CN115379856A - HIV Env的工程化抗体 - Google Patents

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德文·索克
丹尼斯·R·伯顿
约瑟夫·G·贾丁
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Abstract

本公开涉及抗HIV Env抗体及其在治疗或预防HIV/AIDS中的用途。在一个方面，本文提供了增强的工程化抗HIV Env抗体，其使用定向进化和酵母展示衍生自PGDM1400亲本抗体。在一个方面，本文提供了药物组合物，其包含本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体。

Description

HIV Env的工程化抗体
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年10月29日提交的美国临时申请号62/927,239 的优先权，所述美国临时申请整体并入本文中。
技术领域
本发明的领域总体上涉及抗HIV Env抗体及其在治疗或预防 HIV/AIDS中的用途。
政府利益
本发明是根据由USAID颁发的批准号AID-OAA-A-16-00032在政府支持下进行的。美国政府对本发明享有一定的权利。
背景技术
2015年，新发的人免疫缺陷病毒(HIV)感染有大约210万，有超过3670万HIV感染者，以及110万获得性免疫缺陷综合征(AIDS)相关死亡。unaids.org/en/resources/fact-sheet(于2017年6月29日访问) 尽管HIV/AIDS治疗已取得了很大进展，但所有HIV感染个体在其余生中均须接受抗逆转录病毒疗法(ART)的治疗，因为药物疗法无法清除以约1/106个细胞的出现率存在于静息CD4+T细胞中的潜伏病毒库。参见Eriksson,S.2013.PLoS Pathog9：e1003174。
HIV分离株可以根据基因型和地理位置分为不同的组和进化枝。例如，群体表位基共序列(即基于表位的共有序列)抗原是美国B进化枝流行病的核心，而群体表位基共序列抗原是南非HIV C进化枝流行病的核心。广泛中和抗Env抗体，例如PGDM1400可以中和一种以上的HIV分离株。美国专利申请公布号20150361160。
直到发现了疫苗，许多人才认可单一产品或方法能完全阻止新的 HIV感染。因此，使用HIV广泛中和抗体(bnAb)有可能通过解决当前产品概况中的重要不足或差距来补充现有的预防方法。为了实现使 bnAb可负担且可行的产品广泛用于HIV预防工作的目标，最大限度地提高当前和未来的bnAb候选物的效力是一个有前景且未经充分探索的机会。
因此，仍然需要开发可用于治疗和预防HIV的广泛中和抗体。
发明内容
在一个方面，本文提供了增强的工程化抗HIV Env抗体，其使用定向进化和酵母展示衍生自PGDM1400亲本抗体。
在一个方面，本文提供了药物组合物，其包含本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体。
在一个方面，本文提供了分离的多核苷酸，其编码本文公开的增强的工程化抗HIVEnv抗体。
在一个方面，本文提供了产生本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体的方法。
在一个方面，本文提供了中和HIV病毒的方法，所述方法包括使所述病毒与本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体接触。
在一个方面，本文提供了降低暴露于HIV的受试者的HIV感染可能性的方法，所述方法包括向所述受试者施用本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体。
在一个方面，本文提供了治疗HIV/AIDS的方法，所述方法包括向有此需要的受试者施用本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体。
在一个方面，本文提供了降低病毒载量的方法，所述方法包括向有此需要的受试者施用本文公开的增强的工程化抗HIV Env抗体。
在一个方面，本文提供了产生PGDM1400的工程化变体的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了：
[1.]能够结合HIV gp120的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH和VL，其中所述VH包含VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3，并且所述VL包含VL CDR1、VL CDR2和 VL CDR3，其中
a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO 96的序列；
d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列；
其中VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。
[2.]如[1]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1包含SEQ ID NO:37；所述VH CDR2包含SEQ ID NO:38或39的序列；所述VH CDR3包含31-35的序列；所述VL CDR1包含SEQ ID NO: 41-44的序列；所述VL CDR2包含SEQ ID NO:45或46的序列；且/ 或所述VLCDR3包含SEQ ID NO:30的序列。
[3.]如[1]所述的抗体或其抗原结合片段，其中
a)所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38和31的序列；SEQID NO:37、38和32的序列；SEQ ID NO: 37、38和33的序列；SEQ ID NO:37、38和34的序列；SEQ ID NO: 37、38和35的序列；以及SEQ ID NO:37、39和31的序列；且/或
b)所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:41、45和30的序列；分别包含SEQID NO:43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:44、45和30的序列。
[4.]如[1]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:36、38、29、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 36、38、29、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、 29、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、38、31、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、38、31、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、 31、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、38、32、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、38、32、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、 32、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、38、33、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、38、33、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、 33、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、38、34、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、 34、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、38、35、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、38、35、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、 35、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、39、31、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、39、31、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、 31、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、40、45和30的序列；分别包含 SEQ ID NO:37、39、34、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO: 37、39、34、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、 34、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、43、 45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、43、46和30 的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、44、45和30的序列。
[5.]如[1]至[4]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH还包含VHFR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4，其中
(i)所述VH FR1包含SEQ ID NO:100的序列；
(ii)所述VH FR2包含SEQ ID NO:101的序列；
(iii)所述VH FR3包含SEQ ID NO:102的序列；且/或
(iv)所述VH FR4包含SEQ ID NO:104的序列。
[6.]如[5]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH FR1包含 SEQ ID NO:47-53的序列；所述VH FR2包含SEQ ID NO:54-57的序列；所述VH FR3包含SEQ ID NO:58-65的序列；且/或所述VH FR4 包含SEQ ID NO:66的序列。
[7.]如[5]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3和VHFR4分别包含SEQ ID NO:47、54、58和66的序列；分别包含SEQ ID NO:48、55、59和66的序列；分别包含SEQ ID NO:49、56、60和66的序列；分别包含SEQ ID NO:50、55、61 和66的序列；分别包含SEQ ID NO:51、55、62和66的序列；分别包含SEQ ID NO:52、56、63和66的序列；分别包含SEQ ID NO:50、 54、59和66的序列；分别包含SEQ ID NO:53、55、64和66的序列；分别包含SEQ ID NO:52、55、65和66的序列；分别包含SEQ ID NO: 53、57、61和66的序列；分别包含SEQ ID NO:51、55、59和66 的序列。
[8.]如[1]至[7]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL还包含VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中
(i)所述VL FR1包含SEQ ID NO:104的序列；
(ii)所述VL FR2包含SEQ ID NO:105的序列；
(iii)所述VL FR3包含SEQ ID NO:106的序列；且/或
(iv)所述VL FR4包含SEQ ID NO:107的序列。
[9.]如[8]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL FR1包含 SEQ ID NO:67-74的序列；所述VL FR2包含SEQ ID NO:75-81的序列；所述VL FR3包含SEQ ID NO:82-92的序列；且/或所述VL FR4 包含SEQ ID NO:93的序列。
[10.]如[9]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL FR1、 VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:67、75、82和93 的序列；分别包含SEQ ID NO:68、76、83和93的序列；分别包含 SEQ ID NO:69、77、84和93的序列；分别包含SEQ ID NO:70、78、 85和93的序列；分别包含SEQ ID NO:71、79、86和93的序列；分别包含SEQ ID NO:72、80、87和93的序列；分别包含SEQ ID NO: 68、76、88和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、78、89和93 的序列；分别包含SEQ ID NO:69、79、89和93的序列；分别包含 SEQ ID NO:69、80、90和93的序列；分别包含SEQ ID NO:73、80、 91和93的序列；分别包含SEQ ID NO:68、80、88和93的序列；分别包含SEQ ID NO:74、79、88和93的序列；分别包含SEQ ID NO: 69、78、92和93的序列；分别包含SEQ ID NO:74、76、91和93 的序列；分别包含SEQ ID NO:74、80、91和93的序列；分别包含 SEQ ID NO:69、81、85和93的序列。
[11.]如[1]至[10]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、 H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46 处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、 H66处的D、H处的G和H85处的81E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
[12.]如[11]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G 和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
[13.]如[12]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、 H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85 处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
[14.]如[12]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N和 H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
[15.]如[12]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N和H85处的E，其中所述 VH框架的残基根据Kabat编号。
[16.]如[12]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24 处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据 Kabat编号。
[17.]如[12]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q 和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
[18.]如[1]至[17]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH与SEQ IDNO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
[19.]如[1]至[17]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH与SEQ IDNO:3-12具有至少约70％、至少约75％、至少约 80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
[20.]如[1]至[18]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18 处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、 L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76 处的D和L80]处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[21.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、 L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80]处的A，其中所述 VL框架的残基根据Kabat编号。
[22.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、 L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68 处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL 框架的残基根据Kabat编号。
[23.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53 处的E、L68处的R、L76处的D和L80]处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[24.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[25.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据 Kabat编号。
[26.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D 和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[27.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53 处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[28.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[29.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的 E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
[30.]如[20]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL 框架的残基根据Kabat编号。
[31.]如[1]至[30]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL与SEQ IDNO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
[32.]如[1]至[30]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL与SEQ IDNO:13-28具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
[33.]如[1]至[32]中任一项的抗体或其抗原结合片段，其中所述 VL包含SEQ IDNO:13-28。
[34.]如[1]至[33]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12。
[35.]一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3以及VH和VL框架区，其中
a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO:96的序列；
d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列；
并且其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2 处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、 L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42 处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的 E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL 框架的残基根据Kabat编号。
[36.]如[35]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和VL 框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、 H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、 H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81 处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
[37.]如[35]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和VL 框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、 H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37 处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或 D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
[38.]如[35]所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N、 H85处的E、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R。
[39.]如[35]所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、 H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L26 处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A。
[40.]如[35]所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、 H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L9处的L、L53处的E、L68 处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
[41.]如[35]所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、 H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L48 处的L、L53处的E和L68处的E。
[42.]如[35]至[41]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12的氨基酸序列。
[43.]如[35]至[42]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含SEQID NO:13-28的氨基酸序列。
[44.]一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VH和与SEQ ID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的 VL，其中
(i)所述VH包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、 H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39 处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60 处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、 H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104 处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、 L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的 L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
[45.]如[44]所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(i)所述VH包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、 H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H 处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的 A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26 处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K 或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68 处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL 残基根据Kabat编号。
[46.]如[44]所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(i)所述VH包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含L49处的D、L53处的E或D和L68处的E或 R，其中所述VL残基根据Kabat编号。
[47.]如[44]至[46]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
(b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
(c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO:96的序列；
(d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
(e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
(f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列。
[48.]如[44]至[47]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12的氨基酸序列。
[49.]如[44]至[48]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含SEQID NO:13-28的氨基酸序列。
[50.]一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VH和与SEQ ID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的 VL，其中所述VH包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、 H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39 处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60 处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、 H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104 处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号。
[51.]如[50]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、 H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66 处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A。
[52.]如[50]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含 H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85处的E和 H104处的A。
[53.]如[50]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H39 处的Q、H85处的E、H100H处的E和H104处的A。
[54.]如[50]至[53]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18处的 P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42 处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或 D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
[55.]如[54]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L49处的D、L53处的E或D和L68处的E或R。
[56.]如[54]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L27C处的 Q、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A。
[57.]如[54]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L9处的L、L27处的Q、L53处的E、L68处的 R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
[58.]如[54]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L27C处的Q、L48处的 L、L53处的E和L68处的E。
[59.]如[50]至[58]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含VHCDR3，其包含SEQ ID NO:96的序列。
[60.]如[50]至[59]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含
(a)VH CDR1，其包含SEQ ID NO:94的序列；
(b)VH CDR2，其包含SEQ ID NO:95的序列；和
(c)VH CDR3，其包含SEQ ID NO:96的序列。
[61.]如[50]至[60]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含
(a)VL CDR1，其包含SEQ ID NO:97的序列；
(b)VL CDR2，其包含SEQ ID NO:98的序列；和
(c)VL CDR3，其包含SEQ ID NO:99的序列。
[62.]如[50]至[61]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL是SEQID NO:13-28。
[63.]如[50]至[62]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12。
[64.]如[1]至[63]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。
[65.]如[1]至[64]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其不是PGDM1400或其抗原结合片段。
[66.]一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含
(i)VH，其包含SEQ ID NO:3-12的氨基酸序列；和
(ii)VL，其包含SEQ ID NO:13-28的氨基酸序列。
[67.]一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含
(i)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO: 17的氨基酸序列的VL；
(ii)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO: 21的氨基酸序列的VL；或
(iii)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO: 25的氨基酸序列的VL。
[68.]如[1]至[67]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够与PGDM1400竞争结合至HIV gp120。
[69.]如[1]至[67]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其与 PGDM1400结合至HIV gp120的相同表位。
[70.]如[1]至[69]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述HIV gp120是BG505 gp120。
[71.]如[1]至[70]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其是广泛中和抗体。
[72.]如[1]至[70]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。
[73.]如[1]至[70]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和116个成员的指示病毒面板(panel)中至少约50％、60％、70％、 80％、90％或100％的交叉进化枝的HIV分离株。
[74.]如[1]至[70]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和30个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、80％、 90％或100％的交叉进化枝PGDM1400抗性HIV分离株。
[75.]如[72]至[74]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段能够以等于或小于约0.1μg/ml、 0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和所述交叉进化枝的HIV分离株。
[76.]如[1]至[75]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是重组抗体、嵌合抗体、双特异性抗体或三特异性抗体。
[77.]如[1]至[75]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是双特异性抗体。
[78.]如[1]至[75]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是三特异性抗体。
[79.]如[1]至[78]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体片段包含单链Fv(scFv)、F(ab)片段、F(ab')2片段或分离的 VH结构域。
[80.]如[1]至[79]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其还包含重链和/或轻链恒定区。
[81.]如[1]至[80]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其还包含人重链和/或轻链恒定区。
[82.]如[81]所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区是人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2恒定区。
[83.]如[80]至[82]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区包含天然氨基酸序列。
[84.]如[80]至[82]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区包含变异氨基酸序列。
[85.]一种药物组合物，其包含如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
[86.]一种分离的多核苷酸，其编码如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
[87.]如[86]所述的分离的多核苷酸，其是DNA。
[88.]如[86]所述的分离的多核苷酸，其是mRNA。
[89.]如[88]所述的分离的多核苷酸，其中所述mRNA包含修饰的核苷酸。
[90.]一种分离的载体，其包含如[86]所述的多核苷酸。
[91.]如[90]所述的分离的载体，其中所述载体是病毒载体。
[92.]一种重组病毒，其包含如[86]所述的多核苷酸。
[93.]如[92]所述的重组病毒，其是重组腺相关病毒(AAV)。
[94.]一种宿主细胞，其包含如[86]所述的多核苷酸或如[92]所述的载体。
[95.]如[94]所述的宿主细胞，其是大肠杆菌、假单胞菌、芽孢杆菌、链霉菌、酵母、CHO、YB/20、NS0、PER-C6、HEK-293T、NIH-3T3、 HeLa、BHK、Hep G2、SP2/0、R1.1、B-W、L-M、COS1、COS 7、 BSC1、BSC40、BMT10细胞、植物细胞、昆虫细胞或组织培养中的人细胞。
[96.]一种产生如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的方法，其包括培养如[94]或[95]所述的宿主细胞以便表达所述抗体或其抗原结合片段并且产生所述抗体或其抗原结合片段。
[97.]一种中和HIV病毒的方法，其包括将所述病毒与足量的如 [1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段接触。
[98.]一种降低暴露于HIV的受试者的HIV感染可能性的方法，其包括向所述受试者施用治疗上足量的如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
[99.]一种治疗HIV/AIDS的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗上足量的如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
[100.]一种降低病毒载量的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗上足量的如[1]至[84]中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
[101.]如[98]至[100]所述的方法，其中向所述受试者的施用是通过选自以下的至少一种方式：经口、肠胃外、皮下、肌肉内、静脉内、阴道、直肠、口颊、舌下和经皮。
[102.]如[98]至[101]中任一项所述的方法，其还包括施用至少一种另外的治疗剂。
[103.]如[102]所述的方法，其中所述另外的治疗剂是抗逆转录病毒剂、储库激活剂或第二抗体。
[104.]如[102]所述的方法，其中所述另外的治疗剂包括一种广泛中和抗体。
[105.]如[102]所述的方法，其中所述另外的治疗剂包含两种广泛中和抗体。
[106.]如[102]所述的方法，其中所述另外的治疗剂包含三种广泛中和抗体。
[107.]一种产生PGDM1400工程化变体的方法，所述方法包括：
(i)将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的 A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、 H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、D在H66、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、 H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；和/或
(ii)将PGDM1400 VL的一个或多个氨基酸残基取代为L2处的 I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q 或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D 和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
附图说明
图1.ePGDM9(即ePDGM1400v9-LS)和PGDM1400抗体在不同的IC50和IC80截止值下在100个成员的C进化枝病毒面板上的中和广度。
具体实施方式
本文提供了使用定向进化和酵母展示衍生自PGDM1400亲本抗体的抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，与PGDM1400相比，本文公开的抗体具有一种或多种改进的特性，例如，对靶抗原的更高结合亲和力、增加的中位中和IC50效力和增加的中和广度。由于其显著改进的特性，在一个实施方案中，本文公开的抗体在较低剂量下赋予了消除性免疫，因此既降低了每剂成本，又增加了制造商可以生产的剂量数。因此，本文公开的改进的抗体可以实现产品成本的明显降低和可受到保护以免HIV感染的人数的显著增加。
本公开的一个方面涉及改进的抗HIV Env抗体，还涉及编码它们的核苷酸序列、包含它们的组合物以及包含它们的试剂盒。在另一个方面，本公开涉及使用本文公开的抗体治疗和预防HIV的方法。在另一个方面，本公开涉及使用本文公开的抗体诊断和监测HIV感染的方法。
I.定义
为了有助于理解本发明，在下文中定义一些术语和短语。
如本文所用，术语“人免疫缺陷病毒”或“HIV”一般是指作为获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、其变体(例如，猿猴获得性免疫缺陷综合征，SAIDS)和与AIDS或其变体相关的疾病、病状或机会性感染的病原体的逆转录病毒，并且包括其中任何进化枝或毒株的HIV 1型(HIV-1)和HIV 2型(HIV-2)、相关的逆转录病毒(例如，猿猴免疫缺陷病毒(SIV))及其变体(例如工程化的逆转录病毒，例如嵌合HIV病毒，例如猿猴-人免疫缺陷病毒(SHIV))。在一个实施方案中，HIV病毒是 HIV-1型病毒。HIV以前的名称包括人T淋巴细胞病毒-III (HTLV-III)、淋巴结病相关病毒(LAV)和AIDS相关逆转录病毒 (ARV)。
如本文所用，术语“进化枝”是指根据其遗传相似性程度分类的相关人免疫缺陷病毒(HIV)。目前有四组已知的HIV-1分离株：M、N、 O和P。M组(主要毒株)病毒是全球HIV流行的主要原因。其他三个组，即N、O和P非常少见，并且仅出现在喀麦隆、加蓬和赤道几内亚。在一个实施方案中，HIV病毒是M组HIV病毒。在M组中，已知有至少九种遗传上不同的HIV-1亚型或进化枝：亚型或进化枝A、 B、C、D、F、G、H、J和K。另外，不同的亚型可以结合遗传物质以形成杂合病毒，称为‘循环重组形式’(CRF)。亚型/进化枝B是在美洲、西欧和大洋洲占主导优势的HIV亚型。亚型/进化枝C在南部非洲的AIDS高发国家以及非洲之角和印度是很常见的。在所有HIV患者中，只有不到一半具有亚型C。在某些示例性实施方案中，本文所述的方法可用于治疗感染HIV(例如，HIV-1)的受试者(例如人)或在具有HIV传播风险的受试者(例如人)中阻断或预防HIV(例如，HIV-1) 感染。HIV可以有两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个进化枝和/或两个或更多个HIV组。
获得性免疫缺陷综合征("AIDS")是一种由人免疫缺陷病毒或 HIV引起的疾病。
如本文所用，术语“包膜糖蛋白”或“Env”是指在HIV病毒粒子的包膜表面和HIV感染细胞的质膜表面上表达的糖蛋白。“包膜糖蛋白”或“Env”包括但不限于天然Env、Env同种型或衍生自HIV分离株例如BG505的Env变体(例如SOSIP)。Env是病毒表面上唯一的病毒编码基因产物，因此是中和抗体的唯一靶标。Env是由以下两个非共价缔合的亚基构成的异二聚体的三聚体：结合受体的gp120和含有融合机构的gp41。每个亚基都衍生自被细胞弗林蛋白酶(furin)切割后的g p160前体糖蛋白。HIV-1gp120与人靶T细胞表面上的CD4分子结合以启动病毒进入过程，并且在共受体参与后，由gp41介导融合。g p140 env是gp160的未切割胞外域。在一个实施方案中，Env是BG 505Env多肽。UniProtKB登录号Q2N0S5-1、Q2N0S6-1和Q2N0S7- 1提供BG505 env gp160多肽序列。在一个实施方案中，BG505 En v是BG505.W6M.ENV.C2 Env，其包含SEQ ID NO:111的氨基酸序列(MRVMGIQRNCQHLFRWGTMILGMIIICSAAENLWVTVYYG VPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIH LENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTL QCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAP AGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSL AEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPG QAFYATGDIIGDIRQAHCTVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTI IRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGS NSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGL ILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVA PTRAKRRVVGREKRAVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQ ARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVER YLRDQQLLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWL QWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDKWASLWNWF DISNWLWYIKIFIMIVGGLIGLRIVFAVLSVIHRVRQGYSPLSFQTH TPNPRGLDRPERIEEEDGEQDRGRSTRLVSGFLALAWDDLRSLCL FCYHRLRDFILIAARIVELLGHSSLKGLRLGWEGLKYLWNLLAYW GRELKISAINLFDTIAIAVAEWTDRVIEIGQRLCRAFLHIPRRIRQGL ERALL)。在一个实施方案中，BG505 Env是BG505.W6M.ENV.C2 Env变体，其包含T330N取代(SEQ ID NO:112(MRVMGIQRNCQ HLFRWGTMILGMIIICSAAENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCAS DAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNN MVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMR GELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNS NKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFN GTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNN AKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQ AHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVT THSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRI KQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTE TFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVGRE KRAVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQS NLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWG CSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQII YGLLEESQNQQEKNEQDLLALDKWASLWNWFDISNWLWYIKIFI MIVGGLIGLRIVFAVLSVIHRVRQGYSPLSFQTHTPNPRGLDRPERI EEEDGEQDRGRSTRLVSGFLALAWDDLRSLCLFCYHRLRDFILIA ARIVELLGHSSLKGLRLGWEGLKYLWNLLAYWGRELKISAINLFD TIAIAVAEWTDRVIEIGQRLCRAFLHIPRRIRQGLERALL))。
如本文所用，术语“有序Env三聚体”或“有序三聚体”是指包含三个切割的gp140多肽的包膜糖蛋白三聚体，其紧密模拟HIV或SIV 病毒粒子包膜表面和HIV或SIV感染细胞的质膜表面上的Env胞外域的四级结构。在一个实施方案中，gp120和gp41胞外域通过共价键(例如，二硫键)连接。在一个实施方案中，gp140多肽包含一个或多个突变以促进三聚体形成。在一个实施方案中，gp140多肽包含一个或多个突变以促进二硫键的形成。在一个实施方案中，有序三聚体是SOSIP gp140三聚体。有序SOSIP三聚体已在以下文献中公开：美国专利申请公布号2014/0212458，Sanders,R.W.等人,PLoS Pat hog.9,e1003618(2013)和Guenaga J.,等人,Immunity 46(5):792-80 3.e3(2017)，这些文献各自以引用的方式整体并入本文。在一个实施方案中，有序三聚体由进化枝A Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体由进化枝B Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体由进化枝C Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体由流行重组形式的Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体是BG505SOSIP。在一个实施方案中，有序三聚体是BG505 SOSIP.664。在一个实施方案中，BG505SOSIP.664包含SEQ ID NO:113的氨基酸序列(AEN LWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACV PTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPC VKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQK VYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKV SFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVV STQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNN NTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVK QLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNS TWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYK YKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRRAVGIGAVFLGFLGAAG STMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVW GIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWS NRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD)。在一个实施方案中，新生BG505 SOSIP.664还包含前导序列，其中所述新生BG505SOSIP.664包含SEQ ID NO:114的氨基酸序列(AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTEL RDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAIT QACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCT HGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQI NCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNET LGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCN TSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQA MYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDN WRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRRAVGIGAVFL GFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQH LLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNV PWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD)。在一个实施方案中，有序三聚体是如2018年7 月12日提交的国际申请号PCT/US2018/041729中所公开的BG505 S OSIP，出于所有目的，该申请以引用的方式整体并入本文。在一个实施方案中，有序Env三聚体是如Sharna,等人,Cell Reports,11(4):5 39-50(2015)中所述的天然柔性连接的(NFL)三聚体。在一个实施方案中，有序Env三聚体是如Chuang,等人,J.Virology,91(10).pii:e0 2268-16(2017)中所述的DS-SOSIP。在一个实施方案中，有序三聚体由SIV Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体是SIV Env SOSI P。在一个实施方案中，有序三聚体由在CD4结合位点处包含突变(例如，取代或缺失)的Env形成。在一个实施方案中，有序三聚体由在 CD4结合位点处包含突变(例如，取代或缺失)的Env形成，其中所述突变减少或破坏Env与CD4之间的结合。在一个实施方案中，有序三聚体是CRF或C108 SOSIP。参见，例如，Andrabi等人,Immuni ty 43(5):959–973(2015)。在一些实施方案中，gp120与gp41胞外域通过肽接头连接，例如，Gly-Ser接头，如Georgiev IS,等人,J.Vir ology 89(10):5318-5329(2015)中所述。在一些实施方案中，有序E nv三聚体是稳定的。
术语“抗体”意指免疫球蛋白分子(或一组免疫球蛋白分子)，其通过免疫球蛋白分子可变区内的至少一个抗原识别位点识别并特异性结合至靶标，诸如蛋白质、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂质或前述的组合。如本文所用，术语“抗体”和“诸抗体”是本领域的术语并且在本文中可互换使用并且是指具有特异性结合抗原的抗原结合位点的分子。
抗体可以包括，例如，单克隆抗体、重组产生的抗体、人抗体、人源化抗体、表面重建抗体、嵌合抗体、免疫球蛋白、合成抗体、包含两条重链和两条轻链分子的四聚抗体、抗体轻链单体、抗体重链单体、抗体轻链二聚体、抗体重链二聚体、抗体轻链-抗体重链对、胞内抗体、异源缀合抗体、单域抗体、单价抗体、单链抗体或单链 Fv(scFv)、affybodies、Fab片段、F(ab')2片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、抗独特型(抗Id)抗体(包括，例如，抗抗Id抗体)、双特异性抗体和多特异性抗体。在某些实施方案中，本文所述的抗体是指多克隆抗体群。抗体可以是任何类型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY)、任何类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2)或任何其亚类(同种型)(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)的免疫球蛋白分子，基于它们的重链恒定结构域的特性，分别称为α、δ、ε、γ和μ。不同类别的免疫球蛋白具有不同的且众所周知的亚基结构和三维构型。抗体可以是裸露的或缀合或融合至其他分子诸如毒素、放射性同位素、其他多肽等。
如本文所用，术语“抗原结合结构域”、“抗原结合区”、“抗原结合位点”及类似术语是指抗体分子的一部分，该部分包含赋予抗体分子对抗原的特异性(例如，HIV Env)的氨基酸残基。抗原结合区可以衍生自任何动物物种，诸如小鼠和人。
如本文所用，术语“可变区”或“可变结构域”可互换使用并且在本领域中是常见的。序列的可变性集中在称为互补决定区(CDR)的那些区域，而可变结构域中更高度保守的区域被称为框架区(FR)。不希望受任何特定机制或理论的束缚，可认为轻链和重链的CDR主要负责抗体与抗原(例如HIV Env)的相互作用和特异性。在某些实施方案中，可变区包含3个CDR(CDR1、CDR2和CDR3)和4个框架区(FR1、 FR2、FR3和FR4)，从N端到C端，其按照FR1-CDR1-FR2-CDR2- FR3-CDR3-FR4的顺序排列。在某些实施方案中，可变区是人可变区。在某些实施方案中，可变区包含人CDR和人框架区(FR)。在某些实施方案中，可变区包含CDR和框架区(FR)，其中一个或多个CDR通过相对于亲本抗体CDR的取代、缺失或插入而被修饰。在某些实施方案中，可变区包含CDR和框架区(FR)，其中一个或多个FR通过相对于亲本抗体FR的取代、缺失或插入而被修饰。在某些实施方案中，可变区包含CDR和框架区(FR)，其中一个或多个CDR和一个或多个 FR通过相对于亲本抗体的CDR和FR的取代、缺失或插入而被修饰。在某些实施方案中，亲本抗体是PGDM1400。在某些实施方案中，可变区包含人CDR和灵长类(例如，非人灵长类)框架区(FR)。
熟练的技术人员理解存在若干确定CDR的技术。一种方法是基于交叉物种序列可变性(即，Kabat等人，Sequences of Proteins of I mmunological Interest，(第5版,1991,National Institutes of Health, Bethesda Md.)(“Kabat”)。另一种方法是基于抗原-抗体复合物的晶体学研究(Al-lazikani等人，J.Molec.Biol.273:927-948(1997))("Chot hia")。此外，在本领域中有时使用这两种方法的组合来确定CDR。在一些实施方案中，CDR序列是根据Kabat来识别的。在一些实施方案中，CDR序列是根据Chothia来识别的。可以理解，作为CDR 侧翼的序列，识别可变区中的CDR也将识别FR。
Kabat编号系统一般用于指示可变结构域中的残基(大约轻链的残基1-107和重链的残基1-113)(例如，Kabat等人，Sequences of I mmunological Interest.(第5版,1991,National Institutes of Health, Bethesda,Md.)("Kabat")。
Kabat中的氨基酸位置编号是指Kabat等人(Sequences of ImmunologicalInterest.(第5版,1991,National Institutes of Health, Bethesda,Md.),"Kabat")的抗体汇编中用于重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用此编号系统，实际线性氨基酸序列可含有较少或另外的氨基酸，其对应于可变结构域的FR或CDR的缩短或对其进行的插入。例如，重链可变结构域可以包括在H2处的残基52 之后的单个氨基酸插入(根据Kabat的残基52a)和在重链FR残基82 之后插入的残基(例如根据Kabat的残基82a、82b和82c等)。可通过将抗体序列中具有同源性的区与“标准”Kabat编号序列比对来确定给定抗体中残基的Kabat编号。而Chothia是指结构环的位置(Chothia 和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。当使用Kabat编号习惯编号时，Chothia CDR-H1环的末端在介于H32与H34之间变化，具体取决于环的长度(这是因为Kabat编号方案将插入置于H35A和H35B；如果35A和35B都不存在，则环在32处结束；如果仅存在35A，则环在33处结束；如果35A和35B两者都存在，则环在34处结束)。 AbM高变区代表Kabat CDR和Chothia结构环之间的折衷，并被Oxford Molecular的AbM抗体建模软件使用。在一些实施方案中， CDR序列是根据Kabat来鉴定的。在一些实施方案中，CDR序列是根据Chotia来鉴定的。在一些实施方案中，CDR序列是根据AbM来鉴定的。在一些实施方案中，VH CDR3序列是根据Kabat来鉴定的。在一些实施方案中，VH CDR3序列是根据Chotia来鉴定的。在一些实施方案中，VH CDR3序列是根据AbM来鉴定的。
Figure BDA0003704354380000311
术语“VL”和“VL结构域”可互换使用，用于指代抗体的轻链可变区。
术语“VH”和“VH结构域”可互换使用，用于指代抗体的重链可变区。
术语“抗体片段”是指完整抗体的一部分。“抗原结合片段”是指与抗原结合的完整抗体的一部分。抗原结合片段可含有完整抗体的抗原决定可变区。抗体片段的实例包括但不限于Fab、Fab'、F(ab')2和Fv 片段、线性抗体和单链抗体。
“单克隆”抗体或其抗原结合片段是指在单一抗原决定簇或表位的高度特异性识别和结合中涉及的同质性抗体或抗原结合片段群。这与通常包括针对不同抗原决定簇的不同抗体的多克隆抗体形成对比。术语“单克隆”抗体或其抗原结合片段包括完整的和全长的单克隆抗体以及抗体片段(诸如Fab、Fab'、F(ab')2、Fv)、单链(scFv)突变体、包含抗体部分的融合蛋白、以及包含抗原识别位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子。此外，“单克隆”抗体或其抗原结合片段是指以各种方式制得的此类抗体及其抗原结合片段，所述方式包括但不限于通过杂交瘤、噬菌体选择、重组表达以及转基因动物。
术语“多克隆抗体”描述能够结合相同抗原或不同抗原上的若干不同特定抗原决定簇或与其反应的不同(多样化的)抗体分子的组合物。通常，多克隆抗体的可变性位于多克隆抗体的所谓可变区，特别是在CDR区中。在本公开中，两种或更多种多克隆抗体的混合物(多组合物)由多克隆多组合物细胞系在一个混合物中产生，所述多克隆多组合物细胞系由两种或更多种亲本多克隆细胞系产生，每个亲本多克隆细胞系均表达能够与不同的靶标结合的抗体分子，但也可能是两种或更多种分别产生的多克隆抗体的混合物。提供与本文所述的多克隆抗体相同的抗原/表位覆盖的单克隆抗体混合物将被视为多克隆抗体的等价物。当说明多克隆抗体的成员与抗原结合时，在本文中意味着以低于100nM、优选低于10nM、甚至更优选低于1nM的结合常数结合。
术语“嵌合”抗体或其抗原结合片段是指其中氨基酸序列衍生自两个或更多个物种的抗体或其抗原结合片段。通常，轻链和重链的可变区对应于衍生自一个哺乳动物物种(例如小鼠)的具有所需特异性、亲和力和能力的抗体或其抗原结合片段的可变区，而恒定区与衍生自另一物种(通常为人)的抗体中的序列同源，以避免于那个物种中引发免疫应答。
术语“表位”或“抗原决定簇”在本文中可互换使用并且是指能够被特定抗体识别并特异性地结合的抗原的那部分。当所述抗原是多肽时，表位可以由连续氨基酸和通过蛋白质的三级折叠而并置的非连续氨基酸形成。由邻接氨基酸形成的表位在蛋白质变性后通常会保留，而由三级折叠形成的表位在蛋白质变性后通常会丢失。表位通常包括独特空间构象中的至少3个且更通常至少5个或8-10个氨基酸。
“结合亲和力”通常是指分子(例如，抗体)的单一结合位点与它的结合配偶体(例如，抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另外指明，否则如本文所用，“结合亲和力”是指反映结合对的成员(例如，抗体与抗原)之间的1:1相互作用的固有结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力可通常由解离常数(Kd)表示。亲和力可以通过本领域中已知的常用方法(包括本文所述的那些)测量。低亲和力抗体通常缓慢地结合抗原并且倾向于容易解离，而高亲和力抗体通常更快地结合抗原并且倾向于保持结合时间更长。测量结合亲和力的多种方法是本领域已知的，其中的任何方法可以用于本发明的目的。具体的说明性实施方案在下文进行描述。在某些实施方案中，本文公开的抗 HIV Env抗体以至少约0.1μM或更小、至少约0.01μM或更小、至少约1nM或更小、或至少约0.1nM或更小的Kd结合至HIVgp120。在某些实施方案中，本文公开的抗HIV Env抗体以至少约0.01μM或更小的Kd结合至HIV gp120。在某些实施方案中，HIV gp120是 BG505 gp120。
当本文提及结合亲和力时使用的“或更好”是指在分子与其结合配偶体之间更强的结合。当本文使用时，“或更好”是指由更小的数值 Kd值表示的更强的结合。例如，对抗原具有“0.6nM或更好”的亲和力的抗体，所述抗体对所述抗原的亲和力是<0.6nM，即0.59nM、0.58 nM、0.57nM等或小于0.6nM的任何值。
如本文所用，术语“免疫特异性结合”、“免疫特异性识别”、“特异性结合”和“特异性识别”在抗体的上下文中是类似术语并且是指与抗原(例如，表位或免疫复合物)结合的分子，因为此种结合是本领域技术人员所理解的。例如，特异性结合至抗原的分子可以结合至其他肽或多肽，通常以较低的亲和力，如通过例如免疫测定、
Figure BDA0003704354380000331
KinExA 3000仪器(Sapidyne Instruments，Boise，ID)或本领域已知的其他测定所确定的。在一个具体实施方案中，与抗原免疫特异性结合的分子以比当分子非特异性结合至另一抗原时的Kd低至少2个对数、2.5个对数、3个对数或4个对数的Kd结合至抗原。在一个实例中，抗体可以特异性结合至BG505 SOSIP Env三聚体。抗体可以比与其他病毒或非病毒多肽结合的Kd低至少2个对数、2.5个对数、3 个对数或4个对数的Kd结合至BG505 SOSIP三聚体。特异性结合至Env的抗体涵盖但不限于特异性结合至天然Env、Env同种型或衍生自HIV分离株例如BG505的Env变体(例如SOSIP)的抗体。在一个实施方案中，抗体特异性结合至BG505 Env。在一个实施方案中，抗体或融合多肽特异性结合至BG505 SOSIP。
“优先结合”意指抗体特异性地结合至一个表位比它将结合相关的、相似的、同源的或类似的表位更容易。因此，“优先结合”至给定表位的抗体将比结合至相关表位更可能结合至所述给定表位，即使这种抗体可能与所述相关表位交叉反应。
如果抗体优先结合至给定表位或重叠表位达到其在某种程度上阻断参考抗体与表位的结合，那么该抗体被称为“竞争性抑制”参考抗体与给定表位结合。竞争性抑制可以通过本领域已知的任何方法(例如，竞争性ELISA测定)来确定。抗体据说将参考抗体与给定表位的结合竞争性抑制了至少90％、至少80％、至少70％、至少60％或至少50％。
如本文所用，术语“广泛中和抗体”或“bnAb”关于HIV(例如HIV-1) 时是指识别一种以上HIV分离株或毒株的HIV Env并抑制或阻止如体外中和测定中所评估的靶细胞的受体结合的抗体。在一个实施方案中，广泛中和抗体抑制HIV对易感靶细胞的感染。在一个实施方案中，广泛中和抗体特异性结合HIV Env并抑制包含Env多肽的HIV 假病毒对易感靶细胞(例如TZM-bl)的感染。HIV假病毒中和测定已在本领域中公开，例如，在Walker,L.M.等人,Nature 477,466–470 (2011),Li M.,等人,J.Virol.79:10108-10125(2005)中，出于所有目的，这些文献各自以引用的方式整体并入本文。在一个实施方案中，广泛中和抗体中和2、3、4、5、6、7、8、9或更多种HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体中和2、3、4、5、6、7、8、 9或更多种属于相同或不同进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和来自至少两个不同进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和至少一种进化枝B毒株或假病毒和至少一种进化枝C毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和一种以上进化枝B毒株或假病毒和一种以上进化枝C毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和来自116个成员的指示病毒面板中所代表的至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个或所有十五个进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和来自至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个或所有十五个选自由进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、 C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D和 G组成的组的进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和来自至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个或所有十一个选自由进化枝A、AC、ACD、AE、AG、B、BC、C、CD、 D、G组成的组的进化枝的HIV毒株或假病毒。
在一个实施方案中，在包含交叉进化枝的HIV分离株的指示病毒面板上测试中和的广度。在一个实施方案中，病毒面板包含6535、 AC10_29、ZM197M.P07、Ce1176_A3、CNE52、Q461、BJ0X028000 和6952.V1.c20的8个交叉进化枝分离株。在一个实施方案中，病毒面板包含6535.3、PVO.4、TRO.11、AC10.0.29、RHPA4259.7、WIT O4160.33、1006_11_C3_1601、1012_11_TC21_3257、SC05_8C11_23 44、Du172.17、ZM197M.PB7、Ce1176_A3、Ce704809221_1B3、Q4 61.e2、928-28、T250-4、T251-18、BJOX015000.11.5、BJOX010000. 06.2、BJOX028000.10.3、X1193_c1、X2131_C1_B5、6952.v1.c20、S C422661.8、1056_10_TA11_1826、CNE52、T278-50、R1166.c01、B JOX009000.02.4和3103.v3.c10的30个交叉进化枝分离株。在一个实施方案中，病毒面板包含6535.3、62357_14_D3_4589、6240_08_TA 5_4622、6244_13_B5_4576、1006_11_C3_1601、1012_11_TC21_325 7、1054_07_TC4_1499、1056_10_TA11_1826、AC10.0.29、CAAN53 42.A2、PVO.4、QH0692.42、REJO4541.67、RHPA4259.7、SC05_8C 11_2344、SC422661.8、THRO4156.18、TRJO4551.58、TRO.11、WE AU_d15_410_5017、WITO4160.33、CNE17、CNE19、CNE20、CNE 21、CNE30、CNE52、CNE53、CNE58、1394C9G1(Rev-)、246FC1 G、249MB10、7030102001E5(Rev-)、BF1266.431a、CAP210.2.00.E8、CAP45.2.00.G3、Ce0393_C3、Ce0682_E4、Ce1086_B2、Ce1172_H1、 Ce1176_A3、Ce2010_F5、Ce2060_G9、Ce703010054_2A2、Ce70480 9221_1B3、Du156.12、Du172.17、Du422.1、HIV-0013095-2.11、HI V-001428-2.42、HIV-16055-2.3、HIV-16845-2.22、ZM109F.PB4、ZM135M.PL10a、ZM197M.PB7、ZM214M.PL15、ZM233M.PB6、ZM 247v1(Rev-)、ZM249M.PL1、ZM53M.PB12、3817.v2.c59、6480.v4.c 25、6811.v7.c18、6952.v1.c20、89-F1_2_25、191821_E6_1、231965. c01、3016.v5.c45、A07412M1.vrc12、P0402_C2_11、P1981_C5_3、X1193_C1、X1254_C3、X1632_S2_B10、X2088_C9和X2131_C1_B 5的116个交叉进化枝分离株。在一个实施方案中，病毒面板包含D u422.1、ZM197M.PB7、ZM214M.PL15、ZM233M.PB6、ZM135M.P L10a、CAP45.2.00.G3、CAP244.2.00.D3、ZM215F.PB8、ZM106F.PB 9、0041.v3.c18、0984.v2.c2、6040.v4.c15、6631.v3.c10、933.v4.c4、 6980.v0.c31、3426.v5.c17、Ce1172_H1、Ce703010131_1E2、Ce7030 10054_2A2、Ce0665_F2、Ce2052_G10、Ce704810053_2B7,CeCAP21 0_TA5、CeCAP200_B8a、CeCAP188_1_D1_14(Rev-)、CeCAP177_1A3、ZM249M.PL1、7060101641A7(Rev-)、235080_3G7env2(Rev-)、7 04010042、705010185、1245045、19157834_V1、2969249、3514597、 20258279_V2、20915593、20927783、20965238、21197826_V1、21 283649、2768732_C5_16、18814602_H8_F3、19252094_A5_G2、197 07346_E8_C6、20104663_E11_D2、20198102_E9_G1、20286961_C1 _H8、20883229_C9_H6、21203310_G7_C3、21492713_B11_E3、215 02011_F12_E2、21561324_D3_B5、19314479_A2_5、234-F1-16-57、 541-F1_A7_2、569-F1_37_10、556_F2_3_25、CAP69.1.12_TA7.1、C AP136.1.16_E6_1、CAP174.1.06_F3_1B、CAP225.1.06_A2_18、CAP 266.2.00_E9_h6、TRP290.2.00_23_6、TRP307.2.00_24_1、TRP363.2. 00_10_3、722_G4_16、So431_C1_1、So405_T24_5、CT072_56_7、C T966_E1-7、CT140_140_B6、Ko426_T78_10、Ko459_T68_4、Ko870 _C2_10、CA392_H2_6、CA146_H3_3、CA240_A5.5、2865_A11.12、 3603_C11.13、3312_D6.2、CAP304.2.00_F6.6、CAP308.2.00_E11.35、 CAP323.2.00_B6.45、CAP330.2.00_F2.41、20417927.07、20358510.0 1、1170887.08、B005018-8_F6.3、CT810_G4-7、CT184_D3.15、SO6 07_B6.9、Me178_G6.16、CAP291.2.00_H2.15、SO032_A2.8-1、CT5 65_C7.48、CH0505.w4.3、6022.v7.c24、6146.v7.c23、CH064.env的1 00个进化枝C分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和8 个成员的指示病毒面板中的至少4、5、6、7或8种交叉进化枝HIV 分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和8个成员的指示病毒面板中的至少6种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少15、20、 25、26、27、28、29或30种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少20 种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少25种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少27种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的30种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、80％、90％、95％或100％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约60％的交叉进化枝H IV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约75％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约80％的交叉进化枝H IV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约90％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约95％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、 80％、90％、95％或100％的进化枝CHIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约20％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约30％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约35％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约40％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100 个成员的指示病毒面板中至少约45％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约60％的进化枝C HIV分离株。
在一个实施方案中，广泛中和抗体的中和效力表示为针对病毒面板，例如本文公开的8-病毒面板、30-病毒面板或116-病毒面板的中位IC50中和活性。在一个实施方案中，广泛中和抗体的中和效力表示为针对病毒面板，例如本文公开的100-病毒面板的中位IC50中和活性。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、 0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005 μg/ml的中位IC50中和8个成员的指示病毒面板中的至少约4、5、6、 7或8种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和8个成员的指示病毒面板中的至少6种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05 μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和30个成员的指示病毒面板中的至少15、20、25、26、27、28、29或30种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和30个成员的指示病毒面板中的至少20种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和30个成员的指示病毒面板中的至少25种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和30个成员的指示病毒面板中的至少27种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、 0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、 80％、90％、95％或100％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和116 个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位 IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约75％的交叉进化枝HIV 分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05 μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约80％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、 0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约20％、20％、35％、40％、45％或50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.05μg/ml 的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于 0.05μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约40％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，广泛中和抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约40％的进化枝C HIV分离株。
术语“IC50”是指抑制剂例如广泛中和抗体的半数最大抑制浓度。例如，IC50是抑制剂(例如，广泛中和抗体)的浓度，其中反应(例如被假病毒感染)减少一半。
如本文所用，短语“大体相似”或“大体相同”表示两个数值(通常一个与本文所述的抗体相关，而另一个与参考/对照抗体相关)之间的足够高的相似度，使得本领域技术人员会认为在由所述值(例如，Kd值) 测量的生物学特征的上下文中，这两个值之间的差异很小或不具有生物学和/或统计学意义。作为参考/对照抗体的值的函数，所述两个值之间的差异可以小于约50％、小于约40％、小于约30％、小于约20％或小于约10％。
“分离的”多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组合物是自然界中未发现的形式的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组合物。分离的多肽、抗体、多核苷酸、载体、细胞或组合物包括已被纯化至不再呈它们在自然界被发现的形式程度的那些。在一些实施方案中，分离的抗体、多核苷酸、载体、细胞或组合物是大体上纯的。
如本文所用，“大体上纯的”是指至少50％纯的(即，不含污染物)、至少90％纯的、至少95％纯的、至少98％纯的或至少99％纯的材料。
术语“多肽”、“肽”以及“蛋白质”在本文中可互换使用，以指代具有任何长度的氨基酸的聚合物。聚合物可以是线性或分支的，它可包含修饰的氨基酸，并且它可间杂有非氨基酸。所述术语还涵盖天然地或通过干预修饰的氨基酸聚合物；例如二硫键形成、糖基化、脂化、乙酰化、磷酸化或任何其他操纵或修饰，诸如与标记组分缀合。该定义中还包括，例如，含有氨基酸(包括例如，非天然氨基酸等)的一种或多种类似物以及本领域中已知的其他修饰的多肽。可以理解，由于本文所述的多肽是基于抗体的，所以在某些实施方案中，所述多肽可以单链或缔合链的形式出现。
在两个或更多个核酸或多肽的上下文中，术语“相同”或“同一性”百分比是指当针对最大对应性进行比较和比对时(如果必要，引入空位)，两个或更多个序列或子序列是相同的或具有指定百分比的相同核苷酸或氨基酸残基，而不考虑任何保守氨基酸取代作为序列同一性的一部分。可以使用序列比较软件或算法或通过目视检查来测量同一性百分比。可以用于获得氨基酸或核苷酸序列的比对的各种算法和软件是本领域已知的。序列比对算法的一个这样的非限制性实例是在Karlin等人,Proc.Natl.Acad.Sci.,87:2264-2268(1990)中所述、在 Karlin等人,Proc.Natl.Acad.Sci.,90:5873-5877(1993)中所修改并且并入NBLAST和XBLAST程序(Altschul等人,Nucleic Acids Res., 25:3389-3402(1991))中的算法。在某些实施方案中，可以使用如 Altschul等人,Nucleic Acids Res.25:3389-3402(1997)中所述的Gapped BLAST。BLAST-2、WU-BLAST-2(Altschul等人,Methods inEnzymology,266:460-480(1996))、ALIGN、ALIGN-2(Genentech,South San Francisco,California)或Megalign(DNASTAR)是可用于比对序列的可公开获得的另外软件程序。在某些实施方案中，两个核苷酸序列之间的同一性百分比使用GCG软件中的GAP程序(例如，使用NWSgapdna.CMP矩阵以及40、50、60、70或90的空位权重和1、2、 3、4、5或6的长度权重)来测定。在某些替代实施方案中，合并 Needleman和Wunsch算法(J.Mol.Biol.(48):444-453(1970))的GCG 软件包中的GAP程序可以用于测定两个氨基酸序列之间的同一性百分比(例如，使用Blossum 62矩阵抑或PAM250矩阵以及16、14、12、 10、8、6或4的空位权重和1、2、3、4、5的长度权重)。或者，在某些实施方案中，使用Myers和Miller算法(CABIOS,4:11-17(1989)) 来测定核苷酸或氨基酸序列之间的同一性百分比。例如，同一性百分比可以使用ALIGN程序(2.0版)并使用带有残基表、12的空位长度罚分和4的空位罚分的PAM120来测定。特定比对软件的最大比对的适当参数可以由本领域的技术人员确定。在某些实施方案中，使用比对软件的默认参数。在某些实施方案中，将第一氨基酸序列与第二氨基酸序列的同一性百分比“X”计算为100x(Y/Z)，其中Y为第一序列与第二序列的比对(如通过目视检查或特定序列比对程序来比对)中评为相同匹配的氨基酸残基数且Z为第二序列的总残基数。如果第一序列的长度比第二序列长，那么所述第一序列与第二序列的同一性百分比将比所述第二序列与所述第一序列的同一性百分比长。
作为非限制性实例，在某些实施方案中，可以使用Bestfit程序 (WisconsinSequence Analysis Package,Version 8for Unix,Genetics Computer Group,University Research Park,575Science Drive,Madison, WI 53711)来确定任何特定多核苷酸是否与参考序列具有一定百分比的序列同一性(例如，至少80％相同、至少85％相同、至少90％相同，并且在一些实施方案中，至少95％、96％、97％、98％或99％相同)。Bestfit使用Smith和Waterman的局部同源性算法(Advances in Applied Mathematics 2:482 489(1981))，以找出两个序列之间具有同源性的最佳片段。当使用Bestfit或任何其他序列比对程序来确定特定序列是否与本文所述的参考序列例如95％相同时，设定参数，以使得在参考核苷酸序列的全长上计算同一性百分比并且允许同源性中的空位高达所述参考序列中核苷酸总数的5％。
在一些实施方案中，本文所述的两种核酸或多肽是大体上相同的，意味着当针对最大对应性进行比较和比对时，如使用序列比较算法或通过目视检查所测量，它们具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％并且在一些实施方案中至少95％、96％、97％、 98％、99％核苷酸或氨基酸残基同一性。同一性可以存在于长度为至少约10、约20、约40至60个残基或其间的任何整数值的序列的区域上，并且可以存在于比60至80个残基长(例如，至少约90至100 个残基)的区域上，并且在一些实施方案中，所述序列在所比较的序列全长(例如像核苷酸序列的编码区)上大体上相同。
“保守氨基酸取代”是以下取代，其中一个氨基酸残基被具有相似侧链的另一个氨基酸残基替换。具有类似侧链的氨基酸残基的家族已经在本领域中进行了定义，包括碱性侧链(例如，赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如，天冬氨酸、谷氨酸)、不带电荷的极性侧链(例如，甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)、非极性侧链(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)、β分支侧链(例如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)以及芳族侧链(例如，酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。例如，苯丙氨酸取代成酪氨酸是保守取代。在一些实施方案中，本文所述的多肽和抗体的序列中的保守取代不会消除含有氨基酸序列的多肽或抗体与抗原的结合。鉴定不会消除抗原结合的核苷酸和氨基酸保守取代的方法是本领域众所周知的(参见，例如，Brummell等人，Biochem.32：1180-1 187(1993)；Kobayashi等人，Protein Eng. 12(10):879-884(1999)；以及Burks等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:.412-417(1997))。
如本文所用，术语“治疗”或“疗法”(以及其不同形式，包括治愈性或姑息性)是指对感染者的治疗。如本文所用，术语“治疗”包括缓解或减轻病状、疾病或病症的至少一种不良或负面影响或症状。此病状、疾病或病症可以是HIV感染。
术语诸如“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”或“治疗(to treat)”或“缓解(alleviating)”或“缓解(to alleviate)”是指治愈、减缓、减轻所诊断的病理病状或病症诸如HIV或AIDS的症状和/或阻止其进展的治疗措施。因此，需要治疗的那些包括已经诊断患有或疑似患有病症的那些。在某些实施方案中，如果患者表现出以下一种或多种情况：病毒载量的数量减少或完全不存在病毒载量；病毒负荷降低；病毒进入外周器官的抑制或不存在；与病症相关的一种或多种症状的缓解；发病率和死亡率的降低；生活质量的提高；无进展生存期(PFS)、无病生存期(DFS)或总生存期(OS)、完全缓解(CR)、部分缓解(PR)、稳定疾病(SD)的增加、进展性疾病(PD)的减少，进展时间(TTP)的缩短或其任何组合，则根据本文所述的方法成功地“治疗”了受试者的病症。
如本文所用，术语“预防(prevention)”或“预防(prophylaxis)”是指防止受试者感染病毒、或降低受试者感染病毒的风险、或阻止病毒传播、或降低病毒传播的风险。预防(Prophylactic)或预防(preventative)措施是指防止和/或减缓所靶向的病理病状或病症发展的措施。因此，需要预防或防止措施的那些包括易患病症的那些和其中待预防病症的那些。在一个实施方案中，预防涵盖对有此需要的受试者的被动免疫，包括施用有效量的本文公开的抗体。
如上以及本公开通篇所用，术语“有效量”是指在必要的剂量和必要的时间段内有效达到治疗相关病症、病状或副作用的期望结果的量。“有效量”可以根据所说明的目的凭经验并以常规方式来确定。应理解，本发明组分的有效量将会因不同患者而异，不仅与选择的特定疫苗、组分或组合物、施用途径以及组分在个体中引起期望结果的能力有关，而且与以下因素有关：诸如待减轻的病状的疾病状态或严重程度、个体的激素水平、年龄、性别、体重、患者的状况和所治疗的病理病状的严重程度、特定患者当时遵循的并行用药或特殊饮食以及本领域技术人员将认识到的其他因素，其中适当的剂量由主治医师决定。剂量方案可进行调整以便提供改善的治疗反应。有效量还是其中治疗有益作用超过组分的任何毒性或有害作用的量。
术语“治疗有效量”是指抗体、重组病毒、免疫缀合物或其他药物有效“治疗”受试者或哺乳动物的疾病或病症的量。就抗体可以阻止生长和/或杀死现有细胞而言，它可以是细胞抑制和/或细胞毒性的。“预防有效量”是指在必要的剂量和时间段内有效达到预期的预防结果的量。通常但不一定，由于预防剂量在疾病前或疾病早期阶段用于受试者，所以预防有效量将小于治疗有效量。
术语“受试者”、“个体”和“患者”在本文中可互换使用，并且是指动物，例如人，用根据本公开的抗体或药物组合物对其提供治疗，包括预防性治疗。在一个实施方案中，受试者、个体或患者已感染了 HIV。在一个实施方案中，受试者、个体或患者罹患AIDS。在一个实施方案中，受试者、个体或患者已暴露于HIV。在一个实施方案中，受试者、个体或患者具有暴露于HIV的风险。
与一种或多种另外的治疗剂“组合”施用包括同时(并行)施用或以任何顺序连续施用。
术语“药物组合物”、“药物制剂”、“药学上可接受的制剂”、“药学上可接受的组合物”，都可互换使用，是指在合理医学判断范围内，适于与人和动物组织接触而没有过度毒性、刺激、过敏反应或其他问题并发症、与合理的利益/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。“药学上可接受的”或“药物制剂”是指处于允许活性成分的生物活性有效的形式并且不含对制剂将要施用的受试者具有不可接受毒性的额外组分的制剂。所述制剂可为无菌的。
如本文所用，术语“抗逆转录病毒疗法”或“ART”是指用于控制受试者(例如，人)的逆转录病毒(例如，HIV)感染进展的任何疗法，包括例如核苷逆转录酶抑制剂(NRTI)、非核苷逆转录酶抑制剂(NNRTI)、蛋白酶抑制剂(PI)、融合抑制剂、进入抑制剂、成熟抑制剂、细胞抑制剂、整合酶链转移抑制剂以及多类组合。此类药物包括但不限于拉米夫定和齐多夫定、恩曲他滨(FTC)、齐多夫定(ZDV)、叠氮胸苷(AZ T)、拉米夫定(3TC)、扎西他滨、双脱氧胞苷(ddC)、富马酸替诺福韦酯(TDF)、地达诺新(ddl)、司他夫定(d4T)、硫酸阿巴卡韦(ABC)、依曲韦林、地拉韦定(DLV)、依非韦伦(EFV)、奈韦拉平(NVP)、安普那韦(APV)、替拉那韦(TPV)、茚地那韦(IDV)、沙奎那韦、甲磺酸沙奎那韦(SQV)、洛匹那韦(LPV)、利托那韦(RTV)、福沙那韦钙(FOS-AP V)、利托那韦、RTV、地瑞那韦、硫酸阿扎那韦(ATV)、甲磺酸奈非那韦(NFV)、恩夫韦肽、T-20、马拉韦罗和雷特格韦。ART药物还可以包括靶向HIV蛋白或与疾病进展相关的细胞蛋白的抗体。还包括基于免疫的疗法，诸如IL-2、IL-12和α-epibromide。这些药物中的每一种都可以单独施用或与任何其他ART药物或任何HIV特异性中和抗体(诸如广泛中和抗体)组合施用，出于所有目的，其以引用的方式整体并入本文。
如本文所用，术语“储库激活剂”是指能够激活病毒储库(例如，HIV储库)的剂。在一个实施方案中，储库激活剂包括组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂(例如，罗米地辛、伏立诺他和帕比司他)、免疫激活剂(例如，细胞因子和TLR激动剂)或专用小分子药物。
如本文所用，术语“免疫调节剂”是指当施用于受试者(例如人，例如感染了HIV或具有HIV感染或传播风险的人)时能够增强、诱导或延长免疫应答(例如，细胞介导的免疫应答和/或体液免疫应答)的剂，诸如抗体或肽。免疫调节剂包括但不限于免疫检查点抑制剂，例如PD-1、PD-L1、LAG-3或TIGIT拮抗剂。在一个实施方案中，用于本文所述的方法中的免疫调节剂包括抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗LAG3抗体或抗TIGIT抗体。免疫调节剂可以与包括施用本文所述的广泛中和抗体的治疗方案联合(例如，在其之前、同时、或之后或在其背景下)施用。
除非内容另外明确规定，否则如本说明书和所附权利要求书中所用的，单数形式“一个/种(a)”、“一个/种(an)”以及“所述(the)”包括复数个指代物。因此，例如，对“一个细胞”的提及包括两个或更多个细胞的组合等。
如本文的短语诸如“A和/或B”中使用的术语“和/或”意图包括“A 和B”、“A或B”、“A”以及“B”。同样，在诸如“A、B和/或C”的短语中使用的术语“和/或”旨在涵盖以下实施方案中的每一种：A、B和C； A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B；B和C；A(单独)；B(单独)；和C(单独)。
当涉及可测量的值(诸如量、持续时间等)时，本文所用的术语“约”意指涵盖指定值的多至±20％偏差，因为这些偏差对于执行所公开的方法是适当的。除非另外指出，否则在说明书和权利要求中使用的表示成分的量、性质诸如分子量、反应条件等的所有数字应理解为在所有情况下均由术语“约”修饰。因此，除非有相反的指示，否则以下说明书和所附权利要求书中所阐述的数值参数为近似值，其可根据本发明要寻求获得的所需性质而变化。在最低限度并且不试图限制对权利要求书范围的等效范围的原则的应用，每个数值参数均应至少根据报道的有效数字的数值和通过应用普通四舍五入技术来解读。
尽管阐述本文所述的广泛范围的数值范围和参数是近似值，但在特定实例中所阐述的数值尽可能精确地加以报告。然而，任何数值本身都含有由其相应测试测量中所见的标准偏差必然引起的某些误差。
应理解，无论在本文中将实施方案用语言“包含”来描述的情况如何，也提供以“由……组成”和/或“基本上由……组成”的术语描述的另外相似实施方案。
II.工程化抗HIV抗体
在一个方面，本文提供了特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)的PGDM1400抗体的工程化变体。在一个实施方案中，抗体特异性结合至有序的HIV Env三聚体。如本文所用，术语“PGDM1400”是指包含SEQ ID NO:1的VH和SEQ ID NO:2的VL的抗体，如例如在美国专利申请公布号20150361160中所公开的，其以引用的方式整体并入本文。
在一个方面，本文提供了能够中和BG505 HIV分离株的 PGDM1400抗体的工程化变体。
在一个方面，本文提供了PGDM1400抗体的工程化变体，其能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体能够中和至少一种进化枝B分离株和至少一种进化枝C分离株。
在一个实施方案中，本文公开的抗体是广泛中和抗体。
在一个实施方案中，本文公开的抗体中和2、3、4、5、6、7、8、 9或更多种属于相同或不同进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和来自至少两个不同进化枝的HIV 毒株或假病毒。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和至少一种进化枝B毒株或假病毒和至少一种进化枝C毒株或假病毒。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和一种以上进化枝B毒株或假病毒和一种以上进化枝C毒株或假病毒。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和来自116个成员的指示病毒面板中所代表的至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个或十五个进化枝的HIV毒株或假病毒。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和来自至少一个、至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个、至少十四个或十五个选自由进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、 BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、 D和G组成的组的进化枝的HIV毒株或假病毒。
在一个实施方案中，本文公开的抗体具有一种或多种改进的特性。在一个实施方案中，本文公开的抗体具有比PGDM1400高的对 HIV Env(例如，BG505 SOSIP)结合亲和力。在一个实施方案中，本文公开的抗体具有比PGDM1400改善的中位中和IC50效力(即，较低的中位IC50)。在一个实施方案中，与PGDM1400相比，本文公开的抗体具有增加的中和广度。
在一个实施方案中，本文公开的抗体是广泛中和抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，本文公开的抗体特异性结合至HIV Env。在一个实施方案中，本文公开的抗体特异性结合至有序的HIV Env三聚体。在一个实施方案中，本文公开的抗体是单克隆抗体。在一个实施方案中，本文公开的抗体是F(ab)或F(ab')2。在一个实施方案中，本文公开的抗体是重组抗体、嵌合抗体、抗体片段、双特异性抗体或三特异性抗体。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH、VL或VH和VL，所述VH和VL包含如表1中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是 PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH、VL、或VH和 VL，所述VH和VL包含与表1中所示的氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505SOSIP)。在一个实施方案中，抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的每个包含如表2中所示的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 是表1中所示VH的VH CDR3，而不是PGDM1400 VHCDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3包含表2中所示的氨基酸序列，而不是SEQ ID NO:29的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505SOSIP)。
在一个实施方案中，抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的一个、两个、三个、四个、五个或六个包含表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的一个、两个、三个、四个、五个或六个包含与表2中所示的氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的一个、两个、三个、四个、五个或六个包含含有0、1、2、3、4或5个取代、缺失或插入的表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR3，其包含如表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR3，其包含与表2中所示的氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR3，其包含含有0、1、2、3、4或5个取代、缺失或插入的表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的 HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如， BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的每个包含如表2 中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的每个包含与表2中所示的氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的每个包含含有0、 1、2、3、4或5个取代、缺失或插入的如表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和 BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的 HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个或八个包含表3中所示的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个或八个包含与表3中所示的氨基酸序列具有至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个或八个包含含有0、1、2、3、4或5个取代、缺失或插入的表3中所示的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的每个包含如表3中所示的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的每个包含与表3中所示的氨基酸序列具有至少约 80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约 98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VL FR4中的每个包含含有0、1、2、3、4或5个取代、缺失或插入的如表3中所示的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含重链、轻链或重链和轻链，所述重链和轻链包含如表2中所示的氨基酸序列，其中所述抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含重链、轻链或重链和轻链，所述重链和轻链包含与表1中所示的氨基酸序列具有至少约8 0％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约 98％、至少约99％或100％同一性的氨基酸序列，其中所述抗体不是 PGDM1400。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。在一个实施方案中，抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和 VL CDR3，其中VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、 VL CDR2和VL CDR3中的每个包含如表2中所示的氨基酸序列。
本文还提供了包含与表1、2、3和4中列出的序列具有至少约 80％序列同一性、至少约85％序列同一性、至少约90％序列同一性、至少约95％序列同一性、至少约96％序列同一性、至少约97％序列同一性、至少约98％序列同一性、或至少约99％序列或相同的氨基酸序列的多肽，其中所述多肽不是PGDM1400多肽。
表1.可变重链(VH)和轻链(VL)结构域。
Figure BDA0003704354380000541
Figure BDA0003704354380000551
Figure BDA0003704354380000561
表2.VH和VL CDR序列。CDR已根据Kabat确定。
Figure BDA0003704354380000562
Figure BDA0003704354380000571
Figure BDA0003704354380000581
表3.VH和VL框架(FR)序列。FR已根据Kabat确定。
Figure BDA0003704354380000582
Figure BDA0003704354380000591
Figure BDA0003704354380000601
Figure BDA0003704354380000611
Figure BDA0003704354380000621
表4.重链(HC)和轻链(LC)恒定区序列。
Figure BDA0003704354380000622
在一个方面，本文提供了包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3的PGDM1400抗体的工程化变体，其中所述VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2 和VL CDR2中的一个或多个是对应PGDM1400 CDR的变体。在一个实施方案中，抗体还包含VH FR1、VH FR2、VH FR3、VH FR4、 VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、 VH FR3、VH FR4、VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4中的一个或多个是对应PGDM1400 FR的变体。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:94-96的序列，并且所述VL CDR1、CDR和CDR3分别包含(SEQ ID NO:97-99的序列；其中所述VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和 VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。
在一个实施方案中，VH CDR1包含SEQ ID NO:37的序列。在一个实施方案中，VHCDR2包含SEQ ID NO:38的序列。在一个实施方案中，VH CDR2包含SEQ ID NO:39的序列。在一个实施方案中，VH CDR3包含SEQ ID NO:31的序列。在一个实施方案中，VH CDR3包含SEQID NO:32的序列。在一个实施方案中，VH CDR3 包含SEQ ID NO:33的序列。在一个实施方案中，VH CDR3包含SEQ ID NO:34的序列。在一个实施方案中，VH CDR3包含SEQ ID NO:35 的序列。在一个实施方案中，VL CDR1包含SEQ ID NO:41的序列。在一个实施方案中，VL CDR1包含SEQ ID NO:42的序列。在一个实施方案中，VL CDR1包含SEQ ID NO:43的序列。在一个实施方案中，VL CDR1包含SEQ ID NO:44的序列。在一个实施方案中， VL CDR2包含SEQ IDNO:45的序列。在一个实施方案中，VL CDR2 包含SEQ ID NO:46的序列。在一个实施方案中，VL CDR3包含SEQ ID NO:30的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含 SEQ ID NO:3-12中任一个的VH区的VH CDR1、VHCDR2和VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含根据Kabat的SEQ ID NO:3-12中任一个的VH区的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和 VL CDR3，其中所述抗体包含如表2中所示的SEQ IDNO:3-12中任一个的VH区的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-G VH (SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含根据Kabat的 ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含如表 2中所示的ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 包含SEQ ID NO:31-35的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:31-35 的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 包含SEQ ID NO:3-12中任一个的VH区的VH CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR3包含SEQ ID NO:3-12中任一个的VH区的VH CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env (例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:3-12 中任一个的VH区的VH CDR3。在一个实施方案中，VH CDR3是根据Kabat的。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1 包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含SEQ ID NO: 38或39的氨基酸序列，并且所述VH CDR3包含SEQ ID NO:31-35 的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1包含SEQ ID NO:41-44的氨基酸序列，所述VL CDR2 包含SEQ ID NO:45或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含 SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3，其中所述VH CDR1包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含SEQ ID NO:38或39的氨基酸序列，所述VH CDR3 包含SEQ ID NO:31-35的氨基酸序列，所述VL CDR1包含SEQ ID NO:41-44的氨基酸序列，所述VL CDR2包含SEQ ID NO:45或46 的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:37 的氨基酸序列，所述VH CDR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:38或39的氨基酸序列，并且所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO: 31-35的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:41-44的氨基酸序列，所述VL CDR2包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:45或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其中所述VH CDR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:38或 39的氨基酸序列，所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:31-35的氨基酸序列，所述VL CDR1 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:41-44 的氨基酸序列，所述VL CDR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:45或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:30 的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1 包含SEQ ID NO:36或37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含SEQ ID NO:38或39的氨基酸序列，并且所述VH CDR3包含SEQ ID NO:29 或31-35的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1包含SEQ ID NO:40-44的氨基酸序列，所述VL CDR2包含SEQ ID NO:45或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3 包含SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其中所述VH CDR1包含SEQ ID NO:36或37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含SEQ IDNO:38或39的氨基酸序列，并且所述VH CDR3包含SEQ ID NO:29或31-35的氨基酸序列，所述VL CDR1包含SEQ ID NO:40-44的氨基酸序列，所述VL CDR2包含SEQ ID NO:45或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的至少一个包含与 PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIVEnv(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:36 或37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:38或39的氨基酸序列，并且所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:29或31-35的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其中所述VL CDR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:40-44的氨基酸序列，所述VL CDR2 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:45 或46的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含含有0、1、2、3、4 或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1包含含有0、 1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:36或37的氨基酸序列，所述VH CDR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:38或39的氨基酸序列，所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:29或31-35 的氨基酸序列，所述VL CDR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:40-44的氨基酸序列，所述VL CDR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:45或46 的氨基酸序列，并且所述VL CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ IDNO:30的氨基酸序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和31的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和32的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和33的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和34的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和35的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、39和31的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、36和34的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38和31的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38和32的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2 和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38和33的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38和34的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、 VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38和35的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、39和31的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、 36和34的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:31 的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述 VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:32的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:33的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:34的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:35的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含 SEQ ID NO:13-28的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-E VL (SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-I VL (SEQ ID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-M VL (SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:41、46和30。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:42、45和30。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VLCDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含SEQ ID NO:41、45和30。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:43、45和30。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:43、 46和30。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述 VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:44、45和 30。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含各自含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VLCDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含各自含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:44、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含 ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2和 VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含ePGDM-G VH(SEQID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VLCDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含SEQ ID NO:3-12的VH的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3，以及SEQ ID NO:13-28的VL的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含SEQ ID NO:1的VH的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及SEQ ID NO:13-28的VL的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述抗体包含SEQ ID NO:3-12的VH的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3，以及SEQ ID NO:2的VL的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 36、38、29、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:36、38、29、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 36、38、29、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:36、38、29、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 36、38、29、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:36、38、29、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、31、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、31、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ IDNO: 37、38、31、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、31、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、31、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、31、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、31、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、32、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、32、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、32、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、32、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、32、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQID NO: 37、38、32、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、32、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、33、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、33、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、33、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、33、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、33、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、33、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、33、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、34、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQID NO: 37、38、34、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、34、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、35、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、35、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、35、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、35、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQID NO: 37、38、35、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、38、35、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、38、35、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、31、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、31、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、31、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、31、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、31、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、31、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、31、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQID NO: 37、39、34、40、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、34、41、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、34、42、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、34、41、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO:37、39、34、43、46和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含SEQ ID NO: 37、39、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的 HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如， BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含各自含有 0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其分别包含各自含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VH FR1、VH FR2、 VH FR3和VH FR4，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4 分别包含SEQ ID NO:100-103。在一个实施方案中，VH FR1包含SEQ ID NO:48的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含SEQ ID NO:49 的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含SEQ ID NO:50的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含SEQ ID NO:51的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含SEQ ID NO:52的序列。在一个实施方案中， VH FR1包含SEQ ID NO:53的序列。在一个实施方案中，VH FR2 包含SEQ ID NO:54的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含SEQ ID NO:55的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含SEQ ID NO:56 的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含SEQ ID NO:57的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:59的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:60的序列。在一个实施方案中， VH FR3包含SEQ ID NO:61的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:62的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:63的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:64 的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含SEQ ID NO:65的序列。在一个实施方案中，VH FR4包含SEQ ID NO:66的序列。
在一个实施方案中，VH FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ IDNO:48的序列。在一个实施方案中，VH FR1 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:49 的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:50的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:51的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:52的序列。在一个实施方案中，VH FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:53的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:54的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:55的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:56的序列。在一个实施方案中，VH FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:57的序列。在一个实施方案中，VHFR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:59 的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:60的序列。在一个实施方案中， VH FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:61的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:62的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:63的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:64的序列。在一个实施方案中，VH FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:65的序列。在一个实施方案中，VH FR4包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:66的序列。
在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:47、54、58和66的序列。在一个实施方案中， VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:48、55、 59和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3 和VH FR4分别包含SEQID NO:49、56、60和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:50、55、61和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、 VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:51、55、62和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:52、56、63和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、 VH FR2、VHFR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:50、54、59和66 的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VHFR2、VH FR3和VH FR4 分别包含SEQ ID NO:53、55、64和66的序列。在一个实施方案中， VHFR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:52、55、 65和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3 和VH FR4分别包含SEQ ID NO:53、57、61和66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含SEQ ID NO:51、55、59和66的序列。
在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:47、 54、58或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VHFR2、VH FR3 和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:48、55、59或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、 VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:49、56、60或66的序列。在一个实施方案中，VHFR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、 1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ IDNO:50、55、61或 66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4 分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO: 51、55、62或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、 VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:52、56、63或66的序列。在一个实施方案中， VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4 或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:50、54、59或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:53、 55、64或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VH FR3 和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:52、55、65或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、 VH FR2、VH FR3和VH FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:53、57、61或66的序列。在一个实施方案中，VH FR1、VH FR2、VHFR3和VH FR4分别包含含有0、 1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:51、55、59或66的序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4，其中所述VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4 分别包含序列SEQ ID NO:104-107的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO:40的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含 SEQ IDNO:68的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO: 69的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO:70的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO:71的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO:72的序列。在一个实施方案中， VL FR1包含SEQID NO:73的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含SEQ ID NO:74的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:75的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:76的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:77的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:78的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:79的序列。在一个实施方案中， VL FR2包含SEQ ID NO:80的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含SEQ ID NO:81的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:82的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:83的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:84的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:85的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:86的序列。在一个实施方案中， VL FR3包含SEQ ID NO:87的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:88的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:89的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:90的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:91的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含SEQ ID NO:92的序列。在一个实施方案中，VL FR4包含SEQ ID NO:93的序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体还包含VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4，其中所述VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4 分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO: 104-107的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:40的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:68的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:70的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:71的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:72的序列。在一个实施方案中，VLFR1 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:73 的序列。在一个实施方案中，VL FR1包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:74的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:75的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:76的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:77的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:78的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:79的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:80的序列。在一个实施方案中，VL FR2包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:81的序列。在一个实施方案中，VL FR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:82 的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:83的序列。在一个实施方案中， VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:84的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、 4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:85的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:86的序列。在一个实施方案中，VLFR3包含含有0、1、 2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:87的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:88的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:89的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:90的序列。在一个实施方案中，VL FR3 包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:91 的序列。在一个实施方案中，VL FR3包含含有0、1、2、3、4或5 个取代、插入或缺失的SEQ IDNO:92的序列。在一个实施方案中， VL FR4包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:93的序列。
在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:67、75、82和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:68、76、83 和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQID NO:69、77、84和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:70、 78、85和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3 和VLFR4分别包含SEQ ID NO:71、79、86和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:72、80、87和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:68、76、88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VLFR2、VL FR3和VL FR4分别包含 SEQ ID NO:69、78、89和93的序列。在一个实施方案中，VLFR1、 VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:69、79、89和93 的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4 分别包含SEQ ID NO:69、80、90和93的序列。在一个实施方案中， VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:73、80、 91和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和 VL FR4分别包含SEQ ID NO:68、80、88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO: 74、79、88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4分别包含SEQ IDNO:69、78、92和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:74、76、91和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、 VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含SEQ ID NO:74、80、91和93 的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VLFR4 分别包含SEQ ID NO:69、81、85和93的序列。
在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:67、75、82和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VLFR2、VL FR3 和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的 SEQ ID NO:68、76、83和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、 VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、77、84和93的序列。在一个实施方案中，VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、 1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ IDNO:70、78、85和 93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4 分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO: 71、79、86和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:72、80、87和93的序列。在一个实施方案中， VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4 或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:68、76、88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、78、 89和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、79、89和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、80、90和93的序列。在一个实施方案中， VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4 或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:73、80、91和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:68、80、 88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和 VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:74、79、88和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、 VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、78、92和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4 或5个取代、插入或缺失的SEQID NO:74、76、91和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:74、80、 91和93的序列。在一个实施方案中，VL FR1、VL FR2、VL FR3和 VL FR4分别包含含有0、1、2、3、4或5个取代、插入或缺失的SEQ ID NO:69、81、85和93的序列。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH 框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的 V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、 H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66 处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据 Kabat编号。在一个实施方案中，VH框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、 H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39 处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH 框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH框架区包含H2 处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个： H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H2处的 A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个或者三个或更多个：H3处的Q、H5处的V、H24 处的N和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E，其中所述 VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH与SEQ ID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。在一个实施方案中，VH与SEQ ID NO:3-12 具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。在一个实施方案中，VH与SEQ ID NO:9具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL 框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、 L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、 L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26 处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、 L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、 L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E 或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2 处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含 L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76 处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据 Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的 S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat 编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述 VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个或者四个或更多个：L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、 L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L2 处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述 VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个或者两个或更多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L49处的D、L53处的 E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL与SEQ ID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。在一个实施方案中，VL与SEQID NO:13-28具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
在一个方面，本文提供了包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3、VH框架和VL框架的PGDM1400 抗体的工程化变体，其中所述VH框架和VL框架之一或两者包含对应PGDM1400框架的变体。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VH框架包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、 H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46 处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、 H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VH框架包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或者十个或更多个：H2处的A、 H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39 处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH 框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VH框架包含H2处的A、H3 处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH 框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、 H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H2处的A、H3处的 Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个或者三个或更多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N和 H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H3 处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含 PGDM1400VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2 和VLCDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VL框架包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、 L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76 处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VL框架包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26 处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、 L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VL框架包含 L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42 处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的 E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9 处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L2处的I、 L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76 处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D 和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个或者四个或更多个： L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、 L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据 Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个或者两个或更多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L49处的D、L53处的E或D、L68处的E 或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中， VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中， VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9) 的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO: 21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述VH和VL框架包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3 处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9 处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、 L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3、VH框架和VL框架，其中所述VH和VL框架包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或者十个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、 H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、 H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K 或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、 L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3、 VH框架和VL框架，其中所述VH和VL框架包含H2处的A、H3 处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9 处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、 L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39 处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的 E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、 H85处的E、L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68 处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39 处的Q、H85处的E、L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含H2处的A、 H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L9 处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80 处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、 H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2 处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述 VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和 VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、 H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53 处的E、L68处的E，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个： H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E、L49处的D、L53 处的E或D、L68处的E或R，其中所述VH和VL框架的残基根据 Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E、L49处的D、L53处的E或D、 L68处的E或R，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。
在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、45和 30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VHCDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH (SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VLCDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含SEQ ID NO:3-12的VH框架。在一个实施方案中，VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、 VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VLCDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH (SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VHCDR2和VH CDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-IVL(SEQ ID NO:21)的VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-GVH (SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIVEnv(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2、VLCDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含SEQ ID NO:13-28的VL框架。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含 PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VLCDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i)ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH框架和(ii) ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i) ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH框架和(ii)ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2、VL CDR3、 VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i)ePGDM-G VH(SEQ ID NO: 9)的VH框架和(ii)ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i)SEQ ID NO:3-12的VH框架和(ii)SEQ ID NO: 13-28的VL框架。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:94-99 的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含 PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VLCDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含VH框架，其与SEQ ID NO:3-12VH的VH框架具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约 96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％的序列同一性。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含VH框架，其与ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH框架具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％的序列同一性。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2、VLCDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:3-12VH的VH框架具有至少约90％序列同一性的VH框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、 VH CDR2、VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含与ePGDM-G VH(SEQID NO:9)的 VH框架具有至少约90％序列同一性的VH框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:13-28VL的LV框架具有至少约70％、至少约80％、至少约 90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约 99％序列同一性的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VLCDR3、 VH框架和VL框架，其中所述抗体包含与ePGDM-E VL(SEQ ID NO: 17)、ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25) 的VL框架具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2、VL CDR3、VH框架和 VL框架，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:13-28VL的VL框架具有至少约90％序列同一性的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、 VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含与ePGDM-E VL (SEQ ID NO:17)、ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M VL (SEQ ID NO:25)的VL框架具有至少约90％序列同一性的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i)与ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH框架具有至少约90％序列同一性的VH框架和(ii)与ePGDM-E VL(SEQ ID NO: 17)、ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL框架具有至少约90％序列同一性的VL框架。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2、VL CDR3、VH框架和VL框架，其中所述抗体包含(i)与 SEQ ID NO:3-12的VH框架具有至少约90％序列同一性的VH框架和(ii)与SEQID NO:13-28的VL框架具有至少约90％序列同一性的 VL框架。在一个实施方案中，VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQID NO:37、38、34、44、45和 30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17) 的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9) 的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO: 25)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env (例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH，所述VH包含与 SEQ ID NO:3-12具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含含有与SEQ ID NO:9具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含含有与SEQ ID NO:1具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列的 VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含含有与SEQ ID NO: 3-12具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含含有与SEQ ID NO:9具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含含有与SEQID NO:1具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列的VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架，所述VH 框架包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或者十个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5 处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、 H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，抗体包含VH框架，所述VH框架包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、 H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、 H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85 处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39 处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q 和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个或者三个或更多个：H3处的Q、 H5处的V、H24处的N和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VH框架区，所述VH框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的 E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中， VH框架还包含H62-H64处的QGR。在一个实施方案中，VH CDR1、 VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、 VH CDR2、VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VLCDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH (SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQID NO:21)的VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH (SEQID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL包含与 SEQ ID NO:13-28具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL包含与SEQ ID NO:13-28具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述 VL包含与SEQ ID NO:17具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VL，所述VL包含与SEQ IDNO:17具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL 包含与SEQ ID NO:216具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VL，所述VL包含与SEQ ID NO:21具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL 包含与SEQ ID NO:25具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL包含与SEQ ID NO:25具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL，所述VL 包含与SEQ ID NO:2具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VL，所述VL包含与SEQ ID NO:2具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体包含VL框架，所述VL框架包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的 D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，抗体包含VL框架，所述VL框架包含L2处的I、L9处的L、L18处的P、 L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、 L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80 处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，抗体包含VL框架，所述VL框架包含L49处的D、L53处的E 或D和L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53 处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 VL框架区，所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L26处的D、 L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL 框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L9处的L、 L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，其包含L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL 框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个或者四个或更多个：L2处的I、L9处的L、L48处的L、 L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含以下中的一个或多个或者两个或更多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或 R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含VL框架区，所述VL框架区包含L49处的D、 L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat 编号。在一个实施方案中，VH框架还包含H105处的K。在一个实施方案中，VH框架还包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N和H85处的E。在一个实施方案中，VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、 VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQID NO:37、38、34、44、45和 30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17) 的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9) 的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO: 25)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env (例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO:1或3-12具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:2或13-28具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO: 1或3-12具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:2或13-28具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO: 9具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约 96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:17、21或25具有至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约96％、至少约97％、至少约98％或至少约99％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO:9具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:17具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO:9具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:21具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)VH，其包含与SEQ ID NO:9具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列和(ii)VL，其包含与SEQ ID NO:25具有至少约90％序列同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，抗体包含VH框架和VL框架，所述VH框架和VL框架包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个或者十个或更多个： H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24 处的N、H39处的Q、H46处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64 处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9 处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、 L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，抗体包含VH框架和VL框架，所述VH框架和VL框架包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、 H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、 H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81 处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的 D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中， VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、 H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9 处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80 处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、 H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L26 处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH 和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5 处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH 和VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、 H39处的Q、H85处的E、L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的 E、L68处的E，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5 处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的 L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL框架区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的 E、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VH 和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH和VL 框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E、L49 处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH框架还包含 H62-H64处的QGR。在一个实施方案中，VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:94-99 的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38、34、 44、45和30的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO: 37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含 PGDM1400 VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-EVL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-GVH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和 VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)的VLCDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VHCDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含与SEQ ID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的 VH和与SEQ ID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VL，其中所述VH包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、 H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66 处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、 H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的 T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、 H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85 处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A。在一个实施方案中，VH区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、 H39处的Q、H85处的E、H100H处的E、H104处的A，其中所述 VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH区包含H2 处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H85处的E、H100H处的E、H104处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85 处的E、H104处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、 H30处的T、H85处的E、H104处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL包含以下中的一个或多个： L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C 处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的 D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76 处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26 处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K 或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68 处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。在一个实施方案中，VL区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L27C处的Q、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80 处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL区包含L2处的I、L9处的L、L26处的D、L27C处的Q、 L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L9处的L、L27处的Q、L53处的E、L68处的R、L74 处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH框架的残基根据 Kabat编号。在一个实施方案中，VL区包含L9处的L、L27处的Q、 L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL 区包含以下中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L27C处的Q、L48 处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat 编号。在一个实施方案中，VL区包含L2处的I、L9处的L、L27C 处的Q、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL区包含以下中的一个或多个或者两个或更多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的 E或R，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VL区包含L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3 分别包含SEQ ID NO:94-99的序列。在一个实施方案中，VH CDR1、 VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含 SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列。在一个实施方案中， VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3 分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列。在一个实施方案中，抗体包含PGDM1400 VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3 以及ePGDM-E VL(SEQ ID NO:17)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9) 的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3以及ePGDM-I VL(SEQ ID NO: 21)的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)的VH CDR1、VH CDR2和VHCDR3以及ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)的VL CDR1、VL CDR2 和VL CDR3。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:3-12的 VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:9的VH。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQID NO:13-28的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:17的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:21的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:25的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)SEQ ID NO:3-12的VH和(ii) SEQ ID NO:13-28的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含 (i)SEQ ID NO:1的VH和(ii)SEQ ID NO:13-28的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)SEQ ID NO:3-12的VH和(ii)SEQ ID NO:2的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)SEQ IDNO: 9的VH和(ii)(SEQ ID NO:17的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)SEQ IDNO:9的VH和(ii)(SEQ ID NO:21的VL。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含(i)SEQ IDNO:9的VH和(ii) SEQ ID NO:25的VL。在一个实施方案中，抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，抗体特异性结合至HIV Env(例如，BG505 SOSIP)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体是重组抗体、嵌合抗体、双特异性抗体、三特异性抗体或多特异性抗体。在一个实施方案中，抗体片段包含单链Fv(scFv)、F(ab)片段、F(ab')2片段或分离的VH结构域。
在一些实施方案中，本文所述的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在一些实施方案中，一种结合特异性是针对HIV Env，而另一种是针对任何其他抗原。在一些实施方案中，双特异性抗体结合至HIV Env的两个不同表位。双特异性抗体可被制备成全长抗体或抗体片段。
制备多特异性抗体(例如，双特异性抗体)的技术包括但不限于重组共表达具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链(参见Milstein 和Cuello，Nature 305：537(1983)；WO 93/08829以及Traunecker等人,EMBO J.10:3655(1991))及“杵臼(knob-in-hole)”工程化(参见例如美国专利号5,731,168)。也可以通过以下方式来制备多特异性抗体：用于制备抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电转向效应(WO 2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(参见例如美国专利号 4,676,980，及Brennan等人,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来产生双特异性抗体(参见例如Kostelny等人,J.Immunol., 148(5):1547-1553(1992))；使用用于制备双特异性抗体片段的“双抗体”技术(参见例如Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90:6444-6448(1993))；及使用单链Fv(scFv)二聚体(参见例如Gruber 等人,J.Immunol.,152:5368(1994))；以及如例如Tutt等人J.Immunol. 147:60(1991)中所述制备三特异性抗体。本文还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化抗体，包括“章鱼抗体(Octopus antibody)”和双重可变结构域(DVD)免疫球蛋白(参见例如US 2006/0025576A1和美国专利10,093,733)。本文公开的抗体或片段还包括“双效Fab”或“DAF”，其包含结合至不同表位(例如，两个不同 HIV Env表位)的抗原结合位点(参见例如US 2008/0069820)。
在一些实施方案中，本文所述的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体，其包含第一抗原结合结构域，所述第一抗原结合结构域包含本文公开的VH结构域或VH和VL结构域；以及能够结合HIV Env 表位的第二抗原结合区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至不同于由本文公开的抗体结合的HIV Env表位区的HIV Env表位区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至CD4结合位点(CD4bs)表位区、V3环附近的N332聚糖表位区、gp120-gp41界面表位区或gp41 膜近端外部表位区(MPER)。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至CD4结合位点(CD4bs)表位区、V1/V2-聚糖位点(V2g)表位区、 V3环附近的N332聚糖表位区、gp120-gp41界面表位区或gp41膜近端外部表位区(MPER)。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至 CD4结合位点(CD4bs)表位区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至V1/V2-聚糖位点(V2g)表位区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至V3环附近的N332聚糖表位区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至gp120-gp41界面表位区。在一个实施方案中，第二抗原结合区结合至gp41膜近端外部表位区(MPER)。
在一个实施方案中，本文所述的抗体包含重链和/或轻链恒定区。在一个实施方案中，本文所述的抗体包含人重链和/或轻链恒定区。在一个实施方案中，重链恒定区是人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、 IgG4、IgA1或IgA2恒定区。在一个实施方案中，重链恒定区是人免疫球蛋白IgG1恒定区。在一个实施方案中，重链恒定区包含天然氨基酸序列。在一个实施方案中，重链恒定区包含SEQ ID NO:108的氨基酸序列。在一个实施方案中，重链恒定区包含变异氨基酸序列。在一个实施方案中，重链恒定区包含SEQ ID NO:109的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文公开的抗体不是PGDM1400。在一个实施方案中，本文公开的抗体包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、 VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其中所述VH CDR1、VH CDR2、 VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的一个或多个不包含对应PGDM1400 CDR的氨基酸序列。在一个实施方案中，本文公开的抗体包含VH和VL，其中所述VH和VL中之一或两者不包含对应PGDM1400 VH和VL的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和8个成员的指示病毒面板中的至少5种、至少6种、至少7种或8种交叉进化枝HIV 分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和8个成员的指示病毒面板中的至少7种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少20 种、至少25种、至少27种、至少28种、至少29种或30种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和30 个成员的指示病毒面板中的至少25种交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或100％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116 个成员的指示病毒面板中至少约60％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约62％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约65％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约67％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约68％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约 69％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV 分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约71％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约72％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约73％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116 个成员的指示病毒面板中至少约74％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约75％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约77％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约80％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和116个成员的指示病毒面板中至少约85％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、约0.05μg/ml、约0.025μg/ml、约0.01μg/ml或约0.005μg/ml的中位IC50中和交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位IC50中和交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.03μg/ml 的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约 0.02μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝 HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.009μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.008μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.007μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.006μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.005μg/ml的中位IC50中和116 个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.004μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.003μg/ml的中位 IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.002μg/ml 的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约 0.001μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、 0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、80％、90％、95％或100％的交叉进化枝 HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于 0.05μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝 HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01 μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、C、C(T/F)、 CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml 的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、 AC、ACD、B、B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE (T/F)、CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、 C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或 G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、 CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC50中和 116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、 B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、 CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、 0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC50中和116 个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC50中和 116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、 0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位 IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml 的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于 0.001μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml 或0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、约0.05μg/ml、约0.025μg/ml、约 0.01μg/ml或约0.005μg/ml的中位IC80中和交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml 的中位IC80中和交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.03μg/ml的中位IC80中和116 个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.02μg/ml的中位IC80中和 116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.01μg/ml的中位IC80 中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.009μg/ml的中位 IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.008μg/ml 的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约 0.007μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.006μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.004μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.003μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.002μg/ml的中位IC80中和116 个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.001μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、 0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位 IC80中和116个成员的指示病毒面板中至少约50％、60％、70％、80％、 90％、95％或100％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和116 个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝 HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于 0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中至少约 70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中至少约70％的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06 μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、 B、B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或G的HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、 C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或 G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、 CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC80中和 116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、 B(T/F)、BC、C、C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、 CRF02_AG、D或G HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A、A(T/F)、AC、ACD、B、B(T/F)、BC、C、 C(T/F)、CD、CRF01_AE、CRF01_AE(T/F)、CRF02_AG、D或G HIV 分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约 0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml 或0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝AHIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝AHIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝A HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、 0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC80中和116 个成员的指示病毒面板中的进化枝B HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、 0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位 IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.005μg/ml 的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.001μg/ml的中位IC80中和116个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV分离株。
在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和PGDM1400抗性 HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和至少2种、至少3种、至少4种或至少5种PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和至少2个交叉进化枝的 PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和至少2种、至少3种、至少4种或至少5种PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、约0.05μg/ml、约0.025μg/ml、约0.01μg/ml或约 0.005μg/ml的中位IC50中和PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位 IC50中和PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、约0.05μg/ml、约0.025 μg/ml、约0.01μg/ml或约0.005μg/ml的中位IC80中和PGDM1400 抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位IC80中和PGDM1400抗性HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％或至少约50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约25％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约30％的进化枝CHIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约35％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约40％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约45％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够中和100个成员的指示病毒面板中至少约50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、约0.05μg/ml、约0.025μg/ml、约0.01μg/ml或约0.005μg/ml的中位IC50中和进化枝 C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.05μg/ml的中位IC50中和进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.03μg/ml的中位IC50 中和100个成员的指示病毒面板的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.02μg/ml的中位 IC50中和100个成员的指示病毒面板的进化枝CHIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.01μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.005μg/ml 的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005 μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％或至少约50％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约45％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中至少约45％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.07μg/ml、0.06 μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC80中和100个成员的指示病毒面板中至少约20％、至少约25％、至少约 30％或至少约35％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.05μg/ml的中位IC80中和100个成员的指示病毒面板中至少约25％的进化枝C HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体能够以等于或小于0.01μg/ml的中位IC80中和100个成员的指示病毒面板中至少约25％的进化枝C HIV分离株。
在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够中和8 个成员的指示病毒面板中更大分率的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够中和30个成员的指示病毒面板中更大分率的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够中和116个成员的指示病毒面板中更大分率的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够中和100个成员的指示病毒面板中更大分率的进化枝C HIV分离株。
在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够以更低的中位IC50中和8个成员的指示病毒面板中的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够以更低的中位IC50中和30个成员的指示病毒面板中的交叉进化枝HIV分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够以更低的中位IC50中和116个成员的指示病毒面板中的交叉进化枝HIV 分离株。在一个实施方案中，本文公开的抗体比PGDM1400能够以更低的中位IC50中和100个成员的指示病毒面板中的进化枝C HIV 分离株。
另一个方面，本文提供了与本文所述的抗体结合相同或重叠的E nv表位的抗体(例如，包含ePGDM-G VH和ePGDM-E、ePGDM-I 或ePGDM-M VL的抗体)。在某些实施方案中，抗体的表位可以通过例如NMR光谱、X射线衍射晶体学研究、ELISA测定、氢/氘交换与质谱联用(例如液相色谱电喷雾质谱)、基于阵列的寡肽扫描测定和/ 或诱变作图(例如，定点诱变作图)来确定。对于X射线晶体学，可以使用本领域已知的任何方法完成结晶(例如，GiegéR等人,(1994)A cta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4):339-350；McPherson A(1990)Eur J Biochem 189:1-23；Chayen NE(1997)Structure 5:1 269-1274；McPhersonA(1976)J Biol Chem 251:6300-6303)。抗体：抗原晶体可使用众所周知的X射线衍射技术进行研究，并且可使用计算机软件诸如X-PLOR(Yale University,1992,由MolecularSimulations,Inc.发布；参见，例如Meth Enzymol(1985)第114& 115卷,Wyckoff HW等人编；美国专利申请号2004/0014194)以及B USTER(Bricogne G(1993)Acta Crystallogr DBiol Crystallogr 49 (Pt 1):37-60；Bricogne G(1997)Meth Enzymol 276A:361-423,Carter CW编；Roversi P等人,(2000)Acta Crystallogr D Biol Cryst allogr 56(Pt10):1316-1323)来精制。可以使用本领域技术人员已知的任何方法完成诱变作图研究。关于诱变技术(包括丙氨酸扫描诱变技术)的描述，参见，例如，Champe M等人,(1995)同上以及Cunni ngham BC&Wells JA(1989)同上。在一个具体实施方案中，使用丙氨酸扫描诱变研究确定抗体的表位。通常，当表位内的残基被丙氨酸取代时，与抗原的结合会减少或中断。在一个实施方案中，当表位内的残基被丙氨酸取代时，与抗原结合的Kd增加了约5倍、10倍、20倍、10倍或更多倍。在一个实施方案中，通过ELISA测定结合亲和力。此外，识别并结合至相同或重叠Env表位(例如，BG505 Env 表位)的抗体可使用常规技术，诸如免疫测定，例如通过显示一种抗体阻断另一抗体与靶抗原结合的能力(即竞争性结合测定)来鉴定。
在具体方面，本文提供了一种抗体，其免疫特异性结合至与包含以下各物的抗体相同的表位：SEQ ID NO:3-12的VH和SEQ ID NO: 13-28的VL，以供特异性结合至Env(例如，BG505 Env表位)。可以使用本领域技术人员已知的或本文所述的测定(例如，X射线晶体学、氢/氘交换与质谱联用(例如，液相色谱电喷雾质谱法)、丙氨酸扫描、 ELISA测定等)来确定两种抗体是否结合至相同的表位。
在一个实施方案中，本文所述的抗体免疫特异性结合至与由包含 SEQ ID NO:3-12的VH和SEQ ID NO:13-28的VL的抗体所结合的相同的表位。
在一个实施方案中，本文所述的抗体免疫特异性结合至表位，所述表位与由包含SEQ ID NO:3-12的VH和SEQ ID NO:13-28的VL 的抗体所结合的表位重叠。
在一些实施方案中，本文所述的抗体能够与PGDM1400竞争结合至HIV gp120。在一些实施方案中，HIV gp120是BG505 gp120。
在一个具体实施方案中，本文所述的抗体免疫特异性结合至与由包含ePGDM-G VH和ePGDM-E、ePGDM-I或ePGDM-M VL的抗体所结合的表位相同的表位或与该表位重叠的表位。
在一个方面，本文提供了一种用于产生PGDM1400抗体的工程化变体的方法，所述方法包括将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、 H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的 E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基按照Kabat编号；和/或将PGDM1400VL的一个或多个氨基酸残基取代为L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49 处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的 S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。在一个方面，本文提供了一种用于产生PGDM1400抗体的工程化变体的方法，所述方法包括将PGDM1400VH的一个或多个氨基酸残基取代为H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85处的 E、H104处的A，其中所述VH残基按照Kabat编号；和/或将 PGDM1400 VL的一个或多个氨基酸残基取代为L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL残基根据Kabat编号。在一个方面，本文提供了一种用于产生PGDM1400抗体的工程化变体的方法，所述方法包括将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、 H39处的Q、H85处的E、H100H处的E、H104处的A，其中所述 VH残基按照Kabat编号；和/或将PGDM1400 VL的一个或多个氨基酸残基取代为L2处的I、L9处的L、L26处的D、L27C处的Q、L53 处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。在一个方面，本文提供了一种用于产生PGDM1400 抗体的工程化变体的方法，所述方法包括将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H85处的E、H100H处的E、H104 处的A，其中所述VH残基按照Kabat编号；和/或将PGDM1400 VL 的一个或多个氨基酸残基取代为L9处的L、L27处的Q、L68处的R、 L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat 编号。在一个方面，本文提供了一种用于产生PGDM1400抗体的工程化变体的方法，所述方法包括将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30 处的T、H39处的Q、H85处的E、H100H处的E、H104处的A，其中所述VH残基按照Kabat编号；和/或将PGDM1400 VL的一个或多个氨基酸残基取代为L2处的I、L9处的L、L27C处的Q、L48处的 L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL残基根据Kabat编号。在一个实施方案中，工程化变异抗体能够中和BG505。在一个实施方案中，工程化变异抗体能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。在一个实施方案中，工程化变异抗体特异性结合至HIV Env(例如， BG505 SOSIP)。
在某些实施方案中，本文所述的抗体的表位用作免疫原以产生抗体。
抗体对抗原的亲和力或亲合力可以使用本领域众所周知的任何合适的方法，例如流式细胞术、酶联免疫吸附测定(ELISA)或放射免疫测定(RIA)、或动力学(例如，BIACORETM分析)以实验方式测定。可易于采用直接结合测定以及竞争性结合测定形式。(参见，例如，Berzofsky等人,"Antibody-Antigen Interactions,"Fundamental Immuno logy,Paul,W.E.编,Raven Press:New York,N.Y.(1984)；Kuby, Janis Immunology,W.H.Freeman andCompany:New York,N.Y. (1992)；以及本文所述的方法。如果在不同条件(例如，盐浓度、pH、温度)下测量，则特定抗体-抗原相互作用的测量亲和力可变化。因此，亲和力及其他抗原结合参数(例如KD或Kd、Kon、Koff)的测量是用抗体和抗原的标准化溶液以及标准化缓冲剂(如本领域已知的并且诸如本文所述的缓冲剂)进行的。在一些实施方案中，本文所述的抗体以比PGDM1400高的亲和力结合至HIV gp120。在一些实施方案中， HIV gp120是BG505gp120。
在一些实施方案中，本文所述的抗体是单克隆抗体。可以使用例如美国专利4,816,567中所述的重组DNA方法来制备单克隆抗体。编码单克隆抗体的多核苷酸可以从合适的来源扩增或化学合成。然后将编码重链和轻链的分离的多核苷酸克隆到合适的表达载体中，所述表达载体当转染到不另外产生免疫球蛋白的宿主细胞(诸如大肠杆菌细胞、猿猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞)中时，由所述宿主细胞产生单克隆抗体。
可以使用重组DNA技术以许多不同的方式对编码单克隆抗体的多核苷酸进行修饰以生成替代抗体。在一些实施方案中，轻链和重链的恒定结构域可以被非免疫球蛋白多肽取代以生成融合抗体。在一些实施方案中，恒定区被截短或去除以生成单克隆抗体的所需抗体片段。可变区的定点或高密度诱变可以用于优化单克隆抗体的特异性、亲和力等等。
还可以使用用于工程化抗体的方法，并且这些方法在本领域中是众所周知的。工程化抗体可以具有一个或多个取代、缺失或插入的氨基酸残基。这些序列修饰可用于降低免疫原性或降低、增强或修改结合、亲和力、结合率、解离率、亲合力、特异性、半衰期或本领域已知的任何其他合适的特征。还可以对抗体进行工程化以通过改变或消除靶向翻译后修饰的序列元件(包括糖基化位点、氧化位点或脱氨基位点)来消除发展倾向。通常，CDR残基直接并且最实质性地参与影响抗体结合。因此，部分或全部CDR序列得以保留，而可变框架和恒定区可以通过引入取代、插入或缺失来工程化。
本文公开的抗体还可任选地被工程化以保留对抗原的高亲和力及其他有利的生物特性。为实现此目标，可使用亲本序列和工程化序列的三维模型，通过亲本序列和各种概念上工程化产物的分析过程来制备工程化抗体。三维免疫球蛋白模型是通常可用的并且为本领域技术人员所熟悉。计算机程序可用于说明和展示选定候选免疫球蛋白序列的可能的三维构象结构。这些展示的检查允许分析残基在候选免疫球蛋白序列的功能中的可能作用，即分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。以这种方式，可从共有序列和输入序列中选择并组合框架(FR)残基，从而实现所需的抗体特征，诸如增加的对靶抗原的亲和力。
在某些实施方案中，提供了抗体片段。已知用于产生抗体片段的各种技术。传统上，这些片段经由完整抗体的蛋白水解消化而产生(例如Morimoto等人,1993,Journal ofBiochemical and Biophysical Methods 24:107-117；Brennan等人,1985,Science,229:81)。在某些实施方案中，抗体片段是重组产生的。Fab、Fv以及scFv抗体片段都可以在大肠杆菌或其他宿主细胞中表达并由其分泌，从而允许产生大量这些片段。这类抗体片段还可以从抗体噬菌体文库中分离。抗体片段还可以是如(例如)美国专利5,641,870中所述的线性抗体，并且可为单特异性或双特异性的。用于产生抗体片段的其他技术对于熟练从业人员将为明显的。
在某些实施方案中，重链与轻链二者中的可变结构域通过一个或多个CDR的至少部分替换并且必要时通过部分构架区替换和序列改变来进行改变。虽然CDR可衍生自与框架区衍生自其中的抗体相同类别或甚至子类别的抗体，但是应设想到CDR将衍生自不同类别的抗体并且在某些实施方案中优选地衍生自来自不同物种的抗体。可能并不必要用来自供体可变区的完整CDR替换所有的CDR，以将一个可变结构域的抗原结合能力转移至另一个可变结构域。相反，可能仅需要转移对于维持抗原结合位点的活性所必须的那些残基。鉴于美国专利号5,585,089、5,693,761以及5,693,762中所提出的解释，通过进行常规实验抑或通过试探试验来获得具有降低的免疫原性的功能性抗体将在本领域普通技术人员的充分能力范围内。
虽然对可变区进行改变，但本领域技术人员将会认识到本文所述的修饰的抗体将包括以下抗体(例如，全长抗体或其抗原结合片段)，即，其中一个或多个恒定区结构域的至少一部分缺失或以另外的方式改变以提供所需的生化特征，诸如当与包含天然或未改变的恒定区的具有大致相同抗原结合活性的抗体进行比较时增加的血清半衰期。在一些实施方案中，修饰的抗体的恒定区将包含人恒定区。符合本发明的恒定区的修饰包括一个或多个结构域中的一个或多个氨基酸的添加、缺失或取代。即，本文所述的修饰的抗体可以包括对三个重链恒定域(CH1、CH2或CH3)中的一个或多个和/或对轻链恒定域(CL)的改变或修饰。在一些实施方案中，预期其中一个或多个结构域被部分或全部缺失的修饰的恒定区。在一些实施方案中，修饰的抗体将包含结构域缺失的构建体或变体，其中整个CH2结构域已经被去除(ΔCH2 构建体)。在一些实施方案中，省去的恒定区结构域将被短氨基酸间隔区(例如，10个残基)替换，所述间隔区提供通常由缺乏的恒定区所给予的一定分子柔性。
应注意，在某些实施方案中，修饰的抗体可以被工程化来使CH3 结构域直接与相应的修饰抗体的铰链区融合。在其他构建体中，可能需要在铰链区与修饰的CH2和/或CH3结构域之间提供肽间隔区。例如，可以表达相容的构建体，其中CH2结构域已缺失并且剩下的CH3 结构域(修饰的或未修饰的)通过5至20个氨基酸的间隔区连接至铰链区。可添加这种间隔区以便例如确保恒定结构域的调控元件保持自由和可及或使铰链区保持柔性。然而，应注意，在一些情况下，氨基酸间隔区可证明有免疫原性并且引发针对构建体的非需要的免疫应答。因此，在某些实施方案中，添加到构建体中的任何间隔区都将是相对非免疫原性的，或甚至完全省去，以便保持所修饰的抗体的所需生化品质。
除整个恒定区结构域的缺失之外，将认识到本文所述的抗体可以通过少数或甚至单个氨基酸的部分缺失或取代来提供。例如，可能需要仅仅缺失控制待调节的效应子功能(例如，补体C1Q结合)的一个或多个恒定区结构域的那一部分。恒定区的这类部分缺失可以改进抗体的选定特征(血清半衰期)，同时使与本恒定区结构域完整相关联的其他所需的功能保持不变。此外，正如以上所提到的，所公开的抗体的恒定区可以通过增强所得到的构建体的特性的一个或多个氨基酸的突变或取代来进行修饰。在这方面，可能破坏由保守结合位点提供的活性(例如，Fc结合)，同时大体上维持修饰的抗体的构型和免疫原性特征。某些实施方案可以包括将一个或多个氨基酸添加到恒定区中以增强所需的特征，诸如减弱或增强的效应子功能或提供更多细胞毒素或碳水化合物附着。在此类实施方案中，可能希望插入或复制衍生自选定恒定区结构域的特定序列。在另外的实施方案中，本文公开的抗体包含变异IgG Fc区(例如，变异IgG1 Fc区)，其包含M428L和N434S 取代以改进抗体通过抗体补救途径的再循环。参见，例如，Grevys, 等人,The Journal of Immunology,194(11):5497-508(2015)。在一些实施方案中，本文所述的抗体包含SEQ ID NO:110的变异IgG Fc区。
本发明还包括大体上与本文所提出的抗体或其抗体片段同源的变体和等效物。这些可以包括，例如，保守取代突变，即，一个或多个氨基酸被相似的氨基酸取代。例如，保守取代是指一种氨基酸被相同一般类别内的另一种氨基酸取代，例如像，一种酸性氨基酸被另一种酸性氨基酸取代、一种碱性氨基酸被另一种碱性氨基酸取代或一种中性氨基酸被另一种中性氨基酸取代。保守氨基酸取代的目的在本领域中是众所周知的。
本文提供的多肽可以是包含抗体或其片段的重组多肽或合成多肽。本领域中将认识到可以改变本文所述的一些氨基酸序列，而不对蛋白质的结构或功能产生显著影响。因此，本发明还包括显示出实质活性或包含针对HIV Env蛋白的抗体或其片段的区域的多肽变体。这类突变体包括缺失、插入、翻转、重复以及类型取代。
可以进一步修饰多肽和类似物以便包含非蛋白质的通常部分的另外的化学部分。那些衍生部分可以改善蛋白质的溶解度、生物半衰期或吸收。这些部分还可以减少或消除蛋白质等的任何合乎需要的副作用。关于那些部分的综述可以在REMINGTON'SPHARMACEUTI CAL SCIENCES,第21版,Mack Publishing Co.,Easton,PA(2005) 中找到。
III.多核苷酸
在某些方面，本文提供了包含编码本文所述的抗体(例如，可变轻链和/或可变重链区)或其抗原结合片段的一个或多个核苷酸序列的多核苷酸和载体，例如，包含此类多核苷酸的载体。在一个实施方案中，载体可用于本文所述的抗体在宿主细胞(例如，大肠杆菌和哺乳动物细胞)中的重组表达。在一个实施方案中，载体可用于将本文所述的抗体施用于有此需要的患者。在一个实施方案中，抗体包含eP GDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和e PGDM-I(SEQ IDNO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePG DM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个方面，本文提供了编码本文所述的抗体的重链可变区或重链的分离的多核苷酸。
在一个方面，本文提供了编码本文所述的抗体的轻链可变区或轻链的分离的多核苷酸。
在一个方面，本文提供了编码本文所述的抗体的重链可变区或重链和本文所述的抗体的轻链可变区或轻链的分离的多核苷酸。
在一个实施方案中，多核苷酸编码ePGDM-G(SEQ ID NO:9) VH。在一个实施方案中，多核苷酸编码ePGDM-E(SEQ ID NO:1 7)VL。在一个实施方案中，多核苷酸编码ePGDM-I(SEQ ID NO: 21)VL。在一个实施方案中，多核苷酸编码ePGDM-M(SEQ ID N O:25)VL。
在一个实施方案中，多核苷酸编码包含SEQ ID NO:3-12的氨基酸序列的重链可变区。在一个实施方案中，多核苷酸编码包含SEQ ID NO:13-28的氨基酸序列的轻链可变区。
在一个实施方案中，本文所述的分离的多核苷酸编码本文所述的抗体并包含mRNA。在一个实施方案中，mRNA包含至少一个修饰的核苷酸。在一个实施方案中，编码本文公开的抗体的修饰的mRNA 用于向受试者施用以治疗或预防HIV感染。
如本文所用，“分离的”多核苷酸或核酸分子是与核酸分子的天然来源(例如，小鼠或人)中存在的其他核酸分子分离的多核苷酸或核酸分子。此外，“分离的”核酸分子，诸如cDNA分子，当通过重组技术产生时可大体上不含其他细胞材料或培养基，或者当化学合成时可大体上不含化学前体或其他化学品。例如，“大体上不含”一词包括具有小于约15％、10％、5％、2％、1％、0.5％或0.1％(特别是小于约10％) 的其他材料，例如细胞材料、培养基、其他核酸分子、化学前体和/ 或其他化学品的多核苷酸或核酸分子制剂。在一个具体实施方案中，编码本文所述的抗体或融合多肽的核酸分子是分离的或纯化的。
在特定方面，本文提供了包含编码本文所述的抗体的核苷酸序列的多核苷酸，以及与此类抗体竞争结合至HIV或与此类抗体结合至相同表位的抗体。
在某些方面，本文提供了包含编码本文所述的抗体的轻链或重链的核苷酸序列的多核苷酸。多核苷酸可以包含编码轻链的核苷酸序列，所述轻链包含本文所述的抗体的VL(参见，例如，表1)。多核苷酸可以包含编码重链的核苷酸序列，所述重链包含本文所述的抗体的 VH(参见，例如，表1)。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:3-12中列出的氨基酸序列的VH结构域。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:9中列出的氨基酸序列的VH结构域。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:13-28中列出的氨基酸序列的VL结构域。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:17中列出的氨基酸序列的VL结构域。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:21中列出的氨基酸序列的VL结构域。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸编码包含SEQ ID NO:25中列出的氨基酸序列的VL结构域。在一个实施方案中，抗体为嵌合抗体。
在特定实施方案中，本文提供了包含编码抗体的核苷酸序列的多核苷酸，所述抗体包含三个VL链CDR，例如，含有本文所述的任一种抗体的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3(例如，参见表2)。在具体实施方案中，本文提供了包含三个VH链CDR，例如，含有本文所述的任一种抗体的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3(例如，参见表2)的多核苷酸。在具体实施方案中，本文提供了包含编码抗Env 抗体的核苷酸序列的多核苷酸，所述抗Env抗体包含三个VLCDR，例如，含有本文所述的任一种抗体的VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3(例如，参见表2)；以及三个VH链CDR，例如，含有本文所述的任一种抗体的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3(例如，参见表 2)。
在具体方面，本文提供了包含编码抗体的核苷酸序列的多核苷酸，所述抗体包含轻链和重链，例如单独的轻链和重链。关于轻链，在一个具体实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码κ轻链的核苷酸序列。在另一个具体实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码λ轻链的核苷酸序列。在又另一个具体实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码本文所述的抗体的核苷酸序列，所述抗体包含人κ轻链或人λ轻链。在一个特定实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码抗体的核苷酸序列，所述抗体免疫特异性结合至Env，其中所述抗体包含轻链，且其中VL结构域的氨基酸序列可以包含表1中列出的氨基酸序列，且其中轻链恒定区包含人κ轻链恒定区的氨基酸序列。在另一特定实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码抗体的核苷酸序列，所述抗体免疫特异性结合至Env，并且包含轻链，其中VL结构域的氨基酸序列可以包含表1中列出的氨基酸序列，且其中轻链恒定区包含人λ轻链恒定区的氨基酸序列。例如，人恒定区序列可以是美国专利号5,693,780中描述的那些。
在一个特定实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码本文所述的抗体的核苷酸序列，所述抗体免疫特异性结合至Env，其中所述抗体包含重链，其中VH结构域的氨基酸序列可以包含表1中列出的氨基酸序列，且其中重链恒定区包含人α或γ重链恒定区的氨基酸序列。
在又另一个具体实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码本文所述的抗体的核苷酸序列，所述抗体免疫特异性结合Env，其中所述抗体包含VL结构域和VH结构域，所述VL结构域和VH结构域包含本文所述的任何氨基酸序列，且其中恒定区包含人IgA1、人IgA2、人IgG1(例如同种异型1、17或3)、人IgG2或人IgG4的恒定区的氨基酸序列。
在又另一个具体实施方案中，本文提供的多核苷酸包含编码抗 Env抗体或其片段的核苷酸序列，所述核苷酸序列例如通过密码子 /RNA优化、用异源信号序列的替换以及mRNA不稳定性元件的消除得到优化。因此，通过引入密码子改变和/或消除mRNA中的抑制区来产生用于重组表达的编码抗Env抗体或其片段(例如，轻链、重链、 VH结构域或VL结构域)的优化核酸的方法可以通过采用例如美国专利号5,965,726；6,174,666；6,291,664；6,414,132和6,794,498中所述的优化方法来进行。例如，可以在不改变由核酸序列编码的氨基酸的情况下突变RNA内的潜在剪接位点和不稳定性元件(例如，富含A/T 或A/U的元件)以提高RNA用于重组表达的稳定性。这些改变利用遗传密码的简并性，例如，使用相同氨基酸的替代密码子。在一些实施方案中，可能需要改变一个或多个密码子以编码保守突变，例如与原始氨基酸具有相似的化学结构和特性和/或功能的类似氨基酸。
在某些实施方案中，编码本文所述的抗Env抗体或其片段(例如， VL结构域或VH结构域)的优化的多核苷酸序列可以与编码本文所述的抗Env抗体或其片段(例如，VL结构域或VH结构域)的未优化的多核苷酸序列的反义(例如，互补)多核苷酸杂交。在具体实施方案中，编码本文所述的抗Env抗体或其片段的优化的核苷酸序列与编码本文所述的抗Env抗体或其片段的未优化的多核苷酸序列的反义多核苷酸在高度严格条件下杂交。在一个具体实施方案中，编码本文所述的抗Env抗体或其片段的优化的核苷酸序列与编码本文所述的抗Env 抗体或其片段的未优化的核苷酸序列的反义多核苷酸在高度严格、中等或较低严格条件下杂交。已经描述了关于杂交条件的信息，参见，例如美国专利申请公布号US 2005/0048549(例如，第72-73段)，其以引用的方式并入本文。
可以通过本领域已知的任何方法获得多核苷酸，并测定多核苷酸的核苷酸序列。编码本文所述的抗体的核苷酸序列及这些抗体的修饰型式可以使用本领域众所周知的方法确定，即，已知编码特定氨基酸的核苷酸密码子以这种方式组装，由此生成编码抗体的核酸。编码抗体的这种多核苷酸可以从化学合成的寡核苷酸组装(例如，如 Kutmeier G等人,(1994),BioTechniques 17:242-246)中所述)，这种方法简单来说涉及合成含有编码抗体的序列的部分的重叠寡核苷酸，将这些寡核苷酸退火并连接，然后通过PCR对所连接的寡核苷酸进行扩增。
或者，编码本文所述的抗体或其片段的多核苷酸可以使用本领域众所周知的方法(例如PCR和其他分子克隆方法)从合适来源(例如 PBMC)的核酸产生。例如，使用可与已知序列的3'和5'端杂交的合成引物的PCR扩增可以使用从产生目标抗体的杂交瘤细胞获得的基因组DNA进行。此类PCR扩增方法可用于获得包含编码抗体轻链和/ 或重链的序列的核酸。此类PCR扩增方法可用于获得包含编码抗体的可变轻链区和/或可变重链区的序列的核酸。可以将扩增的核酸克隆到载体中以在宿主细胞中表达并进一步克隆，例如，生成嵌合和人源化抗体。
如果含有编码特定抗体或其片段的核酸的克隆不可用，但抗体分子或其片段的序列是已知的，则可以化学合成或从合适的来源(例如，抗体cDNA文库或从任何表达抗体的组织或细胞(诸如选择用于表达本文所述的抗体的杂交瘤细胞)生成的cDNA文库，或分离的核酸，优选poly A+RNA)，通过使用可与序列的3'和5'端杂交的合成引物进行PCR扩增，或通过使用对特定基因序列有特异性的寡核苷酸探针克隆以鉴定例如来自编码所述抗体的cDNA文库的cDNA克隆来获得。然后可使用本领域众所周知的任何方法将通过PCR生成的扩增核酸克隆到可复制的克隆载体中。
编码本文所述的抗Env抗体的DNA可易于分离并且使用常规程序(例如，通过使用能够特异性结合至编码抗Env抗体的重链和轻链的基因的寡核苷酸探针)来测序。PBMC可充当此类DNA的来源。一旦分离，DNA便可置于表达载体中，然后转染到另外不产生免疫球蛋白蛋白质的宿主细胞，诸如大肠杆菌细胞、猿猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞(例如来自CHO GS SystemTM(Lonza)的CHO细胞))中，以实现抗Env抗体在重组宿主细胞中的合成。
也可对DNA进行修饰，方法是例如用非免疫球蛋白多肽的编码序列替换人重链和轻链恒定域的编码序列，或将非免疫球蛋白多肽的编码序列的全部或一部分共价连接至免疫球蛋白编码序列。
还提供了与编码本文所述的抗体的多核苷酸在高度严格、中等或较低严格杂交条件下杂交的多核苷酸。在具体实施方案中，本文所述的多核苷酸与编码本文提供的VH结构域和/或VL结构域的多核苷酸在高度严格、中等或较低严格杂交条件下杂交。
杂交条件已在本领域中描述并且是本领域技术人员已知的。例如，在严格条件下的杂交可涉及在约45℃下在6x氯化钠/柠檬酸钠 (SSC)中与过滤器结合的DNA杂交，然后在约50-65℃下在0.2xSSC/0.1％SDS中进行一次或多次洗涤；在高度严格条件下的杂交可涉及在约45℃下在6xSSC中与过滤器结合的核酸杂交，然后在约68℃下在0.1xSSC/0.2％SDS中进行一次或多次洗涤。在其他严格杂交条件下的杂交是本领域技术人员已知的并且已有描述，参见例如 Ausubel FM等人,编,(1989)Current Protocols in Molecular Biology,第 I卷,Green Publishing Associates,Inc.和John Wiley&Sons,Inc.,New York第6.3.1-6.3.6和2.10.3页。
IV.产生广泛中和剂的载体、细胞和方法
在某些方面，本文提供了表达(例如，重组)特异性结合至Env的本文所述的抗体的细胞(例如，宿主细胞)及相关多核苷酸和表达载体。本文提供了包含多核苷酸的载体(例如，表达载体)，所述多核苷酸包含编码本文所述的抗Env抗体或其片段的核苷酸序列。在一个实施方案中，载体可用于在宿主细胞(例如，哺乳动物细胞)中重组表达本文所述的抗体。在一个实施方案中，载体可用于将本文所述的抗体施用于有此需要的患者。本文还提供了包含用于重组表达本文所述的抗E nv抗体的此类载体的宿主细胞。在一个特定方面，本文提供了用于产生本文所述的抗体的方法，所述方法包括在宿主细胞中表达此类抗体。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含 ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)V L。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在某些方面，本文提供了包含本文所述的多核苷酸的分离的载体。在一个实施方案中，载体是病毒载体。
在某些方面，本文提供了包含本文所述的多核苷酸的重组病毒。在一个实施方案中，重组病毒编码本文所述的抗体。在一个实施方案中，重组病毒编码本文所述的双特异性抗体。在一个实施方案中，重组病毒是复制缺陷型病毒。合适的复制缺陷型病毒载体是本领域技术人员已知的，例如，如美国专利号7198784、9408905、9862931、 8067156，美国专利申请公布号20150291935、20120220492、 20180291351和20170175137中所公开的，所述专利申请各自以引用的方式整体并入本文。在一个实施方案中，重组病毒是逆转录病毒或逆转录病毒载体，例如，慢病毒或慢病毒载体。在一个实施方案中，重组病毒是腺病毒或腺病毒载体、HSV或HSV载体、或流感病毒或病毒载体。在一个实施方案中，重组病毒是腺相关病毒(AAV)。在一个实施方案中，重组病毒用于向受试者施用以预防或治疗HIV感染。在一个实施方案中，重组病毒是用于向受试者施用以预防或治疗HIV 感染的腺相关病毒(AAV)。编码与HIV Env结合的抗体的重组AAV 颗粒及其产生方法是本领域技术人员已知的，例如，如美国专利 8,865,881和US20190031740中所公开的，出于所有目的，其各自以引用的方式整体并入本文。另见，Lin和Balazs,Retrovirology 15:66 (2018)以及van den berg等人,Molecular Therapy:methods&Clinical Development 14:100-112(2019)，出于所有目的，所述文献各自以引用的方式整体并入本文。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ IDNO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21) VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和 ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在某些方面，本文提供了包含本文所述的多核苷酸的宿主细胞，或本文所述的载体。在一个实施方案中，载体编码本文所述的抗体。在一个实施方案中，本文所述的载体包括编码本文所述的VH的第一载体和编码本文所述的VL的第二载体。在一个实施方案中，本文所述的载体包括编码本文所述的VH的第一核苷酸序列和编码本文所述的VL的第二核苷酸序列。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G (SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9) VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个实施方案中，宿主细胞选自由以下组成的组：大肠杆菌、假单胞菌、芽孢杆菌、链霉菌、酵母、CHO、YB/20、NS0、PER-C6、HEK-293T、NIH-3T3、Helga、BHK、Hep G2、SP2/0、R1.1、B-W、 L-M、COS 1、COS 7、BSC1、BSC40、BMT10细胞、植物细胞、昆虫细胞和组织培养中的人细胞。在一个实施方案中，宿主细胞是 CHO。
在某些方面，本文提供了一种产生与HIV结合的抗体的方法，所述方法包括培养本文所述的宿主细胞，从而表达多核苷酸并产生抗体。在一个实施方案中，所述方法还包括回收抗体。
分离的多肽，即本文所述的抗HIV Env抗体可以通过本领域已知的任何合适的方法产生。此类方法的范围从直接蛋白质合成方法到构建编码分离的多肽序列的DNA序列并在合适的转化宿主中表达那些序列。在一些实施方案中，使用重组技术，通过分离或合成编码目标野生型蛋白的DNA序列来构建DNA序列。任选地，可以通过位点特异性诱变对序列进行诱变以提供其功能类似物。参见，例如，Zoeller 等人,Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA 81:5662-5066(1984)以及美国专利号 4,588,585。
在一些实施方案中，编码目标多肽的DNA序列将使用寡核苷酸合成仪通过化学合成来构建。这类寡核苷酸可以基于所需多肽的氨基酸序列并选择在宿主细胞中有利的那些密码子来设计，目标重组多肽将在所述宿主细胞中产生。标准方法可以应用于合成编码目标的分离多肽的分离的多核苷酸序列。例如，完整氨基酸序列可以用于构建反向翻译的基因。此外，可以合成含有编码特定的分离多肽的核苷酸序列的DNA寡聚体。例如，可以合成编码所需多肽的部分的一些小寡核苷酸，然后连接。各个寡核苷酸通常包含用于互补组装的5'或3' 突出端。
一旦组装(通过合成、定点诱变或另外方法)，编码特定的目标分离多肽的多核苷酸序列将被插入表达载体中并且可操作地连接至适于蛋白质在所需宿主中的表达之用的表达控制序列。适当的组装可以通过核苷酸测序、限制性酶切作图以及生物活性多肽在合适的宿主中的表达得到证实。如本领域众所周知的，为了获得转染的基因在宿主中的高表达水平，所述基因必须可操作地连接至在选定的表达宿主中具有功能性的转录和翻译表达控制序列。
在某些实施方案中，重组表达载体用于扩增和表达编码抗体或其片段的DNA。重组表达载体是可复制的DNA构建体，所述构建体具有编码抗体或其片段的多肽链的合成或cDNA衍生的DNA片段，所述DNA片段可操作地连接至衍生自哺乳动物、微生物、病毒或昆虫基因的合适的转录或翻译调控元件。转录单元一般包含以下各项的组装件：(1)在基因表达中具有调控作用的一个或多个基因元件，例如，转录启动子或增强子，(2)转录成mRNA并翻译成蛋白质的结构或编码序列，以及(3)适当的转录和翻译起始和终止序列。此类调控元件可包括控制转录的操纵子序列。可另外并入通常由复制起点赋予的在宿主中复制的能力和有助于转化体的识别的选择基因。当DNA区在功能上彼此相关时，它们是可操作地连接的。例如，如果信号肽(分泌型前导序列)的DNA表达为参与多肽分泌的前体，那么它可操作地连接至所述多肽的DNA；如果启动子控制编码序列的转录，那么它可操作地连接至所述编码序列；或者如果核糖体结合位点被定位以允许翻译，那么它可操作地连接至编码序列。意图在酵母表达系统中使用的结构元件包括使得宿主细胞能够细胞外分泌所翻译的蛋白质的前导序列。或者，当重组蛋白在无前导序列或转运序列的情况下表达时，它可以包括N端甲硫氨酸残基。此残基可随后任选地从所表达的重组蛋白裂解以提供最终产物。
表达控制序列和表达载体的选择将取决于宿主的选择。多种宿主表达载体系统可用于表达本文所述的抗体分子(参见，例如美国专利号5,807,715)。此类宿主表达系统代表可借以产生并随后纯化目标编码序列的媒介物，而且还代表在用适当核苷酸编码序列转化或转染时可以原位表达本文所述的抗体分子的细胞。这些包括但不限于微生物，诸如用含有抗体编码序列的重组噬菌体DNA、质粒DNA或粘粒 DNA表达载体转化的细菌(例如，大肠杆菌(E.coli)和枯草芽孢杆菌(B. subtilis))；用含有抗体编码序列的重组酵母表达载体转化的酵母(例如酿酒酵母(Saccharomyces)毕赤酵母(Pichia))；用含有抗体编码序列的重组病毒表达载体(例如，杆状病毒)感染的昆虫细胞系统；用含有抗体编码序列的重组病毒表达载体(例如，花椰菜花叶病毒CaMV；烟草花叶病毒TMV)感染或用含有抗体编码序列的重组质粒表达载体 (例如，Ti质粒)转化的植物细胞系统(例如，绿藻类，诸如莱茵衣藻)；或带有含有来源于哺乳动物细胞基因组的启动子(例如，金属硫蛋白启动子)或来源于哺乳动物病毒的启动子(例如，腺病毒晚期启动子；牛痘病毒7.5K启动子)的重组表达构建体的哺乳动物细胞系统(例如， COS(例如，COS1或COS)、CHO、BHK、MDCK、HEK 293、NS0、 PER.C6、VERO、CRL7O3O、HsS78Bst、Helga，以及NIH 3T3、 HEK-293T、HepG2、SP210、R1.1、B-W、L-M、BSC1、BSC40、 YB/20和BMT10细胞)。在一个具体实施方案中，用于表达本文所述的抗体的细胞是CHO细胞，例如来自CHO GS SystemTM(Lonza)的 CHO细胞。在一个特定实施方案中，用于表达本文所述的抗体的细胞是人细胞，例如，人细胞系。在一个具体实施方案中，哺乳动物表达载体是pOptiVECTM或pcDNA3.3。在一个特定实施方案中，细菌细胞，诸如大肠杆菌，或真核细胞(例如，哺乳动物细胞)，用于表达重组抗体分子，尤其是用于表达完整的重组抗体分子。例如，哺乳动物细胞(诸如中国仓鼠卵巢细胞(CHO))与载体(诸如来自人巨细胞病毒的主要中早期基因启动子元件)的结合是抗体的有效表达系统 (Foecking MK&Hofstetter H(1986)Gene 45:101-105；以及Cockett MI等人,(1990)Biotechnology 8:662-667)。在某些实施方案中，本文所述的抗体由CHO细胞或NS0细胞产生。在一个具体实施方案中，编码本文所述的免疫特异性结合EnV的抗体的核苷酸序列的表达通过组成型启动子、诱导型启动子或组织特异性启动子来调控。
对于希望本文所述的抗体在体内表达的应用，例如在需要用本文所述的抗体治疗的受试者中，可以使用允许所述抗体的表达并且在体内使用安全的任何载体。在一个实施方案中，载体是病毒载体。病毒载体可以包括痘病毒(牛痘)，包括牛痘安卡拉(Ankara)和金丝雀 (canarypox)；腺病毒，包括5型腺病毒(Ad5)；风疹；仙台病毒；弹状病毒；α病毒；及腺相关病毒。在一个实施方案中，病毒载体是腺相关病毒。或者，可以将编码抗体的多核苷酸作为DNA或RNA递送至受试者用于抗体的体内表达。
用于表达目标多肽(诸如本文所述的抗体)的合适宿主细胞包括在适当的启动子控制下的原核生物、酵母、昆虫或高等真核细胞。原核生物包括革兰氏阴性或革兰氏阳性生物体，例如大肠杆菌或杆菌。高等真核细胞包括哺乳动物源的已建立的细胞系。还可采用无细胞翻译系统。用于细菌、真菌、酵母以及哺乳动物细胞宿主的适当克隆和表达载体由Pouwels等人(Cloning Vectors:A Laboratory Manual,Elsevier, N.Y.,1985)描述，所述文献的相关公开内容特此以引用的方式并入。关于蛋白质产生(包括抗体产生)的方法的另外信息可以在(例如)美国专利公布号2008/0187954、美国专利号6,413,746和6,660,501、以及国际专利公布号WO 04009823中找到，所述专利各自特此以引用的方式整体并入本文。
还有利地采用各种哺乳动物或昆虫细胞培养系统来表达重组蛋白，诸如本文所述的抗体。可以在哺乳动物细胞中进行重组蛋白的表达，因为这些蛋白一般被正确折叠、适当修饰并完全功能化。合适的哺乳动物宿主细胞系的实例包括但不限于CHO、VERO、BHK、Hela、MDCK、HEK 293、NIH 3T3、W138、BT483、Hs578T、HTB2、BT2O 和T47D、NS0(不内源性产生任何免疫球蛋白链的一种鼠骨髓瘤细胞系)、CRL7O3O、COS(例如，COS1或COS)、PER.C6、VERO、HsS78Bst、HEK-293T、HepG2、SP210、R1.1、B-W、L-M、BSC1、BSC40、 YB/20、BMT10和HsS78Bst细胞。哺乳动物表达载体可包含非转录元件诸如复制起点、连接到待表达的基因的合适的启动子和增强子、及其他5'或3'侧翼非转录序列、以及5'或3'非翻译序列，诸如必需核糖体结合位点、多聚腺苷酸化位点、剪接供体和受体位点以及转录终止序列。Luckow和Summers,Bio/Technology 6:47(1988)综述了用于在昆虫细胞中产生异源蛋白质的杆状病毒系统。
由转化的宿主产生的蛋白质可以根据任何合适的方法进行纯化。此类标准方法包括色谱法(例如，离子交换、亲和及尺寸柱色谱法)、离心、差别溶解度或通过用于蛋白质纯化的任何其他标准技术。亲和标签诸如六聚组氨酸、麦芽糖结合结构域、流感外壳序列(influenza coat sequence)以及谷胱甘肽-S-转移酶可附接到蛋白质以便允许通过适当的亲和柱来容易地纯化。分离的蛋白质还可以使用如蛋白水解、核磁共振以及x射线晶体学的技术进行物理表征。
例如，来自将重组蛋白(例如抗体)分泌到培养基中的系统的上清液可以首先使用商业上可获得的蛋白质浓缩过滤器(例如，Amicon或 Millipore Pellicon超滤单元)进行浓缩。在浓缩步骤之后，可将浓缩物施加到合适的纯化基质上。或者，可采用阴离子交换树脂，例如，具有二乙基氨基乙基(DEAE)侧基的基质或底物。基质可以是丙烯酰胺、琼脂糖、葡聚糖、纤维素或蛋白质纯化中通常采用的其他类型。或者，可采用阳离子交换步骤。合适的阳离子交换剂包括含有磺丙基或羧甲基的各种不溶性基质。最后，采用疏水性RP-HPLC介质(例如，具有甲基侧基或其他脂肪族基团的硅胶)的一个或多个反相高效液相色谱 (RP-HPLC)步骤可以用于进一步剂。呈各种组合的一些或全部前述纯化步骤还可以用于提供同质性重组蛋白。
在细菌培养中产生的重组蛋白可以通过例如以下操作来分离：初始从细胞团块提取，接着进行一次或多次浓缩、盐析、水离子交换或尺寸排阻色谱步骤。高效液相色谱法(HPLC)可用于最终纯化步骤。在重组蛋白的表达中采用的微生物细胞可通过任何方便的方法进行破坏，包括冻融循环、超声处理、机械破碎或使用细胞溶解剂。
本领域已知的用于纯化抗体和其他蛋白质的方法还包括，例如，美国专利公布号2008/0312425、2008/0177048和2009/0187005中描述的那些方法，所述专利各自特此以引用的方式整体并入本文。
在具体实施方案中，本文所述的抗体是分离的或纯化的。一般来说，分离的抗体是大体上不含具有与分离的抗体不同的抗原特异性的其他抗体的抗体。例如，在一个特定实施方案中，本文所述的抗体的制剂大体上不含细胞材料和/或化学前体。“大体上不含细胞材料”一词包括其中抗体与分离或重组产生抗体的细胞的细胞组分分离的抗体的制剂。因此，大体上不含细胞材料的抗体包括具有少于约30％、 20％、10％、5％、2％、1％、0.5％或0.1％(以干重计)异源物蛋白质(在本文中也称为“污染蛋白质”)和/或抗体的变体(例如抗体的不同翻译后修饰形式)的抗体的制剂。当多肽(例如，本文所述的抗体)是重组产生时，一般也大体上不含培养基，即培养基占蛋白质制剂的体积小于约20％、10％、2％、1％、0.5％或0.1％。当多肽(例如，本文所述的抗体)是通过化学合成产生时，一般大体上不含化学前体或其他化学物质，即，所述多肽是分离自蛋白质合成中涉及的化学前体或其他化学物。因此，多肽(例如，本文所述的抗体)的此类制剂具有少于约30％、 20％、10％或5％(以干重计)的化学前体或除目标多肽之外的化合物。在一个实施方案中，本文所述的抗体是分离的或纯化的。
V.药物组合物
还提供了包含本文所述的抗体或抗原结合片段的组合物(例如，包含ePGDM-G(SEQID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:1 7)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)V L)的抗体)。本文还提供了包含编码本文所述的抗体或抗原结合片段的一种或多种多核苷酸的组合物。在一个实施方案中，多核苷酸包含mRNA。在一个实施方案中，组合物是药物组合物。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ I D NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个实施方案中，组合物是冻干组合物。在一个实施方案中，组合物被配制用于局部施用，并且在某些实施方案中，组合物被配制用于阴道或直肠施用。
在某些方面，本文提供了一种药物组合物，其包含本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID N O:25)VL的抗体)以及药学上可接受的赋形剂。在一个实施方案中，抗体为完整抗体。在一个实施方案中，抗体为抗原结合抗体片段。在一个实施方案中，组合物被配制用于局部施用，并且在某些实施方案中，组合物被配制用于阴道或直肠施用。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17) VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含e PGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)V L。
在另一实施方案中，本公开提供了一种药物组合物，其包含本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM- E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(S EQ ID NO:25)VL的抗体)。此类组合物旨在用于预防和治疗HIV 感染。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)V H和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21) VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在本公开的进一步实施方案中，包含本文所述的抗体的组合物可以另外与其他组合物组合以用于治疗HIV感染或预防HIV传播。
在一些实施方案中，本文所述的抗体可以在药学上可接受的稀释剂、载剂或赋形剂中以单位剂量形式施用。可以使用常规的药学实践来提供合适的制剂或组合物以施用于正在接受HIV感染治疗的个体。在一个实施方案中，施用是预防性的。可以使用任何适当的施用途径，例如，施用可以是肠胃外、静脉内、动脉内、皮下、肌肉内、腹膜内、鼻内、气溶胶、栓剂、经口施用、阴道或肛门。
本文所述的药物组合物以本身已知的方式制备，例如通过常规溶解、冻干、混合、制粒或糖膏工艺的手段。药物组合物可根据常规药物实践(参见例如在Remington:TheScience and Practice of Pharmacy (第21版),A.R.Gennaro编,2005,LippincottWilliams&Wilkins, Philadelphia,PA以及Encyclopedia of PharmaceuticalTechnology,J. Swarbrick和J.C.Boylan编,2013,Marcel Dekker,New York,NY中) 来配制。
注射组合物以惯用方式在无菌条件下制备；这同样也适用于将组合物引入安瓿或小瓶中并密封容器。
根据本发明的药物组合物可呈例如单位剂量形式，诸如以安瓿、小瓶、栓剂、片剂、丸剂或胶囊的形式。制剂可以治疗或预防有效量 (例如，预防、消除或减轻病理病状的量)施用于人类个体以提供对疾病或病状的治疗。待施用的治疗剂的优选剂量可能取决于以下变数，诸如病症的类型和程度、特定患者的总体健康状况、复合赋形剂的配方以及其施用途径。
在某些实施方案中，本文所述的组合物可以被配制用于局部施用，并且在某些实施方案中，组合物被配制用于阴道或直肠施用。组合物可被配制成凝胶，或配制成局部霜剂、软膏剂、洗剂或泡沫制剂。可用的制剂是本领域已知的，例如，如美国专利申请公布号2013002 2619中所公开的，其出于所有目的，以引用的方式整体并入本文。
在某些实施方案中，组合物还可包含药学上可接受的赋形剂、润滑剂或抗病毒剂。
本发明的局部制剂可用于预防人的HIV感染，或抑制HIV病毒从感染的人向另一个人的传播。本发明的局部制剂可以抑制HIV的生长或复制。局部制剂可用于对处于HIV感染风险中的人进行预防性治疗。局部制剂还可用于处理物体或材料，诸如避孕装置(例如避孕套或宫内节育器)、医疗设备、用品或液体，包括生物液体，诸如血液、血液制品和组织，以预防或抑制人的病毒感染。此类局部制剂也可用于预防病毒感染(例如HIV)的传播，诸如性传播，性传播是HIV 在全球传播的主要方式。根据本发明的预防或抑制或延缓病毒感染 (例如HIV感染)传播的方法包括用抗病毒有效量的本发明的局部制剂进行阴道、直肠、阴茎或其他局部治疗，单独使用或与本文所述的另一种抗病毒化合物组合使用。
在一个实施方案中，组合物是以霜剂、洗剂、凝胶或泡沫的形式施涂于受累及的皮肤或上皮腔，并且优选地散布在具有与体液接触的风险的整个皮肤或上皮表面上。适于阴道或直肠施用的此类制剂可以水性或油性混悬液、溶液或乳液(液体制剂)的形式存在，除活性成分外，还含有本领域已知的适当的此类载剂。这些制剂不仅可用于保护以免受HIV性传播的侵害，而且还可用于防止婴儿在通过产道时受到感染。因此，阴道施用可以在性交之前、性交期间和即将分娩前进行。
作为阴道制剂，活性成分可与杀精子剂联合使用，并可与避孕套、隔膜、海绵或其他避孕装置一起使用。合适的杀精子剂的实例包括壬苯氧基聚乙二醇(壬苯醇醚9)、苄索氯铵和氯茚满酚。适当地，组合物的pH是4.5至8.5。阴道组合物优选具有4.5至6的pH，最优选为约5。
阴道制剂包括栓剂(例如，覆以凝胶的霜剂)、片剂和薄膜。栓剂可以使用本领域众所周知的方法通过用施用器插入来施用。
阴道制剂还包括为持续释放而配制的阴道环装置。参见，例如， Morrow等人,EurJ Pharm Biopharm.77(1):3-10(2011)，Zhao等人, Antimicrob Agents Chemother.61(7)pii:e02465-16(2017)。
口颊制剂包括霜剂、软膏剂、凝胶剂、片剂或薄膜，其包含当通过口腔施用时安全的成分。口颊制剂还可以包含掩味剂或调味剂。
本组合物可以与以下避孕装置或制品结合，诸如阴道环装置、宫内节育器(IUD)、阴道隔膜、阴道海绵、子宫托、避孕套等。
在一个实施方案中，本文所述的组合物与避孕套联合使用，以增强避孕套的降低风险的有效性并为使用者提供最大程度的保护。组合物可以在制造过程中涂覆在避孕套上，并封装在每个包装包含一个避孕套的常规防水塑料或铝箔包装中，或者可以在即将使用前由使用者手动施涂到避孕套的内部或外部。如本文所用，“避孕套”是指用于在性交期间在男性与女性生殖器之间提供防水物理屏障并且在性交后移除的屏障装置。此术语包括覆盖阴茎的常规避孕套；它还包括所谓的“女用避孕套”，其在性交前插入阴道腔。
在另一实施方案中，本文所述的组合物呈阴道内丸剂、直肠内丸剂或栓剂的形式。栓剂或丸剂应以允许栓剂或丸剂随其溶解或侵蚀来用本文所述的抗体的预防层涂覆阴道或直肠壁的方式插入阴道或直肠腔中。
在某些实施方案中，组合物还可包含药学上可接受的赋形剂、润滑剂或抗病毒剂。
本发明的方法中使用的组合物还可以包含其他活性剂，诸如预防 HIV感染的另一种剂，以及保护个体免于受孕和其他性传播疾病的剂。因此，在另一实施方案中，用于本发明的组合物还包含第二抗 HIV剂、有效对抗除HIV之外的病毒感染的杀病毒剂和/或杀精子剂。
本发明中使用的组合物还可含有润滑剂，所述润滑剂有助于将组合物施涂于皮肤和上皮组织的所需区域，并减少性交过程中的摩擦。在丸剂或栓剂的情况下，可以将润滑剂施涂到剂型的外部以促进插入。
在本发明的霜剂或软膏剂实施方案中，局部制剂包含一种或多种润滑剂。本发明的凝胶和泡沫可任选地包括一种或多种润滑剂。
可用的润滑剂的非限制性实例包括十六烷基酯蜡、氢化植物油、硬脂酸镁、硬脂酸甲酯、矿物油、聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物、聚乙二醇、聚乙烯醇、月桂基硫酸钠、白蜡或以上两种或更多种的混合物。
本发明的凝胶制剂包含一种或多种胶凝剂。有用的胶凝剂的非限制性实例包括羧酸聚合物，所述羧酸聚合物包括用交联键交联的丙烯酸聚合物，诸如蔗糖的烯丙基醚(例如卡波姆牌增稠剂)、鲸蜡硬脂醇、羟甲基纤维素、聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物、羧甲基纤维素钠、聚乙烯吡咯烷酮、或其两种或更多种的混合物。
VI.用途和方法
治疗性用途和方法:
在一个方面，本文提供了一种治疗HIV或抑制HIV传播的方法。在一个实施方案中，抑制HIV传播的方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO: 9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21) 或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒(例如，重组A AV)。在一个实施方案中，抑制HIV传播的方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)。在一个实施方案中，抑制HIV传播的方法包括向有此需要的受试者施用有效量的编码本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)的重组AAV。在一个实施方案中，抑制HIV传播的方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或eP GDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)。在一个实施方案中，受试者已暴露于HIV。在一个实施方案中，受试者具有暴露于HIV的风险。在一个实施方案中，具有暴露于HIV风险的受试者是卫生保健工作者、HIV感染者的性伴侣或性工作者。在一个实施方案中，已暴露于HIV或具有暴露于HIV风险的受试者是新生儿。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ I D NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个方面，本文提供了一种降低受试者感染HIV风险的方法，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述抗体(例如，双特异性抗体)(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和 ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGD M-M(SEQID NO:25)VL的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的编码本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)的重组AAV。在一个实施方案中，受试者已暴露于HIV。在一个实施方案中，受试者具有暴露于HIV的风险。在一个实施方案中，具有暴露于HIV风险的受试者是卫生保健工作者、HIV感染者的性伴侣或性工作者。在一个实施方案中，已暴露于HIV或具有暴露于HIV 风险的受试者是新生儿。在一个方面，本文提供了用于降低受试者感染HIV风险的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和e PGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGD M-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、药物组合物、分离的多核苷酸或重组病毒。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO: 9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID N O:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO: 9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个方面，本文提供了一种被动免疫受试者的方法，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，包含e PGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、eP GDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的编码本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)的重组AAV。在一个实施方案中，受试者已暴露于HIV。在一个实施方案中，受试者具有暴露于HIV的风险。在一个实施方案中，具有暴露于HIV风险的受试者是卫生保健工作者、HIV感染者的性伴侣或性工作者。在一个实施方案中，已暴露于HIV或具有暴露于HIV风险的受试者是新生儿。在一个方面，本文提供了用于被动免疫受试者的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ I D NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、药物组合物、分离的多核苷酸或重组病毒。在一个实施方案中，抗体包含eP GDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和e PGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePG DM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
本文还提供了一种中和HIV病毒的方法，所述方法包括将有效量的本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和 ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGD M-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)与病毒接触。在一个实施方案中，病毒包含在组合物中，例如液体，包括生物液体，诸如血液或血液制品。在某些实施方案中，所述方法包括将本文所述的抗体以足够的量或浓度添加到包含HIV的组合物中，以中和HIV。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(S EQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SE Q ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(S EQ ID NO:25)VL。
本文还提供了一种降低病毒载量的方法，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述抗体(例如，双特异性抗体)(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:1 7)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)V L的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)。在一个实施方案中，所述方法包括向有此需要的受试者施用有效量的编码本文所述的抗体(例如，双特异性抗体)的重组AAV。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ I D NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ IDNO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在本文所述方法的一个实施方案中，抗体可以是本文所述的嵌合抗体、工程化抗体、重组抗体或单克隆抗体。在一个实施方案中，抗体是本文所述的全抗体、F(ab)片段或F(ab)2片段。在具体实施方案中，抗体为本文所述的工程化的单克隆抗体。在具体实施方案中，抗体为本文所述的重组单克隆抗体。在具体实施方案中，抗体为本文所述的嵌合单克隆抗体。在具体实施方案中，抗体为本文所述的F(ab)。在具体实施方案中，抗体为本文所述的F(ab')2片段。
在一个实施方案中，本文提供的预防HIV感染的方法包括向有此需要的受试者施用治疗足量的本文所述的抗体(例如，包含ePGDM -G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ IDNO:17)、ePGDM- I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9) VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21) VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)V H和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个实施方案中，本文提供的治疗HIV/AIDS的方法包括向有此需要的受试者施用治疗足量的本文所述的抗体(例如，包含ePGDM -G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ IDNO:17)、ePGDM- I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)、本文所述的药物组合物、本文所述的分离的多核苷酸或本文所述的重组病毒。在一个实施方案中，治疗HIV/AIDS的方法包括施用本文所述的抗体。在一个实施方案中，治疗HIV/AIDS的方法包括施用本文所述的药物组合物。在一个实施方案中，治疗HIV/AIDS的方法包括施用本文所述的分离的多核苷酸。在一个实施方案中，治疗HIV/AI DS的方法包括施用本文所述的重组病毒。在一个方面，本文提供了用于治疗HIV/AIDS的抗体、药物组合物、分离的多核苷酸或重组病毒。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含 ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)V L。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在一个实施方案中，向受试者施用是通过选自经口、肠胃外、皮下、肌肉内、静脉内、阴道、直肠、口颊、舌下和经皮中的至少一种方式。
在一个实施方案中，本文所述的治疗方法还包括施用至少一种另外的治疗剂。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括抗逆转录病毒疗法(ART)剂、储库激活剂、免疫调节剂、第二抗体或第二和第三抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和第三抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和任选地是抗HIV抗体的第三抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和任选地是抗HIV EnV抗体的第三抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和任选地结合不同于由本文公开的抗体结合的HIV Env表位区的HIV Env 表位区的第三抗HIV EnV抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和任选地结合CD4结合位点(CD4bs)表位区、V3环附近的N332聚糖表位区、gp120-gp41界面表位区或gp41膜近端外部表位区(MPER)第三抗HIV EnV抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括第二抗体和任选地结合CD4结合位点(CD4bs)表位区、 V1/V2-聚糖位点(V2g)表位区、V3环附近的N332聚糖表位区、 gp120-gp41界面表位区或gp41膜近端外部表位区(MPER)第三抗HIV EnV抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括与CD4结合位点 (CD4bs)表位区结合的第二抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括与V1/V2-聚糖位点(V2g)表位区结合的第二抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括与V3环附近的N332 聚糖表位区结合的第二抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括与gp120-gp41界面表位区结合的第二抗HIV Env抗体。在一个实施方案中，另外的治疗剂包括与gp41膜近端外部表位区(MPER)结合的第二抗HIV Env抗体。
在某些实施方案中，受试者具有暴露于HIV的风险。在一些实施方案中，受试者感染了HIV。在一些实施方案中，受试者已被诊断为患有AIDS。在某些实施方案中，具有暴露于HIV的风险的受试者是卫生保健工作者。在某些实施方案中，具有暴露于HIV的风险的受试者是性工作者。在某些实施方案中，具有暴露于HIV风险的受试者是HIV感染个体的性伴侣。在某些实施方案中，具有暴露于HIV 的风险的受试者是新生儿。
本发明的特征还在于在具有HIV传播风险的受试者(例如人)中阻断HIV感染的方法。例如，在一个方面，受试者可以是感染HIV 的妊娠女性的胎儿，并且所述方法包括向感染HIV的妊娠女性施用本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和eP GDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM- M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)，从而阻断胎儿的HIV感染。在其他情况下，受试者是其母亲是HIV感染者的新生儿、针头刺伤后具有HIV传播风险的受试者或与HIV感染者个体发生性接触后具有HI V传播风险的受试者。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SE Q ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SE Q ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在受试者是其母亲是HIV感染者的新生儿的情况下，为了阻断新生儿的HIV感染，可以在围产期和/或产后，例如，在感染HIV的母亲用母乳喂养之前、期间和/或之后向新生儿施用本文所述的抗体 (例如，包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGDM-M(SEQ ID NO: 25)VL y的抗体)。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ I D NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)VL。
在受试者与HIV感染者个体发生性接触后具有HIV传播风险的情况下，为了阻断受试者的HIV感染，可以在性接触之后向受试者施用本文所述的抗体(例如，包含ePGDM-G(SEQID NO:9)VH和 ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQ ID NO:21)或ePGD M-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)。在一个实施方案中，抗体包含 ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ IDNO:17)V L。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH 和ePGDM-I(SEQ IDNO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含e PGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25)V L。
在一些实施方案中，本文所述的抗体可用作杀微生物剂以预防粘膜HIV获得。在一些实施方案中，本文所述的抗体用于预防阴道或直肠HIV获得。在一些实施方案中，本文所述的抗体可用作杀微生物剂以降低粘膜HIV获得的可能性。在一些实施方案中，本文所述的抗体用于降低阴道或直肠HIV获得的可能性。
在上述任何方法中，考虑进一步施用ART和/或免疫调节剂和/ 或第二抗体。例如，ART和/或免疫调节剂和/或第二抗体可以与包括施用本文所述的抗体的治疗方案联合(例如，在其之前、同时、之后或在其背景下)施用。
本文所述的抗体或本文所述的药物组合物可通过多种途径递送至受试者，诸如经口、肠胃外、皮下、静脉内、皮内、经皮、鼻内、阴道或肛门。在一个实施方案中，抗体或药物组合物通过静脉内、阴道或肛门施用。
在治疗和/或预防病状中有效的本文所述的抗体或本文所述的药物组合物的量将取决于疾病的性质，并且可以通过标准临床技术确定。
组合物中待采用的精确剂量还将取决于施用途径以及疾病的严重程度，并且应根据执业医生的判断和每位受试者的情况来决定。例如，有效剂量也可能因施用方式、靶位点、患者的生理状态(包括年龄、体重和健康状况)、患者是人抑或动物、施用的其他药物或治疗是预防性抑或治疗性而异。通常，患者是人，然而也可治疗包括转基因哺乳动物的非人哺乳动物。以最佳方式滴定治疗剂量以使安全性和功效最优化。
在某些实施方案中，可采用体外测定以帮助确定最佳剂量范围。有效剂量可从由体外或动物模型测试系统得到的剂量反应曲线外推而来。
检测和诊断用途
本文所述的抗体可用于使用本领域技术人员已知的经典免疫组织学方法(包括免疫测定，诸如酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫沉淀或蛋白质印迹)检测生物样品中的HIV和/或测定HIV水平。本文所述的抗体也可用作显像剂，例如组织穿透显像剂。在一个实施方案中，本文所述的抗体与可检测标记缀合。合适的测定标记是本领域已知的并且包括酶标记，诸如葡萄糖氧化酶；放射性同位素，诸如碘(125I、121I)、碳(14C)、硫(35S)、氚(3H)、铟(121In)和锝(99Tc)；发光标记，诸如鲁米诺(luminol)；以及荧光标记，诸如荧光素和罗丹明，和生物素。此类标记可用于标记本文所述的抗体或融合多肽。或者，可以标记识别本文所述抗体的第二抗体并与本文所述抗体组合使用以检测HIV 水平。
如本文所用，术语“生物样品”是指从受试者、细胞系、组织或可能包含HIV的其他来源获得的任何生物样品。用于从动物(例如，人) 获得组织活检物和体液的方法在本领域是众所周知的。
在另一实施方案中，本文所述的抗体可用于检测HIV水平，然后所述水平可与某些疾病症状相关联。本文所述的抗体可携带可检测或功能性标记。本文所述的抗体可携带荧光标记。示例性荧光标记包括，例如反应性和缀合的探针，例如氨基香豆素(Aminocoumarin)、荧光素和德克萨斯红(Texas red)、Alexa Fluor染料、Cy染料和DyLight染料。本文所述的抗体可携带放射性标记，诸如同位素3H、14C、32P、35S、36Cl、51Cr、57Co、58Co、59Fe、67Cu、90Y、99Tc、111In、117Lu、121I、124I、125I、131I、198Au、211At、213Bi、225Ac和186Re。当使用放射性标记时，本领域已知的当前可用的计数程序可用于鉴定和定量本文所述的抗体与HIV的特异性结合。在标记是酶的情况下，可以通过本领域已知的任何目前使用的比色法、分光光度法、荧光分光光度法、电流分析或气体分析技术来完成检测。这可以通过在允许抗体与HIV 之间形成复合物的条件下使样品或对照样品与本文所述的抗体接触来实现。在样品和对照中检测和比较抗体与HIV之间形成的任何复合物。本文所述的抗体还可用于通过免疫亲和纯化来纯化HIV。
在一些方面，本文提供了用于体外检测样品中的HIV的方法，所述方法包括使所述样品与本文所述的抗体接触。在一些方面，本文提供了本文所述的抗体用于体外检测样品中的HIV的用途。在一个方面，本文提供了本文所述的抗体或药物组合物，其用于检测受试者中的HIV。在一个方面，本文提供了本文所述的抗体或药物组合物，其用作诊断。在一个优选的实施方案中，抗体包含可检测标记。在一个实施方案中，受试者为人。在一个实施方案中，用于检测样品中的 HIV的方法包括使所述样品与本文所述的抗体接触。
在一些实施方案中，本公开提供了从样品中纯化HIV的方法。在一些实施方案中，从样品中纯化HIV的方法包括在允许抗体与HIV 结合的条件下使所述样品与本文所述的抗体接触。在一些实施方案中，抗体包含标签，例如六聚组氨酸标签或FLAG标签，以促进HIV的纯化。
VII.试剂盒
本文提供了试剂盒，其包含一种或多种本文所述的抗体或一种或多种本文所述的融合多肽(例如，包含ePGDM-E(SEQ ID NO:9)V H和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)、ePGDM-I(SEQID NO:21)或e PGDM-M(SEQ ID NO:25)VL的抗体)。在一些实施方案中，本文所述的药物包或试剂盒包含一个或多个容器，所述容器填充有本文所述的药物组合物的一种或多种成分，诸如本文所述的一种或多种抗体。在一些实施方案中，试剂盒含有本文所述的抗体或本文所述的药物组合物，以及用于治疗或预防HIV的第二预防剂或治疗剂。在一个实施方案中，第二剂是抗逆转录病毒剂。在一个实施方案中，第二剂是储库激活剂。在一个实施方案中，第二剂是免疫调节剂。在一个实施方案中，第二剂是一种或多种抗HIV抗体。在一个实施方案中，第二剂是一种或多种抗HIV EnV抗体，所述抗HIV EnV抗体结合不同于由本文公开的抗体结合的HIV Env表位区的HIV Env表位区。在一个实施方案中，第二剂是一种或多种抗HIV Env抗体，所述抗HIV EnV抗体结合CD4结合位点(CD4bs)表位区、V1/V2-聚糖位点(V2g)表位区或gp41 MPER表位区。在一些实施方案中，试剂盒含有本文所述的抗体或本文所述的药物组合物，以及用于检测HIV 的试剂。在一个实施方案中，检测试剂包含用于检测HIV的DNA引物。任选地，与所述容器相伴的可为由监管药品或生物产品的制造、使用或销售的政府机构开具的呈表格形式的报告书，所述报告书反映由制造、使用或销售的机构核准供人施用。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-E(SEQ ID NO:17)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9) VH和ePGDM-I(SEQ ID NO:21)VL。在一个实施方案中，抗体包含ePGDM-G(SEQ ID NO:9)VH和ePGDM-M(SEQ ID NO:25) VL。
在一个实施方案中，本文所述的试剂盒包含本文所述的抗体或本文所述的药物组合物以及a)检测试剂、b)HIV抗原、c)反映核准供人施用的使用或销售的报告书或d)其任何组合。
在一个实施方案中，本文所述的试剂盒包含本文所述的融合多肽或本文所述的药物组合物以及a)检测试剂、b)HIV抗原、c)反映核准供人施用的使用或销售的报告书或d)其任何组合。
本公开的实施方案可以进一步通过参考以下非限制性实施例来界定，所述实施例详细描述了本公开的某些抗体的制备以及使用本公开的抗体的方法。对于本领域技术人员显而易见的是：可以在不背离本公开内容的范围的情况下实践对材料与方法两者的许多修改。
本文引用的所有文件、专利和专利申请特此以引用的方式并入，并可用于本文所述的实践中。
实施例
实施例1.产生广泛中和抗HIV抗体的增强的工程化变体的一般设计策略
增强的bnAb设计的目标是提高中和效力。总体设计策略将定向进化(酵母表面展示、FACS和深度测序)与信息学分析和计算建模组合，大体上如2019年7月26日提交的PCT/US2019/43578中所述，其以引用的方式整体并入本文。另见，J.Jardine等人,Rational HIVimmunogen design to target specific germline B cell receptors.Sci ence 340,711-716(2013)；J.G.Jardine等人,HIV-1broadly neutra lizing antibody precursor Bcells revealed by germline-targeting im munogen.Science 351,1458-1463(2016)。此过程分为两个总体步骤——鉴定单个有益突变，然后鉴定有益突变的组合。在第一个步骤中，用酵母表面展示、FACS和深度测序来分析在所需条件下(例如生理条件(PBS))抗体中所有可能的单突变与多个Env变体结合的效果。将来自此扫描数据集的突变与结构预测和其他信息学分析组合，然后用于制作包含约107个bnAb变体的组合文库，其中含有已通过实验或计算预测显示出改善bnAb功能的多个突变。在第二个步骤中，此组合文库在酵母上展示并再次筛选以改善与多个Env变体的结合。经过几轮富集后，对选定的克隆进行深度测序和分析，以鉴定增强的工程化变异bnAb。然后将bnAb变体重组产生为IgG以进行表征。
为了解释HIV的多样性，可以选择组合文库以提高对多个Env 分离物的亲和力。对富含单个分离物的组合抗体文库进行单独的深度测序，以产生多个数据集。对深度测序数据集进行信息分析，以鉴定在多个数据集中而不是在一小部分数据集中富集的突变。跨多个数据集的富集表明突变是广泛有益的突变，而在一小部分数据集中的富集表明突变只会产生毒株特异性的改进。因此，将所鉴定的增强的工程化抗体针对一组不同的Env变体进行优化。
最后，可以分析增强型工程化抗体候选序列的已知开发倾向(翻译后修饰、氧化位点、脱氨基位点等)，那可能易于基于突变数据集取代其他突变。
实施例2.工程化变异PGDM1400抗体具有增强的中和广度和效力
使用标准测定法确定增强的工程化PGDM1400变异抗体中和活性的广度和效力。简单来说，使用X-tremeGENE HP(Roche)作为转染试剂，将编码各种HIV Env分离物的质粒与pSG3ΔEnv(一种Env 缺陷型基因组骨架质粒)以1:2的比例共转染到HEK 293T细胞(ATCC)中。转染后3天收集细胞培养上清液并通过0.22μm过滤器无菌过滤。如前所述，在转移到TZM-bl靶细胞(aidsreagent.org)之前，通过将单克隆抗体或血清与复制无能的假病毒在37C下孵育1小时来测量中和活性。Walker,L.M.等人,Nature 477,466–470(2011)。
下表显示了ePGDM5、ePGDM9、ePGDM13和PGDM1400亲本抗体对116交叉进化枝病毒面板的中和广度和效力。ePGDM5包含 ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)和ePGDM-E VL(SEQ IDNO:17)， ePGDM9包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)和ePGDM-I VL(SEQ ID NO:21)，并且ePGDM13包含ePGDM-G VH(SEQ ID NO:9)和 ePGDM-M VL(SEQ ID NO:25)。如下表中所示，与先前鉴定的广泛中和抗HIV env抗体相比，本文公开的工程化ePGDM抗体具有增强的中和广度和效力。
Figure BDA0003704354380001641
Figure BDA0003704354380001651
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Figure BDA0003704354380001691
与亲本抗体PGDM1400相比，对改进的变异ePGDM14009在100 个成员的进化枝C假病毒面板上的中和广度和效力进行了测试。图1 示出了不同的IC50和IC80截止值的中和广度。
Figure BDA0003704354380001692
Figure BDA0003704354380001701
Figure BDA0003704354380001711
虽然已经结合目前被认为是最实用和优选的实施方案描述了本发明，但是应理解，本发明不限于所公开的实施方案，而是相反地，本发明意图覆盖包括在所附权利要求书的精神和范围内的各种修改和等效布置。
出于所有的目的，本文所引用的所有出版物、专利、专利申请、互联网网站以及登录号/数据库序列(包括多核苷酸与多肽序列二者) 以引用的方式整体并入本文，其引用的程度犹如每个单个出版物、专利、专利申请、互联网网站或登录号/数据库序列被明确地和单独地指出以引用的方式如此并入。
序列表
<110> 国际艾滋病疫苗倡议(International AIDS Vaccine Initiative)
斯克利普斯研究院（The Scripps Research Institute）
<120> HIV Env的工程化抗体
<130> 6765.0501
<150> US 62/927,239
<151> 2019-10-29
<160> 114
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
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85 90 95
Arg Glu Ser Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
100 105 110
<210> 16
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 16
Asp Phe Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Gln His Gly
20 25 30
Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Asp Leu Ala Ser Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile
65 70 75 80
Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Thr Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
85 90 95
Arg Glu Ser Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
100 105 110
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 17
Asp Phe Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp His Ser Leu Gln His Gly
20 25 30
Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Asp Leu Ala Ser Glu Arg Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Arg Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Thr Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
85 90 95
Arg Glu Ser Pro Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 18
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp His Ser Leu Gln His Gly
20 25 30
Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Lys Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Asp Leu Ala Ser Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly Thr Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 19
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
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Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Gln His Gly
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Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser
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Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile
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Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Thr Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
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100 105 110
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 20
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser His Ser Leu Gln His Gly
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Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Gln Ser
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Pro Gln Leu Leu Ile Asp Leu Gly Ser Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 21
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
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Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Ile His Gly
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 22
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
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Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp Gln Ser Leu Gln His Gly
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Asp Arg Asn Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser
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Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Thr Tyr Tyr Cys Met Gln Gly
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 23
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp Gln Ser Leu Gln His Gly
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 24
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Gln His Gly
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<212> PRT
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 25
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 26
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 27
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<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 28
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<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 29
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35
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<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 30
Cys Met Gln Gly Arg Glu Ser Pro Trp Thr Phe
1 5 10
<210> 31
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 31
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1 5 10 15
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35
<210> 32
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 32
Cys Ala Lys Gly Ser Lys His Arg Leu Arg Asp Tyr Ala Leu Tyr Asp
1 5 10 15
Glu Asp Gly Ala Leu Glu Trp Ala Glu Asp Val Asp Tyr Leu Ala Asn
20 25 30
Leu Glu Phe Trp
35
<210> 33
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 33
Cys Ala Lys Gly Ser Lys His Arg Leu Arg Asp Tyr Ala Leu Tyr Asp
1 5 10 15
Asp Asp Gly Ala Leu Glu Trp Ala Glu Asp Val Asp Tyr Leu Ala Asn
20 25 30
Leu Glu Phe Trp
35
<210> 34
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 34
Cys Ala Lys Gly Ser Lys His Arg Leu Arg Asp Tyr Ala Leu Tyr Asp
1 5 10 15
Glu Asp Gly Ala Leu Asn Trp Ala Val Asp Val Asp Tyr Leu Ala Asn
20 25 30
Leu Glu Phe Trp
35
<210> 35
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 35
Cys Ala Lys Gly Ser Lys His Arg Leu Arg Asp Tyr Ala Leu Tyr Asp
1 5 10 15
Glu Asp Gly Ala Leu Glu Tyr Ala Glu Asp Val Asp Tyr Leu Ala Asn
20 25 30
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35
<210> 36
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 36
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1 5
<210> 37
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 37
Gly Asn Thr Leu Thr Thr Tyr Asp
1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 38
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1 5
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<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 39
Ile Ser His Glu Gly Asp Gln Lys
1 5
<210> 40
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 40
His Ser Leu Ile His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 41
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 41
Gln Ser Leu Gln His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 42
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 42
Gln Ser Leu Leu His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 43
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 43
His Ser Leu Gln His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 44
Gln Ser Leu Ile His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 45
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 45
Leu Ala Ser
1
<210> 46
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 46
Leu Gly Ser
1
<210> 47
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 47
Gln Val His Leu Thr Gln Ser Gly Pro Glu Val Arg Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Pro
20 25
<210> 48
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 48
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Arg Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 49
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 49
Gln Ala Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Arg Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 50
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 50
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Arg Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 51
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 51
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Arg Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 52
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 52
Gln Ala Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Arg Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 53
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 53
Gln Ala Gln Leu Val Gln Ser Gly Pro Glu Val Arg Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 54
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 54
Leu His Trp Val Arg Ser Val Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Met Gly
1 5 10 15
Trp
<210> 55
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 55
Leu His Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Gln Gly Leu Gln Trp Met Gly
1 5 10 15
Trp
<210> 56
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 56
Leu His Trp Val Arg Ser Val Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly
1 5 10 15
Trp
<210> 57
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 57
Leu His Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly
1 5 10 15
Trp
<210> 58
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 58
Val Ile Val Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Thr Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Gly Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 59
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 59
Val Ile Val Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 60
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 60
Val Ile Ala Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gly Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 61
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 61
Val Ile Val Glu Lys Phe Lys Ala Lys Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 62
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 62
Val Ile Val Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gly Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 63
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 63
Glu Ile Val Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 64
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 64
Val Ile Val Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Thr Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 65
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 65
Val Ile Val Glu Arg Phe Gln Gly Arg Val Asp Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 66
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 66
Gly Gln Gly Thr Ala Val Thr Val Ser Ser
1 5 10
<210> 67
<211> 26
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 67
Asp Phe Val Leu Thr Gln Ser Pro His Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser
20 25
<210> 68
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 68
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp
20 25
<210> 69
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 69
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser
20 25
<210> 70
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 70
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro His Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser
20 25
<210> 71
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 71
Asp Phe Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser
20 25
<210> 72
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 72
Asp Phe Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Ser Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp
20 25
<210> 73
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 73
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Asp
20 25
<210> 74
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 74
Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Pro Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Ser
20 25
<210> 75
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 75
Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser Pro Gln Leu Leu Ile
1 5 10 15
Tyr
<210> 76
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 76
Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Lys Ser Pro Gln Leu Leu Ile
1 5 10 15
Asp
<210> 77
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 77
Leu Ala Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Lys Ser Pro Gln Leu Leu Leu
1 5 10 15
Asp
<210> 78
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 78
Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser Pro Gln Leu Leu Leu
1 5 10 15
Asp
<210> 79
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 79
Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile
1 5 10 15
Asp
<210> 80
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 80
Leu Ala Trp Tyr Val Gln Lys Pro Gly Arg Ser Pro Gln Leu Leu Ile
1 5 10 15
Asp
<210> 81
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 81
Leu Ala Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile
1 5 10 15
Asp
<210> 82
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 82
Ser Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Asp
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 83
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 83
Glu Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 84
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 84
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Arg
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 85
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 85
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Asp Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 86
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 86
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 87
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 87
Glu Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Arg
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 88
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 88
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile Ser Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 89
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 89
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Asp Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 90
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 90
Glu Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Arg
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 91
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 91
Asp Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Ser Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 92
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 92
Glu Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Glu
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Thr Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 93
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 93
Gly Gln Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
1 5
<210> 94
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 94
Gly Asn Thr Leu Thr Thr Tyr Asp
1 5
<210> 95
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa是Gln或Lys
<400> 95
Ile Ser His Glu Gly Asp Xaa Lys
1 5
<210> 96
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (17)..(17)
<223> Xaa是Glu或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (22)..(22)
<223> Xaa是Glu或Asn
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (23)..(23)
<223> Xaa是Try或Tyr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (25)..(25)
<223> Xaa是Glu或Val
<400> 96
Cys Ala Lys Gly Ser Lys His Arg Leu Arg Asp Tyr Ala Leu Tyr Asp
1 5 10 15
Xaa Asp Gly Ala Leu Xaa Xaa Ala Xaa Asp Val Asp Tyr Leu Ala Asn
20 25 30
Leu Glu Phe Trp
35
<210> 97
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa是His或Gln
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa是Ile、Gln或Leu
<400> 97
Xaa Ser Leu Xaa His Gly Asp Arg Asn Asn Tyr
1 5 10
<210> 98
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa是Ala或Gly
<400> 98
Leu Xaa Ser
1
<210> 99
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 99
Cys Met Gln Gly Arg Glu Ser Pro Trp Thr Phe
1 5 10
<210> 100
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa是Val或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa是Pro或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (16)..(16)
<223> Xaa是Thr或Ala
<400> 100
Gln Xaa Gln Leu Val Gln Ser Gly Xaa Glu Val Arg Lys Pro Gly Xaa
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Asn Pro
20 25
<210> 101
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> Xaa是Ser或Gln
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (13)..(13)
<223> Xaa是Gln或Glu
<400> 101
Leu His Trp Val Arg Xaa Val Pro Gly Gln Gly Leu Xaa Trp Met Gly
1 5 10 15
Trp
<210> 102
<211> 37
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa是Val或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa是Arg或Lys
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa是Lys或Gln
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa是Ala或Gly
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa是Lys或Arg
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (11)..(11)
<223> Xaa是Thr或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (24)..(24)
<223> Xaa是Gln或Gly
<400> 102
Val Ile Xaa Glu Xaa Phe Xaa Xaa Xaa Val Xaa Ile Asp Trp Asp Arg
1 5 10 15
Ser Thr Asn Thr Ala Tyr Leu Xaa Leu Ser Gly Leu Thr Ser Glu Asp
20 25 30
Thr Ala Val Tyr Tyr
35
<210> 103
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 103
Gly Gln Gly Thr Ala Val Thr Val Ser Ser
1 5 10
<210> 104
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa是Phe或Ile
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa是His或Leu
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (18)..(18)
<223> Xaa是Ser或Pro
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (26)..(26)
<223> Xaa是Ser或Asp
<400> 104
Asp Xaa Val Leu Thr Gln Ser Pro Xaa Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Glu Xaa Ala Ser Ile Ser Cys Lys Ser Xaa
20 25
<210> 105
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (10)..(10)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (16)..(16)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 105
Leu Ala Trp Tyr Xaa Gln Lys Pro Gly Xaa Ser Pro Gln Leu Leu Xaa
1 5 10 15
Asp
<210> 106
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa是Glu或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (16)..(16)
<223> Xaa是Glu或Arg
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (22)..(22)
<223> Xaa是Lys或Ser
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (24)..(24)
<223> Xaa是Ser或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (28)..(28)
<223> Xaa是Thr或Ala
<400> 106
Xaa Arg Ala Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Xaa
1 5 10 15
Lys Asp Phe Thr Leu Xaa Ile Xaa Arg Val Glu Xaa Glu Asp Val Gly
20 25 30
Thr Tyr Tyr
35
<210> 107
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 107
Gly Gln Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys
1 5
<210> 108
<211> 330
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 108
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
100 105 110
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
115 120 125
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
130 135 140
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
145 150 155 160
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
165 170 175
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
180 185 190
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
195 200 205
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
210 215 220
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
225 230 235 240
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
245 250 255
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
275 280 285
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
290 295 300
Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr
305 310 315 320
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325 330
<210> 109
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 109
Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu
1 5 10 15
Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe
20 25 30
Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln
35 40 45
Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser
50 55 60
Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu
65 70 75 80
Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser
85 90 95
Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys Gly
100 105
<210> 110
<211> 330
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 110
Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys
1 5 10 15
Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr
20 25 30
Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser
35 40 45
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
50 55 60
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
65 70 75 80
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
85 90 95
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys
100 105 110
Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro
115 120 125
Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys
130 135 140
Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp
145 150 155 160
Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu
165 170 175
Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu
180 185 190
His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn
195 200 205
Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly
210 215 220
Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu
225 230 235 240
Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr
245 250 255
Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe
275 280 285
Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn
290 295 300
Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr
305 310 315 320
Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
325 330
<210> 111
<211> 860
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 111
Met Arg Val Met Gly Ile Gln Arg Asn Cys Gln His Leu Phe Arg Trp
1 5 10 15
Gly Thr Met Ile Leu Gly Met Ile Ile Ile Cys Ser Ala Ala Glu Asn
20 25 30
Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Asp Ala Glu
35 40 45
Thr Thr Leu Phe Cys Ala Ser Asp Ala Lys Ala Tyr Glu Thr Glu Lys
50 55 60
His Asn Val Trp Ala Thr His Ala Cys Val Pro Thr Asp Pro Asn Pro
65 70 75 80
Gln Glu Ile His Leu Glu Asn Val Thr Glu Glu Phe Asn Met Trp Lys
85 90 95
Asn Asn Met Val Glu Gln Met His Thr Asp Ile Ile Ser Leu Trp Asp
100 105 110
Gln Ser Leu Lys Pro Cys Val Lys Leu Thr Pro Leu Cys Val Thr Leu
115 120 125
Gln Cys Thr Asn Val Thr Asn Asn Ile Thr Asp Asp Met Arg Gly Glu
130 135 140
Leu Lys Asn Cys Ser Phe Asn Met Thr Thr Glu Leu Arg Asp Lys Lys
145 150 155 160
Gln Lys Val Tyr Ser Leu Phe Tyr Arg Leu Asp Val Val Gln Ile Asn
165 170 175
Glu Asn Gln Gly Asn Arg Ser Asn Asn Ser Asn Lys Glu Tyr Arg Leu
180 185 190
Ile Asn Cys Asn Thr Ser Ala Ile Thr Gln Ala Cys Pro Lys Val Ser
195 200 205
Phe Glu Pro Ile Pro Ile His Tyr Cys Ala Pro Ala Gly Phe Ala Ile
210 215 220
Leu Lys Cys Lys Asp Lys Lys Phe Asn Gly Thr Gly Pro Cys Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Thr Val Gln Cys Thr His Gly Ile Lys Pro Val Val Ser Thr
245 250 255
Gln Leu Leu Leu Asn Gly Ser Leu Ala Glu Glu Glu Val Met Ile Arg
260 265 270
Ser Glu Asn Ile Thr Asn Asn Ala Lys Asn Ile Leu Val Gln Phe Asn
275 280 285
Thr Pro Val Gln Ile Asn Cys Thr Arg Pro Asn Asn Asn Thr Arg Lys
290 295 300
Ser Ile Arg Ile Gly Pro Gly Gln Ala Phe Tyr Ala Thr Gly Asp Ile
305 310 315 320
Ile Gly Asp Ile Arg Gln Ala His Cys Thr Val Ser Lys Ala Thr Trp
325 330 335
Asn Glu Thr Leu Gly Lys Val Val Lys Gln Leu Arg Lys His Phe Gly
340 345 350
Asn Asn Thr Ile Ile Arg Phe Ala Asn Ser Ser Gly Gly Asp Leu Glu
355 360 365
Val Thr Thr His Ser Phe Asn Cys Gly Gly Glu Phe Phe Tyr Cys Asn
370 375 380
Thr Ser Gly Leu Phe Asn Ser Thr Trp Ile Ser Asn Thr Ser Val Gln
385 390 395 400
Gly Ser Asn Ser Thr Gly Ser Asn Asp Ser Ile Thr Leu Pro Cys Arg
405 410 415
Ile Lys Gln Ile Ile Asn Met Trp Gln Arg Ile Gly Gln Ala Met Tyr
420 425 430
Ala Pro Pro Ile Gln Gly Val Ile Arg Cys Val Ser Asn Ile Thr Gly
435 440 445
Leu Ile Leu Thr Arg Asp Gly Gly Ser Thr Asn Ser Thr Thr Glu Thr
450 455 460
Phe Arg Pro Gly Gly Gly Asp Met Arg Asp Asn Trp Arg Ser Glu Leu
465 470 475 480
Tyr Lys Tyr Lys Val Val Lys Ile Glu Pro Leu Gly Val Ala Pro Thr
485 490 495
Arg Ala Lys Arg Arg Val Val Gly Arg Glu Lys Arg Ala Val Gly Ile
500 505 510
Gly Ala Val Phe Leu Gly Phe Leu Gly Ala Ala Gly Ser Thr Met Gly
515 520 525
Ala Ala Ser Met Thr Leu Thr Val Gln Ala Arg Asn Leu Leu Ser Gly
530 535 540
Ile Val Gln Gln Gln Ser Asn Leu Leu Arg Ala Ile Glu Ala Gln Gln
545 550 555 560
His Leu Leu Lys Leu Thr Val Trp Gly Ile Lys Gln Leu Gln Ala Arg
565 570 575
Val Leu Ala Val Glu Arg Tyr Leu Arg Asp Gln Gln Leu Leu Gly Ile
580 585 590
Trp Gly Cys Ser Gly Lys Leu Ile Cys Thr Thr Asn Val Pro Trp Asn
595 600 605
Ser Ser Trp Ser Asn Arg Asn Leu Ser Glu Ile Trp Asp Asn Met Thr
610 615 620
Trp Leu Gln Trp Asp Lys Glu Ile Ser Asn Tyr Thr Gln Ile Ile Tyr
625 630 635 640
Gly Leu Leu Glu Glu Ser Gln Asn Gln Gln Glu Lys Asn Glu Gln Asp
645 650 655
Leu Leu Ala Leu Asp Lys Trp Ala Ser Leu Trp Asn Trp Phe Asp Ile
660 665 670
Ser Asn Trp Leu Trp Tyr Ile Lys Ile Phe Ile Met Ile Val Gly Gly
675 680 685
Leu Ile Gly Leu Arg Ile Val Phe Ala Val Leu Ser Val Ile His Arg
690 695 700
Val Arg Gln Gly Tyr Ser Pro Leu Ser Phe Gln Thr His Thr Pro Asn
705 710 715 720
Pro Arg Gly Leu Asp Arg Pro Glu Arg Ile Glu Glu Glu Asp Gly Glu
725 730 735
Gln Asp Arg Gly Arg Ser Thr Arg Leu Val Ser Gly Phe Leu Ala Leu
740 745 750
Ala Trp Asp Asp Leu Arg Ser Leu Cys Leu Phe Cys Tyr His Arg Leu
755 760 765
Arg Asp Phe Ile Leu Ile Ala Ala Arg Ile Val Glu Leu Leu Gly His
770 775 780
Ser Ser Leu Lys Gly Leu Arg Leu Gly Trp Glu Gly Leu Lys Tyr Leu
785 790 795 800
Trp Asn Leu Leu Ala Tyr Trp Gly Arg Glu Leu Lys Ile Ser Ala Ile
805 810 815
Asn Leu Phe Asp Thr Ile Ala Ile Ala Val Ala Glu Trp Thr Asp Arg
820 825 830
Val Ile Glu Ile Gly Gln Arg Leu Cys Arg Ala Phe Leu His Ile Pro
835 840 845
Arg Arg Ile Arg Gln Gly Leu Glu Arg Ala Leu Leu
850 855 860
<210> 112
<211> 860
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 112
Met Arg Val Met Gly Ile Gln Arg Asn Cys Gln His Leu Phe Arg Trp
1 5 10 15
Gly Thr Met Ile Leu Gly Met Ile Ile Ile Cys Ser Ala Ala Glu Asn
20 25 30
Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Asp Ala Glu
35 40 45
Thr Thr Leu Phe Cys Ala Ser Asp Ala Lys Ala Tyr Glu Thr Glu Lys
50 55 60
His Asn Val Trp Ala Thr His Ala Cys Val Pro Thr Asp Pro Asn Pro
65 70 75 80
Gln Glu Ile His Leu Glu Asn Val Thr Glu Glu Phe Asn Met Trp Lys
85 90 95
Asn Asn Met Val Glu Gln Met His Thr Asp Ile Ile Ser Leu Trp Asp
100 105 110
Gln Ser Leu Lys Pro Cys Val Lys Leu Thr Pro Leu Cys Val Thr Leu
115 120 125
Gln Cys Thr Asn Val Thr Asn Asn Ile Thr Asp Asp Met Arg Gly Glu
130 135 140
Leu Lys Asn Cys Ser Phe Asn Met Thr Thr Glu Leu Arg Asp Lys Lys
145 150 155 160
Gln Lys Val Tyr Ser Leu Phe Tyr Arg Leu Asp Val Val Gln Ile Asn
165 170 175
Glu Asn Gln Gly Asn Arg Ser Asn Asn Ser Asn Lys Glu Tyr Arg Leu
180 185 190
Ile Asn Cys Asn Thr Ser Ala Ile Thr Gln Ala Cys Pro Lys Val Ser
195 200 205
Phe Glu Pro Ile Pro Ile His Tyr Cys Ala Pro Ala Gly Phe Ala Ile
210 215 220
Leu Lys Cys Lys Asp Lys Lys Phe Asn Gly Thr Gly Pro Cys Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Thr Val Gln Cys Thr His Gly Ile Lys Pro Val Val Ser Thr
245 250 255
Gln Leu Leu Leu Asn Gly Ser Leu Ala Glu Glu Glu Val Met Ile Arg
260 265 270
Ser Glu Asn Ile Thr Asn Asn Ala Lys Asn Ile Leu Val Gln Phe Asn
275 280 285
Thr Pro Val Gln Ile Asn Cys Thr Arg Pro Asn Asn Asn Thr Arg Lys
290 295 300
Ser Ile Arg Ile Gly Pro Gly Gln Ala Phe Tyr Ala Thr Gly Asp Ile
305 310 315 320
Ile Gly Asp Ile Arg Gln Ala His Cys Asn Val Ser Lys Ala Thr Trp
325 330 335
Asn Glu Thr Leu Gly Lys Val Val Lys Gln Leu Arg Lys His Phe Gly
340 345 350
Asn Asn Thr Ile Ile Arg Phe Ala Asn Ser Ser Gly Gly Asp Leu Glu
355 360 365
Val Thr Thr His Ser Phe Asn Cys Gly Gly Glu Phe Phe Tyr Cys Asn
370 375 380
Thr Ser Gly Leu Phe Asn Ser Thr Trp Ile Ser Asn Thr Ser Val Gln
385 390 395 400
Gly Ser Asn Ser Thr Gly Ser Asn Asp Ser Ile Thr Leu Pro Cys Arg
405 410 415
Ile Lys Gln Ile Ile Asn Met Trp Gln Arg Ile Gly Gln Ala Met Tyr
420 425 430
Ala Pro Pro Ile Gln Gly Val Ile Arg Cys Val Ser Asn Ile Thr Gly
435 440 445
Leu Ile Leu Thr Arg Asp Gly Gly Ser Thr Asn Ser Thr Thr Glu Thr
450 455 460
Phe Arg Pro Gly Gly Gly Asp Met Arg Asp Asn Trp Arg Ser Glu Leu
465 470 475 480
Tyr Lys Tyr Lys Val Val Lys Ile Glu Pro Leu Gly Val Ala Pro Thr
485 490 495
Arg Ala Lys Arg Arg Val Val Gly Arg Glu Lys Arg Ala Val Gly Ile
500 505 510
Gly Ala Val Phe Leu Gly Phe Leu Gly Ala Ala Gly Ser Thr Met Gly
515 520 525
Ala Ala Ser Met Thr Leu Thr Val Gln Ala Arg Asn Leu Leu Ser Gly
530 535 540
Ile Val Gln Gln Gln Ser Asn Leu Leu Arg Ala Ile Glu Ala Gln Gln
545 550 555 560
His Leu Leu Lys Leu Thr Val Trp Gly Ile Lys Gln Leu Gln Ala Arg
565 570 575
Val Leu Ala Val Glu Arg Tyr Leu Arg Asp Gln Gln Leu Leu Gly Ile
580 585 590
Trp Gly Cys Ser Gly Lys Leu Ile Cys Thr Thr Asn Val Pro Trp Asn
595 600 605
Ser Ser Trp Ser Asn Arg Asn Leu Ser Glu Ile Trp Asp Asn Met Thr
610 615 620
Trp Leu Gln Trp Asp Lys Glu Ile Ser Asn Tyr Thr Gln Ile Ile Tyr
625 630 635 640
Gly Leu Leu Glu Glu Ser Gln Asn Gln Gln Glu Lys Asn Glu Gln Asp
645 650 655
Leu Leu Ala Leu Asp Lys Trp Ala Ser Leu Trp Asn Trp Phe Asp Ile
660 665 670
Ser Asn Trp Leu Trp Tyr Ile Lys Ile Phe Ile Met Ile Val Gly Gly
675 680 685
Leu Ile Gly Leu Arg Ile Val Phe Ala Val Leu Ser Val Ile His Arg
690 695 700
Val Arg Gln Gly Tyr Ser Pro Leu Ser Phe Gln Thr His Thr Pro Asn
705 710 715 720
Pro Arg Gly Leu Asp Arg Pro Glu Arg Ile Glu Glu Glu Asp Gly Glu
725 730 735
Gln Asp Arg Gly Arg Ser Thr Arg Leu Val Ser Gly Phe Leu Ala Leu
740 745 750
Ala Trp Asp Asp Leu Arg Ser Leu Cys Leu Phe Cys Tyr His Arg Leu
755 760 765
Arg Asp Phe Ile Leu Ile Ala Ala Arg Ile Val Glu Leu Leu Gly His
770 775 780
Ser Ser Leu Lys Gly Leu Arg Leu Gly Trp Glu Gly Leu Lys Tyr Leu
785 790 795 800
Trp Asn Leu Leu Ala Tyr Trp Gly Arg Glu Leu Lys Ile Ser Ala Ile
805 810 815
Asn Leu Phe Asp Thr Ile Ala Ile Ala Val Ala Glu Trp Thr Asp Arg
820 825 830
Val Ile Glu Ile Gly Gln Arg Leu Cys Arg Ala Phe Leu His Ile Pro
835 840 845
Arg Arg Ile Arg Gln Gly Leu Glu Arg Ala Leu Leu
850 855 860
<210> 113
<211> 634
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 113
Ala Glu Asn Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys
1 5 10 15
Asp Ala Glu Thr Thr Leu Phe Cys Ala Ser Asp Ala Lys Ala Tyr Glu
20 25 30
Thr Glu Lys His Asn Val Trp Ala Thr His Ala Cys Val Pro Thr Asp
35 40 45
Pro Asn Pro Gln Glu Ile His Leu Glu Asn Val Thr Glu Glu Phe Asn
50 55 60
Met Trp Lys Asn Asn Met Val Glu Gln Met His Thr Asp Ile Ile Ser
65 70 75 80
Leu Trp Asp Gln Ser Leu Lys Pro Cys Val Lys Leu Thr Pro Leu Cys
85 90 95
Val Thr Leu Gln Cys Thr Asn Val Thr Asn Asn Ile Thr Asp Asp Met
100 105 110
Arg Gly Glu Leu Lys Asn Cys Ser Phe Asn Met Thr Thr Glu Leu Arg
115 120 125
Asp Lys Lys Gln Lys Val Tyr Ser Leu Phe Tyr Arg Leu Asp Val Val
130 135 140
Gln Ile Asn Glu Asn Gln Gly Asn Arg Ser Asn Asn Ser Asn Lys Glu
145 150 155 160
Tyr Arg Leu Ile Asn Cys Asn Thr Ser Ala Ile Thr Gln Ala Cys Pro
165 170 175
Lys Val Ser Phe Glu Pro Ile Pro Ile His Tyr Cys Ala Pro Ala Gly
180 185 190
Phe Ala Ile Leu Lys Cys Lys Asp Lys Lys Phe Asn Gly Thr Gly Pro
195 200 205
Cys Pro Ser Val Ser Thr Val Gln Cys Thr His Gly Ile Lys Pro Val
210 215 220
Val Ser Thr Gln Leu Leu Leu Asn Gly Ser Leu Ala Glu Glu Glu Val
225 230 235 240
Met Ile Arg Ser Glu Asn Ile Thr Asn Asn Ala Lys Asn Ile Leu Val
245 250 255
Gln Phe Asn Thr Pro Val Gln Ile Asn Cys Thr Arg Pro Asn Asn Asn
260 265 270
Thr Arg Lys Ser Ile Arg Ile Gly Pro Gly Gln Ala Phe Tyr Ala Thr
275 280 285
Gly Asp Ile Ile Gly Asp Ile Arg Gln Ala His Cys Asn Val Ser Lys
290 295 300
Ala Thr Trp Asn Glu Thr Leu Gly Lys Val Val Lys Gln Leu Arg Lys
305 310 315 320
His Phe Gly Asn Asn Thr Ile Ile Arg Phe Ala Asn Ser Ser Gly Gly
325 330 335
Asp Leu Glu Val Thr Thr His Ser Phe Asn Cys Gly Gly Glu Phe Phe
340 345 350
Tyr Cys Asn Thr Ser Gly Leu Phe Asn Ser Thr Trp Ile Ser Asn Thr
355 360 365
Ser Val Gln Gly Ser Asn Ser Thr Gly Ser Asn Asp Ser Ile Thr Leu
370 375 380
Pro Cys Arg Ile Lys Gln Ile Ile Asn Met Trp Gln Arg Ile Gly Gln
385 390 395 400
Ala Met Tyr Ala Pro Pro Ile Gln Gly Val Ile Arg Cys Val Ser Asn
405 410 415
Ile Thr Gly Leu Ile Leu Thr Arg Asp Gly Gly Ser Thr Asn Ser Thr
420 425 430
Thr Glu Thr Phe Arg Pro Gly Gly Gly Asp Met Arg Asp Asn Trp Arg
435 440 445
Ser Glu Leu Tyr Lys Tyr Lys Val Val Lys Ile Glu Pro Leu Gly Val
450 455 460
Ala Pro Thr Arg Cys Lys Arg Arg Val Val Gly Arg Arg Arg Arg Arg
465 470 475 480
Arg Ala Val Gly Ile Gly Ala Val Phe Leu Gly Phe Leu Gly Ala Ala
485 490 495
Gly Ser Thr Met Gly Ala Ala Ser Met Thr Leu Thr Val Gln Ala Arg
500 505 510
Asn Leu Leu Ser Gly Ile Val Gln Gln Gln Ser Asn Leu Leu Arg Ala
515 520 525
Pro Glu Ala Gln Gln His Leu Leu Lys Leu Thr Val Trp Gly Ile Lys
530 535 540
Gln Leu Gln Ala Arg Val Leu Ala Val Glu Arg Tyr Leu Arg Asp Gln
545 550 555 560
Gln Leu Leu Gly Ile Trp Gly Cys Ser Gly Lys Leu Ile Cys Cys Thr
565 570 575
Asn Val Pro Trp Asn Ser Ser Trp Ser Asn Arg Asn Leu Ser Glu Ile
580 585 590
Trp Asp Asn Met Thr Trp Leu Gln Trp Asp Lys Glu Ile Ser Asn Tyr
595 600 605
Thr Gln Ile Ile Tyr Gly Leu Leu Glu Glu Ser Gln Asn Gln Gln Glu
610 615 620
Lys Asn Glu Gln Asp Leu Leu Ala Leu Asp
625 630
<210> 114
<211> 666
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 重组产生的多肽
<400> 114
Met Asp Ala Met Lys Arg Gly Leu Cys Cys Val Leu Leu Leu Cys Gly
1 5 10 15
Ala Val Phe Val Ser Pro Ser Gln Glu Ile His Ala Arg Phe Arg Arg
20 25 30
Ala Glu Asn Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys
35 40 45
Asp Ala Glu Thr Thr Leu Phe Cys Ala Ser Asp Ala Lys Ala Tyr Glu
50 55 60
Thr Glu Lys His Asn Val Trp Ala Thr His Ala Cys Val Pro Thr Asp
65 70 75 80
Pro Asn Pro Gln Glu Ile His Leu Glu Asn Val Thr Glu Glu Phe Asn
85 90 95
Met Trp Lys Asn Asn Met Val Glu Gln Met His Thr Asp Ile Ile Ser
100 105 110
Leu Trp Asp Gln Ser Leu Lys Pro Cys Val Lys Leu Thr Pro Leu Cys
115 120 125
Val Thr Leu Gln Cys Thr Asn Val Thr Asn Asn Ile Thr Asp Asp Met
130 135 140
Arg Gly Glu Leu Lys Asn Cys Ser Phe Asn Met Thr Thr Glu Leu Arg
145 150 155 160
Asp Lys Lys Gln Lys Val Tyr Ser Leu Phe Tyr Arg Leu Asp Val Val
165 170 175
Gln Ile Asn Glu Asn Gln Gly Asn Arg Ser Asn Asn Ser Asn Lys Glu
180 185 190
Tyr Arg Leu Ile Asn Cys Asn Thr Ser Ala Ile Thr Gln Ala Cys Pro
195 200 205
Lys Val Ser Phe Glu Pro Ile Pro Ile His Tyr Cys Ala Pro Ala Gly
210 215 220
Phe Ala Ile Leu Lys Cys Lys Asp Lys Lys Phe Asn Gly Thr Gly Pro
225 230 235 240
Cys Pro Ser Val Ser Thr Val Gln Cys Thr His Gly Ile Lys Pro Val
245 250 255
Val Ser Thr Gln Leu Leu Leu Asn Gly Ser Leu Ala Glu Glu Glu Val
260 265 270
Met Ile Arg Ser Glu Asn Ile Thr Asn Asn Ala Lys Asn Ile Leu Val
275 280 285
Gln Phe Asn Thr Pro Val Gln Ile Asn Cys Thr Arg Pro Asn Asn Asn
290 295 300
Thr Arg Lys Ser Ile Arg Ile Gly Pro Gly Gln Ala Phe Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Gly Asp Ile Ile Gly Asp Ile Arg Gln Ala His Cys Asn Val Ser Lys
325 330 335
Ala Thr Trp Asn Glu Thr Leu Gly Lys Val Val Lys Gln Leu Arg Lys
340 345 350
His Phe Gly Asn Asn Thr Ile Ile Arg Phe Ala Asn Ser Ser Gly Gly
355 360 365
Asp Leu Glu Val Thr Thr His Ser Phe Asn Cys Gly Gly Glu Phe Phe
370 375 380
Tyr Cys Asn Thr Ser Gly Leu Phe Asn Ser Thr Trp Ile Ser Asn Thr
385 390 395 400
Ser Val Gln Gly Ser Asn Ser Thr Gly Ser Asn Asp Ser Ile Thr Leu
405 410 415
Pro Cys Arg Ile Lys Gln Ile Ile Asn Met Trp Gln Arg Ile Gly Gln
420 425 430
Ala Met Tyr Ala Pro Pro Ile Gln Gly Val Ile Arg Cys Val Ser Asn
435 440 445
Ile Thr Gly Leu Ile Leu Thr Arg Asp Gly Gly Ser Thr Asn Ser Thr
450 455 460
Thr Glu Thr Phe Arg Pro Gly Gly Gly Asp Met Arg Asp Asn Trp Arg
465 470 475 480
Ser Glu Leu Tyr Lys Tyr Lys Val Val Lys Ile Glu Pro Leu Gly Val
485 490 495
Ala Pro Thr Arg Cys Lys Arg Arg Val Val Gly Arg Arg Arg Arg Arg
500 505 510
Arg Ala Val Gly Ile Gly Ala Val Phe Leu Gly Phe Leu Gly Ala Ala
515 520 525
Gly Ser Thr Met Gly Ala Ala Ser Met Thr Leu Thr Val Gln Ala Arg
530 535 540
Asn Leu Leu Ser Gly Ile Val Gln Gln Gln Ser Asn Leu Leu Arg Ala
545 550 555 560
Pro Glu Ala Gln Gln His Leu Leu Lys Leu Thr Val Trp Gly Ile Lys
565 570 575
Gln Leu Gln Ala Arg Val Leu Ala Val Glu Arg Tyr Leu Arg Asp Gln
580 585 590
Gln Leu Leu Gly Ile Trp Gly Cys Ser Gly Lys Leu Ile Cys Cys Thr
595 600 605
Asn Val Pro Trp Asn Ser Ser Trp Ser Asn Arg Asn Leu Ser Glu Ile
610 615 620
Trp Asp Asn Met Thr Trp Leu Gln Trp Asp Lys Glu Ile Ser Asn Tyr
625 630 635 640
Thr Gln Ile Ile Tyr Gly Leu Leu Glu Glu Ser Gln Asn Gln Gln Glu
645 650 655
Lys Asn Glu Gln Asp Leu Leu Ala Leu Asp
660 665

Claims (107)

1.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合HIV gp120，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH和VL，其中所述VH包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3，并且所述VL包含VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3，其中
a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO 96的序列；
d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列；
其中所述VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。
2.如权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1包含SEQ ID NO:37；所述VH CDR2包含SEQ ID NO:38或39的序列；所述VH CDR3包含31-35的序列；所述VL CDR1包含SEQ ID NO:41-44的序列；所述VL CDR2包含SEQ ID NO:45或46的序列；且/或所述VLCDR3包含SEQ ID NO:30的序列。
3.如权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其中
a)所述VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3分别包含SEQ ID NO:37、38和31的序列；SEQ IDNO:37、38和32的序列；SEQ ID NO:37、38和33的序列；SEQ ID NO:37、38和34的序列；SEQ IDNO:37、38和35的序列；以及SEQ ID NO:37、39和31的序列；且/或
b)所述VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:41、45和30的序列；分别包含SEQ IDNO:43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:44、45和30的序列。
4.如权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3分别包含SEQ ID NO:36、38、29、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:36、38、29、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、41、46和30的序列；分别包含SEQID NO:37、38、31、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、31、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、32、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、41、45和30的序列；分别包含SEQID NO:37、38、33、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、33、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、34、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、38、35、43、46和30的序列；分别包含SEQID NO:37、38、35、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、31、44、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、40、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、41、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、42、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、41、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、43、45和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、43、46和30的序列；分别包含SEQ ID NO:37、39、34、44、45和30的序列。
5.如权利要求1至4中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH还包含VHFR1、VH FR2、VH FR3和VH FR4，其中
(i)所述VH FR1包含SEQ ID NO:100的序列；
(ii)所述VH FR2包含SEQ ID NO:101的序列；
(iii)所述VH FR3包含SEQ ID NO:102的序列；且/或
(iv)所述VH FR4包含SEQ ID NO:104的序列。
6.如权利要求5所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH FR1包含SEQ ID NO:47-53的序列；所述VH FR2包含SEQ ID NO:54-57的序列；所述VH FR3包含SEQ ID NO:58-65的序列；且/或所述VH FR4包含SEQ ID NO:66的序列。
7.如权利要求5所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH FR1、VH FR2、VH FR3和VHFR4分别包含SEQ ID NO:47、54、58和66的序列；分别包含SEQ ID NO:48、55、59和66的序列；分别包含SEQ ID NO:49、56、60和66的序列；分别包含SEQ ID NO:50、55、61和66的序列；分别包含SEQ ID NO:51、55、62和66的序列；分别包含SEQ ID NO:52、56、63和66的序列；分别包含SEQ ID NO:50、54、59和66的序列；分别包含SEQ ID NO:53、55、64和66的序列；分别包含SEQ ID NO:52、55、65和66的序列；分别包含SEQ ID NO:53、57、61和66的序列；分别包含SEQ ID NO:51、55、59和66的序列。
8.如权利要求1至7中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL还包含VLFR1、VL FR2、VL FR3和VL FR4，其中
(i)所述VL FR1包含SEQ ID NO:104的序列；
(ii)所述VL FR2包含SEQ ID NO:105的序列；
(iii)所述VL FR3包含SEQ ID NO:106的序列；且/或
(iv)所述VL FR4包含SEQ ID NO:107的序列。
9.如权利要求8所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL FR1包含SEQ ID NO:67-74的序列；所述VL FR2包含SEQ ID NO:75-81的序列；所述VL FR3包含SEQ ID NO:82-92的序列；且/或所述VL FR4包含SEQ ID NO:93的序列。
10.如权利要求9所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL FR1、VL FR2、VL FR3和VLFR4分别包含SEQ ID NO:67、75、82和93的序列；分别包含SEQ ID NO:68、76、83和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、77、84和93的序列；分别包含SEQ ID NO:70、78、85和93的序列；分别包含SEQ ID NO:71、79、86和93的序列；分别包含SEQ ID NO:72、80、87和93的序列；分别包含SEQ ID NO:68、76、88和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、78、89和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、79、89和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、80、90和93的序列；分别包含SEQ ID NO:73、80、91和93的序列；分别包含SEQ ID NO:68、80、88和93的序列；分别包含SEQID NO:74、79、88和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、78、92和93的序列；分别包含SEQ IDNO:74、76、91和93的序列；分别包含SEQ ID NO:74、80、91和93的序列；分别包含SEQ ID NO:69、81、85和93的序列。
11.如权利要求1至10中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H处的G和H85处的81E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
12.如权利要求11所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
13.如权利要求12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
14.如权利要求12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
15.如权利要求12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
16.如权利要求12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
17.如权利要求12所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q和H85处的E，其中所述VH框架的残基根据Kabat编号。
18.如权利要求1至17中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH与SEQ IDNO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
19.如权利要求1至17中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH与SEQ IDNO:3-12具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
20.如权利要求1至18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
21.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
22.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
23.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
24.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
25.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
26.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
27.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
28.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E、L68处的E，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
29.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含以下中的一个或多个：L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
30.如权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL框架区包含L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R，其中所述VL框架的残基根据Kabat编号。
31.如权利要求1至30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL与SEQ IDNO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
32.如权利要求1至30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL与SEQ IDNO:13-28具有至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约90％或至少约95％的序列同一性。
33.如权利要求1至32中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含SEQ IDNO:13-28。
34.如权利要求1至33中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQ IDNO:3-12。
35.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、VL CDR3以及VH和VL框架区，其中
a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO:96的序列；
d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列；
并且其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VH和VL框架的残基根据Kabat编号。
36.如权利要求35所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
37.如权利要求35所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H39处的Q、H46处的E、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
38.如权利要求35所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H85处的E、L49处的D、L53处的E或D、L68处的E或R。
39.如权利要求35所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L26处的D、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A。
40.如权利要求35所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L9处的L、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
41.如权利要求35所述的抗体或抗原结合片段，其中所述VH和VL框架区包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H39处的Q、H85处的E、L2处的I、L9处的L、L48处的L、L53处的E和L68处的E。
42.如权利要求35至41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12的氨基酸序列。
43.如权利要求35至42中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含SEQID NO:13-28的氨基酸序列。
44.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含与SEQID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VH和与SEQID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VL，其中
(i)所述VH包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
45.如权利要求44所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(i)所述VH包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
46.如权利要求44所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(i)所述VH包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；并且
(ii)所述VL包含L49处的D、L53处的E或D、和L68处的E或R，其中所述VL残基根据Kabat编号。
47.如权利要求44至46中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中
(a)所述VH CDR1包含SEQ ID NO:94的序列；
(b)所述VH CDR2包含SEQ ID NO:95的序列；
(c)所述VH CDR3包含SEQ ID NO:96的序列；
(d)所述VL CDR1包含SEQ ID NO:97的序列；
(e)所述VL CDR2包含SEQ ID NO:98的序列；并且
(f)所述VL CDR3包含SEQ ID NO:99的序列。
48.如权利要求44至47中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12的氨基酸序列。
49.如权利要求44至48中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含SEQID NO:13-28的氨基酸序列。
50.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含与SEQID NO:1具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VH和与SEQID NO:2具有至少约70％、至少约75％、至少约80％或至少约90％序列同一性的VL，其中所述VH包含以下中的一个或多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号。
51.如权利要求50所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含以下中的两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个或者五个或更多个：H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、H66处的D、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A。
52.如权利要求50所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H85处的E和H104处的A。
53.如权利要求50所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H85处的E、H100H处的E和H104处的A。
54.如权利要求50至53中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
55.如权利要求54所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L49处的D、L53处的E或D和L68处的E或R。
56.如权利要求54所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L26处的D、L27C处的Q、L53处的E、L68处的R、L76处的D和L80处的A。
57.如权利要求54所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L9处的L、L27处的Q、L53处的E、L68处的R、L74处的S、L76处的D和L80处的A。
58.如权利要求54所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含以下中的一个或多个：L2处的I、L9处的L、L27C处的Q、L48处的L、L53处的E和L68处的E。
59.如权利要求50至58中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含VHCDR3，其包含SEQ ID NO:96的序列。
60.如权利要求50至59中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含
(a)VH CDR1，其包含SEQ ID NO:94的序列；
(b)VH CDR2，其包含SEQ ID NO:95的序列；和
(c)VH CDR3，其包含SEQ ID NO:96的序列。
61.如权利要求50至60中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL包含
(a)VL CDR1，其包含SEQ ID NO:97的序列；
(b)VL CDR2，其包含SEQ ID NO:98的序列；和
(c)VL CDR3，其包含SEQ ID NO:99的序列。
62.如权利要求50至61中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VL是SEQ IDNO:13-28。
63.如权利要求50至62中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH包含SEQID NO:3-12。
64.如权利要求1至63中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3中的至少一个包含与PGDM1400抗体的对应CDR不同的氨基酸序列。
65.如权利要求1至64中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其不是PGDM1400或其抗原结合片段。
66.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含
(i)VH，其包含SEQ ID NO:3-12的氨基酸序列；和
(ii)VL，其包含SEQ ID NO:13-28的氨基酸序列。
67.一种抗体或其抗原结合片段，其能够结合至HIV gp120，其中所述抗体包含
(i)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的VL；
(ii)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的VL；或
(iii)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的VH和包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的VL。
68.如权利要求1至67中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够与PGDM1400竞争结合至HIV gp120。
69.如权利要求1至67中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其与PGDM1400结合至HIV gp120的相同表位。
70.如权利要求1至69中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述HIV gp120是BG505 gp120。
71.如权利要求1至70中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其是广泛中和抗体。
72.如权利要求1至70中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和至少两个交叉进化枝的HIV分离株。
73.如权利要求1至70中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和116个成员的指示病毒面板中的至少约50％、60％、70％、80％、90％或100％的交叉进化枝HIV分离株。
74.如权利要求1至70中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其能够中和30个成员的指示病毒面板中的至少约50％、60％、70％、80％、90％或100％的交叉进化枝PGDM1400抗性HIV分离株。
75.如权利要求72至74中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体或其抗原结合片段能够以等于或小于约0.1μg/ml、0.05μg/ml、0.025μg/ml、0.01μg/ml或0.005μg/ml的中位IC50中和所述交叉进化枝HIV分离株。
76.如权利要求1至75中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是重组抗体、嵌合抗体、双特异性抗体或三特异性抗体。
77.如权利要求1至75中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是双特异性抗体。
78.如权利要求1至75中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体是三特异性抗体。
79.如权利要求1至78中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述抗体片段包含单链Fv(scFv)、F(ab)片段、F(ab')2片段或分离的VH结构域。
80.如权利要求1至79中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其还包含重链和/或轻链恒定区。
81.如权利要求1至80中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其还包含人重链和/或轻链恒定区。
82.如权利要求81所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区是人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2恒定区。
83.如权利要求80至82中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区包含天然氨基酸序列。
84.如权利要求80至82中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中所述重链恒定区包含变异氨基酸序列。
85.一种药物组合物，其包含如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
86.一种分离的多核苷酸，其编码如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
87.如权利要求86所述的分离的多核苷酸，其是DNA。
88.如权利要求86所述的分离的多核苷酸，其是mRNA。
89.如权利要求88所述的分离的多核苷酸，其中所述mRNA包含修饰的核苷酸。
90.一种分离的载体，其包含如权利要求86所述的多核苷酸。
91.如权利要求90所述的分离的载体，其中所述载体是病毒载体。
92.一种重组病毒，其包含如权利要求86所述的多核苷酸。
93.如权利要求92所述的重组病毒，其是重组腺相关病毒(AAV)。
94.一种宿主细胞，其包含如权利要求86所述的多核苷酸或如权利要求92所述的载体。
95.如权利要求94所述的宿主细胞，其是大肠杆菌、假单胞菌、芽孢杆菌、链霉菌、酵母、CHO、YB/20、NS0、PER-C6、HEK-293T、NIH-3T3、HeLa、BHK、Hep G2、SP2/0、R1.1、B-W、L-M、COS1、COS 7、BSC1、BSC40、BMT10细胞、植物细胞、昆虫细胞或组织培养中的人细胞。
96.一种产生如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的方法，其包括培养如权利要求94或权利要求95所述的宿主细胞以便表达所述抗体或其抗原结合片段并且产生所述抗体或其抗原结合片段。
97.一种中和HIV病毒的方法，其包括使所述病毒与足量的如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段接触。
98.一种降低暴露于HIV的受试者的HIV感染可能性的方法，其包括向所述受试者施用治疗足量的如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
99.一种治疗HIV/AIDS的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗足量的如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
100.一种降低病毒载量的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗足量的如权利要求1至84中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
101.如权利要求98至100所述的方法，其中向所述受试者的施用是通过选自以下的至少一种方式：经口、肠胃外、皮下、肌肉内、静脉内、阴道、直肠、口颊、舌下和经皮。
102.如权利要求98至101中任一项所述的方法，其还包括施用至少一种另外的治疗剂。
103.如权利要求102所述的方法，其中所述另外的治疗剂是抗逆转录病毒剂、储库激活剂或第二抗体。
104.如权利要求102所述的方法，其中所述另外的治疗剂包含一种广泛中和抗体。
105.如权利要求102所述的方法，其中所述另外的治疗剂包含两种广泛中和抗体。
106.如权利要求102所述的方法，其中所述另外的治疗剂包含三种广泛中和抗体。
107.一种产生PGDM1400工程化变体的方法，其包括：
(i)将PGDM1400 VH的一个或多个氨基酸残基取代为H2处的A、H3处的Q、H5处的V、H9处的A、H16处的A、H24处的N、H30处的T、H39处的Q、H46处的E、H54处的Q、H56处的E、H58处的A、H60处的K、H62-H64处的QGR、D在H66、H81处的G、H85处的E、H100H处的E、H100M处的E、H100N处的Y、H100P处的E和H104处的A，其中所述VH残基根据Kabat编号；和/或
(ii)将PGDM1400 VL的一个或多个氨基酸残基取代为L2处的I、L9处的L、L18处的P、L26处的D、L27处的Q、L27C处的Q或L、L37处的L、L42处的K或Q、L48处的L、L49处的D、L51处的G、L53处的E或D、L68处的E或R、L74处的S、L76处的D和L80处的A，其中所述VL残基根据Kabat编号。
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