包括(但不限于)减少肾脏总体积、改善肾功能、降低高血压和/或减轻肾痛。
“改善”意指减轻疾患或疾病的至少一种指标的严重程度。在某些实施方案中，改善包括延迟或减缓疾患或疾病的一种或多种指标的进展。指标的严重程度可通过主观或客观量度来确定，所述量度为本领域技术人员所已知。
“处于发生......的风险下”意指受试者易于发生疾患或疾病的状态。在某些实施方案中，处于发生疾患或疾病的风险下的受试者表现出所述疾患或疾病的一种或多种症状，但未表现出足够数量的症状以诊断为患有所述疾患或疾病。在某些实施方案中，处于发生疾患或疾病的风险下的受试者表现出所述疾患或疾病的一种或多种症状，但其程度低于诊断为患有所述疾患或疾病所需的程度。
“预防......的发作”意指预防处于发生疾病或疾患的风险下的受试者发生所述疾患或疾病。在某些实施方案中，处于发生疾病或疾患的风险下的受试者接受与已患有所述疾病或疾患的受试者所接受的治疗相似的治疗。
“延迟......的发作”意指延迟处于发生疾病或疾患的风险下的受试者发生所述疾患或疾病。在某些实施方案中，处于发生疾病或疾患的风险下的受试者接受与已患有所述疾病或疾患的受试者所接受的治疗相似的治疗。
“剂量”意指在单次施用中所提供的指定量的医药剂。在某些实施方案中，一个剂量可以两次或更多次团注、片剂或注射来施用。例如，在某些实施方案中，在期望皮下施用的情形下，期望剂量所需要的体积不易于由单次注射提供。在此类实施方案中，可使用两次或更多次注射来达到期望剂量。在某些实施方案中，一个剂量可以两次或更多次注射来施用，以使个体的注射部位反应最小化。在某些实施方案中，一个剂量是以缓慢输注的形式施用。
“剂量单位”意指医药剂的提供形式。在某些实施方案中，剂量单位为含有冻干寡核苷酸的小瓶。在某些实施方案中，剂量单位为含有重构寡核苷酸的小瓶。
“治疗有效量”是指医药剂向动物提供治疗益处的量。
“药物组合物”意指适于向个体施用的物质混合物，其包括医药剂。例如，药物组合物可包含无菌水溶液。
“医药剂”意指在施用给受试者时提供治疗效应的物质。
“活性药物成分”意指药物组合物中提供期望效应的物质。
“药学上可接受的盐”意指本文所提供化合物的生理学和药学上可接受的盐，即在施用给受试者时保留所述化合物的期望生物活性并且不具有不期望的毒物学效应的盐。本文所提供化合物的非限制性示例性药学上可接受的盐包括钠盐和钾盐形式。除非另有明确指示，否则如本文所用的术语“化合物”、“寡核苷酸”和“经修饰的寡核苷酸”包括其药学上可接受的盐。
“盐水溶液”意指氯化钠于水中的溶液。
“改善的器官功能”意指器官功能向正常限值的变化。在某些实施方案中，通过测量受试者血液或尿液中所发现的分子来评估器官功能。例如，在某些实施方案中，通过血液尿素氮水平的降低、蛋白尿的减少、白蛋白尿的减少等来测量改善的肾功能。
“可接受的安全性概况”意指在临床上可接受的限值内的副作用模式。
“副作用”意指除期望效应以外的可归因于治疗的生理反应。在某些实施方案中，副作用包括(但不限于)注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常和肌肉病变。此类副作用可直接或间接地检测到。例如，血清中的转氨酶水平增加可能指示肝毒性或肝功能异常。例如，胆红素增加可能指示肝毒性或肝功能异常。
如本文所用的术语“血液”涵盖全血和血液部分，例如血清和血浆。
“抗miR”意指具有与微小RNA互补的核碱基序列的寡核苷酸。在某些实施方案中，抗miR是经修饰的寡核苷酸。
“抗miR-17”意指具有与一个或多个miR-17家族成员互补的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，抗miR-17与一个或多个miR-17家族成员完全互补(即100％互补)。在某些实施方案中，抗miR-17与一个或多个miR-17家族成员至少80％、至少85％、至少90％或至少95％互补。
“miR-17”意指具有核碱基序列5'-CAAAGUGCUUACAGUGCAG GUAG-3'(SEQ ID NO:1)的成熟miRNA。
“miR-20a”意指具有核碱基序列5'-UAAAGUGCUUAUAGUGCA GGUAG-3'(SEQ ID NO:2)的成熟miRNA。
“miR-20b”意指具有核碱基序列5'-CAAAGUGCUCAUAGUGC AGGUAG-3'(SEQ ID NO:3)的成熟miRNA。
“miR-93”意指具有核碱基序列5'-CAAAGUGCUGUUCGUGCA GGUAG-3'(SEQ ID NO:4)的成熟miRNA。
“miR-106a”意指具有核碱基序列5'-AAAAGUGCUUACAGUGC AGGUAG-3'(SEQ ID NO:5)的成熟miRNA。
“miR-106b”意指具有核碱基序列5'-UAAAGUGCUGACAGUG CAGAU-3'(SEQ ID NO:6)的成熟miRNA。
“miR-17种子序列”意指核碱基序列5'-AAAGUG-3'，其存在于每个miR-17家族成员中。
“miR-17家族成员”意指具有包含miR-17种子序列的核碱基序列的成熟miRNA，并且其选自miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a和miR-106b。
“miR-17家族”意指以下miRNA组：miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a和miR-106b，其各自具有包含miR-17种子序列的核碱基序列。
“靶核酸”意指寡聚化合物经设计与之杂交的核酸。
“靶向”意指设计并选择将与靶核酸杂交的核碱基序列的过程。
“靶向至”意指具有将容许与靶核酸杂交的核碱基序列。
“调节”意指对功能、量或活性的扰动。在某些实施方案中，调节意指功能、量或活性的增加。在某些实施方案中，调节意指功能、量或活性的减少。
“表达”意指将基因的编码信息转化成细胞中存在并运行的结构的任何功能和步骤。
“核碱基序列”意指寡聚化合物或核酸中的邻接核碱基的顺序，通常以5'至3'方向列示，并且与任何糖、键联和/或核碱基修饰无关。
“邻接核碱基”意指核酸中彼此紧邻的核碱基。
“核碱基互补性”意指两个核碱基经由氢键结非共价配对的能力。
“互补”意味着一个核酸能够与另一核酸或寡核苷酸杂交。在某些实施方案中，互补是指寡核苷酸能够与靶核酸杂交。
“完全互补”意指寡核苷酸的每个核碱基都能够与靶核酸中每个相应位置处的核碱基配对。在某些实施方案中，寡核苷酸与微小RNA完全互补(也称为100％互补)，即寡核苷酸的每个核碱基都与微小RNA中相应位置处的核碱基互补。经修饰的寡核苷酸可与微小RNA完全互补，并且所具有的连接核苷数小于微小RNA的长度。例如，具有16个连接核苷的寡核苷酸与微小RNA完全互补，其中所述寡核苷酸的每个核碱基与所述微小RNA中相应位置处的核碱基互补。在某些实施方案中，每个核碱基与微小RNA茎环序列区域内的核碱基具有互补性的寡核苷酸与所述微小RNA茎环序列完全互补。
“互补性百分比”意指寡核苷酸中与靶核酸的等长部分互补的核碱基的百分比。通过将寡核苷酸中与靶核酸相应位置处的核碱基互补的核碱基数除以寡核苷酸中核碱基的总数来计算互补性百分比。
“同一性百分比”意指第一核酸中与第二核酸中相应位置处的核碱基同一的核碱基数除以所述第一核酸中核碱基的总数。在某些实施方案中，第一核酸为微小RNA，并且第二核酸为微小RNA。在某些实施方案中，第一核酸为寡核苷酸，并且第二核酸为寡核苷酸。
“杂交”意指经由核碱基互补性而发生的互补核酸的退火。
“错配”意指第一核酸的核碱基不能与第二核酸相应位置处的核碱基进行沃森-克里克配对(Watson-Crick pairing)。
在核碱基序列背景下的“同一”意指具有相同的核碱基序列，与糖、键联和/或核碱基修饰无关并且与所存在的任何嘧啶的甲基化状态无关。
“微小RNA”意指长度为18至25个核碱基的内源性非编码RNA，其为前体微小RNA被酶Dicer裂解的产物。成熟微小RNA的实例见于称为miRBase的微小RNA数据库(microrna.sanger.ac.uk/)。在某些实施方案中，微小RNA缩写为“miR”。
“微小RNA调控的转录本”意指受微小RNA调控的转录本。
“种子匹配序列”意指与种子序列互补的核碱基序列，并且与种子序列的长度相同。
“寡聚化合物”意指包含多个连接的单体亚单元的化合物。寡聚化合物包括寡核苷酸。
“寡核苷酸”意指包含多个连接核苷的化合物，每个核苷可彼此独立地经修饰或未经修饰。
“天然存在的核苷间键联”意指在核苷之间的3'至5'磷酸二酯键联。
“天然糖”意指在DNA(2'-H)或RNA(2'-OH)中所发现的糖。
“核苷间键联”意指毗邻核苷之间的共价键联。
“连接核苷”意指由共价键联接合的核苷。
“核碱基”意指能够与另一核碱基非共价配对的杂环部分。
“核苷”意指连接至糖部分的核碱基。
“核苷酸”意指具有与核苷的糖部分共价连接的磷酸酯基的核苷。
“包含由一定数目连接核苷组成的经修饰的寡核苷酸的化合物”意指包括具有指定数目的连接核苷的经修饰的寡核苷酸的化合物。因此，所述化合物可包括额外取代基或缀合物。除非另有指示，否则经修饰的寡核苷酸不与互补链杂交，并且所述化合物除经修饰的寡核苷酸的那些核苷以外不包括任何额外核苷。
“经修饰的寡核苷酸”意指相对于天然存在的末端、糖、核碱基和/或核苷间键联具有一种或多种修饰的单链寡核苷酸。经修饰的寡核苷酸可包含未经修饰的核苷。
“经修饰的核苷”意指相比于天然存在的核苷具有任何变化的核苷。经修饰的核苷可具有经修饰的糖和未经修饰的核碱基。经修饰的核苷可具有经修饰的糖和经修饰的核碱基。经修饰的核苷可具有天然糖和经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核苷为双环核苷。在某些实施方案中，经修饰的核苷为非双环核苷。
“经修饰的核苷间键联”意指相比于天然核苷间键联的任何变化。
“硫代磷酸酯核苷间键联”意指核苷之间的键联，其中非桥接原子之一为硫原子。
“经修饰的糖部分”意指相比于天然糖的取代和/或任何变化。
“未经修饰的核碱基”意指RNA或DNA的天然存在的杂环碱基：嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)(包括5-甲基胞嘧啶)和尿嘧啶(U)。
“5-甲基胞嘧啶”意指包含连接至5位的甲基的胞嘧啶。
“非甲基化胞嘧啶”意指不具有连接至5位的甲基的胞嘧啶。
“经修饰的核碱基”意指不为未经修饰的核碱基的任何核碱基。
“糖部分”意指天然存在的呋喃糖基或经修饰的糖部分。
“经修饰的糖部分”意指被取代的糖部分或糖代用品。
“2'-O-甲基糖”或“2'-OMe糖”意指在2'位具有O-甲基修饰的糖。
“2'-O-甲氧基乙基糖”或“2'-MOE糖”意指在2'位具有O-甲氧基乙基修饰的糖。
“2'-氟”或“2'-F”意指在2'位具有氟修饰的糖。
“双环糖部分”意指包含4元至7元环(包括但不限于呋喃糖基)的经修饰的糖部分，所述4元至7元环包含连结所述4元至7元环的两个原子以形成第二环的桥，从而产生双环结构。在某些实施方案中，4元至7元环为糖环。在某些实施方案中，4元至7元环为呋喃糖基。在某些此类实施方案中，所述桥连结呋喃糖基的2'-碳与4'-碳。非限制性示例性双环糖部分包括LNA、ENA、cEt、S-cEt和R-cEt。
“锁核酸(LNA)糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含(CH2)-O桥的被取代的糖部分。
“ENA糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含(CH2)2-O桥的被取代的糖部分。
“受约束乙基(cEt)糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含CH(CH3)-O桥的被取代的糖部分。在某些实施方案中，CH(CH3)-O桥约束在S方向。在某些实施方案中，CH(CH3)-O约束在R方向。
“S-cEt糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含S-约束的CH(CH3)-O桥的被取代的糖部分。
“R-cEt糖部分”意指在4'与2'呋喃糖环原子之间包含R-约束的CH(CH3)-O桥的被取代的糖部分。
“2'-O-甲基核苷”意指具有2'-O-甲基糖修饰的2'-修饰的核苷。
“2'-O-甲氧基乙基核苷”意指具有2'-O-甲氧基乙基糖修饰的2'-修饰的核苷。2'-O-甲氧基乙基核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。
“2'-氟核苷”意指具有2'-氟糖修饰的2'-修饰的核苷。2'-氟核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。
“双环核苷”意指具有双环糖部分的2'-修饰的核苷。双环核苷可具有经修饰或未经修饰的核碱基。
“cEt核苷”意指包含cEt糖部分的核苷。cEt核苷可包含经修饰或未经修饰的核碱基。
“S-cEt核苷”意指包含S-cEt糖部分的核苷。
“R-cEt核苷”意指包含R-cEt糖部分的核苷。
“β-D-脱氧核糖核苷”意指天然存在的DNA核苷。
“β-D-核糖核苷”意指天然存在的RNA核苷。
“LNA核苷”意指包含LNA糖部分的核苷。
“ENA核苷”意指包含ENA糖部分的核苷。
“氢键受体”意指不提供共享氢原子的氢键组分。
“氢键供体”意指提供氢键的氢原子的键或分子。
概述
多囊性肾病(PKD)是一种遗传性肾病形式，其中在肾脏中发展出充满流体的囊肿，从而导致肾功能不全，并且通常终末期肾病。某些PKD的特征也在于肾脏增大。囊肿的过度增殖是PKD的标志性病理特征。在PKD的管控中，治疗的主要目标为管控症状(例如高血压和感染)、维持肾功能并且预防终末期肾病(ESRD)的发作，这进而提高患有PKD的受试者的预期寿命。
miR-17已鉴定为用于治疗PKD的靶标。抗miR-17化合物RGLS4326是通过筛选化学多样性和合理设计的抗miR-17寡核苷酸文库以获得最佳医药性质而发现的。RGLS4326优先分布至肾脏和集尿管源性囊肿，使miR-17离开翻译活跃的多核糖体，并且使包括Pkd1和Pkd2在内的多个miR-17mRNA靶标去阻遏。重要的是，皮下施用后，RGLS4326减弱人类体外ADPKD模型和多个PKD小鼠模型的囊肿生长。RGLS4326用于治疗患有常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)的患者的1b期临床试验于2020年10月启动。
继1b期临床试验启动后，非临床毒物学研究揭示了在小鼠中高剂量的RGLS4326下出现CNS相关的发现，包括异常步态、运动活动减少和/或衰竭。发现RGLS4326是AMPA受体(AMPA-R)的拮抗剂，AMPA受体是中枢神经系统(CNS)中兴奋性突触上的谷氨酸受体和离子通道，其介导快速兴奋性神经传递，并且因此是所有神经元网络的关键组分。对AMPA受体的拮抗作用可解释在非临床毒物学模型中在高剂量的RGLS4326下所观察到的CNS介导的发现。尽管在人类受试者中未观察到此类CNS相关的发现，但仍优选避免对AMPA受体的拮抗作用。因此，对抗miR-17化合物的文库进行筛选，以鉴定具有与RGLS4326相当的物理化学和药理学性质并且也具有更有利的安全性概况的化合物。鉴定出一种此类化合物RG-NG-1015，并且选为用于治疗ADPKD的候选治疗剂。
化合物
