CN116012388B - 急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法及成像方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法,包括获取急性缺血性脑卒中三维医学影像并预处理得到数据集;构建急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型并训练;将实际的目标三维医学影像输入模型中完成急性缺血性脑卒中三维医学影像分割。本发明还公开了一种包括所述急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法的成像方法。本发明提供的这种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法及成像方法,通过结合卷积与Transformer作为编码器,能够实现全局特征与局部特征的有效建模,从而实现准确的急性缺血性脑卒中的三维医学影像分割和成像,而且本发明的可靠性高、精确性好且实用性好。
Description
技术领域
本发明属于数字图像处理领域,具体涉及一种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法及成像方法。
背景技术
随着经济技术的发展和人们生活水平的提高,医学也已经逐步进入智能化时代。而现代医学的快速发展,使得医学影像技术在临床医学和基础医学领域的作用越来越大。
急性缺血性脑卒中是现今较为严重的一类疾病。因此,针对该类疾病的研究,具有极大的意义。三维医学影像能够为急性缺血性脑卒中的研究提供极为丰富的研究信息。因此,针对急性缺血性脑卒中的三维医学影像分割就显得尤为重要。
现有的三维医学图像分割方法通常依赖于边缘检测、模板匹配技术、统计形状模型、活动轮廓、机器学习等。而随着卷积神经网络的出现,卷积神经网络在三维医学图像中迅速占据了主导地位,这种具有跳跃连接的编码器-解码器网络能够保留更多的细节,在广泛的医疗应用中取得了巨大的成功。而随着Transformer架构的出现,其所具有的强大的全局建模能力,迅速使得Transformer架构得到了广泛使用。
因此,已有研究人员将Transformer架构和卷积神经网络进行了结合,从而实现了相对理想的三维医学图像分割结果。但是,现有的该类方案,并没有有效的发挥出他们各自的优势;这使得现有的这类方案的分割效果并不理想,其分割精度较差,而且可靠性也不高。
发明内容
本发明的目的之一在于提供一种可靠性高、精确性好且实用性好的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法。
本发明的目的之二在于提供一种包括了所述急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法的成像方法。
本发明提供的这种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法,包括如下步骤:
S1. 获取现有的急性缺血性脑卒中三维医学影像;
S2. 对步骤S1获取的影像数据进行预处理,从而得到数据集;
S3. 基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建编码器,基于卷积神经网络和softmax模块构建解码器,从而构建包括了编码器和解码器的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型;
S4. 采用步骤S2得到的数据集,对步骤S3构建的初步模型进行训练,得到最终的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型;
S5. 获取实际的目标三维医学影像,并输入到步骤S4得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型,从而完成急性缺血性脑卒中三维医学影像分割。
所述的步骤S2,具体包括如下步骤:
所述的预处理包括:图像裁剪、图像重采样和图像归一化;
所述图像裁剪具体为:设定像素阈值,并根据设定的像素阈值裁剪得到所需要目标的boundingbox(边界框);
对裁剪后的图像进行重采样,用于保证所有图像具有相同的体素分辨率;
重采样完成后,采用Z-score(Z-分数)对图像进行归一化操作。
所述的步骤S3,具体包括如下步骤:
所述的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型包括编码器和解码器;
所述的编码器包括依次串接的一个卷积模块和四个混合模块;基于卷积神经网络构建卷积模块;基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建混合模块;
所述的解码器包括串接的解码模块和softmax模块;基于卷积神经网络构建解码模块;softmax模块用于根据解码模块的输出,计算不同类别特征的概率。
所述的卷积模块,具体包括如下内容:
卷积模块由三个三维卷积组成,每一个卷积的卷积核大小均为3,而且三个卷积的步长依次为1、2和2。
所述的混合模块,具体包括如下内容:
所述的混合模块包括一个卷积子模块、一个轻量化Transformer子模块和一个融合子模块;卷积子模块和轻量化Transformer子模块并联,卷积子模块的输出和轻量化Transformer子模块的输出同时输入到融合子模块;卷积子模块用于对图像的局部特征进行建模,轻量化Transformer子模块用于对图像的全局特征进行建模,融合子模块用于实现局部特征与全局特征的交互,从而获得更有效的图像特征。
所述的卷积子模块包括两个串接的卷积-IN-LeakyReLU(卷积-归一化-激活函数)子模块;每一个卷积-IN-LeakyReLU子模块,均进行如下处理:对卷积子模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm(实例归一化)进行归一化处理,处理过程表示为,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU子模块的输出,/>为输入的特征图中的第i1个值,/>为设定的常数且取值范围为/>。
所述的所述的轻量化Transformer子模块包括一个自注意力层和一个多层感知机层;
采用如下算式表示自注意力层的处理过程:
式中/>为自注意力层的处理结果,/>为线性投影函数,用于对所有注意力头的特征进行加权聚合;/>为级联操作;/>为H个注意力头的特征;第ii个注意力头的特征/>表示为/>,其中/>为Softmax函数计算,Q为查询矩阵且/>,/>为查询投影矩阵,/>为特征图第ii个值,K为键矩阵且/>,/>为键投影矩阵,V为值矩阵且/>,/>为值投影矩阵,/>为特征图的通道数,/>为通道注意力处理过程且表示,/>为全局平均池化且计算过程表示为/>,D为特征图的深度,H为特征图的高度,W为特征图的宽度,/>为特征图第i3,j3,k3维度的值,/>为逐点卷积操作,为非线性激活函数,/>为归一化函数;
采用如下算式表示多层感知机层的处理过程:式中/>为多层感知机层的输出特征;/>为第一线性函数,且/>,/>为线性投影矩阵,b为偏置;/>为第二线性函数,且/>;为高斯误差线性单元处理函数,且/>,/>为误差函数且/>;
最终,采用如下算式表示轻量化Transformer子模块的处理过程:
所述的融合子模块,具体包括如下内容:
采用如下算式表示融合子模块的处理过程: 式中/>为卷积子模块的输出特征;/>为轻量化Transformer子模块的输出特征;/>为级联操作;/>为全局平均池化;/>为逐点卷积操作;/>为非线性激活函数;/>为批量归一化函数;/>为Sigmoid函数;/>为中间特征;/>为在通道维度进行分割的处理函数;/>为卷积分割特征;/>为轻量化Transformer分割特征;/>为融合子模块的输出特征。
所述的解码模块,具体包括如下内容:
解码模块包括四个解码卷积模块,且相邻的两个解码卷积模块之间采用反卷积进行上采样;每一个解码卷积模块与对应平行的编码器的输出进行跳跃连接;在每一层解码器中均包括深度监督机制;
所述的解码卷积模块包括两个相同且串联的卷积-IN-LeakyReLU层;每一个卷积-IN-LeakyReLU层,均进行如下处理:对解码卷积模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm(实例归一化)进行归一化处理,处理过程表示为,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU层的输出,/>为输入的特征图中的第i2个值,/>为设定的常数且取值范围为。
所述的softmax模块,具体包括如下内容:
将解码卷积模块的输出,输入到softmax模块中,以计算得到不同类别特征的概率;
采用如下算式计算得到概率:
步骤S4所述的训练,具体包括如下步骤:
将模型输出的预测结果与真实的分割标签输入到损失函数中,并根据损失函数的结果对模型参数进行优化;
损失函数L的计算式为;/>和/>为设定的权重值,/>为Dice损失,且计算式为/>,TP代表真阳性体素的个数,FP代表假阳性体素的个数,FN代表假阴性体素的个数;/>为交叉熵损失,且计算式为/>,其中N为样本数量,/>为模型输出的预测结果,/>为真实的分割标签;
训练过程中,采用Adam优化器对模型的参数进行优化,并采用poly策略来调整学习率。
本发明还提供了一种包括了所述急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法的成像方法,还包括如下步骤:
S6. 将步骤S5得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果,在实际的目标三维医学影像上进行标记和二次成像,从而得到带有急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果的三维医学影像。
本发明提供的这种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法及成像方法,通过结合卷积与轻量化Transformer作为编码器,能够实现全局特征与局部特征的有效建模,从而实现准确的急性缺血性脑卒中的三维医学影像分割和成像,而且本发明的可靠性高、精确性好且实用性好。
附图说明
图1为本发明分割方法的方法流程示意图。
图2为本发明分割方法的编码器的结构示意图。
图3为本发明分割方法的融合子模块的结构示意图。
图4为本发明成像方法的方法流程示意图。
具体实施方式
如图1所示为本发明分割方法的方法流程示意图:本发明提供的这种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法,包括如下步骤:
S1. 获取现有的急性缺血性脑卒中三维医学影像;
S2. 对步骤S1获取的影像数据进行预处理,从而得到数据集;具体包括如下步骤:
所述的预处理包括:图像裁剪、图像重采样和图像归一化;
所述图像裁剪具体为:设定像素阈值,并根据设定的像素阈值裁剪得到所需要目标的boundingbox(边界框);裁剪的目的在于减少不必要的背景带来的误差,而且可以降低计算复杂度;
由于不同图像可能具有不同的像素间距,因此对裁剪后的图像进行重采样,用于保证所有图像具有相同的体素分辨率;
重采样完成后,采用Z-score(Z-分数)对图像进行归一化操作(Z 分数也称为标准分数,是以标准差为标准去度量某一原始分数偏离平均数的距离,从而确定这一数据在全体数据中的位置;而这个过程就称为标准化或归一化);具体为采用如下算式进行归一化计算:
式中/>为归一化之后的灰度值;/>为原始的灰度值;/>为图像灰度的均值;/>为图像灰度的标准差;具体实施时,在归一化前,首先将HU值大于60的置零,因为颅骨的HU值远大于脑组织的HU值,如果直接进行归一化操作会导致脑组织以及病灶的像素值非常小;
S3. 基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建编码器,基于卷积神经网络和softmax模块构建解码器,从而构建包括了编码器和解码器的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型;具体包括如下步骤:
所述的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型包括编码器和解码器;
如图2所示为所述的编码器的结构;编码器包括依次串接的一个卷积模块和四个混合模块(图中为混合模块1~混合模块4),基于卷积神经网络构建卷积模块;基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建混合模块;
其中,卷积模块具体包括如下内容:
卷积模块由三个三维卷积组成,每一个卷积的卷积核大小均为3,而且三个卷积的步长依次为1、2和2;
混合模块;具体包括如下内容:
所述的混合模块包括一个卷积子模块、一个轻量化Transformer子模块和一个融合子模块;卷积子模块和轻量化Transformer子模块并联,卷积子模块的输出和轻量化Transformer子模块的输出同时输入到融合子模块;卷积子模块用于对图像的局部特征进行建模,轻量化Transformer子模块用于对图像的全局特征进行建模,融合子模块用于实现局部特征与全局特征的交互,从而获得更有效的图像特征;
卷积子模块(图2中表示为卷积子模块)包括两个串接的卷积-IN-LeakyReLU子模块;每一个卷积-IN-LeakyReLU子模块,均进行如下处理:对卷积子模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm(实例归一化)进行归一化处理,处理过程表示为/>,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU子模块的输出,/>为输入的特征图中的第i1个值,/>为设定的常数且取值范围为/>;
轻量化Transformer子模块包括一个自注意力层和一个多层感知机层;
采用如下算式表示自注意力层的处理过程:
式中/>为自注意力层的处理结果,/>为线性投影函数,用于对所有注意力头的特征进行加权聚合;/>为级联操作;/>为H个注意力头的特征;第ii个注意力头的特征表示为/>,其中/>为Softmax函数计算,Q为查询矩阵且/>,/>为查询投影矩阵,/>为特征图第ii个值,K为键矩阵且/>,/>为键投影矩阵,V为值矩阵且/>,/>为值投影矩阵,/>为特征图的通道数,/>为通道注意力处理过程且表示,/>为全局平均池化且计算过程表示为/>,D为特征图的深度,H为特征图的高度,W为特征图的宽度,/>为特征图第i3,j3,k3维度的值,/>为逐点卷积操作,/>为非线性激活函数,/>为归一化函数;
通过通道注意力处理过程对K进行处理,经过通道注意力后的K的空间维度大小为1,这样再与Q进行矩阵乘法时能够有效降低计算复杂度;通过Q,K相乘,再经过Softmax计算之后,这样就获得了不同空间位置的概率,此时其通道维度的大小为1,最后与原始操作中的V进行元素乘法,进一步降低计算复杂度;
采用如下算式表示多层感知机层的处理过程:式中/>为多层感知机层的输出特征;/>为第一线性函数,且/>,/>为线性投影矩阵,b为偏置;/>为第二线性函数,且/>;为高斯误差线性单元处理函数,且/>,/>为误差函数且/>;
最终,采用如下算式表示轻量化Transformer子模块的处理过程:
在图2中,两个表示为“LyaerNorm函数”的模块,对应于上式中的两个LyaerNorm函数;图2中表示为“MultiLightAnn函数”的模块,对应于上式的部分;图2中表示为“MLP函数”的模块,对应于上式的/>部分;
融合子模块(具体结构如图3所示),具体包括如下内容:
采用如下算式表示融合子模块的处理过程:
式中/>为卷积子模块的输出特征;/>为轻量化Transformer子模块的输出特征;/>为级联操作,对应于图3中的“级联”方框;为全局平均池化,对应于图3中的“全局平均池化”方框;/>为逐点卷积操作,对应于图3中的“逐点卷积操作”方框;/>为非线性激活函数,对应于图3中的“非线性激活函数”方框;/>为批量归一化函数,对应于图3中的“批量归一化”方框;/>为Sigmoid函数;/>为中间特征,是为了进行特征提取以获得不同通道的权重;/>为在通道维度进行分割的处理函数;/>为卷积分割特征;/>为轻量化Transformer分割特征;/>为融合子模块的输出特征;
所述的解码器包括串接的解码模块和softmax模块;基于卷积神经网络构建解码模块;softmax模块用于根据解码模块的输出,计算不同类别特征的概率;
具体实施时,解码模块具体包括如下内容:
解码器用于将输入特征逐级上采样到原始分辨率,获得最终的分割结果;解码模块包括四个解码卷积模块,且相邻的两个解码卷积模块之间采用反卷积进行上采样(目的在于同时增加特征图的分辨率并聚合其通道数);每一个解码卷积模块与对应平行的编码器的输出进行跳跃连接(目的在于充分利用编码器中低级的特征,能够更好的指导解码器获得更加准确的分割边缘);在每一个解码卷积模块中均包括深度监督机制,可以进一步保证所提取到的特征的有效性;
所述的解码卷积模块包括两个相同且串联的卷积-IN-LeakyReLU层;每一个卷积-IN-LeakyReLU层,均进行如下处理:对解码卷积模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm(实例归一化)进行处理,处理过程表示为,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU层的输出,/>为输入的特征图中的第i2个值,/>为设定的常数且取值范围为/>;/>
softmax模块具体包括如下内容:
将解码卷积模块的输出,输入到softmax模块中,以计算得到不同类别特征的概率;
采用如下算式计算得到概率:
S4. 采用步骤S2得到的数据集,对步骤S3构建的初步模型进行训练,得到最终的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型;
具体实施时,训练具体包括如下步骤:
将模型输出的预测结果与真实的分割标签输入到损失函数中,并根据损失函数的结果对模型参数进行优化;
损失函数L的计算式为;/>和/>为设定的权重值,/>为Dice损失,且计算式为/>,TP代表真阳性体素的个数,FP代表假阳性体素的个数,FN代表假阴性体素的个数;/>为交叉熵损失,且计算式为,其中N为样本数量,/>为模型输出的预测结果,/>为真实的分割标签;
训练过程中,采用Adam优化器(Adaptive Moment Estimation,自适应矩估计优化器,是2014年提出的一种通用性极好的优化器,使用极为方便,梯度下降速度快)对模型的参数进行优化,并采用poly策略(一种常用的指数变换的策略)来调整学习率;具体实施时,Adam优化器的参数设置为,/>;初始学习率设置为0.01,训练时最大epoch设置为200;为了避免过拟合,权重衰减设置为0.00003。采用poly策略来调整学习率,其定义为/>,其中/>设置为0.9;
S5. 获取实际的目标三维医学影像,并输入到步骤S4得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型,从而完成急性缺血性脑卒中三维医学影像分割。
为了说明本发明的分割方法的有效性,以下将本发明方法与现有方法进行对比:
CoTr:该方案的编码器是一个卷积和Transformer的混合架构,解码器为卷积架构。在编码器中,它先采用卷积获得不同尺度的特征,然后将high level(高级)的特征输入到Transformer编码器中以便进行全局特征建模。它的Transformer编码器采用的Deformable Transformer(可变形Transformer)用于减少计算复杂度。
nnFormer:该方案提出了一种新的Transformer与卷积结合的策略。在编码器中,它使用三维SwinTransformer进行特征提取,但是在相邻的SwinTransformer block之间,它使用卷积对特征图进行下采样以获得多尺度的特征表示。在解码器中,它同样使用三维SwinTransformer,并且使用反卷积来恢复图像的分辨率。
UNETR:该方法利用ViT作为编码器进行特征提取,然后将ViT提取到的不同尺度的特征跳接到解码器,以计算最终的语义分割输出。
在实验中,使用Dice(戴斯系数,用于计算两个字符串的相似度),Precision(精确度),Sensitivity(灵敏度),HD95(豪斯多夫距离,用于度量在度量空间中真子集之间的距离)和ASSD(平均表面距离,用于衡量两个表面之间的距离)评价指标来评估方法的性能。其中,Dice指标常用于评价医学图像分割的好坏,其值约接近1,表示分割结果越精确。其计算公式如下:HD95与ASSD表示两个集合之间的距离,其值越小表示分割性能越好。计算公式如下:/> 其中/>和/>分别表示G和M的边界点;/>为G边界的基数;/>为点x与/>中所有点之间的最短距离。
本实验所采用的数据为急性缺血性脑卒中数据集。将本发明方法和对比方法在相同的测试集上进行评估,实验结果如表1所示。其中,()内的数字为标准差。
表1本方法与对比方法的分割性能比较示意表
表1中,UNETR方法为2021年发表的论文“UNETR: Transformers for 3D MedicalImage Segmentation”中提出的医学图像分割模型;nnFormer方法是由厦门大学和香港大学于2021年在论文“nnFormer: Interleaved Transformer for VolumetricSegmentation”中提出的一种基于交叉式结构的Transformer模型,主要用来处理医学影像分析中的3D影像分割问题;CoTr方法为2021年发表的论文“COTR: CorrespondenceTransformer for Matching Across Images”中提出的匹配网络,该网络的输入为两张图像以及其中一张图像中的任意一点,输出为另外一张图像上的对应匹配点。本发明方法首先利用卷积和轻量化Transformer进行医学影像的特征提取,由于脑卒中梗死病灶的大小形状在不同病人之间变换很大,采用卷积与轻量化Transformer相结合的特征提取模块能够结合局部与全局特征信息,能够更好地识别病灶的特征,从而实现更加准确的脑卒中梗死分割,同时本发明所设计的轻量化Transformer模块,能够在减少Transformer计算复杂度的同时保持其强大的全局建模能力,从而加快其推理速度。
从表1可以看到,本发明提出的方法在Dice和ASSD上取得了所有方法中好的性能。在测试集上进行模型评估得到五次实验的平均Dice、Precision、Sensitivity、HD95、ASSD分别为52.04(27.88),61.41(27.84),50.63(30.61),36.46(36.71),11.21(14.88)。
本发明方法在所有指标中均取得了最佳的结果。从表中能够发现,UNETR以及nnFormer的分割结果并不理想,这可能是由于数据集较小导致的。虽然这两种模型均为混合架构,但是UNETR只使用ViT进行特征提取,导致在训练数据较小时,其模型难以训练。而nnFormer仅采用卷积作为下采样模块,所以同样在数据集较小时无法得到较好的分割结果。CoTr首先利用卷积进行特征提取,然后将卷积编码器中高级特征输入到Transformer中进行全局特征建模,获得了较为理想的分割结果。而本发明方法在每一级都将局部特征与全局特征进行结合,获得了最佳的分割结果,这表明本发明方法能够更有效的进行脑卒中病灶特征的图像分割和提取,从而获得更加准确的分割结果。
如图4所示为本发明成像方法的方法流程示意图:本发明提供的这种包括了所述急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法的成像方法,包括如下步骤:
S1. 获取现有的急性缺血性脑卒中三维医学影像;
S2. 对步骤S1获取的影像数据进行预处理,从而得到数据集;
S3. 基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建编码器,基于卷积神经网络和softmax模块构建解码器,从而构建包括了编码器和解码器的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型;
S4. 采用步骤S2得到的数据集,对步骤S3构建的初步模型进行训练,得到最终的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型;
S5. 获取实际的目标三维医学影像,并输入到步骤S4得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型,从而完成急性缺血性脑卒中三维医学影像分割;
S6. 将步骤S5得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果,在实际的目标三维医学影像上进行标记和二次成像,从而得到带有急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果的三维医学影像。
具体实施时,本发明的成像方法可以用于现有的三维医学影像的获取设备;具体使用时,将本发明的成像方法融合到现有的三维医学影像获取设备中,然后采用现有技术获取原始的脑部图像,然后采用所述的成像方法对原始的脑部图像进行二次成像,然后得到带有急性缺血性脑卒中分割结果的脑部图像,并直接输出带有成像结果的脑部图像。这样,医务工作者(包括临床医生、影像科医生或实验人员等)都能够获取到带有急性缺血性脑卒中分割结果的脑部图像,这样将极大地方便现有的使用人员。
Claims (4)
1.一种急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法,其特征在于包括如下步骤:
S1. 获取现有的急性缺血性脑卒中三维医学影像;
S2. 对步骤S1获取的影像数据进行预处理,从而得到数据集;
S3. 基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建编码器,基于卷积神经网络和softmax模块构建解码器,从而构建包括了编码器和解码器的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型;具体包括如下步骤:
所述的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割初步模型包括编码器和解码器;
所述的编码器包括依次串接的一个卷积模块和四个混合模块;基于卷积神经网络构建卷积模块;基于卷积神经网络、轻量化Transformer架构、多头自注意力模块和多层感知机模块构建混合模块;
所述的解码器包括串接的解码模块和softmax模块;基于卷积神经网络构建解码模块;softmax模块用于根据解码模块的输出,计算不同类别特征的概率;
具体实施时,所述的卷积模块,具体包括如下内容:
卷积模块由三个三维卷积组成,每一个卷积的卷积核大小均为3,而且三个卷积的步长依次为1、2和2;
所述的混合模块,具体包括如下内容:
所述的混合模块包括一个卷积子模块、一个轻量化Transformer子模块和一个融合子模块;卷积子模块和轻量化Transformer子模块并联,卷积子模块的输出和轻量化Transformer子模块的输出同时输入到融合子模块;卷积子模块用于对图像的局部特征进行建模,轻量化Transformer子模块用于对图像的全局特征进行建模,融合子模块用于实现局部特征与全局特征的交互,从而获得更有效的图像特征;
所述的卷积子模块包括两个串接的卷积-IN-LeakyReLU子模块;每一个卷积-IN-LeakyReLU子模块,均进行如下处理:对卷积子模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm进行处理,处理过程表示为,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU子模块的输出,/>为输入的特征图中的第i1个值,/>为设定的常数且取值范围为/>;
所述的轻量化Transformer子模块包括一个自注意力层和一个多层感知机层;
采用如下算式表示自注意力层的处理过程:
式中/>为自注意力层的处理结果,/>为线性投影函数,用于对所有注意力头的特征进行加权聚合;/>为级联操作;/>为H个注意力头的特征;第ii个注意力头的特征表示为/>,其中/>为Softmax函数计算,Q为查询矩阵且/>,/>为查询投影矩阵,/>为特征图第ii个值,K为键矩阵且/>,/>为键投影矩阵,V为值矩阵且/>,/>为值投影矩阵,为特征图的通道数,/>为通道注意力处理过程且表示,/>为全局平均池化且计算过程表示为/>,,D为特征图的深度,H为特征图的高度,W为特征图的宽度,/>为特征图第i3,j3,k3维度的值,/>为逐点卷积操作,/>为非线性激活函数,/>为归一化函数;
采用如下算式表示多层感知机层的处理过程:式中/>为多层感知机层的输出特征;/>为第一线性函数,且/>,/>为线性投影矩阵,b为偏置;/>为第二线性函数,且/>;为高斯误差线性单元处理函数,且/>,/>为误差函数且/>;
最终,采用如下算式表示轻量化Transformer子模块的处理过程:
所述的融合子模块,具体包括如下内容:
采用如下算式表示融合子模块的处理过程: 式中/>为卷积子模块的输出特征;/>为轻量化Transformer子模块的输出特征;/>为级联操作;/>为全局平均池化;为逐点卷积操作;/>为非线性激活函数;/>为批量归一化函数;/>为Sigmoid函数;/>为中间特征;/>为在通道维度进行分割的处理函数;/>为卷积分割特征;/>为轻量化Transformer分割特征;/>为融合子模块的输出特征;
所述的解码模块,具体包括如下内容:
解码模块包括四个解码卷积模块,且相邻的两个解码卷积模块之间采用反卷积进行上采样;每一个解码卷积模块与对应平行的编码器的输出进行跳跃连接;在每一个解码卷积模块中均包括深度监督机制;
所述的解码卷积模块包括两个相同且串联的卷积-IN-LeakyReLU层;每一个卷积-IN-LeakyReLU层,均进行如下处理:对解码卷积模块的输入特征,先采用第一卷积进行处理,然后再采用第二卷积进行下采样操作,第一卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为1;第二卷积为三维卷积,卷积核为3,步长为2;接下来,通过InstanceNorm进行处理,处理过程表示为,其中X为输入特征,Y为输出特征,/>为均值,/>为方差,/>为误差系数,/>为待学习的第一参数,/>为待学习的第二参数;最后,采用LeakyReLU进行处理,处理过程表示为/>,其中/>为卷积-IN-LeakyReLU层的输出,/>为输入的特征图中的第i2个值,/>为设定的常数且取值范围为/>;
所述的softmax模块,具体包括如下内容:
将解码卷积模块的输出,输入到softmax模块中,以计算得到不同类别特征的概率;
S4. 采用步骤S2得到的数据集,对步骤S3构建的初步模型进行训练,得到最终的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型;
S5. 获取实际的目标三维医学影像,并输入到步骤S4得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割模型,从而完成急性缺血性脑卒中三维医学影像分割。
2.根据权利要求1所述的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法,其特征在于所述的步骤S2,具体包括如下步骤:
所述的预处理包括:图像裁剪、图像重采样和图像归一化;
所述图像裁剪具体为:设定像素阈值,并根据设定的像素阈值裁剪得到所需要目标的边界框;
对裁剪后的图像进行重采样,用于保证所有图像具有相同的体素分辨率;
重采样完成后,采用Z-分数对图像进行归一化操作。
4.一种包括了权利要求1~3之一所述的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割方法的成像方法,其特征在于还包括如下步骤:
S6. 将步骤S5得到的急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果,在实际的目标三维医学影像上进行标记和二次成像,从而得到带有急性缺血性脑卒中三维医学影像分割结果的三维医学影像。
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