CN112365464A - 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法 - Google Patents

一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法 Download PDF

Info

Publication number
CN112365464A
CN112365464A CN202011242653.2A CN202011242653A CN112365464A CN 112365464 A CN112365464 A CN 112365464A CN 202011242653 A CN202011242653 A CN 202011242653A CN 112365464 A CN112365464 A CN 112365464A
Authority
CN
China
Prior art keywords
image
generator
normal person
discriminator
classifier
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202011242653.2A
Other languages
English (en)
Other versions
CN112365464B (zh
Inventor
李孝杰
严喆
史沧红
张宪
任勇鹏
宋玉琪
吴锡
吕建成
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Chengdu University of Information Technology
Original Assignee
Chengdu University of Information Technology
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Chengdu University of Information Technology filed Critical Chengdu University of Information Technology
Priority to CN202011242653.2A priority Critical patent/CN112365464B/zh
Publication of CN112365464A publication Critical patent/CN112365464A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN112365464B publication Critical patent/CN112365464B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T7/00Image analysis
    • G06T7/0002Inspection of images, e.g. flaw detection
    • G06T7/0012Biomedical image inspection
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F18/00Pattern recognition
    • G06F18/20Analysing
    • G06F18/21Design or setup of recognition systems or techniques; Extraction of features in feature space; Blind source separation
    • G06F18/214Generating training patterns; Bootstrap methods, e.g. bagging or boosting
    • G06F18/2155Generating training patterns; Bootstrap methods, e.g. bagging or boosting characterised by the incorporation of unlabelled data, e.g. multiple instance learning [MIL], semi-supervised techniques using expectation-maximisation [EM] or naïve labelling
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F18/00Pattern recognition
    • G06F18/20Analysing
    • G06F18/24Classification techniques
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N3/00Computing arrangements based on biological models
    • G06N3/02Neural networks
    • G06N3/04Architecture, e.g. interconnection topology
    • G06N3/045Combinations of networks
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N3/00Computing arrangements based on biological models
    • G06N3/02Neural networks
    • G06N3/08Learning methods
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T7/00Image analysis
    • G06T7/10Segmentation; Edge detection
    • G06T7/11Region-based segmentation
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T2207/00Indexing scheme for image analysis or image enhancement
    • G06T2207/10Image acquisition modality
    • G06T2207/10072Tomographic images
    • G06T2207/10081Computed x-ray tomography [CT]
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T2207/00Indexing scheme for image analysis or image enhancement
    • G06T2207/20Special algorithmic details
    • G06T2207/20081Training; Learning
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T2207/00Indexing scheme for image analysis or image enhancement
    • G06T2207/20Special algorithmic details
    • G06T2207/20084Artificial neural networks [ANN]
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T2207/00Indexing scheme for image analysis or image enhancement
    • G06T2207/30Subject of image; Context of image processing
    • G06T2207/30004Biomedical image processing
    • G06T2207/30096Tumor; Lesion
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06VIMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
    • G06V2201/00Indexing scheme relating to image or video recognition or understanding
    • G06V2201/03Recognition of patterns in medical or anatomical images

Abstract

本发明公开了一种基于GAN的医学图像病变区域弱监督定位方法。该方法具体包括以下步骤:收集数据并制作数据集,将每一次CT扫描的成像文件重采样成固定分辨率并保存为NPY格式并保存对应的标签信息;构建基于卷积神经网络的分类器,使用上述的数据集对分类器进行预训练,学习高级语义特征;构建基于生成对抗网络的框架,使用生成器学习正常人与病人的检查结果的影像学差异,使用判别器和预训练的分类器来强化生成器的学习效果并使生成器能够捕捉到病人的病变区域;本发明可以自动学习病人与正常人之间的差别,实现了无需对病变区域进行标注而能有效的对病变的区域进行定位,提供辅助诊断信息。

