CN114664390A - 交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统 - Google Patents
交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统 Download PDFInfo
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Abstract
本发明实施例公开了一种交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统,所述方法包括:获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。该方法和系统解决了现有技术中交联的时间效率相对较低的问题。
Description
技术领域
本发明涉及人工智能技术领域,具体涉及一种交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统,尤其涉及一种基于分子动力学的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统。
背景技术
目前,在对乙烯基树脂等交联聚合物进行模拟生成时,多采用以下技术手段:
其一,可采用基于Material Studio软件的脚本,通过调用MaterialStudio中成键的功能,来实现树脂的交联过程。但是,该种方法所能操作的体系一般较小,一般盒子大小约为3nm左右。但是对于交联聚合物构成的体系来说,体系过小,热扰动会增大,进而会影响到其后性质的预测,而这个热扰动是跟原子数目的平方根成反相关的,所以体系越大,估算的值会越准确。但是如果体系变大,该方法对体系的交联所需要的时间过长。交联聚合物
其二,可采用基于反应力场的方法实现交联。但是,反应力场目前受限于体系力场参数复杂,以及其在进行交联过程时的运算效率很低,也导致其很难交联较大的体系。
可见,现有技术中,对于复杂交联聚合物的空间网状结构建模存在以下问题:
1)针对性过强,无法对其他体系进行交联;
2)交联的时间效率相对较低,交联的体系则相对较小;
3)未有操作简单,成熟的工作流能自动化实现针对多种不同体系进行交联。
发明内容
为此,本发明实施例提供一种交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统交联聚合物,以至少部分解决上述问题。
为了实现上述目的,本发明实施例提供如下技术方案:
一种交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,所述方法包括:
获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;
对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;
基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
进一步地,获取多个单体分子,具体包括:
基于MaxFlow平台构建单体分子,并对所述单体分子中的目标原子进行差异化命名。
进一步地,预先设定的交联参数包括系统设置信息、分子信息和反应信息。
进一步地,基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,具体包括:
利用截断半径法搜索所述混合体系中的所有目标原子对;
将各所述目标原子对分别生成化学键,以得到若干化学键;同时更新相关的角,二面角的拓扑参数以及关联原子的电荷;
对所述混合体系中的所有所述初始结构进行分步结构弛豫和动力学弛豫处理,以对所述初始结构进行交联。
进一步地,预先设定所述分子信息,具体包括:
确定分子名称;
标记反应位点对应的所有目标原子;
在所有目标原子中标记头尾原子的性质;
标记各所述目标原子的配位数。
进一步地,利用截断半径法搜索所述初始结构中的所有目标原子对,具体包括:
响应于用户输入的反应机理,收集所有可能发生反应的目标原子的位点,并计算每两个目标原子组成的原子对之间的距离;
提取所述距离小于预设截断半径的原子对,并对所述原子对进行成环检查。
进一步地,提取所述距离小于预设截断半径的原子对时,若同一个原子与多个原子组成了原子对,则提取所有原子对中距离最小的原子对;
若设置有头尾原子,则提取带有头尾原子的原子对;
若所述初始结构中具有多个化学反应,则将0-1之间的随机数分配给每一个原子对,当原子对的随机数小于预设数值,则提取该原子对。
本发明还提供一种交联聚合物空间网状结构模拟生成系统,所述系统包括:
混合体系创建单元,用于获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;
分子动力学弛豫单元,用于对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;
交联聚合物生成单元,用于基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
本发明还提供一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序,所述处理器执行所述程序时实现如上所述方法的步骤。
本发明还提供一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现如上所述方法的步骤。
本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统所针对的是更通用的体系,该方法针对单体之间通过双键之间的自由基聚合反应形成的空间网状结构的体系,进行交联,交联效率更高的,可以对更大的乙烯基树脂体系进行交联。在操作过程,通过简单的单体分子的准备以及参数输入,即可通过该工作流获得对应系统的交联网状结构,以及结构对应的力场。通过该结构文件以及对应的力场文件,可直接用其进行后续的其他性质的分析。此方法具有操作简单、交联效率高、交联度可控以及可针对体系较为通用的特点。
附图说明
为了更清楚地说明本发明的实施方式或现有技术中的技术方案,下面将对实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。显而易见地,下面描述中的附图仅仅是示例性的,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据提供的附图引伸获得其它的实施附图。
本说明书所绘示的结构、比例、大小等,均仅用以配合说明书所揭示的内容,以供熟悉此技术的人士了解与阅读,并非用以限定本发明可实施的限定条件,故不具技术上的实质意义,任何结构的修饰、比例关系的改变或大小的调整,在不影响本发明所能产生的功效及所能达成的目的下,均应仍落在本发明所揭示的技术内容得能涵盖的范围内。
图1为本发明所提供的基于分子动力学的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法一种具体实施方式的流程图;
图2为交联过程的流程图;
图3为一个实施例中单体分子的结构图;
图4为图3所示实施例的工作流示意图;
图5为图3所示实施例中交联参数图表;
图6为图3所示实施例中交联效果示意图;
图7为本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成系统一种具体实施方式的结构框图;
图8为本发明所提供的一种计算机设备的结构框图。
具体实施方式
以下由特定的具体实施例说明本发明的实施方式,熟悉此技术的人士可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点及功效,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
为了解决现有交联方法针对性过强,无法对其他体系进行交联,且交联的时间效率相对较低的问题,本发明提供了一种交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统,该方法的整体工作流程包含分子设计、初始化混合体系、力场分配、平衡混合体系和交联过程,方法的实施基于分子动力学模拟平台,本实施例以MaxFlow平台为例。
请参考图1,图1为本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法一种具体实施方式的流程图。
在一种具体实施方式中,如图1所示,本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法包括以下步骤:
S101:获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同。
理论上,可通过平台构建单体分子,也可以通过用户输入的方式获取单体分子。
在一些实施例中,获取多个单体分子,具体包括:
基于MaxFlow平台构建单体分子,并对所述单体分子中的目标原子进行差异化命名。
具体地,在进行分子构建时,可通过MaxFlow平台中的结构构建进行单体分子的设计,并最终保存成mxf, pdb或mol2文件。在构建分子的过程中,需要对参与反应的目标原子进行命名,使其与其他原子的名称不同。后续交联的参数设置时,在输入反应机理的时候,需用到这些特殊的目标原子的名称。
在单体分子构建完成后,需要对得到的大量单体分子进行混合,以完成初始化混合体系。
具体地,通过在MaxFlow数据库中选择构建好的单体分子或者上传单体分子,并确定各类单体分子的数目。利用MaxFlow平台中的无序模型构建功能将对应数目的不同分子进行混合,即可完成对混合体系的构建。在实际场景中,用户可以选择生成多个体系,不同体系之间的分子数目和种类是一致,但是分子在体系中的位置不同,称这几个体系为复制体。这些复制体即为初始结构,所有的初始结构最终都会按照用户设定的参数进行交联,并最终提供交联后的网状结构。以下步骤的描述都是针对单一初始结构的,其他初始结构都将重复相同的步骤,不再重复描述。
S102:对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫。具体地,MaxFlow平台支持多种力场类型,如Team,gmx43a1, oplsaa, GAFF,amber03等,用户可以通过自己的需求进行选择。选择好后,利用MaxFlow平台中的力场分配组件即可对以上混合体系进行力场分配。
在完成单体分子获取和力场分配后,MaxFlow平台通过GROMACS/LAMMPS动力学组件中的结构弛豫和分子动力学弛豫对混合体系进行平衡。其中,弛豫可选择NPT系综,温度为400K,压力为一个大气压,步长为1fs,总模拟时间为2-5ns。也可根据实际需要进行选择,温度高可让体系更好更快的进行混合,因此一般不采用常温300K。
S103:基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
在交联过程中,首先需要设定基本的交联参数,预先设定的交联参数包括系统设置信息、分子信息和反应信息。
其中,系统设置信息包括初始截断半径、目标交联率、CPU/GPU以及使用CPU/GPU数量;其中,初始截断半径设定是指每次搜索化学键时候的初始截断半径,目标交联率是指用户设置的希望达到的交联转化率,CPU/GPU是指交联过程中涉及到的动力学计算使用的计算方法,使用CPU/GPU数量是指计算所需要的核数。
进一步地,预先设定所述分子信息,具体包括以下步骤:
确定分子名称;
标记反应位点对应的所有目标原子,即建模时候的反应位点所对应的特殊原子的名称,应当理解的是,该特殊原子即为目标原子;
在所有目标原子中标记头尾原子的性质,如果真实反应需要区分头尾原子,则对每个反应原子标记出来头尾性质;
标记各所述目标原子的配位数,对于双键分子,未反应时,目标原子为不饱和原子,反应后变为饱和,因此需要确定在发生反应后,目标原子的饱和度为多少。
在设定反应信息时,首先生成化学键,记录化学反应机理。例如,有两个单体分子A和B,其混合体系中可能发生反应有A + A, A + B, B + B,则反应信息为:
A + A + 0.2 (kAA)
A + B + 0.6 (kAB)
B + B + 0.2 (kBB)
其中,0.2、0.6和0.2为反应比率RP,kAB为反应速率RV。则RP和RV的
关系为:
其中, 表示以A+A单体分子构成的混合体系的反应比率; 表示以A+B单体分子构成的混合体系的反应比率;表示以B+B单体分子构成的混合体系的反应比率;表示以A+A单体分子构成的混合体系的反应速率; 表示以A+B单体分子构成的混合体系的反应速率;表示以B+B单体分子构成的混合体系的反应速率。
通过实验可以得到反应速率RV或者相对反应速率,即可转化为RP。
在一些实施例中,如图2所示,基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,具体包括以下步骤:
S201:利用截断半径法搜索所述混合体系中的所有目标原子对。
S202:将各所述目标原子对分别生成化学键,以得到若干化学键,同时更新相关的角,二面角的拓扑参数以及关联原子的电荷;将步骤S201所搜索到的原子对生成化学键。对于双键反应来说,双键将变成单键,相邻原子通过加氢满足其饱和度。原子对之间生成新的化学键,对应的初始结构和力场也同步进行更新。
S203:对所述混合体系进行结构弛豫和分子动力学弛豫处理,以对所述混合体系进行交联。对体系进行多步法的结构弛豫和分子动力学弛豫处理时,由于同一时间生成了很多化学键,体系结构可能不稳定,所以通过多步法逐步进行动力学弛豫。对于新生成的化学键,将对应的键、角、二面角的弹簧系数,按照0.01、 0.1、1的比例,对应的平衡角度按照100、10、1的比例逐步进行能量最小化和动力学弛豫处理。
重复步骤S201-S203,如果达到了用户预先设置的目标交联转化率,则交联结束。
其中,利用截断半径法搜索所述混合体系中的所有目标原子对,具体包括:
响应于用户输入的反应机理,收集所有可能发生反应的目标原子的位点,并计算每两个目标原子组成的原子对之间的距离。具体地,通过用户输入的反应机理,收集所有可能发生反应的位点,并计算其两两原子对之间的距离。在计算距离的时候,考虑(1)周期性边界条件;(2)如果两两原子间是存在环状结构如五元环或六元环,苯环,则不考虑这两个原子之间成键。
提取所述距离小于预设截断半径的原子对,并对所述原子对进行成环检查。在所有的原子对中超过当前的截断半径的,则认为是不会发生反应,将原子对之间的距离小于截断半径的留下。最终每个原子对都会进行是否成环的检查。原子对之间的键应该避免形成以下的环状结构(1)同一分子内部不能形成环;(2)两个分子不能形成环(3)分子链不能形成环。
进一步地,提取所述距离小于预设截断半径的原子对时:
若同一个原子与多个原子组成了原子对,则提取所有原子对中距离最小的原子对;也就是说,如果同一个原子与多个原子组成了原子对,则只留下距离最小的原子对。
若设置有头尾原子,则提取带有头尾原子的原子对;也就是说,如果用户设置了考虑反应的头尾原子,则只有头尾原子才可能成键留下,其他的原子对不可能成键。
若所述混合体系中具有多个化学反应,则将0-1之间的随机数分配给每一个原子对,当原子对的随机数小于预设数值,则提取该原子对。也就是说,当体系出现多个化学反应的时候,需要考虑到不同反应之间的相对反应速率的影响。将一个在0-1之间的随机数分配给每一个原子对,根据用户在反应机理参数中设置的反应速率值。可以将其转化成一个数值,同相同反应类型的原子对进行比较,如果原子对的随机数小于用户设置的,则认为可以成键留下。否则认为不可反应。
通过对原子对和是否成环情况的检查,如果有原子对存在,则继续步骤S202,否则将增加截断半径,重复对原子对和是否成环情况的检查步骤。如果截断半径超过了体系边长的一半,则认为无法找到可反应的原子,交联结束,生成报告。如果成功找到化学键,则继续步骤S202。
在上述具体实施方式中,本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法和系统所针对的是更通用的体系,该方法针对单体之间通过双键之间的自由基聚合反应形成的空间网状结构的体系,进行交联,交联效率更高的,可以对更大的乙烯基树脂体系进行交联。在操作过程,通过简单的单体分子的准备以及参数输入,即可通过该工作流获得对应系统的交联网状结构,以及结构对应的力场。通过该结构文件以及对应的力场文件,可直接用其进行后续的其他性质的分析。此方法具有操作简单、交联效率高、交联度可控以及可针对体系较为通用的特点。
为了便于对上述技术效果进行验证,下面提供一个实施例。
以环氧乙烯基酯树脂Derakane 441为例,混合体系中含有如图3所示的三种分子,其中任何一个分子都可以和其他两种分子以及他自身发生反应。所以一共涉及以下反应,通过实验中获取的相对反应速率RV计算得到:
VE1 + VE1 + 0.13
VE2 + VE2 + 0.13
VE1 + VE2 + 0.13
VE1 + ST + 0.63
VE2 + ST + 0.63
ST + ST + 0.23
其中,VE1、VE2、ST均为分子的名字,可对应图5所示。得到以上信息后,如图4在MaxFlow中搭建工作流;如图5所示,将以上反应数据填入到MaxFlow交联组件的参数中;最终得到如图6所示的结果。
如图6所示,展示了交联率从18%到91%的交联过程体系结构的变化,体系最终得到交联率为91%的空间网状结构,满足最开始设定的90%的交联率。同时交联过程中每一个对应交联程度下生成的空间网状结构都可以得到并显示。用户也可以通过下载得到每一步的结构以及对应的力场文件,可用来后续其他的动力学计算。该方法可以对更大的乙烯基树脂体系进行交联。如10-15nm的盒子包含原子数目为5万以上。用户通过简单的单体分子的准备以及参数输入,即可通过该工作流获得对应系统的交联网状结构,以及结构对应的力场。通过该结构文件以及对应的力场文件,用户可直接用其进行后续的其他性质的分析。
可见,本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,通过截断半径的方法,模拟的是化学反应中原子成键的过程,所以只要初始的结构是理想的,通过多步的截断半径搜索是可以将体系的转化率做到预期值。该方法最耗时的过程是每次成键之后的动力学过程,需要对体系进行优化,以及平衡。由于整个算法的动力学是基于GROMACS,理论上其计算体系动力学的速度是很快的,可以达到我们的预期。因此该算法是可以提高对大体系交联的效率。
除了上述方法,本发明还提供一种交联聚合物空间网状结构模拟生成系统,如图7所示,所述系统包括:
混合体系创建单元100,用于获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;
分子动力学弛豫单元200,用于对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;
交联聚合物生成单元300,用于基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
在上述具体实施方式中,本发明所提供的交联聚合物空间网状结构模拟生成系统,针对单体之间通过双键之间的自由基聚合反应形成的空间网状结构的体系,进行交联,交联效率更高的,可以对更大的乙烯基树脂体系进行交联。在操作过程,通过简单的单体分子的准备以及参数输入,即可通过该工作流获得对应系统的交联网状结构,以及结构对应的力场。通过该结构文件以及对应的力场文件,可直接用其进行后续的其他性质的分析。此系统具有操作简单、交联效率高、交联度可控以及可针对体系较为通用的特点。
在一个实施例中,提供了一种计算机设备,该计算机设备可以是服务器,其内部结构图可以如图8所示。该计算机设备包括通过系统总线连接的处理器、存储器和网络接口。其中,该计算机设备的处理器用于提供计算和控制能力。该计算机设备的存储器包括非易失性存储介质、内存储器。该非易失性存储介质存储有操作系统、计算机程序和模型预测。该内存储器为非易失性存储介质中的操作系统和计算机程序的运行提供环境。该计算机设备的模型预测用于存储静态信息和动态信息数据。该计算机设备的网络接口用于与外部的终端通过网络连接通信。该计算机程序被处理器执行时以实现上述方法实施例中的步骤。
本领域技术人员可以理解,图8中示出的结构,仅仅是与本发明方案相关的部分结构的框图,并不构成对本发明方案所应用于其上的计算机设备的限定,具体的计算机设备可以包括比图中所示更多或更少的部件,或者组合某些部件,或者具有不同的部件布置。
与上述实施例相对应的,本发明实施例还提供了一种非暂态计算机可读存储介质,该非暂态计算机可读存储介质中包含一个或多个程序指令。其中,所述一个或多个程序指令用于被一种交联聚合物空间网状结构模拟生成系统执行如上所述的方法。
本发明还提供一种计算机程序产品,所述计算机程序产品包括计算机程序,计算机程序可存储在非暂态计算机可读存储介质上,所述计算机程序被处理器执行时,计算机能够执行上述方法。
在本发明实施例中,处理器可以是一种集成电路芯片,具有信号的处理能力。处理器可以是通用处理器、数字信号处理器(Digital Signal Processor,简称DSP)、专用集成电路(Application Specific Integrated Circuit,简称ASIC)、现场可编程门阵列(FieldProgrammable Gate Array,简称FPGA)或者其他可编程逻辑器件、分立门或者晶体管逻辑器件、分立硬件组件。
可以实现或者执行本发明实施例中的公开的各方法、步骤及逻辑框图。通用处理器可以是微处理器或者该处理器也可以是任何常规的处理器等。结合本发明实施例所公开的方法的步骤可以直接体现为硬件译码处理器执行完成,或者用译码处理器中的硬件及软件模块组合执行完成。软件模块可以位于随机存储器,闪存、只读存储器,可编程只读存储器或者电可擦写可编程存储器、寄存器等本领域成熟的存储介质中。处理器读取存储介质中的信息,结合其硬件完成上述方法的步骤。
存储介质可以是存储器,例如可以是易失性存储器或非易失性存储器,或可包括易失性和非易失性存储器两者。
其中,非易失性存储器可以是只读存储器(Read-Only Memory,简称ROM)、可编程只读存储器(Programmable ROM,简称PROM)、可擦除可编程只读存储器(Erasable PROM,简称EPROM)、电可擦除可编程只读存储器(Electrically EPROM,简称EEPROM)或闪存。
易失性存储器可以是随机存取存储器(Random Access Memory,简称RAM),其用作外部高速缓存。通过示例性但不是限制性说明,许多形式的RAM可用,例如静态随机存取存储器(Static RAM,简称SRAM)、动态随机存取存储器(Dynamic RAM,简称DRAM)、同步动态随机存取存储器(Synchronous DRAM,简称SDRAM)、双倍数据速率同步动态随机存取存储器(Double Data RateSDRAM,简称DDRSDRAM)、增强型同步动态随机存取存储器(EnhancedSDRAM,简称ESDRAM)、同步连接动态随机存取存储器(Synchlink DRAM,简称SLDRAM)和直接内存总线随机存取存储器(DirectRambus RAM,简称DRRAM)。
本发明实施例描述的存储介质旨在包括但不限于这些和任意其它适合类型的存储器。
本领域技术人员应该可以意识到,在上述一个或多个示例中,本发明所描述的功能可以用硬件与软件组合来实现。当应用软件时,可以将相应功能存储在计算机可读介质中或者作为计算机可读介质上的一个或多个指令或代码进行传输。计算机可读介质包括计算机存储介质和通信介质,其中通信介质包括便于从一个地方向另一个地方传送计算机程序的任何介质。存储介质可以是通用或专用计算机能够存取的任何可用介质。
以上的具体实施方式,对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说明,所应理解的是,以上仅为本发明的具体实施方式而已,并不用于限定本发明的保护范围,凡在本发明的技术方案的基础之上,所做的任何修改、等同替换、改进等,均应包括在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种基于分子动力学的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,所述方法包括:
获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;
对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;
基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
2.根据权利要求1所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,获取多个单体分子,具体包括:
基于MaxFlow平台构建单体分子,并对所述单体分子中的目标原子进行差异化命名。
3.根据权利要求1所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,预先设定的交联参数包括系统设置信息、分子信息和反应信息。
4.根据权利要求3所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,具体包括:
利用截断半径法搜索所述混合体系中的所有目标原子对;
将各所述目标原子对分别生成化学键,以得到若干化学键;
对所述混合体系中的所有所述初始结构进行分步结构弛豫和动力学弛豫处理,以对所述初始结构进行交联。
5.根据权利要求4所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,预先设定所述分子信息,具体包括:
确定分子名称;
标记反应位点对应的所有目标原子;
在所有目标原子中标记头尾原子的性质;
标记各所述目标原子的配位数。
6.根据权利要求4所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,利用截断半径法搜索所述初始结构中的所有目标原子对,具体包括:
响应于用户输入的反应机理,收集所有可能发生反应的目标原子的位点,并计算每两个目标原子组成的原子对之间的距离;
提取所述距离小于预设截断半径的原子对,并对所述原子对进行成环检查。
7.根据权利要求6所述的交联聚合物空间网状结构模拟生成方法,其特征在于,提取所述距离小于预设截断半径的原子对时,若同一个原子与多个原子组成了原子对,则提取所有原子对中距离最小的原子对;
若设置有头尾原子,则提取带有头尾原子的原子对;
若所述初始结构中具有多个化学反应,则将0-1之间的随机数分配给每一个原子对,当原子对的随机数小于预设数值,则提取该原子对。
8.一种基于分子动力学的交联聚合物空间网状结构模拟生成系统,其特征在于,所述系统包括:
混合体系创建单元,用于获取多个单体分子,并将目标数目的所述单体分子进行混合,以得到具有多个初始结构的混合体系;其中,各所述初始结构中具有相同种类和数量的所述单体分子,且所述单体分子在各所述初始结构中的位置不同;
分子动力学弛豫单元,用于对所述混合体系依次进行力场分配和分子动力学弛豫;
交联聚合物生成单元,用于基于预先设定的交联参数,利用预设策略对所述混合体系中的所有所述初始结构进行交联,直至交联转化率达到目标交联转化率,结束交联,并得到交联聚合物空间网状结构。
9.一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述程序时实现如权利要求1至7任一项所述方法的步骤。
10.一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至7任一项所述方法的步骤。
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