本文提供了包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；N'为包含经修饰的糖部分的核苷；q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；并且每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐。
根据核碱基的标准编号惯例，嘌呤核碱基的原子编号为1至9，如以下结构中所示：
键结至核碱基环原子的原子或基团与其所键结的环原子的数目相同。
某些核碱基(例如鸟苷和肌苷)在6位含有氢键受体。位于鸟苷6位的氢键受体是键结至6位碳的氧。位于肌苷6位的氢键受体是键结至6位碳的氧。
在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基包括(但不限于)2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、异鸟苷和腺苷。存在于2,6-二氨基嘌呤、异鸟苷和腺苷中的每一者的6位的NH2起氢键供体的作用。2-氨基嘌呤的6位不具有取代基，并且因此缺少氢键受体或供体。
在某些实施方案中，(N)r的结构为：ASGSCMAFCFUFUMUS，其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷；后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷；并且后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷。
在某些实施方案中，至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中，每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
在某些实施方案中，其中q为1。在某些实施方案中，q为0。在某些实施方案中，p为0。在某些实施方案中，p选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14。
在某些实施方案中，(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ ID NO:1)具有不超过一个错配。在某些实施方案中，(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQID NO:1)没有错配。在某些实施方案中，(N”)p的核碱基序列选自CUACCUGCACUGUA(SEQ IDNO:7)、CUACCUGCACUGU(SEQ ID NO:8)、CUACCUGCACUG(SEQ ID NO:9)、CUACCUGCACU(SEQ IDNO:10)、CUACCUGCAC(SEQ ID NO:11)、CUACCUGCA、CUACCUGC、CUACCUG、CUACCU、CUACC、CUAC、CUA、CU和C。
在某些实施方案中，N'的核碱基为在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基。在某些实施方案中，N'的核碱基选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
在某些实施方案中，N'的糖部分不为2'-O-甲基糖。在某些实施方案中，N'的糖部分为2'-O-甲氧基乙基糖或S-cEt糖。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSAS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSCS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。如权利要求2所述的化合物，其中经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物由经修饰的寡核苷酸组成。
在某些实施方案中，药学上可接受的盐为钠盐。
本文提供了具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；或其药学上可接受的盐。在某些实施方案中，B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
本文提供了具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。在某些实施方案中，B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
本文提供了经修饰的寡核苷酸，其命名为RG-NG-1015，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为：
本文也提供了经修饰的寡核苷酸RG-NG-1015的药学上可接受的盐。因此，在一些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
或其药学上可接受的盐。RG-NG-1015的非限制性示例性药学上可接受的盐具有如下结构：
在一些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的药学上可接受的盐所包含的阳离子抗衡离子(例如Na+)少于每个分子中硫代磷酸酯和/或磷酸二酯键联中所存在者(即，一些硫代磷酸酯和/或磷酸二酯键联经质子化)。在一些实施方案中，RG-NG-1015的药学上可接受的盐每分子RG-NG-1015包含少于8个阳离子抗衡离子(例如Na+)。也就是说，在一些实施方案中，RG-NG-1015的药学上可接受的盐每分子RG-NG-1015可平均包含1、2、3、4、5、6或7个阳离子抗衡离子，其余硫代磷酸酯基团经质子化。
某些用途
本文提供了用于抑制细胞中miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括使细胞与本文所提供的化合物接触，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。
本文提供了用于抑制受试者体内miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括向所述受试者施用本文所提供的药物组合物。在某些实施方案中，受试者患有与miR-17家族的一个或多个成员相关的疾病。
本文提供了用于治疗多囊性肾病(PKD)的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，受试者患有多囊性肾病。在某些实施方案中，多囊性肾病选自常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)、常染色体隐性多囊性肾病(ARPKD)和肾消耗病(NPHP)。在某些实施方案中，多囊性肾病选自常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)和常染色体隐性多囊性肾病(ARPKD)。
在某些实施方案中，受试者患有以多种非肾指标以及多囊性肾病为特征的病症。此类病症包括例如朱伯特综合征和相关病症(Joubert syndrome and relateddisorders,JSRD)、梅克尔综合征(Meckel syndrome,MKS)或巴德-毕德综合征(Bardet-Biedl syndrome,BBS)。因此，本文提供了用于治疗多囊性肾病(PKD)的方法，所述方法包括向受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列，其中所述受试者患有朱伯特综合征和相关病症(JSRD)、梅克尔综合征(MKS)或巴德-毕德综合征(BBS)。本文提供了用于治疗多囊性肾病(PKD)的方法，所述方法包括施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列，其中所述受试者疑似患有朱伯特综合征和相关病症(JSRD)、梅克尔综合征(MKS)或巴德-毕德综合征(BBS)。
在某些实施方案中，多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)。ADPKD由PKD1或PKD2基因的突变引起。ADPKD是一种进行性疾病，其中囊肿形成和肾增大导致肾功能不全，并且最终导致50％的患者至60岁时出现终末期肾病。ADPKD患者可能需要终身透析和/或肾移植。ADPKD是肾衰竭最常见的遗传原因。囊肿的过度增殖是ADPKD的标志性病理特征。在PKD的管控中，治疗的主要目标为维持肾功能并且预防终末期肾病(ESRD)的发作，这进而提高患有PKD的受试者的预期寿命。在ADPKD患者中，肾脏总体积通常稳步增加，其中增加与肾功能下降相关。本文提供了用于治疗ADPKD的方法，所述方法包括向患有或疑似患有ADPKD的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病(ARPKD)。ARPKD因PKHD1基因的突变引起，并且是儿童慢性肾病的原因。ARPKD的典型肾表型为肾脏增大；然而，ARPKD对其他器官、特别是肝脏具有显著效应。患有ARPKD的患者进展成终末期肾病，并且年仅15岁即需要肾移植。本文提供了用于治疗ARPKD的方法，所述方法包括向患有或疑似患有ARPKD的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，多囊性肾病为肾消耗病(NPHP)。肾消耗病是一种常染色体隐性囊性肾病，其是儿童ESRD的常见原因。NPHP的特征在于肾脏大小正常或减小、囊肿集中在皮质髓质交界处和肾小管间质性纤维化。已在患有NPHP的患者中鉴定出若干NPHP基因之一(例如NPHP1)的突变。本文提供了用于治疗NPHP的方法，所述方法包括向患有或疑似患有NPHP的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，患有多囊性肾病的受试者患有朱伯特综合征和相关病症(JSRD)。JSRD包括广泛的标志性特征，包括脑、视网膜和骨骼异常。除JSRD的标志性特征以外，某些患有JSRD的受试者也患有多囊性肾病。因此，本文提供了用于治疗患有JSRD的受试者的多囊性肾病的方法，所述方法包括向患有JSRD的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，受试者疑似患有JSRD。
在某些实施方案中，患有多囊性肾病的受试者患有梅克尔综合征(MKS)。MKS是一种在身体的许多部位(包括中枢神经系统、骨骼系统、肝脏、肾脏和心脏)具有严重征象和症状的病症。MKS的共同特征是肾脏中存在多个充满流体的囊肿，和肾增大。因此，本文提供了用于治疗MKS的方法，所述方法包括向患有MKS的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，受试者疑似患有MKS。
在某些实施方案中，患有多囊性肾病的受试者患有巴德-毕德综合征(BBS)。BBS是一种影响身体的许多部位(包括眼睛、心脏、肾脏、肝脏和消化系统)的病症。BBS的标志性特征是存在肾囊肿。因此，本文提供了用于治疗患有BBS的受试者的多囊性肾病的方法，所述方法包括向患有BBS的受试者施用本文所提供的化合物，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，受试者疑似患有BBS。
在某些实施方案中，在施用包含经修饰的寡核苷酸的化合物之前，受试者已被诊断为患有PKD。可经由评价包括(但不限于)以下参数实现对PKD的诊断：受试者的家族史、临床特征(包括但不限于高血压、白蛋白尿、血尿和受损的GFR)、肾脏成像研究(包括但不限于MRI、超声波和CT扫描)和/或组织学分析。
在某些实施方案中，PKD的诊断包括筛选PKD1或PKD2基因中的一者或多者的突变。在某些实施方案中，ARPKD的诊断包括筛选PKHP1基因的突变。在某些实施方案中，NPHP的诊断包括筛选NPHP1、NPHP2、NPHP3、NPHP4、NPHP5、NPHP6、NPHP7、NPHP8或NPHP9基因中的一者或多者的一种或多种突变。在某些实施方案中，JSRD的诊断包括筛选NPHP1、NPHP6、AHI1、MKS3或RPGRIP1L基因的突变。在某些实施方案中，MKS的诊断包括筛选NPHP6、MKS3、RPGRIP1L、NPHP3、CC2D2A、BBS2、BBS4、BBS6或MKS1基因的突变。在某些实施方案中，BBS的诊断包括筛选BBS2、BBS4、BBS6、MKS1、BBS1、BBS3、BBS5、BBS7、BBS7、BBS8、BBS9、BBS10、BBS11或BBS12基因的突变。
在某些实施方案中，受试者具有增加的肾脏总体积。在某些实施方案中，肾脏总体积是经高度调整的肾脏总体积(HtTKV)。在某些实施方案中，受试者患有高血压。在某些实施方案中，受试者的肾功能受损。在某些实施方案中，受试者需要改善的肾功能。在某些实施方案中，受试者被鉴定为肾功能受损。
在某些实施方案中，患有PKD的受试者的肾脏中一个或多个miR-17家族成员的水平增加。在某些实施方案中，在施用之前，确定受试者肾脏中一个或多个miR-17家族成员的水平增加。miR-17家族成员的水平可从肾脏活检材料中测量。在某些实施方案中，在施用之前，确定受试者在所述受试者的尿液或血液中一个或多个miR-17家族成员的水平增加。在某些实施方案中，在施用之前，确定受试者在所述受试者的尿液中多囊蛋白-1(PC1)或多囊蛋白-2(PC2)的水平降低。在某些实施方案中，在施用之前，确定受试者在所述受试者的尿液中多囊蛋白-1(PC1)或多囊蛋白-2(PC2)的水平降低。在某些实施方案中，在施用之前，确定受试者在所述受试者的尿液中多囊蛋白-1(PC1)和/或多囊蛋白-2(PC2)的水平降低。
在本文所提供的任何实施方案中，受试者可经历某些测试以诊断所述受试者的多囊性肾病，例如，确定多囊性肾病的原因、评价所述受试者的多囊性肾病的程度和/或测定所述受试者对治疗的反应。此类测试可评估多囊性肾病的标志物。这些测试中的某些(例如肾小球滤过率和血液尿素氮水平)也是肾功能的指标。多囊性疾病的标志物包括(但不限于)：受试者肾脏总体积的测量值；受试者高血压的测量值；受试者肾痛的评估；受试者纤维化的测量值；受试者尿液中多囊蛋白-1(PC1)的测量值；受试者尿液中多囊蛋白-2(PC2)的测量值；受试者血液尿素氮水平的测量值；受试者血清肌酸酐水平的测量值；受试者的测量肌酸酐清除率；受试者的测量白蛋白尿；受试者的测量白蛋白:肌酸酐比率；受试者的测量肾小球滤过率；受试者的测量血尿；受试者尿液中NGAL蛋白的测量值；和/或受试者尿液中KIM-1蛋白的测量值。除非本文中另有指示，否则血液尿素氮水平、血清肌酸酐水平、肌酸酐清除率、白蛋白尿、白蛋白:肌酸酐比率、肾小球滤过率和血尿是指受试者血液(例如全血或血清)的测量值。
通过实验室测试测定多囊性肾病的标志物。实验室间的个别标志物的参考值范围可有所不同。所述偏差可能是由于例如所用具体测定的差异引起。因此，标志物在群体内的正态分布的上限和下限(也分别称为正常值上限(ULN)和正常值下限(LLN))可因实验室而异。对于任何特定标志物，健康专业人士可确定哪些在正态分布以外的水平是临床相关的和/或指示疾病的。例如，健康专业人士可确定可能指示患有多囊性肾病的受试者的肾功能下降速率的肾小球滤过率。
