CN113533547A - 一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 - Google Patents
一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113533547A CN113533547A CN202010312780.9A CN202010312780A CN113533547A CN 113533547 A CN113533547 A CN 113533547A CN 202010312780 A CN202010312780 A CN 202010312780A CN 113533547 A CN113533547 A CN 113533547A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- peptide
- mrm
- srm
- complement protein
- sample
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N30/04—Preparation or injection of sample to be analysed
- G01N30/06—Preparation
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N30/26—Conditioning of the fluid carrier; Flow patterns
- G01N30/28—Control of physical parameters of the fluid carrier
- G01N30/34—Control of physical parameters of the fluid carrier of fluid composition, e.g. gradient
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N30/86—Signal analysis
- G01N30/8675—Evaluation, i.e. decoding of the signal into analytical information
Landscapes
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Library & Information Science (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Abstract
本发明属于生物医药技术领域,涉及血清中细胞因子补体蛋白C1R(Complement C1R,C1R)的MRM/SRM靶向定量方法及其应用。该定量方法使用补体蛋白C1R的标志性肽段检测肽段片段的含量;所述的C1R的标志性肽段包括序列如SEQ ID NO 1所示的肽段,包括步骤:血清蛋白质的前处理,具体程序包括血清样品的收集,还原烷基化与酶解的MRM/SRM方法开发,具体包括C1R蛋白标志性肽段的设计,同位素内标肽的合成,监测母子离子对的筛选以及LC‑MRM条件的优化;临床血清样本中C1R的MRM/SRM检测与数据分析。该方法可用于辅助皮肤鳞状细胞癌的诊断、检测、病程监测以及预后评估。
Description
技术领域
本发明属于生物医药技术领域,涉及一种补体蛋白C1R表达量的测量方法,具体涉及血清中补体蛋白C1R的MRM/SRM测定方法,尤其适用于血清中皮肤鳞状细胞癌相关蛋白的绝对含量测定。
背景技术
现有技术公开了补体蛋白C1R(Complement C1R,C1R)是由C1R基因编码的蛋白,是肽酶S1蛋白家族的一个成员。C1R是补体系统C1复合体中的一个蛋白水解亚单位。补体系统在先天性免疫反应中起中介作用,最终引发吞噬、炎症和细菌细胞壁破裂。其相关途径包括神经炎症过程中的补体途径和小胶质细胞的激活。C1R的GO注释包括钙离子结合和丝氨酸型肽酶活性。研究表明C1R和C1S能促进皮肤鳞状细胞癌(Cutaneous Squamous CellCarcinoma)的生长(P,Viiklepp K,Nissinen L,Farshchian M,Kallajoki M,Kivisaari A,Meri S,Peltonen J,Peltonen S,VM.Tumour-cell-derivedcomplement components C1r and C1s promote growth of cutaneous squamous cellcarcinoma.Br J Dermatol.2020Mar;182(3):658-670.)。补体蛋白C1R可以作为皮肤鳞状细胞癌的潜在诊断标志物,开发血清中补体蛋白C1R的检测方法将有利于皮肤鳞状细胞癌研究者针对血清样品进行补体蛋白C1R的绝对含量测定。
发明内容
本发明的目的在于提供一种补体蛋白C1R表达量的测量方法,具体涉及血清中补体蛋白C1R的MRM/SRM测定方法,。本方法适用于血清中皮肤鳞状细胞癌相关蛋白的绝对含量测定。
针对上述技术问题,本发明提供了一种血液中补体蛋白C1R的定量检测方法,该方法是基于对补体蛋白C1R标志性肽段的质谱靶向定量检测,又叫质谱多反应检测/选择性反应检测(Multiple Reaction Monitoring/Selected Reaction Monitoring,MRM/SRM)。本发明的针对补体蛋白C1R的MRM/SRM检测不仅可应用于血液中补体蛋白C1R的定量检测,也可应用于其他临床以及科研模型样本例如血液,脑脊液,组织切片,培养的细胞,组织中补体蛋白C1R的定量检测。本发明在上述基础上完成。
本发明提供了一种补体蛋白C1R表达量的测量方法,使用补体蛋白C1R的标志性肽段检测肽段片段的含量;所述的C1R的标志性肽段包括序列如SEQ ID NO 1所示的肽段。
所述的测量方法包括使用质谱测定。
所述的质谱包括三重四级杆质谱,Q-TOF质谱,串联离子阱质谱,MALDI-TOF质谱或者QE-Orbitrap质谱。
其中,使用的质谱模式是选择反应检测(Selected Reaction Monitoring,SRM)或多反应检测(Multiple Reaction Monitoring,MRM)。
所述的C1R的标志性肽段是指序列如SEQ ID NO 1所示的轻标内标肽,或者序列相同并且被同位素标记的重标内标肽。
所述的重标内标肽包括一个或多个氨基酸残基被含有一种或多种同位素标记的、与SEQ ID NO 1所示序列相同的多肽。
所述的标志性肽段分子量为2254.518,在溶液中主要呈现二价态。
所述的重标内标肽的二价肽质荷比为1132.58,在溶液中主要呈现二价态,与内源标志性肽段的分子量相差10Da。
所述的测量方法检测来自血清中蛋白质消化物的补体蛋白C1R的肽段片段的含量;所述的表达量是指相对含量或者绝对含量。
所述的蛋白质消化物包括蛋白酶消化物或者胰蛋白酶消化物。
其中,用于检测补体蛋白C1R表达量的生物样品包括血液样品,血液样品,血清/血浆/血液样品,脑脊液样品,唾液样品,流泪样品,腹水样品,淋巴液样品,肺积液样品,细胞或实体组织样品。
所述的实体组织样品包括临床/基础研究中取得的新鲜或福尔马林固定的各种人体组织。
所述的实体组织样品是上皮组织、脏器组织或者神经组织。
所述的测量方法是通过MRM/SRM检测样品中补体蛋白C1R的标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积以及掺入样品的浓度已知的重标同位素内标肽的MRM/SRM特征峰面积性,根据两者峰面积的比例关系,计算出样品中补体蛋白C1R的相对/绝对含量。
所述的对补体蛋白C1R的标志性肽段的MRM/SRM检测,特征峰面积计算是通过检测标志性肽段母离子与其产生的特定子离子碎片组成的母子离子对组合实现的;对重标同位素内标肽的MRM/SRM检测,特征峰面积计算是通过检测重标同位素内标肽母离子与母离子产生的特定子离子碎片组成的母子离子对组合实现的。
所述的标志性肽段的母子离子对组合为1127.58/966.48,1127.58/838.42;重标同位素内标肽的母子离子对组合(Transition)为1132.58/976.49,1132.58/848.43。
所述的质谱采用的模式是选择反应检测或多反应检测。
所述的补体蛋白C1R的MRM/SRM靶向质谱检测的优化后的参数为:去簇电压设为Skyline预测值,Q1/Q3四级杆设为0.7FWHM,喷雾电压2500V,根据喷雾情况而定,帘气25p.s.i,pause设为5ms,dwell time设为50ms。
具体而言,本发明的测定方法包括以下步骤:血清蛋白质的前处理,具体程序包括血清样品的收集,还原烷基化与酶解的MRM/SRM方法开发,具体包括C1R蛋白标志性肽段的设计,同位素内标肽的合成,监测母子离子对的筛选以及LC-MRM条件的优化;临床血清样本中C1R的MRM/SRM检测与数据分析。该方法可辅助皮肤鳞状细胞癌的诊断、检测、病程监测以及预后评估。
在本发明的一个实施例中,本发明首先根据补体蛋白C1R的蛋白质序列,依据一定标准,筛选出一条补体蛋白C1R的标志性肽段。然后合成一段序列与该标志性肽段序列完全一样的重标同位素标记的内标肽。该内标肽含有一种或多种同位素标记的一个或多个氨基酸残基。
本发明对补体蛋白C1R的MRM/SRM检测依赖于串联质谱分析技术。通过串联质谱,靶向检测补体蛋白C1R的标志性肽段以标志性肽段碎裂产生的离子碎片。通过检测标志性肽段与二级质谱中的碎片离子的母子离子对组合(Transition),实现对补体蛋白C1R的MRM/SRM定量检测。
补体蛋白C1R的绝对定量通过MRM/SRM实现。首先需要制作一条标准曲线。配制不同浓度比例的轻标肽与同位素重标肽溶液样品,然后对样品对进行MRM/SRM测试,根据轻标肽特征峰面积/重标肽特征峰面积比率与内标肽浓度/重标肽浓度比率的线性关系,得到标准曲线。然后对待检测样品进行MRM/SRM检测。根据样本中补体蛋白C1R的标志肽的MRM/SRM特征峰面积/重标同位素内标肽MRM/SRM特征峰面积比率与标准曲线,计算得出待检测样本中补体蛋白C1R的标志肽的浓度,进而得知补体蛋白C1R的浓度。
不同样本中补体蛋白C1R的相对定量通过MRM/SRM实现。首先,将已知浓度的内标肽与各个待测样品混合。然后各个样本依次进行MRM/SRM质谱检测,定向检测选定的标志性肽段以及标志性肽段碎裂产生的离子碎片的质谱信号强度。然后将每个待检测样品中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积性比较,得到不同样本中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积的比值,通过这个比值实现不同样本中补体蛋白C1R含量的相对定量。
另一方面,本发明提供了上述测定方法的应用,即用于补体蛋白C1R的检测,相关疾病的诊断、病程监测或者预后评估。
例如,所述的应用是作为皮肤鳞状细胞癌的诊断,病程检测,预后的辅助参考指标。
本发明所述的测定测量基于对补体蛋白C1R的标志性肽段的靶向检测。可进行标志性肽段/补体蛋白C1R的绝对定量以及补体蛋白C1R在不用样本中的相对/定量。
通过MRM/SRM的方法检测病患血液中补体蛋白C1R的含量,可辅助诊断皮肤鳞状细胞癌的发生,并可辅助皮肤鳞状细胞癌进程的监测以及治疗后的预后评估。
该方法不仅可检测血液中的补体蛋白C1R含量,也可用于检测其他临床样本例如血液,组织切片中的补体蛋白C1R含量;进而对皮肤鳞状细胞癌的诊断,病程检测,预后起辅助参考作用。
本发明的优点有:
1)选择的肽段具有代表性,可应用型。结合MRM/SRM定量方法技术体系的目标肽段选择的一般理论判据与实际样本检测到的可选用补体蛋白C1R酶解肽段,最终确定血液中补体蛋白C1R的MRM/SRM靶向定量的标志性肽段序列为TLDEFTIIQNLQPQYQFR(SEQ ID NO1)。本发明合成的重标同位素肽段TLDEFTIIQNLQPQYQFR的理化性质与补体蛋白C1R的目标多肽完全一致,所表现出来的色谱,质谱行为也一致,能校正由基质效应所带来的检测响应值的波动。
2)本发明的方法是专门针对血液中补体蛋白C1R的进行MRM/SRM靶向检测的。LC-MRM的色谱,质谱等一系列参数的优化都是基于能更精准的检测血液中补体蛋白C1R的含量。优化的LC-MRM色谱以及质谱参数等见表2。Nathalie等(Proteomics 2011,11,1135–1147)开发的血液蛋白的MRM/SRM检测方法是为了实现单次MRM/SRM实验同时检测19个蛋白的靶向定量,其色谱,质谱参数的优化设置需要兼顾所有蛋白的定量,但是设置的参数对其中的特定单个蛋白(例如补体蛋白C1R)而言,并不是检测该特定蛋白的最优参数;本发明的方法中,优化的LC-MRM的色谱,质谱等一系列参数能更精准的进行血液补体蛋白C1R的靶向定量。
附图说明
图1:补体蛋白C1R标志性肽段(上)及其重标同位素内标肽(下)的MRM/SRM谱图示例。
图2:补体蛋白C1R绝对定量的标准曲线图。
具体实施方式
此处所描述的具体实施方式仅用解释本发明,并不用于限定本发明。
本发明开发的针对的定量方法首先需要根据补体蛋白C1R的蛋白质序列选择一条补体蛋白C1R的标志性肽段。原则上,使用任何酶切位点特异性已知的酶(例如胰蛋白酶)消化补体蛋白C1R,产生的任何理论上的符合一定条件(8~25氨基酸,尽量避免修饰,酶切时无漏切位点等理论判据)的预测肽段都可作为替代标志性肽段用于补体蛋白C1R的MRM/SRM相对/绝对定量。
但是实际情况是许多来源于补体蛋白C1R的许多潜在肽序列并不适合基于质谱的MRM/SRM测定或测定无效。由于不可能预测最适合的MRM/SRM测定的多肽,必须通过实验,在实际的待检测蛋白样品酶解后的肽段混合物中鉴定到的肽段中选择目标肽段。目标肽段除了符合8~25氨基酸,尽量避免修饰,酶切时无漏切位点等理论判据外,还需要符合较容易离子化,碎裂后碎片离子的质谱响应信号相对较强等特征。综合以上因素,本发明在预先对血液蛋白进行LC-MS/MS分析的基础上,从实际鉴定到的补体蛋白C1R的酶解肽段中选择肽段TLDEFTIIQNLQPQYQFR(SEQ ID NO 1)作为补体蛋白C1R的标志性肽段。
补体蛋白C1R的MRM/SRM相对/绝对定量依赖于串联质谱技术。标志性肽段确定之后,还需要选择选出合适的二级碎片离子进行检测。在串联质谱的一级质谱中,定向检测筛选补体蛋白C1R的标志性肽段,只有标志性肽段能够进入质谱的碎裂室,碰撞产生碎片离子。碎片离子进入二级质谱扫描,产生二级质谱信号。每一个标志性肽段和一个二级碎片离子的组合叫做母子离子对(Transition)。挑选出响应高,出峰好的母-子离子对作为标志性肽段的MRM方法。通过检测标志性肽段与二级质谱中的碎片离子的母子离子对组合(Transition),实现对补体蛋白C1R的定量检测。
质谱对标志性肽段与母子离子对(Transition)的检测主要是通过检测标志性肽段以及二级碎片离子的电荷状态,分子量与所带电荷的比值m/z等信息。本发明选择的标志性肽段以及合成的同位素重标肽段的母离子以及子离子的电荷状态,分子量与所带电荷的比值m/z等信息见表1。标志性肽段MRM/SRM谱图示例如图1所示。
为了得到更精准的定量结果,本发明对MRM/SRM的一些条件进行了优化,主要是肽段碎裂的碰撞能量(Collision Energy,CE)以及色谱梯度。优化后的碰撞能量,色谱梯度等条件见表2。
为了实现补体蛋白C1R的绝对定量,首先需要制作一条标准曲线。配制不同浓度比例的轻标肽与同位素重标肽溶液样品,然后对样品对进行MRM/SRM测试,根据轻标肽特征峰面积/重标肽特征峰面积比率与轻标肽浓度/重标肽浓度比率的线性关系,得到标准曲线。这里所述的轻标肽是指合成的补体蛋白C1R的标志性肽段标准品,重标肽是指合成的序列与补体蛋白C1R的标志性肽段序列一样,但是其中的一个或多个氨基酸残基被一种或多种同位素标记的肽段。轻标肽与重标肽的氨基酸序列,被同位素标记的氨基酸残基,分子量,质谱分析中的质荷比(m/z)等信息见表1。测得的标准曲线图见图2。
不同样本中补体蛋白C1R的相对定量也通过MRM/SRM实现。首先,将已知浓度的内标肽与各个待测样品混合。然后各个样本依次进行MRM/SRM质谱检测,定向检测选定的标志性肽段以及标志性肽段碎裂产生的离子碎片的质谱信号强度。然后将每个待检测样品中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积性比较,得到不同样本中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积的比值,通过这个比值实现不同样本中补体蛋白C1R含量的相对定量。
本发明可用于辅助诊断皮肤鳞状细胞癌的发生,并可辅助皮肤鳞状细胞癌进程的监测以及治疗后的预后评估,也可用于检测其他临床样本例如血液,组织切片中的补体蛋白C1R含量;进而对皮肤鳞状细胞癌的诊断,病程检测,预后起辅助参考作用。
实施例1 样品前处理
每个血液样本吸取等量血液,依次进行如下操作,得到较纯净的尿蛋白胰酶酶解产物。每个血液样品进行完全平行,一致的操作,保证最终数据结果的可比性。
a)取等体积血液样本进行蛋白质的收集,纯化。体检人血液、静置两小时,室温凝结,收取血清,分装置-80℃冰箱保存。本研究所有入组患者均签署书面知情同意书,实验设计经中山医院伦理委员会审查批准。
b)血清经过4℃,12000rpm离心30min,取澄清部分血清,取5uL用TEAB稀释20倍,再取稀释后的血清5uL进后续处理。
c)取各组样品5ul进行如下处理:加入1mol/L的碳酸氢铵溶液至终浓度为50mmol/L。加入还原试剂二硫苏糖醇至终浓度10mmol/L,37度反应1小时。加入半胱氨酸封闭试剂碘乙酰胺至终浓度30mmol/L,37度避光反应45分钟。
d)按照酶:蛋白质=1:50的比例加入trypsin酶(Sigmaco.),37℃酶解过夜。终止酶解后,C18柱除盐,冻干,-20℃备用。
e)上样前用等体积含25fmol大肠杆菌BG蛋白质酶解物和0.1%的甲酸溶解液溶液溶解。
实施例2 标志性肽段以及标志性肽段质谱分析离子对的确定
标志性肽根据实际样品LC-MS/MS检测到的补体蛋白C1R的酶解肽段,结合一定理论判据(8-25氨基酸,尽量避免修饰,酶切时无漏切位点等),以及肽段的离子化程度,碎裂后碎片离子的二级质谱信号的强弱等情况,选择合适的肽段作为补体蛋白C1R的标志性肽段。用SKYLINE软件计算出每个肽段的二价离子的m/z(分子量/价态),以及每个二价离子的碎片离子的m/z。挑选出400-1200之间的碎片离子,再从中挑选出响应高,出峰好的母-子离子对作为目标肽段的MRM方法。选择的目标肽段,母子离子对等信息见表1。标志性肽段MRM/SRM谱图示例如图1。
实施例3 LC-MRM参数优化
主要是碰撞能量以及色谱梯度的优化。优化后的LC-MRM参数:QTRAQ 6500质谱仪,Eksigent nano 1D plus液相色谱,C18色谱柱(75μmi.d.×15cm,C18 3μm)。去簇电压设为84.4,Q1/Q3四级杆设为0.7FWHM,喷雾电压2100V,帘气20p.s.i。每次离子对的停留时间设置为50ms。酶解肽段用0.1%甲酸溶液溶解成1ug/ul的溶液;色谱梯度为:0~3min,5%B,47min上升至40%B,48min上升至80%B,保持80% B到50min,51min回到5%B,然后保持60min。去簇电压设为Skyline预测值,Q1/Q3四级杆设为0.7FWHM,喷雾电压2500V,根据喷雾情况而定,帘气25p.s.i,pause设为5ms,dwell time设为50ms。具体参数信息见表2。
实施例4 标准曲线测定
配制不同浓度比例的轻标肽与同位素重标肽混合溶液样品,然后对溶液样品对进行MRM/SRM测试,根据轻标肽特征峰面积/重标肽特征峰面积比率与轻标肽浓度/重标肽浓度比率的线性关系,得到标准曲线。测得的标准曲线图见图2。
实施例5 样本质谱检测
LC-MRM参数设置好之后,进行实际样品MRM测试。取蛋白酶解肽段样品,用15ul2%乙腈溶液溶解,样品中加入浓度已知的同位素重标内标肽,充分混合。每次上样6ul。采集到的MRM数据导入Skyline分析,进行MRM色谱峰确认,导出不同样品中每个肽段的MRM峰面积。
实施例6 样本补体蛋白C1R的绝对定量
根据Skyline软件导出的检测肽段的MRM峰面积以及标准曲线,计算样品中补体蛋白C1R的绝对含量。
实施例7 样本补体蛋白C1R的相对定量
质谱上机检测后,利用Skyline软件,将每个待检测样品中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积性比较,得到不同样本中补体蛋白C1R内源标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积与掺入的内标肽的MRM/SRM特征峰面积的比值,通过这个比值实现不同样本中补体蛋白C1R含量的相对定量。可以比较不同类型样本之间补体蛋白C1R的相对定量,并进行统计学分析,分析不同类型样本之间补体蛋白C1R的相关性。
本发明实施例中使用的相关参数如下:
表1:选择的C1R蛋白的标志性肽段以及合成的同位素重标肽段的母离子以及子离子的电荷状态,分子量与所带电荷的比值m/z等信息。
。
表2:优化后的LC-MRM的色谱,质谱等参数信息。
。
SEQUENCE LISTING
<110> 复旦大学
<120> 一种补体蛋白C1R表达量的测量方法
<130> 20200418
<160> 1
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 18
<212> PRT
<213> Artificial
<400> 1
Thr Leu Asp Glu Phe Thr Ile Ile Gln Asn Leu Gln Pro Gln Tyr Gln
1 5 10 15
Phe Arg
Claims (20)
1.一种补体蛋白C1R表达量的测量方法,其特征在于,使用补体蛋白C1R的标志性肽段检测肽段片段的含量;所述的C1R的标志性肽段包括序列如SEQ ID NO 1所示的肽段。
2.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的测量方法包括使用质谱测定。
3.如权利要求2所述的测量方法,其特征在于,所述的质谱包括三重四级杆质谱,Q-TOF质谱,串联离子阱质谱,MALDI-TOF质谱或者QE-Orbitrap质谱。
4.如权利要求2所述的测量方法,其特征在于,所述的质谱采用的模式是选择反应检测或多反应检测。
5.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的C1R的标志性肽段是指序列如SEQID NO 1所示的轻标内标肽,或者序列相同并且被同位素标记的重标内标肽。
6.如权利要求5所述的测量方法,其特征在于,所述的重标内标肽包括一个或多个氨基酸残基被含有一种或多种同位素标记的、与SEQ ID NO 1所示序列相同的多肽。
7.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的标志性肽段分子量为2254.518,在溶液中主要呈现二价态。
8.如权利要求5所述的测量方法,其特征在于,所述的重标内标肽的二价肽质荷比为1132.58,在溶液中主要呈现二价态,与内源标志性肽段的分子量相差10Da。
9.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的测量方法检测来自血清中蛋白质消化物的补体蛋白C1R的肽段片段的含量;所述的表达量是指相对含量或者绝对含量。
10.如权利要求9所述的测量方法,其特征在于,所述的蛋白质消化物包括蛋白酶消化物或者胰蛋白酶消化物。
11.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,用于检测补体蛋白C1R表达量的生物样品包括血液样品,血液样品,血清/血浆/血液样品,脑脊液样品,唾液样品,流泪样品,腹水样品,淋巴液样品,肺积液样品,细胞或实体组织样品。
12.如权利要求11所述的测量方法,其特征在于,所述的实体组织样品包括临床/基础研究中取得的新鲜或福尔马林固定的各种人体组织。
13.如权利要求11所述的测量方法,其特征在于,所述的实体组织样品是上皮组织、脏器组织或者神经组织。
14.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的测量方法是通过MRM/SRM检测样品中补体蛋白C1R的标志性肽段的MRM/SRM特征峰面积以及掺入样品的浓度已知的重标同位素内标肽的MRM/SRM特征峰面积性,根据两者峰面积的比例关系,计算出样品中补体蛋白C1R的相对/绝对含量。
15.如权利要求14所述的测量方法,其特征在于,所述的对补体蛋白C1R的标志性肽段的MRM/SRM检测,特征峰面积计算是通过检测标志性肽段母离子与其产生的特定子离子碎片组成的母子离子对组合实现的;对重标同位素内标肽的MRM/SRM检测,特征峰面积计算是通过检测重标同位素内标肽母离子与母离子产生的特定子离子碎片组成的母子离子对组合实现的。
16.如权利要求15所述的测量方法,其特征在于,所述的标志性肽段的母子离子对组合为1127.58/966.48,1127.58/838.42;重标同位素内标肽的母子离子对组合为1132.58/976.49,1132.58/848.43。
17.如权利要求1所述的测量方法,其特征在于,所述的补体蛋白C1R的MRM/SRM靶向质谱检测的优化后的参数为:去簇电压设为Skyline预测值,Q1/Q3四级杆设为0.7FWHM,喷雾电压2500V,根据喷雾情况而定,帘气25p.s.i,pause设为5ms,dwell time设为50ms。
18.如权利要求1-17中任意一项所述的测量方法,其特征在于,所述的测量方法包括以下步骤:血清蛋白质的前处理,MRM/SRM方法开发,样本中C1R的MRM/SRM检测与数据分析。
19.权利要求1-18中任一项所述测量方法在制备用于补体蛋白C1R的检测,相关疾病的诊断、病程监测或者预后评估制品中的用途。
20.如权利要求19所述的用途,其特征在于,所述的制品中包括作为皮肤鳞状细胞癌的诊断,病程检测,预后的辅助参考指标。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010312780.9A CN113533547A (zh) | 2020-04-20 | 2020-04-20 | 一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010312780.9A CN113533547A (zh) | 2020-04-20 | 2020-04-20 | 一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN113533547A true CN113533547A (zh) | 2021-10-22 |
Family
ID=78123639
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202010312780.9A Pending CN113533547A (zh) | 2020-04-20 | 2020-04-20 | 一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN113533547A (zh) |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20140287950A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Sera Prognostics, Inc. | Biomarkers and methods for predicting preterm birth |
-
2020
- 2020-04-20 CN CN202010312780.9A patent/CN113533547A/zh active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20140287950A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-25 | Sera Prognostics, Inc. | Biomarkers and methods for predicting preterm birth |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
WEI-QIAN CAO ET AL.: "Straightforward and Highly Efficient Strategy for Hepatocellular Carcinoma Glycoprotein Biomarker Discovery Using a Nonglycopeptide-Based Mass Spectrometry Pipeline", 《ANAL. CHEM.》 * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US8945511B2 (en) | Sensitive methods for detecting the presence of cancer associated with the over-expression of galectin-3 using biomarkers derived from galectin-3 | |
US20170248608A1 (en) | Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) Protein SRM Assay | |
CN110799841B (zh) | 用于检测大肠癌的生物标志物 | |
JP2009540319A (ja) | 質量分析バイオマーカーアッセイ | |
Yan et al. | Index-ion triggered MS2 ion quantification: a novel proteomics approach for reproducible detection and quantification of targeted proteins in complex mixtures | |
JP5731539B2 (ja) | インスリン様増殖因子1受容体(igf−1r)タンパク質srm/mrmアッセイ | |
US20150369818A1 (en) | Her3 protein srm/mrm assay | |
US20190265252A1 (en) | SRM/MRM Assay For The Tyrosine-Protein Kinase Receptor UFO (AXL) Protein | |
US20160349265A1 (en) | Insulin Receptor Substrate 1 (IRS1) Protein SRM/MRM Assay | |
CN113533546A (zh) | 一种测量补体蛋白c3表达量的方法 | |
US20140336281A1 (en) | SRM/MRM Assay for the Ephrin Typa-A Receptor 2 Protein | |
CN113533547A (zh) | 一种补体蛋白c1r表达量的测量方法 | |
WO2015074048A1 (en) | Measurement of gamma-carboxylation of proteins | |
US9362094B2 (en) | Biomarkers for determining breast cancer bone metastasis | |
US9733253B2 (en) | Secreted protein acidic and rich in cysteine (SPARC) protein SRM assay | |
RU2789503C1 (ru) | Способ количественного мультиплексного анализа альфа-2-макроглобулина, фетуина А и сывороточного амилоида А1 как факторов воспаления в сыворотке крови с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии | |
Somiari et al. | A colorimetric method for monitoring tryptic digestion prior to shotgun proteomics | |
CN113866312B (zh) | Pirin同源蛋白的特征肽及其应用 | |
WO2013166343A2 (en) | Mrm-ms signature assay | |
US20210246085A1 (en) | Methods and Systems for Measuring Plasma Renin Activity | |
AU2012318567B2 (en) | SRM/MRM assay for the receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 protein (HER4) | |
HW Dekkers et al. | Application of proteomics in cardiovascular research | |
CN116818877A (zh) | 一种irak4表达量的测量方法 | |
Birukou et al. | The Analysis of unintended open reading frame ORF-130 expression in maize event MZIR098 by LC-MS as part of the allergenicity risk assessment of genetically modified crops | |
CN116256520A (zh) | 脑脊液penk试剂盒及其在髓母细胞瘤转移检测预判中的应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |