CN116296687A - 一种组织样品制备装置及其应用 - Google Patents

一种组织样品制备装置及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN116296687A
CN116296687A CN202310333239.XA CN202310333239A CN116296687A CN 116296687 A CN116296687 A CN 116296687A CN 202310333239 A CN202310333239 A CN 202310333239A CN 116296687 A CN116296687 A CN 116296687A
Authority
CN
China
Prior art keywords
plate
tissue
tissue sample
hole
preparation device
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202310333239.XA
Other languages
English (en)
Inventor
李贤煜
张丰荣
杨洪军
徐万爱
吴静雨
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
EXPERIMENTAL RESEARCH CENTER CHINA ACADEMY OF CHINESE MEDICAL SCIENCES
Original Assignee
EXPERIMENTAL RESEARCH CENTER CHINA ACADEMY OF CHINESE MEDICAL SCIENCES
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by EXPERIMENTAL RESEARCH CENTER CHINA ACADEMY OF CHINESE MEDICAL SCIENCES filed Critical EXPERIMENTAL RESEARCH CENTER CHINA ACADEMY OF CHINESE MEDICAL SCIENCES
Priority to CN202310333239.XA priority Critical patent/CN116296687A/zh
Publication of CN116296687A publication Critical patent/CN116296687A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/286Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q involving mechanical work, e.g. chopping, disintegrating, compacting, homogenising
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/62Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode
    • G01N27/64Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating the ionisation of gases, e.g. aerosols; by investigating electric discharges, e.g. emission of cathode using wave or particle radiation to ionise a gas, e.g. in an ionisation chamber
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/286Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q involving mechanical work, e.g. chopping, disintegrating, compacting, homogenising
    • G01N2001/2873Cutting or cleaving

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Electrochemistry (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

本发明涉及一种组织样品制备装置及其应用,属于生物分析与检测技术领域。本发明的组织样品制备装置中,中层夹板、下层针板、样品板上分别设置有相互对应的第一通孔、第二通孔、样品孔,在制备组织样品时,将组织切片置于上层顶板与中层夹板之间,向上层顶板施加压力,切割环可以穿过第一通孔直接接触到组织切片,并对组织切片进行原位切割,切割得到的组织通过导向环导入到对应的样品孔中,完成组织样品的制备,并保留了组织样品的时空信息。采用本发明的组织样品制备装置制备组织样品进行组学分析,具有快速、高灵敏度、低成本、所需样品量少、位置精确等特点,使得同一位置同时观察到分子、蛋白质和基因成为可能。

Description

