CN117795067A - 使用组氨酸氨裂解酶(hal)激动剂治疗皮肤癌的方法 - Google Patents

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Abstract

本公开提供了治疗患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌风险中的受试者的方法，以及鉴定具有增加的发展出皮肤癌风险的受试者的方法。

Description

使用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂治疗皮肤癌的方法
序列表的引用
本申请包括以电子方式作为文本文件提交的序列表，其命名为18923808302SEQ，创建于2022年7月2日，大小为197千字节。所述序列表以引用的方式并入本文。
技术领域
本公开总体涉及用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂治疗患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌风险中的受试者，以及鉴定具有增加的发展出皮肤癌风险的受试者的方法。
背景技术
皮肤癌是指发生在皮肤的所有癌症。这些相对常见的癌症经常被患者误认为是非恶性皮肤异常，这可能导致检测较晚，从而导致治疗疾病的困难和致命的后果。最常见的皮肤癌是基底细胞癌(BCC)，占所有皮肤癌的约80％。其他类型的皮肤癌包括鳞状细胞癌(SCC)，占所有皮肤癌的大约16％，以及黑色素瘤，占约4％。BCC和SCC统称为非黑色素瘤皮肤癌(NMSC)。黑色素瘤发生于表皮的黑色素细胞，所述黑色素瘤中的许多是转移性癌症或导致死亡的癌。2000年，47,000人被鉴定为患有新的黑色素瘤，据报道其中7,700人死亡(Greenlee等人,Cancer J.Clin.,2000,50,7-33。据估计，由紫外线引起的黑色素瘤是由间歇性暴露引起的，诸如强烈晒黑，而不是长期暴露于紫外线(Gilchrest等人,NewEngl.J.Med.,1999,340,1341-1348)。另一种罕见形式的侵袭性皮肤癌是默克尔细胞癌(Merkel cell carcinoma，MCC)，其与黑色素瘤类似。
HAL基因编码酶组氨酸氨裂解酶(或组氨酸酶)，所述酶将组氨酸(功能之一是掺入丝聚蛋白中的一种必需氨基酸)转化为反式尿刊酸，反式尿刊酸是一种主要的紫外线(UV)吸收发色团，积聚在角质层中(Barresi等人,J.Invest.Dermatol.,2011,131,188-194)。组氨酸酶的失活预计会降低表皮最外层阻挡UV光的能力。
发明内容
本公开提供了治疗患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有非黑色素瘤皮肤癌的受试者或预防受试者发展出非黑色素瘤皮肤癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有基底细胞癌的受试者或预防受试者发展出基底细胞癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有鳞状细胞癌的受试者或预防受试者发展出鳞状细胞癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有黑色素瘤的受试者或预防受试者发展出黑色素瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有默克尔细胞癌的受试者或预防受试者发展出默克尔细胞癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有隆突性皮肤纤维肉瘤的受试者或预防受试者发展出隆突性皮肤纤维肉瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有皮脂腺癌的受试者或预防受试者发展出皮脂腺癌的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了用治疗或预防皮肤癌的治疗剂治疗受试者的方法，其中受试者患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌的风险中，所述方法包括：通过以下方式确定受试者是否具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子：从受试者获得或已经获得生物样品；并且对生物样品进行或已经进行序列分析以确定受试者是否具有包含编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的基因型；以及以标准剂量量向作为HAL参考的受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向受试者施用HAL激动剂；以及以同于或低于标准剂量量的量向对于HAL变体核酸分子是杂合的受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向受试者施用HAL激动剂；其中具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的基因型的存在指示受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。
本公开还提供了鉴定具有增加的发展出皮肤癌的风险的受试者的方法，所述方法包括：确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子；其中：当受试者是HAL参考时，则受试者具有增加的发展出皮肤癌的风险；并且当受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的或纯合的时，则受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。
本公开还提供了治疗或预防皮肤癌的治疗剂，用于治疗或预防被鉴定为具有编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列的受试者的皮肤癌，其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列：i)在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤；或ii)在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
本公开还提供了用于治疗或预防受试者的皮肤癌的HAL激动剂，所述受试者：a)对于HAL基因组核酸分子、HAL mRNA分子或HAL cDNA分子是参考；或b)对于编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列是杂合的，其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列：i)在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤；或ii)在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
附图说明
结合在本说明书中并构成其一部分的附图示出了本公开的几个特征。
图1示出了HAL中的非编码变体与GTEx皮肤组织(暴露于阳光的小腿)中的基因表达之间的关联。
图2示出了HAL中的非编码变体与维生素D水平和皮肤癌相关性状之间的关联。
具体实施方式
在整个说明书和权利要求书中使用与本公开的多个方面相关的各种术语。除非另外指示，否则此类术语将被赋予其在本领域中的普通含义。其他具体定义的术语应以与本文提供的定义一致的方式解释。
除非另外明确说明，否则不意图将本文陈述的任何方法或方面解释为要求以特定顺序执行其步骤。因此，在权利要求书或说明书中，当方法权利要求没有特别地说明步骤是限于特定顺序时，在任何方面并非意图推断顺序。这适用于任何可能的非表达解释基础，包括相对于步骤排列或操作流程的逻辑事项、从语法组织或标点中得到的普通含义或者在说明书中描述的方面的编号或类型。
如本文所用，除非上下文另外明确指出，否则单数形式“一个(种)(a/an)”和“所述(the)”包括复数指代物。
如本文所用，术语“约”意指所列举的数值是近似值并且小的变化不会显著影响所公开的实施方案的实践。在使用数值的情况下，除非上下文另外指明，否则术语“约”意指数值可变化±10％且仍在所公开的实施方案的范围内。
如本文所用，根据需要，在特定实施方案中，术语“包含”可替换为“由……组成”或“基本上由……组成”。
如本文所用，关于核酸分子或多肽的术语“分离的”意指核酸分子或多肽处于不同于其天然环境的条件下，诸如远离血液和/或其他组织。在一些实施方案中，分离的核酸分子或多肽基本上不含其他核酸分子或其他多肽，特别是动物来源的其他核酸分子或多肽。在一些实施方案中，核酸分子或多肽可呈高度纯化的形式，即大于95％纯或大于99％纯。当在此上下文中使用时，术语“分离的”不排除存在呈替代物理形式，例如二聚体或可替代地磷酸化或衍生化形式的相同核酸分子或多肽。
如本文所用，术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”或“寡核苷酸”可包括任何长度的核苷酸的聚合物形式，可包括DNA和/或RNA，且可以是单链的、双链的或多链的。核酸的一条链还是指其互补序列。
如本文所用，术语“受试者”包括任何动物，包括哺乳动物。哺乳动物包括但不限于农场动物(诸如例如，马、牛、猪)、伴侣动物(诸如例如，狗、猫)、实验室动物(诸如例如，小鼠、大鼠、兔)和非人灵长类动物(诸如例如，猿和猴)。在一些实施方案中，受试者是人。在一些实施方案中，受试者是在医生护理下的患者。
根据本公开已经鉴定了与人发展出皮肤癌的风险降低相关的HAL基因中的常见的推定功能获得(GOF)的负荷。例如，已观察到将HAL参考基因组核酸分子(参见SEQ ID NO:1)中的位置11,352处的鸟嘌呤改变为腺嘌呤或将HAL参考基因组核酸分子中的位置14,441处的腺嘌呤改变为鸟嘌呤的遗传改变，表明具有此类改变的受试者发展出皮肤癌的风险可能降低。总而言之，本文所述的遗传分析令人惊讶地表明HAL基因，并且特别是HAL基因中的pGOF与发展出皮肤癌的风险降低相关。因此，可治疗具有增加的发展出皮肤癌，诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌风险的作为HAL参考的受试者，从而预防皮肤癌，减轻其症状，和/或抑制症状的发展。因此，本公开提供了利用受试者中此类变体的鉴定来鉴定或分层此类受试者中发展出皮肤癌诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌的风险，或诊断受试者具有增加的发展出皮肤癌诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌的风险，使得处于风险中的受试者或患有活动性疾病的受试者可以得到相应治疗的方法。
根据本公开进一步观察到，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子(无论这些变异在特定受试者中是纯合的还是杂合的)与降低的发展出皮肤癌的风险相关。此外，通过本公开对另外的变体和基因负荷掩码之间的关联的鉴定表明HAL可能负责皮肤癌的保护作用。
出于本公开的目的，任何特定的受试者都可归类为具有以下三种HAL基因型之一：i)HAL参考；ii)对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的；或iii)对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是纯合的。当受试者不具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的拷贝时，所述受试者是HAL参考。当受试者具有HAL变体核酸分子的单个拷贝时，所述受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的。如本文所用，HAL变体核酸分子是编码具有部分功能获得、完全功能获得、预测的部分功能获得或预测的完全功能获得的HAL多肽的任何HAL核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。具有编码具有部分功能获得(或预测的部分功能获得)的HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的受试者对于HAL是亚等位基因的。当受试者具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的两个拷贝时，所述受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是纯合的。
对于基因分型或确定为HAL参考的受试者，此类受试者具有增加的发展出皮肤癌，诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤和/或皮脂腺癌的风险。对于基因分型或确定为HAL参考或对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的受试者，可用HAL激动剂治疗此类受试者。
在本公开通篇描述的任何实施方案中，HAL变体核酸分子可以是编码具有部分功能获得、完全功能获得、预测的部分功能获得或预测的完全功能获得的HAL多肽的任何HAL核酸分子(诸如例如基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。
在本公开通篇描述的任何实施方案中，HAL预测的功能获得多肽可以是具有部分功能获得、完全功能获得、预测的部分功能获得或预测的完全功能获得的任何HAL多肽。
编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子中的任一种或多种(即，任何组合)可用于本文所述的任何方法中以确定受试者是否具有增加的发展出皮肤癌的风险。特定变体的组合可形成用于统计分析HAL的特定相关性和降低发展出皮肤癌的风险的掩码。
在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是非黑色素瘤皮肤癌。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是基底细胞癌。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是鳞状细胞癌。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是黑色素瘤。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是默克尔细胞癌。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是隆突性皮肤纤维肉瘤。在本公开通篇描述的任何实施方案中，皮肤癌是皮脂腺癌。
基底细胞癌的症状包括但不限于个体头部、颈部或肩部暴露于阳光的皮肤上出现凸起的、光滑的珍珠状肿块。通常可以在肿瘤内看到小血管。可能会发生肿瘤结痂以及出血。人们有时会将基底细胞癌误认为是无法愈合的疮。基底细胞癌是最不致命形式的皮肤癌，并且通常通过适当的治疗可以完全消除。
鳞状细胞癌的症状包括但不限于个体暴露于阳光的皮肤上出现红色、鳞屑状、增厚的斑块。某些形式的鳞状细胞癌表现为坚硬的硬结节和圆顶形状。结节可能会破裂和出血。如果不及时治疗，鳞状细胞癌可能会发展成大肿块。鳞状细胞癌是第二常见形式的皮肤癌。
黑色素瘤的症状包括但不限于阴影或棕色至黑色病变。还有一些黑色素瘤呈粉红色、红色或肉色，称为无黑色素性黑色素瘤。无黑色素性黑色素瘤是一种更具侵袭性形式的黑色素瘤。恶性黑色素瘤的一些警告信号可能包括大小、形状、颜色的变化、痣的隆起、青春期到成年过渡期新痣的形成、瘙痒、溃疡或出血。黑色素瘤是最致命形式的皮肤癌。
默克尔细胞癌的症状包括但不限于快速生长、非嫩肉色至红色/紫色的肿块，通常不痛也不痒。这些肿块出现在头部、颈部和手臂高度暴露于阳光的皮肤上。人们经常将默克尔细胞癌误认为是囊肿或其他类型的癌症。
隆突性皮肤纤维肉瘤的症状包括但不限于1至5厘米宽的小而轻微隆起的红色或紫色皮肤斑块，可能会变成凸起的结节，并且在一些情况下可能会导致发红、裂开或出血。
皮脂腺癌的症状包括但不限于眼睑处生长缓慢、有时呈黄色的无痛性肿块。肿块可能会出血或渗出，并且在眼睑与睫毛交界处可能会出现增厚或黄色或微红色的硬皮。
本公开提供了治疗患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有非黑色素瘤皮肤癌或处于发展出非黑色素瘤皮肤癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有基底细胞癌或处于发展出基底细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有鳞状细胞癌或处于发展出鳞状细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有黑色素瘤或处于发展出黑色素瘤风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有默克尔细胞癌或处于发展出默克尔细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有隆突性皮肤纤维肉瘤或处于发展出隆突性皮肤纤维肉瘤风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
本公开还提供了治疗患有皮脂腺癌或处于发展出皮脂腺癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用HAL激动剂。
在一些实施方案中，HAL激动剂是HAL蛋白或其功能活性片段，或甲状腺激素(T3)。
在一些实施方案中，治疗的方法还包括检测从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子。如本公开通篇所用，“HAL变体核酸分子”是编码具有部分功能获得、完全功能获得、预测的部分功能获得或预测的完全功能获得的HAL多肽的任何HAL核酸分子(诸如例如，基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。
本公开还提供了用治疗或预防皮肤癌的治疗剂治疗受试者的方法。在一些实施方案中，受试者患有皮肤癌。在一些实施方案中，受试者处于发展出皮肤癌的风险中。在一些实施方案中，所述方法包括通过以下方式确定受试者是否具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子：获得或已经获得从所述受试者获得的生物样品，并且对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含所述HAL变体核酸分子的基因型。当受试者是HAL参考时，以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或向受试者施用HAL激动剂。当受试者对于HAL变体是杂合的时，以同于或低于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向受试者施用HAL激动剂。具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的基因型的存在指示受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。在一些实施方案中，受试者是HAL参考。在一些实施方案中，受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的。
对于基因分型或确定为HAL参考或对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的受试者，可如本文所述用HAL激动剂治疗此类受试者。
检测从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子和/或确定受试者是否具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可原位进行。在一些实施方案中，这些方法可在体内进行。在这些实施方案中的任一项中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子可存在于从受试者获得的细胞内。
在一些实施方案中，当受试者是HAL参考时，还以标准剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的时，以同于或低于标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。
在一些实施方案中，治疗方法还包括检测从受试者获得的生物样品中HAL预测的功能获得多肽的存在或不存在。在一些实施方案中，当受试者不具有HAL预测的功能获得多肽时，以标准剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者具有HAL预测的功能获得多肽时，以同于或低于标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。
本公开还提供了用治疗或预防皮肤癌的治疗剂治疗受试者的方法。在一些实施方案中，受试者患有皮肤癌。在一些实施方案中，受试者处于发展出皮肤癌的风险中。在一些实施方案中，方法包括通过以下方式确定受试者是否具有HAL预测的功能获得多肽：从受试者获得或已经获得生物样品，并且对生物样品进行或已经进行测定以确定受试者是否具有HAL预测的功能获得多肽。当受试者不具有HAL预测的功能获得多肽时，以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向受试者施用HAL激动剂。当受试者具有HAL预测的功能获得多肽时，以同于或低于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向受试者施用HAL激动剂。HAL预测的功能获得多肽的存在指示受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。在一些实施方案中，受试者具有HAL预测的功能获得多肽。在一些实施方案中，受试者不具有HAL预测的功能获得多肽。
检测从受试者获得的生物样品中存在或不存在HAL预测的功能获得多肽和/或确定受试者是否具有HAL预测的功能获得多肽可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可原位进行。在一些实施方案中，这些方法可在体内进行。在这些实施方案中的任一项中，HAL预测的功能获得多肽可存在于从受试者获得的细胞内。
治疗或预防皮肤癌的治疗剂的实例包括但不限于：噻嗪类利尿剂(诸如氯噻酮、氯噻嗪、氢氯噻嗪、吲达帕胺(indapamide)或美托拉宗(metolazone))；保钾利尿剂(诸如阿米洛利(amiloride)、螺内酯或氨苯蝶啶)；袢利尿剂(诸如布美他尼(bumetanide)、呋塞米(furosemide)或托拉塞米(torsemide))；β阻滞剂(诸如醋丁洛尔(acebutolol)、阿替洛尔(atenolol)、倍他洛尔(betaxolol)、比索洛尔(bisoprolol)、比索洛尔/氢氯噻嗪、酒石酸美托洛尔(metoprolol tartrate)、琥珀酸美托洛尔、纳多洛尔(nadolol)、吲哚洛尔(pindolol)、普萘洛尔(propranolol)、索洛尔(solotol)或噻吗洛尔(timolol))；血管紧张素转换酶(ACE)激动剂(诸如贝那普利(benazepril)、卡托普利(captopril)、依那普利(enalapril)、福辛普利(fosinopril)、赖诺普利(lisinopril)、莫昔普利(moexipril)、培哚普利(perindopril)、喹那普利(quinapril)、雷米普利(ramipril)或群多普利(trandolapril))；血管紧张素II受体阻滞剂(ARB)(诸如坎地沙坦(candesartan)、依普罗沙坦(eprosartan)、厄贝沙坦(irbesartan)、氯沙坦(losartan)、替米沙坦(telmisartan)或缬沙坦(valsartan))；钙通道阻滞剂(诸如氨氯地平(amlodipine)、地尔硫卓(diltiazem)、非洛地平(felodipine)、伊拉地平(nicardipine)、尼卡地平(nifedipine)、硝苯地平(nifedipine)、尼索地平(nisoldipine)或维拉帕米(verapamil))；α-阻滞剂(诸如多沙唑嗪(doxazosin)、哌唑嗪(prazosin)或特拉唑嗪(terazosin))；α-β-阻滞剂(诸如卡维地洛(carvedilol)或拉贝洛尔(labetalol))；中枢激动剂(诸如甲基多巴(methyldopa)、可乐定(clonidine)或胍法辛(guanfacine))；血管扩张剂(诸如肼屈嗪(hydralazine)或米诺地尔(minoxidil))；醛固酮受体拮抗剂(诸如依普利酮(eplerenone)或螺内酯)和肾素激动剂(诸如阿利吉仑(aliskiren))。
