CN112739376A - 用于治疗炎性肠疾病的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

描述了用于治疗有需要的受试者的炎性肠疾病的组合物和方法。在某些方面，本公开提供了治疗经诊断患有肠易激疾病(IBD)的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用，其中通过检测所述患者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株或脆弱拟杆菌毒素的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

Description

用于治疗炎性肠疾病的组合物和方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年7月3日提交的序列号为62/693,798的美国临时申请的优先权，所述美国临时申请出于所有目的通过引用以其整体并入本文。

序列表

本申请包含以电子方式提交并据此通过引用以其整体并入本文的序列表。序列表创建于2019年7月2日，名称为ARTI_003_01WO_SeqList_ST25.txt，大小约为13.3千字节。

发明领域

本公开涉及用于预防或治疗炎性肠疾病的组合物和方法。更具体地，本公开涉及用于减少与炎性肠疾病相关的至少一种类型的细菌的数量或致病作用的组合物和方法。

发明背景

炎性肠疾病(IBD)是异质性疾病，其包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)。IBD的症状可包括腹泻、腹部绞痛、腹痛、体重减轻、直肠出血、疲劳、贫血、瘘管、穿孔、肠梗阻，并且经常需要手术干预。根据美国疾病控制和预防中心的数据，美国约有140万人患有IBD病，使其成为该国最流行的胃肠疾病之一。IBD在美国的整体医疗费用估计每年超过17亿美元。

IBD没有治愈的方法。目前对于IBD的疗法旨在减少炎症过程和减少与该疾病相关的炎症过程的有害作用。治疗可包括施用抗炎药(例如，美沙拉嗪、柳氮磺胺吡啶、英夫利昔单抗、阿达木单抗、泼尼松和/或布地奈德)和免疫抑制药(例如，6-巯基嘌呤、硫唑嘌呤和/或环孢菌素)。此类疗法通常伴有不良副作用，诸如恶心、呕吐、厌食、消化不良、不适、头痛、腹痛、发热、皮疹、胰腺炎、骨髓抑制、抗体形成、输注反应和机会性感染增加。

因此，在本领域中需要对IBD的改进治疗。

发明内容

本公开涉及用于预防或治疗有需要的受试者的炎性肠疾病(IBD)的组合物和方法。

在一些方面，本公开涉及治疗经诊断患有IBD的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌(B.fragilis)菌株的数量或致病作用，其中通过检测患者生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，诊断出所述受试者患有IBD。所述剂可以是例如抗体或疫苗。

在一些方面，本公开涉及治疗经诊断患有IBD的受试者的方法，所述方法包括向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌毒素的表达或活性，其中通过检测患者生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

在一些方面，本公开涉及治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括检测受试者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，并向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

在一些方面，本公开涉及治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括检测受试者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，并向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌毒素的表达或活性。

在一些方面，本公开涉及减少与炎性肠疾病的发展或进展相关的一种或多种细菌的数量或致病作用的免疫原性组合物(例如，疫苗)。

在一些方面，本公开提供了治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

在一些方面，本公开提供了治疗或预防受试者炎性肠疾病的方法，所述方法包括向受试者施用剂以减少产肠毒素脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

在一些方面，本公开提供了用于治疗或预防炎性肠疾病的疫苗组合物，所述疫苗组合物包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

在一些方面，本公开提供了治疗或预防有需要的受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以降低由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素的作用。

下面将更详细地描述这些和其它方面。

附图说明

图1.图1是显示从IBD患者分离的ETBF菌株在单一定殖(monocolonization)时引起盲肠炎症的图。该图描绘了定殖有NTBF型菌株(

25285)或从IBD患者(#1、#2或#3)分离的ETBF菌株的小鼠的盲肠重量。NTBF与ETBF菌株之间的统计学显著差异用星号表示(单向ANOVA，然后是邓奈特多重比较检验，****＝调整后的p值<0.0001，N＝3-4)。

图2.图2显示了来自定殖有NTBF型菌株(

25285)、ETBF型菌株(

43859)和从IBD患者中分离的ETBF菌株(#1、#2或#3)的限菌小鼠的盲肠组织的组织学评分。根据炎症程度(轻度、中度、重度)、上皮损伤程度(局灶性糜烂、糜烂、扩展性溃疡/肉芽组织/假息肉)和受累面积百分比(10-25％、25-50％、50-75％和75-100％)赋予组织学评分。分数随严重程度增加而增加。星号表示统计学显著性，如使用单向ANOVA，然后使用邓奈特多重比较检验所确定的(*＝p<0.05，**＝p<0.005，****＝p<0.0001)。

图3.图3提供了显示在各种微生物群背景设置中，定殖有从IBD患者分离的NTBF菌株或ETBF菌株的小鼠中的粪便脂笼蛋白2(lipocalin2)水平的代表性数据。星号表示统计学显著性，如使用双向ANOVA西达克多重比较检验所确定的(*＝p<0.05，**＝p<0.01)。

图4A-图4B.图4A-图4B显示了定殖有从IBD患者分离的NTBF或ETBF菌株的限菌小鼠的盲肠组织外植体中促炎细胞因子IL-17(图4A)和TNF(图4B)的水平。星号表示统计学显著性，如使用t检验所确定的(*＝p<0.05，**＝p<0.01)。

图5A-5B.提供了在合成微生物群背景中定殖有NTBF(图5A)或ETBF(IBD分离株，图5B)的小鼠盲肠组织的代表性组织学图像。根据标准方案进行苏木精和伊红(H&E)染色。比例尺＝500微米。

图6.图6显示了从抗Bft高免疫血清和免疫前血清中纯化的兔IgG对Bft活性的中和作用，如通过E-钙粘蛋白从HT29细胞中的释放所确定的。

图7.图7显示了用NTBF或ETBF菌株的培养物上清液加上对照或抗Bft兔多克隆抗体处理18小时后HT29细胞释放的E-钙粘蛋白。NTBF和ETBF型菌株购自

(菌株编号分别为25285和43859)。“IBD-ETBF”是指从IBD患者中分离出的ETBF菌株。虚线表示未经任何处理的基线E-钙粘蛋白释放。rBft＝重组Bft1蛋白。星号表示统计显著性，如使用双向ANOVA西达克多重比较检验所确定的(****＝p<0.0001)。

图8.图8显示ETBF在患有活动性炎性肠疾病的受试者中富集。通过PCR测定来自152名患有克罗恩病或溃疡性结肠炎的成人和67名无IBD病史的健康对照者的粪便样品的bft毒素编码基因的存在。星号表示如由Fisher精确检验确定的指定组之间的统计差异(**＝p<0.005)。

具体实施方式

包括克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)在内的炎性肠疾病(IBD)是由对一个亚组的共生细菌的免疫应答失调引起的。靶向该亚组的细菌的疗法有可能改善所述疾病。

脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)是厌氧、革兰氏阴性杆状细菌。脆弱拟杆菌是常见的共生厌氧菌(约占人结肠菌群的0.5％)，其影响包括免疫系统在内的宿主健康。脆弱拟杆菌对宿主的作用高度依赖于菌株。表达高水平多糖A的菌株已被鉴定为发挥高效的抗炎作用，而其它几种菌株已被证明发挥致病性。含有编码称为Bft的促炎性肠毒素的基因的产肠毒素脆弱拟杆菌(ETBF)菌株已从患有急性腹泻发作的儿童和牲畜中鉴定出来。然而，ETBF在IBD中的因果关系此前尚未确定。

本公开涉及这样的发现，即，产肠毒素脆弱拟杆菌菌株促成结肠炎的发展和进展，因此可在炎性肠疾病的预防和/或治疗中被靶向。

因此，在一些方面，本公开提供了用于通过向受试者施用剂以降低脆弱拟菌菌株的数量或致病作用来治疗或预防有需要的受试者的炎性肠疾病的组合物和方法。在一些方面，本公开提供了用于治疗或预防有需要的受试者的炎性肠疾病的组合物和方法，所述方法包括向受试者施用剂以减少产肠毒素脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。所述剂可以是例如疫苗、被动免疫疗法(例如，抗体)、抗生素或益生菌中的一种或多种。

定义

除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。尽管在本公开的实践或测试中可使用与本文所述的那些方法和材料类似或等同的任何方法和材料，但描述了优选方法和材料。

如本文中所用，每个以下术语均具有与本节相关的含义。

冠词“一个/种(a)”和“一个/种(an)”在本文中用于指代该冠词的一个或多于一个(即，至少一个)语法对象。举例来说，“一个(an)元素”意味着一个元素或多于一个元素。

如本文中所用，“约”当指可测量的值诸如数量、持续时间等时，意指涵盖与指定值相差±20％或±10％、更优选±5％、甚至更优选±1％、且还更优选±0.1％的变化，因为此类变化适合于执行所公开的方法。

“疾病”是其中动物无法维持体内平衡，并且其中如果疾病没有改善，则动物的健康继续恶化的动物的健康状态。相比之下，动物的“病症”是其中动物能够保持体内平衡，但其中动物的健康状态不如没有病症时的健康状态好的健康状态。如果不治疗，病症不一定会导致动物健康状态的进一步下降。

如果疾病或病症的体征或症状的严重程度、患者经历这种体征或症状的频率或两者都降低，则疾病或病症得以“减轻”。

如本文中所用，术语“微生物群”是指存在于受试者体内或体表的微生物群体。受试者的微生物群包括在没有疾病的情况下发现的共生微生物，也可包括在患有或不患有疾病或病症的受试者中发现的病原菌(pathobiont)和致病微生物。

如本文中所用，术语“病原菌”是指存在于非患病或患病受试者的微生物群中的潜在致病微生物群成员，其具有促成疾病或病症的发展或进展的潜力。

化合物的“有效量”或“治疗有效量”是指足以向施用所述化合物的受试者提供有益效果的化合物的量。

术语“患者”、“受试者”、“个体”等在本文中可互换使用，是指适用于本文所述的方法的任何动物或其细胞，无论是体外的还是体内的。在某些非限制性实施方案中，作为非限制性实例，患者、受试者或个体是人、非人灵长类动物、狗、猫、马或其它家养哺乳动物。

“治疗性”治疗是对表现出病理体征或症状的受试者施用的治疗，目的是减轻或消除这些体征或症状。

如本文中所用，“治疗疾病或病症”意指降低患者所经历的疾病或病症的症状或体征的严重性和/或频率。

如本文中所用，术语“炎性肠疾病(IBD)”是指结肠和小肠的一组炎性疾病。许多病症属于IBD的范畴，包括克罗恩病、溃疡性结肠炎、不确定性结肠炎、显微镜性结肠炎和胶原性结肠炎。IBD最常见的形式是克罗恩病和溃疡性结肠炎。溃疡性结肠炎影响大肠(结肠)和直肠，并涉及肠壁的内衬(例如，粘膜层和粘膜下层)。克罗恩病可影响胃肠道的任何部分(例如，口腔、食道、胃、小肠、大肠、直肠、肛门等)并且可能涉及肠壁的所有层。IBD的临床症状包括直肠和/或肠道出血、腹痛和绞痛、腹泻和体重减轻。另外，IBD是结肠癌的危险因素，在八至十年的IBD后，结肠癌的该风险显著增加。

如本文中所用，短语“生物样品”旨在包括任何包含细胞、组织、粪便或体液(例如，全血、血浆或血清)的样品，其中存在或可以检测到微生物、核酸或多肽的存在。本质上是液体的样品在本文中被称为“体液”可通过多种技术从患者身上获得生物样品，所述技术包括例如通过刮擦或擦拭受试者的区域或通过使用针来获得体液。收集各种身体样品的方法在本领域是公知的

如本文中所用，“免疫原性组合物”是指在受试者中引发免疫应答的组合物。免疫应答可以针对例如细菌诸如脆弱拟杆菌。在一些实施方案中，免疫应答针对由细菌产生的蛋白质或其它分子，诸如肠毒素。在一些实施方案中，免疫原性组合物能够赋予针对细菌及与其相关的临床体征的保护性免疫。

如本文中所用，术语“抗体”是指能够特异性结合抗原上特定表位的免疫球蛋白分子。抗体可以是源自天然来源或重组来源的完整免疫球蛋白，也可以是完整免疫球蛋白的免疫应答性部分。在一些实施例中，抗体是合成抗体。本公开中的抗体可以以多种形式存在，包括例如多克隆抗体、单克隆抗体、细胞内抗体(“胞内抗体”)、Fv、Fab和F(ab)2，以及单链抗体(scFv)、重链抗体(诸如骆驼抗体)和人源化抗体(Harlow等人，1999,UsingAntibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NY；Harlow等人，1989,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor,New York；Houston等人，1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-5883；Bird等人，1988,Science 242:423-426)。

