CN118063535A - 含氨基衍生结构的修饰核苷、寡聚核酸化合物及合成方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种式(I)化合物或其立体异构体以及由它们制备的寡聚化合物,式中各基团定义详见说明书,该化合物可用于并入到寡聚物的任意位置并使得寡聚化合物具有增强的核酸酶稳定性等优点。
Description
技术领域
本发明涉及核酸药物技术领域,尤其涉及一种含有氨基衍生结构的修饰核苷、寡聚核酸化合物及其合成方法。
背景技术
寡核苷酸在分子生物学中具有多种用途,包括例如用作探针、引物或接头。寡核苷酸也可以在治疗上用于例如编辑基因组DNA序列,使用基因治疗技术恢复缺陷或缺失的基因,或用作核酸抑制剂分子以通过各种机制调节细胞内RNA水平。小干扰RNA(“siRNA”)、反义寡核苷酸、核酶、微小RNA(miRNA)、antagomirs和适体(aptamer)都是核酸分子的实例,这些核酸分子在癌症、病毒感染和遗传障碍的治疗方面的作用已经被证明。核苷和核苷酸类似物也通常在治疗上使用,特别地作为抗病毒剂或抗癌剂。
然而,天然寡核苷酸分子要作为有效的治疗药物,必需克服体内稳定性差、与靶基因结合亲和力和特异性低、生物利用度低等问题,尽管本领域已经取得进步以改善寡核苷酸的稳定性和/或保护它们免受血清或细胞中的酶损害,本领域仍然需要核酸分子的可逆修饰的改进的策略,有鉴于此,为了发展新型的核酸化学修饰结构,特提出本发明。
发明内容
本发明的目的在于提供一种修饰的核苷、其类似物以及由它们制备的寡聚化合物,该修饰核苷及其类似物可用于并入到寡聚物的任意位置。
本发明的另一目的在于提供一种修饰的寡聚化合物及其双链组合物,该寡聚化合物具有增强的核酸酶稳定性,并且该寡聚化合物和双链组合物具有增强的穿膜效力。当其与靶RNA的一部分杂交后,能导致靶RNA正常功能的丧失。
为了实现以上目的,本发明的一方面,提供一种式(I)化合物或其立体异构体:
式中,
B选自杂环碱基;
L选自C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基;
G选自-OR1、磷酸酯基、硫代磷酸酯基或寡聚物;
A1、A2各自独立地选自-OR2、亚磷酸基、亚磷酸酯基、亚磷酰胺基或
R1、R2各自独立地选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
Q1选自O、N、S或C;
Q2选自O、S或CH2;
R3选自不存在、氢、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
R4选自氨基、氨基-(C1-C30烷基)、取代的氨基-(C1-C30烷基)、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基。
在一些具体实施方式中,L选自C2-C6烯基或C2-C6炔基,所述C2-C6烯基或C2-C6炔基任选地被一个或多个RL取代;
RL选自卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基或-NRaRb;
Ra、Rb各自独立地选自氢、氘、C1-C6烷基或C1-C6烷氧基;优选地,L选自C2-C4烯基或C2-C4炔基,所述C2-C4烯基或C2-C4炔基任选地被一个或多个RL取代;
优选地,L选自-CH2=CH2-或-CH2≡CH2-,所述-CH2=CH2-或-CH2≡CH2-任选地被一个或多个RL取代;
优选地,L选自-CH2=CH2-,所述-CH2=CH2-任选地被一个或多个RL取代;
优选地,RL选自卤素、C1-C6烷基、卤素取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、卤素取代的C1-C6烷氧基或-NRaRb;
优选地,RL选自卤素、C1-C3烷基、卤素取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、卤素取代的C1-C3烷氧基或-NRaRb;
优选地,L选自-CH2=CH2-。
在一些具体实施方式中,G选自-OR1、或寡聚物,R1选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
X选自O、S或NH;
Y选自O或S;
R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
Ra、Rb各自独立地选自氢、氘、C1-C6烷基或C1-C6烷氧基;
Rc选自氨基保护基团;
优选地,X为O;
优选地,Y为O;
优选地,所述羟基保护基团选自叔丁基二甲基硅基或二甲氧基三苯甲基(DMTr);
优选地,所述羟基保护基团选自二甲氧基三苯甲基(DMTr);
优选地,所述氨基保护基团选自氨基甲酸酯。
在一些具体实施方式中,R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、(C1-C16烷基)-O-C(O)(C1-C16烷基)、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C16烷基、C1-C16烷氧基、(C1-C6烷基)-O-C(O)(C1-C6烷基)、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3;
优选地,R5、R6各自独立地为乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3。
在一些具体实施方式中,A1、A2各自独立地选自-OR2、亚磷酰胺基或
R2选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
R3选自不存在、氢、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
R4选自氨基、氨基-(C1-C30烷基)、取代的氨基-(C1-C30烷基)、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基;
优选地,R3选自不存在、氢、C1-C16烷基或取代的C1-C16烷基;
优选地,R3选自不存在或氢;
优选地,R4选自氨基、氨基-(C1-C16烷基)、取代的氨基-(C1-C16烷基)、C1-C16烷基、取代的C1-C16烷基、C1-C16烷氧基、取代的C1-C16烷氧基;
优选地,R4选自甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、甲氧基、乙氧基、丙氧基、-O(CH3)2、甲氨基、乙氨基、丙氨基、-NH(CH3)2、-O(CH2)15CH3、-NH(CH2)15CH3或-(CH2)15CH3;
优选地,R4选自甲基、异丙基、甲氧基、乙氧基、甲氨基、乙氨基、-NH(CH3)2、-O(CH3)2、-O(CH2)15CH3、-NH(CH2)15CH3或-(CH2)15CH3;
优选地,选自以下结构:
优选地,选自以下结构:
在一些具体实施方式中,所述亚磷酰胺基具有下式(II)所示结构:
式中,
R71、R72、R8各自独立地选自C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基、C1-C6烷基-氰基、取代的C1-C6烷基-氰基、C1-C6烷氧基-氰基或取代的C1-C6烷氧基-氰基;
优选地,R71、R72、R8各自独立地选自C1-C3烷基、取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、取代的C1-C3烷氧基、C1-C3烷基-氰基、取代的C1-C3烷基-氰基、C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R71、R72各自独立地选自C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基或取代的C1-C6烷氧基;
优选地,R71、R72各自独立地选自C1-C3烷基、取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基或取代的C1-C3烷氧基;
优选地,R71、R72各自独立地选自甲基、乙基或异丙基;
优选地,R71、R72同时为异丙基;
优选地,R8选自C1-C6烷基-氰基、取代的C1-C6烷基-氰基、C1-C6烷氧基-氰基或取代的C1-C6烷氧基-氰基;
优选地,R8选自C1-C3烷基-氰基、取代的C1-C3烷基-氰基、C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R8选自C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R8选自-OCH2CN、-O(CH2)2CN或-O(CH2)3CN;
优选地,R8为-O(CH2)2CN。
在一些具体实施方式中,所述杂环碱基选自嘧啶、取代的嘧啶、嘌呤或取代的嘌呤;
优选地,所述杂环碱基选自尿嘧啶、胸腺嘧啶,胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-噻唑并胞嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤、2,4-二氟甲苯或次黄嘌呤;
优选地,所述杂环碱基选自
优选地,所述杂环碱基选自优选地,所述杂环碱基为/>
在一些具体实施方式中,所述的式(I)化合物或其立体异构体具有下式(IA)或式(IB)所示结构:
其中,B、L、G、A1、A2、R2、R3、R4、Q1、Q2各自定义同式(I)化合物。
在一些具体实施方式中,所述式(I)化合物选自式(I-1)、式(II-1)或式(III-1)所示化合物:
其中,B、R2、R3、R4、R2、R5、R6、Q1、Q2各自定义同式(I)化合物。
在一些具体实施方式中,所述式(I-1)化合物选自下式(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)或(I-6)所示化合物:
式中,
R2、R3、R5、R6各自定义同式(I)化合物;
R9、R10各自独立地选自氢、氘、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
优选地,R9、R10各自独立地选自氢、氘、C1-C16烷基或取代的C1-C16烷基;优选地,R9、R10各自独立地选自氢、C1-C16烷基;
优选地,R9、R10各自独立地选自氢、甲基、乙基、异丙基、-(CH2)15CH3。在一些具体实施方式中,所述式(I-1)化合物选自下式所示化合物:
其中,R1、R3、R4、R5、R6、R9、R10各自定义同前;为寡聚物。
以下化合物或其立体异构体:
/>
本发明的另一方面,提供一种上述化合物的制备方法,其选自以下合成路线:
合成路线1:
化合物a氧化制得化合物b;化合物b与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物c;化合物c经还原制得化合物d;化合物d经进行酰化反应制得化合物e,任选地,化合物d酰化反应之前还包括进行烷基化反应的步骤;化合物e脱去TBS保护基团得化合物f,化合物f与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-1化合物;
合成路线2:
/>
化合物g经甲酰化制得化合物h;化合物h脱去DMTr保护制得化合物i,化合物i经氧化制得化合物j;化合物j与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物k;化合物k经脱保护制得化合物I,化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-2化合物;
合成路线3:
化合物j经酰化制得化合物k;化合物k脱TBS保护制得化合物I;化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-1化合物;
合成路线4:
化合物m经酰化制得化合物n,任选地,化合物m酰化反应之前还包括进行烷基化反应的步骤;化合物n脱TBS保护制得化合物o,化合物o与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-2化合物。
合成路线5:
化合物p经酰化制得化合物q;化合物q脱TBS保护制得化合物r;化合物r与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物;
合成路线6:
化合物s经酰化制得化合物t;化合物t脱TBS保制得化合物u;化合物u与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物;
其中,B、R3、R4各自定义同前。
本发明的另一方面,提供一种寡聚化合物,其由上述的化合物或上述的制备方法制备得到的化合物连接于寡聚物得到。
本发明的另一方面,提供一种双链RNA试剂,包括正义链和反义链,其反义链上修饰有上述化合物或上述的制备方法制备得到的化合物。
在一些具体实施方式中,所述正义链具有SEQ ID NO:1所示的核酸序列。
在一些具体实施方式中,所述反义链具有SEQ ID NO:2所示的核酸序列。
在一些具体实施方式中,所述双链RNA试剂为siRNA试剂。
在一些具体实施方式中,上述双链RNA试剂还包括至少一个ASGPR配体,所述配体选自糖或糖的衍生物;
在一些具体实施方式中,所述配体选自甘露糖、阿拉伯糖、葡萄糖、半乳糖、果糖、乙酰半乳糖或三氟乙酰半乳糖等。
在一些具体实施方式中,所述ASGPR配体是通过一价、二价或三价支链接头而附接的一种或多种乙酰半乳糖衍生物;
优选地,所述乙酰半乳糖衍生物为N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)。
在一些具体实施方式中,所述乙酰半乳糖衍生物具有下式所示结构。
在一些具体实施方式中,所述ASGPR配体连接于双链RNA试剂的正义链。具体地,连接正义链的3’末端。
本发明的另一方面,提供一种上述寡聚化合物或双链RNA试剂在制备用于体外诊断的引物和探针中的应用。
本发明的另一方面,提供一种药物组合物,其包括上述化合物、上述方法制备得到的化合物、上述寡聚化合物或上述双链RNA试剂以及药学上可接受的载体。
本发明的另一方面,提供一种抑制基因表达的体外的非疾病诊断和非疾病治疗的方法,所述方法包括使一种或多种细胞或组织与上述化合物、上述方法制备得到的化合物、上述寡聚化合物或上述双链RNA试剂或上述药物组合物接触。
附图说明
图1示出了实施例11中GalNAc-siRNA的制备路线。
图2示出了实施例12中不同化合物对C57小鼠LDL-C水平的影响。
具体实施方式
如本文所用,术语“保护基团”是指本领域已知的用来保护反应性基团(包括但不限于羟基、氨基和硫醇基团)避免在合成过程中发生非期望反应的不稳定化学部分。保护基团通常在其它反应性位点的反应过程中选择性地和/或正交地用于保护某些位点,并且然后可被移除从而按原样或可用于进一步反应的方式释放出未保护的基团。
羟基保护基团的实例包括但不限于乙酰基、叔丁基、叔丁氧基甲基、甲氧基甲基、四氢吡喃基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、对氯苯基、2,4-二硝基苯基、苄基、2,6-二氯苄基、二苯基甲基、对硝基苄基、双(2-乙酰氧基乙氧基)甲基(ACE)、2-三甲基硅基乙基、三甲基硅基、三乙基硅基、叔丁基二甲基硅基、叔丁基二苯基硅基、三苯基硅基、[(三异丙基硅基)氧基]甲基(TOM)、苯甲酰基甲酸酯、氯乙酰基、三氯乙酰基、三氟乙酰基、新戊酰基、苯甲酰基、对苯基苯甲酰基、9-芴基甲基碳酸酯、甲磺酸酯基、甲苯磺酸酯基、三苯基甲基(三苯甲基)、单甲氧基三苯甲基、二甲氧基三苯甲基(DMT)、三甲氧基三苯甲基、1(2-氟苯基)-4-甲氧基哌啶-4-基(FPMP)、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对甲氧苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。
如本文所用,术语“取代的”或“取代”是指特定原子上的任意一个或多个氢原子被取代基取代。术语“取代的”包括独立选择的取代基,其可置于所述部分并且其使得所述分子实现预定功能。取代基实例包括烷基、烯基、炔基、芳基、(CR′R″)0-3NR′R″、(CR′R″)0-3CN、NO2、卤素、(CR′R″)0-3C(卤素)3、(CR′R″)0-3CH(卤素)2、(CR′R″)0-3CH2(卤素)、(CR′R″)0- 3CONR′R″、(CR′R″)0-3S(O)1-2NR′R″、(CR′R″)0-3CHO、(CR′R″)0-3O(CR′R″)0-3H、(CR′R″)0-3S(O)0-2R′、(CR′R″)0-3O(CR′R″)0-3H、(CR′R″)0-3COR′、(CR′R″)0-3CO2R′或(CR′R″)0-3OR′基团,其中每个R′和R″各自独立地为氢、C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基或芳基,或者R′和R″一起为苯亚甲基或者-(CH2)2O(CH2)2-基团。
如本文所用,术语“烷氧基”是指在烷基和氧原子之间形成的基团,其中氧原子用于将烷氧基连接到母体分子。烷氧基的实例包括但不限于甲氧基、乙氧基、丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、仲丁氧基、叔丁氧基、正戊氧基、新戊氧基和正己氧基等。如本文所用的烷氧基可任选地包含进一步的取代基团。
如本文所用,术语“寡聚物”是指由8个以上的天然核苷和或修饰核苷和或核苷类似物通过共价键和或化学基团有序连接在一起,具有RNA,DNA类似结构或功能的单链聚合物或双链组合物,寡聚物的实例包括但不限于寡核苷酸、单链寡核苷酸、单链反义寡核苷酸。优选地,该寡聚物具有19-21个修饰核苷或核苷类似物。
在一些实施方式中,所述寡聚物是治疗性化合物,例如治疗性核酸。
如本文所用,术语“寡聚物化合物”是指由本文所定义的化合物与寡聚物连接得到的经修饰的寡聚物。在一些实施方式中,所述寡聚化合物是表达抑制性寡聚化合物。
如本文所用,术语“杂环碱基部分”是本文所定义的核碱基或修饰核碱基。在一些实施方式中,杂环碱基部分是嘧啶、取代的嘧啶、嘌呤或取代的嘌呤。在一些实施方式中,杂环碱基部分是天然存在的嘌呤或取代的嘌呤。在一些实施方式中,杂环碱基部分是非天然存在的嘌呤或取代的嘌呤。在一些实施方式中,杂环碱基部分是天然存在的嘧啶或取代的嘧啶。在一些实施方式中,杂环碱基部分是非天然存在的嘧啶或取代的嘧啶。
本文所公开的ASGPR配体可以通过化学方法连接至RNA试剂。
如本文所用,术语“连接”,当表示两个分子或基团之间的联系时,是指通过共价键连接。
如本文所用,术语“磷酸酯基”表示磷酸H3PO4的氢原子被分别被一个、两个或三个有机基团取代而形成磷酸酯、磷酸二酯或磷酸三酯。术语“硫代磷酸酯基”表示与磷连接的任一氧原子被硫代替的磷酸酯基团。
如本文所用,术语“烷基”指直链或支链饱和脂肪族烃基基团,其包含1到20个碳原子。术语“C1-C6烷基”指具有1到6个碳原子的直链或支链烷基。烷基具体实例包括但不限于甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、仲丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基、1-乙基丙基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、正己基、1-乙基-2-甲基丙基、1,1,2-三甲基丙基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、2,2-二甲基丁基、1,3-二甲基丁基、2-乙基丁基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2,3-二甲基丁基,及其各种支链异构体等。
如本文所用,术语“烯基”指在链的任何位点上具有一个或多个碳-碳双键的如上定义的烷基,术语“C2-C6烯基”指具有2到6个碳原子和至少一个碳-碳双键的烯基。烯基具体实例包括但不限于乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-、2-或3-丁烯基、戊烯基、己烯基、丁间二烯基等。
如本文所用,术语“炔基”指在链的任何位点上具有一个或多个碳-碳三键的如上定义的烷基,术语“C2-8炔基”指具有2到8个碳原子和至少一个碳-碳三键的炔基。炔基具体实例包括但不限于乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基、1-、2-或3-丁炔基等。
如本文所用,术语“卤素”指氟、氯、溴和碘。如本文所用,各基团中取代基所含有的“-”或:符号表示与其他基团或结构连接的键。
术语“药学可接受的载体”是指能够递送本发明有效量活性物质、不干扰活性物质的生物活性并且对宿主或者受试者无毒副作用的任何制剂或载体介质代表性的载体,包括水、油、蔬菜和矿物质、膏基、洗剂基质、软膏基质等。这些基质包括悬浮剂、增粘剂、透皮促进剂等。它们的制剂为化妆品领域或局部药物领域的技术人员所周知。
缩写:
TBS:叔丁基二甲基;
DMTr:4,4'-二甲氧基三苯甲基
制备例1:本发明化合物采用以下合成路线合成:
合成路线1:式1-1化合物的合成
式1-1化合物通过化合物a经IBX(2-碘酰苯甲酸)氧化制得化合物b,化合物b与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物c,化合物c经还原制得化合物d,化合物d经与R4甲酰氯或R4的酸酐进行酰化反应制得化合物e,任选地,化合物d酰化反应之前还包括与R3卤代物或R3醛进行烷基化反应的步骤,化合物e脱TBS保护制得化合物f,化合物f与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-1化合物。
合成路线2:式1-2的合成
式1-2化合物通过化合物g经甲酰化制得化合物h,化合物h脱去DMTr保护制得化合物i,化合物i经IBX(2-碘酰苯甲酸)氧化制得化合物j,化合物j与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物k,化合物k经脱保护制得化合物I,化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-2化合物。
合成路线3:式2-1的合成
式2-1化合物由化合物j经羟基酰化制得化合物k,化合物k脱TBS保护制得化合物I,化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-1化合物。
合成路线4:式2-2的合成
式2-2化合物由化合物m经酰化制得化合物n,任选地,化合物m酰化反应之前还包括进行烷基化反应的步骤,化合物n经脱TBS保护制得化合物o,化合物o与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-2化合物。
合成路线5:式3-1的合成:
式3-1化合物由化合物p经酰化制得化合物q,化合物q经脱TBS保护制得化合物r,化合物r与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物。
合成路线6:式3-2的合成:
式3-2化合物由化合物s经酰化制得化合物t,化合物t经脱TBS保制得化合物u,化合物u与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物。
实施例1:化合物6F的合成
(1)将化合物1a(15g,39.12mmol)溶于150ml乙腈中,加入2-碘酰基苯甲酸(IBX)(16.43g,
58.67mmol),加热回流,TLC(PE:EA=1:1)监测反应结束,过滤,浓缩,得淡黄色固体化合物1b(12g,收率80.4%)。
(2)将化合物1b(10.0g,26.2mmol)的100ml四氢呋喃溶液在冰水浴下加入四-(氧甲基新戊酸酯)基亚甲基二磷酸酯(41.5g,65.5mmol),氢化钠(2.6g,65.5mmol)100ml的四氢呋喃溶液中,室温反应,TLC监测反应(PE:EA=1:1)结束,用饱和氯化铵溶液淬灭反应,400ml乙酸乙酯萃取,收集有机相,干燥,浓缩,柱层析纯化(PE:EA=2:1)得淡黄色油状物化合物1c(11.2g,收率53.7%)。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ8.67(br,1H),7.3-7.7.25(m,1H),6.90-6.76(m,1H),6.15-5.05(m,1H),5.75-5.67(d,2H),5.70-5.60(m,4H),4.55-4.50(m,1H),4.25-4.30(m,1H),3.95-3.89(m,1H),1.15-1.30(m,18H),1.00-0.90(m,9H),0.11-0.22(m,6H)。31P NMR(202MHz,CDCl3)δ16.62,16.24.
(3)将化合物1c(7.00g,10.18mmol)和三苯基膦(2.67g,10.18mmol)溶于200ml四氢呋喃的水溶液(THF:H2O=4:1)中,室温反应,TLC(PE:EA=1:1)监测反应,反应结束后,用300ml乙酸乙酯和水处理反应,收集有机相,浓缩,柱层析纯化(PE:EA=1:2)得淡黄色固体化合物1d(6.0g,收率55.5%)。
(4)将化合物1d(10.0g,15.1mmol),乙酸酐(1.7mL,18.1mmol)溶于100ml二氯甲烷中,加入1ml吡啶,室温反应3小时,TLC监测,反应结束,真空浓缩,柱纯化得淡黄色固体化合物1e(8.2g,收率77.2%)。
(5)将化合物1e(8.5g,12.1mmol)溶于100ml甲酸水溶液(1:1)中,室温搅拌12小时,TLC(PE:EA=1:2)监测反应,反应结束,浓缩,用二氯甲烷和饱和碳酸氢钠溶液处理浓缩液,收集有机相,浓缩,层析柱纯化(PE:EA=1:1)得类白色固体化合物1f(6.0g,收率84.3%)。
(6)将化合物1f(5.4g,9.2mmol),N,N二异丙基乙胺(3.0g,22.9mmol)溶于50ml无水乙腈中,氮气保护,在冰浴下加入2-氰乙基N,N,N’,N′-四异丙基亚磷酰二胺(6.9g,22.9mmol),室温反应1小时,TLC监测,反应结束,浓缩,层析柱(PE:EA=1:1)得类白色固体化合物6F(4.5g,收率61.0%)。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ:8.35-8.45(br,1H),7.44-7.38(d,1H),6.85-7.03(m,1H),6.22-6.36(m,1H),6.04-6.17(m,1H),5.97-5.88(d,1H),5.82-5.75(d,1H),5.63-5.72(m,4H),4.61-4.75(m,1H),4.59-4.37(m,2H),3.96-3.76(m,2H),3.72-3.62(m,2H),2.76-2.64(m,2H),2.10-1.99(d,3H),1.26-1.21(m,30H)。31P NMR(202MHz,CDCl3)δ:151.30,150.40,16.37,16.19。MS[M-H]-m/z 788.5。
实施例2:化合物2F3F2H3H6H2I3I6I的合成
以化合物1d为起始物,用合成化合物6F类似的方法合成化合物2F、3F、2H、3H、6H、2I、3I、6I。
实施例3:化合物5F的合成:
(1)将化合物1g(15g,22.7mmol),甲氨基甲酰氯(3.8g,40.9mmol)溶于100ml四氢呋喃中,冰水浴下加入4-二甲氨基吡啶(2.8g,22.7mmol),室温反应12hr,TLC检测反应完全,向反应体系中加入200ml水,用300ml乙酸乙酯萃取,收集并浓缩有机相,柱层析纯化(PE:EA=5:1),得到类白色固体化合物1h(12.2g,收率74.8%)。
(2)将化合物1h(20g,27.8mmol)溶于150ml乙酸溶液(80%)中,室温搅拌1h,TLC检测反应结束,向体系中加入300ml水,用乙酸乙酯萃取,收集有机相,有机相用饱和碳酸氢钠溶液洗涤,收集有机相,干燥,浓缩,柱层析纯化(PE:EA=3:1),得淡黄色固体化合物1i(7.9g,收率68.2%),MS[M+H]+m/z 416.6。
(3)将化合物1i(16g,38.5mmol)溶于150ml乙腈中,加入2-碘酰基苯甲酸(IBX)(16.2g,57.6mmol),加热回流,TLC检测反应完全,过滤,浓缩,得淡黄色固体化合物1j(14g,收率87.7%)。
(4)将化合物1j(12.0g,29.0mmol)的100ml四氢呋喃溶液在冰水浴下加入四-(氧甲基新戊酸酯)基亚甲基二磷酸酯(45.8g,72.4mmol),氢化钠(3.0g,72.4mmol)100ml的四氢呋喃溶液中,反应3小时,TLC(PE:EA=1:1)监测,反应结束,用饱和氯化铵溶液淬灭反应,400ml乙酸乙酯萃取,收集有机相,干燥,浓缩,柱层析纯化(PE:EA=2:1)得类白色固体化合物1k(11.2g,收率53.6%),MS[M-H]—m/z 718.2。
(5)将化合物1k(7.2g,10mmol)溶于50ml甲酸水溶液(1:1)中,室温搅拌8小时,TLC监测反应(PE:EA=1:1)结束,加入120ml水,用乙酸乙酯200ml萃取,收集有机相,饱和碳酸氢钠溶液洗涤,浓缩,柱层析纯化得类白色固体化合物1l(5.2g,收率85.8%)。
(6)将化合物1l(6g,9.9mmol),N,N-二异丙基乙胺(2.56g,19.8mmol)溶于60ml无水乙腈中,氮气保护,在冰浴下加入2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺(6.0g,19.8mmol),室温反应,TLC监测反应(PE:EA=1:5),反应结束,浓缩反应液,层析柱纯化(PE:EA=1:4),得类白色固体化合物4F(4.6g,收率57.6%)。1H NMR(400MHz,CDCl3)δ8.79(br,1H),7.29-7.7.26(m,1H),7.16-7.08(m,1H),6.97-6.82(m,1H),6.15-5.95(m,1H),5.79-5.77(d,1H),5.68-5.64(m,4H),5.25-5.10(m,1H),4.97-4.88(m,1H),4.60-4.45(m,2H),3.95-3.89(m,3H),3.77-3.55(m,4H),2.75-2.60(m,2H),1.22-1.70(m,30H)。31P NMR(202MHz,CDCl3)δ151.23,150.16,16.82,16.36。MS[M-H]-m/z 804.5。
实施例4:化合物4F、4H、5H、4I、5I的合成
以化合物1g为起始物,用合成化合物5F类似的方法合成化合物4F、4H、5H、4I、5I。
实施例5:化合物10I的合成:
(1)将化合物1j(20g,30.3mmol),甲胺基甲酰氯(5.09g,54.5mmol)溶于200ml四氢呋喃中,冰水浴下加入4-二甲氨基吡啶(4.4g,36.3mmol),室温反应12hr,TLC检测反应完全,向反应体系中加入300ml水,用400ml乙酸乙酯萃取,收集并浓缩有机相,柱层析纯化(PE:EA=5:1),得到类白色固体化合物1k(15.6g,收率71.8%)。
(2)将化合物1k(17g,23,7mmol)溶于80ml四氢呋喃溶液中,加入四丁基氟化铵(15.5g,59.2mmol)水溶液20ml,室温搅拌12小时,TLC监测反应(PE:EA=1:1),反应结束,用300ml乙酸乙酯和200ml水处理反应,收集有机相,层析柱纯化得类白色固体化合物1l(9.8g,收率68.6%)。
(3)将化合物1l(12.0g,19.9mmol),N,N二异丙基乙胺(6.4g,49.7mmol)溶于100ml无水乙腈中,氮气保护,在冰浴下加入2-氰乙基-N,N,N’,N′-四异丙基亚磷酰二胺(14.98g,49.7mmol),室温反应1小时,TLC监测,反应结束,浓缩,层析柱纯化(PE:EA=1:2)得类白色固体10I(11.2g,收率70.1%)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ:11.44-11.39(br,1H),7.44-7.36(d,1H),7.26-7.11(m,9H),6.92-6.85(m,4H),5.95-5.84(dd,1H),5.46-5.35(dd,1H),4.45-4.20(m,2H),3.78-3.3.63(m,8H),3.62-3.52(m,2H),3.35-3.30(m,1H),3.30-3.26(m,1H),2.75-2.67(m,2H),2.75-2.67(m,2H),2.61-2.45(m,3H),1.14-1.08(m,12H)。31P NMR(202MHz,CDCl3)δ:149.34,149.23。MS[M+H]+m/z 804.3。
实施例6:化合物9I、9J、10J、9K、10K、9L、10L的合成
用合成化合物10I类似的方法合成化合物9I、9J、10J、9K、10K、9L、10L。
实施例7:化合物14I、15I、14J、15J、14K、15K、14L、15L的合成
以化合物1p为起始物,用合成化合物10I类似的方法合成化合物14I、15I、14J、15J、14K、15K、14L、15L。
实施例8:化合物11I的合成
(1)将化合物1m(30g,45.5mmol),N,N-二异丙基乙胺(11.8g,91.0mmol)溶于200ml二氯甲烷中,在冰水浴下,加入50ml乙酰氯(5.35g,68mmol)的二氯甲烷溶液,反应4小时,TLC监测反应(PE:EA=1:2),反应结束,向反应体系中加入300ml饱和碳酸氢钠溶液,收集有机相,干燥,浓缩的淡黄色固体化合物1n,直接用于下步反应。
(2)将1n溶于300ml四氢呋喃溶液中,加入四丁基氟化铵(29.7g,113.7mmol)水溶液40ml,反应13小时,TLC监测反应(PE:EA=1:2),反应结束,用乙酸乙酯和水处理反应,收集有机相,浓缩,层析柱纯化(PE:EA=1:3)的类白色固体化合物1o(18.5g,收率69.3%)。
(3)将化合物1o(9.7g,16.5mmol),N,N二异丙基乙胺(5.3g,41.3mmol)溶于100ml无水乙腈中,氮气保护,在冰浴下加入2-氰乙基N,N,N’,N′-四异丙基亚磷酰二胺(12.4g,41.3mmol),室温反应2小时,TLC监测,反应结束,浓缩,层析柱纯化(PE:EA=1:1)得类白色固体化合物11I(7.9g,收率60.8%)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ:11.46-11.41(br,1H),8.11-8.16(d,1H),7.41-7.28(m,4H),7.25-7.13(m,5H),6.92-6.81(m,4H),5.94-5.88(dd,1H),5.49-5.41(d,1H),5.22-5.15(m,1H),4.47-4.42(m,2H),3.97-3.91(m,1H),3.83-3.79(m,2H),3.74-3.71(s,6H),3.69-3.57(m,2H),3.46-3.40(m,1H),3.23-3.18(m,1H),2.73-2.66(m,2H),2.05-1.95(m,3H),1.19-1.07(m,12H)。31P NMR(202MHz,CDCl3)δ:149.37,149.30。MS[M+H]+m/z 788.5。
实施例9:化合物7I、8I、7J、8J、1lJ、7K、8K、llK、7L、8L、llL的合成
以化合物1m为起始物,用合成11I的方法可以合成7I、8I、7J、8J、11J、7K、8K、11K、7L、8L、11L。
实施例10:化合物12I、13I、16I、12J、13J、16J、12K、13K、16K、12L、13L、16L的合成
以化合物1s为起始物,用合成11I的方法可以合成化合物12I、13I、16I、12J、13J、16J、12K、13K、16K、12L、13L、16L。
实施例11:双链RNA试剂的制备
(1)siRNA的制备
siRNA序列经由正义链和反义链在固相载体上单独合成,经脱保护、切割、纯化、退火、纯化并冻干后得到。
固相合成(图1):使用亚磷酰胺技术在固相载体上使用寡核苷酸自动合成仪分别合成正义链和反义链。所述合成仪如AKTAOligopilot(Cytiva公司),Dr.Oligo 192XLc(昆山伯利克精密仪器有限公司)。固相合成从序列的3’端开始,按照序列顺序依次将单体偶联进序列,每偶联一个亚磷酰胺单体,均包含四个化学步骤:1)解封或脱保护(脱羟基保护基);2)偶联;3)氧化;4)封端。所用亚磷酰胺单体、试剂、纯化耗材均为商业化流通试剂及耗材,如购自上海兆维科技发展有限公司多种亚磷酰胺单体(如5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-2'-O-methyl-Uridine-3'-CE-Phosphoramidite),购自Sigma-AldrichLLC反应试剂(如40wt%甲胺水溶液,28wt%氢氧化铵水溶液等)等。本文所使用的siRNA合成及纯化方法如US20130178612,US2015100197等所描述。
(2)双链RNA试剂的制备
AL0067047正义链的合成:
固相亚磷酰胺法是一种技术成熟的寡核酸合成方法。采用计算机控制的合成仪,在不锈钢合成柱中进行反应。AL0067047正义链合成中以L96的固相载体为起始,通过固相合成仪控制不同的管路按照序列3_到5的顺序(序列5到3,GmsUmsUmUmUmGmCfUmUfUfUfGmUmAmAmCmUmUmGmAmAm_A1-1)注入不同的原料、试剂和溶剂,逐个连接亚磷酰胺核苷单体。反应过程包含脱除DMT保护基反应、缩合反应、氧化或硫代反应、封端反应共四步循环,每次循环连接上一个核苷酸单元,得到21个核苷酸单元的寡核酸序列。合成完成后,在固相合成柱上脱去保护基(2-氰乙基),再通过氨解反应将合成好的序列从固相载体上切割下来,过滤,用乙醇洗涤滤饼,收集滤液及洗涤液,浓缩得到AL0067047正义链粗品。粗品经色谱纯化(SOURCE 15Q),冻干得目标产品AL0067047正义链。
AL0067047反义链的合成:
AL0067047反义链合成与正义链类似,通过固相合成仪控制不同的管路按照序列3_到5的顺序(序列5到3,VP7UmUfsCmAmAmGfUmUmAfCmAmAmAmAfGmCfAmAmAmAmCmsAmsGm)注入不同的原料、试剂和溶剂,逐个连接亚磷酰胺核苷单体。反应过程包含脱除DMT保护基反应、缩合反应、氧化或硫代反应、封端反应共四步循环,每次循环连接上一个核苷酸单元,得到21个核苷酸单元的寡核酸序列。合成完成后,在固相合成柱上脱去保护基(2-氰乙基),再通过氨解反应将合成好的序列从固相载体上切割下来,过滤,用乙醇洗涤滤饼,收集滤液及洗涤液,浓缩得到AL0067046反义链粗品。粗品经色谱纯化(SOURCE 15Q),超滤,冻干得目标产品AL0067046反义链。
AL0067047双链制备:
将AS链和SS链分别溶解在注射水中,以确定的比例(1.01:1.0-1.2:1.0)混合,30-50℃孵育时间30-90min,降温至室温。经冷冻干燥,得到双链AL0067047产品。
根据同样的方法,制备得到下表1的双链RNA试剂偶联物。
表1:双链RNA试剂
注:“G”、“C”、“A”、“U”通常分别代表以鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、尿嘧啶为碱基的核苷酸;
修饰:m代表2'-甲氧基(2'-methoxyl);f代表2'-脱氧-2'-氟(2'-deoxy-2'-fluorine);s代表硫代磷酸酯(thiophosphate)。其中,修饰于反义链5’端的化合物VP、VP1(化合物3H)、VP2、VP5(化合物3F)、VP7(化合物6F)以及修饰于正义链3’端的化合物L96、A1-1的结构分别如下所示:
实施例12:应用C57小鼠评价化合物体内降LDL-C水平研究
试验采用SPF级雄性、6-8周周龄的C57BL/6小鼠(斯贝福(北京)生物技术有限公司)。在给药第0天获得给药前血清样品,按照LDL-c水平随机分组。C57BL/6小鼠单次皮下给予3mg/kg的化合物AL0067047、AL0067048、AL0067049、AL0067050、AL0067052、生理盐水(NC,阴性对照)。分别在给药后第8天、15天、22天、29天、36天、43天取小鼠血液(眼球取血,取血后1h内送检),检测血液中TCHO(总胆固醇)、TG(甘油三酯)、HDL-C(高密度脂蛋白胆固醇)、LDL-C(低密度脂蛋白胆固醇)水平。实验期间,临床观察所有动物均未见明显异常。LDL-C检测详细数据显示在表2中,LDL-C变化水平显示在图2中。
表2:动物血清LDL-C检测值(mmol/L)
组别 | 第0天 | 第8天 | 第15天 | 第22天 | 第29天 | 第36天 |
NC组 | 0.31±0.03 | 0.27±0.02 | 0.31±0.03 | 0.36±0.06 | 0.35±0.03 | 0.32±0.02 |
AL67047组 | 0.32±0.03 | 0.18±0.02*** | 0.17±0.03*** | 0.23±0.04*** | 0.23±0.04*** | 0.24±0.02*** |
AL67048组 | 0.32±0.03 | 0.17±0.02*** | 0.17±0.01*** | 0.24±0.02*** | 0.24±0.03*** | 0.27±0.02** |
AL67049组 | 0.32±0.02 | 0.15±0.02*** | 0.15±0.03*** | 0.23±0.02*** | 0.23±0.02*** | 0.26±0.05** |
AL67050组 | 0.31±0.03 | 0.17±0.04*** | 0.18±0.04*** | 0.25±0.03** | 0.25±0.03*** | 0.26±0.03** |
AL67052组 | 0.32±0.03 | 0.13±0.02*** | 0.12±0.04*** | 0.22±0.01*** | 0.21±0.03*** | 0.22±0.04*** |
与NC组比较,*:p<0.05;**:p<0.01;***:p<0.001。
如图2所示,对于LDL-C表达水平,所有化合物组(AL0067047、AL0067048、AL0067049、AL0067050、AL0067052)在整个实验周期都有显著降低LDL-C水平。其中,不同VP修饰的化合物(AL0067048、AL0067049、AL0067050、AL0067052)降低LDL-C水平效果与IonisVP修饰化合物(AL0067047)效果相当,尤其明显的是在整个实验周期VP7修饰化合物(AL0067052)降低LDL-C水平的能力都显著优于Ionis VP修饰化合物(AL0067047)。
Claims (18)
1.式(I)化合物或其立体异构体:
式中,
B选自杂环碱基;
L选自C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基;
G选自-OR1、磷酸酯基、硫代磷酸酯基或寡聚物;
A1、A2各自独立地选自-OR2、亚磷酸基、亚磷酸酯基、亚磷酰胺基或
R1、R2各自独立地选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
Q1选自O、N、S或C;
Q2选自O、S或CH2;
R3选自不存在、氢、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
R4选自氨基、氨基-(C1-C30烷基)、取代的氨基-(C1-C30烷基)、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基。
2.根据权利要求1所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,L选自C2-C6烯基或C2-C6炔基,所述C2-C6烯基或C2-C6炔基任选地被一个或多个RL取代;
RL选自卤素、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基或-NRaRb;
Ra、Rb各自独立地选自氢、氘、C1-C6烷基或C1-C6烷氧基;
优选地,L选自C2-C4烯基或C2-C4炔基,所述C2-C4烯基或C2-C4炔基任选地被一个或多个RL取代;
优选地,L选自-CH2=CH2-或-CH2≡CH2-,所述-CH2=CH2-或-CH2≡CH2-任选地被一个或多个RL取代;
优选地,L选自-CH2=CH2-,所述-CH2=CH2-任选地被一个或多个RL取代;
优选地,RL选自卤素、C1-C6烷基、卤素取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、卤素取代的C1-C6烷氧基或-NRaRb;
优选地,RL选自卤素、C1-C3烷基、卤素取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、卤素取代的C1-C3烷氧基或-NRaRb;
优选地,L选自-CH2=CH2-。
3.根据权利要求1或2所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,G选自-OR1、或寡聚物,R1选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
X选自O、S或NH;
Y选自O或S;
R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
Ra、Rb各自独立地选自氢、氘、C1-C6烷基或C1-C6烷氧基;
Rc选自氨基保护基团;
优选地,X为O;
优选地,Y为O;
优选地,所述羟基保护基团选自叔丁基二甲基硅基或二甲氧基三苯甲基(DMTr);
优选地,所述羟基保护基团选自二甲氧基三苯甲基(DMTr);
优选地,所述氨基保护基团选自氨基甲酸酯。
4.根据权利要求3所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、(C1-C16烷基)-O-C(O)(C1-C16烷基)、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、羟基、巯基、C1-C16烷基、C1-C16烷氧基、(C1-C6烷基)-O-C(O)(C1-C6烷基)、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3、-NRaRb、-NRc或寡聚物;
优选地,R5、R6各自独立地为氢、氘、乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3;
优选地,R5、R6各自独立地为乙氧基或-CH2OC(O)(CH3)3。
5.根据权利要求1-4任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,A1、A2各自独立地选自-OR2、亚磷酰胺基或
R2选自氢、氘、羟基保护基团或寡聚物;
R3选自不存在、氢、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
R4选自氨基、氨基-(C1-C30烷基)、取代的氨基-(C1-C30烷基)、C1-C30烷基、取代的C1-C30烷基、C1-C30烷氧基、取代的C1-C30烷氧基;
优选地,R3选自不存在、氢、C1-C16烷基或取代的C1-C16烷基;
优选地,R3选自不存在或氢;
优选地,R4选自氨基、氨基-(C1-C16烷基)、取代的氨基-(C1-C16烷基)、C1-C16烷基、取代的C1-C16烷基、C1-C16烷氧基、取代的C1-C16烷氧基;
优选地,R4选自甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、甲氧基、乙氧基、丙氧基、-O(CH3)2、甲氨基、乙氨基、丙氨基、-NH(CH3)2、-O(CH2)15CH3、-NH(CH2)15CH3或-(CH2)15CH3;
优选地,R4选自甲基、异丙基、甲氧基、乙氧基、甲氨基、乙氨基、-NH(CH3)2、-O(CH3)2、-O(CH2)15CH3、-NH(CH2)15CH3或-(CH2)15CH3;
优选地,选自以下结构:
优选地,选自以下结构:
6.根据权利要求1-5任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,所述亚磷酰胺基具有下式(II)所示结构:
式中,
R71、R72、R8各自独立地选自C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、取代的C1-C6烷氧基、C1-C6烷基-氰基、取代的C1-C6烷基-氰基、C1-C6烷氧基-氰基或取代的C1-C6烷氧基-氰基;
优选地,R71、R72、R8各自独立地选自C1-C3烷基、取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、取代的C1-C3烷氧基、C1-C3烷基-氰基、取代的C1-C3烷基-氰基、C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R71、R72各自独立地选自C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基或取代的C1-C6烷氧基;
优选地,R71、R72各自独立地选自C1-C3烷基、取代的C1-C3烷基、C1-C3烷氧基或取代的C1-C3烷氧基;
优选地,R71、R72各自独立地选自甲基、乙基或异丙基;
优选地,R71、R72同时为异丙基;
优选地,R8选自C1-C6烷基-氰基、取代的C1-C6烷基-氰基、C1-C6烷氧基-氰基或取代的C1-C6烷氧基-氰基;
优选地,R8选自C1-C3烷基-氰基、取代的C1-C3烷基-氰基、C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R8选自C1-C3烷氧基-氰基或取代的C1-C3烷氧基-氰基;
优选地,R8选自-OCH2CN、-O(CH2)2CN或-O(CH2)3CN;
优选地,R8为-O(CH2)2CN。
7.根据权利要求1-6任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,其中,所述杂环碱基选自嘧啶、取代的嘧啶、嘌呤或取代的嘌呤;
优选地,所述杂环碱基选自尿嘧啶、胸腺嘧啶,胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-噻唑并胞嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤、2,4-二氟甲苯或次黄嘌呤;
优选地,所述杂环碱基选自
优选地,所述杂环碱基选自
优选地,所述杂环碱基为
8.根据权利要求1-7任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,其具有下式(IA)或式(IB)所示结构:
其中,B、L、G、A1、A2、R2、R3、R4、Q1、Q2各自定义同式(I)化合物。
9.根据权利要求1-8任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,所述式(I)化合物选自式(I-1)、式(II-1)或式(III-1)所示化合物:
其中,B、R2、R3、R4、R2、R5、R6、Q1、Q2各自定义同式(I)化合物。
10.根据权利要求1-9任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,所述式(I-1)化合物选自下式(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)或(I-6)所示化合物:
式中,
R2、R3、R5、R6各自定义同式(I)化合物;
R9、R10各自独立地选自氢、氘、C1-C30烷基或取代的C1-C30烷基;
优选地,R9、R10各自独立地选自氢、氘、C1-C16烷基或取代的C1-C16烷基;
优选地,R9、R10各自独立地选自氢、C1-C16烷基;
优选地,R9、R10各自独立地选自氢、甲基、乙基、异丙基、-(CH2)15CH3。
11.根据权利要求1-9任一项所述的式(I)化合物或其立体异构体,所述式(I-1)化合物选自下式所示化合物:
其中,R1、R3、R4、R5、R6、R9、R10各自定义同权利要求10;为寡聚物。
12.以下化合物或其立体异构体:
/>
13.权利要求1-12任一项所述的化合物的制备方法,其选自以下合成路线:合成路线1:
化合物a氧化制得化合物b;化合物b与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物c;化合物c经还原制得化合物d;化合物d经酰化反应制得化合物e,任选地,化合物d酰化反应之前还包括进行烷基化反应的步骤;化合物e脱去TBS保护基团得化合物f,化合物f与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-1化合物;
合成路线2:
化合物g经甲酰化制得化合物h;化合物h脱去DMTr保护制得化合物i,化合物i经氧化制得化合物j;化合物j与四-(新戊酸甲氧基酯基)亚甲基二磷酸酯反应制得化合物k;化合物k经脱保护制得化合物I,化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式1-2化合物;
合成路线3:
化合物j经酰化制得化合物k;化合物k脱TBS保护制得化合物I;化合物I与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-1化合物;
合成路线4:
化合物m经酰化制得化合物n,任选地,化合物m酰化反应之前还包括进行烷基化反应的步骤;化合物n脱TBS保护制得化合物o,化合物o与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式2-2化合物;
合成路线5:
化合物p经酰化制得化合物q;化合物q脱TBS保护制得化合物r;化合物r与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物;
合成路线6:
化合物s经酰化制得化合物t;化合物t脱TBS保制得化合物u;化合物u与2-氰乙基-N,N,N′,N′-四异丙基亚磷酰二胺反应制得式3-1化合物;
其中,B、R3、R4各自定义同权利要求1-10中的任一项。
14.寡聚化合物,其特征在于,由权利要求1-12任一项所述的化合物或权利要求13所述的制备方法制备得到的化合物连接于寡聚物得到。
15.双链RNA试剂,包括正义链和反义链,其特征在于,其反义链上修饰有权利要求1-12任一项所述的化合物或权利要求13所述的制备方法制备得到的化合物。
16.根据权利要求15所述的双链RNA试剂,其包括至少一个ASGPR配体,所述ASGPR配体选自糖或糖的衍生物;
优选地,所述配体选自甘露糖、阿拉伯糖、葡萄糖、半乳糖、果糖、乙酰半乳糖或三氟乙酰半乳糖;
优选地,所述ASGPR配体是通过一价、二价或三价支链接头而附接的一种或多种乙酰半乳糖衍生物;
优选地,所述乙酰半乳糖衍生物具有下式所示结构:
17.药物组合物,其包括权利要求1-12任一项所述的化合物、权利要求13所述的制备方法制备得到的化合物、权利要求14所述的寡聚化合物或权利要求15-16任一项所述的双链RNA试剂以及药学上可接受的载体。
18.一种抑制基因表达的体外的非疾病诊断和非疾病治疗的方法,所述方法包括使一种或多种细胞或组织与权利要求1-12任一项所述的化合物、权利要求13所述的制备方法制备得到的化合物、权利要求14所述的寡聚化合物、权利要求15-16任一项所述的双链RNA试剂或权利要求17所述的药物组合物接触。
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