CN113891721A - 用于调节炎症性肠病的噬菌体 - Google Patents

Abstract

本公开内容公开了噬菌体组合物和其治疗用途。本公开内容还涉及能够裂解克雷伯菌菌株的噬菌体，所述克雷伯菌菌株比如为与炎症性肠病相关联的菌株，从而能够调节炎症性肠病。

Description

用于调节炎症性肠病的噬菌体

背景技术

本申请声明主张2019年3月7日所申请的美国临时专利申请案号62/815,265的优先权，其内容通过引用方式整体并入本文中。

本申请包含已经以ASCII格式电子提交的序列表，该序列表据此以引用的方式整体并入。所述ASCII副本在2020年3月5日创建，被命名为14283_0004-00304_SL.txt，大小为18，004，250字节。

本公开内容涉及噬菌体组合物和其治疗用途。在某一方面，本公开内容涉及能够裂解特定克雷伯菌菌株的裂解性噬菌体。在某些实施方案中，所述裂解性噬菌体能够裂解克雷伯菌菌株(KKlebsiella bacterial strains)，其与炎症性肠病(inflammatory boweldisease，IBD)(比如，溃疡性结肠炎(ulcerative colitis)、克罗恩氏病(Crohn’sdisease))相关联，从而调节所述炎症性肠病。

肠道菌群失调与IBD的发病机制有关(Said等人，2014)。来自所述肠道菌群的刺激增加会导致炎症并改变患者的免疫反应。在人类中，口腔微生物群包括超过700种细菌的种或种系型(Said等人，2014)。摄入的口腔细菌通常不会定植于健康的肠道(Chen等人，2016；Bik等人，2010；美国临时专利申请案号62/415,759，TH1细胞刺激性细菌在人类口腔中的定植)。然而，口腔来源的细菌可能在IBD患者的肠道菌群中增加(Gevers等人，2014；Atarashi等人，2017)。在IBD患者中观察到口腔微生物群失调，可能是疾病病因的原因之一(Said等人，2014)。

IBD，例如克罗恩氏病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)，可导致腹泻、营养吸收不良、营养不良、贫血和体重减轻。严重的肠道炎症可延伸到肠道黏膜之外，导致溃疡、出血、中毒性巨结肠、狭窄和瘘管。此外，慢性炎症与结肠癌有关。肠外并发症包括但不限于关节炎、皮疹、肝病和眼部疾病，例如巩膜外层炎和葡萄膜炎。

根据美国克罗恩病和结肠炎基金会，IBD“没有单一的理想疗法”。单独的饮食限制尚未被证明可以改善IBD。对于许多患者来说，手术治疗是必要的。即使使用目前可用的IBD治疗，许多患者在缓解期之间也会出现IBD发作。因此，对IBD的有效、可靠和长期治疗和/或预防的需求尚未得到满足。

本公开内容提供噬菌体组合物和其治疗用途。在具体实施方案中，本公开内容提供裂解性噬菌体，其能够裂解一种或多种克雷伯菌种、菌株或亚菌株，例如肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)(比如，本文中的肺炎克雷伯菌2H7菌株(Klebsiellapneumoniae 2H7 strain)、“KP2”或“KP2H7”)，其与IBD相关联。本公开内容提供用于调节IBD的方法。本公开内容还提供了选择以在此提供的方法所治疗的患者的方法。

附图说明

图1显示了针对对特定KP2噬菌体感染具有抗性的野生型KP2细菌、临床KP2变体和突变的KP2细菌分离的噬菌体的宿主范围分析结果。“S”表示易感性(10个或更多噬斑完全清除)，“R”表示抗性(小于10个噬斑)。

图2显示了每个分类群中所述噬菌体基因组之间的百分比同源性。所述噬菌体基因组之间的百分比同源性是通过组合所有非重迭BLASTN对齐片段(BLAST HSPs)、加总它们的“相同匹配数”的值，并将此总和除以查询序列的长度来确定的。在一些实施方案中，这导致一非对称矩阵。

图3显示了先前被KP2定植并随后以下列方式之一处理的四组小鼠(mice)的粪便中的KP2 CFU：1)从KP2给药(KP2)后第4天开始每天给药的载体控制；2)在KP2给药(第4天)后第4天给予单剂量的噬菌体鸡尾酒；3)在KP2给药(第4-6天)后第4天开始给药每日噬菌体鸡尾酒剂量；4)在KP2给药(第6天)后第6天给予单剂量的噬菌体鸡尾酒。所述噬菌体鸡尾酒是由噬菌体1.2-2、1.2-3s和1.2-3b组成。虚线代表检测限(10³CFU/g stool)。

图4显示了四组小鼠粘膜中的KP2 CFU：1)从KP2给药(KP2)后第4天开始每天给药的载体控制；2)在KP2给药(第4天)后第4天给予单剂量的噬菌体鸡尾酒；3)在KP2给药(第4-6天)后第4天开始给药每日噬菌体鸡尾酒剂量；4)在KP2给药(第6天)后第6天给予单剂量的噬菌体鸡尾酒。虚线代表检测限(10³CFU/g tissue)。

图5显示了五组小鼠的粪便中的KP2 CFU：1)控制组；2)组合物1(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)，给药一次；3)组合物1，在KP2给药后第6、9和12天给药三次；4)组合物2(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c)，在KP2给药后第6、9和12天给药三次；5)组合物3(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c、8M-1)，在KP2给药后第6、9和12天给药三次。虚线代表检测限(10³CFU/gstool)。

图6显示了五组小鼠粘膜中的KP2 CFU：1)控制组；2)组合物1(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)，给药一次；3)组合物1，在KP2给药后第6、9和12天给药；4)组合物2(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c)，在KP2给药后第6、9和12天给药；5)组合物3(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c、8M-1)，在KP2给药后第6、9和12天给药。虚线代表检测限(10³CFU/g tissue)。

图7显示了五组接收以下的小鼠的粪便中治疗/控制的CT-141-1 CFU比率：1)组合物1(Mcoc-5c、8M-7、1.2-3b)；2)组合物2(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s)；3)组合物3(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b)；4)组合物4(Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55)；5)组合物5(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)。在KP2给药后第6、9和12天给予所有组合物。虚线表示两个等于1的值的比率。

图8显示了五组接收以下的小鼠粘膜中的CFU：1)组合物1(Mcoc-5c、8M-7、1.2-3b)；2)组合物2(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s)；3)组合物3(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b)；4)组合物4(Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55)；5)组合物5(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)。在KP2给药后第6、9和12天给予所有组合物。虚线代表检测限(10³CFU/gtissue)。

图9呈现了用以下噬菌体组合物(鸡尾酒)对KP2进行体外液体感染的生长曲线：不含1.2-2的五噬菌体组合物(黑色实线)；含有1.2-2的五噬菌体组合物(灰色小虚线)；以及控制组(无噬菌体)(黑色虚线)，如实施例14中进一步描述的。

图10显示了用液体中含有3个噬菌体(黑色实线)或4个噬菌体(灰色虚线)且没有噬菌体控制组(灰色实线)的噬菌体组合物对KP2进行体外感染，如实施例14中进一步描述的。

图11显示了用以下噬菌体鸡尾酒对KP2进行体外感染：组合物1(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b，黑色实线)、组合物2(组合物1+Moc-5c，灰色虚线)、组合物3(组合物2+8M-1，黑色虚线)，且无噬菌体控制组(灰色实线)。

图12显示了用控制组、各种单独的噬菌体或噬菌体鸡尾酒对多井生物膜测定中KP2生物膜进行噬菌体治疗后的CFU计数。

图13显示了多井生物膜测定中KP2生物膜进行噬菌体1.2-2治疗后的CFU计数。

图14显示对某些噬菌体产生抗性(R)的细菌突变体对至少两种其他噬菌体(S)敏感。灰色阴影框表示对产生细菌突变体的特定噬菌体的抗性。比如，Colon1_1 11_S83和Colon1_1 38_S110对colon1具有抗性且是针对colon1提出的。影响噬菌体感染的基因组修饰(即，在噬菌体抗性突变细菌中发现的修饰，所述噬菌体抗性突变细菌出现在含有能够感染特定细菌的特定噬菌体的培养物中)请见表2。

图15显示了六种针对KP2分离的噬菌体对其他所示肺炎克雷伯菌菌株的宿主范围分析以及商业噬菌体对KP2和其他肺炎克雷伯菌菌株的活性。在两个噬菌体效价(1x10⁹PFU/mL和1x10⁶PFU/mL)下测量活性。S-敏感性、R-抗性、NT-未测试、PFU-噬斑形成单位。图15显示出针对KP4分离的商业噬菌体不能识别KP2，且针对KP2分离的噬菌体不能识别商业肺炎克雷伯菌菌株，除了在高效价(10⁹PFU/mL)下，通过KP2-5-1识别KP4。

图16a-j呈现了用如表5和非噬菌体控制组(non-phage control，NPC)中进一步指定的不同的噬菌体组合物(鸡尾酒)对KP2变体进行体外液体感染的生长曲线。使用的宿主细菌：图16a-c、16f：CT-141-1、图16d：CT-123-1、图16e、16g-j：KP2。

图17呈现了通过KP2H7临床分离菌诱导TH1。分别定植后3周和2周对单相关的ex-GF(无菌)野生型或IL10-/-小鼠的结肠固有层中的TH1(CD4+IFNγ+T细胞)进行分析。与非定植动物相比，测试的临床KP2H7分离菌在单定植小鼠的结肠固有层中诱导了更高百分比的TH1细胞。两组之间的名称“****”表示p值小于0.0001(Holm-Sidak)。

具体实施方式

序列的简要说明

本公开内容的示例性噬菌体的序列和测试此类噬菌体的示例性细菌的序列被公开在表1中。KP2基因组已经被测序并且是本领域已知的，请见，比如，基因库BDQR01000001.1(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/BDQR01000001.1)、基因库GCA_002260905.1(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_002260905.1)、生物样本：SAMD00083910(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/SAMD00083910/)、生物项目PRJDB5883(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB5883)，以及Atarashi等人，肠道中口腔细菌的异位定植驱动TH1细胞诱导和炎症，Science(2017)。在一些实施方案中，一基因组序列，比如，一KP2基因组序列，可能包含微小的测序差异，比如，与相同细菌的另一个基因组序列相比，小于0.5％、小于1％、小于1.5％、小于2％、小于2.5％或小于3％，并且测序差异不应导致功能差异，比如，所述细菌的噬菌体感染性。

当处于一个以上的SEQ ID NO与表1中命名的噬菌体相关连的情况下，所述噬菌体可以由任一序列代表。比如，SEQ ID NO：1可以代表噬菌体1.2-4br，SEQ ID NO：132可以代表噬菌体1.2-4br。

表1、序列的简要说明

实施例的说明

本公开内容涉及噬菌体、其药物组合物、调节IBD的方法(Jostins等人，2012)和选择对本文所述方法的治疗有反应的患者的方法。在一些实施方案中，本文描述的所述噬菌体能够裂解与IBD相关或已经与IBD相关的克雷伯菌。与控制组和其他病理状况相比，IBD患者表现出针对某些细菌荚膜类型(比如，在KP2中发现的K2、K17、K26、K36、K50和K21)的全身抗体升高。这些发现表明克雷伯菌参与了IBD，但没有解释克雷伯菌如何可以积极参与疾病的发病机制，并且由于不同菌株具有相似的荚膜类型，因此不能提供菌株特异性分辨率。从唾液微生物群中分离出的克雷伯菌菌株“是T辅助1(T helper 1，TH1)细胞在肠道中定植时的强诱导剂”，且“在遗传易感宿主的背景下引发严重的肠道炎症”。请参见Atarashi等人，2017。

定义：

为了使本公开内容可较易于理解，首先定义某些术语。此等定义应根据本公开内容的其余部分来阅读且如一般熟习此项技术者所理解。除非另外定义，否则本文所用的所有技术及科学术语具有如一般熟习此项技术者通常理解的相同的含义。额外定义在整个实施方式中阐述。

如在此所使用的，术语“治疗”和“调节”及其同源词是指IBD的改善或其至少一种可辨别的症状。在一些实施方案中，“治疗”和“调节”及其同源词是指至少一种可测量的物理参数的改善，患者不一定可辨别。在一些实施方案中，“治疗”和“调节”及其同源词是指相对于未治疗的控制组，抑制或减少或减缓IBD的进展，无论是物理上(比如，可辨别症状的稳定)、生理上(比如，物理参数的稳定)或两者。在某些实施方案中，“治疗”和“调节”及其同源词是指相对于未治疗的控制组，减缓或逆转IBD的进展。如在此所使用的，“预防”及其同源词是指相对于未治疗的控制组，延迟发病或降低获得IBD或与IBD相关的症状的风险。

在某些实施方案中，给予本文描述的所述噬菌体以改善受试者的IBD并导致一种或多种病症或障碍的症状或物理参数，与未治疗或控制组受试者的水平相比，改善至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或更多。在一些实施方案中，通过比较受试者在给予所述噬菌体之前和之后的症状或身体参数来测量所述改善。在一些实施方案中，可测量的物理参数是粪便中细菌CFU的减少。

可测量的物理参数可以是本领域已知的任何合适的临床参数，比如，对于克罗恩氏病(Sandborn等人，2013；Best等人，1976；Warrel-牛津医学教科书，第五版)或对于溃疡性结肠炎(Tursi等人，2010；Warrel-牛津医学教科书，第五版)。克罗恩氏病参数包括但不限于使用克罗恩氏病活动指数(CDAI)(CDAI评分≤150分)和CDAI-100反应(CDAI评分从基线下降≥100分)对临床缓解的评估；通过降低C反应蛋白的血清水平、差异血细胞计数和血清白蛋白水平来测量炎症减少；通过对内窥镜手术期间收集的活检进行显微镜检查评估，粪便钙卫蛋白水平降低，与改善回肠末端和直肠粘膜层的外观(比如，中性粒细胞、巨噬细胞和其他免疫细胞浸润、肉芽肿大小和数量的减少；溃疡、黏膜水肿的数量和大小的减少)。此外，疾病的改善情况可以根据包括腹泻、腹痛、体重减轻、发烧、呕吐、绞痛、直肠出血、贫血、肠外表现(对柳氮磺吡啶过敏性皮疹、结节性红斑、坏疽性脓皮病、口腔阿弗他溃疡、舌痛、口角炎、巩膜外层炎或前部葡萄膜炎、关节炎、急性关节病、腰痛、骶髂关节炎、强直性脊柱炎、肝病：碱性磷酸酶或转氨酶轻微升高、原发性硬化性胆管炎、从自身免疫性肝炎到典型的同心管周围纤维化伴胆管闭塞的慢性肝病、伴有或不伴有积液的心包炎、自身免疫性溶血性贫血、淀粉样蛋白、快速进展的支气管扩张)的临床症状的评估来评估。

溃疡性结肠炎疾病参数包括但不限于溃疡性结肠炎疾病活动指数(Ulcerativecolitis disease activity index，UCDAI)的改善(UCDAI从基线下降50％或更多)、复发性UC活动度的改善；缓解，被视为UCDAI≤2；血红蛋白水平、血清白蛋白水平的改善，C-反应蛋白水平的减少；中性粒细胞白细胞增多症(血液分类计数)的改善；内窥镜评分的改善(水肿的粘膜区域的减少；中性粒细胞、巨噬细胞和其他免疫细胞浸润的减少；溃疡、黏膜水肿的数量和大小的减少；临床症状改善：直肠出血、发热、大便次数、腹泻、粘液排出、腹痛、便秘、厌食、恶心、体重减轻、不适、倦怠、慢性缺铁症状、轻微肛周疾病，例如裂隙、如上述的肠外表现，此外还有口腔念珠菌病、杵状指。

需要治疗的人可以包括已经患有IBD的人，以及有患病风险或可能最终患上这种疾病的人。治疗需求比如通过与IBD的发展、IBD的存在或进展，或对患有IBD的受试者的治疗的可能接受度相关的一或多个风险因素的存在而被评估。比如，“治疗”IBD可能包括减轻或消除相关症状，并不一定包括消除潜在的疾病病因，比如，一基因不稳定位点。

在一些实施方案中，IBD患者处于缓解期和/或目前无症状，本文描述的所述噬菌体本文描述的所述噬菌体能够在缓解期被给予以减少爆发的可能性。在一些实施方案中，缓解和/或目前无IBD症状的个体正在接受治疗，比如，抗生素和/或类固醇，本文描述的所述噬菌体可以与这种治疗共同给药，以减少爆发的可能性。

克雷伯菌是属于肠杆菌科的细菌属。克雷伯菌为革兰氏阴性菌、非动性的和杆状的。在一些实施方案中，克雷伯菌的种类可能与人类疾病有关，比如，肺炎克雷伯菌。如在此所使用的，克雷伯菌包括当前分类的、先前分类的或将被重新分类为克雷伯菌的细菌。在一些实施方案中，克雷伯菌是指肺炎克雷伯菌。在一些实施方案中，克雷伯菌是指天然存在的克雷伯菌。在一些实施方案中，克雷伯菌是指天然存在的、变体的或突变的克雷伯菌(比如，耐抗生素的、抗噬菌体的、医院获得的)。在一些实施方案中，变体或突变的克雷伯菌对至少1种、至少2种、至少3种、至少4种或至少5种抗生素具有抗性。在一些实施方案中，在噬菌体存在的情况下可能会出现一突变的细菌菌株，并对所述噬菌体产生抗性。

如在此所使用的，细菌的“菌株(strain)”是指细菌的基因变体或亚型。在一些实施方案中，细菌的“菌株”包括来自所述细菌的纯培养物中的单一分离物的后代。如在此所使用的，细菌的“菌株”可以指所述细菌的一种或多种基因变体或亚型。比如，如在此所使用的，肺炎克雷伯菌的“菌株”可以指肺炎克雷伯菌的一种或多种基因变体或亚型，包括但不限于KP1(ATCC BAA-2552；也称为变栖克雷伯菌(Klebsiella variicola))、KP2(如本文所述的肺炎克雷伯菌菌株2H7(Klebsiella pneumoniae strain 2H7))、KP4(ATCC 23356)、KP5(ATCC 13882)、KP6(ATCC BAA-1705)、KP7(ATCC 700603)和KP8(ATCC 700721)。同样地，如在此所使用的，一能够裂解肺炎克雷伯菌“菌株”的噬菌体是指一能够裂解肺炎克雷伯菌的一种或多种基因变体或亚型的噬菌体，其包括但不限于KP1、KP2、KP4、KP5、KP6、KP7和KP8。在一些实施方案中，一能够裂解肺炎克雷伯菌“菌株”的噬菌体是指一能够裂解肺炎克雷伯菌KP2、KP4、KP5、KP6、KP7和KP8的一种或多种基因变体或亚型的噬菌体。在一些实施方案中，本文描述的KP2噬菌体能够裂解肺炎克雷伯菌的KP2菌株。