在某些实施方案中，施用本文所提供的化合物产生一种或多种临床有益的结果。在某些实施方案中，所述施用改善受试者的肾功能。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者肾功能的下降速率。在某些实施方案中，所述施用减少受试者的肾脏总体积。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者肾脏总体积的增加速率。在某些实施方案中，所述施用减少经高度调整的肾脏总体积(HtTKV)。在某些实施方案中，所述施用减缓HtTKV的增加速率。
在某些实施方案中，所述施用增加受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)。在某些实施方案中，所述施用增加受试者尿液中的多囊蛋白-2(PC2)。在某些实施方案中，所述施用增加受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)和多囊蛋白-2(PC2)。
在某些实施方案中，所述施用抑制受试者体内的囊肿生长。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者体内囊肿生长的增加速率。在一些实施方案中，囊肿存在于受试者肾脏中。在一些实施方案中，囊肿存在于除肾脏以外的器官(例如肝脏)中。
在某些实施方案中，所述施用缓和受试者的肾痛。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者肾痛的增加。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者肾痛的发作。
在某些实施方案中，所述施用降低受试者的高血压。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者高血压的恶化。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者高血压的发作。
在某些实施方案中，所述施用降低受试者肾脏的纤维化。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者肾脏纤维化的恶化。
在某些实施方案中，所述施用延迟受试者终末期肾病的发作。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者的透析时间。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者的肾移植时间。在某些实施方案中，所述施用提高受试者的预期寿命。
在某些实施方案中，所述施用减少受试者的白蛋白尿。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者白蛋白尿的恶化。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者白蛋白尿的发作。在某些实施方案中，所述施用减少受试者的血尿。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者血尿的恶化。在某些实施方案中，所述施用延迟受试者血尿的发作。在某些实施方案中，所述施用降低受试者的血液尿素氮水平。在某些实施方案中，所述施用降低受试者的血清肌酸酐水平。在某些实施方案中，所述施用改善受试者的肌酸酐清除率。在某些实施方案中，所述施用降低受试者的白蛋白:肌酸酐比率。
在某些实施方案中，所述施用改善受试者的肾小球滤过率。在某些实施方案中，所述施用减缓受试者的肾小球滤过率的下降速率。在某些实施方案中，肾小球滤过率是估计的肾小球滤过率(eGFR)。在某些实施方案中，肾小球滤过率是测量的肾小球滤过率(mGFR)。
在某些实施方案中，所述施用减少受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)。在某些实施方案中，所述施用减少受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
在本文所提供的任何实施方案中，可使受试者经受某些测试以评价所述受试者的疾病程度。此类测试包括(但不限于)测量受试者的肾脏总体积；测量受试者的高血压；测量受试者的肾痛；测量受试者肾脏的纤维化；测量受试者的血液尿素氮水平；测量受试者的血清肌酸酐水平；测量受试者血液中的肌酸酐清除率；测量受试者的白蛋白尿；测量受试者的白蛋白:肌酸酐比率；测量受试者的肾小球滤过率，其中所述肾小球滤过率是估计的或测量的；测量受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)；和/或测量受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
在某些实施方案中，患有多囊性肾病的受试者的生活质量降低。例如，患有多囊性肾病的受试者可经历肾痛，这可降低受试者的生活质量。在某些实施方案中，所述施用改善受试者的生活质量。
在本文所提供的任何实施方案中，受试者为人类受试者。在某些实施方案中，人类受试者为成人。在某些实施方案中，成人至少21岁。在某些实施方案中，人类受试者为儿科受试者，即小于21岁的受试者。儿科群体可由管理机构界定。在某些实施方案中，人类受试者为青少年。在某些实施方案中，青少年至少12岁且小于21岁。在某些实施方案中，人类受试者为儿童。在某些实施方案中，儿童至少两岁且小于12岁。在某些实施方案中，人类受试者为婴儿。在某些实施方案中，并且婴儿至少一月龄且小于两岁。在某些实施方案中，受试者为新生儿。在某些实施方案中，新生儿小于一月龄。
本文所阐述的任何化合物都可用于疗法中。本文所提供的任何化合物都可用于治疗多囊性肾病。在某些实施方案中，多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病。在某些实施方案中，多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病。在某些实施方案中，多囊性肾病为肾消耗病。在某些实施方案中，受试者患有朱伯特综合征和相关病症(JSRD)、梅克尔综合征(MKS)或巴德-毕德综合征(BBS)。
本文所阐述的任何经修饰的寡核苷酸都可用于疗法中。本文所提供的任何经修饰的寡核苷酸都可用于治疗多囊性肾病。
本文所提供的任何化合物都可用于制备药剂。本文所提供的任何化合物都可用于制备用以治疗多囊性肾病的药剂。
本文所提供的任何经修饰的寡核苷酸都可用于制备药剂。本文所提供的任何经修饰的寡核苷酸都可用于制备用以治疗多囊性肾病的药剂。
本文所提供的任何药物组合物都可用于治疗多囊性肾病。
某些额外疗法
针对多囊性肾病或本文所列示的任何疾患的治疗可包含多于一种疗法。因此，在某些实施方案中，本文提供了用于治疗患有或疑似患有多囊性肾病的受试者的方法，所述方法包括除施用本文所提供的化合物以外还施用至少一种疗法，所述化合物包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，所述至少一种额外疗法包含医药剂。在某些实施方案中，医药剂为抗高血压剂。抗高血压剂用于控制受试者的血压。
在某些实施方案中，医药剂为血管加压素受体2拮抗剂。在某些实施方案中，血管加压素受体2拮抗剂为托伐普坦。
在某些实施方案中，医药剂包括血管收缩素II受体阻断剂(ARB)。在某些实施方案中，血管收缩素II受体阻断剂为坎地沙坦、厄贝沙坦、奥美沙坦、氯沙坦、缬沙坦、替米沙坦或依普罗沙坦。
在某些实施方案中，医药剂包括血管收缩素II转化酶(ACE)抑制剂。在某些实施方案中，ACE抑制剂为卡托普利、依那普利、赖诺普利、贝那普利、喹那普利、福辛普利或雷米普利。
在某些实施方案中，医药剂为利尿剂。在某些实施方案中，医药剂为钙通道阻断剂。
在某些实施方案中，医药剂为葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂。在某些实施方案中，葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂为文鲁司他。
在某些实施方案中，医药剂为抗高血糖剂。在某些实施方案中，抗高血糖剂为双胍。在某些实施方案中，双胍为二甲双胍。
在某些实施方案中，医药剂为激酶抑制剂。在某些实施方案中，激酶抑制剂为伯舒替尼或KD019。
在某些实施方案中，医药剂为肾上腺素能受体拮抗剂。
在某些实施方案中，医药剂为醛固酮受体拮抗剂。在某些实施方案中，醛固酮受体拮抗剂为螺内酯。在某些实施方案中，螺内酯以每天10mg至35mg范围的剂量施用。在某些实施方案中，螺内酯以每天25mg的剂量施用。
在某些实施方案中，医药剂为哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)抑制剂。在某些实施方案中，mTOR抑制剂为依维莫司、雷帕霉素或西罗莫司。
在某些实施方案中，医药剂为激素类似物。在某些实施方案中，激素类似物为生长抑素或促肾上腺皮质激素。
在某些实施方案中，医药剂为抗纤维化剂。在某些实施方案中，抗纤维化剂为与miR-21互补的经修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，额外疗法为透析。在某些实施方案中，额外疗法为肾移植。
在某些实施方案中，医药剂包括抗炎剂。在某些实施方案中，抗炎剂为类固醇抗炎剂。在某些实施方案中，类固醇抗炎剂为皮质类固醇。在某些实施方案中，皮质类固醇为泼尼松(prednisone)。在某些实施方案中，抗炎剂为非类固醇抗炎药物。在某些实施方案中，非类固醇抗炎剂为布洛芬(ibuprofen)、COX-I抑制剂或COX-2抑制剂。
在某些实施方案中，医药剂为阻断对纤维发生信号的一种或多种反应的医药剂。
在某些实施方案中，额外疗法可为增强身体免疫系统的医药剂，包括低剂量环磷酰胺、胸腺刺激素、维生素和营养补充剂(例如抗氧化剂，包括维生素A、C、E、β-胡萝卜素、锌、硒、谷胱甘肽、辅酶Q-10和紫锥菊)，和疫苗，例如免疫刺激复合物(ISCOM)，其包含组合抗原与佐剂的多聚呈递的疫苗制剂。
在某些实施方案中，选择额外疗法以治疗或改善本文所提供的一种或多种药物组合物的副作用。此类副作用包括(但不限于)注射部位反应、肝功能测试异常、肾功能异常、肝毒性、肾毒性、中枢神经系统异常和肌肉病变。例如，血清中的转氨酶水平增加可能指示肝毒性或肝功能异常。例如，胆红素增加可能指示肝毒性或肝功能异常。
某些微小RNA核碱基序列
miR-17家族包括miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a和miR-106b。miR-17家族的每个成员都具有包含核碱基序列5'-AAAGUG-3'或miR-17种子序列的核碱基序列，所述种子序列为SEQ ID NO:1的2位至7位的核碱基序列。另外，miR-17家族的每个成员在种子区以外共有一定的核碱基序列同一性。因此，包含与miR-17种子序列互补的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸可靶向miR-17家族中除miR-17以外的其他微小RNA。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的两种或更多种微小RNA。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的三种或更多种微小RNA。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的四种或更多种微小RNA。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的五种或更多种微小RNA。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的六种微小RNA。例如，具有核碱基序列5'-AGCACUUU-3'的经修饰的寡核苷酸靶向miR-17家族的所有成员。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUUU-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACUUU-3'。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUUUX-3'，其中X为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-GCACUUUX-3'，其中X为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACUUUX-3'，其中X为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸为核碱基序列5'-AGCACUUUX-3'，其中X为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACUUUA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACUUU-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACUU-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCACU-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCAC-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AGCA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-GCACUUUA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUUUA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-ACUUUA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CUUUA-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-AAGCACUUUA-3'。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACTTT-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUTT-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUUT-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACTUT-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACUTT-3'。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含核碱基序列5'-CACTTU-3'。
在某些实施方案中，每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，至少一个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。在某些实施方案中，每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。在某些实施方案中，至少一个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的连接核苷数小于其靶标微小RNA的长度。将所具有的连接核苷数小于靶标微小RNA长度的经修饰的寡核苷酸(其中所述经修饰的寡核苷酸的每个核碱基与靶标微小RNA相应位置处的核碱基互补)视为具有与靶标微小RNA序列的区域完全互补(也称为100％互补)的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。例如，由9个连接核苷组成的经修饰的寡核苷酸(其中每个核碱基与miR-17的相应位置互补)与miR-17完全互补。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有相对于靶标微小RNA的核碱基序列具有一个错配的核碱基序列。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有相对于靶标微小RNA的核碱基序列具有两个错配的核碱基序列。在某些此类实施方案中，经修饰的寡核苷酸具有相对于靶标微小RNA的核碱基序列具有不超过两个错配的核碱基序列。在某些此类实施方案中，错配核碱基是邻接的。在某些此类实施方案中，错配核碱基不是邻接的。
尽管伴随此申请的序列表根据需要将每个核碱基序列鉴定为“RNA”或“DNA”，但在实践中，那些序列可经本文所指定的化学修饰组合加以修饰。本领域技术人员将容易地了解，在序列表中，例如“RNA”或“DNA”的描述经修饰的寡核苷酸的名称稍显随意。例如，包含含有2'-O-甲氧基乙基糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的经修饰的寡核苷酸可在序列表中描述为DNA残基，即使所述核苷是经修饰的并且不为天然DNA核苷。
因此，序列表中所提供的核酸序列旨在涵盖含有天然或经修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括(但不限于)具有经修饰的核碱基的此类核酸。作为另一实例并且无限制性，序列表中具有核碱基序列“ATCGATCG”的经修饰的寡核苷酸涵盖具有此核碱基序列的任何寡核苷酸，无论经修饰或未经修饰，包括(但不限于)包含RNA碱基的此类化合物，例如具有序列“AUCGAUCG”的那些化合物；和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基如“AUCGATCG”的那些化合物；和具有其他经修饰的碱基如“ATmeCGAUCG”的寡核苷酸，其中meC指示5-甲基胞嘧啶。
某些修饰
在某些实施方案中，本文所提供的寡核苷酸可包含对核碱基、糖和/或核苷间键联的一种或多种修饰，并且因此为经修饰的寡核苷酸。由于希望的性质，可相对于未经修饰的形式选择经修饰的核碱基、糖和/或核苷间键联，所述希望的性质例如为增强的细胞摄取、增强的对其他寡核苷酸或核酸靶标的亲和力和增加的在核酸酶存在下的稳定性。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷。
在某些实施方案中，经修饰的核苷为糖修饰的核苷。在某些此类实施方案中，糖修饰的核苷还可包含天然或经修饰的杂环碱基部分，和/或可经由天然或经修饰的核苷间键联连结至另一核苷，和/或可包括独立于糖修饰的其他修饰。在某些实施方案中，糖修饰的核苷为2'-修饰的核苷，其中糖环在天然核糖或2'-脱氧-核糖的2'碳处经修饰。
在某些实施方案中，2'-修饰的核苷具有双环糖部分。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈α构型的D糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈β构型的D糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈α构型的L糖。在某些此类实施方案中，双环糖部分为呈β构型的L糖。
包含此类双环糖部分的核苷称为双环核苷或BNA。在某些实施方案中，双环核苷包括(但不限于)如下文所绘示的(A)α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')BNA；(B)β-D-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')BNA；(C)亚乙基氧基(4'-(CH2)2-O-2')BNA；(D)氨基氧基(4'-CH2-O-N(R)-2')BNA；(E)氧基氨基(4'-CH2-N(R)-O-2')BNA；(F)甲基(亚甲基氧基)(4'-CH(CH3)-O-2')BNA(也称为受约束乙基或cEt)；(G)亚甲基-硫基(4'-CH2-S-2')BNA；(H)亚甲基-氨基(4'-CH2-N(R)-2')BNA；(I)甲基碳环(4'-CH2-CH(CH3)-2')BNA；(J)c-MOE(4'-CH(CH2-OMe)-O-2')BNA和(K)亚丙基碳环(4'-(CH2)3-2')BNA。
/>
其中Bx为核碱基部分，并且R独立地为H、保护基团或C1-C12烷基。
在某些实施方案中，2'-修饰的核苷包含选自以下的2'-取代基：F、OCF3、O-CH3(也称为“2'-OMe”)、OCH2CH2OCH3(也称为“2'-O-甲氧基乙基”或“2'-MOE”)、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(CH3)2、-O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和O-CH2-C(＝O)-N(H)CH3。
在某些实施方案中，2'-修饰的核苷包含选自以下的2'-取代基：F、O-CH3和OCH2CH2OCH3。
在某些实施方案中，糖修饰的核苷为4'-硫基修饰的核苷。在某些实施方案中，糖修饰的核苷为4'-硫基-2'-修饰的核苷。4'-硫基修饰的核苷具有β-D-核糖核苷，其中4'-O被4'-S代替。4'-硫基-2'-修饰的核苷为2'-OH被2'-取代基代替的4'-硫基修饰的核苷。适宜的2'-取代基包括2'-OCH3、2'-OCH2CH2OCH3和2'-F。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一种或多种核苷间修饰。在某些此类实施方案中，经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联为经修饰的核苷间键联。在某些实施方案中，经修饰的核苷间键联包含磷原子。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含至少一个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸的每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸包含一个或多个经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自5-羟基甲基胞嘧啶、7-去氮鸟嘌呤和7-去氮腺嘌呤。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤，包括2氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。
在某些实施方案中，经修饰的核碱基包含多环杂环。在某些实施方案中，经修饰的核碱基包含三环杂环。在某些实施方案中，经修饰的核碱基包含吩噁嗪衍生物。在某些实施方案中，吩噁嗪可进一步经修饰以形成本领域中称为G-箝的核碱基。
在某些实施方案中，经修饰的寡核苷酸与一个或多个增强所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取的部分缀合。在某些此类实施方案中，所述部分为胆固醇部分。在某些实施方案中，所述部分为脂质部分。用于缀合的其他部分包括碳水化合物、肽、抗体或抗体片段、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、玫瑰红、香豆素和染料。在某些实施方案中，碳水化合物部分为N-乙酰基-D-半乳糖胺(GalNac)。在某些实施方案中，缀合基团直接连接至寡核苷酸。在某些实施方案中，缀合基团通过连接部分连接至经修饰的寡核苷酸，所述连接部分选自氨基、叠氮基、羟基、羧酸、硫醇、不饱和部分(例如双键或三键)、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酰亚胺基酯(SMCC)、6-氨基己酸(AHEX或AHA)、被取代的C1-C10烷基、被取代或未被取代的C2-C10烯基和被取代或未被取代的C2-C10炔基。在某些此类实施方案中，取代基选自羟基、氨基、烷氧基、叠氮基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些此类实施方案中，化合物包含具有一个或多个稳定基团的经修饰的寡核苷酸，所述稳定基团连接至经修饰的寡核苷酸的一个或两个末端以增强例如核酸酶稳定性的性质。稳定基团内包括帽结构。这些末端修饰保护经修饰的寡核苷酸免于核酸外切酶降解，并且可有助于细胞内的递送和/或定位。帽可存在于5'-末端(5'-帽)或3'-末端(3'-帽)，或者可存在于两个末端上。帽结构包括例如反向脱氧无碱基帽。
某些药物组合物
本文提供了药物组合物，其包含本文所提供的化合物或经修饰的寡核苷酸以及药学上可接受的稀释剂。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂为水溶液。在某些实施方案中，水溶液为盐水溶液。如本文所用，药学上可接受的稀释剂应理解为无菌稀释剂。适宜施用途径包括(但不限于)静脉内和皮下施用。在某些实施方案中，施用为静脉内施用。在某些实施方案中，施用为皮下施用。在某些实施方案中，施用为口服施用。
在某些实施方案中，药物组合物是以剂量单位的形式施用。例如，在某些实施方案中，剂量单位是呈片剂、胶囊或团注注射的形式。
在某些实施方案中，医药剂是在适宜稀释剂中制备的经修饰的寡核苷酸，在制备期间用酸或碱调整至pH 7.0-9.0，然后在无菌条件下冻干。冻干的经修饰的寡核苷酸随后用适宜稀释剂重构，例如水溶液，例如水或生理学上相容的缓冲液，例如盐水溶液、汉克氏溶液(Hanks'ssolution)或林格氏溶液(Ringer's solution)。重构产物以皮下注射形式或以静脉内输注形式施用。可将冻干药物产品包装于2mL I型透明玻璃小瓶(经硫酸铵处理)中，用溴丁基橡胶封闭件塞住并用铝顶封件密封。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物可另外含有常规存在于药物组合物中的其他辅助组分，其用量为业内确立的使用水平。因此，例如，组合物可含有额外的相容性药物活性材料，例如止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或抗炎剂。
在一些实施方案中，本文所提供的药物组合物可含有可用于物理配制本文所提供组合物的各种剂型的额外材料，例如染料、矫味剂、防腐剂、抗氧化剂、遮光剂、增稠剂和稳定剂；此类额外材料还包括(但不限于)赋形剂，例如醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。在各个实施方案中，此类材料在添加时不应过度干扰本文所提供组合物的组分的生物活性。制剂可经灭菌，并且在期望时，与不与制剂的寡核苷酸有害地相互作用的辅助剂(例如润滑剂、防腐剂、稳定剂、润湿剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂、矫味剂和/或芳香族物质等)混合。某些注射用药物组合物是于油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液，并且可含有例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂的配制剂。适用于注射用药物组合物中的某些溶剂包括(但不限于)亲脂性溶剂和脂肪油(例如芝麻油)、合成脂肪酸酯(例如油酸乙酯或甘油三酯)和脂质体。水性注射悬浮液可含有增加所述悬浮液粘度的物质，例如羧甲基纤维素钠、山梨糖醇或葡聚糖。任选地，此类悬浮液也可含有适宜稳定剂或增加医药剂的溶解度的剂，以容许制备高浓度溶液。
在多种方法中已将脂质部分用于核酸疗法中。在一种方法中，将核酸引入至由阳离子脂质和中性脂质的混合物制得的预制脂质体或脂质复合物(lipoplex)中。在另一方法中，在不存在中性脂质的情形下形成具有单阳离子脂质或聚阳离子脂质的DNA复合物。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加医药剂至特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加医药剂至脂肪组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加医药剂至肌肉组织的分布。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含与核酸复合的多胺化合物或脂质部分。在某些实施方案中，此类制剂包含一种或多种各自个别地具有由式(Z)所定义的结构的化合物或其药学上可接受的盐，
其中每个Xa和Xb在每次出现时独立地为C1-6亚烷基；n为0、1、2、3、4或5；每个R独立地为H，其中制剂中至少约80％的式(Z)化合物分子中的至少n+2个R部分不为H；m为1、2、3或4；Y为O、NR2或S；R1为烷基、烯基或炔基；其各自任选地被一个或多个取代基取代；并且R2为H、烷基、烯基或炔基；其各自任选地被一个或多个取代基取代；条件是如果n＝0，则至少n+3个R部分不为H。此类制剂阐述于PCT公开WO/2008/042973中，其通过引用整体并入本文以用于公开脂质制剂。某些额外制剂阐述于Akinc等人，Nature Biotechnology 26,561-569(2008年5月1日)中，其通过引用整体并入本文以用于公开脂质制剂。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物是使用已知技术来制备，包括(但不限于)混合、溶解、制粒、制糖衣药丸、磨细、乳化、囊封、包埋或压片工艺。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物为固体(例如粉末、片剂和/或胶囊)。在某些此类实施方案中，包含一种或多种寡核苷酸的固体药物组合物是使用本领域中已知的成分来制备，包括(但不限于)淀粉、糖、稀释剂、制粒剂、润滑剂、粘合剂和崩解剂。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物配制为储积制剂。某些此类储积制剂通常比非储积制剂作用时间长。在某些实施方案中，此类制剂通过植入(例如皮下或肌内)或通过肌内注射施用。在某些实施方案中，使用适宜聚合或疏水性材料(例如在可接受油中的乳液)或离子交换树脂、或以微溶性衍生物形式(例如以微溶性盐形式)制备储积制剂。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括(但不限于)脂质体和乳液。某些递送系统可用于制备某些药物组合物，包括那些包含疏水性化合物的药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂，例如二甲亚砜。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含一种或多种组织特异性递送分子，所述组织特异性递送分子经设计以将本文所提供的一种或多种医药剂递送至特定组织或细胞类型。例如，在某些实施方案中，药物组合物包括包覆有组织特异性抗体的脂质体。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含持续释放系统。此持续释放系统的非限制性实例为固体疏水性聚合物的半渗透性基质。在某些实施方案中，持续释放系统取决于其化学性质可在数小时、数天、数周或数月的时段内释放医药剂。
某些注射用药物组合物是以单位剂型(例如于安瓿中或于多剂量容器中)呈现。
在某些实施方案中，本文所提供的药物组合物包含治疗有效量的经修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，治疗有效量足以预防、缓和或改善疾病症状或延长所治疗受试者的存活期。
在某些实施方案中，将本文所提供的一种或多种经修饰的寡核苷酸配制为前药。在某些实施方案中，在体内施用时，前药以化学方式转化成寡核苷酸的更具生物、医药或治疗活性的形式。在某些实施方案中，前药是有用的，这是因为它们比相应活性形式更易于施用。例如，在某些情况下，前药可比相应活性形式更具生物利用度(例如经由口服施用)。在某些情况下，与相应活性形式相比，前药可具有改善的溶解性。在某些实施方案中，前药的水溶性小于相应活性形式。在某些情况下，此类前药具有优异的跨细胞膜传递性，在此水溶性对流动性有害。在某些实施方案中，前药为酯。在某些此类实施方案中，酯在施用时代谢水解成羧酸。在某些情况下，含有羧酸的化合物是相应活性形式。在某些实施方案中，前药包含结合至酸基的短肽(多氨基酸)。在某些此类实施方案中，肽在施用时裂解以形成相应活性形式。
在某些实施方案中，通过修饰药物活性化合物来产生前药，使得在体内施用时将再生活性化合物。前药可经设计以改变药物的代谢稳定性或转运特性、掩蔽副作用或毒性、改善药物味道或改变药物的其他特性或性质。凭借对体内药效学过程和药物代谢的知识，本领域技术人员一旦知晓药物活性化合物，即可设计出所述化合物的前药(例如，参见Nogrady(1985)Medicinal Chemistry A Biochemical Approach,Oxford UniversityPress,New York，第388-392页)。
其他施用途径包括(但不限于)口服、经直肠、经粘膜、经肠、肠内、经表面、栓剂、经由吸入、鞘内、心内、室内、腹膜内、鼻内、眼内、肿瘤内、肌内和髓内施用。在某些实施方案中，施用医药鞘内剂以实现局部而非全身暴露。例如，可将药物组合物直接注射于期望效应区域(例如注射至肾脏中)。
某些药盒
还提供了药盒。在一些实施方案中，药盒包含一种或多种包含本文所公开的经修饰的寡核苷酸的化合物。在一些实施方案中，药盒可用于将化合物施用给受试者。
在某些实施方案中，药盒包含施用即用型药物组合物。在某些实施方案中，药物组合物存在于小瓶内。多个小瓶(例如10个)可存在于例如分配包中。在一些实施方案中，小瓶经制造使得注射器可进入。药盒还可含有关于使用化合物的说明书。
在一些实施方案中，药盒包含存在于预填充注射器(例如具有例如27号1/2英寸针和护针器的单次剂量注射器)中、而非小瓶中的药物组合物。多个预填充注射器(例如10个)可存在于例如分配包中。药盒还可含有关于施用包含本文所公开的经修饰的寡核苷酸的化合物的说明书。
在一些实施方案中，药盒包含本文所提供作为冻干药物产品的经修饰的寡核苷酸，和药学上可接受的稀释剂。在准备施用给受试者时，在所述药学上可接受的稀释剂中重构冻干药物产品。
在一些实施方案中，除包含本文所公开的经修饰的寡核苷酸的化合物以外，药盒还可包含以下中的一者或多者：注射器、酒精擦拭片、棉球和/或纱布片。
某些实验模型
在某些实施方案中，提供了在实验模型中使用和/或测试本文所提供的经修饰的寡核苷酸的方法。本领域技术人员能够选择并修改用于此类实验模型的方案，以评价本文所提供的医药剂。
通常，首先在培养细胞中测试经修饰的寡核苷酸。适宜细胞类型包括与期望在体内递送经修饰的寡核苷酸的细胞类型相关的那些细胞类型。例如，用于研究本文所阐述方法的适宜细胞类型包括原代细胞或培养细胞。
在某些实施方案中，在培养细胞中评估经修饰的寡核苷酸干扰一个或多个miR-17家族成员的活性的程度。在某些实施方案中，可通过测量一种或多种预计或验证的微小RNA调控的转录本水平来评估对微小RNA活性的抑制。抑制微小RNA活性可导致miR-17家族成员调控的转录本和/或由miR-17家族成员调控的转录本所编码的蛋白质增加(即，使miR-17家族成员调控的转录本去阻遏)。此外，在某些实施方案中，可测量某些表型结果。
若干种动物模型可供本领域技术人员使用，以研究人类疾病模型中的一个或多个miR-17家族成员。多囊性肾病的模型包括(但不限于)Pkd1和/或Pkd2突变和/或缺失的模型；和包含其他基因突变的模型。包含Pkd1和/或Pkd2突变和/或缺失的PKD的非限制性示例性模型包括次形态模型(hypomorphic model)，例如包含Pkd1错义突变的模型和Pkd2表达降低或不稳定的模型；诱导型条件性敲除模型；和条件性敲除模型。包含Pkd1和Pkd2以外基因突变的非限制性示例性PKD模型包括具有Pkhd1、Nek8、Kif3a和/或Nphp3突变的模型。PKD模型在例如Shibazaki等人，Human Mol.Genet.,2008；17(11)：1505-1516；Happe和Peters，Nat Rev Nephrol.,2014；10(10)：587-601；和Patel等人，PNAS,2013；110(26)：10765-10770中进行综述。
某些定量测定
在某些实施方案中，在体外或体内对细胞或组织中的微小RNA水平进行定量。在某些实施方案中，通过微阵列分析测量微小RNA水平的变化。在某些实施方案中，通过若干市售PCR测定中的一者测量微小RNA水平的变化，例如微小RNA测定(AppliedBiosystems)。
可通过mRNA的微阵列剖析评估抗miR或微小RNA模拟物对微小RNA活性的调节。搜索受抗miR或微小RNA模拟物调节(增加或减少)的mRNA序列中的微小RNA种子序列，以将作为微小RNA靶标的mRNA的调节与不为微小RNA靶标的mRNA的调节进行比较。以此方式，可评价抗miR与其靶标微小RNA或微小RNA模拟物与其靶标的相互作用。在抗miR的情形下，对表达水平增加的mRNA进行筛选，以寻找包含与抗miR互补的微小RNA的种子匹配序列的mRNA序列。
可通过测量微小RNA的信使RNA靶标水平来评估抗miR化合物对微小RNA活性的调节，其是通过测量信使RNA自身的水平或自其转录的蛋白质的水平来实施。对微小RNA的反义抑制通常导致微小RNA的信使RNA和/或信使RNA靶标的蛋白质的水平增加，即，抗miR治疗使一种或多种靶标信使RNA去阻遏。
实施例
呈现以下实施例以更充分地阐释本发明的一些实施方案。然而，所述实施例决不应解释为限制本发明的广泛范围。
本领域普通技术人员将容易地领会此发现的根本原理以设计各种化合物，而不偏离本发明的精神。
实施例1：miR-17在PKD中的作用
在PKD的小鼠模型中，微小RNA的miR-17～92簇的miR-17家族成员上调。PKD小鼠模型中miR-17～92簇的遗传缺失降低肾脏囊肿生长，改善肾功能，并且延长存活期(Patel等人，PNAS,2013；110(26)：10765-10770)。miR-17～92簇含有6种不同的微小RNA，其各自具有不同的序列：miR-17、miR-18a、miR-19a、miR-19-b-1和miR-92a-1。
miR-17～92簇包括两种微小RNA，即miR-17和miR-20a，其为微小RNA的miR-17家族的成员。此家族的每个成员共享种子序列同一性，并且在种子区外具有不同程度的序列同一性。miR-17家族的其他成员为miR-20b、miR-93、miR-106a和miR-106b。miR-20b和miR-106a存在于人类X染色体上的miR-106a～363簇内，并且miR-93和miR-106b存在于人类染色体7上的miR-106b～25簇内。miR-17家族成员的序列示于表1中。
表1：微小RNA的miR-17家族
抗miR-17化合物RGLS4326是通过筛选化学多样性和合理设计的抗miR-17寡核苷酸文库以获得最佳医药性质而发现的。RGLS4326优先分布至肾脏和集尿管源性囊肿，使miR-17离开翻译活跃的多核糖体，并且使包括Pkd1和Pkd2在内的多个miR-17mRNA靶标去阻遏。重要的是，皮下施用后，RGLS4326减弱人类体外ADPKD模型和多个PKD小鼠模型的囊肿生长。RGLS4326在健康志愿者中的1期单一递增剂量(SAD)临床试验于2017年12月启动，接着于2018年5月启动在健康志愿者中的1期多次递增剂量(MAD)临床试验。RGLS4326用于治疗患有常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)的患者的1b期临床试验于2020年10月启动。
继1期MAD临床试验启动后，非临床毒物学研究揭示了在高剂量的RGLS4326下出现中枢神经系统(CNS)相关的发现，包括异常步态、运动活动减少和/或衰竭。为鉴定脱靶药理学的潜在候选者，在体外评价一组174个靶标，包括G蛋白偶联受体、转运蛋白、离子通道、核受体和细胞因子受体，以了解其与RGLS4326的可能相互作用。发现RGLS4326为AMPA谷氨酸受体的拮抗剂，基于配体结合的50％抑制浓度(IC50)为4.6uM(14.2μg/mL)，并且基于膜片箝活性的功能性IC50为300-600nM(0.9-1.8μg/mL)。AMPA受体是CNS中兴奋性突触上的离子通道，其介导快速兴奋性神经传递，并且因此是所有神经元网络的关键组分。这种与AMPA受体的相互作用可解释在非临床毒物学模型中在高剂量的RGLS4326下所观察到的CNS介导的发现。
实施例2：筛选AMPA受体结合减少的抗miR-17化合物
RGLS4326具有以下序列和化学修饰模式：ASGSCMAFCFUFUMUS GS，其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷，后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷，后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷，每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶，并且所有键联都是硫代磷酸酯键联。设计并筛选RGLS4326的化学修饰和长度变体，以鉴定保留RGLS4326的效能和药物动力学特征并且表现出减少的与AMPA受体(AMPA-R)的结合的化合物。
设计出相对于RGLS4326具有不同化学修饰、核碱基序列和长度的化合物文库。
表2：抗miR-17文库
在放射性配体结合测定中评价抗miR-17化合物的活性，所述测定测量在递增浓度的抗miR-17化合物存在下，[3H]AMPA配体与存在于大鼠脑突触膜上的AMPA-R的结合。对AMPA-R具有亲和力的抗miR-17化合物将与[3H]AMPA配体结合并且竞争与其的结合。
根据先前公开的方法实施所述测定(Honore等人，J Neurochem.,1982,38(1):173-178；Olsen等人，Brain Res.,1987,402(2):243-254)。使5.0nM配体[3H]AMPA、1.0mM非特异性配体L-谷氨酸和uM浓度的抗miR化合物与从Wistar大鼠大脑皮质制备的突触膜一起温育90分钟。在三个实验中测试表2中所示的化合物。使用靶向除miR-17外的微小RNA的抗miR作为对照化合物(靶向miR-33a的RG5124；靶向let-7a的RG5365；靶向miR-214的RG8093)。也在每个实验中测试了RGLS4326和RG-NG-1001，这是因为已证明其结合至AMPA-R并抑制其活性。通过放射性配体结合对[3H]AMPA配体的量进行定量，并且示于表3、表4和表5中。如数据所阐释，化合物抑制放射性标记的配体与AMPA-R结合的能力各不相同。
表3：对配体结合AMPA-R的抑制，1号实验
表4：对配体结合AMPA-R的抑制，2号实验
表5：对配体结合AMPA-R的抑制，3号实验
为评价抗miR-17寡核苷酸对AMPA-R的功能性拮抗作用，使用手动全细胞膜片箝技术测试某些寡核苷酸，所述技术记录膜电流作为AMPA-R活性的量度。
手动全细胞膜片箝研究由Metrion Biosciences(Cambridge,UK)进行。使用EPC10膜片箝放大器，使用Patchmaster软件(HEKA Elektronik)在室温(18℃-21℃)下进行全细胞电压箝实验。玻璃膜片吸量管由硼硅酸盐玻璃毛细管(Harvard Apparatus)制成，电阻介于1.4MΩ与2.5MΩ之间。使用全细胞膜片箝技术记录膜电流。以-80mV的保持电位夹住GluA1/GluA4EZ细胞，并且使用VC38灌注系统(ALA Scientific Instruments)递送10μM(S)-AMPA引发膜电流。每次施加10μM(S)-AMPA时测量最小电流幅值。相对于对照电流(化合物前)计算由每个浓度的化合物产生的电流幅值的分数变化，并且表示为每个细胞的百分比变化(抑制％)。所测试的化合物示于表6中。RGLS4326在与表6中的所有其他化合物分开的研究中进行测试。
如表6中所示，基于在人类GluA1/GluA4EZ细胞中的手动全细胞膜片箝研究，相对于RGLS4326，化合物RG-NG-1015、RG-NG-1016和RG-NG-1017表现出降低的对AMPA-R的功能性拮抗作用。
表6：AMPA-R在全细胞膜片箝研究中的功能性拮抗作用
实施例3：核碱基性质与AMPA-R结合之间的关系
如通过AMPA-R结合和全细胞膜片箝研究所阐释，在抗miR-17寡核苷酸的3'-末端与miR-17的第一核苷酸互补的位置处存在鸟苷会影响AMPA-R的功能性拮抗作用。与鸟苷一样，腺苷也是嘌呤，然而腺苷却不抑制AMPA-R。鸟苷与腺苷就除氢键结以外的若干性质而言是类似的，因此评价嘌呤碱基1位、2位和6位处的氢键结差异。所测试的嘌呤核碱基示于图1和表7中。在表7的“嘌呤位置”栏中，“A”指示嘌呤的氢受体位置，并且“D”指示嘌呤的氢供体位置。在表7的“嘌呤位置”栏中，“N”指示既不为氢受体也不为氢供体的中性位置。还测试了嘌呤核碱基上的不同的2'-糖部分，以评价2'-糖部分化学对嘌呤核碱基抑制AMPA-R的能力的影响。
表7：具有不同核碱基和糖部分化学的抗miR-17化合物
在本文所阐述的放射性配体结合测定中测试化合物，以测定抗miR-17化合物与[3H]AMPA配体结合并且竞争与其结合的能力。如表8中所示，在抑制配体结合+AMPA-R与在寡核苷酸3'-末端核碱基的嘌呤6位处存在氢键受体之间观察到相关性。例如，在3'-末端具有鸟苷或肌苷的化合物会抑制配体与AMPA-R的结合。3'-末端核碱基在嘌呤6位处具有氢键受体的化合物(例如RG-NG-1037和RG-NG-1039)不太可能抑制配体与AMPA-R的结合。
表8：对配体与AMPA-R结合的抑制
实施例4：在高剂量研究中，对AMPA-R的结合和抑制减少的抗miR-17化合物不显示CNS毒性
在高剂量小鼠毒性研究中测试了RG-NG-1015、RG-NG-1016和RG-NG-1017。每个化合物以2000mg/kg的单一剂量和以递增剂量(100mg/kg、450mg/kg和2000mg/kg)进行测试。如表9中所示，虽然递增剂量的RG-NG-1001和RGLS4326导致运动失调、嗜睡，并且在RGLS4326的情形下最高剂量导致无意识，但未观察到RG-NG-1015、RG-NG-1016或RG-NG-1017的CNS毒性。
表9：抗miR-17化合物和CNS相关的发现
实施例5：不同化合物的最大耐受剂量(MTD)研究和比较性剂量评估
来自下文研究的数据进一步支持AMPA-R拮抗作用是导致在RGLS4326的先前毒性研究中所观察到的CNS毒性和死亡的原因。
研究1：RG-NG-1017、RGLS4326和RG-NG-1001的最大耐受剂量(MTD)研究和比较性剂量评估
在先导最大耐受剂量(MTD)研究中评价化合物(RG-NG-1017、RGLS4326、RG-NG-1001)(下文中论述)。RG-NG-1017、RGLS4326和RG-NG-1001最初各自以4个剂量水平进行评价。与结合AMPA-R的RGLS4326和RG-NG-1001相比，RG-NG-1017是作为非AMPA-R结合化合物纳入评价。本研究中使用6-7周龄的C57Bl/6J雄性小鼠(Jackson Laboratories)。将小鼠随机分配至治疗组，并且使研究不知情。使动物适应不少于5天并且以12小时光/暗循环圈养(早上7:00开灯)。在通风笼架系统中，每个笼中容纳不超过4只小鼠。饮食由随意采食的标准啮齿类动物饲料和水组成。
MTD先导研究
本研究中使用以下参数：
1.施用途径：脑室内(ICV)给与RG-NG-1017、RG-NG-1001、RGLS4326
2.剂量体积：4μL
3.制剂：媒介物、不含Ca2+和Mg2+的dPBS
4.给药频率：一次
5.研究持续时间：8天
6.组数：3
7.每组动物数：(每组2-4只)
8.动物总数：54
对于ICV施用，使小鼠麻醉并定位以进行注射。切开颅骨上方的皮肤，并且使用微型钻机在靶标上方的颅骨上钻一个小洞。立体定位坐标为距前囟前后(AP)-0.4mm；中侧(ML)+/-1.0-1.5mm；背腹侧(DV)-3.0mm，以供注射至右侧和左侧侧脑室中(Hironaka等人，2015)。将4μl单侧注射至动物的右侧侧脑室中。在1-2min内注射化合物，并且在拔针前将针留在原处0.5-1min。切口用缝线、伤口夹或VetBond闭合。
在ICV治疗(第0天)后，对动物进行7天监测，在此期间记录每天的健康检查、体重和死亡率。在第7天，收集并固定(10％福尔马林)脑和肾脏，并且储存以待组织学检查。
MTD研究的结果示于表10和图3中。据报道，所有动物死亡均发生在ICV注射后的前5-8小时内。据报道，注射2.5μg RG4326的小鼠显示出呼吸窘迫的一些即时征象，并且向其提供加热垫。RG-NG-1017(非AMPA-R结合化合物)在高剂量下耐受性良好，此化合物没有确立的MTD(在600μg、100μg或50μg下0例死亡；在300μg下1例死亡)。RG4326和RG-NG-1001在高剂量(例如600μg、300μg、100μg)下观察到100％死亡率，此外，两种AMPA-R结合化合物在50μg和25μg下观察到100％死亡率。本研究中未取得RG-NG-1001MTD，并且预计低于2.5μg。预计ICV RG4326的MTD为约2.5<5.0μg。据报道，所有动物均在观察的第2天完全恢复。
表10：7天MTD研究的汇总结果
RGLS4326的最大耐受剂量(MTD)研究
对ICV RGL4326进行第二项MTD研究以评估剂量选择，以供在疾病模型中评价化合物(表11)。在此研究中，评价不同的小鼠品系(Swiss:Rjorl雄性小鼠，5周龄，来源于Janvier)。将小鼠置于异氟烷麻醉下(5％用于诱导并且2％用于维持，在100％ O2下)，并且给予5mg/kg s.c.卡洛芬(carprofen)然后将所述小鼠置于立体定位架中。在头皮上做中线矢状切口，并且在左侧侧脑室上方的颅骨上钻一个洞。将不锈钢套管(外径0.51mm)立体定位置入至左侧侧脑室中，坐标如下：前囟后+0.5，L±0.7mm，V＝-2.7mm。在延迟2分钟以使脑组织滑过套管后，经2分钟缓慢输注4μL含有0.625mg/mL RG4326的溶液。输注后，将套管留在原处再保持5分钟，以防止溶液沿套管轨道回流。在手术后24和48小时给予小鼠5mg/kg s.c.卡洛芬/>在手术后3-7天期间监测小鼠(在ICV施用后24h开始)，并且每天记录所述小鼠的体重以检查其健康状态。对于监测超过7天的小鼠，在手术后第1天和第7天记录体重以检查其健康状态。
表11：RGLS4326的MTD研究设计
在研究1中，向6只小鼠注射4μL 0.625mg/mL的溶液(每次ICV总计2.5μg；表10)。麻醉结束时，小鼠保持侧卧。手术后的前几个小时期间，所述小鼠安静，有时会抓挠。在所施用的6只小鼠中，在24、48或72小时未观察到毒性效应。在研究2中，向四只小鼠注射4种不同剂量的RGLS4326(0.75mg/mL、1.0mg/mL、1.25mg/mL和1.875mg/mL，4μL体积)。发现接受最高剂量(1.875mg/mL，即7.5μg/小鼠)的一只小鼠在ICV注射后大约24小时死亡。直至先导研究结束(施用后7天)，所有其他小鼠的健康状况均良好。
研究1和2的合并结果证明，RG4326在测试受试者中通常耐受性良好，但仅在剂量显著低于RG-NG-1017时(参见图3)。
表12汇总了研究1和2小鼠模型中RGLS4326的MTD数据。基于来自研究2的这些结果，预计在Swiss:Rjorl小鼠品系中RGLS4326的MTD为约4μg。
表12：MTD研究1和2的7天存活数据
总之，跨两项MTD研究评价化合物RG-NG-1017、RGLS4326和RG-NG-1001，这证明非AMPA-R结合化合物(RG-NG-1017)与AMPA-R结合化合物(RGLS4326、RG-NG-1001)之间耐受性存在显著差异(参见图3)。尽管在300μg ICV剂量下有1例死亡，但未确立RG-NG-1017的MTD，这是因为在600μg的更高测试剂量下未出现死亡。另外，在100μg和50μg的RG-NG-1017剂量下，未观察到对死亡率的影响。相比之下，AMPA-R结合化合物RGLS4326和RG-NG-1001对死亡率的明显影响显而易见，在25μg至600μg的测试给药范围内没有动物存活。在较低剂量的RGLS4326(10μg)下观察到存活改善的趋势，其中5μg RGLS4326治疗的动物中有50％存活，并且2.5μg的存活率为100％。类似地，在RG-NG-1001(与RGLS4326相比，其显示出更强的AMPA-R结合)的情形下，在5μg的低剂量下100％死亡率显而易见，在2.5μg下存活有改善的趋势。来自研究1的RGLS43426的结果在利用不同小鼠品系的第二项MTD研究(研究2)中得到进一步证实。此研究发现，品系之间RGLS4326的耐受性可能存在适度差异，仅在7.5μg最高剂量下观察到影响小鼠存活，而在使用C57/Bl/6J的研究1中为5μg。然而，这些结果仍支持AMPA-R结合RGLS4326的MTD出现在约2.5μg与5-7.5μg之间(取决于品系)，相比之下，非AMPA-R结合RG-NG-1017的MTD显著更高(至少>40倍或更高)(图3)。
实施例6：抗miR-17化合物的体外和体内效能
使用miR-17荧光素酶传感器测定评价某些化合物的体外效能，所述测定使用miR-17的荧光素酶报告基因载体，在荧光素酶基因的3'-UTR中具有两个串联的完全互补性miR-17结合位点。用荧光素酶报告基因载体和用以阻遏荧光素酶信号的外源性miR-17表达载体共转染HeLa细胞。然后用浓度为0.045nM、0.137nM、0.412nM、1.23nM、3.70nM、11.1nM、33.3nM、100nM和300nM的抗miR-17寡核苷酸个别地处理HeLa细胞。在18至24小时转染期结束时，测量荧光素酶活性。纳入RG5124作为对照化合物。如表13中所示，这些化合物在体外抑制miR-17功能并且使miR-17荧光素酶报告基因活性去阻遏，其中EC50值与RGLS4326相比类似。
表13：荧光素酶测定中miR-17的抑制
如图4中所示，在HeLa细胞中的荧光素酶测定中，RG-NG-1015在体外抑制miR-17以及miR-20a、miR-106a和miR-93，其中EC50值与RGLS4326相比类似。
RG-NG-1015也在体外使含有miR-17直接靶基因PKD1和PKD2的全长3'非翻译区(UTR)的荧光素酶传感器去阻遏，其中EC50值与RGLS4326相比类似。
使用小鼠miR-17药效学印记(miR-17PD-Sig)评价某些化合物的活性，所述印记由18种独特的miR-17靶基因表达组成，所述靶基因经六种参考管家基因归一化，以提供无偏差且具综合性的对miR-17活性的评估。小鼠miR-17PD-Sig评分是与模拟转染相比，18种基因的个别log2倍数变化(经六种管家基因归一化)的计算平均值(Lee等人，Nat.Commun.,2019,10,4148)。
如表13中所示，在正常和PKD肾细胞系(小鼠和人类)中，所测试的寡核苷酸在体外抑制miR-17功能并且使多个直接miR-17靶基因的表达去阻遏(如通过miR-17PD-印记所测量)，其中EC50值与RGLS4326相比类似。本实验中没有生成RGLS4326在mIMCD3细胞中的PD-Sig(77.2，以“*”指示)；表14中的值是Lee等人，Nat.Commun.,2019,10,4148的报告值。所述表中的空白单元指示化合物未在特定细胞系中进行测试。
表14：正常和PKD细胞系中的miR-17PD-Sig
使用微小RNA多核糖体移位测定(miPSA)评价体内效能。此测定用于测定化合物直接接合正常和PKD小鼠肾脏中的miR-17靶标的程度。miPSA所依赖的原理在于活性miRNA在翻译活跃的高分子量(HMW)多核糖体中结合至其mRNA靶标，而受抑制的miRNA则位于低分子量(LMW)多核糖体中。用抗miR处理使得微小RNA从HMW多核糖体移位至LMW多核糖体中。因此，miPSA提供互补性抗miR对微小RNA靶标接合的直接测量(Androsavich等人，NucleicAcids Research,2015,44：e13)。
向野生型小鼠施用0.3mg/kg、3mg/kg或30mg/kg的单次剂量。七天后收集肾脏组织，并且使其经受miPSA。每个治疗的平均位移评分示于表15中(PBS，n＝17；RGLS432630mg/kg，n＝10；所有其他治疗，n＝4-5)。在正常小鼠肾脏中，所测试的寡核苷酸使miR-17离开翻译活跃的多核糖体(如通过miPSA所测量)。
表15：miPSA位移评分
此外，如表16和图5A至图5D中所示，在C57BL6小鼠中单次皮下施用后，RGLS4326与RG-NG-1015具有类似的药物动力学和靶标接合(如通过miPSA所测量)概况。
表16：药物动力学和靶标接合概况
实施例7：RG-NG-1015在ADPKD实验模型中的功效
在KspCre/Pkd1F/RC(Pkd1-F/RC)小鼠模型中评价RG-NG-1015的功效。Pkd1-F/RC是一种直向同源ADPKD模型，其在一个等位基因上含有种系次形态Pkd1突变(人类PKD1-R3277C的小鼠等效物(RC突变))并且在另一等位基因上的Pkd1外显子2和4侧翼含有loxP位点。KspCre介导的重组用于缺失floxed Pkd1外显子并且产生复合突变型小鼠，所述小鼠在一个等位基因上具有肾小管特异性体细胞无效突变并且在另一个等位基因上具有种系次形态突变。这是一种侵袭性、但寿命较长的ADPKD模型(Hajarnis等人，Nat.Commun.,2017,8,14395)。
在8、10、12和15日龄的每一天，向性别配对的Pkd1-F/RC小鼠施用皮下注射：20mg/kg剂量的RGLS4326(n＝8；每个治疗组4只雄性和4只雌性)，20mg/kg剂量的RG5124(n＝8)，或20mg/kg剂量的RG-NG-1015(n＝8)，或PBS(n＝8)。在18日龄处死小鼠，并且测量肾脏重量、体重、囊肿指数、血清肌酸酐水平和血液尿素氮(BUN)水平。BUN水平是肾功能的标志物。较高的BUN水平与较差的肾功能相关，因此BUN水平的降低是肾损伤和损害减少以及功能改善的指标。通过单因素ANOVA以及杜奈特多重校正(Dunnett'smultiple correction)计算统计显著性。
结果示于表17和图2中(****＝p<0.0001；***＝p<0.001；**＝p<0.01；ns＝不显著)。RG-NG-1015的功效与RGLS4326的功效类似。分别用RGLS4326和RG-NG-1015治疗的Pkd1-F/RC小鼠的肾脏重量对体重的平均比率(KW/BW比率)显著低于施用PBS的Pkd1-F/RC小鼠的平均KW/BW比率(图2A)。与用PBS治疗的小鼠相比，分别用RGLS4326和RG-NG-1015治疗的Pkd1-F/RC小鼠的平均BUN水平显著降低(图2B)。相对于用PBS治疗的小鼠，在分别用RGLS4326和RG-NG-1015治疗的小鼠中，Pkd1-F/RC小鼠的平均血清肌酸酐水平降低，然而所述降低在统计上不显著(图2C)。对照寡核苷酸RG5124治疗未降低肾脏重量/体重比率、血清肌酸酐或血清BUN，这证明RGLS4329和RG-NG-1015所观察到的结果对miR-17抑制具有特异性。
表17：RG-NG-1015在ADPKD小鼠模型中的功效
/>
也在PKD的Pcy/DBA小鼠模型中评价了RG-NG-1015在单独和与托伐普坦组合时的功效。Pcy/DBA小鼠表现出由Nphp3基因的错义突变引起的缓慢进展性PKD，其导致人类青少年的肾消耗病(Takahashi等人，J Am Soc Nephrol 1991,1:980-989；Olbrich等人，NatGenet 2003,34:455-459)。在Pcy小鼠中，囊肿源自远端小管，并且至30周龄，全肾元区段广泛地被囊肿占据，所述囊肿伴随疾病进展，通常发生ESRD(Nagao等人，Exp Anim 2012,61:477-488)。特别是，已使用雄性Pcy/DBA小鼠来表征用于ADPKD治疗的许多研究产品的药理学特征，包括托伐普坦和RGLS4326(第一代抗miR-17)(Aihara等人，J Pharmacol Exp Ther2014年5月；349(2):258-67和Lee等人，Nat.Commun.,2019,10,4148)。在这些小鼠中的研究通常涉及在约5周龄起始治疗并且持续至15-30周龄。
如图6A和图6B中所概述，每两周一次(Q2W)用PBS或25mg/kg、5mg/kg、1mg/kg或0.2mg/kg的RG-NG-1015皮下治疗五组雄性Pcy/DBA小鼠(n＝13只/治疗组)。也用50mg/kgRG-NG-1015每四周一次(Q4W)或12.5mg/kg每周一次(QW)治疗两组雄性Pcy/DBA小鼠(n＝13只/组)。另外四组雄性Pcy/DBA小鼠(n＝13只/组)用PBS或25mg/kg、5mg/kg或1mg/kg RG-NG-1015与随意采食的0.3％(w/w饲料)托伐普坦的组合Q2W皮下治疗。在研究中纳入一组接受PBS Q2W皮下注射的雄性WT-BDA/2J小鼠作为正常范围参考。在5周龄时将小鼠随机化至各治疗组中，并且在6周龄时开始治疗，持续17周，并在最后一次治疗后7天处死。测量肾脏重量、体重、肾脏囊肿指数、尿液Ngal/肌酸酐比率(Ngal/Cr)。尿液Ngal/Cr是肾脏损伤的标志物。
如图6C至图6E和表18至表20中可见，RG-NG-1015在各种剂量和方案下对PKD的Pcy/DBA小鼠模型有效，并且在与托伐普坦组合使用时也提供加性或协同效应。特别是，RG-NG-1015治疗以剂量依赖性方式显著地降低Pcy/DBA小鼠中的平均KW/BW、尿液Ngal/Cr和肾脏囊肿指数(表18和图6C至图6E)。另外，在Pcy/DBA小鼠中，以相似总剂量(在研究持续期间内每只小鼠总计212.5-250mg)、但给药方案不同(包括QW、Q2W和Q4W)进行的RG-NG-1015治疗以相似水平降低平均KW/BW、尿液Ngal/Cr和肾脏囊肿指数(表19；图6C至图6E)。在Pcy/DBA小鼠中单独用托伐普坦治疗降低平均KW/BW、尿液Ngal/Cr和肾脏囊肿指数，并且RG-NG-1015加上托伐普坦的组合进一步降低了平均KW/BW、尿液Ngal/Cr和肾脏囊肿指数(表20；图6C至图6E)。如通过Bliss加性分析所指示，所观察到的药物组合对KW/BW、尿液Ngal/Cr和肾脏囊肿指数的效应分别为协同、主要为加性和小于加性的(表20)。
/>
实施例8：RG-NG-1015的代谢物
进行体外和体内研究以研究RG-NG-1015的代谢。对于体外和体内样品两者，使组织样品在冰上的溶解缓冲液中均质化，并且经由液液提取和固相提取步骤从血浆、组织匀浆或尿液中分离出RG-NG-1015和/或代谢物。与测试组织匀浆、血浆或尿液样品并行提取含有已知量RG-NG-1015的校准样品。从MS信号计算RG-NG-1015和潜在代谢物的分子量(MW)并与理论值进行比较。
在小鼠、猴和人类组织(即肾脏和肝脏溶解物)以及血清中评估RG-NG-1015的体外代谢稳定性。使RG-NG-1015在这些基质中以5μM的浓度与肾脏和肝脏匀浆(对应于307μg/g组织)或血清样品(对应于15.3μg/mL)一起在37℃下温育24小时。然后提取RG-NG-1015和代谢物并通过HPLC-TOF进行分析。
向CD-1小鼠单次给与RG-NG-1015后在肝脏和肾脏中评价体内代谢，并且在向猴单次和/或重复施用后在血浆、组织和尿液中评价体内代谢。CD-1小鼠接受2000mg/kg单次SC剂量的RG-NG-1015，并且猴接受高达5次15mg/kg、75mg/kg或150mg/kg每周SC剂量的RG-NG-1015。然后提取RG-NG-1015和代谢物并通过HPLC-TOF进行分析。
RG-NG-1015经历从3'和5'两端的依序水解以产生链缩短的代谢物(参见表21)。如下表21中所描述，鉴定出九种潜在代谢物：5'N-1、5'N-2、5'N-3、5'N-4、3'N-1、3'N-2、3'N-3、3'N-4和3'N-5。所有代谢物与RG-NG-1015的不同之处在于依序去除末端核苷酸，并且在3′和5′端终止于羟基。未观察到5'端短聚物(从N-5至N-8)和3'端短聚物(从N-6至N-8)。
表21：RG-NG-1015和其潜在代谢物的序列、中性分子的准确质量、m/z和电荷态
/>

Claims (105)

1.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿嘧啶核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐。
2.如权利要求1所述的化合物，其中(N)r的结构为：
ASGSCMAFCFUFUMUS
其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷；
后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷；并且
后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷。
3.如权利要求1或2所述的化合物，其中至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
4.如权利要求1至3中任一项所述的化合物，其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
5.如权利要求1至4中任一项所述的化合物，其中q为1。
6.如权利要求1至4中任一项所述的化合物，其中q为0。
7.如权利要求1至6中任一项所述的化合物，其中p为0。
8.如权利要求1至6中任一项所述的化合物，其中p选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14。
9.如权利要求8所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ IDNO:1)具有不超过一个错配。
10.如权利要求8所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQID NO:1)没有错配。
11.如权利要求8、9或10中任一项所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列选自CUACCUGCACUGUA(SEQ ID NO:7)、CUACCUGCACUGU(SEQ ID NO:8)、CUACCUGCACUG(SEQ IDNO:9)、CUACCUGCACU(SEQ ID NO:10)、CUACCUGCAC(SEQ ID NO:11)、CUACCUGCA、CUACCUGC、CUACCUG、CUACCU、CUACC、CUAC、CUA、CU和C。
12.如权利要求1至5或7至11中任一项所述的化合物，其中N'的核碱基为在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基。
13.如权利要求12所述的化合物，其中N'的核碱基选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
14.如权利要求1至13中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分不为2'-O-甲基糖。
15.如权利要求1至14中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分为2'-O-甲氧基乙基糖或S-cEt糖。
16.如权利要求2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSAS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
17.如权利要求2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
18.如权利要求2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSCS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
19.如权利要求2所述的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
20.如权利要求1至19中任一项所述的化合物，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
21.如权利要求1至20中任一项所述的化合物，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
22.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体；或其药学上可接受的盐。
23.如权利要求22所述的经修饰的寡核苷酸，其中B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
24.如权利要求22或23所述的经修饰的寡核苷酸，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
25.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
其中B为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有氢键受体。
26.如权利要求25所述的经修饰的寡核苷酸，其中B选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
27.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
或其药学上可接受的盐。
28.如权利要求27所述的经修饰的寡核苷酸，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
29.一种经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸具有如下结构：
30.一种药物组合物，所述药物组合物包含权利要求1至21中任一项所述的化合物或权利要求22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸以及药学上可接受的稀释剂。
31.如权利要求30所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为水溶液。
32.如权利要求31所述的药物组合物，其中所述水溶液为盐水溶液。
33.一种药物组合物，所述药物组合物包含权利要求1至21中任一项所述的化合物或权利要求22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸，其为冻干组合物。
34.一种药物组合物，所述药物组合物基本上由在盐水溶液中的权利要求1至21中任一项所述的化合物或权利要求22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸组成。
35.一种用于抑制细胞中miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与权利要求1至21中任一项所述的化合物或权利要求22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸接触。
36.一种用于抑制受试者体内miR-17家族的一个或多个成员的活性的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求1至21中任一项所述的化合物、权利要求22至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸或权利要求30至34中任一项所述的药物组合物。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述受试者患有与miR-17相关的疾病。
38.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有H键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐。
39.如权利要求38所述的方法，其中(N)r的结构为：
ASGSCMAFCFUFUMUS
其中后跟下标“M”的核苷是2'-O-甲基核苷；
后跟下标“F”的核苷是2'-氟核苷；并且后跟下标“S”的核苷是S-cEt核苷。
40.如权利要求38或39所述的方法，其中至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
41.如权利要求38至40中任一项所述的方法，其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
42.如权利要求38至41中任一项所述的方法，其中q为1。
43.如权利要求38至41中任一项所述的方法，其中q为0。
44.如权利要求38至43中任一项所述的方法，其中p为0。
45.如权利要求38至43中任一项所述的方法，其中p选自1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14。
46.如权利要求45所述的方法，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQ IDNO:1)具有不超过一个错配。
47.如权利要求45所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列(SEQID NO:1)没有错配。
48.如权利要求47所述的化合物，其中(N”)p的核碱基序列选自CUACCUGCACUGUA(SEQ IDNO:7)、CUACCUGCACUGU(SEQ ID NO:8)、CUACCUGCACUG(SEQ ID NO:9)、CUACCUGCACU(SEQ IDNO:10)、CUACCUGCAC(SEQ ID NO:11)、CUACCUGCA、CUACCUGC、CUACCUG、CUACCU、CUACC、CUAC、CUA、CU和C。
49.如权利要求38至42或44至48中任一项所述的方法，其中N'的核碱基为在6位不具有氢键受体的嘌呤核碱基。
50.如权利要求49所述的方法，其中N'的核碱基选自腺苷、2-氨基嘌呤、2,6-二氨基嘌呤和异鸟苷。
51.如权利要求38至50中任一项所述的方法，其中N'的所述糖部分不为2'-O-甲基糖。
52.如权利要求38至51中任一项所述的化合物，其中N'的所述糖部分为2'-O-甲氧基乙基糖或S-cEt糖。
53.如权利要求39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSAS-3'，并且每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
54.如权利要求39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
55.如权利要求39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUSCS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
56.如权利要求39所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸的结构为5'-ASGSCMAFCFUFUMUS-3'，其中每个胞嘧啶为非甲基化胞嘧啶。
57.如权利要求38至56中任一项所述的方法，其中所述化合物由所述经修饰的寡核苷酸组成。
58.如权利要求38至57中任一项所述的方法，其中所述药学上可接受的盐为钠盐。
59.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
或其药学上可接受的盐。
60.如权利要求59所述的方法，其中药学上可接受的盐为钠盐。
