CN117721200A - 一种检测喉鳞癌放疗敏感性tp53基因突变的试剂盒及其应用 - Google Patents
一种检测喉鳞癌放疗敏感性tp53基因突变的试剂盒及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明涉及分子诊断技术领域，具体是一种检测喉鳞癌放疗敏感性TP53基因突变的试剂盒及其应用，所述试剂盒由检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13表达量的试剂组成。本发明运用limma包筛选与喉鳞癌TP53基因突变密切相关的差异基因，通过Lasso回归和logistic回归构建上述基因表达组成的评分Score，可用于喉鳞癌TP53基因突变的检测；实验验证该评分模型用于检测喉鳞癌TP53基因突变具有灵敏度高、特异度高的特点，同时性价比高，具有广泛的应用前景，有助于实现针对患者的精准医疗。
Description
技术领域
本发明涉及分子诊断技术领域，具体地说，是一种检测喉鳞癌放疗敏感性TP53基因突变的试剂盒及其应用。
背景技术
喉癌是头颈部的高发肿瘤，而鳞状细胞癌是其最常见的病理类型。放疗是喉鳞癌的主要治疗方法之一，早期喉鳞癌可以单纯放射治疗，晚期喉鳞癌则主要采取放疗联合手术或化疗的综合治疗方案。
TP53作为机体最重要的抑癌基因，在防治细胞恶性转化方面起着重要的作用。在射线导致DNA损伤时，野生型TP53基因被激活，使得细胞周期停滞以修复损伤DNA，并在损伤无法修复时启动细胞凋亡。故野生型TP53具有放疗增敏作用。但在喉鳞癌患者中有51.9-72％存在TP53基因突变。TP53基因突变后丧失了正常的功能，肿瘤放射治疗后凋亡过程受到抑制，表现出对放疗的耐受性。同时，突变的TP53基因还可以具备癌基因的特点，作为转录因子调控下游靶基因的转录，并且可以与p63、p73等抑癌蛋白相结合，抑制p63、p73的抑癌活性，促进肿瘤的发生发展。因此检测喉鳞癌中的TP53基因突变有着十分重要的意义。
但TP53突变形式、突变的位点非常复杂，有着非常大的多样性，这也给TP53基因的突变检测带来的非常大的难度。因此，开发一种具备高敏感性、特异性、性价比和应用价值的检测方法应用于喉鳞癌TP53基因突变检测，具有重要的临床价值，有助于临床上针对喉鳞癌患者治疗方案的制定。目前转录组测序成本已降至数百元，通过转录组测序所获得的基因表达数据，来推测喉鳞癌患者TP53突变的方法具有重要的意义。
发明内容
本发明的目的是针对现有技术中的不足，提供一种检测喉鳞癌放疗敏感性TP53基因突变的试剂盒及其应用。
第一方面，本发明提供了检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂在制备预测喉鳞癌个体或样本是否存在TP53基因突变的试剂盒中的应用。
作为一个优选例，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
作为另一优选例，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体或样本存在TP53突变；当评分Score≤0时，代表所述喉鳞癌个体或样本不存在TP53突变。
第二方面，本发明提供了检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂在制备预测喉鳞癌个体放疗敏感性的试剂盒中的应用。
作为一个优选例，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
作为另一优选例，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体对放疗不敏感；当评分Score≤0时，认为所述喉鳞癌个体对放疗敏感。
第三方面，本发明提供了一种预测喉鳞癌个体或样本是否存在TP53基因突变的试剂盒，所述试剂盒由检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂组成。
作为一个优选例，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
作为另一优选例，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体或样本存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗不敏感；当评分Score≤0时，代表所述喉鳞癌个体或样本不存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗敏感。
第四方面，本发明提供了种预测喉鳞癌个体放疗敏感性的试剂盒，所述试剂盒由检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂组成。
作为一个优选例，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
作为另一优选例，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体或样本存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗不敏感；当评分Score≤0时，代表所述喉鳞癌个体或样本不存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗敏感。
本文中，相关的基因可参考Genebank，
所述“B4GALT4”基因可参考Gene ID:8702；
所述“C1orf110”基因可参考Gene ID:339512；
所述“CDKN2A”基因可参考Gene ID:1029；
所述“CERS4”基因可参考Gene ID:79603；
所述“COL7A1”基因可参考Gene ID:1294；
所述“CPNE8”基因可参考Gene ID:144402；
所述“DPEP3”基因可参考Gene ID:64180；
所述“EMB”基因可参考Gene ID:133418；
所述“FXYD3”基因可参考Gene ID:5349；
所述“FXYD6”基因可参考Gene ID:53826；
所述“HIST1H2AC”基因可参考Gene ID:306962
所述“HOXB7”基因可参考Gene ID:3217；
所述“HS6ST2”基因可参考Gene ID:90161；
所述“KYNU”基因可参考Gene ID:8942；
所述“LGALS7”基因可参考Gene ID:3963；
所述“MAOA”基因可参考Gene ID:4128；
所述“MT.ATP8”基因可参考Gene ID:4509；
所述“MT.ND6”基因可参考Gene ID:4541；
所述“NPPC”基因可参考Gene ID:4880；
所述“OAS1”基因可参考Gene ID:4938；
所述“P3H2”基因可参考Gene ID:55214；
所述“PLA2G4D”基因可参考Gene ID:283748；
所述“PSORS1C2”基因可参考Gene ID:170680；
所述“PTPRD”基因可参考Gene ID:5789；
所述“RCAN1”基因可参考Gene ID:1827；
所述“RIN2”基因可参考Gene ID:54453；
所述“TLR2”基因可参考Gene ID:7097；
所述“TREM2”基因可参考Gene ID:54209；
所述“TSPAN13”基因可参考Gene ID:27075。
本发明优点在于：本发明运用limma包筛选与喉鳞癌TP53基因突变密切相关的差异基因，通过Lasso回归和logistic回归构建上述基因表达组成的评分Score，可用于喉鳞癌TP53基因突变的检测；实验验证该评分模型用于检测喉鳞癌TP53基因突变具有灵敏度高、特异度高的特点，同时性价比高，具有广泛的应用前景，有助于实现针对患者的精准医疗。
附图说明：
图1为TP53基因突变型和TP53基因野生型患者差异基因火山图；
图2为LASSO回归结果图；
具体实施方式
下面结合具体实施方式，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。此外应理解，在阅读了本发明记载的内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
实施例1
基因集的筛选及效果验证
(一)喉鳞癌预后评分模型构建
首先从TCGA数据库中获得109例喉鳞癌样本的基因表达数据和突变数据，采用maftools包分析患者的TP53基因突变状态，通过R语言limma包筛选出两组间的差异基因共180个(图1)。
进一步通过Lasso回归最终挑选出30个基因为：B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2、TSPAN13(图2)。
进一步对上述30个基因进行Logistic回归分析(表1)，并构建得分模型：
Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818；
表1：Logistic回归结果
最后基于该基因表达，计算每个样本的评分，分析其敏感性和特异性，将TCGA样本分为两组，评分大于0归于TP53基因突变型，评分等于或小于0归于TP53基因野生型。与实际检测结果相比较，计算灵敏度＝90/90＝100％，特异度＝19/19＝100％(表2)。
表2评分模型在TCGA数据库喉鳞癌中预测的灵敏度与特异度
(二)效果验证
将从复旦大学附属眼耳鼻喉科医院收集的50例喉鳞癌样本，进行基因测序。具体步骤如下：
①RNA抽提和文库构建：
采用TRIzol试剂依照说明书提取总RNA。使用NanoDrop 2000分光光度计(ThermoScientific,USA)鉴定RNA纯度和定量，使用Agilent 2100Bioanalyzer(AgilentTechnologies,Santa Clara,CA,USA)评估RNA完整性。使用VAHTS Universal V5 RNA-seqLibrary Prep试剂盒依照说明书构建转录组文库。
②采用llumina Novaseq 6000测序平台对文库进行测序，并生成150bp双端reads。采用fastp软件对fastq格式的raw reads进行处理，去除低质量reads后获得cleanreads用于后续数据分析。使用HISAT2软件进行参考基因组比对，进行基因表达量(FPKM)计算，并转换成Log2(FPKM+1)值。
③将基因表达数据根据的得分模型分为两组，得到大于0的为TP53突变型，等于或小于0的为TP53基因野生型，与实际检测结果相比较，计算灵敏度＝38/41＝92.7％，特异度＝8/9＝88.9％。
表3评分模型在收集的喉鳞癌患者中预测的灵敏度与特异度
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员，在不脱离本发明方法的前提下，还可以做出若干改进和补充，这些改进和补充也应视为本发明的保护范围。
Claims (10)
1.检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂在制备预测喉鳞癌个体或样本是否存在TP53基因突变的试剂盒中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体或样本存在TP53突变；当评分Score≤0时，代表所述喉鳞癌个体或样本不存在TP53突变。
4.检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂在制备预测喉鳞癌个体放疗敏感性的试剂盒中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体对放疗不敏感；当评分Score≤0时，认为所述喉鳞癌个体对放疗敏感。
7.一种预测喉鳞癌个体或样本是否存在TP53基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒由检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂组成。
8.一种预测喉鳞癌个体放疗敏感性的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒由检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂组成。
9.根据权利要求7或8所述的试剂盒，其特征在于，所述检测B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因或蛋白表达量的试剂为基因特异性引物、基因特异性探针或抗体。
10.据权利要求7或8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含操作说明书，所述操作说明书记载有以下内容：
检测来自喉鳞癌个体的肿瘤组织样本中的B4GALT4、C1ORF110、CDKN2A、CERS4、COL7A1、CPNE8、DPEP3、EMB、FXYD3、FXYD6、HIST1H2AC、HIST1H4I、HOXB7、HS6ST2、KYNU、LGALS7、MAOA、MT.ATP8、MT.ND6、NPPC、OAS1、P3H2、PLA2G4D、PSORS1C2、PTPRD、RCAN1、RIN2、TLR2、TREM2和TSPAN13基因表达量的log2(FPKM+1)值；
将以上值代入评分模型Score＝-0.879×B4GALT4+2.538×C1orf110+0.337×CDKN2A+9.157×CERS4+8.444×COL7A1+4.225×CPNE8+4.506×DPEP3-6.393×EMB+6.822×FXYD3-3.123×FXYD6+0.5×HIST1H2AC+2.14×HIST1H4I+7.349×HOXB7+5.769×HS6ST2+9.066×KYNU-3.425×LGALS7-4.666×MAOA+8.905×MT.ATP8+0.715×MT.ND6-7.741×NPPC+1.676×OAS1-1.362×P3H2+0.652×PLA2G4D-2.056×PSORS1C2-15.126×PTPRD+6.508×RCAN1+11.349×RIN2+2.215×TLR2+4.709×TREM2+4.221×TSPAN13-293.818，计算评分；
如评分Score>0时，认为所述喉鳞癌个体或样本存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗不敏感；当评分Score≤0时，代表所述喉鳞癌个体或样本不存在TP53突变，认为所述喉鳞癌个体对放疗敏感。
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| PB01 | Publication | ||
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