当用于指一细菌且没有进一步限定符(比如，“突变的”、“变体型”、“野生型”等)的术语“KP2”被使用于本文中时，换言之，术语“KP2”被使用指被指定为“KP2”或“KP2H7”的肺炎克雷伯菌的野生型菌株，或者可以是这种野生型菌株或其突变体的细菌。对于本领域的普通技术人员来说，两种替代含义是指使用所述术语的语境，其应该是显而易见的。如果语境没有明确告知本领域普通技术人员打算采用哪个定义，则术语“KP2”应被解释为指可能是这种野生型菌株或其突变体的细菌。

在此所用的术语“一株KP2细菌”是指被命名为“KP2”或“KP2H7”的肺炎克雷伯菌的野生型菌株。

在一些实施方案中，如在此所使用的，一“突变的”细菌是指对于相应的野生型细菌菌株包括有大于约85％、大于约90％、大于约95％、大于约97％或大于约99％同源性的细菌。比如，对于野生型KP2细菌，一突变的KP2细菌包括大于约85％、大于约90％、大于约95％、大于约97％或大于约99％同源性。术语“突变的KP2细菌”和“KP2突变体”可互换使用，这两个术语包括从人类或动物患者中分离的细菌(“临床分离菌”或“临床变体”)、从环境中分离的细菌(“环境分离菌”)和在实验室环境中产生的细菌(比如，通过基因工程或通过选择压力)。术语“突变的KP2细菌”和“KP2突变体”还包括“KP2-变体”(定义如下)。

在一些实施方案中，一KP2细菌，比如，一株KP2细菌和/或一突变的KP2细菌，比如，如本文描述的一环境和/或临床的分离菌，对可以使用以下引子通过PCR鉴定的基因组区域呈阳性：5’AGCACTAGCGGCTGTGGTAT3’(SEQ ID NO：287)和5’ACTTACTCGGGCCCTTGATT3’(SEQID NO：288)。请参见，比如，Atarashi等人，2017。在一些实施方案中，所述突变的KP2细菌，比如，对于野生型KP2细菌，一使用所述引子鉴定的环境和/或临床的分离菌包括大于约95％、大于约96％、大于约97％、大于约98％或大于约99％的同源性。比如，通过ANI(Average Nucleotide Identity，平均核苷酸一致性)计算的％同源性。请参见，比如，Han等人，ANItools web：用于在多种细菌菌株内进行快速基因组比较的网络工具(2016)。在一些实施方案中，所述突变的KP2细菌，比如，对于野生型KP2细菌的编码区，一使用所述引子鉴定的环境和/或临床的分离菌包括大于约95％、大于约96％、大于约97％、大于约98％或大于约99％的同源性。在一些实施方案中，一通过所述引子鉴定且对于野生型KP2细菌至少约99％同源性的突变的KP2细菌在本文中被称为“KP2-变体”。在一些实施方案中，突变的和/或KP2-变体型细菌能够被本文公开的KP2噬菌体中的至少一种裂解。在一些实施方案中，一KP2细菌，比如，一株KP2细菌和/或一突变的KP2细菌，比如，对于如实施例1中进一步详述的参考序列，如本文描述的一环境和/或临床的分离菌包括具有大于约95％、大于约96％、大于约97％、大于约98％或大于约99％同源性的基因组。在一些实施方案中，一KP2细菌，比如，一株KP2细菌和/或一突变的KP2细菌，比如，如本文描述的一环境和/或临床的分离菌包括323型的多位点序列分型(Multi-locus sequence type，MLST)。

如在此所使用的，“噬菌体(bacteriophage)”和“噬菌体(phage)”可互换使用，且是指能够感染细菌的分离病毒。在一些实施方案中，噬菌体包括一DNA或一RNA基因组。噬菌体可以从自然或人造环境中被分离出来。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于肌尾噬菌体科(Myoviridae)、短尾噬菌体科(Podoviridae)和长尾噬菌体科(Siphoviridae)。如在此所使用的，“KP噬菌体”旨在是指一能够裂解肺炎克雷伯菌细菌的噬菌体。比如，一“KP2噬菌体”是指一种能够裂解一肺炎克雷伯菌菌株细菌(包括野生型，在某些情况下，包括一或多种突变的KP2细菌或KP2变体)的噬菌体。

已知的是给予的噬菌体的不同分离物可能在核酸序列水平上有所不同。在一些实施方案中，噬菌体只要表现出相似的表型，就被认为是“功能等效的”，比如，相似的宿主范围、相似的裂解能力和/或阈值序列相似性(比如，大于约85％、大于约90％、大于约95％、大于约97％或大于约99％)。如在此所使用的，术语“噬菌体”包括母体噬菌体及其后代或衍生物。

如在此所使用的，“宿主范围”是指容易被特定噬菌体感染的细菌。噬菌体的宿主范围可以包括但不限于细菌的菌株、种、属或多属。所述术语包括噬菌体可吸附、非生产性感染(比如，限制性的、流产的、溶原性的)和生产性感染。在一些实施方案中，噬菌体可以识别两个或多个菌株。在一些实施方案中，噬菌体可以识别和裂解特定细菌(即，KP2)的野生型菌株和突变菌株。

不同的噬菌体分离物(phage isolates)可以使用本领域已知的方法而被制备和被表型，比如，噬斑测定、液体培养基测定、固体培养基测定。在一些实施方案中，用于定量和分离噬菌体的固体培养基测定是基于噬斑测定(Abedon&Yin，2009)，范围从成斑效率(Efficiency of plating，EOP)(Kutter，2009)到点滴试验(Hyman&Abedon，2010)。在一些实施方案中，用于噬斑测定的板格式可以修改，例如，从培养皿到48孔板。

在一些实施方案中，双层噬斑测定(也称为双层琼胶重迭噬斑分析法)被用于表型噬菌体分离物(bacteriophage isolates)。比如，4mL BHIS的起始培养物可以用平板上的5-10个菌落接种。此培养物可在37℃下温育1.5-2小时。100μL的此培养物可以与100μL含有噬菌体的样品(或仅培养基控制)混合并温育15分钟。此后，可以添加3mL BHIS顶部琼脂(预熔0.4％用1mM Ca²⁺和Mg²⁺离子增补的琼脂BHIS)，并且可以将混合物倒在BHIS底部琼脂平板(1.5％琼脂BHIS)上。所述平板可以在室温下凝胶化，然后在37℃下温育2-3小时，直到噬斑被识别。

在一些实施方案中，一改良的点滴试验被用于表型噬菌体分离物。比如，4mL BHIS的起始培养物可以用平板上的5-10个菌落接种。此培养物可在37℃下温育1.5-2小时。100μL的此培养物可以与3毫升BHIS顶部琼脂(预熔0.4％用1mM Ca²⁺和Mg²⁺离子增补的琼脂BHIS)混合，且每孔已经含有1mL的BHIS底部琼脂的Nunc 48孔板的每个孔中可分配100μL的此混合物。在室温下固化后，所述板可以在37度下温育30分钟。在这个阶段，10μL含有噬菌体或仅培养基控制组的样品可以被滴在孔的中间，让其吸收，然后可以被温育2-3小时，直到看到噬斑以进行计数。

在一些实施方案中，一液体培养基测定被用于表型所述噬菌体。在一些实施方案中，液基噬菌体感染测定遵循感染的时间进程，且与固基噬菌体噬斑测定相比，可以提供更多的感染定量终点。在一些实施方案中，通过将噬菌体与细菌在液体培养基中混合，然后随着时间的推移培养物的混浊度，人们可以辨别出不同细菌菌株与噬菌体相互作用的更细微的差异(比如，细胞裂解时间的延迟)。在一些实施方案中，所述液体培养基测定允许通过使用96孔板并在读板器中读取光密度来进行高通量测量。

比如，细菌菌株可生长1.5-2小时直至OD600为约1.7-2。然后可以使用BHIS培养基将此培养物稀释到一起始光密度，通常在0.05和0.2OD600之间。然后可以将200μL的培养物分配到Nunclon平底96孔板的孔中。10μL含有噬菌体的样品或10μL作为控制组的培养基可以被添加到每个孔中。所述孔可以用50μL的矿物油来覆盖以限制蒸发，并且可以添加一薄的无菌光学透明聚酯薄膜以保持培养物无菌。光密度测量可以每15分钟进行一次，比如，在连接到一Tecan EVO75机器的Tecan Infinite M200读板机中。在测量之间，所述板可以在37℃下摇动同时温育，比如，在EVO75培养箱内。

在一些实施方案中，生物膜测定可用于鉴定能够穿透KP2生物膜和/或减少其中发现的活细菌数量的噬菌体。比如，KP2可以在37℃搅拌下生长至约1.5的OD600，并在用1％葡萄糖增补的LB培养基中稀释至约0.1的OD600。对于生物膜形成，200μl可被加入96孔板中，并在37℃下被温育24小时，例如，使每孔生长约4×10⁸个细胞。180μl可以被倒掉以去除浮游细胞，并且50μl单个噬菌体或鸡尾酒可以在0.01的MOI(4×10⁶总噬菌体颗粒)被应用。噬菌体缓冲液可以被添加到未处理的孔中作为阴性控制组。用1％葡萄糖和1mMMMC离子增补的150μl LB可以被添加，且在37℃下温育。在设定的时间点，液体可以被去除，且生物膜从孔底部被严格地刮掉。100μl PBS可以被添加到孔中，被混合且被移至具有900μl PBS的无菌微量离心管(eppendorfs)。样品可以被涡旋1分钟，然后通过在4℃下以6000 x g离心5分钟来洗涤3次。最后一次洗涤后，200μl PBS可被加入，样品可在PBS中连续稀释10倍。5μl每一稀释液可以在BHIS琼脂平板上被接种。平板可以在37℃下温育过夜，之后可以通过活菌计数来确定细菌浓度。

在一些实施方案中，传染性仅由固体测定中噬斑的存在来决定。在一些实施方案中，传染性仅通过液体测定中细菌培养物光密度的降低来确定。在一些实施方案中，传染性是通过液体测定和固体测定中细菌培养物光密度的降低和噬斑存在来确定。

如在此所使用的，“裂解”噬菌体是指一种毒性噬菌体，其在感染过程中附着在细菌宿主上，将其遗传物质插入细菌宿主细胞并最终裂解宿主。噬菌体通常遵循两个生命周期之一、裂解(毒性)或溶原性(温和)。裂解性噬菌体接管细胞的机器以制造噬菌体成分。然后他们破坏或裂解所述细胞，释放新的噬菌体颗粒。溶原性噬菌体将它们的核酸整合到宿主细胞的染色体中，并且以它为单位进行复制，而不会破坏所述细胞。在某些条件下，溶原性噬菌体可以被诱导以遵循一裂解循环。在一些实施方案中，感染后，新的噬菌体颗粒被释放出。在一些实施方案中，感染后，宿主细菌细胞被裂解和破坏。在一些实施方案中，少于90％的宿主细菌细胞被裂解和破坏。请参见，比如，Abedon等人，2011；Sulakvelidze等人，2001；Green等人，2017。

在一些实施方案中，所述％裂解是通过本领域已知的和本文描述的方法来测量，比如，通过光密度(optical density，OD)或qPCR。

在一些实施方案中，噬菌体对细菌宿主的感染降低了宿主种群的生长速度。生长速率降低可以通过本领域已知的和本文描述的方法来测量，比如，通过光密度(OD)或qPCR。比如，两个相同成分的细菌样本(复制物)可以在同一时间点开始以两种不同的噬菌体或噬菌体鸡尾酒来培养。每个样品的OD在特定时间点被获取并比较OD读数。直到那个时间点，具有较低OD的样品中的细菌种群具有一平均较低的生长速率。

如在此所使用的，“％同源性”是指当使用一序列对齐程序(sequence alignmentprogram)与第二个核酸或氨基酸序列对齐时，第一个核酸或氨基酸序列之间的核酸序列一致性或氨基酸序列一致性的水平。当第一和第二序列中的一位置被相同的核酸或氨基酸占据时(比如，如果第一核酸序列和第二核酸序列中的一位置被胞嘧啶占据)，则第一和第二序列在那个位置是同源的。

通常，两个序列之间的同源性是由两个序列在比较的位置总数中共享的匹配或同源位置的数量来计算的。在一些实施方案中，第一和第二序列是以最大化％同源性的方式来对齐。在一些实施方案中，％同源性是指两个序列中较短的序列的％同一性。在一些实施方案中，一核酸序列的％同源性包括基因间隔区。％同源性的示例性水平包括但不限于80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％或更多的第一和第二序列之间的序列一致性。

可用于确定两个序列之间％同源性的示例性序列对齐程序包括但不限于FASTA包(包括严密的(SSEARCH、LALIGN、GGSEARCH和GLSEARCH)和启发式的(FASTA、FASTX/Y、TFASTX/Y和FASTS/M/F)算法)、EMBOSS包(Needle、stretcher、water和matcher)、BLAST程序(包括但不限于BLASTN、BLASTX、TBLASTX、BLASTP、TBLASTN)、megablast和BLAT。在一些实施方案中，所述序列对齐程序是BLASTN，比如，95％同源性指的是通过BLASTN确定的95％序列一致性，通过组合所有非重迭对齐片段(BLAST HSPs)、加总它们的相同匹配数，并将此总和除以较短序列的长度来确定的。

在一些实施方案中，所述序列对齐程序是一基本的局部对齐程序，比如，BLAST。在一些实施方案中，所述序列对齐程序是一成对的全局对齐程序。在一些实施方案中，成对全局比对程序是用于蛋白质-蛋白质对齐。在一些实施方案中，所述成对的全局比对程序是Needle。在一些实施方案中，所述序列对齐程序是一个多重对齐程序。在一些实施方案中，所述多重对齐程序是MAFFT。在一些实施方案中，所述序列对齐程序是一全基因组对齐程序。在一些实施方案中，所述全基因组对齐是使用BLASTN来进行的。在一些实施方案中，BLASTN被使用无需对默认参数进行任何更改。

如在此所使用的，一“药物组合物”是指本发明所述噬菌体与其他成分(例如生理上合适的载体和/或赋形剂)的一制剂。

“生理学上可接受的载体”和“药学上可接受的载体”在本文中可互换使用，是指不会对生物体造成显着刺激并且不会消除所给予的噬菌体组合物的生物活性和特性的一载体或一稀释剂。佐剂被包括在这些短语下。

术语“赋形剂”是指添加到一药物组合物中以进一步促进活性成分给药的一惰性物质。实施例包括但不限于碳酸氢钙、磷酸钙、各种糖类和各种类型的淀粉、纤维素衍生物、明胶、植物油、聚乙二醇和表面活性剂，比如包括聚山梨酯20。

术语“治疗有效剂量”和“治疗有效量”是用于指与未治疗的控制组相比导致IBD的预防、症状发作延迟或症状改善的化合物的量。比如，与未治疗的控制组相比，一治疗有效量可以足以治疗、预防、降低IBD的严重程度、延迟发作和/或降低IBD的一种或多种症状的发生风险。

如在此所使用的，“胃肠道”包括负责食物转移和消化、营养吸收和废物排泄的器官、腺体、管道和系统。在人类中，“胃肠道”始于口腔，止于肛门，此外还包括食道、胃、小肠和大肠。上消化道包括口腔、食道、胃和小肠的十二指肠。下消化道包括小肠的其余部分，即空肠和回肠，以及所有的大肠，即盲肠、结肠、直肠和肛管。细菌遍布整个肠道。

在一些实施方案中，胃肠道的不同部分可能与疾病有关。在CD中，比如，所述噬菌体可以配制为靶向存在于小肠、结肠、回肠、回盲部、食道、口腔和/或肛门中的细菌。在UC中，比如，所述噬菌体可以被配制为靶向存在于哺乳动物的结肠、直肠、肛门和大肠中的细菌。

除非明确地相反指示，否则如本文所使用的冠词“一个(a和an)”应理解为意指“至少一个”。

当在列表中的元素之间使用时，短语“和/或”意在表示(1)仅存在单个列出的元素，或(2)存在列表中多于一个的元素。例如，“A、B和/或C”表示选择可以是：单独的A；单独的B；单独的C；A和B；A和C；B和C；或A、B和C。短语“和/或”可以与列表中的“至少一个”或“一个或多个”元素互换使用。

所有范围均包含终点。引用的所有参考文献均通过任何目的的全部参考文献(在存在不一致的情况下以说明书为准)而并入。单数形式包含复数形式。

噬菌体：

本文所述的所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够裂解一或多种与IBD(比如，溃疡性结肠炎、克罗恩氏病)相关联的克雷伯菌菌株。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够裂解一种或多种与IBD相关的肺炎克雷伯菌细菌菌株。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解哺乳动物中的一种或多种克雷伯菌来调节IBD。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解哺乳动物胃肠道中的一种或多种克雷伯菌来调节IBD。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解哺乳动物口腔中的一种或多种克雷伯菌来调节IBD。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解哺乳动物小肠中的一种或多种克雷伯菌来调节IBD。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解哺乳动物胃中的一种或多种克雷伯菌来调节IBD。

在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解一种或多种克雷伯菌来调节与质子泵抑制剂(Proton pump inhibitor，PPI)治疗(Juillerat等人，2012)相关的IBD。在一些实施方案中，所述噬菌体和噬菌体鸡尾酒能够通过裂解一种或多种克雷伯菌来调节与原发性硬化性胆管炎(Hirschfield等人，2013；Palmela等人，2017)相关的IBD。

在一些实施方案中，噬菌体可以通过本领域已知和本文公开的方法或方法的组合归类为特定噬菌体家族的成员。噬菌体家族的非限制性例子包括肌尾噬菌体科2型(比如，噬菌体T4或RB43)、短尾噬菌体科3型(比如，噬菌体phiYeO3-12、T3或T7)和长尾噬菌体科1型(比如，噬菌体T1、TLS或RTP)。

在一些实施方案中，噬菌体可以被测序，并组装读数，比如，使用SPAdes。请参见，比如，Bankevich等人，2012。在一些实施方案中，开放阅读框的预测和氨基酸序列的转译可以在组装的噬菌体基因组上被执行，比如，使用Prokka。请参见，比如，Seemann，2014。

在一些实施方案中，噬菌体是通过分析噬菌体结构基因而被归类为一家族的成员，比如，使用VIRFAM。请参见，比如，Lopes等人，2014。

在一些实施方案中，通过分析组装的噬菌体基因组，例如与NCBI Reseq数据库中的噬菌体基因组(例如，使用BLAST)相比，噬菌体被归类为一家族的成员。请参见，比如，O’Leary等人，2016；Camacho等人，2009。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值是至少约50％、60％、70％、80％或90％。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值约为80％。在一些实施方案中，查询覆盖率的BLAST截止值至少约为50％、60％、70％、80％或90％。在一些实施方案中，查询覆盖率的BLAST截止值约为70％。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值为80％，查询覆盖率的BLAST截止值约为70％。在一些实施方案中，来自BLAST搜索的最佳命中的分类注释被使用。

在一些实施方案中，通过分析噬菌体蛋白质序列，例如与NCBI Refseq数据库中的噬菌体蛋白质组(例如，使用BLAST)相比，噬菌体被归类为一家族的成员。请参见，比如，O’Leary等人，2016；Camacho等人，2009。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值是至少约30％、40％、50％、60％或70％。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值约为50％。在一些实施方案中，查询覆盖率的BLAST截止值至少约为30％、40％、50％、60％或70％。在一些实施方案中，查询覆盖率的BLAST截止值约为50％。在一些实施方案中，％同一性的BLAST截止值为50％，查询覆盖率的BLAST截止值约为50％。在一些实施方案中，通过具有最高同源性的BLAST搜索中的蛋白质序列确定噬菌体的参考基因组。在一些实施方案中，噬菌体的分类注释可以从参考基因组的分类注释中推断出来，可选地，除了与参考序列具有超过40％同源性的其他基因组之外。

从本文公开的方法获得的分类注释可以彼此大体一致。如果出现差异，所述差异可以通过使用国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy ofViruses，ICTV)特定分类单元阈值来解决。请参见，比如，https：//talk.ictvonline.org/ictv/proposals/2015.019a-abB.A.v3.Tunavirinae.pdf。

在一些实施方案中，所述噬菌体能够裂解至少一、二、三、四或五种细菌，其选自于KP2(保藏编号DSM 33048)、CT-141-1(保藏编号DSM33052)、CT-123-1(保藏编号DSM33051)、MKP2_2161_1(保藏编号DSM33055)、MKP2_251_B(保藏编号DSM 33053)、MKP2_251_C(保藏编号DSM33054)和8M-all(保藏编号DSM 33050)。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于1.2-2(保藏编号DSM33068)、colon-11、PKP-55(保藏编号DSM 33064)，或肌尾噬菌体科(family Myoviridae)、T偶数噬菌体亚科(subfamily Tevenvirinae)、Kp15病毒属(genus Kp15 virus)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2(Klebsiella pneumoniae strain KP2)、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于1.2-2、colon-11和PKP-55。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组1”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组1包含1.2-2、colon-11和PKP-55。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1(保藏编号DSM 33067)、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c，或肌尾噬菌体科(family Myoviridae)、T偶数噬菌体亚科(subfamily Tevenvirinae)、T4病毒属(genus T4virus)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5-1、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c和M16-5c。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组2”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组2包含M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5-1、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c和M16-5c。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b(保藏编号DSM 330066)、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1，或短尾噬菌体科(family Podoviridae)、自复制短尾噬菌体亚科(subfamilyAutographivirinae)、T7病毒属(genus T7virus)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5和KP2-16-1。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组3”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组3包含KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5和KP2-16-1。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c(保藏编号DSM 33069)、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c，或短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、Kp34病毒属(genus Kp34virus)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c和MCoc9-1c。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组1”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组4包含MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c和MCoc9-1c。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于8M-8(保藏编号DSM 33071)或肌尾噬菌体科、韦昆塔噬菌体亚科(subfamily Vequintavirinae)、Sc1病毒属(genus Sclvirus)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all。在一些实施方案中，所述噬菌体是8M-8。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组5”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组5包含8M-8。

在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于8M-1(保藏编号DSM 33072)、8M-7(保藏编号DSM 33070)、1.2-3s(保藏编号DSM 33065)，或长尾噬菌体科(family Siphoviridae)的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all的至少两种。在一些实施方案中，所述噬菌体是选自于8M-1、8M-7和1.2-3s。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组6”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组6包含8M-1、8M-7和1.2-3s。

在一些实施方案中，所述噬菌体能够裂解KP2和选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的至少一种细菌、至少二种细菌、至少三种细菌、至少四种细菌或至少五种细菌。

如在此所使用的，一噬菌体“鸡尾酒”是指包括至少两种不同的噬菌体分离物的一组合物，例如，如本文所述的裂解性噬菌体。如在此所使用的，“一个(a)”或“一个(one)”噬菌体是指噬菌体的分离物或类型，不一定是指单个噬菌体颗粒。

在一些实施方案中，所述噬菌体鸡尾酒包括至少两种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少两种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染突变的KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少两种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌和突变的KP2细菌。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少三种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少三种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染突变的KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少三种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌和突变的KP2细菌。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少四种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少四种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染突变的KP2细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少四种不同的本文所述的KP2噬菌体，且能够感染野生型KP2细菌和突变的KP2细菌。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少一种选自于如本文所述的群组1、群组5和群组6的噬菌体以及至少一种选自于如本文所述的群组2、群组3和群组4的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2和选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的至少一种细菌、至少二种细菌、至少三种细菌、至少四种细菌、至少五种细菌或至少六种细菌。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于以下的噬菌体：

(a)1.2-2、colon-11、PKP-55或任何其他对前述任一者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组A”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组A包含1.2-2、colon-11和PKP-55。

(b)M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或任何其他对前述任一者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组B”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组B包含M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c和M16-5c。

(c)KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或任何其他对前述任一者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组C”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组C包含KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5和KP2-16-1。

(d)MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或任何其他对前述任一者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组D”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组D包含MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c和MCoc9-1c。

(e)8M-8或任何其他对前者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组E”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组E包含8M-8。

(f)8M-1或任何其他对前者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组F”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组F包含8M-1。

(g)8M-7或任何其他对前者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-123-1和8M-all。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组G”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组G包含8M-7。

(h)1.2-3s或任何其他对前者具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all。在本段落中所给出的所述噬菌体可以被称为“群组H”噬菌体，且能够感染本段落所描述的细菌菌株。在一些实施方案中，群组H包含1.2-3s。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组G。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组H。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括至少一种选自于如本文所述的群组A、群组E、群组F、群组G和群组H的噬菌体以及至少一种选自于如本文所述的群组B、群组C和群组D的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2以及至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，例如在噬菌体感染期间，出现对噬菌体具有抗性的突变细菌菌株。在一些实施方案中，它有利于靶向所述突变细菌的噬菌体。为了产生所述噬菌体，细菌可以与一种或多种本文公开的噬菌体一起温育以产生突变细菌菌株。然后可以筛选环境和临床样本中能够感染突变细菌菌株的噬菌体以识别新的噬菌体。然后噬菌体的效价被选择以允许新噬菌体从细菌细胞有效附着、渗透、扩增和释放。示例性突变的KP2菌株在本文中被描述。请参见，比如，表2。在一些实施方案中，突变细菌菌株反映了当受试者用本文公开的噬菌体治疗时可能在体内发生的突变。在一些实施方案中，可以产生能够感染和裂解突变细菌菌株的噬菌体。因此，在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够治疗未修饰的KP2细菌，以及抗性KP2突变体。

在一些实施方案中，不同噬菌体使用的细菌细胞表面受体可以被鉴定。比如，对特定噬菌体具有抗性的突变的细菌可以被分离和被表征，以检测导致抗性的基因组修饰。此类修饰基因，特别是如果它们编码负责细菌表面蛋白质的合成和/或组装的组分或蛋白质，则可表明何种表面组分负责特定噬菌体的感染。请参见，比如Avrani等人，2011。噬菌体感染途径可以通过使用KP2、KP2-Mcoc1(保藏编号DSM 33049)或8M-all中的任何一种进行感染来分析，然后选择和测序在特定噬菌体存在下出现的抗感染突变细菌。突变和天然细菌基因组可以被比较，以确定负责感染机制的突变，例如，使用参考控制基因组和breseq来识别突变。请参见，比如，Barrick等人，2009，Deatherage和Barrick，2014。在一些实施方案中，频率＞80％的非沉默突变可以被分析。在一些实施方案中，如果位于突变热点之外，频率在20-80％之间的突变可以被分析。在一些实施方案中，可以剖析具有需留意突变的蛋白质的活性、途径和与已知噬菌体受体的相关性。

此类突变体的鉴定很重要，因为它们可能在胃肠道中出现并保持其引起IBD的能力。此类突变体应该能够被本发明组合物中的至少一种噬菌体裂解以提高功效。

我们已鉴定的影响噬菌体感染(即，在含有能够感染特定细菌的特定噬菌体的培养物中出现的噬菌体抗性突变细菌中发现的修饰)的基因组修饰的非限制性范例显示于表3中。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于至少三种或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2以及至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于至少三种或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K(tyrosineK)基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解KP2以及至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括能整体裂解至少三、四、五或六种选自于以下细菌的噬菌体：(a)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaQ基因发生突变；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一grcA基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaG基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wbaP基因发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一酪氨酸K基因和一wbaP基因两者发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wecA基因发生突变；(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一mfps基因发生突变；(h)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因和一wecA基因两者发生突变；(i)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fepA基因发生突变；(j)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一tonB基因和一LamB基因两者发生突变；(k)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；(1)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变；以及(m)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因发生突变。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解KP2以及至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述鸡尾酒能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；以及至少一选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；至少一选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体；以及至少一选自于KP2-5-1和PKP-55的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b的噬菌体。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括含有Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55的噬菌体。

在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体1.2-3b、1.2-2和1.2-3s。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和Mcoc-5c。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和8M-1。在一些实施方案中，所述鸡尾酒包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s、Mcoc-5c和8M-1。

在一些实施方案中，所述噬菌体或鸡尾酒不会显着影响受试者的微生物群(除了专门裂解引起IBD的克雷伯菌)。在一些实施方案中，所述噬菌体或鸡尾酒不会显着影响受试者的共生菌。在一些实施方案中，所述噬菌体或鸡尾酒不会显着影响受试者的益生菌在一些实施方案中，噬菌体或鸡尾酒不能自然地影响微生物群、共生细菌或益生菌，因为所述噬菌体的自然宿主范围受限于，比如，KP2。

在一些实施方案中，对细菌具有特异性的一噬菌体能够识别由所述细菌表达的特定受体和/或附着位点。在一些实施方案中，所述KP2噬菌体是KP2细菌的“特异性”。比如，在体外或体内测定中，例如在噬斑测定、OD测定、噬菌体吸附化验，或任何其他表明噬菌体可以进入、繁殖和离开细菌的化验，所述KP2噬菌体能够在KP2细菌中感染和/或在KP2细菌中产生比在非KP2细菌中更多的病毒粒子。

细菌裂解：

在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够裂解诱导免疫和/或炎症反应的有害克雷伯菌。在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够裂解破坏肠道免疫稳态平衡的有害克雷伯菌，例如，通过增强促炎活性，最终导致慢性肠道炎症。在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够裂解诱导T辅助1(T helper 1，TH1)细胞反应的有害克雷伯菌。在一些实施方案中，通过本文提供的所述噬菌体裂解的克雷伯菌是在管腔内。在一些实施方案中，通过本文提供的所述噬菌体裂解的克雷伯菌是与粘膜或上皮相关联。在一些实施方案中，通过本文提供的所述噬菌体裂解的克雷伯菌是位于回肠的粘膜层和粘膜下层之间，比如，在克罗恩氏病中(Chiodini等人，2015)。

在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够裂解与IBD(例如，溃疡性结肠炎或克罗恩氏病)相关的有害KP2细菌，并且可以被给予以改善所述疾病或其至少一种症状。在一些实施方案中，相较于溃疡性结肠炎，与克罗恩氏病相关的KP2细菌发生率更高。然而，在受试者患有与KP2细菌存在相关的溃疡性结肠炎的实施方案中，本文提供的所述噬菌体可以被给予以裂解那些细菌并改善溃疡性结肠炎或其至少一种症状。

抑制胃酸分泌的药物，例如质子泵抑制剂和原发性硬化性胆管炎(Primarysclerosing cholangitis，PSC)可能会改变IBD的病程。在一些实施方案中，本文提供的所述噬菌体能够裂解在接受质子泵抑制剂疗法或患有PSC的受试者中更普遍的KP2细菌，并且可以被给予以改善与质子泵抑制剂疗法或PSC相关的IBD的至少一种症状。

药物组合物：

包括本文所描述的所述噬菌体或鸡尾酒的药物组合物可被用于调节IBD。包括所述噬菌体或鸡尾酒的药物组合物，单独或与预防剂、治疗剂和/或和药学上可接受的载体组合被提供。在某些实施方案中，所述药物组合物包括一种本文所述的噬菌体。在替代的实施方案中，所述药物组合物包括两种或更多种本文所述的噬菌体，比如一噬菌体的鸡尾酒。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，所述药物组合物包括至少一种选自于如本文所述的群组1、群组5和群组6的噬菌体以及至少一种选自于如本文所述的群组2、群组3和群组4的噬菌体。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组G。在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组H。在一些实施方案中，所述药物组合物包括至少一种选自于如本文所述的群组A、群组E、群组F、群组G和群组H的噬菌体以及至少一种选自于如本文所述的群组B、群组C和群组D的噬菌体。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于至少三种或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于至少三种或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括能整体裂解至少三、四、五或六种选自于以下细菌的噬菌体：(a)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaQ基因发生突变；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一grcA基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaG基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wbaP基因发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一酪氨酸K基因和一wbaP基因两者发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wecA基因发生突变；(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一mfps基因发生突变；(h)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因和一wecA基因两者发生突变；(i)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fepA基因发生突变；(j)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一tonB基因和一LamB基因两者发生突变；(k)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；(l)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变；以及(m)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因发生突变。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；以及至少一选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；至少一选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体；以及至少一选自于KP2-5-1和PKP-55的噬菌体。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55。在一些实施方案中，所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b的噬菌体。在一些实施方案中，所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55的噬菌体。

在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2和1.2-3s。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和Mcoc-5c。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和8M-1。在一些实施方案中，所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s、Mcoc-5c和8M-1。

在一些实施方案中，所述药物组合物能够裂解至少一、二、三、四、五、六或七种细菌，其选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述药物组合物能够裂解KP2和选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的至少一种细菌、至少二种细菌、至少三种细菌、至少四种细菌、至少五种细菌或至少六种细菌。在一些实施方案中，所述药物组合物能够裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

本文描述的所述药物组合物可以使用一种或多种生理上可接受的载体以常规方式来配制，所述载体包括赋形剂和助剂，其促进将活性成分加工成用于药物用途的组合物。配制药物组合物的方法是本领域已知的(请参见，比如，“雷明顿药物科学”，麦克出版公司，宾夕法尼亚州伊斯顿)。在一些实施方案中，所述药物组合物进行压片、冻干、直接压片、常规混合、溶解、制粒、研磨、乳化、包封、包埋或喷雾干燥，以形成片剂、颗粒、纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊、微片剂、丸剂或粉末，其可以肠溶衣或未包衣。适当的制剂取决于给药途径。

本文描述的所述噬菌体可被配制成任何合适剂型的药物组合物(例如，液体、胶囊、小袋、硬胶囊、软胶囊、片剂、肠溶片、混悬粉剂、颗粒剂或用于口服给药的基质缓释剂型)和用于任何合适的给药类型(例如，口服、局部、注射、立即释放、脉冲释放、延迟释放或持续释放)。在一些实施方案中，所述噬菌体被配制为作为漱口水、锭剂、牙膏、口腔溶解条、口腔溶解片剂或口香糖给药。所述组合物可以每天、每周或每月给药一次或多次。

所述噬菌体可以被配制成包括一个或多个药学上可接受的载体、增稠剂、稀释剂、缓冲剂、缓冲剂、表面活性剂、中性或阳离子脂质、脂质复合物、脂质体、渗透促进剂、载体化合物和其他药学上可接受的载体或药剂的药物组合物。比如，所述药物组合物可包括但不限于添加碳酸氢钙、碳酸氢钠、磷酸钙、各种糖类和各类淀粉、纤维素衍生物、明胶、植物油、聚乙二醇和表面活性剂，包括，例如，聚山梨醇酯20。在一些实施方案中，所述噬菌体可以被配制于碳酸氢钠溶液中，例如，1摩尔碳酸氢钠溶液(以缓冲酸性细胞环境，例如胃)。所述噬菌体可以以中性或盐形式被给药和被配制。药学上可接受的盐包括与阴离子形成的盐，例如衍生自盐酸、磷酸、乙酸、草酸、酒石酸等的那些，以及与阳离子形成的那些，例如衍生自钠、钾、铵、钙、氢氧化铁、异丙胺、三乙胺、2-乙氨基乙醇、组氨酸、普鲁卡因等。

所述噬菌体可以被口服给药并可被配制成片剂、丸剂、糖衣丸、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、混悬剂等。口服使用的药理学组合物可以使用固体赋形剂来制备，任选研磨所得混合物，然后加工颗粒混合物，如果需要，在加入合适的助剂后，得到片剂或糖衣丸芯。合适的赋形剂包括但不限于填充剂，例如糖类，包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨糖醇；纤维素组合物，例如玉米淀粉、小麦淀粉、大米淀粉、马铃薯淀粉、明胶、黄蓍胶、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、碳甲基纤维素钠；和/或生理上可接受的聚合物，例如聚乙烯吡咯烷酮(Polyvinylpyrrolidone，PVP)或聚乙二醇(Polyethylene glycol，PEG)。崩解剂也可被加入，如交联聚乙烯吡咯烷酮、琼脂、海藻酸或其盐类，如海藻酸钠。

在一些实施方案中，所述噬菌体被配制用于递送至哺乳动物口腔。在一些实施方案中，所述药物组合物包括所述噬菌体和一药学上可接受的赋形剂，其中所述噬菌体和所述药学上可接受的赋形剂在自然界中不会一起出现。在一些实施方案中，所述药物组合物包括所述噬菌体和一药学上可接受的赋形剂，其中所述药学上可接受的赋形剂是一种非天然存在的赋形剂。

在一些实施方案中，所述噬菌体被配制用于递送至哺乳动物肠道。在一些实施方案中，所述药物组合物包括所述噬菌体和一药学上可接受的赋形剂，其中所述噬菌体和所述药学上可接受的赋形剂在自然界中不会一起出现。在一些实施方案中，所述药物组合物包括所述噬菌体和一药学上可接受的赋形剂，其中所述药学上可接受的赋形剂是一种非天然存在的赋形剂。

片剂或胶囊剂可以用药学上可接受的赋形剂的常规方法来制备，所述药学上可接受的赋形剂例如为粘合剂(比如，预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯烷酮、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素、聚乙二醇、蔗糖、葡萄糖、山梨糖醇、淀粉、树胶、高岭土、黄蓍胶)；填充剂(比如，乳糖、微晶纤维素或磷酸氢钙)；润滑剂(比如，钙、铝、锌、硬脂酸、聚乙二醇、十二烷基硫酸钠、淀粉、苯甲酸钠、L-亮氨酸、硬脂酸镁、滑石粉或二氧化硅)；崩解剂(比如，淀粉、马铃薯淀粉、羟基乙酸淀粉钠、糖类、纤维素衍生物、二氧化硅粉)；或润湿剂(比如，十二烷基硫酸钠)。所述片剂可以通过本领域公知的方法进行包衣。膜壳可能存在，常见的膜包括但不限于聚乳酸、聚乙醇酸、聚酐、其他可生物降解聚合物、海藻酸盐-聚赖氨酸-海藻酸盐(Alginate-polylysine-alginate，APA)、海藻酸盐-聚亚甲基-共-胍-海藻酸盐(Alginate-polymethylene-co-guanidine-alginate，A-PMCG-A)、羟甲基丙烯酸-甲基丙烯酸甲酯(Hydroxymethylacrylate-methyl methacrylate，HEMA-MMA)、多层HEMA-MMA-MAA、聚丙烯腈基氯乙烯(Polyacrylonitrilevinylchloride，PAN-PVC)、丙烯腈/甲基烯丙基磺酸钠(AN-69)、聚乙二醇/聚五甲基环戊硅氧烷/聚二甲基硅氧烷(Polyethylene glycol/polypentamethylcyclopentasiloxane/polydimethylsiloxane，PEG/PD5/PDMS)、聚N，N-二甲基丙烯酰胺(Poly N，N-dimethyl acrylamide，PDMAAm)、含硅胶囊，硫酸纤维素/海藻酸钠/聚亚甲基-共-胍Cllulose sulphate/sodium alginate/polymethylene-co-guanidine，CS/A/PMCG)、邻苯二甲酸醋酸纤维素、海藻酸钙、k-卡拉胶-刺槐豆胶凝胶珠、结冷胶-黄原胶珠、聚(丙交酯-共-乙交酯)、角叉菜胶、淀粉聚酐、淀粉聚甲基丙烯酸酯、聚氨基酸和肠溶包衣聚合物。

在一些实施方案中，所述噬菌体被肠溶包衣以释放到肠道或肠道的特定区域。从胃到结肠的典型pH值约为1-4(胃)、5.5-6(十二指肠)、7.3-8.0(回肠)和5.5-6.5(结肠)。在某些疾病中，pH值可能被修改。在一些实施方案中，所述包衣会在特定的pH值环境中被降解，以便指定释放部位。

用于口服给药的液体制剂可以采用溶液剂、糖浆剂、混悬剂或在使用前用水或其他合适的载体配制的干燥产品的形式。此类液体制剂可以通过用药学上可接受的试剂以常规方法来制备，所述用药学上可接受的试剂例如为悬浮剂(比如，山梨糖醇糖浆、纤维素衍生物或氢化食用脂肪)；乳化剂(比如，卵磷脂或阿拉伯胶)；非水性载体(比如，杏仁油、油性酯、乙醇或分馏植物油)；和防腐剂(比如，对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯或山梨酸)。所述制剂还可以视情况含有缓冲盐、调味剂、着色剂和甜味剂。用于口服给药的所述制剂可以被适当地配制用于所述噬菌体的缓释、控释或长效缓释。

在某些实施方案中，所述噬菌体可以例如与惰性稀释剂或可同化的可食用载体一起被口服给药。所述化合物也可以被封装在一硬壳或软壳明胶胶囊中、被压成片剂，或直接被加入受试者的饮食中。对于口服治疗性给药，所述化合物可以与赋形剂混合，并以可摄取片剂、含服片剂、锭剂、胶囊剂、酏剂、混悬剂、糖浆剂、威化剂等形式使用。为了通过肠胃外给药以外的方式给药一化合物，可能需要用防止其失活的一材料包覆所述化合物，或将所述化合物与前述材料共同给药。在一些实施方案中，所述噬菌体被口服给药以递送至口腔并且能够裂解口腔中存在的细菌。在一些实施方案中，所述噬菌体被口服给药以递送至肠道，并且能够裂解肠道中存在的细菌。

在一些实施方案中，所述组合物被配制用于肠内给药、空肠内给药、十二指肠内给药、回肠内给药、胃分流给药或结肠内给药，其是经由纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊或微片剂(它们是肠溶包衣或未包衣的)给药。所述药物组合物也可被配制成直肠组合物，如栓剂或保留灌肠剂，使用，例如，常规栓剂基质，如可可脂或其他甘油酯。所述组合物可以是在油性或水性载体中的悬浮液、溶液或乳液，并且可以包含悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。

在一些实施方案中，所述药学上可接受的组合物为单一剂型。单一剂型可以是液体或固体形式。单一剂型可以不经修饰直接给予患者，或者可以在给药前稀释或重组。在某些实施方案中，单一剂型可以以大丸剂形式被给予，例如，单次注射、单次口服剂量，包括包含多个片剂、胶囊、丸剂等的一口服剂量。在替代的实施方案中，单一剂型可以通过，比如输注在一段时间内被给予。所述药物组合物的单一剂型可以通过将所述药物组合物分成更小的等分试样、单剂量容器、单剂量液体形式或单剂量固体形式来制备，例如片剂、颗粒、纳米颗粒、纳米胶囊、微胶囊、微片剂、丸剂或粉末，其可以是肠溶包衣的或未包衣的。在给予一患者前，一固体形式的单剂量可以通过添加液体(通常是无菌水或盐水溶液)而被重组。

在其他实施方案中，所述组合物可以在一控释或长效缓释系统中被递送。在一实施方案中，泵可以被用于实现控释或长效缓释。在另一实施方案中，聚合物材料可以被用于实现本公开内容的疗法的控释或长效缓释(请参见，比如，美国专利号5，989，463)。用于长效缓释制剂的聚合物的范例包括但不限于聚(2-羟基甲基丙烯酸乙酯)(poly(2-hydroxyethyl methacrylate))、聚(甲基丙烯酸甲酯)(poly(methyl methacrylate))、聚(丙烯酸)(poly(acrylic acid))、聚(乙烯-共-醋酸乙烯酯)(poly(ethylene-co-vinyl acetate))、聚(甲基丙烯酸)(poly(methacrylic acid))、聚乙交酯(polyglycolides，PLG)、聚酐(polyanhydrides)、聚(N-乙烯基吡咯烷酮)(poly(N-vinyl pyrrolidone))、聚(乙烯醇)(poly(vinyl alcohol))、聚丙烯酰胺(polyacrylamide)、聚(乙二醇)(poly(ethyleneglycol))、聚丙交酯(polylactides，PLA)、聚(丙交酯-共-乙交酯)(poly(lactide-co-glycolides)，PLGA)和聚原酸酯(polyorthoesters)。用于长效缓释制剂的所述聚合物可能是惰性的、不含可浸出的杂质、储存稳定、无菌和可生物降解。在一些实施方案中，一控释或长效缓释系统可以被放置在预防或治疗目标的附近，因此只需要全身剂量的一小部分。本领域技术人员已知的任何合适的技术可以被使用。

剂量方案可以被调整以提供一治疗反应。剂量可取决于多种因素，包括疾病的严重程度和反应性、给药途径、治疗的时间过程(数天至数月至数年)，以及疾病改善的时间。比如，单次灌注可以一次被给予，多个分次剂量可以在预定时间段内被给予，或者所述剂量可以根据治疗情况的指示被减少或被增加。

在一些实施方案中，所述成分可以被单独提供，或以单位剂型混合在一起提供。所述药物组合物可以被包装在密封容器中，例如指示药剂量的一安瓿或小袋。在一实施方案中，所述药物组合物中的一种或多种以一干燥的无菌冻干粉或无水浓缩物的形式被提供在一密封容器中，并且可以被重组(比如，用水或盐水)至合适的浓度以给予一受试者。在一实施方案中，一种或多种预防剂或治疗剂或药物组合物以一干燥的无菌冻干粉的形式被提供在一密封容器中并在给药前被重组。冷冻保护剂可以被包含于一冻干剂型中，主要是0-10％的蔗糖(最佳是0.5-1.0％)。其他合适的冷冻保护剂包括海藻糖和乳糖。其他合适的填充剂包括甘氨酸和精氨酸，它们中的任何一种都可以以0-0.05％的浓度被包括，以及聚山梨醇酯-80(最佳以0.005-0.01％的浓度被包括)。额外的表面活性剂包括但不限于聚山梨醇酯20和BRIJ表面活性剂。所述药物组合物可以被制备为一可注射溶液，并且可以进一步包含作为一佐剂的一试剂，例如用于增加吸收或分散的那些，比如，透明质酸酶。

治疗方法：

使用一噬菌体、一噬菌体鸡尾酒和/或包含一噬菌体或一噬菌体鸡尾酒的一药物组合物治疗一哺乳动物中IBD的方法被提供。在一些实施方案中，一治疗IBD的方法包括向一受试者给予本文描述的所述KP2噬菌体、鸡尾酒和/或药物组合物。在一些实施方案中，一治疗克罗恩氏病的方法包括向一受试者给予本文描述的所述噬菌体、鸡尾酒和/或药物组合物。在一些实施方案中，一治疗溃疡性结肠炎的方法包括向一受试者给予本文描述的所述噬菌体、鸡尾酒和/或药物组合物。在一些实施方案中，一治疗与原发性硬化性胆管炎相关的IBD的方法包括向一受试者给予本文描述的所述噬菌体、鸡尾酒和/或药物组合物。在一些实施方案中，IBD可以与质子泵抑制剂治疗有关，并且可以在质子泵抑制剂治疗之前、期间或之后，对受试者给予本文描述的所述噬菌体、鸡尾酒和/或药物组合物。

在一些实施方案中，所述噬菌体、所述噬菌体鸡尾酒和/或其所述药物组合物可以被用于一治疗方法。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组1、群组2、群组3、群组4、群组5和群组6。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括至少一个选自于如本文所述的群组1、群组5和群组6的噬菌体和至少一个选自于如本文所述的群组2、群组3和群组4的噬菌体。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于以下群组的至少三个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组H。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于以下群组的至少四个的噬菌体：如本文所述的群组A、群组B、群组C、群组D、群组E、群组F和群组H。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括至少一个选自于如本文所述的群组A、群组E、群组F、群组G和群组H的噬菌体和至少一个选自于如本文所述的群组B、群组C和群组D的噬菌体。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于至少三种或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与钴胺素摄取的基因发生突变或参与麦芽糖运输的基因发生突变的至少一个。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于至少三或四种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括选自于至少一种能够感染和/或裂解以下的噬菌体的噬菌体：(a)肺炎克雷伯菌菌株KP2；以及包括选自于至少一、二或三种能够整体裂解以下的噬菌体的噬菌体：(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括能够整体裂解选自于以下的至少三、四、五或六种细菌的噬菌体：(a)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaQ基因发生突变；(b)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一grcA基因发生突变；(c)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaG基因发生突变；(d)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wbaP基因发生突变；(e)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一酪氨酸K基因和一wbaP基因两者发生突变；(f)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wecA基因发生突变；(g)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一mfps基因发生突变；(h)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因和一wecA基因两者发生突变；(i)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fepA基因发生突变；(j)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一tonB基因和一LamB基因两者发生突变；(k)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；(1)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变；以及(m)一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因发生突变。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2和至少一、二、三、四、五或六种细菌，其选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。在一些实施方案中，所述噬菌体和/或药物组合物能够进一步裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；以及至少一个选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c和8M-7；至少一个选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体；以及至少一个选自于KP2-5-1和PKP-55的噬菌体。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s的噬菌体。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b的噬菌体。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括含有Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55的噬菌体。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2和1.2-3s。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和Mcoc-5c。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s和8M-1。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2、1.2-3s、Mcoc-5c和8M-1。

在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物能够裂解至少一、二、三、四、五、六或七种选自于KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的细菌。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物能够裂解KP2和选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的至少一种细菌、至少二种细菌、至少三种细菌、至少四种细菌、至少五种细菌或至少六种细菌。在一些实施方案中，待给予的所述噬菌体和/或其所述药物组合物能够裂解KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all的每一个。

在一些实施方案中，一治疗IBD的方法包括向确定感染克雷伯菌的哺乳动物给予本文描述的所述噬菌体、所述噬菌体鸡尾酒和/或包括噬菌体或噬菌体鸡尾酒的药物组合物。在一些实施方案中，一治疗IBD的方法包括对确定感染肺炎克雷伯菌的哺乳动物给予本文描述的所述噬菌体、所述噬菌体鸡尾酒和/或包括噬菌体或噬菌体鸡尾酒的药物组合物。在一些实施方案中，一治疗IBD的方法包括对确定感染肺炎克雷伯菌KP2突变体的哺乳动物给予本文描述的所述噬菌体、所述噬菌体鸡尾酒和/或包括噬菌体或噬菌体鸡尾酒的药物组合物。

在一些实施方案中，所述噬菌体和所述治疗方法是预防性被使用。比如，所述方法包括向确定为易患IBD的哺乳动物给予本文描述的所述噬菌体、所述噬菌体鸡尾酒和/或包括噬菌体或噬菌体鸡尾酒的药物组合物。

在一些实施方案中，对IBD的易感性通过获得IBD的遗传易感性来测量，如通过与肠中免疫功能相关的基因或基因座中的突变来确定，其包括涉及炎症和免疫调节、组织重塑、肿瘤发生和细胞凋亡的基因座和基因(比如，NOD2、HLA-27、ATG16L1、白细胞介素、CCL和CCR基因、SOD基因、MMPs、JAK、STAT、TIMP基因和许多其他如Suzuki等人(2012)所述的基因)和与自噬相关的基因(Jostins等人，2012)；存在其他免疫疾病(同胞疾病)，例如自身免疫性疾病、白塞氏病、移植物抗宿主病、系统性红斑狼疮、皮肌炎、多发性肌炎、自身免疫性慢性活动性肝炎、寻常型天疱疮、结节性多动脉炎、自身免疫性溶血性贫血、特发性血小板减少性紫癜、重症肌无力、狼疮性肾炎、血小板输注难治性1型糖尿病、强直性脊柱炎、多发性硬化、银屑病、银屑病关节炎、哮喘和类风湿性关节炎(Suzuki等人，2012)；急性胃肠炎(Raposo等人，2017)；已显示通过调节微生物群影响免疫反应和炎症状态的饮食成分，例如高碳水化合物和动物脂肪饮食、大量摄入红肉和加工肉类、蛋白质、酒精饮料、硫和硫酸盐、加工食品(Raposo等人，2017年)；生活习惯(西方卫生标准和改善的卫生条件)；药物(抗生素和类固醇)，尤其是在儿童时期使用会导致微生物组成分发生变化(Raposo等人，2017)；取决于营养物质的表观遗传机制，例如叶酸和硒(DNA甲基化(Raposo等人，2017)；污染物、久坐不动的生活方式和吸烟(Raposo等人，2017)；地理(Hold等人，2014)；家族中IBD的历史(Baumgart和Sandborn，2012；Neurath，2014)。

在一些实施方案中，所述噬菌体被多次给药以达到一所需的治疗效果。比如，当一宿主细菌被破坏时，感染所述细菌的噬菌体不能再繁殖，因为其宿主已被根除并可从消化道中被清除，并且所述噬菌体可能需要重新给药，比如，至少每天两次、至少每天、至少每隔一天、至少每三天、至少每周或至少每月。

在一些实施方案中，本文描述的噬菌体可与一种或多种已知且适合IBD的药物联合给药，包括抗炎药、饮食疗法、益生菌等。在一些实施方案中，本文描述的噬菌体可以与一种或多种用于调节胃的pH的物质(例如质子泵抑制剂、组胺H2拮抗剂和/或碳酸氢盐)组合给药。

用于调节胃pH的药物或物质可以在给予噬菌体之前、同时或之后被给予。

确定一待以噬菌体治疗的受试者的方法：

选择对治疗有反应的受试者的方法在此被提供。

在一些实施方案中，选择对本文所述方法的治疗有反应的一受试者的方法包括：(1)获取一生物样品，比如，从受试者的肠道或口腔、(2)培养从所述生物样品中得到的细菌、(3)以本文描述的噬菌体接种所述培养的细菌，以及(4)测定被所述噬菌体裂解的培养的细菌的量。在一些实施方案中，所述裂解是通过如本文所述的液体培养基测定和/或固体培养基测定来确定。在一些实施方案中，将使用从肠样品培养的细菌的裂解的量与一控制组(比如，从不同的未感染受试者获得的一样品，或从感染前同一受试者的一样品)进行比较。在一些实施方案中，如果任何裂解在体外和/或体内通过噬菌体被介导，则本文描述的噬菌体适用于治疗KP感染。在一些实施方案中，如果从所述受试者培养的细菌的一可检测部分通过所述噬菌体被裂解时，受试者被确定感染了克雷伯菌。在一些实施方案中，如果培养的细菌的一可检测部分通过一KP2噬菌体被裂解时，受试者被确定感染了肺炎克雷伯菌KP2。

在一些实施方案中，所述生物样品是一口腔样品或咳出物、活体组织切片或粪便。在一些实施方案中，确定由所述噬菌体裂解的培养的细菌的量包括使用本文描述的噬斑测定或液体OD法进行所述细菌样品的一KP2特异性qPCR和/或用于噬菌体敏感性的一直接测试。在一些实施方案中，待治疗的一阳性样品或受试者是通过噬斑测定中噬斑的存在来确定。在一些实施方案中，待治疗的一阳性样品或受试者是通过一液体OD测定中OD的减少来确定。在一些实施方案中，基于血清型的筛选被执行是使用测定法，例如免疫测定法、ELISA，以确定抗KP2和/或其荚膜类型的抗体的存在。在一些实施方案中，所述噬菌体是用可检测的标记物(例如，一发光标记物)而被标记，并且所述细菌的感染是通过检测所述标记物的增加来确定，比如，在一发光测定中。

保藏登录号：

KP2细菌(保藏编号DSM 33048)、KP2-Mcoc1细菌(保藏编号DSM33049)、KP28M-all细菌(保藏编号DSM 33050)、CT-123-1细菌(保藏编号DSM 33051)、CT-141-1细菌(保藏编号DSM 33052)、MKP2_251B细菌(保藏编号DSM 33053)、MKP2_251C细菌(保藏编号DSM 33054)、MKP2_2161_1细菌(保藏编号DSM 33055)、8M-1噬菌体(保藏编号DSM33072)、8M-8噬菌体(保藏编号DSM 33071)、8M-7噬菌体(保藏编号DSM 33070)、MCoc5c噬菌体(保藏编号DSM33069)、1.2-2噬菌体(保藏编号DSM 33068)、KP2-5-1噬菌体(保藏编号DSM 33067)、1.2-3b噬菌体(保藏编号DSM 33066)、1.2-3s噬菌体(保藏编号DSM 33065)、PKP-55噬菌体(保藏编号DSM 33064)、colon-11噬菌体(保藏编号F/00143)、colon-14-15噬菌体(保藏编号F/00144)、KP2-15-2-1噬菌体(保藏编号F/00145)、MCoc8a噬菌体(保藏编号F/00146)、MCoc9-1c噬菌体(保藏编号F/00147)。

实施例

实施例1：KP2临床变体的分离

10μl的被悬浮于缓冲液中的粪便在4ml蛋白胨水(M028，Hylabs)中于37℃下被培养过夜。10μl的所述培养物被画在MacConkey和Chromagar定向板上。使用UMI琼脂管(TT-147，Hylabs)测试能够在MacConkey板上生长的菌落(其呈现粉红色、粘液状菌落形态)或能够在Chromagar板上生长并具有蓝色外观的菌落的形成吲哚气体的运动性和能力。菌落是使用下一代双端Illumina技术通过基于全基因组Nextera测序而被进一步地分析，得到的序列详细分析如下。每一肺炎克雷伯菌分离物是使用150bp双端读数的Illumina Nextera测序来进行测序的。适配器移除和质量修整是使用Trimgalore(https：//github.com/FelixKrueger/TrimGalore)和cutadapt(Martin，2011)而被完成。phred分数低于30的位置从读数中被删除，去除低质量核苷酸后短于55bp的读数被完全废弃。组装是使用SPAdes来执行(Bankevich等人，2012)。肺炎克雷伯菌分类的验证是使用Kleborate(https：//github.com/katholt/Kleborate)(其基因型组装并确定它们是否确实是肺炎克雷伯菌)而被完成。结果是通过将组装的重叠群与位于以下位置的已知克雷伯菌种基因组进行比较而获得的：https：//bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/klebsiella.html。比较是使用BLAST来完成的(Altschul，1990)，且克雷伯菌种是从已知克雷伯菌种之间的同一性派生的系统发育树来确定的，其中距离度量为mash(Ondov等人，2016)。KP2变体是通过以下两种单独的方法被明确地识别：

A.多位点序列分型(MLST)：由Kleborate(使用默认参数运行)确定为序列类型323(Diancourt等人，2005)的肺炎克雷伯菌菌株被定义为KP2菌株。

B.全基因组相似性参考KP2菌株：参考KP2(见下表)被获得，且分离出的每个新KP菌株是使用fastANI与这些参考进行比较(Jain等人，2018)。相较于任何这些参考基因组，FastANI评分为99.9％或更高的分离菌株被定义为KP2菌株。

如果这些条件(MLST或全基因组相似性)中的任何一个被满足，所述菌株被定义为一KP2临床变体。当以这种方式被分离且被鉴定为KP2临床变体的两种菌株在野生型小鼠和IL10KO小鼠中被测试其促炎活性时(如Atarashi等人2017年针对KP2H7所述，它们会自发地发展为一慢性的炎症性肠病(Atarashi K等人，肠道中口腔细菌的异位定植驱动T(H)1细胞诱导和炎症，Science，358：359-365，2017))，它们被发现表现出TH1免疫激活能力(如图16所示)。

KP2细菌基因组已经被测序并且是本领域已知的，请见，比如，基因库BDQR01000001.1(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/BDQR01000001.1)、基因库GCA_002260905.1(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_002260905.1)、生物样本：SAMD00083910(https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/SAMD00083910/)、生物项目PRJDB5883(nih.gov/bioproject/PRJDB5883)，以及Atarashi等人，肠道中口腔细菌的异位定植驱动TH1细胞诱导和炎症，Science(2017)。当KP2突变体例如在以下描述的噬菌体抗性细菌的突变分析中被获得时，16S分析被执行。与参考KP2 16S序列的98％以上的全局同源性证实了后来的菌株是纯的。请参见，比如，NCBI BLAST(Altschul等人，1997)和核糖体数据库项目(Cole等人，2014)。一计算机内16S PCR在KP2上被运行产生了NCBI BLAST(Altschul等人，1997)和核糖体数据库项目(Cole等人，2014)皆与肺炎克雷伯菌的16S相匹配的扩增子。

实施例2：噬菌体来源

污水是从舍巴(Sheba)医院的国家病毒学中心得到。牙科污水是收集自Poria医院的牙科诊所。粪便样品是从伊奇罗夫(Ichilov)医院的健康捐赠者或IBD患者被获取。从不同时间不同地点获得的5-6个样品组成的污水的批次被离心，并且上清液是使用真空过滤系统来过滤(默克密理博(Merck Millipore)玻璃纤维预过滤器APFD、APFB，接续是Expressplus PES 47mm圆盘0.45μm过滤器)。在此过程中，400mL的5-6个样品被混合到一个池中。合并的污水样品混合物是通过Pellicon过滤系统来浓缩(从2L到20mL)。浓缩的污水样品是以0.45μM过滤器来过滤，被转到条形码管，且被储存在4℃。因此，所述库中的每一污水噬菌体分离物是由不同地理来源的5-6个样品的噬菌体组成。

4-5个不同捐助者的牙科污水样品是以与普通污水类似的方式被处理，不同的是批次的起始体积是低于400mL。每一浓缩的牙科污水样品是以0.45uM过滤器来过滤，被转到条形码管，且被储存在4℃。

粪便样品是按如下方式被单独处理：5g的个人捐赠者的每一粪便样品被秤重，且与SM缓冲液(50mM Tris、200mM NaCl、10mM MgSO₄、0.01％明胶)一起被插入一BagMixer塑料袋中。粪便物质是在一BagMixer 400P集料器中通过2个2分钟的循环被再悬浮。所得悬浮液被离心，剩余的上清液是以0.45μm过滤器来过滤，以去除细菌部分并被保持于4℃。

实施例3：筛选识别肺炎克雷伯菌的噬菌体的环境和临床样品

10个牙科污水样品、41个污水样品和70个粪便样品被分别使用来组装主要3种样本的微型混合物(总共39个混合物)。筛选是在经由滴噬斑测定(噬菌体方法和协议MRJClokie AM Kropinsky)的48孔板中，通过将10μL的每种混合物涂敷到一KP2菌苔上来进行的。平板是在需氧条件下被培养2-3小时(37℃)，之后所述菌苔上的噬斑变得可见。一噬斑被提取(使用无菌20μL吸头)到噬菌体缓冲液(Tris-HCl pH 7.5 50mM、NaCl 100mM、MgCl₂.6H₂O 5mM、MnCl₂.4H₂O 0.1mM在DDW中)中，并以相同方式被再分离两次，共3轮。一单个噬菌体KP2-5是以这种方式被分离。

上述样品还被用于组装6种样品混合物(共21个混合物)。100μL的每种混合物被添加到一液体KP2培养物中，然后在37℃下培养3小时。培养后，试管被离心，上清液是通过0.45μm注射式过滤器被过滤，且试管被保持在4℃。上清液的筛选是通过滴噬斑测定在48孔板中的KP2菌苔上测试10μL的每种来进行的。平板是在需氧条件下被培养2-3小时(37℃)，之后所述菌苔上的噬斑变得可见。噬斑被提取(使用一无菌20μL吸头)到噬菌体缓冲液中，并按以上所述方式进行再分离。以这种方式分离的所述噬菌体是KP2-5-1、KP2-14、KP2-15-1、KP2-15-2-1和KP2-16-1。

在积累额外的环境和临床样品后，另一轮噬菌体分离按如上所述方式被进行。19个牙科污水样品、58个污水样品和100个粪便样品被用于组装65种微型混合物(每个微型混合物平均三种样品)，然后将其组合成8个大型混合物(8个小型混合物＝大型混合物)。100μL的每种混合物被添加到一液体KP2培养物中，并获得如上所示的上清液。

上清液被用于通过读板器进行如下筛选：0.2mL的KP2(OD＝1.2)被分配到一96孔板中。10uL的上清液被重复添加(8x2)。控制孔(无噬菌体的KP2；空白孔)也被准备。所述板在一机器读板器(Freedom EVO 75，Tecan)中于37℃下被搅拌培养过夜，OD每15分钟被测量一次。

对于显示KP2生长曲线下降的上清液(8个大型混合物中的4个)，筛选是通过滴噬斑测定在KP2菌苔上测试10μL的每种上清液来进行的。平板是在需氧条件下被培养过夜(37℃)，之后所述菌苔上的噬斑变得可见，并按上述方式来分离。以下噬菌体是以这种方式被分离：1.2-2、1.2-3b、1.2-3s、1.2-4br、1.2-4s。

实施例4：产生KP2突变体

为了获得抗性突变菌株，KP2与单独的KP2-16-1或KP2-5-1、KP2-14、KP2-15-1、KP2-15-2-1和KP2-16-1的鸡尾酒一起被培养，在4mL BHIS中以1x10⁶PFU/mL的噬菌体效价，在37℃下振荡至OD600nm＝1.5。然后所述培养物是以液体BHIS来稀释至OD＝0.2，并且被分配(200μL/孔)到96孔板中。10μL的KP2-16-1或所述鸡尾酒被加入。吸亮度(600nm)在读板器中每15分钟被监测一次，持续24小时。对单独KP2或暴露于KP216-1或鸡尾酒的KP2的生长曲线的分析揭示了突变候选物。含有突变候选物的孔的内容物被接种在BHIS琼脂平板上，并在37℃下被培养过夜。单个菌落在液体BHIS中被分离和繁殖。所述候选物是通过如上所述的16S和全基因组测序分析，然后通过液滴试验确认对相应噬菌体的抗性而被验证为肺炎克雷伯菌。以这种方式产生的抗性突变菌株是暴露于KP2-16-1后的MKP2_2161_1和暴露于所述鸡尾酒后的KP2-Mcoc 1。突变菌株进行了全基因组测序。

实施例5：噬菌体与抗性突变体的分离

为了分离能够感染抗性KP2突变体、MKP2_2161_1和KP2-Mcoc1的噬菌体，9个牙科污水样品、58个污水样品和100个粪便样品被使用于组装7-9种样品混合物(共19个混合物)。混合物与每个突变体在37℃下被培养3小时，通过离心和用0.45μm注射器过滤器过滤获得上清液，然后将其保持在4℃。上清液的筛选是通过使用经由滴噬斑测定的48孔板，在KP2、MKP2_2161_1和KP2-Mcoc1菌苔上测试10μL来进行的。平板是在需氧条件下被培养2-3小时(37℃)，之后菌苔上的噬斑变得可见且被分离。

以这种方式分离的所述噬菌体是：M16-3-2c、M16-4a、MCoc3c、MCoc5c、KP2-4a、MCoc4c、M16-5c、KP2-5a、KP2-5、M16-6c、MCoc6c、KP2-7c、KP2-7-1c、M16-7a、KP2-8c、KP2-8a、MCoc8a、M16-9-1c、MCoc9-1c、MCoc9-2c、KP2-9a、M16-9a、MCoc15c和Mcoc7c。

8M-all是在实施例16的体内研究中分离的一KP2噬菌体抗性突变体。所述突变体对先前分离的所有KP2噬菌体具有抗性。

8M-all的细菌培养物在用1mM最终浓度MMC(Mg²⁺、Mn²⁺、Ca²⁺离子)增补的液体BHIS中以1∶100被稀释，且被分成24孔板(每孔1mL)。50μL的来自8个单独污水样品的一合并的污水样品被添加，且所述样品在37℃下被培养过夜。接下来，200μL的每个样品被转移到96孔滤板上，并以4500 x g离心10分钟。一滴噬斑测定是通过在一BHIS琼脂培养皿上生长的一8M-all菌苔上测试5μL的每种上清液来进行的。平板是在需氧条件下被培养过夜(37℃)，之后其噬斑变得可见，并按上述方式来分离。以这种方式分离的所述噬菌体是8M-1、8M-7和8M-8。

实施例6：噬菌体扩增和噬菌体效价的测定。

噬菌体是通过双层琼胶重迭噬斑分析法从液体肉汤或软琼脂中被扩增。从液体肉汤中的扩增是通过将50μL分离的噬菌体样品稀释到OD＝1.7的4mL对数生长期宿主培养物中，或稀释到OD＝0.5的4mL对数生长期培养物中，并在37℃下培养过夜来进行的。试管被离心，上清液是通过0.45μm注射式过滤器被过滤，且1mM的二价离子Ca²⁺和Mg²⁺被添加。

噬菌体效价是通过如下所述的滴噬斑测定被确定的：宿主培养物是通过用5-10个宿主菌落接种4mL液体BHIS(BACTOTM脑心浸液BHI、酵母提取物0.5％和刃天青)且在37℃下培养(直至OD为1.7(1.5-2小时))被制备。100μL的宿主培养物被添加到4mL的具有二价离子Ca²⁺和Mg²⁺的熔融顶部琼脂(BHIS顶部琼脂：BHIS培养基、0.4％琼脂糖)中，且被分配(100μL/孔)至具有底部琼脂(BHIS底部琼脂：BHIS培养基、1.6％琼脂糖)的衬垫物的48孔板。平板被培养30分钟(37℃)，然后噬菌体样品的稀释液被滴下(10μL)。在计数噬斑(10-50个噬斑)和确定噬菌体效价(噬斑数x 10 x计数稀释度的倒数＝PFU/mL)之前，平板被培养2-3小时。

在从液体BHIS产生的噬菌体效价是低于1x10⁹PFU/mL的情况下，从软琼脂中扩增噬菌体被执行。OD＝1.7的对数生长期宿主培养物被稀释至OD＝1，100μL的稀释宿主培养物的等分试样在足以产生融合噬斑的效价下被添加至100μL的噬菌体，并在室温下培养15分钟。然后将每种宿主-噬菌体混合物是用3mL软熔融琼脂来稀释，并且被倒在BHIS底部琼脂上。让平板硬化，然后在37℃下培养2-3小时或直至完全裂解。平板是用涂布器从顶部琼脂上被刮下，且琼脂被转移到具有BHIS和10μL氯仿的无菌管中。试管被静置30分钟，以使噬菌体从软琼脂上洗脱下来。试管被离心，上清液是以0.45μM注射式过滤器被过滤，去除残留的琼脂。浓度为1mM的二价离子Ca²⁺Mg²⁺被添加到储存在4℃的试管中。

实施例7：初始分离的噬菌体的宿主范围分析

在KP2上分离的噬菌体以及商业噬菌体(ATCC 23356-B1)的宿主范围分析是对来自以下ATCC的六个肺炎克雷伯菌菌株来进行的：BAA-2552(KP1)、23356(KP4)、13882(KP5)、BAA-1705(KP6)、700603(KP7)和700721(KP8)。每个噬菌体(10μL)通过液滴试验被添加到48孔板中肺炎克雷伯菌菌株的菌苔中。平板是在需氧条件下被培养2-3小时(37℃)，之后所述菌苔上的噬斑变得可见。具有KP2菌苔的平板和它们各自的噬菌体被作为阳性控制组。用两个噬菌体效价(1x10⁶PFU/mL和1x10⁹PFU/mL)对每个噬菌体进行宿主范围。

宿主范围分析的结果如图15所示，其中“S”(深灰色)表示易感性(10个或更多噬斑完全清除)，“R”(浅灰色)表示抗性(小于10个噬斑)。所有噬菌体都对与其分离的相应宿主表现出高度特异性。所测试的两种效价都是这种情况。当以1x10⁹PFU/mL的高效价被应用时，这一观察结果的例外是噬菌体KP2-5-1，它感染了23356菌株，但是在1x10⁶PFU/mL的较低效价下，在23356上没有观察到KP2-5-1的噬斑。

因此，结果表明，在KP2宿主细菌上分离的噬菌体对其宿主具有特异性，可识别此细菌菌株表达的特定受体/附着位点。此外，商业噬菌体ATCC 23356-B1没有识别KP2，而仅识别分离它的菌株KP4，表明其识别不同的宿主受体/附着位点。

实施例8：KP2临床变体的噬菌体分离

为了获得靶向KP2的噬菌体以及分离的KP2临床变异体和抗性突变的KP2菌株，污水样品被依次暴露于这些不同的目标。来自50个单独样品的一合并污水样品接种了10³个总PFU的噬菌体(1.2-2、1.2-3b、1.2-3s、KP2-7-1c和MCoc5c)，并通过一0.45μm PES注射式过滤器被过滤。滤液在4℃下被储存直至使用。

细菌菌株KP2在以1mM Ca²⁺、Mg²⁺和Mn²⁺离子(MMC离子)增补的5mL BHIS中于37℃下被培养，直至OD为0.2-0.4。对此，0.5mL的合并的污水样品滤液被添加，并被培养4小时。接下来，所述培养物在室温下以4500xg离心5分钟，并使用一0.45μm PES注射式过滤器来过滤。

所得上清液暴被暴露于如实施例1所述从粪便中分离的14种KP2临床变体和2种突变菌株MKP2_2161_1和KP2-Mcoc1的一混合物，然后再次被离心且被过滤以在KP2菌苔上进行测试。出现的噬斑如上所述方式被分离。所述过程导致PKP-55的分离。

实施例9：组织上的噬菌体分离

KP2定植的结肠组织是从实施例15、16和17中描述的体内动物研究中被获得。感染KP2定植组织的噬菌体是以下述两种方式之一来分离：A)来自三只小鼠的三个KP2定植的结肠组织片段被切碎且被一起放入40mL的噬菌体缓冲液(50mM Tris-HCl、100mM NaCl、5mMMgCl₂、0.1mM MnCl₂PH＝7.5)中，所述噬菌体缓冲液中含有40μL的1M MMC离子和4mL的液体BHIS。所述溶液被分成48孔板(每孔1mL)。30个污水样品被测试。10μL的每个污水样品被加入到各个孔中，且所述样品在37℃下被培养。培养2小时和6小时后，每孔的100μL被转移到96孔滤板上，并以4500 x g离心10分钟。滴噬斑测定是通过在一KP2菌苔上测试5μL的每种上清液来进行的。噬斑是以如上所述方法被分离。以这种方式分离的噬菌体是colon1、colon-6、colon-36和colon-14-15。B)66个污水样品、24个牙科污水样品和57个临床粪便样品被合并，产生48个混合物。在厌氧室中，来自用KP2定植的五只小鼠的五个结肠段被水平切割，并在填充有PBS的培养皿中被洗涤。所述结肠被切成96块，其被分布在两个96孔板中。具有结肠块的平板以300 x g离心5分钟，多余的PBS被去除，且50μL含有混合物加MMC离子的噬菌体被添加。然后200μL的BHIS+2mM MMC离子被添加至两平板之一，然后在37℃下被培养。在3和6小时后，50μL的上清液是通过用0.45um 96孔滤板过滤且以4500 x g离心10分钟，从两个同样的平板之一的每个样品中来获得。

对于剩余的平板，含有混合物的噬菌体是在45分钟后通过以300 x g离心5分钟而被去除，进行PBS洗涤且向每个孔中加入200μL的BHIS+1mM MMC离子。在37℃下培养6小时后，50μL的每个样品是通过转移到0.45um 96孔滤板(以4500 x g离心10分钟)中来过滤。

如上所述获得的所有上清液被涂敷到KP2菌苔上以获得噬斑，其是被挑选至100μL的噬菌体缓冲液(Tris-HCl pH 7.550mM、NaCl 100mM、MgCl₂.6H₂O 5mM、MnCl.·4H₂O 0.1mM在DDW中)中，且以如上所述方式总共被再分离3次，以确保噬菌体纯度。以这种方式分离的噬菌体是colon-11和colon-14。

实施例10：噬菌体分类法

噬菌体被测序且读数是使用SPAdes 3.9.0来组装(Bankevich等人，2012)。开放阅读框的预测和氨基酸序列的转译是使用Prokka 1.13.3版(Seemann 2014)对对所有组装的噬菌体基因组来执行的。三种方法被使用于分类学地分类每种噬菌体：

1)噬菌体结构基因是使用VIRFAM来分析。请参见，比如，Lopes等人，2014。VIRFAM将它们分为3个不同的科：肌尾噬菌体科2型(比如，噬菌体T4或RB43)、短尾噬菌体科3型(比如，噬菌体phiYeO3-12、T3或T7)和长尾噬菌体科1型(比如，噬菌体T1、TLS或RTP)。

2)组装的噬菌体基因组是以BLAST+version 2.6.0(Camacho等人，2009)与NCBIRefseq数据库(O’Leary等人，2016)中的噬菌体基因组来进行比较。使用的临界值是80％的同一性和70％的查询覆盖率。来自BLAST搜索结果的最佳命中的分类注释被记录。

3)噬菌体蛋白质序列是以BLAST+2.6.0版(Camacho等人，2009)与NCBI Refseq数据库(O’Leary等人，2016)中的噬菌体蛋白质组来进行比较。使用的临界值是50％的同一性和50％的查询蛋白质覆盖率。每个噬菌体的参考基因组(RF)是通过BLAST搜索中具有最高同源性的蛋白质序列而被确定。除了与RF具有超过40％同源性的其他基因组外，噬菌体的分类注释是从参考基因组的分类注释中来推断出来的。

总体而言，三种方法得到的分类标注是一致的。尽管如此，差异可以通过国际病毒分类委员会(ICTV)特定分类单元阈值(https：//talk.ictvonline.org/ictv/proposals/2015.019a-abB.A.v3.Tunavirinae.pdf)来解决。分类注释被显示在图1中，不同分类群和群组内的噬菌体之间的百分比同源性被显示在图2中。

实施例11：作用机制-抗性突变体的产生

为了鉴定不同噬菌体使用的细菌细胞表面受体，抗性突变细菌被分离且被表征以检测导致抗性的基因组修饰。在涉及感染KP2、KP2-Mcoc1和8M-all的多步骤过程中，几种噬菌体的假定作用机制(MOA)被分析，然后选择和测序抗性突变体。感染前和突变的DNA之间的差异被分析，以确定噬菌体感染机制(Avrani等人，2011)。

对于每个噬菌体-宿主对，宿主的冷冻样品从-80℃的原液中被解冻，被接种在BHIS琼脂平板上，并在37℃下被培养过夜。接下来，单个菌落在液体BHIS中被分离和繁殖。0.1ml的每种培养物被收集，且在-20℃下被冷冻以用于DNA提取(感染前的DNA)。0.1ml10⁹PFU/ml的选定的噬菌体被添加到0.1ml的每种培养物中，且所述样品在37℃下被培养15分钟，以允许噬菌体附着到宿主上。接下来，所述样品被添加至顶部琼脂中，被接种且在37℃下被培养过夜。多个单菌落是从每个噬菌体-宿主组合中被分离，并再悬浮于液体BHIS中。每个样品被分为两个部分，一部分在-20℃下被冷冻用于DNA提取，另一部分用于突变体验证。

突变体验证是通过将5ul的10⁶PFU/ml的相关噬菌体添加到包含在BHIS平板中生长的宿主突变体的一条带中来进行。对所选噬菌体具有抗性的突变菌落(未观察到噬斑)在-80℃下被冷冻。选定突变菌落的DNA和感染前DNA是按照制造商的方案(geneJET基因组DNA纯化试剂套组，赛默飞世尔科技)被提取。

下表2显示了上述程序中使用的噬菌体-宿主组合。

表2

噬菌体	宿主
		1.2-3s	KP2
1.2-2	KP2
		1.2-3b	KP2
colon1	KP2
		MCoc5c	KP2-Mcoc1
8M-1	8M-all

实施例12：作用机制-DNA组装和突变分析

突变和原始细菌基因组被比较，以确定负责感染机制的突变。感染前分离的DNA被使用作为每个生物复制品中的一原始样品。与minION长读(MinION；Madoui等人，2015)结合的原始样本的短读序列(Illumina250双末端)是通过Unicycler(Wick等人，2017)而被组装成参考原始基因组。

突变DNA和原始序列是使用breseq工具(http：//barricklab.org/twiki/bin/ view/Lab/ToolsBacterialGenome Resequencing，Barrick等人，2009，Deatherage和Barrick，2014)来进行比较，以识别相关突变。Breseq在默认设置中与多态性选项一起使用，该选项可识别突变体和参考序列之间的多态性。发现的基因组修饰被列于下表3中。从该表可以看出，不同的噬菌体似乎利用不同的表面成分进行细菌附着。利用不同噬菌体附着组件的噬菌体在裂解常见目标细菌的能力方面可能是互补的。

表3

频率高于80％的非沉默突变被分析，而频率在20-80％之间的突变仅在位于突变热点(比如，在没有噬菌体生长的控制样品中显示出大量多态性的区域)之外时被分析。携带需留意突变的蛋白质的活性、途径和与如表2所示的已知噬菌体受体的相关性被剖析。突变细菌对噬菌体(而非噬菌体对已产生抗性的噬菌体)的敏感性如图14所示。图14显示对某些噬菌体产生抗性(R)的细菌突变体对至少两种其他噬菌体(S)敏感。灰色阴影框表示对产生细菌突变体的特定噬菌体的抗性。比如，Colon1_111_S83和Colon1_1 38_S110对colon1具有抗性且是针对colon1提出的。影响噬菌体感染的基因组修饰(即，在噬菌体抗性突变细菌中发现的修饰，所述噬菌体抗性突变细菌出现在含有能够感染特定细菌的特定噬菌体的培养物中)请见表2。

实施例13：所有噬菌体的比较宿主范围分析

所有分离的噬菌体的宿主范围分析是对如上所述分离的不同KP2噬菌体抗性突变体来进行。此外，噬菌体的宿主范围是对从实施例1所述的临床粪便样品中分离的所有14种KP2临床变异体来进行检查，以确定分离的噬菌体靶向源自不同个体的临床变异体的能力。所有KP2临床变体被发现对多种KP2靶向噬菌体敏感，且以KP2临床变体CT-123-1和CT-141-1的噬菌体敏感性为代表的两种敏感性模式被观察。在通过液滴试验的48孔板中，每种噬菌体(10μL)都被添加到不同肺炎克雷伯菌菌株的菌苔中。平板是在需氧条件下被培养2-3小时(37℃)，之后所述菌苔上的噬斑变得可见。宿主范围是在如在分离此噬菌体的原始细菌上确定的1x10⁶PFU/mL的效价上对每个噬菌体来进行。图1显示了针对对特定KP2噬菌体感染具有抗性的野生型KP2细菌、临床KP2变体和突变的KP2细菌分离的噬菌体的宿主范围分析结果。“S”表示易感性(10个或更多噬斑完全清除)，“R”表示抗性(小于10个噬斑)。结果表明噬菌体的感染模式很大程度上遵循其分类学的分类。因此，例如，分类为肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、KP15的所有三种噬菌体对KP2、KP2临床变体和KP2突变体具有相同的感染模式，就像分类为短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、T7病毒的所有11种噬菌体一样。在分类为肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、T4病毒的16个噬菌体之中，感染模式在6个宿主上是相同的，仅在一个代表性宿主上不同。在分类为短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、Kp34病毒的10个噬菌体之中，只有2个对10个代表性宿主中的两个具有不同的感染模式。被归类为肌尾噬菌体科、韦昆塔噬菌体亚科、Sci病毒的唯一的噬菌体具有一独特的感染模式。三种长尾噬菌体科噬菌体中的两种在感染模式上也非常相似，仅在它们针对七种细菌宿主之一的能力上有所不同。

实施例14：噬菌体组合的液体动态行为

共12个噬菌体被选择来编译10个噬菌体鸡尾酒，以便在液体动力学研究中进一步表征。在这项研究中，细菌裂解率和抗性突变细菌出现的时间(如培养物OD的变化所反映的那样)被检查。使用的12个噬菌体是：M16-6c、M16-9a、KP2-5a、KP2-5-1、KP2-8a、KP2-8c、MCoc4c、MCoc5c、KP2-4c、1.2-2、1.2-3b和colon1。所述鸡尾酒被提出于如下：

10种鸡尾酒的液体动力学以下列方式被探究。KP2在37℃搅拌下生长至OD 1.5，在BHIS培养基中按1∶1000来稀释，并在37℃搅拌下被培养。所述培养物OD被监测直至其达到OD 0.2，此时MMC离子(1mM最终浓度)被添加到培养物中，且200μl被分配到96孔板中每孔。每个噬菌体是从噬菌体原液中被稀释到10⁸PFU/mL，并以10⁶PFU/孔的最终浓度被添加到所需的鸡尾酒中。10μl的每种鸡尾酒(10⁴个总噬菌体颗粒)被添加到所述孔中，一式两份。BHIS培养基被作为空白样品，没有任何噬菌体的宿主细菌被作为控制组。50μL的矿物油被添加到每个孔中以限制样品的蒸发，然后添加一薄的无菌光学透明聚酯薄膜以保持培养物无菌。平板是在机器读板机(Freedom EVO 75，Tecan)中于37℃以搅拌来培养过夜，且OD600每15分钟被测量一次。所述鸡尾酒的表现被跟随了长达20小时。

图9呈现了用以下噬菌体组合物(鸡尾酒)(所有噬菌体组合物皆包括噬菌体1.2-3b)对KP2进行体外感染的生长曲线：不含1.2-2的五噬菌体组合物(黑色实线)；含有1.2-2的五噬菌体组合物(灰色小虚线)；以及控制组(无噬菌体；黑色虚线)。相较于大多数不包含噬菌体1.2-2的组合物，大多数包含1.2-2以及1.2-3b的所述鸡尾酒组合物似乎在引入后立即导致KP2增长曲线更快更彻底的崩溃，且在约7小时后更慢地出现突变体。额外的鸡尾酒被设计来检查这些噬菌体与来自不同分类学分类的噬菌体相结合对根除动力学的贡献。

两个噬菌体，1.2-2(群组肌尾噬菌体科/T偶数噬菌体亚科/Kp15病毒)和1.2-3b(群组短尾噬菌体科/自复制短尾噬菌体亚科/T7病毒)(它们对体外鸡尾酒功效的贡献在上面被讨论)，其与来自如下所示的其他分类群的代表性噬菌体以各种组合来组合，以包含用于额外分析的鸡尾酒。表4显示了所述鸡尾酒中包含的噬菌体及其各自的分类学的分类。

表4

三个和四个噬菌体鸡尾酒是基于涉及从不同分类学分类的成员的组合来设计的。所有组合都包含1.2-2和1.2-3b或仅包含1.2-3b。所述鸡尾酒是：

相应的群组组合为：

鸡尾酒名称	群组组合
		3.1	PAT/MTK/ST
3.2	PAT/MTK/MTT
		3.3	PAT/MTK/PAK
3.4	PAT/ST/MTT
		3.5	PAT/ST/PAK
3.6	PAT/MTT/PAK
		4.1	PAT/MTK/ST/MTT
4.2	PAT/MTK/ST/PAK
		4.3	PAT/MTK/MTT/PAK
4.4	PAT/ST/MTT/PAK

不同的3和4种噬菌体鸡尾酒的结果被显示在图10和图16e中。图10显示了用液体中含有3个噬菌体(黑色实线)或4个噬菌体(灰色虚线)且没有噬菌体控制组(灰色实线)的噬菌体组合物对KP2进行体外感染。未经噬菌体治疗的KP2生长曲线是用灰色实线表示，3种噬菌体组合的KP2生长曲线是用黑色实线表示，4种噬菌体组合的KP2生长曲线是用灰色虚线表示。

由1.2-3s、1.2-3b和1.2-2组成的3种噬菌体鸡尾酒的组合防止了突变体的出现长达20小时，直到研究结束(最低的黑色实线)。进一步的研究被进行以比较上述三种噬菌体鸡尾酒3.1与另外两种鸡尾酒的功效。被测试的三种组合是：

组合物1：1.2-2+1.2-3s+1.2-3b(群组：MTK/ST/PAT)

组合物2：组合物1+Mcoc-5c(群组：MTK/ST/PAT/PAK)

组合物3：组合物2+8M-1(群组：MTK/ST/PAT/PAK/S)

图11显示了不同噬菌体组合的KP2生长曲线。无噬菌体的KP2生长曲线是通过灰色实线表明。三种鸡尾酒之间没有显着差异。此外，直到研究结束时(15小时)都没有突变体出现。

下表5列出了具有图16a-j中呈现的各自的液体动力学的噬菌体组合。图16a-j呈现了用不同的噬菌体组合物(鸡尾酒)对KP2变体进行体外液体感染的生长曲线。使用的宿主细菌：图16a-c、16f：CT-141-1、图16d：CT-123-1、图16e、16g-j：KP2。使用的实验程序如上所述。表5标题中的索引号1-20代表以下噬菌体：[1：1.2-2]、[2：1.2-3b]、[3：1.2-3s]、[4：1.2-4br]、[5：8M-1]、[6：8M-7]、[7：8M-8]、[8：Colon1]、[9：KP2-4c]、[10：KP2-5]、[11：KP2-5-1]、[12：KP2-5a]、[13：KP2-7-1c]、[14：KP2-8a]、[15：KP2-8c]、[16：M16-6c]、[17：M16-9a]、[18：Mcoc4c]、[19：MCoc5c]、[20：PKP-55]。

实施例15：检查通过在不同时间点给予的KP2特异性噬菌体鸡尾酒降低细菌负荷 的体内研究

用来自实施例14的组合物1治疗的细菌负荷降低功效是通过研究在不同时间点的所述鸡尾酒给药在小鼠中来进行探究。6-8周龄的C57BL/6小鼠被使用。小鼠肠道的细菌定植是通过用每日抗生素方案治疗8天(n＝28只小鼠)来实现的。在KP2给予之前，每天给小鼠服用泰乐菌素(0.5gr/L)，持续4天，之后，小鼠继续每天服用氨苄青霉素(200mg/L)另外4天。所述KP2菌株以10¹⁰CFU/mL的密度被培养。0.1ml的含有10⁹CFU的细菌悬浮液被给予每只动物。

28只小鼠被分成4组，每组7只。所有小鼠都接受单剂量的KP2。一组是用噬菌体鸡尾酒来治疗，从KP2给予后第4天开始每天给予，直至第9天。另一组(使用作为噬菌体鸡尾酒的载体控制)在KP2给予后第4天开始被给予所述载体。在不同的时间点(KP2给予后第4天和第6天)，另外两个组是用噬菌体鸡尾酒来治疗一次。所述噬菌体鸡尾酒是在5x10⁹PFU/mL的效价下被提供于噬菌体缓冲液中。

0.2ml的此悬浮液(总共10⁹个噬菌体)被给予每只小鼠。KP2和噬菌体鸡尾酒是通过口服灌胃来给予的。

当比较实验组和控制组时，KP2的定殖是通过粪便样品中的细菌负荷来确定。细菌计数(CFU/gr)的粪便收集是在第-4天、每天从第0天到第5天以及在第7天到第9天来进行的。所述研究是在KP2给予后10天被终止。肠是从所有小鼠中收集，以用于CFU计数。肠被秤重且被置于PBS中，在0℃下进行粘膜CFU测定。

所述粪便被处理，以用于KP2细菌计数(约50毫克粪便是从每一个别的小鼠被收集和称重的)。所述粪便被悬浮在5mL PBS中，且一匀质器(Stomacher)被使用。1mL样品被转移到一Eppendorf管中，并以2,000 x g离心5分钟。小球(pellet)是用1mL PBS被再悬浮，并以2,000 x g离心5分钟。所述上清液被废弃且所述程序被重复。接下来，粪便小球是用1mLPBS来再悬浮，并且以4倍稀释系列(7倍)被稀释。

每个稀释的样品(5μL)被添加到用4种抗生素增补的BHIS(Brain Heart InfusionSalt，脑心浸液盐类)琼脂平板(KP2的选择性平板)中。平板是在37℃下培养24小时，接续对所有样品计数KP2菌落。每克粪便样品的菌落形成单位数被计算(菌落数x稀释倍数x 200 x1000/X mg，以得到CFU/gr stool)。在终止时，动物被处死，牠们的肠被取得、称重和处理以进行如用于粪便样品的CFU计数。

如图3所示，相较于控制组，在所有治疗动物的粪便中，观察到细菌负荷有所减少。这是所有给药方案的情况。当黏膜相关细菌负荷被检查时，与控制组相比的降低更为明显(图4)，并且在第6天用噬菌体治疗的动物似乎是最大的。

实施例16：确定具有不同组成的KP2特异性噬菌体鸡尾酒的治疗功效的体内研究

来自实施例14的组合物1、2和3的细菌负荷降低功效是通过以3天间隔一次或多次给予不同方案来研究。6-8周龄的C57BL/6小鼠被使用。小鼠肠道的细菌定植是通过用每日抗生素方案治疗8天(n＝30只小鼠)来实现的。在KP2给予之前，每天给小鼠服用泰乐菌素(0.5gr/L)，持续4，之后，小鼠继续每天服用氨苄青霉素(200mg/L)另外4天。

30只小鼠被分成5组，每组6只。所有小鼠都被给予单剂量的KP2。两组用一噬菌体鸡尾酒的组合物来治疗(被测试于上述体内研究中)。在第6、9和12天，一组接受所述鸡尾酒1次，第二组接受3次。另外两组在第6、9和12天接受噬菌体鸡尾酒的其他组合物3次。KP2的残留定植是通过粪便样品中的细菌负荷被决定。在第6、9和12天，实验组中的细菌负荷与接受载体3次的控制组来进行比较。在噬菌体给予后和研究结束时，粪便的CFU/gr被测量5次。

KP2菌株以10¹⁰CFU/mL的密度被培养。0.1ml的含有10⁹CFU的细菌悬浮液被给予每只动物。所述研究在KP2给予后14天被终止。肠和粪便是从所有小鼠中被收集，以用于CFU计数。肠被称重且被置于PBS中，在0℃下进行粘膜CFU测定。

KP2特异性噬菌体鸡尾酒以下列效价被提供：组合物1：5x10⁹PFU/mL，每只小鼠200μL的此悬浮液(总共10⁹个噬菌体)。组合物2：6.3x10⁹PFU/mL，每只小鼠200μL的此悬浮液(总共1.2x10⁹个噬菌体)。组合物3：7.6x10⁹PFU/mL，每只小鼠200μL的此悬浮液(总共1.5x10⁹个噬菌体)。0.2ml的载体(噬菌体缓冲液)被给予每只小鼠。在终止时，处死动物，牠们的肠被取得、称重和处理以进行如用于粪便样品的CFU计数。

图5显示了五组以KP2定植的小鼠的粪便中的KP2 CFU：1)控制组；2)组合物1(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)，给药一次；3)组合物1，在KP2给药后第6、9和12天给药三次；4)组合物2(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c)，在KP2给药后第6、9和12天给药三次；5)组合物3(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c、8M-1)，在KP2给药后第6、9和12天给药三次。虚线代表检测限(10³CFU/g粪便)。

还如图5所示，所有噬菌体组合物和给药方案均引起结肠中细菌负荷的显着对数减少。5种噬菌体鸡尾酒在减少如CFU/gr stool测量的结肠中的细菌负荷方面表现最好，且在第13天研究结束时达到低于检测限(1000 CFU KP2/g stool)的水平。这也可以在下面的表6中看到，其显示了研究结束时1M至5M群组中个别小鼠每克粪便的CFU值连同平均值和中值。虽然单次给予组合物1(群组2M)使粪便细菌负荷相对于未治疗的动物大幅降低，但在给予3次相同的噬菌体鸡尾酒(群组3M)后所述降低甚至更大。对于用所述组合物治疗的所有动物，组合物3(群组5M)的三次给药导致细菌负荷低于检测水平(1000CFU KP2/g stool，此处显示为0)。

表6

图6显示了相同五组小鼠粘膜中的KP2 CFU：1)控制组；2)组合物1(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)，给药一次；3)组合物1，在KP2给药后第6、9和12天给药；4)组合物2(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c)，在KP2给药后第6、9和12天给药；5)组合物3(1.2-2、1.2-3s、1.2-3b、MCoc5c、8M-1)，在KP2给药后第6、9和12天给药。虚线代表检测限(10³CFU/g组织)。如图6所示，所有3种组合物和治疗方案都导致粘膜中的细菌负荷降低至检测极限以下(1000CFUKP2/g stool)。

实施例17：确定具有3、4和5个KP2特异性噬菌体的噬菌体鸡尾酒对一KP2临床变体 的功效的体内研究

为了验证KP2噬菌体对KP2临床变体的体内功效，包含3至5种噬菌体的噬菌体鸡尾酒的功效是在定植的小鼠上用KP2临床变体CT-141-1来测试。

噬菌体鸡尾酒由以下噬菌体组成：

组合物l(comp 1)噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-3b；

组合物2(comp 2)噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s；

组合物3(comp 3)噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b；

组合物4(comp 4)噬菌体Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55；以及

组合物5(comp 5)噬菌体Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s、1.2-3b。

CT-141-1的细菌定植是通过每日抗生素方案治疗8天(n＝30只小鼠)来实现的。在KP2给予之前，每天给小鼠服用泰乐菌素(0.5gr/L)，持续4天，之后，小鼠继续每天服用氨苄青霉素(200mg/L)另外4天。

6-8周龄的C57BL/6小鼠被使用。小鼠被分成6组，每组5只。所有组均被给予单剂量的KP2临床变体CT-141-1(10⁹CFU/小鼠)。

群组1被作为一控制组，并在CT-141-1给药后第6、9和12天以噬菌体鸡尾酒的载体被治疗。群组2在第6、9和12天接受组合物1。群组3在第6、9和12天接受组合物2。群组4在第6、9和12天接受组合物3。群组5在第6、9和12天天接受组合物4。群组6在第6、9和12天接受组合物5。所有治疗均是通过口服灌胃来给药。

所述KP2临床变体以10¹⁰CFU/mL的密度被培养。0.1ml的含有10⁹CFU的细菌悬浮液是通过口服灌胃被给予每一动物。

粪便是从第6天起每天被收集，包括终止时(第12天除外)。所述研究在KP2临床菌株给予后14天被终止。肠是从所有小鼠中被收集，以用于CFU测定。肠被称重且被放入PBS中，在0℃下进行粘膜CFU测定。

噬菌体鸡尾酒被配制在噬菌体缓冲液(50mM Tris-HCl、100mM NaCl、5mM MgCl₂、0.1mM MnCl₂pH＝7.5)中。0.2ml的载体或噬菌体被给予每只小鼠。

所有噬菌体组合物的浓度为5x10⁹PFU/mL，且在每个给药点，200μL的此悬浮液(总共10⁹PFU)被给予每只小鼠。在终止时，处死动物，牠们的肠被取得、称重和处理以进行如用于粪便样品的CFU计数。

CT-141-1的残留定植是通过粪便样品中的细菌负荷被决定。在第6、9和12天接受KP2特异性噬菌体鸡尾酒或载体的实验组和控制组的细菌负荷被比较。

图7显示了五组接收以下的小鼠的粪便中治疗/控制的CT-141-1 CFU比率：1)组合物1(Mcoc-5c、8M-7、1.2-3b)；2)组合物2(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s)；3)组合物3(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b)；4)组合物4(Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55)；5)组合物5(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)。在KP2给药后第6、9和12天给予所有组合物。虚线表示两个等于1的值的比率。

如图7所示，虽然与控制小鼠相比，组合物1和5导致细菌负荷很少或没有减少，但用组合物2、3或4治疗CT-141-1定植小鼠导致了研究期结束时粪便细菌负荷的2个对数减少(图7)。

相同的组合物可有效减少粘膜中的细菌负荷，如图8所示，其显示了五组接收以下的小鼠粘膜中的CFU：1)组合物1(Mcoc-5c、8M-7、1.2-3b)；2)组合物2(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s)；3)组合物3(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3b)；4)组合物4(Mcoc-5c、8M-7、KP2-5-1、1.2-3s、PKP-55)；5)组合物5(Mcoc-5c、8M-7、1.2-2、1.2-3s、1.2-3b)。在KP2给药后第6、9和12天给予所有组合物。虚线代表检测限(10³CFU/g组织)。对于所有这三种噬菌体鸡尾酒，粘膜中的CFU水平被降低至LOD以下，而在用组合物1或5治疗后可检测水平可被观察。因此，组合物2、3和4在降低定植小鼠中CT-141-1的细菌负荷方面特别有效。

实施例18：KP2噬菌体的生物膜还原能力

为了检查噬菌体穿透KP2生物膜的能力并减少其中发现的活细菌数量，KP2在37℃下搅拌生长至OD₆₀₀1.5，并在用1％葡萄糖增补的LB培养基中来稀释至OD₆₀₀0.1。

对于生物膜形成，200μl产生的培养物被加入96孔板中，并在37℃下被温育24小时，这使得每孔可以生长到大约4×10⁸个细胞。180μl被倒掉以去除浮游细胞，并且50μl单个噬菌体(1.2-3b、1.2-3s、1.2-2、8M-1)或如实施例14中详述的三种鸡尾酒(组合物1、2和3)的其中之一在0.01的MOI(4×10⁶总噬菌体颗粒)下被应用。噬菌体缓冲液被添加到未处理的孔中作为阴性控制组。用1％葡萄糖和1mM MMC离子增补的150μl LB被添加，且在37℃下温育。在设定的时间点，液体被去除，且生物膜从孔底部被严格地刮掉。100μl PBS被添加到孔中，被混合且被移至具有900μl PBS的无菌微量离心管(eppendorfs)。样品被涡旋1分钟，然后通过在4℃下以6000 x g离心5分钟来洗涤3次。最后一次洗涤后，200μl PBS被加入，样品在PBS中被连续稀释10倍。5μl每一稀释液在BHIS琼脂平板上被接种。平板可以在37℃下温育过夜，之后通过活菌计数来确定细菌浓度。

图12显示了KP2生物膜进行噬菌体治疗后的CFU计数。在单个噬菌体中，在24小时的处理期后，与控制组相比，噬菌体1.2-2对具有近1个对数减少的CFU计数生物膜显示出最大的活性。鸡尾酒3在这个时间点也观察到类似近1个对数的减少。类似的结果。个别的噬菌体1.2-3b和8M-1给出了较弱的结果，鸡尾酒1和2也是如此。在随后的实验中，专注于噬菌体1.2-2并且治疗期被延长至48小时(图13)，在噬菌体治疗48小时后，从生物膜中提取的活细菌减少了完整的1个对数被观察到。

实施例19：编译噬菌体鸡尾酒以优化感染性能

噬菌体或噬菌体鸡尾酒对细菌宿主的感染(“感染性特征”)可以具有不同方面的特征。这些方面包括感染的宿主范围，即噬菌体可以感染的不同宿主的范围、在体外噬菌体和宿主的第一次混合的某个时间点检查鸡尾酒对宿主种群生长速率的影响(由于体外细菌细胞的裂解，例如可以通过OD₆₀₀被测量)和噬菌体抗性突变体出现的时间延长(突变时间(Time to Mutant)或TTM)。与每个成员噬菌体单独的感染性特征相比，至少对于一个特征而言，以上公开的噬菌体可以被组合以形成具有改善的感染性特征的鸡尾酒。在此实施例中，编译具有预期改进感染性特征的鸡尾酒的方法被证明。然后这些鸡尾酒可以根据上文详述的实验方法在体外和体内被测试。

在某些实施方案中，与每个成员噬菌体相比，希望产生与某些宿主相关的具有更长突变时间(TTM)的一鸡尾酒。比如，参考图1，如果需要为KP2编译具有更长TTM的一鸡尾酒，则不同的噬菌体组合是从发现感染KP2的噬菌体的群组中被选择。如此得到的鸡尾酒在实施例14中被进一步详述，其中具有改进的TTM的鸡尾酒被实现。

感染同一宿主的遗传多样性噬菌体可能利用不同的攻击机制(Bertozzi等人，2016)，因此，根据某些实施例，候选鸡尾酒是通过选择可能在其作用机制上不同的成员噬菌体来创建的，因为它们属于不同的分类群。比如，如实施例14中进一步详述的，基于分别来自群组PAT、MTK、ST的三种噬菌体1.2-3s、1.2-3b和1.2-2的组合的一鸡尾酒被发现，以防止突变体的出现至少20小时且单独超过每个成员噬菌体的TTM。根据某些实施方案，候选鸡尾酒是通过选择具有相对较远基因组序列的成员噬菌体来产生的。在一些实施方案中，每两个成员之间的％同一性的BLAST截止值不超过约0％、10％、20％、30％、40％或50％。比如，参见图2。并且对于基于三个噬菌体1.2-3s、1.2-3b和1.2-2的组合的所述鸡尾酒，每两个成员之间的％同一性基本上为0％。根据某些实施方案，候选鸡尾酒是通过选择具有不同作用机制、具有不同相应细菌宿主表面蛋白的成员噬菌体来产生的，如实施例12中进一步详述的。

在某些实施方案中，相较于每个成员噬菌体，希望产生具有扩展的宿主范围的一鸡尾酒。比如，参考图1，可能需要编译感染CT-141-1和MKP2_251_B的一鸡尾酒。通过分析图1中的数据，两个噬菌体亚组，一个感染CT-141-1而另一个感染MKP2_251_B，被定义。第一组包括10个噬菌体，第二组包括19个噬菌体。在要测试的190种潜在组合中，当其他方面(例如各自的TTM或感染开始后的减少的宿主生长速率)被考虑时，有些可能比其他组合具有更好的感染性特征。当分析如图16a-j所示的所得生长曲线时，这些方面可以在液体动力学实验中被测量。

根据某些实施方案，给定本发明中公开的噬菌体，以下步骤可以被实施用于选择一鸡尾酒：考虑所有可能的两种噬菌体组合。比如，对于44个特定噬菌体分离物的噬菌体集合，有((44X44)-44)/2＝946种潜在的两种噬菌体组合。这个数字非常适合高通量体外检测筛选，比如，如实施例7和14中详述的。此外，根据某些实施方案，基于分类注释或基因组序列％同一性，从测试结合最多样化噬菌体的代表性两种噬菌体鸡尾酒开始可能是有效的。两种噬菌体鸡尾酒的感染性能，例如关于TTM和/或所需的宿主范围可比被比较并选出最佳候选者。如果需要，然后第三个噬菌体成员可以被添加到前导两种噬菌体鸡尾酒。然后，如前一轮一样，体外筛选过程被重复。根据某些实施方案，基于分类注释或基因组序列％同一性，其通过添加与已经选出的两个成员噬菌体相比最多样化的一第三个成员噬菌体来编译三联体可能是有效的。根据某些实施方案，此过程可能会继续进行更多轮选择，导致具有更多噬菌体和改进的感染性特征的鸡尾酒。最终，所述过程产生了表现最佳的鸡尾酒，每种鸡尾酒中的成员噬菌体数量各不相同。此类候选鸡尾酒的体外测试在实施例14和18中被证实，进一步的体内测试在实施例15-17中被证实。

实施例20：基于已知靶序列和可用细菌宿主的噬菌体的靶向分离

根据本发明的实施方案，提供了代表性噬菌体序列，代表能够感染和裂解KP2变体的噬菌体。每个公开的噬菌体序列是相关功能等效噬菌体群组的代表，所述噬菌体群组具有与代表性噬菌体序列具有高于80％、85％、90％或95％同一性的同源性的序列。在一些实施方案中，噬菌体只要表现出相似的表型，就被认为是“功能等效的”，比如，相似的宿主范围、相似的裂解能力和/或阈值序列相似性(比如，大于约85％、大于约90％、大于约95％、大于约97％或大于约99％)。

根据本发明的实施方案，一旦具有特定序列的噬菌体被需要，当宿主细菌(例如KP2)是可用的且特定的所需噬菌体基因组序列是已知(例如KP2-4a)时，它是从一环境或临床样品中被分离出来。根据一些实施方案，首先，宿主细菌是使用于筛选所述环境或临床样品中识别KP2宿主菌株的噬菌体，例如，如实施例3中详述的。分离的噬菌体的基因组序列可以使用以上详述的NGS测序来寻取。根据其他实施方案，分离的噬菌体可使用PCR来筛选，以测试分离的噬菌体基因组是否包括所需序列。根据某些实施方案，一旦足够接近的基因组序列被发现，额外的基因组变异可以根据现有技术中教导的方法来引入，例如同源重组技术、电穿孔DNA的噬菌体重组(Bacteriophage Recombineering of Electroporated DNA，BRED)。根据某些其他实施方案，所需的噬菌体可以通过根据现有技术中教导的方法合成基因组且经过体外转译转录(TXTL)使用组装的噬菌体基因组DNA重启所述噬菌体而被产生(Yibao chen等人，2019；Jonghyeon Shin等人；美国专利号9，617，522，“调节噬菌体宿主范围”，Lu等人)。

参考文献

1.Abedon，S.T.和Yin，J.(2009).噬菌体噬菌斑：理论与分析(Bacteriophageplaques：theory and analysis).分子生物学方法(Clifton，N.J.)，501，161-74。doi：10.1007/978-1-60327-164-6_17

2.Altschul等人，1997.空位BLAST和特殊位置重复BLAST：新一代蛋白质数据库检索工具(Gapped BLAST and PSI-BLAST：a new generation of protein database searchprograms)，核酸研究.25：3389-340。

3.Atarashi等人，2017.肠道中口腔细菌的异位定植驱动TH1细胞诱导和炎症(Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine driyes TH1 cellinduction and inflammation).科学，358(6361)：359-365。

4.Baym等人，(2015.用于兆碱基大小的基因组的廉价多路文库制备(Inexpensivemultiplexed library preparation for megabase-sized genomes).PLoS ONE，10(5)，1-15)。

5.Bertozzi Silva，J.、Storms，Z.和Sauvageau，D.(2016).噬菌体吸附的宿主受体(Host receptors for bacteriophage adsorption).FEMS微生物学快报，363(4)。https：//doi.org/10.1093/femsle/fnw002

6.Y.Chen等人，肝硬化小肠菌群失调及其与病因的关系(Dysbiosis of smallintestinal microbiota in liver cirrhosis and its association with etiology).科学报告6，34055(2016/09/30)。

7.Cole等人，2014.核糖体数据库项目：用于高通量rRNA分析的数据和工具(Ribosomal Database Project：data and tools for high throughput rRNAanalysis)，核酸研究.42：D633-D642。

8.A.Dayin-Regli，J.M.Pages，产气肠杆菌和阴沟肠杆菌；面临抗生素治疗的多种细菌病原体(Enterobacter aerogenes and Enterobacter cloacae；versatilebacterial pathogens confronting antibiotic treatment).微生物学前沿6，392(2015)。

9.Diene等人，耐多药产气肠杆菌基因组的根茎揭示了新的“杀手虫”是如何因同域生活方式而产生的(The rhizome of the multidrug-resistant Enterobacteraerogenes genome reveals how new″killer bugs″are created because of asympatriclifestyle).分子生物学与演化2013Feb；30(2)：369-83.PubMed PMID：23071100。

10.D.Gevers等人，新发克罗恩病中未经治疗的微生物组(The treatment-naivemicrobiome in new-onset Crohn’s disease).细胞宿主和微生物15，382(2014/03/12)。

11.J.H.Grose等人，了解噬菌体的巨大多样性：感染肠杆菌科细菌的有尾噬菌体(Understanding the enormous diversity of bacteriophages：the tailed phagesthat infect the bacterial family Enterobacteriaceae).病毒学0，421(2014/11)。

12.K.E.Holt等人，肺炎克雷伯菌多样性、种群结构、毒力和抗菌素耐药性的基因组分析，这是对公共卫生的紧迫威胁。(Genomic analysis of diversity，populationstructure，virulence，and antimicrobial resistance in Klebsiella pneumoniae，anurgent threat to public health).美国国家科学院院刊112，E3574(2015/07/07)。

13.Hyman，P.和Abedon，S.T.(2010).噬菌体宿主范围和细菌耐药性(Bacteriophage host range and bacterial resistance).应用微生物学进展(第一版，Vol.70，pp.217-48).爱思唯尔公司doi：10.1016/S0065-2164(10)70007-1。

14.Kazutaka Katoh，Daron M.Standley；MAFFT多序列对齐软件第7版：性能和可用性的改进(MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7：Improvementsin Performance and Usability).分子生物学进化2013；30(4)：772-780。

15.Kutter，E.(2009).噬菌体宿主范围和成斑效率(Phage host range andefficiency of plating).分子生物学方法(Clifton，N.J.)，501，141-9.doi：10.1007/978-1-60327-164-6_14。

16.C.A.Lozupone等人，与HIV-1感染相关的肠道菌群的变化(Alterations inthe gut microbiota associated with HIV-1 infection).细胞宿主和微生物14，329(2013/09/11)。

17.S.Mondot等人，突出克罗恩氏病微生物群的新系统发育特异性(Highlightingnew phylogenetic specificities of Crohn’s disease microbiota).炎症性肠病17，185(2011/01)。

18.E.G.Pamer，恢复肠道微生物群以对抗抗生素抵抗病原体(Resurrecting theintestinal microbiota to combat antibiotic-resistant pathogens).科学352，535(2016/4/29)。

19.N.Qin等人，肝硬化中人类肠道微生物组的改变(Alterations of the humangut microbiome in liver cirrhosis).自然513，59(2014/09/04)。

20.Altschul，S.(1990)基本的局部对齐搜索工具(Basic Local AlignmentSearch Tool).J.Mol.Biol。

21.Bankevich，A.、Nurk，S.、Antipov，D.等人，(2012)SPAdes：一种新的基因组组装算法及其在单细胞测序中的应用(SPAdes：a new genome assembly algorithm and itsapplications to single-cell sequencing).计算生物学杂志，19，455-477。

22.Diancourt，L.、Passet，V.、Verhoef，J.、Grimont，P.A.D.和Brisse，S.(2005)肺炎克雷伯菌的多位点序列分型(Multilocus sequence typing of Klebsiellapneumoniaenosocomial isolates).临床微生物学杂志，43，4178-4182。

23.Jain，C.、Rodriguez-R，L.M.、Phillippy，A.M.、Konstantinidis，K.T.和Aluru，S.(2018)90K原核生物基因组的高通量ANI分析揭示了清晰的物种界限(Highthroughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear speciesboundaries).自然-通讯，9，5114。

24.Martin，M.(2011)Cutadapt从高通量测序读取中删除适应序列(Cutadaptremoves adapter sequences from high-throughput sequencing reads).EMBnet.J.，17，10-12。

25.Ondov，B.D.、Treangen，T.J.、Melsted，P.、Mallonee，A.B.、Bergman，N.H.、Koren，S.和Phillippy，A.M.(2016)Mash：使用MinHash快速估计基因组和宏基因组距离(Mash：Fast genome and metagenome distance estimation using MinHash).基因组生物学。

26.Yibao Chen、Himanshu Batra、Junhua Dong，Cen、Venigalla B.Rao和PanTaol.噬菌体基因工程对抗传染病(Genetic Engineering of Bacteriophages AgainstInfectious Diseases).微生物学前沿，2019/05/03。

27.Jonghyeon Shin、Paul Jardine、Vincent Noireaux.噬菌体T7在单无细胞反应中的基因组复制、合成和组装(Genome Replication，Synthesis，and Assembly of theBacteriophage T7 in a Single Cell-Free Reaction).ACS合成生物学2012 1(9)，408-413。

28.H.S.Said等人，炎症性肠病中唾液微生物群的失调及其与口腔免疫生物标志物的关联(Dysbiosis of salivary microbiota in inflammatory bowel disease andits association with oral immunological biomarkers).DNA研究：快速发表基因和基因组报告的国际期刊21，15(2014/02)。

29.C.L.Sears、W.S.Garrett，微生物、微生物群和结肠癌(Microbes，microbiota，and colon cancer).细胞宿主和微生物15，317(2014/05/12)。

30.E.S.Snitkin等人，用全基因组测序追踪医院爆发的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(Tracking a hospital outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniaewith whole-genome sequencing).科学转译医学4，148ra116(2012/08/22)。

31.Y.Taur、E.G.Pamer，免疫功能低下患者的肠道微生物群和感染易感性(Theintestinal microbiota and susceptibility to infection in immunocompromisedpatients).感染性疾病的当前观点26，332(2013/08)。

32.Tindal等人，产气肠杆菌Hormaeche和Edwards 1960(1980年批准清单)和产气肠杆菌Bascomb等人，1971(1980年批准清单)在批准列表中共享相同的命名类型(ATCC13048)并且是同型同义词，因此名称为产气肠杆菌(share the same nomenclatural type(ATCC 13048)on the Approved Lists and are homotypic synonyms，withconsequences for the name Klebsiella mobilis)Bascomb等人，1971(1980年批准清单).国际系统与进化微生物学杂志2017/02；67(2)：502-504.PubMed PMID：27902205。

33.I.Vujkovic-Cvijin等人，肠道菌群的失调与HIV疾病进展和色氨酸分解代谢有关(Dysbiosis of the gut microbiota is associated with HIV diseaseprogression and tryptophan catabolism).科学转译医学5，193ra91(2013/07/10)。

34.Zhou等人，2011 PHAST：快速噬菌体搜索工具(PHAST：A Fast Phage SearchTool).核酸研究.39 suppl.2：W347-W352。

35.美国专利号9,415,079.用于诱导调节性T细胞增殖或积累的组合物(Composition for inducing proliferation or accumulation of regulatory Tcells)。

Claims (43)

1.一种药物组合物，包括一药学上可接受的载体；以及裂解性噬菌体，选自于以下群组的至少三个：

a.群组1：1.2-2、colon-11、PKP-55或肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、Kp15病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

b.群组2：M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、T4病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

c.群组3：KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、T7病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B；

d.群组4：MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、Kp34病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种；

e.群组5：8M-8或肌尾噬菌体科、韦昆塔噬菌体亚科、Sc1病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；以及

f.群组6：8M-1、8M-7、1.2-3s或长尾噬菌体科的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all的至少两种，

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述裂解性噬菌体是选自于所述群组1-6的至少四个。

3.一种药物组合物，包括一药学上可接受的载体；以及裂解性噬菌体，选自于以下群组的至少一个：

a.群组1：1.2-2、colon-11、PKP-55或肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、Kp15病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

b.群组5：8M-8或肌尾噬菌体科、韦昆塔噬菌体亚科、Sc1病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；以及

c.群组6：8M-1、8M-7、1.2-3s或长尾噬菌体科的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all的至少两种；

和以下群组的至少一个：

d.群组2：M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或肌尾噬菌体科、T偶数噬菌体亚科、T4病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

e.群组3：KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、T7病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B；

f.群组4：MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或短尾噬菌体科、自复制短尾噬菌体亚科、Kp34病毒属的任何其他成员，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-131-d、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种；

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

4.根据权利要求1-3的任一项所述的组合物，其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

5.根据权利要求1-4的任一项所述的组合物，其中所述群组1包含噬菌体1.2-2、colon-11和PKP-55。

6.根据权利要求1-5的任一项所述的组合物，其中所述群组2包含噬菌体M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5-1、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c和M16-5c。

7.根据权利要求1-6的任一项所述的组合物，其中所述群组3包含噬菌体KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5和KP2-16-1。

8.根据权利要求1-7的任一项所述的组合物，其中所述群组4包含噬菌体MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c和MCoc9-1c。

9.根据权利要求1-8的任一项所述的组合物，其中所述群组5包含噬菌体8M-8。

10.根据权利要求1-9的任一项所述的组合物，其中所述群组6包含噬菌体8M-1、8M-7和1.2-3s。

11.一种药物组合物，包括至少三种不同的噬菌体菌株，其感染肺炎克雷伯菌，其中所述组合物整体感染：

a.肺炎克雷伯菌菌株KP2；

b.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与合成LPS的基因发生突变；

c.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于参与铁摄取的基因发生突变；

d.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于具有以下的至少一个：

i.参与钴胺素摄取的基因发生突变；或

ii.参与麦芽糖运输的基因发生突变，

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

12.一种药物组合物，包括至少三种不同的噬菌体，其感染肺炎克雷伯菌，其中所述组合物整体感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和以下的至少四种：

a.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaQ和grcA基因的一个或多个发生突变；

b.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于rfaG、wbaP和酪氨酸K基因的一个或多个发生突变；

c.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于mfpsA、wecA和fhuA基因的一个或多个发生突变；

d.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于fepA、tonB和LamB基因的一个或多个发生突变；

e.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；以及

f.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变，其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

13.根据权利要求12所述的组合物，其中所述组合物整体感染：

a.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaQ基因发生突变；

b.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一grcA基因发生突变；

c.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一rfaG基因发生突变；

d.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wbaP基因发生突变；

e.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一酪氨酸K基因和一wbaP基因两者发生突变；

f.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一wecA基因发生突变；

g.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一mfps基因发生突变；

h.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因和一wecA基因两者发生突变；

i.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fepA基因发生突变；

j.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一tonB基因和一LamB基因两者发生突变；

k.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一HBAD基因发生突变；

l.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一lpxM基因发生突变；以及

m.一突变的肺炎克雷伯菌菌株KP2，其特征在于一fhuA基因发生突变。

14.一种药物组合物，包括一药学上可接受的载体；以及裂解性噬菌体，选自于以下群组的至少三个：

a.群组A：1.2-2、colon-11、PKP-55或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

b.群组B：M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

c.群组C：KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B；

d.群组D：MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种；

e.群组E：8M-8或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；

f.群组F：8M-1或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all；

g.群组G：8M-7或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-123-1和8M-all；以及

h.群组H：1.2-3s或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all，

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

15.一种药物组合物，包括一药学上可接受的载体；以及裂解性噬菌体，选自于以下群组的至少四个：

a.群组A：1.2-2、colon-11、PKP-55或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

b.群组B：M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

c.群组C：KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B；

d.群组D：MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种；

e.群组E：8M-8或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；

f.群组F：8M-1或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all；

g.群组G：8M-7或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-123-1和8M-all；以及

h.群组H：1.2-3s或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all，

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

16.一种药物组合物，包括一药学上可接受的载体；以及裂解性噬菌体，选自于：

以下群组的至少一个：

a.群组A：1.2-2、colon-11、PKP-55或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

b.群组E：8M-8或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；

c.群组F：8M-1或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B和8M-all；

d.群组G：8M-7或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-123-1和8M-all；以及

e.群组H：1.2-3s或任何其他对前者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和8M-all；以及

以下群组的至少一个：

f.群组B：M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5a、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、M16-5c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_B的至少两种；

g.群组C：KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5、KP2-16-1或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株KP2和MKP2_251_B；

h.群组D：MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c、MCoc9-1c或任何其他对前述任一者具有至少95％的核苷酸序列同源性的噬菌体，其能够感染肺炎克雷伯菌菌株：CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1和MKP2_251_C的至少三种；

其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株KP2，和至少四种肺炎克雷伯菌菌株，所述肺炎克雷伯菌菌株选自于CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

17.根据权利要求14-16的任一项所述的组合物，其中所述组合物能够裂解每种肺炎克雷伯菌菌株：KP2、CT-141-1、CT-123-1、MKP2_2161_1、MKP2_251_B、MKP2_251_C和8M-all。

18.根据权利要求14-17的任一项所述的组合物，其中所述群组A包含噬菌体1.2-2、colon-11和PKP-55。

19.根据权利要求14-18的任一项所述的组合物，其中所述群组B包含噬菌体M16-7a、KP2-4a、M16-4a、colon-36、KP2-5-1、1.2-4br、1.2-4s、M16-6c、KP2-9a、M16-9a、KP2-5-1、colon-14-15、colon-6、colon1、M16-3-2c、和M16-5c。

20.根据权利要求14-19的任一项所述的组合物，其中所述群组C包含噬菌体KP2-15-2-1、KP2-14、KP2-15-1、colon-14、1.2-3b、KP2-8c、KP2-7c、KP2-7-1c、KP2-8a、KP2-5和KP2-16-1。

21.根据权利要求14-20的任一项所述的组合物，其中所述群组D包含噬菌体MCoc4c、MCoc6c、Mcoc7c、MCoc3c、MCoc5c、MCoc15c、MCoc8a、MCoc9-2c、M16-9-1c和MCoc9-1c。

22.根据权利要求14-21的任一项所述的组合物，其中所述群组E包含噬菌体8M-8。

23.根据权利要求14-22的任一项所述的组合物，其中所述群组F包含噬菌体8M-1。

24.根据权利要求14-23的任一项所述的组合物，其中所述群组G包含噬菌体8M-7。

25.根据权利要求14-24的任一项所述的组合物，其中所述群组H包含噬菌体1.2-3s。

26.根据权利要求1-25的任一项所述的组合物，其中所述组合物包括噬菌体MCoc5c和8M-7。

27.根据权利要求26所述的组合物，其中所述组合物额外包括至少一种选自于1.2-3b、1.2-2和1.2-3s的噬菌体。

28.根据权利要求27所述的组合物，其中所述组合物额外包括至少一种选自于KP2-5-1和PKP-55的噬菌体。

29.根据权利要求1-25的任一项所述的组合物，其中所述组合物包括噬菌体1.2-3b、1.2-2和1.2-3s。

30.根据权利要求29所述的组合物，其额外包括噬菌体Mcoc-5c。

31.根据权利要求29或30所述的组合物，其额外包括噬菌体8M-1。

32.根据权利要求1-31的任一项所述的组合物，其被配制用于口服或直肠给药。

33.一种治疗炎症性肠病的方法，包括向对其有需要的受试者给予权利要求1-32的任一项的组合物。

34.根据权利要求33所述的方法，其中所述炎症性肠病是溃疡性结肠炎。

35.根据权利要求34所述的方法，其中所述炎症性肠病是克罗恩氏病。

36.根据权利要求33-35的任一项所述的方法，其中只有在所述受试者感染了克雷伯菌菌株KP2的时候，才向所述受试者给予所述组合物。

37.根据权利要求33-35的任一项所述的方法，其中只有在所述受试者感染了一突变的KP2的时候，才向所述受试者给予所述组合物。

38.一种药物组合物，包括至少两种不同的裂解性噬菌体，每一种都包括SEQ ID NOs：1至44的任一个的核苷酸序列或与其具有至少90％核苷酸序列同源性的序列，其中所述组合物能够裂解至少一种突变的KP2。

39.根据权利要求38所述的药物组合物，其中当被至少两种不同的裂解性噬菌体的任何一种单独感染时，所述组合物在至少一突变的KP2中产生的生长速率低于至少一突变的KP2的生长速率。

40.根据权利要求38所述的药物组合物，其中当被至少两种不同的裂解性噬菌体的任何一种单独感染时，所述组合物产生至少一突变的KP2的突变所得时间长于至少一突变的KP2的突变时间。

41.根据权利要求38所述的药物组合物，其中与至少两种不同的裂解性噬菌体的任一种的宿主范围相比，所述组合物的宿主范围被扩展。

42.一种抗菌组合物的制备方法，包括至少一种对至少一KP2突变体具有裂解活性的噬菌体，所述方法包括将至少一种噬菌体与一合适的载体或赋形剂结合，所述至少一种噬菌体包括SEQ ID NOs：1至44的任一个的核苷酸序列或与其具有至少90％核苷酸序列同源性的序列。

43.根据权利要求14-16、38或42的任一项所述的组合物或方法，其中所述％的核苷酸序列同源性是通过ANI、BLAST、MAFFT或Needle来计算的。

Images