CN115916821A - 用于疫苗接种和感染性疾病的治疗的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

提供了用ICOS激动剂，诸如抗ICOS激动剂抗体来治疗感染性疾病，诸如病毒性疾病的方法，以及增强疫苗对感染性疾病，诸如病毒性疾病的有效性的方法。

Description

用于疫苗接种和感染性疾病的治疗的组合物和方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2020年4月20日提交的美国临时申请号63/012,574；2020年9月29日提交的美国临时申请号63/084,821；和2021年1月12日提交的美国临时申请号63/136,279的优先权的权益；这些临时申请中的每个均以引用的方式整体并入用于任何目的。

技术领域

提供了用ICOS激动剂，诸如抗ICOS激动剂抗体来治疗感染性疾病，诸如病毒性疾病的方法，以及增强疫苗对感染性疾病，诸如病毒性疾病的有效性的方法。

背景技术

ICOS是B7/CD28/CTLA-4免疫球蛋白超家族的成员，并且在T细胞上特异性地表达。与在T细胞上组成型表达并提供完全激活休眠T细胞所需的共刺激信号的CD28不同，ICOS仅在初始T细胞激活之后表达。

ICOS已经牵涉到T细胞应答的不同方面(综述于等人，2010，Curr.Opin.Immunol.，22：326-332)。它在生发中心的形成、T/B细胞协作和免疫球蛋白类别转换中发挥作用。ICOS缺陷型小鼠显示出生发中心形成受损，并且具有降低的白介素IL-10产生。已经明确地将这些缺陷与T卵泡辅助细胞的缺陷相关联。

ICOS在其他T细胞亚组(包括Th1、Th2和Th17)的发育和功能中也发挥作用。值得注意的是，ICOS共刺激与Th1和Th2细胞两者相关的T细胞增殖和细胞因子分泌。因此，ICOS基因敲除小鼠在多种疾病模型(包括糖尿病(Th1)、气道炎症(Th2)和EAE神经炎症模型(Th17))中表现出自身免疫表型的发育受损。

除了其在调节T效应子(Teff)细胞功能中的作用之外，ICOS还调节T调节细胞(Treg)。ICOS在Treg上以高水平表达，并与Treg的稳态和功能有关。

在激活后，ICOS(二硫键连接的同型二聚体)通过PI3K和AKT途径诱导信号。随后的信号传导事件导致谱系特异性转录因子(例如T-bet、GATA-3)的表达，并进而对T细胞增殖和存活产生影响。

ICOS配体(ICOSL；B7-H2；B7RP1；CD275；GL50)，也是B7超家族的成员，是ICOS的唯一配体，并且在B细胞、巨噬细胞和树突状细胞的细胞表面上表达。ICOSL在其与ICOS相互作用时作为细胞表面上的非共价连接的同型二聚体起作用。人ICOSL尽管不是小鼠ICOSL，但是据报道与人CD28和CTLA-4结合(Yao等人，2011，Immunity，34：729-740)。

发明内容

在一些实施方案中，提供了治疗受试者的感染性疾病的方法，所述方法包括将治疗有效量的ICOS激动剂施用于所述受试者。

在一些实施方案中，提供了增强疫苗对受试者的感染性疾病的有效性的方法，所述方法包括在将所述疫苗施用于所述受试者的同时或之后，将治疗有效量的ICOS激动剂施用于所述受试者。在一些实施方案中，所述ICOS激动剂在所述疫苗施用于所述受试者之后，诸如在完整剂量的疫苗的施用之后施用。在一些实施方案中，所述ICOS激动剂与所述疫苗施用于所述受试者同时，诸如与每个剂量的疫苗的施用同时施用。

在一些实施方案中，所述感染性疾病是细菌性疾病。在一些此类实施方案中，所述细菌性疾病是由细菌感染导致的，所述细菌选自金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)(白喉毒素)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)(破伤风)、疏螺旋体杆菌(Borrelia bacterium)(莱姆病)、艰难梭菌(Clostridium difficile)和百日咳杆菌(Bordetella pertussis)。在一些实施方案中，所述细菌性疾病是由肺炎链球菌感染导致的。在一些实施方案中，所述疫苗是Pneumo Vax34(Merck)。在一些实施方案中，所述受试者年龄至少65岁；或其中所述受试者年龄小于65岁并且具有慢性疾病、糖尿病、酒精中毒、免疫系统减弱、耳蜗植入物、脑脊液渗漏，和/或是吸烟者。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，所述感染性疾病是由流感病毒(例如，甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒)导致的病毒性疾病。在一些此类实施方案中，所述疫苗是季节性流感疫苗或大流行性流感疫苗。在一些实施方案中，所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，所述感染性疾病是由水痘带状疱疹病毒导致的病毒性疾病。在一些实施方案中，所述疫苗是Zostavax(Merck)。在一些实施方案中，所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在多个实施方案中，所述感染性疾病是病毒性疾病。在一些实施方案中，所述病毒性疾病是由病毒感染导致的，所述病毒选自人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒。在一些实施方案中，所述病毒是冠状病毒，所述冠状病毒选自MERS-CoV、SARS-CoV和SARS-CoV-2。在一些实施方案中，所述病毒是SARS-CoV-2。在一些实施方案中，所述受试者的SARS-CoV-2检测呈阳性。在一些实施方案中，所述受试者在所述ICOS激动剂的所述施用之前未表现出SARS-CoV-2感染的症状。在一些实施方案中，所述受试者在所述ICOS激动剂的施用之前已经表现出SARS-CoV-2的一种或多种症状，诸如发热、咳嗽、呼吸急促、味觉和/或嗅觉丧失、疲劳和身体疼痛中的一者或多者。在一些实施方案中，所述症状包括咳嗽、发热和/或呼吸急促。在一些实施方案中，所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在多个实施方案中，其中所述ICOS激动剂是抗ICOS激动剂抗体。在一些此类实施方案中，所述抗ICOS激动剂抗体选自伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055和GSK3359609，或者包含伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055或GSK3359609的重链和轻链CDR或重链和轻链可变区的抗体。

在一些实施方案中，所述ICOS激动剂抗体包含HCDR1，其包含SEQ ID NO：9的氨基酸序列；HCDR2，其包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；HCDR3，其包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列；LCDR1，其包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列；LCDR2，其包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和LCDR3，其包含SEQ ID NO：14的氨基酸序列。

在一些实施方案中，所述ICOS激动剂抗体包含重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，其中所述VH与SEQ ID NO：7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性，并且所述VL与SEQ ID NO：8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同一性。

在一些实施方案中，所述ICOS激动剂抗体包含VH和VL，所述VH包含SEQ ID NO：7的氨基酸序列，所述VL包含SEQ ID NO：8的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述抗体包含重链和轻链，所述重链包含SEQ ID NO：15的氨基酸序列，所述轻链包含SEQ ID NO：16的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述ICOS激动剂抗体包含重链和轻链，所述重链包含SEQ IDNO：17的氨基酸序列，所述轻链包含SEQ ID NO：16的氨基酸序列。

附图说明

图1A和1B显示了来自癌症患者的ICOS高CD4 T细胞(ICOS^hiCD4⁺细胞)的表达谱分析。图1A左图显示，ICOS^hiCD4⁺细胞表达Th1转录因子Tbet。图1A右图显示，ICOS^hiCD4⁺细胞不表达CD25和FoxP3。图1B显示了在ICOS^hiCD4⁺群体和ICOS低CD4 T细胞(ICOS^loCD4⁺)群体中测量的T细胞标志物的mRNA水平的变化。一般而言，在ICOS_hiCD4⁺受试者中观察到的T细胞标志物mRNA的log²倍数增加为0至1.5，而在ICOS_loCD4⁺受试者中观察到的log²倍数减少为0至1.5。

图2显示，伏派利单抗在次优T细胞受体(TCR)信号后刺激ICOS^hiCD4⁺细胞。左图显示，ICOS^loCD4⁺细胞对伏派利单抗治疗无反应。中图显示了ICOS^hiCD4⁺和ICOS^loCD4⁺细胞的混合群体。右图显示，当用伏派利单抗治疗时ICOS^hiCD4⁺以剂量依赖性方式增殖。

图3显示，在离体破伤风类毒素回忆测定法中，伏派利单抗刺激抗原特异性ICOS^hiCD4⁺细胞。在伏派利单抗处理后，ICOS^hiCD4⁺细胞显示出IFNγ和_TNFα表达显著增加(右图)，而ICOS^loCD4⁺则未显示出表达增加(左图)。中图显示了ICOS^hiCD4⁺和ICOS^loCD4⁺细胞的混合群体。

图4显示，在离体CMV回忆测定法中，伏派利单抗刺激抗原特异性ICOS^hiCD4⁺细胞。在伏派利单抗处理后，ICOS^hiCD4⁺细胞显示出IFNγ和_TNFα表达显著增加(右图)，而ICOS^loCD4⁺则未显示出表达增加(左图)。中图显示了ICOS^hiCD4⁺和ICOS^loCD4⁺细胞的混合群体。

图5显示了CD4 T细胞如何通过体液免疫支持疫苗反应的示意图。ICOS在CD4 Tfh细胞的分化和维持中是必需的。循环Tfh(cTfh)细胞可以在血液中检测到并且维持ICOS^hi表型。活化的cTfh细胞(即，ICOS^hipD-1⁺)由疫苗接种诱导，并且与抗体反应增加和病原体特异性记忆B细胞的扩增相关。

图6A和6B显示，ICOS激动剂施用增加了Tfh和B细胞的频率并且增强了NP-OVA疫苗模型中的抗体反应。如图6A所示，在疫苗接种前24小时和疫苗接种后48小时，用NP-OVA和同种型匹配的对照抗体、ICOS激动剂抗体或ICOS配体(ICOS-L)治疗小鼠。在最后治疗剂量的施用后5天处死小鼠，收获血液和引流淋巴结(dLN)。通过流式细胞术评估Tfh和B细胞反应，并且通过ELISA定量OVA特异性抗体。如图6B所示，用ICOS激动剂抗体治疗引起引流淋巴结(dNL)内的Tfh和B细胞数量增加，如通过针对B细胞的dLN中的CD15+细胞中的CD19+的百分比和针对Tfh细胞的CD4+Foxp3-细胞中的PD-1+Bcl6+的百分比所测量(上图)，以及相对于初始和同种型治疗的动物的血清IgG2a和IgG2b水平升高(下图)。“Vax”代表NP-OVA疫苗。

图7显示了伏派利单抗和ICOS^hiCD4⁺细胞的作用机制的示意图。

图8A和8B是显示结合至所示蛋白质的抗体的图。用SARS-CoV-2刺突蛋白的线性序列对小鼠进行免疫，并按说明进行治疗。通过ELISA来检测构象刺突蛋白(图8A)和线性刺突蛋白(图8B)特异性抗体。

图9是显示抗体与线性SARS-CoV-2刺突蛋白结合的小提琴图。用线性SARS-CoV-2刺突蛋白对小鼠进行免疫，并按说明进行治疗。通过ELISA来检测线性刺突蛋白特异性抗体(图8B)。

具体实施方式

一般而言，本申请提供了一种通过施用ICOS激动剂来治疗感染性疾病诸如病毒性疾病以及增强疫苗对感染性疾病诸如病毒性疾病的有效性的方法。在一些实施方案中，所述ICOS激动剂是抗体。示例性ICOS激动剂抗体包括伏派利单抗、BMS-986226和GSK3359609，或者包含这些抗体中的一者的CDR或可变结构域序列的抗体。在一些实施方案中，施用ICOS激动剂以增强疫苗对免疫系统部分或完全受损(例如，由于衰老或免疫疾病的影响)的受试者的感染性疾病的有效性。在一些实施方案中，所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。在这些实施方案中，本发明部分基于这样的假设，即ICOS激动剂可以通过补偿少量ICOS配体或诱导所期望的免疫细胞的扩增来使受试者对疫苗接种敏感，据此ICOS激动剂增强疫苗的有效并且部分或完全恢复所述受试者对疫苗的敏感性。

在一些实施方案中，抗体是伏派利单抗。伏派利单抗可以特异性结合至ICOS并且通过AKT途径来刺激抗原经历的CD4细胞。在癌症患者的临床研究中，伏派利单抗已经显示出可以在持续超过2年的整个深度持久肿瘤反应中刺激和维持活化的ICOS^hiCD4⁺群体。(参见Carthon等人Clin.Can.Res.(2010)；Harvey，C.，AACR(2019)；Hanson，A.，SITC(2018)。)在一些情况下，血液中可检测到该细胞群水平的患者可以经历显著改善的临床有益效果。对该细胞群的分析已经确定这些细胞作为不显示针对T调节细胞的标志物的Th1、中央型记忆和T滤泡辅助(Tfh)细胞的寡克隆群体的另外特征。伏派利单抗已经显示出可以刺激处于ICOS^hi状态的抗原经历的CD4细胞，这与作为免疫共刺激剂的生物学作用一致。CD4⁺在生发中心(GC Tfh)和循环对应物(cTfh)中对于生产性体液反应可以是关键的。人Tfh细胞显示出ICOS的表达水平升高。

对流感疫苗接种的研究还显示，疫苗接种后血液中cTfh细胞的出现与对病毒的生产性体液反应有关。(参见Ciabattin等人Frontiers in Immunology(2013)；Koutsakos等人J.Immunol(2019)；McAdam等人Nature(2001)。)在小鼠中，这些相似的细胞已经显示出可以在临床前模型中阻断流感感染。

在小鼠SARS-CoV-1感染模型中，CD4⁺T细胞显示出对于限制相关的肺部病理学以及中和针对病毒的抗体产生是必须的。(J.Chen等人J.Virology 84(3)：1289-1301(2010)。)最近发表的一篇文章描述了患有COVID-19然后康复的患者的免疫反应，该文章显示了恢复之前和恢复期间血液中ICOS+(或ICOS^hi)Tfh的出现。(I.Thevarajan等人NatureMedicine 2020年3月16日在线发表，网址：https doi.org 10.1038/s41591-020-0819-2。)此外，ICOS受体缺陷的人已经显示出具有缺陷的体液免疫力和生发中心。

ICOS⁺(或ICOS^hi)CD4⁺Tfh样细胞群，基于CD4⁺细胞的抗原刺激而出现，代表生产性免疫反应的潜在普遍机制。当它们处于ICOS⁺/ICOS^hi状态时用ICOS激动剂选择性刺激这些细胞可以允许加速对传染原抗原的体液反应或产生更广泛的对传染原抗原的体液反应。因此，不受这种机制假设的束缚，ICOS+/ICOS^hi CD4 T细胞的选择性刺激可以代表普遍免疫放大器，这与感染性疾病情形相关，其中生产性免疫反应取决于具有高水平ICOS的CD4⁺细胞或受这些细胞的影响。

本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。本文引用的所有参考文献，包括专利申请、专利出版物和Genbank登录号均以引用方式并入本文，就如同将每个单独的参考文献明确地且单独地指示全文以引用方式并入一样。

本文描述或参考的技术和程序通常被本领域技术人员充分理解并且通常使用常规方法加以采用，例如以下描述的广泛利用的方法：Sambrook等人，Molecular Cloning：ALaboratory Manual第3版(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold SpringHarbor，N.Y.CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(F.M.Ausubel等人编辑，(2003))；系列METHODS IN ENZYMOLOGY(Academic Press，Inc.)：PCR 2：A PRACTICALAPPROACH(M.J.MacPherson，B.D.Hames和G.R.Taylor编辑(1995))，Harlow和Lane编辑(1988)ANTIBODIES，A LABORATORY MANUAL，and ANIMAL CELL CULTURE(R.I.Freshney编辑(1987))；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait编辑，1984)；Methods in MolecularBiology，Humana Press；Cell Biology：A Laboratory Notebook(J.E.Cellis编辑，1998)Academic Press；Animal Cell Culture(R.I.Freshney)编辑，1987)；Introduction toCell and Tissue Culture(J.P.Mather和P.E.Roberts，1998)Plenum Press；Cell andTissue Culture Laboratory Procedures(A.Doyle，J.B.Griffiths和D.G.Newell编辑，1993-8)J.Wiley and Sons；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir和C.C.Blackwell编辑)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller andM.P.Calos编辑，1987)；PCR：The Polymerase Chain Reaction，(Mullis等人编辑，1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan等人编辑，1991)；Short Protocols inMolecular Biology(Wiley and Sons，1999)；Immunobiology(C.A.Janeway和P.Travers，1997)；Antibodies(P.Finch，1997)；Antibodies：A Practical Approach(D.Catty.，ed.，IRL Press，1988-1989)；Monoclonal Antibodies：A Practical Approach(P.Shepherd和C.Dean编辑，Oxford University Press，2000)；Using Antibodies：A Laboratory Manual(E.Harlow和D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press，1999)；The Antibodies(M.Zanetti和J.D.Capra编辑，Harwood Academic Publishers，1995)；以及Cancer：Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita等人编辑，J.B.LippincottCompany，1993)；以及它们的更新版本。

I.定义

除非另有定义，否则结合本公开使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常所理解的含义。此外，除非上下文另外要求或明确指出，否则单数术语应包括复数并且复数术语应包括单数。对于各种来源或参考之间定义的任何冲突，以本文提供的定义为准。

应当理解，本文所述的本发明实施方案包括“由实施方案组成”和/或“基本上由实施方案组成”。如本文所用，除非另有指示，否则单数形式“一”、“一个/一种”和“所述/该”包括复数引用物。本文中使用术语“或”并不意味着暗示替代方案是互斥的。

在本申请中，除非明确陈述或本领域技术人员理解，否则“或”的使用意指“和/或”。在多个从属权利要求的上下文中，“或”的使用是指向后退超过一个在先独立或从属权利要求。

如本领域技术人员所理解的，在本文中对“约”值或参数的引用包括(并描述)针对所述值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括对“X”的描述。

如本文所用，“ICOS”和“诱导型T细胞共刺激”是指由ICOS在细胞中的表达和加工产生的任何天然ICOS。除非另有指示，否则所述术语包括来自任何脊椎动物来源的ICOS，所述脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长类动物(例如人和食蟹猕猴)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。所述术语还包括ICOS的天然存在的变体，例如剪接变体或等位基因变体。具有信号序列(信号序列，氨基酸1-20)的示例性人ICOS前体蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO：1所示。示例性成熟人ICOS的氨基酸序列如SEQ ID NO：2所示。具有信号序列(信号序列，氨基酸1-20)的示例性小鼠ICOS前体蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO：3所示。示例性成熟小鼠ICOS的氨基酸序列如SEQ ID NO：4所示。具有信号序列(信号序列，氨基酸1-20)的示例性食蟹猕猴ICOS前体蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO：5所示。示例性成熟食蟹猕猴ICOS的氨基酸序列如SEQ ID NO：6所示。

术语“特异性地结合”至抗原或表位是本领域熟知的术语，并且确定这种特异性结合的方法也是本领域熟知的。如果与替代细胞或物质相比，分子与特定细胞或物质发生反应或缔合更频繁、更快速、持续时间更长和/或具有更大的亲和力，则所述分子被称为表现出“特异性结合”或“优先结合”。如果抗体以比其结合至其他物质更大的亲和力、亲合力、更容易地和/或以更长的持续时间结合靶标，则所述抗体“特异性地结合”或“优先结合”至靶标。例如，与ICOS表位特异性地或优先结合的抗体是与其结合至其他ICOS表位或非ICOS表位相比，以更大的亲和力、亲合力、更容易地和/或以更长的持续时间结合此表位的抗体。通过阅读此定义也应理解，例如，特异性地或优先结合至第一靶标的抗体(或部分或表位)可以或可以不特异性地或优先结合第二靶标。这样，“特异性结合”或“优先结合”并不一定需要(尽管其可以包括)排他结合。通常，但并非必须，提及结合意指优先结合。“特异性”是指结合蛋白选择性地结合抗原的能力。

如本文所用，术语“表位”是指靶分子(例如，抗原，诸如蛋白质、核酸、碳水化合物或脂质)上抗原结合分子(例如，抗体、含有抗体结合区域的抗体片段或支架蛋白)所结合的位点。表位通常包括分子(诸如氨基酸、多肽或糖侧链)的化学活性表面基团，并具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。表位可以由靶分子的连续和/或并列的非连续残基(例如氨基酸、核苷酸、糖、脂质部分)形成。由连续残基形成的表位(例如，氨基酸、核苷酸、糖、脂质部分)通常在暴露于变性溶剂时保留，然而通过三级折叠形成的表位通常在用变性溶剂处理时丢失。表位可以包括但不限于至少3个、至少5个或8-10个残基(例如，氨基酸或核苷酸)。在一些实例中，表位的长度小于20个残基(例如，氨基酸或核苷酸)、小于15个残基或小于12个残基。如果两种抗体表现出对抗原的竞争性结合，则它们可以结合抗原内的相同表位。在一些实施方案中，表位可以通过与抗原结合分子上的CDR残基的某一最小距离来识别。在一些实施方案中，表位可通过上述距离识别，并且进一步限于抗体残基与抗原残基之间的键(例如，氢键)中所涉及的那些残基。表位也可通过各种扫描识别，例如丙氨酸或精氨酸扫描可以指示抗原结合分子可以相互作用的一个或多个残基。除非明确指出，否则作为表位的残基集合不排除作为特定抗体的表位的一部分的其它残基。相反，此类集合的存在指定表位的最小系列(或物种集合)。因此，在一些实施方案中，识别为表位的残基集合指定与抗原相关的最小表位，而不是抗原上表位的排他性残基列表。

本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性(诸如双特异性T细胞接合剂)和三特异性抗体)和抗体片段，只要它们表现出所需的抗原结合活性即可。

术语抗体包括但不限于能够与抗原结合的片段，诸如Fv、单链Fv(scFv)、Fab、Fab′、二-scFv、sdAb(单结构域抗体)和(Fab’)₂(包括化学连接的F(ab’)₂)。木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，每个片段都有单一抗原结合位点；以及一个残留的“Fc”片段，其名称反映了其易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生具有两个抗原结合位点并且仍能够交联抗原的F(ab’)₂片段。术语抗体还包括但不限于嵌合抗体、人源化抗体和各种物种(诸如小鼠、人、食蟹猕猴等)的抗体。此外，对于本文提供的所有抗体构建体，还考虑了具有来自其他生物体的序列的变体。因此，如果公开了抗体的人源形式，本领域技术人员将理解如何将基于人序列的抗体转化为小鼠、大鼠、猫、狗、马等的序列。抗体片段还包括单链scFv、串联二-scFv、双抗体、串联三-sdcFv、微小抗体等的取向。抗体片段还包括纳米抗体(sdAb，具有单一单体结构域的抗体，诸如一对重链可变结构域，无轻链)。在一些实施方案中，抗体片段可以被称为是特定物种的(例如，人scFv或小鼠scFv)。这表示至少部分非CDR区的序列，而非构建体的来源。

术语“单克隆抗体”是指基本上均一的抗体群体的抗体，即，除了可能以少量存在的可能天然存在的突变以外，构成所述群体的单个抗体是相同的。单克隆抗体具有高度特异性，针对单个抗原位点。此外，与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，单克隆抗体样品可以与抗原上的相同表位结合。修饰语“单克隆”表示从基本均质的抗体群体获得的抗体的特征，并且不应解释为要求通过任何特定方法来生产抗体。例如，单克隆抗体可以通过首次由Kohler和Milstein，1975，Nature 256：495描述的杂交瘤方法来制备，或者可以通过重组DNA方法(诸如在美国专利号4,816,567中描述的)来制备。单克隆抗体还可以从使用例如在McCafferty等人，1990，Nature 348：552-554中描述的技术产生的噬菌体文库中分离。

术语“CDR”表示如本领域技术人员通过至少一种鉴定方式所定义的互补决定区。在一些实施方案中，可以根据Chothia编号方案、Kabat编号方案、Kabat和Chothia的组合、AbM定义、contact定义、和/或Kabat、Chothia、AbM和/或contact定义的组合中的任一种来定义CDR。示例性CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)出现在L1的氨基酸残基24-34、L2的氨基酸残基50-56、L3的氨基酸残基89-97、H1的氨基酸残基31-35B、H2的氨基酸残基50-65、和H3的氨基酸残基95-102处。(Kabat等人，Sequences of Proteins ofImmunological Interest，第5版Public Health Service，National Institutes ofHealth，Bethesda，MD(1991))。AbM定义可以包括例如在L1的氨基酸残基24-34、L2的氨基酸残基50-56、L3的氨基酸残基89-97、H1的氨基酸残基H26-H35B、H2的氨基酸残基50-58、和H3的氨基酸残基95-102处的(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)。Contact定义可以包括例如在L1的氨基酸残基30-36、L2的氨基酸残基46-55、L3的氨基酸残基89-96、H1的氨基酸残基30-35、H2的氨基酸残基47-58、和H3的氨基酸残基93-101处的CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)。Chothia定义可以包括例如在L1的氨基酸残基24-34、L2的氨基酸残基50-56、L3的氨基酸残基89-97、H1的氨基酸残基26-32…34、H2的氨基酸残基52-56、和H3的氨基酸残基95-102处的CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)。除了V_H中的CDR1外，CDR通常包含形成高变环的氨基酸残基。抗体内的不同CDR可以通过它们的适当数目和链类型来指定，包括但不限于：a)CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2、和CDR-H3；b)CDRL1、CDRL2、CDRL3、CDRH1、CDRH2、和CDRH3；c)LCDR-1、LCDR-2、LCDR-3、HCDR-1、HCDR-2、和HCDR-3；或d)LCDR1、LCDR2、LCDR3、HCDR1、HCDR2、和HCDR3；等等。本文所用的术语“CDR”还涵盖HVR或“高变区”，包括高变环。示例性高变环出现在氨基酸残基26-32(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2)和96-101(H3)。(Chothia和Lesk，J.Mol.Biol.196：901-917(1987))。

如本文所用，术语“重链可变区”是指包含至少三个重链CDR的区域。在一些实施方案中，重链可变区包括三个CDR和至少FR2和FR3。在一些实施方案中，重链可变区包括至少重链HCDR1、框架区(FR)2、HCDR2、FR3和HCDR3。在一些实施方案中，重链可变区还包含FR1的至少一部分和/或FR4的至少一部分。

如本文所用，术语“重链恒定区”是指包含至少三个重链恒定结构域C_H1、C_H2和C_H3的区域。当然，除非另外指定，否则结构域内不改变功能的缺失和改变涵盖在术语“重链恒定区”的范围内。非限制性的示例性重链恒定区包括γ、δ和α。非限制性的示例性重链恒定区还包括ε和μ。每个重恒定区对应于抗体同种型。例如，包含γ恒定区的抗体是IgG抗体，包含δ恒定区的抗体是IgD抗体，并且包含α恒定区的抗体是IgA抗体。此外，包含u恒定区的抗体是IgM抗体，并且包含ε恒定区的抗体是IgE抗体。某些同种型可以进一步细分为亚类。例如，IgG抗体包括但不限于IgG1(包含γ₁恒定区)、IgG2(包含γ₂恒定区)、IgG3(包含γ₃恒定区)和IgG4(包含γ₄恒定区)抗体；IgA抗体包括但不限于IgAl(包含α₁恒定区)和IgA2(包含α₂恒定区)抗体；并且IgM抗体包括但不限于IgM1和IgM2。

如本文所用，术语“重链”是指具有或不具有前导序列的包含至少一个重链可变区的多肽。在一些实施方案中，重链包含重链恒定区的至少一部分。如本文所用，术语“全长重链”是指具有或不具有前导序列的包含重链可变区和重链恒定区的多肽。

如本文所用，术语“轻链可变区”是指包含至少三个轻链CDR的区域。在一些实施方案中，轻链可变区包括三个CDR和至少FR2和FR3。在一些实施方案中，轻链可变区包括至少轻链LCR1、框架区(FR)2、LCD2、FR3和LCD3。例如，轻链可变区可以包含轻链CDR1、框架区(FR)2、CDR2、FR3和CDR3。在一些实施方案中，轻链可变区还包含FR1的至少一部分和/或FR4的至少一部分。

如本文所用，术语“轻链恒定区”是指包含轻链恒定结构域C_L的区域。非限制性的示例性轻链恒定区包括λ和κ。当然，除非另外指定，否则结构域内不改变功能的缺失和改变涵盖在术语“轻链恒定区”的范围内。

如本文所用，术语“轻链”是指具有或不具有前导序列的包含至少一个轻链可变区的多肽。在一些实施方案中，轻链包含轻链恒定区的至少一部分。如本文所用，术语“全长轻链”是指具有或不具有前导序列的包含轻链可变区和轻链恒定区的多肽。

“亲和力”通常是指分子(例如，抗体)的单个结合位点与其结合伴侣(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。分子X与其伴侣Y的亲和力通常可以用解离常数(K_D)表示。亲和力可以通过本领域已知的常用方法(例如，ELISA K_D、KinExA、生物层干涉术(BLI)和/或表面等离子体共振设备(诸如

发备)，包括本文所描述的那些)进行测量。

如本文所用，术语“K_D”是指抗体-抗原相互作用的平衡解离常数。

在一些实施方案中，抗体的“K_D”、“K_d”、“Kd”或“Kd值”通过使用

或

(BIAcore，Inc.，Piscataway，N.J.)，在25℃下，使用固定化抗原CM5芯片，在约10个响应单位(RU)下，利用表面等离子体共振测定法来测量。简言之，根据供应商的说明，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)激活羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5，BIACORE，Inc.)。抗原用10mM乙酸钠pH4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μL/分钟的流速注射，以实现大约10个响应单位(RU)的偶联蛋白。在注射抗原之后，注射1M乙醇胺以阻断未反应的基团。对于动力学测量，在25℃，大约25μL/min的流速下，将多肽(例如，全长抗体)的连续稀释液注射到含有0.05％TWEEN-20^TM表面活性剂的PBS(PBST)中。使用简单一对一朗缪尔(Langmuir)结合模型(

评估软件3.2版)通过同时拟合缔合和解离传感图来计算缔合速率(k_on)和解离速率(k^off)。平衡解离常数(K_d)按照比率k_off/k_on来计算。参见，例如，Chen等人，J.Mol.Biol.293：865-881(1999)。如果通过上述表面等离子体共振测定法测定的缔合速率超过10⁶M^-1s^-1，则可以在存在浓度增加的抗原的情况下，通过使用在25℃下测量溶于PBS pH7.2的20nM抗抗原抗体的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的增加或减少的荧光淬灭技术来确定缔合速率，如在光谱仪(诸如配备停流的分光光度计(Aviv Instruments)或具有搅拌样品池的8000系列SLM-AMINCO^TM分光光度计(ThermoSpectronic))中所测量。

“表面等离子体共振”指一种光学现象，其允许通过检测生物传感器基质内蛋白质浓度的改变，例如通过使用BIAcore^TM系统(BIAcore International AB，a GE Healthcarecompany，Uppsala，Sweden and Piscataway，N.J.)来检测，分析实时生物特异性相互作用。有关更多说明，参见Jonsson等人(1993)Ann.Biol.Clin.51：19-26。

“生物膜层干涉技术”是指光学分析技术，该技术分析从生物传感器尖端和内部参考层上的固定蛋白层反射的光的干扰模式。与生物传感器尖端结合的分子数目的变化导致可以实时测量的干扰模式的转变。用于生物层干涉测量的非限制性示例性装置是ForteBio

RED96系统(Pall Corporation)。参见例如，Abdiche等人，2008，Anal.Biochem.377：209-277。

术语“生物活性”是指分子的任何一种或多种生物学特性(无论是体内发现的天然存在的，还是通过重组手段提供或启用的)。生物学特性包括但不限于结合受体、诱导细胞增殖、抑制细胞生长、诱导其他细胞因子、诱导细胞凋亡和酶促活性。在一些实施方案中，ICOS蛋白的生物学活性包括例如共刺激与Th1和Th2细胞相关的T细胞增殖和细胞因子分泌；调节Treg细胞；对T细胞分化的影响，包括调节转录因子基因表达；通过PI3K和AKT途径诱导信号传导；和介导ADCC。

如本文所用，“人源化抗体”是指其中非人可变区的构架区中的至少一个氨基酸已被来自人类可变区的对应氨基酸置换的抗体。在一些实施方案中，人源化抗体包含至少一个人类恒定区或其片段。在一些实施方案中，人源化抗体是抗体片段，诸如Fab、scFv、(Fab′)₂等。术语人源化还指作为含有非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其片段(诸如Fv、Fab、Fab′、F(ab′)₂或抗体的其它抗原结合子序列)的非人(例如，鼠类)抗体的形式。人源化抗体可以包括人免疫球蛋白(受者抗体)，其中来自受者的互补决定区(CDR)的残基被具有所需特异性、亲和力和能力的来自非人物种(供者抗体)诸如小鼠、大鼠或兔的CDR的残基取代。在一些情况下，人免疫球蛋白的Fv框架区(FR)残基被相应的非人残基置换。此外，人源化抗体可包含既不存在于受者抗体中也不存在于导入的CDR或骨架序列中的残基，但被包括在内以进一步改进和优化抗体性能。一般来说，人源化抗体可以包含至少一个且通常两个可变结构域的基本上全部，其中所有或基本上所有的CDR区对应于非人免疫球蛋白的那些CDR区，并且所有或基本上所有的FR区是人免疫球蛋白共有序列的那些FR区。在一些实施方案中，人源化抗体还可以包含免疫球蛋白恒定区或结构域(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定区或结构域的至少一部分。其他形式的人源化抗体具有相对于原始抗体改变的一个或多个CDR(CDR L1、CDR L2、CDR L3、CDR H1、CDR H2和/或CDRH3)，也称为“源自”来自原始抗体的一个或多个CDR的一个或多个CDR。正如将了解的，人源化序列可通过其一级序列识别并且不一定指产生抗体的过程。

如本文所用，“人抗体”涵盖在人中产生的抗体、在包含人免疫球蛋白基因的非人动物(诸如

小鼠)中产生的抗体以及使用体外方法(诸如噬菌体展示)选择的抗体(Vaughan等人，1996，Nature Biotechnology，14：309-314；Sheets等人，1998，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95：6157-6162；Hoogenboom和Winter，1991，J.Mol.Biol.，227：381；Marks等人，1991，J.Mol.Biol.，222：581)，其中抗体库基于人免疫球蛋白序列。术语“人抗体”指属于人类序列的序列的属。因此，该术语不指定产生抗体的过程，而是指定相关的序列的属。

“功能性Fc区”具有天然序列Fc区的“效应子功能”。示例性的“效应子功能”包括Fc受体结合；C1q结合；CDC；ADCC；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体；BCR)的下调等。此类效应子功能通常需要Fc区与结合结构域(例如，抗体可变结构域)组合，并且可以使用各种测定来评估。

“天然序列Fc区”包含与自然界中发现的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人Fc区包括天然序列人IgG1 Fc区(非A和A同种异型)；天然序列人IgG2 Fc区；天然序列人IgG3 Fc区；以及天然序列人IgG4 Fc区及它们天然存在的变体。

“变体Fc区”包含由于至少一个氨基酸修饰而不同于天然序列Fc区的氨基酸序列。在一些实施方案中，“变体Fc区”包含由于至少一个氨基酸修饰而不同于天然序列Fc区的氨基酸序列，但保留天然序列Fc区的至少一种效应子功能的氨基酸序列。在一些实施方案中，与天然序列Fc区或亲本多肽的Fc区相比，变体Fc区具有至少一个氨基酸取代，例如约1至约10个氨基酸取代，并且优选地，在天然序列Fc区中或在亲本多肽的Fc区中具有约1至约5个氨基酸取代。在一些实施方案中，本文的变体Fc区将与天然序列Fc区和/或亲本多肽的Fc区具有至少约80％的序列同一性，并且与其具有至少约90％的序列同一性，与其具有至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％的序列同一性。

“Fc受体”或“FcR”描述与抗体Fc区结合的受体。在一些实施方案中，FcγR是天然人FcR。在一些实施方案中，FcR是结合IgG抗体(γ受体)的FcR，并且包括FcγRI、FcγRII和FcγRIII亚类的受体，包括等位基因变体或者那些受体的交替剪接形式。FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化性受体”)和FcγRIIB(“抑制性受体”)，它们具有主要在其细胞质结构域方面不同的类似氨基酸序列。活化性受体FcγRIIA在其细胞质结构域中含有免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)，抑制性受体FcγRIIB在其细胞质结构域中含有免疫受体酪氨酸抑制基序(ITIM)。(参见例如，Daeron，Annu.Rev.Immunol.15：203-234(1997))。FcR例如在Ravetch和Kinet，Annu.Rev.Immunol 9：457-92(1991)；Capel等人，Immunomethods 4：25-34(1994)；以及de Haas等人，J.Lab.Clin.Med.126：330-41(1995)中有综述。本文的术语“FcR”涵盖其它FcR，包括将来鉴定的FcR。

术语“Fc受体”或“FcR”还包括新生儿受体FcRn，其负责母体IgG向胎儿的转移(Guyer等人，J.Immunol.117：587(1976)和Kim等人，J.Immunol.24：249(1994))和免疫球蛋白稳态的调节。测量与FcRn结合的方法是已知的(参见例如Ghetie和Ward.，Immunol.Today18(12)：592-598(1997)；Ghetie等人，Nature Biotechnology，15(7)：637-640(1997)；Hinton等人，J.Biol.Chem.279(8)：6213-6216(2004)；WO 2004/92219(Hinton等人))。

“效应子功能”是指可归因于抗体Fc区的生物活性，其随抗体同种型而变化。抗体效应子功能的实例包括：Clq结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)的下调；以及B细胞活化。

“人效应细胞”是表达一种或多种FcR并执行效应子功能的白细胞。在一些实施方案中，细胞至少表达FcγRIII并执行ADCC效应子功能。介导ADCC的人白细胞的实例包括外周血单核细胞(PBMC)、天然杀伤(NK)细胞、单核细胞、细胞毒性T细胞和嗜中性粒细胞。效应细胞可以从例如血液的天然来源分离。

“抗体依赖性细胞介导的细胞毒性”或“ADCC”是指其中结合到某些细胞毒性细胞(例如NK细胞、嗜中性粒细胞和巨噬细胞)上存在的Fc受体(FcR)上的分泌的Ig，使得这些细胞毒性效应细胞能够与携带抗原的靶细胞特异性结合并且随后用细胞毒素杀伤靶细胞的细胞毒性形式。介导ADCC的原代细胞(NK细胞)仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达汇总于Ravetch和Kinet，Annu.Rev.Immunol 9：457-92(1991)的第464页的表3中。为了评估目标分子的ADCC活性，可以执行体外ADCC测定法，诸如美国专利号5,500,362或5,821,337或美国专利号6,737,056(Presta)中描述的测定法。用于此类测定法的有用效应细胞包括PBMC和NK细胞。可替代地或另外地，可以在体内，例如在动物模型中评估目标分子的ADCC活性，诸如Clynes等人Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95：652-656(1998)中公开的动物模型。具有改变的Fc区氨基酸序列(具有变体Fc区的多肽)和增加或降低的ADCC活性的另外的多肽变体例如在美国专利号7,923,538和美国专利号7,994,290中有描述。

“补体依赖性细胞毒性”或“CDC”是指靶细胞在补体存在下的裂解。经典补体途径的活化通过补体系统的第一组分(C1q)与(适当亚类的)抗体的结合来引发，所述抗体与其同源抗原结合。为了评估补体活化，可以执行CDC测定法，例如，如Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods 202：163(1996)中所述。具有改变的Fc区氨基酸序列(具有变体Fc区的多肽)和增加或降低的C1q结合能力的多肽变体例如在美国专利号6,194,551 B1、美国专利号7,923,538、美国专利号7,994,290和WO 1999/51642中有描述。还参见，例如，Idusogie等人，J.Immunol.164：4178-4184(2000)。

与亲本多肽或包含天然序列Fc区的多肽相比，具有“改变的”FcR结合亲和力或ADCC活性的多肽变体是具有增强或减弱的FcR结合活性和/或ADCC活性的多肽变体。“展示出与FcR的结合增加”的多肽变体以优于亲本多肽的亲和力结合至少一个FcR。“展示出与FcR的结合降低”的多肽变体以低于亲本多肽的亲和力结合至少一个FcR。展示出与FcR的结合降低的此类变体可几乎没有明显的与FcR结合，例如与天然序列IgG Fc区相比，0-20％与FcR结合。

当测定中使用的多肽变体和亲本抗体的量基本上相同时，与亲本抗体相比“在人效应细胞存在下更有效地介导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)”的多肽变体是在体外或体内更有效介导ADCC的多肽变体。通常，将使用如本文所公开的体外ADCC测定来鉴定此类变体，但考虑了用于测定例如动物模型中的ADCC活性等的其它测定或方法。

如本文所用，术语“基本上相似”或“基本上相同”表示两个或更多个数值之间的足够高的相似度，使得本领域技术人员将认为所述两个或更多个值之间的差异在通过所述值测量的生物学特征的语境内具有很小或没有生物学和/或统计学意义。在一些实施方案中，两个或更多个基本相似的值相差不超过约5％、10％、15％、20％、25％或50％中的任何一个。

如本文所用，短语“实质上不同”表示两个数值之间的足够高的差异程度，使得本领域技术人员将认为所述两个值之间的差异在通过所述值测量的生物学特征的语境内具有统计学意义。在一些实施方案中，两个实质上不同的数值相差大于约10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或100％中的任何一个。

如本文所用，短语“实质上减少”表示数值与参考数值之间足够高的减少程度，使得本领域技术人员将认为所述两个值之间的差异为在通过所述值测量的生物学特征的语境内具有统计学意义。在一些实施方案中，与参考值相比，实质上减少的数值被减少了大于约10％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％、90％或100％中的任何一个。

如本文所用，关于肽、多肽或抗体序列的“氨基酸序列同一性百分比(％)”和“同源性”被定义为在比对序列并引入缺口(如果必要)以获得最大的序列同一性百分比之后，并且不考虑任何保守取代作为序列同一性的一部分时，候选序列中的氨基酸残基与特定的肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的百分比。出于确定氨基酸序列同一性百分比目的的比对可通过本领域技术范围内的各种方式来实现，所述方式例如为使用公众可获得的计算机软件诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或MEGALIGN^TM(DNASTAR)软件。本领域技术人员可确定用于测量比对的适当参数，包括在所比较的全长序列上实现最大比对所需的任何算法。

氨基酸取代可以包括但不限于多肽中的一个氨基酸被另一种氨基酸替代。表1中显示了示例性取代。可以将氨基酸取代引入目标抗体中，并且针对所需活性(例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC)来筛选产物。

表1

可以根据常见的侧链特性对氨基酸进行分组：

(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；

(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；

(3)酸性：Asp、Glu；

(4)碱性：His、Lys、Arg；

(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；

(6)芳香族的：Trp、Tyr、Phe。

非保守取代将需要将这些类别中一个的成员交换为另一个类别。

如本文所用，术语“分离的”是指已经从通常在自然界中发现或产生的至少一些组分中分离的分子。例如，当多肽从产生所述多肽的细胞的至少一些组分中分离时，所述多肽被称为“分离的”。在表达之后细胞分泌多肽的情况下，将含有多肽的上清液与产生所述多肽的细胞物理地分离被认为是在“分离”所述多肽。类似地，当多核苷酸不是通常在自然界中发现的较大多核苷酸(例如，在DNA多核苷酸的情况下，为基因组DNA或线粒体DNA)的一部分，或者例如在RNA多核苷酸的情况下与在其中产生所述多核苷酸的细胞的至少一些组分分离时，所述多核苷酸被称为“分离的”。因此，包含在宿主细胞内的载体中的DNA多核苷酸可以被称为“分离的”。

术语“个体”或“受试者”在本文中可互换使用，是指动物，例如哺乳动物。在一些实施方案中，提供了治疗哺乳动物的方法，所述哺乳动物包括但不限于人、啮齿动物、猿、猫科动物、犬类、马科动物、牛、猪、绵羊、山羊、哺乳动物实验室动物、哺乳动物农场动物、哺乳动物运动动物和哺乳动物宠物。在一些实例中，“个体”或“受试者”是指需要治疗疾病或障碍的个体或受试者。在一些实施方案中，接受治疗的受试者可以是患者，表明所述受试者已经被鉴定为患有与治疗有关的障碍或处于患上所述障碍的足够风险的事实。

如本文所用，术语“样品”或“患者样品”是指获得自或源自目标受试者的组合物，所述组合物例如基于物理、生物化学、化学和/或生理特征含有待表征和/或待鉴定的细胞和/或其他分子实体。例如，短语“疾病样品”及其变化是指从目标受试者获得的任何样品，所述样品将预期或已知含有待表征的细胞和/或分子实体。“组织或细胞样品”意指从受试者或患者的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是来自新鲜、冷冻和/或保存的器官或组织样品或活检或抽吸物的实体组织；血液或任何血液成分；体液，诸如脑脊液、羊水、腹膜液或间质液；受试者妊娠或发育中任何时候的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品获得自疾病组织/器官。组织样品可以含有在自然界不与组织天然地混合的化合物，诸如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等。

如本文所用，“参考样品”、“参考细胞”或“参考组织”是指从已知或认为未罹患正使用本发明的方法或组合物鉴定的疾病或病状的来源获得的样品、细胞或组织。在一些实施方案中，参考样品、参考细胞或参考组织从使用本发明的组合物或方法鉴定疾病或病状的相同受试者或患者的身体的健康部分获得。在一些实施方案中，参考样品、参考细胞或参考组织从不是使用本发明的组合物或方法鉴定疾病或病状的受试者或患者的一个或多个个体的身体的健康部分获得。

如本文所用，“疾病”或“障碍”是指需要和/或期望治疗的病症。

如本文所用，“感染性疾病”是指由病毒的存在或由体内病原微生物(诸如细菌、寄生虫或真菌)导致的疾病或障碍。感染性疾病可以直接或间接从一个受感染的受试者(“宿主”)传播到另一个受感染的受试者。在一些情况下，受试者可以因病毒或病毒颗粒或微生物的存在而经历一种或多种表型效应，诸如发热、疼痛、嗅觉或味觉丧失、疲劳、鼻窦充血、消化不良和/或呼吸系统症状(例如咳嗽、呼吸急促、喉咙痛等)。在其他情况下，疾病可以是无症状的。

如本文所用，“病毒感染”或“病毒性疾病”是由体内病毒或病毒颗粒的存在导致的感染性疾病。在一些实施方案中，病毒性疾病是由人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒导致的。在一些实施方案中，病毒性疾病是由冠状病毒导致的。在一些实施方案中，冠状病毒是MERS-CoV、SARS-CoV或SARS-CoV-2。在一些实施方案中，病毒性疾病是由流感病毒导致的。在一些实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒。

如本文所用，“疫苗”是指包含来自病毒或病原微生物、被杀死的微生物、活的减毒生物或活的全毒力病毒或微生物的蛋白质和/或核酸分子(用于刺激抗体的产生或增加对感染性疾病的免疫力)的治疗性制备物。在一些实施方案中，疫苗用于预防疾病发作，例如易患疾病的受试者的疾病发作。在一些实施方案中，疫苗用于在受试者患有疾病后治疗疾病。

如本文所用，当将多于一种药物或疗法施用于患者时，两种药物或疗法可以“同时”或“依次”施用。如本文所用，“同时”意指药物或疗法一起施用，诸如同时或在同一医疗就诊中施用。如本文所用，“依次”意指药物或疗法一个接一个地施用，诸如间隔几分钟、几小时或几天，或在不同的医疗就诊中施用。

如本文所用，“治疗”是用于获得有益或期望的临床结果的方法。如本文所用，“治疗”涵盖针对哺乳动物(包括人)的疾病的治疗剂的任何施用或应用。出于本公开的目的，有益或期望的临床结果包括但不限于以下中的任何一项或多项：减轻一种或多种症状、减小疾病程度、预防或延迟疾病的扩散、预防或延迟疾病的复发、延迟或减慢疾病进展、改善疾病状态、抑制疾病或疾病进展、抑制或减慢疾病或其进展、阻止其发展、和缓解(无论是部分还是全部)。“治疗”还涵盖减少增生性疾病的病理结果。就感染性疾病而言，治疗的目的可以是尽量减少症状和感染性，和/或缩短感染的持续时间，或预防疾病发作。本文提供的方法考虑了治疗的这些方面中的任何一个或多个。与上述一致，术语治疗不需要百分之一百除去疾病的所有方面。就病毒性疾病而言，“治疗”包括预防或尽量减少症状和感染性，和/或缩短感染的持续时间的任何或全部，它可以包括抑制病毒附着、渗透、脱壳、复制、组装和释放。

“改善”意指与不施用ICOS激动剂抗体相比减轻或改善了一种或多种症状。“改善”还包括缩短或减少症状的持续时间。

术语“生物样品”意指一定量的来自活物或前活物的物质。此类物质包括但不限于血液(例如全血)、血浆、血清、尿液、羊水、滑膜液、内皮细胞、白细胞、单核细胞、其它细胞、器官、组织、骨髓、淋巴结和脾脏。

术语“靶向接合”或“TE”在本文中意指ICOS激动剂抗体占据ICOS的程度的度量。靶向接合水平可以通过使用ICOS激动剂抗体的游离受体的可用性来测量，并且可以通过本领域已知的方法来确定，并且在一些实施方案中，通过本文公开的方法来确定。靶向接合水平可以确定为相对于对照的百分比(％)，它可以是例如来自接受治疗的受试者的外周血样品，但是在用ICOS激动剂抗体治疗之前。另选地，对照可以是来自健康个体的匹配样品(例如外周血样品)的水平。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体的靶向接合水平是在外周血样品(例如，PBMC)中测量的。在一些此类实施方案中，在用ICOS激动剂抗体治疗后，可以定量T淋巴细胞表面上游离的(即，未结合至抗体)的ICOS受体的数量。观察到的可用的受体的减少可以表明ICOS激动剂抗体与ICOS结合。

“预期靶向接合水平”在本文中意指在施用特定剂量的ICOS激动剂抗体后在规定的时间量后受试者表现出的通过实验确定的平均靶向接合水平。为了计算特定剂量和时间的“预期靶向接合水平”，对在以特定剂量施用ICOS激动剂抗体后在特定时间在至少三名参考受试者中测量的靶向接合水平求和并除以参考受试者的数量。在一些实施方案中，在至少五名参考受试者中测量预期靶向接合水平。在一些实施方案中，在来自一名或多名受试者的PBMC样品中确定靶向接合水平。靶向接合可以通过本领域已知的方法来确定，并且在一些实施方案中，通过本文公开的方法来确定。在一些实施方案中，一旦受试者的外周血中ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平小于约70％、小于约60％、小于约50％、小于约40％、小于约30％或小于约20％，即可施用ICOS激动剂抗体的后续剂量。在一些实施方案中，当ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平大于约10％、或大于约15％、或大于约20％时施用后续剂量。在某些实施方案中，一旦受试者的外周血中ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平等于或小于约20％、等于或小于约10％、等于或小于约5％、或为0％，即可施用后续剂量。

在一些实施方案中，术语“ICOS水平升高”、“升高的ICOS水平”、“升高水平的ICOS”、“ICOS^高”和“ICOS^hi”是指在受试者的细胞(例如，CD4+T细胞)中，例如在受试者的外周血样品中的ICOS水平增加。可以相对于对照来确定升高的水平，对照可以是例如在较早时间点来自同一受试者的外周血样品。另选地，对照可以是来自健康个体的匹配样品(例如外周血样品)的水平。在一些实施方案中，以表达的蛋白质水平确定ICOS的水平，其在一些实施方案中可以使用针对ICOS的细胞内部分的抗体来检测。在一些实施方案中，使用这种抗体的检测是通过使用流式细胞术完成的。在一些实施方案中，平均荧光强度(MFI)相对于对照增加至少2倍(例如，至少3倍、4倍、5倍、7.5倍、10倍或15倍)表示检测到ICOS水平升高。在一些实施方案中，检测到在外周血样品中的至少5％(例如，至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％)的CD4+T细胞中的ICOS水平增加表示受试者具有ICOS^hi样品。在一些实施方案中，在外周血样品中的至少5％(例如，至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％)的CD4+T细胞中平均荧光强度(MFI)相对于对照增加至少2倍(例如，至少3倍、4倍、5倍、7.5倍、10倍或15倍)表示检测到ICOS水平升高。在一些实施方案中，ICOS水平升高是指在外周血测试样品中CD4+T细胞中的总ICOS表达水平(例如，mRNA水平或蛋白质水平)相对于对照样品增加约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、100％或更高。在一些实施方案中，ICOS水平升高是指在外周血样品中CD4+T细胞中的总ICOS表达水平(例如，mRNA水平或蛋白质水平)相对于对照样品增加至少约1.1x、2x、3x、4x、5x、10x、15x、20x、30x、40x、50x、100x、500x、1000x或更大倍数。

术语“对照”是指已知不含分析物(“阴性对照”)或含有分析物(“阳性对照”)的组合物。阳性对照可以包含已知浓度的分析物。“对照”、“阳性对照”和“校准物”在本文中可互换使用，以指包含已知浓度的分析物的组合物。“阳性对照”可用于建立测定性能特征，并且是试剂(例如，分析物)完整性的有用指标。

术语“抑制”(“inhibition”或“inhibit”)是指任何表型特征的减少或停止，或者所述特征的发生率、程度或可能性的减少或停止。“降低”或“抑制”是指如与参考相比减少、降低或阻止活性、功能和/或量。在一些实施方案中，“降低”或“抑制”意指引起总体减少20％或更高的能力。在一些实施方案中，“降低”或“抑制”意指引起总体减少50％或更高的能力。在一些实施方案中，“降低”或“抑制”意指引起总体减少75％、85％、90％、95％或更高的能力。在一些实施方案中，相对于相同时间段内的对照剂量(诸如安慰剂)，上述量在一段时间内被抑制或减少。除非另有说明，否则术语“降低”、“抑制”或“预防”并不表示或不需要始终完全预防。

如本文所用，“参考”是指用于比较目的的任何样品、标准或水平。参考可以从健康和/或未患病样品中获得。在一些实例中，参考可以从未经处理的样品中获得。在一些实例中，参考从未患病或未经治疗的受试者个体样品获得。在一些实例中，从不是受试者或患者的一名或多名健康个体获得参考。

如本文所用，“延迟疾病的发展”意指推迟、阻碍、减慢、延缓、稳定、抑制和/或延期疾病(诸如病毒感染)的发展。该延迟可以具有不同的时间长度，这取决于病史和/或所治疗的个体。对于本领域技术人员显而易见的是，足够或显著的延迟实际上可以涵盖预防，因为个体不会患上疾病。

如本文所用，“抑制”功能或活性是指当与除感兴趣的条件或参数以外的其他相同条件相比时，或者另选地如与另一条件相比，降低功能或活性。

物质/分子、激动剂或拮抗剂的“治疗有效量”可以根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重，以及物质/分子、激动剂或拮抗剂在个体中引起期望的反应的能力等因素而变化。治疗有效量也是其中物质/分子、激动剂或拮抗剂的任何毒性或有害作用被治疗有益作用所抵消的量。治疗有效量可以在一次或多次施用中递送。治疗有效量是指在一定剂量下且在必要的时间段内有效达到期望的治疗和/或预防结果的量。

“预防有效量”是指在一定剂量下且在必要的时间段内有效达到期望的预防结果的量。通常但不一定，由于预防剂量在疾病早期之前或在疾病早期在受试者中使用，预防有效量将小于治疗有效量。

术语“药物配制品”和“药物组合物”是指这样的制剂，其形式使得活性成分的生物活性是有效的，并且其不含对将施用该配制品的受试者有不可接受的毒性的另外的组分。此类配制品可以是无菌的。

“药学上可接受的载体”是指与治疗剂一起使用的、一起构成用于施用给受试者的“药物组合物”的本领域常规的无毒固体、半固体或液体填充剂、稀释剂、包囊材料、配制品助剂或载体。药学上可接受的载体在所采用的剂量和浓度下对接受者无毒，并且与配制品的其他成分相容。药学上可接受的载体适合于所采用的配制品。

“无菌”配制品是无菌的或基本上不含活的微生物及其孢子。

“与一种或多种另外的治疗剂组合”施用包括以任何顺序同时(并行)和连续或依次施用。

术语“同时”在本文中用于指其中至少一部分施用在时间上重叠或者其中一种治疗剂的施用相对于其他治疗剂的施用落入短时间段内的两种或更多种治疗剂的施用。例如，以不超过约特定分钟数的时间间隔施用两种或更多种治疗剂。

术语“依次”在本文中用于指其中一种或多种药剂的施用在中断一种或多种其他药剂的施用之后继续进行或者其中一种或多种药剂的施用在一种或多种其他药剂的施用之前开始的两种或更多种治疗剂的施用。例如，以超过约特定分钟数的时间间隔施用两种或更多种治疗剂。

如本文所用，“与……结合”是指除一种治疗方式之外还施用另一种治疗方式。这样，“与……结合”是指在向个体施用其他治疗方式之前、期间或之后施用一种治疗方式。

术语“包装说明书”用于指通常包括在治疗产品的商业包装中的说明，该说明含有关于此类治疗产品使用的适应症、用法、剂量、施用、组合疗法、禁忌症和/或警告的信息。这些也称为美国产品的完整处方信息。

“制品”是包含至少一种试剂的任何制品(例如，包装或容器)或试剂盒，例如，用于治疗疾病或障碍(例如，病毒感染)的药物，或用于特异性检测本文所述的生物标志物的探针。在一些实施方案中，制造物或试剂盒作为用于执行本文所述的方法的单元被推广、分发或销售。

本文使用的术语“预测”是指受试者将对治疗剂或治疗剂的组合做出有利或不利反应的可能性。在一些实施方案中，预测与那些响应的程度有关。在一些实施方案中，本文所述的预测方法可以用于通过为特定受试者选择最合适的治疗方式来做出治疗决定。

II.治疗方法

本公开涉及治疗需要此类治疗的受试者的疾病的方法，所述方法包括将ICOS激动剂抗体施用于受试者。本公开还涉及增强疫苗对受试者的感染性疾病的有效性的方法，所述方法包括在施用疫苗的同时或之后施用ICOS激动剂。在一些实施方案中，所述ICOS激动剂是抗体。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体是伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055或GSK3359609，或者包含这些抗体中的一者的CDR或可变区(VH和VL)序列的抗体。

可以如本文所述进行治疗的患者包括患有感染性疾病的患者。在一些情况下，疾病是病毒性疾病。病毒性疾病的示例性类型包括但不限于由人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒导致的病毒性疾病。在一些实施方案中，病毒性疾病是由冠状病毒导致的。在一些实施方案中，冠状病毒是MERS-CoV、SARS-CoV或SARS-CoV-2。在一些实施方案中，疾病是COVID-19(即，由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病)。在一些实施方案中，病毒性疾病是由流感病毒导致的。在一些实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒。在其他实施方案中，感染性疾病是由病原微生物(诸如细菌、原生动物、真菌等)导致的。非限制性示例性细菌性疾病包括由金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)(白喉毒素)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)(破伤风)、疏螺旋体杆菌(Borrelia bacterium)(莱姆病)、艰难梭菌(Clostridium difficile)和百日咳杆菌(Bordetella pertussis)导致的疾病。

Thevarajan等人Nature Medicine(2020)的研究突出显示了感染SARS-CoV-2并且从由SARS-CoV-2病毒导致的疾病COVID-19的症状中恢复过来的患者产生的免疫反应。ICOS+(或ICOS^hi)Tfh在恢复之前和恢复期间出现在患者的血液中。此前，在小鼠SARS-CoV-1感染模型中，CD4⁺T细胞显示出对于限制相关的肺部病理学以及中和针对病毒的抗体产生是必须的。ICOS^hi细胞，基于CD4⁺细胞的抗原刺激而出现，代表生产性免疫反应的潜在普遍机制。(Chen等人，J.Virology(2010)。)用ICOS激动剂选择性刺激ICOS^hi细胞可以允许加速对传染原抗原的体液反应或产生更广泛的对传染原抗原的体液反应。因此，用ICOS激动剂刺激ICOS^hi细胞可以有助于在疾病情形中增加免疫反应，其中生产性免疫反应取决于具有高水平ICOS的CD4⁺细胞或受这些细胞的影响。类似地，用ICOS激动剂刺激ICOS^hi细胞可以有助于改善对针对此类感染性疾病的疫苗的免疫反应。

在一些实施方案中，病毒性疾病是由SARS-CoV-2导致的。在一些实施方案中，受试者的SARS-CoV2检测呈阳性。在一些实施方案中，受试者已经表现出SARS-CoV-2(也称为COVID-19)感染的症状。在一些实施方案中，受试者在ICOS激动剂抗体的施用之前未表现出SARS-CoV-2感染的症状。示例性症状包括例如发热、咳嗽、呼吸急促、疲劳、身体疼痛、消化不良以及/或者嗅觉和/或味觉丧失。在一些实施方案中，受试者具有包括咳嗽、发热和/或呼吸急促的症状。在一些实施方案中，待治疗的受试者年龄至少60岁、至少65岁、至少70岁、至少75岁或至少80岁。

可以如本文所述进行治疗的患者包括此前未接受过感染性疾病疗法的患者、以及此前接受过(例如，1个、2个、3个、4个、5个或更多个)剂量或周期的一种或多种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)感染性疾病疗法的患者、以及接受过疫苗疗法的患者。在一些实施方案中，接受治疗的患者对此前施用的疗法无反应或未表现出足够的反应。在一些实施方案中，接受治疗的患者患有或已经被诊断为患有免疫病症，所述免疫病症选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

ICOS激动剂诸如ICOS激动剂抗体可以单独施用或与其他感染性疾病疗法模式一起施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体与另一种抗病毒剂联合施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体与用于治疗的第二治疗方法一起施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂与疫苗疗法治疗联合施用或在疫苗疗法治疗之后施用。因此，本文提供的ICOS激动剂的施用可以与另一种治疗系统组合。

在一些实施方案中，提供了一种治疗感染性疾病，诸如病毒性疾病的方法，其中感染的细胞样品内的细胞表达ICOS。在一些此类实施方案中，感染的细胞可以被认为是ICOS阳性的、ICOS⁺、ICO^hi，或表达ICOS。ICOS的表达可以通过例如IHC来确定。

施用频率的确定可以由本领域技术人员，诸如主治医师基于所治病状、所治受试者的年龄、所治病状的严重程度、所治受试者的总体健康状况等考虑因素进行。在一些实施方案中，将有效剂量的ICOS激动剂抗体施用于受试者一次或多次。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体仅施用一次。在一些实施方案中，有效剂量的ICOS激动剂抗体可以施用多次，包括至少一周、至少两周、至少一个月、至少两个月、至少三个月、至少六个月、至少一年或至少两年的时间期。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体每三周施用一次。在其他实施方案中，ICOS激动剂抗体每两周施用一次，或每周施用一次。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体施用的时间基于如下文所述的预期靶向接合水平和预期疾病进程来确定。

在一些实施方案中，包含ICOS激动剂抗体的药物组合物以有效治疗(包括预防)感染性疾病(诸如病毒性疾病)的量施用。治疗有效量通常取决于正在治疗的受试者的体重、他或她的身体或健康状况、待治疗病状的广泛性、或正在治疗的受试者的年龄。

在一些实施方案中，治疗有效量为0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg或0.3mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg至0.3mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg至0.1mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量在0.1mg/kg和0.3mg/kg之间。在一些实施方案中，治疗有效量为0.1mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09或0.1mg/kg。

药物组合物也可以以有效增加Teff细胞数量；活化Teff细胞；剔除Treg细胞；和/或增加Teff细胞与Treg细胞的比率的量施用。在一些实施方案中，Treg细胞是CD4+FoxP3+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞和/或CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞。

在一些实施方案中，用ICOS激动剂抗体治疗产生药效动力学读数，诸如ICOS配体(ICOSL)的上调。在一些实施方案中，在B细胞表面上观察到ICOSL的上调。在一些实施方案中，在粒细胞表面上观察到ICOSL的上调。在一些实施方案中，在中性粒细胞表面上观察到ICOSL的上调。ICOSL的上调可以在脾细胞或外周血细胞上观察到。细胞表面上的ICOSL的上调可以例如通过流式细胞术来检测。在一些实施方案中，在用ICOS激动剂抗体处理后血清中的可溶性ICOSL增加。可溶性ICOSL可以通过包括但不限于ELISA、MSD和质谱的方法来检测。

在一些实施方案中，通过游离受体对ICOS激动剂抗体的可用性所测量的ICOS靶向接合可以用作药效动力学读数。在一些此类实施方案中，在用ICOS激动剂抗体治疗后，可以定量T细胞表面上游离的、可结合另外的抗体的ICOS受体的数量。观察到的可用的受体的减少可以表明ICOS激动剂抗体正在结合细胞表面上的ICOS。

在一些实施方案中，在从已经施用ICOS激动剂抗体的受试者采集的样品中测量活CD4+T细胞上的靶向接合。在一些此类实施方案中，治疗抗体的标记形式(例如，伏派利单抗-DyLight 650)用于检测游离的ICOS。可以使用以下公式来确定受体可用性(其中V代表伏派利单抗)：

靶向接合的确定公式：100％-％受体可用性。

在一些实施方案中，当受试者的外周血中的ICOS激动剂的预期靶向接合水平小于约70％、或小于约60％、或小于约50％、或小于约40％、或小于约30％或小于约20％时，施用一个剂量的ICOS激动剂，诸如，ICOS激动剂抗体。在一些实施方案中，当受试者的外周血中的ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平大于约10％、大于约15％或大于约20％时，施用后续剂量的ICOS激动剂抗体。在某些实施方案中，当受试者的外周血中的ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平等于或小于约20％、等于或小于约10％、等于或小于约5％、或为0％时，施用后续剂量的ICOS激动剂抗体。在某些实施方案中，每个剂量的ICOS激动剂抗体以这样的量施用，以使得在所述ICOS激动剂抗体的后续施用之前不久，受试者的外周血中的ICOS激动剂抗体的预期靶向接合水平为约0％至约50％、约0％至约40％、约0％至约30％、约0％至约20％、约0％至约10％、约0％至约5％、或约5％至约50％、约5％至约40％、约5％至约30％、约5％至约20％、约5％至约10％、约10％至约70％、约10％至约60％、约10％至约50％、约10％至约40％、约10％至约30％、约10％至约20％、约15％至约70％、约15％至约60％、约15％至约50％、约15％至约40％、约15％至约30％、约15％至约20％、约20％至约70％、约20％至约60％、约20％至约50％、约20％至约40％或约20％至约30％。

在一些实施方案中，已经预先确定预期靶向接合水平。在一些此类实施方案中，预期靶向接合水平的计算方式为在施用特定剂量的抗ICOS抗体后一组参考受试者(诸如至少三个参考受试者、或至少五个参考受试者)中的平均靶向接合水平。在一些实施方案中，在施用ICOS激动剂抗体后的不同时间点确定参考受试者的外周血中，诸如在T细胞上的靶向接合。然后基于参考受试者中的平均靶向接合水平来选择后续剂量的时间排程。

III.组合疗法

在一些实施方案中，ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)诸如在第二治疗剂之前或之后与第二治疗剂同时或依次施用。例如，在一些实施方案中，两种或更多种治疗剂可以以大于约15、30或60分钟、1天、2天、3天、1周、2周、3周、4周、6周或更长的时间间隔依次施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体以3周的时间间隔与第二治疗剂依次施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体与第二治疗剂同时施用，例如，一种药剂紧接着另一种药剂施用。

IV.与疫苗疗法的组合

Thevarajan等人Nature Medicine(2020)的研究突出显示了感染SARS-CoV-2并且从由SARS-CoV-2病毒导致的疾病COVID-19的症状中恢复过来的患者产生的免疫反应。ICOS+(或ICOS^hi)Tfh在恢复之前和恢复期间出现在患者的血液中。此前，在小鼠SARS-CoV-1感染模型中，CD4⁺T细胞显示出对于限制相关的肺部病理学以及中和针对病毒的抗体产生是必须的。ICOS^hi细胞，基于CD4⁺细胞的抗原刺激而出现，代表生产性免疫反应的潜在普遍机制。(Chen等人，J.Virology(2010)。)用ICOS激动剂选择性刺激ICOS^hi细胞可以允许加速对传染原抗原的体液反应或产生更广泛的对传染原抗原的体液反应。因此，用ICOS激动剂刺激ICOS^hi细胞可以有助于在疾病情形中增加免疫反应，其中生产性免疫反应取决于具有高水平ICOS的CD4⁺细胞或受这些细胞的影响。类似地，用ICOS激动剂刺激ICOS^hi细胞可以有助于改善对针对此类感染性疾病的疫苗的免疫反应。

在一些实施方案中，ICOS激动剂与疫苗组合施用。在一些实施方案中，疫苗是用于细菌感染或病毒感染的疫苗。在一些实施方案中，疫苗是针对细菌性阴道病、金黄色葡萄球菌、铜绿假毕胞菌、肺炎链球菌、白喉棒状杆菌(白喉毒素)、破伤风梭菌(破伤风)、疏螺旋体杆菌(莱姆病)、艰难梭菌、百日咳杆菌、人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒的疫苗。在一些实施方案中，疫苗是针对MERS-CoV、SARS-CoV或SARS-CoV-2的疫苗。在一些实施方案中，疫苗是针对COVID-19(即，由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病)的疫苗。在一些实施方案中，疫苗是针对由流感病毒导致的病毒性疾病的疫苗。在一些实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒。在其他实施方案中，疫苗是针对由病原微生物(诸如细菌、原生动物、真菌等)导致的感染性疾病的疫苗。在一些此类实施方案中，疫苗是针对肺炎链球菌的疫苗。

因此，在一些实施方案中，提供了一种增强疫苗的有效性的方法，所述方法包括将一剂或多剂ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)施用于受试者，以及将一剂或多剂疫苗施用于受试者。在一些实施方案中，ICOS激动剂或ICOS激动剂抗体能够增强疫苗的有效性。例如，增强的有效性可以通过仅接受疫苗的受试者与同时接受疫苗和ICOS激动剂的受试者之间的临床比较来证明。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体是伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055或GSK3359609，或者包含这些抗体中的一者的CDR或可变区(VH和VL)序列的抗体。

在一些实施方案中，提供了一种增强带状疱疹(水痘带状疱疹)疫苗的有效性的方法，所述方法包括将一剂或多剂ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)施用于受试者，以及将一剂或多剂疫苗施用于受试者。带状疱疹是潜伏的水痘-带状疱疹病毒感染的再活化，会导致疼痛的皮疹。虽然带状疱疹可以出现在身体的任何部位，但是它通常表现为围绕在躯干的左侧或右侧的单个水疱条。在一些实施方案中，带状疱疹疫苗降低了带状疱疹的风险和/或在带状疱疹症状出现后施用，并且缩短了带状疱疹的症状和/或并发症的持续时间。带状疱疹的并发症包括带状疱疹后神经痛、视力丧失、脑炎、面瘫、听力和平衡问题以及皮肤感染。在一些实施方案中，ICOS激动剂与带状疱疹疫苗的施用增强了疫苗的有效性，以使得组合疗法降低了带状疱疹的风险和/或在带状疱疹症状出现后施用，并且缩短了带状疱疹的症状和/或并发症的持续时间，以达到比单独的带状疱疹疫苗更大的程度。

在一些实施方案中，接受带状疱疹疫苗和ICOS激动剂的组合疗法的受试者年龄至少20岁、至少30岁、至少40岁、至少50岁或至少60岁。在一些实施方案中，受试者的免疫系统减弱，这可以增加发展带状疱疹的变化。在一些情况下，通过某些癌症治疗和/或药物可以导致免疫系统减弱。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，带状疱疹疫苗是Zostavax(Merck)或Shingrix(GSK)。Zostavax是以单剂量给予的活的减毒疫苗。Zostavax推荐用于年龄＞60岁或＞50岁且具有增加发展带状疱疹的风险的潜在病症的受试者。Zostavax对60-69岁受试者的有效率为约64％，对70-79岁受试者的有效率为41％，对＞80岁受试者的有效率为18％。Shingrix是以两剂给予的亚单位疫苗。Shingrix推荐用于年龄＞50岁的受试者，总有效率为97％，对＞70岁受试者的有效率为90％。然而，Zostavax的副作用比Shingrix更少，因此改善Zostavax的功效是所期望的。

在一些实施方案中，提供了增强肺炎链球菌疫苗的有效性，其包括将一剂或多剂ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)施用于受试者，以及将一剂或多剂疫苗施用于受试者。肺炎链球菌感染可以导致肺炎、耳部感染、鼻窦感染、脑脊髓膜炎和菌血症。肺炎链球菌感染的潜在并发症包括死亡、脑损伤、听力丧失、脓胸、心包炎、肺阻塞和肺脓肿。肺炎链球菌感染的风险因子包括年龄(65岁以上)和患有慢性疾病(诸如慢性心脏、肝脏、肾脏或肺部疾病)、糖尿病、酒精中毒、免疫系统减弱、耳蜗植入物、脑脊液渗漏和吸烟的成年人(19岁及以上)。在一些实施方案中，ICOS激动剂与肺炎链球菌疫苗的施用增强了疫苗的有效性，以使得组合疗法降低了带状疱疹的风险和/或在肺炎链球菌症状出现后施用，并且缩短了肺炎链球菌的症状和/或并发症的持续时间，以达到比单独的肺炎链球菌疫苗更大的程度。

在一些实施方案中，接受肺炎链球菌疫苗和ICOS激动剂的组合疗法的受试者年龄小于20岁、小于30岁、小于40岁、小于50岁或小于60岁。在一些实施方案中，受试者年龄至少65岁。在一些实施方案中，受试者年龄小于65岁并且具有慢性疾病(诸如慢性心脏、肝脏、肾脏或肺部疾病)、糖尿病、酒精中毒、免疫系统减弱、耳蜗植入物、脑脊液渗漏，和/或是吸烟者。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，肺炎链球菌疫苗是Prevnar 13(Pfizer)或PneumoVax 23(Merck)。Prevnar 13在婴幼儿中以四剂排程施用，有效率为97％。PneumoVax 23以单剂量施用，通常在65岁或以上的成年人中施用，有效率为60％-70％。在一些情况下，PneumoVax23在2至64岁患有某些医学病症的受试者，或19至64岁吸烟的成年人中施用。PneumoVax 34是一种T非依赖性疫苗，这意味着T细胞不是疫苗反应必须的，但是可以通过提供IL-2、IL-3和/或IFNγ来活化B细胞以增强反应。在一些实施方案中，ICOS激动剂与T非依赖性疫苗(诸如PneumoVax 34)的共施用刺激了IFNγ，并且增强了B细胞对疫苗的反应。

在一些实施方案中，提供了增强流感疫苗的有效性，其包括将一剂或多剂ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)施用于受试者，以及将一剂或多剂疫苗施用于受试者。流感是温带地区的季节性呼吸道疾病，它可以导致发热、寒战、咳嗽、前喉痛、流鼻涕、充血、肌肉疼痛、头疼和疲劳。在一些情况下，流感可以导致并发症，诸如呼吸系统继发感染、心肌炎和死亡。具有某些风险因素(诸如年龄(<2岁和>64岁)、怀孕、免疫系统减弱、哮喘、糖尿病和心脏病)的受试者可以发展为更严重的疾病。在一些实施方案中，ICOS激动剂与流感疫苗的施用增强了疫苗的有效性，以使得组合疗法降低了带状疱疹的风险和/或在流感症状出现后施用，并且缩短了流感的症状和/或并发症的持续时间，以达到比单独的流感疫苗更大的程度。

在一些实施方案中，ICOS激动剂与季节性灭活流感疫苗组合施用，所述季节性灭活流感疫苗包括基于鸡蛋的分裂疫苗，诸如四价疫苗(6个月以上，Sanofi、Seqirus、GSK)、四价ID低剂量疫苗(18-64岁，Sanofi)、三价高剂量疫苗(＞64岁，Sanofi)和三价佐剂(MF59)(＞64岁，Seqirus)；以及基于细胞的分裂疫苗，诸如Flucellvax(4岁以上；Seqirus)。在一些实施方案中，ICOS激动剂与重组季节性流感疫苗(诸如、昆虫细胞纯化的疫苗，包括四价FluBlok(＞18岁，Sanofi))组合施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂与活的减毒季节性流感疫苗(诸如基于鸡蛋的疫苗，诸如四价FluMist(2-49岁，AstraZeneca))组合施用。一般而言，季节性流感疫苗对65岁或以上的受试者效果较差，有效率在约35％至45％的范围内。

在一些实施方案中，ICOS激动剂与大流行性流感疫苗(诸如H5N1疫苗(Sanofi；GSK；Seqirus))组合施用。大流行性流感疫苗的有效率在约44％至约95％的范围内。正如季节性流感疫苗那样，大流行性流感疫苗对老年受试者效果较差。

在一些实施方案中，将ICOS激动剂与季节性流感疫苗或大流行性流感疫苗组合施用增加了疫苗的有效性。在一些实施方案中，接受流感疫苗和ICOS激动剂的组合疗法的受试者年龄至少20岁、至少30岁、至少40岁、至少50岁或至少60岁。在一些实施方案中，受试者年龄至少65岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，提供了增强冠状病毒疫苗的有效性，其包括将一剂或多剂ICOS激动剂(诸如ICOS激动剂抗体)施用于受试者，以及将一剂或多剂疫苗施用于受试者。在一些实施方案中，冠状病毒疫苗是针对COVID-19的疫苗。

在一些实施方案中，包含ICOS激动剂和疫苗的组合疗法在受试者表现出疾病的一种或多种症状后施用。在一些实施方案中，待治疗的受试者患有病毒性疾病。病毒性疾病的示例性类型包括但不限于由人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒导致的病毒性疾病。在一些实施方案中，病毒性疾病是由冠状病毒导致的。在一些实施方案中，冠状病毒是MERS-CoV、SARS-CoV或SARS-CoV-2。在一些实施方案中，疾病是COVID-19(即，由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病)。在一些实施方案中，病毒性疾病是由流感病毒导致的。在一些实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒。在其他实施方案中，感染性疾病是由病原微生物(诸如细菌、原生动物、真菌等)导致的。非限制性示例性细菌性疾病包括由金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)(白喉毒素)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)(破伤风)、疏螺旋体杆菌(Borrelia bacterium)(莱姆病)、艰难梭菌(Clostridium difficile)和百日咳杆菌(Bordetella pertussis)导致的疾病。

在一些实施方案中，受试者患有由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病，或具有患上由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病的风险。在一些实施方案中，受试者的SARS-CoV2检测呈阳性。在一些实施方案中，受试者已经表现出SARS-CoV-2感染的症状。在一些实施方案中，受试者在ICOS激动剂抗体的施用之前未表现出SARS-CoV-2感染的症状。示例性症状包括例如发热、咳嗽、呼吸急促、疲劳、身体疼痛、消化不良以及/或者嗅觉和/或味觉丧失。在一些实施方案中，受试者具有包括咳嗽、发热和/或呼吸急促的症状。在一些实施方案中，待治疗的受试者年龄至少20岁、至少30岁、至少40岁、至少50岁、至少60岁、至少65岁、至少70岁、至少75岁或至少80岁。在一些实施方案中，受试者患有一种或多种潜在健康病症，诸如肥胖、糖尿病、吸烟、慢性疾病(诸如慢性心脏、肝脏、肾脏或肺部疾病)或免疫系统减弱。在一些实施方案中，受试者年龄至少60岁。在一些实施方案中，所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇(Wiskott-Aldrich)综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症和/或特发性CD4淋巴细胞减少症。

在一些实施方案中，疫苗和ICOS激动剂可以同时或依次，诸如以大于约1 5、30或60分钟、1天、2天、3天、1周、2周、3周、4周、6周或更长的时间间隔施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体以3周的时间间隔与第二治疗剂依次施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体与第二治疗剂同时施用，例如，一种药剂紧接着另一种药剂施用。在一些实施方案中，方法包括在受试者已经施用疫苗之后将ICOS激动剂或ICOS激动剂抗体施用于受试者。在一些实施方案中，受试者在ICOS激动剂或ICOS激动剂抗体的施用之前已经接受完整剂量的疫苗。

在一些实施方案中，方法包括施用一剂或多剂ICOS激动剂抗体。在一些实施方案中，方法包括在最后一剂疫苗的施用后施用至少一剂、至少两剂、至少三剂、至少四剂或至少五剂ICOS激动剂抗体。在一些实施方案中，第一剂ICOS激动剂抗体在疫苗的第一剂之后施用。在一些实施方案中，第一剂ICOS激动剂抗体在疫苗的第一剂之后三周施用。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体施用一次。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体施用多于一次并且每三周施用一次。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体与疫苗同时施用。

在一些实施方案中，感染的细胞样品内的细胞表达ICOS。在一些此类实施方案中，感染的细胞可以被认为是ICOS阳性的、ICOS⁺、ICO^hi，或表达ICOS。ICOS的表达可以通过例如IHC来确定。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体以例如0.01mg/kg、0.03mg/kg、0.1mg/kg或0.3mg/kg的剂量提供。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg至0.3mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg至0.1mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量在0.1mg/kg和0.3mg/kg之间。在一些实施方案中，治疗有效量为0.1mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03mg/kg。在一些实施方案中，治疗有效量为0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09或0.1mg/kg。

ICOS激动剂也可以以有效增加Teff细胞数量；活化Teff细胞；剔除Treg细胞；和/或增加Teff细胞与Treg细胞的比率的量施用。在一些实施方案中，Treg细胞是CD4+FoxP3+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞和/或CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞。

在一些实施方案中，用ICOS激动剂抗体治疗产生药效动力学读数，如本文所述。

V.药物组合物

在一些实施方案中，本文提供了包含ICOS激动剂的组合物和/或包含抗感染性疾病疗法的组合物。在一些实施方案中，ICOS激动剂可以与多种药学上可接受的载剂一起配制(参见，例如，Gennaro，Remington：The Science and Practice of Pharmacy withFacts and Comparisons：Drugfacts Plus，第20版(2003)；Ansel等人，PharmaceuticalDosage Forms and Drug Delivery Systems，第7版，Lippencott Williams and Wilkins(2004)；Kibbe等人，Handbook of Pharmaceutical Excipients，第3^版，PharmaceuticalPress(2000))。各种药学上可接受的载体(包括媒介物、佐剂和稀释剂)是可用的。此外，各种药学上可接受的辅助物质(诸如pH调节剂和缓冲剂、张度调节剂、稳定剂、湿润剂等也是可用的。非限制性的示例性载体包括盐水、缓冲盐水、右旋糖、水、甘油、乙醇及其组合。在一些实施方案中，药物组合物包含人源化抗体。在一些实施方案中，药物组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的抗体。在一些实施方案中，药物组合物包含药学上可接受的载体。

在一些实施方案中，药物组合物以有效治疗感染性疾病(诸如病毒性疾病)的量施用。治疗有效量通常取决于正在治疗的受试者的体重、他或她的身体或健康状况、待治疗病状的广泛性、或正在治疗的受试者的年龄。在一些实施方案中，药物组合物以有效增强疫苗对感染性疾病(诸如病毒性疾病)的有效性的量施用。

在一些实施方案中，可以通过各种途径在体内施用ICOS激动剂，所述途径包括但不限于静脉内、动脉内、肠胃外、瘤内、腹膜内或皮下。可以根据预期应用选择适当的配制品和施用途径。

在一些实施方案中，药物组合物包含与ICOS激动剂组合的疫苗。

VI.示例性ICOS激动剂抗体

在一些实施方案中，本文使用的ICOS激动剂是ICOS激动剂抗体。ICOS激动剂抗体包括但不限于人源化抗体、嵌合抗体、小鼠抗体、人抗体以及包含本文讨论的重链和/或轻链CDR的抗体。在一些实施方案中，提供了结合至ICOS的分离的抗体。在一些实施方案中，提供了结合至ICOS的单克隆抗体。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体是ICOS激动剂抗体。在一些实施方案中，本文所述的ICOS激动剂抗体的施用在受试者中增加了Teff细胞的数量，和/或活化了Teff细胞，和/或减少了Treg细胞；和/或增加了Teff细胞与Treg细胞的比率。在一些实施方案中，Treg细胞是CD4+FoxP3+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞和/或CD8+T细胞。

本文所述的ICOS激动剂抗体可以如WO 2016/154177和WO 2017/070423中所述表达和产生，这些专利中的每个的内容以引用的方式并入。参见WO 2016/154177和WO 2017/070423，其各自以引用方式明确地并入本文。示例性治疗性ICOS激动剂抗体包括但不限于JTX-2011(伏派利单抗，Jounce Therapeutics；US 2016/0304610；WO 2016/154177；WO2017/070423)；GSK-3359069(GSK)；KY1044(Kymab)；KY1055(Kymab)；和BMS-986226(Bristol-Myers Squibb)以及包含这些抗体中的一者的CDR或可变区(VH和VL)的抗体。在某些实施方案中，ICOS激动剂抗体是具有分别对应于SEQ ID NO：16和15；或分别对应于SEQID NO：16和17的轻链和重链序列的抗体)。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体是伏派利单抗。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含六个CDR，所述CDR包括：(a)HCDR1，其包含SEQ ID NO：9的氨基酸序列；(b)HCDR2，其包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；(c)HCDR3，其包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列；(d)LCDR1，其包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列；(e)LCDR2，其包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(f)LCDR3，其包含SEQ ID NO：14的氨基酸序列。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含重链可变区和轻链可变区。在一些实施方案中，治疗性ICOS激动剂抗体包含至少一个包含重链可变区和至少一部分重链恒定区的重链、以及至少一个包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区的轻链。在一些实施方案中，治疗性ICOS激动剂抗体包含两个重链，其中每个重链包含重链可变区和至少一部分重链恒定区；以及两个轻链，其中每个轻链包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区。如本文所用，单链Fv(scFv)或包含例如包括所有六个CDR(三个重链CDR和三个轻链CDR)的单个多肽链的任何其他抗体被认为具有一条重链和一条轻链。在一些实施方案中，重链是ICOS激动剂抗体的包含三个重链CDR的区域。在一些实施方案中，轻链是治疗性ICOS激动剂抗体的包含三个轻链CDR的区域。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含与SEQ ID NO：7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的重链可变结构域(VH)序列。在一些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VH序列相对于参考序列含有取代(例如，保守取代)、插入或缺失，但是包含该序列的ICOS激动剂抗体保留了与ICOS结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO：7中总共有1至10个氨基酸已经被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR之外的区域(即，在FR中)。任选地，ICOS激动剂抗体包含SEQ IDNO：7中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。

在一些实施方案中，VH包含：(a)HCDR1，其包含SEQ ID NO：9的氨基酸序列；(b)HCDR2，其包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；和(c)HCDR3，其包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列。

在一些实施方案中，提供了ICOS激动剂抗体，其中所述抗体包含与SEQ ID NO：8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的轻链可变结构域(VL)。在一些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有取代(例如，保守取代)、插入或缺失，但是包含该序列的ICOS激动剂抗体保留了与ICOS结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO：8中总共有1至10个氨基酸已经被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR之外的区域(即，在FR中)。任选地，ICOS激动剂抗体包含SEQ ID 8中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。

在一些实施方案中，VL包含：(a)LCDR1，其包含SEQ ID NO：12的氨基酸序列；(b)LCDR2，其包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(c)LCDR3，其包含SEQ ID NO：14的氨基酸序列。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含与SEQ ID NO：7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的重链可变结构域(VH)序列、以及与SEQ ID NO：8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的轻链可变结构域(VL)。在一些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VH序列相对于参考序列含有取代(例如，保守取代)、插入或缺失，并且具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有取代(例如，保守取代)、插入或缺失，但是包含该序列的ICOS激动剂抗体保留了与ICOS结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO：7中总共有1至10个氨基酸已经被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，在SEQ ID NO：8中总共有1至10个氨基酸已经被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR之外的区域(即，在FR中)。任选地，ICOS激动剂抗体包含SEQ ID NO：7中的VH序列和SEQ ID NO：8的VL序列，包括一个或全部两个序列的翻译后修饰。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含(I)VH结构域，其包含：(a)HCDR1，其包含SEQ ID NO：9的氨基酸序列；(b)HCDR2，其包含SEQ ID NO：10的氨基酸序列；和(c)HCDR3，其包含SEQ ID NO：11的氨基酸序列；以及(II)VL结构域，其包含：(d)LCDR1，其包含SEQ IDNO：12的氨基酸序列；(e)LCDR2，其包含SEQ ID NO：13的氨基酸序列；和(f)LCDR3，其包含SEQ ID NO：14的氨基酸序列。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体包含分别在SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。

在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体结合至ICOS，并且在哺乳动物(诸如人)中增加Teff细胞的数量，和/或激活Teff细胞，和/或减少Treg细胞的数量，和/或增加Teff细胞与Treg细胞的比率。在一些实施方案中，Treg细胞是CD4+FoxP3+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD8+T细胞。在一些实施方案中，Teff细胞是CD4+FoxP3-T细胞和/或CD8+T细胞。

VII.抗体的表达和产生

a.编码抗体的核酸分子

本文提供了包含编码抗体的一条或多条链的多核苷酸的核酸分子。在一些实施方案中，核酸分子包含编码抗体的重链或轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，核酸分子包含ICOS激动剂抗体的编码重链的多核苷酸和编码轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，第一核酸分子包含编码重链的第一多核苷酸，并且第二核酸分子包含编码轻链的第二多核苷酸。

在一些实施方案中，重链和轻链由一个核酸分子表达或由两个单独的核酸分子表达为两个单独的多肽。在一些实施方案中，诸如当抗体为scFv时，单个多核苷酸编码包含连接在一起的重链和轻链两者的单个多肽。

在一些实施方案中，核酸是编码本文的序列表中的抗体的任何氨基酸序列的核酸。

可以使用本领域常规的重组DNA技术来构建核酸分子。在一些实施方案中，核酸分子是适合在所选宿主细胞中表达的表达载体。载体

提供了包含编码重链和/或轻链的多核苷酸的载体。还提供了包含编码重链和/或轻链的多核苷酸的载体。此类载体包括但不限于DNA载体、噬菌体载体、病毒载体、逆转录病毒载体等。在一些实施方案中，载体包含编码重链的第一多核苷酸序列和编码轻链的第二多核苷酸序列。在一些实施方案中，重链和轻链从载体表达为两个单独的多肽。在一些实施方案中，重链和轻链作为单个多肽的一部分表达，例如当抗体为scFv时。

在一些实施方案中，第一载体包含编码重链的多核苷酸，并且第二载体包含编码轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，第一载体和第二载体以相似的量(诸如相似的摩尔量或相似的质量的量)转染到宿主细胞中。在一些实施方案中，将摩尔比或质量介于5∶1至1∶5之间的第一载体和第二载体转染到宿主细胞中。在一些实施方案中，使用质量比介于1∶1至1∶5之间的编码重链的载体和编码轻链的载体。在一些实施方案中，使用质量比为1∶2的编码重链的载体和编码轻链的载体。

在一些实施方案中，选择经优化在CHO细胞或CHO来源的细胞中或在NSO细胞中表达多肽的载体。示例性的此类载体例如在Running Deer等人，Biotechnol.Prog.20：880-889(2004)中有描述。

b.宿主细胞

在一些实施方案中，抗体重链和/或抗体轻链可以在原核细胞(诸如细菌细胞)中；或在真核细胞(诸如真菌细胞(诸如酵母)、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞)中表达。此类表达可以例如根据本领域已知的程序进行。可用于表达多肽的示例性真核细胞包括但不限于COS细胞，包括COS7细胞；293细胞，包括293-6E细胞；CHO细胞，包括CHO-S、DG44.Lec13CHO细胞和FUT8 CHO细胞；

细胞(Crucell)；和NSO细胞。在一些实施方案中，ICOS激动剂抗体重链和/或ICOS激动剂抗体轻链可以在酵母中表达。参见例如，美国公开号US2006/0270045 A1。在一些实施方案中，基于对ICOS激动剂抗体重链和/或ICOS激动剂抗体轻链进行所期望的翻译后修饰的能力来选择特定真核宿主细胞。例如，在一些实施方案中，CHO细胞产生具有比293细胞中产生的相同多肽更高的唾液酸化水平的多肽。

将一种或多种核酸引入所需宿主细胞中可以通过任何方法来实现，包括但不限于磷酸钙转染、DEAE-右旋糖酐介导的转染、阳离子脂质介导的转染、电穿孔、转导、感染等。非限制的示例性方法例如在Sambrook等人，Molecular Cloning，A Laboratory Manual，第3版Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)中有描述。根据任何合适的方法，核酸可以在所需的宿主细胞中瞬时或稳定转染。

还提供了包含本文所述的任何多核苷酸或载体的宿主细胞。在一些实施方案中，提供了包含抗体的宿主细胞。能够过表达异源DNA的任何宿主细胞均可用于分离编码目标抗体、多肽或蛋白质的基因的目的。哺乳动物宿主细胞的非限制性实例包括但不限于COS、HeLa和CHO细胞。还参见PCT公布号WO 87/04462。合适的非哺乳动物宿主细胞包括原核生物(诸如大肠杆菌(E.coli)或枯草芽孢杆菌(B.subtillis))和酵母(诸如酿酒酵母(S.cerevisae)、粟酒裂殖酵母(S.pombe)或乳酸克鲁维酵母(K.lactis))。

c.抗体的纯化

可以通过任何合适的方法来纯化抗体。此类方法包括但不限于亲和基质或疏水相互作用色谱法的使用。合适的亲和力配体包括ROR1 ECD和结合抗体恒定区的配体。例如，蛋白A、蛋白G、蛋白A/G或抗体亲和柱可以用于结合恒定区和纯化抗体。疏水相互作用色谱法，例如丁基或苯基柱，也可以适于纯化一些多肽，诸如抗体。离子交换色谱法(例如阴离子交换色谱法和/或阳离子交换色谱法)也可以适于纯化一些多肽，诸如抗体。混合模式色谱法(例如，反相/阴离子交换、反相/阳离子交换、亲水相互作用/阴离子交换、亲水相互作用/阳离子交换等)也可以适于纯化一些多肽，诸如抗体。纯化多肽的许多方法是本领域已知的。

d.抗体的无细胞产生

在一些实施方案中，抗体在无细胞系统中产生。非限制的示例性无细胞系统例如在Sitaraman等人，Methods Mol.Biol.498：229-44(2009)；Spirin，TrendsBiotechnol.22：538-45(2004)；Endo等人，Biotechnol.Adv.21：695-713(2003)中有描述。

e.抗体组合物

在一些实施方案中，提供了通过上述方法制备的抗体。在一些实施方案中，抗体在宿主细胞中制备。在一些实施方案中，抗体在无细胞系统中制备。在一些实施方案中，抗体是纯化的。在一些实施方案中，在宿主细胞或无细胞系统中制备的抗体是嵌合抗体。在一些实施方案中，在宿主细胞或无细胞系统中制备的抗体是人源化抗体。在一些实施方案中，在宿主细胞或无细胞系统中制备的抗体是人抗体。在一些实施方案中，提供了包含抗体的细胞培养基。在一些实施方案中，提供了包含抗体的宿主细胞培养物。

在一些实施方案中，提供了包含通过上述方法制备的抗体的组合物。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞中制备的抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在无细胞系统中制备的抗体。在一些实施方案中，该组合物包含纯化抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的嵌合抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的人源化抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的人抗体。

在一些实施方案中，提供了包含浓度大于约10mg/mL、20mg/mL、30mg/mL、40mg/mL、50mg/mL、60mg/mL、70mg/mL、80mg/mL、90mg/mL、100mg/mL、1 25mg/mL、150mg/mL、175mg/mL、200mg/mL、225mg/mL或250mg/mL中的任一者的抗体的组合物。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的嵌合抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的人源化抗体。在一些实施方案中，该组合物包含在宿主细胞或无细胞系统中制备的人抗体。

VIII.用于检测ICOS表达和靶向接合的示例性方法

本文提供了评估患者对一种或多种感染性疾病治疗的反应性的方法。在一些实施方案中，提供了鉴定可以受益于用一种或多种感染性疾病疗法，任选地与ICOS激动剂抗体组合进行的继续治疗的受试者的方法。

在一些实施方案中，感染性疾病治疗包括ICOS激动剂抗体。在一些实施方案中，抗体是伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055或GSK3359609，或者包含这些抗体中的一者的CDR或可变结构域序列的抗体。

在一些实施方案中，待治疗的受试者患有病毒性疾病。病毒性疾病的示例性类型包括但不限于由人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒导致的病毒性疾病。在一些实施方案中，病毒性疾病是由冠状病毒导致的。在一些实施方案中，冠状病毒是MERS-CoV、SARS-CoV或SARS-CoV-2。在一些实施方案中，疾病是COVID-19(即，由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病)。在一些实施方案中，病毒性疾病是由流感病毒导致的。在一些实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒。在其他实施方案中，感染性疾病是由病原微生物(诸如细菌、原生动物、真菌等)导致的。非限制性示例性细菌性疾病包括由金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheriae)(白喉毒素)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)(破伤风)、疏螺旋体杆菌(Borrelia bacterium)(莱姆病)、艰难梭菌(Clostridium difficile)和百日咳杆菌(Bordetella pertussis)导致的疾病。

在一些实施方案中，受试者患有由SARS-CoV-2导致的病毒性疾病。在一些实施方案中，受试者的SARS-CoV2检测呈阳性。在一些实施方案中，受试者已经表现出SARS-CoV-2感染的症状。在一些实施方案中，受试者在ICOS激动剂抗体的施用之前未表现出SARS-CoV-2感染的症状。示例性症状包括例如发热、咳嗽、呼吸急促、疲劳、身体疼痛、消化不良以及/或者嗅觉和/或味觉丧失。在一些实施方案中，受试者具有包括咳嗽、发热和/或呼吸急促的症状。在一些实施方案中，待治疗的受试者年龄至少60岁、至少65岁、至少70岁、至少75岁或至少80岁。

a.基于抗体的示例性检测方法

在一些实施方案中，方法包括使用例如ICOS检测抗体来确定接受治疗的患者的外周血中是否具有ICOS表达升高的CD4+T细胞。在一些实施方案中，检测方法包括使患者样品(例如，外周血样品或其一部分)与抗体接触，并确定结合水平是否不同于对照的结合水平。在一些实施方案中，使来自外周血测试样品的CD4+T细胞与ICOS检测抗体接触，并且确定抗体与CD4+T细胞之间的结合。当与来自对照样品的CD4+T细胞相比，来自测试样品的CD4+T细胞显示出与抗体的结合活性增加时，用包含ICOS激动剂抗体治疗的疗法进行继续治疗，如本文所述。

可以使用本领域已知的用于检测特异性抗体-抗原结合的各种方法。这些测定包括但不限于流式细胞术(包括例如荧光激活细胞分选(FACS))、间接免疫荧光、固相酶联免疫吸附测定(ELISA)、ELISpot测定、荧光偏振免疫测定(FPIA)、荧光免疫测定(FIA)、酶免疫测定(EIA)、浊度抑制免疫测定(NIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA)、Western印迹(包括细胞Western)、免疫荧光染色、微雕刻(microengraving)(参见Han等人，Lab Chip 10(11)：1391-1400，2010)、Quant-iT和Qubit蛋白测定试剂盒、NanoOrange蛋白定量试剂盒、CBQCA蛋白定量试剂盒、EZQ蛋白定量试剂盒、Click-iT试剂、Pro-Q Diamond磷蛋白染色、Pro-Q糖蛋白染色试剂盒、肽和蛋白质测序、N末端氨基酸分析(LifeScienceTechnologies，Grand Island，NY)、化学发光或基于比色法的ELISA细胞因子阵列(Signosis)、细胞内细胞因子染色(ICS)、BD Phosflow^TM和BD^TM细胞计数珠阵列(BDSciences，San Jose，CA)；CyTOF质量细胞细胞仪(DVS Sciences，Sunnyvale CA)；质谱、微孔板捕获和检测测定(Thermo Scientific，Rockland，IL)、多路复用技术(例如Luminex，Austin，TX)；FlowCellect^TM T细胞激活试剂盒(EMD Millipore)；基于表面等离子体共振(SPR)的技术(例如Biacore，GE Healthcare Life Sciences，Uppsala，Sweden)；CD4+效应记忆T细胞分离试剂盒和CD8+CD45RA+效应T细胞分离试剂盒(Miltenyi Biotec Inc.，CA)；EasySep^TM人T细胞富集试剂盒(StemCells，Inc.，Vancouver，Canada)；人Thl/Th2/Thl7表型分型试剂盒(BD Biosciences，CA)；并入的溴脱氧尿苷(BrdU)或7-氨基放线菌素D的免疫荧光染色。还参见Current Protocols in Immunology(2004)章节3.12.1-3.12.20出版商：John Wiley&Sons，Inc.，或者Current ProtocolS in Immunology(2013)出版商：JohnWiley&Sons，Inc.，将所述文献的内容全文以引用的方式并入本文。

可以将指示剂部分或标记基团附接至主题抗体，并进行选择以便满足通常由测定设备的可用性和兼容的免疫测定程序决定的方法的各种用途的需求。

适当的标记包括但不限于放射性核素(例如，125I、131I、35S、3H或32P)、酶(例如，碱性磷酸酶、辣根过氧化物酶、萤光素酶或β-半乳糖苷酶)、荧光部分或蛋白质(例如，荧光素、罗丹明、藻红蛋白、GFP或BFP)或发光部分(例如，由Quantum Dot Corporation，PaloAlto，Calif提供的Qdot^TM纳米颗粒)。用于进行上述各种免疫测定的通用技术是本领域普通技术人员已知的。

在一些情况下，不需要对ICOS检测抗体进行标记，并且可以使用与第一ICOS激动剂抗体结合的第二标记的抗体来检测其存在。

在一些实施方案中，使来自外周血测试样品的CD4+细胞与ICOS检测抗体接触，并且确定抗体与CD4+细胞之间的结合。在一些实施方案中，使用荧光激活细胞分选仪确定CD4+T细胞中总ICOS的表达水平。荧光激活细胞分选仪可能具有不同的复杂程度，诸如多个颜色通道、低角度和钝角光散射检测通道、阻抗通道等。通过使用与死细胞相关的染料(例如碘化丙啶)，可以针对死细胞选择细胞。FACS设备通常包括光源(通常是激光器)以及用于使用光散射或光发射参数来检测混合物中的细胞颗粒或细胞亚群的几个检测器。FACS的基本机理在本领域中是熟知的，并且基本上涉及扫描(例如，计数、按尺寸或荧光标记分选)在液体介质中流过激发光源的单个颗粒。当来自激发源的光撞击移动的粒子时，光被散射并发出荧光。前向散射(FSC，沿向前方向(即与光束相同的方向)散射的光)提供有关颗粒的基本形态信息，诸如细胞尺寸和形态。与入射光束呈90°散射的光是由于折射或反射光而引起的，并且被称为侧角散射(SSC)。此参数测量颗粒的粒度和细胞表面拓扑。总之，向前和广角方向上的散射信号被用于基于细胞尺寸、形态和粒度鉴定细胞亚群。将此信息用于区分异质样品中的各种细胞群。

用于在本文所述方法的检测方面中使用的示例性ICOS抗体包括识别ICOS的内部(即，细胞内)表位的抗体。虽然ICOS可以在T细胞的表面上表达，但是据估计在细胞内贮存物中存在很大比例的总细胞ICOS(例如约80％)。虽然示例性治疗性ICOS激动剂抗体(诸如伏派利单抗)识别ICOS的细胞外表位，但是使用特异性地结合细胞内ICOS表位的ICOS检测抗体允许确定总ICOS表达水平。识别细胞内ICOS表位并因此可以用于检测总ICOS的方法中的抗体的实例包括2M13和2M19(参见WO2017/070423)以及它们的变体。另外，根据本发明的方法，与2M13和2M19竞争结合ICOS的抗体可以用于检测ICOS。

在一些实施方案中，在本文所述的ICOS激动剂抗体的施用之后测量靶向接合。在一些此类实施方案中，靶向接合是在外周血中，例如在T细胞上测量的。靶向接合可以使用例如结合至与所施用的治疗性抗体相同或重叠的ICOS表位的抗ICOS抗体来测量，因此与ICOS结合的治疗性抗体的存在阻断了用于测量靶向接合的抗体的结合。

在一些实施方案中，在从已经施用ICOS激动剂抗体的受试者采集的样品中测量活CD4+T细胞上的靶向接合。在一些此类实施方案中，治疗抗体的标记形式(例如，伏派利单抗-DyLight 650)用于检测游离的ICOS。可以使用以下公式来确定受体可用性(其中V代表伏派利单抗)：

靶向接合的确定公式：100％-％受体可用性。

在一些实施方案中，预期靶向接合通过在特定剂量的ICOS激动剂抗体的施用后测量一组受试者(诸如至少三名受试者或至少五名受试者)中的靶向接合来确定。在一些实施方案中，预期靶向接合是在特定时间期之后受试者组中的靶向接合的平均值。预期靶向接合可以用于确定ICOS激动剂抗体的适当给药间隔。

b.基于核酸的示例性检测方法

在一些实施方案中，本文提供的方法包括测量mRNA水平。在一些实施方案中，本文提供的方法包括测量ICOS mRNA。

可以使用确定mRNA水平的任何合适的方法。用于评价mRNA的方法包括，例如，使用互补DNA探针的杂交测定(诸如使用对靶序列具有特异性的标记核糖探针的原位杂交、Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定(诸如使用对靶序列具有特异性的互补引物的RT-PCR和其他扩增类型检测方法，例如分支DNA、SISB A、TMA等)。

在一些实施方案中，通过定量RT-PCR确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过数字PCR确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过RNA-Seq确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过RNA酶保护测定(RPA)确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过Northern印迹确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过原位杂交(ISH)确定mRNA水平。在一些实施方案中，通过选自定量RT-PCR、微阵列、数字PCR、RNA-Seq、RNA酶保护测定(RPA)、Northern印迹和原位杂交(ISH)的方法确定mRNA水平。

在一些实施方案中，例如当使用定量RT-PCR时，比较两种mRNA之间的阈值循环数，并且较低的阈值指示相应的mRNA的较高水平。作为非限制性实例，在一些实施方案中，如果分析了ICOS mRNA和至少一种参考mRNA的水平并且ICOS的阈值循环数(Ct)为28且参考mRNA的Ct为30，则ICOS与参考相比具有更高的水平。在各种实施方案中，可以对任何类型的定量或半定量分析方法进行类似的比较。

在一些实施方案中，将至少一种mRNA的水平归一化。在一些实施方案中，将至少两种mRNA的水平归一化并相互进行比较。在一些实施方案中，当不能同时和/或在同一测定反应中确定水平时，这种归一化可以允许对mRNA水平的比较。本领域技术人员可以根据测定选择合适的归一化基础，诸如至少一种参考mRNA或其他因子。

在一些实施方案中，所述至少一种参考mRNA包含管家基因。在一些实施方案中，所述至少一种参考mRNA包含RPLP0、PPIA、TUBB、ACTB、YMHAZ、B2M、UBC、TBP、GUSB、HPRT1或GAPDH中的一种或多种。

IX.实施例

以下讨论的实施例仅意图作为本发明的示例，而不应视为以任何方式限制本发明。所述实施例不意图代表以下实验是进行的全部或唯一实验。已努力确保有关所用的数字(例如，量、温度等)的准确性，但应考虑某些实验误差和偏差。除非另外指明，否则份数是重量份，分子量是重均分子量，温度按摄氏度计，且压力是或接近大气压。

实施例1.来自癌症患者的ICOS hi CD4 T细胞的表达谱分析

效应子、记忆和Tfh相关表型的寡克隆群体

对来自癌症患者的ICOS hi CD4 T细胞(ICOS^hiCD4⁺)群体进行效应子、记忆和Tfh相关表型的分析。如图1A所示，ICOS^hiCD4⁺细胞亚群表达Th1转录因子Tbet。该亚群中的细胞不表达T调节标志物CD25和FoxP3。在图1B中，在ICOS^hiCD4⁺群体和ICOS低CD4 T细胞(ICOS^loCD4⁺)群体中测量的T细胞标志物的mRNA水平的变化。T细胞标志物是GZMA、GZMK、PRF1、BCL2、IL2RA、STAT2、CD27、SELL、CD45RB、KLRG1、SLAMF6、IL6R和IKZF2。一般而言，在ICOS_高CD4⁺受试者中观察到的T细胞标志物mRNA的log²倍数增加为0至1.5，而在ICOS_loCD4⁺受试者中观察到的log²倍数减少为0至1.5。

实施例2.伏派利单抗在次优TCR信号后刺激ICOS hi CD4 T细胞

在足以在不存在共刺激的情况下驱动功能活性的浓度下通过次优OKT3进行的多克隆TCR刺激

在本实施例中，人CD4⁺细胞使用Ficoll(GE Life Sciences)离心从来自健康人供体(Research Blood Components)的外周血单核细胞(PBMC)中分离，在BamBanker(Wako-Chem)中冷冻并储存在-150℃下直到使用。细胞被CFSE标记，然后用133.4、66.7、33.4、16.7、8.3、4.2、2.1、1.0、0.5和0.3nM的伏派利单抗单独或与次优OKT3(抗人CD3抗体，Biolegend的OKT3；1μg/m1)组合活化。可溶性抗CD28抗体被用作阳性对照抗体。在3天后，使用流式细胞术来测定增殖百分比。增殖被绘制为分裂细胞的百分比(使用流式细胞术通过CFSE稀释来测量)并且是重复的平均值。

如图2中图所示，来自无OKT3介导的TCR刺激的PBMC的CD4 T细胞显示ICOSlo CD4表型，而OKT3的添加诱导ICOShi CD4 T细胞表型。左图显示了增加可溶性伏派利单抗的浓度对ICOS^loCD4⁺细胞中的增殖百分比变化的影响。作为对照，ICOS^loCD4⁺细胞保留未经刺激、用阳性对照抗体处理，或用阴性对照抗体处理。未接触抗原的ICOS^loCD4⁺细胞显示出对伏派利单抗无反应。右图显示了相同的伏派利单抗浓度和对照对TCR接触诱导的ICOS^hiCD4⁺细胞的增殖百分比的影响。ICOS^hiCD4⁺细胞显示出剂量反应方式增殖的百分比增加。IFNγ表达水平(pg/ml)也随伏派利单抗治疗而增加。

实施例3.伏派利单抗刺激抗原特异性ICOS hi CD4 T细胞

离体破伤风类毒素回忆测定法

用可溶性回忆抗原(破伤风抗原)刺激来自三名健康供体的外周血单核细胞(PBMC)24小时，以诱导ICOS^hi和ICOS^low CD4 T细胞群(ICOS^hiCD4⁺和ICOS^loCD4⁺群体)分化。在刺激后，将可溶性伏派利单抗或同种型对照抗体与布雷菲德菌素A一起添加至PBMC溶液中并温育6小时。在6小时离体治疗后，在CD4₊ICOS^hi和CD4⁺ _ICOS ^lo群体中通过流式细胞术来测量细胞内细胞因子(IFNγTNFα、IL-2)的表达。测定细胞因子IFN-γ、TNFα和IL-6的平均水平，并且与未用可溶性伏派利单抗处理的对照群体进行比较。

图3显示了使用来自一个供体的PBMC的示例性结果。与用对照抗体处理相比，在用伏派利单抗处理后在ICOS^hiCD4⁺群体中观察到IFNγ和TNFα表达水平的显著增加(右图)；而在ICOS^loCD4⁺群体中，在用任一抗体处理后细胞因子表达不增加(左图)。这些结果表明，用伏派利单抗处理ICOS^hiCD4⁺细胞进一步增强了IFNγ和_TNFα的表达，这表明T细胞的活化，继而导致记忆B细胞的增殖。

实施例4.伏派利单抗刺激抗原特异性ICOS hi CD4 T细胞

离体CMV回忆测定法

如上文实施例3中所述进行离体CMV回忆测定法。在本实施例中，用PepTivatorCMV pp65肽(Miltenyi Biotech)代替破伤风抗原对来自三名健康供体的PBMC进行刺激。另外，测定细胞因子IFN-γ、TNFα和IL-6的平均水平，并且与未用可溶性伏派利单抗处理的对照群体进行比较。

图4显示了使用来自一个供体的PBMC的示例性结果。与_用对照抗体处理相比，在用伏派利单抗处理后在ICOS^hiCD4⁺群体中观察到IFNγ和TNFα表达水平的显著增加(右图)；而在ICOS^loCD4⁺群体中，在用任一抗体处理后细胞因子表达不增加(左图)。这些结果表明，用伏派利单抗处理ICOS^hiCD4⁺细胞进一步增强了IFNγ和_TNFα的表达，这表明T细胞的活化。

实施例5.ICOS激动剂施用增加了Tfh和B细胞的频率并且增强了抗体反应

为了评估ICOS激动剂抗体在诱导Tfh反应和抗体类别转换中的活性，在C57BL/6小鼠的NP-OVA疫苗模型中测试抗体。如图6A所示，在疫苗接种前24小时和疫苗接种后48小时，用NP-OVA和同种型匹配抗体、ICOS激动剂或ICOS-L治疗小鼠。在最后治疗剂量的施用后5天处死小鼠，收获血液和解剖淋巴结(dLN)。通过流式细胞术评估Tfh和B细胞反应，并且通过ELISA定量OVA特异性抗体。

图6B显示，相对于初始和同种型治疗的动物(下图)，ICOS激动剂治疗导致引流淋巴结内的Tfh和B细胞数量增加(上图)以及血清IgG2a和IgG2b水平升高。ICOSL作为阳性对照添加，以评估激动剂功能。

实施例6.ICOS激动剂抗体治疗增加了针对免疫化SARS-CoV-2肽序列的抗体反应

为了评估ICOS激动剂抗体增加响应于SARS-CoV-2而产生抗体的能力，在完全弗氏佐剂中用50μg含有对应于SARS-CoV-2刺突蛋白的氨基酸的线性肽(Lifetein，LLC；产品目录#LT5587)免疫C57BL/6小鼠。在免疫后48小时用同种型或ICOS激动剂抗体(克隆36E10)治疗小鼠。在抗体治疗后5天收集血液，并通过ELISA来评估血清中针对免疫肽的抗体(图8B和9)以及SARS-CoV-2的构象表位(图8A)。如图所示，相对于接受同种型对照抗体或根本未接受抗体的免疫小鼠，ICOS激动剂抗体的施用增加了针对免疫蛋白(线性SARS-CoV-2刺突蛋白)的抗体反应，但是不会增加针对构象表位的抗体反应。

在不脱离本公开的精神或基本特征的情况下，本公开能以其他特定形式来体现。因此，前述实施方案在所有方面都应被视为是说明性的，而不是限制本公开。因此，本公开的范围由所附权利要求而不是由前面的描述指示，并且因此落入权利要求的等同物的含义和范围内的所有改变旨在包括在本文中。

序列表

序列表

<110> 震动疗法股份有限公司（JOUNCE THERAPEUTICS, INC.）

<120> 用于疫苗接种和感染性疾病的治疗的组合物和方法

<130> 01140-0020-00PCT

<150> US 63/012,574

<151> 2020-04-20

<150> US 63/084,821

<151> 2020-09-29

<150> US 63/136,279

<151> 2021-01-12

<160> 17

<170> PatentIn版本3.5

<210> 1

<211> 199

<212> PRT

<213> 智人（Homo sapiens）

<400> 1

Met Lys Ser Gly Leu Trp Tyr Phe Phe Leu Phe Cys Leu Arg Ile Lys

1               5                   10                  15

Val Leu Thr Gly Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asn Tyr Glu Met Phe Ile

            20                  25                  30

Phe His Asn Gly Gly Val Gln Ile Leu Cys Lys Tyr Pro Asp Ile Val

        35                  40                  45

Gln Gln Phe Lys Met Gln Leu Leu Lys Gly Gly Gln Ile Leu Cys Asp

    50                  55                  60

Leu Thr Lys Thr Lys Gly Ser Gly Asn Thr Val Ser Ile Lys Ser Leu

65                  70                  75                  80

Lys Phe Cys His Ser Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu

                85                  90                  95

Tyr Asn Leu Asp His Ser His Ala Asn Tyr Tyr Phe Cys Asn Leu Ser

            100                 105                 110

Ile Phe Asp Pro Pro Pro Phe Lys Val Thr Leu Thr Gly Gly Tyr Leu

        115                 120                 125

His Ile Tyr Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Phe Trp Leu Pro

    130                 135                 140

Ile Gly Cys Ala Ala Phe Val Val Val Cys Ile Leu Gly Cys Ile Leu

145                 150                 155                 160

Ile Cys Trp Leu Thr Lys Lys Lys Tyr Ser Ser Ser Val His Asp Pro

                165                 170                 175

Asn Gly Glu Tyr Met Phe Met Arg Ala Val Asn Thr Ala Lys Lys Ser

            180                 185                 190

Arg Leu Thr Asp Val Thr Leu

        195

<210> 2

<211> 179

<212> PRT

<213> 智人（Homo sapiens）

<400> 2

Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asn Tyr Glu Met Phe Ile Phe His Asn Gly

1               5                   10                  15

Gly Val Gln Ile Leu Cys Lys Tyr Pro Asp Ile Val Gln Gln Phe Lys

            20                  25                  30

Met Gln Leu Leu Lys Gly Gly Gln Ile Leu Cys Asp Leu Thr Lys Thr

        35                  40                  45

Lys Gly Ser Gly Asn Thr Val Ser Ile Lys Ser Leu Lys Phe Cys His

    50                  55                  60

Ser Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu Tyr Asn Leu Asp

65                  70                  75                  80

His Ser His Ala Asn Tyr Tyr Phe Cys Asn Leu Ser Ile Phe Asp Pro

                85                  90                  95

Pro Pro Phe Lys Val Thr Leu Thr Gly Gly Tyr Leu His Ile Tyr Glu

            100                 105                 110

Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Phe Trp Leu Pro Ile Gly Cys Ala

        115                 120                 125

Ala Phe Val Val Val Cys Ile Leu Gly Cys Ile Leu Ile Cys Trp Leu

    130                 135                 140

Thr Lys Lys Lys Tyr Ser Ser Ser Val His Asp Pro Asn Gly Glu Tyr

145                 150                 155                 160

Met Phe Met Arg Ala Val Asn Thr Ala Lys Lys Ser Arg Leu Thr Asp

                165                 170                 175

Val Thr Leu

<210> 3

<211> 200

<212> PRT

<213> 小家鼠（Mus musculus）

<400> 3

Met Lys Pro Tyr Phe Cys Arg Val Phe Val Phe Cys Phe Leu Ile Arg

1               5                   10                  15

Leu Leu Thr Gly Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asp His Arg Met Phe Ser

            20                  25                  30

Phe His Asn Gly Gly Val Gln Ile Ser Cys Lys Tyr Pro Glu Thr Val

        35                  40                  45

Gln Gln Leu Lys Met Arg Leu Phe Arg Glu Arg Glu Val Leu Cys Glu

    50                  55                  60

Leu Thr Lys Thr Lys Gly Ser Gly Asn Ala Val Ser Ile Lys Asn Pro

65                  70                  75                  80

Met Leu Cys Leu Tyr His Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu

                85                  90                  95

Asn Asn Pro Asp Ser Ser Gln Gly Ser Tyr Tyr Phe Cys Ser Leu Ser

            100                 105                 110

Ile Phe Asp Pro Pro Pro Phe Gln Glu Arg Asn Leu Ser Gly Gly Tyr

        115                 120                 125

Leu His Ile Tyr Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Leu Trp Leu

    130                 135                 140

Pro Val Gly Cys Ala Ala Phe Val Val Val Leu Leu Phe Gly Cys Ile

145                 150                 155                 160

Leu Ile Ile Trp Phe Ser Lys Lys Lys Tyr Gly Ser Ser Val His Asp

                165                 170                 175

Pro Asn Ser Glu Tyr Met Phe Met Ala Ala Val Asn Thr Asn Lys Lys

            180                 185                 190

Ser Arg Leu Ala Gly Val Thr Ser

        195                 200

<210> 4

<211> 180

<212> PRT

<213> 小家鼠（Mus musculus）

<400> 4

Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asp His Arg Met Phe Ser Phe His Asn Gly

1               5                   10                  15

Gly Val Gln Ile Ser Cys Lys Tyr Pro Glu Thr Val Gln Gln Leu Lys

            20                  25                  30

Met Arg Leu Phe Arg Glu Arg Glu Val Leu Cys Glu Leu Thr Lys Thr

        35                  40                  45

Lys Gly Ser Gly Asn Ala Val Ser Ile Lys Asn Pro Met Leu Cys Leu

    50                  55                  60

Tyr His Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu Asn Asn Pro Asp

65                  70                  75                  80

Ser Ser Gln Gly Ser Tyr Tyr Phe Cys Ser Leu Ser Ile Phe Asp Pro

                85                  90                  95

Pro Pro Phe Gln Glu Arg Asn Leu Ser Gly Gly Tyr Leu His Ile Tyr

            100                 105                 110

Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Leu Trp Leu Pro Val Gly Cys

        115                 120                 125

Ala Ala Phe Val Val Val Leu Leu Phe Gly Cys Ile Leu Ile Ile Trp

    130                 135                 140

Phe Ser Lys Lys Lys Tyr Gly Ser Ser Val His Asp Pro Asn Ser Glu

145                 150                 155                 160

Tyr Met Phe Met Ala Ala Val Asn Thr Asn Lys Lys Ser Arg Leu Ala

                165                 170                 175

Gly Val Thr Ser

            180

<210> 5

<211> 199

<212> PRT

<213> 食蟹猕猴（Macaca fascicularis）

<400> 5

Met Lys Ser Gly Leu Trp Tyr Phe Phe Leu Phe Cys Leu His Met Lys

1               5                   10                  15

Val Leu Thr Gly Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asn Tyr Glu Met Phe Ile

            20                  25                  30

Phe His Asn Gly Gly Val Gln Ile Leu Cys Lys Tyr Pro Asp Ile Val

        35                  40                  45

Gln Gln Phe Lys Met Gln Leu Leu Lys Gly Gly Gln Ile Leu Cys Asp

    50                  55                  60

Leu Thr Lys Thr Lys Gly Ser Gly Asn Lys Val Ser Ile Lys Ser Leu

65                  70                  75                  80

Lys Phe Cys His Ser Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu

                85                  90                  95

Tyr Asn Leu Asp Arg Ser His Ala Asn Tyr Tyr Phe Cys Asn Leu Ser

            100                 105                 110

Ile Phe Asp Pro Pro Pro Phe Lys Val Thr Leu Thr Gly Gly Tyr Leu

        115                 120                 125

His Ile Tyr Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Phe Trp Leu Pro

    130                 135                 140

Ile Gly Cys Ala Thr Phe Val Val Val Cys Ile Phe Gly Cys Ile Leu

145                 150                 155                 160

Ile Cys Trp Leu Thr Lys Lys Lys Tyr Ser Ser Thr Val His Asp Pro

                165                 170                 175

Asn Gly Glu Tyr Met Phe Met Arg Ala Val Asn Thr Ala Lys Lys Ser

            180                 185                 190

Arg Leu Thr Gly Thr Thr Pro

        195

<210> 6

<211> 179

<212> PRT

<213> 食蟹猕猴（Macaca fascicularis）

<400> 6

Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asn Tyr Glu Met Phe Ile Phe His Asn Gly

1               5                   10                  15

Gly Val Gln Ile Leu Cys Lys Tyr Pro Asp Ile Val Gln Gln Phe Lys

            20                  25                  30

Met Gln Leu Leu Lys Gly Gly Gln Ile Leu Cys Asp Leu Thr Lys Thr

        35                  40                  45

Lys Gly Ser Gly Asn Lys Val Ser Ile Lys Ser Leu Lys Phe Cys His

    50                  55                  60

Ser Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu Tyr Asn Leu Asp

65                  70                  75                  80

Arg Ser His Ala Asn Tyr Tyr Phe Cys Asn Leu Ser Ile Phe Asp Pro

                85                  90                  95

Pro Pro Phe Lys Val Thr Leu Thr Gly Gly Tyr Leu His Ile Tyr Glu

            100                 105                 110

Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Phe Trp Leu Pro Ile Gly Cys Ala

        115                 120                 125

Thr Phe Val Val Val Cys Ile Phe Gly Cys Ile Leu Ile Cys Trp Leu

    130                 135                 140

Thr Lys Lys Lys Tyr Ser Ser Thr Val His Asp Pro Asn Gly Glu Tyr

145                 150                 155                 160

Met Phe Met Arg Ala Val Asn Thr Ala Lys Lys Ser Arg Leu Thr Gly

                165                 170                 175

Thr Thr Pro

<210> 7

<211> 117

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗重链可变区

<400> 7

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1               5                   10                  15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr

            20                  25                  30

Trp Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Val Trp Val

        35                  40                  45

Ser Asn Ile Asp Glu Asp Gly Ser Ile Thr Glu Tyr Ser Pro Phe Val

    50                  55                  60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr

65                  70                  75                  80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

                85                  90                  95

Thr Arg Trp Gly Arg Phe Gly Phe Asp Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu

            100                 105                 110

Val Thr Val Ser Ser

        115

<210> 8

<211> 111

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗轻链可变区

<400> 8

Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1               5                   10                  15

Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Ser Gly

            20                  25                  30

Ser Phe Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro

        35                  40                  45

Lys Leu Leu Ile Phe Tyr Ala Ser Thr Arg His Thr Gly Val Pro Asp

    50                  55                  60

Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser

65                  70                  75                  80

Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys His His His Tyr

                85                  90                  95

Asn Ala Pro Pro Thr Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys

            100                 105                 110

<210> 9

<211> 10

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VH CDR1

<400> 9

Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr Trp Met Asp

1               5                   10

<210> 10

<211> 17

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VH CDR2

<400> 10

Asn Ile Asp Glu Asp Gly Ser Ile Thr Glu Tyr Ser Pro Phe Val Lys

1               5                   10                  15

Gly

<210> 11

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VH CDR3

<400> 11

Trp Gly Arg Phe Gly Phe Asp Ser

1               5

<210> 12

<211> 15

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VL CDR1

<400> 12

Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Ser Gly Ser Phe Asn Tyr Leu Thr

1               5                   10                  15

<210> 13

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VL CDR2

<400> 13

Tyr Ala Ser Thr Arg His Thr

1               5

<210> 14

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗VL CDR3

<400> 14

His His His Tyr Asn Ala Pro Pro Thr

1               5

<210> 15

<211> 447

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗人IgG1重链

<400> 15

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1               5                   10                  15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr

            20                  25                  30

Trp Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Val Trp Val

        35                  40                  45

Ser Asn Ile Asp Glu Asp Gly Ser Ile Thr Glu Tyr Ser Pro Phe Val

    50                  55                  60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr

65                  70                  75                  80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

                85                  90                  95

Thr Arg Trp Gly Arg Phe Gly Phe Asp Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu

            100                 105                 110

Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu

        115                 120                 125

Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys

    130                 135                 140

Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser

145                 150                 155                 160

Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser

                165                 170                 175

Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser

            180                 185                 190

Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn

        195                 200                 205

Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His

    210                 215                 220

Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val

225                 230                 235                 240

Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr

                245                 250                 255

Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu

            260                 265                 270

Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys

        275                 280                 285

Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser

    290                 295                 300

Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys

305                 310                 315                 320

Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile

                325                 330                 335

Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro

            340                 345                 350

Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu

        355                 360                 365

Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn

    370                 375                 380

Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser

385                 390                 395                 400

Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg

                405                 410                 415

Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu

            420                 425                 430

His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

        435                 440                 445

<210> 16

<211> 218

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗人κ轻链

<400> 16

Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1               5                   10                  15

Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Ser Gly

            20                  25                  30

Ser Phe Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro

        35                  40                  45

Lys Leu Leu Ile Phe Tyr Ala Ser Thr Arg His Thr Gly Val Pro Asp

    50                  55                  60

Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser

65                  70                  75                  80

Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys His His His Tyr

                85                  90                  95

Asn Ala Pro Pro Thr Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys Arg

            100                 105                 110

Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln

        115                 120                 125

Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr

    130                 135                 140

Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser

145                 150                 155                 160

Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr

                165                 170                 175

Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys

            180                 185                 190

His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro

        195                 200                 205

Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

    210                 215

<210> 17

<211> 446

<212> PRT

<213> 人工序列（Artificial Sequence）

<220>

<223> 伏派利单抗人IgG1重链V2

<400> 17

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1               5                   10                  15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr

            20                  25                  30

Trp Met Asp Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Val Trp Val

        35                  40                  45

Ser Asn Ile Asp Glu Asp Gly Ser Ile Thr Glu Tyr Ser Pro Phe Val

    50                  55                  60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Thr Leu Tyr

65                  70                  75                  80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

                85                  90                  95

Thr Arg Trp Gly Arg Phe Gly Phe Asp Ser Trp Gly Gln Gly Thr Leu

            100                 105                 110

Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu

        115                 120                 125

Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys

    130                 135                 140

Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser

145                 150                 155                 160

Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser

                165                 170                 175

Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser

            180                 185                 190

Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn

        195                 200                 205

Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His

    210                 215                 220

Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val

225                 230                 235                 240

Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr

                245                 250                 255

Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu

            260                 265                 270

Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys

        275                 280                 285

Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser

    290                 295                 300

Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys

305                 310                 315                 320

Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile

                325                 330                 335

Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro

            340                 345                 350

Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu

        355                 360                 365

Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn

    370                 375                 380

Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser

385                 390                 395                 400

Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg

                405                 410                 415

Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu

            420                 425                 430

His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly

        435                 440                 445

Claims (35)

1.一种治疗受试者的感染性疾病的方法，所述方法包括将治疗有效量的ICOS激动剂施用于所述受试者。

2.一种增强疫苗对受试者的感染性疾病的有效性的方法，所述方法包括在将所述疫苗施用于所述受试者的同时或之后，将治疗有效量的ICOS激动剂施用于所述受试者。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述ICOS激动剂在所述疫苗施用于所述受试者之后，诸如在完整剂量的疫苗的施用之后施用。

4.如权利要求2所述的方法，其中所述ICOS激动剂与所述疫苗施用于所述受试者同时，诸如与每个剂量的疫苗的施用同时施用。

5.如权利要求2至权利要求4中任一项所述的方法，其中所述感染性疾病是细菌性疾病。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述细菌性疾病是由细菌感染导致的，所述细菌选自金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎链球菌、白喉棒状杆菌(白喉毒素)、破伤风梭菌(破伤风)、疏螺旋体杆菌(莱姆病)、艰难梭菌和百日咳杆菌。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌性疾病是由肺炎链球菌感染导致的。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述疫苗是PneumoVax 34(Merck)。

9.如权利要求5至权利要求8中任一项所述的方法，其中所述受试者年龄至少65岁；或其中所述受试者年龄小于65岁并且具有慢性疾病、糖尿病、酒精中毒、免疫系统减弱、耳蜗植入物、脑脊液渗漏，和/或是吸烟者。

10.如权利要求5至权利要求9中任一项所述的方法，其中所述受试者患有或已经被诊断为患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症、特发性CD4淋巴细胞减少症。

11.如权利要求1至权利要求4中任一项所述的方法，其中所述感染性疾病是病毒性疾病。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述病毒性疾病是由病毒感染导致的，所述病毒选自人类乳头瘤病毒(HPV)、人类免疫缺陷病毒(HIV)、登革病毒、寨卡病毒、轮状病毒、正粘病毒、冠状病毒、腺病毒、疱疹病毒、痘病毒、逆转录病毒、披膜病毒、嗜肝DNA病毒、水痘带状疱疹病毒或流感病毒。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述病毒是冠状病毒，所述冠状病毒选自MERS-CoV、SARS-CoV和SARS-CoV-2。

14.如权利要求13所述的方法，其中所述病毒是SARS-CoV-2。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述受试者的SARS-CoV-2检测呈阳性。

16.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述受试者在所述ICOS激动剂的所述施用之前未表现出SARS-CoV-2感染的症状。

17.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述受试者在所述ICOS激动剂的施用之前已经表现出SARS-CoV-2的一种或多种症状，诸如发热、咳嗽、呼吸急促、味觉和/或嗅觉丧失、疲劳和身体疼痛中的一者或多者。

18.如权利要求17所述的方法，其中所述症状包括咳嗽、发热和/或呼吸急促。

19.如权利要求11至权利要求18中任一项所述的方法，其中所述受试者患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症、特发性CD4淋巴细胞减少症。

20.如权利要求2至权利要求4中任一项的方法，其中所述感染性疾病是由流感病毒(例如，甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒或丁型流感病毒)导致的病毒性疾病。

21.如权利要求20所述的方法，其中所述疫苗是季节性流感疫苗或大流行性流感疫苗。

22.如权利要求20或权利要求21所述的方法，其中所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。

23.如权利要求20至权利要求22中任一项所述的方法，其中所述受试者患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症、特发性CD4淋巴细胞减少症。

24.如权利要求2至权利要求4中任一项所述的方法，其中所述感染性疾病是由水痘带状疱疹病毒导致的病毒性疾病。

25.如权利要求24所述的方法，其中所述疫苗是Zostavax(Merck)。

26.如权利要求24或权利要求25所述的方法，其中所述受试者年龄至少50岁、至少60岁或至少65岁。

27.如权利要求24至权利要求26中任一项所述的方法，其中所述受试者患有免疫疾病，所述免疫疾病选自威斯科特-奥尔德里奇综合征、X连锁血小板减少症(XLT)、CVID、低γ球蛋白血症、特发性CD4淋巴细胞减少症。

28.如权利要求1至权利要求27中任一项所述的方法，其中所述ICOS激动剂是抗ICOS激动剂抗体。

29.如权利要求28所述的方法，其中所述抗ICOS激动剂抗体选自伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055和GSK3359609，或者包含伏派利单抗、BMS-986226、KY1044、KY1055或GSK3359609的重链和轻链CDR或重链和轻链可变区的抗体。

30.如权利要求28所述的方法，其中所述抗ICOS激动剂抗体包含：

a)重链和轻链，其中所述重链包括重链CDR1，其包含SEQ ID NO：9的序列，重链CDR2，其包含SEQ ID NO：10的序列，和重链CDR3，其包含SEQ ID NO：11的序列；并且其中所述轻链包括包含SEQ ID NO：12的序列的轻链CDR1，包括包含SEQ ID NO：13的序列的轻链CDR1，和包括包含SEQ ID NO：14的序列的轻链CDR1；

b)重链和轻链，其中所述重链包括包含SEQ ID NO：7的氨基酸序列的可变区，并且其中所述轻链包括包含SEQ ID NO：8的氨基酸序列的可变区；或者

c)重链和轻链，其中所述重链包含SEQ ID NO：15或17的氨基酸序列，并且其中所述轻链包含SEQ ID NO：16的氨基酸序列。

31.如权利要求28所述的方法，其中所述抗ICOS激动剂抗体是伏派利单抗。

32.如权利要求28至权利要求31中任一项所述的方法，其中所述抗ICOS激动剂抗体以0.01至0.3mg/kg、0.03至0.1mg/kg的剂量、或者以0.3mg/kg、0.1mg/kg、0.03mg/kg或0.01mg/kg的剂量施用。

33.如权利要求1至权利要求32中任一项所述的方法，其中所述ICOS激动剂每三周施用一次。

34.如权利要求1至权利要求32中任一项所述的方法，其中所述ICOS激动剂施用一次。

35.如权利要求1至权利要求34中任一项所述的方法，其中所述受试者年龄至少60岁、至少65岁、至少70岁、至少75岁或至少80岁。

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