CN117899208A - 冠状病毒疫苗 - Google Patents

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Abstract

本公开涉及RNA用于预防或治疗冠状病毒感染的领域。特别地，本公开涉及针对冠状病毒感染进行疫苗接种并诱导有效的冠状病毒抗原特异性免疫反应如抗体和/或T细胞反应的方法和药剂。具体地，在一个实施方案中，本公开涉及包括对受试者施用编码包含SARS‑CoV‑2刺突蛋白(S蛋白)的表位的肽或蛋白质的RNA，用于在所述受试者中诱导针对冠状病毒S蛋白、特别是SARS‑CoV‑2的S蛋白的免疫反应，即编码疫苗抗原的疫苗RNA的方法。

Description

冠状病毒疫苗
本公开涉及预防或治疗冠状病毒感染的RNA领域。具体地，本公开涉及用于针对冠状病毒感染进行疫苗接种并诱导有效的冠状病毒抗原特异性免疫反应如抗体和/或T细胞反应的方法和药剂。这些方法和药剂特别可用于预防或治疗冠状病毒感染。对受试者施用本文公开的RNA可保护受试者免受冠状病毒感染。具体地，在一个实施方案中，本公开涉及包括对受试者施用RNA的方法，所述RNA编码包含SARS-CoV-2刺突蛋白(S蛋白)的表位的肽或蛋白，用于在受试者中诱导针对冠状病毒S蛋白、特别是SARS-CoV-2的S蛋白的免疫反应，即编码疫苗抗原的疫苗RNA。对受试者施用编码疫苗抗原的RNA可以提供(在适当的靶细胞表达RNA之后)用于在受试者中诱导针对疫苗抗原(和疾病相关抗原)的免疫反应的疫苗抗原。
SARS-CoV-2感染和由此引发的疾病COVID-19已经在全球传播，越来越多的国家受到影响。在2020年3月11日，WHO将COVID-19爆发定性为大流行病。截至2020年12月01日，全球确诊的COVID-19病例超过6300万，死亡人数超过140万，191个国家/地区受到影响。正在发生的大流行病仍然是对全世界公共卫生和经济稳定的重大挑战。
在一些实施方案中，本文公开的组合物(例如，包含编码XBB.1.5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的单价组合物)可针对某些关注的SARS-CoV-2变体(例如，关注的XBB变体(包括例如XBB.1.5变体、XBB.1.16变体、XBB.2.3变体和/或XBB.2.3.2变体))诱导强烈的免疫反应(例如，高中和滴定度)。在一些实施方案中，此类组合物是包含编码XBB.1.5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的单价组合物。如本文所示，在一些实施方案中，此类组合物可针对某些关注的XBB变体(包括例如关注的XBB.1.5、XBB.1.16和XBB.2.3变体)诱导惊人的高中和滴定度。甚至更令人惊讶的是，在一些实施方案中，此类组合物可相比于变体匹配的疫苗针对给定变体诱导更高的中和滴定度(例如，在一些实施方案中，包含编码XBB.1.5 S蛋白的核苷酸序列的本文描述的RNA可诱导针对关注的XBB.1.16变体的中和滴定度，其高于由XBB.1.16适应性疫苗诱导的中和滴定度)。在一些实施方案中，可在未接种过疫苗的受试者(例如，年幼的儿科患者(例如，6个月至不到5岁的患者)中观察到强烈的免疫反应。在一些实施方案中，可在不具有先前或当前冠状病毒感染(例如，SARS-CoV-2感染)的受试者中观察到强烈的免疫反应。在一些实施方案中，可在先前接受过SARS-CoV-2疫苗(例如，在一些实施方案中编码SARS-CoV-2 S蛋白的RNA疫苗，例如，在Wuhan毒株的一些实施方案中)和/或先前感染过SARS-CoV-2的受试者中观察到强烈的免疫反应。在一些实施方案中，可在年幼的儿科受试者(例如，6个月至不到2岁的受试者，和/或2岁至不到5岁的受试者)中观察到这种更广泛的交叉中和。
附图简述
图1.用于表征在接种过SARS-CoV-2疫苗的小鼠中由变体适应性疫苗诱导的免疫反应的研究实验设计。小鼠被分成9组，其中每个被施用第一剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA(BNT16262)和第二剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-COV-2S蛋白的第二RNA的二价组合物(BNT162b2+BA.4/5)。在第二剂量之后，向小鼠施用包含编码如附图中所示的毒株或变体或毒株/变体组合的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的组合物。第一剂量和第二剂量相隔21天施用，并且第三剂量在第三剂量后约70天施用。在施用第一剂量后119天，将小鼠处死并且实验结束。
图2.用于表征在接种过SARS-CoV-2疫苗的小鼠中的变体适应性疫苗的研究实验设计。将小鼠分成6组，其中每个被施用第一剂量和第二剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA(BNT162b2)，接着是第三剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的第一RNA和编码BA.4/5Omicron变体的SARS-COV-2 S蛋白的第二RNA的二价组合物(BNT162b2+BA.4/5)。在第三剂量之后，向小鼠施用包含编码如附图中所示的变体或毒株或毒株/变体组合的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA的组合物。第一剂量和第二剂量相隔21天施用，第三剂量在第三剂量后70天施用，并且第4剂量在第三剂量后21天施用。在施用第一剂量后126天，将小鼠处死并且实验结束。
图3.在小鼠中测试变体适应性疫苗作为主要系列的示例性实验方案。将两个剂量的包含编码附图中所示的毒株/变体的SARS-CoV-2 S蛋白的mRNA的单价或二价疫苗组合物相隔21天施用于小鼠。“WT”对应于编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的mRNA。附图中指示的是施用于小鼠的RNA的质量(μg)。
图4.单价XBB.1.5适应性疫苗，作为主要系列，相比于二价Wuhan+BA.4/5疫苗针对XBB.1.5引起更高的中和滴定度。显示的是在进行图3中总结的实验中采集的结果。(A)显示了在图3中总结的实验的第35天采集的血清样本的假病毒中和滴定度。(B)列出了图(A)中显示的条形图的中和滴定度值。
图5.在小鼠中测试变体适应性疫苗作为第四加强剂量的示例性实验方案。“BNT162b2 WT”对应于编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的单价mRNA疫苗，“BNTl62b2二价WT+BA.4/5”对应于包含编码Wuhan毒株的S蛋白的RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA的二价疫苗。在第134天，向小鼠施用编码附图中所示的毒株、变体或组合之一的单价或二价疫苗。在第134天和第160天，采集血液样本(由试管架代表)。
图6.XBB.1.5适应性加强疫苗针对XBB.1.5和XBB.1.6假病毒引起最高的中和滴定度。显示的是在进行图5中总结的实验中采集的结果。(A)显示了对一组假病毒(在图例中指示)采集的中和滴定度。X轴表示所施用的疫苗。滴定度在第160天采集。(B)显示了图(A)中所示的条形图的中和滴定度值。(C)显示了由所示疫苗诱导的中和滴定度相对于由包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA(附图中为WT)和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA的二价疫苗诱导的中和滴定度的几何平均比率(GMR)(GMR值使用160天的中和滴定度计算)。(D)提供了图(C)中所示的条形图的GMR值。(E)显示了比较由所示疫苗诱导的中和滴定度相对于第135天(第4剂量前)的中和滴定度的GMR值。(F)显示了图(E)中所示的图形的GMR值。(G)显示了针对其他SARS-CoV-2变体(包括XBB.2.3)的中和滴定度。
图7.某些变体适应性疫苗在未接种过疫苗的小鼠中诱导针对Omicron XBB变体的中和反应。实验方案的概要在图的顶部描绘(注射器表示施用候选疫苗的日期，并且液滴表示采集血液的日期)。未接种过疫苗的小鼠被施用两剂所指示的候选疫苗。接受第二剂疫苗四周后，给小鼠放血并采集中和滴定度。如附图所示，针对每一种所测试的变体都诱导了中和滴定度，其中单价XBB.1.5适应性疫苗针对每一种所测试的XBB变体都诱导了最高的中和滴定度。
图8.某些变体适应性疫苗在接种过疫苗的小鼠中诱导针对Omicron XBB变体的中和反应。实验方案的概要在图的顶部描绘(注射器表示施用候选疫苗的日期，并且液滴表示采集血液的日期)。小鼠被施用两剂编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA(WT)，接着是一剂候选疫苗。接受一剂候选疫苗两周后，给小鼠放血并采集中和滴定度。如附图所示，针对每一种所测试的变体都诱导了中和滴定度，其中单价XBB.1.5适应性疫苗针对每一种所测试的XBB变体都诱导了最高的中和滴定度。
定义
术语“约”表示近似或接近，并且在一个实施方案中在本文示出的数值或范围的上下文中表示列举或声称的数值或范围的±20％、±10％、±5％或±3％。
在描述本公开的上下文中(尤其是在权利要求书的上下文中)使用的术语“一个/一种”和“所述”以及类似指称应当解读为涵盖单数和复数，除非在本文中另有指示或与上下文明显矛盾。本文中值的范围的列举仅为了用作单独提到落在所述范围内的每个不同值的简写方法。除非本文另有说明，否则每个单独的值如其在本文中单独列举地一样被并入到本说明书中。除非本文另有指示或其他地方显然违背上下文，否则本文描述的所有方法可以以任何合适的顺序进行。本文提供的任何和所有实例或者示例性语言(例如，“如”)的使用仅为了更好地说明本公开，并不对权利要求书的范围构成限制。本说明书中任何语言都不应当解读为指示任何未要求保护的要素对于本公开的实施是必不可少的。
RNA
在本公开中，术语“RNA”涉及包括核糖核苷酸残基的核酸分子。在优选实施方案中，RNA包含全部或大部分核糖核苷酸残基。如本文中所用，“核糖核苷酸”是指在β-D-呋喃核糖基的2'-位具有羟基的核苷酸。RNA涵盖但不限于双链RNA、单链RNA、分离的RNA如部分纯化的RNA、基本上纯的RNA、合成RNA、重组产生的RNA，以及与天然存在的RNA相异在于一个或多个核苷酸的添加、缺失、取代和/或改变的经修饰的RNA。此类改变可以指向内部RNA核苷酸或RNA的一个或多个末端添加非核苷酸物质。本文还设想了RNA中的核苷酸可以是非标准核苷酸，例如化学合成的核苷酸或脱氧核苷酸。对于本公开，这些改变的RNA被认为是天然存在的RNA的类似物。
在本公开的某些实施方案中，RNA是与编码肽或蛋白质的RNA转录物相关的信使RNA(mRNA)。如本领域所确定的，mRNA通常包含5'非翻译区(5'-UTR)、肽编码区和3'非翻译区(3'-UTR)。在一些实施方案中，RNA通过体外转录或化学合成产生。在一个实施方案中，使用DNA模板通过体外转录产生mRNA，其中DNA是指含有脱氧核糖核苷酸的核酸。
在一个实施方案中，本文描述的RNA可具有经修饰的核苷。在一些实施方案中，RNA包含代替至少一个(例如，每个)尿苷的经修饰的核苷。在一些实施方案中，本文描述的RNA中的一个或个尿苷被经修饰的核苷代替。在一些实施方案中，RNA包含代替每个尿苷的经修饰的核苷。在一些实施方案中，经修饰的核苷是经修饰的尿苷。
一个示例性的经修饰的核苷是N1-甲基-假尿苷(m1Ψ)，其具有结构：
在一些实施方案中，根据本公开的RNA包含5'-帽。术语“5'-帽”是指存在于mRNA分子的5'-端上的结构，并且通常由经由5'-至5'-三磷酸键联连接到mRNA的鸟苷核苷酸组成。在一个实施方案中，此鸟苷在7位被甲基化。提供具有5'-帽或5'-帽类似物的RNA可通过体外转录来实现，其中5'-帽被共转录地表达到RNA链中，或者可使用加帽酶在转录后连接到RNA上。
在一些实施方案中，RNA的构件帽是m2 7,3'-OGppp(m1 2'-O)ApG(有时也称为m2 7,3'OG(5')ppp(5')m2'-OApG)，其具有以下结构：
在一个实施方案中，5'-UTR序列源自人α-珠蛋白mRNA并且任选地具有优化的‘Kozak序列’以提高翻译效率。
在一个实施方案中，编码包含SARS-CoV-2S蛋白、其免疫原性变体、或SARS-CoV-2S蛋白或其免疫原性变体的免疫原性片段的氨基酸序列的RNA包含5'UTR，所述5'UTR包含SEQID NO:12的核苷酸序列或与SEQ ID NO:12的核苷酸序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％或80％同一性的核苷酸序列。
在一个实施方案中，将源自“分裂的氨基末端增强子”(AES)mRNA(称为F)和线粒体编码的12S核糖体RNA(称为I)的两个序列元件(FI元件)的组合置于编码序列与聚(A)序列之间，以确保RNA(例如，mRNA)的更高的最大蛋白水平和延长的持久性。在一个实施方案中，源自人β-珠蛋白mRNA的两个重复的3'-UTR被置于编码序列与聚(A)序列之间，以确保更高的最大蛋白水平和RNA(例如，mRNA)的延长的持久性。
在一个实施方案中，编码包含SARS-CoV-2S蛋白、其免疫原性变体、或SARS-CoV-2S蛋白或其免疫原性变体的免疫原性片段的氨基酸序列的RNA包含3'UTR，所述3'UTR包含SEQID NO:13的核苷酸序列或与SEQ ID NO:13的核苷酸序列具有至少99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％或80％同一性的核苷酸序列。
在一个实施方案中，使用长度为110个核苷酸的聚(A)序列，其由一段30个腺苷残基、接着是接头序列(例如，10个核苷酸的接头序列)和另一70个腺苷残基组成。该聚(A)序列被设计成增强RNA稳定性和翻译效率。
在一个实施方案中，聚A序列包含至少100个核苷酸。
在一个实施方案中，聚A序列包含SEQ ID NO:14的核苷酸序列或由SEQ ID NO:14的核苷酸序列组成。
编码XBB.1.5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA
在一些实施方案中，本文描述的RNA编码包含作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变的SARS-CoV-2S蛋白。在一些实施方案中，作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变包括F486P。在一些实施方案中，作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变包括T19I、Δ24-26、A27S、V83A、G142D、Δ144、H146Q、Q183E、V213E、G252V、G339H、R346T、L368I、S371F、S373P、S375F、T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、V445P、G446S、N460K、S477N、T478K、E484A、S486P、F490S、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、Q954H和N969K，或其任何组合。在一些实施方案中，作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变包括T19I、Δ24-26、A27S、V83A、G142D、Δ145、H146Q、Q183E、V213E、G252V、G339H、R346T、L368I、S371F、S373P、S375F、T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、V445P、G446S、N460K、S477N、T478K、E484A、F486P、F490S、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、Q954H和N969K，或其任何组合。
在一些实施方案中，本文描述的RNA编码使预融合构象稳定化的一个或多个突变的SARS-CoV-2 S蛋白。在一些实施方案中，SARS-CoV-2 S蛋白的预融合构象的稳定化可通过在全长刺突蛋白的残基986和987处引入两个连续脯氨酸取代而获得(所示位置相对于SEQ ID NO:1；对于变体适应性序列，脯氨酸取代可在相应位置引入)。具体地，刺突(S)蛋白稳定化蛋白变体可通过将位置986处的氨基酸残基交换为脯氨酸并且将位置987处的氨基酸残基交换为脯氨酸而获得。在一个实施方案中，其中将原型预融合构象稳定化的SARS-CoV-2S蛋白变体包含以SEQ ID NO:7所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物包含编码如SEQ ID NO:158所示的多肽或其免疫原性片段或其变体(例如，与SEQ ID NO:158具有至少70％或更大、包括例如至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或更高同一性)的RNA。在一些实施方案中，RNA组合物包含包括SEQ ID NO:159的序列或其变体(例如，与SEQ IDNO:159具有至少70％或更大、包括例如至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或更高同一性)的RNA。在一些实施方案中，RNA组合物包含包括SEQ ID NO:161的序列或其变体(例如，与SEQ ID NO:161具有至少70％或更大、包括例如至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或更高同一性)的RNA。
在一些实施方案中，RNA组合物包含如下RNA，所述RNA包含(a)SEQ ID NO:161的核苷酸序列或与SEQ ID NO:161具有至少70％同一性(例如，与SEQ ID NO:161具有至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更高同一性)的序列，和/或(b)编码具有SEQ ID NO:158的氨基酸序列或与SEQ ID NO:158具有至少70％同一性(例如，与SEQ ID NO:158具有至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更高同一性)的氨基酸序列的SARS-CoV-2S蛋白的核苷酸序列，和(c)其中SARS-CoV-2S蛋白任选地包含使预融合构象稳定化的一个或多个突变(例如，在SEQ ID NO:158的位置982和983处的脯氨酸突变)。在一些实施方案中，此组合物包含一个或多个额外RNA，各自编码非XBB.1.5SARS-CoV毒株或变体(例如，Wuhan毒株、OmicronBA.4/5变体和/或OmicronBA.2.75.2变体(例如，本文描述的此类RNA))的S蛋白。
在一些实施方案中，RNA组合物包含包括编码SARS-CoV-2S蛋白的核苷酸序列的RNA，所述SARS-CoV-2S蛋白包含作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变并且其中：
a)所述SARS-CoV-2S蛋白包含与SEQ ID NO:158具有至少99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％或80％同一性的氨基酸序列，或其免疫原性片段；和/或
b)编码SARS-CoV-2S蛋白的RNA分子包含与SEQ ID NO:159具有至少99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％或80％同一性；和/或与SEQ ID NO:161具有至少99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％或80％同一性的核苷酸序列，并且其中
c)作为Omicron XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变任选地选自：T19I、Δ24-26、A27S、V83A、G142D、Δ145、H146Q、Q183E、V213E、G252V、G339H、R346T、L368I、S371F、S373P、S375F、T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、V445P、G446S、N460K、S477N、T478K、E484A、F486P、F490S、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、Q954H和N969K，或其任何组合。
在一些实施方案中，包含包括编码包含作为XBB.1.5变体的特征的一个或多个突变的SARS-CoV-2S蛋白的核苷酸序列的RNA的组合物还包含一种或多种额外RNA，各自具有编码非XBB.1.5SARS-CoV-2毒株或变体或毒株的SARS-CoV-2S蛋白的核苷酸序列。在一些实施方案中，此类非XBB.1.5毒株或变体包括Wuhan毒株、Omicron BA.4/5毒株和/或BQ.1.1变体。在一些实施方案中，一种或多种额外RNA分子包含与SEQ ID NO:20、70或103具有至少70％同一性(例如，至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更高同一性)的序列，或者其中一种或多种额外RNA分子包含序列SEQ IDNO:20、70或103。
脂质纳米颗粒(LNP)
在一个实施方案中，本文描述的核酸如RNA以脂质纳米颗粒(LNP)的形式施用(例如，包封在LNP内或与LNP缔合)。LNP可包含能够形成颗粒的任何脂质，一个或多个核酸分子附着于所述颗粒，或者一个或多个核酸分子被包封在所述颗粒中。
在一个实施方案中，LNP包含阳离子脂质、中性脂质、类固醇、聚合物缀合脂质；和RNA。在一个实施方案中，阳离子脂质为ALC-0315，中性脂质为DSPC，类固醇为胆固醇，并且聚合物缀合脂质为ALC-0159。
在一个实施方案中，LNP包含20至60摩尔百分比、40至55摩尔百分比、40至50摩尔百分比、41至49摩尔百分比、41至48摩尔百分比、42至48摩尔百分比、43至48摩尔百分比、44至48摩尔百分比、45至48摩尔百分比、46至48摩尔百分比、47至48摩尔百分比、或47.2至47.8摩尔百分比的阳离子脂质。在一个实施方案中，LNP包含约47.0、47.1、47.2、47.3、47.4、47.5、47.6、47.7、47.8、47.9或48.0摩尔百分比的阳离子脂质。
在一个实施方案中，中性脂质以5至25摩尔百分比、5至15摩尔百分比、7至13摩尔百分比、或9至11摩尔百分比范围内的浓度存在。在一个实施方案中，中性脂质以约9.5、10或10.5摩尔百分比的浓度存在。
在一个实施方案中，类固醇以25至55摩尔百分比、30至50摩尔百分比、35至45摩尔百分比或38至43摩尔百分比范围内的浓度存在。在一个实施方案中，类固醇以约40、41、42、43、44、45或46摩尔百分比的浓度存在。
在一些实施方案中，LNP包含20-60％可电离阳离子脂质、5-25％中性脂质、25-55％固醇和0.5-15％ PEG修饰脂质的摩尔比率。
优选的施用模式是肌内施用，更优选在含水冷冻保护剂缓冲液中进行肌内施用。药品优选是用于肌内施用的不含防腐剂的RNA无菌分散体，其配制在含水冷冻保护剂缓冲液中的脂质纳米颗粒(LNP)中。
在不同的实施方案中，药品例如以如下所示的比例或浓度包含如下所示的组分：
[1]ALC-0315＝((4-羟基丁基)氮烷二基)双(己烷-6,1-二基)双(2-己基癸酸酯)/2-己基癸酸6-[N-6-(2-己基癸酰基氧基)己基-N-(4-羟基丁基)氨基]己酯
[2]ALC-0159＝2-[(聚乙二醇)-2000]-N,N-双十四烷基乙酰胺/2-[2-(ω-甲氧基(聚乙烯醇2000)乙氧基]-N,N-双十四烷基乙酰胺
[3]DSPC＝1,2-二硬脂酰基-sn-甘油-3-磷脂酰胆碱
适量＝足量(尽可能满足)
在一些实施方案中，本文公开的颗粒被配制在包含10mM Tris和10％蔗糖并且任选地具有约7.4的pH的溶液中。在一些实施方案中，本文公开的颗粒被配制在包含约103mg/ml蔗糖、约0.20mg/ml氨丁三醇(Tris碱)和约1.32mg/ml Tris的溶液中。
在一些实施方案中，组合物包含：
(a)约0.1mg/mL的RNA，其包含编码多肽的开放阅读框，所述多肽包含SARS-CoV-2蛋白或其免疫原性片段或变体，
(b)约1.43mg/ml ALC-0315，
(c)约0.18mg/ml ALC-0159，
(d)约0.31mg/ml DSPC，
(e)约0.62mg/ml胆固醇，
(f)约103mg/ml蔗糖，
(g)约0.20mg/ml氨丁三醇(Tris碱)，
(h)约1.32mg/ml三(羟甲基)氨基甲烷盐酸盐(Tris HCl)，和
(i)适量的水。
在一个实施方案中，RNA(例如，mRNA)与总脂质的比率(N/P)介于6.0与6.5之间，例如为约6.0或约6.3。
在一些实施方案中，本文提供的组合物被配制为多剂量制剂，任选地在小瓶中。
施用方法
本公开中尤其还描述了包括施用本文描述的组合物的方法。在一些实施方案中，本文描述的方法在受试者中诱导免疫反应(例如，针对冠状病毒的免疫反应)。
在一些实施方案中，每剂量(例如，在给定剂量中)可施用至少0.25μg、至少0.5μg、至少1μg、至少2μg、至少3μg、至少4μg、至少5μg、至少10μg、至少15μg、至少20μg、至少25μg、至少30μg、至少40μg、至少50μg或至少60μg的量的本文所述RNA。在一些实施方案中，至少3ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，至少10ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，至少15ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，至少20ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，至少25ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，至少30ug的量的本文所述RNA可以至少一个给定剂量施用。在一些实施方案中，上述量的组合可在包括两个或更多个剂量的方案中施用(例如，先前剂量和后续剂量可具有如本文所述的不同量)。在一些实施方案中，上述量的组合可在初级方案和加强方案中施用(例如，在初级方案和加强方案中可给予不同的剂量)。
在一些实施方案中，包含本文所述RNA的组合物作为第一剂量和/或作为初免疫苗接种方案的一部分施用于受试者(例如，未接种过疫苗的受试者被施用(i)两个剂量的此组合物，相隔约21天，或(ii)三个剂量的此组合物，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用并且第二剂量和第三剂量相隔约28天施用)。
在一些实施方案中，包含本文所述RNA的组合物被施用于先前暴露于SARS-CoV-2的受试者(例如，先前接受过至少一个剂量(例如，完整给药方案)的SARS-CoV-2疫苗和/先前感染过一次或多次SARS-CoV-2的受试者)。在一些实施方案中，包含本文所述RNA的组合物作为加强剂量施用。在一些实施方案中，包含本文所述RNA的组合物作为加强剂量施用于先前接受过一个或多个剂量(例如，完整的初级给药方案和/或一个或多个加强剂量)的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的疫苗(例如，包含含有SEQ ID NO:20的RNA的组合物、市售疫苗(例如，本文所述的市售疫苗(例如BNT162b2))或其任何组合)的受试者。
市售SARS-CoV-2疫苗是本领域中已知的，并且包括例如mRNA-1273疫苗、Ad26.CoV2.S疫苗、ChAdxOx1疫苗、NVX-CoV2373疫苗、CvnCoV疫苗、GAM-COVID0Vac疫苗、CoronaVac疫苗、BBIBP-CorV疫苗、Ad5-nCoV疫苗、zf2001疫苗、SCB-2019疫苗、或其他批准的RNA(例如mRNA)或腺载体疫苗等。
在一些实施方案中，本文描述的RNA被施用于先前被施用了至少两个剂量的BNT162b2(例如，两个剂量的BNT162b2相隔约21天施用)的受试者。在一些实施方案中，本文描述的RNA被施用于先前被施用了至少三个剂量的BNT162b2实施方案的受试者，施用至少三个剂量。在一些实施方案中，这种第三剂量在第二剂量之后的一段时间施用，这段时间与第一剂量与第二剂量之间的时段相当(例如，相同)。例如，在一些实施方案中，第三剂量可在第二剂量施用之后约21天施用。在一些实施方案中，第三剂量相对于第二剂量在比第二剂量相对于第一剂量更长的时间段后施用。在一些实施方案中，将三剂量方案施用于免疫受损患者，例如癌症患者、HIV患者、已接受和/或正在接受免疫抑制疗法的患者(例如器官移植患者)。在一些实施方案中，第二剂量和第三剂量(例如，施用于免疫受损患者的第二剂量和第三剂量)之间的时间长度为至少约21天(例如，至少约28天)。
在一些实施方案中，将本文描述的RNA施用于先前已被施用了递送SARS-CoV-2变体(例如，Omicron BA.4/5变体)的抗原的疫苗的受试者。例如，在一些实施方案中，将本文描述的RNA施用于先前被施用了一个或多个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的SARS-CoV-2疫苗(例如，BNT162b2)和一个或多个加强剂量的变体适应性疫苗(例如，一个或多个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白和Omicron BA.4/5毒株的SARS-CoV-2S蛋白的二价疫苗)的受试者。
BNT162b2(其包含包括SEQ ID NO:20的RNA)是用于预防COVID-19并且在预防COVID-19时显示95％或更大的功效的mRNA疫苗。所述疫苗包含包封在脂质纳米颗粒(LNP)中的编码全长SARS-CoV-2刺突糖蛋白(S)的5'加帽mRNA。成品以用于注射的分散体的浓缩物形式呈现，含有BNT162b2作为活性物质。其他成分包括：ALC-0315(4-羟丁基)氮烷二基)双(己烷-6,1-二基)双(2-己基癸酸酯)、ALC-0159(2-[(聚乙二醇)-2000]-N,N-双十四烷基乙酰胺)、1,2-二硬脂酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱(DSPC)、胆固醇，以及在一些实施方案中氯化钾、磷酸二氢钾、氯化钠、磷酸二钠二水合物、蔗糖和注射用水。
在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物施用于先前被施用了递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物(例如，RNA组合物)的初免给药方案的受试者(例如，先前被施用了以下各物的受试者：(i)两个剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，或(ii)三个剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用并且第三剂量在第二剂量后约28天施用)。
在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物作为进一步加强剂量施用于先前被施用了初免给药方案和一个或多个加强剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物(例如，RNA组合物)的受试者(例如，先前被施用了以下各物的受试者：(i)三个剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，并且第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用，(ii)四个剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后约28天施用，并且第四剂量在第二剂量后至少约三个月施用，或(iii)四个剂量的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用，并且第四剂量在第二剂量后至少约两个月施用)。
在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物施用于先前被施用了一个或多个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白和Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的二价组合物(例如，RNA组合物)的受试者。在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物作为加强剂量施用于先前被施用了递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白和Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的二价组合物(例如，RNA组合物)的初免给药方案的受试者(例如，先前被施用了以下各物的受试者：(i)两个剂量的二价RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，或(ii)三个剂量的二价RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用并且第三剂量在第二剂量后约28天施用)。在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物作为进一步加强剂量施用于先前被施用了初免给药方案和一个或多个加强剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白和Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的二价组合物(例如，RNA组合物)的受试者(例如，先前被施用了以下各物的受试者：(i)三个剂量的二价RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，并且第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用，(ii)四个剂量的二价RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后约28天施用，并且第四剂量在第二剂量后至少约三个月施用，或(iii)四个剂量的二价RNA疫苗，其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用，并且第四剂量在第二剂量后至少约两个月施用)。
在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物施用于先前被施用了以下各物的受试者：(i)一个或多个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物和(ii)一个或多个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白和Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的二价组合物(例如，RNA组合物)。
在一些实施方案中，将包含本文所述RNA的组合物施用于先前被施用了以下各物的受试者：
(ii)两个剂量(相隔约21天施用)的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗，和一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价组合物，其中所述二价组合物在最近剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物之后至少约两个月施用；
(iii)三个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗(其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用并且第三剂量在第二剂量后约28天施用)和至少一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗，其中二价组合物在最近剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物之后至少约2个月施用；
(iv)三个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗(其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用并且第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用)和至少一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗，其中二价组合物在最近剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物之后至少约2个月施用。
(v)四个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗(其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后约28天施用，并且第四剂量在第三剂量后至少约2个月施用)和至少一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗，其中二价组合物在最近剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物之后至少约2个月施用；或四个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗(其中第一剂量和第二剂量相隔约21天施用，第三剂量在第二剂量后至少约2个月施用，并且第四剂量在第三剂量后至少约4个月施用)和至少一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码OmicronBA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗，其中二价组合物在最近剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的组合物之后至少约2个月施用。
在一些实施方案中，剂量(例如，作为初级给药方案或加强方案的一部分施用的剂量)包含约30μg的本文描述的RNA。在一些实施方案中，包含约30μg的本文描述的RNA的剂量被施用于12岁或以上的受试者。
在一些实施方案中，剂量(例如，作为初级给药方案或加强方案的一部分施用的剂量)包含约10μg的本文描述的RNA。在一些实施方案中，包含约10μg的本文描述的RNA的剂量被施用于5岁至不到12岁的受试者。
在一些实施方案中，剂量(例如，作为初级给药方案或加强方案的一部分施用的剂量)包含约3μg的本文描述的RNA。在一些实施方案中，包含约3μg的本文描述的RNA的剂量被施用于6个月至不到5岁的受试者。
在一些实施方案中，本文所述的组合物以介于约200μl与约300μl之间(例如，约200μl或约300μl)的体积施用。
在一些实施方案中，在施用之前稀释药物RNA制剂中的RNA(例如，稀释至约0.05mg/ml的浓度)。在一些实施方案中，施用体积在约200μl与约300μl之间。在一些实施方案中，药物RNA制剂中的RNA被配制在约10mM Tris缓冲液和约10％蔗糖中。
在一些实施方案中，本文公开的RNA(例如，mRNA)组合物可与靶向不同感染原的疫苗联合施用。在一些实施方案中，不同的感染原是当用SARS-CoV-2和感染原共感染时增加受试者经历有害症状的可能性的感染原。在一些实施方案中，感染原是当用SARS-CoV-2和感染原共感染受试者时增加SARS-CoV-2的感染性的感染原。在一些实施方案中，本文所述的至少一种RNA(例如，mRNA)组合物可与靶向流感的疫苗组合施用。在一些实施方案中，至少两种或更多种不同的药品/制剂可包含至少一种本文描述的RNA(例如，mRNA)组合物和靶向不同感染原的疫苗(例如，流感疫苗)。在一些实施方案中，分开施用不同的药品/制剂。在一些实施方案中，此类不同的药品/制剂在受试者的不同部位(例如，在受试者的不同臂)同时(例如，在相同的疫苗接种期)分开施用。
在一个实施方案中，疫苗接种方案包括使用至少两个剂量的本文所述RNA，例如两个剂量的本文所述RNA进行的第一次疫苗接种(其中第二剂量可以在第一剂量施用后约21天施用)，以及使用单个剂量或多个剂量，例如两个剂量的本文所述RNA进行的第二次疫苗接种。在多个实施方案中，第二次疫苗接种在先前剂量后至少约2个月(例如，在先前疫苗施用后，例如在初始双剂量方案或加强剂量后3至24个月、6至18个月、6至12个月或5至7个月)施用。第二次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量可以与第一次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量相同或不同。在一个实施方案中，第二次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量等于第一次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量。在一个实施方案中，第二次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量和第一次疫苗接种的每个剂量中使用的RNA量为约30μg/剂。在一个实施方案中，将与第一次疫苗接种所用相同的RNA用于第二次疫苗接种。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与一种或多种针对非SARS-CoV-2疾病的疫苗共施用。在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与一种或多种针对非SARS-COV-2病毒性疾病的疫苗共施用。在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与一种或多种针对非SARS-CoV-2呼吸道疾病的疫苗共施用。在一些实施方案中，非SARS-CoV-2呼吸道疾病是非SARS-CoV-2冠状病毒、流感病毒、肺病毒科(Pneumoviridae)病毒或副粘病毒科(Paramyxoviridae)病毒。在一些实施方案中，肺病毒科病毒是呼吸道合胞病毒或偏肺病毒。在一些实施方案中，偏肺病毒是人类偏肺病毒(hMPV)。在一些实施方案中，副粘病毒科病毒是副流感病毒或亨尼帕病毒(Henipavirus)。在一些实施方案中，副流感病毒是PIV3。在一些实施方案中，非SARS-CoV-2冠状病毒是乙型冠状病毒(例如，SARS-CoV-1)。在一些实施方案中，非SARS-CoV-2冠状病毒是玛贝科病毒(Merbecovirus)(例如，MERS-CoV病毒)。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与RSV疫苗(例如，RSV A或RSV B疫苗)共施用。在一些实施方案中，RSV疫苗包含RSV融合蛋白(F)、RSV附着蛋白(G)、RSV小疏水性蛋白(SH)、RSV基质蛋白(M)、RSV核蛋白(N)、RSV M2-1蛋白、RSV大聚合酶(L)和/或RSV磷蛋白(P)，或者它们的免疫原性变体的免疫原性片段，或者编码它们中的任一者的核酸(例如，RNA)。
本领域中已知许多RSV疫苗，其中任何一种都可与本文描述的RNA组合物共施用。参见例如全球健康组织PATH网站上提供的RS V疫苗清单(参见https://www.path.org/resources/rsv-vaccine-and-mab-s napshot/)，以及Mazur,Natalie I.等人,"Therespiratory syncytial vir us vaccine landscape:lessons from the graveyard andpromising can didates,"The Lancet Infectious Diseases 18.10(2018):e295-e311，其中每一者的内容通过引用并入本文。在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与先前已发表的RSV疫苗(例如，上文链接的PATH网站页面上或Mazur等人中描述的RSV疫苗)共施用。在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与以下各物共施用：活减毒或嵌合疫苗(例如，rBCG-N-hRSV(由Ponteificia Uinersidad Catolica de Chile开发)、RSV D46 cpΔM202(由Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH开发)、RSV LIDΔM2-2 1030s(由Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH开发)、R SVΔNS2Δ1313/I1314L(由Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH开发)、R SVD46ΔNS2 NΔM2-2 HindIII(由Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH开发)或RSV LIDΔM2-21030s(由Sanofi Pasteur/LID/NIAD/NIH开发)、MV-012-968(由Meissa Vaccines开发)、SP0125(由Sanofi开发)，blb201(由Blue lake开发)、CodaVaxTM-RSV(由Cadagenix开发)、RSVDeltaG(由Intravacc开发)或SeVRSV(由SIHPL和St.J ude医院开发)、基于颗粒的疫苗(例如，RSV F纳米颗粒(由Novavax开发)或SynGEM(由Mucosis开发)、Icosavzx(由IVX-121开发)或V-306(由Virometix开发))、亚单位疫苗(例如，GSK RSV F(由GSK开发)、Arexvy(由GSK开发)、DPX-RSV(由Dalousie Univeristy、Immunovaccine和VIB开发)、RSV F DS-Cav1(由NIH/NIAID/VRC开发)、MEDI-7510(由MedImmune开发)、RSVpreF(由Pfizer开发)、ADV110(由Advaccine开发)、VN-0200(由Daiichi Sankyo,Inc.))、载体疫苗(例如，MVA-BN RSV(由Banarian Nordic开发)、VXA-RS Vf口服疫苗(由Vaxart开发)、Ad26.RSV.pref(由Janssen开发)、ChA d155-RSV(由GSK开发)Immunovaccine、DPX-RSV(由VIB开发)或DS-Cav1(由NIH/NIAID/VRC开发)或核酸疫苗(例如，由CureVac正在开发的mRNA疫苗(目前尚未命名)或mRNA-1345(由Moderna开发)，或SP0274(由Sanofi开发))。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与流感疫苗共施用。在一些实施方案中，流感疫苗是α型流感病毒、β型流感病毒、γ型流感病毒或δ型流感病毒疫苗。在一些实施方案中，疫苗是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒疫苗。在一些实施方案中，甲型流感病毒疫苗包含选自H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15、H16、H17和H18的血凝素，或者它们的免疫原性片段或变体，或者编码它们中的任一者的核酸(例如，RNA)。在一些实施方案中，甲型流感疫苗包含或编码选自N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8、N9、N10和N11的神经氨酸酶(NA)，或者它们的免疫原性片段或变体，或者编码它们中的任一者的核酸(例如，RNA)。在一些实施方案中，流感疫苗包含至少一种流感病毒血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)、基质蛋白1(M1)、基质蛋白2(M2)、非结构蛋白1(NS1)、非结构蛋白2(NS2)、核输出蛋白(NEP)、聚合酶酸性蛋白(PA)、聚合酶碱性蛋白PB1、PB1-F2和/或聚合酶碱性蛋白2(PB2)，或者它们的免疫原性片段或变体，或者编码它们中的任一者的核酸(例如，RNA)。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物可与商业上批准的流感疫苗共施用。在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物可与以下各物共施用：灭活的流感病毒(例如，Fluzone high-do se Fluzone Fluzoneintradermal quardi Fluzone quadrivalent southernFluad Afluria FluarixFluLav al 或Flucelvax )、重组流感疫苗(例如，Fl ublok)、活减毒流感疫苗(例如，FluMist)、非佐剂化流感疫苗、佐剂化流感疫苗、或亚单位或裂解疫苗。
在一些实施方案中，本文描述的RNA组合物与流感疫苗和/或RSV疫苗共施用。
在一个实施方案中，组合物或医药制剂是药物组合物。
在一个实施方案中，组合物或医药制剂是疫苗。
实施例
实施例1：变体适应性二价和三价疫苗在未接种过疫苗的小鼠中的进一步研究
本实施例描述了一项研究，以表征某些变体适应性疫苗在接种过疫苗的受试者(本实施例中为小鼠)中诱导的免疫反应。特别是，本实施例描述了一项实验，以表征在先前被施用过(i)至少一个剂量的递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的组合物，和(ii)至少一个剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-COV-2 S蛋白的第一RNA和编码BA.4/5Omicron变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价组合物的受试者中诱导的免疫反应。
图1和图2中总结了两组实验给药方案。
在第一组实验(总结于图1)中，BALB/C小鼠被施用第一剂量的编码Wuhan变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA疫苗(BNT16262)，21天后，再施用第二剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2 S蛋白的第一RNA和编码BA.4/5Omicron变体的SARS-COV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗。在施用第二剂量后约10周，接着向小鼠施用下列组合物之一(包含编码所列毒株/变体的SARS-CoV-2 S蛋白的RNA)：
-Wuhan+BA.4/5
-XBB.1.5
-BA.2.75.2
-BQ.1.1
-Wuhan+BA.4/5+XBB.1.5
-Wuhan+BA.4/5+BA.2.75.2
-BA.4/5+XBB.1.5
-BA.4/5+BA.2.75.2
-BA.4/5+BQ.1.1
在第三剂量后约28天，将小鼠处死并采集最终中和滴定度。
在一个相关的实验中，中和滴定度是在被施用两个剂量的递送Wuhan S蛋白的组合物、第三剂量的二价疫苗和第四剂量的下文所列疫苗之一(包含编码所列变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA)的小鼠中测定的。该实验的设计总结于图2中。
-XBB.1.5
-BA.2.75.2
-BQ.1.1
-BA.4/5+XBB.1.5
-BA.4/5+BA.2.75.2
-BA.4/5+BQ.1.1
实施例2：研究被施用于未接种过疫苗的小鼠的变体适应性疫苗的进一步研究
本实施例提供了在未接种过疫苗的小鼠中表征某些单价和二价变体适应性疫苗的数据。所测试的特定疫苗示于图3中。如该图所示，在第0天和第21天施用疫苗(每天施用相同的疫苗组合物和剂量；图3中指示的剂量)，并且在第35天(第二剂疫苗后14天)采集血清样本。
图4显示了在第35天采集的血清样本的假病毒中和滴定度。如该图所示，每种测试的组合物都可产生针对相应毒株或变体的强中和滴定度。特别是，包含编码XBB.1.5Omicron变体的S蛋白的RNA的单价组合物表明在作为主要系列施用时能诱导针对XBB.1.5的高中和滴定度。包含编码XBB.1.5Omicron变体的S蛋白的RNA和编码OmicronBA.4/5变体的S蛋白的RNA的二价组合物也表明在作为主要系列施用时能诱导针对XBB.1.5的高中和滴定度，尽管滴定度低于由XBB.1.5单价疫苗诱导的滴定度。
每个包含编码SARS-CoV-2变体的S蛋白的RNA的组合物(即WT+BA.4/5、BA.4/5、XBB.1.5和BA.4/5+XBB.1.5)也被发现能诱导对所关注的其他变体的广泛交叉中和。特别是，发现BA.4/5+XBB.1.5二价疫苗针对XBB.1.5变体以及其他毒株都能诱导高中和滴定度。针对XBB.1.16的中和滴定度预计与针对XBB.1.5诱导的中和滴定度相似，因为中和数据显示XBB.1.16变体相对于XBB.1.5不具有逃逸优势(参见例如图6)。类似地，XBB.1.9.1/1.9.2的中和滴定度预计与XBB.1.5的中和滴定度相匹配，因为XBB.1.9.1/1.9.2相对于XBB.1.5不包含任何额外的S蛋白突变。
实施例3：研究施用于接种过疫苗的小鼠的变体适应性疫苗的进一步研究
本实施例提供了使用某些单价和二价变体适应性疫苗在接种过疫苗的小鼠中产生的示例性免疫反应数据。特别是，本实施例提供的数据表明，在先前接种过疫苗的受试者(例如，如在本实施例中，先前被施用过编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的受试者)中，包含编码XBB.1.5S蛋白的RNA的疫苗(例如，单价或二价疫苗)可诱导针对XBB.1.5Omicron变体的强中和滴定度。
所测试的特定疫苗示于图5中。如该图所示，所有组的小鼠都被施用下列疫苗(按施用顺序列出)：(1)第一剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的疫苗(在本实施例中为BNT162b2)，(2)第二剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的疫苗(在本实施例中同样为BNT162b2；第二剂量在第一剂量后约21天施用)；(3)第三剂量的包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价疫苗(在第二剂量后约84天施用)，和(4)第四剂量的附图中所列的单价或二价疫苗之一(在第三剂量后约29天施用)。在施用第一剂量疫苗后134天(紧接在施用第4剂量之前)以及在施用第1剂量后160天采集血清样本。向小鼠施用0.5μg的每种疫苗(对于单价疫苗：RNA为0.5μg，对于二价疫苗：每种RNA为0.25μg)。在第160天，还采集了淋巴结和脾脏样本用于T细胞和B细胞分析。
图6中显示了假病毒中和滴定度。如该图所示，发现包含编码XBB.1.5S蛋白的RNA的疫苗在作为单价或二价(例如BA.4/5+XBB.1.5)疫苗施用时，诱导强烈的中和反应。特别是，数据表明，此类疫苗在作为加强剂量施用时特别有效(例如，施用于先前被施用过一种或多种递送Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的疫苗和一种或多种二价疫苗(递送Wuhan毒株和Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白)的受试者，如本实施例中所测试)。在本实验中，发现由XBB.1.5单价疫苗诱导的中和滴定度(特别是，针对XBB.1.5、XBB.1.16和XBB.2.3适应性假病毒的中和滴定度)高于由二价疫苗(BA.4/5+XBB.1.5)诱导的中和滴定度。其他研究证实，包含编码XBB.1.5S蛋白的RNA的单价或二价疫苗可诱导针对XBB变体的强烈免疫反应(特别是，当作为加强剂施用时)，并且进一步表明，虽然二价疫苗可在早期时间点诱导更高的中和滴定度，但二价疫苗诱导的中和滴定度相比于单价疫苗诱导的中和滴定度下降得更快，因此，在加强剂量后4周，由单价疫苗诱导的中和滴定度高于由二价疫苗诱导的中和滴定度(数据未示出)。如前面的实施例2中所指出，XBB.1.9.1/1.9.2的中和滴定度预计与XBB.1.5诱导的中和滴定度相匹配，因为XBB.1.9.1/1.9.2相对于XBB.1.5不包含任何额外的S蛋白突变。
也进行了类似的实验以测试XBB.1.16适应性疫苗的功效(总结所用实验方案的示意图示于图8中)。简而言之，将小鼠分成10只的组，并施用两个剂量(相隔21天)的编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的RNA(本实施例中为BNT162b2)，接着是第三剂量(在第二剂量后14天施用)的编码以下的候选疫苗：(i)包含编码Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的第一RNA和编码Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白的第二RNA的二价组合物，(ii)包含编码XBB.1.5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的单价组合物，(iii)包含编码XBB.1.16变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的单价组合物。在施用第三剂疫苗后14天，给小鼠放血并采集中和滴定度(例如，使用前述实施例之一中描述的假病毒中和测定)。
如图8所示，包含编码XBB.1.5变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA(例如，本文描述的RNA)的单价组合物针对XBB.1.5、XBB.1.16和XBB.2.3变体中的每一者都诱导了最高的中和滴定度。令人惊讶的是，与包含编码XBB.1.16变体的SARS-CoV-2S蛋白的RNA的单价组合物相比，XBB.1.5单价组合物针对XBB.1.16变体诱导更高的滴定度。

Claims (15)

1.一种包含RNA分子的组合物，所述RNA分子具有：
(a)与SEQ ID NO:161至少99％同一的核苷酸序列；
(b)与SEQ ID NO:161至少95％同一的核苷酸序列，并且其编码相对于SEQ ID NO:1包含下列突变的SARS-CoV-2S蛋白：T19I、Δ24-26、A27S、V83A、G142D、Δ145、H146Q、Q183E、V213E、G252V、G339H、R346T、L368I、S371F、S373P、S375F、T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、V445P、G446S、N460K、S477N、T478K、E484A、F486P、F490S、Q498R、N501Y、Y505H、D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K、D796Y、Q954H和N969K；或
(c)以SEQ ID NO:161所示的核苷酸序列；并且
其中所述RNA分子包含：
(i)5'帽；和
(ii)代替每个尿苷的经修饰的尿苷。
2.如权利要求1所述的组合物，其中所述经修饰的尿苷是N1-甲基-假尿苷。
3.如权利要求1或权利要求2所述的组合物，其中所述5'帽包含m2 7,3'-OGppp(m1 2'-O)ApG。
4.如权利要求1至3中任一项所述的组合物，其中所述RNA分子被包封在脂质纳米颗粒(LNP)中，优选地其中所述LNP包含20-60％可电离阳离子脂质、5-25％中性脂质、25-55％固醇和0.5-15％PEG修饰脂质的摩尔比率。
5.如权利要求1至4中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含一种或多种额外的RNA分子，各自具有编码并非XBB.1.5的SARS-CoV-2毒株或变体的S蛋白的核苷酸序列，优选地其中所述一种或多种额外的RNA分子包含与SEQ ID NO:20、70或103所示的序列至少95％同一的序列。
6.如权利要求1至5中任一项所述的组合物，其中所述RNA分子包含：
(i)代替每个尿苷的N1-甲基-假尿苷；和
(ii)包含m2 7,3'-OGppp(m1 2'-O)ApG的5'帽；
其中所述RNA分子被包封在脂质纳米颗粒(LNP)中；并且
其中所述LNP包含20-60％可电离阳离子脂质、5-25％中性脂质、25-55％固醇和0.5-15％PEG修饰脂质的摩尔比率。
7.如权利要求1至6中任一项所述的组合物，所述组合物包含约10mM Tris缓冲液和约10％蔗糖。
8.如权利要求1至7中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含至少一个单位剂量的LNP包封的RNA分子，任选地其中所述单位剂量包含约30μg的量的所述RNA分子，或者其中所述单位剂量包含约10μg的量的所述RNA分子，或者其中所述单位剂量包含约3μg的量的所述RNA分子。
9.如权利要求1至8中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制为小瓶中的多剂量制剂。
10.如权利要求1至9中任一项所述的组合物，其中所述组合物被用于在受试者中诱导针对冠状病毒的免疫反应的方法中，所述方法包括向受试者施用所述组合物。
11.如权利要求10所述使用的组合物，其中：
所述受试者为12岁或以上，并且所述组合物包含30μg的所述RNA分子，或
所述受试者为5岁至不到12岁，并且所述组合物包含10μg的所述RNA分子，或
所述受试者为6个月至不到5岁，并且所述组合物包含3μg的所述RNA分子。
12.如权利要求10或权利要求11所述使用的组合物，其中所述组合物是以约200μL至300μL的体积施用。
13.如权利要求10至12中任一项所述使用的组合物，其中所述受试者先前被施用了一个或多个剂量的SARS-CoV-2疫苗，优选地其中所述受试者先前被施用了SARS-CoV-2疫苗的完整给药方案。
14.如权利要求10至13中任一项所述使用的组合物，其中所述受试者先前被施用了第一剂量和第二剂量的BNT162b2，其中所述第一剂量和所述第二剂量是相隔约21天施用的，和/或其中所述受试者先前被施用了递送(i)Omicron BA.4/5变体的SARS-CoV-2S蛋白和(ii)Wuhan毒株的SARS-CoV-2S蛋白的二价疫苗作为加强剂量。
15.如权利要求10至14中任一项所述使用的组合物，其中所述方法还包括施用一种或多种针对非SARS-CoV-2疾病的疫苗，优选地其中所述一种或多种疫苗包含RSV疫苗、流感疫苗或其组合。
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