CN113439213A - 用于诊断卵巢癌的生物标志物 - Google Patents

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Abstract

本文阐述的了可用于诊断疾病和疾患，如但不限于癌症(例如，卵巢)、自身免疫性疾病、纤维化和衰老疾患的糖肽生物标志物。本文还阐述了产生糖肽生物标志物的方法和使用质谱来分析糖肽的方法。本文还阐述了使用机器学习算法来分析糖肽的方法。

Description

用于诊断卵巢癌的生物标志物
相关申请的交叉引用
本申请要求于2019年2月1日提交的美国临时专利申请号62/800,323的优先权和权益，所述临时专利申请的全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。
技术领域
本公开涉及糖蛋白质组学生物标志物，包括但不限于聚糖、肽和糖肽，以及将这些生物标志物与质谱一起使用和用于临床应用中的方法。
背景技术
已经描述了糖基化的变化与疾病状态(如癌症)的关系。参见例如，Dube,D.H.；Bertozzi,C.R.Glycans in Cancer and Inflammation-Potential for Therapeuticsand Diagnostics.Nature Rev.Drug Disc.2005,4,477-88，其全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。然而，尚未充分证明用于基于来自患者的样品中的糖基化变化来诊断此患者的癌症(如卵巢癌)的临床上相关的非侵入性测定。
例如，用于诊断卵巢癌的常规临床测定包括通过酶联免疫吸附测定(ELISA)测量患者血液中蛋白质CA 125(癌症抗原125)的量。然而，ELISA的灵敏度和精度有限。例如，ELISA仅测量ng/mL范围内的浓度的CA 125。由于无法在显著高于或低于该浓度范围的浓度下测量生物标志物，这种狭窄的测量范围限制该测定的相关性。此外，CA 125 ELISA测定在可测定的样品类型方面受到限制。由于缺乏更精确且灵敏的测试，在其他方面可能被诊断患有卵巢癌的患者不会且因此无法得到适当的后续医疗护理。
作为替代方案，质谱(MS)提供对包括糖肽在内的癌症特异性生物标志物的灵敏且精确的测量。参见例如，Ruhaak,L.R.,等人,Protein-Specific DifferentialGlycosylation of Immunoglobulins in Serum of Ovarian Cancer Patients DOI:10.1021/acs.jproteome.5b01071；J.Proteome Res.,2016,15,1002-1010(2016)；还参见Miyamoto,S.,等人,Multiple Reaction Monitoring for the Quantitation of SerumProtein Glycosylation Profiles:Application to Ovarian Cancer,DOI:10.1021/acs.jproteome.7b00541,J.Proteome Res.2018,17,222-233(2017)，其全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。然而，迄今为止，尚未以临床相关的方式证明使用MS来诊断癌症(一般而言，或具体而言卵巢癌)。
所需要的是新的生物标志物以及使用这些生物标志物使用MS来诊断疾病状态如癌症的新方法。在下文的公开内容中，本文阐述了包含聚糖、肽和糖肽以及其片段的此类生物标志物，以及使用所述生物标志物与MS来诊断卵巢癌的方法。
发明内容
在一个实施方案中，本文阐述了一种由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列以及它们的组合组成的糖肽或肽。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种基本上由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列以及它们的组合组成的糖肽或肽。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于检测一种或多种MRM转变的方法，所述方法包括：从患者获得生物样品；使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；以及检测选自由本文所述的转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括：通过质谱(MS)定量样品中的一种或多种糖肽，其中所述糖肽各自在每种情况下单独包含基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；以及将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述样品的分类。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于对生物样品进行分类的方法，所述方法包括：从患者获得生物样品；使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；检测选自由转变1-150组成的组的MRM转变；以及定量所述糖肽；将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述生物样品进行分类。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于治疗患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使所述样品中的一种或多种糖肽消化和/或片段化；以及检测和定量选自由转变1-150组成的组的一种或多种多反应监测(MRM)转变；将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述患者进行分类，其中所述分类选自由以下组成的组：(A)需要化学治疗剂的患者；(B)需要免疫治疗剂的患者；(C)需要激素疗法的患者；(D)需要靶向治疗剂的患者；(E)需要手术的患者；(F)需要新辅助疗法的患者；(G)在手术前需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；(H)在手术后需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；(I)或它们的组合；向所述患者施用治疗有效量的治疗剂：其中如果确定分类A或I，则所述治疗剂选自化学疗法；其中如果确定分类B或I，则所述治疗剂选自免疫疗法；或者其中如果确定分类C或I，则所述治疗剂选自激素疗法；或者其中如果确定分类D或I，则所述治疗剂选自靶向疗法；其中如果确定分类F或I，则所述治疗剂选自新辅助疗法；其中如果确定分类G或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合；并且其中如果确定分类H或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于训练机器学习算法的方法，所述方法包括：提供指示包含糖肽的样品的MRM转变信号的第一数据集，所述糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；提供指示对照样品的MRM转变信号的第二数据集；以及使用机器学习算法将所述第一数据集与所述第二数据集进行比较。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱以检测和定量一种或多种糖肽，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；或检测和定量选自转变1-150的一个或多个MRM转变；将所述检测到的糖肽或所述MRM转变的定量输入训练模型中以生成输出概率，确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述患者的诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。在一些实例中，所述方法包括使用利用QQQ的MRM-MS进行所述生物样品的质谱。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种包含糖肽标准品、缓冲剂和一种或多种糖肽的试剂盒，所述一种或多种糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
附图说明
图1至14使用聚糖的符号命名法(SNFG)系统示出聚糖化学结构。每种聚糖结构都与聚糖参考代码相关联。
图15和16示出通过质谱检测转变1-150的工作流程。
图17至19示出通过质谱检测转变1-150而获得的质谱数据的机器学习峰值定量分析。
图20是用于测量良性和恶性卵巢癌样品中的CA 125蛋白的ELISA结果的图，如实施例3中所阐述。
图21是良性和恶性卵巢癌样品中患癌症概率的图，如实施例4中所阐述。
本专利或申请文件含有至少一幅彩色绘制的附图。在阐述请求并支付必要的费用后，本事务所将提供具有一张或多张彩色附图的本专利或专利申请公布的副本。
具体实施方式
提供以下描述以使得本领域的普通技术人员能够在特定应用的情形下制造和使用本发明。不同应用中的各种修改以及多种用法将对本领域的普通技术人员是显而易见的，并且可将本文定义的一般原理应用到宽范围的实施方案。因此，本文的发明不意图限于所提供的实施方案，而是根据与本文公开的原理和新颖特征一致的它们的最宽广范围。
本说明书(包括任何随附的权利要求、摘要以及图式)中所公开的所有特征可以由用于相同、等价或类似目的替代特征替换，除非另有明确规定。因此，除非另有明确规定，否则所公开的每个特征仅是一系列通用等效或类似特征的一个实例。
请注意，如果使用的话，使用标签左、右、前、后、顶部、底部、向前、反向、顺时针以及逆时针仅出于方便目的，并且不意图暗示任何特定的固定方向。相反，它们是用来反映一个物体的不同部分之间的相对位置和/或方向。
I.综述
本公开提供了用于对生物样品中的聚糖进行谱分析、检测和/或定量的方法和组合物。在一些实例中，聚糖和糖肽组被描述用于诊断和筛选患有卵巢癌的患者。在一些实例中，聚糖和糖肽组被描述用于诊断和筛选患有癌症、自身免疫性疾病或纤维化的患者。
使用质谱来分析生物样品的某些技术是已知的。参见，例如，2018年10月18日作为国际专利申请号PCT/US2018/56574提交且标题为IDENTIFICATION AND USE OFBIOLOGICAL PARAMETE RS FOR DIAGNOSIS AND TREATMENT MONITORING的国际P CT专利申请公布号WO2019079639A1，其全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。还参见2018年8月31日作为美国专利申请号16/120,016提交且标题为IDENTIFICATION AND USEOF GL YCOPEPTIDES AS BIOMARKERS FOR DIAGNOSIS AND TREA TMENT MONITORING的美国专利申请公布号US20190101544A1，其全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。
II.定义
除非上下文另外清楚地指示，否则如本文所用，单数形式“一个/种(a/an)”和“所述”包括复数个指示物。
如本文所用，短语“生物样品”是指从生物体来源、获得、产生、提供、取得或移除的样品；或来自生物体的体液或组织。生物样品包括但不限于滑液、全血、血清、血浆、尿液、痰、组织、唾液、眼泪、脊髓液、通过活检获得的组织切片；置于或适于组织培养的细胞；汗液、粘液、粪便、胃液、腹水、羊水、囊液、腹膜液、胰液、母乳、肺灌洗液、骨髓、胃酸、胆汁、精液、脓液、房水、渗出液等，包括前述物质的衍生物、部分和组合。在一些实例中，生物样品包括但不限于血液和/或血浆。在一些实例中，生物样品包括但不限于尿液或粪便。生物样品包括但不限于唾液。生物样品包括但不限于组织解剖物和组织活检物。生物样品包括但不限于上述生物样品的任何衍生物或部分。
如本文所用，术语“聚糖”是指糖缀合物的碳水化合物残基，如糖肽、糖蛋白、糖脂或蛋白聚糖的碳水化合物部分。
如本文所用，术语“糖型”是指具有特定结构的附着聚糖的蛋白质的独特一级、二级、三级和四级结构。
如本文所用，术语“糖肽”是指具有与其键合的至少一个聚糖残基的肽。
如本文所用，短语“糖基化肽”是指与聚糖残基键合的肽。
如本文所用，短语“糖肽片段”或“糖基化肽片段”是指具有与糖基化蛋白质的部分(但不是全部)氨基酸序列相同的氨基酸序列的糖基化肽(或糖肽)，通过消化，例如用一种或多种蛋白酶消化或通过片段化，例如在MRM-MS仪器内的离子片段化从所述糖基化蛋白质获得所述糖基化肽。MRM是指多反应监测。
如本文所用，短语“多反应监测质谱(MRM-MS)”是指用于生物样品中聚糖和肽的靶向定量的高灵敏度和选择性方法。与传统质谱法不同，MRM-MS具有高度选择性(靶向性)，从而允许研究人员微调仪器以专门寻找某些目标肽片段。MRM允许目标肽片段(如潜在生物标志物)的更高灵敏度、特异性、速度和定量。MRM-MS涉及使用三重四极(QQQ)质谱仪和四极飞行时间(qTOF)质谱仪中的一种或多种。
如本文所用，短语“使糖肽消化”是指使用酶破坏特定氨基酸肽键的生物过程。例如，使糖肽消化包括使糖肽与消化酶例如胰蛋白酶接触以产生糖肽的片段。在一些实例中，蛋白酶用于使糖肽消化。术语“蛋白酶”是指进行蛋白质水解或将大肽分解为更小的多肽或单独氨基酸的酶。蛋白酶的实例包括但不限于丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、金属蛋白酶、天冬酰胺肽裂解酶以及前述的任何组合中的一者或多者。
如本文所用，短语“使糖肽片段化”是指在MRM-MS仪器中发生的离子片段化过程。片段化可产生具有相同质量但在电荷方面不同的各种片段。
如本文所用，术语“受试者”是指哺乳动物。哺乳动物的非限制性实例包括人、非人灵长类动物、小鼠、大鼠、狗、猫、马或牛等。除人以外的哺乳动物可有利地用作代表疾病、疾病前期或疾病前期状况的动物模型的受试者。受试者可为雄性或雌性。然而，在诊断卵巢癌的背景下，除非另有明确说明，否则受试者为雌性。受试者可以是先前已被鉴定为患有疾病或疾患，并且任选地已经进行或正在进行用于所述疾病或疾患的治疗干预的受试者。或者，受试者也可以是先前未被诊断为患有疾病或疾患的受试者。例如，受试者可以是表现出疾病或疾患的一种或多种风险因素的受试者，或者是不表现出疾病风险因素的受试者，或者是对疾病或疾患无症状的受试者。受试者还可以是患有疾病或疾患或处于发展疾病或疾患的风险的受试者。
如本文所用，术语“患者”是指哺乳动物受试者。哺乳动物可以是人或动物，包括但不限于马、猪、犬、猫、有蹄类动物和灵长类动物。在一个实施方案中，个体是人。本文所述的方法和用途可用于医学和兽医用途。除非另有说明，否则“患者”是人受试者。
如本文所用，除非另有说明，否则“肽”意在包括糖肽。
如本文所用，短语“多反应监测(MRM)转变”是指当糖肽或其片段通过MRM-MS检测时观察到的质荷(m/z)峰或信号。MRM转变被检测为前体离子和产物离子的转变。
如本文所用，短语“检测多反应监测(MRM)转变”是指质谱仪使用串联质谱仪离子片段化方法分析样品并鉴定样品中离子片段的质荷比的过程。这些鉴定的质荷比的绝对值被称为转变。在本文所述方法的上下文中，质荷比转变是指示聚糖、肽或糖肽离子片段的值。对于本文所述的一些糖肽，存在单个转变峰或信号。对于本文所述的一些其他糖肽，存在多于一个转变峰或信号。有关MRM质谱的背景信息可在Introduction to MassSpectrometry:Instrumentation,Applications,and Strategies for DataInterpretation,第4版,J.Throck Watson,O.David Sparkman,ISBN:978-0-470-51634-8,2007年11月中，所述文献的全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。
如本文所用，短语“检测指示糖肽的多反应监测(MRM)转变”是指其中检测MRM-MS转变、然后与糖肽或其片段的计算的质荷比(m/z)进行比较以鉴定糖肽的MS过程。在本文的一些实例中，如果那些糖肽具有相同的MRM-MS片段化模式，则单个转变可指示两种或更多种糖肽。转变峰或信号包括但不限于，本文中阐述的那些与根据表1-5，例如表1、表2、表3、表4、表5或它们的组合基本上由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列以及它们的组合组成的糖肽相关。转变峰或信号包括但不限于，本文中阐述的那些与根据表1-5，例如表1、表2、表3、表4、表5或它们的组合由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列以及它们的组合组成的糖肽相关。
如本文所用，术语“参考值”是指从疾病状态已知的个体群体获得的值。参考值可在n维特征空间中并且可由最大间隔超平面定义。可根据本领域技术人员熟知的标准方法确定任何特定群体、亚群体或个体组的参考值。
如本文所用，术语“个体群体”是指一个或多个个体。在一个实施方案中，个体群体由一个个体组成。在一个实施方案中，个体群体包括多个个体。如本文所用，术语“多个”是指至少2个(例如至少4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28或30)个个体。在一个实施方案中，个体群体包括至少10个个体。
如本文所用，术语“治疗(treatment)”或“治疗(treating)”是指对受试者如哺乳动物的疾病或疾患的任何治疗，包括：1)预防或防御疾病或疾患，即使临床症状不发展；2)抑制疾病或疾患，即遏制或抑制临床症状的发展；和/或3)缓解疾病或疾患，即使临床症状消退。治疗可包括向有需要的受试者施用治疗剂。
在本文中，聚糖在图1-15中使用聚糖的符号命名法(SNFG)示出以说明聚糖。该图示系统的解释可在互联网上在www.ncbi.nlm.nih.gov/glycans/snfg.html获得，其全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。聚糖图形表示的符号命名法公开于Glycobiology 25:1323-1324,2015中，其可在互联网上在doi.org/10.1093/glycob/cwv091获得。示出SNFG系统的说明的另外信息是。在该系统中，术语Hex_i:解释如下：i表示绿色圆圈(甘露糖)的数量和黄色圆圈(半乳糖)的数量。术语HexNAC_j使用j表示蓝色方块(GlcNAC)的数量。术语Fuc_d使用d来表示红色三角形(岩藻糖)的数量。术语Neu5AC_l使用l来表示紫色菱形(唾液酸)的数量。本文使用的聚糖参考代码将这些i、j、d和l项组合起来，形成复合的4-5个数字的聚糖参考代码，例如5300或5320。例如，图1中的聚糖3200和3210均包含3个绿色圆圈(甘露糖)、2个蓝色方块(GlcNAC)且没有紫色菱形(唾液酸)，但不同之处在于聚糖3210还包含1个红色三角形(岩藻糖)。
III.生物标志物
本文阐述了生物标志物。这些生物标志物可用于多种应用，包括但不限于诊断疾病和疾患。例如，本文所述的某些生物标志物或它们的组合可用于诊断卵巢癌。在一些其他实例中，本文所述的某些生物标志物或它们的组合可用于诊断和筛选患有癌症、自身免疫性疾病或纤维化的患者。在一些实例中，本文所述的生物标志物或它们的组合可用于对患者进行分类，以使得患者接受适当的医学治疗。在一些其他实例中，本文所述的生物标志物或它们的组合可用于通过例如鉴定用于治疗患者的治疗剂来治疗或改善患者的疾病或疾患。在一些其他实例中，本文所述的生物标志物或它们的组合可用于确定患者地治疗的预后或治疗方案的成功或存活的可能性。
在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中基本上由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ IDNO:1-262的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，如下文所述，通过分析MS结果来确定糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，使用机器学习分析MS结果。
在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中基本上由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，如下文所述，通过分析MS结果来确定糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，使用机器学习分析MS结果。
在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中基本上由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，如下文所述，通过分析MS结果来确定糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，使用机器学习分析MS结果。
在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中基本上由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，通过MS对来自患者的样品进行分析，并且结果用于确定所述样品中由或基本上由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成的糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，如下文所述，通过分析MS结果来确定糖肽的存在、绝对量和/或相对量。在一些实例中，使用机器学习分析MS结果。
本文阐述了选自聚糖、肽、糖肽、其片段以及它们的组合的生物标志物。在一些实例中，糖肽由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列组成。
本文阐述了选自聚糖、肽、糖肽、其片段以及它们的组合的生物标志物。在一些实例中，糖肽由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的氨基酸序列组成。
本文阐述了选自聚糖、肽、糖肽、其片段以及它们的组合的生物标志物。在一些实例中，糖肽由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194的氨基酸序列组成。
本文阐述了选自聚糖、肽、糖肽、其片段以及它们的组合的生物标志物。在一些实例中，糖肽由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196的氨基酸序列组成。
a.O-糖基化
在一些实例中，本文所述的糖肽包括O-糖基化肽。这些肽包括其中聚糖通过氨基酸的氧原子与肽键合的糖肽。通常，聚糖所键合的氨基酸是苏氨酸(T)或丝氨酸(S)。在一些实例中，聚糖所键合的氨基酸是苏氨酸(T)。在一些实例中，聚糖所键合的氨基酸是丝氨酸(S)。
在某些实例中，O-糖基化肽包括来自选自载脂蛋白C-III(APOC3)、α-2-HS-糖蛋白(FETUA)以及它们的组合的那些肽。在某些实例中，本文所述的O-糖基化肽是载脂蛋白C-III(APOC3)肽。在某些实例中，本文所述的O-糖基化肽是α-2-HS-糖蛋白(FETUA)。
b.N-糖基化
在一些实例中，本文所述的糖肽包括N-糖基化肽。这些肽包括其中聚糖通过氨基酸的氮原子与肽键合的糖肽。通常，聚糖所键合的氨基酸是天冬酰胺(N)或精氨酸(R)。在一些实例中，聚糖所键合的氨基酸是天冬酰胺(N)。在一些实例中，聚糖所键合的氨基酸是精氨酸(R)。
在某些实例中，N-糖基化肽包括选自由以下组成的组的成员：α-1-抗胰蛋白酶(A1AT)、α-1B-糖蛋白(A1BG)、富含亮氨酸的α-2-糖蛋白(A2GL)、α-2-巨球蛋白(A2MG)、α-1-抗胰凝乳蛋白酶(AACT)、Afamin(AFAM)、α-l-酸性糖蛋白1和2(AGP12)、α-1-酸性糖蛋白1(AGP1)、α-l-酸性糖蛋白2(AGP2)、载脂蛋白A-I(APOA1)、载脂蛋白B-100(APOB)、载脂蛋白D(APOD)、β-2-糖蛋白-1(APOH)、载脂蛋白M(APOM)、引诱素(ATRN)、钙蛋白酶-3(CAN3)、血浆铜蓝蛋白(CERU)、补体因子H(CFAH)、补体因子I(CFAI)、丛生蛋白(CLUS)、补体C3(CO3)、补体C4-A和B(CO4A和CO4B)、补体组分C6(CO6)、补体组分C8A链(CO8A)、凝血因子XII(FA12)、触珠蛋白(HPT)、富含组氨酸的糖蛋白(HRG)、免疫球蛋白重链恒定α1和2(IgA12)、免疫球蛋白重链恒定α2(IgA2)、免疫球蛋白重链恒定γ2(IgG2)、免疫球蛋白重链恒定μ(IgM)、间α-胰蛋白酶抑制剂重链H1(ITIH1)、血浆激肽释放酶(KLKB1)、激肽原-1(KNG1)、血清对氧磷酶/芳基酯酶1(PON1)、硒蛋白P(SEPP1)、凝血酶原(THRB)、血清转铁蛋白(TRFE)、甲状腺素运载蛋白(TTR)、蛋白unc-13同源物A(UN13A)、玻连蛋白(VTNC)、锌-α-2-糖蛋白(ZA2G)、胰岛素样生长因子-II(IGF2)、载脂蛋白CI(APOC1)以及它们的组合。
c.肽和糖肽
在一些实例中，本文阐述了由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，本文阐述了基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:1的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽包含聚糖6501或6520或两者，其中所述聚糖与残基107键合。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_107_6501/6520。在本文中，A1AT是指α-1-抗胰蛋白酶。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:2的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基107处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_107_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:3的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_271_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:4的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_271_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:5的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_271MC_5402。在本文中，“MC”是指胰蛋白酶消化的错误裂解。错误裂解肽包括选自SEQ ID NO:5的氨基酸序列，但还包括非通过胰蛋白酶消化的方式裂解的另外残基。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:6的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基70处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_70_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:7的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基70处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是A1AT-GP001_70_5412。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:8的氨基酸序列。在一些实例中，糖肽是QuantPep-A1AT-GP001。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:9的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基179处包含聚糖5421或5402或两者。在一些实例中，糖肽是A1BG-GP002_179_5421/5402。在本文中，当在两个聚糖之间用正斜杠(/)叙述两个聚糖时，这意味着除非另外明确说明，否则质谱方法不能区分这两个聚糖，例如，因为它们具有共同的质荷比。除非另有说明，否则5421/5402表示存在聚糖5421或5402。聚糖5421/5402的量的定量包括聚糖5421的检测量以及聚糖5402的检测量的总和。在本文中A1BG是指α-1B-糖蛋白。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:10的氨基酸序列。在一些实例中，肽是pep-A2GL-GP003。在本文中，A2GL是指富含亮氨酸的α-2-糖蛋白。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:11的氨基酸序列。在一些实例中，糖肽是QuantPep-A2GL-GP003。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:12的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402。在本文中，A2MG是指α-2-巨球蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:13的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:14的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402_z3。在本文中，z3是指检测到的糖肽片段的电荷状态(即+3)。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:15的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402_z3。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:16的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402_z5。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:17的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1424处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_1424_5402_z5。在本文中，z5是指检测到的糖肽片段的电荷状态(即+5)。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:18的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基247处包含聚糖5200。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_247_5200。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:19的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基247处包含聚糖5200。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_247_5200。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:20的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基247处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_247_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:21的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基247处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_247_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:22的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基55处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_55_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:23的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基55处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_55_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:24的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:25的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:26的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:27的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:28的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖6301。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_6301。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:29的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基869处包含聚糖6301。在一些实例中，糖肽是A2MG-GP004_869_6301。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:30的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖7602。在一些实例中，糖肽是AACT-GP005_271_7602。在本文中，AACT是指α-1-抗胰凝乳蛋白酶。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:31的氨基酸序列。在一些实例中，糖肽是QuantPep-AACT-GP005。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:32的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是AFAM-GP006_33_5402。在本文中，AFAM是指Afamin。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:33的氨基酸序列。在一些实例中，糖肽是QuantPep-AFAM-GP006。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:34的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_6503。在本文中，AGP12是指α-l-酸性糖蛋白1和2。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:35的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖7601。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_7601。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:36的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖7602。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_7602。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:37的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖7603。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_7603。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:38的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖7613。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_7613。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:39的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基72MC处包含聚糖7614。在一些实例中，糖肽是AGP12-GP007&008_72MC_7614。
在某些实例中，肽包含选自SEQ ID NO:40的氨基酸序列。在一些实例中，糖肽是QuantPep-AGP12-GP007&008。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:41的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_6513。在本文中，AGP1是指α-l-酸性糖蛋白1。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:42的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:43的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7602。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7602。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:44的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7602。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7602。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:45的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7614。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7614。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:46的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7614。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7614。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:47的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7624。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7624。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:48的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖7624。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_7624。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:49的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖8704。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_8704。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:50的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖8704。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_8704。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:51的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖9804。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_9804。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:52的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖9804。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_103_9804。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:53的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:54的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:55的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖6501。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_6501。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:56的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖6501。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_6501。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:57的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:58的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基33处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_33_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:59的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖6500。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_6500。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:60的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖6500。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_6500。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:61的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:62的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:63的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7602或7621或两者。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_937602/7621。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:64的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7602或7621或两者。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7602/7621。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:65的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7603或7622或两者。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7603/7622。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:66的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7603或7622或两者。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7603/7622。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:67的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7611。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7611。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:68的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7611。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7611。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:69的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7613。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7613。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:70的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基93处包含聚糖7613。在一些实例中，糖肽是AGP1-GP007_93_7613。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:71的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-AGP1-GP007。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:72的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-AGP1-GP007。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:73的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-AGP1-GP007。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:74的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是AGP2-GP008_103_6503。在本文中，AGP2是指α-l-酸性糖蛋白2。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:75的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基103处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是AGP2-GP008_103_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:76的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-APOA1-GP011。在本文中，APOA1是指载脂蛋白A-I。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:77的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-APOA1-GP011。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:78的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-APOA1-GP011。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:79的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-APOA1-GP011。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:80的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖0310。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_0310。在本文中，APOC3是指载脂蛋白C-III。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:81的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖0310。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_0310。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:82的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1102。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_1102。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:83的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1102。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_1102。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:84的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1111。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_1111。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:85的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1111。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_1111。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:86的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖2110。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_2110。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:87的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖2110。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74_2110。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:88的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1102。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74Aoff_1102。如本文所用，“Aoff”是指由于在血清中消化通过去除一个丙氨酸残基而不同的肽序列。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:89的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1102。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74Aoff_1102。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:90的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1101。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74MC_1101。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:91的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基74处包含聚糖1101。在一些实例中，糖肽是APOC3-GP012_74MC_1101。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:92的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基3411处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是APOB-GP013_3411_5401。在本文中，APOB是指载脂蛋白B-100。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:93的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基98处包含聚糖5402或5421或两者。在一些实例中，糖肽是APOD-GP014_98_5402/5421。在本文中，APOD是指载脂蛋白D。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:94的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基98处包含聚糖5410。在一些实例中，糖肽是APOD-GP014_98_5410。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:95的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基98处包含聚糖6510。在一些实例中，糖肽是APOD-GP014_98_6510。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:96的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基98处包含聚糖6530。在一些实例中，糖肽是APOD-GP014_98_6530。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:97的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基98处包含聚糖9800。在一些实例中，糖肽是APOD-GP014_98_9800。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:98的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-APOD-GP014。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:99的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基253处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是APOH-GP015_253_5401。在本文中，APOH是指β-2-糖蛋白1。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:100的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-APOM-GP016。在本文中，APOM是指载脂蛋白M。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:101的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-APOM-GP016。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:102的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-ATRN-GP018。在本文中，ATRN是指引诱素。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:103的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基366处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是CAN3-GP022_366_6513。在本文中，CAN3是指钙蛋白酶-3。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:104的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基138处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是CERU-GP023_138_6503。在本文中，CERU是指血浆铜蓝蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:105的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1029处包含聚糖5431。在一些实例中，糖肽是CFAH-GP024_1029_5431。在本文中，CFAH是指补体因子H。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:106的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1029处包含聚糖7500。在一些实例中，糖肽是CFAH-GP024_1029_7500。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:107的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基882处包含聚糖5420或5401或两者。在一些实例中，糖肽是CFAH-GP024_882_5420/5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:108的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基911处包含聚糖5402或5421或两者。在一些实例中，糖肽是CFAH-GP024_911_5402/5421。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:109的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基70处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是CFAI-GP025_70_5401。在本文中，CFAI是指补体因子I。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:110的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基70处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是CFAI-GP025_70_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:111的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基291处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是CLUS-GP026_291_6503。在本文中，CLUS是指丛生蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:112的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基86处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是CLUS-GP026_86_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:113的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-CLUS-GP026。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:114的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基85处包含聚糖5200。在一些实例中，糖肽是CO3-GP028_85_5200。在本文中，CO3是指补体C3。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:115的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1328处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是CO4A&CO4B-GP029&030_1328_5402。在本文中，CO4A和CO4B是指补体补体C4-A和B。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:116的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1328处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是CO4A&CO4B-GP029&030_1328_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:117的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-CO6-GP032。在本文中，CO6是指补体组分C6。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:118的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基437处包含聚糖5200。在一些实例中，糖肽是CO8A-GP033_437_5200。在本文中，CO8a是指补体组分C8A链。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:119的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-CO8A-GP033。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:120的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基553处包含聚糖5410。在一些实例中，糖肽是CO8B-GP034_553_5410。在本文中，CO8B是指补体组分C8B链。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:121的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-FA12-GP035。在本文中，FA12是指凝血因子XII。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:122的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基156处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是FETUA-GP036_156_5400。在本文中，FETUA是指α-2-HS-糖蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:123的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基176处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是FETUA-GP036_176_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:124的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基346处包含聚糖2200。在一些实例中，糖肽是FETUA-GP036_346_2200。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:125的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-FETUA-GP036。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:126的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖11904。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_l 1904。在本文中，HPT是指触珠蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:127的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖11904。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_l 1904。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:128的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖11915。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_l 1915。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:129的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖11915。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_l 1915。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:130的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖121005。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_121005。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:131的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基207处包含聚糖121005。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_207_121005。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:132的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:133的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:134的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6512。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6512。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:135的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6512。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6512。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:136的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:137的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:138的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖7613。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_7613。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:139的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基241处包含聚糖7613。在一些实例中，糖肽是HPT-GP044_241_7613。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:140的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-HPT-GP044。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:141的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-HPT-GP044。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:142的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖5421或5402或两者。在一些实例中，糖肽是HRG-GP045_125_5421/5402。在本文中，HRG是指富含组氨酸的糖蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:143的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基345处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是HRG-GP045_345_5412。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:144的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基144处包含聚糖5502。在一些实例中，糖肽是IgA12-GP046&047_144_5502。在本文中，IgA12是指免疫球蛋白重链恒定α1和2。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:145的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基205处包含聚糖5411。在一些实例中，糖肽是IgA2-GP047_205_5411。在本文中，IgA2是指免疫球蛋白重链恒定α2。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:146的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基205处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是IgA2-GP047_205_5412。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:147的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基205处包含聚糖5510。在一些实例中，糖肽是IgA2-GP047_205_5510。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:148的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基297处包含聚糖3410。在一些实例中，糖肽是IgG2-GP049_297_3410。在本文中，IgG2是指免疫球蛋白重链恒定γ2。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:149的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基297处包含聚糖3410。在一些实例中，糖肽是IgG2-GP049_297_3410。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:150的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基297处包含聚糖4411。在一些实例中，糖肽是IgG2-GP049_297_4411。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:151的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基297处包含聚糖4411。在一些实例中，糖肽是IgG2-GP049_297_4411。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:152的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-IgG2-GP049。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:153的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-IgG2-GP049。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:154的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基439处包含聚糖6200。在一些实例中，糖肽是IgM-GP053_439_6200。在本文中，IgM是指免疫球蛋白重链恒定μ。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:155的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基439处包含聚糖6200。在一些实例中，糖肽是IgM-GP053_439_6200。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:156的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基46处包含聚糖5601。在一些实例中，糖肽是IgM-GP053_46_5601。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:157的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基46处包含聚糖5601。在一些实例中，糖肽是IgM-GP053_46_5601。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:158的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基285处包含聚糖5511。在一些实例中，糖肽是ITIH1-GP054_285_5511。在本文中，ITIH1是指间α-胰蛋白酶抑制剂重链H1。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:159的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-ITIH1-GP054。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:160的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖5420或5401或两者。在一些实例中，糖肽是ITIH4-GP055_517_5420/5401。在本文中，ITIH4是指间α-胰蛋白酶抑制剂重链H4。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:161的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基494处包含聚糖5400。在一些实例中，糖肽是KLKB1-GP056_494_5400。在本文中，KLKB1是指血浆激肽释放酶。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:162的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基494处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是KLKB1-GP056_494_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:163的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基494处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是KLKB1-GP056_494_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:164的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-KLKB1-GP056。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:165的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-KNG1-GP057。在本文中，KNG1是指激肽原-1。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:166的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基271处包含聚糖4301。在一些实例中，糖肽是PON1-GP060_253_4301。在本文中，PON1是指血清对氧磷酶/芳基酯酶1。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:167的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基324处包含聚糖5420。在一些实例中，糖肽是PON1-GP060_324_5420。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:168的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基324处包含聚糖6501。在一些实例中，糖肽是PON1-GP060_324_6501。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:169的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基324处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是PON1-GP060_324_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:170的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-PON1-GP060。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:171的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-SEPP1-GP061。在本文中，SEPP1是指硒蛋白P。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:172的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基121处包含聚糖5420或5401或两者。在一些实例中，糖肽是THRB-GP063_121_5420/5401。在本文中，THRM是指凝血酶原。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:173的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基121处包含聚糖5420或5401或两者。在一些实例中，糖肽是THRB-GP063_121_5421/5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:174的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-TRFE-GP064。在本文中，TRFE是指血清转铁蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:175的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-TRFE-GP064。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:176的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基432处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_432_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:177的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基432处包含聚糖5402。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_432_5402。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:178的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基432处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_432_5412。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:179的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖5400。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_5400。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:180的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖6410。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_6410。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:181的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖6411。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_6411。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:182的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:183的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:184的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基630处包含聚糖6513。在一些实例中，糖肽是TRFE-GP064_630_6513。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:185的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-TTR-GP065。在本文中，TTR是指甲状腺素运载蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:186的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是QuantPep-UN13A-GP066。在本文中，UN13A是指蛋白unc-13同源物A。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:187的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1005处包含聚糖3420。在一些实例中，糖肽是UN13A-GP066_1005_3420。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:188的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1005处包含聚糖5431。在一些实例中，糖肽是UN13A-GP066_1005_5431。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:189的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基1005处包含聚糖7420。在一些实例中，糖肽是UN13A-GP066_1005_7420。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:190的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基169处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_169_5401。在本文中，VTNC是指玻连蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:191的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基169处包含聚糖5401。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_169_5401。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:192的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基242处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_242_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:193的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基242处包含聚糖6502。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_242_6502。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:194的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基242处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_242_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:195的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基242处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_242_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:196的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基86处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_86_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:197的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基86处包含聚糖6503。在一些实例中，糖肽是VTNC-GP067_86_6503。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:198的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基112处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是ZA2G-GP068_112_5412。在本文中，ZA2G是指锌-α-2-糖蛋白。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:199的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽在残基112处包含聚糖5412。在一些实例中，糖肽是ZA2G-GP068_112_5412。
在某些实例中，糖肽基本上由选自SEQ ID NO:200的氨基酸序列组成。在一些实例中，糖肽是pep-IGF2。在本文中，IGF2是指胰岛素样生长因子-II。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:201的氨基酸序列组成的肽。在一些实例中，糖肽是pep-APOC1。在本文中，APOC1是指载脂蛋白C-1。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:202的氨基酸序列组成的肽。在一些实例中，糖肽是pep-RET4。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:203的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:204的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:205的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:206的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:207的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:208的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:209的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:210的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:211的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:212的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:213的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:214的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:215的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:216的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:217的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:218的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:219的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:220的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:221的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:222的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:223的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:224的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:225的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:226的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:227的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:228的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:229的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:230的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:231的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:232的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:233的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:234的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:235的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:236的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:237的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:238的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:239的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:240的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:241的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:242的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:243的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:244的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:245的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:246的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:247的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:248的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:249的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:250的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:251的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:252的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:253的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:254的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:255的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:256的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:257的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:258的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:259的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:260的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:261的氨基酸序列组成的肽。
在某些实例中，本文阐述了基本上由选自SEQ ID NO:262的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，糖肽是选自SEQ ID NO:1-262的氨基酸序列的组合
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是基本上由选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是基本上由选自SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190和194以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了一种或多种肽，其中每种肽在每种情况下单独地是基本上由选自SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190和196以及它们的组合的氨基酸序列组成的肽。
IV.使用生物标志物的方法
A.用于检测糖肽的方法
在一些实施方案中，本文阐述了一种用于检测一种或多种多反应监测(MRM)转变的方法，所述方法包括：从患者获得生物样品，其中所述生物样品包含一种或多种糖肽；使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；以及检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变。在各种实例中，这些转变可包括表1-5中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表1-3中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表1中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表2中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表3中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表4中的转变中的任何一个或多个。在各种实例中，这些转变可包括表5中的转变中的任何一个或多个。这些转变可指示糖肽。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190、196以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:3、7、14、15、20、24、25、27、40、52、98、99、104、116、177、190、196以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法，其中每种糖肽在每种情况下单独地选自基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、12、22、28、32、35、36、38、53、65、69、99、104、115、128、146、154、177、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，本文阐述了检测一种或多种糖肽的方法。在一些实例中，本文阐述了检测一个或多个糖肽片段的方法。在某些实例中，所述方法包括检测糖肽或其片段所属的糖肽组。在这些实例中的一些中，糖肽组选自α-1-抗胰蛋白酶(A1AT)、α-1B-糖蛋白(A1BG)、富含亮氨酸的α-2-糖蛋白(A2GL)、α-2-巨球蛋白(A2MG)、α-1-抗胰凝乳蛋白酶(AACT)、Afamin(AFAM)、α-l-酸性糖蛋白1和2(AGP12)、α-1-酸性糖蛋白1(AGP1)、α-l-酸性糖蛋白2(AGP2)、载脂蛋白A-I(APOA1)、载脂蛋白C-III(APOC3)、载脂蛋白B-100(APOB)、载脂蛋白D(APOD)、β-2-糖蛋白-1(APOH)、载脂蛋白M(APOM)、引诱素(ATRN)、钙蛋白酶-3(CAN3)、血浆铜蓝蛋白(CERU)、补体因子H(CFAH)、补体因子I(CFAI)、丛生蛋白(CLUS)、补体C3(CO3)、补体C4-A和B(CO4A和CO4B)、补体组分C6(CO6)、补体组分C8A链(CO8A)、凝血因子XII(FA12)、α-2-HS-糖蛋白(FETUA)、触珠蛋白(HPT)、富含组氨酸的糖蛋白(HRG)、免疫球蛋白重链恒定α1和2(IgA12)、免疫球蛋白重链恒定α2(IgA2)、免疫球蛋白重链恒定γ2(IgG2)、免疫球蛋白重链恒定μ(IgM)、间α-胰蛋白酶抑制剂重链H1(ITIH1)、血浆激肽释放酶(KLKB1)、激肽原-1(KNG1)、血清对氧磷酶/芳基酯酶1(PON1)、硒蛋白P(SEPP1)、凝血酶原(THRB)、血清转铁蛋白(TRFE)、甲状腺素运载蛋白(TTR)、蛋白unc-13同源物A(UN13A)、玻连蛋白(VTNC)、锌-α-2-糖蛋白(ZA2G)、胰岛素样生长因子-II(IGF2)、载脂蛋白C-I(APOC1)以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括检测糖肽、所述糖肽上的聚糖以及所述聚糖与所述糖肽键合的糖基化位点残基。在某些实例中，所述方法包括检测聚糖残基。在一些实例中，所述方法包括检测糖肽上的糖基化位点。在一些实例中，该过程通过与液相色谱串联使用的质谱来完成。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括从患者获得生物样品。在一些实例中，生物样品是滑液、全血、血清、血浆、尿液、痰、组织、唾液、眼泪、脊髓液、通过活检获得的组织切片；置于或适于组织培养的细胞；汗液、粘液、粪便、胃液、腹水、羊水、囊液、腹膜液、胰液、母乳、肺灌洗液、骨髓、胃酸、胆汁、精液、脓液、房水、渗出液或前述物质的组合。在某些实例中，生物样品选自由以下组成的组：血液、血浆、唾液、粘液、尿液、粪便、组织、汗液、眼泪、毛发或它们的组合。在这些实例中的一些中，生物样品是血液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是血浆样品。在这些实例中的一些中，生物样品是唾液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是粘液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是尿液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是粪便样品。在这些实例中的一些中，生物样品是汗液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是泪液样品。在这些实例中的一些中，生物样品是毛发样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法还包括使样品中的糖肽消化和/或片段化。在某些实例中，所述方法包括使样品中的糖肽消化。在某些实例中，所述方法包括使样品中的糖肽片段化。在一些实例中，使用质谱对消化的或片段化的糖肽进行分析。在一些实例中，使用消化酶在溶液相中使糖肽消化或片段化。在一些实例中，在质谱仪或与质谱仪相关联的仪器内在气相中使糖肽消化或片段化。在一些实例中，使用机器学习算法分析质谱结果。在一些实例中，质谱结果是糖肽、聚糖、肽及其片段的定量。在一些实例中，该定量用作训练模型中的输入以生成输出概率。输出概率是在给定类别或分类内的概率，例如患有卵巢癌的分类或未患有卵巢癌的分类。在一些其他实例中，输出概率是在给定类别或分类内的概率，例如患有癌症的分类或未患癌症的分类。在一些其他实例中，输出概率是在给定类别或分类内的概率，例如患有自身免疫性疾病的分类或未患自身免疫性疾病的分类。在一些其他实例中，输出概率是在给定类别或分类内的概率，例如患有纤维化的分类或未患纤维化的分类。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括将样品或其一部分引入质谱仪中。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括在将样品或其一部分引入质谱仪之后使所述样品中的糖肽片段化。
在一些实例中，包括任何前述实例，使用多反应监测(MRM)模式进行质谱。在一些实例中，在数据依赖性采集中使用QTOF-MS进行质谱。在一些实例中，使用或仅MS模式进行质谱。在一些实例中，免疫测定与质谱组合使用。在一些实例中，免疫测定测量CA-125和HE4。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括在将样品或其一部分引入质谱仪之前使样品中的糖肽消化。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽片段化以提供糖肽离子、肽离子、聚糖离子、聚糖加合离子或聚糖片段离子。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ IDNO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化以提供由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化以提供基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽片段化以提供由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽片段化以提供基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提供了基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的MRM转变，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实例中，所述方法包括检测选自来自由转变1-150组成的组的成员的组合的多于一个MRM转变。在一些实例中，所述方法包括检测指示具有选自SEQ ID NO:1-262的组合的氨基酸序列的糖肽的组合的多于一个MRM转变。
在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的MRM转变，所述糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的组合的多余一个MRM转变，所述糖肽具有选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194的组合的氨基酸序列。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使用多反应监测质谱(MRM-MS)对生物样品进行质谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化以提供基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在某些实例中，将生物样品与化学试剂合并。在某些实例中，使生物样品与酶合并。在一些实例中，酶是脂肪酶。在一些实例中，酶是蛋白酶。在一些实例中，酶是丝氨酸蛋白酶。在这些实例中的一些中，酶选自由以下组成的组：胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、凝血酶、弹性蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶。在这些实例中的一些中，酶是胰蛋白酶。在一些实例中，所述方法包括使至少两种蛋白酶与样品中的糖肽接触。在一些实例中，至少两种蛋白酶选自由以下组成的组：丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶。在一些实例中，至少两种蛋白酶选自由以下组成的组：胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、胞内蛋白酶、Asp-N、Arg-C、Glu-C、Lys-C、胃蛋白酶、嗜热菌蛋白酶、弹性蛋白酶、木瓜蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、梭菌蛋白酶和羧肽酶蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、金属蛋白酶和天冬酰胺肽裂解酶。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的MRM转变，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。在一些实例中，所述方法包括检测选自来自由转变1-262组成的组的成员的组合的多于一个MRM转变。在一些实例中，所述方法包括检测指示具有选自SEQ ID NO:1-262的组合的氨基酸序列的糖肽的组合的多于一个MRM转变。
在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽或聚糖残基的MRM转变，其中所述糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的MRM转变，所述糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，所述方法包括检测选自来自由转变4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的成员的组合的多于一个MRM转变。在一些实例中，所述方法包括检测指示糖肽的组合的多余一个MRM转变，所述糖肽具有选自SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194的组合的氨基酸序列。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使用多反应监测质谱(MRM-MS)对生物样品进行质谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化以提供由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在某些实例中，使生物样品与一种或多种化学试剂接触。在某些实例中，使生物样品与一种或多种酶接触。在一些实例中，酶是脂肪酶。在一些实例中，酶是蛋白酶。在一些实例中，酶是丝氨酸蛋白酶。在这些实例中的一些中，酶选自由以下组成的组：胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、凝血酶、弹性蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶。在这些实例中的一些中，酶是胰蛋白酶。在一些实例中，所述方法包括使至少两种蛋白酶与样品中的糖肽接触。在一些实例中，至少两种蛋白酶选自由以下组成的组：丝氨酸蛋白酶、苏氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶。在一些实例中，至少两种蛋白酶选自由以下组成的组：胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、胞内蛋白酶、Asp-N、Arg-C、Glu-C、Lys-C、胃蛋白酶、嗜热菌蛋白酶、弹性蛋白酶、木瓜蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、梭菌蛋白酶和羧肽酶蛋白酶、谷氨酸蛋白酶、金属蛋白酶和天冬酰胺肽裂解酶。
在一些实例中，包括任何前述实例，MRM转变选自表1、2或3中的任一个中的转变或它们的任何组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对生物样品进行串联液相色谱-质谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对生物样品进行多反应监测质谱(MRM-MS)质谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使用三重四极(QQQ)和/或四极飞行时间(qTOF)质谱仪检测MRM转变。在某些实例中，所述方法包括使用QQQ质谱仪检测MRM转变。在某些实例中，所述方法包括使用qTOF质谱仪检测。在一些实例中，用于本发明方法的适合仪器是Agilent 6495B三重四极LC/MS，其可在www.agilent.com/en/products/mass-spectrometry/lc-ms-instruments/triple-quadrupole-lc-ms/6495b-triple-quadrupole-lc-ms找到。在某些实例中，所述方法包括使用QQQ质谱仪检测。在一些实例中，用于本发明方法的适合仪器是Agilent 6545LC/Q-TOF，其可在https://www.agilent.com/en/products/liquid-chromatography-mass-spectrometry-lc-ms/lc-ms-instruments/quadrupole-time-of-flight-lc-ms/6545-q-tof-lc-ms找到。
在一些实例中，包括任何上述实例，所述方法包括使用QQQ和/或qTOF质谱仪检测多于一个MRM转变。在某些实例中，所述方法包括使用QQQ质谱仪检测多于一个MRM转变。在某些实例中，所述方法包括使用qTOF质谱仪检测多于一个MRM转变。在某些实例中，所述方法包括使用QQQ质谱仪检测多于一个MRM转变。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括定量一种或多种生物样品的一个或多个糖组学参数，包括采用耦联色谱程序。在一些实例中，这些糖组学参数包括糖肽组的鉴定、糖肽上聚糖的鉴定、糖基化位点的鉴定、糖肽所包含的氨基酸序列的一部分的鉴定。在一些实例中，耦联色谱程序包括：执行或实现液相色谱-质谱(LC-MS)操作。在一些实例中，耦联色谱程序包括：执行或实现多反应监测质谱(MRM-MS)操作。在一些实例中，本文的方法包括耦联色谱程序，其包括：执行或实现液相色谱-质谱(LC-MS)操作；以及实现多反应监测质谱(MRM-MS)操作。在一些实例中，所述方法包括使用通过三重四极(QQQ)质谱操作和/或四极飞行时间(qTOF)质谱操作中的一者或多者获得的一种或多种生物样品的一个或多个糖组学参数来训练机器学习算法。在一些实例中，所述方法包括使用通过三重四极(QQQ)质谱操作获得的一种或多种生物样品的一个或多个糖组学参数来训练机器学习算法。在一些实例中，所述方法包括使用通过四极飞行时间(qTOF)质谱操作获得的一种或多种生物样品的一个或多个糖组学参数来训练机器学习算法。在一些实例中，所述方法包括定量一种或多种生物样品的一个或多个糖组学参数，包括采用三重四极(QQQ)质谱操作和四极飞行时间(qTOF)质谱操作中的一者或多者。在一些实例中，机器学习算法用于定量这些糖组学参数。在一些实例中，包括任何前述实例，使用多反应监测(MRM)模式进行质谱。在一些实例中，在数据依赖性采集中使用QTOF-MS进行质谱。在一些实例中，使用或仅MS模式进行质谱。在一些实例中，免疫测定(例如ELISA)与质谱组合使用。在一些实例中，免疫测定测量CA-125和HE4蛋白。
在一些实例中，包括任何前述实例，糖肽或其组合由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。
在一些实例中，包括任何前述实例，糖肽或其组合基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，糖肽或其组合由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，糖肽或其组合基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使样品中的糖肽消化和/或片段化以提供基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括检测一个或多个MRM转变，所述一个或多个MRM转变指示选自由以下组成的组的聚糖：聚糖3200、3210、3300、3310、3320、3400、3410、3420、3500、3510、3520、3600、3610、3620、3630、3700、3710、3720、3730、3740、4200、4210、4300、4301、4310、4311、4320、4400、4401、4410、4411、4420、4421、4430、4431、4500、4501、4510、4511、4520、4521、4530、4531、4540、4541、4600、4601、4610、4611、4620、4621、4630、4631、4641、4650、4700、4701、4710、4711、4720、4730、5200、5210、5300、5301、5310、5311、5320、5400、5401、5402、5410、5411、5412、5420、5421、5430、5431、5432、5500、5501、5502、5510、5511、5512、5520、5521、5522、5530、5531、5541、5600、5601、5602、5610、5611、5612、5620、5621、5631、5650、5700、5701、5702、5710、5711、5712、5720、5721、5730、5731、6200、6210、6300、6301、6310、6311、6320、6400、6401、6402、6410、6411、6412、6420、6421、6432、6500、6501、6502、6503、6510、6511、6512、6513、6520、6521、6522、6530、6531、6532、6540、6541、6600、6601、6602、6603、6610、6611、6612、6613、6620、6621、6622、6623、6630、6631、6632、6640、6641、6642、6652、6700、6701、6711、6721、6703、6713、6710、6711、6712、6713、6720、6721、6730、6731、6740、7200、7210、7400、7401、7410、7411、7412、7420、7421、7430、7431、7432、7500、7501、7510、7511、7512、7600、7601、7602、7603、7604、7610、7611、7612、7613、7614、7620、7621、7622、7623、7632、7640、7700、7701、7702、7703、7710、7711、7712、7713、7714、7720、7721、7722、7730、7731、7732、7740、7741、7751、8200、9200、9210、10200、11200、12200以及它们的组合。在本文中，这些聚糖在图1-14中示出。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对聚糖进行定量。
在一些实例中，包括任何上述实例，所述方法包括定量第一聚糖和定量第二聚糖；并且还包括将所述第一聚糖的定量与所述第二聚糖的定量进行比较。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括将检测到的聚糖与肽残基位点缔合，由此键合所述聚糖。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括生成样品的糖基化谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对与样品相关的组织切片上的聚糖进行空间谱分析。在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对与样品相关的组织切片上的糖肽进行空间谱分析。在一些实例中，所述方法包括与本文的方法组合的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)质谱。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括定量聚糖和/或肽的相对丰度。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括通过定量基本上由选自由SEQID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽并将所述定量与另一种化学物质的量进行比较来标准化糖肽的量。在一些实例中，所述方法包括通过定量由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽并将所述定量与由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的另一种糖肽进行比较来标准化肽的量。在一些实例中，所述方法包括通过定量基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽并将所述定量与基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的另一种糖肽进行比较来标准化肽的量。
B.用于对包含糖肽的样品进行分类的方法
在另一个实施方案中，本文阐述了用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括：通过质谱(MS)定量样品中的一种或多种糖肽，其中所述糖肽各自在每种情况下单独包含基本上由选自由或基本上由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；以及将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述样品的分类。
在另一个实施方案中，本文阐述了用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括：通过质谱(MS)定量样品中的一种或多种糖肽，其中所述糖肽各自在每种情况下单独包含基本上由选自由或基本上由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；以及将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述样品的分类。
在一些实例中，本文阐述了用于对糖肽进行分类的方法，所述方法包括：从患者获得生物样品；使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变；以及基于所检测到的MRM转换对所述糖肽进行分类。在一些实例中，机器学习算法用于使用所分析的MRM转变作为输入来训练模型。在一些实例中，使用MRM转变作为训练数据集来训练机器学习算法。在一些实例中，本文的方法包括基于它们的质谱相对丰度来鉴定糖肽、肽和聚糖。在一些实例中，一种或多种机器学习算法选择和/或鉴定质谱光谱中的峰。
在一些实例中，本文阐述了用于对糖肽进行分类的方法，所述方法包括：从个体获得生物样品；使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变；以及基于所检测到的MRM转换对所述糖肽进行分类。在一些实例中，机器学习算法用于使用所分析的MRM转变作为输入来训练模型。在一些实例中，使用MRM转变作为训练数据集来训练机器学习算法。在一些实例中，本文的方法包括基于它们的质谱相对丰度来鉴定糖肽、肽和聚糖。在一些实例中，一种或多种机器学习算法选择和/或鉴定质谱光谱中的峰。
在一些实例中，本文阐述了使用MRM转变作为输入数据集来训练机器学习算法的方法。在一些实例中，本文阐述了用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括通过质谱法分析(MS)定量样品中的糖肽，其中所述糖肽由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合；以及基于所述定量来鉴定分类。在一些实例中，定量包括确定样品中糖肽或糖肽组合的存在或不存在。在一些实例中，定量包括确定样品中糖肽或糖肽组合的相对丰度。
在一些实例中，本文阐述了使用MRM转变作为输入数据集来训练机器学习算法的方法。在一些实例中，本文阐述了用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括通过质谱法分析(MS)定量样品中的糖肽，其中所述糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成；以及基于所述定量来鉴定分类。在一些实例中，定量包括确定样品中糖肽或糖肽组合的存在或不存在。在一些实例中，定量包括确定样品中糖肽或糖肽组合的相对丰度。
在一些实例中，包括任何前述实例，样品是来自患有疾病或疾患的患者的生物样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，患者患有卵巢癌。
在一些实例中，包括任何前述实例，患者患有癌症。
在一些实例中，包括任何前述实例，患者患有纤维化。
在一些实例中，包括任何前述实例，患者患有自身免疫性疾病。
在一些实例中，包括任何前述实例，疾病或疾患是卵巢癌。
在一些实例中，包括任何前述实例，MS是使用QQQ和/或qTOF质谱仪的MRM-MS。
在一些实例中，包括任何前述实例，使用多反应监测(MRM)模式进行质谱。在一些实例中，在数据依赖性采集中使用QTOF-MS进行质谱。在一些实例中，使用或仅MS模式进行质谱。在一些实例中，免疫测定与质谱组合使用。在一些实例中，免疫测定测量CA-125和HE4。
在一些实例中，包括任何前述实例，机器学习算法选自由以下组成的组：深度学习算法、神经网络算法、人工神经网络算法、监督机器学习算法、线性判别分析算法、二次判别分析算法、支持向量机算法、线性基函数核支持向量算法、径向基函数核支持向量算法、随机森林算法、遗传算法、最近邻算法、k-最近邻、朴素贝叶斯分类算法、逻辑回归算法或它们的组合。在某些实例中，机器学习算法是套索回归。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括将样品分类为在疾病分类或疾病严重程度分类内或由疾病分类或疾病严重程度分类涵盖。
在一些实例中，包括任何前述实例，分类以80％置信度、85％置信度、90％置信度、95％置信度、99％置信度或99.9999％置信度标识。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括在第一时间点通过MS定量样品中的糖肽；在第二时间点通过MS定量样品中的糖肽；以及将所述第一时间点的定量与所述第二时间点的定量进行比较。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括在第三时间点通过MS定量样品中的不同糖肽；在第四时间点通过MS定量样品中的不同糖肽；以及将所述第四时间点的定量与第三时间点的定量进行比较。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括监测患者的健康状态。
在一些实例中，包括前述任何实例，监测患者的健康状态包括监测具有风险因素如遗传突变的患者的疾病的发作和进展，以及检测癌症复发。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括通过MS定量由选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括通过MS定量基本上由选自由SEQID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括通过MS定量选自由以下组成的组的一种或多种聚糖：聚糖3200、3210、3300、3310、3320、3400、3410、3420、3500、3510、3520、3600、3610、3620、3630、3700、3710、3720、3730、3740、4200、4210、4300、4301、4310、4311、4320、4400、4401、4410、4411、4420、4421、4430、4431、4500、4501、4510、4511、4520、4521、4530、4531、4540、4541、4600、4601、4610、4611、4620、4621、4630、4631、4641、4650、4700、4701、4710、4711、4720、4730、5200、5210、5300、5301、5310、5311、5320、5400、5401、5402、5410、5411、5412、5420、5421、5430、5431、5432、5500、5501、5502、5510、5511、5512、5520、5521、5522、5530、5531、5541、5600、5601、5602、5610、5611、5612、5620、5621、5631、5650、5700、5701、5702、5710、5711、5712、5720、5721、5730、5731、6200、6210、6300、6301、6310、6311、6320、6400、6401、6402、6410、6411、6412、6420、6421、6432、6500、6501、6502、6503、6510、6511、6512、6513、6520、6521、6522、6530、6531、6532、6540、6541、6600、6601、6602、6603、6610、6611、6612、6613、6620、6621、6622、6623、6630、6631、6632、6640、6641、6642、6652、6700、6701、6711、6721、6703、6713、6710、6711、6712、6713、6720、6721、6730、6731、6740、7200、7210、7400、7401、7410、7411、7412、7420、7421、7430、7431、7432、7500、7501、7510、7511、7512、7600、7601、7602、7603、7604、7610、7611、7612、7613、7614、7620、7621、7622、7623、7632、7640、7700、7701、7702、7703、7710、7711、7712、7713、7714、7720、7721、7722、7730、7731、7732、7740、7741、7751、8200、9200、9210、10200、11200、12200以及它们的组合。在本文中，这些聚糖在图1-14中示出。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括基于所述定量诊断患有疾病或疾患的患者。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括基于所述定量将患者诊断为患有卵巢癌。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括用治疗有效量的选自由以下组成的组的治疗剂治疗患者：化学治疗剂、免疫疗法、激素疗法、靶向疗法、新辅助疗法、手术以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括基于所述定量诊断患有疾病或疾患的个体。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括将个体诊断为患有衰老疾患。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括用治疗有效量的抗衰老剂治疗个体。在一些实例中，抗衰老剂选自激素疗法。在一些实例中，抗衰老剂是睾酮或睾酮补充剂或衍生物。在一些实例中，抗衰老剂是雌激素或雌激素补充剂或衍生物。
C.治疗方法
在一些实例中，本文阐述了用于治疗患有疾病或疾患的患者的方法，所述方法包括通过质谱测量来自所述患者的样品中的糖肽。在一些实例中，患者是人。在某些实例中，患者是女性。在某些其他实例中，患者是患有卵巢癌的女性。在某些实例中，患者是患有1期卵巢癌的女性。在某些实例中，患者是患有2期卵巢癌的女性。在某些实例中，患者是患有3期卵巢癌的女性。在某些实例中，患者是患有4期卵巢癌的女性。在一些实例中，女性的年龄等于或介于10-20岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于20-30岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于30-40岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于40-50岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于50-60岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于60-70岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于70-80岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于80-90岁之间。在一些实例中，女性的年龄等于或介于90-100岁之间。
在另一个实施方案中，本文阐述了一种用于治疗患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使所述样品中的一种或多种糖肽消化和/或片段化；以及检测和定量选自由转变1-150组成的组的一种或多种多反应监测(MRM)转变；将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述患者进行分类，其中所述分类选自由以下组成的组：(A)需要化学治疗剂的患者；(B)需要免疫治疗剂的患者；(C)需要激素疗法的患者；(D)需要靶向治疗剂的患者；(E)需要手术的患者；(F)需要新辅助疗法的患者；(G)在手术前需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；(H)在手术后需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；(I)或它们的组合；向所述患者施用治疗有效量的治疗剂：其中如果确定分类A或I，则所述治疗剂选自化学疗法；其中如果确定分类B或I，则所述治疗剂选自免疫疗法；或者其中如果确定分类C或I，则所述治疗剂选自激素疗法；或者其中如果确定分类D或I，则所述治疗剂选自靶向疗法；其中如果确定分类F或I，则所述治疗剂选自新辅助疗法；其中如果确定分类G或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合；并且其中如果确定分类H或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合。
在一些实例中，机器学习用于鉴定与MRM转变相关的MS峰。在一些实例中，使用机器学习来分析MRM转变。在一些实例中，机器学习用于基于与MRM转变相关的糖肽量的定量来训练模型。在一些实例中，使用经训练的机器学习算法来分析MRM转变。在这些实例中的一些中，使用通过分析来自已知患有卵巢癌的患者的样品观察到的MRM转变来训练经训练的机器学习算法。
在一些实例中，用选自靶向疗法的治疗剂治疗患者。在一些实例中，本文的方法包括如果检测到组合D，则施用治疗有效量的(聚(ADP)-核糖聚合酶)(PARP)抑制剂。在一些实例中，治疗剂选自奥拉帕尼(Lynparza)、鲁卡帕尼(Rubraca)和尼拉帕尼(Zejula)。
在一些实例中，患者是患有铂敏感性复发性高级别上皮性卵巢癌、输卵管癌或原发性腹膜癌的成人。
在一些实例中，以150mg、250mg、300mg、350mg和600mg的剂量施用治疗剂。在一些实例中，每天两次施用治疗剂。
化学治疗剂包括但不限于基于铂的药物，如卡铂(伯尔定)或顺铂与紫杉烷如紫杉醇(紫杉酚)或多西他赛(泰索帝)。伯尔定可以10mg/mL注射浓度(在50、150、450和600mg小瓶中)施用。对于晚期卵巢癌，可施用360mg/m2 IV的单剂剂量，持续4周。伯尔定可组合施用＝300mg/m2 IV(加上环磷酰胺600mg/m2 IV)q4周。紫杉酚可在3小时内以175mg/m2 IV施用q3周(随后顺铂)。紫杉酚可在24小时内以135mg/m2 IV施用q3周(随后顺铂)。紫杉酚可在3小时内以135-175mg/m2 IV施用q3周(随后顺铂)。
免疫治疗剂包括但不限于Zejula(尼拉帕尼)。尼拉帕尼可以300mg PO q天施用。
激素治疗剂包括但不限于促黄体生成激素释放激素(LHRH)激动剂、他莫昔芬和芳香酶抑制剂。
靶向治疗剂包括但不限于PARP抑制剂。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对生物样品进行多反应监测质谱(MRM-MS)。
在一些实例中，包括任何前述实例，使用多反应监测(MRM)模式进行质谱。在一些实例中，在数据依赖性采集中使用QTOF-MS进行质谱。在一些实例中，使用或仅MS模式进行质谱。在一些实例中，免疫测定(例如ELISA)与质谱组合使用。在一些实例中，免疫测定测量CA-125和HE4。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括定量一种或多种由选自由SEQID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括定量一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括定量一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括定量一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括施用QQQ和/或qTOF质谱仪检测选自由转变1-150组成的组的多反应监测(MRM)转变。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括训练机器学习算法以基于定量步骤鉴定分类。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括使用机器学习算法来基于定量步骤鉴定分类。
在一些实例中，包括任何前述实例，机器学习算法选自由以下组成的组：深度学习算法、神经网络算法、人工神经网络算法、监督机器学习算法、线性判别分析算法、二次判别分析算法、支持向量机算法、线性基函数核支持向量算法、径向基函数核支持向量算法、随机森林算法、遗传算法、最近邻算法、k-最近邻、朴素贝叶斯分类算法、逻辑回归算法或它们的组合。
D.用于诊断患者的方法
在一些实例中，本文阐述了用于诊断患有疾病或疾患的患者的方法，所述方法包括通过质谱测量来自患者的样品中的糖肽。
在另一个实施方案中，本文阐述了用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱以检测和定量一种或多种糖肽，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；或检测和定量选自转变1-150的一个或多个MRM转变；将所述检测到的糖肽或所述MRM转变的定量输入训练模型中以生成输出概率，确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述患者的诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。
在另一个实施方案中，本文阐述了用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：将检测到的糖肽或MRM转变的定量输入训练模型中以生成输出概率，确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述患者的诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。在一些实例中，所述方法包括从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测和定量一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；或检测和定量选自转变1-150的一个或多个MRM转变。
在一些实例中，本文阐述了用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱以检测一种或多种糖肽，所述糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；或检测选自转变1-150的一个或多个MRM转变；分析所述检测到的糖肽或所述MRM转变以鉴定诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。在一些实例中，所述方法包括从所述患者获得生物样品；以及使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测一种或多种由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-76组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；或检测选自转变1-76的一个或多个MRM转变。
在一些实例中，本文阐述了用于诊断、监测或分类个体的衰老的方法；所述方法包括：从患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测一种或多种由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；或检测选自转变1-150的一个或多个MRM转变；分析所述检测到的糖肽或所述MRM转变以鉴定诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述个体诊断、监测或分类为具有衰老分类。
在另一个实施方案中，本文阐述了用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱以检测和定量一种或多种糖肽，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194组成的组的氨基酸序列组成；将所述检测到的糖肽或所述MRM转变的定量输入训练模型中以生成输出概率，确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述患者的诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。
在一些实例中，本文阐述了用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：从所述患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱以检测一种或多种糖肽，所述糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194组成的组的氨基酸序列组成；分析所述检测到的糖肽或所述MRM转变以鉴定诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。
在一些实例中，本文阐述了用于诊断、监测或分类个体的衰老的方法；所述方法包括：从患者获得生物样品；使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测一种或多种由或基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；分析所述检测到的糖肽或所述MRM转变以鉴定诊断分类；以及基于所述诊断分类将所述个体诊断、监测或分类为具有衰老分类。
E.疾病和疾患
本文阐述了用于诊断多种疾病和疾患的生物标志物。
在一些实例中，疾病和疾患包括癌症。在一些实例中，疾病和疾患不限于癌症。
在一些实例中，疾病和疾患包括纤维化。在一些实例中，疾病和疾患不限于纤维化。
在一些实例中，疾病和疾患包括自身免疫性疾病。在一些实例中，疾病和疾患不限于自身免疫性疾病。
在一些实例中，疾病和疾患包括卵巢癌。在一些实例中，疾病和疾患不限于卵巢癌。
在一些实例中，疾患是衰老。在一些实例中，本文所述的“患者”等效地被描述为“个体”。例如，在本文的一些方法中，阐述了用于监测或诊断个体的衰老或衰老疾患的生物标志物。在这些实例中的一些中，个体不一定是患有需要治疗的医学疾患的患者。在一些实例中，个体是雄性。在一些实例中，个体是雌性。在一些实例中，个体是雄性哺乳动物。在一些实例中，个体是雌性哺乳动物。在一些实例中，个体是男性人。在一些实例中，个体是女性人。
在一些实例中，个体是1岁。在一些实例中，个体是2岁。在一些实例中，个体是3岁。在一些实例中，个体是4岁。在一些实例中，个体是5岁。在一些实例中，个体是6岁。在一些实例中，个体是7岁。在一些实例中，个体是8岁。在一些实例中，个体是9岁。在一些实例中，个体是10岁。在一些实例中，个体是11岁。在一些实例中，个体是12岁。在一些实例中，个体是13岁。在一些实例中，个体是14岁。在一些实例中，个体是15岁。在一些实例中，个体是16岁。在一些实例中，个体是17岁。在一些实例中，个体是18岁。在一些实例中，个体是19岁。在一些实例中，个体是20岁。在一些实例中，个体是21岁。在一些实例中，个体是22岁。在一些实例中，个体是23岁。在一些实例中，个体是24岁。在一些实例中，个体是25岁。在一些实例中，个体是26岁。在一些实例中，个体是27岁。在一些实例中，个体是28岁。在一些实例中，个体是29岁。在一些实例中，个体是30岁。在一些实例中，个体是31岁。在一些实例中，个体是32岁。在一些实例中，个体是33岁。在一些实例中，个体是34岁。在一些实例中，个体是35岁。在一些实例中，个体是36岁。在一些实例中，个体是37岁。在一些实例中，个体是38岁。在一些实例中，个体是39岁。在一些实例中，个体是40岁。在一些实例中，个体是41岁。在一些实例中，个体是42岁。在一些实例中，个体是43岁。在一些实例中，个体是44岁。在一些实例中，个体是45岁。在一些实例中，个体是46岁。在一些实例中，个体是47岁。在一些实例中，个体是48岁。在一些实例中，个体是49岁。在一些实例中，个体是50岁。在一些实例中，个体是51岁。在一些实例中，个体是52岁。在一些实例中，个体是53岁。在一些实例中，个体是54岁。在一些实例中，个体是55岁。在一些实例中，个体是56岁。在一些实例中，个体是57岁。在一些实例中，个体是58岁。在一些实例中，个体是59岁。在一些实例中，个体是60岁。在一些实例中，个体是61岁。在一些实例中，个体是62岁。在一些实例中，个体是63岁。在一些实例中，个体是64岁。在一些实例中，个体是65岁。在一些实例中，个体是66岁。在一些实例中，个体是67岁。在一些实例中，个体是68岁。在一些实例中，个体是69岁。在一些实例中，个体是70岁。在一些实例中，个体是71岁。在一些实例中，个体是72岁。在一些实例中，个体是73岁。在一些实例中，个体是74岁。在一些实例中，个体是75岁。在一些实例中，个体是76岁。在一些实例中，个体是77岁。在一些实例中，个体是78岁。在一些实例中，个体是79岁。在一些实例中，个体是80岁。在一些实例中，个体是81岁。在一些实例中，个体是82岁。在一些实例中，个体是83岁。在一些实例中，个体是84岁。在一些实例中，个体是85岁。在一些实例中，个体是86岁。在一些实例中，个体是87岁。在一些实例中，个体是88岁。在一些实例中，个体是89岁。在一些实例中，个体是90岁。在一些实例中，个体是91岁。在一些实例中，个体是92岁。在一些实例中，个体是93岁。在一些实例中，个体是94岁。在一些实例中，个体是95岁。在一些实例中，个体是96岁。在一些实例中，个体是97岁。在一些实例中，个体是98岁。在一些实例中，个体是99岁。在一些实例中，个体是100岁。在一些实例中，个体大于100岁。
V.机器学习
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用质谱和/或液相色谱定量一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法提包括使用质谱和/或液相色谱定量一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。在一些实例中，定量结果用作训练模型中的输入。在一些实例中，基于测试样品中定量的每种聚糖或糖肽的绝对量、相对量和/或类型，用诊断算法对定量结果进行分类或归类，其中对从患有已知疾病或疾患的个体群体获得的每种标志物的相应值训练诊断算法。在一些实例中，疾病或疾患是卵巢癌。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了用于训练机器学习算法的方法，所述方法包括：提供指示包含糖肽的样品的MRM转变信号的第一数据集，所述糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；提供指示对照样品的MRM转变信号的第二数据集；以及使用机器学习算法将所述第一数据集与所述第二数据集进行比较。在一些实例中，所述方法包括提供指示样品的MRM转变信号的第一数据集，所述样品包含基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含由选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品，所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含基本上由选自由SEQID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品，所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合，所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合，所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用对照样品，其中所述对照样品是来自未患卵巢癌的患者的样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含基本上由选自由SEQID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品，所述样品是来自一名或多名患有卵巢癌的患者的汇集样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用包含基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的样品：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合，所述样品是来自一名或多名患有卵巢癌的患者的汇集样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文的方法包括使用对照样品，所述对照样品是来自一名或多名未患卵巢癌的患者的汇集样品。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括生成使用来自患有疾病或疾患的患者和未患疾病或疾患的患者的质谱数据(例如，MRM-MS转变信号)训练的机器学习模型。在一些实例中，疾病或疾患是卵巢癌。在一些实例中，所述方法包括通过与已知标准或其他样品的交叉验证来优化机器学习模型。在一些实例中，所述方法包括使用质谱数据来限定性能以形成具有个体敏感性和特异性的聚糖和糖肽组。在某些实例中，所述方法包括确定与诊断有关的置信度百分比。在一些实例中，基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的一至十种糖肽可用于以一定的置信度百分比诊断患有卵巢癌的患者。在一些实例中，基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的十至五十种糖肽可用于以较高的置信度百分比诊断患有卵巢癌的患者。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对生物样品进行MRM-MS和/或LC-MS。在一些实例中，所述方法包括通过计算装置构建代表多个质谱的理论质谱数据，其中所述多个质谱中的每一个对应于一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法包括通过所述计算装置将所述质谱数据与理论质谱数据进行比较以生成指示所述多个质谱中的每一个与同所述多种糖肽中的相应糖肽相关的多个理论目标质谱中的每一个的相似性的比较数据。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括生成使用来自患有疾病或疾患的患者和未患疾病或疾患的患者的质谱数据(例如，MRM-MS转变信号)训练的机器学习模型。在一些实例中，疾病或疾患是卵巢癌。在一些实例中，所述方法包括通过与已知标准或其他样品的交叉验证来优化机器学习模型。在一些实例中，所述方法包括使用质谱数据来限定性能以形成具有个体敏感性和特异性的聚糖和糖肽组。在某些实例中，所述方法包括确定与诊断有关的置信度百分比。在一些实例中，基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的一至十种糖肽可用于以一定置信度百分比诊断患有卵巢癌的患者。在一些实例中，基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的十至五十种糖肽可用于以较高置信度百分比诊断患有卵巢癌的患者。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括对生物样品进行MRM-MS和/或LC-MS。在一些实例中，所述方法包括通过计算装置构建代表多个质谱的理论质谱数据，其中所述多个质谱中的每一个对应于一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述方法包括通过所述计算装置将所述质谱数据与理论质谱数据进行比较以生成指示所述多个质谱中的每一个与同所述多种糖肽中的相应糖肽相关的多个理论目标质谱中的每一个的相似性的比较数据。
在一些实例中，机器学习算法用于通过计算装置且基于MRM-MS数据确定多个质谱中的多个特征性离子的分布；并且通过所述计算装置且基于所述分布确定所述多个特征性离子中的一个或多个是否是糖肽离子。
在一些实例中，本文的方法包括训练诊断算法。在本文中，训练诊断算法可指基于一种或多种糖肽的值对诊断算法的监督学习，所述一种或多种糖肽由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成。训练诊断算法可指基于一种或多种糖肽的值在统计模型中进行变量选择，所述一种或多种糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成。训练诊断算法可例如包括为每个类别确定特征空间中的权重向量，或者确定函数或函数参数。
在一些实例中，本文的方法包括训练诊断算法。在本文中，训练诊断算法可指基于一种或多种糖肽的值对诊断算法的监督学习，所述一种或多种糖肽由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。训练诊断算法可指基于一种或多种糖肽的值在统计模型中进行变量选择，所述一种或多种糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。训练诊断算法可例如包括为每个类别确定特征空间中的权重向量，或者确定函数或函数参数。
在一些实例中，包括任何前述实例，机器学习算法选自由以下组成的组：深度学习算法、神经网络算法、人工神经网络算法、监督机器学习算法、线性判别分析算法、二次判别分析算法、支持向量机算法、线性基函数核支持向量算法、径向基函数核支持向量算法、随机森林算法、遗传算法、最近邻算法、k-最近邻、朴素贝叶斯分类算法、逻辑回归算法或它们的组合。在某些实例中，机器学习算法是套索回归。
在某些实例中，机器学习算法是LASSO、岭回归、随机森林、K最近邻(KNN)、深度神经网络(DNN)和主成分分析(PCA)。在某些实例中，DNN用于将质谱数据处理为分析就绪形式。在一些实例中，DNN用于从质谱中拾取峰。在一些实例中，PCA可用于特征检测中。
在一些实例中，LASSO用于提供特征选择。
在一些实例中，机器学习算法用于定量来自代表蛋白质丰度的每种蛋白质的肽。在一些实例中，这种定量包括对未测量糖基化的蛋白质进行定量。
在一些实例中，通过在质谱仪中片段化和使用Byonic软件的数据库搜索来鉴定糖肽序列。
在一些实例中，本文的方法包括无监督学习以检测代表已知生物量的MRMS-MS数据的特征，如蛋白质功能或聚糖基序。在某些实例中，这些特征用作通过机器分类的输入。在一些实例中，使用LASSO、岭回归或随机森林性质执行分类。
在一些实例中，本文的方法包括在算法中处理值之前将输入数据(例如，MRM转变峰)映射至值(例如，基于0-100的尺度)。例如，在鉴定MRM转变并表征峰之后，本文的方法包括评估给定患者的峰周围的m/z和保留时间窗口中的MS扫描。在一些实例中，所得色谱图通过机器学习算法进行积分，所述算法确定峰起点和终点，并计算由那些点和强度(高度)界定的面积。由此产生的积分值是丰度，然后将其馈送值机器学习和统计分析培训和数据集中。
在一些实例中，机器学习输出在一个实例中用作另一个实例中的机器学习输入。例如，除了用于分类过程的PCA之外，DNN数据处理还馈送至PCA和其他分析中。这导致至少三个级别的算法处理。在本公开的范围内设想了其他分层结构。
在一些实例中，包括任何前述实例，所述方法包括将样品中定量的每种聚糖或糖肽的量与诊断算法中每种聚糖或糖肽的相应参考值进行比较。在一些实例中，所述方法包括比较过程，通过所述过程使用诊断算法将所述样品中定量的聚糖或糖肽的量与相同聚糖或糖肽的参考值进行比较。比较过程可以是通过诊断算法分类的一部分。比较过程可发生在抽象级别，例如，在n维特征空间或更高维空间中。
在一些实例中，本文的方法包括基于使用诊断算法在样品中定量的每种聚糖或糖肽的量对患者的样品进行分类。在一些实例中，所述方法包括使用统计或机器学习分类过程，通过所述过程，在测试样品中定量的聚糖或糖肽的量用于通过诊断算法确定健康类别。在一些实例中，诊断算法是统计或机器学习分类算法。
在一些实例中，包括任何上述实例，通过诊断算法进行分类可包括对属于每个可能类别的一组聚糖或糖肽值的可能性进行评分，并确定最高评分类别。通过诊断算法分类可包括通过距离函数将一组标志物值与之前的观察值进行比较。适用于分类的诊断算法的实例包括随机森林、支持向量机、逻辑回归(例如多类或多项逻辑回归和/或适用于稀疏逻辑回归的算法)。如本领域技术人员已知的，可使用适合分类的多种其他诊断算法。
在一些实例中，本文的方法包括基于从患有疾病或疾患(例如，卵巢癌)的个体群体获得的每种聚糖或糖肽的值对诊断算法的监督学习。在一些实例中，所述方法包括基于从患有卵巢癌的个体群体获得的每种聚糖或糖肽的值在统计模型中进行变量选择。训练诊断算法可例如包括为每个类别确定特征空间中的权重向量，或者确定函数或函数参数。
在一个实施方案中，参考值是源自一个个体的一种或多种样品中聚糖或糖肽的量。或者，参考值可通过汇集从多个个体获得的数据并计算聚糖或糖肽的平均(例如，平均或中值)量来导出。因此，参考值可反映多个个体中聚糖或糖肽的平均量。所述量可以与本文所述相同的方式以绝对或相对术语表达。
在一些实例中，参考值可源自与所测试的样品相同的样品，从而允许在两者之间进行适当的比较。例如，如果样品来自尿液，则参考值也来自尿液。在一些实例中，如果样品是血液样品(例如血浆或血清样品)，那么参考值也将是血液样品(例如血浆样品或血清样品，视情况而定)。当比较样品与参考值时，样品与参考值之间的数量表示方式相匹配。因此，可将绝对量与绝对量进行比较，并且可将相对量与相对量进行比较。类似地，用于使用诊断算法进行分类的量的表达方式与用于训练诊断算法的量的表达方式相匹配。
当确定聚糖或糖肽的量时，所述方法可包括将每种聚糖或糖肽的量与其相应的参考值进行比较。当确定一种、一些或所有聚糖或糖肽的累积量时，所述方法可包括将累积量与相应的参考值进行比较。当聚糖或糖肽的量在公式中彼此组合以形成指数值时，可将所述指数值与以相同方式导出的相应参考指数值进行比较。
参考值可在本文描述的方法内(即，构其步骤)或外部(即，不构成其步骤)获得。在一些实例中，所述方法包括建立用于标记定量的参考值的步骤。在其他实例中，参考值是在本文所述方法的外部获得的，并且在本发明的比较步骤期间访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，诊断算法的训练可在本文阐述的方法之内(即，构成其步骤)或外部(即，不构成其步骤)获得。在一些实例中，所述方法包括训练诊断算法的步骤。在一些实例中，诊断算法在本文方法的外部进行训练并且在本发明的分类步骤期间被访问。参考值可通过定量从健康个体群体获得的样品中聚糖或糖肽的量来确定。可通过定量从健康个体群体获得的样品中聚糖或糖肽的量来训练诊断算法。如本文所用，术语“健康个体”是指处于健康状态的个体或个体组，例如未表现出任何疾病症状、尚未被诊断患有疾病和/或不太可能发展疾病的患者。优选地，所述健康个体没有服用影响疾病的药物并且尚未被诊断患有任何其他疾病。一个或多个健康个体可具有与测试个体相比相似的性别、年龄和体重指数(BMI)。参考值可通过定量从患有疾病的个体群体获得的样品中的聚糖或糖肽的量来确定。诊断算法可通过定量从患有疾病的个体群体获得的样品中的标志物的量来训练。更优选地，与测试个体相比，此类个体可具有相似的性别、年龄和体重指数(BMI)。参考值可从患有卵巢癌的个体群体获得。可通过定量从患有卵巢癌的个体群体获得的样品中的聚糖或糖肽的量来训练诊断算法。一旦确定了卵巢癌的特征性聚糖或糖肽谱，就可将来自从个体获得的生物样品的标志物谱与该参考谱进行比较以确定测试受试者是否也患有卵巢癌。一旦诊断算法被训练以对卵巢癌进行分类，就可将来自从个体获得的生物样品的标志物谱通过诊断算法进行分类以确定测试受试者是否也处于卵巢癌的所述特定阶段。
VI.试剂盒
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了包含糖肽标准品、缓冲剂和一种或多种糖肽的试剂盒，所述一种或多种糖肽由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了包含糖肽标准品、缓冲剂和一种或多种糖肽的试剂盒，所述一种或多种糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了用于诊断或监测个体的癌症的试剂盒，其中确定来自所述个体的样品的聚糖或糖肽谱并且将测量的谱与正常患者的谱或具有癌症家族史的患者的谱进行比较。在一些实例中，所述试剂盒包含一种或多种由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。在一些实例中，所述试剂盒包含一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了试剂盒，所述试剂盒包含糖肽标准品、缓冲剂和一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了试剂盒，所述试剂盒包含糖肽标准品、缓冲剂和一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ IDNO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了用于诊断或监测个体的癌症的试剂盒，其中确定来自所述个体的样品的聚糖或糖肽谱并且将测量的谱与正常患者的谱或具有癌症家族史的患者的谱进行比较。在一些实例中，所述试剂盒包含一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194。在一些实例中，所述试剂盒包含一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、和194。
在一些实例中，包括任何前述实例，本文阐述了包含用于定量源自糖肽的氧化、硝化和/或糖化游离加合物的试剂的试剂盒。
VII.临床测定
在一些实例中，包括任何前述实例，生物标志物、方法和/或试剂盒可用于诊断患者的临床环境中。在这些实例中的一些中，样品的分析包括使用内部标准品。这些标准品可包括一种或多种由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。这些标准品可包括一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在临床环境中，可制备样品(例如，通过消化)以包含一种或多种由选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在临床环境中，可制备样品(例如，通过消化)以包含一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
在一些实例中，可通过比较一种或多种由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与另一种生物标志物的浓度来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，可通过比较一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与另一种生物标志物的浓度来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，可通过比较一种或多种由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与一种或多种由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，可通过比较一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，包括任何前述实例，试剂盒可包括用于计算糖肽MRM转变信号的归一化的软件。
在一些实例中，包括任何上述实例，试剂盒可包括用于定量由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量的软件。
在一些实例中，包括任何上述实例，试剂盒可包括用于定量由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的相对量的软件。
在一些实例中，包括任何前述实例，训练模型存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，临床医生将来自患者样品的MRM转变信号的定量输入到存储在服务器上的训练模型中。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，训练模型存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，临床医生将来自患者样品的由或基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的一个或多个糖肽的定量输入存储在服务器上的训练模型中。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，MRM转变信号1-150被存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，临床医生将来自患者样品的MRM转变信号与存储在服务器上的MRM转变信号1-150进行比较。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，已经使用本文描述的MRM转变信号1-150训练的机器学习算法被存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，在服务器上远程访问的机器学习算法分析来自患者样品的MRM转变信号。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，生物标志物、方法和/或试剂盒可用于诊断患者的临床环境中。在这些实例中的一些中，样品的分析包括使用内部标准品。这些标准品可包括一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。这些标准品可包括一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在临床环境中，可制备样品(例如通过消化)以包含一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在临床环境中，可制备样品(例如通过消化)以包含一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，可通过将一种或多种由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与另一种生物标志物的浓度进行比较来评估聚糖或糖肽的量：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，可通过将一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与另一种生物标志物的浓度进行比较来评估聚糖或糖肽的量：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，聚糖或糖肽的量可通过将一种或多种由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与一种或多种由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量进行比较来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，聚糖或糖肽的量可通过将一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量与一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量进行比较来评估聚糖或糖肽的量。
在一些实例中，包括任何前述实例，试剂盒可包括用于计算糖肽MRM转变信号的归一化的软件。
在一些实例中，包括任何前述实例，试剂盒可包括用于定量由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量的软件：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，包括任何前述实例，试剂盒可包括用于定量由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的相对量的软件：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
在一些实例中，包括任何前述实例，训练模型存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，临床医生将来自患者样品的MRM转变信号的定量输入到存储在服务器上的训练模型中。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
在一些实例中，包括任何前述实例，训练模型存储在服务器上，所述服务器由执行本文中阐述的方法的临床医生访问。在一些实例中，临床医生将来自患者样品的由或基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的一种或多种糖肽的定量输入存储在服务器上的训练模型中：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。在一些实例中，服务器通过互联网、无线通信或其他数字或电信方法访问。
VIII.实施例
化学品和试剂.从人血清/血浆纯化的糖蛋白标准品购自Sigma-Aldrich(St.Louis,MO)。测序级胰蛋白酶购自Promega(Madison,WI)。二硫苏糖醇(DTT)和碘乙酰胺(IAA)购自Sigma-Aldrich(St.Louis,MO)。人血清购自Sigma-Aldrich(St.Louis,MO)。
样品制备.将血清样品和糖蛋白标准品还原、烷基化，然后在37℃的水浴中用胰蛋白酶消化18小时。
LC-MS/MS分析.为了定量分析，将胰蛋白酶消化的血清样品注入与三重四极(QqQ)质谱仪耦联的高效液相色谱(HPLC)系统中。在反相柱上进行分离。二元梯度中使用的溶剂A和B由水、乙腈和甲酸的混合物组成。在使用供应商提供的标准品进行源调优后，使用典型的正电离源参数。评估了以下范围：介于3-5kV之间的源喷雾电压、250-350℃的温度和20-40psi的氮气鞘气流速。所用仪器的扫描模式为dMRM。
对于糖蛋白组学分析，使用Q ExactiveTMHybrid Quadrupole-Or bitrapTM质谱仪或Agilent 6495B三重四极LC/MS分析富集的血清糖肽。
MRM质谱设置、样品制备和试剂阐述于Li,等人,Site-Specific GlycosylationQuantification of 50serum Glycoproteins Enhanced by PredictiveGlycopeptidomics for Improved Disease Biomarker Discovery,Anal.Chem.2019,91,5433-5445,DOI:10.1021/acs.analchem.9b00776中，所述文献的全部内容出于所有目的以引用的方式整体并入本文。
实施例1-鉴定糖肽生物标志物
该实施例参考图15和17-19。
如图15所示，在步骤1中，提供了来自患有卵巢癌的患者的样品和来自未患卵巢癌的患者的样品。在步骤2中，使用酶蛋白酶消化样品以形成糖肽片段。在步骤3中，将糖肽片段引入串联LC-MS/MS仪器中，以分析与上述样品相关的保留时间和MRM-MS转变信号。在步骤4中，鉴定了糖肽和聚糖生物标志物。机器学习算法从一系列MS光谱中选择MRM-MS转变信号，并将那些信号与某些糖肽片段的计算质量相关联。有关由机器学习算法鉴定的MRM-MS转变信号，参见图17-18。
在步骤5中，使用机器学习算法(包括套索回归)将来自患有卵巢癌的患者的样品中鉴定的糖肽与来自未患卵巢癌的患者的样品中鉴定的糖肽进行比较。该比较包括糖肽的类型、绝对量和相对量的比较。通过这种比较，计算了肽的归一化和糖肽的相对丰度。有关该比较的输出结果，参见图19。
实施例2-鉴定糖肽生物标志物
该实施例参考图16。
如图1所示，在步骤1中，提供来自患者的样品。在步骤2中，使用酶蛋白酶消化样品以形成糖肽片段。在步骤3中，将糖肽片段引入串联LC-MS/MS仪器中，以分析与样品相关的保留时间和MRM-MS转变信号。在步骤4中，使用机器学习算法鉴定糖肽，所述算法选择MRM-MS转变信号并将那些信号与某些糖肽片段的计算质量相关联。在步骤5中，将数据归一化。在步骤6中，机器学习用于分析归一化数据以鉴定指示患有卵巢癌的患者的生物标志物。
IX.表
表1.来自糖肽组的糖肽的转变数量。
Figure BDA0003191520850000911
Figure BDA0003191520850000921
Figure BDA0003191520850000931
Figure BDA0003191520850000941
Figure BDA0003191520850000951
Figure BDA0003191520850000961
Figure BDA0003191520850000971
Figure BDA0003191520850000981
Figure BDA0003191520850000991
表2.转变编号与前体离子和产物离子(m/z)
Figure BDA0003191520850000992
Figure BDA0003191520850001001
Figure BDA0003191520850001011
Figure BDA0003191520850001021
Figure BDA0003191520850001031
MS1和MS2分辨率是1个单位。
表3.转变编号与保留时间、Δ保留时间、裂解电压和碰撞能量
Figure BDA0003191520850001041
Figure BDA0003191520850001051
Figure BDA0003191520850001061
Figure BDA0003191520850001071
细胞加速器电压是5。
表4.聚糖残基化合物编号、分子量和聚糖片段质荷比(m/z)(+2)和(m/z)(+3)比
Figure BDA0003191520850001081
Figure BDA0003191520850001091
Figure BDA0003191520850001101
Figure BDA0003191520850001111
Figure BDA0003191520850001121
Figure BDA0003191520850001131
表5.聚糖残基化合物编号、分子量和分类
Figure BDA0003191520850001132
Figure BDA0003191520850001141
Figure BDA0003191520850001151
Figure BDA0003191520850001161
Figure BDA0003191520850001171
Figure BDA0003191520850001181
实施例3-CA 125 ELISA
该实施例参考图20。
对患者样品进行了蛋白质CA 125(癌抗原125)酶联免疫吸附测定(ELISA)。患者池包括n＝187名患有恶性卵巢癌(1-4期)的女性和n＝198名具有良性乳腺或盆腔肿块的女性，于2018年3月从Indivumed,GmbH购买。
ELISA测定的结果示于图20中。
在截断值＝35；观察到ELISA测定在以下准确度、灵敏度和特异性水平下诊断恶性卵巢癌：
准确度＝85.2％灵敏度＝84.0％特异性＝86.4％
样品在20％患病率＝60.7％时具有阳性预测值
样品在20％患病率＝95.6％时具有阴性预测值
在美国，每年大约有22,000例新的卵巢癌病例，其源于大约110,000个盆腔肿块(在20％患病率下)。尽管与文献(其为更典型地大约80％灵敏度和70％特异性)相比，该实施例中提出的CA-125ELISA显示出高于通常报告的值，但正如观察到的，CA-125ELISA测试将正确鉴定18,480例恶性癌症和76,032例良性癌症。这导致11,968例假阳性和3520例假阴性。
实施例4-糖蛋白组学训练模型测试
该实施例参考图21。
使用SEQ ID NO:1-150训练的模型用于鉴定给定患者样品患有卵巢癌的概率。
患者池包括n＝187名患有恶性卵巢癌(1-4期)的女性和n＝198名具有良性乳腺或盆腔肿块的女性，于2018年3月从Indivumed,GmbH购买。
结果在图21中示出。
在截断值＝0.32；观察到所述模型在以下准确度、灵敏度和特异性水平下诊断恶性卵巢癌：
准确度＝91.9％灵敏度＝91.4％特异性＝92.4％
样品在20％患病率＝75.0％时具有阳性预测值。
样品在20％患病率＝97.7％时具有阴性预测值。
在美国，每年大约有22,000例新的卵巢癌病例，其源于大约110,000个盆腔肿块(在20％患病率)。
该实施例中阐述的糖蛋白组学测试正确鉴定了20,108例恶性癌症和81,312例良性癌症。这导致6,688例假阳性和1,892例假阴性。
与本文实施例3中的CA-125ELISA测试以及仅在美国相比，使用本文实施例4中阐述的糖蛋白组学测试导致每年减少5,280例不正确的癌症诊断，以及增加以其他方式遗漏的1,628例正确的诊断。这些额外的6,908名正确诊断的患者都将被分类到适当的手术和外科医生处，而在那里他们不会进行CA-125测试。这导致患者以及对预测的恶性肿瘤进行手术所需的妇科肿瘤学家的压力大大减轻。
上述实施方案和实施例旨在仅是说明性的而非限制性的。本领域技术人员仅使用常规实验将会认识到或将能够确定具体化合物、材料和程序的许多等效方案。所有此类等效方案都被认为在范围内并且由所附权利要求书涵盖。
序列表
<110> 韦恩生物科技股份公司(VENN BIOSCIENCES CORPORATION)
<120> 用于诊断卵巢癌的生物标志物
<130> 119759.00007
<160> 262
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_107_6501/6520；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 1
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 2
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_107_6513；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 2
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 3
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_271_5401；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 3
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 4
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_271_5402；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 4
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 5
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_271MC_5402；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 5
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 6
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_70_5402；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 6
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 7
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1AT-GP001_70_5412；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 7
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 8
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-A1AT-GP001_AVLTIDEK；
GP001-P01009|α-1-抗胰蛋白酶|A1AT
<400> 8
Ala Val Leu Thr Ile Asp Glu Lys
1 5
<210> 9
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A1BG-GP002_179_5421/5402；
GP002-P04217|α-1B-糖蛋白|A1BG
<400> 9
Leu Leu Glu Leu Thr Gly Pro Lys
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-A2GL-GP003_GQTLLAVAK；
GP003-P02750|富含亮氨酸的α-2-糖蛋白|A2GL
<400> 10
Gly Gln Thr Leu Leu Ala Val Ala Lys
1 5
<210> 11
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-A2GL-GP003_DLLLPQPDLR；
GP003-P02750|富含亮氨酸的α-2-糖蛋白|A2GL
<400> 11
Asp Leu Leu Leu Pro Gln Pro Asp Leu Arg
1 5 10
<210> 12
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 12
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 13
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 13
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 14
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402_z3；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 14
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 15
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402_z3；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 15
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 16
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402_z5；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 16
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 17
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_1424_5402_z5；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 17
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 18
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_247_5200；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 18
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 19
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_247_5200；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 19
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 20
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_247_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 20
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 21
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_247_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 21
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_55_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 22
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 23
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_55_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 23
Thr Glu His Pro Phe Thr Val Glu Glu Phe Val Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 24
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_5401；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 24
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 25
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_5401；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 25
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1 5 10
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<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 26
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1 5 10
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<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_5402；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 27
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1 5 10
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<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_6301；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 28
Ala Ile Gly Tyr Leu Asn Thr Gly Tyr Gln Arg
1 5 10
<210> 29
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：A2MG-GP004_869_6301；
GP004-P01023|α-2-巨球蛋白|A2MG
<400> 29
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1 5 10
<210> 30
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AACT-GP005_271_7602；
GP005-P01011|α-1-抗胰凝乳蛋白酶|AACT
<400> 30
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1 5 10
<210> 31
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-AACT-GP005_ADLSGITGAR；
GP005-P01011|α-1-抗胰凝乳蛋白酶|AACT
<400> 31
Ala Asp Leu Ser Gly Ile Thr Gly Ala Arg
1 5 10
<210> 32
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AFAM-GP006_33_5402；GP006-P43652|Afamin|AFAM
<400> 32
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1 5 10 15
Lys
<210> 33
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-AFAM-GP006_SDVGFLPPFPTLDPEEK；
GP006-P43652|Afamin|AFAM
<400> 33
Ser Asp Val Gly Phe Leu Pro Pro Phe Pro Thr Leu Asp Pro Glu Glu
1 5 10 15
Lys
<210> 34
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_6503；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 34
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
1 5
<210> 35
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_7601；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 35
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
1 5
<210> 36
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_7602；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 36
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
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<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_7603；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 37
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
1 5
<210> 38
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_7613；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 38
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
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<210> 39
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP12-GP007&008_72MC_7614；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 39
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
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<210> 40
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-AGP12-GP007&008_WFYIASAFR；
GP007&008-P02763&P19652|α-1-酸性糖蛋白1&2|AGP12
<400> 40
Trp Phe Tyr Ile Ala Ser Ala Phe Arg
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<210> 41
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_6513；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 41
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 42
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_6513；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 42
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 43
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7602；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 43
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 44
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7602；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 44
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 45
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7614；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 45
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 46
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7614；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 46
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 47
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7624；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 47
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 48
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_7624；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 48
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 49
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_8704；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 49
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 50
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_8704；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 50
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 51
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_9804；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 51
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 52
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_103_9804；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 52
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 53
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_5402；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 53
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 54
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_5402；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 54
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 55
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_6501；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 55
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 56
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_6501；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 56
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 57
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_6502；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 57
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 58
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_33_6502；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 58
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 59
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_6500；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 59
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 60
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_6500；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 60
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 61
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_6513；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 61
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 62
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_6513；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 62
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 63
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7602/7621；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 63
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 64
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7602/7621；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 64
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 65
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7603/7622；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 65
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 66
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7603/7622；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 66
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 67
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7611；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 67
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 68
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7611；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 68
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 69
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7613；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 69
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 70
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP1-GP007_93_7613；GP007-P02763|α-1-酸性
糖蛋白1|AGP1
<400> 70
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 71
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-AGP1-GP007_YVGGQEHFAHLLILR；
GP007-P02763|α-1-酸性糖蛋白1|AGP1
<400> 71
Tyr Val Gly Gly Gln Glu His Phe Ala His Leu Leu Ile Leu Arg
1 5 10 15
<210> 72
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-AGP1-GP007_YVGGQEHFAHLLILR；
GP007-P02763|α-1-酸性糖蛋白1|AGP1
<400> 72
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 73
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-AGP1-GP007_EQLGEFYEALDCLR；
GP007-P02763|α-1-酸性糖蛋白1|AGP1
<400> 73
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Arg
1 5 10
<210> 74
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP2-GP008_103_6503；GP008-P19652|α-1-酸性
糖蛋白2|AGP2
<400> 74
Glu His Val Ala His Leu Leu Phe Leu Arg
1 5 10
<210> 75
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：AGP2-GP008_103_6503；GP008-P19652|α-1-酸性
糖蛋白2|AGP2
<400> 75
Glu Gln Leu Gly Glu Phe Tyr Glu Ala Leu Asp Cys Leu Cys Ile Pro
1 5 10 15
Arg
<210> 76
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-APOA1-GP011_LAEYHAK；GP011-P02647|载脂蛋白
A-I|APOA1
<400> 76
Asp Leu Ala Thr Val Tyr Val Asp Val Leu Lys
1 5 10
<210> 77
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-APOA1-GP011_LAEYHAK；GP011-P02647|载脂蛋白
A-I|APOA1
<400> 77
Leu Ala Glu Tyr His Ala Lys
1 5
<210> 78
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-APOA1-GP011_DLATVYVDVLK；
GP011-P02647|载脂蛋白A-I|APOA1
<400> 78
Asp Leu Ala Thr Val Tyr Val Asp Val Leu Lys
1 5 10
<210> 79
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-APOA1-GP011_DLATVYVDVLK；
GP011-P02647|载脂蛋白A-I|APOA1
<400> 79
Leu Ala Glu Tyr His Ala Lys
1 5
<210> 80
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_0310；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 80
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 81
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_0310；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 81
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 82
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_1102；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 82
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 83
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_1102；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 83
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 84
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_1111；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 84
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 85
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_1111；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 85
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 86
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_2110；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 86
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 87
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74_2110；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 87
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 88
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74Aoff_1102；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 88
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 89
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74Aoff_1102；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 89
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 90
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74MC_1101；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 90
Gly Trp Val Thr Asp Gly Phe Ser Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 91
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOC3-GP012_74MC_1101；GP012-P02656|载脂蛋白
C-III|APOC3
<400> 91
Asp Ala Leu Ser Ser Val Gln Glu Ser Gln Val Ala Gln Gln Ala Arg
1 5 10 15
<210> 92
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOB-GP013_3411_5401；GP013-P04114|载脂蛋白
B-100|APOB
<400> 92
Gly Phe Glu Pro Thr Leu Glu Ala Leu Phe Gly Lys
1 5 10
<210> 93
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOD-GP014_98_5402/5421；GP014-P05090|载脂蛋白
D|APOD
<400> 93
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 94
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOD-GP014_98_5410；GP014-P05090|载脂蛋白D|APOD
<400> 94
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 95
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOD-GP014_98_6510；GP014-P05090|载脂蛋白D|APOD
<400> 95
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 96
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOD-GP014_98_6530；GP014-P05090|载脂蛋白D|APOD
<400> 96
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 97
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOD-GP014_98_9800；GP014-P05090|载脂蛋白D|APOD
<400> 97
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 98
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-APOD-GP014_VLNQELR；
GP014-P05090|载脂蛋白D|APOD
<400> 98
Val Leu Asn Gln Glu Leu Arg
1 5
<210> 99
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：APOH-GP015_253_5401；
GP015-P02749|β-2-糖蛋白1|APOH
<400> 99
Thr Phe Tyr Glu Pro Gly Glu Glu Ile Thr Tyr Ser Cys Lys
1 5 10
<210> 100
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-APOM-GP016_AFLLTPR；
GP016-O95445|载脂蛋白M|APOM
<400> 100
Ala Phe Leu Leu Thr Pro Arg
1 5
<210> 101
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-APOM-GP016_SLTSCLDSK；GP016-O95445|载脂蛋白
M|APOM
<400> 101
Ser Leu Thr Ser Cys Leu Asp Ser Lys
1 5
<210> 102
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-ATRN-GP018_SEAACLAAGPGIR；
GP018-O75882|引诱素|ATRN
<400> 102
Ser Glu Ala Ala Cys Leu Ala Ala Gly Pro Gly Ile Arg
1 5 10
<210> 103
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CAN3-GP022_366_6513；GP022-P20807|钙蛋白酶-3|CAN3
<400> 103
Phe Ile Ile Asp Gly Ala Asn Arg
1 5
<210> 104
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CERU-GP023_138_6503/6522；
GP023-P00450|血浆铜蓝蛋白|CERU
<400> 104
Gly Glu Phe Tyr Ile Gly Ser Lys
1 5
<210> 105
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAH-GP024_1029_5431；
GP024-P08603|补体因子H|CFAH
<400> 105
Ile Asp Val His Leu Val Pro Asp Arg
1 5
<210> 106
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAH-GP024_1029_7500；
GP024-P08603|补体因子H|CFAH
<400> 106
Ile Asp Val His Leu Val Pro Asp Arg
1 5
<210> 107
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAH-GP024_882_5420/5401；
GP024-P08603|补体因子H|CFAH
<400> 107
Ile Asp Val His Leu Val Pro Asp Arg
1 5
<210> 108
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAH-GP024_911_5402/5421；
GP024-P08603|补体因子H|CFAH
<400> 108
Ile Asp Val His Leu Val Pro Asp Arg
1 5
<210> 109
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAI-GP025_70_5401；
GP025-P05156|补体因子I|CFAI
<400> 109
Ile Val Ile Glu Tyr Val Asp Arg
1 5
<210> 110
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CFAI-GP025_70_5402；
GP025-P05156|补体因子I|CFAI
<400> 110
Ile Val Ile Glu Tyr Val Asp Arg
1 5
<210> 111
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CLUS-GP026_291_6503；GP026-P10909|丛生蛋白|CLUS
<400> 111
Ala Ser Ser Ile Ile Asp Glu Leu Phe Gln Asp Arg
1 5 10
<210> 112
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CLUS-GP026_86_6503；GP026-P10909|丛生蛋白|CLUS
<400> 112
Ala Ser Ser Ile Ile Asp Glu Leu Phe Gln Asp Arg
1 5 10
<210> 113
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-CLUS-GP026_ASSIIDELFQDR；
GP026-P10909|丛生蛋白|CLUS
<400> 113
Ala Ser Ser Ile Ile Asp Glu Leu Phe Gln Asp Arg
1 5 10
<210> 114
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CO3-GP028_85_5200；GP028-P01024|补体C3|CO3
<400> 114
Thr Ile Tyr Thr Pro Gly Ser Thr Val Leu Tyr Arg
1 5 10
<210> 115
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CO4A&CO4B-GP029&030_1328_5402；
GP029&030-P0C0L4&P0C0L5|补体C4-A&B|CO4A&CO4B
<400> 115
Val Asp Phe Thr Leu Ser Ser Glu Arg
1 5
<210> 116
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CO4A&CO4B-GP029&030_1328_5402；
GP029&030-P0C0L4&P0C0L5|补体C4-A&B|CO4A&CO4B
<400> 116
Gly Ser Phe Glu Phe Pro Val Gly Asp Ala Val Ser Lys
1 5 10
<210> 117
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-CO6-GP032_GFVVAGPSR；
GP032-P13671|补体组分C6|CO6
<400> 117
Ile Gly Glu Ser Ile Glu Leu Thr Cys Pro Lys
1 5 10
<210> 118
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CO8A-GP033_437_5200；
GP033-P07357|补体组分C8A链|CO8A
<400> 118
Leu Tyr Tyr Gly Asp Asp Glu Lys
1 5
<210> 119
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-CO8A-GP033_LYYGDDEK；
GP033-P07357|补体组分C8A链|CO8A
<400> 119
Cys Glu Gly Phe Val Cys Ala Gln Thr Gly Arg
1 5 10
<210> 120
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：CO8B-GP034_553_5410；
GP034-P07358|补体组分C8B链|CO8B
<400> 120
Cys Glu Gly Phe Val Cys Ala Gln Thr Gly Arg
1 5 10
<210> 121
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-FA12-GP035_VVGGLVALR；
GP035-P00748|凝血因子XII|FA12
<400> 121
Val Val Gly Gly Leu Val Ala Leu Arg
1 5
<210> 122
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：FETUA-GP036_156_5400；
GP036-P02765|α-2-HS-糖蛋白|FETUA
<400> 122
Ala His Tyr Asp Leu Arg
1 5
<210> 123
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：FETUA-GP036_176_5401；
GP036-P02765|α-2-HS-糖蛋白|FETUA
<400> 123
Ala His Tyr Asp Leu Arg
1 5
<210> 124
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：FETUA-GP036_346_2200；
GP036-P02765|α-2-HS-糖蛋白|FETUA
<400> 124
Ala His Tyr Asp Leu Arg
1 5
<210> 125
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-FETUA-GP036_AHYDLR；
GP036-P02765|α-2-HS-糖蛋白|FETUA
<400> 125
Ala His Tyr Asp Leu Arg
1 5
<210> 126
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_11904；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 126
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 127
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_11904；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 127
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 128
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_11915；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 128
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 129
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_11915；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 129
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 130
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_121005；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 130
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 131
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_207_121005；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 131
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 132
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6503；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 132
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 133
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6503；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 133
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 134
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6512；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 134
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 135
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6512；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 135
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 136
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6513；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 136
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 137
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_6513；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 137
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 138
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_7613；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 138
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 139
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HPT-GP044_241_7613；GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 139
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 140
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-HPT-GP044_LPECEAVCGKPK；
GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 140
Leu Pro Glu Cys Glu Ala Val Cys Gly Lys Pro Lys
1 5 10
<210> 141
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-HPT-GP044_ILGGHLDAK；
GP044-P00738|触珠蛋白|HPT
<400> 141
Ile Leu Gly Gly His Leu Asp Ala Lys
1 5
<210> 142
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HRG-GP045_125_5421/5402；GP045-P04196|富含组氨酸的
糖蛋白|HRG
<400> 142
Asp Ser Pro Val Leu Ile Asp Phe Phe Glu Asp Thr Glu Arg
1 5 10
<210> 143
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：HRG-GP045_345_5412；GP045-P04196|富含组氨酸的
糖蛋白|HRG
<400> 143
Asp Ser Pro Val Leu Ile Asp Phe Phe Glu Asp Thr Glu Arg
1 5 10
<210> 144
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgA12-GP046&047_144_5502；
GP046&047-P01876&P01877|免疫球蛋白重链恒定α
1&2|IgA12
<400> 144
Ser Ala Val Gln Gly Pro Pro Glu Arg
1 5
<210> 145
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgA2-GP047_205_5411；GP047-P01877|免疫球蛋白重链
恒定α 2|IgA2
<400> 145
Asp Ala Ser Gly Ala Thr Phe Thr Trp Thr Pro Ser Ser Gly Lys
1 5 10 15
<210> 146
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgA2-GP047_205_5412；GP047-P01877|免疫球蛋白重链
恒定α 2|IgA2
<400> 146
Asp Ala Ser Gly Ala Thr Phe Thr Trp Thr Pro Ser Ser Gly Lys
1 5 10 15
<210> 147
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgA2-GP047_205_5510；GP047-P01877|免疫球蛋白重链
恒定α 2|IgA2
<400> 147
Asp Ala Ser Gly Ala Thr Phe Thr Trp Thr Pro Ser Ser Gly Lys
1 5 10 15
<210> 148
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgG2-GP049_297_3410；GP049-P01859|免疫球蛋白重链
恒定γ2|IgG2
<400> 148
Gly Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
1 5
<210> 149
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgG2-GP049_297_3410；GP049-P01859|免疫球蛋白重链
恒定γ2|IgG2
<400> 149
Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Pro Val Ala Gly Pro
1 5 10 15
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys
20 25
<210> 150
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgG2-GP049_297_4411；GP049-P01859|免疫球蛋白重链
恒定γ2|IgG2
<400> 150
Gly Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
1 5
<210> 151
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgG2-GP049_297_4411；GP049-P01859|免疫球蛋白重链
恒定γ2|IgG2
<400> 151
Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Pro Val Ala Gly Pro
1 5 10 15
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys
20 25
<210> 152
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-IgG2-GP049_GLPAPIEK；
GP049-P01859|免疫球蛋白重链恒定γ2|IgG2
<400> 152
Gly Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys
1 5
<210> 153
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-IgG2-GP049_GLPAPIEK；
GP049-P01859|免疫球蛋白重链恒定γ2|IgG2
<400> 153
Cys Cys Val Glu Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Pro Val Ala Gly Pro
1 5 10 15
Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys
20 25
<210> 154
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgM-GP053_439_6200；GP053-P01871|免疫球蛋白重链
恒定μ|IgM
<400> 154
Tyr Ala Ala Thr Ser Gln Val Leu Leu Pro Ser Lys
1 5 10
<210> 155
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgM-GP053_439_6200；GP053-P01871|免疫球蛋白重链
恒定μ|IgM
<400> 155
Phe Thr Cys Thr Val Thr His Thr Asp Leu Pro Ser Pro Leu Lys
1 5 10 15
<210> 156
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgM-GP053_46_5601；GP053-P01871|免疫球蛋白重链
恒定μ|IgM
<400> 156
Tyr Ala Ala Thr Ser Gln Val Leu Leu Pro Ser Lys
1 5 10
<210> 157
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：IgM-GP053_46_5601；GP053-P01871|免疫球蛋白重链
恒定μ|IgM
<400> 157
Phe Thr Cys Thr Val Thr His Thr Asp Leu Pro Ser Pro Leu Lys
1 5 10 15
<210> 158
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：ITIH1-GP054_285_5511；GP054-P19827|间α-胰蛋白酶
抑制剂重链H1|ITIH1
<400> 158
Leu Asp Ala Gln Ala Ser Phe Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 159
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-ITIH1-GP054_LDAQASFLPK；
GP054-P19827|间α-胰蛋白酶抑制剂重链H1|ITIH1
<400> 159
Leu Asp Ala Gln Ala Ser Phe Leu Pro Lys
1 5 10
<210> 160
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：ITIH4-GP055_517_5420/5401；
GP055-Q14624|间α-胰蛋白酶抑制剂重链H4|ITIH4
<400> 160
Gly Pro Asp Val Leu Thr Ala Thr Val Ser Gly Lys
1 5 10
<210> 161
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：KLKB1-GP056_494_5400；GP056-P03952|血浆激肽释放酶|KLKB1
<400> 161
Thr Gly Ala Val Ser Gly His Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 162
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：KLKB1-GP056_494_5402；GP056-P03952|血浆激肽释放酶|KLKB1
<400> 162
Thr Gly Ala Val Ser Gly His Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 163
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：KLKB1-GP056_494_6503；GP056-P03952|血浆激肽释放酶|KLKB1
<400> 163
Thr Gly Ala Val Ser Gly His Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 164
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-KLKB1-GP056_TGAVSGHSLK；GP056-P03952|血浆激肽释放酶|KLKB1
<400> 164
Thr Gly Ala Val Ser Gly His Ser Leu Lys
1 5 10
<210> 165
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-KNG1-GP057_YFIDFVAR；
GP057-P01042|激肽原-1|KNG1
<400> 165
Tyr Phe Ile Asp Phe Val Ala Arg
1 5
<210> 166
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：PON1-GP060_253_4301；GP060-P27169|血清对氧磷酶/芳基酯酶1|PON1
<400> 166
Tyr Val Tyr Ile Ala Glu Leu Leu Ala His Lys
1 5 10
<210> 167
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：PON1-GP060_324_5420；GP060-P27169|血清对氧磷酶/芳基酯酶1|PON1
<400> 167
Tyr Val Tyr Ile Ala Glu Leu Leu Ala His Lys
1 5 10
<210> 168
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：PON1-GP060_324_6501；GP060-P27169|血清对氧磷酶/芳基酯酶1|PON1
<400> 168
Tyr Val Tyr Ile Ala Glu Leu Leu Ala His Lys
1 5 10
<210> 169
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：PON1-GP060_324_6502；GP060-P27169|血清对氧磷酶/芳基酯酶1|PON1
<400> 169
Tyr Val Tyr Ile Ala Glu Leu Leu Ala His Lys
1 5 10
<210> 170
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-PON1-GP060_YVYIAELLAHK；GP060-P27169|血清对氧磷酶/芳基酯酶1|PON1
<400> 170
Tyr Val Tyr Ile Ala Glu Leu Leu Ala His Lys
1 5 10
<210> 171
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-SEPP1-GP061_VSLATVDK；
GP061-P49908|硒蛋白P|SEPP1
<400> 171
Val Ser Leu Ala Thr Val Asp Lys
1 5
<210> 172
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：THRB-GP063_121_5420/5401；
GP063-P00734|凝血酶原|THRB
<400> 172
Tyr Thr Ala Cys Glu Thr Ala Arg
1 5
<210> 173
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：THRB-GP063_121_5421/5402；
GP063-P00734|凝血酶原|THRB
<400> 173
Tyr Thr Ala Cys Glu Thr Ala Arg
1 5
<210> 174
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-TRFE-GP064_DSAHGFLK；
GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 174
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 175
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-TRFE-GP064_DDTVCLAK；
GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 175
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 176
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_432_5401；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 176
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 177
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_432_5402；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 177
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 178
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_432_5412；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 178
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 179
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_5400；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 179
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 180
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_6410；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 180
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 181
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_6411；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 181
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 182
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_6502；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 182
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 183
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_6503；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 183
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 184
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：TRFE-GP064_630_6513；GP064-P02787|血清转铁蛋白|TRFE
<400> 184
Asp Asp Thr Val Cys Leu Ala Lys
1 5
<210> 185
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-TTR-GP065_TSESGELHGLTTEEEFVEGIYK；
GP065-P02766|甲状腺素运载蛋白|TTR
<400> 185
Thr Ser Glu Ser Gly Glu Leu His Gly Leu Thr Thr Glu Glu Glu Phe
1 5 10 15
Val Glu Gly Ile Tyr Lys
20
<210> 186
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：QuantPep-UN13A-GP066_LDLGLTVEVWNK；
GP066-Q9UPW8|蛋白unc-13同源物A|UN13A
<400> 186
Leu Asp Leu Gly Leu Thr Val Glu Val Trp Asn Lys
1 5 10
<210> 187
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：UN13A-GP066_1005_3420；GP066-Q9UPW8|蛋白
unc-13同源物A|UN13A
<400> 187
Leu Asp Leu Gly Leu Thr Val Glu Val Trp Asn Lys
1 5 10
<210> 188
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：UN13A-GP066_1005_5431；GP066-Q9UPW8|蛋白
unc-13同源物A|UN13A
<400> 188
Leu Asp Leu Gly Leu Thr Val Glu Val Trp Asn Lys
1 5 10
<210> 189
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：UN13A-GP066_1005_7420；GP066-Q9UPW8|蛋白
unc-13同源物A|UN13A
<400> 189
Leu Asp Leu Gly Leu Thr Val Glu Val Trp Asn Lys
1 5 10
<210> 190
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_169_5401；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 190
Gly Gln Tyr Cys Tyr Glu Leu Asp Glu Lys
1 5 10
<210> 191
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_169_5401；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 191
Ala Val Arg Pro Gly Tyr Pro Lys
1 5
<210> 192
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_242_6502；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 192
Gly Gln Tyr Cys Tyr Glu Leu Asp Glu Lys
1 5 10
<210> 193
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_242_6502；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 193
Ala Val Arg Pro Gly Tyr Pro Lys
1 5
<210> 194
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_242_6503；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 194
Gly Gln Tyr Cys Tyr Glu Leu Asp Glu Lys
1 5 10
<210> 195
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_242_6503；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 195
Ala Val Arg Pro Gly Tyr Pro Lys
1 5
<210> 196
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_86_6503；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 196
Gly Gln Tyr Cys Tyr Glu Leu Asp Glu Lys
1 5 10
<210> 197
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：VTNC-GP067_86_6503；GP067-P04004|玻连蛋白|VTNC
<400> 197
Ala Val Arg Pro Gly Tyr Pro Lys
1 5
<210> 198
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：ZA2G-GP068_112_5412；
GP068-P25311|锌-α-2-糖蛋白|ZA2G
<400> 198
Cys Leu Ala Tyr Asp Phe Tyr Pro Gly Lys
1 5 10
<210> 199
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：ZA2G-GP068_112_5412；
GP068-P25311|锌-α-2-糖蛋白|ZA2G
<400> 199
Ala Gly Glu Val Gln Glu Pro Glu Leu Arg
1 5 10
<210> 200
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-IGF2-GIVEECCFR；-P01344|胰岛素样生长因子-II|IGF2
<400> 200
Gly Ile Val Glu Glu Cys Cys Phe Arg
1 5
<210> 201
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-APOC1-QSELSAK；-P02654|载脂蛋白C-I|APOC1
<400> 201
Gln Ser Glu Leu Ser Ala Lys
1 5
<210> 202
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：pep-RET4-LLNLDGTCADSYSFVFSR；标准品1
<400> 202
Leu Leu Asn Leu Asp Gly Thr Cys Ala Asp Ser Tyr Ser Phe Val Phe
1 5 10 15
Ser Arg
<210> 203
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成：ISTD_RPAIAINNPYVPR
<400> 203
Arg Pro Ala Ile Ala Ile Asn Asn Pro Tyr Val Pro Arg
1 5 10
<210> 204
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 204
Ala Asp Thr His Asp Glu Ile Leu Glu Gly Leu Asn Phe Asn Leu Thr
1 5 10 15
Glu Ile Pro Glu Ala Gln Ile His Glu Gly Phe Gln Glu Leu Leu Arg
20 25 30
<210> 205
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 205
Tyr Leu Gly Asn Ala Thr Ala Ile Phe Phe Leu Pro Asp Glu Gly Lys
1 5 10 15
<210> 206
<211> 31
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 206
Tyr Leu Gly Asn Ala Thr Ala Ile Phe Phe Leu Pro Asp Glu Gly Lys
1 5 10 15
Leu Gln His Leu Glu Asn Glu Leu Thr His Asp Ile Ile Thr Lys
20 25 30
<210> 207
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 207
Gln Leu Ala His Gln Ser Asn Ser Thr Asn Ile Phe Phe Ser Pro Val
1 5 10 15
Ser Ile Ala Thr Ala Phe Ala Met Leu Ser Leu Gly Thr Lys
20 25 30
<210> 208
<211> 33
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 208
Glu Gly Asp His Glu Phe Leu Glu Val Pro Glu Ala Gln Glu Asp Val
1 5 10 15
Glu Ala Thr Phe Pro Val His Gln Pro Gly Asn Tyr Ser Cys Ser Tyr
20 25 30
Arg
<210> 209
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 209
Val Ser Asn Gln Thr Leu Ser Leu Phe Phe Thr Val Leu Gln Asp Val
1 5 10 15
Pro Val Arg
<210> 210
<211> 33
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 210
Ile Ile Thr Ile Leu Glu Glu Glu Met Asn Val Ser Val Cys Gly Leu
1 5 10 15
Tyr Thr Tyr Gly Lys Pro Val Pro Gly His Val Thr Val Ser Ile Cys
20 25 30
Arg
<210> 211
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 211
Gly Cys Val Leu Leu Ser Tyr Leu Asn Glu Thr Val Thr Val Ser Ala
1 5 10 15
Ser Leu Glu Ser Val Arg
20
<210> 212
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 212
Ser Leu Gly Asn Val Asn Phe Thr Val Ser Ala Glu Ala Leu Glu Ser
1 5 10 15
Gln Glu Leu Cys Gly Thr Glu Val Pro Ser Val Pro Glu His Gly Arg
20 25 30
<210> 213
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 213
Tyr Thr Gly Asn Ala Ser Ala Leu Phe Ile Leu Pro Asp Gln Asp Lys
1 5 10 15
<210> 214
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 214
Asp Ile Glu Asn Phe Asn Ser Thr Gln Lys
1 5 10
<210> 215
<211> 24
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 215
Ser Val Gln Glu Ile Gln Ala Thr Phe Phe Tyr Phe Thr Pro Asn Lys
1 5 10 15
Thr Glu Asp Thr Ile Phe Leu Arg
20
<210> 216
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 216
Glu Asn Gly Thr Ile Ser Arg
1 5
<210> 217
<211> 24
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 217
Gln Ile Pro Leu Cys Ala Asn Leu Val Pro Val Pro Ile Thr Asn Ala
1 5 10 15
Thr Leu Asp Gln Ile Thr Gly Lys
20
<210> 218
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 218
Gln Asp Gln Cys Ile Tyr Asn Thr Thr Tyr Leu Asn Val Gln Arg
1 5 10 15
<210> 219
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 219
Glu Asn Gly Thr Val Ser Arg
1 5
<210> 220
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 220
Phe Ser Glu Phe Trp Asp Leu Asp Pro Glu Val Arg Pro Thr Ser Ala
1 5 10 15
Val Ala Ala
<210> 221
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 221
Phe Ser Glu Phe Trp Asp Leu Asp Pro Glu Val Arg Pro Thr Ser Ala
1 5 10 15
Val Ala
<210> 222
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 222
Asp Lys Phe Ser Glu Phe Trp Asp Leu Asp Pro Glu Val Arg Pro Thr
1 5 10 15
Ser Ala Val Ala Ala
20
<210> 223
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 223
Phe Val Glu Gly Ser His Asn Ser Thr Val Ser Leu Thr Thr Lys
1 5 10 15
<210> 224
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 224
Ala Asp Gly Thr Val Asn Gln Ile Glu Gly Glu Ala Thr Pro Val Asn
1 5 10 15
Leu Thr Glu Pro Ala Lys
20
<210> 225
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 225
Leu Gly Asn Trp Ser Ala Met Pro Ser Cys Lys
1 5 10
<210> 226
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 226
Asn Pro Trp Gly Gln Val Glu Trp Asn Gly Ser Trp Ser Asp Arg
1 5 10 15
<210> 227
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 227
Glu His Glu Gly Ala Ile Tyr Pro Asp Asn Thr Thr Asp Phe Gln Arg
1 5 10 15
<210> 228
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 228
Met Asp Gly Ala Ser Asn Val Thr Cys Ile Asn Ser Arg
1 5 10
<210> 229
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 229
Ile Pro Cys Ser Gln Pro Pro Gln Ile Glu His Gly Thr Ile Asn Ser
1 5 10 15
Ser Arg
<210> 230
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 230
Ile Ser Glu Glu Asn Glu Thr Thr Cys Tyr Met Gly Lys
1 5 10
<210> 231
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 231
Asn Gly Thr Ala Val Cys Ala Thr Asn Arg
1 5 10
<210> 232
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 232
His Asn Ser Thr Gly Cys Leu Arg
1 5
<210> 233
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 233
Glu Asp Ala Leu Asn Glu Thr Arg
1 5
<210> 234
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 234
Thr Val Leu Thr Pro Ala Thr Asn His Met Gly Asn Val Thr Phe Thr
1 5 10 15
Ile Pro Ala Asn Arg
20
<210> 235
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 235
Gly Leu Asn Val Thr Leu Ser Ser Thr Gly Arg
1 5 10
<210> 236
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 236
Gly Gly Ser Ser Gly Trp Ser Gly Gly Leu Ala Gln Asn Arg
1 5 10
<210> 237
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 237
Trp Asn Cys Trp Ser Asn Trp Ser Ser Cys Ser Gly Arg
1 5 10
<210> 238
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 238
Val Cys Gln Asp Cys Pro Leu Leu Ala Pro Leu Asn Asp Thr Arg
1 5 10 15
<210> 239
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 239
Ala Ala Leu Ala Ala Phe Asn Ala Gln Asn Asn Gly Ser Asn Phe Gln
1 5 10 15
Leu Glu Glu Ile Ser Arg
20
<210> 240
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 240
Thr Val Val Gln Pro Ser Val Gly Ala Ala Ala Gly Pro Val Val Pro
1 5 10 15
Pro Cys Pro Gly Arg
20
<210> 241
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 241
Asn Leu Phe Leu Asn His Ser Glu Asn Ala Thr Ala Lys
1 5 10
<210> 242
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 242
Val Val Leu His Pro Asn Tyr Ser Gln Val Asp Ile Gly Leu Ile Lys
1 5 10 15
<210> 243
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 243
Val Ile Asp Phe Asn Cys Thr Thr Ser Ser Val Ser Ser Ala Leu Ala
1 5 10 15
Asn Thr Lys
<210> 244
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 244
His Ser His Asn Asn Asn Ser Ser Asp Leu His Pro His Lys
1 5 10
<210> 245
<211> 27
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 245
Leu Ser Leu His Arg Pro Ala Leu Glu Asp Leu Leu Leu Gly Ser Glu
1 5 10 15
Ala Asn Leu Thr Cys Thr Leu Thr Gly Leu Arg
20 25
<210> 246
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 246
Thr Pro Leu Thr Ala Asn Ile Thr Lys
1 5
<210> 247
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 247
Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Phe Arg
1 5
<210> 248
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 248
Ser Thr Gly Lys Pro Thr Leu Tyr Asn Val Ser Leu Val Met Ser Asp
1 5 10 15
Thr Ala Gly Thr Cys Tyr
20
<210> 249
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 249
Tyr Lys Asn Asn Ser Asp Ile Ser Ser Thr Arg
1 5 10
<210> 250
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 250
Ile Cys Asp Leu Leu Val Ala Asn Asn His Phe Ala His Phe Phe Ala
1 5 10 15
Pro Gln Asn Leu Thr Asn Met Asn Lys
20 25
<210> 251
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 251
Leu Pro Thr Gln Asn Ile Thr Phe Gln Thr Glu Ser Ser Val Ala Glu
1 5 10 15
Gln Glu Ala Glu Phe Gln Ser Pro Lys
20 25
<210> 252
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 252
Leu Gln Ala Pro Leu Asn Tyr Thr Glu Phe Gln Lys Pro Ile Cys Leu
1 5 10 15
Pro Ser Lys
<210> 253
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 253
His Ala Asn Trp Thr Leu Thr Pro Leu Lys
1 5 10
<210> 254
<211> 22
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 254
Val Thr Gln Val Tyr Ala Glu Asn Gly Thr Val Leu Gln Gly Ser Thr
1 5 10 15
Val Ala Ser Val Tyr Lys
20
<210> 255
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 255
Gly His Val Asn Ile Thr Arg
1 5
<210> 256
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 256
Cys Gly Leu Val Pro Val Leu Ala Glu Asn Tyr Asn Lys
1 5 10
<210> 257
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 257
Gln Gln Gln His Leu Phe Gly Ser Asn Val Thr Asp Cys Ser Gly Asn
1 5 10 15
Phe Cys Leu Phe Arg
20
<210> 258
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 258
Ala Cys Leu Asn Ser Thr Tyr Glu Tyr Ile Phe Asn Asn Cys His Glu
1 5 10 15
Leu Tyr Ser Arg
20
<210> 259
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 259
Asn Gly Ser Leu Phe Ala Phe Arg
1 5
<210> 260
<211> 27
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 260
Asn Ile Ser Asp Gly Phe Asp Gly Ile Pro Asp Asn Val Asp Ala Ala
1 5 10 15
Leu Ala Leu Pro Ala His Ser Tyr Ser Gly Arg
20 25
<210> 261
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 261
Asn Asn Ala Thr Val His Glu Gln Val Gly Gly Pro Ser Leu Thr Ser
1 5 10 15
Asp Leu Gln Ala Gln Ser Lys
20
<210> 262
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 合成糖肽
<400> 262
Asp Ile Val Glu Tyr Tyr Asn Asp Ser Asn Gly Ser His Val Leu Gln
1 5 10 15
Gly Arg

Claims (63)

1.一种检测一种或多种多反应监测(MRM)转变的方法，所述方法包括：
从患者获得或已经获得生物样品，其中所述生物样品包含一种或多种聚糖或糖肽；
使所述样品中的糖肽消化和/或片段化；以及
检测选自由转变1-150组成的组的MRM转变。
2.如权利要求1所述的方法，其中使所述样品中的糖肽片段化在将所述样品或其一部分引入质谱仪之后发生。
3.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其中使所述样品中的糖肽片段化产生基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的肽或糖肽。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中使所述样品中的糖肽片段化产生基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的肽或糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述MRM转变选自表1-5中的任一个中的转变或它们的任何组合。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中检测选自由转变1-150组成的组的MRM转变包括使用三重四极(QQQ)质谱仪或四极飞行时间(qTOF)质谱仪检测MRM转变。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述一种或多种糖肽包括基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的肽或糖肽。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述一种或多种糖肽包括基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的肽或糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，所述方法包括检测一个或多个MRM转变，所述一个或多个MRM转变指示选自由以下组成的组的一种或多种聚糖：聚糖3200、3210、3300、3310、3320、3400、3410、3420、3500、3510、3520、3600、3610、3620、3630、3700、3710、3720、3730、3740、4200、4210、4300、4301、4310、4311、4320、4400、4401、4410、4411、4420、4421、4430、4431、4500、4501、4510、4511、4520、4521、4530、4531、4540、4541、4600、4601、4610、4611、4620、4621、4630、4631、4641、4650、4700、4701、4710、4711、4720、4730、5200、5210、5300、5301、5310、5311、5320、5400、5401、5402、5410、5411、5412、5420、5421、5430、5431、5432、5500、5501、5502、5510、5511、5512、5520、5521、5522、5530、5531、5541、5600、5601、5602、5610、5611、5612、5620、5621、5631、5650、5700、5701、5702、5710、5711、5712、5720、5721、5730、5731、6200、6210、6300、6301、6310、6311、6320、6400、6401、6402、6410、6411、6412、6420、6421、6432、6500、6501、6502、6503、6510、6511、6512、6513、6520、6521、6522、6530、6531、6532、6540、6541、6600、6601、6602、6603、6610、6611、6612、6613、6620、6621、6622、6623、6630、6631、6632、6640、6641、6642、6652、6700、6701、6711、6721、6703、6713、6710、6711、6712、6713、6720、6721、6730、6731、6740、7200、7210、7400、7401、7410、7411、7412、7420、7421、7430、7431、7432、7500、7501、7510、7511、7512、7600、7601、7602、7603、7604、7610、7611、7612、7613、7614、7620、7621、7622、7623、7632、7640、7700、7701、7702、7703、7710、7711、7712、7713、7714、7720、7721、7722、7730、7731、7732、7740、7741、7751、8200、9200、9210、10200、11200、12200以及它们的组合。
10.如权利要求9所述的方法，所述方法还包括定量第一聚糖和定量第二聚糖；并且还包括将所述第一聚糖的定量与所述第二聚糖的定量进行比较。
11.如权利要求9或10所述的方法，所述方法还包括使检测到的聚糖与肽残基位点缔合，由此键合所述聚糖。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，所述方法包括基于基本上由具有SEQID.No:1-262的氨基酸组成的肽或糖肽的量，将糖肽的量归一化。
13.一种用于鉴定样品的分类的方法，所述方法包括
通过质谱(MS)定量样品中的一种或多种糖肽，
其中所述糖肽各自在每种情况下单独包含基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；以及
将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；
确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及
基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述样品的分类。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述样品是来自患有疾病或疾患的患者或个体的生物样品。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述患者患有癌症、自身免疫性疾病或纤维化。
16.如权利要求14所述的方法，其中所述患者患有卵巢癌。
17.如权利要求14所述的方法，其中所述个体患有衰老疾患。
18.如权利要求14所述的方法，其中所述疾病或疾患是卵巢癌。
19.如权利要求13-18中任一项所述的方法，其中所述MS是使用QQQ和/或qTOF质谱仪的MRM-MS。
20.如权利要求13-19中任一项所述的方法，其中使用选自由以下组成的组的机器学习算法训练所述训练模型：深度学习算法、神经网络算法、人工神经网络算法、监督机器学习算法、线性判别分析算法、二次判别分析算法、支持向量机算法、线性基函数核支持向量算法、径向基函数核支持向量算法、随机森林算法、遗传算法、最近邻算法、k-最近邻、朴素贝叶斯分类算法、逻辑回归算法或它们的组合。
21.如权利要求13-20中任一项所述的方法，其中所述分类是疾病分类或疾病严重程度分类。
22.如权利要求21所述的方法，其中以大于80％的置信度、大于85％的置信度、大于90％的置信度、大于95％的置信度、大于99％的置信度或大于99.9999％的置信度鉴定所述分类。
23.如权利要求13-22中任一项所述的方法，所述方法还包括：
在第一时间点通过MS定量样品中的第一糖肽；
在第二时间点通过MS定量样品中的第二糖肽；以及
将所述第一时间点的所述定量与所述第二时间点的所述定量进行比较。
24.如权利要求23所述的方法，所述方法还包括：
在第三时间点通过MS定量样品中的第三糖肽；
在第四时间点通过MS定量样品中的第四糖肽；以及
将所述第四时间点的所述定量与所述第三时间点的所述定量进行比较。
25.如权利要求13-24中任一项所述的方法，所述方法还包括监测患者的健康状态。
26.如权利要求25所述的方法，其中监测患者的所述健康状态包括监测具有风险因素如遗传突变的患者的疾病的发作和进展，以及检测癌症复发。
27.如权利要求13-26中任一项所述的方法，所述方法还包括通过MS定量选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列。
28.如权利要求13-26中任一项所述的方法，所述方法还包括通过MS定量选自由以下组成的组的氨基酸序列：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
29.如权利要求13-26中任一项所述的方法，所述方法还包括通过MS定量选自由以下组成的组的一种或多种聚糖：聚糖3200、3210、3300、3310、3320、3400、3410、3420、3500、3510、3520、3600、3610、3620、3630、3700、3710、3720、3730、3740、4200、4210、4300、4301、4310、4311、4320、4400、4401、4410、4411、4420、4421、4430、4431、4500、4501、4510、4511、4520、4521、4530、4531、4540、4541、4600、4601、4610、4611、4620、4621、4630、4631、4641、4650、4700、4701、4710、4711、4720、4730、5200、5210、5300、5301、5310、5311、5320、5400、5401、5402、5410、5411、5412、5420、5421、5430、5431、5432、5500、5501、5502、5510、5511、5512、5520、5521、5522、5530、5531、5541、5600、5601、5602、5610、5611、5612、5620、5621、5631、5650、5700、5701、5702、5710、5711、5712、5720、5721、5730、5731、6200、6210、6300、6301、6310、6311、6320、6400、6401、6402、6410、6411、6412、6420、6421、6432、6500、6501、6502、6503、6510、6511、6512、6513、6520、6521、6522、6530、6531、6532、6540、6541、6600、6601、6602、6603、6610、6611、6612、6613、6620、6621、6622、6623、6630、6631、6632、6640、6641、6642、6652、6700、6701、6711、6721、6703、6713、6710、6711、6712、6713、6720、6721、6730、6731、6740、7200、7210、7400、7401、7410、7411、7412、7420、7421、7430、7431、7432、7500、7501、7510、7511、7512、7600、7601、7602、7603、7604、7610、7611、7612、7613、7614、7620、7621、7622、7623、7632、7640、7700、7701、7702、7703、7710、7711、7712、7713、7714、7720、7721、7722、7730、7731、7732、7740、7741、7751、8200、9200、9210、10200、11200、12200以及它们的组合。
30.如权利要求13-26中任一项所述的方法，所述方法还包括基于所述分类诊断患有疾病或疾患的患者。
31.如权利要求42所述的方法，所述方法还包括基于所述分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。
32.如权利要求13-26中任一项所述的方法，所述方法还包括用治疗有效量的选自由以下组成的组的治疗剂治疗所述患者：化学治疗剂、免疫疗法、激素疗法、靶向疗法以及它们的组合。
33.一种用于对生物样品进行分类的方法，所述方法包括：
从患者获得生物样品，其中所述生物样品包含一种或多种糖肽；
使所述样品中的一种或多种糖肽消化和/或片段化；
检测和定量选自由转变1-150组成的组的至少一个或多个多反应监测(MRM)转变；以及
将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；
确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及
基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述生物样品进行分类。
34.如权利要求33所述的方法，所述方法还包括使用机器学习算法来使用所述MRM转变作为输入来训练模型。
35.一种用于对生物样品进行分类的方法，所述方法包括：
从患者获得生物样品，其中所述生物样品包含一种或多种糖肽；
使所述样品中的一种或多种糖肽消化和/或片段化；
检测和定量与至少一种或多种糖肽相关的至少一个或多个多反应监测(MRM)转变，所述至少一种或多种糖肽基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成；以及
将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；
确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及
基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述生物样品进行分类。
36.如权利要求35所述的方法，所述方法包括检测和定量与至少一种或多种糖肽相关的至少一个或多个多反应监测(MRM)转变，所述至少一种或多种糖肽基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
37.如权利要求35所述的方法，所述方法包括使用所述MRM转变作为输入来训练机器学习算法。
38.一种用于治疗患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：
从所述患者获得或已经获得生物样品；
使所述样品中的一种或多种糖肽消化和/或片段化或已经消化或已经片段化；以及
检测和定量选自由转变1-150组成的组的一个或多个多反应监测(MRM)转变；
将所述定量输入训练模型中以生成输出概率；
确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及
基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值对所述患者进行分类，其中所述分类选自由以下组成的组：
(A)需要化学治疗剂的患者；
(B)需要免疫治疗剂的患者；
(C)需要激素疗法的患者；
(D)需要靶向治疗剂的患者；
(E)需要手术的患者；
(F)需要新辅助疗法的患者；
(G)在手术前需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；
(H)在手术后需要化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合的患者；
(I)或它们的组合；
向所述患者施用治疗有效量的治疗剂：
其中如果确定分类A或I，则所述治疗剂选自化学疗法；
其中如果确定分类B或I，则所述治疗剂选自免疫疗法；或者
其中如果确定分类C或I，则所述治疗剂选自激素疗法；或者
其中如果确定分类D或I，则所述治疗剂选自靶向疗法
其中如果确定分类F或I，则所述治疗剂选自新辅助疗法；
其中如果确定分类G或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合；并且
其中如果确定分类H或I，则所述治疗剂选自化学治疗剂、免疫治疗剂、激素疗法、靶向治疗剂、新辅助疗法或它们的组合。
39.如权利要求38所述的方法，所述方法包括对所述生物样品进行多反应监测质谱(MRM-MS)。
40.如权利要求38或39所述的方法，所述方法包括定量基本上由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成的一种或多种糖肽。
41.如权利要求38或39所述的方法，所述方法包括定量基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的一种或多种糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
42.如权利要求38-41中任一项所述的方法，所述方法包括将基本上由选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量的定量输入机器学习算法中以训练模型。
43.如权利要求38-42中任一项所述的方法，所述方法包括将基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的量的定量输入机器学习算法中以训练模型：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述机器学习算法选自由以下组成的组：深度学习算法、神经网络算法、人工神经网络算法、监督机器学习算法、线性判别分析算法、二次判别分析算法、支持向量机算法、线性基函数核支持向量算法、径向基函数核支持向量算法、随机森林算法、遗传算法、最近邻算法、k-最近邻、朴素贝叶斯分类算法、逻辑回归算法或它们的组合。
45.如权利要求38-44中任一项所述的方法，其中分析所述转变包括使用机器学习算法选择峰和/或定量检测到的糖肽片段。
46.一种用于训练机器学习算法的方法，所述方法包括：
提供指示包含一种或多种糖肽的样品的MRM转变信号的第一数据集，每种糖肽单独地基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；
提供指示对照样品的MRM转变信号的第二数据集；以及
使用机器学习算法将所述第一数据集与所述第二数据集进行比较。
47.如权利要求46所述的方法，其中包含基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品。
48.如权利要求46所述的方法，其中包含基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的所述样品是来自患有卵巢癌的患者的样品：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194。
49.如权利要求46-48中任一项所述的方法，其中所述对照样品是来自未患卵巢癌的患者的样品。
50.如权利要求46-49中任一项所述的方法，其中包含基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的所述样品是来自一名或多名患有卵巢癌的患者的汇集样品。
51.如权利要求49-49中任一项所述的方法，其中包含基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的所述样品是来自一名或多名患有卵巢癌的患者的汇集样品：SEQID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194。
52.如权利要求46-51中任一项所述的方法，其中所述对照样品是来自一名或多名未患卵巢癌的患者的汇集样品。
53.一种用于诊断患有卵巢癌的患者的方法；所述方法包括：
从所述患者获得或已经获得生物样品；
使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测和定量一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽；或检测选自转变1-150的一个或多个MRM转变；
将检测到的糖肽或所述MRM转变的所述定量输入训练模型中以生成输出概率，
确定所述输出概率是高于还是低于分类的阈值；以及
基于所述输出概率是高于还是低于分类的阈值来鉴定所述患者的诊断分类；以及
基于所述诊断分类将所述患者诊断为患有卵巢癌。
54.如权利要求52所述的方法，其中分析所述检测到的糖肽包括使用机器学习算法。
55.如权利要求52所述的方法，所述方法包括使用利用QQQ和/或qTOF光谱仪的MRM-MS进行所述生物样品的质谱，以检测和定量一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
56.一种糖肽，所述糖肽由选自由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。
57.一种糖肽，所述糖肽由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
58.一种糖肽，所述糖肽基本上由选自基本上由SEQ ID NO:1-262以及它们的组合组成的组的氨基酸序列组成。
59.一种糖肽，所述糖肽基本上由选自基本上由以下组成的组的氨基酸序列组成：SEQID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194以及它们的组合。
60.一种试剂盒，所述试剂盒包含糖肽标准品、缓冲剂以及一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽。
61.一种试剂盒，所述试剂盒包含糖肽标准品、缓冲剂以及一种或多种基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190、194。
62.一种训练用于检测MRM转变的神经网络的计算机实现的方法，所述计算机实现的方法包括：
收集一种或多种糖肽的一组质谱光谱，所述一种或多种糖肽基本上由选自由SEQ IDNO:1-262组成的组的氨基酸序列组成；
对所述光谱进行注释，包括鉴定光谱中峰的起始、终止、最大值或它们的组合中的至少一者以创建一组带注释的质谱光谱；
创建第一训练组，所述第一训练组包括所述收集的一组质谱光谱、所述注释的一组质谱光谱和一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的第二组质谱光谱；
使用所述第一训练组在第一阶段训练所述神经网络；
为训练的第二阶段创建第二训练组，所述第二训练组包括所述第一训练组和在所述第一阶段训练之后被错误地检测为包含一种或多种基本上由选自由SEQ ID NO:1-262组成的组的氨基酸序列组成的糖肽的质谱光谱；以及
使用所述第二训练组在第二阶段训练所述神经网络。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述一种或多种糖肽在每种情况下各自单独的是基本上由选自由以下组成的组的氨基酸序列组成的糖肽：SEQ ID NO:4、5、9、12、22、24、28、32、34、35、36、37、38、53、61、65、69、82、99、104、114、115、126、128、136、146、147、150、154、177、184、190和194。
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