在一些实施方案中，治疗或预防皮肤癌的治疗剂是噻嗪类利尿剂、保钾利尿剂、袢利尿剂、β阻滞剂、ACE抑制剂、ARB、钙通道阻滞剂、α-阻滞剂、α-β-阻滞剂、中枢激动剂、血管扩张剂、醛固酮受体拮抗剂或肾素抑制剂。在一些实施方案中，噻嗪利尿剂是氯噻酮、氯噻嗪、氢氯噻嗪、吲达帕胺或美托拉宗。在一些实施方案中，保钾利尿剂是阿米洛利、螺内酯或氨苯蝶啶。在一些实施方案中，袢利尿剂是布美他尼、呋塞米或托拉塞米。在一些实施方案中，β阻滞剂是醋丁洛尔、阿替洛尔、倍他洛尔、比索洛尔、比索洛尔/氢氯噻嗪、酒石酸美托洛尔、琥珀酸美托洛尔、纳多洛尔、吲哚洛尔、普萘洛尔、索洛尔或噻吗洛尔。在一些实施方案中，ACE抑制剂是贝那普利、卡托普利、依那普利、福辛普利、赖诺普利、莫昔普利、培哚普利、喹那普利、雷米普利或群多普利。在一些实施方案中，ARB是坎地沙坦、依普罗沙坦、厄贝沙坦、氯沙坦、替米沙坦或缬沙坦。在一些实施方案中，钙通道阻断剂是氨氯地平、地尔硫卓、非洛地平、伊拉地平、尼卡地平、硝苯地平、尼索地平或维拉帕米。在一些实施方案中，α-阻滞剂是多沙唑嗪、哌唑嗪或特拉唑嗪。在一些实施方案中，α-β-阻滞剂是卡维地洛或拉贝洛尔。在一些实施方案中，中枢激动剂是甲基多巴、可乐定或胍法辛。在一些实施方案中，血管扩张剂是肼屈嗪或米诺地尔。在一些实施方案中，醛固酮受体拮抗剂是依普利酮或螺内酯。在一些实施方案中，肾素抑制剂是阿利吉仑。
在一些实施方案中，与作为HAL参考的受试者(其可接受标准剂量量)相比，对于对编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的受试者，治疗或预防皮肤癌的治疗剂的剂量可减少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％或约90％(即，低于标准剂量量)。在一些实施方案中，治疗或预防皮肤癌的治疗剂的剂量可减少约10％、约20％、约30％、约40％或约50％。另外，与作为HAL参考的受试者相比，在对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的受试者中，治疗或预防皮肤癌的治疗剂的剂量可以较低频率施用。
治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或HAL激动剂的施用可例如在一天、两天、三天、五天、一周、两周、三周、一个月、五周、六周、七周、八周、两个月或三个月后重复。重复施用可按相同的剂量或按不同的剂量。施用可重复一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多次。例如，根据某些剂量方案，受试者可接受较长时间段的治疗，诸如例如6个月、1年或更长时间。另外，治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或HAL激动剂可依序或同时施用。另外，治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或HAL激动剂可在单独的组合物中施用或者可在同一组合物中一起施用。
治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或HAL激动剂的施用可通过任何合适的途径进行，包括但不限于肠胃外、静脉内、口服、皮下、动脉内、颅内、鞘内、腹膜内、局部、鼻内或肌内。用于施用的药物组合物理想地是无菌且基本上等渗的，并且在GMP条件下制造。药物组合物可以单位剂型(即单次施用的剂量)提供。药物组合物可使用一种或多种生理上和药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或助剂来配制。制剂取决于所选的施用途径。术语“药学上可接受的”意指载剂、稀释剂、赋形剂或助剂与制剂的其他成分相容，且对其接受者基本上无害。
如本文所用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”和“治疗(treatment)”以及“预防(prevent)”、“预防(preventing)”和“预防(prevention)”分别是指引发期望的生物反应，诸如治疗效果和预防效果。在一些实施方案中，在施用所述剂或包含所述剂的组合物后，治疗效果包括以下中的一种或多种：皮肤癌的降低/减轻，皮肤癌的严重程度的降低/减轻(诸如例如减轻或抑制皮肤癌的发展)，症状和皮肤癌相关效应的降低/减轻，延迟症状和皮肤癌相关效应的发作，减轻皮肤癌相关效应的症状的严重程度，减轻急性发作的严重程度，减少症状和皮肤癌相关效应的数目，减少症状和皮肤癌相关效应的潜伏期，症状和皮肤癌相关效应的改善，减少继发性症状，减少继发性感染，预防皮肤癌复发，降低复发发作的次数或频率，增加症状发作间隔的潜伏期，增加持续进展的时间，加快缓解，诱导缓解，加强缓解，加速恢复，或增加替代治疗剂的功效或降低对替代治疗剂的抗性，和/或增加受影响宿主动物的存活时间。预防效果可包括在治疗方案的施用后完全或部分避免/抑制或延迟皮肤癌发展/进展(诸如例如完全或部分避免/抑制或延迟)，以及增加受影响宿主动物的存活时间。皮肤癌的治疗涵盖治疗已经被诊断为患有处于任何临床阶段或表现的任何形式的皮肤癌的受试者，延迟皮肤癌的症状或体征的发作或演变或加重或恶化，和/或预防和/或减轻皮肤癌的严重程度。
本公开还提供了鉴定具有增加的发展出皮肤癌的风险的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子和/或cDNA分子)。当受试者缺乏编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子(即，受试者在基因型上被归类为HAL参考)时，则受试者具有增加的发展出皮肤癌的风险。当受试者具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子(即，受试者对于HAL变体核酸分子是杂合或纯合的)时，则与作为HAL参考的受试者相比，所述受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。
与不具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的拷贝相比，具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的单个拷贝更能保护受试者免于发展出皮肤癌。无意受限于任何特定的理论或作用机制，据信HAL变体核酸分子的单个拷贝(即，对于HAL变体核酸分子是杂合的)保护受试者免于发展出皮肤癌，并且还据信具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的两个拷贝(即，对于HAL变体核酸分子是纯合的)相对于具有单个拷贝的受试者可更能保护受试者免于发展出皮肤癌。因此，在一些实施方案中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的单个拷贝可能不具完全保护性，而是可能部分或不完全地保护受试者免于发展出皮肤癌。虽然不希望受任何特定理论约束，但可能存在涉及皮肤癌的发展的其他因子或分子，其仍存在于具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的单个拷贝的受试者中，因此导致对皮肤癌的发展的保护不太完全。
检测从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子和/或确定受试者是否具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子可通过本文所述的任何方法进行。在一些实施方案中，这些方法可在体外进行。在一些实施方案中，这些方法可原位进行。在一些实施方案中，这些方法可在体内进行。在这些实施方案中的任一项中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子可存在于从受试者获得的细胞内。
在一些实施方案中，当受试者被鉴定为发展出皮肤癌的风险增加时，受试者进一步如本文所述用治疗或预防皮肤癌的治疗剂和/或HAL激动剂治疗。例如，当受试者是HAL参考，并因此具有增加的发展出皮肤癌的风险时，向受试者施用HAL激动剂。在一些实施方案中，还向此类受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的时，以同于或低于标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或施用HAL激动剂。在一些实施方案中，受试者是HAL参考。在一些实施方案中，受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的。
在一些实施方案中，本文所述的任何方法还可包括确定受试者具有与发展出皮肤癌的风险降低相关的编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子和/或HAL预测的功能获得变体多肽的总负荷。总负荷是HAL基因中所有变体的总和，其可在与皮肤癌的关联分析中进行。在一些实施方案中，受试者对于与发展出皮肤癌的风险降低相关的编码HAL预测的功能获得多肽的一个或多个HAL变体核酸分子是纯合的。在一些实施方案中，受试者对于与发展出皮肤癌的风险降低相关的编码HAL预测的功能获得多肽的一个或多个HAL变体核酸分子是杂合的。关联分析的结果表明，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子与发展出皮肤癌的风险降低相关。当受试者具有较小总负荷时，受试者发展出皮肤癌的风险较高，并且以标准剂量量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或HAL激动剂。当受试者具有较大的总负荷时，受试者发展出皮肤癌的风险较低，并且以同于或低于标准剂量量的量向受试者施用或继续施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。总负荷越大，发展出皮肤癌的风险就越低。
可用于总负荷分析的HAL变体包括下表1中的任一项或多项或任意组合：
表1
变体 rsID
12:95980972:G:A rs2270318
12:95981904:T:C rs10859995
12:95984993:C:T rs3819817
12:95986028:G:A rs3213737
在一些实施方案中，受试者具有编码HAL预测的功能获得多肽的任何一个或多个HAL变体核酸分子的总负荷代表多个编码HAL预测的功能获得多肽的任何HAL变体核酸分子的加权总和。在一些实施方案中，使用存在于HAL基因中或其周围(至多10Mb)的至少约2、至少约3、至少约4、至少约5、至少约10、至少约20、至少约30、至少约40、至少约50、至少约60、至少约70、至少约80、至少约100、至少约120、至少约150、至少约200、至少约250、至少约300，至少约400、至少约500、至少约1,000、至少约10,000、至少约100,000或至少约或大于1,000,000种遗传变体计算总负荷，其中遗传负荷是等位基因的数量乘以与皮肤癌的关联估计或每个等位基因的相关结果(例如加权多基因负荷分数)。这可包括靠近HAL基因(基因周围至多10Mb)的任何遗传变体，无论其基因组注释如何，所述变体在遗传关联分析中显示出与皮肤癌相关性状的非零关联。在一些实施方案中，当受试者具有高于所需阈值分数的总负荷时，受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。在一些实施方案中，当受试者具有低于所需阈值分数的总负荷时，受试者具有增加的发展出皮肤癌的风险。
在一些实施方案中，总负荷可分为五分位数，例如最高五分位数、中间五分位数和最低五分位数，其中总负荷的最高五分位数对应于最低风险组，且总负荷的最低五分位数对应于最高风险组。在一些实施方案中，具有较大总负荷的受试者包括最高加权总负荷，包括但不限于受试者群体的总负荷的前10％、前20％、前30％、前40％或前50％。在一些实施方案中，遗传变体包括在相关性p值范围的前10％、前20％、前30％、前40％或前50％中的与皮肤癌相关的遗传变体。在一些实施方案中，每个鉴定的遗传变体包括与皮肤癌相关的遗传变体，其p值不大于约10-2、约10-3、约10-4、约10-5、约10-6、约10-7、约10-8、约10-9、约10-10、约10-11、约10-12、约10-13、约10-14或约10-15。在一些实施方案中，鉴定的遗传变体包括p值小于5×10-8的与皮肤癌相关的遗传变体。在一些实施方案中，鉴定的遗传变体包括与高风险受试者的皮肤癌相关的遗传变体，与参考群体的剩余部分相比具有以下比值比(OR)：对于分布的前20％为约1.5或更大、约1.75或更大、约2.0或更大、或约2.25或更大；或约1.5或更大、约1.75或更大、约2.0或更大、约2.25或更大、约2.5或更大、或约2.75或更大。在一些实施方案中，比值比(OR)的范围可为约1.0至约1.5、约1.5至约2.0、约2.0至约2.5、约2.5至约3.0、约3.0至约3.5、约3.5至约4.0、约4.0至约4.5、约4.5至约5.0、约5.0至约5.5、约5.5至约6.0、约6.0至约6.5、约6.5至约7.0、或大于7.0。在一些实施方案中，高风险受试者包括具有参考群体中的最低十分位数、五分位数或三分位数的总负荷的受试者。总负荷的阈值是根据预期实际应用的性质以及会被认为对所述实际应用有意义的风险差异来确定的。
在一些实施方案中，当受试者被鉴定为发展出皮肤癌的风险增加时，进一步如本文所述向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或HAL激动剂。例如，当受试者是HAL参考，并因此具有增加的发展出皮肤癌的风险时，向受试者施用HAL激动剂。在一些实施方案中，还向此类受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的时，以同于或低于标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或施用HAL激动剂。在一些实施方案中，受试者是HAL参考。在一些实施方案中，受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的。此外，当受试者因具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子而具有较低的总负荷，并因此具有增加的发展出皮肤癌的风险时，向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。在一些实施方案中，当受试者因具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子而具有较低的总负荷时，以同于或高于向因具有编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子而具有较大的总负荷的受试者施用的标准剂量量的剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。
本公开还提供了检测从受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子。应理解，群体内的基因序列和由此类基因编码的mRNA分子可因多态性诸如单核苷酸多态性(SNP)而变化。本文提供的HAL变体基因组核酸分子的序列仅为示例性序列。HAL变体基因组核酸分子的其他序列也是可能的。
生物样品可来源于来自受试者的任何细胞、组织或生物流体。生物样品可包括任何临床相关组织，诸如例如骨髓样品、肿瘤活检、细针抽吸物或体液样品，诸如血液、龈沟液、血浆、血清、淋巴、腹水、囊液或尿液。在一些实施方案中，生物样品包括口腔拭子。本文所公开的方法中使用的生物样品可基于测定形式、检测方法的性质以及用作样品的组织、细胞或提取物而变化。生物样品可根据所采用的测定进行不同处理。例如，当检测任何HAL变体核酸分子时，可采用被设计用于分离HAL变体核酸分子或使生物样品富集所述分子的初步处理。多种技术可用于此目的。当检测任何HAL变体mRNA分子的水平时，可使用不同的技术富集生物样品的mRNA分子。可使用各种方法来检测mRNA分子的存在或水平或特定变体基因组DNA位点的存在。
本公开还提供了在受试者中检测编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子或其互补序列的方法。所述方法包括测定从受试者获得的生物样品以确定生物样品中的核酸分子是否是编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子。
在一些实施方案中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子或其互补序列是具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤；或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。在一些实施方案中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子或其互补序列具有包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤的核苷酸序列。在一些实施方案中，编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子或其互补序列具有包含在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤的核苷酸序列。
在一些实施方案中，生物样品包含细胞或细胞裂解物。此类方法还可包括，例如，从受试者获得包含HAL基因组核酸分子的生物样品。此类测定可包括，例如确定特定HAL核酸分子的这些位置的身份。在一些实施方案中，所述方法是体外方法。
在一些实施方案中，测定包括对生物样品中的HAL核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的至少一部分进行测序。在一些实施方案中，所述测定包括对生物样品中的HAL基因组核酸分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中测序部分包含：对应于根据SEQ IDNO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置。当生物样品中HAL核酸分子的测序部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤时，则生物样品中的HAL核酸分子是编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子。
在一些实施方案中，所述测定包括：a)使生物样品与引物接触，所述引物与以下的核苷酸序列的一部分杂交：HAL基因组核酸分子或其互补序列，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或接近对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；b)将所述引物延伸至少通过以下的核苷酸序列的位置：HAL基因组核酸分子或其互补序列，对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441；以及c)确定所述引物的所述延伸产物是否包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
在一些实施方案中，测定包括对整个核酸分子进行测序。在一些实施方案中，仅分析HAL基因组核酸分子。
在一些实施方案中，所述测定包括：a)对生物样品中的HAL核酸分子或其互补序列的至少一部分进行扩增，其中扩增的部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；b)用可检测标记来标记扩增的核酸分子；c)使标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及d)检测可检测标记。
在一些实施方案中，所述测定包括：a)对生物样品中的HAL基因组核酸分子或其互补序列的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及b)检测可检测标记。
在一些实施方案中，所述测定包括：使生物样品中的HAL核酸分子或其互补序列与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中改变特异性探针包含在严格条件下与HAL核酸分子或其互补序列的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述HAL核酸分子或其互补序列的核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及检测可检测标记。
在一些实施方案中，HAL核酸分子存在于从受试者获得的细胞内。
改变特异性聚合酶链反应技术可用于检测核苷酸序列中的突变，诸如SNP。可使用改变特异性引物是因为当与模板存在失配时，DNA聚合酶将不延伸。
在一些实施方案中，测定包括RNA测序(RNA-Seq)。在一些实施方案中，测定还包括诸如通过逆转录酶聚合酶链反应(RT-PCR)将mRNA逆转录成cDNA。
在一些实施方案中，所述方法利用核苷酸长度足以与靶核苷酸序列结合并特异性地检测和/或鉴定包含HAL变体基因组核酸分子的多核苷酸的探针和引物。杂交条件或反应条件可由操作人员确定以实现此结果。核苷酸长度可为足以用于所选择的检测方法(包括本文描述或例示的任何测定)的任何长度。此类探针和引物可在高严格杂交条件下与靶核苷酸序列特异性杂交。探针和引物可具有与靶核苷酸序列内连续核苷酸的完全核苷酸序列同一性，但可通过常规方法设计不同于靶核苷酸序列并保留特异性检测和/或鉴定靶核苷酸序列的能力的探针。探针和引物可与靶核酸分子的核苷酸序列具有约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或100％序列同一性或互补性。
在一些实施方案中，为了确定生物样品中的HAL核酸分子(例如，基因组核酸分子)或其互补序列是否包含以下核苷酸序列，所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含来源于5'侧接序列的第一引物和来源于3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤相邻，所述第二引物与对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤相邻，所述扩增子指示在编码以下的位置处存在SNP：在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限，或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤，以及包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
在一些实施方案中，为了确定生物样品中的HAL核酸分子(例如，基因组核酸分子)或其互补序列是否包含以下核苷酸序列，所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤，可使用引物对使生物样品经历扩增方法，以产生扩增子，所述引物对包含来源于5'侧接序列的第一引物和来源于3'侧接序列的第二引物，所述第一引物与对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤相邻，所述第二引物与对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤相邻，所述扩增子指示在编码以下的位置处存在SNP：在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。在一些实施方案中，扩增子的长度范围可从引物对加上一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限，或约两万个核苷酸碱基对。任选地，所述引物对侧接包括以下位置的区域，所述位置包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤，以及包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤的位置的每一侧上的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸。
可由mRNA和/或cDNA序列产生类似的扩增子。PCR引物对可例如通过使用意图用于此目的的计算机程序衍生自已知的序列，所述计算机程序诸如Vector NTI版本10的PCR引物分析工具(Informax Inc.,Bethesda Md.)；PrimerSelect(DNASTAR Inc.,Madison,Wis.)；以及Primer3(版本0.4.0.COPYRGT.,1991,Whitehead Institute for BiomedicalResearch,Cambridge,Mass.)。另外，可视觉扫描序列并使用已知指南手动鉴定引物。
核酸测序技术的说明性实例包括但不限于链终止子(Sanger)测序和染料终止子测序。其他方法涉及除了测序以外的核酸杂交方法，其包括使用针对纯化的DNA、扩增的DNA和固定细胞制品的标记的引物或探针(荧光原位杂交(FISH))。在一些方法中，可在检测之前或在检测的同时对靶核酸分子进行扩增。核酸扩增技术的例示性实例包括但不限于聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增反应(SDA)以及基于核酸序列的扩增反应(NASBA)。其他方法包括但不限于连接酶链反应、链置换扩增反应和嗜热SDA(tSDA)。
在杂交技术中，可采用严格条件，使得探针或引物特异性地与其靶标杂交。在一些实施方案中，在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶序列杂交，其程度可检测地比与其他非靶序列的杂交大诸如至少2倍、至少3倍、至少4倍或更多倍(相对于背景)，包括大超过10倍(相对于背景)。在一些实施方案中，在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交，其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少2倍。在一些实施方案中，在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交，其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少3倍。在一些实施方案中，在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交，其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少4倍。在一些实施方案中，在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交，其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大超过10倍(相对于背景)。严格条件是序列依赖性的且在不同的环境中将是不同的。
促进DNA杂交的适当严格性条件(例如6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC)，在约45℃下，接着在50℃下进行2X SSC的洗涤)是已知的或可见于Current Protocols in MolecularBiology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6。通常，用于杂交和检测的严格条件将是其中如下所述的那些：在pH 7.0至8.3时的盐浓度低于约1.5M Na+离子、通常约0.01至1.0M Na+离子浓度(或其他盐)，并且温度对于短探针(诸如例如10至50个核苷酸)是至少约30℃，且对于较长探针(诸如例如大于50个核苷酸)是至少约60℃。还可通过添加去稳定剂诸如甲酰胺来实现严格条件。任选地，洗涤缓冲液可包含约0.1％至约1％SDS。杂交的持续时间通常少于约24小时，通常为约4至约12小时。洗涤时间的持续时间将是至少足以达到平衡的时间长度。
本公开还提供检测HAL预测的功能获得多肽的存在的方法，其包括对从受试者获得的生物样品进行测定以确定生物样品中的HAL多肽是否含有致使多肽具有功能获得(部分或完全)或预测的功能获得(部分或完全)的一种或多种变异。
在一些实施方案中，当受试者不具有HAL预测的功能获得多肽时，受试者具有增加的发展出皮肤癌，诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌的风险。在一些实施方案中，当受试者具有HAL预测的功能获得多肽时，受试者具有降低的发展出皮肤癌，诸如非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤或皮脂腺癌的风险。
本公开还提供了与HAL变体基因组核酸分子杂交的分离的核酸分子。在一些实施方案中，此类分离的核酸分子在严格条件下与HAL变体核酸分子杂交。此类核酸分子可例如用作探针、引物、改变特异性探针或改变特异性引物，如本文所述或例示。
在一些实施方案中，分离的核酸分子与HAL变体核酸分子的一部分杂交，所述部分包括对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352或根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置。
在一些实施方案中，此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约55个、至少约60个、至少约65个、至少约70个、至少约75个、至少约80个、至少约85个、至少约90个、至少约95个、至少约100个、至少约200个、至少约300个、至少约400个、至少约500个、至少约600个、至少约700个、至少约800个、至少约900个、至少约1000个、至少约2000个、至少约3000个、至少约4000个或至少约5000个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个或至少约25个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含至少约18个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含约10个至约35个、约10个至约30个、约10个至约25个、约12个至约30个、约12个至约28个、约12个至约24个、约15个至约30个、约15个至约25个、约18个至约30个、约18个至约25个、约18个至约24个或约18个至约22个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含约18个至约30个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸至至少约35个核苷酸或由其组成。
在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子或其互补序列的一部分的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述部分包含对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441。
在一些实施方案中，分离的核酸分子与同HAL变体基因组核酸分子具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的核酸分子的至少约15个连续核苷酸杂交。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或约15个至约35个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中，分离的核酸分子包含约15个至约35个核苷酸或由其组成。
在一些实施方案中，分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸，其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列，其中所述部分包含对应于以下的位置：根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441。
在一些实施方案中，改变特异性探针和改变特异性引物包含DNA。在一些实施方案中，改变特异性探针和改变特异性引物包含RNA。
在一些实施方案中，本文所述的探针和引物(包括改变特异性探针和改变特异性引物)具有与本文公开的任何核酸分子或其互补序列特异性杂交的核苷酸序列。在一些实施方案中，所述探针和引物在严格条件下与本文公开的任何核酸分子特异性地杂交。
在一些实施方案中，引物(包括改变特异性引物)可用于第二代测序或高通量测序中。在一些情况下，可修饰引物，包括改变特异性引物。特别地，引物可包含在例如大规模平行签名测序(MPSS)、聚合酶克隆测序(Polony sequencing)和454焦磷酸测序的不同步骤中使用的各种修饰。可在所述过程的几个步骤中使用修饰的引物，包括在克隆步骤中使用生物素酰化的引物，并且在珠粒装载步骤和检测步骤中使用荧光标记的引物。通常使用双端测序(paired-end)标签文库进行聚合酶克隆测序，其中每个DNA模板分子的长度为约135bp。在珠粒装载步骤和乳液PCR中使用生物素酰化的引物。在检测步骤中使用荧光标记的简并九聚物寡核苷酸。衔接子可含有用于将DNA文库固定到链霉亲和素包被的珠粒上的5'-生物素标签。
本文所述的探针和引物可用于检测本文所公开的HAL变体基因组核酸分子中的任一种内的核苷酸变异。本文所述的引物可用于扩增HAL变体基因组核酸分子或其片段。
本公开还提供了包含上述引物中的任一种的引物对。例如，如果引物的3'-端之一与特定HAL核酸分子中在对应于根据SEQ ID NO:1的位置11,352的位置处的鸟嘌呤(而不是腺嘌呤)杂交，则扩增片段的存在将指示HAL参考基因组核酸分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定HAL核酸分子中在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤(而不是鸟嘌呤)杂交，则扩增片段的存在将指示HAL变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可在引物的3'端。
本公开还提供了包含上述引物中的任一种的引物对。例如，如果引物的3'-端之一与特定HAL核酸分子中在对应于根据SEQ ID NO:1的位置14,441的位置处的腺嘌呤(而不是鸟嘌呤)杂交，则扩增片段的存在将指示HAL参考基因组核酸分子的存在。相反地，如果引物的3'-端之一与特定HAL核酸分子中在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤(而不是腺嘌呤)杂交，则扩增片段的存在将指示HAL变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中，与在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤互补的引物的核苷酸可在引物的3'端。
在本公开的上下文中，“特异性杂交”意指探针或引物(诸如例如，改变特异性探针或改变特异性引物)不与编码HAL参考基因组核酸分子的核苷酸序列杂交。
在本公开通篇描述的实施方案中的任一项中，探针(诸如例如，改变特异性探针)可包含标记。在一些实施方案中，所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。
本公开还提供了包含本文所公开的探针中的任一种或多种所附接的基底的支持物。固体支持物是分子(诸如本文公开的探针中的任一种)可与其结合的固态基底或支持物。固体支持物的一种形式是阵列。固体支持物的另一种形式是阵列检测物。阵列检测物是多种不同的探针以阵列、网格或其他组织化模式与其偶联的固体支持物。固态基底的一种形式是微量滴定皿，诸如标准96孔类型。在一些实施方案中，可采用通常每孔含有一个阵列的多孔玻璃载片。在一些实施方案中，所述支持物是微阵列。
本公开还提供了包含本文所述的HAL变体基因组核酸分子中的任一种或其互补序列以及本文所述的改变特异性引物或改变特异性探针的任一种，或者由其组成的分子复合物。在一些实施方案中，分子复合物中的HAL变体基因组核酸分子或其互补序列是单链的。在一些实施方案中，分子复合物包含本文所述的HAL变体基因组核酸分子中的任一种或其互补序列以及本文所述的改变特异性引物中的任一种，或者由其组成。在一些实施方案中，分子复合物包含本文所述的HAL变体基因组核酸分子中的任一种或其互补序列以及本文所述的改变特异性探针中的任一种，或者由其组成。
在一些实施方案中，分子复合物包含与编码HAL预测的功能获得多肽的HAL基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针，其中改变特异性引物或改变特异性探针与在对应于以下的位置处的HAL基因组核酸分子杂交：根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352。
在一些实施方案中，分子复合物包含与编码HAL预测的功能获得多肽的HAL基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针，其中改变特异性引物或改变特异性探针与在对应于以下的位置处的HAL基因组核酸分子杂交：根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441。
在一些实施方案中，分子复合物中的基因组核酸分子包含SEQ ID NO:2。在一些实施方案中，分子复合物中的基因组核酸分子包含SEQ ID NO:3。
在一些实施方案中，分子复合物包含含有标记的改变特异性探针或改变特异性引物。在一些实施方案中，所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。在一些实施方案中，分子复合物还包含非人聚合酶。
HAL参考基因组核酸分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:1中(ENSG00000084110.11包含GRCh38/hg38人类基因组组装中的chr12:95,972,662-95,996,344)。参考SEQ ID NO:1，位置11,352是鸟嘌呤。参考SEQ ID NO:1，位置14,441是腺嘌呤。
存在HAL变体基因组核酸分子，其中位置11,352处的鸟嘌呤被腺嘌呤替换。此HAL变体基因组核酸分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:2(rs3819817)中。
