CN116024079B - 控制芯片加载的方法、装置、测序系统和存储介质 - Google Patents

控制芯片加载的方法、装置、测序系统和存储介质 Download PDF

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Abstract

本申请涉及金属离子化学技术领域,提供一种控制芯片加载的方法、装置、测序系统和存储介质。本申请提供的方法,在需要加载当前芯片时,检测到有另一芯片正在执行项目,则在另一芯片处于可干扰状态,且存在未到达的可中断节点的情况下,通过监听另一芯片的项目流程的执行情况,在当前芯片未加载结束时,监听到另一芯片到达可中断节点,则使得另一芯片进入安全模式,直到当前芯片加载结束,当前芯片执行请求的项目,另一芯片继续执行中断的项目。从而通过适时将项目执行中的另一芯片进入安全模式,能够以灵活的方式加载其他芯片,实现多芯片不同时间载入及共同运行,提高了检测系统的运行效率和工业实用性。

Description

控制芯片加载的方法、装置、测序系统和存储介质
技术领域
本发明涉及自动化控制领域,具体涉及核酸自动化检测技术领域,更具体涉及一种控制芯片加载的方法及相应的装置、一种测序系统和一种计算机可读存储介质。
背景技术
本部分中讨论的主题不应仅因为在本部分中有提及就被认为是现有技术。类似地,在本部分中提及的或与作为背景技术提供的主题相关联的技术问题不应被认为先前在现有技术中已被认识到。本部分中的主题仅表示不同的方法,这些方法本身也可对应于权利要求书的技术方案的具体实施方式。
对于基于检测固相基底的表面而实现目标生物分子检测的自动化平台,通常包括使目标生物分子连接到固相基底的表面,利用自动化平台在该表面实现一系列的生物化学反应并采集相应的反应信号,以及处理和分析反应信号以实现目标生物分子检测等过程。
具体地,对于使待测核酸分子连接到固相基底的指定表面,通过信号检测模块以检测该表面上的来自或反映待测核酸分子的信号来实现核酸序列测定的平台(测序平台),在信号检测模块的检测精度或者说分辨性能一定或难以提高的情况下,增加指定表面的面积例如增加指定表面的数目或者增加固相基底的个数以增加通量(获得更大量的测序数据),是个可行的办法。
然而,在信号检测模块的数目一定、信号检测模块的信号采集效能一定或者说期望包含该等信号检测模块的测序平台的体积和/或重量不会因此明显增大的情况下,如何使测序平台能容纳更大和/或更多的指定表面的固相基底并且使测序平台检测该些指定表面的效率、整体运行效率和/或灵活性得以提升,是值得关注的问题。
发明内容
根据第一方面,一种实施例提供一种控制芯片加载的方法,包括:步骤101:获取上机请求,所述上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识;步骤102:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对该另一芯片的项目流程的监听;步骤103:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动加载当前芯片,所述启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置; 步骤104:在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,所述进入安全模式包括中断该芯片的项目流程;步骤105:在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式,所述退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
本文所称的芯片为携带待测生物分子的固相基底,待测生物分子例如为核酸分子、蛋白质等。所称的上机同一般理解,包括将芯片加载/载入至适配的机子如适配的生物分子检测设备、装置、系统或平台上,进而在机子上进行各种操作或者执行一种或多种项目以对芯片中的待测生物分子实现特定检测的过程。所称的项目同一般理解的项目,为有明确的起始和终止且包含相互联系的多个部分或阶段的过程;项目具有相应的项目流程,项目流程也称为项目操作流程;执行项目亦即进入相应的项目流程。
这里的项目,包括在一定的条件下,在芯片上或者在装载有芯片的机子上达成一个或一组特定目标、获得一个或多个特定结果的过程,这过程包括一个或多个节点、涉及一种或多种状态。
在某些示例中,将允许中断、中止或暂停一定时长的项目流程所在的阶段、状态或节点称为可中断节点。
在某些示例中,将允许干扰的项目流程所在的阶段、状态或节点称为可干扰状态。
在一些示例中,所称的可干扰状态包含一个或多个可中断节点。在另一些示例中,可干扰状态和可中断节点互相独立。在某个具体示例中,进入可干扰状态之后经过指定时长和/或完成指定动作或操作可到达可中断节点。
在某些示例中,将执行项目之前和之后的芯片发生了实质性变化的项目归到预先设定的类别,所称的实质性变化包括与项目执行之前的芯片相比,芯片的以下至少之一方面发生了明显的差异:芯片的组成、结构、指定部位或位置例如指定表面的物理和/或化学特性、芯片中的部分或全部待测生物分子的结构等;所称的明显的差异为借助肉眼、相应领域的常规检测工具和/或手段等可以判断或识别出。
在某些示例中,属于预先设定的类别的项目包括多次于不同时间点执行相同的一系列操作或动作指令以完成对芯片的检测,例如边合成边测序项目,更具体地,例如为基于芯片成像的边合成边测序以实现对芯片上携带的核酸分子的序列测定的检测项目,包括重复的多轮反应(cycles),每轮反应包括执行一系列动作、操作以在芯片/核酸分子上实现碱基延伸、信号采集和特定基团去除等步骤。在某个示例中,每轮反应包含一个或多个可干扰状态、以及一个或多个可中断节点。在某个示例中,执行过该类项目的芯片的结构和/或物理化学特性通常发生了明显的变化,因而难以再次用于执行这类项目,或者说恢复该芯片至项目执行之前的状态或性能参数所需的花费一般远超制备该芯片的花费。
根据第二方面,一种实施例提供一种控制芯片加载的装置,包括:上机请求模块,用于获取上机请求,所述上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识;监听模块,用于在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对该另一芯片的项目流程的监听;加载启动模块,用于在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动加载当前芯片,所述启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置; 安全模式模块,用于在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,所述进入安全模式包括中断该芯片的项目流程;退出模块,用于在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式,所述退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
根据第三方面,一种实施例提供一种测序系统,包括上述任一实施例的装置。或者包括一个或多个处理器,以执行上述任一实施例的方法。
据第四方面,一种实施例提供一种计算机可读存储介质,包括程序,执行所述程序能够实现本发明任一实施例所述的方法。
依据上述一些实施方式的控制芯片加载的方法及相应的装置、测序系统和计算机可读存储介质,通过对正在执行项目的芯片的项目类型进行识别、进行项目流程监听,包括监听该芯片在进行的项目是否处于可干扰状态、是否到达可中断节点等,来作出启动加载和/或加载另一芯片的相关动作,以实现在相同机子上、在不影响当前芯片项目执行的情况下实现多芯片检测运行。该方法以灵活的方式适时加载其他芯片和/或取出当前芯片,实现多个芯片不同时间点的上机、下机和/或并行运行不同项目,实现了多个芯片的滚动上机、下机和/或并行运行,提高了测序系统的运行效率和灵活性,能满足不同应用情景的要求或期望。
依据上述一些实施方式的控制芯片加载的方法及相应的装置、测序系统和计算机可读存储介质,通过对项目执行中的芯片是否处于可中断节点或可干扰状态或安全模式进行监测,能够以灵活的方式适时加载其他芯片和/或取出该芯片,实现多个芯片不同时间点的上机、下机和/或并行运行不同项目,实现了多个芯片的滚动上机、下机和/或并行运行,提高了测序系统的运行效率和灵活性。
附图说明
图1为本申请一实施例提供的项目的示意图;
图2为本申请一实施例提供的测序系统的模块组成示意图;
图3为本申请一实施例提供的测序系统的结构示意图;
图4为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图一;
图5为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图二;
图6为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图三;
图7为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图四;
图8为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图五;
图9为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图六;
图10为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图七;
图11为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图八;
图12为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图九;
图13为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图十;
图14为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图十一;
图15为本申请一实施例提供的控制芯片加载的方法的流程示意图十二;
图16为本申请一实施例提供的控制芯片加载的装置的结构示意图十三。
具体实施方式
下面通过具体实施方式结合附图对本发明作进一步详细说明。其中不同实施方式中类似元件采用了相关联的类似的元件标号。在以下的实施方式中,很多细节描述是为了使得本申请能被更好的理解。然而,本领域技术人员可以认识到,其中部分特征在不同情况下是可以省略的,或者可以由其他元件、材料、方法所替代。在某些情况下,本申请相关的一些操作并没有在说明书中显示或者描述,本领域技术人员可根据说明书中的描述以及本领域的一般技术知识可完整了解相关操作。
另外,说明书中所描述的特点、操作或者特征可以以任意适当的方式结合形成各种实施方式。同时,方法描述中的各步骤或者动作也可以按照本领域技术人员所能预见的方式进行顺序调换或调整。因此,说明书和附图中的各种顺序只是为了清楚描述某一个实施例,并不意味着是必须的顺序,除非另有说明其中某个顺序是必须遵循的。
在本文中,单数形式“一”或“一个”或“一种”等包括其复数指代物,亦即,单数形式指示数量为一个或一个以上。
在本文中,所称的“测序”为序列测定,同“核酸测序”或“基因测序”,指核酸序列中碱基次序的测定;包括合成测序(边合成边测序,SBS)和/或连接测序(边连接边测序,SBL);包括DNA测序和/或RNA测序;包括双末端测序、单末端测序和/或配对末端测序等,所称的双末端测序或者配对末端测序可以指同一核酸分子的不完全重叠的任意两段或两个部分的读出。
所称的测序包括使核苷酸(包括核苷酸类似物)结合到模板并采集相应的反应信号的过程。在一些使核苷酸结合到模板和采集相应的反应信号非同步/实时进行的测序平台中,一般是通过多轮测序来实现模板上的多个核苷酸/碱基的排列次序的测定,一轮测序(cycle)也称为测序轮,可定义为一种或多种核苷酸/碱基的一次碱基延伸,换个说法,可定义为完成至少一部分模板上的一个指定位置的碱基类型的测定过程。
在本文中,所称的芯片可以是任何可用于固定核酸序列的固体支持物,例如尼龙膜、玻璃片、塑料、硅片、磁珠等;有时也称为固体基底、反应器、芯片或流动池。芯片可以携带待测生物分子,待测生物分子例如为核酸分子、蛋白质等。
可以通过设计自动化检测平台例如测序系统平台来实现测序全部或部分步骤或流程的自动化。在本文中,自动化测序平台也称为测序平台或测序系统,包括液路模块和信号采集模块等,而待测核酸分子常通过化学连接或物理连接到固相基底指定表面(芯片),因而,测序平台可以对该种芯片进行自动化检测并输出对其上的待测分子的检测数据或结果,包括实现对其上的待测核酸分子序列的测定等。可以在测序平台上预先设置一种或多种项目包括相应项目的操作界面,支持用户选择某种特定的项目并执行该种项目的流程以完成该种项目检测,也可以按照接收到的用户指示、建立项目并执行相应的项目流程来完成该种项目检测。
一些实施例中,对于基于聚合反应实现测序的平台,碱基延伸反应体系包括反应底物核苷酸(包括核苷酸类似物)、聚合酶和模板(待测核酸分子),使模板上结合有一段预设序列(测序引物),基于碱基配对原则和聚合反应原理,在聚合酶的催化下,使反应底物可控地连接到测序引物的3'末端、实现与模板的相应位置碱基的配对结合(模板互补链延伸一个碱基);通常地,该种测序包括多次重复的碱基延伸反应(repeat),所称的碱基延伸反应包括核苷酸结合到模板并采集相应的反应信号的过程,一次这种重复反应也可称为一轮反应,例如,四种核苷酸依次加入到反应体系中,分别进行碱基延伸和相应的反应信号的采集,实现模板的任意一个指定位置的碱基识别包括四次碱基延伸及相应的信号采集;又例如,四种核苷酸任意组合加入到反应体系中,例如两两组合或者一三组合,两个组合分别进行碱基延伸和相应的反应信号的采集,实现模板的任意一个指定位置的碱基识别包括两次碱基延伸及相应的信号采集;再例如,四种核苷酸同时加入到反应体系中进行碱基延伸和反应信号的采集,实现模板的任意一个指定位置的碱基识别包括一次碱基延伸和相应的信号采集。
测序方式可以选择单末端测序,也可以选择双末端测序;获得的测序结果/数据即测读出来的片段,称为读段(reads),读段的长度称为读长。
测序能够通过自动化测序平台实现,测序平台可选择但不限于Illumina公司的Hiseq/Miseq/Nextseq/Novaseq测序平台、Thermo Fisher的Ion Torrent平台、华大智造的BGISEQ和MGISEQ/DNBSEQ测序平台以及太平洋生物(PacBio)单分子测序平台等。
主流的高通量测序平台,通常在机子上对芯片中的待测核酸分子进行扩增、获得克隆簇,或者将扩增后的克隆簇或球例如DNA纳米球载入至芯片指定表面指定位置,再对扩增产物(克隆簇或球)进行自动化测序。本文所称的测序或测序项目,有时也包括在芯片表面上对待测分子进行扩增的过程,本领域普通技术人员通过上下文可以理解。
而所称的芯片中的待测核酸分子通常也称为文库,通常是处理后的待测核酸分子,例如通过使来自样本的待测片段(也称为插入片段)的末端带上预设序列(接头)而制得所称的文库,进而利用表面上固定有能够与接头的至少一部分互补杂交的引物或探针(寡核苷酸链)的芯片杂交/捕获该文库,以使文库通过与该引物或探针互补结合而连接到芯片指定表面。
关于扩增待测分子/文库,可以在液相和/或固相中进行,可以通过恒温扩增或非恒温扩增方式实现,本申请对此不作限制。例如,在基底表面上对待测分子进行扩增,可利用桥式扩增(bridge PCR,可参见US20050100900A1公开的内容)或模板步移扩增(template-walking amplification,可参见Zhaochun Ma等, 14320–14323页, 第110卷第35期, PNAS, 2013年8月27日)等来实现。例如,在溶液中对待测分子进行扩增,再将扩增产物连接到表面指定位置,例如在溶液中利用滚环扩增对待测分子进行克隆,将扩增后的待测分子(也称为DNB,DNA纳米球)载至表面。
图1示意ILLUMINA测序平台采用的桥式扩增以在表面上获得待测分子克隆簇(cluster)的方法;这个过程大概包括:解链获得单链文库;使单链文库杂交到表面固定有两种引物/探针的基底上,该两种引物可称为P7固相引物和P5固相引物,分别可以和文库的互补的两条链的3'末端杂交;延伸P7或P5固相引物合成单链文库的互补链;变性获得新的单链模板(互补链),退火使互补链和P5/P7固相引物杂交,延伸P5/P7固相引物合成新的互补链;如此,重复进行变性-退火-延伸一次或多次(轮),获得扩增产物(克隆簇)。进而,对扩增产物进行测序,例如单末端测序或双末端测序等,以获得测序结果。可以看到,该过程包含多个步骤/反应,会涉及多种试剂的输入、替换/输出和/或溶液体系温度的调控。在某个示例中,在“单链文库杂交”之后且在“初始延伸”之前等这类可能涉及通入某种溶液以去除上一步骤的特定组分(例如会影响下一步骤的组分)或替换溶液体系以更好地进行下一步骤的的两个步骤之间的操作期间,可设置可中断节点和/或可干扰状态。在另一示例中,考虑到图1所示的扩增过程耗时相对短,且相关的步骤/反应涉及酶促催化,一般要求在具有合适的pH范围和/或温度溶液环境中进行,相对来说反应效率和/或产物产率易受时间、温度等各种因素的影响,总体来说不太适合在半中间被干扰或被中断或被中断较久的时间,因此,没有在此期间设置可干扰状态和/或可中断节点。
在某些示例中,在扩增完成之后,如图1所示的“第N轮延伸”之后且在对扩增产物进行测序之前,还包括链切除(比如使P5带有酶切位点)、线性化、封闭(例如封闭P5的3’末端)、使测序引物杂交至单链扩增产物/模板等步骤,为提高各步骤的反应效率或者为免受到上一步反应的影响,在这些步骤的前后两个步骤之间经常设有通入缓冲液以清除或替换上一反应体系或者溶液之类的步骤,这种类似于清洗、洗涤功能的溶液替换操作通常不涉及实质性处理/生化反应,一般都可在要进入此步骤之时或此步骤中设置可中断节点和/或可干扰状态。
对扩增产物进行测序,在某些示例中,例如对扩增产物进行多色SBS。具体地,四种核苷酸(dNTP)对应不同的信号,例如各自带有不同的荧光标记F1、F2、F3和F4,F1、F2、F3和F4任意两种荧光标记的发光波长不完全重叠,或者,四种核苷酸依次带有荧光标记P1、P2、P1和P2以及不带有任何荧光标记。这里的“核苷酸”通常也称为“改造的核苷酸”或“核苷酸类似物”或“可逆终止子”,为带有可检测标记如荧光标记和阻断基团的核苷酸类似物。四色测序的一轮反应包括加入四种dNTP进行单碱基延伸反应、激发延伸反应后的荧光标记发光以及采集每个视野(FOV)的对应dNTP/荧光标记的多张图像。
一些具体实施例中,基于芯片检测、利用可逆终止子进行SBS,一轮反应包括:
(1)进行单碱基延伸,包括往芯片通入适于碱基延伸的溶液,在合适的温度、在聚合酶的催化下使dNTP结合到模板,dNTP带有荧光标记和能抑制核苷酸结合到模板下一个位置的阻断基团;
(2)进行信号采集,如拍照,包括往芯片中通入适于荧光检测的溶液,激发荧光标记发光以及利用相机采集相应的发光信号;
(3)进行切除,包括通入能够去除特定基团的溶液,切掉结合到模板的dNTP上的荧光标记和阻断基团;
如此,重复进行(1)-(3)多次。
测序可以包括多轮反应例如N轮,一些实施例中,N大于50。如此,据该多轮反应的检测数据可确定待测分子的多个位置的碱基类型,也就是实现待测分子的至少一部分序列的测定(碱基识别),获得读段(reads)。
以上,测读了待测分子一端的一段序列,可称为单端测序。若打算测读待测分子的另一端的序列,可进一步包括:a去除延伸链,b退火-延伸合成模板互补链,c加入测序引物/使测序引物杂交至模板互补链),再进行类似以上的多轮反应,获得待测分子另一端的序列(reads2);在某些示例中,为避免上一步的溶液/试剂对下一步骤的反应造成不良影响,a和b之间、或者b和c之间可能涉及类似于清洗功能的去除上一步的特定溶液/试剂组分或替换溶液体系的操作,可在要进入或在进行这类操作的期间设置可中断节点。在另一些示例中,类似上述示例的扩增的情况,没有在此期间设置可干扰状态和/或可中断节点。
本申请任一实施例提供的方法能够应用于基于芯片检测实现生物大分子检测的平台,例如基于芯片成像以测定其中的核酸分子序列的测序系统。请参照图2,一些实施中,测序系统可以包括承载模块51、液路模块52和成像模块53;一些实施例中,测序系统还可以包括一个或多个存储器55,以及一个或多个处理器56,下面具体说明。
一些实施例中,承载模块51用于承载芯片,包括用于加载、移动芯片并设置相应的反应环境,例如使芯片具有适宜酶促生化反应的反应环境。在一些实施例中,反应环境包括温度、溶液环境等,承载模块51包括连接的载台、温控结构和运动结构,温控结构例如包括帕尔贴制冷片等,能够对置于载台上的芯片进行加热或制冷,运动结构能够带动载台和/或温控结构在水平和/或垂直于光轴的方向运动。
一些实施例中,液路模块52用于控制测序过程中反应试剂的添加和抽取。一些实施例中,液路模块52连接承载模块51,包括管道、阀体以及动力装置如泵等,用于控制试剂进出芯片。
一些实施例中,成像模块53用于给芯片拍照,获取供后续分析的测序数据。一些实施例中,成像模块53连接承载模块51和处理器56,用于采集来自芯片指定区域的图像信号。成像模块53包括光轴、物镜和相机例如CCD、TDI-CCD、CMOS或TDI-CMOS等,结合承载模块51,该成像模块53能够间歇或连续地采集来自芯片的指定表面的多个视野的信号。
如此,通过承载模块51加载芯片并使芯片内的核酸分子置于适于指定反应的条件下,通过液路模块52控制溶液输入或输出芯片以使核酸分子进行指定反应例如在DNA聚合酶的催化下使一个或多个核苷酸掺入到核酸分子,以及通过成像模块53对芯片指定视野进行图像采集以获得进行指定反应后的核酸分子的图像信号,分析该些图像信号以得到测序数据、确定核酸分子的序列。
在某些具体示例中,测序例如边合成边测序包含多次重复的反应,经一次重复反应一种或多种核苷酸掺入到待测核酸分子上,亦即,至少一部分待测核酸分子发生单碱基延伸反应。一次重复的反应可以称为一次重复反应或一轮反应;在一些示例中,试剂或溶液输入或输出芯片,这些都可利用液路模块52实现;例如,碱基延伸涉及酶催化,可能在高于常温的温度下进行有利于提高酶催化聚合反应的效率,可通过包含温控结构的承载模块51对芯片进行加热;而后的信息采集或拍照过程,利用液路模块52通入荧光检测溶液、任选地结合承载模块51对芯片温度进行调节等以使芯片处于适宜荧光成像的环境下,利用成像模块53对碱基延伸反应后的芯片进行激发并采集发光信号以获得图像,在此过程中,通过承载模块51移动芯片和/或移动成像模块53的物镜等,从而采集芯片上多个视野的图像。
请参照图3,在一些实施例中,测序系统还可以包括显示屏54,显示屏54用于显示交互界面,一些实施例中,显示屏54为触控屏。一些实施例中,触控屏54可以显示一个或多个页面如图形用户界面,该页面数量与测序系统能同时承载的芯片数量相等。
一些实施例中,测序系统可以同时承载多个芯片,例如2个芯片。在测序系统可以同时承载多个芯片的情况下,液路模块52的数量可以与测序系统最多能够同时承载的芯片的数量相同,例如在测序系统可以同时承载2个芯片的例子中,液路模块52的数量也是2。
在测序系统可以同时承载多个芯片并且该多个芯片涉及共用的模块或结构的实施例中,例如承载模块51上设置有多个可装载芯片的位置,若承载模块51当前已承载一个芯片(例如芯片A),且测序系统正在对芯片A执行项目,若当前再想加载另一个芯片(例如芯片B),那么可以在合适的时机,将承载模块51移动至可操作位置,例如移动至可供用户进行置入或加载芯片B操作的位置。可以理解地,由于承载模块51同时承载着芯片A,因此承载模块51移动的过程中,芯片A会随之一起移动;移动承载模块51至可操作位置后,用户将芯片B置入承载模块51以进行芯片B的加载,完成芯片B的加载后,可继续执行芯片A的项目,以及开始对芯片B进行项目执行。在一些示例中,所称的合适的时机,涉及在不影响芯片A正在执行的项目的情况下、启动加载芯片B的时间点。
因此,本申请一些实施例中,在确定测序系统中已经有另一芯片在执行项目且确定另一芯片当前为可干扰状态的情况下,可以通过承载模块51启动加载当前芯片;在确定另一芯片在执行的项目到达可中断节点、且当前芯片还未加载结束的情况下,可使另一芯片的项目流程暂停、进入安全模式,直到当前芯片加载结束;当前芯片加载结束之后,可使当前芯片执行所请求的项目,使另一芯片继续执行暂停的项目。
在另一些实施例中,多个芯片在测序系统中执行各自的项目,在另一芯片的项目正在执行且确定其项目流程为可干扰状态的情况下,启动卸载当前芯片;在确定另一芯片在执行的项目到达可中断节点、且当前芯片还未卸载结束的情况下,可使另一芯片的项目流程暂停、进入安全模式,直到当前芯片卸载结束;当前芯片卸载结束之后,可使另一芯片继续执行暂停的项目。
如此,实现了多个芯片于不同时间点载入或载出测序系统、同时在测序系统的期间能并行且独立执行各自的项目,便于高效灵活地获得多个芯片多个检测项目的结果,适合各种应用,特别是检出时限紧、但样本数时多时少或较短时间内的样本数目常难达到芯片/测序系统满载数目的应用,如病原检测等。
一些实施例中,测序系统可以支持多个芯片的加载并使该多个芯片独立或互相依赖地执行各自的项目。一些实施例中,承载模块51是多个芯片共用的,例如,上述两个芯片可以同时加载,也可以分时加载至共用的承载模块51上。一些实施例中,成像模块53是多个芯片共用的。一些实施例中,液路模块52的数目与承载模块51所能承载的芯片的数目相对应,如此,在涉及需要同时运行多个芯片的应用情景中,能够独立控制各芯片的溶液进出,能够提供单芯片检测、多芯片同时检测、多芯片分时检测等更多的作业模式以满足不同应用的需求,使该测序平台具有较强的灵活性和较高的运行效率。
所称的项目,具有相应的项目流程,也称为项目操作流程;执行项目亦即进入相应的项目流程。每个项目包含一个或多个具有关联性的步骤、操作或节点包括步骤、操作或节点之间的执行顺序,包含例如启动、执行或实施控制、结束等多个阶段。当项目流程在某些阶段、步骤或节点被干扰例如正在执行该项目的芯片被意外移动、正在进行的操作动作被暂停等的情况下,倘若该阶段、步骤的结果或者最后得到的项目的结果并不会因此受到影响、或者受到的影响可以忽略不计、或者受到的影响在可接受范围内,那么,可将处于该种阶段、步骤或节点的芯片的项目流程称为处于可干扰状态,或者将执行这项目且处于项目该种阶段、步骤或节点的芯片称为处于可干扰状态的芯片;反之,对于项目流程在另一些阶段、步骤或节点被干扰,所得的该步骤或阶段的结果或者最后项目的结果会因此受到明显影响或者受到的影响不可忽略等,那么,可将处于这些阶段、步骤或节点的芯片的项目流程称为不可干扰状态,或者将执行这项目且处于该项目的该种阶段、步骤或节点的芯片称为处于不可干扰状态的芯片。在某个示例中,监听确定芯片正在执行测序项目且处于例如上述示例的成像模块53处于工作状态和/或承载模块51处于运动状态以进行信号采集/拍照的阶段,判定该芯片的项目流程处于不可干扰状态;在某个示例中,监听确定芯片正在执行测序项目且处于例如上述示例的碱基延伸阶段和信号采集/拍照阶段之间(可通过监听碱基延伸阶段结束和/或启动液路模块52例如启动泵打算泵入适宜荧光检测的溶液至芯片等,来判断芯片的项目流程处于这两阶段/步骤之间; 关于碱基延伸阶段是否结束的监听判断,例如可以从启动液路模块52通入适于碱基延伸的溶液至芯片开始计时,倘若计时已经达到指定时长例如三分钟,则可确定该碱基延伸步骤结束),判定该芯片的项目流程处于可干扰状态。
如此,通过判断芯片A所执行的项目流程是否处于可干扰状态,可以确定加载或卸载芯片B的合适时机,以避免或降低加载或卸载芯片B对当前正在执行项目的芯片A的影响;当芯片A正在执行的项目所对应的项目流程处于可干扰状态时,可以启动对芯片B的加载或卸载,例如将承载模块51移动至可操作位置以启动芯片B的加载或卸载。
综上,芯片的项目流程处于可干扰状态和处于不可干扰状态是相对的,可干扰状态用于指示芯片的项目流程所在的阶段、步骤或节点可以被干扰甚至打断、中断或暂停,包括一个或多个可中断节点,包括芯片可以执行项目流程之外的指令或动作如随着承载模块51移动至可操作位置被移动位置等,而且不会因此对芯片正在所执行的步骤的结果或项目的最终结果例如检测得到的测序数据的准确性或量等产生不良影响;而不可干扰状态用于指示芯片的项目流程所在的阶段、步骤或节点不可以被干扰包括不能被打断、中断或暂停或者最好不要被干扰、打断或暂停,包括在这期间不被项目流程之外的动作或操作干扰、不被移动位置、不随承载模块51移动而移动、不被突然改变温度、正在执行的操作或动作不被突然中断等,以避免或降低对在进行的步骤的结果或者对项目的最终结果例如检测得到的测序数据的准确性等产生不良影响。
在某些示例中,可干扰状态不包括可中断节点,相同项目流程的可中断节点与可干扰状态之间具有特定的时间、步骤和/或动作指令间隔。在某个示例中,可操作位置位于测序系统内部,例如可操作位置处还设置有与外部隔开的结构例如一类似于舱门的结构,在启动加载当前芯片包括已将承载模块51移动至可操作位置之后,完成当前芯片的加载还涉及到手动或非手动如通过机械臂或电子指令等打开舱门、将当前芯片置入承载模块51指定位置、关闭舱门等一系列操作动作,甚至是在此期间由于操作失误或意外碰到另一芯片需调整另一芯片的位置或重载入另一芯片等,设置舱门打开为另一芯片的项目流程到达可中断节点,可结束对另一芯片的监听和/或使另一芯片进入安全模式。
可以理解地,在该示例中,当项目流程处于可中断节点时,则项目流程一定是处于可干扰状态下,反之,当项目流程处于可干扰状态下,项目流程不一定处于可中断节点。
一些实施例中,可中断节点为预先设置的,可以设置在项目执行过程中,也可以设置在项目中的某一个步骤执行结束以后。如上所述,项目流程为项目对应一个或多个执行步骤及执行步骤之间的执行顺序;原则上,只要中止或中断某一执行步骤一定时间而不会影响后续步骤的执行和实现,则可以在当前执行步骤和下一执行步骤之间设置可中断节点。
可干扰状态和可中断节点都可以通过试验、测试和/或经验来设置。
例如,反应效率相对低,实现反应的要求相对高(例如反应要求包括指定的pH范围和/或温度条件),和/或包含物理或化学性质较活泼、易影响表面性能和/或易影响待测分子的组分/试剂所对应的步骤,由于这类步骤/反应本身的效率不高/相对不受控或者说中断后再进行的成本较高、影响其实现的不确定因素增加,一般进入该些步骤/节点之前的状态不建议设置或判定为“可干扰状态”(亦即属于“不可干扰状态”)。
再例如在执行紧接着某一节点之后的下一步骤前,可以让当前步骤的溶液,或当前步骤的溶液处于不影响后续反应的缓冲液中,等待一段时间(例如5分钟、10分钟或更长时间),再进行后续的步骤,然后判断得到的项目检测结果和标准流程下(即没有经过上述等待时间)得到的检测结果是否有实质性差异,如果没有实质性差异,则说明在紧接着上述节点之后的下一步骤为可干扰状态,且上述节点也为可中断节点。
一些实施例中,项目流程中的拍照过程中移动承载模块51的操作将对拍照结果产生影响,则项目流程在拍照过程为不可干扰状态;
一些实施例中,项目流程中的生化反应过程中移动承载模块51的操作对最终结果几乎没有影响,因此项目流程在生化反应过程为可干扰状态。
如上所述,可干扰状态中可以设置可中断节点,也可以不设置可中断节点;但是在不可干扰状态中不存在可中断节点。
一些实施例中,若在可干扰状态中未设置可中断节点,测序系统可以默认设置可干扰状态转换为不可干扰状态的节点为可中断节点。
一些实施例中,可中断节点和可干扰状态可独立设置,也可关联设置;一些实施例中,可以在能够于一定时间后再进行的步骤或节点之前设置可中断节点。
以上是可干扰状态和可中断节点的一些说明,下面对项目是否属于预先设定的类别进行说明。
本申请一些实施例中,还通过项目本身(或者说项目流程)是否可以随时被干扰、中断或打断来对项目划分类别,例如将一些项目划分为预先设定的类别,若项目属于预先设定的类别,则说明对应的项目流程不是可以随时被干扰和中断的,但项目流程能够在其中某些步骤或步骤之间被干扰、中断或打断;当项目不属于预先设定的类别,则项目流程可以随时被干扰、中断或打断。换句话说,当项目流程在其中某些阶段、步骤或节点会处于不可干扰状态,则对应的项目就是预先设定的类别,因此,属于预先设定的类别的项目是具有不可干扰状态的项目。
可以看到,预先设定的类别用于指示对应项目在执行过程中(也即项目流程)不能随时被干扰、中断或打断,如上所述,这是因为对应的项目流程在其中某些阶段、步骤或节点会处于不可干扰状态。
一些实施例中,对于属于预先设定的类别的项目,其项目流程中具有两个以上的可中断节点;一些实施例中,可中断节点为预先设定的位于不可干扰状态之前的节点,或者,可中断节点默认为进入不可干扰状态的前一个节点。
一些实施例中,属于预先设定的类别的项目是具有不可干扰状态的项目;一些实施例中,这些项目所具有的不可干扰状态,包括拍照状态。
一些实施例中,属于预先设定的类别的项目,其项目流程中某些步骤、节点或时段为可干扰状态,某些步骤、节点或时段为不可干扰状态,即属于预先设定的类别的项目在时序上会表现出由可干扰状态转化为不可干扰状态,和/或,由不可干扰状态转化为可干扰状态。也即,一些实施例中,属于预先设定的类别的项目,其项目流程可以包括多个不可干扰状态和多个可干扰状态,不可干扰状态和可干扰状态是交替的,则可以在每个不可干扰状态之前的节点设置可中断节点,也即在可干扰状态结束的节点设置可中断节点;若未设置可中断节点,则不可干扰状态之前的节点默认设置为可中断节点;通过这样,可以使得可中断节点的设置更加灵活。
一些实施例中,测序项目属于预先设定的类别,而清洗项目不属于预先设定的类别。
一些实施例中,测序项目可以依次包括如下执行步骤:加载芯片、执行杂交扩增、执行多次生化反应和拍照(可以为执行第一次生化反应、执行第一次拍照、执行第二次生化反应、执行第二次拍照,直到执行第n次生化反应,并执行第n次拍照,其中,n为大于等于1的整数)以及执行清洗,测序项目在执行过程中,拍照等步骤不能被中断,否则将使得测序过程不规范,测序结果不准确。
一些实施例中,清洗项目可以依次包括如下执行步骤:加载芯片和执行清洗。
以上是对项目是否属于预先设定的类别的一些说明。下面结合可干扰状态,可中断节点,项目是否属于预先设定的类别来说明如何实现测序芯片的上机管理。
本申请一些实施例提供一种控制芯片加载的方法,其可以应用于本申请所公开的测序系统,测序芯片可以为测序系统中所涉及的芯片;在这样的实施例中,存储器55用于存储数据和程序,处理器56用于通过执行存储器55存储的程序实现本申请任一实施例的控制芯片加载的方法。
请参见图4,一些实施例的控制芯片加载的方法包括如下步骤:
步骤101:获取上机请求。
获取的上机请求可以为多种形式的指令。上机请求可以为测序系统在预设显示界面中指定位置接收到的触摸指令,例如,测序系统的触控屏54显示的放置芯片界面中长按加载按钮即启动芯片加载操作,或者通过在加载界面中点击“加载”选项启动芯片加载操作。上机请求还可以为语音指令,例如,测序系统接收到通过语音输入的“芯片加载”、“开始加载”、“启动加载新芯片”等语音消息,启动芯片加载操作。上机请求还可以为预设的隔空手势指令,例如,测序系统接收到预设的滑动手势,或者用户在空中比划预设形状,则启动芯片加载操作。可以理解,上机请求并不局限于上述形式,也可以为其他预先定义的形式。上述接收到的上机请求的形式可以为多种,方便用户根据实际需要进行选择,从而启动芯片加载操作。
一些实施例中,上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识。上机请求用于请求对当前芯片执行上机,并执行项目的标识指示的项目。
芯片的标识可以用于区分多个不同的芯片,例如,区分待上机、已上机、在机上运行或者下机/运行结束等不同状态的多个芯片,区分正在执行不同项目、或者执行相同项目但处于不同步骤、阶段或节点的多个芯片等。可以理解地,输入当前芯片的标识可以区分当前芯片和其它芯片,包括指示当前芯片所处的位置、所执行的项目或所执行的项目的具体阶段等,获取上机请求包括读入或输入当前芯片的标识,便于追溯或跟踪定位当前芯片、查询该当前芯片的状态,能够区分当前芯片与其他芯片,包括区分多个当前芯片所处的状态、位置等。
一些实施例中,芯片的标识可以使用数字、字母、图案、二维码、条形码或者多种形式符号的组合来表示,本申请对此不做限定,以便于利用读取器、手机、电脑等具有标识识别扫描类功能且直接或间接连接机子例如核酸测序平台的设备或模块读取该芯片的标识。
一些实施例中,上机请求中所涉及的项目可以有多种,每个项目具有对应的标识。
一些实施例中,项目的标识可以指示项目的类型,用于区分不同类型的项目。项目的标识可以为数字形式、字母形式和图案形式等一种或多种形式的组合,例如,测序项目的标识为项目1,非测序项目例如机子运行前或运行结束后的清洗项目的标识为项目2;项目的标识可以用来判断项目是否属于指定类别。步骤102:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对另一芯片的项目流程的监听。
当该另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,由于该类项目一般不可以随时被干扰、打断或中断,因此启动对该另一芯片的项目流程的监听,以判断当前是否可干扰状态、可中断节点等来找到一个合适的时机来进行或启动对当前芯片的加载。
因此,一些实施例中,步骤102可以包括如下步骤1021-步骤1023:
步骤1021:判断是否存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别。
测序系统在获取上机请求以后,判断是否存在正在执行项目的另一芯片以及该另一芯片所执行的项目的类别,即确定测序系统中是否已经存在正在执行项目且所执行的项目不能被随时中断的另一芯片。一些实施例中,可以先判断是否已经存在正在执行项目的另一芯片,若存在正在执行项目的另一芯片,再判断该另一芯片所执行的项目是否属于预先设定的类别。
在确定存在正在执行项目的另一芯片、且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别,则执行步骤1022,启动对另一芯片的项目流程的监听;反之,例如,确定不存在正在执行项目的另一芯片或者存在正在执行项目的另一芯片但该另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别,则可执行步骤1023,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
可以理解地,通过上述判断结果,当确定当前芯片的加载不会对其他芯片或其他芯片在执行的项目造成影响以后,可以启动加载当前芯片,从而执行当前芯片所请求的项目(即执行步骤1023);而若是检测到另一芯片正在执行的项目属于预先设定的类别,当前芯片不能立即进行芯片加载操作,因此需要执行步骤1022,以启动对另一芯片的项目流程的监听,通过监听项目流程当前是否可干扰状态和可中断节点等来找到一个合适的时机、节点或阶段来进行对上述当前芯片的加载。
步骤103:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动加载当前芯片,启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置。
一些实施例中,步骤103可以包括如下步骤1031-步骤1033:步骤1031:在对另一芯片的监听启动后,判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态。若是,则执行步骤1032。若否,则执行步骤1033。
步骤1032:启动加载当前芯片,启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置,执行步骤104。
步骤1033:提供提示信息。一些实施例中,提示信息包括表示当前芯片需要等待的指示。一些实施例中,提示信息还包括当前芯片需要等待的时间;一些实施例中,需要等待的时间可以根据另一芯片转为可干扰状态所需要的时间来确定。
可以看到,在步骤1031中,在判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态时,若判断结果是“否”,则表示当前芯片的加载会对另一芯片正在执行的项目流程产生干扰,则当前芯片不能立即加载,测序系统可以提供提示信息,提示当前芯片需要等待可以加载的指示。
步骤104:在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式。一些实施例中,进入安全模式包括中断该芯片的项目流程。
可以看到,由于上述另一芯片的项目流程已到达可中断节点,因此此时中断和暂停项目流程并在之后的某一时间点继续当前项目流程,对上述另一芯片的项目结果不会造成影响;但是通常情况下,芯片的项目流程不会被中断因此更不涉及到之后的恢复,因此为了配合本发明,申请人引入安全模。安全模式是指暂停当前项目流程使得芯片进入的一种模式,并在之后的某一时间点继续当前项目流程,而不对当前的项目结果造成影响。可以看到,一般而言,是在芯片的项目流程到达可中断节点后,控制芯片进入安全模式,从而一方面在当前节点将芯片的项目流程中断,另一方面又在之后的某一时间点继续当前项目流程。
因此,一些实施例中,处于安全模式的芯片的状态为可干扰状态;一些实施例中,当芯片处于安全模式超过时间阈值后,将该芯片退出安全模块,例如将其状态为可干扰状态变为不可干扰状态,并恢复该芯片所中断的项目流程。
一些实施例中,时间阈值的设置,可以考虑以下的一者或两者:一是下一步骤对项目检测结果的影响程度(贡献度);二是载入或取出一个或多个芯片需要的大致时间。例如,对于常规需要2小时完成的反应(常规的含义是指不故意中止/中断步骤),则时间阈值一般不超过2小时,进一步地,可以不超过1小时、30分钟或15分钟等;又例如,可结合完成载入取出芯片通常所需的时间来设置出合适的时间阈值,比如在到达可干扰状态后,以实现芯片的载入或取出一般所需时间的1.5倍、2倍、3倍或5倍的时间来设置时间阈值;这样的话,当到达时间阈值时(不论目的动作是否完成)则继续执行下一步骤,以提高运行效率。
一些实施例中,在将芯片进入安全模式后,还启动计时,若累计时间超过设定阈值时仍处于安全模式,提供超时提示界面,并在获取到确认指示后,重新启动计时。
在一些场景中,用户需要加载当前芯片,对测序系统进行操作时,忘记将上述当前芯片放入承载模块51中等情况下,导致上述另一芯片长时间处于安全模式中,将使得上述另一芯片的测序过程效率不高。因此,在上述另一芯片进入安全模式后,开始计时,若计时时长超过设定阈值时上述另一芯片仍处于安全模式,则确定上述另一芯片进入安全模式的时间过长,提供超时提示界面,在接收到用户确认指示以后,重新启动计时。一些实施例中,设定阈值可以根据项目实际使用时间进行设置,可以设置为大于0的任一数值,例如,可以为20分钟、30分钟或者1小时等,对此本申请不做限定。一些实施例中,超时提示界面用于提示当前进入安全模式超时;一些实施例中,超时提示界面可以以跳转或者弹窗的形式显示。一些实施例中,超时提示界面可以包括安全模式超时提示框,安全模式超时提示框中包含确定键,通过在超时提示界面中的确定键位置接收到的选中指令,可以关闭超时提示界面,显示超时提示界面之前的界面,返回执行开始计时,直到另一芯片退出安全模式。其中,选中指令可以为对确定键的点击操作。
一些实施例中,进入安全模式还包括将该芯片的温度调整为室温,退出安全模式还包括将该芯片的温度恢复为中断前的温度。芯片(或者说芯片的项目流程)进入安全模式时,也就是芯片(或者说芯片的项目流程)暂停时,需要将该芯片的温度调整为室温;待芯片退出安全模式时,需要将该芯片的温度恢复到进入安全模式前的温度,也就是中断前的温度。
一些实施例中,步骤104可以包括如下步骤1041-步骤1043:步骤1041:判断是否当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点。若是,继续执行步骤1042,若否,继续执行步骤1043。步骤1042:结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式。
若当前芯片还在加载中,而监听到另一芯片已经的到达可中断节点,则可以将另一芯片进入安全模式,也就是中断另一芯片的项目流程,并结束对另一芯片的监听。继续执行步骤105。
步骤1043:结束对另一芯片的监听,或者,将另一芯片退出安全模式。
步骤105:在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式。一些实施例中,退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
在当前芯片加载结束以后,可以启动当前芯片的项目,并启动继续执行另一芯片的项目流程,从而当前芯片和另一芯片可以共同运行。
综合上述步骤101至步骤105,可以看到,测序系统需要加载当前芯片时,检测到有另一芯片正在执行项目,则在另一芯片处于可干扰状态,且存在未到达的可中断节点的情况下,通过监听另一芯片的项目流程的执行情况,在当前芯片未加载结束时,监听到另一芯片到达可中断节点,则使得另一芯片进入安全模式,直到当前芯片加载结束,当前芯片执行请求的项目,另一芯片继续执行中断的项目。通过可中断节点的设置,在另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点时,对另一芯片项目流程进行监听,从而在另一芯片到达可中断节点时,暂停另一芯片的项目流程,待当前芯片加载完成,共同执行各自项目,从而节省了资源。此外,通过适时将项目执行中的另一芯片进入安全模式,能够以灵活的方式加载其他芯片共同运行,实现了多个芯片的滚动上机,提高了测序系统的整体运行效率。
采用本申请任一实施例的芯片加载方法,测序系统可在原有硬件配置的情况下实现多芯片不同时间载入、共同运行、先后卸载等的方式,如此,可满足多类测序检测应用的要求,增强了测序系统的灵活性,使得该测序系统具有更强的工业实用性。
一些实施例中,步骤1023还可以包括如下步骤201和步骤202中的一者或两者。
步骤201:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
当前芯片请求加载时,已经有正在执行项目的另一芯片,但是另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别,即另一芯片所执行的项目可随时被中断,且加载当前芯片的操作对另一芯片所执行的项目没有影响。在这种情况下,可以不考虑另一芯片的执行情况,启动加载当前芯片,然后在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
步骤202:在确定不存在正在执行项目的另一芯片的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
当前芯片请求加载时,测序系统中没有其他正在执行项目的另一芯片的情况下,则可以确定当前芯片的加载等过程不会对其他芯片执行项目产生影响,则可以直接加载当前芯片,并在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
可以理解,在步骤102中,可以先判断是否存在正在执行项目的另一芯片,再判断另一芯片所执行的项目是否属于预先设定的类别。
请参见图5,图5是一些实施例中的控制芯片加载的方法的流程示意图,图5是在图4所示实施例的基础上,进一步地,步骤1021可以包括如下步骤:
步骤10211:判断是否存在正在执行项目的另一芯片。若是,则执行步骤10212。若否,则执行步骤1023。
步骤10212:判断另一芯片所执行的项目是否属于预先设定的类别。若是,则执行步骤1022。若否,则执行步骤1023。
可以看到,在不存在正在执行项目的另一芯片的情况下,和/或,在存在正在执行项目的另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别的情况下,可以直接启动加载当前芯片并执行当前芯片所请求的项目。从而在确定不会对其他芯片造成影响的情况下,直接加载当前芯片并执行项目,使得当前芯片可以快速上机,两个芯片可以共同执行各自所请求的项目,提高了芯片上机效率,而且,操作模式多样且灵活,也能满足不同应用的需求。
一些实施例中,步骤1033可以包括如下步骤301和步骤302中的一者或两者。
步骤301:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于不可干扰状态的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片转为可干扰状态后,启动加载当前芯片。继续执行步骤104。
在另一芯片为不可干扰状态的情况下,不能加载当前芯片,当前芯片需等待另一芯片转为可干扰状态以后,执行加载当前芯片。若另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,则可以进行步骤104。若另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点,则可以进行步骤104。
步骤302:在确定另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
另一芯片当前为不可干扰状态,则在不可干扰状态中不具有可中断节点,则提供提示信息,并启动监听另一芯片的状态,在另一处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片并执行所请求的项目。
可以理解,在步骤103中,可以先判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,再判断另一芯片当前是否处于可干扰状态;也可以先判断另一芯片当前是否处于可干扰状态,再判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点;还可以同时判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,以及另一芯片当前是否处于可干扰状态,对于判断顺序本申请不做限定。下面以图4所示实施例进行详细说明步骤103的一种具体实现方式。
请参见图6,图6是一些实施例中提供的控制芯片加载的方法的流程示意图,图6是在图4或图5所示实施例的基础上,进一步地,步骤1031可以包括如下步骤:
步骤10311:在对另一芯片的监听启动后,判断是否另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点。
若是,则执行步骤10312。若否,则执行步骤10331。
步骤10331:提供提示信息,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
一些实施例中,提示信息包括表示当前芯片需要等待的指示。一些实施例中,步骤10331相当于上述步骤302。
步骤10312:判断另一芯片当前是否处于可干扰状态。若是,则执行步骤1032;若否,则执行步骤10332。
步骤10332:提供提示信息,并在另一芯片转为可干扰状态后,启动加载当前芯片。继续执行步骤104。
对于一个承载模块51对应多个芯片的情况,亦即,多个芯片共用一个承载模块的情况,可以理解地,步骤103和步骤104的内容可以在一个步骤或一个指令下实现,换句话说,步骤103和步骤104的执行的动作无明显顺序或时间先后,例如,启动加载当前芯片或加载当前芯片的过程中包括将承载模块移动至可操作位置的同时或过程中,可结束对另一芯片的项目流程的监听和/或使该另一芯片进入安全模式等。
一些实施例中,提供提示信息包括表示当前芯片需要等待的指示。一些实施例中,步骤10332相当于上述步骤301。
可以看到,在确定另一芯片的处于不可干扰状态时,或者另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点的情况下,不能立即加载当前芯片,测序系统提供提示信息,指示当前芯片需等待,在满足加载条件时,加载当前芯片,从而使得当前芯片的加载不对另一芯片产生干扰,实现芯片的有序上机,两个芯片可以共同执行各自所请求的项目,提高了测序效率。
一些实施例中,步骤1043可以包括如下步骤401、步骤402和步骤403中的一者、两者或三者。
步骤401:在确定当前芯片的加载已结束,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,启动执行当前芯片所请求的项目。
若当前芯片加载结束以后,另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点,则无需另一芯片进入安全模式,可以启动执行当前芯片所请求的项目,并且结束对另一芯片的监听。
从而实现对两个芯片的有序上机以及执行项目,两个芯片可以共同执行各自所请求的项目,提高了测序效率。
步骤402:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听。若在对另一芯片监听的过程中,当前芯片所请求的项目被取消,则结束对另一芯片的监听。
一些实施例中,当前芯片所请求的项目被取消有多种实现方式,例如,可以是通过测序系统的触控屏上接收到的对当前芯片所请求的项目的取消指令,也可以是通过测序系统上的取消按钮接收大的取消指令等。
步骤403:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片已进入安全模式的情况下,将另一芯片退出安全模式。若另一芯片已进入安全模式,当前芯片所请求的项目被取消,则另一芯片退出安全模式。
可以看到,若当前芯片在加载过程中被取消,则结束当前芯片的项目流程,并结束对另一芯片的监听或者另一芯片退出安全模式,另一芯片继续执行其所请求的项目,保证另一芯片所请求项目的执行。
一些实施例中,确定当前芯片的加载已结束,包括获取到当前芯片的启动请求。一些实施例中,启动请求用于启动执行当前芯片所请求的项目,例如可以是通过触摸屏获取的用户输入的启动请求。
一些实施例中,启动加载当前芯片还包括提供当前芯片所请求的项目的交互界面。一些实施例中,可以通过触控屏显示交互界面,从而显示当前芯片状态,并接收用户指示。
一些实施例中,测序系统中已经在执行多个芯片的项目,当其中一个芯片执行完成其项目以后,需要进行下机操作,与上述上机操作类似,此时需要根据其他芯片当前的状态,进行有序下机,避免下机对其他芯片造成影响。下面以图7所示实施例进行详细说明一种芯片下机的过程。
请参见图7,图7是一些实施例中提供的一种控制芯片加载的方法的流程示意图,其涉及到芯片上机后的后续管理(例如芯片下机);一些实施例中,步骤105之后还可以包步骤106:获取下机请求,下机请求包括与其对应的当前芯片的标识,下机请求指示当前芯片需要被卸载,参照上机请求的处理步骤,对下机请求进行处理,其中,将加载操作替换为卸载操作,启动卸载当前芯片包括将加载有当前芯片的承载模块移动至可操作位置,在确定当前芯片的卸载已结束时,结束当前芯片的流程。
一些实施例中,请参照图8,步骤106包括如下步骤:步骤1061:获取下机请求,其中,下机请求包括与其对应的当前芯片的标识,下机请求指示当前芯片需要被卸载。步骤1062:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对该另一芯片的项目流程的监听。步骤1063:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动卸载当前芯片,启动卸载当前芯片包括将加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置。步骤1064:在确定当前芯片的卸载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式。步骤1065:在确定当前芯片的卸载已结束的情况下,结束当前芯片的流程,并将另一芯片退出安全模式。
一些实施例中,请参照图9或图10,在步骤1061之后,还可以包括步骤10611和步骤10612中的一者或两者。
步骤10611:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别的情况下,启动卸载当前芯片,在确定当前芯片的卸载已结束的情况下,结束当前芯片的流程。
步骤10612:在确定不存在正在执行项目的另一芯片的情况下,启动卸载当前芯片,在确定当前芯片的卸载已结束的情况下,结束当前芯片的流程。
一些实施例中,请参照图11或图12,在步骤1062之后,还可以包括步骤10621和步骤10622中的一者或两者。
步骤10621:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于不可干扰状态的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片转为可干扰状态后,启动卸载当前芯片,继续执行步骤1064。
步骤10622:在确定另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动卸载当前芯片,在确定当前芯片的卸载已结束的情况下,结束当前芯片的流程。
一些实施例中,提示信息还包括当前芯片需要等待的时间(根据另一芯片转为可干扰状态所需要的时间确定)。
一些实施例中,请参照图13、图14或图15,在步骤1063之后,还包括步骤10631、步骤10632和步骤10633中的一者、两者或三者。
步骤10631:在确定当前芯片的卸载已结束,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,结束当前芯片的流程。
步骤10632:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听。
步骤10633:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片已进入安全模式的情况下,将另一芯片退出安全模式。
一些实施例中,启动卸载当前芯片还包括提供当前芯片卸载的交互界面。
下面以芯片1需进行测序为例说明上述实施例提供的方法,可以理解,本实施例只是具体的一种示例用于说明上述实施例,其并不构成对上述实施例的限定。假设本实施例提供的测序系统装置可以同时对两个芯片进行测序,可以进行如下操作实现本申请实施例的方法:
步骤a:测序系统通过显示屏54接收到芯片1的上机请求。测序系统的显示屏54可以在左右两个区域分别显示两个页面,两个页面分别为两个芯片对应的人机交互页面。两个页面互不影响。
用户可以通过显示屏54在当前空置的芯片位置对应的页面进行控制,其中,在加载界面中在导入实验信息(即项目流程),然后在页面下点击“下一步”。其中,假设导入的实验信息为测序项目的实验信息,则芯片1需要进行的项目为测序项目。其中,步骤a对应上述步骤101。
步骤b:测序系统确定是否存在正在执行项目的另一芯片。假设存在正在执行项目的芯片2。其中,步骤b对应上述步骤10211。
步骤c:测序系统确定芯片2所执行的项目是否属于预先设定的类别。假设芯片2正在执行测序项目,其处于当前第1次生化反应的循环中。其中,步骤c对应上述步骤10212。
步骤d:测序系统启动对芯片2的项目流程的监听。其中,步骤d对应上述步骤1022。
步骤e:测序系统判断芯片2当前是否处于可干扰状态。假设芯片2当前处于生化反应阶段,并未到达本循环的拍照阶段。则当前可以加载芯片1。
步骤f:测序系统判断芯片2的项目流程是否具有尚未到达的可中断节点。假设芯片2在测序开始前用户并未设置可中断节点,则测序系统默认在拍照开始前设置可中断节点。因此,芯片2尚未到达的拍照前的可中断节点。其中,步骤e和步骤f对应上述步骤1031。
步骤g:测序系统启动加载芯片1。测序系统将用于加载芯片1的承载模块移动至可操作位置,用户可以将芯片1放入承载模块,测序系统进行后续加载操作。其中,步骤g对应上述步骤1032。
步骤h:测序系统在芯片1加载的过程中,持续监听芯片2是否到达可中断节点。假设在芯片1加载的过程中,也就是芯片1还未加载完成的情况下,监听到芯片2已经完成了本循环的生化反应,即将进入拍照阶段。其中,步骤h对应上述步骤1041。
步骤i:测序系统结束对芯片2的监听,将芯片2进入安全模式。测序系统结束对芯片2的监听,暂停芯片2的项目流程,从而使芯片2进入安全模式。其中,步骤i对应上述步骤1042。
步骤j:测序系统持续检测芯片1是否加载结束。假设检测到芯片1已经加载结束,则启动对芯片1的测序项目,将芯片2退出安全模式,芯片2可以继续执行对应的项目。其中,步骤j对应上述步骤105。
本发明实施例还提供一种控制芯片加载的装置。请参照图16,一些实施例的控制芯片加载的装包括用于获取上机请求的模块61、用于监听的模块62、用于启动加载的模块63、用于进入安全模式的模块64、用于退出安全模式的模块65;一些实施例中,控制芯片加载的装还包括用于提供提示信息的模块66、用于结束监听的模块67和用于芯片下机的模块68中的一者或多者。
用于获取上机请求的模块61,其上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识。
用于监听的模块62,其用于在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别时,启动对该另一芯片的项目流程的监听。
用于启动加载的模块63,其用于在对另一芯片的监听启动后,在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态时,启动加载当前芯片,启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置。
一些实施例中,用于启动加载的模块63,其还用于:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别时的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束时的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
一些实施例中,用于启动加载的模块63,其还用于:在确定不存在正在执行项目的另一芯片时的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束时的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
用于进入安全模式的模块64,其用于在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,进入安全模式包括中断该芯片的项目流程。
用于退出安全模式的模块65,其用于在确定当前芯片的加载已结束时,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式,退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
一些实施例中,用于提供提示信息的模块66,其用于:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于不可干扰状态时的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片转为可干扰状态后,启动加载当前芯片。
一些实施例中,用于提供提示信息的模块66,其用于:在确定另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点时的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束时的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
一些实施例中,用于结束监听的模块67,其用于:在确定当前芯片的加载已结束,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时的情况下,结束对另一芯片的监听,启动执行当前芯片所请求的项目;
一些实施例中,用于结束监听的模块67,其用于:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听。
一些实施例中,用于结束监听的模块67,其用于:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片已进入安全模式时的情况下,将另一芯片退出安全模式。
用于芯片下机的模块68,其用于获取下机请求,下机请求包括与其对应的当前芯片的标识,下机请求指示当前芯片需要被卸载,参照上机请求的处理步骤,对下机请求进行处理;其中,将加载操作替换为卸载操作,启动卸载当前芯片包括将加载有当前芯片的承载模块移动至可操作位置,在确定当前芯片的卸载已结束时,结束当前芯片的流程。
上述各模块所执行的步骤或功能,也可以参见本文对控制芯片加载的方法的说明,在此不再赘述。
本领域技术人员知晓,除了以纯计算机可读程序代码方式实现控制器/处理器外,完全可以通过将方法步骤进行逻辑变成来使得控制器以逻辑门、开关、专用集成电路、可编辑逻辑控制器和嵌入微控制器等的形式来实现相同的功能。因此,这种控制器/处理器可以被认为是一种硬件部件,而对其内包括的用于实现各种功能的装置也可以视为硬件部件内的结构。或者甚至,可以将用于实现各种功能的装置视为既可以是实现方法的的软件模块又可以是硬件部件内的结构。
在本说明书的描述中,一个实施方式、一些实施方式、一个或一些具体实施方式、一个或一些实施例、示例等的描述意指结合该实施方式或示例描述的具体特征、结构或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构等特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
以上应用具体个例对本发明的原理及实施方式进行了阐述,应该理解,以上实施方式只是用于帮助理解本发明,而不应理解为对本发明的限制。对于本领域的一般技术人员,依据本发明的思想,可以对上述具体实施方式进行变化。

Claims (16)

1.一种控制芯片加载的方法,其特征在于,包括:
步骤101:获取上机请求,所述上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识;
步骤102:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对该另一芯片的项目流程的监听;在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目;和/或,在确定不存在正在执行项目的另一芯片的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目;
步骤103:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动加载当前芯片,所述启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置;
步骤104:在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,所述进入安全模式包括中断该芯片的项目流程;
步骤105:在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式,所述退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤102之后,还包括:
步骤301:在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于不可干扰状态的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片转为处于可干扰状态后,启动加载当前芯片,继续执行步骤104;
和/或,
步骤302:在确定另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述提示信息还包括当前芯片需要等待的时间。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤103之后,还包括:
步骤401:在确定当前芯片的加载已结束,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,启动执行当前芯片所请求的项目;和/或,
步骤402:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听;
和/或,
步骤403:在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片已进入安全模式的情况下,将另一芯片退出安全模式。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其特征在于,包括如下特征a)-g)中的至少一个:
a)对于属于预先设定的类别的项目,其项目流程中具有两个以上的可中断节点;
b)所述可中断节点为预先设定的位于不可干扰状态之前的节点,或者,所述可中断节点为进入不可干扰状态的前一个节点;
c)所述进入安全模式还包括将该芯片的温度调整为室温,所述退出安全模式还包括将该芯片的温度恢复为中断前的温度;
d)在将另一芯片进入安全模式后,还启动计时,若累计时间超过设定阈值时仍处于安全模式,提供超时提示界面,并在获取到确认指示后,重新启动计时;
e)所述确定当前芯片的加载已结束,包括获取到当前芯片的启动请求,该请求用于启动执行当前芯片所请求的项目;
f)所述属于预先设定的类别的项目是具有不可干扰状态的项目,所述不可干扰状态包括拍照状态;
g)所述启动加载当前芯片还包括提供当前芯片所请求的项目的交互界面。
6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其特征在于,还包括:
步骤106,获取下机请求,所述下机请求包括与其对应的当前芯片的标识,所述下机请求指示当前芯片需要被卸载,包括启动卸载当前芯片包括将加载有当前芯片的承载模块移动至可操作位置,以及在确定当前芯片的卸载已结束时,结束当前芯片的流程。
7.一种控制芯片加载的装置,其特征在于,包括:
上机请求模块,用于获取上机请求,所述上机请求包括与其对应的当前芯片的标识,以及请求上机执行的项目的标识;
监听模块,用于在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目属于预先设定的类别的情况下,启动对该另一芯片的项目流程的监听;
加载启动模块,用于在确定另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于可干扰状态的情况下,启动加载当前芯片,所述启动加载当前芯片包括将用于加载当前芯片的承载模块移动至可操作位置;所述加载启动模块还用于:在确定存在正在执行项目的另一芯片,且另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别的情况下,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目;和/或
在确定不存在正在执行项目的另一芯片或者存在正在执行项目的另一芯片但该另一芯片所执行的项目不属于预先设定的类别,则启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目;
安全模式模块,用于在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,所述进入安全模式包括中断该芯片的项目流程;
退出模块,用于在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目,并将另一芯片退出安全模式,所述退出安全模式包括恢复该芯片所中断的项目流程。
8.根据权利要求7所述的装置,其特征在于,在所述监听模块启动对所述另一芯片的项目流程的监听后,所述加载启动模块还用于:
在确定所述另一芯片的项目流程具有尚未到达的可中断节点,且当前处于不可干扰状态的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片转为可干扰状态后,启动加载当前芯片,并通知安全模式模块,以在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式,所述进入安全模式包括中断该芯片的项目流程;和/或,
在确定另一芯片的项目流程不具有尚未到达的可中断节点的情况下,提供提示信息,其中包括表示当前芯片需要等待的指示,并在另一芯片处于可干扰状态后,结束对另一芯片的监听,启动加载当前芯片,在确定当前芯片的加载已结束的情况下,启动执行当前芯片所请求的项目。
9.根据权利要求8所述的装置,其特征在于,所述提示信息还包括当前芯片需要等待的时间。
10.根据权利要求7所述的装置,其特征在于,在所述安全模式模块在确定当前芯片的加载尚未结束,且另一芯片的项目流程已到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,并将另一芯片进入安全模式之后:
所述监听模块在确定当前芯片的加载已结束,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点的情况下,结束对另一芯片的监听,启动执行当前芯片所请求的项目;和/或,
所述监听模块在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片的项目流程尚未到达可中断节点时,结束对另一芯片的监听;和/或,
所述退出模块在确定当前芯片所请求的项目已被取消,且另一芯片已进入安全模式的情况下,将另一芯片退出安全模式。
11.根据权利要求7至10中任一项所述的装置,其特征在于,具有如下特征a)-g)至少之一:
a)对于属于预先设定的类别的项目,其项目流程中具有两个以上的可中断节点;
b)所述可中断节点为预先设定的位于不可干扰状态之前的节点,或者,所述可中断节点为进入不可干扰状态的前一个节点;
c)所述进入安全模式还包括将该芯片的温度调整为室温,所述退出安全模式还包括将该芯片的温度恢复为中断前的温度;
d)所述安全模式模块在将另一芯片进入安全模式后,还启动计时,若累计时间超过设定阈值时仍处于安全模式,提供超时提示界面,并在获取到确认指示后,重新启动计时;
e)所述确定当前芯片的加载已结束,包括获取到当前芯片的启动请求,该请求用于启动执行当前芯片所请求的项目;
f)所述属于预先设定的类别的项目是具有不可干扰状态的项目,所述不可干扰状态包括拍照状态;
g)所述启动加载当前芯片还包括提供当前芯片所请求的项目的交互界面。
12.根据权利要求7至10中任一项所述的装置,其特征在于,还包括下机模块,所述下机模块用于获取下机请求,所述下机请求包括与其对应的当前芯片的标识,所述下机请求指示当前芯片需要被卸载,包括启动卸载当前芯片包括将加载有当前芯片的承载模块移动至可操作位置,以及在确定当前芯片的卸载已结束时,结束当前芯片的流程。
13.一种测序系统,其特征在于,包括权利要求7-12任一项所述的装置。
14. 一种测序系统,其特征在于,包括,
一个或多个存储器,用于存储程序;以及
一个或多个处理器,用于执行所述程序以实现权利要求1-6任一项所述的方法。
15.根据权利要求14所述的测序系统,其特征在于,还包括,
承载模块,用于承载和/或移动芯片;
液路模块,连接承载模块,用于控制试剂流入和流出所述芯片;以及
信号采集模块,连接承载模块和处理器,用于采集来自芯指定视野的信号。
16.一种计算机可读存储介质,其特征在于,包括程序,执行所述程序能够实现权利要求1至6中任一项所述的方法。
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Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019023948A1 (zh) * 2017-08-01 2019-02-07 深圳华大智造科技有限公司 基因测序反应设备、基因测序系统和基因测序反应方法
CN114328262A (zh) * 2021-12-31 2022-04-12 天津诺禾医学检验所有限公司 测序数据处理流程的监控方法以及装置
CN114514328A (zh) * 2019-08-21 2022-05-17 生命技术公司 用于测序的系统和方法
CN114682310A (zh) * 2020-12-31 2022-07-01 深圳市真迈生物科技有限公司 液路系统、测序系统和方法

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004028694A (ja) * 2002-06-24 2004-01-29 Canon Inc 核酸プローブ・アレイ基板の温度制御装置、及び、これを用いた遺伝子検出方法
WO2019027767A1 (en) * 2017-07-31 2019-02-07 Illumina Inc. SEQUENCING SYSTEM COMPRISING AGGREGATION OF MULTIPLEXED BIOLOGICAL SAMPLES

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019023948A1 (zh) * 2017-08-01 2019-02-07 深圳华大智造科技有限公司 基因测序反应设备、基因测序系统和基因测序反应方法
CN114514328A (zh) * 2019-08-21 2022-05-17 生命技术公司 用于测序的系统和方法
CN114682310A (zh) * 2020-12-31 2022-07-01 深圳市真迈生物科技有限公司 液路系统、测序系统和方法
CN114328262A (zh) * 2021-12-31 2022-04-12 天津诺禾医学检验所有限公司 测序数据处理流程的监控方法以及装置

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
基因芯片技术及其应用;霍金龙 等;生物技术通讯(02);第159-162页 *

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