CN117412987A

CN117412987A - 用于癌症治疗的cd274突变

Info

Publication number: CN117412987A
Application number: CN202280034742.9A
Authority: CN
Inventors: 理查德·盛·坡·黄; 布伦南·戴克; 杰弗里·罗斯
Original assignee: Foundation Medical Co
Current assignee: Foundation Medical Co
Priority date: 2021-05-14
Filing date: 2022-05-13
Publication date: 2024-01-16
Also published as: WO2022241293A9; EP4337795A2; JP2024519782A; WO2022241293A3; WO2022241293A2

Abstract

本文提供与检测CD274基因突变相关的方法，以及与其相关的治疗方法、用途和试剂盒。CD274基因突变的检测可用于鉴别可能或可能不会受益于抗癌疗法的个体。

Description

用于癌症治疗的CD274突变

相关申请的交叉引用

本申请要求2021年5月14日提交的美国临时申请号63/188,719的优先权权益，该美国临时申请通过引用整体并入本文。

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技术领域

本文提供与检测分化簇274(CD274)基因中的突变相关的方法，以及与其相关的诊断/治疗方法、用途和试剂盒。

背景技术

程序性死亡配体1(PD-L1)蛋白由位于染色体9p24.1上的约17.6千碱基CD274基因编码(Fabrizio等人，Ther Adv Med Oncol(2018)10:1758835918815598-)。来自美国国家生物技术信息中心(NCBI)和欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)的CD274匹配注释(来自NCBI和EMBL-EBI的匹配注释：MANE)转录本(ENST00000381577.4)编码1型跨膜蛋白，该蛋白长290个氨基酸，并且具有免疫球蛋白V样和C样结构域。

阻断PD-L1和程序性细胞死亡蛋白1(PD-L1/PD-1)轴的免疫检查点抑制剂(ICPI)在多种实体瘤和血液恶性肿瘤中已显示出巨大的临床实用性(Li等人，Int J Mol Sci.(2016)17(7)；Schachter等人，Lancet(2017)390(10105):1853-62；Pai-Scherf等人，Oncologist(2017)22(11):1392-9；和Schmid等人，N Engl J Med(2018)379(22):2108-21)。

ICPI的多种伴随诊断已经开发出来，并随后经过美国食品药品监督管理局(FDA)的批准(FDA：已通过或批准的伴随诊断设备列表(体外和成像工具)，可获取自：www.fda.gov/medical-devices/vitro-diagnostics/list-cleared-or-approved-companion-diagnostic-devices-vitro-and-imaging-tools；Gjoerup等人，Aaps J(2020)22(6):132)。用于多种肿瘤类型的常见ICPI伴随诊断是PD-L1免疫组织化学(IHC)，它可以检测肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞上的PD-L1蛋白表达和过度表达。临床试验表明，在特定肿瘤类型中，肿瘤微环境中一定水平的PD-L1蛋白表达是PD-L1/PD-1抑制剂有效的必要条件(Schmid等人，N Engl J Med(2018)379(22):2108-21；Chung等人，Journal of ClinicalOncology:Official Journal of the American Society of Clinical Oncology(2019)37(17):1470-8；和Hellmann等人，N Engl J Med(2019)381(21):2020-31)。

目前，在大型公共基因组数据库，如癌症体细胞突变目录(COSMIC)中，仅报告了229个CD274非扩增短变体(SV)突变样品(Tate JG等人，Nucleic Acids Res(2019)47(D1):D941-d7；COSMIC v92，于2020年8月27日发布cancer.sanger.ac.uk2020；cancer.sanger.ac.uk/cosmic)。研究检查了多种肿瘤类型中的PD-L1蛋白表达。然而，存在关于CD274 SV突变或其潜在影响的有限数据(Huang等人，Mod Pathol(2020)34:252–263；O'Malley等人，Mod Pathol(2019)32(7):929-42)。

因此，本领域需要表征癌症中CD274突变的情况并评估其影响，以及开发鉴别和评估患有具有此类CD274突变的癌症的患者的方法。此类CD274突变可以是开发用于评估和治疗癌症的组合物、方法和测定的有效方法。

本文引用的所有参考文献(包括专利申请及公布)全部以其全文引用的方式并入。

发明内容

在一些方面，本文提供一种鉴别可能受益于包括抗癌疗法的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在情况将该个体鉴别为可能或可能不会受益于抗癌疗法的个体。

在一些方面，本文提供一种检测个体中癌症的存在或不存在的方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测癌症的存在或不存在；以及(b)在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的存在或不存在。

在一些方面，本文提供一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能受益于包括抗癌疗法的治疗的个体。

在本文提供的任何方面的一些实施例中，样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

在一些方面，本文提供一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及(b)生成报告，该报告包括至少部分地基于样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而为个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中该一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

在一些方面，本文提供一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，该方法包括：(a)获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识；以及(b)生成报告，该报告包括至少部分地基于所述知识而为个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中该一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

在本文提供的任何方面的一些实施例中，该报告将个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

在一些方面，本文提供一种为患有癌症的个体选择或不选择治疗的方法，该方法包括获取来自患有癌症的个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者，或者该个体未被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者；及/或(ii)该个体被鉴别为可能对包括抗癌疗法的治疗有应答，或者该个体被鉴别为不太可能对包括抗癌疗法的治疗有应答。在一些实施例中，响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症；及/或(ii)该个体被鉴别为不太可能对包括一种或多种免疫检查点抑制剂的治疗有应答。

在一些方面，本文提供一种预测患有癌症的个体的存活期的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体的存活期相比，该个体被预测当用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗时具有较短的存活期。

在一些方面，本文提供一种预测用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗的患有癌症的个体的存活期的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不表现出CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测在用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗后具有较短的存活期。

在一些方面，本文提供一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括：(a)获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识；以及(b)响应于所述知识，向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

在一些方面，本文提供一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括响应于获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

在一些方面，本文提供一种监测患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂的癌症抗性的增加的风险。

在一些方面，本文提供一种评估患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

在一些方面，本文提供一种筛选患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

在一些方面，本文提供一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及(b)向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

在一些方面，本文提供一种诊断/评定个体的癌症中的CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及(b)提供对CD274基因中的一个或多个突变的评定。

在一些方面，本文提供一种诊断个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的方法，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及(b)提供对个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的诊断。

在一些方面，本文提供一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括在来自患有癌症的个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

在一些方面，本文提供一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：(a)提供从来自个体的样品获得的多种核酸，其中多种核酸包括编码CD274基因的核酸；(b)任选地，将一个或多个衔接子连接到来自多种核酸的一种或多种核酸上；(c)任选地，从多种核酸扩增核酸；(d)任选地，捕获对应于CD274基因的多种核酸；(e)通过测序仪对多种核酸进行测序以获得对应于CD274基因的多个序列读段；(f)分析多个序列读段；以及(g)基于分析，检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，通过与诱饵分子杂交，从经扩增的核酸捕获对应于CD274基因的多种核酸。

在一些方面，本文提供一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：(a)提供来自患有癌症的个体的样品，其中样品包含一种或多种核酸；(b)从样品中的一种或多种核酸制备核酸测序文库；(c)使用聚合酶链式反应(PCR)扩增所述文库；(d)选择性地富集所述文库中包含CD274核苷酸序列的一种或多种核酸以产生富集的样品；(e)对富集的样品进行测序，由此产生多个测序读段；(f)针对CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而分析多个测序读段；(g)基于分析步骤，在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

在一些方面，本文提供一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括向患有癌症的个体施用有效量的抗癌疗法，其中该癌症包括CD274基因中的一个或多个突变。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。在一些实施例中，细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。在一些实施例中，核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变引起：(a)癌症中PD-L1蛋白的低表达，(b)癌症中PD-L1蛋白的无表达，或(c)癌症中PD-L1蛋白的高表达。在一些实施例中，使用免疫组织化学测定在从个体获得的样品中评定PD-L1蛋白表达。在一些实施例中，在肿瘤细胞中评定PD-L1蛋白表达。在一些实施例中，基于1％与49％之间的肿瘤比例评分(TPS)来评定癌症中PD-L1蛋白的低表达。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表2中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，基于小于1％的TPS来评定癌症中PD-L1蛋白的无表达。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表3中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，基于50％或更高的TPS来评定癌症中PD-L1蛋白的高表达。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表4中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变，任选地其中一个或多个突变为克隆或亚克隆突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括截短突变，任选地其中该截短突变为克隆或亚克隆突变。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变减少由CD274基因编码的PD-L1多肽与PD-1受体之间的相互作用；及/或CD274基因中的一个或多个突变降低由CD274基因编码的PD-L1多肽的活性。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变引起免疫检查点抑制剂抗性癌症。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变与免疫检查点抑制剂抗性癌症相关联。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变发生在免疫检查点抑制剂抗性癌症中。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，抗癌疗法为除免疫检查点抑制剂以外的疗法。在一些实施例中，抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。在一些实施例中，细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。在一些实施例中，核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，获取CD274基因中的一个或多个突变的知识包括在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，该方法进一步包括选择性地富集一种或多种核酸，该一种或多种核酸包含含有CD274基因中的一个或多个突变的核苷酸序列；其中该选择性地富集产生富集的样品。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，通过以下中的一者或多者在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变：核酸杂交测定、基于扩增的测定、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)测定、实时PCR、测序、下一代测序、筛选分析、荧光原位杂交(FISH)、光谱核型分析、多色FISH(mFISH)、比较基因组杂交、原位杂交、序列特异性引发(SSP)PCR、高效液相色谱(HPLC)或质谱基因分型。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，在由CD274基因编码的PD-L1多肽中检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，通过以下中的一者或多者在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变：免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学或质谱。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为上皮癌、肉瘤、淋巴瘤、白血病、骨髓瘤、生殖细胞癌或母细胞瘤。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为实体瘤。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为血液恶性肿瘤。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为表5或表6中列出的癌症。在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为弥漫性大B细胞淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌、子宫内膜腺癌、未知原发性黑素瘤或皮肤黑素瘤。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为皮肤癌。在一些实施例中，癌症包含≥10个突变/兆碱基(mut/Mb)的肿瘤突变负荷(TMB)。在一些实施例中，癌症包含小于10mut/Mb的TMB。在一些实施例中，基于约0.79兆碱基(Mb)的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，基于约0.80Mb的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，基于约0.83Mb与约1.14Mb之间的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，基于约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，基于最多约1.24Mb的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，基于最多约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。在一些实施例中，癌症包含至少约100mut/Mb、至少约110mut/Mb、至少约120mut/Mb、至少约130mut/Mb、至少约140mut/Mb、至少约150mut/Mb或更多的TMB。在一些实施例中，通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序来评定TMB。在一些实施例中，癌症为皮肤鳞状细胞癌、皮肤黑素瘤或未知原发性黑素瘤。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为非浆液性子宫内膜腺癌。在一些实施例中，癌症包含高微卫星不稳定性状态(MSI)。在一些实施例中，基于最多约114个基因座的DNA测序来评定MSI。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症为包含如表6中列出的CD274突变的癌症。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，癌症是转移性的。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，样品是从癌症获得的。在一些实施例中，样品为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品。在一些实施例中，样品包含流体、细胞或组织。在一些实施例中，样品包含肿瘤活组织切片或循环肿瘤细胞。在一些实施例中，样品为核酸样品。在一些实施例中，核酸样品包含mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。在一些实施例中，样品包含从来自个体的FFPE样品获得的一种或多种核酸。在一些实施例中，一种或多种核酸包括mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。在一些实施例中，本文提供的方法进一步包括在不同时间点从个体获得多于一个样品。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，选择性地富集包括：(a)将诱饵与样品组合，由此使诱饵与样品中的一种或多种核酸杂交并产生核酸杂交体；以及(b)分离核酸杂交体以产生富集的样品。在一些实施例中，诱饵包括配置成与一种或多种核酸杂交的捕获核酸分子。在一些实施例中，捕获核酸分子包含约10个与约30个之间的核苷酸、约50个与约1000个之间的核苷酸、约100个与约500个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、或约100个与200个之间的核苷酸。在一些实施例中，诱饵与亲和试剂或与检测试剂缀合。在一些实施例中，亲和试剂为抗体、抗体片段或生物素，或者其中检测试剂为荧光标志物。在一些实施例中，捕获核酸分子包括DNA、RNA或混合的DNA/RNA分子。在一些实施例中，本文提供的方法进一步包括对富集样品中的一种或多种核酸分子进行测序。

在本文提供的任何方面或实施例的一些实施例中，选择性地富集包括使用聚合酶链式反应(PCR)来扩增样品中的一种或多种核酸以产生富集的样品。在一些实施例中，本文提供的方法进一步包括对富集样品中的一种或多种核酸分子进行测序。

在一些方面，本文提供一种试剂盒，该试剂盒包括用于检测CD274基因中的一个或多个突变的探针或诱饵，任选地其中CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

在一些方面，本文提供一种核酸，该核酸编码包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因。

在一些方面，本文提供一种载体，该载体包含本文提供的核酸。

在一些方面，本文提供一种宿主细胞，该宿主细胞包含本文提供的载体。

在一些方面，本文提供一种抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段与由包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因所编码的PD-L1多肽特异性结合。

在一些方面，本文提供一种试剂盒，该试剂盒包括本文提供的抗体或抗体片段。

在一些方面，本文提供一种或多种寡核苷酸用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的体外用途。

在一些方面，本文提供一种试剂盒，该试剂盒包括用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的一种或多种寡核苷酸。

在一些方面，本文提供一种系统，该系统包括：存储器，其配置成存储一个或多个程序指令；以及一个或多个处理器，其配置成执行一个或多个程序指令，当由该一个或多个处理器执行时，该一个或多个程序指令配置成：(a)获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析多个序列读段；以及(c)基于分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。在一些实施例中，多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

在一些方面，本文提供一种非暂时性计算机可读存储介质，该非暂时性计算机可读存储介质包括能够由一个或多个计算机处理器执行以执行方法的一个或多个程序，该方法包括：(a)使用一个或多个处理器获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而使用一个或多个处理器分析多个序列读段；以及(c)使用一个或多个处理器并基于分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。在一些实施例中，多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

在一些方面，本文提供一种用于治疗癌症或延迟癌症进展的方法中的抗癌疗法，其中该方法包括向个体施用抗癌疗法，其中在从个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。

在一些方面，本文提供一种用于制造用于治疗癌症或延迟癌症进展的药物的抗癌疗法，其中该药物待施用于个体，其中在从个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。

应了解，本文所描述的各种实施例的一种、一些或所有特性可组合形成本发明的其它实施例。本发明的这些和其它方面对于本领域技术人员将变得显而易见。通过下面的详细描述进一步描述本发明的这些和其它实施例。

附图说明

本专利或申请文件含有至少一幅彩色附图。在提出请求并支付必要的费用后，专利局将提供带有一幅或多幅彩图的本专利或专利申请公布的拷贝。

图1提供用于概述CD274突变的情况的综合基因组分析(CGP)方法的综述，如实例1中所述。

图2是在实例1中描述的CGP分析中鉴别的所有错义和无义突变的棒棒糖图。最常见的CD274突变为R260H(n＝51)、R260C(n＝18)、R125Q(n＝12)、C272fs*13(n＝11)、R86W(n＝10)和R113H(n＝10)。

图3是示出不同肿瘤类型中CD274突变的流行率的长尾图。具有CD274突变率最高的肿瘤类型(至少共800个样品)按降序排列为：弥漫性大b细胞淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌、子宫内膜腺癌、未知原发性黑素瘤和皮肤黑素瘤。

图4A至4C示出CD274非截短突变与PD-L1免疫组织化学(IHC)肿瘤细胞表达的相关性。图4A示出，在非截短变体中，鉴别了181个具有错义取代的样品和两个框内插入缺失(下图)。变体的一个子集是反复出现的，其中12个样品在R260处存在取代。上图中提供与示出的具有非截短变体的每个样品相对应的PD-L1 TPS评分。亚克隆变体用方形标志物表示。图4B示出CD274错义突变与突变中PD-L1蛋白表达的相关性，其中通过IHC分析了至少2个病例的PD-L1表达。图4C示出克隆(n＝153)与亚克隆(n＝28)错义突变中PD-L1表达的比较。与亚克隆错义突变相比，观察到克隆错义突变中的PD-L1 IHC表达显著降低(平均值：TPS分别＝11与22；方差分析，p＝0.049)。亚克隆变体被定义为基于变体等位基因分数和病理和/或计算肿瘤细胞纯度估计，预测<50％的肿瘤细胞含有变体的样品。

图5A至5B示出CD274截短突变与PD-L1免疫组织化学(IHC)肿瘤细胞表达的相关性。图5A示出39个已鉴别的推定截短变体，包括12个无义突变、10个移码插入缺失和七个规范剪接变体(下图)。上图中提供与示出的具有截短变体的每个样品相对应的PD-L1 TPS评分。亚克隆变体用方形标志物表示。图5B示出具有克隆截短变体(无义或移码插入缺失)和亚克隆截短变体的样品中PD-L1表达的比较。当与具有亚克隆截短变体的样品相比时，在具有克隆截短变体(无义或移码插入缺失)的样品中观察到PD-L1表达的水平显著降低(平均值：TPS＝1与TPS＝38；方差分析，p<0.001)。亚克隆变体被定义为基于变体等位基因分数和病理和/或计算肿瘤细胞纯度估计，预测<50％的肿瘤细胞含有变体的样品。

图6示出错义CD274突变的预测功能(通过Meta SVM排序评分评定)与PD-L1 TPS评分之间的相关性。

图7描绘根据一些实施例的示例性设备“设备1100”。

图8描绘根据一些实施例的示例性系统“系统1200”。

图9描绘根据一些实施例的用于检测CD274基因中的一个或多个突变的示例性过程的框图。

具体实施方式

本公开一般涉及检测CD274基因中的一个或多个突变，以及与其相关的治疗方法、用途和试剂盒。

本公开描述了对314,631个样品的大型泛癌队列进行的综合基因组分析，其揭示了1,081个具有CD274突变的病例。已鉴别的突变包括但不限于错义突变、无义突变和插入/缺失改变。不希望受理论束缚，认为CD274突变可以介导对免疫检查点抑制剂(ICPI)的抗性，由于例如但不限于PD-L1配体与PD-1受体的结合中的空间或亲和力改变干扰。

本公开进一步描述了对具有CD274突变的癌症病例的子集(N＝213)中PD-L1蛋白表达的分析，揭示了PD-L1的表达水平在包含各种已鉴别的CD274突变的样品中是不同的。某些CD274突变与无PD-L1蛋白表达、低PD-L1蛋白表达或高PD-L1蛋白表达相关。不希望受理论束缚，认为与低或无PD-L1表达相关的CD274突变可以充当ICPI的抗性生物标志物，由于例如但不限于肿瘤细胞上存在PD-L1蛋白的缺乏，和/或用于检测PD-L1蛋白表达的PD-L1抗体的结合的亲和力丧失，并且因此抗PD-L1疗法的结合的亲和力丧失。

I.一般技术

本领域技术人员通常容易理解并且通常使用常规方法来使用本文描述或参考的技术和程序，诸如，例如，Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual第3版(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.；CurrentProtocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel等人编辑，(2003))；Methods inEnzymology系列(Academic Press,Inc.):PCR 2:A Practical Approach(M.J.MacPherson,B.D.Hames和G.R.Taylor编辑(1995))，Harlow和Lane，编辑(1988)Antibodies,A Laboratory Manual,和Animal Cell Culture(R.I.Freshney，编辑(1987))；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait，编辑，1984)；Methods in MolecularBiology,Humana Press；Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis编辑，1998)Academic Press；Animal Cell Culture(R.I.Freshney)，编辑，1987)；Introduction toCell and Tissue Culture(J.P.Mather和P.E.Roberts,1998)Plenum Press；Cell andTissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths，和D.G.Newell，编辑，1993-8)J.Wiley和Sons；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir和C.C.Blackwell，编辑)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller和M.P.Calos，编辑，1987)；PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis等人，编辑，1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan等人，编辑，1991)；ShortProtocols in Molecular Biology(Wiley和Sons,1999)；Immunobiology(C.A.Janeway和P.Travers,1997)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:A Practical Approach(D.Catty.，编辑，IRL Press,1988-1989)；Monoclonal Antibodies:A PracticalApproach(P.Shepherd和C.Dean，编辑，Oxford University Press,2000)；UsingAntibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow和D.Lane(Cold Spring Harbor LaboratoryPress,1999)；The Antibodies(M.Zanetti和J.D.Capra，编辑，Harwood AcademicPublishers,1995)；和Cancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita等人，编辑，J.B.Lippincott Company,1993)中所述的广泛使用的方法。

II.定义

如在本说明书和所附权利要求中所用，除非上下文另外明确规定，否则单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代物。因此，例如，对“分子”的提及任选地包括两个或更多此类分子的组合等。

如本文所用的术语“约”是指为此技术领域中的技术人员容易知晓的相应值的常见误差范围。在本文中提及“约”值或参数包括(且描述)涉及该值或参数本身的实施例。

应当理解，本文所述的发明的方面和实施例包括“包含”、“由以下组成”及“基本上由以下组成”所指的方面和实施例。

术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中通常以细胞生长不受控制为特征的生理状况。该定义包括良性和恶性癌症。

如本文所用，术语“肿瘤”是指所有赘生性细胞生长和增殖，无论是恶性还是良性，以及所有前癌性和癌性细胞和组织。术语“癌症”、“癌性”和“肿瘤”在本文中并不互相排斥。

如本文所用，术语“分化簇274”或“CD274”是指编码程序性死亡配体1(PD-L1)mRNA或PD-L1多肽的基因。CD274是位于染色体9p24.1上的基因。CD274也称为B7-H、B7-H1、B7H1、PD-L1、PDCD1LG1、PDL1。在一些实施例中，CD274基因是人CD274基因。

本文可互换使用的“多核苷酸”或“核酸”是指任何长度的核苷酸的聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应纳入聚合物中的任何底物。因此，例如，本文所定义的多核苷酸包括但不限于：单链和双链DNA；包含单链和双链区域的DNA；单链和双链RNA；包含单链和双链区域的RNA；以及包含DNA和RNA(其可以是单链的，或更通常为双链的，或包含单链和双链区域)的杂交分子。另外，本文所用的术语“多核苷酸”是指包含RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区域。此类区域中的链可来自相同的分子或来自不同的分子。区域可包含分子中的一个或多个的全部，但通常仅包含分子的一部分的一个区域。具有三螺旋区的分子之一通常为寡核苷酸。术语“多核苷酸”具体地包括cDNA。

多核苷酸可以包含修饰的核苷酸，诸如甲基化的核苷酸及其类似物。如果存在的话，可以在聚合物组装之前或之后对核苷酸结构进行修饰。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中断。多核苷酸可在合成后进一步修饰，例如通过与标记缀合。其他类型的修饰包括，例如，“帽”、一个或多个天然出现的核苷酸被取代为类似物、核苷酸间修饰例如那些具有不带电连接的(例如，磷酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有带电连接的(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)、那些含有悬垂部分(pendant moiety)的例如蛋白质(例如，核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)、那些具有嵌入剂的(例如，吖啶、补骨脂素等)、那些含有螯合剂的(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)、那些含有烷化剂的、那些具有经修饰的连接的(例如，α端基异构核酸(alpha anomericnucleic acid))以及未经修饰形式的多核苷酸。此外，糖中通常存在的任何羟基基团可以被(例如，磷酸酯基团、磷酸基团)取代，受标准保护基团保护，或者被活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接，或者可以与固体或半固体支持物缀合。5'和3'末端OH可被磷酸化或被1至20个碳原子的胺或有机封端基团部分取代。其他羟基也可以被衍生为标准保护基团。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，包括例如2'-O-甲基-、2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-叠氮基-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构糖(诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖)、无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被可替代的连接基团取代。这些替代的连接基团包括但不限于，其中磷酸盐被P(O)S(“硫代酸酯”)、P(S)S(“二硫代酸酯”)、"(O)NR₂(“酰胺酸酯”)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH₂(“甲缩醛”)替代的实施例，其中每个R或R'独立地为H或取代或未取代的烷基(1-20C)，任选地包含醚(-O-)连接、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都需要相同。多核苷酸可以包含一种或多种本文所述的不同类型的修饰和/或相同类型的多种修饰。先前的描述适用于本文所指的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。

如本文所用，“寡核苷酸”通常是指短的单链多核苷酸，其长度为(但不一定)小于约250个核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是互相排斥的。上面对多核苷酸的描述同样且完全适用于寡核苷酸。

本文的术语“抗体”以最广泛的含义使用，并包括各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出所需的抗原结合活性即可。

“经分离的”抗体是已经鉴定并且自其自然环境的组分中分离和/或回收的抗体。其自然环境的污染物组分是会干扰抗体研究、诊断和/或治疗用途的材料，并且可以包括酶、激素和其它蛋白质或非蛋白质溶质。在一些实施例中，将抗体纯化至(1)大于抗体重量的95％(例如通过Lowry方法测定)，在一些实施例中，大于99％重量；(2)足以获得N末端或内部氨基酸序列的至少15个残基的程度(例如通过使用旋转杯测序仪)，或(3)均质(在还原或非还原条件下进行SDS-PAGE，使用例如考马斯蓝或银染)。经分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体，因为不会存在抗体天然环境的至少一种组分。然而，通常，经分离的抗体将通过至少一个纯化步骤来制备。

“天然抗体”通常是约150,000道尔顿的异源四聚体糖蛋白，由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链组成。每条轻链通过一个共价二硫键与重链相连，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链之间变化。每条重链和轻链还具有规则间隔的链内二硫键。每条重链在一末端具有可变结构域(VH)，其后是多个恒定结构域。每条轻链在一末端(VL)具有可变结构域，在另一末端具有恒定结构域；轻链的恒定结构域与重链的第一恒定结构域对齐，并且轻链可变结构域与重链的可变结构域对齐。据信特定的氨基酸残基在轻链和重链可变结构域之间形成界面。

来自任何哺乳动物物种抗体(免疫球蛋白)的“轻链”基于其恒定结构域的氨基酸序列，可以配属为两种明显不同的类型中的一种，这两种类型分别称为卡帕(“κ”)和兰姆达(“λ”)。

术语“恒定结构域”是指免疫球蛋白分子的一部分，该部分相对于免疫球蛋白的另一部分(即可变结构域，其包含抗原结合位点)具有更保守的氨基酸序列。恒定结构域包含重链的CH1、CH2和CH3结构域(统称为CH)和轻链的CHL(或CL)结构域。

抗体的“可变区”或“可变结构域”是指抗体的重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变结构域可称为“VH”。轻链的可变结构域可称为“VL”。这些结构域通常是抗体中变化最大的部分，并且包含抗原结合位点。

术语“可变的”是指以下事实：可变结构域的某些部分在抗体之间的序列差异很大，并用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性。然而，可变性并非在抗体的可变结构域中均匀分布。它集中在轻链和重链可变结构域中的三个称为高变区(HVR)的区段中。可变结构域中保守性更高的部分称为框架区(FR)。天然重链和轻链的可变结构域各自包含四个FR区，其主要采用β折叠结构，由三个HVR连接，这三个HVR形成连接β折叠结构的环并且在一些情况下形成β折叠结构的一部分。每条链中的HVR通过FR区紧密保持在一起，并且与来自另一条链的HVR一起，有助于抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat等人，Sequences ofProteins of Immunological Interest，第五版，National Institute of Health,Bethesda,Md.(1991))。恒定结构域不直接参与抗体与抗原的结合，但具有各自效应物功能，诸如抗体参与抗体依赖性细胞毒性作用。

如本文所用的术语“高变区”、“HVR”或“HV”是指在序列上高变和/或形成结构上限定的环的抗体可变结构域的区域。通常，抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，并且三个在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3在六个HVR中表现出最多的多样性，尤其是H3被认为在赋予抗体精细特异性方面起着独特的作用。参见例如，Xu等人，Immunity 13:37-45(2000)；Johnson和Wu，in Methods in Molecular Biology 248:1 -25(Lo，编辑，HumanPress,Totowa,N.J.,2003)。实际上，仅由重链组成的天然存在的骆驼科动物抗体在不存在轻链的情况下是有功能并稳定的。参见例如，Hamers-Casterman等人，Nature 363:446-448(1 993)；Sheriff等人，Nature Struct.Biol.3:733-736(1996)。

许多HVR描述得到应用，并且包含于本文中。Kabat互补决定区(CDR)基于序列变异性并且是最常用的(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1 991))。相反，Chothia是指结构环的位置(Chothia和Lesk J.Mol.Biol.196:901 -917(1987))。AbMHVR表示Kabat HVR和Chothia结构环之间的折衷，并且被牛津分子公司(OxfordMolecular)的AbM抗体建模软件采用。“接触”HVR基于可用的复杂晶体结构的分析结果。这些HVR中的每个的残基如下文所述。

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HVR可以包括以下“扩展HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)，以及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。对于这些定义中的每一个，可变结构域残基均根据上述Kabat等人的方法进行编号。

“框架”或“FR”残基是除本文定义的HVR残基以外的那些可变结构域残基。

术语“Kabat所述的可变结构域残基编号”或“Kabat所述的氨基酸位置编号”及其变型是指在上述Kabat等人的文献中提出的用于重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用该编号系统，实际线性氨基酸序列可能包含较少或附加的氨基酸，其对应于可变结构域的FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变结构域可包括在H2的残基52之后的单个氨基酸插入残基(根据Kabat的残基52a)和在重链FR残基82之后的插入残基(例如，根据Kabat的残基82a、82b和82c等)。可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列的同源性区域进行比对来确定给定抗体的残基的Kabat编号。

当提及可变结构域中的残基(大约是轻链的残基1-107和重链的残基1-113)时，通常使用Kabat编号系统(例如，Kabat等人，Sequences of Immunological Interest.第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。当提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时，通常使用“EU编号系统”或“EU索引”(例如，上述Kabat等人所报道的EU索引)。“Kabat所述的EU索引”是指人类lgG1 EU抗体的残基编号。

术语“全长抗体”、“完整抗体”和“全抗体”在本文中可互换使用，是指其基本上完整形式的抗体而不是如下文定义的抗体片段。该术语特别是指具有包含Fc区的重链的抗体。

“抗体片段”包含完整抗体的一部分，该完整抗体包含其抗原结合区。在一些实施例中，本文所述的抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的示例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；双体抗体；线性抗体；单链抗体分子；和由抗体片段形成的多特异性抗体。

如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同质的抗体群中获得的抗体，例如，除了可能存在的少量突变例如天然存在的突变，该抗体群包含的单独抗体是相同的。因此，修饰语“单克隆的”表明抗体的特征不是离散抗体的混合物。在某些实施例中，这样的单克隆抗体通常包括含有结合靶标的多肽序列的抗体，其中靶标结合多肽序列通过包括从多个多肽序列中选择单个靶标结合多肽序列的过程获得。例如，选择过程可以是从多个克隆，例如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特的克隆。应当理解，可以进一步改变选择的靶标结合序列，例如，用以提高对靶标的亲和力、用以使靶标结合序列人源化、用以提高其在细胞培养物中的产生、用以降低其在体内的免疫原性、用以产生多特异性抗体等，并且包含改变的靶标结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂中的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。除其特异性外，单克隆抗体制剂的优势还在于其通常不受其他免疫球蛋白的污染。

修饰语“单克隆”表示抗体的特征是从基本上同质的抗体群体获得的，并且不应解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可以通过多种技术制备，包括例如杂交瘤方法(例如，Kohler和Milstein，Nature 256:495-97(1975)；Hongo等人，Hybridoma 14(3):253-260(1995)；Harlow等人，Antibodies:A LaboratoryManual(Cold Spring Harbor Laboratory Press，第2版1988)；Hammerling等人，在以下中：Monoclonal Antibodies和T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981))、重组DNA方法(参见例如，美国专利号4,816,567)、噬菌体展示技术(参见例如，Clackson等人，Nature,352:624-628(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.222:581 -597(1992)；Sidhu等人，J.Mol.Biol.338(2):299-31 0(2004)；Lee等人，J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；和Lee等人，J.Immunol.Methods 284(1 -2):1 1 9-132(2004))，以及在具有部分或全部的人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中用于产生人或人样抗体的技术(参见例如，WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551(1993)；Jakobovits等人，Nature 362:255-258(1993)；Bruggemann等人，Year in Immunol.7:33(1 993)；美国专利号5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks等人，Bio/Technology 10:779-783(1992)；Lonberg等人，Nature 368:856-859(1994)；Morrison,Nature 368:812-813(1994)；Fishwild等人，Nature Biotechnol.14:845-851(1996)；Neuberger,NatureBiotechnol.14:826(1996)；和Lonberg等人，Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。

“人抗体”是这样的抗体，该抗体具有的氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体的氨基酸序列，或来源于利用人抗体全套库或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。人抗体的该定义特别地排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。

“人源化”抗体是指这样的嵌合抗体，所述嵌合抗体包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人框架区(FR)的氨基酸残基。在某些实施例中，人源化抗体将基本上包含所有的至少一个，通常两个可变结构域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的HVR，并且所有或基本上所有的FR对应于人抗体的FR。人源化抗体任选地可以包含来源于人抗体的抗体恒定区的至少一部分。

“人源化形式”的抗体，例如非人抗体，是指已经进行过人源化的抗体。

“阻断性”抗体或“拮抗剂”抗体是抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。例如，阻断性抗体或拮抗剂抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。

如本文所用，术语“结合”、“特异性结合”或“具有特异性”是指可测量和可再现的相互作用，诸如靶与抗体之间的结合，在分子(包括生物分子)的异质群体的存在下，其确定靶的存在。例如，与靶标(其可以是表位)结合或特异性结合的抗体是与其结合其他靶标相比具有更大亲和力、亲合力、更容易和/或持续时间更长的结合该靶标的抗体。在一个实施例中，抗体与无关靶标的结合程度为该抗体与靶标结合的小于约1 0％，例如，通过放射免疫测定(RIA)所测量。在某些实施例中，与靶标特异性结合的抗体的解离常数(Kd)为<1μM、<100nM、<10nM、<1nM或<0.1nM。在某些实施例中，抗体与蛋白上的表位特异性地结合，该表位在不同物类的蛋白之间具有保守性。在另一实施例中，特异性结合可以包括但不要求排他结合。

相对于本文所鉴别多肽序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”被定义为在比对候选序列与被比较多肽序列并引入缺口(如有必要)以实现最大的序列同一性百分比之后，并且在不考虑将任何保守取代作为序列同一性的组成部分的情况下，候选序列中的氨基酸残基与被比较多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比。用于确定氨基酸序列同一性百分比的比对可以以本领域技术范围内的各种方式实现，例如使用可公开获得的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2来生成氨基酸序列同一性％的值。ALIGN-2序列比较计算机程序由基因泰克公司编写，并且源代码已经与用户文档一起提交到U.S.Copyright Office,Washington D.C.,20559，在那里以美国版权登记号TXU510087注册。ALIGN-2程序可通过位于加利福尼亚州南旧金山的基因泰克公司公开获得。ALIGN-2程序应经编译以在UNIX操作系统，例如数字UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数均由ALIGN-2程序设置并且不变。

在采用ALIGN-2进行氨基酸序列比较的情况下，给定氨基酸序列A与给定氨基酸序列B的氨基酸序列同一性％(其可以另选地表达为给定氨基酸序列A具有或包含与给定氨基酸序列B的某一氨基酸序列同一性％)计算如下：

100乘以分数X/Y

其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序对A和B的比对中评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，而其中Y是B中氨基酸残基的总数。应当理解，在氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度的情况下，A与B的氨基酸序列同一性％将不等于B与A的氨基酸序列同一性％。除非另外特别指明，否则本文所使用的所有氨基酸序列同一性％的值是如前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得的。

术语“检测”包括任何检测手段，包括直接检测和间接检测。如本发明使用的“生物标志物”是指一种可在样品中检测到的指示物，例如预测性的、诊断性的和/或预后性的。生物标志物可以用作以某些特征、分子特征、病理特征、组织学特征和/或临床特征(例如，对包括检查点抑制剂的疗法的应答性)为特征的疾病或疾患(例如，癌症)的特定亚型的指示剂。在一些实施例中，生物标志物是基因的集合或基因的集合中突变/改变(例如，体细胞突变)的集合数量。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA)、多核苷酸改变(例如，多核苷酸拷贝数改变，例如，DNA拷贝数改变)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如，翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标志物。

与对个体的临床益处增加相关联的体细胞突变的“量”或“数量”为生物样品中可检测的水平。这些可以通过本领域技术人员已知并且在本文中公开的方法来测量。所评定的体细胞突变的量可用于确定对治疗的应答。

如本文所用的“扩增”通常是指产生所需序列的多个拷贝的过程。“多拷贝”意指至少两个拷贝。“拷贝”不一定意指与模板序列具有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括核苷酸类似物，例如脱氧肌苷、有意的序列改变(例如通过包含与模板可杂交但不互补的序列的引物所引入的序列改变)和/或扩增过程中发生的序列错误。

如本文所用，“聚合酶链式反应”或“PCR”技术通常是指这样的程序，其中如例如美国专利号4,683,195中所述扩增微量的特定核酸、RNA和/或DNA的片段。通常，需要从目的区域的末端或以外的区域获得序列信息，以便可以设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上与待扩增模板的相反链相同或相似。两条引物的5'末端核苷酸可能与扩增材料的末端一致。PCR可用于扩增特定RNA序列、来自总基因组DNA的特定DNA序列以及从总细胞RNA、噬菌体或质粒序列转录的cDNA等。通常参见Mullis等人，Cold Spring HarborSymp.Quant.Biol.51:263(1987)和Erlich,编辑,PCR Technology(Stockton Press,NY,1989)。如本文所用，PCR被认为是用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一种，但不是唯一的示例，包括使用已知的核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶扩增或产生特定的核酸片段，或扩增或产生与特定核酸互补的特定核酸片段。

本文使用的术语“诊断”是指分子或病理状态、疾病或病症(例如，癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指特定类型的癌症的鉴定。“诊断”还可以指癌症的特定亚型的分类，例如，通过组织病理学标准或分子特征(例如，以一种生物标志物或生物标志物组合的表达为特征的亚型(例如，特定基因或由所述基因编码的蛋白质))进行。

本文使用的术语“辅助诊断”是指有助于做出关于疾病或疾患(例如，癌症)的特定类型的症状或状况的存在或性质的临床确定的方法。例如，辅助诊断疾病或病症(例如，癌症)的方法可以包括测量来自个体的生物样品中的某些体细胞突变。

如本文所用，术语“样品”是指获自或衍生自目标受试者和/或个体的组合物，其含有例如基于物理、生化、化学和/或生理特征待进行表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变型是指从目标受试者获得的任何样品，其预期或已知含有待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于组织样品、原代或培养的细胞或细胞系、细胞上清液、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、乳汁、全血、血浆、血清、血液来源的细胞、尿液、脑脊液、唾液、痰、眼泪、汗液、粘液、肿瘤裂解物和组织培养基、组织提取物诸如均质化的组织、肿瘤组织、细胞提取物及其组合。在一些情况下，样品为全血样品、血浆样品、血清样品或其组合。在一些实施例中，样品来自肿瘤(例如，“肿瘤样品”)，诸如来自活组织切片。在一些实施例中，样品为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品。

如本文所用，“肿瘤细胞”是指存在于肿瘤或其样品中的任何肿瘤细胞。使用本领域已知的和/或本文所述的方法，可以将肿瘤细胞与可能存在于肿瘤样品中的其他细胞，例如基质细胞和肿瘤浸润免疫细胞区分开来。

如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”、“参考组织”、“对照样品”、“对照细胞”或“对照组织”是指用于比较目的的样品、细胞、组织、标准品或水平。

“关联”或“相关”是指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以在执行第二方案时使用第一分析或方案的结果，和/或可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应该执行第二分析或方案。关于多肽分析或方案的实施例，可以使用多肽表达分析或方案的结果来确定是否应进行具体的治疗方案。关于多核苷酸分析或方案的实施例，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来确定是否应进行具体的治疗方案。

可以使用指示对个体有益的任何终点来评定“个体应答”或“应答”，包括但不限于(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如，癌症进展)，包括减缓或完全阻滞；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即，减少、减缓或完全停止)癌细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织中；(4)抑制(即，减少、减缓或完全停止)转移；(5)在一定程度上减轻与该疾病或疾患(例如，癌症)有关的一种或多种症状；(6)增加或延长存活，包括总存活和无进展存活；和/或(7)在治疗后的给定时间点降低死亡率。

患者对药物和治疗的“有效响应”或患者的“响应性”和类似措词是指赋予处于患疾病或病症诸如癌症的风险下或患有该疾病或病症的患者的临床或治疗有益效果。在一个实施例中，这种益处包括以下一个或多个：延长生存期(包括总生存期和/或无进展生存期)；导致客观缓解(包括完全缓解或部分缓解)；或改善癌症的体征或症状。

“有效量”是指用于治疗或预防哺乳动物的疾病或疾患的治疗剂的量。在癌症的情况下，治疗剂的治疗有效量可以减少癌细胞数；减小原发性肿瘤大小；抑制(即，在一定程度上减缓以及在一些实施例中停止)癌细胞浸润到周围器官；抑制(即，在一定程度上减缓以及在一些实施例中停止)肿瘤转移；在一定程度上抑制肿瘤生长；和/或在一定程度上缓解疾患相关的一种或多种症状。在某种程度上，药物可阻止生长和/或杀死既存癌细胞，它可以抑制细胞生长和/或具有细胞毒性。对于癌症疗法，可以例如通过评估生存持续时间、到疾病进展的时间(TTP)、缓解率(例如，CR和PR)、缓解持续时间和/或生活质量来测量体内功效。

术语“药物制剂”是指处于允许包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式，并且不含对于将被施用制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。

“药用载体”是指药物制剂中除活性成分外的对受试者无毒的成分。药用载体包括但不限于缓冲液、赋形剂、稳定剂，或防腐剂。

如本文所用，“治疗(treatment)”(及其语法变型，诸如“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，并且可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、减轻症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、降低疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态，以及缓解或改善预后。

如本文所用，术语“个体”、“患者”或“受试者”可互换使用并且是指任何需要治疗的单一动物，例如，哺乳动物(包括诸如非人类动物，例如，狗、猫、马、兔、动物园动物、牛、猪、绵羊和非人类灵长类动物)。在特定实施例中，本文中的患者是人。

如本文所用，“施用”是指给予受试者(例如，患者)一定剂量的化合物(例如，拮抗剂)或药物组合物(例如，包括拮抗剂的药物组合物)的方法。可以通过任何合适的方式施用，包括肠胃外、肺内和鼻内施用，并且如果需要局部治疗，则可以病灶内施用。肠胃外输注包括，例如，肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。给药可以通过任何合适的途径进行，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文考虑了各种投配时间安排，包括但不限于在各个时间点处的单次或多次施用、推注施用，以及脉冲输注。

本文所用的术语“同时”是指两种或更多种治疗剂的施用，其中至少部分施用在时间上重叠。因此，同时施用包括当中止一种或多种药剂的施用后继续一种或多种其他药剂施用的给药方案。

术语“包装插页”用于指治疗用产品的商业包装中通常包括的说明书，其含有涉及此类治疗用产品的使用的有关适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。

“制品”是包含至少一种试剂的任何制品(例如，包装或容器)或试剂盒，该试剂为例如本文所述的用于治疗疾病或疾患(例如，癌症)的药物或用于特异性地检测生物标志物(例如，CD274基因中的一个或多个突变)的探针。在某些实施例中，制品或试剂盒作为用于执行本文所述方法的单元来推销、分发或贩售。

本文中使用的短语“基于”意指有关一种或多种生物标志物(例如，CD274基因中的一个或多个突变)的信息用于告知治疗决策、包装插页或市场营销/促销指南等上提供的信息。

III.方法、系统和设备

一方面，本文提供鉴别患有癌症的个体的方法，该个体可能或可能不会受益于包括抗癌疗法的治疗。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能受益于抗癌疗法的个体。在一些实施例中，样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

另一方面，本文提供检测个体中癌症的存在或不存在的方法。在一些实施例中，该方法包括：(a)在来自个体的样品中检测癌症的存在或不存在；以及(b)在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的存在或不存在。

另一方面，本文提供为患有癌症的个体选择疗法的方法。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能受益于抗癌疗法的个体。在一些实施例中，样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

另一方面，本文提供为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法。在一些实施例中，该方法包括：在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变或获取该一个或多个突变的知识；以及生成报告，该报告包括至少部分地基于样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而为个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中该一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。在一些实施例中，该报告将个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

另一方面，本文提供为患有癌症的个体选择或不选择治疗的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自患有癌症的个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者，或者该个体未被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者；及/或(ii)该个体被鉴别为可能对包括抗癌疗法的治疗有应答，或者该个体被鉴别为不太可能对包括抗癌疗法的治疗有应答。在一些实施例中，响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症；及/或(ii)该个体被鉴别为不太可能对包括一种或多种免疫检查点抑制剂的治疗有应答。

另一方面，本文提供治疗癌症或延迟癌症进展的方法。在一些实施例中，该方法包括向个体施用有效量的抗癌疗法，其中癌症包含CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中响应于CD274基因中的一个或多个突变的知识，向个体施用有效量的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变或获取该一个或多个突变的知识。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变并向个体施用有效量的抗癌疗法。

另一方面，本文提供监测患有癌症的个体的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，例如，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂的癌症抗性的增加的风险。

另一方面，本文提供预测患有癌症的个体的存活的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，例如，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体的存活期相比，该个体被预测当用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗时具有较短的存活期。

另一方面，本文提供评估患有癌症的个体的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，例如，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

另一方面，本文提供筛选患有癌症的个体的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，例如，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

另一方面，本文提供一种预测用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗的患有癌症的个体的存活期的方法。在一些实施例中，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不表现CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测在用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗后具有较短的存活期。

另一方面，本文提供检测CD274基因中的一个或多个突变的方法。在一些实施例中，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

另一方面，本文提供诊断或评定CD274基因中的一个或多个突变的方法。在一些实施例中，该方法包括：在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及提供对CD274基因中的一个或多个突变的诊断/评定。

另一方面，本文提供诊断个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的方法。在一些实施例中，该方法包括：在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及任选地提供对个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的诊断。

另一方面，本文提供在例如来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的方法。在一些实施例中，该方法包括：提供从来自个体的样品获得的多种核酸，其中多种核酸包括编码CD274基因或其部分的核酸；任选地，将一个或多个衔接子连接到来自多种核酸的一种或多种核酸上；任选地，从多种核酸扩增核酸；任选地，捕获对应于CD274基因的多种核酸；通过测序仪对多种核酸进行测序以获得对应于CD274基因的多个序列读段；分析多个序列读段；以及基于分析，检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，通过与诱饵分子杂交，从经扩增的核酸捕获对应于CD274基因的多种核酸。在一些实施例中，该方法包括：提供来自患有癌症的个体的样品，其中样品包含一种或多种核酸；从样品中的一种或多种核酸制备核酸测序文库；使用聚合酶链式反应(PCR)扩增所述文库；选择性地富集所述文库中包含CD274核苷酸序列的一种或多种核酸以产生富集的样品；对富集的样品进行测序，由此产生多个测序读段；针对CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而分析多个测序读段；以及基于分析步骤，在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

另一方面，本文提供一种或多种寡核苷酸用于检测CD274基因中的一个或多个突变的用途(例如，体外用途)。

另一方面，本文提供包含用于检测CD274基因中的一个或多个突变的一种或多种寡核苷酸的试剂盒或制品。

另一方面，本文提供试剂盒或制品，该试剂盒或制品包含抗癌疗法和包装插页，该包装插页包含在治疗癌症或延迟癌症进展的方法中使用抗癌疗法的说明书，例如通过向从其已获得的个体施用包含CD274基因中的一个或多个突变的样品。

另一方面，本文提供用于治疗癌症或延迟癌症进展的方法中的抗癌疗法。在一些实施例中，该方法包括向个体施用抗癌疗法，其中在来自个体的样品中已检测到CD274基因中的一个或多个突变。

另一方面，本文提供用于制造用于治疗癌症或延迟癌症进展的药物的抗癌疗法，例如在从其已获得包含CD274基因中的一个或多个突变的样品的个体中。在一些实施例中，该方法包括向个体施用抗癌疗法，其中在来自个体的样品中已检测到CD274基因中的一个或多个突变。

另一方面，本文提供例如包括存储器和一个或多个处理器的系统。在一些实施例中，该系统包括：存储器，其配置成存储一个或多个程序指令；以及一个或多个处理器，其配置成执行一个或多个程序指令，当由该一个或多个处理器执行时，该一个或多个程序指令配置成：(a)获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析多个序列读段；以及(c)基于分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

另一方面，本文提供计算机可读存储介质。在一些实施例中，计算机可读存储介质包括能够由一个或多个计算机处理器执行以执行方法的一个或多个程序，该方法包括：(a)使用一个或多个处理器获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而使用一个或多个处理器分析多个序列读段；以及(c)使用一个或多个处理器并基于分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，计算机可读存储介质是非暂时性的。在一些实施例中，计算机可读存储介质是暂时性的。

CD274突变

CD274基因，位于染色体9p24.1上，编码程序性死亡配体1(PD-L1)蛋白。来自美国国家生物技术信息中心(NCBI)和欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)的CD274匹配注释(来自NCBI和EMBL-EBI的匹配注释：MANE)转录本(ENST00000381577.4)编码1型跨膜蛋白，该蛋白长290个氨基酸，并且具有免疫球蛋白V样和C样结构域。

示例性CD274基因由NCBI基因ID号29126表示。示例性CD274mRNA序列由NCBI参考序列NM_014143表示：

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示例性PD-L1多肽由NCBI蛋白ID号NP_054862.1表示。示例性PD-L1氨基酸序列由NCBI参考序列NP_054862.1表示：

本公开的某些方面涉及CD274基因中的一个或多个突变的检测。

在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：一个或多个核苷酸的取代、一个或多个核苷酸的插入、或一个或多个核苷酸的缺失。在一些实施例中，一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失(例如，插入缺失)及其任意组合。在一些实施例中，一个或多个突变包括两个或更多个错义突变(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50或更多个错义突变中的任一者)。在一些实施例中，一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。在一些实施例中，截短突变为无义突变、密码子对终止密码子的取代、移码突变或插入缺失。在一些实施例中，一个或多个突变包括以下中的一者或多者：基因组重排、启动子改变、基因融合或拷贝数改变。在一些实施例中，一个或多个突变包括基因拷贝数改变。在一些实施例中，一个或多个突变包括基因扩增。在一些实施例中，一个或多个突变包括基因缺失，例如整个基因或基因的一部分的缺失。在一些实施例中，一个或多个突变包括点突变。在一些实施例中，一个或多个突变包括单核苷酸多态性。在一些实施例中，一个或多个突变包括基因的外显子和/或内含子中的一个或多个突变。在一些实施例中，一个或多个突变包括非同义突变。在一些实施例中，一个或多个突变包括功能获得突变，例如活化突变。在一些实施例中，一个或多个突变包括功能丧失突变，例如失活突变。在一些实施例中，一个或多个突变导致移码。在一些实施例中，一个或多个突变导致过早终止密码子。在一些实施例中，一个或多个突变包括功能改变。在一些实施例中，一个或多个突变包括改变基因编码的多肽或蛋白质的功能的突变。在一些实施例中，一个或多个突变包括复杂插入。在一些实施例中，一个或多个突变包括复杂缺失。在一些实施例中，一个或多个突变包括剪接位点中的突变。在一些实施例中，一个或多个突变改变由基因编码的mRNA分子的剪接。在一些实施例中，一个或多个突变包括一个或多个核苷酸的插入。在一些实施例中，插入包括约1个与约5个之间的核苷酸、约5个与约10个之间的核苷酸、约10个与约20个之间的核苷酸、约20个与约30个之间的核苷酸、约30个与约40个之间的核苷酸、或约40个与约50个之间的核苷酸的插入。在一些实施例中，插入包括约50个与约100个之间的核苷酸、约100个与约200个之间的核苷酸、约200个与约300个之间的核苷酸、约300个与约400个之间的核苷酸、约400个与约500个之间的核苷酸、约500个与约600个之间的核苷酸、约600个与约700个之间的核苷酸、约700个与约800个之间的核苷酸、约800个与约900个之间的核苷酸、或约900个与约1000个之间的核苷酸的插入。在一些实施例中，插入包括约1000个与约1500个之间的核苷酸、约1500个与约2000个之间的核苷酸、约2000个与约2500个之间的核苷酸、约2500个与约3000个之间的核苷酸、约3000个与约3500个之间的核苷酸、约3500个与约4000个之间的核苷酸、约4000个与约4500个之间的核苷酸、约4500个与约5000个之间的核苷酸、约5000个与约5500个之间的核苷酸、约5500个与约6000个之间的核苷酸、约6000个与约6500个之间的核苷酸、约6500个与约7000个之间的核苷酸、约7000个与约7500个之间的核苷酸、约7500个与约8000个之间的核苷酸、约8000个与约8500个之间的核苷酸、约8500个与约9000个之间的核苷酸、约9000个与约9500个之间的核苷酸、或约9500个与约10000个之间的核苷酸的插入。在一些实施例中，一个或多个突变包括一个或多个核苷酸的缺失。在一些实施例中，缺失包括约1个与约5个之间的核苷酸、约5个与约10个之间的核苷酸、约10个与约20个之间的核苷酸、约20个与约30个之间的核苷酸、约30个与约40个之间的核苷酸、或约40个与约50个之间的核苷酸的缺失。在一些实施例中，缺失包括约50个与约100个之间的核苷酸、约100个与约200个之间的核苷酸、约200个与约300个之间的核苷酸、约300个与约400个之间的核苷酸、约400个与约500个之间的核苷酸、约500个与约600个之间的核苷酸、约600个与约700个之间的核苷酸、约700个与约800个之间的核苷酸、约800个与约900个之间的核苷酸、或约900个与约1000个之间的核苷酸的缺失。在一些实施例中，缺失包括约1000个与约1500个之间的核苷酸、约1500个与约2000个之间的核苷酸、约2000个与约2500个之间的核苷酸、约2500个与约3000个之间的核苷酸、约3000个与约3500个之间的核苷酸、约3500个与约4000个之间的核苷酸、约4000个与约4500个之间的核苷酸、约4500个与约5000个之间的核苷酸、约5000个与约5500个之间的核苷酸、约5500个与约6000个之间的核苷酸、约6000个与约6500个之间的核苷酸、约6500个与约7000个之间的核苷酸、约7000个与约7500个之间的核苷酸、约7500个与约8000个之间的核苷酸、约8000个与约8500个之间的核苷酸、约8500个与约9000个之间的核苷酸、约9000个与约9500个之间的核苷酸、或约9500个与约10000个之间的核苷酸的缺失。在一些实施例中，一个或多个突变导致由基因编码的多肽或蛋白质中的一种或多种氨基酸残基的取代、插入或缺失。在一些实施例中，一个或多个突变导致由基因编码的多肽或蛋白质中的一种或多种氨基酸残基的取代。在一些实施例中，一个或多个突变导致由基因编码的多肽或蛋白质中的一种或多种氨基酸残基的缺失。在一些实施例中，一个或多个突变导致由基因编码的多肽或蛋白质中的一种或多种氨基酸残基的插入。

在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变减少由CD274基因编码的PD-L1多肽与一种或多种PD-L1配体(例如PD-1受体或B7-1)之间的相互作用。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变减少由CD274基因编码的PD-L1多肽与PD-1受体之间的相互作用。

在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变降低由CD274基因编码的PD-L1多肽的活性。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变导致免疫检查点抑制剂抗性癌症。

示例性和非限制性CD274基因突变包括表1中列出的那些。

表1.CD274变体。

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在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括表1至4和6中的任一者中提供的突变中的一者或多者。在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括本文在实例1中提供的突变中的一者或多者。在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括本文在图2或图4B中提供的突变中的一者或多者。在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括CD274基因或其部分与另一基因或其部分的融合。在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括CD274基因或其部分与PLGRKT基因或其部分的融合(即，CD274-PLGRKT融合)。在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括CD274基因内重排。

在一些实施例中，一个或多个CD274突变为体细胞突变。在一些实施例中，一个或多个CD274突变为种系突变。CD274突变是种系突变还是体细胞突变可以使用本领域已知的任何合适的方法来评定，诸如使用体细胞种系接合性(SGZ)生物信息学算法，参见例如，Sun等人，PLOS Computational Biology(2018)14(2):e1005965。

在一些实施例中，一个或多个CD274突变为克隆突变。在一些实施例中，一个或多个CD274突变为亚克隆突变。在一些实施例中，使用本领域已知的任何合适的方法评定CD274突变的克隆性。在一些实施例中，如果在样品中，例如从患有癌症的个体获得的样品，诸如来自癌症或来自肿瘤的样品，小于50％的肿瘤细胞包含或预测具有CD274突变，则CD274突变被确定为亚克隆突变，例如基于变体等位基因分数(VAF)和/或病理肿瘤细胞纯度估计和/或计算肿瘤细胞纯度估计。

在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括选自以下项的一个或多个错义突变：R260H、R260C、R125Q、R86W、R113H、D215H、R140I、R140T、H233Y、A18T、R86Q、E223K、P24S、M266I、Y112C、S169N、A163V、G245E、E217Q、A232G、D284A、A85V、G177S、K280N、T290A、A52V、E158K、H220Y、K105Q、P235S、Q83H、S184F、R262I、E187Q、E217K、Q139R、K25N、M36I、Q173E、E205Q、D61N、F207L、G177D、K129N、D276Y、G119D、N183S、P146L、P43S、R140K、A232T、A232V、E187D、E289D、G95E、M1I、P230S、R265T、A109V、A5V、F9L、Q156H、R262K、R265K、W13C、A232S、P216S、S79N、T148A、D268N、G264E、M10I、P227S、R212K、E150K、G110R、K185N、L231V、P146S、S169C、D145Y、E237K、E58K、L16P、L229P、N135S、A132V、G95R、I258M、I274M、R113C、S279L、V253I、E218K、E188K、E223Q、E288Q、F67C、K75T、L241F、Q173H、Q47E、T179I、T201I、V193M、V21L、W57G、Y208C、D122N、D268H、D61Y、E71Q、G119S、G70A、H78R、K178E、L27I、N131I、P235L、Q107K、S169R、T210S、V21A、V242I、A157T、D284N、E164Q、L244M、L249V、Q66E、R2M、V165A、D268G、D26G、E288G、I8K、K62N、L142F、P133L、P133S、P216L、P43Q、T285I、V174G、V174I、V174L、V6I、A85T、C209Y、D103Y、D276N、E39K、E39Q、F257L、I8V、K75N、L106F、M59I、R198K、V143A、V147A、V30A、D108N、D122Y、D73N、D90Y、G159C、G177C、H14Y、I38T、L190F、L53P、R238K、T221A、V29M、V68E、V76F、C272Y、D171G、E188V、E71K、H69N、K25R、L92H、T196A、T221I、V242A、A51V、A97V、A98T、E45K、E45Q、F257C、H69R、P161L、P216H、Q139E、Q91H、S80R、T181A、T256S、V23F、V68A、Y160H、D90A、E152Q、E158V、E288K、E31G、F4S、G245A、G245V、G252D、G264V、G70R、I126F、I126L、I199V、I38M、I3T、K162N、K189Q、L197P、L244V、L50V、L94Q、N135D、N183D、N192I、P161S、P24A、Q275R、R113S、R238T、R265G、R82K、S283T、V111L、V253G、V269M、P234S、Q47R、R186G、R198T、R212I、S176G、T102I、T20A、T37K、V174A、V174D、Y28S、A121V、A222V、A246V、D215Y、D49G、D61V、E288D、F211C、G252C、G264R、H240L、I166V、I65M、K25M、K89N、L16R、L190I、L255R、L53I、M59T、N236D、P227A、P234R、Q100R、Q156E、Q83R、R2K、S195I、T154I、T182P、T22S、V128L、V130L、V174F、Y12F、Y32C、Y56C、C209F、C209S、D171N、D276E、I206M、I206T、I226L、I226M、I243V、K136E、M115L、N200S、N204I、N219T、N236I、N96S、P227T、Q100H、Q282R、Q91E、R198G、R262G、R2W、T203S、V143I、V44A、V55F、V68M、Y123H、A51D、A85S、A98V、C250G、C272R、D284Y、D49N、E152K、E158G、E188D、E218Q、G119V、I64V、K124N、K46R、L248S、L287V、M10T、M10V、M36T、M36V、N131K、N138T、N17D、N200D、N219I、N236H、S79G、T194A、T285S、W167C、W57S、Y118F、Y134C、A18S、A222G、A232P、A97T、C114Y、C250Y、D215N、E150G、E31A、F211L、G252S、G264W、H172Y、H240P、I258F、I64M、I64T、K281N、L190R、L249S、L251F、N131H、N138H、N138K、N35D、P43A、S195R、T127A、T180I、T202I、T202R、T239S、T37A、V23I、V29G、D145E、D61H、D73H、E164A、E187V、E237Q、F7L、G159R、H240Y、I141V、N35K、N96H、N96Y、P230L、P230T、R125L、S184P、S195N、T181I、T203A、T203I、T285A、V143F、V76I、A246D、D122E、D145H、E187K、E205K、E223V、E228V、E31K、F211I、F259L、G177V、G273D、H151L、H69L、I126S、I166L、I243T、I54L、K189E、K271N、K280Q、L190V、L231M、L244P、L255M、L50M、L53R、L88F、M115T、M267I、N204K、N35H、N63Y、P234F、P43L、R186K、R213K、R2G、R82I、A157S、A51S、D103N、D26N、D90E、E158Q、E58G、F67I、H151R、H172Q、H220D、I3M、K162R、K185E、K263E、L142W、L261F、N183H、P234T、Q156K、R113L、R186T、R212T、R265I、S149Y、T154S、T285P、V165L、Y81H、A132D、A254G、A5D、D103H、D145N、D26Y、D276H、D61E、E188Q、E228G、E60Q、G110E、G33C、G70E、H14R、H172P、H69Y、H78Y、I101T、I141M、I258V、K162Q、K189M、L16M、L197R、L255Q、L48S、M267T、M1？或N131S。替代性地或另外地，在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括选自以下项的一个或多个截短突变：C272fs*13、K271fs*44、R125*、Q77*、E152*、E217*、Q66*、E39*、R265fs*2、S279*、A85fs*66、W13*、E188fs*7、E150*、K46fs*3、P133fs*21、R213*、W57*、F211fs*4、L251fs*30、Y134*、P146*、Q173*、W167*、D90fs*10、E158fs*15、F207fs*8、N183fs*22、Q107*、L142fs*12、R140*、R186*、T127fs*3、*291Qext*42、C40fs*5、D145fs*8、E188fs*12、G264fs*21、N192fs*13、*291Sext*42、A85fs*5、F7fs*27、K41*、Q100*、Q66fs*13、E237*、E71*、H151fs*3、Q275*、T290fs*3+、*291Yext*42、I199fs*16、L241*、L106*或F9fs*27。替代性地或另外地，在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括选自以下项的一个或多个剪接位点突变：剪接位点791-1G>A、剪接位点791-1G>T、剪接位点52+2T>C、剪接位点683-1G>A、剪接位点394+1G>A、剪接位点630_682+272del325、剪接位点682+1G>A、剪接位点790+1G>A、剪接位点683-2A>C、剪接位点53-49_82del79、剪接位点790+1G>T、剪接位点851-1G>C、剪接位点683-1G>T、剪接位点52+1G>A、剪接位点791-1G>C、剪接位点394+2T>A或剪接位点790+1_790+4delGTAG。替代性地或另外地，在一些实施例中，一个或多个CD274突变包括选自以下项的一个或多个插入/缺失：T203del、R213del、E31_Y32insFTVTVPKDLYVVE、K41_E45>R或T290_T290>？。

在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变导致PD-L1蛋白的低表达、PD-L1蛋白的不表达或PD-L1蛋白的高表达，例如在包含一个或多个突变的癌症、癌症细胞、肿瘤或肿瘤细胞中。在一些实施例中，在从个体(例如患有癌症的个体)获得的样品中使用免疫组织化学测定来评定PD-L1蛋白表达。在一些实施例中，在肿瘤细胞中评定PD-L1蛋白表达。在一些实施例中，基于1％与49％之间的肿瘤比例评分(TPS)评定癌症中(例如，在来自癌症或来自肿瘤的样品中)PD-L1蛋白的低表达。在一些实施例中，基于50％或更大的肿瘤比例评分(TPS)评定癌症中(例如，在来自癌症或来自肿瘤的样品中)PD-L1蛋白的高表达。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括截短突变。在一些实施例中，截短突变为克隆或亚克隆突变。关于PD-L1蛋白表达和评定PD-L1蛋白表达的方法的进一步信息在下文中提供。

导致PD-L1蛋白的低表达的示例性和非限制性CD274基因突变包括表2中列出的那些。

表2.与低PD-L1表达相关的CD274变体(TPS评分在1％与49％之间)。

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导致PD-L1蛋白的不表达的示例性和非限制性CD274基因突变包括表3中列出的那些。

表3.与无PD-L1表达相关的CD274变体(TPS评分小于1％)。

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导致PD-L1蛋白的高表达的示例性和非限制性CD274基因突变包括表4中列出的那些。

表4.与高PD-L1表达相关的CD274变体(TPS评分为50％或更多)。

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在一些实施例中，导致PD-L1蛋白的低表达的CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：A18T、A254G、D61Y、E187Q、F9L、H78R、I166L、K162Q、L50V、P43A、P43Q、Q83H、R125Q、R260H、T290A、V21L、V6I、E152*、K271fs*44、V242I、P216H、A109V、A163V、D284N、E188Q、I199V、M1I、P230S、R140T、S195R、T181I、T37K、R125*、S279*、L197P、M266I、P43L、Y32C、E223K、L92H、E217*、E187D、D122N、E223K、P235L、剪接位点790+1_790+4delGTAG、T203del或K25R。在一些实施例中，导致PD-L1蛋白的不表达的CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：A157S、A18S、A18T、A232S、A85S、A85V、A97V、C272Y、D145Y、D171G、D171N、D215H、D276E、E187D、E187V、E217K、E217Q、E228G、E228V、E237K、E71Q、F211C、F257L、G110E、G177D、G177S、G177V、G245V、G252S、G264W、H14Y、H151L、H172Y、H220Y、H233Y、I126S、I243T、I8K、K105Q、K178E、K25N、K280N、L142F、L190V、M1I、M59I、N135S、N183S、N200D、N96S、N96Y、P133S、P146S、P24S、Q100R、Q107K、Q156H、Q173E、Q173H、Q275R、Q83H、R113H、R125Q、R140I、R198T、R212K、R260C、R260H、R2M、R82I、R86W、T180I、T196A、T201I、T37A、V130L、V143A、V21A、V253I、V30A、V6I、V76F、W57G、Y112C、Y134C、Y160H、Y28S、Y81H、*291Yext*42、C272fs*13、D90fs*10、E152*、E188fs*12、F7fs*27、K271fs*44、K41*、P133fs*21、Q107*、Q77*、R125*、R265fs*2、Y134*、剪接位点683-1G>A、剪接位点790+1G>T、剪接位点791-1G>A、剪接位点791-1G>T、E31_Y32insFTVTVPKDLYVVE、I141M、F9L、K189M或E188K。在一些实施例中，导致PD-L1蛋白的高表达的CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：E205Q、E237K、E58K、I206M、K105Q、M267I、P216S、P234R、Q107K、W13C、A222V、E218K、P24A、R186T、I258V、I38M、T148A、V147A、Q66fs*13、剪接位点53-49_82del79、R198K、E150*、E223K、I64T、K75T、Q156K、T182P、R140T、Y160H、E150G、C209S或K105Q。在一些实施例中，CD274基因中的一个或多个突变包括截短突变。在一些实施例中，截短突变为克隆或亚克隆突变。

在一些实施例中，在体外进行如本文所述的CD274基因中的一个或多个突变的检测。

本公开的癌症

在一些实施例中，本公开的癌症为上皮癌、肉瘤、淋巴瘤、白血病、骨髓瘤、生殖细胞癌或母细胞瘤。在一些实施例中，该癌症为实体瘤。在一些实施例中，癌症为血液恶性肿瘤。

可包含本公开的一个或多个CD274突变的癌症的示例性和非限制性实例包括肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌(例如，肾尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行细胞)癌)、乳腺癌、结直肠癌(例如，结肠腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、间皮瘤、黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(HNSCC))、甲状腺癌、肉瘤(例如，软组织肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、成骨性肉瘤、骨肉瘤、软骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤或横纹肌肉瘤)、前列腺癌、胶质母细胞瘤、宫颈癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、慢性髓细胞白血病(CML)、慢性嗜酸细胞白血病或慢性淋巴细胞白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤(MM))、蕈样肉芽肿、merkel细胞癌、血液系统恶性肿瘤、血液组织癌症、B细胞癌、支气管癌、胃癌、脑或中枢神经系统癌症、周围神经系统癌症、子宫癌或子宫内膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、睾丸癌、胆管癌、小肠癌或阑尾癌、唾液腺癌、肾上腺癌、腺癌、炎症性肌纤维母细胞瘤、胃肠道间质瘤(GIST)、结肠癌、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增殖性疾病(MPD)、真性红细胞增多、脊索瘤、滑膜瘤、尤文氏肉瘤、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、肾细胞癌、肝细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、肾母细胞瘤、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、成神经细胞瘤、成视网膜细胞瘤、滤泡性淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、肝细胞癌、甲状腺癌、小细胞癌、原发性血小板增多症、特发性髓样化生、嗜酸性粒细胞增多综合征、系统性肥大细胞增多症、家族性嗜酸性粒细胞增多症、神经内分泌癌或类癌瘤。

可包含本公开的一个或多个CD274突变的癌症的另外的示例性和非限制性实例包括急性b淋巴细胞白血病-淋巴瘤(B-ALL)、急性白血病(NOS)、急性淋巴细胞白血病-淋巴瘤(ALL)(NOS)、急性骨髓性白血病、急性骨髓性白血病(AML)(NOS)、急性T淋巴细胞白血病-淋巴瘤(T-ALL)、肾上腺皮质癌、肾上腺神经母细胞瘤、壶腹状腺癌、肛门黑素瘤、肛门鳞状细胞癌(SCC)、阑尾腺癌、阑尾杯状细胞类癌(GCC)、阑尾黏液性肿瘤、B细胞瘤(NOS)、胆管腺癌、膀胱腺癌、膀胱癌(NOS)、膀胱小细胞癌、膀胱鳞状细胞癌(SCC)、膀胱尿路上皮(移行细胞)癌、膀胱尿路上皮癌、骨软骨肉瘤、骨脊索瘤、骨髓衰竭(NOS)、骨骨肉瘤、脑间变性星形细胞瘤、脑间变性少突胶质细胞瘤、脑星形细胞瘤、脑毛细胞型星形细胞瘤、脑室管膜瘤、脑神经节胶质瘤、脑胶质母细胞瘤(GBM)、脑胶质瘤、脑胶质瘤(NOS)、脑胶质肉瘤、脑髓母细胞瘤、脑膜瘤、脑少突神经胶质瘤、乳腺血管肉瘤、乳腺癌、乳腺癌(NOS)、乳腺浸润性导管癌(IDC)、乳腺浸润性小叶癌(ILC)、乳腺转化型癌、子宫颈腺癌、子宫颈神经内分泌癌、子宫颈鳞状细胞癌(SCC)、慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤(CLL/SLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、结肠腺癌、结肠腺癌(CRC)、结肠神经内分泌癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)(NOS)、十二指肠腺癌、食道腺癌、食道癌(NOS)、食道神经内分泌癌、食道鳞状细胞癌(SCC)、内眼黑素瘤、输卵管腺癌、输卵管癌肉瘤、输卵管浆液性癌、滤泡性淋巴瘤、胆囊腺癌、胆囊腺癌、胃食道连接部腺癌、头颈部腺样囊性癌、头颈癌(NOS)、头颈黑素瘤、头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)、肾癌(NOS)、肾透明细胞癌、肾细胞癌、肾乳头癌、肾肉瘤样癌、肾尿路上皮癌、肾威尔姆斯肿瘤、朗格汉斯细胞组织细胞增多症(LCH)、肝胆癌、肝细胞癌(HCC)、肺腺癌、肺腺样囊性癌、肺腺鳞癌、肺非典型类癌、肺大细胞癌、肺大细胞神经内分泌癌、肺非小细胞肺癌、肺非小细胞肺癌(NSCLC)(NOS)、肺肉瘤样癌、肺小细胞未分化癌、肺鳞状细胞癌(SCC)、淋巴浆细胞淋巴瘤-华氏巨球蛋白血症、袍状细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常综合征(MDS)(NOS)、骨髓增生异常-骨髓增殖性肿瘤(MDS-MPN)(NOS)、骨髓增殖性肿瘤、骨髓增殖性瘤(MPN)(NOS)、鼻咽和鼻窦鳞状细胞癌(SCC)、鼻咽和鼻窦未分化癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤(NOS)、卵巢癌混合组织学、卵巢癌肉瘤、卵巢透明细胞癌、卵巢子宫内膜样腺癌、卵巢上皮癌、卵巢粒层细胞肿瘤、卵巢高度浆液性癌、卵巢低度浆液性癌、卵巢粘液性癌、卵巢浆液性癌、胰腺腺泡细胞癌、胰腺腺鳞状癌、胰腺癌(NOS)、胰腺导管腺癌、胰岛细胞瘤、胰胆癌、副神经节瘤、阴茎鳞状细胞癌(SCC)、腹膜腺癌、腹膜间皮瘤、腹膜浆液性癌、胸膜间皮瘤、前列腺腺泡状腺癌、前列腺导管腺癌、前列腺神经内分泌癌、前列腺未分化癌、前列腺未分化癌、直肠腺癌、直肠腺癌(CRC)、直肠鳞状细胞癌(SCC)、横纹肌肉瘤(NOS)、唾液腺腺泡细胞肿瘤、唾液腺腺癌、唾液腺腺样囊性癌、唾液腺癌(NOS)、唾液腺导管癌、唾液腺粘液表皮样癌、皮肤附件癌、皮肤附件癌、皮肤基底细胞癌、皮肤黑素瘤、皮肤默克尔细胞癌、皮肤鳞状细胞癌(SCC)、小肠腺癌、小肠类癌、小肠胃肠道间质瘤、小肠神经内分泌癌、软组织血管肉瘤、软组织软骨肉瘤、软组织促结缔组织增生性小圆细胞瘤、软组织尤文肉瘤、软组织纤维瘤、软组织纤维肉瘤、软组织平滑肌肉瘤、软组织脂肪肉瘤、软组织恶性周围神经鞘瘤(MPNST)、软组织粘液纤维肉瘤、肺泡状软组织横纹肌肉瘤、胚胎状软组织横纹肌肉瘤、软组织肉瘤、软组织肉瘤(NOS)、软组织肉瘤未分化、软组织孤立性纤维瘤、软组织滑膜肉瘤、胃腺癌(NOS)、弥漫型胃腺癌、肠型胃腺癌、胃胃肠道间质瘤、T细胞瘤(NOS)、睾丸生殖细胞肿瘤(非精原细胞瘤)、胸腺癌、胸腺瘤(NOS)、甲状腺间变性癌、甲状腺癌、甲状腺癌(NOS)、甲状腺滤泡性癌、甲状腺骨髓状癌、甲状腺乳头状癌、未知原发性(NOS)、未知原发性腺癌、未知原发性腺样囊性癌、未知原发性类癌、未知原发性癌、未知原发性癌(CUP)(NOS)、未知原发性胃肠道间质瘤、未知原发性平滑肌肉瘤、未知原发性黑素瘤、未知原发性神经内分泌癌、未知原发性神经内分泌肿瘤、未知原发性肉瘤、未知原发性肉瘤样癌、未知原发性浆液性癌、未知原发性鳞状细胞癌(SCC)、未知原发性未分化神经内分泌癌、未知原发性未分化小细胞癌、未知原发性尿路上皮癌、输尿管尿路上皮癌、子宫内膜腺癌、子宫癌肉瘤、子宫内膜腺癌、子宫内膜腺癌(NOS)、子宫内膜腺癌透明细胞、子宫内膜腺癌子宫内膜样、子宫内膜腺癌混合组织学、乳头浆液性子宫内膜腺癌、子宫内膜基质肉瘤、子宫平滑肌肉瘤、子宫肉瘤(NOS)、阴道鳞状细胞癌(SCC)和外阴鳞状细胞癌(SCC)。

可包含本公开的一个或多个CD274突变的癌症的进一步示例性和非限制性实例包括表5中列出的那些。

表5.癌症类型。

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在一些实施例中，癌症为弥漫性大B细胞淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌、子宫内膜腺癌、未知原发性黑素瘤或皮肤黑素瘤。

在一些实施例中，癌症为皮肤癌。在一些实施例中，癌症包含≥10个突变/兆碱基(mut/Mb)的肿瘤突变负荷(TMB)。在一些实施例中，癌症诸如皮肤癌包含高TMB，例如包含至少约100mut/Mb、至少约110mut/Mb、至少约120mut/Mb、至少约130mut/Mb、至少约140mut/Mb、至少约150mut/Mb或更多的TMB。在一些实施例中，皮肤癌为皮肤鳞状细胞癌、皮肤黑素瘤或未知原发性黑素瘤。评定TMB的方法是本领域已知的并在下文描述。

在一些实施例中，癌症包含高微卫星不稳定性状态(MSI)。在一些实施例中，癌症包含低微卫星不稳定状态(MSI)。在一些实施例中，癌症为非浆液性子宫内膜腺癌，例如包含高MSI(MSI-H)。在一些实施例中，癌症为微卫星稳定。可以使用用于评定MSI或微卫星稳定性的任何合适的方法，包括例如但不限于下一代测序(参见例如，Hempelmann等人，JImmunother Cancer(2018)6(1):29)、荧光多重PCR和毛细管电泳(参见例如，Arulananda等人，J Thorac Oncol(2018)13(10):1588–94)、免疫组织化学(参见例如，Cheah等人，MalaysJ Pathol(2019)41(2):91–100)或单分子分子倒置探针(smMIP，参见例如，Waalkes等人，Clin Chem(2018)64(6):950–8)。在一些实施例中，基于最多约114个基因座的DNA测序(例如，下一代测序)来评定MSI。

在一些实施例中，本公开的癌症为转移性癌症。

在一些实施例中，本公开的癌症是表6中列出的癌症并且包含表6中列出的相应CD274突变。

表6.癌症类型和相关的CD274突变。

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CD274突变的检测

本公开的某些方面涉及在样品(例如患者样品)中检测本公开的CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，在体外检测CD274基因中的一个或多个突变。用于检测本公开的CD274基因中的一个或多个突变的方法是本领域已知的。例如，在一些实施例中，通过对CD274基因的部分或全部进行测序，例如通过DNA、RNA或cDNA的下一代测序或其他测序来检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，通过DNA、RNA或cDNA的PCR扩增来检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，通过使用与CD274基因座杂交的一个或多个多核苷酸的原位杂交或其重排/融合，例如使用荧光原位杂交(FISH)来检测CD274基因中的一个或多个突变。在一些实施例中，例如使用肿瘤组织，诸如来自肿瘤活组织切片或其他肿瘤样本，在癌细胞中检测CD274基因中的一个或多个突变。本文描述了用于在肿瘤样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的示例性和非限制性方法。

本文还提供包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子，例如DNA(诸如cDNA、基因组DNA或其片段)或RNA(诸如mRNA)。

本文还提供由包含本公开的一个或多个突变的CD274基因编码和/或由包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子编码的PD-L1多肽或其片段。

本文还提供在例如患者样品中检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的方法。在一些实施例中，在体外检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子。用于检测本公开的核酸分子的方法是本领域已知的。例如，在一些实施例中，通过对核酸分子的部分或全部进行测序，例如通过DNA、RNA或cDNA的下一代测序或其他测序，来检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子。在一些实施例中，通过DNA、RNA或cDNA的PCR扩增来检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子。在一些实施例中，通过使用与该核酸分子杂交的一个或多个多核苷酸的原位杂交，例如使用荧光原位杂交(FISH)来检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子。在一些实施例中，例如使用肿瘤组织，诸如来自肿瘤活组织切片或其他肿瘤样本，在癌细胞中检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子。本文提供用于检测包含或编码包含本公开的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的示例性和非限制性方法。

本文还提供检测由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)的方法。可以使用本领域已知的任何方法，诸如使用抗体(例如，本文所述的抗体)、质谱(例如，串联质谱)、报告基因测定(例如，基于荧光的测定)、免疫印迹诸如蛋白质印迹、免疫测定诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学、其他免疫测定(例如流体或凝胶沉淀反应、免疫扩散、免疫电泳、放射免疫测定(RIA)、免疫荧光测定)和分析生化方法(例如电泳、毛细管电泳、高效液相色谱(HPLC)、薄层色谱(TLC)、超扩散色谱)，例如在从个体获得的样品中检测或测量本文提供的PD-L1多肽或其片段(例如包含本公开的一个或多个突变)。

在一些实施例中，与参考蛋白或多肽相比，由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)可以与参考多肽(例如非突变型或野生型PD-L1蛋白或多肽)区分开，该参考多肽具有与突变蛋白或多肽(例如，由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段，例如包含本公开的一个或多个突变)差异反应的抗体或抗体片段。在一些实施例中，由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)可以通过与检测试剂(例如底物，例如催化活性的底物)反应，与参考多肽(例如非突变型或野生型PD-L1蛋白或多肽)区分开。

在一些方面，提供检测由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)的方法，该方法包括将样品，例如本文所述的样品，该样品包含由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如包含本公开的一个或多个突变)，与本文提供的检测试剂(例如，本公开的抗体)接触，并且确定样品中是否存在PD-L1多肽。

样品

在一些实施例中，样品为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品。在一些实施例中，样品包含核酸，例如基因组DNA、cDNA或mRNA。在一些实施例中，样品是从患有癌症，诸如本文所述的癌症的个体获得的。多种材料(诸如组织)可以是本文提供的方法中使用的核酸样品的源。例如，样品的源可以是来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织切片、切除物、涂片或抽吸物的实体组织；血液或任何血液成分；体液，诸如脑脊液、羊水、尿液、唾液、痰、腹膜液或间质液；或来自个体的妊娠或发育中任何时间的细胞。在一些实施例中，样品的源是血液或血液成分。在一些实施例中，样品的源为肿瘤样品。在一些实施例中，样品是或包括生物组织或流体。在一些实施例中，样品可以包含不与自然界中的组织自然混合的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。在一些实施例中，在包含基因组或亚基因组DNA片段或RNA(诸如从样品，例如肿瘤样品、正常邻近组织(NAT)样品、组织样品或从个体获得的血液样品中分离的mRNA)的样品中检测包含本公开的一个或多个CD274突变的核酸分子。在一些实施例中，样品包含源自mRNA样品或源自包含mRNA的样品的cDNA。在一些实施例中，将组织保存为冷冻样品或保存为甲醛固定或多聚甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织制剂。例如，样品可以包埋在基质中，例如，FFPE块或冷冻样品。

在一些实施例中，样品包含无细胞DNA(cfDNA)。在一些实施例中，样品包含无细胞RNA(cfRNA)。在一些实施例中，样品包含循环肿瘤DNA(ctDNA)。

在一些实施例中，样品可以为或包括骨髓；骨髓抽吸物；血液；血细胞；腹水；组织或细针活组织切片样品；含细胞的体液；游离的浮动核酸；痰；唾液；尿液；脑脊液；腹膜液；胸膜液；粪便；淋巴；妇科液；皮肤拭子；阴道拭子；口腔拭子；鼻拭子；洗涤或灌洗，诸如导管灌洗或支气管肺泡灌洗；抽吸物；刮屑；骨髓样本；组织活组织切片样本；手术样本；其他体液、分泌物和/或排泄物；和/或来自其中的细胞。在一些实施例中，生物样品是或包括从个体获得的细胞。

在一些实施例中，样品为通过任何适当的手段直接从目标源获得的初级样品。例如，在一些实施例中，初级生物样品通过选自活组织切片(例如，细针抽吸或组织活组织切片)、手术或体液(例如，血液、淋巴液或粪便)的集合的方法获得。在一些实施例中，如从上下文中将清楚的，术语“样品”是指通过处理初级样品(例如，通过去除初级样品的一种或多种组分和/或通过向初级样品添加一种或多种药剂)获得的制剂。此类“经处理的样品”可以包括例如从样品中提取的核酸或蛋白质，或者通过使初级样品经受诸如mRNA的扩增或逆转录、或某些组分的分离和/或纯化的技术而获得的核酸或蛋白质。

在一个实施例中，样品包含与肿瘤相关联的一种或多种细胞，例如，肿瘤细胞或肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。在一个实施例中，样品包括一个或多个癌前或恶性细胞。在一个实施例中，样品取自血液恶性肿瘤(或恶性肿瘤前期)，例如本文所述的血液恶性肿瘤(或恶性肿瘤前期)。在一个实施例中，样品取自癌症，诸如本文所述的癌症。在一些实施例中，样品取自实体瘤、软组织肿瘤或转移性病变。在其他实施例中，样品包括来自手术边缘的组织或细胞。在另一个实施例中，样品包括一个或多个循环肿瘤细胞(CTC)(例如，取自血液样品的CTC)。在一个实施例中，样品为并不与肿瘤相关联的细胞，例如，非肿瘤细胞或外周血淋巴细胞。

在一些实施例中，样品包含肿瘤核酸，诸如来自肿瘤或癌症样品的核酸，例如来自肿瘤或癌症样品的基因组DNA、RNA或源自RNA的cDNA。在某些实施例中，肿瘤核酸样品经纯化或分离(例如，将其从其自然状态中去除)。

在一些实施例中，样品为对照核酸样品或参考核酸样品，例如基因组DNA、RNA或源自RNA的cDNA，不包含本文所述的突变或基因融合。在某些实施例中，参考或对照核酸样品包含野生型或非突变序列。在某些实施例中，参考核酸样品经纯化或分离(例如，将其从其自然状态中去除)。在其他实施例中，参考核酸样品来自非肿瘤样品，例如，来自相同或不同受试者的血液对照、正常邻近肿瘤(NAT)或任何其他非癌性样品。

在一些实施例中，在包含无细胞DNA(cfDNA)、无细胞RNA或循环肿瘤DNA(ctDNA)的样品中检测包括本公开的CD274基因中的一个或多个突变的核酸分子。在一些实施例中，在包含无细胞DNA(cfDNA)、无细胞RNA或循环肿瘤DNA(ctDNA)的样品中检测本公开的CD274基因中的一个或多个突变。

在一些实施例中，用于根据检测由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)的方法的样品是实体组织，例如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织切片(例如肿瘤活组织切片)、切除物、涂片或抽吸物；血液或任何血液成分；体液，诸如脑脊液、羊水、尿液、唾液、痰、腹膜液或间质液；或细胞，诸如肿瘤细胞。在一些实施例中，样品的源是血液或血液成分。在一些实施例中，样品的源为肿瘤样品。在一些实施例中，样品是或包括生物组织或流体。在一些实施例中，将样品保存为冷冻样品或保存为甲醛固定或多聚甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织制剂。在一些实施例中，样品包括循环肿瘤细胞(CTC)。

在一些实施例中，用于根据检测由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段(例如，包含本公开的一个或多个突变)的方法的样品为从实体组织分离或获得的蛋白质的样品，例如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官、组织样品、活组织切片(例如肿瘤活组织切片)、切除物、涂片或抽吸物；来自血液或任何血液成分；来自体液，诸如脑脊液、羊水、尿液、唾液、痰、腹膜液或间质液；或来自细胞，诸如肿瘤细胞。在一些实施例中，样品为从保存的样品分离或获得的蛋白质的样品，诸如冷冻样品或甲醛固定或多聚甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织制剂。在一些实施例中，样品为从循环肿瘤细胞(CTC)分离或获得的蛋白质的样品。在一些实施例中，样品可以包含不与自然界中的组织自然混合的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。

在一些实施例中，样品为通过任何适当的手段直接从目标源获得的初级样品。例如，在一些实施例中，初级生物样品通过选自活组织切片(例如，细针抽吸或组织活组织切片)、手术或体液(例如，血液、淋巴液或粪便)的集合的方法获得。在一些实施例中，如从上下文中将清楚的，术语“样品”是指通过处理初级样品(例如，通过去除初级样品的一种或多种组分和/或通过向初级样品添加一种或多种药剂)获得的制剂。此类经处理的样品可以包括例如从样品中提取的蛋白质，或者通过使初级样品经受诸如某些组分的分离和/或纯化的技术而获得的蛋白质。

在一些实施例中，样品包含肿瘤蛋白或多肽，诸如来自肿瘤或癌症样品的蛋白或多肽。在某些实施例中，蛋白质经纯化或分离(例如，从其天然状态去除)。

在一些实施例中，样品为对照样品或参考样品，例如，不含有包含本公开的一个或多个突变的、由CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段。在某些实施例中，参考样品经纯化或分离(例如，将其从其自然状态中去除)。在其他实施例中，参考样品来自非肿瘤样品，例如，来自相同或不同受试者的血液对照、正常邻近肿瘤(NAT)或任何其他非癌性样品。

检测方法

在一些实施例中，本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变，可以使用本领域已知的任何合适的方法来检测，诸如核酸杂交测定、基于扩增的测定(例如，聚合酶链式反应，PCR)、PCR-RFLP测定、实时PCR、测序(例如，桑格测序或下一代测序)、筛选分析(例如，使用核型方法)、荧光原位杂交(FISH)、脱离FISH、光谱核型分析、多重FISH、比较基因组杂交、原位杂交、单特异性引物聚合酶链式反应(SSP-PCR)、高效液相色谱(HPLC)或质谱基因分型。分析样品例如来检测核酸分子的方法描述于美国专利号9,340,830以及描述于WO2012092426A1中，该文献通过引用整体并入本文。

在一些实施例中，使用原位杂交方法(诸如荧光原位杂交(FISH)方法)检测本公开的CD274基因中，例如，包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。

在一些实施例中，FISH分析用于鉴别导致本文所述的CD274突变的染色体重排。在一些实施例中，FISH分析用于鉴别包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变的RNA分子。进行FISH的方法是本领域已知的并且可以用于几乎任何类型的组织。在FISH分析中，经可检测标记的，例如经荧光标记的核酸探针，允许结合至DNA(例如染色体)或RNA(例如mRNA)的特定区域，并且然后例如通过显微镜进行检查。参见例如，美国专利号5,776,688。首先将DNA或RNA分子固定到载玻片上，然后将标记的探针与DNA或RNA分子杂交，并且然后例如使用本领域已知的基于酶联标记的检测方法实现可视化。通常，FISH分析的分辨率在检测60至100000个核苷酸的量级上，例如DNA的60个碱基对(bp)直至100个千碱基对。FISH分析中使用的核酸探针包含单链核酸。此类探针的长度通常为至少约50个核苷酸。在一些实施例中，探针包含约100至约500个核苷酸。与着丝粒DNA和基因座特异性DNA或RNA杂交的探针可例如从Vysis,Inc.(Downers Grove,Ill.)、Molecular Probes,Inc.(Eugene,Oreg.)或从Cytocell(Oxfordshire,UK)商业获得。替代性地，可以通过标准技术从染色体或基因组DNA或其他核酸的源非商业性地制备探针。探针、标记和杂交方法的实例是本领域已知的。

FISH方法的几种变型是本领域已知的并且适合于根据本公开的方法使用，包括单分子RNA FISH、Fiber FISH、Q-FISH、Flow-FISH、MA-FISH、脱离FISH、杂交融合-FISH和多荧光FISH或mFISH。

在一些实施例中，使用基于阵列的方法(诸如基于阵列的比较基因组杂交(CGH)方法)检测本公开的CD274基因中，例如，包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。在基于阵列的CGH方法中，核酸的第一样品(例如，来自样品，诸如来自肿瘤)用第一标记进行标记，而核酸的第二样品(例如，对照，诸如来自健康细胞/组织)用第二标记进行标记。在一些实施例中，将等量的两个样品混合并与数千个均匀间隔的克隆DNA片段或寡核苷酸的DNA微阵列共杂交，该DNA微阵列已在阵列上一式三份被发现。杂交后，使用数字成像系统捕获和量化杂交荧光团中的每一者的相对荧光强度。所得荧光强度的比率与两个样品中DNA序列的拷贝数的比率成比例。在一些实施例中，当存在染色体缺失或倍增时，检测来自两个标记的信号的比率中的差异，并且该比率提供拷贝数的测量。基于阵列的CGH也可以使用单色标记进行。在单色CGH中，对照(例如，对照核酸样品，诸如来自健康细胞/组织)被标记并与一个阵列杂交，并且读取绝对信号，而测试样品(例如，从个体或从肿瘤获得的核酸样品)被标记并与第二阵列(具有相同内容)杂交，并且读取绝对信号。基于两个阵列的绝对信号计算拷贝数差异。

在一些实施例中，使用基于扩增的方法检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。如本领域已知的，在此类基于扩增的方法中，核酸的样品，诸如从个体或从肿瘤获得的样品，在使用一种或多种寡核苷酸或引物，例如诸如本文提供的一种或多种寡核苷酸或引物的扩增反应(例如，聚合酶链式反应(PCR))中被用作模板。样品中本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变的存在情况可以基于扩增产物的存在或不存在来确定。定量扩增方法也是本领域已知的并且可以根据本文提供的方法使用。使用定量PCR分析测量微卫星基因座处的DNA拷贝数的方法是本领域已知的。基因的已知核苷酸序列足以使本领域技术人员能够常规地选择引物来扩增基因的任何部分。也可以使用荧光定量PCR。在荧光定量PCR中，定量是基于荧光信号(例如TaqMan和Sybr green)的量。

适合于根据本文提供的方法使用的其他扩增方法包括例如连接酶链式反应(LCR)、转录扩增、自主序列复制、点PCR和接头衔接子PCR。

在一些实施例中，使用测序方法检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。本领域已知的任何测序方法可用于检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。可以使用的示例性测序方法包括基于Maxam和Gilbert或Sanger开发的技术的那些方法。还可以使用自动测序程序，例如包括通过质谱进行测序。

在一些实施例中，使用基于杂交捕获的测序(基于杂交捕获的NGS)，例如使用基于衔接子连接的文库检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。参见例如，Frampton,G.M.等人.(2013)Nat.Biotech.31:1023-1031。在一些实施例中，使用下一代测序(NGS)检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变。下一代测序包括以高度平行的方式(例如，可以同时对超过10⁵个分子进行测序)确定单个核酸分子或单个核酸分子的克隆扩展替代物的核苷酸序列的任何测序方法。适合于根据本文提供的方法使用的下一代测序方法是本领域已知的，并且包括但不限于大规模平行短读测序、基于模板的测序、焦磷酸测序、包括对DNA合成期间染料标记的核苷酸的连续掺入进行成像的实时测序、纳米孔测序、杂交测序、基于纳米晶体管阵列的测序、聚合酶克隆测序、基于扫描隧道显微镜(STM)的测序或基于纳米线分子传感器的测序。参见例如，Metzker,M.(2010)Nature BiotechnologyReviews 11:31-46，该文献通过引用并入本文。可以根据本文提供的方法使用的示例性NGS方法和平台包括但不限于：来自Helicos BioSciences(Cambridge,MA,USA)的HeliScope基因测序系统、来自Pacific Biosciences(Menlo Park,CA,USA)的PacBio RS系统、来自Illumina Inc.(San Diego,CA,USA)的诸如Solexa测序仪和其他方法和平台的大规模并行短读测序、来自454 LifeSciences(Branford,CT,USA)的454测序、来自ThermoFisher(Waltham,MA,USA)的Ion Torrent测序或来自Applied Biosystems(Foster City,CA,USA)的SOLiD测序仪。可以根据本文提供的方法使用的另外的示例性方法和平台包括但不限于：来自Roche(Basel,CHE)的基因组测序仪(GS)FLX系统、G.007polonator系统、Solexa基因组分析仪、来自Illumina Inc.(San Diego,CA,USA)的HiSeq 2500、HiSeq3000、HiSeq 4000和NovaSeq 6000平台。

检测试剂

在一些方面，本文提供用于例如根据本文提供的检测方法检测本公开的CD274基因中，例如包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变的试剂。在一些实施例中，本文提供的检测试剂包含核酸分子，例如DNA、RNA或混合的DNA/RNA分子，该核酸分子包含与靶核酸(例如包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸)上的核苷酸序列互补的核苷酸序列。

在一些实施例中，通过与诱饵分子杂交来捕获(例如，从扩增的核酸捕获)对应于CD274基因的核酸。本文提供适合于检测本公开的核酸分子(例如包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子)的诱饵。

在一些实施例中，诱饵包括配置成与靶核酸分子、或其片段或部分杂交的捕获核酸分子，该靶核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，捕获核酸分子配置成与靶核酸分子上的CD274核苷酸序列杂交。在一些实施例中，捕获核酸分子配置成与靶核酸分子的片段杂交。在一些实施例中，片段包含(或为)约5个与约25个之间的核苷酸、约5个与约300个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、约130个与约230个之间的核苷酸、或约150个与约200个之间的核苷酸。在一些实施例中，捕获核酸分子为约5个与约25个之间的核苷酸、约5个与约300个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、约130个与约230个之间的核苷酸、或约150个与约200个之间的核苷酸。在一些实施例中，片段的长度包含(或为)约100个核苷酸、约125个核苷酸、约150个核苷酸、约175个核苷酸、约200个核苷酸、约225个核苷酸、约250个核苷酸、约275个核苷酸或约300个核苷酸。在一些实施例中，捕获核酸分子的长度包含(或为)约100个核苷酸、约125个核苷酸、约150个核苷酸、约175个核苷酸、约200个核苷酸、约225个核苷酸、约250个核苷酸、约275个核苷酸或约300个核苷酸。

在一些实施例中，捕获核酸分子配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变，例如，在由染色体重排或基因融合产生的断点中，并且可以进一步与约10个与约100个之间或更多个核苷酸杂交，例如在断点的任一侧的侧面约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者。

在一些实施例中，捕获核酸分子配置成与CD274的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或者与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)。在一些实施例中，诱饵包含配置成与包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或者与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。在一些实施例中，诱饵包含配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交的核苷酸序列(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。

在一些实施例中，捕获核酸分子为DNA、RNA或DNA/RNA分子。在一些实施例中，捕获核酸分子包含约50个与约1000个之间的核苷酸、约50个与约500个之间的核苷酸、约100个与约500个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、约130个与约230个之间的核苷酸、或约150个与约200个之间的核苷酸中的任一者。在一些实施例中，捕获核酸分子包含约50个核苷酸与约100个核苷酸、约100个核苷酸与约150个核苷酸、约150个核苷酸与约200个核苷酸、约200个核苷酸与约250个核苷酸、约250个核苷酸与约300个核苷酸、约300个核苷酸与约350个核苷酸、约350个核苷酸与约400个核苷酸、约400个核苷酸与约450个核苷酸、约450个核苷酸与约500个核苷酸、约500个核苷酸与约550个核苷酸、约550个核苷酸与约600个核苷酸、约600个核苷酸与约650个核苷酸、约650个核苷酸与约700个核苷酸、约700个核苷酸与约750个核苷酸、约750个核苷酸与约800个核苷酸、约800个核苷酸与约850个核苷酸、约850个核苷酸与约900个核苷酸、约900个核苷酸与约950个核苷酸、或约950个核苷酸与约1000个核苷酸之间中的任一者。在一些实施例中，捕获核酸分子包含约150个的核苷酸。在一些实施例中，捕获核酸分子为约150个核苷酸。在一些实施例中，捕获核酸分子包含约170个的核苷酸。在一些实施例中，捕获核酸分子为约170个核苷酸。

在一些实施例中，本文提供的诱饵包括DNA、RNA或DNA/RNA分子。在一些实施例中，本文提供的诱饵包括标记或标签。在一些实施例中，标记或标签为放射性标记、荧光标记、酶标记、序列标签、生物素或另一种配体。在一些实施例中，本文提供的诱饵包括检测试剂，诸如荧光标志物。在一些实施例中，本文提供的诱饵包括(例如，缀合至)亲和标签，该亲和标签例如允许捕获和分离由诱饵和与该诱饵杂交的核酸形成的杂交体。在一些实施例中，亲和标签为抗体、抗体片段、生物素或本领域已知的任何其他合适的亲和标签或试剂。在一些实施例中，诱饵适合于溶液相杂交。

诱饵可以根据本领域已知的方法来生产和使用，例如，如WO2012092426A1和/或Frampton等人(2013)Nat Biotechnol,31:1023-1031中所述，该文献通过引用并入本文。例如，可以通过获得最初在微阵列上合成的合成长寡核苷酸库，并扩增寡核苷酸以产生诱饵序列来产生生物素化诱饵(例如，RNA诱饵)。在一些实施例中，通过在诱饵序列的一端处添加RNA聚合酶启动子序列并使用RNA聚合酶合成RNA序列来产生诱饵。在一个实施例中，合成寡脱氧核苷酸的文库可以从商业供应商，诸如Agilent Technologies,Inc.获得，并使用已知的核酸扩增方法进行扩增。

在一些实施例中，本文提供的诱饵在约100个核苷酸与约300个核苷酸之间。在一些实施例中，本文提供的诱饵在约130个核苷酸与约230个核苷酸之间。在一些实施例中，本文提供的诱饵在约150个核苷酸与约200个核苷酸之间。在一些实施例中，本文提供的诱饵包含靶标特异性诱饵序列(例如，本文所述的捕获核酸分子)和每个末端上的通用尾部。在一些实施例中，靶标特异性序列，例如本文所述的捕获核酸分子，在约40个核苷酸与约300个核苷酸之间。在一些实施例中，靶标特异性序列，例如本文所述的捕获核酸分子，在约100个核苷酸与约200个核苷酸之间。在一些实施例中，靶标特异性序列，例如本文所述的捕获核酸分子，在约120个核苷酸与约170个核苷酸之间。在一些实施例中，靶标特异性序列，例如本文所述的捕获核酸分子，为约150个核苷酸或约170个核苷酸。在一些实施例中，本文提供的诱饵包含寡核苷酸，该寡核苷酸包含约200个核苷酸，其中约150个核苷酸或约170个核苷酸是靶标特异性的(例如，本文所述的捕获核酸分子)，并且其他50个核苷酸或30个核苷酸(例如，诱饵的每端处的25或15个核苷酸)是通用任意尾，例如适合于PCR扩增。

本文所述的诱饵可用于选择外显子和短靶标序列。

在一些实施例中，本公开的诱饵将包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸(例如基因组核酸或转录核酸，例如cDNA或RNA)，与参考核苷酸序列，例如不包含本文所述的一个或多个突变的核苷酸序列区分开来。

在一些实施例中，诱饵与本文所述的CD274突变或与本文所述的CD274断点(例如，其引起本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联)，以及突变或断点的任一侧上的序列(例如，突变或断点的任一侧上的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸中的任一者，或突变或断点的任一侧上的1个与约5个、约5个与约10个、约10个与约15个、约15个与约20个、约20个与约25个、约25个与约30个、约30个与约35个、约35个与约40个、约40个与约45个、约45个与约50个、约50个与约55个、约55个与约60个、约60个与约65个、约70个与约75个、约75个与约80个、约80个与约85个、约85个与约90个、约90个与约95个、或约95个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)杂交。

在一些实施例中，本公开的诱饵与突变(例如，本文所述的一个或多个CD274突变，或与引起本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关的断点、重排、倒位、重复、缺失、插入或易位)特异性杂交。

在一些实施例中，本公开的诱饵适合于溶液相杂交。

本文还提供适合于检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的探针，例如核酸分子。在一些实施例中，本文提供的探针包含配置成与靶核酸分子杂交的核酸序列，该靶核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，探针配置成与靶核酸分子上的CD274核苷酸序列或与其片段或部分杂交。在一些实施例中，片段或部分包含约5个与约25个之间的核苷酸、约5个与约300个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、约130个与约230个之间的核苷酸、或约150个与约200个之间的核苷酸。

在一些实施例中，探针包含配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变，例如，在由染色体重排或基因融合产生的断点中，并且可以进一步配置成与约10个与约100个之间或更多个核苷酸杂交，例如在断点的任一侧的侧面约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者。

在一些实施例中，探针包含配置成与包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或者与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)。在一些实施例中，探针包含配置成与包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或者与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。在一些实施例中，探针包含配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交的核苷酸序列(例如，加上或减去约10个与约20个、约20个与约30个、约30个与约40个、约40个与约50个、约50个与约60个、约60个与约70个、约70个与约80个、约80个与约90个、或约90个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。

在一些实施例中，探针包含核酸分子，该核酸分子为DNA、RNA或DNA/RNA分子。在一些实施例中，探针包含核酸分子，该核酸分子包含约10个与约20个之间的核苷酸、约12个与约20个之间的核苷酸、约10个与约1000个之间的核苷酸、约50个与约500个之间的核苷酸、约100个与约500个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、约130个与约230个之间的核苷酸、或约150个与约200个之间的核苷酸中的任一者。在一些实施例中，探针包含核酸分子，该核酸分子包含10个核苷酸、11个核苷酸、12个核苷酸、13个核苷酸、14个核苷酸、15个核苷酸、16个核苷酸、17个核苷酸、18个核苷酸、19个核苷酸、20个核苷酸、21个核苷酸、22个核苷酸、23个核苷酸、24个核苷酸、25个核苷酸、26个核苷酸、27个核苷酸、28个核苷酸、29个核苷酸或30个核苷酸中的任一者。在一些实施例中，探针包含核酸分子，该核酸分子包含约40个核苷酸与约50个核苷酸、约50个核苷酸与约100个核苷酸、约100个核苷酸与约150个核苷酸、约150个核苷酸与约200个核苷酸、约200个核苷酸与约250个核苷酸、约250个核苷酸与约300个核苷酸、约300个核苷酸与约350个核苷酸、约350个核苷酸与约400个核苷酸、约400个核苷酸与约450个核苷酸、约450个核苷酸与约500个核苷酸、约500个核苷酸与约550个核苷酸、约550个核苷酸与约600个核苷酸、约600个核苷酸与约650个核苷酸、约650个核苷酸与约700个核苷酸、约700个核苷酸与约750个核苷酸、约750个核苷酸与约800个核苷酸、约800个核苷酸与约850个核苷酸、约850个核苷酸与约900个核苷酸、约900个核苷酸与约950个核苷酸、或约950个核苷酸与约1000个核苷酸之间中的任一者。在一些实施例中，探针包含含有约12个与约20个核苷酸之间的核酸分子。

在一些实施例中，本文提供的探针包括DNA、RNA或DNA/RNA分子。在一些实施例中，本文提供的探针包括标记或标签。在一些实施例中，标记或标签为放射性标记(例如，放射性同位素)、荧光标记(例如，荧光化合物)、酶标记、酶辅因子、序列标签、生物素或另一种配体。在一些实施例中，本文提供的探针包括检测试剂，诸如荧光标志物。在一些实施例中，本文提供的探针包括(例如，缀合至)亲和标签，该亲和标签例如允许捕获和分离由探针和与该探针杂交的核酸形成的杂交体。在一些实施例中，亲和标签为抗体、抗体片段、生物素或本领域已知的任何其他合适的亲和标签或试剂。在一些实施例中，探针适合于溶液相杂交。

在一些实施例中，本文提供的探针可以根据本文提供的检测一个或多个CD274突变的方法来使用，例如用于检测包含或编码包含本文所述的一种或多种突变的CD274基因或其部分的核酸分子。例如，本文提供的探针可用于在样品(例如从个体获得的样品)中检测本文提供的一个或多个CD274突变，例如在包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子中。在一些实施例中，探针可用于鉴别表达包含本文提供的一个或多个突变的CD274基因的细胞或组织，或包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子，例如，通过测量包含本文提供的一个或多个突变的CD274基因或包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的水平。在一些实施例中，探针可用于在来自个体的细胞样品中检测包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的水平，例如mRNA水平。

在一些实施例中，本文提供的探针与包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的重排(例如，缺失、倒位、插入、重复或其他重排)的核酸特异性杂交。

在一些实施例中，本公开的探针将具有本文所述的一个或多个CD274突变的核酸(例如基因组核酸或转录核酸，例如cDNA或RNA)，与参考核苷酸序列，例如不具有该一个或多个突变的核苷酸序列区分开来。

本文还提供分离的等位基因特异性探针对，其中，例如，该对的第一探针与包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子特异性杂交，并且该对中的第二探针与相应的野生型序列(例如，野生型CD274核酸分子)特异性杂交。探针对可以针对本文所述的任何核酸分子(例如，包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分)而设计和产生，并且可用于检测样品中的体细胞突变。在一些实施例中，一对中的第一探针与突变(例如，本文所述的一个或多个CD274突变，或与导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的断点、重排、倒位、重复、缺失、插入或易位)特异性杂交，并且一对中的第二探针与突变的上游或下游的序列特异性杂交。

在一些实施例中，本文提供的一个或多个探针适合于用于原位杂交方法中，例如如上所述，诸如FISH。

例如，用于本文所述的FISH方法中的染色体探针的长度通常为约50至约10⁵个核苷酸。较长的探针通常包含约100至约500个核苷酸的较小片段。与着丝粒DNA和基因座特异性DNA杂交的探针可例如从Vysis,Inc.(Downers Grove,Ill.)、Molecular Probes,Inc.(Eugene,Oreg.)或从Cytocell(Oxfordshire,UK)商业获得。替代性地，可以通过标准技术从染色体或基因组DNA非商业性地制备探针。例如，可以使用的DNA源包括基因组DNA、克隆的DNA序列、含有一条染色体或一条染色体的一部分(例如，人类染色体)以及宿主的正常染色体互补体的体细胞杂交体，以及通过流式细胞术或显微切割纯化的染色体。目标区域可以通过克隆或通过经由聚合酶链式反应(PCR)的位点特异性扩增来分离。本公开的探针还可以与RNA分子(例如mRNA，诸如包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的RNA)杂交。

在一些实施例中，探针(诸如用于本文所述的FISH方法中的探针)用于确定细胞遗传学异常是否存在于一个或多个细胞中，例如存在于被本文提供的一个或多个探针结合的染色体区域或RNA中。细胞遗传学异常可以是导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的细胞遗传学异常。此类细胞遗传学异常的实例包括但不限于缺失(例如，整个染色体的缺失或一条或多条染色体的片段的缺失)、重复(例如，整个染色体的重复、或小于整个染色体的区域的重复)、易位(例如，非相互易位、平衡易位)、染色体内倒位、点突变、缺失、基因拷贝数变化、种系突变和基因表达水平变化。

在一些实施例中，探针(诸如用于本文所述的FISH方法中的探针)被标记，使得可以检测与探针杂交的染色体区域或RNA上的区域。探针通常直接用荧光团标记，无需辅助检测分子即可允许探针可视化。探针还可以通过切口平移、随机引物标记或PCR标记来标记。标记可以使用荧光(直接)或半抗原(间接)标记的核苷酸来完成。标记的代表性、非限制性实例包括：AMCA-6-dUTP、CascadeBlue-4-dUTP、荧光素-12-dUTP、罗丹明-6-dUTP、TexasRed-6-dUTP、Cy3-6-dUTP、Cy5-dUTP、生物素(BIO)-11-dUTP、地高辛(DIG)-11-dUTP和二硝基苯基(DNP)-11-dUTP。探针还可以用生物素或地高辛间接标记，或用放射性同位素诸如³²P和³H标记，并使用辅助检测分子，或进行进一步处理，以使探针可视化。例如，用生物素标记的探针可以通过缀合至可检测标志物的亲和素来检测，例如，亲和素可以缀合至酶标志物诸如碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶。可以使用酶的底物和/或催化剂在标准比色反应中检测酶标志物。碱性磷酸酶的催化剂包括5-溴-4-氯-3-吲哚基磷酸盐和硝基蓝四唑。二氨基苯甲酸酯可用作辣根过氧化物酶的催化剂。还可以制备探针，使得在探针与其靶标杂交后添加荧光或其他标记以检测探针与靶标杂交。例如，可以使用具有掺入核苷酸序列中的抗原分子的探针。杂交后，例如使用与抗原分子反应的特异性抗体来检测这些抗原分子。例如，此类抗体本身可以掺入荧光染料，或者可以使用具有结合的荧光染料的第二抗体来检测。对于荧光探针(例如FISH技术中使用的荧光探针)，可以使用为每个荧光团配备适当滤光片的荧光显微镜观察荧光，或者通过使用双或三带通滤光片组观察多个荧光团。替代性地，可以使用诸如流式细胞术等技术来检查染色体探针的杂交模式。

在一些实施例中，探针与本文所述的CD274突变或与本文所述的CD274断点(例如，其引起本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联)，以及突变或断点的任一侧上的序列(例如，突变或断点的任一侧上的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸中的任一者，或突变或断点的任一侧上的1个与约5个、约5个与约10个、约10个与约15个、约15个与约20个、约20个与约25个、约25个与约30个、约30个与约35个、约35个与约40个、约40个与约45个、约45个与约50个、约50个与约55个、约55个与约60个、约60个与约65个、约70个与约75个、约75个与约80个、约80个与约85个、约85个与约90个、约90个与约95个、或约95个与约100个之间或更多个核苷酸中的任一者)杂交。

在一些方面，本文提供例如，可用作引物的寡核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)包含配置成与靶核酸分子杂交的核苷酸序列，该靶核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分，或其片段或部分。在一些实施例中，寡核苷酸包含配置成与靶核酸分子上的CD274核苷酸序列杂交的核苷酸序列。在一些实施例中，寡核苷酸包含配置成与靶核酸分子的片段或部分杂交的核苷酸序列。

在一些实施例中，寡核苷酸(例如引物)包含配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变，并且可以进一步配置成与在断点的任一侧的侧面约10个与约12个、约12个与约15个、约15个与约17个、约17个与约20个、约20个与约25个、或约25个与约30个之间或更多个核苷酸杂交。

在一些实施例中，寡核苷酸(例如引物)包含配置成与CD274的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约12个、约12个与约15个、约15个与约17个、约17个与约20个、约20个与约25个、或约25个与约30个之间或更多个核苷酸中的任一者)。在一些实施例中，寡核苷酸(例如引物)包含配置成与包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因的内含子或外显子中的核苷酸序列杂交，或者与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点中的核苷酸序列杂交的核苷酸序列，该CD274基因或其部分包含本文所述的一个或多个突变(例如，加上或减去约10个与约12个、约12个与约15个、约15个与约17个、约17个与约20个、约20个与约25个、或约25个与约30个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。在一些实施例中，寡核苷酸(例如引物)包含配置成与包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中的断点杂交的核苷酸序列(例如，加上或减去约10个与约12个、约12个与约15个、约15个与约17个、约17个与约20个、约20个与约25个、或约25个与约30个之间或更多个核苷酸中的任一者)，其中断点将CD274基因的内含子或外显子连接至另一个基因的内含子或外显子。

在一些实施例中，寡核苷酸包含对应于核酸分子的核苷酸序列，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，寡核苷酸包含对应于核酸分子的片段或部分的核苷酸序列，该核酸分子的片段或部分包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，片段或部分包含约10个与约30个之间的核苷酸、约12个与约20个之间的核苷酸、或约12个与约17个之间的核苷酸。在一些实施例中，寡核苷酸包含与核酸分子互补的核苷酸序列，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，寡核苷酸包含与核酸分子互补的核苷酸序列，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，片段或部分包含约10个与约30个之间的核苷酸、约12个与约20个之间的核苷酸、或约12个与约17个之间的核苷酸。

在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)包含与其靶核苷酸序列充分互补的核苷酸序列，使得寡核苷酸例如在高严格条件下与包含靶核苷酸序列的核酸分子特异性杂交。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)包含与其靶核苷酸序列充分互补的核苷酸序列，使得寡核苷酸在允许聚合反应(例如，PCR)发生的条件下与包含靶核苷酸序列的核酸分子特异性杂交。

在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)可用于经由PCR(聚合酶链式反应)或测序方法启动DNA合成。在一些实施例中，寡核苷酸可用于例如使用PCR扩增包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分或其片段的核酸分子。在一些实施例中，寡核苷酸可用于对包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子进行测序。在一些实施例中，寡核苷酸可用于例如使用PCR扩增包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的断点的核酸分子。在一些实施例中，寡核苷酸可用于例如使用PCR对包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的断点的核酸分子进行测序。

在一些实施例中，本文提供寡核苷酸对(例如引物对)，其配置成与包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子杂交。在一些实施例中，本公开的一对寡核苷酸可用于例如使用PCR反应指导包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子的扩增。在一些实施例中，本文提供寡核苷酸对(例如引物对)，其配置成与包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的断点的核酸分子杂交，例如用于指导核酸分子或其片段的扩增，例如使用PCR反应。

在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)是单链核酸分子，例如用于测序或扩增方法中。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸是双链核酸分子。在一些实施例中，双链寡核苷酸被处理，例如变性，以在使用之前分离其两条链，例如在测序或扩增方法中。本文提供的寡核苷酸包含足够长度的核苷酸序列以与其靶标杂交并引发延伸产物的合成，例如在PCR或测序期间。

在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸(例如引物)包括5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100或更多个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约8个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约10个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约12个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约15个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约20个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含至少约30个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约10个与约30个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约10个与约25个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约10个与约20个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约10个与约15个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约12个与约20个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸包含约17个与约20个之间的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。在一些实施例中，本文提供的寡核苷酸的长度和核苷酸序列根据本领域已知的方法确定，例如基于以下因素，诸如具体应用(例如PCR、测序文库制备、测序)、反应条件(例如缓冲剂、温度)以及寡核苷酸的核苷酸序列或其靶互补序列的核苷酸组成。

在一些实施例中，本公开的寡核苷酸(例如引物)将包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸(例如基因组核酸或转录核酸，例如cDNA或RNA)，与参考核苷酸序列，例如不具有一个或多个突变的核苷酸序列区分开来。在一些实施例中，本公开的寡核苷酸(例如引物)将包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的断点的核酸(例如基因组核酸或转录核酸，例如cDNA或RNA)，与参考核苷酸序列，例如不具有断点的核苷酸序列区分开来。

一方面，本文提供用于扩增包含细胞遗传学异常的核酸分子的引物或引物组，该细胞遗传学异常诸如导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的改变、重排、染色体倒位、缺失、易位、重复或其他重排。另一方面，本文提供用于扩增包含导致本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联的改变、重排、染色体倒位、插入、缺失、易位、重复或其他重排的核酸分子的引物或引物组。在某些方面，本文提供等位基因特异性寡核苷酸(例如引物)，其中一对的第一寡核苷酸与突变(例如本文所述的一个或多个CD274突变)特异性杂交，并且一对的第二寡核苷酸与突变的上游或下游的序列特异性杂交。在某些方面，本文提供寡核苷酸(例如引物)对，其中一对的第一寡核苷酸与突变(例如本文所述的一个或多个CD274突变)的上游的序列特异性杂交，并且一对的第二寡核苷酸与突变的下游的序列特异性杂交。

在一些实施例中，寡核苷酸(例如引物)与本文所述的CD274突变或与本文所述的CD274断点(例如，其引起本文所述的一个或多个CD274突变或与本文所述的一个或多个CD274突变相关联)以及突变或断点的任一侧上的序列(例如，突变或断点的任一侧上的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸中的任一者)杂交。

肿瘤突变负荷

在一些实施例中，本文提供的方法包括获取本公开的癌症中的肿瘤突变负荷的知识或检测其水平。在一些实施例中，获取本公开的癌症中的肿瘤突变负荷的知识或检测其水平包括测量样品中(例如，在从个体获得的来自癌症或肿瘤的样品中)的肿瘤突变负荷的水平。

在一些实施例中，在来自个体的样品(诸如本文所述的样品)中评定肿瘤突变负荷。在一些实施例中，来自个体的样品包含流体、细胞或组织。在一些实施例中，来自个体的样品包含肿瘤活组织切片或循环肿瘤细胞。在一些实施例中，来自个体的样品包含核酸。在一些实施例中，来自个体的样品包含mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。

在一些实施例中，使用本领域已知的任何合适的方法测量肿瘤突变负荷。例如，可以使用全外显子组测序(WES)、下一代测序、全基因组测序、基因靶向测序或一组基因(例如，包括癌症相关基因的组)的测序来测量肿瘤突变负荷。参见例如，Melendez等人，TranslLung Cancer Res(2018)7(6):661-667。在一些实施例中，使用基因靶向测序，例如使用核酸杂交-捕获方法，例如与测序结合来测量肿瘤突变负荷。参见例如，Fancello等人，JImmunother Cancer(2019)7:183。

在一些实施例中，根据WO2017151524A1中提供的方法测量肿瘤突变负荷，该文献通过引用整体并入本文。

在一些实施例中，通过全外显子组测序测量样品中的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，使用下一代测序测量样品中的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，使用全基因组测序测量样品中的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，通过基因靶向测序测量样品中的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在约0.8Mb与约1.3Mb之间的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在约0.8Mb、约0.81Mb、约0.82Mb、约0.83Mb、约0.84Mb、约0.85Mb、约0.86Mb、约0.87Mb、约0.88Mb、约0.89Mb、约0.9Mb、约0.91Mb、约0.92Mb、约0.93Mb、约0.94Mb、约0.95Mb、约0.96Mb、约0.97Mb、约0.98Mb、约0.99Mb、约1Mb、约1.01Mb、约1.02Mb、约1.03Mb、约1.04Mb、约1.05Mb、约1.06Mb、约1.07Mb、约1.08Mb、约1.09Mb、约1.1Mb、约1.2Mb或约1.3Mb的经测序DNA中的任一者上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在约0.8Mb的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在约0.83Mb与约1.14Mb之间的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在最多约1.24Mb的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在最多约1.1Mb的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。在一些实施例中，在约0.79Mb的经测序DNA上测量肿瘤突变负荷。

在一些实施例中，本公开的癌症具有小于约10mut/Mb的肿瘤突变负荷，例如约9.9mut/Mb、约9.8mut/Mb、约9.6mut/Mb、约9.4mut/Mb、约9.2mut/Mb、约9mut/Mb、约8.8mut/Mb、约8.6mut/Mb、约8.4mut/Mb、约8.2mut/Mb、约8mut/Mb、约7.8mut/Mb、约7.6mut/Mb、约7.4mut/Mb、约7.2mut/Mb、约7mut/Mb、约6.8mut/Mb、约6.6mut/Mb、约6.4mut/Mb、约6.2mut/Mb、约6mut/Mb、约5.8mut/Mb、约5.6mut/Mb、约5.4mut/Mb、约5.2mut/Mb、约5mut/Mb、约4.8mut/Mb、约4.6mut/Mb、约4.4mut/Mb、约4.2mut/Mb、约4mut/Mb、约3.8mut/Mb、约3.6mut/Mb、约3.4mut/Mb、约3.2mut/Mb、约3mut/Mb、约2.8mut/Mb、约2.6mut/Mb、约2.4mut/Mb、约2.2mut/Mb、约2mut/Mb、约1.8mut/Mb、约1.6mut/Mb、约1.4mut/Mb、约1.2mut/Mb、约1mut/Mb、约0.8mut/Mb、约0.6mut/Mb、约0.4mut/Mb、约0.2mut/Mb中的任一者或更少。

在一些实施例中，本公开的癌症具有，例如至少约10mut/Mb的高肿瘤突变负荷。在一些实施例中，癌症具有至少约10mut/Mb的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，癌症具有至少约20mut/Mb的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，癌症具有约10mut/Mb与约15mut/Mb之间、约15mut/Mb与约20mut/Mb之间、约20mut/Mb与约25mut/Mb之间、约25mut/Mb与约30mut/Mb之间、约30mut/Mb与约35mut/Mb之间、约35mut/Mb与约40mut/Mb之间、约40mut/Mb与约45mut/Mb之间、约45mut/Mb与约50mut/Mb之间、约50mut/Mb与约55mut/Mb之间、约55mut/Mb与约60mut/Mb之间、约60mut/Mb与约65mut/Mb之间、约65mut/Mb与约70mut/Mb之间、约70mut/Mb与约75mut/Mb之间、约75mut/Mb与约80mut/Mb之间、约80mut/Mb与约85mut/Mb之间、约85mut/Mb与约90mut/Mb之间、约90mut/Mb与约95mut/Mb之间、或约95mut/Mb与约100mut/Mb之间中的任一者的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，癌症具有约100mut/Mb与约110mut/Mb之间、约110mut/Mb与约120mut/Mb之间、约120mut/Mb与约130mut/Mb之间、约130mut/Mb与约140mut/Mb之间、约140mut/Mb与约150mut/Mb之间、约150mut/Mb与约160mut/Mb之间、约160mut/Mb与约170mut/Mb之间、约170mut/Mb与约180mut/Mb之间、约180mut/Mb与约190mut/Mb之间、约190mut/Mb与约200mut/Mb之间、约210mut/Mb与约220mut/Mb之间、约220mut/Mb与约230mut/Mb之间、约230mut/Mb与约240mut/Mb之间、约240mut/Mb与约250mut/Mb之间、约250mut/Mb与约260mut/Mb之间、约260mut/Mb与约270mut/Mb之间、约270mut/Mb与约280mut/Mb之间、约280mut/Mb与约290mut/Mb之间、约290mut/Mb与约300mut/Mb之间、约300mut/Mb与约310mut/Mb之间、约310mut/Mb与约320mut/Mb之间、约320mut/Mb与约330mut/Mb之间、约330mut/Mb与约340mut/Mb之间、约340mut/Mb与约350mut/Mb之间、约350mut/Mb与约360mut/Mb之间、约360mut/Mb与约370mut/Mb之间、约370mut/Mb与约380mut/Mb之间、约380mut/Mb与约390mut/Mb之间、约390mut/Mb与约400mut/Mb之间中的任一者或大于400mut/Mb的肿瘤突变负荷。在一些实施例中，癌症具有至少约100mut/Mb、至少约110mut/Mb、至少约120mut/Mb、至少约130mut/Mb、至少约140mut/Mb、至少约150mut/Mb或更多的TMB。

在一些实施例中，测量肿瘤突变负荷包括评定源自个体中的癌症的样品中的突变。在一些实施例中，测量肿瘤突变负荷包括评定源自个体中的癌症的样品中和匹配的正常样品(例如源自无癌症的组织或其他来源的个体的样品)中的突变。

PD-L1表达

在一些实施例中，本文提供的方法包括获取本公开的癌症中的PD-L1表达的知识或检测其水平。在一些实施例中，获取本公开的癌症中的PD-L1表达的知识或检测其水平包括测量样品中(例如，在从个体获得的来自癌症或肿瘤的样品中)的PD-L1表达。

可以使用用于测量来自个体的样品中的PD-L1表达的任何合适的方法。例如，可以使用免疫组织化学(IHC)、Western印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶联免疫过滤测定(ELIFA)、荧光活化细胞分选(FACS)、MassARRAY、蛋白质组学(例如质谱)、定量的基于血液的测定(例如血清ELISA)、生化酶活性测定、原位杂交、Northern分析、聚合酶链式反应(“PCR”)(包括定量实时分析时间PCR(qRT-PCR)和其他基于扩增的方法)、RNA测序(RNA-seq)、FISH、微阵列分析、基因表达谱和/或基因表达的连续分析(“SAGE”)来测量PD-L1表达的水平。也可以使用多重免疫测定，诸如可从Rules BasedMedicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的那些。

在一些实施例中，基于样品中PD-L1 mRNA的水平来测量来自个体的样品中的PD-L1表达。可以使用用于测量来自个体的样品中的mRNA表达的任何合适的方法。例如，可以使用原位杂交、Northern分析、聚合酶链式反应(“PCR”)(包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其他基于扩增的方法)、RNA测序(RNA-seq)、FISH、微阵列分析、基因表达谱和/或基因表达的系列分析(“SAGE”)来测量PD-L1 mRNA表达的水平。

在一些实施例中，基于样品中PD-L1蛋白的水平来测量来自个体的样品中的PD-L1表达。可以使用用于测量来自个体的样品中的蛋白质表达的任何合适的方法。例如，可以使用免疫组织化学(IHC)、Western印迹分析、免疫沉淀、分子结合测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、酶联免疫过滤测定(ELIFA)、荧光活化细胞分选(FACS)、蛋白质组学(例如质谱)、定量的基于血液的测定(例如血清ELISA)、生化酶活性测定或多重免疫测定(诸如可从Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的那些)来测量PD-L1蛋白表达的水平。

在一些实施例中，如果至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)和/或肿瘤细胞(TC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤细胞表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。

在一些实施例中，如果在来自个体的样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)和/或肿瘤细胞(TC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果在来自个体的样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果在来自个体的样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤细胞表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则本文提供的癌症被确定为PD-L1阳性。

在一些实施例中，如果样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)和/或肿瘤细胞(TC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则来自个体的样品被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤浸润免疫细胞(IC)表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则来自个体的样品被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，如果样品中至少约1％(例如，至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者)的肿瘤细胞表达PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA(例如，PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA阳性)，则来自个体的样品被确定为PD-L1阳性。

在一些实施例中，在来自个体的样品(诸如本文所述的样品)中评定PD-L1蛋白和/或PD-L1 mRNA的水平。在一些实施例中，来自个体的样品包含流体、细胞或组织。在一些实施例中，来自个体的样品包含肿瘤活组织切片或循环肿瘤细胞。在一些实施例中，样品获自或源自癌症，例如本公开的癌症。

在本文提供的任何方法的一些实施例中，如果样品中0％的肿瘤细胞表达PD-L1，则来自个体(例如患有本公开的癌症的个体)的样品被确定为PD-L1阴性。在本文提供的任何方法的一些实施例中，如果样品中至少约1％的肿瘤细胞表达PD-L1，则来自个体(例如患有本公开的癌症的个体)的样品被确定为PD-L1阳性。在本文提供的任何方法的一些实施例中，如果样品中约1％与约49％之间的肿瘤细胞表达PD-L1，则来自个体(例如患有本公开的癌症的个体)的样品被确定为PD-L1低阳性。在本文提供的任何方法的一些实施例中，如果样品中至少约50％或更多的肿瘤细胞表达PD-L1，则来自个体(例如患有本公开的癌症的个体)的样品被确定为PD-L1高阳性。在本文提供的任何方法的一些实施例中，如果样品是PD-L1低阳性或PD-L1高阳性，则来自个体(例如患有本公开的癌症的个体)的样品被确定为PD-L1阳性。

在一些实施例中，使用免疫组织化学测定来测量PD-L1蛋白表达的水平。在一些实施例中，使用VENTANA PD-L1测定(SP142)来测量PD-L1蛋白表达的水平。在一些实施例中，基于肿瘤浸润免疫细胞(IC)和/或肿瘤细胞(TC)中的PD-L1表达来确定PD-L1蛋白表达的水平。有关VENTANA SP142测定的另外的信息，请访问网站：www[dot]accessdata[dot]fda[dot]gov/cdrh_docs/pdf16/P160002c.pdf。

在一些实施例中，使用免疫组织化学测定(诸如DAKO 22C3测定)基于PD-L1肿瘤细胞表达来确定PD-L1蛋白表达的水平。在一些实施例中，基于肿瘤比例评分(TPS)来评定PD-L1蛋白表达的水平。TPS是示出部分或完全PD-L1膜染色(例如，在0、1+、2+和3等级上≥1+强度处)的肿瘤细胞相对于样品中存在的所有肿瘤细胞的百分比。在一些实施例中，TPS计算为：PD-L1阳性肿瘤细胞的数量/PD-L1阳性肿瘤细胞的总数+PD-L1阴性肿瘤细胞的总数。如本文所用，PD-L1低阳性状态被定义为1％与49％之间的TPS，并且PD-L1高阳性状态被定义为50％或更高的TPS。如本文所用，PD-L1阴性状态被定义为小于1％的TPS。在一些实施例中，如果本公开的癌症具有PD-L1低阳性状态或PD-L1高阳性状态，则其被确定为PD-L1阳性。在一些实施例中，本公开的癌症为PD-L1阳性(例如，在从患有癌症的个体获得的样品中，确定癌症具有至少约1％、至少约2％、至少约3％、至少约4％、至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或100％中的任一者的TPS)。在一些实施例中，本公开的癌症为PD-L1低阳性(例如，在从患有癌症的个体获得的样品中，确定癌症具有约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％、约35％、约36％、约37％、约38％、约39％、约40％、约41％、约42％、约43％、约44％、约45％、约46％、约47％、约48％或约49％中的任一者的TPS)。在一些实施例中，本公开的癌症为PD-L1高阳性(例如，在从患有癌症的个体获得的样品中，确定癌症具有约50％、约51％、约52％、约53％、约54％、约55％、约56％、约57％、约58％、约59％、约60％、约61％、约62％、约63％、约64％、约65％、约66％、约67％、约68％、约69％、约70％、约71％、约72％、约73％、约74％、约75％、约76％、约77％、约78％、约79％、约80％、约81％、约82％、约83％、约84％、约85％、约86％、约87％、约88％、约89％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％中的任一者的TPS)。在一些实施例中，本公开的癌症是PD-L1阴性(例如，在从患有癌症的个体获得的样品中，确定该癌症具有小于1％的TPS)。有关DAKO 22C3测定和TPS评分的另外的信息，请参见例如以下网站：www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/29158_pd-l1-ihc-22C3-pharmdx-nsclc-interpretation-manual.pdf。

抗体

本文提供与由CD274基因(例如，包含本文所述的一个或多个突变)或其部分编码的PD-L1多肽特异性结合的抗体或抗体片段。抗体可以是任何合适类型的抗体，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)或抗体片段，只要该抗体或抗体片段表现出特异性抗原结合活性(例如，与由CD274基因(例如包含本文所述的一个或多个突变)或其部分编码的PD-L1多肽结合)。

在一些实施例中，由CD274基因(例如，包含本文所述的一个或多个突变)或其片段编码的PD-L1多肽用作免疫原以例如使用标准技术产生本公开的一种或多种抗体用于多克隆和单克隆抗体制备。在一些实施例中，由CD274基因(例如，包含本文所述的一个或多个突变)或其片段编码的PD-L1多肽，用于提供抗原肽片段(例如，包含至少约8个、至少约10个、至少约15个、至少约20个、至少约30个或更多个氨基酸中的任一者)用作免疫原以产生本公开的一种或多种抗体，例如，使用用于多克隆和单克隆抗体制备的标准技术。如本领域已知的，本公开的抗体可以通过免疫合适的(即，免疫活性的)受试者诸如兔、山羊、小鼠或其他哺乳动物或脊椎动物来制备。适当的免疫原性制剂可以含有例如重组表达的或化学合成的多肽，例如本文所述的PD-L1多肽或其片段。该制剂可进一步包括佐剂，诸如弗氏完全佐剂或不完全佐剂，或类似的免疫刺激剂。

在一些实施例中，本文提供的抗体是多克隆抗体。生产多克隆抗体的方法是本领域已知的。在一些实施例中，本文提供的抗体是单克隆抗体，其中抗体分子群仅含有一种能够与特定表位(例如本文提供的PD-L1多肽上的表位)免疫反应或结合的抗原结合位点。制备单克隆抗体的方法是本领域已知的，例如使用最初由Kohler和Milstein(1975)Nature256:495-497描述的标准杂交瘤技术、人B细胞杂交瘤技术(参见Kozbor等人，1983,Immunol.Today 4:72)、EBV杂交瘤技术(参见Cole等人，第77-96页，于MonoclonalAntibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,Inc.,1985)或Trioma技术。用于产生杂交瘤的技术是众所周知的(一般参见Current Protocols in Immunology,Coligan等人编辑，John Wiley&Sons,New York,1994)。本公开的单克隆抗体还可以通过用目标多肽(例如，本文提供的PD-L1多肽或其片段)筛选重组组合免疫球蛋白文库(例如，抗体噬菌体展示文库)来鉴别和分离。用于生成和筛选噬菌体展示文库的试剂盒是可商业获得的(例如，Pharmacia Recombinant Phage Antibody System，目录号27-9400-01；和StratageneSurfZAP Phage Display Kit，目录号240612)。另外地，特别适合用于生成和筛选抗体展示文库的方法和试剂的实例可以在例如以下文献中找到：美国专利号5,223,409；PCT公开号WO 92/18619；PCT公开号WO 91/17271；PCT公开号WO 92/20791；PCT公开号WO 92/15679；PCT公开号WO 93/01288；PCT公开号WO 92/01047；PCT公开号WO 92/09690；PCT公开号WO90/02809；Fuchs等人(1991)Bio/Technology 9:1370-1372；Hay等人(1992)Hum.Antibod.Hybridomas 3:81-85；Huse等人(1989)Science 246:1275-1281；和Griffiths等人(1993)EMBO J.12:725-734。在一些实施例中，本公开的单克隆抗体是重组抗体，诸如包含人和非人部分两者的嵌合和人源化单克隆抗体。此类嵌合和/或人源化单克隆抗体可以通过本领域已知的重组DNA技术产生，例如使用以下文献中描述的方法：PCT公开号WO 87/02671；欧洲专利申请184,187；欧洲专利申请171,496；欧洲专利申请173,494；PCT公开号WO 86/01533；美国专利号4,816,567；欧洲专利申请125,023；Better等人(1988)Science 240:1041-1043；Liu等人(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA84:3439-3443；Liu等人(1987)J.Immunol.139:3521-3526；Sun等人(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:214-218；Nishimura等人(1987)Cancer Res.47:999-1005；Wood等人(1985)Nature 314:446-449；Shaw等人(1988)J.Natl.Cancer Inst.80:1553-1559；Morrison(1985)Science 229:1202-1207；Oi等人(1986)Bio/Techniques 4:214；美国专利5,225,539；Jones等人(1986)Nature321:552-525；Verhoeyan等人(1988)Science 239:1534；和Beidler等人(1988)J.Immunol.141:4053-4060。在一些实施例中，本公开的单克隆抗体是人单克隆抗体。在一些实施例中，使用本领域已知的方法制备人单克隆抗体，例如使用不能表达内源免疫球蛋白重链和轻链基因但可以表达人重链和轻链基因的转基因小鼠。有关用于生产人抗体的本技术的综述，参见Lonberg和Huszar(1995)Int.Rev.Immunol.13:65-93。对于这种用于产生人抗体和人单克隆抗体的技术以及用于产生此类抗体的方案的详细讨论，参见例如，美国专利5,625,126；美国专利5,633,425；美国专利5,569,825；美国专利5,661,016；和美国专利5,545,806。

在一些实施例中，本公开的抗体或抗体片段是分离的抗体或抗体片段，其已与其天然环境的组分或用于产生抗体或抗体片段的细胞培养物分离。在一些实施例中，如通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱(例如，离子交换或反相HPLC)方法确定的，将本公开的抗体纯化至大于95％或99％的纯度。

在一些实施例中，本公开的抗体可用于通过标准技术诸如亲和色谱或免疫沉淀分离本文提供的PD-L1多肽或其片段。在一些实施例中，本公开的抗体可用于检测，例如组织样品、细胞裂解物或细胞上清液中的本文提供的PD-L1多肽或其片段，以便评估PD-L1多肽的水平和/或表达模式。通过将抗体与可检测的物质偶联可以促进检测。因此，在一些实施例中，本公开的抗体与可检测的物质(诸如酶、辅基、荧光材料、发光材料、生物发光材料和放射性材料)偶联。合适的酶的非限制性实例包括例如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或乙酰胆碱酯酶；合适的辅基复合物的实例包括例如链霉亲和素/生物素和亲和素/生物素；合适的荧光材料的实例包括例如伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素、罗丹明、二氯三嗪胺荧光素、丹磺酰氯或藻红蛋白；发光材料的实例包括但不限于鲁米诺；生物发光材料的实例包括例如荧光素酶、荧光素和水母素；以及合适的放射性材料的实例包括例如¹²⁵I、¹³¹I、³⁵S或³H。

本公开的抗体或抗体片段还可用于诊断性地，例如，检测和/或监测组织或体液(例如，含肿瘤细胞的组织或体液)中的蛋白质水平(例如，本文提供的PD-L1多肽或其片段的蛋白质水平)，例如根据本文提供的方法。

在某些实施例中，本文提供的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如，10^-8M或更小，例如10^-8M至10^-13M，例如10^-9M至10^-13M)的解离常数(Kd)。测量抗体亲和力(例如，Kd)的方法是本领域已知的，并且包括但不限于放射性标记的抗原结合测定(RIA)和表面等离子体共振测定。在一些实施例中，使用本公开的抗体的Fab形式及其抗原(例如，本文提供的PD-L1多肽或其片段)测定抗体亲和力(例如，Kd)。在一些实施例中，用本公开的抗体的Fab形式及其抗原(例如，本文提供的PD-L1多肽或其片段)进行RIA。

在某些实施例中，本文提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)₂、Fv和单链抗体分子(例如，scFv)片段，以及本文描述的其他片段。

在某些实施例中，本文提供的抗体是双体抗体。双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价或双特异性的。在某些实施例中，本文提供的抗体是三体抗体或四体抗体。

在某些实施例中，本文提供的抗体是单结构域抗体。单结构域抗体为包含抗体的全部或部分重链可变结构域或全部或部分轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施例中，单结构域抗体是人单结构域抗体。

抗体片段可以通过各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及由重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)产生，如本领域已知以及如本文所述。

在某些实施例中，本文提供的抗体是嵌合抗体。在一个实例中，嵌合抗体包含非人可变区(例如源自小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人灵长类动物(诸如猴)的可变区)和人恒定区。在另一实例中，嵌合抗体为其中抗体的类别或亚类已经与亲本抗体的类别或亚类改变的“类别转换”抗体。嵌合抗体包括其抗原结合片段。

在某些实施例中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以减少对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包含一个或多个可变结构域，其中HVR，例如CDR(或其部分)源自非人抗体，而框架区(FR)(或其部分)源自人抗体序列。人源化抗体任选地还将包含人恒定区的至少一部分。在一些实施例中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人抗体(例如，HVR残基所来源于的抗体)的相应残基取代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。人源化抗体及其制备方法是本领域已知的。可用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合”方法选择的框架区；源自轻链或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列的框架区；人成熟(体细胞突变)框架区或人种系框架区；以及源自筛选FR文库的框架区。

在某些实施例中，本文提供的抗体是人抗体。可以使用本领域已知的各种技术来产生人抗体。例如，可以通过以下方式来制备人抗体：向转基因动物施用免疫原，该转基因动物已被修饰以响应于抗原激发而产生具有人可变区的完整人抗体或完整抗体。此类动物通常含有全部或部分人免疫球蛋白基因座，该全部或部分人免疫球蛋白基因座替代内源性免疫球蛋白基因座，或者在染色体外存在或随机整合至动物的染色体中。在此类转基因动物中，例如小鼠，内源性免疫球蛋白基因座通常已被灭活。可以进一步修饰来自由此类动物产生的完整抗体的人可变区，例如通过与不同的人恒定区组合。人抗体还可以通过本领域已知的基于杂交瘤的方法来制备，例如使用已知的人骨髓瘤和小鼠-人异种骨髓瘤细胞系来产生人单克隆抗体。人抗体还可以通过分离选自人源噬菌体展示文库的Fv克隆可变结构域序列产生。然后可以将此类可变结构域序列与预期的人恒定结构域结合。从抗体文库中选择人抗体的技术描述如下。

可以通过筛选组合文库中具有一个或多个所需活性的抗体来分离本公开的抗体。例如，本领域已知多种方法用于产生噬菌体展示文库并筛选此类文库以获得具有所需结合特征的抗体。在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的库通过聚合酶链式反应(PCR)单独克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以从该噬菌体文库中筛选抗原结合噬菌体。噬菌体通常将抗体片段展示为单链Fv(scFv)片段或Fab片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而无需构建杂交瘤。替代性地，可以克隆初始抗体库(例如，来自人)以提供针对广泛的非自身抗原和自身抗原的抗体的单一来源，而无需任何免疫。还可通过以下方式来合成初始文库：克隆来自干细胞的未重排的V基因区段；以及使用含有随机序列的PCR引物来扩增高度可变的CDR3区并完成体外重排。在本文中从人抗体文库分离出的抗体或抗体片段被认为是人抗体或人抗体片段。

在某些实施例中，本文提供的抗体为多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两种不同的位点或至少两种不同的抗原具有结合特异性的单克隆抗体。例如，结合特异性中的一种可以针对本公开的免疫检查点蛋白，而另一种可以针对任何其他抗原，例如本文提供的PD-L1多肽或其片段。可以将多特异性抗体制备为全长抗体或制备为抗体片段。用于制备多特异性抗体的技术是本领域已知的，并且包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达和“杵臼结构(knob-in-hole)”工程。多特异性抗体也可以通过以下方式来制备：设计静电操纵效应(例如，通过在恒定区中引入突变)来制备异二聚体Fc；交联两个或更多个抗体或片段；使用亮氨酸拉链产生双特异性抗体；使用“双体抗体”技术制备双特异性抗体片段；使用单链Fv(scFv)二聚体；以及制备三特异性抗体。具有三个或更多个功能性抗原结合位点的经工程化的抗体，包括“章鱼抗体”，也包括在本公开中。本公开的抗体或抗体片段还包括“双作用FAb”或“DAF”，例如，包含与免疫检查点蛋白以及另一种不同抗原结合的抗原结合位点。

在某些实施例中，考虑了本文提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可能期望改善抗体的结合亲和力和/或其他生物特性。本公开的抗体的氨基酸序列变体可以通过向编码抗体的核苷酸序列中引入适当的修饰或通过肽合成来制备。此类修饰包括例如抗体的氨基酸序列内残基的缺失和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入和取代的任意组合以实现最终抗体，前提条件是最终抗体具有所需特征，例如抗原结合。

在某些实施例中，提供了具有一或多个氨基酸取代的抗体变体。用于取代突变的目的位点包括HVR和FR。可以将氨基酸取代引入目标抗体中，并可以对产物进行所需活性(例如，保留的/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的或减少的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)或/或补体依赖性细胞毒性(CDC))筛选。

在某些实施例中，改变本公开的抗体以增加或降低抗体糖基化的程度。糖基化位点向抗体的添加或缺失可通过改变抗体的氨基酸序列以产生或去除一个或多个糖基化位点而方便地实现。进一步提供具有两分型寡糖的抗体变体，例如，其中连接至抗体的Fc区的双角寡糖被GlcNAc两分。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有增加的岩藻糖基化。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有减少的岩藻糖基化。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有改善的ADCC功能。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有降低的ADCC功能。还提供了在连接于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。这样的抗体变体可以具有改善的CDC功能。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有增加的CDC功能。在一些实施例中，本公开的抗体变体可以具有降低的CDC功能。

在某些实施例中，可将一个或多个氨基酸修饰引入本公开的抗体的Fc区中，从而生成Fc区变体。Fc区变体可以包含人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc区)，其在一个或多个氨基酸位置处包含氨基酸修饰(例如取代)。

在某些实施例中，本公开考虑了具有一些但不是全部效应子功能的抗体变体，这使其成为应用的期望候选物，其中体内的抗体的半衰期是重要的而某些效应子功能(诸如CDC和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定，以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消耗。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体缺乏Fc-γ-R结合(因此可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞，例如NK细胞仅表达Fc-γ-RIII，而单核细胞表达Fc-γ-RI、Fc-γ-RII和Fc-γ-RIII。具有降低的效应子功能的抗体包括具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一者或多者的取代的那些。此类Fc突变体包括在第265、269、270、297和327位氨基酸处的两个或更多个处具有取代的Fc突变体，包括所谓的“DANA”Fc突变体，其残基265和297被取代为丙氨酸。具有改善的或减少的与FcR的结合的抗体变体也包括在本公开中。在某些实施例中，抗体变体包含具有一个或多个氨基酸取代的Fc区，该氨基酸取代改善ADCC，例如，在Fc区的298、333和/或334位处的取代。在一些实施例中，Fc区残基的编号是根据残基的EU编号。在一些实施例中，在Fc区中进行改变，导致C1q结合和/或CDC改变(即，改善或减弱)。在一些实施例中，本公开的抗体包括具有增加的半衰期和改善的与新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体，例如，包含改善Fc区与FcRn的结合的一个或多个取代。此类Fc变体包括在以下Fc区残基中的一处或多处具有取代的Fc变体：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如Fc区残基434的取代。有关Fc区变体的其他实例，另外参见：Duncan和Winter，Nature 322:738-40(1988)；美国专利号5,648,260；美国专利号5,624,821；以及WO 94/29351。

在某些实施例中，本文提供的抗体是经半胱氨酸工程化的抗体(例如，“thioMAb”)，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在一些实施例中，取代的残基存在于抗体的可接近位点。如本文进一步描述的，通过用半胱氨酸取代那些残基，从而将反应性硫醇基团定位于抗体的可接近位点，并且可用于将抗体与其他部分(诸如药物部分或连接基-药物部分)缀合，例如以产生免疫缀合物。在某些实施例中，可用半胱氨酸取代下列残基中的任何一个或多个：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；和重链Fc区的S400(EU编号)。经半胱氨酸工程化的抗体可以使用本领域已知的任何合适的方法生成。

在一些实施例中，本文提供的抗体或抗体片段包含标记或标签。在一些实施例中，标记或标签是放射性标记、荧光标记、酶标记、序列标签、生物素或其他配体。标记或标签的实例包括但不限于6xHis标签、生物素标签、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)标签、绿色荧光蛋白(GFP)标签、c-myc标签、FLAG标签、硫氧还蛋白标签、Glu标签、Nus标签、V5标签、钙调蛋白结合蛋白(CBP)标签、麦芽糖结合蛋白(MBP)标签、几丁质标签、碱性磷酸酶(AP)标签、HRP-标签、生物素羧基载体蛋白(BCCP)标签、钙调蛋白标签、S标签、链球菌标签、凝血素(HA)标签、地高辛(DIG)标签、DsRed、RFP、荧光素酶、短四半胱氨酸标签、Halo标签和Nus标签。在一些实施例中，标记或标签包含检测剂，诸如荧光分子或亲和试剂或标签。

在一些实施例中，本文提供的抗体或抗体片段与药物分子(例如本文所述的抗癌剂，或细胞毒性剂诸如mertansine或单甲基瑞奥西汀E(MMAE))缀合。

在某些实施例中，本文提供的抗体或抗体片段可进一步被修饰以含有另外的非蛋白质部分。此类部分可适合于抗体的衍生化，例如，包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇、聚乙二醇丙醛以及它们的混合物。聚合物可具有任何分子量，并且可以是支链的或非支链的。附接于抗体的聚合物的数目可变化，并且如果附接了多于一个聚合物，那么聚合物可以是相同或不同的分子。通常，可基于以下考虑因素测定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体待改善的特定特性或功能、或者抗体衍生物是否将用于限定条件下的疗法。在一些实施例中，本文提供与碳纳米管缀合的抗体，例如用于使用辐射选择性地将抗体加热至接近抗体的细胞被杀死的温度的方法中。

报告

在一些实施例中，本文提供的方法包括生成报告和/或向各方提供报告。

在一些实施例中，根据本公开的报告包含关于以下中的一项或多项的信息：本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)；本公开的癌症，例如，包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)；或针对患有癌症，诸如本公开的癌症的个体的治疗、疗法、或一种或多种治疗选项(例如，包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中))。

在一些实施例中，根据本公开的报告包括在从个体(诸如患有癌症，例如本文提供的癌症的个体)获得的样品中，关于本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变的存在或不存在的信息。在一个实施例中，根据本公开的报告表明本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变存在于从个体获得的样品中。在一个实施例中，根据本公开的报告表明本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变不存在于从个体获得的样品中。在一个实施例中，根据本公开的报告表明本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变在从个体获得的样品中已被检测。在一个实施例中，根据本公开的报告表明本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变在从个体获得的样品中尚未被检测。在一些实施例中，报告包括从中获得样品的个体的标识符。

在一些实施例中，报告包括关于本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)或野生型对应物(例如野生型CD274基因或野生型PD-L1多肽)中的一个或多个突变在疾病中(诸如癌症中)的作用的信息。此类信息可以包括以下中的一者或多者：关于癌症的预后的信息，诸如本文提供的癌症，例如，包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)；关于癌症的抗性的信息，诸如本文提供的癌症，例如包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)，进行一种或多种治疗；关于潜在或建议的治疗选项的信息(例如，诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)；或关于应避免的治疗选项的信息。在一些实施例中，报告包括关于向患有癌症(诸如本文提供的癌症)的个体应用治疗选项(例如，诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)的可能有效性、可接受性和/或建议性的信息，例如包含本文所述的CD274基因中的一个或多个突变(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)，并在报告中进行了鉴别。在一些实施例中，报告包括关于治疗的施用(例如，本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)的信息或建议。在一些实施例中，信息或建议包括治疗的剂量和/或治疗方案(例如，与其他治疗，诸如第二治疗剂组合)。在一些实施例中，报告包括针对至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种或更多种治疗的信息或建议。

本文还提供根据本公开的生成报告的方法。在一些实施例中，根据本公开的报告通过包括以下步骤中的一者或多者的方法生成：从个体(例如患有癌症，诸如本文提供的癌症的个体)获得样品，诸如本文所述的样品；在样品中检测本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)中的一个或多个突变，或获取样品中的本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)中的一个或多个突变的存在情况的知识；以及生成报告。在一些实施例中，根据本文提供的方法生成的报告包含以下中的一者或多者：关于样品中本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)中的一个或多个突变的存在或不存在的信息；获得样品的个体的标识符；关于本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)或野生型对应物(例如野生型CD274基因或野生型PD-L1多肽)中的一个或多个突变在疾病中(例如，诸如癌症中)的作用的信息；关于预后、抗性或潜在或建议的治疗选项(诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)的信息；关于向个体应用治疗选项(诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)的可能有效性、可接受性或建议性的信息；关于治疗的施用的建议或信息(诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)；或者关于治疗的剂量或治疗方案(诸如本文提供的抗癌疗法，或根据本文提供的方法选择或鉴别的治疗)的建议或信息，例如与其他治疗(例如，第二治疗剂)组合。在一些实施例中，生成的报告是个性化癌症报告。

根据本公开的报告可以是电子的、基于网络的或纸质的形式。该报告可以提供给个体或患者(例如，患有癌症，诸如本文提供的癌症的个体或患者，例如，包含本文所述的CD274基因(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)中的一个或多个突变)，或提供给除该个体或患者(例如，除患有癌症的个体或患者)以外的个体或实体，诸如护理人员、医生、肿瘤学家、医院、诊所、第三方付款人、保险公司或政府实体中的一者或多者。在一些实施例中，在从获得来自个体(例如，患有癌症的个体)的样品后的约1天或更长、约7天或更长、约14天或更长、约21天或更长、约30天或更长、约45天或更长、或约60天或更长中的任一者内向个体或实体提供或递送报告。在一些实施例中，在从个体(例如，患有癌症的个体)获得的样品中，在从检测本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变后的约1天或更长、约7天或更长、约14天或更长、约21天或更长、约30天或更长、约45天或更长、或约60天或更长中的任一者内向个体或实体提供或递送报告。在一些实施例中，在从个体(例如，患有癌症的个体)获得的样品中，在从获取本文所述的CD274基因中(例如，在包含或编码CD274基因或其部分的核酸分子中或在由CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分中)的一个或多个突变的存在情况的知识后的约1天或更长、约7天或更长、约14天或更长、约21天或更长、约30天或更长、约45天或更长、或约60天或更长中的任一者内向个体或实体提供或递送报告。

本文所述的方法的方法步骤旨在包括使一个或多个其他各方或实体进行这些步骤的任何合适的方法，除非明确提供不同的含义或以其他方式从上下文中清楚。此类各方或实体无需在任何其他方或实体的指导或控制下，并且无需位于特定管辖范围内。因此，例如，“将第一数加到第二数”的描述或叙述包括使一个或多个各方或实体将两个数加在一起。例如，如果人X与人Y进行公平交易以将两个数字相加，并且人Y确实将这两个数字相加，则人X和Y两者都执行如下步骤：人Y凭借他实际上将数字相加的事实，而人X凭借他促使人Y将数字相加的事实。此外，如果人X位于美国境内并且人Y位于美国境外，则凭借人X参与使该步骤被执行，因此该方法在美国被执行。

软件、系统和设备

在一些其他方面，本文提供非暂时性计算机可读存储介质。在一些实施例中，非暂时性计算机可读存储介质包括用于由设备的一个或多个处理器执行的一个或多个程序，该一个或多个程序包括当由一个或多个处理器执行时的指令，使设备来执行根据本文所述的任何实施例的方法。

图7示出根据一个实施例的计算设备的实例。设备1100可以是连接到网络的主机计算机。设备1100可以是客户端计算机或服务器。如图7所示，设备1100可以是任何合适类型的基于微处理器的设备，诸如个人计算机、工作站、服务器或手持计算设备(便携式电子设备)，诸如电话或平板电脑。该设备可以包括例如处理器1110、输入设备1120、输出设备1130、存储装置1140、通信设备1160、电源1170、操作系统1180和系统总线1190中的一者或多者。输入设备1120和输出设备1130可通常对应于本文所述的那些设备，并且可以与计算机连接或集成。

输入设备1120可以是提供输入的任何合适的设备，诸如触摸屏、键盘或小键盘、鼠标或语音识别设备。输出设备1130可以是提供输出的任何合适的设备，诸如触摸屏、触觉设备或扬声器。

存储装置1140可以是提供存储的任何合适的设备(例如电存储器、磁存储器或光学存储器，包括RAM(易失性或非易失性)、高速缓存、硬盘驱动器或可移动存储盘)。通信设备1160可以包括能够通过网络发送和接收信号的任何合适的设备，诸如网络接口芯片或设备。计算机的组件可以任何合适的方式连接，诸如经由有线介质(例如，物理总线、以太网或任何其他有线传输技术)或无线方式(例如，或任何其他无线技术)。例如，在图7中，各部件通过系统总线1190连接。

可以作为可执行指令存储在存储装置1140中并由处理器1110执行的检测模块1150可包括例如体现本公开的功能的过程(例如，如在本文所述的设备中体现的)。

检测模块1150也可以在任何非暂时性计算机可读存储介质中存储和/或传输，以供指令执行系统、装置或设备(诸如本文所述的那些)使用或与其结合使用，该软件可以从指令执行系统、装置或设备获取与该软件相关联的指令并执行该指令。在本公开的上下文中，计算机可读存储介质可以是任何介质，诸如存储装置1140，其可以包括或存储供指令执行系统、装置或设备使用或与其结合使用的过程。计算机可读存储介质的实例可以包括存储器单元，如硬盘驱动器、闪存驱动器以及作为单个功能单元操作的分布式模块。此外，本文所述的各种过程可以体现为配置成根据上述实施例和技术进行操作的模块。此外，虽然可以单独地示出和/或描述过程，但是本领域技术人员将理解，以上过程可以是其他过程内的例程或模块。

检测模块1150也可以在任何传输介质中传播，以供指令执行系统、装置或设备(诸如上述的那些)使用或与其结合使用，该软件可以从指令执行系统、装置或设备获取与该软件相关联的指令并执行该指令。在本公开的上下文中，传输介质可以是可以传送、传播或传输程序以供指令执行系统、装置或设备使用或与其结合使用的任何介质。传输可读介质可以包括但不限于电子、磁、光学、电磁或红外有线或无线传播介质。

设备1100可以连接到网络(例如，网络1204，如图8所示和/或下文所述)，其可以是任何合适类型的互连通信系统。网络可以实现任何合适的通信协议并且可以由任何合适的安全协议保护。网络可以包括可以实现网络信号的传输和接收的任何合适布置的网络链路，诸如无线网络连接、T1或T3线路、有线网络、DSL或电话线。

设备1100可以实现适合于在网络上操作的任何操作系统(例如，操作系统1180)。检测模块1150可以用任何合适的编程语言编写，诸如C、C++、Java或Python。例如，在各种实施例中，体现本公开的功能的应用软件可以以不同的配置(诸如以客户端/服务器布置或通过网络浏览器)来部署作为基于网络的应用或网络服务。在一些实施例中，操作系统1180由一个或多个处理器执行，例如处理器1110。

设备1100可进一步包括电源1170，其可以是任何合适的电源。

图8示出根据一个实施例的计算系统的实例。在系统1200中，设备1100(例如，如上所述和图7中所示)连接到网络1204，该网络也连接到设备1206。在一些实施例中，设备1206是测序仪。示例性测序仪可包括但不限于Roche/454的基因组测序仪(GS)FLX系统，Illumina/Solexa的基因组分析仪(GA)，Illumina的HiSeq 2500、HiSeq 3000、HiSeq 4000和NovaSeq 6000测序系统，Life/APG的支持寡核苷酸连接检测(SOLiD)系统，Polonator的G.007系统，Helicos BioSciences的HeliScope基因测序系统或Pacific Biosciences的PacBio RS系统。设备1100和1206可例如使用合适的通信接口经由网络1204，诸如局域网(LAN)、虚拟专用网(VPN)或因特网进行通信。在一些实施例中，网络1204可以是例如因特网、内联网、虚拟专用网、云网络、有线网络或无线网络。设备1100和1206可以部分或全部地经由无线或硬连线通信，诸如以太网、IEEE 802.11b无线等进行通信。另外地，设备1100和1206可以例如使用合适的通信接口经由第二网络诸如移动/细胞网络进行通信。设备1100与1206之间的通信可以进一步包括或与诸如邮件服务器、移动服务器、媒体服务器、电话服务器等的各种服务器通信。在一些实施例中，设备1100和1206可以直接通信(代替或补充经由网络1204的通信)，例如，经由无线或硬连线通信，诸如以太网、IEEE 802.11b无线等。在一些实施例中，设备1100和1206经由通信1208通信，这可以是直接连接或可以经由网络(例如，网络1204)发生。

设备1100和1206中的一个或全部通常包括逻辑(例如，http网络服务器逻辑)或被编程为格式化数据，从本地或远程数据库或其他数据和内容源访问，用于根据本文所述的各种实例经由网络1204提供和/或接收信息。

图9示出根据一些实施例的用于检测CD274基因或其部分中的一个或多个突变的示例性过程1300。例如，使用实现软件程序的一个或多个电子设备来执行过程1300。在一些实例中，过程1300使用客户端-服务器系统来执行，并且过程1300的模块以任何方式在服务器与客户端设备之间被划分。在其他实例中，过程1300的模块在服务器与多个客户端设备之间被划分。因此，虽然过程1300的部分在本文中被描述为由客户端-服务器系统的特定设备执行，但是应当理解，过程1300不限于此。在一些实施例中，所执行的步骤可以跨许多系统执行，例如在云环境中。在其他实例中，仅使用客户端设备或仅使用多个客户端设备来执行过程1300。在过程1300中，任选地组合一些模块，任选地改变一些模块的顺序，以及任选地省略一些模块。在一些实例中，可以与过程1300组合来执行另外的步骤。因此，所示出(以及下文更详细描述的)的操作本质上是示例性的，并且因此不应被视为限制性的。

在模块1302处，获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品。在一些实施例中，样品是从患有癌症，诸如本文所述的癌症的个体获得的。在一些实施例中，使用测序仪获得序列读段，例如，如本文所述或其他方面本领域已知的。在一些实施例中，核酸包含对应于本公开的CD274基因或其部分的一种或多种核酸。任选地，在获得序列读段之前，将样品纯化、富集(例如，针对对应于本公开的CD274基因或其部分的核酸)和/或进行PCR扩增。在模块1304处，示例性系统(例如，一个或多个电子设备)针对CD274基因或其部分中的一个或多个突变的存在情况而分析多个序列读段。在模块1306处，在样品中系统检测(例如，基于分析)CD274基因或其部分中的一个或多个突变。

抗癌疗法

本公开的某些方面涉及抗癌疗法，以及用于鉴别可受益于抗癌疗法治疗的个体的方法、用于选择用于治疗个体的抗癌疗法的方法、用于鉴别作为治疗选项的抗癌疗法的方法、包括施用抗癌疗法的用于治疗或延迟癌症进展的方法、抗癌疗法的用途(例如，在个体中治疗癌症或延迟癌症进展的方法中，或在制造用于治疗癌症或延迟癌症进展的药物的方法中)等。这些方法和用途至少部分基于对多种癌症类型中CD274突变的观察，例如，如本文所述，以及它们与PD-L1表达的水平变化的关联。不希望受理论束缚，认为这些CD274突变可以鉴别将受益于适当的抗癌疗法的患者，该抗癌疗法诸如以下项中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。此外，不希望受理论束缚，认为这些CD274突变可以鉴别将受益于除免疫检查点抑制剂以外的抗癌疗法的患者。

在一些实施例中，抗癌疗法包括细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂。在一些实施例中，CDK抑制剂抑制CDK4。在一些实施例中，CDK抑制剂抑制细胞周期蛋白D/CDK4。在一些实施例中，抗癌疗法/CDK抑制剂是：(a)抑制CDK4的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制CDK4的一种或多种活性的抗体(例如，通过与CDK4结合并抑制其一种或多种活性、与CDK4结合并抑制其表达、和/或与CDK4结合并抑制表达CDK4的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制CDK4的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，CDK抑制剂抑制CDK4和CDK6。在一些实施例中，CDK抑制剂是CDK4的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。CDK抑制剂的非限制性实例包括帕博西尼、瑞博西尼和阿贝西利以及其药学上可接受的盐。

在一些实施例中，抗癌疗法包括鼠双微体2同系物(MDM2)抑制剂。在一些实施例中，抗癌疗法/MDM2抑制剂是：(a)抑制MDM2的一种或多种活性(例如，与p53结合)的小分子，(b)抑制MDM2的一种或多种活性的抗体(例如，通过与MDM2结合并抑制其一种或多种活性、与MDM2结合并抑制其的表达、和/或与MDM2结合并抑制表达MDM2的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制MDM2的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，MDM2抑制剂是MDM2的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。MDM2抑制剂的非限制性实例包括nutlin-3a、RG7112、idasanutlin(RG7388)、AMG-232、MI-63、MI-291、MI-391、MI-77301(SAR405838)、APG-115、DS-3032b、NVP-CGM097和HDM-201(西雷马德林(siremadlin))，以及其药学上可接受的盐。在一些实施例中，MDM2抑制剂抑制或破坏MDM2与p53之间的相互作用。

在一些实施例中，抗癌疗法包括以下中的一者或多者：抗代谢剂、DNA损伤剂或含铂治疗剂(例如，5-阿扎胞苷、5-氟尿嘧啶、阿卡地辛、白消安、卡铂、顺铂、苯丁酸氮芥、CPT-11、阿糖胞苷、柔红霉素、地西他滨、多柔比星、依托泊苷、氟达拉滨、吉西他滨、伊达比星、放射线、奥沙利铂、替莫唑胺、托泊替康、曲贝替定、GSK2830371或rucaparib)；促细胞凋亡剂(例如，BCL2抑制剂或下调剂、SMAC模拟物或TRAIL激动剂，诸如ABT-263、ABT-737、冬凌草甲素、维奈托克、维奈托克和抗CD20抗体(诸如obinutuzumab或利妥昔单抗)的组合、1396-11、ABT-10、SM-164、D269H/E195R或rhTRAIL)；酪氨酸激酶抑制剂(例如，如本文所述)；RAS、RAF、MEK或MAPK途径的抑制剂(例如AZD6244、达拉非尼、LGX818、PD0325901、pimasertib、曲美替尼或维莫非尼)；PI3K、mTOR或Akt的抑制剂(例如，如本文所述)；CDK抑制剂(例如，如本文所述)；PKC抑制剂(例如LXS196或sotrastaurin)；基于抗体的治疗剂(例如，抗PD-1或抗PDL1抗体，诸如阿特珠单抗、pembrolizumab、纳武单抗或spartalizumab；抗CD20抗体，诸如obinutuzumab或利妥昔单抗；或抗DR5抗体，诸如drozitumab)；蛋白酶体抑制剂(例如硼替佐米、卡非佐米、伊沙佐米或MG-132)；HDAC抑制剂(例如SAHA或VPA)；抗生素(例如放线菌素D)；含锌治疗剂(例如锌或ZMC1)；HSP抑制剂(例如格尔德霉素)；ATP酶抑制剂(例如archazolid)；有丝分裂抑制剂(例如紫杉醇或长春新碱)；二甲双胍；甲氨蝶呤；丹参酮IIA；和/或P5091。

在一些实施例中，抗癌疗法包括酪氨酸激酶抑制剂。在一些实施例中，抗癌疗法/酪氨酸激酶抑制剂是：(a)抑制酪氨酸激酶的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制酪氨酸激酶的一种或多种活性的抗体(例如，通过与酪氨酸激酶结合并抑制酪氨酸激酶的一种或多种活性、与酪氨酸激酶结合并抑制酪氨酸激酶的表达(诸如细胞表面表达)、和/或与酪氨酸激酶结合并抑制表达酪氨酸激酶的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制酪氨酸激酶的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，酪氨酸激酶抑制剂是酪氨酸激酶的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。酪氨酸激酶抑制剂的非限制性实例包括伊马替尼、克诺拉尼、利尼法尼、九尼达尼布、阿西替尼、达沙替尼、伊美司他、米斯托林、帕唑帕尼、索拉非尼、舒尼替尼、莫特塞尼、马赛替尼、瓦他拉尼、卡博扎尼替尼、替沃扎尼、OSI-930、Ki8751、特拉替尼、多维替尼、酪氨酸磷酸酶AG 1296和阿姆伐替尼，以及其药学上可接受的盐。

在一些实施例中，抗癌疗法包括丝裂原活化蛋白激酶(MEK)抑制剂。在一些实施例中，MEK抑制剂抑制MEK1和/或MEK2的一种或多种活性。在一些实施例中，抗癌疗法/MEK抑制剂是：(a)抑制MEK的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制MEK的一种或多种活性的抗体(例如，通过与MEK结合并抑制其一种或多种活性、与MEK结合并抑制其表达、和/或与MEK结合并抑制表达MEK的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制MEK的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，MEK抑制剂是MEK的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。MEK抑制剂的非限制性实例包括曲美替尼、考比替尼、贝美替尼、CI-1040、PD0325901、司美替尼、AZD8330、TAK-733、GDC-0623、refametinib、pimasertib、RO4987655、RO5126766、WX-544和HL-085，以及其药学上可接受的盐。在一些实施例中，抗癌疗法抑制Raf/MEK/ERK途径的一种或多种活性，包括Raf、MEK和/或ERK的抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括雷帕霉素(mTOR)抑制剂的哺乳动物靶点。在一些实施例中，抗癌疗法/mTOR抑制剂是：(a)抑制mTOR的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制mTOR的一种或多种活性的抗体(例如，通过与mTOR结合并抑制其一种或多种活性、与mTOR结合并抑制其表达、和/或与mTOR结合并抑制表达mTOR的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制mTOR的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，mTOR抑制剂是mTOR的小分子抑制剂(例如，竞争性抑制剂，诸如ATP竞争性抑制剂，或非竞争性抑制剂，诸如雷帕霉素类似物)。mTOR抑制剂的非限制性实例包括替西罗莫司、依维莫司、利达福尼、dactolisib、GSK2126458、XL765、AZD8055、AZD2014、MLN128、PP242、NVP-BEZ235、LY3023414、PQR309、PKI587和OSI027，以及其药学上可接受的盐。在一些实施例中，抗癌疗法抑制Akt/mTOR途径的一种或多种活性，包括Akt和/或mTOR的抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括PI3K抑制剂或Akt抑制剂。在一些实施例中，PI3K抑制剂抑制PI3K的一种或多种活性。在一些实施例中，抗癌疗法/PI3K抑制剂是：(a)抑制PI3K的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制PI3K的一种或多种活性的抗体(例如，通过与PI3K结合并抑制其一种或多种活性、与PI3K结合并抑制其表达、和/或与PI3K结合并抑制表达PI3K的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制PI3K的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，PI3K抑制剂是PI3K的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。PI3K抑制剂的非限制性实例包括GSK2636771、buparlisib(BKM120)、AZD8186、copanlisib(BAY80-6946)、LY294002、PX-866、TGX115、TGX126、BEZ235、SF1126、idelalisib(GS-1101、CAL-101)、匹克替利西布(GDC-094)、GDC0032、IPI145、INK1117(MLN1117)、SAR260301、KIN-193(AZD6482)、duvelisib、GS-9820、GSK2636771、GDC-0980、AMG319、pazobanib和阿培利司(BYL719,Piqray)、以及其药学上可接受的盐。在一些实施例中，AKT抑制剂抑制AKT(例如AKT1)的一种或多种活性。在一些实施例中，抗癌疗法/AKT抑制剂是：(a)抑制AKT1的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制AKT1的一种或多种活性的抗体(例如，通过与AKT1结合并抑制其一种或多种活性、与AKT1结合并抑制其表达、和/或与AKT1结合并抑制表达AKT1的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制AKT1的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，AKT1抑制剂是AKT1的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。AKT1抑制剂的非限制性实例包括GSK690693、GSK2141795(uprosertib)、GSK2110183(afuresertib)、AZD5363、GDC-0068(ipatasertib)、AT7867、CCT128930、MK-2206、BAY 1125976、AKT1和AKT2-IN-1、哌立福辛和VIII，以及其药学上可接受的盐。在一些实施例中，AKT1抑制剂是泛Akt抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法是hedgehog(Hh)抑制剂。在一些实施例中，抗癌疗法/Hh抑制剂是：(a)抑制Hh的一种或多种酶活性的小分子，(b)抑制Hh的一种或多种活性的抗体(例如，通过与Hh结合并抑制Hh的一种或多种活性、与Hh结合并抑制Hh的表达、和/或与Hh结合并抑制表达Hh的细胞的一种或多种活性，诸如通过诱导抗体依赖性细胞毒性(ADCC)或抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP))，或(c)抑制Hh的表达的核酸(例如，反义寡核苷酸、miRNA、siRNA、吗啉代、基于CRISPR的治疗剂等)。在一些实施例中，Hh抑制剂是Hh的小分子抑制剂(例如，竞争性或非竞争性抑制剂)。Hh抑制剂的非限制性实例包括sonidegib、维莫德吉(vismodegib)、erismodegib、saridegib、BMS833923、PF-04449913和LY2940680，以及其药学上可接受的盐。

在一些实施例中，抗癌疗法包括热休克蛋白(HSP)抑制剂、MYC抑制剂、HDAC抑制剂、免疫疗法、新抗原、疫苗或细胞疗法。

在一些实施例中，抗癌疗法包括以下中的一者或多者：免疫检查点抑制剂、化学疗法、VEGF抑制剂、整联蛋白β3抑制剂、他汀类药物、EGFR抑制剂、mTOR抑制剂、PI3K抑制剂、MAPK抑制剂或CDK4/6抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括激酶抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用激酶抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，激酶抑制剂是克唑替尼、艾来替尼、色瑞替尼、洛拉替尼、布加替尼、恩沙替尼(X-396)、雷泊替尼(TPX-005)、恩曲替尼(RXDX-101)、AZD3463、CEP-37440、贝利扎替尼(TSR-011)、ASP3026、KRCA-0008、TQ-B3139、TPX-0131或TAE684(NVP-TAE684)。在一些实施例中，激酶抑制剂是ALK激酶抑制剂，例如如WO2005016894的实例3-39中所述，该文献通过引用并入本文。

在一些实施例中，抗癌疗法包括热休克蛋白(HSP)抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用HSP抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，HSP抑制剂是泛HSP抑制剂，诸如KNK423。在一些实施例中，HSP抑制剂是HSP70抑制剂，诸如cmHsp70.1、槲皮素、VER155008或17-AAD。在一些实施例中，HSP抑制剂是HSP90抑制剂。在一些实施例中，HSP90抑制剂是17-AAD、Debio0932、ganetespib(STA-9090)、盐酸瑞他霉素(瑞他霉素、IPI-504)、AUY922、阿维司匹霉素(KOS-1022、17-DMAG)、坦司匹霉素(KOS-953、17-AAG)、DS2248或AT13387(onalespib)。在一些实施例中，HSP抑制剂是HSP27抑制剂，诸如Apatorsen(OGX-427)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括MYC抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用MYC抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，MYC抑制剂是MYCi361(NUCC-0196361)、MYCi975(NUCC-0200975)、Omomyc(显性失活肽)、ZINC16293153(Min9)、10058-F4、JKY-2-169、7594-0035、或MYC/MAX二聚化和/或MYC/MAX/DNA复合物形成的抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用HDAC抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，HDAC抑制剂是贝利诺他(PXD101、)、SAHA(伏立诺他、辛二酰苯胺羟胺、)、帕比司他(LBH589、LAQ-824)、ACY1215(罗西林司他)、奎司他(JNJ-26481585)、艾贝司他(PCI-24781)、pracinostat(SB939)、givinostat(ITF2357)、resminostat(4SC-201)、曲古抑菌素A(TSA)、MS-275(etinostat)、罗米地辛(缩酚酸肽、FK228)、MGCD0103(mocetinostat)、BML-210、CAY10603、丙戊酸、MC1568、CUDC-907、CI-994(他西地那林)、Pivanex(AN-9)、AR-42、西达本胺(CS055、HBI-8000)、CUDC-101、CHR-3996、MPT0E028、BRD8430、MRLB-223、组蛋白脱乙酰酶抑制剂(apicidin)、RGFP966、BG45、PCI-34051、C149(NCC149)、TMP269、Cpd2、T247、T326、LMK235、C1A、HPOB、Nexturastat A、Befexamac、CBHA、丁酸苯酯、MC1568、SNDX275、Scriptaid、Merck60、PX089344、PX105684、PX117735、PX117792、PX117245、PX105844、如Li等人，Cold Spring Harb Perspect Med(2016)6(10):a026831所述的化合物12、或PX117445。

在一些实施例中，抗癌疗法包括VEGF抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用VEGF抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，VEGF抑制剂是贝伐单抗BMS-690514、雷莫芦单抗、帕唑帕尼、索拉非尼、舒尼替尼、戈伐替尼、凡德他尼、卡博替尼、勒万替尼、阿西替尼、西地尼布、替沃扎尼、鲁西他尼、塞马尼布、尼丹他尼、瑞戈非尼或阿柏西普。

在一些实施例中，抗癌疗法包括整联蛋白β3抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用整联蛋白β3抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，整联蛋白β3抑制剂是抗avb3(克隆LM609)、西仑吉肽(EMD121974，NSC，707544)、siRNA、GLPG0187、MK-0429、CNTO95、TN-161、依拉珠单抗(MEDI-522)、英特木单抗(intetumumab)(CNTO95)(抗αV亚基抗体)、阿比珠单抗(EMD 525797/DI17E6)(抗αV亚基抗体)、JSM6427、SJ749、BCH-15046、SCH221153或SC56631。在一些实施例中，抗癌疗法包括αIIbβ3整联蛋白抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用αIIbβ3整联蛋白抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，αIIbβ3整联蛋白抑制剂是阿昔单抗、依替巴肽或替罗非班/>

在一些实施例中，抗癌疗法包括他汀类药物或基于他汀类药物的药剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用他汀类药物或基于他汀类药物的药剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，他汀类药物或基于他汀类药物的药剂是辛伐他汀、阿托伐他汀、氟伐他汀、匹伐他汀、普伐他汀、瑞舒伐他汀或西立伐他汀。

在一些实施例中，抗癌疗法包括MAPK抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用MAPK抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，MAPK抑制剂是SB203580、SKF-86002、BIRB-796、SC-409、RJW-67657、BIRB-796、VX-745、RO3201195、SB-242235或MW181。

在一些实施例中，抗癌疗法包括EGFR抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用EGFR抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，EGFR抑制剂是西妥昔单抗、帕尼单抗、拉帕替尼、吉非替尼、凡德他尼、达克替尼、埃克替尼、奥希替尼(AZD9291)、阿法他尼、奥穆替尼、EGF816(纳扎替尼)、阿维替尼(AC0010)、罗西替尼(CO-1686)、BMS-690514、YH5448、PF-06747775、ASP8273、PF299804、AP26113或厄洛替尼。在一些实施例中，EGFR抑制剂是吉非替尼或西妥昔单抗。

在一些实施例中，抗癌疗法包括癌症免疫疗法，诸如检查点抑制剂、癌症疫苗、基于细胞的疗法、基于T细胞受体(TCR)的疗法、辅助免疫疗法、细胞因子免疫疗法或溶瘤病毒疗法。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用癌症免疫疗法，诸如检查点抑制剂、癌症疫苗、基于细胞的疗法、基于T细胞受体(TCR)的疗法、佐剂免疫疗法、细胞因子免疫疗法和溶瘤病毒疗法，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，癌症免疫疗法包括小分子、核酸、多肽、碳水化合物、毒素、基于细胞的药剂或细胞结合剂。本文更详细地描述了癌症免疫疗法的实例，但并非旨在进行限制。在一些实施例中，癌症免疫疗法活化免疫系统的一个或多个方面以攻击表达新抗原，例如由本公开的癌症表达的新抗原(例如，对应于本文所述的CD274核酸分子或多肽的新抗原)的细胞(例如肿瘤细胞)。本公开的癌症免疫疗法被考虑用作单一疗法，或以包括任何组合或数量的两种或更多种的组合方法使用，这取决于医学判断。任何癌症免疫疗法(任选地作为单一疗法或与本文描述的另一种癌症免疫疗法或其他治疗剂组合)可用于本文描述的任何方法中。

在一些实施例中，癌症免疫疗法包括癌症疫苗。已经测试了一系列癌症疫苗，它们采用不同的方法来促进对癌症的免疫应答(参见例如，Emens L A,Expert Opin EmergDrugs 13(2):295-308(2008)和US20190367613)。已经设计了一些方法来增强B细胞、T细胞或专职抗原呈递细胞对肿瘤的应答。癌症疫苗的示例性类型包括但不限于基于DNA的疫苗、基于RNA的疫苗、病毒转导的疫苗、基于肽的疫苗、树突细胞疫苗、溶瘤病毒、全肿瘤细胞疫苗、肿瘤抗原疫苗等。在一些实施例中，癌症疫苗可以是预防性或治疗性的。在一些实施例中，癌症疫苗被配制成基于肽的疫苗、基于核酸的疫苗、基于抗体的疫苗或基于细胞的疫苗。、例如，疫苗组合物可以包含在阳离子脂质制剂中的裸cDNA；脂肽(例如，Vitiello,A.等人，J.Clin.Invest.95:341,1995)，裸cDNA或肽，例如封装在聚(DL-丙交酯-共-乙交酯)(“PLG”)微球中(参见，例如，Eldridge等人，Molec.Immunol.28:287-294,1991:Alonso等人，Vaccine 12:299-306,1994；Jones等人，Vaccine 13:675-681,1995)；包含在免疫刺激复合物(ISCOM)中的肽组合物(例如，Takahashi等人，Nature 344:873-875,1990；Hu等人，Clin.Exp.Immunol.113:235-243,1998)；或多抗原肽系统(MAP)(参见例如，Tam,J.P.,Proc.Natl Acad.Sci.U.S.A.85:5409-5413,1988；Tam,J.P.,J.Immunol.Methods 196:17-32,1996)。在一些实施例中，将癌症疫苗被配制成基于肽的疫苗或基于核酸的疫苗，其中核酸编码多肽。在一些实施例中，癌症疫苗被配制成基于抗体的疫苗。在一些实施例中，癌症疫苗被配制成基于细胞的疫苗。在一些实施例中，癌症疫苗是肽癌症疫苗，在一些实施例中，其是个性化肽疫苗。在一些实施例中，癌症疫苗是多价长肽、多肽、肽混合物、杂合肽或肽脉冲树突细胞疫苗(参见，例如，Yamada等人，CancerSci,104:14-21),2013)。在一些实施例中，此类癌症疫苗增强抗癌症应答。

在一些实施例中，癌症疫苗包含编码新抗原，例如由本公开的癌症表达的新抗原(例如，对应于本文所述的CD274核酸分子或多肽的新抗原)的多核苷酸。在一些实施例中，癌症疫苗包含编码新抗原，例如由本公开的癌症表达的新抗原(例如，对应于本文所述的CD274核酸分子或多肽的新抗原)的DNA。在一些实施例中，癌症疫苗包含编码新抗原，例如由本公开的癌症表达的新抗原(例如，对应于本文所述的CD274核酸分子或多肽的新抗原)的RNA。在一些实施例中，癌症疫苗包含编码新抗原，例如由本公开的癌症表达的新抗原(例如，对应于本文所述的CD274核酸分子或多肽的新抗原)的多核苷酸。在一些实施例中，癌症疫苗进一步包含一种或多种促进抗原呈递和/或免疫应答的另外的抗原、新抗原或其他序列。在一些实施例中，多核苷酸与一种或多种另外的药剂(诸如脂质体或脂质复合物)复合。在一些实施例中，多核苷酸被抗原呈递细胞(APC)摄取并翻译，然后抗原呈递细胞经由APC细胞表面上的MHC I类呈递新抗原。

在一些实施例中，癌症疫苗选自sipuleucel-T(Dendreon/ValeantPharmaceuticals)，其已被批准用于治疗无症状或轻微症状的转移性去势抵抗性(激素难治性)前列腺癌；和talimogene laherparepvec(/>BioVex/Amgen，以前称为T-VEC)，一种转基因溶瘤病毒疗法，被批准用于治疗黑色素瘤中不可切除的皮肤、皮下和淋巴结病灶。在一些实施例中，癌症疫苗选自溶瘤病毒疗法，诸如pexastimogene devacirepvec(PexaVec/JX-594,SillaJen/formerly Jennerex Biotherapeutics)，一种胸苷激酶-(TK-)缺陷型牛痘病毒，经工程化以表达GM-CSF，用于肝细胞癌(NCT02562755)和黑素瘤(NCT00429312)；pelareorep(/>Oncolytics Biotech)，一种呼吸道肠道孤儿病毒(呼肠孤病毒)的变体，在许多癌症中，包括结直肠癌(NCT01622543)、前列腺癌(NCT01619813)、头颈部鳞状细胞癌(NCT01166542)、胰腺癌(NCT00998322)和非小细胞肺癌(NSCLC)(NCT 00861627)，它不会在未被RAS活化的细胞中复制；enadenotucirev(NG-348,PsiOxus，以前称为ColoAdl)，一种腺病毒，在卵巢癌(NCT02028117)、转移性或晚期上皮肿瘤，诸如结直肠癌、膀胱癌、头颈部鳞状细胞癌和唾液腺癌(NCT02636036)中，经工程化以表达全长CD80和特异于T细胞受体CD3蛋白的抗体片段；ONCOS-102(Targovax/以前的Oncos)，一种在黑素瘤(NCT03003676)和腹膜疾病、结直肠癌或卵巢癌(NCT02963831)中，经工程化以表达GM-CSF的腺病毒；GL-ONC1(GLV-1h68/GLV-1h153,Genelux GmbH)，经工程化以表达β-半乳糖苷酶(β-gal)/β-葡萄糖醛酸酶或β-gal/人钠碘转运体(hNIS)，在腹膜转移瘤(NCT01443260)、输卵管癌、卵巢癌(NCT 02759588)中分别研究；或CG0070(Cold Genesys)，一种在膀胱癌(NCT02365818)中经工程化以表达GM-CSF的腺病毒；抗gp100；STINGVAX；GVAX；DCVaxL；和DNX-2401。在一些实施例中，癌症疫苗选自JX-929(SillaJen/原JennerexBiotherapeutics)，一种经工程化以表达胞嘧啶脱氨酶的TK和牛痘生长因子缺陷型牛痘病毒，其能够将前药5-氟胞嘧啶转化为细胞毒性药物5-氟尿嘧啶；TGO1和TG02(Targovax/原Oncos)，靶向难治RAS突变的基于肽的免疫疗法药剂；和TILT-123(TILTBiotherapeutics)，一种设计好的工程化腺病毒：Ad5/3-E2F-delta24-hTNFα-IRES-hIL20；和VSV-GP(ViraTherapeutics)，一种经工程化以表达淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)的糖蛋白(GP)的水疱性口炎病毒(VSV)，其可进一步经工程化以表达旨在提高抗原特异性CD8⁺T细胞应答的抗原。在一些实施例中，癌症疫苗包括基于载体的肿瘤抗原疫苗。基于载体的肿瘤抗原疫苗可用作提供稳定的抗原供应以刺激抗肿瘤免疫应答的一种方式。在一些实施例中，将编码肿瘤抗原的载体注射到个体体内(可能带有促炎剂或其他引诱剂诸如GM-CSF)，由细胞在体内吸收以制造特异性抗原，然后该特异性抗原引发预期的免疫应答。在一些实施例中，载体可用于一次递送大于一种肿瘤抗原，以增强免疫应答。此外，重组病毒、细菌或酵母载体可能会触发其自身的免疫应答，这也可能增强整体免疫应答。

在一些实施例中，癌症疫苗包括基于DNA的疫苗。在一些实施例中，基于DNA的疫苗可用于刺激抗肿瘤应答。直接注射编码抗原蛋白的DNA引发保护性免疫应答的能力已在许多实验系统中得到证实。通过直接注射编码抗原蛋白的DNA接种疫苗以引发保护性免疫应答，通常会产生细胞介导和体液应答。此外，已经报道了小鼠对编码各种抗原的DNA的重复性免疫应答基本上持续了动物的一生(参见例如，Yankauckas等人(1993)DNA Cell Biol.,12:771-776)。在一些实施例中，将包含编码与基因表达所需的调节元件可操作地连接的蛋白质的序列的质粒(或其他载体)DNA施用于个体(例如人类患者、非人类哺乳动物等)。在一些实施例中，个体的细胞吸收施用的DNA并表达编码序列。在一些实施例中，如此产生的抗原成为免疫应答所针对的靶标。

在一些实施例中，癌症疫苗包括基于RNA的疫苗。在一些实施例中，基于RNA的疫苗可用于刺激抗肿瘤应答。在一些实施例中，基于RNA的疫苗包括自我复制的RNA分子。在一些实施例中，自我复制的RNA分子可以是α病毒衍生的RNA复制子。自我复制的RNA(或“SAM”)分子在本领域中是众所周知的并且可以通过使用衍生自例如α病毒的复制元件和用编码目标蛋白质的核苷酸序列取代结构病毒蛋白质来产生。自我复制的RNA分子通常是可在递送至细胞后直接翻译的+链分子，这种翻译提供了RNA依赖性RNA聚合酶，然后从递送的RNA产生反义转录本和有义转录本。因此，递送的RNA导致多个子RNA的产生。这些子RNA以及共线的亚基因组转录本可自身翻译以提供编码多肽的原位表达，或可转录以提供与递送的RNA具有相同意义的另外转录本，这些转录本被翻译以提供抗原的原位表达。

在一些实施例中，癌症免疫疗法包括基于细胞的疗法。在一些实施例中，癌症免疫疗法包括基于T细胞的疗法。在一些实施例中，癌症免疫疗法包括过继疗法，例如基于T细胞的过继疗法。在一些实施例中，T细胞对于受体是自体的或同种异体的。在一些实施例中，T细胞为CD8+T细胞。在一些实施例中，T细胞为CD4+T细胞。过继免疫疗法是指一种治疗癌症或传染病的治疗方法，其中将免疫细胞施用于宿主，目的是使细胞直接或间接介导对癌症细胞的特异性免疫(即产生针对癌症细胞的免疫应答)。在一些实施例中，免疫应答导致肿瘤和/或转移性细胞生长和/或增殖的抑制，并且在相关实施例中导致肿瘤细胞死亡和/或再吸收。免疫细胞可以衍生自不同的生物体/宿主(外源性免疫细胞)或可以是从受试者生物体获得的细胞(自体免疫细胞)。在一些实施例中，免疫细胞(例如，自体或同种异体T细胞(例如，调节性T细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞或γ-δT细胞)、NK细胞、不变NK细胞或NKT细胞)可以经基因工程化以表达抗原受体，诸如经工程化的TCR和/或嵌合抗原受体(CAR)。例如，宿主细胞(例如，自体或同种异体T细胞)被修饰以表达对癌症抗原具有抗原特异性的T细胞受体(TCR)。在一些实施例中，NK细胞经工程化以表达TCR。NK细胞可以进一步经工程化以表达CAR。多个CAR和/或TCR，诸如不同的抗原，可以添加到单个细胞类型，诸如T细胞或NK细胞。在一些实施例中，细胞包括经由基因工程引入的编码一种或多种抗原受体的一种或多种核酸/表达构建体/载体，以及此类核酸的基因工程产物。在一些实施例中，核酸是异源的，即通常不存在于细胞或获自该细胞的样品中，诸如一种获自另一生物体或细胞的核酸，例如，其通常不存在于经工程化的细胞中和/或这种细胞来源的生物体中。在一些实施例中，核酸不是天然存在的，诸如自然界中不存在的核酸(例如嵌合的)。在一些实施例中，免疫细胞群可以从需要治疗或患有与免疫细胞活性降低相关的疾病的受试者获得。因此，细胞对于需要治疗的受试者来说是自体的。在一些实施例中，免疫细胞群可以从供体获得，诸如组织相容性匹配的供体。在一些实施例中，免疫细胞群可以从受试者或供体中存在的免疫细胞的外周血、脐带血、骨髓、脾脏或任何其他器官/组织中收获。在一些实施例中，免疫细胞可以从受试者和/或供体库中分离，诸如从合并的脐带血中分离。在一些实施例中，当免疫细胞群从不同于受试者的供体获得时，供体可以是同种异体的，只要获得的细胞是受试者相容的，因为它们可以被引入受试者。在一些实施例中，同种异体供体细胞可以是或可以不是人-白细胞-抗原(HLA)-相容的。在一些实施例中，为了使受试者相容，可以处理同种异体细胞以降低免疫原性。

在一些实施例中，基于细胞的疗法包括基于T细胞的疗法，诸如自体细胞，例如肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)；使用自体DC、淋巴细胞、人工抗原呈递细胞(APC)或包被T细胞配体和活化抗体的磁珠，或通过捕获靶细胞膜分离的细胞体外活化的T细胞；天然表达抗宿主肿瘤T细胞受体(TCR)的同种异体细胞；和经基因重编程或“重定向”以表达显示抗体样肿瘤识别能力称为“T体”的肿瘤反应性TCR或嵌合TCR分子的非肿瘤特异性自体或同种异体细胞。在过去二十年中已经描述了用于分离、衍生、工程化或修饰、活化和扩增功能性抗肿瘤效应细胞的几种方法，并且可以根据本文提供的任何方法来使用。在一些实施例中，T细胞衍生于血液、骨髓、淋巴、脐带或淋巴器官。在一些实施例中，细胞是人类细胞。在一些实施例中，细胞是原代细胞，诸如直接从受试者分离和/或从受试者分离并冷冻的那些细胞。在一些实施例中，细胞包括一种或多种T细胞亚群或其他细胞类型，诸如全T细胞群、CD4⁺细胞、CD8⁺细胞及其亚群，诸如由功能、活化状态、成熟度、分化潜能、扩增、再循环、定位和/或持续能力、抗原特异性、抗原受体的类型、存在于特异性器官或隔室中、标志物或细胞因子分泌谱和/或分化程度定义的那些。在一些实施例中，细胞可以是同种异体的和/或自体的。在一些实施例中，诸如对于现成的技术，细胞是多能的(pluripotent和/或multipotent)，诸如干细胞，诸如诱导多能干细胞(iPSC)。

在一些实施例中，基于T细胞的疗法包括基于嵌合抗原受体(CAR)-T细胞的疗法。这种方法涉及工程化一种CAR，该CAR与目标抗原特异性结合，并包括一个或多个用于T细胞活化的细胞内信号结构域。然后CAR在工程化T细胞(CAR-T)的表面上表达并施用于患者，导致针对表达抗原的癌细胞的T细胞特异性免疫应答。在一些实施例中，CAR特异性结合新抗原，诸如对应于本文提供的CD274多肽的新抗原。

在一些实施例中，基于T细胞的疗法包括T细胞表达重组T细胞受体(TCR)。该方法涉及识别与目标抗原特异性结合的TCR，然后将其用于替换施用于患者的工程化T细胞表面上的内源性或天然TCR，导致针对表达抗原的癌细胞的T细胞特异性免疫应答。在一些实施例中，重组TCR特异性结合对应于本文提供的CD274多肽的新抗原。

在一些实施例中，基于T细胞的疗法包括肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。例如，TIL可以从本公开的肿瘤或癌症中分离，然后在体外分离和扩增。这些TIL中的一些或全部可以特异性识别由本公开的肿瘤或癌症表达的抗原。在一些实施例中，将TIL暴露于一种或多种新抗原，例如对应于本文提供的CD274多肽的新抗原，例如在分离后体外的新抗原。然后将TIL施用于患者(任选与一种或多种细胞因子或其他免疫刺激物质组合)。

在一些实施例中，基于细胞的疗法包括基于自然杀伤(NK)细胞的疗法。自然杀伤(NK)细胞是淋巴细胞的一个亚群，对多种肿瘤细胞、病毒感染的细胞以及骨髓和胸腺中的一些正常细胞具有自发的细胞毒性。NK细胞是对转化和病毒感染细胞的早期先天免疫应答的关键效应物。NK细胞可以通过特异性表面标志物来检测，诸如人类中的CD16、CD56和CD8。NK细胞不表达T细胞抗原受体、泛T标志物CD3或表面免疫球蛋白B细胞受体。在一些实施例中，NK细胞通过本领域中众所周知的方法衍生自人外周血单核细胞(PBMC)、未刺激的白细胞分离产物(PBSC)、人胚胎干细胞(hESC)、诱导多能干细胞(iPSC)、骨髓或脐带血。

在一些实施例中，基于细胞的疗法包括基于树突状细胞(DC)的疗法，例如树突状细胞疫苗。在一些实施例中，DC疫苗包括能够诱导特异性T细胞免疫的抗原呈递细胞，其从患者或供体中收获。在一些实施例中，然后可以将DC疫苗在体外暴露于肽抗原，从而在患者体内产生T细胞。在一些实施例中，然后将携带抗原的树突细胞注射回患者体内。在一些实施例中，如果需要，可以多次重复免疫接种。用于收获、扩增和施用树突细胞的方法是本领域已知的；参见例如，WO2019178081。树突状细胞疫苗(诸如Sipuleucel-T，也称为APC8015和)是涉及施用充当APC以向患者的免疫系统呈递一种或多种癌症特异性抗原的树突状细胞的疫苗。在一些实施例中，树突状细胞对于受体是自体的或同种异体的。/>

在一些实施例中，癌症免疫疗法包括基于TCR的疗法。在一些实施例中，癌症免疫疗法包括施用一种或多种特异性结合由本公开的癌症表达的抗原(例如对应于本公开的CD274多肽的抗原)的TCR或基于TCR的治疗剂。在一些实施例中，基于TCR的治疗剂可进一步包括结合免疫细胞(例如，T细胞)的部分，诸如特异性结合T细胞表面蛋白或受体的抗体或抗体片段(例如，抗CD3抗体或抗体片段)。

在一些实施例中，免疫疗法包括辅助免疫疗法。辅助免疫疗法包括使用一种或多种活化先天免疫系统成分的药剂，例如靶向TLR7通路的(咪喹莫特)。

在一些实施例中，免疫疗法包括细胞因子免疫疗法。细胞因子免疫疗法包括使用一种或多种活化免疫系统成分的细胞因子。实例包括但不限于阿地白介素(白细胞介素2)、干扰素α-2a(/>-A)、干扰素α-2b(/>-A)和聚乙二醇干扰素α-2b/>

在一些实施例中，免疫疗法包括溶瘤病毒疗法。溶瘤病毒疗法使用转基因病毒在癌细胞中复制并杀死癌细胞，导致释放刺激免疫应答的抗原。在一些实施例中，表达肿瘤抗原的具有复制能力的溶瘤病毒包括任何天然存在的(例如来自“野生来源”)或经修饰的具有复制能力的溶瘤病毒。在一些实施例中，溶瘤病毒除了表达肿瘤抗原外，还可以被修饰以增加病毒对癌细胞的选择性。在一些实施例中，具有复制能力的溶瘤病毒包括但不限于作为肌尾噬菌体科、长尾噬菌体科、短尾噬菌体科、复层噬菌体科、覆盖噬菌体科、芽生噬菌体科、脂毛噬菌体科、微小纺锤形噬菌体科、痘病毒科、虹彩病毒科、藻类脱氧核糖核酸病毒科、杆状病毒科、疱疹病毒科、腺病毒科、乳多泡病毒科、聚脱氧核糖核酸病毒科、丝状病毒科、微病毒科、双生病毒科、环状病毒科、细小病毒科、嗜肝脱氧核糖核酸病毒科、逆转录病毒科、囊状病毒科、呼肠孤病毒科、双核糖核酸病毒科、副粘病毒科、弹状病毒科、丝状病毒科、正粘病毒科、布尼亚病毒科、沙粒病毒科、光滑病毒科、小核糖核酸病毒科、伴生病毒科、豇豆花叶病毒科、马铃薯Y病毒科、杯状病毒科、星状病毒科、罗达病毒科、四病毒科、番茄丛矮病毒科、冠状病毒科、黄病毒科、披膜病毒科和杆菌状核糖核酸病毒科家族的成员的溶瘤病毒。在一些实施例中，具有复制能力的溶瘤病毒包括腺病毒、逆转录病毒、呼肠孤病毒、弹状病毒、新城疫病毒(NDV)、多瘤病毒、牛痘病毒(VacV)、单纯疱疹病毒、小核糖核酸病毒、柯萨奇病毒和细小病毒。在一些实施例中，表达肿瘤抗原的复制性溶瘤牛痘病毒可以经工程化为缺少一种或多种功能基因，以增加病毒的癌症选择性。在一些实施例中，溶瘤牛痘病毒经工程化为缺乏胸苷激酶(TK)活性。在一些实施例中，溶瘤牛痘病毒可经工程化以缺乏牛痘病毒生长因子(VGF)。在一些实施例中，溶瘤牛痘病毒可经工程化为缺乏VGF活性和TK活性两者。在一些实施例中，溶瘤牛痘病毒可经工程化为缺乏一种或多种涉及逃避宿主干扰素(IFN)应答的基因，诸如E3L、K3L、B18R或B8R。在一些实施例中，复制性溶瘤牛痘病毒是Western Reserve、Copenhagen、Lister或Wyeth株并且缺乏功能性TK基因。在一些实施例中，溶瘤牛痘病毒是缺乏功能性B18R和/或B8R基因的Western Reserve、Copenhagen、Lister或Wyeth株。在一些实施例中，表达肿瘤抗原的复制性溶瘤牛痘病毒可以局部或全身施用于受试者，例如经由肿瘤内、腹膜内、静脉内、动脉内、肌肉内、皮内、颅内、皮下或鼻内施用。

在一些实施例中，抗癌疗法包括免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用免疫检查点抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用有效量的免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用除免疫检查点抑制剂以外的抗癌疗法。如本领域已知的，检查点抑制剂靶向至少一种免疫检查点蛋白以改变免疫应答的调节。免疫检查点蛋白包括例如CTLA4、PD-L1、PD-1、PD-L2、VISTA、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CEACAM、LAIR1、CD80、CD86、CD276、VTCN1、I类MHC、II类MHC、GALS、腺嘌呤、TGFR、CSF1R、MICA/B、精氨酸酶、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受体、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPalpha(CD47)、CD48、2B4(CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40和A2aR。在一些实施例中，涉及调节免疫检查点的分子包括但不限于：PD-1(CD279)、PD-L1(B7-H1，CD274)、PD-L2(B7-CD，CD273)、CTLA-4(CD152)、HVEM、BTLA(CD272)、杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)、LAG-3(CD223)、TIM-3(HAVCR2)、CEACAM、CEACAM-1、CEACAM-3、CEACAM-5、GAL9、VISTA(PD-1H)、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4、TGFRbeta、A2AR、GITR(CD357)、CD80(B7-1)、CD86(B7-2)、CD276(B7-H3)、VTCNI(B7-H4)、I类MHC、II类MHC、GALS、腺嘌呤、TGFR、B7-H1、OX40(CD134)、CD94(KLRD1)、CD137(4-1BB)、CD137L(4-1BBL)、CD40、IDO、CSF1R、CD40L、CD47、CD70(CD27L)、CD226、HHLA2、ICOS(CD278)、ICOSL(CD275)、LIGHT(TNFSF14，CD258)、NKG2a、NKG2d、OX40L(CD134L)、PVR(NECL5，CD155)、SIRPa、MICA/B和/或精氨酸酶。在一些实施例中，免疫检查点抑制剂(即检查点抑制剂)降低负向调节免疫细胞功能的检查点蛋白的活性，例如为了增强T细胞活化和/或抗癌免疫应答。在其他实施例中，检查点抑制剂增加正向调节免疫细胞功能的检查点蛋白的活性，例如为了增强T细胞活化和/或抗癌免疫应答。在一些实施例中，检查点抑制剂为抗体。检查点抑制剂的实例包括但不限于PD-1轴结合拮抗剂、PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，例如阿特珠单抗(MPDL3280A))、针对共抑制分子的拮抗剂(例如，CTLA4拮抗剂(例如，抗CTLA4抗体)、TIM-3拮抗剂(例如，抗TIM-3抗体)或LAG-3拮抗剂(例如，抗LAG-3抗体))或其任意组合。在一些实施例中，免疫检查点抑制剂包括药物，诸如小分子、重组形式的配体或受体，或抗体，诸如人抗体(参见例如，国际专利公开W02015016718；Pardoll,Nat Rev Cancer,12(4):252-64,2012；均以引用方式并入本文)。在一些实施例中，可以使用已知的免疫检查点蛋白抑制剂或其类似物，特别是可以使用嵌合、人源化或人形式的抗体。

在一些实施例中，检查点抑制剂为PD-L1轴结合拮抗剂，例如PD-1结合拮抗剂、PD-L1结合拮抗剂或PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1”、“PDCD1”、“CD279”和“SLEB2”。示例性人PD-1显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116中。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体1”、“PDCD1LG1”、“CD274”、“B7-H”和“PDL1”。示例性人PD-L1示出在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称为“程序性细胞死亡1配体2”、“PDCD1 LG2”、“CD273”、“B7-DC”、“Btdc”和“PDL2”。示例性人PD-L2显示在UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51中。在一些情况下，PD-1、PD-L1和PD-L2是人PD-1、PD-L1和PD-L2。

在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体结合的分子。在具体实施例中，PD-1配体结合配偶体是PD-L1和/或PD-L2。在另一情况下，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配体结合的分子。在具体实施例中，PD-L1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一情况下，PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2与其配体结合配偶体结合的分子。在具体实施例中，PD-L2结合配体配偶体是PD-1。拮抗剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。

在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)，例如，如下文所述。在一些情况下，抗PD-1抗体是以下中的一者或多者：MDX-1 106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗，)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810MGA-012、JNJ-63723283、BI 754091或BGB-108。在其他情况下，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些情况下，PD-1结合拮抗剂是AMP-224。抗PD-1抗体的其他实例包括但不限于MEDI-0680(AMP-514；AstraZeneca)、PDR001(CAS注册号1859072-53-9；Novartis)、REGN2810(/>或cemiplimab-rwlc；Regeneron)、BGB-108(BeiGene)、BGB-A317(BeiGene)、BI 754091、JS-001(Shanghai Junshi)、STI-A1110(Sorrento)、INCSHR-1210(Incyte)、PF-06801591(Pfizer)、TSR-042(也称为ANB011；Tesaro/AnaptysBio)、AM0001(ARMO Biosciences)、ENUM 244C8(Enumeral BiomedicalHoldings)或ENUM 388D4(Enumeral Biomedical Holdings)。在一些实施例中，PD-1轴结合拮抗剂包括替雷利珠单抗(BGB-A317)、BGB-108、STI-A1110、AM0001、BI 754091、信迪利单抗(IBI308)、cetrelimab(JNJ-63723283)、toripalimab(JS-001)、卡瑞利珠单抗(SHR-1210，INCSHR-1210，HR-301210)、MEDI-0680(AMP-514)、MGA-012(INCMGA 0012)、纳武单抗(BMS-936558，MDX1106，ONO-4538)、spartalizumab(PDR00l)、派姆单抗(MK-3475，SCH900475，/>)、PF-06801591、cemiplimab(REGN-2810，REGEN2810)、dostarlimab(TSR-042，ANB011)、FITC-YT-16(PD-1结合肽)、APL-501或CBT-501或genolimzumab(GB-226)、AB-122、AK105、AMG 404、BCD-100、F520、HLX10、HX008、JTX-4014、LZM009、Sym021、PSB205、AMP-224(融合蛋白靶向PD-1)、CX-188(PD-1probody)、AGEN-2034、GLS-010、budigalimab(ABBV-181)、AK-103、BAT-1306、CS-1003、AM-0001、TILT-123、BH-2922、BH-2941、BH-2950、ENUM-244C8、ENUM-388D4、HAB-21、H EISCOI 11-003、IKT-202、MCLA-134、MT-17000、PEGMP-7、PRS-332、RXI-762、STI-1110、VXM-10、XmAb-23104、AK-112、HLX-20、SSI-361、AT-16201、SNA-01、AB122、PD1-PIK、PF-06936308、RG-7769、CAB PD-1Abs、AK-123、MEDI-3387、MEDI-5771、4H1128Z-E27、REMD-288、SG-001、BY-24.3、CB-201、IBI-319、ONCR-177、Max-1、CS-4100、JBI-426、CCC-0701或CCX-4503或其衍生物。

在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-1的小分子。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1的小分子。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1和VISTA或PD-L1和TIM3的小分子。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是CA-170(也称为AUPM-170)。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施例中，抗PD-L1抗体可以与人PD-L1结合，例如如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示的人PD-L1，或其变体。在一些实施例中，PD-L1结合拮抗剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。

在一些情况下，例如，如下所述，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1与PD-1之间和/或PD-L1与B7-1之间的结合。在一些情况下，抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是选自Fab、Fab'-SH、Fv、scFv或(Fab')2片段的抗体片段。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体是人抗体。在一些情况下，抗PD-L1抗体选自YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗)、MDX-1 105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)或MSB0010718C(阿维鲁单抗)。在一些实施例中，PD-L1轴结合拮抗剂包括阿特珠单抗、阿维鲁单抗、德瓦鲁单抗(imfinzi)、BGB-A333、SHR-1316(HTI-1088)、CK-301、BMS-936559、envafolimab(KN035、ASC22)、CS1001、MDX-1105(BMS-936559)、LY3300054、STI-A1014、FAZ053、CX-072、INCB086550、GNS-1480、CA-170、CK-301、M-7824、HTI-1088(HTI-131、SHR-1316)、MSB-2311、AK-106、AVA-004、BBI-801、CA-327、CBA-0710、CBT-502、FPT-155、IKT-201、IKT-703、10-103、JS-003、KD-033、KY-1003、MCLA-145、MT-5050、SNA-02、BCD-135、APL-502(CBT-402或TQB2450)、IMC-001、KD-045、INBRX-105、KN-046、IMC-2102、IMC-2101、KD-005、IMM-2502、89Zr-CX-072、89Zr-DFO-6E11、KY-1055、MEDI-1109、MT-5594、SL-279252、DSP-106、Gensci-047、REMD-290、N-809、PRS-344、FS-222、GEN-1046、BH-29xx或FS-118或其衍生物。

在一些实施例中，检查点抑制剂为CTLA4的拮抗剂。在一些实施例中，检查点抑制剂是CTLA4的小分子拮抗剂。在一些实施例中，检查点抑制剂为抗CTLA4抗体。CTLA4是免疫检查点分子的CD28-B7免疫球蛋白超家族的一部分，可负向调节T细胞活化，尤其是CD28依赖性T细胞应答。CTLA4与CD28竞争结合常见的配体，诸如CD80(B7-1)和CD86(B7-2)，并以比CD28更高的亲和力与这些配体结合。阻断CTLA4活性(例如，使用抗CTLA4抗体)被认为可增强CD28介导的共刺激(导致T细胞活化/启动增加)、影响T细胞发育和/或消耗Tregs(诸如肿瘤内Tregs)。在一些实施例中，CTLA4拮抗剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在一些实施例中，CTLA-4抑制剂包括伊匹木单抗(IBI310、BMS-734016、MDX010、MDX-CTLA4、MEDI4736)、曲美木单抗(CP-675、CP-675,206)、APL-509、AGEN1884、CS1002、AGEN1181、阿巴西普(Orencia,BMS-188667,RG2077)、BCD-145、ONC-392、ADU-1604、REGN4659、ADG116、KN044、KN046或其衍生物。

在一些实施例中，抗PD-1抗体或抗体片段是MDX-1106(纳武单抗)、MK-3475(派姆单抗，)、MEDI-0680(AMP-514)、PDR001、REGN2810、MGA-012、JNJ-63723283、BI754091、BGB-108、BGB-A317、JS-001、STI-A1110、INCSHR-1210、PF-06801591、TSR-042、AM0001、ENUM 244C8或ENUM 388D4。在一些实施例中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1免疫粘附素。在一些实施例中，抗PD-1免疫粘附素是AMP-224。在一些实施例中，抗PD-L1抗体或抗体片段是YW243.55.S70、MPDL3280A(阿特珠单抗)、MDX-1105、MEDI4736(德瓦鲁单抗)、MSB0010718C(阿维鲁单抗)、LY3300054、STI-A1014、KN035、FAZ053或CX-072。

在一些实施例中，免疫检查点抑制剂包括LAG-3抑制剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在一些实施例中，LAG-3抑制剂包括小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在一些实施例中，LAG-3抑制剂包括小分子。在一些实施例中，LAG-3抑制剂包括LAG-3结合剂。在一些实施例中，LAG-3抑制剂包括抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在一些实施例中，LAG-3抑制剂包括艾泰莫德(eftilagimod)α(IMP321、IMP-321、EDDP-202、EOC-202)、瑞拉利单抗(relatlimab)(BMS-986016)、GSK2831781(IMP-731)、LAG525(IΜΡ701)、TSR-033、EVIP321(可溶性LAG-3蛋白)、BI 754111、IMP761、REGN3767、MK-4280、MGD-013、XmAb22841、INCAGN-2385、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus Biosciences LAG-3抗体、Sym022、其衍生物或与前述任一者竞争的抗体。

在一些实施例中，本文提供的方法包括选择或施用除PD-1或PD-L1靶向免疫检查点抑制剂以外的抗癌疗法(例如，基于获取本公开的癌症中或在来自个体(例如患有本公开的癌症)的样品中的本公开的一个或多个CD274突变的知识或者检测本公开的癌症中或在来自个体(例如患有本公开的癌症)的样品中的本公开的一个或多个CD274突变)，但可以包括选择或施用不靶向PD-1或PD-L1的免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括选择或施用除PD-L1/PD-1轴靶向免疫检查点抑制剂以外的抗癌疗法(例如，基于获取本公开的癌症中或在来自个体(例如患有本公开的癌症)的样品中的本公开的一个或多个CD274突变的知识或者检测本公开的癌症中或在来自个体(例如患有本公开的癌症)的样品中的本公开的一个或多个CD274突变)，但可以包括选择或施用不靶向PD-L1/PD-1轴靶向的免疫检查点抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括免疫调节分子或细胞因子。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用免疫调节分子或细胞因子，例如与另一种抗癌疗法组合。需要免疫调节谱来触发有效的免疫应答并平衡受试者的免疫。合适的免疫调节细胞因子的实例包括但不限于干扰素(例如，IFNα、IFNβ和IFNγ)、白细胞介素(例如，IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-12和IL-20)、肿瘤坏死因子(例如TNFα和TNFβ)、促红细胞生成素(EPO)、FLT-3配体、gIp10、TCA-3、MCP-1、MIF、MIP-1α、MIP-1β、Rantes、巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)或粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)以及其功能片段。在一些实施例中，与趋化因子受体(即CXC、CC、C或CX3C趋化因子受体)结合的任何免疫调节趋化因子可用于本公开的上下文中。趋化因子的实例包括但不限于MIP-3α(Lax)、MIP-3β、Hcc-1、MPIF-1、MPIF-2、MCP-2、MCP-3、MCP-4、MCP-5、Eotaxin、Tarc、Elc、I309、IL-8、GCP-2Groα、Gro-β、Nap-2、Ena-78、Ip-10、MIG、I-Tac、SDF-1或BCA-1(Blc)以及其功能片段。在一些实施例中，免疫调节分子包括在本文提供的任何治疗中。

在一些实施例中，免疫检查点抑制剂是单价的和/或单特异性的。在一些实施例中，免疫检查点抑制剂是多价的和/或多特异性的。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗癌剂，该抗癌剂抑制包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸的表达，或由包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸编码的PD-L1多肽的表达。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗癌剂，该抗癌剂抑制包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸的表达，或由包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸编码的PD-L1多肽的表达，例如与另一种抗癌疗法组合。

在一些实施例中，抗癌疗法包括核酸分子，诸如dsRNA、siRNA或shRNA。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用核酸分子，诸如dsRNA、siRNA或shRNA，例如与另一种抗癌疗法组合。如本领域已知的，具有双链体结构的dsRNA可有效诱导RNA干扰(RNAi)。在一些实施例中，抗癌疗法包括小干扰RNA分子(siRNA)。dsRNA和siRNA可用于沉默哺乳动物细胞(例如人类细胞)中的基因表达。在一些实施例中，本公开的dsRNA包含以下中的任一者：约5个与约10个之间的碱基对、约10个与约12个之间的碱基对、约12个与约15个之间的碱基对、约15个与约20个之间的碱基对、约20个与23个之间的碱基对、约23个与约25个之间的碱基对、约25个与约27个之间的碱基对、或约27个与约30个之间的碱基对。如本领域已知的，siRNA是任选地包括突出端的小dsRNA。在一些实施例中，siRNA的双链体区域在约18个与25个核苷酸之间，例如18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸中的任一者。siRNA还可以包括短发夹RNA(shRNA)，例如具有大约29个碱基对茎和2个核苷酸3'突出端。在一些实施例中，本公开的dsRNA、siRNA或shRNA包含配置成与包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸杂交的核苷酸序列。在一些实施例中，本公开的dsRNA、siRNA或shRNA包含配置成与包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸杂交的核苷酸序列，或其部分。用于设计、优化、产生和使用dsRNA、siRNA或shRNA的方法是本领域已知的。

在一些实施例中，抗癌疗法包括化学疗法。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用化学疗法，例如与另一种抗癌疗法组合。化疗剂的实例包括烷化剂，诸如噻替哌和环磷酰胺；烷基磺酸盐，诸如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷类，诸如苯佐替派、卡波醌、美妥替哌和乌瑞替哌；乙亚胺类和甲基蜜胺类，包括六甲蜜胺、曲他胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(尤其是布拉它辛和布拉它辛酮)；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康)；苔藓抑素；卡利他汀；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；多拉司他汀；杜卡霉素(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1)；五加苷素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥类，诸如苯丁酸氮芥、氯苯哌嗪、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、甲氮芥、盐酸甲氧氮芥、美法仑、新氮芥、苯芥胆甾醇、泼尼氮芥、曲洛磷胺、乌拉莫司汀；亚硝基脲类，诸如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，诸如烯二炔类抗生素(例如加利车霉素，特别是加利车霉素γll和加利车霉素ωll；达尼霉素，包括达尼霉素A；双膦酸盐，诸如氯膦酸盐；艾司米星；以及新抑癌菌素发色团和相关的发色蛋白烯二炔类抗生素发色团、阿克拉霉素、放线菌素、氨茴霉素、偶氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌素、色霉素、更生霉素、道诺霉素、地托比星、6-叠氮-5-氧代-L-正亮氨酸，阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉合-阿霉素和脱氧阿霉素)、表柔比星、伊索比星、伊达比星、马塞罗霉素；丝裂霉素，诸如丝裂霉素C、霉酚酸、诺加霉素、橄榄霉素、培洛霉素、甲基丝裂霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑菌素、链脲佐菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他汀、佐柔比星；抗代谢物，例如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸、甲氨蝶呤、喋罗呤、三甲蝶呤；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、多西氟啶、依诺他宾、氟尿苷；雄激素，诸如卡普睾酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷和睾内酯；抗肾上腺素类药物，诸如米托坦、曲洛斯坦；叶酸补充剂，诸如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；倍曲布西；比生群；依达曲沙；地磷酰胺；秋水仙胺；亚胺醌；依洛尼塞；依利醋铵；埃博霉素；乙环氧啶；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，诸如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他汀；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基肼；甲基苄肼；PSK多糖复合物；雷佐生；根霉素；裂裥菌素；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(尤其是T-2毒素、维拉库林A、漆斑菌素A和蛇形菌素)；尿烷；长春地辛；达卡巴嗪；甘露醇氮芥；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星；阿拉伯糖苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；紫杉烷类，例如紫杉醇和多西他赛吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；铂配位络合物，诸如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺万隆；替尼泊苷；依达曲塞；道诺霉素；氨基蝶呤；卡培他滨；伊班膦酸盐；伊立替康(例如，CPT-l l)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；维甲酸类，诸如视黄酸；卡培他滨；卡铂、甲基苄肼、普利霉素、吉西他滨、长春瑞滨、法尼基蛋白转移酶抑制剂、转铂和上述任何物质的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

可以与本公开的抗癌疗法组合的化疗药物的一些非限制性实例是卡铂(Paraplatin)、顺铂(Platinol,Platinol-AQ)、环磷酰胺(Cytoxan,Neosar)、多西他赛(Taxotere)、多柔比星(Adriamycin)、厄洛替尼(Tarceva)、依托泊苷(VePesid)、氟尿嘧啶(5-FU)、吉西他滨(Gemzar)、甲磺酸伊马替尼(Gleevec)、伊立替康(Camptosar)、甲氨蝶呤(Folex、Mexate、Amethopterin)、紫杉醇(Taxol、Abraxane)、索拉非尼(Nexavar)、舒尼替尼(Sutent)、拓扑替康(Hycamtin)、长春新碱(Oncovin,Vincasar PFS)和长春花碱(Velban)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括激酶抑制剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用激酶抑制剂，例如与另一种抗癌疗法组合。激酶抑制剂的实例包括靶向以下项的那些抑制剂：一种或多种受体酪氨酸激酶，例如BCR-ABL、B-Raf、EGFR、HER-2/ErbB2、IGF-IR、PDGFR-a、PDGFR-β、cKit、Flt-4、Flt3、FGFR1、FGFR3、FGFR4、CSF1R、c-Met、RON、c-Ret或ALK；一种或多种细胞质酪氨酸激酶，例如c-SRC、c-YES、Abl或JAK-2；一种或多种丝氨酸/苏氨酸激酶，例如ATM、Aurora A&B、CDKs、mTOR、PKCi、PLKs、b-Raf、S6K或STK11/LKB1；或一种或多种脂质激酶，例如PI3K或SKI。小分子激酶抑制剂包括PHA-739358、尼洛替尼、达沙替尼、PD166326、NSC 743411、拉帕替尼(GW-572016)、卡那替尼(CI-1033)、塞马替尼(SU5416)、瓦他拉尼(PTK787/ZK222584)、Sutent(SU1 1248)、索拉非尼(BAY 43-9006)或来氟米特(SU101)。酪氨酸激酶抑制剂的另外的非限制性实例包括伊马替尼(Gleevec/Glivec)和吉非替尼(Iressa)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗血管生成剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗血管生成剂，例如与另一种抗癌疗法组合。血管生成抑制剂可防止肿瘤生存所需的血管广泛生长(血管生成)。可用于本公开的方法中的血管生成介导分子或血管生成抑制剂的非限制性实例包括：可溶性VEGF(例如：VEGF同种型，例如VEGF121和VEGF165；VEGF受体，例如VEGFR1、VEGFR2；和共受体，例如Neuropilin-1和Neuropilin-2)、NRP-1、血管生成素2、TSP-1和TSP-2、血管抑素及相关分子、内皮抑素、血管生成抑素、钙网蛋白、血小板因子-4、TIMP和CDAI、甲基-1和甲基-2、IFNα、IFN-β和IFN-γ、CXCL10、IL-4、IL-12和IL-18、凝血酶原(三环结构域-2)、抗凝血酶III片段、催乳素、VEGI、SPARC、骨桥蛋白、乳腺丝抑蛋白、血管能抑素、多育曲菌素相关蛋白、休眠蛋白和药物，诸如贝伐单抗、伊曲康唑、羧胺三唑、TNP-470、CM101、IFN-α、血小板因子-4、苏拉明、SU5416、血小板反应蛋白、VEGFR拮抗剂、血管抑制类固醇和肝素、软骨源性血管生成抑制因子、基质金属蛋白酶抑制剂、2-甲氧基雌二醇、替可加兰、四硫代钼酸盐、沙利度胺、血小板反应蛋白、催乳素νβ3抑制剂、利诺胺或他喹莫德。在一些实施例中，可根据本公开的方法使用的已知治疗候选物包括天然存在的血管生成抑制剂，包括但不限于血管抑素、内皮抑素或血小板因子4。在另一个实施例中，可根据本公开的方法使用的治疗候选物包括但不限于内皮细胞生长的特异性抑制剂，诸如TNP-470、沙利度胺和白细胞介素-12。可根据本公开的方法使用的其它抗血管生成剂包括中和血管生成分子的那些，包括但不限于成纤维细胞生长因子的抗体、血管内皮生长因子的抗体、血小板衍生生长因子的抗体、或EGF、VEGF或PDGF的受体的抗体或其它类型的抑制剂。在一些实施例中，可根据本公开的方法使用的抗血管生成剂包括但不限于苏拉明及其类似物和替考格兰。在其他实施例中，可根据本公开的方法使用的抗血管生成剂包括但不限于中和血管生成因子受体的药剂或干扰血管基底膜和细胞外基质的药剂，包括但不限于金属蛋白酶抑制剂和血管抑制类固醇。可根据本公开的方法使用的另一组抗血管生成化合物包括但不限于抗粘附分子，诸如针对整联蛋白αvβ3的抗体。可根据本公开的方法使用的其它抗血管生成化合物或组合物包括但不限于激酶抑制剂、沙利度胺、伊曲康唑、羧胺三唑、CM101、IFN-α、IL-12、SU5416、血小板反应蛋白、软骨源性血管生成抑制因子、2-甲氧基雌二醇、四硫代钼酸盐、血小板反应蛋白、催乳素和利诺胺。在一个特定实施例中，可根据本公开的方法使用的抗血管生成化合物是针对VEGF的抗体，诸如/贝伐单抗(Genentech)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗DNA修复疗法。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗DNA修复疗法，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，抗DNA修复疗法是PARP抑制剂(例如，talazoparib、卢卡帕尼、奥拉帕尼)、RAD51抑制剂(例如，RI-1)或DNA损伤应答激酶抑制剂，例如CHCK1(例如，AZD7762)、ATM(例如KU-55933、KU-60019、NU7026或VE-821)和ATR(例如NU7026)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括辐射增敏剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用辐射增敏剂，例如与另一种抗癌疗法组合。示例性辐射增敏剂包括缺氧辐射增敏剂，诸如米索硝唑、甲硝唑和藏红花酸二钠盐，一种有助于增加氧气扩散到缺氧肿瘤组织中的化合物。辐射增敏剂也可以是干扰碱基切除修复(BER)、核苷酸切除修复(NER)、错配修复(MMR)、包括同源重组(HR)和非同源末端连接(NHEJ)的重组修复和直接修复机制的DNA损伤应答抑制剂。单链断裂(SSB)修复机制包括BER、NER或MMR途径，而双链断裂(DSB)修复机制包括HR和NHEJ途径。辐射导致DNA断裂，如果不加以修复，就会致命。使用完整的DNA链作为模板，通过BER、NER和MMR机制的组合修复SSB。SSB修复的主要途径是利用称为聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)的相关酶家族的BER。因此，辐射增敏剂可以包括DNA损伤应答抑制剂，诸如PARP抑制剂。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗炎剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗炎剂，例如与另一种抗癌疗法组合。在一些实施例中，抗炎剂是阻断、抑制或降低炎症或来自炎症信号通路的信号的药剂。在一些实施例中，抗炎剂抑制或降低以下任意一种或多种的活性：IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-12、IL-13、IL-15、IL-18、IL-23；干扰素(IFN)例如IFNα、IFNβ、IFNγ、IFN-γ诱导因子(IGIF)；转化生长因子-β(TGF-β)；转化生长因子-α(TGF-α)；肿瘤坏死因子，例如TNF-α、TNF-β、TNF-RI、TNF-RII；CD23；CD30；CD40L；EGF；G-CSF；GDNF；PDGF-BB；RANTES/CCL5；IKK；NF-κB；TLR2；TLR3；TLR4；TL5；TLR6；TLR7；TLR8；TLR8；TLR9；和/或其任何同源受体。在一些实施例中，抗炎剂是IL-1或IL-1受体拮抗剂，诸如阿那白滞素利纳西普或卡纳单抗。在一些实施例中，抗炎剂是IL-6或IL-6受体拮抗剂，例如抗IL-6抗体或抗IL-6受体抗体，诸如托珠单抗/>奥洛组单抗、克拉扎珠单抗、沙利姆单抗、西鲁库单抗、司妥昔单抗或ALX-0061。在一些实施例中，抗炎剂是TNF-α拮抗剂，例如抗TNFα抗体，诸如英夫利昔单抗/>戈利木单抗/>阿达木单抗/>聚乙二醇结合赛妥珠单抗/>或依那西普。在一些实施例中，抗炎剂是皮质类固醇。示例性皮质类固醇包括但不限于可的松(氢化可的松、氢化可的松磷酸钠、氢化可的松琥珀酸钠、Hydrocort/>磷酸氢化可酮/>)、地卡特隆(地塞米松、醋酸地塞米松、地塞米松磷酸钠、/>)、甲基强的松龙(6-甲基强的松龙、醋酸甲基强的松龙、甲基强的松龙琥珀酸钠、)、强的松龙/>和泼尼松和双膦酸盐(例如，帕米膦酸盐/>和唑来膦酸/>)。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗激素剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗激素剂，例如与另一种抗癌疗法组合。抗激素剂是调节或抑制激素对肿瘤作用的药剂。抗激素剂的实例包括抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，包括例如他莫昔芬(包括他莫昔芬)、雷洛昔芬、屈洛昔芬、4-羟基他莫昔芬、曲奥昔芬、酮昔芬、LY117018、奥那司酮和/>托瑞米芬；抑制芳香酶的芳香酶抑制剂，该芳香酶调节肾上腺中雌激素的产生，诸如例如4(5)-咪唑、氨鲁米特、/>醋酸甲地孕酮、/>依西美坦、福美斯坦、法屈唑、/>伏罗唑、/>来曲唑和/>(阿那曲唑)；抗雄激素，诸如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林和戈舍瑞林；曲沙西他滨(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制与异常细胞增殖有关的信号传导途径中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如基因疗法疫苗，例如/>疫苗、疫苗和/>疫苗；/>rIL-2；/>拓扑异构酶1抑制剂；/>rmRH；以及任何上述物质的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

在一些实施例中，抗癌疗法包括抗代谢化疗剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用抗代谢化疗剂，例如与另一种抗癌疗法组合。抗代谢化疗剂是结构与代谢物相似但不能被身体有效利用的药剂。许多抗代谢化疗剂会干扰RNA或DNA的产生。抗代谢化疗剂的实例包括吉西他滨5-氟尿嘧啶(5-FU)、卡培他滨(XELODA^TM)、6-巯基嘌呤、甲氨蝶呤、6-硫鸟嘌呤、培美曲塞、雷替曲塞、阿拉伯糖基胞嘧啶ARA-C阿糖胞苷达卡巴嗪(DTIC-DOMED)、偶氮胞嘧啶、脱氧胞嘧啶、吡啶、氟达拉滨克拉屈滨和2-脱氧-D-葡萄糖。在一些实施例中，抗代谢化疗剂是吉西他滨。盐酸吉西他滨由礼来公司(Eli Lilly)以商标/>销售。/>

在一些实施例中，抗癌疗法包括基于铂的化疗剂。在一些实施例中，本文提供的方法包括向个体施用基于铂的化疗剂，例如与另一种抗癌疗法组合。基于铂的化疗剂是包含含有铂作为分子的组成部分的有机化合物的化疗剂。在一些实施例中，化疗剂是铂剂。在一些此类实施例中，铂剂选自顺铂、卡铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂(triplatintetranitrate)、菲铂(phenanthriplatin)、吡铂或沙铂。

在一些方面，本文提供治疗制剂，其包含本文提供的抗癌疗法和药学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂。本文提供的制剂可以含有多于一种活性化合物，例如本文提供的抗癌疗法，以及一种或多种另外的药剂(例如抗癌剂)。

可接受的载体、赋形剂或稳定剂在使用的剂量和浓度下对受体无毒，并且包括例如以下中的一者或多者：缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂，诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵、氯化六甲双铵、苯扎氯铵、苄索氯铵、苯酚、丁醇或苄醇、对羟基苯甲酸烷基酯(诸如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯)、儿茶酚、间苯二酚、环己醇、3-戊醇或间甲酚；低分子量多肽(例如少于约10个残基)；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；成盐抗衡离子，诸如钠；金属络合物(例如，锌蛋白络合物)；表面活性剂，诸如非离子表面活性剂；或聚合物，诸如聚乙二醇(PEG)。

活性成分可以被包埋在微胶囊中。此类微胶囊可以例如通过凝聚技术或通过界面聚合(例如，分别为羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)来制备；包埋在胶体药物递送系统(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米粒子和纳米胶囊)中；或包埋在粗乳液中。此类技术是本领域已知的。

可以制备缓释组合物。缓释组合物的合适实例包括含有本公开的抗癌疗法的固体疏水性聚合物的半渗透基质。此类基质可以呈成形物品的形式，例如薄膜或微胶囊。缓释基质的实例包括聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟基甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸、L-谷氨酸与γ乙基-L-谷氨酸盐的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯酯、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOT^TM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林组成的可注射微球)和聚-D-(-)-3-羟丁酸。

本文提供的制剂还可含有多于一种活性化合物，例如具有不会彼此不利地影响的互补活性的那些活性化合物。此类药物的类型和有效量取决于例如制剂中存在的活性化合物的量和类型以及受试者的临床参数。

有关制剂的一般信息，参见例如，Gilman等人(编辑)The Pharmacological Basesof Therapeutics，第8版，Pergamon Press,1990；A.Gennaro(编辑)，Remington'sPharmaceutical Sciences，第18版，Mack Publishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis等人(编辑)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman等人(编辑)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman等人(编辑)，Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；和Walters(编辑)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and the Pharmaceutical Sciences),第119卷,Marcel Dekker,2002。

待用于体内施用的制剂是无菌的。这可以通过无菌过滤膜过滤或本领域已知的其他方法容易地实现。

在一些实施例中，抗癌疗法作为单一疗法施用。在一些实施例中，抗癌疗法与一种或多种另外的抗癌疗法或治疗组合施用。在一些实施例中，一种或多种另外的抗癌疗法或治疗包括本文所述的一种或多种抗癌疗法。在一些实施例中，本公开的方法包括施用本文提供的任何抗癌疗法的任意组合。在一些实施例中，另外的抗癌疗法包括手术、放射疗法、化学疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法和抗炎疗法中的一者或多者。在一些实施例中，另外的抗癌疗法包括抗肿瘤剂、化疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂、放射疗法、细胞毒性剂或它们的组合。在一些实施例中，抗癌疗法可以与化学疗法或化疗剂结合施用。在一些实施例中，化学疗法或化学治疗剂是基于铂的药剂(包括但不限于顺铂、卡铂、奥沙利铂和沙铂)。在一些实施例中，抗癌疗法可以与放射疗法结合施用。在一些实施例中，用于本文所述的任何方法中的抗癌疗法(例如，作为单一疗法或与另一种疗法或治疗组合)是Pietrantonio等人，J Natl Cancer Inst(2017)109(12)和/或Wang等人，Cancers(2020)12(2):426描述的抗癌疗法或治疗，该文献通过引用并入本文。

IV.制品或试剂盒

本文提供包含用于检测CD274基因中的一个或多个突变的一种或多种寡核苷酸的试剂盒或制品。

本文进一步提供试剂盒或制品，该试剂盒或制品包含抗癌疗法和包装插页，该包装插页包含在治疗癌症或延迟癌症进展的方法中使用抗癌疗法的说明书，例如通过向从其已获得的个体施用包含CD274基因中的一个或多个突变的样品。

在一些实施例中，本文提供的试剂盒包含用于检测本文提供的CD274基因中的一个或多个突变的试剂(例如，本公开的一种或多种寡核苷酸、引物、探针或诱饵)。在一些实施例中，试剂盒包含用于检测CD274基因的野生型对应物的试剂(例如，本公开的一种或多种寡核苷酸、引物、探针或诱饵)。在一些实施例中，试剂包含本公开的一种或多种寡核苷酸、引物、探针或诱饵，其能够与包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子杂交，或与CD274基因的野生型对应物杂交。在一些实施例中，试剂包含本公开的一种或多种寡核苷酸、引物、探针或诱饵，其能够将包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子与CD274基因的野生型对应物区分开来。在一些实施例中，试剂盒用于根据本领域已知的或本文所述的检测CD274基因中的一个或多个突变的任何方法使用，诸如测序、PCR、原位杂交方法、核酸杂交测定、基于扩增的测定、PCR-RFLP测定、实时PCR、测序、下一代测序、筛选分析、FISH、光谱核型分析、MFISH、比较基因组杂交、原位杂交、序列特异性引发(SSP)PCR、HPLC和质谱基因分型。在一些实施例中，本文提供的试剂盒进一步包括用于检测CD274基因中或包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子中的一个或多个突变的说明书，例如使用一种或多种本公开的寡核苷酸、引物、探针或诱饵。

本文还提供用于检测由例如包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段的试剂盒。在一些实施例中，本文提供的试剂盒包含用于检测由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段的试剂(例如，本公开的一种或多种抗体)。在一些实施例中，试剂盒包含用于检测本文提供的PD-L1多肽的野生型对应物的试剂(例如，本公开的一种或多种抗体)。在一些实施例中，试剂包含本公开的一种或多种抗体，该抗体能够与由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段结合，或与本文提供的PD-L1多肽的野生型对应物结合。在一些实施例中，试剂包含本公开的一种或多种抗体，该抗体能够将由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段，与本文提供的PD-L1多肽的野生型对应物区分开来。在一些实施例中，试剂盒用于根据本领域已知或本文所述的任何蛋白质或多肽检测测定，诸如质谱(例如串联质谱)、报告基因测定(例如基于荧光的测定)、免疫印迹诸如蛋白质印迹、免疫测定诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学、其他免疫测定(例如流体或凝胶沉淀反应、免疫扩散、免疫电泳、放射免疫测定(RIA)、免疫荧光测定)和分析生化方法(例如电泳、毛细管电泳、高效液相色谱(HPLC)、薄层色谱(TLC)、超扩散色谱)。在一些实施例中，试剂盒进一步包含用于例如使用本公开的一种或多种抗体检测由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段的说明书。

该制品可以包括例如容器和在所述容器上或与所述容器相关的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、小瓶、注射器等。容器可以由多种材料形成诸如玻璃或塑料。容器容纳或含有包含该癌症药物作为活性剂的组合物，并且可具有无菌进入口(例如，该容器可以是静脉内溶液袋或具有可由皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。

制品可以进一步包括第二容器，该第二容器包括药学上可接受的稀释缓冲剂，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和/或葡萄糖溶液。制品可以进一步包括从商业和用户角度所需的其他物质，包括其他缓冲剂、稀释剂、过滤器、针头和注射器。

本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，指示该组合物用于治疗癌症，如本文所述。插页或标签可以采用任何形式诸如纸，或在电子介质诸如磁记录介质(例如软盘)、CD-ROM、通用串行总线(USB)闪存驱动器等上。标签或插页还可以包括试剂盒或制品中有关药物组合物和剂型的其他信息。

V.表达载体、宿主细胞和重组细胞

本文提供包含核酸分子的载体、诱饵、探针或本文所述的寡核苷酸或其片段，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。

在一些实施例中，本文提供的载体包含以下核酸分子：包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子，或编码由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其片段的核酸分子。

在一些实施例中，本文提供的载体是能够转运与其相连接的另一核酸的核酸分子。在一些实施例中，载体是质粒、粘粒或病毒载体。该载体可以能够自主复制，或者它可以整合到宿主DNA中。本文还考虑了病毒载体，包括例如复制缺陷型逆转录病毒、腺病毒和腺相关病毒。

在一些实施例中，本文提供的载体包含核酸分子、诱饵、探针或在宿主细胞中呈适合于其表达的形式的本公开的寡核苷酸，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，载体包括与待表达的核苷酸序列可操作地连接的一种或多种调控序列。在一些实施例中，一种或多种调控序列包括启动子(例如，源自多瘤病毒、腺病毒2、巨细胞病毒和猿猴病毒40的启动子)、增强子和其他表达控制元件(例如，多聚腺苷酸化信号)。在一些实施例中，调控序列指导核苷酸序列(例如，包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子、诱饵、探针或本文所述的寡核苷酸，或其片段)的构成性表达。在一些实施例中，调控序列指导核苷酸序列(例如，包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子、诱饵、探针或本文所述的寡核苷酸，或其片段)的组织特异性表达。在一些实施例中，调控序列指导核苷酸序列(例如，包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子、诱饵、探针或本文所述的寡核苷酸，或其片段)的诱导性表达。诱导型调控序列的实例包括但不限于由类固醇激素、由多肽激素或由异源多肽(诸如四环素诱导型启动子)调控的启动子。组织或细胞类型特异性调控序列的实例包括但不限于白蛋白启动子、淋巴特异性启动子、T细胞受体或免疫球蛋白的启动子、神经元特异性启动子、胰腺特异性启动子、乳腺特异性启动子和发育调控启动子。在一些实施例中，本文提供的载体包含核酸分子、诱饵、探针或正义或反义取向上的本公开的寡核苷酸，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分。在一些实施例中，将本文提供的载体(例如，表达载体)引入宿主细胞中，从而产生多肽，例如由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽，或其片段或突变形式。

在一些实施例中，本文提供的载体的设计取决于诸如待转化的宿主细胞的选择、期望的表达水平等因素。在一些实施例中，表达载体被设计用于在原核或真核细胞，诸如大肠杆菌细胞、昆虫细胞(例如，使用杆状病毒表达载体)、酵母细胞或哺乳动物细胞中表达CD274核酸分子(例如包含本文所述的一个或多个突变)、诱饵、探针或本文所述的寡核苷酸或其片段。在一些实施例中，本文所述的载体例如使用T7启动子调控序列和T7聚合酶在体外转录和翻译。在一些实施例中，本文提供的载体(例如，表达载体)包含核酸分子，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分，其中本文所述的核酸分子的核苷酸序列已被改变(例如，密码子优化)，使得每个编码的氨基酸的单独密码子是宿主细胞中优先使用的密码子。

本文还提供宿主细胞，例如包含：核酸分子，该核酸分子包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分；由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分；诱饵、探针、载体或本公开的寡核苷酸。在一些实施例中，宿主细胞(例如，重组宿主细胞或重组细胞)包含本文所述的载体(例如，本文所述的表达载体)。在一些实施例中，包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子、诱饵、探针、载体或本文提供的寡核苷酸进一步包括允许其整合到宿主细胞基因组中的序列(例如，通过特定位点处的同源重组)。在一些实施例中，本文提供的宿主细胞是原核或真核细胞。宿主细胞的非限制性实例包括但不限于细菌细胞(例如大肠杆菌)、昆虫细胞、酵母细胞或哺乳动物细胞(例如人类细胞、啮齿动物细胞、小鼠细胞、兔细胞、猪细胞、中国仓鼠卵巢细胞(CHO)或COS细胞，例如COS-7细胞、CV-1起源的SV40细胞)。本文所述的宿主细胞包括特定的宿主细胞以及此类细胞的后代。因为由于突变或环境影响，某些修饰可能会在后续世代中发生，所以此类后代实际上可能与亲代宿主细胞不相同。

可以使用本领域已知的任何合适的方法，诸如常规转化或转染技术(例如，使用磷酸钙或氯化钙共沉淀、DEAE-葡聚糖介导的转染、脂转染或电穿孔)，将包含或编码包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因或其部分的核酸分子、诱饵、探针、载体或本公开的寡核苷酸引入宿主细胞中。

本文还提供产生由包含本文所述的一个或多个突变的CD274基因编码的PD-L1多肽或其部分的方法，例如通过在合适的培养基中培养本文所述的宿主细胞(例如，已将编码多肽的重组表达载体引入其中)，从而产生PD-L1多肽。在另一个实施例中，该方法进一步包括从培养基或宿主细胞分离PD-L1多肽。

本说明书被认为足以使本领域的技术人员能够实施本发明。除了本文中示出和描述的之外，本发明的各种修改对于根据说明书前文的本领域技术人员而言将变得显而易见，并且落入所附权利要求的范围内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请出于所有目的通过引用整体并入本文。

VI.示例性实施例

以下示例性实施例代表本发明的一些方面：

示例性实施例1：一种鉴别可能受益于包括抗癌疗法的治疗的患有癌症的个体的方法，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在情况将该个体鉴别为可能或可能不会受益于抗癌疗法的个体。

示例性实施例2：一种检测个体中癌症的存在或不存在的方法，该方法包括：

(a)在来自个体的样品中检测癌症的存在或不存在；以及

(b)在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的存在或不存在。

示例性实施例3：一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，该方法包括在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能受益于包括抗癌疗法的治疗的个体。

示例性实施例4：根据实施例1至3中任一项所述的方法，其中样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在将该个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

示例性实施例5：一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，该方法包括：

(a)在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及

(b)生成报告，该报告包括至少部分地基于样品中的CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而为个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中该一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

示例性实施例6：一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，该方法包括：

(a)获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识；以及

(b)生成报告，该报告包括至少部分地基于所述知识而为个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中该一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

示例性实施例7：根据实施例5或实施例6所述的方法，其中该报告将个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

示例性实施例8：一种为患有癌症的个体选择或不选择治疗的方法，该方法包括获取来自患有癌症的个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者，或者该个体未被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者；及/或(ii)该个体被鉴别为可能对包括抗癌疗法的治疗有应答，或者该个体被鉴别为不太可能对包括抗癌疗法的治疗有应答。

示例性实施例9：根据实施例8所述的方法，其中响应于所述知识的获取：(i)该个体被分类为患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症；及/或(ii)该个体被鉴别为不太可能对包括一种或多种免疫检查点抑制剂的治疗有应答。

示例性实施例10：一种预测患有癌症的个体的存活期的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体的存活期相比，该个体被预测当用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗时具有较短的存活期。

示例性实施例11：一种预测用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗的患有癌症的个体的存活期的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不表现出CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测在用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗后具有较短的存活期。

示例性实施例12：一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括：

(b)响应于所述知识，向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

示例性实施例13：一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括响应于获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

示例性实施例14：一种监测患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂的癌症抗性的增加的风险。

示例性实施例15：一种评估患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

示例性实施例16：一种筛选患有癌症的个体的方法，该方法包括获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，该个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

示例性实施例17：一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括：

(b)向个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

示例性实施例18：一种诊断/评定个体的癌症中的CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：

(b)提供对CD274基因中的一个或多个突变的评定。

示例性实施例19：一种诊断个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的方法，该方法包括：

(b)提供对个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的诊断。

示例性实施例20：一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括在来自患有癌症的个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例21：一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：

(a)提供从来自个体的样品获得的多种核酸，其中该多种核酸包括编码CD274基因的核酸；

(b)任选地，将一个或多个衔接子连接到来自多种核酸的一种或多种核酸上；

(c)任选地，从多种核酸扩增核酸；

(d)任选地，捕获对应于CD274基因的多种核酸；

(e)通过测序仪对多种核酸进行测序以获得对应于CD274基因的多个序列读段；

(f)分析多个序列读段；以及

(g)基于分析，检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例22：根据实施例21所述的方法，其中通过与诱饵分子杂交，从经扩增的核酸捕获对应于CD274基因的多种核酸。

示例性实施例23：一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，该方法包括：

(a)提供来自患有癌症的个体的样品，其中该样品包含一种或多种核酸；

(b)从样品中的一种或多种核酸制备核酸测序文库；

(c)使用聚合酶链式反应(PCR)扩增所述文库；

(d)选择性地富集所述文库中包含CD274核苷酸序列的一种或多种核酸以产生富集的样品；

(e)对富集的样品进行测序，由此产生多个测序读段；

(f)针对CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而分析多个测序读段；

(g)基于分析步骤，在来自个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例24：一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，该方法包括向患有癌症的个体施用有效量的抗癌疗法，其中该癌症包括CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例25：根据实施例1、3至9、12至13、17和24中任一项所述的方法，其中该抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。

示例性实施例26：根据实施例25所述的方法，其中细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。

示例性实施例27：根据实施例25所述的方法，其中核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

示例性实施例28：根据实施例1至27中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

示例性实施例29：根据实施例1至28中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

示例性实施例30：根据实施例1至29中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

示例性实施例31：根据实施例1至30中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

示例性实施例32：根据实施例28至31中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。

示例性实施例33：根据实施例28至32中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

示例性实施例34：根据实施例1至33中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

示例性实施例35：根据实施例1至34中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。

示例性实施例36：根据实施例1至34中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。

示例性实施例37：根据实施例28至36中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

示例性实施例38：根据实施例1至37中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变引起：

(a)癌症中PD-L1蛋白的低表达，

(b)癌症中PD-L1蛋白的无表达，或

(c)癌症中PD-L1蛋白的高表达。

示例性实施例39：根据实施例38所述的方法，其中使用免疫组织化学测定在从个体获得的样品中评定PD-L1蛋白表达。

示例性实施例40：根据实施例38或实施例39所述的方法，其中评定肿瘤细胞中的PD-L1蛋白表达。

示例性实施例41：根据实施例39至40中任一项所述的方法，其中基于1％与49％之间的肿瘤比例评分(TPS)来评定癌症中PD-L1蛋白的低表达。

示例性实施例42：根据实施例38至41中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表2中列出的一个或多个突变。

示例性实施例43：根据实施例39至40中任一项所述的方法，其中基于小于1％的TPS来评定癌症中PD-L1蛋白的无表达。

示例性实施例44：根据实施例38至40和43中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表3中列出的一个或多个突变。

示例性实施例45：根据实施例39至40中任一项所述的方法，其中基于50％或更高的TPS来评定癌症中PD-L1蛋白的高表达。

示例性实施例46：根据实施例38至40和45中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表4中列出的一个或多个突变。

示例性实施例47：根据实施例38至46中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变，任选地其中一个或多个突变为克隆或亚克隆突变。

示例性实施例48：根据实施例38至46中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变包括截短突变，任选地其中该截短突变为克隆或亚克隆突变。

示例性实施例49：根据实施例1至48中任一项所述的方法，其中：(a)CD274基因中的一个或多个突变减少由CD274基因编码的PD-L1多肽与PD-1受体之间的相互作用；及/或(b)CD274基因中的一个或多个突变降低由CD274基因编码的PD-L1多肽的活性。

示例性实施例50：根据实施例1至49中任一项所述的方法，其中CD274基因中的一个或多个突变引起免疫检查点抑制剂抗性癌症。

示例性实施例51：根据实施例1、3至9、12至13、17和24至50中任一项所述的方法，其中抗癌疗法为除免疫检查点抑制剂以外的疗法。

示例性实施例52：根据实施例51所述的方法，其中抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。

示例性实施例53：根据实施例52所述的方法，其中细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。

示例性实施例54：根据实施例52所述的方法，其中核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

示例性实施例55：根据实施例6至16和25至54中任一项所述的方法，其中获取CD274基因中的一个或多个突变的知识包括在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例56：根据实施例1至5、7、17至23和25至55中任一项所述的方法，其进一步包括选择性地富集一种或多种核酸，该一种或多种核酸包含含有CD274基因中的一个或多个突变的核苷酸序列；其中该选择性地富集产生富集的样品。

示例性实施例57：根据实施例1至5、7、17至23和25至56中任一项所述的方法，其中通过以下中的一者或多者在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变：核酸杂交测定、基于扩增的测定、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)测定、实时PCR、测序、下一代测序、筛选分析、荧光原位杂交(FISH)、光谱核型分析、多色FISH(mFISH)、比较基因组杂交、原位杂交、序列特异性引发(SSP)PCR、高效液相色谱(HPLC)或质谱基因分型。

示例性实施例58：根据实施例1至5、7、17至23和25至55中任一项所述的方法，其中在由CD274基因编码的PD-L1多肽中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例59：根据实施例58所述的方法，其中通过以下中的一者或多者在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变：免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学或质谱。

示例性实施例60：根据实施例1至20和23至59中任一项所述的方法，其中癌症为上皮癌、肉瘤、淋巴瘤、白血病、骨髓瘤、生殖细胞癌或母细胞瘤。

示例性实施例61：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为实体瘤。

示例性实施例62：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为血液恶性肿瘤。

示例性实施例63：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为表5或表6中列出的癌症。

示例性实施例64：根据实施例1至20和23至63中任一项所述的方法，其中癌症为弥漫性大B细胞淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌、子宫内膜腺癌、未知原发性黑素瘤或皮肤黑素瘤。

示例性实施例65：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为皮肤癌。

示例性实施例66：根据实施例65所述的方法，其中癌症包含≥10个突变/兆碱基(mut/Mb)的肿瘤突变负荷(TMB)。

示例性实施例67：根据实施例65所述的方法，其中癌症包含小于10mut/Mb的TMB。

示例性实施例68：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于约0.79兆碱基(Mb)的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例69：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于约0.80Mb的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例70：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于约0.83Mb与约1.14Mb之间的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例71：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例72：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于最多约1.24Mb的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例73：根据实施例66或实施例67所述的方法，其中基于最多约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。

示例性实施例74：根据实施例66和68至73中任一项所述的方法，其中癌症包含至少约100mut/Mb、至少约110mut/Mb、至少约120mut/Mb、至少约130mut/Mb、至少约140mut/Mb、至少约150mut/Mb或更多的TMB。

示例性实施例75：根据实施例66至74中任一项所述的方法，其中通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序来评定TMB。

示例性实施例76：根据实施例65至75中任一项所述的方法，其中癌症为皮肤鳞状细胞癌、皮肤黑素瘤或未知原发性黑素瘤。

示例性实施例77：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为非浆液性子宫内膜腺癌。

示例性实施例78：根据实施例77所述的方法，其中癌症包含高微卫星不稳定性状态(MSI)。

示例性实施例79：根据实施例78所述的方法，其中基于最多约114个基因座的DNA测序来评定MSI。

示例性实施例80：根据实施例1至20和23至60中任一项所述的方法，其中癌症为包含如表6中列出的CD274突变的癌症。

示例性实施例81：根据实施例1至20和23至80中任一项所述的方法，其中癌症是转移性的。

示例性实施例82：根据实施例1至20、23和25至81中任一项所述的方法，其中样品是从所述癌症获得的。

示例性实施例83：根据实施例1至23和25至82中任一项所述的方法，其中样品为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品。

示例性实施例84：根据实施例1至23和25至83中任一项所述的方法，其中样品包含流体、细胞或组织。

示例性实施例85：根据实施例84所述的方法，其中样品包含肿瘤活组织切片或循环肿瘤细胞。

示例性实施例86：根据实施例1至23和25至82中任一项所述的方法，其中样品为核酸样品。

示例性实施例87：根据实施例86所述的方法，其中核酸样品包含mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。

示例性实施例88：根据实施例1至23和25至82中任一项所述的方法，其中样品包含从来自个体的FFPE样品获得的一种或多种核酸。

示例性实施例89：根据实施例88所述的方法，其中一种或多种核酸包括mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。

示例性实施例90：根据实施例1至23和25至89中任一项所述的方法，其进一步包括在不同时间点从个体获得多于一个样品。

示例性实施例91：根据实施例23或实施例56所述的方法，其中选择性地富集包括：(a)将诱饵与样品组合，由此使诱饵与样品中的一种或多种核酸杂交并产生核酸杂交体；以及(b)分离核酸杂交体以产生富集的样品。

示例性实施例92：根据实施例91所述的方法，其中诱饵包括配置成与一种或多种核酸杂交的捕获核酸分子。

示例性实施例93：根据实施例92所述的方法，其中捕获核酸分子包含约10个与约30个之间的核苷酸、约50个与约1000个之间的核苷酸、约100个与约500个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、或约100个与200个之间的核苷酸。

示例性实施例94：根据实施例91至93中任一项所述的方法，其中诱饵与亲和试剂或与检测试剂缀合。

示例性实施例95：根据实施例94所述的方法，其中亲和试剂为抗体、抗体片段或生物素，或者其中检测试剂为荧光标志物。

示例性实施例96：根据实施例92至95中任一项所述的方法，其中捕获核酸分子包括DNA、RNA或混合的DNA/RNA分子。

示例性实施例97：根据实施例23或实施例56所述的方法，其中选择性地富集包括使用聚合酶链式反应(PCR)来扩增样品中的一种或多种核酸以产生富集的样品。

示例性实施例98：根据实施例91至97中任一项所述的方法，其进一步包括对富集样品中的一个或多个核酸分子进行测序。

示例性实施例99：一种试剂盒，其包括用于检测CD274基因中的一个或多个突变的探针或诱饵，任选地其中CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

示例性实施例100：一种核酸，其编码包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因。

示例性实施例101：一种载体，其包含根据实施例100所述的核酸。

示例性实施例102：一种宿主细胞，其包含根据实施例101所述的载体。

示例性实施例103：一种抗体或抗体片段，其与由包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因所编码的PD-L1多肽特异性结合。

示例性实施例104：一种试剂盒，其包括根据实施例103所述的抗体或抗体片段。

示例性实施例105：一种或多种寡核苷酸用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的体外用途。

示例性实施例106：一种试剂盒，其包括用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的一种或多种寡核苷酸。

示例性实施例107：一种系统，其包括：

存储器，其配置成存储一个或多个程序指令；以及

一个或多个处理器，其配置成执行一个或多个程序指令，当由该一个或多个处理器执行时，该一个或多个程序指令配置成：

(a)获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；

(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析多个序列读段；以及

(c)基于分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例108：根据实施例107所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

示例性实施例109：根据实施例107或实施例108所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

示例性实施例110：根据实施例107至109中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

示例性实施例111：根据实施例107至110中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

示例性实施例112：根据实施例108至111中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

示例性实施例113：根据实施例108至112中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。

示例性实施例114：根据实施例108至113中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

示例性实施例115：根据实施例107至114中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

示例性实施例116：根据实施例107至115中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。

示例性实施例117：根据实施例107至116中任一项所述的系统，其中CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。

示例性实施例118：根据实施例107至117中任一项所述的系统，其中多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

示例性实施例119：一种非暂时性计算机可读存储介质，其包括能够由一个或多个计算机处理器执行以执行方法的一个或多个程序，该方法包括：

(a)使用一个或多个处理器，获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中一种或多种核酸源自从个体获得的样品；

(b)使用该一个或多个处理器，针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析多个序列读段；以及

(c)使用该一个或多个处理器并基于该分析，在样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例120：根据实施例119所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

示例性实施例121：根据实施例119或实施例120所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

示例性实施例122：根据实施例119至120中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

示例性实施例123：根据实施例119至122中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

示例性实施例124：根据实施例120至123中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

示例性实施例125：根据实施例120至123中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中该CD274基因为CD274基因的一部分的缺失。

示例性实施例126：根据实施例120至125中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

示例性实施例127：根据实施例119至126中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

示例性实施例128：根据实施例119至127中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变为克隆突变。

示例性实施例129：根据实施例119至128中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的一个或多个突变为亚克隆突变。

示例性实施例130：根据实施例119至129中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

示例性实施例131：一种用于治疗癌症或延迟癌症进展的方法中的抗癌疗法，其中该方法包括向个体施用抗癌疗法，其中在从个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。

示例性实施例132：一种用于制造用于治疗癌症或延迟癌症进展的药物的抗癌疗法，其中该药物待施用于个体，其中在从个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。

实例

通过参考以下实例将更全面地理解本发明。然而，它们不应被解释为限制本发明的范围。应当理解，本文所述的实例和实施例仅用于说明目的，并且鉴于其的各种修改或改变将被建议给本领域技术人员，并且将被包括在本公开的精神和界限内以及所附权利要求的范围内。

实例1：CD274(PD-L1)突变的泛癌情况及其与PD-L1蛋白表达的相关性。

CD274(PD-L1)中的非扩增短变体(SV)“突变”对其PD-L1编码蛋白表达和免疫检查点抑制剂(ICPI)疗法的影响尚不清楚。

本实例描述了大型泛癌基因组数据库中的综合基因组分析(CGP)，该数据库分析了CD274(PD-L1)短变体突变的情况，以及已鉴别的突变与PD-L1蛋白表达的相关性。

材料和方法

样品队列

在常规临床护理期间，从外部机构以石蜡块或未染色的载玻片形式接收全切片样品、活检或细胞学样本的福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织。经委员会认证的病理学家基于FFPE组织的苏木精和伊红(H&E)染色的载玻片的显微镜检查、随附的病理报告以及主治医生提供的其他信息，对每个样本指定诊断。

综合基因组分析

在经临床实验室改进修正案(CLIA)认证和经美国病理学家学会(CAP)认可的实验室中，使用从FFPE肿瘤样品中提取的DNA和/或RNA，对杂交捕获的、基于衔接子连接的文库进行综合基因组分析(CGP)(参见图1)。对样品进行最多406个癌症相关基因的测序，并选择了基因重排(Frampton等人,Nat Biotechnol(2013)31(11):1023-31)。CD274非扩增短变体(SV)突变被定义为错义突变、截短、剪接位点突变和插入/缺失，如前所述(Frampton等人,2013)。CD274扩增被定义为倍性+4。肿瘤突变负荷(TMB)根据最多1.24兆碱基(Mb)的测序DNA确定，并且TMB≥10个突变/兆碱基(mut/Mb)被认为TMB高(参见例如，网站：www.fda.gov/drugs/drug-approvals-and-databases/fda-approves-pembrolizumab-adults-and-children-tmb-h-solid-tumors；以及Chalmers等人，Genome Med(2017)9(1):34)。对最多114个基因座的DNA测序进行微卫星不稳定性(MSI)分析，并且MSI高(MSI-H)被认为阳性，例如，如在www.fda.gov/drugs/resources-information-approved-drugs/fda-grants-accelerated-approval-pembrolizumab-first-tissuesite-agnostic-indication；和Trabucco等人，J Mol Diagn(2019)21(6):1053-66中所述。此外，如Zehir等人，Nat Med(2017)23(6):703-13所述，调用了紫外线突变特征。

克隆性、预测的种系与预测的体细胞突变以及预测的错义功能

亚克隆SV突变被定义为基于变体等位基因分数(VAF)和病理和/或计算肿瘤细胞纯度估计两者，预测<50％的肿瘤细胞含有变体的样品。如前所述，使用体细胞种系接合性(SGZ)生物信息学算法来确定突变是否可能是体细胞突变或种系突变(参见Sun等人，PLOSComputational Biology(2018)14(2):e1005965)。

使用多种在计算机上运行的方法评定错义CD274突变的功能，该方法包括SIFT、MutationTaster、fathmm-MKL和MetaSVM。这些评分被重新校准为排序评分，以便它们可以相互比较。参见例如，Kim等人，BioData Min(2017)10:2；Ng PC和Henikoff S，NucleicAcids Res(2003)31(13):3812-4；Shihab等人，Bioinformatics(2013)29(12):1504-10；和Schwarz等人，Nat Methods(2014)11(4):361-2。排序评分的范围为0至1，其中0被预测为非功能性蛋白质并且1被预测为功能性蛋白质。

DAKO PD-L1 IHC 22C3测定

对于病例的一个子集，PD-L1 DAKO 22C3测定是根据制造商说明在经CLIA认证和经CAP认可的实验室中进行的(www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf15/P150013c.pdf)。IHC病例由经委员会认证的病理学家进行解释，该病理学家接受过DAKO肿瘤比例评分(TPS)方法的专门培训，该方法对肿瘤细胞PD-L1的表达进行量化。DAKO TPS评分方法定义为TPS＝PD-L1阳性肿瘤细胞数/(PD-L1阳性+PD-L1阴性肿瘤细胞的总数)(参见，www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/29158_pd-l1-ihc-22C3-pharmdx-nsclc-interpretation-manual.pdf)。PD-L1 22C3 TPS染色结果分为阴性(<1％)、低表达(1-49％)或高表达(≥50％)类别。

结果

CD274 SV突变的情况

总体而言，在314,631个样品的队列中，CD274 SV突变的频率较低(0.3％，1,081/314,631)。发现了577个独特的变体，其中一些突变反复出现，而一些突变在整个队列中仅出现一次(参见，表7)。在1,081个突变中，49.9％(539/1081)来自转移性样本，而42.3％(457/1081)来自原发性样本。在7.8％的病例(85/1081)中，不清楚它们是来自原发性样本还是转移性样本。在1,081个具有CD274 SV突变的样品中，只有1.4％(15/1081)具有同时发生的CD274扩增。

表7.CD274变体。

/>

如表7和图2所示，最常见的CD274突变为R260H(n＝51)、R260C(n＝18)、R125Q(n＝12)、C272fs*13(n＝11)、R86W(n＝10)和R113H(n＝10)。R260C/H是最常见的复发性错义突变；这两种取代均在健康受试者的种系中观察到(gnomAD；参见例如，gnomad.broadinstitute.org)。

使用体细胞种系接合性(SGZ)算法来确定突变是否可能是体细胞突变还是种系突变。基于SGZ算法，29.0％(20/69)的密码子R260突变可能是体细胞突变，55.1％(38/69)可能是种系突变，并且算法无法预测16.0％(11/69)的样品中变体是种系突变还是体细胞突变。此外，当检查所有错义突变(n＝974)时，51.0％(497/974)被预测为体细胞突变，24.7％(241/974)被预测为种系突变，并且该算法无法预测24.2％(236/974)的病例中变体为种系突变还是体细胞突变(表8)。

表8.使用体细胞种系接合性(SGZ)算法预测的种系或体细胞错义突变。

/>

C272fs*13位于聚A均聚物的插入缺失处，该序列上下文在MSI-H状态的设置中高度可变。当与非MSI-H组(0.002％，6/309,492)相比时，该突变在MSI-H组(0.01％，5/5139)中显著富集(Fisher精确检验，p<0.0001)，表明变体通常是错配修复蛋白缺陷的结果。这一发现反映在本研究中非浆液性子宫内膜腺癌中CD274 SV突变频率较高。因此，MSI可能是非浆液性子宫内膜腺癌发生CD274突变的机制。

该队列中的突变类型也各不相同，其中错义突变最常见(83.8％，906/1081)，而插入/缺失不太常见(0.8％，9/1081)(表9)。多个样品具有复杂的CD274突变，定义为在样品中观察到多于一种CD274基因组改变。最常见类型的复杂CD274突变是具有两个错义突变的改变(1.9％，21/1081)，而其他复杂突变包括具有同时发生CD274扩增(1.4％，15/1081)和/或重排(0.3％，3/1081)的CD274突变。

表9.已鉴别的CD274突变的类型。

CD274突变的流行率也因肿瘤类型而异。CD274突变率最高的前五种肿瘤类型(总共最少800个样品)按降序排列为：弥漫性大B细胞淋巴瘤(1.9％，19/997)、皮肤鳞状细胞癌(1.6％，14/868)、子宫内膜腺癌(1.0％，36/3740)、未知原发性黑素瘤(0.9％，33/3679)和皮肤黑素瘤(0.8％，32/3874)(参见，图3和表10)。

表10.每次诊断的CD274突变的频率(仅示出总数n>100)。

/>

有趣的是，CD274突变频率最高的五种肿瘤类型中的三种通常发生在皮肤上。当检查这些病例的平均TMB时，观察到非常高的平均TMB和中位TMB(分别为，皮肤鳞状细胞癌[151mut/Mb，100mut/Mb]、皮肤黑素瘤[133mut/Mb，126mut/Mb]、未知原发性黑素瘤[125mut/Mb，92mut/Mb])，表明这些可能是由紫外线照射引起的超突变引起。这些肿瘤类型(皮肤鳞状细胞癌[84.6％,11/13]、皮肤黑素瘤[93.8％,30/32]和未知原发性黑素瘤[100％,32/32])中紫外线突变特征的高流行率进一步支持了这一点。由于突变率较高，尚不清楚这些CD274突变是否是随机“过客”突变。

CD274突变与PD-L1 IHC肿瘤细胞表达和预测功能模型的相关性

在1,081个具有CD274突变的病例中，19.7％(213/1,081)的病例有PD-L1 IHC数据；并且在313,550个不具有CD274突变的病例中，18.6％(58,218/313,550)的病例有PD-L1IHC数据。

大多数CD274非截短突变具有PD-L1的肿瘤细胞表达低至无(参见，图4A和表11)。

表11.CD274突变的年龄、性别、诊断和PD-L1肿瘤细胞表达。

/>

在同时进行PD-L1 IHC测试的十一个R260H病例中，81.8％(9/11)无PD-L1表达，并且两个病例(18.2％)PD-L1低表达。五个E237K病例中，80％(4/5)有PL-L1表达，20％(1/5)无PD-L1表达，40％(2/5)PD-L1低表达，并且40％(2/5)PD-L1高表达；参见，图4B)。两种突变的蛋白质表达差异显著不同(Fisher精确检验，p＝0.036)。当检查具有CD274错义突变的病例(n＝153)和无CD274突变的病例(n＝58,218)的PD-L1蛋白表达时，观察到具有CD274突变的病例中PD-L1 IHC表达的水平较低，尽管差异无统计学意义(平均值：TPS分别＝11与13；方差分析，p＝0.404)。当检查克隆(n＝153)与亚克隆(n＝28)错义突变时，观察到克隆错义突变中PD-L1 IHC表达显著较低(平均值：TPS分别＝11与22；方差分析，p＝0.049)。参见，图4C。

通过同时进行PD-L1 IHC测试，鉴别出三十九个推定的截短变体，包括12个无义突变、10个移码插入缺失和七个规范剪接变体(参见，图5A)。比较具有CD274克隆截短变体(无义或移码插入缺失)的病例(n＝18)和不具有CD274突变的病例(n＝58218)的PD-L1蛋白表达，显示具有CD274突变的病例中PD-L1表达的水平较低(平均值：TPS分别＝1与13；方差分析，p＝0.069)。此外，当与具有亚克隆截断变体的样品相比时，在具有克隆截断变体(无义或移码插入缺失)的样品中观察到PD-L1表达的水平显著降低(平均值：TPS＝1与TPS＝38；方差分析，p<0.001)。参见，图5B。

最后，使用多种功能预测模型(包括SIFT、MutationTaster、fathmm-MKL和MetaSVM)分析每个CD274错义突变的预测功能(表12)。然而，预测的功能与PD-L1 IHC表达没有任何显著相关性(图6)。

表12.CD274错义突变的SIFT转换排序评分、MutationTaster转换排序评分、Fathmm-MKL编码排序评分和MetaSVM排序评分。

/>

讨论

本实例中描述的结果提供对具有CD274非扩增SV突变的1,081例临床晚期恶性肿瘤(包括具有同时进行PD-L1蛋白表达水平的213个样品)的大型队列的研究。CD274非扩增SV突变在不同肿瘤类型中的总体流行率较低(0.3％，1,081/314,631)，并且发现的大多数SV突变都是错义取代，无义和插入缺失改变较少。最后，在MSI高相关的子宫内膜癌和紫外线暴露皮肤癌的患者中，CD274 SV突变的流行率较高。

虽然大多数非截短SV CD274突变的肿瘤细胞PD-L1表达低至无，但不同CD274 SV突变类别之间的PD-L1的表达水平有所不同。有趣的是，在同时进行PD-L1 IHC测试的十一个R260H病例中，大多数几乎没有显示PD-L1表达，这表明如果仅进行PD-L1 IHC测试，具有R260H突变的患者可能不会接受ICPI治疗。这与五个E237K病例形成对比，其中大多数病例都有一定的PD-L1表达，表明E237K对PD-L1蛋白表达几乎没有影响。由于突变的稀有性，大多数其他变体仅在单个样品(有或没有同时进行的PD-L1表达数据)中观察到。

当与没有CD274突变的病例和具有亚克隆截短突变的样品相比，具有克隆截短突变的样品的PD-L1表达的水平较低。这些数据表明，当在CD274中观察到克隆截短事件时，PD-L1表达受到抑制，但在亚克隆截短的情况下，样品水平PD-L1表达的临床评定通常不受影响。由于肿瘤细胞上缺乏PD-L1蛋白，克隆截短变体可以充当ICPI的抗性生物标志物，如本文所述的PD-L1 IHC表达数据所例证。随着PD-L1/PD-1抑制剂结合配体减少或没有配体，ICPI的功效可能会降低。

CD274错义突变可能会介导对ICPI的抗性，因为PD-L1配体与PD-1受体结合中存在潜在的空间或亲和力改变干扰，类似于ROS1描述的抗性机制(Huang等人，JTO Clinicaland Research Reports(2020)100100；Huang等人，Int J Cancer(2021)148(7):1778-1788)。当与没有CD274突变的病例相比时，具有CD274错义突变的病例中的PD-L1 IHC染色的水平略低。此外，当与亚克隆错义突变相比时，观察到克隆错义突变中的PD-L1 IHC染色显著降低。这可能是由于肿瘤细胞上PD-L1抗体与PD-L1配体的结合率较低(来自IHC测定)，而不是实际的PD-L1蛋白表达较低。未观察到错义突变的预测功能状态与PD-L1 IHC表达之间的相关性。功能预测算法没有正式考虑由错义突变可能导致的空间或结合亲和力干扰到功能评定。总之，本文所述的结果表明CD274突变是癌症对ICPI产生抗性的潜在机制。

总之，本实例描述了大型泛癌队列中CD274突变的情况，该队列可用于检查CD274突变作为ICPI的潜在抗性生物标志物。此外，还呈现了有关CD274突变和PD-L1蛋白表达的相关性的新颖数据，这提供有关这些突变功能的重要数据。

序列表

<110> 基金会医学公司 (FOUNDATION MEDICINE, INC.)

<120> 用于癌症治疗的 CD274 突变

<130> 19710-20062.40

<140> Not Yet Assigned

<141> Concurrently Herewith

<150> US 63/188,719

<151> 2021-05-14

<160> 2

<170> FastSEQ for Windows Version 4.0

<210> 1

<211> 3634

<212> DNA

<213> 智人

<400> 1

agttctgcgc agcttcccga ggctccgcac cagccgcgct tctgtccgcc tgcagggcat 60

tccagaaaga tgaggatatt tgctgtcttt atattcatga cctactggca tttgctgaac 120

gcatttactg tcacggttcc caaggaccta tatgtggtag agtatggtag caatatgaca 180

attgaatgca aattcccagt agaaaaacaa ttagacctgg ctgcactaat tgtctattgg 240

gaaatggagg ataagaacat tattcaattt gtgcatggag aggaagacct gaaggttcag 300

catagtagct acagacagag ggcccggctg ttgaaggacc agctctccct gggaaatgct 360

gcacttcaga tcacagatgt gaaattgcag gatgcagggg tgtaccgctg catgatcagc 420

tatggtggtg ccgactacaa gcgaattact gtgaaagtca atgccccata caacaaaatc 480

aaccaaagaa ttttggttgt ggatccagtc acctctgaac atgaactgac atgtcaggct 540

gagggctacc ccaaggccga agtcatctgg acaagcagtg accatcaagt cctgagtggt 600

aagaccacca ccaccaattc caagagagag gagaagcttt tcaatgtgac cagcacactg 660

agaatcaaca caacaactaa tgagattttc tactgcactt ttaggagatt agatcctgag 720

gaaaaccata cagctgaatt ggtcatccca gaactacctc tggcacatcc tccaaatgaa 780

aggactcact tggtaattct gggagccatc ttattatgcc ttggtgtagc actgacattc 840

atcttccgtt taagaaaagg gagaatgatg gatgtgaaaa aatgtggcat ccaagataca 900

aactcaaaga agcaaagtga tacacatttg gaggagacgt aatccagcat tggaacttct 960

gatcttcaag cagggattct caacctgtgg tttaggggtt catcggggct gagcgtgaca 1020

agaggaagga atgggcccgt gggatgcagg caatgtggga cttaaaaggc ccaagcactg 1080

aaaatggaac ctggcgaaag cagaggagga gaatgaagaa agatggagtc aaacagggag 1140

cctggaggga gaccttgata ctttcaaatg cctgaggggc tcatcgacgc ctgtgacagg 1200

gagaaaggat acttctgaac aaggagcctc caagcaaatc atccattgct catcctagga 1260

agacgggttg agaatcccta atttgagggt cagttcctgc agaagtgccc tttgcctcca 1320

ctcaatgcct caatttgttt tctgcatgac tgagagtctc agtgttggaa cgggacagta 1380

tttatgtatg agtttttcct atttattttg agtctgtgag gtcttcttgt catgtgagtg 1440

tggttgtgaa tgatttcttt tgaagatata ttgtagtaga tgttacaatt ttgtcgccaa 1500

actaaacttg ctgcttaatg atttgctcac atctagtaaa acatggagta tttgtaaggt 1560

gcttggtctc ctctataact acaagtatac attggaagca taaagatcaa accgttggtt 1620

gcataggatg tcacctttat ttaacccatt aatactctgg ttgacctaat cttattctca 1680

gacctcaagt gtctgtgcag tatctgttcc atttaaatat cagctttaca attatgtggt 1740

agcctacaca cataatctca tttcatcgct gtaaccaccc tgttgtgata accactatta 1800

ttttacccat cgtacagctg aggaagcaaa cagattaagt aacttgccca aaccagtaaa 1860

tagcagacct cagactgcca cccactgtcc ttttataata caatttacag ctatatttta 1920

ctttaagcaa ttcttttatt caaaaaccat ttattaagtg cccttgcaat atcaatcgct 1980

gtgccaggca ttgaatctac agatgtgagc aagacaaagt acctgtcctc aaggagctca 2040

tagtataatg aggagattaa caagaaaatg tattattaca atttagtcca gtgtcatagc 2100

ataaggatga tgcgagggga aaacccgagc agtgttgcca agaggaggaa ataggccaat 2160

gtggtctggg acggttggat atacttaaac atcttaataa tcagagtaat tttcatttac 2220

aaagagaggt cggtacttaa aataaccctg aaaaataaca ctggaattcc ttttctagca 2280

ttatatttat tcctgatttg cctttgccat ataatctaat gcttgtttat atagtgtctg 2340

gtattgttta acagttctgt cttttctatt taaatgccac taaattttaa attcatacct 2400

ttccatgatt caaaattcaa aagatcccat gggagatggt tggaaaatct ccacttcatc 2460

ctccaagcca ttcaagtttc ctttccagaa gcaactgcta ctgcctttca ttcatatgtt 2520

cttctaaaga tagtctacat ttggaaatgt atgttaaaag cacgtatttt taaaattttt 2580

ttcctaaata gtaacacatt gtatgtctgc tgtgtacttt gctattttta tttattttag 2640

tgtttcttat atagcagatg gaatgaattt gaagttccca gggctgagga tccatgcctt 2700

ctttgtttct aagttatctt tcccatagct tttcattatc tttcatatga tccagtatat 2760

gttaaatatg tcctacatat acatttagac aaccaccatt tgttaagtat ttgctctagg 2820

acagagtttg gatttgttta tgtttgctca aaaggagacc catgggctct ccagggtgca 2880

ctgagtcaat ctagtcctaa aaagcaatct tattattaac tctgtatgac agaatcatgt 2940

ctggaacttt tgttttctgc tttctgtcaa gtataaactt cactttgatg ctgtacttgc 3000

aaaatcacat tttctttctg gaaattccgg cagtgtacct tgactgctag ctaccctgtg 3060

ccagaaaagc ctcattcgtt gtgcttgaac ccttgaatgc caccagctgt catcactaca 3120

cagccctcct aagaggcttc ctggaggttt cgagattcag atgccctggg agatcccaga 3180

gtttcctttc cctcttggcc atattctggt gtcaatgaca aggagtacct tggctttgcc 3240

acatgtcaag gctgaagaaa cagtgtctcc aacagagctc cttgtgttat ctgtttgtac 3300

atgtgcattt gtacagtaat tggtgtgaca gtgttctttg tgtgaattac aggcaagaat 3360

tgtggctgag caaggcacat agtctactca gtctattcct aagtcctaac tcctccttgt 3420

ggtgttggat ttgtaaggca ctttatccct tttgtctcat gtttcatcgt aaatggcata 3480

ggcagagatg atacctaatt ctgcatttga ttgtcacttt ttgtacctgc attaatttaa 3540

taaaatattc ttatttattt tgttacttgg tacaccagca tgtccatttt cttgtttatt 3600

ttgtgtttaa taaaatgttc agtttaacat ccca 3634

<210> 2

<211> 290

<212> PRT

<213> 智人

<400> 2

Met Arg Ile Phe Ala Val Phe Ile Phe Met Thr Tyr Trp His Leu Leu

1 5 10 15

Asn Ala Phe Thr Val Thr Val Pro Lys Asp Leu Tyr Val Val Glu Tyr

20 25 30

Gly Ser Asn Met Thr Ile Glu Cys Lys Phe Pro Val Glu Lys Gln Leu

35 40 45

Asp Leu Ala Ala Leu Ile Val Tyr Trp Glu Met Glu Asp Lys Asn Ile

50 55 60

Ile Gln Phe Val His Gly Glu Glu Asp Leu Lys Val Gln His Ser Ser

65 70 75 80

Tyr Arg Gln Arg Ala Arg Leu Leu Lys Asp Gln Leu Ser Leu Gly Asn

85 90 95

Ala Ala Leu Gln Ile Thr Asp Val Lys Leu Gln Asp Ala Gly Val Tyr

100 105 110

Arg Cys Met Ile Ser Tyr Gly Gly Ala Asp Tyr Lys Arg Ile Thr Val

115 120 125

Lys Val Asn Ala Pro Tyr Asn Lys Ile Asn Gln Arg Ile Leu Val Val

130 135 140

Asp Pro Val Thr Ser Glu His Glu Leu Thr Cys Gln Ala Glu Gly Tyr

145 150 155 160

Pro Lys Ala Glu Val Ile Trp Thr Ser Ser Asp His Gln Val Leu Ser

165 170 175

Gly Lys Thr Thr Thr Thr Asn Ser Lys Arg Glu Glu Lys Leu Phe Asn

180 185 190

Val Thr Ser Thr Leu Arg Ile Asn Thr Thr Thr Asn Glu Ile Phe Tyr

195 200 205

Cys Thr Phe Arg Arg Leu Asp Pro Glu Glu Asn His Thr Ala Glu Leu

210 215 220

Val Ile Pro Glu Leu Pro Leu Ala His Pro Pro Asn Glu Arg Thr His

225 230 235 240

Leu Val Ile Leu Gly Ala Ile Leu Leu Cys Leu Gly Val Ala Leu Thr

245 250 255

Phe Ile Phe Arg Leu Arg Lys Gly Arg Met Met Asp Val Lys Lys Cys

260 265 270

Gly Ile Gln Asp Thr Asn Ser Lys Lys Gln Ser Asp Thr His Leu Glu

275 280 285

Glu Thr

290

Claims

1.一种鉴别可能受益于包括抗癌疗法的治疗的患有癌症的个体的方法，所述方法包括在来自所述个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中所述样品中的所述CD274基因中的所述一个或多个突变的存在情况将所述个体鉴别为可能或可能不会受益于所述抗癌疗法的个体。

2.一种检测个体中癌症的存在或不存在的方法，所述方法包括：

(a)在来自所述个体的样品中检测癌症的存在或不存在；以及

(b)在所述样品中检测CD274基因中的一个或多个突变的存在或不存在。

3.一种为患有癌症的个体选择疗法的方法，所述方法包括在来自所述个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变，其中所述样品中的所述CD274基因中的所述一个或多个突变的存在将所述个体鉴别为可能受益于包括抗癌疗法的治疗的个体。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述样品中的所述CD274基因中的所述一个或多个突变的存在将所述个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

5.一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，所述方法包括：

(a)在来自所述个体的样品中检测CD274基因中的一个或多个突变；以及

(b)生成报告，所述报告包括至少部分地基于所述样品中的所述CD274基因中的所述一个或多个突变的存在情况而为所述个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中所述一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

6.一种为患有癌症的个体鉴别一种或多种治疗选项的方法，所述方法包括：

(a)获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识；以及

(b)生成报告，所述报告包括至少部分地基于所述知识而为所述个体所鉴别的一种或多种治疗选项，其中所述一种或多种治疗选项包括抗癌疗法。

7.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述报告将所述个体鉴别为可能患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的个体。

8.一种为患有癌症的个体选择或不选择治疗的方法，所述方法包括获取来自患有癌症的个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取：(i)所述个体被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者，或者所述个体未被分类为接受抗癌疗法治疗的候选者；及/或(ii)所述个体被鉴别为可能对包括抗癌疗法的治疗有应答，或者所述个体被鉴别为不太可能对包括抗癌疗法的治疗有应答。

9.根据权利要求8所述的方法，其中响应于所述知识的获取：(i)所述个体被分类为患有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症；及/或(ii)所述个体被鉴别为不太可能对包括一种或多种免疫检查点抑制剂的治疗有应答。

10.一种预测患有癌症的个体的存活期的方法，所述方法包括获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的所述一个或多个突变的个体的存活期相比，所述个体被预测当用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗时具有较短的存活期。

11.一种预测用一种或多种免疫检查点抑制剂治疗的患有癌症的个体的存活期的方法，所述方法包括获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不表现出CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，所述个体被预测在用所述一种或多种免疫检查点抑制剂治疗后具有较短的存活期。

12.一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，所述方法包括：

(b)响应于所述知识，向所述个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

13.一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，所述方法包括响应于获取来自个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，向所述个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

14.一种监测患有癌症的个体的方法，所述方法包括获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的一个或多个突变的个体相比，所述个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂的癌症抗性的增加的风险。

15.一种评估患有癌症的个体的方法，所述方法包括获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的所述一个或多个突变的个体相比，所述个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

16.一种筛选患有癌症的个体的方法，所述方法包括获取来自所述个体的样品中的CD274基因中的一个或多个突变的知识，其中响应于所述知识的获取，与癌症不包含CD274基因中的所述一个或多个突变的个体相比，所述个体被预测具有对一种或多种免疫检查点抑制剂有抗性的癌症的增加的风险。

17.一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，所述方法包括：

(b)向所述个体施用有效量的包括抗癌疗法的治疗。

18.一种诊断/评定个体的癌症中的CD274基因中的一个或多个突变的方法，所述方法包括：

(b)提供对CD274基因中的所述一个或多个突变的评定。

19.一种诊断个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的方法，所述方法包括：

(b)提供对所述个体中免疫检查点抑制剂抗性癌症的诊断。

20.一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，所述方法包括在来自患有癌症的个体的样品中检测CD274基因中的所述一个或多个突变。

21.一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，所述方法包括：

(a)提供从来自个体的样品获得的多种核酸，其中所述多种核酸包括编码CD274基因的核酸；

(b)任选地，将一个或多个衔接子连接到来自所述多种核酸的一种或多种核酸上；

(c)任选地，从所述多种核酸扩增核酸；

(d)任选地，捕获对应于所述CD274基因的多种核酸；

(e)通过测序仪对所述多种核酸进行测序以获得对应于所述CD274基因的多个序列读段；

(f)分析所述多个序列读段；以及

(g)基于分析，检测CD274基因中的一个或多个突变。

22.根据权利要求21所述的方法，其中通过与诱饵分子杂交，从经扩增的核酸捕获对应于所述CD274基因的所述多种核酸。

23.一种检测CD274基因中的一个或多个突变的方法，所述方法包括：

(a)提供来自患有癌症的个体的样品，其中所述样品包含一种或多种核酸；

(b)从所述样品中的所述一种或多种核酸制备核酸测序文库；

(c)使用聚合酶链式反应(PCR)扩增所述文库；

(e)对所述富集的样品进行测序，由此产生多个测序读段；

(f)针对CD274基因中的一个或多个突变的存在情况而分析所述多个测序读段；

(g)基于分析步骤，在来自所述个体的所述样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

24.一种治疗癌症或延迟癌症进展的方法，所述方法包括向患有癌症的个体施用有效量的抗癌疗法，其中所述癌症包括CD274基因中的一个或多个突变。

25.根据权利要求1、3至9、12至13、17和24中任一项所述的方法，其中所述抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。

26.根据权利要求25所述的方法，其中所述细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。

27.根据权利要求25所述的方法，其中所述核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

29.根据权利要求1至28中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

31.根据权利要求1至30中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

32.根据权利要求28至31中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中所述CD274基因为所述CD274基因的一部分的缺失。

33.根据权利要求28至32中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

34.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

35.根据权利要求1至34中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为克隆突变。

36.根据权利要求1至34中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为亚克隆突变。

37.根据权利要求28至36中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

38.根据权利要求1至37中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变引起：

(a)所述癌症中PD-L1蛋白的低表达，

(b)所述癌症中PD-L1蛋白的无表达，或

(c)所述癌症中PD-L1蛋白的高表达。

39.根据权利要求38所述的方法，其中使用免疫组织化学测定在从所述个体获得的样品中评定PD-L1蛋白表达。

40.根据权利要求38或权利要求39所述的方法，其中评定肿瘤细胞中的PD-L1蛋白表达。

41.根据权利要求39至40中任一项所述的方法，其中基于1％与49％之间的肿瘤比例评分(TPS)来评定所述癌症中PD-L1蛋白的低表达。

42.根据权利要求38至41中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表2中列出的一个或多个突变。

43.根据权利要求39至40中任一项所述的方法，其中基于小于1％的TPS来评定所述癌症中PD-L1蛋白的无表达。

44.根据权利要求38至40和43中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表3中列出的一个或多个突变。

45.根据权利要求39至40中任一项所述的方法，其中基于50％或更高的TPS来评定所述癌症中PD-L1蛋白的高表达。

46.根据权利要求38至40和45中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表4中列出的一个或多个突变。

47.根据权利要求38至46中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括一个或多个错义突变，任选地其中所述一个或多个突变为克隆或亚克隆突变。

48.根据权利要求38至46中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括截短突变，任选地其中所述截短突变为克隆或亚克隆突变。

49.根据权利要求1至48中任一项所述的方法，其中：(a)CD274基因中的所述一个或多个突变减少由所述CD274基因编码的PD-L1多肽与PD-1受体之间的相互作用；及/或(b)CD274基因中的所述一个或多个突变降低由所述CD274基因编码的PD-L1多肽的活性。

50.根据权利要求1至49中任一项所述的方法，其中CD274基因中的所述一个或多个突变引起免疫检查点抑制剂抗性癌症。

51.根据权利要求1、3至9、12至13、17和24至50中任一项所述的方法，其中所述抗癌疗法为除免疫检查点抑制剂以外的疗法。

52.根据权利要求51所述的方法，其中所述抗癌疗法包括以下中的一者或多者：小分子抑制剂、化疗剂、癌症免疫疗法、抗体、细胞疗法、核酸、手术、放射疗法、抗血管生成疗法、抗DNA修复疗法、抗炎疗法、抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或其任意组合。

53.根据权利要求52所述的方法，其中所述细胞疗法为过继疗法、基于T细胞的疗法、基于自然杀伤(NK)细胞的疗法、嵌合抗原受体(CAR)-T细胞疗法、重组T细胞受体(TCR)T细胞疗法或基于树突状细胞(DC)的疗法。

54.根据权利要求52所述的方法，其中所述核酸包括双链RNA(dsRNA)、小干扰RNA(siRNA)或小发夹RNA(shRNA)。

55.根据权利要求6至16和25至54中任一项所述的方法，其中所述获取CD274基因中的一个或多个突变的知识包括在所述样品中检测CD274基因中的所述一个或多个突变。

56.根据权利要求1至5、7、17至23和25至55中任一项所述的方法，其进一步包括选择性地富集一种或多种核酸，所述一种或多种核酸包含含有所述CD274基因中的所述一个或多个突变的核苷酸序列；其中所述选择性地富集产生富集的样品。

57.根据权利要求1至5、7、17至23和25至56中任一项所述的方法，其中通过以下中的一者或多者在所述样品中检测所述CD274基因中的所述一个或多个突变：核酸杂交测定、基于扩增的测定、聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)测定、实时PCR、测序、下一代测序、筛选分析、荧光原位杂交(FISH)、光谱核型分析、多色FISH(mFISH)、比较基因组杂交、原位杂交、序列特异性引发(SSP)PCR、高效液相色谱(HPLC)或质谱基因分型。

58.根据权利要求1至5、7、17至23和25至55中任一项所述的方法，其中在由所述CD274基因编码的PD-L1多肽中检测所述CD274基因中的所述一个或多个突变。

59.根据权利要求58所述的方法，其中通过以下中的一者或多者在所述样品中检测所述CD274基因中的所述一个或多个突变：免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学或质谱。

60.根据权利要求1至20和23至59中任一项所述的方法，其中所述癌症为上皮癌、肉瘤、淋巴瘤、白血病、骨髓瘤、生殖细胞癌或母细胞瘤。

61.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为实体瘤。

62.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为血液恶性肿瘤。

63.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为表5或表6中列出的癌症。

64.根据权利要求1至20和23至63中任一项所述的方法，其中所述癌症为弥漫性大B细胞淋巴瘤、皮肤鳞状细胞癌、子宫内膜腺癌、未知原发性黑素瘤或皮肤黑素瘤。

65.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为皮肤癌。

66.根据权利要求65所述的方法，其中所述癌症包含≥10个突变/兆碱基(mut/Mb)的肿瘤突变负荷(TMB)。

67.根据权利要求65所述的方法，其中所述癌症包含小于10mut/Mb的TMB。

68.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于约0.79兆碱基(Mb)的经测序DNA来评定TMB。

69.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于约0.80Mb的经测序DNA来评定TMB。

70.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于约0.83Mb与约1.14Mb之间的经测序DNA来评定TMB。

71.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。

72.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于最多约1.24Mb的经测序DNA来评定TMB。

73.根据权利要求66或权利要求67所述的方法，其中基于最多约1.1Mb的经测序DNA来评定TMB。

74.根据权利要求66和68至73中任一项所述的方法，其中所述癌症包含至少约100mut/Mb、至少约110mut/Mb、至少约120mut/Mb、至少约130mut/Mb、至少约140mut/Mb、至少约150mut/Mb或更多的TMB。

75.根据权利要求66至74中任一项所述的方法，其中通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序来评定TMB。

76.根据权利要求65至75中任一项所述的方法，其中所述癌症为皮肤鳞状细胞癌、皮肤黑素瘤或未知原发性黑素瘤。

77.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为非浆液性子宫内膜腺癌。

78.根据权利要求77所述的方法，其中所述癌症包含高微卫星不稳定性状态(MSI)。

79.根据权利要求78所述的方法，其中基于最多约114个基因座的DNA测序来评定MSI。

80.根据权利要求1至20和23至60中任一项所述的方法，其中所述癌症为包含如表6中列出的CD274突变的癌症。

81.根据权利要求1至20和23至80中任一项所述的方法，其中所述癌症是转移性的。

82.根据权利要求1至20、23和25至81中任一项所述的方法，其中所述样品是从所述癌症获得的。

83.根据权利要求1至23和25至82中任一项所述的方法，其中所述样品为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品。

84.根据权利要求1至23和25至83中任一项所述的方法，其中所述样品包含流体、细胞或组织。

85.根据权利要求84所述的方法，其中所述样品包含肿瘤活组织切片或循环肿瘤细胞。

86.根据权利要求1至23和25至82中任一项所述的方法，其中所述样品为核酸样品。

87.根据权利要求86所述的方法，其中所述核酸样品包含mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。

88.根据权利要求1至23和25至82中任一项所述的方法，其中所述样品包含从来自所述个体的FFPE样品获得的一种或多种核酸。

89.根据权利要求88所述的方法，其中所述一种或多种核酸包括mRNA、基因组DNA、循环肿瘤DNA、无细胞DNA或无细胞RNA。

90.根据权利要求1至23和25至89中任一项所述的方法，其进一步包括在不同时间点从所述个体获得多于一个样品。

91.根据权利要求23或权利要求56所述的方法，其中所述选择性地富集包括：(a)将诱饵与所述样品组合，由此使所述诱饵与所述样品中的所述一种或多种核酸杂交并产生核酸杂交体；以及(b)分离所述核酸杂交体以产生所述富集的样品。

92.根据权利要求91所述的方法，其中所述诱饵包括配置成与所述一种或多种核酸杂交的捕获核酸分子。

93.根据权利要求92所述的方法，其中所述捕获核酸分子包含约10个与约30个之间的核苷酸、约50个与约1000个之间的核苷酸、约100个与约500个之间的核苷酸、约100个与约300个之间的核苷酸、或约100个与200个之间的核苷酸。

94.根据权利要求91至93中任一项所述的方法，其中所述诱饵与亲和试剂或与检测试剂缀合。

95.根据权利要求94所述的方法，其中所述亲和试剂为抗体、抗体片段或生物素，或者其中所述检测试剂为荧光标志物。

96.根据权利要求92至95中任一项所述的方法，其中所述捕获核酸分子包括DNA、RNA或混合的DNA/RNA分子。

97.根据权利要求23或权利要求56所述的方法，其中所述选择性地富集包括使用聚合酶链式反应(PCR)来扩增所述样品中的所述一种或多种核酸以产生所述富集的样品。

98.根据权利要求91至97中任一项所述的方法，其进一步包括对所述富集样品中的所述一个或多个核酸分子进行测序。

99.一种试剂盒，其包括用于检测CD274基因中的一个或多个突变的探针或诱饵，任选地其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

100.一种核酸，其编码包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因。

101.一种载体，其包含根据权利要求100所述的核酸。

102.一种宿主细胞，其包含根据权利要求101所述的载体。

103.一种抗体或抗体片段，其与由包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因所编码的PD-L1多肽特异性结合。

104.一种试剂盒，其包括根据权利要求103所述的抗体或抗体片段。

105.一种或多种寡核苷酸用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的体外用途。

106.一种试剂盒，其包括用于检测包含表1至4和6中列出的一个或多个突变的CD274基因或其部分的一种或多种寡核苷酸。

107.一种系统，其包括：

存储器，其配置成存储一个或多个程序指令；以及

一个或多个处理器，其配置成执行所述一个或多个程序指令，当由所述一个或多个处理器执行时，所述一个或多个程序指令配置成：

(a)获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中所述一种或多种核酸源自从个体获得的样品；

(b)针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析所述多个序列读段；以及

(c)基于所述分析，在所述样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

108.根据权利要求107所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

109.根据权利要求107或权利要求108所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

110.根据权利要求107至109中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

111.根据权利要求107至110中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

112.根据权利要求108至111中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

113.根据权利要求108至112中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中所述CD274基因为所述CD274基因的一部分的缺失。

114.根据权利要求108至113中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

115.根据权利要求107至114中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

116.根据权利要求107至115中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为克隆突变。

117.根据权利要求107至116中任一项所述的系统，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为亚克隆突变。

118.根据权利要求107至117中任一项所述的系统，其中所述多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

119.一种非暂时性计算机可读存储介质，其包括能够由一个或多个计算机处理器执行以执行方法的一个或多个程序，所述方法包括：

(a)使用所述一个或多个处理器，获得一种或多种核酸的多个序列读段，其中所述一种或多种核酸源自从个体获得的样品；

(b)使用所述一个或多个处理器，针对CD274基因中一个或多个突变的存在情况而分析所述多个序列读段；以及

(c)使用所述一个或多个处理器并基于所述分析，在所述样品中检测CD274基因中的一个或多个突变。

120.根据权利要求119所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括以下中的一者或多者：错义突变、截短、无义突变、剪接位点突变、插入/缺失及其任意组合。

121.根据权利要求119或权利要求120所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括两个或更多个错义突变。

122.根据权利要求119至120中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括一个或多个错义突变以及截短。

123.根据权利要求119至122中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变包括表1至4和6中列出的一个或多个突变。

124.根据权利要求120至123中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因扩增。

125.根据权利要求120至123中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因缺失，其中所述CD274基因为所述CD274基因的一部分的缺失。

126.根据权利要求120至125中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变进一步包括CD274基因组重排或CD274基因融合。

127.根据权利要求119至126中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为体细胞突变或种系突变。

128.根据权利要求119至127中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为克隆突变。

129.根据权利要求119至128中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中CD274基因中的所述一个或多个突变为亚克隆突变。

130.根据权利要求119至129中任一项所述的非暂时性计算机可读存储介质，其中所述多个序列读段通过测序、全外显子组测序、全基因组测序、基因靶向测序或下一代测序获得。

131.一种用于治疗癌症或延迟癌症进展的方法中的抗癌疗法，其中所述方法包括向个体施用所述抗癌疗法，其中在从所述个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。

132.一种用于制造用于治疗癌症或延迟癌症进展的药物的抗癌疗法，其中所述药物待施用于个体，其中在从所述个体获得的样品中检测到CD274基因中的一个或多个突变。