CN112725338A - 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途 - Google Patents

一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途 Download PDF

Info

Publication number
CN112725338A
CN112725338A CN202011631290.1A CN202011631290A CN112725338A CN 112725338 A CN112725338 A CN 112725338A CN 202011631290 A CN202011631290 A CN 202011631290A CN 112725338 A CN112725338 A CN 112725338A
Authority
CN
China
Prior art keywords
trim9
penaeus monodon
gene
small interfering
interfering rna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202011631290.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN112725338B (zh
Inventor
赵超
邱丽华
彭超
范嗣刚
王鹏飞
闫路路
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences
Original Assignee
South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences filed Critical South China Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy Fishery Sciences
Priority to CN202011631290.1A priority Critical patent/CN112725338B/zh
Publication of CN112725338A publication Critical patent/CN112725338A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN112725338B publication Critical patent/CN112725338B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA，其正义链序列为5’‑GCUCCGUUCUGACGCCGACAGACG‑3’，反义链序列为5’‑CGUCUGUCGGCGUCAGAACGGAGC‑3’。本发明还公开了所述小干扰RNA的用途。本发明公开的TRIM9‑siRNA可显著抑制斑节对虾TRIM9基因的表达，促进多种抗菌肽基因表达，抑制副溶血弧菌在斑节对虾体内的复制，提高斑节对虾在副溶血弧菌感染下的成活率。

