CN113874509A - 使用dna结合阻遏物在原核细胞中的转录控制 - Google Patents

使用dna结合阻遏物在原核细胞中的转录控制 Download PDF

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Abstract

本公开内容总体上涉及用于将基因线路从一种原核细胞(“供体细胞”)转移到另一种原核细胞(“受体细胞”或“靶细胞”，其在本文中可互换使用)的方法和组合物。更具体而言，本公开内容涉及包含(i)目的基因线路和(ii)一种或多种表达的转录阻遏蛋白的原核供体细胞，以及所述供体细胞将基因线路有效转移到原核受体细胞内的用途。基因线路包括编码目的RNA分子或蛋白质的核酸序列。

Description

使用DNA结合阻遏物在原核细胞中的转录控制
技术领域
本公开内容总体上涉及用于将基因线路(genetic circuit)从一种原核细胞(“供体细胞”)转移到另一种原核细胞(“受体细胞”或“靶细胞”，其在本文中可互换使用)的方法和组合物。
背景技术
控制来自给定启动子的转录的诱导型系统是分子生物学中的有用工具[1]–[3]。一般而言，这些系统由蛋白质阻遏物组成，所述蛋白质阻遏物与其同源DNA操纵基因的结合取决于诱导物的存在。在诱导物的不存在下，阻遏物能够识别其操纵基因，阻止来自启动子的转录；当诱导物存在时，或通过诱导物与阻遏物的结构域结合或通过改变其3D构象，阻遏物不再能够识别其操纵基因，从而激活转录。诱导物可以是化学的(IPTG、糖、小分子、蛋白质等)或物理的(热、光、压力、pH等)。存在阻止转录或降低细胞中制备的蛋白质量的许多其它方法：蛋白质的条件降解、生产菌株中的质粒拷贝数减少等。这些方法并不阻遏启动子本身，而是作用于基因线路的其它组分[22]。
在一些情况下，可能期望控制宿主中的特异性基因的转录/翻译，同时能够在诱导物的不存在下在靶细菌中激活它。例如，在对靶细菌毒性的蛋白质和/或核酸(例如含有CRISPR-Cas9的线路)的噬菌粒转导的情况下[14]，待用于生产颗粒的菌株不表达由线路编码的毒性蛋白和/或核酸是必须的：否则，生产菌株将被杀死或严重受损。然而，毒性蛋白和/或核酸在靶菌株中表达/转录，以诱导细胞死亡如序列特异性细胞死亡或靶菌株中任何其它类型的所需功能是必要的。对于将注入靶菌株中的任何其它毒性组分也是如此，这也可能致使其对于生产菌株毒性。另外，已显示了尤其是当它们施加负担(例如毒性组分，或在生产菌株中具有不需要的功能的任何组分)时，基因线路中组分的组成型表达对于细胞是不利的，并且它们趋于被缺失或突变，导致不希望有的设计和组分破坏[15]。在这个意义上，从改造/制造的观点来看，具有仅在生产菌株中起作用的条件阻遏物是有利的。
已提供了对于基因线路转导的具体情况所提议的解决方案，并且其涉及正调节物(噬菌体聚合酶及其同源启动子)。靶细胞可能仅含有启动子或聚合酶，而其它组分由噬菌粒转导[12][13]。然而，这在以下情况下不是实用的方法：当与野生型菌株工作时，因为难以转化组分之一，或者在其中不可能用线路组分之一预装载靶细胞的环境(例如，肠道环境)中。
关于这点的另一个可能的解决方案将是表达反式控制毒性组分的表达(即，并不在待包装的线路中编码)的阻遏物。在这种情况下，阻遏物将仅存在于生产菌株中，而不存在于靶菌株中。然而，存在与这种方法相关的主要问题：由于用于生产噬菌粒的菌株与需要靶向的菌株是同一物种(或至少非常密切相关)，因此需要仔细选择所使用的阻遏物。例如，使用AraC或LacI将有效地阻遏生产菌株中毒性组分的反式转录，并且以这种方式生产的噬菌粒将“裸露的”组成型启动子注入靶菌株内。然而，如果这些是野生型菌株，则它们很可能含有其自身的LacI或AraC基因，因此注入的启动子将立即被阻遏。甚至抗生素诱导的系统如TetR，在许多野生型菌株中也是非常常见的。当使用噬菌体主-阻遏物-启动子对时，可以发生同样的情况：野生型菌株在其基因组中携带许多原噬菌体，并且其中许多可以编码识别所使用的启动子的阻遏物。
发明内容
本文描述的是用于将目的基因线路从一种原核细胞(在本文中称为“供体细胞”)转移到另一种原核细胞(在本文中称为“受体细胞”或“靶细胞”)的新方法和组合物。在某些方面，原核细胞是细菌细胞。进一步地，基因线路包含在阻遏物结合序列(在本文中也称为启动子/操纵基因)的转录控制下的目的核酸。所述目的核酸序列可以编码目的蛋白质或RNA。
所公开的方法和组合物基于一种或多种阻遏蛋白在供体细胞中的表达，以及位于基因线路内的阻遏物结合序列的存在，当存在于供体细胞中时，它们起阻遏目的核酸序列的转录的作用。基因线路并不编码所述一种或多种阻遏蛋白。因此，在基因线路转移到受体细胞内之后，然后目的核酸序列被转录，所述受体细胞因其缺乏所述一种或多种阻遏蛋白的表达而被选择。
提供了用于将基因线路从供体细胞转移到受体细胞或靶细胞的方法。所述转移可以通过各种不同的方法来实现。转移的非限制性实例例如包括细菌转导、接合和转化。在一个具体方面，细菌递送媒介物例如细菌噬菌体支架在供体细胞中组装，作为用于将基因线路有效转移到受体细胞或靶细胞内的手段。在此类情况下，供体细胞包含原噬菌体序列，其反式提供了用于将基因线路组装到细菌噬菌体颗粒内所需的细菌噬菌体组分，例如衣壳蛋白。进一步地，将基因线路改造为含有顺式作用包装信号，其介导基因线路衣壳化到衣壳内。
因此，本发明涉及将基因线路从供体细胞转移到靶细胞的方法，其包括使供体细胞与靶细胞接触足够量的时间，以允许基因线路转移到靶细胞内，其中所述供体细胞表达阻遏蛋白，所述阻遏蛋白并不由基因线路编码并且不存在于靶细胞中，并且其中所述基因线路包含在阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸序列。供体细胞可以是细菌供体细胞，并且靶细胞可以是细菌靶细胞。基因线路可以在转移前在细菌递送媒介物内进行包装。优选地，在递送媒介物中包装的基因线路是包装的噬菌粒。目的核酸序列可以编码目的蛋白质和/或目的RNA分子。特别地，目的核酸序列可以编码这样的蛋白质：(i)其为毒性蛋白，优选对细菌细胞特别是靶细胞毒性的蛋白质，更特别是选自以下的毒性蛋白：穿孔素(holin)、内溶素、限制性酶和影响靶细胞存活或生长的毒素，(ii)其为核酸酶，优选CRISPR核酸酶，和/或其为治疗性蛋白质。可替代地或另外，目的核酸序列可以编码特别是选自mRNA、crRNA、tRNA、iRNA、asRNA、核酶RNA、引导RNA和RNA适体的目的RNA分子。在一个特定实施方案中，目的核酸序列编码CRISPR核酸酶，并且基因线路进一步包含编码引导RNA的核酸序列，优选地，编码引导RNA的所述核酸序列处于组成型启动子的转录控制下。在一些实施方案中，目的核酸序列是编码RNA例如mRNA、crRNA、tRNA、iRNA (干扰RNA)、asRNA (反义RNA)、核酶RNA、RNA适体或引导RNA的核酸，CRISPR基因座，毒素基因，编码酶例如核酸酶或激酶的基因，编码选自Cas核酸酶、Cas9核酸酶、TALEN、ZFN和大范围核酸酶的核酸酶的基因，编码重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白或分泌蛋白的基因，编码对抗生素或一般而言的药物的抗性的基因，编码毒性蛋白或毒性因子的基因，以及编码毒力蛋白或毒力因子的基因，或其任何组合。更特别地，目的核酸序列可以选自编码下述中的一种或多种的核酸：Cas核酸酶、Cas9核酸酶、引导RNA、CRISPR基因座、毒素、酶、核酸酶、激酶、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、赋予对抗生素或药物的抗性的蛋白质、毒性蛋白或毒性因子、毒力蛋白和毒力因子。优选地，阻遏蛋白选自表1中列出的阻遏蛋白，优选地选自PhlF、SrpR、LitR、PsrA、AmeR、McbR、QacR、TarA、ButR、Orf2和ScbR。
还提供了用于生产细菌递送媒介物例如包装的噬菌粒的方法，所述细菌递送媒介物用于将所需基因线路有效转移到受体细胞或靶细胞内。本公开内容涉及在目的细菌递送媒介物的生产期间使用如本文所述的供体细胞，其表达一种或多种阻遏蛋白用于目的核酸的受控表达，所述目的核酸例如编码毒性或不需要的蛋白质的核酸和/或RNA分子。供体细胞中目的核酸的受阻遏转录可能起因于阻遏物结合序列与目的核酸紧密接近的功能定位。可替代地，供体细胞中目的核酸的受阻遏转录可能起因于阻遏物结合序列远离目的核酸的功能定位。相比之下，由于所述细胞中不存在所述一种或多种阻遏蛋白，并且基因线路内不存在编码所述阻遏蛋白的核酸序列，一旦转移至受体细胞或靶细胞，目的核酸就被转录。
在一个方面，提供了使用本发明的供体细胞产生递送媒介物的方法。在某些实施方案中，通过在允许递送媒介物形成的条件下，将本文所述的目的基因线路引入供体细胞内，来制备递送媒介物。例如，在某些实施方案中，该方法包括(i)将目的基因线路引入供体细胞内；并且(ii)允许足够量的时间用于目的基因线路的复制、以及基因线路包装到递送媒介物内。在一个方面，该方法可以进一步包括收集和任选地纯化递送媒介物的步骤。特别地，本发明涉及产生递送媒介物的方法，其包括i)将基因线路引入表达阻遏蛋白的供体细胞内，其中所述基因线路包含处于由所述阻遏蛋白识别的阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸，并且所述阻遏蛋白并不由基因线路编码；并且允许足够量的时间用于目的基因线路的复制、以及基因线路包装到递送媒介物内。该方法可以进一步包括收集递送媒介物的步骤和任选地纯化递送媒介物的步骤。优选地，在所述方法中，供体细胞优选细菌供体细胞包含原噬菌体序列，其编码用于将基因线路组装到递送媒介物内反式所需的蛋白质。优选地，基因线路是噬菌粒和/或递送媒介物是细菌递送媒介物，更优选细菌噬菌体。特别地，递送媒介物可以用于并不表达阻遏蛋白的靶细胞，优选细菌靶细胞中。本发明还涉及通过所述方法获得的递送媒介物。本发明还涉及包含受阻遏蛋白控制的转录启动子以及置于所述转录启动子的控制下的目的核酸序列的基因线路，所述基因线路并不编码阻遏蛋白并且在细菌递送媒介物内进行包装。优选地，所述基因线路是噬菌粒。它还涉及本发明的递送媒介物或基因线路将基因线路从供体细胞转移到靶细胞的用途，其中所述供体细胞表达阻遏蛋白，并且所述靶细胞并不表达所述阻遏蛋白。
在另外一个方面，本发明提供了包含一种或多种表达的阻遏蛋白和目的基因线路的供体细胞。优选地，目的基因线路包含置于阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸序列，所述阻遏物结合序列由所述一种或多种表达的阻遏蛋白识别。进一步地，在其中产生递送媒介物的某些实施方案中，供体细胞还可以包含原噬菌体序列，其编码用于将目的基因线路组装到递送媒介物内反式所需的蛋白质。此类蛋白质包括例如结构细菌噬菌体蛋白质，例如衣壳蛋白。在一些特定方面，本发明涉及包含基因线路的供体细胞，所述基因线路包含受阻遏蛋白控制的转录启动子，所述阻遏蛋白由所述供体细胞表达，但并不由所述基因线路编码。优选地，基因线路包含置于转录启动子的控制下的目的核酸序列。供体细胞可以进一步包含原噬菌体序列，其反式提供了用于将基因线路组装到细菌噬菌体颗粒内所需的细菌噬菌体组分。基因线路可以进一步包含顺式作用包装信号，其介导基因线路衣壳化到衣壳内。
本公开内容的供体细胞包含目的基因线路。在本发明的某些实施方案中，基因线路包含表达盒或转录盒，其具有在阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸。此类目的核酸选自例如编码RNA例如mRNA、crRNA、tRNA、iRNA (干扰RNA)、asRNA (反义RNA)、核酶RNA、RNA适体或引导RNA的核酸，CRISPR基因座，毒素基因，编码酶例如核酸酶或激酶的基因，编码选自Cas核酸酶、Cas9核酸酶、TALEN、ZFN和大范围核酸酶的核酸酶的基因，编码重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白或分泌蛋白的基因，编码对抗生素或一般而言的药物的抗性的基因，编码毒性蛋白或毒性因子的基因，以及编码毒力蛋白或毒力因子的基因，或其任何组合。在本发明的一个实施方案中，目的核酸编码治疗性蛋白质。在另一个实施方案中，核酸编码反义核酸分子。在一些实施方案中，目的核酸编码两种或更多种目的分子。特别地，这些分子之一可以是核酸酶，例如Cas核酸酶，而另一种可以是核酸分子，例如引导RNA。在一个方面，目的核酸编码核酸酶，其执行受体细胞或靶细胞基因组或者受体细胞质粒或靶细胞质粒的切割。在一些方面，切割在抗生素抗性基因中发生。在本发明的另一个实施方案中，目的核酸编码靶向受体细胞基因组或靶细胞基因组的切割的核酸酶，并且所述核酸酶被设计为刺激同源重组事件，用于将目的核酸插入细胞的基因组内。
优选地，在本发明的方法或本发明的供体细胞中，基因线路是噬菌粒，和/或供体细胞是细菌细胞，更优选来自大肠杆菌(E.coli)物种的细菌细胞。
本公开内容还提供了药物组合物或兽医组合物，其包含供体细胞或在所述供体细胞中组装的一种或多种细菌递送媒介物、以及药学上可接受的载剂。还提供了药物组合物或兽医组合物，其包含本发明的递送媒介物和/或基因线路、以及药学上可接受的赋形剂。还提供的是用于治疗由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染的方法，其包括将所提供的药物组合物或兽医组合物施用于需要治疗的受试者，所述受试者患有所述疾病或病症。进一步提供的是(i)如本文公开的药物组合物或兽医组合物，其用作药物且特别是用于治疗由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染，以及(ii)如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染。提供了用于降低特别是患有细菌感染的受试者的细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量的方法，其包括使细菌群体与本文公开的组合物接触。进一步提供的是如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于降低特别是患有细菌感染的受试者的细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量。
本公开内容进一步提供了用于将目的基因线路从供体细胞转移到受体细胞或靶细胞的试剂盒。在一个实施方案中，该试剂盒包含(i)表达阻遏蛋白的供体细胞；以及(ii)目的基因线路。所述基因线路可以包含表达盒，目的核酸可以插入所述表达盒内，与由所述阻遏蛋白识别的阻遏物结合序列功能接近。任选地，试剂盒的供体细胞可以含有用于组装递送媒介物的原噬菌体序列，例如用于包装目的基因线路的细菌噬菌体蛋白。试剂盒可以进一步包含受体细胞或靶细胞，其中所述受体细胞或靶细胞未能表达阻遏蛋白，从而允许在转移到所述细胞内之后目的核酸的表达。
附图说明
为了更好地理解本文公开的主题并例证它可以如何在实践中执行，现在将参考附图通过非限制性示例的方式描述实施方案。具体参考附图，应强调的是所显示的细节作为示例的方式，并且用于本发明的实施方案的说明性讨论的目的。
图1描绘了具有种间阻遏物的条件转录控制。在左侧上，含有包装原噬菌体和反式的PhlF阻遏物的供体菌株。基因线路携带包装信号以及在PphlF启动子的控制下的目的核酸(编码致动蛋白)。在基因线路的包装后，可以转导靶细胞或受体细胞，并且PphlF启动子将是活性的，因为受体细胞缺乏PhlF阻遏物(不存在于大肠杆菌中)。应注意，PhlF阻遏物可以替换为dCas9 +靶向启动子、RBS或致动器的序列的gRNA。
图2描绘了含有Cas9的基因线路的转化。将含有在PphlF启动子的控制下的Cas9和靶向lacZ的组成型sgRNA引导的质粒转化到MG1655 (左图)或MG1656 (右图)内。空细胞(不携带任何其它质粒)显示在顶部上；含有编码PhlF阻遏物的额外质粒的转化细胞显示在底部处。
图3描绘了含有Cas9的基因线路的转导。将含有在PphlF启动子的控制下的Cas9和靶向lacZ的组成型sgRNA引导的噬菌粒转导到MG1655 (左图)、具有在质粒中编码的PhlF阻遏物的MG1655 (中)或MG1656 (右图)内。
图4描绘了含有Cpf1的基因线路的转化。将含有在PsrpR启动子的控制下的Cpf1和靶向lacZ的组成型crRNA引导的质粒(p455)转化到MG1655 (左图)或MG1656 (右图)内。空细胞(不携带任何其它质粒)显示在顶部行上；含有编码SrpR阻遏物的额外质粒(pRARE4-SrpR-1.0)的转化细胞显示在底部处。
图5描绘了转导到MG1655 (左图)、具有在质粒中编码的SrpR阻遏物的MG1655(中，pRARE4-SrpR-1.0)或MG1656 (右图)内的包装噬菌粒(p455)，其含有在PsrpR启动子的控制下的Cpf1和靶向lacZ的组成型crRNA引导。
图6描绘了含有或不含SrpR阻遏物的菌株的菌落大小的比较。两种菌株均用PsrpR-Cpf1-LacZ基因线路(p841)进行转化。上图，基因组中含有SrpR的细胞。下图，不含SrpR阻遏物的细胞。温育时间显示在顶部处。
具体实施方式
本文公开的是用于将基因线路递送到受体细胞或靶向的细胞内的新方法。在一个实施方案中，提供了用于生产细菌递送媒介物的新方法，所述细菌递送媒介物用于将所需基因线路有效转移到靶细胞内。本公开内容的方法和组合物基于供体细胞的使用，所述供体细胞表达一种或多种阻遏蛋白，用于蛋白质例如毒性蛋白和/或核酸例如RNA分子的受控表达。例如，当基因线路被设计为表达毒性蛋白和/或RNA分子时，这是特别重要的。
提供了表达一种或多种阻遏蛋白的供体细胞。在优选实施方案中，术语“供体细胞”指供体细菌细胞。如本文使用的，术语“阻遏蛋白”优选地指与核酸上的特异性位点(在本文中“阻遏物结合序列”)结合并阻止附近基因转录的蛋白质。通常，阻遏蛋白是DNA结合蛋白，其通过其与阻遏物结合序列(操纵基因)的结合来阻断RNA聚合酶与启动子的附着，从而阻止基因的转录。所述供体细胞可以是天然表达一种或多种阻遏蛋白的细胞。可替代地，供体细胞可以是重组改造的，以表达一种或多种阻遏蛋白。另外，所提供的供体细胞包含目的基因线路，其中所述基因线路含有在阻遏物结合序列的转录调控下的目的核酸，并且并不包含编码阻遏蛋白的核酸，所述阻遏蛋白能够与所述阻遏物结合序列结合。由供体细胞表达的至少一种阻遏蛋白能够与所述阻遏物结合序列结合，从而阻止目的核酸的转录。所述目的核酸可以编码目的蛋白质和/或RNA。
可以在供体细胞中利用的阻遏蛋白包括例如表1中列出的那些阻遏蛋白。在一个实施方案中，供体细胞表达的阻遏蛋白选自表1中列出的阻遏蛋白，并且在基因线路内包含的目的核酸处于由所述阻遏蛋白结合的阻遏物结合序列的转录调控下。
表1.
阻遏蛋白 SwissProt登录号
AmeR Q9F8V9
AmrR Q9RG61
AmtR Q9S3L4
ArpA Q54189
ArpR Q9KJC4
BarA Q9LBV6
BarB O24739
BM1P1 O68276
BM3R1 P43506
BpeR Q6VV70
ButR Q9AJ68
CalR1 Q8KNI9
CampR Q93TU7
CasR Q9F6W0
CprB O66129
CymR O33453
Cyp106 Q59213
DhaR Q9RAJ1
Ef0113 Q8KU49
EthR P96222
FarA O24741
HapR O30343
HemR P72185
HlyIIR Q63B57
IcaR Q9RQQ0
IcaR Q8GLC6
IfeR O68442
JadR2 Q56153
KstR Q9RA03
LanK Q9ZGB7
LitR Q8KX64
LmrA O34619
LuxT Q9ANS7
McbR Q8NLK1
MmfR Q9JN89
MtrR P39897
NonG Q9XDF0
OpaR O50285
Orf2 Q9XDV7
orfL6 Q8VV87
PaaR Q9FA56
PhlF Q9RF02
PqrA Q9F147
PsbI Q9XDW2
PsrA Q9EX90
Q9ZF45 Q9ZF45
QacR P0A0N4
RmrR Q9KIH5
ScbR O86852
SmcR Q9L8G8
SmeT Q8KLP4
SrpR Q9R9T9
TarA Q9RPK9
TcmR P39885
ThlR O85706
TtgR Q9AIU0
TtgW Q93PU7
TylP Q9XCC7
TylQ Q9ZHP8
UrdK Q9RP98
VanT Q8VQC6
VarR Q9AJL5
YdeS P96676
YDH1 P22645
YixD P32398
与此类阻遏蛋白相对应的阻遏物结合序列是本领域众所周知的，并且技术人员可以容易地选择阻遏蛋白/阻遏物结合序列的功能对。在一些实施方案中，供体细胞表达与基因线路中包含的一种或几种阻遏物结合序列相对应的一种或几种阻遏蛋白。由供体细胞表达的阻遏蛋白和/或在基因线路上包含的阻遏物结合序列对于供体细胞可以是异源的，即并非天然存在于所述供体细胞中。特别地，由供体细胞表达的阻遏蛋白和/或在基因线路上包含的阻遏物结合序列可以来自与供体细胞不同的细菌物种，优选来自不同的细菌属。优选地，由供体细胞表达的阻遏蛋白和/或在基因线路上包含的阻遏物结合序列对于供体细胞是内源的，即天然存在于所述供体细胞中。
在其它实施方案中，阻遏蛋白是缺乏核酸酶活性的CRISPR核酸酶。在该实施方案中，阻遏蛋白与引导RNA组合使用，所述引导RNA靶向目的核酸转录所需的序列。在该实施方案中，供体细胞因此还表达所述引导RNA加上充当阻遏蛋白的CRISPR核酸酶。特别地，引导RNA可以靶向与目的核酸可操作地连接的控制序列，例如启动子、RBS或阻遏物结合序列。可替代地，引导RNA可以靶向非控制序列，例如目的核酸的编码区。在这种情况下，所述非控制序列应该被视为阻遏物结合序列。由于该引导RNA，缺乏核酸酶活性的CRISPR核酸酶能够结合靶向序列而不诱导任何断裂，从而阻止目的核酸的转录，而不改变基因线路的完整性。缺乏核酸酶活性的CRISPR核酸酶如死亡Cas9 (dCas9)是技术人员众所周知的。
除表达阻遏蛋白之外，供体细胞还可以进一步包含包装原噬菌体，其反式提供了对于细菌递送媒介物(例如细菌噬菌体支架)的组装必需的组分。一旦产生，递送媒介物就可以有利地用于将目的基因线路转移到受体细胞或靶细胞内。受体细胞或靶向的细胞内不存在阻遏蛋白导致转移的目的基因线路的表达。
如本文使用的，术语“基因线路”优选地指核酸构建体，优选线性或环状双链DNA分子，其包含与控制序列(包括转录启动子(“启动子”)和阻遏物结合序列(通过由供体细胞表达的至少一种阻遏蛋白识别))可操作地连接的一种或多种目的核酸。基因线路可以进一步包含与一种或几种控制序列(包括转录启动子)可操作地连接的一种或多种另外的核酸序列。特别地，基因线路可以包含与控制序列(包括启动子和阻遏物结合序列(通过由供体细胞表达的至少一种阻遏蛋白识别))可操作地连接的一种或多种目的核酸、以及与组成型启动子可操作地连接的一种或多种核酸序列。例如，在一个特定实施方案中，基因线路包含与控制序列(包括启动子和阻遏物结合序列(通过由供体细胞表达的至少一种阻遏蛋白识别))可操作地连接、编码CRISPR核酸酶的目的核酸，以及与组成型启动子可操作连接的编码引导RNA的核酸序列。术语“可操作地连接的”意指这样的配置，其中控制序列以使得控制序列指导所述核酸的表达的这样的方式相对于目的核酸置于适当的位置处。任选地，基因线路可以包括其它控制序列，例如前导序列、聚腺苷酸化序列、前肽序列、核酶、发夹形成序列、核糖体结合位点、信号肽序列和/或转录终止子。在一些优选实施方案中，基因线路是质粒或噬菌粒，即包含发出包装信号的遗传序列。更优选地，基因线路是噬菌粒。
在一个方面，提供了使用本发明的供体细胞系产生递送媒介物的方法。如本文使用的，术语“递送媒介物”优选地指允许将基因线路转移到细胞内的任何手段。优选地，递送媒介物允许将基因线路转移到细菌细胞内(“细菌递送媒介物”)。在某些实施方案中，通过在允许递送媒介物形成的条件下，将本文所述的基因线路引入合适的供体细胞内，来制备递送媒介物。例如，在某些实施方案中，该方法包括(i)将目的基因线路引入供体细胞内；并且(ii)允许足够量的时间用于基因线路的复制、以及基因线路包装到递送媒介物内。更特别地，产生递送媒介物的方法可以包括(i)将如上定义的目的基因线路和原噬菌体序列引入如上定义的供体细胞，优选细菌供体细胞内，所述原噬菌体序列编码用于将基因线路组装到递送媒介物内反式所需的蛋白质(例如细菌噬菌体支架蛋白)；并且(ii)允许足够量的时间用于基因线路的复制、以及基因线路包装到细菌递送媒介物内。在一个方面，该方法可以进一步包括收集和任选地纯化递送媒介物的步骤。
在另外一个方面，本发明提供了包含阻遏蛋白表达盒的供体细胞，所述阻遏蛋白表达盒包含编码阻遏蛋白的序列。供体细胞可以包含阻遏蛋白表达盒，其包含编码阻遏蛋白的序列或编码几种阻遏蛋白的几个序列。进一步地，在这些实施方案的任一个中，供体细胞可以包含原噬菌体序列，其编码用于将基因线路中包含的目的核酸有效载荷(payload)(或整个基因线路)包装到递送媒介物内反式所需的蛋白质。此类蛋白质包括例如结构细菌噬菌体蛋白质，例如衣壳蛋白。
提供了能够将基因线路从供体细胞转移到所需的受体细胞或靶细胞内的方法，所述基因线路包含编码目的蛋白质或RNA分子的目的核酸。基因线路和供体细胞可以如上文定义的。靶细胞优选是细菌细胞，并且并不表达在供体细胞中发现的阻遏蛋白，以负调节基因线路中包含的目的核酸的转录。所述方法可以包括使所述供体细胞与所述受体细胞或靶细胞接触足以转移基因线路的时间。可替代地，当(例如使用包含细菌噬菌体支架的供体细胞)产生细菌递送媒介物时，该方法可以包括使所述受体细胞或靶细胞与供体细胞中产生的细菌递送媒介物接触。转移的基因线路包含在阻遏物结合序列的控制下的目的核酸，所述阻遏物结合序列受供体细胞表达的阻遏蛋白的负调控。在此类情况下，编码目的蛋白质或RNA分子的目的核酸的转录通过在供体细胞中表达的阻遏蛋白而被阻遏。本文提供的方法能够将基因线路转移到所需靶宿主细胞内，所述基因线路包含编码一种或多种目的蛋白质或RNA分子的核酸，所述靶宿主细胞并不表达阻遏蛋白，并且优选天然缺乏阻遏蛋白，从而允许目的有效载荷的转录。
在本发明的某些实施方案中，目的核酸选自编码RNA例如mRNA、crRNA、tRNA、iRNA(干扰RNA)、asRNA (反义RNA)、核酶RNA、RNA适体或引导RNA的核酸，CRISPR基因座，毒素基因，编码酶例如核酸酶或激酶的基因，编码选自Cas核酸酶、Cas9核酸酶、TALEN、ZFN和大范围核酸酶的核酸酶的基因，编码重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白或分泌蛋白的基因，编码对抗生素或一般而言的药物的抗性的基因，编码毒性蛋白或毒性因子的基因，以及编码毒力蛋白或毒力因子的基因，或其任何组合。目的核酸还可以编码细菌转运蛋白或细菌孔或分泌系统。由目的核酸编码的蛋白质可以进行修饰或改造，以包括额外的特征，如功能(例如dCas9)的添加或去除、向通常不分泌的蛋白质添加分泌信号或添加环中的外源肽。
在本发明的一个实施方案中，目的核酸编码治疗性蛋白质。在另一个实施方案中，目的核酸编码反义核酸分子。在一些实施方案中，目的核酸编码两种或更多种目的分子。特别地，这些分子之一可以是核酸酶，例如Cas核酸酶，而另一种分子可以是核酸分子，例如引导RNA。在一个方面，本文提供的方法和组合物能够转移包含目的核酸的基因线路，所述目的核酸编码靶向宿主细菌细胞基因组或宿主细菌细胞质粒的切割的核酸酶。在一些实施方案中，核酸酶介导的切割在抗生素抗性基因中发生。在一些其它实施方案中，核酸酶介导的宿主细菌细胞基因组的切割被设计为刺激同源重组事件，用于将目的核酸插入细菌细胞的基因组内。
提供了能够将基因线路转移到所需靶细胞或受体细胞内的方法和组合物，所述基因线路包含编码目的蛋白质或RNA分子的目的核酸。如本文使用的，术语“转移”指允许将基因线路转移到受体细胞或靶细胞内的任何手段。此类手段包括例如转导、接合和转化。在一些实施例中，递送媒介物可以用于将基因线路从供体细胞转移到靶细胞。由本发明包括的递送媒介物包括但不限于细菌噬菌体支架、病毒支架、基于化学的递送媒介物(例如，环糊精、磷酸钙、阳离子聚合物、阳离子脂质体)、基于蛋白质或基于肽的递送媒介物、基于脂质的递送媒介物、基于纳米颗粒的递送媒介物、基于非化学的递送媒介物(例如，转化、电穿孔、声致穿孔、光学转染)、基于颗粒的递送媒介物(例如，基因枪、磁转染、刺穿感染(impalefection)、粒子轰击、细胞穿透肽)或供体细菌(接合)。在优选实施方案中，递送媒介物是细菌噬菌体支架，即从天然、进化或改造的衣壳获得。
递送媒介物的任何组合也由本发明包括。递送媒介物可以指细菌噬菌体衍生的支架，并且可以得自天然、进化或改造的衣壳。在一些实施方案中，递送媒介物是有效载荷(例如基因线路)，因为细菌天然地有能力自行从环境中吸收有效载荷。
如本文使用的，术语“有效载荷”指用递送媒介物转移到受体细胞或靶细胞内的任何一种或多种核酸序列，例如本文公开的基因线路和/或氨基酸序列、或两者的组合(例如但不限于肽核酸或肽-寡核苷酸缀合物)。术语“有效载荷”也可以指质粒、载体或货物。有效载荷可以是从天然、进化或改造的细菌噬菌体基因组获得的噬菌粒或噬粒。有效载荷也可以仅由从天然、进化或改造的细菌噬菌体基因组获得的噬菌粒或噬粒的部分组成。
如本文使用的，术语“核酸”指共价连接在一起的至少两个核苷酸的序列，其可以是单链或双链的或者含有单链序列和双链序列两者的部分。本发明的核酸可以是天然存在的、重组的或合成的。核酸可以是环状序列或线性序列的形式或两种形式的组合。核酸可以是DNA (基因组或cDNA两者)、或RNA或两者的组合。核酸可以含有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的任何组合，以及碱基的任何组合，所述碱基包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、异胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶和异鸟嘌呤。可以用于本发明中的修饰碱基的其它实例在Chemical Reviews 2016，116(20)12655-12687中详述。术语“核酸”还包括任何核酸类似物，其可以含有其它主链，包括但不限于磷酰胺、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、O-甲基亚磷酰胺键和/或脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸核酸。核酸的上述特征的任何组合也由本发明包括。
本发明中使用的基因线路还可以包含复制起点。用于所公开的方法和组合物中的复制起点是本领域已知的，并且已从以下中进行鉴定：物种特异性质粒DNA (例如CoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、p15a等等)、细菌病毒(例如
Figure DEST_PATH_IMAGE001
X174、M13、F1和P4)和细菌染色体复制起点(例如oriC)。例如，此类序列允许基因线路在细菌细胞例如供体细胞和/或靶向的细胞中的复制。在一个实施方案中，根据本公开内容的噬菌粒(基因线路)包含在供体细胞、靶细胞或受体细胞中有功能的细菌复制起点。
可替代地，根据本公开内容的基因线路不包含任何功能性细菌复制起点、或含有在靶向的细菌中无活性的复制起点。因此，本公开内容的基因线路已引入靶细胞或受体细胞内之后，它无法单独复制。
在一个实施方案中，待包装到递送媒介物内的基因线路或质粒上的复制起点在靶向的细菌中是无活性的，这意味着该复制起点在靶向的细胞中无功能，因此阻止不需要的质粒复制。
在一个实施方案中，基因线路或质粒包含在供体细菌细胞，例如用于生产细菌病毒颗粒的供体细菌细胞中有功能的细菌复制起点。
基因线路或质粒复制取决于宿主酶和基因线路或质粒控制的顺式和反式决定簇。例如，一些基因线路或质粒可能具有的决定簇在几乎所有革兰氏阴性菌中都被识别，并且在复制启动和调控过程中在每种宿主中正确地起作用。其它基因线路或质粒可能仅在一些细菌中拥有这种能力(Kues，U和Stahl，U 1989 Microbiol Rev 53:491-516)。
基因线路或质粒可以通过从复制起点处起始的三种一般机制进行复制，即θ型、链置换和滚环(通过Del Solar等人1998 Microhio and Molec Biol. Rev 62:434-464综述)。这些复制起点含有对于基因线路或质粒和/或宿主编码蛋白质的相互作用所需的位点。
本文使用的复制起点可以具有中等拷贝数，例如来自pBR322的colEl ori (每个细胞15-20个拷贝)或R6K质粒(每个细胞15-20个拷贝)，或可以是高拷贝数，例如pUC oris(每个细胞500-700个拷贝)、pGEM oris (每个细胞300-400个拷贝)、pTZ oris (每个细胞>1000个拷贝)或pBluescript oris (每个细胞300-500个拷贝)。
在一个实施方案中，基因线路中包含的细菌复制起点选自ColE1、pMB1和变体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW (pSa etc)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100 (Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158和pUB113。
更优选地，细菌复制起点是选自以下的大肠杆菌复制起点：ColE1、pMB1和变体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW (pSa etc)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5和pPS10。
更优选地，细菌复制起点选自pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158和pUB113。
甚至更优选地，细菌复制起点是ColE1和p15A。
基因线路可以包含噬菌体复制起点。特别地，根据本公开内容的所递送的核酸序列可以包含噬菌体复制起点，伴随完整噬菌体基因组的互补，其可以启动所递送的核酸序列的复制，用于随后包封到不同衣壳内。噬菌体复制起点也可以被改造为充当细菌复制起点，而无需包装任何噬菌体颗粒。
包含在本公开内容的基因线路或所递送的核酸序列中的噬菌体复制起点可以是在噬菌体中发现的任何复制起点。
优选地，噬菌体复制起点可以是以下的野生型或非野生型序列：M13、f1、
Figure 674160DEST_PATH_IMAGE001
X174、P4、λ、P2、186、λ样、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、phi80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、phiX174、R17、PRD1 Pl样、P2样、P22、P22样、N15和N15样细菌噬菌体。
更优选地，噬菌体复制起点选自M13、f1、
Figure 591301DEST_PATH_IMAGE001
X174、P4和λ的噬菌体复制起点。
在一个特定实施方案中，噬菌体复制起点是λ或P4复制起点。
如本文公开的基因线路包含在阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸序列。在公开的方法中，目的核酸的转录在供体细胞中受阻遏，而在靶向的细胞中活跃。在一个实施方案中，目的核酸是待递送至靶向的细胞的可编程核酸酶线路(programmable nucleasecircuit)，即目的核酸编码待递送至靶向的细胞的可编程核酸酶系统。可编程核酸酶系统包含可编程核酸酶，即能够介导靶向的细胞中目的靶基因的序列特异性消除的核酸酶。特别地，这种可编程核酸酶系统可能能够介导体内序列特异性的细菌消除，所述细菌含有目的靶基因(例如对人有害的基因)。可以用于本发明的方法中的可编程核酸酶包括例如CRISPR核酸酶(也命名为“CRISPR相关蛋白”或“Cas核酸酶”)，优选I型、II型CRISPR核酸酶、TALEN核酸酶、ZFN核酸酶、大范围核酸酶和重组酶及其任何变体(进化或改造的变体)。这些核酸酶可以分开或组合使用，即可编程核酸酶系统可以包含一种或几种可编程核酸酶。在一个特定实施方案中，可编程核酸酶选自化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)的II型CRISPR-Cas(成簇规律间隔短回文重复-CRISPR相关)系统的改造变体。可以使用的其它可编程核酸酶包括其它CRISPR-Cas系统，改造的TALEN(转录激活因子样效应物核酸酶)变体，改造的锌指核酸酶(ZFN)变体，天然、进化或改造的大范围核酸酶或重组酶变体，以及可编程核酸酶的任何组合或杂交体。取决于该方法中使用的核酸酶的类型，可编程核酸酶系统可以进一步包含一种或几种另外的组分。特别地，当可编程核酸酶在CRISPR核酸酶中时，可编程核酸酶系统优选地进一步包含引导RNA，以发现并选择性切割靶向的序列。因此，本文提供的改造的自主分布的核酸酶线路可以用于选择性地切割靶细胞中编码目的基因的DNA，所述目的基因例如毒素基因、毒力因子基因、抗生素抗性基因、重塑基因或调节基因(参照WO2014124226)。
优选可编程的其它目的序列可以包括在所递送的核酸序列中，以便递送至靶向的细胞。在一个实施方案中，目的核酸编码影响靶向的细胞，优选靶细菌的存活或生长的分子。在其中靶细胞是细菌的实施方案中，可以选择此类分子，以便导致细胞死亡(杀菌效应)或阻止所述细菌的生长(抑菌效应)。例如，目的核酸序列可以编码穿孔素、内溶素、限制性酶或毒素，所述毒素影响靶细胞，优选影响靶细胞的存活或生长。
在一个特定实施方案中，目的核酸编码细菌素。细菌素可以是由细菌产生以杀死或抑制其它细菌生长的蛋白质毒素。细菌素按几种方式进行分类，包括生产菌株、常见抗性机制和杀死机制。来自革兰氏阴性菌(例如小菌素、大肠杆菌素样细菌素和尾链素(tailocin))、以及革兰氏阳性菌(例如I类、II类、III类或IV类细菌素)的此类细菌素已得到描述。目的核酸还可以编码将毒素分泌到细胞外空间所需的转运蛋白。
在一个更特定的实施方案中，目的核酸包含编码毒素的序列，所述毒素选自小菌素、大肠杆菌素样细菌素、尾链素、I类、II类、III类和IV类细菌素。
在一个特定实施方案中，相应的免疫多肽(即抗毒素)可以用于保护用于所递送的核酸序列生产和衣壳化目的的细菌细胞(参见通过Cotter等人，Nature ReviewsMicrobiology 11: 95，2013的综述，其在此通过引用以其整体并入)，但在药物组合物以及被递送目的核酸的靶向的细菌中不存在。
在一些其它实施方案中，所转移的目的核酸在靶细胞中的表达并不导致细胞死亡。例如，目的核酸可以编码例如导致发光信号或荧光信号的报告基因。
在一些其它实施方案中，目的核酸可以编码在靶细胞中实现有用功能的蛋白质，特别是酶，所述有用功能例如改变靶细胞的代谢、其环境的组成或影响包含靶细胞的宿主。
在一个特定实施方案中，目的核酸序列选自编码RNA例如mRNA、crRNA、tRNA、iRNA(干扰RNA)、asRNA (反义RNA)、核酶RNA、RNA适体或引导RNA (gRNA)的核酸，CRISPR基因座，编码酶例如核酸酶或激酶的基因，编码选自Cas核酸酶、Cas9核酸酶、TALEN、ZFN或大范围核酸酶的核酸酶的基因，编码重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、或对抗生素或一般而言的药物的抗性的基因，编码毒性蛋白或毒性因子的基因，以及编码毒力蛋白、毒力因子、细菌转运蛋白或细菌孔的基因，及其任何组合。由目的核酸编码的蛋白质还可以进行修饰或改造，以包括额外的特征，如功能(例如dCas9)的添加或去除、向通常不分泌的蛋白质添加分泌信号、添加环中的外源肽等。
在一些实施方案中，目的核酸编码CRISPR系统。通常，CRISPR系统含有两种不同的元件，即i)内切核酸酶，在这种情况下，CRISPR相关核酸酶(Cas或“CRISPR相关蛋白”)，以及ii)引导RNA。引导RNA的结构可能取决于Cas核酸酶的性质。特别地，引导RNA (gRNA或sgRNA)可以是嵌合RNA的形式，其由CRISPR (RNAcr)细菌RNA和RNAtracr (反式激活RNACRISPR)的组合组成(Jinek等人，Science 2012)。gRNA在单个转录物中组合了对应于充当Cas蛋白的引导的“间隔序列”的cRNA的靶向特异性，以及Rtracr的构象性质。例如，当Cas核酸酶是Cas9时，需要此类引导RNA。可替代地，引导RNA可以仅包含RNAcr。例如，当Cas核酸酶是Cpf1时，需要此类引导RNA。当gRNA和Cas蛋白在细胞中同时表达时，靶基因组序列可以被永久中断(并且取决于位置，引起靶向的序列和周围序列的消失和/或细胞死亡)或修饰。修饰可以由修复矩阵引导。一般而言，取决于核酸酶的作用机制，CRISPR系统包括两个主要类别。1类由多亚基效应物复合物构成，并且包括I、III和IV型。2类由单一单元效应物模块如Cas9核酸酶构成，并且包括II型(II-A、II-B、II-C、II-C变体)、V型(V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)和VI型(VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)。
根据本公开内容的目的核酸可以包含编码Cas蛋白的核酸序列。各种CRISPR酶可用作质粒上的目的序列。在一些实施方案中，CRISPR酶是II型CRISPR酶。在一些实施方案中，CRISPR酶催化DNA切割。在一些其它实施方案中，CRISPR酶催化RNA切割。在一个实施方案中，CRISPR酶可以与sgRNA偶联。在某些实施方案中，sgRNA靶向选自以下的基因：抗生素抗性基因、毒力蛋白或毒力因子基因、毒素蛋白或毒素因子基因、细菌受体基因、膜蛋白基因、结构蛋白基因、分泌蛋白基因、表达对一般而言的药物的抗性的基因或对宿主(包含靶细胞的宿主)造成有害效应的基因。
作为多亚基效应物的部分或作为单一单元效应物的Cas蛋白的非限制性实例包括Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(也称为Csn1和Csx12)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、其同源物、其直向同源物、其变体或其修饰形式。在一些实施方案中，CRISPR酶在前间隔序列邻近基序(PAM)位点处切割靶核酸的两条链。
在一个特定实施方案中，CRISPR酶是任何Cas9蛋白，例如任何天然存在的细菌Cas9，以及其任何变体、同源物或直向同源物。
“Cas9”意指蛋白质Cas9(也称为Csn1或Csx12)或其功能性蛋白质、肽或多肽片段，即能够与引导RNA相互作用并发挥酶促活性(核酸酶)，这允许其执行靶基因组的DNA的双链切割。因此，“Cas9”可以表示修饰的蛋白质，例如截短以去除对于蛋白质的预定功能并非必需的蛋白质结构域，特别是对于与gRNA的相互作用并非必要的结构域。
如本公开内容的上下文中使用的，编码Cas9(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas9蛋白获得(Fonfara等人，Nucleic Acids Res 42(4)，2014；Koonin等人，Nat Rev Microbiol 15(3)，2017)。可用于本公开内容中的Cas9蛋白的实例包括但不限于以下的Cas9蛋白：化脓性链球菌(SpCas9)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、变异链球菌(Streptococcus mutans)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus) (SaCas9)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni) (CjCas9)、新泽西弗朗西斯菌(Francisella novicida) (FnCas9)和脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitides) (NmCas9)。
在另一个特定实施方案中，CRISPR酶是任何Cas12a、Cas13a或Cas13d蛋白，例如任何天然存在的细菌Cas12a、Cas13a或Cas13d，以及其任何变体、同源物或直向同源物。
如本公开内容的上下文中使用的，编码Cpfl(Cas12a) (整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cpfl(Cas12a)蛋白获得(Koonin等人，2017)。可用于本公开内容中的Cpf1(Cas12a)蛋白的实例包括但不限于氨基酸球菌属物种(Acidaminococcus sp)、毛螺菌科细菌(Lachnospiraceae bacteriu)和新泽西弗朗西斯菌的Cpf1(Cas12a)蛋白。
编码Cas13a(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas13a(C2c2)蛋白获得(Abudayyeh等人，2017)。可用于本公开内容中的Cas13a(C2c2)蛋白的实例包括但不限于瓦氏纤毛菌(Leptotrichia wadei) (LwaCas13a)的Cas13a(C2c2)蛋白。
编码Cas13d(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas13d蛋白获得(Yan等人，2018)。可用于本公开内容中的Cas13d蛋白的实例包括但不限于惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)和瘤胃球菌属物种(Ruminococcus sp)的Cas13d蛋白。
在一个特定实施方案中，目的核酸编码CRISPR/Cas系统，优选CRISPR/Cas9系统，用于选自以下的基因的基因表达降低或失活：抗生素抗性基因、毒力因子或毒力蛋白基因、毒素因子或毒素蛋白基因、表达细菌受体的基因、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、表达对一般而言的药物的抗性的基因或对宿主造成有害效应的基因。
在一个实施方案中，CRISPR系统用于靶向毒力因子且使其失活。毒力因子可以是由病原体产生的任何物质，其通过增加对宿主造成的损害程度来改变宿主-病原体相互作用。毒力因子以多种方式由病原体使用，所述方式包括例如在宿主中的细胞粘附或小生境定殖，以逃避宿主的免疫应答，促进进入和离开宿主细胞，从宿主中获得营养，或抑制宿主中的其它生理过程。毒力因子可以包括酶、内毒素、粘附因子、运动因子、涉及补体逃避的因子和促进生物膜形成的因子。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是大肠杆菌毒力因子基因，例如但不限于EHEC-HlyA、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)和Stx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、stx2k、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、usp ompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH、T1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌系统)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)毒力因子基因，例如但不限于stx1和stx2。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)毒力因子基因，例如但不限于yscF(携带(pCD1)T3SS外针亚基的质粒)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)毒力因子基因，例如但不限于fslA。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是炭疽杆菌(Bacillus anthracis)毒力因子基因，例如但不限于pag(炭疽毒素，细胞结合保护性抗原)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是霍乱弧菌(Vibrio cholera)毒力因子基因，例如但不限于ctxA和ctxB(霍乱毒素)、tcpA(毒素共调菌毛)和toxT(主毒力调控因子)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)毒力因子基因，例如但不限于绿脓菌素(pyoverdine) (例如σ因子pvdS、生物合成基因pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、转运蛋白基因pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、铁载体pyochelin(例如pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF和pchG，以及毒素(例如exoU、exoS和exoT)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)毒力因子基因，例如但不限于fimA(粘附，I型菌毛主要亚基)和cps(荚膜多糖)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)毒力因子基因，例如但不限于ptk(荚膜聚合)和epsA(组装)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是伤寒肠道沙门氏菌(Salmonella enterica Typhi)毒力因子基因，例如但不限于MIA(侵入，SPI-1调控因子)、ssrB(SPI-2调控因子)、以及与胆汁耐受相关的那些基因，包括外排泵基因acrA、acrB和tolC。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)毒力因子基因，例如但不限于FadA和TIGIT。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)毒力因子基因，例如但不限于bft。
在另一个实施方案中，CRISPR系统，优选CRISPR/Cas9系统，用于靶向抗生素抗性基因且使其失活，所述抗生素抗性基因例如但不限于GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2′)、AAC(3)、AAC(6′)、ANT(2″)、ANT(3″)、ANT(4′)、ANT(6)、ANT(9)、APH(2″)、APH(3″)、APH(3′)、APH(4)、APH(6)、APH(7″)、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXA β-内酰胺酶、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)和mec(mecI、mecR1)操纵子、氯霉素乙酰转移酶(CAT)、氯霉素磷酸转移酶、乙胺丁醇抗性阿拉伯糖基转移酶(EmbB)、MupA、MupB、整合膜蛋白MprF、Cfr23S rRNA甲基转移酶、利福平ADP-核糖基转移酶(Arr)、利福平糖基转移酶、利福平单加氧酶、利福平磷酸转移酶、DnaA、RbpA、利福平-抗性的RNA聚合酶β亚基(RpoB)、Erm 23S rRNA甲基转移酶、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、链阳菌素Vgb裂解酶、Vat乙酰转移酶、氟喹诺酮乙酰转移酶、氟喹诺酮抗性DNA拓扑异构酶、氟喹诺酮抗性GyrA、GyrB、ParC、喹诺酮抗性蛋白(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、林可酰胺核苷酸基转移酶(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、大环内酯磷酸转移酶(MPH)、MefA、MefE、Mel、链丝菌素乙酰转移酶(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、磺胺抗性FolP、四环素失活酶TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TolC、MsbA、MsrA,VgaB、EmrD、EmrAB-TolC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrR、或者综合抗生素抗性数据库(Comprehensive Antibiotic ResistanceDatabase) (CARD https://card.mcmaster.ca/)中描述的任何抗生素抗性基因。
在另一个实施方案中，CRISPR系统，优选CRISPR/Cas9系统，用于靶向细菌毒素基因且使其失活。细菌毒素可以分类为外毒素或内毒素。外毒素是生成并主动分泌的；内毒素仍然是细菌的部分。对细菌毒素的应答可以涉及重度炎症，并且可以导致败血症。此类毒素可以是例如肉毒杆菌神经毒素、破伤风毒素、葡萄球菌毒素、白喉毒素、炭疽毒素、α毒素、百日咳毒素、志贺毒素、热稳定肠毒素(大肠杆菌ST)、大肠杆菌素、BFT(脆弱拟杆菌毒素)或Henkel等人(Toxins from Bacteria in EXS. 2010；100: 1–29)中描述的任何毒素。
如本文使用的，术语“供体细胞”、“靶细胞”和“受体细胞”优选地指原核细胞，更优选地指细菌细胞。特别地，本文公开的“供体”、“靶”或“受体”细胞可以是存在的任何细菌或可以存在于哺乳动物生物中的任何细菌。它可以是微生物群或微生物组的任何共生、共栖或致病菌。
微生物组可以包含各种内源性细菌物种，其中任一种可以根据本公开内容进行靶向。在其中使用细菌递送媒介物的一些实施方案中，靶向的内源细菌细胞的属和/或种可以取决于用于制备细菌递送媒介物的细菌噬菌体的类型。例如，一些细菌噬菌体显示出对于特异性宿主细菌种的向性或优先靶向其。其它细菌噬菌体并未显示出此类向性，并且可以用于靶向内源性细菌细胞的许多不同属和/或种。
可以用作供体细胞或靶细胞的细菌细胞的实例包括但不限于来自以下属的细菌的细胞：耶尔森氏菌属物种(Yersinia spp.)、埃希氏菌属物种(Escherichia spp.)、克雷伯氏菌属物种(Klebsiella spp.)、不动杆菌属物种(Acinetobacter spp.)、博德特氏菌属物种(Bordetella spp.)、奈瑟球菌属物种(Neisseria spp.)、气单胞菌属物种(Aeromonas spp.)、弗朗西斯菌属物种(Franciesella spp.)、棒状杆菌属物种(Corynebacterium spp.)、柠檬酸杆菌属物种(Citrobacter spp.)、衣原体属物种(Chlamydia spp.)、嗜血杆菌属物种(Hemophilus spp.)、布鲁氏菌属物种(Brucella spp.)、分枝杆菌属物种(Mycobacterium spp.)、军团菌属物种(Legionella spp.)、红球菌属物种(Rhodococcus spp.)、假单胞菌属物种(Pseudomonas spp.)、螺杆菌属物种(Helicobacter spp.)、弧菌属物种(Vibrio spp.)、芽孢杆菌属物种(Bacillus spp.)、丹毒丝菌属物种(Erysipelothrix spp.)、沙门氏菌属物种(Salmonella spp.)、链霉菌属物种(Streptomyces spp.)、链球菌属物种(Streptococcus spp.)、葡萄球菌属物种(Staphylococcus spp.)、拟杆菌属物种(Bacteroides spp.)、普雷沃氏菌属物种(Prevotella spp.)、梭菌属物种(Clostridium spp.)、双歧杆菌属物种(Bifidobacterium spp.)、梭菌属物种、短杆菌属物种(Brevibacterium spp.)、乳球菌属物种(Lactococcus spp.)、明串珠菌属物种(Leuconostoc spp.)、放线杆菌属物种(Actinobacillus spp.)、硒单胞菌属物种(Selnomonas spp.)、志贺氏菌属物种(Shigella spp.)、发酵单胞菌属物种(Zymonas spp.)、支原体属物种(Mycoplasma spp.)、密螺旋体属物种(Treponema spp.)、明串珠菌属物种、棒状杆菌属物种、肠球菌属物种(Enterococcus spp.)、肠杆菌属物种(Enterobacter spp.)、热球菌属物种(Pyrococcus spp.)、沙雷氏菌属物种(Serratia spp.)、摩根氏菌属物种(Morganella spp.)、微单胞菌属物种(Parvimonas spp.)、梭杆菌属物种(Fusobacterium spp.)、放线菌属物种(Actinomyces spp.)、卟啉单胞菌属物种(Porphyromonas spp.)、微球菌属物种(Micrococcus spp.)、巴尔通体属物种(Bartonella spp.)、疏螺旋体属物种(Borrelia spp.)、布鲁氏菌属物种(Brucelia spp.)、弯曲杆菌属物种、Chlamydophilia spp.、Cutibacterium spp.、丙酸杆菌属物种(Propionibacterium spp.)、加德纳菌属物种(Gardnerella spp.)、埃立克体属物种(Ehrlichia spp.)、嗜血杆菌属物种、钩端螺旋体属物种(Leptospira spp.)、李斯特菌属物种(Listeria spp.)、支原体属物种、诺卡氏菌属物种(Nocardia spp.)、立克次体属物种(Rickettsia spp.)、脲原体属物种(Ureaplasma spp.)和乳杆菌属物种(Lactobacillus spp)及其混合物。
优选地，细菌可以选自耶尔森氏菌属物种、埃希氏菌属物种、克雷伯氏菌属物种、不动杆菌属物种、假单胞菌属物种、螺杆菌属物种、弧菌属物种、沙门氏菌属物种、链球菌属物种、葡萄球菌属物种、拟杆菌属物种、梭菌属物种、志贺氏菌属物种、肠球菌属物种、肠杆菌属物种、李斯特菌属物种、Cutibacterium spp.、丙酸杆菌属物种、梭杆菌属物种、卟啉单胞菌属物种和加德纳菌属物种。
在一些实施方案中，可以用作供体细胞或靶细胞的本公开内容的细菌细胞是厌氧菌细胞(例如，不需要氧用于生长的细胞)。厌氧菌细胞包括兼性厌氧细胞，例如但不限于大肠杆菌、奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)、阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)和李斯特菌属。厌氧菌细胞还包括专性厌氧细胞，例如拟杆菌属、梭菌属、Cutibacterium、丙酸杆菌属、梭杆菌属和卟啉单胞菌属物种。在人中，厌氧菌最常在胃肠道中发现。在一些特定实施方案中，靶向的细菌(靶细胞)因此是胃肠道中最常发现的细菌。细菌递送媒介物，优选用于制备细菌病毒颗粒的细菌噬菌体，然后是细菌病毒颗粒，可以根据其通过本领域技术人员已知的特异性谱来靶向(例如，特异性地靶向)厌氧菌细胞，以特异性地递送质粒。
在一些实施方案中，可以用作供体细胞或靶细胞的细菌细胞是(但不限于)多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、脆弱拟杆菌、吉氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、球形梭菌(Clostridium coccoides)、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、丁酸梭菌(Clostridium butyricum)、乳糖发酵短杆菌(Brevibacterium lactofermentum)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、乳酸链球菌(Lactococcus lactis)、乳酸明串珠菌(Leuconostoc lactis)、伴放线放线杆菌(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、蓝藻菌(cyanobacteria)、大肠杆菌、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、反刍动物硒单胞菌(Selnomonas ruminatium)、宋内志贺氏菌(Shigella sonnei)、运动发酵单胞菌(Zymomonas mobili)、丝状支原体(Mycoplasma mycoides)、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、路邓葡萄球菌(Staphilococcus lugdunensis)、酒明串珠菌(Leuconostoc oenos)、干燥棒状杆菌(Corynebacterium xerosis)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、日本金龟子芽孢杆菌(Bacillus popillae)、集胞藻属(Synechocystis)菌株PCC6803、液化芽孢杆菌(Bacillus liquefaciens)、Pyrococcus abyssi、反刍动物硒单胞菌、希氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)、野生链球菌(Streptococcus ferus)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、脆弱拟杆菌、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、Streptomyces phaechromogenes、加纳链霉菌(Streptomyces ghanaenis)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、费氏丙酸杆菌(Propionibacterium freudenreichii)、铜绿假单胞菌、微小微单胞菌(Parvimonas micra)、中间普雷沃氏菌(Prevotella intermedia)、具核梭杆菌、变黑普雷沃氏菌(Prevotella nigrescens)、以色列放线菌(Actinomyces israelii)、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)、炭疽杆菌、汉氏巴尔通体(Bartonella henselae)、五日热巴尔通体(Bartonella Quintana)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、伽氏疏螺旋体(Borrelia garinii)、埃氏疏螺旋体(Borrelia afzelii)、回归热疏螺旋体(Borrelia recurrentis)、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬布鲁氏菌(Brucella canis)、羊布鲁氏菌(Brucella melitensis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、空肠弯曲杆菌、结肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鹦鹉热衣原体(Chlamydophila psittaci)、肉毒梭菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheria)、Cutibacterium acnes(以前的痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes))、犬埃立克体(Ehrlichia canis)、查菲埃立克体(Ehrlichia chaffeensis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、土拉弗朗西斯菌、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenza)、嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、Leptospira santarosai、韦氏钩端螺旋体(Leptospira weilii)、野口钩端螺旋体(Leptospira noguchii)、单核细胞增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes)、麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、溃疡分枝杆菌(Mycobacterium ulcerans)、肺炎支原体(Mycoplasma pneumonia)、淋病奈瑟球菌、脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitides)、星形诺卡氏菌(Nocardia asteroids)、立氏立克次体(Rickettsia rickettsia)、肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis)、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)、福氏志贺氏菌(Shigella flexnerii)、痢疾志贺氏菌、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、化脓性链球菌、阴道加德纳菌、草绿色链球菌(Streptococcus viridans)、苍白密螺旋体(Treponema pallidum)、解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum)、霍乱弧菌、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、鼠疫耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)、假结核病耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌及其混合物，优选地，可以用作供体细胞或靶细胞的细菌细胞选自大肠杆菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌和产气肠杆菌及其混合物。
在一个实施方案中，可以用作供体细胞或靶细胞的细菌是大肠杆菌。
在一个实施方案中，可以用作供体细胞或靶细胞的细菌是致病菌。细菌可以是毒性细菌。
可以用作供体细胞或靶细胞的细菌可以是抗菌抗性细菌，优选地选自产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)大肠杆菌、ESBL肺炎克雷伯氏菌、万古霉素抗性肠球菌属(VRE)、甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)、多药抗性(MDR)鲍氏不动杆菌、MDR肠杆菌属物种及其组合。优选地，细菌可以选自产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)大肠杆菌菌株。
在一些特定实施方案中，供体细胞和/或靶细胞是益生菌。如本文使用的，术语“益生菌”优选包括但不限于乳杆菌(bacterlactobacilli)、双歧杆菌、链球菌、肠球菌、丙酸杆菌、酵母菌、乳杆菌、双歧杆菌或变形菌。
可替代地，可以用作供体细胞或靶细胞的细菌可以是给定物种的微生物组的细菌，优选人微生物群的细菌。
在一些实施方案中，供体细胞和靶细胞是系统发育上接近的，优选具有相同的门、纲、目、科、属或种，更优选具有相同的属或种。
在某些实施方案中，本公开内容涉及通过产生如本文所述的含有基因线路的细菌递送媒介物，用于将基因线路从供体细胞转移到靶细胞或受体细胞内的方法。细菌递送媒介物可以由细菌病毒制备。选择细菌递送媒介物，以便能够将基因线路引入靶向的细菌细胞内。细菌递送媒介物可以被改造为靶向特异性细菌(参见例如，序列申请号62/771,761；62/802,777；以及62/783,258，其各自以其整体并入本文)。
细菌递送媒介物可以由其衍生的细菌病毒优选是细菌噬菌体。任选地，基于Krupovic等人，Arch Virol，2015的分类法，细菌噬菌体选自有尾噬菌体目(Caudovirales)。
细菌噬菌体可以选自肌尾噬菌体科(Myoviridae) (例如但不限于以下属：Cp220病毒、Cp8病毒、Ea214病毒、Felixo1病毒、Moogle病毒、Susp病毒、Hp1病毒、P2病毒、Kay病毒、P100病毒、Silvia病毒、Spo1病毒、Tsarbomba病毒、Twort病毒、Cc31病毒、Jd18病毒、Js98病毒、Kp15病毒、Moon病毒、Rb49病毒、Rb69病毒、S16病毒、Schizot4病毒、Sp18病毒、T4病毒、Cr3病毒、Se1病毒、V5病毒、Abouo病毒、Agate病毒、Agrican357病毒、Ap22病毒、Arv1病毒、B4病毒、Bastille病毒、Bc431病毒、Bcep78病毒、Bcepmu病毒、Biquarta病毒、Bxz1病毒、Cd119病毒、Cp51病毒、Cvm10病毒、Eah2病毒、El病毒、Hapuna病毒、Jimmer病毒、Kpp10病毒、M12病毒、Machina病毒、Martha病毒、Msw3病毒、Mu病毒、Myohalo病毒、Nit1病毒、P1病毒、Pakpuna病毒、Pbuna病毒、Phikz病毒、Rheph4病毒、Rsl2病毒、Rsluna病毒、Secunda5病毒、Sep1病毒、Spn3病毒、Svuna病毒、Tg1病毒、Vhml病毒和Wph病毒)。
细菌噬菌体可以选自短尾噬菌体科(Podoviridae) (例如但不限于以下属：Fri1病毒、Kp32病毒、Kp34病毒、Phikmv病毒、Prado病毒、Sp6病毒、T7病毒、Cp1病毒、P68病毒、Phi29病毒、Nona33病毒、Pocj病毒、Tl2011病毒、Bcep22病毒、Bpp1病毒、Cba41病毒、Dfl12病毒、Ea92病毒、Epsilon15病毒、F116病毒、G7c病毒、Jwalpha病毒、Kf1病毒、Kpp25病毒、Lit1病毒、Luz24病毒、Luz7病毒、N4病毒、Nonana病毒、P22病毒、Page病毒、Phieco32病毒、Prtb病毒、Sp58病毒、Una961病毒和Vp5病毒)。
细菌噬菌体可以选自长尾噬菌体科(例如但不限于以下属：Cam病毒、Lika病毒、R4病毒、Acadian病毒、Cooper病毒、Pg1病毒、Pipefish病毒、Rosebush病毒、Brujita病毒、Che9c病毒、Hawkeye病毒、Plot病毒、Jersey病毒、K1g病毒、Sp31病毒、Lmd1病毒、Una4病毒、Bongo病毒、Rey病毒、Butters病毒、Charlie病毒、Redi病毒、Baxter病毒、Nymphadora病毒、Bignuz病毒、Fishburne病毒、Phayonce病毒、Kp36病毒、Rogue1病毒、Rtp病毒、T1病毒、Tls病毒、Ab18病毒、Amigo病毒、Anatole病毒、Andromeda病毒、Attis病毒、Barnyard病毒、Bernal13病毒、Biseptima病毒、Bron病毒、C2病毒、C5病毒、Cba181病毒、Cbast病毒、Ceci病毒、Che8病毒、Chi病毒、Cjw1病毒、Corndog病毒、Cronus病毒、D3112病毒、D3病毒、Decurro病毒、Demosthenes病毒、Doucette病毒、E125病毒、Eiau病毒、Ff47病毒、Gaia病毒、Giles病毒、Gordon病毒、Gordtnk病毒、Harrison病毒、Hk578病毒、Hk97病毒、Jenst病毒、Jwx病毒、Kellezio病毒、Korra病毒、L5病毒、lambda病毒、Laroye病毒、Liefie病毒、Marvin病毒、Mudcat病毒、N15病毒、Nonag病毒、Np1病毒、Omega病毒、P12002病毒、P12024病毒、P23病毒、P70病毒、Pa6病毒、Pamx74病毒、Patience病毒、Pbi1病毒、Pepy6病毒、Pfr1病毒、Phic31病毒、Phicbk病毒、Phieta病毒、Phifel病毒、Phijl1病毒、Pis4a病毒、Psa病毒、Psimuna病毒、Rdjl病毒、Rer2病毒、Sap6病毒、Send513病毒、Septima3病毒、Seurat病毒、Sextaec病毒、Sfi11病毒、Sfi21dt1病毒、Sitara病毒、Sk1病毒、Slash病毒、Smoothie病毒、Soups病毒、Spbeta病毒、Ssp2病毒、T5病毒、Tank病毒、Tin2病毒、Titan病毒、Tm4病毒、Tp21病毒、Tp84病毒、Tria病毒、Trigintaduo病毒、Vegas病毒、Vendetta病毒、Wbeta病毒、Wildcat病毒、Wizard病毒、Woes病毒、Xp10病毒、Ydn12病毒和Yua病毒)。
细菌噬菌体可以选自埃凯曼病毒科(Ackermannviridae) (例如但不限于以下属：Ag3病毒、Limestone病毒、Cba120病毒和Vi1病毒)。
任选地，细菌噬菌体不是有尾噬菌体目的部分，而是来自具有未指定目的科，例如但不限于复层噬菌体科(Tectiviridae) (例如以下属：Alphatectivirus、Betatectivirus)、覆盖噬菌体科(Corticoviridae) (例如覆盖噬菌体属(Corticovirus))、丝状噬菌体科(Inoviridae) (例如以下属：Fibrovirus、Habenivirus、丝状噬菌体属(Inovirus)、Lineavirus、Plectrovirus、Saetivirus、Vespertiliovirus)、囊状噬菌体科(Cystoviridae) (例如囊状噬菌体属(Cystovirus))、光滑噬菌体科(Leviviridae) (例如以下属：Allolevivirus、光滑噬菌体属(Levivirus))、微小噬菌体科(Microviridae) (例如以下属：α3微小病毒、G4微小病毒、Phix174微小病毒、蛭弧菌微小噬菌体属(Bdellomicrovirus)、衣原体微小噬菌体属(Chlamydiamicrovirus)、螺旋体微小菌体属(Spiromicrovirus))和芽生噬菌体科(Plasmaviridae) (例如芽生噬菌体属(Plasmavirus))。
任选地，细菌噬菌体靶向的古细菌不是有尾噬菌体目的部分，而是来自具有未指定目的科，例如但不限于Ampullaviridae、微小纺锤形噬菌体科(FuselloViridae)、Globuloviridae、滴状病毒科(Guttaviridae)、脂毛噬菌体科(Lipothrixviridae)、嗜盐菌多形病毒科(Pleolipoviridae)、古噬菌体科(Rudiviridae)、Salterprovirus和Bicaudaviridae。
下述段落中呈现了细菌属及其已知宿主特异性细菌病毒的非详尽列表。作为非限制性实例，本文公开的细菌递送媒介物可以由下述噬菌体进行改造。括号中指示了同义词和拼写变体。同音异义词尽可能经常重复(例如，D、D、d)。未命名的噬菌体通过在其属旁边的“NN”指示，并且其编号在括号中给出。
放线菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8和1281。
气单胞菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(同义词= 44R)、(同义词= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5和PM6。
芽孢杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、Csi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、Fsi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(同义词= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MplO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(同义词= ΦSPP1)、SPβ、STI、Sti、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、A型、B型、C型、D型、E型、T
Figure 371038DEST_PATH_IMAGE001
3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l,、
Figure 766247DEST_PATH_IMAGE001
med-2、
Figure 715705DEST_PATH_IMAGE001
T、
Figure 538168DEST_PATH_IMAGE001
μ-4、
Figure 805201DEST_PATH_IMAGE001
3T、
Figure 4101DEST_PATH_IMAGE001
75、
Figure 672980DEST_PATH_IMAGE001
lO5、(同义词=
Figure 666344DEST_PATH_IMAGE001
lO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-芽孢杆菌属(13)、alel、Arl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(同义词= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP124、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、γ、Gel、GF-2、Gsi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、Isi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SplO、SP-15、SP50、(同义词= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、V型、VI型、V、Vx、β22、
Figure 155094DEST_PATH_IMAGE001
e、
Figure 892106DEST_PATH_IMAGE001
NR2、
Figure 415491DEST_PATH_IMAGE001
25、
Figure 845335DEST_PATH_IMAGE001
63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(巨大芽孢杆菌(B.megateriwn))、4(球形芽孢杆菌(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、
Figure 86961DEST_PATH_IMAGE001
l5、
Figure 299767DEST_PATH_IMAGE001
29、1-97、837/IV、mϊ-芽孢杆菌属(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BslOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、F型、G型、IV型、ΗN-BacMus(3)、BLE、(同义词= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27和Bam35。下述芽孢杆菌特异性噬菌体是缺陷型的：DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No.IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、Spa、1型和μ。
拟杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：crAss-噬菌体、ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、
Figure 943238DEST_PATH_IMAGE001
Al、
Figure 278405DEST_PATH_IMAGE001
BrOl、
Figure 7326DEST_PATH_IMAGE001
BrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-拟杆菌属(3)、Bf42、Bf71、ΗN-蛭弧菌属(Bdellovibrio) (1)和BF-41。
博德特氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：134和NN-博德特氏菌属(3)。
疏螺旋体属的细菌可以被下述噬菌体感染：NN-疏螺旋体属(1)和NN-疏螺旋体属(2)。
布鲁氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：A422、Bk、(同义词= Berkeley)、BM29、Foi、(同义词= Fol)、(同义词= FQl)、D、FP2、(同义词= FP2)、(同义词= FD2)、Fz、(同义词=Fz75/13)、(同义词= Firenze 75/13)、(同义词= Fi)、Fi、(同义词= Fl)、Fim、(同义词=Fim)、(同义词= Fim)、FiU、(同义词= FlU)、(同义词= FiU)、F2、(同义词= F2)、F3、(同义词= F3)、F4、(同义词= F4)、F5、(同义词= F5)、F6、F7、(同义词= F7)、F25、(同义词= F25)、(同义词= £25)、F25U、(同义词= F25u)、(同义词= F25U)、(同义词= F25V)、F44、(同义词-F44)、F45、(同义词= F45)、F48、(同义词= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(同义词= M85)、P、(同义词= D)、S708、R、Tb、(同义词= TB)、(同义词= Tbilisi)、W、(同义词= Wb)、(同义词=Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(同义词= 10)、(同义词= F8)、(同义词= F8)、12m、24/11、(同义词= 24)、(同义词= F9)、(同义词= F9)、45/111、(同义词= 45)、75、84、212/XV、(同义词=212)、(同义词= Fi0)、(同义词= FlO)、371/XXIX、(同义词= 371)、(同义词= Fn)、(同义词=Fl l)和513。
伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)的细菌可以被下述噬菌体感染：CP75、NN-伯克霍尔德氏菌属(1)和42。
弯曲杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：C型、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-弯曲杆菌属(2)、Vfi-6、(同义词= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(同义词=Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(同义词= V-45)和NN-弯曲杆菌属(1)。
衣原体属的细菌可以被下述噬菌体感染：Chpl。
梭菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：CAKl、CA5、Ca7、Ceβ、(同义词= 1C)、Ceγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、Deβ、(同义词= ID)、(同义词= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、Nal、(同义词= Naltox+)、PA135Oe、Pfό、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X\2D3(同义词= 2Dt0X+)、3C、(同义词= 3Ctox+)、4C、(同义词= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-梭菌属(61)、NBlt0X+、αl、Cal、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X；Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-梭菌属(12)、Cal、Fl、K、S2、1、5和NN-梭菌属(8)。
棒状杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：CGK1(缺陷型)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(同义词= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(同义词= Ktox")、L、L、(同义词= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(同义词= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(同义词= γtoχ-)、γl9、δ、(同义词= δ'ox+)、p、(同义词= ptoχ-)、Φ9、
Figure 86141DEST_PATH_IMAGE001
984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498和5848。
肠球菌属的细菌被下述噬菌体感染：DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SblOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-肠球菌属(1)、Pel、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235和341。
丹毒丝菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：NN-丹毒丝菌属(1)。
埃希氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(同义词= mu)、(同义词= MuI)、(同义词= Mu-I)、(同义词= MU-I)、(同义词= MuI)、(同义词= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(缺陷型)、Sl、W
Figure 584118DEST_PATH_IMAGE001
、
Figure 496711DEST_PATH_IMAGE001
K13、
Figure 447349DEST_PATH_IMAGE001
R73(缺陷型)、
Figure 329854DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 682338DEST_PATH_IMAGE001
2、
Figure 624887DEST_PATH_IMAGE001
7、
Figure 797242DEST_PATH_IMAGE001
92、ψ(缺陷型)、7 A、8
Figure 217859DEST_PATH_IMAGE001
、9
Figure 690429DEST_PATH_IMAGE001
、15(缺陷型)、18、28-1、186、299、ΗH-埃希氏菌属(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(同义词= Dd-Vi)、(同义词= DDVI)、(同义词= DDVi)、E4、E7、E28、fIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I(同义词= oXl)、(同义词= HF)、Ox-2(同义词= 0x2)、(同义词= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(同义词= 0X5)、Ox-6、(同义词= 66F)、(同义词=
Figure 803878DEST_PATH_IMAGE001
66t)、(同义词=
Figure 729109DEST_PATH_IMAGE001
66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、(同义词= TuII*)、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、(同义词=ganuTia)、(同义词= γ)、(同义词= PC)、(同义词= P.C.)、(同义词= T-2)、(同义词= T2)、(同义词= P4)、T4、(同义词= T-4)、(同义词= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(同义词= Ac3)、3A、3T+、(同义词= 3)、(同义词= Ml)、5
Figure 94362DEST_PATH_IMAGE001
、(同义词=
Figure 155859DEST_PATH_IMAGE001
5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(同义词= Sd)、(同义词= SD)、(同义词= Sa)3(同义词=sd)、(同义词= SD)、(同义词= CD)、T3、(同义词= T-3)、(同义词= T3)、T7、(同义词= T-7)、(同义词= T7)、WPK、W31、ΔH、
Figure 440210DEST_PATH_IMAGE001
C3888、
Figure 852737DEST_PATH_IMAGE001
K3、
Figure 615156DEST_PATH_IMAGE001
K7、
Figure 796739DEST_PATH_IMAGE001
K12、
Figure 986412DEST_PATH_IMAGE001
V-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、
Figure 886235DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 390028DEST_PATH_IMAGE001
l.2、
Figure 691697DEST_PATH_IMAGE001
20、
Figure 52271DEST_PATH_IMAGE001
95、
Figure 439390DEST_PATH_IMAGE001
263、
Figure 950137DEST_PATH_IMAGE001
lO92、
Figure 840733DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 637787DEST_PATH_IMAGE001
ll、(同义词=
Figure 246623DEST_PATH_IMAGE001
W)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-埃希氏菌属(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、eCl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(同义词= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(同义词= α)、(同义词= P28)、(同义词= T-I)、(同义词= Tx)、T3C、T5、(同义词= T-5)、(同义词= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(同义词= λ)、(同义词= Φλ)、ΦD326、
Figure 420115DEST_PATH_IMAGE001
γ、Φ06、Φ7、Φ10、
Figure 165218DEST_PATH_IMAGE001
80、χ、(同义词= χi)、(同义词=
Figure 133174DEST_PATH_IMAGE001
χ)、(同义词=
Figure 229306DEST_PATH_IMAGE001
χi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J、933H、O157分型噬菌体1至16、JES-2013、121Q、172-1、1720a-02、ADB-2、AKVF33、av-05、bV_EcoS_AHP42、bV_EcoS_AHP24、bC_EcoS_AHS24、bV_EcoS_AKS96和CBA120。
梭杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：NN-梭杆菌属(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527和fv8501。
嗜血杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：HP1、S2和N3。
螺杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：HP1和^^-螺杆菌属(1)。
克雷伯氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(同义词= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(同义词= kIl)、Kl2、(同义词= K12)、Kl3、(同义词= K13)、(同义词= Kl 70/11)、Kl4、(同义词= K14)、Kl5、(同义词= K15)、Kl6、(同义词= K16)、Kl7、(同义词= K17)、Kl8、(同义词= K18)、Kl19、(同义词= K19)、Kl27、(同义词= K127)、Kl31、(同义词= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、kIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(同义词= K12B)、Kl25、(同义词= K125)、Kl42B、(同义词= K142)、(同义词= K142B)、Kl181B、(同义词= kIl 81)、(同义词= K1181B)、Kl765/!、(同义词= K1765/1)、Kl842B、(同义词= K1832B)、Kl937B、(同义词= K1937B)、Ll、
Figure 940910DEST_PATH_IMAGE001
28、7、231、483、490、632和864/100。
钩端螺旋体属的细菌被下述噬菌体感染：lEl、LE3、LE4和~NN -钩端螺旋体属(1)。
李斯特菌属的细菌被下述噬菌体感染：A511、01761、4211、4286、(同义词= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、
Figure 743781DEST_PATH_IMAGE001
MLUP5、(同义词= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716和NN-李斯特菌属(15)。
摩根氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：47。
分枝杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：13、aGl、aLi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(同义词= GS4E)、GS7、(同义词= GS-7)、(同义词= GS7)、iPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(同义词= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(同义词=phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、tMlO、TM20、Y7、YlO、
Figure 882638DEST_PATH_IMAGE001
630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(同义词= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、PolonusI、Roy、Rl、(同义词= Rl-Myb)、(同义词= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D和NN-分枝杆菌属(1)。
奈瑟球菌属的细菌被下述噬菌体感染：I组、II组和NPl。
诺卡氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：MNP8、NJ-L、NS-8、N5和TtiN -诺卡氏菌属。
变形杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、
Figure 466066DEST_PATH_IMAGE001
m、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、
Figure 715782DEST_PATH_IMAGE001
χ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8和24/2514。
普罗威登斯菌属(Providencia)的细菌被下述噬菌体感染：PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402和9213/921 Ia。
假单胞菌属的细菌被下述噬菌体感染：PfI、(同义词= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-假单胞菌属(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(同义词= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、
Figure 638738DEST_PATH_IMAGE001
BE、
Figure 948497DEST_PATH_IMAGE001
CTX、
Figure 19221DEST_PATH_IMAGE001
C17、
Figure 72628DEST_PATH_IMAGE001
KZ、(同义词=ΦKZ)、
Figure 912408DEST_PATH_IMAGE001
-LT、Φmu78、
Figure 330751DEST_PATH_IMAGE001
NZ、
Figure 623192DEST_PATH_IMAGE001
PLS-1、
Figure 480289DEST_PATH_IMAGE001
ST-1、
Figure 174576DEST_PATH_IMAGE001
W-14、
Figure 967083DEST_PATH_IMAGE001
-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、ΗN-假单胞菌属(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、pXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、
Figure 12399DEST_PATH_IMAGE001
BS、ΦKf77、
Figure 407608DEST_PATH_IMAGE001
-MC、ΦmnF82、
Figure 956401DEST_PATH_IMAGE001
PLS27、
Figure 778864DEST_PATH_IMAGE001
PLS743、
Figure 45897DEST_PATH_IMAGE001
S-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-假单胞菌属(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、
Figure 244797DEST_PATH_IMAGE001
C5、
Figure 648097DEST_PATH_IMAGE001
Cl l、
Figure 844723DEST_PATH_IMAGE001
Cl l-1、
Figure 599052DEST_PATH_IMAGE001
C13、
Figure 336064DEST_PATH_IMAGE001
C15、
Figure 791273DEST_PATH_IMAGE001
MO、
Figure 221117DEST_PATH_IMAGE001
X、
Figure 197164DEST_PATH_IMAGE001
O4、
Figure 737866DEST_PATH_IMAGE001
l l、
Figure 319020DEST_PATH_IMAGE001
240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、ΗN-假单胞菌属(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、
Figure 654187DEST_PATH_IMAGE001
O3、
Figure 383108DEST_PATH_IMAGE001
O6和1214。
立克次体属的细菌被下述噬菌体感染：NN-立克次体属。
沙门氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(同义词= 0-1)、(同义词= O1)、(同义词= O-I)、(同义词=7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(同义词= ViI)、9、imSalmonella(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(同义词= P22)、(同义词= PLT22)、(同义词= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(同义词=
Figure 461923DEST_PATH_IMAGE001
l[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、
Figure 959900DEST_PATH_IMAGE001
l、1、2、3a、3al、1010、Ym-沙门氏菌属(1)、N-4、SasL6和27。
沙雷氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、
Figure 403651DEST_PATH_IMAGE001
CWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359和SMBl。
志贺氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：Fsa、(同义词=a)、FSD2d、(同义词= D2d)、(同义词= W2d)、FSD2E、(同义词= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(同义词= HIV)、sHvi、(同义词= HVI)、SHVvm、(同义词= HVIII)、SKγ66、(同义词= γ66)、(同义词= yββ)、(同义词= γ66b)、SKm、(同义词= SIIIb)5(同义词= UI)、SKw、(同义词=Siva)、(同义词= IV)、SIC™、(同义词= SIVA.)、(同义词= IVA)、sKvi、(同义词= KVI)、(同义词= Svi)、(同义词= VI)、SKvm、(同义词= Svm)、(同义词= VIII)、SKVΠIA、(同义词=SvmA)、(同义词= VIIIA)、sTvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(同义词= D2c)、(同义词= D20)、
Figure 619869DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 502374DEST_PATH_IMAGE001
IVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(同义词= FS7)、(同义词= K29)、FlO、(同义词= fSlO)、(同义词= K31)、I1、(同义词= α)、(同义词= fSa)、(同义词= Kl 8)、(同义词= α)、I2、(同义词= a)、(同义词= K19)、SG33、(同义词= G35)、(同义词= SO-35/G)、SG35、(同义词= SO-55/G)、SG3201、(同义词= SO-3201/G)、SHn、(同义词= HII)、SHv、(同义词= SHV)、SHx、SHX、SKn、(同义词= K2)、(同义词= KII)、(同义词= Sn)、(同义词= SsII)、(同义词= II)、SKrv、(同义词= Sm)、(同义词= SsIV)、(同义词= IV)、SK1Va、(同义词= Swab)、(同义词=SsIVa)、(同义词= iVa)、SKV、(同义词= K4)、(同义词= KV)、(同义词= SV)、(同义词=SsV)、(同义词= V)、SKx、(同义词= K9)、(同义词= KX)、(同义词= SX)、(同义词= SsX)、(同义词= X)、STV、(同义词= T35)、(同义词= 35-50-R)、STvm、(同义词= T8345)、(同义词=8345-SO-S-R)、W1、(同义词= D8)、(同义词= FSD8)、W2a、(同义词= D2A)、(同义词= FS2a)、DD-2、Sf6、fSi、(同义词= Fl)、SF6、(同义词= F6)、SG42、(同义词= SO-42/G)、SG3203、(同义词= SO-3203/G)、SKF12、(同义词= SsF12)、(同义词= F12)、(同义词= F12)、STn、(同义词= 1881-SO-R)、γ66、(同义词= γ66a)、(同义词= Ssγ66)、
Figure 854858DEST_PATH_IMAGE001
2、bIl、DDVII、(同义词=DD7)、FSD2b、(同义词= W2B)、FS2、(同义词= F2)、(同义词= F2)、FS4、(同义词= F4)、(同义词= F4)、FS5、(同义词= F5)、(同义词= F5)、FS9、(同义词= F9)、(同义词= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(同义词= SO-36/G)、(同义词= G36)、SG3204、(同义词= SO-3204/G)、SG3244、(同义词= SO-3244/G)、sHi、(同义词= HI)、SHvπ、(同义词= HVII)、SHK、(同义词= HIX)、SHx1、SHxπ、(同义词= HXn)、SKI、KI、(同义词= S1)、(同义词= SsI)、SKVII、(同义词=KVII)、(同义词= Svπ)、(同义词= SsVII)、SKIX、(同义词= KIX)、(同义词= S1x)、(同义词=SsIX)、SKXII、(同义词= KXII)、(同义词= Sxn)、(同义词= SsXII)、sTi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、
Figure 797406DEST_PATH_IMAGE001
3、
Figure 173024DEST_PATH_IMAGE001
5、
Figure 593641DEST_PATH_IMAGE001
7、
Figure 66211DEST_PATH_IMAGE001
8、
Figure 914081DEST_PATH_IMAGE001
9、
Figure 839312DEST_PATH_IMAGE001
lO、
Figure 1303DEST_PATH_IMAGE001
ll、
Figure 328379DEST_PATH_IMAGE001
l3、
Figure 612730DEST_PATH_IMAGE001
l4、
Figure 25256DEST_PATH_IMAGE001
l8、SHm、(同义词= Hπi)、sHχi、(同义词= HXt)和sKxI、(同义词= KXI)、(同义词= Sχi)、(同义词= SsXI)、(同义词= XI)。
葡萄球菌属的细菌被下述噬菌体感染：A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(同义词= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、
Figure 725359DEST_PATH_IMAGE001
812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(同义词=stcl)、STC2、(同义词=stc2)、44AHJD、68、aCl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、
Figure 906942DEST_PATH_IMAGE001
B5-2、
Figure 362194DEST_PATH_IMAGE001
D、ω、11、(同义词=
Figure 262017DEST_PATH_IMAGE001
l l)、(同义词= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(同义词= P42D)、44A、48、51、52、52A、(同义词= P52A)、52B、53、55、69、71、(同义词= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、
Figure 765810DEST_PATH_IMAGE001
RE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A547C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460和mS-葡萄球菌属(1)。
链球菌属的细菌被下述噬菌体感染：EJ-I、NN-链球菌属(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、cAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(同义词= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、
Figure 801900DEST_PATH_IMAGE001
O1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(同义词= sFiI l)、(同义词=
Figure 428053DEST_PATH_IMAGE001
SFill)、(同义词=
Figure 815172DEST_PATH_IMAGE001
Sfil l)、(同义词=
Figure 857077DEST_PATH_IMAGE001
Sfill)、sfil9、(同义词= sFil9)、(同义词=
Figure 13252DEST_PATH_IMAGE001
SFil9)、(同义词=
Figure 810307DEST_PATH_IMAGE001
Sfil9)、Sfi21、(同义词=sFi21)、(同义词=
Figure 419143DEST_PATH_IMAGE001
SFi21)、(同义词=
Figure 530318DEST_PATH_IMAGE001
Sfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(同义词=
Figure 541000DEST_PATH_IMAGE001
S3)、s265、Φ17、
Figure 508956DEST_PATH_IMAGE001
42、Φ57、
Figure 605088DEST_PATH_IMAGE001
80、
Figure 988796DEST_PATH_IMAGE001
81、
Figure 119563DEST_PATH_IMAGE001
82、
Figure 258420DEST_PATH_IMAGE001
83、
Figure 841848DEST_PATH_IMAGE001
84、
Figure 29247DEST_PATH_IMAGE001
85、
Figure 14520DEST_PATH_IMAGE001
86、
Figure 324279DEST_PATH_IMAGE001
87、
Figure 395003DEST_PATH_IMAGE001
88、
Figure 448410DEST_PATH_IMAGE001
89、
Figure 225873DEST_PATH_IMAGE001
90、
Figure 706533DEST_PATH_IMAGE001
91、
Figure 998974DEST_PATH_IMAGE001
92、
Figure 856071DEST_PATH_IMAGE001
93、
Figure 488041DEST_PATH_IMAGE001
94、
Figure 139602DEST_PATH_IMAGE001
95、
Figure 184919DEST_PATH_IMAGE001
96、
Figure 580128DEST_PATH_IMAGE001
97、
Figure 128921DEST_PATH_IMAGE001
98、
Figure 154646DEST_PATH_IMAGE001
99、
Figure 421679DEST_PATH_IMAGE001
lOO、
Figure 355000DEST_PATH_IMAGE001
lOl、
Figure 23879DEST_PATH_IMAGE001
lO2、
Figure 220505DEST_PATH_IMAGE001
227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、337/ST17和mStreptococcus(34)。
密螺旋体属的细菌被下述噬菌体感染：NN-密螺旋体属(1)。
弧菌属的细菌被下述噬菌体感染：CTXΦ、fs、(同义词= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、κ、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(同义词= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、vPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(同义词= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、
Figure 709255DEST_PATH_IMAGE001
VP143、
Figure 711846DEST_PATH_IMAGE001
VP253、Φ16、
Figure 235231DEST_PATH_IMAGE001
l38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(同义词= II组)、(同义词==
Figure 337180DEST_PATH_IMAGE001
2)、V、VIII、~m-弧菌属(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、S、T、
Figure 578805DEST_PATH_IMAGE001
92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I(同义词= I组)、III(同义词= III组)、VI、(同义词= A-Saratov)、VII、IX、X、ΗN-弧菌属(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(同义词=
Figure 119508DEST_PATH_IMAGE001
l49)、IV、(同义词=IV组)、NN-弧菌属(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B和ΗN-弧菌属(7)。
耶尔森氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、
Figure 497400DEST_PATH_IMAGE001
YerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176和Yer2AT。
更优选地，用作细菌递送媒介物的细菌噬菌体选自沙门氏菌属病毒SKML39、志贺氏菌属病毒AG3、Dickeya病毒Limestone、Dickeya病毒RC2014、埃希氏菌属病毒CBA120、埃希氏菌属病毒PhaxI、沙门氏菌属病毒38、沙门氏菌属病毒Det7、沙门氏菌属病毒GG32、沙门氏菌属病毒PM10、沙门氏菌属病毒SFP10、沙门氏菌属病毒SH19、沙门氏菌属病毒SJ3、埃希氏菌属病毒ECML4、沙门氏菌属病毒Marshall、沙门氏菌属病毒Maynard、沙门氏菌属病毒SJ2、沙门氏菌属病毒STML131、沙门氏菌属病毒ViI、欧文氏菌属(Erwinia)病毒Ea2809、克雷伯氏菌属病毒0507KN21、沙雷氏菌属病毒IME250、沙雷氏菌属病毒MAM1、弯曲杆菌属病毒CP21、弯曲杆菌属病毒CP220、弯曲杆菌属病毒CPt10、弯曲杆菌属病毒IBB35、弯曲杆菌属病毒CP81、弯曲杆菌属病毒CP30A、弯曲杆菌属病毒CPX、弯曲杆菌属病毒NCTC12673、欧文氏菌属病毒Ea214、欧文氏菌属病毒M7、埃希氏菌属病毒AYO145A、埃希氏菌属病毒EC6、埃希氏菌属病毒HY02、埃希氏菌属病毒JH2、埃希氏菌属病毒TP1、埃希氏菌属病毒VpaE1、埃希氏菌属病毒wV8、沙门氏菌属病毒FelixO1、沙门氏菌属病毒HB2014、沙门氏菌属病毒Mushroom、沙门氏菌属病毒UAB87、柠檬酸杆菌属病毒Moogle、柠檬酸杆菌属病毒Mordin、埃希氏菌属病毒SUSP1、埃希氏菌属病毒SUSP2、气单胞菌属病毒phiO18P、嗜血杆菌属病毒HP1、嗜血杆菌属病毒HP2、巴斯德氏菌属(Pasteurella)病毒F108、弧菌属病毒K139、弧菌属病毒Kappa、伯克霍尔德氏菌属病毒phi52237、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE122、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE202、埃希氏菌属病毒186、埃希氏菌属病毒P4、埃希氏菌属病毒P2、埃希氏菌属病毒Wphi、曼海姆氏菌属(Mannheimia)病毒PHL101、假单胞菌属病毒phiCTX、罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)病毒RSA1、沙门氏菌属病毒Fels2、沙门氏菌属病毒PsP3、沙门氏菌属病毒SopEphi、耶尔森氏菌属病毒L413C、葡萄球菌属病毒G1、葡萄球菌属病毒G15、葡萄球菌属病毒JD7、葡萄球菌属病毒K、葡萄球菌属病毒MCE2014、葡萄球菌属病毒P108、葡萄球菌属病毒Rodi、葡萄球菌属病毒S253、葡萄球菌属病毒S25-4、葡萄球菌属病毒SA12、李斯特菌属病毒A511、李斯特菌属病毒P100、葡萄球菌属病毒Remus、葡萄球菌属病毒SA11、葡萄球菌属病毒Stau2、芽孢杆菌属病毒Camphawk、芽孢杆菌属病毒SPO1、芽孢杆菌属病毒BCP78、芽孢杆菌属病毒TsarBomba、葡萄球菌属病毒Twort、肠球菌属病毒phiEC24C、乳杆菌属病毒Lb338-1、乳杆菌属病毒LP65、肠杆菌属病毒PG7、埃希氏菌属病毒CC31、克雷伯氏菌属病毒JD18、克雷伯氏菌属病毒PKO111、埃希氏菌属病毒Bp7、埃希氏菌属病毒IME08、埃希氏菌属病毒JS10、埃希氏菌属病毒JS98、埃希氏菌属病毒QL01、埃希氏菌属病毒VR5、肠杆菌属病毒Eap3、克雷伯氏菌属病毒KP15、克雷伯氏菌属病毒KP27、克雷伯氏菌属病毒Matisse、克雷伯氏菌属病毒Miro、柠檬酸杆菌属病毒Merlin、柠檬酸杆菌属病毒Moon、埃希氏菌属病毒JSE、埃希氏菌属病毒phi1、埃希氏菌属病毒RB49、埃希氏菌属病毒HX01、埃希氏菌属病毒JS09、埃希氏菌属病毒RB69、志贺氏菌属病毒UTAM、沙门氏菌属病毒S16、沙门氏菌属病毒STML198、弧菌属病毒KVP40、弧菌属病毒nt1、弧菌属病毒ValKK3、埃希氏菌属病毒VR7、埃希氏菌属病毒VR20、埃希氏菌属病毒VR25、埃希氏菌属病毒VR26、志贺氏菌属病毒SP18、埃希氏菌属病毒AR1、埃希氏菌属病毒C40、埃希氏菌属病毒E112、埃希氏菌属病毒ECML134、埃希氏菌属病毒HY01、埃希氏菌属病毒Ime09、埃希氏菌属病毒RB3、埃希氏菌属病毒RB14、埃希氏菌属病毒T4、志贺氏菌属病毒Pss1、志贺氏菌属病毒Shfl2、耶尔森氏菌属病毒D1、耶尔森氏菌属病毒PST、不动杆菌属病毒133、气单胞菌属病毒65、气单胞菌属病毒Aeh1、埃希氏菌属病毒RB16、埃希氏菌属病毒RB32、埃希氏菌属病毒RB43、假单胞菌属病毒42、克罗诺杆菌属(Cronobacter)病毒CR3、克罗诺杆菌属病毒CR8、克罗诺杆菌属病毒CR9、克罗诺杆菌属病毒PBES02、果胶杆菌属(Pectobacterium)病毒phiTE、克罗诺杆菌属病毒GAP31、埃希氏菌属病毒4MG、沙门氏菌属病毒SE1、沙门氏菌属病毒SSE121、埃希氏菌属病毒FFH2、埃希氏菌属病毒FV3、埃希氏菌属病毒JES2013、埃希氏菌属病毒V5、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)病毒Abouo、短芽孢杆菌属病毒Davies、芽孢杆菌属病毒Agate、芽孢杆菌属病毒Bobb、芽孢杆菌属病毒Bp8pC、欧文氏菌属病毒Deimos、欧文氏菌属病毒Ea35-70、欧文氏菌属病毒RAY、欧文氏菌属病毒Simmy50、欧文氏菌属病毒SpecialG、不动杆菌属病毒AB1、不动杆菌属病毒AB2、不动杆菌属病毒AbC62、不动杆菌属病毒AP22、节杆菌属(Arthrobacter)病毒ArV1、节杆菌属病毒Trina、芽孢杆菌属病毒AvesoBmore、芽孢杆菌属病毒B4、芽孢杆菌属病毒Bigbertha、芽孢杆菌属病毒Riley、芽孢杆菌属病毒Spock、芽孢杆菌属病毒Troll、芽孢杆菌属病毒Bastille、芽孢杆菌属病毒CAM003、芽孢杆菌属病毒Bc431、芽孢杆菌属病毒Bcp1、芽孢杆菌属病毒BCP82、芽孢杆菌属病毒BM15、芽孢杆菌属病毒Deepblue、芽孢杆菌属病毒JBP901、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep1、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep43、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep781、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepNY3、黄单胞菌属(Xanthomonas)病毒OP2、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepMu、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE255、气单胞菌属病毒44RR2、分枝杆菌属病毒Alice、分枝杆菌属病毒Bxz1、分枝杆菌属病毒Dandelion、分枝杆菌属病毒HyRo、分枝杆菌属病毒I3、分枝杆菌属病毒Nappy、分枝杆菌属病毒Sebata、梭菌属病毒phiC2、梭菌属病毒phiCD27、梭菌属病毒phiCD119、芽孢杆菌属病毒CP51、芽孢杆菌属病毒JL、芽孢杆菌属病毒Shanette、埃希氏菌属病毒CVM10、埃希氏菌属病毒ep3、欧文氏菌属病毒Asesino、欧文氏菌属病毒EaH2、假单胞菌属病毒EL、盐单胞菌属(Halomonas)病毒HAP1、弧菌属病毒VP882、短芽孢杆菌属病毒Jimmer、短芽孢杆菌属病毒Osiris、假单胞菌属病毒Ab03、假单胞菌属病毒KPP10、假单胞菌属病毒PAKP3、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)病毒M7、中华根瘤菌属病毒M12、中华根瘤菌属病毒N3、欧文氏菌属病毒Machina、节杆菌属病毒Brent、节杆菌属病毒Jawnski、节杆菌属病毒Martha、节杆菌属病毒Sonny、爱德华氏菌属(Edwardsiella)病毒MSW3、爱德华氏菌属病毒PEi21、埃希氏菌属病毒Mu、志贺氏菌属病毒SfMu、盐杆菌属(Halobacterium)病毒phiH、芽孢杆菌属病毒Grass、芽孢杆菌属病毒NIT1、芽孢杆菌属病毒SPG24、气单胞菌属病毒43、埃希氏菌属病毒P1、假单胞菌属病毒CAb1、假单胞菌属病毒CAb02、假单胞菌属病毒JG004、假单胞菌属病毒PAKP1、假单胞菌属病毒PAKP4、假单胞菌属病毒PaP1、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepF1、假单胞菌属病毒141、假单胞菌属病毒Ab28、假单胞菌属病毒DL60、假单胞菌属病毒DL68、假单胞菌属病毒F8、假单胞菌属病毒JG024、假单胞菌属病毒KPP12、假单胞菌属病毒LBL3、假单胞菌属病毒LMA2、假单胞菌属病毒PB1、假单胞菌属病毒SN、假单胞菌属病毒PA7、假单胞菌属病毒phiKZ、根瘤菌属(Rhizobium)病毒RHEph4、罗尔斯通氏菌属病毒RSF1、罗尔斯通氏菌属病毒RSL2、罗尔斯通氏菌属病毒RSL1、气单胞菌属病毒25、气单胞菌属病毒31、气单胞菌属病毒Aes12、气单胞菌属病毒Aes508、气单胞菌属病毒AS4、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)病毒IME13、葡萄球菌属病毒IPLAC1C、葡萄球菌属病毒SEP1、沙门氏菌属病毒SPN3US、芽孢杆菌属病毒1、Geo芽孢杆菌属病毒GBSV1、耶尔森氏菌属病毒R1RT、耶尔森氏菌属病毒TG1、芽孢杆菌属病毒G、芽孢杆菌属病毒PBS1、微囊藻属(Microcystis)病毒Ma-LMM01、弧菌属病毒MAR、弧菌属病毒VHML、弧菌属病毒VP585、芽孢杆菌属病毒BPS13、芽孢杆菌属病毒Hakuna、芽孢杆菌属病毒Megatron、芽孢杆菌属病毒WPh、不动杆菌属病毒AB3、不动杆菌属病毒Abp1、不动杆菌属病毒Fri1、不动杆菌属病毒IME200、不动杆菌属病毒PD6A3、不动杆菌属病毒PDAB9、不动杆菌属病毒phiAB1、埃希氏菌属病毒K30、克雷伯氏菌属病毒K5、克雷伯氏菌属病毒K11、克雷伯氏菌属病毒Kp1、克雷伯氏菌属病毒KP32、克雷伯氏菌属病毒KpV289、克雷伯氏菌属病毒F19、克雷伯氏菌属病毒K244、克雷伯氏菌属病毒Kp2、克雷伯氏菌属病毒KP34、克雷伯氏菌属病毒KpV41、克雷伯氏菌属病毒KpV71、克雷伯氏菌属病毒KpV475、克雷伯氏菌属病毒SU503、克雷伯氏菌属病毒SU552A、泛菌属(Pantoea)病毒Limelight、泛菌属病毒Limezero、假单胞菌属病毒LKA1、假单胞菌属病毒phiKMV、黄单胞菌属病毒f20、黄单胞菌属病毒f30、木杆菌属(Xylella)病毒Prado、欧文氏菌属病毒Era103、埃希氏菌属病毒K5、埃希氏菌属病毒K1-5、埃希氏菌属病毒K1E、沙门氏菌属病毒SP6、埃希氏菌属病毒T7、克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)病毒Kvp1、假单胞菌属病毒gh1、原绿球藻属(Prochlorococcus)病毒PSSP7、聚球藻属(Synechococcus)病毒P60、聚球藻属病毒Syn5、链球菌属病毒Cp1、链球菌属病毒Cp7、葡萄球菌属病毒44AHJD、链球菌属病毒C1、芽孢杆菌属病毒B103、芽孢杆菌属病毒GA1、芽孢杆菌属病毒phi29、库特氏菌属(Kurthia)病毒6、放线菌属病毒Av1、支原体属病毒P1、埃希氏菌属病毒24B、埃希氏菌属病毒933W、埃希氏菌属病毒Min27、埃希氏菌属病毒PA28、埃希氏菌属病毒Stx2 II、志贺氏菌属病毒7502Stx、志贺氏菌属病毒POCJ13、埃希氏菌属病毒191、埃希氏菌属病毒PA2、埃希氏菌属病毒TL2011、志贺氏菌属病毒VASD、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep22、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcepil02、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcepmigl、伯克霍尔德氏菌属病毒DC1、博德特氏菌病毒BPP1、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepC6B、噬纤维素菌属(Cellulophaga)病毒Cba41、噬纤维素菌属病毒Cba172、Dinoroseobacter病毒DFL12、欧文氏菌属病毒Ea9-2、欧文氏菌属病毒Frozen、埃希氏菌属病毒phiV10、沙门氏菌属病毒Epsilon15、沙门氏菌属病毒SPN1S、假单胞菌属病毒F116、假单胞菌属病毒H66、埃希氏菌属病毒APEC5、埃希氏菌属病毒APEC7、埃希氏菌属病毒Bp4、埃希氏菌属病毒EC1UPM、埃希氏菌属病毒ECBP1、埃希氏菌属病毒G7C、埃希氏菌属病毒IME11、志贺氏菌属病毒Sb1、无色杆菌属(Achromobacter)病毒Axp3、无色杆菌属病毒JWAlpha、爱德华氏菌属病毒KF1、假单胞菌属病毒KPP25、假单胞菌属病毒R18、假单胞菌属病毒Ab09、假单胞菌属病毒LIT1、假单胞菌属病毒PA26、假单胞菌属病毒Ab22、假单胞菌属病毒CHU、假单胞菌属病毒LUZ24、假单胞菌属病毒PAA2、假单胞菌属病毒PaP3、假单胞菌属病毒PaP4、假单胞菌属病毒TL、假单胞菌属病毒KPP21、假单胞菌属病毒LUZ7、埃希氏菌属病毒N4、沙门氏菌属病毒9NA、沙门氏菌属病毒SP069、沙门氏菌属病毒BTP1、沙门氏菌属病毒HK620、沙门氏菌属病毒P22、沙门氏菌属病毒ST64T、志贺氏菌属病毒Sf6、芽孢杆菌属病毒Page、芽孢杆菌属病毒Palmer、芽孢杆菌属病毒Pascal、芽孢杆菌属病毒Pony、芽孢杆菌属病毒Pookie、埃希氏菌属病毒172-1、埃希氏菌属病毒ECB2、埃希氏菌属病毒NJ01、埃希氏菌属病毒phiEco32、埃希氏菌属病毒Septima11、埃希氏菌属病毒SU10、布鲁氏菌属病毒Pr、布鲁氏菌属病毒Tb、埃希氏菌属病毒Pollock、沙门氏菌属病毒FSL SP-058、沙门氏菌属病毒FSL 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在一个实施方案中，细菌递送媒介物靶向大肠杆菌，并且包括选自以下的细菌噬菌体的衣壳：BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、W
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、
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K13、
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l、
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2、
Figure 779433DEST_PATH_IMAGE001
7、
Figure 995651DEST_PATH_IMAGE001
92、7 A、8
Figure 815839DEST_PATH_IMAGE001
、9
Figure 168323DEST_PATH_IMAGE001
、18、28-1、186、299、ΗH-埃希氏菌属(2)、AB48、CM、C4、C16、Dd-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5
Figure 845292DEST_PATH_IMAGE001
、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、
Figure 220910DEST_PATH_IMAGE001
C3888、
Figure 907106DEST_PATH_IMAGE001
K3、
Figure 114097DEST_PATH_IMAGE001
K7、
Figure 227546DEST_PATH_IMAGE001
K12、
Figure 152777DEST_PATH_IMAGE001
V-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、
Figure 314768DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 641844DEST_PATH_IMAGE001
l.2、
Figure 926195DEST_PATH_IMAGE001
20、
Figure 73142DEST_PATH_IMAGE001
95、
Figure 101141DEST_PATH_IMAGE001
263、
Figure 220407DEST_PATH_IMAGE001
lO92、
Figure 675659DEST_PATH_IMAGE001
l、
Figure 575482DEST_PATH_IMAGE001
ll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-埃希氏菌属(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ 、ΦD326、
Figure 141593DEST_PATH_IMAGE001
γ、Φ06、Φ7、Φ10、
Figure 177682DEST_PATH_IMAGE001
80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J和933H。
在其中基因线路被包装在细菌递送媒介物中的实施方案中，所述基因线路可以包含发出包装信号的核酸序列，并且供体细胞可以表达细菌噬菌体支架蛋白。取决于用作细菌递送媒介物的细菌噬菌体的性质，通过技术人员选择发出包装信号的所述序列和所述细菌噬菌体支架蛋白。
在一些实施方案中，本发明的细菌供体细胞和/或细菌受体细胞可以在益生元的存在下使用，以增强其生长或者细菌供体细胞和/或细菌受体细胞的任何其它所需功能。益生元包括但不限于氨基酸、生物素、果寡糖、半乳寡糖、半纤维素(例如阿拉伯木聚糖、木聚糖、木葡聚糖和葡甘露聚糖)、菊粉、几丁质、乳果糖、甘露寡糖、富含低聚果糖的菊粉、树胶(例如瓜尔胶、阿拉伯树胶和角叉菜胶(carregenaan))、低聚果糖、低聚右旋糖(oligodextrose)、塔格糖、抗性麦芽糖糊精(例如抗性淀粉)、反式半乳寡糖、果胶(例如木糖聚半乳糖醛酸(xylogalactouronan)、柑橘果胶、苹果果胶和鼠李糖聚半乳糖醛酸-I)、膳食纤维(例如大豆纤维、甜菜纤维、豌豆纤维、玉米麸和燕麦纤维)和木寡糖。
在一个进一步的实施方案中，包含在基因线路中并置于阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸序列，编码赋予对抗生素的抗性的蛋白质。如本文使用的，术语“抗生素”指优选地选自以下的抗生素：青霉素类，例如青霉素G、青霉素K、青霉素N、青霉素O、青霉素V、甲氧西林、苄青霉素、萘夫西林、苯唑西林、氯唑西林、双氯西林、氨苄西林、阿莫西林、匹氨西林、海他西林、巴氨西林、美坦西林、酞氨西林、依匹西林、羧苄西林、替卡西林、替莫西林、美洛西林和哌拉西林；头孢菌素类，例如头孢乙腈、头孢羟氨苄、头孢氨苄、头孢来星、头孢洛宁、头孢噻啶、头孢噻吩、头孢匹林、头孢曲嗪、头孢氮氟、头孢西酮、头孢唑啉、头孢拉定、头孢沙定、头孢替唑、头孢克洛、头孢尼西、头孢丙烯、头孢呋辛、头孢唑南、头孢美唑、头孢替坦、头孢西丁、氯碳头孢、头孢拉宗、头孢米诺、头孢替坦、头孢西丁、头孢替安、头孢卡品、头孢达肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢他美、头孢克肟、头孢甲肟、头孢地嗪、头孢噻肟、头孢维星、头孢咪唑、头孢泊肟、头孢特仑、ceftamere、头孢布烯、头孢噻呋、头孢噻林、头孢唑肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢他啶、拉氧头孢、头孢克定、头孢吡肟、头孢瑞南、头孢噻利、头孢唑兰、头孢匹罗、头孢喹肟、氟氧头孢、头孢比普、头孢洛林、头孢洛扎、头孢洛仑、头孢帕罗、头孢卡奈、头孢屈洛、头孢吡酮、头孢三唑、头孢维曲、头孢马替林、cefmepidium、头孢噁唑、头孢罗替、头孢舒米、头孢噻氧、头孢呋汀和头孢硝噻吩；多粘菌素类，例如多链丝霉素(polysporin)、新孢霉素、多粘菌素B和多粘菌素E，利福平类，例如利福平、利福喷丁和利福昔明；非达霉素；喹诺酮类，例如西诺沙星、萘啶酸、噁喹酸、吡咯米酸、吡哌酸、罗索沙星、环丙沙星、依诺沙星、氟罗沙星、洛美沙星、那氟沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、巴洛沙星、格帕沙星、左氧氟沙星、帕珠沙星、替马沙星、托氟沙星、克林沙星、加替沙星、吉米沙星、莫西沙星、西他沙星、曲伐沙星、普卢利沙星、德拉沙星、奈诺沙星和扎波沙星；磺胺类，例如磺胺异噁唑、磺胺乙酰胺、磺胺嘧啶、磺胺二甲嘧啶、磺胺异噁唑、磺胺索嘧啶、磺胺多辛、磺胺甲噁唑、磺胺噁唑、磺胺硝苯、磺胺二甲氧嘧啶、磺胺甲氧哒嗪、磺胺对甲氧嘧啶、磺胺多辛、磺胺甲氧嗪和对苯二酚(terephtyl)；大环内酯类，例如阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、非达霉素、泰利霉素、碳霉素(carbomycin)A、交沙霉素、吉他霉素、麦迪霉素、夹竹桃霉素、索利霉素、螺旋霉素、醋竹桃霉素、泰乐菌素和罗红霉素；酮内酯类，例如泰利霉素和赛红霉素；氟酮内酯类(lluoroketolides)，例如索利霉素；林可酰胺类，例如林可霉素、克林霉素和吡利霉素；四环素类，例如地美环素、多西环素、米诺环素、土霉素和四环素；氨基糖苷类，例如阿米卡星、地贝卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、西索米星、妥布霉素、巴龙霉素和链霉素；安莎霉素类，例如格尔德霉素、除莠霉素和利福昔明；碳头孢烯类，例如氯碳头孢；碳青霉烯类，例如厄他培南、多利培南、亚胺培南(或西司他丁)和美罗培南；糖肽类，例如替考拉宁、万古霉素、特拉万星、达巴万星和奥利万星；林可酰胺类，例如克林霉素和林可霉素；脂肽类，例如达托霉素；单内酰胺类，例如氨曲南；硝基呋喃类，例如呋喃唑酮和呋喃妥因；噁唑烷酮类，例如利奈唑胺、posizolid、雷德唑胺和特地唑胺；泰斯巴汀、氯法齐明、氨苯砜、卷曲霉素、环丝氨酸、乙胺丁醇、乙硫异烟胺、异烟肼、吡嗪酰胺、利福布汀、胂凡钠明、氯霉素、磷霉素、夫西地酸、甲硝唑、莫匹罗星、平板霉素、喹奴普丁(或达福普汀)、甲砜霉素、替加环素、替硝唑、甲氧苄啶、阿拉曲沙星、非达霉素、萘啶酸、利福平、其衍生物和组合。特别地，术语“赋予对抗生素的抗性的蛋白质”可以指赋予对这些抗生素中的任一种的抗性的蛋白质。
本发明提供了药物组合物或兽医组合物，其包含使用如本文公开的供体细胞，优选使用用于产生细菌递送媒介物的本发明的方法产生的一种或多种细菌递送媒介物，以及药学上可接受的载剂。本发明还提供了药物组合物或兽医组合物，其包含其中基因线路已如本文公开地进行转移的受体细胞或靶细胞例如益生菌、以及药学上可接受的载剂。本发明还提供了药物组合物或兽医组合物，其包含如本文公开的供体细胞例如益生菌，即包含基因线路并表达阻遏蛋白，以及药学上可接受的载剂。一般地，对于药物用途，细菌递送媒介物可以被配制为药物制剂或组合物，其包含至少一种细菌递送媒介物和至少一种药学上可接受的载剂、稀释剂或赋形剂，以及任选地一种或多种进一步的药学活性化合物。此类制剂可以是适合于以下的形式：经口施用，肠胃外施用(例如通过静脉内、肌内或皮下注射或静脉内输注)，局部施用，通过吸入、皮肤贴剂、植入物、栓剂施用等。此类施用形式可以是固体、半固体或液体，取决于施用方式和途径。例如，用于经口施用的制剂可以具有肠溶衣，所述肠溶衣允许制剂中的合成细菌递送媒介物抵抗胃环境并进入肠道。更一般地，用于经口施用的合成细菌递送媒介物制剂，可以适当地配制用于递送到胃肠道的任何所需部分内。另外，合适的栓剂可以用于递送到胃肠道内。可用于细菌递送媒介物组合物中的各种药学上可接受的载剂、稀释剂和赋形剂是技术人员已知的。
根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物可以进一步包含药学上可接受的媒介物。固体药学上可接受的媒介物可以包括一种或多种物质，其也可以充当调味剂、润滑剂、增溶剂、助悬剂、染料、填料、助流剂、压缩助剂、惰性粘合剂、甜味剂、防腐剂、染料、包衣或片剂崩解剂。合适的固体媒介物包括例如磷酸钙、硬脂酸镁、滑石、糖、乳糖、糊精、淀粉、明胶、纤维素、聚乙烯吡咯烷酮(polyvinylpyrrolidine)、低熔点蜡和离子交换树脂。
药物组合物或兽医组合物可以制备为无菌固体组合物，其可以在施用时使用无菌水、盐水或其它适当的无菌可注射介质进行悬浮。本公开内容的药物组合物或兽医组合物可以以无菌溶液或悬浮液的形式经口施用，所述无菌溶液或悬浮液含有其它溶质或助悬剂(例如，足够的盐水或葡萄糖以使溶液等渗)、胆汁盐、阿拉伯胶、明胶、脱水山梨糖醇单油酸酯、聚山梨酸酯8o(山梨糖醇及其酸酐与环氧乙烷共聚的油酸酯)等等。根据本公开内容的颗粒也可以以液体或固体组合物的形式经口施用。适合于经口施用的组合物包括固体形式，例如丸剂、胶囊、颗粒、片剂和粉末，以及液体形式，例如溶液、糖浆剂、酏剂和悬浮液。可用于肠内施用的形式包括无菌溶液、乳状液和悬浮液。
根据本文公开的生产方法产生的细菌递送媒介物可以溶解或悬浮于药学上可接受的液体媒介物中，所述液体媒介物例如水、有机溶剂、两者的混合物或者药学上可接受的油或脂肪。液体媒介物可以含有其它合适的药物添加剂，例如增溶剂、乳化剂、缓冲剂、防腐剂、甜味剂、调味剂、助悬剂、增稠剂、着色剂、粘度调节剂、稳定剂或渗透调节剂。用于经口施用和肠内施用的液体媒介物的合适实例包括水(部分含有如上文的添加剂，例如纤维素衍生物，优选羧甲基纤维素钠溶液)、醇类(包括一元醇和多元醇，例如二醇)及其衍生物、以及油(例如分馏椰子油和花生油)。对于肠胃外施用，媒介物也可以是油性酯，例如油酸乙酯和肉豆蔻酸异丙酯。无菌液体媒介物可用于无菌液体形式组合物中，用于肠内施用。用于加压组合物的液体媒介物可以是卤代烃或其它药学上可接受的推进剂。
对于经皮施用，药物组合物或兽医组合物可以配制成软膏、乳膏或凝胶形式，并且可以使用适当的渗透剂或去污剂来促进渗透，例如二甲基亚砜、二甲基乙酰胺和二甲基甲酰胺。
对于经粘膜施用，可以使用鼻腔喷雾剂、直肠或阴道栓剂。可以通过本领域已知的方法，将活性化合物掺入任何已知的栓剂基质内。此类基质的实例包括可可脂、聚乙二醇(碳蜡)、聚乙烯脱水山梨糖醇单硬脂酸酯，以及这些与其它相容材料的混合物，以改变熔点或溶解速率。
还提供的是用于使用本文公开的组合物，治疗由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染的方法。在这方面，将包括目的核酸的基因线路转移到引起疾病或病症的一种或多种细菌，即靶细胞中。该方法包括将本文公开的药物组合物或兽医组合物，优选治疗有效量的本文公开的药物组合物或兽医组合物，施用于需要治疗的受试者，所述受试者患有由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染。进一步提供的是如本文公开的药物组合物或兽医组合物，其用作药物且特别是用于治疗由细菌引起的疾病或病症，优选用于治疗细菌感染。还提供的是如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗由细菌引起的疾病或病症，优选细菌感染。
在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些特定实施例中，受试者是人。
由细菌引起的疾病或病症可以选自腹部绞痛、寻常痤疮、急性会厌炎、关节炎、菌血症、血性腹泻、肉毒杆菌中毒、布鲁氏菌病、脑脓肿、软下疳、性病、衣原体、克罗恩氏病、结膜炎、胆囊炎、结肠直肠癌、息肉病、生态失调、莱姆病、腹泻、白喉、十二指肠溃疡、心内膜炎、丹毒丝菌病(erysipelothricosis)、肠热症、发热、肾小球肾炎、胃肠炎、胃溃疡、格巴二氏综合征、破伤风、淋病、牙龈炎、炎性肠病、肠易激综合征、钩端螺旋体病、麻风病、李斯特菌病、肺结核、温夫人综合征、军团菌病、脑膜炎、粘液脓性结膜炎、多药抗性细菌感染、多药抗性细菌携带、肌坏死-气性坏疽、鸟分枝杆菌复合群、新生儿坏死性小肠结肠炎、诺卡氏菌病、医院感染、耳炎、牙周炎、咽炎、肺炎、腹膜炎、紫癜热、落基山斑疹热、志贺氏菌病、梅毒、鼻窦炎、乙状结肠炎、败血症、皮下脓肿、兔热病、气管支气管炎、扁桃体炎、伤寒、溃疡性结肠炎、尿路感染和百日咳。
细菌感染可以选自皮肤感染如痤疮，肠道感染如食道炎、胃炎、肠炎、结肠炎、乙状结肠炎、直肠炎和腹膜炎，尿路感染，阴道感染，女性上生殖道感染如输卵管炎、子宫内膜炎、卵巢炎、子宫肌炎、子宫旁组织炎和盆腔腹膜感染，呼吸道感染如肺炎，羊膜内感染，牙源性感染，牙髓感染，纤维化，脑膜炎，血流感染，医院感染如导管相关感染、医院获得性肺炎、产后感染、医院获得性胃肠炎、医院获得性尿路感染或其组合。优选地，根据本公开内容的细菌感染由呈现抗生素抗性的细菌引起。在一个特定实施方案中，感染由如上文列出的细菌引起，该细菌可以用作供体细胞或靶细胞。
还提供的是用于治疗细菌感染的方法，其包括向需要治疗的患有细菌感染的受试者施用所提供的药物组合物或兽医组合物，特别是治疗有效量的所提供的药物组合物或兽医组合物。“治疗有效量”是这样的量，当施用于受试者时，所述量是治疗靶向的疾病或病症或产生所需效应所需要的，例如治疗由细菌引起的疾病或病症，特别是细菌感染所需要的。
提供了用于降低特别是患有细菌感染的受试者的细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量的方法，其包括使细菌群体与本文公开的药物组合物或兽医组合物或者本文公开的细菌递送媒介物接触。进一步提供的是本文公开的药物组合物或兽医组合物或者本文公开的细菌递送媒介物用于制造药物的用途，所述药物用于降低特别是患有细菌感染的受试者的细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量。
本公开内容还涉及本发明的药物组合物或兽医组合物，其用于治疗代谢紊乱，包括例如肥胖、2型糖尿病和非酒精性脂肪性肝病。事实上，新出现的证据指示了，这些病症的特征在于肠道微生物群组成及其代谢物的改变[31]。因此，药物组合物或兽医组合物可以用于在一些肠道细菌中递送目的核酸，其可以改变肠道微生物群组成(例如通过诱导一些细菌的死亡)、或其代谢物(例如通过诱导经由所述细菌表达、过表达或分泌一些分子，例如对代谢性炎症具有有益作用的分子)。本公开内容还涉及本发明的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗代谢紊乱，包括例如肥胖、2型糖尿病和非酒精性脂肪性肝病。它还涉及用于治疗代谢紊乱包括例如肥胖、2型糖尿病和非酒精性脂肪性肝病的方法，其包括向需要治疗的患有代谢紊乱的受试者施用所提供的药物组合物或兽医组合物，特别是治疗有效量的所提供的药物组合物或兽医组合物。
在一个特定实施方案中，本公开内容涉及本发明的药物组合物或兽医组合物，其用于治疗涉及人微生物组的细菌的病理状况，例如炎症和自身免疫性疾病、癌症、感染或脑病症。本公开内容还涉及用于治疗涉及人微生物组的细菌的病理状况的方法，其包括向患有所述病理状况且需要治疗的受试者施用所提供的药物组合物或兽医组合物，特别是治疗有效量的所提供的药物组合物或兽医组合物，并且涉及本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗涉及人微生物组的细菌的病理状况。事实上，微生物组的一些细菌在不触发任何感染的情况下，可以分泌诱导和/或增强炎症或自身免疫性疾病或癌症发展的分子。更具体而言，本公开内容还涉及调节微生物组的组成以改善免疫疗法的功效，所述免疫疗法基于例如CAR-T(嵌合抗原受体T)细胞、TIL(肿瘤浸润性淋巴细胞)、以及也称为抑制性T细胞的Treg(调节性T细胞)。调节微生物组的组成以改善免疫疗法的功效，还可以包括本领域众所周知的免疫检查点抑制剂的使用，所述抑制剂例如但不限于PD-1(程序性细胞死亡蛋白1)抑制剂、PD-L1(程序性死亡配体1)抑制剂和CTLA-4(细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4)。
微生物组的一些细菌也可以分泌影响脑的分子。
因此，本公开内容的一个进一步目的是用于控制受试者的微生物组的方法，其包括在所述受试者中施用有效量的如本文公开的药物组合物。
在一个特定实施方案中，本公开内容还涉及用于需要治疗细菌感染的个体的个体化治疗的方法，其包括：i)从个体获得生物样品，并且测定来自样品的一组细菌DNA序列；ii)基于序列的确定，鉴定样品中的一种或多种致病性细菌菌株或物种；并且iii)向个体施用根据本公开内容的药物组合物，所述药物组合物能够识别样品中鉴定的每种致病性细菌菌株或物种，并递送包装的基因线路。
优选地，生物样品包含病理性和非病理性细菌物种，并且在向个体施用根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物之后，个体上或个体中的致病菌的量降低，但非致病菌的量并未降低。
在另一个特定实施方案中，本公开内容涉及根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物，其为了改善药物的有效性而使用。事实上，微生物组的一些细菌，虽然本身并非致病性的，但已知能够代谢药物并将其修饰为无效或有害的分子。
在另一个特定实施方案中，本公开内容涉及任何目的化合物的原位细菌生产，所述化合物包括治疗性化合物，例如用于哺乳动物的预防性和治疗性疫苗。由包含在基因线路中的目的核酸编码的目的化合物可以在靶向的细菌内部产生、从靶向的细菌中分泌、或在靶向的细菌的表面上表达。在一个更特定的实施方案中，目的化合物是在靶向的细菌的表面上表达，用于预防性和/或治疗性疫苗接种的抗原。
本公开内容还涉及本文公开的组合物的非治疗用途。例如，非治疗用途可以是美容用途或用于改善受试者的健康的用途，所述受试者特别是并未患有疾病的受试者。相应地，本公开内容还涉及包含本公开内容的组合物的化妆品组合物或非治疗性组合物。
本公开内容进一步提供了用于将目的基因线路从供体细胞转移到受体细胞或靶细胞的试剂盒。在一个实施方案中，该试剂盒包含(i)表达阻遏蛋白的供体细胞；以及(ii)目的基因线路。所述基因线路可以是如上文定义的，特别地可以包含表达盒，目的核酸可以插入所述表达盒内，与由阻遏蛋白识别的阻遏物结合序列功能接近(可操作地连接)。在本发明的另一个实施方案中或另外，试剂盒的供体细胞可以含有原噬菌体序列，用于生成例如包装目的基因线路的递送媒介物。试剂盒可以进一步包含受体细胞或靶细胞，其中所述受体细胞或靶细胞未能表达阻遏蛋白，从而允许在转移到所述细胞内之后目的核酸的表达。
为了更好地理解本文公开的主题并例证它可以如何在实践中执行，现在将参考附图通过非限制性示例的方式描述实施方案。
实施例1
具体参考实施例，应强调的是所显示的细节作为示例的方式，并且用于本发明的实施方案的说明性讨论的目的。
下文的实施例证实了种间启动子-阻遏物对用于产生递送媒介物的新系统中的用途。在这种情况下，在生产菌株中反式表达的阻遏物来自不同的细菌物种，理想地系统发育不同的。种间阻遏物的使用是非常有利的工具，以仅在反式含有异源阻遏物的菌株中控制给定蛋白质的表达或基因线路组分的转录。然而，在遵循这种方法时需要小心，且不要使用可能遍在发现的阻遏物，例如色氨酸合成阻遏物，因为在将它们转移到其它物种时，已显示它们并非正交的(orthogonal) [16]。但是由于细菌栖息在具有不同特性的环境中，它们已进化出识别特定信号的特异性阻遏物，所述特定信号可能根本不存在于其它生物中。两个最近的出版物显示了在大肠杆菌中使用种间阻遏物是可能的[10] [17]，这代表了潜在的种间阻遏物-操纵基因对的来源，即使诱导物是未知的。最后，另一种解决方案涉及无活性Cas9分子(dCas9)和gRNA/tracrRNA的表达，所述gRNA/tracrRNA靶向启动子、RBS或毒性组分的编码序列。dCas9没有核酸酶活性，但它能够结合并阻断来自由gRNA靶向的区域的转录[18] [19]。
图1描绘了具有种间阻遏物的条件转录控制。在左侧上，含有包装原噬菌体和反式的PhlF (种间)阻遏物的生产菌株。有效载荷携带包装信号和在PphlF启动子的控制下的所需序列(致动器)。在噬菌粒颗粒的包装后，可以转导靶菌株，并且PphlF启动子将是活性的，因为它们缺乏PhlF阻遏物(不存在于大肠杆菌中)。应注意，PhlF阻遏物可以替换为dCas9 +靶向启动子、RBS或致动器的序列的gRNA。
作为概念证明，构建了含有在PphlF启动子(SEQ ID NO: 3)的控制下的Cas9、靶向LacZ的sgRNA和λ噬菌体cos信号的质粒。靶向LacZ的Cas9先前已用于不同的设置中[20]。首次尝试了将这种质粒转化到两种大肠杆菌菌株内：MG1655 (wt菌株)和MG1656 (含有lacZ的缺失)。如预计的，MG1655中的转化没有产生菌落，因为Cas9线路靶向其基因组并且它是毒性的。相比之下，转化到MG1656内给出菌落(图2)。此外，转化到含有在另一种质粒中反式表达的PhlF阻遏物(SEQ ID NO: 1，编码序列：SEQ ID NO: 2)的细胞内，在两种情况下均给出了菌落，因为阻遏物赋予针对Cas9活性的保护。大小上的差异可能是由于Cas9的组成型表达已显示是毒性的事实[21]。
图2描绘了含有Cas9的线路的转化。将含有在PphlF启动子的控制下的Cas9和靶向lacZ的组成型sgRNA引导的质粒(SEQ ID NO:4)转化到MG1655 (左图)或MG1656 (右图)内。空细胞(不携带任何其它质粒)显示在顶部上；含有编码PhlF阻遏物的额外质粒(SEQ IDNO:5)的转化细胞显示在底部处。
为了测试此类系统是否也可以被转导，将PhlF阻遏物整合到生产菌株的基因组中，所述生产菌株也缺乏lacZ基因，且因此不被Cas9靶向。具有这种质粒的生产菌株正常生长(数据未显示)。噬菌粒遵循标准热诱导方案产生[23]，并且在MG1655和MG1656上滴定(图3)。将Cas9-LacZ线路转导到MG1655内没有给出菌落，如在转化的情况下一样，而在MG1656的情况下回收了菌落。
图3证实了含有Cas9的线路的转导。将含有在PphlF启动子的控制下的Cas9和靶向lacZ的组成型sgRNA引导的噬菌粒(SEQ ID NO:4)转导到MG1655 (左图)、具有在质粒(SEQID NO:5)中编码的PhlF阻遏物的MG1655 (中)或MG1656 (右图)内。
由于PhlF阻遏物并非天然存在于大肠杆菌中，因此该系统可以用于阻遏生产菌株中的毒性蛋白(在这种情况下，Cas9)表达，同时允许在另一种大肠杆菌菌株中的表达。在这种具体情况下，使用了并不靶向生产菌株的sgRNA引导，但由于Cas9被阻遏，该系统还将允许产生编码靶向其基因组的sgRNA的噬菌粒颗粒。
实施例2
构建了含有在PsrpR启动子(SEQ ID NO: 8)的控制下的Cpf1核酸酶、靶向LacZ的crRNA和λ噬菌体cos信号的质粒(p455，SEQ ID NO: 9)。首先执行将这些质粒转化到两种大肠杆菌菌株内：MG1655 (野生型菌株)和MG1656 (含有lacZ基因的缺失)。如预计的，MG1655中的转化没有产生菌落，因为Cpf1线路靶向其基因组并且它是毒性的。相比之下，转化到MG1656内给出菌落(图4)。此外，转化到含有在另一种质粒(pRARE4-SrpR-1.0，SEQ ID NO:10)中反式表达的SrpR阻遏物的细胞内，在两种情况下均给出了菌落，因为阻遏物赋予针对Cpf1活性的保护(图4)。
为了测试此类系统是否也可以被转导，将SrpR阻遏物(SEQ ID NO: 6，编码序列：SEQ ID NO: 7)整合到生产菌株的基因组中，所述生产菌株也缺乏lacZ基因，且因此不被Cpf1靶向。包装的噬菌粒遵循如对于PhlF阻遏物数据指示的标准热诱导方案产生，并且在含有或不含反式供应的SrpR阻遏物的MG1655和MG1656上滴定(图5)。将Cpf1-LacZ线路转导到MG1655内，给出了回收的菌落数目中几乎4个对数的减少，反映了该线路的高毒性，而在补充有SrpR阻遏物的MG1655的情况下，菌落回收至与不含lacZ靶的细胞(MG1656)相似的数目。
最后，在生产菌株的基因组中添加能够反式阻遏有效载荷的阻遏物，可能帮助降低否则将组成性表达的线路的负担。细胞将是更小的，因为它们的倍增时间由于质粒负担而减少，这可能不利于放大，因为达到特定OD所需的温育时间更长。此外且也许更重要的是，含有组成型表达的组分的线路是不稳定的，且倾向于快速中断，因为细胞将找到去除代谢负担的方式[24]-[30]。如果这些表达水平很高，例如在上文显示的Cpf1线路的情况下，则尤为如此：如果线路在大规模发酵期间中断，则这可以导致巨大的经济损失。
图6显示了SrpR阻遏物的添加对编码Cpf1-LacZ线路的生产菌株赋予益处，其中Cpf1的表达高于图4和5中(p841，SEQ ID NO: 11)。监测了在PsrpR-Cpf1-LacZ线路转化到含有或不含SrpR阻遏物的生产菌株后的菌落大小。
将细胞转化并在氯霉素LB琼脂上在30ºC下温育过夜，并且在15小时、17小时、19小时和22小时后跟踪菌落的大小。如图6中可以看出的，在含有基因组SrpR阻遏物的生产菌株中，在17小时时清楚地看到菌落，但在不含阻遏物的生产菌株中则没有看到。即使在22小时温育后，不含阻遏物的生产菌株的菌落明显小于含有SrpR的菌落，这显示了阻遏物的反式引入降低了生产菌株的代谢负担。
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Claims (44)

1.一种将基因线路从供体细胞转移到靶细胞的方法，其包括使供体细胞与靶细胞接触足够量的时间，以允许所述基因线路转移到靶细胞内，其中所述供体细胞表达阻遏蛋白，所述阻遏蛋白并不由所述基因线路编码并且不存在于靶细胞中，并且其中所述基因线路包含在阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸序列。
2.权利要求1的方法，其中所述供体细胞是细菌供体细胞，并且所述靶细胞是细菌靶细胞。
3.权利要求1或2的方法，其中所述基因线路在转移前在细菌递送媒介物内进行包装。
4.权利要求3的方法，其中在递送媒介物中包装的所述基因线路是包装的噬菌粒。
5.权利要求1至4中任一项的方法，其中所述目的核酸序列编码目的蛋白质和/或目的RNA分子。
6.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述目的核酸序列编码目的蛋白质。
7.权利要求6的方法，其中所述目的蛋白质是毒性蛋白。
8.权利要求7的方法，其中所述毒性蛋白对细菌细胞，优选对所述靶细胞是毒性的。
9.权利要求6至8任一项的方法，其中所述蛋白质是核酸酶，优选CRISPR核酸酶。
10.权利要求7或8的方法，其中所述毒性蛋白选自穿孔素、内溶素、限制性酶或影响靶细胞存活或生长的毒素。
11.权利要求6至10中任一项的方法，其中所述目的蛋白质是治疗性蛋白质。
12.权利要求1至11中任一项的方法，其中所述目的核酸序列编码目的RNA分子。
13.权利要求12的方法，其中所述目的RNA分子选自mRNA、crRNA、tRNA、iRNA、asRNA、核酶RNA、引导RNA和RNA适体。
14.权利要求12的方法，其中所述目的RNA分子是asRNA。
15.权利要求12的方法，其中所述目的RNA分子是引导RNA。
16.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述目的核酸序列编码CRISPR核酸酶，并且所述基因线路进一步包含编码引导RNA的核酸序列。
17.权利要求16的方法，其中编码引导RNA的所述核酸序列处于组成型启动子的转录控制下。
18.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述目的核酸序列是编码RNA例如mRNA、crRNA、tRNA、iRNA (干扰RNA)、asRNA (反义RNA)、核酶RNA、RNA适体或引导RNA的核酸，CRISPR基因座，毒素基因，编码酶例如核酸酶或激酶的基因，编码选自Cas核酸酶、Cas9核酸酶、TALEN、ZFN和大范围核酸酶的核酸酶的基因，编码重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白或分泌蛋白的基因，编码对抗生素或一般而言的药物的抗性的基因，编码毒性蛋白或毒性因子的基因，以及编码毒力蛋白或毒力因子的基因，或其任何组合。
19.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述目的核酸序列选自编码下述中的一种或多种的核酸：Cas核酸酶、Cas9核酸酶、引导RNA、CRISPR基因座、毒素、酶、核酸酶、激酶、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、赋予对抗生素或药物的抗性的蛋白质、毒性蛋白或毒性因子、毒力蛋白和毒力因子。
20.权利要求1至19中任一项的方法，其中所述阻遏蛋白选自表1中列出的阻遏蛋白，优选地选自PhlF、SrpR、LitR、PsrA、AmeR、McbR、QacR、TarA、ButR、Orf2和ScbR。
21.一种包含基因线路的供体细胞，所述基因线路包含受阻遏蛋白控制的转录启动子，所述阻遏蛋白由所述供体细胞表达，但并不由所述基因线路编码。
22.权利要求21的供体细胞，其中所述基因线路包含置于所述转录启动子的控制下的特别是如权利要求5至19中任一项定义的目的核酸序列。
23.权利要求21或22的供体细胞，其中所述供体细胞包含原噬菌体序列，其反式提供了用于将基因线路组装到细菌噬菌体颗粒内所需的细菌噬菌体组分。
24.权利要求23的供体细胞，其中所述基因线路包含顺式作用包装信号，其介导基因线路衣壳化到衣壳内。
25.权利要求1至20中任一项的方法、或权利要求21至24中任一项的供体细胞，其中所述基因线路是噬菌粒。
26.权利要求1至20和25中任一项的方法、或权利要求21至25中任一项的供体细胞，其中所述供体细胞是细菌细胞。
27.权利要求1至20、25和26中任一项的方法，或权利要求21至26中任一项的供体细胞，其中所述供体细胞是来自大肠杆菌物种的细菌细胞。
28.一种递送媒介物，其包含通过权利要求3的方法获得的基因线路。
29.权利要求28的递送媒介物，其中所述递送媒介物是细菌递送媒介物，优选细菌噬菌体。
30.一种产生递送媒介物的方法，其包括
(i)将基因线路引入表达阻遏蛋白的供体细胞内，其中所述基因线路包含处于由所述阻遏蛋白识别的阻遏物结合序列的转录控制下的目的核酸，并且所述阻遏蛋白并不由所述基因线路编码；和
(ii)允许足够量的时间用于目的基因线路的复制、以及所述基因线路包装到递送媒介物内。
31.权利要求30的方法，其进一步包括收集所述递送媒介物的步骤。
32.权利要求30或31的方法，其进一步包括纯化所述递送媒介物的步骤。
33.权利要求30至32中任一项的方法，其中所述供体细胞优选细菌供体细胞包含原噬菌体序列，其编码用于将基因线路组装到递送媒介物内反式所需的蛋白质。
34.权利要求30至33中任一项的方法，其中所述基因线路是噬菌粒。
35.权利要求30至34中任一项的方法，其中所述递送媒介物是细菌递送媒介物，优选细菌噬菌体。
36.权利要求30至35中任一项的方法，其中所述递送媒介物待用于并不表达所述阻遏蛋白的靶细胞，优选细菌靶细胞中。
37.通过权利要求30至36中任一项的方法获得的递送媒介物。
38.一种基因线路，其包含受阻遏蛋白控制的转录启动子以及置于所述转录启动子的控制下的目的核酸序列，所述基因线路并不编码所述阻遏蛋白并且在细菌递送媒介物内进行包装。
39.权利要求38的基因线路，其中所述基因线路是噬菌粒。
40.权利要求37的递送媒介物或者权利要求38或39的基因线路将基因线路从供体细胞转移到靶细胞的用途，其中所述供体细胞表达阻遏蛋白，并且所述靶细胞并不表达所述阻遏蛋白。
41.一种药物组合物或兽医组合物，其包含权利要求28、29或37的递送媒介物和/或包含权利要求38或39的基因线路、以及药学上可接受的赋形剂。
42.一种用于生产目的递送媒介物的试剂盒，其中所述试剂盒包含(i)表达阻遏蛋白的供体细胞；以及(ii)基因线路，其包含目的核酸插入其内的表达盒和阻遏物结合序列，所述阻遏蛋白与所述阻遏物结合序列结合并阻遏目的核酸的表达。
43.权利要求42的试剂盒，其进一步包含靶细胞，所述靶细胞并不表达所述阻遏蛋白，从而允许在转移到所述靶细胞内之后目的核酸的表达。
44.根据权利要求42或43的试剂盒用于将基因线路从供体细胞转移到靶细胞的用途，所述基因线路包含目的核酸插入其内的表达盒和阻遏物结合序列，阻遏蛋白与所述阻遏物结合序列结合并阻遏目的核酸的表达，其中所述供体细胞表达所述阻遏蛋白，并且所述靶细胞并不表达所述阻遏蛋白。
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