CN116504312A - 非荧光淬灭基团下的mgb探针设计方法 - Google Patents
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Abstract
本申请涉及一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，能够在执行MGB探针设计任务中，选择对应的探针类型所对应的MGB探针模板，将检索得到或者自定义的目标碱基信息以及荧光基团数据输入至MGB探针模板，即可快速得到不同类型的MGB探针序列，实现快捷、省时的设计操作，能够调用不同模板生成多个探针序列，包对于MGB探针序列，可以节省荧光淬灭基团和修饰基因的选择和读写时间，大大提高探针设计效率。
Description
技术领域
本公开涉及生物基因工程技术领域，尤其涉及一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法及其应用、装置和电子设备。
背景技术
目前对基因分型的检测，常见的方法有直接测序法，基因芯片杂交法，PCR-Taqman探针分型法，PCR-RFLP法。
(1)直接测序法，是SNP位点分析的金标准，但该检测方法受到测序仪器的限制，测序仪器昂贵，推广困难。另外直接测序对模板量要求高，通常需要通过PCR扩增富集目的片段后，进行测序，操作复杂，周期长，且为开管操作，容易造成污染。
(2)基因芯片杂交法，操作步骤烦琐，易出错，实验耗时4个小时以上，耗时较长。PCR结束后需开管操作，易造成污染的问题。此外，该检测方法用肉眼来对结果判读，准确性会受到影响，会出现假阳性、假阴性的结果判读。
(3)PCR探针分型法，因其操作简单，分型准确，全程闭管操作，检测周期短等特点，是目前比较主流的SNP分型方法。目前市面上已有通过CFDA认证的成型检测试剂盒，如武汉友芝友医疗科技股份有限公司的“人类ALDH2基因检测试剂盒(PCR-荧光探针法)”，反应液与酶还是分开两个试剂，使用时需要现配，增加了手工操作，容易出错。
(4)PCR-RFLP法将PCR与限制性酶切相结合的传统方法，由于酶切操作繁琐及污染风险已经很少在临床使用。
目前已有的方法在推广上都或多或少存在如试剂检测成本高，操作复杂，易产生污染，产生一定的假阴性和假阳性等缺陷。
而在基因测序的过程中，PCR探针设计是关键的一环。如何快速设计出优良、便捷的引物探针，是PCR反应中的重要步骤。只有在快速设计出引物探针后，才能确定出对应基因分型的检测试剂设施。
而目前基因分型检测所使用的的探针多为Taqman探针，Taqman探针两端分别带有荧光基团和荧光淬灭基团，在正常状态下，探针上的荧光被淬灭，不发出荧光。开始进行PCR扩增后，探针被PCR酶水解，淬灭基团与荧光基团分离，有荧光信号释放出来。根据荧光信号，确认PCR扩增合成的DNA的量。然而，Taqman探针设计得比较长，探针成本较高，有时设计的探针不合适，有造成损失的可能性。并且要进行较多的实验条件的优化。高昂的价格是限制探针法应用的最主要因素之一。
此外，在设计探针时，实验人员只能逐一通过探针设计平台对确定的一条探针序列进行管理，比如对当前探针序列的碱基序列进行调整，但是不能对多个探针序列进行有序管理。因为前期虽然可以设计出多个探针序列，但是在设计输出时，当前探针序列的荧光基团或淬灭基团已经确定，无法再更改，因此仅仅只能对当前探针的序列进行调整，且只能输出一条。而对于同类型的探针，若是探针序列的荧光基团或淬灭基团相同，但是碱基不同，也需要一对一的引用相同的荧光基团或淬灭基团，比较费事。
发明内容
为了解决上述问题，本申请提出一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法及其应用、装置和电子设备。
本申请一方面，提出一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，包括如下步骤：
创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，包括：
在预设的MGB探针设计平台上，创建MGB探针空白模板并保存在所述数据库中；
在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格，并在所述MGB探针表格中依次构建如下单元格；
荧光基团单元格，用于作为荧光基团输入的空格；
碱基单元格，用于作为碱基序列输入的空格；
淬灭基团单元格，用于配置非荧光淬灭基团；
MGB修饰基团单元格，用于配置MGB修饰基团；
按照所生成的MGB探针表格的表格形式，生成非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格时，还包括：
预设探针长度检测程序；
将所述探针长度检测程序配置在所述MGB探针设计平台中，在执行完MGB探针设计任务后，利用所述探针长度检测程序对所生成的探针序列进行检测，判断所述探针序列的探针长度是否满足预设条件。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存，包括：
预设探针类型；
根据不同的探针类型，基于所生成的非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，创建若干不同探针类型的所述MGB探针格式；
将所有的所述MGB探针格式写入并保存在所述MGB探针空白模板中，得到对应的所述MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，在执行MGB探针设计任务之前，还包括：
获取需要进行探针设计的MGB探针类型；
在MGB探针设计平台中建立与MGB探针类型相对应的MGB探针设计任务；
将所述MGB探针设计任务入库上线并通知对应的执行节点。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板，包括：
执行节点登录MGB探针设计平台，接收通知，开始执行所述MGB探针设计任务；
解析并分析所述MGB探针设计任务，从中得到需要进行探针设计的MGB探针类型；
根据所述MGB探针类型，从所述MGB探针设计平台的数据库中，调出与所述MGB探针类型相对应的所述MGB探针模板，并展示在所述MGB探针设计平台的设计平台中。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列，包括：
展示所述MGB探针模板，并显示出其中的MGB探针表格；
将目标碱基序列，输入并写入所述MGB探针表格中对应的碱基单元格中；
将目标荧光基团，输入并写入所述MGB探针表格中对应的荧光基团单元格中；
所述目标碱基序列和所述目标荧光基团写入完毕，生成当前MGB探针设计任务的探针序列，并缓存；
将缓存的探针序列预览展示给所述执行节点，由所述执行节点判断探针序列是否满足预设条件：
是则存储至所述MGB探针设计平台的数据库中；
否则返回所述MGB探针设计平台的设计平台，进行表格内容调节。
本申请另一方面，提出一种应用，采用所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法所得到的探针序列，制备PCR反应液，并根据所述PCR反应液进一步制备得到基因分型检测试剂盒，用于基因分型检测。
本申请另一方面，还提出一种实现所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法的装置，包括：
格式创建模块，用于创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
MGB探针模板生成模块，用于基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
任务调用模块，用于执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
探针设计模块，用于基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
本申请另一方面，还提出一种电子设备，包括：
处理器；
用于存储处理器可执行指令的存储器；
其中，所述处理器被配置为执行所述可执行指令时实现所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法。
本发明的技术效果：
本申请通过创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，其中，所述MGB探针格式中，采用非荧光淬灭基团作为MGB探针的淬灭基团；基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中；执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。能够在执行MGB探针设计任务中，选择对应的探针类型所对应的MGB探针模板，将检索得到或者自定义的目标碱基信息以及荧光基团数据输入至MGB探针模板，即可快速得到不同类型的MGB探针序列，实现快捷、省时的设计操作，能够调用不同模板生成多个探针序列，包对于MGB探针序列，可以节省荧光淬灭基团和修饰基因的选择和读写时间，大大提高探针设计效率。
根据下面参考附图对示例性实施例的详细说明，本公开的其它特征及方面将变得清楚。
附图说明
包含在说明书中并且构成说明书的一部分的附图与说明书一起示出了本公开的示例性实施例、特征和方面，并且用于解释本公开的原理。
图1示出为本发明MGB探针的化学结构示意图；
图2示出为本发明荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法的实施流程示意图；
图3示出为本发明MGB探针设计平台的应用系统示意图；
图4示出为本发明MGB探针空白模板的格式示意图；
图5示出为本发明探针设计任务的执行流程图；
图6示出为本发明电子设备的应用系统示意图。
具体实施方式
以下将参考附图详细说明本公开的各种示例性实施例、特征和方面。附图中相同的附图标记表示功能相同或相似的元件。尽管在附图中示出了实施例的各种方面，但是除非特别指出，不必按比例绘制附图。
在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。
另外，为了更好的说明本公开，在下文的具体实施方式中给出了众多的具体细节。本领域技术人员应当理解，没有某些具体细节，本公开同样可以实施。在一些实例中，对于本领域技术人员熟知的方法、手段、元件和电路未作详细描述，以便于凸显本公开的主旨。
本实施例，有关引物设计及评价实验的具体步骤，为常规的设计步骤，比如可以参见“https://www。antpedia。com/news/47/n-2427947。html”所示的一种引物设计方法。
本实施例，MGB探针设计平台，可以选用PrimerPremier 5设计平台，或者NimbleDesign、Primer平台等。
本实施例优先采用PrimerMGB探针设计平台，可以利用其设计平台和数据库和任务管理模块，进行MGB探针设计任务的执行。平台的功能和任务模块等，本实施例不作描述。
本实施例，优选探针的具体设计步骤，具体结合探针设计平台的功能进行实施即可，由本领域技术人员具体按照所执行的探针设计任务进行操作即可。
本实施例，仅仅对探针序列进行设计。
实施例1
本实施例，采用MGB探针模板进行探针序列设计，主要技术思路如下：
探针两端分别带有荧光基团和荧光淬灭基团，在正常状态下，探针上的荧光被淬灭，不发出荧光。开始进行PCR扩增后，探针被PCR酶水解，淬灭基团与荧光基团分离，有荧光信号释放出来。
本发明采用的是MGB探针，MGB探针的淬灭基团采用非荧光淬灭基团(Non-Fluorescent Quencher)，本身不产生荧光，可以大大降低本底信号的强度。同时探针上还连接有MGB(Minor Groove Binder)修饰基团，可以将探针的Tm值提高10℃左右。因此为了获得同样的Tm值，MGB探针可以比普通TaqMan探针设计得更短，既降低了合成成本，也使得探针设计的成功率大为提高--因为在模板的DNA碱基组成不理想的情况下，短的探针比长的更容易设计，对SNP的区分能力更强，荧光背景低且能完全区分同一管反应液中不同荧光标记的探针。
因此，本方案的MGB探针，其淬灭基团实际上默认采用非荧光淬灭基团(Non-Fluorescent Quencher，简称NFQ)，并且携带MGB(Minor Groove Binder)修饰基团。其化学结构示意图如附图1所示，其中R代表荧光基团。
如图2所示，本申请一方面，提出一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，包括如下步骤：
S1、创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；其中，所述MGB探针格式中，采用非荧光淬灭基团作为MGB探针的淬灭基团；
S2、基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
S3、执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
S4、基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
本方案首先建立默认的MGB探针模板并保存在MGB探针设计平台的数据库中，在执行MGB探针设计任务中，选择对应的探针类型所对应的MGB探针模板，将检索得到或者自定义的目标碱基信息以及荧光基团数据输入至MGB探针模板，即可快速得到不同类型的MGB探针序列，实现快捷、省时的设计操作，能够调用不同模板生成多个探针序列，包对于MGB探针序列，可以节省荧光淬灭基团和修饰基因的选择和读写时间，大大提高探针设计效率。
下面将具体描述各个步骤的实现步骤。
S1、创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；其中，所述MGB探针格式中，采用非荧光淬灭基团作为MGB探针的淬灭基团；
创建MGB探针模板之前，本实施例需要首先设定默认的非荧光淬灭基团下的MGB探针格式，便于后续执行MGB探针的设计任务时，可以直接采用这类型的模板，针对性设计MGB探针。这种MGB探针格式，采用非荧光淬灭基团(Non-Fluorescent Quencher)作为探针的淬灭基团，同时携带MGB修饰基因。用户仅仅需要对其中的荧光基团和碱基对进行设计。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，包括：
在预设的MGB探针设计平台上，创建MGB探针空白模板并保存在所述数据库中；
在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格，并在所述MGB探针表格中依次构建如下单元格；
荧光基团单元格，用于作为荧光基团输入的空格；
碱基单元格，用于作为碱基序列输入的空格；
淬灭基团单元格，用于配置非荧光淬灭基团；
MGB修饰基团单元格，用于配置MGB修饰基团；
按照所生成的MGB探针表格的表格形式，生成非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式。
如图3所示，为MGB探针设计平台的应用系统。任务设计，主要是创建不同类型的探针设计任务以及模板设计任务等；MGB探针模板，主要用于预存空白模板，并基于此构建所需的探针模板；数据库用于存储模板数据和日志数据等；DB缓存，用于缓存初步生成的探针序列，待用户确认后再从缓存保存至数据库。
用户首先在平台创建设计MGB探针空白模板的任务，执行该任务，调用出一个MGB探针空白模板。
MGB探针空白模板中，需要建立本实施例非荧光淬灭基团下的MGB探针格式，表格中的格式内容要求需要包含：
荧光基团单元格、碱基单元格、淬灭基团单元格和MGB修饰基团单元格，其中，荧光基团单元格和碱基单元格皆是空格，用于后期执行具体的设计任务时，填入具体的设计参数。
淬灭基团单元格预先配置非荧光淬灭基团NFQ，MGB修饰基团单元格预先填入MGB修饰基团。
如图4所示，创建生成的MGB探针空白模板，仅仅荧光基团单元格和碱基单元格需要写入对应的数据，淬灭基团单元格和MGB修饰基团单元格预先写入默认的基因数据。
将当前生成的MGB探针空白模板，存储至平台的数据库中，用于后续设计本类型探针的模板调用。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格时，还包括：
预设探针长度检测程序；
将所述探针长度检测程序配置在所述MGB探针设计平台中，在执行完MGB探针设计任务后，利用所述探针长度检测程序对所生成的探针序列进行检测，判断所述探针序列的探针长度是否满足预设条件。
本实施例，因为设计的是MGB探针，因此需要在最优化的探针设计长度下进行设计。探针成本较高，有时设计的探针不合适，有造成损失的可能性。并且要进行较多的实验条件的优化。
为了获得同样的Tm值，MGB探针可以比普通TaqMan探针设计得更短，既降低了合成成本，也使得探针设计的成功率大为提高——因为在模板的DNA碱基组成不理想的情况下，短的探针比长的更容易设计。
因此，本实施例，在设计MGB探针表格时，在MGB探针设计平台中设计了对应的探针长度检测程序，用于检测所设计探针的碱基对长度。具体的，设计一个检测程序，将其部署在平台上。当设计人员向MGB模板的碱基单元格中输入对应的碱基序列、得到具体的探针序列时，可以调用该程序对当前的探针序列进行检测，判断当前探针序列的碱基单元格中的探针序列长度是否超过预设值比如12-15bp。
本实施例，探针序列长度的检测程序，可以采用现有的序列长度计算公式或者用户自行构建的程序，本实施例不限定。
S2、基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存，包括：
预设探针类型；
根据不同的探针类型，基于所生成的非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，创建若干不同探针类型的所述MGB探针格式；
将所有的所述MGB探针格式写入并保存在所述MGB探针空白模板中，得到对应的所述MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中。
MGB探针模板，会因为对基因进行检测的需求，设定其所需要的探针属性。不同基因检测所需的探针，其比如碱基对、荧光基团、是否需要修饰基因等等，导致模板不一样，因此需要根据检测需求确定探针类型。
本实施例，探针模板默认采用非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，因此根据任务类型输入对应的碱基对和荧光基团即可。
如图4所示，根据需求，荧光基团单元格和碱基单元格写入不同的数据后，将得到不同对应的MGB探针格式，每一种类型对应生成一种MGB探针模板。
S3、执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
用户在设计对应的探针时，通过平台的任务中心建立设计任务，并调用对应的MGB模板进行探针序列构建。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，在执行MGB探针设计任务之前，还包括：
获取需要进行探针设计的MGB探针类型；
在MGB探针设计平台中建立与MGB探针类型相对应的MGB探针设计任务；
将所述MGB探针设计任务入库上线并通知对应的执行节点。
执行节点，即在设计任务中所处的具体设计人员。
如图5所示，管理人在任务中心，根据需要进行探针设计的MGB探针类型，建立MGB探针设计任务，并发送至对应的执行节点，即将任务发布并通知对应的设计人员进行接收，处理该任务。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板，包括：
执行节点登录MGB探针设计平台，接收通知，开始执行所述MGB探针设计任务；
解析并分析所述MGB探针设计任务，从中得到需要进行探针设计的MGB探针类型；
根据所述MGB探针类型，从所述MGB探针设计平台的数据库中，调出与所述MGB探针类型相对应的所述MGB探针模板，并展示在所述MGB探针设计平台的设计平台中。
执行节点登录MGB探针设计平台后，接收任务溶质，查看任务，并开始执行。
进入任务后，解析任务数据包，从数据信息中获知当前设计任务的类型、需求等参数。根据任务需求的MGB探针类型，从所述MGB探针设计平台的数据库中，调出与所述MGB探针类型相对应的所述MGB探针模板。根据类型进行模板调用的方式，由用户自行完成。
调出模板，将其展示在平台的设计模块中，显示出如附图4所述IDE格式。
S4、基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
用户需要写入碱基单元格和荧光基团单元格中的所需数据，将任务中的目标碱基序列和目标荧光基团(设计人员填写，可以从平台数据库中检索得到，也可以自定义输入)的信息，写入对应的单元格中，模板中的表格内容完整，得到初始的探针序列。
作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列，包括：
展示所述MGB探针模板，并显示出其中的MGB探针表格；
将目标碱基序列，输入并写入所述MGB探针表格中对应的碱基单元格中；
将目标荧光基团，输入并写入所述MGB探针表格中对应的荧光基团单元格中；
所述目标碱基序列和所述目标荧光基团写入完毕，生成当前MGB探针设计任务的探针序列，并缓存；
将缓存的探针序列预览展示给所述执行节点，由所述执行节点判断探针序列是否满足预设条件：
是则存储至所述MGB探针设计平台的数据库中；
否则返回所述MGB探针设计平台的设计平台，进行表格内容调节。
本实施例中，生成的探针序列，将先发送至DB缓存模块中进行缓存，因此还需要进行探针长度检测，在缓存后，执行节点调用平台的检测程序对生成的探针序列的探针长度检测，因此检测后长度符合预期值比如13bp，即达标。
达标后即可将其存储至数据库，将其输出作为当前设计任务的探针设计结果。不达标则返回模板，继续进行调整。
检测程序也可以在缓存后，自动介入对当前结果的检测。
因此，本申请通过MGB模板，可以得到非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法所得到的探针序列，以此快速按照所得到的探针序列进行PCR反应，进行基因分型检测。
显然，本领域的技术人员应该明白，实现上述实施例方法中的全部或部分流程，是可以通过计算机程序来指令相关的硬件来完成的，程序可存储于一计算机可读取存储介质中，该程序在执行时，可包括如上述各控制方法的实施例的流程。本领域技术人员可以理解，实现上述实施例方法中的全部或部分流程，是可以通过计算机程序来指令相关的硬件来完成的，程序可存储于一计算机可读取存储介质中，该程序在执行时，可包括如上述各控制方法的实施例的流程。其中，存储介质可为磁碟、光盘、只读存储记忆体(Read-OnlyMemory，ROM)、随机存储记忆体(RandomAccessMemory，RAM)、快闪存储器(FlashMemory)、硬盘(HardDiskDrive，缩写：HDD)或固态硬盘(Solid-StateDrive，SSD)等；存储介质还可以包括上述种类的存储器的组合。
实施例2
本申请另一方面，提出一种应用，采用所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法所得到的探针序列，制备PCR反应液，并根据所述PCR反应液进一步制备得到基因分型检测试剂盒，用于基因分型检测。
本实施例，基于PCR荧光探针法检测人类ALDH2(Glu504Lys)基因分型试剂盒。
PCR荧光探针的设计方法如实施例1所示，本发明设计的引物探针序列如下：
引物浓度、探针浓度及反应体系确定：
本发明的人类ALDH2(Glu504Lys)基因分型检测试剂盒包括PCR反应液，所述PCR反应液包括上述的引物探针序列，引物及探针储存液的浓度范围再01μmol/L,MgCl2终浓度选择1.5mM，等浓度的四种脱氧三磷酸腺苷(dNTPs)混合液终浓度为100nM，热启动DNA聚合酶浓度为2U/反应，利用正交试验方法，通过大量实验对比，最终确定最优的PCR反应体系见下表：
注：基因组DNA加样量为2μL，总反应体积为20μL。
引物、探针的筛选和体系优化是本发明的重点，本发明反应体系为多重PCR，含有多条引物探针，经过多次的引物探针序列和浓度配比的实验，才最终确定本反应体系。
PCR反应条件的确定：
经过大量的实验，确定本发明的最佳反应条件为：
本发明人MTHFR C667T位点基因分型检测试剂盒的检测程序依次包括如下步骤：
待测样本DNA的提取：从全血中提取基因组DNA，浓度再5～100ng/μL。
荧光PCR扩增：将提取的基因组DNA作为模板进行荧光PCR扩增。
结果判读：根据扩增曲线的CT值来判断型别，标准对照的MTHFR型质粒，可用于校正外部条件造成的实验误差。
基因类型判别如下：
本方案，简便快速、耗时短：本发明试剂盒只有一管反应液，只需简单的加样上机，整个过程操作时间在2h内，步骤少。特异性好：本发明中使用的探针为MGB修饰探针，对SNP的区分能力强，荧光背景低。
实施例3
基于实施例1的实施原理，本申请另一方面，还提出一种实现所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法的装置，包括：
格式创建模块，用于创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
MGB探针模板生成模块，用于基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
任务调用模块，用于执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
探针设计模块，用于基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
上述各个模块的功能具体参见实施例1的描述。
上述的本发明的各模块或各步骤可以用通用的计算装置来实现，它们可以集中在单个的计算装置上，或者分布在多个计算装置所组成的网络上，可选地，它们可以用计算装置可执行的程序代码来实现，从而，可以将它们存储在存储装置中由计算装置来执行，或者将它们分别制作成各个集成电路模块，或者将它们中的多个模块或步骤制作成单个集成电路模块来实现。这样，本发明不限制于任何特定的硬件和软件结合。
实施例4
如图6所示，更进一步地，本申请另一方面，还提出一种电子设备，包括：
处理器；
用于存储处理器可执行指令的存储器；
其中，所述处理器被配置为执行所述可执行指令时实现所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法方法。
本公开实施例来电子设备包括处理器以及用于存储处理器可执行指令的存储器。其中，处理器被配置为执行可执行指令时实现前面任一所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法。
此处，应当指出的是，处理器的个数可以为一个或多个。同时，在本公开实施例的电子设备中，还可以包括输入装置和输出装置。其中，处理器、存储器、输入装置和输出装置之间可以通过总线连接，也可以通过其他方式连接，此处不进行具体限定。
存储器作为一计算机可读存储介质，可用于存储软件程序、计算机可执行程序和各种模块，如：本公开实施例的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法所对应的程序或模块。处理器通过运行存储在存储器中的软件程序或模块，从而执行电子设备的各种功能应用及数据处理。
输入装置可用于接收输入的数字或信号。其中，信号可以为产生与设备/终端/服务器的用户设置以及功能控制有关的键信号。输出装置可以包括显示屏等显示设备。
以上已经描述了本公开的各实施例，上述说明是示例性的，并非穷尽性的，并且也不限于所披露的各实施例。在不偏离所说明的各实施例的范围和精神的情况下，对于本技术领域的普通技术人员来说许多修改和变更都是显而易见的。本文中所用术语的选择，旨在最好地解释各实施例的原理、实际应用或对市场中的技术的技术改进，或者使本技术领域的其它普通技术人员能理解本文披露的各实施例。
Claims (10)
1.非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，包括如下步骤：
创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
2.根据权利要求1所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，包括：
在预设的MGB探针设计平台上，创建MGB探针空白模板并保存在所述数据库中；
在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格，并在所述MGB探针表格中依次构建如下单元格；
荧光基团单元格，用于作为荧光基团输入的空格；
碱基单元格，用于作为碱基序列输入的空格；
淬灭基团单元格，用于配置非荧光淬灭基团；
MGB修饰基团单元格，用于配置MGB修饰基团；
按照所生成的MGB探针表格的表格形式，生成非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式。
3.根据权利要求2所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格时，还包括：
预设探针长度检测程序；
将所述探针长度检测程序配置在所述MGB探针设计平台中，在执行完MGB探针设计任务后，利用所述探针长度检测程序对所生成的探针序列进行检测，判断所述探针序列的探针长度是否满足预设条件。
4.根据权利要求2所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存，包括：
预设探针类型；
根据不同的探针类型，基于所生成的非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，创建若干不同探针类型的所述MGB探针格式；
将所有的所述MGB探针格式写入并保存在所述MGB探针空白模板中，得到对应的所述MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中。
5.根据权利要求4所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，在执行MGB探针设计任务之前，还包括：
获取需要进行探针设计的MGB探针类型；
在MGB探针设计平台中建立与MGB探针类型相对应的MGB探针设计任务；
将所述MGB探针设计任务入库上线并通知对应的执行节点。
6.根据权利要求5所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板，包括：
执行节点登录MGB探针设计平台，接收通知，开始执行所述MGB探针设计任务；
解析并分析所述MGB探针设计任务，从中得到需要进行探针设计的MGB探针类型；
根据所述MGB探针类型，从所述MGB探针设计平台的数据库中，调出与所述MGB探针类型相对应的所述MGB探针模板，并展示在所述MGB探针设计平台的设计平台中。
7.根据权利要求6所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列，包括：
展示所述MGB探针模板，并显示出其中的MGB探针表格；
将目标碱基序列，输入并写入所述MGB探针表格中对应的碱基单元格中；
将目标荧光基团，输入并写入所述MGB探针表格中对应的荧光基团单元格中；
所述目标碱基序列和所述目标荧光基团写入完毕，生成当前MGB探针设计任务的探针序列，并缓存；
将缓存的探针序列预览展示给所述执行节点，由所述执行节点判断探针序列是否满足预设条件：
是则存储至所述MGB探针设计平台的数据库中；
否则返回所述MGB探针设计平台的设计平台，进行表格内容调节。
8.应用，其特征在于，采用权利要求1-7中任一项所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法所得到的探针序列，制备PCR反应液，并根据所述PCR反应液进一步制备得到基因分型检测试剂盒，用于基因分型检测。
9.实现权利要求1-7中任一项所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法的装置，其特征在于，包括：
格式创建模块，用于创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
MGB探针模板生成模块，用于基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
任务调用模块，用于执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
探针设计模块，用于基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
10.电子设备，其特征在于，包括：
处理器；
用于存储处理器可执行指令的存储器；
其中，所述处理器被配置为执行所述可执行指令时实现权利要求1-7中任一项所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法。
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