Description

一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA及其用途
技术领域
本发明涉及小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)，具体地说是涉及一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA。同时，本发明还涉及及其在抵御副溶血弧菌感染中的用途。
背景技术
小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)是一个长20～25个核苷酸的双链RNA，在生物学上有许多不同的用途。目前，已知siRNA主要参与生物体RNA干扰(RNAi)现象，以特异性沉默的方式调节功能基因的表达。近些年来，RNA干扰技术在细菌、病毒等疾病治疗方面取得了长足进展，尤其在人类AIDS、乙型肝炎等疾病的治疗中作用尤为显著。最新研究表明，针对HIV结构蛋白基因及长末端重复序列的siRNA可以控制病毒复制；针对宿主细胞HIV受体CD4基因的siRNA可有效控制病毒进入宿主细胞，抑制病毒的感染过程。此外，靶向丙型肝炎病毒、流感病毒、脊髓灰质炎病毒等基因组的编码区或非编码区的siRNA也表现出显著的体外抑制作用，但其应用于临床还有待更深的研究。
在对虾类水产经济动物养殖过程中，细菌等病原物是制约虾类持续健康发展的主要病原，细菌病和病毒病的发生给我国乃至全球的养虾业带来巨大经济损失。近些年来，由副溶血弧菌导致斑节对虾爆发的对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)严重影响了斑节对虾产业的发展。AHPND是以暴发性肝胰腺坏死为主要特征的传染性疾病。其传播范围广、传播速度快，患病对虾病程短、死亡率极高，高达90％。对虾类低等无脊椎动物缺乏获得性免疫系统，只能依靠先天免疫抵御病原微生物的入侵。三结构域蛋白家族(Tripartite motif,TRIM)是一个结构保守、进化快速的蛋白质家族。TRIM家族包含70多个家族成员，家族成员的功能越来越受到了重视。研究表明TRIM家族成员广泛参与了肿瘤杀伤、抑制病毒复制、细胞凋亡等重要的生命过程。TRIM9是一个高度保守的TRIM家族成员，最初在哺乳动物中被鉴定出来，并发现其与神经系统和神经退行性疾病的发展有关。近期相关研究表明，TRIM9在无脊椎动物先天免疫中起重要作用，一方面TRIM9可以通过结合β-TrCP抑制NF-κB的激活，而NF-κB对于下游抗菌肽的激活则至关重要；另一方面TRIM可以选择性抑制促炎症因子的产生，促炎症因子可保护机体免受病原菌的感染。例如，研究发现白斑病毒(WSSV)可劫持南美白对虾(Litopenaeus vannamei)的TRIM9基因为己所用，抑制NF-κB通路及下游抗菌肽的产生，进而导致大规模虾病的爆发。
斑节对虾(Penaeus monodon)是世界上养殖最普遍的品种，是对虾属中个体最大的品种，养殖利润丰厚、经济价值高。鉴于TRIM9在斑节对虾中的研究尚未见报道，发明人利用转录组测序、分子克隆等分子生物学方法克隆了斑节对虾TRIM9基因，并发现该基因的表达量与副溶血弧菌刺激之间存在一定关联关系，即斑节对虾宿主为抵御副溶血弧菌的感染下调了TRIM9的表达量，预示降低TRIM9的表达量可提高斑节对虾宿主应对副溶血弧菌感染的免疫力。基于斑节对虾TRIM9基因序列，发明人设计了靶向该基因的siRNA(TRIM9-siRNA)，建立了一套检测该siRNA在斑节对虾体内抑制副溶血弧菌扩增，提高被感染宿主成活率的方法，并对TRIM9-siRNA在抵御斑节对虾感染副溶血弧菌感染中的使用方法进行了优化。
发明内容
本发明的目的在于提供一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA(TRIM9-siRNA)。该TRIM9-siRNA可显著抑制斑节对虾TRIM9基因的表达，促进多种抗菌肽基因表达，抑制副溶血弧菌在斑节对虾体内的复制，提高斑节对虾在副溶血弧菌感染下的成活率。
发明人利用转录组测序、分子克隆等分子生物学方法克隆了斑节对虾TRIM9基因，并发现该基因的表达量与副溶血弧菌刺激之间存在一定关联关系，即斑节对虾宿主为抵御副溶血弧菌的感染下调了TRIM9的表达量，预示降低TRIM9的表达量可提高斑节对虾宿主应对副溶血弧菌感染的免疫力。基于斑节对虾TRIM9基因序列，发明人以斑节对虾TRIM9基因开放阅读框(open reading frame,ORF)区域设计了靶向该基因的siRNA(TRIM9-siRNA)。具体地，所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA(TRIM9-siRNA)正义链序列如SEQ ID NO.1所示，反义链序列如SEQ ID NO.2所示。
正义链序列：5’-GCUCCGUUCUGACGCCGACAGACG-3’
反义链序列：5’-CGUCUGUCGGCGUCAGAACGGAGC-3’。
本发明另一个目的在于提供上述TRIM9-siRNA的应用。具体地，涉及上述TRIM9-siRNA作为斑节对虾TRIM9基因检测试剂的应用；涉及上述TRIM9-siRNA作为斑节对虾TRIM9基因抑制剂的应用；涉及上述TRIM9-siRNA作为斑节对虾抗副溶血弧菌感染药物的应用。
本发明另一个目的在于包含上述TRIM9-siRNA的试剂盒。
试剂盒还包括转染试剂、RNasefree无菌水等。
本发明的优点：
本发明可显著抑制斑节对虾TRIM9基因的表达，促进多种抗菌肽基因表达，抑制副溶血弧菌在斑节对虾体内的复制，提高斑节对虾在副溶血弧菌感染下的成活率，进而降低养殖风险，提高养殖成功率，保证对虾养殖户的经济收益。
附图说明
图1为斑节对虾TRIM9基因的序列特征。
斑节对虾TRIM9基因的核苷酸和推导的氨基酸特征；阴影部分表示RING功能域；B-Box用加粗的下划线表示。Coiled-coil(BBC)功能域用方框表示。FN3功能域用双下划线表示。SPRY功能域用点下划线表示；
图2为斑节对虾TRIM9基因的序列特征。
(B)斑节对虾TRIM9蛋白结构示意图；
(C)斑节对虾TRIM9基因(黑色型号表示)与其他物种同源基因的进化树分析(Penaeus vannamei,XP_027233481.1；Zootermopsisnevadensis,XP_021939653.1；Limulus polyphemus,XP_013773565.1；Mizuhopectenyessoensis,XP_021370559.1；Crassostrea hongkongensis,ANW06223.1；Atta colombica,KYM91381.1；Bos Taurus,XP_005211785.1；Mus musculus,XP_006516467.1；Homo sapiens,NP_055978.4；Daphniamagna,KZS15938.1；Drosophila melanogaster,NP_723600.2；Xenopus laevis,XP_018087830.1；Cyprinus carpio,XP_018979840.1；Danio rerio,XP_005157040.1)。
图3为斑节对虾TRIM9基因在不同组织中的表达分布。斑节对虾β-Actin被用来作为内参基因。不同柱上字母表示不同组织间差异显著(P<0.05)。
图4为副溶血弧菌刺激下，斑节对虾TRIM9基因转录水平显著下降，**:P<0.01；*:P<0.05。
(A)副溶血弧菌刺激后斑节对虾TRIM9基因在血细胞中的表达量变化情况；
(B)副溶血弧菌刺激后斑节对虾TRIM9基因在肠道中的表达量变化情况。
图5为qPCR检测TRIM9-siRNA靶向沉默斑节对虾TRIM9基因效果。**:P<0.01；*:P<0.05。
图6为qPCR检测TRIM9-siRNA靶向沉默斑节对虾TRIM9基因后，副溶血弧菌刺激下多种抗菌肽基因的表达变化(A)，斑节对虾血淋巴中副溶血弧菌菌落数变化情况(B)，斑节对虾成活率(C)。**:P<0.01；*:P<0.05。
具体实施方式
下面的实施例将具体说明本发明的操作方法，但不能作为对本发明的限定。
以下实施例中除特别说明外，所采用的材料和仪器均为市售；所采用的实验方法和步骤均为本领域内的常规实验方法和操作步骤。
实施例一斑节对虾TRIM9基因的克隆及其在副溶血弧菌感染下的表达分析
1.总RNA提取和cDNA的合成
按照TRIZOL试剂(Invitrogen,shanghai)说明书要求提取健康斑节对虾(25g左右)肌肉(muscle)、心(heart)、肝胰腺(hepatopancreas)、脑(brain)、胃(stomach)、鳃(gill)、血细胞(hemocytes)和肠道(intestine)的总RNA；按照PrimeScript reversetranscriptase试剂盒(TaKaRa,Dalian)说明书要求对上述总RNA进行反转录合成cDNA，-80℃保存备用。
2.斑节对虾TRIM9基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的扩增及生物信息分析
利用引物PmTRIM9-F(5’-ATGGAGGAGGAGCTGCGG-3’)和PmTRIM9-R(5’-CTATGTTTTAGCAGCAATAGGAGTC-3’)，按照常规PCR扩增程序扩增斑节对虾TRIM9的开放阅读框序列；利用MCBI的BLAST程序(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)对TRIM9开放阅读框序列进行分析，利用SMART 4.0工具(http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode)分析TRIM9的功能结构域，利用ExPASy软件(http://www.expasy.org/)预测TRIM9的等电点和分子量，利用ClustalW和MEGA 6软件进行系统树分析。如图1所示，TRIM9基因的开放阅读框共计2064bp，编码一段含有687个氨基酸的多肽链(TRIM9)，该多肽链的分子量和等电点分别为75.14kDa和5.73(图1)；该TRIM9氨基酸序列含有1个RING功能域(7-110aa)，2个B-Box类型的锌指功能域(142-193aa，206-248aa)，1个卷曲结构域(255-381aa)，一个纤连蛋白III型重复序列(420-499aa)，一个肽链羧基端的SPRY功能域(551-672aa)(图2B)；进化树分析表明斑节对虾TRIM9与凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)的TRIM9聚为一支，表明二者进化关系最为接近(图2C)。
3.斑节对虾TRIM9基因在不同组织中表达分布
借助上述制备不同组织的cNDA模板，利用引物qTRIM9-F(5’-CTCAACGCCGTCACCAAAAC-3’)和qTRIM9-R(5’-CGAGAGCGTCTTGAGTGTGT-3’)，按照SYBRPremix Ex Taq试剂盒(Takara,Dalian,China)说明书开展实时荧光定量PCR分析(qRT-PCR)；斑节对虾β-actin基因(GenBank:No.JN808449.1)作为该试验内参，其引物为β-actin-F(5’-CCCTGTTCCAGCCCTCATT-3’)和β-actin-R(5’-GGATGTCCACGTCGCACTT-3’)；实验数据利用2-ΔΔCT法进行分析，并采用“平均值±标准差”的形式进行展示，利用Student'st-test对实验数据的差异性进行分析，并在p<0.05时认为具有显著性差异。如图3所示，虽然斑节对虾TRIM9基因在所有待测组织中均有广泛表达，表达量却各不相同：脑中表达量最高，其次是肠道、鳃、肝胰腺、胃、血细胞、肌肉和心。
4.斑节对虾TRIM9基因在副溶血弧菌刺激下的表达规律
鲜活健康斑节对虾(体重约15g)在室内暂养7d(水温约25±1℃，气泵充气，盐度：3.3％)，暂养期间每天早晚投喂常规对虾饲料，并且每天更换对虾饲养池海水三分之一左右。斑节对虾按照50尾一组分成2组开展副溶血弧菌刺激实验；其中一组作为实验组，注射50μL副溶血弧菌(1×108cfu/mL)，另一组作为对照组注射50μL PBS缓冲液(140mM NaCl,2.7mM KCl,10mM Na2HPO4,and 1.8mM KH2PO4；pH 7.4)；在注射实验开始后的0,3,6,12,24,48和72小时，分别取待检斑节对虾的血细胞和肠道组织进行总RNA抽提，并反转录合成cDNA，-80℃保存备用；按照上述“3.斑节对虾TRIM9基因在不同组织中表达分布”中所描述的qRT-PCR方法对TRIM9基因在待测组织中的表达分别情况进行检测。如图4A所示，在副溶血弧菌感染后的3-24小时斑节对虾血细胞组织中TRIM9基因的表达量急剧下降，然后逐渐恢复到与对照组持平水平；如图4B所示，在副溶血弧菌感染后的6-72小时斑节对虾肠道组织中TRIM9基因的表达量一直显著降低于对照组。该结果表明斑节对虾TRIM9基因的表达量与副溶血弧菌刺激之间存在一定关联关系，即斑节对虾宿主为抵御副溶血弧菌的感染下调了TRIM9的表达量，预示降低TRIM9的表达量可提高斑节对虾宿主应对副溶血弧菌感染的免疫力。
实施例二靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA序列(TRIM9-siRNA)的制备及其在抗副溶血弧菌过程中的应用
1.靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA序列(TRIM9-siRNA)工作液的制备：
1.1.根据本发明中克隆的TRIM9开放阅读框序列(GenBank accessionNo.MW18461)，利用BLOCK-iTTM RNAi Designer在线程序(https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do)设计siRNA序列，包括TRIM9-siRNA正义链序列如SEQ ID NO.1所示，反义链序列如SEQ ID NO.2所示。
正义链序列：5’-GCUCCGUUCUGACGCCGACAGACG-3’
反义链序列：5’-CGUCUGUCGGCGUCAGAACGGAGC-3’。
序列设计好后委托上海吉玛公司合成分别合成，由公司合成的TRIM9-siRNA冻干粉在开盖前4000rpm离心30s，加RNasefree无菌水中稀释至5μg/μL；Lipofectamine 2000(Invitrogen,Shanghai)按照1:25的比例加入RNasefree无菌水进行稀释。稀释后的TRIM9-siRNA和Lipofectamine 2000按照1:1比例混匀，室温静置5min，该工作液-80保存备用(保存时间不超过1周，尽可能现用现配)。
1.2.绿色荧光蛋白的siRNA(green fluorescent protein siRNA,GFP-siRNA)在本次实验中作为TRIM9-siRNA工作液对照试剂，包括GFP-siRNA正义链序列如SEQ ID NO.3所示，反义链序列如SEQ ID NO.4所示：
正义链序列：5’-ACUAUCCUUCGCAAGACCCUUCCUC-3’
反义链序列：5’-GAGGAAGGGUCUUGCGAAGGAUAGU-3’。
GFP-siRNA对照试剂的配制方法参照TRIM9-siRNA工作液。
2.靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA序列(TRIM9-siRNA)在抗副溶血弧菌过程中的应用
2.1.为验证TRIM9-siRNA在斑节对虾体内抗副溶血弧菌的应用，所有实验用虾(15g)被随机分为两组。按照每克体重注射1μL工作液或对照试剂，其中一组在第二腹足处注射15μL新鲜配制的TRIM9-siRNA工作液作为实验组，另外一组在第二腹足处注射15μL新鲜配制的GFP-siRNA对照试剂。分别在注射实验开始后的12h、24h、48h、和72h收集斑节对虾肠道组织，并按照实施例一中所描述方法抽提RNA，并通过qRT-PCR检测干扰效率。如图5所示，在干扰后的12h，用qPCR检测了斑节对虾TRIM9基因在转录水平(mRNA)的表达变化，结果表明RNA干扰后12-72h，斑节对虾TRIM9基因mRNA的表达水平显著降低，这说明干扰实验效果明显。
2.2.在对斑节对虾注射TRIM9-siRNA工作液24h后，注射50μL的副溶血弧菌(1×108cfu/mL)。在细菌注射后12h，用注射器吸取斑节对虾血淋巴在进行50倍梯度稀释后均匀涂布于LB琼脂板，37℃过夜，计算菌落数；于此同时，对斑节对虾每天死亡尾数进行检测，计算成活率。在靶向沉默斑节对虾TRIM9基因后，利用qRT-PCR方法检测副溶血弧菌感染的斑节对虾抗菌肽基因(CRU1、CRU7、CRU5、ALF3、ALF6、ALF8、LYZ、PEN3、PEN5)转录水平的表达变化，如图6A所示斑节对虾CRU1、CRU7、ALF6、ALF3、LYZ和PEN5共计六个抗菌肽的表达趋势显著上调(抗菌肽引物如表1所示)，进一步证明TRIM9-siRNA可以促进斑节对虾多种抗菌肽基因的表达。如图6B所示，靶向沉默斑节对虾TRIM9后，斑节对虾体内副溶血弧菌数量显著低于对照组，表明斑节对虾免疫力显著增强，机体清除副溶血弧菌能力显著上调。如图6C所示靶向沉默斑节对虾TRIM9后，斑节对虾成果率成活率相较对照组显著上升，进一步证明了TRIM9-siRNA在斑节对虾抗副溶血弧菌中的作用。
表1抗菌肽引物序列
Figure BDA0002880114550000071
上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围。
序列表
<110> 中国水产科学研究院南海水产研究所
<120> 一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA及其用途
<160> 26
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gcuccguucu gacgccgaca gacg 24
<210> 2
<211> 24
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cgucugucgg cgucagaacg gagc 24
<210> 3
<211> 25
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
acuauccuuc gcaagacccu uccuc 25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gaggaagggu cuugcgaagg auagu 25
<210> 5
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
ctcaacgccg tcaccaaaac 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cgagagcgtc ttgagtgtgt 20
<210> 7
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ccctgttcca gccctcatt 19
<210> 8
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ggatgtccac gtcgcactt 19
<210> 9
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ctgctgcgag tcaaggtatg 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
aggtactggc tgctctactg 20
<210> 11
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
cggcaggtgt ccacagattc g 21
<210> 12
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gcagacggtg tcgttcaagc a 21
<210> 13
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
accagggcca aggaaactat 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gcagcatttg tcgtttgagg 20
<210> 15
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
gttcgagctg ttaggacact ac 22
<210> 16
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
catgcgaccc ctgaagtata g 21
<210> 17
<211> 19
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
cccacagtgc caggctcaa 19
<210> 18
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
tgctggcttc tcctctgatg 20
<210> 19
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
atttatggag aaacggagac g 21
<210> 20
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
atttgctgcg ggtgttggac 20
<210> 21
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
caagaactgg gtgtgcatcg 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tccacagacg ttcttgccat 20
<210> 23
<211> 16
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
ggcttagccc cttaca 16
<210> 24
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
gacccatacc tacaaataac 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
atcccgacct attagtactc 20
<210> 26
<211> 22
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
ttatcctttc aatgcagaac aa 22

Claims (7)

1.一种靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA，其特征是，正义链序列为5’-GCUCCGUUCUGACGCCGACAGACG-3’，反义链序列为5’-CGUCUGUCGGCGUCAGAACGGAGC-3’。
2.权利要求1所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA作为斑节对虾TRIM9基因检测试剂的应用。
3.权利要求1所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA作为斑节对虾TRIM9基因抑制剂的应用。
4.权利要求1所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA作为斑节对虾抗副溶血弧菌感染药物的应用。
5.权利要求1所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA作为抗菌肽基因激动剂的应用。
6.包含权利要求1所述靶向斑节对虾TRIM9基因的小干扰RNA的试剂盒。
7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征是，还包括转染试剂和RNasefree无菌水。
CN202011631290.1A 2020-12-31 2020-12-31 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途 Active CN112725338B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011631290.1A CN112725338B (zh) 2020-12-31 2020-12-31 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011631290.1A CN112725338B (zh) 2020-12-31 2020-12-31 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN112725338A true CN112725338A (zh) 2021-04-30
CN112725338B CN112725338B (zh) 2021-09-21

Family

ID=75608380

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011631290.1A Active CN112725338B (zh) 2020-12-31 2020-12-31 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112725338B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113461814A (zh) * 2021-06-28 2021-10-01 西北农林科技大学 特异识别副溶血性弧菌的纳米抗体、重组载体、宿主细胞及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101622348A (zh) * 2006-12-08 2010-01-06 奥斯瑞根公司 作为治疗性干预靶标的miR-20调节的基因和途径

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101622348A (zh) * 2006-12-08 2010-01-06 奥斯瑞根公司 作为治疗性干预靶标的miR-20调节的基因和途径

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHAO PENG等: "TRIM9 is involved in facilitating Vibrio parahaemolyticus infection by inhibition of relish pathway in Penaeus monodon", 《MOLECULAR IMMUNOLOGY》 *
MINGZHE SUN等: "An E3 ubiquitin ligase TRIM9 is involved in WSSV infection via interaction with β-TrCP", 《DEVELOPMENTAL AND COMPARATIVE IMMUNOLOGY》 *
MINGZHE SUN等: "An E3 ubiquitin ligase TRIM9 is involved in WSSV infection via interaction with β-TrCP", 《DWEVELOPMENT AND COMPARATIVE IMMUNOLOGY》 *
张洪海等: "泛素连接酶TRIM在固有免疫信号通路中的研究进展", 《生物学杂志》 *
未知: "NCBI Reference Sequence: XM_037943197.1", 《NCBI》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113461814A (zh) * 2021-06-28 2021-10-01 西北农林科技大学 特异识别副溶血性弧菌的纳米抗体、重组载体、宿主细胞及其应用
CN113461814B (zh) * 2021-06-28 2022-05-27 西北农林科技大学 特异识别副溶血性弧菌的纳米抗体、重组载体、宿主细胞及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN112725338B (zh) 2021-09-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Wang et al. Litopenaeus vannamei tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) responds to Vibrio alginolyticus and white spot syndrome virus (WSSV) infection and activates antimicrobial peptide genes
Yan et al. Molecular characterization and function of a p38 MAPK gene from Litopenaeus vannamei
Li et al. The c-Fos and c-Jun from Litopenaeus vannamei play opposite roles in Vibrio parahaemolyticus and white spot syndrome virus infection
Zhu et al. The crab Relish plays an important role in white spot syndrome virus and Vibrio alginolyticus infection
Sun et al. Tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) participates in anti-lipopolysaccharide factors (ALFs) gene expression in mud crab
Li et al. The roles of Na+/K+-ATPase α-subunit gene from the ridgetail white prawn Exopalaemon carinicauda in response to salinity stresses
Li et al. Molecular cloning and expression profiles of nitric oxide synthase (NOS) in mud crab Scylla paramamosain
Sun et al. An E3 ubiquitin ligase TRIM9 is involved in WSSV infection via interaction with β-TrCP
Wang et al. Minichromosome maintenance protein 7 regulates phagocytosis in kuruma shrimp Marsupenaeus japonicas against white spot syndrome virus
Yuan et al. Down-regulation apoptosis signal-regulating kinase 1 gene reduced the Litopenaeus vannamei hemocyte apoptosis in WSSV infection
Qu et al. Molecular identification and functional characterization of a tumor necrosis factor (TNF) gene in Crassostrea hongkongensis
Wang et al. The role of Astakine in Scylla paramamosain against Vibrio alginolyticus and white spot syndrome virus infection
Yang et al. A single WAP domain (SWD)-containing protein with antiviral activity from Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei
Accorsi et al. A prokineticin-like protein responds to immune challenges in the gastropod pest Pomacea canaliculata
Feng et al. Functional analysis on immune deficiency (IMD) homolog gene in Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis
Cai et al. Tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) participates in peroxinectin gene expression in Fenneropenaeus penicillatus
CN112725338B (zh) 一种靶向斑节对虾trim9基因的小干扰rna及其用途
Zhu et al. Molecular characterization of minichromosome maintenance protein (MCM7) in Scylla paramamosain and its role in white spot syndrome virus and Vibrio alginolyticus infection
Duan et al. Characterization of ADP ribosylation factor 1 gene from Exopalaemon carinicauda and its immune response to pathogens challenge and ammonia-N stress
CN112574989B (zh) 一种抑制大口黑鲈弹状病毒复制的shRNA及其应用
Wu et al. Molecular characterization of toll-like receptor 14 from golden pompano Trachinotus ovatus (Linnaeus, 1758) and its expression response to three types of pathogen-associated molecular patterns
Liu et al. A new ALF from Litopenaeus vannamei and its SNPs related to WSSV resistance
Feng et al. Litopenaeus vannamei CK2 is involved in shrimp innate immunity by modulating hemocytes apoptosis
Wang et al. Molecular characterization of glutaminyl-peptide cyclotransferase (QPCT) in Scylla paramamosain and its role in Vibrio alginolyticus and white spot syndrome virus (WSSV) infection
Duan et al. The role of oncoprotein NM23 gene from Exopalaemon carinicauda is response to pathogens challenge and ammonia-N stress

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant