CN115551549A - 用于通过靶向igsf8来治疗自身免疫疾病和癌症的组合物和方法 - Google Patents
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Abstract
提供了方法和组合物。所述方法和组合物用于通过调节IGSF8和其结合配体的表达和/或活性来治疗癌症和/或自身免疫疾病。所述药物组合物可包括但不限于特异性结合人IGSF8的抗体,并且具有抑制有需要的受试者中IGSF8介导的免疫阻抑的活性。
Description
相关申请的引用
本申请要求于2019年12月25日提交的国际专利申请号PCT/CN2019/128294的优先权,所述国际专利申请的全部内容,包括所有图式和序列表以引用的方式并入本文中。
发明背景
IGSF8(免疫球蛋白超家族成员8,也称为EWI-2、CD316以及许多其他别名)编码613-氨基酸(或65kDa)蛋白质,所述蛋白质为免疫球蛋白蛋白质超家族的EWI亚家族的成员。此蛋白质亚家族全部含有单个跨膜结构域、EWI(Glu-Trp-Ile)-基序(因此EWI亚家族)以及可变数目的免疫球蛋白结构域。
人和鼠IGSF8蛋白序列具91%同一性。虽然两个物种中的IGSF8转录物实际上在所测试的每个组织中均表达,但几乎不了解IGSF8的生物功能。已报导IGSF8特异性地并且直接地与四次跨膜蛋白CD81和CD9相互作用,但不与其他四次跨膜蛋白或与整合素相互作用,并且它经推测调控CD9和CD81在包括细胞迁移和病毒感染的某些细胞功能中的作用(Stipp等,J.Biol.Chem.276(44):40545-40554,2001)。还鉴定IGSF8为一种潜在肿瘤抑制因子,因为已发现它直接与另一四次跨膜蛋白KAI1/CD82(一种癌症转移抑制因子)相互作用。已推测IGSF8为重要的或可能为KAI1/CD82介导的对癌细胞迁移的阻抑作用所需的(Zhang等,Cancer Res.63(10):2665-2674,2003)。还发现IGSF8结合至来自MOLT-4T白血病细胞的整合素α4β1,并且已表明细胞表面的α4β1-CD81复合物的IGSF8依赖性再组织引起了IGSF8对整合素依赖性形态和运动功能的作用(Kolesnikova等,Blood103(8):3013-3019,2004)。最后,已发现IGSF8调控对层粘连蛋白-5的α3β1整合素依赖性细胞功能(Stipp等,JCB 163(5):1167-1177,2003)。
发明内容
本发明的一个方面提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂。
在一个相关实施方案中,本发明提供了一种刺激T细胞和/或NK细胞活化(诸如刺激肿瘤微环境(TME)中的T细胞和/或NK细胞活化)的方法,所述方法包括使所述T细胞和/或NK细胞与IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂(诸如特异性结合IGSF8的抗体或其抗原结合片段)接触。
在另一相关方面中,本发明提供了一种治疗有效量的IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂在用于治疗有需要的受试者的癌症的药剂的制造中的用途。
在另一相关方面中,本发明提供了一种组合物,诸如药物组合物,所述组合物包含治疗有效量的IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂,用于治疗有需要的受试者的癌症。
在某些实施方案中,所述方法、用途、供使用的组合物/药物组合物还包括向受试者施用有效量的选自由以下组成的组的第二治疗剂:免疫检查点抑制剂、化学治疗剂、抗血管生成剂、生长抑制剂、免疫肿瘤剂以及抗赘生组合物。
在以上方面中的任一者中,在某些实施方案中,IGSF8拮抗剂为抗IGSF8抗体或其抗原结合部分/片段。
在某些实施方案中,抗体为嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。
在某些实施方案中,抗原结合部分/片段为Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、单链Fv或scFv、二硫键连接的Fv、V-NAR结构域、IgNar、内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单结构域抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
在某些实施方案中,癌症为黑素瘤(包括皮肤黑素瘤)、宫颈癌、肺癌(例如非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌)、结肠直肠癌、淋巴瘤(包括DLBCL)、白血病(包括CLL)、BLCA肿瘤、乳腺癌、头颈鳞状细胞癌、PRAD、THCA或UCEC、甲状腺癌、泌尿道癌、食道癌、肝癌或神经节癌。
在某些实施方案中,IGSF8拮抗剂阻断IGSF8与T细胞或NK细胞上的IGSF8配体的结合。
在某些实施方案中,IGSF8拮抗剂促进选自由以下组成的组的细胞因子或靶基因的表达、分泌或以其他方式增加其活性:CXCL10、CXCL9、TNFα、CD81、CD8a、Prf1、IFNγ、Gzma、Gzmb、CD274、PDCD1、PDCD1 Ig2、LAG3、Havcr2、Tigit或CTLA4。
在某些实施方案中,细胞因子或靶基因的表达、分泌或以其他方式增加的活性发生在肿瘤微环境内。
在某些实施方案中,细胞因子或靶基因的表达、分泌或以其他方式增加的活性是归因于免疫细胞(例如T淋巴细胞或NK细胞)浸润至肿瘤微环境中。
在某些实施方案中,IGSF8拮抗剂为免疫刺激分子。
在某些实施方案中,IGSF8拮抗剂刺激T细胞或NK细胞活化和/或浸润至肿瘤微环境中。
在某些实施方案中,免疫检查点抑制剂为对PD-1或PD-L1具特异性的抗体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中,抗体为抗PD-1抗体,诸如西米普利单抗(cemiplimab)、纳武单抗(nivolumab)或派姆单抗(pembrolizumab)。
在某些实施方案中,抗体为抗PD-L1抗体,诸如阿维单抗(avelumab)、德瓦鲁单抗(durvalumab)、阿特珠单抗(atezolizumab)、KN035或CK-301。
在某些实施方案中,免疫检查点抑制剂为PD-1/PD-L1的(非抗体)肽抑制剂,诸如AUNP12;PD-L1的小分子抑制剂,诸如CA-170;或大环肽,诸如BMS-986189。
本发明的另一方面提供了一种IGSF8拮抗剂用于治疗受试者的癌症的用途。
在某些实施方案中,所述用途为用于与上文所描述的第二治疗剂组合使用。
本发明的另一方面提供了一种抑制IGSF8与其在受试者中的配体结合的方法,所述方法包括向受试者施用至少一种IGSF8拮抗剂。
本发明的另一方面提供了一种抑制IGSF8与其在细胞上的配体结合的方法,所述方法包括使细胞与至少一种IGSF8拮抗剂接触。
在某些实施方案中,在体外、体内或离体接触细胞。
本发明的另一方面提供了一种包含用于本发明的方法中的任一者的IGSF8拮抗剂的组合物。
本发明的另一方面提供了一种用于优选通过刺激T细胞和/或NK细胞活化来治疗癌症的方法中的特异性结合IGSF8的抗体。
本发明的另一方面提供了一种用于优选通过与本发明的第二治疗剂组合来治疗癌症的方法中的特异性结合IGSF8的抗体。
本发明的另一方面提供了一种对IGSF8具特异性的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体包含:(1)重链可变区(HCVR),所述重链可变区包含抗体C1-C29中的任一者(诸如C1-C12中的任一者)的HCVR CDR1-CDR3序列;以及(2)轻链可变区(LCVR),所述轻链可变区包含所述抗体C1-C29中的任一者(诸如C1-C12中的任一者)的LCVR CDR1-CDR3序列。
在某些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段包含:(a)所述抗体C1-C29中的任一者(诸如C1-C12中的任一者)的HCVR序列;和/或(b)所述抗体C1-C29中的任一者(诸如C1-C12中的任一者)的LCVR序列。
在某些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段为人-小鼠嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、CDR移植抗体或表面重塑抗体。
在某些实施方案中,其抗原结合片段为Fab、Fab'、F(ab’)2、Fd、单链Fv或scFv、二硫键连接的Fv、V-NAR结构域、IgNar、内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单结构域抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
在某些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段以小于约25nM、20nM、15nM、10nM、5nM、2nM或1nM的Kd结合IGSF8。
本发明的另一方面提供了一种与本发明的单克隆抗体或其抗原结合片段竞争结合至IGSF8的单克隆抗体或其抗原结合片段。
附图说明
图1示出了全基因组自然杀手(NK)细胞和癌细胞系(结肠直肠癌细胞系Colo205)共培养筛选的结果,证实Colo205中损失IGSF8功能使自然杀手(NK)细胞针对Colo205的细胞毒性增强。IGSF8基因为排名最靠前的2种命中,它的损失使Colo205细胞容易被NK细胞杀死。
图2A示出了用人Fc对照或人IGSF8-hFc(人Fc标记的IGSF8)处理的来自人供给者2和人供给者3的原代NK细胞的剂量反应曲线。与Fc对照相比,NK细胞活力随IGSF8-hFc的浓度增加而显著降低。
图2B示出了用人Fc(hFc)对照或人IGSF8-hFc(人Fc标记的IGSF8)处理的来自人供给者2的原代T细胞的剂量反应曲线。与hFc对照相比,T细胞活力随IGSF8-hFc的浓度增加而显著降低。
图3A表明在小鼠异种移植模型(n=8个小鼠/组)中,B16-F10黑素瘤细胞中CRISPR/Cas9介导的IGSF8缺失使此类肿瘤细胞在体内生长的能力显著(p<0.0001)降低(如通过肿瘤体积(mm3)所测量)。sg IGSF8-1和sg IGSF8-2代表两个实验组,其中使用两种不同的CRISPR/Cas9 sgRNA靶向IGSF8的不同区域来使B16-F10肿瘤细胞中的IGSF8基因缺失,然后将这些IGSF8缺失的B16-F10肿瘤注射至小鼠中。作为对照,类似地在对照B16-F10肿瘤细胞中使用对AAVS1具特异性的sgRNA使AAV整合位点AAVS1缺失。
图3B表明IGSF8缺失之后体内肿瘤生长受阻不是由于基因缺失的B16-F10黑素瘤细胞的相对体外细胞生长速率的差异。缺失IGSF8的B16-F10细胞与缺失AAVS1的B16-F10细胞之间的体外细胞生长速率没有统计显著性差异。
图4表明在各种癌细胞系中经由CRISPR/Cas9介导的基因编辑而缺失IGSF8促进CXCL10表达,这以与缺失AAVS1的相同癌细胞相比CXCL10的相对表达增加倍数来测量。H292(NCI-H292)为人粘液表皮样肺癌细胞系;A549为人肺癌细胞系;Colo205为杜克斯D型(Dukes'type D)结肠直肠腺癌细胞系;N87为人胃癌细胞系;并且A375为人黑素瘤细胞系。
图5A至图5D示出了在通过CRISPR/Cas9介导的基因编辑使AAVS1或IGSF8缺失后,B16-F10细胞(图5A和图5C)和肿瘤(图5B和图5D)中各种基因的相对表达增强。*:P<0.05;**:P<0.01;***:P<0.001。
图6A示出了IGSF8在人癌细胞系中的基因表达(数据获自博德研究所(BroadInstitute)癌症细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia,CCLE)。
图6B示出了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)队列中各种肿瘤中的IGSF8表达在统计学上显著升高。
图6C示出了癌症基因组图谱(TCGA)队列中IGSF8的临床相关性。IGSF8的表达更高与不同癌症类型中的临床结果更糟相关。
图7示出了本发明的代表性重组抗IGSF8抗体对IGSF8细胞外结构域的结合亲和力以及其通过ELISA测量的EC50值。
图8示出了本发明的代表性抗IGSF8抗体的抗体依赖性细胞毒性(ADCC)分析和相关EC50值,使用NK细胞作为效应细胞,并且A431癌细胞作为靶细胞。
图9示出了用本发明的代表性抗IGSF8抗体(10μg/mL)处理的Colo205细胞的人CXCL10 ELISA分析。
图10示出了本发明的代表性抗IGSF8单克隆抗体对B16同基因小鼠中的肿瘤生长的影响。将B16-F10细胞皮下注射至野生型(WT)C57BL/6小鼠中。然后,从第6天起,每3天将小鼠用2mg/kg抗IGSF8抗体或对照人IgG1处理,持续总计四个剂量。数据呈现为平均值±S.E.M.(n=8个小鼠/组)。
图11为示出在用抗IGSF8抗体或用对照人IgG1处理的各组实验小鼠之间没有显著重量差异的线图。
图12示出了本发明抗IGSF8抗体与抗PD-1抗体之间在降低同基因小鼠中B16-F10黑素瘤肿瘤体积的增加程度中的协同作用。
发明详述
1.综述
本文所描述的发明是部分基于以下发现:IGSF8为新颖癌症治疗靶标,并且因此IGSF8的拮抗剂可用于治疗此类癌症。本文所呈现的数据证实,IGSF8唯独在癌细胞中表达,并且在多种癌症类型中高度表达,特别是在黑素瘤、宫颈癌、非小细胞肺癌以及结肠直肠癌中。IGSF8与T细胞和NK(自然杀手)细胞相互作用从而阻止NK细胞和T细胞增殖和/或降低NK细胞和T细胞的活力。同时,将IGSF8基因敲出或以其他方式使IGSF8功能失活可改善T细胞和NK细胞的肿瘤浸润,并且增强它们在体内的细胞溶解活性。
已产生多种针对IGSF8的抗体,其中有许多已被验证了IGSF8结合、阻断并且已针对表达IGSF8的癌细胞展现ADCC。更重要的是,本文呈现的数据表明同时抑制IGSF8功能与PD-1/PD-L1免疫检查点在体内小鼠癌症(黑素瘤)模型中产生协同功效。
因此,本文所描述的发明提供了用于任选与靶向PD-1/PD-L1免疫检查点的第二治疗剂组合通过抑制IGSF8活性/拮抗IGSF8功能来治疗癌症的方法和试剂。