61.如权利要求60所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸存在于包含药学上可接受的稀释剂的药物组合物中。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述药学上可接受的稀释剂为无菌水溶液。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述无菌水溶液为盐水溶液。
64.一种治疗多囊性肾病的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用具有如下结构的经修饰的寡核苷酸：
65.如权利要求64所述的方法，其中所述经修饰的寡核苷酸存在于包含药学上可接受的稀释剂的药物组合物中。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述药学上可接受的稀释剂为无菌水溶液。
67.如权利要求66所述的方法，其中所述无菌水溶液为盐水溶液。
68.如权利要求38至67中任一项所述的方法，其中所述受试者患有多囊性肾病。
69.如权利要求38至67中任一项所述的方法，其中所述受试者疑似患有多囊性肾病。
70.如权利要求38至68中任一项所述的方法，其中使用临床、组织病理学和/或遗传标准，所述受试者已被诊断为患有多囊性肾病。
71.如权利要求38至70中任一项所述的方法，其中在施用所述化合物、所述经修饰的寡核苷酸或所述药物组合物之前，确定所述受试者在所述受试者的肾脏、尿液或血液中具有降低的多囊蛋白-1(PC1)和/或多囊蛋白-2(PC2)水平。
72.如权利要求38至71中任一项所述的方法，其中所述多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病。
73.如权利要求38至71中任一项所述的方法，其中所述多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病。
74.如权利要求38至73中任一项所述的方法，其中所述受试者具有选自PKD1基因突变或PKD2基因突变的突变。
75.如权利要求3838至74中任一项所述的方法，其中所述受试者具有增加的肾脏总体积。
76.如权利要求38至75中任一项所述的方法，其中所述受试者患有高血压。
77.如权利要求38至76中任一项所述的方法，其中所述受试者的肾功能受损。
78.如权利要求38至77中任一项所述的方法，其中所述施用减少所述受试者的肾脏总体积。
79.如权利要求38至78中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者中肾脏总体积的增加速率。
80.如权利要求78或79所述的方法，其中所述肾脏总体积是经高度调整的肾脏总体积。
81.如权利要求38至80中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者中肾小球滤过率的下降速率。
82.如权利要求38至81中任一项所述的方法，其中所述施用增加所述受试者中的肾小球滤过率。
83.如权利要求81或82所述的方法，其中所述肾小球滤过率是估计的肾小球滤过率。
84.如权利要求38至83中任一项所述的方法，其中所述施用减缓所述受试者的肾脏和/或肝脏中囊肿生长的增加。
85.如权利要求38至84中任一项所述的方法，其中所述施用：
a)改善所述受试者的肾功能；
b)延迟所述受试者肾功能的恶化；
c)减少所述受试者的肾痛；
d)减缓所述受试者肾痛的增加；
e)延迟所述受试者肾痛的发作；
f)降低所述受试者的高血压；
g)减缓所述受试者高血压的恶化；
h)延迟所述受试者高血压的发作；
i)减少所述受试者肾脏的纤维化；
j)减缓所述受试者肾脏的纤维化的恶化；
k)延迟所述受试者的终末期肾病的发作；
l)延迟所述受试者的透析时间；
m)延迟所述受试者进行肾移植的时间；和/或
n)提高所述受试者的预期寿命。
86.如权利要求38至85中任一项所述的方法，其中所述施用：
a)减少所述受试者的白蛋白尿；
b)减缓所述受试者的白蛋白尿的恶化；
c)延迟所述受试者的白蛋白尿的发作；
d)减少所述受试者的血尿；
e)减缓所述受试者血尿的恶化；
f)延迟所述受试者血尿的发作；
g)降低所述受试者的血液尿素氮水平；
h)降低所述受试者的血清肌酸酐水平；
i)改善所述受试者的肌酸酐清除率；
j)降低所述受试者的白蛋白:肌酸酐比率；
k)增加所述受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)；
l)增加所述受试者尿液中的多囊蛋白-2(PC2)；
m)减少所述受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)；和/或
n)减少所述受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
87.如权利要求38至86中任一项所述的方法，所述方法包括：
a)测量所述受试者的肾脏总体积；
b)测量所述受试者的高血压；
c)测量所述受试者的肾痛；
d)测量所述受试者尿液中的多囊蛋白-1(PC1)；
e)测量所述受试者尿液中的多囊蛋白-2(PC2)；
f)测量所述受试者肾脏的纤维化；
g)测量所述受试者的血液尿素氮水平；
h)测量所述受试者的血清肌酸酐水平；
i)测量所述受试者的肌酸酐清除率；
j)测量所述受试者的白蛋白尿；
k)测量所述受试者的白蛋白:肌酸酐比率；
l)测量所述受试者的肾小球滤过率；
m)测量所述受试者尿液中的中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)；和/或
n)测量所述受试者尿液中的肾损伤分子-1(KIM-1)蛋白。
88.如权利要求38至87中任一项所述的方法，所述方法包括施用至少一种额外疗法，其中至少一种额外疗法为抗高血压剂。
89.如权利要求38至87中任一项所述的方法，所述方法包括施用至少一种选自以下的额外疗法：血管收缩素II转化酶(ACE)抑制剂、血管收缩素II受体阻断剂(ARB)、利尿剂、钙通道阻断剂、激酶抑制剂、肾上腺素能受体拮抗剂、血管舒张剂、苯并二氮杂卓、肾素抑制剂、醛固酮受体拮抗剂、内皮素受体阻断剂、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)抑制剂、激素类似物、血管加压素受体2拮抗剂、醛固酮受体拮抗剂、葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂、抗高血糖剂、透析和肾移植。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述血管收缩素II转化酶(ACE)抑制剂选自卡托普利、依那普利、赖诺普利、贝那普利、喹那普利、福辛普利和雷米普利。
91.如权利要求89所述的方法，其中所述血管收缩素II受体阻断剂(ARB)选自坎地沙坦、厄贝沙坦、奥美沙坦、氯沙坦、缬沙坦、替米沙坦和依普罗沙坦。
92.如权利要求89所述的方法，其中所述血管加压素受体2拮抗剂为托伐普坦。
93.如权利要求89所述的方法，其中所述醛固酮受体拮抗剂为螺内酯。
94.如权利要求89所述的方法，其中所述激酶抑制剂选自伯舒替尼和KD019。
95.如权利要求89所述的方法，其中所述mTOR抑制剂选自依维莫司、雷帕霉素和西罗莫司。
96.如权利要求89所述的方法，其中所述激素类似物选自生长抑素和促肾上腺皮质激素。
97.如权利要求89所述的方法，其中所述葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂为文鲁司他。
98.如权利要求89所述的方法，其中所述抗高血糖剂为二甲双胍。
99.如权利要求38至96中任一项所述的方法，所述方法包括施用治疗有效量的所述化合物。
100.如权利要求38至99中任一项所述的方法，其中所述受试者为人类受试者。
101.一种包含经修饰的寡核苷酸的化合物，其中所述经修饰的寡核苷酸在5'至3'方向上具有以下结构：
(N”)p-(N)r-(N')q
其中每个N”独立地为经修饰或未经修饰的核苷；
p为0至14；其中如果p不为0，则(N”)p的核碱基序列与miR-17的核碱基序列的等长部分互补；
(N)r的每个N独立地为经修饰或未经修饰的核苷酸，并且(N)r的核碱基序列为5'-AGCACUUU-3'；
N'为包含经修饰的糖部分的核苷；
q为0或1；其中如果q为1，则N'的核碱基为尿苷核碱基、胞嘧啶核碱基或嘌呤核碱基，条件是所述嘌呤核碱基在6位不具有H键受体；并且
每个胞嘧啶独立地选自非甲基化胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶；或其药学上可接受的盐，其用于疗法中。
102.如权利要求101所述的化合物，其中所述疗法是多囊性肾病的治疗。
103.如权利要求102所述的化合物，其中所述多囊性肾病为常染色体显性多囊性肾病(ADPKD)。
104.如权利要求102所述的化合物，其中所述多囊性肾病为常染色体隐性多囊性肾病(ARPKD)。
105.如权利要求1至22中任一项所述的化合物、如权利要求23至29中任一项所述的经修饰的寡核苷酸或如权利要求30至33中任一项所述的药物组合物，其用于疗法中。
CN202280066728.7A 2021-10-08 2022-10-07 用于治疗多囊性肾病的方法和组合物 Pending CN118103510A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163253933P 2021-10-08 2021-10-08
US63/253,933 2021-10-08
PCT/US2022/077766 WO2023060237A1 (en) 2021-10-08 2022-10-07 Methods and compositions for treatment of polycystic kidney disease

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN118103510A true CN118103510A (zh) 2024-05-28

Family

ID=84246040

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202280066728.7A Pending CN118103510A (zh) 2021-10-08 2022-10-07 用于治疗多囊性肾病的方法和组合物

Country Status (8)

Country Link
CN (1) CN118103510A (zh)
AR (1) AR127325A1 (zh)
AU (1) AU2022361062A1 (zh)
CA (1) CA3234547A1 (zh)
CO (1) CO2024004227A2 (zh)
IL (1) IL311734A (zh)
TW (1) TW202320808A (zh)
WO (1) WO2023060237A1 (zh)

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20070213292A1 (en) * 2005-08-10 2007-09-13 The Rockefeller University Chemically modified oligonucleotides for use in modulating micro RNA and uses thereof
US20070092882A1 (en) * 2005-10-21 2007-04-26 Hui Wang Analysis of microRNA
CA3144493A1 (en) 2006-10-03 2008-04-10 Arbutus Biopharma Corporation Lipid containing formulations
WO2009109665A1 (en) * 2008-03-07 2009-09-11 Santaris Pharma A/S Pharmaceutical compositions for treatment of microrna related diseases
CN105378080A (zh) * 2013-05-01 2016-03-02 莱古路斯治疗法股份有限公司 用于调节mir-122的微小rna化合物和方法
CN110036019A (zh) * 2016-12-05 2019-07-19 莱古路斯治疗法股份有限公司 用于治疗多囊肾病的修饰的低聚核苷酸
KR20190093207A (ko) * 2016-12-05 2019-08-08 레굴루스 테라퓨틱스 인크 다낭성 신장 질환의 치료 방법

Also Published As

Publication number Publication date
WO2023060237A1 (en) 2023-04-13
AU2022361062A1 (en) 2024-03-21
TW202320808A (zh) 2023-06-01
CA3234547A1 (en) 2023-04-13
IL311734A (en) 2024-05-01
AR127325A1 (es) 2024-01-10
CO2024004227A2 (es) 2024-04-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
TWI769197B (zh) 用於治療多囊腎病之組成物
US20220213483A1 (en) Methods for treatment of polycystic kidney disease
RU2742300C2 (ru) Способы лечения поликистозной болезни почек
CN112996568A (zh) 用于调节mir-10b活性的微小rna化合物和方法
CN118103510A (zh) 用于治疗多囊性肾病的方法和组合物
KR20240073028A (ko) 다낭성 신장 질환의 치료를 위한 방법 및 조성물
US20220380767A1 (en) Methods and compositions for treatment of polycystic kidney disease
US20200392503A1 (en) Methods and compositions for treatment of polycystic kidney disease
CN118043462A (zh) 用于避免脱靶效应的方法和组合物
EA040625B1 (ru) Методы лечения поликистозной болезни почек
EA043761B1 (ru) Модифицированные олигонуклеотиды для лечения поликистозной болезни почек
NZ794203A (en) Methods for treatment of polycystic kidney disease
NZ793236A (en) Modified oligonucleotides for treatment of polycystic kidney disease

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication