CN115961054B - 用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用，涉及生物技术领域。该遗传标记包括90个SNP分子标记中的至少1种。利用该遗传标记可以进行华南虎的个体识别和亲子鉴定，完善谱系的准确性，从而能够更加精确地分析个体间的亲缘关系，促进华南虎种群的繁育水平。

Description

用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用。
背景技术
华南虎(Panthera tigris amoyensis)是我国特有的虎种，也是现存6个虎亚种之一。近几十年来，华南虎的栖息地被严重破坏，种群规模大大减少，成为了IUCN记录中数量最为稀少的虎亚种，2007年华南虎在野外已灭绝。从20世纪50年代开始，中国动物园协会组织了开展了华南虎人工圈养项目，到目前为止，人工圈养的种群仅达到200多只，且全部为2只雄性和4只雌性个体的后代。华南虎由于近亲繁殖，人工圈养的华南虎免疫力较差，发病率和死亡率较高。据统计，华南虎的遗传基因与传统意义上的野生华南虎相比，遗传基因多样性丢失两成多，保留不到八成。目前野生华南虎已绝迹，圈养华南虎种群成为了该亚种复壮的唯一后备。在野外很难找到野生华南虎的情况下，只能利用有限的圈养个体发展华南虎种群，提高华南虎的饲养繁育技术水平，促进圈养华南虎的可持续健康发展。
我国人工圈养华南虎建立了谱系登记制度，通过建立谱系，排查每个个体间的亲缘关系，能有效避免近亲繁殖以及每个奠基者对种群的贡献率，从而优化种群结构，促进华南虎人工圈养的可持续发展。1998年11月1日的《华南虎谱系本》中记载了有53只华南虎饲养在广州动物园、上海动物园、苏州动物园以及重庆动物园等22家单位，其中雄虎31只，雌虎22只。谱系的真实性直接决定了谱系分析结果的可靠性，传统人工记录的谱系往往存在误差甚至错误，这就会造成繁殖计划的失败。在繁殖管理过程中，有些雌性华南虎会与两只及以上的雄性个体进行交配，从而无法判断所生后代的父本。因此，采用分子水平技术对每个个体进行亲缘关系分析，建立真实、更加精确的谱系就显得尤为重要。
发明内容
针对上述问题，本发明提供一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，利用该遗传标记可以进行华南虎的个体识别和亲子鉴定，完善谱系的准确性，从而能够更加精确地分析个体间的亲缘关系，促进华南虎种群的繁育水平。
为了达到上述目的，本发明提供一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，该遗传标记包括90个SNP分子标记中的至少1种，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，或F2_82194199。
华南虎基因组(Amotig1.0，https://ngdc.cncb.ac.cn/search/？dbId＝gwh&q＝GWHBEIN00000000)中的染色体编号采用字母。因此，上述编号表示该SNP位点在对应染色体中的位置。
本发明人在研究过程中发现，单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphism,SNP)作为第三代遗传标记，其在基因组中具有广泛性高、遗传稳定性高以及易于自动化基因分型等优点，使用效果优于现有的微卫星标记，且对于高度近交的华南虎种群，使用微卫星标记方法来个体识别和亲子鉴定效果欠佳。
在其中一个实施例中，所述遗传标记包括90个SNP分子标记，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，和F2_82194199。
本发明还提供了所述遗传标记在华南虎的个体识别和/或亲子鉴定中的应用。
本发明还提供了所述遗传标记在制备用于华南虎的个体识别和/或亲子鉴定的试剂中的应用。
本发明还提供了检测所述遗传标记的试剂，在华南虎的个体识别和/或亲自鉴定中的应用。
本发明还提供了一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的引物池，包括用于检测所述90个SNP分子标记的引物对，所述引物对的正向引物如SEQ ID NO：1-90所示，所述引物对的反向引物如SEQ ID NO：91-180所示。
本发明还提供了一种华南虎个体识别和/或亲子鉴定的方法，包括以下步骤：
多重PCR：获取待测华南虎个体的DNA，采用多重PCR进行扩增；所述多重PCR分为两组进行，第一组采用以下序列所示的正向引物：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQID NO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17，SEQID NO：18，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQID NO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：49，SEQID NO：52，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：64，SEQID NO：67，SEQ ID NO：69，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：71，SEQ ID NO：74，SEQ ID NO：75，SEQID NO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：84，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：88，和以下序列所示的反向引物：SEQ ID NO：91，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ ID NO：96，SEQ IDNO：97，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：99，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：101，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：106，SEQ ID NO：107，SEQID NO：108，SEQ ID NO：109，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQ ID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQ ID NO：127，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：134，SEQID NO：139，SEQ ID NO：142，SEQ ID NO：145，SEQ ID NO：147，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：153，SEQ ID NO：154，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ ID NO：160，SEQ ID NO：161，SEQID NO：164，SEQ ID NO：165，SEQ ID NO：166，SEQ ID NO：168，SEQ ID NO：171，SEQ ID NO：174，SEQ ID NO：175，SEQ ID NO：178；第二组采用下序列所示的正向引物：SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：35，SEQ IDNO：36，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQ IDNO：45，SEQ ID NO：46，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：51，SEQ IDNO：53，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：59，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：61，SEQ IDNO：62，SEQ ID NO：65，SEQ ID NO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：73，SEQ IDNO：77，SEQ ID NO：79，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：86，SEQ IDNO：87，SEQ ID NO：89，SEQ ID NO：90，和以下序列所示的反向引物：SEQ ID NO：94，SEQ IDNO：104，SEQ ID NO：111，SEQ ID NO：113，SEQ ID NO：115，SEQ ID NO：117，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：119，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ ID NO：124，SEQ ID NO：125，SEQ IDNO：126，SEQ ID NO：129，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：137，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ IDNO：141，SEQ ID NO：143，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：155，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ IDNO：162，SEQ ID NO：163，SEQ ID NO：167，SEQ ID NO：169，SEQ ID NO：170，SEQ ID NO：172，SEQ ID NO：173，SEQ ID NO：176，SEQ ID NO：177，SEQ ID NO：179，SEQ ID NO：180；
测序并分析：将多重PCR扩增得到的产物加上barcord后进行高通量测序，得到所述90个SNP分子标记的基因型数据，根据所述基因型数据对所述待测华南虎进行个体识别和/或亲自鉴定。
本发明还提供了一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的试剂，包括用于检测所述遗传标记的试剂。
在其中一个实施例中，所述用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的试剂还包括所述引物池。
本发明还提供了一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的系统，该系统包括：
DNA获取装置：用于获取待测华南虎个体的DNA，输入基因分型系统进行分型；
基因分型装置：该基因分型系统与所述DNA获取系统连接，所述基因分型系统基于所述遗传标记，获得所述待测华南虎DNA的基因分型结果，输入分析系统进行分析；
分析装置：该分析装置与所述基因分型装置连接，所述分析装置根据所述基因分型结果，对待测华南虎进行个体识别和/或亲子鉴定。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明的一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及其应用，该遗传标记为SNP分子标记，多态信息含量丰富，稳定性高，利用该遗传标记可以进行华南虎的个体识别和亲子鉴定，完善谱系的准确性，从而能够更加精确地分析个体间的亲缘关系，促进华南虎种群的繁育水平。
具体实施方式
为了便于理解本发明，下面将参照相关实施例对本发明进行更全面的描述。但是，本发明可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本发明的公开内容的理解更加透彻全面。
除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本发明。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
来源：
Barcode(购自上海翼和应用生物技术有限公司)。
本实施例所用试剂、材料、设备如无特殊说明，均为市售来源；实验方法如无特殊说明，均为本领域的常规实验方法。
实施例1
SNP位点的筛选。
1、提取29个华南虎个体的基因组DNA，其中包含16组亲子关系(父子或母子)和2组双亲与子代关系。
2、使用Illumina Hiseq X-ten平台，通过全基因组重测序获得每个个体的Reads，每个样本约45Gb数据量。对下机的原始数据进行过滤，用fastp过掉低质量，太短的序列。然后用BWA软件将过滤后的序列比对到华南虎参考基因组(Amotig1.0，https://ngdc.cncb.ac.cn/search/？dbId＝gwh&q＝GWHBEIN00000000)上，再用GATK 4软件的Haplotype Caller工具检测SNP位点。
3、通过该群体的SNP数据集进行位点筛选，获得在家系内稳定遗传的SNP位点，过滤标准为：(1)最小等位基因频率大于0.4；(2)两个SNP之间在基因组上的物理距离大于10Mb；(3)SNP位点两侧500bp内无插入缺失；(4)尽量选取位于编码区内的SNP位点；(5)选择的SNP的尽量均衡的分布在每一条染色体上；(6)每个SNP位点所在的500bp序列与基因组比对只存在1个拷贝。通过以上分析，选取了其中90个SNP位点，如下表所示。
表1 90个SNP位点的等位基因型
实施例2
引物设计与多重PCR。
1、根据目的位点的两侧序列，设计实施例1中的90个SNP位点的PCR扩增的特异性引物，如下表所示。
表2 90个SNP位点PCR扩增引物信息
/>
2、多重PCR。
提取10只华南虎个体的组织样品的DNA，将上述90个SNP位点分成2组，每个个体的DNA分别在2个PCR管内进行多重PCR扩增，每个管内分别进行45个SNP位点的多重PCR，两组SNP位点组合及其多重PCR引物组如下表所示。
多重PCR反应体系如下：2μL DNA模板、2μL预混合引物(50nM)、0.1μL酶(5U/μL)、1μL Buffer(10x)、0.8μL dNTP(2.5mM)、1μL Mg2+(100mM)和3.1μL ddH2O。PCR程序如下：95℃变性15min；94℃变性30s，60℃退火10min，72℃延伸30s，循环4次；94℃变性30s，60℃退火1min，72℃延伸30s，循环20次。
表3第一组多重PCR引物组
/>
表4第二组多重PCR引物组
/>
实施例3
SNP位点检测与分型。
将实施例2中每个个体进行的2组多重PCR得到的产物作为模板，对每个个体的样本的PCR产物分别加上不同的Barcode，以便区分每个个体。
具体操作如下：首先，加入100μL ddH2O稀释多重PCR产物，稀释液作为下一步PCR的DNA模板，PCR体系如下：3.6μL Barcode(2μM)、10μL DNA模板、0.1μL酶(5U/μL)、2μLBuffer(10x)、0.8μL dNTP(2.5mM)、1μL Mg2+(100mM)和2.5μL ddH2O。PCR程序如下：95℃变性15min；94℃变性30s，60℃退火4min，72℃延伸30s，循环5次；94℃变性30s，65℃退火1min，72℃延伸30s，循环10次。
将装好Barcode的PCR的产物混合并纯化后，在Illumina X-ten平台上，对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法，区分不同的样本，最终获得每个样本的90个SNP位点的信息。
本发明的方法能一次对几百万条DNA分子进行序列测定，90个SNP位点的平均测序深度为10155×，SNP检出率为99.78％，使得本发明的SNP分型具有很高的准确性和灵敏性。
10个华南虎通过高通量检测的90个SNP位点分型结果如下表所示，其中有16个位点出现纯合，主要由于华南虎高度近交和小样本原因导致，其余74个位点均呈现杂合状态。90个位点的平均观察杂合度0.438，期望杂合度0.385，平均多态信息含量为0.282，表明该SNP组对于近交程度高的华南虎具有良好的适用性，能很好地进行个体识别和亲子鉴定，还可以分析华南虎种群的遗传多样性和亲缘关系。
表5检测10个华南虎90个SNP位点分型情况
/>
/>
实施例4
个体识别。
根据每个华南虎个体检测的实施例1中的90个SNP基因型，使用Cervus3.0.7的identity Analysis模块进行个体识别。
用这90个SNP做个体识别，PID值均等于0，结果全部判断为“Excluded”，表明能够准确的进行个体识别。利用这90个SNP位点进行个体识别的联合非排除概率为2.630E-29，全同胞识别的联合非排除概率为1.257E-15。
根据本发明提供的90个SNP位点，每个SNP位点可以形成3种基因型，获得一个90位的数字串，从而形成一个分子标签，理论上可以给390个华南虎个体提供分子标签。因此，通过测序对90个SNP位点分型后，每个华南虎个体均可以获得一个分子标签，进行华南虎的个体识别。当前华南虎种群数量约200多只，根据当前的种群复壮扩繁速度，本发明提供的90个SNP位点能够满足今后华南虎种群个体识别的需求。
实施例5
亲子鉴定。
根据待鉴定的个体的实施例1中的90个SNP基因型分型结果，使用选取Cervus3.0.7的Parentage Analysis模块中的程序进行运算。
根据待测个体和亲本之间的基因型不存在等位基因错配，计算亲子指数的LOD值，当LOD值大于0时，候选亲本有可能是真实亲本，LOD值最高个体为最似亲本；当LOD值小于0，候选亲本不可能是真实亲本。模拟参数设置为模拟10000个子代，候选亲本检出率为100％，置信水平的临界值设置为80％和95％。
根据SNP分型结果，待检测的10个华南虎个体中的亲子关系均与谱系记录一致。利用这90个SNP位点亲子关系鉴定，联合的单亲非排除率为0.00032753，双亲非排除概率为0.00000087，父母对的非排除概率为1.733E-10，表明该组SNP位点具有很高的亲子鉴定效力。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。

Claims (6)

1.一组用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，其特征在于，该遗传标记包括90个SNP分子标记，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，和F2_82194199；华南虎参考基因组为Amotig1.0。
2.权利要求1所述的遗传标记在华南虎个体识别和/或亲子鉴定中的应用。
3.检测权利要求1所述的遗传标记的试剂在华南虎个体识别和/或亲子鉴定中的应用。
4. 一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的引物池，其特征在于，包括用于检测权利要求1所述90个SNP分子标记的引物对，所述引物对的正向引物如SEQ ID NO：1-90所示，所述引物对的反向引物如SEQ ID NO：91-180所示。
5.一种华南虎个体识别和/或亲子鉴定的方法，其特征在于，包括以下步骤：
多重PCR：获取待测华南虎个体的DNA，采用多重PCR进行扩增；所述多重PCR分为两组进行，第一组采用以下序列所示的正向引物：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ IDNO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17，SEQ IDNO：18，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ IDNO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：49，SEQ IDNO：52，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：64，SEQ IDNO：67，SEQ ID NO：69，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：71，SEQ ID NO：74，SEQ ID NO：75，SEQ IDNO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：84，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：88，和以下序列所示的反向引物：SEQ ID NO：91，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ IDNO：96，SEQ ID NO：97，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：99，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：101，SEQID NO：102，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：106，SEQ ID NO：107，SEQ ID NO：108，SEQ ID NO：109，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQ ID NO：127，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：139，SEQ ID NO：142，SEQ ID NO：145，SEQ ID NO：147，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：153，SEQID NO：154，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ ID NO：160，SEQ ID NO：161，SEQ ID NO：164，SEQ ID NO：165，SEQ ID NO：166，SEQ ID NO：168，SEQ ID NO：171，SEQ ID NO：174，SEQID NO：175，SEQ ID NO：178；第二组采用下序列所示的正向引物：SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：28，SEQ IDNO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：36，SEQ IDNO：39，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：45，SEQ IDNO：46，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：53，SEQ IDNO：54，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：59，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：61，SEQ ID NO：62，SEQ IDNO：65，SEQ ID NO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：73，SEQ ID NO：77，SEQ IDNO：79，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：86，SEQ ID NO：87，SEQ IDNO：89，SEQ ID NO：90，和以下序列所示的反向引物：SEQ ID NO：94，SEQ ID NO：104，SEQ IDNO：111，SEQ ID NO：113，SEQ ID NO：115，SEQ ID NO：117，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：119，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ ID NO：124，SEQ ID NO：125，SEQ ID NO：126，SEQ IDNO：129，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：137，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ ID NO：141，SEQ IDNO：143，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：155，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ ID NO：162，SEQ IDNO：163，SEQ ID NO：167，SEQ ID NO：169，SEQ ID NO：170，SEQ ID NO：172，SEQ ID NO：173，SEQ ID NO：176，SEQ ID NO：177，SEQ ID NO：179，SEQ ID NO：180；
测序并分析：将多重PCR扩增得到的产物加上barcord后进行高通量测序，得到权利要求1所述90个SNP分子标记的基因型数据，根据所述基因型数据对所述待测华南虎进行个体识别和/或亲子鉴定。
6.一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的系统，其特征在于，该系统包括：
DNA获取装置：用于获取待测华南虎个体的DNA，输入基因分型系统进行分型；
基因分型装置：该基因分型系统与所述DNA获取系统连接，所述基因分型系统基于权利要求1所述遗传标记，获得所述待测华南虎DNA的基因分型结果，输入分析系统进行分析；
分析装置：该分析装置与所述基因分型装置连接，所述分析装置根据所述基因分型结果，对待测华南虎进行个体识别和/或亲子鉴定。
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东北虎与华南虎全基因组重测序及其比较基因组学分析;李倩;中国博士学位论文全文数据库基础科学辑;全文 *

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