如本文中所用，术语“合成抗体”是指使用重组DNA技术产生的抗体，诸如本文所述的由噬菌体表达的抗体。所述术语还应理解为意指通过合成编码抗体的DNA分子而产生的抗体，并且所述DNA分子表达抗体蛋白或指定抗体的氨基酸序列，其中所述DNA或氨基酸序列已使用本领域中可用且公知的合成DNA或氨基酸序列技术获得。

如本文中所用，术语“重链抗体(heavy chain antibody)”或“重链抗体(heavychain antibodies)”包括通过用肽免疫并随后分离血清，或通过克隆和表达编码此类抗体的核酸序列而从骆驼科物种衍生的免疫球蛋白分子。术语“重链抗体(heavy chainantibody)”或“重链抗体(heavy chain antibodies)”还涵盖从患有重链疾病的动物中分离的，或者通过克隆并表达来自动物的VH(可变重链免疫球蛋白)基因而制备的免疫球蛋白分子。

如本文中所用，术语“抗原”或“Ag”被定义为引发适应性免疫应答的分子。这种免疫应答可涉及抗体的产生或特定免疫原性感受态细胞的活化，或者两者。本领域技术人员将理解，包括几乎所有的蛋白质或肽在内的任何大分子都可用作抗原。此外，抗原可源自重组或基因组DNA或RNA。本领域技术人员将理解，包含编码引发适应性免疫应答的蛋白质的核苷酸序列或部分核苷酸序列的任何DNA或RNA因此编码如本文所使用的该术语“抗原”。此外，本领域技术人员将理解，抗原不必仅由基因的全长核苷酸序列编码。显而易见的是，本公开包括但不限于使用多于一个基因的部分核苷酸序列，并且这些核苷酸序列以各种组合排列以引发期望的免疫应答。此外，本领域技术人员将理解抗原根本不需要由“基因”编码。显而易见的是，抗原可以合成产生或可源自生物样品。这种生物样品可包括但不限于微生物样品、组织样品、肿瘤样品、细胞或生物流体。

如本文中所用，术语“佐剂”被定义为增强抗原特异性适应性免疫应答的任何分子。

术语“特异性结合”在本文中针对抗体使用时，意指识别并结合特定抗原，但基本上不识别或结合样品中其它分子的抗体。例如，特异性结合来自一个物种的抗原的抗体也可以结合来自一个或多个物种的该抗原。但是，这种跨物种反应性本身不会改变抗体的特异性分类。在另一个实例中，特异性结合抗原的抗体也可以结合抗原的不同等位基因形式。然而，这种交叉反应性本身不会改变抗体的特异性分类。

在一些情况下，术语“特异性结合”或“特异性地结合”可用于指抗体、蛋白质或肽与第二种化学物质的相互作用，意味着该相互作用取决于化学种类上特定结构(例如，抗原决定簇或表位)的存在；例如，抗体识别并结合特定的蛋白质结构，而不是普遍地结合蛋白质。

“分离的”意指从天然状态改变的或脱离的。例如，在活体动物中天然存在于其正常环境中的核酸或肽不是“分离的”，但从其自然环境的共存物质中部分或完全分离的相同核酸或肽是“分离的”。分离的核酸或蛋白质可以以基本上纯化的形式存在，或者可以存在于非天然环境诸如宿主细胞中。

在本公开的上下文中，使用以下常见核酸碱基的缩写。“A”指腺苷，“C”指胞嘧啶，“G”指鸟苷，“T”指胸苷，“U”指尿苷。如本文中所用，术语“多核苷酸”被定义为核苷酸的链。此外，核酸是核苷酸的聚合体。因此，如本文中所用，核酸和多核苷酸是可互换的。本领域技术人员具有核酸是多核苷酸的一般知识，多核苷酸可以水解成单体“核苷酸”。单体核苷酸可以水解成核苷。如本文中所用，多核苷酸包括但不限于通过本领域中任何可用手段获得的所有核酸序列，所述手段包括但不限于重组手段，即使用普通克隆技术和PCR等从重组文库或细胞基因组克隆核苷酸序列，以及通过合成手段克隆核酸序列。

如本文中所用，术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”可互换使用，指由通过肽键共价连接的氨基酸残基组成的化合物。蛋白质或肽必须包含至少两个氨基酸，并且对可组成蛋白质或肽序列的氨基酸的最大数量没有限制。多肽包括包含两个或更多个通过肽键相互连接的氨基酸的任何肽或蛋白质。如本文中所用，所述术语既指短链(其在本领域中通常也被称为例如肽、寡肽和寡聚物)，也指长链(其在本领域中通常被称为蛋白质，其存在多种类型)。“多肽”包括，例如，生物活性片段、基本上同源的多肽、寡肽、同二聚体、异二聚体、多肽的变体、经修饰的多肽、衍生物、类似物、融合蛋白等。多肽包括天然肽、重组肽、合成肽或其组合。

术语“益生菌”是指一种或多种细菌，所述细菌可被施用给受试者以通过增加受试者微生物群中所需的、优选的、中性的、有益的和/或代表性不足的细菌的数量来帮助受试者的微生物群的恢复。类似地，“外科益生菌”是在受试者的微生物群中期望的、优选的、中性的、有益的和/或代表性不足的细菌菌株，并且在系统发育上类似于疾病相关的细菌菌株。

如本文中所用，术语“变体”是指在序列上分别不同于参考核酸序列或肽序列，但保留了参考分子的基本生物学特性的核酸序列或肽序列。核酸变体序列的变化可能不会改变由参考核酸编码的肽的氨基酸序列，或者可能导致氨基酸的取代、添加、缺失、融合和截短。肽变体序列的变化通常是有限的或保守的，因此参考肽和变体的序列总体上非常相似，并且在许多区域是相同的。变体和参考肽在氨基酸序列上可相异在于一个或多个任意组合的取代、添加、缺失。核酸或肽的变体可以是天然存在的，诸如等位基因变体，或者可以是已知非天然存在的变体。核酸和肽的非天然存在的变体可通过诱变技术或直接合成来制备。

如本文中所用，“脆弱拟杆菌(B.fragilis)”是脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)的缩写。脆弱拟杆菌是革兰氏阴性杆状细菌，其特征可在于其16S RNA基因序列(参见下表1)。脆弱拟杆菌菌株可具有与SEQ ID NO:1的序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的16S RNA基因序列。

表1：示例性跪弱拟杆菌16S RNA基因序列

如本文中所用，“NTBF”是非产毒脆弱拟杆菌的缩写，指不含基因编码和/或不产生肠毒素的脆弱拟杆菌的菌株。

如本文中所用，“ETBF”是指脆弱拟杆菌的产肠毒素菌株。ETBF菌株具有编码称为Bft的促炎肠毒素的基因。可使用本领域技术人员已知的几种方法，诸如通过使用PCR检测脆弱拟杆菌样品中的Bft基因来区分ETBF菌株与NTBF菌株。

如本文中所用，“Bft”是指由ETBF菌株产生的肠毒素。Bft是20kDa的金属蛋白酶毒素。存在三种已知的Bft同种型，其由独特的bft基因座编码，所述基因座包含在ETBF菌株所特有的称为脆弱拟杆菌致病岛(pathogenicity island)(BfPAI)的6kb染色体区域内。下表2列出了各种Bft同种型。在一些实施方案中，ETBF菌株表达Bft1、Bft2和/或Bft3中的至少一种。实验研究表明，E-钙粘蛋白在与Bft接触后从细胞中释放，但E-钙粘蛋白不被Bft直接切割。因此，从细胞中释放的E-钙粘蛋白可用作测量Bft活性的读数。

表2：脆弱拟杆菌毒素(Bft)同种型

本文所述的Bft可具有SEQ ID NO:2-4中的任一个的序列。在一些实施方案中，Bft可具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个的序列具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。

如本文中所用，“促炎细胞因子”是指促进炎症的信号传导分子。促炎细胞因子的非限制性实例包括白细胞介素-1(IL-1)、白细胞介素-3(IL-3)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-12(IL-12)、白细胞介素-17(IL-17)、白细胞介素-18(IL-18)、肿瘤坏死因子(TNF)、干扰素γ(IFN-γ)、巨噬细胞炎性蛋白2(MIP-2)、RANTES(CCL5)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。

范围：贯穿本公开，本公开的各个方面可以以范围形式呈现。应当理解，范围形式的描述仅仅是为了方便和简洁，不应当被解释为对本公开的范围的不灵活的限制。因此，范围的描述应该被认为已经具体公开了所有可能的子范围以及该范围内的单个数值。例如，诸如1至6的范围的描述应该被认为具有具体公开的子范围，诸如1至3、1至4、1至5、2至4、2至6、3至6等，以及该范围内的单个数字，例如1、2、2.7、3、4、5、5.3和6。这与范围的广度无关。

免疫原性组合物(例如，疫苗)

本文提供了免疫原性组合物，其可减少与IBD的发展或进展相关的一种或多种细菌的数量或致病作用。在一些实施方案中，免疫原性组合物可减少脆弱拟杆菌菌株例如产肠毒素脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。在一些实施方案中，免疫原性组合物可降低由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素(例如，Bft1、Bft2和/或Bft3)的作用。

在一些实施方案中，免疫原性组合物可降低受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。例如，免疫原性组合物可降低IL-1、IL-3、IL-6、IL-12、IL-17、IL-18、TNF、IFN-γ、MIP-2、RANTES和/或GM-CSF的水平。在一些实施方案中，免疫原性组合物降低受试者中TNF和IL-17之一或两者的水平。

本公开涵盖的一种类型的免疫原性组合物是疫苗。术语“疫苗”和“疫苗组合物”在本文中可互换使用。

在一些实施方案中，疫苗包含至少一种细菌。例如，在一些实施方案中，疫苗包含灭活或杀死的细菌。灭活或杀死表明该细菌已经丧失了在哺乳动物中引起疾病的能力，但是保留了其免疫原性，特别是产生针对该细菌的一种或多种抗原的特异性免疫应答的能力。术语灭活的细菌也包括无毒力细菌。制备或选择灭活的细菌的方法是本领域公知的。它们包括热灭活方法或化学灭活方法。灭活可通过将细菌暴露于化学试剂诸如福尔马林、甲醛、多聚甲醛、β-丙内酯、乙烯亚胺、二元乙烯亚胺(BEI)、硫柳汞或其衍生物来进行。或者，灭活可通过物理处理诸如热处理或超声波处理来进行。灭活的病原体可通过常规浓缩技术，特别是通过超滤来浓缩，和/或通过常规纯化手段，特别是使用色谱技术，包括但不限于凝胶过滤、蔗糖梯度超速离心或选择性沉淀来纯化。

在一些实施方案中，疫苗组合物的灭活或杀死的细菌是分节丝状细菌(SegmentedFilamentous Bacteria)(SFB)或弯曲螺旋体螺杆菌(Helicobacter flexispira)，或来自选自由以下组成的组的至少一个家族的细菌：乳杆菌属(Lactobacillus)、螺杆菌属(Helicobacter)、S24-7、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)。在一些实施方案中，来自普雷沃氏菌科的细菌是来自帕拉普氏菌属(Paraprevotella)或普雷沃氏菌属的细菌。在其它实施方案中，细菌选自酸氨基球菌属某种(Acidaminococcus spp.)、放线菌属某种(Actinomyces spp.)、嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)、阿洛巴氏菌属某种(Allobaculum spp.)、厌氧球菌属某种(Anaerococcus，spp.)、厌氧棒状菌属某种(Anaerostipes spp.)、拟杆菌属某种(Bacteroides spp.)、其它拟杆菌(Bacteroides Other)、产酸拟杆菌(Bacteroidesacidifaciens)、嗜粪拟杆菌(Bacteroides coprophilus)、脆弱拟杆菌、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、巴氏杆菌科某种(Barnesiellaceae spp.)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、其他双歧杆菌(Bifidobacterium Other)、双歧杆菌属某种(Bifidobacterium spp)、嗜胆菌属某种(Bilophila spp.)、卵形布劳特氏菌(Blautia obeum)、生产布拉氏菌(Blautiaproducta)、其它布劳特氏菌(Blautia Other)、布劳特氏菌属某种(Blautia spp.)、布雷德菌属某种(Bulleidia spp.)、链型杆菌属某种(Catenibacterium spp.)、柠檬酸杆菌属某种(Citrobacter spp.)、梭菌科某种(Clostridiaceae spp.)、其它梭菌目(ClostridialesOther)、梭菌目某种(Clostridiales spp.)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、梭菌属某种(Clostridium spp.)、其他梭菌(Clostridium Other)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、柯林斯菌属某种(Collinsella spp.)、粪便柯林斯菌(Collinsella stercoris)、灵巧粪球菌(Coprococcus catus)、粪球菌属某种(Coprococcus spp.)、红蝽菌科某种(Coriobacteriaceae spp.)、脱疏弧菌科某种(Desulfovibrionaceae spp.)、小杆菌属某种(Dialister spp.)、长链多尔氏菌(Doreaformicigenerans)、多尔氏菌属某种(Dorea spp.)、其它多尔氏菌(Dorea Other)、迟缓埃格特菌(Eggerthella lenta)、其它肠杆菌科(Enterobacteriaceae Other)、肠杆菌科某种(Enterobacteriaceae spp.)、肠球菌属某种(Enterococcus spp.)、丹毒丝菌科某种(Erysipelotrichaceae spp.)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)、细长真杆菌(Eubacterium dolichum)、真杆属某种(Eubacteriumspp.)、普氏栖粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)、梭杆菌属某种(Fusobacteriumspp.)、孪生菌科某种(Gemellaceae spp.)、副流感嗜血杆菌(Haemophilusparainfluenzae)、其它嗜血杆菌(Haemophilus Other)、螺杆菌属某种(Helicobacterspp.)、其它毛螺旋菌科螺杆菌属(Helicobacter Lachnospiraceae Other)、毛螺菌科某种(Lachnospiraceae spp.)、罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)、粘膜乳杆菌(Lactobacillus mucosae)、玉米乳杆菌(Lactobacillus zeae)、乳杆菌属某种(Lactobacillus spp.)、乳杆菌科某种(Lactobacillaceae spp.)、乳球菌属某种(Lactococcus spp.)、明串珠菌科某种(Leuconostocaceae spp.)、巨单胞菌属某种(Megamonas spp.)、巨球型菌属某种(Megasphaera spp.)、甲烷短杆菌属某种(Methanobrevibacter spp.)、多酸光冈菌(Mitsuokella multacida)、光冈菌属某种(Mitsuokella spp.)、Mucispirillum schaedleri、气味杆菌属某种(Odoribacter spp.)、颤螺菌属某种(Oscillospira spp.)、狄氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、副拟杆菌属某种(Parabacteroides spp.)、帕拉普氏菌属某种(Paraprevotella spp.)、帕拉普氏菌科某种(Paraprevotellaceae spp.)、微单胞菌属某种(Parvimonas spp.)、片球菌属某种(Pediococcus spp.)、其它片球菌(Pediococcus Other)、消化球菌属某种(Peptococcus spp.)、嗜胨菌属某种(Peptoniphilus spp.)、厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)、其它消化链球菌(Peptostreptococcus Other)、考拉杆菌属某种(Phascolarctobacterium spp.)、肠道普雷沃氏菌(Prevotella copri)、普雷沃氏菌属某种(Prevotella spp.)、粪普雷沃氏菌(Prevotella stercorea)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、变形杆菌属某种(Proteus spp.)、理研菌科某种(Rikenellaceaespp.)、粪便罗斯氏菌(Roseburia faecis)、罗斯氏菌属某种(Roseburia spp.)、其它瘤胃菌科(Ruminococcaceae Other)、瘤胃菌科某种(Ruminococcaceae spp.)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)、活泼瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)、瘤胃球菌某种(Ruminococcus spp.)、其它瘤胃球菌(Ruminococcus Other)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、斯莱克氏菌属某种(Slackia spp.)、S24-7某种(S24-7 spp.)、SMB53某种(SMB53 spp.)、咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)、黄体链球菌(Streptococcus luteciae)、链球菌属某种(Streptococcus spp.)、其它链球菌(Streptococcus Other)、萨特氏菌属某种(Sutterella spp.)、苏黎世杆菌属某种(Turicibacter spp.)、UC布雷德菌属(UC Bulleidia)、UC肠杆菌科(UCEnterobacteriaceae)、UC粪杆菌属(UC Faecalibacterium)、UC副拟杆菌属(UCParabacteroides)、UC片球菌属(UC Pediococcus)、弯曲短杆菌属某种(Varibaculumspp.)、韦荣氏球菌属某种(Veillonella spp.)、萨特氏菌属(Sutterella)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、UC梭菌目(UC Clostridiales)、UC丹毒丝菌科(UCErysipelotrichaceae)、UC瘤胃菌科(UC Ruminococcaceae)、小韦荣氏球菌(Veillonellaparvula)、韦荣氏球菌属某种(Veillonella spp.)、两异韦荣氏球菌(Veillonelladispar)和魏斯氏菌属(Weissella)。

在一些实施方案中，疫苗组合物的灭活或杀死的细菌是脆弱拟杆菌。例如，疫苗组合物的灭活或杀死的细菌可以是脆弱拟杆菌的产肠毒素菌株。可用于疫苗组合物的示例性ETBF菌株包括86-5443-2-2、2-078382-3(

No.43858)、BOB25、20656-2-1、20793-3、20793-3、20656-2-1、8B-5443-2-2和

No.43859。在一些实施方案中，可从人粪便样品中分离用于疫苗组合物的ETBF菌株。在一些实施方案中，ETBF菌株可以是工程菌株，诸如被工程化以表达或过表达BFT的非产毒脆弱拟杆菌菌株。

在一些实施方案中，疫苗包含抗原(例如，肽或多肽)、编码抗原的核酸(例如，抗原表达载体)或者表达或呈递抗原或细胞组分的细胞。例如，在一些实施方案中，抗原是与疾病或病症的发展或进展相关的一种或多种细菌的抗原，从而诱导针对所述一种或多种细菌的免疫应答。

在一些实施方案中，抗原是由细菌产生的毒素，诸如肠毒素。在一些实施方案中，抗原是由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素(例如，灭活的肠毒素)或其片段。肠毒素可包含例如SEQ ID NO:2-4中的任一个的序列。在一些实施方案中，肠毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个的序列具有约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％同一性的序列。在一些实施方案中，肠毒素是肽片段，其具有从SEQ ID NO:2-4中的任一个分离或衍生的序列。在一些实施方案中，抗原(例如灭活的脆弱拟杆菌肠毒素)是重组的。

在一些实施方案中，疫苗包含混合物，所述混合物包含额外的免疫刺激剂，或一种或多种编码免疫刺激剂的核酸。免疫刺激剂包括但不限于抗原、免疫调节剂、抗原呈递细胞或佐剂。佐剂是指当与免疫组合物一起(或相继)施用时增强免疫应答的化合物。合适的佐剂的实例包括霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、明矾、基于纳米颗粒的佐剂、a-干扰素(IFN-a)、β-干扰素(IFN-β)、γ-干扰素、血小板衍生生长因子(PDGF)、TNFa、TNFp、GM-CSF、表皮生长因子(EGF)、皮肤T细胞吸引趋化因子(CTACK)、上皮胸腺表达趋化因子(TECK)、粘膜相关上皮趋化因子(MEC)、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-12、IL-18、MHC、CD80和CD86。合适的佐剂和/或免疫调节剂的其它实例包括但不限于完全或不完全弗氏佐剂、RIBI(例如，胞壁酰基二肽等)、KLH肽、霍乱毒素或其一部分、沙门氏菌毒素或其一部分、大肠杆菌不耐热肠毒素或其一部分、大肠杆菌肠毒素或其一部分、AB5毒素或其一部分、矿物盐、铝盐(例如，氢氧化物、磷酸盐、明矾等)、磷酸钙、脂质体、病毒体(单层脂质体媒介物、免疫刺激重组流感病毒体[IRIV])、病毒样颗粒、cochleate、eurocine(例如，含脂肪酸的单酸甘油酯等)、古细菌脂质、ISCOMS(例如，免疫刺激复合物、皂苷和脂质的结构化复合物等)、微粒(例如，PLG等)、乳液(例如，MF59、Montanide等)、单磷酰基脂质(MPL)或合成衍生物、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)或衍生物、Detox(MPL+CWS)、AS04(Alum+MPL)、AS02(水包油乳剂+MPL+QS21)、AS01(脂质体+MPL+QS21)、OM-174(例如，脂质A衍生物、大肠杆菌等)、OM-三酰基、寡核苷酸(例如，CpG等)、双链R A(dsR A)、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体(例如，鞭毛蛋白、单磷酰基脂质A等)、皂苷(例如，Quils、QS-21等)、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)(例如，咪喹莫特、瑞喹莫德(resiquimod)[R848]等)、细胞因子或趋化因子(例如，IL-2、IL-12、GM-CSF、Flt3等)、辅助分子(例如，B7.1等)、脂质体(例如，DNPC/Chol等)、DC Choi(例如，能够自组织成脂质体的类脂免疫调节剂等)、基于纳米颗粒的佐剂、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯]共聚物)微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体(例如，由纯化的脑膜炎奈瑟球菌(N.meningitidis)外膜蛋白组成的疏水的蛋白质性质的纳米颗粒等)和3',5'-环状二胍基酸(c-二-GMP)。此类佐剂和/或免疫调节剂的实例以及其它实例在可获得的文献中已有描述，并且在本公开的组合物和方法中是有用的。

此外，本公开的疫苗可与药学上可接受的载体适当地组合。此类载体的实例是无菌水、生理盐水、磷酸盐缓冲液、培养液等。此外，疫苗可根据需要含有稳定剂、助悬剂、防腐剂、表面活性剂等。

疫苗施用可以进行一次(即，通过单次施用)或多次(即，通过多次施用)。

根据待使用的施用方式，疫苗组合物还可包含用于配制目的的其它剂。在药物疫苗组合物是可注射的情况下，它们可以是无菌的、无热原的和无颗粒的。优选使用等渗制剂。通常，等渗性添加剂可包括氯化钠、葡萄糖、甘露醇、山梨醇和乳糖。在一些情况下，等渗溶液诸如磷酸盐缓冲盐水是优选的。稳定剂包括明胶和白蛋白。在一些实施方案中，向制剂中加入血管收缩剂。

疫苗还可包含药学上可接受的赋形剂。药学上可接受的赋形剂可包括媒介物、佐剂、载体或稀释剂。

疫苗或其它免疫组合物可被配制成通过多种不同途径全身或局部施用，所述途径包括口服、胃肠外、舌下、经皮肤、经直肠、经粘膜、局部、通过吸入、通过口腔施用、胸膜内、静脉内、动脉内、胃内、鼻内、腹膜内、皮下、肌内、鼻内、鞘内和关节内或其组合。

在一些实施方案中，疫苗可降低受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。例如，疫苗可以降低受试者中IL-1、IL-3、IL-6、IL-12、IL-17、IL-18、TNF、IFN-γ、MIP-2、RANTES和/或GM-CSF的水平。在一些实施方案中，疫苗降低受试者中TNF和IL-17之一或两者的水平。

被动免疫疗法

本文还提供了用于治疗和/或预防IBD的被动免疫疗法和包含该疗法的组合物。在实施方案中，可通过向受试者施用治疗有效量的被动免疫疗法或被动疫苗来治疗受试者的炎性肠疾病。

被动免疫疗法或被动疫苗可通过多种不同途径全身性或局部施用，所述途径包括口服、胃肠外、舌下、经皮肤、经直肠、经粘膜、局部、通过吸入、通过口腔施用、胸膜内、静脉内、动脉内、胃内、经鼻、腹膜内、皮下、肌内、鼻内、鞘内以及关节内或其组合。或者，被动免疫疗法或被动疫苗可以经直肠或通过灌肠施用。

在一些实施方案中，被动免疫疗法或被动疫苗减少了至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌数量或致病作用，所述细菌是诸如分节丝状细菌(SFB)或弯曲螺旋体螺杆菌，或来自选自由以下组成的组的至少一个家族的细菌：乳杆菌属、螺杆菌属、S24-7、丹毒丝菌科和普雷沃氏菌科。在一些实施方案中，来自普雷沃氏菌科的细菌是来自帕拉普氏菌属或普雷沃氏菌属的细菌。在一些实施方案中，细菌选自酸氨基球菌属某种、放线菌属某种、嗜粘蛋白艾克曼菌、阿洛巴氏菌属某种、厌氧球菌属某种、厌氧棒状菌属某种、拟杆菌属某种、其它拟杆菌、产酸拟杆菌、嗜粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、卵形拟杆菌、单形拟杆菌、巴氏杆菌科某种、青春双歧杆菌、其他双歧杆菌、双歧杆菌属某种、嗜胆菌属某种、卵形布劳特氏菌、生产布拉氏菌、其它布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、布雷德菌属某种、链型杆菌属某种、柠檬酸杆菌属某种、梭菌科某种、其它梭菌目、梭菌目某种、产气荚膜梭菌、梭菌属某种、其他梭菌、产气柯林斯菌、柯林斯菌属某种、粪便柯林斯菌、灵巧粪球菌、粪球菌属某种、红蝽菌科某种、脱疏弧菌科某种、小杆菌属某种、长链多尔氏菌、多尔氏菌属某种、其它多尔氏菌、迟缓埃格特菌、其它肠杆菌科、肠杆菌科某种、肠球菌属某种、丹毒丝菌科某种、两形真杆菌、两形真杆菌、细长真杆菌、真杆属某种、普氏栖粪杆菌、梭杆菌属某种、孪生菌科某种、副流感嗜血杆菌、其它嗜血杆菌、螺杆菌属某种、其它毛螺旋菌科螺杆菌属、毛螺菌科某种、罗伊氏乳杆菌、粘膜乳杆菌、玉米乳杆菌、乳杆菌属某种、乳杆菌科某种、乳球菌属某种、明串珠菌科某种、巨单胞菌属某种、巨球型菌属某种、甲烷短杆菌属某种、多酸光冈菌、光冈菌属某种、Mucispirillum schaedleri、气味杆菌属某种、颤螺菌属某种、狄氏副拟杆菌、副拟杆菌属某种、帕拉普氏菌属某种、帕拉普氏菌科某种、微单胞菌属某种、片球菌属某种、其它片球菌、消化球菌属某种、嗜胨菌属某种、厌氧消化链球菌、其它消化链球菌、考拉杆菌属某种、肠道普雷沃氏菌、普雷沃氏菌属某种、粪普雷沃氏菌、普雷沃氏菌科、变形杆菌属某种、理研菌科某种、粪便罗斯氏菌、罗斯氏菌属某种、其它瘤胃菌科、瘤胃菌科某种、布氏瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、瘤胃球菌某种、其它瘤胃球菌、扭链瘤胃球菌、斯莱克氏菌属某种、S24-7某种(S24-7 spp.)、SMB53某种、咽峡炎链球菌、黄体链球菌、链球菌属某种、其它链球菌、萨特氏菌属某种、苏黎世杆菌属某种、UC布雷德菌属、UC肠杆菌科、UC粪杆菌属、UC副拟杆菌属、UC片球菌属、弯曲短杆菌属某种、韦荣氏球菌属某种、萨特氏菌属、苏黎世杆菌属、UC梭菌目、UC丹毒丝菌科、UC瘤胃菌科、小韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属某种、两异韦荣氏球菌和魏斯氏菌属。

在一些实施方案中，被动免疫疗法或被动疫苗减少脆弱拟杆菌菌株(例如，产肠毒素脆弱拟杆菌菌株)的数量或致病作用。在一些实施方案中，被动免疫疗法或被动疫苗应答减少肠毒素诸如由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素(例如，Bft1、Bft2和/或Bft3)的数量或致病作用。

在一些实施方案中，被动免疫疗法或被动疫苗包含抗体。通常，抗体包含通过二硫键相互连接的两条重链和通过二硫键与轻链连接的两条重链。存在两种类型的轻链(λ和κ)。决定抗体分子功能活性的主要重链类型有五个类别(或同种型)：IgM、IgD、IgG、IgA和IgE。每个链包含不同的序列域。轻链包括两个结构域：可变结构域(VL)和恒定结构域(CL)。重链包括四个结构域：可变结构域(VH)和三个恒定结构域(CH1、CH2和CH3，统称为CH)。轻链(VL)和重链(VH)的可变区决定了对抗原的结合识别和特异性。轻(CL)和重(CH)链的恒定区结构域赋予重要的生物学特性，诸如抗体链缔合、分泌、跨胎盘迁移(trans-placentalmobility)、补体结合和与Fc受体(FcR)的结合。术语“抗体”包括包含抗原结合结构域的抗体片段，诸如Fab’、Fab、F(ab’)2、单结构域抗体(DAB)、TandAb二聚体、Fv、scFv(单链Fv)、dsFv、ds-scFv、Fd、线性抗体、微型抗体、双链抗体、双特异性抗体片段、双抗体、三抗体(scFv-Fab融合物、分别为双特异性或三特异性)；sc-双价抗体(sc-diabody)；κ(λ)体(scFv-CL融合物)；BiTE(双特异性T细胞衔接器(Bispecific T-cell Engager)，吸引T细胞的scFv-scFv串联)；DVD-Ig(双重可变结构域抗体，双特异性形式)；SIP(小免疫蛋白，一种类型的微型抗体)；SMIP(“小模块免疫药物”scFv-Fc二聚体；DART(双链稳定化双价抗体(ds-stabilized diabody)“双亲性重靶向”)；包含一个或多个CDR的小抗体模拟物等。术语“抗体”可以指多克隆抗体或单克隆抗体。

用于制备和使用各种基于抗体的构建体和片段的技术在本领域中是公知的(参见Kabat等人，1991，具体地通过引用并入本文考)。尤其地，在EP 404,097和WO 93/11161中进一步描述了双价抗体；而在Zapata等人(1995)中进一步描述了线性抗体。抗体可使用常规技术进行片段化。例如，可通过用胃蛋白酶处理抗体来产生F(ab’)2片段。可处理所产生的F(ab’)2片段以减少二硫桥，从而产生Fab’片段。木瓜蛋白酶消化可导致Fab片段的形成。Fab、Fab’和F(ab’)2、scFv、Fv、dsFv、Fd、dAb、TandAb、ds-scFv、二聚体、微型抗体，双价抗体、双特异性抗体片段和其它片段也可通过重组技术合成或可化学合成。用于产生抗体片段的技术是公知的，并且在本领域中进行了描述。例如，Beckman等人，2006；Holliger&Hudson,2005；Le Gall等人，2004；Reff&Heard,2001；Reiter等人，1996以及Young等人，1995中的每一篇进一步描述了有效抗体片段的产生。在一些实施方案中，抗体是“嵌合”抗体，例如如美国专利第4,816,567号中所描述的。在一些实施方案中，抗体是人源化抗体，例如如美国专利第6,982,321号和第7,087,409号中所描述的。在一些实施方案中，抗体是人抗体，例如如美国专利第6,075,181号和第6,150,584号中所描述的。在一些实施方案中，抗体是单结构域抗体，例如如EP 0 368 684、WO 06/030220和WO 06/003388中所描述的。

在实施方案中，抗体结合脆弱拟杆菌(例如，产肠毒素脆弱拟杆菌)。在一些实施方案中，抗体结合由脆弱拟杆菌产生的肠毒素，诸如Bft1、Bft2和/或Bft3。结合Bft1、Bft2和Bft3中一种或多种的示例性抗体描述于Mootien,S.,等人，PLoS One，第12卷，第3期(2017)；和Qadri,F.,等人，Clin.Diagn.Lab.Immunol.，第3卷，第5期，(1996)，其通过引用以其整体并入本文。在一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是人源化的。在一些实施方案中，抗体是IgM、IgD、IgG、IgA或IgE。在一些实施方案中，抗体是单克隆抗Bft抗体ICT11(参见Qadri，等人)

在一些实施方案中，抗体可降低受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。例如，抗体可降低IL-1、IL-3、IL-6、IL-12、IL-17、IL-18、TNF、IFN-γ、MIP-2、RANTES和/或GM-CSF的水平。在一些实施方案中，抗体降低受试者中TNF和IL-17之一或两者的水平。

抗生素

在实施方案中，可向受试者施用治疗有效量的抗生素组合物，所述组合物包含有效量的至少一种抗生素或几种类型抗生素的组合。抗生素组合物可以单独施用，或者与本公开的抗体或疫苗组合施用。

在一些实施方案中，施用的抗生素减少了至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌的数量或致病作用。在一些实施方案中，至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌选自分节丝状细菌(SFB)或弯曲螺旋体螺杆菌，或来自选自由以下组成的组的至少一个家族的细菌：乳杆菌属、螺杆菌属、S24-7、丹毒丝菌科和普雷沃氏菌科。在一些实施方案中，来自普雷沃氏菌科的细菌是来自帕拉普氏菌属或普雷沃氏菌属的细菌。在一些实施方案中，细菌选自酸氨基球菌属某种、放线菌属某种、嗜粘蛋白艾克曼菌、阿洛巴氏菌属某种、厌氧球菌属某种、厌氧棒状菌属某种、拟杆菌属某种、其它拟杆菌、产酸拟杆菌、嗜粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、卵形拟杆菌、单形拟杆菌、巴氏杆菌科某种、青春双歧杆菌、其他双歧杆菌、双歧杆菌属某种、嗜胆菌属某种、卵形布劳特氏菌、生产布拉氏菌、其它布劳特氏菌、布劳特氏菌属某种、布雷德菌属某种、链型杆菌属某种、柠檬酸杆菌属某种、梭菌科某种、其它梭菌目、梭菌目某种、产气荚膜梭菌、梭菌属某种、其他梭菌、产气柯林斯菌、柯林斯菌属某种、粪便柯林斯菌、灵巧粪球菌、粪球菌属某种、红蝽菌科某种、脱疏弧菌科某种、小杆菌属某种、长链多尔氏菌、多尔氏菌属某种、其它多尔氏菌、迟缓埃格特菌、其它肠杆菌科、肠杆菌科某种、肠球菌属某种、丹毒丝菌科某种、两形真杆菌、两形真杆菌、细长真杆菌、真杆属某种、普氏栖粪杆菌、梭杆菌属某种、孪生菌科某种、副流感嗜血杆菌、其它嗜血杆菌、螺杆菌属某种、其它毛螺旋菌科螺杆菌属、毛螺菌科某种、罗伊氏乳杆菌、粘膜乳杆菌、玉米乳杆菌、乳杆菌属某种、乳杆菌科某种、乳球菌属某种、明串珠菌科某种、巨单胞菌属某种、巨球型菌属某种、甲烷短杆菌属某种、多酸光冈菌、光冈菌属某种、Mucispirillum schaedleri、气味杆菌属某种、颤螺菌属某种、狄氏副拟杆菌、副拟杆菌属某种、帕拉普氏菌属某种、帕拉普氏菌科某种、微单胞菌属某种、片球菌属某种、其它片球菌、消化球菌属某种、嗜胨菌属某种、厌氧消化链球菌、其它消化链球菌、考拉杆菌属某种、肠道普雷沃氏菌、普雷沃氏菌属某种、粪普雷沃氏菌、普雷沃氏菌科、变形杆菌属某种、理研菌科某种、粪便罗斯氏菌、罗斯氏菌属某种、其它瘤胃菌科、瘤胃菌科某种、布氏瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、瘤胃球菌某种、其它瘤胃球菌、扭链瘤胃球菌、斯莱克氏菌属某种、S24-7某种(S24-7 spp.)、SMB53某种、咽峡炎链球菌、黄体链球菌、链球菌属某种、其它链球菌、萨特氏菌属某种、苏黎世杆菌属某种、UC布雷德菌属、UC肠杆菌科、UC粪杆菌属、UC副拟杆菌属、UC片球菌属、弯曲短杆菌属某种、韦荣氏球菌属某种、萨特氏菌属、苏黎世杆菌属、UC梭菌目、UC丹毒丝菌科、UC瘤胃菌科、小韦荣氏球菌、韦荣氏球菌属某种、两异韦荣氏球菌和魏斯氏菌属。在一些实施方案中，施用的抗生素减少脆弱拟杆菌的数量或致病作用。在一些实施方案中，施用的抗生素减少产肠毒素脆弱拟杆菌的数量或致病作用。

施用的抗生素的类型和剂量将根据炎性疾病或病症的性质、受试者改变的微生物群的特征、受试者病史、施用频率、施用方式等而有很大不同。初始剂量可能较大，随后是较小的维持剂量。剂量可以以每周一次或每两周一次的频率施用，也可以分成较小剂量，每天一次、每半周一次等施用，以维持有效剂量水平。在一些实施方案中，所施用的抗生素是以下抗生素中的至少一种：脂肽、氟喹诺酮、酮内酯、头孢菌素、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、链霉素、妥布霉素、头孢乙腈(cefacetrile)、头孢羟氨苄(cefadroxil)、头孢氨苄、头孢来星、头孢洛宁、头孢噻啶、头孢噻吩、头孢匹林、头孢曲嗪、头孢氮氟、头孢西酮、头孢唑啉、头孢拉定、头孢沙定、头孢替唑、头孢克洛、头孢孟多、头孢美唑、头孢尼西、头孢替坦、头孢西丁、头孢罗齐、头孢呋辛、头孢唑喃、头孢卡品、头孢达肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢他美、头孢克肟、头孢甲肟、头孢地嗪、头孢噻肟、头孢泊肟、头孢特仑、头孢布烯、头孢噻呋、头孢噻林、头孢唑肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢他啶、头孢克定、头孢吡肟、头孢瑞南、头孢噻利、头孢唑兰、头孢匹罗、头孢喹肟、头孢氯嗪、头孢洛仑、头孢帕罗、头孢卡奈、头孢屈洛、头孢吡酮、头孢三唑、头孢维曲、头孢替林、头孢吡啶(cefmepidium)、头孢维星、头孢噁唑、头孢罗替、头孢舒米、头孢洛林、头孢噻氧、头孢呋汀、亚胺培南、伯氨辛(primaxin)、多利培南、美罗培南、厄他培南、氟甲喹、萘啶酸、噁喹酸、吡咯米酸、吡哌酸、罗索沙星、环丙沙星、依诺沙星、洛美沙星、那地沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、巴洛沙星、加替沙星、格帕沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、帕珠沙星、司帕沙星、替马沙星、托氟沙星、克林氟沙星、吉米沙星、西他沙星、曲伐沙星、普卢利沙星、阿奇霉素、红霉素、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿莫西林、氨苄西林、巴卡西林、羧苄西林、氯唑西林、双氯西林、氟氯西林、美洛西林、萘夫西林、苯唑西林、青霉素g、青霉素v、哌拉西林、匹氨西林、匹美西林、替卡西林、磺胺美唑、磺胺甲噁唑、磺胺异噁唑、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑、地美环素、多西环素、米诺环素、土霉素、四环素、利奈唑胺、克林霉素、甲硝唑、万古霉素、万古霉素(vancocin)、利福布丁(mycobutin)、利福平、呋喃妥因、氯霉素或其衍生物。

益生菌

在一些实施方案中，可向受试者施用治疗有效量的益生菌组合物。益生菌组合物可以单独施用，或者与本公开的免疫原性组合物(例如疫苗)组合施用。

在一些实施方案中，益生菌组合物包含有效量的至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌，或者几种类型的细菌的组合。在一些实施方案中，益生菌是外科益生菌。在一些实施方案中，本公开是治疗有需要的受试者的炎性肠疾病或病症的方法，包括向受试者施用至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌或几种类型的细菌的组合的步骤，所述细菌在受试者的微生物群中是期望的、优选的、中性的、有益的和/或代表性不足的。

在一些实施方案中，所述至少一种类型的细菌是细菌物种的第一菌株的至少一种细菌，其中所述细菌物种的第一菌株不导致受试者的炎性肠疾病的发展或进展，并且其中所述细菌物种包括至少第二细菌菌株，并且其中所述细菌物种的第二菌株确实导致炎性肠疾病的发展或进展。

在一些实施方案中，所述至少一种类型的细菌是从未患IBD的健康受试者中鉴定的细菌物种的至少一种细菌。

根据本公开的方法施用的细菌可包括活细菌。一种或几种不同类型的细菌可以同时或依次施用。这种细菌可以从任何来源获得，包括从微生物群中分离并使用已知技术在培养中生长。

在一些实施方案中，用于本公开方法的施用的细菌还包含缓冲剂。有用的缓冲剂的实例包括碳酸氢钠、牛奶、酸奶、婴儿配方奶粉和其它乳制品。

细菌的施用可通过任何适于将生物体引入所需位置的方法来完成。可将细菌与载体混合，并(为了更容易递送至消化道)施加到液体或食物中。载体材料应该对细菌以及受试者无毒。优选地，载体包含在储存期间促进细菌存活的成分。所述制剂可包含改善适口性、延长货架期、赋予营养益处等的添加成分。根据炎性疾病或病症的性质、受试者改变的微生物群的特征、受试者病史、施用频率、施用方式、剂从宿主的清除等，所施用的细菌(例如，益生菌、外科益生菌)的剂量将有很大的不同。初始剂量可能较大，随后是较小的维持剂量。剂量可以以每周一次或每两周一次的频率施用，或者可以分成较小剂量，每天一次、每半周一次等施用，以维持有效剂量水平。预期多种剂量将有效地实现所需细菌在胃肠道的定殖。在一些实施方案中，剂量范围为每次施用约10⁶至约10¹⁰CFU，或约每次施用约10¹⁰至约10¹³CFU。在一些实施方案中，剂量范围为每次施用约10⁴至约10⁶CFU。

在一些实施方案中，本公开涉及这样的方法，所述方法包括向需要这种治疗的受试者施用有效量的至少一种胃、食管或肠细菌或其组合。在一些实施方案中，口服施用细菌。或者，可经直肠或通过灌肠施用细菌。

预期用于改变已改变的微生物群的生物之一是乳杆菌属某种中的至少一种。在一些实施方案中，在本公开的治疗方法中施用的细菌包括生物体的组合的施用。

尽管可以原样施用细菌进行治疗，但可能优选将其以药物制剂的形式(例如，与根据预定的施用途径和标准药物实践选择的合适的药物赋形剂、稀释剂或载体混合)施用。赋形剂、稀释剂和/或载体必须是在与制剂的另外成分相容并且对其接受者无害的意义上“可接受的”。用于治疗用途的可接受的赋形剂、稀释剂和载体在制药领域是公知的，并且描述于例如Remington:The Science and Practice of Pharmacy.Lippincott Williams&Wilkins(A.R.Gennaro编2005)中。药物赋形剂、稀释剂和载体的选择可根据预定的施用途径和标准制药实践来选择。

尽管对本公开的益生菌制剂的递送没有物理限制，但由于其容易性和方便性以及因为口服制剂容易容纳额外的混合物，诸如牛奶、酸奶和婴儿配方奶粉，口服递送对于至消化道的递送是优选的。对于至结肠的递送，也可以经直肠或通过灌肠施用细菌。

在一些实施方案中，通过施用至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的细菌以补充至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)在受试者中占比不足的细菌，并施用至少一种抗生素以减少至少一种类型(例如，属、种、株、亚株等)的在受试者占比过高的细菌的数量，来实现IBD的治疗。

治疗方法

本文还提供了治疗或预防有需要的受试者的炎性肠疾病(例如，克罗恩病或溃疡性结肠炎)的方法。在一些实施方案中，用于治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法包括向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株(诸如产肠毒素脆弱拟杆菌菌株)的数量或致病作用，其中所述剂包括例如疫苗或抗体。在一些实施方案中，用于治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法包括向受试者施用剂以降低脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素的作用，其中所述剂包括例如疫苗或抗体。在一些实施方案中，用于治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法包括向受试者施用疫苗组合物。

在一些实施方案中，治疗经诊断患有IBD的受试者的方法包括向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用，其中通过检测患者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，诊断出受试者患有IBD。在一些实施方案中，治疗经诊断患有IBD的受试者的方法包括向受试者施用剂以降低脆弱拟杆菌毒素的表达或活性，其中通过检测患者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，诊断出受试者患有IBD。在一些实施方案中，受试者在施用剂之前被诊断出患有IBD。在一些实施方案中，受试者在施用剂后被诊断出患有IBD。

在一些实施方案中，治疗有需要的受试者的方法包括检测受试者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，以及向受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。在一些实施方案中，治疗有需要的受试者的方法包括检测受试者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，以及向受试者施用剂以降低脆弱拟杆菌毒素的表达或活性。在一些实施方案中，在施用剂之前检测脆弱拟杆菌菌株或毒素的存在。在一些实施方案中，在施用剂之后检测脆弱拟杆菌菌株或毒素的存在。在一些实施方案中，在施用药剂之前和之后都检测脆弱拟杆菌菌株或毒素的存在。

用于上述方法的生物样品可以是例如粪便样品或血液样品(例如，全血、血浆或血清样品)。在一些实施方案中，生物样品可以是细胞、组织或体液。在一些实施方案中，生物样品可通过活组织检查获得。

脆弱拟杆菌菌株或脆弱拟杆菌毒素的存在可使用任何可接受的方法来检测。例如，脆弱拟杆菌菌株的存在可使用16sRNA基因测序来检测(参见，例如，Kozich等人，Applied and Environmental Microbiology,79(17),5112–5120(2013))。在一些实施方案中，在样品(例如，粪便样品)中检测到脆弱拟杆菌16sRNA基因(例如，SEQ ID NO:1或与其至少95％同一性的序列)表明该样品中存在脆弱拟杆菌菌株。

可以例如使用基于PCR的方法检测脆弱拟杆菌毒素。在基于PCR的方法中，可从患者粪便样品(或其它患者样品)中提取DNA，并且可使用合适的引物扩增目标DNA区域。当检测Bft时，可使用以下示例性引物对中的一对或多对：SEQ ID NO::5和6、SEQ ID NO::7和8，以及SEQ ID NO::9和10。然后可通过凝胶电泳显现扩增产物的存在。用于检测Bft的示例性基于PCR的测定也描述于Boleij等人，Clinical Infectious Diseases:an OfficialPublication of the Infectious Diseases Society of America,60(2),208–215,2015；Odamaki等人，Anaerobe,18(1),14–18,2012；和Franco等人，Molecular Microbiology,45(4),1067–1077,2002中，所述文献各自通过引用以其整体并入本文。

还可使用基于非PCR的方法检测脆弱拟杆菌毒素。在一些实施方案中，可测试血液样品中抗Bft抗体的存在或可溶性毒素的存在。在一些实施方案中，可使用ELISA检测脆弱拟杆菌毒素。用于确定脆弱拟杆菌毒素的存在的示例性基于ELISA的方法提供于Mootien,S.，等人，PLoS One，第12卷，第3期(2017)；和Qadri,F.，等人，Clin.Diagn.Lab.Immunol.，第3卷，第5期，(1996)中，所述文献通过引用以其整体内容并入本文。

在一些实施方案中，向患者施用的剂可以结合和/或抑制Bft1、Bft2和Bft3中的至少一种。在一些实施方案中，所述剂结合和/或抑制Bft1和Bft2。在一些实施方案中，所述剂结合和/或抑制Bft1和Bft3。在一些实施方案中，所述剂结合和/或抑制Bft2和Bft3。在一些实施方案中，所述剂结合和/或抑制Bft1、Bft2和Bft3。

在一些实施方案中，所述剂可以结合和/或抑制结合到细胞膜的Bft。在一些实施方案中，所述剂可以结合和/或抑制分泌的Bft。在一些实施方案中，所述剂可以结合和/或抑制细胞内Bft。

在一些实施方案中，所述剂可降低Bft活性至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在一些实施方案中，所述剂可降低Bft活性约5％至约25％、约25％至约50％、约50％至约75％或约75％至100％。在一些实施方案中，所述剂可降低Bft活性约95％至100％，例如95％、96％、97％、98％、99％或100％的活性降低。E-钙粘蛋白的释放可用作Bft活性的读数。因此，在一些实施方案中，所述剂可减少E-钙粘蛋白的释放至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。

在一些实施方案中，向受试者施用的剂是抗体。在一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是人源化抗体。所述抗体可结合例如产肠毒素脆弱拟杆菌，或由此产生的肠毒素。在一些实施方案中，抗体结合Bft1、Bft2和Bft3中的至少一种。

在一些实施方案中，向受试者施用的剂是疫苗。在实施方案中，所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌，例如产肠毒素脆弱拟杆菌。在一些实施方案中，疫苗包含脆弱拟杆菌肠毒素。脆弱拟杆菌肠毒素可包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列，或与其具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％同一性的序列。在一些实施方案中，脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

所述剂可以以药物组合物的形式施用。在一些实施方案中，药物组合物包含佐剂和/或药学上可接受的载体。

在一些实施方案中，向所述受试者口服或肌肉施用所述剂。在一些实施方案中，所述剂通过口服、肠胃外、舌下、经皮肤、经直肠、经粘膜、局部、通过吸入、通过口腔施用、胸膜内、静脉内、动脉内、胃内、经鼻、腹膜内、皮下、肌内、鼻内、鞘内或关节内或其组合施用。可向受试者施用所述剂一次或多于一次。

在一些实施方案中，向受试者施用多于一种剂。例如，可向受试者施用多于一种抗体、多于一种疫苗、多于一种抗生素和/或多于一种益生菌。在一些实施方案中，向受试者施用第一剂和第二剂，其中第一剂和第二剂各自独立地选自抗体、疫苗、抗生素和益生菌。在一些实施方案中，第一剂和第二剂可同时施用。在一些实施方案中，第一剂可在第二剂之前施用。在一些实施方案中，第一剂和第二剂以治疗有效间隔施用。

在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人、非人灵长类动物、狗、猫、马或其它家养哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人。受试者可以是雄性或雌性。在一些实施方案中，受试者为至少18岁。在一些实施方案中，受试者小于18岁。在一些实施方案中，受试者小于5岁。在一些实施方案中，受试者小于1岁。

在本公开的方法的一些实施方案中，受试者患有“活动性IBD”。活动性IBD可包括诸如血性腹泻、腹痛和发热等症状。在一些实施方案中，受试者患有“非活动性IBD”。非活动性IBD可能与最轻微的肠道炎症至无肠道炎症以及严重胃肠疾病的不存在相关。IBD病患者是否患有“活动性”或“非活动性”IBD可使用管理医师活动指数(physician administeredactivity indexes)简化结肠炎临床活动指数(Simple Clinical Colitis ActivityIndex)(SCCAI)(Walmsley等人，Gut,43(1),29–32,1998)(针对患有溃疡性和不明原因结肠炎的受试者)和Harvey-Bradshaw指数(HBI)(Harvey&Bradshaw,Lancet,1(8167),514,1980)(针对患有克罗恩病的受试者)来确定。评分>4的受试者被认为患有活动性疾病。

在一些实施方案中，治疗降低了受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。可在血液样品、粪便样品或活检样品中检测到促炎细胞因子的减少。在一些实施方案中，治疗可降低IL-1、IL-3、IL-6、IL-12、IL-17、IL-18、TNF、IFN-γ、MIP-2、RANTES和/或GM-CSF的水平。在一些实施方案中，治疗降低受试者中TNF和IL-17之一或两者的水平。

无需进一步描述，相信本领域的普通技术人员可以使用前面的描述和下面的说明性实施例，制造和利用本公开的组合物并实践要求保护的方法。因此，以下工作实施例具体指出了优选实施方案，并且不应被解释为以任何方式限制本公开的其余部分。

实施例

以下实施例仅用于说明的目的，除非另有说明，否则不旨在是限制性的。因此，本公开决不应被解释为限于以下实施例，而是应被解释为涵盖由于本文提供的教导而变得明显的任何和所有变化。

实施例1

从IBD患者分离出的ETBF菌株在小鼠中导致盲肠炎症

用脆弱拟杆菌非产毒(NTBF)型菌株

25285或从不同IBD受试者分离的四种ETBF菌株之一定殖无菌小鼠(N＝3-4)。在定植后第4天，处死小鼠并检查肠道炎症的体征。

用从IBD患者分离的ETBF菌株对无菌小鼠进行定殖导致自发性盲肠炎症。与利用NTBF的定殖相比，利用每种测试的ETBF菌株的定殖导致盲肠重量显著减轻(图1)，盲肠重量是与ETBF菌株相关的盲肠损伤和炎症的标志(参见Rhee,K.J.等人，Infection andImmunity,77(4),1708–1718)。

在单独的实验中，用NTBF型或ETBF型菌株或从IBD患者分离出的ETBF菌株定殖无菌小鼠(N＝5-6)。在定殖后第3天，处死小鼠并对盲肠组织进行切片。对H&E染色的切片进行检查，并赋予组织学评分。如图2所示，在定殖有NTBF型菌株的小鼠中几乎未观察到或未观察到炎症。相比之下，定殖有ETBF型菌株或从IBD患者分离的ETBF菌株的小鼠具有高炎症水平。这些差异是统计学上显著性的。

还测试了外植的盲肠组织的促炎细胞因子IL-17和TNF的存在。如图4A所示，与定殖有NTBF菌株的小鼠相比，定殖有从IBD患者分离的ETBF菌株的小鼠中的IL-17水平升高。在ETBF定殖的小鼠中，TNF水平也升高(图4B)。

为了确定从IBD患者分离的ETBF菌株是否也在各种微生物群背景环境中引起炎症，用ETBF单独地(单一定殖)、与9菌株合成微生物群落(synthetic microbiotacommunity)(合成微生物群)组合地、与患者微生物群样品(患者微生物群)组合地或与来自健康患者的微生物群样品(健康微生物群)组合地定殖无菌小鼠。定殖有NTBF的小鼠用作对照。

定殖后5天，通过测量粪便粪便脂笼蛋白2水平来检查肠道炎症。如图3所示，来自IBD患者的ETBF菌株在单一定殖下、在9菌株合成微生物群落中、在IBD患者的粪便微生物群(即，本文所用的ETBF菌株的原始来源)中以及在来自健康人的总粪便微生物群中诱导肠道炎症。

ETBF引起炎症的能力也通过组织学得以证实。图5A和图5B是在9菌株合成微生物群背景下，来自定殖有NTBF或ETBF(IBD分离株)菌株的小鼠的盲肠组织的代表性组织学图像。在图5B中，很明显ETBF定殖导致这些组织中炎症水平显著升高。

综上所述，这些数据表明，在生理相关的定殖丰度下，ETBF能够对宿主产生强致病性，导致小鼠的IBD样疾病。因此，这些数据证明了ETBF在IBD发病机制中的因果作用。

实施例2

定殖有ETBF的人IBD患者更有可能患有活动性疾病

IBD患者是在门诊部招募的。在患者提供知情同意后，他们被要求提供临床信息以及粪便样品。从约25-75mg的粪便样品中提取DNA，并使用16s rRNA基因测序来鉴定携带相对丰度>0.05％的脆弱拟杆菌的受试者。随后使用利用三个引物组(表3)的PCR和凝胶电泳在这些脆弱拟杆菌阳性受试者N＝152IBD和N＝67对照中测定bft毒素基因的存在。如果两个或更多个引物组产生预期大小的条带，则受试者被认为是ETBF阳性的。

表3：用于检测bft的引物

IBD受试者的疾病活动性使用管理医师活动指数简化结肠炎临床活动指数(SCCAI)(Walmsley等人Gut,43(1),29–32,1998)(针对患有溃疡性和不明原因结肠炎的受试者)和Harvey-Bradshaw指数(HBI)(Harvey&Bradshaw,Lancet,1(8167),514,1980)(针对患有克罗恩病的受试者)来确定。评分>4的受试者被认为患有活动性疾病。

如图8所示，约10％的健康对照患者(67人中的7人)经测试ETBF呈阳性。约6％(116名中的7名)的患有非活动性IBD的患者和约22％(36名中的8名)的患有活动性IBD的患者经测试ETBF呈阳性。这些数据表明，定殖有ETBF的IBD患者更有可能患有该疾病的活动性形式。

实施例3

靶向并抑制Bft的抗体

由ETBF产生的毒素Bft是ETBF致病活性的原因。因此，抑制Bft可以是治疗患有IBD的患者的可能策略。

为了验证这一假设，用重组Bft免疫兔子。随后，获得血清并纯化出IgG。将从免疫前和免疫后的血清中纯化的兔IgG与重组Bft1在37℃孵育1小时，然后加入到培养的HT29细胞中。18小时后收集细胞培养物上清液，并且通过ELISA测量E-钙粘蛋白的释放水平。如图6所示，从抗Bft高免疫血清而不是免疫前血清中纯化的兔IgG中和了Bft活性。

接下来，用NTBF或ETBF菌株的培养物上清液(即，含有分泌的Bft)，用对照或抗Bft兔多克隆抗体处理HT29细胞18小时。收集HT29细胞培养物上清液，并且用标准ELISA测量E-钙粘蛋白的释放。如图7所示，抗bft IgG抑制bft的活性。用抗bft IgG处理后，Bft活性降低到基线水平，表明蛋白酶活性几乎被完全抑制。

综上所述，这些数据表明抗Bft IgG可用于抑制Bft的活性并降低ETBF菌株的致病性。

实施例4

给患者接种疫苗

为了给患者接种抗ETBF疫苗，从而治疗或预防IBD，将从已知的毒素序列合成重组脆弱拟杆菌肠毒素。然后将肠毒素配制成疫苗用于肌肉施用。将以治疗有效量(即足以在患者中刺激针对肠毒素的免疫应答的量)向患者施用疫苗组合物。

实施例5

治疗患有IBD的患者

为了治疗患有炎性肠疾病的患者，将提供特异性结合并中和脆弱拟杆菌肠毒素的人源化单克隆抗体。将抗体将以治疗有效量(即足以减少ETBF或由ETBF产生的肠毒素的量或致病作用的量)向患者施用。必要时将重复治疗，直至患者的IBD症状消失或降至临床可接受水平。

本公开的编号的实施方案

尽管有所附权利要求，但本公开阐述了以下编号的实施方案：

1.一种治疗经诊断患有肠易激疾病(IBD)的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用，其中通过检测所述患者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

2.实施方案1所述的方法，其中所述剂是抗体。

3.实施方案2所述的方法，其中所述抗体是人源化的。

4.实施方案2或3所述的方法，其中所述抗体是单克隆的。

5.实施方案2-4中任一项所述的方法，其中所述抗体结合脆弱拟杆菌毒素。

6.实施方案5所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素是BFT1、BFT2和/或BFT3。

7.实施方案6所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

8.实施方案1所述的方法，其中所述剂是疫苗。

9.实施方案8所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

10.实施方案8所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌细菌。

11.实施方案9所述的方法，其中灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

12.实施方案8-11中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

13.实施方案12所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

14.实施方案1-13中任一项所述的方法，其中所述IBD是克罗恩病。

15.实施方案14所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎。

16.实施方案1-15中任一项所述的方法，其中所述IBD是活动性IBD。

17.实施方案1-15中任一项所述的方法，其中所述IBD是非活动性IBD。

18.实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌菌株是脆弱拟杆菌的产肠毒素菌株。

19.实施方案18所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌菌株产生选自BFT1、BFT2和BFT3的毒素。

20.实施方案19所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

21.实施方案1-20中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

22.实施方案21所述的方法，其中所述受试者是人。

23.实施方案1-22中任一项所述的方法，其中所述受试者为至少18岁。

24.实施方案1-22中任一项所述的方法，其中所述受试者小于18岁。

25.实施方案1-24中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。

26.实施方案1-24中任一项所述的方法，其中所述生物样品是粪便样品。

27.实施方案1-26中任一项所述的方法，其中口服施用所述剂。

28.实施方案1-26中任一项所述的方法，其中静脉内施用所述剂。

29.实施方案1-26中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

30.实施方案1-26中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

31.实施方案1-30中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

32.实施方案31所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

33.一种治疗经诊断患有肠易激疾病(IBD)的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌毒素的表达或活性，其中通过检测所述患者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

34.实施方案33所述的方法，其中所述剂是抗体。

35.实施方案34所述的方法，其中所述抗体是人源化的。

36.实施方案34或35所述的方法，其中所述抗体是单克隆的。

37.实施方案33-36中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述脆弱拟杆菌毒素。

38.实施方案33-37中任一项所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素是BFT1、BFT2和/或BFT3。

39.实施方案38所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

40.实施方案30所述的方法，其中所述剂是疫苗。

41.实施方案30所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

42.实施方案40所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌细菌。

43.实施方案41所述的方法，其中所述灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

44.实施方案40-43中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

45.实施方案44的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

46.实施方案33-45中任一项所述的方法，其中所述IBD是克罗恩病。

47.实施方案33-45中任一项所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎。

48.实施方案33-47中任一项所述的方法，其中所述IBD是活动性IBD。

49.实施方案33-47中任一项所述的方法，其中所述IBD是非活动性IBD。

50.实施方案33-49中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

51.实施方案50所述的方法，其中所述受试者是人。

52.实施方案33-51中任一项所述的方法，其中所述受试者为至少18岁。

53.实施方案33-51中任一项所述的方法，其中所述受试者小于18岁。

54.实施方案33-53中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。

55.实施方案33-53中任一项所述的方法，其中所述生物样品是粪便样品。

56.实施方案33-55中任一项所述的方法，其中口服施用所述剂。

57.实施方案33-55中任一项所述的方法，其中静脉内施用所述剂。

58.实施方案33-55中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

59.实施方案33-55中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

60.实施方案33-59中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

61.实施方案60所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

62.一种治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括检测所述受试者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，以及向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

63.一种治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括检测所述受试者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，以及向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌毒素的表达或活性。

64.一种用于治疗或预防炎性肠疾病或病症的疫苗组合物，所述疫苗组合物包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

65.实施方案64所述的疫苗组合物，其中所述炎性肠疾病是克罗恩病或溃疡性结肠炎。

66.实施方案64-65中任一项所述的疫苗组合物，其中所述灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

67.实施方案64-66中任一项所述的疫苗组合物，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

68.实施方案64-67中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物包含佐剂。

69.实施方案68所述的疫苗组合物，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

70.实施方案64-69中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物被配制用于口服施用或静脉内施用。

71.实施方案64-69中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物被配制用于肌内施用或皮下施用。

72.一种用于治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用实施方案64-71中任一项所述的疫苗组合物。

73.实施方案72所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

74.实施方案73所述的方法，其中所述受试者是人。

75.实施方案72-74中任一项所述的方法，其中向所述受试者施用所述疫苗组合物一次。

76.实施方案72-74中任一项所述的方法，其中向所述受试者施用所述疫苗组合物超过一次。

77.实施方案72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服施用所述疫苗组合物。

78.实施方案72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述疫苗组合物。

79.实施方案72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述剂。

80.实施方案72-76中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

81.实施方案72-80中任一项所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

82.实施方案81所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

83.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少产肠毒素脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

84.实施方案83所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

85.实施方案84所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

86.实施方案84所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

87.实施方案84-86中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

88.实施方案87的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

89.实施方案84-88中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服施用所述疫苗。

90.实施方案84-88中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述疫苗。

91.实施方案84-88中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

92.实施方案84-88中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

93.实施方案83所述的方法，其中所述剂包括抗体。

94.实施方案93所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

95.实施方案93-94中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

96.实施方案93-95中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

97.实施方案93-95中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

98.实施方案97所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

99.实施方案93-98中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

100.实施方案99所述的方法，其中所述受试者是人。

101.实施方案93-100中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

102.实施方案101所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

103.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以降低由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素的作用。

104.实施方案103所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

105.实施方案104所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

106.实施方案104所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

107.实施方案104-106中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

108.实施方案107的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

109.实施方案104-108中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服或静脉内施用所述疫苗。

110.实施方案104-108中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内或皮下施用所述疫苗。

111.实施方案98所述的方法，其中所述剂包括抗体。

112.实施方案111所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

113.实施方案111-112中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

114.实施方案111-113中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

115.实施方案111-113中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

116.实施方案115所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

117.实施方案103-116中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

118.实施方案117所述的方法，其中所述受试者是人。

119.实施方案103-118中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

120.实施方案119所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

121.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

122.实施方案121所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

123.实施方案122所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

124.实施方案122所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

125.实施方案122-124中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

126.实施方案125所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

127.实施方案122-126中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服或静脉内施用所述疫苗。

128.实施方案122-126中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内或皮下施用所述疫苗。

129.实施方案121所述的方法，其中所述剂包括抗体。

130.实施方案129所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

131.实施方案129-130中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

132.实施方案129-131中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

133.实施方案129-131中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

134.实施方案133所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

135.实施方案121-134中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

136.实施方案135所述的方法，其中所述受试者是人。

本文引用的每一件专利、专利申请和出版物均据此通过引用以其整体并入本文。虽然本公开包含对特定实施方案的引用，但很明显，在不脱离本发明的真实精神和范围的情况下，本领域技术人员可以设计出本公开的其它实施方案和变型。所附权利要求书旨在被解释为包括所有此类实施方案和等同变化。

序列表

<110> 工匠生物科技

<120> 用于治疗炎性肠疾病的组合物和方法

<130> ARTI-003/01WO 329345-2018

<150> US 62/693,798

<151> 2018-07-03

<160> 10

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 1275

<212> DNA

<213> 脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)

<400> 1

gcgcgattac tagcgaatcc agcttcacga agtcgggttg cagacttcga tccgaactga 60

gagaggattt tgggattagc atacggtcac ccgctagctg ccttctgtac cccccattgt 120

aacacgtgtg tagccccgga cgtaagggcc gtgctgattt gacgtcatcc ccaccttcct 180

cacatcttac gacggcagtc tctccagagt cctcagcatg acctgttagt aactgaagat 240

aagggttgcg ctcgttatgg cacttaagcc gacacctcac ggcacgagct gacgacaacc 300

atgcagcacc ttcacagcgg tgattgctca ctgacatgtt tccacatcat tccactgcaa 360

tttaagcccg ggtaaggttc ctcgcgtatc atcgaattaa accacatgtt cctccgcttg 420

tgcgggcccc cgtcaattcc tttgagtttc accgttgccg gcgtactccc caggtggaat 480

acttaatgct ttcgcttggc cgcttactgt atatcgcaaa cagcgagtat tcatcgttta 540

ctgtgtggac taccagggta tctaatcctg tttgataccc acactttcga gcatcagtgt 600

cagttgcagt ccagtgagct gccttcgcaa tcggagttct tcgtgatatc taagcatttc 660

accgctacac cacgaattcc gcccacctct actgtactca agactgacag tatcaactgc 720

aattttacgg ttgagccgca ractttcaca actgacttac cagtccacct acgctccctt 780

taaacccaat aaatccggat aacgctcgga tcctccgtat taccgcggct gctggcacgg 840

agttagccga tccttattca tataatacat acaaaacagt atacatactg cactttattc 900

ttatataaaa gaagtttacg acccatagag ccttcatcct tcacgctact tggctggttc 960

aggctagcgc ccattgacca atattcctca ctgctgcctc ccgtaggagt ttggaccgtg 1020

tctcagttcc aatgtggggg accttcctct cagaacccct atccatcgaa ggcttggtga 1080

gccgttacct caccaacaac ctaatggaac gcatccccat cctttaccgg aatcctttaa 1140

taatgaaacc atgcggaatc attatgctat cgggtattaa tctttctttc gaaaggctat 1200

ccccgagtaa agggcaggtt ggatacgtgt tactcacccg tgcgccggtc gccggcaaag 1260

aaagcaagct ttctt 1275

<210> 2

<211> 405

<212> PRT

<213> 脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)

<400> 2

Met Phe Ile Leu Asn Phe Asn Lys Met Lys Asn Val Lys Leu Leu Leu

1 5 10 15

Met Leu Gly Thr Ala Ala Leu Leu Ala Ala Cys Ser Asn Glu Ala Asp

20 25 30

Ser Leu Thr Thr Ser Ile Asp Ala Pro Val Thr Ala Ser Ile Asp Leu

35 40 45

Gln Ser Val Ser Tyr Thr Asp Leu Ala Thr Gln Leu Asn Asp Val Ser

50 55 60

Asp Phe Gly Lys Met Ile Ile Leu Lys Asp Asn Gly Phe Asn Arg Gln

65 70 75 80

Val His Val Ser Met Asp Lys Arg Thr Lys Ile Gln Leu Asp Asn Glu

85 90 95

Asn Val Arg Leu Phe Asn Gly Arg Asp Lys Asp Ser Thr Ser Phe Ile

100 105 110

Leu Gly Asp Glu Phe Ala Val Leu Arg Phe Tyr Arg Asn Gly Glu Ser

115 120 125

Ile Ser Tyr Ile Ala Tyr Lys Glu Ala Gln Met Met Asn Glu Ile Ala

130 135 140

Glu Phe Tyr Ala Ala Pro Phe Lys Lys Thr Arg Ala Ile Asn Glu Lys

145 150 155 160

Glu Ala Phe Glu Cys Ile Tyr Asp Ser Arg Thr Arg Ser Ala Gly Lys

165 170 175

Asp Ile Val Ser Val Lys Ile Asn Ile Asp Lys Ala Lys Lys Ile Leu

180 185 190

Asn Leu Pro Glu Cys Asp Tyr Ile Asn Asp Tyr Ile Lys Thr Pro Gln

195 200 205

Val Pro His Gly Ile Thr Glu Ser Gln Thr Arg Ala Val Pro Ser Glu

210 215 220

Pro Lys Thr Val Tyr Val Ile Cys Leu Arg Glu Asn Gly Ser Thr Ile

225 230 235 240

Tyr Pro Asn Glu Val Ser Ala Gln Met Gln Asp Ala Ala Asn Ser Val

245 250 255

Tyr Ala Val His Gly Leu Lys Arg Tyr Val Asn Phe His Phe Val Leu

260 265 270

Tyr Thr Thr Glu Tyr Ser Cys Pro Ser Gly Asp Ala Lys Glu Gly Leu

275 280 285

Glu Gly Phe Thr Ala Ser Leu Lys Ser Asn Pro Lys Ala Glu Gly Tyr

290 295 300

Asp Asp Gln Ile Tyr Phe Leu Ile Arg Trp Gly Thr Trp Asp Asn Lys

305 310 315 320

Ile Leu Gly Met Ser Trp Phe Asn Ser Tyr Asn Val Asn Thr Ala Ser

325 330 335

Asp Phe Glu Ala Ser Gly Met Ser Thr Thr Gln Leu Met Tyr Pro Gly

340 345 350

Val Met Ala His Glu Leu Gly His Ile Leu Gly Ala Glu His Thr Asp

355 360 365

Asn Ser Lys Asp Leu Met Tyr Ala Thr Phe Thr Gly Tyr Leu Ser His

370 375 380

Leu Ser Glu Lys Asn Met Asp Ile Ile Ala Lys Asn Leu Gly Trp Glu

385 390 395 400

Ala Ala Asp Gly Asp

405

<210> 3

<211> 397

<212> PRT

<213> 脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)

<400> 3

Met Lys Asn Val Lys Leu Leu Leu Met Leu Gly Thr Ala Ala Leu Leu

1 5 10 15

Ala Ala Cys Ser Asn Glu Ala Asp Ser Leu Thr Thr Ser Ile Asp Thr

20 25 30

Pro Val Thr Ala Ser Ile Asp Leu Gln Ser Val Ser Tyr Thr Asp Leu

35 40 45

Ala Thr Gln Leu Asn Asp Val Ser Asp Phe Gly Lys Met Ile Ile Leu

50 55 60

Lys Asp Asn Gly Phe Asn Arg Gln Val His Val Ser Met Asp Lys Arg

65 70 75 80

Thr Lys Ile Gln Leu Asp Asn Glu Asn Val Arg Leu Phe Asn Gly Arg

85 90 95

Asp Lys Asp Ser Thr Ser Phe Ile Leu Gly Asp Glu Phe Ala Val Leu

100 105 110

Arg Phe Tyr Arg Asn Gly Glu Ser Ile Ser Tyr Ile Ala Tyr Lys Glu

115 120 125

Ala Gln Met Met Asn Glu Ile Ala Glu Phe Tyr Ala Ala Pro Phe Lys

130 135 140

Lys Thr Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Ala Phe Glu Cys Ile Tyr Asp

145 150 155 160

Ser Arg Thr Arg Ser Ala Gly Lys Asp Leu Val Ser Val Lys Ile Asn

165 170 175

Ile Asp Lys Ala Lys Lys Ile Leu Asn Leu Pro Glu Cys Asp Tyr Ile

180 185 190

Asn Asp Tyr Ile Lys Thr Pro Gln Val Pro His Gly Ile Thr Glu Ser

195 200 205

Gln Thr Arg Ala Val Pro Ser Glu Pro Lys Thr Val Tyr Val Ile Cys

210 215 220

Leu Arg Glu Ser Gly Ser Thr Val Tyr Pro Asn Glu Val Ser Ala Gln

225 230 235 240

Met Gln Asp Ala Ala Asn Ser Val Tyr Ala Val His Gly Leu Lys Arg

245 250 255

Phe Val Asn Leu His Phe Val Leu Tyr Thr Thr Glu Tyr Ser Cys Pro

260 265 270

Ser Gly Asn Ala Asp Glu Gly Leu Asp Gly Phe Thr Ala Ser Leu Lys

275 280 285

Ala Asn Pro Lys Ala Glu Gly Tyr Asp Asp Gln Ile Tyr Phe Leu Ile

290 295 300

Arg Trp Gly Thr Trp Asp Asn Asn Ile Leu Gly Ile Ser Trp Leu Asp

305 310 315 320

Ser Tyr Asn Val Asn Thr Ala Ser Asp Phe Lys Ala Ser Gly Met Ser

325 330 335

Thr Thr Gln Leu Met Tyr Pro Gly Val Met Ala His Glu Leu Gly His

340 345 350

Ile Leu Gly Ala Arg His Ala Asp Asp Pro Lys Asp Leu Met Tyr Ser

355 360 365

Lys Tyr Thr Gly Tyr Leu Phe His Leu Ser Glu Glu Asn Met Tyr Arg

370 375 380

Ile Ala Lys Asn Leu Gly Trp Glu Ile Ala Asp Gly Asp

385 390 395

<210> 4

<211> 397

<212> PRT

<213> 脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)

<400> 4

Met Lys Asn Val Lys Leu Leu Leu Met Leu Gly Thr Ala Ala Leu Leu

1 5 10 15

Ala Ala Cys Ser Asn Glu Ala Asp Ser Leu Thr Thr Ser Ile Asp Ala

20 25 30

Pro Val Thr Ala Ser Ile Asp Leu Gln Ser Val Ser Tyr Thr Asp Leu

35 40 45

Ala Thr Gln Leu Asn Asp Val Ser Asp Phe Gly Lys Met Ile Ile Leu

50 55 60

Lys Asp Asn Gly Phe Asn Arg Gln Val His Val Ser Met Asp Lys Arg

65 70 75 80

Thr Lys Ile Gln Leu Asp Asn Glu Asn Val Arg Leu Phe Asn Gly Arg

85 90 95

Asp Lys Asp Ser Thr Asn Phe Ile Leu Gly Asp Glu Phe Ala Val Leu

100 105 110

Arg Phe Tyr Arg Asn Gly Glu Ser Ile Ser Tyr Ile Ala Tyr Lys Glu

115 120 125

Ala Gln Met Met Asn Glu Ile Ala Glu Phe Tyr Ala Ala Pro Phe Lys

130 135 140

Lys Thr Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Ala Phe Glu Cys Ile Tyr Asp

145 150 155 160

Ser Arg Thr Arg Ser Ala Gly Lys Tyr Pro Val Ser Val Lys Ile Asn

165 170 175

Val Asp Lys Ala Lys Lys Ile Leu Asn Leu Pro Glu Cys Asp Tyr Ile

180 185 190

Asn Asp Tyr Ile Lys Thr Pro Gln Val Pro His Gly Ile Thr Glu Ser

195 200 205

Gln Thr Arg Ala Val Pro Ser Glu Pro Lys Thr Val Tyr Val Ile Cys

210 215 220

Leu Arg Glu Asn Gly Ser Thr Val Tyr Pro Asn Glu Val Ser Ala Gln

225 230 235 240

Met Gln Asp Ala Ala Asn Ser Val Tyr Ala Val His Gly Leu Lys Arg

245 250 255

Tyr Val Asn Leu His Phe Val Leu Tyr Thr Thr Glu Tyr Ala Cys Pro

260 265 270

Ser Gly Asn Ala Asp Glu Gly Leu Asp Gly Phe Thr Ala Ser Leu Lys

275 280 285

Ala Asn Pro Lys Ala Glu Gly Tyr Asp Asp Gln Ile Tyr Phe Leu Ile

290 295 300

Arg Trp Gly Thr Trp Asp Asn Asn Ile Leu Gly Ile Ser Trp Leu Asn

305 310 315 320

Ser Tyr Asn Val Asn Thr Ala Ser Asp Phe Lys Ala Ser Gly Met Ser

325 330 335

Thr Thr Gln Leu Met Tyr Pro Gly Val Met Ala His Glu Leu Gly His

340 345 350

Ile Leu Gly Ala Asn His Ala Asp Asp Pro Lys Asp Leu Met Tyr Ser

355 360 365

Lys Tyr Thr Gly Tyr Leu Phe His Leu Ser Glu Lys Asn Met Asp Ile

370 375 380

Ile Ala Lys Asn Leu Gly Trp Glu Ile Ala Asp Gly Asp

385 390 395

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物368-F

<400> 5

gaacctaaaa cggtatatgt 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物368-R

<400> 6

gttgtagaca tcccactggc 20

<210> 7

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物Bft-F

<400> 7

ggatacatca gctgggttgt ag 22

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物Bft-R

<400> 8

gcgaactcgg tttatgcagt 20

<210> 9

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物BFTF

<400> 9

cgcggcatta ttagctgcat gttctaatg 29

<210> 10

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

<223> PCR引物P4

<400> 10

gatacatcag ctgggttgta gacatccca 29

Claims (136)

1.一种治疗经诊断患有肠易激疾病(IBD)的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用，

其中通过检测所述患者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述剂是抗体。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述抗体是人源化的。

4.如权利要求2或3所述的方法，其中所述抗体是单克隆的。

5.如权利要求2-4中任一项所述的方法，其中所述抗体结合脆弱拟杆菌毒素。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素是BFT1、BFT2和/或BFT3。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述剂是疫苗。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

10.如权利要求8所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌细菌。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

12.如权利要求8-11中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述IBD是克罗恩病。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎。

16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述IBD是活动性IBD。

17.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述IBD是非活动性IBD。

18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌菌株是脆弱拟杆菌的产肠毒素菌株。

19.如权利要求18所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌菌株产生选自BFT1、BFT2和BFT3的毒素。

20.如权利要求19所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

22.如权利要求21所述的方法，其中所述受试者是人。

23.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述受试者为至少18岁。

24.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述受试者小于18岁。

25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。

26.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述生物样品是粪便样品。

27.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中口服施用所述剂。

28.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中静脉内施用所述剂。

29.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

30.如权利要求1-26中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

31.如权利要求1-30中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

32.如权利要求31所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

33.一种治疗经诊断患有肠易激疾病(IBD)的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌毒素的表达或活性，

其中通过检测所述患者的生物样品中脆弱拟杆菌毒素的存在，诊断出所述受试者患有IBD。

34.如权利要求33所述的方法，其中所述剂是抗体。

35.如权利要求34所述的方法，其中所述抗体是人源化的。

36.如权利要求34或35所述的方法，其中所述抗体是单克隆的。

37.如权利要求33-36中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述脆弱拟杆菌毒素。

38.如权利要求33-37中任一项所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素是BFT1、BFT2和/或BFT3。

39.如权利要求38所述的方法，其中所述脆弱拟杆菌毒素具有与SEQ ID NO:2-4中的任一个具有至少95％或100％同一性的序列。

40.如权利要求30所述的方法，其中所述剂是疫苗。

41.如权利要求30所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

42.如权利要求40所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的脆弱拟杆菌细菌。

43.如权利要求41所述的方法，其中所述灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

44.如权利要求40-43中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

45.如权利要求44所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

46.如权利要求33-45中任一项所述的方法，其中所述IBD是克罗恩病。

47.如权利要求33-45中任一项所述的方法，其中所述IBD是溃疡性结肠炎。

48.如权利要求33-47中任一项所述的方法，其中所述IBD是活动性IBD。

49.如权利要求33-47中任一项所述的方法，其中所述IBD是非活动性IBD。

50.如权利要求33-49中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

51.如权利要求50所述的方法，其中所述受试者是人。

52.如权利要求33-51中任一项所述的方法，其中所述受试者为至少18岁。

53.如权利要求33-51中任一项所述的方法，其中所述受试者小于18岁。

54.如权利要求33-53中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。

55.如权利要求33-53中任一项所述的方法，其中所述生物样品是粪便样品。

56.如权利要求33-55中任一项所述的方法，其中口服施用所述剂。

57.如权利要求33-55中任一项所述的方法，其中静脉内施用所述剂。

58.如权利要求33-55中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

59.如权利要求33-55中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

60.如权利要求33-59中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

61.如权利要求60所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

62.一种治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括

检测所述受试者的生物样品中脆弱拟杆菌菌株的存在，以及

向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

63.一种治疗有需要的受试者的方法，所述方法包括

检测所述受试者的生物样品中所述脆弱拟杆菌毒素的存在，以及

向所述受试者施用剂以减少所述脆弱拟杆菌毒素的表达或活性。

64.一种用于治疗或预防炎性肠疾病或病症的疫苗组合物，所述疫苗组合物包含灭活的脆弱拟杆菌肠毒素。

65.如权利要求64所述的疫苗组合物，其中所述炎性肠疾病是克罗恩病或溃疡性结肠炎。

66.如权利要求64-65中任一项所述的疫苗组合物，其中所述灭活的脆弱拟杆菌肠毒素是重组的。

67.如权利要求64-66中任一项所述的疫苗组合物，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

68.如权利要求64-67中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物包含佐剂。

69.如权利要求68所述的疫苗组合物，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

70.如权利要求64-69中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物被配制用于口服施用或静脉内施用。

71.如权利要求64-69中任一项所述的疫苗组合物，其中所述疫苗组合物被配制用于肌内施用或皮下施用。

72.一种用于治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用权利要求64-71中任一项所述的疫苗组合物。

73.如权利要求72所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

74.如权利要求73所述的方法，其中所述受试者是人。

75.如权利要求72-74中任一项所述的方法，其中向所述受试者施用所述疫苗组合物一次。

76.如权利要求72-74中任一项所述的方法，其中向所述受试者施用所述疫苗组合物超过一次。

77.如权利要求72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服施用所述疫苗组合物。

78.如权利要求72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述疫苗组合物。

79.如权利要求72-76中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述剂。

80.如权利要求72-76中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

81.如权利要求72-80中任一项所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

82.如权利要求81所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

83.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少产肠毒素脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

84.如权利要求83所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

85.如权利要求84所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

86.如权利要求84所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

87.如权利要求84-86中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

88.如权利要求87所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

89.如权利要求84-88中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服施用所述疫苗。

90.如权利要求84-88中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内施用所述疫苗。

91.如权利要求84-88中任一项所述的方法，其中肌内施用所述剂。

92.如权利要求84-88中任一项所述的方法，其中皮下施用所述剂。

93.如权利要求83所述的方法，其中所述剂包括抗体。

94.如权利要求93所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

95.如权利要求93-94中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

96.如权利要求93-95中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

97.如权利要求93-95中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

98.如权利要求97所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

99.如权利要求93-98中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

100.如权利要求99所述的方法，其中所述受试者是人。

101.如权利要求93-100中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

102.如权利要求101所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

103.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以降低由脆弱拟杆菌菌株产生的肠毒素的作用。

104.如权利要求103所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

105.如权利要求104所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

106.如权利要求104所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

107.如权利要求104-106中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

108.如权利要求107所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

109.如权利要求104-108中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服或静脉内施用所述疫苗。

110.如权利要求104-108中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内或皮下施用所述疫苗。

111.如权利要求98所述的方法，其中所述剂包括抗体。

112.如权利要求111所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

113.如权利要求111-112中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

114.如权利要求111-113中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

115.如权利要求111-113中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

116.如权利要求115所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

117.如权利要求103-116中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

118.如权利要求117所述的方法，其中所述受试者是人。

119.如权利要求103-118中任一项所述的方法，其中施用所述剂降低所述受试者中一种或多种促炎细胞因子的水平。

120.如权利要求119所述的方法，其中施用所述疫苗降低所述受试者中TNF和IL-17中的至少一种的水平。

121.一种治疗或预防受试者的炎性肠疾病的方法，所述方法包括向所述受试者施用剂以减少脆弱拟杆菌菌株的数量或致病作用。

122.如权利要求121所述的方法，其中所述剂包括疫苗。

123.如权利要求122所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的细菌。

124.如权利要求122所述的方法，其中所述疫苗包含灭活的肠毒素。

125.如权利要求122-124中任一项所述的方法，其中所述疫苗包含佐剂。

126.如权利要求125所述的方法，其中所述佐剂选自由以下组成的组：完全或不完全弗氏佐剂、RIBI、KLH肽、霍乱毒素、大肠杆菌不耐热毒素、大肠杆菌肠毒素、沙门氏菌毒素、基于纳米颗粒的佐剂、铝盐、磷酸钙、脂质体、病毒体、cochleate、eurocine、古细菌脂质、ISCOMS、微粒、单磷酰脂质(MPL)、N-乙酰基-胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺(MDP)、Detox、AS04、AS02、AS01、OM-174、OM-三酰基、寡核苷酸、双链RNA、病原体相关分子模式(PAMP)、TLR配体、皂苷、壳聚糖、a-半乳糖基神经酰胺、小分子免疫增强剂(SMIP)、细胞因子、趋化因子、DC Choi、PLA(聚乳酸)微粒、PLG([丙交酯-乙交酯])共聚物微粒、(DL-丙交酯-乙交酯)共聚物微粒、聚苯乙烯(胶乳)微粒、蛋白体和3',5’-环二鸟苷酸(c-di-GMP)。

127.如权利要求122-126中任一项所述的方法，其中向所述受试者口服或静脉内施用所述疫苗。

128.如权利要求122-126中任一项所述的方法，其中向所述受试者肌内或皮下施用所述疫苗。

129.如权利要求121所述的方法，其中所述剂包括抗体。

130.如权利要求129所述的方法，其中所述抗体是单克隆抗体。

131.如权利要求129-130中任一项所述的方法，其中所述抗体是人源化抗体。

132.如权利要求129-131中任一项所述的方法，其中所述抗体结合所述产肠毒素脆弱拟杆菌。

133.如权利要求129-131中任一项所述的方法，其中所述抗体结合肠毒素。

134.如权利要求133所述的方法，其中所述肠毒素包含SEQ ID NO:2-4中的任一个的氨基酸序列。

135.如权利要求121-134中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。

136.如权利要求135所述的方法，其中所述受试者是人。

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