CN112132637B - 载体价格计算方法、计算机存储介质及电子设备 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种载体价格计算方法、计算机存储介质以及电子设备,方法包括以下步骤:S1、构建载体元件的价格数据库;S2、获取需要计算价格的估价载体的系统类型,以及插入的Promoters元件类型;S3、判断需要插入的ORF类型;S4、将所述估价载体的系统类型、所述Promoters元件类型和所述ORF类型在所述价格数据库中进行比对,计算所述估价载体的价格。根据本发明实施例的载体价格计算方法,可以快速判断估价载体的价格,可以实现计算机自动报价,节约人力,减少客户等待时间。
Description
技术领域
本发明涉及生物研究领域,更具体地,涉及一种载体价格计算方法、计算机存储介质以及电子设备。
背景技术
随着生物技术的不断发展,人们对生物实验所需的基础材料——载体的需求愈来愈大,越来越多研究者选择将载体构建的工作交给外包公司。即,研究者提供载体构建的要求(最终需要的载体序列)及可能所需的相关实验材料,外包公司估价后进行载体构建,完成后将构建完成的载体寄给研究者,以进行下一步实验。通过外包的方式可以大大节约研究者自行构建载体的时间。但目前市面上有载体外包服务的公司大多是通过线下沟通,确定载体序列后再人工根据难易程度、功能、长度、成本逐一进行报价。如上海懋康生物科技有限公司,广州辉骏生物科技股份有限公司,苏州泓迅生物科技股份有限公司等等。这种人工报价对于外包公司来说需要大量专业的人力,才能进行有效判断,不让客户等太久,投入很大。另一方面,用户在询价过程中,可能不止询问一次,人工报价很难达到秒级响应,过长的等待时间容易流失客户。
发明内容
为解决上述技术问题,本发明提供一种载体价格计算方法、计算机存储介质及电子设备,能够快速自动报价,节约人力,减少客户等待时间。
根据本发明第一方面实施例的载体价格计算方法,包括以下步骤:S1、构建载体元件的价格数据库;S2、获取需要计算价格的估价载体的系统类型,以及插入的Promoters元件类型;S3、判断需要插入的ORF类型;S4、将所述估价载体的系统类型、所述Promoters元件类型和所述ORF类型在所述价格数据库中进行比对,计算所述估价载体的价格。
根据本发明实施例的载体价格计算方法,通过构建一套包含了多种载体元件的价格的价格数据库,在识别到需要进行估价的估价载体之后,将估价载体的系统类型、Promoters元件类型和ORF类型等与价格数据库中的已有载体进行比对,从而可以快速判断估价载体的价格,可以实现计算机自动报价,节约人力,减少客户等待时间。
根据本发明的一些实施例,步骤S1包括:S11、将已有的载体系统类型、元件类型以及目的基因序列片段进行组合搭配,得到已有载体的组合数据库;S12、根据基因序列片段的类型,将所述组合数据库的所述已有载体进行分类;S13、根据每一类所述已有载体的基因序列片段的类型,确定每一类所述已有载体的价格,得到所述价格数据库。
根据本发明的一些实施例,在步骤S12中,所述组合数据库分为五类,分别为常见ORF类、标签ORF类、标准ORF类、模板ORF类和标准标签ORF类,其中,所述常见ORF类的基因序列片段为可被直接使用的基因序列片段;所述标签ORF类的基因序列片段为在所述常见ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段;所述标准ORF类的基因序列片段为可直接与载体进行BP反应的基因序列片段;所述模板ORF类的基因序列片段为只有模板的基因序列片段;所述标准标签ORF类的基因序列片段为在所述模板ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段。
根据本发明的一些实施例,在步骤S13中,当所述已有载体中存在自定义元件时,根据所述自定义元件的长度计算所述已有载体的价格。
根据本发明的一些实施例,所述自定义元件的长度与所述已有载体的价格的关系式为:
当所述自定义元件的长度L<300bp时,显示人工询价指示;
当所述自定义元件的长度L满足:300bp≤L≤3kb时,
P=Bp+F*a
当所述自定义元件的长度L满足:3kp<L≤5kb时,
P=Bp+F*b
当所述自定义元件的长度L满足:5kb<L≤7kb时,
P=Bp+F*c
其中,P表示所述已有载体的价格,Bp表示基本价格,F表示碎片大小,a、b、c分别为系数。
根据本发明的一些实施例,步骤S3包括:S31、判断需要插入的元件是否包含所述常见ORF类的基因序列片段;S32、判断所述元件的ORF是否被用户手动编辑过;S33、判断所述元件的ORF类型。
根据本发明的一些实施例,在步骤S33中,若所述元件的ORF只包含一个所述常见ORF类的基因序列片段,则判断所述元件属于所述常见ORF类;若所述元件的ORF包含一个所述常见ORF类的基因序列片段和和一个或多个蛋白序列标签,则判断所述元件属于所述标签ORF类。
根据本发明的一些实施例,在步骤S33中,若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,则在所述元件的ORF两端加入attB序列,再将得到的序列与已有的模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于所述标准ORF类;若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,且判断所述元件不属于所述标准ORF类,则将所述元件的所有序列与模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于模板ORF类;若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,含有蛋白序列标签,且除去所述蛋白序列以外的主体序列与模板对比成功,则判断所述元件属于标准标签ORF类。
第二方面,本发明实施例提供一种计算机存储介质,包括一条或多条计算机指令,所述一条或多条计算机指令在执行时实现如上述实施例所述的方法。
根据本发明第三方面实施例的电子设备,包括存储器和处理器,所述存储器用于存储一条或多条计算机指令;所述处理器用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现如上述任一实施例所述的方法。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
图1为根据本发明实施例的载体价格计算方法的流程图;
图2为本发明实施例的电子设备的示意图。
附图标记:
电子设备300;
存储器310;操作系统311;应用程序312;
处理器320;网络接口330;输入设备340;硬盘350;显示设备360。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
在本发明的描述中,需要理解的是,术语“中心”、“纵向”、“横向”、“长度”、“宽度”、“厚度”、“上”、“下”、“前”、“后”、“左”、“右”、“竖直”、“水平”、“顶”、“底”“内”、“外”、“顺时针”、“逆时针”、“轴向”、“径向”、“周向”等指示的方位或位置关系为基于附图所示的方位或位置关系,仅是为了便于描述本发明和简化描述,而不是指示或暗示所指的装置或元件必须具有特定的方位、以特定的方位构造和操作,因此不能理解为对本发明的限制。此外,限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。在本发明的描述中,除非另有说明,“多个”的含义是两个或两个以上。
在本发明的描述中,需要说明的是,除非另有明确的规定和限定,术语“安装”、“相连”、“连接”应做广义理解,例如,可以是固定连接,也可以是可拆卸连接,或一体地连接;可以是机械连接,也可以是电连接;可以是直接相连,也可以通过中间媒介间接相连,可以是两个元件内部的连通。对于本领域的普通技术人员而言,可以具体情况理解上述术语在本发明中的具体含义。
下面首先对本申请中所提到的专有名词进行解释。
蛋白标签(protein tag):是指利用DNA体外重组技术,与目的蛋白一起融合表达的一种多肽或者蛋白,以便于目的蛋白的表达、检测、示踪和纯化等。随着技术的不断发展,研究人员相继开发出了具有各种不同功能的蛋白标签。
载体:载体(Vector),指在基因工程重组DNA技术中将DNA片段(目的基因)转移至受体细胞的一种能自我复制的DNA分子。三种最常用的载体是细菌质粒、噬菌体和动植物病毒。在实际生活中,胰岛素就可以通过使用载体将已插入胰岛素基因片段的质粒放入大肠杆菌内。经过插入基因片段的质粒就称作载体。该质粒在细菌内可以进行自我复制,并且不会影响到生物原来的活动。
开放阅读框(ORF):是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断。当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么。这是因为在没有其它信息的前提下,DNA序列可以按六种框架阅读和翻译(每条链三种,对应三种不同的起始密码子)。ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或密码子,符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。
Gateway技术:Gateway技术是基于λ噬菌体位点专一重组系统的一种通用的克隆技术,能够快速地高特异性地将异源DNA片段克隆到不同的载体中。BP反应是属于Gateway技术的一部分。在Gateway技术中起到重组作用的是重组位点:attB,attP,attL,attR。其中BP反应是利用BP克隆酶混合物催化一个带有attB位点的DNA片段或克隆载体和一个带有attP位点的供体载体(donor vector)发生重组的反应,把目的片段及其两端部分位点转移至供体载体中,同时供体载体中的ccdB基因及其两端部分位点被置换出来。我们一般是通过PCR方法在基因的两端加入attB位点,然后用包含attB位点的PCR产物与一个供体载体(pDONRTM)进行BP反应,将你感兴趣的基因构建到入门载体中。
下面结合附图具体描述根据本发明实施例的载体价格计算方法。
如图1所示,根据本发明实施例的载体价格计算方法包括以下步骤:
S1、构建载体元件的价格数据库;
S2、获取需要计算价格的估价载体的系统类型,以及插入的Promoters元件类型;
S3、判断需要插入的ORF类型;
S4、将所述估价载体的系统类型、所述Promoters元件类型和所述ORF类型在所述价格数据库中进行比对,计算所述估价载体的价格。
由此,根据本发明实施例的载体价格计算方法,通过构建一套包含了多种载体元件的价格的价格数据库,在识别到需要进行估价的估价载体之后,将估价载体的系统类型、Promoters元件类型和ORF类型等与价格数据库中的已有载体进行比对,从而可以快速判断估价载体的价格,可以实现计算机自动报价,节约人力,减少客户等待时间。
根据本发明的一个实施例,步骤S1包括:
S11、将已有的载体系统类型、元件类型以及目的基因序列片段进行组合搭配,得到已有载体的组合数据库;
S12、根据基因序列片段的类型,将所述组合数据库的所述已有载体进行分类;
S13、根据每一类所述已有载体的基因序列片段的类型,确定每一类所述已有载体的价格,得到所述价格数据库。
可选地,在步骤S12中,所述组合数据库分为五类,分别为常见ORF类、标签ORF类、标准ORF类、模板ORF类和标准标签ORF类,
其中,所述常见ORF类的基因序列片段为可被直接使用的基因序列片段;
所述标签ORF类的基因序列片段为在所述常见ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段;
所述标准ORF类的基因序列片段为可直接与载体进行BP反应的基因序列片段;
所述模板ORF类的基因序列片段为只有模板的基因序列片段;
所述标准标签ORF类的基因序列片段为在所述模板ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段。
其中,在步骤S13中,当所述已有载体中存在自定义元件时,根据所述自定义元件的长度计算所述已有载体的价格。
进一步地,所述自定义元件的长度与所述已有载体的价格的关系式为:
当所述自定义元件的长度L<300bp时,显示人工询价指示,例如显示人工询价按钮,用户可以直接与工作人员对接询价。
当所述自定义元件的长度L满足:300bp≤L≤3kb时,
P=Bp+F*a
当所述自定义元件的长度L满足:3kp<L≤5kb时,
P=Bp+F*b
当所述自定义元件的长度L满足:5kb<L≤7kb时,
P=Bp+F*c
其中,P表示所述已有载体的价格,Bp表示基本价格,F表示碎片大小,a、b、c分别为系数。基本价格是指根据企业收益情况及大环境下自定义的基础价,碎片大小是指载体元件长度,系数则可以根据企业不同时间段的载体实验经验,用于代表构造载体难度的数值,可随环境调整,系数数值越大,说明构造载体越难。
换句话说,在本申请中,构建载体元件的价格数据库是本申请的关键步骤,在该步骤中,可以收集过往载体构建的报价数据。在已有的载体系统、载体类型、元件类型中整理出所有可能出现的组合搭配,其中,可以将目的基因ORF序列片段划分为5类,并对这五类价格有个大致的划分,具体如下:
Popular ORF:即较为常见的常见ORF类,需求量大且公司库中已有模板的ORF,可被生产部门直接使用,故而价格相对较低。
Tag-Popular ORF:即标签ORF类,在Popular ORF的基础上,在头或尾增加了蛋白标签的ORF。生产部门在Popular ORF模板上稍做修改即可得到,价格比Popular ORF稍高。
pDown ORF:即标准ORF类,但不是经常用到,且公司已经拥有了入门克隆,可以直接与载体进行BP反应,将其构建到目的载体中,价格比Tag-Popular ORF高。
Standard ORF:即模板ORF类,也含有标准ORF,但不是经常用到,但公司没有拥有入门克隆,只有模板,价格比pDown ORF高。
Tag-ORF:即标准标签ORF类,是在Standard ORF的基础上,在头或尾增加了蛋白标签的ORF。生产部门在Standard ORF模板上稍做修改即可得到,价格比Standard ORF稍高。
与此同时,通过建立核酸序列库,根据核酸序列库对载体元件的分类,可以进行进一步的价格确定,将用户在构建载体过程中有可能出现的可能都覆盖到。
在形成以上分类后,再结合企业收益情况,即可确定合适价格。若载体元件中增加了自定义部分,即与元件长度有关,则整理出合适公式,得以计算出最终价格。
在构建载体元件的价格数据库之后,可以将价格数据库置于后台,通过设计对应的程序或者用户界面,即可获取用户设计的载体系统类型及插入的Promoters元件类型。
具体地,用户点击完成设计后,系统可根据页面URL中的载体代码,得出该载体的载体系统及载体分类、类型,同时得到用户插入的元件类型及详情。
接着,由系统判断用户插入的ORF类型。其中,步骤S3包括:
S31、判断需要插入的元件是否包含所述常见ORF类的基因序列片段;
S32、判断所述元件的ORF是否被用户手动编辑过;
S33、判断所述元件的ORF类型。
在本发明的一些具体实施方式中,在步骤S33中,
若所述元件的ORF只包含一个所述常见ORF类的基因序列片段,则判断所述元件属于所述常见ORF类;
若所述元件的ORF包含一个所述常见ORF类的基因序列片段和和一个或多个蛋白序列标签,则判断所述元件属于所述标签ORF类。
可选地,在步骤S33中,
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,则在所述元件的ORF两端加入attB序列,再将得到的序列与已有的模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于所述标准ORF类;
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,且判断所述元件不属于所述标准ORF类,则将所述元件的所有序列与模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于模板ORF类;
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,含有蛋白序列标签,且除去所述蛋白序列以外的主体序列与模板对比成功,则判断所述元件属于标准标签ORF类。
换句话说,Popular ORF与蛋白标签都被封装为一个整体,系统可以轻易判断出用户插入的元件是否包含Popular ORF与蛋白标签,并知道该ORF是否被用户手动编辑过,进而判断ORF类型。判断方法如下:
(1)若ORF中只包含一个Popular ORF片段,则该ORF类型为Popular ORF;
(2)若ORF中包含一个Popular ORF片段和一个或多个蛋白标签序列,则该ORF类型为Tag-Popular ORF;
(3)若ORF中不包含Popular ORF片段,也没有蛋白标签,为了比对是否我们已有入门克隆,根据Gateway技术的重组位点,需先在序列ORF两端加入一段attB序列,再将序列与已有的入门克隆序列进行比对,若比对成功则该ORF类型为pDown ORF;
(4)若ORF中不包含Popular ORF片段,也没有蛋白标签,且经判断不属于pDownORF,需直接将序列与库中已有的模板进行对比,若有则为Standard ORF
(5)若ORF包含蛋白标签,除蛋白标签以外主体序列经判断为已有模板,则该ORF类型为Tag-ORF。
最后,将从上述步骤中获取的Promoter类型与ORF类型在报价规则中比对,找到其对应的价格,并显示价格,即可快速对载体元件进行报价。
总而言之,根据本发明实施例的载体价格计算方法,是针对以上提到的人工报价投入大,等待时间长易流失客户的问题所提出的。该方法基于在已有载体骨架上动态插入核酸序列构建载体,涵盖了大部分用户构建载体的场景。系统根据用户插入的不同核酸序列,并根据功能、长度、成本,得出该载体构建难易程度,设置价格计算方法,让计算机能根据该方法实现自动报价。在用户点击“设计完成”时,就可即时获取报价,实现0等待,采用计算机自动报价,让大部分的报价由计算机完成,节约人力,减少客户等待时间。
此外,本发明还提供一种计算机存储介质,计算机存储介质包括一条或多条计算机指令,一条或多条计算机指令在执行时实现上述任一的载体价格计算方法。
也就是说,计算机存储介质存储有计算机程序,计算机程序被处理器运行时,使得处理器执行上述任一的载体价格计算方法。
如图2所示,本发明实施例提供了一种电子设备300,包括存储器310和处理器320,所述存储器310用于存储一条或多条计算机指令,所述处理器320用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现上述任一所述的方法。
也就是说,电子设备300包括:处理器320和存储器310,在所述存储器310中存储有计算机程序指令,其中,在所述计算机程序指令被所述处理器运行时,使得所述处理器320执行上述任一所述的方法。
进一步地,如图2所示,电子设备300还包括网络接口330、输入设备340、硬盘350、和显示设备360。
上述各个接口和设备之间可以通过总线架构互连。总线架构可以是可以包括任意数量的互联的总线和桥。具体由处理器320代表的一个或者多个中央处理器(CPU),以及由存储器310代表的一个或者多个存储器的各种电路连接在一起。总线架构还可以将诸如外围设备、稳压器和功率管理电路等之类的各种其它电路连接在一起。可以理解,总线架构用于实现这些组件之间的连接通信。总线架构除包括数据总线之外,还包括电源总线、控制总线和状态信号总线,这些都是本领域所公知的,因此本文不再对其进行详细描述。