一种组织样品制备装置及其应用
技术领域
本发明涉及一种组织样品制备装置及其应用,属于生物分析与检测技术领域。
背景技术
由于细胞作为机体的基本单元,在特定的空间位置与微环境协同,发挥其特有的生物学功能,对于研究和理解细胞生物学、肿瘤生物学、发育生物学等学科的发生机制来说,空间位置信息尤为重要[胡波等,海马位置细胞空间信息处理机制的研究进展[J].中华神经医学杂志,2005(04):416-418.]。显微成像(包括超分辨率和单分子成像)、多重荧光原位杂交等技术的发展加深了我们对细胞、组织结构和功能的理解;测序技术使得我们能够对未知的细胞或组织中基因的表达情况进行定量和定性分析。自2020年,空间组学(Spatial omics)技术被Nature Methods评为年度技术方法之后,2022年上榜Nature年度值得关注的七大榜单技术。空间转录组(spatial transcriptome)技术可以同时获得细胞的空间位置信息和基因表达数据,推进了对组织原位细胞真实基因表达的研究,为组织细胞功能、微环境互作、发育过程谱系追踪、疾病病理学等多个领域提供了重要的研究手段[危莹等,空间转录组技术研究进展[J].生物化学与生物物理进展,2022,49(03):561-571.]。而以蛋白质空间定位为研究方向的空间蛋白质组学现在已经用于揭示人类蛋白质组的复杂结构,包括单细胞变异(在蛋白质水平和定位上)、动态蛋白质易位、改变相互作用网络和多个区室的蛋白质定位。目前已经达到了空间蛋白质组学最终与其他“组学”技术相结合的地步,从而为生物过程提供无偏见的系统层面的见解。
基于质谱技术的蛋白质组学高通量药物筛选是一种非常有前景的技术,因为蛋白质组学可以提供更加全面的信息(蛋白质定性、定量以及翻译后修饰),提高药物发现的成功概率[吴琼等,高通量蛋白质组学分析研究进展[J].色谱,2021,39(02):112-117.]。基于成像的空间蛋白质组学提供了在自然细胞环境下可视化研究蛋白质的机会,而不需要在蛋白质组学分析之前进行细胞裂解或细胞器的分离。此技术可以在亚细胞分辨率下为单个细胞提供富有成效的表型状态的新读数,这可能有助于揭示非遗传细胞异质性在肿瘤发生和耐药性中的作用[Gnann C, et al. Illuminating Non-genetic CellularHeterogeneity with Imaging-Based Spatial Proteomics. Trends Cancer. 2021 Apr;7(4):278-282.]。基于成像的蛋白质组学定位便于研究具有多模式细胞器定位的蛋白质,实际上大多数的蛋白质也是定位于多个亚细胞区室的。基于质谱与成像的空间蛋白质组学有助于全面了解细胞的复杂性,而且空间蛋白质组学与其他组学的结合,也将有利于发现更多的生物学信息。目前大多数蛋白质组学技术的发展主要致力于提高方法的灵敏度、数据采集速度、定性定量的准确度,但是样品的前处理方式也是困扰研究的关键限速步骤。
发明内容
针对现有技术的不足,本发明提供了一种组织样品制备装置及其应用,该装置制备的组织样品可以在获得组织表型图像及成分分布的同时,保留精确的空间蛋白质组学或者空间转录组学信息,显著提高蛋白质组学以及转录组学技术等在生物标志物的研发、临床样品的分析和靶向药物的筛选中的应用潜力。
本发明的技术方案如下:
一种组织样品制备装置,包括由上到下依次设置的上层顶板、中层夹板、下层针板、样品板和底架;
所述底架上设置有与样品板匹配的下沉槽,所述中层夹板、下层针板、样品板上分别设置有相互对应的第一通孔、第二通孔、样品孔;
所述第二通孔上端设置有与第一通孔匹配的切割环,所述第二通孔下端设置有与样品孔匹配的导向环;
所述切割环的高度大于第一通孔的深度。
本装置中,所述切割环以穿过第一通孔的方式与第一通孔匹配,所述导向环以部分插入样品孔的方式与样品孔匹配。
根据本发明优选的,所述底架为亚克力板,所述下沉槽的深度为2~3mm。本装置中,所述样品板以嵌入下沉槽内的方式与下沉槽匹配,下沉槽主要用于固定样品板,也可采用其他方式将样品板固定于底板上。
根据本发明优选的,还包括导向柱,所述导向柱竖直设置在底架外侧,所述上层顶板、中层夹板、下层针板设置有与导向柱匹配的通孔,所述上层顶板、中层夹板、下层针板自上往下依次套设在导向柱上。
进一步优选的,所述导向柱为亚克力柱或不锈钢金属柱,直径为0.5cm-0.8cm,高度为5-8cm。
根据本发明优选的,还包括弹簧,所述下层针板和底架之间设置有弹簧,所述弹簧套设在导向柱上。本装置中设有弹簧,一方面为导向环与样品孔之间的接触提供缓冲,另一方面为切割环提供向上的弹压力。
根据本发明优选的,还包括压力施加装置,所述压力施加装置施加压力于上层顶板上。
根据本发明优选的,所述样品板为384孔板。本装置中使用的384孔板即为MALDI质谱仪器对应使用的384孔板,所述384孔板上样品孔的孔口孔径为3.0-3.2mm。
根据本发明优选的,所述上层顶板为亚克力板,厚度为2-3cm。
根据本发明优选的,所述中层夹板为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm。本装置中,为与384孔板的样品孔相匹配,所述第一通孔的孔径可与384孔板的孔口直径相同,设为3.0mm-3.2mm。
根据本发明优选的,所述下层针板为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm,所述切割环和导向环的环宽为0.1-0.2mm,所述切割环的高度大于第一通孔的深度0.1-0.3mm,所述导向环的高度为0.5-0.7mm。本装置中,为与384孔板相匹配,所述切割环和导向环的外直径小于384孔板的孔口直径,可设为2.7-2.9mm。
上述组织样品制备装置的使用方法,包括如下步骤:
将制备好的组织切片放置于上层顶板和中层夹板之间,使用压力施加装置施加压力于上层顶板上,在施加了压力的作用下,上层顶板、中层夹板、下层针板和样品板之间相互挤压,其中,切割环穿过第一通孔,直接接触到组织切片,并对组织切片进行原位切割,切割得到的组织通过导向环导入到对应的样品孔中,完成组织样品的制备,并保留了组织样品的时空信息。
本装置中,中层夹板与上层顶板配合,能够固定组织切片,使组织切片受力均匀,还可以防止组织切片贴附于上层顶板,影响切割效果。
本装置中,下层针板上设有切割环和导向环,切割环直接与组织切片接触进行组织切割,切割时的作用力主要来自压力施加装置施加于上层顶板上的力,以及弹簧提供的弹压力,切割后得到的组织通过导向环导入到样品孔中。一般情况下,压力施加装置施加的压力约为8~10N。
本装置中,中层夹板的第一通孔和下层针板的第二通孔均与样品孔一一对应,可以保证切割得到的组织可以均匀落于样品孔中。
上述组织样品制备装置在制备空间组学组织样品中的应用。
上述组织样品制备装置在组织样品空间组学检测中的应用。
上述组织样品制备装置在组织样品空间多组学联合检测中的应用。
采用上述组织样品制备装置制备组织样品,可用于质谱成像,解析样品板上组织样品的小分子代谢物;也可将制备的组织样品进行蛋白质组学分析,分别通过蛋白提取、胰酶酶切、脱盐、冻干、质谱上机检测、生物信息学分析,获得蛋白质定量分析结果;还可以将制备的组织样品进行转录组学分析,组织样品进行总RNA的提取、mRNA分离、片段化、逆转录成cDNA、cDNA第一链合成、cDNA二链合成、纯化双链cDNA、PCR扩增纯化、文库质检、上机测序,从而获得组织样品的RNA定量数据。综合上述质谱成像结合蛋白质组学以及转录组学分析,不仅可以得到组织样品特定位置的小分子代谢物,而且可以得到该对应位置的蛋白质和RNA定量信息,以同一位置获得大分子蛋白质、小分子代谢物及其RNA等综合信息进行下一步分析,以达到多组学联合应用的目的。
上述组织样品制备装置在检测生物标志物中的应用。
本发明中,应用该组织样品制备装置分析正常动物组织样品和某种疾病动物的病理组织样品,或者临床健康人的生理组织样品和某种疾病患者的病理组织样品,建立数据库,通过比对正常动物(或健康人)和某种疾病动物(或患者)的分子、蛋白质及基因图谱来寻找差异,寻找特征分子、蛋白质或者基因,发现生物标志物。
本发明的有益效果:
1、本发明开发了一种组织样品制备装置,其中,中层夹板、下层针板、样品板上分别设置有相互对应的第一通孔、第二通孔、样品孔,所述第二通孔上端设置有与第一通孔匹配的切割环,所述第二通孔下端设置有与样品孔匹配的导向环,所述切割环高度大于第一通孔的深度。在制备组织样品时,将组织切片置于上层顶板与中层夹板之间,向上层顶板施加压力,上层顶板、中层夹板、下层针板和样品板之间相互挤压,其中,切割环可以穿过第一通孔直接接触到组织切片,并对组织切片进行原位切割,切割得到的组织通过导向环导入到对应的样品孔中,完成组织样品的制备,并保留了组织样品的时空信息。在空间组学分析中,384孔板由于样品制备通量较高,在蛋白质组学、转录组学等多组学研究中起到越来越重要的作用。本发明优选的,是基于384孔板设计了相应的组织样品制备装置,在384孔板质谱组学分析技术的基础上改进优化的,因此,本发明所述的384孔板与质谱组学分析的标准384孔板一致,具有较高的分辨度及空间能力。
2、使用本发明的组织样品制备装置可有效且高效的制备组织样品,并保留组织样品的空间位置,该装置结合质谱成像、蛋白质组学、转录组学、测序及PCR等技术,可在同一位置同时观察到分子、蛋白质和基因信息,比现有的空间蛋白质组学或者空间转录组学等的样品制备方法,更加快速,制备成本更低。
3、本发明利用亚克力板作为组织样品制备装置的材料,由于亚克力是用无色透明的有机玻璃制成,透光率可以达到95%以上,且耐气候性强,韧性好,不易破损,在装置使用过程中可以最大程度保证它的透明性及韧性,保证在组织样品制备及提取过程中,能够分辨对应的孔位及组织体积。
4、本发明采用组织样品制备装置制备的组织样品中,384孔板中每一个样品孔(spot)都是一个检测区,使用蛋白纯化分离、测序和PCR(聚合酶链反应)直接检测组织样品,通过质谱成像得到不同区域位置的可视化特定化学成分的空间分布,结合转录组学或者蛋白质组学的技术,可以得到全面的具有空间信息的化学成分、蛋白质以及基因的综合信息。采用本发明的组织样品制备装置制备组织样品进行组学分析,具有快速、高灵敏度、低成本、所需样品量少、位置精确等特点,使得同一位置同时观察到分子、蛋白质和基因成为可能。
5、本发明组织样品制备装置进行多组学联合应用,可同时检测大分子和小分子,并且在其对应位置进行关联分析,使其在同一位置多种角度看到不同物质。
6、本发明组织样品制备装置实际应用于病理学、免疫学、神经科学和肿瘤学等,可以多维度地了解疾病的分子机制,广泛用于分析组织或类器官的分子空间结构,在临床和生物学研究中创建生物分子图谱。
附图说明
图1是实施例1的组织样品制备装置的整体结构示意图;
图2是实施例1的组织样品制备装置的截面结构示意图;
图3是实施例1的组织样品制备装置的使用状态参考示意图;
图中,1-上层顶板,2-中层夹板,21-第一通孔,3-下层针板,31-第二通孔,311-切割环,312-导向环,4-样品板,41-样品孔,5-底架,51-下沉槽,6-导向柱,7-弹簧。
图4是实施例3中细胞因子风暴小鼠建模与治疗的实验流程图。
图5是实施例3中小鼠肺组织样品MALDI-MSI质谱成像靶位置及流程图。
图6是实施例3中小鼠组织样品经本装置获取样品并联合TMT蛋白组检测实验流程图。
图7是不同处理组小鼠的肺组织切片MALDI-MSI质谱成像图。
图8是不同处理组小鼠肺组织经本装置的表达差异蛋白热图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明的组织样品制备装置及其应用作进一步说明,但是本发明的保护范围并不仅限于此。实施例中涉及的药品、试剂及材料,若无特殊说明,均为普通市售产品。实施例中涉及的实验操作,若无特殊说明,均为本领域常规技术操作。
实施例1:
一种组织样品制备装置,其结构示意图如图1和图2所示,包括由上到下依次设置的上层顶板1、中层夹板2、下层针板3、样品板4和底架5;
所述底架5上设置有与样品板4匹配的下沉槽51,所述中层夹板2、下层针板3、样品板4上分别设置有相互对应的第一通孔21、第二通孔31、样品孔41;
所述第二通孔31上端设置有与第一通孔21匹配的切割环311,所述第二通孔31下端设置有与样品孔41匹配的导向环312;
所述切割环311的高度大于第一通孔21的深度。
本装置中,所述切割环311以穿过第一通孔21的方式与第一通孔21匹配,所述导向环312以部分插入样品孔41的方式与样品孔41匹配。
本装置中,所述底架5为亚克力板,所述下沉槽51的深度为2~3mm。本装置中,所述样品板4以嵌入下沉槽51内的方式与下沉槽51匹配,下沉槽51主要用于固定样品板4。除本实施例采用的固定方式外,也可采用其他方式将样品板4固定于底板5上。
本装置中,还包括导向柱6,所述导向柱6竖直设置在底架5外侧,所述上层顶板1、中层夹板2、下层针板3设置有与导向柱6匹配的通孔,所述上层顶板1、中层夹板2、下层针板3自上往下依次套设在导向柱6上;所述导向柱6为亚克力柱或不锈钢金属柱,直径为0.5cm-0.8cm,高度为5-8cm。
本装置中,还包括弹簧7,所述下层针板3和底架5之间设置有弹簧7,所述弹簧7套设在导向柱6上。本装置中设有弹簧7,一方面为导向环312与样品孔41之间的接触提供缓冲,另一方面为切割环311提供向上的弹压力。
本装置中,还包括压力施加装置,所述压力施加装置施加压力于上层顶板1上,但未在图中显示。
本装置中使用的样品板4即为MALDI质谱仪器对应使用的384孔板,所述384孔板上样品孔的孔口孔径为3.0-3.2mm。
本装置中,所述上层顶板1为亚克力板,厚度为2-3cm。
本装置中,所述中层夹板2为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm;为与384孔板相匹配,所述第一通孔21的孔径设为3.0mm-3.2mm。
本装置中,所述下层针板3为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm,所述切割环311和导向环312的环宽为0.1-0.2mm,所述切割环311的高度大于第一通孔21的深度0.1-0.3mm,所述导向环312的高度为0.5-0.7mm;为与384孔板相匹配,所述切割环311和导向环312的外直径设为2.7-2.9mm。
本装置中,使用压力施加装置在上层顶板1上施加压力后,本装置的使用状态参考示意图如图3所示,图3中弹簧7未显示。图中显示,上层顶板1、中层夹板2、下层针板3和样品板4之间相互挤压、紧密连接,其中,切割环311穿过第一通孔21,直接与上层顶板1接触,导向环312部分插入到样品孔41中。
实施例2:
实施例1的组织样品制备装置的使用方法,包括如下步骤:
将制备好的组织切片放置于上层顶板1和中层夹板2之间,使用压力施加装置施加压力于上层顶板1上,在施加了压力的作用下,上层顶板1、中层夹板2、下层针板3和样品板4之间相互挤压,其中,切割环311穿过第一通孔21,并略微高于中层夹板2,直接接触到组织切片,对组织切片进行原位切割,切割得到的组织通过导向环312导入到对应的样品孔41中,完成组织样品的制备,并保留了组织样品的时空信息。
在上述装置的使用过程中,中层夹板2与上层顶板1配合,能够固定组织切片,使组织切片受力均匀,还可以防止组织切片贴附于上层顶板1,影响切割效果。
下层针板3上的切割环311和导向环312,切割环311直接与组织切片接触进行组织切割,切割时的作用力主要来自压力施加装置施加于上层顶板上的力,以及弹簧7提供的弹压力,切割后得到的组织通过导向环312导入到样品孔41中。一般情况下,压力施加装置施加的压力为8~10N。
中层夹板2的第一通孔21和下层针板3的第二通孔31均与样品孔41一一对应,可以保证切割得到的组织可以均匀落于样品孔41中。
实施例3:组织样品制备装置的实际应用案例
细胞因子风暴的治疗作用靶点的筛选方法,包括如下步骤:
1. 细胞因子风暴小鼠建模与治疗
采用脂多糖(LPS)建模,取BALB/c小鼠,分组,分为正常组(Sham组,阴性对照,腹腔注射生理盐水),模型组(Model组,腹腔注射5mg/kg的LPS),给药低剂量组(Drug-L组,腹腔注射5mg/kg的LPS +尾静脉注射100μL喜炎平注射液)和给药高剂量组(Drug-H组,腹腔注射5mg/kg的LPS +尾静脉注射400μL喜炎平注射液);腹腔注射生理盐水/LPS一小时后,给药低剂量组和给药高剂量组尾静脉注射喜炎平注射液,正常组和模型组尾静脉注射400μL生理盐水,24h后取小鼠肺部组织进行时空组学及蛋白质组学分析,实验过程如图4所示。
2.时空组学及TMT标记的肺组织蛋白质组学分析
将小鼠肺部组织采用OCT包埋底部部分组织后切片,或者直接冷冻切片。冷冻切片机切片,温度控制在-16℃~-26℃,一般组织密度越大,切片温度越高。切片的厚薄要适当。其中部分切片组织须放置在ITO载玻片涂有导电材料的一面。ITO载玻片上的组织立即进行真空干燥处理以保持样本稳定。每个真空干燥处理后的样品载玻片分别放入一个载玻片盒低温保存。如需长期保存,需置于-80℃环境。真空干燥处理后的ITO载玻片上的组织使用全自动基质喷雾仪,将基质液滴均匀喷涂在组织切片表面,制备得到组织切片。
将上述组织切片根据实施例2的方法采用实施例1的组织样品制备装置制备得到小鼠的肺组织样品。根据后续多组学联合应用的要求,可以制备多组组织样品,由于组织样品的厚度很薄,即使在同一位置多次切片,所得到的每组组织样品之间的时空信息也基本保持一致。
将得到的小鼠肺组织样品,通过MALDI-MSI质谱成像,完成喜炎平注射液的特征成分表征,检测流程如图5所示。喜炎平注射液的主要有效成分为穿心莲内酯磺化物,通过与穿心莲内酯磺化物标准品比对,找到在肺组织中穿心莲内酯磺化物特异性聚集部位,回收该特定部位,实现时空组学的样本收集;
然后,再将制备的另一组小鼠肺组织样品,在上一步质谱成像找到的特定部分,进行微量组织样本的蛋白质组学前处理,并标记TMT同位素标记试剂进行TMT蛋白质组学挖掘,实现靶向药物特征成分的原位组织蛋白表征,检测流程如图6所示。
结果显示:通过MALDI-MSI质谱成像对肺组织特定部位进行时空表征,成像结果如图7所示,后续通过TMT蛋白质组学分析,筛选模型组vs.正常组、给药低剂量组vs.模型组、给药高剂量组vs.模型组上调1.5倍、下调0.7倍的表达差异蛋白,其中,表达差异蛋白的热图结果如图8。
然后,通过对时空表达差异蛋白质数据进行David功能富集分析,同时把相应功能靶点绘制药物作用的网络,找出差异核心节点,再经过分子对接,找出药物直接作用的核心靶点,即为细胞因子风暴的治疗作用新靶点,包括Ifit2、Ifit1、Ifit3、TTR、PIGR、Caspase-1、Caspase-3、GSDMD、CFH、FBP1。
以上,是质谱成像结合蛋白质组学的空间多组学联合应用,不仅可以通过质谱仪器得到组织样品的小分子代谢物的空间信息,而且可以得到该空间位置中的蛋白质组学信息,以同一位置获得大分子蛋白质、小分子代谢物等综合信息进行下一步分析。除此之外,还可与转录组学联合应用,再结合其转录组学信息进行更深入的分析。如,通过比对正常动物(或健康人)和某种疾病动物(或患者)的分子、蛋白质及基因图谱来寻找差异分子,寻找特征分子、蛋白质或者基因,发现生物标志物。
由于384孔板是一种有384个样品孔的板,大多由16行24列组成,孔径3-3.2mm,单细胞水平大多是0到200μm,因此该方法检测尚不能提供组织中精确定位的单细胞的深层信息。但是384孔板是MALDI质谱仪器直接扫描生物样品成像的重要介质,可以在同一张组织切片或组织晶片上同时分析数百种分子的空间分布,因此在每个样品点上,所有质谱数据经平均化处理获得一幅代表该区域内分子分布情况的完整质谱图。并且使用384孔板的组织样品制备装置,可以获得对应孔位的组织样品,直接组织处理、多组学检测和上机测序等。进一步的,在每个样品孔位上,获得该区域内分子分布情况的完整质谱图、蛋白质组学谱图、转录组学谱图等。通过测序技术检测384孔板的组织样本的空间转录组和空间蛋白组信息,用于分析完整组织切片的基因和蛋白可表达性,同时保留空间信息,以更加全面地研究基因和蛋白质的调控机制。
显然,以上并非对实施方式的限定,对于所属领域的普通技术人员来说,在上述说明的基础上,还可以做出不同形式的变化及应用,这些经变化后的实施方式仍处于本发明创造的保护范围中。

Claims (16)

1.一种组织样品制备装置,其特征在于,包括由上到下依次设置的上层顶板(1)、中层夹板(2)、下层针板(3)、样品板(4)和底架(5);
所述底架(5)上设置有与样品板(4)匹配的下沉槽(51),所述中层夹板(2)、下层针板(3)、样品板(4)上分别设置有相互对应的第一通孔(21)、第二通孔(31)、样品孔(41);
所述第二通孔(31)上端设置有与第一通孔(21)匹配的切割环(311),所述第二通孔(31)下端设置有与样品孔(41)匹配的导向环(312);
所述切割环(311)的高度大于第一通孔(21)的深度。
2.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述底架(5)为亚克力板,所述下沉槽(51)的深度为2~3mm。
3.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,还包括导向柱(6),所述导向柱(6)竖直设置在底架(5)外侧,所述上层顶板(1)、中层夹板(2)、下层针板(3)设置有与导向柱(6)匹配的通孔,所述上层顶板(1)、中层夹板(2)、下层针板(3)自上往下依次套设在导向柱(6)上。
4.如权利要求3所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述导向柱(6)为亚克力柱或不锈钢金属柱,直径为0.5cm-0.8cm,高度为5-8cm。
5.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,还包括弹簧(7),所述下层针板(3)和底架(5)之间设置有弹簧(7),所述弹簧(7)套设在导向柱(6)上。
6.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,还包括压力施加装置,所述压力施加装置施加压力于上层顶板(1)上。
7.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述样品板(4)为384孔板;所述384孔板上样品孔的孔口孔径为3.0-3.2mm。
8.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述上层顶板(1)为亚克力板,厚度为2-3cm。
9.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述中层夹板(2)为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm;所述第一通孔(21)的孔径为3.0mm-3.2mm。
10.如权利要求1所述的组织样品制备装置,其特征在于,所述下层针板(3)为亚克力板,厚度为0.5cm-1cm,所述切割环(311)和导向环(312)的环宽为0.1-0.2mm,所述切割环(311)的高度大于第一通孔(21)的深度0.1-0.3mm,所述导向环(312)的高度为0.5-0.7mm;所述切割环(311)和导向环(312)的外直径为2.7-2.9mm。
11.权利要求1所述的组织样品制备装置的使用方法,其特征在于,包括如下步骤:
将制备好的组织切片放置于上层顶板(1)和中层夹板(2)之间,使用压力施加装置施加压力于上层顶板(1)上,在施加了压力的作用下,上层顶板(1)、中层夹板(2)、下层针板(3)和样品板(4)之间相互挤压,其中,切割环(311)穿过第一通孔(21),直接接触到组织切片,并对组织切片进行原位切割,切割得到的组织通过导向环(312)导入到对应的样品孔(41)中,完成组织样品的制备,并保留了组织样品的时空信息。
12.如权利要求11所述的使用方法,其特征在于,所述压力施加装置施加的压力为8~10N。
13.权利要求1所述的组织样品制备装置的应用,其特征在于,应用于制备空间组学组织样品。
14.权利要求1所述的组织样品制备装置的应用,其特征在于,应用于组织样品空间组学检测。
15.权利要求1所述的组织样品制备装置的应用,其特征在于,应用于组织样品空间多组学联合检测。
16.权利要求1所述的组织样品制备装置的应用,其特征在于,应用于检测生物标志物。
CN202310333239.XA 2023-03-31 2023-03-31 一种组织样品制备装置及其应用 Pending CN116296687A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310333239.XA CN116296687A (zh) 2023-03-31 2023-03-31 一种组织样品制备装置及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310333239.XA CN116296687A (zh) 2023-03-31 2023-03-31 一种组织样品制备装置及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN116296687A true CN116296687A (zh) 2023-06-23

Family

ID=86830560

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202310333239.XA Pending CN116296687A (zh) 2023-03-31 2023-03-31 一种组织样品制备装置及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116296687A (zh)

Citations (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20020162337A1 (en) * 2001-05-03 2002-11-07 Stephen Peters Apparatus and method for precision cryoembedding of tissue samples
CA2467563A1 (en) * 2001-11-20 2003-05-30 Genentech, Inc. Cell and tissue arrays and microarrays and methods of use
US20040077032A1 (en) * 2002-10-18 2004-04-22 Yung-Feng Nien Device and method for capturing biological tissues
CN101500767A (zh) * 2006-09-06 2009-08-05 孔健强 用于切割新鲜组织切片的方法和设备
CN106536714A (zh) * 2014-05-30 2017-03-22 压力生物科技公司 样品制备装置及方法
CN106556526A (zh) * 2017-01-04 2017-04-05 志诺维思(北京)基因科技有限公司 肿瘤组织三维空间取样器及其取样方法
CN109913372A (zh) * 2019-03-15 2019-06-21 清华大学 一种活体组织的培养系统及方法
US20190301980A1 (en) * 2016-11-18 2019-10-03 Tissuevision, Inc. Automated tissue section capture, indexing and storage system and methods
CN110618262A (zh) * 2019-10-25 2019-12-27 黑龙江八一农垦大学 一种载玻片和与其匹配使用的检测板
CN111904480A (zh) * 2020-09-15 2020-11-10 青岛市妇女儿童医院(青岛市妇幼保健院、青岛市残疾儿童医疗康复中心、青岛市新生儿疾病筛查中心) 一种肿瘤内科临床用活检取样装置
CN113155510A (zh) * 2021-04-16 2021-07-23 伊达生物有限公司 组织细胞分割采样系统和方法
CN213829130U (zh) * 2020-11-26 2021-07-30 内蒙古银宏干细胞生命科技投资有限公司 用于脐带间充质干细胞培养过程中脐带组织块的切割装置
CN113848207A (zh) * 2021-09-24 2021-12-28 黑龙江八一农垦大学 一种病变组织的检测方法及装置
CN217211771U (zh) * 2022-03-14 2022-08-16 重庆市公共卫生医疗救治中心 一种用于组织样本的低温切割装置
CN217861662U (zh) * 2022-09-05 2022-11-22 甘肃农业大学 一种植物组织切片机
CN218105939U (zh) * 2022-03-04 2022-12-23 张二伟 一种带主动切割功能的穴位局部组织取样装置
CN115541293A (zh) * 2022-10-11 2022-12-30 中南大学 一种人脑组织固定及等份取材装置

Patent Citations (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20020162337A1 (en) * 2001-05-03 2002-11-07 Stephen Peters Apparatus and method for precision cryoembedding of tissue samples
CA2467563A1 (en) * 2001-11-20 2003-05-30 Genentech, Inc. Cell and tissue arrays and microarrays and methods of use
US20040077032A1 (en) * 2002-10-18 2004-04-22 Yung-Feng Nien Device and method for capturing biological tissues
CN101500767A (zh) * 2006-09-06 2009-08-05 孔健强 用于切割新鲜组织切片的方法和设备
CN106536714A (zh) * 2014-05-30 2017-03-22 压力生物科技公司 样品制备装置及方法
US20190301980A1 (en) * 2016-11-18 2019-10-03 Tissuevision, Inc. Automated tissue section capture, indexing and storage system and methods
CN106556526A (zh) * 2017-01-04 2017-04-05 志诺维思(北京)基因科技有限公司 肿瘤组织三维空间取样器及其取样方法
CN109913372A (zh) * 2019-03-15 2019-06-21 清华大学 一种活体组织的培养系统及方法
CN110618262A (zh) * 2019-10-25 2019-12-27 黑龙江八一农垦大学 一种载玻片和与其匹配使用的检测板
CN111904480A (zh) * 2020-09-15 2020-11-10 青岛市妇女儿童医院(青岛市妇幼保健院、青岛市残疾儿童医疗康复中心、青岛市新生儿疾病筛查中心) 一种肿瘤内科临床用活检取样装置
CN213829130U (zh) * 2020-11-26 2021-07-30 内蒙古银宏干细胞生命科技投资有限公司 用于脐带间充质干细胞培养过程中脐带组织块的切割装置
CN113155510A (zh) * 2021-04-16 2021-07-23 伊达生物有限公司 组织细胞分割采样系统和方法
CN113848207A (zh) * 2021-09-24 2021-12-28 黑龙江八一农垦大学 一种病变组织的检测方法及装置
CN218105939U (zh) * 2022-03-04 2022-12-23 张二伟 一种带主动切割功能的穴位局部组织取样装置
CN217211771U (zh) * 2022-03-14 2022-08-16 重庆市公共卫生医疗救治中心 一种用于组织样本的低温切割装置
CN217861662U (zh) * 2022-09-05 2022-11-22 甘肃农业大学 一种植物组织切片机
CN115541293A (zh) * 2022-10-11 2022-12-30 中南大学 一种人脑组织固定及等份取材装置

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Seydel Single-cell metabolomics hits its stride
Unger et al. Prediction of individual response to anticancer therapy: historical and future perspectives
Stoeckli et al. Imaging mass spectrometry: a new technology for the analysis of protein expression in mammalian tissues
Charboneau et al. Utility of reverse phase protein arrays: applications to signalling pathways and human body arrays
US6951761B2 (en) Measurements of multiple molecules using a CryoArray
Simone et al. Laser capture microdissection: beyond functional genomics to proteomics
Kashyap et al. Quantification of tumor heterogeneity: from data acquisition to metric generation
Chung et al. Genomics and proteomics: emerging technologies in clinical cancer research
US7236888B2 (en) Method to measure the activation state of signaling pathways in cells
RU2707326C2 (ru) Анализ тканевой микроматрицы
Romanova et al. Small-volume analysis of cell–cell signaling molecules in the brain
Mahalingam Laser capture microdissection: insights into methods and applications
Best et al. Molecular profiling of tissue samples using laser capture microdissection
JP2015536141A (ja) 生物試料のエクスビボマイクロ流体分析
Kumar et al. Tissue microarrays: a practical guide
Cantor et al. Recent findings from the human proteome project: opening the mass spectrometry toolbox to advance cancer diagnosis, surveillance and treatment
Wang et al. Embracing lipidomics at single-cell resolution: Promises and pitfalls
Germain et al. Understanding immunity in a tissue‐centric context: Combining novel imaging methods and mathematics to extract new insights into function and dysfunction
CN1108384C (zh) 一种组织阵列及其制备方法
Meyer et al. High‐performance proteomics as a tool in biomarker discovery
CN116296687A (zh) 一种组织样品制备装置及其应用
Barrette et al. Tissue microarray
Rui et al. Creating tissue microarrays by cutting-edge matrix assembly
EP1336101B1 (en) A method to measure the activation state of signaling pathways in cells
Hoeben et al. Proteomics in cancer research: Methods and application of array-based protein profiling technologies

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination