CN115803847A - 用于寡核苷酸治疗剂的测序的降低电荷质谱法 - Google Patents

Abstract

在一方面，公开了一种执行质谱法的方法，该方法包括电离多个寡核苷酸以产生多个带负电荷的寡核苷酸离子，以及使多个带电荷的反应物离子与带负电荷的寡核苷酸离子相互作用以降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态。

Description

用于寡核苷酸治疗剂的测序的降低电荷质谱法

相关申请

本申请要求于2020年7月14日提交、题为“用于寡核苷酸治疗剂的测序的降低电荷质谱法”的美国临时申请第63/051,686号的优先权，其通过引用整体并入本文。

技术领域

本教导总体涉及用于质谱法的系统和方法，并且更具体地涉及可用于寡核苷酸的有效测序和定量的此类系统和方法。

背景技术

质谱法(MS)是一种用于确定测试物质的元素组成的分析技术，具有定性和定量应用二者。MS可用于识别未知化合物、确定分子中元素的同位素组成、通过观察特定化合物的碎裂确定其结构，以及量化样品中特定化合物的量。质谱仪检测作为离子的化学实体，因此在采样过程期间必须发生分析物到带电荷的离子的转化。

寡核苷酸构成一类需要测序信息的物质。特别是，寡核苷酸治疗剂作为用于与隐性遗传相关的疾病(诸如脊髓性肌萎缩症(SMA))的药物正在迅速发展。为了使寡核苷酸治疗剂更加稳定和有效，并为了降低它们的毒性，可以从天然磷酸核糖结构修改它们的主链的化学结构。质谱法可以作为一种有效的工具来对这种寡核苷酸治疗剂进行测序，该方法的样品消耗更少，甚至在存在化学背景污染的情况下也是如此。

负电喷雾电离(ESI)可用于产生高电荷状态的寡核苷酸。例如，电荷为-7至-9的高电荷寡核苷酸主要在各种常见的LC-MS条件下产生。碰撞诱导解离(CID)是一种在串联质谱法中用于阐明分子的组成和结构的常规技术。然而，将CID应用于多电荷产物离子混合物中的高电荷寡核苷酸会导致这些分子分裂成小片段，这使得测序变得困难。此外，具有较低电荷的寡核苷酸可导致所得质谱的强度较低。此外，电荷状态分布对分子序列以及LC和MS条件的依赖性使得定量变得困难。

因此，需要增强的系统和方法用于高电荷物质特别是高电荷寡核苷酸的质谱分析。

发明内容

公开了一种执行质谱法的方法，该方法包括电离多个寡核苷酸以产生多个带负电荷的寡核苷酸离子，以及使多个带正电荷的反应物离子与带负电荷的寡核苷酸离子相互作用以降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态。

在一些实施例中，带正电荷的反应物离子中的每一个包括至少一种质子化物质，该质子化物质将一个或多个质子贡献给带负电荷的寡核苷酸离子中的至少一个。在一些实施例中，这种质子转移可以中和带负电荷的寡核苷酸离子的一个或多个磷酸基团、硫代磷酸基团或其他合适的酸基团。

在本教导的实践中可以采用各种各样的质子化物质。举例来说，质子化物质可以是肽，诸如环肽。合适的质子化物质的一些示例包括但不限于具有以下氨基酸序列(丙氨酸–亮氨酸–异亮氨酸–亮氨酸–苏氨酸–亮氨酸–缬氨酸–丝氨酸)的性信息素抑制剂iPD1，以及短杆菌肽(环肽)。

可以采用各种各样的离子源来产生带负电荷的寡核苷酸和带正电荷的反应物离子。举例来说，负电喷雾离子源(ESI)可用于产生带负电荷的寡核苷酸。在一些实施例中，可以采用正ESI源来产生带正电荷的反应物离子。在其他实施例中，带正电荷的反应物离子是通过电子碰撞电离或化学电离产生的。

在一些实施例中，带负电荷的寡核苷酸和带正电荷的反应物离子可以同时被捕获在例如RF离子阱中，以允许它们相互作用，这可以导致质子从带正电荷的反应物离子转移到带负电荷的寡核苷酸离子，以降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态。

在一些实施例中，带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态可以在例如约2至约50的范围内。带负电荷的寡核苷酸离子与带正电荷的反应物离子的相互作用可以降低与带负电荷的寡核苷酸离子相关联的电荷状态。

在相关方面，公开了一种质谱仪，该质谱仪包括分支射频(RF)离子阱，该离子阱包括两组L形杆，该两组L形杆相对于彼此在轴向上相距一定距离定位以提供轴向部和两个分支部，轴向部提供用于接收离子的入口端口和离子可以通过其离开离子阱的出口端口，分支部从所述轴向部的中心部分横向延伸并以横轴为特征，其中横向的所述分支部中的至少一个分支部包括用于接收离子的入口端口。该质谱仪还包括负电喷雾离子源，用于产生多个带负电荷的寡核苷酸离子，所述负电喷雾离子源耦合到所述离子阱以便通过所述轴向或横向入口端口之一将所述带负电荷的寡核苷酸离子引入离子阱。设置了正离子源用于产生待通过所述入口端口中的不同于用于将所述带负电荷的寡核苷酸离子引入离子阱的入口端口的入口端口引入所述RF离子阱的多个带正电荷的反应物离子，以使得所述带正电荷的反应物离子在所述离子阱的相互作用区域中与所述带负电荷的寡核苷酸相互作用从而降低所述带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态。

在一些实施例中，相互作用区域(即带负电荷的寡核苷酸离子与带正电荷的反应物离子在其中相互作用的区域)可以位于分支RF离子阱的轴向部的中心部分。

在一些实施例中，第一离子透镜设置在离子阱的轴向入口端口附近，并且第二离子透镜设置在离子阱的横向入口端口附近，用于将离子聚焦进离子阱。此外，质谱仪可以包括电极，该电极靠近RF离子阱的横向部的与入口端口相对的端部定位，用于抑制离子从RF离子阱沿其横轴离开。

在一些实施例中，从离子阱进行离子的质量选择性提取可用于从离子阱中提取具有期望m/z比的离子(例如，高m/z离子，诸如m/z比大于1500的离子)。这种质量选择性提取例如可以通过将AC电压施加到位于离子阱的出口端口附近的电极来实现。

在一些实施例中，质量过滤器设置在分支RF离子阱的下游，用于提供对具有降低的负电荷状态的寡核苷酸离子的质量选择。

在一些实施例中，碰撞室可以设置在质量过滤器的下游，以使得经质量选择的寡核苷酸离子的至少一部分碎裂成多个寡核苷酸离子片段。

质量分析器可以设置在碰撞室的下游，用于提供对寡核苷酸离子片段的质量分析。举例来说，质量分析器可以是飞行时间(TOF)质量分析器，但也可以采用其他质量分析器。

在一些实施例中，一个或多个离子导向器可以设置在分支RF离子阱的上游以从上游离子源接收离子并且将那些离子聚焦成离子束以传输到分支RF离子阱中。

可以使用本教导对各种各样的寡核苷酸进行质量分析。例如，在一些实施例中，寡核苷酸中的核苷酸数目可以是但不限于在2至约50的范围内。可以使用本教导分析的寡核苷酸的一些示例包括但不限于DNA片段、吗啉代寡核苷酸等。

通过参考以下详细描述并结合相关附图可以获得对本教导的各个方面的进一步理解。

附图说明

图1是描绘根据本教导的方法的实施例中的各个步骤的流程图；

图2示意性地描绘了质子从质子化反应物转移到磷酸基团，这是期望的结果，以及描绘了在带正电荷的反应物和磷酸基团之间形成键，这不是期望的结果；

图3示意性地描绘了可以在本教导的实践中采用的根据实施例的质谱仪；

图4示意性地描绘了可以在本教导的实践中采用的根据另一个实施例的质谱仪；

图5A和图5B示意性地示出了根据实施例使用AC共振激励从离子反应装置中根据m/z提取离子；

图6示出了根据本教导的实施例的离子反应装置中捕获的多个带负电荷的寡核苷酸的质谱，以及m/z大于1800且由于在离子反应装置中与带正电荷的反应物相互作用而具有降低的电荷状态的那些寡核苷酸的质谱；以及

图7示出了描绘根据本教导的实施例的电荷状态降低的谱。

具体实施方式

本教导总体涉及可用于寡核苷酸的质谱分析的质谱方法和系统。更具体地，在许多实施例中，产生多个带负电荷的寡核苷酸离子。然后带负电荷的寡核苷酸离子与带正电荷的反应物离子反应以降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态。如以下更详细地讨论的，在以下实施例中，带负电荷的寡核苷酸离子与带正电荷的反应物离子在分支射频(RF)离子阱中反应。可以采用质量选择性提取来从离子阱提取具有降低的负电荷状态和具有期望的m/z比(例如，m/z比大于阈值)的离子。可以使具有降低的负电荷状态的寡核苷酸离子碎裂并且可以获得对寡核苷酸离子片段的质量分析。寡核苷酸离子的负电荷状态的降低可以帮助降低寡核苷酸离子片段的质谱的复杂性。

参考图1的流程图，在一个实施例中，一种用于执行质谱法的方法可包括电离多个寡核苷酸以产生多个带负电荷的寡核苷酸离子(步骤1)，以及使多个带正电荷的反应物离子与带负电荷的寡核苷酸离子相互作用从而降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态(步骤2)。

在本发明的实践中可以使用各种各样的寡核苷酸。举例来说，在一些实施例中，寡核苷酸中的核苷酸数目可在例如约2至约50的范围内。

在一些实施例中，带正电荷的反应物离子可以是质子化物质。在一些这样的实施例中，质子化物质是肽。例如，其可以是环肽。可用于降低带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态的合适的质子化肽的一些示例可以是例如性信息素抑制剂iPD1和短杆菌肽。

通常，带正电荷的反应物离子是优选表现出低质子亲和力的质子化物质。如图2示意性所示，这样的质子化物质可以向带负电荷的寡核苷酸提供质子以例如中和带负电荷的寡核苷酸的一个或多个磷酸基团或硫代磷酸基团。使用这种质子化物质可以有利地避免通过反应物与带负电荷的寡核苷酸的反应形成盐。

图3示意性地描绘了根据实施例的质谱仪100，其包括用于生成多个带负电荷的寡核苷酸101的负电喷雾离子源102。离子源102可以与样品保持器(图中未显示)连通，离子源可以从样品保持器接收寡核苷酸。带负电荷的寡核苷酸通过质谱仪的幕板103的开口进入设置在真空室内的离子光学器件Qjet。

在该实施例中，离子光学器件Qjet包括四根杆，这些杆以四极配置布置以形成用于传输到质谱仪的下游部件的离子束。在使用中，Qjet离子光学器件可用于使用气体动力学和射频场的组合来捕获和聚焦通过幕板103的开口接收的离子。离子穿过Qjet区域并通过IQ0透镜聚焦到设置在真空室中的Q0区域。

在该实施例中，Q0区域包括两个Q0离子导向部104和105，离子反应装置106位于这两个Q0离子导向部之间。在该实施例中，每个Q0离子导向部包括以四极配置布置的四根杆。将RF电压施加到Q0离子导向部的杆上可以将离子径向限制在这些部的中心轴附近。Q0离子导向部可以通过气体动力学和施加到它们的杆上的(一个或多个)RF电压的组合来聚焦穿过其中的离子。

离子透镜107将Q0离子导向部104与离子反应装置106分开，以与多个带正电荷的反应物离子相互作用，如下面更详细地讨论的。在该实施例中，反应装置106包括两组L形电极108和110，这两组L形电极在轴向上彼此分开以在其间形成离子相互作用区域。每组L形电极108和110包括以四极配置布置的四个电极(每组只有两个电极在图中示出，即电极108a/108b和110a/110b，而每组的另外两个电极设置在可见电极之后)，以便在其间提供离子可以通过的空间。

L形电极的布置导致轴向路径从离子可以通过其进入反应装置的入口端口112延伸到离子可以通过其离开反应装置的出口端口114。此外，L形电极相对于彼此的布置提供两个横向分支115/116。

离子透镜107将离子聚焦到离子反应装置106中。位于横向分支115的远侧开口115a附近的电极117可以抑制离子通过横向分支115从反应装置泄漏。更具体地，将DC电压施加到电极117可以帮助将离子捕获在反应装置内。另一个横向分支116包括开口116a，来自另一个离子源的离子可以通过该开口进入反应装置，如下面更详细地讨论的。

更具体地，在该实施例中，质谱仪100包括用于产生多个带正电荷的反应物离子的正电喷雾离子源118，这些带正电荷的反应物离子可以与带负电荷的寡核苷酸相互作用以降低寡核苷酸的负电荷状态，如下面更详细地讨论。正电喷雾离子源118从反应物储器(未示出)接收多个反应物分子并且电离反应物分子中的至少一部分以产生多个带正电荷的反应物离子119。举例来说，带正电荷的反应物离子可以是质子化物质，其可以将质子捐献给带负电荷的寡核苷酸离子以降低它们的负电荷状态。如上所述，在一些实施例中，此类带正电荷的反应物离子可以是质子化肽，诸如质子化环肽。

虽然在该实施例中采用了正电喷雾离子源，但是在其他实施例中可以使用用于产生多个带正电荷的反应物离子的其他离子源。这种离子源的一些示例包括但不限于电子碰撞电离源和化学电离源。

如以下更详细地讨论的，带正电荷的反应物离子可以由幕板120的开口接收并由耦合到横向分支116的Qjet离子光学器件(本文称为Qjet2)和Q0离子导向器(本文称为Q02)导向到横向入口116a，离子可以通过该横向入口进入反应装置。更具体地，带正电荷的反应物离子可以通过幕板120的孔口120a进入Qjet2离子光学器件。类似于Qjet1离子光学器件，Qjet2离子光学器件包括四根杆，这些杆以四极配置布置以形成离子束。更具体地，Qjet2离子光学器件可用于使用气体动力学和射频场的组合来捕获和聚焦通过幕板120的孔口120a接收的带正电荷的反应物离子。

IQ0透镜122将Qjet2离子光学器件与Q02离子导向器分开，Q02离子导向器包括以四极配置布置的四根杆。向Q02离子导向器的杆施加RF电压可以将离子径向限制在Q02离子导向器的中心轴附近。更具体地，Q02离子导向器可以通过气体动力学和施加到其杆上的RF电压的组合来聚焦通过其中的离子。

离开Q02离子导向器的带正电荷的离子被离子透镜126聚焦到离子反应装置106中，以在离子反应装置106的中心处与带负电荷的寡核苷酸相互作用。带正电荷的反应物离子与带负电荷的寡核苷酸的相互作用可以导致质子从带正电荷的反应物离子转移到带负电荷的寡核苷酸，从而降低带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态。举例来说，在一些实施例中，带正电荷的反应物离子与带负电荷的寡核苷酸相互作用的值例如在1至约3的范围内，但也可观察到其他电荷降低值。

电极128位于离子反应装置的出口端口114附近。经由AC源129施加到电极128的AC电压可以提供伪势电压势垒以帮助将带正电荷的反应物离子和带负电荷的寡核苷酸同时限制在离子反应装置内。这允许带负电荷的寡核苷酸继续与带正电荷的反应物离子反应，从而降低带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态(通过从带正电荷的反应物离子转移质子)。

此外，参考图5A和图5B，可以控制该AC电压以提供AC激励，以便从离子反应装置中获得根据m/z的高通离子提取。特别地，参考图5B，施加到电极128的AC电压和施加到离子反应装置的远侧杆组的DC电压的组合产生伪势，其为小m/z离子提供更大的势垒，并为大m/z离子提供更低的势垒。

以这种方式，可以将负电荷降低了的带负电荷的寡核苷酸离子从离子反应装置中提取出来并引入到质谱仪的通过离子透镜IQ1与Q0区域分开的Q1区域。例如，当电荷状态达到-3时，通过例如质量相关提取将离子从电荷降低装置中提取出来。正如下面更详细讨论的，提取的离子通过质量过滤器隔离，并通过碰撞诱导解离进行解离。产物离子可由下游质量分析器(例如TOF质量分析器)进行质量分析。

在该实施例中，Q1区域包括Q1质量过滤器130，其包括以四极配置布置的四根杆和两个粗短透镜132和134，其将离开离子反应装置的离子聚焦到Q1质量过滤器130中并将离开Q1质量过滤器的离子聚焦到下游碰撞室中，如下面更详细地讨论的。

更具体地，碰撞室Q2位于质量过滤器Q1的下游并且经由离子透镜IQ2与质量过滤器Q1分离。进入Q2的带负电荷的寡核苷酸可以通过碰撞诱导解离而发生碎裂，产生多个寡核苷酸片段离子。在一些实施例中，这种碰撞诱导解离可以通过带负电荷的寡核苷酸离子与Q2区域中存在的中性气体分子(例如氦气、氮气或氩气)的碰撞而发生。

质量分析器140(例如本实施例中的飞行时间(TOF)质量分析器)定位在Q2区域的下游以提供对寡核苷酸片段离子的质量分析。在其他实施例中，可以采用不同于TOF质量分析器的质量分析器。

图4示意性地描绘了根据另一个实施例的质谱仪300，其分两个阶段实现了带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态的降低。更具体地，如下所述，质谱仪300包括两个离子反应装置，用于分两个阶段降低带负电荷的寡核苷酸的负电荷。

质谱仪300包括用于产生多个带负电荷的寡核苷酸离子303的负电喷雾离子源301。带负电荷的寡核苷酸离子可以通过幕板302的孔口302a进入质谱仪。类似于先前的实施例，质谱仪300包括Qjet离子光学器件，其通过离子透镜IQ0与质谱仪的Q0区域分开。如上所述，Qjet离子光学器件通过气体动力学和RF场的组合来聚焦离子。

与前面的实施例类似，Q0区域包括两个Q0离子导向部304和305，离子反应装置306位于这两个Q0离子导向部之间。在该实施例中，每个离子导向部304/305包括以四极配置布置的四根杆以允许离子在其间通过。当离子穿过离子导向部304/305时，对杆施加RF电压可以提供对离子的径向限制。

离子反应装置306具有与上述离子反应装置104相同的结构，并且由两组L形杆(每组包括四根杆)形成，这两组L形杆在轴向上彼此分开以在其间形成离子相互作用区域。设置在离子反应装置306的入口端口附近的离子透镜308将离子反应装置306与离子导向部304分开，并将离开离子导向部304的离子聚焦到离子反应装置306中。此外，设置在离子反应装置的出口端口附近的离子透镜310将离子反应装置306与离子导向部305分开。与前面的实施例类似，由AC源313向离子透镜310施加AC电压可以帮助将离子限制在离子反应装置306内，或者提供从离子反应装置中根据质量对离子进行提取以引入到通过离子透镜IQ1与Q0区域分开的下游Q1区域。

Q1区域包括Q1质量过滤器311和两个粗短透镜312和314，Q1质量过滤器311由布置成四极配置的四根杆形成，两个粗短透镜312和314帮助将离子聚焦到质量过滤器中并将离开质量过滤器的经质量选择的离子聚焦进入另一个下游离子反应装置320，如下文更详细地讨论的。

虽然未在该图中示出，但与之前的实施例类似，离子反应装置306包括两个横向分支307a/307b并且被配置成经由其横向入口306a从正离子源接收带正电荷的反应物离子，该正离子源诸如为如上文结合先前实施例所讨论的离子源118。进一步地，类似于之前的实施例，Qjet离子光学器件和Q0离子导向器(图中未示出)可以设置在正离子源和横向入口306a之间以将正离子聚焦并导向到离子反应装置306中，使得带正电荷的离子可以与带负电荷的寡核苷酸相互作用以降低带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态。

第二离子反应装置320通过离子透镜322接收由Q1 321过滤器选择的离子。经由AC电压源313b向离子透镜322施加AC电压允许从Q1质量过滤器311根据质量将离子提取到第二离子反应装置320中。离子反应装置320具有与离子反应装置306相同的结构，并以上面讨论的方式通过其横向入口320a接收多个带正电荷的离子。从Q1区域接收的经质量选择的带负电荷的离子通过在离子反应装置320的相互作用区域内与多个带正电荷的反应物离子相互作用而经历另一次电荷降低。

与离子反应装置306类似，经由AC电压源313b向设置在出口端口320b附近的离子透镜323施加AC电压可以帮助将离子限制在离子反应装置306内以允许它们相互作用，并且还可以被调整以允许从离子反应装置320中根据质量提取具有降低的电荷状态的离子。

提取的离子可以进入碰撞室Q2以经历碰撞诱导碎裂。在该实施例中，Q2碰撞室包括以四极配置布置的四根杆，可以向杆施加RF电压以径向限制碰撞室内的离子，并且Q2碰撞室可以包含中性气体，例如氮气、氦气或氩气，接收到的离子可以与该中性气体碰撞并经历碎裂。

位于Q2碰撞室下游的质量分析器(该图中未显示)可以接收寡核苷酸片段离子并提供对其的质量分析。举例来说，质量分析器可以是飞行时间(TOF)质量分析器。

提供以下示例以进一步阐明本教导的各个方面。这些示例仅出于说明性目的而提供，并不旨在必然指示实践本教导的最佳方式或可能获得的最佳结果。

示例

示例1

类似于上文讨论的质谱仪100的质谱仪被用于对包含处于混合电荷状态的dT15寡核苷酸的样品执行质谱法。寡核苷酸被捕获在离子反应装置106内并被允许与电子电离的残余气体相互作用，这导致带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态降低。以上文讨论的方式采用质量选择性提取来提取m/z大于1800的离子。

特别地，图6示出了捕获的寡核苷酸的质谱以及m/z大于1800的电荷状态降低了的寡核苷酸的质谱。捕获的寡核苷酸的质谱指示在寡核苷酸样品中存在下面表1中列出的带电荷物质：

表1

Z	m/z
		8-	810
7-	926
		6-	1080
5-	1296
		4-	1620
3-	2160
		2-	3240
1-	6480

示例2

类似于上述质谱仪300(参见图4)的质谱仪被用于对含有dT15寡核苷酸的样品执行质谱法。如上所述，该质谱仪包括两个离子反应装置来提供对带负电荷的寡核苷酸的连续电荷降低。

含有寡核苷酸的样品被电离以产生处于混合电荷状态的多个带负电荷的寡核苷酸。带负电荷的寡核苷酸被捕获在第一离子反应装置306中。如图7所示，捕获的寡核苷酸的质谱指示在寡核苷酸样品中存在上面表1中所列的带电荷物质。

捕获的寡核苷酸被允许与多个带正电荷的电子电离真空残余气体离子相互作用，从而降低捕获的寡核苷酸的负电荷状态。采用质量相关提取从第一离子反应装置中提取m/z大于1800的离子。提取的离子表现出在100–2250的范围内的m/z。

从第一离子反应装置提取的离子被引入下游质量过滤器Q1，其用于隔离m/z为2160的离子。所隔离的离子然后被传输到第二离子反应装置并被捕获在其中。捕获在第二离子反应装置中的离子与带正电荷的电子电离真空残余气体离子相互作用，导致所隔离的寡核苷酸的电荷状态进一步降低到1的负电荷状态。随后是从第二离子反应装置中根据质量提取质量大于4000的离子。

提取的离子被引入碰撞室Q2以通过碰撞诱导解离进行碎裂。然后以上文讨论的方式使用下游质量分析器(例如飞行时间(TOF)质量分析器)对碎裂的离子进行质量分析。图7描绘了电荷状态降低的顺序。

利用两个连续的离子反应装置的一个优点是提供对带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态的额外降低。

本领域的普通技术人员将理解，在不脱离本发明的范围的情况下，可以对以上实施例进行各种改变。

Claims (24)

1.一种执行质谱法的方法，包括：

电离多个寡核苷酸以产生多个带负电荷的寡核苷酸离子，以及

使多个带正电荷的反应物离子与所述带负电荷的寡核苷酸离子相互作用以降低所述带负电荷的寡核苷酸离子的负电荷状态。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述带正电荷的反应物离子中的每个带正电荷的反应物离子包括至少一种质子化物质，所述质子化物质为所述带负电荷的寡核苷酸离子之一贡献质子。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述至少一种质子化物质是质子化肽。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述质子化肽是环肽。

5.根据权利要求1所述的方法，还包括使用负ESI源产生所述带负电荷的寡核苷酸和使用正ESI源产生所述带正电荷的反应物离子。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述带负电荷的寡核苷酸离子中的每个带负电荷的寡核苷酸离子具有在约2至约50的范围内的负电荷状态。

7.根据权利要求3所述的方法，其中所述质子化肽包括性信息素iPD1、短杆菌肽中的任一种。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸的核苷酸数目在2至约50的范围内。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述带电荷的反应物离子中的每个带电荷的反应物离子中和所述带负电荷的寡核苷酸离子之一的磷酸基团和硫代磷酸中的任一个。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述带正电荷的反应物离子是通过电子碰撞电离产生的。

11.根据权利要求1所述的方法，其中，所述带正电荷的反应物离子是通过化学电离产生的。

12.根据权利要求1所述的方法，还包括同时捕获所述带负电荷的寡核苷酸离子和所述带正电荷的反应物离子。

13.一种质谱仪，包括：

分支射频RF离子阱，包括两组L形杆，所述两组L形杆相对于彼此在轴向上相距一定距离定位以提供轴向部和两个分支部，所述轴向部提供用于接收离子的入口端口和离子可以通过其离开离子阱的出口端口，所述分支部从所述轴向部的中心部分横向延伸并以横轴为特征，其中横向的所述分支部中的至少一个分支部包括用于接收离子的入口端口，

负电喷雾离子源，用于产生多个带负电荷的寡核苷酸离子，所述负电喷雾离子源耦合到所述离子阱以便通过所述轴向或横向入口端口之一将所述带负电荷的寡核苷酸离子引入所述离子阱，

正离子源，用于产生待通过所述入口端口中的不同于用于将所述带负电荷的寡核苷酸离子引入离子阱的入口端口的入口端口引入所述RF离子阱的多个带正电荷的反应物离子，以使得所述带正电荷的反应物离子在所述离子阱的相互作用区域中与所述带负电荷的寡核苷酸相互作用从而降低所述带负电荷的寡核苷酸的负电荷状态。

14.根据权利要求13所述的质谱仪，其中所述相互作用区域包括所述轴向部的所述中心部分。

15.根据权利要求13所述的质谱仪，还包括设置在所述离子阱的所述轴向入口端口附近的第一离子透镜和设置在所述离子阱的所述横向入口端口附近的第二离子透镜，用于将离子聚焦到所述离子阱中。

16.根据权利要求13所述的质谱仪，还包括电极，所述电极靠近横向部的与所述入口端口相对的端部定位，用于抑制离子沿所述横轴离开。

17.根据权利要求13所述的质谱仪，其中所述正离子源包括正电喷雾离子源。

18.根据权利要求13所述的质谱仪，其中所述正离子源包括电子碰撞电离源。

19.根据权利要求13所述的质谱仪，其中所述正离子源包括化学电离源。

20.根据权利要求13所述的质谱仪，还包括设置在所述分支RF离子阱的下游的质量过滤器，用于提供对具有降低的电荷状态的所述寡核苷酸离子的质量选择。

21.根据权利要求20所述的质谱仪，还包括设置在所述质量过滤器的下游的碰撞室，以使得经质量选择的所述寡核苷酸离子的至少一部分碎裂成多个寡核苷酸片段。

22.根据权利要求21所述的质谱仪，还包括设置在所述碰撞室的下游的质量分析器，用以提供对所述寡核苷酸片段的质量分析。

23.根据权利要求22所述的质谱仪，其中所述质量分析器包括飞行时间质量分析器。

24.根据权利要求13所述的质谱仪，还包括设置在所述分支RF离子阱的上游的多极离子导向器。

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