所述网络接口330,可以连接至网络(如因特网、局域网等),从网络中获取相关数据,并可以保存在硬盘350中。
所述输入设备340,可以接收操作人员输入的各种指令,并发送给处理器320以供执行。所述输入设备340可以包括键盘或者点击设备(例如,鼠标,轨迹球(trackball)、触感板或者触摸屏等。
所述显示设备360,可以将处理器320执行指令获得的结果进行显示。
所述存储器310,用于存储操作系统运行所必须的程序和数据,以及处理器320计算过程中的中间结果等数据。
可以理解,本发明实施例中的存储器310可以是易失性存储器或非易失性存储器,或可包括易失性和非易失性存储器两者。其中,非易失性存储器可以是只读存储器(ROM)、可编程只读存储器(PROM)、可擦除可编程只读存储器(EPROM)、电可擦除可编程只读存储器(EEPROM)或闪存。易失性存储器可以是随机存取存储器(RAM),其用作外部高速缓存。本文描述的装置和方法的存储器310旨在包括但不限于这些和任意其它适合类型的存储器。
在一些实施方式中,存储器310存储了如下的元素,可执行模块或者数据结构,或者他们的子集,或者他们的扩展集:操作系统311和应用程序312。
其中,操作系统311,包含各种系统程序,例如框架层、核心库层、驱动层等,用于实现各种基础业务以及处理基于硬件的任务。应用程序312,包含各种应用程序,例如浏览器(Browser)等,用于实现各种应用业务。实现本发明实施例方法的程序可以包含在应用程序312中。
本发明上述实施例揭示的方法可以应用于处理器320中,或者由处理器320实现。处理器320可能是一种集成电路芯片,具有信号的处理能力。在实现过程中,上述方法的各步骤可以通过处理器320中的硬件的集成逻辑电路或者软件形式的指令完成。上述的处理器320可以是通用处理器、数字信号处理器(DSP)、专用集成电路(ASIC)、现成可编程门阵列(FPGA)或者其他可编程逻辑器件、分立门或者晶体管逻辑器件、分立硬件组件,可以实现或者执行本发明实施例中的公开的各方法、步骤及逻辑框图。通用处理器可以是微处理器或者该处理器也可以是任何常规的处理器等。结合本发明实施例所公开的方法的步骤可以直接体现为硬件译码处理器执行完成,或者用译码处理器中的硬件及软件模块组合执行完成。软件模块可以位于随机存储器,闪存、只读存储器,可编程只读存储器或者电可擦写可编程存储器、寄存器等本领域成熟的存储介质中。该存储介质位于存储器310,处理器320读取存储器310中的信息,结合其硬件完成上述方法的步骤。
可以理解的是,本文描述的这些实施例可以用硬件、软件、固件、中间件、微码或其组合来实现。对于硬件实现,处理单元可以实现在一个或多个专用集成电路(ASIC)、数字信号处理器DSP)、数字信号处理设备(DSPD)、可编程逻辑设备(PLD)、现场可编程门阵列(FPGA)、通用处理器、控制器、微控制器、微处理器、用于执行本申请所述功能的其它电子单元或其组合中。
对于软件实现,可通过执行本文所述功能的模块(例如过程、函数等)来实现本文所述的技术。软件代码可存储在存储器中并通过处理器执行。存储器可以在处理器中或在处理器外部实现。
具体地,处理器320还用于读取所述计算机程序,执行上述任一所述的方法。
在本申请所提供的几个实施例中,应该理解到,所揭露方法和装置,可以通过其它的方式实现。例如,以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,例如,所述单元的划分,仅仅为一种逻辑功能划分,实际实现时可以有另外的划分方式,例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统,或一些特征可以忽略,或不执行。另一点,所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些接口,装置或单元的间接耦合或通信连接,可以是电性,机械或其它的形式。
另外,在本发明各个实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中,也可以是各个单元单独物理包括,也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。上述集成的单元既可以采用硬件的形式实现,也可以采用硬件加软件功能单元的形式实现。
上述以软件功能单元的形式实现的集成的单元,可以存储在一个计算机可读取存储介质中。上述软件功能单元存储在一个存储介质中,包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机,服务器,或者网络设备等)执行本发明各个实施例所述收发方法的部分步骤。而前述的存储介质包括:U盘、移动硬盘、只读存储器(Read-Only Memory,简称ROM)、随机存取存储器(Random Access Memory,简称RAM)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。
以上所述是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明所述原理的前提下,还可以作出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
Claims (8)
1.一种载体价格计算方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、构建载体元件的价格数据库;
S2、获取需要计算价格的估价载体的系统类型,以及插入的Promoters元件类型;
S3、判断需要插入的ORF类型;
S4、将所述估价载体的系统类型、所述Promoters元件类型和所述ORF类型在所述价格数据库中进行比对,计算所述估价载体的价格;
步骤S1包括:
S11、将已有的载体系统类型、元件类型以及目的基因序列片段进行组合搭配,得到已有载体的组合数据库;
S12、根据基因序列片段的类型,将所述组合数据库的所述已有载体进行分类;
S13、根据每一类所述已有载体的基因序列片段的类型,确定每一类所述已有载体的价格,得到所述价格数据库;
所述组合数据库分为五类,分别为常见ORF类、标签ORF类、标准ORF类、模板ORF类和标准标签ORF类,
其中,所述常见ORF类的基因序列片段为可被直接使用的基因序列片段;
所述标签ORF类的基因序列片段为在所述常见ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段;
所述标准ORF类的基因序列片段为可直接与载体进行BP反应的基因序列片段;
所述模板ORF类的基因序列片段为只有模板的基因序列片段;
所述标准标签ORF类的基因序列片段为在所述模板ORF类的基础上,在头部或尾部增加蛋白标签的基因序列片段。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤S13中,当所述已有载体中存在自定义元件时,根据所述自定义元件的长度计算所述已有载体的价格。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述自定义元件的长度与所述已有载体的价格的关系式为:
当所述自定义元件的长度L<300bp时,显示人工询价指示;
当所述自定义元件的长度L满足:300bp≤L≤3kb时,
P=Bp+F*a
当所述自定义元件的长度L满足:3kp<L≤5kb时,
P=Bp+F*b
当所述自定义元件的长度L满足:5kb<L≤7kb时,
P=Bp+F*c
其中,P表示所述已有载体的价格,Bp表示基本价格,F表示碎片大小,a、b、c分别为系数。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤S3包括:
S31、判断需要插入的元件是否包含所述常见ORF类的基因序列片段;
S32、判断所述元件的ORF是否被用户手动编辑过;
S33、判断所述元件的ORF类型。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,在步骤S33中,
若所述元件的ORF只包含一个所述常见ORF类的基因序列片段,则判断所述元件属于所述常见ORF类;
若所述元件的ORF包含一个所述常见ORF类的基因序列片段和一个或多个蛋白序列标签,则判断所述元件属于所述标签ORF类。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,在步骤S33中,
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,则在所述元件的ORF两端加入attB序列,再将得到的序列与已有的模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于所述标准ORF类;
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,也不含有蛋白序列标签,且判断所述元件不属于所述标准ORF类,则将所述元件的所有序列与模板进行对比,若对比成功,则判断所述元件属于模板ORF类;
若所述元件的ORF不包含所述常见ORF类的基因序列片段,含有蛋白序列标签,且除去所述蛋白序列以外的主体序列与模板对比成功,则判断所述元件属于标准标签ORF类。
7.一种计算机存储介质,其特征在于,包括一条或多条计算机指令,所述一条或多条计算机指令在执行时实现如权利要求1-6中任一项所述的方法。
8.一种电子设备,包括存储器和处理器,其特征在于,
所述存储器用于存储一条或多条计算机指令;
所述处理器用于调用并执行所述一条或多条计算机指令,从而实现如权利要求1-6中任一项所述的方法。
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