以下各个章节中进一步并且单独地描述了本发明的详细方面。然而,应了解,本发明的任一实施方案(包括仅描述于实施例或图式中的实施方案以及仅描述于以下一个部分中的实施方案)可与本发明的任何一个或多个其他实施方案组合。
2.定义
术语“抗体”广义上涵盖各种抗体结构,包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体以及多特异性抗体(例如双特异性抗体)。术语“抗体”还可泛指包含重链的互补决定区(CDR)1、CDR2以及CDR3以及轻链的CDR1、CDR2以及CDR3的分子,其中所述分子能够结合至抗原。术语“抗体”还包括但不限于嵌合抗体、人源化抗体、人抗体以及各种物种(诸如小鼠、人、食蟹猴等)的抗体。
然而,狭义上,“抗体”是指各种单克隆抗体,包括嵌合单克隆抗体、人源化单克隆抗体以及人单克隆抗体。
在一些实施方案中,抗体包含重链可变区(HCVR)和轻链可变区(LCVR)。在一些实施方案中,抗体包含至少一个重链(HC),所述至少一个重链包含重链可变区和至少一部分重链恒定区;以及至少一个轻链(LC),所述至少一个轻链包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区。在一些实施方案中,抗体包含两个重链,其中各个重链包含重链可变区和至少一部分重链恒定区;以及两个轻链,其中各个轻链包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区。
如本文所用,单链Fv(scFv)或包含例如包含所有六个CDR(三个重链CDR和三个轻链CDR)的单个多肽链的任何其他抗体均被认为具有重链和轻链。在一些此类实施方案中,重链为抗体中包含三个重链CDR的区域并且轻链为抗体中包含三个轻链CDR的区域。
如本文所用的术语“重链可变区(HCVR)”至少指包含重链CDR1(CDR-H1)、构架2(HFR2)、CDR2(CDR-H2)、FR3(HFR3)以及CDR3(CDR-H3)的区域。在一些实施方案中,重链可变区还包含在CDR-H1N端的至少一部分FR1(HFR1),和/或在CDR-H3 C端的至少一部分FR4(HFR4)。
如本文所用的术语“重链恒定区”是指包含至少三个重链恒定结构域CH1、CH2以及CH3的区域。非限制性示例性重链恒定区包括γ、δ以及α。非限制性示例性重链恒定区还包括ε和μ。各个重恒定区对应于抗体同型。举例来说,包含γ恒定区的抗体为IgG抗体,包含δ恒定区的抗体为IgD抗体,包含α恒定区的抗体为IgA抗体,包含ε恒定区的抗体为IgE抗体,并且包含μ恒定区的抗体为IgM抗体。
某些同型可进一步再分成亚类。举例来说,IgG抗体包括但不限于IgGl(包含γ1恒定区)、IgG2(包含γ2恒定区)、IgG3(包含γ3恒定区)以及IgG4(包含γ4恒定区)抗体;IgA抗体包括但不限于IgA1(包含α1恒定区)和IgA2(包含α2恒定区)抗体;并且IgM抗体包括但不限于IgM1(包含μ1恒定区)和IgM2(包含μ2恒定区)。
如本文所用的术语“重链”是指具有或不具有前导序列的至少包含重链可变区的多肽。在一些实施方案中,重链包含至少一部分重链恒定区。如本文所用的术语“全长重链”是指具有或不具有前导序列并且具有或不具有C端赖氨酸的包含重链可变区和重链恒定区的多肽。
如本文所用的术语“轻链可变区(LCVR)”是指包含轻链CDR1(CDR-L1)、构架(FR)2(LFR2)、CDR2(CDR-L2)、FR3(LFR3)以及CDR3(CDR-L3)的区域。在一些实施方案中,轻链可变区还包含至少一部分FR1(LFR1)和/或至少一部分FR4(LFR4)。
如本文所用的术语“轻链恒定区”是指包含轻链恒定结构域CL的区域。非限制性示例性轻链恒定区包括λ和κ。
如本文所用的术语“轻链”是指具有或不具有前导序列的至少包含轻链可变区的多肽。在一些实施方案中,轻链包含至少一部分轻链恒定区。如本文所用的术语“全长轻链”是指具有或不具有前导序列的包含轻链可变区和轻链恒定区的多肽。
术语“抗体片段”或(抗体的)“抗原结合部分”包括但不限于能够结合抗原的片段,诸如Fv、单链Fv(scFv)、Fab、Fab'以及(Fab')2。
可通过抗体竞争分析来确定“结合至相同表位的抗体”作为参考抗体。它是指在竞争分析中将参考抗体与其抗原的结合阻断50%或更多的抗体,并且相反地,在竞争分析中参考抗体将所述抗体与其抗原的结合阻断50%或更多。当用于竞争相同表位的抗体的上下文中时,术语“竞争”意味着抗体之间的竞争是通过其中正在测试的抗体阻止或抑制参考抗体特异性结合至共同抗原的分析来确定。
可使用许多类型的竞争性结合分析,例如:固相直接或间接放射免疫分析(RIA)、固相直接或间接酶免疫分析(EIA)、夹心竞争分析(参见例如Stahli等,1983,Methods inEnzymology 9:242-253);固相直接生物素-亲和素EIA(参见例如Kirkland等,1986,J.Immunol.137:3614-3619);固相直接标记分析;固相直接标记夹心分析(参见例如Harlow和Lane,1988,Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press);使用I125标记的固相直接标记RIA(参见例如Morel等,1988,Molec.Immunol.25:7-15);固相直接生物素-亲和素EIA(参见例如Cheung等,1990,Virology 176:546-552);以及直接标记RIA(Moldenhauer等,1990,Scand.J.Immunol.)。
典型地,此类分析涉及使用结合至固体表面的纯化的抗原或带有这些抗原中的任一者的细胞、未标记的测试抗原结合蛋白以及标记的参考抗体。竞争性抑制通过确定在存在测试抗体的情况下结合至固体表面或细胞的标记的量来测量。通常测试抗体以过量存在。通过竞争分析(竞争抗体)鉴定的抗体包括与参考抗体结合至相同表位的抗体以及与足够靠近由参考抗体结合的表位的相邻表位结合从而发生空间位阻的抗体。在一些实施方案中,当竞争抗体以过量存在时,它将使参考抗体与共同抗原的特异性结合抑制至少40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%或75%。在一些情况下,将结合抑制至少80%、85%、90%、95%或97%或更多。
术语“抗原”是指能够由选择性结合剂(诸如抗体或其免疫功能片段)结合并且另外能够在哺乳动物中用于产生能够结合至所述抗原的抗体的分子或分子的一部分。抗原可具有一个或多个能够与抗体相互作用的表位。
术语“表位”为抗原分子中由选择性结合剂(诸如抗体或其片段)结合的部分。所述术语包括能够特异性结合至抗体的任何决定簇。表位可为连续或非连续的(例如在多肽中,氨基酸残基在多肽序列中不彼此邻接,但在分子的背景内由抗原结合蛋白结合)。在一些实施方案中,表位可为模拟物,因为它们包含类似于用于产生抗体的表位的三维结构,而不包含任何或仅包含一些在所述用于产生抗体的表位中发现的氨基酸残基。表位决定簇可包括分子的化学活性表面组群,诸如氨基酸、糖侧链、磷酰基或磺酰基,并且可具有特定三维结构特征和/或比电荷特征。
在一些实施方案中,“表位”通过用于定义它的方法来定义。举例来说,在一些实施方案中,如果如通过氢-氘交换(HDX)所确定,抗体与参考抗体结合至抗原的相同区域,那么抗体与参考抗体结合至相同表位。
在某些实施方案中,如果如通过X-射线晶体照像术所确定,抗体与参考抗体结合至抗原的相同区域,那么抗体与参考抗体结合至相同表位。
如本文所用的“嵌合抗体”是指包含至少一个来自第一物种(诸如小鼠、大鼠、食蟹猴等)的可变区以及至少一个来自第二物种(诸如人、食蟹猴、鸡等)的恒定区的抗体。在一些实施方案中,嵌合抗体包含至少一个小鼠可变区和至少一个人恒定区。在一些实施方案中,嵌合抗体的所有可变区来自第一物种并且嵌合抗体的所有恒定区来自第二物种。
如本文所用的“人源化抗体”是指其中非人可变区(诸如小鼠、大鼠、食蟹猴、鸡等)的构架区中的至少一个氨基酸已用来自人可变区的对应氨基酸置换的抗体。在一些实施方案中,人源化抗体包含至少一个人恒定区或其片段。在一些实施方案中,人源化抗体片段为Fab、scFv、(Fab’)2等。
如本文所用的“CDR移植抗体”是指人源化抗体,其中第一(非人)物种的一个或多个互补决定区(CDR)已移植至第二(人)物种的构架区(FR)上。
“宿主细胞”是指可为或已为载体或分离的多核苷酸的接受者的细胞。宿主细胞可为原核细胞或真核细胞。示例性真核细胞包括哺乳动物细胞,诸如灵长类或非灵长类动物细胞;真菌细胞,诸如酵母;植物细胞;以及昆虫细胞。非限制性示例性哺乳动物细胞包括但不限于NSO细胞、细胞(Crucell)以及293和CHO细胞以及其衍生物,分别诸如293-6E和DG44细胞。
如本文所用的术语“分离”是指分子已与典型地与其一起存在于自然界中的至少一些组分分离或已与典型地与其一起产生的至少一些组分分离。举例来说,当多肽与产生它的细胞的至少一些组分分离时,将所述多肽称为“分离的”。在多肽在表达之后由细胞分泌的情况下以物理方式将含有所述多肽的上清液与产生它的细胞分离被视为“分离”所述多肽。类似地,当多核苷酸不为典型地在自然界中它在其中被发现的更大多核苷酸的一部分(诸如在DNA多核苷酸的情况下为基因组DNA或线粒体DNA),或与产生它的细胞的至少一些组分分离(例如在RNA多核苷酸的情况下)时,将所述多核苷酸称为“分离的”。因此,含于宿主细胞内部的载体中的DNA多核苷酸可称为“分离的”,只要在自然界中所述多核苷酸不存在于所述载体中即可。
术语“受试者”和“患者”在本文中可互换地用于指哺乳动物,诸如人。在一些实施方案中,还提供了治疗其他非人哺乳动物的方法,所述其他非人哺乳动物包括但不限于啮齿动物、猴、猫、犬、马、牛、猪、绵羊、公山羊、哺乳动物实验室动物、哺乳动物农场动物、哺乳动物运动动物以及哺乳动物宠物。在一些情况下,“受试者”或“患者”是指需要治疗疾病或病症的(人)受试者或患者。
如本文所用,术语“样品”或“患者样品”是指获自或来源于所关注的受试者的材料,所述材料含有要例如基于物理、生物化学、化学和/或生理特征进行表征和/或鉴定的细胞和/或其他分子实体。举例来说,短语“疾病样品”和其变化形式是指从所关注的受试者获得并且将预期或已知含有要表征的细胞和/或分子实体的任何样品。
“组织或细胞样品”意指从受试者或患者的组织获得的类似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可为如来自新鲜、冷冻和/或保存的器官或组织样品或活组织切片或抽出物的实体组织;血液或任何血液组成;人体流体,诸如痰液、脑脊髓液、羊水、腹膜液或间隙液;受试者妊娠或发育中任何时间的细胞。组织样品还可为原代或培养的细胞或细胞系。任选地,组织或细胞样品是从疾病组织/器官获得。组织样品可含有在自然界中不与组织天然混合的化合物,诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素等。
如本文所用,“参考样品”、“参考细胞”或“参考组织”是指从已知或相信不受使用本发明的方法或组合物鉴定的疾病或疾患折磨的来源获得的样品、细胞或组织。在一个实施方案中,参考样品、参考细胞或参考组织是从使用本发明的组合物或方法鉴定疾病或疾患的相同受试者或患者的身体的健康部分获得。在一个实施方案中,参考样品、参考细胞或参考组织是从不为使用本发明的组合物或方法鉴定疾病或疾患的受试者或患者的至少一个个体的身体的健康部分获得。在一些实施方案中,参考样品、参考细胞或参考组织是先前在发展疾病或疾患之前或在疾病或疾患的早期从患者获得。
“病症”或“疾病”为将受益于用一种或多种本发明的IGSF8拮抗剂治疗的任何疾患。这包括慢性和急性病症或疾病,包括使哺乳动物易感染所讨论的病症的那些病理学疾患。本文中要治疗的病症的非限制性实例包括癌症。
术语“癌症”在本文中用于指展现异常高水平的增殖和生长的一组细胞。癌症可为良性的(也称为良性肿瘤)、恶化前或恶性的。癌细胞可为实体癌症细胞(即形成实体肿瘤)或白血病性癌细胞。术语“癌症生长”在本文中用于指包含引起对应的癌症尺寸或程度增加的癌症的一个或多个细胞的增殖或生长。
癌症的实例包括但不限于癌瘤、淋巴瘤、胚细胞瘤、肉瘤以及白血病。此类癌症的更具体非限制性实例包括鳞状细胞癌、小细胞肺癌、垂体癌、食道癌、星形细胞瘤、软组织肉瘤、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃肠道癌、胰腺癌、成胶质细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝细胞瘤、乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidney cancer/renal cancer)、肝癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌瘤、脑癌、子宫内膜癌、睾丸癌、胆管细胞癌、胆囊癌、胃癌、黑素瘤以及各种类型的头颈癌。
“化学治疗剂”为可用于治疗癌症的化合物。化学治疗剂的实例包括但不限于烷基化剂,诸如噻替派(thiotepa)和环磷酰胺;烷基磺酸盐,诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)以及哌泊舒凡(piposulfan);氮丙啶,诸如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥多巴(meturedopa)以及乌瑞多巴(uredopa);乙烯亚胺和甲基蜜胺,包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺以及三羟甲基蜜胺;多聚乙酰(acetogenin)(尤其布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone));喜树碱(包括合成类似物拓扑替康(topotecan));薯司他汀(bryostatin);卡利他汀(callystatin);CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)以及比折来新(bizelesin)合成类似物);克拉特非辛(cryptophycin)(特别是克拉特非辛1和克拉特非辛8);多拉司他汀(dolastatin);多卡霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189以及CB1-TM1);伊斯罗宾(eleutherobin);水鬼蕉碱(pancratistatin);匍枝珊瑚醇;海绵抑素;氮芥,诸如氮芥苯丁酸、萘氮芥、胆磷酰胺、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、二氯甲基二乙胺氧化物盐酸盐、美法仑(melphalan)、新恩比兴(novembichin)、胆固醇苯乙酸氮芥、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥;硝基脲,诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲霉素、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)以及雷莫司汀(ranimnustine);抗生素,诸如烯二炔抗生素(例如加利车霉素(calicheamicin),尤其加利车霉素γll和加利车霉素ωll(参见例如Agnew,Chemlntl.Ed.Engl,33:183-186(1994));达内霉素(dynemicin),包括达内霉素A;双膦酸盐,诸如氯膦酸盐;埃斯培拉霉素(esperamicin);以及新制癌菌素发色团和相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、氮杂丝氨酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C、卡拉比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素、色霉素(chromomycin)、更生霉素(dactinomycin)、柔红比星(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉基-多柔比星、氰基吗啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星以及脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素,诸如丝裂霉素C、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin);抗代谢物,诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU);叶酸类似物,诸如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate);嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤;嘧啶类似物,诸如环胞苷、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、脱氧氟尿苷、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷;雄激素,诸如卡普睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄酮(mepitiostane)、睾内酯;抗肾上腺剂,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);叶酸补充剂,诸如亚叶酸;乙酰葡醛内酯;醛磷酰胺糖苷;氨基乙酰丙酸;恩尿嘧啶(eniluracil);安吖啶(amsacrine);倍曲布西(bestrabucil);比生群(bisantrene);依达曲沙(edatraxate);多弗酰胺(defofamine);地美可辛(demecolcine);地吖醌(diaziquone);依洛尼塞(elfomithine);依利醋铵(elliptinium acetate);埃博霉素(epothilone);依托格鲁(etoglucid);硝酸镓;羟基脲;香菇多糖;氯尼达明(lonidainine);类美登素(maytansinoid),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin);米托胍腙(mitoguazone);米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌达醇(mopidanmol);尼曲吖啶(nitraerine);喷司他汀(pentostatin);蛋氨氮芥;吡柔比星(pirarubicin);洛索蒽醌(losoxantrone);足叶草酸;2-乙肼;丙卡巴肼(procarbazine);多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR);雷佐生(razoxane);根霉素(rhizoxin);西佐喃(sizofiran);锗螺胺(spirogermanium);细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid);三亚胺醌;2,2',2"-三氯三乙胺;单端孢霉烯(trichothecene)(尤其T-2毒素、疣孢菌素A(verracurin A)、杆孢菌素A以及蛇形菌素);氨基甲酸酯;长春地辛(vindesine);达卡巴嗪(dacarbazine);甘露醇氮芥;二溴甘露醇;二溴卫矛醇;哌泊溴烷(pipobroman);加西托星(gacytosine);阿拉伯糖苷(“Ara-C”);环磷酰胺;噻替派;类紫杉醇,例如帕西他赛(paclitaxel)(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)、不含克列莫佛(Cremophor)的帕西他赛的白蛋白工程化纳米粒子制剂(AmericanPharmaceutical Partners,Schaumberg,Illinois)以及多西他赛(doxetaxel)(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France);苯丁酸氮芥;吉西他滨(gemcitabine);6-硫鸟嘌呤;巯基嘌呤;甲氨蝶呤;铂类似物,诸如顺铂、奥沙利铂(oxaliplatin)以及卡铂(carboplatin);长春花碱;铂;依托泊苷(etoposide)(VP-16);异环磷酰胺;米托蒽醌(mitoxantrone);长春新碱;长春瑞滨(vinorelbine);双羟蒽醌(novantrone);替尼泊苷(teniposide);依达曲沙(edatrexate);道诺霉素(daunomycin);氨基喋呤;截瘤达(xeloda);依班膦酸盐(ibandronate);伊立替康(irinotecan)(Camptosar,CPT-11)(包括伊立替康加5-FU和亚叶酸的治疗方案);拓扑异构酶抑制剂RFS2000;二氟甲基鸟氨酸(DMFO);类视黄醇,诸如视黄酸;卡培他滨(capecitabine);考布他汀(combretastatin);亚叶酸(LV);奥沙利铂,包括奥沙利铂治疗方案(FOLFOX);减少细胞增殖的PKC-α、Raf、H-Ras、EGFR(例如埃罗替尼(erlotinib))以及VEGF-A的抑制剂以及以上中的任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
其他非限制性示例性化学治疗剂包括起作用以调控或抑制激素对癌症的作用的抗激素剂,诸如抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(SERM),包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括他莫昔芬)、雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奥那司酮(onapristone)以及托瑞米芬(toremifene);抑制调控肾上腺中的雌激素产生的芳香酶的芳香酶抑制剂,诸如4(5)-咪唑、氨鲁米特、乙酸甲地孕酮、依西美坦(exemestane)、福美斯坦(formestanie)、法屈唑(fadrozole)、伏罗唑(vorozole)、来曲唑(letrozole)以及阿那曲唑(anastrozole);以及抗雄激素,诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)、比卡米特(bicalutamide)、亮丙瑞林(leuprolide)以及戈舍瑞林(goserelin);以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧杂环戊烷核苷胞嘧啶类似物);反义寡核苷酸,特别是抑制异常细胞增殖中涉及的信号传导通道中的基因(诸如PKC-α、Ralf以及H-Ras)的表达的那些反义寡核苷酸;核糖酶,诸如VEGF表达抑制剂(例如核糖酶)以及HER2表达抑制剂;疫苗,诸如基因疗法疫苗,例如疫苗、疫苗以及疫苗;rIL-2;拓扑异构酶1抑制剂;rmRH;以及以上中的任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
“抗血管生成剂”或“血管生成抑制剂”是指直接或间接抑制血管生成、血管发生或不希望的血管通透性的小分子量物质、多核苷酸(包括例如抑制性RNA(RNAi或siRNA))、多肽、分离的蛋白质、重组蛋白、抗体或其缀合物或融合蛋白。应了解,抗血管生成剂包括结合和阻断血管生成因子或其受体的血管生成活性的那些剂。举例来说,抗血管生成剂为针对血管生成剂的抗体或其他拮抗剂,例如针对VEGF-A(例如贝伐单抗(bevacizumab))或针对VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体、抗PDGFR抑制剂(诸如(甲磺酸伊马替尼(Imatinib Mesylate)))、阻断VEGF受体信号传导的小分子(例如PTK787/ZK2284、SU6668、/SUl1248(苹果酸舒尼替尼(sunitinibmalate))、AMG706或例如国际专利申请WO 2004/113304中所描述的那些小分子)。抗血管生成剂还包括天然血管生成抑制剂,例如血管抑素、内皮抑素等。参见例如Klagsbrun和D'Amore(1991)Annu.Rev.Physiol.53:217-39;Streit和Detmar(2003)Oncogene 22:3172-3179(例如表3列举恶性黑素瘤中的抗血管生成疗法);Ferrara和Alitalo(1999)NatureMedicine 5(12):1359-1364;Tonini等(2003)Oncogene 22:6549-6556(例如表2列举已知抗血管生成因子);以及Sato(2003)Int.J.Clin.Oncol.8:200-206(例如表1列举临床试验中所用的抗血管生成剂)。
如本文所用的“生长抑制剂”是指在体外或体内抑制细胞(诸如表达VEGF的细胞)生长的化合物或组合物。因此,生长抑制剂可为使S阶段中的细胞(诸如表达VEGF的细胞)的百分比显著降低的剂。生长抑制剂的实例包括但不限于阻断细胞周期进展(在除S阶段外的位置)的剂,诸如诱导G1抑制和M阶段抑制的剂。经典M阶段阻断剂包括长春花(长春新碱和长春花碱)、紫杉烷以及拓扑异构酶II抑制剂,诸如多柔比星、表柔比星、柔红比星、依托泊苷以及博来霉素。抑制G1的那些剂还溢出至S阶段抑制中,例如DNA烷基化剂,诸如他莫昔芬、泼尼松、达卡巴嗪、二氯甲基二乙胺、顺铂、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶以及阿糖胞苷。其他信息可在Mendelsohn和Israel编,The Molecular Basis of Cancer,第1章,题为“Cellcycle regulation,oncogenes,and antineoplastic drugs”Murakami等(W.B.Saunders,Philadelphia,1995),例如第13页中找到。紫杉烷(帕西他赛和多西他赛)为均来源于紫杉树的抗癌药。来源于欧洲紫杉的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)为帕西他赛(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕西他赛和多西他赛促进来自微管蛋白二聚体的微管的组装并且通过防止解聚来稳定微管,这产生对细胞中的有丝分裂的抑制。
术语“抗赘生组合物”是指包含至少一种活性治疗剂的可用于治疗癌症的组合物。治疗剂的实例包括但不限于例如化学治疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、用于放射疗法的剂、抗血管生成剂、癌症免疫治疗剂(也称为免疫肿瘤剂)、凋亡剂、抗微管蛋白剂以及用于治疗癌症的其他剂,诸如抗HER-2抗体、抗CD20抗体、表皮生长因子受体(EGFR)拮抗剂(例如酪氨酸激酶抑制剂)、HER1/EGFR抑制剂(例如埃罗替尼(erlotinib)血小板源性生长因子抑制剂(例如(甲磺酸伊马替尼))、COX-2抑制剂(例如塞来昔布(celecoxib))、干扰素、CTLA4抑制剂(例如抗CTLA抗体伊匹单抗(ipilimumab))、PD-1抑制剂(例如抗PDl抗体、BMS-936558)、PDL1抑制剂(例如抗PDLl抗体、MPDL3280A)、PDL2抑制剂(例如抗PDL2抗体)、VISTA抑制剂(例如抗VISTA抗体)、细胞因子、结合至靶标ErbB2、ErbB3、ErbB4、PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA、PD-1、PDL1、PDL2、CTLA4、VISTA或VEGF受体、TRAIL/Apo2中的一者或多者的拮抗剂(中和抗体)以及其他生物活性剂和有机化学剂等。本发明中还包括它们的组合。
“治疗”是指治疗性治疗,例如其中目标为减慢(减轻)所靶向的病理性疾患或病症,以及其中目标为抑制疾患或病症复发。“治疗”涵盖任何针对哺乳动物(包括人)的疾病(本文也称为“病症”或“疾患”)施用或施加治疗剂,并且包括抑制疾病或疾病进展、抑制或减慢疾病或其进展、抑制其发展、部分或完全缓解疾病、部分或完全缓解疾病的一种或多种症状或恢复或修复损失的、丢失的或有缺陷的功能;或刺激无效过程。术语“治疗”还包括降低任何表型特征的严重程度和/或降低所述特征的发生率、程度或可能性。需要治疗的那些患者包括那些已患有病症的患者以及那些处于病症复发风险中的患者或那些要预防或减慢病症复发的患者。
术语“有效量”或“治疗有效量”是指药物有效治疗受试者的疾病或病症的量。在一些实施方案中,有效量是指在必要剂量下并且持续必要时间段有效实现所需治疗或预防结果的量。本发明的IGSF8拮抗剂的治疗有效量可根据诸如个体的疾病病况、年龄、性别以及体重;以及拮抗剂在个体中引发所需反应的能力等因素而改变。治疗有效量涵盖其中IGSF8拮抗剂的治疗有益作用超过任何毒性或有害作用的量。
“预防有效量”是指在必要的剂量下并且持续必要时间段有效实现所需预防结果的量。典型地,但不一定,由于预防剂量是在疾病之前或早期在受试者中使用,所以预防有效量将小于治疗有效量。
“药学上可接受的载体”是指无毒的固体、半固体或液体填料、稀释剂、封装材料、配制助剂或本领域中与治疗剂一起使用的常规载体,治疗剂与载体一起构成用于向受试者施用的“药物组合物”。药学上可接受的载体在所采用的剂量和浓度下对接受者无毒并且与制剂的其他成分相容。药学上可接受的载体适合于所采用的制剂。举例来说,如果治疗剂要经口施用,那么载体可为凝胶胶囊。如果治疗剂要皮下施用,那么载体理想地对皮肤没有刺激性并且不会引起注射部位的反应。
“制品”为任何制造品(例如包装或容器)或试剂盒,所述制造品或试剂盒包含至少一种试剂,例如用于治疗疾病或病症的药剂,或用于特定地检测本文所描述的生物标记物的探针。在一些实施方案中,以用于进行本文所描述的方法的单元的形式对制造品或试剂盒进行促销、分配或出售。
3.治疗癌症的方法
本文所描述的发明提供了用于在治疗人和其他非人哺乳动物的方法中使用的IGSF8拮抗剂。
在一些实施方案中,提供了用于治疗或预防癌症的方法,所述方法包括向需要此类治疗的受试者施用有效量的IGSF8拮抗剂。
在一些实施方案中,提供了治疗癌症的方法,其中所述方法包括向患有癌症的受试者施用IGSF8拮抗剂。
在一些实施方案中,提供了IGSF8拮抗剂用于治疗癌症的用途。
可用本文所提供的IGSF8拮抗剂治疗的非限制性示例性癌症包括癌瘤、淋巴瘤、胚细胞瘤、肉瘤以及白血病。此类癌症的更具体非限制性实例包括黑素瘤、宫颈癌、鳞状细胞癌、小细胞肺癌、垂体癌、食道癌、星形细胞瘤、软组织肉瘤、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃肠道癌、胰腺癌、成胶质细胞瘤、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝细胞瘤、乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidney cancer/renalcancer)、肝癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌瘤、脑癌、子宫内膜癌、睾丸癌、胆管细胞癌、胆囊癌、胃癌、黑素瘤以及各种类型的头颈癌。
在一些实施方案中,肺癌为非小细胞肺癌或肺鳞状细胞癌。
在一些实施方案中,白血病为急性骨髓性白血病(AML)或慢性淋巴细胞性白血病(CLL)。
在一些实施方案中,乳腺癌为乳腺浸润性癌。
在一些实施方案中,卵巢癌为卵巢浆液性囊腺癌。
在一些实施方案中,肾癌为肾透明细胞癌。
在一些实施方案中,结肠癌为结肠腺癌。
在一些实施方案中,膀胱癌为膀胱尿路上皮癌。
在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂选自IGSF8抗体。
在一些实施方案中,用于治疗癌症的IGSF8拮抗剂可为抑制IGSF8与其配体之间的相互作用的非抗体蛋白质,诸如IGSF8蛋白的可溶性型式或其部分(例如ECD),任选还包含融合配偶体并且呈融合分子形式。以下章节更详细描述了各种示例性IGSF8拮抗剂。
4.施用途径和载体
在各种实施方案中,可皮下或静脉内施用IGSF8拮抗剂。
在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂可在体内通过各种途径施用,包括但不限于经口、动脉内、肠胃外、鼻内、肌肉内、心内、心室内、气管内、经颊、经直肠、腹膜内、通过吸入、真皮内、经表面、经真皮以及鞘内,或以其他方式,例如通过植入。
可将本发明组合物配制成呈固体、半固体、液体或气态形式的制剂;包括但不限于片剂、胶囊、粉末、颗粒、软膏、溶液、栓剂、灌肠剂、注射物、吸入剂以及气溶胶。
在一些实施方案中,使用基因疗法递送IGSF8拮抗剂。作为非限制性实例,可将编码IGSF8拮抗剂的核酸分子(诸如Cas9和sgRNA,或Cas12a和crRNA)涂布至金微粒上并且通过粒子轰击装置或例如如文献(参见例如Tang等,Nature 356:152-154(1992))中所描述的“基因枪”进行皮内递送。
在各种实施方案中,将包含IGSF8拮抗剂的组合物与多种药学上可接受的载体一起提供于制剂中(参见例如Gennaro,Remington:The Science and Practice of Pharmacywith Facts and Comparisons:Drugfacts Plus,第20版(2003);Ansel等,PharmaceuticalDosage Forms and Drug Delivery Systems,第7版,Lippencott Williams and Wilkins(2004);Kibbe等,Handbook of Pharmaceutical Excipients,第3版,PharmaceuticalPress(2000))。包括媒介物、佐剂以及稀释剂的各种药学上可接受的载体是可获得的。此外,各种药学上可接受的助剂物质,诸如pH值调节和缓冲剂、张力调节剂、稳定剂、润湿剂等也是可获得的。非限制性示例性载剂包括盐水、缓冲盐水、右旋糖、水、甘油、乙醇以及它们的组合。
在各种实施方案中,可将包含IGSF8拮抗剂的组合物配制成用于通过将其在水性或非水溶剂(诸如植物油或其他油、合成脂族酸甘油酯、高碳脂肪酸酯或丙二醇)中溶解、悬浮或乳化;并且(如果需要)与常规添加剂(诸如增溶剂、等张剂、悬浮剂、乳化剂、稳定剂以及防腐剂)一起进行注射,包括皮下施用。
在各种实施方案中,可将组合物配制成用于吸入,例如使用加压可接受喷射剂,诸如二氯二氟甲烷、丙烷、氮等。
在各种实施方案中,还可将组合物诸如使用可生物降解或不可生物降解的聚合物配制成持续释放微胶囊。非限制性示例性可生物降解制剂包括聚乳酸-乙醇酸(PLGA)聚合物。非限制性示例性不可生物降解制剂包括聚甘油脂肪酸酯。例如EP 1125584 Al中描述了制备此类制剂的某些方法。
还提供了药物剂量包装,所述药物剂量包装包括各自含有IGSF8拮抗剂的一个或多个剂量的一个或多个容器。在一些实施方案中,提供单位剂量,其中单位剂量含有预定量的含有或不含一种或多种额外的剂的包含IGSF8拮抗剂的组合物。在一些实施方案中,将此类单位剂量供应于用于注射的一次性预填充注射器中。在各种实施方案中,单位剂量中所含的组合物可包含盐水、蔗糖等;缓冲剂,诸如磷酸盐等;和/或被配制成在稳定并且有效的pH值范围内。或者,在一些实施方案中,可以冻干粉末的形式提供组合物,所述冻干粉末可在添加适当液体(例如无菌水)后复原。在一些实施方案中,组合物包含抑制蛋白质聚集的一种或多种物质,包括但不限于蔗糖和精氨酸。在一些实施方案中,本发明的组合物包含肝素和/或蛋白聚糖。
以有效治疗或预防特定适应征的量施用药物组合物。治疗有效量典型地取决于所治疗的受试者的体重、其身体或健康状况、所要治疗的疾患的程度或所治疗的受试者的年龄。
在一些实施方案中,可以每一剂量每千克体重约50μg至约50mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量每千克体重约100μg至约50mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量每千克体重约100μg至约20mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量每千克体重约0.5mg至约20mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。
在一些实施方案中,可以每一剂量约10mg至约1,000mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量约20mg至约500mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量约20mg至约300mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可以每一剂量约20mg至约200mg范围内的量施用IGSF8拮抗剂。
可按需要向受试者施用IGSF8拮抗剂组合物。在一些实施方案中,一次或多次向受试者施用有效剂量的IGSF8拮抗剂。在各种实施方案中,每月一次、不到每月一次(诸如两月一次、每三个月或每六个月)向受试者施用有效剂量的IGSF8拮抗剂。在其他实施方案中,一个月超过一次(诸如每两周、每周、每周两次、每周三次、每天或每天多次)施用有效剂量的IGSF8拮抗剂。至少一次向受试者施用有效剂量的IGSF8拮抗剂。在一些实施方案中,可多次施用有效剂量的IGSF8拮抗剂,包括持续至少一个月、至少六个月或至少一年的时间。在一些实施方案中,按需要向受试者施用IGSF8拮抗剂以缓解疾患的一种或多种症状。
5.组合疗法
可与用于治疗疾病的其他生物活性物质或其他治疗程序组合向有需要的受试者施用本发明的IGSF8拮抗剂,包括任何抗体和其功能片段。举例来说,可单独或与其他治疗模式一起施用IGSF8拮抗剂。它们可在其他治疗模式(诸如放射疗法)之前、基本上与其同时或在其之后提供。
为治疗癌症,可与抗癌剂(诸如免疫检查点抑制剂、化学治疗剂、生长抑制剂、抗血管生成剂或抗赘生组合物)中的一者或多者结合施用IGSF8拮抗剂。
在某些实施方案中,与第二拮抗剂(诸如免疫检查点抑制剂,例如PD-1或PD-L1路径的抑制剂)一起,向患有刺激免疫系统将有益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者施用特异性结合至IGSF8的IGSF8拮抗剂(“IGSF8结合拮抗剂”),例如IGSF8拮抗剂抗体或其抗原结合片段。两种拮抗剂可同时或连续施用,例如如下文关于IGSF8拮抗剂与免疫肿瘤剂的组合所描述。可将一种或多种额外治疗剂(例如检查点调节剂)添加至使用IGSF8结合拮抗剂来治疗癌症或感染性疾病的治疗中。
在某些实施方案中,将IGSF8拮抗剂与另一治疗同时或连续施用给受试者,例如患有癌症的受试者。举例来说,IGSF8拮抗剂可与以下中的一者或多者一起施用:放射疗法、手术或化学疗法,例如靶向化学疗法或免疫疗法。
免疫疗法(例如癌症免疫疗法)包括癌症疫苗和免疫肿瘤剂。IGSF8拮抗剂可为结合至IGSF8的例如蛋白质、抗体、抗体片段或小分子。IGSF8拮抗剂可为特异性结合至IGSF8的抗体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中,一种治疗患有癌症的受试者的方法包括向患有癌症的受试者施用IGSF8拮抗剂,例如IGSF8抗体;以及一种或多种免疫肿瘤剂,诸如免疫检查点抑制剂。
免疫疗法(例如使用免疫肿瘤剂的疗法)有效增强、刺激和/或上调受试者中的免疫反应。在一个方面中,将IGSF8拮抗剂与免疫肿瘤剂(诸如PD-1抑制剂)一起施用在治疗癌症(例如抑制肿瘤生长)中具有协同作用。
在一个方面中,IGSF8拮抗剂在施用免疫肿瘤剂之前依序施用。在一个方面中,IGSF8拮抗剂与免疫肿瘤剂(诸如PD-1抑制剂)同时施用。在另一方面中,IGSF8拮抗剂在施用免疫肿瘤剂(诸如PD-1抑制剂)之后依序施用。可在相隔例如30分钟、60分钟、90分钟、120分钟、3小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、5天、7天或一周或多周的时间开始施用两种剂,或可在已施用第一剂之后例如30分钟、60分钟、90分钟、120分钟、3小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、5天、7天或一周或多周时开始施用第二剂。
在某些方面中,例如历经30或60分钟的时间向患者同时施用(例如同时输注)IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂(例如PD-1抑制剂)。可将IGSF8拮抗剂与免疫肿瘤剂(诸如PD-1抑制剂)一起配制。
免疫肿瘤剂包括例如小分子药物、抗体或其片段或其他生物剂或小分子。生物免疫肿瘤剂的实例包括但不限于抗体、抗体片段、疫苗以及细胞因子。在一个方面中,抗体为单克隆抗体。在某些方面中,单克隆抗体为人源化抗体或人抗体。
在一个方面中,免疫肿瘤剂为(i)刺激(包括共刺激)分子(例如受体或配体)的激动剂或者(ii)免疫细胞(例如T细胞)上的抑制(包括共抑制)分子(例如受体或配体)的拮抗剂,这两者均使得放大抗原特异性T细胞反应。在某些方面中,免疫肿瘤剂为(i)刺激(包括共刺激)分子(例如受体或配体)之激动剂或者(ii)参与先天免疫的细胞(例如NK细胞)上的抑制(包括共抑制)分子(例如受体或配体)的拮抗剂,并且其中免疫肿瘤剂增强先天免疫。此类免疫肿瘤剂常常称为免疫检查点调控因子,例如免疫检查点抑制剂或免疫检查点刺激剂。
在某些实施方案中,免疫肿瘤剂靶向作为免疫球蛋白超家族(IgSF)的成员的刺激或抑制分子。举例来说,免疫肿瘤剂可为靶向(或特异性结合于)膜结合配体的B7家族的成员的剂,所述膜结合配体的B7家族的成员包括B7-1、B7-2、B7-H1(PD-L1)、B7-DC(PD-L2)、B7-H2(ICOS-L)、B7-H3、B7-H4、B7-H5以及B7-H6;或特异性结合于B7家族成员的共刺激或共抑制受体。免疫肿瘤剂可为靶向膜结合配体的TNF家族的成员的剂,或特定性结合至例如TNF受体家族成员的共刺激或共抑制受体。可由免疫肿瘤剂靶向的示例性TNF和TNFR家族成员包括CD40和CD40L、OX-40、OX-40L、GITR、GITRL、CD70、CD27L、CD30、CD30L、4-1BBL、CD137(4-1BB)、TRAIL/Apo2-L、TRAILR1/DR4、TRAILR2/DR5、TRAILR3、TRAILR4、OPG、RANK、RANKL、TWEAKR/Fnl4、TWEAK、BAFFR、EDAR、XEDAR、TACI、APRIL、BCMA、LTfiR、LIGHT、DcR3、HVEM、VEGI/TL1A、TRAMP/DR3、EDAR、EDA1、XEDAR、EDA2、TNFR1、淋巴细胞毒素α/ΤΝΡβ、TNFR2、TNFa、LTfiR、淋巴细胞毒素a 1β2、FAS、FASL、RELT、DR6、TROY以及NGFR。可与IGSF8拮抗剂组合使用来治疗癌症的免疫肿瘤剂可为靶向IgSF成员(诸如B7家族成员、B7受体家族成员、TNF家族成员或TNFR家族成员,诸如上文所描述的那些)的剂,例如抗体。
在一个方面中,将IGSF8拮抗剂与以下中的一者或多者一起施用:(i)抑制T细胞活化的蛋白质(诸如CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、TIM3、半乳凝素9、CEACAM-1、BTLA、CD69、半乳糖凝集素-1、TIGIT、CD113、GPR56、VISTA、B7-H3、B7-H4、2B4、CD48、GARP、PDIH、LAIRl、TIM-1、TIM-4以及PSGL-1)的拮抗剂(例如免疫检查点抑制剂);以及(ii)刺激T细胞活化的蛋白质(诸如B7-1、B7-2、CD28、4-1BB(CD137)、4-1BBL、ICOS、ICOS-L、OX40、OX40L、GITR、GITRL、CD70、CD27、CD40、CD40L、DR3以及CD28H)的激动剂。
在一个方面中,免疫肿瘤剂为对抑制T细胞活化的细胞因子(例如IL-6、IL-10、TGF-β、VEGF以及其他免疫抑制细胞因子)进行抑制的剂(即其拮抗剂),或为刺激T细胞活化并且刺激免疫反应的细胞因子(诸如IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21以及IFNα)的激动剂(例如细胞因子本身)。
可与IGSF8拮抗剂组合用于刺激免疫系统(例如用于治疗癌症和感染性疾病)的其他剂包括NK细胞上的抑制受体的拮抗剂或NK细胞上的活化受体的激动剂。举例来说,抗IGSF8拮抗剂可与KIR的拮抗剂组合。
用于组合疗法的其他剂包括抑制或耗竭巨噬细胞或单核细胞的剂,包括但不限于CSF-IR拮抗剂,诸如CSF-IR拮抗剂抗体,包括RG7155(WOl 1/70024、WOl 1/107553、WO11/131407、W013/87699、W013/119716、WO13/132044)或FPA008(WOl 1/140249;W013169264;WO14/036357)。
免疫肿瘤剂还包括抑制TGF-β信号传导的剂。
可与IGSF8拮抗剂组合的额外的剂包括增强肿瘤抗原呈现的剂,例如树突细胞疫苗、GM-CSF分泌型细胞疫苗、CpG寡核苷酸以及咪喹莫特(imiquimod);或增强肿瘤细胞的免疫原性的疗法(例如蒽环类)。
可与IGSF8拮抗剂组合的其他疗法包括耗竭或阻断Treg细胞的疗法,例如特异性结合至CD25的剂。
可与IGSF8拮抗剂组合的另一疗法为抑制代谢酶(诸如吲哚胺加双氧酶(IDO)、加双氧酶、精氨酸酶或氧化氮合成酶)的疗法。
可使用的另一类别的剂包括抑制腺苷形成或抑制腺苷A2A受体的剂。
可与IGSF8拮抗剂组合用于治疗癌症的其他疗法包括逆转/预防T细胞无力或耗竭的疗法以及触发肿瘤位点处的先天免疫活化和/或炎症的疗法。
IGSF8拮抗剂可与超过一种免疫肿瘤剂(诸如免疫检查点抑制剂)组合,并且可例如与靶向免疫路径的多个元件的组合方法组合,诸如以下中的一者或多者:增强肿瘤抗原呈现的疗法(例如树突细胞疫苗、GM-CSF分泌型细胞疫苗、CpG寡核苷酸、咪喹莫特);抑制负向免疫调控的疗法,例如通过抑制CTLA-4和/或PD1/PD-L1/PD-L2路径和/或耗竭或阻断Treg或其他免疫阻抑细胞;刺激正向免疫调控的疗法,例如使用刺激CD-137、OX-40和/或GITR路径和/或刺激T细胞效应功能的激动剂;全身地增加抗肿瘤T细胞频率的疗法;耗竭或抑制Treg(诸如肿瘤中的Treg)的疗法,例如使用CD25的拮抗剂(例如达利珠单抗)或通过离体抗CD25珠粒耗竭;影响肿瘤中的抑制性骨髓样细胞的功能的疗法;增强肿瘤细胞的免疫原性的疗法(例如蒽环类);过继性T细胞或NK细胞转移,包括基因修饰的细胞,例如由嵌合抗原受体修饰的细胞(CAR-T疗法);抑制代谢酶(诸如吲哚胺加双氧酶(IDO)、加双氧酶、精氨酸酶或氧化氮合成酶)的疗法;逆转/预防T细胞无力或耗竭的疗法;触发肿瘤位点处的先天免疫活化和/或炎症的疗法;施用免疫刺激细胞因子或阻断免疫抑制细胞因子。
举例来说,IGSF8拮抗剂可与以下物质一起使用:连结正向共刺激受体的一种或多种激动剂;通过抑制受体减弱信号传导的一种或多种拮抗剂(阻断剂),诸如克服肿瘤微环境内的独特免疫抑制路径(例如阻断PD-L1/PD-1/PD-L2相互作用)的拮抗剂;全身地增加抗肿瘤免疫细胞(诸如T细胞)的频率、耗竭或抑制Treg(例如通过抑制CD25)的一种或多种剂;抑制代谢酶(诸如IDO)的一种或多种剂;逆转/预防T细胞无力或耗竭的一种或多种剂;以及触发肿瘤位点处的先天免疫活化和/或炎症的一种或多种剂。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为CTLA-4拮抗剂,诸如拮抗性CTLA-4抗体。合适的CTLA-4抗体包括例如YERVOY(伊匹单抗)或曲美木单抗(tremelimumab)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为PD-1拮抗剂,诸如拮抗性PD-1抗体。合适的PD-1抗体包括例如OPDIVO(纳武单抗)、KEYTRUDA(派姆单抗)或MEDI-0680(AMP-514;WO2012/145493)。免疫肿瘤剂还可包括皮地利珠单抗(pidilizumab)(CT-011)。用于靶向PD-1受体的另一方法为由PD-L2的细胞外结构域(B7-DC)融合至IgGl的Fc部分组成的重组蛋白,称为AMP-224。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为PD-L1拮抗剂,诸如拮抗性PD-Ll抗体。合适的PD-L1抗体包括例如MPDL3280A(RG7446;WO2010/077634)、德瓦鲁单抗(durvalumab)(MEDI4736)、BMS-936559(WO2007/005874)、MSB0010718C(WO2013/79174)或rHigM12B7。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为LAG-3拮抗剂,诸如拮抗性LAG-3抗体。合适的LAG3抗体包括例如BMS-986016(WO10/19570、WO14/08218)或IMP-731或IMP-321(WO08/132601、WO09/44273)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为CD137(4-1BB)激动剂,诸如激动性CD137抗体。合适的CD137抗体包括例如乌瑞鲁单抗(urelumab)或PF-05082566(W012/32433)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为GITR激动剂,诸如激动性GITR抗体。合适的GITR抗体包括例如TRX-518(WO06/105021、WO09/009116)、MK-4166(WO 11/028683)或WO2015/031667中所公开的GITR抗体。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为OX40激动剂,诸如激动性OX40抗体。合适的OX40抗体包括例如MEDI-6383、MEDI-6469或MOXR0916(RG7888;WO06/029879)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为CD40激动剂,诸如激动性CD40抗体。在某些实施方案中,免疫肿瘤剂为CD40拮抗剂,诸如拮抗性CD40抗体。合适的CD40抗体包括例如鲁卡妥木单抗(lucatumumab)(HCD122)、达西珠单抗(dacetuzumab)(SGN-40)、CP-870,893或Chi Lob 7/4。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为CD27激动剂,诸如激动性CD27抗体。合适的CD27抗体包括例如万利鲁单抗(varlilumab)(CDX-1127)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为MGA271(针对B7H3)(WOl1/109400)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为KIR拮抗剂,诸如利丽单抗(lirilumab)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为IDO拮抗剂。合适的IDO拮抗剂包括例如INCB-024360(WO2006/122150、WO07/75598、WO08/36653、WO08/36642)、吲哚莫德(indoximod)、NLG-919(WO09/73620、WO09/1156652、WOl 1/56652、WO 12/142237)或F001287。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为钟样受体激动剂,例如TLR2/4激动剂(例如卡介苗(Bacillus Calmette-Guerin));TLR7激动剂(例如Hiltonol或咪喹莫特);TLR7/8激动剂(例如瑞喹莫特(Resiquimod));或TLR9激动剂(例如CpG7909)。
在一个实施方案中,通过向受试者施用IGSF8拮抗剂和免疫肿瘤剂来治疗患有可因刺激免疫系统而受益的疾病(例如癌症或感染性疾病)的受试者,其中免疫肿瘤剂为TGF-β抑制剂,例如GC1008、LY2157299、TEW7197或IMC-TR1。
6.示例性IGSF8拮抗剂
在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂为IGSF8抗体。在一些实施方案中,用于治疗癌症的IGSF8拮抗剂可为抑制IGSF8与其配体之间的相互作用的非抗体蛋白质,诸如可溶性IGSF8或其部分(例如ECD),任选还包含融合配偶体并且呈融合分子形式。在其他实施方案中,拮抗剂还可为小分子或小肽。
IGSF8抗体
在一些实施方案中,提供了阻断IGSF8与其配体的结合的抗体。在一些实施方案中,提供了抑制IGSF8介导的信号传导的抗体。在一些此类实施方案中,抗体为IGSF8抗体。在一些实施方案中,IGSF8抗体结合至IGSF8细胞外结构域(ECD)。在一些实施方案中,IGSF8抗体抑制IGSF8与其配体的结合。在一些实施方案中,IGSF8抗体抑制IGSF8介导的信号传导。在一些实施方案中,IGSF8抗体抑制IGSF8介导的信号传导。
在一些实施方案中,本发明的IGSF8抗体对IGSF8(例如对humIGSF8)具有≤1μΜ、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更大,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中,IGSF8抗体对IGSF8(例如对humIGSF8)具有≤1μΜ、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更大,例如10-8M至10-13M,例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。
在一些实施方案中,具有本文所提供的任何特征的IGSF8抗体抑制至少25%、50%、75%、80%、90%或100%的IGSF8的信号传导。
在一些实施方案中,如实施例7(以引用的方式并入本文中)中所描述,本发明的IGSF8抗体为抗体C1-C29或C1-C12。
在一些实施方案中,本发明提供了一种对IGSF8具特异性的抗IGSF8单克隆抗体或其抗原结合片段,其中单克隆抗体包含:(1)重链可变区(HCVR),所述重链可变区包含抗体C1-C29(诸如C1-C12)中的任一者的HCVR CDR1-CDR3序列;以及,(2)轻链可变区(LCVR),所述轻链可变区包含所述抗体C1-C29(诸如C1-C12)中的任一者的LCVR CDR1-CDR3序列。在某些实施方案中,抗IGSF8单克隆抗体或其抗原结合片段具有抗体C1-C29中的一者(诸如C1-C12中的任一者)的HCVR CDR1-CDR3和LCVR CDR1-CDR3。
在一些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段包含:(a)所述抗体C1-C29(诸如C1-C12)中的任一者的HCVR序列;和/或(b)所述抗体C1-C29(诸如C1-C12)中的任一者的LCVR序列。在某些实施方案中,抗IGSF8单克隆抗体或其抗原结合片段具有抗体C1-C29中的一者(诸如C1-C12中的任一者)的HCVR和LCVR。
在一些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段为人-小鼠嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、CDR移植抗体或表面重塑抗体。
在一些实施方案中,其抗原结合片段为Fab、Fab'、F(ab’)2、Fd、单链Fv或scFv、二硫键连接的Fv、V-NAR结构域、IgNar、内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单结构域抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
在一些实施方案中,单克隆抗体或其抗原结合片段以小于约25nM、20nM、15nM、10nM、5nM、2nM或1nM的Kd结合IGSF8。
在一些实施方案中,抗体结合至来自多个物种的IGSF8。举例来说,在一些实施方案中,抗体结合至人IGSF8,并且还结合至来自选自小鼠、大鼠、狗、豚鼠以及食蟹猴的至少一种非人哺乳动物的IGSF8。
在一些实施方案中,提供了多特异性抗体。在一些实施方案中,提供了双特异性抗体。非限制性示例性双特异性抗体包括包含第一臂和第二臂的抗体,所述第一臂包含结合第一抗原的重链/轻链组合,并且第二臂包含结合第二抗原的重链/轻链组合。另一非限制性示例性多特异性抗体为双可变结构域抗体。在一些实施方案中,双特异性抗体包含抑制IGSF8的结合的第一臂以及例如通过结合CD3刺激T细胞的第二臂。在一些实施方案中,第一臂结合IGSF8。
本发明的另一方面提供了一种与上文所描述的本发明的单克隆抗体或其抗原结合片段竞争的单克隆抗体或其抗原结合片段。
7.人源化抗体
在一些实施方案中,IGSF8抗体为人源化抗体。人源化抗体可用作治疗剂分子,因为人源化抗体降低或消除人对非人抗体的免疫反应(诸如人抗小鼠抗体(HAMA)反应),人对非人抗体的免疫反应可产生对抗体治疗剂的免疫反应,并且降低治疗剂的有效性。
可通过任何标准方法对抗体进行人源化。人源化的非限制性示例性方法包括例如美国专利号5,530,101;5,585,089;5,693,761;5,693,762;6,180,370;Jones等,Nature321:522-525(1986);Riechmann等,Nature332:323-27(1988);Verhoeyen等,Science 239:1534-36(1988);以及美国公布号US 2009/0136500中所描述的方法。所有参考文献以引用的方式并入本文中。
人源化抗体为其中非人可变区的构架区中至少一个氨基酸已用来自人构架区中对应位置的氨基酸置换的抗体。在一些实施方案中,非人可变区的构架区中至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少10个、至少11个、至少12个、至少15个或至少20个氨基酸用来自一个或多个人构架区中的一个或多个对应位置的氨基酸置换。
在一些实施方案中,用于取代的对应人氨基酸中的一些来自不同人免疫球蛋白基因的构架区。换句话说,在一些此类实施方案中,非人氨基酸中的一者或多者可用来自第一人抗体的人构架区的对应氨基酸置换或由第一人免疫球蛋白基因编码,非人氨基酸中的一者或多者可用来自第二人抗体的人构架区的对应氨基酸置换或由第二人免疫球蛋白基因编码,非人氨基酸中的一者或多者可用来自第三人抗体的人构架区的对应氨基酸置换或由第三人免疫球蛋白基因编码,等。另外,在一些实施方案中,单个构架区(例如FR2)中用于取代的所有对应人氨基酸不需要来自相同的人构架。然而,在一些实施方案中,用于取代的所有对应人氨基酸来自相同的人抗体或由相同的人免疫球蛋白基因编码。
在一些实施方案中,通过将一个或多个整个构架区用对应人构架区置换来对抗体进行人源化。在一些实施方案中,选择与所置换的非人构架区具有最高同源性水平的人构架区。在一些实施方案中,此类人源化抗体为CDR移植抗体。
在一些实施方案中,在CDR移植之后,一个或多个构架氨基酸变回小鼠构架区中的对应氨基酸。在一些实施方案中,进行此类“反向突变”以保留似乎有助于CDR中的一者或多者的结构和/或可能参与抗原接触和/或似乎参与抗体的总体结构完整性的一个或多个小鼠构架氨基酸。在一些实施方案中,在CDR移植之后对抗体的构架区进行十个或更少、九个或更少、八个或更少、七个或更少、六个或更少、五个或更少、四个或更少、三个或更少、两个或更少、一个或零个反向突变。
在一些实施方案中,人源化抗体还包含人重链恒定区和/或人轻链恒定区。
8.嵌合抗体
在一些实施方案中,IGSF8抗体为嵌合抗体。在一些实施方案中,IGSF8抗体包含至少一个非人可变区和至少一个人恒定区。在一些此类实施方案中,IGSF8抗体的所有可变区为非人可变区,并且IGSF8抗体的所有恒定区为人恒定区。在一些实施方案中,嵌合抗体的一个或多个可变区为小鼠可变区。嵌合抗体的人恒定区不需要与它置换的非人恒定区(若有)属于相同同型。例如美国专利号4,816,567;以及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851-55(1984)中论述了嵌合抗体。
9.人抗体
在一些实施方案中,IGSF8抗体为人抗体。人抗体可通过任何合适的方法来制备。非限制性示例性方法包括在包含人免疫球蛋白基因座的转基因小鼠中制备人抗体。参见例如Jakobovits等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551-55(1993);Jakobovits等,Nature362:255-8(1993);onberg等,Nature 368:856-9(1994);以及美国专利号5,545,807;6,713,610;6,673,986;6,162,963;5,545,807;6,300,129;6,255,458;5,877,397;5,874,299;以及5,545,806。
非限制性示例性方法还包括使用噬菌体展示文库制备人抗体。参见例如Hoogenboom等,J.Mol.Biol.227:381-8(1992);Marks等,J.Mol.Biol.222:581-97(1991);及PCT公布号WO 99/10494。
人抗体恒定区
在一些实施方案中,本文所描述的人源化、嵌合或人抗体包含一个或多个人恒定区。在一些实施方案中,人重链恒定区属于选自IgA、IgG以及IgD的同型。在一些实施方案中,人轻链恒定区属于选自K和λ的同型。在一些实施方案中,本文所描述的抗体包含人IgG恒定区,例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4。在一些实施方案中,抗体或Fc融合配偶体例如在IgG1恒定区中包含C237S突变。在一些实施方案中,本文所描述的抗体包含人IgG2重链恒定区。在一些此类实施方案中,如美国专利号6,900,292中所描述,IgG2恒定区包含P331S突变。在一些实施方案中,本文所描述的抗体包含人IgG4重链恒定区。在一些此类实施方案中,本文所描述的抗体在人IgG4恒定区中包含S241P突变。参见例如Angal等Mol.Immunol.30(1):105-108(1993)。在一些实施方案中,本文所描述的抗体包含人IgG4恒定区和人κ轻链。
重链恒定区的选择可决定抗体是否将在体内具有效应功能。在一些实施方案中,此类效应功能包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和/或补体依赖性细胞毒性(CDC),并且可引起对与抗体结合的细胞的杀伤作用。典型地,包含人IgG1或IgG3重链的抗体具有效应功能。
在一些实施方案中,效应功能为不需要的。举例来说,在一些实施方案中,在炎症疾患和/或自身免疫病症的治疗中,效应功能可为不需要的。在一些此类实施方案中,对人IgG4或IgG2重链恒定区进行选择或工程化。在一些实施方案中,IgG4恒定区包含S241P突变。
可通过任何合适方法来纯化本文所描述的抗体中的任一者。此类方法包括但不限于使用亲和力基质或疏水相互作用色谱。合适的亲和力配体包括与抗体结合的抗原和/或表位,以及结合抗体恒定区的配体。举例来说,可使用蛋白质A、蛋白质G、蛋白质A/G或抗体亲和柱来结合恒定区以及纯化抗体。
在一些实施方案中,还使用疏水性相互作用色谱(HIC)(例如丁基或苯基柱)来纯化一些多肽。许多纯化多肽的方法为本领域中已知的。
或者,在一些实施方案中,在无细胞系统中产生本文所描述的抗体。例如Sitaraman等,Methods Mol.Biol.498:229-44(2009);Spirin,Trends Biotechnol.22:538-45(2004);Endo等,Biotechnol.Adv.21:695-713(2003)中描述了非限制性示例性无细胞系统。
10.抗体特性
在一些实施方案中,本发明IGSF8抗体结合至IGSF8并且抑制IGSF8介导的信号传导,诸如如图4和图5A至图5D中所示上调或下调下游基因。在一些实施方案中,IGSF8抗体以小于50nM、小于20nM、小于10nM或小于1nM的结合亲和力(KD)或EC50值结合至IGSF8。在一些实施方案中,如例如通过放射免疫分析(RIA)所测量,IGSF8抗体结合至不相关的非IGSF8蛋白的程度低于抗体与IGSF8的结合的约10%。在一些实施方案中,IGSF8抗体结合至在来自不同物种的IGSF8间保守的IGSF8的表位。在一些实施方案中,IGSF8抗体与结合humIGSF8的人IGSF8抗体或人源化IGSF8抗体结合至相同表位。
在一些实施方案中,IGSF8抗体缀合至标记,所述标记为有助于检测抗体和/或有助于检测与抗体结合分子的部分。非限制性示例性标记包括但不限于放射性同位素、荧光基团、酶基团、化学发光基团、生物素、表位标签、金属结合标签等。本领域技术人员可根据预期应用选择合适的标记。
在一些实施方案中,在体外使用化学方法使标记缀合至抗体。缀合的非限制性示例性化学方法为本领域中已知的,并且包括可从例如Thermo Scientific Life ScienceResearch Produces(formerly Pierce;Rockford,IL)、Prozyme(Hayward,CA)、SACRIAntibody Services(Calgary,Canada)、AbD Serotec(Raleigh,NC)等商购获得的服务、方法和/或试剂。在一些实施方案中,当标记为多肽时,标记可从具有至少一个抗体链的相同表达载体表达,以制备包含融合至抗体链的标记的多肽。
11.IGSF8 ECD、融合物以及小肽
在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂为抑制IGSF8与其配体的结合的IGSF8多肽(诸如全长IGSF8)或其片段。在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂为IGSF8细胞外结构域(ECD)。在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂为全长IGSF8 ECD。在一些实施方案中,IGSF8 ECD为IGSF8ECD片段,例如包含衍生出它的全长IGSF8 ECD氨基酸序列的至少80%、至少85%、至少90%或至少95%。在一些实施方案中,IGSF8ECD为IGSF8 ECD变体,所述变体例如包含与衍生出它的全长IGSF8ECD的至少80%、至少85%、至少90%、至少92%、至少95%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性。在其他实施方案中,IGSF8ECD来自非人IGSF8 ECD并且可为全长的、片段或变体。
在一些实施方案中,将IGSF8或IGSF8片段与至少一种融合配偶体组合。因此,在一些此类实施方案中,IGSF8拮抗剂可包含全长IGSF8 ECD以及至少一种融合配偶体以形成IGSF8 ECD融合分子。在一些实施方案中,融合分子的IGSF8 ECD部分包含IGSF8 ECD片段,例如包含衍生出它的全长IGSF8 ECD氨基酸序列的至少80%、至少85%、至少90%或至少95%。在一些实施方案中,融合分子的IGSF8 ECD部分为IGSF8 ECD变体,所述变体例如包含与衍生出它的全长IGSF8 ECD的至少80%、至少85%、至少90%、至少92%、至少95%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性。在其他实施方案中,IGSF8组分来自非人IGSF8 ECD并且可为全长的、片段或变体。在以上融合分子实施方案中的任一者中,融合配偶体可包含免疫球蛋白Fc分子,例如人Fc分子,或在一些实施方案中。在其他实施方案中,融合配偶体可为不同的分子,诸如白蛋白或聚乙二醇(PEG)。在一些实施方案中,可将超过一种融合配偶体连接至IGSF8ECD。在一些实施方案中,将融合配偶体(或配偶体)连接在ECD的C端,而其他连接也是可能的,诸如在氨基酸侧链上或在N端。融合配偶体连接至IGSF8 ECD可为直接连接(即通过共价键)或通过接头间接连接。接头可包含例如至少一个插入的氨基酸或另外一些化学部分用以将融合配偶体以共价或非共价方式连接至ECD。
在以上实施方案中的任一者中,IGSF8多肽可包括信号序列或呈成熟形式,即不包括信号序列。信号序列可来自天然IGSF8分子或它可为来自不同蛋白质的信号序列,例如被选择用于增强在细胞培养物中IGSF8多肽的表达的信号序列。
在一些实施方案中,IGSF8 ECD可包含以下序列:
REVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQQNFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQAQDAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVHEGQELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRSVPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAERLAAGELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHVDVQTLSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPGRLVAQLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSGTRLREAASARSRPLPVHVREEGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGPPGLRLAASWWVERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGGPVSVELVGPRSHRLRLHSLGPEDEGVYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSARSGPVTVYPYMHALDT(SEQ ID NO:468)
在任一以上情况下,IGSF8 ECD可为融合分子的一部分,使得以上氨基酸序列可直接或经由接头连接至融合配偶体,诸如Fc、白蛋白或PEG。举例来说,在其中拮抗剂为IGSF8ECD融合分子的一些实施方案中,融合分子可包含以上序列中的一者加上免疫球蛋白Fc序列或来自人IgG1的Fc。可通过使IGSF8 ECD氨基酸序列直接或经由接头(插入的氨基酸或氨基酸序列或另一化学部分)连接至Fc氨基酸序列来形成IGSF8 ECD Fc融合分子。
在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂可为小分子或肽,例如小肽。在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂可为包含IGSF8 ECD片段的氨基酸序列的小肽。在一些实施方案中,IGSF8拮抗剂为具有例如3至20(例如3至15或3至10)个氨基酸的小肽,所述肽可为线性或环形的,其序列包含IGSF8片段、IGSF8 ECD片段或IGSF8片段或IGSF8 ECD片段的变体。IGSF8的此类变体可与衍生出它的天然片段序列具有例如至少95%、至少97%、至少99%序列同一性。
在某些实施方案中,本发明的多肽中的任一者(包括抗体其抗原结合部分、IGSF8多肽以及其ECD)当合成时可具有异源信号肽。为使一些所分泌的蛋白质表达并且大量分泌,来自异源蛋白质的信号肽可为所需的。采用异源信号肽可为有利的,因为在分泌过程期间在ER中移除信号肽时,所得成熟多肽可保持不变。可能需要添加异源信号肽以表达和分泌一些蛋白质。
例如由新加坡国立大学生物化学系(Department of Biochemistry,NationalUniversity of Singapore)维持的线上信号肽数据库中描述了非限制性示例性信号肽序列。参见Choo等,BMC Bioinformatics,6:249(2005);以及PCT公布号WO 2006/081430。
12.共翻译和翻译后修饰
在一些实施方案中,在翻译期间或翻译之后例如通过糖基化、唾液酸化、乙酰化、磷酸化、酰胺化、通过已知保护/阻断基衍生化、蛋白水解裂解或连接至抗体分子或其他细胞配体对诸如IGSF8或IGSF8 ECD等多肽进行差异修饰。可通过包括但不限于以下的已知技术进行许多化学修饰中的任一者:通过溴化氰、胰蛋白酶、糜蛋白酶、木瓜蛋白酶、V8蛋白酶进行特异性化学裂解;NABH4;乙酰化;甲酰化;氧化;还原;和/或在存在衣霉素的情况下代谢合成。
本发明涵盖额外的翻译后修饰,包括例如N-连接或O-连接的碳水化合物链;N端或C端末端的加工;化学部分连接至氨基酸骨架;N-连接或O-连接的碳水化合物链的化学修饰;以及因原核宿主细胞表达而添加或缺失N端甲硫氨酸残基。
13.编码IGSF8拮抗剂的核酸分子
本发明还提供了包含编码本文所描述的抗体(诸如IGSF8抗体)的一个或多个链的多核苷酸的核酸分子。在一些实施方案中,核酸分子包含编码本文所描述的抗体的重链或轻链的多核苷酸。在一些实施方案中,核酸分子包含编码本文所描述的抗体的重链的多核苷酸与编码轻链的多核苷酸两者。在一些实施方案中,第一核酸分子包含编码重链的第一多核苷酸并且第二核酸分子包含编码轻链的第二多核苷酸。
在一些此类实施方案中,重链和轻链从一个核酸分子或从两个单独的核酸分子表达为两种单独的多肽。在一些实施方案中,诸如当抗体为scFv时,单个多核苷酸编码包含连接在一起的重链与轻链的单个多肽。
在一些实施方案中,编码本文所描述的抗体的重链或轻链的多核苷酸包含编码前导序列的核苷酸序列,所述核苷酸序列在翻译时定位于重链或轻链的N端。如上文所论述,前导序列可为天然重链或轻链前导序列,或可为另一异源前导序列。
还提供了如下核酸,所述核酸编码其他IGSF8拮抗剂,诸如IGSF8的片段或变体,包括IGSF8 ECD分子或IGSF8 ECD融合分子,并且包括VISTA的片段或变体,包括VISTA ECD分子或VISTA ECD融合分子。可使用本领域中的常规重组DNA技术来构建核酸分子。在一些实施方案中,核酸分子为适合于在所选宿主细胞中表达的表达载体。
14.载体
提供了包含编码本文所描述的抗体的重链和/或轻链的多核苷酸的载体。此类载体包括但不限于DNA载体、噬菌体载体、病毒载体、逆转录病毒载体等。在一些实施方案中,载体包含编码重链的第一多核苷酸序列以及编码轻链的第二多核苷酸序列。在一些实施方案中,重链和轻链从载体表达为两种单独的多肽。在一些实施方案中,重链和轻链表达为单个多肽的一部分,诸如当抗体为scFv时。
在一些实施方案中,第一载体包含编码重链的多核苷酸并且第二载体包含编码轻链的多核苷酸。在一些实施方案中,将第一载体和第二载体以类似量(诸如类似摩尔量或类似质量)转染至宿主细胞中。在一些实施方案中,将摩尔比或质量比介于5:1与1:5之间的第一载体和第二载体转染至宿主细胞中。在一些实施方案中,使用质量比介于1:1与1:5之间的编码重链的载体与编码轻链的载体。在一些实施方案中,使用质量比为1:2的编码重链的载体与编码轻链的载体。
在一些实施方案中,选择针对多肽在CHO或CHO源性细胞中或NSO细胞中的表达优化的载体。例如Running Deer等,Biotechnol.Prog.20:880-889(2004)中描述了示例性此类载体。在一些实施方案中,选择载体用于IGSF8拮抗剂在动物(包括人)中的体内表达。在一些此类实施方案中,一种或多种多肽的表达受以组织特异性方式发挥功能的一种或多种启动子的控制。举例来说,例如PCT公布号WO2006/076288中描述了肝脏特异性启动子。
15.宿主细胞
在各种实施方案中,可使本文所描述的抗体的重链和/或轻链在原核细胞,诸如细菌细胞中;或真核细胞,诸如真菌细胞(诸如酵母)、植物细胞、昆虫细胞以及哺乳动物细胞中表达。此类表达可例如根据本领域中已知的程序来进行。可用于表达多肽的示例性真核细胞包括但不限于COS细胞,包括COS 7细胞;293细胞,包括293-6E细胞;CHO细胞,包括CHO-S和DG44细胞;细胞(Crucell);以及NSO细胞。在一些实施方案中,可使本文所描述的抗体的重链和/或轻链在酵母中表达。参见例如美国公布号US 2006/0270045 Al。在一些实施方案中,基于对IGSF8抗体的重链和/或轻链形成所需翻译后修饰的能力来选择特定真核宿主细胞。举例来说,在一些实施方案中,CHO细胞产生与293细胞中所产生的相同多肽相比具有更高水平的唾液酸化的多肽。
将一种或多种核酸引入所需宿主细胞中可通过任何方法来实现,包括但不限于磷酸钙转染、DEAE-右旋糖酐介导的转染、阳离子脂质介导的转染、电穿孔、转导、感染等,例如Sambrook等,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第3版Cold Spring HarborLaboratory Press(2001)中描述了非限制性示例性方法。可根据任何合适的方法将核酸在所需宿主细胞中瞬时或稳定转染。
在一些实施方案中,可在动物中体内产生一种或多种多肽,所述动物已根据任何合适的方法工程化或用一种或多种编码多肽的核酸分子转染。
实施例
实施例1 Colo205癌细胞中IGSF8的损失使自然杀手(NK)细胞针对Colo205细胞的细胞毒性增强
此实验证实,IGSF8活性/表达负向调控NK细胞针对癌细胞(例如Colo205结肠直肠癌细胞)的细胞毒性,并且IGSF8活性/表达的损失使NK细胞的细胞毒性增强。
使用NK细胞和Colo205癌细胞进行全基因组共培养筛选,以确定哪种或哪些基因是Colo205癌细胞避免被NK细胞杀死所需要的或必需的。具体来说,将Colo205肿瘤细胞用全基因组向导RNA(gRNA)Cas9文库转导,然后与展现典型活化表型的原代人NK细胞一起进行连续两轮过夜共培养。对所得细胞群体进行测序,以鉴定使肿瘤细胞更容易被NK细胞杀死的耗竭gRNA。随后使用基于模型的全基因组CRISPR/Cas9敲除分析(MAGeCK)软件对读段进行计数并且进行处理与未处理(对照)样品之间的基因/gRNA倍数变化、选择得分以及统计分析。
针对分析中所测试的每种基因产生涵盖选择得分和gRNA倍数变化的火山点图,示出在与NK细胞共培养之后排名最靠前的耗竭基因。发现当与抗原呈递相关的基因(诸如HLA-C、Tap1、Tap2以及B2m)耗竭时使得肿瘤细胞最容易被NK细胞杀死。另外,IGSF8为排名最靠前的两种命中之一,Colo205细胞中其活性/表达的损失使NK细胞的细胞毒性增强。结果概括于图1中。
实施例2 IGSF8使来自健康供给者的原代自然杀手细胞和原代T细胞的活力降低
为进一步证实IGSF8对NK细胞活性的负向影响,将增加浓度的由人Fc区标记的重组人IGSF8(IGSF8-hFc)与从两个健康供给者分离的原代人NK细胞一起孵育,并且测定在IGSF8-hFc浓度范围内这些原代NK细胞的活力(剂量反应曲线)。
使用商业阴性/阳性分离试剂盒(StemCell Technologies,Inc.)从健康供给者的外周血单核细胞(PBMC)分离原代NK或T细胞。将NK或T细胞在补充有10%胎牛血清(FBS)、青霉素/链霉素、L-谷氨酰胺、非必需氨基酸、丙酮酸钠、HEPES、2-巯基乙醇以及重组人IL-2(1,000IU/mL)的RPMI培养基中培养,并且在37℃以及5%CO2下孵育。每周一次用抗CD3和CD28珠粒将T细胞活化。
然后,将原代NK或T细胞接种于96孔板中(3,000个细胞/孔)并且培养18至24小时,然后添加IGSF8-hFc融合蛋白或人Fc蛋白质作为阴性对照。在72小时之后通过细胞计数试剂盒8(CCK8)方法以三次生物重复测定细胞活力。
图2A中的数据表明,NK细胞活力在体外随IGSF8-hFc的浓度增加而降低。同时,在相同分析中用作对照的人Fc基本上不影响NK细胞活力。此数据与实施例1中Colo205癌细胞上IGSF8的存在可能至少部分通过降低NK细胞活力而抑制NK细胞功能的观测一致。
在从供给者2分离的原代T淋巴细胞中也获得了类似结果。参见图2B。
这些数据表明,IGSF8降低原代NK细胞与原代T细胞在体外的活力,表明可利用拮抗IGSF8活性来恢复或促进NK/T细胞活性的机制。
实施例3在同基因肿瘤模型中B16-F10肿瘤细胞中CRISPR/Cas9介导的IGSF8敲出阻碍体内肿瘤生长
为进一步证实肿瘤表达的IGSF8对宿主免疫系统的负向影响,比较了具有或不具有IGSF8功能/表达(IGSF8空白)的B16-F10黑素瘤细胞如野生型(WT)小鼠中的同基因肿瘤般生长的能力。使用IGSF8特异性单一向导RNA(sgRNA)序列通过CRISPR/Cas9介导的基因编辑使IGSF8基因缺失/失活。形成IGSF8失活的B16-F10癌细胞系的两种单独细胞系,即sgIGSF8-1和sg IGSF8-2,其中靶向了IGSF8的不同区域。通过流式细胞术验证了IGSF8表达的下调(数据未示出)。作为阴性对照,还在B16-F10细胞中通过CRISPR/Cas9介导的基因编辑类似地使腺相关病毒整合序列AAVS1缺失/失活(sg AAVS1)。然后,在第0天将一百万个未改变的B16-F10癌细胞、sg IGSF8-1细胞、sg IGSF8-2细胞以及sg AAVS1细胞中的每一者分别植入C57BL/6小鼠(每组8个小鼠),并且历时2周根据标准方法测量和计算各个小鼠中的肿瘤体积。使用标准偏差对各个组的结果取平均值,并且绘于图3A中。
很明显,早在第11天,IGSF8表达/功能的不存在就显著阻碍了肿瘤生长(p<0.05),并且在第14天肿瘤体积的差异为显著的(p<0.0001)。此体内结果与IGSF8降低NK和T细胞体外活力的先前观测一致。
有趣的是,IGSF8存在或不存在显然不是肿瘤生长本身所需要的。如在体外针对以上测试细胞系所测量,在6天过程内的相对肿瘤细胞生长速率为大体上不可区分的(参见图3B)。
此结果还与在基于625种类型的癌细胞系的全基因组CRISPR筛选(数据从DepMapPortal下载)中IGSF8的平均基本得分仅为稍微阴性的并且非常接近于0(约-0.05)(数据未示出)的观测一致,表明IGSF8在细胞生长中发挥极其微小(若有)的直接作用。相比之下,原型致癌基因(诸如myc)与细胞周期基因(诸如CDK1)均远低于-1.0,而肿瘤抑制基因Tp53具有+0.2的平均基本得分(数据未示出)。
总地来说,这些数据有力地表明,肿瘤细胞上不存在IGSF8阻碍了体内肿瘤细胞生长,不是通过降低肿瘤细胞本身的生长速率,而可能是通过负向影响(例如抑制)宿主免疫系统。
实施例4 TNFα信号传导通道由IGSF8负向调控
为鉴定使得肿瘤细胞中IGSF8的损失允许肿瘤细胞逃脱免疫监督的机制,针对如实施例3中所描述的IGSF8空白与AAVS1对照B16-F10黑素瘤细胞进行了RNA测序。
重要的是,发现B16-F10细胞中IGSF8的耗竭使TNFα信号传导通道活化,并且使许多免疫相关细胞因子(尤其是CXCL10和CXCL9,参见图5A至图5B)的基因表达增加。CXCL10为属于CXC趋化因子家族的小细胞因子,所述小细胞因子发挥诱导趋化性、促进白细胞分化和增殖以及引起组织溢出的作用。若干细胞类型响应于IFN-γ分泌CXCL10。
因为已知CXCL9和CXCL10调控免疫细胞迁移、分化以及活化,从而导致肿瘤阻抑(Tokunaga等,Cancer Treat Rev.63:40-47,2018),所以检验了IGSF8对其他人癌细胞中的CXCL10表达的作用。
具体来说,在六种不同人癌细胞系中用CRISPR/Cas9将IGSF8敲出,并且针对这些IGSF8空白和AAVS1对照人癌细胞进行RNA测序。图4表明,与具有完整IGSF8的对应癌细胞系相比,在IGSF8空白癌细胞中,各种所测试的肿瘤细胞系中的CXCL10相对表达增加,有时显著增加达几乎10倍。所测试的癌细胞系包括:H292(NCI-H292)为人粘液表皮样肺癌细胞系;A549为人肺癌细胞系;Colo205为杜克斯D型结肠直肠腺癌细胞系;N87为人胃癌细胞系;以及A375为另一人黑素瘤细胞系。
这些数据表明,IGSF8可为各种癌症中的CXCL10表达的通用负向调节剂,并且IGSF8的缺失或失活促进CXCL10表达。
实施例5 IGSF8的损失重塑肿瘤微环境(TME)从而改善NK和T细胞活性
为鉴定使得B16-F10肿瘤中的IGSF8失活显著减少肿瘤生长(参见图3A)的机制,将IGSF8空白和AAVS1对照B16-F10细胞皮下接种至C57BL6小鼠中。当肿瘤生长至约1至2mm3时,将肿瘤分离,并且对分离的肿瘤进行RNA测序。
发现在IGSF8空白肿瘤中,代表肿瘤的免疫细胞溶解活性(CYT)的基因(Gzmb、Prf1等)显著上调(图5B),但在IGSF8空白细胞中未上调(图5A)。此外,IGSF8空白肿瘤中的CD8基因(CD8a和CD8b)表达也显著增加(图5B)(而IGSF8空白细胞中未增加,图5A),指示更多的CD8+T细胞浸润至IGSF8空白肿瘤中。
这些数据表明,B16-F10肿瘤中IGSF8的耗竭可能通过增加CD8+T细胞浸润重塑了肿瘤微环境(TME),从而改善用于肿瘤阻抑的体内免疫细胞溶解活性。
更重要的是,IGSF8的损失使充分确立的IO靶标(PDCD1、CD274、LAG3、TIM3或TIGIT)的表达增加(图5D),表明在组合疗法中将IGSF8拮抗剂与PDCD1、CD274、Lag3、TIM3或TIGIT的拮抗剂组合对癌症治疗有效。参见下文。
实施例6 IGSF8在许多癌症类型中过表达并且产生更糟的临床结果
此实施例证实,IGSF8可能因为避开宿主免疫反应的机制由许多癌细胞过表达。
图6A示出了基于来自博德研究所癌症细胞系百科全书(CCLE)的数据IGSF8在许多人癌细胞系中的基因表达。以下列举了CCLE数据集中具有最高IGSF8表达的头30种癌细胞系。
此外,基于癌症基因组图谱(TCGA)数据集的分析,发现IGSF8在许多类型的癌症中显著过表达:BLCA:膀胱癌,BRCA:乳腺癌,HNSC:头颈鳞状细胞癌,LUAD:肺腺癌,LUSC:肺鳞状细胞癌,PRAD:前列腺癌,SKCM:皮肤黑素瘤,THCA:甲状腺癌,UCEC:子宫内膜癌,READ:直肠腺癌,COAD:结肠腺癌(图6B)。
RSEM(通过期望最大化进行RNA测序)
还通过基于癌症基因组图谱(TCGA)的数据证实了IGSF8表达的临床相关性。具体来说,图6C表明IGSF8表达更高与不同癌症类型中的临床结果更糟相关。举例来说,在黑素瘤中,与具有较低的IGSF8表达的304个患者(“下”)相比,具有高IGSF8表达的13个患者(“上”)具有糟得多的存活曲线。差异为统计显著性的(p<0.0018)。
已在宫颈癌、LUAD(肺腺癌)、淋巴瘤(包括弥漫性大B细胞淋巴瘤或DLBCL)、LUSC(肺鳞状细胞癌)、READ(直肠腺癌)、COAD(结肠腺癌)以及白血病(包括CLL)中观测到相同情况。
因此,预期本发明的IGSF8拮抗剂(诸如抗IGSF8抗体或其抗原结合片段)能够治疗具有IGSF8过表达的癌症,诸如以上表格中列举的癌症以及图6A至图6C中的那些癌症。
实施例7抗IGSF8抗体对IGSF8细胞外结构域(ED)展现纳摩尔(nM)亲和力
制备了约50种抗IGSF8单克隆抗体,在使用ELISA的亲和力结合分析中测试了其中十二种(抗IGSF8 C1至C12),全部对IGSF8的细胞外结构域(ED)展现高亲和力。参见图7。显示强结合亲和力的抗体具有约中等至低nM范围的EC50值。参见C1-C4、C8以及C11。
下表中列举了这些代表性抗体的序列,包括轻链(LC)和重链(HC)可变区、CDR区、构架区(FR)以及恒定区(H=重链;L=轻链;CDR-H1至CDR-H3:三个重链CDR序列;CDR-L1至CDR-L3:三个轻链CDR序列;FR:构架区)。
在所有以上序列中,HCVR(重链可变区)序列可基于所公开的HFR1/CDR-H1/HFR2/CDR-H2/HFR3/CDR-H3/HFR4(N至C端)的序列加上MHSSALLCCLVLLTGVRA(SEQ ID NO:465)的最N端信号肽序列进行组装。
同样地,LCVR(轻链可变区)序列可基于所公开的LFR1/CDR-L1/LFR2/CDR-L2/LFR3/CDR-L3/LFR4(N至C端)的序列加上MHSSALLCCLVLLTGVRA(SEQ ID NO:465)的最N端信号序列进行组装。
一种人轻链恒定区序列显示如下:
AAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:466)
人IgG1重链恒定区序列显示如下:
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:467)
虽然在本申请中所描述的体内分析中,仅使用了人IgG1抗IGSF8抗体,但还涵盖具有其他Ig恒定区(诸如IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM、IgD恒定区)的其他抗IGSF8抗体,并且在本发明范围内。
实施例8抗IGSF8抗体展现强ADCC作用
此实验证实,使用NK细胞作为效应细胞并且A431癌细胞作为靶细胞,本发明的抗IGSF8抗体展现强ADCC作用。
在此,ADCC(抗体依赖性细胞介导的细胞毒性)代表其中抗体通过包覆靶细胞使其容易受到免疫细胞攻击的免疫反应。具体来说,A431癌细胞表面所表达的IGSF8由增加浓度的抗IGSF8抗体识别和结合。抗IGSF8抗体的Fc区又由NK细胞上的CD16 Fc受体识别。CD16Fc受体的交联触发进入溶解突触的去颗粒作用。因此,经由凋亡杀死靶向的肿瘤细胞。
将A431细胞接种于具有RPMI培养基的96孔板中,并且与不同浓度的抗IGSF8同型一起孵育约1小时。然后,以4,000个细胞/孔(靶细胞:效应细胞比率为1:2.5)将活化的来自供给者的原代NK细胞添加至含A431细胞和含抗体的孔,并且在37℃下再孵育4小时。通过乳酸脱氢酶(LDH)释放分析来确定细胞死亡。
针对12种所测试的抗体C1-C12中的每一者建立剂量反应曲线,并且确定其EC50值。
12种所测试的抗IGSF8抗体(C1-C12)针对A431癌细胞全部显示约3-12mM范围的ADCC EC50值。
实施例9抗IGSF8抗体刺激CXCL10表达
以上图4表明,使用CRISPR/Cas9介导的基因编辑使Colo205癌细胞中的IGSF8失活使得Colo205细胞的CXCL10表达/分泌增加近7-10倍。此实验表明,根据ELISA,将Colo205癌细胞与本发明的抗IGSF8抗体(10μg/mL)一起孵育可类似地产生CXCL10表达/分泌。
具体来说,将Colo205癌细胞接种于96孔板中(4,000个细胞/孔)并且使用RPMI培养基培养12小时,然后在37℃下在5%CO2的湿润气氛中以5μg/mL添加测试抗体中的一者持续24小时。然后收集培养基的上清液用于标准ELISA分析,以通过使用商业CXCL10ELISA试剂盒测定培养基中的CXCL10的效价/量。抗体C1-C4、C8以及C10全部诱导Colo205细胞的相对高水平的CXCL10表达。
实施例10抗IGSF8抗体显示体内功效
在图3A至图3B中,表明在小鼠异种移植模型中使用CRISPR/Cas9介导的基因编辑将IGSF8敲出使得体内B16-F10黑素瘤生长受阻,而不会影响体外肿瘤细胞生长速率本身。
在此实验中,测试了在B16同基因小鼠模型中本发明的代表性抗IGSF8单克隆抗体对肿瘤生长的影响。具体来说,将一百万个B16-F10黑素瘤细胞皮下注射至野生型(WT)C57BL/6小鼠中。然后,从第6天起每3天通过尾部静脉注射将小鼠用剂量为2mg/kg的四种抗IGSF8抗体(C1-C4)中的一者或对照人IgG1处理,持续总计四个剂量。数据呈现为平均值±s.e.m.(n=8个小鼠/组)。
很明显,在野生型宿主小鼠中,本发明抗IGSF8单克隆抗体类似地阻碍B16-F10黑素瘤肿瘤生长(体积增大),使得至少C3和C4在约18天之后与IgG1对照相比的差异变为统计显著性的(p<0.005)。参见图10。
在裸鼠(Foxn1nu)中重复类似实验,所述裸鼠缺乏胸腺并且不能产生成熟T淋巴细胞,但具有B细胞和稳健的NK细胞反应。本发明抗IGSF8抗体的作用似乎为类似的。在第14天,C2抗体的作用为统计显著性的(p<0.05),C4的作用也是如此(p<0.005)。
值得注意的是,在不同组的实验小鼠间似乎没有任何显著的重量差异(图11),此结果与使用CRISPR/Cas9将IGSF8敲出对肿瘤细胞生长速率本身不具有可感知的影响的事实一致。
实施例11抗IGSF8抗体与抗PD-1抗体的协同抗肿瘤作用
此实验证实,在同基因小鼠模型中,本发明的抗IGSF8单克隆抗体与抗PD-1抗体在抑制体内B16-F10黑素瘤肿瘤生长中具有协同作用。
具体来说,将一百万个B16-F10黑素瘤细胞皮下注射至野生型(WT)C57BL/6小鼠中。然后,通过尾部静脉注射,将小鼠用四种抗体中的一者或抗体组合进行处理:剂量为2mg/kg的IgG对照、剂量为2mg/kg的抗PD-1抗体、剂量为2mg/kg的抗IGSF8抗体C3或一半剂量(1mg/kg)的抗PD-1抗体与一半剂量(1mg/kg)的抗IGSF8抗体的组合。在第6天施用第一剂量,并且每3天施用后续剂量,持续总计四个剂量。数据呈现为平均值±s.e.m.(n=8个小鼠/组)。
很明显,本发明抗IGSF8抗体与抗PD-1抗体在抑制体内黑素瘤生长中展现协同作用,因为以组合中各组分50%剂量(1mg/kg)施用的组合疗法在统计学上显著优于(1)两倍剂量(2mg/kg)的单独抗IGSF8抗体C3(p<0.01),(2)两倍剂量(2mg/kg)的单独商业抗PD-1抗体(克隆29F.1A12,BioXcell)(p<0.005),以及(3)IgG对照(p<0.001)。
这一令人惊讶的发现有力地表明,同时抑制IGSF8路径与PD-1/PD-L1免疫检查点可协同抑制体内肿瘤生长。
Claims (28)
1.一种治疗有需要的受试者的癌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂。
2.如权利要求1所述的方法,所述方法还包括向所述受试者施用有效量的选自由以下组成的组的第二治疗剂:免疫检查点抑制剂、化学治疗剂、抗血管生成剂、生长抑制剂、免疫肿瘤剂以及抗赘生组合物。
3.如权利要求1或2所述的方法,其中所述IGSF8拮抗剂为抗IGSF8抗体或其抗原结合部分/片段。
4.如权利要求3所述的方法,其中所述抗体为嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。
5.如权利要求3或4所述的方法,其中所述抗原结合部分/片段为Fab、Fab'、F(ab’)2、Fd、单链Fv或scFv、二硫键连接的Fv、V-NAR结构域、IgNar、内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单结构域抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所述癌症为黑素瘤(包括皮肤黑素瘤)、宫颈癌、肺癌(例如非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌)、结肠直肠癌、淋巴瘤(包括DLBCL)、白血病(包括CLL)、BLCA肿瘤、乳腺癌、头颈鳞状细胞癌、PRAD、THCA或UCEC、甲状腺癌、泌尿道癌、食道癌、肝癌或神经节癌。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法,其中所述IGSF8拮抗剂促进选自由以下组成的组的细胞因子或靶基因的表达、分泌或以其他方式增加其活性:CXCL10、CXCL9、TNFα、CD8b、CD8a、Prf1、IFNγ、Gzma、Gzmb、CD274、PDCD1、PDCD1 Ig2、LAG3、Havcr2、Tigit或CTLA4。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法,其中所述细胞因子或所述靶基因的表达、分泌或以其他方式增加的活性发生在肿瘤微环境内。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法,其中所述细胞因子或所述靶基因的表达、分泌或以其他方式增加的活性是归因于免疫细胞(例如T淋巴细胞或NK细胞)浸润至肿瘤微环境中。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法,其中所述IGSF8拮抗剂为免疫刺激分子。
11.如权利要求10所述的方法,其中所述IGSF8拮抗剂刺激T细胞或NK细胞活化和/或浸润至肿瘤微环境中。
12.如权利要求1至11中任一项所述的方法,其中所述免疫检查点抑制剂为对PD-1或PD-L1具特异性的抗体或其抗原结合片段。
13.如权利要求12所述的方法,其中所述抗体为抗PD-1抗体,诸如西米普利单抗、纳武单抗或派姆单抗。
14.如权利要求12所述的方法,其中所述抗体为抗PD-L1抗体,诸如阿维单抗、德瓦鲁单抗、阿特珠单抗、KN035或CK-301。
15.如权利要求1至11中任一项所述的方法,其中所述免疫检查点抑制剂为PD-1/PD-L1的(非抗体)肽抑制剂,诸如AUNP12;PD-L1的小分子抑制剂,诸如CA-170;或大环肽,诸如BMS-986189。
16.IGSF8拮抗剂用于治疗受试者的癌症的用途。
17.如权利要求16所述的用途,其用于与如权利要求2和12-16中任一项的第二治疗剂组合使用。
18.一种组合物,所述组合物包含用于前述方法权利要求1-15中任一项的IGSF8拮抗剂。
19.一种特异性结合IGSF8的抗体,所述抗体用于优选通过刺激T细胞和/或NK细胞活化来治疗癌症的方法中。
20.一种特异性结合IGSF8的抗体,所述抗体用于优选通过与如权利要求2和12-16中任一项的第二治疗剂组合来治疗癌症的方法中。
21.一种对IGSF8具特异性的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体包含:
(1)重链可变区(HCVR),所述重链可变区包含抗体C1-C29,诸如C1-C12中的任一者的HCVR CDR1-CDR3序列;以及,
(2)轻链可变区(LCVR),所述轻链可变区包含所述抗体C1-C29,诸如C1-C12中的任一者的LCVR CDR1-CDR3序列。
22.如权利要求21所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,所述单克隆抗体或其抗原结合片段包含:
(a)所述抗体C1-C29,诸如C1-C12中的任一者的所述HCVR序列;和/或,
(b)所述抗体C1-C29,诸如C1-C12中的任一者的所述LCVR序列。
23.如权利要求21或22所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,所述单克隆抗体或其抗原结合片段为人-小鼠嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、CDR移植抗体或表面重塑抗体。
24.如权利要求21-23中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述其抗原结合片段为Fab、Fab'、F(ab’)2、Fd、单链Fv或scFv、二硫键连接的Fv、V-NAR结构域、IgNar、内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab’)3、四抗体、三抗体、双抗体、单结构域抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
25.如权利要求21-24中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述单克隆抗体或其抗原结合片段以小于约25nM、20nM、15nM、10nM、5nM、2nM或1nM的Kd结合IGSF8。
26.一种单克隆抗体或其抗原结合片段,所述单克隆抗体或其抗原结合片段与如权利要求21-25中任一项所述的单克隆抗体或其抗原结合片段竞争结合至IGSF8。
27.一种刺激肿瘤微环境(TME)中的T细胞和/或NK细胞活化的方法,所述方法包括使所述T细胞和/或NK细胞与IGSF8(免疫球蛋白超家族8)拮抗剂,诸如特异性结合IGSF8的抗体或其抗原结合片段接触。
28.如权利要求27所述的方法,所述方法还包括使所述T细胞和/或NK细胞与免疫检查点抑制剂,诸如对PD-1或PD-L1具特异性的抗体或其抗原结合片段接触。
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