Description

一种基于GAN的医学图像病变区域弱监督定位方法
技术领域
本发明涉及医学图像领域,尤其涉及一种GAN的医学图像病变区域弱监督定位方法。
背景技术
随着计算机技术的发展,电子计算机断层扫描(CT)和磁共振成像(MRI)广泛的用于辅助医生对疾病的诊断。对部分疾病而言,可以观察到明显的影像学改变,通过专业的影像科医师阅读患者的CT或MRI图像可以给医生提供有效的临床诊断信息,辅助医生对疾病进行诊断。
目前,图像分割方法在医学图像领域已经取得了巨大的进展,然而图像分割方法面临的一个巨大问题是需要事先对图像进行密集标注,而这项工作通常会耗费资深的影像科医师大量的时间和精力来完成。且在面临突发的新型疾病时,通常没有时间来完成数据的密集标注工作。针对图像分割方法需要大量标注数据的缺点,目前有一种称为弱监督定位的技术也开始应用于医学图像领域。与图像分割方法不同,弱监督定位方法只需要进行图像级的标注而不是像素级的标注,这将大幅度减少数据标注工作的强度。对于医学图像来说,虽然某种疾病的病变特征可能相同,但不同病人的器官存在大小,形态等差异,且病变区域的位置和大小也存在随机性,对图像的弱监督定位方法的研究仍然是一项具有挑战的工作。
目前大部分弱监督定位方法基于类激活映射CAM技术及其改进方法,此类方法利用训练好的分类器生成的特征图结合其与各个类别的权重来生成目标区域的热力图。但此类方法需要分类器能成功学习到病变区域的高级语义特征并依据此类特征做出正确的分类决策,并且需要较高分辨率的特征图才能取得较好的效果。其不足之处在于:基于分类器的分类决策特征来决定病变区域,然而分类器的又是只会依据一些显著特征便可做出分类决策,这可能会忽视部分不明显特征而导致定位不完全,且CAM技术的定位区域较为粗略。
此外还有基于生成对抗网络的图像分割方法,该方法利用生成器生成一幅图像叠加到病人的图像上来获得病人与正常人之间的差异,并认为此类差异即可代表病人的病变区域,但此方法需要预先对数据进行分割、配准等处理,消除无关背景区域的干扰,否则会产生大量噪声,严重影响分割性能。
因此,如何进一步提高医学图像的病变区域弱监督定位精度和性能,仍然是医学图像处理领域研究的热点和难点。
发明内容
针对现有技术之不足,提出一种基于GAN的医学图像病变区域弱监督定位方法,所述方法包括:
步骤1:制作数据集,采集正常人和病人的胸部CT图像并将对其进行预处理,将预处理后的CT扫描图像保存为NPY格式并按比例分为训练数据集和验证数据集;
步骤2:预训练分类器网络,将训练数据集输入到构建好的分类器网络中进行训练,训练完成后使用验证数据集进行验证,保存验证效果最好的网络模型,该预训练的分类器将作为后续生成对抗网络模型中的关键附加组件,训练方法具体包括:
步骤21:将训练数据集中的胸部CT图像输入到ResNet网络中,提取输入图像的高级语义特征并生成特征图;其中,高级语义特征包括边缘,线条,纹理,颜色等人类视觉可以理解的特征以及更为抽象的人类无法理解但机器能做出判断的高级特征。
步骤22:将所述特征图经过全局平均池化后通过全连接层,输出所述胸部CT图像为病人或正常人的概率,并根据步骤1制作数据集时已知的标签信息计算误差,依据计算出的误差使用反向传播算法计算出各个参数的梯度并使用梯度下降算法更新神经网络参数,最后得到一个最优的分类器函数fθ(x)能正确地对输入数据分类;
步骤23:当训练数据集中的所有训练数据迭代一次后,将验证数据集输入到训练完成的分类器中,评估分类器效果,最终保存验证指标最高的分类器模型。
步骤3:训练生成对抗网络,所述生成对抗网络包括用于生成伪图像的生成器和用于判别真实图像和伪图像的判别器,还包括步骤2中训练好的分类器;训练方法具体包括:将训练数据集中的病人数据样本输入到生成器,然后将训练数据集中的正常人数据样本和生成器生成的伪图像输入到判别器,同时将生成器生成的伪图像输入到步骤2训练好的分类器,交替训练生成器和判别器;
具体的训练步骤如下:
步骤31:将训练数据集中的病人CT图像输入到生成器,生成一幅指示病变区域的图像;
步骤32:将生成器生成的病变区域图像叠加到步骤31中的所述病人CT图像上获得类似正常人CT图像的伪正常人CT图像;
步骤33:训练生成器,冻结判别器的参数,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,同时将所述伪正常人CT图像输入到步骤2训练好的分类器中;
生成器的优化目标是真实数据分布和伪数据分布之间的JS散度,当该值足够小时,说明两者的分布近似,即生成器生成的伪正常人CT图像和正常人CT图像具有相同的数据分布,此步要求判别器把输入的伪图像判断为真实图像,即生成器成功的伪造出数据来“欺骗”判别器;
生成器的目标函数由四种误差项构成,通过反向传播算法计算梯度,并使用梯度下降法更新生成器的参数;
步骤34:训练判别器,冻结生成器的参数,在步骤32后,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,与步骤33相反,此步要求判别器对伪造图像判断为假,即判别器能成功的识破生成器的造假行为;
判别器定义为由一组参数
Figure BDA0002766882610000031
参数化的函数
Figure BDA0002766882610000032
对于伪正常人CT图像判别器应当将其判断为假,对于正常人CT图像判别器应当判断为真,通过下述公式计算误差,并更新判别器的参数使其能做出更准确的判断;误差计算公式如下:
Figure BDA0002766882610000033
其中z=G(x),其中D,G分别代表生成器和判别器,Preal,Pfake分别代表正常人的分布和生成器生成的伪正常人的分布;
当判别器对于所述伪正常人图像和正常人图像的输出概率达到平衡状态,且分类器对于所述伪正常人图像分类为正常人的概率较高时,表示生成对抗网络训练完成;
步骤4:验证训练好的弱监督定位网络性能,将验证数据集中的病人CT数据输入到训练完成的生成器中,获得其病变区域,具体步骤包括:
步骤41:使用与步骤1中相同的预处理方式处理病人CT数据,然后将其输入到步骤3已经训练完成的生成器中;
步骤42:将生成器的输出叠加到生成器的输入图像上并通过Tanh激活函数限制像素值的范围,然后减去输入图像并取绝对值后便可获得病变区域定位图。
根据一种优选的实施方式,所述方法包括:预处理后的病人胸部CT图像和正常人胸部CT图像分别构成病人数据集和正常人数据集,一次CT扫描图像存成一个文件夹,根据文件名保存对应的标签信息;
预处理包括重采样到固定的分辨率并进行归一化处理使所有数据的像素值范围为-1到1,标签信息为正常人或病人。
根据一种优选的实施方式,步骤22计算误差的方法具体为:使用二分类交叉熵损失函数来计算误差,误差计算公式如下:
CrossEntropy(x,y)=-[ylogp(x)+(1-y)log(1-p(x))]
x代表输入的图像,y代表其对应的标签信息,病人和正常人的标签信息分别为0和1,p(x)代表分类器输出的x是病人或正常人的概率,当预测值p(x)与标签y相等时,此公式可以得到最小值0,分类器定义为一个由一组参数θ参数化的函数fθ(x),该函数使用神经网络来实现。
根据一种优选的实施方式,生成器的目标函数的四种误差项具体如下:
第一误差项为判别器的输出,即伪正常人CT图像和真实正常人CT图像在数据的概率分布上的误差;
第二误差项是分类器的输出,即分类器提取输入数据的高级语义特征并依据这些高级语义特征来判断输入数据是正常人数据的可能性,可以表述成输入分类器的伪正常人CT图像和正常人CT图像之间在高级语义特征上的误差;
第三误差项是在生成器的输入数据和输出的伪正常人CT图像之间施加了1范数的约束来作为重构误差,目的是保证输入和输出的相似性,减少无关区域的噪声表达;
第四误差项是在生成器生成的病变区域图上施加了1范数约束,目的是保证尽量少的病变区域覆盖就可以转化为一个正常人,同样是为了减少无关噪声表达。
根据一种优选的实施方式,步骤42预测病变区域的公式如下:
output=|Tanh(x+g(x))-x|
其中,x输入生成器的数据,g(x)代表生成器的输出,Tanh激活函数的作用是保证输出图像的像素值在(-1,1)之间以免溢出,output即最后得到的指示病变区域的图像。
本发明的有益效果在于:
1、本发明采用弱监督技术对病变区域进行定位,降低医师对数据进行密集标注的时间和精力成本,提高了疾病诊断效率。传统的医学图像分割的方法需要大量进行手工标注有病变区域的掩膜作为训练数据集。而本发明只需要标注一幅图像是属于病人还是正常人,相对于分割所使用的掩膜、图像级标签提供的信息有限,通过输入病人和正常人的图像,生成器将自动学习两者图像之间的差异,通过差异来定位病变区域。
2、本发明无需对输入图像进行分割、配准等预处理即可实现对病变区域的定位,并比现有技术效果更好,噪声更少。现有基于生成对抗网络的分割方法需要对目标器官进行预分割以消除无关背景区域的干扰。考虑到病人和正常人之间在图像表现上虽然具有差异,但差异部分一般较小,大部分区域并不是病变区域。因此本发明额外引入了输入数据和输出数据之间的重构误差作为损失项来消除无关区域干扰,通过约束输入与输出之间的1范数可以保证两幅图之间的差异尽可能小,通过此项误差来减少无关区域的噪声表达而不需要预分割,提高了分割的效率。
3、本发明通过引入预训练分类器加入到生成对抗网络的训练过程中,使得生成器生成的图像不仅仅近似于正常人图像的数据分布,同时也与正常人图像具有相似的高级语义特征,将分类器的分类结果作为辅助判断而不是提取特征,提高了病变区域的定位精度,也不用要求得到较高分辨率的特征图,降低了图像分割对原始数据的要求。
附图说明
图1是本发明弱监督定位方法的方法流程图;和
图2是本发明和现有技术的实验结果比较图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明了,下面结合具体实施方式并参照附图,对本发明进一步详细说明。应该理解,这些描述只是示例性的,而并非要限制本发明的范围。此外,在以下说明中,省略了对公知结构和技术的描述,以避免不必要地混淆本发明的概念。
本发明使用胸部CT图像,具体针对肺部的病变区域定位。但拥有训练数据集的前提下,也可应用于其他有影像学差异的器官及病理,如心脏,肾脏等疾病。
下面结合附图进行详细说明。
图1是本发明弱监督定位方法的流程图,如图1所示,本发明的弱监督定位方法包括:
步骤1:制作数据集,采集正常人和病人的胸部CT图像并将对其进行预处理,将预处理后的CT扫描图像保存为NPY格式并按比例分为训练数据集和验证数据集;其中,预处理后的病人胸部CT图像和正常人胸部CT图像分别构成病人数据集和正常人数据集,一次CT扫描图像存成一个文件夹,根据文件名保存对应的标签信息。
预处理包括重采样到固定的分辨率并进行归一化处理使所有数据的像素值范围为-1到1,标签信息为正常人或病人。
本发明技术方案中至少需要1000次病人的CT扫描图像以及500次正常人的CT扫描图像来分别构成病人数据集和正常人数据集。
步骤2:预训练分类器网络,将训练数据集输入到构建好的分类器网络中进行训练,训练完成后使用验证数据集进行验证,保存验证效果最好的网络模型,该预训练的分类器将作为后续生成对抗网络模型中的关键附加组件,训练方法具体包括:
步骤21:将训练数据集中的胸部CT图像输入到ResNet网络中,提取输入图像的高级语义特征并生成特征图;其中,高级语义特征包括边缘,线条,纹理,颜色等人类视觉可以理解的特征以及更为抽象的人类无法理解但机器能做出判断的高级特征。
步骤22:将所述特征图经过全局平均池化后通过全连接层,输出所述胸部CT图像为病人或正常人的概率,并根据步骤1制作数据集时已知的标签信息计算误差,具体的,使用二分类交叉熵损失函数来计算误差,误差计算公式如下:
CrossEntropy(x,y)=-[ylogp(x)+(1-y)log(1-p(x))]
x代表输入的图像,y代表其对应的标签信息,病人和正常人的标签信息分别为0和1,p(x)代表分类器输出的x是病人或正常人的概率。当预测值p(x)与标签y相等时,此公式可以得到最小值0。分类器定义为一个由一组参数θ参数化的函数fθ(x),该函数使用神经网络来实现。
依据计算出的误差使用反向传播算法计算出各个参数的梯度并使用梯度下降算法更新神经网络参数,最后得到一个最优的分类器函数fθ(x)能正确地对输入数据分类。
步骤23:当训练数据集中的所有训练数据迭代一次后,将验证数据集输入到训练完成的分类器中,评估分类器效果,最终保存验证指标(准确率)最高的分类器模型。
步骤3:训练生成对抗网络,所述生成对抗网络包括用于生成伪图像的生成器和用于判别真实图像和伪图像的判别器,还包括步骤2中训练好的分类器;训练方法具体包括:将训练数据集中的病人数据样本输入到生成器,然后将训练数据集中的正常人数据样本和生成器生成的伪图像输入到判别器,同时将生成器生成的伪图像输入到步骤2训练好的分类器,交替训练生成器和判别器。
现有的基于生成对抗网络(GAN)的算法只使用了生成器和判别器两者进行对抗训练,使用判别器来约束生成器生成的数据分布与真实数据分布相似,并使生成器能生成更加真实的伪数据。此方式存在的问题是,即使生成的数据分布已经与真实数据的分布高度相似,但仍然会保留一部分输入的病人的特征。我们的发明通过引入预训练的分类器联合判别器一起对生成器进行约束,判别器与传统的GAN框架一样用来约束伪样本和真实数据具有相同的分布,分类器通过训练可以从高级语义特征来分辨输入数据的类别,以此来约束生成器生成的数据具有更多的正常人的特征也就是变相减少了病人的特征。
具体的训练步骤如下:
步骤31:将训练数据集中的病人CT图像输入到生成器,生成一幅指示病变区域的图像。
步骤32:将生成器生成的病变区域图像叠加到步骤31中的所述病人CT图像上获得类似正常人CT图像的伪正常人CT图像。
步骤33:训练生成器,冻结判别器的参数,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,同时将所述伪正常人CT图像输入到步骤2训练好的分类器中。
生成器的优化目标是真实数据分布和伪数据分布之间的JS散度,当该值足够小时,说明两者的分布近似,即生成器生成的伪正常人CT图像和正常人CT图像具有相同的数据分布,此步要求判别器把输入的伪图像判断为真实图像,即生成器成功的伪造出数据来“欺骗”判别器。
生成器的目标函数由四种误差项构成,具体包括:
第一误差项为判别器的输出,即伪正常人CT图像和真实正常人CT图像在数据的概率分布上的误差。
第二误差项是分类器的输出,即分类器提取输入数据的高级语义特征并依据这些高级语义特征来判断输入数据是正常人数据的可能性,可以表述成输入分类器的伪正常人CT图像和正常人CT图像之间在高级语义特征上的误差。
第三误差项是在生成器的输入数据和输出的伪正常人CT图像之间施加了1范数的约束来作为重构误差,目的是保证输入和输出的相似性,减少无关区域的噪声表达。
第四误差项是在生成器生成的病变区域图上施加了1范数约束,目的是保证尽量少的病变区域覆盖就可以转化为一个正常人,同样是为了减少无关噪声表达。
最后通过上述四个误差项的总和作为生成器的误差,通过反向传播算法计算梯度,并使用梯度下降法更新生成器的参数。
步骤34:训练判别器,冻结生成器的参数,在步骤32后,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,与步骤33相反,此步要求判别器对伪造图像判断为假,即判别器能成功的识破生成器的造假行为。
判别器定义为由一组参数
Figure BDA0002766882610000091
参数化的函数
Figure BDA0002766882610000092
对于伪正常人CT图像判别器应当将其判断为假,对于正常人CT图像判别器应当判断为真,通过下述公式计算误差,并更新判别器的参数使其能做出更准确的判断;误差计算公式如下:
Figure BDA0002766882610000093
其中z=G(x),其中D,G分别代表生成器和判别器,Preal,Pfake分别代表正常人的分布和生成器生成的伪正常人的分布。
当判别器对于所述伪正常人图像和正常人图像的输出概率达到平衡状态,且分类器对于所述伪正常人图像分类为正常人的概率较高时,表示生成对抗网络训练完成。
步骤4:验证训练好的弱监督定位网络性能,将验证数据集中的病人CT数据输入到训练完成的生成器中,获得其病变区域,具体步骤包括:
步骤41:使用与步骤1中相同的预处理方式处理病人CT数据,然后将其输入到步骤3已经训练完成的生成器中。
步骤42:将生成器的输出叠加到生成器的输入图像上并通过Tanh激活函数限制像素值的范围,然后减去输入图像并取绝对值后便可获得病变区域定位图,公式如下:
output=|Tanh(x+g(x))-x|
其中,x输入生成器的数据,g(x)代表生成器的输出,Tanh激活函数的作用是保证输出图像的像素值在(-1,1)之间以免溢出,output即最后得到的指示病变区域的图像。
表1为采用中国国家生物信息中心公开的胸部CT扫描数据作为数据集,本发明与现有两种方法的实验对比客观评价结果:
表1
方法 归一化互相关(NCC)分数
CAM 0.1154
VAGAN 0.1066
本发明方法 0.2033
表1中,归一化互相关分数NCC越高代表预测的病变区域与实际病变区域越相似,在该指标上,本发明的方法性能优于VAGAN与CAM。在最终生成的病变区域图像上也比VAGAN噪声更少。
图2是本发明与现有技术的效果对比图,从图2中可以直观的看出,与现有分割技术相比,本发明提出的方法识别出来的病变区域在结构和形状上更加接近真实病变区域,且存在更少的背景噪声。
需要注意的是,上述具体实施例是示例性的,本领域技术人员可以在本发明公开内容的启发下想出各种解决方案,而这些解决方案也都属于本发明的公开范围并落入本发明的保护范围之内。本领域技术人员应该明白,本发明说明书及其附图均为说明性而并非构成对权利要求的限制。本发明的保护范围由权利要求及其等同物限定。

Claims (6)

1.一种基于GAN的医学图像病变区域弱监督定位方法,其特征在于,所述方法包括:
步骤1:制作数据集,采集正常人和病人的胸部CT图像并将对其进行预处理,将预处理后的CT扫描图像保存为NPY格式并按比例分为训练数据集和验证数据集;
步骤2:预训练分类器网络,将训练数据集输入到构建好的分类器网络中进行训练,训练完成后使用验证数据集进行验证,保存验证效果最好的网络模型,该预训练的分类器将作为后续生成对抗网络模型中的关键附加组件;
步骤3:训练生成对抗网络,所述生成对抗网络包括用于生成伪图像的生成器和用于判别真实图像和伪图像的判别器,还包括步骤2中训练好的分类器;训练方法具体包括:将训练数据集中的病人数据样本输入到生成器,然后将训练数据集中的正常人数据样本和生成器生成的伪图像输入到判别器,同时将生成器生成的伪图像输入到步骤2训练好的分类器,交替训练生成器和判别器;
具体的训练步骤如下:
步骤31:将训练数据集中的病人CT图像输入到生成器,生成一幅指示病变区域的图像;
步骤32:将生成器生成的病变区域图像叠加到步骤31中的所述病人CT图像上获得类似正常人CT图像的伪正常人CT图像;
步骤33:训练生成器,冻结判别器的参数,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,同时将所述伪正常人CT图像输入到步骤2训练好的分类器中;
生成器的优化目标是真实数据分布和伪数据分布之间的JS散度,当该值足够小时,说明两者的分布近似,即生成器生成的伪正常人CT图像和正常人CT图像具有相同的数据分布,此步要求判别器把输入的伪图像判断为真实图像,即生成器成功的伪造出数据来“欺骗”判别器;
生成器的目标函数由四种误差项构成,通过反向传播算法计算梯度,并使用梯度下降法更新生成器的参数;
步骤34:训练判别器,冻结生成器的参数,在步骤32后,将所述伪正常人CT图像和所述正常人CT图像输入到判别器,与步骤33相反,此步要求判别器对伪造图像判断为假,即判别器能成功的识破生成器的造假行为;
判别器定义为由一组参数
Figure FDA0002766882600000021
参数化的函数
Figure FDA0002766882600000022
对于伪正常人CT图像判别器应当将其判断为假,对于正常人CT图像判别器应当判断为真,通过下述公式计算误差,并更新判别器的参数使其能做出更准确的判断;误差计算公式如下:
Figure FDA0002766882600000023
其中z=G(x),其中D,G分别代表生成器和判别器,Preal,Pfake分别代表正常人的分布和生成器生成的伪正常人的分布;
当判别器对于所述伪正常人图像和正常人图像的输出概率达到平衡状态,且分类器对于所述伪正常人图像分类为正常人的概率较高时,表示生成对抗网络训练完成;
步骤4:验证训练好的弱监督定位网络性能,将验证数据集中的病人CT数据输入到训练完成的生成器中,获得其病变区域,具体步骤包括:
步骤41:使用与步骤1中相同的预处理方式处理病人CT数据,然后将其输入到步骤3已经训练完成的生成器中;
步骤42:将生成器的输出叠加到生成器的输入图像上并通过Tanh激活函数限制像素值的范围,然后减去输入图像并取绝对值后便可获得病变区域定位图。
2.如权利要求1所述的病变区域弱监督定位方法,其特征在于,所述分类器网络的训练方法具体包括:
步骤21:将训练数据集中的胸部CT图像输入到ResNet网络中,提取输入图像的高级语义特征并生成特征图;其中,高级语义特征包括边缘,线条,纹理,颜色等人类视觉可以理解的特征以及更为抽象的人类无法理解但机器能做出判断的高级特征;
步骤22:将所述特征图经过全局平均池化后通过全连接层,输出所述胸部CT图像为病人或正常人的概率,并根据步骤1制作数据集时已知的标签信息计算误差,依据计算出的误差使用反向传播算法计算出各个参数的梯度并使用梯度下降算法更新神经网络参数,最后得到一个最优的分类器函数fθ(x)能正确地对输入数据分类;
步骤23:当训练数据集中的所有训练数据迭代一次后,将验证数据集输入到训练完成的分类器中,评估分类器效果,最终保存验证指标最高的分类器模型。
3.如权利要求2所述的病变区域弱监督定位方法,其特征在于,所述方法包括:预处理后的病人胸部CT图像和正常人胸部CT图像分别构成病人数据集和正常人数据集,一次CT扫描图像存成一个文件夹,根据文件名保存对应的标签信息;
预处理包括重采样到固定的分辨率并进行归一化处理使所有数据的像素值范围为-1到1,标签信息为正常人或病人。
4.如权利要求3所述的病变区域弱监督定位方法,其特征在于,步骤22计算误差的方法具体为:使用二分类交叉熵损失函数来计算误差,误差计算公式如下:
CrossEntropy(x,y)=-[ylogp(x)+(1-y)log(1-p(x))]
x代表输入的图像,y代表其对应的标签信息,病人和正常人的标签信息分别为0和1,p(x)代表分类器输出的x是病人或正常人的概率,当预测值p(x)与标签y相等时,此公式可以得到最小值0,分类器定义为一个由一组参数θ参数化的函数fθ(x),该函数使用神经网络来实现。
5.如权利要求4所述的病变区域弱监督定位方法,其特征在于,生成器的目标函数的四种误差项具体如下:
第一误差项为判别器的输出,即伪正常人CT图像和真实正常人CT图像在数据的概率分布上的误差;
第二误差项是分类器的输出,即分类器提取输入数据的高级语义特征并依据这些高级语义特征来判断输入数据是正常人数据的可能性,可以表述成输入分类器的伪正常人CT图像和正常人CT图像之间在高级语义特征上的误差;
第三误差项是在生成器的输入数据和输出的伪正常人CT图像之间施加了1范数的约束来作为重构误差,目的是保证输入和输出的相似性,减少无关区域的噪声表达;
第四误差项是在生成器生成的病变区域图上施加了1范数约束,目的是保证尽量少的病变区域覆盖就可以转化为一个正常人,同样是为了减少无关噪声表达。
6.如权利要求5所述的病变区域弱监督定位方法,其特征在于,步骤42预测病变区域的公式如下:
output=|Tanh(x+g(x))-x|
其中,x输入生成器的数据,g(x)代表生成器的输出,Tanh激活函数的作用是保证输出图像的像素值在(-1,1)之间以免溢出,output即最后得到的指示病变区域的图像。
CN202011242653.2A 2020-11-09 2020-11-09 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法 Active CN112365464B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011242653.2A CN112365464B (zh) 2020-11-09 2020-11-09 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011242653.2A CN112365464B (zh) 2020-11-09 2020-11-09 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN112365464A true CN112365464A (zh) 2021-02-12
CN112365464B CN112365464B (zh) 2021-08-10

Family

ID=74509431

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011242653.2A Active CN112365464B (zh) 2020-11-09 2020-11-09 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112365464B (zh)

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112687391A (zh) * 2021-03-15 2021-04-20 四川大学 一种乳腺超声图像病灶智能识别防漏判系统的构建方法
CN112967260A (zh) * 2021-03-17 2021-06-15 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 基于弱监督学习的眼底荧光造影图像渗漏点检测方法
CN114742807A (zh) * 2022-04-24 2022-07-12 北京医准智能科技有限公司 基于x光图像的胸片识别方法、装置、电子设备和介质
CN115040147A (zh) * 2022-06-01 2022-09-13 上海全景医学影像诊断中心有限公司 一种基于18f-fdg pet代谢网络的帕金森症预测方法
CN115908296A (zh) * 2022-11-10 2023-04-04 深圳大学 医学图像类激活映射评价方法、装置、计算机设备及存储介质
CN115965626A (zh) * 2023-03-16 2023-04-14 邦世科技(南京)有限公司 一种基于人工智能算法的医学图像处理方法及系统
CN116342859A (zh) * 2023-05-30 2023-06-27 安徽医科大学第一附属医院 一种基于影像学特征识别肺部肿瘤区域的方法及系统
JP7464800B2 (ja) 2021-10-26 2024-04-09 之江実験室 小サンプル弱ラベル付け条件での医療イベント認識方法及びシステム

Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108460812A (zh) * 2018-04-04 2018-08-28 北京红云智胜科技有限公司 一种基于深度学习的表情包生成系统及方法
CN108711138A (zh) * 2018-06-06 2018-10-26 北京印刷学院 一种基于生成对抗网络的灰度图片彩色化方法
CN109978165A (zh) * 2019-04-04 2019-07-05 重庆大学 一种融合自注意力机制的生成对抗网络方法
CN110135366A (zh) * 2019-05-20 2019-08-16 厦门大学 基于多尺度生成对抗网络的遮挡行人重识别方法
CN110677671A (zh) * 2019-11-01 2020-01-10 合肥图鸭信息科技有限公司 一种图像压缩方法、装置及终端设备
CN110852360A (zh) * 2019-10-30 2020-02-28 腾讯科技(深圳)有限公司 图像情感识别方法、装置、设备及存储介质
CN110991284A (zh) * 2019-11-22 2020-04-10 北京航空航天大学 一种基于场景预分类的光学遥感图像语句描述生成方法
CN111047594A (zh) * 2019-11-06 2020-04-21 安徽医科大学 肿瘤mri弱监督学习分析建模方法及其模型
CN111127412A (zh) * 2019-12-18 2020-05-08 广东工业大学 一种基于生成对抗网络的病理图像识别装置
CN111383215A (zh) * 2020-03-10 2020-07-07 图玛深维医疗科技(北京)有限公司 一种基于生成对抗网络的病灶检测模型的训练方法
CN111539467A (zh) * 2020-04-17 2020-08-14 北京工业大学 基于生成对抗网络为医疗影像数据集做数据增广的gan网络架构及方法

Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108460812A (zh) * 2018-04-04 2018-08-28 北京红云智胜科技有限公司 一种基于深度学习的表情包生成系统及方法
CN108711138A (zh) * 2018-06-06 2018-10-26 北京印刷学院 一种基于生成对抗网络的灰度图片彩色化方法
CN109978165A (zh) * 2019-04-04 2019-07-05 重庆大学 一种融合自注意力机制的生成对抗网络方法
CN110135366A (zh) * 2019-05-20 2019-08-16 厦门大学 基于多尺度生成对抗网络的遮挡行人重识别方法
CN110852360A (zh) * 2019-10-30 2020-02-28 腾讯科技(深圳)有限公司 图像情感识别方法、装置、设备及存储介质
CN110677671A (zh) * 2019-11-01 2020-01-10 合肥图鸭信息科技有限公司 一种图像压缩方法、装置及终端设备
CN111047594A (zh) * 2019-11-06 2020-04-21 安徽医科大学 肿瘤mri弱监督学习分析建模方法及其模型
CN110991284A (zh) * 2019-11-22 2020-04-10 北京航空航天大学 一种基于场景预分类的光学遥感图像语句描述生成方法
CN111127412A (zh) * 2019-12-18 2020-05-08 广东工业大学 一种基于生成对抗网络的病理图像识别装置
CN111383215A (zh) * 2020-03-10 2020-07-07 图玛深维医疗科技(北京)有限公司 一种基于生成对抗网络的病灶检测模型的训练方法
CN111539467A (zh) * 2020-04-17 2020-08-14 北京工业大学 基于生成对抗网络为医疗影像数据集做数据增广的gan网络架构及方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
张宪 等: "基于特征对抗对的视觉特征归因网络研究", 《计算机研究与发展》 *
邱童 等: "基于深度学习与多特征融合的舌象诊断算法", 《现代信息科技》 *

Cited By (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112687391A (zh) * 2021-03-15 2021-04-20 四川大学 一种乳腺超声图像病灶智能识别防漏判系统的构建方法
CN112967260A (zh) * 2021-03-17 2021-06-15 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 基于弱监督学习的眼底荧光造影图像渗漏点检测方法
CN112967260B (zh) * 2021-03-17 2024-01-26 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 基于弱监督学习的眼底荧光造影图像渗漏点检测方法
JP7464800B2 (ja) 2021-10-26 2024-04-09 之江実験室 小サンプル弱ラベル付け条件での医療イベント認識方法及びシステム
CN114742807A (zh) * 2022-04-24 2022-07-12 北京医准智能科技有限公司 基于x光图像的胸片识别方法、装置、电子设备和介质
CN115040147A (zh) * 2022-06-01 2022-09-13 上海全景医学影像诊断中心有限公司 一种基于18f-fdg pet代谢网络的帕金森症预测方法
CN115908296A (zh) * 2022-11-10 2023-04-04 深圳大学 医学图像类激活映射评价方法、装置、计算机设备及存储介质
CN115908296B (zh) * 2022-11-10 2023-09-22 深圳大学 医学图像类激活映射评价方法、装置、计算机设备及存储介质
CN115965626A (zh) * 2023-03-16 2023-04-14 邦世科技(南京)有限公司 一种基于人工智能算法的医学图像处理方法及系统
CN116342859A (zh) * 2023-05-30 2023-06-27 安徽医科大学第一附属医院 一种基于影像学特征识别肺部肿瘤区域的方法及系统
CN116342859B (zh) * 2023-05-30 2023-08-18 安徽医科大学第一附属医院 一种基于影像学特征识别肺部肿瘤区域的方法及系统

Also Published As

Publication number Publication date
CN112365464B (zh) 2021-08-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN112365464B (zh) 一种基于gan的医学图像病变区域弱监督定位方法
CN108364006B (zh) 基于多模式深度学习的医学图像分类装置及其构建方法
CN112101451B (zh) 一种基于生成对抗网络筛选图像块的乳腺癌组织病理类型分类方法
CN112292691A (zh) 用于使用深度学习提高癌症检测的方法与系统
CN112529042B (zh) 一种基于双重注意力多示例深度学习的医学图像分类方法
CN110599448A (zh) 基于MaskScoring R-CNN网络的迁移学习肺部病变组织检测系统
Shukla et al. AI-DRIVEN novel approach for liver cancer screening and prediction using cascaded fully convolutional neural network
CN112150442A (zh) 基于深度卷积神经网络及多实例学习的新冠诊断系统
CN109214397A (zh) 一种肺部ct图像中肺结节的分割方法
US11222425B2 (en) Organs at risk auto-contouring system and methods
CN111709446B (zh) 基于改进的密集连接网络的x线胸片分类装置
CN113989551A (zh) 一种基于改进ResNet网络的阿尔茨海默病分类方法
CN116030325A (zh) 基于深度混合学习框架的肺结节ct图像识别方法
Sridhar et al. A Torn ACL mapping in knee MRI images using deep convolution neural network with Inception-v3
David et al. Retinal blood vessels and optic disc segmentation using U-net
CN112381818B (zh) 面向亚类疾病的医学图像识别增强方法
Liu et al. Automated classification of cervical Lymph-Node-Level from ultrasound using depthwise separable convolutional swin transformer
CN115210755A (zh) 解决训练数据中遗漏注释的类别不同损失函数
CN117036288A (zh) 一种面向全切片病理图像的肿瘤亚型诊断方法
CN111724356A (zh) 一种用于ct影像肺炎识别的图像处理方法和系统
CN115526898A (zh) 一种医学影像分割方法
CN115409812A (zh) 一种基于融合时间注意机制的ct图像自动分类方法
Dandan et al. A multi-model organ segmentation method based on abdominal ultrasound image
CN112633336A (zh) 一种基于多尺度特征融合的肺结节识别分类方法
Paul et al. Computer-Aided Diagnosis Using Hybrid Technique for Fastened and Accurate Analysis of Tuberculosis Detection with Adaboost and Learning Vector Quantization

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant