CN115992252B - 一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN115992252B CN115992252B CN202210964994.3A CN202210964994A CN115992252B CN 115992252 B CN115992252 B CN 115992252B CN 202210964994 A CN202210964994 A CN 202210964994A CN 115992252 B CN115992252 B CN 115992252B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- pig
- snp
- backfat thickness
- long white
- backfat
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title abstract description 8
- 241000282887 Suidae Species 0.000 title description 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 abstract description 7
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 abstract description 7
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 abstract description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 abstract description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 2
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 2
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 235000015277 pork Nutrition 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 210000004003 subcutaneous fat Anatomy 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 241000255969 Pieris brassicae Species 0.000 description 1
- 241000405965 Scomberomorus brasiliensis Species 0.000 description 1
- 241000219289 Silene Species 0.000 description 1
- 238000003975 animal breeding Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 230000008303 genetic mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 101150039067 maf-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 1
- 238000000034 method Methods 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 230000036642 wellbeing Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
- Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
- Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于猪分子标记技术领域，具体公开了一种与猪背膘厚性状相关的SNP分子标记。本发明采集的1172头长白猪DNA通过porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型，利用全基因组关联分析筛选出与猪背膘厚性状显著相关的SNP，该SNP分子标记位于2号染色体，登陆号为rs1112401824，多态性位点为C或G，当该标记突变为G时，猪拥有更薄的背膘厚性状。
Description
技术领域
本发明属于猪分子标记技术领域，具体涉及一种与长白猪背膘厚性状相关的SNP分子标记，可用于猪背膘厚性状的辅助选择和预测。
背景技术
猪是畜牧生产中重要的经济动物，猪肉也是世界上最重要的肉类之一(McGloneJJ.The Future of Pork Production in the World:Towards Sustainable,Welfare-Positive Systems.Animals(Basel).2013 May 15；3(2):401-15.)。在猪的生产过程中，生长速度和脂肪沉积作为猪的重要经济性状，会直接影响消费者的消费选择进而影响企业的经济效益，故而在猪遗传育种中得到广泛的研究(Davoli R,Catillo G,Serra A,Zappaterra M,Zambonelli P,Zilio DM,Steri R,Mele M,Buttazzoni L,RussoV.Genetic parameters of backfat fatty acids and carcass traits in Large Whitepigs.Animal.2019 May；13(5):924-932.)。背膘厚是指猪背部皮下脂肪的厚度，可间接反映猪脂肪沉积情况，且具有较高的遗传力(Gozalo-Marcilla M,Buntjer J,Johnsson M,Batista L,Diez F,Werner CR,Chen CY,Gorjanc G,Mellanby RJ,Hickey JM,Ros-Freixedes R.Genetic architecture and major genes for backfat thickness in piglines of diverse genetic backgrounds.Genet Sel Evol.2021 Sep 22；53(1):76.)，因此探索发现猪背膘厚遗传机制的相关分子标记有助于更好地展开猪的育种研究。
全基因组关联分析(GWAS)，即在全基因组范围上寻找变异位点--单核苷酸多态性(SNPs)，进而从中筛选出与目标表型性状相关联的SNPs。随着二代测序技术的发展，GWAS已经成为作物和动物育种研究中解锁基因型-表型关联的常规手段(Liu HJ,Yan J.Cropgenome-wide association study:a harvest of biological relevance.Plant J.2019Jan；97(1):8-18.)。本发明通过采集来自中粮家佳康某种猪场的长白猪耳样，提取DNA后进行质检，利用porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型得到基因型数据库，结合其表型测定数据，使用R语言的MVP包，采用MLM模型，筛选出与长白猪背膘厚性状相关的主效基因及功能突变位点(SNP)，为长白猪背膘厚的辅助选择和预测改良提供了新的分子标记，对于猪的辅助筛选具有重要意义。
发明内容
本发明采集的1172头长白猪DNA通过porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型，进一步使用全基因组关联分析(GWAS)筛选与猪背膘厚性状显著相关的SNP，为长白猪背膘厚性状的选择提供新的分子标记。
为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：
申请人通过全基因组关联分析筛选得到与猪背膘厚性状显著相关的SNP分子标记(登录号rs1112401824)，并依据Ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到该SNP上下游200bp的核苷酸序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，SNP标记位于所述序列的第201位，多态性位点为C或G。
该分子标记可用于猪背膘厚性状的辅助选择和预测，第201位的多态性位点为为G时，长白猪拥有较薄的背膘。
附图说明
图1是本发明的总体技术流程。
图2是全基因组关联分析的曼哈顿图。该图是法系长白猪的背膘厚性状，选取阈值线上相关性信号最强的SNP位点做进一步分析，筛选到的SNP标记位于猪第2号染色体(SSC2)上。
图3是曼哈顿局部图及连锁单倍型块图，红色正方形为本发明筛选的分子标记。
图4是全基因组关联分析的Quantile-quantile plot，研究的是长白猪背膘厚性状。
图5是1171头长白猪在本发明筛选到的SNP位点的基因分型结果分布图。n为个体数，其中，0/0表示基因型为CC，0/1表示基因型为CG，1/1表示基因型为GG，三种基因型对应的猪只背膘厚性状的表型值之间存在极显著差异，p＝7.744698E-16(****表示p<0.0001，差异极显著)。
具体实施方式
本发明中的序列和全基因组关联分析结果是基于猪基因组11.1版本的信息。
实施例1：基因的分型检测
(1)通过采集来自中粮家佳康食品有限公司某种猪场1172头长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，由porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型得到SNP分型数据。
(2)使用Plink1.9软件将原始数据转换为VCF格式，随后使用该软件对VCF格式文件进行质控：a、maf 1/2N(N为样本数量)：去除最小等位基因频率小于1/2N的SNP位点；b、geno 0.1：剔除基因型检出率小于90％的SNP位点；c、mind 0.1：剔除基因型缺失率大于10％的个体；d、hwe le-6：剔除哈代温伯格平衡检验P值小于10-6的SNP位点，使用beagle4.1软件对质控后的芯片数据进行缺失基因型填充，beagle nthreads＝16gt＝./tb.data.DuplicatesRemoved.vcf out＝tb.impute。
(3)对基因型数据进行质检，最终保留了1171个个体和311157个变异位点用于背膘厚性状的GWAS研究。
实施例2：SNP分子标记与背膘厚性状的全基因组关联分析
利用Mylab Touch vet动物背膘测定超声诊断仪测定长白猪的背膘厚度，具体是测定猪只倒数第3～4肋骨间距背中线5cm且垂直背中线处的皮肤和皮下脂肪的厚度，统计来自中粮家佳康食品有限公司某种猪场1171头长白猪的猪背膘厚表型数据，将背膘厚作为表型用于后续GWAS分析。
采用混合线性模型，利用R语言下的MVP包中的MLM模型进行全基因组关联分析(GWAS)。具体模型如下：y＝Xβ+Zμ+e，其中，y代表个体的表型值，β代表主成分在内的固定效应，μ代表服从分布的随机效应，该分布中G代表由对应个体的SNP计算的亲缘关系矩阵，X和Z代表β和μ的关联矩阵，e代表残差向量。
根据GWAS的结果将每个SNP位点P值转换为-log(P)，根据显著阈值线计算公式-log(1/SNP数)计算，本发明计算得每个SNP位点的-log(P)值大于等于6时表明该SNP与性状之间存在显著关联，并使用R语言的CMplot包绘曼哈顿图和Quantile-quantile plot图(图2-4)
本发明选取阈值线上相关性信号最强的SNP位点做进一步分析，筛选出rs1112401824分子标记(位于猪第2号染色体上)与背膘厚性状极显著关联，该标记的基因型与对应表型个体数及背膘厚差异见图5，在采用Mann-Whitney-U单尾检验下，不同基因型的猪群体在背膘厚性状上存在极显著(p<0.0001)差异，对于基因型为CG或GG的个体，其背膘厚低于CC型个体，因此当该标记突变为G时，有利于猪拥有更薄的背膘厚。
Claims (1)
1.SNP标记在长白猪背膘厚性状选择中的应用，其特征在于，SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或2所示，多态性位点位于所述序列的第201位，多态性位点为C或G，相比于多态性位点为C的个体，多态性位点为 G时长白猪拥有薄的背膘厚性状。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210964994.3A CN115992252B (zh) | 2022-08-10 | 2022-08-10 | 一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210964994.3A CN115992252B (zh) | 2022-08-10 | 2022-08-10 | 一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN115992252A CN115992252A (zh) | 2023-04-21 |
| CN115992252B true CN115992252B (zh) | 2023-12-19 |
Family
ID=85994279
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210964994.3A Active CN115992252B (zh) | 2022-08-10 | 2022-08-10 | 一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN115992252B (zh) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112011627A (zh) * | 2020-09-27 | 2020-12-01 | 赤峰家育种猪生态科技集团有限公司 | 与加系大白猪背膘厚相关的分子标记及筛选方法和应用 |
| CN113355427A (zh) * | 2020-03-04 | 2021-09-07 | 中国农业科学院农业基因组研究所 | 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其利用方法 |
| CN114150068A (zh) * | 2020-09-07 | 2022-03-08 | 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 | 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其应用 |
-
2022
- 2022-08-10 CN CN202210964994.3A patent/CN115992252B/zh active Active
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113355427A (zh) * | 2020-03-04 | 2021-09-07 | 中国农业科学院农业基因组研究所 | 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其利用方法 |
| CN114150068A (zh) * | 2020-09-07 | 2022-03-08 | 中国农业科学院深圳农业基因组研究所 | 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其应用 |
| CN112011627A (zh) * | 2020-09-27 | 2020-12-01 | 赤峰家育种猪生态科技集团有限公司 | 与加系大白猪背膘厚相关的分子标记及筛选方法和应用 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| 美系大白猪生长性状全基因组关联分析;孟庆利;高虹;黄国英;丁向东;周海深;;养猪(06);全文 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN115992252A (zh) | 2023-04-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN113039288B (zh) | 一种蛋鸡全基因组snp芯片及其应用 | |
| Wilkinson et al. | Signatures of diversifying selection in European pig breeds | |
| CN108676897B (zh) | 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用 | |
| CN109371144B (zh) | 一种与猪生长性状相关联的snp分子标记 | |
| CN108913779B (zh) | 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用 | |
| CN107580631A (zh) | 预测实验油棕榈植物棕榈油产量的方法和snp 检测试剂盒 | |
| WO2023201950A1 (zh) | 一种用于北京黑猪基因分型的snp分子标记组合、芯片及其制备方法与应用 | |
| D’Alessandro et al. | Whole genome SNPs discovery in Nero Siciliano pig | |
| CN113699246B (zh) | 一种影响猪饲料转化效率性状的snp分子标记及其用途 | |
| CN111235282A (zh) | 一种与猪总乳头数相关的snp分子标记及其应用和获取方法 | |
| CN100591692C (zh) | 一种猪脂肪沉积相关蛋白及其编码基因与应用 | |
| CN112501311B (zh) | 一种与猪乳头数性状相关的snp标记引物对及其应用 | |
| US20240043912A1 (en) | Genomic selection (gs) breeding chip of huaxi cattle and use thereof | |
| CN116287281B (zh) | 一种与长白猪眼肌面积及瘦肉率性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN112941198B (zh) | 一种检测猪眼肌面积的snp标记及其应用 | |
| KR102235340B1 (ko) | 토종닭의 성장 형질을 예측하기 위한 snp 마커 세트 및 이의 용도 | |
| CN112575096A (zh) | 与大白猪总乳头数相关的snp分子标记及其获取方法 | |
| CN115992252B (zh) | 一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN114736974B (zh) | 与母猪产程性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN114752678B (zh) | 与猪达115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN113699247B (zh) | 一种猪1号染色体上与猪剩余采食量相关的snp分子标记及其用途 | |
| CN111269989B (zh) | 猪mid1基因作为死亡率相关的分子标记及其应用 | |
| CN112779339A (zh) | 与大白猪总乳头数相关的snp分子标记及其获取和应用 | |
| CN111172292A (zh) | 猪成年体重相关的snp标记及其应用 | |
| CN103421799A (zh) | 猪hoxa1基因在种猪遗传疾患选育改良中的应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |