CN114220482A - 跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质 - Google Patents

跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质 Download PDF

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CN114220482A
CN114220482A CN202111461943.0A CN202111461943A CN114220482A CN 114220482 A CN114220482 A CN 114220482A CN 202111461943 A CN202111461943 A CN 202111461943A CN 114220482 A CN114220482 A CN 114220482A
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Abstract

本发明涉及一种跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质。上述染色体微缺失分析的方法和装置，对父方和母方的基因测序结果进行分析，获得染色体缺失信息，根据该缺失信息分析断点位置，将参考胚胎样本测序信息与该缺失信息进行比对，选取携带型胚胎。根据父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，进行家系连锁分析，确定正常单体型，再将待测胚胎与之比对，则能准确选取出正常胚胎。该染色体微缺失的分析方法能够精确分析出染色体断点，在此基础上结合断点上游和下游的SNP位点能够准确判断胚胎的染色体缺失情况，该分析方法操作简便，结果判断准确。

Description

跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质
技术领域
本发明涉及生物信息学领域，特别是涉及一种跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质。
背景技术
胚胎植入前遗传学诊断(Preimplantation genetic diagnosis，PGD)是配合辅助生殖技术而发展起来的一门新兴诊断技术。该技术依赖于细胞活检和单细胞扩增对体外受精形成的胚胎进行遗传学检查，确定其染色体拷贝数变异情况、易位倒位情况、单基因突变情况等，排除遗传异常胚胎将正常的胚胎植入母体继续发育提高植入成功率，避免将异常染色体或单基因基因遗传给子代。
染色体微缺失是染色体异常的一种表现，但由于缺失片段小，传统检测方法的分辨率不足，导致无法对微缺失进行有效检测和精确定位，故而无法对植入前的胚胎进行精确判断其是否为微缺失携带型或正常型。
发明内容
基于此，有必要提供一种跨断点进行染色体微缺失分析的方法、装置、设备及存储介质，来精确判断胚胎植入前是否为染色体微缺失携带型。
一种跨断点进行染色体微缺失分析的方法，包括步骤：
获取父方和母方的基因测序结果；
根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息；
根据染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取目标方在目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定目标缺失区域的断点位置；
获取参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息；
根据目标方和参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎；
确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取目标方的与携带单体型不同的单体型作为其正常单体型；
获取待测胚胎在目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型；
获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
在其中一个实施例中，根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置，包括步骤：
根据参考基因组，获取该测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目；
根据匹配序列数目，校正该测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息；
以上述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序信息的断点位置。
在其中一个实施例中，父方和母方的基因测序结果为使用二代测序技术获得的高通量测序结果。
在其中一个实施例中，目标缺失区域的测序信息为Sanger测序结果。
在其中一个实施例中，在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，是指在断点位置的上游和下游各1M～2M范围内的含有多个SNP位点的区域。
一种跨断点进行染色体微缺失分析的装置，包括：
测序结果获取模块，用于获取父方和母方的基因测序结果；
缺失信息获取模块，用于根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息；
断点位置获取模块，用于根据染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取目标方在目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定目标缺失区域的断点位置；
测序信息获取模块，用于获取参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息；
携带型胚胎获取模块，用于根据目标方和参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎；
正常单体型获取模块，用于确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取目标方的与携带单体型不同的单体型作为其正常单体型；
胚胎基因型获取模块，用于获取待测胚胎在目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型；
正常胚胎获取模块，用于获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
在其中一个实施例中，上述断点位置获取模块，用于根据参考基因组，获取测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目，并根据匹配序列数目，校正测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息，并以上述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序数据的断点位置。
在其中一个实施例中，上述测序结果获取模块获取的父方和母方的基因测序结果为使用二代测序技术获得的高通量测序结果。
在其中一个实施例中，上述断点位置获取模块和信息获取模块获取的目标缺失区域的测序信息为Sanger测序结果。
在其中一个实施例中，在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，是指在断点位置的上游和下游各1M～2M范围内的含有多个SNP位点的区域。
一种计算机设备，具有处理器和存储器，存储器上存储有计算机程序，处理器执行所述计算机程序时实现上述染色体微缺失的分析方法的步骤。
一种计算机存储介质，其上存储有计算机程序，计算机程序被执行时实现上述染色体微缺失的分析方法的步骤。
上述跨断点进行染色体微缺失分析的方法和装置，对父方和母方的基因测序结果进行分析，获得染色体缺失信息，根据该缺失信息分析断点位置，将参考胚胎样本测序信息与该缺失信息进行比对，选取携带型胚胎。根据父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，进行家系连锁分析，确定正常单体型，再将待测胚胎与之比对，则能准确选取出正常胚胎。该染色体微缺失的分析方法能够精确分析出染色体断点，在此基础上结合断点上游和下游的SNP位点能够准确判断胚胎的染色体缺失情况，该分析方法操作简便，结果判断准确。
附图说明
图1为本发明一实施例的染色体微缺失的分析方法的流程示意图；
图2为本发明一实施例的染色体微缺失的分析装置的结构示意图；
图3为母方染色体断点位置计算结果；
图4为母方跨断点PCR产物的Sanger测序结果及精确定位结果；
图5为废胚1跨断点PCR产物的Sanger测序结果；
图6为废胚2跨断点PCR产物的Sanger测序结果。
具体实施方式
为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂，下面对本发明的具体实施方式做详细的说明。在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明。但是本发明能够以很多不同于在此描述的其它方式来实施，本领域技术人员可以在不违背本发明内涵的情况下做类似改进，因此本发明不受下面公开的具体实施例的限制。
除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本发明。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
本文所述的“杂合缺失”是指同源染色体中其中一条染色体存在微缺失的情况；所述的“SNP”即单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism)，是指在染色体基因组上由单个核苷酸变异(转换、颠换、插入及缺失等)所引起的DNA序列多态性，在群体中变异频率高于1％；所述“先证者”是指在家族中最先发现的具有染色体微缺失情况的个体。
如图1所示，本发明一实施例的跨断点进行染色体微缺失分析的方法包括如下步骤：
步骤S11：获取父方和母方的基因测序结果。
在一个具体示例中，父方和母方的基因测序结果为使用二代测序(NGS)获得的高通量测序结果。可以理解的是，在其他具体示例中，可以采用其他方式获取父方和母方的基因测序结果，可以是针对部分染色体或全基因组的测序结果。
步骤S12：根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息。
在一个具体示例中，当父方与母方的染色体缺失情况已知时，可以根据父方和母方中染色体缺失一方的基因测序结果，获取该方的染色体缺失信息。可以理解的是，在其他具体示例中，例如在父方与母方中至少有一方的染色体缺失情况不明时，也可以根据父方和母方两方的基因测序结果，获取染色体缺失一方或两方的缺失信息。
步骤S13：根据染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取目标方在目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定目标缺失区域的断点位置。
在一个具体示例中，根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置，包括步骤S131、步骤S132和步骤S133。
步骤S131：根据参考基因组，获取该测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目。
在其中一个具体示例中，通过BWA(Burrow-Wheeler Aligner)软件将父方和母方中其中缺失一方的测序信息与人类基因组标准序列hg19进行比对，确定测序信息在染色体上的确切位置。去除低质量的、多匹配和非完全匹配到染色体上的测序序列，确保测序信息的准确性以及序列定位的唯一性。将整个染色体划分成5kb片段大小的非重叠区域作为窗口，进而计算每个窗口上得到的惟一匹配序列数目。可以理解的是，在其他具体示例中，还以选择其他方式获取该测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目。
步骤S132：根据匹配序列数目，校正该测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息。
在一个具体示例中，进行GC含量偏差进行校正，窗口合并，均一化窗口数据。
步骤S133：以上述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序信息的断点位置。
在一个具体示例中，将均一化后的测序信息与人类参考基因组数据进行对比，计算log2RR，通过lumpy软件计算断裂点，粗略定位断裂位置，最后通过IGV(IntegrativeGenomics Viewer)软件来判断断裂点坐标。可以理解的是，在其他具体示例中，还可以采用其他方法获取染色体微缺失断点位置。具体地，“log2RR”中的“RR”是指Read1与Read2的比值，Read1是样本的Read数，Read2是参考库的Read数，所述“Read”即是高通量测序平台(如各类二代测序平台)所产生的测序序列。
可以理解的是，在其他具体示例中，可以采用其他已有的数据分析方式来根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置。
步骤S14：获取参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息。
在一个具体示例中，目标缺失区域的测序信息为Sanger测序结果。可以理解的是，在其他具体示例中，还可以采用其他测序方式获取目标缺失区域的测序信息。
在一个具体示例中，在获取目标缺失区域的测序信息前，还包括设计跨断点引物的步骤。具体地，在断点的位置的上游序列处设计上游引物，在下游序列处设计下游引物，其中，上游序列和下游序列包括与断点位置误差2.5kb范围内的序列，所采用的设计引物的软件或网站可以是但不限于Primer3、Primer5、Oligo 6和Oligo 7等。
步骤S15：根据目标方和参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎。
在一个具体示例中，当胚胎中存在废胚时，参考胚胎可以是废胚。可以理解的是，在其他具体示例中，例如不存在废胚时，也可以直接使用其他胚胎作为参考胚胎。
使用废胚作为参考胚胎，能够合理充分利用废弃资源。此外，在实际PGD中，检测出携带型胚胎的概率很高，对携带型胚胎的利用也是充分利用了资源。
步骤S16：确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取目标方的与携带单体型不同的单体型作为其正常单体型。
在一个具体示例中，在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，是指在断点位置的上游和下游各1M～2M范围内的含有多个SNP位点的区域。
在一个具体示例中，根据携带型胚胎构建单体型，可以是根据一个携带型胚胎构建单体型，也可以是根据多个携带型胚胎构建单体型。
根据多个携带型胚胎构建单体型，可以起到携带型胚胎之间相互验证的作用，能够更加准确地确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型。
步骤S17：获取待测胚胎在目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型。
步骤S18：获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
基于与上述方法相同的思想，如图2所示，本发明还提供了一种跨断点进行染色体微缺失分析的装置20，其包括测序结果获取模块21、缺失信息获取模块22、断点位置获取模块23、测序信息获取模块24、携带型胚胎获取模块25、正常单体型获取模块26、胚胎基因型获取模块27和正常胚胎获取模块28。
具体地，测序结果获取模块21，用于获取父方和母方的基因测序结果。
缺失信息获取模块22，用于根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息。
断点位置获取模块23，用于根据染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取目标方在目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定目标缺失区域的断点位置。
测序信息获取模块24，用于获取参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息。
携带型胚胎获取模块25，用于根据目标方和参考胚胎样本在目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎。
正常单体型获取模块26，用于确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取目标方的与携带单体型不同的单体型作为其正常单体型。
胚胎基因型获取模块27，用于获取待测胚胎在目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型。
正常胚胎获取模块28，用于获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
在一个具体示例中，上述断点位置获取模块，用于根据参考基因组，获取测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目，并根据匹配序列数目，校正测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息，并以上述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序数据的断点位置。可以理解的是，在其他具体示例中，断点位置获取模块的数据可以由其他数据分析方式分析获得的数据输入得到。
基于如上所述的实施例，本发明还提供了一种可用于染色体微缺失分析的计算机设备，具有处理器和存储器，存储器上存储有计算机程序，处理器执行该计算机程序时实现上述任一实施例和具体示例中的染色体微缺失的分析方法的步骤。
据此，本发明还提供了一种可用于染色体微缺失分析的计算机存储介质，其上存储有计算机程序，计算机程序被执行时实现上述任一实施例的染色体微缺失的分析方法的步骤。
本领域普通技术人员可以理解实现上述方法中的全部或部分流程，是可以通过计算机程序来指令相关的硬件来完成，所述的计算机程序可存储于一非易失性的计算机可读取存储介质中，该计算机程序在执行时，可包括如上各方法的实施例的流程。其中，本申请所提供的各实施例中所使用的对存储器、存储、数据库或其他介质的任何引用，均包括非易失性和易失性存储器中的至少一种。非易失性存储器可包括只读存储器(Read-OnlyMemory，ROM)、磁带、软盘、闪存或光存储器等。易失性存储器可包括随机存取存储器(Random Access Memory，RAM)或外部高速缓冲存储器。作为说明而非局限，RAM可以是多种形式，比如静态随机存取存储器(Static Random Access Memory，SRAM)或动态随机存取存储器(Dynamic Random Access Memory，DRAM)等。
为了说明本发明的染色体微缺失分析方法产生的技术效果，在此采用一个PGD的胚胎染色体微缺失分析作为案例分析。
该案例募集了一个准备接受PGD检测的染色体杂合缺失家庭，如表1所示，母方为染色体杂合缺失患者，父方为正常。
表1
编号 家系 基因突变类型
1 母方 杂合缺失(chr22:30032623～30127458)
2 父方 未见
采用父方与母方的外周血样本及他们的2枚废胚和5枚胚胎的单细胞全基因组扩增产物样本，废胚的全基因组扩增产物样本分别命名为废胚1和废胚2，胚胎的全基因组扩增产物样本分别命名为胚胎1～胚胎5。通过DNA提取试剂盒(TIANGEN，货号：DP304)提取亲代基因组DNA，提取之后进行染色体微缺失分析的具体步骤如下：
1.父方和母方基因组DNA进行高通量测序(步骤(1)～步骤(7)参考专利：一种核酸文库构建方法及其在植入前胚胎染色体结构异常分析中的应用(申请号：202011094180.6))
(1)DNA片段化
a.准备500ng DNA补水至17μL，按表2配制酶切混合液Mix1，将3μL的酶切混合液Mix1加入到样本中，用枪吹打混匀，短暂离心。
表2
酶切混合液Mix1组分 体积(uL)
内切酶反应缓冲液 2
内切酶1，NspI 0.5
内切酶2，MboI 0.5
总体积 3
b.将离心后的DNA放入PCR仪，PCR仪设置程序如表3所示。
表3
步骤 温度 时间
1 37℃ 15min
2 65℃ 20min
3 4℃ Hold
(2)接头连接(华大平台)
a.按照表4配制接头混合液Mix2，将5μL接头混合液Mix2加入到酶切后DNA中，用枪吹打混匀，短暂离心。
表4
接头混合液Mix2组分 体积(μL)
接头1 2.5
接头2 2.5
总体积 5
b.将离心后的DNA放入PCR仪，PCR仪设置程序如表5所示。
表5
步骤 温度 时间
1 65℃ 10min
2 4℃ Hold
c.按照表6配制连接酶混合液Mix3，将5μL连接酶混合液Mix3加入到上述接头DNA中，用枪吹打混匀(不要涡旋)，短暂离心。
表6
Figure BDA0003388086110000121
Figure BDA0003388086110000131
d.将离心后的DNA放入PCR仪，PCR仪设置程序如表8所示。
表8
步骤 温度 时间
1 22℃ 15min
2 65℃ 10min
3 4℃ Hold
(3)片段筛选
将步骤(2)中得到的连接接头后的DNA样品加水补至100μL，然后加入AMPure XP磁珠60μL，用枪吹打混匀，室温放置5min，放置到磁力架上，等液体清亮，转移上清转移到新的EP管中，加入AMPure XP磁珠20μL，室温放置5分钟，放置到磁力架上，等液体清亮，去上清，用200μL的体积分数为80％的酒精清洗，室温干燥后用22μL Low TE洗脱。
(4)浓度测定
吸取2μL样本采用Qubit进行浓度测定。
(5)PCR扩增
a.按照表9配制PCR反应混合液Mix4。
表9
Mix4组分 体积(μL)
PCR扩增酶 25
通用引物 1.25
无核酸酶水 2.5
总体积 28.75
b.根据浓度测定结果，取片段筛选后的10ng DNA样本加水补足至20μL到PCR管中，加入28.75μL PCR反应混合液Mix4，然后加入含barcode的特异性引物1.25μL，混合短暂离心。放入PCR仪中，程序设置如表10所示。
表10
Figure BDA0003388086110000141
(6)文库纯化
步骤(5)反应结束后，短暂离心，加入AMPure XP磁珠50μL，用枪吹打混匀，室温放置5min，放置到磁力架上，等液体清亮，去上清，用200μL的体积分数为80％的酒精清洗，重复一次，室温干燥磁珠，用40μL Low TE进行磁珠重悬，洗脱DNA。
(7)浓度测定
吸取2μL样本采用Qubit进行浓度测定。
(8)将上述PCR富集产物进行上机测序(华大平台(MGI-200))，测序质控结果如表11所示。
表11
Figure BDA0003388086110000142
2.计算父方和母方的染色体断点位置
通过BWA(Burrow-Wheeler Aligner)软件将父方和母方的经测序得到的基因序列与人类基因组标准序列hg19进行比对，确定测序获得的每个序列在染色体上的确切位置。去除低质量的、多匹配和非完全匹配到染色体上的序列，确保测序数据的准确性以及每个序列定位的唯一性。将整个染色体划分成5kb片段大小的非重叠区域作为窗口，进而计算每个窗口上得到的惟一匹配序列数目。进行GC含量偏差进行校正，窗口合并，均一化窗口数据。与参考数据进行对比，计算log2RR，通过lumpy软件计算断裂点，定位断裂位置，最后通过IGV(Integrative Genomics Viewer)软件来判断断裂点坐标。
断点位置计算结果如图3所示。经过数据分析后检测出母方染色体异常区域为chr22：30060000～30150000，上游和下游断点误差范围各为2.5kb。
3.跨断点引物设计
利用Primer5进行引物设计，在断点位置的上游序列处设计上游引物，在下游序列处设计下游引物，其中，上游序列和下游序列包括与断点位置误差2.5kb范围内的序列。所设计的引物如表12所示。
表12
引物名称 引物序列
上游引物 5’-TCACCAACAGTGCATCTCCC-3’
下游引物 5’-ACCCTGCTATTTCCTTGGGC-3’
4.对母方基因组DNA扩增产物进行跨断点PCR扩增
(1)利用上述步骤设计的跨断点引物，采用试剂盒(
Figure BDA0003388086110000152
Max Super-FidelityDNA Polymerase(诺唯赞，P505-d1))按表13所示在冰盒上配制反应液，配制完成后涡旋震荡，瞬时离心。
表13
Figure BDA0003388086110000151
(2)将上述配制好的反应液置于PCR仪中，选择105℃为热盖温度，按照表14设置反应参数。
表14
Figure BDA0003388086110000161
5.对母方基因组跨断点扩增产物进行Sanger测序及断点精确定位
对上述跨断点扩增的产物进行Sanger测序，根据Sanger测序结果，对母方染色体断点位置进行精确定位。定位结果如图4所示。染色体异常区域为chr22：30127946～30022548，缺失片段总长度为105kb。
6.对废胚和胚胎全基因组扩增产物进行跨断点PCR扩增
(1)利用上述步骤3设计的跨断点引物，按表15所示在冰盒上配制反应液，配制完成后涡旋震荡，瞬时离心。
表15
Figure BDA0003388086110000162
(2)将上述配制好的反应液置于PCR仪中，选择105℃为热盖温度，按照表16设置反应参数。
表16
Figure BDA0003388086110000163
Figure BDA0003388086110000171
7.对废胚基因组跨断点扩增产物进行Sanger测序
对废胚1和废胚2的基因组DNA跨断点扩增产物进行Sanger测序，结果分别如图5和图6所示。根据废胚的Sanger测序结果，与步骤5中母方样本的Sanger测序结果进行比对，可得废胚1和废胚2均为染色体微缺失携带型胚胎。
8.遗传连锁分析
两枚废胚均为携带型胚胎，均可作为先证者，结合精准断点上下游各2M的SNP位点进行遗传连锁分析，构建单体型。
2枚废胚遗传连锁分析结果为：以废胚1作为先证者，其上下游有效SNP位点为46个，结果如表17所示；以废胚2作为先证者，其上下游有效SNP位点45个，结果如表18所示；废胚1和废胚2共有上下游有效SNP位点29个，所构建的单体型一致。在5枚活检胚胎中检测到3枚为正常型。
表17
样本名称 上游有效SNP位点数目 下游有效SNP位点数目
废胚1 33 13
废胚2 22 7
胚胎1 5 7
胚胎2 14 6
胚胎3 18 8
胚胎4 8 8
胚胎5 8 7
表18
Figure BDA0003388086110000172
Figure BDA0003388086110000181
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。应当理解的是，在本领域技术人员在本发明提供的技术方案的基础上，通过合乎逻辑的分析、推理或有限的试验得到的技术方案，均在本发明所附权利要求的保护范围内。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。

Claims (10)

1.一种跨断点进行染色体微缺失分析的方法，其特征在于，包括步骤：
获取父方和母方的基因测序结果；
根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息；
根据所述染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择所述目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取所述目标方在所述目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置；
获取参考胚胎样本在所述目标缺失区域的测序信息；
根据所述目标方和所述参考胚胎样本在所述目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎；
确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在所述目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取所述目标方的与所述携带单体型不同的单体型作为其正常单体型；
获取待测胚胎在所述目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型；
获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置，包括步骤：
根据参考基因组，获取所述测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目；
根据所述匹配序列数目，校正所述测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息；
以所述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序信息的断点位置。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述父方和母方的基因测序结果为使用二代测序技术获得的高通量测序结果；及/或
所述目标缺失区域的测序信息为Sanger测序结果。
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，是指在所述断点位置的上游和下游各1M～2M范围内的含有多个SNP位点的区域。
5.一种跨断点进行染色体微缺失分析的装置，其特征在于，包括：
测序结果获取模块，用于获取父方和母方的基因测序结果；
缺失信息获取模块，用于根据父方和/或母方的基因测序结果，获取至少一方的染色体缺失信息；
断点位置获取模块，用于根据所述染色体缺失信息选择一方作为目标方，选择所述目标方的其中一染色体中涵盖断点位置的缺失区域作为目标缺失区域，获取所述目标方在所述目标缺失区域的测序信息，并根据该测序信息确定所述目标缺失区域的断点位置；
测序信息获取模块，用于获取参考胚胎样本在所述目标缺失区域的测序信息；
携带型胚胎获取模块，用于根据所述目标方和所述参考胚胎样本在所述目标缺失区域的测序信息，选择与目标方具有相同断点位置的参考胚胎样本作为携带型胚胎；
正常单体型获取模块，用于确定父方、母方和携带型胚胎在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域作为目标分析区域，分别根据父方、母方和携带型胚胎在所述目标分析区域的基因型构建单体型进行家系连锁分析，根据非目标方的单体型确定携带型胚胎的正常单体型和携带单体型，获取所述目标方的与所述携带单体型不同的单体型作为其正常单体型；
胚胎基因型获取模块，用于获取待测胚胎在所述目标分析区域的基因型，构建待测胚胎的单体型；
正常胚胎获取模块，用于获取具有目标方的正常单体型的待测胚胎作为当前目标分析区域的正常胚胎。
6.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述断点位置获取模块，用于根据参考基因组，获取所述测序信息在染色体上的确切位置和匹配序列数目，并根据所述匹配序列数目，校正所述测序信息的GC含量，获取均一化后的测序信息，并以所述参考基因组序列信息为基准，获取均一化后的测序信息的断点位置。
7.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述测序结果获取模块获取的父方和母方的基因测序结果为使用二代测序技术获得的高通量测序结果；及/或
所述断点位置获取模块和信息获取模块获取的所述目标缺失区域的测序信息为Sanger测序结果。
8.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述在断点位置的上游和下游预设范围内的含有多个SNP位点的区域，是指在所述断点位置的上游和下游各1M～2M范围内的含有多个SNP位点的区域。
9.一种计算机设备，其特征在于，具有处理器和存储器，所述存储器上存储有计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现如权利要求1～4任一项所述的染色体微缺失的分析方法的步骤。
10.一种计算机存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被执行时实现如权利要求1～4任一项所述的染色体微缺失的分析方法的步骤。
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