存在另一种HAL变体基因组核酸分子，其中位置14,41处的腺嘌呤被鸟嘌呤替换。此HAL变体基因组核酸分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:3(rs10859995)中。
HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:4中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:5中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ IDNO:6中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:7中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:8中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:9中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:10中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:11中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:12中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:13中。另一种HAL参考mRNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:14中。
HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:15中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:16中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQID NO:17中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:18中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:19中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:20中。另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:21中。
另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:22中。
另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:23中。
另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:24中。
另一种HAL参考cDNA分子的核苷酸序列列示于SEQ ID NO:25中。
基因组核酸分子、mRNA分子和cDNA分子可来自任何生物体。
例如，基因组核酸分子、mRNA分子和cDNA分子可以是人的或来自另一生物体(诸如非人哺乳动物、啮齿动物、小鼠或大鼠)的直系同源物。应理解，群体内的基因序列可由于多态性(诸如单核苷酸多态性)而变化。本文提供的实例仅为示例性序列。其他序列也是可能的。
本文还提供了可与所公开的核酸分子相互作用的功能性多核苷酸。功能性多核苷酸的实例包括但不限于反义分子、适体、核酶、三链体形成分子以及外部指导序列。功能性多核苷酸可充当靶分子所具有的特定活性的影响剂、激动剂、调节剂和刺激剂，或者功能性多核苷酸可具有独立于任何其他分子的全新活性。
本文公开的分离的核酸分子可包括RNA、DNA或RNA和DNA两者。所述分离的核酸分子还可连接或融合至异源核酸序列(诸如在载体中)或异源标记。例如，本文所公开的分离的核酸分子可在载体中或作为包含分离的核酸分子和异源核酸序列的外源供体序列。分离的核酸分子还可与异源标记连接或融合。标记可以是直接可检测的(诸如例如荧光团)或间接可检测的(诸如例如半抗原、酶或荧光团淬灭剂)。此类标记可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段检测。此类标记包括例如放射性标记、颜料、染料、色原、自旋标记和荧光标记。标记也可以是例如化学发光物质；含金属物质；或酶，其中发生依赖于酶的二次信号生成。术语“标记”也可指“标签”或半抗原，其可选择性地与缀合分子结合，使得缀合分子在随后与底物一起添加时用于生成可检测信号。例如，生物素可与辣根过氧化物(HRP)的亲和素或链霉亲和素缀合物一起用作标签以与标签结合，并使用量热底物(诸如例如四甲基联苯胺(TMB))或荧光底物进行检查以检测HRP的存在。可用作标签来促进纯化的示例性标记包括但不限于myc、HA、FLAG或3XFLAG、6XHis或聚组氨酸、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、麦芽糖结合蛋白、表位标签或免疫球蛋白的Fc部分。许多标记包括例如颗粒、荧光团、半抗原、酶及其量热、荧光和化学发光底物和其他标记。
分离的核酸分子或其互补序列也可存在于宿主细胞内。在一些实施方案中，宿主细胞可包含载体，所述载体包含本文所述的任何核酸分子或其互补序列。在一些实施方案中，核酸分子可操作地连接至在宿主细胞中具有活性的启动子。在一些实施方案中，启动子是外源启动子。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中，宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。在一些实施方案中，宿主细胞是细菌细胞。在一些实施方案中，宿主细胞是酵母细胞。在一些实施方案中，宿主细胞是昆虫细胞。在一些实施方案中，宿主细胞是哺乳动物细胞。
所公开的核酸分子可包括例如核苷酸或非天然或修饰的核苷酸，诸如核苷酸类似物或核苷酸替代物。此类核苷酸包括含有修饰的碱基、糖或磷酸酯基团的核苷酸，或者在其结构中掺入非天然部分的核苷酸。非天然核苷酸的实例包括但不限于双脱氧核苷酸、生物素酰化的、胺化的、脱氨基的、烷基化的、苄化的和荧光团标记的核苷酸。
本文公开的核酸分子还可包含一种或多种核苷酸类似物或取代。核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷酸酯部分的修饰的核苷酸。对碱基部分的修饰包括但不限于A、C、G和T/U以及不同的嘌呤或嘧啶碱基(诸如例如假尿苷、尿嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9-基(I)和2-氨基腺嘌呤-9-基)的天然和合成修饰。修饰的碱基包括但不限于5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫代、8-硫代烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代(例如5-溴)、5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
核苷酸类似物还可包括对糖部分的修饰。对糖部分的修饰包括但不限于核糖和脱氧核糖的天然修饰以及合成修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置处的以下修饰：OH；F；O-、S-或N-烷基；O-、S-或N-烯基；O-、S-或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中烷基、烯基和炔基可以是取代或未取代的C1-10烷基或C2-10烯基和C2-10炔基。示例性的2’糖修饰还包括但不限于-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、-O(CH2)n-ONH2和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2，其中n和m独立地为1至约10。2’位置处的其他修饰包括但不限于C1-10烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报告基团、嵌入剂、用于改善寡核苷酸的药代动力学特性的基团或用于改善寡核苷酸的药效动力学特性的基团，以及具有类似特性的其他取代基。还可在糖上的其他位置上做出类似的修饰，具体地在3'末端核苷酸上或在2'-5'连接的寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。修饰的糖还可包括在桥环氧处含有修饰(诸如CH2和S)的那些糖。核苷酸糖类似物还可具有替代呋喃戊糖的糖模拟物诸如环丁基部分。
核苷酸类似物还可在磷酸酯部分处进行修饰。修饰的磷酸酯部分包括但不限于可被修饰以使得两个核苷酸之间的键联含有以下的修饰的磷酸酯部分：硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯(包括3'-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯)、次膦酸酯、氨基磷酸酯(包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯)、硫羰氨基磷酸酯、硫羰烷基膦酸酯、硫羰烷基磷酸三酯和硼烷磷酸酯。两个核苷酸之间的这些磷酸酯或修饰的磷酸酯键联可通过3’-5’键联或2’-5’键联，并且所述键联可含有反转的极性，诸如3’-5’至5’-3’或2’-5’至5’-2’。还包括各种盐、混合盐以及游离酸形式。核苷酸替代物还包括肽核酸(PNA)。
本公开还提供包含本文公开的核酸分子中的任一者或多者的载体。在一些实施方案中，载体包含本文公开的任何一种或多种核酸分子和异源核酸。所述载体可为能够转运核酸分子的病毒或非病毒载体。在一些实施方案中，载体是质粒或粘粒(诸如例如可将额外的DNA区段连接到其中的环状双链DNA)。在一些实施方案中，载体是病毒载体，其中额外的DNA区段可连接到病毒基因组中。表达载体包括但不限于质粒、粘粒、逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)、植物病毒(诸如花椰菜花叶病毒和烟草花叶病毒)、酵母人工染色体(YAC)、Epstein-Barr(EBV)衍生的附加体以及本领域已知的其他表达载体。
用于哺乳动物宿主细胞表达的所需调控序列可包括例如指导哺乳动物细胞中的高水平多肽表达的病毒元件，例如衍生自逆转录病毒LTR、巨细胞病毒(CMV)(例如CMV启动子/增强子)、猿猴病毒40(SV40)(例如SV40启动子/增强子)、腺病毒(例如腺病毒主要晚期启动子(AdMLP))的启动子和/或增强子、多瘤病毒和哺乳动物强启动子(例如天然免疫球蛋白和肌动蛋白启动子)。在细菌细胞或真菌细胞(例如酵母细胞)中表达多肽的方法也是众所周知的。启动子可为例如组成型活性启动子、条件启动子、诱导型启动子、时间受限型启动子(例如发育调控型启动子)或空间受限型启动子(例如细胞特异性或组织特异性启动子)。
核酸分子内的核苷酸序列或多肽内的氨基酸序列的特定伸长段之间的同一性百分比(或互补性百分比)可使用BLAST程序(基本局部比对搜索工具)和PowerBLAST程序(Altschul等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403-410；Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649-656)或通过使用Gap程序(Wisconsin序列分析包,用于Unix的版本8,GeneticsComputer Group,University Research Park,Madison Wis.)使用默认设置(其使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482-489))来常规确定。在本文中，如果对序列同一性百分比进行参考，则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
本公开还提供包含本文公开的分离的核酸分子、基因组核酸分子、mRNA分子和/或cDNA分子中的任一者或多者的组合物，或包含它们的载体。在一些实施方案中，组合物是药物组合物。在一些实施方案中，组合物包含载剂和/或赋形剂。载剂的实例包括但不限于聚(乳酸)(PLA)微球、聚(D,L-乳酸-共乙醇酸)(PLGA)微球、脂质体、胶束、反胶束、脂质螺旋物和脂质微管。载剂可包括缓冲盐溶液，诸如PBS、HBSS等。
如本文所用，当在对特定核苷酸或核苷酸序列或位置的编号的语境中使用时，短语“对应于”或其语法变型是指当将特定核苷酸或核苷酸序列与参考序列进行比较时对指定参考序列的编号(诸如例如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:3)。换句话说，特定聚合物的残基(诸如例如核苷酸或氨基酸)编号或残基(诸如例如核苷酸或氨基酸)位置相对于参考序列来指定，而不是通过残基在特定核苷酸或核苷酸序列内的实际数值位置来指定。例如，特定核苷酸序列可通过引入缺口以优化两个序列之间的残基匹配来与参考序列比对。在这些情况下，虽然存在缺口，但是对特定核苷酸或核苷酸序列中的残基的编号是相对于其所比对的参考序列来进行的。
例如，包含编码HAL预测的功能获得多肽的核苷酸序列的HAL变体基因组核酸分子，其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤意味着如果将HAL基因组核酸分子的核苷酸序列与SEQ ID NO:2的序列比对，则HAL序列具有在对应于SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤残基。这些短语是指编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子，其中所述基因组核酸分子具有包含与SEQ IDNO:2的位置11,352处的腺嘌呤残基同源的腺嘌呤残基的核苷酸序列。
如本文所述，HAL变体基因组核酸分子内对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置，例如，可通过在特定HAL基因组核酸分子的核苷酸序列与SEQ ID NO:2的核苷酸序列之间进行序列比对来鉴定。存在多种计算算法可用于进行序列比对以鉴定对应于例如SEQID NO:2中的位置11,352的核苷酸位置。例如，通过使用NCBI BLAST算法(Altschul等人,Nucleic Acids Res.,1997,25,3389-3402)或CLUSTALW软件(Sievers和Higgins,MethodsMol.Biol.,2014,1079,105-116)，可进行序列比对。然而，序列也可手动地进行比对。
HAL参考多肽的氨基酸序列列示于SEQ ID NO:26中。参考SEQ ID NO:26，HAL参考多肽的长度是657个氨基酸。
另一种HAL参考多肽的氨基酸序列列示于SEQ ID NO:27中。参考SEQ ID NO:27，HAL参考多肽的长度是449个氨基酸。
另一种HAL参考多肽的氨基酸序列列示于SEQ ID NO:28中。参考SEQ ID NO:28，HAL参考多肽的长度是591个氨基酸。
另一种HAL参考多肽的氨基酸序列列示于SEQ ID NO:29中。参考SEQ ID NO:29，HAL参考多肽的长度是219个氨基酸。
另一种HAL参考多肽的氨基酸序列列示于SEQ ID NO:30中。参考SEQ ID NO:30，HAL参考多肽的长度是167个氨基酸。
因为本文所述的HAL变体核酸分子包含HAL的非编码区内的变异，所以HAL预测的功能获得多肽可以是由本文所述的任何HAL变体核酸分子编码的任何前述HAL多肽。
所附序列表中列出的核苷酸序列和氨基酸序列是使用核苷酸碱基的标准字母缩写和氨基酸的三字母代码示出的。所述核苷酸序列遵循从序列的5’端开始且前进(即在每一行中从左到右)至3’端的标准惯例。仅示出了每一个核苷酸序列的一条链，但应理解的是，互补链是通过对所展示链的任何参考而被包括在内的。氨基酸序列遵循从序列的氨基末端开始且前进(即在每一行中从左到右)至羧基末端的标准惯例。
本公开还提供了治疗或预防皮肤癌的治疗剂，其用于治疗或预防受试者的皮肤癌(或用于制备用于治疗或预防皮肤癌的药物)，其中所述受试者具有编码本文所述的HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子中的任一种。治疗或预防皮肤癌的治疗剂可以是本文所述的治疗或预防皮肤癌的任何治疗剂。皮肤癌可以是非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤和皮脂腺癌中的任一种。
在一些实施方案中，受试者被鉴定为具有编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列，其中所述基因组核酸分子具有包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤的核苷酸序列。
在一些实施方案中，受试者被鉴定为具有编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列，其中所述基因组核酸分子具有包含在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤的核苷酸序列。
本公开还提供了HAL激动剂，其用于治疗或预防受试者的皮肤癌(或用于制备用于治疗或预防皮肤癌的药物)，其中所述受试者对于编码本文所述的HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子中的任一种是杂合的，或者其中所述受试者是HAL基因组核酸分子的参考。所述HAL激动剂可以是本文所述的任何HAL激动剂。皮肤癌可以是非黑色素瘤皮肤癌、基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、隆突性皮肤纤维肉瘤和皮脂腺癌中的任一种。
在一些实施方案中，受试者是HAL基因组核酸分子的参考。
在一些实施方案中，受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列是杂合的，其中所述基因组核酸分子具有包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤的核苷酸序列。
在一些实施方案中，受试者对于编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列是杂合的，其中所述基因组核酸分子具有包含在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤的核苷酸序列。
以上或以下所引用的所有专利文献、网站、其他出版物、登录号等均出于所有目的以引用的方式整体并入，其程度犹如每个单独项目均具体地且单独地被指示为以引用的方式如此并入一样。如果序列的不同版本与不同时间的登录号相关，则意指与本申请的有效提交日期的登录号相关的版本。有效提交日期意指实际提交日期或参考登录号的优先权申请的提交日期(如果适用)中较早的日期。同样，如果出版物、网站等的不同版本在不同时间公布，则除非另有说明，否则意指在本申请的有效提交日期最近公布的版本。除非另有特别说明，否则本公开的任何特征、步骤、要素、实施方案或方面可与任何其他特征、步骤、要素、实施方案或方面组合使用。尽管出于清楚和理解的目的已通过说明和实例详细描述本公开，但将显而易见的是，可在所附权利要求的范围内实施某些变化和修改。
提供以下实施例来更详细地描述实施方案。它们意图说明但不限制所要求保护的实施方案。以下实施例为本领域普通技术人员提供本文所述的化合物、组合物、制品、装置和/或方法如何制备和评价的公开和描述，并且意图仅仅是示例性的且不意图限制任何权利要求的范围。已经努力确保关于数字(诸如例如量、温度等)的准确性，但可考虑一些误差和偏差。除非另有说明，否则份数是重量份，温度是以℃计或处于环境温度，且压力处于或接近大气压。
实施例
实施例1：皮肤癌与HAL GOF变体的关联
如前所述，对454,787名UKB研究参与者的外显子组进行了测序，95.8％的目标碱基覆盖深度为20倍或更大(Szustakowski,Advancing Human Genetics Research andDrug Discovery through Exome Sequencing of the UK Biobank.bioRxiv,2021；和VanHout等人,Nature,2020)。在18,659个基因的编码区的3900万个碱基对中发现了一千二百万个变体(数据未示出)。在已鉴定的变体中，有3,375,252个(每个个体中位数为10,260个)同义变体、7,689,495个(每个个体9,284个)变体和889,957个(每个个体212个)推定功能获得(pGOF)变体(数据未示出)，其中约一半是在此数据集中仅观察到一次(单例变体；数据未示出)。
研究发现，HAL中罕见的pLOF和有害错义变体的负荷与较高的维生素D水平以及更容易晒黑的皮肤和更高的光化性角化病和非黑色素瘤皮肤癌的风险相关(参见图2)。这些发现得到了与一种常见变体(rs10859995:C，58％频率)的性状降低相关性的独立支持，所述变体与增加皮肤组织中HAL表达的表达数量性状基因座(rs3819817:T)共定位(r2＝0.97)(G.T.Consortium,Science,2020,369,1318-1330；参见图1)。总而言之，这些结果表明HAL与维生素D水平和皮肤癌有关，并且强调了一个等位基因系列，其中包括常见的功能获得非编码变体(性状降低)。
除了本文所述的修改之外，所描述主题的各种修改对于本领域技术人员来说将从前述描述中显而易见。此类修改也意图落在随附权利要求书的范围内。本申请中引用的每篇参考文献(包括但不限于期刊文章、美国和非美国专利、专利申请公布、国际专利申请公布、基因库登录号等)均通过引用以其整体且出于所有目的并入本文中。

Claims (43)

1.一种治疗患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
2.一种治疗患有非黑色素瘤皮肤癌或处于发展出非黑色素瘤皮肤癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
3.一种治疗患有基底细胞癌或处于发展出基底细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
4.一种治疗患有鳞状细胞癌或处于发展出鳞状细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
5.一种治疗患有黑色素瘤或处于发展出黑色素瘤风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
6.一种治疗患有默克尔细胞癌或处于发展出默克尔细胞癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
7.一种治疗患有隆突性皮肤纤维肉瘤或处于发展出隆突性皮肤纤维肉瘤风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
8.一种治疗患有皮脂腺癌或处于发展出皮脂腺癌风险中的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述HAL激动剂包括HAL蛋白或甲状腺激素(T3)。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其还包括检测从所述受试者获得的生物样品中存在或不存在编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子。
11.根据权利要求10所述的方法，其还包括以标准剂量量向受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，其中所述HAL变体核酸分子不存在于所述生物样品中。
12.根据权利要求10所述的方法，其还包括以同于或低于标准剂量量的剂量量向对于所述HAL变体核酸分子是杂合的受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂。
13.根据权利要求10所述的方法，其中所述HAL变体核酸分子是具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
14.根据权利要求10至13中任一项所述的方法，其中所述检测步骤在体外进行。
15.根据权利要求10至14中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含：对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
其中当所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子的所述测序部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤时，则所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子是编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子。
16.根据权利要求10至14中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：
a)使所述生物样品与引物接触，所述引物与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或接近对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
b)将所述引物延伸至少通过所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的位置，所述位置对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或对应于根据SEQ IDNO:3或其互补序列的位置14,441；以及
c)确定所述引物的所述延伸产物是否包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
17.根据权利要求15或权利要求16所述的方法，其中所述检测步骤包括对整个核酸分子进行测序。
18.根据权利要求10至14中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：
a)对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；
b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；
c)使所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
d)检测所述可检测标记。
19.根据权利要求10至14中任一项所述的方法，其中所述检测步骤包括：
使所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
检测所述可检测标记。
20.一种用治疗或预防皮肤癌的治疗剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有皮肤癌或处于发展出皮肤癌的风险中，所述方法包括：
通过以下方式确定所述受试者是否具有编码组氨酸氨裂解酶(HAL)预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子：
从所述受试者获得或已经获得生物样品；并且
对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含编码所述HAL预测的功能获得多肽的所述HAL变体核酸分子的基因型；以及
以标准剂量量向作为HAL参考的受试者施用或继续施用所述治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向所述受试者施用HAL激动剂；以及
以同于或低于标准剂量量的量向对于所述HAL变体核酸分子是杂合的受试者施用或继续施用所述治疗或预防皮肤癌的治疗剂，和/或向所述受试者施用HAL激动剂；
其中具有编码所述HAL预测的功能获得多肽的所述HAL变体核酸分子的基因型的存在指示所述受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述受试者是HAL参考，并且以标准剂量量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或预防皮肤癌的治疗剂，并且施用HAL激动剂。
22.根据权利要求20所述的方法，其中所述受试者对于HAL变体核酸分子是杂合的，并且以同于或低于标准剂量量的量向所述受试者施用或继续施用所述治疗或预防皮肤癌的治疗剂，并且施用HAL激动剂。
23.根据权利要求20所述的方法，其中所述HAL变体核酸分子是具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子：在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
24.根据权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
其中当所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的所述测序部分包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤时，则所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子是编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子。
25.根据权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：
a)使所述生物样品与引物接触，所述引物与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或接近对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
b)将所述引物延伸至少通过所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的位置，所述位置对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或对应于根据SEQ IDNO:3或其互补序列的位置14,441；以及
c)确定所述引物的所述延伸产物是否包含：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
26.根据权利要求24或权利要求25所述的方法，其中所述序列分析包括对整个核酸分子进行测序。
27.根据权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：
a)对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；
b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；
c)使所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
d)检测所述可检测标记。
28.根据权利要求20至23中任一项所述的方法，其中所述序列分析包括：
使所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
检测所述可检测标记。
29.根据权利要求20至28中任一项所述的方法，其中所述核酸分子存在于从所述受试者获得的细胞内。
30.根据权利要求20至29中任一项所述的方法，其中所述HAL激动剂包括HAL蛋白或甲状腺激素(T3)。
31.一种鉴定具有增加的发展出皮肤癌的风险的受试者的方法，所述方法包括：
确定或已经确定在从所述受试者获得的生物样品中存在或不存在编码组氨酸氨裂解酶(HAL)预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子；
其中：
当所述受试者是HAL参考时，则所述受试者具有增加的发展出皮肤癌的风险；并且
当所述受试者对于编码所述HAL预测的功能获得多肽的HAL变体核酸分子是杂合的或纯合的时，则所述受试者具有降低的发展出皮肤癌的风险。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述HAL变体核酸分子是具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子：在对应于根据SEQ ID NO:2的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
33.根据权利要求31或权利要求32所述的方法，其中所述确定步骤在体外进行。
34.根据权利要求31至33中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的至少一部分进行测序，其中所述测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
其中当所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子的所述测序部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤时；则所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子是编码HAL预测的功能获得多肽的HAL变体基因组核酸分子。
35.根据权利要求31至33中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：
a)使所述生物样品与引物接触，所述引物与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的一部分杂交，所述部分接近对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置，或接近对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置；
b)将所述引物延伸至少通过所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列的位置，所述位置对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352，或对应于根据SEQ IDNO:3或其互补序列的位置14,441；以及
c)确定所述引物的所述延伸产物是否包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
36.根据权利要求34或权利要求35所述的方法，其中所述确定步骤包括对整个核酸分子进行测序。
37.根据权利要求31至33中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：
a)对所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的至少一部分进行扩增，其中所述部分包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；
b)用可检测标记来标记所述扩增的核酸分子；
c)使所述标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述扩增的核酸分子的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述扩增的核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
d)检测所述可检测标记。
38.根据权利要求31至33中任一项所述的方法，其中所述确定步骤包括：
使所述生物样品中的所述HAL基因组核酸分子或其互补序列与包含可检测标记的改变特异性探针接触，其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，所述HAL基因组核酸分子或其互补序列的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤；以及
检测所述可检测标记。
39.根据权利要求31至38中任一项所述的方法，其中所述受试者是HAL参考，并且所述方法还包括以标准剂量量向所述受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，以及向所述受试者施用HAL激动剂。
40.根据权利要求31至38中任一项所述的方法，其中所述受试者对于HAL变体核酸分子是杂合的，并且所述方法还包括以同于或低于标准剂量量的量向所述受试者施用治疗或预防皮肤癌的治疗剂，以及向所述受试者施用HAL激动剂。
41.一种治疗或预防皮肤癌的治疗剂，用于治疗或预防被鉴定为具有编码组氨酸氨裂解酶(HAL)预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列的受试者的皮肤癌，其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列：在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
42.一种用于治疗或预防受试者的皮肤癌的组氨酸氨裂解酶(HAL)激动剂，所述受试者：
a)对于HAL基因组核酸分子是参考；或
b)对于以下是杂合的：
i)编码HAL预测的功能获得多肽的基因组核酸分子或其互补序列，其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列：
在对应于根据SEQ ID NO:2或其互补序列的位置11,352的位置处的腺嘌呤，或在对应于根据SEQ ID NO:3或其互补序列的位置14,441的位置处的鸟嘌呤。
43.根据权利要求42所述的HAL激动剂，其为HAL蛋白或甲状腺激素(T3)。
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