CN112522395A - 肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置 - Google Patents

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Abstract

本发明提供一种肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置，肺癌甲基化判断装置包括：采集模块、差值计算模块、甲基化预判模块和甲基化判断模块；采集模块用于采集荧光通道内参的第一Ct值，RASSF1A基因的第二Ct值以及SHOX2基因的第三Ct值；差值计算模块用于求取第二Ct值与第一Ct值之间的第一差值，以及第三Ct值与第一Ct值之间的第二差值；甲基化预判模块，用于根据采集模块采集的结果和差值计算模块求取的结果预判甲基化阳性或非阳性；甲基化判断模块，用于根据预判的甲基化阳性或甲基化非阳性的结果以及第一Ct值，判断甲基化阳性或者阴性。本发明对早期肺癌和结直肠癌的诊断灵敏性和可靠性高，操作简便，易于判读，成本低，适用性广。

Description

肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置
技术领域
本发明涉及一种基因诊断领域，特别是涉及一种肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置。
背景技术
肺癌已经成为人类癌症死亡的主要原因之一。在中国肺癌是发病率最高的癌症，死亡率也在迅速增长。肺癌的发生率和死亡率是所有肿瘤中最高的。但是，肺癌的早期诊断却不是最高的，在美国，乳腺肿瘤和前列腺肿瘤有早期诊断，原因是乳腺肿瘤和前列腺肿瘤可以早期确诊，可以尽早治疗，从而可以大大提高了生存几率(乳腺肿瘤和前列腺肿瘤的5年生存率分别为89和99％)，而肺癌的5年生存率仅仅为15％。
在临床实践中，肺癌早期诊断一直是难点，癌症的早期发现对癌症患者的有效治疗是非常重要的。目前，对癌症的诊断主要依据临床症状、影像学检测和组织病理学检查等，但有许多癌症临床症状出现较晚，并且活体取样检测也困难，严重影响了癌症的早期诊断和病人的预后。相对于组织活检，肺泡灌洗液、血浆、痰液等标本容易获得，对受检者也没有创伤。目前，在外周循环血中，同一基因异常甲基化的DNA只占全部DNA的极小部分，大约0.1％～1％，这些非甲基化DNA与甲基化DNA只存在微小的差异，需要从高度复杂的“背景”中检测出异常的甲基化DNA。另外，循环血中的DNA通常都已经降解(通常为几十到一百多碱基对)的片段，所以需要特别的抽提和检测技术才能获得较高的灵敏度。
随着技术上的快速发展，肿瘤标志物发展成为继影像诊断、病理诊断之后的肿瘤诊断治疗新的领域，对肿瘤的诊断、监测和治疗产生了重大影响。肿瘤标志物可以在体液或组织中检测到，能够反映肿瘤的存在、分化程度、预后估计和判断治疗效果等。早期肺癌由于常无特殊症状而几乎不被医生和患者察觉，用常规的诊断方法也难以早期发现和早期定性诊断，加之一些肿瘤标记物仅能作为肺癌的初筛或辅助诊断提示而不能确诊，因此肺癌的早期诊断较为困难。目前，随着基因诊断技术不断发展，给肺癌的早期诊断带来了希望，其中一个领域就是甲基化DNA检测。DNA甲基化几乎在所有肿瘤中都有发生，使其成为肿瘤诊断的一个可靠靶标。DNA甲基化是肿瘤发生的一个早期事件，在疾病确诊前就能被检测出来，是肿瘤早期诊断、患病风险预测、临床病程监控和疗效评估的潜在指标。
DNA甲基化作为一种新型分子标志，在肿瘤诊断中的重要性日益受到重视，其优势主要为：其一，在肿瘤形成过程中，启动子超甲基化的发生频率很高，甚至高于基因突变，其中不乏与肿瘤形成有关的重要基因；其二，甲基化是肿瘤发生早期的重要事件；其三，DNA甲基化稳定存在，可通过PCR放大效应进行检测。因此，甲基化检测对肿瘤早期诊断有潜在的应用价值。近来国内外研究发现血浆中一些基因的甲基化DNA的含量水平用做早期诊断，敏感性要好于已有的蛋白质血清标志物，其中比较突出的有与早期肺癌相关的cyclin-dependent kinase inhibitor 2A gene p16(p16)，H-cadherin(CDH13)等基因。吸烟是肺癌的最主要原因，在正常吸烟人群的呼吸道中发现了几种在人类肺癌中经常出现的基因异常。
尽管现有技术中已经发现了一些基因的DNA甲基化与肺癌的相关性，但是目前本领域中对应用于肺癌诊断的相关基因的检测相对复杂，判断过程相对较慢。如何解决上述问题成为了本领域技术人员所亟待解决的问题之一。
发明内容
鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置，用于解决现有技术中无法简单快速方便的进行肺癌甲基化和结直肠癌甲基化的判断的问题。
本发明提供一种肺癌甲基化判断装置，包括：采集模块、差值计算模块、甲基化预判模块和甲基化判断模块；其中，所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集荧光通道内参的第一Ct值，RASSF1A基因的第二Ct值以及SHOX2基因的第三Ct值；所述差值计算模块用于求取第二Ct值与第一Ct值之间的第一差值，以及第三Ct值与第一Ct值之间的第二差值；所述甲基化预判模块，用于根据所述采集模块采集的结果和所述差值计算模块求取的结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性；所述甲基化判断模块，用于根据预判的肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性的结果以及第一Ct值，判断肺癌甲基化阳性或者阴性。
于本发明的一实施例中，所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集CY5通道内参的第一Ct值。
于本发明的一实施例中，所述RASSF1A基因的第二Ct值是来自于FAM通道。所述SHOX2基因的第三Ct值是来自于两个不同的荧光通道。优选VIC通道或HEX。
于本发明的一实施例中，所述甲基化预判模块包括RASSF1A基因甲基化判定子模块、SHOX2基因甲基化判定子模块和预判子模块，其中，所述RASSF1A基因甲基化判定子模块用于判断RASSF1A基因甲基化的阴性或阳性；所述SHOX2基因甲基化判定子模块用于判断SHOX2基因甲基化的阴性或者阳性；所述预判子模块用于根据RASSF1A基因甲基化的判定结果和SHOX2基因甲基化的判定结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性。
于本发明的一实施例中，所述RASSF1A基因甲基化判定子模块用于按照如下条件对RASSF1A基因甲基化的阴性或阳性进行判断的：当第二Ct值小于35，且第一差值小于等于13，则判断RASSF1A基因甲基化阳性；当第二Ct值大于等于35，或者第二Ct值小于35，且第一差值大于13，则判断RASSF1A基因甲基化阴性。
于本发明的一实施例中，所述SHOX2基因甲基化判定子模块用于按照如下条件对SHOX2基因甲基化的阴性或阳性进行判断的：当第三Ct值小于32，且第二差值小于等于9，则判断SHOX2基因甲基化阳性；当第三Ct值大于等于32，或者第三Ct值小于32，且第二差值大于9，则判断SHOX2基因甲基化阴性。
于本发明的一实施例中，所述预判子模块用于按照如下条件预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性：当RASSF1A基因甲基化阳性或SHOX2基因甲基化阳性，则预判肺癌甲基化阳性；否则，预判肺癌甲基化非阳性。
于本发明的一实施例中，所述甲基化判断模块用于按照如下条件进行判断：当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值大于等于18且小于32时，则判断肺癌甲基化阳性；当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值大于等于18且小于21时，则判断肺癌甲基化阴性，肺癌甲基化检测灵敏度＞80％；当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值大于等于21且小于23时，则判断肺癌甲基化阴性，样本DNA投入量不够。肺癌甲基化检测灵敏度为70-80％。
于本发明的一实施例中，所述甲基化判断模块还用于进行如下判断：当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值小于18时，则判断样本DNA需稀释后重新检测，其中，稀释倍数为2^(20-第一Ct值)；当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值大于等于32时，判断内参扩增失败，需修饰样本DNA后重新检测；当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值小于18时，则判断样本DNA需稀释后重新检测，其中，稀释倍数为2^(20-第一Ct值)；当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值大于等于23时，则判断检测结果无效，需增加样本DNA投入量重新检测或重新采样，进一步可提示需增加的投入量。
于本发明的一实施例中，所述肺癌甲基化判断装置还包括显示模块，用于显示所述第一Ct值、所述第二Ct值、所述第三Ct值、所述第一差值、所述第二差值、所述甲基化预判模块的预判结果和所述甲基化判断模块的判断结果。
于本发明的一实施例中，所述肺癌甲基化判断装置还包括存储模块，用于记录保存所述第一Ct值、所述第二Ct值、所述第三Ct值、所述第一差值、所述第二差值、所述甲基化预判模块的预判结果和所述甲基化判断模块的判断结果，以用于后续数据统计、处理等。
本发明还公开了一种结直肠癌甲基化判断装置，包括：采集模块、差值计算模块和甲基化判断模块；其中，所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集荧光通道内参的第一Ct值，FAM通道的SEPT9基因的第四Ct值；所述差值计算模块用于求取第四Ct值与第一Ct值之间的第三差值；所述甲基化判断模块，用于根据所述采集模块采集的结果和所述差值计算模块求取的结果判断结直肠癌甲基化阳性或结直肠癌甲基化非阳性。
优选地，所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集CY5通道内参的第一Ct值。
优选地，所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集FAM通道的SEPT9基因的第四Ct值。
于本发明的一实施例中，所述甲基化判断模块用于按照如下条件进行判断：当所述第一Ct值大于等于18小于等于24时，且第四Ct值小于35，第三差值小于等于9，则判断结直肠癌甲基化阳性。
当Ct1＞24时，说明样本DAN的投入量偏少，再进行FAM通道进行判断：Ct4＜35，且△Ct3≤9，则SEPT9甲基化阳性可直接判断结直肠癌甲基化阳性；不可直接判断结直肠癌甲基化阴性。
如上所述，本发明的一种肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置，通过甲基化DNA含量水平可以在早期对肺癌和结直肠癌确诊，将其应用于设备之上，使得其通过简单的荧光通道(如CY5通道)的内参的第一Ct值，RASSF1A基因的第二Ct值以及SHOX2基因的第三Ct值，SEPT9基因的第四Ct值，就可以轻松对早期肺癌和结直肠癌进行诊断，诊断的灵敏性和可靠性高，操作简便，易于判读，成本低，并且由于其成本低，操作简单，对医生诊疗经验不用要求过高，适用性更加广泛。
附图说明
图1显示为本发明实施例中一种肺癌甲基化判断装置的原理结构示意图。
元件标号说明
100 采集模块
200 差值计算模块
300 甲基化预判模块
310 RASSF1A基因甲基化判定子模块
320 SHOX2基因甲基化判定子模块
330 预判子模块
400 甲基化判断模块
500 显示模块
600 存储模块
具体实施方式
以下通过特定的具体实例说明本发明的实施方式，本领域技术人员可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点与功效。本发明还可以通过另外不同的具体实施方式加以实施或应用，本说明书中的各项细节也可以基于不同观点与应用，在没有背离本发明的精神下进行各种修饰或改变。需说明的是，在不冲突的情况下，以下实施例及实施例中的特征可以相互组合。
需要说明的是，以下实施例中所提供的图示仅以示意方式说明本发明的基本构想，遂图式中仅显示与本发明中有关的组件而非按照实际实施时的组件数目、形状及尺寸绘制，其实际实施时各组件的型态、数量及比例可为一种随意的改变，且其组件布局型态也可能更为复杂。
本发明中，样本DNA：指游离DNA、脱落细胞DNA及诊断性组织样本DNA。游离DNA，可以是血浆、尿液、胸腹水等各类体液；脱落细胞的DNA，包括肺泡灌洗液、支气管镜下的冲洗液、刷检液、肺泡灌洗液、痰液、粪便等。
实施例1
请参阅附图，本发明提供一种肺癌甲基化判断装置，其基于RASSF1A基因、SHOX2基因和CY5通道内参的含量水平能够对肺癌的早期筛查起到决定性作用，将检测到的RASSF1A基因、SHOX2基因和CY5通道内参的Ct值，进行处理分析判断，从而能够快速、准确便捷地对早期肺癌进行诊断。
如图1所述，本实施例提供了一种肺癌甲基化判断装置，包括采集模块100、差值计算模块200、甲基化预判模块300、甲基化判断模块400、显示模块500和存储模块600。其中，采集模块100用于采集CY5通道内参的第一Ct值Ct1，RASSF1A基因的第二Ct值Ct2以及SHOX2基因的第三Ct值Ct3，其中，Ct(Cycle Threshold)值是qPCR扩增过程中，扩增产物的荧光信号达到设定的荧光阈值时的所对应的扩增循环数。RASSF1A基因的第二Ct值Ct2是来自于FAM通道的，SHOX2基因的第三Ct值Ct3是来自于VIC通道或HEX通道；
差值计算模块200用于求取RASSF1A基因的第二Ct值Ct2与CY5通道内参的第一Ct值Ct1之间的第一差值ΔCt1，以及SHOX2基因的第三Ct值Ct3与CY5通道内参的第一Ct值Ct1之间的第二差值ΔCt2；
甲基化预判模块300，用于根据采集模块100采集的结果和差值计算模块200求取的结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性。具体地，甲基化预判模块300包括RASSF1A基因甲基化判定子模块310、SHOX2基因甲基化判定子模块320和预判子模块330；其中，
RASSF1A基因甲基化判定子模块310用于判断RASSF1A基因甲基化的阴性或阳性：
当第二Ct值Ct2小于35，且第一差值ΔCt1小于等于13，则判断RASSF1A基因甲基化阳性；
当第二Ct值Ct2大于等于35，或者第二Ct值Ct2小于35，且第一差值ΔCt1大于13，则判断RASSF1A基因甲基化阴性。
SHOX2基因甲基化判定子模块320用于判断SHOX2基因甲基化的阴性或者阳性：
当第三Ct值Ct3小于32，且第二差值ΔCt2小于等于9，则判断SHOX2基因甲基化阳性；
当第三Ct值Ct3大于等于32，或者第三Ct值Ct3小于32，且第二差值ΔCt2大于9，则判断SHOX2基因甲基化阴性。
预判子模块330用于根据RASSF1A基因甲基化的判定结果和SHOX2基因甲基化的判定结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性：
当RASSF1A基因甲基化阳性或SHOX2基因甲基化阳性，则预判肺癌甲基化阳性；否则，预判肺癌甲基化非阳性。
甲基化判断模块400，用于根据预判的肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性的结果以及第一Ct值Ct1，判断肺癌甲基化阳性或者阴性：
当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值Ct1大于等于18且小于32时，则判断肺癌甲基化阳性；
当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值Ct1大于等于18且小于等于21时，则判断肺癌甲基化阴性。
显示模块500用于显示甲基化预判模块300的预判结果和甲基化判断模块400的判断结果
存储模块600用于记录保存采集模块100采集的数据，差值计算模块200求取的数值，甲基化预判模块300的预判结果和甲基化判断模块400的判断结果，以便进行整体样本数据的统计和分析。
具体地，本实施例的一种肺癌甲基化判断装置的具体工作步骤包括：
1.通过采集模块100采集CY5通道内参的第一Ct值Ct1，RASSF1A基因的第二Ct值Ct2以及SHOX2基因的第三Ct值Ct3；
当未采集到CY5通道内参的第一Ct值Ct1，则标识内参未检出，显示模块500显示需重新检测，本次结果无效；
当未采集到RASSF1A基因的第二Ct值Ct2或者SHOX2基因的第三Ct值Ct3，则将第二Ct值Ct2和第三Ct值Ct3定为40；
2.通过差值计算模块200求取第一差值ΔCt1和第二差值ΔCt2；
3.单通道判定：
1)RASSF1A基因甲基化的判断：
Ct2<35，且ΔCt1≤13，则判断RASSF1A基因甲基化阳性，记录“RASSF1A甲基化+”在存储模块600中；
Ct2大于等于35，则判断RASSF1A基因甲基化阴性，记录“RASSF1A甲基化-”在存储模块600中；
Ct2<35，且ΔCt1>13，则判断RASSF1A基因甲基化阴性，记录“RASSF1A甲基化-”在存储模块600中。
2)SHOX2基因甲基化：
Ct3<32，且ΔCt2≤9，则判断SHOX2基因甲基化阳性，记录“SHOX2甲基化+”在存储模块600中；
Ct3≥32，则判断SHOX2基因甲基化阴性，记录“SHOX2甲基化-”存储模块600中；
Ct3<32，且ΔCt2>9，则判断SHOX2基因甲基化阴性，记录“SHOX2甲基化-”存储模块600中。
4.肺癌甲基化预判：
当RASSF1A基因甲基化+，或者SHOX2基因甲基化+，则预判肺癌甲基化阳性，其他情况，则预判肺癌甲基化非阳性；并在显示模块500显示，显示为RASSF1A甲基化阳性/阴性，SHOX2甲基化阳性/阴性。
5.肺癌甲基化判断：
1)当甲基化预判为阳性时，根据Ct1进行判断：
Ct1<18时，则判断需要重新检测；显示模块100显示：样本DNA需稀释后重新检测，稀释倍数：2|18-Ct1+2|；(解释：18-Ct1+1的绝对值中，18-Ct1代表稀释差值；+2，用于稀释到最佳浓度，18～21间)；
18≤Ct1<32时，则判断肺癌甲基化阳性；显示模块100显示：肺癌甲基化阳性；
Ct1≥32时，则判断需要重新检测，显示模块100显示：内参扩增失败，修饰后DNA重新检测。
2)当肺癌甲基化预判为肺癌甲基化非阳性时，则根据Ct1进行判断：
Ct1<18时，则判断需要重新检测；显示模块100显示：样本DNA需稀释后重新检测，稀释倍数：2|20-Ct1|；
18≤Ct1<21时，则判断肺癌甲基化阴性，显示模块100显示：肺癌甲基化阴性；
21≤Ct1＜23时，则判断需要增加投入量重新检测，显示模块100显示：DNA投入量不够，影响灵敏度，需增加投入量：2|Ct1-21+1|；
Ct1≥23时，则判断检测无效，需重新检测；显示模块100显示：检测结果无效，需重新检测，增加投入量：2|Ct1-21+1|。
6.保存采集、计算、预判以及判断的结果至存储模块600，以便进行样本数据统计分析。
需要说明的是，本实施例中所给出的肺癌甲基化的判断依据，是收集了252份有病理结果同时肺癌甲基化检测结果有效的样本信息后分析得出的。其中，126例病理阳性样本，126例病理阴性样本。
针对上述收集的样本结果，对RASSF1A的△Ct1绘制ROC曲线进行分析，取约登指数最大的截断点，结果参照表一。
表一：
RASSF1A-△Ct1 灵敏度 特异性 约登指数
12.970 36.2％ 86.7％ 0.362
10.515 31.7％ 80.5％ 0.381
13.035 38.1％ 85.4％ 0.41
从表一可以获知：RASSF1A甲基化阳性的判断标准为：△Ct1≤13。
进一步地，对SHOX2的△Ct2绘制ROC曲线进行分析，取约登指数最大的截断点，结果参照表二：
表二
SHOX2-△Ct2 灵敏度 特异性 约登指数
9.335 75.9％ 81.8％ 0.557
9.045 74.1％ 84.8％ 0.589
9.225 75.9％ 84.8％ 0.608
从表二可以获知：SHOX2甲基化阳性的判断标准为：△Ct2≤9。
针对252份有病理结果同时肺癌甲基化检测结果有效的样本，其中126例病理阳性样本，126例病理阴性样本。应用上述判断标准，分析结果参照表三。
表三：
灵敏度 特异性
SHOX2阳性 72.7％ 88.8％
RASSF1A阳性 35.1％ 93.8％
SHOX2或RASSF1A阳性 82.6％ 87.5％
为了判断检测本实施例的一种肺癌甲基化判断装置检测的准确性，对某肿瘤专科医院的30例临床确诊为肺癌和肺部良性疾病的肺泡灌洗液样本采用两种不同方法进行检测，一个采用本实施例的肺癌甲基化判断装置进行检测，一个是采用ZL201510203539.1公开的离心分离细胞、DNA提取、亚硫酸盐修饰、检测与分析方法进行检测，检测结果详见表四。
表四：
Figure BDA0002206099510000091
Figure BDA0002206099510000101
从表四中不难看出，在未使用辅助判定条件下，在10例肺部良性疾病的样本中，2例检出甲基化阳性，特异性为80％。在使用辅助判定条件下，没有检出阳性，特异性100％。
实施例2
本发明公开了一种结直肠癌甲基化判断装置，包括：采集模块、差值计算模块和甲基化判断模块；其中，采集模块用于从对样本DNA进行荧光定量PCR反应过程中采集CY5通道内参的第一Ct值Ct1，FAM通道的SEPT9基因的第四Ct值Ct4；差值计算模块用于求取第四Ct值Ct4与第一Ct值Ct1之间的第三差值△Ct3；甲基化判断模块，用于根据采集模块采集的结果和差值计算模块求取的结果判断结直肠癌甲基化阳性或结直肠癌甲基化非阳性。
进一步地，甲基化判断模块用于按照如下条件进行判断：
当Ct1＞24时，说明样本DAN的投入量偏少，再进行FAM通道进行判断：Ct4＜35，且△Ct3≤9，则SEPT9甲基化阳性可直接判断结直肠癌甲基化阳性；不可直接判断结直肠癌甲基化阴性，有可能出现漏检，
当18≤Ct1≤24的范围内时，说明样本DNA的投入量适宜，再进行FAM通道进行判断：Ct4＜35，且△Ct3≤9，则SEPT9甲基化阳性，判断结直肠癌甲基化阳性。
此外，由于血浆cfDNA含量较少，一般样本CY5通道不会出现Ct1＜18的情况，因此，Ct1＜18的情况不予考量。
本发明的结直肠癌甲基化判断装置还包括显示模块和存储模块，显示模块用于显示采集模块采集第一Ct值Ct1和第四Ct值Ct4，差值计算模块计算得到的第三差值△Ct3和甲基化判断模块400的判断结果。
存储模块600用于记录保存采集模块采集第一Ct值Ct1和第四Ct值Ct4，差值计算模块计算得到的第三差值△Ct3和甲基化判断模块400的判断结果，以便进行整体样本数据的统计和分析。
需要说明的是，本实施例中所给出的结直肠癌甲基化的判断依据，是收集了298份有病理结果同时结直肠癌甲基化检测结果有效的样本信息后分析得出的。其中，200例病理阳性样本，98例病理阴性样本。
针对上述收集的样本结果，对SEPT9的△Ct3绘制ROC曲线进行分析，取约登指数最大的截断点，结果详见表五：
表五：
SEPT9-△Ct3 灵敏度 特异性 约登指数
9.489 67.7％ 88.8％ 0.478
8.966 63.1％ 89.8％ 0.509
9.153 68.3％ 87.5％ 0.538
综上所述，本发明的一种肺癌甲基化和结直肠癌甲基化判断装置，通过甲基化DNA含量水平可以在早期对肺癌和结直肠癌确诊，将其应用于设备之上，使得其通过简单的CY5通道的内参的第一Ct值，RASSF1A基因的第二Ct值以及SHOX2基因第三的Ct值，SEPT9基因的第四Ct值，就可以轻松对早期肺癌和结直肠癌进行诊断，诊断的灵敏性和可靠性高，操作简便，易于判读，成本低，并且由于其成本低，操作简单，对医生诊疗经验不用要求过高，适用性更加广泛。所以，本发明有效克服了现有技术中的种种缺点而具高度产业利用价值。
上述实施例仅例示性说明本发明的原理及其功效，而非用于限制本发明。任何熟悉此技术的人士皆可在不违背本发明的精神及范畴下，对上述实施例进行修饰或改变。因此，举凡所属技术领域中具有通常知识者在未脱离本发明所揭示的精神与技术思想下所完成的一切等效修饰或改变，仍应由本发明的权利要求所涵盖。

Claims (13)

1.一种肺癌甲基化判断装置，其特征在于，包括：采集模块、差值计算模块、甲基化预判模块和甲基化判断模块；其中，
所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集荧光通道内参的第一Ct值，RASSF1A基因的第二Ct值以及SHOX2基因的第三Ct值；
所述差值计算模块用于求取第二Ct值与第一Ct值之间的第一差值，以及第三Ct值与第一Ct值之间的第二差值；
所述甲基化预判模块，用于根据所述采集模块采集的结果和所述差值计算模块求取的结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性；
所述甲基化判断模块，用于根据预判的肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性的结果以及第一Ct值，判断肺癌甲基化阳性或者阴性。
2.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述RASSF1A基因的第二Ct值是来自于FAM通道；SHOX2基因的第三Ct值是来自于VIC通道或HEX通道；内参的第一Ct值来自于CY5通道。。
3.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述甲基化预判模块包括RASSF1A基因甲基化判定子模块、SHOX2基因甲基化判定子模块和预判子模块，其中，
所述RASSF1A基因甲基化判定子模块用于判断RASSF1A基因甲基化的阴性或阳性；
所述SHOX2基因甲基化判定子模块用于判断SHOX2基因甲基化的阴性或者阳性；
所述预判子模块用于根据RASSF1A基因甲基化的判定结果和SHOX2基因甲基化的判定结果预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性。
4.根据权利要求3所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述RASSF1A基因甲基化判定子模块用于按照如下条件对RASSF1A基因甲基化的阴性或阳性进行判断的：
当第二Ct值小于35，且第一差值小于等于13，则判断RASSF1A基因甲基化阳性；
当第二Ct值大于等于35，或者第二Ct值小于35，且第一差值大于13，则判断RASSF1A基因甲基化阴性。
5.根据权利要求3所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述SHOX2基因甲基化判定子模块用于按照如下条件对SHOX2基因甲基化的阴性或阳性进行判断的：
当第三Ct值小于32，且第二差值小于等于9，则判断SHOX2基因甲基化阳性；
当第三Ct值大于等于32，或者第三Ct值小于32，且第二差值大于9，则判断SHOX2基因甲基化阴性。
6.根据权利要求3所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述预判子模块用于按照如下条件预判肺癌甲基化阳性或肺癌甲基化非阳性：
当RASSF1A基因甲基化阳性或SHOX2基因甲基化阳性，则预判肺癌甲基化阳性；
否则，预判肺癌甲基化非阳性。
7.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述甲基化判断模块用于按照如下条件进行判断：
当预判甲基化阳性，第一Ct值大于等于18且小于32时，则判断肺癌甲基化阳性；
当预判甲基化非阳性，第一Ct值大于等于18且小于21时，则判断肺癌甲基化阴性，
当预判甲基化非阳性，第一Ct值大于等于21且小于23时，则判断肺癌甲基化阴性，样本DNA投入量不够。
8.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：所述甲基化判断模块还用于进行如下判断：
当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值小于18时，则判断样本DNA需稀释后重新检测，其中，稀释倍数为2^(20-第一Ct值)；
当预判肺癌甲基化阳性，第一Ct值大于等于32时，判断内参扩增失败，需修饰样本DNA后重新检测；
当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值小于18时，则判断样本DNA需稀释后重新检测，其中，稀释倍数为2^(20-第一Ct值)；
当预判肺癌甲基化非阳性，第一Ct值大于等于23时，则判断检测结果无效，需增加样本DNA投入量重新检测或重新采样。
9.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：还包括显示模块，用于显示所述第一Ct值、所述第二Ct值、所述第三Ct值、所述第一差值、所述第二差值、所述甲基化预判模块的预判结果和所述甲基化判断模块的判断结果。
10.根据权利要求1所述的肺癌甲基化判断装置，其特征在于：还包括存储模块，用于记录保存所述第一Ct值、所述第二Ct值、所述第三Ct值、所述第一差值、所述第二差值、所述甲基化预判模块的预判结果和所述甲基化判断模块的判断结果。
11.一种结直肠癌甲基化判断装置，其特征在于：包括：采集模块、差值计算模块和甲基化判断模块；其中，
所述采集模块用于从荧光定量PCR反应过程中采集荧光通道内参的第一Ct值，另一不同荧光通道的SEPT9基因的第四Ct值；
所述差值计算模块用于求取第四Ct值与第一Ct值之间的第三差值；
所述甲基化判断模块，用于根据所述采集模块采集的结果和所述差值计算模块求取的结果判断结直肠癌甲基化阳性或结直肠癌甲基化非阳性。
12.根据权利要求11所述的结直肠癌甲基化判断装置，其特征在于：所述SEPT9基因的第四Ct值是来自于FAM通道；内参的第一Ct值来自于CY5通道。
13.根据权利要求11所述的结直肠癌甲基化判断装置，其特征在于：所述甲基化判断模块用于按照如下条件进行判断：
当所述第一Ct值大于等于18小于等于24时，且第四Ct值小于35，第三差值小于等于9，则判断结直肠癌甲基化阳性；
当第一Ct值大于24时，说明样本DAN的投入量偏少，再对第四Ct值检测通道进行判断：第四Ct值小于35，且第三差值小于等于9，则SEPT9甲基化阳性可直接判断结直肠癌甲基化阳性；不可直接判断结直肠癌甲基化阴性。
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